CN103298950A - 用于鉴定和治疗狼疮的方法和组合物 - Google Patents

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Abstract

提供了与狼疮有关的独特的一组遗传变异。还提供了用于检测此类遗传变异和用于评估形成狼疮的风险以及用于诊断和治疗狼疮的方法。

Description

用于鉴定和治疗狼疮的方法和组合物
对相关申请的交叉引用
本专利申请要求2007年5月21日提交的美国专利申请号60/939,156和2007年12月12日提交的美国专利申请号61/013,283的优先权。由此通过提及而完整收录这些专利申请及其中含有的所有参考文献的内容。
发明领域
一般而言，本发明涉及与狼疮有关的独特的一组遗传多态性，和用于评估形成狼疮的风险以及用于诊断和治疗狼疮的方法。
发明背景
狼疮是一种自身免疫性疾病，牵涉攻击结缔组织的抗体。据估计，该疾病影响近1百万美国人，主要是年龄20-40之间的女性。狼疮的主要形式是一种系统性的形式(系统性红斑狼疮；SLE)。系统性红斑狼疮(SLE)是一种慢性自身免疫性疾病，具有强烈的遗传要素以及环境要素(参见例如HochbergMC，Dubois’Lupus Erythematosus.第5版，Wallace DJ，Hahn BH编Baltimore：Williams and Wilkins(1997)；Wakeland EK等，Immunity 2001；15(3)：397-408；Nath SK等，Curr.Opin.Immunol.2004；16(6)：794-800)。自身抗体在SLE的发病机制中发挥重要作用，并且该疾病的多种多样的临床表现是由于含有抗体的免疫复合物在血管中的沉积(这导致肾、脑和皮肤中的发炎)，以及自身抗体促成溶血性贫血和血小板减少的直接致病效应。一般而言，SLE被表征为具有广泛临床特征的自身免疫性结缔组织病症，其主要影响女性，尤其是来自某些民族的(D’Cruz等，Lancet(2007)，369：587-596)。SLE与抗核抗体的生成、循环中的免疫复合物、和补体系统的活化有关。SLE具有的发病率为700名年龄在20和60之间的女性中有约1例。SLE能影响任何器官系统，并能引起严重的组织损伤。SLE中存在不同特异性的众多自身抗体。SLE患者常常产生具有抗DNA、抗Ro、和抗血小板特异性且能够启动疾病(诸如肾小球肾炎、关节炎、浆膜炎、新生儿中的完全性心脏传导阻滞、和血液学异常)的临床特征的自身抗体。这些自身抗体还可能涉及中枢神经系统紊乱。Arbuckle等记载了SLE临床发作前自身抗体的形成(Arbuckle等N.Engl.J.Med.349(16)：1526-1533(2003))。狼疮(包括SLE)的确诊是不容易的，这导致临床医生诉诸于基于多因素征候和症状的分类办法(Gill等，American FamilyPhysician(2003)，68(11)：2179-2186)。
狼疮不治疗能致命，因为它从攻击皮肤和关节发展至内部器官，包括肺、心、和肾(主要关注肾病)，如此使对形成狼疮的风险的早期且准确的诊断和/或评估尤为至关重要。狼疮主要表现为一系列突然发作，及少许或无疾病表现的居间期。肾损伤(通过尿中蛋白尿的量来测量)是SLE中与致病性有关的最剧烈损伤区域之一，并且占到该疾病至少50％的死亡率和发病率。
复杂自身免疫性疾病(诸如狼疮)的临床管理中最困难的挑战之一是对患者中该疾病的准确且早期的鉴定。在这几年里，已经实施了许多连锁和候选基因研究以鉴定促成SLE易感性的遗传因子。携带HLA II类等位基因DRB1*0301和DRB1*1501的单元型明显与疾病以及针对核自身抗原的抗体的存在有关(参见例如Goldberg MA等，Arthritis Rheum 1976；19(2)：129-32；Graham RR等，Am J Hum Genet 2002；71(3)：543-53；及Graham RR等，Eur JHum Genet 2007；15(8)：823-30)。新近，发现干扰素调节因子5(IRF5)和信号转导及转录激活蛋白4(STAT4)的变体是SLE重要的风险因子(参见例如Sigurdsson S等，Am J Hum Genet 2005；76(3)：528-37；Graham RR等，Nat Genet2006；38(5)：550-55；Graham RR等，Proc Natl Acad Sci U S A 2007；104(16)：6758-63；及Remmers EF等，N Engl J Med 2007；357(10)：977-86)。IRF5和STAT4作为SLE风险基因的鉴定为如下观念提供支持，即I型干扰素途径对于疾病发病机制是重要的(参见例如Ronnblom L等，J Exp Med 2001；194(12)：F59-63；Baechler EC等，Curr Opin Immunol 2004；16(6)：801-07；Banchereau J等，Immunity 2006；25(3)：383-92；Miyagi T等，J Exp Med 2007；电子出版；9月10日)。
为此目的，具有基于分子的诊断方法会是高度有利的，其能用于客观地鉴定患者中疾病的存在和/或将患者中的疾病分类。遗传变异或多态性是存在于生物体基因组中的遗传变异。多态性包括单核苷酸多态性(SNP)(参见例如，Carlson等，Nature 2004；429：446-452；Bell，Nature 2004；429：453-463；Evans和Relling，Nature 2004；429：464-468)。已经将SNP与严重疾病的风险和/或存在坚固地联系起来，诸如糖尿病(Sladek等，Nature 2007；445：881-828；Zeggini等，Science 2007；4月26日；Scott等，Science 2007；4月26日；及Saxena等，Science 2007；4月26日)；克罗恩病(例如Hampe等，Nat.Genet.2007；2月；39(2)：207-11)；类风湿性关节炎(例如美国专利公开文本号2007/0031848)；和其它炎性免疫性疾病(例如美国专利6,900,016；美国专利7,205,106)。
直到最近，还不可能对基因组全面检查改变针对复杂疾病(诸如狼疮)的风险的变体。然而，与容许对几十万变体进行划算且准确的基因型分型的技术进步偶联的共同人变异的广泛目录的产生(参见例如Nature 2005；437(7063)：1299-320)已经推动了人类基因组学的革命。第一次，有可能进行充满动力的(well-powered)全基因组关联扫描以更全面地测试如下假设，即共同变体影响风险。在过去两年中，已经高度证实了此技术(参见例如Dewan A等，Science 2006；314(5801)：989-92；Nature 2007；447(7145)：661-78，Matarin M等，Lancet neurology 2007；6(5)：414-20；Moffatt MF等，Nature 2007；448(7152)：470-73；Plenge RM等，N Engl J Med 2007；Saxena R等，Science2007；316(5829)：1331-36；Scott LJ等，Science 2007；316(5829)：1341-45；ScuteriA等，PLoS Genet 2007；3(7)：e115)。所鉴定的风险基因座提供对人疾病中失调的分子途径的新了解。
然而，仍然显著缺乏关于SNP与复杂疾病(诸如狼疮)的关联的可靠信息，如此显然继续需要鉴定与此类疾病有关的多态性。此类关联会极大地有益于鉴定患者中狼疮的存在或测定形成该疾病的易感性。另外，可以以整体要素形式利用关于SNP与复杂疾病(诸如狼疮)的关联的统计学和生物学显著的且可重现的信息，以致力于鉴定特定患者子集，预期他们会显著受益于用特定治疗剂进行的治疗，例如其中所述治疗剂在临床研究中显示或者已经显示了在此类特定狼疮患者亚群中是有治疗益处的。
本文中所描述的发明满足上文所述需要，并提供其它益处。
通过提及而完整收录本文中引用的所有参考文献，包括专利申请和出版物。
发明概述
本发明提供了用于鉴定狼疮、和用于评估形成狼疮的风险的准确的、简单的、和快速的方法和组合物，其至少部分基于一种或多种遗传变异(例如SNP)的鉴定，所述遗传变异以高的统计学和生物学显著性与狼疮的存在、亚型、和/或患者亚群相关联。更具体地，本发明涉及与狼疮及其亚型有关的独特SNP集合、此类SNP的独特组合、和连锁不平衡区域的鉴定及罹患狼疮及其亚型的患者亚群的鉴定。
具体地，所述独特的SNP集合和/或组合可用作指明有风险形成狼疮的受试者或指明疾病或其症状或状况的遗传序型(genetic profile)或标签(signature)。本文中所公开的多态性作为用于评估形成狼疮的风险的生物标志是有用的，以及对于用于设计诊断试剂的靶物是有用的。在一些方面，所述SNP与基因无关。在其它方面，所述SNP与基因有关，并且可以位于基因间或基因内的区域中，且更具体地，可以位于编码区或非编码区中。与本发明的SNP有关的基因可以与未知基因有关，或者可以与已知基因(例如ITGAM或BLK)有关。
本文中所鉴定的SNP提供了用于开发如下治疗剂的靶物，所述治疗剂用于经遗传鉴定的狼疮患者的诊断和治疗，包括展现出包含一种或多种本发明SNP的独特遗传标签的狼疮患者亚群的诊断和靶向治疗。例如，一方面，含有本文中所鉴定的遗传变异的基因、与这些基因有关的核酸(例如DNA或RNA)、和由这些基因编码的蛋白质可以作为用于开发治疗剂(例如小分子化合物、抗体、反义/RNAi剂等)的靶物使用或者直接作为用于治疗狼疮的治疗剂(例如治疗性蛋白质等)使用。
因而，一方面，本发明提供了一种或多种SNP的集合，其形成用于评估形成狼疮的风险的独特遗传标签。一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。
一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的1种或多种SNP、2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。一方面，所述遗传标签的SNP选自表6。另一方面，所述SNP选自rs9888739、rs13277113、rs7574865、rs2269368、rs6889239、rs2391592和rs21177770。另一方面，所述SNP选自rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
另一方面，本发明提供了评估受试者是否有风险形成狼疮的方法，其通过在自所述受试者获得的生物学样品中检测指明形成狼疮的风险的遗传标签的存在来实现，其中所述遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP的集合。一方面，所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表6的1-19种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何ITGAM SNP的ITGAM SNP。另一方面，所述SNP集合进一步包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自下组SNP的一种或多种SNP：rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
另一方面，本发明提供了在受试者中诊断狼疮的方法，其通过在自所述受试者获得的生物学样品中检测指明狼疮的遗传标签的存在来实现，其中所述遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP的集合。
另一方面，本发明提供了一种分离的多核苷酸或其片段，其长度为至少约10个核苷酸，其中所述多核苷酸或其片段包含：a)与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处的遗传变异，或(b)(a)的互补物。一方面，所述分离的多核苷酸是基因组DNA，其包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)。另一方面，所述分离的多核苷酸是RNA，其包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)。
一方面，本发明提供了一种分离的PRO相关多核苷酸或其片段，其长度为至少约10个核苷酸，其中所述PRO相关多核苷酸或其片段包含：a)与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处的遗传变异，或(b)(a)的互补物。一方面，所述分离的多核苷酸是基因组DNA，其编码包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的基因(和/或该基因的调控区)。另一方面，所述SNP在染色体中不编码基因的区域中。另一方面，所述SNP在染色体的基因间区域中。另一方面，所述分离的多核苷酸是引物。另一方面，所述分离的多核苷酸是寡核苷酸。
另一方面，本发明提供了一种寡核苷酸，其是(a)等位基因特异性寡核苷酸，其与多核苷酸中在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含遗传变异的区域杂交，或(b)(a)的互补物。一方面，所述SNP在PRO相关多核苷酸中，所述PRO相关多核苷酸编码包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的基因(或其调控区)。另一方面，所述SNP在基因组DNA中，所述基因组DNA编码包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的基因(或其调控区)。另一方面，所述SNP在该基因的非编码区中。另一方面，所述SNP在该基因的编码区中。另一方面，所述等位基因特异性寡核苷酸是等位基因特异性引物。
另一方面，本发明提供了一种试剂盒，其包含上文任一种寡核苷酸和，任选地，至少一种酶。一方面，所述至少一种酶是聚合酶。另一方面，所述至少一种酶是连接酶。
另一方面，本发明提供了一种微阵列，其包含上文任何寡核苷酸。
另一方面，本发明提供了一种检测多核苷酸中在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处是否存在变异的方法，该方法包括(a)使怀疑包含所述变异的核酸与对所述变异特异性的等位基因特异性寡核苷酸在适合于所述等位基因特异性寡核苷酸与所述核酸杂交的条件下接触；并(b)检测是否存在等位基因特异性杂交。一方面，所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。一方面，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
另一方面，本发明提供了一种扩增在多核苷酸中在与选自如图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含变异的核酸的方法，该方法包括(a)使所述核酸与如下引物接触，所述引物与所述核酸在所述变异3’序列处杂交，并(b)延伸所述引物以生成包含所述变异的扩增产物。一方面，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
另一方面，本发明提供了一种测定来自哺乳动物的生物学样品的基因型的方法，该方法包括在自所述生物学样品衍生的核酸材料中检测在多核苷酸中在与选自如图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处是否存在变异。一方面，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
另一方面，所述生物学样品已知或者怀疑包含本发明的多核苷酸，其中所述多核苷酸在与选自如图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含变异。另一方面，所述生物学样品是疾病组织。另一方面，所述检测包括实施选自下组的方法：引物延伸测定法；等位基因特异性引物延伸测定法；等位基因特异性核苷酸掺入测定法；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法；5’核酸酶测定法；采用分子信标(molecularbeacon)的测定法；和寡核苷酸连接测定法。
另一方面，本发明提供了一种对哺乳动物中的狼疮细分类的方法，该方法包括在自所述哺乳动物衍生的生物学样品中检测图1-17和表1-10中所列一种或多种SNP的存在，其中已知或怀疑所述生物学样品包含至少一种包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP的多核苷酸。一方面，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
另一方面，所述检测包括实施选自下组的方法：引物延伸测定法；等位基因特异性引物延伸测定法；等位基因特异性核苷酸掺入测定法；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法；5’核酸酶测定法；采用分子信标的测定法；和寡核苷酸连接测定法。
另一方面，本发明提供了一种用于预测患有狼疮的受试者是否会响应狼疮治疗剂的方法，该方法包括测定所述受试者是否在多核苷酸中在与选自如图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含变异，其中存在变异指明所述受试者会响应所述治疗剂。一方面，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
另一方面，本发明提供了一种对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的多核苷酸中的变异的存在，其中：(a)已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的多核苷酸；(b)所述变异包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP，或者位于与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP对应的核苷酸位置处；且(c)所述变异的存在对所述受试者中的狼疮做出诊断或预后。
另一方面，本发明提供了一种对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中的变异的存在，其中：(a)已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸；(b)所述变异包含图1-17和表1-10中所列SNP，或者位于与图1-17和表1-10中所列SNP对应的核苷酸位置处；且(c)所述变异的存在对所述受试者中的狼疮做出诊断或预后。
另一方面，本发明提供了一种帮助对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的多核苷酸中的变异的存在，其中：(a)已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的多核苷酸；(b)所述变异包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP，或者位于与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP对应的核苷酸位置处；且(c)所述变异的存在对所述受试者中狼疮的状况或症状做出诊断或预后。
另一方面，本发明提供了一种帮助对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中的变异的存在，其中：(a)已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸；(b)所述变异包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP，或者位于与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP对应的核苷酸位置处；且(c)所述变异的存在对所述受试者中狼疮的状况或症状做出诊断或预后。
另一方面，所述多核苷酸包含连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列。一方面，所述变异在包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP的基因组DNA中。一方面，所述SNP在不编码基因的染色体区域中。另一方面，所述SNP在基因间区域中。
另一方面，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。一方面，所述变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP。一方面，所述SNP在所述基因的非编码区中。另一方面，所述SNP在所述基因的编码区中。
另一方面，本发明提供了一种鉴定有效治疗患者亚群中狼疮的治疗剂的方法，该方法包括使所述药剂的功效与所述患者中选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP的存在相关联，由此将所述药剂鉴定为有效治疗所述患者亚群中的狼疮。
另一方面，本发明提供了一种鉴定有效治疗患者亚群中狼疮的治疗剂的方法，该方法包括使所述药剂的功效与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP的组合的存在相关联，由此将所述药剂鉴定为有效治疗所述患者亚群中的狼疮。
