CN103667526B - 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法 - Google Patents

草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法 Download PDF

Info

Publication number
CN103667526B
CN103667526B CN201310613504.6A CN201310613504A CN103667526B CN 103667526 B CN103667526 B CN 103667526B CN 201310613504 A CN201310613504 A CN 201310613504A CN 103667526 B CN103667526 B CN 103667526B
Authority
CN
China
Prior art keywords
mottle virus
strawberry
sequence
smov
strawberry mottle
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201310613504.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN103667526A (zh
Inventor
尚巧霞
陈柳
魏艳敏
陈笑瑜
邢冬梅
刘正坪
赵晓燕
冉策
杨建强
胡学军
陈明远
祝宁
韩成贵
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Beijing Kaixin Green Agricultural Technology Co ltd
Original Assignee
Beijing University of Agriculture
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beijing University of Agriculture filed Critical Beijing University of Agriculture
Priority to CN201310613504.6A priority Critical patent/CN103667526B/zh
Publication of CN103667526A publication Critical patent/CN103667526A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN103667526B publication Critical patent/CN103667526B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了检测草莓斑驳病毒(Strawberry?mottle?virus)的专用引物及其应用。检测草莓斑驳病毒(Strawberry?mottle?virus)的专用引物,由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成。利用本发明引物进行检测,检测过程快速、灵敏、操作简便,不需要其他贵重仪器和试剂,特别适合种苗繁育、脱毒培养、田间调查时快速检测和生产基层技术人员掌握应用。

