CN104737021A - 用于治疗肝细胞癌的生物标志物 - Google Patents
用于治疗肝细胞癌的生物标志物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN104737021A CN104737021A CN201380014334.8A CN201380014334A CN104737021A CN 104737021 A CN104737021 A CN 104737021A CN 201380014334 A CN201380014334 A CN 201380014334A CN 104737021 A CN104737021 A CN 104737021A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- biomarker
- tcf
- level
- sample
- certain embodiments
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 813
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 title claims abstract description 345
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 title claims abstract description 342
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 330
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 324
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 232
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 159
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 150
- 102100032702 Protein jagged-1 Human genes 0.000 claims description 120
- 101000994437 Homo sapiens Protein jagged-1 Proteins 0.000 claims description 119
- 239000013068 control sample Substances 0.000 claims description 117
- 102100022108 Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase Human genes 0.000 claims description 116
- 101000901030 Homo sapiens Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase Proteins 0.000 claims description 116
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 110
- 101000934220 Homo sapiens CCN family member 5 Proteins 0.000 claims description 101
- 101000628954 Homo sapiens Mitogen-activated protein kinase 12 Proteins 0.000 claims description 101
- 102100025087 Insulin receptor substrate 1 Human genes 0.000 claims description 101
- 102100025215 CCN family member 5 Human genes 0.000 claims description 100
- 101001077604 Homo sapiens Insulin receptor substrate 1 Proteins 0.000 claims description 100
- 102100026932 Mitogen-activated protein kinase 12 Human genes 0.000 claims description 100
- 102100031934 Adhesion G-protein coupled receptor G1 Human genes 0.000 claims description 96
- 102100038445 Claudin-2 Human genes 0.000 claims description 96
- 101000775042 Homo sapiens Adhesion G-protein coupled receptor G1 Proteins 0.000 claims description 96
- 101000882901 Homo sapiens Claudin-2 Proteins 0.000 claims description 96
- 102100026252 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1 Human genes 0.000 claims description 93
- 101000913913 Homo sapiens Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1 Proteins 0.000 claims description 93
- 102100040006 Annexin A1 Human genes 0.000 claims description 90
- 101000959738 Homo sapiens Annexin A1 Proteins 0.000 claims description 90
- 108010048992 Transcription Factor 4 Proteins 0.000 claims description 84
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 claims description 78
- 108010072135 Cell Adhesion Molecule-1 Proteins 0.000 claims description 77
- 101000990912 Homo sapiens Matrilysin Proteins 0.000 claims description 77
- 102100030417 Matrilysin Human genes 0.000 claims description 77
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 77
- 101000661819 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase 17B Proteins 0.000 claims description 76
- 101710168942 Sphingosine-1-phosphate phosphatase 1 Proteins 0.000 claims description 76
- 102100029393 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase delta-4 Human genes 0.000 claims description 75
- 101001125981 Homo sapiens 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase delta-4 Proteins 0.000 claims description 75
- 101000884271 Homo sapiens Signal transducer CD24 Proteins 0.000 claims description 75
- 102100037959 Serine/threonine-protein kinase 17B Human genes 0.000 claims description 75
- 102100038081 Signal transducer CD24 Human genes 0.000 claims description 75
- 102100035683 Axin-2 Human genes 0.000 claims description 73
- 101000874569 Homo sapiens Axin-2 Proteins 0.000 claims description 73
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 66
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 54
- 229960004942 lenalidomide Drugs 0.000 claims description 43
- GOTYRUGSSMKFNF-UHFFFAOYSA-N lenalidomide Chemical compound C1C=2C(N)=CC=CC=2C(=O)N1C1CCC(=O)NC1=O GOTYRUGSSMKFNF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 43
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 43
- 239000012453 solvate Substances 0.000 claims description 43
- UEJJHQNACJXSKW-UHFFFAOYSA-N 2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione Chemical compound O=C1C2=CC=CC=C2C(=O)N1C1CCC(=O)NC1=O UEJJHQNACJXSKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 42
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 41
- 229960003433 thalidomide Drugs 0.000 claims description 41
- 230000005496 eutectics Effects 0.000 claims description 39
- 102100035101 Transcription factor 7-like 2 Human genes 0.000 claims description 36
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 claims description 28
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 claims description 28
- 101000596771 Homo sapiens Transcription factor 7-like 2 Proteins 0.000 claims description 20
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 8
- 102000006818 Cell Adhesion Molecule-1 Human genes 0.000 claims 9
- 102100030684 Sphingosine-1-phosphate phosphatase 1 Human genes 0.000 claims 9
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 142
- 102100040557 Osteopontin Human genes 0.000 description 74
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 69
- 102100024649 Cell adhesion molecule 1 Human genes 0.000 description 68
- 102000009523 Transcription Factor 4 Human genes 0.000 description 68
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 56
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 46
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 description 38
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 31
- 102000000479 TCF Transcription Factors Human genes 0.000 description 29
- 108010016283 TCF Transcription Factors Proteins 0.000 description 29
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 29
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 28
- 230000012292 cell migration Effects 0.000 description 25
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 24
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 23
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 23
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 23
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 23
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 22
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 20
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 20
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 description 20
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 241001597008 Nomeidae Species 0.000 description 18
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 18
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 18
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 18
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 18
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 18
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 18
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 18
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 18
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 18
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 15
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 15
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 14
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 14
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 12
- 230000004709 cell invasion Effects 0.000 description 11
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 11
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 10
- 239000010408 film Substances 0.000 description 10
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 10
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 10
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 10
- 241000711549 Hepacivirus C Species 0.000 description 9
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 9
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 9
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 9
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 9
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 108010020382 Hepatocyte Nuclear Factor 1-alpha Proteins 0.000 description 8
- 102100022057 Hepatocyte nuclear factor 1-alpha Human genes 0.000 description 8
- 102100022699 Lymphoid enhancer-binding factor 1 Human genes 0.000 description 8
- 108090001093 Lymphoid enhancer-binding factor 1 Proteins 0.000 description 8
- -1 amino iso-indoles Chemical class 0.000 description 8
- 230000008859 change Effects 0.000 description 8
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 8
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 7
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 7
- 108050005285 Transcription factor 7-like 1 Proteins 0.000 description 7
- 102100035097 Transcription factor 7-like 1 Human genes 0.000 description 7
- 206010052428 Wound Diseases 0.000 description 7
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 7
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 6
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 6
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 6
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 6
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 6
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 6
- 230000029663 wound healing Effects 0.000 description 6
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 5
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 5
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 5
- 102000056243 Mitogen-activated protein kinase 12 Human genes 0.000 description 5
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 5
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 5
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 5
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 5
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 5
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 description 4
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 description 4
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 4
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 4
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 4
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 4
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 4
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 4
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 4
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 4
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 4
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 4
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 4
- 238000011580 nude mouse model Methods 0.000 description 4
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 4
- BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N pyrene Chemical compound C1=CC=C2C=CC3=CC=CC4=CC=C1C2=C43 BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 4
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 3
- 101000600434 Homo sapiens Putative uncharacterized protein encoded by MIR7-3HG Proteins 0.000 description 3
- 108700015929 Mitogen-activated protein kinase 12 Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 3
- 102100037401 Putative uncharacterized protein encoded by MIR7-3HG Human genes 0.000 description 3