另一方面，本发明提供了一种在已知与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中治疗狼疮状况的方法，该方法包括向所述受试者施用有效治疗所述状况的治疗剂。
另一方面，本发明提供了一种治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用有效治疗在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异的受试者中的所述状况的治疗剂。
另一方面，本发明提供了一种治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用在至少一项临床研究中显示有效治疗所述状况的治疗剂，在所述临床研究中向至少5名人受试者施用所述药剂，所述人受试者均在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异。一方面，所述至少5名受试者具有该组至少5名受试者的总共2种或更多种不同SNP。另一方面，所述至少5名受试者具有所述整组至少5名受试者的同一SNP。
另一方面，本发明提供了一种治疗特定狼疮患者亚群的狼疮受试者的方法，其中所述亚群的特征至少部分为与在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的SNP对应的核苷酸位置处的遗传变异的关联，且其中所述方法包括向所述受试者施用有效量的治疗剂，所述治疗剂被批准为针对所述亚群的治疗剂。一方面，所述亚群患有狼疮肾炎。另一方面，所述亚群是女性。另一方面，所述亚群是欧洲血统的。
另一方面，本发明提供了一种方法，其包括制造狼疮治疗剂，并包装所述药剂及向受试者施用所述药剂的用法说明，所述受试者患有或者被认为患有狼疮，且所述受试者在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处具有遗传变异。
另一方面，本发明提供了一种详细说明在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括提供关于向患者亚群施用所述治疗剂的用法说明，所述患者亚群的特征在于在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处的遗传变异。
另一方面，本发明提供了一种用于销售在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括告知目标受众关于所述治疗剂用于治疗所述患者亚群的用途，所述患者亚群的特征在于此类亚群患者中在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处存在遗传变异。
另一方面，本发明提供了一种用于在已知在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控经由B细胞受体的信号传导的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控经由B细胞受体的信号传导的治疗剂。
另一方面，本发明提供了一种用于在已知在与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控Th17细胞分化的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控Th17细胞分化的治疗剂。
另一方面，本发明提供了一种SNP集合，其包含指明有风险形成狼疮的遗传标签，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP。一方面，所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自下组的一种或多种SNP：rs9888739、rs13277113、rs7574865、rs2269368、rs6889239、rs2391592和rs21177770。另一方面，所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表6的1-19种SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何ITGAM SNP的ITGAM SNP。另一方面，所述SNP集合进一步包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。另一方面，所述SNP集合包含选自下组SNP的一种或多种SNP：rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
另一方面，本发明提供了一种SNP集合，其包含指明狼疮的遗传标签，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP。
附图简述
图1描绘了来自SLE中的全基因组关联扫描的结果鉴定出5种主要基因。数据表示3个样品系列(总共1311份SLE病例和3340份对照)中分型的502,033种SNP变体。小图A显示了观察到的P值分布对预期的空P值分布的分位数-分位数标绘图。菱形表示所有P值，而圆形表示排除HLA、IRF5和STAT4区变体后的P值。小图B是来自通过染色体组织的组合分析的-log10P值的图示。小图B中没有显示P＜1×10-13的别的HLA区变体(N＝34)。
图2显示了来自BLK/C8orf13区的有关变体与转化B细胞中的表达水平相关联。A)展示了来自BLK/C8orf13区的-log10P值。菱形的颜色表示与rs13277113的r2关联。在标绘图上方展示了该区域中的所有RefSeq基因，所述标绘图显示了区域中的LD，如通过分析对照染色体所确定的。值得注意的是，染色体8上的此有关区域位于共同多态性4.2Mb染色体内倒位内(参见例如Giglio等Am J Hum Genet 2001；68(4)：874-83及Sugawara等Genomics2003；82(2)：238-44)，并且与穿越该区域的延伸LD的罕见的低水平有关，如所显示的。然而，BLK/C8orf13与SLE的关联不依赖于该倒位。显示了BLK(B)和C8orf13(C)在来自210名无关的健康CEU HapMap建立者的转化B细胞系中的表达通过rs13277113处的基因型来分层。使用不成对Student T检验来确定差异表达的显著性。
图3显示了ITGAM/ITGAX因座内的变体与SLE有关。小图A显示了来自ITGAM/ITGAX区的-log10P值。菱形的颜色表示与rs11574637的r2关联。在标绘图上方展示了区域中所有的RefSeq基因，所述标绘图显示了区域中的LD，如通过所研究的对照染色体所确定的。小图B描绘了ITGAM的基因组结构、保守的主要蛋白质域、和rs11574637与ITGAM两种非同义等位基因之间的关系。
图4描绘了SLE系列1-3和瑞典病例中的临床特征频率。
图5描绘了在1311份病例和3340份对照中的全基因组扫描中与SLE有关的前50名基因座。
图6描绘了BLK、C8orf1和对照基因在210个来自HapMap个体的转化B细胞系中的表达水平。
图7描绘了BLK在来自HapMap群体的转化B细胞中的表达。
图8描绘了通过病例/对照系列得到的C8orf13/BLK和ITGAM/ITGAX区变体与SLE的关联。
图9描绘了SLE系列1-3中C8orf13/BLK和ITGAM/ITGAX变体与11项ACR临床标准的关联。
图10描绘了521份瑞典SLE病例中C8orf13/BLK和ITGAM/ITGAX变体与11项ACR临床标准的关联。在瑞典样品中，对521份病例检查与ACR标准的关联。通过2×2列联表和卡方检验来评估统计学显著性。不对多重检验调整计算的P值，因为已知ACR标准是相关联的，并且X＝0.05/11＝0.0045的简单Bonferroni修正可能会过度保守。
图11描绘了用于组合针对系列大小加权且针对残数基因组对照膨胀因子(λgc)调整的修正Z得分的公式。计算每个系列的方差(σ2)，其中p＝病例和对照中的等位基因频率。计算3个SLE系列的组合Z得分(Z*)，其中Z1、Z2、和Z3等于基于来自每个系列的变体与SLE的关联的EIGENSTRAT修正卡方的Z得分，且其中λ1、λ2、和λ3是对每个系列进行EIGENSTRAT修正后的残数基因组对照膨胀因子(λgc)。
以下关键词应用于图12-17中的标题：
  SNP#   SNP在特定患者子集/研究组中的任意编号
区域#   连锁不平衡区在特定患者子集中的任意编号
SNP_ID   SNP rsID号
EIG P   来自EIGENSTRAT的卡方统计的P值
主要部分中的P   主要组中的此SNP的P值
女性中的P   女性子集中的此SNP的P值
坐标   SNP在其染色体上的碱基对
cM   距染色体起点的厘摩
MAF_CEU   来自HapMap CEU样品的SNP次要等位基因频率
区域前的SNP   就在含有SNP_ID下指明的SNP的连锁不平衡(LD)区前的SNP
区域后的SNP   就在LD区后的SNP
为何选择该基因(区域)   选择此区域作为相关区域的理由
区域中的第1个基因   在指明的区域中的第一个基因，按坐标(碱基对)次序列出
描述   来自HUGO基因命名委员会的基因描述
IRIS   最高的免疫均值/最高的非免疫均值的比率；来自IRIS研究
LD区SNP   位于以(i)坐标A和坐标B，或(ii)SNP A和SNP B(包括端点)描绘的连锁不平衡区中的任何SNP
图12(A)和(B)一起描绘了对狼疮肾炎子集的分析，显示了含有20种候选SNP的11个区域，其被认为可能含有狼疮肾炎的至少1种风险等位基因。(C)和(D)一起提供了对连锁不平衡区域的进一步表征、这些区域内的某些基因的身份、和用于鉴定此类基因的标准。
图13(A)描绘了对女性子集的分析，显示了含有9种候选SNP的6个别的区域，其被认为可能含有至少1种风险等位基因。(B)提供了对连锁不平衡区域的进一步表征、这些区域内的某些基因的身份、和用于鉴定此类基因的标准。
图14(A)描绘了对主要组的分析，显示了含有8种候选SNP的6个别的区域，其被认为可能含有至少1种风险等位基因。图14(B)提供了对连锁不平衡区域的进一步表征、这些区域内的某些基因、和用于鉴定此类基因的标准。
图15描绘了基于来自图12的某些数据对连锁不平衡区域和其中含有的SNP的描绘。
图16描绘了基于来自图13的某些数据对连锁不平衡区域和其中含有的SNP的描绘。
图17描绘了基于来自图14的某些数据对连锁不平衡区域和其中含有的SNP的描绘。
发明详述
本发明提供了用于鉴定狼疮、和用于评估形成狼疮的风险的准确的、简单的、和快速的方法和组合物，其至少部分基于一种或多种遗传变异(例如SNP)的鉴定，所述遗传变异以高的统计学和生物学显著性与狼疮的存在、亚型、和/或患者亚群相关联。更具体地，本发明涉及与狼疮及其亚型有关的独特SNP集合、此类SNP的独特组合、和连锁不平衡区域的鉴定及罹患狼疮及其亚型的患者亚群的鉴定。
具体地，所述独特的SNP集合和/或组合可用作指明有风险形成狼疮的受试者或指明疾病或其症状或状况的遗传序型或标签。本文中所公开的多态性作为用于评估形成狼疮的风险的生物标志是有用的，以及对于用于设计诊断试剂的靶物是有用的。在一些实施方案中，所述SNP与基因无关。在其它实施方案中，所述SNP与基因有关，并且可以位于基因间或基因内的区域中，且更具体地，可以位于编码区或非编码区中。与本发明的SNP有关的基因可以与未知基因有关，或者可以与已知基因(例如ITGAM或BLK)有关。
本文中所鉴定的SNP提供了用于开发如下治疗剂的靶物，所述治疗剂用于经遗传鉴定的狼疮患者的诊断和治疗，包括展现出包含一种或多种本发明SNP的独特遗传标签的狼疮患者亚群的诊断和靶向治疗。例如，在一个实施方案中，含有本文中所鉴定的遗传变异的基因、与这些基因有关的核酸(例如DNA或RNA)、和由这些基因编码的蛋白质可以作为用于开发治疗剂(例如小分子化合物、抗体、反义/RNAi剂等)的靶物使用或者直接作为用于治疗狼疮的治疗剂(例如治疗性蛋白质等)使用。
通用技术
除非另有说明，本发明的实施会采用分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学、和免疫学的常规技术，这些都在本领域的技术范围内。此类技术在文献中有充分解释，诸如“Molecular Cloning：ALaboratory Manual”，第2版(Sambrook等，1989)；“Oligonucleotide Synthesis”(M.J.Gait编，1984)；“Animal Cell Culture”(R.I.Freshney编，1987)；“Methodsin Enzymology”(Academic Press，Inc.)；“Current Protocols in MolecularBiology”(F.M.Ausubel等编，1987，及其周期性的更新)；“PCR：ThePolymerase Chain Reaction”，(Mullis等编，1994)。
本发明中所采用的引物、寡核苷酸和多核苷酸可以使用本领域已知的标准技术来生成
除非另有定义，本文中所使用的技术和科学术语与本发明所属领域普通技术人员通常的理解具有相同的含义。以下文献为本领域技术人员提供了本申请中所使用的许多术语的一般性指导：Singleton等，Dictionary ofMicrobiology and Molecular Biology第2版，J.Wiley & Sons(New York，N.Y.1994)，及March，Advanced Organic Chemistry Reactions，Mechanisms andStructure第4版，John Wiley & Sons(New York，N.Y.1992)。
I.定义
出于解释本说明书的目的，会应用以下定义，并且无论何时适当，以单数使用的术语还会包括复数，反之亦然。在下文所列任何定义与通过提及而收入本文的任何文件冲突的情况中，以下文所列定义为准。
如本文中所使用的，“狼疮”或“狼疮状况”指通常牵涉攻击结缔组织的抗体的自身免疫性疾病或病症。狼疮的主要形式是一种系统性的，系统性红斑狼疮(SLE)，包括皮肤SLE和亚急性皮肤SLE，以及其它类型的狼疮(包括肾炎、肾外的、大脑炎、小儿科的、非肾脏的、盘状的和脱发(alopecia)型狼疮)。一般而言，参见D’Cruz等，见上文。
术语“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用，指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经过修饰的核苷酸或碱基、和/或其类似物，或者是可通过DNA或RNA聚合酶掺入聚合物中的任何底物。多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。若存在的话，对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在聚合后进一步修饰，诸如通过与标记用组分偶联。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂模块(pendant moiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚L-赖氨酸等)的修饰、具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰、含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰、含有烷化剂的修饰、具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid)等)的修饰、以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖类中的任何羟基可以用例如膦酸(phosphonate)基团、磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接，或者可偶联至固相支持物。可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块替代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸还可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式，包括例如2’-氧-甲基、2’-氧-烯丙基、2’-氟-或2’-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖，无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))、P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))、(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R’各自独立为H或者取代或未取代的烃基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接、芳基、烯基、环烃基、环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
如本文中所使用的，“寡核苷酸”指短的单链多核苷酸，长度为至少约7个核苷酸且小于约250个核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述平等且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并容许互补核酸聚合的单链多核苷酸，其通常提供游离的3’-OH基团。
术语“PRO”指由位于连锁不平衡区域(LD区)内的核酸序列编码的任何基因编码的多肽，其中所述LD区是依照图1-17和表1-10中所列信息确定的。在一个实施方案中，本发明的PRO不包括本领域中已知引起狼疮的多肽。在一个实施方案中，本发明的PRO不包括本领域中已知与狼疮有关的多肽，例如IRF5，或由WO2007/019219的表5-9中所指明的基因编码的任何多肽。术语“PRO相关多核苷酸”或“与PRO有关的核酸”指包含连续序列的核酸分子，其中所述连续序列包含本文中鉴定为展现出遗传变异的位置。在一个实施方案中，所述展现出遗传变异的位置位于所述连续序列的5’或3’末端。在一个实施方案中，所述连续序列中展现出遗传变异的位置(在其5’和/或3’区域)侧翼有构成该位置天然存在侧翼序列的一个或多个核苷酸。在一个实施方案中，展现出遗传变异的位置是与图1-17和表1-10之任一中指明的SNP对应的位置。
术语“遗传变异”或“核苷酸变异”指相对于参照序列(例如经常找到的和/或野生型序列，和/或主要等位基因序列)的核苷酸序列变化(例如一个或多个核苷酸的插入、删除、倒位、或替代，诸如单核苷酸多态性(SNP))。除非另有指明，该术语还涵盖该核苷酸序列的互补物中的相应变化。在一个实施方案中，遗传变异是体细胞多态性。在一个实施方案中，遗传变异是种系多态性。
“单核苷酸多态性”或“SNP”指RNA或DNA分子(例如多核苷酸)中在群体中存在不同等位基因或可变核苷酸的单一碱基位置。SNP位置(在本文中可互换称为SNP、SNP位点、SNP基因座)通常前面有或后面有高度保守的等位基因序列(例如在小于群体的1/100或1/1000位成员中变化的序列)。个体在每个SNP位置处的等位基因方面可以是纯合的或杂合的。
术语“氨基酸变异”指相对于参照序列的氨基酸序列变化(例如一个或多个氨基酸的插入、替代、或删除，诸如内部删除或N端或C端截短)。
术语“变异”指核苷酸变异或氨基酸变异。
术语“与SNP对应的核苷酸位置处的遗传变异”，“与SNP对应的核苷酸位置处的核苷酸变异”及其语法变化形式指多核苷酸序列中在基因组中由所述SNP占据的相对相应核苷酸位置处的核苷酸变异。除非另有指明，该术语还涵盖该核苷酸序列的互补物中的相应变异。在一些实施方案中，所述核苷酸变异在PRO相关多核苷酸序列中在基因组中由所述SNP占据的相对相应核苷酸位置处。
术语“连锁不平衡区域SNP”或“LD区SNP”指特定DNA区域中存在的SNP，此类区域以合适的核酸/基因组标志(例如坐标或SNP)描述。在一个实施方案中，LD区以第一坐标(例如坐标A)和第二坐标(例如坐标B)描述，两种坐标均指同一染色体。在一个实施方案中，LD区以第一SNP(例如SNP A)和第二SNP(例如SNP B)描述。如此，在一个实施方案中，LD区SNP指位于范围为第一坐标至第二坐标或第一SNP至第二SNP的核酸区域(例如基因组区域)中的SNP。图1-17和表1-10中显示了此类LD区和LD区SNP的例子。
术语“阵列”或“微阵列”指可杂交阵列元件(优选多核苷酸探针，例如寡核苷酸)在基片上的有序排列。基片可以是固体基片(诸如玻璃载玻片)或半固体基片(诸如硝酸纤维素膜)。
术语“扩增”指生成参照核酸序列或其互补物的一个或多个拷贝的过程。扩增可以是线性的或指数的(例如PCR)。“拷贝”不必指相对于模板序列有完美的序列互补性或同一性。例如，拷贝可以包括诸如脱氧肌苷的核苷酸类似物、故意引入的序列改变(诸如经由包含能与模板杂交但不完全互补的序列的引物而引入的序列改变)、和/或在扩增过程中发生的序列错误。
术语“等位基因特异性寡核苷酸”指与靶核酸中包含核苷酸变异(一般而言是替代)的区域杂交的寡核苷酸。“等位基因特异性杂交”指在等位基因特异性寡核苷酸与其靶核酸杂交时，等位基因特异性寡核苷酸中的核苷酸与所述核苷酸变异特异性碱基配对。能够关于特定核苷酸变异发生等位基因特异性杂交的等位基因特异性寡核苷酸被说成对该变异是“特异性的”。
术语“等位基因特异性引物”指等位基因特异性寡核苷酸是引物。
术语“引物延伸测定法”指如下测定法，其中将核苷酸添加至核酸，产生直接或间接检测的更长核酸或“延伸产物”。可以添加核苷酸以延伸所述核酸的5’或3’末端。
术语“等位基因特异性核苷酸掺入测定法”指如下引物延伸测定法，其中引物(a)与靶核酸在核苷酸变异3’或5’区域杂交并(b)由聚合酶延伸，由此将与所述核苷酸变异互补的核苷酸掺入延伸产物中。
