CN103347892A - 单体和多聚体免疫原性肽 - Google Patents

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Abstract

X1-X2-X3-X4-X5-X6（式I）本发明涉及用于在受试者中诱导针对抗原的免疫应答和用于治疗、诊断和预后包括HCV、HIV、CMV和Flu感染的感染或自身免疫病的新的肽和方法。本发明还涉及鉴定和提供用于治疗和诊断的肽的方法。

Description

单体和多聚体免疫原性肽
发明领域
本发明涉及新的肽和方法，其在诸如与传染病相关的病原体感染(包括HCV、HIV、CMV和Flu感染)以及自身免疫病相关的抗原的治疗、诊断和预后中用于刺激体液免疫或B细胞免疫。本发明还涉及鉴定并提供诸如用在所述疾病的治疗和诊断中刺激体液免疫或B细胞免疫的肽的方法。
发明背景
接种的目的是在感染之前刺激针对特定病原体的免疫应答。当个体暴露于所说病原体时，引发记忆应答，记忆应答防止感染的建立。因此，疫苗刺激适应性免疫应答，与先天免疫不同，适应性免疫应答长久存在并且具有记忆性。对于适应性免疫系统具有两种主要的方式：体液免疫，其包括发展能够结合病毒粒子的抗体和能够中和感染的某些抗体；细胞介导的免疫，其导致发展细胞毒性T细胞，其杀死在I类HLA的情形中暴露病毒表位的感染细胞，以这种方式清除感染的细胞。
利用成功的接种计划已经消除的唯一的疾病是天花。目前的计划是继续消除脊髓灰质炎。可以通过接种消除的病毒感染的特征为由具有稳定的病毒抗原的病毒(例如，非常低的突变频率、几乎没有亚型)引起的感染，所述病毒在其他动物物种中缺少储备池(reservoir)，所述病毒在感染结束后不在体内持续，并且其中接种引起长久持续的免疫。诸如脊髓灰质炎和麻疹的病毒满足这些标准，而诸如流感病毒、HCV和HIV的其蛋白序列变化的病毒不满足这些标准。正是出于这种原因，需要开发用于这些疾病的疫苗的新的替代的途径。
丙型肝炎是由丙型肝炎病毒(HCV)感染导致的肝病。其严重性范围可以从持续几周的轻微疾病到严重的、终生的疾病。丙型肝炎通过血液传播；最常见的传播形式是通过共用针具或其他用于注射药物的器具。感染可以是“急性的”或“慢性的”。急性HCV感染是在某人暴露于丙型肝炎病毒后前6个月内发生的无症状的、短期的疾病。对于大部分人，急性感染引起慢性感染，其可导致长期的并发症，甚至死亡。
估计全世界有一亿七千万人感染了HCV，等于全球人口的大约3％。每年还大约有3-4百万人感染；估计这些新感染的患者中有80％发展成慢性感染。
HCV是包膜正链核糖核酸(RNA)病毒，直径约50nm，属于黄病毒科(Flaviviridae)肝炎病毒属(Hepacivirus)，其在感染的细胞的胞质中复制。唯一已知的HCV储蓄池是人，尽管该病毒在实验中已经传播给黑猩猩。HCV的天然靶标是肝细胞，并且可能是B淋巴细胞。到2008年，已知该病毒六种不同的基因型和超过100种的亚型。复制通过缺乏校正功能的RNA-依赖型RNA聚合酶发生，这导致非常高的突变率。在HCV基因组编码包膜蛋白的高变区中的快速突变允许该病毒逃避宿主的免疫监督。结果，大部分感染HCV的人发展成了慢性感染。
HCV的6种基因型具有不同的地理分布。该疾病在早期阶段一般是无症状的；大部分患有慢性感染的患者最终发展成并发症，诸如肝纤维化和肝硬化，并且在1-5％的病例中，发展成肝细胞癌。
HCV是世界上非甲型、非乙型肝炎的主要病因。急性HCV感染通常引起慢性肝炎和末期肝硬化。估计多至20％的HCV慢性携带者可在大约20年的时间期间内发展成肝硬化，并且患有肝硬化的那些中有1-5％有发展肝癌的危险。
流感持续为世界上死亡率和发病率的主要原因。世界卫生组织(WHO)估计季节性流行病每年影响3-5百万人，并且导致250,000-500,000例死亡。流感是由正粘病毒科(Orthomyxoviridae)的病毒引起的，其为负链RNA病毒。流感病毒以三种类型存在：甲、乙和丙型，其中只有甲型与流行性疾病相关。发现甲型病毒存在于人和动物中，特别是鸟类中，而且还存在其他哺乳动物如猪中。甲型病毒依据病毒表面蛋白的不同种类和组合进一步分型为多个亚型。在多个亚型中，在2009年，甲型流感(H1N1)亚型和甲型流感(H3N2)亚型在人中传播。甲和乙型流感包括在季节性疫苗中，而丙型流感仅很少发生，因此不包括在季节性疫苗中。乙型病毒是人特异性的，丙型病毒引起非常轻微的疾病。正粘病毒科的基因组是分区段的。甲和乙型流感病毒具有8个区段，而丙型具有七个区段。流行病可能是由于当两个不同的甲型病毒感染同一细胞时基因区段的重分类而引起。在人群中没有针对这种新型的重分类病毒的免疫。在二十世纪发生了三次流行：1918年的“西班牙流感”，1957年的“亚洲流感”和1968年的“香港流感”。1918年的流行病在世界范围内致使估计四千万-五千万人死亡。后续的流行病要轻得多，1957年估计有两百万例死亡，1968年有一百万例死亡。2009年6月，WHO宣布由流感病毒H1N1(猪流感)引起的流行病，在2010年8月宣布其结束。
人乳头瘤病毒由乳头状瘤病毒科(Papillomaviridae)的一组DNA病毒构成，其感染皮肤和黏膜。来源于100种不同的已鉴定的亚型的两组是主要的临床关注病因：引起疣的那些(良性的和生殖器疣)，和一组可以导致宫颈癌的12种“高危险性”亚型。后一组已经归因为发生几乎所有类型的宫颈癌的作用因素。在世界范围内，宫颈癌保持为妇女的第二大常见恶性病，并且是发展中国家中女性癌症相关的死亡的主要原因。HPV16和18已经主要与宫颈癌相关，然而，该病毒也是男人和妇女中喉癌的病因。HPV通过接触传播，并且通过擦伤(abraisions)进入皮肤。仅有早期蛋白表达的顿挫型感染(abortive infection)与癌症发生相关。
发明目的
本发明实施方案的目的是提供可以用作免疫原在受试者中刺激体液免疫的肽，包括多聚体肽，诸如二聚体肽。
具体地，本发明实施方案的目的是提供包含抗原的表位的肽(包括多聚体肽，诸如二聚体肽)，该抗原刺激B淋巴细胞谱系细胞(B细胞)分泌针对该抗原的抗体。
由本发明所述的肽提供的B细胞激活可以是T细胞非依赖性的和T细胞依赖性的。因此，本发明所述的肽或其部分可以与B细胞受体相互作用，从而通过T辅助细胞依赖性或非依赖性方式激活B细胞，导致产生特异性抗体。此外，所述肽可以被抗原呈递细胞(巨噬细胞和/或树突细胞)摄取，以使该肽内的表位被正确处理并且呈递到T淋巴细胞，如T辅助细胞，其又帮助激活B细胞，从而刺激有效的免疫应答。所述肽还可以被激活的B细胞摄取，激活的B细胞也能够作用为抗原呈递细胞。肽通过B细胞受体与B细胞相互作用，然后内在化到细胞中。所述肽内的表位将被处理并且呈递到T淋巴细胞，诸如辅助细胞。
然而，在本发明的一些重要方面中，设计本发明所述的肽使其不能有效地穿过和被抗原呈递细胞摄取。因此，在本发明的这些方面中，本发明所述的肽可以通过经由B细胞受体在细胞表面的相互作用提供B细胞激活。应该理解，为了提供持续的B细胞刺激，优选设计本发明所述的肽包含可以被抗原呈递细胞摄取的辅助表位，从而刺激能够在受试者中维持有效的体液免疫的CD4+T辅助细胞。
此外，本发明实施方案的目的是提供可以用作抗原的肽，提供用于在受试者中诱导针对抗原的免疫应答的免疫原性组合物和方法。
此外，本发明实施方案的目的是提供可以用作能够作为诊断测定中的靶标的抗原的肽。
发明概述
本发明涉及一种肽设计，该肽设计促进针对包含在该肽设计内的抗原的体液免疫应答的有效激活。
本发明人已经发现，肽构建体-具有特定的模式或支架设计的氨基酸序列，并且特别是该设计的多聚体肽，诸如二聚体肽-具有在受试者中响应这些肽的施用有效激发体液免疫应答的能力。
本发明所述的肽构建体已经被设计能够附着或结合在细胞表面上。然后，所述肽构建体或其部分可以被抗原呈递细胞(诸如巨噬细胞和树突细胞)摄取并且刺激T辅助细胞，从而激发有效的和长久持续的T细胞依赖性B细胞激活。备选地，B细胞本身可以提供辅助诱导，从而激活B细胞。
因此，本发明所述的肽可以穿过细胞并且可以用于使细胞负载免疫原性有效量的能够被巨噬细胞和树突细胞呈递的肽或该肽的片段。相应地，这些肽构建体可以引发细胞毒性T淋巴细胞免疫(CTL)应答和/或体液免疫应答。
因此，在第一方面，本发明涉及具有下述结构的由不超过60个氨基酸组成的分离的单体肽：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有超过50％的序列同一性。
在第二方面，本发明涉及包含两个或更多单体肽的分离的多聚体肽，每个单体肽独立地由不超过60个氨基酸组成，具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有超过50％的序列同一性，所述单体肽通过一个或多个分子间键共价连接。
在第三方面，本发明涉及具有下述结构的由不超过60个氨基酸组成的分离的单体肽：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸、鸟氨酸、二氨基丙酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有超过50％的序列同一性。
在另一个方面，本发明涉及包含两个或更多单体肽的分离的多聚体肽，每个单体肽独立地由不超过60个氨基酸组成，其具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸、鸟氨酸、二氨基丙酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有50％以上的序列同一性，所述单体肽通过一个或多个分子间键共价连接。
在另一个方面，本发明涉及包含两个以上选自本发明所述的单体肽和本发明所述的分离的多聚体肽的化合物的组合物。
在另一个方面，本发明涉及选自本发明所述的单体肽和本发明所述的分离的多聚体肽的肽用于在受试者中诱发体液免疫应答的用途。
在另一个方面，本发明涉及编码本发明所述的肽的分离的核酸或多核苷酸。
在另一个方面，本发明涉及包含编码本发明所述的肽的核酸或多核苷酸的载体。
在另一个方面，本发明涉及包含含有编码本发明所述的肽的核酸或多核苷酸的载体的宿主细胞。
在另一个方面，本发明涉及包含与药用稀释剂或赋形剂和可选免疫学佐剂组合的下述各项的免疫原性组合物：至少一种本发明所述的单体肽、分离的多聚体肽、本发明所述的肽组合物、核酸或多核苷酸、或载体。在一些实施方案中，所述免疫原性组合物采用疫苗组合物的形式。
在另一个方面，本发明涉及用于在受试者中诱导针对抗原的免疫应答的方法，所述方法包括施用至少一种本发明的单体肽、分离的多聚体肽、肽组合物、核酸或多核苷酸、或载体、或组合物。
在另一个方面，本发明涉及用于减轻和/或延缓疾病抗原(如传染原)在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用的方法，所述方法包括施用有效量的至少一种本发明所述的单体肽、分离的多聚体肽、肽组合物、核酸或多核苷酸、或载体、或组合物。
在另一个方面，本发明涉及本发明所述的肽用作药物，或用于治疗疾病抗原(如传染原)在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用。
在另一个方面，本发明涉及本发明所述的肽用于诊断测定。在另一个方面，本发明涉及本发明所述的肽用于体外测定。
发明详述
定义
除非另外说明，当在本公开内容中使用术语诸如“一种(one)”、“一个(a)”或“一个(an)”时，它们是指“至少一个”，或者“一个或多个”。另外，术语“包含(comprising)”意欲指“包括(including)”并且因此除明确说明的那些外还允许出现其他组分、特征、条件或步骤。
当用于本文时，“多聚体肽”或“寡聚体肽”是指两个或更多不同的或相同的线性肽序列或亚基的装配体，优选互相连接或通过接头的一个或多个化学键装配。优选地，所述肽序列通过一个或多个诸如一个共价键(诸如在两个Cys残基之间的分子间二硫键(S-S)，N-ε-甲基化Lys侧链与Asp或Glu残基的侧链之间的甲基化肽键，肟键或硫醚键)互相连接。该术语包括适当通过两个线性肽序列的化学连接而形成的二聚体的肽(或二聚体)。术语“多聚体肽”还包括2，3，4，5，6，7，8，9或10个不同的或相同的肽序列的装配体。在一些实施方案中，所述多聚体肽是二聚体肽。
当用于本文时，“接头”是指任何适于将两个或更多不同的或相同的线性肽序列或亚基装配成多聚体肽的化合物。该术语包括任何在肽化学中发现有用的接头。由于多聚体肽可以以线性方式通过标准肽键装配或连接，术语接头还包括“肽间隔区”，其也称为“间隔区”。
在一些实施方案中，接头不是肽序列。在一些实施方案中，接头不是分支的肽序列。
在一些实施方案中，接头本身不包含来源于天然抗原或与天然抗原相同的肽序列。
在一些实施方案中，接头具有小于10kDa的分子量，诸如小于9kDa，诸如小于8kDa，诸如小于7kDa，诸如小于6kDa，诸如小于5kDa，诸如小于4kDa，诸如小于3kDa，诸如小于2kDa，诸如小于1.5kDa，诸如小于1kDa，诸如小于0.5kDa，诸如小于0.2kDa。在一些实施方案中，其中所述多聚体肽是二聚体肽，所述接头不是由第一个肽中的一个末端半胱氨酸到第二个肽中的第二末端半胱氨酸连接两个肽序列。
在一些实施方案中，所述接头不通过任意一个肽中的末端半胱氨酸连接两个或更多的肽序列。
在一些实施方案中，所述接头不从半胱氨酸残基连接。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，在同一肽中的X1，X3和可选部分X5序列不相同。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，在同一肽中的X2，X4和可选部分X6序列不相同。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽中，在一个肽中的X1，X3和可选部分X5与任意其他肽中的X1，X3和可选部分X5序列不相同。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽中，在一个肽中的X2，X4和可选部分X6与任意其他肽中的X2，X4和可选部分X6序列不相同。
“HIV”通常指示人免疫缺陷病毒I。
“HIV疾病”由若个阶段组成，包括本身通常表现为流感样感染的急性HIV感染，以及具有若个非特征症状的早期和中期阶段症状疾病，所述非特征症状诸如皮疹、疲劳、盗汗、轻微体重减轻、口腔溃疡、和由真菌引起的皮肤和指甲感染。大多数HIV感染者在发展成更严重的疾病前将经历诸如这些的轻微的症状。通常认为，最早的轻微症状需要五至七年来显现。随着HIV疾病的进展，一些个体会变得非常不健康，即使他们还未被诊断出患有AIDS(见下)，HIV疾病的晚期。典型的问题包括慢性口腔或阴道腐烂(vaginal thrush)(真菌引起的疹或斑)，嘴上的复发性疱疹疱(herpes blisters)(感冒疮(cold sores))或生殖器上的复发性疱疹疱，持续的发烧，持久的腹泻，以及显著的体重减轻。“AIDS”是晚期HIV疾病，并且是一种这样的病症，其逐渐地减弱免疫系统的有效性并且使个体易遭受机会性感染和肿瘤。
术语“细胞穿透肽”用在本文中是指具有似乎是能量非依赖性地穿过质膜易位至真核细胞和/或原核细胞的细胞质和/或核隔室(诸如细胞质、核、溶酶体、内质网、高尔基体、线粒体和/或叶绿体)中的能力的肽。“细胞穿透肽”的这种穿过质膜易位的能力可以是非侵入性的、能量非依赖性的、不饱和性的、和/或受体非依赖性的。在一个实施方案中，术语“细胞穿透肽”是指这样一种肽，其被证明如通过实施例提供的测定检测的那样穿过质膜易位。术语“非细胞穿透肽”用在本文中是指这样的肽，所述肽不是细胞穿透肽。
如在本文中所用，术语“来源于抗原”在指肽源自的来源(诸如病毒等)时，意欲是指已经从该来源获得(例如，分离、纯化等)的肽。通常肽已经从原始来源被改变或修饰。优选地，肽可以被遗传改造和/或化学合成以与所述来源的天然肽基本相同。该术语包括已知的天然肽序列的变体的应用，诸如这样的肽序列，其中天然肽序列的1，2，3，4，5，6或7个氨基酸已被任意其他的氨基酸置换，诸如保守置换。备选地，1，2，3，4，5，6或7个氨基酸已被去除或添加到天然肽序列上。因此，在一些实施方案中，本发明所述的肽包含序列X2和/或X4，和/或X6，其定义为来源于抗原的5-17个氨基酸的序列，其中抗原的肽序列相对于所述抗原包含1，2，3，4，5，6或7个置换、添加或缺失，诸如在X2和/或X4和/或X6氨基酸序列的N-或C-端添加精氨酸。用于本发明所述的氨基酸序列的氨基酸可以是L-和/或D-形式。应该理解，L-和D-形式可以用于同一肽序列中的不同氨基酸。在一些实施方案中，肽序列内的氨基酸是L-形式，诸如天然氨基酸。应该理解，任意已知的抗原可以用在本发明所述的构建体中。
在一些具体的实施方案中，本发明所述的氨基酸序列的N端的前1、2或3个氨基酸是D-形式的。认为通过在这些细胞穿透肽的N端具有D-形式的氨基酸在某种程度上延迟了所述肽的N-端修剪以及由此引起的降解。备选地，在一些实施方案中，在本发明所述的氨基酸序列的N端的前1、2或3个氨基酸是β或γ形式的氨基酸。β氨基酸的氨基连接在β碳上而不是如20种标准的天然氨基酸那样连接在α碳上。在表示氨基酸残基的字母后的大写字母D下标在本文中表示指定为D形式的氨基酸，诸如WD表示D形式的色氨酸。在表示氨基酸残基的字母后的大写字母L下标在本文中表示指定为L形式的氨基酸，诸如WL表示L形式的色氨酸。
备选地，本发明所述的氨基酸序列的N端的前1、2或3个氨基酸可以通过结合氟而被修饰，或者备选地，使用环形氨基酸或其他适当的非天然氨基酸。
应该理解，对于多聚体肽，一个或多个肽链，诸如所有的肽链，可以在氨基酸序列的N端具有修饰的氨基酸。连接两个或更多的肽链的接头可以位于肽链内的任意位置，特别是当肽链中的一个或多个在氨基酸序列的N端具有修饰的氨基酸时。接头还可以起作用保护肽被降解，所述肽通常从N端降解。因此，如果一个或两个肽链被保护免于降解，接头的位置可以更自由。
肽的“变体”或“类似物”是指具有与参比肽(典型地天然的或“亲本”多肽)基本相同的氨基酸序列的肽。肽变体在天然氨基酸序列内的特定位置可以具有一个或多个氨基酸置换、缺失和/或插入。
“保守”氨基酸置换是其中氨基酸残基被带有具有相似理化性质的侧链的氨基酸残基置换的那些置换。具有相似侧链的氨基酸残基家族在本领域中是已知的，并且包括带有碱性侧链的氨基酸(例如，赖氨酸、精氨酸、组氨酸)，带有酸性侧链的氨基酸(例如，天冬氨酸、谷氨酸)，带有不带电荷的极性侧链的氨基酸(例如，甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)，带有非极性侧链的氨基酸(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)，带有β分支侧链的氨基酸(例如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)和带有芳香族侧链的氨基酸(例如，酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。保守氨基酸置换的特定形式包括用不在由遗传密码编码的正常的20个氨基酸中的氨基酸置换的那些。因为本发明优选的实施方案需要使用合成肽，所以在本文公开的肽中设置这种“非天然存在的”氨基酸残基是没有问题的，并且因此可将氨基酸残基侧链中的天然饱和碳链交换为更短或更长的饱和碳链——例如，赖氨酸可以用具有侧链-(CH2)nNH3的氨基酸置换，其中n不是4，而精氨酸可以用具有侧链-(CH2)nNHC(＝NH2)NH2的氨基酸置换，其中n不是3，等等。相似地，酸性氨基酸天冬氨酸和谷氨酸可以用具有侧链-(CH2)nCOOH的氨基酸残基置换，其中n＞2。
在两个氨基酸序列的情形中，术语“基本相同”是指当被最优化比对时，诸如通过程序GAP或BESTFIT使用默认缺口权重(gap weight)比对时，所述序列共有至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约98％或至少约99％的序列同一性。在一些实施方案中，当测量两个不同肽序列之间的序列同一性时，允许一个或两个氨基酸的缺口，此时这两个肽序列进行比对，而对序列同一性的值没有任何影响。在一些实施方案中，不相同的残基位置差别仅在于保守氨基酸置换。典型地使用序列分析软件测定序列同一性。蛋白质分析软件使用分配给不同置换、缺失和其他修饰(包括保守氨基酸置换)的相似性测量来匹配相似的序列。例如，公共可用的GCG软件包含诸如“Gap”和“BestFit”的程序，可以以默认参数使用所述软件来确定紧密相关的多肽(诸如来自不同生物物种的同源多肽)之间或野生型蛋白质与其突变蛋白质之间的序列同源性或序列同一性。例如，参见GCG版本6.1。也可以使用FASTA或ClustalW，使用默认或推荐参数比较多肽序列。GCG版本6.1.中的程序，FASTA(例如，FASTA2和FASTA3)给出查询和检索序列之间的最佳重叠区域的比对和百分比序列同一性(Pearson，Methods Enzymol.(酶学方法)1990；183：63-98；Pearson，Methods Mol.Biol.(分子生物学方法)2000；132：185-219)。当将序列与包含大量来自不同生物体的序列的数据库比较时，另一种优选的算法是使用默认参数的计算机程序BLAST，尤其是blastp。例如，参见Altschul等，J.Mol.Biol.(分子生物学杂志)1990；215：403-410；Altschul等，Nucleic Acids Res.(核酸研究)1997；25：3389-402(1997)；所述文献各自通过引用结合于本文。在两个基本相同的氨基酸序列中，“相对应的”氨基酸位置是通过本文中提及的蛋白质分析软件中的任一个(典型地使用默认参数)对准的那些。
“分离的”分子是这样的分子，所述分子在其中它被发现的组合物中相对于它所属的分子种类是占优势的种类(即，它在组合物中组成所述类型分子的至少约50％，并且在组合物中典型地将组成所述种类分子(例如肽)的至少约70％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多)。一般，特定肽序列的组合物在所述组合物中所有存在的肽种类的背景下，或至少在被提议的用途的背景下相对基本上有活性的肽种类，将显示98％-99％的肽同质性。
术语“线性序列”用在本文中是指以标准的N-至C-端方向通过标准肽键连接的特定的氨基酸序列。所述肽可以仅包含肽键。然而，在一些实施方案中，肽序列的第二部分可以结合在氨基酸序列的第一部分中末端氨基酸的侧链上或从在氨基酸序列的第一部分中末端氨基酸的侧链继续。此外，该术语不排除序列内的氨基酸，诸如在X1，X2，X3，X4和/或X5内的氨基酸，可以诸如通过侧链与在肽序列内的远端位置(诸如在X1，X2，X3，X4和/或X5内的远端位置)的另一个氨基酸连接。
在本发明的情形中，除非与上下文矛盾，“治疗(“treatment”或“treating”)”是指预防、缓和、处理、治愈或减轻疾病或病症的一种或多种症状或临床相关的表现。例如，对其中未鉴定出疾病或病症的症状或临床相关表现的患者的“治疗”是预防的或预防性的疗法，而对其中鉴定出疾病或病症的症状或临床相关表现的患者的“治疗”通常不构成预防的或预防性的疗法。
术语“抗原”指示这样的物质，其被免疫系统的特异性识别成分(抗体、T细胞)识别。
在本文的情形中，术语“免疫原”意欲指示这样的物质，所述物质能够诱导个体中的适应性免疫应答，其中所述适应性免疫应答靶向所述免疫原。涉及本发明，免疫原将诱导体液免疫应答和/或细胞介导的免疫应答。换言之，免疫原是能够诱导免疫的抗原。
术语“表位”、“抗原决定簇”和“抗原位点”在本文中被可互换地使用并且指示抗原或免疫原中这样的区域，所述区域被抗体识别(在抗体结合表位的情况中，也称为“B细胞表位”)或者当表位复合到MHC分子时被T细胞受体识别(在T细胞受体结合表位的情况中，即“T细胞表位”)。
“B细胞抗原”意指任意这样的抗原，其天然被B细胞识别或可以被改造而被B细胞识别，并且其在B细胞中引发免疫应答(例如，由B细胞上的B细胞受体特异性识别的抗原的情形中)。
术语“免疫原性有效量”具有其在本领域中的通常含义，即能够诱导免疫应答的免疫原的量，所述免疫应答显著地攻击与所述免疫原享有免疫学特性的病原体。
术语“疫苗”用于这样的组合物，其包含免疫原并且能够诱导能够减小发展病理学病况的风险的免疫应答，或者能够诱导可以帮助治愈病理学病况(或至少减轻病理学病况的症状)的治疗有效的免疫应答。
术语“药用”具有其在本领域中的通常含义，即它用于这样的物质，当治疗所讨论的疾病时，其可以作为人用药物的一部分被接受，并且因此该术语有效地排除了使用将恶化而不是改善受治疗的受试者病况的高毒性物质。
“T辅助淋巴细胞表位”(TH表位)、“T辅助表位”或“辅助表位”是这样的肽，其结合II类MHC分子并且可以在与II类MHC分子结合的抗原呈递细胞(APC)的表面上呈递。“免疫学载体”通常是这样的物质，其包含一个或许多个TH表位，并且通过保证T辅助淋巴细胞被活化并且增殖来增加针对与其偶联的抗原的免疫应答。已知的免疫学载体的实例是破伤风和白喉类毒素以及匙孔
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血蓝蛋白(keyhole limpet hemocyanin，KLH)。
在本发明所述的支架设计中，X2，X4和X6定义来源于抗原的5-17个氨基酸的序列。来源于抗原的这一氨基酸序列在本文中可以称为表位。
本发明所述的肽可以是包含HTL表位的诱导辅助T淋巴细胞(HTL)的肽。“诱导HTL的肽”是能够诱导HTL应答的II类HLA结合肽。此外，在其他实施方案中，除了是诱导HTL的肽或者作为诱导HTL的肽的备选方案，本发明所述的肽可以是包含CTL表位的诱导CTL的肽。“诱导CTL的肽”是能够诱导CTL应答的I类HLA结合肽。
在其他备选实施方案中，在X1，X3和X5定义的序列中使用色氨酸或色氨酸衍生物。可以使用任何适当的色氨酸衍生物。当用于本文时，“色氨酸衍生物”意指非天然修饰的色氨酸残基，包括在US7,232,803中公开的那些，诸如三叔丁基色氨酸，二叔丁基色氨酸，7-苯甲氧基色氨酸，高色氨酸，5’-氨基乙基色氨酸(获自RSP Amino Acids Analogues Inc，Boston，Mass.，USA的侧链Boc和N-αFMOC衍生物)，N-乙酰基高色氨酸(TorontoResearch)，7-苯甲氧基色氨酸(Toronto Research)，高色氨酸(TorontoResearch)，和已经在吲哚环的1-，2-，5-和/或7-位置优选1-或2-位置被取代的色氨酸残基，例如5′羟基色氨酸。
术语“氨基酸衍生物”，有时用在表示特定氨基酸的“其衍生物”的情形中，意指这样的氨基酸化合物，其中与所述氨基酸化合物作为其的衍生物的氨基酸相比，一个或多个化学基团被修饰/添加或去除，同时仍然具有胺基和羧酸基，以及氨基酸的侧链，并且仍然能够形成肽键。在一些实施方案中，氨基酸衍生物是仅在氨基酸侧链修饰的标准氨基酸。在一些实施方案中，氨基酸衍生物是非天然氨基酸，如Dpr。在一些实施方案中，氨基酸是修饰的部分，其结合在化学合成的肽或多肽中，并且包含可激活的基团，所述可激活的基团在激活后可与另一个肽连接，诸如Dpr(Ser)，Lys(Ser)，或鸟氨酸(Ser)。
