CN104144942A - 来自游动放线菌属菌种se50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒 - Google Patents

来自游动放线菌属菌种se50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒 Download PDF

Info

Publication number
CN104144942A
CN104144942A CN201280060526.8A CN201280060526A CN104144942A CN 104144942 A CN104144942 A CN 104144942A CN 201280060526 A CN201280060526 A CN 201280060526A CN 104144942 A CN104144942 A CN 104144942A
Authority
CN
China
Prior art keywords
actinoplanes
albumen
aice
amino acid
gene
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201280060526.8A
Other languages
English (en)
Inventor
A·克莱因
K·泽尔贝尔
H·韦尔曼
W·罗森
A·皮勒
P·施魏恩特克
J·卡利诺夫斯基
U·韦迈尔
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Bayer Pharma AG
Bayer Intellectual Property GmbH
Original Assignee
Bayer Pharma AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Bayer Pharma AG filed Critical Bayer Pharma AG
Publication of CN104144942A publication Critical patent/CN104144942A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/365—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Actinoplanes (G)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • C12N15/76—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Actinomyces; for Streptomyces
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本发明涉及游动放线菌属菌种SE50/110的完整基因组序列内的固有DNA序列，其与放射菌整合和接合元件(antinomycete integrative and conjugative element，AICE)的结构相似。相关AICEs过去用于建立用于其他细菌的基因操作工具。在本文中，我们描述了游动放线菌属菌种SE50/110中发现的特定AICE的独特性质，所述特定AICE作为整体与任意其他已知的AICE明显不同，但是与从其他菌种中鉴定得到的AICEs共有具有不同序列相似度的微小部分。