术语“等位基因特异性引物延伸测定法”指如下引物延伸测定法，其中等位基因特异性引物与靶核酸杂交，并延伸。
术语“等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法”指如下测定法，其中(a)等位基因特异性寡核苷酸与靶核酸杂交并(b)直接或间接检测杂交。
术语“5’核酸酶测定法”指如下测定法，其中等位基因特异性寡核苷酸与靶核酸的杂交容许对杂交后的探针进行核酸降解切割，产生可检测的信号。
术语“采用分子信标的测定法”指如下测定法，其中等位基因特异性寡核苷酸与靶核酸的杂交导致可检测信号的水平比由游离寡核苷酸发射的可检测信号的水平高。
术语“寡核苷酸连接测定法”指如下测定法，其中等位基因特异性寡核苷酸和第二寡核苷酸在靶核酸上彼此邻近杂交，并连接在一起(直接地或者经由居间核苷酸间接地)，并直接或间接检测连接产物。
一般而言，术语“靶序列”、“靶核酸”、或“靶核酸序列”指怀疑或已知其中存在核苷酸变异的感兴趣多核苷酸序列，包括通过扩增生成的此类靶核酸的拷贝。
如本文中所使用的，“有风险”形成狼疮的受试者可以具有或者不具有可检测的疾病或疾病症状，而且在本文所述治疗方法前可以展示或者不展示可检测的疾病或疾病症状。“有风险”表示受试者具有如本文中所描述的和本领域中已知的一种或多种风险因子，其是与狼疮形成相关联的可测量参数。具有一种或多种这些风险因子的受试者比没有一种或多种这些风险因子的受试者具有更高的形成狼疮的概率。例如，在一些实施方案中，“有风险”形成狼疮的受试者具有包含图1-17和表1-10中所列一种或多种SNP的遗传标签。在另一个实施方案中，“有风险”形成狼疮的受试者具有包含表6中所列一种或多种SNP的遗传标签。
术语“检测”包括任何检测手段，包括直接和间接检测。
术语“诊断”在用于本文时指分子或病理状态、疾病或状况的鉴定或分类。例如，“诊断”可以指鉴定特定类型的狼疮状况，例如SLE。“诊断”还可以指特定亚型的狼疮的分类，例如，通过组织/器官参与(例如狼疮肾炎)，通过分子特征(例如以特定基因或核酸区域中的遗传变异表征的患者亚群)来进行。
术语“帮助做出诊断”在本文中用于指帮助进行关于特定类型的狼疮症状或状况的存在、程度或其它性质的临床确定的方法。例如，帮助做出狼疮诊断的方法可以包括在来自个体的生物学样品中测量一种或多种SNP的量或者检测是否存在一种或多种SNP。在另一个例子中，帮助做出狼疮诊断的方法可以包括在来自个体的生物学样品中测量一种或多种SNP的量或者检测一种或多种SNP的存在。
术语“预后”在本文中用于指预测可归因于自身免疫性病症的疾病症状的可能性，包括例如自身免疫性疾病诸如狼疮的复发、发作(flaring)、和耐药性。术语“预测”在本文中用于指患者会对一种药物或一组药物有好的或不好的响应的可能性。在一个实施方案中，预测涉及那些响应的程度。在一个实施方案中，预测涉及患者是否会在治疗(例如用特定治疗剂进行的治疗)后存活或改善且某段时间不复发疾病和/或会在治疗(例如用特定治疗剂进行的治疗)后存活或改善且某段时间不复发疾病的概率。本发明的预测方法在临床上可用于做出治疗决定，为任何特定患者选择最适宜的治疗形式。本发明的预测方法是有价值的工具，用于预测患者是否可能对治疗方案有好的响应，诸如给定的治疗方案，包括例如施用给定的治疗剂或组合、手术干预、类固醇治疗等，或用于预测患者在治疗方案后是否可能长期存活。SLE的诊断可以依照当前的美国风湿病学学会(American College of Rheumatology，ACR)标准。活动性疾病可以以1项不列颠群岛狼疮活性组(British Isles LupusActivity Group，BILAG)“A”标准或2项BILAG“B”标准来定义。自：Tan等“The Revised Criteria for the Classification of SLE”Arth Rheum 25(1982)改编的用于诊断SLE的一些征候、症状、或其它指标可以是面颊疹(malar rash)诸如脸颊上的疹、盘状疹、或红色凸起斑点、光敏感性诸如对阳光的反应(导致皮疹的形成或增加)、口腔溃疡(oral ulcer)诸如鼻或口中的溃疡(通常无痛)、关节炎诸如牵涉两处或更多处周围关节的非侵蚀性关节炎(关节周围的骨不被破坏的关节炎)、浆膜炎(serositis)、胸膜炎(pleuritis)或心包炎(pericarditis)、肾病症(renal disorder)诸如尿中过量的蛋白质(大于0.5gm/天或测试棒上3+)和/或细胞管型(cellular cast)(自尿和/或白细胞和/或肾小管细胞衍生的异常元件)、神经学征候、症状、或其它指标、(癫痫)发作(惊厥)、和/或没有药物的情况中的精神病或已知引起此类效应的代谢紊乱、和血液学征候、症状、或其它指标诸如溶血性贫血(hemolytic anemia)或白细胞减少(leucopenia)(每立方毫米白细胞计数低于4,000个细胞)或淋巴细胞减少(lymphopenia)(每立方毫米少于1,500个淋巴细胞)或血小板减少(thrombocytopenia)(每立方毫米少于100,000个血小板)。一般而言，必须在两个或更多个时机检测出白细胞减少和淋巴细胞减少。一般而言，必须在没有已知诱导血小板减少的药物的情况中检测出血小板减少。本发明不限于狼疮的这些征候、症状、或其它指标。
如本文中所使用的，“治疗”或“处理”指试图改变所治疗个体或所处理细胞的自然进程的临床干预，并且可以在临床病理学进程前或者期间进行。治疗的期望效果包括预防疾病或其状况或症状的发生或复发、缓解疾病的状况或症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、减缓疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、及实现免除或改善的预后。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物可用于试图延迟疾病或病症的发展。
“有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的治疗或预防效果的量。治疗剂的“治疗有效量”可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重及该抗体在个体中引发期望应答的能力等因素而变化。治疗有效量还指该治疗剂的治疗有益效果胜过任何有毒或有害后果的量。“预防有效量”指在必需的剂量和时间上有效实现期望的预防效果的量。通常而非必然，由于预防剂量是在疾病发作之前或在疾病的早期用于受试者的，因此预防有效量会低于治疗有效量。
“个体”、“受试者”或“患者”是脊椎动物。在某些实施方案中，脊椎动物是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于灵长类(包括人和非人灵长类)和啮齿类(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，哺乳动物是人。
如本文中所使用的，“患者亚群”及其语法变化形式指特征为具有一项或多项独特的可测量的和/或可鉴定的特征的患者子集，所述特征区别所述患者子集与其所属更宽疾病范畴中的其它子集。此类特征包括疾病亚类(diseasesubcategory)(例如SLE，狼疮肾炎)、性别、生活方式、健康史、所牵涉的器官/组织、治疗史等。在一个实施方案中，患者亚群以遗传标签表征，包括特定核苷酸位置和/或区域中的遗传变异(诸如SNP)。
如本文中所使用的，术语“样品”指自感兴趣的受试者获得或衍生的组合物，其含有要例如根据物理、生化、化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如，短语“疾病样品”及其各种变化形式指自感兴趣的受试者获得的任何样品，预期或已知其含有要表征的细胞和/或分子实体。
“组织或细胞样品”指从受试者或患者的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织，像来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检样品或穿刺样品；血液或任何血液组分；体液，诸如脑脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或间隙液；来自受试者的妊娠或发育任何时间的细胞。组织样品还可以是原代的或培养的细胞或细胞系。任选的是，组织或细胞样品是从疾病组织/器官获得的。组织样品可能含有在自然界中天然不与组织混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养物、抗生素、等等。如本文中所使用的，“参照样品”、“参照细胞”、“参照组织”、“对照样品”、“对照细胞”、或“对照组织”指获自已知来源或者认为不受本发明方法或组合物正用于鉴定所针对之疾病或状况影响的样品、细胞或组织。在一个实施方案中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞、或对照组织获自其中正使用本发明组合物或方法鉴定疾病或状况的同一受试者或患者的身体的健康部分。在一个实施方案中，参照样品、参照细胞、参照组织、对照样品、对照细胞、或对照组织获自不是其中正使用本发明组合物或方法鉴定疾病或状况的受试者或患者的个体的身体的健康部分。
出于本文中的目的，组织样品的“切片”指一块或一片组织样品，例如从组织样品上切下来的一薄片组织或细胞。应当了解，可以制作多片组织样品切片并依照本发明进行分析，前提是应当了解，本发明包括将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对蛋白质和核酸二者进行分析的方法。
“关联”或“联系”指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如，可以将第一分析或方案的结果用于实施第二分析或方案，和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就基因表达分析或方案的实施方案而言，可以使用基因表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
单词“标记物”在用于本文时指与试剂诸如核酸探针或抗体直接或间接偶联或融合，以便于检测它所偶联或融合的试剂的化合物或组合物。标记物可以是自身可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可催化可检测的底物化合物或组合物的化学改变。
“药物”或“药剂”指用于治疗疾病、病症、和/或状况的活性药物。在一个实施方案中，所述疾病、病症、和/或状况是狼疮或其症状或副作用。
在依照本发明使用时，对特定治疗剂或治疗选项的术语“耐性/抗性升高”指对标准剂量的药物或对标准治疗方案的响应降低。
在依照本发明使用时，对特定治疗剂或治疗选项的术语“敏感性降低”指对标准剂量的药剂或对标准治疗方案的响应降低，其中可以通过增加药剂剂量、或提高治疗强度来(至少部分)补偿降低的响应。
“患者响应”可利用表明对患者有益处的任何终点来评估，包括但不限于：(1)在某种程度上抑制疾病进展，包括减缓和完全阻滞；(2)减少疾病事件和/或症状数目；(3)减小损伤尺寸；(4)抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病细胞渗入临近的外周器官和/或组织；(5)抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病扩散；(6)减轻自身免疫应答，其可以但不必造成疾病损伤的消退或消融；(7)在某种程度上减轻一种或多种与病症有关的症状；(8)延长治疗后无疾病呈现的长度；和/或(9)降低治疗后给定时间点的死亡率。
术语“拮抗剂”以最广义使用，包括部分或完全抑制或中和多肽(诸如PRO)的生物学活性，或部分或完全抑制编码所述多肽的核酸的转录或翻译的任何分子。例示性的拮抗剂分子包括但不限于拮抗性抗体、多肽片段、寡肽、有机分子(包括小分子)、和反义核酸。
术语“激动剂”以最广义使用，包括部分或完全模拟多肽(诸如PRO)的生物学活性，或提高编码所述多肽的核酸的转录或翻译的任何分子。例示性的激动剂分子包括但不限于激动性抗体、多肽片段、寡肽、有机分子(包括小分子)、PRO相关多核苷酸、PRO多肽、和PRO-Fc融合物。
“靶向PRO或PRO相关多核苷酸的治疗剂”指影响PRO或PRO相关多核苷酸的表达和/或活性的任何药剂，包括但不限于本文中所描述的任何PRO激动剂或拮抗剂，包括本领域中已经知道的此类治疗剂以及那些以后开发的。
如本文中所使用的，“狼疮治疗剂”、“有效治疗狼疮的治疗剂”及其语法变化形式指已知、临床显示、或者临床医生预期在以有效量提供时在患有狼疮的受试者中提供治疗益处的药剂。在一个实施方案中，该短语包括由制造商销售或以其它方式由执业临床医生使用的，作为在以有效量提供时预期会在患有狼疮的受试者中提供治疗效果的临床接受的药剂的任何药剂。在一个实施方案中，狼疮治疗剂包含非类固醇抗炎药(NSAID)，其包括乙酰水杨酸(例如阿斯匹林)、布洛芬(ibuprofen，Motrin)、萘普生(naproxen，Naprosyn)、吲哚美辛(indomethacin，Indocin)、萘丁美酮(nabumetone，Relafen)、托美丁(tolmetin，Tolectin)、和包含治疗等同活性成分和其配制剂的任何其它实施方案。在一个实施方案中，狼疮治疗剂包含醋氨酚(acetaminophen)(例如泰诺林(Tylenol))、皮质类固醇(corticosteroid)、或抗疟药(例如氯喹(chloroquine)、羟氯喹(hydroxychloroquine))。在一个实施方案中，狼疮治疗剂包含免疫调节性药物(例如硫唑嘌呤(azathioprine)、环磷酰胺(cyclophosphamide)、甲氨蝶呤(methotrexate)、环孢霉素(cyclosporine))。在一个实施方案中，狼疮治疗剂是抗B细胞剂(例如抗CD20(例如利妥昔单抗(rituximab))、抗CD22)、抗细胞因子剂(例如抗肿瘤坏死因子α、抗白介素1受体(例如阿那白滞素(anakinra))、抗白介素10、抗白介素6受体、抗干扰素α、抗B淋巴细胞刺激物)、共刺激的抑制剂(例如抗CD154、CTLA4-Ig(例如阿巴西普(abatacept))、B细胞无反应性的调节物(例如LJP 394(例如阿贝莫司(abetimus)))。在一个实施方案中，狼疮治疗剂包含激素治疗(例如DHEA)、和抗激素疗法(例如抗促乳素剂溴麦角环肽(bromocriptine))。在一个实施方案中，狼疮治疗剂是提供免疫吸附的药剂，是抗补体因子(例如抗C5a)、T细胞疫苗接种、用T细胞受体ζ链进行的细胞转染、或肽疗法(例如靶向抗DNA独特型的依屈肽(edratide))。
如本文中所使用的，具有“销售许可”、或已经“批准为治疗剂”的治疗剂或这些短语的其语法变化形式指要由商业实体(例如营利实体)出售和/或经由商业实体(例如营利实体)出售和/或以商业实体(例如营利实体)的名义出售的，得到有关政府实体(例如联邦、州或地方管理机构、部、局)批准、许可、注册或授权的，用于治疗特定病症(例如狼疮)或患者亚群(例如患有狼疮肾炎的患者、特定种族、性别、生活方式、疾病风险概况等的患者)的药剂(例如以药物配制剂、药物形式)。有关政府实体包括例如食品和药品管理局(Food and Drug Administration，FDA)、欧洲药品评价局(European Medicines Evaluation Agency，EMEA)、及其等同机构。
“抗体”(Ab)和“免疫球蛋白”(Ig)指具有类似结构特征的糖蛋白。虽然抗体展现出对特定抗原的结合特异性，但是免疫球蛋白包括抗体和一般缺乏抗原特异性的其它抗体样分子二者。后一类多肽例如由淋巴系统以低水平生成而由骨髓瘤以升高的水平生成。
术语“抗体”和“免疫球蛋白”以最广义互换使用，包括单克隆抗体(例如全长或完整单克隆抗体)、多克隆抗体、单价抗体、多价抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体，只要它们展现出期望的生物学活性)，而且还可以包括某些抗体片段(如本文中更为详细描述的)。抗体可以是嵌合的、人的、人源化的和/或亲和力成熟的。
术语“抗PRO抗体”或“结合PRO的抗体”指能够以足够的亲和力结合PRO以使得该抗体作为靶向PRO中的诊断剂和/或治疗剂是有用的抗体。优选地，抗PRO抗体对无关的、非PRO的蛋白质的结合程度小于约10％的该抗体对PRO的结合，如通过例如放射免疫测定法(RIA)所测量的。在某些实施方案中，结合PRO的抗体具有小于等于1μM、小于等于100nM、小于等于10nM、小于等于1nM、或小于等于0.1nM的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗PRO抗体结合PRO中在来自不同物种的PRO间保守的表位。
术语“全长抗体”、“完整抗体”和“整个抗体”在本文中可互换使用，指基本上完整形式的抗体而非如下文所定义的抗体片段。该术语具体指重链包含Fc区的抗体。
“抗体片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；及由抗体片段形成的多特异性抗体。
用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，称作“Fab”片段，各自具有一个抗原结合位点，和一个残余“Fc”片段，其名称反映了它易于结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab’)2片段，它具有两个抗原结合位点，并且仍能够交联抗原。
“Fv”是含有完整抗原结合位点的最小抗体片段。在一个实施方案中，两链Fv种类由紧密、非共价结合的一个重链可变域和一个轻链可变域的二聚体组成。Fv的六个CDR共同赋予抗体以抗原结合特异性。然而，即使是单个可变域(或只包含对抗原特异的三个CDR的半个Fv)也具有识别和结合抗原的能力，尽管亲和力低于完整结合位点。
Fab片段含有重链和轻链可变域，并且还含有轻链的恒定域和重链的第一恒定域(CH1)。Fab’片段因在重链CH1结构域的羧基末端增加了少数残基而与Fab片段有所不同，包括来自抗体铰链区的一个或多个半胱氨酸。本文中Fab’-SH是其中恒定域的半胱氨酸残基携带游离硫醇基的Fab’的称谓。F(ab’)2抗体片段最初是作为成对Fab’片段生成的，在Fab’片段之间具有铰链半胱氨酸。还知道抗体片段的其它化学偶联形式。
“单链Fv”或“scFv”抗体片段包含抗体的VH和VL结构域，其中这些结构域存在于一条多肽链上。一般而言，该scFv多肽在VH和VL结构域之间还包含多肽接头，使得scFv能够形成抗原结合所需的结构。关于scFv的综述参见Pluckthun，于The Pharmacology of Monoclonal Antibodies，第113卷，Rosenburg和Moore编，Springer-Verlag，New York，第269页-第315页(1994)。
术语“双抗体”指具有两个抗原结合位点的小型抗体片段，该片段在同一条多肽链(VH-VL)中包含相连的重链可变域(VH)和轻链可变域(VL)。通过使用过短的接头使得同一条链上的两个结构域之间不能配对，迫使结构域与另一条链的互补结构域配对，并产生两个抗原结合位点。双抗体可以是二价的或双特异性的。双抗体更完整的记载于例如EP 404,097；WO93/1161；Hudson等(2003)Nat.Med.9：129-134；及Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等(2003)Nat.Med.9：129-134。
如本文中所使用的，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体相同，除了可能以极小量存在的可能的突变(例如天然存在的突变)外。如此，修饰语“单克隆”指明抗体不是不同的抗体的混合物的特征。在某些实施方案中，此类单克隆抗体通常包括包含结合靶物的多肽序列的抗体，其中所述靶物结合多肽序列是通过包括从众多多肽序列中选择单一靶物结合多肽序列在内的过程获得的。例如，所述选择过程可以是从众多克隆(诸如杂交瘤克隆、噬菌体克隆、或重组DNA克隆的集合)选择独特克隆。应当理解的是，可以进一步改变选定的靶物结合序列，例如为了提高对靶物的亲和力、将靶物结合序列人源化、提高其在细胞培养物中的产量、降低其在体内的免疫原性、创建多特异性抗体等，而且包含改变后的靶物结合序列的抗体也是本发明的单克隆抗体。与典型的包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。在它们的特异性外，单克隆抗体制备物的优点在于它们通常未受到其它免疫球蛋白的污染。