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101150056741 Xirp2 gene Proteins 0.000 description 3
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 3
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 3
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 3
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 3
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 3
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 3
- 239000013307 optical fiber Substances 0.000 description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 3
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 3
- ZXKXJHAOUFHNAS-FVGYRXGTSA-N (S)-fenfluramine hydrochloride Chemical compound [Cl-].CC[NH2+][C@@H](C)CC1=CC=CC(C(F)(F)F)=C1 ZXKXJHAOUFHNAS-FVGYRXGTSA-N 0.000 description 2
- 108020004463 18S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- UJOBWOGCFQCDNV-UHFFFAOYSA-N 9H-carbazole Chemical compound C1=CC=C2C3=CC=CC=C3NC2=C1 UJOBWOGCFQCDNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IGAZHQIYONOHQN-UHFFFAOYSA-N Alexa Fluor 555 Chemical compound C=12C=CC(=N)C(S(O)(=O)=O)=C2OC2=C(S(O)(=O)=O)C(N)=CC=C2C=1C1=CC=C(C(O)=O)C=C1C(O)=O IGAZHQIYONOHQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 244000105975 Antidesma platyphyllum Species 0.000 description 2
- 208000017897 Carcinoma of esophagus Diseases 0.000 description 2
- 101150015280 Cel gene Proteins 0.000 description 2
- 229940126062 Compound A Drugs 0.000 description 2
- PQMOXTJVIYEOQL-UHFFFAOYSA-N Cumarin Natural products CC(C)=CCC1=C(O)C(C(=O)C(C)CC)=C(O)C2=C1OC(=O)C=C2CCC PQMOXTJVIYEOQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- 208000000461 Esophageal Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102000003688 G-Protein-Coupled Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108090000045 G-Protein-Coupled Receptors Proteins 0.000 description 2
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- NLDMNSXOCDLTTB-UHFFFAOYSA-N Heterophylliin A Natural products O1C2COC(=O)C3=CC(O)=C(O)C(O)=C3C3=C(O)C(O)=C(O)C=C3C(=O)OC2C(OC(=O)C=2C=C(O)C(O)=C(O)C=2)C(O)C1OC(=O)C1=CC(O)=C(O)C(O)=C1 NLDMNSXOCDLTTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010085895 Laminin Proteins 0.000 description 2
- 108010047294 Lamins Proteins 0.000 description 2
- XUMBMVFBXHLACL-UHFFFAOYSA-N Melanin Chemical compound O=C1C(=O)C(C2=CNC3=C(C(C(=O)C4=C32)=O)C)=C2C4=CNC2=C1C XUMBMVFBXHLACL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FSOGIJPGPZWNGO-UHFFFAOYSA-N Meomammein Natural products CCC(C)C(=O)C1=C(O)C(CC=C(C)C)=C(O)C2=C1OC(=O)C=C2CCC FSOGIJPGPZWNGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 2
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 2
- 101000822645 Oryza sativa subsp. japonica Serine/threonine-protein kinase SAPK3 Proteins 0.000 description 2
- 108010081689 Osteopontin Proteins 0.000 description 2
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 2
- 102100026531 Prelamin-A/C Human genes 0.000 description 2
- SMWDFEZZVXVKRB-UHFFFAOYSA-N Quinoline Chemical compound N1=CC=CC2=CC=CC=C21 SMWDFEZZVXVKRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000005718 Stomach Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102000043043 TCF/LEF family Human genes 0.000 description 2
- 108091084789 TCF/LEF family Proteins 0.000 description 2
- 102000013814 Wnt Human genes 0.000 description 2
- 108050003627 Wnt Proteins 0.000 description 2
- 102000052547 Wnt-1 Human genes 0.000 description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 230000002424 anti-apoptotic effect Effects 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 208000009060 clear cell adenocarcinoma Diseases 0.000 description 2
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 2
- ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N coumarin Chemical compound C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000002651 drug therapy Methods 0.000 description 2
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 2
- GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N fluoranthrene Natural products C1=CC(C2=CC=CC=C22)=C3C2=CC=CC3=C1 GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 2
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 2
- 235000009424 haa Nutrition 0.000 description 2
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 2
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 210000005053 lamin Anatomy 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 2
- 210000005075 mammary gland Anatomy 0.000 description 2
- 108010082117 matrigel Proteins 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 2
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 210000000214 mouth Anatomy 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 2
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 2
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- XKJCHHZQLQNZHY-UHFFFAOYSA-N phthalimide Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NC(=O)C2=C1 XKJCHHZQLQNZHY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 2
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 2
- 229960000688 pomalidomide Drugs 0.000 description 2
- UVSMNLNDYGZFPF-UHFFFAOYSA-N pomalidomide Chemical compound O=C1C=2C(N)=CC=CC=2C(=O)N1C1CCC(=O)NC1=O UVSMNLNDYGZFPF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 2
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 230000004043 responsiveness Effects 0.000 description 2
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 2
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 2
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 2
- 201000000498 stomach carcinoma Diseases 0.000 description 2
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 2
- DQJCDTNMLBYVAY-ZXXIYAEKSA-N (2S,5R,10R,13R)-16-{[(2R,3S,4R,5R)-3-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy}-5-(ethylamino)-6-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy}-5-(4-aminobutyl)-10-carbamoyl-2,13-dimethyl-4,7,12,15-tetraoxo-3,6,11,14-tetraazaheptadecan-1-oic acid Chemical compound NCCCC[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@@H](C)NC(=O)C(C)O[C@@H]1[C@@H](NCC)C(O)O[C@H](CO)[C@H]1O[C@H]1[C@H](NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 DQJCDTNMLBYVAY-ZXXIYAEKSA-N 0.000 description 1
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical compound [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- TZMSYXZUNZXBOL-UHFFFAOYSA-N 10H-phenoxazine Chemical compound C1=CC=C2NC3=CC=CC=C3OC2=C1 TZMSYXZUNZXBOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AVRPFRMDMNDIDH-UHFFFAOYSA-N 1h-quinazolin-2-one Chemical compound C1=CC=CC2=NC(O)=NC=C21 AVRPFRMDMNDIDH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JNGRENQDBKMCCR-UHFFFAOYSA-N 2-(3-amino-6-iminoxanthen-9-yl)benzoic acid;hydrochloride Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[NH2+])C=C2OC2=CC(N)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O JNGRENQDBKMCCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZIDRAQTRIQDX-UHFFFAOYSA-N 6-carboxy-x-rhodamine Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(C([O-])=O)C=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 WQZIDRAQTRIQDX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VWOLRKMFAJUZGM-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyrhodamine 6G Chemical compound [Cl-].C=12C=C(C)C(NCC)=CC2=[O+]C=2C=C(NCC)C(C)=CC=2C=1C1=CC(C(O)=O)=CC=C1C(=O)OCC VWOLRKMFAJUZGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 7-hydroxycoumarin Natural products O1C(=O)C=CC2=CC(O)=CC=C21 CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 8-[3-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-2-one Chemical class C1(CC1)N1N=CC(=C1)C1=NNC2=C1N=C(N=C2)N1C2C(N(CC1CC2)C)=O HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XPKVSFHMZHXKIX-UHFFFAOYSA-N 9h-xanthene Chemical compound C1=CC=C2CC3=CC=CC=C3OC2=C1.C1=CC=C2CC3=CC=CC=C3OC2=C1 XPKVSFHMZHXKIX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150008694 ANXA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150096411 AXIN2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101710096372 Adhesion G-protein coupled receptor G1 Proteins 0.000 description 1
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- 102000004145 Annexin A1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000663 Annexin A1 Proteins 0.000 description 1
- 101150109753 Asph gene Proteins 0.000 description 1
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 238000011729 BALB/c nude mouse Methods 0.000 description 1
- KXDAEFPNCMNJSK-UHFFFAOYSA-N Benzamide Chemical compound NC(=O)C1=CC=CC=C1 KXDAEFPNCMNJSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N Butyric acid Natural products CCCC(O)=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100021943 C-C motif chemokine 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710155857 C-C motif chemokine 2 Proteins 0.000 description 1
- 101150095033 CADM1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000039830 CAMK2N family Human genes 0.000 description 1
- 108091068189 CAMK2N family Proteins 0.000 description 1
- 101150038182 CAMK2N1 gene Proteins 0.000 description 1
- 0 CCC(C(C)=C=CC)C(*(C)C(CCC(*1)=O)C1=O)=O Chemical compound CCC(C(C)=C=CC)C(*(C)C(CCC(*1)=O)C1=O)=O 0.000 description 1
- 101150106753 CLDN2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100156752 Caenorhabditis elegans cwn-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 229940104034 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 description 1
- 102000004056 Claudin-2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000580 Claudin-2 Proteins 0.000 description 1
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 1
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000005721 Death-Associated Protein Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108010031042 Death-Associated Protein Kinases Proteins 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N Digoxin Natural products O([C@H]1[C@H](C)O[C@H](O[C@@H]2C[C@@H]3[C@@](C)([C@@H]4[C@H]([C@]5(O)[C@](C)([C@H](O)C4)[C@H](C4=CC(=O)OC4)CC5)CC3)CC2)C[C@@H]1O)[C@H]1O[C@H](C)[C@@H](O[C@H]2O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](O)C2)[C@@H](O)C1 LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000007665 Extracellular Signal-Regulated MAP Kinases Human genes 0.000 description 1
- 108010007457 Extracellular Signal-Regulated MAP Kinases Proteins 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 1
- 108010015899 Glycopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000002068 Glycopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108010017080 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000004269 Granulocyte Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 1
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100039620 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor Human genes 0.000 description 1
- 208000005176 Hepatitis C Diseases 0.000 description 1
- 101000781955 Homo sapiens Proto-oncogene Wnt-1 Proteins 0.000 description 1
- 101100099162 Homo sapiens TCF7L2 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010061598 Immunodeficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000029462 Immunodeficiency disease Diseases 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- 102100023915 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 101710201824 Insulin receptor substrate 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000003777 Interleukin-1 beta Human genes 0.000 description 1
- 108090000193 Interleukin-1 beta Proteins 0.000 description 1
