CN103184289A

CN103184289A - 荧光定量pcr检测醋醅中五种菌的方法

Info

Publication number: CN103184289A
Application number: CN2013101074741A
Authority: CN
Inventors: 许正宏; 史劲松; 陆震鸣; 陶京兰; 李国权; 钱建瑛
Original assignee: Jiangnan University
Current assignee: Jiangnan University
Priority date: 2013-03-30
Filing date: 2013-03-30
Publication date: 2013-07-03

Abstract

本发明采用荧光定量PCR来检测醋醅群落中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的动态变化，为其他微生物群落的研究提供技术支持。

Description

荧光定量PCR检测醋醅中五种菌的方法

技术领域

本发明属于生物工程技术领域，具体涉及荧光定量PCR技术应用于固态酿醋微生物群落中特定种属微生物的定量研究。

背景技术

我国食醋的生产历史悠久，根据产地、品种的不同，食醋中醋酸含量也不尽相同。例如山西老陈醋的酸味较浓，而镇江香醋的酸味酸中带柔，酸而不烈。各地酿醋工艺、口感等的不同，造就了山西老陈醋、镇江恒顺香醋、福建永春老醋、保宁醋“四大名醋”。但众多的食醋生产厂家的发酵过程都以传统的经验为主，工艺可控性较差，并且产品品质存在批次差异，尤其是风味差异较大。这主要是由于酿造过程中微生物复杂多样，对醋醅发酵过程中的微生物作用机制不清楚。中国食醋的酿造工艺是多菌种混合发酵工艺，通过多种微生物的代谢作用产生风味饱满、酸味柔和的食醋。食醋的生产中有两个主要的发酵阶段：酒精发酵和醋酸发酵。在酒精发酵阶段，淀粉质原料如糯米、高粱等经过霉菌和酵母菌的一系列代谢，最终生成酒精；而在醋酸发酵阶段是包括醋酸菌、乳酸菌在内的众多细菌起主要的作用，该阶段是决定食醋风味和品质的关键步骤。其中乳酸菌属是醋酸发酵过程的优势微生物，乳酸菌可以代谢产生乳酸，不仅可以改善食醋的口感，可以对乙酸的刺激口感起到缓冲作用，使得食醋的酸味更加的柔和。而其中主要的乳酸菌包括瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌等，阐明发酵过程中几种乳酸菌生物量的动态变化对于控制食醋发酵过程以及提高产品的风味具有重要的生产意义。

荧光定量PCR技术是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。该技术不仅实现了DNA模板的定量，而且具有特异性强、灵敏度高、高通量、全封闭反应、定量准确、速度快及自动化程度高等特点。本发明成功运用了荧光定量PCR技术对醋醅中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行定量，并得到其生物量在食醋发酵过程中的动态变化。

发明内容

本发明的目的在于解决上述现有食醋固态酿造分析技术的不足，提供了一种分子生态技术用于定量检测固态酿造食醋发酵过程中瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）、卷曲乳杆菌（Lactobacillus crispatus）、干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、德氏乳杆菌（Lactobacillus delbrueckii）和嗜酸乳酸菌（Lactobacillus acidophilus）的动态变化，以指导实践。

本发明是通过以下方案实现的，本发明针对醋醅群落中的瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌分别设计特异性引物，提取分离纯化得到的几种乳酸菌的基因组，然后分别利用设计特异性引物进行PCR得到特异性目的片段，再将目的片段与pMD19-T Vector连接，获得重组质粒，将重组质粒转化JM109大肠杆菌感受态细胞，挑取成功转化的转化子进行扩大培养，获得高浓度质粒，然将此高浓度质粒做10倍比稀释，作为荧光定量PCR的标准品。利用液氮研磨、酶法和高盐结合的方法提取发酵过程中不同时间点醋醅群落的总DNA作为待测样品，将标准样品和待测样品同时进行荧光定量PCR，绘制标准曲线，然后根据标准曲线分别计算待测样品中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的含量。

