CN102250924A - 盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物 - Google Patents

Abstract

盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物，该基因组全长包括11690个核苷酸，不包括5’端帽子结构、3’端的多聚核苷酸尾，整个基因组编码一个多聚蛋白，5’端2/3编码非结构蛋白，3’端1/3编码结构蛋白；扩增用引物覆盖整个病毒基因组，扩增片段长度为900-1000个碱基，相邻片段之间有70-120个碱基的重叠区，所有引物不包含简并碱基，100％与盖塔病毒序列相同，引物的3’端为C，G或T保证稳定地与cDNA序列结合，所有引物的退火温度，GC含量基本相同，从而保证所有引物能够在相同的PCR条件下进行扩增反应。本发明的盖塔病毒全基因组序列为制备盖塔病毒全基因组克隆，研究盖塔病毒结构与功能的关系、盖塔病毒与宿主相互关系及对盖塔病毒的预防与控制打下了基础。

Description

盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物

技术领域

本发明涉及甲病毒属西门利克森林病毒复合组，特别是盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物。

背景技术

盖塔病毒属于甲病毒属西门利克森林病毒复合组，主要分布在东南亚和澳大利亚北部太平洋沿岸。此病毒能够引起猪、马等牲畜发热、皮疹、后肢水肿、淋巴结肿大及流产等症状。在我国通过对发热病人血清筛查发现零星病例盖塔病毒中和抗体阳性，说明此病毒和人类疾病相关联，需要进行深入研究。

发明内容

本发明目的是提供盖塔病毒(GZ0885株)全基因组序列、扩增方法及引物，并进一步提供盖塔病毒全基因组序列快速测定方法，这一发明对获得盖塔病毒全基因组序列并应用于研究盖塔病毒进化及其分子流行病学具有重要意义，同时本发明为制备盖塔病毒疫苗株提供最佳候选株，将盖塔病毒适应于哺乳动物细胞，为盖塔病毒的预防与控制提供保障。

为实现以上目的，本发明采用以下技术方案：

盖塔病毒(GZ0885株)全基因组序列扩增方法，它包括：

1、盖塔病毒适应哺乳动物来源细胞系及盖塔病毒的纯化；

2病毒RNA的提取；

3、病毒RNA的逆转录；

4、病毒全基因组序列扩增引物的设计与合成；

5基因片段的PCR扩增；

6、PCR产物直接进行序列测定及序列拼接。

具体实施方式

实施例：

1、盖塔病毒适应哺乳动物来源细胞系及盖塔病毒的纯化

在P2实验室取在C6/36细胞传代三次含盖塔病毒的细胞上清感染BHK-21(金黄地鼠肾)细胞[培养液：MEM培养液，1％谷胺酰胺(30g/l)，2％双抗(青、链霉素10,000U/l)，2％NaHCO₃(75g/l)，10％胎牛血清]，并在BHK-21细胞上进行连续传代使其适应于BHK-21细胞，并能在BHK-21细胞上引起稳定的细胞病变，为制备盖塔病毒疫苗株提供候选株。

将病毒培养细胞上清用MEM维持液[1％谷胺酰胺(30g/l)，2％双抗(青、链霉素10,000U/l)，2％NaHCO₃(75g/l)，1％胎牛血清]稀释成：0.1，0.01，0.001，0.0001，0.00001，0.000001。分别由低到高加0.1ml的病毒稀释液于6孔板的长到单层的BHK-21细胞，吸附1小时后，加入3ml琼脂糖覆盖物[1％琼脂，1％谷胺酰胺(30g/l)，2％双抗(青、链霉素10,000U/l)，2％NaHCO₃(75g/l)，1％胎牛血清]，置于37℃、5％CO₂的恒温箱中培养48小时。加入0.5ml 1％的中性红，置于37℃、5％CO₂的恒温箱中培养过夜，观察形成的空斑，并将形成的单个空斑挑到长满单层的BHK-21细胞瓶中，进行下轮的空斑筛选，重复此操作进行三次空斑筛选。将三次空斑筛选后的病毒进行大量培养，三次冻化后分装保存于-80℃冰箱备用。

2、病毒RNA的提取

利用QIAGEN公司(德国)的QIAamp Viral RNA Extract试剂盒，操作按说明书进行，即：(1)取一支1.5ml离心管中加入560μl的AVL缓冲液(含CarrierRNA)；(2)向这支离心管中加入140μl临床标本或病毒分离培养物，充分混匀至少15s；(3)室温下(15℃～25℃)放置10min，然后瞬时离心；(4)加入560μl纯酒精，充分混匀至少15s，瞬时离心；(5)小心加入约630μl的混合溶液至QIAamp柱中(试剂盒附带)，将QIAamp柱套在收集管上，然后8000rpm离心5s，使液体通过滤膜；(6)弃去收集管中的液体，重复第6步骤；(7)弃去收集管中的液体，小心加入750μl的AW1缓冲液，8000rpm离心5s，使液体通过滤膜；(8)弃去收集管中的液体，小心加入750μl的AW2缓冲液，8000rpm离心5s，使液体通过滤膜；(9)弃去收集管中的液体，13000rpm再次离心1min；(10)将QIAamp柱放入一支干净的1.5ml的离心管中；(11)向膜上加入50μl的FB缓冲液，然后室温下静置2～5min；(12)在离心机中以8000rpm的速度离心1min，离心下来的液体即为所需的核酸溶液。洗脱的RNA立即使用或存放于-80℃条件。

3、病毒RNA的逆转录

利用Ready-to-Go^TM You prime First-Strand Beads试剂盒(英国GEHealthcare公司)制备cDNA。

将提取的RNA置于65℃条件水浴10min，然后立即置于冰浴中2min，取出32μl RNA溶液加入第一链合成反应管中，室温放置1分钟，加入1μl(50ng/μl)随机引物pd(N)6，使终体积为33μl，轻敲管壁以混匀反应体系，短暂离心，37℃条件水浴60分钟。将cDNA储存于-20℃条件。

4、病毒全基因组序列扩增引物的设计与合成

结合使用Primer(Premier公司加拿大)和Oligo6.22软件(Molecular BiologyInsights，Inc.美国)设计盖塔病毒全基因组序列测定引物。所设计引物的特征是：引物覆盖整个病毒基因组，扩增片段长度为900-1000个碱基，相邻片段之间有70-120个碱基的重叠区，所有引物不包含简并碱基，100％与盖塔病毒序列相同。所有引物的退火温度约57℃，GC含量控制在50％左右。引物的合成在上海生物工程有限公司北京合成部进行，并采用PAGE纯化方法进行纯化。

GETA_F1：     5’_ATG GCG GAC GTG TGA CAT CAC_3’

GETA_R1：     5’_GTA ACC TTC GCA TGA CAC CAC C_3’

GETA_F2：     5’_GGC ATT TAC CTT CCG TGT TTC_3’

GETA_R2：     5’_TGT GCT TGC GGT GTA ACC TTC_3’

GETA_F3：     5’_TAG TGA GCG GCT CTT GTG CTG_3’

GETA_R3：     5’_CCG CAC AGT ACT ACC TTA CCT GAC_3’

GETA_F4：     5’_GAT GAG GCG TTC GCG TGT CAC T_3’

GETA_R4：     5’_GGT AAC CGA CGA TTG GAT GGG ACT_3’

GETA_F5：     5’_TCT ACG TGG CAA CAT GAA CTC G_3’

GETA_R5：     5’_CGT GAA TAA GTG GTT CAA GGA CTG C_3’

GETA_F6：     5’_GCT GTG GCT AGC ATA ATT AGT ACC_3’

GETA_R6：     5’_TGG GAT AGC GCG TAT GTC TGT_3’

GETA_F7：     5’_GTC GCC CAA CTT AGA CAG G_3’

GETA_R7：     5’_TGG TTG GTG GTA TGC GTG G_3’

GETA_F8：     5’_CCG ATG AGT ATG ACG CTT ATC TGG_3’

GETA_R8：     5’_ACT TCC ATG TTG ACC CAA CTC_3’

GETA_F9：     5’_CGC TGC TGA ACA TTG TCA TAG_3’

GETA_R9：     5’_GGT TGT CGA TCA CAC CTT TG_3’

GETA_F10：    5’_GAT TGC ATC TTC GAG GTC AAG C_3’

GETA_R10：    5’_GTG CGT GTT TGT ACT GCA CTT TG_3’

GETA_F11：    5’_TGC GCT ATT CGA GGC ACG AT_3’

GETA_R11：    5’_ATG ATT ATG GCA GCG AGC GG_3’

GETA_F12：    5’_CCG GTA ACA CTA GGA GTA CTA TGC_3’

GETA_R12：    5’_TTG TCA TTC AGC GAC GTG CCT_3’

GETA_F13：    5’_CCT CAA GTT GTC AAG ACC TTC GTC_3’

GETA_R13：    5’_GTA AAA TAT TAA AAA AAC AAA TTA GAC GCC_3’

5基因片段的PCR扩增

利用

Green Master Mix(Promega)在相同的PCR反应条件扩增所有基因片段，反应条件如下：

Green Master Mix(2X)： 12.5μl

上游引物(10μM)：             0.5μl

下游引物(10μM)：             0.5μl

cDNA模板：                    2.0μl

Nuclease-Free Water：         9.5μl

                                      

反应总体积                    25μl

PCR循环条件：

PCR仪：Eppendorf Master Cycler Personal(Made in Germany)变性94℃ 3min；94℃30sec，55℃30sec，72℃90sec，2个循环；之后94℃30sec，60℃30sec，72℃60sec，28个循环；之后72℃延伸10min。

1％琼脂糖电泳检查扩增条带，利用QIAquick Gel Extraction Kit(QIAGEN，德国)纯化扩增产物，操作按说明书进行，即：(1)紫外灯下仔细切下含待回收DNA的凝胶，置1.5ml离心管中，称重；(2)加入Buffer QG(每100mg凝胶加Buffer QG 300μl)，置50℃水浴10min；(3)将吸附柱放在2ml收集管上，将上述溶液加于柱上；(4)4℃离心13000g×1min，弃去收集管中液体；(5)加入500μl Buffer QG于柱上，4℃离心13000g×1min，弃去收集管中液体；(6)加入750μl Buffer PE于柱上，4℃离心13000g×1min，弃去收集管中液体；(7)4℃离心13000g×1min。弃去收集管；(8)将柱放于一新1.5ml离心管上，加50μl EB于柱上。放置1min，4℃离心13000g×1min。纯化后的产物保存于-20℃或直接进行序列测定。

6、PCR产物直接进行序列测定。

纯化了的PCR产物利用各个片段扩增时的正反向引物，以BigDye荧光标记末端终止循环测序试剂盒(美国ABI)，于3730测序仪(ABI Prism 3730xl DNAAnalyzer)(美国ABI)进行双向序列测定，得到的序列利用使用DNAStar软件包中SeqMan软件对序列片段进行序列拼接、编辑和校正。具体操作：(1)打开dnastar中的seqman；(2)进入界面之后，依次点击sequence＞add sequence；(3)选择要进行聚类拼接的序列(序列测定后的AB1文件)，点击add；(4)点击assemble；(5)点击contig---Alignment View或者Strategy View可看相关信息并进行序列的修正，经过上述的处理，可以将结果保存为单个的seq文件，即为拼接好了的序列。