修饰语“单克隆”表明抗体从基本上同质的抗体群获得的特征，不应解释为要求通过任何特定方法来生产抗体。例如，要依照本发明使用的单克隆抗体可通过多种技术来生成，包括例如杂交瘤法(例如Kohler等，Nature256：495(1975)；Harlow等，Antibodies：A Laboratory Manual，Cold SpringHarbor Laboratory Press，第2版，1988；Hammerling等，于：MonoclonalAntibodies and T-Cell Hybridomas，563-681，Elsevier，N.Y.，1981)、重组DNA法(参见例如美国专利No.4,816,567)、噬菌体展示技术(参见例如Clackson等，Nature 352：624-628(1991)；Marks等，J.Mol.Biol.222：581-597(1992)；Sidhu等，J.Mol.Biol.338(2)：299-310(2004)；Lee等，J.Mol.Biol.340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse，Proc.Nat.Acad.Sci.USA 101(34)：12467-12472(2004)；及Lee等，J.Immunol.Methods 284(1-2)：119-132(2004))、及用于在具有部分或整个人免疫球蛋白基因座或编码人免疫球蛋白序列的基因的动物中生成人或人样抗体的技术(参见例如WO 98/24893；WO 96/34096；WO 96/33735；WO91/10741；Jakobovits等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：2551(1993)；Jakobovits等，Nature 362：255-258(1993)；Bruggemann等，Year in Immuno.7：33(1993)；美国专利No.5,545,807；5,545,806；5,569,825；5,625,126；5,633,425；5,661,016；Marks等，Bio.Technology 10：779-783(1992)；Lonberg等，Nature 368：856-859(1994)；Morrison，Nature 368：812-813(1994)；Fishwild等，Nature Biotechnol.14：845-851(1996)；Neuberger，Nature Biotechnol.14：826(1996)；及Lonberg和Huszar，Intern.Rev.Immunol.13：65-93(1995))。
单克隆抗体在本文中明确包括“嵌合”抗体，其中重链和/或轻链的一部分与衍生自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，而链的剩余部分与衍生自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源，以及此类抗体的片段，只要它们展现出期望的生物学活性(美国专利No.4,816,567及Morrison等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：6855-9855(1984))。
非人(例如鼠)抗体的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗体。在一个实施方案中，人源化抗体指人免疫球蛋白(受体抗体)中的高变区残基用具有期望特异性、亲和力和/或能力的非人物种(供体抗体)诸如小鼠、大鼠、家兔或非人灵长类动物的高变区残基替换的免疫球蛋白。在有些情况中，将人免疫球蛋白的框架区(FR)残基用相应的非人残基替换。此外，人源化抗体可包含在受体抗体或供体抗体中没有找到的残基。可以进行这些修饰以进一步改进抗体的性能。一般而言，人源化抗体会包含至少一个、通常两个基本上整个如下的可变域，其中所有或基本上所有高变环对应于非人免疫球蛋白的高变环，且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗体任选还会包含至少部分免疫球蛋白恒定区(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定区。更多细节参见Jones等，Nature321：522-525(1986)；Riechmann等，Nature 332：323-329(1988)；及Presta，Curr.Op.Struct.Biol.2：593-596(1992)。还可参见以下综述及其引用的参考文献：Vaswani和Hamilton，Ann.Allergy，Asthma & Immunol.1：105-115(1998)；Harris，Biochem.Soc.Transactions 23：1035-1038(1995)；及Hurle和Gross，Curr.Op.Biotech.5：428-433(1994)。
“人抗体”指包含与由人生成的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列和/或使用本文所公开的用于生成人抗体的任何技术生成的抗体。此类技术包括筛选人衍生的组合文库，诸如噬菌体展示文库(参见例如Marks等，J.Mol.Biol.，222：581-597(1991)和Hoogenboom等，Nucl.Acids Res.，19：4133-4137(1991))；使用人骨髓瘤和小鼠-人异源骨髓瘤(heteromyeloma)细胞系来生成人单克隆抗体(参见例如Kozbor J.Immunol.，133：3001(1984)；Brodeur等，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications，第55页-第93页(Marcel Dekker，Inc.，New York，1987)；和Boerner等，J.Immunol.，147：86(1991))；和在转基因动物(例如小鼠)中生成单克隆抗体，所述转基因动物能够在没有内源免疫球蛋白生成的情况中生成人抗体的完全全集(参见例如Jakobovits等，Proc.Natl.Acad.Sci USA，90：2551(1993)；Jakobovits等，Nature，362：255(1993)；Bruggermann等，Year in Immunol.，7：33(1993))。人抗体的这种定义明确排除包含来自非人动物的抗原结合残基的人源化抗体。
“亲和力成熟的”抗体指在抗体的一个或多个CDR中具有一处或多处改变、导致该抗体对抗原的亲和力与没有那些改变的亲本抗体相比有所改进的抗体。在一个实施方案，亲和力成熟的抗体具有纳摩尔或甚至皮摩尔量级的对靶抗原的亲和力。可以通过本领域已知规程来生成亲和力成熟的抗体。Marks等，Bio/Technology 10：779-783(1992)记载了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。以下文献记载了HVR和/或框架残基的随机诱变：Barbas等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA 91：3809-3813(1994)；Schier等，Gene169：147-155(1995)；Yelton等，J.Immunol.155：1994-2004(1995)；Jackson等，J.Immunol.154(7)：3310-9(1995)；及Hawkins等，J.Mol.Biol.226：889-896(1992)。
“阻断性抗体”或“拮抗性抗体”指抑制或降低其所结合的抗原的生物学活性的抗体。某些阻断性抗体或拮抗性抗体部分或完全抑制抗原的生物学活性。
“小分子”或“有机小分子”在本文中定义为具有低于约500道尔顿的分子量的有机分子。
“PRO结合寡肽”或“结合PRO的寡肽”指能够以足够的亲和力结合PRO以使得该寡肽作为靶向PRO中的诊断剂和/或治疗剂是有用的寡肽。在某些实施方案中，PRO结合寡肽对无关的、非PRO的蛋白质的结合程度小于约10％的该PRO结合寡肽对PRO的结合，如通过例如表面等离振子共振测定法所测量的。在某些实施方案中，PRO结合寡肽具有小于等于1μM、小于等于100nM、小于等于10nM、小于等于1nM、或小于等于0.1nM的解离常数(Kd)。
“PRO结合有机分子”或“结合PRO的有机分子”指与如本文中所定义的寡肽或抗体不同的、能够以足够的亲和力结合PRO以使得该有机分子作为靶向PRO中的诊断剂和/或治疗剂是有用的有机分子。在某些实施方案中，PRO结合有机分子对无关的、非PRO的蛋白质的结合程度小于约10％的该PRO结合有机分子对PRO的结合，如通过例如表面等离振子共振测定法所测量的。在某些实施方案中，PRO结合有机分子具有小于等于1μM、小于等于100nM、小于等于10nM、小于等于1nM、或小于等于0.1nM的解离常数(Kd)。
可以使用表面等离振子共振测定法来方便地测量任何分子结合靶多肽的解离常数(Kd)。此类测定法可以采用于25℃的BIAcoreTM-2000或BIAcoreTM-3000(BIAcore，Inc.，Piscataway，NJ)，其中固定化靶多肽CM5芯片在约10个响应单位(RU)。简言之，依照供应商的说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5，BIAcore Inc.)。用10mM乙酸钠pH 4.8将靶多肽稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注入至获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入靶多肽后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％Tween-20的PBS(PBST)中两倍连续稀释的结合分子(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(BIAcore Evaluation Softwareversion 3.2)通过同时拟合结合和解离传感图来计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。参见例如Chen，Y.，等，(1999)J.Mol.Biol.293：865-881。如果根据上文表面等离振子共振测定法，抗体的结合速率超过106M-1s-1，那么结合速率可以使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(a stop-flow equippedspectrophometer)(Aviv Instruments)或8000系列SLM-Aminco分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的条件下，测量PBS，pH 7.2中的20nM抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
“脂质体”指由各种类型脂质、磷脂和/或表面活性剂构成的，可用于向哺乳动物投递药剂(例如药物)的小囊泡。与生物膜的脂质排列相似，脂质体的成分通常排列成双层形式。
单词“标记物”在用于本文中时指可检测的化合物或组合物。标记物可以是自身就可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)，或者在酶标记物的情况中，可以催化产生可检测产物的底物化合物或组合物的化学改变。可以充当可检测标记物的放射性核素包括例如I-131、I-123、I-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212、和Pd-109。
“分离的”生物学分子诸如核酸、多肽、或抗体指已经鉴别和由其天然环境的一种成分分离和/或回收的。
本文中提及“约”数值或参数包括(并描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。例如，提及“约X”的描述包括“X”的描述。
理解的是，本文中所描述的本发明的各方面和实施方案包括由各方面和实施方案“组成”和/或“基本上由它们组成”的。
II.用于实施本发明组合物和方法的通用技术
本文中提供了与狼疮有关的核苷酸变异。这些变异为狼疮提供生物标志，和/或倾向于或促成狼疮的形成、持续和/或进展。因而，本文中所公开的发明在多种背景中是有用的，例如在涉及狼疮诊断和疗法的方法和组合物中。
遗传变异的检测
依照上文任何方法的核酸可以是基因组DNA；自基因组DNA转录的RNA；或自RNA生成的cDNA。核酸可以自脊椎动物，例如哺乳动物衍生。若某核酸是直接自特定来源获得的，或者若该核酸是在该来源中找到的核酸的拷贝，则该核酸被说成“衍生自”该来源。
核酸包括核酸的拷贝，例如源自于扩增的拷贝。扩增在某些情况中可能是想要的，例如以便获得想要量的材料来检测变异。例如，可以自核酸材料扩增PRO相关多核苷酸或其部分。然后可以将扩增子进行变异检测方法(诸如那些下文所描述的)以测定所述扩增子中是否存在变异。
可以通过本领域技术人员已知的某些方法来检测变异。此类方法包括但不限于DNA测序；引物延伸测定法，包括等位基因特异性核苷酸掺入测定法和等位基因特异性引物延伸测定法(例如等位基因特异性PCR、等位基因特异性连接链式反应(LCR)、和缺口-LCR)；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法(例如寡核苷酸连接测定法)；切割保护测定法，其中使用免受切割剂作用的保护来检测核酸双链体中的错配碱基；对MutS蛋白结合的分析；比较变异型和野生型核酸分子迁移率的电泳分析；变性梯度凝胶电泳(DGGE，如在例如Myers等(1985)Nature 313：495中的)；对RNA酶在错配碱基对处切割的分析；分析对异源双链DNA的化学或酶促切割；质谱术(例如MALDI-TOF)；遗传比特分析(genetic bit analysis，GBA)；5’核酸酶测定法(例如
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)；和采用分子信标的测定法。这些方法中的某些在下文有更详细的讨论。
可以使用本领域中公知技术通过靶核酸的分子克隆和测序来实现靶核酸中变异的检测。或者，可以使用扩增技术诸如聚合酶链式反应(PCR)来直接自来自肿瘤组织的基因组DNA制备物扩增靶核酸序列。然后可以测定扩增序列的核酸序列，并自此鉴定变异。扩增技术是本领域中公知的，例如聚合酶链式反应记载于Saiki等，Science 239：487，1988；美国专利号4,683,203和4,683,195。
还可以使用连接酶链式反应(其是本领域中已知的)来扩增靶核酸序列。参见例如Wu等，Genomics 4：560-569(1989)。另外，还可以使用称为等位基因特异性PCR的技术来检测变异(例如替代)。参见例如Ruano和Kidd(1989)Nucleic Acids Research 17：8392；McClay等(2002)Analytical Biochem.301：200-206。在此技术的某些实施方案中，使用等位基因特异性引物，其中所述引物的3’端核苷酸与靶核酸中的特定变异互补(即能够与靶核酸中的特定变异发生特异性碱基配对)。若不存在所述特定变异，则观察不到扩增产物。还可以使用扩增受阻突变系统(Amplification Refractory Mutation System，ARMS)来检测变异(例如替代)。ARMS记载于例如欧洲专利申请公开文本No.0332435，及Newton等，Nucleic Acids Research，17：7，1989。
对于检测变异(例如替代)有用的其它方法包括但不限于(1)等位基因特异性核苷酸掺入测定法，诸如单碱基延伸测定法(参见例如Chen等(2000)Genome Res.10：549-557；Fan等(2000)Genome Res.10：853-860；Pastinen等(1997)Genome Res.7：606-614；及Ye等(2001)Hum.Mut.17：305-316)；(2)等位基因特异性引物延伸测定法(参见例如Ye等(2001)Hum.Mut.17：305-316；和及Shen等Genetic Engineering News，卷23，2003年3月15日)，包括等位基因特异性PCR；(3)5’核酸酶测定法(参见例如De La Vega等(2002)BioTechniques 32：S48-S54(记载了
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测定法)；Ranade等(2001)Genome Res.11：1262-1268；和Shi(2001)Clin.Chem.47：164-172)；(4)采用分子信标的测定法(参见例如Tyagi等(1998)Nature Biotech.16：49-53；和Mhlanga等(2001)Methods 25：463-71)；和(5)寡核苷酸连接测定法(参见例如Grossman等(1994)Nuc.Acids Res.22：4527-4534；专利申请公开文本No.US 2003/0119004 A1；PCT国际公开文本No.WO 01/92579 A2；和美国专利号6,027,889)。
还可以通过错配检测方法来检测变异。错配指不是100％互补的杂交的核酸双链体。缺乏完全互补性可能是由于删除、插入、倒位、或替代。错配检测方法的一个例子是错配修复检测(Mismatch Repair Detection，MRD)测定法，其记载于例如Faham等，Proc.Natl Acad.Sci.USA 102：14717-14722(2005)和Faham等，Hum.Mol.Genet.10：1657-1664(2001)。错配切割技术的另一个例子是RNA酶保护方法，其详细记载于Winter等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，82：7575，1985，和Myers等，Science 230：1242，1985。例如，本发明的方法可以牵涉与人野生型靶核酸互补的经标记核糖核酸探针的使用。将核糖核酸探针与自组织样品衍生的靶核酸一起退火(杂交)，随后用能够检测双链RNA结构中的一些错配的酶RNA酶A消化。若RNA酶A检测出错配，则其在错配位点处切割。如此，在电泳凝胶基质上将退火的RNA制备物分开时，若RNA酶A已经检测出并切割错配，则会看到比核糖核酸探针和mRNA或DNA的全长双链RNA小的RNA产物。核糖核酸探针不必是靶核酸的全长，而可以是靶核酸的一部分，前提是其涵盖怀疑具有变异的位置。
以类似的方式，可以使用DNA探针来检测错配，例如经由酶促或化学切割来实现。参见例如Cotton等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，85：4397，1988；和Shenk等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，72：989，1975。或者，可以通过错配双链体相对于匹配双链体的电泳迁移率的变动来检测错配。参见例如Cariello，Human Genetics，42：726，1988。用核糖核酸探针或DNA探针，可以在杂交前扩增怀疑包含变异的靶核酸。还可以使用Southern杂交来检测靶核酸中的变化，尤其若所述变化是总的重排，诸如删除和插入。
可以使用针对靶核酸或周围标志基因的限制性片段长度多态性(RFLP)探针来检测变异，例如插入或删除。还可以通过对靶核酸的克隆、测序和扩增来检测插入和删除。还可以使用单链构象多态性(Single strandedconformation polymorphism，SSCP)分析来检测等位基因的碱基变化变体。参见例如Orita等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：2766-2770，1989，和Genomics，5：874-879，1989。
本发明的组合物
本发明提供了分离的多核苷酸的组合物，其含有包含SNP的多核苷酸或其片段。在一个实施方案中，所述多核苷酸是PRO相关多核苷酸。
具体地，本发明提供了包含独特的SNP集合和/或组合的组合物，所述独特的SNP集合和/或组合可以作为指明有风险形成狼疮的受试者，或指明疾病或其症状或状况的遗传序型或标签使用。本文中所公开的多态性作为用于评估形成狼疮的风险的生物标志是有用的，以及对于用于设计诊断试剂的靶物是有用的。在一些实施方案中，SNP与基因无关。在其它实施方案中，SNP与基因有关，并且可以位于基因间或基因内的区域中，且更具体地，可以位于编码区或非编码区中。与本发明的SNP有关的基因可以与未知基因有关，或者可以与已知基因(例如ITGAM或BLK)有关。
本文中所鉴定的SNP提供了用于开发如下治疗剂的靶物，所述治疗剂用于经遗传鉴定的狼疮患者的诊断和治疗，包括展现出包含一种或多种本发明SNP的独特遗传标签的狼疮患者亚群的诊断和靶向治疗。例如，在一个实施方案中，含有本文中所鉴定的遗传变异的基因、与这些基因有关的核酸(例如DNA或RNA)、和由这些基因编码的蛋白质可以作为用于开发治疗剂(例如小分子化合物、抗体、反义/RNAi剂等)的靶物使用或者直接作为用于治疗狼疮的治疗剂(例如治疗性蛋白质等)使用。
因而，一方面，本发明提供了一种或多种SNP的集合，其形成用于评估形成狼疮的风险的独特遗传标签。一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。
一方面，所述独特的遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的1种或多种SNP、2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。一方面，所述遗传标签的SNP选自表6。另一方面，所述SNP选自rs9888739、rs13277113、rs7574865、rs2269368、rs6889239、rs2391592和rs21177770。另一方面，所述SNP选自rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
在另一个实施方案中，本发明提供了一种分离的多核苷酸(例如DNA或RNA)或其片段，其长度为至少约10个核苷酸，其中所述多核苷酸或其片段包含：a)与选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处的遗传变异，或(b)(a)的互补物。在一个实施方案中，所述分离的多核苷酸是基因组DNA，其包含选自图1-17和表1-10任何中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)。在另一个实施方案中，所述分离的多核苷酸是RNA，其包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的单核苷酸多态性(SNP)。