- 102000013462 Interleukin-12 Human genes 0.000 description 1
- 108010065805 Interleukin-12 Proteins 0.000 description 1
- 102000004889 Interleukin-6 Human genes 0.000 description 1
- 108090001005 Interleukin-6 Proteins 0.000 description 1
- 108700003486 Jagged-1 Proteins 0.000 description 1
- 241000245000 Kinugasa Species 0.000 description 1
- NNJVILVZKWQKPM-UHFFFAOYSA-N Lidocaine Chemical compound CCN(CC)CC(=O)NC1=C(C)C=CC=C1C NNJVILVZKWQKPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 102000019149 MAP kinase activity proteins Human genes 0.000 description 1
- 108040008097 MAP kinase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000701076 Macacine alphaherpesvirus 1 Species 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 101710151805 Mitochondrial intermediate peptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101150029996 Mmp7 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 108010057466 NF-kappa B Proteins 0.000 description 1
- 102000003945 NF-kappa B Human genes 0.000 description 1
- IXQIUDNVFVTQLJ-UHFFFAOYSA-N Naphthofluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C(C=CC=1C3=CC=C(O)C=1)=C3OC1=C2C=CC2=CC(O)=CC=C21 IXQIUDNVFVTQLJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000008730 Nestin Human genes 0.000 description 1
- 108010088225 Nestin Proteins 0.000 description 1
- 102100037369 Nidogen-1 Human genes 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 description 1
- 101150088873 PLCD4 gene Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100038280 Prostaglandin G/H synthase 2 Human genes 0.000 description 1
- 108050003267 Prostaglandin G/H synthase 2 Proteins 0.000 description 1
- 108700037966 Protein jagged-1 Proteins 0.000 description 1
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N Styrene Chemical group C=CC1=CC=CC=C1 PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000024770 Thyroid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 108700025716 Tumor Suppressor Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000044209 Tumor Suppressor Genes Human genes 0.000 description 1
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 1
- 206010064390 Tumour invasion Diseases 0.000 description 1
- 238000005411 Van der Waals force Methods 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 108700020987 Wnt-1 Proteins 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000000999 acridine dye Substances 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 208000038016 acute inflammation Diseases 0.000 description 1
- 230000006022 acute inflammation Effects 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000002152 alkylating effect Effects 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001093 anti-cancer Effects 0.000 description 1
- 230000002942 anti-growth Effects 0.000 description 1
- 230000002001 anti-metastasis Effects 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 125000000254 aspartoyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004082 barrier epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000005605 benzo group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000001588 bifunctional effect Effects 0.000 description 1
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 201000001531 bladder carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000037058 blood plasma level Effects 0.000 description 1
- 239000007767 bonding agent Substances 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 230000010072 bone remodeling Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 230000009400 cancer invasion Effects 0.000 description 1
- 150000001722 carbon compounds Chemical class 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 230000010307 cell transformation Effects 0.000 description 1
- 239000002975 chemoattractant Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 230000003081 coactivator Effects 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 1
- MGNCLNQXLYJVJD-UHFFFAOYSA-N cyanuric chloride Chemical compound ClC1=NC(Cl)=NC(Cl)=N1 MGNCLNQXLYJVJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003950 cyclic amides Chemical class 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 210000000172 cytosol Anatomy 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000009792 diffusion process Methods 0.000 description 1
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 1
- LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N digoxin Chemical compound C1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](C)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O[C@@H]3C[C@@H]4[C@]([C@@H]5[C@H]([C@]6(CC[C@@H]([C@@]6(C)[C@H](O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)C[C@@H]2O)C)C[C@@H]1O LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N 0.000 description 1
- 229960005156 digoxin Drugs 0.000 description 1
- LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N digoxine Natural products C1C(O)C(O)C(C)OC1OC1C(C)OC(OC2C(OC(OC3CC4C(C5C(C6(CCC(C6(C)C(O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)CC2O)C)CC1O LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 1
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N eosin Chemical compound [Na+].OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(Br)C(=O)C(Br)=C2OC2=C(Br)C(O)=C(Br)C=C21 YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004890 epithelial barrier function Effects 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000000981 epithelium Anatomy 0.000 description 1
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 1
- VYXSBFYARXAAKO-UHFFFAOYSA-N ethyl 2-[3-(ethylamino)-6-ethylimino-2,7-dimethylxanthen-9-yl]benzoate;hydron;chloride Chemical compound [Cl-].C1=2C=C(C)C(NCC)=CC=2OC2=CC(=[NH+]CC)C(C)=CC2=C1C1=CC=CC=C1C(=O)OCC VYXSBFYARXAAKO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 1
- 230000005021 gait Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 230000002440 hepatic effect Effects 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 210000001822 immobilized cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 230000007813 immunodeficiency Effects 0.000 description 1
- 238000012151 immunohistochemical method Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 238000007850 in situ PCR Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 125000001041 indolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- PXZQEOJJUGGUIB-UHFFFAOYSA-N isoindolin-1-one Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NCC2=C1 PXZQEOJJUGGUIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002605 large molecules Chemical class 0.000 description 1
- 229960004194 lidocaine Drugs 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 210000005228 liver tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000003670 luciferase enzyme activity assay Methods 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 238000010232 migration assay Methods 0.000 description 1
- 210000000066 myeloid cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000005055 nestin Anatomy 0.000 description 1
- 210000003757 neuroblast Anatomy 0.000 description 1
- 108010008217 nidogen Proteins 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 238000010422 painting Methods 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 210000003819 peripheral blood mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 150000005053 phenanthridines Chemical class 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 102000036213 phospholipid binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091011000 phospholipid binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- INAAIJLSXJJHOZ-UHFFFAOYSA-N pibenzimol Chemical compound C1CN(C)CCN1C1=CC=C(N=C(N2)C=3C=C4NC(=NC4=CC=3)C=3C=CC(O)=CC=3)C2=C1 INAAIJLSXJJHOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 150000004032 porphyrins Chemical class 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 239000000047 product Substances 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002331 protein detection Methods 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000008929 regeneration Effects 0.000 description 1
- 238000011069 regeneration method Methods 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 1
- 238000012340 reverse transcriptase PCR Methods 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 238000003118 sandwich ELISA Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 238000002764 solid phase assay Methods 0.000 description 1
- 101150063780 spp1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 201000002510 thyroid cancer Diseases 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Chemical compound C1=CC(=O)OC2=CC(O)=CC=C21 ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Natural products Cc1cc2C=CC(=O)Oc2cc1OCC=CC(C)(C)O HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 description 1
- 208000010570 urinary bladder carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 239000003981 vehicle Substances 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 230000003442 weekly effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5067—Liver cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/60—Complex ways of combining multiple protein biomarkers for diagnosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
本发明提供的是针对肝细胞癌的生物标志物及其应用。
Description
1.发明领域
本文提供的是针对肝细胞癌的生物标志物(biomarkers)及其应用。
2.发明背景
肝细胞癌(HCC)，也称为恶性肝细胞瘤，是肝脏最常见的原发性恶性肿瘤，占到原发性肝脏肿瘤的80–90％。HCC是全球最常见的灾难性的恶性疾病之一，在世界范围内每年造成超过一百万人死亡(Parkin等人,CA Cancer J.Clin.1999,49,33-64；Bruix等人,Cancer Cell 2004,5,215-219)。
引起HCC发生的主要风险因素包括乙型或丙型肝炎的病毒性感染和酒精性肝病(Rustgi,Gastroenterol.Clin.North Am.1987,16,545-551；Bosch等人,Semin.Liver Dis.1999,19,271-285；Bosch等人,Gastroenterology 2004,127,S5–S16；Moradpour等人,Eur.J.Gastro&Hepatol.2005,17,477–483；Koike等人,J.Gastroenterol.Hepatol.2008,23,S87-S91；de Oliveria Andrade,J.Glob.Infect.Dis.2009,1,33-37)。在被乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)感染之后，HCC最常见在肝硬化性肝脏中出现(Liaw,Semin.Liver Dis.2005,25,40-47；KoikeClin.Gastroenterol.Hepatol.2005,3,132-135)。HCC与HBV感染相关，占到病例的约50％(Liaw,Semin.Liver Dis.2005,25,40-47)。在日本，HCV感染是70％的HCC病例的原因(Hasan等人,Hepatology,1990,12:589-591；El-Serag等人,N.Engl.J.Med.1999,340,745-750)。在最近几年，由于丙型肝炎病毒(HCV)感染的扩散，HCC发病率在西方国家一直呈上升趋势(El-Serag,Hepatology 2002,36,S74-83；Trevisani等人,Carcinogenesis 2008,29,1299-1305)。
肝细胞癌是一种全球性重要的疾病，现在还没有真正意义上的有效疗法，特别是对于晚期疾病。因此，对辅助HCC治疗的生物标志物和预测HCC患者对HCC治疗(例如化学疗法)的反应性的方法有需求。
3.发明概述
本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物(treatment compound)作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文也提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文另外还提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文进一步提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
本文提供的是监测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得第一生物样品；
b)测定第一样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)将所述化合物给予所述对象；
d)此后从所述对象获得第二生物样品；
e)测定第二样品中的所述生物标志物的水平，和
f)比较第一和第二生物样品中的所述生物标志物的水平；其中第二生物样品中的所述生物标志物的水平降低表明有效的反应。
本文提供的是监测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得第一生物样品；
b)测定第一样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)将所述化合物给予所述对象；
d)此后从所述对象获得第二生物样品；
e)测定第二样品中的所述生物标志物的水平，和
f)比较第一和第二生物样品中的所述生物标志物的水平；其中第二生物样品中的所述生物标志物的水平降低表明有效的反应。
本文提供的是监测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的顺应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)将所述生物标志物的水平与来自所述对象的未治疗的对照样品中的水平进行比较；其中所述生物样品中的所述生物标志物的水平与对照中的水平相比降低，表明所述对象对所述治疗的顺应性。
本文提供的是监测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的顺应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)将所述生物标志物的水平与来自所述对象的未治疗的对照样品中的水平进行比较；其中所述生物样品中的所述生物标志物的水平与对照中的水平相比降低，表明所述对象对所述治疗的顺应性。
