BR112020001430A2 - oligonucleotídeo de fita simples - Google Patents

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BR112020001430A2
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Yusuke Iriyama
Hiroyuki Nakajima
Tatsuro KANAKI
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Nissan Chemical Corporation
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Abstract

A presente invenção refere-se a um oligonucleotídeo de fita simples que pode controlar um gene-alvo com alta eficiência e pode ser facilmente produzido. É um oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (I), em que X é representado por Xa-Xb, Xa é acoplado a Y, e Xb e Y se hibridizam. Xa é composto de 1 a 40 nucleotídeos e contém pelo me-nos um nucleotídeo modificado. Xb é composto de 4 a 40 nucleotídeos e contém pelo menos um nucleotídeo modificado. Y é composto de 4 a 40 nucleotídeos e contém pelo menos um ribonucleotídeo. Xz e Yz são compostos de 5 a 40 nucleotídeos e contêm pelo menos um nucleotídeo modificado. As sequências nucleotídicas X, Xz e Yz têm uma sequência antissentido capaz de se hibridizar com um RNA alvo. Lx e Ly são compostos de 0 a 20 nucleotídeos.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "OLIGO- NUCLEOTÍDEO DE FITA SIMPLES".
CAMPO TÉCNICO
[0001] A presente invenção refere-se a um oligonucleotídeo de fita simples.
ANTECEDENTES DA INVENÇÃO
[0002] Os oligonucleotídeos antissentido (ASO) são DNA, RNA e/ou análogos estruturais de fita simples compostos por cerca de 8 a bases que são oligonucleotídeos complementares ao mMRNA ou precursor de mRNA de um gene-alvo ou ncRNA (RNA não codifican- te), como o RNA ribossômico, RNA de transferência ou mMiIRNA. ASO suprime a função do mMRNA, precursores de mRNA ou ncRNA, for- mando uma fita dupla com mRNA, precursor de MRNA ou ncRNA di- recionado pelo oligonucleotídeo antissentido.
[0003] No entanto, a aplicação prática de ASO é difícil, uma vez que são facilmente degradados por nucleases no corpo vivo e sua efi- ciência de captação nas células alvo é baixa. A fim de superar esses dois problemas principais, pesquisa vem sendo conduzida há muitos anos sobre a modificação química do ingrediente ativo na forma do oligonucleotídeo por si, bem como nos sistemas de administração de medicamentos (DDS) capazes de fornecer um oligonucleotídeo na cé- lula-alvo.
[0004] Exemplos conhecidos de modificação química de ASO por si incluem S-oligo (fosforotioato), no qual a porção fosfato foi modifica- da, e 2' 4-BNA (ácido nucleico em ponte)/LNA (ácido nucleico bloque- ado), no qual a porção de açúcar foi modificada (ver os Documentos de Patente 1 a 5).
[0005] Exemplos conhecidos de DDS incluem métodos que utili- zam veículos, como lipossomas catiônicos ou micelas poliméricas. Além disso, o Documento de Patente 6 descreve um ASO no qual um derivado de GalNAc (N-acetilgalactosamina), que é um derivado de açúcar com capacidade de interagir com receptores de asialoglicopro- teínas, é ligado por meio de um ligante e a expressão de um gene-alvo no fígado é suprimida após a administração deste ASO.
[0006] O Documento de Patente 7 e o Documento Não Patente 1 descrevem que, ao ligar o tocoferol (Toc) a um oligonucleotídeo de fita dupla (HDO) contendo um oligonucleotídeo de RNA complementar ao ASO, o HDO é entregue e concentrado no fígado com mais eficiência que o ASO e na expressão de um gene-alvo no fígado é suprimida em camundongos. O Documento de Patente 8 descreve um ASO no qual um derivado de GalNAc está ligado a um HDO através de um ligante, e essa expressão é suprimida com mais eficiência do que a modifica- ção do tocoferol (Toc) quando o oligonucleotídeo antissentido é admi- nistrado por via subcutânea.
[0007] O Documento de Patente 9 descreve que um oligonucleotí- deo (HCDO), no qual um ASO está ligado ao final de uma fita de RNA de uma unidade de oligonucleotídeo de fita dupla que consiste em DNA e RNA, suprime um RNA alvo com mais eficiência do que o ASO.
Documentos da Técnica Anterior Documentos Não Patente
[0008] Documento Não Patente 1: Nature Communications, Vol. 6, Artigo nº: 7969 (2015) Documentos de Patente
[0009] Documento de Patente 1: Publicação Internacional nº WO 98/39352
[0010] Documento de Patente 2: Publicação Internacional nº WO 2005/021570
[0011] Documento de Patente 3: Publicação Internacional nº WO 2003/068795
[0012] Documento de Patente 4: Publicação Internacional nº WO
[0013] Documento de Patente 5: Publicação Internacional nº WO 2011/156202
[0014] Documento de Patente 6: Publicação Internacional nº WO 2014/179620
[0015] Documento de Patente 7: Publicação Internacional nº WO 2013/089283
[0016] Documento de Patente 8: Publicação Internacional nº WO 2015/105083
[0017] Documento de Patente 9: Publicação Internacional nº WO 2014/192310
REVELAÇÃO DA INVENÇÃO Problemas a Serem Resolvidos pela Invenção
[0018] Há um desejo de produtos farmacêuticos de ácidos nuclei- cos capazes de suprimir eficientemente a expressão de um gene-alvo quando indicado para uso como produtos farmacêuticos em mamiífe- ros, incluindo seres humanos, no contexto clínico. Além disso, no caso de produção de oligonucleotídeos de fita dupla (como o HDO ou HCDO mencionados acima), é necessária uma etapa para sintetizar separadamente a fita antissentido e a fita de RNA complementar se- guido pela hibridização dessas fitas. Além disso, ao administrar a ani- mais ou células, é necessário que o oligonucleotídeo de fita dupla seja inibido de se dissociar em fitas simples, e pode-se presumir que há casos em que é necessário um esforço considerável para estabelecer as condições de manuseio.
[0019] Um objetivo da presente invenção é fornecer um oligonu- cleotídeo capaz de suprimir a expressão de um gene-alvo com alta eficiência. Além disso, um objetivo da presente invenção é fornecer um oligonucleotídeo que possa ser produzido mais facilmente do que oli- gonucleotídeos de fita dupla.
Meios para Resolução dos Problemas
[0020] Para alcançar os objetivos mencionados acima, os invento- res da presente invenção descobriram que um oligonucleotídeo de fita simples no qual uma fita de oligonucleotídeo (fita X) contendo uma se- quência antissentido e uma fita de oligonucleotídeo (fita Y) contendo RNA são acopladas, em que o oligonucleotídeo de fita simples tem uma estrutura na qual a fita X mencionada acima compreende a fita Xa que se acopla com a fita Y mencionada acima e a fita Xb que não se acopla a ela, e a fita Y mencionada acima e a fita Xb mencionada aci- ma são parcialmente hibridizadas intramolecularmente mostrando um efeito antissentido igual ou superior ao de um oligonucleotídeo de fita dupla. Além disso, uma vez que o oligonucleotídeo de fita simples consiste em uma fita simples, não há etapa de hibridização para for- mar uma fita dupla, para que possa ser produzido com eficiência. À presente invenção inclui os aspectos indicados abaixo.
[0021] 1. Um oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1): Fórmula 1 [Xz-Lx])7X-Y-[Ly-Yz], (1) fem que,
[0022] Y representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um ribonucleo- tídeo que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[0023] X representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo composto de 5 a 80 nucleotídeos representados pela fórmula: Fórmula 2 Xb-Xa (em que Xb representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleotí- deo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado,
[0024] Xa representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa composto de 1 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, e Xa está ligado ao oligonucleo- tídeo Y e o oligonucleotídeo Xb em ambas as extremidades, respecti- vamente),
[0025] Xz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[0026] Yz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Yz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[0027] Lx representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Lx composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e está ligado ao Xb,
[0028] Ly representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Ly composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, m representa O ou 1,
quando m representa O, n representa O ou 1, quando m representa 1, n representa 0, o oligonucleotídeo X tem uma sequência de nucleotídeos X, o oligonucleotídeo Xa tem uma sequência de nucleotídeos Xa, o oligo- nucleotídeo Xb tem uma sequência de nucleotídeos Xb, o oligonucleo- tídeo Y tem uma sequência de nucleotídeos Y, o oligonucleotídeo Xz tem uma sequência de nucleotídeos Xz, o oligonucleotídeo Yz tem um sequência de nucleotídeos Yz, o oligonucleotídeo Lx tem uma sequên- cia de nucleotídeos Lx e o oligonucleotídeo Ly tem uma sequência de nucleotídeos Ly, a sequência nucleotídica Xb é complementar à sequência nucleotídica Y, a sequência nucleotídica X contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, quando m representa 1 e n representa O, a sequência nucleotídica Xz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, quando m representa O e n representa 1, a sequência nucleotídica Yz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, e no caso de haver duas ou mais das sequências antissenti- do, o RNA alvo hibridizado por cada porção da sequência antissentido pode ser cada um igual ou diferente), e Xb e Y se hibridizam.
[0029] 2. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1., em que Xb se liga a Xa no lado 3' e Y se liga a Xa no lado 5.
[0030] 3. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1., em que Xb se liga a Xa no lado 5' e Y se liga a Xa no lado 3º.
[0031] 4. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 3., em que a sequência antissentido é uma sequência, ca-
da uma contendo independentemente pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H, ou
[0032] uma sequência contendo pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não uma contendo quatro desoxirribonucleotídeos contíguos.
[0033] 5. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 4., em que pelo menos uma da sequência antissentido é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H, e a porção da sequência antissentido contém um nucleotídeo com açúcar modificado ligado adjacentemente ao lado 5' e o lado 3' da por- ção de sequência contendo os pelo menos quatro nucleotídeos contí- guos reconhecidos pela RNase H.
[0034] 6. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 5., em que uma porção da sequência antissentido contém a ligação fosforotioato.
[0035] 7. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 6., em que a sequência antissentido é uma sequência composta de 10 a 30 nucleotídeos contendo pelo menos um desoxirri- bonucleotídeo.
[0036] 8. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 7., em que a sequência nucleotídica Y é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H.
[0037] 9. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 8., em que o oligonucleotídeo Y contém um nucleotídeo ou uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado em pelo me- nos um dos lados 5' e 3' do oligonucleotídeo Y.
[0038] 10. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1.a 9. emquemé O enéo.
[0039] 11. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1.a 9. emquemé O ené1.
[0040] 12. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 11., em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Ly são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[0041] 13. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 11. ou
12., em que o oligonucleotídeo Ly é DNA ou RNA.
[0042] 14. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1.a 9. emquemé 1 enéo.
[0043] 15. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 14., em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Lx são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[0044] 16. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 14. ou
15., em que o oligonucleotídeo Lx é DNA ou RNA.
[0045] 17. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 16., que contém ainda um grupo derivado de uma molécula funcional com pelo menos uma função selecionada do grupo que con- siste em uma função de marcação, uma função de purificação e uma função de entrega do sítio-alvo.
[0046] 18. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 17., em que a molécula funcional é selecionada do grupo que consiste em açúcares, lipídios, peptídeos, proteínas e um derivado dos mesmos.
[0047] 19. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 17. ou
18., em que a molécula funcional é um lipídio selecionado do grupo que consiste em colesterol, tocoferol e tocotrienol.
[0048] 20. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 17. ou
18., em que a molécula funcional é um derivado de açúcar que intera- ge com um receptor de asialoglicoproteína.
[0049] 21. O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 17. ou
18., em que a molécula funcional é um peptídeo ou proteína selecio- nados do grupo que consiste em ligantes receptores e anticorpos.
[0050] 22. Uma composição farmacêutica contendo o oligonucleo- tídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 21. e um veículo farmacologicamente aceitável.
[0051] 23. Um método para controlar uma função de um RNA alvo, incluindo uma etapa para colocar o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 21. em contato com uma célula.
[0052] 24. Um método para controlar uma função de um RNA alvo em um mamífero, incluindo uma etapa para administração de uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 21. ao mamífero.
[0053] 25. Um método para controlar a expressão de um gene- alvo, incluindo uma etapa para colocar o oligonucleotídeo de fita única descrito em qualquer um de 1. a 21. em contato com uma célula.
[0054] 26. Um método para controlar a expressão de um gene- alvo em um mamífero, incluindo uma etapa para administração de uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 21. ao mamífero.
[0055] 27. Método para produzir o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1. a 21., incluindo uma etapa para alongar a fita de nucleotídeos na extremidade 3' ou na extremidade 5' de um oligonucleotídeo contendo pelo menos um de Xe Y. Efeitos da Invenção
[0056] De acordo com a presente invenção, pode ser fornecido um oligonucleotídeo capaz de controlar um RNA alvo com alta eficiência.
[0057] O oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção é capaz de controlar efetivamente a expressão de um gene-alvo por seu oligonucleotídeo antissentido constituinte e é útil como um produto farmacêutico de ácido nucleico.
BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOS
[0058] A Figura 1 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0059] A Figura 2 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0060] A Figura 3 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0061] A Figura 4 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0062] A Figura 5 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0063] A Figura 6 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0064] A Figura 7 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0065] A Figura 8 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0066] A Figura 9 é um diagrama conceitual que representa um aspecto em que Xb e Y de um exemplo da presente modalidade na forma de um oligonucleotídeo de fita simples se hibridiza dentro da molécula do mesmo.
[0067] A Figura 10 é um gráfico indicando os efeitos no nível de expressão de SRB1 no fígado de camundongos C57BL/6J aos quais foi administrado um oligonucleotídeo de fita simples de acordo com a presente modalidade.
[0068] A Figura 11 indica os resultados da eletroforese em gel de nucleotídeos de fita simples de acordo com a presente modalidade an- tes e após o tratamento de hibridização.
[0069] A Figura 12 é um gráfico que indica os efeitos de oligonu- cleotídeos de fita simples de acordo com a presente modalidade no nível de expressão de PTEN em células derivadas de hepatoma hu- mano.
[0070] A Figura 13 indica os resultados da eletroforese em gel de oligonucleotídeos de fita simples de acordo com a presente modalida- de antes e após o tratamento de hibridização.
[0071] A Figura 14 é um gráfico indicando os efeitos no nível de expressão de SRB1 no fígado de camundongos C57BL/6J aos quais foi administrado um oligonucleotídeo de fita simples de acordo com a presente modalidade.
[0072] A Figura 15 indica os resultados da eletroforese em gel de nucleotídeos de fita simples de acordo com a presente modalidade an- tes e após o tratamento de hibridização.
[0073] Os termos utilizados na presente descrição são utilizados no sentido em que são normalmente utilizados na técnica, salvo indi- cação em contrário. A seguir, é apresentada uma explicação dos ter- mos usados na presente descrição. Além disso, os termos usados na presente descrição têm o mesmo significado, tanto no caso de serem utilizados sozinhos quanto no caso de serem utilizados em conjunto com outros termos, a menos que seja indicado de outra forma.