术语“抗体应答”是指结合目的抗原的抗体(例如，IgM，IgA，IgG)的产生，该应答例如通过抗原ELISA测定血清而测量。
术语“佐剂”用在本文中是指当与抗原一起或同时递送时非特异性增强针对所述抗原的免疫应答的任意化合物。示例性的佐剂包括但不限于，水包油和油包水佐剂，基于铝的佐剂(例如，AIOH，AIPO4等)和MontanideISA720。
术语“患者”和“受试者”是指可以使用本发明的方法治疗的任意的人或动物。
当用于本文时，术语“免疫应答”是指生物体的免疫系统响应抗原的反应性。在脊椎动物中，这可包括抗体产生、细胞介导的免疫的诱导和/或补体激活(例如，与脊椎动物免疫系统防止和消退微生物感染相关的现象)。在优选的实施方案中，术语免疫应答包括但不限于，“淋巴细胞增殖性应答”、“细胞因子应答”和“抗体应答”中的一种或多种。
涉及肽序列的术语“净电荷”用在本文中是指肽序列的总电荷，表示为该肽序列中每个个体氨基酸的电荷总和，其中每个碱性氨基酸给定为+1的电荷，每个酸性氨基酸给定为-1的电荷，每个中性氨基酸给定为0的电荷。因此，净电荷将取决于带电荷的氨基酸的数目和性质。
术语“碱性氨基酸”用在本文中是指按照Kice & Marvell“ModernPrinciples of organic Chemsitry(现代有机化学原理)”(Macmillan，1974)或Matthews和van Holde“Biochemistry(生物化学)”Cummings PublishingCompany(Cummings出版公司)，1996检测具有高于6.3(如高于7.4)的等电点的任意氨基酸，包括天然氨基酸和非天然氨基酸。这一定义内包含精氨酸、赖氨酸、高精氨酸(Har)和组氨酸以及它们的衍生物。适当的非天然碱性氨基酸例如在US6,858,396中所述。适当的带正电荷的氨基酸包括可获自Bachem AG的非天然α氨基酸，并且包括α-氨基-甘氨酸，α，γ-二氨基丁酸，鸟氨酸，α，β-二氨基丙酸，α-二氟甲基-鸟氨酸，4-氨基-哌啶-4-羧酸，2，6-二氨基-4-己炔酸，β-(1-哌嗪基)-丙氨酸，4，5-脱氢-赖氨酸，δ-羟基-赖氨酸，ω-羟基-正精氨酸，高精氨酸，ω-氨基-精氨酸，ω-甲基-精氨酸，α-甲基-组氨酸，2，5-二碘-组氨酸，1-甲基-组氨酸，3-甲基-组氨酸，β-(2-吡啶基)-丙氨酸，β-(3-吡啶基)-丙氨酸，β-(2-喹啉基)-丙氨酸，3-氨基-酪氨酸，4-氨基-苯丙氨酸，和菠菜素。
术语“中性氨基酸”用在本文中是指按照Kice & Marvell“ModernPrinciples of organic Chemistry(现代有机化学原理)”(Macmillan，1974)测量具有4.8-6.3的等电点的氨基酸。术语“酸性氨基酸”用在本文中是指按照Kice & Marvell“Modern Principles of organic Chemistry(现代有机化学原理)”(Macmillan，1974)测量具有低于4.8的等电点的氨基酸。
抗原
用在本发明所述的肽构建体中的特定天然抗原可以是来源于任意B细胞抗原的蛋白或肽序列，诸如来自任意疾病抗原，诸如传染原。按照本发明使用的适当的抗原包括来源于细菌、分枝杆菌、病毒、寄生虫如原生动物、真菌的抗原，癌症抗原，诸如癌基因，朊病毒，特应性疾病抗原，上瘾或滥用的物质或毒素或自身免疫病(诸如类风湿性关节炎，胰岛素依赖性糖尿病，多发性硬化等)抗原。
当用于本发明时，“疾病抗原”是指证实或怀疑参与特定疾病的任意抗原。
在一些实施方案中，抗原是滥用或上瘾的物质或其部分，包括，但不限于，尼古丁，麻醉药，镇咳药，安定药和镇静剂。在一些实施方案中，抗原是毒素，诸如来自化学武器或天然来源的毒素，或污染物。
可以为其提供抗原的细菌的实例包括，但不限于，结核分枝杆菌(M.tuberculosis)，分枝杆菌(Mycobacterium)，霉浆菌(mycoplasma)，奈瑟球菌属(neisseria)和军团菌属(legionella)。寄生虫的实例包括，但不限于，立克次氏体(rickettsia)和衣原体(chlamydia)。
传染病抗原的实例为TbH9(也称为Mtb39A)，其为一种结核病抗原。其他结核病抗原包括，但不限于，DPV(也称为Mtb8.4)，381，Mtb41，Mtb40，Mtb32A，MΛ9.9A，Mtb9.8，Mtbló，Mtb72f，Mtb59f，Mtb88f，Mtb71f,Mtb46f和Mtb31f(″f′表示其是两种以上蛋白的融合体)。
癌症抗原的实例可以是肿瘤相关的抗原，诸如HER2，HER3或HER4受体或美国公布号20080171040或美国公布号20080305044中公开的一种或多种肿瘤相关的抗原或细胞表面受体，并且这些公布通过引用完全结合在本文中。
本发明可以使用的其他适当的癌症抗原包括CD蛋白，诸如CD2，CD3，CD4，CD5，CD6，CD8，CD11，CD14，CD18，CD19，CD20，CD21，CD22，CD25，CD26，CD27，CD28，CD30，CD33，CD36，CD37，CD38，CD40，CD44，CD52，CD55，CD56，CD70，CD79，CD80，CD81，CD103，CD105，CD134，CD137，CD138，和CD152；ErbB受体家族成员如EGF受体，HER2，HER3或HER4受体；细胞粘附分子诸如LFA-I，Mac1，pi50.95，VLA-4，ICAM-I，VCAM，EpCAM，α4/β7整联蛋白，和αv/β3整联蛋白(包括其α或β亚基)(例如，抗-CD11a，抗-CD18或抗-CD11b抗体)；生长因子如VEGF；组织因子(TF)；TGF-β；α干扰素(α-IFN)；白介素，诸如IL-8；IgE；血型抗原Apo2，死亡受体；flk2/flt3受体；肥胖(OB)受体；mpl受体；CTLA-4；蛋白质C等。在一些实施方案中，抗原选自IGF-IR，CanAg，EphA2，MUC1，MUC16，VEGF，TF，CD19，CD20，CD22，CD27，CD33，CD37，CD38，CD40，CD44，CD56，CD138，CA6，Her2/neu，EpCAM，CRIPTO(在大部分人乳腺癌细胞中以升高的水平产生的蛋白)，darpins，αv/β3整联蛋白，αv/β5整联蛋白，αy/β整联蛋白，TGF-β，CD11a，CD18，Apo2和C242。在一些实施方案中，抗原选自CD蛋白，如CD3，CD4，CD8，CD19，CD20，CD27，CD34，CD37，CD38，CD46，CD56，CD70和CD138；ErbB受体家族成员，诸如EGF受体，HER2，HER3或HER4受体；细胞粘附分子，诸如LFA-I，Mac1，pl50.95，VLA-4，ICAM-I，VCAM，EpCAM，α4/β7整联蛋白，和αv/β3整联蛋白(包括其α或β亚基)(例如，抗-CD11a，抗-CD18或抗-CD11b抗体)；生长因子如VEGF；组织因子(TF)；TGF-β；α干扰素(α-IFN)；白介素，诸如IL-8；IgE；血型抗原Apo2，死亡受体；flk2/flt3受体；肥胖(OB)受体；mpl受体；CTLA-4；蛋白质C等。本文最优选的靶标是IGF-IR，CanAg，EGF-R，EGF-RvIII，EphA2，MUC1，MUC16，VEGF，TF，CD19，CD20，CD22，CD27，CD33，CD37，CD38，CD40，CD44，CD56，CD70，CD138，CA6，Her2/neu，CRIPTO(在大部分人乳腺癌细胞中以升高的水平产生的蛋白)，αv/β3整联蛋白，αv/β5整联蛋白，TGF n-β，CD11a，CD18，Apo2，EpCAM和C242。在一些实施方案中，抗原选自细胞癌基因，诸如ras或myc。
用于本发明的病毒抗原的实例包括，但不限于，例如，HIV，HCV，CMV，HPV，Flu，腺病毒，反转录病毒，小RNA病毒等。反转录病毒抗原的非限制性的实例诸如来自人免疫缺陷病毒(HIV)抗原的反转录病毒抗原，诸如gag，pol和env基因的基因产物，Nef蛋白，反转录酶，和其他HIV成分；肝炎病毒抗原，诸如乙型肝炎病毒的S，M和L蛋白，乙型肝炎病毒的pre-S抗原，和其他肝炎，例如甲型、乙型和丙型肝炎，病毒成分如丙型肝炎病毒RNA；流感病毒抗原，如血凝素和神经氨酸酶和其他流感病毒成分；麻疹病毒抗原，诸如麻疹病毒融合蛋白和其他麻疹病毒成分；风疹病毒抗原，如蛋白E1和E2和其他风疹病毒成分；轮状病毒抗原诸如VP7sc和其他轮状病毒成分；巨细胞病毒抗原，诸如包膜糖蛋白B和其他巨细胞病毒抗原成分；呼吸道合胞病毒抗原，诸如RSV融合蛋白，M2蛋白和其他呼吸道合胞病毒抗原成分；单纯疱疹病毒抗原，诸如即时早期蛋白，糖蛋白D和其他单纯疱疹病毒抗原成分；水痘带状疱疹病毒抗原诸如gpl，gpll和其他水痘带状疱疹病毒抗原成分；日本脑炎病毒抗原，诸如蛋白E，M-E，M-E-NS1，NS1，NS1-NS2A，80％E，和其他日本脑炎病毒抗原成分；狂犬病病毒抗原，诸如狂犬病糖蛋白，狂犬病核蛋白和其他狂犬病病毒抗原成分。对于病毒抗原的另外的实例参见Fundamental Virology(基础病毒学)，第二版，Fields，B.N.和Knipe，D.M.编(Raven Press，NewYork，1991)。
结合在本发明所述的支架设计中的表位可以来源于病毒科的病毒，诸如腺病毒，反转录病毒，小RNA病毒，疱疹病毒，轮状病毒(呼肠病毒科(reoviridae))，汉坦病毒(布尼亚病毒科(Bunyaviridae))，冠状病毒，披膜病毒，黄病毒，棒状病毒，副黏病毒，正黏病毒，布尼亚病毒，沙粒病毒，呼肠病毒，乳头瘤病毒，细小病毒，痘病毒，嗜肝DNA病毒，或海绵样病毒(spongiform virus)。在某些具体的非限制性实例中，病毒抗原是获自HIV，CMV，甲型、乙型和丙型肝炎病毒，流感病毒，麻疹病毒，脊髓灰质炎病毒，天花病毒，风疹病毒；呼吸道合胞病毒，单纯疱疹病毒，水痘带状疱疹病毒，埃巴病毒，日本脑炎病毒，狂犬病病毒，Flu和/或感冒病毒中至少一种的肽。
HCV：
本发明所述的肽可以包含已知抗原。对于来源于HCV的抗原，这些抗原可以来源于丙型肝炎病毒(HCV)的核心蛋白，E1，E2，P7，NS2，NS3，NS4(NS4A与NS4B)和NS5(NS5A与NS5B)蛋白。表位是在免疫的宿主中激发I类和/或II类HLA限制性T淋巴细胞应答的那些表位。更具体地，本发明的I类HLA限制性肽可以结合下述I类HLA组中的至少一种HLA分子：HLA-A*01，HLA-A*02，HLA-A*03，HLA-A*11，HLA-A*24，HLA-B*07，HLA-B*08，HLA-B*35，HLA-B*40，HLA-B*44，HLA-Cw3，HLA-Cw4，HLA-Cw6或HLA-Cw7。本发明的II类HLA限制性肽结合下述II类HLA组中的至少一种HLA分子：HLA-DRB1，-DRB2，-DRB3，-DRB4，-DRB5，-DRB6，-DRB7，-DRB8或-DRB9。
例如，按照本发明可以用作表位的结合MHC的HCV肽公开在WO02/34770(Imperial College Innovations Ltd)，WO01/21189和WO02/20035(Epimmune)，WO04/024182(Intercell)，WO95/25122(TheScripps Research Institute)，WO95/27733(美国政府，Department of Healthand Human Services)，EP0935662(Chiron)，WO02/26785(ImmusystemsGmbH)，WO95/12677(Innogenetics N.V)，WO97/34621(Cytel Corp)，和EP1652858(Innogenetics N.V.)中。
在其他实施方案中，本发明所述的支架设计包括PADRE肽，诸如WO95/07707(Epimmune)(其内容通过引用包含在本文中)中公开的称为PADRE的通用的T细胞表位。“PanDR结合肽或PADRE肽”是结合多于一种II类HLADR分子的分子家族的一员。PADRE结合大部分的HLA-DR分子，并且在体外和体内刺激人辅助T淋巴细胞(HTL)应答。备选地，可以使用来自通用疫苗如破伤风类毒素的T辅助表位。
在另一个实施方案中，在组合物或多表位肽中的肽特征在于其来源于HCV蛋白，并且更具体的来源于选自由下列各项组成的组的下述HCV区域中的至少一种：核心蛋白，E1，E2/NS1，NS2，NS3，NS4A，NS4B，NS5A和NS5B。甚至更优选的是，肽特征在于其存在于基因型1a，1b和/或3a的HCV共有序列中。
按照本发明可以使用的其他I类和II类HLA结合肽可以通过如WO03/105058所述的方法-Algonomics、通过Epimmune在WO01/21189中所述的方法和/或通过三个公共数据库预测服务商(分别为Syfpeithi，BIMAS和nHLAPred)鉴定。每种肽可以与作为多个重复的相同肽或与任意其他的肽或表位组合用在本发明的支架设计中，这也是本发明的一个方面。
CMV：
要结合在本发明所述的支架设计中的表位可以来源于巨细胞病毒(CMV)，包括CMV糖蛋白gB和gH。
Flu：
要结合到本发明所述的支架设计中的表位可以来源于每个亚型(诸如H1N1，H2N2或H3N2)的流感血凝素(HA)或流感神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)，M1，M2，NS1，NEP，PA，PB1，PB1-F2，PB2的片段或部分。
合适的表位可以来源于一种亚型或多于一种亚型(包括H1，H2，H3，H4，H5，H6，H7，H8，H9，H10，H11，H12，H13，H14，H15或H16)的HA蛋白，或其片段或部分。包含所述HA蛋白的亚型的实例包括A/NewCaledonia/20/99(H1N1)A/Indonesia/5/2006(H5N1)，A/chicken/NewYork/1995，A/herring gull/DE/677/88(H2N8)，A/Texas/32/2003，A/mallard/MN/33/00，A/duck/Shanghai/1/2000，A/northernpintail/TX/828189/02，A/Turkey/Ontario/6118/68(H8N4)，A/shoveler/Iran/G54/03，A/chicken/Germany/N/1949(H10N7)，A/duck/England/56(H11N6)，A/duck/Alberta/60/76(H12N5)，A/Gull/Maryland/704/77(H13N6)，A/Mallard/GurjeV/263/82，A/duck/Australia/341/83(H15N8)，A/black-headed gull/Sweden/5/99(H16N3)，B/Lee/40，C/Johannesburg/66，A/PuertoRico/8/34(H1N1)，A/Brisbane/59/2007(H1N1)，A/Solomon Islands3/2006(H1N1)，A/Brisbane10/2007(H3N2)，A/Wisconsin/67/2005(H3N2)，B/Malaysia/2506/2004，B/Florida/4/2006，A/Singapore/1/57(H2N2)，A/Anhui/1/2005(H5N1)，A/Vietnam/1194/2004(H5N1)，A/Teal/HongKong/W312/97(H6N1)，A/Equine/Prague/56(H7N7)，A/HongKong/1073/99(H9N2))。
在本发明的一些实施方案中，HA蛋白可以为H1，H2，H3，H5，H6，H7或H9亚型。在另一些实施方案中，H1蛋白可以来自A/NewCaledonia/20/99(H1N1)，A/PuertoRico/8/34(H1N1)，A/Brisbane/59/2007(H1N1)或A/Solomon Islands3/2006(H1N1)毒株。H3蛋白也可以来自A/Brisbane10/2007(H3N2)或A/Wisconsin/67/2005(H3N2)毒株。在另一些实施方案中，H2蛋白可以来自A/Singapore/1/57(H2N2)毒株。H5蛋白可以来自A/Anhui/1/2005(H5N1)，A/Vietnam/1194/2004(H5N1)或A/Indonesia/5/2005毒株。在另一些实施方案中，H6蛋白可以来自A/Teal/HongKong/W312/97(H6N1)毒株。H7蛋白可以来自A/Equine/Prague/56(H7N7)毒株。在另一些实施方案中，H9蛋白可以来自A/HongKong/1073/99(H9N2)毒株。在另一些实施方案中，HA蛋白可以来自流感病毒，可以是乙型病毒，包括B/Malaysia/2506/2004或B/Florida/4/2006。流感病毒HA蛋白可以是H5Indonesia。
人免疫缺陷病毒(HIV)：
对于HIV，要结合到本发明所述的支架中的表位可以来源于由来源于HIV(包括不同基因亚型的成员)的gp120，gp160，gp41，p24gag或p55gag，调节蛋白(诸如Tat，Rev，Nef)以及病毒酶(诸如聚合酶，整合酶或蛋白酶)组成的组的病毒蛋白。
人乳头瘤病毒(HPV)：
对于HPV，要结合到本发明所述的支架中的表位可以来源于由E1，E2，E3，E4，E6和E7，L1和L2蛋白组成的组。表位可以来自任意类型，包括8，11，16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58和59型。
载体，佐剂和赋形剂-递送
本发明所述的肽可以通过多种方式和在多种组合物(在本文中称为“组合物”、“疫苗组合物”或“药物组合物”)中递送。本发明的肽和本发明的药物组合物和疫苗组合物用于施用给动物，如哺乳动物，特别是人，来治疗和/或预防病毒感染。将包含本发明的肽的疫苗组合物施用给已感染讨论的病毒的患者或者施用给易受病毒感染危险或否则有病毒感染危险的个体，以激发针对所述具体的抗原的免疫应答，并且因此增强患者自身的免疫应答能力。
多种本领域已知的递送系统可以用来将肽递送到适当的细胞中。肽可以在药用载体中或作为胶状混悬液、或作为粉剂、用或不用稀释剂递送。其可以是“裸露的”或与递送赋形剂缔合，并且使用本领域已知的递送系统递送，诸如重组病毒颗粒，纳米颗粒，诸如纳米金，或环蛋白(cyclotides)。
“药用载体”或“药用佐剂”是任意适当的赋形剂、稀释剂、载体和/或佐剂，其本身不诱导对接受所述组合物的个体有害的抗体产生，其也不激发保护作用。优选地，药用载体或佐剂增强由抗原激发的免疫应答。适当的载体或佐剂典型地包括下述非穷举性列举中包括的一种或多种化合物：大的缓慢代谢的大分子，诸如蛋白，多糖，聚乳酸，聚乙醇酸，多聚体氨基酸，氨基酸共聚物和无活性的病毒颗粒；氢氧化铝，磷酸铝(参见国际专利申请公布号WO93/24148)，明矾(KAl(SO4)2.12H2O)，或这些中的一种与3-0-脱酰基单磷酰脂A组合(参见国际专利申请公布号WO93/19780)；N-乙酰基-胞壁酰基-L-苏氨酰基-D-异谷氨酰胺(参见美国专利号4,606,918)，N-乙酰基-正胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰胺，N-乙酰基胞壁酰基-L-丙氨酰基-D-异谷氨酰基-L-丙氨酸2-(1′，2′-二棕榈酰基-sn-甘油-3-羟基磷酰氧基)乙胺；RIBI(ImmunoChem Research Inc.，Hamilton，MT，USA)，其在2％角鲨烯/吐温80乳液中包含单磷酰脂A(即，去毒的内毒素)，海藻糖-6，6-二霉菌酸酯，和细胞壁支架(MPL+TDM+CWS)。三种成分MPL、TDM或CWS中的任一种也可以单独使用或者两两组合使用；佐剂诸如Stimulon(Cambridge Bioscience，Worcester，MA，USA)，SAF-1(Syntex)；佐剂诸如QS21与3-脱-O-乙酰基单磷酰脂A(3-de-O-acetylated monophosphoryl lipid A)之间的组合(参见国际申请号WO94/00153)，其可以进一步补充水包油乳液(例如，参见国际申请号WO95/17210，WO97/01640和WO9856414)，其中所述水包油乳液包含可代谢的油和皂苷，或可代谢的油，皂苷和固醇，或者其可以进一步补充细胞因子(参见国际申请号WO98/57659)；佐剂诸如MF-59(Chiron)或基于聚[二(羧基苯氧基)磷腈(poly[di(carboxylatophenoxy)phosphazene])的佐剂(Virus Research Institute)；基于嵌段共聚物的佐剂，诸如Optivax(Vaxcel，Cytrx)或基于菊糖的佐剂，诸如Algammulin和Gammalnulin(Anutech)；完全或不完全弗氏佐剂(分别为CFA或IFA)或Gerbu制剂(GerbuBiotechnik)；皂苷，诸如QuilA，纯化的皂苷，如QS21，QS7或QS17，-七叶素或毛地黄皂苷；免疫刺激性寡核苷酸，包括未甲基化的CpG二核苷酸，诸如[嘌呤-嘌呤-CG-嘧啶-嘧啶]寡核苷酸。这些免疫刺激性寡核苷酸包括A、B和C类CpG分子(Coley Pharmaceuticals)，ISS(Dynavax)，Immunomers(Hybridon)。免疫刺激性寡核苷酸还可以与下述组合：阳离子肽，例如，如Riedl等(2002)所述；包含皂苷例如Quil A的免疫刺激复合物(ISCOMS)；赋形剂和稀释剂，其是固有无毒性和非治疗性的，诸如水、盐水、甘油、乙醇、异丙醇、DMSO、湿润剂或乳化剂、pH缓冲物质、防腐剂等；生物降解和/或生物相容性油，诸如角鲨烷、角鲨烯、二十烷、四十四烷、甘油、花生油、植物油，浓度为例如1-10％或2，5-5％；维生素，诸如维生素C(抗坏血酸或其盐或酯)、维生素E(生育酚)或维生素A；类胡萝卜素，或天然或合成的黄酮类化合物(flavanoids)；痕量元素，如硒；任意Toll-样受体配体，如在Barton和Medzhitov(2002)中综述的。
在任意前述包含3-脱-O-乙酰基单磷酰脂A的佐剂中，所述3-脱-O-乙酰基单磷酰脂A可以形成小颗粒(参见国际申请号WO94/21292)。
在任意前述佐剂中，MPL或3-脱-O-乙酰基单磷酰脂A可以被称为RC-529的合成的类似物或被任意其他氨基-烷基氨基葡糖苷4-磷酸酯替换(Johnson等1999，Persing等2002)。备选地，其可以被其他脂质A类似物如OM-197替换(Byl等2003)。
“药用赋形剂”包括下述赋形剂，诸如水、盐水、生理盐水溶液、甘油、乙醇等。所述赋形剂中可以包含辅助物质，诸如湿润剂或乳化剂、pH缓冲物质、防腐剂。例如，本领域已知的递送系统为例如脂肽，包封在聚-DL-丙交酯-共-乙交酯(″PLG″)中的肽组合物，微球体，包含在免疫刺激复合物(ISCOMS)中的肽组合物，多抗原肽系统(MAPs)，病毒递送载体，病毒或合成来源的颗粒，佐剂，脂质体，脂质，微粒或微胶囊剂，金粒，纳米颗粒，聚合物，凝聚剂(condensing agents)，多糖，聚氨基酸，树状聚体，皂苷，QS21，吸附增强物质，脂肪酸，或裸露的cDNA或颗粒吸附的cDNA。
肽可以在诸如EndocineTM和MontanideTM(Eurocine)-MontanideTMISA51VG或MontanideTMISA720VG(Seppic)的油中递送。
佐剂可以是先天免疫系统的刺激剂，其可以由肽诸如白三烯B4(LTB4)和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)(如沙格司亭(Sargramostim)/Leukine(糖基化的GM-CSF)和莫拉司亭(Molgramostim)(非糖基化的GM-CSF))分开给予。
典型地，疫苗或疫苗组合物制备为可注射的，作为液体溶液或混悬液注射。注射可以是皮下、肌内、静脉内、腹膜内、鞘内、真皮内或表皮内注射。其他类型的施用包括电穿孔、植入、栓剂、口服摄入、肠应用、吸附、烟雾化或鼻喷雾或滴剂。还可以制备适于在注射前溶解在或悬浮在液体赋形剂中的固体形式。制剂还可以被乳化或包封在脂质体中以增强辅助作用。
液体制剂可以包含油、聚合物、维生素、碳水化合物、氨基酸、盐、缓冲剂、白蛋白、表面活性剂或填充剂。优选的碳水化合物包括糖或糖醇，如单糖、二糖、三糖、寡糖或多糖，或水溶性葡聚糖。糖或葡聚糖可以包括果糖、右旋糖、乳糖、葡萄糖、甘露糖、山梨糖、木糖、麦芽糖、蔗糖、葡聚糖、支链淀粉、糊精、α和β环糊精、可溶淀粉、羟乙基淀粉和羧甲基纤维素、或它们的混合物。蔗糖是最优选的。“糖醇”定义为具有-OH基团的C4至C8烃，并且包括半乳糖醇，肌醇，甘露醇，木糖醇，山梨醇，甘油和阿糖醇。甘露醇是最优选的。上文提及的这些糖或糖醇可以单独或组合使用。对所用的量没有固定的限制，只要所述糖或糖醇在水性制剂中可溶即可。优选地，糖或糖醇的浓度为1，0％(w/v)-7，0％(w/v)，更优选2，0-6，0％(w/v)。优选的氨基酸包括左旋(L)形式的肉碱、精氨酸和甜菜碱；然而，可以添加其他氨基酸。优选的聚合物包括平均分子量为2,000-3,000的聚乙烯吡咯烷酮(PVP)，或平均分子量为3,000-5,000的聚乙二醇(PEG)。还优选在组合物中使用缓冲剂，以使冻干之前或重构之后溶液中的pH变化最小化。可以使用任意的生理缓冲液，但是优选柠檬酸盐、磷酸盐、琥珀酸盐和谷氨酸盐缓冲液或它们的混合物。最优选的是柠檬酸盐缓冲液。优选地，浓度为0，01至0，3摩尔。可以添加到制剂中的表面活性剂显示在欧洲专利申请号EP0270799和EP0268110中。
另外，多肽可以进行化学修饰，例如通过共价缀合到聚合物上，从而增加其循环半衰期。优选的聚合物，以及将其连接到肽上的方法显示在美国专利号4,766,106；4,179,337；4,495,285；和4,609,546中。优选的聚合物是聚氧乙基化多元醇和聚乙二醇(PEG)。PEG在室温可溶于水，并且具有通式：
R(O-CH2-CH2)nO-R
其中R可以是氢，或保护基，诸如烷基或链烷醇基。优选地，保护基具有1-8个碳，更优选地，其为甲基。符号n是正整数，优选1-1000，更优选2-500。PEG具有1000-40,000、更优选2000-20,000、最优选3,000-12,000的平均分子量。优选地，PEG具有至少一个羟基，更优选其为末端羟基。正是该羟基优选被活化。然而，应该理解，反应基团的类型和量可以变化，以获得共价缀合的PEG/本发明的多肽。
水溶性聚氧乙基化多元醇也可以用于本发明。其包括聚氧乙基化山梨醇、聚氧乙基化葡萄糖、聚氧乙基化甘油(POG)等。优选POG。一个原因是由于聚氧乙基化甘油的甘油骨架与例如在动物和人中的甘油一酯、甘油二酯、甘油三酯中天然存在的骨架相同。因此，这种分枝(branching)在体内将不必被视为外源试剂。POG具有与PEG相同范围的优选分子量。POG的结构显示在Knauf等，1988中，并且POG/IL-2缀合物的讨论可见于美国专利号4,766,106。
