CN104735970A - 用于小麦中各种性状的分子标记及其使用方法 - Google Patents

Abstract

本公开涉及通过检测与开花期、花药挤出、抽穗期和/或赤霉病抗性相关联的标记，鉴定和/或选择小麦植株或种质的方法。

Description

用于小麦中各种性状的分子标记及其使用方法

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序列表的正式版本与本说明书同时地作为文本文件通过EFS-Web提交，其符合美国信息交换标准代码(American Standard Code for InformationInterchange(ASCII))，文件名为435138seqlist.txt，创建日期为2013年7月9日，大小为156Kb。通过EFS-Web提交的序列表是本说明书的部分，并且其全文以引用的方式并入本文。

技术领域

本公开涉及用于针对抽穗期、开花期、花药挤出、和/或赤霉病抗性鉴定和/或选择小麦植株或种质的组合物和方法。

背景技术

小麦是全世界最重要的作物之一。全世界对小麦的需求要求对小麦的产量和品质持续地加以改进。虽然过去常规的小麦育种已实现了小麦产量的提高，最近十年却表现出没有或几乎没有改善。这主要是由于缺乏关于大多数复杂性状的遗传构造的知识和由于我们没有作为常规育种程序的部分以高性价比的方式选择性状的能力(Gupta等人，2010.Mol Breeding26：145-161)。

针对所期望的性状的育种在小麦中主要通过在大田和/或温室中的表型分析进行。然而，为了有效地和准确地对性状(诸如，抽穗，花药挤出，开花和赤霉病抗性)进行表型分析，小麦品系经常需要自交若干次，以获得纯合的材料。此外，由于这些性状受环境条件影响，小麦品系需要在若干地点并且跨越若干年地接受表型分析，从而需要大量的时间、货币、和土地资源。

与所关注的有利表型(即，性状)(诸如，抽穗、花药挤出、开花和赤霉病抗性)相关联的遗传标记的鉴定，使得能够以相对少的费用和在较早的发育阶段对小麦品系进行基因分型，从而允许仅保留具有有利的基因型信息的品系。这种方法被称为标记辅助选择。标记辅助选择的方法使得育种者能够避免若干代的自交，排除大部分的表型分析工作，并最终以更低的成本和以显著更少的大田资源导致小麦的更快的改进。

因此，存在对具有改善的表型性状的小麦植株的持续需求。因此，希望提供用于鉴定和选择此类植株的组合物和方法。

发明内容

本发明提供了用于针对开花期、抽穗期、花药挤出、和/或赤霉病抗性鉴定和/或选择小麦植株或种质的方法和组合物。在某些实施例中，所述方法包括检测与开花期、抽穗期、花药挤出、和/或赤霉病抗性相关联的至少一个标记基因座、标记谱或标记单倍型。在另外的实施例中，所述方法还包括使所选择的小麦植株与第二小麦植株杂交。

具体实施方式

通过标记辅助选择的使用，对具有改善的性能的小麦植株或种质的鉴定和选择，能够极大地促进育种计划和小麦品种的改进。本发明提供了展示出与所关注的性状统计上显著的共分离的标记基因座。对这些基因座或另外的连锁的基因座的检测能够被用于产生具有所期望的特性的小麦植株，诸如例如，关于开花期、抽穗期、花药挤出、和/或赤霉病抗性的。

在详细描述本发明之前，应当理解本发明不限于具体的实施例，当然这些实施例能够改变。也应当了解，本文所用的术语仅是为了描述具体实施例，而不旨在进行限制。如本说明书以及所附权利要求中所用，单数的和单数形式的术语，例如“一个”、“一种”和“所述”，包括了复数的所指对象，除非文中另有明确说明。因此，例如，提及“植株”、“该植株”或“一个植株”也包括了多个植株；而且，根据上下文，术语“植株”的使用还能够包括该植株的遗传上相似的或相同的子代；术语“核酸”的使用实际来看任选地包括该核酸分子的多个拷贝；相似地，术语“探针”任选地(并且通常)涵盖了许多相似的或相同的探针分子。

除非另外指明，核酸以5′至3′方向从左至右书写。本说明书中提及的数字范围包括限定了该范围的数值在内，并且包括所限定的范围内的每一整数或任何非整数的部分。除非另有定义，否则本文所用的所有科技术语的含义与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的一样。尽管与本文所述的那些类似或等同的任何方法和材料均可用于测试本发明的实践中，但优选的方法和材料是本文所述的那些。在本发明的描述和权利要求中，下列术语将根据下文所列的定义被使用。

此外，如本文所用，将“包含/包括”解释为明确说明存在提及的所述特征、整数、步骤或组分，但是不排除一种或多种特征、整数、步骤、组分或其组的存在或添加。因此，例如，包括一对寡核苷酸引物的试剂盒可具有两对或更多对的寡核苷酸引物。另外，术语“包含/包括”旨在包括由术语“基本上由...组成”和“由...组成”涵盖的示例。相似地，术语“基本上由...组成”旨在包括由术语“由...组成”涵盖的示例。

本说明书和权利要求中使用的某些定义提供于下文中。为了提供对说明书和权利要求书(包括此类术语要给予的范围)的清楚而一致的理解，提供了下列定义：

“农学”、“农学性状”、和“农学性能”是指经过生长季节的过程对产量有所贡献的给定植物品种的性状(和背后的遗传因子)。个别的农学性状包括出苗活力、营养势、胁迫耐受性、病害抗性或耐受性、抗昆虫性或耐受性、抗除草剂性、分枝、开花、种子成形、种子大小、种子密度、抗倒伏性、脱粒率等。

“等位基因”是指基因序列的一种或多种替代形式中的任一种。例如，在二倍体细胞或生物体中，给定序列的两个等位基因通常在一对同源染色体上占据对应的基因座。关于SNP标记，等位基因是指存在于该个体植株中的该SNP基因座的特定核苷酸碱基。

当等位基因是影响某种性状的表达的DNA序列或等位基因的部分或与其相连接时，该等位基因与该性状“相关联”。该等位基因的存在是该性状将如何被表达的指示。

术语“扩增”在核酸扩增的上下文中是所选择的核酸的(或从其转录的)附加的拷贝由此产生的任何过程。典型的扩增方法包括多种基于聚合酶的复制方法，包括聚合酶链反应(PCR)、连接酶介导的方法诸如连接酶链反应(LCR)和基于RNA聚合酶的扩增(例如，转录)方法。“扩增子”是经扩增的核酸，例如，通过由任何可用的扩增方法(例如，PCR、LCR、转录等)扩增模板核酸产生的核酸。

“祖先品系”是被用作基因来源的亲本品系，例如，用于优良品系的开发。

“祖先种群”是贡献了被用于开发优良品系的大部分基因变异的祖先的群体。

“回交”是育种者在其中使子代品种与亲本基因型之一杂交一次或多次的过程。

术语“染色体区段”指的是在植物中存在于单条染色体上的基因组DNA的连续线性区段。

术语“互补序列”是指与给定的核苷酸序列互补的核苷酸序列，即，上述序列通过Watson-Crick碱基配对规则相关联。

“栽培种”和“品种”同义地被使用，是指同一物种(例如，小麦(Triticum aestivum))内共有某些遗传性状的植物的群体，这些遗传性状使得它们区别于该物种内其他可能的品种。小麦栽培种是在若干代的自花授粉后产生的近交系。小麦栽培种内的个体是同质的、遗传上几乎相同的，大多数基因座处于纯合状态。

“优良品系”是产生自许多轮的育种和针对优异农学性能的选择的农学上优异的品系。许多优良品系是可用的，并且是小麦育种领域的技术人员已知的。

“优良种群”是指在诸如小麦的给定作物物种的农学上优异基因型方面能够被用于代表现有技术水平的优良个体或品系的混合群体。

“外来小麦株系”或“外来小麦种质”是来源于不属于可用的优良小麦品系或种质的株系的株系或种质。在两种小麦植株或种质的株系杂交的情况下，外来种质在亲缘上不与与其杂交的优良种质有密切亲缘关系。最常见地，外来种质不来源于任何已知的小麦优良品系，而是被选择为将新的遗传元件(通常为新的等位基因)引入育种程序。

“有利的等位基因”是赋予或有助于农学上期望的表型(例如，改善的赤霉病抗性)的、以及允许对具有该农学上期望的表型的植株的鉴定的位于特定基因座的等位基因。标记的有利的等位基因是与有利的表型一起分离的标记等位基因。

“基因图谱”是对给定物种内的一条或多条染色体(或连锁群)上的基因座之间的基因连锁关系的描述，通常表示为图或表格形式。对于每一基因图谱，基因座之间的距离是通过它们的等位基因在群体内一起出现有多频繁(它们的重组频率)测量的。利用DNA或蛋白质标记、或可观察的表型，能够检测等位基因。基因图谱是作图群体、所使用的标记类型、以及不同群体之间每一标记的多态性可能性的产物。在一个基因图谱与另一个之间，基因座之间的遗传距离能够是不同的。然而，利用共有的标记，能够使信息在一个图谱与另一个之间相关联。本领域的普通技术人员能够使用共有的标记位置来鉴定各个基因图谱上所关注的标记和其他基因座的位置。基因座的顺序在图谱之间应当是不变的，然而由于，例如，标记在不同的群体中检测替代性的重复基因座、用于对标记排序的统计学方法的差异、新的突变或实验误差，经常存在标记顺序的小的变化。

“遗传重组频率”是两个基因座之间交换事件(重组)的频率。通过跟踪减数分裂之后标记和/或性状的分离，能够观察重组频率。

“基因组”是指由染色体或染色体的组携带的总的DNA或基因的完整的组。

“基因型”是指细胞或生物体的基因组成。

“种质”是指构成生物体的遗传品质的物理基础的遗传物质。如本文所用，种质包括种子和新的植株可从其长出的活组织；或可被培养为整个植株的另外的植物部分，诸如叶、茎、花粉、或细胞。种质资源提供了植物育种人员用于改善商业栽培种的遗传性状的来源。

“单倍型”是个体在多个基因座的基因型，即等位基因的组合。通常，由单倍型描述的基因座是物理上和遗传上连锁的，即位于相同的染色体区段上。术语“单倍型”能够指在特定基因座的等位基因，或指在沿着染色体区段的多个基因座的等位基因。

如果一个个体在一个20给定的基因座仅具有一种类型的等位基因，则该个体是“纯合的”(例如，二倍体个体在两条同源染色体的每一条在一个基因座处具有一个拷贝的相同的等位基因)。如果在一个给定的基因座存在多于一种的等位基因类型，则该个体是“杂合的”(例如，二倍体个体具有两种不同的等位基因各一个拷贝)。术语“同质性”表示群体的成员在一个或多个特定的基因座具有相同的基因型。相比之下，术语“异质性”被用于表示群体内的个体在一个或多个具体基因座的基因型是不同的。

术语“插入缺失”是指插入或缺失，其中一个品系可被称为是相对于第二品系具有插入的核苷酸或DNA的片段，或第二品系可被称为是相对于第一品系具有删除的核苷酸或DNA的片段。

“渗入”是指基因、数量性状基因座(QTL)、标记基因座、单倍型、标记谱、性状、或性状基因座从一种植物的基因组向另一种植物的基因组的浸入或引入。

“品系”或“株系”是相同亲缘的个体的组，它们通常近交至一定程度并且通常在大多数基因座是纯合的和同质的(同基因的或接近同基因的)。“亚系”是指遗传上与起源于相同祖先的其他相似的近交子组不同的后代的近交子组。习惯上，通过使来自在F3至F5代选择的单个小麦植株的种子近亲繁殖，直到残余的分离基因座被“固定”或在大多数或全部的基因座为纯合的，得到亚系。商业小麦品种(或品系)通常是通过聚集(“汇聚”)来自2个遗传上不同的亲本间的受控杂交的单个F3至F5植株的自花授粉子代而产生的。虽然上述品种通常显得是均一的，来源于所选择的植株的自花授粉的品种最终(例如，F8)将变为在最初选择的F3至F5植株中为异源的在任何基因座处能够是基因型有差异的纯合植株的混合物。在一个或多个特定标记基因座基于DNA水平的定性多态性而彼此不同的基于标记的亚系，是通过对来源于源自所选择的F3-F5植株的单个自花授粉子代的种子样品的基因分型得到的。所述种子样品能够作为种子或作为从这样的种子样品生长的植物组织被直接基因分型。任选地，在特定基因座(或多个基因座)共享共同的基因型的种子被合并，提供了在对于所关注的性状(例如，花药挤出、开花期、抽穗期和/或赤霉病抗性等)重要的所鉴定的基因座上遗传上同源的亚系。

“连锁”是指相同染色体上的等位基因在其中趋于以比当它们的传递是独立的时偶然地所预期的更经常地共分离的现象。遗传重组在整个基因组上以假定的随机频率发生。基因图谱是通过测量性状或标记的对之间重组的频率构造的。性状或标记彼此之间在染色体上越靠近，重组的频率越低，而连锁的程度越高。如果性状或标记大体上共分离，则它们在本文中被认为是连锁的。每代1/100的重组概率被定义为1.0厘摩(1.0cM)的图谱距离。

位于单个染色体区段的遗传元件或基因是物理上连锁的。有利地，两个基因座位置紧邻，使得减数分裂过程中同源染色体对之间的重组不在这两个基因座之间以高频率发生，例如，使得连锁的基因座在至少约90％的时间共分离，例如91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.75％、或更多的时间。位于染色体区段内的遗传元件也是遗传上连锁的，通常在小于或等于50厘摩(cM)的遗传重组距离内，例如约49、40、30、20、10、5、4、3、2、1、0.75、0.5、或0.25cM或更小。即，单个染色体区段内的两个遗传元件在减数分裂过程中以小于或等于约50％，例如，约49％、40％、30％、20％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、或0.25％或更低的频率彼此发生重组。

在本专利申请中，关于基因座的短语“紧密连锁”是指在两个连锁的基因座之间的重组以等于或小于10％的频率(即，在基因图谱上分隔不超过10cM)发生。换句话说，紧密连锁的基因座至少90％的时间共分离。当标记基因座表现出与所期望的性状(例如，病原抗性)共分离的显著可能性(连锁)时，它们在本发明中是尤其有用的。紧密连锁的基因座，诸如标记基因座和第二基因座，能够表现出10％或更低、优选约9％或更低、更优选约8％或更低、更优选约7％或更低、还更优选约6％或更低、更优选约5％或更低、还更优选约4％或更低、更优选约3％或更低、以及还更优选约2％或更低的基因座间重组频率。在高度优选的实施例中，相关的基因座表现出约1％或更低的重组频率，例如，约0.75％或更低、更优选约0.5％或更低、或更优选约0.25％或更低。以使得两个基因座之间的重组以小于10％(例如，约9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、0.25％、或更低)的频率发生的距离位于相同染色体上的这样两个基因座，也被称为是彼此“邻近的”在一些情况下，两个不同的标记能够具有相同的基因图谱坐标。在这样的情况下，这两个标记彼此是如此地紧邻，使得它们之间的重组以低至不可检测的频率发生。

当涉及两种遗传元件(诸如对抗性有贡献的遗传元件与邻近的标记)之间的关系时，“偶联”态连锁是指位于所述基因座处的“有利的”等位基因与相应的连锁的标记基因座的“有利的”等位基因在同一染色体链上物理上相关联的状态。在偶联态中，两个有利的等位基因一起被继承的子代继承了该染色体链。在“相斥”态连锁中，所关注的基因座处的“有利的”等位基因与邻近的标记基因座处的“不利的”等位基因物理上相连锁，并且两种“有利的”等位基因不一起遗传(即，两个基因座是彼此“反相”的)。

“连锁不平衡”是指当从亲本分离至后代时，等位基因在其中趋于以比从它们各自的频率所预期的更高的频率在连锁群中保持在一起的现象。处于连锁不平衡的状态暗示相关的基因座沿染色体的长度处于物理上足够的邻近程度内，使得它们以高于随机的(即，非随机的)频率一起分离。表现出连锁不平衡的标记被认为是连锁的。连锁的基因座超过50％的时间共分离，例如，约51％至约100％的时间。换句话讲，共分离的两个标记具有小于50％的重组频率(并且按照定义，在相同的连锁群上相隔小于50cM)。如本文所用，连锁能够在两个标记之间，或者是在标记和影响表型的基因座之间。标记基因座能够与性状“相关联”(相联系)。标记基因座与影响表型性状的基因座的连锁程度作为，例如，该分子标记与该表型的共分离的统计概率(例如，F统计数值或LOD分值)被测量。

“连锁群”(LG)是指大体上共分离的性状或标记。连锁群大体对应于包含编码所述性状或标记的遗传物质的染色体区域。因此，连锁群能够大体上被归属于特定的染色体。

“基因座”是被定义的DNA的区段。例如，其能够指核苷酸、基因、序列、或标记所位于的染色体上的位置。

“图谱位置”是在给定物种内特定标记能够在其处被发现的相对于连锁的遗传标记的基因图谱上的指定位置。

“作图”是通过遗传标记、标记的群体分离、以及重组频率的标准遗传学原理的使用，限定基因座的连锁关系的过程。

“标记”或“分子标记”或“标记基因座”是用于表示对于表征基因组上的特定基因座足够独特的核酸或氨基酸序列的术语。例子包括限制性片段长度多态性(RFLP)、简单重复序列(SSR)、靶区域扩增多态性(TRAP)、同功酶电泳、随机扩增多态性DNA(RAPD)、随机引物聚合酶链反应(AP-PCR)、DNA扩增指纹(DAF)、序列特异性扩增区域(SCAR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、和单核苷酸多态性(SNP)。另外，其他类型的分子标记是本领域已知的，并且表型性状也可以在所述方法中被用作标记。全部的标记被用于限定小麦基因组上的特定基因座。因此每一标记是DNA的特定区段的指示，具有独特的核苷酸序列。图谱位置提供了对具体标记相对于彼此的相对位置的量度。当性状被表述为与给定的标记连锁时，应当理解，其序列影响该性状的实际的DNA区段一般与该标记共分离。如果标记在性状的两侧均被鉴定，则能够获得对该性状的更加精确和确定的定位。通过测量标记在杂交子代中的出现，能够通过相对简单的分子测试检测性状的存在，而无需实际评估性状自身的存在，后者可以为困难的和耗时的，因为对性状的实际评估需要使植物生长至该性状能够被表达的阶段。

“标记辅助选择”是指通过检测来自所述植物的一种或多种核酸，选择一株或多株植株中的所期望的一种或多种性状(其中所述核酸与所期望的性状相关联)，然后选择具有上述一种或多种核酸的植株或种质的过程。

在某些示例中，多个标记基因座或单倍型被用于限定“标记谱”。如本文所用，“标记谱”是指特定植物的基因组内两种或更多种标记基因座或单倍型的组合。例如，在一个示例中，标记基因座的特定组合或单倍型的特定组合限定了特定植物的标记谱。

术语“表型”、“表型性状”、或“性状”能够指基因或系列的基因可观察的表达。表型能够是通过肉眼、或通过本领域已知的任何其他评估方式可观察的，例如，称重、计数、测量(长度、宽度、角度等)、显微镜法、生物化学分析、或电动机械测定。在一些情况下，表型是由单个基因或基因座直接控制的，即，“单基因性状”或“简单遗传性状”。在不存在大程度的环境变异时，单基因性状能够在群体中分离，产生“定性的”或“离散的”分布，即，表型分成离散的类别。在其他情况下，表型是多个基因的结果，并且能够被认为是“多基因性状”或“复合性状”。多基因性状在群体中分离产生“定量的”或“连续的”分布，即，表型不能被分离成离散的类别。单基因和多基因性状均能够被它们在其中被表达的环境影响，但多基因性状趋于具有较大的环境组成。

“有利的性状”或“有利的表型”，诸如例如改善的赤霉病抗性，是农学上期望的表型。在一些情况下，诸如例如，关于开花期和抽穗期，所期望的表型是区域依赖性的。

术语“植株”包括指未成熟的或成熟的整个植株，包括种子或谷物或花药已从其移除的植株。将产生植株的种子或胚芽也被认为是植株。

“植物部分”是指植物的任何部分或片块，包括叶、茎、芽、根、根尖、花药、种子、谷物、胚芽、花粉、胚珠、花、子叶、下胚轴、荚、花、枝条、茎、组织、组织培养物、细胞等。

“多态性”是指两种相关的核酸之间的变化或差异。“核苷酸多态性”是指两种核酸针对最大一致性被比对时，与相关的序列相比在一种序列中是不同的核苷酸。

“多核苷酸”、“多核苷酸序列”、“核酸序列”、“核酸片段”和“寡核苷酸”在本文中可互换使用。这些术语涵盖核苷酸序列等等。多核苷酸可以是RNA或DNA的聚合物，它们可以是单链或双链，任选地包含合成的、非天然的或改性的核苷酸碱基。DNA聚合物形式的多核苷酸可由cDNA、基因组DNA、合成DNA或它们的混合物的一条或多条链构成。

“引物”指(合成的或天然存在的)寡核苷酸，当被置于其中通过聚合酶催化互补链合成的条件下时，它能够作为沿互补链进行核酸合成或复制的起始点。通常，引物是长度为10至30个核酸的寡核苷酸，但能够使用更长或更短的序列。引物可以以双链形式被提供，虽然单链形式是优选的。引物还能包含可检测的标记，例如5’末端标记。

“探针”是指(合成的或天然存在的)寡核苷酸，其与所关注的多核苷酸互补(但不一定完全互补)并且通过与所关注的多核苷酸的至少一条链杂交形成双链结构。通常，探针是长度为10至50个核酸的寡核苷酸，但能够使用更长或更短的序列。探针还能够包含可检测的标记。术语“标记”和“可检测的标记”是指能够检测的分子，包括但不限于放射性同位素、荧光剂、化学发光剂、酶、酶底物、酶的辅因子、酶抑制剂、发色团、染料、金属离子、金属溶胶、半导体纳米晶体、配体(例如，生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白或半抗原)等。可检测的标记还能够包括报告基因和淬灭剂的组合，诸如在FRET探针或TaqMan^TM探针中所采用的。术语“报告基因”是指物质或其一部分，其能够表现出可检测的信号，其信号能被淬灭剂抑制。所述报告基因的可检测的信号为例如在可检测范围内的荧光。术语“淬灭剂”是指物质或其一部分，其能够抑制、降低、抑制等由所述报告基因产生的可检测的信号。如本文所用，术语“淬灭”和“荧光能量传递”是指如下过程，即，当报告基因和淬灭剂密切接近时，并且所述报告基因被能量源激发，所述激发态的能量的主要部分非辐射性地转移至所述淬灭剂，其中它要么非辐射性地耗散或者以不同于所述报告基因的发射波长发射。