利用上述方法对适应于BHK-21细胞并经三轮空斑纯化的盖塔病毒序列测定：全长11690个核苷酸，不包括5’端的帽子结构和3’端的多聚核苷酸尾，序列如下：

ATGGCGGACGTGTGACATCACCGTTCGCTCTTTCTAGGATCCTTTGCTACTCCACATAGT

GAGAGACAAACAACCCAAATGAAGGTAACCGTGGACGTTGAGGCTGATAGCCCATTCC

TTAAGGCCCTTCAGAAGGCGTTTCCCGCCTTTGAGGTTGAATCACAGCAGGTCACACCG

AATGACCATGCTAACGCTAGAGCATTTTCGCATCTGGCTACTAAACTGATTGAGCAAGAG

GTTCCAACAGGCGTCACCATCCTGGACGTGGGTAGTGCACCCGCAAGGAGGTTGATGTC

TGACCACACCTACCACTGCATCTGCCCCATGAAAAGTGCGGAAGACCCAGAGAGACTG

GCGAATTACGCTCGAAAGCTGGCGAAAGCATCGGGGACTGTGCTAGACAAGAATGTGT

CCGGAAAGATAACGGACCTACAAGACGTCATGGCCACTCCAGACTTGGAATCCCCGACT

TTTTGCCTGCATACTGACGAGACGTGCCGCACTAGGGCTGAGGTCGCCGTGTACCAGGA

CGTATACGCTGTGCACGCACCGACGTCACTGTACCACCAGGCCATCAAAGGCGTCAGGA

CGGCGTATTGGATTGGATTCGACACCACTCCATTCATGTTCGAGGCACTAGCGGGCGCGT

ACCCTGCGTACTCGACCAACTGGGCAGATGAGCAAGTGCTGCAAGCTCGTAACATCGGC

CTGTGCGCGACAGGCCTCTCCGAGGGGCGTCGCGGCAAACTCTCCATTATGAGAAAAA

AGTGCTTGCGACCGAGCGACAGAGTAATGTTTTCGGTCGGGTCCACCTTGTACACCGAG

AGCCGAAAGCTGCTGCGCAGCTGGCATTTACCTTTCGTGTTTCACCTGAAGGGTAAGAA

CAGTTTTACCTGCAGGTGCGACACGGTGGTGTCATGCGAAGGTTATGTGGTAAAGAAGA

TCACCATAAGCCCGGGCATATATGGAAAAACAGTCGATTACGCAGTTACCCATCACGCAG

AGGGTTTCCTGATGTGTAAGATCACTGATACAGTCAGAGGAGAAAGAGTCTCTTTCCCG

GTCTGTACCTATGTGCCTGCAACCATATGCGACCAGATGACGGGTATACTTGCCACTGAT

GTGACACCAGAGGATGCCCAGAAGCTCCTGGTTGGATTGAACCAACGCATAGTGGTGA

ACGGTAGGACGCAAAGAAACACAAACACAATGAAAAACTACCTACTGCCAGTGGTAGC

GCAAGCATTCAGTAAATGGGCACGAGAGGCACGCGCAGACATGGAGGACGAAAAACCC

CTAGGCACCAGAGAACGCACGTTGACGTGTTGTTGCCTGTGGGCGTTCAAAAGCCACA

AAACCCACACCATGTATAAGCGGCCTGAAACACAAACTATCGTCAAAGTGCCTTCCACT

TTTGACTCCTTTGTGATACCGAGCCTGTGGTCATTCAGTCTTTCCATGGGTATCAGACAG

AGGATCAAATTGCTACTCAGCGCAAGAATGGCCCAAGGCCTACCATACTCAGGAGATCG

CACTGAAGCTCGCGCGGCAGAAGAAGAAGAGAAGGAGGTGCAGGAGGCTGAACTTAC

GAGGGCAGCGCTGCCACCGCTAGTGAGCGGCTCTTGTGCTGACGATATCGCCCAGGTGG

ATGTAGAGGAACTAACCTTCAGAGCCGGAGCCGGGGTTGTGGAAACACCCAGGAATGC

CCTGAAGGTTACACCGCAAGCACACGACCATCTCATAGGCTCCTACTTGATCCTTTCCCC

CCAAACGGTGTTGAAAAGCGAGAAGCTGGCACCCATCCACCCTCTTGCTGAGCAAGTC

ACGGTCATGACCCACTCTGGAAGATCCGGCAGATACCCAGTCGACAAGTACGACGGAC

GGGTATTGATCCCAACAGGAGCAGCCATCCCAGTGAGTGAGTTCCAGGCACTCAGCGA

GAGCGCAACCATGGTGTACAATGAGAGGGAATTTATAAATCGCAAGCTACACCACATAG

CGCTATACGGGCCAGCCTTGAATACCGACGAGGAAAGCTACGAAAAAGTGAGAGCCGA

AAGGGCAGAGACAGAGTATGTGTTCGACGTGGACAAGAAGGCATGTATCAAGAAGGAG

GAGGCATCAGGCCTTGTGTTAACAGGGGACCTAATCAATCCACCTTTCCACGAATTCGCA

TACGAAGGACTCAAGATCCGCCCAGCAGCCCCGTACCACACGACGATCATTGGTGTGTT

TGGCGTTCCGGGTTCGGGCAAGTCGGCTATCATTAAGAATATGGTGACGACTCGCGATCT

GGTGGCCAGTGGAAAGAAGGAGAACTGCCAAGAGATCATGAATGATGTAAAGAGGCAA

CGCGGGTTGGACGTAACCGCTAGGACCGTCGACTCAATCTTATTGAATGGGTGCAAGAA

AGGCGTAGAAAACCTTTACGTCGATGAGGCGTTCGCGTGTCACTCGGGTACTTTGCTAG

CGCTCATCGCGCTGGTGAGACCGTCAGGTAAGGTAGTACTGTGCGGCGACCCTAAGCAG

TGTGGTTTCTTCAATTTGATGCAACTGAAGGTGCACTATAACCACAACATATGTACAAGG

GTGCTCCATAAGAGCATCTCCAGAAGATGCACTCTACCTGTTACGGCGATCGTGTCCACC

CTGCACTACCAAGGGAAGATGAGAACGACGAACCGATGCAACACCCCCATTCAGATTG

ACACCACCGGTTCCTCCAAACCAGCCTCAGGAGATATCGTGTTAACGTGCTTCCGCGGC

TGGGTGAAGCAACTGCAAATCGACTATCGTGGACACGAGGTGATGACCGCAGCCGCTTC

CCAGGGTCTGACAAGGAAAGGCGTGTACGCCGTGAGACAGAAAGTGAACGAAAACCC

ACTGTACTCACCTCTGTCGGAGCACGTCAACGTGCTGTTGACCCGAACTGAAAACCGAC

TGGTGTGGAAGACACTGTCGGGTGACCCGTGGATAAAGGTGTTAACCAATGTTCCACGT

GGGGATTTCAGTGCAACTCTGGAGGAATGGCAAGAAGAACATGACGGTATCATGAGAG

TGTTGAACGAGCGACCGGCGGAGGTCGATCCATTCCAAAACAAGGCTAAGGTGTGCTG

GGCAAAATGTCTGGTGCAAGTTCTTGAGACGGCCGGAATACGTATGACGGCAGATGAAT

GGAACACCATCTTGGCTTTCAGAGAGGACAGAGCGTACTCACCAGAAGTCGCTCTCAA

CGAGATTTGCACTCGTTACTACGGCGTTGACCTAGACAGCGGCCTATTCTCAGCGCAGTC

GGTTTCCCTCTTTTATGAGAACAACCATTGGGACAACAGGCCTGGAGGACGCATGTACG

GGTTCAACCATGAAGTAGCCAGGAAATACGCAGCCAGGTTTCCATTTCTACGTGGCAAC

ATGAACTCGGGGCTACAACTAAATGTCCCTGAGAGGAAGCTCCAGCCCTTTAGCGCTGA

ATGCAACATAGTCCCATCCAATCGTCGGTTACCGCATGCTCTGGTCACAAGTTATCAGCA

GTGCCGTGGGGAGAGGGTAGAGTGGTTGCTGAAAAAGATTCCAGGTCACCAAATGTTA

CTCGTAAGTGAGTACAACCTGGTGATACCTCACAAAAGAGTCTTCTGGATTGCACCTCC

GCGGGTGTCAGGCGCGGACCGCACGTACGACTTGGACCTAGGGTTACCTATGGATGCAG

GCCGTTACGACCTGGTATTCGTCAACATCCATACTGAGTACCGGCAACACCACTACCAAC

AATGCGTCGACCATTCAATGCGCCTGCAGATGCTGGGAGGGGATTCACTACACCTGCTC

AGACCAGGAGGCTCGCTGCTGATGAGAGCATATGGTTACGCAGACAGAGTCAGCGAGA

TGGTGGTGACAGCCCTGGCTAGGAAATTCTCGGCGTTCCGTGTCCTGAGACCGGCGTGT

GTGACGAGCAACACAGAAGTGTTCCTGCTGTTTTCTAACTTTGATAACGGCAGAAGAGC

GGTAACCTTGCACCAAGCTAACCAAAAACTTAGCTCAATGTATGCCTGCAACGGATTGC

ACACTGCTGGTTGTGCACCGTCATACAGGGTCCGCCGCGCAGATATATCAGGACACAGT

GAGGAAGCGGTCGTAAATGCTGCCAATGCCAAAGGTACCGTGAGCGACGGAGTGTGCA

GGGCGGTTGCTAAGAAGTGGCCATCATCTTTCAAAGGGGCTGCAACTCCAGTCGGCACA

GCCAAAATGATCCGCGCAGATGGCATGACCGTAATCCACGCAGTGGGACCAAACTTCTC

CACCGTAACAGAAGCCGAAGGGGACAGAGAGCTAGCGGCCGCGTATCGAGCTGTGGCT

AGCATAATTAGTACCAATAACATAAAGAGCGTCGCTGTACCGCTGCTGTCCACAGGCACC

TTCTCCGGCGGTAAGGACAGAGTGATGCAGTCCTTGAACCACTTATTCACGGCACTGGA

CGCAACCGACGCAGACGTGGTTATCTACTGCAGAGATAAAAACTGGGAAAAGAAGATT

CAGGAAGCCATCGACAGGCGGACGGCAATCGAGCTCGTATCTGAAGACGTGACCTTGG

AAACCGATCTGGTTAGGGTACACCCGGACAGTTGCTTAGTCGGCAGAAATGGTTACAGT

GCAACTGACGGTAAACTGTACTCTTACCTTGAGGGCACGAGGTTCCACCAGACGGCGGT

CGACATGGCTGAAATATCAACTTTATGGCCAAGACTCCAAGATGCTAACGAGCAGATCT

GCCTGTACGCCCTAGGGGAGACGATGGACAGCATACGCACTAAATGCCCAGTAGAGGAC

GCCGATTCGTCTACGCCGCCGAAAACGGTACCGTGTCTATGTCGGTATGCGATGACCGCG

GAGCGGGTTGCCAGACTTAGGATGAATAACACCAAAAACATCATCGTGTGCTCCTCCTT

TCCATTACCGAAGTACAGGATAGAAGGCGTGCAGAAGGTGAAGTGTGACCGAGTGCTA

ATTTTTGACCAGACCGTCCCGTCACTAGTAAGTCCCAGAAAGTACATACAGCAGCCGCC

GGAACAGCTGGATAATGTGAGCCTGACTTCTACGACGTCGACGGGATCCGCATGGTCAT

TTCCATCGGAAACGACCTACGAAACCATGGAAGTCGTAGCCGAGGTACACACCGAACCT

CCAATCCCTCCGCCTCGCCGACGTAGAGCAGCCGTCGCCCAACTTAGACAGGATCTGGA

AGTCACCGAGGAGATCGAGCCGTACGTGACACAGCAAGCAGAGGTCGTGGTCATGGAG

AGGGTCGCGACGACAGACATACGCGCTATCCCAGTCCCGGCACGGCGGGCCATTACAAT

GCCAGTCCCAGCCCCCAGGGTTCGTAAGGTCGCTACTGAACCTCCATTAGAACCGGAAG

CTCCTATCCCGGCACCAAGAAAGAGAAGAACCACTAGCACCGCACCTCCGCATAACCCC

GAGGATTTCGTTCCCAGGGTACCTGTTGAGTTACCGTGGGAGCCGGAAGACCTAGACAT

CCAATTCGGTGACTTGGAGCCACGCCGCCGGAACACCAGGGACCGAGATGTCAGCACA

GGAATACAGTTCGGTGACATCGACTTTAACCAGTCCTGACTAGGCAGGGCTGGCGCGTA

TATCTTTTCGTCTGACACTGGCCCGGGTCACCTACAACAGAAGTCCGTAAGGCAACATG

AATTGCCATGCGAGACTCTGTACGCCCATGAAGACGAACGCATATACCCGCCGGCATTTG

ACGGAGAGAAAGAAAAAGTACTCCAGGCAAAGATGCAGATGGCCCCGACAGAAGCGA

ATAAGAGCAGGTACCAGTCGAGGAAAGTAGAGAACATGAAGGCATTAATTGTAGAAAG

ATTACGCGAAGGAGCAAAGTTGTACCTCCATGAGCAAACCGACAAAGTACCCACGTAC

