CN104328213B - Bcr-abl融合基因快速检测方法的引物和试剂盒 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物和试剂盒，本发明提供了用环介导等温扩增方法检测BCR-ABL基因的引物，建立了白血病微小残留病BCR-ABL基因检测新方法。扩增效率高、特异性好、对仪器设备要求低，只需要恒温水浴锅即可，临床上容易做到，检测时间不超过1个小时，是一种快速、准确诊断基因的新方法。本试剂盒，实现了基因扩增和结果判定一步完成，操作简单、结果准确直观、特异性与敏感性高、对人体安全、不污染环境，适合于各级医院快速诊断白血病微小残留病，排除了基层医院难以开展此类检查的障碍，患者可以就近检查，而不用再长途奔波到条件好的大医院，方便了患者，节省了费用，为救治生命节约了宝贵时间。

Description

BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物和试剂盒

技术领域

本发明涉及基因的快速检测方法，尤其涉及一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物和试剂盒。

背景技术

白血病是一种造血系统恶性疾病，严重危害人类健康。随着医学进步，白血病经过积极治疗，多数患者能取得缓解，但很多患者缓解后体内仍残留少量白血病细胞，即存在白血病微小残留病(MRD)。白血病微小残留病是白血病复发的首要原因。白血病患者完全缓解后，检测体内残留白血病细胞，可以预防及防止复发，指导个性化治疗，因此，对患者进行白血病微小残留病监测具有重要意义。

慢性粒细胞白血病(CML)是骨髓造血干细胞恶性克隆增生性疾病，约95％CML可发生t(9；22)(q34；q11)基因易位，形成BCR-ABL融合基因，BCR-ABL融合基因编码的蛋白具有升高酪氨酸激酶活性，在CML的病理过程中起重要作用，其表达可作为微小残留病的标志。既往多用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测BCR-ABL融合基因。PCR存在反应后要开盖进行后续检测，常存在污染和非特异性扩增导致的假阳性，另外还存在耗时长、操作复杂、劳动强度大、重复性差、定量标准不统一，并且检测需要4-5个小时，而且PCR结束之后需要通过电泳判断结果，电泳所用DNA染料EB有剧毒等诸多缺点。

环介导等温扩增法(loop-mediatedisothermalamplification,LAMP)是2000年开发的一种新颖的恒温核酸扩增方法，与常规PCR相比，不需要模板的热变性、温度循环、电泳及紫外观察等过程，具有简单、快速、特异性强的特点，可以不依赖任何专门的仪器设备实现现场高通量快速检测，检测成本远低于荧光定量PCR，该方法推广期主要面对微生物检测，现在已经广泛应用于微生物检测领域，并有很多相关专利获得授权，但因研究人员了解不足，而且人体基因比微生物更复杂，目前国内外均未见使用LAMP方法检测白血病BCR-ABL基因的报道。

发明内容

本发明的目的就是为了解决上述问题，提供一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物和试剂盒。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物，包括：引物P1，其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示；引物P2，其核苷酸序列如SEQIDNO：2所示；引物P3，其核苷酸序列如SEQIDNO：3所示；引物P4，其核苷酸序列如SEQIDNO：4所示。

上述引物在检测慢性粒细胞白血病微小残留病中的应用。

一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的试剂盒，内含LAMP反应液、阳性对照、阴性对照，所述LAMP反应液的成分为：0.04μmol/μLpH为8.8的Tris-HCl，0.02μmol/μL的KCl，0.016μmol/μL的MgSO₄，0.02μmol/μL的(HN₄)₂SO₄，0.002μl/μL的Tween₂₀，1.6μmol/μL的甜菜碱，0.0028μmol/μL×4种dNTPs，10U/μL逆转录酶，8U/μL的BstDNA聚合酶，0.00005μmol/μL的钙黄绿素，1.6pmol/μL的引物P1，1.6pmol/μL的引物P2，0.2pmol/μL的引物P3，0.2pmol/μL的引物P4；

所述阳性对照为：反应时在反应液中加入BCR-ABL基因表达阳性的K562细胞基因组RNA；

阴性对照为：反应时在反应液中加入超纯水。

上述试剂盒中LAMP反应液为1ml、阳性对照50μL、阴性对照1ml。

上述试剂盒还包括：反应管50个，1-10μL移液器头100个。

上述试剂盒的使用方法：取20μL反应液置于反应管中，将5μL待检RNA加入反应液内，用移液器吹打混匀，盖好反应管的盖子，将反应管置于水浴锅中进行扩增，扩增条件为：60-65℃水浴恒温反应40-45min，观察颜色变化；用户在初次使用时需要设置阴性对照和阳性对照。