Description

草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法
技术领域
本发明涉及草莓斑驳病毒的RT-LAMP检测引物组、检测试剂盒及方法。。
背景技术
草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)是温州蜜柑萎缩病毒属(Sadwavirus)病毒,目前在草莓栽培区广泛分布。为正义ssRNA病毒,RNA1长7036bp、RNA2长5619bp。病毒粒体等大,无包膜,粒体直径约37nm。侵染植株后会存在于叶片、表皮、韧皮部、细胞质中。该病毒主要通过蚜虫半持久性在草莓植株间传播。感染病毒的草莓植株主要症状为:叶脉透明、脉序混乱,叶片褪绿斑驳,植株矮化。症状在不同的季节而有所不同或隐症,但生长势衰弱,产量降低。该病毒存在广泛的株系分化现象,主要有草莓顶端串生株系(Strawberry crown prdiferation)、卷缩斑驳株系(Strawberry curly mottle virus)、轻型斑驳株系(Strawberry mild mottlevirus)、重型斑驳株系(Strawberry severe mottle virus)、锈叶斑驳株系(Strawberry ruslyleaf virus)及1号类型株系(Strawberry type1virus)。
由于草莓斑驳蚜虫传播等原因,病毒病害防治困难,因此,建立高效灵敏的检测技术,成为解决种苗检测、早期鉴定等问题的关键,为草莓栽培提供保障。草莓斑驳病毒的检测技术目前包括指示植物的小叶嫁接法、血清学方法和反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)等。小叶嫁接法、血清学方法周期长、灵敏度较低、较为费时费工,反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测病毒灵敏度高,但需要特殊的仪器和试剂,在农业生产单位和技术推广部门很难应用检测。
逆转录环介导等温扩增技术检测病毒操作简便,不需要特殊的仪器和试剂,操作简单,可以在恒温条件下快速检测,不需要长时间的温度循环,不需要昂贵的PCR仪,尤其是反转录和扩增反应都能在恒定温度下同时进行,大大的降低了检测时间,并且成本较低。反应完成后,通过荧光染色可以直接观察,也减少了时间,不需要电泳和紫外成像观察检测结果。逆转录环介导等温扩增技术与其他病毒检测方法相比,快速、简便、灵敏,目前尚未有将逆转录环介导等温扩增技术在草莓斑驳病毒检测上的应用。
发明内容
本发明的目的是提供检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的专用引物以及特异性强、灵敏度高、易于操作、结果可靠的草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的快速分子检测方法。
本发明所提供的检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的专用引物,由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成。
本发明还提供一种检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的试剂盒,包括所述的专用引物。
本发明所述专用引物在制备检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的试剂盒中的应用也属于本发明的保护范围
上述专用引物或试剂盒在鉴定草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)病毒病中的应用也是本发明的保护范围。
本发明还保护一种检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)或检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)病害发生危害的方法,包括如下步骤:
(1)提取待测生物样本的基因组RNA;
(2)以步骤(1)的基因组RNA为模板,用权利要求1所述的专用引物进行逆转录环介导恒温扩增;
(3)根据步骤(2)的扩增产物鉴定所述待测生物样本是否含有草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)或者是否感染草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)病害。
所述逆转录环介导恒温扩增的反应程序为:62℃45分钟,80℃10分钟。
所述逆转录环介导恒温扩增的反应体系中,序列表的序列1所示DNA和序列表的序列4所示DNA的浓度均为1.0μM,序列表的序列2所示DNA和序列表的序列3所示DNA的浓度均为0.1μM。
所述逆转录环介导恒温扩增的体系包括:1.0μM SMoV-FIP,1.0μM SMoV-BIP,0.1μM SMoV-F3,0.1μM SMoV-B3,10×Bst buffer,2mM MgSO4,1.2mM dNTPs,1MBetaine,2mM DTT,5U AMV Reverse Transcriptase,25U RNase Inhibitor,8U Bst DNApolymerase,DEPC ddH2O,待测生物样本的基因组RNA,扩增体系总体积为25μl。
所述逆转录环介导恒温扩增产物的检测方法为下述1)或2)所述的方法:
1)扩增产物中加入0.1μl荧光染料SYBR green I,肉眼直接观察,染有草莓斑驳病毒的样本会有沉淀物形成并呈现黄绿色,无草莓斑驳病毒侵染的样本透明并呈橘红色;
2)常规电泳和紫外成像方法,感染有草莓斑驳病毒的样本能形成瀑布型条带。