ACCAGCAAGTACCCTAGACCTGTGTACTCACCATCGGTGGATGACAGCCTGAGCGATCC

GGAAGTGGCTGTGGCCGCCTGTAACTCTTTCTTAGAGGAGAATTATCCAACCGTGGCGA

ACTACCAGATAACCGATGAGTATGACGCTTATCTGGACTTGGTCGACGGCTCTGAAAGCT

GCCTCGACAGAGCTACGTTCTGCCCGGCCAAACTAAGATGTTACCCTAAGCACCACGCA

TACCACCAACCACAAATCAGGAGCGCAGTACCTTCCCCTTTTCAAAACACGCTACAAAA

CGTGCTAGCCGCGGCCACTAAAAGAAATTGCAACGTCACCCAAATGAGAGAATTACCAA

CCATGGACTCTGCGGTGTTCAACGTAGAAAGCTTCAAAAAATACGCATGTACCGGCGAA

TATTGGCAAGAATTTAAAGACAATCCTATACGGATCACCACCGAAAACATAACGACGTAC

GTGGCTAAACTCAAGGGTCCAAAGGCTGCTGCCCTTTTTGCCAAGACGCATAACCTGGT

GCCGCTTCAGGAGGTGCCAATGGACCGCTTCGTGATGGATATGAAGAGAGATGTGAAAG

TTACACCAGGCACCAAGCATACCGAAGAAAGGCCAAAAGTGCAAGTTATTCAAGCGGC

GGAACCATTGGCCACGGCATATTTATGCGGAATCCACAGAGAGTTAGTCAGGCGGCTAA

AAGCCGTTCTGACCCCGAACATCCATACTCTGTTTGACATGTCGGCGGAGGACTTTGATG

CCATCATAGCGGCACATTTCCAACCGGGAGATGCTGTACTGGAGACAGATATCGCATCCT

TCGACAAGAGCCAAGACGACTCCTTAGCGCTAACAGCGCTGATGCTTCTGGAAGACCTC

GGGGTCGACCAAGAACTGCTGGACCTTATCGAAGCTGCGTTTGGTGAGATCACGAGTGT

GCATCTACCTACCGGTACAAGATTTAAATTCGGTGCTATGATGAAGTCAGGAATGTTTCTT

ACACTCTTCATCAACACGCTGCTGAACATTGTCATAGCGTGCCGCGTCTTACGCGACAAA

TTATCGTCCTCGGCGTGCGCCGCCTTCATAGGTGATGACAACATAGTGCACGGCGTGAG

GTCAGACCCGCTAATGGCAGAAAGGTGTGCGAGTTGGGTCAACATGGAAGTAAAGATC

ATCGATGCCACAATGTGTGAGAAACCACCGTACTTTTGTGGAGGATTCATCCTGTACGAC

AGTGTCGCCGGTACAGCGTGTAGGGTTGCAGACCCGTTAAAGAGGCTGTTCAAACTCG

GGAAACCGCTCCCGGCGGACGACAACCAGGATGAAGACAGAAGAAGGGCACTAAAAG

ATGAAACAGTTAAGTGGTCCCGCATAGGATTGAGAGAAGAATTAGACGTGGCATTGAGC

TCAAGATACCAAGTCAGTGGCGTCGGAAACATCACTAGAGCGATGTCCACGCTGTCTAA

GAGTTTGAAGTCTTTTAGGAAAATAAGAGGTCCCATCATACATCTGTACGGCGGTCCTAA

ATAGATGCAGGATTACACTACATCTAAAGACCACGTATTACAGACACCATGAATTACATT

CCAACTCAAACCTTTTACGGACGCCGTTGGCGACCACGCCCGGCGTACCGTCCATGGCG

GGTGCCGATGCAGCCGGCCCCACCCATGGTGATTCCTGAGCTGCAAACTCCGATCGTCC

AGGCCCAACAGATGCAGCAGCTAATCAGTGCAGTTTCTGCCCTGACGACCAAGCAAAAT

GGCAAAGCACCGAAGAAGCCGAAGAAAAAGCCGCAAAAAGCGAAGGCTAAGAAAAA

CGAACAGCAAAAGAAGAACGAGAACAAGAAACCACCACCTAAGCAGAAGAATCCGGC

TAAGAAGAAGAAACCAGGAAAAAGGGAACGCATGTGCATGAAGATAGAGAATGATTGC

ATCTTCGAGGTCAAGCTTGACGGTAAGGTCACGGGATACGCCTGCCTAGTCGGGGATAA

AGTGATGAAGCCGGCACACGTCAAAGGTGTGATCGACAACCCCGATCTAGCGAAGCTT

ACCTACAAGAAATCGAGTAAGTATGACCTGGAGTGCGCCCAGATACCAGTGCACATGAA

GTCAGATGCTTCAAAGTACACCCATGAAAAACCGGAAGGGCACTACAATTGGCATCACG

GTGCAGTGCAGTACAGCGGTGGCAGGTTCACAATCCCGACAGGCGCAGGTAAACCAGG

AGACAGCGGCCGGCCGATCTTCGACAACAAAGGACGCGTGGTGGCCATTGTCCTGGGA

GGGGCCAACGAAGGAGCCAGGACTGCCCTATCCGTCGTGACCTGGACCAAAGACATGG

TCACACGGTACACCCCAGAAGGAACAGAAGAATGGTCTGCCGCCTTGATGATGTGCGTC

CTAGCCAACGTTACATTCCCATGCTCAGAGCCCGCGTGTGCACCCTGTTGCTATGAAAAA

CAACCAGAACAGACACTGAGGATGTTAGAGGACAACGTGGACCGCCCGGGCTACTACG

ACCTGCTCGAGGCCACGATGACGTGTAACAACAGTGCACGCCACCGTCGCAGTGTGAC

GGAACACTTCAATGTCTACAAGGCCACGAAACCGTATCTAGCGTATTGCGCGGACTGCG

GAGACGGGCAGTTCTGTTACAGCCCGGTGGCTATAGAAAAAATTAGAGATGAGGCTTCC

GATGGCATGATAAAAATCCAGGTCGCAGCGCAAATTGGCATCAACAAAGGAGGAACAC

ACGAACACAACAAAATCAGGTACATCGCCGGGCATGACATGAAAGAGGCAAACCGGGA

TTCTTTACAAGTGCATACTTCCGGTGTGTGCGCTATTCGAGGCACGATGGGCCACTTCAT

CGTGGCCTACTGCCCTCCAGGGGACGAACTAAAGGTCCAATTCCAAGATGCAGAATCGC

ACACCCAGGCCTGCAAAGTGCAGTACAAACACGCACCGGCCCCAGTAGGCAGAGAAA

AATTCACCGTCAGGCCCCACTTCGGTATCGAAGTGCCATGCACAACGTACCAGCTGACT

ACCGCACCGACGGAGGAAGAGATCGACATGCATACCCCGCCGGATATCCCAGACATAAC

GTTGCTGTCGCAGCAGTCAGGCAATGTAAAGATCACAGCAGGAGGAAAAACCATCAGA

TACAACTGCACGTGTGGTAGTGGCAACGTGGGCACCACCAGTAGCGACAAGACTATCAA

TTCGTGCAAAATAGCACAGTGCCACGCTGCGGTGACTAACCACGATAAGTGGCAGTACA

CCTCCTCGTTTGTCCCTAGAGCCGACCAGTTGTCTCGCAAAGGTAAAGTGCACGTACCT

TTCCCTCTGACCAACTCCACTTGCAGGGTGCCTGTCGCACGTGCACCAGGTGTCACATA

CGGAAAGAGAGAACTGACAGTGAAACTGCACCCAGATCATCCCACGCTGTTGACGTAC

CGGAGTCTAGGAGCGGATCCGCGTCCGTATGAGGAGTGGATAGACCGATACGTCGAACG

GACCATACCGGTGACCGAAGATGGGATCGAGTACAGATGGGGAAACAACCCACCCGTG

CGCTTGTGGGCCCAGCTGACAACTGAAGGCAAACCCCATGGGTGGCCGCACGAGATCA

TACTCTATTACTATGGACTATACCCAGCAGCCACCATCGCCGCCGTCTCAGCCGCGGGTC

TCGCAGTCGTACTATCGCTGCTGGCGTCATGTTACATGTTCGCCACTGCACGCCGCAAGT

GCCTGACCCCATACGCCCTGACCCCCGGAGCTGTCGTCCCGGTAACACTAGGAGTACTA

TGCTGCGCACCACGAGCGCATGCCGCGTCATTTGCGGAATCTATGGCGTATCTATGGGAT

GAGAATCAAACCCTGTTTTGGCTGGAGCTTGCAACGCCGCTCGCTGCCATAATCATACTT

GTATGTTGCCTGAAGAACCTGCTTTGCTGCTGCAAACCGCTTTCTTTTTTAGTGCTGGTG

AGCCTGGGAACTCCCGTCGTAAAATCTTACGAACACACCGCAACGATCCCGAATGTGGT

GGGATTCCCGTATAAGGCTCACATTGAGAGGAACGGCTTCTCCCCGATGACCCTACAGC

TTGAAGTACTAGGAACCAGCTTGGAACCCACGCTAAACTTAGAGTACATAACCTGTGAA

TACAAGACAGTCGTGCCATCACCTTATATCAAGTGCTGCGGGACATCAGAATGCAGATCC

ATGGAGCGCCCCGACTATCAATGTCAGGTCTACACAGGAGTGTACCCATTTATGTGGGGC

GGCGCATACTGCTTCTGCGACACTGAGAACACCCAGCTGAGTGAAGCATACGTTGATAG

ATCGGACGTATGCAAGCACGACCATGCCGCCGCCTACAAGGCGCACACTGCGGCAATGA

AAGCCACCATCCGAATAAGCTACGGGAACCTCAATCAGACAACAACGGCGTTCGTCAA

CGGGGAGCACACAGTGACCGTCGGAGGCAGCAGGTTTACTTTTGGTCCAATCTCCACTG

CCTGGACGCCTTTCGACAACAAGATCGTCGTCTACAAGAACGACGTCTACAACCAGGA

CTTCCCACCCTACGGGTCAGGACAACCAGGGAGGTTTGGAGACATCCAGAGCAGGACG

GTAGAGAGCAAGGACCTGTATGCCAACACCGCCCTCAAGTTGTCAAGACCTTCGTCCGG

TACTGTTCACGTGCCTTACACACAGACCCCTTCTGGCTTTAAGTACTGGATAAAAGAGA

GAGGCACGTCGCTGAATGACAAGGCTCCCTTTGGATGCGTAATCAAGACCAACCCAGTC

AGAGCGGAAAATTGCGCCGTTGGCAACATCCCAGTCTCCATGGACATCCCGGACACCGC

GTTTACGCGCGTGATTGATGCACCTGCCGTCACAAACCTGGAGTGCCAAGTGGCGGTCT

GCACGCACTCATCGGACTTCGGCGGGATCGCGACTCTGACATTCAAAACTGACAAACCC

GGAAAATGTGCTGTCCATTCTCATTCGAATGTAGCCACCATACAGGAGGCAGCTGTGGA

CATCAAAACAGATGGCAAGATAACCCTGCATTTCTCTACAGCATCAGCATCCCCGGCATT

CAAGGTATCTGTGTGCAGTGCCAAAACGACATGCATGGCAGCGTGTGAGCCGCCGAAG

GATCACATCGTCCCTTATGGGGCGAGCCATAACAACCAAGTTTTTCCTGACATGTCTGGC

ACGGCAATGACATGGGTGCAGCGGGTAGCCGGTGGACTCGGCGGGCTAACACTCGCCG

CAGTGGCAGTACTTATATTGGTGACGTGTGTGACCATGCGCCGCTAACCGGGAGGCTTG

ACATAATGTATATATATAAGCATCATATTTTTAATAAAGCATATAAATAATCAAGTAGATCAA

AGGGCTACCTAACCCCTGAATAGTAACAAAACGCAAAAATACAAAAACATTAGTTCAAA

GGGCCAGTAACCCCTGAATAGTAACAAAATATAAAAACCAAAAACAGTAGTTCAAAGG

GCTATACAACCCCTGAATAGTAACAAAATGCAGAAAAACCATAAAAATTATAAAATTAAC

TAATCAGATCATCTAAATTTGACTAATTGGAAATAGCCGAACTCTACGGAGATGTAGGCG

TCCGAACTCCACGGAGACGTAGGACAAAATTCTGCCGAACCCCAGACCATCGGGGACG

TAGGCGTCTAATTTGTTTTTTTAATATTTTAC

盖塔病毒全基因组序列及其应用前景：

盖塔病毒能够引起马，猪等牲畜疾病，能否引起人类的疾病现在还没有定论。本实验室通过对盖塔病毒在人群当中血清学调查发现我国人群中存在盖塔病毒的感染，血清学反应为强阳性，因此获得盖塔病毒株及其全基因组序列具有重要的科学及应用意义，主要表现在以下几个方面：

1)获得盖塔病毒

目前为止分离到盖塔病毒的有日本，韩国，俄罗斯，菲律宾，印度等国家，本发明从蚊虫标本中分离到盖塔病毒，属于我国自然资源。本发明将其适应于哺乳动物细胞，为研制盖塔病毒疫苗株提供了最佳候选株。