Description

来自游动放线菌属菌种SE50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒
发明描述
原核生物游动放线菌属(Actinoplanes)菌种SE50/110产生α-葡糖苷酶抑制剂阿卡波糖，其在世界范围内用于治疗2型糖尿病。基于在世界范围内2型糖尿病的发病快速增长的事实，预期未来对阿卡波糖的需求不断增加。为了满足这些预期，需要对菌株和其衍生物进行基因操作，旨在增加阿卡波糖产量。然而，目前对于该菌株尚无用于基因操作的工具，阻碍了改进菌株的进程。
本发明涉及游动放线菌属菌种SE50/110的完整基因组序列内的固有DNA序列，其与放射菌整合和接合元件(antinomycete integrative and conjugativeelement，AICE)的结构相似。相关AICEs过去用于建立用于其他细菌的基因操作工具。在本文中，我们描述了游动放线菌属菌种SE50/110中发现的特定AICE的独特性质，所述特定AICE作为整体与任意其他已知的AICE明显不同，但是与从其他菌种中鉴定得到的AICEs共有具有不同序列相似度的微小部分。
发明描述
游动放线菌属菌种SE50/110是一种革兰氏阳性需氧菌，其基因组G+C含量高，大小约为9.25MB(Schwientek等人，2012)。这种在医学上重要的生物是发现抑制人α-葡糖苷酶的多种化学相关物质的天然生产者，这使得其特别适合用于药学应用(Frommer等人，1975，1977a，1977b，1979)。特别是伪四多糖(pseudotetrasaccharide)阿卡波糖，其通过已明确表征的阿卡波糖基因簇中编码的酶合成(Wehmeier和Piepersberg，2004)，在世界范围内用于治疗2型糖尿病(非胰岛素依赖型)。
2型糖尿病是一种慢性疾病，在世界范围内危害超过2亿5千万人。如果处理不当或者不治疗，其可以导致肾脏衰竭、失明、伤口愈合缓慢和动脉疾病，包括冠状动脉粥样硬化的严重情况(IDF，2009)。由于在世界范围内2型糖尿病的发病快速增长，需要预料到对于糖尿病药物例如阿卡波糖的需求不断增加。目前，伪四多糖阿卡波糖通过经产量优化的菌株的工业发酵而生产，所述菌株是基于野生型细菌游动放线菌属菌种SE50/110(ATCC 31044；CBS 647.73)。尽管过去通过常规突变进行的经典菌株优化是增加阿卡波糖生产的非常成功的途径，现在该方案似乎达到了其限值。为了进一步增加生产效率，必须应用靶向基因工程，这需要使用用于游动放线菌属菌种SE50/110的功能性转化系统。先前的实验表明游动放线菌属菌种SE50/110和Actinoplanes friuliensis(以及可能大部分其他游动放线菌菌种)不能使用标准转化方法例如电穿孔或PEG介导的转化，尽管进行过认真的尝试(Heinzelmann等人，2003)。在本文中，在游动放线菌属菌种SE50/110基因组(GenBank：CP003170)上鉴定出了放射菌整合和接合元件(AICE)，其可以如先前已经用于相关菌种(Hosted等人，2005)所示用于该目的。
AICEs是一族具有高度保守的结构组成的移动性基因元件，其具有用于切除/整合、复制、接合转移和调控的功能性模块(te Poele，Bolhuis等人，2008)。由于能够自主复制，其据说还能够介导获得编码其他功能的额外模块，例如在某些环境条件下赋予宿主选择优势的耐受性或代谢性质(Burrus和Waldor，2004)。在游动放线菌属菌种SE50/110完整基因组中鉴定出了一种新的AICE，命名为pACPL(图1)。其13.6kb的大小和结构基因组成与紧密相关菌种(例如Micomonospora rosario、Salmispora tropica或者天蓝色链霉菌(Streptomycescoelicolor))的其他已知AICEs吻合较好。
图1.从游动放线菌属菌种SE50/110中新鉴定出的放射菌整合和接合元件(AICE)pACPL的结构组成。其他AICEs上也可以找到的常见基因以颜色示出：切除/整合(桔色)，复制(黄色)，主转移(深蓝色)，接合(蓝色)，NUDIX水解酶(深绿色)，调控(绿色)，其他经注解的功能(红色)，未知功能(灰色)。
图2.运行双末端和全基因组鸟枪焦磷酸测序的经自动联合组装所得到的571个游动放线菌属菌种SE50/110重叠群的散布图。每个碱基的平均读取数是21.12，在图中以标记为“平均数”的中央对角线描述。额外的线表示每个碱基读取数的过分代表和未被充分代表的因数，分别达10倍和1/10。轴线表示对数刻度。大的和高度过分代表的重叠群以特殊符号突出显示。每个重叠群以下列符号之一表示：菱形，常规重叠群；正方形，与放射菌整合和接合元件(AICE)相关的重叠群；三角形，与核糖体操纵子(rrn)相关的重叠群；圆形，与转座子相关的重叠群。