另一种用于增加循环半衰期的药物递送系统是脂质体。本发明的肽和核酸还可以通过脂质体施用，脂质体作用为靶向特定的组织，诸如淋巴组织，或选择性靶向感染的细胞，以及增加肽和核酸组合物的半衰期。脂质体包括乳剂、泡沫剂、微胶粒、不溶性单层、液晶、磷脂分散液、薄片层等。在这些制剂中，要被递送的肽或核酸结合作为脂质体的一部分或者单独或与结合淋巴样细胞中普遍存在的受体结合的分子(如结合CD45抗原的单克隆抗体)、或与其他治疗性或免疫原性组合物联合包埋。因此，填充有或布置有本发明的需要的肽或核酸或脂质体可以被导向淋巴样细胞位点，然后在那里脂质体递送所述肽和核酸组合物。按照本发明适用的脂质体由标准囊泡形成脂质形成，其通常包括中性和带负电荷的磷脂和固醇，诸如胆固醇。脂质的选择通常考虑例如脂质体尺寸、脂质体在血流中的酸不稳定性和稳定性而指导。多种方法可以用来制备脂质体，如在例如Szoka等，1980和美国专利号4,235,871，4,501,728，4,837,028和5,019,369中所述。
为了靶向免疫系统的细胞，要结合到脂质体中的配体可以包括，例如，对所需要的免疫系统细胞的细胞表面决定簇特异性的抗体或其片段。包含肽的脂质体混悬液可以静脉内、局部(locally)、表面(topically)等施用，施用的剂量特别依据施用方式、被递送的肽和被治疗的疾病的阶段而不同。例如，已知携带免疫原性多肽的脂质体在体内激发CTL应答(Reddy等，1992；Collins等，1992；Fries等，1992；Nabel等，1992)。
在制备脂质药物组合物后，优选将其冻干，以防止降解和无菌保存。用于冻干液体组合物的方法对于本领域技术人员是已知的。在使用之前，可以用无菌稀释剂(例如，Ringer′s溶液、蒸馏水、或无菌盐水)重构该组合物。重构后，所述组合物优选使用本领域技术人员已知的那些方法施用个受试者。
肽用于评估免疫应答的应用：
本发明所述的肽可以用作诊断剂。例如，本发明的肽可以用来确定特定个体对使用所述肽或相关肽的治疗方案的敏感性，并且因此可有助于修改现行的治疗方案或者确定感染个体的预后。另外，所述肽还可以用来预测那些个体将有发展慢性病毒感染的实质性危险。
因此，本发明涉及确定暴露于疾病抗原(如传染原，如病原体)的受试者的结果的方法，所述方法包括确定所述受试者是否具有针对一种或多种本发明所述的肽的免疫应答的步骤。
在本发明的优选实施方案中，本文所述的肽可以用作评价免疫应答的试剂。要被评估的免疫应答可以通过使用可导致产生抗原特异性CTLs或HTLs(其识别或结合将被用作所述试剂的肽)的任意药剂作为免疫原而诱导。所述肽试剂不必用作免疫原。可以用于所述分析的测定系统包括相对最近的技术进展，诸如四聚体、细胞内淋巴因子染色和干扰素释放测定、或ELISPOT测定。
例如，本发明的肽可以用于四聚体染色测定来评估外周血单核细胞(PBMC)在暴露于抗原或免疫原后抗原特异性CTLs的存在。HLA-四聚体复合物用来直接显现抗原特异性CTLS(例如，参见Ogg等，1998；和Altman等，1996)，并且确定外周血单核细胞样品中抗原特异性CTL群体的频率。使用本发明的肽的四聚体试剂可以按下述产生：在相应的HLA重链和β2微球蛋白的存在下重建结合HLA分子的肽，以产生三分子复合物。所述复合物在重链的羧基端在之前被加工到蛋白中的位点被生物素化。然后，通过加入链霉抗生物素蛋白而诱导四聚体形成。通过荧光标记的链霉抗生物素，所述四聚体可以用来染色抗原特异性细胞。然后可以例如通过流式细胞术鉴定所述细胞。这样的分析可以用于诊断或预后目的。通过该步骤鉴定的细胞还可以用于治疗目的。作为四聚体的备选方案，还可以使用五聚体或二聚体(Current Protocols in Immunology(现代免疫学流程)(2000)单元17.2增补35)。
本发明的肽还可以用作评价免疫回忆应答的试剂(例如，参见Bertoni等，1997和Perma等，1991)。例如，可以使用特定的肽分析来自HCV感染的个体的患者PBMC样品抗原特异性CTLs或HTLs的存在。可以通过培育PBMCs并且用本发明的肽刺激所述细胞而评估包含单核细胞的血液样品。在适当的培育期间后，可以分析扩增的细胞群体，例如，分析细胞毒性活性(CTL)或分析HTL活性。
所述肽还可以用作评价疫苗功效的试剂。
例如，可以使用上述任一种方法分析由接种免疫原的患者获得的PBMCs。所述患者被HLA分型，并且选择识别所述患者中存在的等位基因特异性分子的肽表位试剂进行分析。疫苗的免疫原性通过在PBMC样品中存在表位特异性CTLs和/或HTLs而显示。
本发明的肽还可以用于制备抗体，使用本领域公知的技术制备(例如，参见CURRENT PROTOCOLS IN IMMUNOLOGY(现代免疫学流程)，Wiley/Greene，NY；和Antibodies，A Laboratory Manual(抗体：实验室手册)，Harlow和Lane，Cold Spring Harbor Laboratory Press，1989)。所述抗体包括在HLA分子的情形中识别肽的那些，即，结合肽-MHC复合物的抗体。
在某些实施方案中，第一单体肽和至少一个第二单体肽通过接头缔合；所述接头可以包括任意的肽接头，或肽间隔区，诸如甘氨酸、赖氨酸或精氨酸接头/间隔区，聚组氨酸标签，蛋白质G和蛋白质A，但是也可能使用二马来酰亚胺接头/间隔区，二硫键接头，或聚乙二醇(PEG)接头。在实践中，在肽化学中有用的任意的接头也可用作本发明的接头。因此，本发明考虑彼此缀合或融合的“简单”线性肽的应用，而且还考虑肽组合的应用，在肽组合中，来源于天然抗原的个体肽通过非特异性接头连接。多种接头类型的应用也在本发明的范围内，并且例如，利用包括链内二硫化物接头的线性肽也是本发明的一部分。
特别感兴趣的本发明的肽组合在实施例的导言部分中描述。
在某些实施方案中，肽组合中第一和至少一个第二肽中的至少一个包含N-或C-端修饰，诸如酰胺化、酰化或乙酰化。
由于考虑肽组合作为疫苗剂或诊断剂，在特定实施方案中，它们偶联在载体分子上，诸如免疫原性载体上。肽组合的肽因此可以与其他分子连接为重组融合体(例如，通过CLIP技术)或通过定向(例如，使用异双官能性交叉接头)或非定向方式的化学连接而连接。按照本发明，与载体分子，诸如例如白喉毒素，胶乳珠(便利地在诊断和预后实施方案中)，和磁珠(也便利地在诊断和预后实施方案中)，聚赖氨酸构建体等的连接都是可能的。
免疫原性载体便利地选自载体蛋白，诸如在本领域中常规使用的那些(例如，白喉或破伤风类毒素，KLH等)，但是也可以使用较短的肽(T辅助表位)，其能够在较大比例的群体中诱导T细胞免疫。关于T辅助表位的详细信息可见于，例如，WO00/20027，其通过引用结合于此-其中讨论的所有免疫学载体和“泛宿主性”(即，通用的)T辅助表位可用作本发明的免疫原性载体。
在特定的实施方案中，载体是病毒样颗粒，即，具有病毒体的特征而不是感染性的颗粒。所述病毒样颗粒可以以化学方式(例如，Jennings和Bachmann Ann Rev Pharmacol.Toxicol.(药理学和毒物学年度综述)2009.49：303-26Immunodrugs：Therapeutic VLP-based vaccines for chronicdiseases(免疫药物：用于慢性病的治疗性基于VLP的疫苗))或使用克隆技术产生融合蛋白(例如，等人，J.Mol.Biol.(分子生物学杂志)2008；380：252-63.Immunogenic display of diverse peptides on virus-like particlesof RNA phage MS2(多样肽在RNA噬菌体MS2的病毒样颗粒上的免疫原性展示))而提供。另一实例是“Remune”，其为最初由Immune ResponseCorporation制备的HIV疫苗，其由甲醛灭活的HIV(其已被辐射而破坏病毒的基因组)组成。
在一个实施方案中，核酸编码本发明所述的多聚体肽如二聚体肽的一个或多个单体肽，其中所编码的多聚体肽的第一肽和所编码的多聚体肽的至少一个第二肽通过肽接头(包括肽间隔区和/或二硫键)缔合。肽接头/间隔区典型地选自由下列各项组成的组：甘氨酸，精氨酸，赖氨酸接头/间隔区，或甘氨酸-赖氨酸接头/间隔区，但是可以使用本领域已知的任意肽接头。因此，术语肽接头还意欲表示在第一肽与第二肽之间通过肽键偶联。通过标准肽键连接第一肽和第二肽的肽接头还可以称为肽间隔区。此外，第一肽和第二肽可以通过肽接头和二硫键连接，如在建立链内二硫键的情形中。
在一个实施方案中，本发明所述的核酸编码肽组合，其(通过融合)偶联到载体分子上，诸如免疫原性载体；有用的载体如上文所讨论的。
在一些实施方案中，接头选自由二马来酰亚胺接头、二硫化物接头、聚乙二醇(PEG)接头、甘氨酸接头/间隔区、赖氨酸接头/间隔区、和精氨酸接头/间隔区组成的组。
在一些实施方案中，多聚体肽如二聚体肽包含在单体肽N端游离氨基中的接头，所述接头连接所述单体肽和另外的单体肽。
在一些实施方案中，多聚体肽如二聚体肽包含在单体肽C端游离羧基中的接头，所述接头连接所述单体肽和另外的单体肽。
A.R Jacobson等人，J.Med.Chem.(药物化学杂志)1989，32，1708-1717和D Giannotti等人，Journal of Medicinal Chemistry(药物化学杂志)，2000，Vol.43，No.22中记述了关于所述接头的至少两种选择，所述公开内容通过引用结合于此。
备选地，在肽的N端之间的连接可以通过与Br-(CH2)n-Br反应建立。
接头长度可以通过添加甘氨酸残基而改变，例如，可以使用Fmoc-NH-CH2CH2-NH-Gly-NH2。
这样的合成的实例可以如下，其中通过琥珀酸缀合制备二聚体肽：
(H-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2)E(H-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2)F(琥珀酸接头在Gly1E与Gly1F之间)
该二聚体由下述2个单体的反应产生：
单体E
H-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2(SEQ ID NO：143)。
单体F
H-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2(SEQ ID NO：144)。
这两个单体根据下述反应方案反应产生异二聚体；其中连接位于链E上Gly1的N端与链F中Gly1的N端之间。
在Sieber Amid树脂上分别合成单体E和F。去除在N端Gly上的Fmoc-基团，同时肽仍然在树脂上。将肽从树脂上切割下来。得到的被保护的肽E与琥珀酸酐反应，然后与被保护的肽F反应。随后用95％TFA去除保护基。可以通过本领域技术人员已知的常规纯化方法从未反应的单体中纯化形成的异二聚体。
合成的一个实例可以如下述，其中通过二氨基丙烷的缀合而制备二聚体肽：
(H-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Gly)G(H-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly)H三氟乙酸盐(二氨基丙烷接头在Gly23与Gly23之间)
该二聚体由下述2个被保护的单体的反应产生：
单体G
H-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Gly-COOH(SEQ ID NO：145)
单体H
H-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-COOH(SEQ ID NO：146)
这两个单体G和H根据下述反应方案反应产生异二聚体；其中连接位于链G上Gly23的C端与链H中Gly23的C端之间。
在2-氯三苯甲基树脂上分别合成单体G和H。将Boc-Gly-OH偶联到树脂上的肽上，然后将肽从树脂上切割下来。然后将得到的肽进行Boc-保护，备选地它们可以在从树脂上切割下来之前被乙酰化。得到的被保护的肽G与Fmoc-二氨基丙烷反应，将Fmoc去保护，并且将G通过肽键偶联到被保护的肽H的C端。随后用95％TFA去除保护基。可以通过本领域技术人员已知的常规纯化方法从未反应的单体中纯化形成的异二聚体。
用于合成Cys-Lys桥的方法：
以制备BI400-B三氟乙酸盐为例：
(H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Cys(2-oxo-ethyl)-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2)A(H-Gly-Lys-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2)B三氟乙酸盐(硫醚键位于Cys(2-氧代-乙基)9A与Lys2B之间)。
该二聚体由下述2个被保护的单体的反应产生：
单体A
H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Cys-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2(SEQ ID NO：121)
单体B
H-Gly-Lys(溴代乙酰基)-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Glu-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2；(SEQ ID NO：122)
或以制备400-Seq B三氟乙酸盐为例：
(H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Cys(2-oxo-ethyl)-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2)A(H-Gly-Lys-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2)B三氟乙酸盐(硫醚键位于Cys(2-氧代-乙基)9A与Lys2B之间)。
该二聚体由下述2个被保护的单体的反应产生：
单体A
H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Cys-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2(SEQ ID NO：121)
单体B
H-Gly-Lys(溴代乙酰基)-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2(SEQ ID NO：147)
这2个单体根据下述反应方案反应产生异二聚体；其中连接在链B上Lys2(硼代乙酰基)侧链和链A中Cys之间产生。
在中性pH和室温，在缓冲水溶液中的溴代乙酰基部分针对含有SH的部分(如半胱氨酸中的硫醇基团)的反应性很高。因此，如果在其他肽序列上存在半胱氨酸，SH将攻击溴代乙酰基，从而形成分子间硫醚键。当反应用含钠缓冲液(如NaHCO3)缓冲时，反应唯一的副产物是NaBr，其为一种无害的盐。
可以通过本领域技术人员已知的常规纯化方法从未反应的单体中纯化形成的异二聚体。
用于合成在两个肽序列之间的肟键(一种分子间键)的方法：
以制备400-Seq B*三氟乙酸盐为例：
(H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Dpr(COCHO)-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2)D(H-Gly-Lys(aminooxyacerylated)--Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2)C三氟乙酸盐(在Dpr(COCHO)-)9D与Lys(aminooxyacetylated)2C之间产生肟)
该二聚体由下述两个单体的反应产生：
单体C
H-Gly-Lys(aminooxyacerylated)-Gly-Gly-Ile-Glu-Glu-Glu-Gly-Gly-Arg-Asp-Arg-Asp-Arg-Gly-Gly-Gln-Asp-Arg-Asp-Arg-NH2(SEQ ID NO：148)
单体D
H-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gly-Gly-Dpr(Ser)-Gly-Gly-Ala-Lys-Arg-Arg-Val-Val-Gln-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-Gly-Glu-Arg-Glu-Lys-Arg-Ala-NH2.(SEQ ID NO：149)
这两个单体根据下述反应方案反应产生异二聚体；其中在链C上Lys2(aminooxyacetylated)侧链与链D中氧化的Dpr(Ser)之间产生连接。
在从Lys上去除Mtt基团后同时肽仍然连接在树脂上，通过向Lys上偶联氮氧基乙酸而合成aminooxyacetylated(AoA)单体。然后，将肽从固相支持物上切割下来，并通过常规纯化方法纯化。在从树脂上切割下来和纯化后，通过用高碘酸酸将丝氨酰二氨基丙酸残基(Dpr(Ser))氧化为醛官能团而产生单体D。将等摩尔量的单体A和B溶解在乙腈和乙酸盐缓冲液(pH4)中。在室温反应16小时后，通过本领域技术人员已知的常规纯化方法分离产物C-肟-D。
Dpr＝二氨基丙酸残基
Fmoc-Dpr(Boc-Ser(tBu))-OH Merck04-12-1186
用于合成具有PEG-接头的二聚体的方法：
多聚体肽，如二聚体肽，如异二聚体肽，可以通过但不限于下述流程合成：
向包含去封端的Asp或Glu残基的肽基树脂(单体1)添加在DMF中的HBTU，DIPEA和Trt-氨基PEG胺。允许该混合物偶联过夜。将树脂从溶液中过滤，并且通过标准流程洗涤。从Trt-PEG化的肽去除Trt基团。然后，使用HBTU和DIPEA将包含去封端的Asp或Glu残基的单体2偶联到暴露的氨基上。在切割后，用任意适当的技术纯化所需要的产物，以产生需要的多聚体肽。
在一些实施方案中，分离的多聚体肽包含分子内键，诸如以分子内Cys-Cys形式。应该理解，“分子内键”与“链内键”互换使用，是在同一肽链内的两个不同氨基酸之间的键，然而，这两个氨基酸不需要在肽序列上彼此邻近。因此，在一些实施方案中，本发明所述的分离的多聚体肽可以包含在一个或多个单体内的分子内键和在多聚体肽如二聚体肽的两条链之间的分子间键。这种分子内键可以以在同一肽序列内半胱氨酸残基形成的Cys-Cys键的形式存在。在一些实施方案中，单体包含来源于Lys残基或其他氨基酸残基，如Ser，Cys，Asp或Glu(其产生键，诸如硫醚键或肟键)或通过PEG接头到另一单体肽链上的氨基酸残基的分子内键。
用于合成具有PolyLys或MAPS的多聚体肽的方法：
PolyLys或MAPS(多抗原肽)-在最近20年来已经被广泛地用作载体蛋白来产生强免疫原性应答。MAP系统利用三个以上辐射性分支的赖氨酸核的肽基核形成骨架，对于该骨架，可以使用标准的固相化学平行构建目的表位序列。
MAP系统是可从数个公司如AnaSpec，Bio-synthesis Inc.和其他公司获得的商品。该产品，如在目录中所述，仅允许两个(相同的)肽序列连接到聚Lys核心上。然而，也可以通过对两个不同肽序列上的赖氨酸的α-和ε-氨基官能团使用不同的保护基而连接两个不同的肽序列。
MAP系统的使用已经在参考文献中有描述，包括：Wang，C.Y等人.″Long-term high-titer neutralizing activity induced by octameric syntheticHIV antigen(由八聚体合成的HIV抗原诱导的长期高滴度的中和活性)″Science(科学)254，285-288(1991).Posnett，D.等人.″A novel method forproducing anti-peptide antibodies(用于产生抗肽抗体的新型方法)″J.Biol.Chem.(生物化学杂志)263，1719-1725(1988)，和在Tam，J.P.″Syntheticpeptide vaccine design：synthesis and properties of a high-density multipleantigenic peptide system(合成的肽疫苗设计：高密度多抗原肽系统的合成和特征)″PNAS USA85，5409-5413(1988)中。
MAP系统还可以通过化学(硫醚、肟、腙)连接适当官能化的四价或八价聚赖氨酸构建体与肽抗原而制备。通过使用这种化学连接，被连接在一起的两个肽序列将不必是相同的，原因在于他们是分开合成的。
另外，基于MAP的系统的新应用是在固体支持物上合成“探针”，其在MAP的分支臂中包含聚(乙二醇)(PEG)链。
MAP系统的使用将增加多聚体复合物的尺寸，并且可以增加免疫原性应答。
用于使用PEG合成多聚体肽的方法：
用于PEG接头的适当的多臂活化的PEG可商购，例如，是具有下述结构的化合物：
Figure BDA00003468674100341
其中X可以特别是乙硫醇-CH2CH2SH(可以用于与与表位形成S-S键或硫醚连接)或丙胺-CH2CH2CH2NH2。这些处理优选允许连接两个相同的肽序列，并且可以视为聚-单体表位呈递构建体。然而，技术人员可以将二聚体锚定(两个表位连接在一起)在上述PEG上。
用于合成肽-聚-L-Lys(PLL)-聚乙二醇(PEG)构建体的方法：
肽-PLL-PEG构建体可以通过但不限于下述流程合成：
将Fmoc-聚-L-Lys-树脂(一种商品)用20％piperifine-DMF去保护。加入在CH2Cl2-NMP的混合溶剂中的Fmoc-NH-PEG4-COOH，然后加入HBTU和DIPEA，允许反应继续24小时。洗涤得到的聚乙二醇化的聚-L-Lys-树脂，并且重复聚乙二醇化步骤。通过Kaiser′s茚三酮检测监测反应直到获得阴性读数。在Fmoc基团去保护后，直接在分支的聚-L-Lys-聚乙二醇核心上通过逐步的固相步骤合成四个相同的肽链。允许所有用HBTU和DIPEA激活的残基偶联2小时。通过Kaiser′s茚三酮检测监测偶联，并且在需要时重复。在切割后，使用适当的技术纯化需要的产物，以给出需要的肽-构建体。
表1(下划线的氨基酸表示二聚体分子中接头的位置；大写字母C是指任选地参与与同一肽序列中另一个半胱氨酸残基的分子内键的半胱氨酸残基。高精氨酸缩写为Har，正亮氨酸缩写为Nle或备选地缩写为单字母“Z”，N-ε-甲基化Lys缩写为Lys(Me)，瓜氨酸缩写为单字母“B”，二氨基丙酸缩写为Dpr，丝氨酰二氨基丙酸缩写为Dpr(Ser)。Flu：是流感的缩写)
Figure BDA00003468674100351
Figure BDA00003468674100361
Figure BDA00003468674100371
Figure BDA00003468674100381
Figure BDA00003468674100391
Figure BDA00003468674100401
本发明的具体实施方案
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个氨基酸的线性序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5由一个或多个选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸或其衍生物的氨基酸组成。衍生物可以是任意指定的氨基酸的衍生物。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5由一个或多个选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸、鸟氨酸、二氨基丙酸(Dpr)或其衍生物的氨基酸组成。衍生物可以是任意指定的氨基酸的衍生物。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，不存在X5和/或X6部分。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X2和/或X4和/或X6具有与特定天然抗原多于55％的序列同一性，诸如多于60％，诸如多于65％，诸如多于70％，诸如多于75％，诸如多于80％，诸如多于85％，诸如多于90％，诸如多于95％，诸如多于96％，诸如多于97％，诸如多于98％，诸如多于99％，诸如100％的序列同一性。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述特定天然抗原是来源于下述的蛋白或肽序列：疾病抗原，诸如传染原，诸如细菌、病毒、寄生虫、真菌，或癌症抗原，诸如癌基因(肺癌、胃癌、乳腺癌)或引起自身免疫疾病的抗原，所述自身免疫疾病如糖尿病、多发性硬化(MS)、乳糜泻、肌痛性脑脊髓炎(ME)、银屑病和/或克罗恩病。