术语“数量性状基因座”或“QTL”是指与定量的表型性状在至少一种遗传背景中(例如，在至少一个育种群体中)的差异表达相关联的DNA的区域。QTL的区域涵盖影响所考虑的性状的一个或多个基因或与其密切相关。

“参考序列”或“共有序列”是用作序列比较的基础的限定的序列。针对PHM标记的参考序列是通过在该基因座对多个品系测序、在序列比对程序(例如Sequencher)中比对核苷酸序列、然后获取比对中最普遍的核苷酸序列获得的。在共有序列中对个体序列间存在的多态性进行注释。参考序列通常不是任何个体DNA序列的确切拷贝，而是代表可用的序列的混合物并且被用于设计针对该序列内的多态性的引物和探针。

“重组频率”是两个基因座之间交换事件(重组)的频率。通过跟踪减数分裂期间标记和/或性状的分离，能够观察到重组频率。

“自交配”、“自花授粉”、或“自交”是育种者通过其使植物与其自身交配的过程；例如，第二代杂交体F2与其自身产生被命名为F2：3的子代。

“SNP”或“单核苷酸多态性”是指当基因组序列中的单个核苷酸(A、T、C、或G)被改变或变异时发生的序列变异。当SNP被作图至小麦基因组上的位点时，存在“SNP标记”。用于检测SNP的许多技术是本领域已知的，包括等位基因特异性杂交、引物延伸、直接测序、和诸如TaqMan^TM测定的实时PCR。

“转基因植物”是指在其细胞内包含外源多核苷酸的植物。一般来讲，外源多核苷酸被稳定地整合进基因组中，使得该多核苷酸传递至连续的世代。外源多核苷酸可单独地或作为重组表达盒的部分整合进基因组中。本文所用的“转基因”是指因外源核酸存在而已经改变了基因型的任何细胞、细胞系、愈伤组织、组织、植物部分或植物，包括初始进行此类改变的转基因生物体或细胞，以及从初始的转基因生物或细胞通过杂交或无性繁殖产生的那些转基因生物体或细胞。如本文所用，术语“转基因”不涵盖通过常规植物育种方法(例如，杂交)或通过诸如随机异花受精、非重组病毒感染、非重组细菌转化、非重组转座或自发突变之类的自然发生事件导致的基因组(染色体基因组或染色体外基因组)改变。

标记的“不利的等位基因”是与不利的植株表型一起分离，从而提供了鉴定能够被从育种程序或种质中去除的植物的有益效果的标记等位基因。

术语“载体”用于指将核酸片段转移进细胞的多核苷酸或其他分子。载体任选地包括介导载体的维持以及允许其预期的用途的部分(例如，复制所必需的序列、赋予药物或抗生素抗性的基因、多克隆位点、使得所克隆的基因能够表达的可操作地连接的启动子/增强子元件等)。载体经常来源于质粒、噬菌体、或植物或动物病毒。

术语“产量”是指有商业价值的特定植物产物每单位面积的生产能力。例如，小麦的产量通常以每季每英亩的种子蒲式耳数或每公顷的种子公吨数或者每英亩的穗或每穗的种子测量。产量受遗传和环境因素影响。产量是所有农学性状的最终结局。

在此转向实施例：

标记的鉴定。与所关注的性状相关联的单倍型和/或标记谱。

本领域中为人们所熟知的多种方法对于检测与所关注的性状(诸如抽穗期、开花期、花药挤出、和/或赤霉病抗性)共分离的分子标记或分子标记的集合是可用的。这些方法背后的基本思路是标记的选择，对于这些标记，可供选择的基因型(或等位基因)具有显著不同的平均表型。因此，人们在标记基因座之间对可供选择的基因型(或等位基因)之间差异的量值或这种差异的显著性水平进行比较。性状基因被推测为位于具有最大的相关联的基因型差异的标记最近处。

用于检测所关注的性状基因座的两种此类方法是：1)基于群体的关联分析和2)常规的连锁分析。在基于群体的关联分析中，品系获得自具有多个奠基者的现有的群体，例如优良育种品系。基于群体的关联分析依赖于连锁不平衡(LD)的衰退以及下述理念：在非结构化的群体中，在如此多的随机交配的世代之后，将只保留控制所关注的性状的基因和与这些基因紧密连锁的标记之间的相关性。实际上，大多数现有的群体具有群体亚结构。因此，通过使用从基因组中随机分布的标记获得的数据，将个体分配至群体，从而使由各个群体(也被称为亚群)中的群体结构导致的不平衡最小化，结构化的关联方法的使用有助于控制群体结构。对于亚群中的每一品系，将表型值与在每一标记基因座的基因型(等位基因)进行比较。显著的标记-性状相关性表明标记基因座与参与该性状的表达的一个或多个基因座之间紧密邻近。

常规的连锁分析背后存在相同的原理；然而，LD是通过从少量的奠基者构建群体产生的。奠基者被选择为使所构建的群体内的多态性的水平最大化，并评估多态性位点具有给定表型的共分离的水平。多种统计方法已被用于鉴定显著的标记-性状相关性。一种此类方法是区间作图方法(Lander和Botstein，Genetics 121：185-199(1989))，在其中，对沿着基因图谱的许多位置(例如以1cM间隔)中的每一个，测试了控制所关注的性状的基因位于该位置的可能性。基因型/表型数据被用于针对每一测试位置计算LOD分数(可能性比率的对数)。当LOD分数超过阈值时，存在控制所关注的性状的基因位于基因图谱上的该位置(其将落于两个特定的标记基因座之间)的显著证据。

本公开提供了展示出与下列性状中的至少一种统计上显著的共分离的标记基因座：抽穗期、开花期、花药挤出、和/或赤霉病抗性，如通过基于群体的关联分析所测定的。对这些基因座或附加的连锁基因座的检测能够被用于标记辅助的小麦育种程序中，以产生具有有利的特性的植株。

与开花期、花药挤出、抽穗期和/或赤霉病抗性相关联的标记、单倍型 和/或标记谱。

开花期

如本文所用，开花期是花药实际吐出花粉的时期，通常在抽穗之后数天。授粉从穗的中央开始，并朝底部和顶部移动。“开花期”被指定为估计50％的穗具有从大约50％的花露出的花药(如通过可见的花药所证实的)的时期。

本文提供了与开花期相关联的标记的等位基因，并且所述等位基因包括：WSNP_KU_C16547_25454123；WSNP_EX_C2920_5385184；WSNP_EX_C10717_17456391；WSNP_JD_C1316_1891903；WSNP_BG263758B_TA_2_1；WSNP_EX_C3501_6408181；WSNP_BE404354B_TA_2_1；WSNP_EX_C10555_17237000；WSNP_KU_C6758_11757213；WSNP_JD_C6544_7697578；WSNP_EX_C36325_44308589；WSNP_EX_C2580_4800027；WSNP_EX_C10555_17235832；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_EX_C6590_11419735；WSNP_CAP11_C210_199161；WSNP_KU_C1818_3557408；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；和/或WSNP_EX_REP_C102795_87883062，以及与这些标记中的任一者连锁的任何标记。

在具体实施例中，与有利的开花期相关联的标记基因座的等位基因包括表6中示出的等位基因，并且包括，例如：(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因；(b)WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(c)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(e)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因；(f)WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因；(g)WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；(h)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因；和/或(i)WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

还提供了与有利的开花期相关联的多种单倍型或标记谱。此类单倍型能够包括如本文所公开的与有利的开花期相关联的标记基因座的任何组合，包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、13、14、15或更多种标记。与有利的开花期相关联的单倍型的非限制性实例示出在表6中，并且包括例如：(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因和WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(b)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因和WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(c)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因，WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因和WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；和/或(d)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因和WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

抽穗期

如本文所用，“抽穗期”是小麦的穗(穗状花序)从最后一枚叶鞘露出的时期。这在同一地块中，或甚至在主茎和分蘖之间并不是同时的，但它们将一般全部在几天内“抽穗”。如本文所用，“抽穗期”被指定为50％的穗已从叶鞘露出50％的时期。

本文提供了与抽穗期相关联的标记的等位基因，并且所述等位基因包括：WSNP_CAP7_C3472_1623955；WSNP_EX_REP_C108057_91436561；WSNP_CAP8_C458_368155；WSNP_EX_C16720_25268525；WSNP_RA_C32271_41304469；WSNP_EX_C25082_34346512；WSNP_EX_C55096_57733894；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_EX_C55096_57733841；WSNP_EX_C3096_5709369；WSNP_EX_REP_C67404_65986980；WSNP_BQ168706B_TA_2_2；WSNP_BQ168706B_TA_2_1；WSNP_EX_C8208_13870372；WSNP_JD_C17082_16025440；WSNP_EX_C21499_30644485；WSNP_EX_C3096_5709257；WSNP_BE489326B_TA_2_2；WSNP_JD_C4413_5541190；WSNP_EX_C57007_58898157；WSNP_EX_C10347_16946522；WSNP_KU_C7180_12403155；WSNP_BF201102A_TA_2_1；WSNP_EX_C43578_49857984；WSNP_KU_C7890_13513783；WSNP_EX_C57209_59016692；WSNP_JD_C12221_12509932；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_C19467_28423946；WSNP_EX_C8643_14488961；WSNP_EX_C1143_2194680；WSNP_RA_C14171_22234872；WSNP_EX_C53387_56639804；WSNP_KU_C28104_38042857；WSNP_CAP8_REP_C3844_1896355；WSNP_RA_C23253_32762188；WSNP_EX_C9971_16412345；WSNP_EX_C11106_18003332；WSNP_EX_C35861_43928486；WSNP_EX_C5547_9774453；WSNP_KU_C10377_17180909；WSNP_KU_C18538_27857915；WSNP_RA_C11420_18529863；WSNP_EX_C41347_48189975；WSNP_EX_C53387_56641291；WSNP_EX_C23509_32746909；WSNP_BE497845D_TA_1_1；WSNP_BE445508B_TA_2_2；WSNP_EX_C44049_50205457；WSNP_BE591466B_TA_2_1；WSNP_EX_C15084_23263641；WSNP_JD_C13903_13781269；WSNP_KU_C644_1332610；WSNP_EX_C35861_43926307；WSNP_EX_C5547_9772680；WSNP_KU_REP_C102220_89250165；WSNP_EX_C8802_14726148；WSNP_EX_C130_258776；WSNP_BE499016B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C69919_68881108；WSNP_EX_C361_708712；WSNP_KU_C1102_2211433；WSNP_RA_C323_681466；WSNP_EX_C916_1767286；WSNP_KU_C16295_25149034；WSNP_JD_C12087_12411036；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_KU_C16812_25759885；WSNP_JD_C5795_6955627；WSNP_EX_REP_C69342_68276256；WSNP_EX_C2718_5038582；WSNP_KU_C17726_26872129；WSNP_JD_C15974_5272598；WSNP_EX_C5239_9272511；WSNP_RA_C37745_45806931；WSNP_EX_REP_C105541_89932598；WSNP_EX_REP_C69526_68472665；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_EX_C1988_3742291；WSNP_EX_C19134_28056012；WSNP_JD_C7404_8500079；WSNP_EX_C8303_14001708；WSNP_EX_C9927_16346100；WSNP_JD_C4621_5757201；WSNP_BE591684B_TA_2_1；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_EX_REP_C101414_86780996；WSNP_EX_C29130_38196906；WSNP_RA_C17541_26430903；WSNP_JD_C12687_12877994；WSNP_EX_C10500_17163855；WSNP_EX_C2161_4059735；WSNP_EX_C5547_9774195；WSNP_EX_C4211_7606269；WSNP_EX_C6142_10746442；WSNP_EX_C12254_19575022；WSNP_RA_C2228_4310870；WSNP_RA_C12148_19539667；WSNP_KU_C8712_14751858；WSNP_EX_C34344_42677360；WSNP_RFL_CONTIG42364881643；WSNP_BE495786A_TA_2_1；WSNP_RA_REP_C71473_69552690；WSNP_BE490744B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C67660_66321934；WSNP_EX_C758_1488368；WSNP_EX_C12887_20427158；WSNP_EX_C33778_42210283；WSNP_RA_C10053_16636851；WSNP_EX_C31262_40077397；WSNP_KU_C854_1768062；WSNP_BE445431A_TD_2_2；WSNP_EX_REP_C101746_87053634；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_EX_REP_C104141_88935451；WSNP_EX_C44587_50598716；WSNP_EX_C741_1456698；WSNP_EX_REP_C103972_88799335；WSNP_EX_C3309_6096114；WSNP_RA_C7112_2318340；WSNP_RA_C2063_4012957；WSNP_EX_C42282_48900922；WSNP_EX_C53983_57032627；WSNP_EX_C34842_43092205；WSNP_EX_C5446_9616983；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_JD_C9902_10674725；WSNP_BE445348B_TA_2_1；WSNP_BE500291A_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C115803_95396724；WSNP_KU_REP_C72821_72480395；WSNP_EX_C3906_7086162；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C4605_8240189；WSNP_BF428726A_TA_2_5；WSNP_KU_C66980_66202298；WSNP_BE405599B_TA_2_1；WSNP_JD_C35319_26397591；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_CAP11_C827_513472；WSNP_EX_C29648_38653339；WSNP_KU_C854_1768346；WSNP_KU_C328_679106；WSNP_EX_C3096_5708642；WSNP_CAP7_C2282_1107112；WSNP_JD_C9902_10674626；WSNP_KU_C24239_34199356；WSNP_KU_C5071_9050628；WSNP_EX_C31830_40573624；WSNP_KU_REP_C101212_88410320；WSNP_KU_C39289_47757996；WSNP_EX_C19622_28607997；WSNP_EX_REP_C66733_65077608；WSNP_EX_C26818_36041748；WSNP_EX_C11684_18805687；WSNP_EX_C34344_42676379；WSNP_RA_C6788_11804894；WSNP_EX_C7756_13218814；WSNP_EX_C35861_43927741；WSNP_KU_C34643_43968242；WSNP_RA_REP_C75364_72953286；WSNP_EX_C5192_9203682；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C4710_8412517；WSNP_EX_REP_C66628_64934660；WSNP_CAP11_C1182_686503；WSNP_JD_C2863_3822253；WSNP_EX_C4927_8772847；WSNP_EX_C44049_50205904；WSNP_RFL_CONTIG2729_2446041；WSNP_BE496983B_TA_2_1；WSNP_KU_C30743_40542247；和/或WSNP_KU_REP_C103274_90057407，以及与这些标记中的任一者连锁的任何其他标记。

在具体实施例中，与有利的抽穗期相关联的标记基因座的等位基因包括表6中示出的等位基因中的至少一种，并且包括，例如：(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因；(b)WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因；(e)WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因；(f)WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因；(h)WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(i)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因；(j)WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；(k)WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因；(l)WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(n)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因；(o)WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因；(p)WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(s)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因；(t)WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因；(u)WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；(v)WSNP_EX_C741 1456698处的G等位基因；(w)WSNP_JD_C12687_2877994处的C等位基因；(x)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因；(y)WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因；(aa)WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因；(ab)WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因；(ad)WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(ae)WSNP_JD_C17082_6025440处的G等位基因；(af)WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因；(ag)WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；(ah)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因；(ai)WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因；(aj)WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因；(ak)WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因；(al)WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(an)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(ap)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(aq)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(ar)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(as)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(at)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(au)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因；(av)WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因；(aw)WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因；(ax)WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因；(ay)WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因；(az)WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因；(ba)WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因；(bc)WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因；(bd)WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(be)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因；(bf)WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因；(bg)WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(bh)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因；(bi)WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(bj)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因；(bk)WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因；(bl)WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因；(bm)WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因；(bn)WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因；(bo)WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因；(bp)WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(bq)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因；(br)WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因；(bs)WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因；(bt)WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因；(bu)WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因；(bv)WSNP_EXC4211_7606269处的T等位基因；(bw)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因；(bx)WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因；(by)WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因；(bz)WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因；(ca)WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因；(cb)WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因；(cd)WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；；(ce)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因；(cf)WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因；(eg)WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因；(ch)WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因；(ci)WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(cj)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因；(ck)WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(cl)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因；(cm)WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(en)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(cp)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因；(cq)WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因；(cs)WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(ct)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因；(eu)WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因；(cv)WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因；(ex)WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因；(cz)WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；(da)WSNP_REL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因；和/或(db)WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

还提供了与有利的抽穗期相关联的多种单倍型或标记谱。此类单倍型或标记谱能够包括如本文所公开的与有利的抽穗期相关联的标记基因座的任何组合，包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、13、14、15或更多种标记。与有利的抽穗期相关联的单倍型的非限制性实例示出于表6中，并且包括，例如：(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因和WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(b)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因、WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因、WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因、和WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(c)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因、WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；WSNP_RA_C12148_9539667处的G等位基因、WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因、和WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(d)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因和WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因、WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因和WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(e)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因、WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因、和WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；(f)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因和WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因；(g)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因、WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因、WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因、和WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(h)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因和WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(i)WSNP_JD_C17082_6025440处的G等位基因、WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因、和WSNP_JD_C9902_0674725处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因、WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因、WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因、WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因、和WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；(k)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、和WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(l)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因、WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因、WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因、WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因、WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因、WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因、和WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(m)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因、WSNP_KU_REP_272821_72480395处的T等位基因、和WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因、WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因、和WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(o)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因和WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(p)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因、WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因、WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因、WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因、WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因、WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因、和WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因、WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因、WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因、WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因、WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因、和WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；(r)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因、WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因、WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因、WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因、WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因、和WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；(s)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因、WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因、WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因、WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因、和WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(t)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因和WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(u)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因和WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(v)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因和WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(w)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因和WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(x)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因和WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(y)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因、WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因、WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因、WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因、和WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因和WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；和/或(aa)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因和WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

花药挤出

如本文所用，“花药挤出”是指由于小麦小穗的外稃和内稃响应于花药花丝的突然伸长而分离，所导致的花药的挤出。花药挤出在开花期间发生(Devries(1971)Euphytica 20：152-170)并且依赖于温度和湿度(即，低温和适当的湿度促进花药挤出，而高温和干旱使其减少)。

通过例如评估花药的保留(保留在小穗内的花药)和/或顿嵌的花药(部分挤出并顿嵌在小麦小穗的外稃和内稃之间)，能够评估花药的挤出，例如，如Graham和Browne(2009)Journal of Phytopathology 157：580-582中所述。

本文提供了来自与花药挤出相关联的标记的等位基因，并且所述等位基因包括WSNP_EX_REP_C66893_65301351以及与WSNP_EX_REP_C66893_65301351连锁的任何标记。

赤霉病抗性

植物抗性是由抗性和易感性的极端情况、以及中间的抗性表型的连续统一体组成的表型谱。对于寻求例如鉴定赋予抗性的基因座、针对抗性群体进行标记辅助选择、和使用种质渗入技术将抗性性状引入优良小麦品系的科学家，利用可再现的测定法评估这些中间表型是有价值的。

“赤霉病”或“FHB”是由镰孢属(Fusarium)的真菌物种的感染导致的真菌病害。在小麦中导致赤霉病的常见镰孢菌物种是禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)和黄色镰孢菌(Fusarium culmorum)。

“改善的抗性”是指植物显示出作为导致赤霉病的植物/真菌相互作用的结果的病害症状的降低。即，由真菌导致的损害被避免了，或者，由真菌导致的病害症状被最小化或减弱。因此，改善的对赤霉病的抗性能够导致对引起该病害的病原体的抑制、控制、和/或杀灭，或者，上述改善的抗性能够使赤霉病的病害症状降低至少约2％至至少约6％、至少约5％至约50％、至少约10％至约60％、至少约30％至约70％、至少约40％至约80％、或至少约50％至约90％或更多。因此，本文提供的方法能够被用于保护植物免受赤霉病侵害。

“耐受性”是指植物承受严重侵染而不显著地损失产量的能力。“抗性植物”或“抗性植物品种”不需具有对赤霉病的绝对的或完全的抗性。相反，“抗性植物”、“抗性植物品种”、或具有“改善的抗性”的植物或植物品种将具有比能与之相比的易感植物或品种的更高的对赤霉病的抗性水平。

对抗性小麦植株的筛选和选择可例如通过以下方式进行：在允许赤霉病的条件下使植株暴露于诸如禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)、粉红镰孢菌(F.roseum)、黄色镰孢菌(F.culmorum)等的真菌，并选择显示出对该病害的抗性的那些植株。多种测试法能够被用于测量改善的抗性。例如，能够存在对赤霉病的两种类型的抗性，I型和II型。I型抗性降低了初始感染的数量，并且能够通过在喷雾接种之后感染的小穗的数量被测量。II型抗性限制了感染的组织中真菌的传播，并且能够通过在穗的中央附近接种的初始感染部位(单个小穗)之外的在该穗中被感染的小穗的数量被测量。基于抗谷粒感染、降解霉菌毒素(DON和其他)或在FHB的存在下维持产量(耐受性)的能力，在一些小麦品系中还鉴定到其他类型的抗性或耐受性。