本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的探针阵列，即将探针阵列与所述生物标志物的多核苷酸中的一种或多种在严格性条件下杂交，其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24，其中所述生物标志物的水平用于筛选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如，分化较差的肝细胞癌)的对象；用于预测或监测对象对所述治疗的反应性；或监测对象对所述治疗的顺应性。
本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的探针阵列，即将探针阵列与所述生物标志物的mRNA中的一种或多种在严格性条件下杂交，其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24，其中所述生物标志物的水平用于筛选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如，分化较差的肝细胞癌)的对象；用于预测或监测对象对所述治疗的反应性；或监测对象对所述治疗的顺应性。
本文提供的是用于测定样品中的两种或两种以上生物标志物的水平的抗体阵列，其中所述生物标志物各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24，其中所述生物标志物的水平用于筛选用治疗化合物治疗肝细胞癌(例如，分化较差的肝细胞癌)的对象；用于预测或监测对象对所述治疗的反应性；或监测对象对所述治疗的顺应性。
本文提供的是包含两种或两种以上生物标志物的一组分离的生物标志物，其各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24。
本文提供的是包含两种或两种以上生物标志物的一组分离的生物标志物，其各自独立地选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24。
本文提供的是包含TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的一组分离的生物标志物。
本文提供的是用于测定来自对象的生物样品中的生物标志物的水平的试剂盒，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合。
4.发明详述
本文提供的方法、阵列、探针和试剂盒部分地基于以下发现：某一生物样品中的某些分子(例如，mRNA、cDNA或蛋白质)的水平增加可以用作预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的生物标志物，所述治疗化合物例如沙利度胺(thalidomide)、来那度胺(lenalidomide)、泊马度胺(pomalidomide)或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体(co-crystal)、笼形包合物(clathrate)或多晶型物(polymorph)。
在某些实施方案中，本文提供的方法基于来自患有或怀疑患有肝细胞癌的对象的生物样品中的一种或多种生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平或对照的水平的比较。所述生物标志物水平用于确定或预测例如所述对象对治疗化合物的反应性的可能性，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
4.1附图简述
图1显示在HCC细胞系Focus和Hub7中，在用来那度胺(“LM”)治疗后，TCF-4转录因子-水平的变化。
图2显示在HCC细胞系Focus和Hub7中，在用LM治疗后，细胞迁移的变化。
图3显示在分化良好的HAK-1A细胞系中，LM和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮(“化合物A”)对HCC细胞迁移和侵袭的影响。
图4显示在分化较差的HAK-1B细胞系中，LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响。
图5显示在分化良好的FOCUS细胞系中，LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响。
图6显示在分化良好的HAK-1A细胞系中，使用伤口愈合实验(assay)，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响。
图7显示在分化较差的FOCUS细胞系中，使用伤口愈合实验，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响。
图8显示在分化较差的HAK-1B细胞系中，使用伤口愈合实验，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响。
图9显示TCF-4同等型在HCC细胞系(Huh7)和非HCC细胞系(HEK 293)中的TCF转录活性。
图10显示TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L同等型在人HCC肿瘤组织中的表达谱(expression profile)。
图11A显示TCF-4J表达在人HCC细胞(HBV-相关(relatd)肿瘤和邻接肿瘤周(adjacent peritumor))中的上调。
图11B显示TCF-4J表达在人HCC细胞(HCV-相关(relatd)肿瘤)中的上调。
图12显示异种移植的肿瘤在裸小鼠中的生长。
图13显示在HCC细胞系中被上调的TCF-4J依赖性靶基因一览表。
图14显示13个TCF-4J特异性靶基因在人HCCs中的上调。
图15是3D柱状图，表示在肿瘤样品中按照测得的TCF-4J表达水平排序的10个精选基因的表达水平，以显示在TCF-4J和靶基因表达之间的关系。
图16显示在HCC细胞系Focus和Hub7中，在用LM治疗后，TCF-4同等型表达的变化。
图17显示化合物A对HCC细胞增殖没有影响。
图18是HAK1A-J异种移植物模型(初步研究(pilot study))的图示说明，以研究将LM和化合物A给予小鼠的效果。
图19显示在HAK1A-J异种移植物模型中，根据肿瘤体积的缩小所测量，LM和化合物A的抗肿瘤效果(初步研究)。
图20是HAK1A-J异种移植物模型的图示说明，以研究将LM和化合物A给予小鼠的效果。
图21显示在HAK1A-J异种移植物模型中，根据肿瘤体积的缩小所测量，LM和化合物A的抗肿瘤效果。
图22显示在HAK1A-J异种移植物模型中，mRNA表达被LM和化合物A降低。
4.2定义
术语“治疗”是指缓解或消除疾病(例如肝细胞癌)或与疾病相关的一个或多个症状；或缓解或根除疾病本身的原因。
术语化合物的“治疗有效量”是指当给予时足以防止待治疗疾病(例如肝细胞癌)的一个或多个症状的发生或者在一定程度上减轻待治疗疾病(例如肝细胞癌)的一个或多个症状的化合物的量。该术语也指由研究人员、兽医、内科医生或临床医生所确定的足以引发生物分子(例如，蛋白质、酶、RNA或DNA)、细胞、组织、系统、动物或人的生物反应或药物反应的化合物的量。此外，化合物的治疗有效量意指治疗剂单用或与其它疗法联用时在疾病(例如肝细胞癌)的治疗或处理中提供治疗益处的量。该术语包括改善整体疗法，降低或避免疾病(例如肝细胞癌)的症状或原因，或者提高另一种治疗剂的疗效的量。
术语“水平”是指生物标志物分子的量、累积或速率。水平可以例如用由基因编码的信使RNA(mRNA)的量或合成速率，由基因编码的多肽或蛋白质的量或合成速率，在细胞或生物液体中累积的生物分子的量或合成速率来表示。术语“水平”是指在稳态或非稳态条件下确定的样品中分子的绝对量或者分子的相对量。
术语“反应性(responsiveness)”或“反应的(responsive)”当在涉及治疗中使用时是指在减轻或减少待治疗疾病(例如肝细胞癌)的症状中的治疗有效性的程度。例如，术语“增加的反应性”当在涉及细胞或对象的治疗中使用时是指当采用本领域已知的任何方法测量时，在减轻或减少疾病的症状中的有效性增加。在某些实施方案中，所述有效性增加为至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％或至少约50％。
术语“有效的患者反应(effective patient response)”是指在治疗疾病(例如肝细胞癌)中，对患者的治疗益处增加。在某些实施方案中，所述增加为至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％或至少约50％。“有效的患者肿瘤反应”可以是在疾病的一个或多个身体症状或肿瘤大小方面有例如约5％、约10％、约25％、约50％或约100％减少。
术语“可能性(likelihood)”是指事件的概率增加。术语“可能性”当在涉及患者对疾病(例如肝细胞癌)的治疗有反应的有效性中使用时考虑了疾病的症状将被减轻或减少的概率增加。
术语“预测”一般是指预先确定或告知。例如，当用于“预测”疾病(例如肝细胞癌)的治疗的有效性时，术语“预测”可指治疗结果的可能性能够从一开始即在治疗开始之前或者在治疗期已取得实质性进展之前就确定了。
如本文所用的术语“多肽”、“蛋白质”或“肽”可互换使用，是指在一个系列阵列(serial array)中两个以上的氨基酸通过一个或多个肽键相连接的多聚体。该术语包括蛋白质、蛋白质片段、蛋白质类似物、寡肽和肽。多肽、蛋白质或肽的氨基酸可以是天然存在的氨基酸或合成的氨基酸(例如，天然存在的氨基酸的模拟物)。多肽、蛋白质或肽可以是合成制备的或者由生物样品纯化得到。多肽、蛋白质或肽也包括修饰的多肽、蛋白质和肽，例如糖多肽、糖蛋白或糖肽；或脂多肽、脂蛋白或脂肽。
术语“抗体”是指特异性结合表位(例如抗原)的多肽。术语“抗体”在本文中以最广泛的意义使用并且涵盖完全装配的抗体、保留了特异性结合抗原的能力的抗体片段(例如，Fab、F(ab')2、Fv和其它片段)、单链抗体、双抗体(diabody)、抗体嵌合体、杂合抗体、双特异性抗体和人源化抗体。术语“抗体”也包括多克隆抗体和单克隆抗体。
术语“表达”是指由基因转录得到RNA核酸分子，例如mRNA，其与该基因的两条核酸链中的一条的区域至少有部分互补。如本文所用的术语“表达”也指由RNA分子翻译得到蛋白质、多肽或其部分。
被“上调”的mRNA一般是指mRNA在对给定治疗或给定条件响应时其表达水平增加。被“下调”的mRNA一般是指mRNA在对给定治疗或给定条件响应时其表达水平“减少”。在一些情况下，mRNA水平可以在给定治疗或给定条件下保持不变。来自患者样品的mRNA可以被“上调”，即mRNA的水平可以是相对于比较对照mRNA水平或参考水平增加例如约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更高。可选地，mRNA可以被“下调”，即mRNA的水平可以是相对于比较对照mRNA水平或参考水平减少例如约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约5％、约2％、约1％或更低。
同样，来自患者样品的多肽、蛋白质或肽的水平可以是与对照水平或参考水平相比增加。这种增加可以是相对于比较对照蛋白质水平或参考水平增加约5％、约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约90％、约100％、约200％、约300％、约500％、约1,000％、约5,000％或更高。可选地，蛋白质生物标志物的水平可以被减少。这种减少可以是例如以比较对照蛋白质水平或参考水平的约99％、约95％、约90％、约80％、约70％、约60％、约50％、约40％、约30％、约20％、约10％、约5％、约2％、约1％或更低的水平存在。
术语“测定”、“测量”、“评价”、“评估”和“测试”在本文中可互换使用，是指一种测量形式，包括确定元素存在与否。测量可以是定量和/或定性测定。“评估……的存在”可包括测定所存在的某物的量以及测定它是存在还是不存在。
术语“核酸”和“多核苷酸”在本文中可互换使用，是指核苷酸(例如脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)的多聚体或化合物，其可与天然存在的核酸以序列特异性方式杂交，这些杂交方式类似于两条天然存在的核酸，例如参与沃森-克里克(Watson-Crick)碱基配对相互作用。如本文所用的，在多核苷酸序列的情形下，术语“碱基”是“核苷酸”的同义词，即多核苷酸的单体亚单元(monomer subunit)。术语“核苷”和“核苷酸”意欲包括不仅含有已知的嘌呤和嘧啶碱基而且含有已经过修饰的其它杂环碱基的那些部分。这样的修饰包括甲基化的嘌呤或嘧啶、酰基化的嘌呤或嘧啶、烷基化的核糖或其它杂环。另外，术语“核苷”和“核苷酸”包括不仅含有常见的核糖和脱氧核糖而且含有其它糖的那些部分。修饰的核苷或核苷酸也包括糖部分上的修饰，例如，其中一个或多个羟基被卤原子或脂族基团置换，或者官能化为醚类、胺类等。术语“核酸”或“多核苷酸”的“类似物”是指这样的分子：其具有在文献中被公认是模拟物、衍生物的结构特征，具有类似结构或诸如此类的术语，并且包括例如掺入了非天然核苷酸的多核苷酸、核苷酸模拟物例如2'-修饰的核苷、肽核酸、寡聚核苷磷酸酯及添加了取代基基团(例如保护基或连接部分)的任何多核苷酸。
术语“互补”是指基于多核苷酸的序列，在多核苷酸之间的特异性结合。如本文所用的，如果第一个多核苷酸和第二个多核苷酸在杂交试验中在严格性条件下彼此相结合，例如，如果它们在杂交试验中产生给定水平或可检测水平的信号，那么这两条多核苷酸是互补的。如果多核苷酸的某些部分遵循常规的碱基配对法则(例如，A与T(或U)配对，G与C配对)，那么多核苷酸的这些部分是彼此互补的，尽管可能存在小区域(例如少于约3个碱基)的错配、插入或缺失序列。
术语“序列同一性”或“同一性”在两个核酸序列的情形下是指在规定比较窗之内比对最大一致性(maximum correspondence)时在两个序列中是相同的残基，并且可考虑到添加、缺失和取代。
术语“基本同一性”或“同源的”以它们的各种语法形式在多核苷酸的情形下一般是指与参考序列相比，多核苷酸包含具有所需同一性例如至少60％、至少70％、至少80％、至少90％和至少95％序列同一性的序列。核苷酸序列具有基本同一性的另一个指标是两个分子在严格性条件下是否彼此杂交。
如本文所用的，术语“结合”在本文中可用于表示直接或间接连接。就化学结构而言，“结合”(或“键合”)可以指存在直接连接两个部分或间接连接两个部分(例如，通过连接基团或分子的任何其它的间插部分)的化学键。化学键可以是共价键、离子键、配位络合物、氢键、范德华相互作用或疏水堆积作用，或者可表现出多种类型的化学键的特征。在某些情况下，“结合”包括连接是直接的实施方案，也包括连接是间接的实施方案。
术语“分离的”和“纯化的”是指物质(例如mRNA或蛋白质)的分离，使得该物质包含它在其中存在的样品的实质部分，即大于该物质通常以其天然状态或未分离状态存在的情况。典型地，样品的实质部分占到样品的例如大于约1％、大于约2％、大于约5％、大于约10％、大于约20％、大于约50％或更高，通常高达约90％至100％。例如，分离的mRNA样品可典型地包含至少约1％总mRNA。多核苷酸的纯化技术是本领域众所周知的，包括例如凝胶电泳、离子交换、层析法、亲和层析法、流式分选术和根据密度沉降。
如本文所用的术语“生物样品”是指从生物学对象获得的样品，包括生物组织或液体来源的样品，在体内(in vivo)或原位(in situ)获得的、触及的或采集的。生物样品也包括来自含有癌症前期或癌症的细胞或组织的生物学对象的某个部位的样品。这样的样品可以是但不限于从哺乳动物分离的器官、组织、碎片(fractions)和细胞。示例性的生物样品包括但不限于细胞裂解物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、尿液样品、皮肤样品等。在某些实施方案中，生物样品包括但不限于全血、部分纯化的血液、PBMCs、组织活检样品等。
如本文所用的术语“被分析物(analyte)”是指样品的已知或未知组分。
如本文所用的术语“捕获剂(capture agent)”是指通过相互作用结合mRNA或蛋白质的试剂，这种相互作用足以容许该试剂结合并浓缩均质混合物中的mRNA或蛋白质。
如本文所用的术语“探针”是指针对特异性靶mRNA生物标志物序列的捕获剂。因此，探针组中的每一种探针都具有相应的靶mRNA生物标志物。探针/靶mRNA双链体是一种由探针与其靶mRNA生物标志物杂交形成的结构。
术语“核酸探针”或“寡核苷酸探针”是指能够通过一种或多种类型的化学键，经常通过互补碱基配对，经常通过氢键形成而与互补序列的靶核酸(例如本文提供的mRNA生物标志物)结合的核酸。如本文所用的，探针可包括天然碱基(例如A、G、C或T)或修饰碱基(7-脱氮鸟苷、肌苷等)。另外，探针中的碱基可以通过除磷酸二酯键以外的键相连，只要它不干扰杂交即可。本领域技术人员应当理解，根据杂交条件的严格性，探针可结合与探针序列缺乏完全互补性的靶序列。探针优选地用同位素例如发色团(chromophores)、发光团(lumiphores)、生色团(chromogens)直接标记或者用可以后来与链霉抗生物素蛋白复合物结合的生物素间接标记。通过测试探针的存在与否，可以检测感兴趣的靶mRNA生物标志物的存在与否。
术语“严格性试验条件(stringent assay conditions)”是指在试验中与产生其互补性足以提供所需特异性水平的核酸的结合对(例如探针和靶mRNA)相匹配而与在其互补性不足以提供所需特异性的结合成员之间形成结合对一般不匹配的条件。术语“严格性试验条件”一般是指杂交条件和洗涤条件的组合。
“标记(label)”或“可检测部分”在涉及核酸时是指这样一种组成：当与核酸相连时，使得核酸可检测，例如通过分光光度、光化学、生物化学、免疫化学或化学等手段。示例性的标记包括但不限于放射性同位素、磁珠、金属珠、胶体颗粒、荧光染料、酶、生物素、地高辛(digoxigenin)、半抗原等。“标记的核酸或寡核苷酸探针”一般是指其与标记或通过接头(linker)或化学键共价结合或通过离子键、范德华力、静电吸引、疏水性相互作用或氢键非共价结合，使得核酸或探针的存在可以通过检测与该核酸或探针结合的标记的存在进行检测。
如本文所用的术语“聚合酶链式反应”或“PCR”一般是指其中少量核酸(RNA和/或DNA)被扩增的一种程序，例如，如在Mullis的美国专利第4,683,195号中所描述的。一般而言，来自感兴趣的区域末端或末端以外的序列信息必需是可获得的，使得寡核苷酸引物可以被设计出来；这些引物与待扩增模板的相反链在序列上完全相同或相似。两个引物的5'端核苷酸可以与扩增后的材料的末端相重合。可以使用PCR扩增特异性RNA序列、来自总基因组DNA的特异性DNA序列和由总细胞RNA转录的cDNA、噬菌体或质粒序列等等。一般参见Mullis等人,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.,51:263(1987)；Erlich编著,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)。
术语“循环数(cycle number)”或“CT”当在本文中涉及PCR方法中使用时，是指在荧光水平通过了给定组阈值水平的PCR循环数。CT测量值可用于例如估计原始样品中mRNA的水平。CT测量值经常用于“dCT”或“CT中的差异”分值等术语之中，当一个核酸的CT从另一个核酸的CT中被减去时。
术语“约”或“近似”意指由本领域的普通技术人员确定的特定值的可接受的误差，这部分地取决于该数值是如何测量或确定的。在某些实施方案中，术语“约”或“近似”意指在1、2、3或4个标准偏差以内。在某些实施方案中，术语“约”或“近似”意指在给定值或给定范围的50％、20％、15％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％或0.05％以内。
术语“TCF”或“T-细胞因子”是指TCF/LEF家族蛋白的成员或其变异体。术语“TCF变异体”意欲包括与天然TCF基本上同源的蛋白质，即与天然TCF的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，TCF衍生物、同源物和片段)。TCF变异体的氨基酸序列与天然TCF有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。TCF/LEF家族蛋白的实例包括但不限于TCF-1(TCF7)、LEF-1、TCF-3(TCF7L1)和TCF-4(TCF7L2)。人TCF-4包括hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M和hTCF-4X。TCF-4也指在人类中由TCF7L2基因或基因6934编码的蛋白质(Castrop等人,Nucleic Acids Res.1992,20,611，其公开内容通过引用其全部结合到本文中)。
术语“WISP2”或“WNT1可诱导性信号传导途径蛋白2”是指在人类中由WISP2基因编码的蛋白质或其变异体。参见Pennica等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1999,95,14717–14722，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。术语“WISP2变异体”意欲包括与天然WISP2基本上同源的蛋白质，即与天然WISP2的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，WISP2衍生物、同源物和片段)。WISP2变异体的氨基酸序列与天然WISP2有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“ASPH”或“天冬氨酰/天冬酰胺酰β-羟化酶”是指在人类中由ASPH基因编码的酶或其变异体。参见Korioth等人,Gene 1995,150,295-299；和Lim等人,Gene 2000,255,35-42，其公开内容分别通过引用其全部结合到本文中。术语“ASPH变异体”意欲包括与天然ASPH基本上同源的蛋白质，即与天然ASPH的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，ASPH衍生物、同源物和片段)。ASPH变异体的氨基酸序列与天然ASPH有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“IRS1”或“胰岛素受体底物1”是指在人类中由ISR-1基因编码的蛋白质或其变异体。参见Sun等人,Nature 1991,352,73-77；其公开内容通过引用其全部结合到本文中。术语“IRS1变异体”意欲包括与天然IRS1基本上同源的蛋白质，即与天然IRS1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，IRS1衍生物、同源物和片段)。IRS1变异体的氨基酸序列与天然IRS1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“MAPK12”或“促分裂原活化蛋白激酶12”，也称为细胞外信号调节激酶6(ERK6)或应激活化蛋白激酶3(SAPK3)，是指在人类中由MAPK12基因编码的酶或其变异体。术语“MAPK12变异体”意欲包括与天然MAPK12基本上同源的蛋白质，即与天然MAPK12的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，MAPK12衍生物、同源物和片段)。MAPK12变异体的氨基酸序列与天然MAPK12有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“JAG1”是指Jagged-1蛋白或其变异体。术语“JAG1变异体”意欲包括与天然JAG1基本上同源的蛋白质，即与天然JAG1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，JAG1衍生物、同源物和片段)。JAG1变异体的氨基酸序列与天然JAG1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“CLDN2”或“紧密蛋白2(claudin 2)”是指在人类中由CLDN2基因编码的蛋白质或其变异体。已知CLDN2降低上皮屏障的紧密性。在表达Wnt-1的小鼠乳腺上皮C57细胞中，LEF-1和TCF-4与CLDN2启动子结合并增加CLDN2表达。(Mankertz等人,Biochem Biophys Res Commun 2004；314:1001-7)。CLDN2在结肠直肠癌中过量表达(Kinugasa等人,Anticancer Res 2007；27:3729-34)，并增加结肠癌细胞的致肿瘤性。术语“CLDN2变异体”意欲包括与天然CLDN2基本上同源的蛋白质，即与天然CLDN2的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，CLDN2衍生物、同源物和片段)。CLDN2变异体的氨基酸序列与天然CLDN2有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“STK17B”或“丝氨酸/苏氨酸激酶17b”是指在人类中由STK17B基因编码的酶或其变异体。据报道，DAP激酶相关凋亡诱导激酶2和STK17B诱导细胞凋亡。(Sanjo等人,J Biol Chem 1998；273:29066-71)。术语“STK17B变异体”意欲包括与天然STK17B基本上同源的蛋白质，即与天然STK17B的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，STK17B衍生物、同源物和片段)。STK17B变异体的氨基酸序列与天然STK17B有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“SPP1”或“分泌型磷酸蛋白1”是指在人类中由SPP1基因编码的蛋白质或其变异体。SPP1编码骨桥蛋白(osteopontin)(OPN)。SPP1已知在骨重塑(remodeling)、抗凋亡、细胞粘附和细胞迁移中起作用。SPP1是在大鼠乳腺上皮细胞系中(El-Tanani等人,Cancer Res 2001；61:5619-29)和在乳腺癌细胞系中TCF-4的一个下游靶基因。