在本发明的一个实施方案中，B淋巴样酪氨酸激酶(B Lymphoid tyrosineKinase，BLK)和C8orf13(染色体8p23.1)转录起始位点上游区域中的遗传变异与美国和瑞典病例/对照系列两者中的疾病风险有关(rs13277113，OR＝1.39，元(meta)P＝1×10-10)，而且还与B细胞系中改变的mRNA水平有关。在另一个实施方案中，整联蛋白αM(ITGAM)和整联蛋白αX(ITGAX)区域(染色体16p11.2)中的变异与组合的样品中的SLE有关(rs11574637，OR＝1.33，元P＝3×10-11)。在SLE中的全面全基因组关联扫描中，本发明人已经鉴定出，然后经由重复而证实两个新的遗传基因座：a)与BLK表达降低和C8orf13表达升高相关联的启动子区等位基因和b)ITGAM/ITGAX区域内与ITGAM的两个常见非同义等位基因强烈连锁不平衡的SNP(或变体)。
在一个实施方案中，所述多核苷酸或其片段长至少约10个核苷酸，或者长至少约15个核苷酸，或者长至少约20个核苷酸，或者长至少约30个核苷酸，或者长至少约40个核苷酸，或者长至少约50个核苷酸，或者长至少约60个核苷酸，或者长至少约70个核苷酸，或者长至少约80个核苷酸，或者长至少约90个核苷酸，或者长至少约100个核苷酸，或者长至少约110个核苷酸，或者长至少约120个核苷酸，或者长至少约130个核苷酸，或者长至少约140个核苷酸，或者长至少约150个核苷酸，或者长至少约160个核苷酸，或者长至少约170个核苷酸，或者长至少约180个核苷酸，或者长至少约190个核苷酸，或者长至少约200个核苷酸，或者长至少约250个核苷酸，或者长至少约300个核苷酸，或者长至少约350个核苷酸，或者长至少约400个核苷酸，或者长至少约450个核苷酸，或者长至少约500个核苷酸，或者长至少约600个核苷酸，或者长至少约700个核苷酸，或者长至少约800个核苷酸，或者长至少约900个核苷酸，或者长至少约1000个核苷酸，和或者约全长编码序列的长度。在这些实施方案之任一个中，所述片段或全长多核苷酸还可以包括SNP的部分或者整个天然存在侧翼区。在此上下文中，术语“约”指所述核苷酸序列长度加或减所述长度的10％。
在另一个实施方案中，所述多核苷酸的序列包含连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10任何中所列)内的遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在另一个实施方案中，提供了任何上文多核苷酸的互补物。在另一个实施方案中，提供了由任何上文多核苷酸编码的PRO。
在一个实施方案中，本文中所提供的分离的多核苷酸是例如用放射性同位素、荧光剂、或显色剂可检测标记的。在另一个实施方案中，分离的多核苷酸是引物。在另一个实施方案中，分离的多核苷酸是寡核苷酸，例如等位基因特异性寡核苷酸。在另一个实施方案中，寡核苷酸可以例如长7-60个核苷酸、长9-45个核苷酸、长15-30个核苷酸、或长18-25个核苷酸。在另一个实施方案中，寡核苷酸可以是例如PNA、吗啉-氨基磷酸酯(morpholino-phosphoramidate)、LNA、或2’-烷氧基烷氧基(alkoxyalkoxy)。如本文中所提供的寡核苷酸作为例如用于检测遗传变异的杂交探针是有用的。
在一个实施方案中，本发明提供了一种组合物，其包含多种能够与至少1种、2种、3种、4种、或5种PRO相关多核苷酸或此类PRO相关多核苷酸的互补物特异性杂交的多核苷酸，每种PRO相关多核苷酸在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处包含遗传变异。在一个实施方案中，所述多核苷酸以阵列、基因芯片、或基因集合(例如基因或其片段的集合，分开提供的或者作为混合物提供的)形式提供。在另一个实施方案中，提供了等位基因特异性寡核苷酸，其与PRO相关多核苷酸中包含遗传变异(例如替代)的区域杂交。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。所述等位基因特异性寡核苷酸在与PRO相关多核苷酸的区域杂交时包含与所述遗传变异发生碱基配对的核苷酸。在另一个实施方案中，提供了等位基因特异性寡核苷酸的互补物。在另一个实施方案中，提供了包含等位基因特异性寡核苷酸或其互补物的微阵列。在另一个实施方案中，等位基因特异性寡核苷酸或其互补物是等位基因特异性引物。在一个实施方案中，所述等位基因特异性寡核苷酸包含PRO相关多核苷酸序列中的遗传变异，其中所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在另一个实施方案中，提供了任何上文多核苷酸的互补物。
等位基因特异性寡核苷酸可以与对照寡核苷酸一起使用，所述对照寡核苷酸与所述等位基因特异性寡核苷酸相同，只是与遗传变异发生特异性碱基配对的核苷酸被与野生型PRO相关多核苷酸中存在的相应核苷酸发生特异性碱基配对的核苷酸替代。可以在竞争结合测定法中在如下杂交条件下使用此类寡核苷酸，所述杂交条件容许所述寡核苷酸区别包含遗传变异的PRO相关多核苷酸和包含相应野生型核苷酸的PRO相关多核苷酸。
使用基于例如寡核苷酸的长度和碱基组成的常规方法，本领域技术人员可以得出合适的杂交条件，在所述合适的杂交条件下(a)相对于野生型PRO相关多核苷酸，等位基因特异性寡核苷酸会优先结合包含遗传变异的PRO相关多核苷酸，且(b)相对于包含遗传变异的PRO相关多核苷酸，对照寡核苷酸会优先结合野生型PRO相关多核苷酸。例示性条件包括高严格性条件，例如5x标准盐水磷酸盐EDTA(SSPE)和0.5％NaDodSO4(SDS)于55℃的杂交条件，接着用2X SSPE和0.1％SDS于55℃或室温清洗。在另一个实施方案中，提供了结合剂，其优先结合包含氨基酸变异的PRO(相对于野生型PRO)。在一个实施方案中，所述氨基酸变异是任何源自与图1-17和表1-10任何中所列SNP(包括例如这些图或表任何中的任何特定SNP)对应的核苷酸位置中的遗传变异的。在另一个实施方案中，所述结合剂是抗体。
使用方法
本发明还提供了适合于在实施本发明的方法中使用的多种组合物。在一个实施方案中，本发明包含至少一种核酸分子，其对于检测如图1-17和表1-10中所公开的一种或多种遗传变异是有用的。此类核酸分子可以在本发明的方法中使用，例如用于检测、测定、和治疗狼疮。在一些实施方案中，所述核酸分子是附着至如本文中所描述的固体基片的。
在另一个实施方案中，本发明提供了可以在本发明的方法中使用的阵列。在一个实施方案中，本发明的阵列包含对于检测一种或多种遗传变异有用的核酸分子的个体或集合。例如，本发明的阵列可以包含一系列离散放置的等位基因特异性寡核苷酸个体或等位基因特异性寡核苷酸集合。数种用于将核酸附着至固体基片诸如玻璃载玻片的技术是本领域中公知的。一种方法是将含有能够附着至固体基片的反应性模块(诸如胺基、胺基的衍生物、或具有正电荷的另一种基团)的经修饰碱基或类似物掺入合成的核酸分子中。然后将合成的产物与用醛或其它反应性基团包被的固体基片(诸如玻璃载玻片)接触。醛或其它反应性基团会与扩增产物上的反应性模块形成共价连接，所述扩增产物会变得共价附着至所述玻璃载玻片。其它方法(诸如那些使用氨丙基硅烷(amino propryl silican)表面化学的)也是本领域中已知的。
可以使用本领域技术人员已知的某些方法来获得依照上文任何方法的生物学样品。可以自脊椎动物(特别是哺乳动物)获得生物学样品。通常使用组织活检来获得肿瘤组织的代表性碎片。或者，可以以已知或认为含有感兴趣肿瘤细胞的组织或流体的形式间接获得肿瘤细胞。例如，可以通过切除术、支气管镜检查术、细针抽吸(fine needle aspiration)、支气管刷检、或者自痰、胸膜液或血液获得肺癌损害的样品。可以自肿瘤样品或自其它身体样品(诸如尿、痰或血清)检测靶核酸(或所编码的多肽)中的变异。(癌细胞自肿瘤脱落，并出现在此类身体样品中。)通过筛选此类身体样品，可以为疾病诸如癌症实现简单的早期诊断。另外，可以通过对此类身体样品测试靶核酸(或所编码的多肽)中的变异来更容易地监测疗法进展。另外，用于对组织制备物富集肿瘤细胞的方法是本领域已知的。例如，可以自石蜡或低温恒温器切片分离所述组织。还可以通过流式细胞术或激光捕获显微切割(lasercapture microdissection)来将癌细胞与正常细胞分开。
确定受试者、或组织或细胞样品包含本文中所公开的遗传变异后，可以向受试者施用有效量的合适的狼疮治疗剂以治疗受试者中的狼疮状况。熟练从业人员可以进行哺乳动物中本文所述各种病理学状况的诊断。本领域中可获得诊断技术，其容许例如诊断或检测哺乳动物中的狼疮。
狼疮治疗剂可以依照已知方法施用，诸如静脉内施用(像推注或一段时间里的连续输注)，通过肌肉内、腹膜内、脑脊髓内、皮下、关节内、滑膜内、鞘内、口服、表面、或吸入路径。任选地，可以使用多种商品化装置经由迷你泵输注来实施施用。
用于施用狼疮治疗剂的有效剂量和日程表可以凭经验确定，而且做出此类决定在本领域技术范围内。可以采用单剂或多剂。例如，单独使用干扰素抑制剂的有效剂量或有效量的范围可以是每天约1mg/kg至约100mg/kg体重或更多。可以以本领域中已知的方式实施剂量的物种间定标，例如如Mordenti等，Pharmaceut.Res.，8：1351(1991)中所披露的。
在采用狼疮治疗剂的体内施用时，正常的剂量量可以自每天约10ng/kg变化至多至100mg/kg哺乳动物体重或更多，优选约1μg/kg/天至10mg/kg/天，这取决于施用路径。在文献中提供了关于特定剂量和投递方法的指导；参见例如，美国专利号4,657,760；5,206,344；或5,225,212。预期不同配制剂会对不同治疗化合物和不同病症有效，而且例如靶向一种器官或组织的施用可能必需采用与靶向另一种器官或组织的施用不同方式的投递。。
涵盖的是，还可以在所述方法中采用别的疗法。所述一种或多种其它疗法可以包括但不限于类固醇和所讨论病症的其它标准护理方案的施用。涵盖的是，可以以与例如靶向狼疮治疗剂分开的药剂形式采用此类其它疗法。
本发明还提供了检测狼疮的存在的方法，其通过检测自生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中的变异来实现。在一个实施方案中，所述生物样品是自怀疑患有狼疮的哺乳动物获得的。
本发明还提供了测定生物学样品的基因型的方法，其通过检测自生物学样品衍生的PRO相关多核苷酸是否存在遗传变异来实现。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在另一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在另一个实施方案中，所述生物学样品已知含有或者怀疑含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。在另一个实施方案中，所述生物学样品是细胞系，例如原代或永生化细胞系。在一个此类实施方案中，基因型分型提供了用于对疾病分类或细分类的基础。
本发明还提供了在来自哺乳动物的生物学样品中鉴定已知含有或者怀疑含有包含变异的PRO或PRO相关多核苷酸的细胞的方法，其通过在自生物学样品的细胞衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中检测变异来实现。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在另一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了诊断哺乳动物中的狼疮的方法，其通过在自获自所述哺乳动物的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中检测变异的存在来实现，其中所述生物学样品已知含有或者怀疑含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。本发明还提供了用于帮助诊断哺乳动物中的狼疮的方法，其通过在自获自所述哺乳动物的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中检测变异的存在来实现，其中所述生物学样品已知含有或者怀疑含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在另一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本领域中已知的和本文中所描述的多种算法可以用于评估形成狼疮的风险和对疗法的响应。与表型有关的变体可以以加性、等位基因剂量依赖性方式相互作用。在本发明的一些实施方案中，可以使用基于分层(stratification)方案的算法来评估形成狼疮的风险、疾病严重性、和对疗法的响应。基于携带的风险等位基因的数目，可以将狼疮病例分层成组。在一个实施方案中，所述风险等位基因定义为相对于来自该基因座的对照，狼疮病例中富集的等位基因。例如，在一个实施方案中，若列出来自18个基因座的总共19种等位基因，则风险等位基因的最大可能数目等于38。如本文中所描述的，可以测定由风险等位基因数目分层的狼疮病例和所得分布的三分位数(tertiles)。然后可以对狼疮病例的三分位数检查疾病严重性、风险和对疗法的响应的差异。在另一个实施方案中，提供了用于预测患有狼疮的受试者是否会响应靶向PRO或PRO相关多核苷酸的治疗剂的方法，其通过测定所述受试者是否包含PRO或PRO相关多核苷酸中的变异来实现，其中PRO或PRO相关多核苷酸中存在变异指明所述受试者会响应所述治疗剂。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在另一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还涵盖在受试者或自其获得的样品中检测在与如图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处是否存在遗传变异的方法，其如下实现，即(a)使所述受试者或样品中的核酸与上文所描述的任一种多核苷酸在适合于所述核酸和所述多核苷酸间形成杂交复合物的条件下接触；并(b)检测所述多核苷酸是否与所述核酸在所述核苷酸位置处发生特异性碱基配对。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了在与PRO有关的核酸中检测是否存在遗传变异的方法，其如下实现，即(a)使所述核酸与对所述遗传变异特异性的等位基因特异性寡核苷酸在适合于所述等位基因特异性寡核苷酸与所述核酸杂交的条件下接触；并(b)检测是否存在等位基因特异性杂交。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在另一个实施方案中，等位基因特异性寡核苷酸是等位基因特异性引物。
本发明还提供了用于评估受试者形成狼疮的素因(predisposition)的方法，其通过检测受试者中是否存在PRO或PRO相关多核苷酸中的变异来实现，其中PRO或PRO相关多核苷酸中存在变异指明所述受试者有形成狼疮的素因。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在另一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了对哺乳动物中的狼疮细分类的方法，该方法包括在自所述哺乳动物衍生的生物学样品中检测PRO相关多核苷酸中与如图1-17和表1-10任何中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处的变异的存在，其中所述生物学样品已知含有或者怀疑含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在一个实施方案中，以组织/器官参与(例如狼疮肾炎)、性别、和/或种族(ethnicity)来表征所述细分类。
在本发明检测方法的一个实施方案中，所述检测包括实施选自下组的方法：引物延伸测定法；等位基因特异性引物延伸测定法；等位基因特异性核苷酸掺入测定法；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法；5’核酸酶测定法；采用分子信标的测定法；和寡核苷酸连接测定法。
本发明还提供了鉴定有效治疗患者亚群中的狼疮的治疗剂的方法，该方法包括使所述药剂的功效与所述患者亚群中与单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处遗传变异的存在相关联，其中所述SNP是图1-17和表1-10中所列SNP之一，由此将所述药剂鉴定为有效治疗所述患者亚群中的狼疮。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明的方法提供了对于确定合适的临床干预步骤(如果合适和在合适时(if and as appropriate))有用的信息。因此，在本发明方法的一个实施方案中，所述方法进一步包括基于对PRO或PRO相关多核苷酸中是否存在如本文中所公开的变异的评估结果的临床干预步骤。例如，合适的干预可以牵涉预防和治疗步骤，或对任何当时流行的(then-current)预防或治疗步骤的调整，其基于通过本发明方法获得的遗传信息来实施。
如对本领域技术人员会显而易见的是，在本发明的任何方法中，虽然检测出存在变异会正面地指明疾病的特征(例如疾病的存在或亚型)，但是未检测出变异通过提供所述疾病的相反表征也会是有教益的。
本发明还提供了扩增包含PRO相关多核苷酸或其片段的核酸的方法，其中所述PRO相关多核苷酸或其片段包含遗传变异。在一个实施方案中，该方法包括(a)使所述核酸与如下引物接触，所述引物与所述变异5’或3’的序列杂交，并(b)延伸所述引物以生成包含所述遗传变异的扩增产物。在一个实施方案中，所述方法进一步包括使所述扩增产物与第二引物接触，所述第二引物与所述遗传变异5’或3’的序列杂交，并延伸所述第二引物以生成第二扩增产物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括通过例如聚合酶链式反应来扩增所述扩增产物和第二扩增产物。
在一些实施方案中，所述遗传变异在与本发明SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明更进一步的方法包括治疗哺乳动物中的狼疮的方法，其包括以下步骤：自所述哺乳动物获得组织或细胞样品，对所述组织或细胞检查是否存在如本文中所公开的变异，和在确定所述组织或细胞样品中是否存在所述变异后，给所述哺乳动物施用有效量的合适的治疗剂。任选地，所述方法包括给所述哺乳动物施用有效量的靶向狼疮治疗剂和任选地，第二种治疗剂(例如类固醇等)。
在一个实施方案中，提供了治疗狼疮的方法，该方法包括给所述受试者施用有效量的PRO拮抗剂或激动剂。在一个实施方案中，所述受试者展现出PRO或PRO相关多核苷酸中的变异。在一个实施方案中，所述变异是遗传变异。在一个实施方案中，所述遗传变异在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处。在一个此类实施方案中，所述遗传变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了在已知与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中治疗狼疮状况的方法，该方法包括向所述受试者施用有效治疗所述状况的治疗剂。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用已知有效治疗在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异受试者中的所述状况的治疗剂。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用先前在至少一项临床研究中显示出有效治疗所述状况的治疗剂，在所述临床研究中向至少5名人受试者施用所述药剂，所述人受试者均在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在一个实施方案中，所述至少5名受试者具有该组至少5名受试者的总共2种或更多种不同SNP。在一个实施方案中，所述至少5名受试者具有该整组至少5名受试者的同一SNP。
本发明还提供了治疗特定狼疮患者亚群中狼疮受试者的方法，包括向所述受试者施用有效量的治疗剂，所述治疗剂被批准为针对所述亚群的治疗剂，其中所述亚群的特征至少部分为与在与图1-17和表1-10中所列SNP对应的核苷酸位置处的遗传变异的关联。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在一个实施方案中，所述亚群是欧洲血统的。在一个实施方案中，本发明提供了如下方法，其包括制造狼疮治疗剂，并包装所述药剂及向受试者施用所述药剂的用法说明，所述受试者患有或者被认为患有狼疮，且所述受试者在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处具有遗传变异。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。
本发明还提供了详细说明(specify)在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括提供关于向患者亚群施用所述治疗剂的用法说明，所述患者亚群的特征在于在与图5-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处的遗传变异。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在一个实施方案中，所述亚群是欧洲血统的。