[0074] "Efeito antissentido" refere-se ao controle da função de um RNA alvo por hibridização de um RNA alvo selecionado corresponden- te a um gene-alvo e, por exemplo, um oligonucleotídeo tendo uma se- quência complementar a uma sequência parcial do mesmo. Por exem- plo, no caso de o RNA alvo ser mMRNA, um efeito antissentido refere-se à tradução do RNA alvo mencionado acima sendo inibida por hibridi- zação, um efeito que converte uma função de junção, como salto de éxon, ou o RNA alvo mencionado acima sendo degradado como resul- tado do reconhecimento de uma porção hibridizada. Embora exemplos de oligonucleotídeos nos quais o efeito antissentido mencionado acima seja demonstrado incluam DNA e oligodesoxirribonucleotídeos, os oli- gonucleotídeos nos quais um efeito antissentido é demonstrado não estão limitados a eles, mas podem ser RNA, oligorribonucleotídeos ou oligonucleotídeos que foram projetados para demonstrar normalmente uma função antissentido.
[0075] "RNA alvo" refere-se a mRNA, precursor de mMRNA ou nNCcRNA e inclui MRNA transcrito a partir de DNA genômico que codifica um gene-alvo, MRNA não submetido à modificação de bases e pre- cursor de mRNA ou ncRNA que não foram submetidos a junção. Não há limitações particulares no "RNA alvo" para o qual sua função é con- trolada por um efeito antissentido, e exemplos dos mesmos incluem RNA associado a genes para os quais a expressão aumenta em várias doenças. O "RNA alvo" pode ser qualquer RNA sintetizado pela RNA polimerase dependente de DNA e é, de preferência, MRNA ou precur- sor de MRNA. É, com mais preferência, MRNA ou precursor de MRNA de mamífero e, ainda com mais preferência, MRNA ou precursor de MRNA humano.
[0076] "Hibridizar" refere-se ao ato de formar uma fita dupla entre oligonucleotídeos contendo sequências ou grupos complementares derivados desses oligonucleotídeos e constitui um fenômeno no qual oligonucleotídeos contendo sequências complementares ou grupos derivados desses oligonucleotídeos formam uma fita dupla.
[0077] "Complementar" refere-se ao fato de que duas bases de ácidos nucleicos são capazes de formar um par de bases Watson- Crick (par de bases que ocorre naturalmente) ou par de bases não Watson-Crick (como um par de bases Hoogsteen) por meio de liga- ções de hidrogênio. Dois oligonucleotídeos ou grupos derivados des- ses oligonucleotídeos são capazes de se "hibridizar" no caso de suas sequências serem complementares. Embora não seja necessário que as sequências sejam completamente complementares para que dois oligonucleotídeos ou grupos derivados desses oligonucleotídeos se hibridizem, a complementaridade para dois oligonucleotídeos ou gru- pos derivados desses oligonucleotídeos de se hibridizarem é, de prefe- rência, 70% ou mais, com mais preferência, 80% ou mais e, ainda com mais preferência, 90% ou mais (como 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% ou mais). A complementaridade da sequência pode ser determinada usando um programa de computador que identifica automaticamente as sequências parciais dos oligonucleotídeos. Um exemplo de softwa- re usado para esse fim é o OligoAnalyzer, disponível na Integrated DNA Technologies. Este programa também pode ser acessado online a partir de uma página na internet. Um versado na técnica é capaz de determinar facilmente condições (como temperatura ou concentração salina) para permitir a hibridização de dois oligonucleotídeos ou grupos derivados desses oligonucleotídeos. Além disso, um versado na técni- ca pode facilmente projetar um oligonucleotídeo antissentido comple- mentar ao RNA alvo, por exemplo, usando um software como o pro- grama BLAST com base nas informações dos dados da sequência nu-
cleotídica do RNA alvo. Com relação ao programa BLAST, literaturas como Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America (1990, Vol. 87, pp. 2264-2268; 1993, Vol. 90, pp. 5873-5877) e o Journal of Molecular Biology (1990, Vol. 215, p. 403) podem ser referenciados.
[0078] Um "nucleotídeo" indica uma molécula capaz de servir co- mo uma unidade estrutural de um ácido nucleico (oligonucleotídeo) e normalmente possui uma base como constituinte do mesmo. Um nu- cleotídeo é composto por, por exemplo, açúcar, base e ácido fosfórico. Os nucleotídeos incluem ribonucleotídeos, desoxirribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado mencionados posteriormente.
[0079] Um "oligonucleotídeo" refere-se a uma molécula com uma estrutura na qual um ou mais nucleotídeos mencionados acima são polimerizados. Quando o "oligonucleotídeo" é composto de um nucleo- tídeo, esse oligonucleotídeo também pode ser chamado de "nucleotí- deo".
[0080] Os nucleotídeos contidos na molécula "oligonucleotídeo de fita simples" da presente invenção são cada um acoplados indepen- dentemente um ao outro por uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada mencionada mais adiante. O nucleotídeo na extremidade 3' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples da pre- sente invenção tem, de preferência, um grupo hidroxila ou um grupo fosfato na posição 3', com mais preferência, tem um grupo hidroxila e geralmente tem um grupo hidroxila. O nucleotídeo na extremidade 5' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples tem, de preferência, um grupo hidroxila ou um grupo fosfato na posição 5', com mais prefe- rência, tem um grupo hidroxila e geralmente possui um grupo hidroxila.
[0081] Um "grupo derivado de um oligonucleotídeo" refere-se à estrutura parcial de um oligonucleotídeo formado pela remoção de um átomo de hidrogênio ou grupo hidroxila e similares de pelo menos um dos grupos hidroxila na extremidade 3' ou na extremidade 5' do oligo- nucleotídeo mencionado acima, e acoplado ao outro grupo (por exem- plo, um grupo de ligação ou outros grupos derivados de um oligonu- cleotídeo), formando uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodi- éster modificada indiretamente através de uma ligação covalente. O grupo hidroxila mencionado acima na extremidade 3' ou na extremida- de 5' refere-se a um grupo hidroxila possuído por um grupo fosfato. Por exemplo, um grupo no qual um átomo de hidrogênio é removido do grupo hidroxila na extremidade 3' do oligonucleotídeo e um grupo no qual um grupo hidroxila é removido do grupo fosfato na extremida- de 5' de outro oligonucleotídeo forma uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada.
[0082] Uma "sequência de nucleotídeos" refere-se à sequência de bases dos nucleotídeos que compõem um oligonucleotídeo.
[0083] Uma "porção de sequência nucleotídica" refere-se a uma estrutura parcial de uma região que possui a sequência nucleotídica mencionada acima em uma fita oligonucleotídica.
[0084] Na presente descrição, uma "sequência de nucleotídeos" que contém ou não contém uma fita de nucleotídeos ou oligonucleotí- deos predeterminada tem o mesmo significado que a "porção de se- quência contendo nucleotídeos" correspondente que contém ou não contém a fita de nucleotídeos ou oligonucleotídeos.
[0085] Uma "porção de sequência" refere-se a uma estrutura par- cial de uma fita de oligonucleotídeo. Por exemplo, uma porção de se- quência contendo nucleotídeos é uma estrutura parcial de uma região de uma fita oligonucleotídica que contém os nucleotídeos.
[0086] Uma sequência nucleotídica sendo uma sequência selecio- nada de nucleotídeos predeterminados e os nucleotídeos predetermi- nados sendo nucleotídeos contíguos têm o mesmo significado que a porção de sequência nucleotídica correspondente sendo uma porção de sequência selecionada desses nucleotídeos e os nucleotídeos sen- do uma porção de sequência contígua, respectivamente.
[0087] Um "desoxirribonucleotídeo" refere-se a uma molécula na qual entre os "nucleotídeos" mencionados acima, o açúcar é 2”- desoxirribose, uma base é ligada a um átomo de carbono na posição 1º da 2'-desoxirribose e um grupo fosfato está ligado à posição 3' ou à posição 5º. O desoxirribonucleotídeo na presente invenção pode ser um desoxirribonucleotídeo de ocorrência natural ou um desoxirribonu- cleotídeo no qual a porção de base ou a porção de ligação fosfodiéster do desoxirribonucleotídeo de ocorrência natural é modificada. A modi- ficação da porção de base e a modificação da porção de ligação fosfo- diéster podem ser realizadas em combinação de dois ou mais tipos em um único desoxirribonucleotídeo. O desoxirribonucleotídeo modificado mencionado acima é descrito, por exemplo, no Journal of Medical Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, pp. 9645-9667), Medical Chemistry Communications (2014, Vol. 5, pp. 1454-1471) e Future Medicinal Chemistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365).
[0088] Quando o "desoxirribonucleotídeo" mencionado acima compõe a molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção, normalmente a posição 3' do desoxirribonucleotídeo é aco- plada a outro nucleotídeo através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada (por exemplo, uma ligação fosforotioa- to), e a posição 5' do desoxirribonucleotídeo é acoplada a outro nucle- otídeo por meio de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiés- ter modificada (por exemplo, uma ligação fosforotioato). O desoxirribo- nucleotídeo na extremidade 3' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção possui, de preferência, um grupo hidro- xila ou um grupo fosfato na posição 3', e a posição 5' é como descrito anteriormente. O desoxirribonucleotídeo na extremidade 5' da molécu- la de oligonucleotídeo de fita simples tem preferencialmente um grupo hidroxila ou um grupo fosfato na posição 5, e a posição 3' é como descrita anteriormente.
[0089] Um "oligodesoxirribonucleotídeo" refere-se a um oligonu- cleotídeo que é composto dos desoxirribonucleotídeos mencionados acima. Os desoxirribonucleotídeos que compõem o oligodesoxirribo- nucleotídeo podem ser iguais ou diferentes.
[0090] "DNA!" refere-se a um oligonucleotídeo que é composto por desoxirribonucleotídeos de ocorrência natural. Os desoxirribonucleotí- deos de ocorrência natural que compõem o DNA podem ser iguais ou diferentes.
[0091] Um "ribonucleotídeo" refere-se a uma molécula na qual um açúcar é ribose no "nucleotídeo" mencionado acima, uma base é liga- da a um átomo de carbono na posição 1º da ribose e há um grupo fos- fato na posição 2', posição 3' ou posição 5". O ribonucleotídeo na pre- sente invenção pode ser um ribonucleotídeo de ocorrência natural ou um ribonucleotídeo em que uma porção de base do ribonucleotídeo de ocorrência natural ou uma porção de ligação fosfodiéster é modificada. A modificação da porção de base ou a modificação da porção de liga- ção fosfodiéster pode ser realizada em uma combinação de uma plura- lidade de tipos de modificações em um único ribonucleotídeo. O ribo- nucleotídeo modificado mencionado acima é descrito, por exemplo, no Journal of Medical Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, pp. 9645-9667), Medical Chemistry Communications (2014, Vol. 5, pp. 1454-1471) e Future Medicinal Chemistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365).
[0092] Quando o "ribonucleotídeo" mencionado acima compõe uma molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente inven- ção, tipicamente a posição 3' do ribonucleotídeo é acoplada a outro nucleotídeo através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfo- diéster modificada (por exemplo, uma ligação fosforotioato), e a posi- ção 5' do ribonucleotídeo é acoplada a outro nucleotídeo através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada (por exemplo, uma ligação fosforotioato). O ribonucleotídeo na extremidade 3' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente inven- ção possui, de preferência, um grupo hidroxila ou um grupo fosfato na posição 3' do mesmo, e a posição 5' é como descrita anteriormente. O ribonucleotídeo na extremidade 5' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples tem preferencialmente um grupo hidroxila ou um grupo fos- fato na posição 5' e a posição 3' é como descrita anteriormente.
[0093] Um "oligorribonucleotídeo" refere-se a um oligonucleotídeo que é composto do ribonucleotídeo mencionado acima. O ribonucleo- tídeo que compõe o oligorribonucleotídeo pode ser o mesmo ou dife- rente.
[0094] "RNA" refere-se a um oligonucleotídeo que é composto por ribonucleotídeos que ocorrem naturalmente. Os ribonucleotídeos de ocorrência natural que compõem o RNA podem ser iguais ou diferen- tes.
[0095] "Nucleotídeo com açúcar modificado" refere-se a um nucle- otídeo no qual a porção de açúcar do desoxirribonucleotídeo ou ribo- nucleotídeo mencionado acima é parcialmente substituída por um ou mais substituintes, toda cadeia principal do açúcar foi substituída por uma cadeia principal de açúcar diferente de ribose e 2'-desoxirribose (por exemplo, uma cadeia principal de açúcar de 5 ou 6 membros, co- mo hexitol e treose), toda a cadeia principal do açúcar ou uma porção do anel da cadeia principal do açúcar foi substituída por um anel satu- rado ou insaturado de 5 a 7 membros (por exemplo, ciclo-hexano, ci- clo-hexeno, morfolina e similares) ou com uma estrutura parcial (por exemplo, estrutura peptídica) que permite a formação de um anel de 5 a 7 membros por ligação de hidrogênio ou o anel da porção de açúcar é aberto em anel ou, ainda, a porção aberta em anel é modificada. Uma porção de base de um "nucleotídeo com açúcar modificado" pode ser uma base de ocorrência natural ou uma base modificada. Além disso, uma porção de ligação fosfodiéster de um "nucleotídeo com açúcar modificado" pode ser uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada. A modificação de uma porção de base ou a modificação de uma porção de ligação fosfodiéster em um único nu- cleotídeo com açúcar modificado pode ser realizada em uma combina- ção de uma pluralidade de tipos de modificações. A modificação da porção aberta em anel mencionada acima pode incluir, por exemplo, halogenação, alquilação (por exemplo, metilação e etilação), hidroxila- ção, aminação e tionação, bem como desmetilação.
[0096] Um "nucleotídeo com açúcar modificado" pode ser um nu- cleotídeo em ponte ou nucleotídeo não em ponte. Exemplos de nu- cleotídeos com açúcar modificado incluem nucleotídeos revelados co- mo preferenciais para uso em um método antissentido, por exemplo, na Publicação de Patente Japonesa Não Examinada nº H10-304889, Publicação Internacional Nº WO 2005/021570, Publicação de Patente Japonesa Não Examinada nº H10- 195098, tradução japonesa do pedido PCT nº 2002-521310, publicação internacional nº WO 2007/143315, pu- blicação internacional nº WO 2008/043753, publicação internacional nº WO 2008/029619 ou publicação internacional nº 2008/049085 (esses documentos devem ser coletivamente referidos como "documentos relacionados ao método antissentido"). Os documentos mencionados acima revelam nucleotídeos, como nucleotídeos hexitol (HNA), nucleo- tídeos ciclo-hexeno (CeNA), ácidos nucleicos peptídicos (PNA), ácidos glicol nucleicos (GNA), nucleotídeos treose (TNA), ácidos morfolino nucleicos, triciclo-DNA (tcDNA), 2'-O-metil nucleotídeo, 2'-O-metoxietil (2'-MOE) nucleotídeo, 2'-O-aminopropil (2-AP) nucleotídeos , 2'-fluoro nucleotídeos, 2'-F-arabino-nucleotídeos (2-F-ANA), nucleotídeos em ponte (BNA (ácido nucleico em ponte)) e 2:-O-((N-metilcarbamoil)etil) (2-MCE) nucleotídeos. Além disso, nucleotídeos com açúcar modifi-
cado também são revelados na literatura, como o Journal of Medical Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, pp. 9645-9667), Medicinal Chemistry Communications (2014, Vol. 5, 1454-1471) ou Future Medicinal Che- mistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365).
