CN101074441A - 编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因 - Google Patents

编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因 Download PDF

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CN101074441A CNA2007100051605A CN200710005160A CN101074441A CN 101074441 A CN101074441 A CN 101074441A CN A2007100051605 A CNA2007100051605 A CN A2007100051605A CN 200710005160 A CN200710005160 A CN 200710005160A CN 101074441 A CN101074441 A CN 101074441A
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Abstract

本发明涉及编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因。描述了分离的编码新的谷氨酸棒杆菌MP蛋白的核酸分子，该分子被称为MP核酸分子。本发明也提供了反义核酸分子，含有MP核酸分子的重组表达载体，以及已导入表达载体的宿主细胞。本发明也进一步提供了分离的MP蛋白，MP突变蛋白，融合蛋白质，抗原肽，以及基于谷氨酸棒杆菌MP基因遗传工程提高由该生物体进行的所需化合物生产的方法。

Description

编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因
本申请是申请日为2000年6月23日的中国专利申请00811981.3“编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因”的分案申请。
相关申请
本申请要求以下申请的优先权：在先提交的美国临时申请系列号60/141031，申请日1999年6月25日，美国临时申请系列号60/142101，申请日1999年7月2日，美国临时申请系列号60/148613，申请日1999年8月12日，以及美国临时申请系列号60/187970，申请日2000年3月9日。本申请还要求以下申请的优先权：在先提交的德国专利申请号19930476.9，申请日July 1，1999，德国专利申请号19931415.2，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931418.7，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931419.5，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931420.9，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931424.1，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931428.4，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931434.9，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931435.7，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931443.8，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931453.5，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931457.8，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931465.9，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931478.0，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931510.8，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931541.8，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931573.6，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931592.2，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931632.5，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931634.1，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19931636.8，申请日1999年7月8日，德国专利申请号19932125.6，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932126.4，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932130.2，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932186.8，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932206.6，申请1999年7月9日，德国专利申请号19932227.9，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932228.7，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932229.5，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932230.9，申请日1999年7月9日，德国专利申请号19932922.2，申请日1999年7月14日德国专利申请号19932926.5，申请日1999年7月14日，德国专利申请号19932928.1，申请日July14，1999，德国专利申请号19933004.2，申请日1999年7月14日，德国专利申请号19933005.0，申请日1999年7月14日，德国专利申请号19933006.9，申请日1999年7月14日，德国专利申请号19940764.9，申请日1999年8月27日，德国专利申请号19940765.7，申请日1999年8月27日，德国专利申请号19940766.5，申请日1999年8月27日，德国专利申请号19940832.7，申请日1999年8月27日，德国专利申请号19941378.9，申请日1999年8月31日，德国专利申请号19941379.7，申请日1999年8月31日，德国专利申请号19941380.0，申请日1999年8月31日，德国专利申请号19941394.0，申请日1999年8月31日，德国专利申请号19941396.7，申请日1999年8月31日，德国专利申请号19942076.9，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942077.7，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942079.3，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942086.6，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942087.4，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942088.2，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942095.5，申请日1999年9月3日，德国专利申请号19942124.2，申请日1999年9月3日，和德国专利申请号19942129.3，申请日1999年9月3日.上述申请的全部内容本文引为参考。
技术领域
本明涉及编码代谢途径蛋白的谷氨酸棒杆菌基因。描述了分离的编码新的谷氨酸棒杆菌MP蛋白的核酸分子，该分子被称为MP核酸分子。本发明也提供了反义核酸分子，含有MP核酸分子的重组表达载体，以及已导入表达载体的宿主细胞。本发明也进一步提供了分离的MP蛋白，MP突变蛋白，融合蛋白质，抗原肽，以及基于谷氨酸棒杆菌MP基因遗传工程提高由该生物体进行的所需化合物生产的方法。
背景技术
细胞中天然存在的代谢过程中的特定产物和副产物，在很多行业中具有用途，包括食品、饲料、化妆品和制药产业。这些分子总称为“精细化学物质”，包括有机酸、蛋白源的和非蛋白源的氨基酸、核苷酸和核苷、脂质和脂肪酸、二醇、糖类、芳香族化合物、维生素和辅因子以及酶。可以通过大规模培养产生并分泌大量特定所需分子的细菌，最方便的制备这些产品。用于这一目的的一种特别有用的生物体就是谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)，一种革兰氏阳性非病原菌。通过菌株筛选，出现了许多产生大批所需化合物的突变株。然而，为改进特殊分子生产而进行的菌株筛选，是一个耗时并且困难的过程。
发明内容
本发明提供了新的细菌核酸分子，这些分子具有多种用途。这些用途包括鉴定可以产生精细化学物质的微生物、调节谷氨酸棒杆菌或者亲缘细菌中的精细化学物质的产生、谷氨酸棒杆菌或者亲缘细菌的分型和鉴定、作为绘制谷氨酸棒杆菌基因组图谱的参照点。这些新的核酸分子编码蛋白质，此处称为代谢途径(MP)蛋白质。
谷氨酸棒杆菌是一种革兰氏阳性需氧细菌，通常在工业中被用于大规模生产各种精细化学物质，也用于降解烃类(例如在石油泄漏中)和氧化萜品醇。因此，本发明的MP核酸分子，可用来鉴定能用于生产精细化学物质的微生物，例如通过发酵方法。调节本发明MP核酸分子的表达，或者修饰本发明MP核酸分子的序列，可以用于调节微生物中一种或者多种精细化学物质的生产(例如，提高棒杆菌或者短杆菌中一种或者多种精细化学物质的产生)。
本发明MP核酸分子可用于鉴定一种微生物是否是谷氨酸棒杆菌或者其亲缘菌株，或者鉴定微生物混合群体中谷氨酸棒杆菌或者其亲缘菌株的存在。本发明提供了许多谷氨酸棒杆菌基因的核酸序列；在严格条件下，用探针探查从单一微生物或者混合微生物群体培养物中提取的基因组DNA，该探针覆盖了谷氨酸棒杆菌基因特有的一段区域，可以确定是否有该微生物存在。尽管谷氨酸棒杆菌本身是非病原性的，但是它与人体中的病原菌种有关，例如白喉棒状菌(Corynebacterium diphtheriae)(白喉致病原)；探测这种微生物具有重大的临床实用性。
本发明MP核酸分子也可以用作绘制谷氨酸棒杆菌基因组图谱的参照点，或者绘制其亲缘菌株基因组图谱的参照点。相似的，这些分子，或者其变体或其部分，可以用作遗传工程棒杆菌或者短杆菌的遗传标记。例如，本发明新核酸分子编码的MP蛋白可以进行某些精细化学物质代谢中的酶促步骤，所述精细化学物质包括氨基酸、维生素、辅因子、营养因子(nutraceutical)、核苷酸、核苷和海藻糖。考虑到可在谷氨酸棒杆菌中使用的克隆载体的实用性，例如在Sinkey et al.，美国专利号No.4,649,119中公开的，并且考虑到谷氨酸棒杆菌和亲缘短杆菌菌种(例如乳发酵短杆菌)的遗传操作技术(Yahihama et al，J.Bacteriol.162：591-597(1985)；Katsumata et al.，J.Bacteriol.159：306-311(1984)；以及Santamaria et al.，J.Gen.Microbiol.130：2237-2246(1984))，本发明的核酸分子可用于该生物体的遗传工程，使之成为一种或者多种精细化学物质更好的或者更有效的生产者。
精细化学物质的提高或有效生产可以是本发明基因操作的直接作用或这种基因操作的间接作用。具体而言，谷氨酸棒杆菌氨基酸、维生素、辅因子、核苷酸和海藻糖代谢途径的改变对这种生物生产一种或多种这些所需化合物具有直接的效应。例如，优化赖氨酸生物合成途径蛋白活性或降低赖氨酸分解途径蛋白活性可以导致由这种工程改造的生物生产赖氨酸的产量或效率提高。这些代谢途径蛋白的改变也会对所需精细化学物质生产或效率有间接影响。例如，与生产所需分子必须的中间体竞争的反应可以被消除，或者生产所需化合物特定中间体必须的途径可以被优化。此外，氨基酸、维生素或核苷酸生物合成或降解的调控可以增加生产和分裂的能力，从而增加培养物中微生物的数量和/或生产能力，并增加所需精细化学物质的可能产量。
本发明的核酸和蛋白分子可以用来直接提高谷氨酸棒杆菌中一种或多种所需精细化学物质的生产或生产效率。使用本领域已知的重组技术，一种或多种本发明的氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖的生物合成或降解酶可以被改变，从而调节其功能。例如，可以提高生物合成酶的效率，或破坏其别构控制区从而防止化合物生产的反馈抑制。类似地，降解酶可以通过置换、缺失或增加被缺失或修饰，从而其对所需化合物的降解活性降低，而不影响细胞的活力。在各种情况下，所需精细化学物质的总产量或产率均被提高。
本发明的蛋白质和核苷酸分子的改变也可能通过间接机制提高除氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖以外的其它精细化学物质的生产。任一种化合物的代谢必然与细胞内其它生物合成和降解途径关联，一种途径中的必需辅因子、中间体或底物可能由其它同类途径供给或受其限制。因此，通过调整一种或多种本发明蛋白的活性，另一种精细化学物质生物合成或降解途径活性的生产或效率可能会受到影响。例如，氨基酸可以作为所有蛋白质的结构单元，但其在细胞内的存在的水平可能会限制蛋白合成；因此，通过增加细胞内一种或多种氨基酸的生产效率或产率，诸如生物合成或降解蛋白的蛋白可以更容易合成。同样，代谢途径酶的改变使得特定副反应更有利或不利时，会导致一种或多种用作生产所需精细化学物质的中间体或底物的化合物过量生产或生产不足。
本发明提供了新的编码蛋白质的核酸分子，这种蛋白质在此处称作代谢途径(MP)蛋白质，它们能够完成对细胞正常功能重要的分子例如氨基酸、维生素、辅因子、核苷酸和核苷酸或海藻糖代谢过程中的酶促步骤。编码MP蛋白的核酸分子此处称为MP核酸分子。在优选实施方案中，MP蛋白执行与以下一种或多种物质的代谢相关的酶促步骤：氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷和海藻糖。这些蛋白质的实例，包括那些在表1中列出的基因所编码的蛋白质。
因此，本发明的一个方面涉及，分离含有一段编码一种MP蛋白或者其生物活性部分的核酸序列的核酸分子(例如，cDNA，DNA，或者RNA)，以及分离适合作为探测或扩增MP编码核酸(例如DNA或者RNA)的引物或者杂交探针的核酸片段。在特别优选的实施方案中，分离的核酸分子包含一段列在序列表中的序列号为奇数的核酸序列(例如，SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7...)或者一条这种核苷酸序列的编码区域或者其互补序列。在其他特别优选的实施方案中，分离的本发明核酸分子包含与序列表中的序列号为奇数的核苷酸序列(例如，SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ IDNO：7...)或者其部分有至少大约50％同源性，优选的有至少大约60％的同源性，更优选的有至少大约70％，80％，或90％的同源性，甚至更优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性。在其他优选的实施方案中，已分离的核酸分子编码列在序列表中的偶数序列号氨基酸序列(例如，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ IDNO：8...)。本发明优选的MP蛋白也优选具有至少一种此处描述的MP活性。
在另一个实施方案中，已分离的核酸分子编码一种蛋白质或者其部分，其中的蛋白质或者其部分包含一段氨基酸序列，该序列与本发明的氨基酸序列(例如，在序列表中偶数序列号的序列)有充分的同源性，例如，与本发明的氨基酸序列有充分的同源性而使得该蛋白质或者其部分具有MP活性。优选，核酸分子编码的蛋白质或者其部分，保持进行氨基酸、维生素、辅因子、核苷酸和核苷酸或海藻糖代谢途径中的酶促反应的能力。在一个实施方案中，核酸分子编码的蛋白质与本发明的氨基酸序列(例如，从序列表中的偶数序列号序列中选出的完整氨基酸序列)有至少大约50％同源性，优选的有至少大约60％的同源性，更优选的有至少大约70％，80％，90％的同源性，最优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性。在另一个优选的实施方案中，蛋白质是全长的谷氨酸棒杆菌蛋白质，该蛋白质与本发明的全长氨基酸序列(由显示在相应序列表中的奇数序列号核酸序列(例如，SEQ ID NO：1，SEQID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7...)开放阅读框架编码的)充分同源。
在另一个优选的实施方案中，分离的核酸分子来自谷氨酸棒杆菌，并编码一种蛋白质(例如一种MP融合蛋白)，该蛋白质包含一段生物活性区域，该区域与本发明的一种氨基酸序列(例如，序列表偶数序列号序列中的一个序列)有至少大约50％或者更高的同源性，并且该蛋白质能够催化氨基酸、维生素、辅因子、核苷酸和核苷酸或海藻糖代谢途径中的反应，或者拥有一种或者多种列在表1中的活性，并且该蛋白质还包含有一段编码异源多肽或者调节区域的异源核酸序列。
在另一个实施方案中，分离的核酸分子至少有15个核苷酸的长度，并且在严格条件下与含有本发明核苷酸序列(例如，在序列表中奇数序列号序列)的核酸分子杂交。优选，分离的核酸分子与天然存在的核酸分子一致。更加优选，分离的核酸分子编码天然存在的谷氨酸棒杆菌MP蛋白，或者其生物活性部分。
本发明的另一个方面涉及载体的，例如含有本发明核酸分子的重组表达载体，和被引入这种载体的宿主细胞的。在一个实施方案中，通过在合适的培养基中进行培养，这种宿主细胞被用于生产MP蛋白。然后可以从培养基或者宿主细胞中分离该MP蛋白。
另外，本发明的另一个方面涉及一种经过遗传改变的微生物，MP基因已经被引入其中或者已经被改变。在一个实施方案中，通过引入作为转基因的编码野生型或者突变型MP序列的本发明核酸分子，改变了该微生物的基因组。在另一个实施方案中，改变了该微生物基因组中的内源MP基因，例如，通过使用已改变的MP基因进行同源重组而进行功能性破坏。在另一个实施方案中，该微生物中内源的或者引入的MP基因通过一个或者多个点突变、缺失或者倒位而被改变，但是仍然能编码功能MP蛋白。在另一个实施方案中，改变微生物MP基因的一个或者多个调节区域(例如，启动子、阻抑物或者诱导物)，从而调节MP基因的表达。在优选的实施方案中，微生物属于棒杆菌种或者短杆菌种，特别优选是谷氨酸棒杆菌。在优选的实施方案中，也使用微生物生产所需的化合物，例如氨基酸，特别优选是赖氨酸。
另一方面，本发明提供了一种鉴定受试者中白喉棒杆菌存在或者活性的方法。该方法包括对受试者中本发明的一种或者多种核酸或者氨基酸序列(例如，列在序列表中SEQ ID NO 1至1156的序列)的检测，从而可以检测受试者中谷氨酸棒杆菌的存在或者活性。
另外，本发明的另一个方面涉及已分离出MP蛋白或者其部分，例如其生物活性部分。在一个优选的实施方案中，分离的MP蛋白或者其部分可以催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢的一种或多种途径中的酶促反应。在另一个优选的实施方案中，已分离的MP蛋白或者其部分与本发明的一种氨基酸序列(例如，序列表偶数序列号序列中的一个序列)有足够高的同源性，使得该蛋白质或者其部分保持催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢的一种或多种途径中的酶促反应的能力。
本发明也提供了MP蛋白的分离制品。在优选的实施方案中，MP蛋白包含本发明的氨基酸序列(例如，序列表偶数序列号序列中的一个序列)。在另一个优选的实施方案中，本发明与分离的全长蛋白质有关，该蛋白质与本发明的完全氨基酸序列(序列表偶数序列号序列中的一个序列)(由显示在相应序列表中的序列号为奇数的开放阅读框架编码)有相当高的同源性。此外，在另一个实施方案中，蛋白质与本发明的完全氨基酸序列(例如，序列表中偶数序列号序列)有至少大约50％同源性，优选的有至少大约60％的同源性，更优选的有至少大约70％，80％，或90％的同源性，最优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，或99％或者更高的同源性。在另一个实施方案中，分离的MP蛋白包含的氨基酸序列与本发明的一条氨基酸序列(例如，序列表中的一条偶数序列号序列)有至少大约50％或者更高的同源性，并且能够催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应，或者具有表1中列出的一种或者多种活性。
另外，分离的MP蛋白可以含有由核酸序列编码的氨基酸序列，该核酸序列与列在序列表中的偶数序列号的一个核酸序列杂交，例如在严格条件下杂交，或者与该核酸序列有至少大约50％的同源性，优选的有至少大约60％的同源性，更优选的有至少大约70％，80％，或90％的同源性，甚至更优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，或99％或者更高的同源性。MP蛋白的优选形式同样具有一种或者多种此处描述的生物活性，也是优选的。
MP多肽或者其生物活性部分，可以有效的连接到非MP多肽上而形成融合蛋白质。在优选的实施方案中，该融合蛋白质具有不同于单独MP蛋白本身的活性。在另外优选的实施方案中，该融合蛋白质被引入谷氨酸棒杆菌氨基酸、维生素、辅因子、营养因子代谢途径时，引起谷氨酸棒杆菌中所需精细化学物质产量、生产和/或生产效率的增加。在特别优选的实施方案中，把该融合蛋白整合进宿主细胞的氨基酸、微生物、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径，可以调节细胞中所需化合物的生产。
另一方面，本发明提供了筛选可调节MP蛋白活性的分子的方法。该分子通过与蛋白质分子本身或者底物相互作用，或者与MP蛋白的配偶体结合，或者通过调节本发明MP核酸分子的转录或者翻译来调节MP蛋白活性。
本发明的另一个方面涉及生产精细化学物质的方法。该方法涉及培养含有一种载体的细胞，该载体指导本发明MP核酸分子的表达，从而产生精细化学物质。在一个优选的实施方案中，该方法还包含获得含有该载体细胞的步骤，在该步骤中，使用可以指导MP核酸分子表达的载体转染细胞。在另一个优选的实施方案中，该方法还包含从培养基中回收精细化学物质的步骤。在一个特别优选的实施方案中，细胞是棒杆菌种或者短杆菌种，或者选自列在表3中的那些菌株。
本发明的另一方面涉及调节微生物中一种分子产生的方法。这种方法包括使用调节MP蛋白活性或者MP核酸表达的药剂接触细胞，使得细胞的相关活性相对于缺少这种药剂时的活性发生了改变。在一个优选的实施方案中，调节谷氨酸棒杆菌细胞的一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径，使得这种微生物所需精细化学物质的产量或者产生效率得到提高。调节MP蛋白活性的药剂，可以是刺激MP蛋白活性或者MP核酸表达的药剂。刺激MP蛋白活性或者MP核酸表达的药剂的实例，包括小分子、活性MP蛋白、以及编码已导入细胞的MP蛋白的核酸。抑制MP蛋白活性或者表达的药剂的实例包括小分子和反义MP核酸分子。
本发明的另一个方面，涉及调节细胞中所需化合物产量的方法，包括把野生型或者突变型MP基因导入细胞，该基因或者保留在单独的质粒上，或者整合到宿主细胞基因组中。如果整合到宿主细胞基因组中，这种整合可以是任意的，或者是通过同源重组发生的，从而使得引入的拷贝取代天然基因，导致细胞中所需化合物的产生得到调节。在一个优选的实施方案中，该产量得到增加。在另一个优选的实施方案中，所说的精细化学物质是氨基酸。在一个特别优选的实施方案中，所说的氨基酸是L-赖氨酸。
具体实施方式
本发明提供了MP核酸和蛋白质分子，它们参与谷氨酸棒杆菌中某些精细化学物质包括氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷和海藻糖的代谢。本发明的分子可用于调节微生物如谷氨酸棒杆菌中精细化学物质的生产，这种调节，可以是直接的(例如在赖氨酸生物合成蛋白的调节对该生物体的赖氨酸生产或生产效率具有直接影响时)，或者具有间接影响，但会导致所需化合物产量或生产效率的增加(例如当核苷酸生物合成蛋白活性的调节对细菌的有机酸或脂肪酸生产有影响，可能是由于生长改进或必需的辅因子、能量化合物或前体分子的供应增加)。本发明的各个方面进一步详细说明如下。
I.精细化学物质
“精细化学物质”这个词是本领域熟知的，包括生物体产生的在各种产业中使用的分子，例如但不仅仅局限于，制药、农业和化妆品产业。这种化合物包括有机酸，例如酒石酸、衣康酸和二氨基庚二酸，蛋白质源和非蛋白质源氨基酸，嘌呤碱基和嘧啶碱基，核苷，以及核苷酸(例如像是描述在Kuninaka，A.(1996)Nucleotides and related compounds，p.561-612，in Biotechnology vol.6，Rehm et al.，eds.VCH：Weinheim及其所含参考文献中的)，脂质，饱和和不饱和脂肪酸(例如花生四烯酸)，二醇(例如，丙烷二醇和丁烷二醇)，芳香族化合物(例如，芳香胺、香草醛和靛)，维生素和辅因子(参见Ullmann’s Encyclopedia of IndustrialChemistry，vol.A27，“Vitamins”，p.443-613(1996)VCH：Weinheim and referencestherein；and Ong，A.S.，Niki，E.& Packer，L.(1995)“Nutrition，Lipids，Health，andDisease”Proceedings of the UNESCO/Confederation of Scientific and TechnologicalAssociations in Malaysia，and the Society for Free Radical Research-Asia，held Sept.1-3，1994 at Penang，Malaysia，AOCS Press，(1995))，酶，聚酮化合物(ployketides)(Cane et al.，(1998)Science 282：63-68)，以及所有在Gutcho(1983)Chemicals by Fermentation，Noyes Data Corporation，ISBN：0818805086及其参考文献中描述的化学物质。某些这些精细化学物质的代谢和用途进一步详细说明如下。
A.氨基酸的代谢和用途
氨基酸包括所有蛋白质的基本结构单元，同样也是所有生物体正常细胞生物功能所必需的。“氨基酸”这个词是本领域熟知的。蛋白质源的氨基酸有20种，是蛋白质的结构单元，相互之间由肽键相连接，而非蛋白质源氨基酸(已知的有几百种)通常情况下不会出现在蛋白质中(参见Ulmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry，vol.A2，p.57-97 VCH：Weinheim(1985))。虽然L-氨基酸通常是天然存在蛋白质中的唯一类型，但是氨基酸可以是D-或者L-光学构型。20种蛋白质源氨基酸中每一种的生物合成或者降解途径，都在原核细胞或者真核细胞中有各自的特点(例如参见Stryer，L.Biochemistry，3rd edition，pages 578-590(1988))。“必需”氨基酸(组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、苏氨酸、色氨酸和缬氨酸)之所以这样命名，是因为这些氨基酸生物合成复杂通常是必需的营养条件，它们可以通过简单的生物合成途径转化为其余的11种“非必需”氨基酸(丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、脯氨酸、丝氨酸、酪氨酸)。虽然高等生物确实具有合成一些这种氨基酸的能力，但是为了正常的蛋白质合成必须从饮食中补充必需氨基酸。
它们除了在蛋白质合成中的功能，这些氨基酸就其自身来说是有趣的化学物质，并且它们中的很多在食品、饲料、化学、化妆品、农业和制药产业中具有各种应用。赖氨酸在营养方面不仅对于人类是一种重要的氨基酸，而且对于像是家禽和猪这样单胃动物也是重要的。谷氨酸是最常用的风味添加剂(谷氨酸单钠，MSG)，并且广泛应用于整个食品产业，如同天冬氨酸、甘氨酸、半胱氨酸一样。甘氨酸、L-甲硫氨酸和色氨酸全部用于制药产业。谷氨酰胺、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、组氨酸、精氨酸、脯氨酸、丝氨酸和丙氨酸都应用在制药产业和化妆品产业中。苏氨酸、色氨酸和D/L-甲硫氨酸是常用的饲料添加剂(Leuchtenberger，W.(1996)Amino aids-technical production and use，p.466-502 in Rehm et al.(eds.)Biocemistry vol.6，chapter 14a，VCH：Weinheim)。另外，这些氨基酸作为合成氨基酸和蛋白质合成的前体也是很有用的，例如N-乙酰半胱氨酸，S-羧甲基-L-半胱氨酸，(S)-5-羟色氨酸，以及其他在Ulmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry，vol.A2，p.57-97 VCH：Weinheim，1985中描述的分子。
在能够产生天然氨基酸的生物体中，例如细菌，这些天然氨基酸的生物合成已经了解得很充分(细菌氨基酸的生物合成及其调节，参见Umbarger，H.E(1978)Ann.Rev.Biochem.47：533-606)。天冬氨酸由α-酮戊二酸还原型氨化合成，后者是柠檬酸循环的中间体。谷氨酰胺、脯氨酸和精氨酸都是由谷氨酸依次产生的。丝氨酸的生物合成是一个三步的过程，开始于3-磷酸甘油酸(糖酵解的中间体)，经过氧化作用、转氨作用、水解作用各步骤之后，终止于该氨基酸。半胱氨酸和甘氨酸都由丝氨酸产生；前者由高半胱氨酸与丝氨酸缩合而成，后者是把侧链β-碳原子转移到四氢叶酸得到的，该反应是由丝氨酸羟甲基转移酶催化的。苯丙氨酸和酪氨酸，由4-磷酸赤藓糖和磷酸烯醇丙酮酸在一条9步的生物合成途径中合成，它们是糖酵解途径和戊糖磷酸途径的前体，这两条途径只是在合成预苯酸之后不同。色氨酸也可以由这两种初始分子产生，但是其合成是一个11步的途径。酪氨酸也可以由苯丙氨酸合成，其反应是由苯丙氨酸羟化酶催化的。丙氨酸、缬氨酸和亮氨酸都是糖酵解终产物丙酮酸的生物合成产物。天冬氨酸由草酰乙酸合成，后者是柠檬酸循环的中间体。天冬酰胺、甲硫氨酸、苏氨酸和赖氨酸都由天冬氨酸转化而成。异亮氨酸由苏氨酸形成。通过一条复杂的9步的途径，可以从一种活性糖，5-磷酸核糖-1-焦磷酸，产生组氨酸。
超出细胞蛋白质合成所需的氨基酸是不能储存的，而是被降解后为细胞主要代谢途径提供中间体(评论参见Stryer，L.Biochemistry 3rd ed.Ch.21“Amino Acid Degradation and the Urea Cycle”p.495-516(1988))。尽管细胞能转化多余的氨基酸为有用的代谢中间体，但是产生氨基酸要消耗很多的能量、前体分子和合成所需的酶。因此用反馈抑制来调节氨基酸的生物合成是不令人吃惊的，特殊氨基酸的存在可以减慢或者完全停止其自身的产生(对于氨基酸生物合成途径反馈机制的评论，参见Stryer，L.Biochemistry 3rd ed.Ch.24“Biosynthesis of Amino Acid and Heme”p.575-600(1988))。因此，任何特定氨基酸的产量都被细胞内存在的氨基酸数量所限制。
B.维生素、辅因子和营养因子的代谢和用途
维生素、辅因子和营养因子包括另一组分子，虽然其他生物，例如细菌，可以合成这些分子，但是高等动物失去了合成它们的能力而只能摄取。这些分子或者其本身是生物活性物质，或者是生物活性物质的前体，该生物活性物质可以是电子载体或者各种代谢途径的中间体。除了其营养价值，这些化合物作为色素、抗氧化剂和催化剂或者其他加工助剂也有重大的工业价值。(对于这些化合物结构、活性和工业应用的评述，参见例如，Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry，“Vitamins”vol.A27，p.443-613 VCH：Weinheim 1996.)“维生素”这个词是本领域熟知的，包含了生物体正常功能所需但是又不能自身合成的营养素。维生素可以包括辅因子和营养因子化合物。术语“辅因子”包含了进行正常酶活性所需的非蛋白质化合物。这些化合物可以是无机的或者有机的；本发明的辅因子分子优选是有机的。“营养因子”这个词包含了对植物和动物，特别是人体有益的饮食增补剂。这些分子的实例是维生素、抗氧化剂和某些脂质(例如多饱和脂肪酸)。
在能够产生这些分子的生物体，例如细菌中这些分子的生物合成，大部分已经被鉴定(Ullman’s Encyclopedia of Industrial Chemistry，“Vitamins”vol.A27，p.443-613，VCH：Weinheim，1996；Michal，G.(1999)BiochemicalPathways：An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology，John Wiley & Sons；Ong，A.S.，Niki，E.& Packer，L.(1995)“Nutrition，Lipids，Health，and Disease”Proceedings of the UNESCO/Confederation of Scientific and TechnologicalAssociations in Malaysia，and the Society for Free Radical Research-Asia，held Sept.1-3，1994 at Penang，Malaysia，AOCS Press：Champaign，IL X，374 S)
硫胺素(维生素B1)是由嘧啶和噻唑经化学连接产生的。核黄素(维生素B2)由5’-三磷酸鸟嘌呤核苷和5’-磷酸核糖合成。核黄素依次用于合成黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)。合称为“维生素B6”的一组化合物(例如，吡哆醇、吡哆胺，5’-磷酸吡哆醛，以及商品化的盐酸吡哆醛)都是共同结构单元5-羟基-6-甲基吡啶的衍生物。泛酸盐(泛酸，(R)-(+)-N-(2，4-二羟基-3，3-二甲基-1-氧代丁基)-β-丙氨酸)可由化学合成或者发酵得到。泛酸盐生物合成的最后一步包括ATP驱动的β-丙氨酸和泛解酸的缩合。负责转化成泛解酸和β-丙氨酸酶，以及缩合成泛酸盐的酶都是已知的。泛酸盐的代谢活性形式是辅酶A，其生物合成过程是5个酶促步骤。泛酸盐、5’-磷酸吡哆醛、半胱氨酸和ATP是辅酶A的前体。这些酶不仅催化泛酸盐的形成，也催化(R)-泛解酸、(R)-pantolacton，(R)-泛醇(维生素原B5)泛酰巯基乙胺(及其衍生物)的产生。
在微生物中由前体分子庚二酰辅酶A到生物素的生物合成研究得很详细，并且所涉及的几个基因已被鉴定。很多相应的蛋白质也被发现参与了铁簇(Fe-cluster)的合成，并且是nifS家族蛋白质成员。硫辛酸来自辛酸，在能量代谢中用作辅酶，可以成为丙酮酸脱氢酶复合物和α-酮戊二酸脱氢酶复合物的一部分。叶酸盐是一组叶酸的衍生物，依次来自L-谷氨酸、对氨基苯甲酸和6-甲基蝶呤。起始于代谢中间体5’-三磷酸鸟嘌呤(GTP)、L-谷氨酸和对氨基苯甲酸的叶酸及其衍生物的生物合成，在某些微生物中有详细的研究。
类咕啉(例如钴胺素，以及特别是维生素B12)和卟啉都属于以四吡咯环体系为特征的化学物质。维生素B12的生物合成是这样的复杂，以至于还没有彻底了解其特征，但是许多涉及的酶和底物现在已知。烟酸(烟酸盐)和烟碱是吡啶底衍生物，也被称作“尼亚新”。尼亚新是重要辅酶NAD(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)和NADP(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸)及其还原形式的前体。
尽管有些这样的化合物也可以用大规模微生物培养生产，例如核黄素、维生素B6、泛酸和生物素，但是大规模生产这些化合物很大程度还依赖于非细胞化学体系。只有维生素B12，由于其合成的复杂性，只能用发酵生产。体外方法需要相当多的物质和时间投入，经常花费很大。
C.嘌呤、嘧啶、核苷和核苷酸的代谢和用途
嘌呤和嘧啶代谢基因及其相应的蛋白质，是肿瘤疾病治疗和病毒感染治疗重要的目标物。术语“嘌呤”和“嘧啶”，包含了作为核酸、辅酶和核苷酸组成的含氮碱基。术语“核苷酸”包含核酸分子基本结构单元，核酸分子由含氮碱基、戊糖(对于RNA，该戊糖是核糖；对于DNA，该戊糖是脱氧核糖)和磷酸组成。术语“核苷”包含了作为核苷酸前体的分子，但是缺少核苷酸所具有的磷酸部分。通过抑制这些分子的生物合成，或者抑制为合成核酸分子而进行的移动，可能会抑制RNA和DNA的合成；通过定向肿瘤细胞的方式来抑制该活性，肿瘤细胞分裂和复制的能量可能会得到抑制。另外，有的核苷酸不用于形成核酸，而是用作能量储存(例如AMP)或者辅酶(例如FAD和NAD)。
有些出版物描述了通过影响嘌呤和/或嘧啶的代谢，这些化学物质作为这些医学指征的使用(例如，Christopherson，R.I.and Lyons，S.D.(1990)“Potent inhibitors of de novo pyrimidine and purine biosynthesis aschemotherapeutic agents.”Med.Res.Reviews 10：505-548)。涉及嘌呤和嘧啶代谢酶类的研究，集中在可以使用的新药开发上面，例如，作为免疫抑制剂或者抗增生剂(Smith，J.L.，(1995)“Enzyme in nucleotidesynthesis.”Curr.Opin.Struct.Biol.5：752-757；(1995)Biochem Soc.Transact.23：877-902)。然而，嘌呤和嘧啶碱基，核苷和核苷酸还具有另外的作用：作为许多精细化学物质生物合成的中间体(例如，硫胺素、S-腺苷甲硫氨酸、叶酸、或者核黄素)，作为细胞能量载体(例如ATP或者GTP)，而作为化学物质本身，通常用作风味增强剂(例如IMP或者GMP)或者几种医学应用(参见，例如，Kuninaka，A.(1996)Nucleotidesand Related Compounds in Biotechnology vol.6，Rehm et al.，eds.VCH：Weinheim，，p.561-612)。同样，涉及嘌呤、嘧啶、核苷或者核苷酸代谢的酶，日渐成为开发出的用作保护农作物的化学物质的作用目标，这些化学物质包括杀真菌剂、除草剂和杀虫剂。
细菌中这些化合物的代谢具有特征(评论参见，例如Zalkin，H.andDixon，J.E.(1992)“de novo purine nucleotide biosynthesis”，in：Progress in NucleicAcid Research and Molecular Biology，vol.42，Academic Press：，p.259-287；andMichal，G.(1999)“Nucleotides and Nucleosides”，Chapter 8 in：BiochemicalPathways：An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology，Wiley：New York)。嘌呤代谢一直是重点研究课题，而且它是细胞正常功能所必需的。高等动物中受损的嘌呤代谢能够造成严重的疾病，例如痛风。嘌呤核苷酸由5’-磷酸核糖合成，通过一系列步骤，经过中间体5’-磷酸次黄嘌呤核苷(IMP)，最终产生5’-单磷酸鸟嘌呤(GMP)和5’-单磷酸腺嘌呤(AMP)，并由它们形成用作核苷酸的三磷酸形式。这些化合物也用作能量储存，其降解为细胞中各种不同的生化过程提供能量。嘧啶的生物合成，是通过由5’-磷酸核糖形成5’-磷酸尿嘧啶核苷(UMP)。UMP接下来转变成5’-三磷酸胞嘧啶(CTP)。所有这些核苷酸的脱氧形式都是经过一步还原反应产生的，由核苷酸的二磷酸核糖形式到核苷酸的二磷酸脱氧核糖形式。一经磷酸化，这些分子就可以参与DNA的合成了。
D.海藻糖的代谢和用途
海藻糖包括两个葡萄糖分子，通过α，α-1，1连接。通常在食品产业中用作增甜剂、干燥食品或者冷冻食品添加剂，以及饮料当中。而且，它也应用在制药、化妆品和生物技术产业(参见，例如Nishimoto et al.，(1998)U.S.Patent No.5,759,610；Singer，M.A.and Lindquist，S.(1998)Trends Biotech.16：460-467；Paiva，C.L.A.and Panek，A.D.(1996)Biotech.Ann.Rev.2：293-314；and Shiosaka，M.(1997)J.Japan 172：97-102)。很多微生物中的酶可以产生海藻糖，并将其天然释放到周围培养基中，可以使用技术上熟知的方法从中进行收集。
II.本发明的元件和方法
本发明至少部分是建立在发现新分子的基础上的，此处将其称作MP核酸和蛋白质分子，它们在一种或多种细胞代谢途径中起作用或发挥功能。在一个实施方案中，MP分子催化一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应。在优选实施方案中，本发明的一种或多种谷氨酸棒杆菌氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的MP分子活性对用该微生物生产所需精细化学物质有影响。在一个特别优选的实施方案中，本发明MP分子的活性被调节，使得本发明的MP蛋白参与的代谢途径效率或产量被调节，这会直接或间接影响谷氨酸棒杆菌中一种或者多种精细化学物质的生产和生产效率。
术语“MP蛋白”或者“MP多肽”包含了在一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中起作用如催化其中的酶促反应的蛋白质。MP蛋白的实例包括那些由列在序列表中序列号为奇数的MP基因编码的蛋白质。术语“MP基因”或者“MP核酸序列”包含了编码MP蛋白的核酸序列，后者包含编码区域以及相应的非翻译的5’和3’序列区域。MP基因的实例包括那些列在表1中的基因。术语“生产”或者“生产力”是本领域熟知的，包含了在给定时间和给定发酵体积内，发酵产物(例如，所需精细化学物质)的浓度(例如，每小时每升千克产物)。术语“生产效率”包含了，要达到特定的生产水平所需的时间(例如，需要多长时间才能使细胞达到特定的精细化学物质)。术语“收益”“产物/碳收益”是本领域熟知的，包含了把碳源转化成产物(例如精细化学物质)的效率。例如，经常写作千克产物每千克碳源。通过提高化合物的收益或者生产，可增加回收分子的数量，或者增加在给定时间内给定数量的培养物中该化合物有用回收分子的数量。术语“生物合成”或者“生物合成途径”是本领域熟知的，包含了在细胞中，从中间化合物经过可能是多步并且是高度调控的过程，合成化合物，特别是有机化合物。术语“降解”或者一条“降解途径”是本领域熟知的，包含了在细胞中，经过可能是多步并且是高度调控的过程，把化合物，优选是有机化合物，分解为降解产物(一般而言，是更小或者复杂性更小的分子)。术语“代谢”是本领域熟知的，包含了生物体中所发生的生化反应的全部。因而，特殊化合物的代谢(例如，像是甘氨酸这样的氨基酸代谢)包括细胞中与该化合物相关的全部生物合成、修饰和降解途径。
在另一个实施方案中，本发明的MP分子能够调节微生物中，例如谷氨酸棒杆菌中，所需化合物例如精细化学物质的产生。使用重组遗传技术可以操作本发明的一种或者多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖生物合成或降解酶，从而调节其活性。例如，可以提高生物合成酶的效率，或破坏其别构控制区从而防止化合物生产的反馈抑制。类似地，降解酶可以通过置换、缺失或增加被缺失或修饰，从而其对所需化合物的降解活性降低，而不影响细胞的活力。在各种情况下，所需精细化学物质的总产量或产率均被提高。
本发明的蛋白质和核苷酸分子的改变也可能提高除氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖以外的其它精细化学物质的生产。任一种化合物的代谢必然与细胞内其它生物合成和降解途径关联，一种途径中的必需辅因子、中间体或底物可能由其它同类途径供给或受其限制。因此，通过调整一种或多种本发明蛋白的活性，另一种精细化学物质生物合成或降解途径活性的生产或效率可能会受到影响。例如，氨基酸可以作为所有蛋白质的结构单元，但其在细胞内的存在的水平可能会限制蛋白合成；因此，通过增加细胞内一种或多种氨基酸的生产效率或产率，诸如生物合成或降解蛋白的蛋白可以更容易合成。同样，代谢途径酶的改变使得特定副反应更有利或不利时，会导致一种或多种用作生产所需精细化学物质的中间体或底物的化合物过量生产或生产不足。
本发明的分离核酸序列，包含在谷氨酸棒杆菌菌株的基因组中，该菌株可由美国典型培养物保藏中心获得，保藏号ATCC 13032。分离的谷氨酸棒杆菌MP DNA核酸序列，以及预测的谷氨酸棒杆菌MP蛋白氨基酸序列，在序列表中分别以奇数序列号和偶数序列号列出。进行了计算机分析，并将这些核酸序列分类和/或鉴定为编码代谢途径蛋白质的序列。
本发明也与这样的蛋白质有关，该蛋白质的氨基酸序列与本发明的氨基酸序列有充分的同源性(例如，序列表中偶数序列号的序列)。如此处所用的那样，具有与挑选出的氨基酸序列有充分同源性的氨基酸序列的蛋白质，与挑选出的氨基酸序列，例如挑选出的氨基酸全序列，有至少大约50％同源性。具有与挑选出的氨基酸序列有很大同源性的氨基酸序列的蛋白质，也可以与挑选出的氨基酸序列有至少大约50-60％，优选的有至少大约60％的同源性，更优选的有至少大约70％，80％，90％的同源性，最优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性。
本发明的MP蛋白或者其生物活性部分或其片段，能够催化一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应，或者具有表1中列出的一种或者多种活性。
以下各部分更加详细地描述了本发明的各个方面：
A.分离的核酸分子
本发明的一个方面涉及分离的编码MP多肽或者其生物活性部分的核酸分子，以及足够用作杂交探针或者引物的核酸分子片段，这些片段用于鉴定或者扩增编码MP的核酸(例如MP DNA)。如此处所用的那样，术语“核酸分子”的意思是包含DNA分子(例如，cDNA或者基因组DNA)和RNA分子(例如mRNA)，以及由核苷酸类似物产生的DNA或者RNA类似物。该术语也包括位于基因编码区域3’和5’末端的非翻译序列：编码区域5’末端上游序列的至少100个核苷酸，和基因编码区域3’末端下游序列的至少20个核苷酸。核酸分子可以是单链的或者双链的，但是优选是双链DNA。“分离的”核酸分子，是指那些与存在于核酸天然来源中的其他核酸分子相互分离的核酸分子。优选，“分离的”核酸不含有天然位于生物体基因组DNA中核酸两侧的序列(例如，位于核酸5’和3’末端的序列)，核酸就是从该生物体中获得的。例如，在各种实施方案中，分离的MP核酸分子可以含有少于大约5kb，4kb，3kb，2kb，1kb，0.5kb或者0.1kb的核苷酸序列，该序列天然位于细胞基因组DNA核酸分子的两侧，核酸就是从这些细胞(例如，谷氨酸棒杆菌细胞)中获得的。另外，“分离的”核酸分子，例如DNA分子，当用重组技术生产时可以基本上不含有其他细胞物质或者培养基，当化学合成时可以不含化学前体或者其他化学物质。
本发明核酸分子，例如序列表中奇数序列号的核苷酸序列，或者其部分，可以通过标准分子生物学技术和此处提供的序列信息分离得到。例如，谷氨酸棒杆菌MP DNA可以从谷氨酸棒杆菌文库中，使用序列表中奇数序列号序列中一个序列的全部或者其部分作为杂交探针，以及标准杂交技术(例如，像是描述在Sambrook，J.，Fritsh，E.F.，and Maniatis，T.Molecular Cloning：A Laboratory Manual.2nd，ed.Cold Spring HarborLaboratory，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY，1989中的)分离得到。另外，包含一条本发明核酸序列(例如，序列表中奇数序列号的核苷酸序列)全部或者一部分的核酸分子，可以通过聚合酶链式反应，使用基于该序列设计的寡聚核苷酸引物，分离得到(例如，包含一条本发明核酸序列(例如，序列表中奇数序列号的核苷酸序列)全部或者一部分的核酸分子，可以通过聚合酶链式反应，使用基于该相同序列设计的寡聚核苷酸引物，分离得到)。例如，mRNA可以从正常内皮细胞分离得到(例如，使用Chirgwin et al.(1979)Biochemistry 18：5294-5299中的硫氰酸胍提取方法)，DNA可以通过逆转录酶(例如，Gibco/BRL，Bethesda，MD提供的Moloney MLV逆转录酶；或者SeikagakuAmerica，Inc.，St.Peterburg，FL提供的AMV逆转录酶)制备。为聚合酶链式反应合成的寡聚核苷酸引物，可以基于序列表中列出的一条核苷酸序列设计。本发明的核酸，可以使用cDNA或者作为另一种选择的基因组DNA作模板，合适的寡聚核苷酸引物，根据标准PCR扩增技术来扩增。这样扩增出的核酸，可以克隆到合适的载体中，并用DNA序列分析辨别其特征。另外，与MP核苷酸序列相对应的寡聚核苷酸，可以用标准合成技术准备，例如使用自动DNA合成仪。
在一个优选的实施方案中，分离的本发明核酸分子包含序列表中列出的一条核苷酸序列。本发明的核酸序列，正如在序列表中列出的那些，与本发明的谷氨酸棒杆菌MP DNA是一致的。这些DNA包含编码MP蛋白的序列(即“编码区域”，显示在每条序列表中奇数序列号序列中)，以及5’非编码序列和3’非编码序列，也显示在每条序列表中奇数序列号序列中。作为另一种选择，核酸分子可以只包含序列表中核酸序列的编码区域。
为了该申请的目的，可以理解序列表中列出的每条核酸和氨基酸序列，都有一个用于识别的RXA，RXN，RXS或者RXC编号，“RXA”，“RXN”，“RXS”，或者“RXC”后面有5个数字(即，RXA00007，RXN00023，RXS00116，或者RXC00128)。每条核酸序列最多包含三部分：5’上游区域，编码区域，下游区域。三个区域的每个部分，都用相同的RXA，RXN，RXS，或者RXC名称确定以消除混淆。于是叙述“序列表中的一条奇数编码的序列”，是指序列表中的任何核酸序列，这些序列也可以用它们不同的RXA，RXN，RXS，或者RXC名称相互区分。每条这种序列的编码区域都被翻译成相应的氨基酸序列，这些序列也列在序列表中，为紧随相应核酸序列之后偶数序列号。例如，RXA02229的编码区域列在SEQ ID NO：1，而它编码的氨基酸序列列在SEQ ID NO：2。本发明的核酸分子序列，与其编码的氨基酸分子，用相同的RXA，RXN，RXS，或者RXC名称表示，使得它们容易相互联系。例如，称为RXA02229，RX00351，RXS02970和RXC02390的氨基酸序列，分别是RXA02229，RX00351，RXS02970和RXC02390核酸分子核苷酸序列编码区域的翻译。本发明RXA，RXN，RXS和RXC核苷酸和氨基酸序列之间的对应，以及它们被指定的序列号列在表1中。
本发明的几个基因是“F-标明的基因”。F-标明的基因包括那些列在表1中并在RXA，RXN，RXS，或者RXC标明前有“F”的基因。例如，SEQ ID NO：5，像在表1中表示的那样，被指定为“F RXA01009”，就是一个F-标明的基因，同样的还有SEQ ID NO：73、75和77(表1中分别标明为“F RXA00007”、F RXA00364”和“F RXA00367”)。
在一个实施方案中，本发明的核酸分子不包含汇编在表2中的那些谷氨酸棒杆菌分子。对于dapD基因，该基因的序列发表在Wehrmann，A.，et al.(1998)J.Bacteriol.180(12)：3159-3165。然而，本申请发明者所得到的比发表的版本长很多。据说，发表的版本使用了错误的其实密码子，并因此只表现了真实编码区域的一部分。
在另一个优选的实施方案中，分离的本发明的核酸分子，包含那些是本发明核苷酸序列(例如，序列表中奇数序列号序列)或者其部分的互补分子的核酸分子。与本发明一条核苷酸序列互补的核酸分子，是指该分子与序列表中列出的一条核苷酸序列(例如，奇数序列号序列)充分互补，因此它可以与本发明的一条核苷酸序列杂交，从而形成稳定的双螺旋。
同样在另一个优选的实施方案中，分离的本发明的核酸分子，包含这样的核苷酸序列，该序列与本发明的核苷酸序列(例如，序列表中奇数序列号序列)或者其部分，有至少大约50％，51％，52％，53％，54％，55％，56％，57％，58％，59％或者60％的同源性，优选的有至少大约61％，62％，63％，64％，65％，66％，67％，68％，69％或者70％的同源性，更优选的有至少大约71％，72％，73％，74％，75％，76％，77％，78％，79％或者80％，81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，88％，89％或者90％，或者91％，92％，93％，94％，以及甚至更优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性。以上引用范围(例如，70-90％一致性或者80-95％一致性)中间的范围和一致性值，也包含在本发明中。例如，包含了这样的一致性值范围，这些范围是上面引用的上限和/或下限值的组合。在另一种优选的实施方案中，本发明分离的核酸分子包括这样的核苷酸序列，该序列可以与本发明的一条核苷酸序列或者其部分进行杂交，例如，在严格条件下杂交。
另外，本发明核酸分子可能只包含序列表中奇数序列号序列编码区域的一部分，例如，可以用作探针或者引物的片段，或者编码MP蛋白生物活性部分的片段。由谷氨酸棒杆菌MP基因克隆出的核苷酸序列，容许产生探针和引物，这些探针和引物的设计是用于鉴定和/或克隆其他细胞类型或者其他生物体中的MP同系物，以及其他棒杆菌或者亲缘物种中的MP同系物。探针/引物典型的包括相当纯化的寡聚核苷酸。寡聚核苷酸典型的包括这样一段核苷酸序列的区域，该区域在严格杂交条件下，与本发明核苷酸序列(例如，序列表中奇数序列号序列)的有义链，这些序列的反义序列，或者其天然存在的突变体的至少大约12个，优选的大约25个，更优选的大约40，50，或者75个连续核苷酸杂交。基于本发明核苷酸序列的引物，可以用于克隆MP同系物的PCR反应。基于MP核苷酸序列的探针，可以用于探测相同的或者同源蛋白的转录或者基因组序列。在一个优选的实施方案中，探针更是包括另外的附着标记基团，例如标记基团可以是放射性同位素、荧光化合物、酶或者酶的辅因子。这种探针可以用作诊断检测试剂盒的一部分，该试剂盒用于鉴定错误表达MP蛋白的细胞，像是通过测定样本细胞中MP编码核酸的水平，例如，检测MP mRNA的水平，或者测定基因组MP基因是否发生了突变或者缺失。
在一个实施方案中，本发明核酸分子编码一种蛋白质或者其部分，该蛋白质或者其部分的氨基酸序列与本发明的氨基酸序列(例如，序列表中偶数序列号序列)有充分的同源性，从而使得该蛋白质或者其部分可以催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应。如此处所用的那样，术语“充分的同源性”是指蛋白质或者其部分的氨基酸序列，含有最小数目的与本发明氨基酸序列一致的或者等价的(例如，具有与序列表偶数序列号序列中的氨基酸残基相似侧链的氨基酸残基)氨基酸残基，从而使得该蛋白质或者其部分，能够催化谷氨酸棒杆菌中氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应。这种代谢途径蛋白质成员，像这里描述的那样，其功能是催化一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖的生物合成或降解。这里也描述了这种活性的实例。因而，“MP蛋白的功能”对于一种或多种这种代谢途径有作用，和/或直接或者间接影响一种或者多种精细化学物质的产量、生产和/或生产效率。MP蛋白活性的实例在表1中列出。
在另一个实施方案中，蛋白质与本发明的全部氨基酸序列有至少大约50-60％的同源性，优选的有至少大约60-70％的同源性，更优选的有至少大约70-80％，80-90％，90-95％的同源性，最优选的有至少大约96％，97％，98％，99％或者更高的同源性(例如，序列表中偶数序列号序列)。
本发明MP核酸分子编码蛋白质的部分，优选是MP蛋白的生物活性部分。如此处所用的那样，术语“MP蛋白的生物活性部分”的意思是包含MP蛋白这样的部分，例如结构域/基元，该部分能够催化谷氨酸棒杆菌中一种或多种氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应或具有表1中所列活性。可以进行一种酶活性分析，以确定MP蛋白或者其生物活性部分是否可以催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应。这种分析方法对于本领域技术人员来说是熟知的，在范例的实例8中有详细的描述。
编码MP蛋白生物活性部分的额外的核酸片段，可以通过以下方法制备，分离本发明氨基酸序列(例如，序列表中偶数序列号序列)的一部分，表达MP蛋白或者多肽的编码部分(例如，通过体外重组表达)，并且估算MP蛋白或者多肽编码部分的活性。
因为遗传密码子的简并性，以及由此可以编码得到和本发明核苷酸序列编码蛋白质相同的MP蛋白，所以本发明进一步包含不同于本发明核苷酸序列(例如，序列表中奇数序列号序列)(和其部分)的核酸分子。在另一个实施方案中，分离的本发明的核酸分子具有这样的核苷酸序列，该序列编码具有序列表中列出的氨基酸序列(例如，偶数序列号)的蛋白质。同样在另一个实施方案中，本发明核酸分子编码全长的谷氨酸棒杆菌蛋白质，该蛋白质与本发明的氨基酸序列(由序列表中奇数序列号开放阅读框架编码)有充分的同源性。
在一个实施方案中，本发明的序列并不意味着包括以前技术上已知的序列，例如那些列在表2或者表4中的在本发明以前就有效的Genbank序列，这对于本领域技术人员来说是可以理解的。在一个实施方案中，本发明包含这样的核苷酸序列和氨基酸序列，该序列与本发明的核苷酸序列和氨基酸序列有一定百分比的一致性，该百分比大于技术上已知的序列(例如，表2或者表4中列出的Genbank序列(或者该序列编码的蛋白质))与本发明的核苷酸序列和氨基酸序列一致性的百分比。例如，本发明包含与标明为RXA00115(SEQ ID NO：185)的核苷酸序列有大于和/或至少40％一致性的核苷酸序列，与标明为RXA00131(SEQ IDNO：991)的核苷酸序列有大于和/或至少％一致性的核苷酸序列，以及与标明为RXA00219(SEQ ID NO：345)的核苷酸序列有大于和/或至少39％一致性的核苷酸序列。本领域技术人员，通过检查表4中列出的对于每个特定序列给出的3个最高符合的GPA-计算百分比一致性，以及经过从百分之一百中减去最高的GPA-计算百分比一致性，可以计算任何本发明特定序列百分比一致性的低端域值。本领域技术人员也可以意识到，其百分比一致性大于如此计算出的低端域值(例如，至少50％，51％，52％，53％，54％，55％，56％，57％，58％，59％或者60％，优选的至少大约61％，62％，63％，64％，65％，66％，67％，68％，69％或者70％，更优选的至少大约71％，72％，73％，74％，75％，76％，77％，78％，79％或者80％，81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，88％，89％或者90％，或者91％，92％，93％，94％，以及甚至更优选的至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的一致性)的核酸和氨基酸序列，也是包含在本发明中的。
本领域技术人员可以意识到，除了在序列表中以奇数序列号列出的谷氨酸棒杆菌MP核苷酸序列之外，导致MP蛋白氨基酸序列改变的DNA多态性可以在一定群体(例如谷氨酸棒杆菌群体)中存在。这种MP基因的遗传多态性，可以由于自然条件的变异而在一个群体的不同个体中存在。如此处所用的那样，术语“基因”和“重组基因”是指含有编码MP蛋白的开放阅读框架的核酸分子，优选的MP蛋白是谷氨酸棒杆菌MP蛋白。这种自然条件的变异典型的可以造成MP基因核苷酸序列1-5％的变化。任何以及全部由于自然条件的变异造成的，并且不改变MP蛋白功能活性的，这种核苷酸的变化，以及引起的MP氨基酸的多态性，都属于本发明范围之内。
相应天然变体的核酸分子，和本发明谷氨酸棒杆菌MP DNA的非谷氨酸棒杆菌同源物，可以基于此处公开的它们与谷氨酸棒杆菌MP核酸分子的同源性，使用谷氨酸棒杆菌DNA或者其部分作为杂交探针，在严格杂交条件下根据标准杂交技术分离得到。因此，在另一个实施方案中，分离的本发明核酸分子的长度至少有15个核苷酸，在严格条件下与含有序列表奇数序列号核苷酸序列的核酸分子杂交。在其他实施方案中，核酸分子的长度至少有30，50，100，250或者更多个核苷酸。如此处所用的那样，术语“在严格条件下杂交”的意思是描述这样的杂交和清洗的条件，在该条件下彼此之间有至少60％同源性的核苷酸序列相互之间保持典型的杂交。优选，这种条件是序列之间有至少大约65％，更优选的有至少大约70％，以及甚至更优选的有至少大约75或者更高的同源性，相互之间保持典型的杂交。这种严格条件对于本领域技术人员是已知的，可以在Ausubel et al.，Current Protocols in Molecular Biology，JohnWiley & Sons，N.Y.(1989)，6.3.1-6.3.6中找到。一种优选的但不是限制的严格杂交条件是，在6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中大约45℃进行杂交，然后用0.2X SSC，0.1％ SDS在50-65℃清洗一次或者多次。优选，分离的本发明的核酸分子，在严格杂交条件下与本发明的核苷酸序列杂交，相当于得到天然存在的核酸分子。如此处所用的那样，“天然存在的”核酸分子是指具有自然中存在的核苷酸序列(例如，编码天然蛋白质)的RNA或者DNA分子。在一个实施方案中，核酸编码天然谷氨酸棒杆菌MP蛋白。
本领域技术人员可以进一步意识到，除了群体中存在的天然存在的MP序列变体以外，可以通过突变把改变引入本发明核苷酸序列中，从而导致被编码MP蛋白的氨基酸序列的改变，而不改变MP蛋白的功能。例如，可以在本发明核苷酸序列中，进行可以导致“非必需”氨基酸残基的氨基酸取代的核苷酸取代。“非必需”氨基酸残基是指这样的残基，该残基可以在MP蛋白的野生型序列(例如，序列表中偶数序列号序列)中发生改变，而不改变MP蛋白的活性，而“必需”氨基酸残基是MP蛋白活性所必需的。然而，其他氨基酸残基(例如，那些在MP活性结构域中非保守的或者只是半保守的氨基酸残基)可能对于活性不是必需的，因此也可以在不改变MP活性的情况下被改变。
因此，本发明的另一个方面涉及编码这样的MP蛋白的核酸分子的，该MP蛋白含有对MP活性非必需的氨基酸残基的变化。这些蛋白质的氨基酸序列不同于序列表中偶数序列号序列，但仍然保持至少一种此处描述的MP活性。在一个实施方案中，分离的核酸分子包含一段编码蛋白质的核苷酸序列，其中该蛋白质的氨基酸序列与本发明的氨基酸序列有至少大约50％的同源性，并且能够催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应，或者具有表1中列出的一种或者多种活性。优选，核酸分子编码的蛋白质与序列表中奇数序列号氨基酸序列，有至少大约50-60％的同源性，更优选的与这种序列有至少大约60-70％的同源性，甚至更优选的与这种序列有至少大约70-80％，80-90％，90-95％的同源性，最优选的与本发明的氨基酸序列有至少大约96％，97％，98％，或者99％的同源性。
为了确定两种氨基酸序列(例如，本发明的一种氨基酸序列与其突变体形式)或者两种核酸序列的同源性百分比，出于最适宜比较的目的，对序列进行序列对比(例如，为了与其他蛋白质或者核酸进行最适宜的序列对比，可以在一种蛋白质或者核酸的序列中引入间隙)。然后比较相应氨基酸位置的氨基酸残基或者核酸位置的核苷酸。当一条序列(例如，本发明的一条氨基酸序列)中的一个位置被与其他序列(例如，氨基酸序列的突变体形式)相应位置相同的氨基酸残基或者核苷酸占据时，该分子在这个位置是同源的(即，如此处所用的氨基酸或者核酸“同源性”与氨基酸或者核酸的“一致性”是相同的)。两条序列之间的百分比同源性，是一个相同位置数目被序列均分的函数(即，％一致性＝相同位置的#/全部位置的#×100)。