大部分已知的AICEs通过整合入tRNA基因的3’末端而存在于其宿主基因组中，所述整合是通过分别位于基因组(attB)和AICE上(attP)的连接位点内的两条一致序列(att身份片段)之间的位点特异性重组而完成(te Poele，Bolhuis等人，2008)。在pACPL中，att身份片段大小为43nt并且attB与脯氨酸tRNA基因的3’末端重叠。此外，attP中的身份片段的两侧是两个2Int的重复，其中含有两个错配：GTCACCCAGTTAGT(T/C)AC(C/T)CAG。这些与产二素链霉菌(Strepomyces ambofaciens)的AICE pSAM2中鉴定出的臂型(arm-type)位点显示出高度相似性。对于pSAM2，显示整合酶与这些重复结合，并且其对于有效重组十分关键(Raynal等人，2002)。
除了脯氨酸tRNA基因组整合位点之外，显示pACPL作为染色体外元件以至少两个拷贝(图2)存在于平均一个游动放线菌属菌种SE50/110细胞中(Schwientek等人，2012)。pACPL于22种蛋白编码序列中。
本发明的放射菌整合和接合元件选自由以下组成的组：
a)具有SEQ ID l的序列的多核苷酸，
b)在严格条件下与(a)中指定的多核苷酸杂交的多核苷酸；
c)与SEQ ID 1的序列具有至少90％同一性的多核苷酸。
优选与SEQ ID 1的序列具有至少95％同一性的AICEs。更优选与SEQ ID1的序列具有至少98％同一性的AICEs。本发明进一步涉及已经被转化了上述放射菌整合和接合元件的宿主细胞。最优选的宿主细胞是游动放线菌属。宿主细胞可以用于制备生物学产品的方法中，所述方法包括步骤：
a)在可用的培养基中培养上述宿主细胞，
b)从培养基中收获产品和
c)分离和纯化产品。
该方法中最优选的产品是阿卡波糖。
pACPL的22种蛋白编码序列的详细描述
基因int(基因组座位标签：ACPL_6310)编码长度为388个氨基酸的AICE整合酶。其序列在前383个氨基酸内与灰色链霉菌(Streptomyces griseoflavus)Tu4000的整合酶(GenBank：EFL40120.1)显示74％的相似性。该蛋白的整合酶结构域位于氨基酸182-365之间，并且与Int/Topo IB特征基序(signature motif)(保守性结构域：cd01182)显示高度相似性(e值2.90e-21)。整合酶负责通过染色体上的attB和AICE上的attP两个相似的连接位点之间发生的位点特异性重组而整合入tRNA基因中(te Poele，Bolhuis等人，2008)。
基因xis(基因组座位标签：ACPL_6309)编码长度为68个氨基酸的AICE切除酶。其与除粉红链孢囊菌(Streptosporangium roseum)DSM 43021的假设性蛋白Sros_7036(GenBank：ACZ89735.1)显示最高相似性。该蛋白在氨基酸9-55之间含有一个中度保守的(e值：1.31e-07)螺旋-转角-螺旋基序(pfam12728)。需要Xis与Int联合，以介导在准备进行扩增中将AICE从染色体中切除并转移至其他宿主(te Poele，Bolhuis等人，2008)。
基因repSA(基因组座位标签：ACPL_6308)编码长度为598个氨基酸的AICE复制起始蛋白。其与橙黄小单孢菌(Micromonospora aurantiaca)ATCC27029的推定性质粒复制起始蛋白(GenBank：ADL48867.1)具有最高相似性。该蛋白与产二素链霉菌的已明确表征的RepSA蛋白相似，已经发现所述RepSA蛋白利用滚动周期复制机制(Hagège等人，1993)。
基因aice1(基因组座位标签：ACPL_6307)编码长度为97个氨基酸的功能未知的蛋白。其在前80个氨基酸与橙黄小单孢菌ATCC 27029的假设性蛋白Micau_5360(GenBank：ADLA8866.1)显示69％的相似性。
基因spdA(基因组座位标签：ACPL_6306)编码长度为107个氨基酸的AICE推定性扩散蛋白(spread protein)。SpdA与弗兰克氏菌属(Frankia)菌种Cc13的扩散蛋白(GenBank：ABD10289.1)显示54％的相似性。扩散蛋白参与麻点形成(pock formation)，其反映出受体细胞在从供体细胞获得AICE的过程中的暂时性生长迟滞。因此，扩散蛋白辅助菌丝体内的扩散(Kataoka等人，1994；Grohmann等人，2003；te Poele，Bolhuis等人，2008)。
基因spdB(基因组座位标签：ACPL_6305)编码长度为169个氨基酸的AICE推定性扩散蛋白。SpdB在氨基酸40-131之间与Micomonospora rosario的扩散蛋白(GenBank：AAX38998.1)显示84％的相似性。扩散蛋白参与麻点形成，其反映出受体细胞在从供体细胞获得AICE的过程中的暂时性生长迟滞。因此，扩散蛋白辅助菌丝体内的扩散(Kataoka等人，1994；Grohmann等人，2003；te Poele，Bolhuis等人，2008)。已经发现了SpdB的信号肽，预期其切割位点在位点18处。此外，在位点i53-70o75-97i109-131o处发现了三个跨膜螺旋。