[0097] Quando o "nucleotídeo com açúcar modificado" menciona- do acima compõe a molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção, por exemplo, a posição 3' do nucleotídeo com açú- car modificado é acoplada a outro nucleotídeo através de uma ligação fósfodiéster ou ligação fosfodiéster modificada (por exemplo, uma liga- ção fosforotioato), e a posição 5' do nucleotídeo com açúcar modifica- do é acoplada a outro nucleotídeo através de uma ligação fosfodiéster ou ligação fosfodiéster modificada (por exemplo, uma ligação fosforoti- oato). Um nucleotídeo com açúcar modificado na extremidade 3' da molécula de oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção possui preferencialmente, por exemplo, um grupo hidroxila ou grupo fosfato na posição 3' e a posição 5' é como descrito anteriormente. Um nucleotídeo com açúcar modificado na extremidade 5' do oligonucleo- tídeo de fita simples tem, por exemplo, um grupo hidroxila ou um grupo fosfato na sua posição 5' e na posição 3' como descrito anteriormente.
[0098] As porções de base nos desoxirribonucleotídeo, ribonucleo- tídeo e nucleotídeo com açúcar modificado são, de preferência, pelo menos um tipo selecionado do grupo que consiste em adenina (A), guanina (G), timina (T), citosina (C), uracila (U) e 5'-metil-citosina (5- me-C).
[0099] Exemplos de modificações de uma porção de base em de- soxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado incluem halogenação, metilação, etilação, n-propilação, iso- propilação, ciclopropilação, n-butilação, isobutilação, s-butilação, t-buti- lação, ciclobutilização, hidroxilação, hidroxilação, aminação, tionação e desmetilação. Exemplos específicos incluem 5-metilação, 5-fluorina-
ção, 5-bromação, 5-iodinação e N4-metilação de citosina, 2-tionação, 5-desmetilação, 5-fluorinação, 5-bromação e 5-iodação de timina, 2-tio- nação, 5-fluorinação, 5-bromação e 5-iodinação de uracila, N6-meti- lação e 8-bromação de adenina e N2-metilação e 8-bromação de gua- nina. Além disso, exemplos de modificação de porções de açúcar em nucleotídeos são revelados no Journal of Medicinal Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, pp. 9645-9667), Medicinal Chemistry Communications (2014, Vol. 5, 1454-1471) e Future Medicinal Chemistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365), e estes podem ser utilizados nas porções de base de desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açú- car modificado.
[00100] “Exemplos de modificação de uma porção de ligação fosfo- diéster em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado incluem fosforotioação, metilfosfonação (inclu- indo metilfosfonação quiral), metiltiofosfonação, fosforoditioação, fosfo- roamidação, fosforodiamidação, fosforoamidotioação e boranofosfori- lação. Além disso, exemplos de modificação da porção de ligação fos- fodiéster em nucleotídeos são descritos, por exemplo, no Journal of Medicinal Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, pp. 9645-9667), Medicinal Chemistry Communications (2014, Vol. 5, pp. 1454-1471) e Future Medicinal Chemistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365), e estes podem ser usados na porção de ligação fosfodiéster em desoxirribonucleotí- deos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado.
[00101] “Exemplos de modificações nas quais uma porção de açúcar de um desoxirribonucleotídeo ou ribonucleotídeo é parcialmente subs- tituída por um único substituinte incluem 2'-O-metilação, 2'-O-metoxie- tilação (2-MOE), 2'-O-aminopropilação (2'-AP), 2'-fluorinação e 2'-O- f(N-metilcarbamoil)etil«)ação(2'-MCE).
[00102] Um "nucleotídeo em ponte" refere-se a um nucleotídeo com açúcar modificado no qual uma unidade de ponte foi substituída por substituições em dois locais em uma porção de açúcar, e um exemplo do mesmo inclui nucleotídeo que foi ligado em ponte na posição 2' e na posição 4”.
[00103] “Um nucleotídeo que foi ligado em ponte na posição 2' e na posição 4' (20 4'-BNA) só é necessário para ser um nucleotídeo com uma porção de açúcar na qual o átomo de carbono na posição 2' e o átomo de carbono na posição 4' está em ponte com dois ou mais áto- mos e exemplos disso incluem nucleotídeos com uma porção de açú- car que foi colocada em ponte em um grupo alquileno C2.6 (em que o grupo alquileno é não substituído ou substituído por um ou mais subs- tituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogê- nio, um grupo o0xo e um grupo tioxo e um ou dois grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos ou são substituídos independen- temente por um grupo selecionado do grupo constituído por -O-, -NR!- (em que, R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-6 ou um grupo halo-alquila C1-6) e S-).
[00104] O grupo em ponte na posição 2' e na posição 4' de 2',4”- BNA por combinação das substituições e permutações mencionadas acima pode conter um grupo representado por -C(=O0)-O-, -O-C(=0O)- NR- (R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-6 ou um grupo halo-alquila C1-6), -C(=O)-NR'- (R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C 1.6 ou um grupo halo-alquila C1-6), - C(=S)-NR'- (R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-6 ou um um grupo halo-alquila C1-6) e similares.
[00105] — Exemplos desse BNA incluem o Locked Nucleic Acidº (áci- do nucleico fechado) também conhecido como LNA, a-L-metilenóxi (4”- CH2-0-2')BNA ou B-D-metilenóxi (4'-CH2-0-2')BNA, etilenóxi (4'-(CH2)2 -0-2') BNA também referido como ENA, B-D-tio(4'-CH2-S-2')BNA, ami- nóxi (4-CH2-O-N(R*1)-2')BNA (em que, R*' representa H ou CH), oxi- amino 4 -CH2-N(R/2)-O0-2')BNA também referido como 2',4'-BNANº (em que, R'? representa H ou CH3), 21,4-BNACºC, 3-amino-2',4"-BNA, 5"- metil BNA, (4-CH(CH3)-O-2')BNA também referido como CET-BNA, (4-CH(CH20CH3)-O-2')BNA também referido como cMOE-BNA, BNA tipo amida (4 -C(=O)-N(R'3)-2BNA (em que, R** representa H ou CH3), também referido como AmNA, e outros BNA conhecidos entre versados na técnica.
[00106] Um "nucleotídeo do qual pelo menos uma de uma porção de açúcar, porção de base e porção de fosfato foi modificada" refere- se a um desoxirribonucleotídeo, no qual pelo menos uma das porção de base e porção de fosfato de um desoxirribonucleotídeo de ocorrên- cia natural foi modificada, um ribonucleotídeo no qual pelo menos uma de uma porção de base e porção de fosfato de um ribonucleotídeo de ocorrência natural foi modificada, ou um nucleotídeo com açúcar modi- ficado.
[00107] "n-" refere-se ao normal, "s-" ao secundário e "t-" ao terciá- rio.
[00108] Um "átomo de halogênio" refere-se a um átomo de flúor, um átomo de cloro, um átomo de bromo ou um átomo de iodo.
[00109] “Um "grupo alquila C1.6" refere-se a um grupo hidrocarbone- to saturado linear ou ramificado com 1 a 6 átomos de carbono e exemplos do mesmo incluem um grupo metila, um grupo etila, um gru- po n-propila, um grupo isopropila, um grupo n-butila, um grupo isobuti- la, um grupo s-butila, um grupo t-butila, um grupo n-pentila, um grupo isopentila, um grupo neopentila, um grupo n-hexila e um grupo iso- hexila.
[00110] Um "grupo halo-alquila C1.6" refere-se a um grupo no qual um átomo de hidrogênio na posição opcional do "grupo alquila C1.6" mencionado acima é substituído por um ou mais do (s) "átomo (s) de halogênio" mencionado (s) acima.
[00111] Um "grupo alquileno C1-6" refere-se a um grupo divalente no qual um átomo de hidrogênio em uma posição opcional é removido de um grupo hidrocarboneto saturado linear ou ramificado com 1 a 6 áto- mos de carbono e exemplos dos mesmos incluem um grupo metileno, um grupo etileno (etanodiila), um grupo propano-1,3-diila, um grupo propano-2,2-diila, um grupo 2,2-dimetil-propano-1,3-diila, um grupo hexano-1,6-diila e um grupo 3-metilbutano-1,2-diila.
[00112] Um "grupo alquileno C2.6" refere-se a um grupo divalente linear ou ramificado com 2 a 6 átomos de carbono entre o "grupo alqui- leno C1-6" mencionado acima, e exemplos do mesmo são os mesmos que o "grupo alquileno C1.e mencionado acima", exceto para o grupo metileno.
[00113] Um "grupo alquileno C2.2x0" refere-se a um grupo divalente no qual um átomo de hidrogênio em uma posição opcional é removido de um grupo hidrocarboneto saturado linear ou ramificado com 2 a 20 átomos de carbono. Similarmente, um "grupo alquileno Cg-12" refere-se a um grupo divalente no qual um átomo de hidrogênio em uma posição opcional é removido de um grupo hidrocarboneto saturado linear ou ramiíficado com 8 a 12 átomos de carbono.
[00114] Um "grupo alquenileno C2.20" refere-se a um grupo divalente no qual um átomo de hidrogênio em uma posição opcional é removido de um grupo hidrocarboneto insaturado linear ou ramificado com 2 a átomos de carbono contendo pelo menos uma ligação dupla.
[00115] Um "grupo oxo" indica um grupo no qual um átomo de oxi- gênio é substituído através de uma ligação dupla (=O). No caso de um grupo oxo ser substituído por um átomo de carbono, o grupo oxo for- ma um grupo carbonila junto com o átomo de carbono.
[00116] Um "grupo tioxo" indica um grupo no qual um átomo de en- xofre é substituído através de uma ligação dupla (=S). No caso de um grupo tioxo ser substituído por um átomo de carbono, o grupo tioxo forma um grupo tiocarbonila junto com o átomo de carbono.
[00117] O nucleotídeo com açúcar modificado não está limitado ao exemplificado neste pedido. Numerosos nucleotídeos com açúcar mo- dificado são conhecidos neste campo da técnica, e nucleotídeos com açúcar modificado descritos, por exemplo, na Patente US nº 8.299.039 de Tachas, et al. (e particularmente as colunas 17 a 22), ou o Journal of Medicinal Chemistry (2016, Vol. 59, No. 21, 9645-9667), Medicinal Chemistry Communications (2014, Vol. 5, pp. 1454-1471) ou Future Medicinal Chemistry (2011, Vol. 3, No. 3, pp. 339-365), também po- dem ser usados como modalidades da presente invenção.
[00118] Um versado na técnica é capaz de selecionar e usar ade- quadamente um nucleotídeo com açúcar modificado dentre esses nu- cleotídeos com açúcar modificado, considerando pontos de vista como efeito antissentido, afinidade por uma sequência parcial de um RNA alvo ou resistência à nuclease.
[00119] "“"RNase H" é geralmente conhecida como uma ribonuclease que reconhece uma fita dupla obtida pela hibridização de DNA e RNA e cliva o RNA para formar DNA de fita simples. A RNase H é capaz de reconhecer não apenas uma fita dupla obtida pela hibridização de DNA e RNA, mas também uma fita dupla na qual pelo menos uma das porções de base, porção de ligação fosfodiéster ou porção de açúcar de pelo menos um DNA e RNA possui foi modificada. Por exemplo, também pode reconhecer uma fita dupla obtida por hibridização de um oligodesoxirribonucleotídeo e um oligorribonucleotídeo.
[00120] Consequentemente, o DNA pode ser reconhecido pela RNase H ao se hibridizar com RNA. Isso se aplica de maneira similar no caso de pelo menos uma das porções de base, a porção de ligação fosfodiéster e a porção de açúcar terem sido modificadas em pelo me- nos um de DNA e RNA. Por exemplo, um exemplo típico do mesmo é um oligonucleotídeo no qual uma porção de fosfodiéster de DNA foi modificada para fosforotioato.
[00121] O RNA pode ser clivado pela RNase H ao se hibridizar com o DNA. Isso se aplica de maneira similar no caso de pelo menos uma das porções de base, a porção de ligação fosfodiéster e a porção de açúcar terem sido modificadas em pelo menos um de DNA e RNA.
[00122] “Exemplos de modificação de DNA e/ou RNA capazes de serem reconhecidos pela RNase H são descritos na literatura, exem- plos dos quais incluem Nucleic Acids Research (2014, Vol. 42, No. 8, pp. 5378-5389), Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters (2008, Vol. 18, pp. 2296-2300), Molecular Biosystems (2009, Vol. 5, pp. 838- 843), Nucleic Acid Therapeutics (2015, Vol. 25, pp. 266-274) e The Journal of Biological Chemistry (2004, Vol. 279, No. 35, pp. 36317- 36326).
[00123] A RNase H utilizada na presente invenção é, de preferên- cia, RNase H de mamífero, com mais preferência, RNase H humana, e particularmente preferencialmente RNase H1 humana.
[00124] Embora não haja limitações particulares em "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H", desde que incluam quatro ou mais nucleotídeos contíguos e sejam reconhe- cidos pela RNase H, os nucleotídeos contíguos são, de preferência, selecionados preferencialmente independentemente de desoxirribonu- cleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, e são, com mais preferência, selecionados independentemente de desoxirribonucleotí- deos. Estes nucleotídeos contíguos podem ser iguais ou diferentes.
[00125] Embora não haja limitações particulares em "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H", desde que in- cluam quatro nucleotídeos contíguos e sejam clivados pela RNase H, eles incluem pelo menos um ribonucleotídeo. Além disso, os quatro nucleotídeos contíguos incluem preferencialmente um oligonucleotídeo e mais preferencialmente incluem RNA. Os nucleotídeos contíguos são selecionados com mais preferência independentemente de ribo-
nucleotídeos. Além disso, os nucleotídeos contíguos são, com mais preferência, acoplados mutuamente através de ligações de fosfodiés- ter. Estes nucleotídeos contíguos podem ser iguais ou diferentes.
[00126] Em seguida, é fornecida uma explicação de uma sequência antissentido e uma porção da sequência antissentido, conforme utili- zadas na presente invenção.
[00127] Uma "sequência antissentido" refere-se a uma sequência base de nucleotídeos que compõe um oligonucleotídeo capaz de se hibridizar com um RNA alvo.
[00128] Uma "porção da sequência antissentido" refere-se a uma estrutura parcial de uma fita oligonucleotídica em uma região com a sequência antissentido mencionada acima.
[00129] Além disso, na presente descrição, uma "sequência antis- sentido" que contém ou não um nucleotídeo ou fita oligonucleotídica predeterminada tem o mesmo significado que a "porção da sequência antissentido" correspondente que contém ou não o nucleotídeo ou a fita oligonucleotídica.
[00130] A porção da sequência antissentido mencionada acima não é necessária para se hibridizar com o RNA alvo inteiro, mas é neces- sária apenas para se hibridizar com pelo menos uma porção do RNA alvo e normalmente se hibridiza com pelo menos uma porção do RNA alvo. Por exemplo, a expressão de um gene-alvo é controlada pela hi- bridização de um oligonucleotídeo com uma sequência antissentido complementar à sequência parcial do RNA alvo (como DNA, oligode- soxirribonucleotídeo ou um oligonucleotídeo projetado de modo a de- monstrar normalmente um efeito antissentido) com pelo menos uma porção do RNA alvo. Além disso, embora não seja necessário se hibri- dizar com toda a porção da sequência antissentido e não poder se hi- bridizar com uma porção da mesma, é preferencial a hibridização com toda a porção da sequência antissentido.