本发明基于逆转录环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)的草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)检测试剂盒及方法,该试剂盒根据草莓斑驳病毒的基因保守区域设计了四个特异性引物,可以特异性的检测样品中草莓斑驳病毒。利用本发明试剂盒进行检测,检测过程快速、灵敏、操作简便,不需要其他贵重仪器和试剂,特别适合种苗繁育、脱毒培养、田间调查时快速检测和生产基层技术人员掌握应用。
附图说明
图1为SMoV RT-LAMP各反应温度扩增产物电泳检测;图1中,泳道M.DNAMarker AL2000;泳道1:60℃;泳道2:61℃;泳道3:62℃;泳道4:63℃;泳道5:64℃;泳道6:65℃。
图2为SMoV RT-LAMP不同反应时间扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNAMarker AL2000;泳道1:30min;泳道2:45min;泳道3:60min;泳道4:75min。
图3为SMoV RT-LAMP引物FIP/BIP不同终浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M.DNA Marker AL2000;泳道1:1.0μM;泳道2:1.2μM;泳道3:1.4μM;泳道4:1.6μM;泳道5:1.8μM。
图4为SMoV RT-LAMP引物F3/B3不同终浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNA Marker AL2000;泳道1:0.1μM;泳道2:0.15μM;泳道3:0.2μM;泳道4:0.25μM;泳道5:0.3μM。
图5为SMoV RT-LAMP Mg2+不同终浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNAMarker AL2000;泳道1:2mM;泳道2:4mM;泳道3:6mM;泳道4:8mM;5:10mM。
图6为SMoV RT-LAMP dNTPs不同终浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNA Marker AL2000;泳道1:0.2mM;泳道2:0.4mM;泳道3.0.8mM;泳道4:1.2mM;泳道5:1.6mM;泳道6:2.0mM。
图7为SMoV RT-LAMP betaine不同终浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNA Marker AL2000;泳道1:0.2M;泳道2:0.4M;泳道3:0.8M;泳道4:1.0M;泳道5:1.2M;泳道6:1.4M。
图8为SMoV RT-LAMP DTT浓度扩增产物电泳检测;其中,泳道M:DNA MarkerAL2000;泳道1:2.0mM;泳道2:2.4mM;泳道3:2.8mM;泳道4:3.2mM;泳道5:3.6mM;泳道6:4.0mM。
图9为SMoV RT-PCR灵敏度测定;其中,泳道M:DNA Marker AL2000;泳道1:提取的RNA原液做模板;泳道2-8依次为RNA原液稀释10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7
图10为SMoV RT-LAMP灵敏度测定;其中,泳道M:DNA Marker AL2000;泳道1:提取的RNA原液做模板;泳道2-8依次为RNA原液稀释10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7
图11为SMoV RT-LAMP的特异性测定;其中,(a)为LAMP产物的电泳和凝胶成像技术检测;(b)为LAMP产物加入SYBR green I检测;泳道M:DNA MarkerAL2000;泳道1:健康植株样品RNA;泳道2-5依次为含有SVBV的植株样品RNA和含SMoV,SVBV,SMYEV和SCV 的植株样品RNA。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的试验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的实验材料,如无特殊说明,均为常规生化试剂公司购买得到的。
实施例1、草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)逆转录环介导引物及其应用
一、草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)逆转录环介导引物的获得
根据美国NCBI中的GenBank发布的草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)RNA2的cDNA序列(AJ311876,AJ496586,AJ496590,AM396561,AY919307,EU440731和JN388392),通过软件DNAMAN 7.0进行同源性分析后找出草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)RNA2的3,端非编码区的保守序列作为模板,使用在线软件Primer3 Input(http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/)设计RT-LAMP引物,并对设计的引物进行筛选,序列调整,验证,最终获得一组敏感性和特异性很高的LAMP引物。引物由上海生工生物技术有限公司合成,引物序列如下表1;
表1  SMoV RT-LAMP检测引物组
引物 序列5’-3’