分离的与本发明蛋白质序列(例如，序列表中偶数序列号序列)同源的编码MP蛋白质的核酸分子，可以通过向本发明核苷酸序列中引入一个或者多个核苷酸取代、插入、缺失而产生，从而在编码蛋白质中引入一个或者多个氨基酸取代、插入、缺失。可以使用标准技术，例如定点诱变和PCR介导的诱变，在本发明核苷酸序列中引入突变。优选，保守的氨基酸取代是在一个或者多个预期的非必需氨基酸残基进行的。“保守的氨基酸取代”是指氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基所取代。具有相似侧链的氨基酸残基家族，在技术上有规定。这些家族包括，具有碱性侧链的氨基酸(例如，赖氨酸、精氨酸、组氨酸)，具有酸性侧链的氨基酸(例如，天冬氨酸、谷氨酸)，具有无电荷极性侧链的氨基酸(例如，甘氨酸、天冬氨酸、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸)，具有非极性侧链的氨基酸(例如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)，具有β-支链侧链的氨基酸(例如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)，以及具有芳香组侧链的氨基酸(例如，酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。因此，预期的MP蛋白中的非必需氨基酸残基，优选的被同一侧链家族中的其他氨基酸取代。另外，在另一个实施方案中，可以在MP编码序列全长或者部分，随机的引入突变，例如通过饱和诱变，根据此处描述的鉴定具有MP活性突变体的MP活性，筛选出得到的突变体。在一条序列表中奇数序列号核苷酸序列诱变之后，被编码蛋白质可以重组表达，蛋白质活性也可以，例如使用此处描述的分析(参见范例的实例8)，得到确定。
除了以上描述的编码MP蛋白质的核酸分子以外，本发明的另一方面还与分离的反义核酸分子有关。“反义”核酸包括与编码蛋白质的“有义”核酸互补的核苷酸序列，例如与双链DNA分子编码链互补，或者与mRNA序列互补。因此，反义核酸可以通过氢键与有义核酸连接。反义核酸可以与全部MP编码链互补，也可以仅与其部分互补。在一个实施方案中，反义核酸分子，与编码MP蛋白的核苷酸序列编码链的“编码区域”反义。术语“编码区域”是指包含翻译成氨基酸残基的密码子的核苷酸序列区域(例如，SEQ ID NO.1(RAX 02229)的全部编码区域包括1至825核苷酸)。在另一个实施方案中，反义核酸分子，与编码MP的核苷酸序列编码链的反义。术语“非编码区域”是指编码区域两侧不翻译成氨基酸的5’和3’序列(即5’和3’非翻译区域)。
考虑到此处公布的编码MP的编码链序列(例如，序列表中列出的奇数序列号序列)，本发明反义核酸可以根据Watson和Crick的碱基配对规则进行设计。反义核酸分子可以与MP mRNA的全部编码区域互补，但是更优选是这样的寡聚核苷酸，该寡聚核苷酸仅与MP mRNA的编码区域或者非编码区域的部分是反义的。例如，反义寡聚核苷酸可以与MP mRNA翻译起始位置附近的区域互补。例如，反义寡聚核苷酸的长度可以是5，10，15，20，25，30，35，40，45或者50个核苷酸。本发明的反义核酸分子，可以使用技术上已知的程序，通过化学合成或者酶促连接反应构建。可以使用天然存在的核苷酸或者各种经过修饰的核苷酸，化学合成反义核酸(例如反义寡聚核苷酸)，那些经过修饰的核苷酸，是为了增加分子的生物稳定性，或者为了增加反义核酸与有义核酸之间形成双螺旋的物理稳定性而设计的，例如可以使用硫代磷酸衍生物和吖啶取代的核苷酸。可用于产生反义核酸的经修饰的核苷酸的实例包括，5-氟尿嘧啶，5-溴尿嘧啶，5-氯尿嘧啶，5-碘尿嘧啶，次黄嘌呤，黄嘌呤，4-乙酰胞嘧啶，5-(羧基羟基甲基)尿嘧啶，5-羧甲基氨基甲基-2-硫尿嘧啶，5-羧甲基氨基甲基尿嘧啶，二氢尿嘧啶，beta-D-半乳糖基肌苷，N6-异戊基腺嘌呤，1-甲基鸟嘌呤，1-甲基肌苷，2，2-二甲基鸟嘌呤，2-甲基腺嘌呤，2-甲基鸟嘌呤，3-甲基胞嘧啶，5-甲基胞嘧啶，N6-腺嘌呤，7-甲基鸟嘌呤，5-甲基氨基甲基尿嘧啶，5-甲氧基氨基甲基尿嘧啶-2-硫代尿嘧啶，beta-D-甘露糖基queosine，5’-甲氧基羧基甲基尿嘧啶，5-甲氧基尿嘧啶，2-甲基硫代-N6-异戊基腺嘌呤，尿嘧啶-5-含氧乙酸(v)，wybutoxosine，假尿嘧啶，queosine，2-硫代胞嘧啶，5-甲基-2-硫代尿嘧啶，2-硫代尿嘧啶，4-硫代尿嘧啶，5-甲基尿嘧啶，尿嘧啶-5-含氧乙酸甲酯，尿嘧啶-5-含氧乙酸(v)，5-甲基-2-硫代尿嘧啶，3-(3-氨基-3-N-2-羧基丙基)尿嘧啶，(acp3)w，以及2，6-二氨基嘌呤。另外，反义核酸可以使用表达载体生物合成，其中核酸被反义方向亚克隆到表达载体中(即，由插入核酸转录的RNA，相对于插入的目的核酸是反义方向的，以下部分有进一步叙述)。
本发明的反义核酸分子，被典型的施用于细胞或者在原位产生，从而它们可以与编码MP蛋白的细胞mRNA和/或基因组DNA杂交或者结合，进而抑制蛋白质的表达，例如，抑制转录和/或翻译。杂交可以通过常规核苷酸互补性而形成稳定的双螺旋，或者，例如，当反义核酸分子结合DNA双螺旋时，它与双螺旋的大沟发生特殊相互作用。反义分子可以被修饰，从而使得该分子可以与受体或者与特定细胞表面表达的抗原特异性结合，例如，反义核酸分子与多肽或者抗体的结合，该抗体与细胞表面受体或者抗原结合。反义核酸分子也可以使用此处描述的载体递送至细胞。为了得到细胞内足够浓度的反义分子，这样的载体是优选，即在该载体中，反义核酸分子被置于原核、病毒或者真核启动子的控制之下。
而在另一个实施方案中，本发明的反义核酸分子是一种α-异头物核酸分子。α-异头物核酸分子与互补的RNA形成特异的双链杂交体，杂交体中两股链走向彼此平行，这与通常的β-单元相反(Gaultier et al.(1987)Nucleic Acids.Res.15：6625-6641)。反义核酸分子也可以包含2’-o-甲基核糖核苷酸(Inoue et al.(1987)Nucleic Acids.Res.15：6131-3148)或者化学RNA-DNA类似物(Inoue et al.(1987)FEBS Lett.215：327-330)。
而在另一个实施方案中，本发明的反义核酸分子是核酶。核酶是催化型RNA分子，具有核糖核酸酶活性，能够切割单链核酸，例如mRNA，它具有与单链核酸互补的区域。因此，核酶(例如，锤头核酶(描述于Haselhoff and Gerlach(1988)Nature 334：585-591))可以用于催化切割MP mRNA转录物，从而抑制MP mRNA的翻译。对于MP编码核酸分子有特异性的核酶，可以基于此处公布的MP DNA核苷酸序列(即SEQ IDNO：1(RAX 02229))来设计。例如，可以构建四膜虫属L-19 IVS RNA的衍生物，其活性位点的核苷酸序列与被切割的MP-编码mRNA的核苷酸序列是互补的。参见，例如，Cech et al.U.S.Patent No.4,987,071和Cech et al.U.S.Patent No.5,116,742。另外，MP mRNA可以用于RNA分子库中筛选具有特异核酶活性的催化型RNA。参见，例如，Bartel，D.andSzostak，J.W.(1993)Science 261：1411-1418。
另外，通过把与MP核苷酸序列调节区域(例如，MP启动子和/或增强子)互补的核苷酸序列作为目标，形成三螺旋结构，可以抑制MP基因的表达，该三螺旋结构可以阻止MP基因在目的细胞中的转录。一般参见，Helene，C.(1991)Anticancer Drug Des.6(6)：569-84；Helene，C.etal.(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.660：27-36；and Maher，L.J.(1992)Bioassays 14(12)：807-15。
B.重组表达载体和宿主细胞
本发明的另一方面涉及载体的，优选是含有编码MP蛋白(或者其部分)核酸的表达载体。如此处所用的那样，术语“载体”是指能够连接其他核酸，并对其进行运输的核酸分子。一种类型的载体是“质粒”，质粒是指环形双链DNA环，其中连接有额外的DNA片段。另一种类型的载体是病毒载体，其中额外的DNA片段可以连接到病毒基因组中。某些载体可以在它们被引入的宿主细胞中进行自主复制(例如，具有细菌复制起点的细菌载体，以及附加型哺乳动物载体)。其他的载体(例如，非附加型哺乳动物载体)一经引入宿主细胞就会整合到宿主细胞的基因组中，从而与宿主基因组一同复制。另外，某些载体能够指导与之相连接的基因的表达。这些载体此处称作“表达载体”。总之，重组DNA技术使用的表达载体经常是质粒形式。在本说明中，“质粒”和“载体”可以交换使用，因为质粒是最常使用的载体形式。然而，本发明有意包括这些表达载体的其他形式，例如病毒载体(例如，复制缺陷型逆转录病毒，腺病毒和腺伴随病毒)，它们具有相同的功能。
本发明重组表达载体包括本发明的核酸，该核酸在宿主细胞中以适合核酸表达的形式存在，这就意味着重组表达载体含有一条或者多条调节序列，这些序列是基于用作表达的宿主细胞选出的，它们被可行的连接到要表达的核酸序列上。在重组表达载体中，“可行的连接”的意思是指，感兴趣核苷酸序列与调节序列以允许核苷酸序列表达的方式进行连接(例如，在体外转录/翻译系统中，或者在载体被引入的宿主细胞中)。术语“调节序列”的意思是包括启动子、增强子和其他表达控制元素(例如，聚腺苷酸化信号)。这种调节序列在，例如，Goeddel；GeneExpression Technology：Methods in Enzymology 185，Academic Press，SanDiego，CA(1990)中有描述。调节序列包括，那些在很多类型宿主细胞中，指导核苷酸序列组成型表达的序列，以及那些在某些宿主细胞中，指导核苷酸序列表达的序列。优选的调节序列是，例如，像是cos-，tac-，trp-，tet-，trp-tet-，lpp-，lac-，lpp-lac-，lacIq-，T7-，T5-，T3-，gal-，trc-，ara-，SP6-，arny-，SPO2-，λ-PR-或者λPL这样的启动子，这些启动子优选的使用在细菌中。另外的调节序列是，例如，酵母和真菌的启动子，例如ADC1，MFα，AC，P-60，CYC1，GAPDH，TEF，rp28，ADH，植物的启动子，例如，CaMV/35S，SSU，OCS，lib4，usp，STLS1，B33，nos或者ubiquitin-或phaseolin-启动子。也可以使用人造启动子。这些对于本领域技术人员是可以意识到的，即表达载体的设计依赖于这些因素：用于转化的宿主细胞的选择，所需蛋白质的表达水平等。本发明的表达载体可以引入宿主细胞，从而产生此处描述的核酸所编码的蛋白质或者多肽，包括融合蛋白质或者多肽(例如，MP蛋白、MP蛋白的突变形式、融合蛋白质等)。
可以设计本发明的重组表达载体，用于在原核或者真核细胞中表达MP蛋白。例如，MP基因可以在以下细胞中表达，像是谷氨酸棒杆菌这样的细菌细胞，昆虫细胞(使用杆状病毒表达载体)，酵母和其他真菌细胞(参见Romanos，M.A.et al.(1992)“Foreign gene expression in yeast：areview”，Yeast 8：423-488；van den Hondel，C.A.M.J.J.et al.(1991)“Heterologousgene expression in filamentous fungi”in：More Gene Manipulations in Fungi，J.W.Bennet & L.L.Lasure，eds.，p.396-428：Academic Press：San Diego；and van denHondel，C.A.M.J.J.& Punt，P.J.(1991)“Gene transfer systems and vectordevelopment for filamentous fungi，in：Applied Molecular Genetics of Fungi，Peberdy，J.F.et al.，eds.，p.1-28，Cambridge University Press：Cambridge)藻类或者多细胞植物细胞(参见Schmidt，R.and Willmitzer，L.(1998)High efficiencyAgrobacterium tumefaciens-mediated transformation of Arabidopsisthaliana leaf and cotyledon explants”Plant Cell Rep.：583-586)，或者哺乳动物细胞。适当的宿主细胞在Goeddel，Gene Expression Technology：Methods in Enzymology 185，Academic Press，San Diego，CA(1990)中有进一步论述。另外，重组表达载体可以在体外转录和翻译，例如使用T7启动子调节序列和T7聚合酶。
原核细胞中的蛋白质表达，经常是由含有组成型或者诱导型启动子的载体进行的，这些启动子指导融合蛋白质或者非融合蛋白质的表达。融合载体在编码蛋白质上添加一定数目的氨基酸，通常是在重组蛋白质的氨基末端，但也可以在C末端，或与蛋白中的合适区域融合。这种融合载体具有3个典型用途：1)增加重组蛋白质的表达；2)增加重组蛋白质的溶解性；和3)用作亲和纯化的配基，帮助融合蛋白纯化。在融合表达载体中，蛋白质切割位点经常是被引入到融合部分与重组蛋白质的结合处，使得在纯化出融合蛋白质之后，能够把重组蛋白质与融合部分分离开。这种酶，以及它们的同源识别序列，包括Xa因子、凝血酶和肠激酶。
典型的融合表达载体包括pGEX(Pharmacia Biotech Inc；Smith，D.B.and Johnson，K.S.(1988)Gene 67：31-40)，pMAL(New England Biolabs，Beverly，MA)和pRIT5(Pharmacia，Piscataway，NJ)，它们分别与目标重组蛋白融合了谷光甘肽S-转移酶(GST)，麦芽糖E结合蛋白，或者蛋白质A。在一个实施方案中，MP蛋白编码序列被克隆到pGEX表达载体中，产生一个编码融合蛋白的载体，该载体从N-末端到C-末端包括，GST-凝血酶切割位点-X蛋白质。融合蛋白可以使用谷光甘肽-琼脂糖树脂，通过亲和层析纯化。与GST分离开的重组MP蛋白，可以通过用凝血酶切割融合蛋白质得到。
合适的大肠杆菌诱导型非融合表达载体的实例包括，pTrc(Amann etal.，(1988)Gene 69：301-315)，pLG338，pACYC184，pBR322，pUC18，pUC19，pKC30，pRep4，pSH1，pSH2，pPLc236，pMBL24，pLG200，pUR290，pIN-III 113-B1，λgt11，pBdC1，和pET 11d(Studier et al.，Gene ExpressionTechnology：Methods in Enzymology 185，Academic Press，San Diego，California(1990)60-89；and Pouwels et al.，eds.(1985)Cloning Vectors.Elsevier：New York IBSN 0 444 904018)。pTrc载体的目标基因表达，依赖于杂交trp-lac融合启动子的宿主RNA聚合酶的转录。pET 11d载体的目标基因表达，依赖于共表达的病毒RNA聚合酶(T7 gn1)介导的T7gn10-lac融合启动子的转录。该病毒聚合酶由宿主菌株BL21(DE3)或者HMS174(DE3)中驻留的λ噬菌体提供，该噬菌体含有在lacUV 5启动子转录控制下的T7 gn1基因。对于其他种类细菌的转化，可以选择合适的载体。例如，已知质粒pIJ101，pIJ364，pIJ702和pIJ361转化链霉菌是有效的，而质粒pUB110，pC194，或者pBD214适合转化杆状菌种。有助于把遗传信息转入棒状杆菌的几种质粒包括pHM1519，pBL1，pSA77或者pAJ667(Pouwels et al.，eds.(1985)Cloning Vectors，Elsevier：NewYork IBSN 0 444 904018)。
一种最大限度增大重组蛋白表达的方案是，在宿主细胞中表达这样的蛋白质，该蛋白质具有不会减弱的蛋白酶剪切重组蛋白质的能力(Gottesman，S.，Gene Expression Technology：Methods in Enzymology 185，Academic Press，San Diego，California(1990)119-128)。另一种方案是改变插入表达载体中核酸的核酸序列，使得每个氨基酸的密码子都是所选用于表达的细菌优先使用的，例如谷氨酸棒杆菌(Wada et al.(1992)Nucleic Acids Res.20：2111-2118)。本发明核酸序列的这种改变，是可以通过标准DNA合成技术进行的。
在另一个实施方案中，MP蛋白表达载体是酵母表达载体。酵母S.cerivisae用于表达的载体的实例包括，pYepSec1(Baldari，et al.，(1987)Embo J.6：229-234)，2μ，pAG-1，Yep6，Yep13，pEMBK Ye23，pMFa(Kurjan and Herskowitz，(1982)Cell 30：933-943)，pJR Y88(Schultz et al.，(1987)Gene 54：113-123)，和pYES2(Invitrogen Corporation，San Diego，CA)。用于构建适合在其他真菌中，例如丝状真菌中，使用的载体的载体和方法，包括那些详述于下列文献中的：van den Hondel，C.A.M.J.J.&Punt，P.J.(1991)“Gene transfer systems and vector development forfilamentous fungi，in：Applied Molecular Genetics of Fungi，J.F.Peberdy，etal.，eds.，p.1-28，Cambridge University Press：Cambridge，and Pouwels et al.，eds.(1985)Cloning Vectors，Elsevier：New York IBSN 0 444 904018)。
另外，本发明MP蛋白可以使用杆状病毒表达载体在昆虫细胞中表达。在培养的昆虫细胞(例如Sf9细胞)中，用于表达蛋白质的杆状病毒载体包括，pAC系列(Smith et al.(1983)Mol.Cell Biol.3：2156-2165)和pVL系列(Lucklow and Summer(1989)Virology 170：31-39)。
在另一个实施方案中，本发明MP蛋白可以在单细胞植物细胞(例如藻类)中表达，或者在高等植物(例如种子植物，像是作物植物)的植物细胞中表达。植物表达载体的实例包括那些详述于下列文献中的：Becker，D.，Kemper，E.，Schell，J.and Masterson，R.(1992)″New plant binaryvectors with selectable markers located proximal to the left border″，Plant Mol.Biol.20：1195-1197；和Bevan，M.W.(1984)″Binary Agrobacterium vectors for planttransformation”，Nucl.Acid.Res.12：8711-8721，包括pLGV23，pGHlac+，pBIN19，pAK2004和pDH51(Pouwels et al.，eds.(1985)Cloning Vectors.Elsevier：New York IBSN 0 444 904018)。
也是在另一个实施方案中，本发明核酸使用哺乳动物表达载体在哺乳动物细胞中表达。哺乳动物表达载体的实例包括pCDM8(Seed，B.(1987)Nature 329：840)和pMT2PC(Kaufman et al.(1987)EMBO J.6：187-195)。表达载体的控制功能，当时用在哺乳动物中时，经常是由病毒调节元素提供的。例如，通常使用的启动子来自多形瘤、腺病毒2、巨细胞病毒和猿猴病毒40。其他对于原核细胞和真核细胞都合适的表达体系，参见Sambrook，J.，Fritsh，E.F.，and Maniatis，T.Molecular Cloning：ALaboratory Manual.2nd，ed.Cold Spring Harbor Laboratory，Cold SpringHarbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY，1989的16章和17章。
在另一个实施方案中，重组的哺乳动物表达载体，能够指导特定细胞类型中优选核酸的表达(例如，组织特异性调节元素被用于表达核酸)。组织特异性调节元素在技术上是已知的。合适的组织特异性启动子的实例包括但不局限于，白蛋白启动子(肝脏特异；Pinkert et al.(1987)Gene Dev.1：268-277)，淋巴特异启动子(Calame and Eaton(1988)Adv.Immunol.43：235-275)，T-细胞受体的特殊启动子(Winoto and Baltimore(1989)EMBO J.8：729-933)和免疫球蛋白的特殊启动子(Banerji et al.(1983)Cell 33：729-740；Queen and Baltimore(1983)Cell 33：741-748)，神经元特异的启动子(例如神经丝启动子；Byrne and Ruddle(1989)PANS86：5473-5477)，胰腺特异的启动子(Edlund et al.(1985)Sctence 230：912-916)，以及乳腺特异的启动子(例如乳汁乳清启动子；U.S.Patent No.4,873,316和European Application Publication No.264,166)。也包括发育调节的启动子，例如鼠类hox启动子(Kessel and Gruss(1990)Science249：374-379)和α-胎蛋白启动子(Campes and Tilghman(1989)Genes Dev.3：537-546)。
本发明此外还提供了含有本发明DNA分子的重组表达载体，该DNA分子以反义方向克隆在表达载体中。也就是说，DNA分子可以可操作性的按以下方式连接到调节序列上，即允许与MP mRNA反义的RNA分子表达(通过DNA分子的转录)的方式。可以选择那些在各种细胞类型中指导反义RNA分子连续表达的调节序列，，例如病毒启动子和/或增强子，或者可以选择指导连续的、组织特异的或者细胞类型特异的反义RNA表达的调节序列，作为调节序列。反义表达载体可以以重组质粒、噬菌粒或者减毒病毒的形式存在，在其中反义核酸在高效调节区域的控制下产生，其活性可以通过引入载体的细胞类型来确定。关于使用反义基因调节基因表达，可以参见Weintraub，H.et al.，Antisense RNA as amolecular tool for genetics analysis，Review-Trends in Genetics，Vol.1(1)1986。
本发明的另一方面，涉及被引入本发明重组表达载体的宿主细胞的。术语“宿主细胞”和“重组宿主细胞”在此处可以交替使用。该术语应该理解为，不仅指被挑选的特定细胞，而且也指这些细胞的后代或者可能的后代。因为突变或者环境影响会使得某些修饰发生在成功的传代中，这些后代细胞实际上不可能与母细胞完全相同，但是也包含在此处使用的术语范围之内。
宿主细胞可以是任何原核或者真核细胞。例如，MP蛋白可以在像是谷氨酸棒杆菌这样的细菌细胞中、昆虫细胞中、酵母细胞中或者哺乳动物细胞(例如中国大鼠卵巢细胞(CHO)或者COS细胞)中表达。其他合适的宿主细胞，对于本领域技术人员来说是熟知的。可以用作本发明核酸和蛋白质分子宿主细胞的谷氨酸棒杆菌亲缘微生物，在表3中列出。
载体DNA可以通过常规转化或者转染技术，引入原核或者真核细胞。如此处所用的那样，术语“转化”和“转染”的意思是指各种本领域熟知的，把外源核酸(例如，线性DNA或者RNA(例如，线性载体或者没有载体的单独基因结构))或者以载体形式存在的核酸(例如，质粒、噬菌体、噬菌粒、噬菌粒、转座子或者其他DNA)转入宿主细胞的技术，包括磷酸钙或者氯化钙共沉淀，DEAE-右旋糖苷介导的转染，脂质转染，或者电传孔。转化或者转染宿主细胞的合适方法，可以在Sambrook，et al.(Molecular Cloning：A Laboratory Manual.2nd，ed.，ColdSpring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor Laboratory Press，ColdSpring Harbor，NY，1989)，以及其他实验室手册上找到。
已知，为了稳定的转染哺乳动物细胞，依靠使用的表达载体和转染技术，只有一小部分可以把外源DNA整合到其自身基因组中。为了鉴定和筛选这些整合体，编码筛选标记(例如，对抗生素的抗性)的基因通常与感兴趣的基因被一同引入宿主细胞。优选的筛选标记包括那些能赋予药物抗性的标记，例如G418、潮霉素和氨甲蝶呤。编码筛选标记的核酸，可以与MP蛋白在同一个载体上被引入宿主细胞，或者在单独的载体上引入宿主细胞。经被引入核酸稳定转染的细胞，可以使用药物筛选鉴定(例如，与筛选标记基因合并的细胞可以存活，而其他细胞则死掉)。
为了创造同源重组微生物，制备含有至少部分MP基因的载体，该基因具有缺失、添加或者取代，从而改变，例如功能性破坏，MP基因。优选的该是谷氨酸棒杆菌MP基因，但是它也可以是来自亲缘细菌的同源物，甚至是来自哺乳动物、酵母或者昆虫。在一个优选的实施方案中，设计载体，使得根据同源重组，内源MP基因被功能性破坏(即，不在编码功能蛋白质；也称作“敲除”载体)。另外，可以设计载体，使得根据同源重组，内源MP基因被发生突变或者改变，但是仍编码功能蛋白质(例如，改变上游调节区域，从而改变内源MP基因的表达)。在同源重组载体中，被改变的MP基因部分，在其5’和3’末端侧面连接有多余的MP核酸，使得同源重组可以发生在载体携带的外源MP基因和微生物的内源MP基因之间。多余的侧面连接的MP核酸具有足够的长度，可以与内源基因成功的发生同源重组。典型的，载体中含有几千个碱基的侧链DNA(5’和3’末端)(参见，例如，Thomas，K.R.，and Capecchi，M.R.(1987)Cell 51：503 for a description of homologous recombinationvectors)。引入微生物(例如电传孔)和细胞的载体，选择那些其中引入的MP基因与内源MP基因，使用技术上已知的技术可以同源重组的。
在另一个实施方案中，可以产生含有所选择系统的重组微生物，该系统允许调节引入基因的表达。例如，包含的MP基因在载体中处于lac操纵子的控制之下，使得MP基因只能在IPTG存在时表达。这种调节系统在技术上是熟知的。
在另一个实施方案中，宿主细胞中的内源MP基因被破坏(例如，通过同源重组或者其他技术上已知的遗传方法)，使得其蛋白质产物的表达不能发生。在另一个实施方案中，宿主细胞中的内源的或者引入的MP基因，经一个或者多个点突变、缺失或者倒置而改变，但是仍旧编码功能MP蛋白。而在另一个实施方案中，微生物MP基因的一个或者多个调节区域(例如，启动子、阻抑物或者诱导子)被改变(例如，通过缺失、剪切、倒置或者点突变)，使得MP基因的表达得到调节。本领域技术人员可以意识到，含有不止一个所述MP基因和蛋白质修饰的宿主细胞，使用本发明的方法可以很容易的产生，这些细胞也包含在本发明中。
本发明宿主细胞，例如培养的原核或者真核宿主细胞，可以用于产生(例如表达)MP蛋白。因此，本发明进一步提供了，使用本发明宿主细胞产生MP蛋白的方法。在一个实施方案中，该方法包括在合适的培养基中培养本发明的宿主细胞(其中引入了编码MP蛋白的重组表达载体，或者其基因组中引入了编码野生型或者改变的MP蛋白的基因)，直到产生MP蛋白。在另一个实施方案中，该方法进一步包括从培养基或者宿主细胞中分离MP蛋白。
C.分离的MP蛋白
本发明的另一方面涉及分离的MP蛋白及其生物活性部分的。“分离的”或者“纯化的”蛋白，或者其生物活性部分，当使用重组DNA技术生产时基本上没有细胞物质，当化学合成时基本上没有化学前体或者其他化学物质。术语“基本上不含细胞物质”包括这样的MP蛋白制备，其中蛋白质被从天然或者重组产生该蛋白质的细胞的细胞组分中分离出。在一个实施方案中，术语“基本上不含细胞物质”包括制备含有至少大约30％(干重)非MP蛋白(此处也称作“污染蛋白质”)的MP蛋白，更优选的含有少于大约20％的非MP蛋白，甚至更优选的含有少于大约10％的非MP蛋白，最优选的含有少于大约5％的非MP蛋白。当MP蛋白或者其生物活性部分经重组产生时，优选是基本上不含培养基，即培养基少于制备蛋白质体积的大约20％，优选的少于10％，最优选的少于大约5％。术语“基本上不含化学前体或者其他化学物质”包括这样的MP蛋白制备，其中蛋白质被从参与蛋白质合成的化学前体或者其他化学物质中分离出。在一个实施方案中，术语“基本上不含化学前体或者其他化学物质”包括制备含有至少大约30％(干重)化学前体或者非MP化学物质的MP蛋白，更优选的含有少于大约20％的化学前体或者非MP化学物质，甚至更优选的含有少于大约10％的化学前体或者非MP化学物质，最优选的含有少于大约5％的化学前体或者非MP化学物质。在一个优选的实施方案中，分离的蛋白质或者其生物活性部分，不含有来自获得MP蛋白的同一生物体的污染蛋白质。这种蛋白质典型的是由重组表达产生，例如像谷氨酸棒杆菌这样微生物中的谷氨酸棒杆菌MP蛋白的重组表达。
分离的本发明的MP蛋白或者其生物活性部分，能够催化氨基酸、维生素、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应或者具有一种或者多种列在表1中的活性。在一个优选的实施方案中，蛋白质或者其部分含有这样的氨基酸序列，该序列与本发明的氨基酸序列(例如，序列表偶数序列号序列中的一个序列)有充分的同源性，使得该蛋白质或者其生物活性部分，能够催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应。蛋白质的部分，优选是指此处描述的生物活性部分。在另一个优选的实施方案中，本发明的MP蛋白具有在序列表中以偶数序列号列出的氨基酸序列。在另一个优选的实施方案中，MP蛋白具有由核苷酸序列编码的氨基酸序列，该核苷酸序列与本发明的核苷酸序列(例如，序列表奇数序列号序列中的一个序列)杂交，例如在严格条件下杂交。在另一个优选的实施方案中，MP蛋白具有由这样的核苷酸序列编码的氨基酸序列，该核苷酸序列与本发明的一条核酸序列或者其部分，有至少大约50％，51％，52％，53％，54％，55％，56％，57％，58％，59％或者60％的同源性，优选的有至少大约61％，62％，63％，64％，65％，66％，67％，68％，69％或者70％的同源性，更优选的有至少大约71％，72％，73％，74％，75％，76％，77％，78％，79％或者80％，81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，88％，89％或者90％，或者91％，92％，93％，94％，以及甚至更优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性。介于上面引述的值之间的范围或者一致性值(例如，70-90％的一致性或者80-95％的一致性)，也有意的包含在本发明中。例如，有意的包含了这样的一致性值范围，这些范围是上面引用的上限和/或下限值的组合。本发明优选的MP蛋白也优选的具有至少一种此处描述的MP活性。例如，一种本发明优选的MP蛋白包含这样的核苷酸序列编码的氨基酸序列，该核苷酸序列与本发明的核苷酸序列杂交，例如在严格条件下杂交，并且该序列能够催化氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖代谢途径中的酶促反应，或者具有一种或者多种列在表1中的活性。
在其他实施方案中，MP蛋白与本发明的氨基酸序列(例如，序列表偶数序列号序列中的一个序列)有充分的同源性，并且具有本发明氨基酸序列蛋白质的功能活性，正如以上I部分详细描述的那样，其氨基酸序列由于天然改变或者突变而有所不同。因此，在另一个实施方案中，MP蛋白是这样的蛋白质，它具有的氨基酸序列与本发明的完全氨基酸序列，有至少大约50％，51％，52％，53％，54％，55％，56％，57％，58％，59％或者60％的同源性，优选的有至少大约61％，62％，63％，64％，65％，66％，67％，68％，69％或者70％的同源性，更优选的有至少大约71％，72％，73％，74％，75％，76％，77％，78％，79％或者80％，81％，82％，83％，84％，85％，86％，87％，88％，88％，89％或者90％，或者91％，92％，93％，94％，以及甚至更优选的有至少大约95％，96％，97％，98％，99％或者更高的同源性，并且具有至少一种此处描述的MP活性。介于上面引述的值之间的范围或者一致性值(例如，70-90％的一致性或者80-95％的一致性)，也有意的包含在本发明中。例如，有意的包含了这样的一致性值范围，这些范围是上面引用的上限和/或下限值的组合。在另一个实施方案中，本发明与这样的全长谷氨酸棒杆菌蛋白质有关，该蛋白质与本发明的氨基酸序列有充分的同源性。
MP蛋白的生物活性部分包含这样的多肽，该多肽含有来自MP蛋白氨基酸序列的氨基酸序列，例如，序列表偶数序列号的氨基酸序列或者与MP蛋白同源蛋白质的氨基酸序列，该部分含有比全长MP蛋白或者全长MP蛋白同源蛋白质更少的氨基酸，并且表现出至少一种MP蛋白活性。典型的生物活性部分(肽，例如，氨基酸长度为像是5，10，15，20，30，35，36，37，38，39，40，50，100或者更多的肽)包括一个具有至少一种MP蛋白活性的结构域或者基元。另外，其他生物活性部分，其中蛋白质的其他部分已被删除，可以通过重组技术制备，并鉴定其此处描述的一种或者多种活性。优选的MP蛋白的生物活性部分，含有一个或者多个挑选的具有生物活性的结构域/基元或者其部分。
MP蛋白优选的通过重组DNA技术生产。例如，把编码蛋白质的核酸分子克隆到表达载体中(如上所述)，将表达载体引入宿主细胞(如上所述)并在宿主细胞中表达MP蛋白。然后按照合适的纯化方案，使用标准蛋白质纯化技术，从细胞中分离MP蛋白。除了重组表达，可以使用标准肽合成技术化学合成MP蛋白、多肽或者肽。另外，天然MP蛋白可以从细胞(例如内皮细胞)中分离，例如使用抗-MP抗体，该抗体可以使用本发明的MP蛋白或者其部分通过标准技术产生。
本发明也提供了MP嵌合蛋白或者融合蛋白。如此处所用的，MP“嵌合蛋白”或者“融合蛋白”含有可操作性连接到非MP多肽上的MP多肽。“MP多肽”是指含有MP相关氨基酸序列的多肽，而“非MP蛋白”是指含有这样的蛋白质相关氨基酸序列的多肽，该蛋白质与MP蛋白没有基本的同源性，例如，来自相同或者不同生物体的与MP蛋白不同的蛋白质。在融合蛋白质中，术语“可操作性连接”的意思是指，MP蛋白与非MP蛋白相互之间是符合读框的融合。非MP多肽可以融合到MP多肽的N-末端或者C-末端。例如，在一个实施方案中，融合蛋白质是DST-MP融合蛋白，其中MP序列融合到GST序列的C-末端。该融合蛋白质有助于重组MP蛋白的纯化。在另一个实施方案中，融合蛋白质是在其N-末端有异源信号序列的MP蛋白。在某些宿主细胞(例如哺乳动物宿主细胞)中，通过使用异源信号序列可以增加MP蛋白的表达和/或分泌。
优选，本发明的嵌合蛋白或者融合蛋白通过标准重组DNA技术产生。例如，依照常规技术编码不同多肽序列的DNA片段被符合读框的连接在一起，例如，使用平头末端或者交错末端的末端连接，使用限制性酶进行消化以提供合适的末端，使用粘性末端补平作为合适的末端，使用碱性磷酸酶处理以避免不合需要的连接，以及使用酶促连接。在另一个实施方案中，可以使用常规技术包括自动DNA合成仪合成融合基因。另外，可以使用锚引物进行基因片段的PCR扩增，锚引物可以增加两条连续基因片段之间的互补的突出端，连续基因可以随后进行退火和再扩增而产生嵌合基因序列(参见，例如，Current Protocols in MolecularBiology，eds.Ausubel et al.John Wiley & Sons：1992)。另外，很多已经编码融合部分(例如GST多肽)的表达载体是商业提供的。MP-编码核酸可以被克隆到这种表达载体中，使得融合部分符合读框的连接到MP蛋白上。
MP蛋白的同源物可以通过突变产生，例如MP蛋白的不连续点突变或者剪切。如此处所用的，术语“同源物”是指MP蛋白的变体形式，它们可以用作MP蛋白活性的激动剂或者拮抗物。MP蛋白的激动剂可以基本上具有MP蛋白相同的或者部分的生物活性。MP蛋白的拮抗物可以抑制MP蛋白天然存在形式的一种或者多种活性，例如，通过与包含MP蛋白的MP系统的下游或者上游成员竞争性结合。因此，本发明的谷氨酸棒杆菌MP蛋白及其同源物，可以调节一条或者多条糖类转运途径的活性，或者调节MP蛋白在该微生物中发挥作用的细胞内信号传导途径的活性。
在另外的实施方案中，MP蛋白的同源物可以通过筛选MP蛋白突变体的组合文库，例如剪切突变体，来鉴定MP蛋白激动剂或者拮抗剂活性。在一个实施方案中，MP变体的多样性文库通过在核酸水平上组合性突变而产生，并由多样性基因文库编码。MP变体的多样性文库可以通过，例如，把合成的寡聚核苷酸混合物酶促连接到基因序列中，使得潜在MP序列的简并集合作为单个多肽，或者其中含有MP序列集合的更大的融合蛋白质(例如为了噬菌体展示)的集合，是可以表达的。有各种方法可以用于从简并寡聚核苷酸序列，产生潜在MP同源物文库。可以用自动DNA合成仪进行简并基因序列的化学合成，然后合成基因被连接到合适的表达载体中。基因简并集合的使用，允许混合的提供编码所需潜在MP序列集合的全部序列。合成简并寡聚核苷酸的方法在技术上是已知的(参见，例如，Narang，S.A.(1983)Tetrahedron 39：3；Itakura et al.(1984)Annu.Rev.Biochem.53：323；Itakura et al.(1984)Science 198：1056；Ike et al.(1983)Nucleic Acid Res.11：477)。
另外，编码MP蛋白片段的文库，可用于产生MP片段的多样性群体，该群体用于筛选并挑选MP蛋白的同源物。在一个实施方案中，编码序列片段的文库可以这样产生，即在大约每分子只产生一个切口的条件下，用核酸酶处理MP编码序列的双链PCR片段，变性双链DNA，复性DNA以形成双链DNA，该双链DNA可以包含从不同有切口的产物形成的有义/反义对，在重新形成的双螺旋中通过S1核酸酶处理除去单链部分，以及把最后得到的片段文库连接到表达载体中。通过该方法，可以得到编码N-末端、C-末端和不同大小MP蛋白中间片段的表达文库。
筛选由点突变或者剪切得到的组合文库中的基因产物的许多技术，以及筛选cDNA文库中具有所挑选特性基因产物的技术，在技术上都是已知的。这些技术都适用于由MP同源物组合突变得到的基因文库的快速筛选。筛选大型基因库的应用最广泛的技术，能够用于高产量分析，包括把基因组文库克隆到可复制表达载体中，用得到的载体文库转化载体文库，以及在一定条件下表达组合基因，在该条件下所需活性的检测有助于编码被检测产物基因的载体的分离。回归系综突变(REM)，一种增加文库中功能突变体频率的新技术，可以与筛选分析一起用于鉴定MP同源物(Arkin and Yourvan(1992)PANS 89：7811-7815；Delgrave et al.(1993)Protein Engineering 6(3)：327-331)。
在另一个实施方案中，使用技术上已知的方法，基于细胞的分析可以用于分析多样性MP文库。
D.本发明的应用和方法
此处描述的核酸分子、蛋白质、蛋白质同源物、融合蛋白质、引物、载体和宿主细胞，可以应用于下述一种或者多种方法中：鉴定谷氨酸棒杆菌和亲缘微生物；绘制谷氨酸棒杆菌亲缘生物体的基因组图谱；鉴定和定位谷氨酸棒杆菌的感兴趣序列；进化研究；确定MP蛋白的功能必需区域；MP蛋白活性调节；MP途径活性调节；所需化合物，例如精细化学物质的细胞生产的调节。
本发明MP核酸分子具有各种用途。首先，它们可以用于鉴定一种生物体是否是谷氨酸棒杆菌或者其近亲生物体。它们也可以用于鉴定混合微生物群体中谷氨酸棒杆菌或者其亲缘生物体的存在。本发明提供了许多谷氨酸棒杆菌基因的核酸序列；在严格条件下，使用跨越对谷氨酸棒杆菌特异基因的探针，探测从单一或者混合微生物培养物中提取的基因组DNA，可以确定该生物体是否存在。尽管谷氨酸棒杆菌本身是非致病性的，但是它与致病种类相关，例如白喉棒杆菌。白喉棒杆菌是白喉的致病源，白喉是一种发展迅速、急性、发烧的感染，它涉及局部病状和系统病状。得这种疾病时，上呼吸道发生局部病变，并且包括上皮细胞坏死性损伤；细菌分泌毒素，毒素从病变处散布到身体易受感染的末梢组织。这些组织包括心脏、肌肉、外周神经、肾上腺、肾脏、肝脏和脾脏，在其中由于蛋白质合成被抑制而造成的变质性改变，会导致该疾病的系统病状。白喉在世界许多地区保持高发病率，这些地区包括非洲、亚洲、东欧和前苏联的独立国家。从1990年起，在后两个地区白喉的持续流行，导致了至少5,000人死亡。
在一个实施方案中，本发明与鉴定受试者中白喉棒杆菌存在或者活性的方法有关。该方法包括鉴定受试者中本发明的一条或者多条核酸或者氨基酸序列(例如，分别列在序列表中的奇数或者偶数序列号序列)，从而检测受试者中白喉棒杆菌的存在或者活性。谷氨酸棒杆菌和白喉棒杆菌是有亲缘关系的细菌，谷氨酸棒杆菌中的许多核酸和蛋白质分子是白喉棒杆菌中核酸和蛋白质分子的同源物，因此也可以用于检测受试者中的白喉棒杆菌。
本发明的核酸和蛋白质分子也可以用作基因组特定区域的标记。这不仅在绘制基因组图谱时有用，而且可以用于谷氨酸棒杆菌蛋白质功能研究。例如，为了鉴定特定谷氨酸棒杆菌DNA结合蛋白与之结合的基因组区域，可以消化谷氨酸棒杆菌基因组，将片段与DNA结合蛋白孵育。与蛋白质结合的片段可以进一步用本发明的核酸分子探测，优选使用易检测标记；这些核酸分子与基因组片段的结合，可以定位片段在谷氨酸棒杆菌基因组图谱上的位置，而且，当使用不同的酶进行多次操作时，有助于快速确定蛋白质与之结合的核酸序列。另外，本发明核酸分子可以与亲缘种类有充分的同源性，使得这些核酸分子可以作为构建亲缘细菌基因组图谱的标记，例如乳发酵短杆菌。
本发明的MP核酸分子又可以用于进化和蛋白质结构研究。本发明分子参与的糖类摄取系统，被各种各样的细菌所使用；通过比较本发明核酸分子序列和那些在其他生物体中编码相似酶的核酸分子序列，可以估算生物体的进化相关性。类似的，这种比较允许估算保守序列区域和非保守序列区域，这可以有助于确定蛋白质中对于酶功能必需的区域。这种类型的确定对于蛋白质工程研究是有价值的，并且可以指示那些蛋白质可以忍受突变而不失去功能。
本发明MP核酸分子的操作可以导致具有与野生型MP蛋白不同功能的MP蛋白的产生。可以提高这些蛋白质的效率或者活性，可以使之以比通常更多的数目出现在细胞中，或者降低其效率或者活性。
本发明也提供了筛选可调节MP蛋白活性的分子的方法，这些分子或者通过与蛋白质本身或者底物相互作用，或者与MP蛋白的配偶体结合，或者通过调节本发明MP核酸分子的转录或者翻译来调节MP蛋白活性。在该方法中，表达一种或者多种MP蛋白的微生物，与一种或者多种试验化合物接触，并且评估每种测试化合物对于MP蛋白活性或者表达水平的作用。
当需要从谷氨酸棒杆菌的大规模发酵培养物中分离的所需精细化学物质是氨基酸、维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷或海藻糖时，通过重组遗传机制调节一种或多种本发明蛋白的活性效率或活性可以直接影响这些精细化学物质中的一种。例如，对所需氨基酸生物合成途径中的酶而言，该酶活性或效率的提高(包括存在多个拷贝的基因)应当导致所需氨基酸的生产或生产效率增加。对于其合成与所需氨基酸的生物合成竞争的氨基酸生物合成途径中的酶，该酶活性或效率的降低(包括基因缺失)会导致所需氨基酸生产或生产效率的增加，是由于对中间体化合物和/或能量的竞争减少。对于所需氨基酸降解途径的酶，该酶活性或效率的降低会导致所需产物的产量或生产效率更高，这是由于其降解减少了。最后，对所需氨基酸生物合成相关酶进行诱变使得该酶不再被反馈抑制，这会导致所需氨基酸的产量或生产效率提高。对本发明的维生素、辅因子、营养因子、核苷酸、核苷和海藻糖代谢相关的生物合成和降解酶来说，同样如此。
类似地，当所需精细化学物质不是上述化合物之一时，本发明的一种蛋白活性的调节仍有可能影响谷氨酸棒杆菌大规模培养生产该化合物的效率和/或产量。任何生物体的代谢途径都是密切关联的，一种途径使用的中间体经常由不同的途径供给。酶表达和功能可以根据不同代谢过程化合物的细胞水平来调节，基础生产必需的分子如氨基酸和核苷酸的细胞水平对大规模培养中的微生物活力具有重大影响。因此，调节一种氨基酸生物合成酶使得其对反馈抑制不再有反应或其效率或转变提高，会导致一种或多种氨基酸细胞水平增加。结果，该增加的氨基酸供给不但增加对蛋白质合成必需分子的供应，也会增加用作多种其它生物合成途径中的中间体和前体的分子的供应。如果细胞内特定氨基酸有限，增加其生产也会增加细胞进行多种其它代谢反应的能力，并使细胞更有效地生产各种蛋白，可能会增加大规模培养中的细胞总生产速率或存活能力。活力增加提高了发酵培养物中能够产生所需精细化学物质的细胞的数量，从而增加该化合物的产量。通过调节本发明降解酶活性，使得该酶不再催化对所需化合物生物合成重要，或使大规模培养物中的细胞生长和增殖更有效的细胞化合物的降解或催化效率降低，也会存在类似情况。应当强调的是，优化本发明某些分子的降解活性或降低生物合成活性也会对谷氨酸棒杆菌生产某些精细化学物质有正面作用。例如，通过降低与所需化合物生物合成途径竞争一种或多种中间体的途径中生物合成酶的活性效率，更多的中间体可以用于所需物质的转化。类似情形下需要提高一种或多种本发明蛋白的降解能力或效率。
前面提到的导致所需化合物产量增加的MP蛋白诱变方案的列表，并不意味着仅局限于此；这些诱变方案的变化对于本领域普通技术人员来说是很明白的。经过这些机制，本发明的核酸和蛋白质分子可以用于产生表达突变MP核酸和蛋白质分子的谷氨酸棒杆菌或者其亲缘菌株，从而增加所需化合物的产量、生产和/或生产效率。该所需化合物可以是谷氨酸棒杆菌的任何天然产物，这包括生物合成途径的最终产物和天然存在代谢途径的中间体，以及不是在谷氨酸棒杆菌代谢中天然存在但是由本发明谷氨酸棒杆菌菌株产生的分子。
本发明进一步由以下实例阐明，这些实例不应该被解释为仅局限于此。本申请中所引用的所有参考文献、专利申请、专利、发表的专利申请、表和序列列表中的内容，全部引入作为参考。
                                                   表1：包括的基因
赖氨酸生物合成
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 13579111315  246810121416   RXA02229RXS02970FRXA01009RXC02390RXC01796RXC01207RXC00657RXC00552   GR00653GR00287   27934714   36175943   DIAMINOPIMELATE EPIMERASE(EC 5.1.1.7)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)MEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN LYSINE METABOLISMMEMBRANE ASSOCIATED PROTEIN INVOLVED IN LYSINE METABOLISMCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF LYSINE ANDTHREONINETRANSCRIPTIONAL REGULATOR INVOLVED IN LYSINE METABOLISMCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN LYSINE METABOLISM
海藻糖
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
17192123  18202224   RXN00351F RXA00351RXA00873RXA00891   VV0135GR00066GR00241GR00243   37078148631005   3853229317584   ALPHA，ALPHA-TREHALOSE-PHOSPHATE SYNTHASE(UDP-FORMING)56KDSUBUNIT(EC 2.4.1.15)ALPHA，ALPHA-TREHALOSE-PHOSPHATE SYNTHASE(UDP-FORMING)56KDSUBUNIT(EC 2.4.1.15)trehalose synthase(EC 2.4.1.-)trehalose synthase(EC 2.4.1.-)
赖氨酸生物合成
  核酸SEQ ID NO 氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
  25272931333537394143 26283032343638404244   RXA00534RXA00533RXA02843RXA02022RXA00044RXA00863RXA00864RXA02843RXN00355F RXA00352   GR00137GR00137GR00642GR00613GR00007GR00236GR00236GR00842VV0135GR00068   4758346954320633458886169454331980861   34962438431694393163924434309614   ASPARTOKINASE ALPHA AND BETA SUBUNITS(EC 2.7.2.4)ASPARTATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE(EC 1.2.1.11)2，3，4，5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATEN-SUCCINYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.117)SUCCINYL-DIAMINOPIMELATE DESUCCINYLASE(EC 3.5.1.18)DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE(EC 4.2.1.52)DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE(EC 1.3.1.26)probable 2，3-dihydrodipicolinate N-C6-lyase(cyclizing)(EC 4.3.3.-)-Corynebacterium glutamnicum2，3，4，5-TETRAHYDROPYRIDNE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.117)MESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASEMESO-DIAMINOPIMELATE D-DEHYDROGENASE(EC 1.4.1.16)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
45474951535557596163656769  46485052545658606264666870   RXA00972RXA02653RXA01393RXA00241RXA01394RXA00865RXS02021RXS02157RXC00733RXC00861RXC00866RXC02095RXC03185   GR00274GR00752GR00408GR00036GR00408GR00236   352374249544343202647   137972343380694550183549   DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.20)DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.20)LYSINE EXPORT REGULATOR PROTEINL-LYSINE TRANSPORT PROTEINLYSINE EXPORTER PROTEINDIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE(EC 4.2.1.52)2，3，4，5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.117)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN LYSINEMETABOLISMPROTEIN INVOLVED IN LYSINE METABOLISMZN-DEPENDENT HYDROLASE INVOLVED IN LYSINE METABOLISMABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN LYSINEMETABOLISMPROTEIN INVOLVED IN LYSINE METABOLISM
谷氨酸和谷氨酰胺代谢
  核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
  717375777981838587899193959799101103105107  7274767880828486889092949698106102104106108   RXN00367F RXA00007F RXA00364F RXA00367RXN00076F RXA00075RXN00198F RXA00198RXN00365F RXA00365RXA00366RXA02072RXA00323RXA00335RXA00324RXN03176F RXA02879RXA00278RXA00727   VV0196GR00001GR00074GR00075VV0154GR00012VV0181GR00031VV0196GR00075GR00075GR00628GR00057GR00057GR00057VV0332GR10017GR00043GR00193   974471071296180627522757791621460763096112593855191805262222612614   14273891249644122341973682831523346052599519217750839686286215811525   GLUTAMATE SYNTHASE[NADH]PRECURSOR(EC 1.4.1.14)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)LARGE CHAIN PRECURSOR(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)LARGE CHAIN PRECURSOR(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)LARGE CHAIN PRECURSOR(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHINN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE[NADPH]SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)GLUTAMATE SYNTHASE(NADPH)SMALL CHAIN(EC 1.4.1.13)NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE(EC1.4.1.4)GLUTAMINE SYNTHETASE(EC 6.3.1.2)GLUTAMINE SYNTHETASE(EC 6.3.1.2)GLUTAMATE-AMMONIA-LIGASE ADENYLYLTRANSFERASE(EC 2.7.7.42)GLUTAMINASE(EC 3.5.1.2)GLUTAMINASE(EC 3.5.1.2)GLUTAMINE-BINDING PROTEIN PRECURSORGLUTAMINE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN PRECURSOR
                                                   表1(续)
丙氨酸和天冬氨酸及天冬酰胺代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
109111113115117119121123125127129131  110112114116118120122124126128130132   RXA02139RXN00116F RXA00116RXN00618F RXA00618F RXA00627RXA02550RXA02193RXA02432RXN03003RXN00508RXN00636   GR00639VV0100GR00018VV0135GR00163GR00164GR00729GR00645GR00708VV0138VV0086VV0135   67392697451010288213854158519422669680470120972   49012581449182746113827536516956578319944   ASPARAGINE SYNTHETASE(GLUTAMINE-HYDROLYZING)(EC 6.3.5.4)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMMONIA-LYASE(EC 4.3.1.1)L-ASPARAGINASE(EC 3.5.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ALANINE RACEMASE(EC 5.1.1.1)ALANINE RACEMASE，BIOSYNTHETIC(EC 5.1.1.1)
β-丙氨酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
133135137  134136138   RXA02536RXS00870RXS02299   GR00726   8581   7826   BETA-UREIDOPROPIONASE(EC 3.5.1.6)METHYLMALONATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE(ACYLATING)(EC 1.2.1.27)ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE PRECURSOR(EC 4.1.1.11)
甘氨酸和丝氨酸代谢
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO  编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 139141143145147149151153155157159161163165167  140142144146148150152154156158160162164166168  RXA01561RXA01850RXA00580RXA01821RXN02263F RXA02263RXA02176RXN02758F RXA02479F RXA02758F RXA02759RXA02501RXN03105RXS01130RXS03112   GR00435GR00525GR00156GR00515VV0202GR00654GR00641GR00766GR00717GR00766GR00766GR00720VV0074   11134817343102531178333454114545082393508253301504115857   204218276042987612160338131258146484464852201397715423   L-SERINE DEHYDRATASE(EC 4.2.1.13)L-SERINE DEHYDRATASE(EC 4.2.1.13)SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.1)SARCOSINE OXIDASE(EC 1.5.3.1)SARCOSINE OXIDASE(EC 1.5.3.1)SARCOSINE OXIDASE(EC 1.5.3.1)PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.52)PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.3)PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.3)PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.3)PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.3)PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.3)SARCOSINE OXIDASE(EC 1.5.3.1)D-3-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.95)D-3-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.95)
                                                   表1(续)
苏氨酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
169171173175177179181183  170172174176178180182184   RXN00969F RXA00974RXA00970RXA00330RXN00403F RXA00403RXC01207RXC00152   VV0149GR00274GR00273GR00057VV0086GR00088   1205326231611296870041723   133873015108714410689111832   HOMOSERINE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.3)HOMOSERINE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.3)HOMOSERINE KINASE)EC 2.7.1.39)THREONINE SYNTHASE(EC 4.2.99.2)HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASEHOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE (EC 2.3.1.11)CYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF LYSINE ANDTHREONINEMEMBRANE ASSOCIATED PROTEIN INVOLVED IN THREONINE METABOLISM
甲硫氨酸和S-腺苷甲硫氨酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止 功能
185187189191193195197199201203205207209211213215217219221  186188190192195196198200202204206208210212214216218220222   RXA00115RXN00403F RXA00403RXS03158F RXA00254RXA02532RXS03159F RXA02768RXA00216RXN00402F RXA00402RXA00405RXA02197RXN02198F RXA02198RXN03074F RXA02906RXN00132F RXA00132   GR00017VV0086GR00088GR00038GR00726GR00770GR00032VV0086GR00088GR00089GR00645VV0302GR00646VV0042GR10044VV0124GR00020   5359700417232404308519191628570787132894552922824832238114236127728   4313689111832181120392521152977018857638014025117266174164550457624 HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.31)HOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASEHOMOSERINE O-ACETYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.11)CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE(EC 4.2.99.9)CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE(EC 4.2.99.9)CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE(EC 4.2.99.9)CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE(EC 4.2.99.9)CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE(EC 4.2.99.9)5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase(methionine synthetase)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE--HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE--HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE--HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)S-ADENOSYLMETHIONINE：2-DEMETHYLMENAQUINONEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.-.-)S-ADENOSYLMETHIONINE：2-DEMETHYLMENAQUINONEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.-.-)ADENOSYLHOMOCYSTEINASE(EC 3.3.1.1)ADENOSYLHOMOCYSTEINASE(EC 3.3.1.1)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止  功能