本发明还提供了用于销售在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括告知目标受众关于所述治疗剂用于治疗所述患者亚群的用途，所述患者亚群的特征在于此类亚群患者中在与图5-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处存在遗传变异。在一个实施方案中，所述变异包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述变异是PRO相关多核苷酸中的SNP，所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域(例如如图1-17和表1-10中所列)内的序列编码的PRO。在一个实施方案中，所述遗传变异在编码基因(或其调控区)的基因组DNA中，其中所述基因(或其调控区)包含图1-17和表1-10任何中所列SNP。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的非编码区中。在一个实施方案中，所述SNP在该基因的编码区中。在包括使用治疗剂的上文任何方法的一个实施方案中，此类药剂包含如本文中所公开的狼疮治疗剂。
本发明还提供了用于在已知在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控经由B细胞受体的信号传导的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控经由B细胞受体的信号传导的治疗剂。
本发明还提供了用于在已知在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控Th17细胞分化的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控Th17细胞分化的治疗剂。
试剂盒
在本发明的一个实施方案中，提供了试剂盒。在一个实施方案中，试剂盒包含本文中所描述的任何多核苷酸，任选地，及酶。在一个实施方案中，所述酶是至少一种选自下组的酶：核酸酶、连接酶、和聚合酶。
在一个实施方案中，本发明提供了一种试剂盒，其包含本发明的组合物，和用法说明，所述用法说明关于使用所述组合物来检测狼疮，其通过测定受试者的基因组是否包含如本文中所公开的遗传变异来实现。在一个实施方案中，本发明的组合物包含多种能够与至少1种、2种、3种、4种、或5种PRO相关多核苷酸或此类PRO相关多核苷酸的互补物特异性杂交的多核苷酸，每种PRO相关多核苷酸在与图1-17和表1-10任何中所列SNP的位置对应的核苷酸位置处包含遗传变异。在一个实施方案中，本发明的组合物包含编码PRO的至少一部分的多核苷酸。在一个实施方案中，本发明的组合物包含如下核酸引物，其能够结合PRO相关多核苷酸的至少一部分，并招致PRO相关多核苷酸的至少一部分的聚合(例如扩增)。在一个实施方案中，本发明的组合物包含结合剂(例如引物、探针)，其特异性检测PRO相关多核苷酸(或其互补物)(或相应的基因产物)。在一个实施方案中，本发明的组合物包含特异性结合PRO至少一部分的结合剂。在一个实施方案中，本发明提供了一种制品，其包含治疗剂，以及使用所述药剂来治疗在PRO相关多核苷酸中具有如本文中所公开的变异的狼疮患者的用法说明。
为了在上文描述或提议的应用中使用，本发明还提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可以包含载体手段，其被隔室化以紧密约束方式容纳一个或多个容器手段，诸如管形瓶、管等，每个容器手段装有要在所述方法中使用的分开成分之一。例如，所述容器手段之一可以装有可检测标记或能可检测标记的探针。此类探针可以是对PRO相关多核苷酸特异性的多核苷酸。若试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸，则所述试剂盒还可以具有装有用于扩增所述靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有与报告分子(诸如酶标记物、荧光标记物、或放射性同位素标记物)结合的报告手段(诸如生物素结合蛋白，诸如亲合素或链霉亲合素)的容器。
典型地，本发明的试剂盒会包括上文所描述的容器和一个或多个其它容器，其中装有从商业和使用者观点看需要的材料，包括缓冲剂、稀释剂、滤器、针头、注射器、和印有使用说明书的包装插页。容器上可以存在标签以指出所述组合物用于特定疗法或非治疗性应用，而且还可以指出体内或体外使用的用法，诸如那些上文所描述的。
本发明的试剂盒具有许多实施方案。一个典型的实施方案是试剂盒，其包括容器、所述容器上的标签、和装在所述容器内的组合物；其中所述组合物包含用于PRO或PRO相关多核苷酸的检测剂，所述容器上的标签指明所述组合物可用于评估至少一种类型的哺乳动物细胞中PRO或PRO相关多核苷酸的存在，及使用检测剂来评估至少一种类型的哺乳动物细胞中PRO或PRO相关多核苷酸的存在的用法说明。所述试剂盒可以进一步包含一套用于制备组织样品并将抗体和探针应用于组织样品的同一切片的用法说明和材料。例如，试剂盒可以包含容器、所述容器上的标签、和装在所述容器内的组合物；其中所述组合物包含能与PRO相关多核苷酸的互补物在严格条件下杂交的多核苷酸，所述容器上的标签指明所述组合物可以用于评估至少一种类型的哺乳动物细胞中PRO相关多核苷酸的存在，及使用所述多核苷酸来评估至少一种类型的哺乳动物细胞中PRO相关RNA或DNA的存在的用法说明。
试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂诸如能被酶标记物化学改变的底物(例如色原)、表位修复液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照载玻片等。
销售方法
本文中的发明还涵盖一种用于销售狼疮治疗剂或其药学可接受组合物的方法，包括向目标受众宣传、讲授、和/或详细说明所述药剂或其药用组合物用于治疗如下的患有狼疮的患者或患者群体的用途，即自所述患有狼疮的患者或患者群体获得的样品显示如本文中所公开的遗传变异的存在。
销售指经由非个人媒体进行的、通常付费的通讯，其中发起人受到鉴别且信息受到控制。为本文中目的的销售包括宣传(publicity)、公共关系(publicrelations)、产品布置(product placement)、赞助(sponsorship)、保险(underwriting)、和促销(sales promotion)。该术语还包括出现在任何印刷传播媒体中的商业信息公告，其设计用于引起大众的兴趣以劝说、通知、宣传、激发、或以其它方式改变行为，向购买、支持、或认可本文中发明的有利方式发展。
可以通过任何手段来实现本文中诊断方法的销售。用于传递这些信息的销售媒体的例子包括电视、电台、电影、杂志、报纸、因特网、和告示板，包括商业性的，即出现在广播媒体中的信息。
所使用的销售的类型会取决于许多因素，例如待传达的目标受众的性质，例如医院、保险公司、诊所、医生、护士、和患者，以及成本考虑和管理药物和诊断学的销售的相关管辖权法律和条例。可以根据由服务相互作用和/或其它数据(诸如用户人口统计状况和地理位置)限定的用户表征使销售个性化或用户化。
以下内容是本发明方法和组合物的实施例。理解的是，鉴于上文所提供的一般性说明，可以实施各种其它实施方案。
实施例
在实施例3结尾处提供了关于实施例1-3中引用的(且由数字代表的)参考文献的文献目录信息。在实施例6结尾处提供了关于实施例4-6中引用的(且由数字代表的)参考文献的文献目录信息。
实施例1：用于系统性红斑狼疮中全基因组关联扫描的材料和方法
本实施例描述了承担在大量样品中实施针对SLE的全基因组扫描的材料和方法，所述大量样品包含1311份SLE病例和3340份对照。在500,000种变体(它们捕获估计85％的人基因组间常见变异)里，对24种测定基因型并测试与SLE的关联。
受试者
对来自下列集合的SLE病例样品测定基因型：a)来自自身免疫生物标志合作网络(Autoimmune Biomarkers Collaborative Network，ABCoN)(一个受NIH/NIAMS资助的储存库(repository))的338名受试者25，b)来自多发性自身免疫性疾病遗传学学会(Multiple Autoimmune Disease Genetics Consortium，MADGC)的141名受试者26，c)来自加州大学旧金山分校(University ofCalifornia San Francisco，UCSF)狼疮遗传学项目的613名受试者10，27和d)来自匹兹堡大学医学中心(University of Pittsburgh Medical Center，UPMC)的335名受试者28加上在范因斯坦医学研究院(Feinstein Institute for Medical Research)收集的8个样品。所有SLE病例都自述是高加索人(Caucasian)。通过医学记录复查(medical record review)(94％)或者经由治疗风湿病学家的标准书面文件(6％)在所有病例中证实了SLE的诊断(满足4项或更多项美国风湿病学会(American College of Rheumatology，ACR)定义的标准29)。在每所机构复查临床数据，并制成表格。图4显示了SLE的11项ACR分类标准之每一项的计数和百分比29。
在关联分析中检查总共3583份对照样品。作为此项目的一部分，基于自述的种族、性别和年龄，自纽约癌症项目(New York Cancer Project，NYCP)集合30选择1861份对照样品，然后测定基因型。另外，自公众可获得的iControlDB数据库<www.illumina.com/pages.ilmn？ID＝231>获得来自1722份自述高加索人对照样品的基因型数据。
为了重复，对来自793名瑞典SLE患者(都满足4项或更多项如ACR所定义的SLE分类标准)和857名健康瑞典对照个体的独立集合的DNA样品测定基因型。所述患者来自位于Lund，Uppsala，Karolinska(Solna)的风湿病学门诊部和大学医院7。所有合作机构的内设伦理委员会(Institutional ReviewBoard)批准了这些研究，并且所有参与者给予知情同意。
基因型分型
在范因斯坦研究院在Illumina HumanHap550基因型分型珠芯片(BeadChip)31上对来自NYCP的对照样品(N＝1861)测定基因型。在HumanHap550v1芯片上对1465份样品(464份病例，1001份对照)测定基因型，并在HumanHap550v3芯片上对1875份样品(1015份病例，860份对照)测定基因型。将来自这些对照样品中1452份的基因型数据提交至iControlDB，并使公众在发表前便可获得。自iControlDB<www.illumina.com/pages.ilmn？ID＝231>的研究66和67获得使用HumanHap550珠芯片测定基因型的1722份高加索人样品的另一个独立集合。在范因斯坦研究院以连续状态(in serial phases)对病例样品测定基因型；系列1由来自ABCoN和MADGC的479份病例组成，系列2包括来自UCSF的613份病例，而系列3由来自UPMC和范因斯坦研究院的387份病例构成。将两种HumanHap550版本上都存在的545,080种单核苷酸多态性(SNP)推入分析中。对在整个芯片上(across the chip)平均呼叫率(average call rate)小于80％的病例和对照样品再次测定基因型。
在瑞典重复集合中，使用均相单碱基引物延伸测定法(homogeneoussingle base primer extension assay)对SNP rs11574637和rs13277113测定基因型，其中荧光偏振检测在Uppsala的SNP技术平台<www.genotyping.se>进行而试剂来自Perkin-Elmer32。样品中的基因型呼叫率是96％，并且依照4.6％的基因型的一式两份测定，再现性是100％。与研究样品平行地对具有20位成员的三代CEPH谱系测定基因型，并且在任一SNP方面没有观察到背离孟德尔遗传。
数据质量滤器
自分析排除平均呼叫率小于等于95％(N＝42)或报告的个体性别与观察到的性别不一致(N＝21)的样品。为每份样品评估整个基因组(across thegenome)的状态身份(identity by state，IBS)，并对所述样品检查隐秘亲缘关系(cryptic relatedness)。除去估计是复制物或一至三代亲属的每对样品中的1份(Pi_hat＞0.10和Z1≥0.15，N＝161)。这些对中的3对由一份病例和一份对照组成；除去对照。自分析除去病例中的频率小于1％(N＝21,644)或对照中的HWEP小于等于1×10-6(N＝2819)的SNP。除去缺失(missingness)大于5％的SNP(N＝6074)。对SNP测试病例与对照间缺失的显著差异的概率；除去P小于等于1×10-5的SNP(N＝7646)。还对SNP测试分批效应(batch effect)：例如，在ABCoN样品与所有其它病例之间；除去P小于1×10-9的SNP(N＝13)。
使用EIGENSTRAT33检测群体异常值(population outlier)。自分析排除在前10项主成分(principal component)之任一项方面偏离均值超过6倍标准偏差的样品(N＝141)。随机将来自3340份剩余对照样品的数据成比例地分配给每个SLE病例系列，导致约2.5的对照：病例比率(表1)。
系列1由411份病例和1047份对照组成，系列2由595份病例和1516份对照构成，而系列3由305份病例和777份对照构成。总的来说，93％的病例是女性，并且62％的对照是女性。在男性与女性之间未注意到等位基因频率的显著差异。
除去在至少一个系列中缺失数据大于2％且缺失数据在病例与对照之间分配不均(差异缺失，P＜1×10-3)的SNP(N＝3323)。染色体X的拟常染色体区域中的SNP(N＝13)没有显示显著的关联，并自进一步分析排除。使用软件程序PLINK34内的分析模块来进行样品和标志物过滤。对于每个系列，将总共502,033种SNP推入下游分析中。
数据分析
使用2×2列联表来计算所有SNP与SLE易感性的关联。然后为每个样品系列计算基因组对照膨胀因子(inflation factor)(λgc)35。基因组对照膨胀因子是基于中值卡方的度量，其反映分布的主要部分(bulk ofthe distribution)是否符合零假设(null hypothesis)(λgc＝1.0)。λgc值大于1指明平均卡方关联统计量由于系统技术伪像(systemic technical artifact)或群体分层的存在而提高。除去低质量数据以使技术伪像最小化后，对每个系列记录下膨胀的证据：系列1、2和3分别为1.14、1.18、和1.11。为了修正群体分层的存在，在EIGENSTRAT中使用SNP子集来计算每个系列的主成分。除去病例MAF小于2％的(5011)、对照HWE P小于等于1×10-4的(1792)、或缺失数据大于1％的(50414)SNP，以及由于染色体6(24-36Mb)、8(8-12Mb)、11(42-58Mb)、和17(40-43Mb)上的结构变异引起的异常LD样式区域中的SNP。使用剩余的440,202种SNP来计算主成分。在每个系列中，使用前4项主成分来为所有502,033种SNP调整关联统计量。群体分层调整后，每个系列的λgc接近1.0(参见表1)。通过掺有Z得分的λgc的的加权合并来组合每个系列的修正关联统计量(图12)。图5中显示了前50名基因座。另外，在表中汇总了关于来自每个系列的所有通过QC滤器的SNP的统计量和组合的关联统计量(未显示)。
为了测试关于最为有关的变体的3项病例-对照研究之间的异质性(heterogeneity)，对在这些区域：HLA DRB、STAT4、IRF5、BLK、和ITGAM/ITGAX之每一处中具有最好关联的SNP运行PLINK中执行的Breslow-Day检验。未检测出显著的异质性(每个P大于0.2)。
使用Stata 9.2(www.stata.com/)中执行的组合优势比和Mantel-Haenszel异质性检验，为组合数据集计算各SNP与亚表型之间的关联(图9)。不对多重检验调整计算的P值，因为已知ACR标准是相关联的，并且α＝0.05/11＝0.0045的简单Bonferroni修正可能会过度保守。
基因表达分析
对来自210名无关的、健康HapMap个体的经埃巴病毒转化的B细胞系的基因表达测量检查与显著与SLE有关的变体的关联36，所述基因表达测量来自公众可获得的数据集(GENEVAR项目，www.sanger.ac.uk/humgen/genevar/)。具体地，对60名具有北欧和西欧血统的美国居民(CEU)、60名约鲁巴人(Yoruba，YRI)、45名来自北京的汉族中国个体(CHB)和45名来自东京的日本个体(JPT)检查来自针对BLK(GI_33469981-S)、C8orf13(GI_32698772-S)、ITGAM(GI_6006013-S)、ITGAX(GI_34452172-S)、ACTB(β-肌动蛋白，GI_5016088-S)、和GAPDH(GI_7669491-S)的探针的4次测量的中值荧光强度。通过rs13277113基因型(自HapMap(www.hapmap.org)获得的)来对BLK、C8orf13、GAPDH和ACTB的表达数据分层，并通过采取相等方差的2尾t检验来测量差异表达的显著性。类似地，通过位于rs11574637的基因型来对ITGAM、ITGAX、GAPDH和ACTB的表达数据分层，并使用t检验来测试显著性。如由GENEVAR项目所描述的在HapMap群体间按log标度标准化的表达数据产生与中值荧光强度类似的结果。
通过对最近发表的研究(www.sph.umich.edu/csg/liang/asthma/)的检查和数据挖掘，获得400个经EBV转化的B细胞的独立集合中BLK和C8orf13表达与顺式遗传变异的关联37。具体地，测量rs13277113的替代物(proxy)(rs4840568)与BLK(探针206255_at)和C8orf13(探针226614_s_at)的表达水平的关联，如Dixon等所描述的37。
实施例2：C8orf13/BLK和ITGAM/ITGAX作为新的易感性基因座的鉴定
全基因组关联分析
Illumina芯片上总共502,033种多态性SNP通过质量控制滤器，并使用3个病例-对照系列以分阶段方式测试与SLE的关联(表1)。通过添加自EIGENSTRAT修正卡方检验统计量转换得来的Z得分来计算组合的关联统计量，针对系列大小加权，并为每个系列的残数(residual)λgc进行调整(参见方法)。
图1中显示了观察到的元分析(meta-analysis)P值相对于空分布(nulldistribution)的P值的比较。在分布的尾部观察到显著偏离空分布(图1A，黑色菱形)，这可以指明真正的正关联的存在。对3处已建立的风险基因座记录下与SLE的强烈关联。在HLA II类区域中，rs2187668是DRB1*0301等位基因接近完美的预测物38，而且是组合分析中与SLE最强烈关联的变体(P＝3×10-21)。另外157种HLA区SNP(其中许多与DRB1*0301等位基因相关联)具有小于5×10-7的观察P值(图1B)。对与干扰素调节因子5(IRF5)的充分证实的(well-validated)风险单元型连锁的变体观察到强烈关联(例如rs10488631，P＝2×10-11)7-9。另外，观察到与STAT4的关联(rs7574865，P＝9×10-14)。最近报告了STAT4与SLE和类风湿性关节炎两者的关联10。这里的SLE数据集与较早报告10的交叠，而且包括不包括在先前分析中的另外341份病例和2905份对照。另外，已经为群体分层修正这里报告的头等STAT4 SNP的P值。
自卡(χ)预期的(chi expected)对观察到的分析除去HLA、IRF5和STAT4中的变体后，没有消除相对于空分布的P值偏离(图1A，圆形)，提示别的SLE基因座的存在。如图1B中所显示的，在组合分析中接近B淋巴样酪氨酸激酶(BLK)基因且在含有整联蛋白αM(ITGAM)和整联蛋白αX(ITGAX)基因的区域中的多种SNP与SLE高度关联。先前没有将这些基因或区域与SLE易感性联系起来。
BLK/C8orf13
染色体8(8p23.1)的短臂上的数种变体与SLE有关(图2，表2，图8)。相对于对照，rs13277113的“A”等位基因在美国SLE病例中高度富集(P＝8×10-8，组合的OR＝1.39，95％C.I.＝1.26-1.54)。为了证实此初始观察，在rs13277113方面测定来自瑞典的793份SLE病例和857份匹配对照的独立集合的类型，并且也观察到次要“A”等位基因与SLE的令人信服的关联(P＝3.6×10-4，OR＝1.33，95％C.I.＝1.13-1.55；表2)。使用美国和瑞典样品两者的对rs13277113的元分析显示P＝1.4×10-10，其超过严格全基因组显著性关联阈值P＜5×10-8 39。
rs13277113位于以相反方向转录的两个基因：BLK(一种向B细胞受体下游发信号的src家族酪氨酸激酶)与C8orf13(一种遍在表达的、功能未知的基因)之间的间隔(图2)。没有已知的BLK或C8orf13编码区变体与rs13277113连锁不平衡(LD)。
已经显示了常见的遗传变异与顺式基因表达水平相关联8，36，37，40。为了确定有关的启动子SNP是否可以影响BLK和/或C8orf13的mRNA表达，询问自来自210份无关HapMap样品的经埃巴病毒转化的B淋巴细胞细胞系产生的基因表达数据集36。惊人的是，rs13277113的风险“A”等位基因与较低的BLKmRNA表达水平有关(图2B)。A等位基因的纯合子显示比G等位基因的纯合子低约50％的表达水平，而A/G杂合子具有中等水平。有趣的是，C8orf13基因的表达也与风险单元型相关联，但是方向相反。rs13277113的A等位基因与C8orf13在经转化品系中较高的表达有关，而G等位基因与较低的表达显著有关(图2C)。A/G杂合子再次显示中等表达水平。基于rs13277113处的基因型，许多对照mRNA(例如β-肌动蛋白、GAPDH)在细胞系中的表达没有变化(图6)，并且在所有HapMap群体中观察到BLK表达的一致的等位基因差异(图7)。通过在400个非HapMap的经转化B细胞系中分析基因表达和全基因组SNP的独立数据集来证实这些结果37。在此数据集中，与rs13277113相关联的标志物(rs4840568，r2＝0.77)与BLK的表达降低(P＝8.9×10-27，探针206255_at)和C8orf13的表达升高(P＝4.6×10-35，探针226614_s_at)两者有关。