基因aice2(基因组座位标签：ACPL_6304)编码长度为96个氨基酸的功能未知的蛋白。其在氨基酸12-89之间与橙黄小单孢菌ATCC 27029的假设性蛋白Micau_5358(GenBank：ADL48864.1)显示57％的相似性。
基因aice3(基因组座位标签：ACPL_6303)编码长度为61个氨基酸的功能未知的蛋白。其与公开的数据库中的任意蛋白均不显示显著相似性。
基因aice4(基因组座位标签：ACPL_6302)编码长度为138个氨基酸的功能未知的蛋白。其在最后113个氨基酸与橙黄小单孢菌ATCC27029的假设性蛋白Micau_5357(GenBank：ADL48863.1)显示69％的相似性。
基因aice5(基因组座位标签：ACPL_6301)编码长度为108个氨基酸的功能未知的蛋白。其与橙黄小单孢菌ATCC 27029的假设性蛋白Micau_5356(GenBank：ADL48862.1)的完整氨基酸序列显示79％的相似性。该蛋白在胞质外功能(ECF)上具有低的σ因子pfam命中值(e值0.0022)。这些σ因子可以与RNA聚合酶结合，以刺激特定基因的转录。据信其在从环境中接收到刺激物的情况下被活化，并且常常与一种或多种负向调控物共转录(Helmann，2002)。
基因aice6(基因组座位标签：ACPL_6300)编码长度为149个氨基酸的功能未知的蛋白。其与Verrucosispora maris AB-18-032的假设性蛋白VAB18032_01645(GenBank：AEB47431.1)的完整氨基酸序列显示50％的相似性。
基因aice7(基因组座位标签：ACPL_6299)编码长度为66个氨基酸的功能未知的蛋白。其与公开的数据库中的任意蛋白均不显示相似性。Aice7含有范围在氨基酸9-31之间的单个跨膜螺旋。
基因tra(基因组座位标签：ACPL_6298)编码长度为293个氨基酸的AICE主转移蛋白。其大部分与橙黄小单孢菌ATCC 27029的细胞分裂蛋白(GenBank：ADL48859.1)显示74％的相似性。Tra在氨基酸29-187之间含有一个与FtsK/SpoIIIE结构域具有显著相似性(e值3.1e-14)的结构域，其在所有AICEs和链霉菌属转移酶基因中均能够找到(te Poele，Bolhuis等人，2008)。几项实验已经提供证明表明，Tra的同源物负责双链DNA转位至受体菌株中。转位发生于配以菌丝体的菌丝尖末稍(Possoz等人，2001；Reuther等人，2006)。
基因aice8(基因组座位标签：ACPL_6297)编码长度为124个氨基酸的功能未知的蛋白。其在氨基酸44-116之间与Mycobacterium colombiense CECT3035的FadE6蛋白(GenBank：EGT86701.1)的序列显示44％的相似性。完整FadE6蛋白具有与酰基CoA脱氢酶相似的733个氨基酸，而Aice8不可能具有相似功能，因为其不含FadE6的催化结构域并且长度仅为124个氨基酸。
基因aice9(基因组座位标签：ACPL_6296)编码长度为320个氨基酸的功能未知的蛋白。其序列的大部分与橙黄小单孢菌ATCC 27029的假设性蛋白Micau_5352(GenBank：ADIA8858.1)显示68％的相似性。该蛋白在位点i32-51o57-79i88-110o115-134i处含有4个跨膜螺旋。
基因aicel0(基因组座位标签：ACPL_6295)编码长度为69个氨基酸的功能未知的蛋白。其与公共数据库中的任意蛋白均不显示显著相似性。
基因pta(基因组座位标签：ACPL_6294)可能编码repSA、xis和int基因的活化物。其长度为105个氨基酸并且其完整序列与橙黄小单孢菌ATCC 27029的假设性蛋白Micau_5352(GenBank：ADL48857.1)显示90％的相似性。Pra调控AICE的转移和复制，据信其被产二素链霉菌的AICE pSAM2中的转录调控物KorSA阻遏(Sezonov等人，2000)。通过阻遏Pra，AICE在染色体上维持其整合形式。
基因reg(基因组座位标签：ACPL_6293)编码长度为444个氨基酸的AICE调控蛋白。其完整序列与卡特利链霉菌(Streptomyces cattleya)NRRL 8057的推定性调控物(GenBank：CCB75999.1)显示50％的相似性。Reg含有范围在氨基酸4-72之间的螺旋-转角-螺旋结构域。尽管Reg与pSAM2的KorSA之间的序列相似性非常低，reg在pra和nud基因之间的定位可能指示Reg类似于KorSA的同源物，所述KorSA常常出现于这种基因结构中(te Poele，Bolhuis等人，2008)。