因此，相关抗原可能来源的证实的和怀疑的自身免疫病包括：胃酸缺乏自身免疫活性慢性肝炎(Achlorhydra Autoimmune Active ChronicHepatitis)，急性弥散性脑脊髓炎(Acute Disseminated Encephalomyelitis)，急性出血性白质脑炎(Acute hemorrhagic leukoencephalitis)，艾迪生病(Addison′s Disease)，丙球蛋白缺乏血症(Agammaglobulinemia)，簇状秃发(Alopecia areata)，肌萎缩性侧索硬化(Amyotrophic Lateral Sclerosis)，强直性脊柱炎(Ankylosing Spondylitis)，抗-GBM/TBM肾炎，抗磷脂综合征(Antiphospholipid syndrome)，抗合成酶综合征(Antisynthetasesyndrome)，关节炎(Arthritis)，特应性过敏(Atopic allergy)，特应性皮炎(Atopic Dermatitis)，自身免疫性再生障碍性贫血(AutoimmuneAplastic Anemia)，自身免疫性心肌病(Autoimmune cardiomyopathy)，自身免疫性溶血性贫血(Autoimmune hemolytic anemia)，自身免疫性肝炎(Autoimmune hepatitis)，自身免疫性内耳病(Autoimmune inner eardisease)，自身免疫性淋巴组织增生综合征(Autoimmunelymphoproliferative syndrome)，自身免疫性周围神经病(Autoimmuneperipheral neuropathy)，自身免疫性胰腺炎(Autoimmune pancreatitis)，自身免疫性I、II和III型多内分泌腺综合征(Autoimmune polyendocrinesyndrome Types I，II，&III)，自身免疫性孕酮皮炎(Autoimmuneprogesterone dermatitis)，自身免疫性血小板减少性紫癜(Autoimmunethrombocytopenic purpura)，自身免疫性葡萄膜炎(Autoimmune uveitis)，巴洛病(Balo disease)/巴洛同心圆性硬化(Balo concentric sclerosis)，Bechets综合征，贝格尔病(Berger′s disease)，比克斯塔夫脑炎(Bickerstaffs encephalitis)，Blau综合征，大疱性类天疱疮(BullousPemphigoid)，卡斯尔曼病(Castleman′s disease)，恰加斯病(Chagasdisease)，慢性疲劳性免疫机能障碍综合征(Chronic Fatigue ImmuneDysfunction Syndrome)，慢性炎性脱髓鞘多神经病(Chronic inflammatorydemyelinating polyneuropathy)，慢性复发性多病灶性脊髓炎(Chronicrecurrent multifocal ostomyelitis)，慢性莱姆病(Chronic lyme disease)，慢性阻塞性肺病(Chronic obstructive pulmonary disease)，丘-施综合征(Churg-Strauss syndrome)，瘢痕性类天疱疮(Cicatricial Pemphigoid)，腹腔病(Coeliac Disease)，科根综合征(Cogan syndrome)，冷凝集素病(Coldagglutinin disease)，补体成分2缺乏病(Complement component2deficiency)，颅动脉炎(Cranial arteritis)，CREST综合征，克罗恩病(CrohnsDisease)(两种类型的特发性炎性肠病“IBD”(idiopathic inflammatory boweldisease″IBD″)中的一种)，库欣综合征(Cushing′s Syndrome)，皮肤白细胞破碎性血管炎(Cutaneous leukocytoclastic angiitis)，德戈斯病(Dego′sdisease)，德尔肯氏病(Dercum′s disease)，疱疹样皮炎(Dermatitisherpetiformis)，皮肌炎(Dermatomyositis)，1型糖尿病(Diabetes mellitustype1)，弥散性皮肤系统硬化(Diffuse cutaneous systemic sclerosis)，心肌梗死后综合征(Dressler′s syndrome)，盘状红斑狼疮(Discoid lupuserythematosus)，湿疹(Eczema)，子宫内膜异位症(Endometriosis)，肌腱末端炎相关的关节炎(Enthesitis-related arthritis)，嗜酸细胞性筋膜炎(Eosinophilic fasciitis)，获得性大疱性表皮松懈症(Epidermolysis bullosaacquisita)，结节性红斑(Erythema nodosum)，基本混合性冷球蛋白血症(Essential mixed cryoglobulinemia)，埃文斯综合征(Evan′s syndrome)，进行性骨化性纤维发育不良(Fibrodysplasia ossificans progressiva)，纤维肌痛(Fibromyalgia)，纤维肌炎(Fibromyositis)，纤维性肺泡炎(Fibrosingaveolitis)，胃炎(Gastritis)，胃肠道类天疱疮(Gastrointestinal pemphigoid)，巨细胞性动脉炎(Giant cell arteritis)，肾小球肾炎(Glomerulonephritis)，肺出血肾炎综合征(Goodpasture′s syndrome)，格雷夫斯病(Graves′disease)，吉兰-巴雷综合征(Guillain-Barré syndrome(GBS))，桥本脑炎(Hashimoto′s encephalitis)，桥本甲状腺炎(Hashimoto′s thyroiditis)，溶血性贫血症(Haemolytic anaemia)，亨诺赫-舍恩莱茵紫癜(Henoch-Schonleinpurpura)，妊娠疱疹(Herpes gestationis)，化脓性汗腺炎(Hidradenitissuppurativa)，休斯综合征(Hughes syndrome)(参见抗磷脂综合征)，低丙球蛋白血症(Hypogammaglobulinemia)，特应性炎性脱髓鞘病(IdiopathicInflammatory Demyelinating Diseases)，特应性肺纤维化(Idiopathicpulmonary fibrosis)，特应性血小板减少性紫癜(Idiopathicthrombocytopenic purpura)(参见自身免疫性血小板减少性紫癜(Autoimmune thrombocytopenic purpura))，IgA肾炎(也是贝格尔病)，包涵体肌炎(Inclusion body myositis)，炎性脱髓鞘多神经病(Inflammatorydemyelinating polyneuopathy)，间质性膀胱炎(Interstitial cystitis)，肠易激综合征(Irritable Bowel Syndrome(IBS))，青少年特发性关节炎(Juvenileidiopathic arthritis)，青少年类风湿性关节炎(Juvenile rheumatoid arthritis)，川崎病(Kawasaki′s Disease)，兰伯特-伊顿综合征(Lambert-Eatonmyasthenic syndrome)，白细胞破碎脉管炎(Leukocytoclastic vasculitis)，扁平苔藓(Lichen planus)，硬化性苔藓(Lichen sclerosus)，线状IgA病(Linear IgA disease(LAD))，卢·盖里格病(Lou Gehrig′s Disease)(也为肌萎缩性侧索硬化)，类狼疮性肝炎(Lupoid hepatitis)，红斑狼疮(Lupuserythematosus)，Majeed综合征，梅尼埃病(Ménière′s disease)，显微镜下多血管炎(Microscopic polyangiitis)，米勒-费希尔综合征(Miller-Fishersyndrome)，混合性结缔组织病(Mixed Connective Tissue Disease)，硬斑病(Morphea)，急性苔藓样糠疹(Mucha-Habermann disease)，默-韦综合征(Muckle-Wells syndrome)，多发性骨髓瘤(Multiple Myeloma)，多发性硬化(Multiple Sclerosis)，重症肌无力(Myasthenia gravis)，肌炎(Myositis)，发作性睡病(Narcolepsy)，视神经脊髓炎(Neuromyelitisoptica)(也为德维克病(Devic′s Disease))，神经性肌强直(Neuromyotonia)，眼瘢痕性类天疱疮(Occular cicatricial pemphigoid)，斜视性肌阵挛(Opsoclonus myoclonus syndrome)，奥德甲状腺炎(Ord thyroiditis)，复发性风湿病(Palindromic rheumatism)，PANDAS(与链球菌相关的儿科自身免疫性神经精神障碍(Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric DisordersAssociated with Streptococcus))，副肿瘤性小脑变性(Paraneoplasticcerebellar degeneration)，阵发性夜间血红蛋白尿(Paroxysmal nocturnalhemoglobinuria(PNH))，面部偏瘫侧萎缩综合征(Parry Rombergsyndrome)，Parsonnage-Turner综合征(Parsonnage-Turner syndrome)，扁平部睫状体炎(Pars planitis)，天疱疮(Pemphigus)，寻常型天疱疮(Pemphigus vulgaris)，恶性贫血(Pernicious anaemia)，静脉周脑脊髓炎(Perivenous encephalomyelitis)，POEMS综合征，结节性多发性动脉炎(Polyarteritis nodosa)，风湿性多肌痛(Polymyalgia rheumatica)，多发性肌炎(Polymyositis)，原发性胆汁性肝硬变(Primary biliary cirrhosis)，原发性硬化性胆管炎(Primary sclerosing cholangitis)，进展性炎性神经病(Progressive inflammatory neuropathy)，银屑病(Psoriasis)，银屑性关节炎(Psoriatic Arthritis)，坏疽性脓皮病(Pyoderma gangrenosum)，单纯红细胞再生障碍(Pure red cell aplasia)，腊斯墨森脑炎(Rasmussen′sencephalitis)，雷诺现象(Raynaud phenomenon)，复发性多软骨炎(Relapsing polychondritis)，莱特尔综合征(Reiter′s syndrome)，下肢不宁综合征(Restless leg syndrome)，腹膜后纤维化(Retroperitoneal fibrosis)，类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis)，类风湿性发热(Rheumatoid fever)，结节病(Sarcoidosis)，精神分裂症(Schizophrenia)，施密特综合征(Schmidt syndrome)，Schnitzler综合征，巩膜炎(Scleritis)，硬皮病(Scleroderma)，舍格伦综合征(
Figure BDA00003468674100451
syndrome)，脊椎关节病(Spondyloarthropathy)，粘滞血综合征(Sticky blood syndrome)，斯蒂尔病(Still′s Disease)，僵人综合征(Stiff person syndrome)，亚急性细菌性心内膜炎(Subacute bacterial endocarditis(SBE))，Susac′s综合征，斯威特综合征(Sweet syndrome)，小舞蹈症(Sydenham Chorea)，交感性眼炎(Sympathetic ophthalmia)，高安动脉炎(Takayasu′s arteritis)，颞动脉炎(Temporal arteritis)(也称为″巨细胞动脉炎″)，托洛萨-亨特综合征(Tolosa-Hunt syndrome)，横贯性脊髓炎(Transverse Myelitis)，溃疡性结肠炎(溃疡性肠炎(Ulcerative Colitis))(两种类型的特发性炎性肠病“IBD”(idiopathic inflammatory bowel disease″IBD″)中的一种)，未分化结缔组织病(Undifferentiated connective tissue disease)，末分化脊柱关节病(Undifferentiated spondyloarthropathy)，血管炎(Vasculitis)，白癜风(Vitiligo)，韦格纳肉芽肿病(Wegener′s granulomatosis)，肝豆状核变性(Wilson′s syndrome)和威-奥综合征(Wiskott-Aldrich syndrome)。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述特定天然抗原是病毒蛋白，诸如结构蛋白，诸如衣壳蛋白，调节蛋白，酶蛋白和蛋白水解蛋白。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述病毒蛋白是选自下列各项的病毒的蛋白，诸如核心蛋白或包膜蛋白：丙型肝炎病毒；流感病毒，诸如M2蛋白；人免疫缺陷病毒(HIV)；巨细胞病毒(CMV)；和人乳头瘤病毒(HPV)。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述病毒蛋白是丙型肝炎病毒的病毒蛋白，其选自特定基因型，如基因型1，如亚型1a和1b，基因型2如2a和2b，基因型3如3a，基因型4，基因型5和基因型6的任意一种HCV共有序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3-X4-X5-X6定义的氨基酸序列不存在于所述天然抗原的天然序列中。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3-X4定义的氨基酸序列不存在于所述天然抗原的天然序列中。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3定义的氨基酸序列不存在于所述天然抗原的天然序列中。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽为18-60个氨基酸，如19-60个氨基酸，如20-60个氨基酸，如21-60个氨基酸，如22-60个氨基酸，如23-60个氨基酸，如24-60个氨基酸，如25-60个氨基酸，如26-60个氨基酸，如27-60个氨基酸，如28-60个氨基酸，如29-60个氨基酸，如30-60个氨基酸，如31-60个氨基酸，如32-60个氨基酸，如33-60个氨基酸，如34-60个氨基酸，如35-60个氨基酸，如36-60个氨基酸，如37-60个氨基酸，如38-60个氨基酸，如39-60个氨基酸，如40-60个氨基酸，如42-60个氨基酸，如44-60个氨基酸，如46-60个氨基酸，如48-60个氨基酸，如50-60个氨基酸，如52-60个氨基酸，如54-60个氨基酸，如56-60个氨基酸，如58-60个氨基酸。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽为18-60个氨基酸，如18-58个氨基酸，如18-56个氨基酸，如18-54个氨基酸，如18-52个氨基酸，如18-50个氨基酸，如18-48个氨基酸，如18-46个氨基酸，如18-44个氨基酸，如18-42个氨基酸，如18-40个氨基酸，如18-39个氨基酸，如18-38个氨基酸，如18-37个氨基酸，如18-36个氨基酸，如18-35个氨基酸，如18-34个氨基酸，如18-33个氨基酸，如18-32个氨基酸，如18-31个氨基酸，如18-30个氨基酸，如18-29个氨基酸，如18-28个氨基酸，如18-27个氨基酸，如18-26个氨基酸，如18-25个氨基酸，如18-24个氨基酸，如18-23个氨基酸，如18-22个氨基酸，如18-21个氨基酸，如18-20个氨基酸，如18-19个氨基酸。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽由不超过约55个氨基酸组成，如不超过约50个氨基酸，如不超过约45个氨基酸，如不超过约40个氨基酸，如不超过约38个氨基酸，如不超过约36个氨基酸，如不超过约34个氨基酸，如不超过约32个氨基酸，如不超过约30个氨基酸，如不超过约28个氨基酸，如不超过约26个氨基酸，如不超过约24个氨基酸，如不超过约22个氨基酸，如不超过约20个氨基酸，如不超过约18个氨基酸，如不超过约16个氨基酸，如不超过约14个氨基酸，如不超过约12个氨基酸，如不超过约10个氨基酸组成。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽由至少约10个氨基酸组成，如至少约12个氨基酸，如至少约14个氨基酸，如至少约16个氨基酸，如至少约18个氨基酸，如至少约20个氨基酸，如至少约22个氨基酸，如至少约24个氨基酸，如至少约26个氨基酸，如至少约28个氨基酸，如至少约30个氨基酸，如至少约32个氨基酸，如至少约34个氨基酸，如至少约36个氨基酸，如至少约38个氨基酸，如至少约40个氨基酸，如至少约45个氨基酸，如至少约50个氨基酸，如至少约55个氨基酸，如至少约60个氨基酸组成。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-12个氨基酸如5-10个氨基酸如5-8个氨基酸的线性序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、色氨酸和半胱氨酸及其衍生物的氨基酸的线性序列。在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3-X4-X5-X6的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸、鸟氨酸、二氨基丙酸(Dpr)及其衍生物的氨基酸的线性序列。在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3-X4-X5-X6的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、色氨酸和半胱氨酸及其衍生物的氨基酸的线性序列。在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，X1-X2-X3-X4-X5-X6的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任一种序列的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
应该理解，单体肽的部分，诸如选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任一种序列，如X3或X5，可以具有低于0的总净电荷，条件是单体肽的其他部分，如选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任一种其他序列具有高于0的总净电荷。
重要的是，单体肽的部分能够连接到细胞表面，诸如辅助细胞的细胞表面，这种结合通过在结合细胞膜的位置处的序列的正净电荷促进。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽能够诱导体液免疫应答。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X1和/或X3和/或X5选自K，Lys(Me)，RRG，G(Dpr(Ser))G，Dpr，Dpr(ser)，GG(Dpr(Ser))GG(SEQ ID NO：150)，GEG，CS，GDG，E，G(Lys(Me))G，D，RR，WWGC(SEQID NO：54)，RRG，RRZC(SEQ ID NO：55)，WWQC(SEQ ID NO：56)，WW，RR-Har，Har，WDWGC(SEQ ID NO：57)，CGG，CGGG(SEQ ID NO：58)，GCGG(SEQ ID NO：59)，G，GKG，GC，GG，C，R，GCG，CG，GRR，GGCGG(SEQ ID NO：60)，CGGKG(SEQ ID NO：61)，CGGKGG(SEQ ID NO：62)，GGKGG(SEQ ID NO：63)，KG，和GWK。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X2和/或X4和/或X6选自SLLTEVETP(SEQ ID NO：64)，SLZTDIETP(SEQ ID NO：65)，TDIET(SEQ ID NO：66)，CSLLT(SEQ ID NO：67)，SLLTEVQTPIRN(SEQ ID NO：68)，TPIRSEWGCRSN(SEQ ID NO：69)，IDTPIR(SEQ ID NO：70)，AKRRV(SEQ ID NO：71)，IEEEG(SEQ ID NO：72)，AKRRVV(SEQ ID NO：73)，DQQLL(SEQ ID NO：74)，AEEEVV(SEQ ID NO：75)，GIEEE(SEQ ID NO：76)，IEEEGGRDRDR(SEQ ID NO：77)，CAKRRVVC(SEQ ID NO：78)，IEEEGGERDRDR(SEQ ID NO：79)，IEEEGGQDRDR(SEQ ID NO：80)，IEEEGGEQDRDR(SEQID NO：81)，EEEIGGRDRD(SEQ ID NO：82)，RLEPWKH(SEQ ID NO：83)，FHSQV(SEQ IDNO：84)，FITKGLGISY(SEQ ID NO：85)，LLADARVCS(SEQ ID NO：86)，GV(Nle)AGIAYFS(SEQID NO：87)，VETPIR(SEQ ID NO：88)，VETPIRN(SEQ ID NO：89)，SNDSS(SEQ ID NO：90)，TPIBQDWG(SEQ ID NO：91)，AKRRVVQREKRA(SEQ ID NO：92)，IEEEGGERDR(SEQ ID NO：93)，AEEEIV(SEQ ID NO：94)，RDRDR(SEQ ID NO：95)，ERDRDR(SEQ ID NO：96)，AKRRVVEREKRA(SEQ ID NO：97)，QDRDR(SEQ ID NO：98)，EQDRDR(SEQ ID NO：99)，RDRDQ(SEQ ID NO：100)，GSQPKTA(SEQ ID NO：101)，FITKGLGISYGRK(SEQ ID NO：102)，LLADARVSA(SEQ ID NO：103)，GVLAGIAYYS(SEQ ID NO：104)，TPIRNEWG(SEQ ID NO：105)，SEWGSRSN(SEQ ID NO：106)，SLZTDIETPG(SEQ ID NO：107)，QREKRAV(SEQ ID NO：108)，QREKR(SEQ ID NO：109)，IEEEGG(SEQ ID NO：110)，EREKRA(SEQ ID NO：111)，QREKRA(SEQ ID NO：112)，ERDRD(SEQ ID NO：113)，HPGSQ(SEQ ID NO：114)，TPIXQEW(SEQ ID NO：151)，EQDRDRGG(SEQ ID NO：152)，GNWAKVL(SEQ ID NO：153)，LLADARV(SEQ ID NO：154)，NWAKVI(SEQ ID NO：155)，和SGADRV(SEQ ID NO：156)。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽包含至少一个，如一个、两个、三个、四个或五个选自Cys、Lys、Ser、Asp和Glu残基的氨基酸或其衍生物。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽包含至少一个半胱氨酸，诸如一个、两个、三个、四个或五个半胱氨酸。
一些半胱氨酸可以参与分子内Cys-Cys键，而另一些可能参与与另一个肽单体的结合，即，分子间键。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X1和/或X3和/或X5如表1中定义。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X2和/或X4和/或X6如表1中定义。
在一些实施方案中，具有结构X1-X2-X3-X4-X5-X6的肽如表1中定义。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽中，是二聚体肽。
在一些实施方案中，所述包含两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个具有结构X1-X2-X3-X4-X5-X6的单体肽的多聚体肽如二聚体肽如表1中定义。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X2和/或X4和/或X6定义4-17个，如5-16个，如5-15个，如5-14个，如5-13个，如5-12个，如5-10个氨基酸的序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X2和/或X4和/或X6定义多于5个，如多于6个，如多于7个，如多于8个，如多于9个，如多于10个，如多于11个，如多于12个，如多于13个，如多于14个，如多于15个，如多于16个氨基酸的序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X2和/或X4和/或X6定义少于17个，如少于16个，如少于15个，如少于14个，如少于13个，如少于12个，如少于11个，如少于10个，如少于9个，如少于8个，如少于7个，如少于6个氨基酸的序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，序列X1和/或X3和/或X5定义包含一个或多个选自甘氨酸(G)、精氨酸(R)、正亮氨酸(Nle)、天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、赖氨酸(K)、色氨酸(W)、半胱氨酸(C)、鸟氨酸、二氨基丙酸(Dpr)及其衍生物的氨基酸的序列。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽包含一个或多个分子内键，诸如一个或多个Cys-Cys键。
在一些实施方案中，在本发明所述的肽中，所述单体肽具有延迟的N端蛋白水解降解，诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，所述两个或更多的单体肽序列相同。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，所述两个或更多的单体肽序列不同。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，所述多聚体肽如二聚体肽的一个、两个或更多的肽链具有延迟的N端蛋白水解降解，诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，接头位于选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任意序列内，诸如在第一单体肽的X1，X2或X3中至在至少一个第二单体肽的任意位置，诸如在X1，X2或X3的序列内。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，接头位于选自第一单体肽的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60位的氨基酸位置到选自至少一个第二单体肽的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60位的位置。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，接头位于第一单体肽的X1，X2或X3中至至少一个第二单体肽的任意位置，诸如在序列X1，X2或X3内。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，所述多聚体肽如二聚体肽包含至少12个氨基酸的辅助表位，诸如至少13，14，15或17个氨基酸的辅助表位，所述辅助表位由组合的氨基酸序列组成，其为来自第一单体肽的氨基酸序列和来自至少一个第二单体肽的氨基酸序列，诸如在来自第一单体肽的2-12个氨基酸与来自所述至少一个第二单体肽的2-12氨基酸之间的组合。