223225227229231233235237239  224226228230232234236238240   F RXA01371RXN02085F RXA02085F RXA02086RXN02648F RXA02648F RXA02658RXC02238RXC00128   GR00398GR00629GR00629GR00751GR00752   233934965252525414764   363452955731473015447  ADENOSYLHOMOCYSTEINASE(EC 3.3.1.1)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF S-ADENOSYLMETHIONINE，PURINESAND PANTOTHENATEEXPORTED PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF PYRIDIMES ANDADENOSYLHOMOCYSTEINE
S-腺苷甲硫氨酸(SAM)生物合成
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
241  242   RXA02240   GR00654   7160   8380   S-ADENOSYLME THIONINE SYNTHETASE(EC 2.5.1.6)
半胱氨酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
243245247249251253255  244246248250252254256   RXA00780RXA00779RXN00402F RXA00402RXS00405RXC00164RXC01191   GR00206GR00206VV0086GR00088   1689550707871   2234148270188576   SERINE ACETYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.30)CYSTEINE SYNTHASE(EC 4.2.99.8)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)O-ACETYLHOMOSERINE SULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.10)/O-ACETYLSERINESULFHYDRYLASE(EC 4.2.99.8)ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN CYSTEINEMETABOLISMABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN CYSTEINEMETABOLISM
                                                     表1(续)
缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
257259261263265267269271273275277279281283285287  258260262264266268270272274276278280282284286288   RXA02646RXA00766RXN01690F RXA01690RXN01026F RXA01026RXN01127F RXA01132RXN00536F RXA00536RXN02965RXN01929F RXA01929RXN01420RXS01145F RXA01145   GR00751GR00204VV0246GR00473VV0143GR00294VV0157GR00315VV0219GR00137VV0143VV0127GR00555VV0122GR00321   38565091129612489171144911349612861287711475902766155841075   258842491961967513160234721651749873607121484021960146431530   THREONINE DEHYDRATASE BIOSYNTHETIC(EC 4.2.1.16)BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.42)BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.42)BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.42)3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE LARGE SUBUNIT(EC 4.2.1.33)3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE LARGE SUBUNIT(EC 4.2.1.33)3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.85)3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.85)2-ISOPROPYLMALATE SYNTHASE(EC 4.1.3.12)2-ISOPROPYLMALATE SYNTHASE(EC 4.1.3.1)3-ISOPROPYLMALATE DEHYDRATASE SMALL SUBUNIT(EC 4.2.1.33)3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.11)/DECARBOXYLASE (EC 4.1.1.44)3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.11)4″-MYCAROSYL ISOVALERYL-COA TRANSFERASE(EC 2.-.-.-)KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE(EC 1.1.1.86)KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE(EC 1.1.1.86)
精氨酸和脯氨酸代谢
脯氨酸生物合成酶：
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 289291293295297299301303305  290292294296298300302304306   RXA02375RXN02382F RXA02378F RXA02382RXA02499RXS02157RXS02262RXS02970F RXA01009   GR00689VV0213GR00690GR00691GR00720GR00287   144951626242493118834714   2233867161894126925943   GLUTAMATE 5-KINASE(EC 2.7.2.11)GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE(GPR)(EC 1.2.1.41)GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE(GPR)(EC 1.2.1.41)GAMMA-GLUTAMYL PHOSPHATE REDUCTASE(GPR)(EC 1.2.1.41)PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE(EC 1.5.12)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 26.1.11)ORNITHINE CYCLODEAMINASE(EC 4.3.1.12)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)
                                                   表1(续)
脯氨酸降解酶：
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
307309311313  308310312314   RXN00023F RXA00023F RXA02284RXC02498   VV0127GR00003GR00660   6815823028   647034545   PROLINE DEHYDROGENASE(EC 1.5.99.8)/DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE(EC 1.5.1.12)PROLINE DEHYDROGENASE(EC 1.5.99.8)/DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE(EC 1.5.1.12)PROLINE DEHYDROGENASE(EC 1.5.99.8)/DELTA-1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE(EC 1.5.1.12)PROTEIN INVOLVED IN PROLINE METABOLISM
3-羟基-脯氨酸合成：
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
315  316   RXA01491   GR00423   5337   4687   DNA FOR L-PROLINE 3-HYDROXYLASE，COMPLETE CDS
鸟氨酸、精氨酸和亚精胺代谢酶：
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 317319321323325327329331333335337339341343345347349351353355357359  318320322324326328330332334336338340342344346348350352354356358360   RXA02155RXA02156RXN02153F RXA02153RXA02154RXA02157RXS02970F RXA01009RXA02158RXA02160RXN02162F RXA02161F RXA02162RXA02262RXA00219RXA01508RXA01757RXA02159RXN02154RXS00147RXS00905RXS00906   GR00640GR00640VV0122GR00640GR00640GR00640GR00287GR00640GR00640VV0122GR00640GR00640GR00654GR00032GR00424GR00498GR00640VV0122   1913312514106757153640794714526869146683818089493229119289126522942623113327   30764075133271536182652515943622481165253896296113343620230141902142674313037   GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.35)/AMINO-ACIDACETYLTRANSFERASE(EC 2.3.1.1)ACETYLGLUTAMATE KINASE(EC 2.7.2.8)N-ACETYL-GAMMA-GLUTAMYL-PHOSPHATEREDUCTASE(EC 1.2.1.38)N-ACETYLGLUTAMATE-5-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASEN-ACETYLGLUTAMATE-5-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASEACEYYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE(EC 2.1.3.3)ARGININOSUCCINATE SYNTHASE(EC 6.3.4.5)ARGININOSUCCINATE LYASE(EC 4.3.2.1)ARGININOSUCCINATE LYASE(EC 4.3.2.1)ARGININOSUCCINATE LYASE(EC 4.3.2.1)ORNITHINE CYCLODEAMINASE(EC 4.3.1.12)SPERMIDINE SYNTHASE(EC 2.5.1.16)SPERMIDINE SYNTHASE(EC 2.5.1.16)PUTRESCINE OXIDASE(EC 1.4.3.10)ARGININE HYDROXIMATE RESISTANCE PROTEINN-ACETYL-GAMMA-GLUTAMYL-PHOSPHATE REDUCTASE(EC 1.2.1.38)CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE SMALL CHAIN(EC 6.3.5.5)N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
361363365367369371373  362364366368370372374   RXS00907RXS02001RXS02101RXS02234F RXA02234RXS02565RXS02937 GR00654 1 3198   N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)N-ACYL-L-AMINO ACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN(EC 6.3.5.5)CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN(EC 6.3.5.5)N-ACYL-L-AMINOACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)N-ACYL-L-AMINOACID AMIDOHYDROLASE(EC 3.5.1.14)
组氨酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
375377379381383385387389391393395397399401403405407409  376378380382384386388390392394396398400402404406406410   RXA02194RXA02195RXA01097RXA01100RXA01101RXN01657F RXA01657RXA01098RXN01104F RXA01104RXN00446F RXA00446RXA01105RXA01106RXC00930RXC01096RXC01656RXC01158   GR00645GR00645GR00306GR00306GR00306VV0010GR00460GR00306VV0059GR00306VV0112GR00106GR00306GR00306   2897318647267072772639950244454997037109272418141204413378   205529174373633570943935129444726643210322233185251094712053   ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.17)PHOSPHORIBOSYL-ATP PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC 3.6.1.31)PHOSPHORIBOSYL-AMP CYCLOHYDROLASE(EC 3.5.4.19)PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDERIBOTIDE ISOMERASE(EC 5.3.1.16)AMIDOTRANSFERASE HISH(EC 2.4.2.-)AMIDOTRANSFERASE HISH(EC 2.4.2.-)AMIDOTRANSFERASE HISH(EC 2.4.2.-)HISF PROTEINIMIDAZOLEGLYCEROL-PHOSPHATE DEHYDRATASE(EC 4.2.1.19)IMIDAZOLEGLYCEROL-PHOSPHATE DEHYDRATASE(EC 4.2.1.19)/HISTIDINOL-PHOSPHATASE(EC 3.1.3.15)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)HISTIDINOL DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.23)PROTEIN INVOLVED IN HISTIDINE METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN HISTIDINE METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN HISTIDINE METABOLISMMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN HISTIDINE METABOLISM
芳族氨基酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
411413415417419421  412414416418420422   RXA02458RXA02790RXN00954F RXA00954RXN00957F RXA00957   GR00712GR00777VV0247GR00263VV0208GR00264   305658063197312113   43456948257759027641130   3-PHOSPHOSHIKIMATE1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE(EC 2.5.1.19)4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE(EC 4.-.-.-)ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.18)ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.18)ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I(EC 4.1.3.27)ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT I(EC 4.1.3.27)
                                                         表1(续)
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 423425427429431433435437439441443445447449451453455457459461463465467469471473475477479481483485487489491493495497499501503  424426428430432434436438440442444446448450452454456458460462464466468470472474476478480482484486488490492494496498500502504   RXA02687RXN01698F RXA01698RXA01095RXA00955RXA02814RXA00229RXA02093RXA02791RXA01699RXA00952RXN00956F RXA00956RXA00064RXN00448F RXA00448F RXA00452RXA00584RXA00579RXA00958RXN03007RXN02918RXN01116RXN01115RXS00116FRXA00116RXS00391RXS00393F RXA00393RXS00446F RXA00446RXS00618F RXA00618F RXA00627RXS01105RXS02315RXS02550RXS02319RXS02908RXS03003RXS03026   GR00754VV0134GR00477GR00306GR00263GR00795GR00033GR00629GR00777GR00477GR00262VV0247GR00263GR00010VV0112GR00109GR00110GR00156GR00156GR00264VV0208VV0086VV0182VV0182GR00018GR00086GR00108GR00163GR00164   113061150723603586598171512444696898497114020272499339593854113845946113034102544774971034751040304213854   12250127369912821200712893613247779515539364315737763294066810991026040871753377825887688611099449115257461138   CHORISMATE MUTASE(EC 5.4.99.5)/PREPHENATE DEHYORATASE(EC4.2.1.51)CHORISMATE SYNTHASE(EC 4.6.1.4)CHORISMATE SYNTHASE(EC 4.6.1.4)INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTTASE(EC 4.1.1.48)INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE(EC 4.1.1.48)/N-(5′-PHOSPHO-RIBOSYL)ANTHRANILATE ISOMERASE(EC 5.3.1.24)ISOCHORISMATE MUTASESHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.25)SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.25)SHIKIMATE 5-DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.25)SHIKIMATEK INASE(EC 2.7.1.71)TRYPtopHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN(EC 4.2.1.20)TRYPtopHAN SYNTHASE BETA CHAIN(EC 4.2.1.20)TRYPtopHAN SYNTHASE BETA CHAIN(EC 4.2.1.20)TYROSINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.5)PREPHENATE DEHYDROGENASE(EC 1.3.1.12)PREPHENATE DEHYDROGENASE(EC 1.3.1.12)PREPHENATE DEHYDROGENASE(EC 1.3.1.12)PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE(EC 4.1.2.15)PARA-AMINOBENZOATE SYNTHASE COMPONENT I(EC 4.1.3.-)PARA-AMINOBENZOATE SYNTHASE GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASECOMPONENT II(EC 4.1.3.-)/ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II(EC4.1.3.27)ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II(EC 4.1.3.27)TRYPtopHAN SYNTHASE BETA CHAIN(EC 4.2.1.20)3-OXOADIPATE COA-TRANSFERASESUBUNIT B (EC 2.8.3.6)3-OXOADIPATE ENOL-LACTONE HYDROLASE(EC 3.1.1.24)/4-CARBOXYMUCONOLACTONEASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)O-SUCCINYLBENZOICACID-COALIGASE(EC 6.2.1.26)1，4-DIHYDROXY-2-NAPHTHOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE(EC 2.5.-.-)1，4-DIHYDROXY-2-NAPHTHOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE(EC 2.5.-.-)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.9)2-SUCCINYL-6-HYDROXY-2，4-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATESYNTHASE/2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.71)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)NAPHTHOATE SYNTHASE(EC 4.1.3.36)O-SUCCINYLBENZOIC ACID-COA LIGASE(EC 6.2.1.26)ASPARTATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.1)3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE(EC 4.2.1.10)
                                                   表1(续)
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 505507509511513  506508510512514   RXS03074RXC01434RXC02080RXC02789RXC02295   S-ADENOSYLMETHIONINE：2-DEMETHYLMENAQUINONEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.-.-)MEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF AROMATICAMINOACIDS AND RIBOFLVINMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF AROMATICAMINO ACIDSCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF AROMATIC AMINOACIDSMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED INMETABOLISM OF AROMATICAMINO ACIDS
氨基丁酸代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
515517519  516518520   RXN03063RXN02970F RXA01009   VV0035VV0021GR00287   66647144714   169760815943   4-aminobutyrate aminotransterase(EC 2.6.1.19)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)ACETYLORNITHINE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.11)
维生素、维生素样物质(辅因子)、营养因子
硫胺素代谢
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 521523525527529531533535537539541543545547549551  522524526528530532534536538540542544546548550552   RXA01551RXA01019RXA01352RXA01381RXA01360RXA01361RXA01208RXA00838RXA02400RXN01209F RXA01209RXN01413RXN01617F RXA01617RXS01807RXC01021   GR00431GR00291GR00393GR00403GR00394GR0094GR00348GR00227GR00699VV0270GR00348VV0050VV0050GR00451   294566093206162983229153219881019101927306221872   481999542286437810326332557244624462790522858616   THIAMIN BIOSYNTHESISPROTEIN THICTHIAMIN-MONOPHOSPHATE KINASE(EC 2.7.4.16)THIAMIN-PHOSPHATE PYROPHOSPHORYLASE(EC 2.5.1.3)THIF PROTEINTHIG PROTEINTHIG PROTEINHYDROXYETHYLTHIAZOLE LONASE (EC 2.7.1.50)APBA PROTEINTHIAMIN BIOSYNTHESIS PROTEIN XPHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PYRIDOXINE KINASE(EC 2.7.1.35)CYTOSOLIC KINASE INVOLVED INMETABOLISM OF SUGARS AND THIAMIN
                                                              表1(续)
核黄素代谢
核酸SEQ ID NO   氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
553555557559561563565567569571573575577579581583585587589591593   554556558560562564566568570572574576578580582584586588590592594   RXN02246F RXA02246RXA02247RXN02248F RXA02248RXN02249F RXA02249RXA02250RXA01489RXA02135RXA01489RXN01712F RXA01712RXN02384RXN01560RXN00667RXC01711RXC02380F RXA02380RXC02921RXC01434   VV0130GR00654GR00654VV0130GR00654VV0130GR00654GR00654GR00423GR00639GR00423VV0191GR00484VV0213VV0319VV0109GR00691   43881429915286602115932730117212177783410280934108993265213867671363709   53711528215918728617197777717688183562388173623888298215267943835056   diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase(EC 3.5.4.26)/5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase(EC 1.1.1.193)RIBG PROTEIN riboflavin-specific deaminase [EC：3.5.4.-]RIBOFLAVIN SYNTHASE ALPHA CHAIN(EC 2.5.1.9)GTP CYCLOHYDROLASE II(EC 3.5.4.25)/3，4-DIHYDROXY-2-BUTANONE 4-PHOSPHATE SYNTHASERIBA PROTEIN-GTP cyclohydrolase II[EC：3.5.4.25]6，7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE(EC 2.5.1.9)RIBH PROTEIN-6，7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase(dmrl synthase，lumazinesynthase，riboflavin synthase beta chain)[EC：2.5.1.9]RIBX PROTEINRIBOFLAVIN KINASE(EC 2.7.1.26)/FMNADENYLYLTRANSFERASE(EC2.7.7.2)NICOTINATE-NUCLEOTIDE-DIMETHYLBENZIMIDAZOLEPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.21)RIBOFLAVIN KINASE(EC 2.7.1.26)/FMN ADENYLYLTRANSFERASE(EC2.7.7.2)RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE(EC 3.5.4.-)RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE(EC 3.5.4.-)ALPHA-RIBAZOLE-5′-PHOSPHATE PHOSPHATASE(EC 3.1.3.-)RIBOFLAVIN-SPECIFIC DEAMINASE(EC 3.5.4.-)DRAP DEAMINASEMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN RIBOFLAVIN METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN RIBOFLAVIN METABOLISMPredicted nucleotidyltransferasesCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVEDIN METABOLISM OF RIBOFLAVIN ANDLIPIDSMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OFAROMATICAMINO ACIDS AND RIBOFLAVIN
维生素B6代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
595  596   RXA01807   GR00509   7868   7077   PYRIDOXINE KINASE(EC 2.7.1.35)，pyridoxal/pyridoxine/pyridoxamine kinase
                                                   表1(续)
尼克酸、尼克酰胺、NAD和NADP
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 597599601603605  598600602604606   RXN02754FRXA02405F RXA02754RXA02112RXA02111   VV0084GR00701GR00766GR00632GR00632   22564774356004310   23901448864365593   NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.11)NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.11)NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.11)NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE(CARBOXYLATING)(EC2.4.2.19)QUINOLINATE SYNTHETASE A
NAD生物合成
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
607609  608610   RXA01073RXN02754   GR00300VV0084   127422564   210423901   NH(3)-DEPENDENT NAD(+)SYNTHETASE(EC 6.3.5.1)NICOTINATEPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.11)
泛酸和辅酶A(CoA)生物合成
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
611613615617619621623625627629631  612614616618620622624626628630632   RXA02299RXA01928RXN01929F RXA01929RXA01521RXS01145F RXA01145RXA02239RXA00581RXS00838RXC02238   GR00662GR00555VV0127GR00555GR00424GR00321GR00654GR00156   10452195747590276625167107557647572   10859112148402196025964153070498540   ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE PRECURSOR(EC 4.1.1.11)PANTOATE-BETA-ALANINE LIGASE(EC 6.3.2.1)3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.11)/DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.44)3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.11)PANTOATE-BETA-ALANINE LIGASE(EC 6.3.2.1)KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE(EC 1.1.1.86)KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE(EC 1.1.1.86)DNA/PANTOTHENATEMETABOLISMFLAVOPROTEINPANTOTHENATE KINASE(EC 2.7.1.33)2-DEHYDROPANTOATE 2-REDUCTASE(EC 1.1.1.169)PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF S-ADENOSYLMETHIONINEPURINESAND PANTOTHENATE
生物素代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
633  634   RXN03058   VV0028   8272   8754   BIOTIN SYNTHESIS PROTEIN BIOC
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
635637639641643645647649651653655657659  636638640642644646648650652654656658660   F RXA02903RXA00166RXA00633RXA00632RXA00295RXA00223RXN00262F RXA00262RXN00435F RXA00435F RXA02801RXA02516RXA02517   GR10040GR00025GR00166GR00166GR00047GR00032VV0123GR00040VV0112GR00100GR00782GR00723GR00723   11532365035562281340723967166817910037356343817242989   1201443092288161044082287915608897112092949429863435   BIOTIN SYNTHESIS PROTEIN BIOCBIOTIN SYNTHESIS PROTEIN BIOCADENOSYLIMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE(EC 2.6.1.62)DETHIOBIOTIN SYNTHETASE(EC 6.3.3.3)BIOTIN SYNTHASE(EC 2.8.1.6)NIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFS PROTEINNIFU PROTEIN
硫辛酸
  核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
  661663665667669671  662664666668670672   RXA01747RXA01746RXA02106RXS01183RXS01260RXS01261   GR00495GR00495GR00632   25061614472   354923661527   LIPOIC ACID SYNTHETASELIPOATE-PROTEIN LIGASE B(EC 6.-.-.-)LIPOATE-PROTEIN LIGASE A(EC 6.-.-.-)DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT(E2)OF 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX (EC 2.3.1.61)LIPOAMIDE DEHYDROGENASE COMPONENT(E3)OFBRANCHED-CHAINALPHA-KETO ACIDDEHYDROGENASE COMPLEX(EC 1.8.1.4)LIPOAMIDE DEHYDROGENASE COMPONENT(E3)OF BRANCHED-CHAINALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE COMPLEX(EC 1.8.1.4)
叶酸生物合成
  核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
  673675677679681683685687689  674676678680682684686688690   RXA02717RXN02027F RXA02027RXA00106RXN01321F RXA01321RXA00461RXA01514RXA01516   GR00758VV0296GR00616GR00014VV0082GR00384GR00116GR00424GR00424   18281503500174698868234282092222360   174001003617924978855912792150922749   5，10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE(EC 1.7.99.5)5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.2)5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.2)DIHYDROFOLATE REDUCTASE(EC 1.5.1.3)FORMYLTETRAHYDROFOLATE DEFORMYLASE(EC 3.5.1.10)FORMYLTETRAHYDROFOLATE DEFORMYLASE(EC 3.5.1.10)METHYLENETETRAHYDROFOLATEDEHYDROGENASE(EC 1.5.1.5)/METHENYLTETRAHYDROFOLATECYCLOHYDROLASE(EC 3.5.4.9)GTP CYCLOHYDROLASE I(EC 3.5.4.16)DIHYDRONEOPTERINALDOLASE(EC 4.1.2.25)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
691693695697699701703705707709711713715717719721723725727729731  692694696698700702704706706710712714716718720722724726728730732   RXA01515RXA02024RXA00106RXA00989RXA01517RXA00579RXA00958RXA02790RXA00106RXN02198F RXA02198RXN02085F RXA02085F RXA02086RXN02648F RXA02648F RXA02658RXS02197RXC00988RXC01518RXC01942   GR00424GR00613GR00014GR00280GR00424GR00156GR00264GR00777GR00014VV0302GR00646VV0126GR00629GR00629GR00751GR00752   215134026174692903227525946113058061746992282483848334965252525414764   22364478417924137123228408717536948179241172661071752955731473015447   DIHYDROPTEROATE SYNTHASE(EC 2.5.1.15)DIHYDROPTEROATE SYNTHASE(EC 2.5.1.15)DIHYDROFOLATE REDUCTASE(EC 1.5.1.3)FOLYLPOLYGLUTAMATESYNTHASE(EC 6.3.2.17)2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINEPYROPHOSPHOKINASE(EC 2.7.6.3)PARA-AMINOBENZOATE SYNTHASE COMPONENT I(EC 4.1.3.-)PARA-AMINOBENZOATE SYNTHASE GLUTAMINEAMIDOTRANSFERASECOMPONENT II(EC 4.1.3.-)/ANTHRANILATESYNTHASE COMPONENT II(EC4.1.3.27)4-AMINO-4-DEOXYCHORISMATE LYASE(EC 4.-.-.-)DIHYDROFOLATE REDUCTASE(EC 1.5.1.3)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROFOLATE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.13)PROTIN INVOLVED IN FOLATE METABOLISMMEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOLVED IN FOLATE METABOLISMATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN FOLATE METABOLISM
钼蝶呤代谢
  核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
  733735737739741743745747  734736738740742744746748   RXN02802F RXA02802F RXA00438RXN00437F RXA00437RXN00439F RXA00439F RXA00442   VV0112GR00783GR00103VV0112GR00103VV0112GR00104GR00105   173697362178243187422830   1629947479617369362182751961087   MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEINMOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEINMOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEB PROTEINMOLYBDOPTERIN(MPT)CONVERTING FACTOR，SUBUNIT 2MOLYBDOPTERIN(MPT)CONVERTING FACTOR，SUBUNIT 2MOLYBDOPTERIN CO-FACTOR SYNTHESIS PROTEINMOLYBDOPTERIN CO-FACTOR SYNTHESIS PROTEINMOLYBDOPTERIN CO-FACTOR SYNTHESIS PROTEIN
                                                   表1(续)
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 749751753755757759761763765767769771773775777779781783785787789791  750752754756758760762764766768770772774776778780782784786788790792   RXA00440RXN00441F RXA00441RXN02085F RXA02085F RXA02086RXN02648F RXA02648F RXA02658RXA01516RXA01515RXA02024RXA01719RXA01720RXS03223F RXA01970RXA02629RXA02318RXA01517RXN01304RXS02556RXS02560   GR00104VV0112GR00105GR00629GR00629GR00751GR00752GR00424GR00424GR00613GR00488GR00488GR00568GR00748GR00665GR00424VV0148   196199422349652525254147642236021513402612642476212749684227524449   654187797935295573147301544722749223644784704126812076909962232284934   MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN CBMOLYBDOPTERIN CO-FACTOR SYNTHESIS PROTEINMOLYBDOPTERIN CO-FACTOR SYNTHESIS PROTEIN5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)5-METHYLTETRAHYDROPTEROYLTRIGLUTAMATE-HOMOCYSTEINEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.14)DIHYDRONEOPTERINALDOLASE(EC 4.1.2.25)DIHYDROPTEROATE SYNTHASE(EC 2.5.1.15)DIHYDROPTEROATE SYNTHASE(EC 2.5.1.15)MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN AMOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEA PROTEINMOLYBDOFTERIN BIOSYNTHESIS MOEA PROTEINMOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOEA PROTEINMOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1PROTEIN(D90909)pterin-4a-carbinolamine dehydratase[Synechocystis sp.]2-AMINO-4-HYDROXY-6-HYDROXYMETHYLDIHYDROPTERIDINEPYROPHOSPHOKINASE(EC 2.7.6.3)MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS MOG PROTEINFLAVOHEMOPROTEIN/DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE(EC 1.6.99.7)OXYGEN-INSENSITIVE NAD(P)H NITROREDUCTASE(EC 1.-.-.-)/DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE(EC 1.6.99.7)
维生素B12、卟啉和血红素代谢
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
793795797799801803805807809811  794796798800802804806808810812   RXA00382RXA00156RXA00624RXA00306RXA00884RXN02503F RXA02503RXA00377RXN02504F RXA02504   GR00082GR00023GR00163GR00051GR00242VV0007GR00720GR00081VV0007GR00720   2752105097910220610137224561690614272280517379   14519400859612741127622854173403062336217816   GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE 2，1-AMINOMUTASE(EC 5.4.3.8)FERROCHELATASE(EC 4.99.1.1)FERROCHELATASE(EC 4.99.1.1)HEMK PROTEINOXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE(EC 1.-.-.-)PORPHOBILINOGEN DEAMINASE(EC 4.3.1.8)PORPHOBILINOGEN DEAMINASE(EC 4.3.1.8)UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.37)PORPHOBILINOGEN DEAMINASE(EC 4.3.1.8)PORPHOBILINOGEN DEAMINASE(EC 4.3.1.8)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
813815817819821823825827829831833835837839841843845847  814816818820822824826828830832834836838840842844846848   RXN01162F RXA01162RXA01692RXN00371F RXA00371F RXA00374RXN00383F RXA00376F RXA00383RXA01253RXA02134RXA02135RXA02136RXN03114RXN01810RXS03205F RXA00306RXC01715   VV0088GR00330GR00474VV0226GR00078GR00079VV0223GR00081GR00082GR00365GR00639GR00639GR00639VV0088VV0082   1849124814984180929110242062873876253617212809336211739   524474959736371286362863178780117362841552663   PRECORRIN-6Y METHYLASE(EC 2.1.1.-)PRECORRIN-6Y METHYLASE(EC 2.1.1.-)UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.107)UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.107)/UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE(EC 4.2.1.75)UROPORPHYRIN-III C-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.107)/UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE(EC 4.2.1.75)UROPORPHYRIN-III CMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.107)/UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE(EC 4.2.1.75)PROtopORPHYRINOGEN OXIDASE(EC 1.3.3.4)PROtopORPHYRINOGEN OXIDASE(EC 1.3.3.4)PROtopORPHYRINOGEN OXIDASE(EC 1.3.3.4)COBYRIC ACID SYNTHASECOBALAMIN(5′-PHOSPHATE)SYNTHASENICOTINATE-NUCUOTIDE--DIMETHYLBENZIMIDAZOLEPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.21)COBINAMIDE KINASE/COBINAMIDE PHOSPHATE GUANYLYLTRANSFERASECOBG PROTEIN(EC 1.-.-.-)HEMIN-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN HMUT PRECURSORHEMK PROTEINHEMK PROTEINCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN PORPHYRIN METABOLISM
维生素C前体
 核酸SEQ ID NO 氨基酸SEQ ID NO   编号  毗连群   NT起始   NT终止   功能
 849851853855857859861863865867 850852854856858860862864866868   RXN00420F RXA00420F RXA00426RXN00708F RXA00708RXA02373RXS00389RXS00419RXC00416RXC02206  VV0112GR00096GR00097VV0005GR00185GR00688   251121737467820301540   1048541225838721359626   L-GULONOLACTONE OXIDASE(EC 1.1.3.8)L-GULONOLACTONE OXIDASE(EC 1.1.3.8)L-GULONOLACTONE OXIDASE(EC 1.1.3.8)2，5-DIKETO-D-GLUCONIC ACID REDUCTASE(EC 1.1.1.-)2，5-DIKETO-D-GLUCONIC ACID REDUCTASE(EC 1.1.1.-)2，5-DIKETO-D-GLUCONIC ACID REDUCTASE(EC 1.1.1.-)oxoglutarate semialdehyde dehydrogenase(EC 1.2.1.-)ACETOACETYL-COA REDUCTASE(EC 1.1.1.36)MEMBRANE SPANNING PROTEIN INVOL VED IN METABOLISM OF VITAMIN C PRECURSORSOXIDOREDUCTASE INVOLVED IN METABOLISM OF VITAMIN C PRECURSORS
维生素K2
 核酸SEQ ID NO 氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 869 870   RXS03074   S-ADENOSYLMETHIONINE：2-DEMETHYLMENAQUINONEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.-.-)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
871873875877879881883  872874876878880882884   F RXA02906RXA02315RXA02319RXS00393F RXA00393RXA00391RXS02908   GR10044GR00665GR00665GR00086GR00086   11428011997740302031   64563831093349112750   S-ADENOSYLMETHIONINE：2-DEMETHYLMENAQUINONEMETHYLTRANSFERASE(EC 2.1.-.-)2-SUCCINYL-6-HYDROXY-2，4-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATESYNTHASE/2-OXOGLUTARATEDECARBOXYLASE(EC4.1.1.71)NAPHTHOATESYNTHASE(EC 4.1.3.36)1，4-DIHYDROXY-2-NAPHTHOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE(EC 2.5.-.-)1，4-DIHYDROXY-2-NAPHTHOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE(EC 2.5.-.-)O-SUCCINYLBENZOIC ACID-COA LIGASE(EC 6.2.1.26)O-SUCCINYLBENZOIC ACID-COA LIGASE(EC 6.2.1.26)
泛醌生物合成
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