基因nud(基因组座位标签：ACPL_6292)编码含有NUDIX水解酶结构域(氨基酸29-144之间)的蛋白。其大小为172个氨基酸，并且其序列与链霉菌属菌种AA4的假设性蛋白(GenBank：EFL09132.1)以及紧密相关菌种的多种NUDIX水解酶显示72％的相似性。Nud在氨基酸21-108之间与pSAM2的Pif蛋白显示42％的相似性。Pif也含有NUDIX水解酶结构域，已显示其参与胞内信号，据信其抑制AICE的复制转移，以防止拥有pSAM2的细胞之间多余的转移(Possoz等人，2003；te Poele，Bolhuis等人，2008)。因此，可能pACPL中的Pra、Reg和Nud具有与pSAM2的Pra、KorSA和Pif相似的调控机制。
基因mdp(基因组座位标签：ACPL_6291)编码长度为80个氨基酸的金属依赖性磷酸水解酶。其序列与弗兰克氏菌属菌种Cc13的金属依赖性磷酸水解酶(GenBank：ABD10513.1)显示66％的相似性。Mdp编码基因常常在其他AICEs上与pra、reg和nud同源物以簇的形式存在(te Poele，Bolhuis等人，2008)。金属依赖性磷酸水解酶可能参与信号转导或核酸代谢(te Poele，Samborskyy等人，2008)。
基因aice11(基因组座位标签：ACPL_6290)编码长度为256个氨基酸的功能未知的蛋白。其与公共数据库中的任意蛋白均不显示显著相似性。
基因aice12(基因组座位标签：ACPL_6289)编码长度为93个氨基酸的功能未知的蛋白。其与公共数据库中的任意蛋白均不显示显著相似性。
参考文献
Burrus，V.，Waldor，M..，2004.Shaping bacterial genomes with integrative andconjugative elements.Res.Microbiol 155，376-386.
Caspary，W.F.，Graf，S.，1979.Inhibition of human intestinal alpha-glucosidehydrolasesby a new complex oligosaccharide.Res Exp Med(Berl)175，1-6.
Frommer，W.，Junge，B.，Keup，U.，Mueller，L.，Schmidt，D.，1977.Amino sugarderivatives.German patent DE 2347782(US patent 4,062,950).
Frommer，W.，Junge，B.，Milller，L.，Schmidt，D.，Tmscheit，E.，1979.NeueEnzyminhibitoren aus Mikroorganismen.Planta Med 35，195-217.
Frommer，W.，Puis，W.，Schafer，D.，Schmidt，D.，1975.Glycoside-hydrolase enzymeinhibitors.German patent DE 2064092(US patent 3,876,766).
Frommer，W.，Puis，W.，Schmidt，D.，1977.Process for the productionof a saccharaseinhibitor.German patent DE 2209834(US patent 4,019,960).
Grohmann，E.，Muth，G.，Espinosa，M.，2003.Conjugative Plasmid Transfer inGram-Positive Bacteria.Microbiol.Mol.Biol.Rev.67，277-301.
Hagege，J.，Pemodet，J.L.，Friedmann，A.，Guerineau，M.，1993.Mode and origin ofreplication of pSAM2，a conjugative integrating element of Streptomyces ambofaciens.Mol.Microbiol.10，799-812.
Heinzelmann，E.，Berger，S.，Puk，O.，Reichenstein，B.，Wohlleben，W，，Schwartz，D.，2003.A Glutamate Mutase Is Involved in the Biosynthesis of the LipopeptideAntibiotic Friulimicin in Actinoplanes friuliensis.Antimicrob Agents Chemother 47，447-457.
Helmann，J.D.，2002.The extracytoplasmic function(ECF)sigma factots.Adv.Microb.Physiol.46，47-1 10.
Hosted，T.J.，Jr，Wang，T.，Horan，A.C.，2005.Characterization ofthe Micromonosporarosaria pMR2 plasmid and development of a high G+C codon optimized integrase forsite-specific integration.Plasmid 54，249-258.