应该理解，表位可以不仅仅存在于单体肽序列内。表位还可以存在于多聚体肽如二聚体肽序列中的第一和至少一个第二单体肽的氨基酸组合中，其中该氨基酸组合形成跨越第一单体肽序列到至少一个第二单体肽序列的序列。该表位可以是连续的氨基酸序列或其可以是具有在两个单体肽中存在的氨基酸的三维表位。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是两个Cys残基之间的二硫键(S-S)。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是N-ε-甲基化Lys侧链与Asp或Glu残基的侧链之间的甲基化肽键。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是第一单体肽的Cys残基与至少一个第二单体肽的修饰的Lys残基之间的硫醚键。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是肟键。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是第一单体肽的衍生的Lys残基与至少一个第二单体肽的衍生的Ser残基之间的肟键。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，分子间键是在第一单体肽的衍生的赖氨酸、鸟氨酸或二氨基丙酸残基与在至少一个第二单体肽中衍生的丝氨酸部分(如丝氨酸残基，如丝氨酰二氨基丙酸残基，如丝氨酰赖氨酸残基或如丝氨酰鸟氨酸残基)之间的肟键。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，所述单体肽通过聚乙二醇(PEG)接头连接，诸如通过第一单体肽中的Asp或Glu残基和在至少一个第二单体肽中的Asp或Glu残基连接。
在一些实施方案中，在本发明所述的多聚体肽如二聚体肽中，任意一个单体肽独立性如本文中定义。
在一些实施方案中，本发明所述的肽基本上是非细胞穿透肽。在其他实施方案中，本发明所述的肽是细胞穿透肽。在一些实施方案中，本发明所述的肽能够附着到抗原呈递细胞的细胞膜上。
应该理解，当提及肽附着到或进入细胞(诸如抗原呈递细胞)的能力时，其可以指肽的完整序列及其片段，诸如表示表位的片段。因此，其可以是完整序列基本上是非细胞穿透肽的情形，而肽的片段能够有效地进入细胞，诸如抗原呈递细胞。
在一些实施方案中，本发明所述的肽不是国际专利申请号PCT/DK2011/050460中具体公开的肽或二聚体肽。
在一些实施方案中，本发明所述的肽不是国际专利申请号PCT/EP2010/059513中公开的肽或二聚体肽，诸如选自下述的一种：
CGGAKRRVVGGAKRRVVGQREKRAV(SEQ ID NO：115)
CGGGDQQLLGGAEEEIVGGIEEEGGERDRDR(SEQ ID NO：116)
CGGAKRRVVGGAKRRVVGGQREKR(SEQ ID NO：117)
CGGGDQQLLGGAEEEIVGGIEEEGG(SEQ ID NO：118)
CGGAEEEVVGGDQQLL(SEQ ID NO：119)
GCGGAKRRVVGGAKRRVV(SEQ ID NO：120)
GAKRRVVGGCGGAKRRVVQREKRAGEREKRA(SEQ ID NO：121)
GKGGIEEEGGRDRDRGGEQDRDR(SEQ ID NO：122)
GAKRRVVGGCGGAKRRVVQREKRAGEREKRA(SEQ ID NO：123)
GKGGIEEEGGERDRDRGGQDRDR(SEQ ID NO：124)
GAKRRVVGGCGGAKRRVVEREKRAGQREKRA(SEQ ID NO：125)
GKGGIEEEGGQDRDRGGRDRDR(SEQ ID NO：126)
GAKRRVVGGCGGAKRRVVEREKRAGQREKRA(SEQ ID NO：127)
GKGGIEEEGGEQDRDRGGERDRD(SEQ ID NO：128)
在一些实施方案中，本发明所述的肽不是选自下述的二聚体肽(所述肽通过下划线氨基酸连接)：
Figure BDA00003468674100541
本发明所述的编号的实施方案：
1.一种由不超过60个氨基酸组成的分离的单体肽，其具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5各自独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有超过50％的序列同一性。
2.根据实施方案1所述的分离的单体肽，其中X2和/或X4和/或X6具有与特定天然抗原多于55％的序列同一性，诸如多于60％，诸如多于65％，诸如多于70％，诸如多于75％，诸如多于80％，诸如多于85％，诸如多于90％，诸如多于95％，诸如多于96％，诸如多于97％，诸如多于98％，诸如多于99％，诸如100％的序列同一性。
3.根据实施方案1或2所述的分离的单体肽，其中所述特定天然抗原是来源于下述的蛋白或肽序列：疾病抗原，诸如传染原，诸如细菌、病毒、寄生虫、真菌，或癌症抗原，诸如癌基因(肺癌、胃癌、乳腺癌)或引起自身免疫疾病的抗原，所述自身免疫疾病如糖尿病、多发性硬化(MS)、乳糜泻、肌痛性脑脊髓炎(ME)、银屑病和/或克罗恩病。
4.根据实施方案1-3中任一项所述的分离的单体肽，其中所述特定天然抗原是病毒蛋白，诸如结构蛋白，诸如衣壳蛋白，调节蛋白，酶蛋白和蛋白水解蛋白。
5.根据实施方案1-4中任一项所述的分离的单体肽，其中所述病毒蛋白是选自下列各项的病毒的蛋白，诸如核心蛋白或包膜蛋白：丙型肝炎病毒；流感病毒，诸如M2蛋白；人免疫缺陷病毒(HIV)；巨细胞病毒(CMV)；和人乳头瘤病毒(HPV)。
6.根据实施方案5所述的分离的单体肽，其中所述病毒蛋白是丙型肝炎病毒的病毒蛋白，其选自特定基因型，如基因型1，如亚型1a和1b，基因型2如2a和2b，基因型3如3a，基因型4，基因型5和基因型6的任意一种HCV共有序列。
7.根据实施方案1-3中任一项所述的分离的单体肽，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6定义的氨基酸序列不存在于所述天然抗原的天然序列中。
8.根据实施方案1-7中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽为18-60个氨基酸的肽，如19-60个氨基酸，如20-60个氨基酸，如21-60个氨基酸，如22-60个氨基酸，如23-60个氨基酸，如24-60个氨基酸，如25-60个氨基酸，如26-60个氨基酸，如27-60个氨基酸，如28-60个氨基酸，如29-60个氨基酸，如30-60个氨基酸，如31-60个氨基酸，如32-60个氨基酸，如33-60个氨基酸，如34-60个氨基酸，如35-60个氨基酸，如36-60个氨基酸，如37-60个氨基酸，如38-60个氨基酸，如39-60个氨基酸，如40-60个氨基酸，如42-60个氨基酸，如44-60个氨基酸，如46-60个氨基酸，如48-60个氨基酸，如50-60个氨基酸，如52-60个氨基酸，如54-60个氨基酸，如56-60个氨基酸，如58-60个氨基酸。
9.根据实施方案1-8中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽为18-60个氨基酸的肽，如18-58个氨基酸，如18-56个氨基酸，如18-54个氨基酸，如18-52个氨基酸，如18-50个氨基酸，如18-48个氨基酸，如18-46个氨基酸，如18-44个氨基酸，如18-42个氨基酸，如18-40个氨基酸，如18-39个氨基酸，如18-38个氨基酸，如18-37个氨基酸，如18-36个氨基酸，如18-35个氨基酸，如18-34个氨基酸，如18-33个氨基酸，如18-32个氨基酸，如18-31个氨基酸，如18-30个氨基酸，如18-29个氨基酸，如18-28个氨基酸，如18-27个氨基酸，如18-26个氨基酸，如18-25个氨基酸，如18-24个氨基酸，如18-23个氨基酸，如18-22个氨基酸，如18-21个氨基酸，如18-20个氨基酸，如18-19个氨基酸。
10.根据实施方案1-9中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽由不超过约55个氨基酸组成，如由不超过约50个氨基酸，如不超过约45个氨基酸，如不超过约40个氨基酸，如不超过约38个氨基酸，如不超过约36个氨基酸，如不超过约34个氨基酸，如不超过约32个氨基酸，如不超过约30个氨基酸，如不超过约28个氨基酸，如不超过约26个氨基酸，如不超过约24个氨基酸，如不超过约22个氨基酸，如不超过约20个氨基酸，如不超过约18个氨基酸，如不超过约16个氨基酸，如不超过约14个氨基酸，如不超过约12个氨基酸，如不超过约10个氨基酸组成。
11.根据实施方案1-10中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽由至少约10个氨基酸组成，如由至少约12个氨基酸，如至少约14个氨基酸，如至少约16个氨基酸，如至少约18个氨基酸，如至少约20个氨基酸，如至少约22个氨基酸，如至少约24个氨基酸，如至少约26个氨基酸，如至少约28个氨基酸，如至少约30个氨基酸，如至少约32个氨基酸，如至少约34个氨基酸，如至少约36个氨基酸，如至少约38个氨基酸，如至少约40个氨基酸，如至少约45个氨基酸，如至少约50个氨基酸，如至少约55个氨基酸，如至少约60个氨基酸组成。
12.根据实施方案1-11中任一项所述的分离的单体肽，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
13.根据实施方案1-12中任一项所述的分离的单体肽，其中所述单体肽能够诱导体液免疫应答。
14.根据实施方案1-13中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X1和/或X3和/或X5选自RR，WWGC(SEQ ID NO：54)，RRG，RRZC(SEQ ID NO：55)，WWQC(SEQ ID NO：56)，WW，RR-Har，Har，WDWGC(SEQ ID NO：57)，CGG，CGGG(SEQ ID NO：58)，GCGG(SEQ ID NO：59)，G，GKG，GC，GG，C，R，GCG，CG，GRR，GGCGG(SEQ ID NO：60)，CGGKG(SEQ ID NO：61)，CGGKGG(SEQ ID NO：62)，GGKGG(SEQ ID NO：63)，KG，和GWK。
15.根据实施方案1-14中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6选自SLLTEVETP(SEQ ID NO：64)，SLZTDIETP(SEQ ID NO：65)，TDIET(SEQ ID NO：66)，CSLLT(SEQID NO：67)，SLLTEVQTPIRN(SEQ ID NO：68)，TPIRSEWGCRSN(SEQ ID NO：69)，IDTPIR(SEQ ID NO：70)，AKRRV(SEQ ID NO：71)，IEEEG(SEQ ID NO：72)，AKRRVV(SEQ ID NO：73)，DQQLL(SEQ ID NO：74)，AEEEVV(SEQ ID NO：75)，GIEEE(SEQ ID NO：76)，IEEEGGRDRDR(SEQ IDNO：77)，CAKRRVVC(SEQ ID NO：78)，IEEEGGERDRDR(SEQ ID NO：79)，IEEEGGQDRDR(SEQ ID NO：80)，IEEEGGEQDRDR(SEQ ID NO：81)，EEEIGGRDRD(SEQ ID NO：82)，RLEPWKH(SEQ ID NO：83)，FHSQV(SEQ ID NO：84)，FITKGLGISY(SEQ ID NO：85)，LLADARVCS(SEQ ID NO：86)，GV(Nle)AGIAYFS(SEQ ID NO：87)，VETPIR(SEQ ID NO：88)，VETPIRN(SEQ ID NO：89)，SNDSS(SEQ ID NO：90)，TPIBQDWG(SEQ ID NO：91)，AKRRVVQREKRA(SEQ ID NO：92)，IEEEGGERDR(SEQ ID NO：93)，AEEEIV(SEQ ID NO：94)，RDRDR(SEQ ID NO：95)，ERDRDR(SEQ ID NO：96)，AKRRVVEREKRA(SEQ ID NO：97)，QDRDR(SEQ ID NO：98)，EQDRDR(SEQ ID NO：99)，RDRDQ(SEQ ID NO：100)，GSQPKTA(SEQ ID NO：101)，FITKGLGISYGRK(SEQ ID NO：102)，LLADARVSA(SEQ ID NO：103)，GVLAGIAYYS(SEQ ID NO：104)，TPIRNEWG(SEQ ID NO：105)，SEWGSRSN(SEQ ID NO：106)，SLZTDIETPG(SEQ ID NO：107)，QREKRAV(SEQ ID NO：108)，QREKR(SEQ ID NO：109)，IEEEGG(SEQ ID NO：110)，EREKRA(SEQ ID NO：111)，QREKRA(SEQ ID NO：112)，ERDRD(SEQ ID NO：113)，和HPGSQ(SEQ ID NO：114)。
16.根据实施方案1-15中任一项所述的分离的单体肽，其中所述单体肽包含至少一个选自Cys、Lys、Ser、Asp和Glu残基氨基酸或其衍生物的。
17.根据实施方案1-16中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X1和/或X3和/或X5如表1中定义。
18.根据实施方案1-17中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6如表1中定义。
19.根据实施方案1-18中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6定义4-17个、如5-16个、如5-15个、如5-14个、如5-13个、如5-12个、如5-10个氨基酸的序列。
20.根据实施方案1-19中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽包含一个或多个分子内键，诸如一个或多个Cys-Cys键。
21.根据实施方案1-20中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸具有延迟的N端蛋白水解降解。
22.一种包含两个以上单体肽的分离的多聚体肽，诸如二聚体肽，每个单体肽独立地由不超过60个氨基酸组成，其具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5独立地定义任意1，2，3，4或5个独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸或其衍生物的氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有超过50％的序列同一性，所述单体肽通过一个或多个分子间键共价连接。
23.根据实施方案22所述的分离的二聚体肽，其中两个以上的单体肽序列相同。
24.根据实施方案22所述的分离的二聚体肽，其中两个以上的单体肽序列不同。
25.根据实施方案22-24中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述多聚体肽如二聚体肽的一个或多个肽链诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸具有延迟的N端蛋白水解降解。
26.根据实施方案22-25中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中接头位于选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任意序列内，诸如在第一单体肽的X1，X2或X3中至在至少一个第二单体肽的任意位置，诸如在X1，X2或X3的序列内。
27.根据实施方案22-26中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，所述多聚体肽如二聚体肽包含至少12个氨基酸的辅助表位，诸如至少13，14，15或17个氨基酸的辅助表位，所述辅助表位由组合的氨基酸序列组成，其为来自第一单体肽的氨基酸序列和来自至少一个第二单体肽的氨基酸序列，诸如在来自第一单体肽的2-12个氨基酸与来自所述至少一个第二单体肽的2-12氨基酸之间的组合。
28.根据实施方案22-27中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键选自在两个Cys残基之间的二硫键(S-S)。
29.根据实施方案22-28中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是在第一单体肽的Cys残基与至少一个第二单体肽的修饰的Lys残基之间的硫醚键。
30.根据实施方案22-29中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是在第一单体肽的衍生的Lys残基与至少一个第二单体肽的衍生的Ser残基之间的肟键。
31.根据实施方案22-30中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是在第一单体肽的N-ε-甲基化Lys残基与至少一个第二单体肽的Asp或Glu残基的侧链之间的甲基化的肽键。
32.根据实施方案22-31中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述单体肽诸如经由第一单体肽中的Asp或Glu残基和在至少一个第二单体肽中的Asp或Glu残基通过聚乙二醇(PEG)接头连接，或通过聚Lys核心连接。
33.根据实施方案22-31中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中任意一个所述单体肽独立地如在实施方案1-21中任一项中定义。
34.组合物，所述组合物包含两种以上选自实施方案1-21中任一项定义的单体肽、和实施方案22-33中任一项定义的分离的多聚体肽诸如二聚体肽的化合物。
35.选自实施方案1-21中任一项定义的单体肽、和实施方案22-33中任一项定义的分离的多聚体肽诸如二聚体肽的肽用于在受试者中诱导体液免疫应答的用途。
36.编码实施方案1-33中任一项所述的肽的分离的核酸或多核苷酸。
37.包含实施方案36所述的核酸或多核苷酸的载体。
38.包含实施方案37所述的载体的宿主细胞。
39.一种免疫原性组合物，所述组合物包含与药用稀释剂或赋形剂和可选免疫学佐剂组合的：至少一种实施方案1-21中任一项所述的单体肽，实施方案22-33中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，实施方案34所述的肽组合物，实施方案36所述的核酸或多核苷酸，或实施方案37所述的载体。
40.根据实施方案39所述的免疫原性组合物，所述组合物为疫苗组合物的形式。
41.一种用于在受试者中诱导针对抗原的免疫应答的方法，所述方法包括施用至少一种实施方案1-21中任一项所述的单体肽，实施方案22-33中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，实施方案34所述的肽组合物，实施方案36所述的核酸或多核苷酸，或实施方案37所述的载体；或实施方案39-40中任一项所述的组合物。
42.一种用于减轻和/或延缓疾病抗原如传染原在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用的方法，所述方法包括施用有效量的至少一种实施方案1-21中任一项所述的单体肽，实施方案22-33中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，实施方案34所述的肽组合物，实施方案36所述的核酸或多核苷酸，或实施方案37所述的载体；或实施方案39-40中任一项所述的组合物。
43.根据实施方案1-33中任一项所述的肽，所述肽用作药物。
44.根据实施方案1-33中任一项所述的肽，所述肽用于治疗疾病抗原如传染原在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用。
45.根据实施方案1-33中任一项所述的肽，所述肽用于体外测定，诸如ELISA测定，诸如用于诊断目的。
46.实施方案1-33中任一项所述的肽用于体外测定，诸如ELISA测定，诸如用于诊断目的的用途。
序列表(粗体氨基酸表示可以用作本发明式I中定义的任意X2和/或X4和/或X6的适当的抗原序列)
SEQ ID NO：1：Flu M2
＞gi|21693176|gb|AAM75162|/人/M2/H1N1/Puerto Rico/1934///基质蛋白M2[甲型流感病毒(A/Puerto Rico/8/34/Mount Sinai(H1N1))]
Figure BDA00003468674100611
NGSSDPLAIAANIIGILHLTLWILDRLFFKCIYRRFKYGLKGGPSTEGVPKSMREEYRKEQQSAVDADDGHFVSIELE
SEQ ID NO：2：＞gi|1906383|gb|AAB50256.1|tat蛋白[人免疫缺陷病毒1]
MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTNCYCKKCCFHCQVCFITKALGISYGRKKRRQRRRAHQNSQTHQASLSKQPTSQPRGDPTGPKE
SEQ ID NO：3：＞B.FR.1983.HXB2-LAI-IIIB-BRU(gp120)
MRVKEKYQHLWRWGWRWGTMLLGMLMICSATEKLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLVNVTENFNMWKNDMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVSLKCTDLKNDTNTNSSSGRMIMEKGEIKNCSFNISTSIRGKVQKEYAFFYKLDIIPIDNDTTSYKLTSCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVST
Figure BDA00003468674100612
SVNFTDNAKTIIVQLNTSVEINCTRPNNNTRKRIRIQRGPGRAFVTIGKIGNMRQAHCNISRAKWNNTLKQIASKLREQFGNNKTIIFKQSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNSTWSTEGSNNTEGSDTITLPCRIKQIINMWQKVGKAMYAPPISGQIRCSSNITGLLLTRDGGNSNNESEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGV
Figure BDA00003468674100613
SEQ ID NO：4：HIV gp41
＞B.FR.1983.HXB2-LAI-IIIB-BRU(ACC No.K03455)
AVGIGALFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARQLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTAVPWNASWSNKSLEQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELDKWASLWNWFNITNWLWYIKLFIMIVGGLVGLRIVFAVLSIVNRVRQGYSPLSFQTHLPTPRGP
Figure BDA00003468674100614
SIRLVNGSLALIWDDLRSLCLFSYHRLRDLLLIVTRIVELLGRRGWEALKYWWNLLQYWSQELKNSAVSLLNATAIAVAEGTDRVIEVVQGACRAIRHIPRRIRQGLERILL
SEQ ID NO：5：＞1b._._.AB016785._(HCV-E1)
YEVRNVSGVYHVTNDCSNSSIVYGAADMIMHTPGCVPCVRENNSSRCWVALTPTLAARNRSIPTTTIRRHVDLLVGAAAFCSAMYVGDLCGSVFLVSQLFTFSPRRYETVQDCNCSLYPGHVSGHRMAWDMMMNWSPTAALVVSQLLRIPQAVVDMVTGAHW
Figure BDA00003468674100616
MVGNWAKVLIVMLLFAGVDG
SEQ ID No：6：＞1b._._.AB016785.AB016785
TTHVTGGQTGRTTLGITAMFAFGPHQKLQLINTNGSWHINRTALNCNDSLNTGFLAALFYARKFNSSGCPERMASCRPIDKFVQGWGPITHAVPDNLDQRPYCWHYAPQPCGIIPASQVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRFGAPTYTWGENETDVLLLNNTRPPQGNWFGCTWMNGTGFAKTCGGPPCNIGGVGNNTLTCPTDCFRKHPEATYTKCGSGPWLTPRCMVDYPYRLWHYPCTVNFTIFKVRMYVGGVEHRLTAACNWTRGERCDLEDRDRSELSPLLLSTTEWQVLPCSFTTLPALSTGLIHLHQNIVDVQYLYGVGSAVVSIVIKWEYILLLFL
Figure BDA00003468674100617
CLWMMLLIAQAEA
SEQ ID NO：7：登记号AF009606；丙型肝炎病毒亚型1a多蛋白基因，完整cds.
MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGGGQIVGGVYLLPRRGPRLGVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARRPEGRTWAQPGYPWPLYGNEGCGWAGWLLSPRGSRPSWGPTDPRRRSRNLGKVIDTLTCGFADLM
Figure BDA00003468674100621
GA
Figure BDA00003468674100622
EDGVNYATGNLPGCSFSIFLLALLSCLTVPASAYQVRNSSGLYHVTNDCPNSSIVYEAADAILHTPGCVPCVREGNASRCWVAVTPTVATRDGKLPTTQLRRHIDLLVGSATLCSALYVGDLCGSVFLVGQLFTFSPRRHWTTQDCNCSIYPGHITGHRMAWDMMMNWSPTAALVVAQLLRIPQAIMDMIAGAHWGVLAGIAYFSMVGNWAKVLVVLLLFAGVDAETHVTGGSAGRTTAGLVGLLTPGAKQNIQLINTNGSWHINSTALNCNESLNTGWLAGLFYQHKFNSSGCPERLASCRRLTDFAQGWGPISYANGSGLDERPYCWHYPPRPCGIVPAKSVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRSGAPTYSWGANDTDVFVLNNTRPPLGNWFGCTWMNSTGFTKVCGAPPCVIGGVGNNTLLCPTDCFRKHPEATYSRCGSGPWITPRCMVDYPYRLWHYPCTINYTIFKVRMYVGGVEHRLEAACNWTRGERCDLEDRDRSELSPLLLSTTQWQVLPCSFTTLPALSTGLIHLHQNIVDVQYLYGVGSSIASWAIKWEYVVLLFLLLADARVCSCLWMMLLISQAEAALENLVILNAASLAGTHGLVSFLVFFCFAWYLKGRWVPGAVYAFYGMWPLLLLLLALPQRAYALDTEVAASCGGVVLVGLMALTLSPYYKRYISWCMWWLQYFLTRVEAQLHVWVPPLNVRGGRDAVILLMCVVHPTLVFDITKLLLAIFGPLWILQASLLKVPYFVRVQGLLRICALARKIAGGHYVQMAIIKLGALTGTYVYNHLTPLRDWAHNGLRDLAVAVEPVVFSRMETKLITWGADTAACGDIINGLPVSARRGQEILLGPADGMVSKGWRLLAPITAYAQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQIVSTATQTFLATCINGVCWTVYHGAGTRTIASPKGPVIQMYTNVDQDLVGWPAPQGSRSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPAGHAVGLFRAAVCTRGVAKAVDFIPVENLETTMRSPVFTDNSSPPAVPQSFQVAHLHAPTGSGKSTKVPAAYAAQGYKVLVLNPSVAATLGFGAYMSKAHGVDPNIRTGVRTITTGSPITYSTYGKFLADGGCSGGAYDIIICDECHSTDATSILGIGTVLDQAETAGARLVVLATATPPGSVTVSHPNIEEVALSTTGEIPFYGKAIPLEVIKGGRHLIFCHSKKKCDELAAKLVALGINAVAYYRGLDVSVIPTSGDVVVVSTDALMTGFTGDFDSVIDCNTCVTQTVDFSLDPTFTIETTTLPQDAVSRTQRRGRTGRGKPGIYRFVAPGERPSGMFDSSVLCECYDAGCAWYELTPAETTVRLRAYMNTPGLPVCQDHLEFWEGVFTGLTHIDAHFLSQTKQSGENFPYLVAYQATVCARAQAPPPSWDQMWKCLIRLKPTLHGPTPLLYRLGAVQNEVTLTHPITKYIMTCMSADLEVVTSTWVLVGGVLAALAAYCLSTGCVVIVGRIVLSGKPAIIPDREVLYQEFDEMEECSQHLPYIEQGMMLAEQFKQKALGLLQTASRQAEVITPAVQTNWQKLEVFWAKHMWNFISGIQYLAGLSTLPGNPAIASLMAFTAAVTSPLTTGQTLLFNILGGWVAAQLAAPGAATAFVGAGLAGAAIGSVGLGKVLVDILAGYGAGVAGALVAFKIMSGEVPSTEDLVNLLPAILSPGALVVGVVCAAILRRHVGPGEGAVQWMNRLIAFASRGNHVSPTHYVPESDAAARVTAILSSLTVTQLLRRLHQWISSECTTPCSGSWLRDIWDWICEVLSDFKTWLKAKLMPQLPGIPFVSCQRGYRGVWRGDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMRIVGPRTCRNMWSGTFPINAYTTGPCTPLPAPNYKFALWRVSAEEYVEIRRVGDFHYVSGMTTDNLKCPCQIPSPEFFTELDGVRLHRFAPPCKPLLREEVSFRVGLHEYPVGSQLPCEPEPDVAVLTSMLTDPSHITAEAAGRRLARGSPPSMASSSASQLSAPSLKATCTANHDSPDAELIEANLLWRQEMGGNITRVESENKVVILDSFDPLVAEEDEREVSVPAEILRKSRRFARALPVWARPDYNPPLVETWKKPDYEPPVVHGCPLPPPRSPPVPPPRKKRTVVLTESTLSTALAELATKSFGSSSTSGITGDNTTTSSEPAPSGCPPDSDVESYSSMPPLEGEPGDPDLSDGSWSTVSSGADTEDVVCCSMSYSWTGALVTPCAAEEQKLPINALSNSLLRHHNLVYSTTSRSACQRQKKVTFDRLQVLDSHYQDVLKEVKAAASKVKANLLSVEEACSLTPPHSAKSKFGYGAKDVRCHARKAVAHINSVWKDLLEDSVTPIDTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRVCEKMALYDVVSKLPLAVMGSSYGFQYSPGQRVEFLVQAWKSKKTPMGFSYDTRCFDSTVTESDIRTEEAIYQCCDLDPQARVAIKSLTERLYVGGPLTNSRGENCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYIKARAACRAAGLQDCTMLVCGDDLVVICESAGVQEDAASLRAFTEAMTRYSAPPGDPPQPEYDLELITSCSSNVSVAHDGAGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETARHTPVNSWLGNIIMFAPTLWARMILMTHFFSVLIARDQLEQALNCEIYGACYSIEPLDLPPIIQRLHGLSAFSLHSYSPGEINRVAACLRKLGVPPLRAWRHRARSVRARLLSRGGRAAICGKYLFNWAVRTKLKLTPIAAAGRLDLSGWFTAGYSGGDIYHSVSHARPRWFWFCLLLLAAGVGIYLLPNR
SEQ ID NO：8：HCV核心蛋白，H77，登录号AF009606
Genbank号：2316097
＞gi|2316098|gb|AAB66324.1|多蛋白[丙型肝炎病毒亚型1a]
MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDVKFPGGGQIVGGVYLLPRRGPRLGVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARRPEGRTWAQPGYPWPLYGNEGCGWAGWLLSPRGSRPSWGPTDPRRRSRNLGKVIDTLTCGFADLMGYIPLVGAPLGGAARALAHGVRVLEDGVNYATGNLPGCSFSIFLLALLSCLTVPASA
SEQ ID NO：9：
丙型肝炎病毒mRNA，完整cds；登录号M96362M72423；丙型肝炎病毒亚型1b
MSTNPKPQRKTKRNTNRRPQDIKFPGGGQIVGGVYLLPRRGPRL
GVRATRKTSERSQPRGRRQPIPKARRPEGRAWAQPGYPWPLYGNEGLGWAGWLLSPRGSRPSWGPTDPRRK
Figure BDA00003468674100641
CGFAD
Figure BDA00003468674100642
G
Figure BDA00003468674100643
LEDGV
Figure BDA00003468674100644
LSCLTTPVSAYEVRNASGMYHVTNDCSNSSIVYEAADMIMHTPGCVPCVREDNSSRCWVALTPTLAARNASVPTTTLRRHVDLLVGVAAFCSAMYVGDLCGSVFLVSQLFTFSPRRHETVQDCNCSIYPGRVSGHRMAWDMMMNWSPTTALVVSQLLRIPQAVVDMVTGSHWGILAGLAYYSMVGNWAKVLIAMLLFAGVDGTTHVTGGAQGRAASSLTSLFSPGPVQHLQLINTNGSWHINRTALSCNDSLNTGFVAALFYKYRFNASGCPERLATCRPIDTFAQGWGPITYTEPHDLDQRPYCWHYAPQPCGIVPTLQVCGPVYCFTPSPVAVGTTDRFGAPTYRWGANETDVLLLNNAGPPQGNWFGCTWMNGTGFTKTCGGPPCNIGGVGNNTLTCPTDCFRKHPGATYTKCGSGPWLTPRCLVDYPYRLWHYPCTVNFTIFKVRMYVGGAEHRLDAACNWTRGERCDLEDRDRSELSPLLLSTTEWQVLPCSFTTLPALSTGLIHLHQNIVDIQYLYGIGSAVVSFAIKWEYIVLLFLLLADARVCACLWMMLLVAQAEAALENLVVLNAASVAGAHGILSFIVFFCAAWYIKGRLVPGAAYALYGVWPLLLLLLALPPRAYAMDREMAASCGGAVFVGLVLLTLSPHYKVFLARFIWWLQYLITRTEAHLQVWVPPLNVRGGRDAIILLTCVVHPELIFDITKYLLAIFGPLMVLQAGITRVPYFVRAQGLIRACMLARKVVGGHYVQMVFMKLAALAGTYVYDHLTPLRDWAHTGLRDLAVAVEPVVFSDMETKVITWGADTAACGDIILALPASARRGKEILLGPADSLEGQGWRLLAPITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQVVSTATQSFLATCINGVCWTVFHGAGSKTLAGPKGPITQMYTNVDQDLVGWPAPPGARSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDGRGSLLPPRPVSYLKGSSGGPLLCPSGHAVGILPAAVCTRGVAMAVEFIPVESMETTMRSPVFTDNPSPPAVPQTFQVAHLHAPTGSGKSTRVPAAYAAQGYKVLVLNPSVAATLGFGAYMSKAHGIDPNLRTGVRTITTGAPITYSTYGKFLADGGGSGGAYDIIMCDECHSTDSTTIYGIGTVLDQAETAGARLVVLSTATPPGSVTVPHLNIEEVALSNTGEIPFYGKAIPIEAIKGGRHLIFCHSKKKCDELAAKLSGLGLNAVAYYRGLDVSVIPTSGDVVVVATDALMTGFTGDFDSVIDCNTCVTQTVDFSLDPTFTIETTTVPQDAVSRSQRRGRTGRGRAGIYRFVTPGERPSGMFDSSVLCECYDAGCAWYELTPAETSVRLRAYLNTPGLPVCQDHLEFSEGVFTGLTHIDAHFLSQTKQAGENFPYLVAYQATVCARAQAPPPSWDEMWRCLIRLKPTLHGPTPLLYRLGAVQNEVTLTHPITKFIMTCMSADLEVVTSTWVLVGGVLAALAAYCLTTGSVVIVGRIILSGKPAIIPDREVLYQEFDEMEECASHLPYFEQGMQLAEQFKQKALGLLQTATKQAEAAAPVVESKWRALETFWAKHMWNFISGIQYLAGLSTLPGNPAIRSPMAFTASITSPLTTQHTLLFNILGGWVAAQLAPPSAASAFVGAGIAGAAVGTIGLGKVLVDILAGYGAGVAGALVAFKIMSGEMPSAEDMVNLLPAILSPGALVVGIVCAAILRRHVGPGEGAVQWMNRLIAFASRGNHVSPRHYVPESEPAARVTQILSSLTITQLLKRLHQWINEDCSTPCSSSWLREIWDWICTVLTDFKTWLQSKLLPRLPGVPFFSCQRGYKGVWRGDGIMHTTCPCGAQITGHVKNGSMRIVGPKTCSNTWYGTFPINAYTTGPCTPSPAPNYSKALWRVAAEEYVEVTRVGDFHYVTGMTTDNVKCPCQVPAPEFFTEVDGVRLHRYAPACRPLLREEVVFQVGLHQYLVGSQLPCEPEPDVAVLTSMLTDPSHITAETAKRRLARGSPPSLASSSASQLSAPSLKATCTTHHDSPDADLIEANLLWRQEMGGNITRVESENKVVILDSFDPLRAEDDEGEISVPAEILRKSRKFPPALPIWAPPDYNPPLLESWKDPDYVPPVVHGCPLPPTKAPPIPPPRRKRTVVLTESTVSSALAELATKTFGSSGSSAIDSGTATAPPDQASGDGDRESDVESFSSMPPLEGEPGDPDLSDGSWSTVSEEASEDVVCCSMSYTWTGALITPCAAEESKLPINPLSNSLLRHHNMVYATTSRSAGLRQKKVTFDRLQVLDDHYRDVLKEMKAKASTVKAKLLSVEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRSLSSRAVTHIRSVWKDLLEDTETPISTTIMAKNEVFCVQPEKGGRKPARLIVFPDLGVRVCEKMALYDVVSTLPQAVMGSSYGFQYSPKQRVEFLVNTWKSKKCPMGFSYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDLAPEAKLAIKSLTERLYIGGPLTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKATAACRAAKLRDCTMLVNGDDLVVICESAGTQEDAASLRVFTEAMTRYSAPPGDPPQPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETARHTPVNSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKTLDCQIYGACYSIEPLDLPQIIERLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPPLRAWRHRARSVRAKLLSQGGRAATCGKYLFNWAVRTKLKLTPIPAASRLDLSGWFVAGYSGGDIYHSLSRARPRWFMLCLLLLSVGVGIYLLPNR
SEQ ID NO：10，甲型流感病毒的核壳蛋白
  1MASQGTKRSY EQMETSGERQ NATEIRASVG RMVGGIGRFY IQMCTELKLS DHEGRLIQNS
 61ITIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDPK KTGGPIYRRR DGKWMRELIL YDKEEIRRIW
121RQANNGEDAT AGLTHMMIWH SNLNDATYQR TRALVRTGMD PRMCSLMQGS TLPRRSGAAG
181AAVKGVGTMV MELIRMIKRG INDRNFWRGE NGRRTRIAYE RMCNILKGKF QTAAQRAMMD
241QVRESRNPGN AEIEDLIFLA RSALILRGSV AHKSCLPACV YGLAVASGYD FEREGYSLVG
301IDPFRLLQNS QVFSLIRPNE NPAHKSQLVW MACHSAAFED LRVSSFIRGT RVVPRGQLST
361RGVQIASNEN METMDSSTLE LRSRYWAIRT RSGGNTNQQR ASAGQISVQP TFSVQRNLPF
421ERATIMAAFT GNTEGRTSDM RTEIIRMMEN ARPEDVSFQG RGVFELSDEK ATNPIVPSFD
481MSNEGS
SEQ ID NO：11
＞gi|73919153|ref|YP_308840.1|基质蛋白2[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNDS
Figure BDA00003468674100651
WILDR
Figure BDA00003468674100652
KR  70REEYRKEQQNAVDADDSHFVSIELE
SEQ ID NO：12
＞gi|73919147|ref|YP_308843.1|核壳蛋白[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MASQGTKRSYEQMETDGDRQNATEIRASVGKMIDGIGRFYIQMCTELKLSDHEGRLIQNSLTIEKMVLSA  70
FDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELVLYDKEEIRRIWRQANNGEDATAGLTHIMIWH  140
SNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGIGTMVMELIRMVKRGINDRNFWRGE  210
NGRKTR
Figure BDA00003468674100655
KGK
Figure BDA00003468674100656
DQVRESRNPGNAEIED
Figure BDA00003468674100657
SCLPACA  280
YGPAVSSGYDFEKEGYSLVGIDPFKLLQNSQIYSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRLLSFIRGT  350
KVSPRGKLSTRGVQIASNENMDNMGSSTLELRSGYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQTSVQPTFSVQRNLPF  420
EKSTIMAAFTGNTEGRTSDMRAEIIRMMEGAKPEEVSFRGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFG  490
DNAEEYDN
--
SEQ ID NO：13
＞gi|56583270|ref|NP_040979.2|基质蛋白2[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNGS
Figure BDA00003468674100658
WILDR
Figure BDA00003468674100659
KG
Figure BDA000034686741006510
Figure BDA000034686741006511
REEYRKEQQSAVDADDGHFVSIELE
SEQ ID NO：14
＞fi|8486130|rer|NP_040982.1|核壳蛋白[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MASQGTKRSYEQMETDGERQNATEIRASVGKMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSLTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVNGKWMRELILYDKEEIRRIWRQANNGDDATAGLTHMMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTMVMELVRMIKRGINDRNFWRGENGRKTR
Figure BDA000034686741006512
KGK
Figure BDA000034686741006513
DQVRESRDPGNAEFED
Figure BDA000034686741006514
CLPACVYGPAVASGYDFEREGYSLVGIDPFRLLQNSQVYSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVLSFIKGTKVVPRGKLSTRGVQIASNENMETMESSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISIQPTFSVQRNLPFDRTTVMAAFTGNTEGRTSDMRTEIIRMMESARPEDVSFQGRGVFELSDEKAASPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDN
--
SEQ ID NO：15
＞gi|73912687|ref|YP_308853.1|膜蛋白M2[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNDS
Figure BDA00003468674100661
WILDRKR
Figure BDA00003468674100664
REEYRKEQQSAVDADDSHFVSIELE
SEQ ID NO：16
＞gi|73921307|ref|YP_308871.1|核蛋白[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MASQGTKRSYEQMETDGERQNATEIRASVGKMIDGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSLTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYKRVDGKWMRELVLYDKEEIRRIWRQANNGDDATAGLTHMMIWHSNLNDTTYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTMVMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTR
Figure BDA00003468674100665
KGK
Figure BDA00003468674100666
DQVRESRNPGNAEIEDCLPACVYGPAIASGYNFEKEGYSLVGIDPFKLLQNSQVYSLIRPNENPAHKSQLVWMACNSAAFEDLRVLSFIRGTKVSPRGKLSTRGVQIASNENMDTMESSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPAFSVQRNLPFDKPTIMAAFTGNTEGRTSDMRAEIIRMMEGAKPEEMSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDN
SEQ ID NO：17
＞gi|330647|gb|AAA45994.1|pp65[人疱疹病毒5]
MASVLGPISGHVLKAVFSRGDTPVLPHETRLLQTGIHVRVSQPSLILVSQYTPDSTPCHRGDNQLQVQHT  70
YFTGSEVENVSVNVHNPTGRSICPSQEPMSIYVYALPLKMLNIPSINVHHYPSAAERKHRHLPVADAVIH  140
ASGKQMWQARLTVSGLAWTRQQNQWKEPDVYYTSAFVFPTKDVALRHVVCAHELVCSMENTRATKMQVIG  210
DQYVKVYLESFCEDVPSGKLFMHVTLGSDVEEDLTMTRNPQPFMRPHERNGFTVLCPKNMIIKPGKISHI  280
MLDVAFTSHEHFGLLCPKSIPGLSISGNLLMNGQQIFLEVQAIRETVELRQYDPVAALFFFDIDLLLQRG  350
PQYSEHPTFTSQYRIQGKLEYRHTWDRHDEGAAQGDDDVWTSGSDSDEELVTTERKTPRVTGGGAMAGAS  420
TSAGRKRKSASSATACTAGVMTRGRLKAESTVAPEEDTDEDSDNEIHNPAVFTWPPWQAGILAR
Figure BDA000034686741006611
  490
Figure BDA00003468674100669
QGQNLKYQEFFWDANDIYRIFAELEGVWQPAAQPKRRRHRQDALPGPCIASTPKKHRG  541
SEQ ID NO：18
＞gi|33330937|gb|AAQ10712.1|推定的转化蛋白E6[人乳头瘤病毒16型]
MHQKRTAMFQDPQERPGKLPQLCTELQTTIHDIILECVYCKQQLLRRE
Figure BDA000034686741006610
RDGNPYAVC  70
DKCLKFYSKISEYRHYCYSVYGTTLEQQYNKPLCDLLIRCINCQKPLCPEEKQRHLDKKQRFHNIRGRWT  140
GRCMSCCRSSRTRRETQL
SEQ ID NO：19
＞gi|56583270|ref|NP_040979.2|基质蛋白2[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNGSSDPLAIAANIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRFKYGLKGGPSTEGVPKSMREEYRKEQQSAVDADDGHFVSIELE
SEQ ID NO：20
＞gi|8486139|ref|NP_040987.1|PB2蛋白[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MERIKELRNLMSQSRTRE ILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITADKRITEMIPERNEQGQTLWSKMNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPMTNTVHYPKIYKTYFERVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQDVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKEELQDCKISPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSVYIEVLHLTQGTCWEQMYTPGGEVKNDDVDQSLIIAARNIVRRAAVSADPLASLLEMCHSTQIGGIRMVDILKQNPTEEQAVGICKAAMGLRISSSFSFGGFTFKRTSGSSVKREEEVLTGNLQTLKIRVHEGYEEFTMVGRRATAILRKATRRLIQLIVSGRDEQSIAEAIIVAMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGVEPIDNVMGMIGILPDMTPSIEMSMRGVRISKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTEKLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWETVKIQWSQNPTMLYNKMEFEPFQSLVPKAIRGQYSGFVRTLFQQMRDVLGTFDTAQIIKLLPFAAAPPKQSRMQFSSFTVNVRGSGMRILVRGNSPVFNYNKATKRLTVLGKDAGTLTEDPDEGTAGVESAVLRGFLILGKEDRRYGPALSINELSNLAKGEKANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAIN
SEQ ID NO：21
＞gi|8486137|ref|NP_040986.1|聚合酶PA[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MEDFVRQCFNPMIVELAEKTMKEYGEDLKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFINEQGESIIVELGDPNALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGAEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRGLWDSFRQSERGEETIEERFEITGTMRKLADQSLPPNFSSLENFRAYVDGFEPNGYIEGKLSQMSKEVNARIEPFLKTTPRPLRLPNGPPCSQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMRTFFGWKEPNVVKPHEKGINPNYLLSWKQVLAELQDIENEEKIPKTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFDDCKDVGDLKQYDSDEPELRSLASWIQNEFNKACELTDSSWIELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTSEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRSAIGQVSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIGESPKGVEESSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIVQALRDNLEPGTFDLGGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALS
SEQ ID NO：22
＞gi|8486133|ref|NP_040984.1|非结构蛋白NS1[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MDPNTVSSFQVDCFLWHVRKRVADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILKEESDEALKMTMASVPASRYLTDMTLEEMSREWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSSNENGRPPLTPKQKREMAGTIRSEV
SEQ ID NO：23
＞gi|8486132|ref|NP_040983.1|非结构蛋白NS2[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MDPNTVSSFQDILLRMSKMQLESSSEDLNGMITQFESLKLYRDSLGEAVMRMGDLHSLQNRNEKWREQLGQKFEEIRWLIEEVRHKLKVTENSFEQITFMQALHLLLEVEQEIRTFSFQLI
SEQ ID NO：24
＞gi|8486128|ref|NP_040981.1|神经氨酸酶[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MNPNQKIITIGSICLVVGLISLILQIGNIISIWISHSIQTGSQNHTGICNQNIITYKNSTWVKDTTSVILTGNSSLCPIRGWAIYSKDNSIRIGSKGDVFVIREPFISCSHLECRTFFLTQGALLNDRHSNGTVKDRSPYRALMSCPVGEAPSPYNSRFESVAWSASACHDGMGWLTIGISGPDNGAVAVLKYNGIITETIKSWRKKILRTQESECACVNGSCFTIMTDGPSDGLASYKIFKIEKGKVTKSIELNAPNSHYEECSCYPDTGKVMCVCRDNWHGSNRPWVSFDQNLDYQIGYICSGVFGDNPRPKDGTGSCGPVYVDGANGVKGFSYRYGNGVWIGRTKSHSSRHGFEMIWDPNGWTETDSKFSVRQDVVAMTDWSGYSGSFVQHPELTGLDCIRPCFWVELIRGRPKEKTIWTSASSISFCGVNSDTVDWSWPDGAELPFTIDK
SEQ ID NO：25
＞gi|8486126|ref|NP_040980.1|血细胞凝集素[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MKANLLVLLCALAAADADTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTTKGVTAACSHAGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNSYVNKKGKEVLVLWGIHHPSNSKDQQNIYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQAGRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPRYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLGAINSSLPFQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPSIQSRGLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNSVIEKMNIQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREKVDGVKLESMGIYQILAIYSTVASSLVLLVSLGAISFWMCSNGSLQCRICI
SEQ ID NO：26
＞gi|8486123|ref|NP_040978.1|基质蛋白1[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MSLLTEVETYVLSIIPSGPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEVLMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDKAVKLYRKLKREITFHGAKEISLSYSAGALASCMGLIYNRMGAVTTEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMVTTTNPLIRHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEVASQARQMVQAMRTIGTHPSSSAGLKNDLLENLQAYQKRMGVQMQRFK
SEQ ID NO：27
＞gi|83031685|ref|YP_418248.1|PB1-F2蛋白[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MGQEQDTPWILSTGHISTQKRQDGQQTPKLEHRNSTRLMGHCQKTMNQVVMPKQIVYWKQWLSLRNPILVFLKTRVLKRWRLFSKHE
SEQ ID NO：28