多个保守的转录因子结合位点(包括IRF1、PPARG和干扰素刺激应答元件的基序)位于BLK和C8orf13的5’区域中。然而，rs13277113和相关的变体(r2＞0.5)都不改变已知的转录因子结合位点或其它已知的功能性核酸基序。我们推断，rs13277113或与rs13277113强烈有关的变异改变BLK和C8orf13的mRNA表达水平。
ITGAM/ITGAX
染色体16上的整联蛋白α链基因簇内的变体也与SLE显著有关(图3，表2)。在3个SLE系列间观察到rs11574637的“C”等位基因的可重现关联(P＝5×10-7，OR＝1.30，95％C.I.＝1.17-1.45)。重要的是，rs11574637的“C”等位基因在瑞典重复系列中显示类似的强烈富集(P＝4×10-7，OR＝1.59，95％C.I.＝1.33-1.91；表2)，而元分析显示组合的P＝3×10-11。我们推断，与rs11574637连锁的变异给经证实的SLE风险等位基因作标记，并且ITGAM/ITGAX基因座促成SLE发病机制。
rs11574637是覆盖编码数种基因(包括ITGAM和ITGAX 5’部分)的约150kb的大块相关SNP的一部分(图3A)。ITGAM和ITGAX两者在经EBV转化的B细胞中以可检测的水平表达，然而rs11574637并不与任一种基因的mRNA表达水平显著相关联(数据未显示)。可能感兴趣的是，SNP rs11574637与2种ITGAM非同义变体相关联。在对照群体中，Pro1146Ser变体(rs1143678，P＝2.5×10-5)以0.85的r2与疾病相关rs11574637变体相关联。rs1143678的“C”等位基因和1146Ser等位基因在18.2％的对照染色体上形成单元型；“C”等位基因还存在于缺乏1146Ser等位基因的另外2％单元型上。第二种非同义等位基因(rs1143683，Ala858Val)没有在本研究中直接测定基因型，但是与Pro1146Ser高度相关(HapMap CEU中r2＝0.85)。会需要进一步的研究来确定ITGAM非同义变体或别的等位基因是否隐藏在ITGAM/ITGAX区内关联的下面。
与SLE临床特征的关联
最后，检查两种头等SNP即rs11574637(BLK)和rs13277113(ITGAM)与各项ACR标准的存在(使用组合病例系列1-3(图9，并参见方法))之间的关联。最强烈的关联是rs11574637次要等位基因与关节炎的存在之间的逆相关，OR＝0.73(95％CI＝0.59-0.91，P＝0.0045)。两种变体都与血液学标准适度有关：rs11574637，OR＝1.21(95％CI＝1.00-1.47，P＝0.04)而rs13277113，OR＝1.23(95％CI＝1.03-1.46，P＝0.02)。没有观察到其它显著关联。
讨论
本成果描述了SLE中实施的全面全基因组关联研究的结果。通过研究大量SLE病例(1311份)和甚至更大的一组对照(3340份)，检测出促成SLE风险的主要等位基因。HLA区中观察到的强烈信号，即IRF5和STAT4充当该实验的阳性对照，并证实这些基因座在此疾病中最重要的遗传因素中。
src家族酪氨酸激酶BLK是令人感兴趣的新的SLE候选基因。BLK的表达高度限于B淋巴细胞谱系41。小鼠中的Blk表达首先在循环中的晚期原B细胞(pro-B cell)中观察到，在整个B细胞发育中继续，随后在浆B细胞(plasma Bcell)中下调42。Blk敲除小鼠没有总的表型43，并且尚未实施人B细胞中的功能研究。不限于理论，BLK是向B细胞受体下游转导信号的酪氨酸激酶之一，并且其在小鼠中可能具有冗余的作用，鉴于敲除动物中缺乏表型。B细胞受体有关激酶的作用有重大物种差异的先例。例如，人体中布鲁顿氏酪氨酸激酶(Bruton’s tyrosine kinase，BTK)缺陷导致X连锁的无丙种球蛋白血症，和B细胞完全缺乏44。然而，小鼠中的Btk缺陷与轻微得多的表型有关，有在功能方面受到削弱的成熟B细胞的生成45。
经由B细胞受体的信号传导对于在B细胞发育过程中经由诱导无反应性、删除和受体编辑而建立B细胞全集是重要的46，47。如这里所显示的，BLK处的风险等位基因与经转化B细胞系中BLK mRNA的表达降低有关。不限于理论，改变的BLK蛋白质水平可能影响B细胞中的耐受机制，使个体倾向于系统性自身免疫。最近已经为Ly108(狼疮的NZM2410小鼠模型中的主要遗传基因座之一)显示了类似的机制48。因而，在本发明的一个实施方案中，本领域技术人员可以使用本文中提供的信息来评估风险单元型对遍在表达的基因C8orf13的表达的影响。
此扫描中鉴定的第二个基因座是ITGAM/ITGAX。虽然基于该区域中延伸入ITGAX 5’部分的强LD，没有将ITGAX排除在考虑之外，但是数据提示ITGAM可能是该区域中的相关基因。ITGAM(也称为CD11b、Mac-1、和补体受体3型)是充分表征的整联蛋白α链分子，其由多种髓样细胞类型表达，包括树突细胞、巨噬细胞、单核细胞、和嗜中性粒细胞49-51。ITGAM与ITGB2(CD18)形成异二聚体，并介导免疫系统中各细胞类型间的粘附，和髓样细胞与内皮的粘附52。ITGAM缺陷型小鼠在数种自身免疫(包括狼疮)模型中显示增强的疾病行进和炎症53-55，并且最近的数据提示ITGAM可以正常发挥功能以阻抑Th17分化56，即一种已经与自身免疫的诱导联系起来的途径。感兴趣的是，已经有报告CD11b的表达在活动性SLE患者的嗜中性粒细胞上得到提高57。ITGAM的风险等位基因及其两个高度相关的非同义等位基因可倾向于改变的蛋白质功能和/或表达调控，由此促成系统性自身免疫。
总之，本数据为SLE鉴定出两个新的易感性基因座：染色体8上的BLK/C8orf13和染色体16上的ITGAM/ITGAX。这两个基因座内最有可能的候选基因是BLK和ITGAM。这些基因的鉴定提供对SLE遗传基础的重要的新了解，而且还为治疗提示潜在的新靶物。
实施例3：系统性红斑狼疮(SLE)中的全基因组关联扫描，和与SLE相关的新基因座的鉴定
在此实施例中，初始数据集由来自上文在实施例1和实施例2中所描述的全基因组关联研究的病例和对照组成，其中基因型来自IlluminaHumanHap550v1芯片和Illumina HumanHap550v3芯片。来自IlluminaHumanHap550v1芯片的数据集由464份病例和1962份对照之每一份中的555352种SNP组成。来自Illumina HumanHap550v3芯片的数据集由971份病例和1621份对照之每一份中的561466种SNP组成。对于每个数据集，与上文在实施例1和实施例2中所描述的方式类似地应用质量控制滤器。来自HumanHap550v1芯片的所得数据集由422份病例和1881份对照之每一份中的534523种SNP组成。来自HumanHap550v3芯片的所得数据集由929份病例和1558份对照之每一份中的549273种SNP组成。
将来自Illumina HumanHap550v1芯片的上述数据集与来自IlluminaHumanHap550v3芯片的上述数据集合并。所得的数据集由1351份病例和3439份对照之每一份中的564307种SNP组成。将此数据集与来自CGEMS乳腺癌和前列腺癌研究的基因型(作为对照使用的4527份样品之每一份中的553820种SNP)合并。所得的数据集由1351份病例和7966份对照之每一份中的570099种SNP组成。与上文在实施例1和实施例2中所描述的方式类似地应用质量控制滤器。所得的数据集由1351份病例和7966份对照之每一份中的446856种SNP组成。
使用上述数据集来推算(impute)II期HapMap中的每种多态性CEU SNP的基因型概率，其经由程序IMPUTE(www.stats.ox.ac.uk/～marchini/software/gwas/impute.html)来进行。使用推荐的有效群体大小(-Ne 11418)。
用程序SNPTEST(www.stats.ox.ac.uk/～marchini/software/gwas/snptest.html)计算SLE状态与每种所推算的SNP之间的关联。排除群体异常值；用程序EIGENSTRAT来测定它们，其方式类似于上文在实施例1和实施例2中所描述的。测试加性和一般频率论模型两者。
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实施例4：1310份SLE病例和7859份对照中的全基因组关联扫描
方法：SLE病例和对照的样品信息和基因型分型
先前描述了SLE病例样品的选择和基因型分型(1)。简言之，使用Illumina550K阵列对来自下列各项的DNA样品测定基因型：a)来自自身免疫生物标志合作网络(ABCoN)(一个受NIH/NIAMS资助的储存库)的338名受试者(2)，b)来自多发性自身免疫性疾病遗传学学会(MADGC)的141名受试者(3)，(ABCON+MADGC＝病例系列1)，c)来自加州大学旧金山分校(UCSF)狼疮遗传学项目的613名受试者(4，5)(病例系列2)和d)来自匹兹堡大学医学中心(UPMC)的335名受试者(6)加上在范因斯坦医学研究院收集的8个样品(病例系列3)。所有SLE病例均是欧洲血统的北美人，如通过自我报告所确定的。通过医疗记录复查(94％)或者经由治疗风湿病学家的标准书面文件(6％)在所有病例中证实了SLE的诊断(满足4项或更多项美国风湿病学会(ACR)定义的标准(7))。在别处呈现这些病例系列的临床数据(4，3，2，6，5)。
在关联分析中检查使用Illumina 550K阵列确定基因型的总共8147份对照样品。在对照方面使用3种来源(均为欧洲血统的北美人)：来自纽约健康项目(New York Health Project，NYHP)集合的1861份样品(8)；来自公众可获得的iControlDB数据库(www.illumina.com/pages.ilmn？ID＝231)的1722份样品；和来自公众可获得的癌症遗传学易感性标志物(Cancer Genetics Markers ofSusceptibility，CGEMS)项目(http://cgems.cancer.gov/)的4564份样品。先前描述了NYHP样品的基因型分型(1)。
基因型数据质量滤器
使用软件程序PLINK(9)和EIGENSTRAT(10)内的分析模块进行样品和SNP过滤，如下文所描述的。
a)SLE病例、NYCP样品、和iControlDB样品
使用Illumina 550K SNP阵列，第1版(HH550v1)来测定464份病例和1962份对照的基因型，并使用Illumina 550K SNP阵列，第3版(HH550v3)来测定971份病例和1621份对照的基因型，如(1)所描述的。自分析中排除报告的性别与观察到的性别不匹配的样品(HH550v1：10，HH550v3：11)和缺失基因型大于5％的样品(HH550v1：25，HH550v3：21)。通过为所有可能的成对样品组合评估整个基因组的状态身份(IBS)来确定SLE病例与对照之间的隐秘亲缘关系。排除估计是复制物或一至三代亲属的每对样品中的一份(Pi_hat≥0.10和Z1≥0.15；HH550v1：88，HH550v3：73)。除去在对照中HWE P小于等于1×10-6的SNP(HH550v1：3176，HH550v3：2240)和缺失数据大于5％的SNP(HH550v1：12605，HH550v3：7137)。对SNP测试病例和对照之间的缺失数据频率的显著差异，并除去在PLINK中执行的差异缺失检验(differential missingness test)中P小于等于1×10-5的SNP(HH550v1：5027，HH550v3：2804)。还对SNP测试性别间显著的等位基因频率差异；所有SNP在对照中都具有大于等于1×10-9的P。对该数据检查分批效应的存在(例如，在ABCoN样品和所有其它病例之间)，并排除等位基因频率差异具有小于1×10-9的P的SNP(HH550v1：18，HH550v3：10)。将具有杂合单倍体基因型的变体设置成缺失(HH550v1：2305，HH550v3：875)。另外，除去次要等位基因频率小于0.0001的变体(HH550v1：97，HH550v3：57)。
b)CGEMS样品
对于2277份前列腺癌样品和分开的2287份乳腺癌样品，将杂合单倍体基因型设置成缺失(前列腺：2717，乳腺：0)。排除报告的性别与观察到的性别不匹配的样品(前列腺：0，乳腺：2)和缺失数据大于5％的样品(前列腺：15，乳腺：1)。对样品测试隐秘亲缘关系，如上文所描述的，并自估计是复制物或一至三代亲属的每对样品中除去一份(Pi_hat≥0.10和Z1≥0.15；前列腺：12，乳腺：7)。除去MAF小于0.0001的SNP(前列腺：3254，乳腺：2166)。
c)所有样品
将别的数据质量滤器应用至由所有SLE病例和对照组成的合并数据集。除去缺失数据大于5％的SNP(N＝65,421)和缺失数据大于5％的样品(N＝0)。使用957种独立的、MAF大于等于0.45的SNP进行重复样品测试，并且没有找到重复样品。除去在对照中HWE P小于等于1×10-6的SNP(N＝2174)和缺失数据大于2％的SNP(N＝5522)。我们对SNP测试病例和对照之间缺失数据的比例的显著差异，并除去具有过量缺失数据差异的SNP(P≤1×10-5，N＝16080)。对SNP测试性别间的显著差异，并且所有SNP在对照中都具有大于等于1×10-9的P。还对SNP检查分批效应的存在；具体地，在CGEMS乳腺癌样品和所有其它对照间，和CGEMS前列腺癌样品和所有其它对照间，并除去P小于1×10-9的SNP(N＝73)。应用上述质量滤器后，480,831种SNP保留下来。
使用EIGENSTRAT对病例和对照测试群体异常值的存在。出于测定变异的主成分(EIGENSTRAT)以检测群体异常值的目的，排除病例中MAF小于2％的(N＝16068)、对照中HWE P小于等于1×10-4的(N＝977)、或缺失数据大于1％(N＝17029)的SNP；由于染色体6(24-36Mb)、8(8-12Mb)、11(42-58Mb)、和17(40-43Mb)上的结构变异引起的异常LD样式的区域中的SNP；和染色体X的拟常染色体区域中的SNP(N＝12)。除去在前10项主成分之任一项方面偏离均值超过6倍标准偏差的样品(N＝148)。
最终的数据集具有1310份病例、7859份对照、和480,831种SNP，并且基因组对照膨胀因子(λgc)(11)在应用上述数据质量滤器后是1.06。
推算未观测到的基因型
人基因组中存在的广泛连锁不平衡容许在某些情况中以高置信度推断未分型的(untyped)变体。在分析中使用IMPUTE(一种用于基于一组已知的单元型(HapMap II期单元型，www.hapmap.org)推算全基因组病例-对照研究中未观察到的基因型的程序)(www.stats.ox.ac.uk/～marchini/software/gwas/impute.html)。
推算GNE病例和NYCP、iDB、和CGEMS对照
质量控制滤器后，有1310份GNE病例、3344份NYCP和iDB对照、4515份CGEMS对照、和446,856种SNP。运行程序IMPUTE(v0.3.1)，包括CEU单元型、图注、和与NCBI Build 35比对的图文件。将有效的群体大小设置成推荐值11418。没有使用链文件(strand file)；开启IMPUTE中的链比对检查。分开推算病例、NYCP和iDB对照、和CGEMS对照，并分开完整推算每条染色体。推算出2,562,708种SNP。
使用SNPTEST(v1.1.3)来对实际的和推算的基因型两者进行关联测试。对于已经测定基因型的SNP，使用实际的基因型。关联测试是针对加性遗传效应的Cochran-Armitage检验，其中用“-适当的”(“-proper”)选项来完全考虑基因型的不确定性。仅保留信息得分0.50以上(即frequentist_add_proper_info＞0.50)的SNP(2,481,907种SNP[97％])。
结果。表1中呈现了在对1310份病例和7859份对照的分析中与SLE有关的SLE基因座(P＜1×10-5)的非冗余列表。如下产生按等级排序的列表，即展示在+/-100kb间隔中具有最低P值的单一变体，其来自对2.3×106种SNP的分析，如上文所描述的。
表1：在对1310份病例和7859份对照的分析中与SLE有关的基因座(P≤1×10-5)。如下产生按等级排序的列表，即展示在+/-100kb间隔中具有最低P值的单一变体，其来自对2.3×106种SNP的分析，如所描述的。显示了SNP(dbSNP id)、染色体、位置(人基因组Build 35中的碱基对位置)、SLE病例和对照中的次要等位基因频率、来自SNPTEST的P值(在加性模型下，修正推算精确性)、推算信息得分(对推算精确性的评估)和优势比(具有95％置信区间)。
Figure G2008800255605D00671
Figure G2008800255605D00681
实施例5：对在GNE关联扫描中报告的SLE风险基因座的元分析
方法
针对经证实的SLE基因座检查SLE文献和标准
总共16种等位基因满足下文针对经证实的SLE风险基因座所描述的标准之一(表2)。
1)具有至少2份P≤1×10-5的独立报告的SLE风险基因座。
对文献检查如下基因座，其在非交叠SLE分组中具有P≤1×10-5的具有的2份独立报告。文献搜索代表2008年4月前的出版物。要求显示相同作用方向的与SLE的关联的相同变体(或r2＞0.3的替代物)。总共7种等位基因满足要求，包括HLA-DRB1*0301(HLA-DR3，(18，19))、HLA-DRB1*1501(HLA-DR2，(18，19))、蛋白质酪氨酸磷酸酶非受体类型22(PTPN22，(20，21))、干扰素调节因子5(IRF5，(22，23))、信号转导及转录激活物4(STAT4，(5，21))、B淋巴样酪氨酸激酶(BLK，(21，1))和整联蛋白αM(ITGAM，(1，24))。将这里所描述的1310份SLE病例和7859份对照全基因组关联扫描中的相同等位基因或最好的替代物(r2＞0.85)推入分析中(表2)。
2)具有一份P≤1×10-5的报告的SLE风险基因座。
实施文献搜索，其针对在2008年4月为止的一份出版物中具有报告的P≤1×10-5的P的SLE风险基因座，并鉴定出总共18个基因座。
在所述基因座中的13个中，在上文所描述的1310份SLE病例和7859份对照基因组扫描中测定相同变体或接近完美的替代物(r2＞0.9)的基因型(表4)。对这13个基因座实施使用下文所描述的方法进行的元分析，并且所述基因座中的8个达到P≤5×10-8。达到全基因组显著性的基因座(由基因座内的单基因标记)包括：垂体肿瘤转化蛋白1(PTTG1)、APG5自体吞噬5样(ATG5)、CTD结合SR样蛋白rA9(KIAA1542)、遍在蛋白质偶联酶E2L3(UBE2L3)、含有PX域的丝氨酸/苏氨酸激酶(PXK)、IgG的Fc片段_低亲和力IIa_受体(FCGR2A)、肿瘤坏死因子(配体)超家族4(TNFSF4)、和具锚蛋白重复的B细胞支架蛋白1(B-cell scaffold protein with Ankyrin repeats 1，BANK1)。将元分析中达到全基因组显著性的变体推入分析中(表5，表2)。在剩余的5个基因座中，没有在1310份SLE病例和7859份对照SLE全基因组关联扫描中测定报告的变体或接近完美的替代物(r2＞0.9)的基因型(表2)。然而，白介素-1受体相关激酶1(IRAK1)中的一个变体具有观察P≤1×10-4，并且被推入分析中(表1)。
元分析
通过将针对分组大小加权的Z得分求和来组合每个系列的修正关联统计量。
Figure G2008800255605D00701
Figure G2008800255605D00711
Figure G2008800255605D00721
Figure G2008800255605D00731
实施例6：汇总
SLE风险基因座的汇总
使用两种主要方法来鉴定SLE风险基因座：a)对1310份SLE病例和7859份对照的分析，和b)用先前报告的SLE风险基因座进行的元分析。
表6中提供了具有与SLE风险的强关联的变体(P＜1×10-6)的非冗余类表。
用于评估SLE风险和对疗法的响应的算法
已知与表型有关的变体以加性、等位基因剂量依赖性方式相互作用(38，39)。在一个例示性的实施方案中，可以使用以下算法来评估狼疮风险、疾病严重性、和对疗法的响应。可以基于所携带风险等位基因的数目将狼疮病例分层成组。在此例示性的实施方案中，所述风险等位基因被定义为相对于对照而言在狼疮病例中富集的来自基因座的等位基因。例如在表6中，总共有来自18处基因座的19种等位基因，使风险等位基因的最大可能数目等于38。可以确定通过风险等位基因的数目分层的狼疮病例和所得分布的三分位数。然后可以在疾病严重性、风险和对疗法的响应的差异方面检查狼疮病例的三分位数。
表6：狼疮风险基因座
Figure G2008800255605D00741
Figure G2008800255605D00751
*变体在人基因组NCBI Build 35(Hg17，2004年5月)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/release_notes.html#b35)中的染色体位置，以碱基对记
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39.G.Lettre et al.，Nat Genet 40，584(2008).