本文提供了与对赤霉病的抗性相关联的标记的等位基因，并且所述等位基因包括：WSNP_EX_C5550_9779698；WSNP_EX_C46670_52108070；WSNP_EX_C5060_8985678；WSNP_RA_C8484_14372815；WSNP_EX_C11976_19193550；WSNP_EX_C20975_30093113；WSNP_EX_C16581_25100502；WSNP_EX_C17452_26163465；WSNP_KU_C4951_8856170；WSNP_EX_C18733_27607958；WSNP_KU_C39862_48205590；WSNP_KU_C16938_25916279；WSNP_EX_REP_C67036_65492436；WSNP_JD_C4485_5618761；WSNP_KU_C16938_25916260；WSNP_JD_REP_C63201_40318622；WSNP_RA_C10861_17763060；WSNP_BE517627A_TA_2_1；WSNP_EX_C2592_4822528；WSNP_EX_C21092_30220342；WSNP_EX_C56928_58852277；WSNP_EX_C1064_2034431；WSNP_BE399936A_TA_2_1；WSNP_EX_C33196_41722217；WSNP_EX_C7091_12199032；WSNP_EX_C342_670415；WSNP_RA_C58188_60005934；WSNP_EX_C1064_2034518；WSNP_CD452951A_TA_2_1；WSNP_RA_C19083_28215239；WSNP_CAP7_C7742_3467376；WSNP_EX_C45617_51361414；WSNP_EX_C23720_32957892；WSNP_RA_C58188_60004916；WSNP_RA_REP_C106961_90622638；WSNP_EX_C21786_30948397；WSNP_CAP12_C5344_2430233；WSNP_EX_C20649_29731279；WSNP_EX_C1064_2034730；WSNP_EX_C21721_30882221；WSNP_KU_C44873_52048221；WSNP_EX_C11437_18454413；WSNP_EX_C3044_5620102；WSNP_EX_REP_C67635_66291944；WSNP_EX_REP_C67635_66292689；WSNP_CAP11_REP_C7339_3306558；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_BF293133A_TA_2_2；WSNP_BF292295A_TA_2_1；WSNP_KU_C18473_27773912；WSNP_KU_C663_1368085；WSNP_EX_C7021_12096881；WSNP_RA_REP_C72670_70836439；WSNP_EX_REP_C66331_64502558；WSNP_BE489326B_TA_2_1；WSNP_JD_REP_C63654_40605158；WSNP_JD_REP_C50820_34666611；WSNP_EX_C19773_28772235；WSNP_BE638137B_TA_2_2；WSNP_EX_C5461_9636197；WSNP_RA_C21347_30731133；WSNP_EX_REP_C68829_67704044；WSNP_RA_C21347_30731229；WSNP_EX_REP_C101757_87064771；WSNP_EX_REP_C101757_87065169；WSNP_KU_C38543_47157828；WSNP_EX_REP_C101757_87065032；WSNP_EX_C3838_6980909；WSNP_EX_C49211_53875600；WSNP_CAP11_C299_251533；WSNP_EX_C49211_53875575；WSNP_EX_REP_C68600_67449494；WSNP_EX_C9362_15546626；WSNP_RA_C20970_30293078；WSNP_RA_C20970_30293227；WSNP_EX_REP_C68600_67448893；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_REP_C68165_66935041；WSNP_EX_C16491_24996576；WSNP_EX_C15378_23638822；WSNP_EX_C9763_16125630；WSNP_EX_C3530_6459643；WSNP_EX_C3530_6459532；WSNP_EX_REP_C68165_66935014；WSNP_KU_C38351_47009610；WSNP_CAP11_C2142_1128735；WSNP_EX_C15378_23639387；WSNP_EX_REP_C68165_66935148；WSNP_KU_C38351_47009641；WSNP_EX_C52849_56297163；WSNP_BE490200B_TA_2_1；WSNP_EX_C31256_40071875；WSNP_RA_C14498_22667649；WSNP_EX_C5936_10412246；WSNP_CAP12_REP_C8688_3644383；WSNP_RA_C24962_34524602；WSNP_EX_C46160_51746546；WSNP_KU_C11690_19042937；WSNP_EX_C5744_10088287；WSNP_EX_C17349_26035281；WSNP_JD_REP_C63108_40258378；WSNP_EX_C5744_10087877；WSNP_KU_C1876_3666308；WSNP_EX_REP_C106072_90285324；WSNP_EX_C23716_32952372；WSNP_EX_C16836_25401702；WSNP_EX_C38198_45786860；WSNP_EX_C1146_2201722；WSNP_KU_C707_1465779；WSNP_RFL_CONTIG3854_4205716；WSNP_CAP11_REP_C6622_3044459；WSNP_EX_REP_C69954_68913284；WSNP_EX_REP_C69954_68913307；WSNP_EX_C46274_51831129；WSNP_EX_C351_689415；WSNP_RA_C31052_40235870；WSNP_RA_REP_C71101_69119989；WSNP_EX_REP_C69816_68774932；WSNP_EX_C10783_17555091；WSNP_KU_C18780_28136150；WSNP_EX_C5457_9631220；WSNP_CAP11_C1711_934478；WSNP_EX_C6611_11452297；WSNP_EX_C8386_14127329；WSNP_JD_C9040_9947841；WSNP_EX_C10231_16783750；WSNP_JD_C17128_16056425；WSNP_KU_C23598_33524490；WSNP_JD_C5757_6915127；WSNP_EX_C23968_33209660；WSNP_JD_C6974_8084450；WSNP_CAP7_C5487_2464864；WSNP_EX_C8360_14085858；WSNP_KU_C4067_7419106；WSNP_EX_C5267_9318903；WSNP_EX_C22753_31958639；WSNP_JD_C13086_13174510；WSNP_EX_C5457_9632050；WSNP_RA_C18364_27416387；WSNP_KU_C26784_36748247；WSNP_EX_REP_C69986_68942834；WSNP_BQ169669B_TA_2_2；WSNP_EX_C19582_28564743；WSNP_JD_C5919_7081809；WSNP_EX_C6611_11451949；WSNP_EX_C3201_5910659；WSNP_BE496826A_TA_2_3；WSNP_JD_C2180_3000498；WSNP_EX_C27373_36578273；WSNP_EX_C18800_27681277；WSNP_JD_C9360_10216526；WSNP_EX_C40060_47197384；WSNP_EX_C1279_2451582；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_EX_C15399_23662312；WSNP_EX_REP_C70299_69243835；WSNP_EX_C23968_33210344；WSNP_EX_C7172_12318529；WSNP_EX_C2723_5047696；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_CAP7_C1339_673581；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_REP_C69986_68942866；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_JD_C12088_12411845；WSNP_EX_C26747_35974837；WSNP_EX_C1146_2200823；WSNP_EX_REP_C67198_65702998；WSNP_CAP8_REP_C8295_3722232；WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007；WSNP_BQ168329A_TD_2_1；WSNP_EX_REP_C103505_88446868；WSNP_EX_C4094_7399975；WSNP_BG314532A_TA_2_1；WSNP_BF292596A_TA_1_3；WSNP_BF292596A_TA_1_1；WSNP_RA_C2027_3945764；WSNP_RA_REP_C69221_66574148；WSNP_EX_C17667_26408733；WSNP_EX_C16919_25506076；WSNP_EX_REP_C70593_69508988；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_KU_C14842_23275194；WSNP_EX_C2325_4355706；WSNP_EX_C10630_17338753；WSNP_KU_C53501_58106782；WSNP_EX_C4408_7939986；WSNP_KU_REP_C71567_71302010；WSNP_RFL_CONTIG2167_1484520；WSNP_EX_REP_C66407_64613374；WSNP_EX_C25755_35018674；WSNP_JD_C9360_10216330；WSNP_EX_REP_C67369_65940505；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_RFL_CONTIG3917_4326857；WSNP_JD_C626_945114；WSNP_EX_C11055_17927668；WSNP_EX_C6476_11246531；WSNP_EX_C15163_23357477；WSNP_EX_C5780_10153638；WSNP_JD_C119_190135；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_EX_C4548_8166555；WSNP_EX_REP_C68113_66877517；WSNP_EX_REP_C69266_68192954；WSNP_CAP11_C847_522893；WSNP_EX_C1279_2451699；WSNP_EX_C7316_12552186；WSNP_EX_REP_C68515_67349904；WSNP_JD_C3463_4479210；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C1790_3378771；WSNP_EX_C5378_9505533；WSNP_CAP7_C444_237594；WSNP_EX_C10630_17338703；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_EX_C8386_14128029；WSNP_JD_REP_C63942_40788045；WSNP_EX_C4661_8344663；WSNP_RA_C9209_15425473；WSNP_JD_C43389_30288993；WSNP_EX_C30969_39821293；WSNP_EX_C3738_6809767；WSNP_EX_REP_C103505_88447145；WSNP_EX_REP_C67897_66613415；WSNP_EX_C33765_42199371；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；WSNP_EX_C14248_22204549；WSNP_EX_REP_C66766_65123941；WSNP_CAP11_C3968_1874257；WSNP_EX_C15325_23565935；WSNP_KU_C10939_17975681；WSNP_EX_C41073_47987034；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C15325_23565794；WSNP_EX_REP_C67492_66096650；WSNP_EX_C21129_30256617；WSNP_EX_C31670_40433594；WSNP_EX_C2181_4089639；WSNP_CAP11_C923_558715；WSNP_KU_C8592_14575931；WSNP_BE490744A_TD_2_1；WSNP_JD_REP_C62985_40164465；WSNP_EX_C54655_57455562；WSNP_EX_C16295_24772663；WSNP_EX_C3940_7144946；WSNP_KU_C12698_20441325；WSNP_BF291549B_TA_1_1；WSNP_RA_C9738 16173810；WSNP_EX_C15325_23564654；WSNP_EX_C7705_13139890；WSNP_RA_C9738_16174002；WSNP_EX_C16295_24772702；WSNP_EX_C3887_7051325；WSNP_KU_C7471_12865509；和/或WSNP_CAP8_C6680_3136899，以及与这些标记中的任一者连锁的任何标记。

在具体实施例中，来自与改善的赤霉病抗性相关联的标记基因座的等位基因包括表6中所示出的等位基因中的至少一种，并且包括例如，(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(c)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因；(f)WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因；(h)WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因；(i)WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(k)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因；(l)WSNP_EX_C1197619193550处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因；(n)WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因；(o)WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(p)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因；(r)WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因；(s)WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因；(t)WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因；(u)WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因；(v)WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因；(w)WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(x)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因；(y)WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因；(z)WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因；(aa)WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(ab)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因；(ad)WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(ae)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因；(af)WSNP_BG_314532ATA21处的A等位基因；(ag)WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因；(ah)WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(aj)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因；(ak)WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因；(al)WSNP_RA_C1086117763060处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因；(an)WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因；(ap)WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(aq)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因；(ar)WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因；(as)WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(at)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因；(au)WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因；(av)WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(aw)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因；(ax)WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(ay)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因；(az)WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因；(ba)WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(bc)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因；(bd)WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(be)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因；(bf)WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(bg)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(bh)WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因；(bi)WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因；(bj)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(bk)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(bl)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(bm)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(bn)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(bo)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(bp)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(bq)WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因；(br)WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因；(bs)WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因；(bt)WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(bu)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因；(bv)WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(bw)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因；(bx)WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(by)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因；(bz)WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因；(ca)WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(cb)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因；(cc)WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(cd)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因；(ce)WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因；(cf)WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(eg)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因；(ch)WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(ci)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因；(cj)WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因；(ck)WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因；(cl)WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因；(cm)WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因；(en)WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(cp)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因；(cq)WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因；(cs)WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(ct)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因；(cu)WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因；(cv)WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因；(cx)WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因；(cz)WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(da)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因；(db)WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因；(dc)WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因；(dd)WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；(de)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因；(df)WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因；(dg)WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(dh)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因；(di)WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因；(dj)WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因；(dk)WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(dl)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因；(dm)WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(dn)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因；(do)WSNP_EX_C5744_1008828处的A等位基因；(dp)WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因；(dq)WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(dr)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因；(ds)WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因；(dt)WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(du)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因；(dv)WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(dw)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因；(dx)WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(dy)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因；(dz)WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因；(ea)WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因；(eb)WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因；(ec)WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因；(ed)WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因；(ee)WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因；(ef)WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因；(eg)WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因；(eh)WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因；(ei)WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(ej)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因；(ek)WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因；(el)WSNP_BQ_169669B_TA_2_2处的T等位基因；(em)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因；(en)WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因；和/或，(eo)WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

还提供了与改善的赤霉病抗性相关联的多种单倍型或标记谱。此类单倍型或标记谱能够包括如本文所公开的与改善的赤霉病抗性相关联的标记基因座的任何组合，包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、13、14、15或更多种标记。与改善的赤霉病抗性相关联的单倍型的非限制性实例示出于表6中，并且包括，例如，(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因和WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因和WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因和WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(d)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因、WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因、WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因、和WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因、WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因、WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因、WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因、和WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(f)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因、WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因、WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因、WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因、WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(g)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因、和WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(h)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因、和WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(i)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因、WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因、WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因、WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因、和WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(j)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因、WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因、WSNP_EX_C11437_8454413处的G等位基因、WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因、WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因、和WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(k)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(l)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因、WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因、和WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(m)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因和WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因、WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因、和WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(o)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因和WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(p)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(q)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因、WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因、WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因、WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因、和WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因和WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(s)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因和WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(t)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因、和WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(u)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因和WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(v)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因、WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因、和WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(w)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因和WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(x)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因、WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因、WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因、WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因、WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因、WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因、和WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(y)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因、WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因、和WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(z)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因、WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因、WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因、WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因、和WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(aa)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因、WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因、WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因、和WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；(ab)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因、WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因、和WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(ac)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因、WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因、WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因、和WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(ad)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因和WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(ae)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因、WSNP_EX_C5744_10088287处的A等位基因、WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(af)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因、WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因和WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(ag)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因和WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(ah)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因和WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因、WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因、WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因、WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因、WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因、WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因、WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因、WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因、WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因、和WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(aj)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因、WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因、和WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；和/或(ak)WSNP_EX_C351689415处的C等位基因、WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因、和WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

连锁的通常量度是性状共分离的频率。这能够以共分离的百分比(重组频率)或以厘摩(cM)表示。cM是遗传重组频率的量度单位。一cM等于在一个基因座的性状将由于经过一代的杂交而与在另一基因座的性状分离的1％的可能性(意味着这些性状99％的时间一起分离)。由于染色体距离与性状之间交换事件的频率大致成比例，存在与重组频率相关联的大概的物理距离。

标记基因座自身是性状，并且能够通过在分离过程中跟踪标记基因座，根据标准的连锁分析被评估。因此，一cM等于一个标记基因座由于经过一代的杂交而将与另一个基因座分离的1％的可能性。

标记与控制所关注的性状的基因越近，该标记作为针对所期望的性状的指示就越有效和有利。紧密连锁的基因座表现出约10％或更低、优选约9％或更低、更优选约8％或更低、更优选约7％或更低、更优选约6％或更低、更优选约5％或更低、更优选约4％或更低、更优选约3％或更低、以及更优选约2％或更低的基因座间交换频率。在高度优选的实施例中，相关的基因座(例如，标记基因座和靶基因座)表现出约1％或更低、例如约0.75％或更低、更优选约0.5％或更低、或甚至更优选约0.25％或更低的重组频率。因此，所述基因座相距约10cM、9cM、8cM、7cM、6cM、5cM、4cM、3cM、2cM、IcM、0.75cM、0.5cM或0.25cM或更近。换句话说，以使得两个基因座之间的重组以小于10％(例如，约9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.75％、0.5％、0.25％、或更低)的频率发生的距离位于相同染色体上的这样两个基因座，被称为是彼此“邻近的”。

用于使用所公开的标记、单倍型和/或标记谱鉴定和/或选择小麦植株的 方法

提供了通过在小麦植株、其部分、或种质中检测与开花期、抽穗期、花药挤出、和/或对赤霉病的抗性相关联的至少一种标记基因座，鉴定和/或选择小麦植株或种质的方法。

在一些实例中，所述检测包括扩增所述标记基因座或其部分中的至少一种并检测所得到的扩增的标记扩增子。在某些实例中，所述扩增包括：(a)使扩增引物或扩增引物对与从第一小麦植株或种质分离的核酸混合，其中所述引物或引物对与标记基因座的至少一部分互补或部分互补，并且能够通过DNA聚合酶使用小麦核酸作为模板引发DNA聚合；以及，(b)在包含DNA聚合酶和模板核酸的DNA聚合反应中延伸所述引物或引物对，以生成至少一种扩增子。

在一些实例中，所述方法利用了表I中的靶区域或它们的部分。表I提供了与开花期显著地相关联的来自小麦的SNP标记。表I中的SEQ ID NO：1-19包含小麦基因组的区域的核苷酸序列，所述小麦基因组包含了与开花期相关联的多态性，并且这些序列中的每一个或它们的部分能够被单独地或组合地用作探针或引物，用于检测相应的标记基因座。

在一些特定的实例中，所述方法包括扩增选自SEQ ID NO：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、和/或19的一个或多个基因组区域的至少一部分。在其他实例中，所述引物或引物对包含如SEQ ID NO：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、和/或19中的任何一个多多个中所示出的一个或多个基因组区域的至少一部分，使得所述引物对与所述标记基因座的至少一部分互补或部分互补，并且能够通过DNA聚合酶使用小麦核酸作为模板引发DNA聚合。

在某些其他实例中，所述检测还包括提供适用于所关注的标记基因座的检测的可检测的探针。在某些实例中，用于检测的探针包含具有表1中所示出的一个或多个序列或它们的部分(即，SEQ ID NO：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、和/或19或它们的部分中的任一者)的至少一部分的核酸序列。

在特定实施例中，提供了方法，所述方法提供了对与有利的开花期相关联的至少一种标记基因座的等位基因的扩增和/或检测，其中被扩增和/或检测的标记基因座包括表6中所示出的至少一个等位基因，并且包括，例如：(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因；(b)WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(c)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(e)WSNP_BG_263758B_TA_2_1处的G等位基因；(f)WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因；(g)WSNP_JD_C13161891903处的T等位基因；(h)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因；和/或(i)WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

还提供了方法，所述方法提供了对与有利的开花期相关联的多种单倍型或标记谱的扩增和/或检测。此类方法包括对如表6中所示出的与有利的开花期相关联的至少一种单倍型的扩增和/或检测，并且包括，例如，对如下等位基因的扩增和/或检测：(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因和WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(b)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因和WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(c)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因，WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因和WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；和/或(d)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因和WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

因此，在特定实施例中，提供了鉴定表现出有利的开花期的小麦植株的方法，所述方法包括：(a)从小麦植株获取遗传物质；以及，(B)针对本文所公开的标记基因座的至少一种等位基因的存在分析所述遗传物质或针对表6中所公开的至少一种单倍型的存在分析所述遗传物质，其中所述等位基因或所述单倍型与有利的开花期相关联，所述等位基因或所述单倍型的存在通过对该等位基因或该单倍型的检测被测定，以及选择表现出有利的开花期的小麦植株。

在一些实例中，所述方法利用了表2中的靶区域或它们的部分。表2提供了与抽穗期显著地相关联的来自小麦的SNP标记。表2中的SEQ IDNO：276-449包含小麦基因组的区域的核苷酸序列，所述小麦基因组包含了与抽穗期相关联的多态性，并且这些序列中的每一个或它们的部分能够被单独地或组合地用作探针或引物，用于检测相应的标记基因座。

在一些特定的实例中，所述方法包括扩增选自下述的一个或多个基因组区域的至少一部分：SEQ ID NO：276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、13、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、和/或449。

在其他实例中，所述引物或引物对包含如下述中的任一者或多者中所示出的一个或多个基因组区域的至少一部分：SEQ ID NO：276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、和/或449，使得所述引物对与所述标记基因座的至少一部分互补或部分互补，并且能够通过DNA聚合酶使用小麦核酸作为模板引发DNA聚合。

在某些其他实例中，所述检测还包括提供适用于检测所关注的标记基因座的可检测的探针。在某些实例中，用于检测的探针包含具有表2中所示出的一个或多个序列或它们的部分(即，SEQ ID NO：276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、和/或449中的任一者或它们的部分)的至少一部分的核酸序列。

在特定实施例中，提供了方法，所述方法提供了对与有利的抽穗期相关联的至少一种标记基因座的等位基因的扩增和/或检测，其中被扩增和/或检测的标记基因座包括表6中所示出的至少一个等位基因，并且包括，例如：(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因；(b)WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因；(e)WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因；(f)WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因；(h)WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(i)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因；(j)WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；(k)WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因；(l)WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(n)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因；(o)WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因；(p)WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(s)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因；(t)WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因；(u)WSNP_CAP8_C458-368155处的C等位基因；(v)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因；(w)WSNP_JD_C12687_2877994处的C等位基因；(x)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因；(y)WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因；(aa)WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因；(ab)WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_C8802_4726148处的C等位基因；(ad)WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(ae)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因；(af)WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因；(ag)WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；(ah)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因；(ai)WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因；(aj)WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因；(ak)WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因；(al)WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(an)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(ap)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(aq)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(ar)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(as)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(at)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(au)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因；(av)WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因；(aw)WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因；(ax)WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因；(ay)WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因；(az)WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因；(ba)WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因；(bc)WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因；(bd)WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(be)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因；(bf)WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因；(bg)WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(bh)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因；(bi)WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(bj)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因；(bk)WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因；(bl)WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因；(bm)WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因；(bn)WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因；(bo)WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因；(bp)WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(bq)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因；(br)WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因；(bs)WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因；(bt)WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因；(bu)WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因；(bv)WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；(bw)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因；(bx)WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因；(by)WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因；(bz)WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因；(ca)WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因；(cb)WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因；(cd)WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；(ce)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因；(cf)WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因；(cg)WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因；(ch)WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因；(ci)WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(cj)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因；(ck)WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(cl)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因；(cm)WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(cn)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(cp)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因；(cq)WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因；(cs)WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(ct)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因；(cu)WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因；(cv)WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因；(ex)WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因；(cz)WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；(da)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因；和/或(db)WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

还提供了方法，所述方法提供了对与有利的抽穗期相关联的多种单倍型或标记谱的扩增和/或检测。此类方法包括对如表6中所示出的与有利的抽穗期相关联的至少一种单倍型的扩增和/或检测，并且包括，例如，对下述等位基因的扩增和/或检测：(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因和WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(b)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因、WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因、WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因和WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(c)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因、WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因、WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因、和WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(d)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因和WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因、WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因和WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(e)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因、WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因、和WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；(f)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因和WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因。(g)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因、WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因、WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因、和WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(h)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因和WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(i)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因、WSNP_JD_C9902_0674626处的T等位基因、和WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因、WSNP_BQ_168706B_TA_2_2处的G等位基因、WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因、WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因、和WSNP_BQ_168706B_TA_2_1处的T等位基因；(k)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、和WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(l)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因、WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因、WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因、WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因、WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因、WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因、和WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(m)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因、WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因、和WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因、WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因、和WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(o)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因和WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(p)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因、WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因、WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因、WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因、WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因、WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因、和WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因、WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因、WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因、WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因、WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因、和WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；(r)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因、WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因、WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因、WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因、WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因、和WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；(s)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因、WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因、WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因、WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因、和WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(t)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因和WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(u)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因和WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(v)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因和WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(w)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因和WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(x)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因和WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(y)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因、WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因、WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因、WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因、和WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因和WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；和/或，(aa)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因和WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