对于瑞士乳杆菌的荧光定量PCR方法，检测拷贝数在4.18×10⁴-4.18×10¹¹ copies/μL范围时，Real-time PCR的扩增曲线为一组典型的倒S曲线，扩增曲线基线平整，指数区较明显且陡度大，平台区能够汇于一起，线性范围比较宽。质粒标准品的浓度越高，循环阈值CT越低。该标准曲线的线性方程是y=-0.2997x+12.882，线性相关系数为0.9929，具有较好的线性关系，根据公式E=10^-k-1(k-标准曲线的斜率)，算得Real-time PCR的扩增效率为0.99，在0.8-1.2之间，扩增效率理想。另外瑞士乳杆菌Real-time PCR熔解曲线，在85℃左右出现单一的熔解峰，无引物二聚体及非特异性产物，曲线平稳，峰尖且窄，说明各浓度质粒的熔解温度均一，扩增产物特异性好，以此为基础进行定量是可靠的。

对于卷曲乳杆菌的荧光定量PCR方法，检测拷贝数在1.22×10⁴-1.22×10¹¹ copies/μL范围时，Real-time PCR的扩增曲线为一组典型的倒S曲线，扩增曲线基线平整，指数区较明显且陡度大，平台区能够汇于一起，线性范围比较宽。质粒标准品的浓度越高，循环阈值CT越低。该标准曲线的线性方程是y=-0.3098x+12.206，线性相关系数为0.9988，具有较好的线性关系，根据公式E=10^-k-1(k-标准曲线的斜率)，算得Real-time PCR的扩增效率为1.04，在0.8-1.2之间，扩增效率理想。另外卷曲乳杆菌Real-time PCR熔解曲线，在83.5℃左右出现单一的熔解峰，无引物二聚体及非特异性产物，曲线平稳，峰尖且窄，说明各浓度质粒的熔解温度均一，扩增产物特异性好，以此为基础进行定量是可靠的。

对于干酪乳杆菌的荧光定量PCR方法，检测拷贝数在2.04×10⁴-2.04×10¹¹ copies/μL范围时，Real-time PCR的扩增曲线为一组典型的倒S曲线，扩增曲线基线平整，指数区较明显且陡度大，平台区能够汇于一起，线性范围比较宽。质粒标准品的浓度越高，循环阈值CT越低。该标准曲线的线性方程是y=-0.3099x+12.497，线性相关系数为0.9946，具有较好的线性关系，根据公式E=10^-k-1(k-标准曲线的斜率)，算得Real-time PCR的扩增效率为1.04，在0.8-1.2之间，扩增效率理想。另外卷曲乳杆菌Real-time PCR熔解曲线，在83℃左右出现单一的熔解峰，无引物二聚体及非特异性产物，曲线平稳，峰尖且窄，说明各浓度质粒的熔解温度均一，扩增产物特异性好，以此为基础进行定量是可靠的。

对于德氏乳杆菌的荧光定量PCR方法，检测拷贝数在8.99×10⁴-8.99×10¹¹ copies/μL范围时，Real-time PCR的扩增曲线为一组典型的倒S曲线，扩增曲线基线平整，指数区较明显且陡度大，平台区能够汇于一起，线性范围比较宽。质粒标准品的浓度越高，循环阈值CT越低。该标准曲线的线性方程是y=-0.3123x+12.328，线性相关系数为0.9981，具有较好的线性关系，根据公式E=10^-k-1(k-标准曲线的斜率)，算得Real-time PCR的扩增效率为1.05，在0.8-1.2之间，扩增效率理想。另外卷曲乳杆菌Real-time PCR熔解曲线，在82.5℃左右出现单一的熔解峰，无引物二聚体及非特异性产物，曲线平稳，峰尖且窄，说明各浓度质粒的熔解温度均一，扩增产物特异性好，以此为基础进行定量是可靠的。