[00131] A complementaridade entre a sequência antissentido men- cionada acima e a sequência parcial do RNA alvo é, de preferência, 70% ou mais, com mais preferência, 80% ou mais e, ainda com mais preferência, 90% ou mais (como 95%, 96%, 97%, 98% ou 99% ou mais). Embora não seja necessário que as sequências sejam comple- tamente complementares para que a porção da sequência antissentido se hibridize com pelo menos uma porção do RNA alvo, as sequências são mais preferencialmente completamente complementares.
[00132] A sequência antissentido mencionada acima é, de prefe- rência, uma sequência que contém "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" ou uma sequência "que contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contíguos".
[00133] Um versado na técnica é capaz de determinar facilmente uma sequência de bases compatível com uma sequência antissentido "capaz de se hibridizar com o RNA alvo" usando o programa BLAST e similares. Isso se aplica de maneira similar a uma sequência de nucle- otídeos compatível com "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo”.
[00134] “Pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" são normalmente de 4 a 30 nucleotídeos contíguos, de preferência, 4 a 20 nucleotídeos contíguos, com mais preferência, 5 a 16 nucleotídeos contíguos, ainda com mais preferência, 6 a 12 nucleotídeos contíguos, e particularmen- te preferencialmente 8 a 10 nucleotídeos contíguos. Os nucleotídeos contíguos mencionados acima são, de preferência, selecionados inde- pendentemente de desoxirribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e são, com mais preferência, selecionados independente- mente de desoxirribonucleotídeos. Os nucleotídeos contíguos mencio-
nados acima são particularmente preferencialmente 8 a 10 desoxirri- bonucleotídeos contíguos. Estes nucleotídeos contíguos podem ser iguais ou diferentes.
[00135] Além disso, do ponto de vista da farmacocinética superior, pelo menos um dos nucleotídeos entre os nucleotídeos contíguos é, de preferência, fosforotiocado. Com mais preferência, pelo menos um dos nucleotídeos na extremidade 3' e na extremidade 5' desses nucle- otídeos contíguos é fosforotioado e ainda com mais preferência, tanto a extremidade 3' quanto a extremidade 5' são fosforotioados. Ainda com mais preferência, 80% dos nucleotídeos entre esses nucleotídeos contíguos são fosforotioados e, ainda com mais preferência, 90% dos nucleotídeos são fosforotioados. Particularmente preferencialmente, todos os nucleotídeos contíguos são fosforotioados.
[00136] No caso de a sequência antissentido ser uma sequência que contém "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo", 1 a 10 nucleotídeos com açúcar modificado são, de preferência, ligados adjacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5' dos "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" do ponto de vista de aumento da afinidade por uma sequência parcial do RNA alvo ou aumento da resistência à nuclease, com mais preferência, 2 a 5 nucleotídeos com açúcar modificado são ligados ad- jacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5' e, com mais prefe- rência, 2 a 3 nucleotídeos com açúcar modificado são ligados adjacen- temente a pelo menos um dos lados 3' e 5". Neste pedido, embora uma pluralidade de desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos ou am- bos possam estar contidos entre uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado, pelo menos em um dos lados 3' e 5', a pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado é, de preferência, contígua. Além disso, um ou vários nucleotídeos com açúcar modificado são, de preferência, ligados adjacentemente ao lado 3' e ao lado 5' de "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo". No caso, uma pluralidade de nucleo- tídeos com açúcar modificado é ligada adjacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5' dos "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo", "uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado está ligada adja- centemente a" refere-se a que a pluralidade de nucleotídeos com açú- car modificado e uma fita oligonucleotídica composta de desoxirribo- nucleotídeos e ribonucleotídeos contida entre a pluralidade de nucleo- tídeos com açúcar modificado estão ligadas adjacentemente. No caso de uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado serem |i- gados adjacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5', cada nucle- otídeo com açúcar modificado pode ser igual ou diferente.
[00137] “Embora uma porção de nucleotídeo com açúcar modificado ligada adjacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5' de "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" mencionada acima possa ou não se hibridizar com o RNA alvo, a porção de nucleotídeo com açúcar modi- ficado, de preferência, se hibridiza com o RNA alvo do mesmo ponto de vista descrito anteriormente. No caso em que a porção da sequên- cia antissentido contém "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo", um ou vários nucleotídeos com açúcar modificado são ligados adjacentemen- te a pelo menos um dos lados 3' e 5' e a porção nucleotídica com açú- car modificado se hibridiza com o RNA alvo, um nucleotídeo ou uma pluralidade da porção de nucleotídeos com açúcar modificado também é uma parte da porção da sequência antissentido. Ou seja, os "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" e um nucleotídeo com açúcar modifi-
cado ou uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado liga- dos adjacentemente ao lado 3' e ao lado 5' constituem a porção da sequência antissentido. A porção da sequência antissentido é chama- da gapmer.
[00138] Além disso, do ponto de vista da farmacocinética superior, pelo menos uma porção de nucleotídeo com açúcar modificado se liga adjacente a pelo menos um dos lados 3' e 5' dos "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" mencionados acima é, de preferência, fosforotica- da, com mais preferência, pelo menos uma porção de nucleotídeo com açúcar modificado adjacente ao lado 3' e pelo menos uma porção de nucleotídeo com açúcar modificado adjacente ao lado 5' são fosforoti- oadas, ainda com mais preferência, 50% são fosforotioadas e, ainda com mais preferência, 80% são fosforotioadas. Além disso, de prefe- rência todas são fosforotioadas. No caso de uma pluralidade de nucle- otídeos com açúcar modificado serem adjacentes ao lado 3', as liga- ções entre os nucleotídeos são, de preferência, fosforotioadas, e isso se aplica de maneira semelhante ao caso de uma pluralidade de nu- cleotídeos com açúcar modificado que são adjacentes ao lado 5.
[00139] O gapmer é, de preferência, um oligonucleotídeo no qual um oligonucleotídeo composto de 1 a 10 nucleotídeos com açúcar modificado, um oligodesoxirribonucleotídeo composto de 4 a 30 deso- xirribonucleotídeos e um oligonucleotídeo composto de 1 a 10 nucleo- tídeos com açúcar modificado são acoplados nesta ordem, com mais preferência, um oligonucleotídeo no qual um oligonucleotídeo compos- to de 2 a 5 nucleotídeos com açúcar modificado, desoxirribonucleotí- deos compostos de 4 a 20 oligodesoxirribonucleotídeos e um oligonu- cleotídeo composto de 2 a 5 nucleotídeos com açúcar modificado são acoplados nesta ordem, ainda com mais preferência, um oligonucleo- tídeo no qual um oligonucleotídeo de 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, um oligodesoxirribonucleotídeo composto de 5 a 15 deso- xirribonucleotídeos e um oligonucleotídeo composto de 2 ou 3 nucleo- tídeos com açúcar modificado são acoplados nesta ordem e, de prefe- rência, um oligonucleotídeo no qual um oligonucleotídeo composto de 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, um oligodesoxirribonucle- otídeo composto de 8 a 12 desoxirribonucleotídeos e um oligonucleo- tídeo composto de 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado são acoplados nesta ordem. Como outra modalidade, é particularmente preferencial um oligonucleotídeo no qual um oligonucleotídeo compos- to de 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, um oligodesoxirribo- nucleotídeo composto de 8 a 12 desoxirribonucleotídeos e um oligonu- cleotídeo composto de 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado se- jam acoplados nesta ordem.
[00140] No caso, a sequência antissentido é uma sequência que "contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contíguos", embora a porção da sequência antissentido possa conter ou não um ribonucleotídeo e possa conter ou não um desoxirribonucleotídeo, ela contém pelo me- nos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contíguos. A porção da sequência antissentido é chamada de mixmer. A porção da sequência antissentido é, de pre- ferência, uma estrutura parcial de um oligonucleotídeo que é composto por nucleotídeos selecionados independentemente de desoxirribonu- cleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, e a porcentagem de conteúdo de nucleotídeos com açúcar modificado é, por exemplo, 25% ou mais. A porcentagem de teor de nucleotídeos com açúcar modifica- do é com mais preferência, 30% ou mais e, ainda com mais preferên- cia, 50% ou mais do ponto de vista de aumentar a afinidade para uma sequência parcial de um RNA alvo ou aumentar a resistência à nu- clease. Do mesmo ponto de vista, pelo menos um dos nucleotídeos no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' dessa porção da sequência antissen- tido é, de preferência, um nucleotídeo com açúcar modificado e o nu- cleotídeo no lado 3' e no nucleotídeo no lado 5' são com mais prefe- rência, nucleotídeos com açúcar modificado.
[00141] Em outro aspecto, a porcentagem do teor dos nucleotídeos com açúcar modificado da porção da sequência antissentido mencio- nada acima é, de preferência, 100%.
[00142] A porção da sequência antissentido que "contém pelo me- nos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contíguos" com mais preferência, não contém três desoxirribonucleotídeos contíguos.
[00143] A porção da sequência antissentido (mixmer) que "contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contíguos" é normalmente de 4 a 30 nucleotídeos contíguos, de preferência, 8 a 25 nucleotídeos contíguos e, com mais preferência, 10 a 20 nucleotídeos contíguos. Estes nucle- otídeos contíguos podem ser iguais ou diferentes.
[00144] Além disso, do ponto de vista da farmacocinética superior, entre os nucleotídeos que compõem a porção da sequência antissen- tido (mixmer) que "contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro desoxirribonucleotídeos contí- guos", pelo menos um dos nucleotídeos é, de preferência, fosforotioa- do. Com mais preferência, pelo menos um dos nucleotídeos na extre- midade 3' e na extremidade 5' da porção da sequência antissentido é fosforotioado. Entre as ligações entre nucleotídeos contidos na porção da sequência antissentido, com mais preferência, 80% são fosforotio- ados, ainda com mais preferência, 90% são fosforotioados e, particu- larmente preferencialmente todos são fosforotioados.
[00145] Embora o “nucleotídeo com açúcar modificado” contido na porção da sequência antissentido seja necessário apenas para ser um nucleotídeo para o qual a afinidade com uma sequência parcial do RNA alvo tenha sido aumentada ou a resistência à nuclease tenha si- do aumentada como resultado da substituição e similares, é, de prefe- rência, um 2'-O-metil nucleotídeo, 2'-O-metoxietil (2-MOE) nucleotídeo , 2'-O-aminopropil (2-AP) nucleotídeo , 2'-fluoro nucleotídeo, 2'-F- arabinonucleotídeo (2'-F-ANA), nucleotídeo em ponte (BNA (Ácido Nu- cleico em Ponte)) ou 2'-O-metilcarbamoiletil (2-MCE) nucleotídeo e, com mais preferência, BNA ou 2'-O-metil nucleotídeo, ainda com mais preferência, LNA contendo uma estrutura parcial representada pela seguinte fórmula (II) ou 2'-O-metil nucleotídeo, e particularmente prefe- rencialmente LNA. O “nucleotídeo com açúcar modificado” contido na porção da sequência antissentido é particularmente preferencial ao nucleotídeo 2'-MOE e ao nucleotídeo 2'-MCE, além do nucleotídeo em ponte mencionado acima. Fórmula 3 q esco X == / dd (1) Pá
[00146] Na fórmula acima, Base representa uma porção de base e é um grupo purin-9-ila ou 2-oxopirimidin-1-ila, e o grupo purin-9-ila e 2- oxopirimidin-1-ila podem ou não ser modificados. Neste pedido, o gru- po 2-oxopirimidin-1-ila tem o mesmo significado que um grupo 2-0x0- 1H-pirimidin-1-ila. Além disso, o grupo purin-9-ila e o grupo 2-oxopiri- midin-1-ila incluem respectivamente tautômeros dos mesmos.
[00147] Os tipos, números e localizações de nucleotídeos, desoxir- ribonucleotídeos e ribonucleotídeos com açúcar modificado na porção da sequência antissentido podem ter um efeito no efeito antissentido e similares demonstrados pelo oligonucleotídeo de fita simples revelado neste pedido. Embora os tipos, números e localizações dos mesmos não possam ser definidos incondicionalmente, pois diferem de acordo com a sequência do RNA alvo e assim por diante, um versado na téc- nica é capaz de determinar um aspecto preferencial do mesmo, refe- rindo-se às descrições mencionadas acima na literatura relacionada a métodos antissentido. Além disso, se o efeito antissentido demonstra- do pelo oligonucleotídeo de fita simples após a modificação de uma porção de base, a porção de açúcar ou a porção de ligação fosfodiés- ter for medido e o valor medido resultante não for significativamente menor que o do oligonucleotídeo de fita simples antes da modificação (como se o valor medido do oligonucleotídeo de fita simples após a modificação for 30% ou mais do valor medido do oligonucleotídeo de fita simples antes da modificação), essa modificação pode ser avaliada como um aspecto preferencial. Como é indicado, por exemplo, nos exemplos a serem descritos subsequentemente, a medição do efeito antissentido pode ser realizada introduzindo um oligonucleotídeo de teste em uma célula e similares e medindo o nível de expressão do RNA alvo, o nível de expressão do cDNA associado ao RNA alvo ou a quantidade de uma proteína associada ao RNA alvo, que são contro- lados pelo efeito antissentido demonstrado pelo oligonucleotídeo de teste, opcionalmente usando uma técnica conhecida como northern blotting, POR quantitativa ou western blotting.
[00148] Dois nucleotídeos pelo menos em um lado do lado 3' e do lado 5' da porção da sequência antissentido que "contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado, mas não contém quatro deso- xirribonucleotídeos contíguos" são, de preferência, nucleotídeos com açúcar modificado, e os nucleotídeos com açúcar modificado são, de preferência, nucleotídeos em ponte e particularmente preferencialmen- te LNA. Quando dois nucleotídeos no lado 3' da porção da sequência antissentido são nucleotídeos com açúcar modificado, dois ou mais dos três nucleotídeos no lado 5' são, de preferência, nucleotídeos com açúcar modificado e são, de preferência, acoplados em qualquer or- dem indicada abaixo, em ordem começando de um lado final da por- ção da sequência antissentido. Quando dois nucleotídeos no lado 5' da porção da sequência antissentido são nucleotídeos com açúcar modificado, dois ou mais dos três nucleotídeos no lado 3' são, de pre- ferência, nucleotídeos com açúcar modificado e são, de preferência, acoplados em qualquer ordem indicada abaixo, em ordem começando de um lado final da porção da sequência antissentido. Além disso, nessas ordens, o lado esquerdo indica o lado final da parte da se- quência antissentido, enquanto o lado direito indica o interior da parte da sequência antissentido. O nucleotídeo com açúcar modificado é, de preferência, um nucleotídeo em ponte e particularmente preferencial- mente LNA.