因此，在特定实施例中，提供了鉴定表现出有利的抽穗期的小麦植株的方法，并且所述方法包括：(a)从小麦植株获取遗传物质；以及，(B)针对本文所公开的标记基因座的至少一种等位基因的存在分析所述遗传物质或针对表6中所公开的至少一种单倍型的存在分析所述遗传物质，其中所述等位基因或所述单倍型与有利的抽穗期相关联，所述等位基因或所述单倍型的存在通过对该等位基因或该单倍型的检测被测定，以及选择表现出有利的抽穗期的小麦植株。

在一些实例中，所述方法利用了表3中的靶区域或它们的部分。表3提供了与对赤霉病的抗性显著地相关联的来自小麦的SNP标记。表3中的SEQ ID NO：20-275包含小麦基因组的核苷酸序列，所述小麦基因组包含了与赤霉病抗性相关联的多态性，并且这些序列中的每一个或它们的部分能够被单独地或组合地用作探针或引物，用于检测相应的标记基因座。

在一些特定的实例中，所述方法包括扩增选自下述的一个或多个基因组区域的至少一部分：SEQ ID NO：20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、271、272、273、274、和/或275。

在其他实例中，所述引物或引物对包含如下述中的任一者或多者中所示出的一个或多个基因组区域的至少一部分：SEQ ID NO：20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、271、272、273、274、和/或275，使得所述引物对与所述标记基因座的至少一部分互补或部分互补，并且能够通过DNA聚合酶使用小麦核酸作为模板引发DNA聚合。

在某些其他实例中，所述检测还包括提供适用于检测所关注的至少一个标记基因座的可检测的探针。在某些实例中，用于检测的探针包含具有表3中所示出的一个或多个序列或它们的部分(即，SEQ ID NO：20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、271、272、273、274、和/或275中的任一者或它们的部分)的至少一部分的核酸序列。

在特定实施例中，提供了方法，所述方法提供了对与改善的赤霉病抗性相关联的至少一种标记基因座的等位基因的扩增和/或检测，其中被扩增和/或检测的标记基因座包括表6中所示出的至少一个等位基因，并且包括，例如：(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(c)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因；(f)WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因；(h)WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因；(i)WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(k)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因；(l)WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因；(n)WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因；(o)WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(p)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因；(r)WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因；(s)WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因；(t)WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因；(u)WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因；(v)WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因；(w)WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(x)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因；(y)WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因；(z)WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因；(aa)WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(ab)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因；(ad)WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(ae)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因；(af)WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因；(ag)WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因；(ah)WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(aj)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因；(ak)WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因；(al)WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C11437_8454413处的G等位基因；(an)WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因；(ap)WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(aq)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因；(ar)WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因；(as)WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(at)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因；(au)WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因；(av)WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(aw)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因；(ax)WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(ay)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因；(az)WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因；(ba)WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(bc)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因；(bd)WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(be)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因；(bf)WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(bg)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(bh)WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因；(bi)WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因；(bj)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(bk)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(bl)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(bm)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(bn)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(bo)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(bp)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(bq)WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因；(br)WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因；(bs)WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因；(bt)WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(bu)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因；(bv)WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(bw)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因；(bx)WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(by)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因；(bz)WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因；(ca)WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(cb)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因；(cc)WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(cd)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因；(ce)WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因；(cf)WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(eg)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因；(eh)WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(ci)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因；(cj)WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因；(ck)WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因；(cl)WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因；(cm)WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因；(en)WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(cp)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因；(cq)WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因；(cs)WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(ct)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因；(cu)WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因；(cv)WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因；(ex)WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因；(cz)WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(da)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因；(db)WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因；(dc)WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因；(dd)WSNP_EX_C15378-23639387处的A等位基因；(de)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因；(df)WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因；(dg)WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(dh)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因；(di)WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因；(dj)WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因；(dk)WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(dl)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因；(dm)WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(dn)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因；(do)WSNP_EX_C5744_1008828处的A等位基因；(dp)WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因；(dq)WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(dr)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因；(ds)WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因；(dt)WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(du)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因；(dv)WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(dw)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因；(dx)WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(dy)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因；(dz)WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因；(ea)WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因；(eb)WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因；(ec)WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因；(ed)WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因；(ee)WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因；(ef)WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因；(eg)WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因；(eh)WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因；(ei)WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(ej)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因；(ek)WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因；(el)WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；(em)20WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因；(en)WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因；和/或，(eo)WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

还提供了方法，所述方法提供了对与改善的赤霉病抗性相关联的多种单倍型或标记谱的扩增和/或检测。此类方法包括对如表6中所示出的与改善的赤霉病抗性相关联的至少一种单倍型的扩增和/或检测，并且包括，例如，对下述等位基因的扩增和/或检测：(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因和WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因和WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因和WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(d)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因、WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因、WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因、和WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因、WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因、WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因、WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因、和WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(f)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因、WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因、WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因、WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因、WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(g)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因、和WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(h)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因、和WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(i)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因、WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因、WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因、WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因、和WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(j)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因、WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因、WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因、WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因、WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因、和WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(k)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(l)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因、WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因、和WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(m)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因和WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因、WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因、和WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(o)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因和WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(p)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(q)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因、WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因、WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因、WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因、和WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因和WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(s)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因和WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(t)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(u)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因和WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(v)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因、WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因、和WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(w)WSNP_RA_C21347_0731229处的G等位基因和WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(x)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因、WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因、WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因、WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因、WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因、WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因、和WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(y)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因、WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因、和WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(z)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因、WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因、WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因、WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因、和WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(aa)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因、WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因、WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因、和WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；(ab)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因、WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因、和WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(ac)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因、WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因、WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因、和WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(ad)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因和WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(ae)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因、WSNP_EX_C5744_10088287处的A等位基因、WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(af)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因、WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因、和WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(ag)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因和WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(ah)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因和WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因、WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因、WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因、WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因、WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因、WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因、WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因、WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因、WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因、和WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(aj)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因、WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因、和WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；和/或(ak)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因、WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因、和WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

因此，在特定实施例中，提供了鉴定表现出改善的赤霉病抗性的小麦植株的方法，并且所述方法包括：(a)从小麦植株获取遗传物质；以及，(B)针对本文所公开的标记基因座的至少一种等位基因的存在分析所述遗传物质或针对表6中所公开的至少一种单倍型的存在分析所述遗传物质，其中所述等位基因或所述单倍型与改善的赤霉病抗性相关联，所述等位基因或所述单倍型的存在通过对该等位基因或该单倍型的检测被测定，以及选择表现出改善的赤霉病抗性的小麦植株。

在一些实例中，所述方法利用了表4中的靶区域或它们的部分。表4提供了与花药挤出显著地相关联的来自小麦的SNP标记。表4中的SEQ IDNO：450包含小麦基因组的区域的核苷酸序列，所述小麦基因组包含了与花药挤出相关联的多态性，并且该序列或其部分能够被单独地或组合地用作探针或引物，用于检测相应的标记基因座。

在一些特定实例中，所述方法包括扩增SEQ ID NO：450的基因组区域的至少一部分。在其他实例中，所述引物或引物对包含如SEQ ID NO：450中所示出的基因组区域的至少一部分，使得所述引物对与所述标记基因座的至少一部分互补或部分互补，并且能够通过DNA聚合酶使用小麦核酸作为模板引发DNA聚合。

在某些其他实例中，所述检测还包括提供适用于检测所关注的标记基因座的可检测的探针。在某些实例中，用于检测的探针包含具有表4中所示出的一个或多个序列或它们的部分(即，SEQ ID：450或其部分)的至少一部分。

因此，在特定实施例中，提供了鉴定表现出有利的花药挤出的小麦植株的方法，并且所述方法包括：(a)从小麦植株获取遗传物质；以及，(B)针对本文所公开的标记基因座的至少一种等位基因的存在分析所述遗传物质或针对表6中所公开的至少一种单倍型的存在分析所述遗传物质，其中所述等位基因或所述单倍型与花药挤出相关联，所述等位基因或所述单倍型的存在通过对该等位基因或该单倍型的检测被测定，以及选择表现出有利的花药挤出的小麦植株。

标记辅助选择

分子标记能够被用于多种植物育种应用中(例如，参见Staub等人(1996)Hortscience 31：729-741；Tanksley(1983)Plant Molecular BiologyReporter.1：3-8)。所关注的主要领域中之一是利用标记辅助选择(MAS)提高回交和基因的种质渗入的效率。展示与影响所期望的表型性状的基因座连锁的分子标记，提供了用于在植物群体中选择该性状的有用工具。在表型难以测定的情况下尤其如此，例如，许多病害抗性性状。由于DNA标记检测与大田表型测定相比较不费力并且占用较少的实体空间，能够测定大得多的群体，提高了发现具有从供体品系转移至受体品系的靶片段的重组体的可能性。连锁越紧密，标记越有用，因为重组越不可能在标记和导致性状的基因之间发生(这能够导致假阳性)。具有侧翼标记降低了假阳性选择发生的可能性，因为将需要双重重组事件。理想的情况是具有在基因自身中的标记，使得重组不能够在标记和基因之间发生。此类标记被称为“最佳标记”。

当基因通过MAS渗入时，不仅该基因被引入，其侧翼区域也被引入(Gepts.(2002).Crop Sci；42：1780-1790)。这被称为“连锁累赘”。在供体植株与受体植株高度不相关的情况下，这些侧翼区域携带可能编码农学上不可取的性状的附加的基因。即使在与优良品系的多个周期的回交之后，这种“连锁累赘”也可能导致降低的产量或其他负面的农学特性。这有时也被称为“产量抑制”。通过另外的回交能够减小侧翼区域的大小，但这不一定成功，因为育种人员不能控制所述区域的大小或重组断裂点(Young等人(1998)Genetics 120：579-585)。在经典的育种中，被选择的重组体有助于供体片段大小的减小经常仅是偶然(Tanksley等人(1989).Biotechnology 7：257-264)。在这种类型的回交中，即使在20轮回交之后，人们仍可预期发现相当大的供体染色体片段与被选择的基因相连。然而，使用标记，有可能选择在所关注的基因附近经历了重组的那些罕见个体。在150个回交植株中，基于单一减数分裂图谱距离，有95％的可能性至少一个植株将在所述基因的1cM内经历交换。标记将允许对这些个体的明确鉴定。在有300个植株的附加的回交时，有95％的可能性在所述基因的另一侧1cM单一减数分裂图谱距离内有交换，产生基于单一减数分裂图谱距离小于2cM的靶基因周围的片段。使用标记，这能够在两代内实现，而没有标记将需要平均100代(参见Tanksley等人，同上文)。当基因的确切位置已知时，该基因周围的侧翼标记能够被用于选择不同群体大小中的重组。例如，在较小的群体大小，可预期重组距离所述基因较远，因此检测该重组将需要更为远侧的侧翼标记。

SSR能够被定义为具有6bp或更小的长度的相对短的随机重复DNA(Tautz(1989)Nucleic Acid Research 17：6463-6471；Wang等人(1994)Theoretical and Applied Genetics，88：1-6)。多态性由于重复单元的数量变化而产生，这可能是由DNA复制过程中的滑移导致的(Levinson和Gutman(1987)Mol Biol Evol 4：203-221)。通过针对保守的非重复的侧翼区域设计PCR引物，可检测重复长度的变化(Weber和May(1989)Am J Hum Genet.44：388-396)。SSR高度适合作图和MAS，因为它们是多等位基因的、共显性的、可复制的并且适合高通量自动化检测(Rafalski等人(1996)Generating and using DNA markers in plants.载于：Non-mammalian genomicanalysis：a practical guide.Academic press第75-135页)。

能够生成多种类型的SSR标记，并且通过扩增产物的凝胶电泳能够获得SSR谱。标记基因型的评分是基于扩增片段的大小。

还能够生成多种类型的FLP标记。最常见地，扩增引物被用于生成片段长度多态性。此类FLP标记在很多方面与SSR标记相似，不同的是通过所述引物扩增的区域通常不是高度重复的区域。尽管如此，所扩增的区域或扩增子将在种质之间具有足够的变异性(通常是由于插入或删除)，使得通过扩增引物产生的片段能够在多态性的个体之间被区分。

SNP标记检测单碱基对核苷酸取代。在所有的分子标记类型中，SNP是最丰富的，因此具有提供最高的基因图谱分辨率的潜能(Bhattramakki等人2002Plant Molecular Biology 48：539-547)。以所谓“超高通量”的方式，SNP能够以甚至比SSR更高的通量水平被测定，因为它们不需要大量的DNA，并且检测的自动化能够简捷地进行。而且，SNP肯定是相对低成本的体系。这三项因素一起使得SNP在MAS中的使用非常有吸引力。对于SNP基因分型，有多种方法可用，包括但不限于杂交、引物延伸、寡核苷酸连接、核酸酶裂解、微测序和编码微球。此类方法综述于：Gut(2001)Hum Mutat 17第475-492页；Shi(2001)Clin Chem 47，第164-172页；Kwok(2000)Pharmacogenomics I，第95-100页；Bhattramakki和Rafalski(2001)Discovery and application of single nucleotide polymorphism markers inplants.载于：R.J.Henry编辑，Plant Genotyping：The DNA Fingerprinting ofPlants，CABI Publishing，Wallingford。各种各样的可商购获得的技术利用这些以及其他的方法来检测SNP，包括Masscode.TM.(Qiagen)、(Third Wave Technologies)和Invader(AppliedBiosystems)、(Applied Biosystems)和(Illumina)。

一段序列内、或跨越连锁的序列的多个SNP一起，能够被用于描述就任何特定基因型而言的单倍型(Ching等人(2002)，BMC Genet.3：19ppGupta等人，2001，Rafalski(2002b)，Plant Science 162：329-333)。单倍型能够比单个SNP更具信息，并且更能够描述任何特定的基因型。例如，对于具有有利的表型的特定品系或品种，单个SNP可以是等位基因“T”，但等位基因“T”可能在被用作回交亲本的小麦育种群体中也存在。在这种情况下，单倍型，例如连锁的SNP标记处的等位基因的组合，能够更具信息。一旦对供体染色体区域指定了一种独特的单倍型，该单倍型即能够在该群体或其任何子群体中被用于确定个体是否具有特定的基因。参见，例如，WO2003054229。本领域的普通技术人员已知的自动化高通量标记检测平台的使用使得该过程高效率且有效。

其他类型的分子标记也被广泛地使用，包括但不限于表达序列标签(EST)、来源于EST序列的SSR标记、随机扩增多态性DNA(RAPD)、和其他基于核酸的标记。同功酶谱和相关联的形态学特性在一些情况下也能够被间接用作标记。虽然它们不直接检测DNA差异，但它们经常受特定遗传差异影响。然而，与同功酶或形态学标记相比，检测DNA变异的标记要多得多并且更具多态性)Tanksley(1983)Plant MolecularBiology Reporter 1：3-8)。

序列比对或重叠群也可被用于发现本文所列出的特异性标记上游或下游的序列。然后，靠近本文所述的标记的这些新的序列被用于发现和开发功能上等同的标记。

一般来讲，MAS使用已经被鉴定为具有与表型(诸如开花期、抽穗期、花药挤出、和赤霉病抗性)共分离的显著可能性的多态性标记。此类标记推测定位在赋予植物特定表型(或性状)的一个或多个基因的附近，并且被认为是所期望的性状或标记的指示。针对所述标记中所期望的等位基因的存在测试植物，并且在一个或多个基因座处包含所期望的基因型的植株被预期将所期望基因型与所期望的表型一起传至它们的子代。因此，通过检测位于一个或多个标记基因座处的等位基因，能够选择具有有利的表型的植株，此外，来源于这些植株的子代植株也能够被选择。如此，获得了在给定的染色体区域包含所期望的基因型的植株，然后将其与其他植株杂交。然后，将利用一个或多个标记遗传型上评估此类杂交的子代，并且在给定的染色体区域中具有相同基因型的子代植株随后将被鉴定为具有有利的或不利的表型。

本文鉴定的标记能够单独地或组合地被用于MAS中，以选择具有有利的表型的小麦植株。

植株

提供了通过上述方法鉴定和/或选择的植株，所述植株包括小麦植株、种子、组织培养物、变体和突变体。在一些实例中，提供了在选自下列的一个或多个标记基因座处包含有利的等位基因的植株：WSNP_KU_C16547_25454123；WSNP_EX_C2920_5385184；WSNP_EX_C10717_17456391；WSNP_JD_C1316_1891903；WSNP_BG263758B_TA_2_1；WSNP_EX_C3501_6408181；WSNP_BE404354B_TA_2_1；WSNP_EX_C10555_17237000；WSNP_KU_C6758_11757213；WSNP_JD_C6544_7697578；WSNP_EX_C36325_44308589；WSNP_EX_C2580_4800027；WSNP_EX_C10555_17235832；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_EX_C6590_11419735；WSNP_CAP11_C210_199161；WSNP_KU_C1818_3557408；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；和/或WSNP_EX_REP_C102795_87883062。

还提供了小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，其包含，例如(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因；(b)WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(c)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(e)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因；(f)WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因；(g)WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；(h)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因；或(i)WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。在另一个实施例中，提供了包含与有利的开花期相关联的至少一种单倍型的小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，所述单倍型如表6中所示出并且包括，例如，(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因和WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；(b)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因和WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；(c)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因，WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因和WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；和/或(d)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因和WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

提供了通过上述方法鉴定和/或选择的植株，所述植株包括小麦植株、种子、组织培养物、变体和突变体。在一些实例中，提供了在选自下列的一个或多个标记基因座处包含有利的等位基因的植株：WSNP_CAP7_C3472_1623955；WSNP_EX_REP_C108057_91436561；WSNP_CAP8_C458_368155；WSNP_EX_C16720_25268525；WSNP_RA_C32271_41304469；WSNP_EX_C25082_34346512；WSNP_EX_C55096_57733894；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_EX_C55096_57733841；WSNP_EX_C3096_5709369；WSNP_EX_REP_C67404_65986980；WSNP_BQ168706B_TA_2_2；WSNP_BQ168706B_TA_2_1；WSNP_EX_C8208_13870372；WSNP_JD_C17082_6025440；WSNP_EX_C21499_30644485；WSNP_EX_C3096_5709257；WSNP_BE489326B_TA_2_2；WSNP_JD_C4413_5541190；WSNP_EX_C57007_58898157；WSNP_EX_C10347_16946522；WSNP_KU_C7180_12403155；WSNP_BF201102A_TA_2_1；WSNP_EX_C43578_49857984；WSNP_KU_C7890_13513783；WSNP_EX_C57209_59016692；WSNP_JD_C12221_12509932；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_C19467_28423946；WSNP_EX_C8643_14488961；WSNP_EX_C1143_2194680；WSNP_RA_C14171_22234872；WSNP_EX_C53387_56639804；WSNP_KU_C28104_38042857；WSNP_CAP8_REP_C3844_1896355；WSNP_RA_C23253_32762188；WSNP_EX_C9971_16412345；WSNP_EX_C11106_18003332；WSNP_EX_C35861_43928486；WSNP_EX_C5547_9774453；WSNP_KU_C10377_17180909；WSNP_KU_C18538_27857915；WSNP_RA_C11420_18529863；WSNP_EX_C41347_48189975；WSNP_EX_C53387_56641291；WSNP_EX_C23509_32746909；WSNP_BE497845D_TA_1_1；WSNP_BE445508B_TA_2_2；WSNP_EX_C44049_50205457；WSNP_BE591466B_TA_2_1；WSNP_EX_C15084_23263641；WSNP_JD_C13903_13781269；WSNP_KU_C644_1332610；WSNP_EX_C35861_43926307；WSNP_EX_C5547_9772680；WSNP_KU_REP_C102220_89250165；WSNP_EX_C8802_14726148；WSNP_EX_C130_258776；WSNP_BE499016B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C69919_68881108；WSNP_EX_C361_708712；WSNP_KU_C1102_2211433；WSNP_RA_C323_681466；WSNP_EX_C916_1767286；WSNP_KU_C16295_25149034；WSNP_JD_C12087_12411036；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_KU_C16812_25759885；WSNP_JD_C5795_6955627；WSNP_EX_REP_C69342_68276256；WSNP_EX_C2718_5038582；WSNP_KU_C17726_26872129；WSNP_JD_C15974_15272598；WSNP_EX_C5239_9272511；WSNP_RA_C37745_45806931；WSNP_EX_REP_C105541_89932598；WSNP_EX_REP_C69526_68472665；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_EX_C1988_3742291；WSNP_EX_C19134_28056012；WSNP_JD_C7404_8500079；WSNP_EX_C8303_14001708；WSNP_EX_C9927_16346100；WSNP_JD_C4621_5757201；WSNP_BE591684B_TA_2_1；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_EX_REP_C101414_86780996；WSNP_EX_C29130_38196906；WSNP_RA_C17541_26430903；WSNP_JD_C12687_12877994；WSNP_EX_C10500_17163855；WSNP_EX_C2161_4059735；WSNP_EX_C5547_9774195；WSNP_EX_C4211_7606269；WSNP_EX_C6142_10746442；WSNP_EX_C12254_19575022；WSNP_RA_C2228_4310870；WSNP_RA_C12148_19539667；WSNP_KU_C8712_14751858；WSNP_EX_C34344_42677360；WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643；WSNP_BE495786A_TA_2_1；WSNP_RA_REP_C71473_69552690；WSNP_BE490744B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C67660_66321934；WSNP_EX_C758_1488368；WSNP_EX_C12887_20427158；WSNP_EX_C33778_42210283；WSNP_RA_C10053_16636851；WSNP_EX_C31262_40077397；WSNP_KU_C854_1768062；WSNP_BE445431A_TD_2_2；WSNP_EX_REP_C101746_87053634；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_EX_REP_C104141_88935451；WSNP_EX_C44587_50598716；WSNP_EX_C741_1456698；WSNP_EX_REP_C103972_88799335；WSNP_EX_C3309_6096114；WSNP_RA_C7112_12318340；WSNP_RA_C2063_4012957；WSNP_EX_C42282_48900922；WSNP_EX_C53983_57032627；WSNP_EX_C34842_43092205；WSNP_EX_C5446_9616983；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_JD_C9902_10674725；WSNP_BE445348B_TA_2_1；WSNP_BE500291A_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C115803_95396724；WSNP_KU_REP_C72821_72480395；WSNP_EX_C3906_7086162；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C4605_8240189；WSNP_BF428726A_TA_2_5；WSNP_KU_C66980_66202298；WSNP_BE405599B_TA_2_1；WSNP_JD_C35319_26397591；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_CAP11_C827_513472；WSNP_EX_C29648_38653339；WSNP_KU_C854_1768346；WSNP_KU_C328_679106；WSNP_EX_C3096_5708642；WSNP_CAP7_C2282_1107112；WSNP_JD_C9902_10674626；WSNP_KU_C24239_34199356；WSNP_KU_C5071_9050628；WSNP_EX_C31830_40573624；WSNP_KU_REP_C101212_88410320；WSNP_KU_C39289_47757996；WSNP_EX_C19622_28607997；WSNP_EX_REP_C66733_65077608；WSNP_EX_C26818_36041748；WSNP_EX_C11684_8805687；WSNP_EX_C34344_42676379；WSNP_RA_C6788_11804894；WSNP_EX_C7756_13218814；WSNP_EX_C35861_43927741；WSNP_KU_C34643_43968242；WSNP_RA_REP_C75364_72953286；WSNP_EX_C5192_9203682；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C4710_8412517；WSNP_EX_REP_C66628_64934660；WSNP_CAP11_C1182_686503；WSNP_JD_C2863_3822253；WSNP_EX_C4927_8772847；WSNP_EX_C44049_50205904；WSNP_RFL_CONTIG2729_2446041；WSNP_BE496983B_TA_2_1；WSNP_KU_C30743_40542247；和/或WSNP_KU_REP_C103274_90057407。