IDF，2009.IDF Diabetes Atlas，4th edn.International Diabetes Federation，Brussels，Belgium：International Diabetes Federation.
Kataoka，M.，Kiyose，Y.M.，Michisuji，Y.，Horiguchi，T.，Seki，T.，Yoshida，T.，1994.Complete Nucleotide Sequence of the Streptomyces nigrifaciens Plasmid，pSN22：Genetic Organization and Correlation with Genetic Properties.Plasmid32，55-69.
te Poele，E.M.，Bolhuis，H.，Dijkhuizen，L.，2008.Actinomycete integrative andconjugative elements.Antonie Van Leeuwenhoek94，127-143.
te Poele，E.M.，Samborskyy，M.，Oliynyk，M.，Leadlay，P.F.，Bolhuis，H.，Dijkhuizen，L.，2008.Actinomycete integrative and conjugative pMEA-like elements ofAmycolatopsis and Saccharopolyspora decoded.Plasmid59，202-216.
Possoz，C，Gagnat， J.，Sezonov，G.，Guerineau，M.，Pemodet，J.-L.，2003.Conjugalimmunity of Streptomyces strains carrying the integrative element pSAM2 is due tothe pif gene(pSAM2 immunity factor).Mol.Microbiol.47，1385-1393.
Possoz，C，Ribard，C，Gagnat，J.，Pemodet，J.L.，Guerineau，M.，2001.The integrativeelement pSAM2 from Streptomyces：kinetics and mode of conjugal transfer.Mol.Microbiol.42，159-166.
Raynal，A.，Friedmann，A.，Tuphile，K.，Guerineau，M.，Pemodet，J.-L.，2002.Characterization of the attP site of the integrative element pSAM2 from Streptomycesambofaciens.Microbiology(Reading，Engl.)148，61-67.
Reuther，J.，Gekeler，C，Tiffert，Y.，Wohlleben，W.，Muth，G.，2006.Unique conjugationmechanism in mycelial streptomycetes：a DNA-binding ATPase translocatesunprocessed plasmid DNA at the hyphal tip.Mol.Microbiol.61，436-446.
Schwientek，P.，Szczepanowski，R.，RUckert，C，alinowski，J.，Klein，A.，Selber，K.，Wehmeier，U.F.，Stoye，J.，Piihler，A.，2012.The complete genome sequence of theacarbose producer Actinoplabes sp.SE50/1 10.BMC Genomics 1-2.
Sezonov，G.，Possoz，C.，Friedmann，A，Pemodet，J.L.，Guerineau，M.，2000.KorSAfrom the Streptomyces integrative element pSAM2 is a central transcriptional repressor：target genes and binding sites.J.Bacteriol.182，1243-1250.
Wehmeier，U.F.，Piepersberg，W.，2004.Biotechnology and molecular biology of thealpha-lucosidase inhibitor acarbose.Appl.Microbiol.Biotechnol 63，613-625