1 SMoV-FIP GTCTTTCCGCTTGGATTGTCGGGTCTTTTAATTTACATGTTGTAG(序列表中序列1)
2 SMoV-F3 TTAGCGACCACGACTGTGAC(序列表中序列2)
3 SMoV-B3 GGCTTGGATCGTCACCTG(序列表中序列3)
4 SMoV-BIP ACACCGGCTCTTGGTAGTTGTTACAGTGTTCCTTGGCATCC(序列表中序列4)
二、检测方法的优化:
本发明还对RT-LAMP检测方法的各种条件进行了优化,在反应条件优化的方法中使用的待测样品取自北京市昌平地区草莓种植园,田间样本植株表现为矮化、黄化和叶畸形等症状,采集有典型症状的叶片,称取约0.2克新鲜叶片,采用植物RNA快速提取试剂盒(北京艾德莱生物科技有限公司,货号:RN09)提取待测样品中的RNA,经RT-PCR检测和PCR产物的序列测定,确定为含有草莓斑驳病毒的样本。将提取的RNA置于-80℃保存备用。
RT-LAMP反应条件优化具体方法如下所述:
1、最适温度的选择
RT-LAMP试剂盒中反应溶液的配置:10μM SMoV-FIP和10μM SMoV-BIP各2.5μl,10μM SMoV-F3和10μM SMoV-B3各0.25μl(由上海生工生物技术有限公司合成),10×Bst buffer 2.5μl(北京天恩泽基因科技公司,货号:004147),50mM MgSO4 1μl,10mM dNTPs3μl(北京艾德莱生物科技公司,货号:241639AH),12.5M Betaine2μl(甜菜碱,上海生工生物工程有限公司,货号:BK185-100g),0.2M DTT0.25μl(二硫苏糖醇,上海生工生物工程有限公司,货号:D515939),5U AMV Reverse Transcriptase(promega公司,货号:0000033974),25U RNase Inhibitor(北京百泰克生物技术有限公司,货号:RP5601),8U Bst DNA polymerase1μl(北京天恩泽基因科技公司,货号:004192),感染草莓斑驳病毒的草莓叶片中提取的RNA1μl,加入DEPC ddH2O(Solarbio公司,货号:R1600)至总体积25μl。
设置60、61、62、63、64、65℃共6个反应温度梯度,选出最适的温度。检测体系同前,温度不同,不同温度下反应时间均为45分钟,80℃热激10小时。
检测结果:取5μl RT-LAMP扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳。
检测结果显示不同温度对瀑布型条带的形成有一定影响,62℃条件下,条带较为清晰明亮(图1),确定最适检测温度为62℃。
2、最适时间的选择
选择最适温度62℃,设置30、45、60、75分钟4个不同的反应时间,之后80℃热激10分钟。其余步骤同步骤1。检测结果显示不同反应时间,检测电泳条带有一定的差异,反应时间45分钟后,瀑布型条带最亮最清晰(图2),确定最适检测时间为45分钟。
3、选择最适引物浓度
将引物SMoV-FIP/SMoV-BIP终浓度设置1.0、1.2、1.4、1.6、1.8μM等5个不同处理,引物SMoV-F3/SMoV-B3终浓度暂定为0.1μM,同步骤1,反应温度为62℃,反应时间45分钟,之后80℃热激10分钟。经电泳检测结果显示,待测引物SMoV-FIP/SMoV-BIP的不同终浓度均能形成清晰的瀑布型条带(图3),因此选择其中最低的引物浓度,即SMoV-FIP/SMoV-BIP终浓度为1.0μM。
将SMoV-F3/SMoV-B3终浓度设置0.1、0.15、0.2、0.25、0.3μM等5个不同处理,同步骤1,反应温度为62℃,反应时间45分钟,之后80℃热激10分钟。经电泳检测结果显示,待测引物SMoV-F3/SMoV-B3的不同终浓度均能形成清晰的瀑布型条带(图4),本次测定的不同浓度间对检测结果的影响差异较小,因此,最终确定引物SMoV-F3/SMoV-B3的终浓度为0.1μM。
4、Mg2+浓度的确定
设置Mg2+终浓度2、4、6、8、10mM等5个不同处理,其他条件不变,同步骤1,反应温度62℃,反应时间45分钟;之后80℃热激10分钟。检测结果显示不同浓度的Mg2+对反应结果影响较小,Mg2+终浓度为不同终浓度均能形成清晰的瀑布型条带(图5),其中最低为2mM,因此,RT-LAMP检测时采用Mg2+终浓度为2mM。
5、dNTPs浓度的确定
设置dNTPs终浓度0.2、0.4、0.8、1.2、1.6、2.0mM等6个不同浓度处理,其他条件不变,同步骤1,反应温度62℃,反应时间45分钟,之后80℃热激10分钟。检测结果显示不同浓度的dNTPs对反应结果影响较明显,当采用1.2mM以上浓度的dNTPs时,瀑布型条带均清晰(图6),因此,确定检测时最适dNTPs终浓度为1.2mM。
6、Betaine浓度的确定
设置Betaine终浓度0.2、0.4、0.8、1.0、1.2、1.4M等6个不同处理,其他条件不变,同步骤1,反应温度62℃,反应时间450分钟,之后80℃热激10分钟。检测结果显示不同浓度的Betaine对反应结果影响明显,当Betaine终浓度为1.0M,瀑布型条带较亮且呈明显的阶梯状(图7),因此,采用RT-LAMP检测常用的Betaine终浓度1.0M。
7、DTT浓度的确定
设置DTT终浓度2、2.4、2.8、3.2、3.6、4.0mM等6个不同浓度处理,其他条件不变,同步骤1,反应温度62℃,反应时间45分钟,之后80℃热激10分钟。检测结果显示本次测定的不同浓度的DTT对反应结果影响不明显,不同浓度的DTT均能形成瀑布型的清晰条带(图8),因此,确定检测时最适DTT终浓度为2mM。
通过上述筛选实验,最终确定,草莓斑驳病毒基于逆转录环介导等温扩增技术的检测试剂盒的主要步骤:
采用植物RNA快速提取试剂盒(北京艾德莱生物科技有限公司,货号:RN09)提取待测样品中的RNA;