还提供了小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，其包含，例如(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因；(b)WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因；(e)WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因；(f)WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因；(h)WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(i)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因；(j)WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；(k)WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因；(l)WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(n)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因；(o)WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因；(p)WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(s)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因；(t)WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因；(u)WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；(v)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因；(w)WSNP_JD_C12687_2877994处的C等位基因；(x)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因；(y)WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因；(aa)WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因；(ab)WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因；(ad)WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(ae)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因；(af)WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因；(ag)WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；(ah)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因；(ai)WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因；(aj)WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因；(ak)WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因；(al)WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(an)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(ap)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(aq)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(ar)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(as)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(at)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(au)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因；(av)WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因；(aw)WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因；(ax)WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因；(ay)WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因；(az)WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因；(ba)WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因；(bc)WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因；(bd)WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(be)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因；(bf)WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因；(bg)WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(bh)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因；(bi)WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(bj)WSNP_KU_REP_C10222089250165处的T等位基因；(bk)WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因；(bl)WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因；(bm)WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因；(bn)WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因；(bo)WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因；(bp)WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(bq)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因；(br)WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因；(bs)WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因；(bt)WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因；(bu)WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因；(bv)WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；(bw)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因；(bx)WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因；(by)WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因；(bz)WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因；(ca)WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因；(cb)WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因；(cd)WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；(ce)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因；(cf)WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因；(eg)WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因；(ch)WSNP_EX_C15084-23263641处的C等位基因；(ci)WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(cj)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因；(ck)WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(cl)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因；(cm)WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(en)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(cp)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因；(cq)WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因；(cs)WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(ct)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因；(eu)WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因；(cv)WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因；(cx)WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因；(cz)WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；(da)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因；和/或(db)WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

在另一个实施例中，提供了包含与有利的抽穗期相关联的至少一种单倍型的小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，所述单倍型如表6中所示出并且包括，例如，(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因和WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；(b)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因、WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因、WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因、和WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；(c)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因、WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因、WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因、和WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；(d)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因和WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因、WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因和WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；(e)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因、WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因、和WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；(f)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因和WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因。(g)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因、WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因、WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因、和WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；(h)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因和WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；(i)WSNP_JD_C_17082_6025440处的G等位基因、WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因、和WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因、WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因、WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因、WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因、和WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；(k)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、和WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(l)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因、WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因、WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因、WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因、WSNP_EX_C7756-13218814处的A等位基因、WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因、和WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；(m)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因、WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因、和WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因、WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因、和WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；(o)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因和WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；(p)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因、WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因、WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因、WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因、WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因、WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因、和WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因、WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因、WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因、WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因、WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因、和WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；(r)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因、WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因、WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因、WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因、WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因、和WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；(s)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因、WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因、WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因、WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因、和WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；(t)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因和WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；(u)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因和WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；(v)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因和WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；(w)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因和WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；(x)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因和WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；(y)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因、WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因、WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因、WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因、和WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；(z)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因和WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；和/或(aa)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因和WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

还提供了具有对赤霉病的抗性的植株，所述植株包括小麦植株、种子、组织培养物、变体和突变体。在某些实例中，提供了通过上述方法鉴定和选择的植株。在另外的实例中，提供了在选自下列的一个或多个标记基因座处包含有利的等位基因的植株：WSNP_EX_C5550_9779698；WSNP_EX_C46670_52108070；WSNP_EX_C5060_8985678；WSNP_RA_C8484_14372815；WSNP_EX_C11976_19193550；WSNP_EX_C20975_30093113；WSNP_EX_C16581_25100502；WSNP_EX_C17452_26163465；WSNP_KU_C4951_8856170；WSNP_EX_C18733_27607958；WSNP_KU_C39862_48205590；WSNP_KU_C16938_25916279；WSNP_EX_REP_C67036_65492436；WSNP_JD_C4485_5618761；WSNP_KU_C16938_25916260；WSNP_JD_REP_C63201_40318622；WSNP_RA_C10861_17763060；WSNP_BE517627A_TA_2_1；WSNP_EX_C2592_4822528；WSNP_EX_C21092_30220342；WSNP_EX_C56928_58852277；WSNP_EX_C1064_2034431；WSNP_BE399936A_TA_2_1；WSNP_EX_C33196_41722217；WSNP_EX_C7091_12199032；WSNP_EX_C342_670415；WSNP_RA_C58188_60005934；WSNP_EX_C1064_2034518；WSNP_CD452951A_TA_2_1；WSNP_RA_C19083_28215239；WSNP_CAP7_C7742_3467376；WSNP_EX_C45617_51361414；WSNP_EX_C23720_32957892；WSNP_RA_C58188_60004916；WSNP_RA_REP_C106961_90622638；WSNP_EX_C21786_30948397；WSNP_CAP12_C5344_2430233；WSNP_EX_C20649_29731279；WSNP_EX_C1064_2034730；WSNP_EX_C21721_30882221；WSNP_KU_C44873_52048221；WSNP_EX_C11437_18454413；WSNP_EX_C3044_5620102；WSNP_EX_REP_C67635_66291944；WSNP_EX_REP_C67635_66292689；WSNP_CAP11_REP_C7339_3306558；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_BF293133A_TA_2_2；WSNP_BF292295A_TA_2_1；WSNP_KU_C18473_27773912；WSNP_KU_C663_1368085；WSNP_EX_C7021_12096881；WSNP_RA_REP_C72670_70836439；WSNP_EX_REP_C66331_64502558；WSNP_BE489326B_TA_2_1；WSNP_JD_REP_C63654_40605158；WSNP_JD_REP_C50820_34666611；WSNP_EX_C19773_28772235；WSNP_BE638137B_TA_2_2；WSNP_EX_C5461_9636197；WSNP_RA_C21347_0731133；WSNP_EX_REP_C68829_67704044；WSNP_RA_C21347_0731229；WSNP_EX_REP_C101757_87064771；WSNP_EX_REP_C101757_87065169；WSNP_KU_C38543_47157828；WSNP_EX_REP_C101757_87065032；WSNP_EX_C3838_6980909；WSNP_EX_C49211_53875600；WSNP_CAP11_C299_251533；WSNP_EX_C49211_53875575；WSNP_EX_REP_C68600_67449494；WSNP_EX_C9362_15546626；WSNP_RA_C20970_30293078；WSNP_RA_C20970_30293227；WSNP_EX_REP_C68600_67448893；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_REP_C68165_66935041；WSNP_EX_C16491_24996576；WSNP_EX_C15378_23638822；WSNP_EX_C9763_16125630；WSNP_EX_C3530_6459643；WSNP_EX_C3530_6459532；WSNP_EX_REP_C68165_66935014；WSNP_KU_C38351_47009610；WSNP_CAP11_C2142_1128735；WSNP_EX_C15378_23639387；WSNP_EX_REP_C68165_66935148；WSNP_KU_C38351_47009641；WSNP_EX_C52849_56297163；WSNP_BE490200B_TA_2_1；WSNP_EX_C31256_40071875；WSNP_RA_C14498_22667649；WSNP_EX_C5936_10412246；WSNP_CAP12_REP_C8688_3644383；WSNP_RA_C24962_34524602；WSNP_EX_C46160_51746546；WSNP_KU_C11690_19042937；WSNP_EX_C5744_10088287；WSNP_EX_C17349_26035281；WSNP_JD_REP_C63108_40258378；WSNP_EX_C5744_10087877；WSNP_KU_C1876_3666308；WSNP_EX_REP_C106072_90285324；WSNP_EX_C23716_32952372；WSNP_EX_C16836_25401702；WSNP_EX_C38198_45786860；WSNP_EX_C1146_2201722；WSNP_KU_C707_1465779；WSNP_RFL_CONTIG3854_4205716；WSNP_CAP11_REP_C6622_3044459；WSNP_EX_REP_C69954_68913284；WSNP_EX_REP_C69954_68913307；WSNP_EX_C46274_51831129；WSNP_EX_C351_689415；WSNP_RA_C31052_40235870；WSNP_RA_REP_C71101_69119989；WSNP_EX_REP_C69816_68774932；WSNP_EX_C10783_17555091；WSNP_KU_C18780_28136150；WSNP_EX_C5457_9631220；WSNP_CAP11_C1711_934478；WSNP_EX_C6611_11452297；WSNP_EX_C8386_14127329；WSNP_JD_C9040_9947841；WSNP_EX_C10231_16783750；WSNP_JD_C17128_16056425；WSNP_KU_C23598_33524490；WSNP_JD_C5757_6915127；WSNP_EX_C23968_33209660；WSNP_JD_C6974_8084450；WSNP_CAP7_C5487_2464864；WSNP_EX_C8360_14085858；WSNP_KU_C4067_7419106；WSNP_EX_C5267_9318903；WSNP_EX_C22753_31958639；WSNP_JD_C_13086_13174510；WSNP_EX_C5457_9632050；WSNP_RA_C18364_27416387；WSNP_KU_C26784_36748247；WSNP_EX_REP_C69986_68942834；WSNP_BQ169669B_TA_2_2；WSNP_EX_C19582_28564743；WSNP_JD_C5919_7081809；WSNP_EX_C6611_11451949；WSNP_EX_C3201_5910659；WSNP_BE496826A_TA_2_3；WSNP_JD_C2180_3000498；WSNP_EX_C27373_36578273；WSNP_EX_C18800_27681277；WSNP_JD_C9360_10216526；WSNP_EX_C40060_47197384；WSNP_EX_C1279_2451582；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_EX_C15399_23662312；WSNP_EX_REP_C70299_69243835；WSNP_EX_C23968_33210344；WSNP_EX_C7172_12318529；WSNP_EX_C2723_5047696；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_CAP7_C1339_673581；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_REP_C69986_68942866；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_JD_C12088_12411845；WSNP_EX_C26747_35974837；WSNP_EX_C1146_2200823；WSNP_EX_REP_C67198_65702998；WSNP_CAP8_REP_C8295_3722232；WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007；WSNP BQ168329A_TD_2_1；WSNP_EX_REP_C103505_88446868；WSNP_EX_C4094_7399975；WSNP_BG314532A_TA_2_1；WSNP_BF292596A_TA_1_3；WSNP_BF292596A_TA_1_1；WSNP_RA_C2027_3945764；WSNP_RA_REP_C69221_66574148；WSNP_EX_C17667_26408733；WSNP_EX_C16919_25506076；WSNP_EX_REP_C70593_69508988；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_KU_C14842_23275194；WSNP_EX_C2325_4355706；WSNP_EX_C10630_17338753；WSNP_KU_C53501_58106782；WSNP_EX_C4408_7939986；WSNP_KU_REP_C71567_71302010；WSNP_RFL_CONTIG2167_1484520；WSNP_EX_REP_C66407_64613374；WSNP_EX_C25755_35018674；WSNP_JD_C9360_10216330；WSNP_EX_REP_C67369_65940505；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_RFL_CONTIG3917_4326857；WSNP_JD_C626_945114；WSNP_EX_C11055_17927668；WSNP_EX_C6476_11246531；WSNP_EX_C15163_23357477；WSNP_EX_C5780_10153638；WSNP_JD_C119_190135；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_EX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还提供了小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，其包含，例如(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(c)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因；(d)WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因；(f)WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(g)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因；(h)WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因；(i)WSNP_EX_C7705-13139890处的T等位基因；(j)WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(k)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因；(l)WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因；(m)WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因；(n)WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因；(o)WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(p)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因；(q)WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因；(r)WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因；(s)WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因；(t)WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因；(u)WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因；(v)WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因；(w)WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(x)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因；(y)WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因；(z)WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因；(aa)WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(ab)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因；(ac)WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因；(ad)WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(ae)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因；(af)WSNP_BG_314532A_TA_2_1处的A等位基因；(ag)WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因；(ah)WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(aj)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因；(ak)WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因；(al)WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因；(am)WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因；(an)WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因；(ao)WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因；(ap)WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(aq)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因；(ar)WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因；(as)WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(at)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因；(au)WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因；(av)WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(aw)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因；(ax)WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(ay)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因；(az)WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因；(ba)WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因；(bb)WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(bc)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因；(bd)WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(be)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因；(bf)WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(bg)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；(bh)WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因；(bi)WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因；(bj)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；(bk)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；(bl)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；(bm)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；(bn)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；(bo)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；(bp)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；(bq)WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因；(br)WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因；(bs)WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因；(bt)WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(bu)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因；(bv)WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(bw)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因；(bx)WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(by)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因；(bz)WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因；(ca)WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(cb)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因；(cc)WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(cd)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因；(ce)WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因；(cf)WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(eg)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因；(ch)WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(ci)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因；(cj)WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因；(ck)WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因；(cl)WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因；(cm)WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因；(en)WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因；(co)WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(cp)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因；(cq)WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因；(cr)WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因；(cs)WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(ct)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因；(cu)WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因；(cv)WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因；(cw)WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因；(ex)WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因；(cy)WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因；(cz)WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(da)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因；(db)WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因；(dc)WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因；(dd)WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；(de)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因；(df)WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因；(dg)WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(dh)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因；(di)WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因；(dj)WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因；(dk)WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(dl)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因；(dm)WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(dn)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因；(do)WSNP_EX_C5744_1008828处的A等位基因；(dp)WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因；(dq)WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(dr)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因；(ds)WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因；(dt)WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(du)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因；(dv)WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(dw)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因；(dx)WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(dy)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因；(dz)WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因；(ea)WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因；(eb)WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因；(ec)WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因；(ed)WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因；(ee)WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因；(ef)WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因；(eg)WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因；(eh)WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因；(ei)WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(ej)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因；(ek)WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因；(el)WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；(em)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因；(en)WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因；和/或，(eo)WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

在另一个实施例中，提供了包含与改善的赤霉病抗性相关联的至少一种单倍型的小麦植株、种子、组织培养物、外植体、和植株细胞，所述单倍型如表6中所示出并且包括，例如，(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因和WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；(b)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因和WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；(c)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因和WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；(d)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因、WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因、WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因、和WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；(e)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因、WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因、WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因、WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因、和WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；(f)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因、WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因、WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因、WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因、WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；(g)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因、和WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；(h)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因、和WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；(i)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因、WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因、WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因、WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因、和WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；(j)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因、WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因、WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因、WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因、WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因、和WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；(k)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；(l)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因、WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因、和WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；(m)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因和WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；(n)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因、WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因、和WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；(o)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因和WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；(p)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；(q)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因、WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因、WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因、WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因、和WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；(r)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因和WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；(s)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因和WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；(t)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因、和WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；(u)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因和WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；(v)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因、WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因、和WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；(w)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因和WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；(x)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因、WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因、WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因、WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因、WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因、WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因、和WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；(y)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因、WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因、和WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；(z)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因、WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因、WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因、WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因、和WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；(aa)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因、WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因、WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因、和WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；(ab)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因、WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因、和WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；(ac)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因、WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因、WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因、和WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；(ad)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因和WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；(ae)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因、WSNP_EX_C5744_10088287处的A等位基因、WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；(af)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因、WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因、和WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；(ag)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因和WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；(ah)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因和WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；(ai)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因、WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因、WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因、WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因、WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因、WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因、WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因、WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因、WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因、和WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；(aj)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因、WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因、和WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；和/或(ak)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因、WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因、和WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

提供了通过上述方法鉴定和选择的植株，所述植株包括小麦植株、种子、组织培养物、变体和突变体。在另外的实例中，提供了在标记基因座WSNP_EX_REP_C66893_65301351处包含有利的等位基因的植株。

基因渗入：

至少一种与小麦中有利的表型相关联的标记基因座或与小麦中有利的表型相关联的单倍型能够被渗入缺少该有利的表型的小麦植株或种质中。可以将由于对表1-4中公开的标记基因座中的一者或多者的检测而被鉴定或选择的第一小麦植株或种质，与第二小麦种质杂交，以提供子代小麦种质。通过检测表1、2、3、和/或4中所示出的标记基因座处的任何一种等位基因或它们的组合，筛选了这些子代种质，以确定关于开花期、花药挤出、抽穗期和/或赤霉病抗性的小麦中的有利的表型的存在。就与有利的表型相关联的所述等位基因或多个等位基因(即，单倍型)的存在而言被测试为阳性的子代被选择为具有基因渗入的区域。用于进行此类筛选的方法是本领域中为人们所熟知的，并且任何合适的方法均能够被使用。

在另外的方法中，本文所公开的关于与开花期、抽穗期、花药挤出、和赤霉病抗性相关联的标记基因座的信息，能够被用于帮助对包含这些性状的有利型式的育种植株、品系、和群体的选择，以用于所述有利的性状向优良小麦种质、或具有经证明的遗传优势的适用于品种发布的种质中的基因渗入。

还提供了用于生产能够赋予关于小麦中的开花期、抽穗期、花药挤出、和/或赤霉病抗性的有利表型的小麦植株的方法。首先，选择了包含在表1、2、3、和/或4中所列的标记基因座中的一个或多个处的等位基因或等位基因的组合(即，单倍型)的亲本品系的供体小麦植株。根据所述方法，选择能够通过本文阐释的MAS实现。所选择的植株材料可以表示近交品系、杂交品系、小麦植株的异质性群体、或个体植株等等。根据植物育种领域中为人们所熟知的技术，将上述供体亲本品系与第二亲本品系杂交。在一些实例中，所述第二亲本品系是高产品系。上述杂交产生了由遗传上异质性的植株组成的分离植物群体。针对与有利的表型相关联的一个或多个等位基因，筛选了分离植物群体的植株。进一步的育种可包括与其他品系的另外的杂交、杂交、回交、或自交，以及其他技术。结果是具有所述有利的表型并且任选地还具有来自一种或多种其他小麦品系的其他可取的性状的小麦植株品系。

非限制性实施例包括：

1.鉴定第一小麦植株或种质的方法

A)其中所述第一小麦植株或种质表现出有利的开花期，所述方法包括在所述第一小麦植株或种质中检测至少一种标记基因座，所述标记基因座包括：WSNP_KU_C16547_25454123；WSNP_EX_C2920_5385184；WSNP_EX_C10717_17456391；WSNP_JD_C1316_1891903；WSNP_BG263758B_TA_2_1；WSNP_EX_C3501_6408181；WSNP_BE404354B_TA_2_1；WSNP_EX_C10555_17237000；WSNP_KU_C6758_11757213；WSNP_JD_C6544_7697578；WSNP_EX_C36325_44308589；WSNP_EX_C2580_4800027；WSNP_EX_C10555_17235832；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_EX_C6590_11419735；WSNP_CAP11_C210_199161；WSNP_KU_C1818_3557408；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；WSNP_EX_REP_C102795_87883062；或与所述标记基因座中任何一个紧密连锁的标记基因座；