[00149] —Nucleotídeo com açúcar modificado - nucleotídeo com açú- car modificado - nucleotídeo com açúcar modificado
[00150] — Nucleotídeo com açúcar modificado - nucleotídeo com açú- car modificado - desoxirribonucleotídeo
[00151] — Nucleotídeo com açúcar modificado - desoxirribonucleotí- deo - nucleotídeo com açúcar modificado
[00152] A seguir, é fornecida uma explicação da molécula de oligo- nucleotídeo de fita simples na presente invenção. O oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção contém X e Y. Exemplos da mo- dalidade dos oligonucleotídeos de fita simples da presente invenção incluem
[00153] uma modalidade em que ambos Xz e Lx, e Yz e Ly não es- tão contidos (na fórmula (|) mencionada acima, mé 0 e né O),
[00154] uma modalidade em que Xz e Lx não estão contidos, e Yz e Ly estão contidos (na fórmula (|) mencionada acima, mé 0 ené 1), e
[00155] uma modalidade em que Xz e Lx estão contidos, e Yz e Ly não estão contidos (na fórmula (1) mencionada acima, mé 1enéo).
[00156] A seguir, é apresentada uma explicação de Xa, Xb, X, Y, Xz e Yz na presente invenção. Embora a presente invenção tenha várias modalidades, é fornecida uma explicação sobre as semelhanças entre elas.
[00157] Xaé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa com- posto de 1 a 40 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribo- nucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modifica- dos independentemente, ou modificado em pelo menos uma de uma porção de base e porção de fosfato. O oligonucleotídeo Xa contém pe- lo menos um nucleotídeo com açúcar modificado. O oligonucleotídeo Xa tem uma sequência nucleotídica Xa. Xa não se hibridiza com Y, de modo que a sequência nucleotídica Xa preferencialmente não contém uma sequência que é complementar à sequência nucleotídica Y.
[00158] A sequência nucleotídica Xa é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem o oligonucleotídeo Xa.
[00159] O número de nucleotídeos contidos em Xa é de 1 a 40, de preferência, 2 a 20, com mais preferência, 3 a 10, ainda com mais pre- ferência, 4 a 8, ainda com mais preferência, 4 ou 5, e particularmente preferencialmente 5. O número de nucleotídeos contidos em Xa é normalmente selecionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito antissentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura hibridizada dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese.
[00160] Xbé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb com- posto de 4 a 40 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribo-
nucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modifica- dos independentemente, ou modificado em pelo menos uma de uma porção de base e porção de fosfato. O oligonucleotídeo Xbz contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado. O oligonucleotí- deo Xb tem uma sequência nucleotídica Xb e a sequência nucleotídica Xb contém uma sequência que é complementar à sequência nucleotí- dica Y.
[00161] A sequência nucleotídica Xb é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem o oligonucleotídeo Xb.
[00162] O número de nucleotídeos contidos em Xb é de 4 a 40, de preferência, de 6 a 25, com mais preferência, de 8 a 16, ainda com mais preferência, de 9 a 13, e particularmente preferencialmente, de 9 a 11. O número de nucleotídeos contidos em Xb é normalmente sele- cionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito antis- sentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura hi- bridizada dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese.
[00163] O oligonucleotídeo X é um oligonucleotídeo no qual uma extremidade do oligonucleotídeo Xa mencionado acima e uma extre- midade do oligonucleotídeo Xb mencionado acima são acopladas cada uma através de uma ligação covalente e a posição 5' do nucleotídeo na extremidade 5' de Xa e a posição 3' do nucleotídeo na extremidade 3' de Xb são acopladas formando uma ligação fosfodiéster ou uma |i- gação fosfodiéster modificada, ou a posição 5' do nucleotídeo na ex- tremidade 5' de Xb e a posição 3' do nucleotídeo na extremidade 3' de Xa são acopladas formando uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada.
[00164] Xé um grupo derivado de um oligonucleotídeo X composto de 5 a 80 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modificados indepen- dentemente, ou modificados em pelo menos uma de uma porção de base e a porção de fosfato. O oligonucleotídeo X contém pelo menos dois nucleotídeos com açúcar modificado. O oligonucleotídeo X tem uma sequência nucleotídica X.
[00165] A sequência nucleotídica X é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem o oligonucleotídeo X. A sequência nucleotídi- ca X tem o mesmo significado que o da sequência nucleotídica (Xb-Xa).
[00166] O número de nucleotídeos contidos em X é de 5 a 80, de preferência, de 8 a 45, com mais preferência, de 11 a 26, ainda com mais preferência, de 13 a 21, e, particularmente preferencialmente, de 13 a 16. O número de nucleotídeos contidos em X é normalmente se- lecionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito antis- sentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura hi- bridizada dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese.
[00167] Yé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y composto de 4 a 40 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modificados indepen- dentemente, ou modificados em pelo menos uma de uma porção de base e a porção de fosfato. O oligonucleotídeo Y contém pelo menos um ribonucleotídeo. O oligonucleotídeo Y tem uma sequência nucleo- tídica Y e a sequência nucleotídica Y contém uma sequência comple- mentar à sequência nucleotídica Xb.
[00168] A sequência nucleotídica Y é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem um oligonucleotídeo Y.
[00169] O número de nucleotídeos contidos em Y é de 4 a 40, de preferência, de 6 a 25, com mais preferência, de 8 a 16 e, particular- mente preferencialmente, de 10 a 13. O número de nucleotídeos con-
tidos em Y pode ser igual ou diferente do número de nucleotídeos con- tidos em Xb. O número de nucleotídeos contidos em Y é normalmente selecionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito an- tissentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura hibridizada dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese. À diferença entre o número de nucleotídeos contidos em Y e o número de nucleotídeos contidos em Xb está, de preferência, dentro de 10, com mais preferência, dentro de 5, ainda com mais preferência, dentro de 4, ainda com mais preferência, dentro de 2 e particularmente prefe- rencialmente O.
[00170] Xzé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xz com- posto de 5 a 40 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribo- nucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modifica- dos independentemente, ou modificados em pelo menos uma de uma porção de base e a porção de fosfato. O oligonucleotídeo Xz contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado. O oligonucleotí- deo Xz tem uma sequência nucleotídica Xz.
[00171] A sequência nucleotídica Xz é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem um oligonucleotídeo Xz.
[00172] O número de nucleotídeos contidos em Xz é de 5 a 40, de preferência, 8 a 30, com mais preferência, 11 a 25, ainda com mais preferência, 12 a 21 bases, e, particularmente preferencialmente, 13 a 14 bases. O número de nucleotídeos contidos em Xz é normalmente selecionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito an- tissentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura de X e Y hibridizados dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese.
[00173] Yzé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Yz com-
posto de 5 a 40 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado e os desoxirribonucleotídeos, ribo- nucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado não são modifica- dos independentemente ou pelo menos uma de uma porção de base e a porção de fosfato é modificada. O oligonucleotídeo Yz contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado. O oligonucleotídeo Yz tem uma sequência nucleotídica Yz.
[00174] A sequência nucleotídica Yz é uma sequência de base de nucleotídeos que compõem um oligonucleotídeo Yz.
[00175] O número de nucleotídeos contidos em Yz é de 5 a 40, de preferência, 8 a 30, com mais preferência, 11 a 25, ainda com mais preferência, 12 a 21 bases, e, particularmente preferencialmente, 13 a 14 bases. O número de nucleotídeos contidos em Yz é normalmente selecionado dependendo de outros fatores, como a força do efeito an- tissentido no RNA alvo mencionado acima, estabilidade da estrutura de X e Y hibridizados dentro de uma molécula, custos e rendimento da síntese.
[00176] XeY são acoplados na ordem de Xb-Xa-Y. Quando Xb es- tá ligado a Xa no lado 3', Y está ligado a Xa no lado 5'. Quando Xb es- tá ligado a Xa no lado 5', Y está ligado a Xa no lado 3.
[00177] XaeY são acoplados através de uma ligação covalente, e a posição 5' do nucleotídeo na extremidade 5' de Xa e a posição 3' do nucleotídeo na extremidade 3' de Y são acopladas através da forma- ção de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modifica- da, ou a posição 5' do nucleotídeo na extremidade 5' de Y e a posição 3' do nucleotídeo na extremidade 3' de Xa são acopladas através da formação de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster mo- dificada. Xa e Y são, de preferência, acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00178] Xa pode conter ou pode não conter uma sequência parci- almente complementar no grupo derivado do oligonucleotídeo de Xa.
[00179] XbeY se hibridizam dentro de uma molécula.
[00180] Embora não seja necessário que a sequência nucleotídica Xb e a sequência nucleotídica Y sejam completamente complementa- res para que Xb e Y se hibridizem, a complementaridade é, de prefe- rência, 70% ou mais, com mais preferência, 80% ou mais e, ainda com mais preferência, 90% ou mais (como 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ou mais). A sequência nucleotídica Xb e a sequência nucleotídica Y tam- bém podem ser completamente complementares.
[00181] Embora não seja necessário que todo Y se hibridize com Xb, que é uma parte da porção da sequência antissentido e uma parte de Y pode não se hibridizar, mas de preferência todos são hibridiza- dos.
[00182] “Quando Y se hibridiza parcialmente com Xb, que é uma parte da porção da sequência antissentido, pelo menos a extremidade no lado Xa em Y é, de preferência, hibridizada com Xb. O número de nucleotídeos que se hibridizam parcialmente é normalmente selecio- nado dependendo de outros fatores, como estabilidade da estrutura hibridizada entre moléculas ou dentro de uma molécula, a força do efeito antissentido no RNA alvo mencionado acima, custos e rendi- mento da síntese.
[00183] A sequência nucleotídica X contém uma sequência antis- sentido. Entre a sequência nucleotídica X, a proporção ocupada pela sequência antissentido é, de preferência, 70% ou mais, ainda com mais preferência, 90% ou mais, e, particularmente preferencialmente, 100%. A sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X é uma sequência contendo "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" ou uma sequência que contém uma sequência "contendo pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro desoxirribo- nucleotídeos contíguos", e a modalidade preferencial e similares são as mencionadas na sequência antissentido e na porção da sequência antissentido.
[00184] Xbé uma parte da porção da sequência antissentido conti- da em X e se hibridiza na molécula, e Xa é uma parte da porção da sequência antissentido contida em X e não se hibridiza dentro de uma molécula. No caso de a porção da sequência antissentido contida em X ser uma sequência contendo "pelo menos quatro nucleotídeos con- tíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo", é preferencial que uma parte de "pelo menos quatro nucleotídeos con- tíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizarem com um RNA alvo" está contido em Xb e se hibridiza na molécula, e uma parte do mesmo está contida em Xa e não se hibridiza dentro de uma molécula. Como a outra modalidade, todos os "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizarem com um RNA alvo" estão, de preferência, contidos em Xb e se hibridizam. Na porção da sequência de nucleotídeos com açúcar modificado ligada adjacentemente a pelo menos um dos lados 3' e 5' dos "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao hibridi- zarem com um RNA alvo", é preferencial que a porção contida em Xb se hibridiza na molécula e a porção contida em Xa não hibridiza dentro de uma molécula.
[00185] — No oligonucleotídeo X, a fita de oligonucleotídeos composta de 1 a 10 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado pode se ligar ou não se ligar adjacentemente ao lado Xb da porção da sequência antissentido contida no oligonucle- otídeo X e, de preferência, não se liga. No caso em que se liga, a fita de oligonucleotídeos compreendendo um nucleotídeo selecionado in-
dependentemente dentre desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos é, de preferência, ligada adjacentemente à extremidade do lado Xb da porção da sequência antissentido. No caso de a fita de oligonucleotí- deos composta de 1 a 10 nucleotídeos estar ligada adjacentemente ao lado Xb da porção da sequência antissentido, o lado Xb da porção da sequência antissentido e a fita de oligonucleotídeos mencionada acima são, de preferência, acopladas através de uma ligação fosfodiéster.
[00186] A sequência nucleotídica Xz contém uma sequência antis- sentido, e entre a sequência nucleotídica Xz, uma proporção ocupada pela sequência antissentido é, de preferência, 70% ou mais, ainda com mais preferência, 90% ou mais e, particularmente preferencial- mente, 100%. A sequência antissentido contida na sequência nucleo- tídica Xz é uma sequência contendo "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" ou uma sequência contendo uma sequência "contendo pelo me- nos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro de- soxirribonucleotídeos contíguos", e as modalidades preferenciais são aquelas mencionadas na sequência antissentido e na porção da se- quência antissentido.
[00187] A porção da sequência antissentido contida em Xz não se hibridiza dentro de uma molécula.
[00188] No oligonucleotídeo Xz, a fita de oligonucleotídeos compos- ta de 1 a 10 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotí- deos com açúcar modificado pode se ligar ou não se ligar adjacente- mente ao terminal no lado ao qual não se liga a Lx da porção da se- quência antissentido contida no oligonucleotídeo Xz e, de preferência, não se liga. No caso em que se liga, a fita de oligonucleotídeos com- preendendo um nucleotídeo selecionado independentemente de deso- xirribonucleotídeos e ribonucleotídeos é, de preferência, ligada adja-
centemente ao lado ao qual não se liga a Lx da porção da sequência antissentido contida em Xz. No caso de a fita oligonucleotídica com- posta de 1 a 10 nucleotídeos estar ligada adjacentemente à extremi- dade do lado ao qual não se liga a Lx da porção da sequência antis- sentido, a porção da sequência antissentido e a fita de oligonucleotí- deos mencionada acima são, de preferência, acopladas através de uma ligação fosfodiéster.
[00189] A sequência nucleotídica Yz contém uma sequência antis- sentido, e entre a sequência nucleotídica Xz, uma proporção ocupada pela sequência antissentido é, de preferência, 70% ou mais, ainda com mais preferência, 90% ou mais e, particularmente preferencial- mente, 100%. A sequência antissentido contida na sequência nucleo- tídica Yz é uma sequência contendo "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H ao se hibridizar com um RNA alvo" ou uma sequência contendo uma sequência "contendo pelo me- nos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro de- soxirribonucleotídeos contíguos", e as modalidades preferenciais são aquelas mencionadas na sequência antissentido e na porção da se- quência antissentido.
[00190] A porção da sequência antissentido contida em Yz não se hibridiza dentro de uma molécula.
[00191] — No oligonucleotídeo Yz, a fita de oligonucleotídeos compos- ta de 1 a 10 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotí- deos com açúcar modificado pode se ligar ou não se ligar adjacente- mente ao terminal no lado ao qual não se liga a Ly da porção da se- quência antissentido contida no oligonucleotídeo Yz e, de preferência, não se liga. No caso em que se liga, a fita de oligonucleotídeos com- preendendo um nucleotídeo selecionado independentemente de deso- xirribonucleotídeos e ribonucleotídeos é, de preferência, ligada adja-
centemente ao lado ao qual não se liga a Ly da porção da sequência antissentido contida em Yz. No caso de a fita oligonucleotídica com- posta de 1 a 10 nucleotídeos estar ligada adjacentemente a pelo me- nos um dos lados 3' e 5' da porção da sequência antissentido, a por- ção da sequência antissentido e a fita de oligonucleotídeos menciona- da acima são, de preferência, acopladas através de uma ligação fos- fodiéster.