2)盖塔病毒全基因组序列

本发明的盖塔病毒全基因组序列为制备盖塔病毒全基因组克隆，研究盖塔病毒结构与功能的关系、盖塔病毒与宿主相互关系及对盖塔病毒的预防与控制打下了基础。

序列表

<110>中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所

<120>盖塔病毒全基因组序列、扩增方法及引物

<130>

<160>27

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>11690

<212>DNA

<213>盖塔病毒

<400>1

atggcggacg tgtgacatca ccgttcgctc tttctaggat cctttgctac tccacatagt     60

gagagacaaa caacccaaat gaaggtaacc gtggacgttg aggctgatag cccattcctt    120

aaggcccttc agaaggcgtt tcccgccttt gaggttgaat cacagcaggt cacaccgaat    180

gaccatgcta acgctagagc attttcgcat ctggctacta aactgattga gcaagaggtt    240

ccaacaggcg tcaccatcct ggacgtgggt agtgcacccg caaggaggtt gatgtctgac    300

cacacctacc actgcatctg ccccatgaaa agtgcggaag acccagagag actggcgaat    360

tacgctcgaa agctggcgaa agcatcgggg actgtgctag acaagaatgt gtccggaaag    420

ataacggacc tacaagacgt catggccact ccagacttgg aatccccgac tttttgcctg    480

catactgacg agacgtgccg cactagggct gaggtcgccg tgtaccagga cgtatacgct    540

gtgcacgcac cgacgtcact gtaccaccag gccatcaaag gcgtcaggac ggcgtattgg    600

attggattcg acaccactcc attcatgttc gaggcactag cgggcgcgta ccctgcgtac    660

tcgaccaact gggcagatga gcaagtgctg caagctcgta acatcggcct gtgcgcgaca    720

ggcctctccg aggggcgtcg cggcaaactc tccattatga gaaaaaagtg cttgcgaccg    780

agcgacagag taatgttttc ggtcgggtcc accttgtaca ccgagagccg aaagctgctg     840

cgcagctggc atttaccttt cgtgtttcac ctgaagggta agaacagttt tacctgcagg     900

tgcgacacgg tggtgtcatg cgaaggttat gtggtaaaga agatcaccat aagcccgggc     960

atatatggaa aaacagtcga ttacgcagtt acccatcacg cagagggttt cctgatgtgt    1020

aagatcactg atacagtcag aggagaaaga gtctctttcc cggtctgtac ctatgtgcct    1080

gcaaccatat gcgaccagat gacgggtata cttgccactg atgtgacacc agaggatgcc    1140

cagaagctcc tggttggatt gaaccaacgc atagtggtga acggtaggac gcaaagaaac    1200

acaaacacaa tgaaaaacta cctactgcca gtggtagcgc aagcattcag taaatgggca    1260

cgagaggcac gcgcagacat ggaggacgaa aaacccctag gcaccagaga acgcacgttg    1320

acgtgttgtt gcctgtgggc gttcaaaagc cacaaaaccc acaccatgta taagcggcct    1380

gaaacacaaa ctatcgtcaa agtgccttcc acttttgact cctttgtgat accgagcctg    1440

tggtcattca gtctttccat gggtatcaga cagaggatca aattgctact cagcgcaaga    1500

atggcccaag gcctaccata ctcaggagat cgcactgaag ctcgcgcggc agaagaagaa    1560

gagaaggagg tgcaggaggc tgaacttacg agggcagcgc tgccaccgct agtgagcggc    1620

tcttgtgctg acgatatcgc ccaggtggat gtagaggaac taaccttcag agccggagcc    1680

ggggttgtgg aaacacccag gaatgccctg aaggttacac cgcaagcaca cgaccatctc    1740

ataggctcct acttgatcct ttccccccaa acggtgttga aaagcgagaa gctggcaccc    1800

atccaccctc ttgctgagca agtcacggtc atgacccact ctggaagatc cggcagatac    1860

ccagtcgaca agtacgacgg acgggtattg atcccaacag gagcagccat cccagtgagt    1920

gagttccagg cactcagcga gagcgcaacc atggtgtaca atgagaggga atttataaat    1980

cgcaagctac accacatagc gctatacggg ccagccttga ataccgacga ggaaagctac    2040

gaaaaagtga gagccgaaag ggcagagaca gagtatgtgt tcgacgtgga caagaaggca    2100

tgtatcaaga aggaggaggc atcaggcctt gtgttaacag gggacctaat caatccacct    2160

ttccacgaat tcgcatacga aggactcaag atccgcccag cagccccgta ccacacgacg    2220

atcattggtg tgtttggcgt tccgggttcg ggcaagtcgg ctatcattaa gaatatggtg    2280

acgactcgcg atctggtggc cagtggaaag aaggagaact gccaagagat catgaatgat    2340

gtaaagaggc aacgcgggtt ggacgtaacc gctaggaccg tcgactcaat cttattgaat    2400

gggtgcaaga aaggcgtaga aaacctttac gtcgatgagg cgttcgcgtg tcactcgggt    2460

actttgctag cgctcatcgc gctggtgaga ccgtcaggta aggtagtact gtgcggcgac    2520

cctaagcagt gtggtttctt caatttgatg caactgaagg tgcactataa ccacaacata    2580

tgtacaaggg tgctccataa gagcatctcc agaagatgca ctctacctgt tacggcgatc    2640

gtgtccaccc tgcactacca agggaagatg agaacgacga accgatgcaa cacccccatt    2700

cagattgaca ccaccggttc ctccaaacca gcctcaggag atatcgtgtt aacgtgcttc    2760

cgcggctggg tgaagcaact gcaaatcgac tatcgtggac acgaggtgat gaccgcagcc    2820

gcttcccagg gtctgacaag gaaaggcgtg tacgccgtga gacagaaagt gaacgaaaac    2880

ccactgtact cacctctgtc ggagcacgtc aacgtgctgt tgacccgaac tgaaaaccga    2940

ctggtgtgga agacactgtc gggtgacccg tggataaagg tgttaaccaa tgttccacgt    3000

ggggatttca gtgcaactct ggaggaatgg caagaagaac atgacggtat catgagagtg    3060

ttgaacgagc gaccggcgga ggtcgatcca ttccaaaaca aggctaaggt gtgctgggca    3120

aaatgtctgg tgcaagttct tgagacggcc ggaatacgta tgacggcaga tgaatggaac    3180

accatcttgg ctttcagaga ggacagagcg tactcaccag aagtcgctct caacgagatt    3240

tgcactcgtt actacggcgt tgacctagac agcggcctat tctcagcgca gtcggtttcc    3300

ctcttttatg agaacaacca ttgggacaac aggcctggag gacgcatgta cgggttcaac    3360

catgaagtag ccaggaaata cgcagccagg tttccatttc tacgtggcaa catgaactcg    3420

gggctacaac taaatgtccc tgagaggaag ctccagccct ttagcgctga atgcaacata    3480

gtcccatcca atcgtcggtt accgcatgct ctggtcacaa gttatcagca gtgccgtggg    3540

gagagggtag agtggttgct gaaaaagatt ccaggtcacc aaatgttact cgtaagtgag    3600

tacaacctgg tgatacctca caaaagagtc ttctggattg cacctccgcg ggtgtcaggc    3660

gcggaccgca cgtacgactt ggacctaggg ttacctatgg atgcaggccg ttacgacctg    3720

gtattcgtca acatccatac tgagtaccgg caacaccact accaacaatg cgtcgaccat    3780

tcaatgcgcc tgcagatgct gggaggggat tcactacacc tgctcagacc aggaggctcg    3840

ctgctgatga gagcatatgg ttacgcagac agagtcagcg agatggtggt gacagccctg    3900

gctaggaaat tctcggcgtt ccgtgtcctg agaccggcgt gtgtgacgag caacacagaa    3960

gtgttcctgc tgttttctaa ctttgataac ggcagaagag cggtaacctt gcaccaagct    4020

aaccaaaaac ttagctcaat gtatgcctgc aacggattgc acactgctgg ttgtgcaccg    4080

tcatacaggg tccgccgcgc agatatatca ggacacagtg aggaagcggt cgtaaatgct    4140

gccaatgcca aaggtaccgt gagcgacgga gtgtgcaggg cggttgctaa gaagtggcca    4200

tcatctttca aaggggctgc aactccagtc ggcacagcca aaatgatccg cgcagatggc    4260

atgaccgtaa tccacgcagt gggaccaaac ttctccaccg taacagaagc cgaaggggac    4320

agagagctag cggccgcgta tcgagctgtg gctagcataa ttagtaccaa taacataaag    4380

agcgtcgctg taccgctgct gtccacaggc accttctccg gcggtaagga cagagtgatg    4440

cagtccttga accacttatt cacggcactg gacgcaaccg acgcagacgt ggttatctac    4500

tgcagagata aaaactggga aaagaagatt caggaagcca tcgacaggcg gacggcaatc    4560

gagctcgtat ctgaagacgt gaccttggaa accgatctgg ttagggtaca cccggacagt    4620

tgcttagtcg gcagaaatgg ttacagtgca actgacggta aactgtactc ttaccttgag    4680

ggcacgaggt tccaccagac ggcggtcgac atggctgaaa tatcaacttt atggccaaga    4740

ctccaagatg ctaacgagca gatctgcctg tacgccctag gggagacgat ggacagcata    4800

cgcactaaat gcccagtaga ggacgccgat tcgtctacgc cgccgaaaac ggtaccgtgt    4860

ctatgtcggt atgcgatgac cgcggagcgg gttgccagac ttaggatgaa taacaccaaa    4920

aacatcatcg tgtgctcctc ctttccatta ccgaagtaca ggatagaagg cgtgcagaag    4980

gtgaagtgtg accgagtgct aatttttgac cagaccgtcc cgtcactagt aagtcccaga    5040

aagtacatac agcagccgcc ggaacagctg gataatgtga gcctgacttc tacgacgtcg    5100

acgggatccg catggtcatt tccatcggaa acgacctacg aaaccatgga agtcgtagcc    5160

gaggtacaca ccgaacctcc aatccctccg cctcgccgac gtagagcagc cgtcgcccaa    5220

cttagacagg atctggaagt caccgaggag atcgagccgt acgtgacaca gcaagcagag    5280

gtcgtggtca tggagagggt cgcgacgaca gacatacgcg ctatcccagt cccggcacgg    5340

cgggccatta caatgccagt cccagccccc agggttcgta aggtcgctac tgaacctcca    5400

ttagaaccgg aagctcctat cccggcacca agaaagagaa gaaccactag caccgcacct    5460

ccgcataacc ccgaggattt cgttcccagg gtacctgttg agttaccgtg ggagccggaa    5520

gacctagaca tccaattcgg tgacttggag ccacgccgcc ggaacaccag ggaccgagat    5580

gtcagcacag gaatacagtt cggtgacatc gactttaacc agtcctgact aggcagggct    5640

ggcgcgtata tcttttcgtc tgacactggc ccgggtcacc tacaacagaa gtccgtaagg    5700

caacatgaat tgccatgcga gactctgtac gcccatgaag acgaacgcat atacccgccg    5760

gcatttgacg gagagaaaga aaaagtactc caggcaaaga tgcagatggc cccgacagaa    5820

gcgaataaga gcaggtacca gtcgaggaaa gtagagaaca tgaaggcatt aattgtagaa    5880

agattacgcg aaggagcaaa gttgtacctc catgagcaaa ccgacaaagt acccacgtac    5940

accagcaagt accctagacc tgtgtactca ccatcggtgg atgacagcct gagcgatccg    6000

gaagtggctg tggccgcctg taactctttc ttagaggaga attatccaac cgtggcgaac    6060

taccagataa ccgatgagta tgacgcttat ctggacttgg tcgacggctc tgaaagctgc    6120

ctcgacagag ctacgttctg cccggccaaa ctaagatgtt accctaagca ccacgcatac    6180

caccaaccac aaatcaggag cgcagtacct tccccttttc aaaacacgct acaaaacgtg    6240

ctagccgcgg ccactaaaag aaattgcaac gtcacccaaa tgagagaatt accaaccatg    6300

gactctgcgg tgttcaacgt agaaagcttc aaaaaatacg catgtaccgg cgaatattgg    6360

caagaattta aagacaatcc tatacggatc accaccgaaa acataacgac gtacgtggct    6420

aaactcaagg gtccaaaggc tgctgccctt tttgccaaga cgcataacct ggtgccgctt    6480

caggaggtgc caatggaccg cttcgtgatg gatatgaaga gagatgtgaa agttacacca    6540

ggcaccaagc ataccgaaga aaggccaaaa gtgcaagtta ttcaagcggc ggaaccattg    6600

gccacggcat atttatgcgg aatccacaga gagttagtca ggcggctaaa agccgttctg    6660

accccgaaca tccatactct gtttgacatg tcggcggagg actttgatgc catcatagcg    6720

gcacatttcc aaccgggaga tgctgtactg gagacagata tcgcatcctt cgacaagagc    6780

caagacgact ccttagcgct aacagcgctg atgcttctgg aagacctcgg ggtcgaccaa    6840

gaactgctgg accttatcga agctgcgttt ggtgagatca cgagtgtgca tctacctacc    6900

ggtacaagat ttaaattcgg tgctatgatg aagtcaggaa tgtttcttac actcttcatc    6960