885887889891893  886888890892894   RXA00997RXA02189RXA02311RXN02912RXS00998   GR00283GR00642GR00665VV0135   2389986307313299   1808249238412547   3-DEMETHYLUBIQUINONE-9 3-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.64)3-DEMETHYLUBIQUINONE-9 3-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.64)3-DEMETHYLUBIQUINONE-9 3-METHYLTRANSFERASE(EC 2.1.1.64)UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHLYTRANSFERASE UBIE(EC 2.1.1.-)COMA OPERON PROTEIN 2
嘌呤、嘧啶和其它核苷酸
嘌呤、嘧啶生物合成途径调控
嘌呤代谢
嘌呤生物合成
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 895897899901903905907909  896898900902904906908910   RXA01215RXN00558F RXA00558RXN00626F RXA00629F RXA00626RXA02623RXA01442   GR00352VV0103GR00148VV0135GR00165GR00164GR00746GR00418   11878235611162414501487510277   213958150110362171378042859054   RIBOSE-PHOSPHATE PYROPHOSPHOKINASE，PRPP synthetase(EC 2.7.6.1)AMIDOPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.14)AMIDOPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.14)PHOSPHORIBOSYLAMINE-GLYCINE LIGASE(EC 6.3.4.13)PHOSPHORIBOSYLAMINE-GLYCINE LIGASE(EC 6.3.4.13)PHOSPHORIBOSYLAMINE-GLYCINE LIGASE，GARS(EC 6.3.4.13)PHOSPHORIBOSYLAMINE-GLYCINE LIGASE(EC 6.3.4.13)/PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.1)/PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.2)PHOSPHORIBOSYLGLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE 2(EC 2.1.2.-)
                                                   表1(续)
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
911913915917919921923925927929931933935937939941943  912914916918920922924926928930932934936938940942944   RXN00537F RXA02805F RXA00537F RXA00561RXA00541RXA00620RXN00770F RXA00557F RXA00770RXN02345F RXA02345RXN02350F RXA02346F RXA02350RXA01087RXA00619RXA02622   VV0103GR00786GR00138GR00150GR00139GR00163VV0103GR00147GR00204VV0078GR00676VV0078GR00677GR00678GR00304GR00163GR00746   33515423222693049961415780947881534836912711204987934274   563663869728029373939107838187495598472588635911137322202715   PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE(EC 6.3.5.3)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE(EC 6.3.5.3)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE(EC 6.3.5.3)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE(EC 6.3.5.3)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE SYNTHASE(EC 6.3.5.3)PHOSPHORIBOSYLAMIDOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE(EC 6.3.2.6)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.1)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.1)PHOSPHORIBOSYLFORMYLGLYCINAMIDINE CYCLO-LIGASE(EC 6.3.3.1)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE ATPASE SUBUNIT(EC4.1.1.21)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE ATPASE SUBUNIT(EC4.1.1.21)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLECARBOXYLASE CATALYTIC SUBUNIT(EC 4.1.1.21)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE CATALYTIC SUBUNIT(EC 4.1.1.21)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE CATALYTIC SUBUNIT(EC 4.1.1.21)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE(EC 4.1.1.21)ADENYLOSUCCINATE LYASE(EC 4.3.2.2)PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLECARBOXAMIDE FORMYLTRANSFERASE(EC 2.1.2.3)/IMP CYCLOHYOROLASE(EC 3.5.4.10)
GMP、GDP、AMP和ADP合成，始自肌苷-5′-单磷酸(IMP)
核酸SEQ ID NO   氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
945947949951953955957959961963965   946948950952954956958960962964966   RXN00488F RXA00492F RXA00488RXA02469RXN00487F RXA00487RXA02237RXA01446RXA00619RXA00688RXA00266   VV0086GR00122GR00121GR00715VV0086GR00120GR00654GR00418GR00163GR00179GR00040   1906611711192723734712457717765793104433769   2058316445344972530220975146164762220109853362   INOSINE-5′-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.205)INOSINE-5′-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.205)INOSINE-5′-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.205)INOSINE-5′-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE(EC 1.1.1.205)GMP SYNTHASE[GLUTAMINE-HYDROLYZING](EC 6.3.5.2)GMP SYNTHASE(EC 6.3.4.1)GUANYLATE KINASE(EC 2.7.4.8)ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE(EC 6.3.4.4)ADENYLOSUCCINATE LYASE(EC 4.3.2.2)ADENYLATE KINASE(EC 2.7.4.3)NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE(EC 2.7.4.6)
                                         表1(续)
GMP/AMP降解活性
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
967969971  968970972   RXA00489RXN02281F RXA02281   GR00121VV0152GR00659   65418931101   1775332334   GMP REDUCTASE(EC 1.6.6.8)AMP NUCLEOSIDASE(EC 3.2.2.4)AMP NUCLEOSIDASE(EC 3.2.2.4)
嘧啶代谢
嘧啶从头生物合成：
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
973975977979981983985987989991993995997999100110031005100710091011101310151017  9749769789809829849869889909929949969981000100210041006100810101012101410161018   RXA00147RXA00145RXA00146RXA02208RXA01660RXA02235RXN01892F RXA01892RXA00105RXA00131RXA00266RXA00718RXA01599RXN02234F RXA02234RXN00450F RXA00450RXN02272F RXA02272RXN03004RXN03137RXN03171F RXA02857   GR00022GR00022GR00022GR00647GR00462GR00654VV0150GR00542GR00014GR00020GR00040GR00188GR00447VV0134GR00654VV0112GR00110VV0020GR00655VV0237VV0129VV0328GR10003   972272588249259132073020471667276213769457687802470813449132215566669118629680568570   1090081939589100311424040374877517346701333625283104412804631983481451681079352341957910801082   CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE SMALL CHAIN(EC 6.3.5.5)ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN(EC 2.1.3.2)DIHYDROOROTASE(EC 3.5.2.3)DIHYDROOROTATEDEHYDROGENASE(EC 1.3.3.1)OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.10)OROTIDINE 5′-PHOSPHATE DECARBOXYLASE(EC 4.1.1.23)URIDYLATE KINASE(EC 2.7.4.-)URIDYLATE KINASE (EC 2.7.4.-)THYMIDYLATE SYNTHASE(EC 2.1.1.45)THYMIDYLATE KINASE(EC 2.7.4.9)NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE(EC 2.7.4.6)CYTIDYLATEKINASE(EC 2.7.4.14)CTP SYNTHASE(EC 6.3.4.2)CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN(EC 6.3.5.5)CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHASE LARGE CHAIN(EC 6.3.5.5)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)CREATININE DEAMINASE(EC 3.5.4.21)DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATEDEAMINASE(EC 3.5.4.13)THYMIDYLATE SYNTHASE(EC 2.1.1.45)URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.9)URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.9)
                                                   表1(续)
嘌呤和嘧啶碱基、核苷酸和核苷补救、相互转化、还原和降解：
嘌呤：
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 1019102110231025102710291031103310351037103910411043104510471049105110531055  1020102210241026102810301032103410361038104010421044104610481050105210541056   RXA02771RXA01512RXA02031RXA00981RXN02772F RXA02772F RXA02773RXA01835RXA01483RXN01027F RXA01024F RXA01027RXA01528RXA00072RXA01878RXN02281F RXA02281RXN01240RXN02008   GR00772GR00424GR00618GR00276VV0171GR00772GR00772GR00517GR00422VV0143GR00293GR00294GR00425GR00012GR00537VV0152GR00659VV0090VV0171   13291763338203388204519622741314719511576166125805653446123918931101304421138   18831823233474017101127412902367718240676852347512662117332334294205   ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.7)HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.8)XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.22)GTP PYROPHOSPHOKINASE(EC 2.7.6.5)GUANOSINE-3′，5′-BIS(DIPHOSPHATE)3′-PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC3.1.7.2)GUANOSINE-3′，5′-BIS(DIPHOSPHATE)3′-PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC3.1.7.2)GUANOSINE-3′，5′-BIS(DIPHOSPHATE)3′-PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC3.1.7.2)GUANOSINE-3′，5′-BIS(DIPHOSPHATE)3′-PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC3.1.7.2)DEOXYGUANOSINETRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE (EC 3.1.5.1)DIADENOSINE 5′，5-P1，P4-TETRAPHOSPHATE HYDROLASE(EC 3.6.1.17)DIADENOSINE 5′，5-P1，P4-TETRAPHOSPHATE HYDROLASE(EC 3.6.1.17)DIADENOSINE 5′，5-P1，P4-TETRAPHOSPHATE HYDROLASE(EC 3.6.1.17)DIADENOSINE 5′，5-P1，P4-TETRAPHOSPHATE HYDROLASE(EC 3.6.1.17)PHOSPHOADENOSINE PHOSPHOSULFATE REDUCTASE(EC 1.8.99.4)DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE(EC 2.1.1.-)AMP NUCLEOSIDASE(EC 3.2.2.4)AMP NUCLEOSIDASE(EC 3.2.2.4)GTP PYROPHOSPHOKINASE(EC 2.7.6.5)GUANOSINE-3′，5′-BIS(DIPHOSPHATE)3′-PYROPHOSPHOHYDROLASE(EC3.1.7.2)
嘧啶和嘌呤代谢：
 核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 1057105910611063106510671069107110731075107710791081  1058106010621064106610681070107210741076107810801082   RXN01940F RXA01940RXA02559RXA02497RXN01079F RXA01079F RXA01084RXN01920F RXA01920RXA01080RXA00867RXA01416RXA01486   VV0120GR00557GR00731GR00720VV0084GR00301GR00302VV0084GR00550GR00301GR00237GR00413GR00423   102683541810059380846933402328431321124012660   93335816320109853598242062318429087976276314   INOSINE-URIDINE PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE(EC 3.2.2.1)INOSINE-URIDINE PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE(EC 3.2.2.1)INOSINE-URIDINE PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE(EC 3.2.2.1)EXOPOLYPHOSPHATASE(EC 3.6.1.11)RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE ALPHA CHAIN(EC 1.17.4.1)RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE ALPHA CHAIN(EC 1.17.4.1)RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE ALPHA CHAIN(EC 1.17.4.1)RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATEREDUCTASE 2 BETA CHAIN(EC 1.17.4.1)RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SUBUNITR2FNRDI PROTEINPOLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE(EC 2.7.7.8)POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE(EC 2.7.7.8)POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE(EC 2.7.7.8)
                                                   表1(续)
 核酸SEQ ID NO 氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
 10831085108710891091109310951097109911011103 10841086108810901092109410961098110011021104   RXA01678RXA01679RXN01488RXC00540RXC00560RXC01088RXC02624RXC02665RXC02770RXC02238RXC01946   GR00467GR00467VV0139   7162772939842   7689896440789   2′，3′-CYCLIC-NUCLEOTIDE 2′-PHOSPHODIESTERASE(EC 3.1.4.16)2′，3′-CYCLIC-NUCLEOTIDE 2′-PHOSPHODIESTERASE(EC 3.1.4.16)INOSINE-URIDINE PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE(EC 3.2.2.1)CYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMCYTOSOLIC PROT EIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMMEMBRANE SPANNINGPROTEIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMLIPOPROTEIN INVOLVED IN PURINE METABOLISMPROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF S-ADENOSYLMETHIONINE，PURINESAND PANTOTHENATEABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN INVOLVED IN PURINEMETABOLISM
嘧啶：
核酸SEQ ID NO  氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
11051107110911111113111511171119112111231125112711291131113311351137  11061108111011121114111611181120112211241126112811301132113411361138   RXN03171F RXA02857RXN00450F RXA00450RXA00465RXA00717RXA01894RXA02536RXN01209F RXA01209RXN01617F RXA01617RXC01600RXC01622RXC00128RXC01709RXC02207   VV0328GR10003VV0112GR00110GR00117GR00188GR00542GR00726VV0270GR00348VV0050GR00451   5685703449132233736171622858110191019221872   108010823481458284576247678262446244622858616   URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.9)URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE(EC 2.4.2.9)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)CYTOSINE DEAMINASE(EC 3.5.4.1)RIBOSOMAL LARGE SUBUNIT PSEUDOURIDINE SYNTHASE B(EC 4.2.1.70)PHOSPHATIDATE CYTIDYLYLTRANSFERASE(EC 2.7.7.41)BETA-UREIDOPROPIONASE(EC 3.5.1.6)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE(EC 2.7.4.7)CYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN PYRIMIDINE METABOLISMCYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN PYRIMIDINE METABOLISMEXPORTED PROTEIN INVOLVED IN METABOLISM OF PYRIDIMES ANDADENOSYLHOMOCYSTEINECYTOSOLIC PROTEIN INVOLVED IN PYRIMIDINE METABOLISMEXPORTED PROTEIN INVOLVED IN PYRIMIDINE METABOLISM
                                                   表1(续)
糖
海藻糖
核酸SEQ ID NO   氨基酸SEQ ID NO   编号   毗连群   NT起始   NT终止   功能
113911411143114511471149115111531155   114011421144114611481150115211541156   RXA00347RXN01239F RXA01239RXA02645RXN02355RXN02909RXS00349RXS03183RXC00874   GR00065VV0090GR00358GR00751VV0051VV0135   24632921514771473538532   10133048975792543439017 TREHALOSE-PHOSPHATASE(EC 3.1.3.12)maltooligosyltrehalose synthasemaltooligosyltrehalose synthasemaltooligosyltrehalose trehalohydrolaseTREHALOSE/MALTOSE BINDING PROTEINHypothetical Trehalose-Binding ProteinHypothetical Trehalose Transport ProteinTREHALOSE/MALTOSE BINDING PROTEINTRANSMEBRANE PROTEIN INVOLVED IN TREHALOSE METABOLISM
                                                                      表2-排除的基因
  GenBankTM检索号   基因名称   基因功能   文献
  A09073   ppg   Phosphoenol pyruvate carboxylase   Bachmann，B.et al.“DNA fragment coding for phosphoenolpyruvatcorboxylase，recombinant DNA carrying said fragment，strains carrying therecombinant DNA and method for producing L-aminino acids using saidstrains，”Patent：EP 0358940-A 3 03/21/90
  A45579，A45581，A45583，A45585A45587   Threonine dehydratase   Moeckel，B.et al.“Production of L-isoleucine by means of recombinantmicro-organisms with deregulated threonine dehydratase，”Patent：WO9519442-A 507/20/95
  AB003132   murC；ftsQ；ftsZ   Kobayashi，M.et al.“Cloning，sequencing，and characterization of the ftsZgene from coryneform bacteria，”Biochem.Biophys.Res.Commun.，236(2)：383-388(1997)
  AB015023   murC；ftsQ   Wachi，M.et al.“A murC gene from Coryneform bacteria，”Appl.Microbiol.Biotechnol.，51(2)：223-228(1999)
  AB018530   dtsR   Kimura，E.et al.“Molecular cloning of a novel gene，dtsR，which rescues thedetergent sensitivity of a mutant derived from Brevibacteriumlactofermentum，”Biosci.Biotechnol.Biochem.，60(10)：1565-1570(1996)
  AB018531   dtsR1；dtsR2
  AB020624   murl   D-glutamate racemase
  AB023377   tkt   transketolase
  AB024708   gltB；gltD   Glutamine 2-oxoglutarate aminotransferaselarge and small subunits
  AB025424   acn   aconitase
  AB027714   rep   Replication protein
  AB027715   rep；aad   Replication protein；aminoglycosideadenyltransferase
  AF005242   argC   N-acetylglutamate-5-semialdehydedehydrogenase
  AF005635   glnA   Glutamine synthetase
  AF030405   hisF   cyclase
  AF030520   argG   Argininosuccinate synthetase
  AF031518   argF   Ornithine carbamolytransferase
  AF036932   aroD   3-dehydroquinate dehydratase
  AF038548   pyc   Pyruvate carboxylase
                                                                               表2(续)
  AF038651   dciAE；apt；rel   Dipeptide-binding protein；adeninephosphoribosyltransferase；GTPpyrophosphokinase   Wehmeier，L.et al.“The role of the Corynebacterium glutamicum rel gene in(p)ppGpp metabolism，”Microbiology，144：1853-1862(1998)
  AF041436   argR   Arginine repressor
  AF045998   impA   Inositol monophosphate phosphatase
  AF048764   argH   Argininosuccinate lyase
  AF049897   argC；argJ；argB；argD；argF；argR；argG；argH   N-acetylglutamylphosphate reductase；omithine acetyltransferase；N-acetylglutamate kinase；acetylomithinetransminase；ornithinecarbamoyltransferase；arginine repressor；argininosuccinate synthase；argininosuccinate lyase
  AF050109   inhA   Enoyl-acy’carrier protein reductase
  AF050166   hisG   ATP phosphoribosyltransferase
  AF051846   hisA   Phosphoribosylformnimino-5-amino-l-phosphoribosyl-4-imidazolecarboxamideisomerase
  AF052652   metA   Homoserine O-acetyltransferase   Park，S.et al.“lsolation and analysis of metA，a methionine biosynthetic geneencoding homoserine acetyltransferase in Corynebacterium glutamicum，”Mol.Cells.，8(3)：286-294(1998)
  AF053071   aroB   Dehydroquinate synthetase
  AF060558   hisH   Glutamine amidotransferase
  AF086704   hisE   Phosphoribosyl-ATP-pyrophosphohydrolase
  AF114233   aroA   5-enolpyruvylshikimate 3-phosphatesynthase
  AF116184   panD   L-aspartate-alpha-decarboxylase precursor   Dusch，N.et al.“Expression of the Corynebacterium glutamicum panD geneencoding L-aspartate-alpha-decarboxylase leads to pantothenateoverproduction in Escherichia coli，”Appl.Environ.Microbiol.，65(4)1530-1539(1999)
  AF124518   aroD；aroE   3-dehydroquinase；shikimatedehydrogenase
  AF124600   aroC；aroK；aroB；pepQ   Chorismate synthase；shikimate kinase；3-dehydroquinate synthase；putativecytoplasmic peptidase
  AF145897   inhA
  AF145898   inhA
                                                                                       表2(续)
  AJ001436  ectP   Transport of ectoine，glycine betaine，proline   Peter，H.et al.“Corynebacterium glutamicum is equipped with four secondarycarriers for compatible solutes：Identification，sequencing，and characterizationof the proline/ectoine uptake system，ProP，and the ectoine/proline/glycinebetaine carrier，EctP，”J.Bacteriol.，180(22)：6005-6012(1998)
  AJ004934  dapD   Tetrahydrodipicolinate succinylase(incompletei)   Wehrmann，A.et al.“Different modes of diaminopimelate synthesis and theirrole in cell wall integrity：A study with Corynebacterium glutamicum，”J.Bacteriol.，180(12)：3159-3165(1998)
  AJ007732  ppc；secG；amt；ocd；soxA   Phosphoenolpyruvate-carboxylase；？；highaffinity ammonium uptake protein；putativeomithine-cyclodecarboxylase；sarcosineoxidase
  AJ010319  ftsY，glnB，glnD；srp；amtP   Involved in cell division；Pll protein；uridylyltransferase(uridylyl-removingenzmye)；signal recognition particle；lowaffinity ammonium uptake protein   Jakoby，M.et al.“Nitrogen regulation in Corynebacterium glutamicum；Isolation of genes involved in biochemical characterization of correspondingproteins，”FEMS Microbiol.，173(2)：303-310(1999)
  AJ132968  cat   Chloramphenicol aceteyl transferase
  AJ224946  mqo   L-malate：quinone oxidoreductase   Molenaar，D.et al.“Biochemical and genetic characterization of themembrane-associated malate dehydrogenase(acceptor)from Corynebacteriumglutamicum，”Eur.J.Biochem.，254(2)：395-403(1998)
  AJ238250  ndh   NADH dehydrogenase
  AJ238703  porA   Porin   Lichtinger，T.et al.“Biochemical and biophysical characterization of the cellwall porin of Corynebacterium glutamicum：The channel is formed by a lowmolecular mass polypeptide，”Biochemistry，37(43)：15024-15032(1998)
  D17429   Transposable element IS31831   Vertes et al.“Isolation and characterization of IS31831，a transposable elementfrom Corynebacterium glutamicum，”Mol.Microbiol.，11(4)：739-746(1994)
  D84102  odhA   2-oxoglutarate dehydrogenase   Usuda，Y.et al.“Molecular cloning of the Corynebacterium glutamicum(Brevibacterium lactofermentum AJ12036)odhA gene encoding a novel typeof 2-oxoglutarate dehydrogenase，”Microbiology，142：3347-3354(1996)
  E01358  hdh；hk   Homoserine dehydrogenase；homoserinekinase   Katsumata，R.et al.“Production of L-thereonine and L-isoleucine，”Patent：JP1987232392-A 1 10/12/87
  E01359   Upstream of the start codon of homoserinekinase gene   Katsumata，R.et al.“Production of L-thereonine and L-isoleucine，”Patent：JP1987232392-A 2 10/12/87
  E01375   Tryptophan operon
  E01376  trpL；trpE   Leader peptide；anthranilate synthase   Matsui，K.et al.“Tryptophan operon，peptide and protein coded thereby，utilization of tryptophan operon gene expression and production oftryptophan，”Patent：JP 1987244382-A 1 10/24/87
                                                                                     表2(续)
  E01377   Promoter and operator regions oftryptophan operon   Matsui，K.et al.“Tryptophan operon，peptide and protein coded thereby，utilization of tryptophan operon gene expression and production oftryptophan，”Patent：JP 1987244382-A 1 10/24/87
  E03937   Biotin-synthase   Hatakeyama，K.et al.“DNA fragment containing gene capable of codingbiotin synthetase and its utilization，”Patent：JP 1992278088-A 1 10/02/92
  E04040   Diamino pelargonic acid aminotransferase   Kohama，K.et al.“Gene coding diam inopelargonic acid aminotransferase anddesthiobiotin synthetaseand its utilization，”Patent：JP 1992330284-A 111/18/92
  E04041   Desthiobiotinsynthetase   Kohama，K.et al.“Gene coding diaminopelargonic acid aminotransferase anddesthiobiotin synthetase and its utilization，”Patent：JP 1992330284-A 111/18/92
  E04307   Flavum aspartase   Kurusu，Y.et al.“Gene DNA coding aspartase and utilization thereof，”Patent：JP 1993030977-A 1 02/09/93
  E04376   Isocitric acid lyase   Katsumata，R.et al.“Gene manifestation controlling DNA，”Patent：JP1993056782-A 3 03/09/93
  E04377   Isocitric acid lyase N-terminal fragment   Katsumata，R.et al.“Gene manifestation controlling DNA，”Patent：JP1993056782-A 3 03/09/93
  E04484   Prephenate dehydratase   Sotouchi，N.et al.“Production of L-phenylalanine by fermentation，”Patent：JP1993076352-A 2 03/30/93
  E05108   Aspartokinase   Fugono，N.et al.“Gene DNA coding Aspartokinase and its use，”Patent：JP1993184366-A 1 07/27/93
  E05112   Dihydro-dipichorinate synthetase   Hatakeyama，K.et al.“Gene DNA coding dihydrodipicolinic acid synthetaseand its use，”Patent：JP 1993184371-A 1 07/27/93
  E05776   Diaminopimelic acid dehydrogenase   Kobayashi，M.et al.“Gene DNA coding Diaminopimelic acid dehydrogenaseand its use，”Patent：JP 1993284970-A 1 11/02/93
  E05779   Threonine synthase   Kohama，K.et al.“Gene DNA coding threonine synthase and its use，”Patent：JP 1993284972-A 1 11/02/93
  E06110   Prephenate dehydratase   Kikuchi，T.et al.“Production of L-phenylalanine by fermentation method，”Patent：J P 1993344881-A 1 12/27/93
  E06111   Mutated Prephehate dehydratase   Kikuchi，T.et al.“Production of L-phenylalanine by fermentation method，”Patent：JP 1993344881-A 1 12/27/93
  E06146   Acetohydroxy acid synthetase   Inui，M.et al.“Gene capable of coding Acetohydroxy acid synthetase and itsuse，”Patent：JP 1993344893-A 1 12/27/93
  E06825   Aspartokinase   Sugimoto，M.et al.“Mutant aspartokinase gene，”patent：JP 1994062866-A 103/08/94
  E06826   Mutated aspartokinase alpha subunit   Sugimoto，M.et al.“Mutant aspartokinase gene，”patent：JP 1994062866-A 103/08/94
                                                                             表2(续)
  E06827   Mutated aspartokinase alpha subunit   Sugimoto，M.et al.“Mutant aspartokinase gene，”patent：JP 1994062866-A 103/08/94
  E07701   secY   Honno，N.et al.“Gene DNA participating in integration of membraneousprotein to membrane，”Patent：JP 1994169780-A 1 06/21/94
  E08177   Aspartokinase   Sato，Y.et al.“Genetic DNA capable of coding Aspartokinase released fromfeedback inhibition and its utilization，”Patent：JP 1994261766-A 1 09/20/94
  E08178，E08179，E08180，E08181，E08182   Feedback inhibition-released Aspartokinase   Sato，Y.et al.“Genetic DNA capable of coding Aspartokinase released fromfeedback inhibition and its utilization，”Patent：JP 1994261766-A 1 09/20/94
  E08232   Acetohydroxy-acid isomeroreductase   Inui，M.et al，“Gene DNA coding acetohydroxy acid isomeroreductase，”Patent：JP 1994277067-A 1 10/04/94
  E08234   secE   Asai，Y.et al.“Gene DNA coding for translocation machinery of protein，”Patent：JP 1994277073-A 1 10/04/94
  E08643   FT aminotransferase and desthiobiotinsynthetase promoter region   Hatakeyama，K.et al.“DNA fragment having promoter function incoryneform bacterium，”Patent：JP 1995031476-A 1 02/03/95
  E08646   Biotin synthetase   Hatakeyama，K.et al.“DNA fragment having promoter function incoryneform bacterium，”Patent：JP 1995031476-A 1 02/03/95
  E08649   Aspartase   Kohama，K.et al“DNA fragment having promoter function in coryneformbacterium，”Patent：JP 1995031478-A 1 02/03/95
  E08900   Dihydrodipicolinate reductase   Madori，M.et al.“DNA fragment containing gene coding Dihydrodipicolinateacid reductase and utilization thereof，”Patent：JP 1995075578-A 1 03/20/95
  E08901   Diaminopimelic acid decarboxylase   Madori，M.et al.“DNA fragment containing gene coding Diaminopimelic aciddecarboxylase and utilization thereof，”Patent：JP 1995075579-A 1 03/20/95
  E12594   Serine hydroxymethyltransferase   Hatakeyama，K.et al.“Production of L-trypophan，”Patent：JP 1997028391-A1 02/04/97
  E12760，E12759，E12758   transposase   Moriya，M.et al.“Amplification of gene using artificial transposon，”Patent：JP 1997070291-A 03/18/97
  E12764   Arginyl-tRNA synthetase；diaminopimelicacid decarboxylase   Moriya，M.et al.“Amplification of gene using artificial transposon，”Patent：JP 1997070291-A 03/18/97
  E12767   Dihydrodipicolinic acid synthetase   Moriya，M.et al.“Amplification ot gene using artiticial transposon，”Patent：JP 1997070291-A 03/18/97
  E12770   aspartokinase   Moriya，M.et al.“Amplification of gene using artificial transposon，”Patent：JP 1997070291-A 03/18/97
  E12773   Dihydrodipicolinic acid reductase   Moriya，M.et al.“Amplification of gene using artificial transposon，”Patent：JP 1997070291-A 03/18/97
                                                                                     表2(续)
  E13655   Glucose-6-phosphate dehydrogenase   Hatakeyama，K.et al.“Glucose-6-phosphate dehydrogenase and DNA capableof coding the same，”Patent：JP 1997224661-A 1 09/02/97
  L01508   IIvA   Threonine dehydratase   Moeckel，B.et al.“Functional and structural analysis of the threoninedehydratase of Corynebacterium glutamicum，”J.Bacteriol.，174：8065-8072(1992)
  L07603   EC 4.2.1.15   3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase   Chen，C.et al.“The cloning and nucleotide sequence of Corynebacteriumglutamicum 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase gene，”FEMS Microbiol.Lett.，107：223-230(1993)
  L09232   IIvB；ilvN；ilvC   Acetohydroxy acid synthase large subunit；Acetohydroxy acid synthase small subunit；Acetohydroxy acid isomeroreductase   Keilhauer，C.et al.“Isoleucine synthesis in Corynebacterium glutamicum：molecular analysis of the ilvB-ilvN-ilvC operon，”J.Bacteriol.，175(17)：5595-5603(1993)
  L18874   PtsM   Phosphoenolpyruvate sugarphosphotransferdse   Fouet，A et al.“Bacillus subtilis sucrose-specific enzyme II of thephosphotransferase system：expression in Escherichia coli and homology toenzymes II from enteric bacteria，”PNAS USA，84(24)：8773-8777(1987)；Lee，J.K.et al.“Nucleotide sequence of the gene encoding the Corynebacteriumglutamicum mannose enzyme II and analyses of the deduced proteinsequence，”FEMS Microbiol. Lett.，119(1-2)：137-145(1994)
  L27123   aceB   Malate synthase   Lee，H-S.et al.“Molecular characterization of aceB，a gene encoding malatesynthase in Corynebacterium glutamicum，”J.Microbiol.Bioiechnol.，4(4)：256-263(1994)
  L27126   Pyruvate kinase   Jetten，M.S.et al.“Structural and functional analysis of pyruvate kinase fromCorynebacterium glutamicum，”Appl.Environ.Microbiol.，60(7)：2501-2507(1994)
  L28760   aceA   Isocitrate lyase
  L35906   dtxr   Diphtheria toxin repressor   Oguiza，J.A.et al.“Molecular cloning，DNA sequence analysis，andcharacterization of the Corynebacterium diphtheriae dtxR from Brevibacteriumlactofermentum，”J.Bacteriol.，177(2)：465-467(1995)
  M13774   Prephenate dehydratase   Follettie，M.T.et al.“Molecular cloning and nucleotide sequence of theCorynebacterium glutamicum pheA gene，”J.Bacteriol.，167：695-702(1986)
  M16175   5S rRNA   Park，Y-H.et al.“Phylogenetic analysis of the coryneform bacteria by 56rRNA sequences，”J.Bacteriol.，169：1801-1806(1987)
  M16663   trpE   Anthranilate synthase，5’end   Sano，K.et al.“Structure and function of the trp operon control regions ofBrevibacterium lactofermentum，a glutamic-acid-producing bacterium，”Gene，52：191-200(1987)
  M16664   trpA   Tryptophan synthase，3’end   Sano，K.et al.“Structure and function of the trp operon control regions ofBrevibacterium lactofermentum，a glutamic-acid-producing bacterium，”Gene，52：191-200(1987)
                                                                             表2(续)
  M25819   Phosphoenolpyruvate carboxylase   O’Regan，M.et al.“Cloning and nucleotide sequence of thePhosphoenolpyruvate carboxylase-coding gene of Corynebacteriumglutamicum ATCC 13032，”Gene，77(2)：237-251(1989)
  M85106   23S rRNA gene insertion sequence   Roller，C.et al.“Gram-positive bacteria with a high DNA G+C content arecharacterized by a common insertion within their 23S rRNA genes，”J.Gen.Microbiol.，138：1167-1175(1992)
  M85107，M85108   23S rRNA gene insertion sequence   Roller，C.et al.“Gram-positive bacteria with a high DNA G+C content arecharacterized by a common insertion within their 23S rRNA genes，”J.Gen.Microbiol.，138：1167-1175(1992)
  M89931   aecD；brnQ；yhbw   Beta C-S lyase；branched-chain amino aciduptake carrier；hypothetical protein yhbw   Rossol，I.et al.“The Corynebacterium glutamicum aecD gene encodes a C-Slyase with alpha，beta-elimination activity that degrades arninoethylcysteine，”J.Bacteriol.，174(9)：2968-2977(1992)；Tauch，A.et al.“Isoleucine uptake inCorynebacterium glutamicum ATCC 13032 is directed by the brnQ geneproduct，”Arch Microbiol.，169(4)：303-312(1998)
  S59299   trp   Leader gene(promoter)   Herry，D.M.et al.“Cloning of the trp gene cluster from a tryptophan-hyperproducing strain of Corynebacterium glutamicum：identification of amutation in the trp leader sequence，”Appl.Environ.Microbiol.，59(3)：791-799(1993)
  U11545   trpD   Anthranilate phosphoribosyltransferase   O’Gara，J.P.and Dunican，L.K.(1994)Complete nucleotide sequence of theCorynebacterium glutamicum ATCC 21850 tpD gene.”Thesis，MicrobiologyDepartment，University College Galway，Ireland.
