CN104081202A - 检测靶分子的非侵入性方法 - Google Patents

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Abstract

本发明的实施方式涉及用于收集检测、测量和鉴定靶分子的非侵入性方法和组合物。在一些实施方式中，方法和组合物涉及胃肠灌洗液或粪便中的靶分子。

Description

检测靶分子的非侵入性方法
技术领域
本发明的实施方式涉及用于收集、检测、测量和鉴定靶分子的非侵入性方法和组合物。在一些实施方式中，方法和组合物涉及胃肠灌洗液(GLF)或粪便中的靶分子。
参考序列表
本申请与电子形式的序列表一起提交。所述序列表以2011年9月7日创建的名为USA_007WO.TXT的文件提供，其大小为约231KB。所述序列表的电子形式的信息以其整体通过引用引入本文。
背景技术
与胃肠道(GI)和肝胆道以及与胃肠道有关的器官/组织有关的紊乱包括诸如胃癌、食道癌、肝癌、和胰腺癌等癌症。特别地，胰癌(例如，胰腺癌)是胰腺的一种恶性增长，其主要出现在胰管的细胞内。该疾病是第九种最常见的癌症形式，然而在男性与女性癌症死亡的主要原因中，分别位居第四与第五。胰腺癌几乎总是致命的，其中5年存活率低于3%。
胰癌最常见的症状包括黄疸、腹痛、以及体重减轻，这些症状连同其它呈现的因素通常本质上是非特异性的。因此，在肿瘤生长的早期诊断胰癌通常是困难的，并且需要广泛的诊断检查，经常偶然在探查术期间发现。超声内镜是一种可用于诊断胰癌的非手术技术的实例。然而，难以可靠地检测小肿瘤以及区分胰癌和局限性胰腺炎。目前绝大多数的胰癌患者在晚期被确诊，即当肿瘤已经扩散到胰腺外从而侵入周围的器官和/或已经广泛转移。Gold等，Crit.Rev.Oncology/Hematology,39:147-54(2001)，以其整体通过引用引入本文。疾病的滞后检测常见于被诊断为通常导致死亡的疾病晚期的大多数患者中；仅有少数患者在疾病的早期被检测到。
诊断与胃肠道相关的紊乱和疾病的侵入性技术是不方便的，并将受试者暴露于重大的风险中。因此，需要检测和鉴定来自胃肠道或相关器官/组织的靶分子的非侵入性的方法和组合物。在一些实施方式中，可评价所述靶分子以确定它们是否可用作与特定的特征如疾病、疾病倾向、对治疗方案的阳性响应、或对治疗方案无响应或阴性响应有关的生物标记。此外，来自胃肠道或相关器官/组织的生物标记可用于确定个体是否具有任何上述列举的特定特征。
发明简述
本发明的实施方式涉及用于收集、检测、测量和鉴定靶分子的非侵入性方法和组合物。在一些实施方式中，方法和组合物涉及胃肠灌洗液(GLF)或粪便中的靶分子。
一些实施方式包括一种用于评价受试者的生理状态的方法，其包括：从所述受试者获得胃肠灌洗液；和检测所述胃肠灌洗液中来源于胃肠系统外部的靶分子。
一些实施方式包括一种用于评价受试者的生理状态的方法，其包括：从所述受试者获得粪便样品；和检测所述粪便样品中来源于胃肠系统外部的靶分子。
在一些实施方式中，所述胃肠灌洗液通过部分清洗所述受试者的胃肠系统而获得。
在一些实施方式中，所述胃肠灌洗液包含粪便物。在一些实施方式中，所述粪便样品包含胃肠灌洗液。
在一些实施方式中，所述靶分子包含多肽、抗体、胆汁酸、代谢产物或聚糖。在一些实施方式中，所述靶分子包含生物标记。在一些实施方式中，所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、对治疗的部分响应、对治疗的阴性响应或对治疗无响应有关。在一些实施方式中，所述靶分子与癌症的存在或癌症倾向有关。在一些实施方式中，所述癌症是胰癌、结肠直肠癌、肝癌或胃癌。在一些实施方式中，所述靶分子来源于附属消化腺。在一些实施方式中，所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
一些实施方式包括向所述受试者施用灌洗液。在一些实施方式中，口服施用灌洗液。在一些实施方式中，所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。在一些实施方式中，所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'S PHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
一些实施方式包括在所述受试者上进行结肠镜检查。
在一些实施方式中，所述受试者是哺乳动物。在一些实施方式中，所述受试者是人。
一些实施方式包括一种用于鉴定生物标记的方法，其包括：从具有目标病症或生理状态的多个测试受试者获得测试胃肠灌洗液，并从不具有所述病症或生理状态的多个对照受试者获得对照胃肠灌洗液；测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少5种靶分子的水平，和鉴定相对于所述对照胃肠灌洗液中的水平，以显著不同的水平存在于所述测试胃肠灌洗液中的靶分子，从而鉴定生物标记。
在一些实施方式中，所述胃肠灌洗液包含粪便物。
在一些实施方式中，所述靶分子选自由多肽、胆汁酸、抗体、代谢产物、聚糖及其组合组成的组。
一些实施方式包括测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少10种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少20种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少30种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少50种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少100种靶分子的水平。
在一些实施方式中，所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、对治疗的部分响应、对治疗的阴性响应或对治疗无响应有关。
在一些实施方式中，所述生物标记与癌症的存在或癌症倾向有关。在一些实施方式中，所述癌症是胰癌、肝癌或胃癌。
在一些实施方式中，至少一种靶分子来源于附属消化腺。在一些实施方式中，所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
一些实施方式包括向所述测试受试者和所述对照受试者施用灌洗液。在一些实施方式中，口服施用灌洗液。在一些实施方式中，所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。在一些实施方式中，所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'SPHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
一些实施方式包括在所述测试受试者和所述对照受试者上进行结肠镜检查。
在一些实施方式中，所述测试受试者和对照受试者是哺乳动物。在一些实施方式中，所述测试受试者和对照受试者是人。
一些实施方式包括一种用于鉴定生物标记的方法，其包括：从具有目标病症的多个测试受试者获得测试粪便样品，并从多个对照受试者获得对照粪便样品；测定所述测试粪便样品和对照粪便样品中至少5种靶分子的水平，鉴定相对于所述对照粪便样品中的水平，以显著不同的水平存在于所述测试粪便样品中的靶分子，从而鉴定生物标记。
在一些实施方式中，所述粪便样品包含胃肠灌洗液。
在一些实施方式中，所述靶分子选自由多肽、胆汁酸、抗体、代谢产物、聚糖及其组合组成的组。
一些实施方式包括测定所述测试粪便样品和对照粪便样品中至少10种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述粪便样品和对照粪便样品中至少20种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述粪便样品和对照粪便样品中至少30种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述粪便样品和对照粪便样品中至少50种靶分子的水平。一些实施方式包括测定所述粪便样品和对照粪便样品中至少100种靶分子的水平。
在一些实施方式中，所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应或对治疗的阴性响应有关。
在一些实施方式中，所述生物标记与癌症的存在或癌症倾向有关。在一些实施方式中，所述癌症是胰癌、结肠直肠癌、肝癌或胃癌。
在一些实施方式中，至少一种靶分子来源于附属消化腺。在一些实施方式中，所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
在一些实施方式中，所述测试受试者和对照受试者是哺乳动物。在一些实施方式中，所述测试受试者和对照受试者是人。
一些实施方式包括一种用于检测胃肠灌洗液中的靶分子的试剂盒，其包含：用于向受试者口服施用的灌洗液；用于收集来自所述受试者的胃肠灌洗液的容器；和用于检测来源于所述胃肠系统外部的靶分子的试剂。
一些实施方式包括一种用于检测粪便样品中的靶分子的试剂盒，其包含：用于向受试者口服施用的灌洗液；用于收集来自所述受试者的粪便样品的容器；和用于检测来源于所述胃肠系统外部的靶分子的试剂。
一些实施方式包括蛋白酶抑制剂。