aacacgctgc tgaacattgt catagcgtgc cgcgtcttac gcgacaaatt atcgtcctcg    7020

gcgtgcgccg ccttcatagg tgatgacaac atagtgcacg gcgtgaggtc agacccgcta    7080

atggcagaaa ggtgtgcgag ttgggtcaac atggaagtaa agatcatcga tgccacaatg    7140

tgtgagaaac caccgtactt ttgtggagga ttcatcctgt acgacagtgt cgccggtaca    7200

gcgtgtaggg ttgcagaccc gttaaagagg ctgttcaaac tcgggaaacc gctcccggcg    7260

gacgacaacc aggatgaaga cagaagaagg gcactaaaag atgaaacagt taagtggtcc    7320

cgcataggat tgagagaaga attagacgtg gcattgagct caagatacca agtcagtggc    7380

gtcggaaaca tcactagagc gatgtccacg ctgtctaaga gtttgaagtc ttttaggaaa    7440

ataagaggtc ccatcataca tctgtacggc ggtcctaaat agatgcagga ttacactaca    7500

tctaaagacc acgtattaca gacaccatga attacattcc aactcaaacc ttttacggac    7560

gccgttggcg accacgcccg gcgtaccgtc catggcgggt gccgatgcag ccggccccac    7620

ccatggtgat tcctgagctg caaactccga tcgtccaggc ccaacagatg cagcagctaa    7680

tcagtgcagt ttctgccctg acgaccaagc aaaatggcaa agcaccgaag aagccgaaga    7740

aaaagccgca aaaagcgaag gctaagaaaa acgaacagca aaagaagaac gagaacaaga    7800

aaccaccacc taagcagaag aatccggcta agaagaagaa accaggaaaa agggaacgca    7860

tgtgcatgaa gatagagaat gattgcatct tcgaggtcaa gcttgacggt aaggtcacgg    7920

gatacgcctg cctagtcggg gataaagtga tgaagccggc acacgtcaaa ggtgtgatcg    7980

acaaccccga tctagcgaag cttacctaca agaaatcgag taagtatgac ctggagtgcg    8040

cccagatacc agtgcacatg aagtcagatg cttcaaagta cacccatgaa aaaccggaag    8100

ggcactacaa ttggcatcac ggtgcagtgc agtacagcgg tggcaggttc acaatcccga    8160

caggcgcagg taaaccagga gacagcggcc ggccgatctt cgacaacaaa ggacgcgtgg    8220

tggccattgt cctgggaggg gccaacgaag gagccaggac tgccctatcc gtcgtgacct    8280

ggaccaaaga catggtcaca cggtacaccc cagaaggaac agaagaatgg tctgccgcct    8340

tgatgatgtg cgtcctagcc aacgttacat tcccatgctc agagcccgcg tgtgcaccct    8400

gttgctatga aaaacaacca gaacagacac tgaggatgtt agaggacaac gtggaccgcc    8460

cgggctacta cgacctgctc gaggccacga tgacgtgtaa caacagtgca cgccaccgtc    8520

gcagtgtgac ggaacacttc aatgtctaca aggccacgaa accgtatcta gcgtattgcg    8580

cggactgcgg agacgggcag ttctgttaca gcccggtggc tatagaaaaa attagagatg    8640

aggcttccga tggcatgata aaaatccagg tcgcagcgca aattggcatc aacaaaggag    8700

gaacacacga acacaacaaa atcaggtaca tcgccgggca tgacatgaaa gaggcaaacc    8760

gggattcttt acaagtgcat acttccggtg tgtgcgctat tcgaggcacg atgggccact    8820

tcatcgtggc ctactgccct ccaggggacg aactaaaggt ccaattccaa gatgcagaat    8880

cgcacaccca ggcctgcaaa gtgcagtaca aacacgcacc ggccccagta ggcagagaaa    8940

aattcaccgt caggccccac ttcggtatcg aagtgccatg cacaacgtac cagctgacta    9000

ccgcaccgac ggaggaagag atcgacatgc ataccccgcc ggatatccca gacataacgt    9060

tgctgtcgca gcagtcaggc aatgtaaaga tcacagcagg aggaaaaacc atcagataca    9120

actgcacgtg tggtagtggc aacgtgggca ccaccagtag cgacaagact atcaattcgt    9180

gcaaaatagc acagtgccac gctgcggtga ctaaccacga taagtggcag tacacctcct    9240

cgtttgtccc tagagccgac cagttgtctc gcaaaggtaa agtgcacgta cctttccctc    9300

tgaccaactc cacttgcagg gtgcctgtcg cacgtgcacc aggtgtcaca tacggaaaga    9360

gagaactgac agtgaaactg cacccagatc atcccacgct gttgacgtac cggagtctag    9420

gagcggatcc gcgtccgtat gaggagtgga tagaccgata cgtcgaacgg accataccgg    9480

tgaccgaaga tgggatcgag tacagatggg gaaacaaccc acccgtgcgc ttgtgggccc    9540

agctgacaac tgaaggcaaa ccccatgggt ggccgcacga gatcatactc tattactatg    9600

gactataccc agcagccacc atcgccgccg tctcagccgc gggtctcgca gtcgtactat    9660

cgctgctggc gtcatgttac atgttcgcca ctgcacgccg caagtgcctg accccatacg    9720

ccctgacccc cggagctgtc gtcccggtaa cactaggagt actatgctgc gcaccacgag    9780

cgcatgccgc gtcatttgcg gaatctatgg cgtatctatg ggatgagaat caaaccctgt    9840

tttggctgga gcttgcaacg ccgctcgctg ccataatcat acttgtatgt tgcctgaaga    9900

acctgctttg ctgctgcaaa ccgctttctt ttttagtgct ggtgagcctg ggaactcccg    9960

tcgtaaaatc ttacgaacac accgcaacga tcccgaatgt ggtgggattc ccgtataagg   10020

ctcacattga gaggaacggc ttctccccga tgaccctaca gcttgaagta ctaggaacca  10080

gcttggaacc cacgctaaac ttagagtaca taacctgtga atacaagaca gtcgtgccat  10140

caccttatat caagtgctgc gggacatcag aatgcagatc catggagcgc cccgactatc  10200

aatgtcaggt ctacacagga gtgtacccat ttatgtgggg cggcgcatac tgcttctgcg  10260

acactgagaa cacccagctg agtgaagcat acgttgatag atcggacgta tgcaagcacg  10320

accatgccgc cgcctacaag gcgcacactg cggcaatgaa agccaccatc cgaataagct  10380

acgggaacct caatcagaca acaacggcgt tcgtcaacgg ggagcacaca gtgaccgtcg  10440

gaggcagcag gtttactttt ggtccaatct ccactgcctg gacgcctttc gacaacaaga  10500

tcgtcgtcta caagaacgac gtctacaacc aggacttccc accctacggg tcaggacaac  10560

cagggaggtt tggagacatc cagagcagga cggtagagag caaggacctg tatgccaaca  10620

ccgccctcaa gttgtcaaga ccttcgtccg gtactgttca cgtgccttac acacagaccc  10680

cttctggctt taagtactgg ataaaagaga gaggcacgtc gctgaatgac aaggctccct  10740

ttggatgcgt aatcaagacc aacccagtca gagcggaaaa ttgcgccgtt ggcaacatcc  10800

cagtctccat ggacatcccg gacaccgcgt ttacgcgcgt gattgatgca cctgccgtca  10860

caaacctgga gtgccaagtg gcggtctgca cgcactcatc ggacttcggc gggatcgcga  10920

ctctgacatt caaaactgac aaacccggaa aatgtgctgt ccattctcat tcgaatgtag  10980

ccaccataca ggaggcagct gtggacatca aaacagatgg caagataacc ctgcatttct  11040

ctacagcatc agcatccccg gcattcaagg tatctgtgtg cagtgccaaa acgacatgca  11100

tggcagcgtg tgagccgccg aaggatcaca tcgtccctta tggggcgagc cataacaacc  11160

aagtttttcc tgacatgtct ggcacggcaa tgacatgggt gcagcgggta gccggtggac  11220

tcggcgggct aacactcgcc gcagtggcag tacttatatt ggtgacgtgt gtgaccatgc  11280

gccgctaacc gggaggcttg acataatgta tatatataag catcatattt ttaataaagc  11340

atataaataa tcaagtagat caaagggcta cctaacccct gaatagtaac aaaacgcaaa  11400

aatacaaaaa cattagttca aagggccagt aacccctgaa tagtaacaaa atataaaaac  11460

caaaaacagt agttcaaagg gctatacaac ccctgaatag taacaaaatg cagaaaaacc  11520

ataaaaatta taaaattaac taatcagatc atctaaattt gactaattgg aaatagccga  11580

actctacgga gatgtaggcg tccgaactcc acggagacgt aggacaaaat tctgccgaac  11640

cccagaccat cggggacgta ggcgtctaat ttgttttttt aatattttac             11690

<210>2

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>2

atggcggacg tgtgacatca c                                               21

<210>3

<211>22

<212>DNA

<213>人工合成

<400>3

gtaaccttcg catgacacca cc                                              22

<210>4

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>4

ggcatttacc ttccgtgttt c                                               21

<210>5

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>5

tgtgcttgcg gtgtaacctt c                                          21

<210>6

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>6

tagtgagcgg ctcttgtgct g                                          21

<210>7

<211>24

<212>DNA

<213>人工合成

<400>7

ccgcacagta ctaccttacc tgac                                       24

<210>8

<211>22

<212>DNA

<213>人工合成

<400>8

gatgaggcgt tcgcgtgtca ct                                         22

<210>9

<211>24

<212>DNA

<213>人工合成

<400>9

ggtaaccgac gattggatgg gact                                       24

<210>10

<211>22

<212>DNA

<213>人工合成

<400>10

tctacgtggc aacatgaact cg                                       22

<210>11

<211>25

<212>DNA

<213>人工合成

<400>11

cgtgaataag tggttcaagg actgc                                    25

<210>12

<211>24

<212>DNA

<213>人工合成

<400>12

gctgtggcta gcataattag tacc                                     24

<210>13

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>13

tgggatagcg cgtatgtctg t                                        21

<210>14

<211>19

<212>DNA

<213>人工合成

<400>14

gtcgcccaac ttagacagg                                           19

<210>15

<211>19

<212>DNA

<213>人工合成

<400>15

tggttggtgg tatgcgtgg                                         19

<210>16

<211>24

<212>DNA

<213>人工合成

<400>16

ccgatgagta tgacgcttat ctgg                                   24

<210>17

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>17

acttccatgt tgacccaact c                                      21

<210>18

<211>21

<212>DNA

<213>人工合成

<400>18

cgctgctgaa cattgtcata g                                      21

<210>19

<211>20

<212>DNA

<213>人工合成

<400>19

ggttgtcgat cacacctttg                                        20

<210>20

<211>22

<212>DNA

<213>人工合成

<400>20

gattgcatct tcgaggtcaa gc                   22

<210>21

<211>23

<212>DNA

<213>人工合成

<400>21

gtgcgtgttt gtactgcact ttg                  23

<210>22

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<400>22

tgcgctattc gaggcacgat                      20

<210>23

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<400>23

atgattatgg cagcgagcgg                      20

<210>24

<211>24

<212>DNA

<213>人工序列

<400>24

ccggtaacac taggagtact atgc                 24

<210>25

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<400>25

ttgtcattca gcgacgtgcc t                        21

<210>26

<211>24

<212>DNA

<213>人工序列

<400>26

cctcaagttg tcaagacctt cgtc                     24

<210>27

<211>30

<212>DNA

<213>人工序列

<400>27

gtaaaatatt aaaaaaacaa attagacgcc               30

Claims (2)

1.盖塔病毒全基因组序列，其特征在于：基因组全长包括11690个核苷酸，不包括5’端帽子结构、3’端的多聚核苷酸尾，整个基因组编码一个多聚蛋白，5’端2/3编码非结构蛋白，3’端1/3编码结构蛋白，序列如下：

ATGGCGGACGTGTGACATCACCGTTCGCTCTTTCTAGGATCCTTTGCTACTCCACATAGT

GAGAGACAAACAACCCAAATGAAGGTAACCGTGGACGTTGAGGCTGATAGCCCATTCC

TTAAGGCCCTTCAGAAGGCGTTTCCCGCCTTTGAGGTTGAATCACAGCAGGTCACACCG

AATGACCATGCTAACGCTAGAGCATTTTCGCATCTGGCTACTAAACTGATTGAGCAAGAG

GTTCCAACAGGCGTCACCATCCTGGACGTGGGTAGTGCACCCGCAAGGAGGTTGATGTC

TGACCACACCTACCACTGCATCTGCCCCATGAAAAGTGCGGAAGACCCAGAGAGACTG

GCGAATTACGCTCGAAAGCTGGCGAAAGCATCGGGGACTGTGCTAGACAAGAATGTGT

CCGGAAAGATAACGGACCTACAAGACGTCATGGCCACTCCAGACTTGGAATCCCCGACT

TTTTGCCTGCATACTGACGAGACGTGCCGCACTAGGGCTGAGGTCGCCGTGTACCAGGA

CGTATACGCTGTGCACGCACCGACGTCACTGTACCACCAGGCCATCAAAGGCGTCAGGA

CGGCGTATTGGATTGGATTCGACACCACTCCATTCATGTTCGAGGCACTAGCGGGCGCGT

ACCCTGCGTACTCGACCAACTGGGCAGATGAGCAAGTGCTGCAAGCTCGTAACATCGGC

CTGTGCGCGACAGGCCTCTCCGAGGGGCGTCGCGGCAAACTCTCCATTATGAGAAAAA

AGTGCTTGCGACCGAGCGACAGAGTAATGTTTTCGGTCGGGTCCACCTTGTACACCGAG

AGCCGAAAGCTGCTGCGCAGCTGGCATTTACCTTTCGTGTTTCACCTGAAGGGTAAGAA

CAGTTTTACCTGCAGGTGCGACACGGTGGTGTCATGCGAAGGTTATGTGGTAAAGAAGA

TCACCATAAGCCCGGGCATATATGGAAAAACAGTCGATTACGCAGTTACCCATCACGCAG

AGGGTTTCCTGATGTGTAAGATCACTGATACAGTCAGAGGAGAAAGAGTCTCTTTCCCG

GTCTGTACCTATGTGCCTGCAACCATATGCGACCAGATGACGGGTATACTTGCCACTGAT

GTGACACCAGAGGATGCCCAGAAGCTCCTGGTTGGATTGAACCAACGCATAGTGGTGA

ACGGTAGGACGCAAAGAAACACAAACACAATGAAAAACTACCTACTGCCAGTGGTAGC

GCAAGCATTCAGTAAATGGGCACGAGAGGCACGCGCAGACATGGAGGACGAAAAACCC

CTAGGCACCAGAGAACGCACGTTGACGTGTTGTTGCCTGTGGGCGTTCAAAAGCCACA

AAACCCACACCATGTATAAGCGGCCTGAAACACAAACTATCGTCAAAGTGCCTTCCACT

TTTGACTCCTTTGTGATACCGAGCCTGTGGTCATTCAGTCTTTCCATGGGTATCAGACAG

AGGATCAAATTGCTACTCAGCGCAAGAATGGCCCAAGGCCTACCATACTCAGGAGATCG

CACTGAAGCTCGCGCGGCAGAAGAAGAAGAGAAGGAGGTGCAGGAGGCTGAACTTAC

GAGGGCAGCGCTGCCACCGCTAGTGAGCGGCTCTTGTGCTGACGATATCGCCCAGGTGG

ATGTAGAGGAACTAACCTTCAGAGCCGGAGCCGGGGTTGTGGAAACACCCAGGAATGC

CCTGAAGGTTACACCGCAAGCACACGACCATCTCATAGGCTCCTACTTGATCCTTTCCCC

CCAAACGGTGTTGAAAAGCGAGAAGCTGGCACCCATCCACCCTCTTGCTGAGCAAGTC

ACGGTCATGACCCACTCTGGAAGATCCGGCAGATACCCAGTCGACAAGTACGACGGAC

GGGTATTGATCCCAACAGGAGCAGCCATCCCAGTGAGTGAGTTCCAGGCACTCAGCGA

GAGCGCAACCATGGTGTACAATGAGAGGGAATTTATAAATCGCAAGCTACACCACATAG

CGCTATACGGGCCAGCCTTGAATACCGACGAGGAAAGCTACGAAAAAGTGAGAGCCGA

AAGGGCAGAGACAGAGTATGTGTTCGACGTGGACAAGAAGGCATGTATCAAGAAGGAG

GAGGCATCAGGCCTTGTGTTAACAGGGGACCTAATCAATCCACCTTTCCACGAATTCGCA

TACGAAGGACTCAAGATCCGCCCAGCAGCCCCGTACCACACGACGATCATTGGTGTGTT

TGGCGTTCCGGGTTCGGGCAAGTCGGCTATCATTAAGAATATGGTGACGACTCGCGATCT

GGTGGCCAGTGGAAAGAAGGAGAACTGCCAAGAGATCATGAATGATGTAAAGAGGCAA 

CGCGGGTTGGACGTAACCGCTAGGACCGTCGACTCAATCTTATTGAATGGGTGCAAGAA

AGGCGTAGAAAACCTTTACGTCGATGAGGCGTTCGCGTGTCACTCGGGTACTTTGCTAG

CGCTCATCGCGCTGGTGAGACCGTCAGGTAAGGTAGTACTGTGCGGCGACCCTAAGCAG

TGTGGTTTCTTCAATTTGATGCAACTGAAGGTGCACTATAACCACAACATATGTACAAGG

GTGCTCCATAAGAGCATCTCCAGAAGATGCACTCTACCTGTTACGGCGATCGTGTCCACC

CTGCACTACCAAGGGAAGATGAGAACGACGAACCGATGCAACACCCCCATTCAGATTG

ACACCACCGGTTCCTCCAAACCAGCCTCAGGAGATATCGTGTTAACGTGCTTCCGCGGC

TGGGTGAAGCAACTGCAAATCGACTATCGTGGACACGAGGTGATGACCGCAGCCGCTTC

CCAGGGTCTGACAAGGAAAGGCGTGTACGCCGTGAGACAGAAAGTGAACGAAAACCC

ACTGTACTCACCTCTGTCGGAGCACGTCAACGTGCTGTTGACCCGAACTGAAAACCGAC

TGGTGTGGAAGACACTGTCGGGTGACCCGTGGATAAAGGTGTTAACCAATGTTCCACGT

GGGGATTTCAGTGCAACTCTGGAGGAATGGCAAGAAGAACATGACGGTATCATGAGAG

TGTTGAACGAGCGACCGGCGGAGGTCGATCCATTCCAAAACAAGGCTAAGGTGTGCTG

GGCAAAATGTCTGGTGCAAGTTCTTGAGACGGCCGGAATACGTATGACGGCAGATGAAT

GGAACACCATCTTGGCTTTCAGAGAGGACAGAGCGTACTCACCAGAAGTCGCTCTCAA

CGAGATTTGCACTCGTTACTACGGCGTTGACCTAGACAGCGGCCTATTCTCAGCGCAGTC

GGTTTCCCTCTTTTATGAGAACAACCATTGGGACAACAGGCCTGGAGGACGCATGTACG

GGTTCAACCATGAAGTAGCCAGGAAATACGCAGCCAGGTTTCCATTTCTACGTGGCAAC

ATGAACTCGGGGCTACAACTAAATGTCCCTGAGAGGAAGCTCCAGCCCTTTAGCGCTGA

ATGCAACATAGTCCCATCCAATCGTCGGTTACCGCATGCTCTGGTCACAAGTTATCAGCA

GTGCCGTGGGGAGAGGGTAGAGTGGTTGCTGAAAAAGATTCCAGGTCACCAAATGTTA

CTCGTAAGTGAGTACAACCTGGTGATACCTCACAAAAGAGTCTTCTGGATTGCACCTCC

GCGGGTGTCAGGCGCGGACCGCACGTACGACTTGGACCTAGGGTTACCTATGGATGCAG

GCCGTTACGACCTGGTATTCGTCAACATCCATACTGAGTACCGGCAACACCACTACCAAC

AATGCGTCGACCATTCAATGCGCCTGCAGATGCTGGGAGGGGATTCACTACACCTGCTC

AGACCAGGAGGCTCGCTGCTGATGAGAGCATATGGTTACGCAGACAGAGTCAGCGAGA

TGGTGGTGACAGCCCTGGCTAGGAAATTCTCGGCGTTCCGTGTCCTGAGACCGGCGTGT

GTGACGAGCAACACAGAAGTGTTCCTGCTGTTTTCTAACTTTGATAACGGCAGAAGAGC

GGTAACCTTGCACCAAGCTAACCAAAAACTTAGCTCAATGTATGCCTGCAACGGATTGC

ACACTGCTGGTTGTGCACCGTCATACAGGGTCCGCCGCGCAGATAATTCAGGACACAGT

GAGGAAGCGGTCGTAAATGCTGCCAATGCCAAAGGTACCGTGAGCGACGGAGTGTGCA

GGGCGGTTGCTAAGAAGTGGCCATCATCTTTCAAAGGGGCTGCAACTCCAGTCGGCACA

GCCAAAATGATCCGCGCAGATGGCATGACCGTAATCCACGCAGTGGGACCAAACTTCTC

CACCGTAACAGAAGCCGAAGGGGACAGAGAGCTAGCGGCCGCGTATCGAGCTGTGGCT

AGCATAATTAGTACCAATAACATAAAGAGCGTCGCTGTACCGCTGCTGTCCACAGGCACC

TTCTCCGGCGGTAAGGACAGAGTGATGCAGTCCTTGAACCACTTATTCACGGCACTGGA

CGCAACCGACGCAGACGTGGTTATCTACTGCAGAGATAAAAACTGGGAAAAGAAGATT

CAGGAAGCCATCGACAGGCGGACGGCAATCGAGCTCGTATCTGAAGACGTGACCTTGG

AAACCGATCTGGTTAGGGTACACCCGGACAGTTGCTTAGTCGGCAGAAATGGTTACAGT

GCAACTGACGGTAAACTGTACTCTTACCTTGAGGGCACGAGGTTCCACCAGACGGCGGT

CGACATGGCTGAAATATCAACTTTATGGCCAAGACTCCAAGATGCTAACGAGCAGATCT

GCCTGTACGCCCTAGGGGAGACGATGGACAGCATACGCACTAAATGCCCAGTAGAGGAC

GCCGATTCGTCTACGCCGCCGAAAACGGTACCGTGTCTATGTCGGTATGCGATGACCGCG

GAGCGGGTTGCCAGACTTAGGATGAATAACACCAAAAACATCATCGTGTGCTCCTCCTT

TCCATTACCGAAGTACAGGATAGAAGGCGTGCAGAAGGTGAAGTGTGACCGAGTGCTA

ATTTTTGACCAGACCGTCCCGTCACTAGTAAGTCCCAGAAAGTACATACAGCAGCCGCC

GGAACAGCTGGATAATGTGAGCCTGACTTCTACGACGTCGACGGGATCCGCATGGTCAT 

TTCCATCGGAAACGACCTACGAAACCATGGAAGTCGTAGCCGAGGTACACACCGAACCT

CCAATCCCTCCGCCTCGCCGACGTAGAGCAGCCGTCGCCCAACTTAGACAGGATCTGGA

AGTCACCGAGGAGATCGAGCCGTACGTGACACAGCAAGCAGAGGTCGTGGTCATGGAG

AGGGTCGCGACGACAGACATACGCGCTATCCCAGTCCCGGCACGGCGGGCCATTACAAT

GCCAGTCCCAGCCCCCAGGGTTCGTAAGGTCGCTACTGAACCTCCATTAGAACCGGAAG

CTCCTATCCCGGCACCAAGAAAGAGAAGAACCACTAGCACCGCACCTCCGCATAACCCC

GAGGATTTCGTTCCCAGGGTACCTGTTGAGTTACCGTGGGAGCCGGAAGACCTAGACAT

CCAATTCGGTGACTTGGAGCCACGCCGCCGGAACACCAGGGACCGAGATGTCAGCACA

GGAATACAGTTCGGTGACATCGACTTTAACCAGTCCTGACTAGGCAGGGCTGGCGCGTA

TATCTTTTCGTCTGACACTGGCCCGGGTCACCTACAACAGAAGTCCGTAAGGCAACATG

AATTGCCATGCGAGACTCTGTACGCCCATGAAGACGAACGCATATACCCGCCGGCATTTG

ACGGAGAGAAAGAAAAAGTACTCCAGGCAAAGATGCAGATGGCCCCGACAGAAGCGA

ATAAGAGCAGGTACCAGTCGAGGAAAGTAGAGAACATGAAGGCATTAATTGTAGAAAG

ATTACGCGAAGGAGCAAAGTTGTACCTCCATGAGCAAACCGACAAAGTACCCACGTAC

ACCAGCAAGTACCCTAGACCTGTGTACTCACCATCGGTGGATGACAGCCTGAGCGATCC

GGAAGTGGCTGTGGCCGCCTGTAACTCTTTCTTAGAGGAGAATTATCCAACCGTGGCGA

ACTACCAGATAACCGATGAGTATGACGCTTATCTGGACTTGGTCGACGGCTCTGAAAGCT

GCCTCGACAGAGCTACGTTCTGCCCGGCCAAACTAAGATGTTACCCTAAGCACCACGCA

TACCACCAACCACAAATCAGGAGCGCAGTACCTTCCCCTTTTCAAAACACGCTACAAAA

CGTGCTAGCCGCGGCCACTAAAAGAAATTGCAACGTCACCCAAATGAGAGAATTACCAA

CCATGGACTCTGCGGTGTTCAACGTAGAAAGCTTCAAAAAATACGCATGTACCGGCGAA

TATTGGCAAGAATTTAAAGACAATCCTATACGGATCACCACCGAAAACATAACGACGTAC

GTGGCTAAACTCAAGGGTCCAAAGGCTGCTGCCCTTTTTGCCAAGACGCATAACCTGGT

GCCGCTTCAGGAGGTGCCAATGGACCGCTTCGTGATGGATATGAAGAGAGATGTGAAAG

TTACACCAGGCACCAAGCATACCGAAGAAAGGCCAAAAGTGCAAGTTATTCAAGCGGC

GGAACCATTGGCCACGGCATATTTATGCGGAATCCACAGAGAGTTAGTCAGGCGGCTAA

AAGCCGTTCTGACCCCGAACATCCATACTCTGTTTGACATGTCGGCGGAGGACTTTGATG

CCATCATAGCGGCACATTTCCAACCGGGAGATGCTGTACTGGAGACAGATATCGCATCCT

TCGACAAGAGCCAAGACGACTCCTTAGCGCTAACAGCGCTGATGCTTCTGGAAGACCTC

GGGGTCGACCAAGAACTGCTGGACCTTATCGAAGCTGCGTTTGGTGAGATCACGAGTGT

GCATCTACCTACCGGTACAAGATTTAAATTCGGTGCTATGATGAAGTCAGGAATGTTTCTT

ACACTCTTCATCAACACGCTGCTGAACATTGTCATAGCGTGCCGCGTCTTACGCGACAAA

TTATCGTCCTCGGCGTGCGCCGCCTTCATAGGTGATGACAACATAGTGCACGGCGTGAG

GTCAGACCCGCTAATGGCAGAAAGGTGTGCGAGTTGGGTCAACATGGAAGTAAAGATC

ATCGATGCCACAATGTGTGAGAAACCACCGTACTTTTGTGGAGGATTCATCCTGTACGAC

AGTGTCGCCGGTACAGCGTGTAGGGTTGCAGACCCGTTAAAGAGGCTGTTCAAACTCG

GGAAACCGCTCCCGGCGGACGACAACCAGGATGAAGACAGAAGAAGGGCACTAAAAG

ATGAAACAGTTAAGTGGTCCCGCATAGGATTGAGAGAAGAATTAGACGTGGCATTGAGC

TCAAGATACCAAGTCAGTGGCGTCGGAAACATCACTAGAGCGATGTCCACGCTGTCTAA

GAGTTTGAAGTCTTTTAGGAAAATAAGAGGTCCCATCATACATCTGTACGGCGGTCCTAA

ATAGATGCAGGATTACACTACATCTAAAGACCACGTATTACAGACACCATGAATTACATT

CCAACTCAAACCTTTTACGGACGCCGTTGGCGACCACGCCCGGCGTACCGTCCATGGCG

GGTGCCGATGCAGCCGGCCCCACCCATGGTGATTCCTGAGCTGCAAACTCCGATCGTCC

AGGCCCAACAGATGCAGCAGCTAATCAGTGCAGTTTCTGCCCTGACGACCAAGCAAAAT

GGCAAAGCACCGAAGAAGCCGAAGAAAAAGCCGCAAAAAGCGAAGGCTAAGAAAAA

CGAACAGCAAAAGAAGAACGAGAACAAGAAACCACCACCTAAGCAGAAGAATCCGGC

TAAGAAGAAGAAACCAGGAAAAAGGGAACGCATGTGCATGAAGATAGAGAATGATTGC 

ATCTTCGAGGTCAAGCTTGACGGTAAGGTCACGGGATACGCCTGCCTAGTCGGGGATAA

AGTGATGAAGCCGGCACACGTCAAAGGTGTGATCGACAACCCCGATCTAGCGAAGCTT

ACCTACAAGAAATCGAGTAAGTATGACCTGGAGTGCGCCCAGATACCAGTGCACATGAA

GTCAGATGCTTCAAAGTACACCCATGAAAAACCGGAAGGGCACTACAATTGGCATCACG

GTGCAGTGCAGTACAGCGGTGGCAGGTTCACAATCCCGACAGGCGCAGGTAAACCAGG

AGACAGCGGCCGGCCGATCTTCGACAACAAAGGACGCGTGGTGGCCATTGTCCTGGGA

GGGGCCAACGAAGGAGCCAGGACTGCCCTATCCGTCGTGACCTGGACCAAAGACATGG

TCACACGGTACACCCCAGAAGGAACAGAAGAATGGTCTGCCGCCTTGATGATGTGCGTC

CTAGCCAACGTTACATTCCCATGCTCAGAGCCCGCGTGTGCACCCTGTTGCTATGAAAAA

CAACCAGAACAGACACTGAGGATGTTAGAGGACAACGTGGACCGCCCGGGCTACTACG

ACCTGCTCGAGGCCACGATGACGTGTAACAACAGTGCACGCCACCGTCGCAGTGTGAC

GGAACACTTCAATGTCTACAAGGCCACGAAACCGTATCTAGCGTATTGCGCGGACTGCG

GAGACGGGCAGTTCTGTTACAGCCCGGTGGCTATAGAAAAAATTAGAGATGAGGCTTCC

GATGGCATGATAAAAATCCAGGTCGCAGCGCAAATTGGCATCAACAAAGGAGGAACAC

ACGAACACAACAAAATCAGGTACATCGCCGGGCATGACATGAAAGAGGCAAACCGGGA