RT-LAMP试剂盒中反应溶液的配置:10μM SMoV-FIP和10μM SMoV-BIP各2.5μl,10μM SMoV-F3和10μM SMoV-B3各0.25μl,10×Bst buffer2.5μl,50mM MgSO41μl,10mM dNTPs3μl,12.5M Betaine2μl,0.2M DTT0.25μl,10U/μl AMV ReverseTranscriptase0.5μl,40U/μl RNase Inhibitor0.625μl,8U Bst DNA polymerase1μl,提取的RNA1μl,加入DEPC ddH2O至总体积25μl;62℃恒温反应45分钟;其中,SMoV-FIP为序列表中序列1所示的DNA分子,SMoV-BIP为序列表中序列4所示的DNA分子,SMoV-F3为序列表中序列2的DNA分子;SMoV-B3为序列表中序列3的DNA分子。
检测结果:扩增产物中加入0.1μl荧光染料SYBR green I后,直接肉眼观察检测,染有草莓斑驳病毒的样本会呈现黄绿色,无草莓斑驳病毒侵染的样本呈橘红色;或者采用常规电泳和紫外成像方法进行检测,感染有草莓斑驳病毒的样本能够形成瀑布型条带。
实施例2、本发明试剂盒及其应用效果监测
一、RT-LAMP方法灵敏度检测:
按照实施例1确定的最优的技术方案进行RT-LAMP和RT-PCR检测灵敏度的测定,检测的对象是上述反应条件优化过程中选用的感染草莓斑驳病毒的草莓叶片中提取的RNA。
将同样的RNA原液进行10倍梯度稀释后,取RNA原液、10-1、10-2、10-3、10-4、10-5、10-6和10-7稀释液各1μl,分别进行RT-LAMP和RT-PCR扩增。
RT-PCR扩增反应主要有两步,第一步为反转录反应:10μM pd(N)90.5μl(Takara公司,货号:D3802),10μM Oligo dT180.5μl(Takara公司,货号:D511),10mM dNTP0.5μl,RNA10μl,加入DEPC ddH2O(Solarbio公司,货号:R1600)至总体积15μl,65℃5分钟,冰浴5分钟;随后加入5×RT Buffer4μl(Promega公司,货号:M531A23713934),Go Script TM Reverse Transcriptase0.5μl(Promega公司,货号:A501c0000048754),Recombinant RNasinR Rinbonuclease Inhibitor(Promega公司,货号:N251A0000053050)0.5μl,37℃反转录2.5小时,72℃15分钟。第二步为PCR扩增反应,采用2003年Thompson等报道的引物D1/D3(D1TAAGCGACCACGACTGTGACAAAG;D3TCTTGGGCTTGGATCGTCACCTG),由上海生工生物技术有限公司合成,阳性样品能够扩增出的片段为219bp。PCR反应体系为2×Taq PCR Mix12.5μl(北京艾德莱生物科技有限公司,货号:242128AX),10μM引物D11μl,10μM引物D31μl,取cDNA模板2μl,加入DEPC ddH2O至总体积25μl。反应程序:94℃2分钟,94℃30秒,55℃40秒,72℃30秒,35个循环,72℃延伸5分钟。
结果显示,RNA原液、10-1、10-2稀释液进行RT-PCR反应后,可以检测到显著的条带,10-3稀释液作为模板的反应物,电泳检测条带不清晰,尤其是10-4、10-5、10-6和10-7稀释液作为模板的反应物,电泳检测没有条带(图9)。而进行RT-LAMP检测时,RNA原液、10-1、10-2和10-3稀释液作为模板进行RT-LAMP检测后,均可以看到显著、清晰的条带(图10)。因此,RT-LAMP检测草莓叶片样本中的SMoV比RT-PCR方法检测的灵敏度至少高10倍以上,并且RT-LAMP比RT-PCR节省时间,非常有利于草莓斑驳病毒的检测应用。
进行三次重复实验,结果一致。
二、RT-LAMP方法特异性检测:
选用感染草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus SMoV)的草莓叶片中提取的RNA和健康草莓植株叶片中提取的RNA作为阴性对照以及分别含有草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellowedge virus,SMYEV)、草莓皱缩病毒(Strawberry crinkle virus,SCV)等3种其他草莓的重要病毒的RNA进行本发明RT-LAMP检测体系的特异性检测(含有不同草莓病毒样品采集于北京市草莓种植园)(不同病毒的GeneBank序列号分别为SVBV--NC001725、SMoV—NC003445和NC003446、SMYEV--NC003794、SCV—AY250986和AY331390,文献来源于M.Q.K.Andrew et al.Virus taxonomy:9thReport of the ICTV,Elsevier,2012)。注:其中草莓镶脉病毒属于花椰菜花叶病毒属,为DNA病毒,但在感染病毒的植物细胞内存在前体RNA,可以利用RT-PCR进行检测(2007年杨洪一等报道)。
检测体系采用优化后的RT-LAMP检测体系,加入三种其他病毒的RNA和健康草莓植株叶片中提取的RNA各1μl。其他试剂种类、用量和反应条件等均与优化后的本发明试剂盒一致。试验结果显示仅有SMoV的RNA能够扩增出瀑布型条带,本RT-LAMP检测体系有很好的特异性(图11中(a))。并且将反应产物中各加入0.1μlSYBR green I(Solarbio公司,货号:SR4110),可以肉眼观察到染有草莓斑驳病毒的样本有沉淀物形成且呈现黄绿色,其他样本均呈橘红色(图11中(b))。