在一些实施方式中，所述靶分子包含多肽、抗体、胆汁酸、代谢产物或聚糖。在一些实施方式中，所述靶分子包含生物标记。在一些实施方式中，所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应或对治疗的阴性响应有关。
在一些实施方式中，所述靶分子与癌症的存在或癌症倾向有关。在一些实施方式中，所述癌症是胰癌、肝癌、结肠直肠癌或胃癌。
在一些实施方式中，所述靶分子来源于附属消化腺。在一些实施方式中，所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
在一些实施方式中，所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。在一些实施方式中，所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'SPHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
附图简要说明
图1描绘了存在于一部分胃肠灌洗液中的各种糖蛋白衍生的聚糖结构的相对丰度的图。用0.2%甲酸中的约20-25%乙腈，从Q-TOF MS上的C18反相柱洗脱出衍生的聚糖。在MS专用模式下，从每秒m/z150-2000扫描质谱仪，以采集所述衍生的聚糖的剖面数据。
图2描绘了存在于一部分胃肠灌洗液中的包括代谢产物如胆酸的化合物的相对丰度的图。在使用来自LC系统的输入端的Waters Q-TOF质谱仪上，使用MassLynx软件采集数据。在每秒m/z100至m/z2000的质量范围内扫描所述MS。
发明详述
本发明的实施方式涉及用于收集、检测、测量和鉴定靶分子的非侵入性方法和组合物。在一些实施方式中，方法和组合物涉及胃肠灌洗液(GLF)或粪便中的靶分子。
胃肠灌洗法广泛地用作结肠镜检查或结肠直肠手术的下消化(GI)道准备(参见例如，DiPalma JA.等，(1984)Gastroenterology86:856-60，通过引用以其整体引入本文)。已通过测量GLF中的蛋白质对肠道疾病的特定病理生理学进行了研究(Evgenikos N等，(2000)Br J Surg87:808-13；Brydon WG,FergusonA.(1992)Lancet340:1381-2；Choudari CP等，(1993)Gastroenterology104:1064-71；Ferguson A等，(1996)Gut38:120-4；Handy LM等，(1996)Scand J Gastroenterol31:700-5；和Stanley AJ等，(1996)Gastroenterology111:1679-82，每个通过引用以其整体引入本文)。
粪便蛋白质的测量可用于研究各种病理生理学如蛋白丢失性肠病和粘膜炎症。然而，虽然粪便可用于本文描述的一些实施方式中，但相对于粪便，优选GLF作为用于检测和鉴定生物标记的样品，因为GLF含有更少量干扰分析的物质，并且由于其快速通过胃肠道，GLF中由消化酶和细菌蛋白酶引起的蛋白破坏少于粪便样品。此外，由于可评估液体通过肠的速率，因而可以评估所述粘膜释放蛋白的速率。
在一些实施方式中，可通过向受试者口服施用灌洗液，导致大量液体通过肠道来产生GLF，所述灌洗液可含有盐和其它材料如聚乙二醇和比沙可啶的混合物。所述灌洗液导致液体大量流入结肠，这引起固体被冲洗出。灌洗液通常用于引起胃肠道的清洁，如通常用于用来检查胃肠道的结肠镜检查及其它方法的准备。从大部分清洁的胃肠道中冲洗出或残留的这些液体可用于评价由于口沿着胃肠道至肛门的连续性引起的各种疾病。因此，将液体存入胃肠道的任一和全部器官，包括胃肠道，都是本文中提供的方法和组合物的候选者。
胃肠道和相关器官/组织
本文中提供的一些方法和组合物涉及胃肠道和与包括附属消化腺的胃肠道有关的器官/组织。如现有技术众所周知的，胃肠道包括上胃肠道和下胃肠道。所述上胃肠道包括口腔或颊腔、食管、胃和十二指肠。所述下胃肠道包括空肠、回肠和大肠以及肛门。所述大肠包括阑尾、盲肠、结肠和直肠。
与胃肠道有关的器官和组织包括胃肠道外部的结构。此类结构的实例包括附属消化器官如唾液腺例如腮唾液腺、下颌下唾液腺和舌下唾液腺；胰腺例如外分泌胰腺；胆囊；胆管和肝。与胃肠道和胃肠道外部有关的结构的更多实例包括胰管、胆管树和胆管。
胃肠灌洗液(GLF)
通常，可向受试者口服施用灌洗液，所述口服灌洗液通过受试者的胃肠道，并从所述受试者收集所得到的GLF。如本文所使用，术语"受试者"可包括动物如哺乳动物，例如人。如上所述，与检查粪便/大便样品相比，GLF提供更清洁的胃肠道样品。GLF似乎减轻了与食物摄入、类型和消化状况相关的可变性。
本文中描述的一些实施方式包括分析用于检测靶分子或用于胃肠道或相关器官/组织的疾病和病理病症的筛选、分类、疾病检测、诊断、预后、治疗响应、治疗和个性化药物的选择的GLF。一些实施方式包括分析用于从受试者可能患有的可能的疾病或病症中排除特定的疾病和病理病症的GLF样品。一些实施方式包括分析用于指示需要进一步检测诊断的GLF。更多实施方式包括分析GLF，以建立新的疾病诊断，从而进一步分类之前的诊断，确定对潜在治疗方案的敏感性，和/或评价对之前或进行中的治疗方案的响应。
获得GLF的方法
本文提供的所述方法和组合物的一些实施方式包括从受试者获得GLF。获得GLF的方法是现有技术众所周知的。例如，在医疗和或诊断程序如乙状结肠镜检查、结肠镜检查、射线照相检查、进行肠手术的患者的准备过程中，重要的是所述肠和结肠被彻底地清洗和清洁。特别是，必须从所述结肠除去尽可能多的粪便物，以允许所述肠粘膜足够可视化。例如，在广泛使用以筛选结肠疾病患者的诸如软式乙状结肠镜检查或结肠镜检查等的诊断程序、诊断检查之前，这是重要的。此外，重要的是所述肠被彻底地清洁，以获得令人满意的结肠的射线照片。在术前准备结肠进行手术时，相同的情况也适用，其中除去粪便废物对患者的安全至关重要。为了准备结肠内窥镜检查，目前的清洁程序包括直行性(orthograde)的结肠灌洗。直行性灌洗(Orthograde lavage)可包括向受试者施用包含4L聚乙二醇/电解质溶液的灌洗组合物(美国专利申请公开号20070298008，以其整体通过引用引入)。一些实施方式包括顺行灌洗和逆行灌洗。
通常，口服的灌洗组合物包括电解质例如硫酸根、碳酸氢根、盐酸根、磷酸根或柠檬酸根的钠、钾和镁盐的溶液。一些此类组合物还可包括可作为非可吸收性渗透剂的聚乙二醇。通用组合物包括聚乙二醇和电解质溶液，还任选包括比沙可啶或抗坏血酸，以及包括硫酸盐如硫酸钠、硫酸镁或硫酸钾的组合物。在一些实施方式中，口服灌洗液可包括柠檬酸镁。在一些实施方式中，口服灌洗液可包括匹可硫酸钠。包含聚乙二醇和电解质溶液的口服灌洗液组合物的一个实例是GOLYTELY(Braintree Labs.Inc.)。GOLYTELY是根据下述配制的：59g聚乙二醇、5.68g硫酸钠、1.69g碳酸氢钠、1.46g氯化钠、0.745g氯化钾和补足1升的水(Davis等，(1980)Gastroenterology78:991-995，以其整体通过引用引入)。摄入GOLYTELY产生大量的液体粪便，使所述受试者的水和电解质平衡发生最小的改变。包含聚乙二醇和电解质溶液的口服灌洗组合物的另一实例是NULYTELY(Braintree Labs.Inc.)。包含聚乙二醇和电解质溶液和比沙可啶的口服灌洗组合物的一个实例是HALFLYTELY(Braintree Labs.Inc.)。包含硫酸盐如硫酸钠、硫酸镁或硫酸钾的口服灌洗组合物的一个实例是SUPREP(Braintree Labs.Inc.)。包含聚乙二醇和电解质溶液和抗坏血酸的口服灌洗液的一个实例组合物是MOVIPREP(Salix Pharmaceuticals,Inc.)。
当以大体积稀释盐溶液的形式施用大量聚乙二醇时，聚乙二醇作为口服灌洗组合物是有效的。通常向受试者施用约4L电解质水溶液中的约250-400g聚乙二醇。口服施用聚乙二醇可用于在一定时间内如一夜间引起排便。所需要的剂量可以变化，但在8oz.水中的约10-100g聚乙二醇会是有效的。约68-85g聚乙二醇的剂量可以有效引起整夜排便，而不会引起严重腹泻。等渗液体中一定体积的聚乙二醇溶液可以是有效量的渗透性缓泻药。约0.5L至约4L的体积可以是有效的。所述有效体积优选为1.5L至2.5L。口服施用2L等渗溶液是有效的。
口服灌洗组合物的更多实例包括具有渗透性缓泻剂如聚乙二醇的非磷酸盐的高渗溶液(美国专利申请号20090258090，以其整体通过引用引入)。省去磷酸盐的硫酸盐的混合物，例如有效量的一种或多种下述硫酸盐Na2SO4、MgSO4和K2SO4可以是有效的(例如，SUPREP)。一些实施方式包括约0.1g至约20.0g的Na2SO4，约1.0g至10.0g的Na2SO4可以是有用的。约0.01g至约40.0g的MgSO4剂量可以是有效的。也可以是有利地使用约0.1g至约20.0g的Na2SO4剂量，以及1.0至10.0g的剂量。约0.01g至约20.0g的K2SO4剂量可以有效引起通便，且约0.1g至约10.0g剂量和约0.5至约5.0g剂量的K2SO4也可以是有用的。添加渗透性缓泻剂如聚乙二醇(PEG)可改进上述盐混合物的效力。约1.0g至约100g PEG的剂量是有效的。约10.0g至约50g的PEG剂量也是有效的，例如约34g的剂量。为了易于施用，可将上述盐的混合物溶于适当体积的水中。大多数受试者能够很好地耐受体积小于1升的水。可将所述混合物溶于任何小体积的水，且100至500ml的体积是有用的。可将有效剂量分割，并在适当时期内分两次或更多次向患者施用。通常，间隔6-24小时的所述有效剂量的两个等份剂量的施用产生令人满意的通便。一些实施方式包括在施用口服灌洗组合物之前或期间的规定时间内停止正常的口服摄取。
一些灌洗组合物包括缓泻药如比沙可啶。在一些实施方式中，缓泻药可与灌洗组合物一起向受试者施用。如将被理解的，此类共施用可包括，例如，在向受试者施用灌洗组合物之前的至多几个小时施用缓泻药，将缓泻药与灌洗组合物一起向受试者施用，或在向受试者施用灌洗组合物后的至多几个小时施用缓泻药。缓泻药及其有效剂量的实例包括芦荟，250-1000mg；比沙可啶，约5-80mg；鼠李蒽酚，30-360mg；鼠李芳族液体提取物，2-24ml；波希鼠李皮，300-400mg；鼠李皮提取物，300-2000mg；鼠李皮液体提取物，0.5-5.0ml；蓖麻油，15-240ml；丹蒽醌，75-300mg；脱氢胆酸，250-2000mg；酚酞，30-1000mg；番泻苷A和B，12-200mg；和匹可硫酸盐，1-100mg。
灌洗组合物的更多实例包括浓缩磷酸盐的水溶液。含水磷酸盐浓缩物对胃肠道管腔内的内容物产生渗透作用，发生肠排空，其中水和电解质从身体大量流入结肠。一个示例性组合物包含在稳定化缓冲水溶液中的480g/L磷酸二氢钠和180g/L磷酸氢二钠(FLEET'S PHOSPHO-SODA，C.S.Fleet Co.,Inc.)。通常要求受试者服用2-3oz剂量的该组合物，间隔3-12小时，总共6盎司(180ml)。
可在医疗或诊断程序之前、期间或之后从受试者收集GLF。在一些实施方式中，受试者可例如使用捕获所述液体的容器如盥洗室插入物来收集GLF。酶抑制剂和变性剂可用来保持GLF的质量。在一些实施方式中，可调节所述样品的pH以有助于使样品稳定。在一些实施方式中，可例如通过离心作用进一步处理GLF样品，以除去一些或全部固体和/或细菌。在一些实施方式中，胃肠道可能未通过施用口服灌洗组合物得到完全清洗。例如，可向受试者施用完全清洗受试者胃肠道所需的口服灌洗组合物的完整剂量的一部分。在一些实施方式中，GLF可包含粪便物。在更多实施方式中，粪便物可包含GLF。
靶分子
本文描述的一些实施方式涉及检测从胃肠道获得的样品中的靶分子的方法或对此类检测有用的组合物。如本文所使用，"靶分子"包括可在来自胃肠道的样品中检测或测量或鉴定的任何分子。此类样品包括来自受试者的GLF，和来自受试者的粪便样品。靶分子的实例包括分子，如肽、多肽、蛋白、突变体蛋白、从选择性剪接产生的蛋白、修饰蛋白如翻译后修饰蛋白例如糖基化蛋白、磷酸化蛋白，抗体(例如，自身抗体、IgG、IgA和IgM)、抗体片段、糖如单糖、二糖、低聚糖和聚糖，脂质，小分子例如代谢产物，药物组合物，代谢的药物组合物和前药。靶分子的更多实例包括胆盐和胆汁酸，例如胆酸。更多实例包括鹅去氧胆酸、甘氨胆酸、牛磺胆酸、去氧胆酸和石胆酸。靶分子可源自于胃肠道和胃肠道外部，例如来自与胃肠道有关的器官和/或组织，如附属消化腺。在一些实施方式中，在GLF或粪便样品中可检测到包括它们的片段和它们的其他副产物(biproducts)的细胞例如红血球、白血球和内皮细胞，有机体例如细菌、原生动物，和病毒以及病毒颗粒。在一些实施方式中，靶分子可以是列在本文表1-10任一个或其部分中的任何蛋白或其部分。在一些实施方式中，列在表1-10任一个中的蛋白部分可包含列在表1-10中的任何蛋白的至少10个、至少15个、至少20个、至少25个、至少50个或50个以上的连续氨基酸。在一些实施方式中，所述靶分子可包含SEQ ID NO.s:01-804之一的多肽，基本上由所述多肽组成，或由所述多肽组成。除SEQ ID：01-804中的那些以外，基本上由SEQ ID：01-804之一组成的多肽可包括额外的氨基酸或取代基，其中此类额外的氨基酸或取代基不会妨碍所述多肽被检测到。
靶分子还包括生物标记。如本文所使用，术语"生物标记"包括存在于GLF或粪便样品中的与疾病、疾病倾向、特定治疗方案的阳性响应、特定治疗方案的无响应或特定治疗方案的阴性响应有关的任何靶分子。在一些实施方式中，生物标记可以被鉴定、测量和/或与疾病的诊断或预后有关。
在一些实施方式中，靶分子是选自由血、唾液、胃液、肝的分泌物、胆汁、十二指肠液和胰液组成的组的受试者的液体组分。在一些实施方式中，靶分子在受试者的上胃肠道中或在受试者的下胃肠道中表达。在一些实施方式中，靶分子在受试者的某个部位表达，所述部位选自由口腔、食管、胃、胆管树、胆囊、十二指肠、空肠、回肠、阑尾、盲肠、结肠、直肠和肛管组成的组。
在一些实施方式中，靶分子不包括在GLF中发现的蛋白或其它化合物，例如，乳铁蛋白、嗜酸性粒细胞衍生的神经毒素、嗜酸性粒细胞阳离子蛋白、胆红素(Bil)、碱性磷酸酶(ALP)、天冬氨酸转氨酶、血红蛋白、或嗜酸性粒细胞过氧物酶。在一些实施方式中，靶分子不包括在粪便中发现的蛋白，例如，heptaglobulin、血红素结合蛋白、α-2-巨球蛋白、钙粘蛋白-17、钙网蛋白、癌胚抗原(carcinoembryogenic antigen)、金属蛋白酶-1(TIMP-1)、S100A12、K-ras或p53。在一些实施方式中，靶分子不包括在胰液中发现的蛋白，例如，前坡度蛋白(anterior gradient)-2(AGR2)、胰岛素样生长因子结合蛋白-2、CEACAM6、MUC1、CA19-9、丝氨酸蛋白酶-2(PRSS2)前蛋白原、胰脂肪酶相关蛋白-1(PLRP1)、胰凝乳蛋白酶原B(CTRB)、弹性蛋白酶3B(ELA3B)、肿瘤排斥抗原(pg96)、天青杀素、肝癌-肠-胰腺/胰腺炎相关的蛋白I(HIP/PAP-I)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、致癌基因DJ1(DJ-1)或α-1B-糖蛋白前体(A1BG)。
表征靶分子的方法
本文中提供的所述方法和组合物的一些实施方式包括表征GLF或粪便样品中的靶分子。表征靶分子可包括，例如，鉴定靶分子、检测靶分子和/或定量靶分子。鉴定、检测和定量靶分子的方法是现有技术众所周知的。
一些实施方式包括鉴定、确定靶分子是否存在，和/或定量靶分子，其中所述靶分子包含肽、多肽和/或蛋白。此类靶分子可通过各种方法如免疫测定法来表征，所述免疫测定法包括如本文所描述的放射免疫测定法、酶联免疫测定法和双抗体夹心测定法。包括竞争性和非竞争性免疫测定形式、抗原捕获测定和双抗体夹心测定的各种免疫测定形式也是有用的(Self and Cook,(1996)Curr.Opin.Biotechnol.7:60-65，以其整体通过引用引入)。一些实施方式包括一种或多种抗原捕获测定。在抗原捕获测定中，抗体结合固相，添加样品，以使抗原如GLF或粪便样品中的靶分子被所述抗体结合。通过洗涤除去未结合的蛋白后，如果期望，结合抗原的数量可使用例如放射性分析来测定(Harlow and Lane,(1988)Antibodies A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Laboratory:New York，以其整体通过引用引入)。免疫测定可在抗体过量或抗原竞争的条件下进行，以测定抗原的数量，从而确定GLF或粪便样品中靶分子的水平。
酶联免疫吸附测定(ELISA)可用于本文提供的某些实施方式。例如可将酶如辣根过氧化酶(HRP)、碱性磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶或尿素酶连接至用于本发明方法的抗HMGB1抗体或二级抗体。辣根过氧物酶检测系统可与例如发色底物四甲基联苯氨(TMB)一起使用，所述发色底物四甲基联苯氨在过氧化氢存在下产生在450nm处可检测的可溶性产物。其它适当的酶联系统包括，例如，碱性磷酸酶检测系统，其可与发色底物对硝基苯基磷酸酯一起使用，以产生在405nm处容易检测的可溶性产物。类似地，β-半乳糖苷酶检测系统可与发色底物邻硝基苯基-β-D-半乳糖苷(ONPG)一起使用，以产生410nm处可检测的可溶性产物，或尿素酶检测系统可与底物如脲溴甲酚紫(Sigma Immunochemicals)一起使用。如在本文中进一步描述的，有用的酶连接的一级和二级抗体可从许多商业来源如Jackson Immuno-Research(West Grove Pa.)获得。
在某些实施方式中，GLF或粪便样品中的靶分子可使用化学发光检测法来检测和/或测量。例如在某些实施方式中，特定靶分子的特定抗体用来捕获存在于生物样品例如GLF或粪便样品中的所述靶分子，和对靶分子来说特异性的且用化学发光标记标记的抗体(特异性抗体)用来检测存在于样品中的所述靶分子。任何化学发光标记和检测系统可用于本方法。化学发光二级抗体可从各种来源如Amersham商购获得。检测化学发光二级抗体的方法是现有技术已知的。
荧光检测也可在本文提供的某些方法中用于检测靶分子。有用的荧色物包括DAPI、荧光黄、Hoechst33258、R-藻青蛋白、B-藻红蛋白、R-藻红蛋白、若丹明、德克萨斯红和丽丝胺。荧光黄或若丹明标记的抗体，或荧光黄或若丹明标记的二级抗体可用于本发明中。
放射免疫测定法(RIA)也可用于本文提供的某些方法中。此类测定法是现有技术众所周知的。放射免疫测定法可例如与125I-标记的一级或二级抗体(Harlow and Lane,supra,1988)一起使用。
可例如使用检测来自发色底物的颜色的分光光度计；检测辐射的辐射计数器如用于检测125I的γ计数器；或在一定波长的光存在下检测荧光的荧光计来分析来自可检测试剂的信号。当使用酶联测定法时，可按照制造商的说明书使用分光光度计如EMAXMicroplate Reader(Molecular Devices；Menlo Park,Calif.)来进行靶分子数量的定量分析。如果期望，本发明的测定法可以是自动的或通过机器进行的，而且可同时检测来自多个样品的信号。
在一些实施方式中，基于免疫测定法的毛细管电泳(CEIA)可用来检测和/或测量靶分子，如果期望，所述基于免疫测定法的毛细管电泳可以是自动的。如在例如Schmalzing andNashabeh,Electrophoresis18:2184-93(1997)和Bao,J.Chromatogr.B.Biomed.Sci.699:463-80(1997)中所描述的，免疫测定法也可与激光诱导荧光联用，上述两篇文献以其整体通过引用引入。根据本文提供的某些方法，脂质体免疫测定法如流动注射脂质体免疫测定法和脂质体免疫传感器也可用于检测靶分子或测定靶分子的水平(Rongen等，(1997)J.Immunol.Methods204:105-133，以其整体通过引用引入)。
夹心酶免疫测定法也可用于某些实施方式中。在双抗体夹心测定法中，第一抗体结合固相载体，并使抗原结合所述第一抗体。通过测量结合其的第二抗体的数量来测定靶分子的数量。
在本文提供的方法中，定量的Western印迹法也可用于检测靶分子或测定靶分子的水平。Western印迹法可通过众所周知的方法如扫描显象测密术来定量。例如，使蛋白样品在10%SDS-PAGE Laemmli凝胶上电泳。例如，对抗靶分子的一级小鼠单克隆抗体与所述印迹反应，并使用初步狭缝印迹实验证实抗体结合是线性的。辣根过氧化酶偶联的山羊抗小鼠抗体(BioRad)用作二级抗体，并根据制造商的说明书，例如用Renaissance化学发光试剂盒(New England Nuclear；Boston，Mass.)，使用化学发光进行信号检测。使用扫描密度计(Molecular Dynamics；Sunnyvale,Calif.)分析印迹的自动射线照相，并归一化至阳性对照。例如，将值记录为实际值与阳性对照之间的比值(光密度指数)。此类方法是现有技术众所周知的，如在例如Parra等,J.Vasc.Surg.28:669-675(1998)中所描述的，其以整体通过引用引入本文。
如本文中所描述的，在一些实施方式中，包括例如酶联免疫吸附测定法、放射免疫测定法和定量的Western印迹分析法的免疫测定法可用于检测靶分子或测定靶分子的水平。此类测定法通常依赖于一种或多种抗体。如熟练的技术人员将理解的，本文描述的方法可用于容易地区分具有翻译后修饰的替代形式的蛋白，例如磷酸化蛋白和糖基化蛋白。
靶分子如蛋白靶分子，可通过各种方法表征。蛋白、多肽和肽可通过现有技术众所周知的各种方法来分离，例如蛋白沉淀法、色谱法(例如，反相色谱法、尺寸排阻色谱法、离子交换色谱法、液相色谱法)、亲和捕获法和微分萃取法。
分离的蛋白可进行酶消化或化学裂解，以产生多肽片段和肽。此类片段可以被鉴定和定量。用于分析多肽/肽片段及其它靶分子的特别有用的方法是质谱法(美国专利申请号20100279382，以其整体通过引用引入)。已开发了许多基于质谱法的定量蛋白质组方法，其鉴定各样品中含有的蛋白质和测定各鉴定的蛋白质交叉样品的相对丰度(Flory等,Trends Biotechnol.20:S23-29(2002)；Aebersold,J.Am.Soc.Mass Spectrom.14:685-695(2003)；Aebersold,J.Infect.Dis.187Suppl2:S315-320(2003)；Patterson和Aebersold,Nat.Genet.33Suppl,311-323(2003)；Aebersold和Mann,Nature422:198-207(2003)；Aebersold,R.和Cravatt,Trends Biotechnol.20:S1-2(2002)；Aebersold和Goodlett,Chem.Rev.101,269-295(2001)；Tao和Aebersold,Curr.Opin.Biotechnol.14:110-118(2003)，均以其整体通过引用引入)。通常，标记各样品中的蛋白质，以获得鉴定它们的来源样品并为精确的质谱定量提供基础的同位素特征。然后，典型地通过多维色谱法串联的质谱法组合并分析具有不同同位素特征的样品。然后将所得到的碰撞诱导解离(CID)谱指定给肽序列，并基于相同序列的差异同位素标记的肽的相对信号强度来计算各样品中各检测的蛋白质的相对丰度。
用于鉴定和定量靶分子的更多技术是无标记定量蛋白质组方法。此类方法包括：(i)样品制备，包括蛋白质萃取、还原、烷基化和消化；(ii)通过液相色谱法(LC或LC/LC)分离样品，并通过MS/MS进行分析；(iii)数据分析，包括肽/蛋白质鉴定、定量和统计分析。各样品可分别制备，然后各自进行LC-MS/MS或LC/LC-MS/MS运行(Zhu W.等，J.of Biomedicine and Biotech.(2010)Article ID840518,第6页，以其整体通过引用引入)。示例性技术包括LC-MS，其中肽的质量连同其相应的色谱洗脱时间作为唯一定义肽序列的肽性质，其是称为精确质量和时间(AMT)标签方式的方法。使用与傅里叶变换离子回旋共振联用的LC(LC-FTICR)MS获得色谱和高质量精确性信息，可通过将所述AMT标签与储存在数据库中的之前采集的LC-MS/MS序列信息进行匹配来鉴定肽序列。利用观测到的测量的肽的峰面积与其丰度之间的线性相关性，可通过在MS运行之间比较的它们相应峰的信号强度比来相对定量这些肽(Tang,K.等，(2004)J.Am.Soc.Mass Spectrom.15:1416-1423；和Chelius,D.和Bondarenko,P.V.(2002)J.ProteomeRes.1:317-323，以它们的整体通过引用引入)。统计工具如Student’s t检验可用于分析来自各样品的多次LC-MS运行的数据(Wiener,M.C.等，(2004)Anal.Chem.76:6085-6096，以其整体通过引用引入)。在各点的采集时间和m/z，可在两个样品之间比较来自多次LC-MS运行的信号强度的振幅，以检测样品之间丰度上具有统计学上显著差异的肽。
如将被理解的，可在用于鉴定和/或定量多肽/肽片段的方法中采用各种质谱系统。具有高质量精确性、高灵敏度和高分辨率的质量分析器包括离子捕集器、三重四级杆质量分析器和飞行时间质量分析器、四极杆飞行时间质谱仪和傅里叶变换离子回旋共振质量分析器(FT-ICR-MS)。虽然也可使用其它肽电离方法，但质谱仪通常装备有基质辅助激光解析(MALDI)或电喷雾电离(ESI)离子源。在离子捕集器MS中，通过ESI或MALDI电离分析物，然后放入离子捕集器。然后，在选择性从所述离子捕集器释放时，可通过MS分别分析捕获离子。也可以在所述离子捕集器中形成片段并分析。样品分子如释放的多肽/肽片段可例如通过具有MALDI-TOF或ESI-TOF系统的单级质谱进行分析。质谱分析方法是本领域技术人员众所周知的(参见，例如，Yates,J.(1998)Mass Spect.33:1-19；Kinter和Sherman,(2000)Protein Sequencing andIdentification Using Tandem Mass.Spectrometry,John Wiley&Sons,New York；以及Aebersold和Goodlett,(2001)Chem.Rev.101:269-295，各自以其整体通过引用引入)。
对于高分辨率多肽片段分离，可使用采用毛细管反相色谱法作为分离方法的液相色谱ESI-MS/MS或自动LC-MS/MS(Yates等，Methods Mol.Biol.112:553-569(1999)，以其整体通过引用引入)。具有动态排除的数据依赖性碰撞诱导解离(CID)也可用作质谱法(Goodlett等，Anal.Chem.72:1112-1118(2000)，以其整体通过引用引入)。
一旦通过MS/MS分析肽，就可将所得到的CID谱与数据库进行对比，以测定所分离的肽的特性。之前已经描述过使用单肽的蛋白质鉴定方法(Aebersold和Goodlett，Chem.Rev.101:269-295(2001)；Yates,J.Mass Spec.33:1-19(1998)，David N.等，Electrophoresis,203551-67(1999)，各自以其整体通过引用引入)。特别地，有可能的是，如果所述肽提供亲代多肽的独特特征，则一个或几个肽片段可用于鉴定衍生出所述片段的亲代多肽。此外，单独的单肽的鉴定，或与糖基化位点的认知结合，可用于鉴定衍生出所述糖肽片段的亲代糖聚肽。如将被理解的，包括MS的方法可用于表征蛋白质、其片段以及本文描述的其它类型的靶分子。
一些实施方式可包括富集GLF的蛋白质和/或蛋白质级分。示例性方法可包括蛋白质沉淀法、色谱法如反相色谱法、尺寸排阻色谱法、离子交换色谱法、液相色谱法，以及亲和捕获法、微分萃取法和离心法。可使用完整蛋白质法如自上而下的(top-down)蛋白质组或凝胶色谱如SDS-PAGE，进一步检查蛋白质和/或蛋白质级分。
一些实施方式包括鉴定、确定靶分子是否存在，和/或定量靶分子，其中所述靶分子包括糖基化蛋白质和/或聚糖。糖基化蛋白质和聚糖可通过现有技术众所周知的各种方法来分析。糖基化的改变能够指示疾病或疾病状态。因此，特定的靶分子可包括特定的糖基化蛋白质和/或聚糖。如将被理解的，聚糖可以是糖蛋白、蛋白聚糖或其它含聚糖化合物的组分。
一些实施方式包括鉴定、确定靶分子是否存在，和/或定量靶分子，其中所述靶分子包括代谢产物。可使用各种方法分析GLF或粪便样品中的代谢产物。例如，可使用诸如色谱法的方法分析GLF或粪便样品中的代谢产物。代谢组的一些组分包括胆汁酸及其它小型有机化合物。代谢产物可包括存在于GLF或粪便样品中的肽。
用于鉴定生物标记的方法
在一些实施方式中，可评价在GLF或粪便样品中检测到的靶分子，以确定它们是否是与特定病症如疾病或生理状态有关的生物标记。此类生物标记可指示特定的疾病、疾病倾向、预后、特定治疗方案的阳性响应或特定治疗方案的阴性响应。在一些实施方式中，是否存在生物标记或生物标记的水平可以与特定的病症如疾病或生理状态有关。在一些实施方式中，是否存在生物标记或生物标记的水平可以与特定的病症如疾病或生理状态在统计学上关联。在一些实施方式中，生理状态可包括疾病。在一些实施方式中，通过将具有病症如疾病或生理状态的受试者中生物标记的表述水平与不具有病症或生理状态的受试者中生物标记的表达水平相比，可将生物标记与特定的病症如疾病或生理状态关联。
在一些实施方式中，与不具有病症的受试者中生物标记的表达相比，具有病症的受试者中生物标记的差异表达指示病症或生理状态。如本文所使用，"差异表达"是指具有病症如疾病或生理状态的受试者与不具有病症如疾病或生理状态的受试者中生物标记的表达水平的差异。例如，术语"差异表达"可以指，与不具有病症或生理状态的受试者相比，具有病症如疾病或生理状态的受试者中生物标记是否存在。在一些实施方式中，差异表达可以指，与不具有病症如疾病或生理状态的受试者中生物标记的表达水平相比，具有病症如疾病或生理状态的受试者中生物标记的表述水平的差异。
生物标记水平的差异可通过使用本文提供的方法测量生物标记的量或表达水平来测定。在一些实施方式中，差异表达可测定为具有或不具有病症或生理状态的参比受试者/群体之间的一种或多种生物标记产物的水平的比率，其中所述比率是统计学上显著的。群体之间的差异表达可作为p值的函数测定为统计学上显著的。当使用p值测定统计显著性时，生物标记，所述p值优选小于0.2。在另一实施方式中，当p值小于0.15、0.1、0.05、0.01、0.005、0.0001等时，所述生物标记鉴定为差异性表达。当基于所述比率测定差异表达时，如果在与第二样品相比时，第一样品中表达水平的比率大于或小于1.0，则生物标记产物是差异表达的。例如，大于1.0的比率例如包括大于1.1、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20等的比率。小于1.0的比率例如包括小于0.9、0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05等的比率。在另一实施方式中，如果在与第二群体的平均表达水平相比时，第一群体的平均表达水平的比率大于或小于1.0，则生物标记可以是差异表达的。例如，大于1.0的比率包括大于1.1、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20等的比率，且小于1.0的比率例如包括小于0.9、0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05等的比率。在另一实施方式中，如果与第二群体的平均值相比时，第一样品中的其表达水平的比率大于或小于1.0，则生物标记是差异表达的，所述比率包括例如大于1.1、1.2、1.5、1.7、2、3、4、10、20的比率，或小于1的比率，例如0.9、0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.05。
在一些实施方式中，可按照如下步骤鉴定生物标记：测量来自至少一个具有病症或生理状态的测试受试者的测试GLF或测试粪便样品和来自至少一个不具有所述病症或生理状态的对照受试者的对照GLF或对照粪便样品中至少一种靶分子的水平；比较所述测试GLF或测试粪便样品中的所述至少一种靶分子的水平与所述对照GLF或对照粪便样品中的所述至少一种靶分子的水平，其中所述至少一种靶分子水平的显著差异鉴定生物标记。一些实施方式包括测量并比较来自多个具有病症或生理状态的测试受试者的测试GLF或测试粪便样品和来自多个不具有病症或生理状态的对照受试者的对照GLF或对照粪便样品中的多种靶分子。在一些实施方式中，可测量并比较至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100种靶分子。在一些实施方式中，GLF或粪便样品可从至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个测试受试者中获得。在一些实施方式中，GLF或粪便样品可从至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个对照受试者中获得。在一些实施方式中，与对照GLF或对照粪便样品相比，测试GLF或测试粪便样品中靶分子水平的显著差异可以是统计学上显著的。
试剂盒
本文提供的所述方法和组合物的一些实施方式涉及用于检测GLF或粪便样品中的靶分子、确定GLF或粪便样品中是否存在靶分子、定量GLF或粪便样品中的靶分子，或鉴定GLF或粪便样品中的靶分子的试剂盒。一些此类试剂盒可包括用于向受试者口服施用的灌洗组合物。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括成分如聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁和比沙可啶。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括聚乙二醇和电解质溶液，任选还包括比沙可啶或抗坏血酸(例如，GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、MOVIPREP)。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括磷酸盐(例如FLEET'S PHOSPHO-SODA)。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括硫酸盐如硫酸钠、硫酸镁或硫酸钾(例如，SUPREP)。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括柠檬酸镁。在一些实施方式中，所述灌洗液可包括匹可硫酸钠。
在一些实施方式中，试剂盒还可以包括用于收集来自受试者的GLF和/或粪便样品的容器。用于收集GLF的容器可包括捕获GLF或粪便样品等的盥洗室用插入物。在一些实施方式中，所述容器可包括稳定和/或保存靶分子的材料，如一种或多种分离的蛋白酶抑制剂。在一些实施方式中，所述容器可包括用于检测靶分子、确定靶分子是否存在、定量靶分子或鉴定靶分子的试剂。
疾病
本文提供的所述方法和组合物的一些实施方式涉及特定疾病的诊断、预后。一些实施方式包括与胃肠道以及与其相关器官有关的疾病和紊乱。示例性疾病包括胃肠道和与其相关器官的癌症，例如胃癌、肝癌、胰癌。疾病的更多实例包括胰腺炎、胰腺癌、胃肠神经内分泌肿瘤、胃腺癌、结肠腺癌、肝细胞癌、胆管癌、胆囊腺癌、溃疡性结肠炎和克罗恩氏病。一些疾病涉及炎症性肠病(IBD)。如本文所使用，术语"炎症性肠病"可以指以至少部分胃肠道炎症为特征的一大类疾病。IBD症状可包括肠炎症并导致腹绞痛，以及持续性腹泻。炎症性肠疾病包括溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩氏病(CD)、未定型结肠炎、慢性结肠炎、不连续或斑块状疾病、回肠炎症、肠外炎症、响应破裂腺管（ruptured crypts）的肉芽肿性炎症、口疮性溃疡、透壁性炎症、显微镜结肠炎、憩室炎和改道性结肠炎。疾病的更多实例包括口炎性腹泻、吸收不良紊乱和消化道、肝、胰腺和胆管树的其它病症。
本文提供的所述方法和组合物的一些实施方式涉及确定治疗的选择(经常称为个性化药物)、受试者对治疗的阳性响应、对治疗的阴性响应或对治疗缺乏响应。一些此类实施方式包括确定患者对治疗方案的部分响应。例如，可在第一时间点确定来自受试者的GLF或粪便样品中存在生物标记、不存在生物标记或生物标记的水平。在治疗已经开始和/或治疗已经完成后的第二时间点，可确定来自受试者的GLF或粪便样品中存在所述生物标记、不存在所述生物标记或所述生物标记的水平。与来自第一时间点的GLF或粪便样品中存在所述生物标记、不存在所述生物标记或所述生物标记的水平相比，在第二时间点的GLF或粪便样品中存在所述生物标记、不存在所述生物标记或所述生物标记的水平的差异可指示所述受试者对治疗的阳性响应、对治疗的阴性响应、对治疗的部分响应或对治疗缺乏响应。或者，可向受试者给出治疗方案，并将其分类为具有阳性响应、阴性响应、部分响应或无响应。可确定每组受试者中靶分子的存在、不存在或水平，并且可鉴定与各类响应具有统计学上显著关联性的那些靶分子。考虑到确定受试者对以前的或目前的治疗方案的阳性响应、阴性响应、部分响应或无响应，一些实施方式还包括确定待提供给受试者的将来的治疗方案。因此，可基于本文提供的所述方法做出的测定修改以前的或目前的治疗方案。
更多实施方式包括通过评价多个生物标记来确定受试者的生理状态的方法。一些此类方法包括确定多个生物标记的存在、不存在和/或水平。多个生物标记的存在、不存在和/或水平可与受试者的生理状态的可能性（如受试者发展疾病的可能性和/或受试者对治疗特定疾病的治疗方案的可能响应）相关联。在一些此类方法中，受试者的"临床风险评分"可通过关联多个生物标记的存在、不存在和/或水平以确定受试者患有疾病或将发展疾病的可能性来测定(参见，例如，Soonmyung P.等，(2004)New Eng.J.ofMedicine351:2817-2826；和Cho C.S.等，(2008)J.Am.Coll.Surg.206:281-291，以其整体通过引用引入本文)。
虽然为了清楚和理解已经相当详细地描述了本发明，但本领域技术人员会认识到，在不背离本发明真实范围的情况下，可作出形式和细节上的各种改变。
实施例
实施例1-基于硫酸盐的GLF的蛋白质组分析
在该分析中，评价基于硫酸盐的GLF支持蛋白质组分析的能力。为了鉴定使用基于硫酸盐的灌洗组合物获得的GLF中的靶分子，向三位人类受试者施用SUPREP，并通过质谱法分析所得到的GLF中的蛋白质。在该实施例中，作为结肠镜检查程序的一部分，从受试者收集所述GLF。
在收集时，添加完整的蛋白酶抑制剂片剂(ROCHE)，并在4℃下，在1000rpm下旋转样品30分钟。在14,000x g下再旋转上清液30分钟以沉淀细菌和碎片。用6倍体积的丙酮使1.8ml上清液沉淀，再用相等体积的氯仿萃取，接着在C-2反相SPE柱(Sep-Pak，Waters)上分离。用3倍柱体积的0.1%三氟乙酸(TFA)、0.1%TFA中的10%、20%和30%乙腈(ACN)洗涤所述柱，并用3倍柱体积的0.1%TFA中的60%ACN洗脱。通过离心冷冻干燥法干燥样品，重悬于100μl的50mM碳酸氢铵/10mM三(2-羧乙基)膦中，并用2μl的10mM测序级胰蛋白酶(Promega，Madison，WI)消化。
使用来自LC系统的输入端，在LTQ-Orbitrap质谱仪上采集数据。A溶剂含有在水中的3%B和0.2%甲酸。B溶剂含有在乙腈中的3%A和0.2%甲酸。溶剂是来自Fisher的HPLC级。对于120分钟的运行，起始溶剂是5%B，保留7分钟。在13分钟时，将梯度改为10%，83分钟时改为40%，103分钟时改为90%，然后在111分钟时，从90%降低至5%。然后再平衡，以进行下一次注射。为了测定的可重复性，对各样品进行三次注射。
在每秒400m/z至2000m/z的质量范围内扫描所述MS(Orbitrap)，同时LTQ(Trap)采集至多5个并联的MSMS(肽序列)谱。使用标准Thermo Xcalibur软件采集数据。MS数据(Orbitrap)对2-3ppm是稳定的，本底离子用于质量漂移评价。MSMS数据(LTQ)测量为约0.6Da，而从低ppm Orbitrap数据获得母质量。使用一式三份注射，从C18LC柱洗脱肽，以确保所述数据的可靠性和可重复性。由来自各灌洗制剂(患者样品)的一式三份注射创建检索文档，并使用Xcalibur和Mascot软件包的组合，将其转化成MGF(Mascot Generic Format)文档。
使用Mascot搜索引擎(Matrix Science，UK)对RefSeq数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/)进行数据库检索，其中将分类指定为人类(智人)，母离子(MS)的质量精确性为10ppm和碎片离子(MS/MS)为0.6Da，并且选择"没有酶"。由于样品中存在可修饰或截断正在检查的肽的消化酶，因而进行没有酶特异性的检索。由于这些抗体序列不是所述标准RefSeq列表的一部分，因而通过添加包括在SwissProt蛋白质数据库中的抗体序列来补充所述RefSeq数据库。
Mascot评分越高表示蛋白质匹配越好，并可与相对的蛋白水平相关联。如由基于没有酶特异性的该数据库的检索的Mascot评分体系所确定的，">40"的评分阈值表示<0.05的p值显著性；40的评分与p<0.01是一致的。使用标准Mascot评分，即使在多次MS/MS期间取样，对于各检测的肽，凭此也只加上最高评分。对于所包括的全部数据，在每个蛋白质系至少一个样品中，所有的评分>40。对于额外的置信度，还记录显著肽的数目，并选择至少2个肽的最小标准。很少具有小于3个肽。所计数的所有显著肽表示来自它们各自蛋白质的不同序列(个别肽)。以x/y形式记录显著的肽的评分和数目，其中x是评分，y是显著肽的数目。如果在特定样品中未检测到蛋白质，则将其列为"ND"。蛋白质记录为蛋白质名称，并提供由NCBI的蛋白质数据库规定的"gi"编号。整个本申请中列出的NCBI数据库中的每个"gi"编号中含有的序列通过引用引入本文。当以其前体蛋白或其它非成熟形式命名蛋白质时，同样隐含所述蛋白质的成熟形式，包括如去除信号序列和添加翻译后修饰的改变。在所有情况下，所述蛋白质根据其基因衍生的序列命名，以提供一致性。
表1列出了在来自定义为患者3、4和6的三位单独患者的GLF中鉴定的最丰富的蛋白质的实例，以上述形式呈现。如从表1中可见，可从GLF鉴定许多蛋白质，并且许多这些蛋白质可能与胰腺有关。其它蛋白质包括可能与结肠癌及其它癌症有关的DMBT1(gi#148539840)。还鉴定了抗体和假定的糖基化蛋白质。
表1
在另一实验中，根据制造商的指导向受试者施用SUPREP，并在即将结肠镜检查之前，由所述受试者自己将所得到的GLF收集到放置在盥洗室的收集容器中。如上所述通过MS分析所述GLF的蛋白质组。将表示所存在的最丰富种类的Mascot评分的结果汇总在表2中。所述结果表明一些尿污染。在结肠镜检查期间随后收集的样品中观测到类似的蛋白质组谱。表2显示在由受试者收集的GLF中鉴定了许多不同的蛋白质。鉴定的蛋白质包括DMBT1、胰蛋白质和抗体，与表1中的数据一致。
表2
前述分析表明可在使用基于硫酸盐的GLF获得的样品中检测到大量靶分子。
实施例2-基于聚乙二醇的GLF的蛋白质组分析
在该分析中，评价基于聚乙二醇的GLF支持蛋白质组分析的能力。为了鉴定使用基于聚乙烯的灌洗组合物获得的GLF中的靶分子，向两位人类受试者施用基于聚乙二醇的灌洗组合物，并如实施例1所述，通过质谱分析所得到的GLF中的蛋白质。聚乙二醇的去除主要通过氯仿萃取所述灌洗液来实现。在来自施用了基于聚乙二醇的灌洗组合物的这些受试者的GLF中鉴定了许多不同的蛋白质。所鉴定的最丰富的鉴定蛋白质的实例显示在表3中，所述实例与前述表中观测的那些一致。
表3
在另一实验中，向受试者施用基于PEG的灌洗组合物，并在即将结肠镜检查之前，由所述受试者自己将所得到的GLF收集到放置在盥洗室的收集容器中。如本文中所述，通过MS分析所述GLF的蛋白质组。在自收集的GLF样品中鉴定许多不同的蛋白质。最丰富的鉴定蛋白质的实例、每种蛋白质的相应Mascot评分和显著肽的数目列在表4中。更广泛的蛋白质列表表明尿污染。在结肠镜检查期间随后收集的样品中观测到类似的蛋白质组谱。
表4
将由施用基于硫酸盐的灌洗组合物得到的且在作为结肠镜检查程序的一部分过程中收集或通过受试者自己收集的GLF的蛋白质组进行对比。将最丰富的蛋白质的Mascot评分和显著肽的数目汇总在表5中。虽然在这两个观测蛋白质组之间存在紧密的相关性，但鉴定至少两种蛋白质的不同亚型。不同亚型的选择可以是在MS/MS和搜索引擎过程中收集序列数据的结果。在比结肠镜检查过程中收集的样品更稀释的自己收集的样品中，存在更少的检测蛋白质。
表5
前述分析表明可在使用基于聚乙二醇的GLF获得的样品中检测到大量靶分子。
实施例3-基于柠檬酸镁的GLF的蛋白质组分析
在该分析中，评价基于柠檬酸镁的GLF支持蛋白质组分析的能力。为了鉴定来自施用了基于柠檬酸镁的灌洗组合物的人类受试者的GLF中的靶分子，向受试者施用基于柠檬酸镁的灌洗组合物；作为结肠镜检查程序的一部分，从受试者收集所述GLF。如实施例1所述，通过质谱法分析所述GLF的蛋白质组。在GLF中鉴定许多不同的蛋白质。最丰富的鉴定蛋白质的实例列在表6中。用不同的结肠镜检查制剂检测许多鉴定的蛋白质，表明所述蛋白质组不依赖于所使用的肠道制剂。
表6
前述分析表明可在使用基于柠檬酸镁的GLF获得的样品中检测到大量靶分子。
实施例4-在组合使用GLF和SSL-7富集获得的样品中检测IgA-1 和IgA-2抗体
在该分析中，评价组合使用GLF和SSL-7富集获得的样品检测IgA-1和IgA-2抗体的能力。为了鉴定对金黄色葡萄球菌超抗原样蛋白7(SSL-7)具有亲和性的GLF中的靶分子，向人类受试者施用基于硫酸盐的灌洗组合物(SUPREP)，并使用SSL-7亲和珠(affinity beads)在每个GLF中富集蛋白质。作为结肠镜检查程序的一部分，从受试者收集所述GLF。
具体地说，使用SSL-7亲和性珠来分离IgA-1和IgA-2。将20μl的SSL-7琼脂糖(Invitrogen，圣地亚哥，CA)添加至1ml样品，并在4℃的辊上培养过夜。将管在1,000xg下旋转2分钟，以使珠沉淀，并弃去上清液。用1X磷酸盐缓冲盐水洗涤珠4次，再在600rpm和37℃下，在振荡器中，用pH为2.7的20μl的100mM甘氨酸洗脱1小时。用60μl的100mM碳酸氢铵/10mM三(2-羧乙基)膦稀释洗脱的抗体，再用2μl测序级胰蛋白酶(Promega,Madison，WI)消化。如上所述进行质谱分析和数据库检索。将存在于对SSL-7具有亲和性的GLF中的最丰富的鉴定蛋白质和它们的相应Mascot评分汇总在表7中。如在之前实施例中所观测的，抗体存在于所述GLF中，且可以使用亲和性试剂进行这些的富集和分析，从而能够具体分析所述GLF中的该亚蛋白质组。最丰富的抗体是IgA。一致报道IgA存在于肠道中。
表7
前述分析表明可在组合使用GLF和SSL-7富集获得的样品中检测到IgA抗体。
实施例5-在组合使用GLF和蛋白质L富集获得的样品中检测IgA 和IgM
在该分析中，评价组合使用GLF与蛋白质L富集获得的样品检测IgA和IgM抗体的能力。为了鉴定对蛋白质L具有亲和性的GLF中的靶分子，向人类受试者施用基于硫酸盐的灌洗组合物(SUPREP)，并使用蛋白质L亲和珠在每个GLF中富集蛋白质。作为结肠镜检查程序的一部分，从受试者收集所述GLF。
使用蛋白质L亲和珠分离含有κ轻链的抗体。将20μl蛋白质L琼脂糖(Santa Cruz Biotechnology，Santa Cruz，CA)添加至1ml样品，并在4℃的辊上培养过夜。将管在1,000x g下旋转2分钟，以使珠沉淀，并弃去上清液。用1X磷酸盐缓冲盐水洗涤珠4次，再在600rpm和37℃下，在振荡器中，用pH为2.7的20μl的100mM甘氨酸洗脱1小时。用60μl的100mM碳酸氢铵/10mM三(2-羧乙基)膦稀释洗脱的抗体，再用2μl测序级胰蛋白酶(Promega，Madison，WI)消化。将存在于对蛋白质L具有亲和性的GLF中的最丰富的鉴定蛋白质和它们的相应Mascot评分以及显著肽的数目汇总在表8中。正如所料，再次检测到IgA和来自抗体的相关链。由于蛋白质L对于IgA抗体不是完全特异性的，因而还检测到IgM抗体(gi#193806374)。
表8
前述分析表明可在组合使用GLF和蛋白质L富集获得的样品中检测到IgA和IgM抗体。
实施例6–在使用GLF获得的样品中检测细菌来源的蛋白质
在该分析中，评价GLF促进细菌来源的蛋白质检测的能力。为了鉴定GLF中与细菌相关的靶分子，向两位人类受试者施用基于硫酸盐的灌洗组合物(SUPREP)；作为结肠镜检查程序的一部分，从所述受试者收集所得到的GLF。用来自每种GLF的100μl接种Super Optimal Broth(SOB)培养基，并在37℃和220rpm振摇下培养过夜。在珠磨器(bead-beater)中，在8M脲中溶解沉淀，将溶解产物稀释在50mM碳酸氢铵/10mM三(2-羧乙基)膦的2M脲中，并用测序级胰蛋白酶(Promega，Madison，WI)消化。如之前描述的，在使用120分钟运行的Orbitrap MS系统上采集数据。产生MGF检索文档，并用Mascot搜索引擎(Matrix Science，UK)对照RefSeq数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/)进行检索，其中将分类指定为真细菌，母离子(MS)的质量精确性为10ppm，碎片离子(MS/MS)为0.6Da。将存在于GLF中的与细菌相关的最丰富的鉴定蛋白质和它们的相应Mascot评分以及显著肽的数目汇总在表9中。在所示样品中，培养的细菌是大肠杆菌。其它样品显示不同细菌，表明所述灌洗液还残留一些肠道细菌。
表9
前述分析表明可在使用GLF获得的样品中检测到细菌来源的蛋白质。
实施例7-来自几个受试者的组合样品的蛋白质组分析
为了进一步促进使用GLF获得的样品中大量可检测的目标蛋白质的鉴定，将由分别从12位受试者采集的数据形成的检索文档连接成单个检索文档，并使用之前对Orbitrap数据规定的参数进行检索。在各个GLF样品中分析许多蛋白质，并选择(主要)具有至少3个用p<0.05(Mascot评分约41)的阈值检测的独特显著肽的蛋白质。只有3种列出的蛋白质(gi's5031863、6466801和115430223)具有小于3个的显著肽，但这些具有约400的Mascot评分，大大超过蛋白质鉴定的95%置信水平。将在该联合分析中鉴定的蛋白质与所记录的特定蛋白质来源和所记录的相关癌症一起列在表10中。对于各独特的鉴定蛋白质，表10还列出了具有40或以上Mascot评分的鉴定的肽的SEQ ID NO.。已报告许多鉴定的蛋白质存在于胰液中。本申请中提供了表10中列出的参考文献。
前述分析表明可在使用GLF获得的样品中检测到大量蛋白质。
实施例8-粪便样品的蛋白质组分析
在该分析中，评价粪便样品支持蛋白质组分析的能力。为了鉴定粪便样品中靶分子，不向人类受试者施用灌洗组合物。在正常排便过程中，使用放置在盥洗室中的收集容器收集来自所述受试者的粪便样品。在0.1%TFA中均匀化少量所述粪便(大便)样品，然后在13000x g下离心。用6倍体积的丙酮沉淀所述蛋白质，重悬于0.1%TFA中，用等体积的氯仿萃取，然后在如实施例1所述的SPE柱中处理。将最丰富的鉴定蛋白质和它们的相应Mascot评分以及显著肽的数目汇总在表11中。在所述样品中检测到主要可能来自胰腺的蛋白质，这表明，在GLF中发现后，粪便是检测这些生物标记蛋白质的来源。然而，所述样品还含有许多其它非人类的材料，其使得所述分析更加受限制，特别是对于生物标记的发现。
表11
前述分析表明可在粪便样品中检测到大量靶分子。
实施例9-在使用GLF获得的样品中检测聚糖
在该分析中，评价在使用GLF的样品中获得的样品中检测聚糖的能力。为了鉴定和分析GLF中包括聚糖的靶分子，从人类受试者收集GLF。将1.8mL的GLF添加至12mL冰冷却的丙酮，并培养1小时，以使所述蛋白质沉淀。在12,000x g下离心所述样品15分钟，并除去丙酮。在用冰冷却的丙酮洗涤后，将沉淀重悬于0.1%TFA中，再通过5mL注射器类型的SepPak C2柱。用60%乙腈/40%0.1%TFA洗脱蛋白质。在真空下除去所述溶剂后，将所述蛋白质级分再溶解在100μL的50mM碳酸氢铵中，并在振荡器中，在37℃下，用2μL PNGaseF去糖基化过夜。在用1mL的0.1%TFA淬灭后，将从使用真空歧管的1mL注射器类型的SepPakC18柱的流出级分收集为聚糖。通过将25μL衍生化溶液(含有35mM ABEE和100mM2-PB的90:10的MeOH:HAc)添加至所述干燥的聚糖进行还原胺化，以用4-ABEE(4-氨基苯甲酸乙酯)标记所述干燥的聚糖，并在65℃下培养2小时。通过添加1mL乙醚、搅拌并弃去所述醚，除去过量的ABEE。在第二次乙醚萃取后，将所述样品短暂地放进SpeedVac以除去残余的醚。然后在HPLC上运行所述标记的聚糖，并用来自Agilent C8反相柱的20-25%乙腈洗脱。真空干燥该级分，在50μL的0.1%TFA中再溶解，并在WatersQ-TOF LC-ESI-MS上运行来进行聚糖分析。用0.2%甲酸中约20-25%乙腈从Q-TOF MS上的所述C18反相柱洗脱出衍生的聚糖。以MS专用模式从每秒m/z150-2000扫描质谱仪以获得所述衍生的聚糖的剖面数据。图1汇总了这些结果，并描绘了存在于一部分胃肠灌洗液中的各种糖蛋白衍生的聚糖结构的相对丰度的图。如图1所示，一些糖蛋白衍生的聚糖结构包括与链截断有关的特定修饰。由于已知细菌能够消化和消耗来自蛋白质的聚糖，因而这些修饰可能是由于GLF样品中存在的细菌活动。然而，此类修饰还可以与疾病、特别是癌症有关，其中异常的糖基化已与所述疾病关联。
前述分析表明可在使用GLF获得的样品中检测到大量聚糖。
实施例10-在使用GLF获得的样品中检测代谢产物
在该分析中，评价在使用GLF获得的样品中检测代谢产物的能力。为了鉴定和分析GLF中包括代谢产物的靶分子，向人类受试者施用基于柠檬酸镁的灌洗组合物，并分析所得到的GLF中的代谢产物如胆酸及其它胆盐。作为结肠镜检查程序的一部分，从所述受试者收集所得到的GLF。
在最大速度下，离心3ml GLF20分钟，并用0.1%TFA酸化上清液。将所述上清液施加至C18SPE柱(Waters Sep-Pak)，用3倍体积的0.1%TFA洗涤，再用0.1%TFA中的50%ACN洗脱。通过离心冷冻干燥法干燥所述洗脱物，再溶于500μl的0.1%TFA中。
使用来自LC系统的输入端在Waters Q-TOF质谱仪上采集数据。所述A溶剂含有在水中的3%B和0.2%甲酸。所述B溶剂含有在乙腈中的3%A和0.2%甲酸。溶剂是来自Fisher的HPLC级。起始溶剂是5%B，保留5分钟，然后在25分钟时改为40%，在30分钟时改为90%，然后在36分钟时重置为5%。在每秒m/z100至m/z2000的质量范围内扫描所述MS。使用标准MassLynx软件采集数据。具有标记的胆酸峰的洗脱化合物汇总在图2中。在Orbitrap仪器上观测到类似的峰轮廓，其中使用标准物和MS/MS数据鉴定所述胆酸峰。鉴定包括胆酸的代谢产物。
前述分析表明可在使用GLF获得的样品中检测到代谢产物。
本文使用的术语"包含"与"包括"、"含有"或"特征在于"具有相同的含义，其是包括性或开放性的，且不排除另外的、未记载的元素或方法步骤。
在所有情况下，表示本说明书中使用的成分、反应条件等的量的所有数字将理解为被术语"约"修饰。因此，除非相反地指出，本文给出的数字参数是可根据寻求要获得的期望性质而改变的近似值。最起码，并且不是试图限制对要求本申请优先权的任何申请中的任何权利要求的范围应用等同原则，每个数字参数应该根据重要数字的数值和普通的舍入方法来解释。
上述说明书公开了本发明的几种方法和材料。本发明在方法和材料方面易于进行修改，也易于在制造方法和设备方面进行改变。考虑到本文公开的本发明的公开内容和实践，此类修改对本领域技术人员是显而易见的。因此，并非意图将本发明限制为本文所公开的具体实施方式，而是应该涵盖落入本发明的真实范围和精神内的所有修改和选择。
参考文献
下述参考文献中每一篇均以其整体通过引用引入本文。
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本文引用的所有参考文献，包括但不限于公布和未公布的申请、专利和参考文献，以其整体通过引用引入本文，因而成为本说明书的一部分。当通过引用引入的出版物和专利或专利申请与本说明书所含内容相抵触时，本说明书意图代替和/或优于任何这种抵触的材料。

Claims (66)

1.一种用于评价受试者的生理状态的方法，其包括：
从所述受试者获得胃肠灌洗液；和
检测所述胃肠灌洗液中来源于胃肠系统外部的靶分子。
2.一种用于评价受试者的生理状态的方法，其包含：
从所述受试者获得粪便样品；和
检测所述粪便样品中来源于胃肠系统外部的靶分子。
3.权利要求1所述的方法，其中所述胃肠灌洗液通过部分清洗所述受试者的胃肠系统而从所述受试者获得。
4.权利要求1所述的方法，其中所述胃肠灌洗液包含粪便物。
5.权利要求2所述的方法，其中所述粪便样品包含胃肠灌洗液。
6.权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述靶分子包含多肽、抗体、胆汁酸、代谢产物或聚糖。
7.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述靶分子包含生物标记。
8.权利要求7所述的方法，其中所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、对治疗的部分响应、对治疗的阴性响应或对治疗的无响应有关。
9.权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述靶分子与癌症的存在或癌症倾向有关。
10.权利要求8所述的方法，其中所述癌症是胰癌、结肠直肠癌、肝癌或胃癌。
11.权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述靶分子来源于附属消化腺。
12.权利要求11所述的方法，其中所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
13.权利要求1-12中任一项所述的方法，其进一步包括向所述受试者施用灌洗液。
14.权利要求13所述的方法，其中所述灌洗液口服施用。
15.权利要求13所述的方法，其中所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。
16.权利要求13所述的方法，其中所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'SPHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
17.权利要求1-16中任一项所述的方法，其进一步包括在所述受试者上进行结肠镜检查。
18.权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
19.权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
20.一种鉴定生物标记的方法，其包括：
从具有目标病症或生理状态的多个测试受试者获得测试胃肠灌洗液，并从不具有所述病症或生理状态的多个对照受试者获得对照胃肠灌洗液；
测定所述测试胃肠灌洗液和对照胃肠灌洗液中至少5种靶分子的水平，和
鉴定相对于所述对照胃肠灌洗液中的水平，以显著不同水平存在于所述测试胃肠灌洗液中的靶分子，从而鉴定生物标记。
21.权利要求20所述的方法，其中所述胃肠灌洗液包含粪便物。
22.权利要求20-21中任一项所述的方法，其中所述靶分子选自由多肽、胆汁酸、抗体、代谢产物、聚糖及其组合组成的组。
23.权利要求20-22中任一项所述的方法，其包括测定所述测试胃肠灌洗液和所述对照胃肠灌洗液中至少10种靶分子的水平。
24.权利要求20-22中任一项所述的方法，其包括测定所述测试胃肠灌洗液和所述对照胃肠灌洗液中至少20种靶分子的水平。
25.权利要求20-22中任一项所述的方法，其包括测定所述测试胃肠灌洗液和所述对照胃肠灌洗液中至少30种靶分子的水平。
26.权利要求20-22中任一项所述的方法，其包括测定所述测试胃肠灌洗液和所述对照胃肠灌洗液中至少50种靶分子的水平。
27.权利要求20-22中任一项所述的方法，其包括测定所述测试胃肠灌洗液和所述对照胃肠灌洗液中至少100种靶分子的水平。
28.权利要求20-27中任一项所述的方法，其中所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、对治疗的部分响应、对治疗的阴性响应或对治疗的无响应有关。
29.权利要求20-27中任一项所述的方法，其中所述生物标记与癌症的存在或癌症倾向有关。
30.权利要求28所述的方法，其中所述癌症是胰癌、肝癌或胃癌。
31.权利要求20-30中任一项所述的方法，其中至少一种靶分子来源于附属消化腺。
32.权利要求31所述的方法，其中所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
33.权利要求20-32中任一项所述的方法，其进一步包括向所述测试受试者和对照受试者施用灌洗液。
34.权利要求33所述的方法，其中所述灌洗液口服施用。
35.权利要求33所述的方法，其中所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。
36.权利要求33所述的方法，其中所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'SPHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
37.权利要求20-36中任一项所述的方法，其进一步包括在所述测试受试者和对照受试者上进行结肠镜检查。
38.权利要求20-37中任一项所述的方法，其中所述测试受试者和对照受试者是哺乳动物。
39.权利要求20-38中任一项所述的方法，其中所述测试受试者和对照受试者是人。
40.一种鉴定生物标记的方法，其包含：
从具有目标病症的多个测试受试者获得测试粪便样品，并从多个对照受试者获得对照粪便样品；
测定所述测试粪便样品和对照粪便样品中至少5种靶分子的水平，鉴定相对于所述对照粪便样品中的水平，以显著不同水平存在于所述测试粪便样品中的靶分子，从而鉴定生物标记。
41.权利要求40所述的方法，其中所述粪便样品包含胃肠灌洗液。
42.权利要求40-41中任一项所述的方法，其中所述靶分子选自由多肽、核酸、胆汁酸、抗体、代谢产物、聚糖及其组合组成的组。
43.权利要求40-42中任一项所述的方法，其包括测定所述测试粪便样品和所述对照粪便样品中至少10种靶分子的水平。
44.权利要求40-42中任一项所述的方法，其包括测定所述粪便样品和所述对照粪便样品中至少20种靶分子的水平。
45.权利要求40-42中任一项所述的方法，其包括测定所述粪便样品和所述对照粪便样品中至少30种靶分子的水平。
46.权利要求40-42中任一项所述的方法，其包括测定所述粪便样品和所述对照粪便样品中至少50种靶分子的水平。
47.权利要求40-42中任一项所述的方法，其包括测定所述粪便样品和所述对照粪便样品中至少100种靶分子的水平。
48.权利要求40-47中任一项所述的方法，其中所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、或对治疗的阴性响应有关。
49.权利要求40-48中任一项所述的方法，其中所述生物标记与癌症的存在或癌症倾向有关。
50.权利要求49所述的方法，其中所述癌症是胰癌、结肠直肠癌、肝癌或胃癌。
51.权利要求40-50中任一项所述的方法，其中至少一种靶分子来源于附属消化腺。
52.权利要求51所述的方法，其中所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
53.权利要求40-52中任一项所述的方法，其中所述测试受试者和对照受试者是哺乳动物。
54.权利要求40-53中任一项所述的方法，其中所述测试受试者和对照受试者是人。
55.一种用于检测胃肠灌洗液中靶分子的试剂盒，其包含：
用于向受试者口服施用的灌洗液；
用于收集来自所述受试者的胃肠灌洗液的容器；和
用于检测来源于所述胃肠系统外部的靶分子的试剂。
56.一种用于检测粪便样品中靶分子的试剂盒，其包含：
用于向受试者口服施用的灌洗液；
用于收集来自所述受试者的粪便样品的容器；和
用于检测来源于所述胃肠系统外部的靶分子的试剂。
57.权利要求55-56中任一项所述的试剂盒，其进一步包含蛋白酶抑制剂。
58.权利要求55-57任一项所述的试剂盒，其中所述靶分子包含多肽、抗体、胆汁酸、代谢产物或聚糖。
59.权利要求55-58中任一项所述的试剂盒，其中所述靶分子包括生物标记。
60.权利要求59所述的试剂盒，其中所述生物标记与疾病、对治疗的阳性响应、或对治疗的阴性响应有关。
61.权利要求55-60中任一项所述的试剂盒，其中所述靶分子与癌症的存在或癌症倾向有关。
62.权利要求61所述的试剂盒，其中所述癌症是胰癌、肝癌、结肠直肠癌或胃癌。
63.权利要求55-62中任一项所述的试剂盒，其中所述靶分子来源于附属消化腺。
64.权利要求63所述的试剂盒，其中所述附属消化腺是唾液腺、胰腺、胆囊或肝。
65.权利要求55-64中任一项所述的试剂盒，其中所述灌洗液包含选自由聚乙二醇、硫酸镁、硫酸钠、硫酸钾、柠檬酸镁、抗坏血酸、匹可硫酸钠和比沙可啶组成的组的成分。
66.权利要求55-64中任一项所述的试剂盒，其中所述灌洗液选自由GOLYTELY、HALFLYTELY、NULYTELY、SUPREP、FLEET'SPHOSPHO-SODA、柠檬酸镁和它们的通用等效物组成的组。
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