＞gi|8486135|ref|NP_040985.1|聚合酶1PB1[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKARWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCIETMEVVQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMESMKKEEMGITTHFQRKRRVRDNMTKKMITQRTIGKRKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVETLARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSLTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYMTRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNDSTRKKIEKIRPLLIEGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKRYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLHGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGSNESADMSIGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRSFEIKKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPLNPFVSHKEIESMNNAVMMPAHGPAKNMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGVLEDEQMYQRCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFTEIMKICSTIEELRRQK
SEQ ID NO：29
＞gi|8486130|ref|NP_040982.1|核壳蛋白[甲型流感病毒(A/PuertoRico/8/34(H1N1))]
MASQGTKRSYEQMETDGERQNATEIRASVGKMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSLTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVNGKWMRELILYDKEEIRRIWRQANNGDDATAGLTHMMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTMVMELVRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQKAMMDQVRESRDPGNAEFEDLTFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGPAVASGYDFEREGYSLVGIDPFRLLQNSQVYSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVLSFIKGTKVVPRGKLSTRGVQIASNENMETMESSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISIQPTFSVQRNLPFDRTTVMAAFTGNTEGRTSDMRTEIIRMMESARPEDVSFQGRGVFELSDEKAASPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDN
SEQ ID NO：30
＞gi|73918826|ref|YP_308855.1|聚合酶2[甲型流感病毒(A/Korea/426/1968(H2N2))]
MERIKELRNLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPSLRMKWMMAMKYPITADKRITEMVPERNEQGQTLWSKMSDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPMTSTVHYPKIYKTYFEKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQDVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKEELQDCKISPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSVYIEVLHLTQGTCWEQMYTPGGEVRNDDVDQSLIIAARNIVRRAAVSADPLASLLEMCHSTQIGGTRMVDILRQNPTEEQAVDICKAAMGLRISSSFSFGGFTFKRTSGSSIKREEEVLTGNLQTLKIRVHEGYEEFTMVGKRATAILRKATRRLVQLIVSGRDEQSIAEAIIVAMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGIEHIDNVMGMIGVLPDMTPSTEMSMRGIRVSKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTEKLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWETVKIQWSQNPTMLYNKMEFEPFQSLVPKAIRGQYSGFVRTLFQQMRDVLGTFDTTQIIKLLPFAAAPPKQSRMQFSSLTVNVRGSGMRILVRGNSPVFNYNKTTKRLTILGKDAGTLTEDPDEGTSGVESAVLRGFLILGKEDRRYGPALSINELSTLAKGEKANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAIN
SEQ ID NO：31
＞gi|73919145|ref|YP_308850.1|血凝素[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MAIIYLILLFTAVRGDQICIGYHANNSTEKVDTILERNVTVTHAKDILEKTHNGKLCKLNGIPPLELGDCSIAGWLLGNPECDRLLSVPEWSYIMEKENPRYSLCYPGSFNDYEELKHLLSSVKHFEKVKILPKDRWTQHTTTGGSWACAVSGKPSFFRNMVWLTRKGSNYPVAKGSYNNTSGEQMLIIWGVHHPNDEAEQRALYQNVGT
YVSVATSTLYKRSIPEIAARPKVNGLGRRMEFSWTLLDMWDTINFESTGNLVAPEYGFKISKRGSSGIMKTEGTLENCETKCQTPLGAINTTLPFHNVHPLTIGECPKYVKSEKLVLATGLRNVPQIESRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNDQGSGYAADKESTQKAFNGITNKVNSVIEKMNTQFEAVGKEFSNLEKRLENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRMQLRDNVKELGNGCFEFYHKCDNECMDSVKNGTYDYPKYEEESKLNRNEIKGVKLSSMGVYQILAIYATVAGSLSLAIMMAGISFWMCSNGSLQCRICI
SEQ ID NO：32
＞gi|73912688|ref|YP_308854.1|膜蛋白M1[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MSLLTEVETYVLSIVPSGPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDRAVKLYRKLKREITFHGAKEVALSYSAGALASCMGLIYNRMGAVTTEVAFAVVCATCEQIADSQHRSHRQMVTTTNPLIRHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEVASQARQMVQAMRAIGTPPSSSAGLKDDLLENLQAYQKRMGVQMQRFK
SEQ ID NO：33
＞gi|73912687|ref|YP_308853.1|膜蛋白M2[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNDSSDPLVVAASIIGILHFILWILDRLFFKCIYRFFKHGLKRGPSTEGVPESMREEYRKEQQSAVDADDSHFVSIELE
SEQ ID NO：34
＞gi|73912685|ref|YP_308852.1|聚合酶PA[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDLKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFINEQGESIMVELDDPNALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGAEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSENTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMANRGLWDSFRQSERGEETIEERFEITGTMRRLADQSLPPNFSCLENFRAYVDGFEPNGYIEGKLSQMSKEVNAKIEPFLKTTPRPIRLPDGPPCFQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMRTFFGWKEPYIVKPHEKGINPNYLLSWKQVLAELQDIENEEKIPRTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFDNCRDISDLKQYDSDEPELRSLSSWIQNEFNKACELTDSIWIELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRSAIGQMSRPMFLYVRTNGTSKIKMKWGMEMRPCLLQSLQQIESMVEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIGESPKGVEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLVVQALRDNLEPGTFDLGGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALR
SEQ ID NO：35
＞gi|73921833|ref|YP_308877.1|PB1-F2蛋白[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MGQEQDTPWTQSTEHINIQKRGSGQQTRKLERPNLTQLMDHYLRTMNQVDMHKQTASWKQWLSLRNHTQESLKIRVLKRWKLFNKQEWTN
SEQ ID NO：36
＞gi|73912683|ref|YP_308851.1|PB1聚合酶亚基[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEVIQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVIESMDKEEMEITTHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVHFVETLARNICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRVFLAMITYITRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKSMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNESTRKKIEKIRPLLIDGTVSLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKKYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVNRFYRTCKLVGINMSKKKSYINRTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSIGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRSFELKKLWEQTRSKAGLLVSDGGSNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPLNPFVSHKEIESVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWTPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPVGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFAEIMKICSTIEELRRQK
SEQ ID NO：37
＞gi|73921567|ref|YP_308869.1|非结构蛋白NS2[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MDSNTVSSFQDILLRMSKMQLGSSSEDLNGMITQFESLKLYRDSLGEAVMRMGDLHSLQNRNGKWREQLGQKFEEIRWLIEEVRHRLKITENSFEQITFMQALQLLFEVEQEIRTFSFQLI
SEQ ID NO：38
＞gi|73921566|ref|YP_308870.1|非结构蛋白NS1[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELCDAPFLDRLRRDQKSLRCRCSTLDLDIEAATRVCKQIVERILKEESDEALKMTMASAPASRYLTDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAWRSSNENGRPPLTPKQKRKMARTIRSKVRRDKMAD
SEQ ID NO：39
＞gi|73921307|ref|YP_308871.1|核蛋白[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MASQGTKRSYEQMETDGERQNATEIRASVGKMIDGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSLTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYKRVDGKWMRELVLYDKEEIRRIWRQANNGDDATAGLTHMMIWHSNLNDTTYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTMVMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRSAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGPAIASGYNFEKEGYSLVGIDPFKLLQNSQVYSLIRPNENPAHKSQLVWMACNSAAFEDLRVLSFIRGTKVSPRGKLSTRGVQIASNENMDTMESSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPAFSVQRNLPFDKPTIMAAFTGNTEGRTSDMRAEIIRMMEGAKPEEMSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDN
SEQ ID NO：40
＞gi|73921304|ref|YP_308872.1|神经氨酸酶[甲型流感病毒(A/Korea/426/68(H2N2))]
MNPNQKIITIGSVSLTIATVCFLMQIAILVTTVTLHFKQHECDSPASNQVMPCEPIIIERNITEIVYLNNTTIEKEICPEVVEYRNWSKPQCQITGFAPFSKDNSIRLSAGGDIWVTREPYVSCDPGKCYQFALGQGTTLDNKHSNDTIHDRIPHRTLLMNELGVPFHLGTRQVCVAWSSSSCHDGKAWLHVCVTGDDKNATASFIYDGRLMDSIGSWSQNILRTQESECVCINGTCTVVMTDGSASGRADTRILFIEEGKIVHISPLSGSAQHVEECSCYPRYPDVRCICRDNWKGSNRPVIDINMEDYSIDSSYVCSGLVGDTPRNDDRSSNSNCRNPNNERGNPGVKGWAFDNGDDVWMGRTISKDLRSGYETFKVIGGWSTPNSKSQINRQVIVDSNNWSGYSGIFSVEGKRCINRCFYVELIRGRQQETRVWWTSNSIVVFCGTSGTYGTGSWPDGANINFMPI
SEQ ID NO：41
＞gi|73919213|ref|YP_308844.1|非结构蛋白2[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MDSNTVSSFQDILLRMSKMQLGSSSEDLNGMITQFESLKIYRDSLGEAVMRMGDLHLLQNRNGKWREQLGQKFEEIRWLIEEVRHRLKTTENSFEQITFMQALQLLFEVEQEIRTFSFQLI
SEQ ID NO：42
＞gi|73919212|ref|YP_308845.1|非结构蛋白1[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MDSNTVSSFQVDCFLWHIRKQVVDQELSDAPFLDRLRRDQRSLRGRGNTLGLDIKAATHVGKQIVEKILKEESDEALKMTMVSTPASRYITDMTIEELSRNWFMLMPKQKVEGPLCIRMDQAIMEKNIMLKANFSVIFDRLETIVLLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKNLQRFAWRSSNENGGPPLTPKQKRKMARTARSKV
SEQ ID NO：43
＞gi|73919207|ref|YP_308839.1|血凝素[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MKTIIALSYILCLVFAQKLPGNDNSTATLCLGHHAVPNGTIVKTITNDQIEVTNATELVQSSSTGGICDSPHQILDGENCTLIDALLGDPQCDGFQNKKWDLFVERSKAYSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFNNESFNWTGVTQNGTSSACKRRSNNSFFSRLNWLTHLKFKYPALNVTMPNNEKFDKLYIWGVHHPGTDNDQISLYAQASGRITVSTKRSQQTVIPSIGSRPRIRDVPSRISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIRSGKSSIMRSDAPIGKCNSECITPNGSIPNDKPFQNVNRITYGACPRYVKQNTLKLATGMRNVPEKQTRGIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGTGQAADLKSTQAAINQINGKLNRLIGKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFERTKKQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDVYRDEALNNRFQIKGVELKSGYKDWILWISFAISCFLLCVALLGFIMWACQKGNIRCNICI
SEQ ID NO：44
＞gi|73919153|ref|YP_308840.1|基质蛋白2[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCVYRLFKHGLKRGPSTEGVPESMREEYRKEQQNAVDADDSHFVSIELE
SEQ ID NO：45
＞gi|73919152|ref|YP_308841.1|基质蛋白1[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MSLLTEVETYVLSIVPSGPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDKAVKLYRKLKREITFHGAKEIALSYSAGALASCMGLIYNRMGAVTTEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMVATTNPLIKHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEIASQARQMVQAMRAVGTHPSSSTGLRDDLLENLQTYQKRMGVQMQRFK
SEQ ID NO：46
＞gi|73919150|ref|YP_308848.1|PB1-F2蛋白[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MEQEQDTPWTQSTEHTNIQRRGSGRQIQKLGHPNSTQLMDHYLRIMSQVDMHKQTVSWRLWPSLKNPTQVSLRTHALKQWKSFNKQGWTN
SEQ ID NO：47
＞gi|73919149|ref|YP_308847.1|聚合酶PB1[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEVVQQTRVDKLTQGRQTYDWTLNRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMESMDKEEMEITTHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRVNKRGYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRAIATPGMQIRGFVYFVETLARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSFTITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITKNQPEWFRNILSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESKRMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNESTRKKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSVLNLGQKKYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKKSYINKTGTFEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSIGVTVIKNNMINNDLGPATAQMALQLFIKDYRYTYRCHRGDTQIQTRRSFELKKLWDQTQSRAGLLVSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDENYRGRLCNPLNPFVSHKEIESVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWNPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRPIGISSMVEAMVSRARIDARIDFESGRIKKEEFSEIMKICSTIEELRRQK
SEQ ID NO：48
＞gi|73919147|ref|YP_308843.1|核壳蛋白[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MASQGTKRSYEQMETDGDRQNATEIRASVGKMIDGIGRFYIQMCTELKLSDHEGRLIQNSLTIEKMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELVLYDKEEIRRIWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTCMDPRMCSLMQCSTLPRRSCAACAAVKCICTMVMELIRMVKRCINDRNFWRCENGRKTRSAYERMCNILKGKFQTAAQRAMVDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACAYGPAVSSGYDFEKEGYSLVGIDPFKLLQNSQIYSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRLLSFIRGTKVSPRGKLSTRGVQIASNENMDNMGSSTLELRSGYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQTSVQPTFSVQRNLPFEKSTIMAAFTGNTEGRTSDMRAEIIRMMEGAKPEEVSFRGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDN
SEQ ID NO：49
＞gi|73919136|ref|YP_308842.1|神经氨酸酶[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MNPNQKIITIGSVSLTISTICFFMQIAILITTVTLHFKQYEFNSPPNNQVMLCEPTIIERNITEIVYLTNTTIEKEMCPKLAEYRNWSKPQCDITGFAPFSKDNSIRLSAGGDIWVTREPYVSCDPDKCYQFALGQGTTLNNVHSNDTVHDRTPYRTLLMNELGVPFHLGTKQVCIAWSSSSCHDGKAWLHVCVTGDDKNATASFIYNGRLVDSIVSWSKKILRTQESECVCINGTCTVVMTDGSASGKADTKILFIEEGKIIHTSTLSGSAQHVEECSCYPRYPGVRCVCRDNWKGSNRPIVDINIKDYSIVSSYVCSGLVGDTPRKNDSSSSSHCLDPNNEEGGHGVKGWAFDDGNDVWMGRTISEKLRSGYETFKVIEGWSKPNSKLQINRQVIVDRGNRSGYSGIFSVEGKSCINRCFYVELIRGRKEETEVLWTSNSIVVFCGTSGTYGTGSWPDGADINLMPI
SEQ ID NO：50
＞gi|73919134|ref|YP_308846.1|聚合酶PA[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDLKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFINEQGESIVVELDDPNALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGAEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSENTHIHIFSFTGEEIATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMANRGLWDSFRQSERGEETIEEKFEISGTMRRLADQSLPPKFSCLENFRAYVDGFEPNGCIEGKLSQMSKEVNAKIEPFLKTTPRPIKLPNGPPCYQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCIKTFFGWKEPYIVKPHEKGINSNYLLSWKQVLSELQDIENEEKIPRTKNMKKTSQLKWALGENMAPEKVDFDNCRDISDLKQYDSDEPELRSLSSWIQNEFNKACELTDSIWIELDEIGEDVAPIEYIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYGFIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRSAIGQISRPMFLYVRTNGTSKVKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSIKEKDMTKEFFENKSEAWPIGESPKGVEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLVVQALRDNLEPGTFDLGGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALK
SEQ ID NO：51
＞gi|73919060|ref|YP_308849.1|聚合酶PB2[甲型流感病毒(A/NewYork/392/2004(H3N2))]
MERIKELRNLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPSLRMKWMMAMKYPITADKRITEMVPERNEQGQTLWSKMSDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPVASTVHYPKVYKTYFDKVERLKHGTFGPVHFRNQVKIRRRVDINPGHADLSAKEAQDVIMEVVFPNEVGARILTSESQLTITKEKKEELRDCKISPLMVAYMLERELVRKTRFLPVAGGTSSIYIEVLHLTQGTCWEQMYTPGGEVRNDDVDQSLIIAARNIVRRAAVSADPLASLLEMCHSTQIGGTRMVDILRQNPTEEQAVDICKAAMGLRISSSFSFGGFTFKRTSGSSVKKEEEVLTGNLQTLKIRVHEGYEEFTMVGKRATAILRKATRRLVQLIVSGRDEQSIAEAIIVAMVFSQEDCMIKAVRGDLNFVNRANQRLNPMHQLLRHFQKDAKVLFQNWGIEHIDSVMGMVGVLPDMTPSTEMSMRGIRVSKMGVDEYSSTERVVVSIDRFLRVRDQRGNVLLSPEEVSETQGTERLTITYSSSMMWEINGPESVLVNTYQWIIRNWEAVKIQWSQNPAMLYNKMEFEPFQSLVPKAIRSQYSGFVRTLFQQMRDVLGTFDTTQIIKLLPFAAAPPKQSRMQFSSLTVNVRGSGMRILVRGNSPVFNYNKTTKRLTILGKDAGTLIEDPDESTSGVESAVLRGFLIIGKEDRRYGPALSINELSNLAKGEKANVLIGQGDVVLVMKRKRDSSILTDSQTATKRIRMAIN
SEQ ID NO：52：CMV Protein IE122：
＞gi|39841910|gb|AAR31478.1|UL122[人疱疹病毒5]
MESSAKRKMDPDNPDEGPSSKVPRPETPVTKATTFLQTMLRKEVNSQLSLGDPLFPELAEESLKTFEQVTEDCNENPEKDVLAELGDILAQAVNHAGIDSSSTGHTLTTHSCSVSSAPLNKPTPTSVAVTNTPLPGASATPELSPRKKPRKTTRPFKVIIKPPVPPAPIMLPLIKQEDIKPEPDFTIQYRNKIIDTAGCIVISDSEEEQGEEVETRGATASSPSTGSGTPRVTSPTHPLSQMNHPPLPDPLARPDEDSSSSSSSSCSSASDSESESEEMKCSSGGGASVTSSHHGRGGFGSAASSSLLSCGHQSSGGASTGPRKKKSKRISELDNEKVRNIMKDKNTPFCTPNVQTRRGRVKIDEVSRMFRNTNRSLEYKNLPFTIPSMHQVLDEAIKACKTMQVNNKGIQIIYTRNHEVKSEVDAVRCRLGTMCNLALSTPFLMEHTMPVTHPPEVAQRTADACNEGVKAAWSLKELHTHQLCPRSSDYRNMIIHAQKFPKQVMVRIFSTNQGGFMLPIYETAAKAYAVGQFEQPTETPPEDLDTLSLAIEAAIQDLRNKSQ
SEQ ID NO：53：
＞gi|4927721|gb|AAD33253.1|AF125673_2E7[人乳头瘤病毒16型]
MHGDTPTLHEYMLDLQPETTDLYCYEQLNDSSEEEDEIDGPAGQAEPDRAHYNIVTFCCKCDSTLRLCVQSTH
Figure BDA00003468674100742
M
Figure BDA00003468674100743
CSQKP
实施例1
本发明的肽利用Sheppard，(1978)J.Chem.Soc.，Chem.Commun.(化学学会和化学通信杂志)，539的Fmoc-策略通过Schafer-N作为C端酰胺而合成。
细胞穿透测定
将一组肽在N端生物素化，并且如下述图表所示，将长度和类型不同的氨基酸组合添加到肽中序列盒X1，X2，X3，X4，X5和X6。在来自一名个体献血者的生长的细胞上检测所述肽。
本发明所述的肽的氨基酸序列的示意图(每个X定义一段氨基酸序列)：
X1 X2 X3 X4 X5 X6
关于生物素化肽的细胞内染色
使用96孔U型底聚苯乙烯平板(NUNC，货号：163320)进行人PBMCs染色。简言之，将8ul表1所述的N-或C-端生物素化的肽(即，对于每种肽检测5mM，2.5mM和1.25mM)与40ul来自献血者的PBMC(12.5x106个细胞/ml)一起在37℃温育2小时。然后，细胞用150ul Cellwash(BD，货号：349524)洗涤3次，接着将每种细胞沉淀用100ul胰蛋白酶-EDTA(Sigma，货号：T4424)重悬，然后在37℃温育5分钟。然后，将胰蛋白酶化的细胞用150ul Cellwash(BD，货号：349524)洗涤3次，接着用BDCytofix/CytopermTM plus(BD，货号：554715)重悬，然后按照供应商说明在4℃温育20分钟。然后，将细胞用150ul Perm Wash(BD，货号：554715)洗涤2次。然后，将细胞用链霉抗生物素蛋白-APC(BD，货号：554067)和抗-hCD11c(eBioscience，货号：12-0116)按照供应商说明在4℃染色30分钟，目的是分别显现生物素化的肽和树突细胞。然后，将细胞用150ulPerm Wash洗涤3次，接着重悬在染色缓冲液(BD，货号：554656)中，之后进行流式细胞术检测。树突细胞门控(gated)为在淋巴细胞区外的CD11c+事件(即，比淋巴细胞高的FSC&SSC信号)。在具有HTS上样器(loader)的FACSCanto II流式细胞仪上共捕获200000个细胞，并且对总细胞和树突细胞绘制关于肽-荧光(即GeoMean)的直方图。
关于生物素化肽的细胞外染色
使用96孔U型底聚苯乙烯平板(NUNC，货号：163320)进行人PBMCs染色。简言之，将8ul表1所述的N-或C-端生物素化的肽(即，对于每种肽检测5mM，2.5mM和1.25mM；所有的肽由Schafer制备)与40ul来自献血者的PBMC(12.5x106个细胞/ml)一起在37℃温育2小时。然后，细胞用150ul Cellwash(BD，货号：349524)洗涤3次，然后将细胞用链霉抗生物素蛋白-APC(BD，货号：554067)和抗-hCD11c(eBioscience，货号：12-0116)按照供应商说明在4℃染色30分钟，目的是分别显现生物素化的肽和树突细胞。然后，将细胞用150ul CellWash(BD，货号：349524)洗涤3次，接着重悬在染色缓冲液(BD，货号：554656)中，之后进行流式细胞术检测。树突细胞门控为在淋巴细胞区外的CD11c+事件(即，比淋巴细胞高的FSC&SSC信号)。在具有HTS上样器(loader)的FACSCantoII流式细胞仪上共捕获200000个细胞，并且对总细胞和树突细胞绘制关于肽-荧光(即GeoMean)的直方图。