Claims (9)

1.检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的专用引物,由序列表的序列1所示DNA、序列表的序列2所示DNA、序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成。
2.一种检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的试剂盒,包括权利要求1所述的专用引物。
3.权利要求1所述专用引物在制备检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)的试剂盒中的应用。
4.权利要求1所述专用引物或权利要求2所述试剂盒在鉴定草莓斑驳病毒(Strawberry mottlevirus)病毒病中的应用。
5.一种检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)或检测草莓斑驳病毒(Strawberry mottlevirus)病毒病感染的方法,包括如下步骤:
(1)提取待测生物样本的基因组RNA;
(2)以步骤(1)的基因组RNA为模板,用权利要求1所述的专用引物进行逆转录环介导恒温扩增;
(3)根据步骤(2)的扩增产物鉴定所述待测生物样本是否含有草莓斑驳病毒(Strawberrymottle virus)或者是否感染草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus)病害。
6.如权利要求5所述的方法,其特征在于:所述逆转录环介导恒温扩增的反应程序为:62℃45分钟,80℃10分钟。
7.如权利要求5或6所述的方法,其特征在于:所述逆转录环介导恒温扩增的反应体系中,序列表的序列1所示DNA和序列表的序列4所示DNA的浓度均为1.0μM,序列表的序列2所示DNA和序列表的序列3所示DNA的浓度均为0.1μM。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于:所述环介导恒温扩增的体系包括:1.0μMSMoV-FIP,1.0μM SMoV-BIP,0.1μM SMoV-F3,0.1μM SMoV-B3,10×Bst buffer,2mM MgSO4,1.2mM dNTPs,1M Betaine,2mM DTT,5U AMV Reverse Transcriptase,25U RNase Inhibitor,8U Bst DNA polymerase,DEPC ddH2O,扩增体系总体积为25μl;
其中,所述SMoV-FIP为序列表的序列1所示DNA;
所述SMoV-BIP为序列表的序列4所示DNA;
所述SMoV-F3为序列表的序列2所示DNA;
所述SMoV-B3为序列表的序列3所示DNA。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于:所述逆转录环介导恒温扩增产物的检测方法为下述1)或2)所述的方法:
1)扩增产物中加入0.1μl荧光染料SYBR green I,肉眼直接观察,染有草莓斑驳病毒的样本会有沉淀物形成并呈现黄绿色,无草莓斑驳病毒侵染的样本透明并呈橘红色;
2)常规电泳和紫外成像方法,感染有草莓斑驳病毒的样本能形成瀑布型条带。
CN201310613504.6A 2013-11-27 2013-11-27 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法 Active CN103667526B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310613504.6A CN103667526B (zh) 2013-11-27 2013-11-27 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310613504.6A CN103667526B (zh) 2013-11-27 2013-11-27 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN103667526A CN103667526A (zh) 2014-03-26
CN103667526B true CN103667526B (zh) 2015-10-28