本发明的有益效果：

为了解决以往白血病微小残留病检测中易出现假阳性、检测成本高、操作复杂、检测时间长的问题，本发明提供了用环介导等温扩增方法检测BCR-ABL基因的引物，建立了白血病微小残留病BCR-ABL基因检测新方法。

该方法扩增效率高、特异性好、对仪器设备要求低，只需要恒温水浴锅即可，临床上容易做到，检测时间不超过1个小时，是一种快速、准确诊断基因的新方法。

反应液中预先加有逆转录酶，逆转录和基因扩增一步完成，而不需要预先将RNA逆转录成cDNA再进行DNA扩增，简化了操作步骤。

采用本试剂盒通过检测BCR-ABL基因诊断CML微小残留病，从取得样本到结果判定结束可以控制在2h内，采用本试剂盒，实现了基因扩增和结果判定一步完成，操作简单、结果准确直观、特异性与敏感性高、对人体安全、不污染环境，适合于各级医院快速诊断慢性粒细胞白血病微小残留病，排除了基层医院难以开展此类检查的障碍，患者可以就近检查，而不用再长途奔波到条件好的大医院，方便了患者，节省了费用，为救治生命节约了宝贵时间。

附图说明

图1为裸眼目视观察反应结果，其中，1号管为检测管，2号管为阳性对照，3号管为阴性对照；

图2为LAMP法目视检测试剂盒灵敏性结果，其中，1-5号管中加入的为倍比稀释的RNA，浓度依次为1000、100、10、1、0.1ng/μl，1-4号为阳性，5号为阴性；

图3为LAMP法目视检测试剂盒特异性结果，1-5号管为CML患者样本，6-10号管为正常人样本；1-5号为阳性，6-10为阴性。

具体实施方式

下面结合附图与实施例对本发明作进一步说明。

1.材料与方法

1.1样本：用培养的K562细胞(慢性髓原白血病细胞)的基因组总RNA作为标准品用于本方法的建立，临床样本采用抗凝外周血或骨髓0.2-1.0ml。

1.2基因组总RNA提取：利用商品化的RNA提取试剂盒(购自北京天恩泽生物技术有限公司，型号为3701-50)抽提总RNA，室温操作。

抽提总RNA具体操作步骤：

(1)将0.2-1.5mL抗凝全血13000g离心3分钟，弃上清；

(2)将1mL溶液A加入到血液细胞沉淀中，用移液枪吹打沉淀使细胞裂解；

(3)将0.3mL的溶液B和0.2mL氯仿加入离心管，剧烈震荡30秒，13000g离心5分钟，将上清液转移到另一干净离心管中；

(4)加入0.5mL的溶液C和0.2mL的氯仿到上清液中，剧烈摇晃30秒，13000g室温离心3分钟，将上清液转移到另一干净离心管中；

(5)在上清液中加入体积为其1/2的溶液D，剧烈摇晃30秒，13000g离心5分钟，移弃上清液；

(6)在离心管中加入1mL体积分数为75％的乙醇，振荡器上振荡混均30秒，离心13000g1分钟，吸弃上清液；

(7)室温放置2分钟，加入10-30μL无RNase水使RNA沉淀溶解，即为总RNA。

1.3引物设计及筛选

根据BCR-ABL融合基因mRNA序列，利用PrimerExplorerV4软件(https://primerexplorer.jp)设计多组引物，每引物组包括4条，根据反应时间及特异性对不同引物的反应进程和结果进行监测、筛选，确定反应快、特异性高的最佳引物。筛选到的引物序列见表1。

表1筛选到的BCR-ABL融合基因的环介导等温扩增检测方法的最佳引物名称与序列

BCR-ABL融合基因mRNA序列，其核苷酸序列如SEQIDNO：5所示。

1.4LAMP反应体系

LAMP反应总体系为25μL，反应时加入20μL反应液，再加入5μL待检测RNA。同时设阳性对照和阴性对照。

阳性对照为：反应时在反应液中加入K562基因组RNA5μL；

阴性对照为：反应时在反应液中加入超纯水5μL。

20μL反应液成分及含量见表2。

表2反应缓冲液成分及含量

1.5试剂盒设置

试剂盒内含LAMP反应液、阳性对照、阴性对照3管试剂，以50次反应计，试剂盒组装如表3所示。

表3BCR-ABL融合基因的环介导等温扩增检测方法的试剂盒设置

1.6反应条件

取20μL反应液置于反应管中，将5μL待检RNA加入反应液内，用移液器吹打混匀，盖好反应管的盖子，将反应管置于水浴锅中进行扩增，扩增条件为：60-65℃水浴恒温反应40-45min。初次使用本试剂盒建议设置阴性对照和阳性对照，但不是必要步骤。