OPN在结肠癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、HCC、膀胱癌、前列腺癌、卵巢癌、甲状腺癌和黑色素瘤中过量表达。OPN过量表达与HCC细胞系的转移潜在性和与HCC患者的预后差明显相关。据报道，OPN血浆水平在HCC患者中升高。尤其是，OPN的敏感性被认为高于其它标志物的敏感性。术语“SPP1变异体”意欲包括与天然SPP1基本上同源的蛋白质，即与天然SPP1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，SPP1衍生物、同源物和片段)。SPP1变异体的氨基酸序列与天然SPP1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“AXIN2”是指在人类中由AXIN2基因编码的蛋白质或其变异体。AXIN2是β-联蛋白破坏复合物的一个成员。AXIN2已知是人结肠癌中的一个下游靶基因(Jho等人,Mol Cell Biol 2002；22:1172-83)，其通过负反馈环(negativefeedback loop)控制Wnt信号。据报道，HCC中的AXIN2突变约为2.7％和37.5％。术语“AXIN2变异体”意欲包括与天然AXIN2基本上同源的蛋白质，即与天然AXIN2的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，AXIN2衍生物、同源物和片段)。AXIN2变异体的氨基酸序列与天然AXIN2有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“MMP7”或“基质金属肽酶7”是指在人类中由MMP7基因编码的蛋白质或其变异体。MMP7已知降解基底膜的组分(例如，层粘连蛋白(laminin)、IV型胶原蛋白和巢蛋白(entactin))。MMP7已知是结肠直肠癌中的一个下游靶基因。(Schmalhofer等人,Methods Mol Biol 2008；468:111-28)。MMP7可以在食管癌、结肠直肠癌、胃癌、HCC、胰腺癌、肾细胞癌和前列腺癌中过量表达。术语“MMP7变异体”意欲包括与天然MMP7基本上同源的蛋白质，即与天然MMP7的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，MMP7衍生物、同源物和片段)。MMP7变异体的氨基酸序列与天然MMP7有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“CADM1”或“细胞粘附分子1”是指在人类中由CADM1基因编码的蛋白质或其变异体。CADM1已知是肺癌中的肿瘤阻抑物(suppressor)1。据报道，CADM1介导细胞内粘附。CADM1作为肿瘤抑制基因发挥功能，并且在肺癌、HCC和胰腺癌中可被下调。(Kuramochi等人,Nat Genet 2001；27:427-30)。术语“CADM1变异体”意欲包括与天然CADM1基本上同源的蛋白质，即与天然CADM1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，CADM1衍生物、同源物和片段)。CADM1变异体的氨基酸序列与天然CADM1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“ANXA1”或“膜联蛋白A1”是指在人类中由ANXA1基因编码的蛋白质或其变异体。Ca-依赖性磷脂-结合蛋白的成员ANXA1过量表达已知在乳腺癌细胞中通过NF-κB活化增强转移。还有报道指出，NXA1在A非癌细胞中通过ERK1/2MAPK信号传导抑制细胞周期蛋白D1来调节细胞增殖。(Alldridge等人,Exp Cell Res 2003；290:93-107)。术语“ANXA1变异体”意欲包括与天然ANXA1基本上同源的蛋白质，即与天然ANXA1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，ANXA1衍生物、同源物和片段)。ANXA1变异体的氨基酸序列与天然ANXA1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“CAMK2N1”或“钙/钙调蛋白-依赖性蛋白激酶抑制剂I”是指在人类中由CAMK2N1基因编码的蛋白质或其变异体。CAMK2N1是CAMK2N家族的一个成员并且潜在地可能是前列腺癌的生物标志物。术语“CAMK2N1变异体”意欲包括与天然CAMK2N1基本上同源的蛋白质，即与天然CAMK2N1的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，CAMK2N1衍生物、同源物和片段)。CAMK2N1变异体的氨基酸序列与天然CAMK2N1有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“PLCD4”或“磷脂酶C,δ4”是指在人类中由PLCD4基因编码的蛋白质或其变异体。有报道指出，PLCD4过量表达上调乳腺癌细胞中的ErbB1/2表达、ERK信号传导途径和增殖。(Leung等人,Mol Cancer 2004；3:15)。PCLD4已知在再生中的肝脏中而不是在正常休息的肝脏中和在肿瘤细胞例如肝细胞瘤中过量表达。(Liu等人,J Biol Chem 1996；271:355-60)。术语“PLCD4变异体”意欲包括与天然PLCD4基本上同源的蛋白质，即与天然PLCD4的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，PLCD4衍生物、同源物和片段)。PLCD4变异体的氨基酸序列与天然PLCD4有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“GPR56”或“G蛋白-偶联受体56”是指在人类中由GPR56基因编码的蛋白质或其变异体。GPR56属于孤儿G-蛋白偶联受体(GPR)家族。已知GPR56抑制黑色素瘤肿瘤生长和转移。(Xu,Adv Exp Med Biol 2010；706:98-108)。有报道指出，与正常组织相比，GPR56在肿瘤组织中被上调，并且在食管癌中与结节(nodal)转移和肿瘤侵袭明显相关。术语“GPR56变异体”意欲包括与天然GPR56基本上同源的蛋白质，即与天然GPR56的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，GPR56衍生物、同源物和片段)。GPR56变异体的氨基酸序列与天然GPR56有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
术语“CD24”是指在大多数B淋巴细胞和分化中的神经母细胞的表面表达的糖蛋白。CD24是乳腺癌中的一个下游靶基因。(Shulewitz等人,Oncogene 2006；25:4361-9)。CD24已知与抗凋亡、肿瘤生长和转移相关，并且在B-细胞淋巴瘤、肾细胞癌、肺癌、HCC、胰腺癌和结肠直肠癌中被上调。术语“CD24变异体”意欲包括与天然CD24基本上同源的蛋白质，即与天然CD24的氨基酸序列相比，具有一个或多个天然或非天然存在的氨基酸缺失、插入或取代的蛋白质(例如，CD24衍生物、同源物和片段)。CD24变异体的氨基酸序列与天然CD24有至少约80％同一性、至少约90％同一性或至少约95％同一性。
除非另有说明，否则本文提供的实施方案的实践将采用分子生物学、微生物学和免疫学的常规技术，这些技术都在本领域工作的人员的技能之内。这些技术在文献中有详尽解释。特别合适的供查阅的教科书的实例包括如下：Sambrook等人,Molecular Cloning；A Laboratory Manual(第2版),1989；Glover编著,DNA Cloning,第I卷和第II卷,1985；Gait编著,Oligonucleotide Synthesis,1984；Hames和Higgins编著,Nucleic Acid Hybridization,1984；Hames和Higgins编著,Transcription and Translation,1984；Freshney编著,Animal Cell Culture,1986；Immobilized Cells and Enzymes,IRL Press,1986；Immunochemical Methods inCell and Molecular Biology(Academic Press,London)；Scopes,Protein Purification:Principles and Practice(第2版；Springer Verlag,N.Y.),1987；和Weir和Blackwell编著,Handbook of Experimental Immunology,第I-IV卷,1986。
4.3生物标志物
生物学标志物(biological marker)或“生物标志物(biomarker)”是一种物质，其变化和/或检测表明特定生物学状态例如疾病(例如肝细胞癌)对给定治疗(例如用治疗化合物治疗)的反应性，所述治疗化合物例如沙利度胺(thalidomide)、来那度胺(lenalidomide)、泊马度胺(pomalidomide)或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体(co-crystal)、笼形包合物(clathrate)或多晶型物(polymorph)。
在某些实施方案中，所述生物标志物是T-细胞因子(TCF)或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是LEF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-3或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4或其变异体。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4的同等型(isoform)。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4B或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4D或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4E或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4F或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4G或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4H或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4I或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4J或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4K或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4L或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4M或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4X或变异体。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L。
TCF-4同等型是与β-联蛋白和其它蛋白质组合，由WnVB-联蛋白信号传导激活的基因的转录调节的基础。这些转录因子也调节胰岛素/IGF-l生长因子以及Notch信号传导途径，所有这些在95％以上的乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)相关肝细胞癌中是高活性的。本文公开的是某些TCF-4同等型调节参与细胞增殖、细胞迁移和细胞侵袭以及细胞转化的基因，如在软琼脂中的集落形成和在免疫缺陷裸小鼠中的肿瘤生长所测量的。
在某些实施方案中，所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hLEF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-3或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4或其变异体。
在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4的同等型。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4B或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4D或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4E或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4F或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4G或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4H或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4I或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4J或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4K或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4L或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4M或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4X或变异体。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J和hTCF-4L。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是LEF-1或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-3或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4或其变异体的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4的同等型的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4B或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4D或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4E或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4F或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4G或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4H或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4I或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4J或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4K或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4L或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4M或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4X或变异体的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hLEF-1或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-3或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4或其变异体的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4的同等型的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X或其变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4B或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4D或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4E或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4F或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4G或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4H或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4I或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4J或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4K或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4L或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4M或变异体的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4X或变异体的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J和hTCF-4L的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1、LEF-1、TCF-3、TCF-4或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-1或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是LEF-1或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-3或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4或其变异体的cDNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4的同等型的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4A或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4B或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4D或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4E或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4F或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4G或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4H或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4I或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4J或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4K或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4L或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4M或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4X或变异体的cDNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的cDNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是人T-细胞因子(hTCF)或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1、hLEF-1、hTCF-3、hTCF-4或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-1或其变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hLEF-1或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-3或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4或其变异体的cDNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4的同等型的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X或其变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4A或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4B或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4D或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4E或变异体。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4F或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4G或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4H或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4I或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4J或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4K或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4L或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4M或变异体的cDNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4X或变异体的cDNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J和hTCF-4L的cDNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4J依赖性靶基因或其产物。TCF-4J依赖性靶基因包括但不限于编码WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4和CD24的基因。这些TCF-4J靶基因中的一种或多种的组合也可以用作生物标志物。这些TCF-4J靶基因中的一种或多种也可以任选地与TCF-4的同等型中的任一种组合并可用作生物标志物。
在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的cDNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的cDNA。
在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的cDNA。
在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，本文使用的一种或多种生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的cDNA。
在某些实施方案中，本文提供的生物标志物的水平与疾病(例如肝细胞癌)对治疗(例如用治疗化合物治疗)的反应性相关或表明疾病(例如肝细胞癌)对治疗(例如用治疗化合物治疗)的反应性，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，所述生物标志物是mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是cDNA。所述生物标志物的水平可以使用本文提供的方法来测定。