  U13922   cgllM；cgllR；clgllR   Putative type II 5-cytosoinemethyltransferase；putative type IIrestriction endonuclease；putative type I ortype III restriction endonuclease   Schafer，A.et al.“Cloning and characterization of a DNA region encoding astress-sensitive restriction system from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 and analysis of its role in intergeneric conjugation with Escherichiacoli，”J.Bacteriol.，176(23)：7309-7319(1994)；Schafer，A.et al.“TheCorynebacterium glutamicum cgllM gene encoding a 5-cytosine in an McrBC-deficient Escherichia colistrain，”Gene，203(2)：95-101(1997)
  U14965   recA
  U31224   ppx   Ankri，S.et al.“Mutations in the Corynebacterium glutamicumprolinebiosynthetic pathway：A natural bypass of the proA step，”J.Bacteriol.，178(15)：4412-4419(1996)
  U31225   proC   L-proline：NADP+5-oxidoreductase   Ankri，S.et al.“Mutations in the Corynebacterium glutamicumprolinebiosynthetic pathway：A natural bypass of the proA step，”J.Bacteriol.，178(15)：4412-4419(1996)
  U31230   obg；proB；unkdh   ？；gamma glutamyl kinase；similar to D-isomer specific 2-hydroxyaciddehydrogenases   Ankri，S.et al.“Mutations in the Corynebacterium glutamicumprolinebiosynthetic pathway：A natural bypass of the proA step，”J.Bacteriol.，178(15)：4412-4419(1996)
                                                                                   表2(续)
  U31281   bioB   Biotin synthase   Serebriiskii，I.G.，“Two new members of the bio B superfamily：Cloning，sequencing and expression of bio B genes of Methylobacillus flagellatum andCorynebacterium glutamicum，”Gene，175：15-22(1996)
  U35023   thtR；accBC   Thiosulfate sulfurtransferase；acyl CoAcarboxylase   Jager，W.et al.“A Corynebacterium glutamicum gene encoding a two-domainprotein similar to biotin carboxylases and biotin-carboxyl-cartier proteins，”Arch.Microbiol.，166(2)；76-82(1996)
  U43535   cmr   Multidrug resistance protein   Jager，W.et al.“A Corynebacterium glutamicum gene conferring multidrugresistance in the heterologous host Escherichia coli，”J.Bacteriol.，179(7)：2449-2451(1997)
  U43536   clpB   Heat shock ATP-binding protein
  U53587   aphA-3   3’5”-aminoglycoside phosphotransferase
  U89648   Corynebacterium glutamicum unidentifiedsequence involved in histidine biosynthesis，partial sequence
  X04960   trpA；trpB；trpC；trpD；trpE；trpG；trpL   Tryptophan operon   Matsui，K.et al.“Complete nucleotide and deduced amino acid sequences ofthe Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon，”Nucleic Acids Res.，14(24)：10113-10114(1986)
  X07563   lys A   DAP decarboxylase(meso-diaminopimelatedecarboxylase，EC 4.1.1.20)   Yeh，P.et al.“Nucleic sequence of the lysA gene of Corynebacteriumglutamicum and possible mechanisms for modulation of its expression，”Mol.Gen.Genet.，212(1)：112-119(1988)
  X14234   EC 4.1.1.31   Phosphoenolpyruvate carboxylase   Eikmanns，B.J.et al.“The Phosphoenolpyruvate carboxylase gene ofCorynebacterium glutamicum：Molecuar cloning，nucleotide sequence，andexpression，”Mol.Gen.Genet.，218(2)：330-339(1989)；Lepiniec，L.et al.“Sorghum Phosphoenolpyruvate carboxylase gene family：structure，functionand molecular evolution，”Plant.Mol.Biol.，21(3)：487-502(1993)
  X17313   fda   Fructose-bisphosphate aldolase   Von der Osten，C.H.et al.“Molecular cloning，nucleotide sequence and fine-structural analysis of the Corynebacterium glutamicum fda gene：structuralcomparison of C.glutamicum fructose-1，6-biphosphate aldolase to class I andclass II aldolases，”Mol.Microbiol.，
  X53993   dapA   L-2，3-dihydrodipicolinate synthetase(EC4.2.1.52)   Bonnassie，S.et al.“Nucleic sequence of the dapA gene fromCorynebacterium glutamicum，”Nucleic Acids Res.，18(21)：6421(1990)
  X54223   AttB-related site   Cianciotto，N.et al.“DNA sequence homology between att B-related sites ofCorynebacterium diphtheriae，Corynebacterium ulcerans，Corynebacteriumglutamicum，and the attP site of lambdacorynephage，”FEMS.Microbiol，Lett.，66：299-302(1990)
  X54740   argS；lysA   Arginyl-tRNA synthetase；Diaminopimelatedecarboxylase   Marcel，T.et al.“Nucleotide sequence and organization of the upstream regionof the Corynebacterium glutamicum lysA gene，”Mol.Microbiol.，4(11)：1819-1830(1990)
                                                                                 表2(续)
  X55994   trpL；trpE   Putative leader peptide；anthranilatesynthase component I   Heery，D.M.et al.“Nucleotide sequence of the Corynebacterium glutamicumtrpE gene，”Nucleic Acids Res.，18(23)：7138(1990)
  X56037   thrC   Threonine synthase   Han，K.S.et al.“The molecular structure of the Corynebacterium glutamicumthreonine synthase gene，”Mol.Microbiol.，4(10)：1693-1702(1990)
  X56075   attB-related site   Attachment site   Cianciotto，N.et al.“DNA sequence homology between att B-related sites ofCorynebacterium diphtheriae，Corynebacterium ulcerans，Corynebacteriumglutamicum，and the attP site of lambdacorynephage，”FEMS.Microbiol，Lett.，66：299-302(1990)
  X57226   lysC-alpha；lysC-beta；asd   Aspartokinase-alpha subunit；Aspartokinase-beta subunit；aspartate betasemialdehyde dehydrogenase   Kalinowski，J.et al.“Genetic and biochemical analysis of the Aspartokinasefrom Corynebacterium glutamicum，”Mol.Microbiol.，5(5)：1197-1204(1991)；Kalinowski，J.et al.“Aspartokinase genes lysC alpha and lysC beta overlapand are adjacent to the aspertate beta-semialdehyde dehydrogenase gene asd inCorynebacterium glutamicum，”Mol.Gen.Genet.，224(3)：317-324(1990)
  X59403   gap；pgk；tpi   Glyceraldehyde-3-phosphate；phosphoglycerate kinase；triosephosphateisomerase   Eikmanns，B.J.“Identification，sequence analysis，and expression of aCorynebacterium glutamicum gene cluster encoding the three glycolyticenzymes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，3-phosphoglyceratekinase，and triosephosphate isomeras，”J.Bacteriol.，174(19)：6076-6086(1992)
  X59404   gdh   Glutamate dehydrogenase   Bormann，E.R.et al.“Molecular analysis of the Corynebacterium glutamicumgdh gene encoding glutamate dehydrogenase，”Mol.Microbiol.，6(3)：317-326(1992)
  X60312   lysI   L-lysine permease   Seep-Feldhaus，A.H.et al.“Molecular analysis of the Corynebacteriumglutamicum lysl gene involved in lysine uptake，”Mol.Microbiol.，5(12)：2995-3005(1991)
  X66078   copI   Psl protein   Joliff.G.et al.“Cloning and nucleotide sequence of the cspl gene encodingPSI，one of the two maior secreted proteins of Corynebacterium glutamicum：The deduced N-terminal region of PSI is similar to the Mycobacterium antigen85 complex，”Mol. Microbiol.，6(16)：2349-2362(1992)
  X66112   glt   Citrate synthase   Eikmanns.B.J.et al.“Cloning sequence expression and transcriptionalanalysis of the Corynebacterium glutamicum gltA gene encoding citratesynthase，”Microbiol.，140：1817-1828(1994)
  X67737   dapB   Dihydrodipicolinate reductase
  X69103   csp2   Surface layer protein PS2   Peyret J.L.et al.“Characterization of the cspB gene encoding PS2，an orderedsurface-layer proteinin Corynebacterium glutamicum，”Mol.Microbiol，9(1)：97-109(1993)
  X69104   IS3 related insertion element   Bonamy，C.et al.“Identification of IS1206，a Corynebacterium glutamicumIS3-related insertion sequence and phylogenetic analysis，”Mol.Microbiol.，14(3)：571-581(1994)
                                                                         表2(续)
  X70959   leuA   lsopropylmalate synthase   Patek，M.et al.“Leucine synthesis in Corynebacterium glutamicum：enzymeactivities，structure of leuA，and effect of leuA inactivation on lysinesynthesis，”Appl.Environ Microbiol.，60(1)：133-140(1994)
  X71489   icd   Isocitrate dehydrogenase(NADP+)   Eikmanns，B.J.et al.“Cloning sequence analysis，expression，and inactivationof the Corynebacterium glutamicum icd gene encoding isocitratedehydrogenase and biochemical characteri2ation of the enzyme，”J.Bacteriol.，177(3)：774-782(1995)
  X72855   GDHA   Glutamate dehydrogenase(NADP+)
  X75083，X70584   mtrA   5-methyltryptophan resistance   Heery，D.M.et al.“A sequence from a tryptophan-hyperproducing strain ofCorynebacterium glutamicum encoding resistance to 5-methyltryptophan，”Biochem.Biophys.Res.Commun.，201(3)：1255-1262(1994)
  X75085   recA   Fitzpatrick，R.et al.“Construction and characterization of recA mutant strainsof Corynebacterium glutamicum and Brevibacterium lactofermentum，”Appl.Microbiol.Biotechnol.，42(4)：575-580(1994)
  X75504   aceA；thiX   Partial lsocitrate lyase；？   Reinscheid，D.J.et al.“Characterization of the isocitrate lyase gene fromCorynebacterium glutamicum and biochemical analysis of the enzyme，”J.Bacteriol.，176(12)：3474-3483(1994)
  X76875   ATPase beta-subunit   Ludwig，W.et al.“Phylogenetic relationsh ips of bacteria based on comparativesequence analysis ofelongation factor Tu and ATP-synthase beta-subunitgenes，”Antonie Van Leeuwenhoek，64：285-305(1993)
  X77034   tuf   Elongation factor Tu   Ludwig，W.et al.“Phylogenetic relationships of bacteria based on comparativesequence analysis of elongation factor Tu and ATP-synthase beta-subunitgenes，”Antonie Van Leeuwenhoek，64：285-305(1993)
  X77384   recA   Billman-Jacobe，H.“Nucleotide sequence of a recA gene fromCorynebacterium glutamicum，”DNA Seq.，4(6)：403-404(1994)
  X78491   aceB   Malate synthase   Reinscheid，D.J.et al.“Malate synthase from Corynebacterium glutarmicumpta-ack operon encoding phosphotransacetylase：sequence analysis，”Microbiology，140：3099-3108(1994)
  X80629   16S rDNA   16S ribosomal RNA   Rainey，F.A.et al.“Phylogenetic analysis of the genera Rhodococcus andNorcardia and evidence for the evolutionary origin of the genus Norcardiafrom within the radiation of Rhodococcus species，”Microbiol.，141：523-528(1995)
  X81191   gluA；gluB；gluC；gluD   Glutamate uptake system   Kronemeyer，W.et al.“Structure of the gluABCD cluster encoding theglutamate uptake system of Corynebacterium glutamicum，”J.Bacteriol.，177(5)：1152-1158(1995)
  X81379   dapE   Succinyldiaminopimelate desuccinylase   Wehrmann，A.et al.“Analysis of different DNA fragments ofCorynebacterium glutamicum complementing dapE of Escherichiacoli，”Microbiology，40：3349-56(1994)
                                                                               表2(续)
  X82061   16S rDNA   16S ribosomal RNA   Ruimy，R.et al.“Phylogeny ofthe genus Corynebacterium deduced fromanalyses ofsmall-subunit ribosomal DNA sequences，”Int.J.Syst.Bacteriol.，45(4)：740-746(1995)
  X82928   asd；lysC   Aspartate-semialdehyde dehydrogenase；？   Serebrijski，1.et al.“Multicopy suppression by asd gene and osmotic stress-dependent complementation by heterologous proA inproA mutants，”J.Bacteriol.，177(24)：7255-7260(1995)
  X82929   proA   Gamma-glutamyl phosphate reductase   Serebrijski，I.et al.“Multicopy suppression by asd gene and osmotic stress-dependent complementation by heterologous proA inproA mutants，”J.Bacteriol.，177(24)：7255-7260(1995)
  X84257   16S rDNA   16S ribosomal RNA   Pascual，C.et al.“Phylogenetic analysis of the genus Corynebacterium basedon 16S rRNA gene sequences，”Int.J.Syst.Bacteriol.，45(4)：724-728(1995)
  X85965   aroP；dapE   Aromatic amino acid permease；？   Wehrmann et al.“Functional analysis ofsequences adjacent to dapE of C.glutamicum proline reveals the presence of aroP，which encodes the aromaticamino acid transporter，”J.Bacteriol.，177(20)：5991-5993(1995)
  X86157   argB；argC；argD；argF；argJ   Acetylglutamate kinase；N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase；acetylornithine aminotransferase；omithinecarbamoyltransferase；glutamate N-acetyltransferase   Sakanyan，V.et al.“Genes and enzymes ofthe acetyl cycle of argininebiosynthesis in Corynebacterium glutamicum：enzyme evolution in the earlysteps ofthe arginine pathway，”Microbiology，142：99-108(1996)
  X89084   pta；ackA   Phosphate acetyltransferase；acetate kinase   Reinscheid，D.J.et al.“Cloning，sequence analysis，expression and inactivationof the Corynebacterium glutamicum pta-ack operon encodingphosphotransacetylase and acetate kinase，”Microbiology，145：503-513(1999)
  X89850   attB   Attachment site   Le Marrec，C.et al.“Genetic characterization of site-specific integrationfunctions of phi AAU2 infecting“Arthrobacter aureus C70，”J.Bacteriol.，178(7)：1996-2004(1996)
  X90356   Promoter fragment F1   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90357   Promoter fragment F2   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90358   Promoter fragment F10   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90359   Promoter fragment F13   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
                                                                     表2(续)
  X90360 Promoter fragment F22   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90361 Promoter fragment F34   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90362 Promoter fragment F37   Patek，M.et al.“Promoters from C.glutamicum：cloning，molecular analysisand search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90363 Promoter fragment F45   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90364 Promoter fragment F64   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90365 Promoter fragment F75   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90366 Promoter fragment PF101   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90367 Promoter fragment PF104   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X90368 Promoter fragment PF109   Patek，M.et al.“Promoters from Corynebacterium glutamicum：cloning，molecular analysis and search for a consensus motif，”Microbiology，142：1297-1309(1996)
  X93513   amt Ammonium transport system   Siewe，R.M.et al.“Functional and genetic characterization of the(methyl)ammonium uptake carrier of Corynebacterium glutamicum，”J.Biol.Chem.，271(10)：5398-5403(1996)
  X93514   betP Glycine betaine transport system   Peter，H et al.“Isolation，characterization，and expression of theCorynebacterium glutamicum betPgene，encoding the transport system for thecompatible solute glycine betaine，”J.Bacteriol.，178(17)：5229-5234(1996)
  X95649   orf4   Patek，M.et al.“ldentification and transcriptional analysis of the dapB-ORF2-dapA-ORF4 operon of Corynebacterium glutamicum，encoding two enzymesinvolved in L-lysine synthesis，”Biotechnol.Lett.，19：1113-1117(1997)
  X96471   lysE；lysG Lysine exporter protein；Lysine exportregulator protein   Vrljic，M.etal.“A new type of transporter with a new type of cellularfunction：L-lysine export from Corynebacterium glutam icum，”Mol.Microbiol.，22(5)：815-826(1996)
                                                                               表2(续)X96580panB；panC；xylB3-methyl-2-oxobutanoateSahm，H.et al.“D-pantothenate synthesis in Corynebacterium glutamicum and
  hydroxymethyltransferase；pantoate-beta-   use of panBC and genes encoding L-valine synthesis for D-pantothenate
X96962X99289   alanine ligase；xylulokinaseInsertion sequence IS1207 and transposaseElongation factor P   overproduction，”Appl.Environ.Microbiol.，65(5)：1973-1979(1999)Ramos，A.et al.“Cloning，sequencing and expression of the gene encoding
  elongation factor P in the amino-acid producer Brevibacterium Iactofermentum(Corynebacterium glutamicum ATCC 13869)，”Gene，198：217-222(1997)
  Y00140Y00151  thrBddh   Homoserine kinaseMeso-diaminopimelate D-dehydrogenase   Mateos，L.M.et al.“Nucleotide sequence of the homoserine kinase(thrB)geneofthe Brevibacterium lactofermentum，”Nucleic4cids Res.，15(9)：3922(1987)Ishino，S.et al.“Nucleotide sequence of the meso-diaminopimelate D-
Y00476 thrA   (EC 1.4.1.16)Homoserine dehydrogenase   dehydrogenase gene from Corynebacterium glutamicum，”Nucleic Acids Res.，15(9)：3917(1987)Mateos，L.M.et al.“Nucleotide sequence of the homoserine dehydrogenase
Y00546 hom；thrB Homoserine dehydrogenase；homoserine   (thrA)gene of the Brevibacterium lactofermentum，”Nucleic Acids Res.，15(24)：10598(1987)Peoples，O.P.et al.“Nucleotide sequence and fine structural analysis of the
Y08964 murC；ftsQ/divD；ftsZ   kinaseUPD-N-acetylmuramate-alanine ligase；   Corynebacterium glutamicum hom-thrB operon，”Mol.Microbiol.，2(1)：63-72(1988)Honrubia，M.P.et al.“Identification，characterization，and chromosomal
Y09163 putP   division initiation protein or cell divisionprotein；cell division proteinHigh affinity proline transport system   organization of the ftsZ gene from Brevibacterium lactofermentum，”Mol.Gen.Genet.，259(1)：97-104(1998)Peter，H.et al.“lsolation ofthe putP gene of Corynebacterium
Y09548 pyc Pyruvate carboxylase   glutamicumproline and characterization of a low-affinity uptake system forcompatible solutes，”Arch.Microbiol.，168(2)：143-151(1997)Peters-Wendisch，P.G.et al.“Pyruvate carboxylase from Corynebacterium
  glutamicum：characterization，expression and inactivation of the pyc gene，”Microbiology，144：915-927(1998)
  Y09578  leuB   3-isopropylmalate dehydrogenase   Patek，M.et al.“An alysis of the leuB gene from Corynebacteriumglutamicum，”Appl.Microbiol.Biotechnol.，50(1)：42-47(1998)
  Y12472Y12537 proP   Attachment site bacteriophage Phi-16Proline/ectoine uptake system protein   Moreau，S.et al.“Site-specific integration of corynephage Phi-16：Theconstruction of an integration vector，”Microbiol.，145：539-548(1999)Peter，H.et al.“Corynebacterium glutamicum is equipped with four secondarycarriers for compatible solutes：ldentification，sequencing，and characterization
                                                                            表2(续)
  Y13221   glnA   Glutamine synthetase I   Jakoby，M.et al.“Isolation of Corynebacterium glutamicum glnA geneencoding glutamine synthetase I，”FEMS Microbiol.Lett，154(1)：81-88(1997)
  Y16642   lpd   Dihydrolipoamide dehydrogenase
  Y18059   Attachment site Corynephage 304L   Moreau，S.et al.“Analysis ofthe integration functions of &phi；304L：Anintegrase module among corynephages，”Virology，255(1)：150-159(1999)
  Z21501   argS；lysA   Arginyl-tRNA synthetase；diaminopimelatedecarboxylase(partial)   Oguiza，J.A.et al.“A gene encoding arginyl-tRNA synthetase is located in theupstream region of the lysA gene in Brevibacterium lactofermentum：Regulation of argS-lysA cluster expression by arginine，”J.Bacteriol.，175(22)：7356-7362(1993)
  Z21502   dapA；dapB   Dihydrodipicolinate synthase；dihydrodioicolinate reductase   Pisabarro，A.et al.“A cluster of three genes(dapA，orf2，and dapB)ofBrevibacterium lactofermentum encodes dihydrodipicolinate reductase，and athird polypeptide of unknown function，”J.Bacteriol.，175(9)：2743-2749(1993)
  Z29563   thrC   Threonine synthase   Malumbres，M.et al.“Analysis and expression of the thrC gene of the encodedthreonine synthase，”Appl.Environ.Microbiol.，60(7)2209-2219(1994)
  Z46753   16S rDNA   Gene for 16S ribosomal RNA
  Z49822   sigA   SigA sigma factor   Oguiza，J.A.et al“Multiple sigma factor genes in Brevibacteriumlactofermentum：Characterization of sigA and sigB，”J.Bacteriol.，178(2)：550-553(1996)
  Z49823   galE；dtxR   Catalytic activity UDP-galactose 4-epimerase；diphtheria toxin regulatoryprotein   Oguiza，J.A.et al“The galE gene encoding the UDP-galactose 4-epimerase ofBrevibacterium lactofermentum is coupled transcriptionally to the dmdRgene，”Gene，177：103-107(1996)
  Z49824   orfl；sigB   ？；SigB sigma factor   Oguiza，J.A.et al“Multiple sigma factor genes in Brevibacteriumlactofermentum：Characterization of sigA and sigB，”J.Bacteriol.，178(2)：550-553(1996)
  Z66534   Transposase   Correia，A.et al.“Cloning and characterization of an lS-like element present inthe genome of Brevibacterium lactofermentum ATCC 13869，”Gene，170(1)：91-94(1996)
该基因序列在所引文献中已公开。但是，本申请发明人获得的序列明显较公开序列长。推测公开序列起始密码子错误，因此仅为实际编码区的片段。
                                     表3：可用于实施本发明的棒杆菌和短杆菌
  属名   种名   ATCC   FERM   NRRL   CECT   NCIMB   CBS   NCTC   DSMZ
  Brevibacterium   ammoniagenes   21054
  Brevibacterium   ammoniagenes   19350
  Brevibacterium   ammoniagenes   19351
  Brevibacterium   ammoniagenes   19352
  Brevibacterium   ammoniagenes   19353
  Brevibacterium   ammoniagenes   19354
  Brevibacterium   ammoniagenes   19355
  Brevibacterium   ammoniagenes   19356
  Brevibacterium   ammoniagenes   21055
  Brevibacterium   ammoniagenes   21077
  Brevibacterium   ammoniagenes   21553
  Brevibacterium   ammoniagenes   21580
  Brevibacterium   ammoniagenes   39101
  Brevibacterium   butanicum   21196
  Brevibacterium   divaricatum   21792   P928
  Brevibacterium   flavum   21474
  Brevibacterium   flavum   21129
  Brevibacterium   flavum   21518
  Brevibacterium   flavum   B11474
  Brevibacterium   flavum   B11472
  Brevibacterium   flavum   21127
  Brevibacterium   flavum   21128
  Brevibacterium   flavum   21427
  Brevibacterium   flavum   21475
  Brevibacterium   flavum   21517
  Brevibacterium   flavum   21528
  Brevibacterium   flavum   21529
  Brevibacterium   flavum   B11477
  Brevibacterium   flavum   B11478
  Brevibacterium   flavum   21127
  Brevibacterium   flavum   B11474
  Brevibacterium   healii   15527
  Brevibacterium   ketoglutamicum   21004
  Brevibacterium   ketoglutamicum   21089
  Brevibacterium   ketosoreductum   21914
  Brevibacterium   lactofermentum   70
  Brevibacterium   lactofermentum   74
  Brevibacterium   lactofermentum   77
  Brevibacterium   lactofermentum   21798
  Brevibacterium   lactofermentum   21799
  Brevibacterium   lactofermentum   21800
  Brevibacterium   lactofermentum   21801
  Brevibacterium   lactofermentum   B11470
  Brevibacterium   lactofermentum   B11471
  属名   种名   ATCC   FERM   NRRL   CECT   NCIMB   CBS   NCTC   DSMZ
  Brevibacterium   lactofermentum   21086
  Brevibacterium   lactofermentum   21420
  Brevibacterium   lactofermentum   21086
  Brevibacterium   lactofermentum   31269
  Brevibacterium   linens   9174
  Brevibacterium   linens   19391
  Brevibacterium   linens   8377
  Brevibacterium   paraffinolyticum   11160
  Brevibacterium   spec.   717.73
  Brevibacterium   spec.   717.73
  Brevibacterium   spec.   14604
  Brevibacterium   spec.   21860
  Brevibacterium   spec.   21864
  Brevibacterium   spec.   21865
  Brevibacterium   spec.   21866
  Brevibacterium   spec.   19240
  Corynebacterium   acetoacidophilum   21476
  Corynebacterium   acetoacidophilum   13870
  Corynebacterium   acetoglutamicum   B11473
  Corynebacterium   acetoglutamicum   B11475
  Corynebacterium   acetoglutamicum   15806
  Corynebacterium   acetoglutamicum   21491
  Corynebacterium   acetoglutamicum   31270
  Corynebacterium   acetophilum   B3671
  Corynebacterium   ammoniagenes   6872   2399
  Corynebacterium   ammoniagenes   15511
  Corynebacterium   fujiokense   21496
  Corynebacterium   glutamicum   14067
  Corynebacterium   glutamicum   39137
  Corynebacterium   glutamicum   21254
  Corynebacterium   glutamicum   21255
  Corynebacterium   glutamicum   31830
  Corynebacterium   glutamicum   13032
  Corynebacterium   glutamicum   14305
  Corynebacterium   glutamicum   15455
  Corynebacterium   glutamicum   13058
  Corynebacterium   glutamicum   13059
  Corynebacterium   glutamicum   13060
  Corynebacterium   glutamicum   21492
  Corynebacterium   glutamicum   21513
  Corynebacterium   glutamicum   21526
  Corynebacterium   glutamicum   21543
  Corynebacterium   glutamicum   13287
  Corynebacterium   glutamicum   21851
  Corynebacterium   glutamicum   21253
  Corynebacterium   glutamicum   21514
  Corynebacterium   glutamicum   21516
  Corynebacterium   glutamicum   21299
  属名   种名   ATCC   FERM   NRRL   CECT  NCIMB  CBS   NCTC   DSMZ
  Corynebacterium   glutamicum   21300
  Corynebacterium   glutamicum   39684
  Corynebacterium   glutamicum   21488
  Corynebacterium   glutamicum   21649
  Corynebacterium   glutamicum   21650
  Corynebacterium   glutamicum   19223
  Corynebacterium   glutamicum   13869
  Corynebacterium   glutamicum   21157
  Corynebacterium   glutamicum   21158
  Corynebacterium   glutamicum   21159
  Corynebacterium   glutamicum   21355
  Corynebacterium   glutamicum   31808
  Corynebacterium   glutamicum   21674
  Corynebacterium   glutamicum   21562
  Corynebacterium   glutamicum   21563
  Corynebacterium   glutamicum   21564
  Corynebacterium   glutamicum   21565
  Corynebacterium   glutamicum   21566
  Corynebacterium   glutamicum   21567
  Corynebacterium   glutamicum   21568
  Corynebacterium   glutamicum   21569
  Corynebacterium   glutamicum   21570
  Corynebacterium   glutamicum   21571
  Corynebacterium   glutamicum   21572
  Corynebacterium   glutamicum   21573
  Corynebacterium   glutamicum   21579
  Corynebacterium   glutamicum   19049
  Corynebacterium   glutamicum   19050
  Corynebacterium   glutamicum   19051
  Corynebacterium   glutamicum   19052
  Corynebacterium   glutamicum   19053
  Corynebacterium   glutamicum   19054
  Corynebacterium   glutamicum   19055
  Corynebacterium   glutamicum   19056
  Corynebacterium   glutamicum   19057
  Corynebacterium   glutamicum   19058
  Corynebacterium   glutamicum   19059
  Corynebacterium   glutamicum   19060
  Corynebacterium   glutamicum   19185
  Corynebacterium   glutamicum   13286
  Corynebacterium   glutamicum   21515
  Corynebacterium   glutamicum   21527
  Corynebacterium   glutamicum   21544
  Corynebacterium   glutamicum   21492
  Corynebacterium   glutamicum   B8183
  Corynebacterium   glutamicum   B8182
  Corynebacterium   glutamicum   B12416
  Corynebacterium   glutamicum   B12417
  属名  种名   ATCC   FERM   NRRL   CECT   NCIMB   CBS   NCTC   DSMZ
  Corynebacterium  glutamicum   B12418
  Corynebacrerium  glutamicum   B11476
  Corynebacterium  glutamicum   21608
  Corynebacterium  lilium   P973
  Corynebacterium  nitrilophilus   21419   11594
  Corynebacterium  spec.   P4445
  Corynebacterium  spec.   P4446
  Corynebacterium  spec.   31088
  Corynebacterium  spec.   31089
  Corynebacterium  spec.   31090
  Corynebacterium  spec.   31090
  Corynebacrerium  spec.   31090
  Corynebacterium  spec.   15954   20145
  Corynebacterium  spec.   21857
  Corynebacterium  spec.   21862
  Corynebacterium  spec.   21863
ATCC：美国典型培养物保藏中心，Rockville，MD，USA
FERM：发酵研究所，Chiba，Japan
NRRL：ARS农业研究机构保藏中心，NRRL，Peoria，IL，USA
CECT：西班牙典型培养，Valencia，西班牙
NCIMB：国立工业和海洋微生物保藏有限公司，Aberdeen，UK
CBS：真菌菌种保藏中心，Baarn，NL
NCTC：国立典型培养保藏中心，London，UK
DSMZ：德意志微生物保藏中心，Braunschweig，德国
可参见Sugawara，H.et al.(1993)World directory of collections of cultures ofmicroorganisms；Bacteria，fungi and yeasts(4th edn)，World federation for culture collections worlddata center on microorganisms，Saimata，Japen.
                                                                                               表4：序列比较结果
  ID#   长度(NT)   命中结果   长度   检索号   Genbank命中名称   Genbank命中来源   同源性(GAP)   入库日
  rxa00023rxa00044rxa00064rxa00072rxa00105rxa00106rxa00115   3579105914017985791170   GB_EST33：AI776129GB_EST33：AI776129EM_PAT：E11760GB_PAT：I26124GB_BA2：ECOUW89GB_PAT：E16763GB_HTG2：AC007892GB_HTG2：AC007892GB_BA1：MTV002GB_BA1：ECU29581GB_BA2：AE000366GB_EST15：AA494237GB_BA2：AF161327GB_PAT：AR041189GB_PR4：AC007110GB_HTG3：AC008537GB_HTG3：AC008537   4834836911691117619525171342571342575641471128104053672021654148336170030170030   AI776129AI776129E11760I26124U00006E16763AC007892AC007892AL008967U29581AE000366AA494237AF161327AR041189AC007110AC008537AC008537   EST257217 tomato resistant，Cornell Lycopersicon escutentum cDNA clonecLER17D3，mRNA sequence.EST257217 tomato resistant，Cornell Lycopersicon esculentum cDNA clonecLER17D3，mRNA sequence.Base sequence of sucrase gene.Sequence 4 from patent US 5556776.E.coli chromosomal region from 89.2 to 92.8 minutes.gDNA encoding aspartate transferase(AAT).Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR02O03(D797)RPCI-9802.O.3 map 99B-99B strain y：cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，113 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR02O03(D797)RPCI-9802.O.3 map 99B-99B strain y；cn bw sp，***SEQUENCING INPROGRESS***，113 unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 122/162.Escherichia coli K-129 enome；approximately 63 to 64 minutes.Escherichia coli K-12 MG1655 section 256 of 400 of the complete genome.ng83f04.s1 NCI_CGAP_Pr6 Homo sapiens cDNA clone IMAGE：941407similar to SW：DYR_LACCA P00381 DIHYDROFOLATE REDUCTASE；，mRNA sequence.Corynebacterium diphtheriae histidine kinase ChrS(chrS)and responseregulator ChrA(chrA)genes，complete cds.Sequence 4 from patent US 5811286.Homo sapiens chromosome 17，clone hRPK 472_J_18，complete sequence.Homo sapiens chromosome 19 clone CIT-HSPC_490E21，***SEQUENCINGIN PROGRESS***，93 unordered pieces.Homo sapiens chromosome 19 clone CIT-HSPC_490E21，***SEQUENCINGIN PROGRESS***，93 unordered pieces.   Lycopersicon esculentumLycopersicon esculentumcorynebacteriumglutamicumUnknown.Escherichia coliCorynebacteriumglutamicumDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterMycobacteriumtuberculosisEscherichia coliEscherichia coliHomo sapiensCorynebacteriumdiphtheriaeUnknown.Homo sapiensHomo sapiensHomo sapiens   40,95640,95642,97942,97939,09795,42931,11131,11137,75335,66935,66942,89640,21041,17636,78340,29640,296   29-Jun-9929-Jun-9908-OCT-1997(Rel.52，Created07-OCT-199617-DEC-199328-Jul-992-Aug-992-Aug-9917-Jun-9814-Jan-9712-Nov-9820-Aug-979-Sep-9929-Sep-9930-MAR-19992-Sep-992-Sep-99
                                                                                               表4(续)
  rxa00116rxa00131rxa00132rxa00145rxa00146rxa00147rxa00156   128473215571059146413021233   GB_BA2：AF062345GB_PAT：I18647GB_GSS13：AQ446197GB_BA1：MTY20B11GB_BA1：SAR7932GB_BA1：MTY20B11GB_BA1：MTY20B11GB_IN2：TVU40872GB_HTG6：AC010706GB_BA1：MTCY2B12GB_BA1：PSEPYRBXGB_BA1：LLPYRBDNAGB_BA1：MTCY2B12GB_BA1：MTCY154GB_BA1：MSGY154GB_BA1：MTCY2B12GB_BA1：MSGB937CSGB_BA1：PAUB1259GB_BA1：SC9B10   16458330075136330151763633036330188216926520431227314682043113935402212043138914728533320   AF062345I18647AQ446197Z95121AJ007932Z95121Z95121U40872AC010706Z81011L19649X84262Z81011Z98209AD000002Z81011L78820U81259AL009204   Cautobacter crescentus Sst1(sst1)，S-layer protein subunit(rsaA)，ABCtransporter(rsaD)，membrane forming unit(rsaE)，putative GDP-mannose-4，6-dehydratase(lpsA)，putative acetyltransferase(lpsB)，putative perosaminesynthetase(lpsC)，putative mannosyltransferase(lpsD)，putativemannosyltransferase(lpsE)，outer membrane protein(rsaF)，and putativeperosamine transferase(lpsE)genes，complete cds.Sequence 6 from patent US 5500353.nbxb0062D16r CUGI Rice BAC Library Oryza sativa genomic clonenbxb0062D16r，genomic survey sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 139/162.Streptomyces argillaceus mithramycin biosynthetic genes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 139/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 139/162.Trichomonas vaginalis S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase gene，completecds.Drosophila melanogaster chromosome X clone BACR36D15(D887)RPCI-9836.D.15map 13C-13E strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，74unordered pieces.Mycobactertum tuberculosis H37Rv complete genome；segment 61/162.Pseudomonas aeruginosa aspartate transcarbamoylase(pyrB)anddihydroorotase-like(pyrX)genes，complete cds’s.L.leichmannii pyrB gene.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 61/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 121/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y154.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 61/162.Mycobacte rium leprae cosmid B937 DNA sequence.Pseudomonas aeruginosa dihydrodipicolinate reductase(dapB)gene，partialcds，carbamoylphosphate synthetase smaH subunit(carA)andcarbamoylphosphate synthetase large subunit(carB)genes，complete cds，and FtsJ homolog(ftsJ)gene，partial cds.Streptomyces coelicolor cosmid 9B10.   Caulobacter cresoentusUnknown.Oryza sativaMycobacteriumtuberculosisStreptomyces argillaceusMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisTrichomonas vaginalisDrosophila melanogesterMycobacteriumtuberculosisPseudomonas aeruginosaLactobacillus leichmanniiMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuoerculosisMycobacterium lepraePseudomonas aeruginosaStreptomyces coelicolor   36,23536,82138,12443,57141,11639,72636,78861,91451,32563,36556,08047,51460,71439,22936,61861,52759,53855,39652,666   19-OCT-199907-OCT-19968-Apr-9917-Jun-9815-Jun-9917-Jun-9817-Jun-9831-OCT-199622-Nov-9918-Jun-9826-Jul-9329-Apr-9718-Jun-9817-Jun-9803-DEC-199618-Jun-9815-Jun-9623-DEC-199610-Feb-99
                                                                                               表4(续)
rxa00166rxa00198rxa00216rxa00219rxa00223rxa00229rxa00241 7836721113106512128031626   GB_BA2：AF002133GB_BA1：D85417GB_HTG3：AC008167GB_HTG3：AC008167GB_HTG4：AC010118GB_BA1：AB024708GB_BA1：AB024708GB_EST24：AI232702GB_HTG2：HSDJ850E9GB_HTG2：HSDJ850E9GB_PR2：CNS01DSAGB_HTG2：AC005079_0GB_HTG2：AC005079_1GB_HTG2：AC005079_1GB_BA1：PPEA3NIFGB_BA2：AF128444GB_HTG4：AC010111GB_BA2：AF124518GB_PR3：AC004593GB_HTG2：AC006907GB_BA1：CGLYSI   154377984174223174223806058734873452811735311735315940011000011000011000019771247713893817581502211889724232   AF002133D85417AC008167AC008167AC010118AB024708AB024708AI232702AL121758AL121758AL121766AC005079AC005079AC005079X99694AF128444AC010111AF124518AC004593AC006907X60312 Mycobacterium avium strain GIR10 transcriptional regulator(mav81)gene，partial cds，aconitase(acn)，invasin 1(inv1)，invasin 2(inv2)，transcriptionalregulator(moxR)，ketoacyl-reductase(fabG)，enoyl-reductase(inhA)andferrochelatase(mav272)genes，complete cds.Propionibacterium freudenreichii hemY，hemH，hemB，hemX，hemR andhemL genes，complete cds.Homo sapiens clone NH0172O13，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，7unordered pieces.Homo sapiens clone NH0172O13，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，7unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 3L/62B1 clone RPCI98-10D15，***SEQUENCING IN PROGRESS***，51 unordered pieces.Corynebacterium glutamicum gltB and gltD genes for glutamine 2-oxoglutarate arminotransferase large and small subunits，complete cds.Corynebacterium glutamicum gltB and gltD genes for glutamine 2-oxoglutarate aminotransferase large and small subunits，complete cds.EST229390 Normalized rat kidney，Bento Soares Rattus sp.cDNA cloneRKICF353′end，mRNA sequence.Homo sapiens chromosome 20 clone RP5-850E9，*** SEQUENCING INPROGRESS***，in unordered pieces.Homo sapiens chromosome 20 clone RP5-850E9，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Human chromosome 14 DNA sequence *** IN PROGRESS *** BAC R-412H8of RPCI-11 library from chromosome 14 of Homo sapiens(Human)，completesequence.Homo sapiens clone RG252P22，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，3unordered pieces.Homo sapiens clone RG252P22，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，3unordered pieces.Homo sapiens clone RG252P22，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，3unordered pieces.Plasmid pEA3 nitrogen fixation genes.Rhodobacter capsulatus molybdenum cofactor biosynthetic gene cluster，partial sequence.Drosophila melanogaster chromosome 3L/70C1 clone RPCI98-9B18，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，64 unordered pieces.Corynebacterium glutamicum 3-dehydroquinase(aroD)and shikimatedehydrogenase(aroE)genes，complete cds.Homo sapiens PAC clone DJ0964C11 from 7p14-p15，complete sequence.Caenorhabditis elegans clone Y76B12，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***.25 unordered pieces.C.glutamicum lysl gene for L-lysine permease.   Mycobacterium aviumPropionibacteriumfreudenreichiiHomo sapiensHomo sapiensDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumRattus sp.Hommo sapiensHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensEnterobacter agglomeransRhodobacter capsulatusDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumHomo sapiensCaenorhabditis elegansCorynebacteriumglutamicum   54,19146,66737,45137,45138,62792,11393,70234,22137,96537,96538,79638,22738,22738,22748,82640,13539,52798,23736,61637,095100,000   26-MAR-19986-Feb-9921-Aug-9921-Aug-9916-OCT-199913-MAR-199913-MAR-199931-Jan-9903-DEC-199903-DEC-199911-Nov-9922-Nov-9822-Nov-9822-Nov-982-Aug-9622-MAR-199916-OCT-199918-MAY-199918-Apr-9826-Feb-9930-Jan-92
                                                                                                       表4(续)
rxa00262rxa00266rxa00278rxa00295rxa00323rxa00324rxa00330rxa00335 1197531115511251461325815661554   GB_HTG1：PFMAL13P1GB_HTG1：PFMAL13P1GB_IN2：EHU89655GB_IN2：EHU89655GB_RO：AF016190EM_PAT：E09719GB_PAT：E02133GB_IN1：CELK05F6GB_BA1：CGU43535GB_RO：RNU30789GB_BA2：CGU31281GB_BA1：BRLBIOBAGB_PAT：E03937GB_BA1：MTCY427GB_BA1：MSGB32CSGB_BA1：MTCY427GB_BA1：MSGB32CSGB_BA1：MTCY427GB_OM：BOVELAGB_BA1：CGTHRCGB_PAT：I09078GB_BA1：BLTHRESYNGB_BA1：CGGLNA   192581192581321932192939350534943691225313510161416471005381103640438110364043811032423120314618923686   AL049180AL049180U89655U89655AF016190E09719E02133AF040653U43535U30789U31281D14084E03937Z70692L78818Z70692L78818Z70692J02717X56037I09078Z29563Y13221   Plasmodium falciparum chromosome 13 strain 3D7，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Plasmodium falciparum chromosome 13 strain 3D7，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Entamoeba histolytica unconventional myosin IB mRNA，complete cds.Entamoeba histolytica unconventional myosin IB mRNA，complete cds.Mus musculus connexin-36(Cx36)gene，complete cds.DNA encoding precursor protein of alkaline cellulase.gDNA encoding alkaline cellulase.Caenorhabditis elegans cosmid K05F6.Corynebacterium glutamicum multidrug resistance protein(cmr)gene.complete cds.Rattus norvegicus clone N27 mRNA.Corynebacterium glutamicum biotin synthase(bioB)gene，complete cds.Brevibacterium flavum gene for biotin synthetase，complete cds.DNA sequence encoding Brevibacterium flavum biotin-synthase.Mycobacterium tuberculosisH37Rv complete genome；segment 99/162.Mycobacterium leprae cosmid B32 DNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 99/162.Mycobacterium leprae cosmid B32 DNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 99/162.Bovine elastin a mRNA，complete cds.Coryneebacterium glutamicum thrC gene for threonine synthase(EC 4.2.99.2).Sequence 4 from Patent WO 8809819.Brevibacterium lactofermentum；ATCC 13869：：DNA(genomic)；.Corynebacterium glutamicum glnA gene.   Plasmodium falciparumPlasmodium falciparumEntamoeba histolyticaEntamoeba histolyticaMus musculusBacillus sp.Bacillus sp.Caenorhabditis elegansCorynebacteriumglutamicumRattus norvegicusCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobactariumtuberculosisBos taurusCorynebecteriumglutamicumUnknown.CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicum   34,94734,94736,49637,54441,85634,74134,74136,94336,65838,19099,11198,48998,20735,61560,91744,60652,51638,07939,35199,80899,61799,170100,000   11-Aug-9911-Aug-9923-MAY-199723-MAY-19979-Feb-9908-OCT-1997(Rel.52，Created)29-Sep-976-Jan-989-Apr-9720-Aug-9621-Nov-963-Feb-9929-Sep-9724-Jun-9915-Jun-9624-Jun-9915-Jun-9624-Jun-9927-Apr-9317-Jun-9702-DEC-199420-Sep-9528-Aug-97
                                                                                               表4(续)