如果肽具有进入细胞的能力，那么可以观察到。
实施例2
阳性CTL应答可以通过ELISPOT测定检测。
通过ELISPOT测定检测人IFN-γ细胞毒性T-细胞(CTL)应答
简言之，在第1天，将来自HCV患者的PBMC样品在烧瓶(430000PBMCs/cm2)中在37℃，5％CO2以覆盖量的培养基(RPMI1640FisherScientific；货号：PAAE15-039，补充了L-谷氨酰胺(MedProbe货号.13E17-605E)、10％胎牛血清(FBS)(Fisher Scientific货号A15-101)和青霉素/链霉素(Fisher Acientific货号P11-010))温育2小时，以允许单核细胞贴壁。分离非贴壁细胞，洗涤，并且在进一步使用之前冷冻在FBS中的10％V/V DMSO中。将贴壁细胞小心用培养基洗涤，然后在37℃在含有2μg/ml终浓度的hrGM-CSF(Xiamen amoytop biotech co，货号：3004.9090.90)和1μg/ml hrIL-4(Invitrogen，货号：PHC0043)的培养基中温育至第3天，然后在第6天重复该步骤。在第7天，向用0.5μg/孔抗人γ干扰素包被的ELISPOT(Millipore multiscreen HTS)平板中添加培养的树突细胞(每孔5000-10000个)，以及解冻的自体非贴壁细胞(每孔200000个)，抗原样品(对于肽抗原终浓度为1-8ug/ml；对于伴刀豆球蛋白A(Sigma，货号：C7275)或PHA(Sigma，货号：L2769)终浓度为5ug/ml)和抗-无反应性抗体(anti-Anergy antibodies，对于抗-PD-1(eBioscience，货号：16-9989-82)和抗-PD-L1(eBioscience，货号：16-5983-82)终浓度均为0.03-0.05ug/ml)。将平板温育过夜，并且按照供应商说明显示斑点。在ELISPOT读数仪(
Figure BDA00003468674100761
S5UV分析仪)上读取斑点。
实施例3
详细的REVEAL&
Figure BDA00003468674100762
快速表位发现系统
本发明的肽针对HLA的结合性质可以针对下述I类HLA-种类和下述II类HLA-种类进行检测：所述I类HLA-种类为HLA-A1，HLA-A2，HLA-A3，HLA-A11，HLA-A24，HLA-A29，HLA-B7，HLA-B8，HLA-B14，HLA-B15，HLA-B27，HLA-B35，HLA-B40，所述II类HLA-种类为HLA-DR1，HLA-DR3，HLA-DR4，HLA-DR7，HLA-DR11，HLA-DR13，HLA-DR15。合成所述肽作为Prospector
Figure BDA00003468674100771
定制肽文库。长度为8-15个氨基酸的肽以高平均纯度的0.5-2mg的量合成。在100％的样品上进行通过MALDI-TOF质谱的质量控制。
REVEALTM结合测定检测每种候选肽结合一种或多种I类MHC等位基因和稳定MHC-肽复合物的能力。通过比较与高亲和力和中等亲和力T细胞表位的结合，可以鉴定蛋白序列中最可能的免疫原性肽。检测是基于存在或不存在MHC-肽复合物的天然构象。
相对于阳性对照肽(其为已知的T细胞表位)，对每种肽给出评分。测试肽的评分定量报告为所述阳性对照肽产生的信号的百分数，并且该肽表示为具有推定的合格(pass)或不合格(fail)结果。通过包含中间对照肽确认测定的性能，已知所述中间对照肽以较弱的亲和力结合所研究的等位基因。
实施例4：制备二聚体肽
连接两个单体肽序列的氨基酸下划线表示。
流感(M2e)：
构建体来源于流感蛋白M2上细胞外结构域(M2e-结构域)
天然结构域：
MSLLTEVETPIRNEWGCRCNDSSD
制备或正在制备下述序列。不同的部分，X1-X6，用括号分隔。
BI100_CGnat[RR][SLLTEVETP][GCG][VETPIR][G][TPIRNEWG]
BI100_CG[RR][SL(Nle)TDIETP][GCG][IDTPIR][G][TPIBQDWG]
BI100-CGcyc[WWGC][TDIET][CG][IDTPIR][G][TPIBQDWG]
BI100-Cyc2[RRGC][SLLT][C][SLLTEVQTPIRN][GRR][SEWGSRSN]
Bi150-二聚体
Figure BDA00003468674100781
该构建体通过第一肽中的Dpr(Aoa)至第二肽中的由NaIO4氧化的Dpr(Ser)残基连接单体肽。
Dpr(Aoa)＝N-α-Fmoc-N-β-(N-t.-Boc-氨基-氧基乙基)-L-二氨基丙酸
解释：
序列中所用的括号旨在表示不同的部分/盒。对于BI100_CGnat/BI100_CG，所述盒具有下述氨基酸序列：
Figure BDA00003468674100782
在其他序列的部分上的盒可以以相似方式找到。
实施例C5-序列
Figure BDA00003468674100791
二硫键连接的构建体的实例可以是，但不限于下述连接的肽序列：
Figure BDA00003468674100792
例如，上述二硫键连接的构建体可以通过用硫醇-去保护的肽滴定含有2-吡啶亚磺酰(SPyr)-保护的半胱氨酸的肽而合成。这证明是一种优越的方法，选择性产生二硫键连接的肽异二聚体，防止形成同型二聚体(SchutzA等人，Tetrahedron，Volume56，Issue24，9June2000，3889-3891页)。可以制备相似的构建体，其中SEQ ID NO：115通过二硫键连接到SEQ ID NOs118或120，或其中SEQ ID NO：117通过二硫键连接到SEQ ID NOs：116或120，或者其中SEQ ID NO：119通过二硫键连接到SEQ ID NOs：116或118。
硫醚连接的构建体的实例可以是，但不限于，下述连接的肽序列，所有这些从Bachem(UK)Ltd获得：
Figure BDA00003468674100801
(该肽通过下划线的Cys和Lys残基连接；整个构建体在本文中称为BI400-B)。
(该肽通过下划线的Cys和Lys残基连接；整个构建体在本文中称为BI400-Bu1)。
Figure BDA00003468674100803
(该肽通过下划线的Cys和Lys残基连接；整个构建体在本文中称为BI400-Bu2)。
Figure BDA00003468674100804
(该肽通过下划线的Cys和Lys残基连接；整个构建体在本文中称为BI400-Bu3)。
Cys-Lys接头典型地以在一个肽中的半胱氨酸与另一个肽中的溴代乙酰基衍生的赖氨酸之间的硫醚键的形式建立。
可以制备相似的构建体，其中SEQ ID NO：121以Cys-Lys连接到SEQID NOs126或128，或者其中SEQ ID NO：125以Cys-Lys连接到SEQ IDNOs：122或124。
其他连接的构建体的实例可以为，但不限于，下述连接的肽序列：
Figure BDA00003468674100805
(所述肽通过下划线的Ser和Lys残基连接)
Ser-Lys接头典型地以在一个肽中的氧化的(醛)丝氨酸与另一个肽中(aminooxyacetylated)衍生的赖氨酸之间的肟键的形式建立。
实施例5
HCV二聚体肽的构建：
BI350-1mod1：
Figure BDA00003468674100811
该构建体通过用硫代-SMCC接头由第一肽中的赖氨酸残基至第二肽中的半胱氨酸残基连接单体肽。
BI350-1mod2：
Figure BDA00003468674100812
该构建体通过在第一肽中的Dpr(Aoa)至第二肽中由NaIO4氧化的Dpr(Ser)连接单体肽。
Dpr(Aoa)＝N-α-Fmoc-N-β-(N-t.-Boc-氨基-氧基乙酰基)-L-二氨基丙酸
备选地，K或C可以被N-ε-甲基化的Lys取代，其连接到Asp或Glu上。
因此，N-ε-甲基化的Lys可以通过侧链到侧链的肽键连接到Asp或Glu上，其中N甲基化使得所述键更稳定。
则序列将为(Lys(Me)是指N-ε-甲基化的Lys残基)：
Figure BDA00003468674100813
或
Figure BDA00003468674100821
或者备选地，如果键反转：
Figure BDA00003468674100822
或
Figure BDA00003468674100823
流感二聚体肽的构建：
BI150-2mod
Figure BDA00003468674100824
Dpr为二氨基丙酸，Dpr(Ser)为丝氨酰二氨基丙酸。
(以形成Dpr-Dpr(Ser)肟键，如在本申请中他处所述)
来自流感M2e蛋白的天然序列的肽，上述构建体靶向该肽，用于检测：
BI100-cg2MSLLTEVETPIRNEWGCRC(SEQ ID NO：142)
实施例6
免疫学研究
兔免疫
将新西兰雌性白兔(n＝3)在第0，2和6周用1ml BI400-B疫苗皮内免疫，所述BI400-B疫苗由在50％V/V弗氏佐剂中的500μg BI400-B组成(即，完全弗氏佐剂用于致敏，然后用不完全弗氏佐剂加强)。分离个体血清用于ELISA。
用于人或兔血清的直接ELISA
用50-100μl BI400-B(在包被前对于每种肽以16μg/ml在包被缓冲液-0.05M Na2CO3pH9.6，表示为CB-中在冷处预先温育1-3天)或仅CB(背景对照)在4℃过夜包被微量平板的孔。然后将微量平板用洗涤缓冲液(PBS+1％v/v Triton-X100；表示为WB)洗涤3次，然后在室温用200μl/孔封闭缓冲液(PBS+1％w/v BSA)封闭2小时。然后，将平板用WB洗涤3次，然后用50-70ul/孔添加的人(或兔)血清(在稀释缓冲液(PBS+1％v/v Triton-X100+1％w/v BSA；表示为DB)中在1∶1-1∶250范围内连续稀释)在37℃温育1小时。然后，将平板用WB洗涤6次，然后用70μl/孔碱性磷酸酶缀合的蛋白质G(在DB中3μg/ml；Calbiochem539305)在RT温育1小时。然后，将平板用WB洗涤6次，之后用100μl/孔0.3％w/vPhenophtalein单磷酸酯(Phenophtalein monophosphate)(Sigma P-5758)在室温温育10-60分钟。最后，通过添加100μl/孔猝灭溶液(0.1M TRIS+0.1M EDTA+0.5M NaOH+0.01％w/v NaN3；pH14)而猝灭平板，之后在550nm进行ELISA读数仪(ASYS UVM340)读数。
结果
用BI400-B进行免疫研究的结果证明可以产生激发有效的抗体应答的肽。这些抗体应答的特异性可以通过竞争Elisa证实。在动物模型中针对BI400-B产生的抗体与在天然HIV感染中激发的抗体相当，并且与长期的不进展性相关。这些结果表明这些肽适用于诊断和开发靶向HIV-诱导的免疫激活以及其他病原体的疫苗。
实施例7
通过ELISPOT测定检测流感特异性M2e应答
在第一天，将来自献血者的PBMC样品解冻，用温培养基洗涤，并且在烧瓶(250000PBMCs/cm2)中在37℃，5％CO2在覆盖量的培养基(RPMI1640，具有超-谷氨酰胺，Lonza，BE12-702F701；10％胎牛血清(FBS)，Fisher Scientific Cat.No.A15-101；青霉素/链霉素，Fisher ScientificCat.No.P11-010)中温育24小时，以允许细胞在解冻后复苏。在第二天，将细胞以在200μl总培养基体积中每孔500000个细胞添加到FalconMicrotest组织培养板(96孔，平底)。平行的孔添加所示的刺激物，一式两份，或仅留有培养基作为对照，在37℃，5％CO26天。在六天的温育后，将100μl细胞混悬液转移到用1μg/ml天然流感M2e蛋白包被的ELISPOT(Millipore multiscreen HTS)平板。24小时温育后，将平板用PBS+0,05％吐温20洗涤四次，第五次用PBS洗涤，洗涤液200μl/孔。将小鼠抗人IgG或IgM生物素(Southern Biotech9040-08和9020-08)在具有0.5％FBS的PBS中稀释，并且在37℃温育90分钟。洗涤如所述重复，然后每孔加入80μl链霉抗生物素蛋白-碱性磷酸酶(Sigma Aldrich，S289)，并且在暗处在室温温育60分钟。然后，将孔用PBS+0.05％吐温20洗涤2次，并用PBS洗涤4次，洗涤液200μl/孔，然后加入底物Vector Blue碱性磷酸酶底物试剂盒III(Vector Blue，SK-5300)，并允许在室温显色7分钟。用运行的水终止反应，将平板干燥，并且通过ELISPOT读数仪(S5UV Analyzer)计数斑点(sport)。
通过ELISA检测流感特异性M2e应答
用100μl所示的抗原(以8μg/ml在包被缓冲液-0.05M Na2CO3pH9.6，表示为CB-中在冷处预先温育1-3天)或仅CB(背景对照)在4℃过夜包被微量平板的孔。然后将微量平板用洗涤缓冲液(PBS+1％v/vTriton-X100；表示为WB)洗涤3次，然后在室温(RT)用200μl/孔封闭缓冲液(PBS+1％w/v BSA)封闭2小时。然后，将平板用WB洗涤3次，然后用50-70ul/孔添加的人(或兔或绵羊)血清(在稀释缓冲液(PBS+1％v/v Triton-X100+1％w/v BSA；表示为DB)中在1∶5-1∶250范围内连续稀释)在37℃温育1小时。然后，将平板用WB洗涤6次，然后用70μl/孔碱性磷酸酶缀合的蛋白质G(在DB中3μg/ml；Calbiochem539305)或山羊抗-小鼠IgG生物素(1μg/ml，Southern Biotech，1030-08)在RT温育1小时。在山羊抗-小鼠IgG生物素的情形中，将平板如上述多洗涤一步，然后加入100μl链霉抗生物素蛋白-碱性磷酸酶(1μg/ml，Sigma Aldrich，S289)并在RT温育1小时。然后，将平板用WB洗涤6次，之后用100μl/孔0.3％w/v Phenophtalein单磷酸酯(Phenophtalein monophosphate)(SigmaP-5758)在室温温育10-60分钟。最后，通过添加100μl/孔猝灭溶液(0.1MTRIS+0.1M EDTA+0.5M NaOH+0.01％w/v NaN3；pH14)而猝灭平板，之后在550nm进行ELISA读数仪(ASYS UVM340)测量。然后，血清的强度，即，体液免疫应答的幅度，报告为导致所述光学密度(OD)值的血清稀释度或在所示的血清稀释度的OD值。
结果
表2显示与未刺激的PBMC的基线增殖相比增殖的B细胞数目的相对量。该表清楚地显示，BI150-2mod被人记忆细胞识别，因为应答是IgG特异性的，意指BI150-2mod能够以允许产生结合BI150-2mod所来源的天然序列的抗体的方式刺激种类转换的B细胞。由于在人群中关于其针对流感M2蛋白的先前存在的体液记忆存在大量不同，故而预计在个体供体之间有大量不同。从表2可以看出BI150-2mod还能够诱导IgM B细胞的增殖。
Figure BDA00003468674100861
在第1，3，7周，用100μg肽，从第9周用具有1mg铝(以1.3％Alhydrogel的形式)的血清皮下(s.c)进行BALB/c小鼠的接种。在表3中，数据显示，当疫苗抗原被识别时，BI350-1mod1在BALB/c小鼠中诱导特异性免疫应答。还证明得到的免疫应答是种类转换事件的结果，原因在于免疫应答是IgG特异性的。
表3.在用BI350-1mod1+Alhydrogel接种的小鼠中针对疫苗抗原的血清IgG应答(OD)
Figure BDA00003468674100871
用在PBS中的500μg肽与下述佐剂：ISA51(接种周1，2，3，4，从第6周为血清)和弗氏佐剂(接种周1，12，26，从第28周为血清)进行绵羊接种。在表4中，数据显示与OD值对应的血清稀释度是测定背景的三倍。该表清楚地表明BI100-CG和BI100-CGcyc自身或与两种不同的标准佐剂一起诱导免疫应答。这表明所述构建体可以与不同的佐剂组合并且诱导IgG应答，IgG应答是已在绵羊中激发免疫学记忆的信号。
表4.在用BI100构建体接种的绵羊中针对BI100-cg2抗原的血清稀释度是背景IgG应答的三倍
BI100-CG BI100CGcyc
弗氏 11000 125
ISA51 125 25
无 25 25
Figure IDA00003468674500011
Figure IDA00003468674500021
Figure IDA00003468674500031
Figure IDA00003468674500041
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Figure IDA00003468674500101
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Figure IDA00003468674500121
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Figure IDA00003468674500731
Figure IDA00003468674500751
Figure IDA00003468674500761
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Figure IDA00003468674500781
Figure IDA00003468674500801
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Figure IDA00003468674500881
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Figure IDA00003468674500901
Figure IDA00003468674500911
Figure IDA00003468674500921
Figure IDA00003468674500931
Figure IDA00003468674500961
Figure IDA00003468674500971
Figure IDA00003468674500991
Figure IDA00003468674501001
Figure IDA00003468674501011
Figure IDA00003468674501021
Figure IDA00003468674501031
Figure IDA00003468674501041
Figure IDA00003468674501051
Figure IDA00003468674501061
Figure IDA00003468674501071
Figure IDA00003468674501091
Figure IDA00003468674501101
Figure IDA00003468674501111
Figure IDA00003468674501121

Claims (47)

1.由不超过60个氨基酸组成的分离的单体肽，其具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5各自独立地定义独立地选自甘氨酸(G)、精氨酸(R)、正亮氨酸、天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S)、赖氨酸(K)、色氨酸(W)、半胱氨酸(C)、鸟氨酸、二氨基丙酸(Dpr)或其衍生物的任意1，2，3，4或5个氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有50％以上的序列同一性。
2.根据权利要求1所述的分离的单体肽，其中X2和/或X4和/或X6具有与特定天然抗原多于55％的序列同一性，诸如多于60％，诸如多于65％，诸如多于70％，诸如多于75％，诸如多于80％，诸如多于85％，诸如多于90％，诸如多于95％，诸如多于96％，诸如多于97％，诸如多于98％，诸如多于99％，诸如100％的序列同一性。
3.根据权利要求1或2所述的分离的单体肽，其中所述特定天然抗原是来源于下述的蛋白或肽序列：疾病抗原，诸如传染原，诸如细菌、病毒、寄生虫、真菌，或癌症抗原，诸如癌基因(肺癌、胃癌、乳腺癌)或引起自身免疫疾病的抗原，所述自身免疫疾病如糖尿病、多发性硬化(MS)、乳糜泻、肌痛性脑脊髓炎(ME)、银屑病和/或克罗恩病。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的分离的单体肽，其中所述特定天然抗原是病毒蛋白，诸如结构蛋白，诸如衣壳蛋白，调节蛋白，酶蛋白和蛋白水解蛋白。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的分离的单体肽，其中所述病毒蛋白是选自丙型肝炎病毒，流感病毒，诸如M2蛋白，人免疫缺陷病毒(HIV)，巨细胞病毒(CMV)和人乳头瘤病毒(HPV)的病毒的蛋白，诸如核心蛋白或包膜蛋白。
6.根据权利要求5所述的分离的单体肽，其中所述病毒蛋白是选自特定基因型的任意一种HCV共有序列的丙型肝炎病毒的病毒蛋白，所述特定基因型如基因型1，如亚型1a和1b，基因型2，如2a和2b，基因型3，如3a，基因型4，基因型5和基因型6。
7.根据权利要求1-3中任一项所述的分离的单体肽，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6定义的氨基酸序列不存在于所述天然抗原的天然序列中。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽为18-60个氨基酸的肽，如19-60个氨基酸，如20-60个氨基酸，如21-60个氨基酸，如22-60个氨基酸，如23-60个氨基酸，如24-60个氨基酸，如25-60个氨基酸，如26-60个氨基酸，如27-60个氨基酸，如28-60个氨基酸，如29-60个氨基酸，如30-60个氨基酸，如31-60个氨基酸，如32-60个氨基酸，如33-60个氨基酸，如34-60个氨基酸，如35-60个氨基酸，如36-60个氨基酸，如37-60个氨基酸，如38-60个氨基酸，如39-60个氨基酸，如40-60个氨基酸，如42-60个氨基酸，如44-60个氨基酸，如46-60个氨基酸，如48-60个氨基酸，如50-60个氨基酸，如52-60个氨基酸，如54-60个氨基酸，如56-60个氨基酸，如58-60个氨基酸。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽为18-60个氨基酸的肽，如18-58个氨基酸，如18-56个氨基酸，如18-54个氨基酸，如18-52个氨基酸，如18-50个氨基酸，如18-48个氨基酸，如18-46个氨基酸，如18-44个氨基酸，如18-42个氨基酸，如18-40个氨基酸，如18-39个氨基酸，如18-38个氨基酸，如18-37个氨基酸，如18-36个氨基酸，如18-35个氨基酸，如18-34个氨基酸，如18-33个氨基酸，如18-32个氨基酸，如18-31个氨基酸，如18-30个氨基酸，如18-29个氨基酸，如18-28个氨基酸，如18-27个氨基酸，如18-26个氨基酸，如18-25个氨基酸，如18-24个氨基酸，如18-23个氨基酸，如18-22个氨基酸，如18-21个氨基酸，如18-20个氨基酸，如18-19个氨基酸。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽由不超过约55个氨基酸，如不超过约50个氨基酸，如不超过约45个氨基酸，如不超过约40个氨基酸，如不超过约38个氨基酸，如不超过约36个氨基酸，如不超过约34个氨基酸，如不超过约32个氨基酸，如不超过约30个氨基酸，如不超过约28个氨基酸，如不超过约26个氨基酸，如不超过约24个氨基酸，如不超过约22个氨基酸，如不超过约20个氨基酸，如不超过约18个氨基酸，如不超过约16个氨基酸，如不超过约14个氨基酸，如不超过约12个氨基酸，如不超过约10个氨基酸组成。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽由至少约10个氨基酸，如至少约12个氨基酸，如至少约14个氨基酸，如至少约16个氨基酸，如至少约18个氨基酸，如至少约20个氨基酸，如至少约22个氨基酸，如至少约24个氨基酸，如至少约26个氨基酸，如至少约28个氨基酸，如至少约30个氨基酸，如至少约32个氨基酸，如至少约34个氨基酸，如至少约36个氨基酸，如至少约38个氨基酸，如至少约40个氨基酸，如至少约45个氨基酸，如至少约50个氨基酸，如至少约55个氨基酸，如至少约60个氨基酸组成。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的分离的单体肽，其中X1-X2-X3-X4-X5-X6的总净电荷等于或高于0，诸如高于1，2，3，4或5。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的分离的单体肽，其中所述单体肽能够诱导体液免疫应答。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X1和/或X3和/或X5选自K，Lys(Me)，RRG，G(Dpr(Ser))G，Dpr，Dpr(ser)，GG(Dpr(Ser))GG(SEQ ID NO：150)，GEG，CS，GDG，E，G(Lys(Me))G，D，RR，WWGC(SEQ ID NO：54)，RRG，RRZC(SEQ ID NO：55)，WWQC(SEQ IDNO：56)，WW，RR-Har，Har，WDWGC(SEQ ID NO：57)，CGG，CGGG(SEQID NO：58)，GCGG(SEQ ID NO：59)，G，GKG，GC，GG，C，R，GCG，CG，GRR，GGCGG(SEQ ID NO：60)，CGGKG(SEQ ID NO：61)，CGGKGG(SEQ ID NO：62)，GGKGG(SEQ ID NO：63)，KG和GWK。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6选自SLLTEVETP(SEQ ID NO：64)，SLZTDIETP(SEQIDNO：65)，TDIET(SEQ ID NO：66)，CSLLT(SEQ ID NO：67)，SLLTEVQTPIRN(SEQ IDNO：68)，TPIRSEWGCRSN(SEQ ID NO：69)，IDTPIR(SEQ ID NO：70)，AKRRV(SEQ ID NO：71)，IEEEG(SEQ ID NO：72)，AKRRVV(SEQ ID NO：73)，DQQLL(SEQ ID NO：74)，AEEEVV(SEQ ID NO：75)，GIEEE(SEQ ID NO：76)，IEEEGGRDRDR(SEQ ID NO：77)，CAKRRVVC(SEQID NO：78)，IEEEGGERDRDR(SEQ ID NO：79)，IEEEGGQDRDR(SEQ ID NO：80)，IEEEGGEQDRDR(SEQ ID NO：81)，EEEIGGRDRD(SEQ ID NO：82)，RLEPWKH(SEQ ID NO：83)，FHSQV(SEQ ID NO：84)，FITKGLGISY(SEQ ID NO：85)，LLADARVCS(SEQ ID NO：86)，GV(Nle)AGIAYFS(SEQ ID NO：87)，VETPIR(SEQ ID NO：88)，VETPIRN(SEQ ID NO：89)，SNDSS(SEQ ID NO：90)，TPIBQDWG(SEQ ID NO：91)，AKRRVVQREKRA(SEQ ID NO：92)，IEEEGGERDR(SEQ ID NO：93)，AEEEIV(SEQ ID NO：94)，RDRDR(SEQ ID NO：95)，ERDRDR(SEQ ID NO：96)，AKRRVVEREKRA(SEQ ID NO：97)，QDRDR(SEQ ID NO：98)，EQDRDR(SEQ ID NO：99)，RDRDQ(SEQ ID NO：100)，GSQPKTA(SEQ ID NO：101)，FITKGLGISYGRK(SEQ ID NO：102)，LLADARVSA(SEQ ID NO：103)，GVLAGIAYYS(SEQ ID NO：104)，TPIRNEWG(SEQ ID NO：105)，SEWGSRSN(SEQ ID NO：106)，SLZTDIETPG(SEQ ID NO：107)，QREKRAV(SEQ ID NO：108)，QREKR(SEQ ID NO：109)，IEEEGG(SEQ ID NO：110)，EREKRA(SEQ ID NO：111)，QREKRA(SEQ ID NO：112)，ERDRD(SEQ ID NO：113)，HPGSQ(SEQ ID NO：114)，TPIXQEW(SEQ ID NO：151)，EQDRDRGG(SEQ ID NO：152)，GNWAKVL(SEQ ID NO：153)，LLADARV(SEQ ID NO：154)，NWAKVI(SEQ ID NO：155)，和SGADRV(SEQ ID NO：156)。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的分离的单体肽，其中所述单体肽包含至少一个选自Cys、Lys、Ser、Asp和Glu残基的氨基酸或其衍生物。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X1和/或X3和/或X5如表1中定义。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6如表1中定义。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的分离的单体肽，其中所述序列X2和/或X4和/或X6定义4-17个、如5-16个、如5-15个、如5-14个、如5-13个、如5-12个、如5-10个氨基酸的序列。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽包含一个或多个分子内键，诸如一个或多个Cys-Cys键。
21.根据权利要求1-20中任一项所述的分离的单体肽，所述单体肽诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸具有延迟的N端蛋白水解降解。
22.包含两个以上单体肽的分离的多聚体肽，诸如二聚体肽，每个单体肽独立地由不超过60个氨基酸组成，其具有下述结构：
X1-X2-X3-X4-X5-X6(式I)，
其中X1，X3和可选部分X5独立地定义独立地选自甘氨酸、精氨酸、正亮氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、赖氨酸、色氨酸、半胱氨酸、鸟氨酸、二氨基丙酸或其衍生物的任意1，2，3，4或5个氨基酸的线性序列；X2，X4和可选部分X6各自独立地定义5-17个氨基酸的线性序列，每个与特定天然抗原具有50％以上的序列同一性，所述单体肽通过一个或多个分子间键共价连接。
23.根据权利要求22所述的分离的二聚体肽，其中两个以上的单体肽序列相同。
24.根据权利要求22所述的分离的二聚体肽，其中两个以上的单体肽序列不同。
25.根据权利要求22-24中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述多聚体肽如二聚体肽的一个或多个肽链诸如通过掺入D形式的N端前1、2或3个氨基酸，或通过掺入β或γ形式的N端前1、2或3个氨基酸具有延迟的N端蛋白水解降解。
26.根据权利要求22-25中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中接头位于选自X1，X2，X3，X4，X5和X6的任意序列内，诸如在第一单体肽的X1，X2或X3中至在至少一个第二单体肽上的任意位置，诸如在X1，X2或X3的序列内。
27.根据权利要求22-26中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，所述多聚体肽如二聚体肽包含至少12个氨基酸的辅助表位，诸如至少13，14，15或17个氨基酸的辅助表位，所述辅助表位由组合的氨基酸序列组成，所述氨基酸序列为来自第一单体肽的氨基酸序列和来自至少一个第二单体肽的氨基酸序列，诸如来自第一单体肽的2-12个氨基酸和来自至少一个第二单体肽的2-12个氨基酸之间的组合。
28.根据权利要求22-27中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键选自两个Cys残基之间的二硫键(S-S)。
29.根据权利要求22-28中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是第一单体肽中的Cys残基与至少一个第二单体肽中的修饰的Lys残基之间的硫醚键。
30.根据权利要求22-29中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是第一单体肽中的衍生的Lys残基与至少一个第二单体肽中的衍生的Ser残基之间的肟键。
31.根据权利要求22-30中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是第一单体肽中的N-甲基化的Lys侧链与至少一个第二单体肽中的Asp或Glu残基的侧链之间的肽键。
32.根据权利要求22-31中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述分子间键是由氧化第一单体肽中的丝氨酸残基产生的醛部分与第二单体肽中的修饰的氨基酸(氮氧基酸)如衍生的二氨基丙酸、赖氨酸或鸟氨酸的游离的氮氧基团之间的肟键。
33.根据权利要求22-32中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中所述单体肽诸如经由第一单体肽中的Asp或Glu残基和在至少一个第二单体肽中的Asp或Glu残基通过聚乙二醇(PEG)接头连接，或通过聚Lys核心连接。
34.根据权利要求22-33中任一项所述的分离的多聚体肽，如二聚体肽，其中任意一个所述单体肽独立地定义于权利要求1-21任一项中。
35.组合物，所述组合物包含选自权利要求1-21中任一项定义的单体肽和权利要求22-34中任一项定义的分离的多聚体肽诸如二聚体肽的两个以上的化合物。
36.选自权利要求1-21中任一项定义的单体肽、和权利要求22-34中任一项定义的分离的多聚体肽诸如二聚体肽的肽用于在受试者中诱导体液免疫应答的用途。
37.编码权利要求1-34中任一项所述的肽的分离的核酸或多核苷酸。
38.包含权利要求37所述的核酸或多核苷酸的载体。
39.包含权利要求38所述的载体的宿主细胞。
40.免疫原性组合物，其包含与药用稀释剂或赋形剂和可选免疫学佐剂组合的：至少一种权利要求1-21中任一项所述的单体肽，权利要求22-34中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，权利要求35所述的肽组合物，权利要求37所述的核酸或多核苷酸，或权利要求38所述的载体。
41.根据权利要求40所述的免疫原性组合物，其为疫苗组合物的形式。
42.用于在受试者中诱导针对抗原的免疫应答的方法，所述方法包括施用至少一种权利要求1-21中任一项所述的单体肽，权利要求22-34中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，权利要求35所述的肽组合物，权利要求37所述的核酸或多核苷酸，或权利要求38所述的载体；或权利要求40-41中任一项所述的组合物。
43.用于减轻和/或延缓疾病抗原如传染原在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用的方法，所述方法包括施用有效量的至少一种权利要求1-21中任一项所述的单体肽，权利要求22-34中任一项所述的分离的多聚体肽如二聚体肽，权利要求35所述的肽组合物，权利要求37所述的核酸或多核苷酸，或权利要求38所述的载体；或权利要求40-41中任一项所述的组合物。
44.根据权利要求1-34中任一项所述的肽，其用作药物。
45.根据权利要求1-34中任一项所述的肽，其用于治疗疾病抗原如传染原在感染所述传染原或患有由所述抗原引起的所述疾病的受试者中的病理作用。
46.根据权利要求1-34中任一项所述的肽，所述肽用于体外测定，诸如ELISA测定，诸如用于诊断目的。
47.权利要求1-34中任一项所述的肽用于体外测定，诸如ELISA测定，诸如用于诊断目的的用途。
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