Claims (6)

1.一种放射菌整合和接合元件，其选自由以下组成的组：
d)具有SEQ ID 1的序列的多核苷酸，
e)在严格条件下与(a)中指定的多核苷酸杂交的多核苷酸；
f)与SEQ ID 1的序列具有至少90％同一性的多核苷酸。
2.权利要求1的放射菌整合和接合元件，其与SEQ ID 1的序列具有至少95％的同一性。
3.宿主细胞，其被转化了权利要求1和2的放射菌整合和接合元件。
4.权利要求3的宿主细胞，其中所述细胞是游动放线菌属菌种。
5.制备生物学产品的方法，其包括步骤：
d)在可用的培养基中培养权利要求3和4的宿主细胞，
e)从培养基中收获产品和
f)分离和纯化产品。
6.权利要求5的方法，其中所述产品是阿卡波糖。
CN201280060526.8A 2011-12-08 2012-12-04 来自游动放线菌属菌种se50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒 Pending CN104144942A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP11192618 2011-12-08
EP11192618.4 2011-12-08
PCT/EP2012/074366 WO2013083566A1 (en) 2011-12-08 2012-12-04 New actinomycete integrative and conjugative element from actinoplanes sp. se50/110 as plasmid for genetic transformation of related actinobacteria

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN104144942A true CN104144942A (zh) 2014-11-12

Family

ID=47278320

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201280060526.8A Pending CN104144942A (zh) 2011-12-08 2012-12-04 来自游动放线菌属菌种se50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒

Country Status (12)

Country Link
US (2) US9217154B2 (zh)
EP (1) EP2788373B1 (zh)
JP (1) JP2015501641A (zh)
KR (1) KR20140109922A (zh)
CN (1) CN104144942A (zh)
AR (1) AR089117A1 (zh)
CA (1) CA2858259A1 (zh)
ES (1) ES2718331T3 (zh)
HK (1) HK1203970A1 (zh)
IL (1) IL232587A (zh)
IN (1) IN2014CN04155A (zh)
WO (1) WO2013083566A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112592878A (zh) * 2020-12-25 2021-04-02 上海交通大学 增强正调控蛋白基因表达以提高阿卡波糖发酵水平的方法

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20140109922A (ko) 2011-12-08 2014-09-16 바이엘 인텔렉쳐 프로퍼티 게엠베하 연관된 방선균의 유전적 형질전환을 위한 플라스미드인 액티노플라네스 sp. SE50/110으로부터 유래한 신규한 방선균류 통합 및 접합 인자
CN112522174B (zh) * 2020-12-25 2022-08-09 上海交通大学 一种敲除负调控蛋白基因以提高阿卡波糖发酵水平的方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1172161A (zh) * 1996-03-22 1998-02-04 拜尔公司 阿卡维基转移酶及其制备与应用
WO2012016960A1 (en) * 2010-08-04 2012-02-09 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Genomics of actinoplanes utahensis

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE2064092C2 (de) 1970-12-28 1983-06-01 Bayer Ag, 5090 Leverkusen Inhibitoren für Glykosidhydrolasen aus Actinomyceten
DE2209834C3 (de) 1972-03-01 1978-04-20 Bayer Ag, 5090 Leverkusen Herstellung von Saccharase-Inhibitoren
DE2347782C3 (de) 1973-09-22 1979-10-11 Bayer Ag, 5090 Leverkusen Aminozuckerderivate, Verfahren zu ihrer Herstellung sowie diese Verbindungen enthaltende Arzneimittel
US4062950A (en) 1973-09-22 1977-12-13 Bayer Aktiengesellschaft Amino sugar derivatives
AU2008282876A1 (en) * 2007-07-27 2009-02-05 Wyeth Vectors and methods for cloning gene clusters or portions thereof
KR20140109922A (ko) 2011-12-08 2014-09-16 바이엘 인텔렉쳐 프로퍼티 게엠베하 연관된 방선균의 유전적 형질전환을 위한 플라스미드인 액티노플라네스 sp. SE50/110으로부터 유래한 신규한 방선균류 통합 및 접합 인자

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1172161A (zh) * 1996-03-22 1998-02-04 拜尔公司 阿卡维基转移酶及其制备与应用
WO2012016960A1 (en) * 2010-08-04 2012-02-09 Bayer Pharma Aktiengesellschaft Genomics of actinoplanes utahensis