对于嗜酸乳杆菌的荧光定量PCR方法，检测拷贝数在1.95×10⁴-1.95×10¹¹ copies/μL范围时，Real-time PCR的扩增曲线为一组典型的倒S曲线，扩增曲线基线平整，指数区较明显且陡度大，平台区能够汇于一起，线性范围比较宽。质粒标准品的浓度越高，循环阈值CT越低。该标准曲线的线性方程是y=-0.301x+11.513，线性相关系数为0.9983，具有较好的线性关系，根据公式E=10^-k-1(k-标准曲线的斜率)，算得Real-time PCR的扩增效率为1.00，在0.8-1.2之间，扩增效率理想。另外卷曲乳杆菌Real-time PCR熔解曲线，在79℃左右出现单一的熔解峰，无引物二聚体及非特异性产物，曲线平稳，峰尖且窄，说明各浓度质粒的熔解温度均一，扩增产物特异性好，以此为基础进行定量是可靠的。

荧光定量PCR技术检测醋醅微生物群落中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的方法，具体步骤如下：

1、设计、合成针对瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的特异性引物。

2、对分离纯化得到的瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行摇瓶培养，利用细菌提取试剂盒分别对其培养液进行DNA提取。

3、分别以瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的DNA为模板，以Lhe-F/Lhe-R、Lcr-F/Lcr-R、Lca-F/Lca-R、Lde-F/Lde-R和Lacid-F/Lacid-R为引物进行PCR扩增，获得目的片段，并将PCR产物割胶回收。

4、构建重组质粒，将目的片段与pMD19-T Vector 连接，连接后转化JM109大肠杆菌感受态细胞，挑取转化子扩大培养，提取质粒，并用PCR验证目的片段是否插入pMD19-T Vector，验证成功的质粒作为荧光定量PCR的标准样品。

5、利用液氮研磨、酶消化和高盐提取结合的方法提取发酵过程中不同时间点醋醅群落的总DNA作为待测样品。

6、荧光定量PCR反应体系和反应条件的确立。通过反复试验，确定最优反应体系和循环条件。

7、建立标准曲线，重组质粒倍比稀释8个梯度，与待测样品同时进行荧光定量PCR，根据标准样品的拷贝数与CT值建立标准曲线，然后通过标准曲线和待测样品的CT值对醋酸发酵过程不同时间醋醅群落中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行定量分析。

所述的引物，是指其序列为：

所述的荧光定量PCR，其反应体系如下：

SsoFast EvaGreen 预混液	10 μL
		正向引物	1 μL
反向引物	1 μL
		Template DNA	10 ng
ddH₂O	至20 μL

对于瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌和德氏乳杆菌的荧光定量PCR，其反应体系的反应条件为：

95℃	预变性30 s
		95℃	变性 5 s
58℃	退火 10 s

58℃读取荧光信号数据，共循环扩增40次。

对于嗜酸乳杆菌的荧光定量PCR，其反应体系的反应条件为：

95℃	预变性30 s
		95℃	变性 5 s
55℃	退火 10 s

55℃读取荧光信号数据，共循环扩增40次。

所述的样品，用液氮研磨、酶消化和高盐提取结合的方法提取发酵过程中不同时间点醋醅群落的总DNA，其具体步骤如下：称取2 g醋醅，在研钵中加入液氮充分研磨，转移至50 mL 离心管。向离心管中加入 6 mL DNA 抽提缓冲液，再加入100 μL 溶菌酶（50 mg/mL），于225 rpm摇床上37℃摇动30 min。向离心管中加入 1.5 mL 10% SDS，65℃水浴2 h，每隔 15-20 min 轻轻颠倒几下，室温 6000×g 离心10 min。收集上清。将上清液用等体积的氯仿-异戊醇（24:1体积比），抽提一次，以0.6倍体积的异丙醇室温沉淀1 h, 16000 g 离心20 min, 收集核酸沉淀，用70%乙醇洗涤沉淀，DNA沉淀干燥后溶于100 μL TE或ddH₂O中，加入终浓度为0.5 μg/mL RNaseA, 并在37℃下水浴消化2 h,以去除RNA, 用0.8%琼脂糖凝胶电泳验证DNA提取的效果，如果在10kb左右出现条带，则DNA提取成功，置于-20℃冰箱保存备用。