rxa00347rxa00351rxa00365rxa00366rxa00367rxa00371 891157872748046531917   GB_BA2：AF005635GB_BA1：MSGB27CSGB_EST27：AI455217GB_BA2：SSU30252GB_EST21：AA911262GB_BA1：MLU15187GB_IN2：AC004373GB_IN2：AF145653GB_BA1：AB024708GB_BA1：MTCY1A6GB_BA1：SC3A3GB_BA1：AB024708GB_BA1：MTCY1A6GB_BA1：SC3A3GB_BA1：AB024708GB_BA1：MTCY1A6GB_BA1：SC3A3GB_VI：S8VORFSGB_EST37：AI967505GB_IN1：CELK09H9   169038793624289158136138727223197873437751159018734377511590187343775115901756838037881   AF005635L78817AI455217U30252AA911262U15187AC004373AF145653AB024708Z83864AL109849AB024708Z83864AL109849AB024708Z83864AL109849M89923AI967505AF043700   Corynebacterium 9lutamicum glutamine synthetase(glnA)gene，completecds.Mycobacterium leprae cosmid B27 DNA sequence.LD21828.3prime LD Drosophila melanogaster embryo pOT2 Drosophilamelanogaster cDNA clone LD21828 3prime，mRNA sequence.Synechococcus PCC7942 nucleoside diphosphate kinaseand ORF2 proteingenes，complete cds，ORF1protein gene，partial cds，and neutral site I forvector use.oe75a02.s1 NCI_CGAP_Lu5 Homo sapiens cDNA clone IMAGE：1417418 3′simitar to gb：A18757 UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR SURFACERECEPTOR，GPI-ANCHORED(HUMAN)；.mRNA sequence.Mycobacterium leprae cosmid L296.Drosophila melanogaster DNA sequence(P1 DS05273(D80))，completesequence.Drosophila melanogaster clone GH08860 BcDNA.GH08860(BcDNA.GH08860)mRNA，complete cds.Corynebacterium glutamicum gltB and gltD genesfor 9lutamine 2-oxoglutarate aminotransferase large and small subunits，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segmenl 159/162.Streptomyces coelicolor cosmid 3A3.Corynebacterium glufamicum gltB and gltD genes for glutamine 2-oxoglutarate aminotransferase large and small subunits，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 159/162.Streptomycescoelicolor cosmid  3A3.Corynebacterium glutamicum gltB and gltD genes for glulamine 2-oxoglutarate aminotransferase large and small subunits，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 159/162.Streptomyces coelicolor cosmid 3A3.Sugarcane bacilliform virus ORF 1，2，and 3 DNA.complete cds.Ljimpest03-215-c10 Ljirnp Lambda HybriZap two-hybrid library LotusjaponicuscDNA clone LP215-03-c10 5′similar to 60S ribosomal protein L39，mRNA sequence.Caenorhabditis elegans cosmid K09H9.   CorynebacteriumglutamicumMycobacterium lepraeDrosophila melanogasterSynechococcus PCC7942Homo sapiensMycobacterium lepraeDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorA3(2)CorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorA3(2)CorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorA3(2)Sugarcane bacilliform virusLotus japonicusCaenorhabditis elegans   98,90666,34534,51037,08437,50052,97246,34149,47196,55639,49637,94699,37441,33337,55499,31236,97137,90535,84342,59334,295   14-Jun-9915-Jun-9609-MAR-199929-OCT-199921-Apr-9809-MAR-199517-Jul-9814-Jun-9913-MAR-199917-Jun-9816-Aug-9913-MAR-199917-Jun-9816-Aug-9913-MAR-199917-Jun-9816-Aug-9912-Jun-9324-Aug-9922-Jan-98
                                                                                          表4(续)
  rxa00377rxa00382rxa00383rxa00391rxa00393rxa00402rxa00403   12451425146784310176231254   GB_BA1：CCU13664GB_PL1：ANSDGENEGB_GSS4：AQ730303GB_BA1：PAHEMLGB_BA1：MTY25D10GB_BA1：MSGY224GB_BA1：MLCB1222GB_HTG2：AC006269GB_HTG2：AC007638GB_EST38：AW017053GB_PAT：AR065852GB_VI：AF148805GB_BA1：MTY25D10GB_BA1：MSGY224GB_BA1：MLB1306GB_BA2：AF052652GB_BA2：AF109162GB_BA2：AF092918GB_BA2：AF052652GB_BA1：MTV016GB_EST23：AI111288   1678129948344444083840051347141671711780536133220728559408384005177622096451420758209653662750   U13664Y08866AQ730303X82072Z95558AD000004AL049491AC006269AC007638AW017053AR065852AF148805Z95558AD000004Y13803AF052652AF109162AF092918AF052652AL021841AI111288   Caulobacter crescentus uroporphyrinogen decarboxylase homolog(hemE)gene，partial cds.A.nidulans sD gene.HS_5505_B1_C04_T7A RPCI-11 Human Male BAC Library Homo sapiensgenomic clone Plate＝1081 Col＝7 Row＝F，genomic survey sequence.P.aeruginosa hemL gene.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 28/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y224.Mycobacterium leprae cosmid B1222.Homo sapiens chromosome 17 clone hRPK.515_E_23 map 17，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，2 ordered pieces.Homo sapiens chromosome 17 clone hRPK.515_O_17 map 17，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，8 unordered pieces.EST272398 Schistosoma mansoni male，Phil LoVerde/Joe MerrickSchistosoma mansoni cDNA clone SMMAS14 5′end，mRNA sequence.Sequence 20 from patent US 5849564.Kaposis sarcoma-associated herpesvirus ORF 68 gene，partial cds；and ORF69，kaposin，v-FLIP，v-cyclin，latent nuclear antigen，ORF K14，v-GPCR，putative phosphoribosylformylglycinamidine synthase，and LAMP(LAMP)genes，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 28/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y224.Mycobacterium leprae cosmid B1306 DNA.Corynebacterium glutamicumhomoserine O-acetyltransferase(metA)gene，complete cds.Corynebacterium diphtheriae heme uptake locus，complete sequence.Pseudomonas alcaligenes outer membrane Xcp-secretion system genecluster.Corynebacterium glutamicum homoserine O-acetyltransferase(metA)gene，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genorre；segment 143/162.SWOvAMCAQ02A05SK Onchocerca volvulus adult male cDNA(SAW98MLW-OvAM)Onchocerca volvulus cDNA clone SWOvAMCAQ02A05 5′，mRNAsequence. Caulobacter crescentusEmericella nidulansHomo sapiensPseudomonas aeruginosaMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeHomo sapiensHomo sapiensSchistosoma mansoniUnknown.Kaposi′s sarcoma-associated herpesvirusMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumdiphtheriaePseudomonas alcaligeneesCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisOnchocerca volv ulus   36,83239,60336,72854,17561,14361,14343,98135,44434,82140,47238,58638,50936,30839,28239,22899,67240,83050,16199,92052,89837,565   24-MAR-199517-OCT-199615-Jul-9918-DEC-199517-Jun-9803-DEC-199627-Aug-9910-Jun-9922-MAY-199910-Sep-9929-Sep-992-Aug-9917-Jun-9803-DEC-199624-Jun-9719-MAR-19988-Jun-9906-DEC-199819-MAR-199823-Jun-9931-Aug-98
                                                                                            表4(续)
  rxa00405rxa00420rxa00435rxa00437rxa00439rxa00440rxa00441rxa00446   613158712965795915821287987   GB_BA1：MTV016GB_PR4：AC005145GB_BA1：MTV016GB_BA1：MTY13D12GB_BA1：MSGY126GB_BA1：MSGB971CSGB_BA1：AFACBBTZGB_HTG4：AC009541GB_HTG4：AC009541GB_PR4：AC005951GB_BA1：SC2A11GB_PR4：AC005951GB_BA1：MTV016GB_PL2：AF167358GB_HTG3：AC009120GB_BA2：SKZ86111GB_BA1：SC2E1GB_BA1：SC2E1GB_PR2：HS173D1GB_HTG2：HSDJ719K3GB_HTG2：HSDJ719K3GB_BA1：SCD78GB_HTG4：AC009367GB_HTG4：AC009367   53662143678536623708537164375662760169583169583155450227891554505366210222694457860389623896211733826711426711436224226055226055   AL021841AC005145AL021841Z80343AD000012L78821M68904AC009541AC009541AC005951AL031184AC005951AL021841AF167358AC009120Z86111AL023797AL023797AL031984AL109931AL109931AL034355AC009367AC009367   Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 143/162.Homo sapiens Xp22-166-169 GSHB-523A23(Genome Systems Human BAClibrary)complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 143/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 156/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y126.Mycobacterium leprae cosmid B971 DNA sequence.Alcaligenes eutrophus chromsomal transketolase.(cbbTc)andphosphoglycolate phosphatase(cbbZc)genes，complete cds.Homo sapiens chromosome 7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，25unordered pieces.Homo sapiens chromosome 7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，25unordered pieces.Homo sapiens chromosome 17，clone hRPK.372_K_20，complete sequence.Streptomyces coelicolor cosmid 2A11.Homo sapiens chromosome 17，clone hRPK.372_K_20，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 143/162.Rumex acetosa expansin(EXP3)gene，partial ods.Homo sapiens chromosome 16 clone RPCI-11_484E3，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，34 unordered pieces.Streptomyces lividans rpsP，trmD，rplS，sipW，sipX，sipY，sipZ，mutT genesand 4 open reading frames.Streptomyces coelicolor cosmid 2E1.Streptomyces coelicolor cosmid 2E1.Human DNA sequence from clone 173D1 on chromosome 1p36.21-36.33.Contains ESTs，STSs and GSSs，complete sequence.Homo sapiens chromosome X clone RP4-719K3 map q21.1-21.31，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Homo sapiens chromosome X clone RP4-719K3 map q21.1-21.31.***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Streptomyces coelicolor cosmid D78.Drosophila melanogaster chromosome 3L/76A2 clone RPCI98-48B15，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，44 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 3L/76A2 clone RPCI98-48B15，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，44unordered pieces.   MycobacteriumtuberculosisHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeRalstonia eutrophaHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensStreptomyces coelicolorHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisRumex acelosaHomo sspiensStreptomyces lividansStreptomyces coelicolorStreptomyces coelicolorHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensStreptomyces coelicolorDrosophila melanogasterDrosophila melanogaster   57,25934,17940,16962,03161,90239,65138,67736,33536,33531,73843,26237,64737,08846,53843,27643,08042,93136,70238,02734,52134,52156,41034,95934,959   23-Jun-9908-DEC-199823-Jun-9917-Jun-9810-DEC-199615-Jun-9627-Jul-9412-OCT-199912-OCT-199918-Nov-985-Aug-9818-Nov-9823-Jun-9917-Aug-993-Aug-9927-OCT-19994-Jun-984-Jun-9823-Nov-9903-DEC-199903-DEC-199926-Nov-9816-OCT-199916-OCT-1999
                                                                                               表4(续)
  rxa00448rxa00450rxa00461rxa00465rxa00487rxa00488rxa00489rxa00533   11434249751692164112451155   GB_PR3：AC003670GB_HTG2：AF029367GB_HTG2：AF029367GB_HTG2：AC007824GB_HTG2：AC007824GB_EST35：AI818057GB_BA1：MLCB1779GB_IN1：DMC86E4GB_GSS15：AQ640325GB_BA1：BAGUAAGB_BA2：U00015GB_BA1：MTCY78GB_BA1：MTCY78GB_BA2：U00015GB_BA1：SCAJ10601GB_BA2：U00015GB_HTG2：HS225E12GB_HTG2：HS225E12GB_BA1：CGLYS   8894514867614867613336113336141243254293524673866423253381833818423254692423251264641264642803   AC003670AF029367AF029367AC007824AC007824AI818057Z98271AL021086AQ640325Y10499U00015Z77165Z77165U00015AJ010601U00015AL031772AL031772X57226   Homo sapiens 12q131PAC RPCI1-130F5(Roswell Park Cancer lnstituteHuman PAC library)complete sequence.Homo sapiens chromosome 12 clone RPCI-1 130F5 map 12q13.1，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，156unordered pieces.Homo sapiens chromosome 12 clone RPCI-1 130F5 map 12q13.1，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，156 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosonme 3clone BACR02L16(D715)RPCI-9802.L.16 map 89E-90A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，91 unordered pieces.Drosophila melanogasterchromosome 3 clone BACR02L16(D715)RPCI-9802.L.16 map 89E-90A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，91 unordered pieces.wk14a08.x1 NCI_CGAP_Lym12 Homo sapiens cDNA clone IMAGE：24122783′similar to gb：Y00764UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11KDPROTEIN(HUMAN)；，mRNA sequence.Mycobacterium leprae cosmid B1779.Drosophila melanogaster cosmid clone 86E4.927P1-2H3.TP 927P1 Trypanosoma brucei genomic clone 927P1-2H3.genomic survey sequence.B.ammoniagenes guaA gene.Mycobacterium leprae cosmid B1620.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 145/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 145/162.Mycobacterium leprae cosmid  B1620.Streptomyces coelicolor A3(2)DNA for whiD and whiK loci.Mycobacterium leprae cosmid B1620.Homo sapiens chromosome 6 clone RP1-225E12 map q24，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Homo sapiens chromosome 6 clone RP1-225E12 map q24，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.C.glutamicum lysC-alpha，lysC-beta and asd genes for aspartokinase-alphaand-beta subunits，and aspartate beta semialdehyde dehydrogenase，respectively(EC 2.7.2.4；EC 1.2.1.11).   Homo sapiensHomo sapiensHomo sapiensDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterHomo sapiensMycobacterium lepraeDrosophila melanogasterTrypanosoma bruceiCorynebacteriumammoniagenesMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorMycobacterium lepraeHomo sapiensHomo sapiensCorynebacteriumglutamicum   35,68231,37331,37340,00040,00035,71439,30837,48738,11674,25937,24839,72539,45139,17860,83538,04136,75636,75699,913   9-Jun-9818-OCT-199718-OCT-19972-Aug-992-Aug-9924-Aug-998-Aug-9727-Apr-998-Jul-998-Jan-9801-MAR-199417-Jun-9817-Jun-9801-MAR-199417-Sep-9801-MAR-199403-DEC-199903-DEC-199917-Feb-97
                                                                                        表4(续)
rxa00534rxa00536rxa00537rxa00541rxa00558rxa00579rxa00580 138614942409792147019831425   GB_BA1：CGCYSCASDGB_PAT：A07546GB_BA1：CGLYSGB_BA1：CORASKDGB_PAT：E14514GB_BA1：CGLEUAGB_BA1：MTV025GB_BA1：MTU88526GB_BA2：SCD25GB_BA1：MTCY7H7AGB_BA1：MTU34956GB_PAT：I92052GB_BA1：MLCB5GB_BA1：MTCY369GB_BA1：BAPURFGB_BA1：MLU15182GB_BA1：MTCY7H7AGB_PAT：AR016483EM_PAT：E11273GB_PAT：E12594GB_PAT：E12594   15912112280329571643349212112524124162210451246221153810936850188540123104512104210421042104   X82928A07546X57226L16848E14514X70959AL022121U88526AL118514Z95618U34956I92052Z95151Z80226X91252U15182Z95618AR016483E11273E12594E12594   C.glutamicum aspartate-semialdehyde dehydrogenase gene.Recombinant DNA fragment(Pstl-Xhol).C.glutamicum lysC-alpha，lysC-beta and asd genes for aspartokinase-alphaand -beta subunits，and aspartate beta semialdehyde dehydrogenase，respectively(EC 2.7.2.4；EC 1.2.1.11).Corynebacterium flavum aspartokinase(ask).and aspartate-semialdehydedehydroggenase(asd)genes.complete cds.DNA encoding Brevibacterium aspartokinase.C.glutamicum gene leuA for isopropylmalate synthase.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 155/162.Mycobacterium tuberculosis putative alpha-isopropyl malate synthase(leuA)gene，complete cds.Streptomyces coelicolor cosmid D25.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 39/162.Mycobacterium tuberculosis phosphoribosylformylglycinamidine synthase(purL)gene.complete cds.Sequence 19 from patent US 5726299.Mycobacterium leprae cosmid B5.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 36/162.B.ammoniagenes purF gene.Mycobacterium leprae cosmid B2266.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 39/162.Sequence 1 from patent US 5776740.DNA encoding serine hydroxymethyl transferase.DNA encoding serine hydroxymethyltransferase from Brevibacterium flavum.DNA encoding serine hydroxymethyltransferase from Brevibacterium flavum.  Corynebacteriumglutamicumsynthetic constructCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumflavescensCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorA3(2)MycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisUnknown.Mycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumammoniagenesMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisUnknown.CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicum   99,22199,39199,85698,70198,773100,00068,00368,18563,18762,40162,20598,35962,46860,81466,09564,31564,86398,81098,81098,81099,368   17-Feb-9730-Jul-9317-Feb-9711-Jun-9328-Jul-9910-Feb-9924-Jun-9926-Feb-9721-Sep-9917-Jun-9828-Jan-9701-DEC-199824-Jun-9717-Jun-985-Jun-9709-MAR-199517-Jun-9805-DEC-199808-OCT-1997(Rel.52，Created)24-Jun-9824-Jun-98
                                                                                                   表4(续)
rxa00581rxa00584rxa00618rxa00619rxa00620rxa00624rxa00626 109212481230155110148101386   GB_PAT：AR016483EM_PAT：E11273GB_PAT：E12594EM_PAT：E11273GB_PAT：AR016483GB_BA1：CORAHPSGB_BA1：AOPCZA361GB_BA1：D90714GB_EST19：AA802737GB_EST28：AI534381GB_IN1：DMANILLINGB_BA1：MTCY369GB_BA1：MLCB5GB_PAT：A60305GB_PL2：AF063247GB_BA1：STMAPPGB_HTG3：AC008763GB_IN1：CEY41E3GB_EST13：AA362167GB_IN1：CEY41E3GB_BA1：MTCY369GB_BA1：MLCB5GB_BA1：MLU15187   210421042104210421042570379411435828058140293685038109184514502069214575150641372150641368503810936138   AR016483E11273E12594E11273AR016483L07603AJ223998D90714AA802737AI534381X89858Z80226Z95151A60305AF063247M91546AC006763Z95559AA362167Z95559Z80226Z95151U15187   Sequence 1 from patent US 5776740.DNA encoding serine hydroxymethyl transferase.DNA encoding serine hydroxymethyltransferase from Brevibacterium flavum.DNA encoding serine hydroxymethyl transferase.Sequence 1 from patent US 5776740.Corynebacterium glutamicum 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphatesynthase gene，complete cds.Amycolatopsis orientalis cosmid PCZA361.Escherichia coli genomic DNA.(16.8-17.1min).GM06236.5prime GM Drosophila melanogaster ovary BlueScript Drosophilamelanogaster cDNA clone GM06236 5prime，mRNA sequence.SD07186.5prime SD Drosophila melanogaster Schneider L2 cell culture pOT2Drosophila melanogaster cDNA clone SD07186 5prime similar to X89858：AniFBgn0011558 PID：g927407 SPTREMBL：Q24240.mRNA sequence.D.melanogaster mRNA for anillin protein.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 36/162.Mycobacterium leprae cosmid B5.Sequence 5 from Patent WO9708323.Pneumocystis carinii f.sp.ratti enolase mRNA，complete cds.Streptomyces lividans amlnopeptidase P(PepP)gene，complete cds.Homo sapiens chromosome 19 clone CITB-E1_3214H19，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，21 unordered pieces.Caenorhabditis elegans cosmid Y41E3.complete sequence.EST71561 Macrophage I Homo sapiens cDNA 5′end，mRNA sequence.Caenorhabditis elegans cosmid Y41E3，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 36/162.Mycobacterium leprae cosmid B5.Mycobacterium leprae cosmid L296.   Unknown.CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumUnknown.CorynebacteriumglutamicumAmycolatopsis orientalisEscherichia coliDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeunidentifiedPneumocystis carinii f.sp.rattiStreptomyces lividansHomo sapiensCaenorhabditis elegansHomo sapiensCaenorhabditis elegansMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium leprae   99,36899,36837,07137,07137,07198,23654,55353,31239,92841,13634,39862,77661,83161,78541,06037,12640,02036,98638,37837,69457,97158,80638,007   05-DEC-199808-OCT-1997(Rel.52，Created)24-Jun-9808-OCT-1997(Rel.52，Created)05-DEC-199826-Apr-9329-MAR-19997-Feb-9925-Nov-9818-MAR-19998-Nov-9517-Jun-9824-Jun-9706-MAR-19985-Jan-9912-Jun-933-Aug-992-Sep-9921-Apr-972-Sep-9917-Jun-9824-Jun-9709-MAR-1995
                                                                                           表4(续)
  rxa00632rxa00633rxa00688rxa00708rxa00717rxa00718rxa00727   795139266693010838311035   GB_BA1：BRLBIOADGB_PAT：E04041GB_PAT：E04040GB_BA1：BRLBIOADGB_PAT：E04040GB_BA2：EHU38519GB_BA1：MTV041GB_BA1：BRLSECYGB_BA2：MBU77912GB_BA2：AF157493GB_PAT：I00836GB_PAT：E00311GB_PAT：I78753GB_PAT：I92042GB_BA1：MTCI125GB_BA1：MTCI125GB_BA1：MTCI125GB_GSS12：AQ420755GB_HTG3：AC008332GB_HTG3：AC008332   227267512722272127212902882615167163254541853185311871187374323743237432671118545118545   D14083E04041E04040D14083E04040U38519AL021958D14162U77912AF157493I00836E00311I78753I92042Z98268Z98268Z98268AQ420755AC008332AC008332   Brevibacterium flavum genes for 7，8-diaminopelargonic acid aminotransferaseand dethiobiotin synthetase，complete cds.DNA sequence coding for desthiobiotinsynthetase.DNA sequence coding for diamino pelargonic acid aminotransferase.Brevibacterium flavum genes for 7，8-diaminopelargonic acid aminotransferaseand dethiobiotin synthetase，complete cds.DNA sequence coding for diamino pelargonic acid aminotransferase.Erwinia herbicola adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase(bioA)gene，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complele genome；segment 35/162.Brevibacterium flavum gene for SecY protein(complete cds)and gene oradenylate kinase(partial cds).Mycobacterium bovis MBE50a gene，partial cds；and MBE50b，MBE50c，preprotein translocase SecY subunit(secY).adenylate kinase(adk)，methionine aminopeptidase(map)，RNA polymerase ECF sigma factor(sigE50)，MBE50d，and MBE50e genes，complete cds.Zymomonas mobilis ZM4fosmid clone 42D7，complete sequence.Sequence 1 from Patent US 4758514.DNA coding of 2，5-diketogluconic acid reductase.Sequence 9 from patent US 5693781.Sequence 9 from patent US 5726299.Mycobecterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 76/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 76/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 76/162.RPCI-11-168G18.TJ RPCI-11 Homo sapiens genomic clone RPCI-11-168G18，genomic survey sequence.Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR48D10(D867)RPCI-9848.D.10 map 34A-34A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，78 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR48D10(D867)RPCI-9848.D.10 map 34A-34A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，78 unordered pieces.   CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumErwinia herbicolaMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumMycobacterium bovisZymomonas mobilisUnknown.unidentifiedUnknownUnknownMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensDrosophila melanogasterDrosophila melanogaster   97,35898,07493,81495,69095,75555,56460,03099,56360,03039,11647,41947,41937,81437,81450,64755,22840,30035,75040,63440,634   3-Feb-9929-Sep-9729-Sep-973-Feb-9929-Sep-974-Nov-9617-Jun-983-Feb-9927-Jan-995-Jul-9921-MAY-199329-Sep-973-Apr-9801-DEC-199817-Jun-9817-Jun-9817-Jun-9823-MAR-19996-Aug-996-Aug-99
                                                                                            表4(续)
rxa00766rxa00770rxa00779rxa00780rxa00838rxa00863rxa00864 966129310566691023867873   GB_HTG3：AC008332GB_HTG2：AC006789GB_HTG2：AC006789GB_BA1：D90810GB_BA1：MTV043GB_BA1：MLU15182GB_BA2：SCD25GB_HTG1：CER08A5GB_HTG1：CER08A5GB_PL2AF078693GB_BA1：MTCY98GB_BA1：AVINFREGGB_BA2：AF001780GB_EST1：Z30506GB_PL2：AC006258GB_EST37：AI998439GB_BA1：BLDAPABGB_PAT：E16749GB_PAT：E14520GB_BA1：BLDAPABGB_BA1：CGDAPB   11854583823838232047668848401234162251920519201492312257099670132911046945535722001200135721902   AC008332AC006789AC006789D90810AL022004U15182AL118514Z82281Z82281AF078693Z83860M60090AF001780Z30506AC006258AI998439Z21502E16749E14520Z21502X67737   Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR48D10(D867)RPCI-9848.D.10 mmap 34A-34A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，78 unordered pieces.Caenorhabditis elegans clone Y49F6，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，2 unordered pieces.Caenorhabditis elegans clone Y49F6，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，2 unordered pieces.E.coli genomic DNA，Kohara clone #319(37.4-37.8min.).Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 40/162.Mycobacterium leprae cosmid B2266.Streptomyces coelicolor cosmid D25.Caenorhabditis elegans chromosome V clone R08A5，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Caenorhabditis elegans chromosome V clone R08A5，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Chlamydomonas reinhardtii putative O-acetylserine(thiol)lyase precursor(Crcys-1A)mRNA，nuclear gene encoding organellar protein，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 103/162.Azotobacter chroococcum nifU，nifS，nifV，nifP，nifW，nifZ and nifM genes，complete cds.Cyanothece PCC 8801 NifP(nifP)，nitrogenaSE(nifB)，FdxN(fdxN)，NifS(nifS)and NifU(nifU)genes，complete cds，and NifH(nifH)gene，partial cds.ATTS2430 AC16H Arabidopsis thaliana cDNA clone TAI306 3′，mRNAsequence.Arabidopsis thaliana BAC F18G18 from chromosome V near 60.5 cM，complete sequence.701545695 A.thaliana，Cotumbia Col-0，rosette-2 Arabidopsis thaliana cDNAclone 701545695，mRNA sequence.B.lactofermentum dapA and dapB genes for dihydrodipicolinate synthase anddihydrodipicolinate reductase.gDNA encoding dihydrodipicolinate synthase(DDPS).DNA encoding Brevibacterium dihydrodipicolinic acid synthase.B.lactofermentum dapA and dapB genes for dihydrodipicolinete synthase anddihydrodipicolinate reductase.C.glutamicum dapB gene for dihydrodipicolinate reductase.   Drosophila melanogasterCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansEscherichia coliMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorA3(2)Caenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansChlamydomonas reinhardtiiMycobacteriumtuberculosisAzotobacter chroococcumCyanothece PCC8801Arabidopsis thalianaArabidopsis thalianaArabidopsis thalianaCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicum   33,88836,73736,73736,52666,19361,44359,93864,89664,89657,97054,41051,72936,30944,30835,57136,04499,53999,53999,53999,885100,000   6-Aug-9925-Feb-9925-Feb-9929-MAY-199724-Jun-9909-MAR-199521-Sep-9914-OCT-199814-OCT-19983-Nov-9917-Jun-9826-Apr-9308-MAR-199911-MAR-199428-DEC-19988-Sep-9916-Aug-9328-Jul-9928-Jul-9916-Aug-931-Apr-93
                                                                                          表4(续)
rxa00865rxa00867rxa00873rxa00884rxa00891rxa00952rxa00954rxa00955 1026650779126311029636441545   GB_PAT：E14520GB_BA1：BLDAPABGB_PAT：E16752GB_PAT：AR038113GB_BA1：MTV002GB_BA1：MLCB22GB_BA1：SAU19858GB_BA1：SCO001206GB_BA1：SCO001205GB_BA1：D78198GB_BA1：MTCY253GB_BA1：MSGY222GB_GSS15：AQ654600GB_BA1：MTCI418BGB_BA1：SCO001206GB_BA1：SCO001205EM_PAT：E10963GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01688GB_PAT：E01375GB_PAT：E01688GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01375  2001357214111411564144028128389184958g2304412304115646811700918495893118772577257726772577257726   E14520Z21502E16752AR038113AL008967Z98741U19858AJ001206AJ001205D78198Z81368AD000010AQ654600Z96071AJ001206AJ001205E10963X04960E01688E01375E01688X04960E01375   DNAencoding Brevibacterium dihydrodipicolinic acid synthase.B.lactofermentum dapA and dapB genes for dihydrodipicolihate synthase anddihydrodipicolinate reductase.gDNA encoding dihydrodipicolinate reductase(DDPR).Sequence 18 from patent US 5804414.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 122/162.Mycobacterium leprae cosmed B22.Streptomyces antibioticus guanosine pentaphosphate synthetase(gpsl)gene，complete cds.Streptomyces coelicolor A3(2)，glycogen metabolism cluster II.Streptomyces coelicolor A3(2)glycogen metabotism clusterl.Pimelobacter sp.DNA for trehalose synthase，complete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 106/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y222.Sheared DNA-1O14.TF Sheared DNA Trypanosoma brucei genomic cloneSheared DNA-1O14，genomic survey sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 7/162.Slreptomyces coelicolor A3(2)，glycogen metabolism cluster II.Streptomyces coelicolor A3(2)glycogen metabolism clusterl.gDNA encoding tryptophan synthase.Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon.Genomic DNA of trp operon of prepibacterium latophelmentamn.DNA sequence of tryptophan operon.Genomic DNA of trp operon of prepibacterium latophelmentamn.Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon.DNA sequence of tryptophan operon.  CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumUnknown.MycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces antibioticusStreptomyces coelicolorStreptomyces coelicolorPimelobacter sp.MycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisTrypanosoma bruceiMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorStreptomyces coelicolorCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumunidentifiedCorynebacteriumglutamicumunidentifiedCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicum   100,000100,00099,80599,80539,17939,48269,70663,41561,61760,59437,78538,00633,97463,29761,96561,72799,68896,84798,42898,75898,75898,75898,372   28-Jul-9916-Aug-9328-Jul-9929-Sep-9917-Jun-9822-Aug-9725-OCT-199629-MAR-199929-MAR-19995-Feb-9917-Jun-9803-DEC-199622-Jun-9918-Jun-9829-MAR-199929-MAR-199908-OCT-1997(Rel.52，Created)10-Feb-9929-Sep-97299-Sep-9729-Sep-9710-Feb-9929-Sep-97
                                                                                           表4(续)
rxa00956rxa00957rxa00958rxa00970rxa00972rxa00981rxa00989 12371677747105014587531644   GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01688EM_PAT：E10963GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01375GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01375GB_PAT：E01688GB_BA1：BLTRPGB_PAT：E01375GB_PAT：E01688GB_BA1：CGHOMTHRGB_PAT：I09077GB_PAT：E01358GB_PAT：E16755GB_PAT：AR038110GB_PAT：E14508GB_OV：GGA245664GB_PL2：AC007887GB_GSS1：CNS00RNWGB_BA1：MTV008GB_BA1：SCVALSFPGB_BA1：MTV008   7725772531187725772677257726772577257726772536853685261535793579357951215943454263033361963033   X04960E01688E10963X04960E01375X04960E01375E01688X04960E01375E01688Y00546I09077E01358E16755AR038110E14508AJ245664AC007887AL087338AL021246Y13070AL021246   Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon.Genomic DNA of trp operon of prepibacterium latophelmentamn.gDNA encoding tryptophan synthase.Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon.DNA sequence of tryptophan operon.Brevibactehum lactofermentum tryptophan operon.DNA sequence of tryptophan operon.Genomic DNA of trp operon of prepibacterium latophelmentamn.Brevibacterium lactofermentum tryptophan operon.DNA sequence of tryptophan operon.Genomic DNA of trp operon of prepibacterium latophelmentamn.Corynebacterium glutamicum hom-thrB genes for homoserine dehydrogenaseand homoserine kinase.Sequence 1 from Patent WO 8809819.DNA encoding for homoserine dehydrogenase(HDH)and homoserinekinase(HK).gDNA encoding diaminopimelate decarboxylase(DDC)and arginyl-tRNAsynthase.Sequence 15 from patent US 5804414.DNA encoding Brevibacterium diaminopimelic acid decarboxylase and arginyl-tRNA synthase.Gallus gallus partial mRNA for ATP-citrate lyase(ACL gene).Genomic sequence for Arabidopsis thaliana BAC F15O4 from chromosome I，complete sequence.Arabidopsis thaliana genome survey sequence T7 end of BAC F14D7 of IGFlibrary from strain Columbia of Arabidopsis thaliana，genomic surveysequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 108/162.S.coelicolor valS，fpgs，ndk genes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 108/162.  CorynebacteriumglutamicumunidentifiedCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutemicumCorynebacteriumglutamicumunidentifiedCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumunidentifiedCorynebacteriumglutamicumUnknown.CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumUnknown.CorynebacteriumglutamicumGallus gallusArabidopsis thalianaArabidopsis thalianaMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorMycobacteriumtuberculosis   98,37298,24298,94999,10798,94599,16598,92798,86798,79298,79298,65899,90599,81097,52499,93199,93199,93137,53837,60041,26440,77358,11938,167   10-Feb-9929-Sep-9708-OCT-1997(Rel.52，Created)10-Feb-9929-Sep-9710-Feb-9929-Sep-9729-Sep-9710-Feb-9929-Sep-9729-Sep-9712-Sep-9302-DEC-199429-Sep-9728-Jul-9929-Sep-9928-Jul-9928-Sep-9904-OCT-199928-Jun-9917-Jun-9803-MAR-199817-Jun-98
                                                                                          表4(续)
  rxa00997rxa01019rxa01026rxa01027rxa01073rxa01079rxa01080rxa01087   7051110178211319542226567999   GB_BA2：CGU31225GB_HTG1：CEY39C12GB_IN1：CEB0001GB_HTG2：AC005052GB_HTG2：AC005052GB_GSS9：AQ171808GB_BA1：SC1C2GB_BA1：ATLEUCDGB_BA1：MTV012GB_BA1：MLCB637GB_BA1：MTCY349GB_BA1：SPUNGMUTXGB_BA1：BACOUTBGB_PR4：AC007938GB_PL2：ATAC006282GB_BA2：AF112535GB_BA1：CANRDFGENGB_BA1：MTV012GB_BA2：AF112535GB_BA1：CANRDFGENGB_BA1：STNRDGB_IN2：AF063412GB_PR3：HS24M15GB_IN2：ARU85702   1817282838394161447341447345124221029827028744882435231172100416723792577436360547028743636054489410931345391240   U31225AL009026Z69634AC005052AC005052AQ171808AL031124X84647AL021287Z99263Z83018Z21702M15811AC007938AC006282AF112535Y09572AL021287AF112535Y09572X73226AF063412Z94055U85702   Corynebacterium glutamicum L-proline：NADP+5-oxidoreductase(proC)gene，complete cds.Caenorhabditis elegans chromosome IV clone Y39C12，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Caenorhabditis elegans cosmid B0001，complete sequence.Homo sapiens clone RG038K21，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，3unordered pieces.Homo sapiens clone RG038K21，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，3unordered pieces.HS_3179_A1_G03_T7 CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝3179 Col＝5 Row＝M，genomic surveysequence.Streptomyces coelicolor cosmid 1C2.A.teichomyceticus leuC and leuD genes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 132/162.Mycobacterium leprae cosmid B637.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 131/162.S.pneumoniae ung gene and mutX genes encoding uracil-DNA glycosylaseand 8-oxodGTP nucleoside triphosphatase.Bacillus subtilis outB gene encoding asporulation protein，complete cds.Homo sapiens clone UWGC：sjs201 from 7q31，complete sequence.Arabidopsis thaliana chromosome II BAC F13K3 genomic sequence，complete sequence.Corynebacterium glutamicum putative glutaredoxin NrdH(nrdH)，NrdI(nrdI)，and ribonucleotide reductase alpha-chain(nrdE)genes，complete cds.Corynebacterium ammonia9enes nrdH，nrdI，nrdE，nrdF genes.Mycogacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 132/162.Corynebacterium glutamicum putative glutaredoxin NrdH(nrdH)，NrdI(nrdI)，and ribonucleotide reductase alpha-chain(nrdE)genes，complete cds.Corynebacterium ammoniagenes nrdH，nrdI，nrdE，nrdF genes.S.typhimurium nrdEF operon.Limnadia lenticularis elongation factor 1-alpha mRNA，partial cds.Human DNA sequence from PAC 24M15 on chromosome 1.Containstenascin-R(restrictin)，EST.Anathix ralla elongation factor-1 alpha(EF-1a)gene，partial cds.   CorynebacteriumglutamicumCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensStreptomyces coelicolorActinoplanesteichomyceticusMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisStreptococcus pneumoniaeBacillus subtilisHomo sapiensArabidopsis thalianaCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumammoniagenesMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumammoniagenesSalmonella typhimuriumLimnadia lenticularisHomo sapiensAnathix ralla   40,84136,41636,41639,17239,17234,66168,27565,93540,45438,63651,98938,08853,72334,32236,18199,82075,96638,296100,00065,51152,47743,75037,47537,319   2-Aug-9626-OCT-19992-Sep-9912-Jun-9812-Jun-9817-OCT-199815-Jan-9904-OCT-199523-Jun-9917-Sep-9717-Jun-9815-Jun-9426-Apr-931-Jul-9913-MAR-19995-Aug-9918-Apr-9823-Jun-995-Aug-9918-Apr-9803-MAR-199729-MAR-199923-Nov-9916-Jul-97
                                                                                              表4(续)
  rxa01095rxa01097rxa01098rxa01100rxa01101rxa01104rxa01105rxa01106   85747789786175672912211449   GB_BA1：MTCY01B2GB_HTG5：AC011632GB_HTG5：AC011632GB_BA2：AF030405GB_BA2：AF030405GB_BA2：AF030405GB_BA1：MSGY223GB_BA1：MLCB1610GB_BA2：AF051846GB_BA2：AF060558GB_HTG1：HSDJ140A9GB_BA2：AF060558GB_BA1：SC4G6GB_BA1：STMHISOPAGB_BA1：STMHISOPAGB_BA1：SC4G6GB_BA1：MTCY336GB_BA1：MTCY336GB_BA1：MSGY223GB_BA1：MLCB1610GB_BA1：MSGY223   3593817591717591777477477442061400557386362217556363691739813981369173243732437420614005542061   Z95554AC011632AC011632AF030405AF030405AF030405AD000019AL049913AF051846AF060558AL109917AF060558AL096884M31628M31628AL096884Z95586Z95586AD000019AL049913AD000019   Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 72/162.Homo sapiens clone RP11-3N13，WORKING DRAFT SEQUENCE，9unordered pieces.Homo sapiens clone RP11-3N13，WORKING DRAFT SEQUENCE，9unordered pieces.Corynebacterium glutamicum cyclase(hisF)gene，complete cds.Corynebacterium glutamicum cyclase(hisF)gene，complete cds.Corynebacterium glutamicum cyclase(hisF)gene，complete cds.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y223.Mycobacterium leprae cosmid B1610.Corynebacterium glutamicum phosphoribosylfomimino-5-amino-1-phosphoribosyl-4-imidazolecarboxamide isomerase(hisA)gene，complete cds.Corynebacterium glutamicum glutamine amidotransferase(hisH)gene，complete cds.Homo sapiens chromosome 1 clone RP1-140A9，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Corynebacterium glutamicum glutamine amidotransferase(hisH)gene，comeplete cds.Streptomyces coelicolor cosmid 4G6.S.coelicolor histidine biosynthesis operon encoding hisD，partial cds.，andhisC，hisB，hisH，and hisA genes，complete cds.S.coelicolor histidine biosynthesis operon encoding hisD，partial cds.，andhisC，hisB，hisH，and hisA genes，complete cds.Streptomyces coelicolor cosmid 4G6.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 70/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 70/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y223.Mycobacterium leprae cosmid B1610.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y223.   MycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutemicumMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumStreptomyces coelicolorA3(2)Streptomyces coelicolorStreptomyces coelicolorStreptomyces coelicolorA3(2)MycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosis   43,24336,47136,836100,00041,20697,93340,97261,36697,15495,45530,52394,46238,37860,05358,33339,04560,36460,93136,85160,90237,233   17-Jun-9819-Nov-9919-Nov-9913-Nov-9713-Nov-9713-Nov-9710-DEC-199627-Aug-9912-MAR-199829-Apr-9823-Nov-9929-Apr-9823-Jul-9926-Apr-9326-Apr-9323-Jul-9924-Jun-9924-Jun-9910DEC-199627-Au9-9910-DEC-1996
                                                                                                   表4(续)
rxa01145rxa01162rxa01208rxa01209rxa01215rxa01239rxa01253 11371449846152810982556873   GB_BA1：MSHISCDGB_BA1：MTCY336GB_BA1：CORAIAGB_BA1：BRLILVCAGB_PAT：E08232GB_PAT：A60299GB_PR3：HS24E5GB_PR3：AC005265GB_HTG2：AC004965GB_HTG2：AC004965GB_PL2：TAU55859GB_HTG3AC011469GB_HTG3：AC011469GB_PL1：AB010077GB_BA1：MTCY10G2GB_IN1：LEIPRPPGB_HTG2：HSJ799D16GB_BA1：MTCY48GB_PR2：AB029032GB_GSS9：AQ107201GB_PL2：F5O8GB_PL2：F5O8GB_IN1：CELC06G1   22983243747051364101728693550643900323792323792239711343611343677380389701887130149353776377355999239992331205   X65542Z95586L09232D14551E08232A60299Z82185AC005265AC004965AC004965U55859AC011469AC011469AB010077Z92539M76553AL050344Z74020AB029032AQ107201AC005990AC005990U41014   M.smegmatis genes hisD and hisC for histidinol dehydrogenase and histidinol-phosphate aminotransferase，respectively.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 70/162.Corynebacterium glutamicum acetohydroxy acidsynthase(ilvB)and(ilvN)genes，and acetohydroxy acid isomeroreductase(ilvC)gene，complete cds.Brevibacterium flavum ilvC gene for acetohydroxy acid isomeroreductase，complete cds.DNA encoding acetohydroxy-acid isomeroreductase.Sequence 18 from patent WO9706261.Human DNA sequenoe from Fosmid 24E5 on chromosome 22q11.2-qtercontains parvalbumin，ESTs，STS.Homo sapiens chromosome 19，cosmid F19750，complete sequence.Homo sapiens clone DJ1106H14，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，42unordered pieces.Homo sapiens clone DJ1106H14，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，42unordered pieces.Triticum aestivum heat shock protein 60 mRNA，complete cds.Homo sapiens chromosome 19 clone CIT-HSPC_475D23，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，31 unordered pieces.Homo sapiens chromosome 19 clone CIT-HSPC_475D23，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，31 unordered pieces.Arabidopsis thaliana genomic DNA，chromosome 5，P1 clone：MYH19，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 47/162.Leishmania donovani phosphoribosylpyrophosphate synthetase gene.complete cds.Homo sapiens chromosome 1 clone RP4-799D16 map p34.3-36.1，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 69/162.Homo sapiens mRNA for KIAA1109 protein，partial cds.HS_3096_A1_C03_T7 CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝3098 Col＝5 Row＝E，genomic surveysequence.Arabidopsis thaliana chromosome 1 BAC F5O8 sequence，completesequence.Arabidopsis thaliana chromosome 1 BAC F5O8 sequence，completesequence.Caenorhabditis elegans cosmid C06G1.   Mycobacterium smegmalisMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumAspergillus nigerHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensTriticum aestivumHomo sapiensHomo sapiensArabidopsis thalianaMycobacteriumtuberculosisLeishmania donovaniHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensArabidopsis thalianaArabidopsis thalianaCaenorhabditis elegans   60,11158,420100,00099,56099,80338,67536,20438,36336,05836,05837,26940,00040,00036,80337,04750,73838,13538,13939,39441,40836,11835,57438,560   30-Jun-9324-Jun-9923-Feb-953-Feb-9929-Sep-9706-MAR-199823-Nov-996-Jul-9812-Jun-9812-Jun-981-Feb-9907-OCT-199907-OCT-199920-Nov-9917-Jun-987-Jun-9329-Nov-9917-Jun-984-Aug-9928-Aug-9823-DEC-199823-DEC-199830-Nov-95