在某些实施方案中，所述生物标志物是蛋白质。当生物标志物是多肽、蛋白质或肽时，所述生物标志物的水平可以通过测定所述生物标志物的蛋白质水平、mRNA水平或酶促活性来测量。所述生物标志物的水平可以使用本文提供的方法来测定。
参考水平可以用多种方法测定。在某些实施方案中，所述参考水平是基于患有或怀疑患有肝细胞癌的对象的生物标志物水平是否超出参考水平作出治疗决定的一种水平。具有生物标志物水平高于参考水平的对象与具有生物标志物水平低于参考水平的对象相比，具有对治疗的反应性的概率不同。在某些实施方案中，参考水平与来自对象的生物样品同时进行测量。在某些实施方案中，参考水平是预先确定的。
在某些实施方案中，所述参考水平用来自不含有肝细胞癌细胞的同一对象的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平用来自不含有肝细胞癌细胞的一组对象的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平用来自不患有肝细胞癌的一组对象的样品测定。所述生物标志物的水平增加与所述对象对用治疗化合物治疗的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的不含有肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的不含有肝细胞癌细胞的肝脏细胞样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的不含有肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的不含有肝细胞癌细胞的肝脏细胞样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自不患有肝细胞癌的对象的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自不患有肝细胞癌的对象的肝脏细胞样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自不患有肝细胞癌的一组对象的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自不患有肝细胞癌的一组对象的肝脏细胞样品。与对照样品的水平相比，所述一种或多种生物标志物的水平增加与所述对象对用治疗化合物治疗的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，本文提供的生物标志物是单独测定的。在某些实施方案中，两种或两种以上的本文提供的生物标志物是同时测定的。
在某些实施方案中，本文提供的生物标志物核酸或多肽的水平是在来自对象的生物样品(例如来自所述对象的含肝细胞癌细胞样品)中测定。在某些实施方案中，用亲和性结合测定法来测量所述生物标志物多肽的水平。适用于本文提供的方法中的亲和性结合测定法既包括可溶相测定又包括固相测定。
可溶相亲和性结合测定的一个实例如是使用生物标志物结合剂(例如与生物标志物多肽反应的抗体)的免疫沉淀。固相亲和性结合测定的实例包括免疫组织化学结合测定和免疫亲和性结合测定。免疫亲和性结合测定的实例包括但不限于免疫组织化学法、免疫印迹法、ELISA和放射性免疫测定(RIA)。
可用于本文提供的方法中的抗体包括多克隆抗体和单克隆抗体。可用于本文提供的方法中的抗体包括天然存在的抗体以及非天然存在的抗体，例如单链抗体、嵌合抗体、双功能抗体、人源化抗体及其抗原-结合片段。
所述生物样品可以是肝脏组织或液体例如血液、血清或尿液。在某些实施方案中，来自对象的细胞样品是通过活组织检查获得。一旦生物标志物的水平被确定，该数值就与该样品所来源的患者的临床数据(例如患者对给定治疗的反应性)相关联。
在某些实施方案中，来自对象的细胞样品是通过活组织检查获得。
在某些实施方案中，所述生物标志物中仅一种的水平被监测。在某些实施方案中，所述生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
4.3.1应用生物标志物鉴别对象进行治疗
部分地基于以下发现：在对给定治疗(例如，用治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗)作出反应的肝细胞癌对象中观察到某些生物标志物的可检测性增加或减少，所以这些生物标志物的水平可用于鉴别患有肝细胞癌(例如，分化较差的HCC)的对象以用本文提供的治疗化合物进行治疗。
在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。
在某些实施方案中，所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。
因此，在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定来自所述对象的对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，对照样品中的所述生物标志物的水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，对照样品中的所述生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，本文提供的方法是与用本文提供的治疗化合物治疗合用，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
因此，在一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在另一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
4.3.2生物标志物在预测疗效中的应用
部分地基于以下发现：在对给定治疗(例如，用治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些生物标志物的可检测性增加或减少，所以这些生物标志物的水平可用于预测所述对象对所述治疗的反应性。
在一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在另一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在某些实施方案中，所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。
在某些实施方案中，所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，与参考水平相比，所述含有肝细胞癌细胞的样品中的所述生物标志物的水平增加，与所述对象对治疗化合物的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在另一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平；
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平；
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。
在某些实施方案中，对照样品中的所述生物标志物的水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，对照样品中的所述生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，在与对照样品相比的比较中，所述含有肝细胞癌细胞的样品中的所述生物标志物的水平增加，与所述对象对治疗化合物的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。在某些实施方案中，所述生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述生物标志物的水平是在体外试验中测量以预测对象对肝细胞癌治疗(例如，用本文提供的治疗化合物治疗)的反应性，包括从所述对象获得细胞样品，在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞，和测试所述细胞的所述生物标志物的水平，其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
4.3.3应用mRNA作为生物标志物来鉴别对象进行治疗
部分地基于以下发现：在对给定治疗(例如，用治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些mRNA的可检测性增加或减少，所以，所述mRNA生物标志物的水平可用于鉴别患有肝细胞癌(例如，分化较差的HCC)的对象以用本文提供的治疗化合物进行治疗。
在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。
在某些实施方案中，所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。
因此，在一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在另一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在又一个实施方案中，本文提供的是鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定来自所述对象的对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
在某些实施方案中，对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，本文提供的方法是与用本文提供的治疗化合物治疗合用，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
因此，在一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在另一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于所述mRNA生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在又一个实施方案中，本文提供的是治疗分化较差的肝细胞癌的方法，包括：
(i)鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平高于对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应；和
(ii)将治疗有效量的所述化合物给予经确认很可能会对所述治疗作出反应的对象。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA的组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的mRNA的组合。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用沙利度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用来那度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用泊马度胺治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有肝细胞癌的对象。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于鉴别很可能会对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗作出反应的患有分化较差的肝细胞癌的对象。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物的水平是在从所述对象获得的生物样品中测量。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以预测对象对肝细胞癌治疗的反应性，包括从所述对象获得细胞样品，在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞，和测试所述细胞的所述生物标志物的水平，其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物中仅一种的水平被监测。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
4.3.4mRNA作为生物标志物在预测疗效中的应用
部分地基于以下发现：在对给定治疗(例如，用本文提供的治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗)作出反应的患有肝细胞癌的对象中观察到某些mRNA生物标志物的可检测性增加或减少，所以这些mRNA生物标志物的水平可用于预测所述对象对所述治疗的反应性。
在一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在另一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；和
b)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；和
c)将所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述mRNA生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在某些实施方案中，所述参考水平由来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。在某些实施方案中，所述参考水平由来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品测定。
在某些实施方案中，所述参考水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，所述参考水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，与参考水平相比，所述含有肝细胞癌细胞的样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加，与所述对象对本文提供的治疗化合物的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在另一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的mRNA生物标志物的水平；
b)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在又一个实施方案中，本文提供的是预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的mRNA生物标志物的水平；
c)测定对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的样品中的所述mRNA生物标志物的水平与对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
在某些实施方案中，所述对照样品是来自同一对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。在某些实施方案中，所述对照样品是来自一组对象的含有非肝细胞癌细胞的样品。
在某些实施方案中，对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平与所述含有肝细胞癌细胞的样品同时测定。在某些实施方案中，对照样品中的所述mRNA生物标志物的水平独立于所述含有肝细胞癌细胞的样品进行测定。
在某些实施方案中，在与对照样品相比的比较中，所述含有肝细胞癌细胞的样品中的所述mRNA生物标志物的水平增加，与所述对象对本文提供的治疗化合物的反应性增加正相关，所述治疗化合物例如沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合的mRNA。
在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4-A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4-A、hTCF-4B、hTCF-4C、hTCF-4D、hTCF-4E、hTCF-4F、hTCF-4G、hTCF-4H、hTCF-4I、hTCF-4J、hTCF-4K、hTCF-4L、hTCF-4M、hTCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L或其组合的mRNA。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L或其组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的mRNA的组合。在某些实施方案中，所述生物标志物是hTCF-4C、hTCF-4J、hTCF-4L的mRNA的组合。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以预测对象对用治疗化合物治疗肝细胞癌的反应性，包括从所述对象获得细胞样品，在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞，和测试所述细胞的所述mRNA生物标志物的水平，其中所述mRNA生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用沙利度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用来那度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用泊马度胺治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物用于预测患有或怀疑患有分化较差的肝细胞癌的对象对用3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物治疗的反应性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物的水平是在从所述对象获得的生物样品中测量。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物的水平是在体外试验中测量以预测对象对肝细胞癌治疗的反应性，包括从所述对象获得细胞样品，在治疗化合物的存在或不存在下培养所述细胞，和测试所述细胞的所述生物标志物的水平，其中所述生物标志物的水平在所述治疗化合物的存在下减少表明所述对象对所述治疗化合物的反应性的可能性。
在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物中仅一种的水平中被监测。在某些实施方案中，所述mRNA生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
4.4治疗化合物
在有些实施方案中，所述治疗化合物是免疫调节化合物。在一个实施方案中，所述治疗化合物包括得自Celgene公司称为的那些免疫调节化合物。
如本文所用的和除非另外指出，否则术语“免疫调节化合物”涵盖抑制LPS诱导的单核细胞TNF-α、IL-1β、IL-12、IL-6、MIP-1α、MCP-1、GM-CSF、G-CSF和COX-2产生的某些有机小分子。本文中提供了具体的免疫调节化合物。
TNF-α是由巨噬细胞和单核细胞在急性炎症期间产生的炎症性细胞因子。TNF-α负责细胞内多种多样的信号传导事件。虽然不受具体理论的限制，但是由本文提供的免疫调节化合物发挥的生物学作用之一是减少骨髓样细胞TNF-α的产生。在某些实施方案中，本文提供的免疫调节化合物增强TNF-αmRNA的降解。
本文提供的免疫调节化合物的实例包括但不限于取代苯乙烯的氰基和羧基衍生物，例如在美国专利第5,929,117号中公开的那些；1-氧代-2-(2,6-二氧代-3-氟哌啶-3-基)-异吲哚啉和1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代-3-氟哌啶-3-基)-异吲哚啉，例如在美国专利第5,874,448和5,955,476号中描述的那些；四取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚啉，例如在美国专利第5,798,368号中描述的那些；1-氧代-和1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-异吲哚啉(例如，沙利度胺的4-甲基衍生物)、取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)邻苯二甲酰亚胺和取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚，包括但不限于在美国专利第5,635,517、6,281,230、6,316,471、6,403,613、6,476,052和6,555,554号中公开的那些；在美国专利第6,380,239号中描述的在吲哚啉环的4-或5-位取代的1-氧代-和1,3-二氧代异吲哚啉(例如，4-(4-氨基-1,3-二氧代异吲哚啉-2-基)-4-氨基甲酰基丁酸)；在美国专利第6,458,810号中描述的在2-位被2,6-二氧代-3-羟基哌啶-5-基取代的异吲哚啉-1-酮和异吲哚啉-1,3-二酮(例如，2-(2,6-二氧代-3-羟基-5-氟哌啶-5-基)-4-氨基异吲哚啉-1-酮)；在美国专利第5,698,579和5,877,200号中公开的一类非多肽环状酰胺类；和异吲哚-酰胺化合物，例如在美国专利申请公布号2003/0045552和2003/0096841及国际公布号WO 02/059106中描述的那些。在本文中标识出的各专利和专利申请公布的公开内容都通过引用其全部结合到本文中。
本文提供的各种免疫调节化合物均含有一个或多个手性中心，并且可以作为对映异构体的混合物(例如外消旋混合物)或非对映异构体的混合物存在。本文提供的方法涵盖这类化合物的立体异构体纯形式及那些形式的混合物的应用。例如，包含相等量或不等量的具体免疫调节化合物的对映异构体的混合物可用于本文提供的方法中。这些异构体可以使用手性柱或手性拆解剂(resolving agent)等标准技术进行不对称合成或解析。参见Jacques等人,Enantiomers,Racematesand Resolutions(Wiley-Interscience,New York,1981)；Wilen等人,Tetrahedron33:2725(1977)；Eliel,Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw-Hill,NY,1962)；和Wilen,Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions,第268页(Eliel,Ed.,Univ.of Notre Dame Press,Notre Dame,IN,1972)。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物是在苯并环中被氨基取代的1-氧代-或1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-异吲哚啉，包括在美国专利第5,635,517号中描述的那些，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物具有式I的结构：
其中X和Y中的一个为C＝O，X和Y中的另一个为C＝O或CH2，和R2为氢或低级烷基，在一个实施方案中为甲基。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物是：
1-氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚啉(来那度胺)；1,3-二氧代-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚啉(泊马度胺)；或
1,3-二氧代-2-(3-甲基-2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氨基异吲哚,或其光学纯的异构体。所述免疫调节化合物可以通过标准的合成方法获得。参见美国专利第5,635,517号，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。所述免疫调节化合物也可得自Celgene Corporation,Warren,NJ。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物是来那度胺。在某些实施方案中，所述免疫调节化合物是泊马度胺。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物是取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-邻苯二甲酰亚胺或取代的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1-氧代异吲哚，包括在美国专利号6,281,230、6,316,471、6,335,349和6,476,052和国际公布号WO 98/03502中描述的那些，所述各文献的公开内容通过引用其全部结合到本文中。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物具有下式：
其中：
X和Y中的一个为C＝O，X和Y中的另一个为C＝O或CH2；
(i)R1、R2、R3和R4中的每一个都彼此独立地为卤代(halo)、C1-4烷基或C1-4烷氧基；或者(ii)R1、R2、R3和R4中的一个为-NHR5，R1、R2、R3和R4中剩余的为氢；
R5为氢或C1-8烷基；