[00192] O tipo, número e localização modificada dos nucleotídeos, desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos com açúcar modificado no oligonucleotídeo X podem ter um efeito no efeito antissentido e simila- res demonstrados pelo oligonucleotídeo de fita simples. Embora as- pectos preferenciais dos mesmos não possam ser definidos incondici- onalmente, uma vez que diferem de acordo com os tipos, sequências e similares de nucleotídeos direcionados para modificação, os aspec- tos preferenciais podem ser especificados medindo-se os efeitos an- tissentido possuídos por um oligonucleotídeo de fita simples após mo- dificação no mesmo como a porção da sequência antissentido menci- onada acima. Xz e Yz são os mesmos que no oligonucleotídeo X.
[00193] No caso em que os oligonucleotídeos X e Xz se hibridizam com o mesmo RNA alvo, as sequências antissentido que possuem dessa forma podem ser iguais ou diferentes. Os oligonucleotídeos X e Xz podem se hibridizar separadamente com o RNA alvo diferente.
[00194] No caso em que os oligonucleotídeos X e Yz se hibridizam com o mesmo RNA alvo, as sequências antissentido que possuem dessa forma podem ser iguais ou diferentes. Os oligonucleotídeos X e Yz podem se hibridizar separadamente com o RNA alvo diferente.
[00195] O tipo, número e localização modificada de nucleotídeos, desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos com açúcar modificado em Y podem ter um efeito no efeito antissentido demonstrado pelo oligo- nucleotídeo de fita simples. Embora aspectos preferenciais dos mes-
mos não possam ser definidos incondicionalmente, uma vez que dife- rem de acordo com os tipos, sequências e similares de nucleotídeos direcionados para modificação, os aspectos preferenciais podem ser especificados medindo-se os efeitos antissentido possuídos por um oligonucleotídeo de fita simples após modificação no mesmo como a porção da sequência antissentido mencionada acima. A sequência nu- cleotídica Y contém, de preferência, "pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H" e, de preferência, contém pelo me- nos um ribonucleotídeo do ponto de vista de facilitar a formação de um oligonucleotídeo contendo uma porção da sequência antissentido e demonstrar um efeito antissentido como resultado de Y sendo degra- dado por uma nuclease como a RNase H dentro de uma célula especí- fica. Estes nucleotídeos contíguos são, com mais preferência, selecio- nados independentemente dos ribonucleotídeos. Além disso, estes nucleotídeos contíguos são, ainda com mais preferência, acoplados através de uma ligação fosfodiéster entre si. Estes nucleotídeos contí- guos podem ser iguais ou diferentes. Além disso, a sequência nucleo- tídica Y contém, de preferência, oligorribonucleotídeo e, com mais pre- ferência, contém RNA.
[00196] Os "pelomenos quatro nucleotídeos contíguos clivados pe- la RNase H" contêm, com mais preferência, de 4 a 25 nucleotídeos contíguos.
[00197] Em seguida, as respectivas modalidades de [A] um caso em que Xz e Lx e Yz e Ly não estão contidos, [B] um caso em que Xz e Lx não estão contidos e Yz e Ly estão contidos e [C] um caso em que Xz e Lx estão contidos e Yz e Ly não estão contidos são explica- dos nesta ordem.
[00198] [A] Caso em que Xz e Lx e Yz e Ly não estão contidos (m = 0,n=0)
[00199] A sequência nucleotídica Y contém preferencialmente pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H e, com mais preferência, contém 4 a 25 nucleotídeos contíguos. Estes nucleo- tídeos contíguos podem, cada um, ser iguais ou diferentes um do ou- tro. Y contém, de preferência, um oligorribonucleotídeo e, com mais preferência, contém RNA. Entre os nucleotídeos no lado 5' e no lado 3' do oligonucleotídeo Y, pelo menos um dos quais é, de preferência, fos- foroticado. Quando Xb se liga a Xa no lado 3' e Y se liga a Xa no lado 5', o lado 3' do oligonucleotídeo Y é, de preferência, fosforotioado. Quando Xb se liga a Xa no lado 5' e Y se liga a Xa no lado 3', o lado 5' do oligonucleotídeo Y é, de preferência, fosforotioado. Quando Xb se liga a Xa no lado 3' e Y se liga a Xa no lado 5', o lado 3' do oligonucle- otídeo Y, de preferência, contém 1 a 10 nucleotídeos com açúcar mo- dificado, com mais preferência, contém 2 a 5 nucleotídeos modificados e, ainda com mais preferência, contém 2 ou 3 nucleotídeos com açú- car modificado. Quando Xb se liga a Xa no lado 5' e Y se liga a Xa no lado 3', o lado 5' do oligonucleotídeo Y, de preferência, contém 1 a 10 nucleotídeos com açúcar modificado, com mais preferência, contém 2 a 5 nucleotídeos modificados e, ainda com mais preferência, contém 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado. A pluralidade mencionada acima dos nucleotídeos com açúcar modificado é, de preferência, aco- plada através de uma ligação fosforotioato. Neste pedido, entre uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado em pelo menos um dos lados 3' e 5', pode estar contida uma pluralidade de desoxirribonu- cleotídeos ou ribonucleotídeos ou ambos, e a pluralidade dos nucleotí- deos com açúcar modificado são, de preferência, contíguos. No caso de uma pluralidade de nucleotídeos com açúcar modificado estar con- tida em pelo menos um dos lados 3' e 5' do nucleotídeo com açúcar modificado, o oligonucleotídeo Y, cada nucleotídeo com açúcar modifi- cado pode ser igual ou diferente.
[00200] O nucleotídeo com açúcar modificado contido em pelo me-
nos um dos lados 3' e 5' do oligonucleotídeo Y é, de preferência, um 2'-O-metil nucleotídeo, 2-MOE (2'-O-metoxietil) nucleotídeo, 2'-AP (2”- O-aminopropil) nucleotídeo, 2'-fluoro nucleotídeo, 2'-F-arabinonucleo- tídeo (2-F-ANA), nucleotídeo em ponte (BNA (Ácido Nucleico em Pon- te)) ou 2-O-metilcarbamoiletil nucleotídeo (MCE), com mais preferên- cia, nucleotídeo BNA ou 2'-O-metil nucleotídeo, ainda com mais prefe- rência, LNA contendo uma estrutura parcial representada pela fórmula (11) ou 2'-O-metilnucleotídeo, e, particularmente preferencialmente, um 2'-O-metilnucleotídeo. Fórmula 4 A Base o. Pá
[00201] Na fórmula, Base representa uma porção de base e é um grupo purin-9-ila ou 2-oxo-pirimidin-Í1-ila, e o grupo purin-9-ila e 2-0x0- pirimidin-1-ila podem não ser modificados ou podem ser modificados.
[00202] Como outra modalidade, o nucleotídeo contido em Y é, de preferência, selecionado independentemente dos ribonucleotídeos. Além disso, os nucleotídeos contidos em Y são, de preferência, aco- plados entre si através de uma ligação fosfodiéster.
[00203] [B] Caso em que Xz e Lx não estão contidos e Yz e Ly es- tão contidos (m = 0, n=1)
[00204] A sequência nucleotídica Y contém preferencialmente pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H e, com mais preferência, contém 4 a 25 nucleotídeos contíguos. Estes nucleo- tídeos contíguos podem, cada um, ser iguais ou diferentes um do ou- tro. O oligonucleotídeo Y, de preferência, contém um oligorribonucleo- tídeo, com mais preferência, contém RNA, e particularmente preferen-
cialmente é um grupo derivado de RNA. O nucleotídeo contido em Y é, de preferência, selecionado independentemente dos ribonucleotídeos.
Os nucleotídeos contidos em Y são, de preferência, acoplados entre si através de uma ligação fosfodiéster.
[00205] [C] Caso em que Xz e Lx estão contidos e Yz e Ly não es- tão contidos (n = 1, n= O)
[00206] A modalidade preferencial da sequência nucleotídica Y é a mesma do caso [A] mencionado acima, em que Xz e Lx e Yz e Ly não estão contidos.
[00207] A seguir, Lx, Ly e a molécula funcional são explicadas. Os seguintes são comuns nas modalidades mencionadas acima.
[00208] Lxé um grupo derivado de um oligonucleotídeo Lx compos- to de O a 20 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotí- deos com açúcar modificado e é um ligante para acoplar os Xb e Xz mencionados acima. Lx acopla-se aos Xb e Xz mencionados acima na ordem de Xz-Lx-Xb.
[00209] “Quando mé 1,e o oligonucleotídeo Lx compreende O nu- cleotídeo, Xb e Xz estão diretamente acoplados.
[00210] Lyrepresenta um grupo derivado de um oligonucleotídeo Ly composto de O a 20 nucleotídeos que são selecionados independen- temente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucle- otídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e é um ligante para acoplar os Y e Yz mencionados acima. Ly une-se aos Y e Yz mencio- nados acima na ordem de Y-Ly-Yz.
[00211] “Quando n é 1, e o oligonucleotídeo Ly compreende O nu- cleotídeo, Y e Yz são diretamente acoplados.
[00212] LxeXbsão acoplados através de uma ligação covalente e, por exemplo, um átomo de oxigênio no qual um átomo de hidrogênio é removido de um grupo hidroxila de porções de açúcar (no nucleotídeo com açúcar modificado, inclui uma estrutura parcial substituída por uma cadeia principal de açúcar) do nucleotídeo terminal de Xb é, de preferência, acoplado às porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Lx através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada. Lx e Xz são, de preferência, acoplados através de uma ligação covalente e, por exemplo, um átomo de oxigênio no qual um átomo de hidrogênio é removido de um grupo hidroxila de porções de açúcar (no nucleotídeo com açúcar modificado, inclui uma estrutura parcial substituída por uma cadeia principal de açúcar) do nucleotídeo terminal de Xz é, de preferência, acoplado às porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Lx através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada.
[00213] Da mesma forma, Ly e Y são, de preferência, acoplados nas porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Ly e as porções de açúcar do nucleotídeo de Y, e Ly e Yz são, de preferência, acoplados nas porções de açúcar do nucleotídeo de Ly e porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Yz. Quando Xb e Xz são diretamente acopla- dos, é igualmente preferencial que as porções de açúcar do nucleotí- deo terminal de Xb e as porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Xz sejam preferencialmente acopladas através de uma ligação fosfo- diéster ou uma ligação fosfodiéster modificada e, com mais preferên- cia, acopladas através de uma ligação fosfodiéster. Quando Y e Yz são diretamente acoplados, t é similarmente preferencial que as por- ções de açúcar do nucleotídeo terminal de Y e as porções de açúcar do nucleotídeo terminal de Yz sejam preferencialmente acopladas através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modi- ficada e, com mais preferência, acopladas através de uma ligação fos- fodiéster. Quando o nucleotídeo terminal mencionado acima é um nu- cleotídeo com açúcar modificado, as porções de açúcar mencionadas acima contêm uma estrutura parcial substituída por uma cadeia princi-
pal de açúcar.
[00214] “Quando Xb é acoplado a Xa no lado 3', Y é acoplado a Xa no lado 5". Além disso, quando m é 1, Xb é acoplado a Lx no lado 5' e Xz é acoplado a Lx no lado 3". Além disso, quando Xb é acoplado a Xa no lado 3', Y é acoplado a Xa no lado 5', e além disso n é 1, Y é aco- plado a Ly no lado 3' e Yz é acoplado a Ly no lado 5.
[00215] “Quando Xb é acoplado a Xa no lado 5', Y é acoplado a Xa no lado 3'. Além disso, quando m é 1, Xb é acoplado a Lx no lado 3' e Xz é acoplado a Lx no lado 5". Além disso, quando Xb é acoplado a Xa no lado 5º, Y é acoplado a Xa no lado 3', e além disso n é 1, Y é aco- plado a Ly no lado 5' e Yz é acoplado a Ly no lado 3”.
[00216] LxeLly são desejavelmente decompostos rapidamente do que a porção da sequência antissentido mencionada acima.
[00217] O oligonucleotídeo Lx mencionado acima é, de preferência, um oligonucleotídeo que é degradado sob condições fisiológicas.
[00218] O oligonucleotídeo Ly mencionado acima é, de preferência, um oligonucleotídeo que é degradado sob condições fisiológicas.
[00219] Neste pedido, um "oligonucleotídeo degradado sob condi- ções fisiológicas" pode ser qualquer oligonucleotídeo que é degradado por enzimas como várias DNase (desoxirribonuclease) e RNase (ribo- nuclease) sob condições fisiológicas, e uma porção de base, porção de açúcar ou ligação fosfato podem ou não ser quimicamente modifi- cadas em todos ou em uma porção dos nucleotídeos que compõem o oligonucleotídeo.
[00220] O oligonucleotídeo Lx mencionado acima é, de preferência, um oligonucleotídeo acoplado a uma ligação fosfodiéster, com mais preferência, oligodesoxirribonucleotídeo ou oligorribonucleotídeo, ain- da com mais preferência, DNA ou RNA, e ainda com mais preferência, RNA. O oligonucleotídeo Ly é o mesmo que o oligonucleotídeo Lx.
[00221] O oligonucleotídeo Lx pode conter ou não uma sequência parcialmente complementar no oligonucleotídeo Lx, e o oligonucleotí- deo Lx é, de preferência, um oligonucleotídeo que não contém uma sequência parcialmente complementar no oligonucleotídeo Lx. Exem- plos de grupos derivados desse oligonucleotídeo incluem (N)k (cada N representa independentemente adenosina, uridina, citidina, guanosina, 2'-desoxiadenosina, timidina, 2'-desoxicitididina ou 2'-desoxiacitidina e k é um número inteiro de 1 a 20 (um número de repetição)) acoplados através de uma ligação fosfodiéster. Entre eles, k é, de preferência, de 1 a 12, com mais preferência, 1 a 8, ainda com mais preferência, 1a 5 e, ainda com mais preferência, 1 a 3. O oligonucleotídeo Ly é o mes- mo que o oligonucleotídeo Lx.
[00222] Uma molécula funcional pode ser ligada direta ou indireta- mente a X (incluindo Xa e Xb), Y, Xz, Yz, Lx e Ly. No caso [A] mencio- nado acima, onde Xz e Lx, e Yz e Ly não estão contidos, a molécula funcional é, de preferência, ligada ao oligonucleotídeo Y. No caso [B] mencionado acima, onde Xz e Lx não estão contidos e Yz e Ly estão contidos, a molécula funcional é, de preferência, ligada ao oligonucleo- tídeo Xb ou ao oligonucleotídeo Y. No caso [C] mencionado acima, onde Xz e Lx estão contidos e Yz e Ly não estão contidos, a molécula funcional é, de preferência, ligada ao oligonucleotídeo Y. A ligação en- tre a molécula funcional e o oligonucleotídeo Y ou o oligonucleotídeo Xb pode ser ligada direta ou indiretamente através da outra substân- cia, e o oligonucleotídeo Y ou o oligonucleotídeo Xb e uma molécula funcional são, de preferência, ligados através da uma ligação covalen- te, uma ligação iônica ou uma ligação de hidrogênio. Do ponto de vista da alta estabilidade da ligação, eles são, com mais preferência, ligados diretamente através de uma ligação covalente ou ligados covalente- mente através de um ligante (um grupo de ligação).