                                                                                           表4(续)
  rxa01321rxa01352rxa01360rxa01361rxa01381rxa01393rxa01394   1044706259629944993822   GB_GSS14：AQ518843GB_HTG2：AC007473GB_HTG4：AC011696GB_PL2：ATAC005167GB_PL2：ATAC005825GB_HTG3：AC011150GB_EST32：AI725583GB_PR2：HS227P17GB_EST34：AV171099GB_RO：AB008915S1GB_EST22：AI050532GB_RO：AB008895GB_PL1：AB005237GB_GSS5：AQ766840GB_BA1：MTV043GB_BA1：CGLYSEGGB_BA1：SC5A7GB_PR3：AC004054GB_BA1：CGLYSEGGB_GSS5：AQ769223   441194859115847832609738012722272882951173530293306287835491688482374403371121842374500   AQ518843AC007473AC011696AC005167AC005825AC011150AI725583Z81007AV171099AB008915AI050532AB008895AB005237AQ766840AL022004X96471AL031107AC004054X96471AQ769223 HS_5106_A1_D10_SP6E RPCI-11 Human Male BAC Library Homo sapiensgenomic clone Plate＝682 Col＝19 Row＝G，genomicsurvey sequence.Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR38D12(D590)RPCI-9838.D.12 map 48A-48B strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，60 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR35F01(D1156)RPCI-9835.F.1 map 48A-48C strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，108 unordered pieces.Arabidopsis thaliana chromosome II BAC F12A24 genomic sequence，complete sequence.Arabidopsis thaliana chromosome II BAC T24I21 genomic sequence，complete sequence.Homo sapiens clone 4_K_17，LOW-PASS SEQUENCE SAMPLING.BNLGHi12371 Six-day Cotton fiber Gossypium hirsutum cDNA 5′similar to(U86081)root hair defective 3[Arabidopsis thaliana].mRNA sequence.Human DNA sequence from PAC 227P17，between markers DXS6791andDXS8038 on chromosome X contains CpG island，EST.AV171099 Mus musculus head C57BL/6J 14，17 day embryo Mus musculuscDNA clone 3200002M11，mRNA sequence.Mus musculus mGpi1 gene，exon 1.uc83d10.y1 Sugano mouse kidney mkia Mus musculus cDNA cloneIMAGE：1432243 5′similar to TR：O35120 O35120 MGPI1P.；，mRNAsequence.Mus musculus mRNA for mGpi1p，complete cds.Arabidopsis thaliana genomic DNA，chromosome 5，P1clone：MJJ3，completesequence.HS_2026_A2_C09_T7C CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝2026 Col＝18 Row＝E，genomic surveysequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 40/162.C.glutamicum lysE and lysG genes.Streptomyces coelicolor cosmid 5A7.Homo sapiens chromosome 4 clone B220G8 map 4q21，complete sequence.C.glutamicum lysE and lysG genes.HS_3155_B2_G10_T7C CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝3155 Col＝20 Row＝N，genomic sureysequence.   Homo sapiensDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterArabidopsis thalianaArabidopsis thalianaHomo sapiensGossypium hirsutumHomo sapiensMus musculusMus musculusMus musculusMus musculusArabidopsis thalianaHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumStreptomyces coelicolorHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumHomo sapiens   41,12140,63438,29034,31134,31137,72238,49239,73846,23745,57444,09741,31636,60637,91637,41934,83135,13837,277100,00038,400   05-MAY-19992-Aug-9926-OCT-199915-OCT-199812-Apr-9901-OCT-199911-Jun-9923-Nov-996-Jul-9928-Sep-999-Jul-9823-Nov-9720-Nov-9928-Jul-9924-Jun-9924-Feb-9727-Jul-989-Jul-9824-Feb-9728-Jul-99
                                                                                       表4(续)
rxa01416rxa01442rxa01446rxa01483rxa01486rxa01489rxa01491rxa01508rxa01512 63013471413139575711467741662723   GB_BA1：CGLYSEGGB_BA1：SC3C3GB_BA1：MLCB22GB_BA1：MTV002GB_BA1：D90827GB_BA1：D90828GB_BA2：AE000279GB_BA1：SCH10GB_BA1：MTY13E10GB_BA1：MLCB4GB_BA1：MTCY98GB_BA1：MSGB1229CSGB_BA2：AF027507GB_BA1：MTV002GB_BA1：MLCB22GB_BA1：SC3C3GB_BA1：CORFADSGB_BA1：MLCB22GB_BA1：SC10A7GB_BA1：MTV002GB_EST13：AA356956GB_OV：OMDNAPROIGB_IN1：CEF28C12GB_IN1：CEF28C12GB_BA1：SCE9GB_BA1：MAU88875   23743138240281564141888614590108553952435019363103122530670516856414402813138215474028139739564142557327146531465337730840   X96471AL031231Z98741AL008967D90827D90828AE000279AL049754Z95324AL023514283860L78812AF027507AL008967Z98741AL031231D37967Z98741AL078618AL008967AA356956X92380Z93380Z93380AL049841U88875  C.glutamicum lysE and lysG genes.Streptomyoes coelicolor cosmid 3C3.Mycobacterium leprae cosmid B22.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 122/162.E.coli genomic DNA，Kohara clone #336(41.2-41.6min.).E.coli genomic DNA，Kohara clone #336gap(41.6-41.9min.).Escherichia coli K-12 MG1655 section 169 of 400 of the complete genome.Streptomyces coelicolor cosmid H10.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 18/162.Mycobacterium leprae cosmid B4.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 103/162.Mycobacterium leprae cosmid B1229 DNA sequence.Mycobacterium smegmatis dGTPase(dgt).and primase(dnaG)genes.complete cds；tRNA-Asn gene.complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 122/162.Mycobacterium leprae cosmid B22.Streptomyces coelicolor cosmid 3C3.Corynebaclerium ammoniagenes gene for FAD synthetase.complete cds.Mycobacterium leprae cosmid B22.Streptomyces coelicolor cosmid 10A7.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 122/162.EST65614 Jurkat T-oells III Homo sapiens cDNA 5′end，mRNA sequence.O.mossambicus prolactin I gene.Caenorhabditis elegans cosmid F28C12，complete sequence.Caenorhabditis elegans cosmid F28C12，complete sequence.Streptomyces coelicolor cosmid E9.Mycobacterium avium hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferasegene.complete cds.   CorynebacteriumglutamicumStreptomyces coelicolorMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisEscherichia coliEscherichia coliEscherichia coliStreptomyces coelicolorMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium smegmatisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorCorynebacteriumammoniagenesMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensTilapia mossambicaCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansStreptomyces coelicolorMycobacterium avium   33,66562,72639,15937,34058,51756,15156,02139,03740,13037,75239,05754,38252,94140,94138,45161,19458,02138,41436,93037,06237,64738,28937,98438,46939,02157,521   24-Feb-9710-Aug-9822-Aug-9717-Jun-9821-MAR-199721-MAR-199712-Nov-9804-MAY-199917-Jun-9827-Aug-9917-Jun-9815-Jun-9616-Jan-9817-Jun-9822-Aug-9710-Aug-988-Feb-9922-Aug-979-Jun-9917-Jun-9821-Apr-9719-OCT-199523-Nov-9823-Nov-9819-MAY-199905-MAR-1997
                                                                                              表4(续)
rxa01514rxa01515rxa01516rxa01517rxa01521rxa01528rxa01551rxa01561rxa01599 711975513600921651199810531785   GB_BA1：MTY15C10GB_BA1：MTCY7H7BGB_BA1：MLCB2548GB_PL1：EGGTPCHIGB_BA1：ECOUW93GB_BA1：ECOUW93GB_BA1：MTCY49GB_IN1：DME238847GB_HTG3：AC009210GB_IN2：AF132179GB_PL2：F6H8GB_PL2：AF038831GB_PL2：ATAC005957GB_BA1：ANANIFBHGB_PR2：AC002461GB_PR2：AC002461GB_RO：MM437P9GB_PR3：AC005740GB_PR3：AC005740GB_8A1：MTCY22G10GB_BA2：ECOUW89GB_BA1：SCQ11GB_IN1：CEY62H9AGB_PR4：HSU51003GB_OM：PIGDAO1GB_BA1：MTCI125GB_BA1：U00021   330502424438916242338534338534394305419103814484282596647108355593619727319727316590118678018678035420176195154414739632023953743239193   Z95436Z95557AL023093Z49757U14003U14003Z73966AJ238847AC009210AF132179AF178045AF038831AC005957J05111AC002461AC002461AL049866AC005740AC005740Z84724U00006AL096823AL032630U51003M18444Z98268U00021   Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 154/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 153/162.Mycobacterium leprae cosmid B2548.E.gracilis mRNA for GTP cyclohydrolase I(core region).Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 93/162.Drosophila melanogaster mRNA for drosophila dodeca-satellite protein 1(DDP-1).Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR01I06(D1054)RPCI-9801.I.6 map 55D-55D strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，86 unordered pieces.Drosophila melanogaster clone LD21677 unknown mRNA.Arabidopsis thaliana BAC F6H8.Sorosporum saponariae intemal transcribed spacer 1，5.8S ribosomal RNAgene；and intemal transcribed spacer 2，complete sequence.Arabidopsis thaliana chromosome II BAC T15J14 genomic sequence，complete sequence.Anabaena sp.(clone AnH20.1)nitrogen fixation operon nifB，fdxN，nifS，nifU，and nifH genes，complete cds.Human BAC clone RG204I16 from 7q31，complete sequence.Human BAC clone RG204I16 from 7q31，complete sequence.Mus musculus chromosome X，clone 437P9.Homo sapiens chromosome 5p，BAC clone 50g21(LBNL H154)，completesequence.Homo sapiens chromosome 5p，BAC clone 50g21(LBNL H154)，completesequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 21/162.E.coli chromosomal region from 89.2 to 92.8 minutes.Streptomyces coelicolor cosmid Q11.Caenorhabditis elegans cosmid Y62H9A，complete sequence.Homo sapiens DLX-2(DLX-2)gene.complete cds.Pig D-amino acid oxidase(DAO)gene，exon 1.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 76/162.Mycobacterium leprae cosmid L247.   MycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeEuglena gracilisEscherichia coliEscherichia coliMycobacteriumtuberculosisDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterArabidopsis thalianaSorosporium saponariaeArabidopsis thalianaAnabaena sp.Homo sapiensHomo sapiensMus musculusHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisEscherichia coliStreptomyces coelicolorCaenorhabditis elegansHomo sapiensSusscrofaMycobacteriumtuberculosisMycobacterium leprae   40,08643,34338,17764,87638,94337,50038,01036,34637,89736,14935,84640,56638,09538,20636,62334,71937,50037,03138,03538,37138,06460,77538,51437,73039,34063,30036,756   17-Jun-9818-Jun-9827-Aug-9920-OCT-199517-Apr-9617-Apr-9624-Jun-9913-Aug-9920-Aug-993-Jun-9919-Aug-9913-Apr-997-Jan-9926-Apr-9320-Aug-9720-Aug-9729-Jun-9901-OCT-199801-OCT-199817-Jun-9817-DEC-19938-Jul-992-Sep-9907-DEC-199927-Apr-9317-Jun-9829-Sep-94
                                                                                              表4(续)
rxa01617rxa01657rxa01660rxa01678rxa01679rxa01690rxa01692rxa01698 795723675651135912248731353   GB_BA1：MLCB1351GB_PR2：HSMTM0GB_PR2：HS13D10GB_PR2：HSMTM0GB_BA1：MTCY1A10GB_EST6：D79278GB_BA2：AF129925GB_BA1：MTV013GB_RO：MMFV1GB_PAT：A67508GB_VI：TVU95309GB_VI：TVU95303GB_VI：TVU95302GB_EST5：H91843GB_STS：G26925GB_PL2：AF139451GB_BA1：SC1C2GB_EST22：AI064232GB_IN2：AF117896GB_BA2：AF067123GB_RO：RATNFHPEPGB_RO：RSNFHGB_BA2：AF124600GB_BA1：MTCY159   38936217657153147217657259493921024311364648064806006006003623621202422104931020103430853085411533818   Z95117AL034384AL021407AL034384Z95387D79278AF129925AL021309X97719A67508U95309U95303U95302H91843G26925AF139451AL031124AI064232AF117896AF067123M37227X13804AF124600Z83863 Mycobacterium leprae cosmid B1351.Human chromosome Xq28.cosmid clones 7H3，14D7，C1230，11E7，F1096，A12197，12G8，A09100；complete sequence bases 1..217657.Homo sapiens DNA sequence from PAC 13D10 on chromosome 6p22.3-23.Contains CpG island.Human chromosome Xq28，cosmid clones 7H3，14D7，C1230，11E7，F1096，A12197，12G8，A09100；complete sequence bases 1..217657.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 117/162.HUM213D06B Human aorta polyA+(TFujiwara)Homo sapiens cDNA cloneGEN-213D06 5′，mRNA sequence.Thiobacillus ferrooxidans carboxysome operon，compete cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 134/162.M.musculus retrovirus restriction gene Fv1.Sequence 1 from Patent WO9743410.Tula virus O64 nucleocapsid protein gene，partial cds.Tula virus O52 nucleocapsid protein gene，partial cds.Tula virus O24 nucleocapsid protein gene，partial cds.ys81e01.s1 Soares retina N2b4HR Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：221208 3′similat to gb：X63749_ma1 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T).ALPHA-1(HUMAN)；，mRNA sequence.human STS SHGC-30023，sequence tagged site.Gossypium robinsonii CeIA2 pseudogene，partial sequence.Streptomyces coelicolor cosmid 1C2.GH04563.5prime GH Drosophila melanogaster head pOT2 Drosophilamelanogaster cDNA clone GH04563 5prime，mRNA sequence.Drosophila melanogaster neuropeptide F(npf)gene，complete cds.Lactobacillus reuteri cobalamin biosynthesis protein J(cbiJ)gene，partial cds；and uroporphyrin-III C-methyltransferase(sumT)gene，complete cds.Rat heavy neurofilament(NF-H)polypeptide，partial cds.Rat mRNA for heavy neurofilament polypeptide NF-H C-terminus.Corynebacterium glutamicum chorismate synthase(aroC)，shikimate kinase(aroK).and 3-dehydroquinate synthase(aroB)genes，complete cds；andputative cytoplasmic peptidase(pepQ)gene，partial cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 111/162.  Mycobacterium lepraeHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensThiobacillus ferrooxidansMycobacteriumtuberculosisMus musculusMus musculusTula virusTula virusTula virusHomo sapiensHomo sapiensGossypium robinsoniiStreptomyces coelicolorDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterLactobacillus reuteriRattus norvegicusRattus spCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosis   36,75640,81138,76839,01840,65644,26240,70940,98635,36435,36441,89441,71239,57639,15739,15738,91060,64438,03736,12248,07937,09337,093100,00036,323   24-Jun-975-Jul-9923-Nov-995-Jul-9917-Jun-989-Feb-9617-MAY-199917-Jun-9829-Aug-9605-MAY-199928-OCT-199728-OCT-199728-OCT-199729-Nov-9514-Jun-961-Jun-9915-Jan-9924-Nov-982-Jul-993-Jun-9827-Apr-9314-Jul-9504-MAY-199917-Jun-98
                                                                                            表4(续)
rxa01699rxa01712rxa01719rxa01720rxa01746rxa01747rxa01757 69380568413328761167924   GB_BA1：MSGB937CSGB_BA2：AF124600GB_BA2：AF016585GB_EST9：C19712GB_EST21：AA952466GB_EST21：AA952466GB_HTG1：HSDJ534K7GB_HTG1：HSDJ534K7GB_EST27：AI447108GB_PR4：AC006322GB_PL2：TM018A10GB_PR4：AC006322GB_EST3：R46227GB_EST3：R46227GB_BA1：MTCY190GB_BA1：MLCB22GB_BA1：SC5F7GB_EST21：AA918454GB_EST4：H34042GB_EST20：AA899038   38914411541097399278278154416154416431179640106184179640443443341504028140024416345450   L78820AF124600AF016585C19712AA952466AA952466AL109925AL109925AI447108AC006322AF013294AC006322R46227R46227Z70283Z98741AL096872AA918454H34042AA899038   Mycobacterium leprae cosmid B937DNA sequence.Corynebacterium glutamicum chorismate synthase(aroC)，shikimate kinase(aroK)，and 3-dehydroquinate synthase(aroB)genes，complete cds；andputative cytoplasmic peptidase(pepQ)gene，partial cds.Streptomyces caelestis cytochrome P-450 hydroxylase homolog(nidi)gene，partial cds；polyketide synthase modules 1 through 7(nidA)genes，completecds；and N-methyltransferase homolog gene，partial cds.C19712 Rice panicle at ripening stage Oryza sative cDNA clone E10821_1A，mRNA sequence.TENS1404 T.cruzi epimastigote nomalized cDNA Library Trypanosoma cruzicDNA clone 1404 5′，mRNA sequence.TENS1404T.cruzi epimastigote normalized cDNA Library Trypanosoma cruzicDNA clone 1404 5′，mRNA sequence.Homo sapiens chromosome 1 clone RP4-534K7，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Homo sapiens chromosome 1 clone RP4-534K7，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.mq91e08.x1 Stratagene mouse heart(#937316)Mus musculus cDNA cloneIMAGE：586118 3′，mRNA sequence.Homo sapiens PAC clone DJ1060B11 from 7q11.23-q21.1，completesequence.Arabidopsis thaliana BAC TM018A10.Homo sapiens PAC clone DJ1060B11 from 7q11.23-q21.1，completesequence.yg52a03.s1 Soares infant brain 1NIB Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：36000 3′，mRNA sequence.yg52a03.s1 Soares infant brain 1NIB Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：36000 3′，mRNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 98/162.Mycobacterium leprae cosmid B22.Streptomyces coelicolor cosmid 5F7.om38c02.s1 Soares_NFL_T_GBC_S1 Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：1543298 3′similar to WP：F28F8.3CE09757 SMALL NUCLEARRIBONUCLEOPROTEIN E；，mRNA sequence.EST110563 Rat PC-12 cells.NGF-treated(9 days)Rattus sp.cDNA cloneRPNBI81 5′end，mRNA sequence.NCP6G8T7 Perithecial Neurospora crassa cDNA clone NP6G8 3′end，mRNAsequence.  Mycobacterium lepraeCorynebcteriumglutamicumStreptomyoes caelestisOryza sativaTrypanosoma cruziTrypanosoma cruziHomo sapiensHomo sapiensMus musculusHomo sapiensArabidopsis thalianaHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorA3(2)Homo sapiensRattus sp.Neurospora crassa   62,780100,00040,26045,42540,87641,36735,65135,65139,67135,81735,69837,24342,81242,65559,29457,58461,81039,65535,94240,000   15-Jun-9604-MAY-199907-DEC-199724-OCT-199629-OCT-199629-OCT-199823-Nov-9923-Nov-9909-MAR-199918-MAR-199912-Jul-9718-MAR-199922-MAY-199522-MAY-199517-Jun-9822-Aug-9722-Jul-9923-Jun-982-Apr-9812-Apr-98
                                                                                           表4(续)
  rxa01807rxa01821rxa01835rxa01850rxa01878rxa01892rxa01894rxa01920   915401654147010028529781125   GB_BA1：AP000063GB_HTG4：AC010694GB_HTG4：AC010694GB_BA1：CGL007732GB_RO：RATALGLGB_OV：APIGY2GB_EST30：AI629479GB_STS：G48245GB_GSS3：B49052GB_BA2：ECOUW67_0GB_BA2：AE000392GB_BA2：U32715GB_HTG1：CEY64F11GB_HTG1：CEY64F11GB_HTG1：CEY64F11GB_BA1：MTCY274GB_BA1：MLCB250GB_BA1：MSGB1529CSGB_BA1：MTCY274GB_IN1：CELF46H5GB_HTG3：AC009204GB_BA2：AF112536GB_BA1：CANRDFGEN   1853001158571158574460760113813535155151100001034513136177748177748177748399914060336985399913888611563317986054   AP000063AC010694AC010694AJ007732M24108X78272AI629479G48245B49052U18997AE000392U32715Z99776Z99776Z99776Z74024Z97369L78824Z74024U41543AC009204AF112536Y09572   Aeropyrum pemix genomic DNA，section 6/7.Drosophila melanogast erclone RPCI98-6H2，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，75 unordered pieces.Drosophila melanogaster clone RPCI98-6H2，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，75 unordered pieces.Corynebacterium glutamicum 3′ppc gene，secG gene，amt gene，ocd geneand 5′soxA gene.Rattus norvegicus(clone A2U42)alpha2u globulin gene，exons1-7.Anas platyrhynchos(Super M)lgY upsilon heavy chain gene，exon 2486101D10.x1 486-leaf primordia cDNAlibrary from Hake lab Zea mayscDNA，mRNA sequence.SHGC-62915 Human Homo sapiens STS genomic，sequence tagged site.RPCI11-4I12.TV RPCI-11 Homo sapiens genomic clone RPCI-11-4112，gehomic survey sequence.Escherichia coli K-12 chromosomal region from 67.4 to 76.0 minutes.Escherichia coli K-12 MG1655 section 282 of 400 of the complete genome.Haemophilus influenzae Rd section 30 of 163 of the complete genome.Caenorhabditis elegans chromosome IV clone Y64F11，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Caenorhabditis elegans chromosome IV clone Y64F11，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Caenorhabditis elegans chromosome IV clone Y64F11，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，in unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 126/162.Mycobacterium leprae cosmid B250.Mycobacterium leprae cosmid B1529 DNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 126/162.Caenorhabditis elegans cosmid F46H5.Drosophila melanogaster chromosome 2 clone BACR03E 19(D1033)RPCI-9803.E.19 map 36E-37C strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，94 unordered pieces.Corynebacterium glutamicum ribonucleotide reductase beta-chain(nrdF)gene complete cds.Corynebacterium ammomagenes nrdH，nrdl，nrdE，nrdF genes.  Aeropyrum pemixDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumRattus norvegicusAnas plaryrhynchosZeamaysHomo sapiensHomo sapiensEscherichia coliEscherichia coliHaemophilus influenzaeRdCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisCaenorhabditis elegansDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumammoniagenes   40,06735,45035,450100,00038,69236,96238,10937,02137,02137,19638,02139,86037,56437,56437,57635,91064,26064,26037,22938,52531,57999,73370,321   22-Jun-9916-OCT-199916-OCT-19997-Jan-9915-DEC-199415-Feb-9926-Apr-9926-MAR-19998-Apr-99U1899712-Nov-9829-MAY-199814-OCT-199814-OCT-199814-OCT-199819-Jun-9827-Aug-9915-Jun-9619-Jun-9829-Nov-9618-Aug-995-Aug-9918-Apr-98
                                                                                           表4(续)
rxa01928rxa01929rxa01940rxa02022rxa02024rxa02027rxa02031rxa02072 960936105912308591464   GB_BA2：AF050168GB_BA1：CGPANGB_PL1：AP000423GB_PL1：AP000423GB_BA1：CGPANGB_BA1：XCU33548GB_BA1：XANHRPB6AGB_IN2：CFU43371GB_BA2：AE001467GB_RO：AF175967GB_BA1：CGDAPEGB_BA1：CGDNAAROPGB_BA1：APU47055GB_BA1：MTC1364GB_BA1：MSGB1912CSGB_BA1：MLU15180GB_BA1：CGGDHAGB_BA1：CGGDHGB_BA1：PAE18494   122821641544781544782164842913291060116013492196626126469295403850338675203720371628   AF050168X96580AP000423AP000423X96580U33548M99174U43371AE001467AF175967X81379X85965U47055Z93777L01536U15180X72855X59404y18494 Corynebacterium miagenes ribonucleoside diphosphate reductase smallsubunit(nrdF)gene，complete cds.C.glutamicum panB，panC & xylB genes.Arabidopsis thaliana chloroplast genomic DNA，complete sequence，strain：Columbia.Arabidopsis thaliana chloroplast genomic DNA，complete sequence，strain：Columbia.C.glutamicum panB.panC & xylB genes.Xanthomonas campestris hrpB pathogenicity locus proteins HrpB1，HrpB2.HrpB3，HrpB4，HrpB5，HrpB6，HrpB7，HrpB8，HrpA1，and ORF62genes，complete cds.Xanthomonas campestris hrpB6 gene，complete cds.Crithidia fasciculata inosine-uridine prefeming nucteoside hydrolase(IUNH)gene，complete cds.Helicobacter pylori，strain J99 section 28 of 132 of the complete genomeHomo sapiens Leman coiled-coil protein(LCCP)mRNA，complete cds.C.glutamicum dapE gene and orf2.C.gtutamicum ORF3 and aroP gene.Anabaena PCC7120 nitrogen fixation proteins(nifE，nifN，nifX，nifW)genes，complete cds，and nitrogenase(nifK)and hesA genes，partiai cds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 52/162.M.leprae genomic dna sequence，cosmid b1912.Mycobacterium leprae cosmid B1756.C.glutamicum GDHA gene.Corynebacterium glutamicum，gdh gen for glutamate dehydrogenase.Pseudomonas aeruginosa gdhA gene，strain PAC1.  CorynebacteriumammoniagenesCorynebacteriumglutamicumChloroplast ArabidopsisthalianaChloroplast ArabidopsisthalianaCorynebacteriumglutamicumXanthomonas campestrispv.vesicatoriaXanthomonas campestrisCrithidia fasciculataHelicobacter pylori J99Mus musculusCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumAnabaena PCC7120MycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumPseudomonas aeruginosa   72,082100,00035,91733,925100,00038,74939,30561,41738,56040,275100,00038,88936,64759,41557,09357,21099,31794,38762,247   23-Apr-9811-MAY-199915-Sep-9915-Sep-9911-MAY-199919-Sep-9614-Sep-9318-Jun-9620-Jan-9926-Sep-998-Aug-9530-Nov-9717-Feb-9617-Jun-9814-Jun-9609-MAR-199524-MAY-199330-Jul-996-Feb-99
                                                                                           表4(续)
  rxa02085rxa02093rxa02106rxa02111rxa02112rxa02134rxa02135   23589271179140796010441197   GB_BA1：MTCY22G8GB_BA1：MLCB33GB_BA1：ECOUW85GB_EST14：AA448146GB_EST17：AA641937GB_PR3：AC003074GB_BA1：SC1A6GB_PR4：AC005553GB_EST3：R49746GB_BA1：SC6G10GB_BA1：U00010GB_BA1：MTCY336GB_HTG3：AC010579GB_GSS3：B09839GB_HTG3：AC010579GB_BA1：SCSECYDNAGB_EST32：AI731596GB_BA1：SCSECYDNAGB_PR3：HS525L6GB_PL2：ATF21P8GB_PL2：U89959   2255042224914144524441430293762017965139736734411713243715765811911576586154568615416811185785106973   Z95585Z94723M87049AA448146AA641937AC003074AL023496AC005553R49746AL049497U00010Z95586AC010579B09839AC010579X83011AI731596X83011AL023807AL022347U89959   Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 49/162.Mycobacterium leprae cosmid B33.E.coli genomic sequence of the region from 84.5 to 86.5 minutes.zw82h01.r1 Soares_testis_NHT Homo sapiens cDNA clone IMAGE：7827375′，mRNA sequence.ns18b10.r1 NCI_CGAP_GCB1 Homo sapiens cDNA clone IMAGE：11839635′，mRNA sequence.Human PAC clone DJ0596O09 from 7p15，complete sequence.Streptomyces coelicolor cosmid 1A6.Homo sapiens chromosome 17，clone hRPK.112_J_g，complete sequence.yg71g10.r1 Soares infant brain 1NIB Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：38768 5′similar to gb：V00567 BETA-2-MICROGLOBULINPRECURSOR(HUMAN)；，mRNA sequence.Streptomyoes coelicolor cosmid 6G10.Mycobacterium leprae cosmid B1170.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 70/162.Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR09D08(D1101)RPCI-9809.D.8 map 96F-96F strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，121 unordered pieces.T12A12-Sp6 TAMU Arabidopsis thaliana genomic clone T12A12，genomicsurvey sequence.Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR09D08(D1101)RPCI-9809.D.8 map 96F-96F strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，121 unordered pieces.S.coelicolor secY locus DNA.BNLGHi10185 Six-day Cotton fiber Gossypium hirsutum cDNA 5′similar to(AC004005)putative ribosomal protein L7[Arabidopsis thaliana]，mRNAsequence.S.coelicolor secY locus DNA.Human DNA sequence from clone RP3-525L6 on chromosome 6p22.3-23Contains CA repeat，STSs.GSSs and a CpG Island，complete sequence.Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4，BAC clone F21P8(ESSA project).Arabidopsis thaliana BAC T7123，complete sequence.   MycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeEscherichia coliHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensStreptomyces coelicolorHomo sapiensHomo sapiensStreptomyces coelicolorMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisDrosophila melanogasterArabidopsis thalianaDrosophila melanogasterStreptomyces coelicolorGossypium hirsutumStreptomyces coelicolorHomo sapiensArabidopsis thalianaArabidopsis thaliana   38,44256,48652,12734,16335,58631,91735,81834,27441,16250,79137,56339,50437,90937,84337,90936,53333,45136,75634,36534,32533,874   17-Jun-9824-Jun-9729-MAY-19954-Jun-9727-OCT-19976-Nov-9713-Jan-9931-DEC-199818-MAY-199524-MAR-199901-MAR-199424-Jun-9924-Sep-9914-MAY-199724-Sep-9902-MAR-199811-Jun-9902-MAR-199823-Nov-999-Jun-9926-Jun-98
                                                                                           表4(续)
  rxa02136rxa02139rxa02153rxa02154rxa02155rxa02156   645196290341412871074   GB_PL2：ATAC005819GB_PL2：F15K9GB_PL2：U89959GB_BA1：MTCY190GB_BA1：MSGB1554CSGB_BA1：MSGB1551CSGB_BA2：AF049897GB_BA1：AF005242GB_BA1：CGARGCJBDGB_BA2：AF049897GB_BA1：AF005242GB_BA1：CGARGCJBDGB_BA1：CGARGCJBDGB_BA2：AF049897GB_BA1：MSGB1133CSGB_BA2：AF049897   577527109710697334150365483654891961044435591961044435543559196421069196   AC005819AC005278U89959Z70283L78814L78813AF049897AF005242X86157AF049897AF005242X86157X86157AF049897L78811AF049897   Arabidopsis thaliana chromosome II BAC T3A4 genomic sequence，completesequence.Arabidopsis thaliana chromosome 1 BAC F15K9 sequence，completesequence.Arabidopsis thaliana BAC T7I23，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 98/162.Mycobacterium leprae cosmid B1554 DNA sequence.Mycobacterium leprae cosmid B1551 DNA sequence.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC).omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylornithine transaminase(argD)，omithine carbamoyltransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(argH)genes，complete cds.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamate-5-semialdehydedehydrogenase(argC)gene，complete cds.C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylomithine transaminase(argD).omithine carbamoyltransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(ar9H)genes，complete cds.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamate-5-semialdehydedehydrogenase(argC)gene，complete cds.C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB).acetylomithine transaminase(argD)，omithine carbamoyltransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(argH)genes，complete cds.Mycobacterium leprae cosmid B1133 DNA sequence.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylomithine transaminase(argD)，omithine carbamoyllransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG).andargininosuccinate lyase(argH)genes，complete cds.   Arabidopsis thatianaArabidopsis thalianaArabidopsis thalianaMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumMycobacterium lepraeCorynebacteriumglutamicum   34,12331,26034,28162,90436,64836,64899,10499,224100,00098,55198,477100,00099,76799,37855,504100,000   3-Nov-987-Nov-9826-Jun-9817-Jun-9815-Jun-9615-Jun-961-Jul-982-Jul-9725-Jul-961-Jul-982-Jul-9725-Jul-9625-Jul-961-Jul-9815-Jun-961-Jul-98
                                                                                           表4(续)
rxa02157rxa02158rxa02159rxa02160rxa02162 1296108063613261554   GB_BA1：CGARGCJBDGB_BA2：AE001816GB_BA2：AF049897GB_BA1：CGARGCJBDGB_BA1：MTCY06H11GB_BA2：AF049897GB_BA2：AF031518GB_BA1：CGARGCJBDGB_BA2：AF049897GB_BA2：AF031518GB_BA2：AF041436GB_BA2：AF049897GB_BA2：AF030520GB_BA1：SCARGGHGB_BA2：AF049897  4355100079196435538000919620454355919620455169196120619099196   X86157AE001816AF049897X86157Z85982AF049897AF031518X86157AF049897AF031518AF041436AF049897AF030520Z49111AF049897   C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.Themotoga maritima section 128 of 136 of the complete genome.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，ornithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylomithine transaminase (argD)，ornithinecarbamoyltransterase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(argH)genes.complete cds.C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 73/162.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-ecetylglutamate kinase(argB)，acetylomithine transaminase(argD)，omithine carbamoyltransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate tyase(argH)genes，complete cds.Corynebacterium glutamicum omithine carbamolytransferase(argF) gene，complete cds.C.glutamicum argC，argJ，argB，argD，and argF genes.Corynebacterium glutamicum N-acetyl9lutamylphosphate reductase (argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylornithine transaminase(argD)，ornithine carbarnoyltransferase(argF).arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate tyase(argH)genes，complete cds.Corynebacterium glutamicum omithine carbamolytransferase(argF)gene，complete cds.Corynebacterium glutamicum arginine repressor(argR)gene，complete cds.Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylomithinetransaminase(argD)，omithine carbamoyltransferase(argF)，arginine repressor(argR)，argininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(argH)genes，complete cds.Corynebacterium glutamicum argininosuccinate synthetase(argG)gene，complete cds.S.clavuligerus argG geneand argH gene (partial).Corynebacterium glutamicum N-acetylglutamylphosphate reductase(argC)，omithine acetyltransferase(argJ)，N-acetylglutamate kinase(argB)，acetylomithine transaminase(argD)，omithine carbamoyltransferase(argF )，arginine repressor(argR)，ar9ininosuccinate synthase(argG)，andargininosuccinate lyase(argH)genes，complete cds.  CorynebacteriumglutamicumThermotoga maritimaCorynebacterumglutamicumCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutemicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumStreptomyces clavuligerusCorynebacteriumglutamicum   100,00050,23899,61299,61257,278100,00099,898100,00099,84388,679100,00099,77499,83465,91388,524   25-Jul-962-Jun-991-Jul-9825-Jul-9617-Jun-981-Jul-985-Jan-9925-Jul-961-Jul-985-Jan-995-Jan-991-Jul-9819-Nov-9722-Apr-961-Jul-98
                                                                                         表4(续)
rxa02176rxs02189rxa02193rxa02194rxa02195rxa02197rxa02198rxa02208 1251861170196639355125991025   GB_BA2：AF048764GB_BA1：MTCY06H11GB_BA1：MTCY31GB_BA1：CGGLTGGB_PL2：PGU65399GB_PR3：AC002468GB_BA1：MSGB1970CSGB_PR3：AC002468GB_BA1：BRLASPAGB_PAT：E04307GB_BA1：ECOUVV93GB_BA2：AF050166GB_BA1：BRLASPAGB_PAT.E08649GB_BA2：AF086704GB_BA1：EAY17145GB_STS：G01195GB_BA1：MTCY261GB_BA1：MLCB2533GB_BA1：U00017GB_BA1：U00017GB_BA1：MLCB2533GB_BA1：MTCY261GB_BA1：U00017GB_BA1：AP000063   143738000376303013270011588839399115888198715813385348401987188264601933227322402454215742157402452732242157185300   AF048764Z85982Z73101X66112U65399AC002468L78815AC002468D25316E04307U14003AF050166D25316E08649AF086704Y17145G01195Z97559AL035310U00017U00017AL035310Z97559U00017AP000063   Corynebacterium glutamicum argininosuccinate lyase(ar9H)gene，completecds.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 73/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 41/162.C.glutamicum glt gene for citrate synthase and ORF.Basidiomycete CECT 20197 phenoloxidase(pox1)gene，complete cds.Human Chromosome 15q26.1 PAC clone pDJ417d7，complete sequence.Mycobacterium leprae cosmid B1970 DNA sequence.Human Chromosome 15q26.1 PAC clone pDJ417d7，complete sequence.Brevibacterium flavum aspA gene for aspartase，complete cds.DNA encoding Brevibaclerium flavum aspartase.Escherichia coli K-12 chromosomal region from 92.8 to 00.1 minutes.Corynebacterium glutamicum ATP phosphoribosyltransferase(hisG)gene，complete cds.Brevibacterium flavum aspA gene for aspartase，complete cds.DNA encoding part of aspartase from coryneform bacteria.Corynebacterium glutamicum phosphoribosyl-ATP-pyrophosphohydrolase(hisE)gene，complete cds.Eubacterium acidaminophilum grdR，grdI，grdH genes and partial ldc，grdTgenes.fruit fly STS Dm1930 clone DS06959 T7.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 95/162.Mycobacterium leprae cosmid B2533.Mycobacterium leprae cosmid B2126.Mycobacterium leprae cosmid B2126.Mycobacterium leprae cosmid B2533.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 95/162.Mycobacterium leprae cosmid B2126.Aeropyrum pemix genomic DNA，section 6/7.   CorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumbasidiomycete CECT20197Homo sapiensMycobacterium lepraeHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumEscherichia coliCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumEubacteriumacidaminophilumDrosophila melanogasterMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterlum lepraeMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeAeropyrum pernix   87,56164,73236,99839,91038,47435,94140,28633,68999,35399,36737,65198,21493,805100,000100,00039,07535,54233,93865,51736,77038,67465,46537,57759,82339,442   1-Jul-9817-Jun-9817-Jun-9817-Feb-9519-Jul-9716-Sep-9815-Jun-9616-Sep-986-Feb-9929-Sep-9717-Apr-965-Jan-996-Feb-9929-Sep-978-Feb-995-Aug-9828-Feb-9517-Jun-9827-Aug-9901-MAR-199401-MAR-199427-Aug-9917-Jun-9801-MAR-199422-Jun-99
                                                                                             表4(续)
rxa02229rxa02234rxa02235rxa02237rxa02239rxa02240rxa02246 9483462727693138913441107   GB_PR4：AC006236GB_BA1：MSGY154GB_BA1：MTCY154GB_BA1：U00019GB_BA1：MSGB937CSGB_BA1：MTCY2B12GB_BA2：U01072GB_BA1：MSU91572GB_HTG3：AC009364GB_HTG3：AC009364GB_BA1：MTCY21B4GB_BA2：AF077324GB_EST22：AU017763GB_BA1：MTCY2184GB_HTG3：AC010745GB_HTG3：AC010745EM_PAT：E09855GB_PAT：A37831GB_BA2：AF117274EM_BA1：AB003693   12759340221139353603338914204314393960192791192791391505228586391501938621938621239539223035589   AC006236AD000002Z98209U00019L78820Z81011U01072U91572AC009364AC009364Z80108AF077324AU017763Z80108AC010745AC010745E09855A37831AF117274AB003693   Homo sapiens chromosome 17，clone hCIT.162_E_12，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y154.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 121/162.Mycobacterium leprae cosmid B2235.Mycobacterium leprae cosmid B937 DNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 61/162.Mycobacterium bovis BCG orotidine-5′-monophosphate decarboxylase(uraA)gene.Mycobacterium smegmatis carbamoyl phosphate synthetase(pyrAB)gene，partial cds and orotidine 5′-monophosphate decarboxylase(pyrF)gene，complete cds.Homo sapiens chromosome 7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，57unordered pieces.Homo sapiens chromosome 7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，57unordered pieces.Mycobactrium tuoerculosis H37Rv complete genome；segment 62/162.Rhodococcous equi strain 103 plasmid RE-VP1 fragment f.AU017763 Mouse two-cell stage embryo cDNA Mus musculus cDNA cloneJ0744A04 3′，mRNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 62/162.Homo sapiens clone NH0549D18，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，30unordered pieces.Homo sapiens clone NH0549D18，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，30unordered pieces.gDNA encoding S-adenosylmethionine synthetase.Sequence 1 from Patent WO9408014.Streptomyces spectabilis flavoprotein homolog Dfp(dfp)gene，partial cds；andS-adenosylmethionine synthetase(metK)gene，complete cds.Corynebacterium ammoniagenes DNA for rib operon，complete cds.   Homo sapiensMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisMycobacterium bovisMycobacterium smegmatisHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisRhodococcus equiMus musculusMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumStreptomycespristinaespiralisStreptomyces spectabilisCorynebacteriumammoniagenes   37,19153,54140,40740,54166,02771,72367,10160,87037,99437,99455,84441,18538,61656,28236,77236,77299,51563,56865,00052,909   29-DEC-199803-DEC-199617-Jun-9801-MAR-199415-Jun-9618-Jun-9822-DEC-199322-MAR-19971-Sep-991-Sep-9923-Jun-985-Nov-9819-OCT-199823-Jun-9821-Sep-9921-Sep-9907-OCT-1997(Rel.52，Created)05-MAR-199731-MAR-199903-OCT-1997(Rel.52，Created)
                                                                                             表4(续)
rxa02247rxa02248rxa02249rxa02250rxa02262rxa02263rxa02272xa02281 756138960064326988368545   GB_PAT：E07957GB_PAT：I32742GB_PAT：I32743EM_BA1：AB003693GB_PAT：I32742GB_PAT：I32742EM_BA1：AB003693GB_PAT：E07957GB_PAT：E07957GB_PAT：I32742GB_PAT：I32743GB_PAT：E07957GB_PAT：I32742EM_BA1：AB003693GB_BA1：CGL007732GB_BA1：CGAMTGENEGB_VI：HEHCMVCGGB_BA1：CGL007732GB_BA1：CGL007732EM_PAT：E09373GB_BA1：D38505GB_HTG2：AC006595GB_GSS12：AQ411010   5589558926895589558955895589558955895589268955895589558944602028229354460446015911591146070551   E07957I32742I32743AB003693I32742I32742AB003693E07957E07957I32742I32743E07957I32742AB003693AJ007732X93513X17403AJ007732AJ007732E09373D38505AC006595AQ411010   gDNA encoding at least guanosine triphosphate cyclohydrolase and riboflavinsynthase.Sequence 1 from patent US 5589355.Sequence 2 from patent US 5589355.Corynebacterium ammoniagenes DNA for rib operon，complete cds.Sequence 1 from patent US 5589355.Sequence 1 from patent US 5589355.Corynebacterium ammoniagenes DNA for rib operon，complete cds.gDNA encoding at least guanosine triphosphate cyclohydrolase and riboflavinsynthase.gDNA encoding at least guanosine triphosphate cyclohydrolase and riboflavinsynthase.Sequence 1 from patent US 5589355.Sequence 2 from patent US 5589355.gDNA encoding at least guanosine triphosphate cyclohydrolase and riboflavinsynthase.Sequence 1 from patent US 5589355.Corynebacterium ammoniagenes DNA for rib operon，complete cds.Corynebacterium glutamicum 3′ppc gene，secG gene，amt gene，ocd geneand 5′ soxA gene.C.glutamicum amt gene.Human cytomegalovirus stain AD169 complete genome.Corynebacterium glutamicum 3′ppc gene，secG gene，amt gene，ocd geneand 5′soxA gene.Corynebacterium glutamicum 3′ppc gene，secG gene，amt gene，ocd geneand 5′soxA gene.Creatinine deiminase gene.Bacillus sp，gene for creatinine deaminase，complete cds.Homo sapiens，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，4 unordered pieces.HS_22.57_B1_H02_MR CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝2257 Col＝3 Row＝P，genomic surveyequence.   CorynebacteriumammoniagenesUnknown.Unknown.CorynebacteriumammoniagenesUnknown.Unknown.CorynebacteriumammoniagenesCorynebacteriumammoniagenesCorynebacteriumammoniagenesUnknown.Unknown.CorynebacteriumammoniagenesUnknown.CorynebacteriumammoniagenesCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumhuman herpesvirus 5CorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumBacillus sp.Bacillus sp.Homo sapiensHomo sapiens   52,90952,90957,93757,93757,93761,84361,84361,84364,34664,34664,34656,31856,31856,318100,000100,00038,651100,00037,52696,92896,78136,26436,197   29-Sep-976-Feb-976-Feb-9703-OCT-1997(Rel.52，Created)6-Feb-976-Feb-9703-OCT-1997(Rel.52，Created)29-Sep-9729-Sep-976-Feb-976-Feb-9729-Sep-976-Feb-9703-OCT-1997(Rel.52，Created)7-Jan-9929-MAY-199610-Feb-997-Jan-997-Jan-9908-OCT-1997(Rel.52，Created)7-Aug-9820-Feb-9917-MAR-1999