Family

ID=50306296

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201310613504.6A Active CN103667526B (zh) 2013-11-27 2013-11-27 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN103667526B (zh)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104480222A (zh) * 2014-12-16 2015-04-01 四川农业大学 草莓超低温疗法脱毒再生苗病原体检测的方法
JP6436598B1 (ja) * 2017-12-22 2018-12-12 国立大学法人宇都宮大学 イチゴの病原ウイルス由来の核酸を特異的に増幅するためのプライマーセットおよびイチゴの病原ウイルスの検出方法
CN112410468A (zh) * 2020-11-20 2021-02-26 上海市农业科学院 一种用于检测草莓斑驳病毒的专用引物、试剂盒及检测方法
CN114592093A (zh) * 2022-03-28 2022-06-07 北京农学院 草莓斑驳病毒荧光定量检测的引物及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103088160A (zh) * 2013-01-14 2013-05-08 宁波检验检疫科学技术研究院 草莓潜隐环斑病毒的rt-lamp检测方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103088160A (zh) * 2013-01-14 2013-05-08 宁波检验检疫科学技术研究院 草莓潜隐环斑病毒的rt-lamp检测方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
RT-LAMPによるイチゴモットルウイルス(SMoV)の検出;北海三共等;《日本植物病理学会报》;20061125;第72卷(第4期);254-255 *
环介导恒温扩增技术(LAMP)及其在植物病毒检测中的研究进展;秦文韬等;《中国农学通报》;20130731;第29卷(第21期);170-174 *
草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究;杨洪一等;《中国农业科学》;20081231;第41卷(第7期);1983-1988 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN103667526A (zh) 2014-03-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103667525B (zh) 草莓镶脉病毒的快速检测试剂盒及方法
CN106399490B (zh) 检测植原体的lamp引物组及其试剂盒和应用
CN103667526B (zh) 草莓斑驳病毒的快速检测试剂盒及方法
CN103397107B (zh) 牛病毒性腹泻病毒荧光定量rt-pcr检测试剂盒
CN103710463B (zh) 草莓轻型黄边病毒的快速检测试剂盒及方法
CN112280879A (zh) 一种快速检测柑橘黄龙病亚洲种的rpa引物、试剂盒及其检测方法与应用
CN104178585A (zh) 马铃薯病毒检测引物及方法
CN105368953A (zh) 唐菖蒲伯克霍尔德菌的实时荧光pcr检测试剂盒和方法
CN101363063A (zh) 三重荧光定量rt-pcr检测a、b和h5亚型流感病毒的引物、探针、试剂盒及方法
CN110184387A (zh) 用于检测anssv的rt-lamp检测引物及其应用、检测试剂和检测方法
CN112011650B (zh) 中华蜜蜂囊状幼虫病毒rt-rpa检测引物和探针及试剂盒
CN111690759B (zh) 柑橘溃疡病菌rpa检测的特异引物、试剂盒和方法
CN104195269B (zh) 一种检测番茄斑萎病毒的方法
CN103498010B (zh) 快速检测番茄褪绿病毒的引物、试剂盒及其应用
CN107022615B (zh) 用于检测松材线虫的lamp引物组、试剂盒及检测方法
Dietzgen et al. Genetic variability of Tomato spotted wilt virus in Australia and validation of real time RT‐PCR for its detection in single and bulked leaf samples
CN104232795B (zh) 柑桔黄脉病毒的实时荧光定量rt-pcr 检测试剂盒及检测方法
CN110184386A (zh) 用于检测anrsv的rt-lamp检测引物及其应用、检测试剂和检测方法
CN104032036B (zh) 草莓皱缩病毒的快速检测试剂盒及方法
CN108018377B (zh) 一种罗湖病毒的rt-lamp检测引物组、试剂盒及方法
CN109295256A (zh) 葡萄病毒a的实时荧光定量rt-pcr检测方法及试剂盒
CN107435064B (zh) 小球藻培养中危害金藻的快速定量检测qPCR方法
CN110804674A (zh) 一种基于重组酶聚合酶扩增方法检测大豆根腐病的引物探针组合物、试剂盒及其应用
CN109609683A (zh) 一种检测橄榄组织中胶孢炭疽菌的lamp检测引物
CN113493846B (zh) 柑桔黄龙病菌分子荧光raa检测引物探针组、试剂盒及方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
TR01 Transfer of patent right

Effective date of registration: 20220509

Address after: 100081 room 1908, 16th floor, building 1, courtyard B, Zhongguancun South Street, Haidian District, Beijing

Patentee after: Beijing Kaixin Green Agricultural Technology Co.,Ltd.

Address before: 102206 No. 7 Nong Road, Huilongguan, Beijing, Changping District

Patentee before: BEIJING University OF AGRICULTURE

TR01 Transfer of patent right