[00223] No caso em que a molécula funcional mencionada acima está ligada ao oligonucleotídeo de fita simples por uma ligação cova-
lente, a molécula funcional mencionada acima é, de preferência, ligada direta ou indiretamente à extremidade 3' ou extremidade 5' da molécu- la de oligonucleotídeo de fita simples. A ligação entre o ligante ou uma molécula funcional mencionados acima e o nucleotídeo terminal da molécula de oligonucleotídeo de fita simples é selecionada de acordo com a molécula funcional.
[00224] O ligante ou molécula funcional mencionados acima e o nu- cleotídeo terminal da molécula de oligonucleotídeo de fita simples são, de preferência, acoplados através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodiéster modificada e, com mais preferência, acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00225] O ligante ou molécula funcional mencionados acima podem ser diretamente acoplados a um átomo de oxigênio na posição 3' pos- suído pelo nucleotídeo na extremidade 3' da molécula de oligonucleo- tídeo de fita simples ou a um átomo de oxigênio na posição 5' possuí- do pelo nucleotídeo na extremidade 5".
[00226] Não há limitações particulares na estrutura da "molécula funcional" e uma função desejada é conferida ao nucleotídeo de fita simples como resultado da ligação a ela. Exemplos de funções dese- jadas incluem uma função de marcação, função de purificação e fun- ção de entrega em um sítio de destino. Exemplos de moléculas que conferem uma função de marcação incluem proteínas fluorescentes e compostos como a luciferase. Exemplos de moléculas que conferem uma função purificadora incluem compostos como biotina, avidina, peptídeo His-tag, peptídeo GST-tag ou peptídeo FLAG-tag.
[00227] Além disso, do ponto de vista da entrega eficiente de um oligonucleotídeo de fita simples a um sítio-alvo (como uma célula-alvo) com alta especificidade e supressão extremamente eficaz da expres- são de um gene-alvo com o oligonucleotídeo de fita simples, uma mo- lécula com uma função que faz com que o oligonucleotídeo de fita simples a ser entregue a um sítio-alvo seja de preferência ligado como uma molécula funcional. As moléculas que possuem essa função de entrega podem ser referenciadas em publicações como European Journal of Pharmaceuticals and Biopharmaceutics, Vol. 107, pp. 321 - 340 (2016), Advanced Drug Delivery Reviews, Vol. 104, pp. 78 - 92 (2016), e Expert Opinion on Drug Delivery, Vol. 11, pp. 791 - 822 (2014).
[00228] “Exemplos de moléculas que conferem uma função de en- trega ao RNA alvo incluem lipídios e açúcares do ponto de vista de, por exemplo, poder entregar eficientemente um oligonucleotídeo de fita simples ao fígado e similares com alta especificidade. Exemplos de tais lipídios incluem colesterol; ácidos graxos; vitaminas lipossolúveis, como vitamina E (tocoferóis, tocotrienóis), vitamina A, vitamina D e vi- tamina K; metabólitos intermediários como acilcarnitina e acil CoA; gli- colipídios; glicerídeos; e derivados dos mesmos. Entre estes, o coles- terol e a vitamina E (tocoferóis, tocotrienóis) são preferenciais do ponto de vista de maior segurança. Entre estes, os tocoferóis são mais prefe- renciais, o tocoferol é ainda mais preferencial e o a-tocoferol é particu- larmente preferencial. Exemplos de açúcares incluem derivados de açúcar que interagem com os receptores de asialoglicoproteínas.
[00229] Os "receptores de asialoglicoproteína" estão presentes na superfície das células hepáticas e têm uma ação que reconhece um resíduo de galactose de uma asialoglicoproteína e incorpora as molé- culas na célula onde são degradadas. "Derivados de açúcar que inte- ragem com os receptores de asialoglicoproteínas" são, de preferência, compostos que possuem uma estrutura que se assemelha a um resí- duo de galactose e são incorporados nas células devido à interação com os receptores de asialoglicoproteínas, e exemplos dos mesmos incluem derivados de GalNAc (N-acetilgalactosamina), derivados de galactose e derivados de lactose. Além disso, do ponto de vista de po-
der entregar eficientemente o oligonucleotídeo de fita simples da pre- sente invenção ao cérebro com alta especificidade, exemplos das "mo- léculas funcionais" incluem açúcares (como glicose e sacarose). Além disso, do ponto de vista de poder entregar eficientemente o oligonu- cleotídeo de fita simples a vários órgãos com alta especificidade, inte- ragindo com várias proteínas na superfície celular desses órgãos, exemplos das "moléculas funcionais" incluem ligantes receptores, anti- corpos e peptídeos ou proteínas de fragmentos dos mesmos.
[00230] “Como o ligante utilizado para intermediar a ligação entre uma molécula funcional e X (incluindo Xa e Xb), Y, Xz, Yz, Lx ou Ly é necessário apenas para ser capaz de demonstrar a função da molécu- la funcional como um oligonucleotídeo de fita simples, não há limita- ções particulares no ligante, desde que se ligue de maneira estável à molécula funcional e ao oligonucleotídeo. Exemplos do ligante incluem um grupo derivado de oligonucleotídeos com um número de nucleotí- deos de 2 a 20, um grupo derivado de polipeptídeos com um número de aminoácidos de 2 a 20, um grupo alquileno com 2 a 20 átomos de carbono e um alquenileno grupo com 2 a 20 átomos de carbono. O grupo derivado de oligonucleotídeos mencionado acima com um nú- mero de nucleotídeos de 2 a 20 é um grupo no qual um grupo hidroxila ou um átomo de hidrogênio é removido dos oligonucleotídeos com um número de nucleotídeos de 2 a 20. O grupo derivado de polipeptídeos mencionado acima com um número de aminoácidos de 2 a 20 é um grupo no qual um grupo hidroxila, um átomo de hidrogênio ou um gru- po amino é removido dos polipeptídeos com um número de aminoáci- dos de 2 a 20.
[00231] O ligante é, de preferência, um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alquenileno C2-20 (grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são, cada um, independentemente não substituí- dos ou substituídos por um ou dois substituintes selecionados do gru-
po que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila protegido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independentemente não substituídos, ou substituídos com -O-, - NRº- (Rº representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1.6 ou um grupo halo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(O0)2-). Neste pedido, atra- vés da combinação das substituições e permutações mencionadas acima, o ligante pode também conter um grupo representado por - C(=0)-O-, -O-C(=O)-NR'- (R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo halo-alquila C1-6), -C(=O)-NR'- (R' re- presenta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-6 ou um grupo halo-alquila C1-6), -C(=S)-NR'- (R' representa um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1.-6 ou um grupo halo-alquila C1-.6) ou -NR!-C(=O)- NR'- (Rº representam, cada um, independentemente, um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C 1.6 ou um grupo halo-alquila C1-6).
[00232] O ligante é, com mais preferência, um grupo alquileno C2-20 (os grupos metileno do grupo alquileno são, cada um, independente- mente não substituídos ou substituídos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, independentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxila ou um grupo hidroxila protegi- do), ainda com mais preferência, um grupo alquileno Cg-12 (grupos me- tileno do grupo alquileno são independentemente não substituídos ou substituídos por -O-). Os grupos metileno não substituídos são, cada um, independentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxila), e particularmente preferencialmente um grupo 1,8-octileno. Além disso, como outro aspecto do mesmo, o ligante é particularmente preferencialmente um grupo representado pela fórmula (III) a seguir. Fórmula 5 PO OO , (1)
[00233] Na fórmula, um asterisco (*) representa um sítio de ligação (um átomo que compõe um nucleotídeo) com um grupo derivado de um oligonucleotídeo, enquanto o outro asterisco (*) representa um sítio de ligação (um átomo que compõe um grupo derivado de uma molécu- la funcional) com um grupo derivado de uma molécula funcional.
[00234] “Como outro aspecto do mesmo, o ligante é, com mais pre- ferência, um grupo alquileno C2-20 (grupos metileno do grupo alquileno são, cada um, independentemente não substituído, ou substituído com -O- ou -NRº- (Rº é um átomo de hidrogênio ou um grupo alquila C1-6). Os grupos metileno não substituídos são, cada um, independentemen- te não substituídos ou substituídos por um grupo oxo), e, ainda com mais preferência, um grupo representado pela seguinte fórmula: Fórmula 6 N (H) C (=O) — (CH,) .-N (H) C (=O) - (CH,) ,.-C (=O) (em que, e cada um representa independentemente um número inteiro de 1 a 6) e, particularmente, de preferência um grupo representado pela seguinte fórmula: Fórmula 7 N (H) C (=O) — (CH,) .-N (H) C (=O) — (CH,) ,-C (=O)
[00235] Um grupo protetor do "grupo hidroxila protegido" menciona- do acima não é particularmente limitado, pois pode ser estável no momento da ligação da molécula funcional e do oligonucleotídeo. O ligante não é particularmente limitado e pode ser mencionado um gru- po de proteção opcional descrito em, por exemplo, PROTECTIVE GROUPS IN ORGANIC SYNTHESIS), 3º Edition, publicado por JOHN WILLY & SONS (1999) e similares. Especificamente, pode ser menci- onado um grupo metila, um grupo benzila, um grupo p-metoxibenzila, um grupo terc-butila, um grupo metoximetila, um grupo metoxietila, um grupo 2-tetra-hidropiranila, um grupo etoxietila, um grupo cianoetila, um grupo cianoetoximetila, um grupo fenilcarbamoíla, um grupo 1,1-
dioxotiomorfolin-4-tiocarbamoíla, um grupo acetila, um grupo pivaloíla, um grupo benzoíla, um grupo trimetilsilila, um grupo trietilsilila, um gru- po tri-isopropilsilila, um grupo terc-butildimetilsilila, um grupo [(triiso- propilsili)óxilmetila (grupo Tom), um grupo 1-(4-clorofenil)-4-etoxipipe- ridin-4-ila (grupo Cpep), um grupo trifenilmetila (grupo tritila), um grupo monometoxitritila, um grupo dimetoxitritila (grupo DMTr), um grupo tri- metoxitritila, um grupo 9-fenilxanten-9-ila (grupo Pixila), um grupo 9-(p- metoxifenil)kxanten-9-ila (grupo MOX) e similares. Um grupo protetor do "grupo hidroxila protegido" é, de preferência, um grupo benzoíla, um grupo trimetilsilila, um grupo trietilsilila, um grupo tri-isopropilsilila, um grupo terc-butildimetilsilila, um grupo trifenilmetila, um grupo monome- toxitritila, um grupo dimetoxitritila, um grupo trimetoxitrila, um grupo 9- fenilxanten-9-ila ou um grupo 9-(p-metoxifenil)kxanten-9-ila, com mais preferência, um grupo monometoxitritila, um grupo dimetoxitritila ou um grupo trimetoxitritila e, ainda com mais preferência, um grupo dimetoxi- trítila.
[00236] A seguir são listados exemplos de oligonucleotídeos de fita simples preferenciais usados em produtos farmacêuticos de ácido nu- cleico.
[00237] 1) Um oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) Fórmula 8 [Xz-Lx])-X-Y-[Ly-Yz], (1) fem que,
[00238] Y representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um ribonucleo- tídeo que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[00239] X representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo X composto de 5 a 80 nucleotídeos representados pela fórmula: Fórmula 9 Xb-Xa (em que Xb representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleotí- deo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado,
[00240] Xa representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa composto de 1 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, e Xa está respectivamente ligado ao oligonucleotídeo Y e o oligonucleotídeo Xb em ambas as extremi- dades do mesmo),
[00241] Xz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[00242] Yz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Yz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[00243] Lxrepresenta um grupo derivado de um oligonucleotídeo Lx composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[00244] Lyrepresenta um grupo derivado de um oligonucleotídeo Ly composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
[00245] —mrepresenta O ou 1,
[00246] “quando m representa O, n representa O ou 1,
[00247] quando m representa 1, n representa O,
[00248] o oligonucleotídeo X tem uma sequência de nucleotídeos X, o oligonucleotídeo Xa tem uma sequência de nucleotídeos Xa, o oligo- nucleotídeo Xb tem uma sequência de nucleotídeos Xb, o oligonucleo- tídeo Y tem uma sequência de nucleotídeos Y, o oligonucleotídeo Xz tem uma sequência de nucleotídeos Xz, o oligonucleotídeo Yz tem um sequência de nucleotídeos Yz, o oligonucleotídeo Lx tem uma sequên- cia de nucleotídeos Lx e o oligonucleotídeo Ly tem uma sequência de nucleotídeos Ly,
[00249] a sequência nucleotídica Xb é complementar à sequência nucleotídica Y,
[00250] a sequência nucleotídica X contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo,
[00251] — quando m representa 1 e n representa O,
[00252] a sequência nucleotídica Xz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo,
[00253] quando m representa O e n representa 1,
[00254] a sequência nucleotídica Yz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, e
[00255] — no caso de haver duas ou mais das sequências antissenti- do, o RNA alvo hibridizado por cada porção da sequência antissentido pode ser cada um igual ou diferente), e
[00256] XbeY se hibridizam.
[00257] 2)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1), em que Xb se liga a Xa no lado 3' e Y se liga a Xa no lado 5.
[00258] 3)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1), em que Xb se liga a Xa no lado 5' e Y se liga a Xa no lado 3º.
[00259] 4) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 3), em que a complementaridade da sequência antissentido e da sequência do RNA alvo é de 70% ou mais.
[00260] 5) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 4), em que a complementaridade da sequência nucleotídica Xb e da sequência nucleotídica Y é de 70% ou mais.
[00261] 6) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 5), em que cada nucleotídeo contido no oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) é mutuamente acoplado através de pelo menos um tipo, cada um independentemente selecio- nado do grupo que consiste de uma ligação fosfodiéster, ligação fosfo- rotioato, ligação metilfosfonato, ligação metiltiofosfonato, ligação fosfo- roditioato e ligação fosforamidato.
[00262] 7)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 6), em que cada nucleotídeo contido no oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) é mutuamente acoplado através de pelo menos um tipo, cada um independentemente selecio- nado de uma ligação fosfodiéster e uma ligação fosforotioato.
[00263] 8)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 7), em que a porção da sequência antissentido contida em X contém uma ligação fosforotioato.
[00264] 9) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 8), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X é uma sequência contendo nucleotídeos mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00265] 10) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 9), em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo X são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00266] 11) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 10), em que pelo menos um dos nucleotídeos no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' da porção da sequência antissentido contida no oligonucleotídeo X é um nucleotídeo com açúcar modificado.
[00267] 12) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 11), em que o nucleotídeo do lado 3' e o nucleotídeo do lado 5' na porção da sequência antissentido contida no oligonucleotí- deo X são nucleotídeos com açúcar modificado.
[00268] 13) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 12), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X mencionada acima é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotídeos selecionados independentemente de nucleotídeos e desoxirribonucleotídeos com açúcar modificado.
[00269] 14) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 13), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X mencionada acima é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotídeos contendo pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
[00270] 15) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 14), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X mencionada acima é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quando hibridizados com o RNA alvo.
[00271] 16) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 15), em que a porção da sequência antissentido mencionada acima contém um nucleotídeo com açúcar modificado ligado adjacentemente ao lado 5' e no lado 3' da "porção da sequência que contém pelo menos quatro nucleotídeos contíguos mencionados acima reconhecidos pela RNase H".