R6为氢、C1-8烷基、苄基或卤代；
前提条件是R6不为氢，如果X和Y均为C＝O，和(i)R1、R2、R3和R4中的每一个都为氟或(ii)R1、R2、R3或R4中的一个为氨基。
在某些实施方案中，所述免疫调节化合物具有下式：
其中R1为氢或甲基。
在某些实施方案中，本文提供的方法中使用的免疫调节化合物是对映异构体纯的(例如，光学纯的(R)-或(S)-对映异构体)。
在另一个实施方案中，所述治疗化合物是沙利度胺，即2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1H-异吲哚-1,3(2H)-二酮。
在其它的实施方案中，所述治疗化合物是5-取代的喹唑啉酮，包括在美国专利第7,635,700号中描述的那些，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是具有式IV结构的化合物：
或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体，其中：
R1为：
氢；
卤代；
-(CH2)nOH；
C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
C1-6烷氧基，其任选被一个或多个卤代取代；或
-(CH2)nNHRa，其中Ra为：
氢；
C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
-(CH2)n-(6至10元芳基)；
-C(O)-(CH2)n-(6至10元芳基)或-C(O)-(CH2)n-(5至10元杂芳
基)，其中所述芳基或杂芳基任选被一个或多个以下取
代基取代：卤代；-SCF3；C1-6烷基，其自身任选被一个
或多个卤代取代；或C1-6烷氧基，其自身任选被一个或
多个卤代取代；
-C(O)-C1-8烷基，其中所述烷基任选被一个或多个卤代取代；
-C(O)-(CH2)n-(C3-C10-环烷基)；
-C(O)-(CH2)n-NRbRc，其中Rb和Rc各自独立地为：
氢；
C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
C1-6烷氧基，其任选被一个或多个卤代取代；或
6至10元芳基，其任选被一个或多个以下取代基取代：
卤代；C1-6烷基，其自身任选被一个或多个卤代取代；
或C1-6烷氧基，其自身任选被一个或多个卤代取代；
-C(O)-(CH2)n-O-C1-6烷基；或
-C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(6至10元芳基)；
R2为：氢；-(CH2)nOH；苯基；-O-C1-6烷基；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
R3为：氢；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；和
n为0、1或2。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是具有式V结构的化合物：
或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体，其中：
R4为：氢；卤代；-(CH2)nOH；C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；或C1-6烷氧基，其任选被一个或多个卤代取代
R5为：氢；-(CH2)nOH；苯基；-O-C1-6烷基；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
R6为：氢；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；和
n为0、1或2。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是：
在某些实施方案中，所述治疗化合物是式VI的化合物：
或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体，其中：
Rd为：氢；
C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
-C(O)-C1-8烷基，其中所述烷基任选被一个或多个卤代取代；
-C(O)-(CH2)n-C3-10环烷基；
-C(O)-(CH2)n-NReRf，其中Re和Rf各自独立地为：
氢；
C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；或
C1-6烷氧基，其任选被一个或多个卤代取代；或
-C(O)-(CH2)n-O-C1-6烷基。
R7为：氢；-(CH2)nOH；苯基；-O-C1-6烷基；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
R8为：氢；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；和
n为0、1或2。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是：
在某些实施方案中，所述治疗化合物是3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是式VII的化合物：
或其药学上可接受的盐、溶剂化物或立体异构体，其中：
Rg为：-(CH2)n-(6至10元芳基)；
-C(O)-(CH2)n-(6至10元芳基)或-C(O)-(CH2)n-(5至10元杂芳基)，其中所述芳基或杂芳基任选被一个或多个以下取代基取代：卤代；
-SCF3；(C1-C6)烷基，其自身任选被一个或多个卤代取代；或C1-6烷氧基，其自身任选被一个或多个卤代取代；
-C(O)-(CH2)n-NHRh，其中Rh为：任选被一个或多个以下取代基取代的6至10元芳基：卤代；其自身任选被一个或多个卤代取代的C1-6烷基；或其自身任选被一个或多个卤代取代的C1-6烷氧基；或
-C(O)-(CH2)n-O-(CH2)n-(6至10元芳基)；
R9为：氢；-(CH2)nOH；苯基；-O-C1-6烷基；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；
R10为：氢；或C1-6烷基，其任选被一个或多个卤代取代；和
n为0、1或2。
在某些实施方案中，所述治疗化合物是：
本文描述的所有化合物都可以商购或者按照本文公开的专利或专利公布中描述的方法制备。此外，光学纯的化合物可以使用已知的拆解试剂或手性柱以及其它标准合成有机化学技术进行不对称合成或解析。
本文提供的化合物可以是分子量小于约1,000g/mol的有机小分子，并且不是蛋白质、肽、寡核苷酸、寡糖或其它大分子。
应当指出的是，如果在描绘的结构和给出该结构的名称之间有出入，则应该偏重于该描绘的结构。另外，如果结构或结构的一部分的立体化学没有用例如加粗线或虚线标出，则该结构或该结构的一部分应该被解释为包括该结构的所有立体异构体。
4.5生物标志物水平的检测方法
4.5.1样品中mRNA水平的检测方法
mRNA水平的一些检测或定量方法是本领域已知的并且都适合用于本文提供的方法以测量生物标志物的水平。示例性的方法包括但不限于RNA印迹(northern blots)、核糖核酸酶保护试验和基于PCR的方法。当生物标志物是mRNA分子时，mRNA序列或其片段可以用于制备至少有部分互补的探针。然后采用例如基于PCR的方法、RNA印迹法(Northern blotting)或试纸条检测(dipstickassay)等任何合适的测定法，可以用探针检测样品中的mRNA序列。
所述测定方法可以根据所需mRNA信息的类型而变化。示例性的方法包括但不限于RNA印迹(Northern blots)和基于PCR的方法(例如，qRT-PCR)。qRT-PCR等方法也可以对样品中mRNA的量进行准确定量。
任何合适的测定平台均可用于确定样品中mRNA的存在。例如，测定可以呈试纸条(dipstick)、膜(membrane)、芯片(chip)、盘(disk)、测试条(test strip)、滤器(filter)、微球(microsphere)、载片(slide)、多孔板(multiwell plate)或光纤(opticalfiber)的形式。测定系统可以具有其上附着有与mRNA对应的核酸的固相支持物。所述固相支持物可包含例如塑料、硅片、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物(precipitate)、凝胶、聚合物、薄片(sheet)、球、多糖、毛细管、胶片(film)、板或载片。所述测定组件可以制备后包装在一起作为用于检测mRNA的试剂盒。
核酸如果需要可以被标记以制作被标记的mRNA群体。一般而言，样品可以采用本领域众所周知的方法进行标记(例如，使用DNA连接酶、末端转移酶或通过标记RNA骨架等；参见例如Ausubel等人,Short Protocols in MolecularBiology,第3版,Wiley&Sons 1995和Sambrook等人,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,第三版,2001Cold Spring Harbor,N.Y.)。在某些实施方案中，所述样品被荧光标记物标记。示例性的荧光染料包括但不限于呫吨(xanthene)染料、荧光素染料、罗丹明染料、异硫氰酸荧光素(FITC)、6-羧基荧光素(FAM)、6-羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(HEX)、6-羧基-4',5'-二氯-2',7'-二甲氧基荧光素(JOE或J)、N,N,N',N'-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA或T)、6-羧基-X-罗丹明(ROX或R)、5-羧基罗丹明6G(R6G5或G5)、6-羧基罗丹明6G(R6G6或G6)和罗丹明110；花菁染料，例如Cy3、Cy5和Cy7染料；Alexa染料，例如Alexa-fluor-555；香豆素、二乙氨基香豆素、伞形酮；苯甲亚胺染料，例如Hoechst 33258；菲啶染料，例如德克萨斯红(Texas red)；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩噁嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料、BODIPY染料、喹啉染料、芘(pyrene)、荧光素氯三嗪基(fluorescein chlorotriazinyl)、R110、Eosin、JOE、R6G、四甲基罗丹明、lissamine、ROX和萘并荧光素。
核酸可存在于固相支持物上的特定可寻址位置中；每一个位置对应于生物标志物的mRNA序列的至少一部分。
在某些实施方案中，mRNA测定包括以下步骤：1)获得一种或多种生物标志物的表面-结合的探针；2)使mRNA群体与表面-结合的探针在足以提供特异性结合的条件下杂交；(3)去除杂交步骤中未结合的核酸；和(4)检测杂交的mRNA。
杂交可以在合适的杂交条件下进行，该条件的严格性可视需要而变化。典型的条件是在固体表面上在互补的结合成员之间，即在表面-结合的探针和样品中的互补mRNA之间足以产生探针/靶复合物。
在某些实施方案中，使用严格的杂交条件。标准的杂交技术(例如，在足以提供样品中靶mRNA与探针的特异性结合的条件下)描述于Kallioniemi等人,Science 258:818-821(1992)和WO 93/18186，所述各文献的公开内容通过引用其全部结合到本文中。通用技术的一些指导是可获得的，例如Tijssen,Hybridizationwith Nucleic Acid Probes,第I部分和第II部分(Elsevier,Amsterdam 1993)。对于适合于原位杂交的技术的描述，参见Gall等人,Meth.Enzymol.,21:470-480(1981)；和Angerer等人,Genetic Engineering:Principles and Methods(Setlow和Hollaender编著),第7卷,第43-65页(Plenum Press,New York 1985)。包括温度、盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间和洗涤条件的严格性在内的适当条件的选择，取决于实验设计，包括样品来源、捕获剂的种类、预期互补性的程度等等，并且可以作为常规实验手段由本领域普通技术人员来确定。
在mRNA杂交程序之后，将表面结合的多核苷酸洗涤以去除未结合的核酸。可以采用任何方便的洗涤方案进行洗涤。在某些实施方案中，洗涤条件是严格的。然后可以采用标准技术检测靶mRNA与探针的杂交。
4.5.2检测样品中mRNA水平的基于PCR的方法
在某些实施方案中，使用基于PCR的方法测定生物标志物的mRNA水平。PCR测定的实例可以在美国专利第6,927,024号中找到，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。RT-PCR方法的实例可以在美国专利第7,122,799号中找到，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。荧光原位PCR方法的实例可以在美国专利第7,186,507号中找到，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
在某些实施方案中，使用实时反转录-PCR(qRT-PCR)进行mRNA的检测和定量(Bustin等人,Clin.Sci.,2005,109,365-379)。由qRT-PCR获得的定量结果一般比定性数据提供更多的信息。基于qRT-PCR的方法的实例可以在美国专利第7,101,663号中找到，其公开内容通过引用其全部结合到本文中。
与常规反转录酶-PCR和通过琼脂糖凝胶分析相反，实时PCR给出定量结果。实时PCR的另一个优点是相对容易和使用方便。实时PCR的仪器(例如Applied Biosystems 7500)均是市售的。实时PCR的试剂(例如TaqMan SequenceDetection chemistry)也是市售的。
为了确定在与特定扩增子累积相关的荧光信号跨过阈值(称为CT)时的循环数，例如使用7500实时PCR系统序列检测软件v1.3，并使用比较CT相对定量计算方法，可以对数据进行分析。采用这种方法，输出(output)表示为表达水平的倍数变化。在有些实施方案中，阈值水平可以选择以由该软件自动地确定。在有些实施方案中，阈值水平被设定为超过基线，但是足以低到在扩增曲线的指数生长区域之内。
4.5.3多肽或蛋白质生物标志物的检测方法
当生物标志物是蛋白质、多肽或肽时，一些蛋白质检测和定量方法可以用于测量生物标志物的水平。在本文提供的方法中可以使用任何合适的蛋白质定量方法。在某些实施方案中，使用基于抗体的方法。可使用的示例性方法包括但不限于免疫印迹法(蛋白质印迹(western blot))、酶联免疫吸附测定(ELISA)、免疫组织化学、流式细胞术、流式细胞术微珠阵列和质谱法。ELISA的一些类型是常用的，包括直接ELISA、间接ELISA和夹心ELISA。
4.6用于检测生物标志物水平的试剂盒
在某些实施方案中，本文提供的是用于检测一种或多种生物标志物的mRNA水平的试剂盒。在某些实施方案中，所述试剂盒包含与一种或多种生物标志物的mRNA特异性结合的一种或多种探针。在某些实施方案中，所述试剂盒还包含洗涤溶液。在某些实施方案中，所述试剂盒还包含进行杂交试验的试剂、mRNA分离或纯化工具、检测工具以及阳性和阴性对照。在某些实施方案中，所述试剂盒还包含使用该试剂盒的说明书。所述试剂盒可以定制供在家使用、临床使用或研究使用。
在某些实施方案中，本文提供的是用于检测一种或多种生物标志物的蛋白质水平的试剂盒。在某些实施方案中，所述试剂盒包含用识别蛋白质生物标志物的抗体包被的试纸条、洗涤溶液、进行该试验的试剂、蛋白质分离或纯化工具、检测工具以及阳性和阴性对照。在某些实施方案中，所述试剂盒还包含使用该试剂盒的说明书。所述试剂盒可以定制供在家使用、临床使用或研究使用。
这样一种试剂盒可以采用例如试纸条、膜、芯片、盘、测试条、滤器、微球、载片、多孔板或光纤。所述试剂盒的固相支持物可以是例如塑料、硅片、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、薄片、球、多糖、毛细管、胶片、板或载片。所述生物样品可以是例如细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物液体、血液样品、尿液样品或皮肤样品。
5.实施例
下面的实施例使用标准技术进行，所述标准技术对本领域技术人员来说除了另外详细描述的以外都是众所周知的和常规的。这些实施例仅仅是用于举例说明目的。
5.1来那度胺对HCC细胞系中TCF-4转录因子的影响
Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM来那度胺(“LM”)或作为对照的DMSO处理24小时。分别提取细胞核蛋白和细胞溶质蛋白，通过蛋白质印迹(western blot)分析TCF-4的表达。使用ImageJ(NIH)对TCF-4的长短两种同等型的核表达进行定性，并用核纤层蛋白(lamin)的表达归一化。如图1所示，在LM治疗后，TCF-4表达(短和长两种形式)在分化较差的细胞(Focus)中减少。
5.2来那度胺和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮对细胞迁移和细胞侵袭的影响
细胞迁移试验:Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM LM或作为对照的DMSO处理24小时。使细胞在迁移室(BD Biosciences)中转移。下室装满作为趋化剂的含有10％FBS的培养基并用8μm孔膜将上下两室分隔开。16小时后，将上室中的剩余细胞(未迁移的细胞)去除，附着在膜底部的细胞(迁移的细胞)用结晶紫染色后用Stereologer(SRC)在膜的10个不同视野内计数。如图2所示，LM治疗抑制分化较差的HCC细胞系(Focus)中的细胞迁移。
细胞侵袭试验:Focus和Hub7细胞用在DMSO中的10μM LM或作为对照的DMSO处理24小时。使细胞在用基质胶(Matrigel)(BD Biosciences)包被的迁移室中转移。16小时后，对附着在膜底部的侵袭性细胞染色/计数并用在相应未包被的迁移室中的迁移性细胞数归一化。图2也显示LM治疗抑制分化较差的HCC细胞系(Focus)中的细胞侵袭。
在另一组实验中，LM和3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮(“化合物A”)对HCC细胞迁移的影响使用类似于上述实验的程序作了评估，只是使用了HAK-1A细胞系(分化良好的HCC细胞系)。如图3所示，发现LM和化合物A不影响HAK-1A细胞系中的细胞迁移。
在另一组实验中，LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响使用类似于上述实验的程序作了评估，只是使用了HAK-1B细胞系(分化较差的HCC细胞系)。如图4所示，发现LM和化合物A抑制分化较差的HAK-1B HCC细胞系中的细胞迁移。另外，还发现化合物A(和LM，其程度低得多)抑制分化较差的HAK-1AB HCC细胞系中的细胞侵袭。
在另一组实验中，LM和化合物A对HCC细胞迁移和侵袭的影响使用类似于上述实验的程序并使用FOCUS细胞系(分化较差的HCC细胞系)作了评估。如图5所示，发现LM和化合物A不抑制分化较差的FOCUS HCC细胞的细胞迁移。但是，发现LM和化合物A抑制分化较差的FOCUS HCC细胞的细胞侵袭。
在另一组实验中，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实验在HAK-1A细胞系(分化良好的HCC细胞系)中作了评估。使用了下列程序。
1.细胞接种：按照纸图试样，在板(60mm)的下部表面画网格。将细胞接种到60mm培养皿(目的是用于汇合细胞)上。
2.划痕伤：利用尖物(绿色)制作划痕伤。伤口的位置通过画在纸上把它记下来。从培养箱中取回SF DMEM+胰蛋白酶等分试样，吸出培养皿中的培养基/漂浮着的细胞。细胞用DMEM+胰蛋白酶洗涤以去除没有从伤口上完全刮离的细胞。然后将培养皿装满4ml 10％FBS DMEM。
3.拍照：标志物包括在图像帧的顶上，所以同一伤口面积可追踪。然后在指定时间点对那些伤口进行拍照。结果表示为伤口闭合的百分比，作为细胞迁移的指数，归一化至初始宽度。
如图6所示，发现LM和化合物A不影响HAK-1A细胞系中的细胞迁移。
在另一组实验中，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实验在FOCUS细胞系(分化较差的HCC细胞系)中作了评估。如图7所示，发现LM和化合物A减少了分化较差的FOCUS细胞系中的细胞迁移。
在另一组实验中，LM和化合物A对HCC细胞迁移的影响使用伤口愈合实验在HAK-1B细胞系(分化较差的HCC细胞系)中作了评估。如图8所示，发现是化合物A而不是LM减少了分化较差的HAK-1B细胞系中的细胞迁移。
5.3TCF-4同等型的TCF转录活性
将细胞(HEK 293和Huh7)用TCF—报告质粒TOPFlash和TCF-4的同等型C、J或L和作为共激活剂的β-联蛋白共转染。用空载体(EV)作为TCF活性基础水平的对照，用TCF-4的显性阴性形式(dn)评估被阻遏的TCF转录活性。转染后24小时，使细胞裂解，采用萤光素酶测定系统(Promega)，通过化学发光对报告基因(萤光素酶)的表达进行定量。TCF-4同等型的转录活性见图9。
5.4TCF-4同等型在人HCC组织中的表达谱
在从多个个体中获得的HCC肿瘤和相应邻接未被累及的肝脏组织共20对中，测量了TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的相对mRNA水平，其中85％(17/20)的肿瘤与慢性HCV感染相关。通过半定量RT-PCR对三个组织学上正常的肝脏样本作了比较。在这20对样品中，发现在4个肿瘤组织中，所有三种同等型即TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L均被上调(图10)。在图10中，N、pT和T分别代表正常肝脏样本、肿瘤周组织和肿瘤组织。
在另一组实验中，在27对HBV相关HCC肿瘤和相应邻接肿瘤周(图11A)中和在20对成对的HCV相关HCC肿瘤(图11B)中，通过RT-PCR测量了TCF-4JmRNA的水平。图11A和图11B上的右小图显示TCF-4J mRNA表达水平的平均值。如这些图所示，发现TCF-4J在肿瘤中、尤其是在分化较差的肿瘤中显著地被上调。
5.5TCF-4J表达对裸小鼠中的异种移植肿瘤生长的影响
使用HAK-1A衍生的稳定克隆进行异种移植物实验；亲代HAK-1A细胞在裸小鼠中不形成肿瘤。过量表达TCF-4J的HAK-1A稳定克隆(J细胞)是高度致肿瘤性的。尽管K细胞产生小肿瘤，但是它们在肿瘤细胞注射之后稍晚出现(40天左右)并且生长非常缓慢。对照(EV)细胞不产生肿瘤。将细胞(1x106)注射到5周龄雄性BALB/c裸小鼠(n＝12)皮下。利用电子卡尺在两个正交方向测量肿瘤大小，每周两次。当较长的直径达到了10mm时，把小鼠处死。如图12所示，TCF-4J同等型表达促进了肿瘤发生。
5.5TCF-4J依赖性靶基因的上调
利用Trizol从过量表达HAK-1A-J或-K的稳定细胞提取的总RNA(50ng)用Agilent Low-Input QuickAmp标记试剂盒进行标记。在全人类基因组微阵列试剂盒4x44k(包括五块载玻片，每片用四个高度定义44k阵列(AgilentTechnologies)格式化)中进行了全基因组表达概况分析。运用Feature Extraction软件(Agilent)进行了数据分析，结果汇总于表1。
表1.基因上调
| 基因 | 比率(J/K) | TCF-4J | TCF-4K |
| WISP2 | 9.4 | 1956 | 208 |
| ASPH | 2.4 | 1400 | 585 |
| IRS1 | 3.4 | 286 | 84 |
| MAPK12 | 2.9 | 120 | 41 |
| JAG1 | 2.1 | 466 | 227 |
在HAK-1A细胞系中TCF-4J同等型依赖性上调的靶基因一览表在图13中提供。发现这些基因与已知在HCC致病机理中重要的三个途径即Wnt/β-联蛋白、IRS-1和Notch信号传导有关。
在47对人HCC肿瘤(在图14中命名为“T”)和相应邻接肿瘤周(命名为“pT”)和三个正常肝脏组织(命名为“N”)中，通过qRT-PCR测量了靶基因的表达水平。图14说明TCF-4J特异性靶基因的表达水平增加。
指示在肿瘤样品中选出的10个样品的表达水平并按照经测量的TCF-4J表达水平排序的3D柱状图在图15中提供。TCF-4J的表达水平用半定量RT-PCR作出评价，并将数值归一化至GAPDH。用qRT-PCR评价所选基因的表达水平，并将数值归一化至18S rRNA。如图15所示，具有高TCF-4J表达的肿瘤往往具有更多靶基因的表达增加。
5.7来那度胺对TCF-4同等型的影响
HCC细胞系(Focus和Hub7)用在DMSO中的10μM LM或作为对照的DMSO处理24小时。提取总RNA，反转录成cDNA，通过PCR扩增TCF-4同等型。通过在凝胶上对PCR产物定性测定，分析TCF-4C、TCF-4J和TCF-4L的表达，并使用ImageJ，通过管家基因GAPDH的表达归一化。结果见图16。
5.83-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮的细胞毒性
做了MTS试验以评价化合物A对HCC细胞系Huh7、FOCUS、HAK-1A和HAK-1B的毒性。将范围从1μM到100μM的不同浓度的化合物A与规定的细胞孵育24小时或72小时。如图17所示，观察到化合物A对HCC细胞增殖没有影响。
5.9HAK1A-J异种移植物模型–初步研究
使用5只动物(小鼠)，在初步研究中检查了LM和化合物A在HAK1A-J异种移植物模型中的影响。研究程序的图示说明见图18。在用药物治疗之后，通过测量肿瘤体积，按照异种移植物评估了LM和化合物A的抗肿瘤效果。如19图所示，与对照相比，LM和化合物A均显著地缩小了肿瘤体积。