TTCTTTACAAGTGCATACTTCCGGTGTGTGCGCTATTCGAGGCACGATGGGCCACTTCAT

CGTGGCCTACTGCCCTCCAGGGGACGAACTAAAGGTCCAATTCCAAGATGCAGAATCGC

ACACCCAGGCCTGCAAAGTGCAGTACAAACACGCACCGGCCCCAGTAGGCAGAGAAA

AATTCACCGTCAGGCCCCACTTCGGTATCGAAGTGCCATGCACAACGTACCAGCTGACT

ACCGCACCGACGGAGGAAGAGATCGACATGCATACCCCGCCGGATATCCCAGACATAAC

GTTGCTGTCGCAGCAGTCAGGCAATGTAAAGATCACAGCAGGAGGAAAAACCATCAGA

TACAACTGCACGTGTGGTAGTGGCAACGTGGGCACCACCAGTAGCGACAAGACTATCAA

TTCGTGCAAAATAGCACAGTGCCACGCTGCGGTGACTAACCACGATAAGTGGCAGTACA

CCTCCTCGTTTGTCCCTAGAGCCGACCAGTTGTCTCGCAAAGGTAAAGTGCACGTACCT

TTCCCTCTGACCAACTCCACTTGCAGGGTGCCTGTCGCACGTGCACCAGGTGTCACATA

CGGAAAGAGAGAACTGACAGTGAAACTGCACCCAGATCATCCCACGCTGTTGACGTAC

CGGAGTCTAGGAGCGGATCCGCGTCCGTATGAGGAGTGGATAGACCGATACGTCGAACG

GACCATACCGGTGACCGAAGATGGGATCGAGTACAGATGGGGAAACAACCCACCCGTG

CGCTTGTGGGCCCAGCTGACAACTGAAGGCAAACCCCATGGGTGGCCGCACGAGATCA

TACTCTATTACTATGGACTATACCCAGCAGCCACCATCGCCGCCGTCTCAGCCGCGGGTC

TCGCAGTCGTACTATCGCTGCTGGCGTCATGTTACATGTTCGCCACTGCACGCCGCAAGT

GCCTGACCCCATACGCCCTGACCCCCGGAGCTGTCGTCCCGGTAACACTAGGAGTACTA

TGCTGCGCACCACGAGCGCATGCCGCGTCATTTGCGGAATCTATGGCGTATCTATGGGAT

GAGAATCAAACCCTGTTTTGGCTGGAGCTTGCAACGCCGCTCGCTGCCATAATCATACTT

GTATGTTGCCTGAAGAACCTGCTTTGCTGCTGCAAACCGCTTTCTTTTTTAGTGCTGGTG

AGCCTGGGAACTCCCGTCGTAAAATCTTACGAACACACCGCAACGATCCCGAATGTGGT

GGGATTCCCGTATAAGGCTCACATTGAGAGGAACGGCTTCTCCCCGATGACCCTACAGC

TTGAAGTACTAGGAACCAGCTTGGAACCCACGCTAAACTTAGAGTACATAACCTGTGAA

TACAAGACAGTCGTGCCATCACCTTATATCAAGTGCTGCGGGACATCAGAATGCAGATCC

ATGGAGCGCCCCGACTATCAATGTCAGGTCTACACAGGAGTGTACCCATTTATGTGGGGC

GGCGCATACTGCTTCTGCGACACTGAGAACACCCAGCTGAGTGAAGCATACGTTGATAG

ATCGGACGTATGCAAGCACGACCATGCCGCCGCCTACAAGGCGCACACTGCGGCAATGA

AAGCCACCATCCGAATAAGCTACGGGAACCTCAATCAGACAACAACGGCGTTCGTCAA

CGGGGAGCACACAGTGACCGTCGGAGGCAGCAGGTTTACTTTTGGTCCAATCTCCACTG

CCTGGACGCCTTTCGACAACAAGATCGTCGTCTACAAGAACGACGTCTACAACCAGGA

CTTCCCACCCTACGGGTCAGGACAACCAGGGAGGTTTGGAGACATCCAGAGCAGGACG

GTAGAGAGCAAGGACCTGTATGCCAACACCGCCCTCAAGTTGTCAAGACCTTCGTCCGG 

TACTGTTCACGTGCCTTACACACAGACCCCTTCTGGCTTTAAGTACTGGATAAAAGAGA

GAGGCACGTCGCTGAATGACAAGGCTCCCTTTGGATGCGTAATCAAGACCAACCCAGTC

AGAGCGGAAAATTGCGCCGTTGGCAACATCCCAGTCTCCATGGACATCCCGGACACCGC

GTTTACGCGCGTGATTGATGCACCTGCCGTCACAAACCTGGAGTGCCAAGTGGCGGTCT

GCACGCACTCATCGGACTTCGGCGGGATCGCGACTCTGACATTCAAAACTGACAAACCC

GGAAAATGTGCTGTCCATTCTCATTCGAATGTAGCCACCATACAGGAGGCAGCTGTGGA

CATCAAAACAGATGGCAAGATAACCCTGCATTTCTCTACAGCATCAGCATCCCCGGCATT

CAAGGTATCTGTGTGCAGTGCCAAAACGACATGCATGGCAGCGTGTGAGCCGCCGAAG

GATCACATCGTCCCTTATGGGGCGAGCCATAACAACCAAGTTTTTCCTGACATGTCTGGC

ACGGCAATGACATGGGTGCAGCGGGTAGCCGGTGGACTCGGCGGGCTAACACTCGCCG

CAGTGGCAGTACTTATATTGGTGACGTGTGTGACCATGCGCCGCTAACCGGGAGGCTTG

ACATAATGTATATATATAAGCATCATATTTTTAATAAAGCATATAAATAATCAAGTAGATCAA

AGGGCTACCTAACCCCTGAATAGTAACAAAACGCAAAAATACAAAAACATTAGTTCAAA

GGGCCAGTAACCCCTGAATAGTAACAAAATATAAAAACCAAAAACAGTAGTTCAAAGG

GCTATACAACCCCTGAATAGTAACAAAATGCAGAAAAACCATAAAAATTATAAAATTAAC

TAATCAGATCATCTAAATTTGACTAATTGGAAATAGCCGAACTCTACGGAGATGTAGGCG

TCCGAACTCCACGGAGACGTAGGACAAAATTCTGCCGAACCCCAGACCATCGGGGACG

TAGGCGTCTAATTTGTTTTTTTAATATTTTAC。

2.权利要求1所述的盖塔病毒全基因组序列扩增用引物，其特征在于：引物覆盖整个病毒基因组，扩增片段长度为900-1000个碱基，相邻片段之间有70-120个碱基的重叠区，所有引物不包含简并碱基，100％与盖塔病毒序列相同，引物的3’端为C，G或T保证稳定地与cDNA序列结合，所有引物的退火温度，GC含量基本相同，从而保证所有引物能够在相同的PCR条件下进行扩增反应，所述引物序列如下：

GETA_F1：    5’_ATG GCG GAC GTG TGA CAT CAC_3’

GETA_R1：    5’_GTA ACC TTC GCA TGA CAC CAC C_3’

GETA_F2：    5’_GGC ATT TAC CTT CCG TGT TTC_3’

GETA_R2：    5’_TGT GCT TGC GGT GTA ACC TTC_3’

GETA_F3：    5’_TAG TGA GCG GCT CTT GTG CTG_3’

GETA_R3：    5’_CCG CAC AGT ACT ACC TTA CCT GAC_3’

GETA_F4：    5’_GAT GAG GCG TTC GCG TGT CAC T_3’

GETA_R4：    5’_GGT AAC CGA CGA TTG GAT GGG ACT_3’

GETA_F5：    5’_TCT ACG TGG CAA CAT GAA CTC G_3’

GETA_R5：    5’_CGT GAA TAA GTG GTT CAA GGA CTG C_3’

GETA_F6：    5’_GCT GTG GCT AGC ATA ATT AGT ACC_3’

GETA_R6：    5’_TGG GAT AGC GCG TAT GTC TGT_3’

GETA_F7：    5’_GTC GCC CAA CTT AGA CAG G_3’

GETA_R7：    5’_TGG TTG GTG GTA TGC GTG G_3’

GETA_F8：    5’_CCG ATG AGT ATG ACG CTT ATC TGG_3’

GETA_R8：    5’_ACT TCC ATG TTG ACC CAA CTC_3’ 

GETA_F9：     5’_CGC TGC TGA ACA TTG TCA TAG_3’

GETA_R9：     5’_GGT TGT CGA TCA CAC CTT TG_3’

GETA_F10：    5’_GAT TGC ATC TTC GAG GTC AAG C_3’

GETA_R10：    5’_GTG CGT GTT TGT ACT GCA CTT TG_3’

GETA_F11：    5’_TGC GCT ATT CGA GGC ACG AT_3’

GETA_R11：    5’_ATG ATT ATG GCA GCG AGC GG_3’

GETA_F12：    5’_CCG GTA ACA CTA GGA GTA CTA TGC_3’

GETA_R12：    5’_TTG TCA TTC AGC GAC GTG CCT_3’

GETA_F13：    5’_CCT CAA GTT GTC AAG ACC TTC GTC_3’

GETA_R13：    5’_GTA AAA TAT TAA AAA AAC AAA TTA GAC GCC_3’ 。