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HOSTED: "Characterization of the Micromonospora rosaria pMR2 plasmid and development of a high G+C codon optimized integrase for site-specific integration", 《PLASMID》 *
TE POELE: "Actinomycete integrative and conjugative elements", 《ANTONIE VAN LEEUWENHOEK》 *
TE POELE: "Actinomycete integrative and conjugative pMEA-like elements of Amycolatopsis and Saccharopolyspora decoded", 《PLASMID》 *
顾觉奋: "阿卡波糖生物合成和发酵工艺研究进展", <国外医药(抗生素分册)> *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112592878A (zh) * 2020-12-25 2021-04-02 上海交通大学 增强正调控蛋白基因表达以提高阿卡波糖发酵水平的方法

Also Published As

Publication number Publication date
US9562249B2 (en) 2017-02-07
US9217154B2 (en) 2015-12-22
WO2013083566A1 (en) 2013-06-13
EP2788373A1 (en) 2014-10-15
HK1203970A1 (zh) 2015-11-06
CA2858259A1 (en) 2013-06-13
IN2014CN04155A (zh) 2015-07-17
US20140349346A1 (en) 2014-11-27
US20160130622A1 (en) 2016-05-12
IL232587A0 (en) 2014-06-30
EP2788373B1 (en) 2019-01-23
AR089117A1 (es) 2014-07-30
ES2718331T3 (es) 2019-07-01
IL232587A (en) 2017-08-31
JP2015501641A (ja) 2015-01-19
KR20140109922A (ko) 2014-09-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Morton et al. DNA sequence and units of transcription of the conjugative transfer gene complex (trs) of Staphylococcus aureus plasmid pGO1
Chater et al. Streptomyces
Le Breton et al. Genome-wide identification of genes required for fitness of group A Streptococcus in human blood
Chater Streptomyces inside-out: a new perspective on the bacteria that provide us with antibiotics
Khan et al. Comprehensive transcriptome profiles of Streptococcus mutans UA159 map core streptococcal competence genes
EP3271461A1 (en) Crispr/cas9 based engineering of actinomycetal genomes
US11390882B2 (en) Expression vector
Mazzone et al. Whole-genome organization and functional properties of miniature DNA insertion sequences conserved in pathogenic Neisseriae
JP2022524043A (ja) 微生物の反復ゲノム編集
CN104480130B (zh) 一种pTerm‑SC质粒及其构建方法和应用
Sharma et al. Global gene expression analysis of the Myxococcus xanthus developmental time course
Jie et al. A set of shuttle plasmids for gene expression in Acinetobacter baumannii
CN104144942A (zh) 来自游动放线菌属菌种se50/110的新的放射菌整合和接合元件作为用于相关放线菌基因转化的质粒
JP2022524044A (ja) 微生物のプール型ゲノム編集
CN101883867A (zh) 转录因子诱饵、组合物和方法
JPH03505672A (ja) 高分子合成オペロンの相補アンチセンス　オリゴヌクレオチド抗菌、バクテリヤ感染の処置方法
Inokuchi et al. Structure and expression of prokaryotic tRNA genes
Spigaglia et al. Analysis of macrolide-lincosamide-streptogramin B (MLSB) resistance determinant in strains of Clostridium difficile
Gusek et al. Review of the Streptomyces lividans/Vector plJ702 System for Gene Cloning
CN1195062C (zh) 非抗生素抗性穿梭质粒表达载体及其构建方法和应用
CN102533800A (zh) 一种海洋链霉菌卤化酶基因及其产物，以及其修饰产物的生物合成基因簇
TWI284150B (en) Plasmid-free clone of E. coli strain DSM 6601
TW201336992A (zh) 源自游動放線菌ｓｅ５０／１１０並作為用於相關放線菌基因轉型之質體的新穎放線菌嵌合及接合單元
KR100464260B1 (ko) 스트렙토미세스속 균주 특이적 프라이머, ｒｐｏＢ 유전자분절, 및 이들을 이용한 스트렙토미세스속 균종의 동정방법
Pinto In principio erat Lactococcus lactis: towards a membrane protein overproducer host

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 1203970

Country of ref document: HK

REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: WD

Ref document number: 1203970

Country of ref document: HK

RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20141112

RJ01 Rejection of invention patent application after publication