                                                                                                表4(续)
rxa02299rxa02311rxa02315rxa02318rxa02319 53181317524021080   GB_EST23：AI128623GB_PL2：ATAC007019GB_BA2：AF116184GB_GSS9：AQ164310GB_VI：MH68TKHGB_HTG4：AC006091GB_HTG4：AC006091GB_BA2：RRU65510GB_BA1：MSGY224GB_BA1：MTY25D10GB_BA1：MSGY224GB_HTG3：AC011348GB_HTG3：AC011348GB_HTG3：AC011412GB_BA1：MSGY224GB_BA1：MTY25D10GB_EST23：AI117213   363102335540507455717687817687816259400514083840051111083111083892344005140838476   AI128623AC007019AF116184AQ164310X93468AC006091AC006091U65510AD000004Z95558AD000004AC011348AC011348AC011412AD000004Z95558AI117213  qa62c01.s1 Soares_fetal_heart_NbHH19W Homo sapiens cDNA cloneIMAGE：1691328 3′，mRNA sequence.Arabidopsis thaliana chromosome II BAC F7D8 genomic sequence，completesequence.Corynebacterium glutamicum L-aspartate-alpha-decarboxylase precursor(panD)gene，complete cds.HS_2171_A2_E01_MR CIT Approved Human Genomic Sperm Library DHomo sapiens genomic clone Plate＝2171 Col＝2 Row＝1，genomic surveysequence.Murine herpesvirus type 68 thymidine kinase and glycoprotein H genes.Drosophita melanogaster chromosome 3 clone BACR48G05(D475)RPCI-9848.G.5 map 91F1-91F13 strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，4 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR48G05(D475)RPCI-9848.G.5 map 91F1-91F13 strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，4 unordered pieces.Rhodospirillum rubrum CO-induced hydrogenase operon(cooM，cooK，cooL.cooX，cooU，cooH)genes，iron sulfur protein(cooF)gene，carbon monoxidedehydrogenase(cooS)gene，carbon monoxide dehydrogenaseaccessory proteins(cooC，cooT，cooJ)genes，putative transcriptional activator(cooA)gene，nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase(nadC)gene，completecds，L-aspartate oxidase(nadB)gene，and alkyl hydroperoxidereductase(ahpC)gene，partial cds.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y224.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 28/162.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y224.Homo sapiens chromosome 5 clone CIT-HSPC_303E13，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，3 ordered pieces.Homo sapiens chromosome 5 clone CIT-HSPC_303E13，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，3 ordered pieces.Homo sapiens chromosome 5 clone CIT978SKB_81K21，*** SEQUENCINGIN PROGRESS ***，3 ordered pieces.Mycobacterium tuberculosis sequence from clone y224.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 28/162.ub83h02.r1 Soares 2NbMT Mus musculus cDNA clone IMAGE：13951235′，mRNA sequence.  Homo sapiensArabidopsis thalianaCorynebacteriumglutamicumHomo sapiensmurine herpesvirus 68Drosophila melanogasterDrosophila melanogasterRhodospirillum rubrumMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisMus musculus   37,01733,988100,00037,27840,28836,45436,45437,82849,41849,36038,15035,82135,82136,18137,79237,79235,084   05-OCT-199816-MAR-199902-MAY-199916-OCT-19983-Sep-9627-OCT-199927-OCT-19999-Apr-9703-DEC-199617-Jun-9803-DEC-199606-OCT-199906-OCT-199906-OCT-199903-DEC-199617-Jun-982-Sep-98
                                                                                          表4(续)
  rxa02345rxa02350rxa02373rxa02375rxa02380rxa02382rxa02400rxa02432   13206181038135077714196931098   GB_BA1：BAPURKEGB_BA1：MTCY71GB_BA1：MTCY71GB_BA1：BAPURKEGB_PL1：SC130KBXVGB_PL1：SCXVORFSGB_PAT：E00311GB_PAT：I06030GB_PAT：I00836GB_BA2：CGU31230GB_HTG3：AC009946GB_HTG3：AC009946GB_BA1：MTCY253GB_HTG4：AC010658GB_HTG4：AC010658GB_BA1：CGPROAGENGB_BA1：MTCY428GB_BA2：CGU31230GB_BA1：CGACEAGB_PAT：I86191GB_PAT：113693GB_GSS15：AQ606842   258242729427292582129528509841853185318533005169072169072412301207541207541783269143005242721352135574   X91189Z92771Z92771X91189X94335X90518E00311I06030I00836U31230AC009946AC009946Z81368AC010658AC010658X82929Z81451U31230X75504I86191I13693AQ606842   B.ammoniagenes purK and purE genes.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 141/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 141/162.B.ammoniagenes purK and purE genes.S.cerevisiae 130kb DNA fragment from chromosome XV.S.cerevisiae DNA of 51 Kb from chromosome XV ri9ht arm.DNA coding of 2，5-diketogluconic acid reductase.Sequence 4 from Patent EP 0305608.Sequence 1 from Patent US 4758514.Corynebacterium glutamicum Obg proteinhomolog gene，partial cds，gammaglutamyl kinase(proB)gene，complete cds，and(unkdh)gene，complete cds.Homo sapiens clone NH0012C17，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，1unordered pieces.Homo sapiens clone NH0012C17，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，1unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 106/162.Drosophila melanogaster chromosome 3L/75C1 clone RPCI98-3B20，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，78 unordered pieces.Drosophila melanogaster chromosome 3L/75C1 clone RPCI98-3B20，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，78 unordered pieces.C.glutamicum proA gene.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 107/162.Corynebacterium glutamicum Obg protein homolog gene，partial cds，gammaglutamyl kinase(proB)gene，complete cds，and(unkdh)gene，complete cds.C.glutamicum aceA gene and thiX genes(partial).Sequence 3 from patent US 5700661.Sequence 3 from patent US 5439822.HS_5404_B2_E07_T7A RPCI-11Human Male BAC Library Homo sapiensgenomic clone Plate＝980 Col＝14 Row＝J，genomic survey sequence.   CorynebacteriumammoniagenesMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumammoniagenesSaccharomyces cerevisiaeSaccharomyces cerevisiaeunidentifiedUnknown.UnknownCorynebacteriumglutamicumHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisDrosophila melanogasterDrosophila melanogasterCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumUnknown.Unknown.Homo sapiens   61,73139,62439,84764,28636,61736,61756,12356,22056,22099,33236,11536,11538,08835,81735,81798,80238,05498,529100,000100,000100,00039,716   14-Jan-9710-Feb-9910-Feb-9914-Jan-9715-Jul-971-Nov-9529-Sep-9702-DEC-199421-MAY-19932-Aug-968-Sep-998-Sep-9917-Jun-9816-OCT-199916-OCT-199923-Jan-9717-Jun-982-Aug-969-Sep-9410-Jun-9826-Sep-9510-Jun-99
                                                                                          表4(续)
rxa02458rxa02469rxa02497rxa02499rxa02501rxa02503rxa02504rxa02516 1413155410509331188522681386   GB_EST1：T05804GB_PL1：AB006699GB_BA2：AF114233GB_EST37：AW013061GB_GSS15：AQ650027GB_BA1：MTCY359GB_BA1：MLCB1788GB_BA1：SCAJ10601GB_BA2：CGU31224GB_BA1：MTCY20G9GB_BA1：SCE7GB_BA2：CGU31225GB_BA1：NG17PILAGB_HTG2：AC007984GB_BA1：MTCY20G9GB_BA1：U00018GB_VI：HE1CGGB_PR3：AC005328GB_PR3：AC005545GB_PR3：AG005328GB_BA1：MTCY20G9GB_PR3：AC005328GB_PR3：AC005545GB_BA1：MLCL536GB_BA1：U00013   4067736318525787283602139228469242237218169111817192012971537218429911522613541443514354143721835414435143622435881   T05804AB006699AF114233AW013061AQ650027Z83859AL008609AJ010601U31224Z77162AL049819U31225X13965AC007984Z77162U00018X14112AC005328AC005545AC005328Z77162AC005328AC005545Z99125U00013   EST03693 Fetal brain，Stratagene(cat#936206)Homo sapiens cDNA cloneHFBDG63 similar to EST containing Alu repeat，mRNA sequence.Arabidopsis thaliana genomic DNA，chromosome 5，P1 clone：MDJ22，complete sequence.Corynebacterium glutamicum 5-enolpyruvylshikimate 3-phosphate synthase(aroA)gene，complete cds.ODT-0033 Winter flounder ovary Pleuronectes americanus cDNA clone ODT-0033 5′similar to FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE B(LIVER).mRNA sequence.Sheared DNA-5L2.TF Sheared DNA Trypanosoma brucei genomic cloneSheared DNA-5L2，genomic survey sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 84/162.Mycobacterium leprae cosmid B1788.Streptomyces coelicolor A3(2)DNA for whiD and whiK loci.Corynebacterium glutamicum(ppx)gene，partial cds.Mycobacterium luberculosis H37Rv complete genome：segment 25/162.Streptomyces coelicolor cosmid E7.Corynebacterium glutamicum L-proline：NADP+5-oxidomductase(proC)gene，complete cds.Neisseria gonorrhoeae pilA gene.Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR05C10(D781)RPCI-9805.C.10 map 97D-97E strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，87 unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 25/162.Mycobacterium leprae cosmid B2168.Herpes simplex virus(HSV)type 1 complete genome.Homo sapiens chromosome 19，cosmid R26660，complete sequence.Homo sapiens chromosome 19，cosmid R26634，complete sequence.Homo sapiens chromosome 19，cosmid R26660，complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 25/162.Homo sapiens chromosome 19，cosmid R26660.complete sequence.Homo sapiens chromosome 19，cosmid R26634.complete sequence.Mycobacterium leprae cosmid L536.Mycobacterium leprae cosmid B1496.   Homo sapiensArabidopsis thalianaCorynebacteriumglutamicumPleuronectes americanusTrypanosoma bruceiMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorCorynebacterium9lutamicumMycobacteriumtuberculosisStreptomyces coelicolorCorynebacteriumglutamicumNeisseria gonorrhoeaeDrosophila melanogasterMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraehuman herpesvirus 1Homo sapiensHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensMycobacterium lepraeMycobacterium leprae   37,91535,526100,00039,17539,28139,63459,34348,89996,44559,42939,51097,74943,24933,40639,35751,76839,37839,92239,92234,91154,94041,26541,26537,72337,723   30-Jun-9320-Nov-997-Feb-991D-Sep-9922-Jun-9917-Jun-9827-Aug-9917-Sep-982-Aug-9617-Jun-9810-MAY-19992-Aug-9630-Sep-932-Aug-9917-Jun-9801-MAR-199417-Apr-9728-Jul-983-Sep-9828-Jul-9817-Jun-9828-Jul-983-Sep-9804-DEC-199801-MAR-1994
                                                                                        表4(续)
rxa02517rxa02532rxa02536rxa02550rxa02559rxa02622rxa02623 5701170879143410261683714   GB_BA1：MTV007GB_BA1：MLCL-536GB_BA1：U00013GB_BA1：SCC22GB_OV：AF137219GB_EST30：AI645057GB_EST20：AA822595GB_HTG2：AF130866GB_HTG2：AF130866GB_PL1：ATT12J5GB_BA1：MTCY279GB_BA1：MSGB1970CSGB_BA2：SC2H4GB_BA1：MTV004GB_PAT：I28684GB_BA1：MTU27357GB_BA2：AE001780GB_OV：AF064564GB_OV：AF064564GB_GSS5：AQ818728GB_HTG5：AC011083GB_GSS6：AQ826948   3280636224358812211583130142911887411887484499915039399259706935051005100119974925449254444198586544   AL021184Z99125U00013AL096839AF137219AI645057AA822595AF130866AF130866AL035522Z97991L78815AL031514AL009198I28684U27357AE001780AF064564AF064564AQ818728AC011083AQ826948   Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 64/162.Mycobacterium leprae cosmid L536.Mycobacterium leprae cosmid B1496.Streptomyces coelicolor cosmid C22.Amia calva mixed lineage leukemia-like protein(MII)gene，partial cds.vs52a10.y1 Stratagene mouse Tcell 937311 Mus musculus cDNA cloneIMAGE：1149882 5′，mRNA sequence.vs52a10.r1 Stratagene mouse Tcell 937311 Mus musculus cDNA cloneIMAGE：1149882 5′，mRNA sequence.Homo sapiens chromosome 8 clone PAC 172N13 map 8q24，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Homo sapiens chromosome 8 clone PAC 172N13 map 8q24，***SEQUENCING IN PROGRESS ***，in unordered pieces.Arabidopsis thaliana DNA chromosome 4，BAC clone T12J5(ESSAII project).Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 17/162.Mycobacterium leprae cosmid B1970 DNA sequence.Streptomyces coelicolor cosmid 2H4.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 144/162.Sequence 1 from patent US 5573915.Mycobacterium tuberculosis cyclopropane mycolic acid synthsse(cma1)gene，complete cds.Themotoga maritima section 92 of 136 of the complete genome.Fugu rubripes neurofibromatosis type 1(NF1)，A-kinase anchor protein(AKAP84)，BAW protein(BAW)，and WSB1 protein(WSB1)genes，completecds.Fugu rubripes neurofibromatosis type 1(NF1)，A-kinase anchor protein(AKAP84)，BAW protein(BAvv)，and WSB1 protein(WSB1)genes，completecds.HS_5268_A1_G09_SP6E RPCI-11 Human Male BAC Library Homo sapiensgenomic clone Plate＝844 Col＝17 Row＝M，genomic survey sequence.Homo sapiens chromosome 9 clone RP11-111M7 map 9，WORKING DRAFTSEQUENCE，51 unordered pieces.HS_5014_A2_C12_T7A RPCI-11 Human Male BAC Library Homo sapiensgenomic clone Plate＝590 Col＝24 Row＝E，genomic survey sequence.   MycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorAmia calvaMus musculusMus musculusHomo sapiensHomo sapiensArabidopsis thalianaMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeStreptomyces coelicolorA3(2)MycobacteriumtuberculosisUnknown.MycobacteriumtuberculosisThermotoga maritimaFugu rubripesFugu rubripesHomo sapiensHomo sapiensHomo sapiens   61,33537,01837,01837,07136,85341,86042,35340,75440,75435,06337,77339,02437,90647,35839,13839,13844,91439,73236,70338,80135,71439,146   17-Jun-9804-DEC-199801-MAR-199412-Jul-997-Sep-9929-Apr-9917-Feb-9821-MAR-199921-MAR-199924-Feb-9917-Jun-9815-Jun-9619-OCT-199918-Jun-986-Feb-9726-Sep-952-Jun-9917-Aug-9917-Aug-9926-Aug-9919-Nov-9927-Aug-99
                                                                                        表4(续)
  rxa02629rxa02645rxa02646rxa02648rxa02653rxa02687rxa02717rxa02754   708195313921326106810051461   GB_VI：BRSMGPGB_VI：BRSMGPGB_PAT：A45577GB_PAT：A45581GB_BA1：CORILVAGB_BA1：CORILVAGB_PAT：A45585GB_PAT：A45583GB_OV：ICTCNCGB_EST11：AA265464GB_GSS8：AQ006950GB_BA1：CORPHEAGB_PAT：E04483GB_PAT：E06110GB_PL1：HVCH4HGB_PR2：HS310H5GB_PR3：AC004754GB_HTG2：AC008223   46246219251925192519251925192520493454801088948948597482971839188130212   M86652M86652A45577A45581L01508L01508A45585A45583M83111AA265464AQ006950M13774E04483E06110Y14573Z69705AC004754AC008223   Bovine respiratory syncytial virus membrane glycoprotein mRNA，completecds.Bovine respiratory syncytial virus membrane glycoprotein mRNA，completecds.Sequence 1 from Patent WO9519442.Sequence 5 from Patent WO9519442.Corynebacterium glutamicum threonine dehydratase(ilvA)gene，completecds.Corynebacterium glutamicum threonine dehydratase(ilvA)gene，completecds.Sequence 9 from Patent WO9519442.Sequence 7 from Patent WO9519442.lctalurus punctatus cyclic nucleotide-gated channel RNA sequence.mx91c06.r1 Soares mouse NML Mus musculus cDNA clone IMAGE：6937065′，mRNA sequence.CIT-HSP-2294E14.TR CIT-HSP Homo sapiens genomic clone 2294E14，genomic survey sequence.C.glutamicum pheA gene encoding prephenate dehydratase，complete cds.DNA encoding prephenate dehydratase.DNA encoding prephenate dehydratase.Hordeum vulgare DNA for chrmosome 4H.Human DNA sequence from cosmid 310H5 from a contig from the tip of theshort arm of chromosome 16.spanning 2Mb of 16p13.3.Contains EST andCpG island.Homo sapiens chromosome 16，cosmid clone RT286(LANL)，completesequence.Drosophila melanogasterchromosome 3 clone BACR16I18(D815)RPCI-9816.1.18 map 95A-95A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING INPROGRESS ***，101 unordered pieces.   Bovine respiratory syncytialvirusBovine respiratory syncytialvirusCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumlctalunus punctatusMus musculusHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumCorynebacteriumglutamicumCorynebacte riumglutamicumHordeum vulgareHomo sapiensHomo sapiensDrosophila melanogaster   37,01337,01339,13039,13039,13099,13899,06699,06638,40238,65536,07499,71598,52398,52336,59336,08936,08932,757   28-Apr-9328-Apr-9307-MAR-199707-MAR-199726-Apr-9326-Apr-9307-MAR-199707-MAR-199724-MAY-199320-MAR-199727-Jun-9826-Apr-9329-Sep-9729-Sep-9725-MAR-199922-Nov-9928-MAY-19982-Aug-99
                                                                                          表4(续)
rxa02758rxa02771rxa02772rxa02790rxa02791rxa02802 1422678115812669511194   GB_HTG2：AC008223GB_BA1：MTCY71GB_HTG5：AC011678GB_HTG5：AC011678GB_BA2：AF064070GB_BA2：AF038651GB_IN1：CELT19B4GB_EST36：AV193572GB_BA2：AF038651GB_BA1：MTCY227GB_BA1：U00011GB_BA1：MTCY159GB_PR4：AC006581GB_PR4：AC006581GB_BA1：MTCY159GB_OV：CHKCEK2GB_BA1：MSASDASKGB_EST24：AI223401   130212427291719671719672318340773712136040773594640429338181729311729313381836945037169   AC008223Z92771AC011678AC011678AF064070AF038651U80438AV193572AF038651Z77724U00011Z83863AC006581AC006581Z83863M35195Z17372AI223401   Drosophila melanogaster chromosome 3 clone BACR16I18(D815)RPCI-9816.1.18 map 95A-95A strain y；cn bw sp，*** SEQUENCING IN PROGRESS***，101 unordered pieces.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome：segment 141/162.Homo sapiens clone 14_B_7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，20unordered pieces.Homo sapiens clone 14_B_7，*** SEQUENCING IN PROGRESS ***，20unordered pieces.Burkholderia pseudomallei putative dihydroorotase(pyrC)gene，partial cds；putative 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase(plsC)，putativediadenosine tetraphosphatase(apaH)，complete cds；type II O-antigenbiosynthesis gene cluster，complete sequence；putative undecaprenylphosphate N-acetylglucosaminyltransferase，and putative UDP-glucose 4-epimersse genes，complete cds；and putative galactosyl transferase gene，partial cds.Corynebacterium glutsmlcum dipeptide-binding protein(dciAE)gene，partialcds；adenine phosphoribosyltransferase(apt)and GTP pyrophosphokinase(rel)genes，complete cds；and unknown gene.Caenorhabditis elegans cosmid T19B4.AV193572 Yuji Kohara unpublished cDNA：Strain N2 hermaphrodite embryoCaenorhabditis eegans cDNA clone yk618h8 5′，mRNA sequence.Corynebacterium glutamicum dipeptide-binding protein(dciAE)gene，partialcds；adenine phosphoribosytransferase(apt)and GTP pyrophosphokinase(rel)genes，complete cds；and unknown gene.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 114/162.Mycobacterium leprae cosmid B1177.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 111/162.Homo sapiens 12p21 BAC RPCI11-259O18(Roswell Park Cancer InstituteHuman BAC Library)complete sequence.Homo sapiens 12p21 BAC RPCI11-259O18(Roswell Park Cancer InstituteHuman BAC Library)complete sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment111/162.Chicken tyrosine kinase(cek2)mRNA，complete cds.M.smegmatis asd，ask-alpha，and ask-beta genes.qg48g01.x1 Soares_testis_NHT Homo sapiens cDNA clone IMAGE：18384483′similar to WP：C25D7.8 CE08394；，mRNA sequence.  Drosophila melanogasterMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensBurkholderia pseudomalleiCorynebacteriumglutamicumCaenorhabditis elegansCaenorhabditis elegansCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensHomo sapiensMycobacteriumtuberculosisGallus gallusMycobacterium smegmatisHomo sapiens   32,75737,83835,33133,80736,92999,85243,83648,58899,91438,33938,99637,64037,90635,28039,76538,93738,49540,828   2-Aug-9910-Feb-995-Nov-995-Nov-9920-Jan-9914-Sep-9804-DEC-199622-Jul-9914-Sep-9817-Jun-9801-MAR-199417-Jun-983-Jun-993-Jun-9917-Jun-9828-Apr-939-Aug-9427-OCT-1998
                                                                                                  表4(续)
rxa02814rxa02843rxs03205rxs03223 4946089631237   GB_EST24：AI223401GB_BA1：MTCY7D11GB_BA1：MTCY7D11GB_PR1：HSAJ2962GB_BA1：CGAJ4934GB_BA1：MTCI364GB_BA1：MLU15180GB_BA1：BLSIGBGNGB_EST21：AA980237GB_EST23：AI158316GB_IN1：LMFL2743GB_PR3：HSDJ61B2GB_PR3：HSDJ61B2   169220702207077811602954038675290637737138368119666119666   AI223401Z95120Z95120AJ002962AJ004934Z93777U15180Z49824AA980237AI158316AL031910AL096710AL096710   qg48g01.x1 Soares_testis_NHT Homo sapiens cDNA clone IMAGE：18384483′similar to WP：C25D7.8 CE08394；.mRNA sequence.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 138/162.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 138/162.Homo sapiens mRNA for hB-FABP.Corynebacterium glutamicum dapD gene，complete CDS.Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome；segment 52/162.Mycobacterium leprae cosmid B1756.B.lactofermenturn orf1 gene and slgB gene.ua32a12.r1 Soares_mammary_gland_NbMMG Mus musculus cDNA cloneIMAGE：1348414 5′similar to TR：Q61025 Q61025 HYPOTHETICAL 15.2 KDPROTEIN.；，mRNA sequence.ud27c05.rf Soares_thymus_2NbMT Mus musculus cDNA cloneIMAGE：1447112 5′，mRNA sequence.Leishmania major Friedlin chromosome 4 cosmid L2743.Human DNA sequence from clone RP1-61B2 on chromosome 6p11.2-12.3Contains isoforms 1 and 3 of BPAG1(bullous pemphigoid antigen 1(230/240kD)，an exon of a gene similar to murine MACF cytoskeletal protein，STSs and GSSs，complete sequence.Human DNA sequence from clone RP1-61B2 on chromosome 6p11.2-12.3Contains isoforms 1 and 3 of BPAG1(bullous pemphigoid antigen 1(230/240kD)，an exon of a gene similar to murine MACF cytoskeletal protein，STSs and GSSs，complete sequence. Homo sapiensMycobacteriumtuberculosisMycobacteriumtuberculosisHomo sapiensCorynebacteriumglutamicumMycobacteriumtuberculosisMycobacterium lepraeCorynebacterium glutamicumMus musculusMus musculusLeishmania majorHomo sapiensHomo sapiens   40,82858,41840,49639,826100,00037,71039,62688,85441,48938,00539,86934,93034,634   27-OCT-199817-Jun-9817-Jun-988-Jan-9817-Jun-9817-Jun-9809-MAR-199525-Apr-9627-MAY-199830-Sep-9815-DEC-199917-DEC-199917-DEC-1999
实施例
实施例1：谷氨酸棒杆菌ATCC 13032全部基因组DNA的制备
谷氨酸棒杆菌(ATCC 13032)培养物在BHI培养基(Difco)中，30℃剧烈振荡培养过夜。离心收集细胞，弃上清，细胞重新悬浮在5ml缓冲液I(培养物原体积的5％-所有指出的体积都是对于100ml培养物体积计算的)中。缓冲液I的组成：140.34g/l蔗糖，2.46g/l MgSO4×7H2O，10ml/l KH2PO4溶液(100g/l，KOH调节至PH6.7)，50g/l M12浓缩物(10g/l(NH4)2SO4，1g/l NaCl，2g/l MgSO4×7H2O，0.2g/l CaCl2，0.5g/l酵母提取物(Difco))，10ml/l微量元素混合物(200mg/l FeSO4×H2O，10mg/l ZnSO4×7H2O，3mg/l MnCl2×4H2O，30mg/l H3BO3，20mg/lCoCl2×6H2O，1mg/l NiCl2×6H2O，3mg/l Na2MoO4×2H2O)，500mg/l络合剂(EDTA或者柠檬酸)，100ml/l维生素混合物(0.2mg/l生物素，0.2mg/l叶酸，20mg/l p-氨基安息香酸，20mg/l核黄素，40mg/lpanthothenate，140mg/l烟酸，40mg/l盐酸吡多醛，200mg/l肌醇)。悬浮液中加入溶菌酶至终浓度2.5mg/ml。37℃孵育大约4小时之后，细胞壁被降解，得到的原生质体用离心收集。沉淀用5ml缓冲液I洗一次，用5ml TE缓冲液(10mM Tris-HCl，1ml EDTA，pH8)洗一次。沉淀用4ml TE缓冲液重悬，并加入0.5ml SDS溶液(10％)和0.5ml NaCl溶液(5M)。加入蛋白酶K至终浓度200μg/ml，悬浮液在37℃孵育约18小时。DNA用苯酚、苯酚-氯仿-异戊醇、氯仿-异戊醇按照标准程序提取纯化。然后，加入1/50体积的3M乙酸钠和2倍体积的乙醇，在-20℃孵育30分钟，用使用SS34转头(Sorvall)的高速离心机12,000rpm离心30分钟，沉淀DNA。把DNA溶解在含有20μg/ml RNaseA的1ml TE缓冲液中，在1000ml TE缓冲液中4℃透析至少3小时。这段时间中，更换缓冲液3次。每0.4ml透析的DNA溶液中，加入0.4ml 2M LiCl和0.8ml乙醇。在-20℃孵育30分钟后，离心(13,000rpm，Biofuge Fresco，Heraeus，Hanau，Germany)收集DNA。DNA沉淀融解在TE缓冲液中。按该程序制备的DNA可以用于所有目的，包括southern杂交和基因组文库的构建。
实施例2：在大肠杆菌中谷氨酸棒杆菌ATCC13032的基因组文库的构建
使用如在实施例1中所描述制备的DNA，按照已知的和充分建立的方法(参见，例如Sambrook，J.et al.(1989)“Molecular Cloning：ALaboratory Manual”Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring HarborLaboratory Press，或者Ausubel，F.M.et al.(1994)“Current Protocols inMolecular Bilogy”，John Wiley & Sons.)，可以构建粘粒文库和质粒文库。
可以使用任何质粒和粘粒。质粒pBR322(Sutcliffe，J.G.(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA，75：3737-3741)；pACY177(Change & Cohen(1978)J.Bacteriol 134：1141-1156)，pBS系列质粒(pBSSK+，pBSSK-和其他质粒；Stratagene，LaJolla，USA)，粘粒SuperCos1(Stratagene，LaJolla，USA)或者Lorist6(Gibson，T.J.，Rosenthal A.and Waterson，R.H.(1987)Gene53：283-286)可以用于特殊用途。专门在谷氨酸棒杆菌中使用的基因文库可以用质粒pSL109(Lee，H.-S.and A.J.Sinskey(1994)J.Microbiol.Biotechnol.4：256-263)构建。
实施例3：DNA测序和计算机功能分析
按照标准方法，使用如在实施例2中所描述基因组文库，可以进行DNA测序，特别是用使用ABI377测序仪的链终止方法(参见，例如Fleischman，R.D.et al.(1995)“Whole-genome Random Sequencing andAssembly of Haemophilus Influenzae Rd.，Science，269：496-512)。使用具有以下核苷酸序列的测序引物：5’-GGAAACAGTATGACCATG-3’或者5’-GTAAAACGACGGCCAGT-3’。
实施例4：体内诱变
可以通过大肠杆菌或者其他微生物(例如，芽孢杆菌某些菌或者像是酿酒酵母的酵母)的质粒(或者其他载体)DNA的传代，进行谷氨酸棒杆菌的体内诱变，其中这些微生物保持其遗传信息整体性的能力已被损伤。典型的突变株，在DNA修复系统的基因中有突变(例如，mutHLS，mutD，mutT等；参考文献参见Rupp，W.D.(1996)DNA repair mechanisms，in：Escherichia coli and Salmonella，p.2277-2294，ASM：Washington.)。这些菌株对于技术熟练的人来说是熟知的。这些菌株的使用阐述在，例如Greener，A.and Callahan，M.(1994)Strategies 7：32-34中。
实施例5：在大肠杆菌和谷氨酸棒杆菌之间传递的DNA
棒杆菌和短杆菌菌种含有能自发复制的内源质粒(像是例如，pHM1519或者pBL1)(评论参见，例如，Martin，J.F.et al.(1987)Biotechnology，5：137-146)。大肠杆菌和谷氨酸棒杆菌的穿梭载体，可以使用大肠杆菌的标准载体容易的构建(Sambrook，J.et al.(1989)“Molecular Cloning：A Laboratory Manual”Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor Laboratory Press或者Ausubel，F.M.et al.(1994)“Current Protocols in Molecular Bilogy”，John Wiley & Sons.)，即在其中加入谷氨酸棒杆菌的复制叉起始点和合适的标记。这种复制起始点，优选是从棒杆菌和短杆菌菌种中分离的内源质粒获得的。用作这些菌种转化标记这一特殊用途的是卡那霉素抗性基因(例如来自Tn5或者Tn903转座子的那些卡那霉素抗性基因)或者氯霉素抗性基因(Winnacker，E.L.(1987)“From Genes to Clones-Introduction to Gene Technology，VCH，Weinheim)。在构建各种野生型穿梭载体的文献中有许多实例，这些穿梭载体可以在大肠杆菌和谷氨酸棒杆菌中复制，并且可以用于各种目的，其中包括基因过量表达(参考文献参见，例如，Yoshihama，M.et al.(1985)J.Bacteriol.162：591-597，Martin J.F.et al.(1987)Biotechnology，5：137-146和Eikmanns，B.J.et a；.(1991)Gene，102：93-98)。
使用标准方法可以把感兴趣的基因克隆到上述穿梭载体中，并且可以把该杂交载引入谷氨酸棒杆菌菌株中。谷氨酸棒杆菌的转化可以通过原生质体转化(Kastsumata，R.et al.(1984)J.Bacteriol.159306-311)，电传孔(Liebl，E.et al.(1989)FEMS Microbiol.Letters，53：399-303)实现，当使用特殊的载体时，也可以通过结合作用(例如在Schfer，A et al.(1990)J.Bacteriol.172：1663-1666)实现。也可以通过从谷氨酸棒杆菌制备质粒DNA(使用技术上已知的标准方法)并将其转化到大肠杆菌中，而把穿梭载体从谷氨酸棒杆菌转移到大肠杆菌。这一转化步骤可以使用标准方法进行，但是使用Mcr缺陷型大肠杆菌菌株，例如NM522(Gough &Murray(1983)J.Mol.Biol.166：1-19)是有利的。
使用含有pCG1(U.S.Patent No.4,617,267)或者其片段的质粒，并且可以选择来自TN903的卡那霉素抗性基因(Grindley，N.D.and Joyce，C.M.(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77(12)：7176-7180)，就可以在谷氨酸棒杆菌中过量表达基因。另外，使用质粒pSL109(Lee，H.-S.and A.J.Sinskey(1994)J.Microbiol.Biotechnol.4：256-263)也可以在谷氨酸棒杆菌中过量表达基因。
除了使用可复制质粒以外，也可以通过基因组整合而实现基因的过量表达。谷氨酸棒杆菌或者其他棒杆菌或者短杆菌菌种的基因组整合，可以通过熟知的方法实现，例如基因组区域的同源重组，限制性核酸内切酶介导的整合(REMI)(参见例如，DE Patent 19823834)，或者通过使用转座子。也可以通过修饰调节区域(例如，启动子、阻抑物和/或增强子)，通过使用定向位点方法(例如同源重组)或者基于随机事件方法(例如转座子诱变或者REMI)的序列修饰、插入或者缺失，来调节感兴趣基因的活性。用作转录终止子的核酸序列，也可以被插入到本发明一个或者多个基因编码区域的3’；这样的终止子在技术上是熟知的，并且描述在例如Winnacker，E.L.(1987)From Genes to Clones-Introduction to Gene Technology.VCH：Weinheim中。
实施例6：突变蛋白质表达的估算
被转化宿主细胞中突变蛋白质活性的观测，依赖于这一事实，即突变蛋白质以与野生型蛋白质相似的方式和相似的数量表达。确定突变基因转录水平(用于基因产物翻译的mRNA的数量指标)的一种有用的方法是进行Northern杂交(参考文献参见，例如，Ausubel et al.(1988)CurrentProtocols in Molecular Biology，Wiley：New York)，其中设计的用于结合感兴趣基因的引物标记有可探测的标记(通常是放射性的或者化学发光的)，从而，当生物体培养物的全部RNA被提取出，跑凝胶电泳，转移到稳定介质上并与该探针孵育，结合探针的结合和数量便指示了该基因mRNA的存在和数量。该信息是突变基因转录程度的证据。可以使用几种方法从谷氨酸棒杆菌中制备全部细胞RNA，这在技术上是熟知的，例如描述在Bormann，E.R.et al.(1992)Mol.Microbiol.6：317-326中的。
为了估算由该mRNA翻译的蛋白质的存在和相对数量，可以使用标准技术，例如Wesstern杂交(参见，例如，Ausubel et al.(1988)CurrentProtocols in Molecular Biology，Wiley：New York)。在该方法中，提取全部细胞蛋白质，通过凝胶电泳分离，转移到像是硝酸纤维素这样的介质上，和与所需蛋白质特异结合的探针共孵育，例如抗体。该探针通常标记有易于检测的化学发光的或者比色的标记。观测到的标记的存在和数量，指示了出现在细胞中的所需突变蛋白质的存在和数量。
实施例7：遗传修饰的谷氨酸棒杆菌的生长-介质和培养条件
遗传修饰的谷氨酸棒杆菌可以培养在合成或者天然生长培养基中。用于谷氨酸棒杆菌的各种不同的生长培养基是已知的并且是易于得到的(Lieb，et al.(1989)Appl.Microbiol.Biotechno.，32：205-210；von der Ostenet al.(1998)Biotechnology Letters，11：11-16；Patent DE 4,120,867；Liebl(1992)“The Genus Corynebacterium，in：Procaryotes，Volume II，Balows，A.et al.，eds.Springer-Verlag)。这些培养基含有一种或者多种碳源、氮源、无机盐、维生素和微量元素。优选的碳源是糖类，例如单糖、二糖或者多糖。例如，葡萄糖、果糖、甘露糖、半乳糖、核糖、山梨糖、核酮糖、乳糖、麦芽糖、蔗糖，棉子糖，淀粉或者纤维素，都可用作很好的碳源。也可以通过复杂化合物向培养基提供糖类，例如糖蜜或者其他糖类精炼的副产物。提高不同碳源的混合物也是有利的。其他可用的碳源有酒精和有机酸，例如甲醇、乙醇、乙酸或者乳酸。氮源通常是有机或者无机的氮化合物，或者含有这些化合物的物质。代表性的氮源包括氨气或者铵盐，例如NH4Cl或者(NH4)2SO4、NH4OH、硝酸盐、尿素、氨基酸或者复杂的氮源，例如玉米浸泡液、大豆粉、大豆蛋白、酵母提取物、肉类提取物或者其他。
可以包含在培养基中的无机盐化合物，包括盐酸盐、磷酸盐或者硫酸盐的钙、镁、钠、钴、钼、钾、锰、锌、铜或者铁。螯合剂可以加到培养基中，以维持溶液中的金属离子。特别有用的螯合剂包括二羟基苯酚，像是儿茶酚和原儿茶酸，或者有机酸，像是柠檬酸。培养基典型的也含有生长因子，例如维生素和生长促进剂，它们的实例包括生物素、核黄素、硫胺、叶酸、烟酸、泛酸盐和吡多醇。生长因子和盐经常来自复杂的培养基成分，例如酵母提取物、糖蜜、玉米浸泡液和其他成分。培养基化合物的确切组成强烈的依赖于直接实验，而且对于每一个具体情况具体决定。关于培养基最优化的信息通过在教科书“AppliedMicrobiol.Physiology，A Practical Approach”(eds.P.M.Rhodes，P.F.Stanbury，IRL Press(1997)pp.53-73，ISBN 0 19 963577 3)”中。也可以从商业供应商那里选择生长培养基，像是standard 1(Merck)或者BHI(grain heart infusion，DIFCO)或者其他的。
所有培养基组分都要通过加热(1.5bar，120℃，20分钟)或者无菌过滤灭菌。组分可以一起灭菌，或者如果必要的话分开单独灭菌。所有的培养基组分可以在生长的开始就加入，或者可以选择连续性或者分批加入。
培养条件对每个实验分别确定。温度应该在15℃到45℃范围内。温度可以保持恒定，或者在实验中改变。培养基的pH在5到8.5范围内，优选的在大约7.0，并且可以通过培养基中缓冲液的添加来维持。针对这一目的有代表性的缓冲液是磷酸钾缓冲液。合成缓冲液，例如MOPS、HEPES、ACES以及其他的，也可以代替使用或者同时使用。也可以在生长过程中通过添加NaOH或者NH4OH，以维持稳定的培养pH。如果使用像是酵母提取物这样的复杂培养基组分，可以减少添加缓冲液的必要性，这是因为许多复杂化合物具有很强的缓冲能力这一事实。如果使用发酵罐培养微生物，也可以使用氨气控制pH。
孵育时间通常在几小时到几天范围内。这一时间的选取是为了允许在液体培养基中积累最大量的产物。公布的生长实验可是在各种容器中进行，例如微量滴定板、玻璃试管、玻璃摇瓶或者不同大小的玻璃或者金属的发酵罐。为了筛选大量的克隆，微生物应该培养在有挡板或者没有挡板的微量滴定板、玻璃试管或者摇瓶中。优选的使用100ml摇瓶，加入10％(体积)的所需培养基。摇瓶应该放在摇床上摇动(振幅25毫米)，速度范围100-300rpm。可以通过保持湿润的空气减少蒸发损失；或者，对蒸发损失进行数学修正。
如果要检测遗传修饰的克隆，那么也应该检测未经修饰的对照克隆或者含有基本质粒但没有任何插入的对照克隆。使用生长在琼脂板上30℃孵育的细胞，例如CM平板(10g/l葡萄糖，2.5g/l NaCl，2g/l尿素，10g/l多胨，5g/l酵母提取物，5g/l肉汁提取物，22g/l琼脂，2M NaOH调至pH6.8)，接种培养基至OD600值为0.5-1.5。培养基的接种可以通过引入来自CM平板的谷氨酸棒杆菌细胞的盐悬浮液，或者通过加入该细菌的液体预培养物实现。
实施例8：突变蛋白质功能的体外分析
酶的活性和动力学参数的测定在技术上是已经很好建立了的。任何对给定的经过改变的酶的活性测定实验，必须适合野生型酶的特殊活性，这完全在技术熟练者的能力之内。关于酶的概括评论，以及关于结构、动力学、原理、方法、应用和确定许多酶活性实例的明确细节，可以在例如以下参考文献中找到：Dixon，M.，and Webb，E.C.，(1979)Enzymes.Longmans：London；Fersht，(1985)Enzyme Structure and Mechanism.Freeman：NewYork；Walsh，(1979)Enzymatic Reaction Mechanisms.Freeman：San Francisco；Price，N.C.，Stevens，L.(1982)Fundamentals of Enzymology.Oxford Univ.Press：Oxford；Boyer，P.D.，ed.(1983)The Enzymes，3rd ed.Academic Press：New York；Bisswanger，H.，(1994)Enzymkinetik，2nd ed.VCH：Weinheim(ISBN 3527300325)；Bergmeyer，H.U.，Bergmeyer，J.，Graβl，M.，eds.(1983-1986)Methods of EnzymaticAnalysis，3rd ed.，vol.I-XII，Verlag Chemie：Weinheim；and Ullmann’s Encyclopediaof Industrial Chemistry(1987)vol.A9，“Enzymes”.VCH：Weinheim，p.352-363。
结合DNA的蛋白质的活性可以通过几种技术上已知的方法测定，例如DNA条带移位分析(也称作凝胶阻滞分析)。这些蛋白质对其他分子表达的作用，可以用报告基因分析测定(例如描述在Kolmar，H.et al.(1995)EMBO J.14：3895-3904中的，及其引用的参考文献)。报告基因测试系统是已知的，并且在原核和真核细胞中的应用都已建立，使用像是beta-半乳糖苷酶、绿色荧光蛋白和几种其他蛋白质这样的酶。
膜转运蛋白质活性的测定可以根据例如描述在Gennis，R.B.(1989)“Pores，Channels and Transporters”，in Biomembrane，Molecular Structureand Function，Springer：Heidelberg，p.85-137；199-234；and 270-322中的那些技术进行。
实施例9：突变蛋白质对于所需产物生产的效果的分析
谷氨酸棒杆菌遗传修饰对于所需化合物(例如氨基酸)生产的作用，可以这样估计，即通过合适条件下(例如以上描述的那些)生长已修饰的微生物，并且分析增加所需产物(例如，氨基酸)生产的培养基和/或细胞组分。这些分析技术对于熟练常规技术者来说是熟知的，包括光谱分析、薄层层析、各种染色方法、酶促方法和微生物方法，以及像是高效液相色谱(Ullman，Encyclopedia of Industrial Chemistry，vol.A2，p.89-90 andp.443-613，VCH：Weinheim(1985)；Fallon，A.et al.，(1987)“Applications ofHPLC in Biochemistry”in：Laboratory Techniques in Biochemistry and MolecularBiology，vol.17；Rehm et al.(1993)Biotechnology，vol.3，Chapter lII：“Productrecovery and purification”，page 469-714，VCH：Weinheim；Belter，P.A.et al.(1988)Bioseparations：downstream processing for biotechnology，John Wiley and Sons；Kennedy，J.F.and Cabral，J.M.S.(1992)Recovery processes for biologicalmaterials，John Wiley and Sons；Shaeiwitz，J.A.and Henry，J.D.(1988)Biochemicalseparations，in：Ulmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry，vol.B3，Chapter11，page 1-27，VCH：Weinheim；and Dechow，F.J.(1989)Separation and purificationtechniques in biotechnology，Noyes Publications)这样的分析层析。
除了对最终发酵产物的测定，也可以对用于所需化合物生产的代谢途径的其他组分进行分析，例如中间体和副产物，以确定化合物的总生产效率。分析方法包括培养基中营养物水平(例如，糖类、烃、氮源、磷酸以及其他离子)的测定，生物量组成和生长的测定，生物合成途径常见代谢产物的生产的分析，以及对发酵中产生气体的测定。这些测定的标准方法略述在Applied Microbial Physiology，A Practical Approach，P.M.Rhodes and P.F.Stanbury，eds.，IRL Press，p.103-163；and 165-192(ISBN：0199635773)及其引用的参考文献中。
实施例10：谷氨酸棒杆菌培养物中所需产物的纯化
从谷氨酸棒杆菌细胞中或者上述培养基的上清中回收所需产物，可以通过技术上已知的各种方法进行。如果所需产物不是细胞分泌的，那么可以通过低速离心从培养基中收集细胞，用标准技术裂解细胞，例如机械力或者超声波。离心除去细胞碎片，保留含有可溶蛋白的上清部分用于进一步纯化所需化合物。如果产物是从谷氨酸棒杆菌细胞分泌的，那么用低速离心从培养基中除去细胞，保留上清部分用于进一步纯化。
任何一种纯化方法得到的上清部分，用合适的树脂进行层析，所需分子被层析树脂保留，而样品中的很多杂质不被保留，或者杂质被树脂保留，而样品不被保留。使用相同或者不同的层析树脂，可以根据需要重复这一层析步骤。本领域技术人员可以非常熟练的选择合适的层析树脂，并且熟知这些树脂对于待纯化特定分子最有效的应用。纯化的产物可以用过滤或者超滤浓缩，并且贮存在产物稳定性最大的温度下。
技术上已知的纯化方法非常多，前述的纯化方法并不意味着仅仅局限于此。这些纯化方法描述在，例如Baily，J.E.& Ollis，D.F.BiochmicalEngineering Fundamentals，McGraw-Hill：New York(1986)中。
分离化合物的特性和纯度，可以技术上的标准技术估计。这包括高效液相色谱(HPLC)、分光方法、染色方法、薄层层析、NIRS、酶促方法或者微生物方法。这些分析方法在以下文献中有评论：Patek et al.(1994)Appl.Environ.Microbiol.60：133-140；Malakhova et al.(1996)Biotekhnologiya 11：27-32；and Schmidt et al.(1998)Bioprocess Engineer.19：67-70.Ulmann’sEncyclopedia of Industrial Chemistry，(1996)vol.A27，VCH：Weinheim，p.89-90，p.521-540，p.540-547，p.559-566，575-581 and p.581-587；Michal，G.(1999)Biochemical Pathways：An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology，JohnWiley and Sons；Fallon，A.et al.(1987)Applications of HPLC in Biochemistry in：Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology，vol.17。
实施例11：本发明基因序列的分析
序列比较和两条序列之间同源性百分比的测定，是技术上已知的技术，可以使用数学运算法则完成，例如Karlin and Altschul(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87：2264-68中的运算法则，该运算法则在Karlin andAltschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：5873-77中有修改。该运算法则被整合在Altschul，et al.(1990)J.Mol.Biol.215：403-10中的NBLAST和XBLAST程序(2.0版)中。BLAST核苷酸搜寻可以用NBLAST程序进行，score＝100，wordlength＝12，可以得到与本发明MP核酸分子同源的核苷酸序列。BLAST蛋白质搜寻可以用XBLAST程序进行，score＝50，wordlength＝3，可以得到与本发明MP蛋白质分子同源的氨基酸序列。出于比较的目的，为了获得有间隙的序列对比，可以使用描述在Altschul et al.，(1997)Nucleic Acids Res.25(17)：3389-3402中的GappedBLAST。当使用BLAST和Gapped BLAST程序时，本领域技术人员知道对于特定的待分析序列如何优化程序(例如，XBLAST和NBLAST)的参数。
用于序列比较的另一个数学运算法则实例是，Meyers和Miller运算法则((1998)Comput.Appl.Biosci.4：11-17)。该运算法则被整合在ALIGN程序(2.0版)中，该程序是GCG序列序列对比软件包的一部分。当使用ALIGN程序比较氨基酸序列时，可以使用PAM120重量残基表、间隙长度处罚12、间隙处罚4。其他的序列分析运算法则在技术上也是已知的，包括ADVANCE和ADAM，叙述在Torelli and Robotti(1994)Comput.Appl.Biosci.10：3-5中；和FASTA，叙述在Pearson and Lipman(1998)P.N.A.S.85：2444-8中。
两条氨基酸序列之间的百分比同源性也可以使用GCG软件包(http://www.gcg.com有提供)中的GAP程序实现，使用Blosum 62矩阵或者PAM 250矩阵，间隙分量12、10、8、6或者4，长度分量2、3或者4。两条核酸序列之间的百分比同源性可以使用GCG软件包中的GAP程序实现，使用标准参数，例如间隙分量50和长度分量3。
本发明基因序列与Genbank中序列之间的比较分析，可以使用技术上已知的技术进行(参见，例如，Bexevanis and Ouellette，eds.(1998)Bioinformatics：A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins.John Wiley and Sons：New York)。本发明基因序列，通过三个步骤的方法与Genbank中的序列进行比较。在第一步中，对本发明的每一条序列相对Genbank中的核苷酸序列进行BLASTN分析(例如，本地序列对比分析)，保留最高的500个匹配作进一步分析。然后对这500个匹配作FASTA搜寻(例如，本地与全世界的组合序列对比分析，在其中对限定的序列区域进行序列对比)。接下来，对本发明的每条基因序列与FASTA的三个最高匹配，使用GCG软件包中的GAP程序(使用标准参数)进行全世界序列对比。为了得到正确结果，从Genbank选出的序列长度，使用技术上熟知的方法调节为查询序列的长度。该分析的结果列在表4中。虽然这样得到的结果，与对本发明每条基因相对于Genbank每条对照所进行的单独GAP(全世界)分析得到的结果，是一致的，但是相对于大数据库的GAP(全世界)分析来说，所需的计算时间大大减少。没有得到截止值以上序列对比的本发明序列，在表4中表明，缺少序列对比信息。本领域技术人员能够深一层的理解，在表4中列出的标题“％homology(GPA)”下的GAP序列对比同源性百分比，是以欧洲数字格式列出的，其中‘，’代表十进制点。例如，该列中的值“40,345”代表“40.345％”。
实施例12：DNA微阵列的构建和操作
本发明的序列还可以用于DNA微阵列(DNA阵列的设计、方法和应用技术上是熟知的，描述在，例如，Schena，M.te al.(1995)Science 270：467-470；Wodicka，L.et al.(1997)Nature Biotechnology 15：1359-1367；DeSaizieu，A.et al.(1998)Nature Biotechnology 16：45-48；and DeRisi，J.L.et al.(1997)Sctence 278：680-686)的构建和应用。
DNA微阵列使用固体或者可弯曲的支持物，包括硝酸纤维素、尼龙、玻璃、硅或者其他材料。核酸分子可以以有序的方式连接在表面。合适标记之后，其他核酸或者核酸混合物可以与固定的核酸分子杂交，标记可以用于监控和测量确定区域杂交分子的单独的信号强度。本方法允许同时定量适用的核酸样品或者混合物中的全部或者所选择核酸的相对或者绝对数量。因此，DNA微阵列允许多种(多至6800或者更多)类似核酸表达的分析(参见例如，Schena，M.(1996)BioEssays 18(5)：427-431)。
本发明序列可以用于设计寡聚核苷酸引物，这些引物可以通过像聚合酶链式反应这样的核酸扩增反应扩增一条或者多条谷氨酸棒杆菌基因的确定区域。5’或者3’寡聚核苷酸引物或者合适连接体的选择和设计，允许得到的PCR产物共价连接到上述支持介质的表面(也描述在，例如，Schena，M.et al.(1995)Science 270：467-470)。
核酸微阵列也可以通过如在Wodicka，L.et al.(1997)NatureBiotechnology 15：1359-1367中描述的原位寡聚核苷酸合成构建。通过照相平板方法，可将矩阵中精确确定的区域暴露在光线中。保护基团是光不稳定的，从而被激活并经受核苷酸添加，但是被掩饰而见不到光的区域不进行任何修饰。接下来的保护和光激活循环，允许在确定位置不同寡聚核苷酸的合成。本发明确定的小区域可以在微阵列上通过固相寡聚核苷酸合成而合成。
出现在样品或者核苷酸混合物中的本发明核酸分子，可以与微阵列杂交。可以根据标准方法标记这些核酸分子。简单的说，核酸分子(例如，mRNA分子或者DNA分子)可以通过与同位素或者荧光标记的核苷酸结合而被标记，例如，在逆转录或者DNA合成中。标记核酸与微阵列的杂交有描述(例如在Schena，M.et al.(1995)supra；Wodicka，L.et al.(1997)，supra；and DeSaizieu A.et al.(1998)，supra中)。杂交分子的检测和定量要适合特定的结合标记。放射性标记可被探测，例如，在Schena，M.et al.(1995)supra中描述的，荧光标记也可以探测，例如使用Shalon etal.(1996)Gemone Research 6：639-645的方法。
如上所述，本发明序列在DNA微阵列中的应用，允许不同的谷氨酸棒杆菌菌株或者其他棒杆菌的比较分析。例如，通过核酸阵列方法，可以促进基于个别转录分部图的菌株内改变的研究，以及促进对特定和/或所需的像是致病性、生产能力和压力承受能力这样的菌株性质重要的基因的鉴定。同样，使用核酸阵列技术，也可以比较发酵反应过程中本发明基因表达的分部图。
实施例13：细胞蛋白质群体动力学的分析(蛋白质组学)
本发明的基因、组成和方法，可以用于研究蛋白质群体的相互作用和动力学，称作“蛋白质组学”。感兴趣的蛋白质群体包括，但是不局限于，谷氨酸棒杆菌的全部蛋白质群体(例如，和其他生物体的蛋白质群体比较起来)，在特殊环境或者代谢条件下(例如，发酵中、高温或者低温、或者高pH或低pH)有活性的那些蛋白质，或者在特定生长或者发育阶段有活性的那些蛋白质。
可以用各种熟知的技术分析蛋白质群体，例如凝胶电泳。细胞蛋白质可以通过例如裂解或者提取获得，也可以使用各种电泳技术彼此分离。十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离蛋白质，很大程度上基于它们的分子重量。等电聚焦聚丙烯酰胺凝胶电泳(IEF-PAGE)通过等点点(这不仅反映了氨基酸序列，而且放映了蛋白质的翻译后修饰)分离蛋白质。另一种更加优选的蛋白质分析方法是，IEF-PAGE和SDS-PAGE的连续结合，称为2-D-凝胶电泳(在例如Hermann et al.(1998)Electrophoresis 19：3217-3221；Fountoulakis et al.(1998)Electrophoresis 19：1193-1202；Langen et al.(1997)Electrophoresis 18：1184-1192；Antelmann et al.(1997)Electrophoresis18：1451-1463中有描述)。
用这些方法分离的蛋白质可以通过标准技术显现，例如通过染色或者标记。合适的染色在技术上是已知的，包括考马斯亮蓝、银染或者荧光染料，例如Sypro Ruby(Molecular Probes)。谷氨酸棒杆菌培养基中包含有放射性标记的氨基酸或者其他蛋白质前体(例如，35S-甲硫氨酸，35S-半胱氨酸，14C-标记氨基酸，15N-氨基酸，15NO3或者15NH4 +或者13C-标记氨基酸)，可以使得这些细胞在其蛋白质分离之前就标记蛋白质。类似的，也可以使用荧光标记。根据前述技术可以提取、隔离和分离这些标记蛋白质。
用这些技术显现的蛋白质，可以通过测量所用的染料或者标记作进一步分析。特定蛋白质的数量可以使用例如光学方法，进行定量确定，并且可以与在同一块凝胶上或者其他凝胶上的其他蛋白质的数量进行比较。可以通过例如光学比较、分光分析、凝胶图象分析和扫描，或者通过使用照相胶片或者显示器，对凝胶上的蛋白质进行比较。这些技术在技术上是熟知的。
为了确定特定蛋白质的特性，可以使用直接序列测定或者其他标准技术。例如，可以使用N-和/或C-末端氨基酸测序(例如Edman降解)，以及质谱分析(特别是MALDI或者ESI技术(参见例如，Langen et al.(1997)Electrophoresis 18：1184-1192))。此处提供的蛋白质序列，可以用作通过这些技术进行的谷氨酸棒杆菌蛋白质鉴定。
通过这些技术得到的信息，可以用于比较蛋白质存在、活性、不同生物条件下(例如，在其他条件中的不同生物体、发酵时间点、培养基条件、或者生物环境)不同样品间修饰的各种模式。这些试验得到的数据，可以单独的，或者与其他技术相结合的用于各种应用，例如比较特定情况下(例如代谢情况)各种生物体的行为，增加生产精细化学物质的菌株的生产能力，或者增加精细化学物质生产的效率。
等同声明
本领域技术人员可以认识到，或者能够确定仅仅使用常规实验，此处描述的本发明的特定实施方案有很多等价物。下面的权利要求意图包含这些等价物。

Claims (35)

1.分离的核酸分子或其互补序列，该核酸分子包含选自SEQ IDNO：1-1155的每个以奇数序列号列出的核酸序列，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
2.分离的编码多肽的核酸分子或其互补序列，该多肽包含选自SEQID NO：2-1156的每个以偶数序列号列出的氨基酸序列，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
3.分离的编码多肽的天然存在等位基因变体的核酸分子或其互补序列，该多肽包含选自SEQ ID NO：2-1156的每个以偶数序列号列出的氨基酸序列，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
4.分离的含有核苷酸序列或的核酸分子其互补序列，该核苷酸序列与SEQ ID NO：1-1155的任何以奇数序列号列出的完整核苷酸序列有至少50％的同一性，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
5.分离的含有SEQ ID NO：1-1155的任何以奇数序列号列出的核苷酸序列的至少15个连续核苷酸的片段的核酸分子或其互补序列。
6.分离的编码多肽的核酸分子或其互补序列，该多肽含有与SEQ IDNO：2-1156的任何以偶数序列号列出的完整氨基酸序列有至少50％的同一性的氨基酸序列，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
7.分离的核酸分子，该核酸分子包括权利要求1-6中任一项的核酸分子和编码异源多肽的核苷酸序列。
8.包含权利要求1-7中任一项核酸分子的载体。
9.权利要求8的载体，该载体是表达载体。
10.权利要求9的表达载体转染的宿主细胞。
11.权利要求10的宿主细胞，其中该细胞是微生物。
12.权利要求11的宿主细胞，其中该细胞属于棒杆菌属或者短杆菌属。
13.权利要求10的宿主细胞，其中所说的核酸分子的表达，导致该细胞精细化学物质生产的调节。
14.权利要求13的宿主细胞，其中所说的精细化学物质选自下列物质：有机酸，蛋白质源氨基酸，非蛋白质源氨基酸，嘌呤碱基和嘧啶碱基，核苷，核苷酸，脂质，饱和和不饱和脂肪酸，二醇，糖类，芳香族化合物，维生素，辅因子，聚酮化合物和酶。
15.生产多肽的方法，包括在合适的培养基中培养权利要求10的宿主细胞，从而生产多肽。
16.分离的多肽，含有选自SEQ ID NO：2-1156的任何以偶数序列号列出的氨基酸序列，条件是该氨基酸序列不由表1中列出的任何F-标明的基因编码。
17.分离的多肽，含有包含选自SEQ ID NO：2-1156的任何以偶数序列号列出的氨基酸序列的多肽的天然存在等位基因变体，条件是该氨基酸序列不由表1中列出的任何F-标明的基因编码。
18.分离的多肽，由含有与SEQ ID NO：1-1155的任何以奇数序列号列出的完整核酸序列有至少50％的同一性的核苷酸的核酸分子编码，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
19.分离的多肽，含有与SEQ ID NO：2-1156的任何以偶数序列号列出的完整氨基酸序列有至少50％的同一性的氨基酸序列，条件是该氨基酸序列不由表1中列出的任何F-标明的基因编码。
20.分离的多肽，含有包含SEQ ID NO：2-1156的任何以偶数序列号列出的氨基酸序列的多肽的片段，条件是该氨基酸序列不由表1中列出的任何F-标明的基因编码，其中所述多肽片段保持含有氨基酸序列的多肽的生物活性。
21.分离的多肽，由含有SEQ ID NO：1-1155的任何以奇数序列号列出的核苷酸序列的核酸分子编码，条件是该核酸分子不由表1中列出的任何F-标明的基因组成。
22.权利要求16-21的任一项的分离的多肽，该多肽另外包含异源氨基酸序列。
23.生产精细化学物质的方法，包括培养权利要求10的细胞，从而产生精细化学物质。
24.权利要求23的方法，其中所说的方法另外包括从所说的培养物中回收精细化学物质的步骤。
25.权利要求23的方法，其中所说的细胞属于棒杆菌属或者短杆菌属。
26.权利要求23的方法，其中所说的细胞选自：谷氨酸棒杆菌、力士棒杆菌、百合花棒杆菌、嗜乙酰乙酸棒杆菌、醋谷棒杆菌、嗜乙酰棒杆菌、产氨棒杆菌、Corynebacterium fujiokense、Corynebacteriumnitrilophilus、产氨短杆菌、Brevibacterium butanicum、分歧短杆菌、黄色短杆菌、希氏短杆菌、酮戊二酸短杆菌、Brevibacterium ketosoreductum、乳发酵短杆菌、扩展短杆菌、解石蜡短杆菌和表3所列菌株。
27.权利要求23的方法，其中所说载体的核酸分子的表达，导致该细胞精细化学物质生产的调节。
28.权利要求23的方法，其中所说的精细化学物质选自下列物质：有机酸，非蛋白质源氨基酸，嘌呤碱基和嘧啶碱基，核苷，核苷酸，脂质，饱和和不饱和脂肪酸，二醇，糖类，芳香族化合物，维生素，辅因子，聚酮化合物和酶。
29.权利要求23的方法，其中所说的精细化学物质是氨基酸。
30.权利要求29的方法，其中所说的氨基酸选自下列氨基酸：赖氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、丙氨酸、天冬氨酸、甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、甲硫氨酸、半胱氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、精氨酸、脯氨酸、组氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸。
31.生产精细化学物质的方法，包括培养这样的细胞，该细胞的基因组DNA由于导入了权利要求1-7中任一项的核酸分子而改变。
32.诊断受试者中白喉棒杆菌的存在或者活性的方法，包括检测受试者中权利要求1-6的核酸分子或权利要求16-21的多肽分子中至少一种物质的存在，从而诊断受试者白喉棒杆菌的存在或活性。
33.含有选自SEQ ID NO：1-1155的每个以奇数序列号列出的核酸分子的宿主细胞，其中的核酸分子被破坏。
34.含有选自SEQ ID NO：1-1155的每个以奇数序列号列出的核酸分子的宿主细胞，其中的核酸分子含有一个或者多个与SEQ ID NO：1-1155的任何以奇数序列号列出的序列相比的核酸修饰。
35.含有选自SEQ ID NO：1-1155的每个以奇数序列号列出的核酸分子的宿主细胞，其中该核酸分子调节区域相对于该分子野生型调节区域进行了修饰。
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