5.10HAK1A-J异种移植物模型
使用50只4周龄雄性小鼠检查了LM和化合物A在HAK1A-J异种移植物模型中的影响。研究程序的图示说明见图20。在用药物治疗之后，通过测量肿瘤体积，按照异种移植物评估了LM和化合物A的抗肿瘤效果。如图21所示，尽管在LM和化合物A二者治疗的小鼠中观察到肿瘤体积缩小，但是与对照或LM治疗的小鼠相比，化合物A更显著地缩小了肿瘤体积。
在用LM、化合物A和对照溶媒治疗的异种移植肿瘤中，通过测量TCF-4J同等型依赖性靶基因的mRNA表达水平评价了LM和化合物A对在HAK-1A异种移植肿瘤中TCF-4J应答性靶基因表达的影响。使用了以下程序：使用TRIzol试剂，从肿瘤中提取总RNA，使用RT-PCR的第一链cDNA合成试剂盒(AMV)进行反转录。使用SYBR Green PCR试剂，在Mastercycler ep realplex仪器和软件上进行定量实时PCR。使用ΔΔCt方法进行相对定量，归一化至18S rRNA。绘出解离曲线以评价PCR产物特异性和纯度。如图22所示，发现CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1和CAMK2N1的mRNA水平在用化合物A治疗后均降低了。
根据以上所述，应当理解，虽然为了说明目的，在本文中描述了多个具体的实施方案，但是在不偏离本文提供的精神和范围的情况下，可以作出各种修改。以上提到的所有参考文献都通过引用其全部结合到本文中。
Claims (33)
1.鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
2.鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
3.鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于所述生物标志物的参考水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
4.鉴别很可能会对治疗化合物作出反应的患有肝细胞癌的对象的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；其中如果所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平高于对照样品中的所述生物标志物的水平，那么所述对象很可能会对所述治疗作出反应。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述肝细胞癌是分化较差的肝细胞癌。
6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述生物标志物中仅一种的水平被测量。
7.权利要求6的方法，其中所述生物标志物是TCF-4。
8.权利要求7的方法，其中所述生物标志物是hTCF-4。
9.权利要求6或8的方法，其中所述生物标志物是TCF-4的同等型。
10.权利要求9的方法，其中所述生物标志物是TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M或TCF-4X。
11.权利要求9的方法，其中所述生物标志物是TCF-4C。
12.权利要求9的方法，其中所述生物标志物是TCF-4J。
13.权利要求9的方法，其中所述生物标志物是TCF-4L。
14.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上的水平同时被监测。
15.权利要求14的方法，其中所述生物标志物是WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、JAG1或其组合。
16.权利要求14的方法，其中所述生物标志物是CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1或其组合。
17.权利要求14的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上选自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24。
18.权利要求14的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上选自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12和JAG1。
19.权利要求14的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上选自TCF-4、TCF-4同等型、TCF-4A、TCF-4B、TCF-4C、TCF-4D、TCF-4E、TCF-4F、TCF-4G、TCF-4H、TCF-4I、TCF-4J、TCF-4K、TCF-4L、TCF-4M、TCF-4X、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1和CAMK2N1。
20.权利要求14的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上选自TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12和JAG1。
21.权利要求14的方法，其中所述生物标志物中的两种或两种以上是TCF-4C、TCF-4J、TCF-4L、CLDN2、ASPH、JAG1、GPR56、ANXA1和CAMK2N1。
22.权利要求1的方法，其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通过测定所述生物标志物的mRNA水平来测量。
23.权利要求1的方法，其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通过测定所述生物标志物的cDNA水平来测量。
24.权利要求1的方法，其中所述生物标志物中的一种或多种的水平通过测定所述生物标志物的蛋白质水平来测量。
25.权利要求1的方法，其中所述治疗化合物是沙利度胺、来那度胺、泊马度胺或3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
26.权利要求25的方法，其中所述治疗化合物是沙利度胺。
27.权利要求25的方法，其中所述治疗化合物是来那度胺。
28.权利要求25的方法，其中所述治疗化合物是泊马度胺。
29.权利要求25的方法，其中所述治疗化合物是3-(5-氨基-2-甲基-4-氧代-4H-喹唑啉-3-基)-哌啶-2,6-二酮或其立体异构体或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物、共晶体、笼形包合物或多晶型物。
30.预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
b)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
31.预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)测定来自所述对象的含有肝细胞癌细胞的样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
b)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
c)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
32.预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；和
c)将所述样品中的所述生物标志物的水平与所述生物标志物的参考水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
33.预测患有或怀疑患有肝细胞癌的对象对治疗化合物的反应性的方法，包括：
a)从所述对象获得生物样品；
b)测定所述样品中的生物标志物的水平，其中所述生物标志物选自TCF-4、WISP2、ASPH、IRS1、MAPK12、CLDN2、JAG1、GPR56、ANXA1、CAMK2N1、STK17B、SPP1、AXIN2、MMP7、CADM1、PLCD4、CD24及其组合；
c)测定对照样品中的所述生物标志物的水平；和
d)将来自所述对象的所述样品中的所述生物标志物的水平与对照样品中的所述生物标志物的水平进行比较，其中所述样品中的所述生物标志物的水平增加与所述对象对所述化合物治疗的反应性增加相关。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US201261586672P | 2012-01-13 | 2012-01-13 | |
| US61/586,672 | 2012-01-13 | ||
| PCT/US2013/021197 WO2013106686A1 (en) | 2012-01-13 | 2013-01-11 | Biomarkers for the treatment of hepatocellular carcinoma |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN104737021A true CN104737021A (zh) | 2015-06-24 |
Family
ID=47604231
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201380014334.8A Pending CN104737021A (zh) | 2012-01-13 | 2013-01-11 | 用于治疗肝细胞癌的生物标志物 |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US8901110B2 (zh) |
| EP (1) | EP2802877A1 (zh) |
| JP (1) | JP2015504677A (zh) |
| CN (1) | CN104737021A (zh) |
| AU (1) | AU2013202104B2 (zh) |
| CA (1) | CA2871535A1 (zh) |
| MX (1) | MX2014008388A (zh) |
| WO (1) | WO2013106686A1 (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108048568A (zh) * | 2017-12-25 | 2018-05-18 | 贵州省人民医院 | Plcd4基因作为胃腺癌转移诊断标志物的用途 |
| CN109266747A (zh) * | 2018-09-21 | 2019-01-25 | 中国医学科学院北京协和医院 | 与i型神经纤维瘤合并脊柱畸形病相关gpr56及其应用 |
Families Citing this family (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP5388854B2 (ja) | 2006-09-26 | 2014-01-15 | セルジーン コーポレイション | ５−置換キナゾリノン誘導体、それを含む組成物、及びその使用方法 |
| DK2683708T3 (da) | 2011-03-11 | 2018-01-29 | Celgene Corp | Faste former af 3-(5-amino-2-methyl-4-oxo-4h-quinazolin-3-yl)-piperidin-2,6-dion og farmaceutiske sammensætninger og anvendelser deraf |
| US9682952B2 (en) | 2012-09-04 | 2017-06-20 | Celgene Corporation | Isotopologues of 3-(5-amino-2-methyl-4-oxoquinazolin-3(4H)-yl) piperidine-2-6-dione and methods of preparation thereof |
| EA201691144A1 (ru) * | 2013-12-06 | 2016-11-30 | Селджин Корпорейшн | Способы определения эффективности лекарственного средства для лечения диффузной крупноклеточной b-клеточной лимфомы, множественной миеломы и злокачественных новообразований миелоидного ростка |
| CN103645259B (zh) * | 2013-12-12 | 2015-03-11 | 深圳海王药业有限公司 | 一种同时测定泊马度胺及其有关物质的方法 |
| WO2016060702A1 (en) * | 2014-10-13 | 2016-04-21 | Celgene Corporaton | Methods for treating solid tumors and the use of biomarkers as a predictor of clinical sensitivity to immunomodulatory therapies |
| US10537585B2 (en) | 2017-12-18 | 2020-01-21 | Dexcel Pharma Technologies Ltd. | Compositions comprising dexamethasone |
| WO2020107115A1 (en) * | 2018-11-29 | 2020-06-04 | Trillium Therapeutics Inc. | Biomarkers for cd47 blockade therapy |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7803783B2 (en) * | 2002-12-06 | 2010-09-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Use of WNT inhibitors to augment therapeutic index of chemotherapy |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1166651C (zh) * | 2001-06-08 | 2004-09-15 | 北京大学药学院 | 具有抗炎和抗肿瘤作用r-双或糖苯丙异硒唑取代化合物 |
| US20130045203A1 (en) * | 2010-03-02 | 2013-02-21 | Emory University | Uses of Noscapine and Derivatives in Subjects Diagnosed with FAP |
-
2013
- 2013-01-11 AU AU2013202104A patent/AU2013202104B2/en not_active Ceased
- 2013-01-11 WO PCT/US2013/021197 patent/WO2013106686A1/en active Application Filing
- 2013-01-11 MX MX2014008388A patent/MX2014008388A/es unknown
- 2013-01-11 CA CA2871535A patent/CA2871535A1/en not_active Withdrawn
- 2013-01-11 CN CN201380014334.8A patent/CN104737021A/zh active Pending
- 2013-01-11 US US13/740,012 patent/US8901110B2/en active Active
- 2013-01-11 EP EP13701319.9A patent/EP2802877A1/en not_active Withdrawn
- 2013-01-11 JP JP2014552323A patent/JP2015504677A/ja active Pending
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7803783B2 (en) * | 2002-12-06 | 2010-09-28 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Use of WNT inhibitors to augment therapeutic index of chemotherapy |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| DONG HONG ZHAO ET AL: "Aberrant expression and function of TCF4 in the proliferation of hepatocellular carcinoma cell line BEL-7402", 《CELL RESEARCH》 * |
| WEI WEI ET AL: "Small molecule antagonists of Tcf4/I2-catenin complex inhibit the growth of HCC cells in vitro", 《INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER》 * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108048568A (zh) * | 2017-12-25 | 2018-05-18 | 贵州省人民医院 | Plcd4基因作为胃腺癌转移诊断标志物的用途 |
| CN108048568B (zh) * | 2017-12-25 | 2021-02-02 | 贵州省人民医院 | Plcd4基因作为胃腺癌转移诊断标志物的用途 |
| CN109266747A (zh) * | 2018-09-21 | 2019-01-25 | 中国医学科学院北京协和医院 | 与i型神经纤维瘤合并脊柱畸形病相关gpr56及其应用 |
| CN109266747B (zh) * | 2018-09-21 | 2021-07-27 | 中国医学科学院北京协和医院 | 与i型神经纤维瘤合并脊柱畸形病相关gpr56及其应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2013202104A1 (en) | 2013-08-01 |
| CA2871535A1 (en) | 2013-07-18 |
| AU2013202104B2 (en) | 2015-11-26 |
| JP2015504677A (ja) | 2015-02-16 |
| US20130183675A1 (en) | 2013-07-18 |
| EP2802877A1 (en) | 2014-11-19 |
| WO2013106686A1 (en) | 2013-07-18 |
| MX2014008388A (es) | 2014-11-14 |
| US8901110B2 (en) | 2014-12-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN104737021A (zh) | 用于治疗肝细胞癌的生物标志物 | |
| JP6573611B2 (ja) | びまん性大細胞型ｂ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、及び骨髄癌の治療の薬効を決定するための方法 | |
| RU2602185C2 (ru) | Биомаркеры для терапии на основе ингибитора hedgehog | |
| Li et al. | Molecular characterization of circulating tumor cells—from bench to bedside | |
| Ohuchida et al. | Twist, a novel oncogene, is upregulated in pancreatic cancer: clinical implication of Twist expression in pancreatic juice | |
| Tao et al. | Dickkopf-1 (DKK1) promotes invasion and metastasis of hepatocellular carcinoma | |
| US20180231561A1 (en) | Methods for treating solid tumors and the use of biomarkers as a predictor of clinical sensitivity to immunomodulatory therapies | |
| EP3207151A1 (en) | Methods for treating solid tumors and the use of biomarkers as a predictor of clinical sensitivity to immunomodulatory therapies | |
| JP2013520958A (ja) | 上皮間葉転換のバイオマーカーとしてａｘｌを使用する方法 | |
| Shan et al. | Gradually increased G olgi protein 73 expression in the progression of benign liver diseases to precancerous lesions and hepatocellular carcinoma correlates with prognosis of patients | |
| Luo et al. | High expression levels of CLEC4M indicate poor prognosis in patients with hepatocellular carcinoma | |
| Lee et al. | Nuclear expression of CD133 is associated with good prognosis in patients with colorectal adenocarcinoma | |
| JP6052756B2 (ja) | 末梢循環癌細胞の検出方法および検出装置 | |
| Mengual et al. | Gene expression profiles in prostate cancer: identification of candidate non-invasive diagnostic markers | |
| Parte et al. | Cancer-associated fibroblast induces acinar-to-ductal cell transdifferentiation and pancreatic cancer initiation via LAMA5/ITGA4 axis | |
| KR101594735B1 (ko) | 비만 조기진단용 조성물 및 이의 용도 | |
| Quagliata et al. | SH2D4A is frequently downregulated in hepatocellular carcinoma and cirrhotic nodules | |
| WO2018144445A1 (en) | Methods for treating hematological cancer and the use of biomarkers as a predictor for responsiveness to treatment compounds | |
| Zhao et al. | Knockout of UBE2S inhibits the proliferation of gastric cancer cells and induces apoptosis by FAS-mediated death receptor pathway | |
| CN104087663B (zh) | Prl-1基因在制备诊断和/或治疗肝癌产品中的应用 | |
| CN111289749B (zh) | C型1类尼曼-匹克蛋白检测物在制备筛查肝细胞癌产品中的应用 | |
| JP2021019612A (ja) | 治療剤に対する抵抗性の診断に使用するためのＥＲＣＣ１アイソフォーム３のｍＲＮＡおよび／またはタンパク質ならびにこのｍＲＮＡおよび／またはタンパク質を使用する治療剤に対する抵抗性を診断するための方法 | |
| Dai et al. | Downregulation of HTPAP transcript variant 1 correlates with tumor metastasis and poor survival in patients with hepatocellular carcinoma | |
| Rasuleva et al. | EvIPqPCR, Target Circulating Tumorous Extracellular Vesicles for Detection of Pancreatic Cancer | |
| Corrò | Dissecting Tumor Heterogeneity and Cancer Stem Cell Properties in Clear Cell Renal Cell Carcinoma |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20150624 |
|
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |