具体实施方式
本发明提供一种烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体及其编码基因和应用,为使本发明的目的、技术方案及效果更加清楚、明确,以下对本发明进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
本发明提供一种烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体,其中,由序列表中的序列2(亲本序列)经点突变所得,所述点突变为在该序列的第119位,第149位及第59位的至少一个突变。
另外,所述烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体还包括其变体,其中包括所述序列2所示氨基酸序列中除第119位、第149位和第59位外的其它位点的保守取代形式、增加或缺失一个或几个氨基酸形式、氨基端截断形式、羧基端截断形式,及所述序列2的部分或全部串联重复形式。
较佳实施例中,所述亲本序列中的第119位的苯丙氨酸(Phe)突变为酪氨酸(Tyr); 所述亲本序列中的第149位的天冬氨酸(Asp)突变成谷氨酸(Glu);和/或所述亲本序列中的第59位的丝氨酸(Ser)突变成苏氨酸(Thr)。经上述定点突变后,所述烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体的具体实施例具有如序列表中序列3、序列4或序列5所示的氨基酸序列。
本发明还提供一种编码所述烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体的基因的DNA,所述基因的DNA由序列表中序列1所示的核苷酸序列经定点突变所得,。通过该基因的DNA可转录表达所述的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体。主要得到的是序列表中序列3、序列4或序列5所示的氨基酸序列。该烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体可用于以三磷酸腺苷(ATP)和烟酰胺单核苷酸为底物制备烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)。
所述烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体的制备的大致过程为:首先构建含有亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶基因的载体质粒,然后设定定点突变的位点以及突变后的氨基酸种类,再合成适当的引物,以所述的含亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶基因的载体质粒为模板,PCR扩增DNA片段、装配所扩增的DNA片段以及PCR扩增全长突变基因。然后将该全长突变基因克隆到适当的载体上并转化适当的宿主细胞,经培养筛选出具有烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶活性的阳性克隆。最后从阳性克隆中提取质粒DNA,进行DNA序列测定分析,以确定引入的突变,在确定目的片段插入到载体上后,可通过LB培养基筛选,从而获得一系列耐热并具高催化活性的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体。上述描述中,其中,亲本是指来自Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (詹氏甲烷球菌属)的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶(Nmnat),其核苷酸序列如序列1所示(参考GenBank L77117),氨基酸序列如序列2所示(参考GenBank NP_247520)
在上述制备方法中,所采用的载体可以为原核表达载体, 如pRSET和pES21等; 可以为克隆载体, 如pUC18/19 和pBluscript-SK。
进一步的,所述的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体基因可以在原核细胞或真核细胞胞内表达,当然也可在原核细胞或真核细胞胞外表达。
进一步地,所述载体的宿主细胞为原核细胞或真核细胞。所述原核细胞可以为大肠杆菌。所述真核细胞可以为酿酒酵母或毕赤巴斯德酵母。
该突变体可以通过低成本的热处理纯化方案进行纯化,例如将本发明突变体粗提物经70oC热处理10分钟后离心收集上清液, 即为部分纯化的酶。并且经上述热处理純化的突变体仍具有高的催化活性,总的来看,本发明的突变体具有比亲本高出至少50%的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶催化活性。
另外,本发明提供的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体的较高催化活性使其可以未经纯化以粗酶形式使用,也可以是经部分纯化的或完全纯化的酶。当然,还可利用固化技术将本发明烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体制成固相酶或固相细胞形式的固化酶。
在本申请文本中所用的氨基酸三字母或单字母表达方式,采用IUPAC规定的氨基酸代码(Eur. J. Biochem., 138:9-37, 1984)。
以下用具体的实施例对本发明制备的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体及其性能进行说明。下列实施例仅用于说明本发明而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体条件者,按常规条件或制造商建议的条件进行。
实施例1
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶编码基因的扩增与克隆:
根据基因库(GenBank NP_247520)基因序列设计引物btmj-F和btmj-R(如表1所示)。用引物对btmj-F和btmj-R从Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661中扩增烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶编码基因。
其扩增条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP,400 nM引物btmj-F,400 nM引物btmj-R,1.0 U Pfu DNA聚合酶(Promega,USA),用接种环挑取少许Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661菌体,再用无菌水调整反应体积至50 ml。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环: 95℃ 50秒、50℃ 30秒和72℃ 1分钟,最后72℃ 10分钟。扩增的产物经限制性内切酶NdeI和BamHI酶切后与经同样限制性内切酶NdeI和BamHI酶切的载体pRSET-A(源自Invitrogen, USA)连接,得质粒pRSET-btmj。经DNA测序,确定该被克隆的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶的核苷酸序列,具体示于序列表中序列1,相应的氨基酸序列为序列表中的序列2。
表1
实施例2
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶位点119的定点突变:
为了将亲本氨基酸序列中第119位点的Phe(F)突变为Tyr(Y)获得突变体F119Y,以实施例1中的质粒pRSET-btmj为模板,设计引物对119YF和119YR (如表1所示)。
用引物对btmj-F和119YR,扩增F-YR片段,用引物对119YF和btmj-R,扩增YF-R片段。
其扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP,1.5 U Pfu DNA聚合酶 (Promega, USA),20 ng pRSET-btmj,以及400 nM引物btmj-F和400 nM引物119YR(或者,400 nM引物119YF和400 nM引物btmj-R),用无菌水调反应体积至50微升。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环:95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1%琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,分别得到 F-YR片段和YF-R片段。然后扩增全长基因。
扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP, 400 nM引物btmj-F和400 nM btmj-R,1.5 U Pfu DNA聚合酶,20 ng F-YR片段与20 ng YF-R片段,用无菌水调反应体积至50微升。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环: 95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1%琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,得到全长突变基因F119Y。将 F119Y片段回收并经酶切再回收后与载体pRSET-A连接(参考实施例1),得质粒pRSET-F119Y。将质粒pRSET-F119Y转入感受态细菌细胞E. coli BL21。经DNA测序确定引入的点突变无误。F119Y的氨基酸序列见序列表中的序列3。
实施例3
对烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体位点149的定点突变:
为了将亲本氨基酸序列中第149位点的Asp(D)突变为Glu(E)获得突变体D149E,以质粒pRSET-btmj (见实施例1)为模板,设计引物对149EF和149ER (如表1所示)。
用引物对btmj-F和149ER,扩增F-ER片段,引物对149EF和btmj-R,扩增EF-R片段。引物btmj-F和btmj-R的具体序列如表1所示。
上述扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP,400 nM引物btmj-F和 400 nM引物149ER,或400 nM引物149EF和 400 nM引物 btmj-R,1.5 U Pfu DNA聚合酶 (Promega, USA),20 ng pRSET-btmj,用无菌水调反应体积至50微升。
上述PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环:95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1% 琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,分别得到 F-ER片段和EF-R片段。然后扩增全长基因。
扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP, 400 nM引物btmj-F和400 nM btmj-R,1.5 U Pfu DNA聚合酶,20 ng F-ER片段与20 ng EF-R 片段,用无菌水调反应体积至50微升。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环:95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1% 琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,得到全长突变基因D149E。将D149E与载体pRSET-A连接(参考实施例1),得质粒pRSET-D149E。将质粒pRSET-D149E转入感受态细菌细胞E. coli BL21。经DNA测序确定引入的点突变无误。D149E的氨基酸序列见序列表中的序列4。
实施例4
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶位点59的定点突变:
为了将亲本氨基酸序列中第59位点的Ser(S)突变为Thr(T)获得突变体S59T,以质粒pRSET-btmj (见实施例1)为模板,设计引物对59TF和59TR (如表1所示)。
用引物对btmj-F和59TR,扩增F-TR片段,引物对59TF和btmj-R,扩增TF-R片段。引物btmj-F和btmj-R的具体序列,如表1所示。
上述扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP,400 nM引物btmj-F和 400 nM引物59TR, 或400 nM引物59TF和 400 nM引物 btmj-R,1.5 U Pfu DNA聚合酶 (Promega, USA),20 ng pRSET-btmj,用无菌水调反应体积至50微升。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环:95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1% 琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,分别得到F-TR片段和TF-R片段。然后扩增全长基因。
扩增反应条件为:20 mM Tris-HCl (pH 8.8),10 mM KCl,10 mM (NH4)2SO4,2 mM MgSO4,0.1% Triton X-100,50 mM dATP, 50 mM dTTP, 50 mM dCTP, 50 mM dGTP, 400 nM引物btmj-F和400 nM btmj-R,1.5 U Pfu DNA聚合酶,20 ng F-TR片段与20 ng TF-R片段,用无菌水调反应体积至50微升。
PCR扩增反应程序为:95℃ 3分钟,35圈循环:95℃ 50秒、52℃ 30秒和72℃ 3分钟,最后72℃ 5分钟。
经1% 琼脂糖胶电泳分离并用商业试剂盒回收,得到全长突变基因S59T。将 S59T与载体pRSET-A连接,得质粒pRSET-S59T。将质粒pRSET-S59T转入感受态细菌细胞E. coli BL21。经DNA测序确定引入的点突变无误。所得突变体的氨基酸序列见序列表中的序列5。
实施例5
亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶的提取与纯化:
将含烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶基因的质粒pRSET-btmj转化感受态细菌细胞E. coli BL21,在Luria broth(LB)平板(含50 mg/L卡那霉素)上37℃培养24 小时。接种单个克隆于5 毫升LB液体培养基(含50 mg/L卡那霉素)中于30℃培养20-24小时。离心收集菌体,并悬浮于1毫升100mM Tris盐酸缓冲液(pH 7.5)中。然后用超声波裂解细菌细胞。离心(10℃,17,800 g,10分钟)并收集上清液, 即为粗提蛋白(或称粗提物)。
如图1所示,A区显示了重组的亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶粗提蛋白之聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果,其表明烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶(目标带大小约为19kD)在大肠杆菌BL21中有较高的表达水平。
重组的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶粗提蛋白经70oC热处理10分钟, 离心(10℃,17,800 g,10分钟)并收集上清液, 即为部分纯化的蛋白。
实施例6
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体的提取与纯化:
将含烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶基因的质粒pRSET-F119Y转化感受态细菌细胞E. coli BL21,在Luria broth(LB)平板(含50 mg/L卡那霉素)上37℃培养24 小时。接种单个克隆于5 毫升LB液体培养基(含50 mg/L卡那霉素)中于30℃培养20-24小时。离心收集菌体,并悬浮于1毫升100mM Tris盐酸缓冲液(pH 7.5)中。然后用超声波裂解细菌细胞。离心(10℃,17,800 g,10分钟)并收集上清液, 即为粗提蛋白(或称粗提物)。
如图1所述,B区显示了重组的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体F119Y粗提蛋白之聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果,箭头所指为目的酶位置,其表明重组的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶(目标带大小约为19kD)在大肠杆菌BL21中有较高的表达水平。
重组的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶粗提蛋白经70oC热处理10分钟, 离心(10℃,17,800 g,10分钟)并收集上清液, 即为部分纯化的蛋白。
实施例7
亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶活性的测定:
配制底物溶液: 含5mM的烟酰胺单核苷酸(Nicotinamide mononucleotide)、10mM 之ATP、 10mM 之MgCl2和100mM Tris盐酸缓冲液,调pH至7.5。
取底物溶液400微升,然后加入100微升热处理纯化的亲本烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶,于37℃进行10分钟反应。离心(10℃,17,800 g,15分钟)并收集上清液。通过高压液相色谱(HPLC) 测定所得上清液中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的含量。用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳测定酶蛋白浓度。一单位酶比活性定义为在上述条件下每分钟转化一微摩尔烟酰胺单核苷酸为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸所需之酶量。烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶特异性活力为6.5U/mg。
实施例8
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体活性的测定:
配制底物溶液: 含5mM的烟酰胺单核苷酸(Nicotinamide mononucleotide)、10mM 之ATP、 10mM 之MgCl2和100mM Tris盐酸缓冲液,调pH至7.5。
取底物溶液400微升,然后加入100微升热处理纯化的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体F119Y,于37℃进行10分钟反应。离心(10℃,17,800 g,15分钟)并收集上清液。通过高压液相色谱(HPLC) 测定所得上清液中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的含量。用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳测定酶蛋白浓度。一单位酶比活性定义为在上述条件下每分钟转化一微摩尔烟酰胺单核苷酸为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸所需之酶量。烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶特异性活力为10.7U/mg。将其与烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶亲本活性进行比对,结果如表2所示。
表2 烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶亲本与突变体比活性之差异
酶的名称 |
氨基酸序列编号 |
比活 |
亲本 |
序列2 |
100 |
突变体 F119Y |
序列3 |
165 |
突变体 D149E |
序列4 |
161 |
突变体 S59T |
序列5 |
155 |
从表2数据可以看出,本发明的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶的突变体F119Y、D149E、S59T以ATP和烟酰胺单核苷酸为底物的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶催化活性比烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶亲本高出至少50%。
实施例9
烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶固定化:
取热处理纯化的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶,用洗酶缓冲液(0.02M Tris-HCl/0.001M EDTA, pH7.0溶液)稀释至蛋白含量5-10mg/ml。将酶稀释液与PB溶液(2.0mol/L磷酸二氢钾,pH7.5)等体积混合, 加入固定化酶载体LX-3000 (10毫克酶/克载体),于摇床(转速100rpm)中25°C反应20小时。反应完成后用滤袋过滤,用洗酶缓冲液清洗5-6次, 得到固定化烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶。
实施例10
用固定化烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶制备烟酰胺腺嘌呤二核苷酸:
配制底物溶液: 含5mM的烟酰胺单核苷酸、10mM的三磷酸腺苷二钠(ATP)、100mM Tris盐酸缓冲液和终浓度为10mM 之MgCl2,调pH至7.5。
取底物溶液1毫升,然后加入0.05克固定化烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶,于37℃进行反应2-20小时。离心(10℃,17,800 g,15分钟)并收集上清液。通过高压液相色谱(HPLC) 测定所得上清液中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的含量。结果显示, 烟酰胺单核苷酸转化为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的转化率超过80%。
本发明提供一种烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体及其编码基因和应用,通过对烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶基因序列进行定点突变,最终获得具有高催化活性的烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶突变体。且该突变体可通过简单的纯化方案进行高效率的纯化,降低了NAD生产成本,提高了相应产品的市场竞争力。
应当理解的是,本发明的应用不限于上述的举例,对本领域普通技术人员来说,可以根据上述说明加以改进或变换,所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。