在本发明中，“标准品”是指已知拷贝数的重组质粒DNA，用Nanodrop2000核酸测定仪测定其OD值，当OD值在0.3左右时，测得的结果较为可信，每管测定3次，取平均值，计算重组质粒的拷贝数，具体计算公式如下：

C_标=（OD_260nm×A×N×6.02×10²³×10^-6）/（660×碱基对数）

其中：C_标 – DNA模板浓度(copies/μL)

A – 0.05，换算系数，即1 OD_260nm= 0.05 μg/ (μL双链DNA)

N – 稀释倍数

6.02×10²³ – 阿佛加德罗常数

在本发明中采用外参照物作定量PCR，以已知浓度的目的基因为模板，按照一定的倍比稀释，然后做出标准曲线图，未知的样本按照标准曲线找出对应的拷贝数。

在本发明中，荧光阈值通常以10-15个循环的荧光值作为阈值，CT值是指扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时经过的循环次数。

附图说明

图1醋醅样品中瑞士乳杆菌的拷贝数在发酵过程中的动态变化曲线。

图2醋醅样品中卷曲乳杆菌的拷贝数在发酵过程中的动态变化曲线。

图3醋醅样品中干酪乳杆菌的拷贝数在发酵过程中的动态变化曲线。

图4醋醅样品中德氏乳杆菌的拷贝数在发酵过程中的动态变化曲线。

图5醋醅样品中嗜酸乳杆菌的拷贝数在发酵过程中的动态变化曲线。

具体实施方式

下面结合具体实施例说明该发明的可行性，下面实施例中未注明具体条件的试验方法，通常按照常规条件或厂商的试剂盒说明进行，如细菌基因组DNA的提取。

实施例一：标准样品的制备

1、设计合成针对瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的特异性引物。

2、瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌DNA的提取。

对分离纯化得到的瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行摇瓶培养，利用细菌提取试剂盒分别对其培养液进行DNA提取。

3、目的片段的克隆。

分别以瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的DNA为模板，以Lhe-F/Lhe-R、Lcr-F/Lcr-R、Lca-F/Lca-R、Lde-F/Lde-R和Lacid-F/Lacid-R为引物进行PCR扩增，扩增产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测，目的片段大约分别为246 bp、154 bp、132 bp、138 bp和200 bp将PCR产物割胶回收。

4、大肠杆菌JM109感受态细胞的制备。

挑取JM109平板上单菌落至5 mL LB培养基中，37 ℃、220 rpm培养过夜；将过夜培养的种子液以2%的接种量转接入15 mL LB培养基中，37 ℃、220 rpm培养1.5 h左右至OD₆₀₀为0.3-0.5之间；分装1 mL菌液至1.5 mL离心管中，冰浴20 min后迅速离心，4 ℃、5000 rpm离心10 min；彻底弃去上清，加入400 μL 0.1 mol/L预冷的CaCl₂溶液重悬菌体，再冰浴30 min；4 ℃、5000 rpm离心10 min，弃去上清液，倒置1 min；用80 μL 0.1 mol/L预冷的CaCl₂溶液重悬菌体，冰上放置30 min。

5、重组质粒的构建。

将pMD19-T Vector 和目的片段以1:3比例连接，16℃连接过夜，然后将连接产物转化JM109感受态大肠杆菌细胞，然后将已转化的感受态大肠杆菌细胞涂布于含有氨卞青霉素（100 μg/mL）的LB平板上，37℃培养12-16 h，挑取阳性菌落，于含有氨苄青霉素（100 μg/mL）的液体LB培养基中震荡培养，37℃，8-10 h。用培养的菌液提取质粒，在此利用设计的引物进行质粒扩增验证，如果琼脂糖凝胶在130 bp左右有可见的目的条带，可以确定目的片段已成功插入pMD19-T Vector，将其提取的质粒做10倍比稀释，测定OD值，取平均值计算拷贝数，具体计算公式如下：

C_标=（OD_260nm×A×N×6.02×10²³×10^-6）/（660×碱基对数）

其中：C_标 – DNA模板浓度(copies/μL)