B)其中所述第一小麦植株或种质表现出有利的抽穗期，所述方法包括在所述第一小麦植株或种质中检测至少一种标记基因座，所述标记基因座包括：WSNP_CAP7_C3472_1623955；WSNP_EX_REP_C108057_91436561；WSNP_CAP8_C458_368155；WSNP_EX_C16720_25268525；WSNP_RA_C32271_41304469；WSNP_EX_C25082_34346512；WSNP_EX_C55096_57733894；WSNP_EX_C11229_8163892；WSNP_EX_C55096_57733841；WSNP_EX_C3096_5709369；WSNP_EX_REP_C67404_65986980；WSNP_BQ168706B_TA_2_2；WSNP_BQ168706B_TA_2_1；WSNP_EX_C8208_13870372；WSNP_JD_C17082_16025440；WSNP_EX_C21499_30644485；WSNP_EX_C3096_5709257；WSNP_BE489326B_TA_2_2；WSNP_JD_C4413_5541190；WSNP_EX_C57007_58898157；WSNP_EX_C10347_16946522；WSNP_KU_C7180_12403155；WSNP_BF201102A_TA_2_1；WSNP_EX_C43578_49857984；WSNP_KU_C7890_13513783；WSNP_EX_C57209_59016692；WSNP_JD_C12221_12509932；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_C19467_28423946；WSNP_EX_C8643_14488961；WSNP_EX_C1143_2194680；WSNP_RA_C14171_22234872；WSNP_EX_C53387_56639804；WSNP_KU_C28104_38042857；WSNP_CAP8REP_C3844_1896355；WSNP_RA_C23253_32762188；WSNP_EX_C9971_16412345；WSNP_EX_C11106_18003332；WSNP_EX_C35861_43928486；WSNP_EX_C5547_9774453；WSNP_KU_C10377_17180909；WSNP_KU_C18538_27857915；WSNP_RA_C11420_18529863；WSNP_EX_C41347_48189975；WSNP_EX_C53387_56641291；WSNP_EX_C23509_32746909；WSNP_BE497845D_TA_1_1；WSNP_BE445508B_TA_2_2；WSNP_EX_C44049_50205457；WSNP_BE591466B_TA_2_1；WSNP_EX_C15084_23263641；WSNP_JD_C13903_13781269；WSNP_KU_C644_1332610；WSNP_EX_C35861_43926307；WSNP_EX_C5547_9772680；WSNP_KU_REP_C102220_89250165；WSNP_EX_C8802_14726148；WSNP_EX_C130_258776；WSNP_BE499016B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C69919_68881108；WSNP_EX_C361_708712；WSNP_KU_C1102_2211433；WSNP_RA_C323_681466；WSNP_EX_C916_1767286；WSNP_KU_C16295_25149034；WSNP_JD_C12087_12411036；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_KU_C16812_25759885；WSNP_JD_C5795_6955627；WSNP_EX_REP_C69342_68276256；WSNP_EX_C2718_5038582；WSNP_CU_C17726_26872129；WSNP_JD_C15974_15272598；WSNP_EX_C5239_9272511；WSNP_RA_C37745_45806931；WSNP_EX_REP_C105541_89932598；WSNP_EX_REP_C69526_68472665；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_EX_C1988_3742291；WSNP_EX_C19134_28056012；WSNP_JD_C7404_8500079；WSNP_EX_C8303_14001708；WSNP_EX_C9927_16346100；WSNP_JD_C4621_5757201；WSNP_BE591684B_TA_2_1；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_EX_REP_C101414_86780996；WSNP_EX_C29130_38196906；WSNP_RA_C17541_26430903；WSNP_JD_C12687_12877994；WSNP_EX_C10500_17163855；WSNP_EX_C2161_4059735；WSNP_EX_C5547_9774195；WSNP_EX_C4211_7606269；WSNP_EX_C6142_10746442；WSNP_EX_C12254_19575022；WSNP_RA_C2228_4310870；WSNP_RA_C12148_19539667；WSNP_KU_C8712_14751858；WSNP_EX_C34344_42677360；WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643；WSNP_BE495786A_TA_2_1；WSNP_RA_REP_C71473_69552690；WSNP_BE490744B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C67660_66321934；WSNP_EX_C758_1488368；WSNP_EX_C12887_20427158；WSNP_EX_C33778_42210283；WSNP_RA_C10053_16636851；WSNP_EX_C31262_40077397；WSNP_KU_C854_1768062；WSNP_BE445431A_TD_2_2；WSNP_EX_REP_C101746_87053634；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_EX_REP_C104141_88935451；WSNP_EX_C44587_50598716；WSNP_EX_C741_1456698；WSNP_EX_REP_C103972_88799335；WSNP_EX_C3309_6096114；WSNP_RA_C7112_12318340；WSNP_RA_C2063_4012957；WSNP_EX_C42282_48900922；WSNP_EX_C53983_57032627；WSNP_EX_C34842_43092205；WSNP_EX_C5446_9616983；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_JD_C9902_10674725；WSNP_BE445348B_TA_2_1；WSNP_BE500291A_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C115803_95396724；WSNP_KU_REP_C72821_72480395；WSNP_EX_C3906_7086162；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C4605_8240189；WSNP_BF428726A_TA_2_5；WSNP_KU_C66980_66202298；WSNP_BE405599B_TA_2_1；WSNP_JD_C35319_26397591；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_CAP11_C827_513472；WSNP_EX_C29648_38653339；WSNP_KU_C854_1768346；WSNP_KU_C328_679106；WSNP_EX_C3096_5708642；WSNP_CAP7_C2282_1107112；WSNP_JD_C9902_10674626；WSNP_KU_C24239_34199356；WSNP_KU_C5071_9050628；WSNP_EX_C31830_40573624；WSNP_KU_REP_C101212_88410320；WSNP_KU_C39289_47757996；WSNP_EX_C19622_28607997；WSNP_EX_REP_C66733_65077608；WSNP_EX_C26818_36041748；WSNP_EX_C11684_18805687；WSNP_EX_C34344_42676379；WSNP_RA_C6788_11804894；WSNP_EX_C7756_13218814；WSNP_EX_C35861_43927741；WSNP_KU_C34643_43968242；WSNP_RA_REP_C75364_72953286；WSNP_EX_C5192_9203682；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C4710_8412517；WSNP_EX_REP_C66628_64934660；WSNP_CAP11_C1182_686503；WSNP_JD_C2863_3822253；WSNP_EX_C4927_8772847；WSNP_EX_C44049_50205904；WSNP_RFL_CONTIG2729_2446041；WSNP_BE496983B_TA_2_1；WSNP_KU_C30743_40542247；WSNP_KU_REP_C103274_90057407，或与所述标记基因座中的任何一个紧密连锁的标记基因座；

C)所述第一小麦植株或种质表现出改善的赤霉病抗性，所述方法包括检测至少一种标记基因座，所述标记基因座包括：WSNP_EX_C5550_9779698；WSNP_EX_C46670_52108070；WSNP_EX_C5060_8985678；WSNP_RA_C848414372815；WSNP_EX_C11976_19193550；WSNP_EX_C20975_30093113；WSNP_EX_C16581_25100502；WSNP_EX_C17452_26163465；WSNP_KU_C4951_8856170；WSNP_EX_C18733_27607958；WSNP_KU_C39862_48205590；WSNP_KU_C16938_25916279；WSNP_EX_REP_C67036_65492436；WSNP_JD_C4485_5618761；WSNP_KU_C16938_25916260；WSNP_JD_REP_C63201_40318622；WSNP_RA_C10861_17763060；WSNP_BE517627A_TA_2_1；WSNP_EX_C2592_4822528；WSNP_EX_C21092_30220342；WSNP_EX_C56928_58852277；WSNP_EX_C1064_2034431；WSNP_BE399936A_TA_2_1；WSNP_EX_C33196_41722217；WSNP_EX_C7091_12199032；WSNP_EX_C342_670415；WSNP_RA_C58188_60005934；WSNP_EX_C1064_2034518；WSNP_CD452951A_TA_2_1；WSNP_RA_C19083_28215239；WSNP_CAP7_C7742_3467376；WSNP_EX_C45617_51361414；WSNP_EX_C23720_32957892；WSNP_RA_C58188_60004916；WSNP_RA_REP_C106961_90622638；WSNP_EX_C21786_30948397；WSNP_CAP12_C5344_2430233；WSNP_EX_C20649_29731279；WSNP_EX_C1064_2034730；WSNP_EX_C21721_30882221；WSNP_KU_C44873_52048221；WSNP_EX_C11437_18454413；WSNP_EX_C3044_5620102；WSNP_EX_REP_C67635_66291944；WSNP_EX_REP_C67635_66292689；WSNP_CAP11_REP_C7339_3306558；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_BF293133A_TA_2_2；WSNP_BF292295A_TA_2_1；WSNP_KU_C18473_27773912；WSNP_KU_C663_1368085；WSNP_EX_C7021_12096881；WSNP_RA_REP_C72670_70836439；WSNP_EX_REP_C66331_64502558；WSNP_BE489326B_TA_2_1；WSNP_JD_REP_C63654_40605158；WSNP_JD_REP_C50820_34666611；WSNP_EX_C19773_28772235；WSNP_BE638137B_TA_2_2；WSNP_EX_C5461_9636197；WSNP_RA_C21347_30731133；WSNP_EX_REP_C68829_67704044；WSNP_RA_C21347_30731229；WSNP_EX_REP_C101757_87064771；WSNP_EX_REP_C101757_87065169；WSNP_KU_C38543_47157828；WSNP_EX_REP_C101757_87065032；WSNP_EX_C3838_6980909；WSNP_EX_C49211_53875600；WSNP_CAP11_C299_251533；WSNP_EX_C49211_53875575；WSNP_EX_REP_C68600_67449494；WSNP_EX_C9362_15546626；WSNP_RA_C20970_30293078；WSNP_RA_C20970_30293227；WSNP_EX_REP_C68600_67448893；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_REP_C68165_66935041；WSNP_EX_C16491_24996576；WSNP_EX_C15378_23638822；WSNP_EX_C9763_16125630；WSNP_EX_C3530_6459643；WSNP_EX_C3530_6459532；WSNP_EX_REP_C68165_66935014；WSNP_KU_C38351_47009610；WSNP_CAP11_C2142_1128735；WSNP_EX_C15378_23639387；WSNP_EX_REP_C68165_66935148；WSNP_KU_C38351_47009641；WSNP_EX_C52849_56297163；WSNP_BE490200B_TA_2_1；WSNP_EXC31256_40071875；WSNP_RA_C14498_22667649；WSNP_EX_C5936_10412246；WSNP_CAP12_REP_C8688_3644383；WSNP_RA_C24962_34524602；WSNP_EX_C46160_51746546；WSNP_KU_C11690_19042937；WSNP_EX_C5744_10088287；WSNP_EX_C17349_26035281；WSNP_JD_REP_C63108_40258378；WSNP_EX_C5744_10087877；WSNP_KU_C1876_3666308；WSNP_EX_REP_C106072_90285324；WSNP_EX_C23716_32952372；WSNP_EX_C16836_25401702；WSNP_EX_C38198_45786860；WSNP_EX_C1146_2201722；WSNP_KU_C707_1465779；WSNP_RFL_CONTIG3854_4205716；WSNP_CAP11_REP_C6622_3044459；WSNP_EX_REP_C69954_68913284；WSNP_EX_REP_C69954_68913307；WSNP_EX_C46274_51831129；WSNP_EX_C351_689415；WSNP_RA_C31052_40235870；WSNP_RA_REP_C71101_69119989；WSNP_EX_REP_C69816_68774932；WSNP_EX_C1078317555091；WSNP_KU_C18780_28136150；WSNP_EX_C5457_9631220；WSNP_CAP11_C1711_934478；WSNP_EX_C6611_11452297；WSNP_EX_C8386_14127329；WSNP_JD_C9040_9947841；WSNP_EX_C10231_16783750；WSNP_JD_C17128_16056425；WSNP_KU_C23598_33524490；WSNP_JD_C5757_6915127；WSNP_EX_C23968_33209660；WSNP_JD_C6974_8084450；WSNP_CAP7_C5487_2464864；WSNP_EX_C8360_14085858；WSNP_KU_C4067_7419106；WSNP_EX_C5267_9318903；WSNP_EX_C22753_31958639；WSNP_JD_C13086_13174510；WSNP_EX_C5457_9632050；WSNP_RA_C18364_27416387；WSNP_KU_C26784_36748247；WSNP_EX_REP_C69986_68942834；WSNP_BQ_169669B_TA_2_2；WSNP_EX_C19582_28564743；WSNP_JD_C5919_7081809；WSNP_EX_C6611_11451949；WSNP_EX_C3201_5910659；WSNP_BE496826A_TA_2_3；WSNP_JD_C2180_3000498；WSNP_EX_C27373_36578273；WSNP_EX_C18800_27681277；WSNP_JD_C9360_10216526；WSNP_EX_C40060_47197384；WSNP_EX_C1279_2451582；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_EX_C15399_23662312；WSNP_EX_REP_C70299_69243835；WSNP_EX_C23968_33210344；WSNP_EX_C7172_12318529；WSNP_EX_C2723_5047696；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_CAP7_C1339_673581；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_REP_C69986_68942866；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_JD_C12088_12411845；WSNP_EX_C26747_35974837；WSNP_EX_C1146_2200823；WSNP_EX_REP_C67198_65702998；WSNP_CAP8_REP_C8295_3722232；WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007；WSNP_BQ168329A_TD_2_1；WSNP_EX_REP_C103505_88446868；WSNP_EX_C4094_7399975；WSNP_BG314532A_TA_2_1；WSNP_BF292596A_TA_1_3；WSNP_BF292596A_TA_1_1；WSNP_RA_C2027_3945764；WSNP_RA_REP_C69221_66574148；WSNP_EX_C17667_26408733；WSNP_EX_C16919_25506076；WSNP_EX_REP_C70593_69508988；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_KU_C14842_23275194；WSNP_EX_C2325_4355706；WSNP_EX_C10630_17338753；WSNP_KU_C53501_58106782；WSNP_EX_C4408_7939986；WSNP_KU_REP_C71567_71302010；WSNP_RFL_CONTIG2167_1484520；WSNP_EX_REP_C66407_64613374；WSNP_EX_C25755_35018674；WSNP_JD_C9360_10216330；WSNP_EX_REP_C67369_65940505；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_RFL_CONTIG3917_4326857；WSNP_JD_C626_945114；WSNP_EX_C11055_17927668；WSNP_EX_C6476_11246531；WSNP_EX_C15163_23357477；WSNP_EX_C5780_10153638；WSNP_JD_C119_190135；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_EX_C4548_8166555；WSNP_EX_REP_C68113_66877517；WSNP_EX_REP_C69266_68192954；WSNP_CAP11_C847_522893；WSNP_EX_C1279_2451699；WSNP_EX_C7316_12552186；WSNP_EX_REP_C68515_67349904；WSNP_JD_C3463_4479210；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C1790_3378771；WSNP_EX_C5378_9505533；WSNP_CAP7_C444_237594；WSNP_EX_C10630_17338703；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_EX_C8386_14128029；WSNP_JD_REP_C63942_40788045；WSNP_EX_C4661_8344663；WSNP_RA_C9209_15425473；WSNP_JD_C43389_30288993；WSNP_EX_C30969_39821293；WSNP_EX_C3738_6809767；WSNP_EX_REP_C103505_88447145；WSNP_EX_REP_C67897_66613415；WSNP_EX_C33765_42199371；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；WSNP_EX_C14248_22204549；WSNP_EX_REP_C66766_65123941；WSNP_CAP11_C3968_1874257；WSNP_EX_C15325_23565935；WSNP_KU_C10939_17975681；WSNP_EX_C41073_47987034；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C15325_23565794；WSNP_EX_REP_C67492_66096650；WSNP_EX_C21129_30256617；WSNP_EX_C31670_40433594；WSNP_EX_C2181_4089639；WSNP_CAP11_C923_558715；WSNP_KU_C8592_14575931；WSNP_BE490744A_TD_2_1；WSNP_JD_REP_C62985_40164465；WSNP_EX_C54655_57455562；WSNP_EX_C16295_24772663；WSNP_EX_C3940_7144946；WSNP_KU_C12698_20441325；WSNP_BF291549B_TA_1_1；WSNP_RA_C9738_16173810；WSNP_EX_C15325_23564654；WSNP_EX_C7705_13139890；WSNP_RA_C9738_16174002；WSNP_EX_C16295_24772702；WSNP_EX_C3887_7051325；WSNP_KU_C7471_12865509；或WSNP_CAP8_C6680_3136899；或与所述标记基因座中的任一者紧密连锁的标记；或，

D)所述第一小麦植株或种质表现出改善的花药挤出，所述方法包括检测包含WSNP_EX_REP_C66893_65301351的至少一种标记基因座或与其紧密连锁的标记。

2.根据实施例1(A)所述的方法，其中与所述有利的开花期相关联的所述标记基因座包括：

(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因；

(b)WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；

(c)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；

(e)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因；

(f)WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因；

(g)WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；

(h)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因；或

(i)WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

3.根据实施例1(A)或2所述的方法，其中至少两个标记基因座被检测。

4.根据实施例3所述的方法，其中所述至少两个标记基因座包括与所述有利的开花期相关联的单倍型。

5.根据实施例4所述的方法，其中与所述有利的开花期相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因和WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；

(b)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因和WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；

(c)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因，WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因和WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；和/或，

(d)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因和WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

6.根据实施例1(B)所述的方法，其中与所述有利的抽穗期相关联的所述标记基因座包括：

(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因；

(b)WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；

(c)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因；

(e)WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因；

(f)WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因；

(h)WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；

(i)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因；

(j)WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；

(k)WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因；

(l)WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因；

(m)WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；

(n)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因；

(o)WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因；

(p)WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因；

(r)WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；

(s)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因；

(t)WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因；

(u)WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；

(v)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因；

(w)WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因；

(x)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因；

(y)WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因；

(z)WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因；

(aa)WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因；

(ab)WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；

(ac)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因；

(ad)WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；

(ae)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因；

(af)WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因；

(ag)WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；

(ah)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因；

(ai)WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因；

(aj)WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因；

(ak)WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因；

(al)WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；

(am)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；

(an)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；

(ao)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；

(ap)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；

(aq)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；

(ar)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；

(as)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；

(at)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(au)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因；

(av)WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因；

(aw)WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因；

(ax)WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因；

(ay)WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因；

(az)WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因；

(ba)WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；

(bb)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因；

(bc)WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因；

(bd)WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；

(be)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因；

(bf)WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因；

(bg)WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；

(bh)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因；

(bi)WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；

(bj)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因；

(bk)WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因；

(bl)WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因；

(bm)WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因；

(bn)WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因；

(bo)WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因；

(bp)WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；

(bq)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因；

(br)WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因；

(bs)WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因；

(bt)WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因；

(bu)WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因；

(bv)WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；

(bw)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因；

(bx)WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因；

(by)WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因；

(bz)WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因；

(ca)WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因；

(cb)WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因；

(cd)WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；

(ce)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因；

(cf)WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因；

(eg)WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因；

(ch)WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因；

(ci)WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；

(cj)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因；

(ck)WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；

(cl)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因；

(cm)WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；

(cn)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因；

(co)WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；

(cp)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因；

(cq)WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；

(cr)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因；

(cs)WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；

(ct)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因；

(cu)WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因；

(cv)WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因；

(cw)WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因；

(cx)WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；

(cy)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因；

(cz)WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；

(da)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因；

(db)WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

7.根据实施例1(B)或6所述的方法，其中至少两个标记基因座被检测。

8.根据实施例7所述的方法，其中所述至少两个标记基因座包括与所述有利的抽穗期相关联的单倍型。

9.根据实施例8所述的方法，其中与所述有利的抽穗期相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因和WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；

(b)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因、WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因、WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因、和WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；

(c)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因、WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因、WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因、和WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；

(d)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因和WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因、WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因和WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；

(e)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因、WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因、和WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；

(f)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因和WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因、WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因、WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因、和WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；

(h)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因和WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；

(i)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因、WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因、和WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；

(j)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因、WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因、WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因、WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因、和WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；

(k)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、和WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(l)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因、WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因、WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因、WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因、WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因、WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因、和WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；

(m)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因、WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因、和WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；

(n)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因、WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因、和WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；

(o)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因和WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；

(p)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因、WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因、WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因、WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因、WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因、WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因、和WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因、WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因、WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因、WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因、WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因、和WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；

(r)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因、WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因、WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因、WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因、WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因、和WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；

(s)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因、WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因、WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因、WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因、和WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；

(t)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因和WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；

(u)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因和WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；

(v)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因和WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；

(w)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因和WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；

(x)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因和WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；

(y)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因、WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因、WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因、WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因、和WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；

(z)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因和WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；或，

(aa)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因和WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

10.根据实施例1(D)所述的方法，其中与改善的赤霉病抗性相关联的所述标记基因座包括：

(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因；

(b)WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；

(c)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；

(e)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因；

(f)WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因；

(h)WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因；

(i)WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因；

(j)WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；

(k)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因；

(l)WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因；

(m)WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因；

(n)WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因；

(o)WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；

(p)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因；

(r)WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因；

(s)WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因；

(t)WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因；

(u)WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因；

(v)WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因；

(w)WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；

(x)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因；

(y)WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因；

(z)WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因；

(aa)WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；

(ab)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因；

(ac)WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因；

(ad)WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；

(ae)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因；

(af)WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因；

(ag)WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因；

(ah)WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因；

(ai)WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；

(aj)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因；

(ak)WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因；

(al)WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因；

(am)WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因；

(an)WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因；

(ao)WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因；

(ap)WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；

(aq)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因；

(ar)WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因；

(as)WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；

(at)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因；

(au)WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因；

(av)WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；

(aw)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因；

(ax)WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；

(ay)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因；

(az)WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因；

(ba)WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因；

(bb)WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；

(bc)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因；

(bd)WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；

(be)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因；

(bf)WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；

(bg)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(bh)WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因；

(bi)WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因；

(bj)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；

(bk)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；

(bl)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；

(bm)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；

(bn)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；

(bo)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；

(bp)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；

(bq)WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因；

(br)WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因；

(bs)WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因；

(bt)WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；

(bu)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因；

(bv)WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；

(bw)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因；

(bx)WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；

(by)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因；

(bz)WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因；

(ca)WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；

(cb)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因；

(cc)WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；

(cd)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因；

(ce)WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因；

(cf)WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；

(eg)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因；

(ch)WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；

(ci)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因；

(cj)WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因；

(ck)WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因；

(cl)WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因；

(cm)WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因；

(en)WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因；

(co)WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；

(cp)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因；

(cq)WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因；

(cr)WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因；

(cs)WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；

(ct)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因；

(cu)WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因；

(cv)WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因；

(cw)WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因；

(cx)WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因；

(cy)WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因；

(cz)WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；

(da)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因；

(db)WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因；

(dc)WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因；

(dd)WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；

(de)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因；

(df)WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因；

(dg)WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；

(dh)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因；

(di)WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因；

(dj)WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因；

(dk)WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；

(dl)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因；

(dm)WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；

(dn)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因；

(do)WSNP_EX_C5744_1008828处的A等位基因；

(dp)WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因；

(dq)WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；

(dr)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因；

(ds)WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因；

(dt)WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；

(du)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因；

(dv)WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；

(dw)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因；

(dx)WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；

(dy)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因；

(dz)WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因；

(ea)WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因；

(eb)WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因；

(ec)WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因；

(ed)WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因；

(ee)WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因；

(ef)WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因；

(eg)WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因；

(eh)WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因；

(ei)WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；

(ej)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因；

(ek)WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因；

(el)WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；

(em)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因；

(en)WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因；或，

(eo)WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

11.根据实施例1(D)或10所述的方法，其中至少两个标记基因座被检测。

12.根据实施例11所述的方法，其中所述至少两个标记基因座包括与改善的赤霉病抗性相关联的单倍型。

13.根据实施例12所述的方法，其中与改善的赤霉病相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因和WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；

(b)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因和WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；

(c)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因和WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；

(d)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因、WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因、WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因、和WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；

(e)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因、WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因、WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因、WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因、和WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；

(f)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因、WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因、WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因、WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因、WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；

(g)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因、和WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；

(h)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因、和WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；

(i)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因、WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因、WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因、WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因、和WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；

(j)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因、WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因、WSNP_EX_C11437_8454413处的G等位基因、WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因、WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因、和WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；

(k)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；

(l)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因、WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因、和WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；

(m)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因和WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；

(n)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因、WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因、和WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；

(o)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因和WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；

(p)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；

(q)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因、WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因、WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因、WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因、和WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；

(r)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因和WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；

(s)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因和WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；

(t)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因、和WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；

(u)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因和WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；

(v)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因、WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因、和WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；

(w)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因和WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；