2.结果判定

在LAMP反应进行的过程中，随着大量DNA的合成，还产生一种副产物焦磷酸根离子，焦磷酸根离子浓度与DNA的生成量成正比。反应初期，钙黄绿素与荧光淬灭剂锰离子结合而不发荧光。由于焦磷酸根离子更易与锰离子结合从而释放了钙黄绿素。游离的钙黄绿素可以自发荧光，在镁离子存在的条件下，这种荧光效果得到了加强。而且这种荧光在自然光下可被裸眼观察到。扩增反应前，反应液为淡橙色，待检测样本DNA被扩增后反应液变为绿色。因此从反应开始至结果判读均不需要打开反应管，可以有效避免因形成气溶胶而导致的DNA污染及假阳性的产生。

所以，反应液变为绿色的为阳性结果；反应液不变色仍为淡橙色的为阴性结果，如图1所示，1号管为检测管，2号管为阳性对照，反应至40-45min后，取出离心管，裸眼观察结果，1、2号管中的液体变为绿色，为阳性，3号管中的液体仍保持淡橙色，为阴性。若反应时间延长至45min以上，可能会出现假阳性，随反应时间继续延长，假阳性出现的几率随之升高，所以结果判定以40-45min时为准。

3.敏感性检测

用微量分光光度计(购自美国Nanodrop公司，型号为ND-1000)检测样本RNA的浓度，并将RNA的浓度调整为1000ng/μl，用无RNA酶的双蒸水对待检测RNA进行10倍梯度稀释，得到所需要的不同浓度，即100、10、1、0.1ng/μl。按照1.6条件进行LAMP反应，检测出现阳性反应的最低模板浓度。如图2所示，1-4号管浓度为1000、100、10、1ng/μl，反应结束后变为绿色，为阳性。5号管浓度为0.1ng/μl，反应结束后仍为淡橙色，为阴性。表明本试剂盒最低可检测到1ng/μl的基因组RNA。

4.特异性检测

选择正常人血液5例、CML患者血液5例提取RNA，按照1.6条件进行LAMP扩增。40-45min之间，来自5例CML患者的RNA显示为阳性结果，来自5例正常人血液的RNA为阴性，正确率100％，表明本试剂盒具有很高的特异性。如图3所示，1-5号管均变为绿色，为阳性，6-10号管为正常人样本，反应结束后仍为淡橙色，为阴性。

5.利用本发明通过检测BCR-ABL基因表达来检测慢性粒细胞白血病微小残留病与现有常规检测方法的优劣对比，见表4。

表4本试剂盒检测与现有常规检测方法对比

由表4可以看出，本发明的方法相对于现有常规检测方法，不需要专用的仪器，操作过程简单，并且对操作者的要求较低，操作的时间少于1h，检测的灵敏度和特异性较高。

上述虽然结合附图对本发明的具体实施方式进行了描述，但并非对本发明保护范围的限制，所属领域技术人员应该明白，在本发明的技术方案的基础上，本领域技术人员不需要付出创造性劳动即可做出的各种修改或变形仍在本发明的保护范围以内。

Claims (4)

1.一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的引物，其特征在于，包括：引物P1，其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示；引物P2，其核苷酸序列如SEQIDNO：2所示；引物P3，其核苷酸序列如SEQIDNO：3所示；引物P4，其核苷酸序列如SEQIDNO：4所示。

2.一种BCR-ABL融合基因快速检测方法的试剂盒，其特征在于，内含LAMP反应液、阳性对照、阴性对照，所述LAMP反应液的成分为：0.04μmol/μL的pH8.8的Tris-HCl，0.02μmol/μL的KCl，0.016μmol/μL的MgSO₄，0.02μmol/μL的(HN₄)₂SO₄，0.002μl/μL的Tween20，1.6μmol/μL的甜菜碱，0.0028μmol/μL的×4种dNTPs，10U/μL的逆转录酶，8U/μL的BstDNA聚合酶，0.00005μmol/μL的钙黄绿素，1.6pmol/μL的引物P1，其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，1.6pmol/μL的引物P2，其核苷酸序列如SEQIDNO：2所示，0.2pmol/μL的引物P3，其核苷酸序列如SEQIDNO：3所示，0.2pmol/μL的引物P4，其核苷酸序列如SEQIDNO：4所示；所述阳性对照为：反应时在反应液中加入BCR-ABL基因表达阳性的K562细胞基因组RNA；阴性对照为：反应时在反应液中加入超纯水。

3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，LAMP反应液为1ml、阳性对照50μL、阴性对照1ml。

4.如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，上述试剂盒还包括：反应管50个，1-10μL移液器头100个。