A – 0.05，换算系数，即1 OD_260nm= 0.05 μg/ (μL双链DNA)

N – 稀释倍数

6.02×10²³ – 阿佛加德罗常数

实施例二：醋醅微生物群落中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的定量分析。

1、醋醅样品采集。

采集食醋发酵过程中不同时间点的醋醅样品，样品采集后如不能及时提取DNA应立即进行冷冻处理。

2、醋醅中微生物总DNA提取方法。

称取2 g醋醅，在研钵中加入液氮充分研磨，转移至50 mL 离心管。向离心管中加入 6 mL DNA 抽提缓冲液，再加入100 μL 溶菌酶（50 mg/mL），于225 rpm摇床上37℃摇动30 min。向离心管中加入 1.5 mL 10% SDS，65℃水浴2 h，每隔 15～20 min 轻轻颠倒几下，室温 6000×g 离心10 min。收集上清。将上清液用等体积的氯仿-异戊醇（24:1体积比），抽提一次，以0.6倍体积的异丙醇室温沉淀1 h, 16000 g 离心20 min, 收集核酸沉淀，用70%乙醇洗涤沉淀，DNA沉淀干燥后溶于100 μL TE或ddH₂O中，加入终浓度为0.5 μg/mL RNaseA，并在37℃下水浴消化2 h,以去除RNA，用0.8%琼脂糖凝胶电泳验证DNA提取的效果，如果在10 kb左右出现条带，则DNA提取成功。

3、荧光定量PCR体系的优化。

4、荧光定量PCR最佳的反应条件。

58℃读取荧光信号数据，共循环扩增40次。

熔解曲线绘制，从65℃升温至95℃，每隔0.5℃读一次板，维持0.05 s。

对于嗜酸乳杆菌的荧光定量PCR，其反应体系的反应条件为：

95℃	预变性30 s
		95℃	变性 5 s
55℃	退火 10 s

55℃读取荧光信号数据，共循环扩增40次。

5、待测样品的定量。

醋醅样品中瑞士乳杆菌的定量：根据由瑞士乳杆菌标准品荧光定量PCR得到的线性方程y=-0.2997x+12.882(R²=0.9929)，计算不同时间点醋醅样品中瑞士乳杆菌的拷贝数，从而能够得到食醋发酵过程中瑞士乳杆菌生物量的变化趋势(如图1示)。

醋醅样品中卷曲乳杆菌的定量：根据由卷曲乳杆菌标准品荧光定量PCR得到的线性方程y=-0.3098x+12.206(R²=0.9988)，计算不同时间点醋醅样品中卷曲乳杆菌的拷贝数，从而能够得到食醋发酵过程中卷曲乳杆菌生物量的变化趋势(如图2示)。

醋醅样品中干酪乳杆菌的定量：根据由瑞士乳杆菌标准品荧光定量PCR得到的线性方程y=-0.3099x+12.497(R²=0.9946)，计算不同时间点醋醅样品中瑞士乳杆菌的拷贝数，从而能够得到食醋发酵过程中瑞士乳杆菌生物量的变化趋势(如图3示)。

醋醅样品中德氏乳杆菌的定量：根据由瑞士乳杆菌标准品荧光定量PCR得到的线性方程y=-0.3123x+12.328(R²=0.9981)，计算不同时间点醋醅样品中瑞士乳杆菌的拷贝数，从而能够得到食醋发酵过程中瑞士乳杆菌生物量的变化趋势(如图4示)。

醋醅样品中嗜酸乳杆菌的定量：根据由瑞士乳杆菌标准品荧光定量PCR得到的线性方程y=-0.301x+11.513(R²=0.9983)，计算不同时间点醋醅样品中瑞士乳杆菌的拷贝数，从而能够得到食醋发酵过程中瑞士乳杆菌生物量的变化趋势(如图5示)。