(x)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因、WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因、WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因、WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因、WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因、WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因、和WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；

(y)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因、WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因、和WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；

(z)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因、WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因、WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因、WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因、和WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；

(aa)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因、WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因、WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因、和WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；

(ab)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因、WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因、和WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；

(ac)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因、WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因、WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因、和WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；

(ad)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因和WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；

(ae)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因、WSNP_EX_C5744_10088287处的A等位基因、WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；

(af)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因、WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因和WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；

(ag)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因和WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；

(ah)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因和WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；

(ai)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因、WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因、WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因、WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因、WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因、WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因、WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因、WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因、WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因、和WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；

(aj)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因、WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因、和WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；和/或

(ak)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因、WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因、和WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

14.根据实施例1-13中任一项所述的方法，其中所述检测包括扩增所述至少一个标记基因座或其部分。

15.根据实施例14所述的方法，其中所述方法还包括提供适用于检测被扩增的所述至少一个标记基因座的一种或多种标记的核酸探针。

16.根据实施例14或15中任一项所述的方法，所述方法还包括选择所述第一小麦植株或种质，或者选择所述第一小麦植株或种质的子代。

17.根据实施例16所述的方法，所述方法还包括使所选择的第一小麦植株或种质与第二小麦植株或种质杂交。

实例

提供以下实例以说明而非限制所附的权利要求。应当理解，本文所述的实例和实施例是仅出于例证性的目的，并且本领域的技术人员将认识到能够被改变而不脱离本发明的实质或所附权利要求的范围的各种试剂或参数。

实例1

全基因组关联研究

采用了关联作图策略来鉴定小麦中与开花期、抽穗期、花药挤出、和赤霉病抗性相关联的标记。在上述关联分析中，通过在大约3,100个基因座评估SNP，分析了240种小麦品系的集合。SNP信息是使用IlluminaInfinium HD测定获得的。上述品系涵盖了优良种质、商业上推出的栽培品种、和其他公开的品种。

使用本领域的普通技术人员熟悉的规程，针对小麦中的开花期、抽穗期、花药挤出、和赤霉病抗性获得了表型评分。

针对上述240种品系中每一种的表型评分和标记信息被输入关联分析中。采用标准的关联作图方法，进行了基于结构的关联分析，其中利用标记数据控制了群体结构。由Pritchard等人(Genetics 155：945-959(2000))开发的基于模型的集分析软件Structure，被用于利用880种优良玉米近交系在两百种标记处的单倍型数据来评估混合系数，并将上述近交系分配为七个亚群。这降低了能够由于关联作图统计值中的群体结构效应而出现的假阳性的发生率。t-检验被用于针对在给定亚群中单倍型和表型之间的关联测试给定标记(Press等人，Numerical Recipes in C，第二版，CambridgeUniversity Press，NY(2002))。

与开花期、抽穗期、赤霉病抗性、和花药挤出显著地相关联(以p≤0.001的水平)的标记分别显示于表1、2、3、和4中。这些表还提供了每一标记-性状关联的p值，以及关于每一标记的SEQ ID NO和参考序列。参考序列包括与相应的性状相关联的标记内的SNP多态性。

表1.与开花期显著地相关联的SNP标记

表2.与抽穗期显著地相关联的SNP标记

表3.与赤霉病抗性显著地相关联的SNP标记

表4.与花药挤出显著地相关联的SNP标记

实例2

有利的和不利的标记等位基因的鉴定

用于关联研究中的小麦品系能够按照表型被分类，并在被发现与相应的表型相关联的每一标记基因座被评估。就开花期而言，这包括表1中所公开的标记基因座中的任一者。就抽穗期而言，这包括表2中所公开的标记基因座中的任一者。就赤霉病抗性而言，这包括表3中所公开的标记基因座中的任一者。就花药挤出而言，这包括表4中所公开的标记。然后，与有利的表型(或者，不利的表型)相关联的每一标记基因座处的等位基因能够被鉴定。

实例3

标记辅助选择

本文鉴定为与表型(诸如开花期、抽穗期、花药挤出、和赤霉病抗性)共分离的多态性标记能够被用于针对该相应的性状的标记辅助选择中。通过检测位于一个或多个标记基因座的等位基因，能够选择具有有利的表型的小麦植株，此外，来源于这些植株的子代植株也能够被选择。如此，能够获得在给定的染色体区域包含所期望的基因型的植株，然后将其与其他植株杂交。然后，能够利用一个或多个标记遗传型上评估子代，并且在给定的染色体区域具有相同基因型的子代植株随后能够被鉴定为具有有利的或不利的表型。

实例4

各种标记的基因组图谱位置

表5.各种标记的图谱位置汇总

*图谱位置基于Cavanagh等人(2013)PNAS vol.110：8057-8062的公开图谱

实例5

各种单倍型的汇总

表6.针对各种性状的单倍型汇总

*图谱位置基于Cavanagh等人(2013)PNAS vol.110：8057-8062的公开图谱

**各种单倍型以表6中的数值分组表示。

本说明书中提及的全部出版物和专利申请指示本发明所属的领域的技术人员的水平。全部的出版物和专利申请以如同各个出版物或专利申请被具体地和单个地被说明为以引用方式并入那样相同的程度以引用方式并入本文。

尽管为了清楚地理解的目的，已通过例证和实例的方式相当详细地描述了上述发明，显而易见的是，在所附权利要求的范围内可进行某些改变和修改。

Claims (17)

1.鉴定第一小麦植株或种质的方法

A)其中所述第一小麦植株或种质表现出有利的开花期，所述方法包括在所述第一小麦植株或种质中检测来自下列标记基因座之一的至少一个等位基因：WSNP_KU_C16547_25454123；WSNP_EX_C2920_5385184；WSNP_EX_C10717_17456391；WSNP_JD_C1316_1891903；WSNP_BG263758B_TA_2_1；WSNP_EX_C3501_6408181；WSNP_BE404354B_TA_2_1；WSNP_EX_C10555_17237000；WSNP_KU_C6758_11757213；WSNP_JD_C6544_7697578；WSNP_EX_C36325_44308589；WSNP_EX_C2580_4800027；WSNP_EX_C10555_17235832；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_EX_C6590_11419735；WSNP_CAP11_C210_199161；WSNP_KU_C1818_3557408；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；WSNP_EX_REP_C102795_87883062；或与所述标记基因座中的任何一个紧密连锁的标记基因座；

B)其中所述第一小麦植株或种质表现出有利的抽穗期，所述方法包括在所述第一小麦植株或种质中检测来自下列标记基因座之一的至少一个等位基因：WSNP_CAP7_C3472_1623955；WSNP_EX_REP_C108057_91436561；WSNP_CAP8_C458_368155；WSNP_EX_C16720_25268525；WSNP_RA_C32271_41304469；WSNP_EX_C25082_34346512；WSNP_EX_C55096_57733894；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_EX_C55096_57733841；WSNP_EX_C3096_5709369；WSNP_EX_REP_C67404_65986980；WSNP_BQ168706B_TA_2_2；WSNP_BQ168706B_TA_2_1；WSNP_EX_C8208_13870372；WSNP_JD_C17082_16025440；WSNP_EX_C21499_30644485；WSNP_EX_C3096_5709257；WSNP_BE489326B_TA_2_2；WSNP_JD_C4413_5541190；WSNP_EX_C57007_58898157；WSNP_EX_C10347_16946522；WSNP_KU_C7180_12403155；WSNP_BF201102A_TA_2_1；WSNP_EX_C43578_49857984；WSNP_KU_C7890_13513783；WSNP_EX_C57209_59016692；WSNP_JD_C12221_12509932；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_C19467_28423946；WSNP_EX_C8643_14488961；WSNP_EX_C1143_2194680；WSNP_RA_C14171_22234872；WSNP_EX_C53387_56639804；WSNP_KU_C28104_38042857；WSNP_CAP8_REP_C3844_1896355；WSNP_RA_C23253_32762188；WSNP_EX_C9971_16412345；WSNP_EX_C11106_18003332；WSNP_EX_C35861_43928486；WSNP_EX_C5547_9774453；WSNP_KU_C10377_17180909；WSNP_KU_C18538_27857915；WSNP_RA_C11420_18529863；WSNP_EX_C41347_48189975；WSNP_EX_C53387_56641291；WSNP_EX_C23509_32746909；WSNP_BE497845D_TA_1_1；WSNP_BE445508B_TA_2_2；WSNP_EX_C44049_50205457；WSNP_BE591466B_TA_2_1；WSNP_EX_C15084_23263641；WSNP_JD_C13903_13781269；WSNP_KU_C644_1332610；WSNP_EX_C35861_43926307；WSNP_EX_C5547_9772680；WSNP_KU_REP_C102220_89250165；WSNP_EX_C8802_14726148；WSNP_EX_C130_258776；WSNP_BE499016B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C69919_68881108；WSNP_EX_C361_708712；WSNP_KU_C1102_2211433；WSNP_RA_C323_681466；WSNP_EX_C916_1767286；WSNP_KU_C16295_25149034；WSNP_JD_C12087_12411036；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_KU_C16812_25759885；WSNP_JD_C5795_6955627；WSNP_EX_REP_C69342_68276256；WSNP_EX_C2718_5038582；WSNP_KU_C17726_26872129；WSNP_JD_C15974_15272598；WSNP_EX_C5239_9272511；WSNP_RA_C37745_45806931；WSNP_EX_REP_C105541_89932598；WSNP_EX_REP_C69526_68472665；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_EX_C1988_3742291；WSNP_EX_C19134_28056012；WSNP_JD_C7404_8500079；WSNP_EX_C8303_14001708；WSNP_EX_C9927_16346100；WSNP_JD_C4621_5757201；WSNP_BE591684B_TA_2_1；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_EX_REP_C101414_86780996；WSNP_EX_C29130_38196906；WSNP_RA_C17541_26430903；WSNP_JD_C12687_2877994；WSNP_EX_C10500_17163855；WSNP_EX_C2161_4059735；WSNP_EX_C5547_9774195；WSNP_EX_C4211_7606269；WSNP_EX_C6142_10746442；WSNP_EX_C12254_19575022；WSNP_RA_C2228_4310870；WSNP_RA_C12148_19539667；WSNP_KU_C8712_14751858；WSNP_EX_C34344_42677360；WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643；WSNP_BE495786A_TA_2_1；WSNP_RA_REP_C71473_69552690；WSNP_BE490744B_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C67660_66321934；WSNP_EX_C758_1488368；WSNP_EX_C12887_20427158；WSNP_EX_C33778_42210283；WSNP_RA_C10053_16636851；WSNP_EX_C31262_40077397；WSNP_KU_C854_1768062；WSNP_BE445431A_TD_2_2；WSNP_EX_REP_C101746_87053634；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_EX_REP_C104141_88935451；WSNP_EX_C44587_50598716；WSNP_EX_C741_1456698；WSNP_EX_REP_C103972_88799335；WSNP_EX_C3309_6096114；WSNP_RA_C7112_12318340；WSNP_RA_C2063_4012957；WSNP_EX_C42282_48900922；WSNP_EX_C53983_57032627；WSNP_EX_C34842_43092205；WSNP_EX_C5446_9616983；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_JD_C9902_10674725；WSNP_BE445348B_TA_2_1；WSNP_BE500291A_TA_2_1；WSNP_EX_REP_C115803_95396724；WSNP_KU_REP_C72821_72480395；WSNP_EX_C3906_7086162；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C4605_8240189；WSNP_BF428726A_TA_2_5；WSNP_KU_C66980_66202298；WSNP_BE405599B_TA_2_1；WSNP_JD_C35319_26397591；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_CAP11_C827_513472；WSNP_EX_C29648_38653339；WSNP_KU_C854_1768346；WSNP_KU_C328_679106；WSNP_EX_C3096_5708642；WSNP_CAP7_C2282_1107112；WSNP_JD_C9902_10674626；WSNP_KU_C24239_34199356；WSNP_KU_C5071_9050628；WSNP_EX_C31830_40573624；WSNP_KU_REP_C101212_88410320；WSNP_KU_C39289_47757996；WSNP_EX_C19622_28607997；WSNP_EX_REP_C66733_65077608；WSNP_EX_C26818_36041748；WSNP_EX_C11684_18805687；WSNP_EX_C34344_42676379；WSNP_RA_C6788_11804894；WSNP_EX_C7756_13218814；WSNP_EX_C35861_43927741；WSNP_KU_C34643_43968242；WSNP_RA_REP_C75364_72953286；WSNP_EX_C5192_9203682；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C4710_8412517；WSNP_EX_REP_C66628_64934660；WSNP_CAP11_C1182_686503；WSNP_JD_C2863_3822253；WSNP_EX_C4927_8772847；WSNP_EX_C44049_50205904；WSNP_RFL_CONTIG2729_2446041；WSNP_BE496983B_TA_2_1；WSNP_KU_C30743_40542247；WSNP_KU_REP_C103274_90057407，或与所述标记基因座中任何一个紧密连锁的标记基因座；

C)所述第一小麦植株或种质表现出改善的赤霉病抗性，所述方法包括检测来自下列标记基因座之一的至少一个等位基因：WSNP_EX_C5550_9779698；WSNP_EX_C46670_52108070；WSNP_EX_C5060_8985678；WSNP_RA_C8484_14372815；WSNP_EX_C11976_19193550；WSNP_EX_C20975_30093113；WSNP_EX_C16581_25100502；WSNP_EX_C17452_26163465；WSNP_KU_C4951_8856170；WSNP_EX_C18733_27607958；WSNP_KU_C39862_48205590；WSNP_KU_C16938_25916279；WSNP_EX_REP_C67036_65492436；WSNP_JD_C4485_5618761；WSNP_KU_C16938_25916260；WSNP_JD_REP_C63201_40318622；WSNP_RA_C10861_17763060；WSNP_BE517627A_TA_2_1；WSNP_EX_C2592_4822528；WSNP_EX_C21092_30220342；WSNP_EX_C56928_58852277；WSNP_EX_C1064_2034431；WSNP_BE399936A_TA_2_1；WSNP_EX_C33196_41722217；WSNP_EX_C7091_12199032；WSNP_EX_C342_670415；WSNP_RA_C58188_60005934；WSNP_EX_C1064_2034518；WSNP_CD452951A_TA_2_1；WSNP_RA_C19083_28215239；WSNP_CAP7_C7742_3467376；WSNP_EX_C45617_51361414；WSNP_EX_C23720_32957892；WSNP_RA_C58188_60004916；WSNP_RA_REP_C106961_90622638；WSNP_EX_C21786_30948397；WSNP_CAP12_C5344_2430233；WSNP_EX_C20649_29731279；WSNP_EX_C1064_2034730；WSNP_EX_C21721_30882221；WSNP_KU_C44873_52048221；WSNP_EX_C11437_18454413；WSNP_EX_C3044_5620102；WSNP_EX_REP_C67635_66291944；WSNP_EX_REP_C67635_66292689；WSNP_CAP11_REP_C7339_3306558；WSNP_EX_C11229_18163892；WSNP_BF293133A_TA_2_2；WSNP_BF292295A_TA_2_1；WSNP_KU_C18473_27773912；WSNP_KU_C663_1368085；WSNP_EX_C7021_12096881；WSNP_RA_REP_C72670_70836439；WSNP_EX_REP_C66331_64502558；WSNP_BE489326B_TA_2_1；WSNP_JD_REP_C63654_40605158；WSNP_JD_REP_C50820_34666611；WSNP_EX_C19773_28772235；WSNP_BE638137B_TA_2_2；WSNP_EX_C5461_9636197；WSNP_RA_C21347_30731133；WSNP_EX_REP_C68829_67704044；WSNP_RA_C21347_30731229；WSNP_EX_REP_C101757_87064771；WSNP_EX_REP_C101757_87065169；WSNP_KU_C38543_47157828；WSNP_EX_REP_C101757_87065032；WSNP_EX_C3838_6980909；WSNP_EX_C49211_53875600；WSNP_CAP11_C299_251533；WSNP_EX_C49211_53875575；WSNP_EX_REP_C68600_67449494；WSNP_EX_C9362_15546626；WSNP_RA_C20970_30293078；WSNP_RA_C20970_30293227；WSNP_EX_REP_C68600_67448893；WSNP_JD_C7718_8795833；WSNP_EX_REP_C68165_66935041；WSNP_EX_C16491_24996576；WSNP_EX_C15378_23638822；WSNP_EX_C9763_16125630；WSNP_EX_C3530_6459643；WSNP_EX_C3530_6459532；WSNP_EX_REP_C68165_66935014；WSNP_KU_C38351_47009610；WSNP_CAP11_C2142_1128735；WSNP_EX_C15378_23639387；WSNP_EX_REP_C68165_66935148；WSNP_KU_C38351_47009641；WSNP_EX_C52849_56297163；WSNP_BE490200B_TA_2_1；WSNP_EX_C31256_40071875；WSNP_RA_C14498_22667649；WSNP_EX_C5936_10412246；WSNP_CAP12_REP_C8688_3644383；WSNP_RA_C24962_34524602；WSNP_EX_C46160_51746546；WSNP_KU_C11690_19042937；WSNP_EX_C5744_10088287；WSNP_EX_C17349_26035281；WSNP_JD_REP_C63108_40258378；WSNP_EX_C5744_10087877；WSNP_KU_C1876_3666308；WSNP_EX_REP_C106072_90285324；WSNP_EX_C23716_32952372；WSNP_EX_C16836_25401702；WSNP_EX_C38198_45786860；WSNP_EX_C1146_2201722；WSNP_KU_C707_1465779；WSNP_RFL_CONTIG3854_4205716；WSNP_CAP11_REP_C6622_3044459；WSNP_EX_REP_C69954_68913284；WSNP_EX_REP_C69954_68913307；WSNP_EX_C46274_51831129；WSNP_EX_C351_689415；WSNP_RA_C31052_40235870；WSNP_RA_REP_C71101_69119989；WSNP_EX_REP_C69816_68774932；WSNP_EX_C10783_17555091；WSNP_KU_C18780_28136150；WSNP_EX_C5457_9631220；WSNP_CAP11_C1711_934478；WSNP_EX_C6611_11452297；WSNP_EX_C8386_14127329；WSNP_JD_C9040_9947841；WSNP_EX_C10231_16783750；WSNP_JD_C17128_16056425；WSNP_KU_C23598_33524490；WSNP_JD_C5757_6915127；WSNP_EX_C23968_33209660；WSNP_JD_C6974_8084450；WSNP_CAP7_C5487_2464864；WSNP_EX_C8360_14085858；WSNP_KU_C4067_7419106；WSNP_EX_C5267_9318903；WSNP_EX_C22753_31958639；WSNP_JD_C13086_13174510；WSNP_EX_C5457_9632050；WSNP_RA_C18364_27416387；WSNP_KU_C26784_36748247；WSNP_EX_REP_C69986_68942834；WSNP_BQ169669B_TA_2_2；WSNP_EX_C19582_28564743；WSNP_JD_C5919_7081809；WSNP_EX_C6611_11451949；WSNP_EX_C3201_5910659；WSNP_BE496826A_TA_2_3；WSNP_JD_C2180_3000498；WSNP_EX_C27373_36578273；WSNP_EX_C18800_27681277；WSNP_JD_C9360_10216526；WSNP_EX_C40060_47197384；WSNP_EX_C1279_2451582；WSNP_EX_C22016_31191407；WSNP_EX_C15399_23662312；WSNP_EX_REP_C70299_69243835；WSNP_EX_C23968_33210344；WSNP_EX_C7172_12318529；WSNP_EX_C2723_5047696；WSNP_EX_C123_244117；WSNP_CAP7_C1339_673581；WSNP_KU_C8722_14766699；WSNP_EX_REP_C69986_68942866；WSNP_EX_C2330_4366134；WSNP_JD_C12088_12411845；WSNP_EX_C26747_35974837；WSNP_EX_C1146_2200823；WSNP_EX_REP_C67198_65702998；WSNP_CAP8_REP_C8295_3722232；WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007；WSNP_BQ168329A_TD_2_1；WSNP_EX_REP_C103505_88446868；WSNP_EX_C4094_7399975；WSNP_BG314532A_TA_2_1；WSNP_BF292596A_TA_1_3；WSNP_BF292596A_TA_1_1；WSNP_RA_C2027_3945764；WSNP_RA_REP_C69221_66574148；WSNP_EX_C17667_26408733；WSNP_EX_C16919_25506076；WSNP_EX_REP_C70593_69508988；WSNP_EX_C22089_31270140；WSNP_KU_C14842_23275194；WSNP_EX_C2325_4355706；WSNP_EX_C10630_17338753；WSNP_KU_C53501_58106782；WSNP_EX_C4408_7939986；WSNP_KU_REP_C71567_71302010；WSNP_RFL_CONTIG2167_1484520；WSNP_EX_REP_C66407_64613374；WSNP_EX_C25755_35018674；WSNP_JD_C9360_10216330；WSNP_EX_REP_C67369_65940505；WSNP_EX_C4769_8510104；WSNP_RFL_CONTIG3917_4326857；WSNP_JD_C626_945114；WSNP_EX_C11055_17927668；WSNP_EX_C6476_11246531；WSNP_EX_C15163_23357477；WSNP_EX_C5780_10153638；WSNP_JD_C119_190135；WSNP_EX_C97184_84339976；WSNP_EX_C4548_8166555；WSNP_EX_REP_C68113_66877517；WSNP_EX_REP_C69266_68192954；WSNP_CAP11_C847_522893；WSNP_EX_C1279_2451699；WSNP_EX_C7316_12552186；WSNP_EX_REP_C68515_67349904；WSNP_JD_C3463_4479210；WSNP_KU_C6825_11858665；WSNP_EX_C1790_3378771；WSNP_EX_C5378_9505533；WSNP_CAP7_C444_237594；WSNP_EX_C10630_17338703；WSNP_EX_C5378_9505087；WSNP_EX_C8386_14128029；WSNP_JD_REP_C63942_40788045；WSNP_EX_C4661_8344663；WSNP_RA_C9209_15425473；WSNP_JD_C43389_30288993；WSNP_EX_C30969_39821293；WSNP_EX_C3738_6809767；WSNP_EX_REP_C103505_88447145；WSNP_EX_REP_C67897_66613415；WSNP_EX_C33765_42199371；WSNP_EX_REP_C66606_64905694；WSNP_EX_C14248_22204549；WSNP_EX_REP_C66766_65123941；WSNP_CAP11_C3968_1874257；WSNP_EX_C15325_23565935；WSNP_KU_C10939_17975681；WSNP_EX_C41073_47987034；WSNP_EX_C5378_9504586；WSNP_EX_C15325_23565794；WSNP_EX_REP_C67492_66096650；WSNP_EX_C21129_30256617；WSNP_EX_C31670_40433594；WSNP_EX_C2181_4089639；WSNP_CAP11_C923_558715；WSNP_KU_C8592_14575931；WSNP_BE490744A_TD_2_1；WSNP_JD_REP_C62985_40164465；WSNP_EX_C54655_57455562；WSNP_EX_C16295_24772663；WSNP_EX_C3940_7144946；WSNP_KU_C12698_20441325；WSNP_BF291549B_TA_1_1；WSNP_RA_C9738_16173810；WSNP_EX_C15325_23564654；WSNP_EX_C7705_13139890；WSNP_RA_C9738_16174002；WSNP_EX_C16295_24772702；WSNP_EX_C3887_7051325；WSNP_KU_C7471_12865509；或WSNP_CAP8_C6680_3136899；或与所述标记基因座中的任一者紧密连锁的标记；或，