实施例7：测序汇总
方法
将来自192名SLE患者和96名健康对照的基因组DNA在重新测序前进行全基因组扩增。对B淋巴样激酶(BLK)、整联蛋白αM(ITGAM)、和整联蛋白αX(ITGAX)中所有的外显子和选定的非编码区(外显子1上游的2.5kb启动子区域)进行基因组DNA重新测序。
通过由“Polymorphic”提供的软件来实施初始的等位基因呼叫(calling)。手动检验所有编码多态性以及常见的非编码等位基因以证实等位基因呼叫，并创建用于关联和单元型分析的基因型分型文档。
表7和表9及表8和表10中提供了ITGAM/ITGAX的变体。表7和表9的变体不存在于数据库dbSNP build129中。表8和表10的变体是通过对ITGAM/ITGAX和BLK测序发现的。
表7：ITGAM和ITGAX外显子和启动子区域的变体
Figure G2008800255605D00781
表8：ITGAM和ITGAX外显子和启动子区域的变体
表9：BLK外显子和启动子区域的变体
表10：BLK外显子和启动子区域的变体
实施例8
受试者和研究设计
实施针对SLE的全基因组关联研究。用Illumina HumanHap550基因型分型珠芯片(555,352种SNP)测定1079份SLE病例和1411份对照的基因型。SLE病例来自3个不同分组。基于可得的HLA分型、种族、性别、和年龄选择对照样品。选择大多数对照(差不多277份)以使得HLA DR2和DR3单元型的频率会与SLE中找到的匹配。
已经有3种Illumina HumanHap550版本。第1版和第3版之间共享的SNP数目是545,080；仅分析这些SNP。对所有分组1和分组2样品和1001份对照样品使用第1版。对所有分组3样品和410份对照样品使用第3版。
重做平均呼叫率＜80％的芯片。完成所有重做后，除去呼叫率＜90％的样品。
最初，将样品分成两组进行分析。第一组(组1)由所有分组1和分组2样品(466份病例)和724份对照样品组成。第二组(组2)由所有分组3样品(613份病例)和剩余的687份对照样品组成。
组1中的过滤
对样品检查基因型确定的性别和临床记录之间的一致；在10份样品(3份病例，7份对照)中找到不符，自进一步分析除去这10个样品。
然后使用程序STRUCTURE(可以通过键入“pritch.bsd.uchicago.edu/structure”及作为后缀的“.html”来访问在线链接)来对样品测试洲际混合物(基本上如记载于Pritchard等，Genetics(2000)，155：945-959；Falush等，Genetics(2003)，164：1567-1587；Falush等，MolecularEcology Notes(2007)，doi：10.1111/j.1471-8286.2007.01758.x中的)。HumanHap550包括276种SNP的“DNA测试面板”(“DNA Test Panel”)，所述276种SNP对于测定HapMap项目的CEU、YRI、和CHB+JPT群体的百分比血统是理想的。(使用这些SNP不能区分CHB和JPT。)在所有HapMap群体中测定DNA测试面板的276种SNP中的274种的基因型；在由剩余的组1样品(463份病例，717份对照)加上来自HapMap项目中每个谱系的一份样品(即来自犹他州的20份CEPH样品(CEU)，30份约鲁巴人样品(YRI)、45份汉族中国人样品(CHB)、和44份日本人样品(JPT))组成的集合中以这274种SNP的基因型运行STRUCTURE。包括HapMap样品作为阳性对照，并且用于帮助聚簇算法(clustering algorithm)。用相同参数独立运行STRUCTURE三次：使用没有在先群体信息的相关等位基因频率模型和混合血统模型(admixture ancestrymodel)，采用3种群体，其中有30,000次老化(burn-in)步骤，接着是100,000次Markov-Chain Monte Carlo步骤。3次运行对每份样品具有非常相似的血统系数，并且每份HapMap样品具有大于93.0％其地理学起源的血统；每份CEU样品具有大于97.0％的CEU血统。自进一步分析除去在3次运行之任一次中具有小于90.0％CEU血统的样品(28份病例，24份对照)。
对于剩余的样品(435份病例，693份对照)，自进一步分析除去具有小于95％的呼叫率的SNP(23,275种SNP(4％))。然后，自进一步分析除去在对照中具有小于等于0.001的Hardy-Weinberg概率的SNP(15,622种SNP(3％))。
组2中的过滤
没有明确对样品检查基因型确定的性别和临床记录之间的一致。
自进一步分析除去具有小于95％的呼叫率的SNP(34,998种SNP(6％))。
然后，使用STRUCTURE对样品测试洲际混合物，如上文所描述的。自进一步分析除去在3次运行之任一次中具有小于90.0％CEU血统的样品(21份病例，24份对照)。
对于剩余的样品(592份病例，663份对照)，自进一步分析除去在对照中具有小于等于0.001的Hardy-Weinberg概率的SNP(22,202种SNP(4％))。
组合组1和组2
组合组1和组2以进行最终的分析。
组合组1中的剩余样品(435份病例，693份对照)与组2中的剩余样品(592份病例，663份对照)以产生最终组(1027份病例，1356份对照)。仅进一步分析组1和组2两者中剩余的SNP(496,458种SNP)。
检查没有性别不符的所有样品(1076份病例，1404份对照)以察看它们是否可能是复制品或者是相关的。首先，在整个基因组散布的800种SNP间比较所有样品对。然后在540,000+种SNP间检查复制候选物和相关候选物。检测出3组异常值。第一组(20对)在每对间具有大于95％同一性，并被认为是复制品。第二组(17对)在每对间具有67-77％同一性，并被认为是相关的。第三组(5对)在每对间具有58-63％同一性，并被认为是相关的。(样品间的平均同一性是51-55％。)总体上，从最终组中除去39份样品(29份病例，10份对照。
自进一步分析除去线粒体DNA中的SNP(19种SNP)。
在下文分析中使用所得的主要组(998份病例，1346份对照，496,439种SNP)。
还对主要组的特定子集实施相同的分析：
子集1：仅为女性(907份病例，967份对照)和子集2：患有狼疮肾炎的病例，和所有对照(286份病例，1346份对照)。
分析和结果
使用EIGENSTRAT来分析主要组中的所有SNP，所述EIGENSTRAT是基本上记载于Price等，Nature Genetics(2006)，38：904-909中的程序(可以通过键入“genepath.med.harvard.edu/～reich/EIGENSTRAT”及作为后缀的“.htm”来访问在线链接)，其还修正群体分层。使用前10项主成分来除去异常值达5轮，然后修正分层。然后计算EIGENSTRAT卡方统计量，并用Microsoft Excel的CHIDIST功能及1个自由度来计算卡方分布的单尾概率(one-tailedprobability)。
为了确定头等候选区，我们首先通过使用P值阈值来减少候选SNP的数目：对于子集1(女性)和子集2(肾炎)，自进一步分析除去具有大于2.0×10-5的P的SNP，而对于主要组(998份病例，1346份对照)，自进一步分析除去具有大于7.0×10-5的P的SNP。在女性子集中，19种SNP保留下来。在肾炎子集中，35种SNP保留下来。在主要组中，47种SNP保留下来。然后，通过检查LD标绘图来测定含有每种SNP的连锁不平衡(LD)区，其利用HelixTree程序(可以通过键入www.goldenhelix.com/pharmhelixtreefeatures及作为后缀的“.html”来访问在线链接)(Golden Helix，Montana，USA)来实现。使用EM算法来计算D’和r2，其仅使用病例和对照的基因型来实现。使用D’≥约0.9作为边界，通过眼睛来描绘各区域。
一旦描绘出每个区域，用本领域建立的基因组浏览器查看每个区域中的基因(例如UCSC基因组浏览器，其基本上记载于Kuhn等，Nucleic Acids Res.(2007)，35(数据库发布)：D668-73；可以通过键入“genome.ucsc”及作为后缀的“.edu”来访问在线链接，2006年3月汇编)。检查免疫特异性基因表达，其如在IRIS研究中所测定的(Abbas等，Genes and Immunity(2005)，6：319-331，包括其在线补充资料)。通过例如区域中存在免疫特异性基因来鉴定头等候选区域。在肾炎子集中，选择含有20种候选SNP的11个区域，其可能含有至少一种SLE风险等位基因(图12)。在女性子集中，选择含有9种候选SNP的6个别的区域(图13)。在主要组中，选择含有8种候选SNP的6个别的区域(图14)。选择含有37种候选SNP的总共23个区域。应当注意到，在具有最强烈SNP结果的研究组下列出SNP，如此未显示研究组间的重复命中。另外，不包括MHC区中的命中。测定基于图12-14中的数据绘制的LD区，并分别汇总在图15-17中。

Claims (72)

1.一种评估受试者是否有风险形成狼疮的方法，该方法包括：在自所述受试者获得的生物学样品中检测指明有风险形成狼疮的遗传标签的存在，其中所述遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP的集合。
2.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。
3.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。
4.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自表6的1-19种SNP。
5.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何BLKSNP的BLK SNP。
6.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何ITGAM SNP的ITGAM SNP。
7.权利要求6的方法，其中所述SNP集合进一步包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。
8.权利要求1的方法，其中所述SNP集合包含选自下组SNP的一种或多种SNP：rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
9.一种诊断受试者中的狼疮的方法，该方法包括：在自所述受试者获得的生物学样品中检测指明狼疮的遗传标签的存在，其中所述遗传标签包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP的集合。
10.一种分离的多核苷酸，其包含(a)PRO相关多核苷酸或其片段，其长度为至少约10个核苷酸，其中所述PRO相关多核苷酸或其片段在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含遗传变异，或(b)(a)的互补物。
11.权利要求10的分离的多核苷酸，其中所述遗传变异在基因组DNA中，所述基因组DNA编码包含图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的基因(或其调控区)。
12.权利要求11的分离的多核苷酸，其中所述SNP在所述基因的非编码区中。
13.权利要求11的分离的多核苷酸，其中所述SNP在所述基因的编码区中。
14.权利要求10的分离的多核苷酸，其中所述分离的多核苷酸是引物。
15.权利要求10的分离的多核苷酸，其中所述分离的多核苷酸是寡核苷酸。
16.一种寡核苷酸，其是(a)等位基因特异性寡核苷酸，其与PRO相关多核苷酸的如下区域杂交，所述区域在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含遗传变异，或(b)(a)的互补物。
17.权利要求16的寡核苷酸，其中所述SNP在基因组DNA中，所述基因组DNA编码包含图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的基因(或其调控区)。
18.权利要求17的寡核苷酸，其中所述SNP在所述基因的非编码区中。
19.权利要求17的寡核苷酸，其中所述SNP在所述基因的编码区中。
20.权利要求16的寡核苷酸，其中所述等位基因特异性寡核苷酸是等位基因特异性引物。
21.一种试剂盒，其包含权利要求16的寡核苷酸和任选的至少一种酶。
22.权利要求21的试剂盒，其中所述至少一种酶是聚合酶。
23.权利要求21的试剂盒，其中所述至少一种酶是连接酶。
24.一种微阵列，其包含权利要求16的寡核苷酸。
25.一种检测在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处是否存在PRO相关多核苷酸中变异的方法，该方法包括(a)使怀疑包含所述变异的核酸与对所述变异特异性的等位基因特异性寡核苷酸在适合于所述等位基因特异性寡核苷酸与所述核酸杂交的条件下接触；并(b)检测是否存在等位基因特异性杂交。
26.权利要求25的方法，其中所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。
27.一种扩增在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含PRO相关多核苷酸中变异的核酸的方法，该方法包括(a)使所述核酸与如下引物接触，所述引物与所述核酸在所述变异3’序列处杂交，并(b)延伸所述引物以生成包含所述变异的扩增产物。
28.权利要求27的方法，其中所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。
29.一种测定来自哺乳动物的生物学样品的基因型的方法，该方法包括在自所述生物学样品衍生的核酸材料中检测在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处是否存在PRO相关多核苷酸中变异。
30.权利要求29的方法，其中所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。
31.权利要求29的方法，其中已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。
32.权利要求29的方法，其中所述生物学样品是疾病组织。
33.权利要求29的方法，其中所述检测包括实施选自下组的方法：引物延伸测定法；等位基因特异性引物延伸测定法；等位基因特异性核苷酸掺入测定法；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法；5’核酸酶测定法；采用分子信标的测定法；和寡核苷酸连接测定法。
34.一种对哺乳动物中的狼疮细分类的方法，该方法包括在自所述哺乳动物衍生的生物学样品中检测在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处的PRO相关多核苷酸中变异的存在，其中已知或者怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸。
35.权利要求34的方法，其中所述变异是遗传变异。
36.权利要求35的方法，其中所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。
37.权利要求34的方法，其中所述检测包括实施选自下组的方法：引物延伸测定法；等位基因特异性引物延伸测定法；等位基因特异性核苷酸掺入测定法；等位基因特异性寡核苷酸杂交测定法；5’核酸酶测定法；采用分子信标的测定法；和寡核苷酸连接测定法。
38.一种用于预测患有狼疮的受试者是否会响应狼疮治疗剂的方法，该方法包括测定所述受试者是否在与如图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)的位置对应的核苷酸位置处包含PRO相关多核苷酸中变异，其中存在变异指明所述受试者会响应所述治疗剂。
39.权利要求38的方法，其中所述变异是遗传变异。
40.权利要求39的方法，其中所述变异包含如图1-17和表1-10中所列SNP。
41.一种对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中变异的存在，其中：
(a)已知或怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸；
(b)所述变异包含图1-17和表1-10中所列SNP，或者位于与图1-17和表1-10中所列SNP对应的核苷酸位置处；且
(c)所述变异的存在对所述受试者中的狼疮做出诊断或预后。
42.一种帮助对受试者中的狼疮做出诊断或预后的方法，该方法包括检测自获自所述受试者的生物学样品衍生的PRO或PRO相关多核苷酸中变异的存在，其中：
(a)已知或怀疑所述生物学样品含有包含所述变异的PRO或PRO相关多核苷酸；
(b)所述变异包含图1-17和表1-10中所列SNP，或者位于与图1-17和表1-10中所列SNP对应的核苷酸位置；且
(c)所述变异的存在对所述受试者中狼疮的状况或症状做出诊断或预后。
43.权利要求41或42的方法，其中所述PRO相关多核苷酸编码由连锁不平衡区域内的序列编码的PRO。
44.权利要求43的方法，其中所述连锁不平衡区域是图1-17和表1-10中所列区域之一。
45.权利要求41或42的方法，其中所述变异在编码基因或其调控区的基因组DNA中，且其中所述各基因或其调控区包含图1-17和表1-10中所列SNP。
46.权利要求45的方法，其中所述SNP在所述基因的非编码区中。
47.权利要求45的方法，其中所述SNP在所述基因的编码区中。
48.一种鉴定有效治疗患者亚群中狼疮的治疗剂的方法，该方法包括使所述药剂的功效与所述患者亚群中与单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处遗传变异的存在相关联，其中所述SNP是图1-17和表1-10中所列SNP之一，由此将所述药剂鉴定为有效治疗所述患者亚群中的狼疮。
49.一种在已知与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中治疗狼疮状况的方法，该方法包括向所述受试者施用有效治疗所述状况的治疗剂。
50.一种治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用有效治疗在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异的受试者中的所述状况的治疗剂。
51.一种治疗患有狼疮状况的受试者的方法，该方法包括向所述受试者施用在至少一项临床研究中显示有效治疗所述状况的治疗剂，在所述临床研究中向至少5名人受试者施用所述药剂，所述人受试者均在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处具有遗传变异。
52.权利要求51的方法，其中所述至少5名受试者具有该组至少5名受试者的总共2种或更多种不同SNP。
53.权利要求51的方法，其中所述至少5名受试者具有所述整组至少5名受试者的同一SNP。
54.一种治疗特定狼疮患者亚群的狼疮受试者的方法，其中所述亚群的特征至少部分为与在与图1-17和表1-10中所列SNP对应的核苷酸位置处的遗传变异的关联，且其中所述方法包括向所述受试者施用有效量的治疗剂，所述治疗剂被批准为针对所述亚群的治疗剂。
55.权利要求54的方法，其中所述亚群患有狼疮肾炎。
56.权利要求54的方法，其中所述亚群是女性。
57.权利要求54的方法，其中所述亚群是欧洲血统的。
58.一种方法，其包括制造狼疮治疗剂，并包装所述药剂及向受试者施用所述药剂的用法说明，所述受试者患有或者被认为患有狼疮，且所述受试者在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处具有遗传变异。
59.一种详细说明在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括提供关于向患者亚群施用所述治疗剂的用法说明，所述患者亚群的特征在于在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处的遗传变异。
60.一种用于销售在狼疮患者亚群中使用的治疗剂的方法，该方法包括告知目标受众关于所述治疗剂用于治疗所述患者亚群的用途，所述患者亚群的特征在于此类亚群患者中在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的位置处存在遗传变异。
61.一种用于在已知在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控经由B细胞受体的信号传导的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控经由B细胞受体的信号传导的治疗剂。
62.一种用于在已知在与图1-17和表1-10中所列单核苷酸多态性(SNP)对应的核苷酸位置处存在遗传变异的受试者中调控Th17细胞分化的方法，该方法包括向所述受试者施用有效调控Th17细胞分化的治疗剂。
63.一种SNP集合，其包含指明有风险形成狼疮的遗传标签，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP。
64.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的约1-10种、10-20种、20-30种、30-40种、或40-50种SNP。
65.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自下组的一种或多种SNP：rs9888739、rs13277113、rs7574865、rs2269368、rs6889239、rs2391592和rs21177770。
66.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的2种或更多种SNP、3种或更多种SNP、4种或更多种SNP、5种或更多种SNP、6种或更多种SNP、7种或更多种SNP、8种或更多种SNP、9种或更多种SNP、10种或更多种SNP、11种或更多种SNP、12种或更多种SNP、13种或更多种SNP、14种或更多种SNP、15种或更多种SNP、16种或更多种SNP、17种或更多种SNP、18种或更多种SNP、19种或更多种SNP、或20种或更多种SNP。
67.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自表6的1-19种SNP。
68.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。
69.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自表7-10中所列任何ITGAM SNP的ITGAM SNP。
70.权利要求69的SNP集合，其中所述SNP集合进一步包含选自表7-10中所列任何BLK SNP的BLK SNP。
71.权利要求63的SNP集合，其中所述SNP集合包含选自下组SNP的一种或多种SNP：rs2187668、rs10488631、rs7574865、rs9888739、rs13277113、rs2431697、rs6568431、rs10489265、rs2476601、rs2269368、rs1801274、rs4963128、rs5754217、rs6445975、rs3129860、rs10516487、rs6889239、rs2391592、和rs2177770。
72.一种SNP集合，其包含指明狼疮的遗传标签，其中所述SNP集合包含选自图1-17和表1-10中所列任何SNP的一种或多种SNP。
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