针对瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的特异性引物

①L. helveticus Lhe-F：GCAGCAGAACCAGCAGATTT

Lhe-R：GCATCATTGCCTTGGTAAGC

②L. crispatus Lcr-F：AGCGAGCGGAACTAACAGATTTAC

Lcr-R：RAGCTGATCATGCGATCTGCTT

③L. casei Lca-F：CTATAAGTAAGCTTTGATCCGGAGATTT

Lca-R：CTTCCTGCGGGTACTGAGATGT

④L. delbrueckii Lde-F：GGRTGATTTGTTGGACGCTAG

Lde-R：GCCGCCTTTCAAACTTGAATC

⑤L. acidophilus Lacid-F：TCTAAGGAAGCGAAGGAT

Lacid-R：CTCTTCTCGGTCGCTCTA

Claims

1.一种应用荧光定量PCR检测醋醅中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的方法，其特征及具体步骤如下：

①设计、合成针对瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）、卷曲乳杆菌（Lactobacillus crispatus）、干酪乳杆菌（Lactobacillus casei）、德氏乳杆菌（Lactobacillus delbrueckii）和嗜酸乳酸菌（Lactobacillus acidophilus）的特异性引物；

②对分离纯化得到的瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行摇瓶培养，利用细菌提取试剂盒分别对其培养液进行DNA提取；

③分别以瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌的DNA为模板，以Lhe-F/Lhe-R、Lcr-F/Lcr-R、Lca-F/Lca-R、Lde-F/Lde-R和Lacid-F/Lacid-R为引物进行PCR扩增，获得目的片段，并将PCR产物割胶回收；

④构建重组质粒，将目的片段与pMD19-T Vector 连接，连接后转化JM109大肠杆菌感受态细胞，挑取转化子扩大培养，提取质粒，并用PCR验证目的片段是否插入pMD19-T Vector，验证成功的质粒作为荧光定量PCR的标准样品；

⑤利用液氮研磨、酶消化和高盐提取结合的方法提取发酵过程中不同时间点醋醅群落的总DNA作为待测样品；

⑥荧光定量PCR反应体系和反应条件；

⑦重组质粒倍比稀释8个梯度，与待测样品同时进行荧光定量PCR，根据标准样品的拷贝数与CT值建立标准曲线，然后通过标准曲线和待测样品的CT值对醋酸发酵过程不同时间醋醅群落中瑞士乳杆菌、卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、德氏乳杆菌和嗜酸乳杆菌进行定量分析。

2.如权利要求1所述的方法，其特征为，步骤①的特异性引物为：

。

3.如权利要求1所述的方法，其特征为，步骤⑤所述的利用液氮研磨、酶消化和高盐提取结合的方法提取发酵过程中不同时间点醋醅群落的总DNA作为待测样品的方法具体操作为：

称取2 g 醋醅，在研钵中加入液氮充分研磨，转移至50 mL 离心管；向离心管中加入6 mL DNA 抽提缓冲液，再加入100 μL 溶菌酶（50 mg/mL），于225 rpm摇床上37℃摇动30 min；向离心管中加入 1.5 mL 10% SDS，65℃水浴2 h，每隔 15～20 min 轻轻颠倒几下，室温 6000×g 离心10 min；收集上清；将上清液用等体积的氯仿-异戊醇（24:1体积比），抽提一次，以0.6倍体积的异丙醇室温沉淀1h, 16000g 离心20 min, 收集核酸沉淀，用70%乙醇洗涤沉淀，DNA沉淀干燥后溶于100 μL TE或ddH₂O中，加入终浓度为0.5 μg/ml RNaseA, 并在37℃下水浴消化2 h,以去除RNA, 用0.8%琼脂糖凝胶电泳验证DNA提取的效果，如果在10 kb左右出现条带，则DNA提取成功，将成功提取的DNA溶液置于-20℃冰箱保存备用。

4.如权利要求1所述的方法，其特征为，步骤⑥确立的荧光定量PCR反应体系和反应条件如下：

反应体系采用20 μL体系，其中SsoFast EvaGreen 预混液10 μL，正向引物1 μL，反向引物1 μL，模板DNA10 ng，ddH₂O加至20 μL；反应条件为95℃预变性 30 s；95℃变性5 s，最佳退火温度10 s，读取荧光信号数据，共循环扩增40次。