D)所述第一小麦植株或种质表现出改善的花药挤出，所述方法包括检测来自下列标记基因座之一的至少一个等位基因：WSNP_EX_REP_C66893_65301351或与其紧密连锁的标记。

2.根据权利要求1(A)所述的方法，其中来自所述标记基因座的所述等位基因与所述有利的开花期相关联，并且所述等位基因包括：

(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因；

(b)WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；

(c)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；

(e)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因；

(f)WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因；

(g)WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；

(h)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因；或

(i)WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

3.根据权利要求1(A)或2所述的方法，其中至少两个等位基因被检测。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述至少两个等位基因包括与所述有利的开花期相关联的单倍型。

5.根据权利要求4所述的方法，其中与所述有利的开花期相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_KU_C16547_25454123处的A等位基因和WSNP_EX_C10555_17235832处的T等位基因；

(b)WSNP_EX_C2580_4800027处的A等位基因和WSNP_EX_C10717_17456391处的T等位基因；

(c)WSNP_BG263758B_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_EX_C2920_5385184处的G等位基因和WSNP_JD_C1316_1891903处的T等位基因；和/或，

(d)WSNP_EX_C36325_44308589处的C等位基因和WSNP_EX_C6590_11419735处的G等位基因。

6.根据权利要求1(B)所述的方法，其中来自所述标记基因座的所述等位基因与所述有利的抽穗期相关联，并且所述等位基因包括：

(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因；

(b)WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；

(c)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因；

(e)WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因；

(f)WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因；

(h)WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；

(i)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因；

(j)WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；

(k)WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因；

(l)WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因；

(m)WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；

(n)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因；

(o)WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因；

(p)WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因；

(r)WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；

(s)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因；

(t)WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因；

(u)WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；

(v)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因；

(w)WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因；

(x)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因；

(y)WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因；

(z)WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因；

(aa)WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因；

(ab)WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；

(ac)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因；

(ad)WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；

(ae)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因；

(af)WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因；

(ag)WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；

(ah)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因；

(ai)WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因；

(aj)WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因；

(ak)WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因；

(al)WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；

(am)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；

(an)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；

(ao)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；

(ap)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；

(aq)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；

(ar)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；

(as)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；

(at)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(au)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因；

(av)WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因；

(aw)WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因；

(ax)WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因；

(ay)WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因；

(az)WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因；

(ba)WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；

(bb)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因；

(bc)WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因；

(bd)WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；

(be)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因；

(bf)WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因；

(bg)WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；

(bh)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因；

(bi)WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；

(bj)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因；

(bk)WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因；

(bl)WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因；

(bm)WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因；

(bn)WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因；

(bo)WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因；

(bp)WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；

(bq)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因；

(br)WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因；

(bs)WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因；

(bt)WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因；

(bu)WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因；

(bv)WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；

(bw)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因；

(bx)WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因；

(by)WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因；

(bz)WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因；

(ca)WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因；

(cb)WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因；

(cd)WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；

(ce)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因；

(cf)WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因；

(cg)WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因；

(ch)WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因；

(ci)WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；

(cj)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因；

(ck)WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；

(cl)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因；

(cm)WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；

(cn)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因；

(co)WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；

(cp)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因；

(cq)WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；

(cr)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因；

(cs)WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；

(ct)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因；

(cu)WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因；

(cv)WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因；

(cw)WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因；

(cx)WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；

(cy)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因；

(cz)WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；

(da)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因；

(db)WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

7.根据权利要求1(B)或6所述的方法，其中至少两个等位基因被检测。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述至少两个等位基因包括与所述有利的抽穗期相关联的单倍型。

9.根据权利要求8所述的方法，其中与所述有利的抽穗期相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_EX_REP_C105541_89932598处的A等位基因和WSNP_KU_C17726_26872129处的G等位基因；

(b)WSNP_EX_C4605_8240189处的A等位基因、WSNP_EX_C44049_50205904处的T等位基因、WSNP_EX_C3906_7086162处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101746_87053634处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C101414_86780996处的G等位基因、和WSNP_EX_C44049_50205457处的C等位基因；

(c)WSNP_EX_C5192_9203682处的A等位基因、WSNP_JD_C13903_13781269处的G等位基因；WSNP_RA_C12148_19539667处的G等位基因、WSNP_BE495786A_TA_2_1处的G等位基因、和WSNP_KU_C24239_34199356处的C等位基因；

(d)WSNP_RA_C37745_45806931处的A等位基因和WSNP_EX_C34344_42676379处的C等位基因、WSNP_EX_C34344_42677360处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66628_64934660处的G等位基因和WSNP_EX_C42282_48900922处的C等位基因；

(e)WSNP_EX_REP_C108057_91436561处的G等位基因、WSNP_EX_C16720_25268525处的G等位基因、和WSNP_CAP8_C458_368155处的C等位基因；

(f)WSNP_EX_C741_1456698处的G等位基因和WSNP_JD_C12687_12877994处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_C55096_57733841处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C104141_88935451处的C等位基因、WSNP_EX_C25082_34346512处的C等位基因、WSNP_EX_C361_708712处的T等位基因、和WSNP_EX_C55096_57733894处的C等位基因；

(h)WSNP_EX_C8802_14726148处的C等位基因和WSNP_EX_C4927_8772847处的T等位基因；

(i)WSNP_JD_C17082_16025440处的G等位基因、WSNP_JD_C9902_10674626处的T等位基因、和WSNP_JD_C9902_10674725处的T等位基因；

(j)WSNP_EX_C21499_30644485处的A等位基因、WSNP_BQ168706B_TA_2_2处的G等位基因、WSNP_KU_C18538_27857915处的T等位基因、WSNP_BE489326B_TA_2_2处的G等位基因、和WSNP_BQ168706B_TA_2_1处的T等位基因；

(k)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、和WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(l)WSNP_EX_C5547_9774453处的C等位基因、WSNP_EX_C5547_9772680处的G等位基因、WSNP_EX_C5547_9774195处的T等位基因、WSNP_BE445348B_TA_2_1处的C等位基因、WSNP_EX_C7756_13218814处的A等位基因、WSNP_EX_C3096_5709369处的C等位基因、和WSNP_EX_C3096_5709257处的A等位基因；

(m)WSNP_EX_C12887_20427158处的G等位基因、WSNP_KU_REP_C72821_72480395处的T等位基因、和WSNP_EX_C3096_5708642处的A等位基因；

(n)WSNP_EX_C57007_58898157处的T等位基因、WSNP_EX_C8208_13870372处的A等位基因、和WSNP_JD_C4413_5541190处的A等位基因；

(o)WSNP_KU_C7180_12403155处的C等位基因和WSNP_EX_C10347_16946522处的T等位基因；

(p)WSNP_KU_REP_C102220_89250165处的T等位基因、WSNP_KU_C328_679106处的C等位基因、WSNP_RA_C323_681466处的G等位基因、WSNP_KU_C644_1332610处的A等位基因、WSNP_RA_C17541_26430903处的T等位基因、WSNP_KU_C7890_13513783处的T等位基因、和WSNP_RA_C6788_11804894处的A等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C69526_68472665处的C等位基因、WSNP_EX_C31830_40573624处的T等位基因、WSNP_CAP7_C2282_1107112处的T等位基因、WSNP_BF201102A_TA_2_1处的T等位基因、WSNP_EX_C19134_28056012处的T等位基因、和WSNP_EX_C4211_7606269处的T等位基因；

(r)WSNP_EX_C2718_5038582处的T等位基因、WSNP_RA_C11420_18529863处的C等位基因、WSNP_KU_C1102_2211433处的C等位基因、WSNP_EX_C23509_32746909处的A等位基因、WSNP_RA_REP_C75364_72953286处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C66733_65077608处的A等位基因、和WSNP_BE500291A_TA_2_1处的C等位基因；

(s)WSNP_KU_C16812_25759885处的A等位基因、WSNP_EX_C130_258776处的G等位基因、WSNP_RA_C10053_16636851处的C等位基因、WSNP_EX_C15084_23263641处的C等位基因、和WSNP_RA_C2228_4310870处的A等位基因；

(t)WSNP_EX_C43578_49857984处的A等位基因和WSNP_KU_C30743_40542247处的G等位基因；

(u)WSNP_JD_C5795_6955627处的A等位基因和WSNP_KU_REP_C101212_88410320处的G等位基因；

(v)WSNP_JD_C12221_12509932处的G等位基因和WSNP_EX_C57209_59016692处的A等位基因；

(w)WSNP_EX_C2161_4059735处的G等位基因和WSNP_EX_C29648_38653339处的A等位基因；

(x)WSNP_EX_C19467_28423946处的C等位基因和WSNP_RA_C14171_22234872处的G等位基因；

(y)WSNP_EX_C53387_56641291处的T等位基因、WSNP_RA_C2063_4012957处的G等位基因、WSNP_EX_C6142_10746442处的T等位基因、WSNP_EX_C916_1767286处的T等位基因、和WSNP_EX_C53387_56639804处的C等位基因；

(z)WSNP_EX_C10500_17163855处的T等位基因和WSNP_EX_C3309_6096114处的C等位基因；或，

(aa)WSNP_RFL_CONTIG4236_4881643处的G等位基因和WSNP_EX_C758_1488368处的C等位基因。

10.根据权利要求1(D)所述的方法，其中所述标记基因座的等位基因与改善的赤霉病抗性相关联，并且所述等位基因包括：

(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因；

(b)WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；

(c)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因；

(d)WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；

(e)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因；

(f)WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；

(g)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因；

(h)WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因；

(i)WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因；

(j)WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；

(k)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因；

(l)WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因；

(m)WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因；

(n)WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因；

(o)WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；

(p)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因；

(q)WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因；

(r)WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因；

(s)WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因；

(t)WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因；

(u)WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因；

(v)WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因；

(w)WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；

(x)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因；

(y)WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因；

(z)WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因；

(aa)WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；

(ab)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因；

(ac)WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因；

(ad)WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；

(ae)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因；

(af)WSNP_BG314532A_TA_2_1处的A等位基因；

(ag)WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因；

(ah)WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因；

(ai)WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；

(aj)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因；

(ak)WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因；

(al)WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因；

(am)WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因；

(an)WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因；

(ao)WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因；

(ap)WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；

(aq)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因；

(ar)WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因；

(as)WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；

(at)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因；

(au)WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因；

(av)WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；

(aw)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因；

(ax)WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；

(ay)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因；

(az)WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因；

(ba)WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因；

(bb)WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；

(bc)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因；

(bd)WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；

(be)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因；

(bf)WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；

(bg)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因；

(bh)WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因；

(bi)WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因；

(bj)WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因；

(bk)WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因；

(bl)WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因；

(bm)WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因；

(bn)WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因；

(bo)WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因；

(bp)WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因；

(bq)WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因；

(br)WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因；

(bs)WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因；

(bt)WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；

(bu)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因；

(bv)WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；

(bw)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因；

(bx)WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；

(by)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因；

(bz)WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因；

(ca)WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；

(cb)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因；

(cc)WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；

(cd)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因；

(ce)WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因；

(cf)WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；

(cg)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因；

(ch)WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；

(ci)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因；

(cj)WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因；

(ck)WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因；

(cl)WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因；

(cm)WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因；

(cn)WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因；

(co)WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；

(cp)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因；

(cq)WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因；

(cr)WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因；

(cs)WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；

(ct)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因；

(cu)WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因；

(cv)WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因；

(cw)WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因；

(cx)WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因；

(cy)WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因；

(cz)WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；

(da)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因；

(db)WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因；

(dc)WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因；

(dd)WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；

(de)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因；

(df)WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因；

(dg)WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；

(dh)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因；

(di)WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因；

(dj)WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因；

(dk)WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；

(dl)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因；

(dm)WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；

(dn)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因；

(do)WSNP_EX_C5744_1008828处的A等位基因；

(dp)WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因；

(dq)WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；

(dr)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因；

(ds)WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因；

(dt)WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；

(du)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因；

(dv)WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；

(dw)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因；

(dx)WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；

(dy)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因；

(dz)WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因；

(ea)WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因；

(eb)WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因；

(ec)WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因；

(ed)WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因；

(ee)WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因；

(ef)WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因；

(eg)WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因；

(eh)WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因；

(ei)WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；

(ej)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因；

(ek)WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因；

(el)WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；

(em)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因；

(en)WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因；或，

(eo)WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

11.根据权利要求1(D)或10所述的方法，其中至少两个等位基因被检测。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述至少两个等位基因包括与改善的赤霉病抗性相关联的单倍型。

13.根据权利要求12所述的方法，其中与所述改善的赤霉病抗性相关联的所述单倍型包括：

(a)WSNP_EX_C2181_4089639处的T等位基因和WSNP_EX_REP_C70593_69508988处的C等位基因；

(b)WSNP_EX_REP_C67492_66096650处的A等位基因和WSNP_EX_C6476_11246531处的G等位基因；

(c)WSNP_EX_C46670_52108070处的A等位基因和WSNP_EX_C3887_7051325处的C等位基因；

(d)WSNP_EX_REP_C67198_65702998处的A等位基因、WSNP_KU_C8592_14575931处的T等位基因、WSNP_EX_C7705_13139890处的T等位基因、和WSNP_EX_C5780_10153638处的G等位基因；

(e)WSNP_EX_C18733_27607958处的T等位基因、WSNP_EX_C11976_19193550处的G等位基因、WSNP_KU_C16938_25916260处的T等位基因、WSNP_JD_REP_C62985_40164465处的G等位基因、和WSNP_BF291549B_TA_1_1处的C等位基因；

(f)WSNP_RA_C8484_14372815处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C67036_65492436处的A等位基因、WSNP_KU_C4951_8856170处的G等位基因、WSNP_JD_C4485_5618761处的T等位基因、WSNP_EX_C17452_26163465处的C等位基因、WSNP_RA_C2027_3945764处的G等位基因、WSNP_EX_REP_C69986_68942866处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C69986_68942834处的T等位基因；

(g)WSNP_KU_C39862_48205590处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11451949处的A等位基因、WSNP_EX_C6611_11452297处的A等位基因、和WSNP_EX_C30969_39821293处的G等位基因；

(h)WSNP_JD_C13086_13174510处的C等位基因、WSNP_EX_REP_C68113_66877517处的G等位基因、和WSNP_EX_C15325_23565935处的A等位基因；

(i)WSNP_CAP11_REP_C8768_3788007处的G等位基因、WSNP_BG314532A_TA_21处的A等位基因、WSNP_JD_C12088_12411845处的G等位基因、WSNP_EX_C15325_23565794处的T等位基因、和WSNP_EX_C15325_23564654处的G等位基因；

(j)WSNP_CAP7_C7742_3467376处的T等位基因、WSNP_BE399936A_TA_2_1处的G等位基因、WSNP_RA_C10861_17763060处的T等位基因、WSNP_EX_C11437_18454413处的G等位基因、WSNP_RA_C58188_60005934处的C等位基因、WSNP_EX_C23720_32957892处的G等位基因、和WSNP_EX_C1064_2034518处的C等位基因；

(k)WSNP_BF293133A_TA_2_2处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C67635_66291944处的C等位基因、和WSNP_EX_REP_C67635_66292689处的A等位基因；

(l)WSNP_RA_C9738_16173810处的A等位基因、WSNP_EX_C4548_8166555处的C等位基因、和WSNP_RA_C9738_16174002处的C等位基因；

(m)WSNP_EX_C10630_17338753处的T等位基因和WSNP_EX_C10630_17338703处的A等位基因；

(n)WSNP_EX_C8360_14085858处的C等位基因、WSNP_KU_C12698_20441325处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C66331_64502558处的A等位基因、和WSNP_EX_C2723_5047696处的T等位基因；

(o)WSNP_EX_C8386_14127329处的G等位基因和WSNP_EX_REP_C66766_65123941处的T等位基因；

(p)WSNP_BE489326B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_JD_C119_190135处的A等位基因；

(q)WSNP_EX_C4769_8510104处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505533处的G等位基因、WSNP_EX_C7172_12318529处的G等位基因、WSNP_EX_C22016_31191407处的C等位基因、WSNP_KU_C8722_14766699处的G等位基因、WSNP_EX_C123_244117处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9504586处的C等位基因、WSNP_EX_C5378_9505087处的C等位基因、WSNP_KU_C6825_11858665处的T等位基因、WSNP_EX_C2330_4366134处的C等位基因、WSNP_EX_C5457_9632050处的T等位基因、WSNP_EX_C5457_9631220处的A等位基因、WSNP_JD_REP_C63654_40605158处的G等位基因、和WSNP_EX_C7021_12096881处的G等位基因；

(r)WSNP_EX_C40060_47197384处的G等位基因和WSNP_EX_C15399_23662312处的T等位基因；

(s)WSNP_RA_REP_C72670_70836439处的C等位基因和WSNP_JD_REP_C50820_34666611处的A等位基因；

(t)WSNP_EX_REP_C101757_87065169处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C101757_87064771处的A等位基因、和WSNP_EX_REP_C101757_87065032处的G等位基因；

(u)WSNP_EX_C1279_2451699处的T等位基因和WSNP_EX_C1279_2451582处的G等位基因；

(v)WSNP_EX_C49211_53875600处的T等位基因、WSNP_EX_C49211_53875575处的G等位基因、和WSNP_RA_C21347_30731133处的T等位基因；

(w)WSNP_RA_C21347_30731229处的G等位基因和WSNP_CAP11_C299_251533处的T等位基因；

(x)WSNP_CAP11_C923_558715处的G等位基因、WSNP_EX_C54655_57455562处的A等位基因、WSNP_JD_C43389_30288993处的T等位基因、WSNP_EX_C23968_33209660处的C等位基因、WSNP_EX_C16295_24772663处的C等位基因、WSNP_EX_C23968_33210344处的G等位基因、和WSNP_EX_C16295_24772702处的T等位基因；

(y)WSNP_RA_C20970_30293227处的A等位基因、WSNP_RA_C20970_30293078处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C68600_67448893处的G等位基因、和WSNP_EX_REP_C68600_67449494处的C等位基因；

(z)WSNP_KU_C38351_47009610处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935014处的A等位基因、WSNP_EX_C3530_6459532处的T等位基因、WSNP_EX_C3530_6459643处的T等位基因、WSNP_EX_REP_C68165_66935041处的C等位基因、WSNP_EX_C52849_56297163处的T等位基因、和WSNP_JD_C7718_8795833处的G等位基因；

(aa)WSNP_JD_C2180_3000498处的C等位基因、WSNP_KU_C26784_36748247处的T等位基因、WSNP_EX_C15378_23638822处的T等位基因、和WSNP_EX_C15378_23639387处的A等位基因；

(ab)WSNP_CAP7_C5487_2464864处的G等位基因、WSNP_EX_C2325_4355706处的C等位基因、和WSNP_KU_REP_C71567_71302010处的G等位基因；

(ac)WSNP_EX_C17349_26035281处的T等位基因、WSNP_EX_C46160_51746546处的G等位基因、WSNP_EX_C38198_45786860处的G等位基因、和WSNP_EX_C17667_26408733处的A等位基因；

(ad)WSNP_JD_REP_C63108_40258378处的G等位基因和WSNP_RA_C24962_34524602处的G等位基因；

(ae)WSNP_EX_C31256_40071875处的G等位基因、WSNP_EX_C5744_10088287处的A等位基因、WSNP_BE490200B_TA_2_1处的A等位基因和WSNP_EX_REP_C106072_90285324处的C等位基因；

(af)WSNP_EX_C1146_2200823处的A等位基因、WSNP_EX_C19582_28564743处的T等位基因、和WSNP_EX_C1146_2201722处的C等位基因；

(ag)WSNP_EX_C46274_51831129处的T等位基因和WSNP_RA_REP_C71101_69119989处的C等位基因；

(ah)WSNP_RA_C31052_40235870处的C等位基因和WSNP_EX_REP_C69954_68913284处的T等位基因；

(ai)WSNP_EX_C18800_27681277处的A等位基因、WSNP_EX_C27373_36578273处的A等位基因、WSNP_JD_C9040_9947841处的C等位基因、WSNP_KU_C10939_17975681处的G等位基因、WSNP_EX_C25755_35018674处的G等位基因、WSNP_EX_C26747_35974837处的A等位基因、WSNP_KU_C4067_7419106处的T等位基因、WSNP_EX_C1790_3378771处的A等位基因、WSNP_EX_REP_C69954_68913307处的A等位基因、WSNP_EX_C4408_7939986处的T等位基因、和WSNP_EX_C14248_22204549处的A等位基因；

(aj)WSNP_CAP11_C847_522893处的G等位基因、WSNP_KU_C18780_28136150处的G等位基因、和WSNP_BQ169669B_TA_2_2处的T等位基因；和/或

(ak)WSNP_EX_C351_689415处的C等位基因、WSNP_JD_C17128_16056425处的T等位基因、和WSNP_EX_C3738_6809767处的C等位基因。

14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述检测包括扩增所述至少一个等位基因或其部分。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述方法还包括提供适用于检测被扩增的所述至少一个等位基因的一种或多种标记的核酸探针。

16.根据权利要求14或15中任一项所述的方法，所述方法还包括选择所述第一小麦植株或种质，或者选择所述第一小麦植株或种质的子代。

17.根据权利要求16所述的方法，所述方法还包括使所选择的第一小麦植株或种质与第二小麦植株或种质杂交。