[00272] 17) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 15) ou 16), em que a "sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quando hibridiza- dos com o RNA alvo" mencionada acima é uma sequência composta de 4 a 20 nucleotídeos contendo pelo menos um desoxirribonucleotí- deo.
[00273] 18) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 14), em que a porção da sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X mencionada acima contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro desoxirribo- nucleotídeos contíguos.
[00274] 19) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 13), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídica X mencionada acima é uma sequência composta por 4 a nucleotídeos com açúcar modificado.
[00275] 20) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 19), em que a sequência nucleotídica Y é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H.
[00276] 21) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 20), em que a sequência nucleotídica Y é uma sequência composta de 6 a 25 ribonucleotídeos.
[00277] 22) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 21), em que o oligonucleotídeo Y contém um ou mais nu- cleotídeos com açúcar modificado em pelo menos um dos lados 5' e 3' do oligonucleotídeo Y.
[00278] 23) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 22), em que o oligonucleotídeo Y contém uma ligação fos- fodiéster.
[00279] 24)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 23), em que pelo menos um dos lados 5' e 3' de Y é aco- plado a um nucleotídeo adjacente através de uma ligação fosfodiéster.
[00280] 25)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 24), em que o oligonucleotídeo Xa é composto de 3 a 10 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeo e nucleotídeo com açúcar modificado, e o oligonucleotídeo Xb é composto por 8 a 16 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeo e nucleotídeo com açúcar modificado.
[00281] 26)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 25), em quemé O enéoO.
[00282] 27) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 26), em que entre os nucleotídeos no lado 5' e no lado 3' de Y, pelo menos um dos quais é fosforotioado.
[00283] 28)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 25), em que mé 1 enéoO.
[00284] 29) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 28), em que a porção da sequência antissentido contida em Xz contém uma ligação fosforotioato.
[00285] 30) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 28) ou 29), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídi- ca Xz é uma sequência contendo nucleotídeos acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00286] 31) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 30), em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Xz são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00287] 32) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 31), em que pelo menos um dos nucleotídeos no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' da porção da sequência antissentido contida no oligonucleotídeo Xz é um nucleotídeo com açúcar modificado.
[00288] 33) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 32), em que o nucleotídeo no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' da porção da sequência antissentido contida no oligonucleotí- deo Xz são nucleotídeos com açúcar modificado.
[00289] 34)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 33) a 34), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Xz mencionada acima é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotídeos selecionados independentemente de nucleotí- deos e desoxirribonucleotídeos com açúcar modificado.
[00290] 35) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 34), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Xz mencionada acima é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotídeos contendo pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
[00291] 36) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 35), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Xz mencionada acima é uma sequência de pelo me- nos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quan- do hibridizados com o RNA alvo.
[00292] 37) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 36), em que a porção da sequência antissentido mencionada acima contém nucleotídeos com açúcar modificado ligados adjacentemente ao lado 5' e no lado 3' da "porção da sequência mencionada acima que con- tém pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H".
[00293] 38) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 36) ou 37), em que a "sequência mencionada acima contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quando hibridizados com o RNA alvo" é uma sequência composta de 4 a 20 nucleotídeos contendo de pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
[00294] 39) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 35), em que a porção da sequência antissentido contida na sequência nucleotídica Xz mencionada acima contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro desoxirri- bonucleotídeos contíguos.
[00295] 40) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 34), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Xz mencionada acima é uma sequência composta por 4 a 30 nucleotídeos com açúcar modificado.
[00296] 41) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 40), em que o oligonucleotídeo Lx é composto por O nu- cleotídeo, e Xb e Xz são acoplados através de uma ligação fosfodiés- ter.
[00297] 42) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 40), em que Lx é um grupo derivado de um oligonucleotí- deo Lx composto de 1 a 20 nucleotídeos selecionados independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado.
[00298] 43) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 42), em que o oligonucleotídeo Lx contém uma ligação fosfodiéster.
[00299] 44)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 42) ou 43), em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotí- deo Lx são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiés- ter.
[00300] 45) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 42) a 44), em que o oligonucleotídeo Lx é composto de 1 a 8 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos.
[00301] 46) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 42) a 45), em que o oligonucleotídeo Lx é um oligodesoxirribo- nucleotídeo ou oligorribonucleotídeo.
[00302] 47) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 42) a 46), em que o oligonucleotídeo Lx é DNA ou RNA.
[00303] 48)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 42) a 46), em que o oligonucleotídeo Lx é RNA.
[00304] 49) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 28) a 48), em que entre os nucleotídeos no lado 5' e no lado 3' do oligonucleotídeo Y, pelo menos um dos quais é fosforotioado.
[00305] 50) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 25), em que mé 0, né 1.
[00306] 51) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 50), em que a porção da sequência antissentido contida em Yz contém uma ligação fosforotioato.
[00307] 52) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 50) ou 51), em que a sequência antissentido contida na sequência nucleotídi- ca Yz é uma sequência contendo nucleotídeos mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00308] 53)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 52), em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Yz são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato.
[00309] 54)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 53), em que pelo menos um dos nucleotídeos no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' da porção da sequência antissentido contida no oligonucleotídeo Yz é um nucleotídeo com açúcar modificado.
[00310] 55) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 54), em que o nucleotídeo no lado 3' e o nucleotídeo no lado 5' da porção da sequência antissentido contida no oligonucleotí- deo Yz são nucleotídeos com açúcar modificado.
[00311] 56) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 55), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Yz é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotí- deos selecionados independentemente de nucleotídeos e desoxirribo- nucleotídeos com açúcar modificado.
[00312] 57) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 56), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Yz é uma sequência composta de 11 a 26 nucleotí- deos contendo pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
[00313] 58)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 57), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Yz é uma sequência contendo pelo menos quatro nu- cleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quando hibridizados com o RNA alvo.
[00314] 59) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 58), em que a porção da sequência antissentido contém um nucleotídeo com açúcar modificado ligado adjacentemente ao lado 5' e no lado 3' da "porção de sequência contendo pelo menos quatro contíguos nucleotí- deos reconhecidos pela RNase H" mencionada acima.
[00315] 60) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 58) ou 59), em que a "sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconhecidos pela RNase H quando hibridizados com o RNA alvo" é uma sequência composta de 4 a 20 nucleotídeos conten- do pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
[00316] 61) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 57), em que a porção da sequência antissentido contida na sequência nucleotídica Yz mencionada acima contém pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contém quatro desoxirri- bonucleotídeos contíguos.
[00317] 62) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 56), em que a sequência antissentido contida na sequên- cia nucleotídica Yz mencionada acima é uma sequência composta de 4 a 30 nucleotídeos com açúcar modificado.
[00318] 63) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 62), em que o oligonucleotídeo Ly é composto de O nucle-
otídeo e Y e Yz são acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00319] 64) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 50) a 62), em que Ly é um grupo derivado de um oligonucleotí- deo Ly composto de 1 a 20 nucleotídeos selecionados independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado.
[00320] 65) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 64), em que o oligonucleotídeo Ly contém uma ligação fosfodiéster.
[00321] 66) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 64) ou 65), em que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Ly são mu- tuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00322] 67) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 64) a 66), em que o oligonucleotídeo Ly é composto de 1 a 8 nucleotídeos selecionados independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos e ribonucleotídeos.
[00323] 68) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 64) a 67), em que o oligonucleotídeo Ly é um oligodesoxirribo- nucleotídeo ou oligorribonucleotídeo.
[00324] 69) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 64) a 68), em que o oligonucleotídeo Ly é DNA ou RNA.
[00325] 70) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 64) a 69), em que o oligonucleotídeo Ly é RNA.
[00326] 71)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 70), em que o nucleotídeo com açúcar modificado repre- senta cada um independentemente um 2'-O-metil nucleotídeo, 2'-O- metoxietil nucleotídeo, 2'-O-aminopropil nucleotídeo, 2'-fluoro nucleotí- deo, 2'-F-arabinonucleotídeo, nucleotídeo em ponte ou 2'-O-metilcar- bamoiletil nucleotídeo.
[00327] 72) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 71), em que o nucleotídeo com açúcar modificado representa cada um independentemente um nucleotídeo 2'-O-metilado ou LNA.
[00328] 73)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 72), que contém ainda um grupo derivado de uma molécula funcional que possui pelo menos uma função selecionada do grupo que consiste em uma função de marcação, uma função de purificação ou função de entrega para um RNA alvo.
[00329] 74) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), em que o grupo mencionado acima derivado de uma molécula funcional está direta ou indiretamente ligado ao nucleotídeo na extremidade 5' do oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1).
[00330] 75) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), em que o grupo mencionado acima derivado de uma molécula funcional está direta ou indiretamente ligado ao nucleotídeo na extremidade 3' do oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1).
[00331] 76)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 75), em que o grupo mencionado acima derivado de uma molécula funcional está ligado ao oligonucleotídeo de fita simples re- presentado pela fórmula (1) através de um grupo alquileno C2-20 ou um grupo alquenileno C2.20 (os grupos metileno contidos no grupo alquile- no e no grupo alquenileno são, cada um, independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila protegido, um grupo oxo e um grupo tioxo). Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independentemente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NRº- (Rº representa um átomo de hidrogênio, um grupo al- quila C1.6 ou um grupo halo-alquila C1-.6), -S-, -S(O)- ou -S(O)2-), ou di- retamente por uma ligação covalente.
[00332] 77) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 75), em que o grupo alquileno C2.20 ou o grupo alquenile-
no C2.20 acoplado ao grupo mencionado acima derivado de uma molé- cula funcional e do nucleotídeo na extremidade 5' ou na extremidade 3' do oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) são acopladas através de uma ligação fosfodiéster ou uma ligação fosfodi- éster modificada.
[00333] 78)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 75), em que o grupo alquileno C2.20 ou o grupo alquenile- no C2.20 acoplado ao grupo mencionado acima derivado de uma molé- cula funcional e do nucleotídeo na extremidade 5' ou na extremidade 3' do oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) são acopladas através de uma ligação fosfodiéster.
[00334] 79)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 78), em que a molécula funcional mencionada acima é selecionada do grupo que consiste em açúcares, lipídios, peptídeos, proteínas e derivados dos mesmos.
[00335] 80) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 79), em que a molécula funcional mencionada acima é um lipídio selecionado do grupo que consiste em colesterol, ácidos graxos, vitaminas lipossolúveis, glicolipídios e glicerídeos.
[00336] 81) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 80), em que a molécula funcional mencionada acima é um lipídio selecionado do grupo que consiste em colesterol, tocoferol e tocotrienol.
[00337] 82) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 75), em que a molécula funcional mencionada acima é um tocoferol, e o grupo hidroxila do tocoferol está ligado ao nucleotídeo na extremidade 5' ou na extremidade 3' do oligonucleotídeo de fita sim- ples representado pela fórmula (1) através de um grupo alquileno C2-20 (os grupos metileno do grupo alquileno são, cada um, independente- mente não substituídos ou substituídos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, independentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxila).
[00338] 83) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 75), em que o grupo hidroxila do tocoferol é acoplado ao nucleotídeo na extremidade 5' ou na extremidade 3' do oligonucleotí- deo de fita simples representado pela fórmula (1) através de um grupo representado pela seguinte fórmula (Ill). Fórmula 10 IA ANA, am) (em que, um asterisco (*) representa um sítio de ligação (um átomo que compõe um nucleotídeo) com um grupo derivado de um oligonu- cleotídeo, enquanto o outro asterisco (*) representa um sítio de ligação (um átomo que compõe um grupo derivado de uma molécula funcio- nal) com um grupo derivado de uma molécula funcional).
[00339] 84) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 79), em que a molécula funcional mencionada acima é um derivado de açúcar que interage com um receptor de asialoglicoproteína.
[00340] 85) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 73) a 79), em que a molécula funcional mencionada acima é um peptídeo ou proteína selecionados do grupo que consiste em ligantes receptores e anticorpos.
[00341] B-1) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1), em que é representado pela fórmula: Fórmula 11 Xb!'-Xb?-Xa?-Xa!l-Yº-Y' (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00342] —“Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto por 6 a 8 desoxirribonucleotídeos,
[00343] Xa? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa? que é composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos,
[00344] Xa' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa' que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00345] —Y? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y? que é composto por 6 a 8 ribonucleotídeos, e
[00346] Y'representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y' que é composto por 2 ou 3 de nucleotídeos com açúcar modificado.
[00347] B-2) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), em que é representado pela fórmula
[00348] Fórmula 12
[00349] Xb!-Xb?-Xa?-Xa!-Y?-Y!-B-A
[00350] (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonu- cleotídeo que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00351] — Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 6 a 8 desoxirribonucleotídeos,
[00352] Xa? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa? que é composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos,
[00353] Xa' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00354] Y? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 6 a 8 ribonucleotídeos,
[00355] Y' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00356] B representa um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni- leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote-
gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NR8- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(0)>-), e
[00357] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00358] B-3) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-2), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00359] B-4) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-2) ou B-3), em que B é acoplado com o nucleotídeo terminal de Y' através de uma ligação fosfodiéster.
[00360] B-5) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-4), em que Xa? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa? composto por 2 ou 3 desoxirribonucleotídeos.
[00361] B-6) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-5), em que os nucleotídeos com açúcar modifica- do são, cada um, independentemente selecionados do grupo que con- siste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2'-O-metóxi-etil nucleotídeos e 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00362] B-7) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-6), em que os nucleotídeos com açúcar modifica- do contidos em Xb' e Xa? são LNA.
[00363] B-8) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-7), em que o nucleotídeo modificado em açúcar contido em Y' é um 2-O-metil nucleotídeo.
[00364] B-9) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-8), em que os nucleotídeos contidos em Xb!, Xb?, Xa', Xa? e Y* são mutuamente acoplados através de uma ligação fos- foroticato, e os nucleotídeos contidos em Y? são mutuamente acopla- dos através de uma ligação fosfodiéster.
[00365] B-10) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-1) a B-9), em que os respectivos nucleotídeos terminais de Xb' e Xb?, Xb? e Xa', Xa' e Xa? e Y? e Y'* são acoplados através de uma ligação fosforotioato, e os respectivos nucleotídeos terminais de Xa? e Y? são acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00366] No acima mencionado B-1) a B-10), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb?, o oligonucleotídeo Xa é representado por Xa?-Xa!, e o oligonucleotídeo Y é representado por Yº2-Y'.
[00367] B-11) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1), é representado pela fórmula Fórmula 13 Xb!-Xb?-Xa-Yº-Y! (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00368] —Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00369] Xaé composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00370] Y?representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y? composto por 8 a 10 ribonucleotídeos,
[00371] Y'representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y' composto de 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado).
[00372] B-12) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), é representado pela fórmula
Fórmula 14 Xb'!-Xb?º-Xa-Yº-Y!-B-A (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00373] Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto por 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00374] Xaé composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00375] Y? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y?, que é composto de 8 a 10 ribonucleotídeos,
[00376] Y'representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y'* que é composto por 4 ou 5 de nucleotídeos com açúcar modificado.
[00377] Brepresenta um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni- leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote- gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NR8- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(0)>-), e
[00378] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00379] B-13) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-12), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00380] B-14) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-12) ou B-13), em que B é acoplado com o nucleotídeo Y' terminal através de uma ligação fosfodiéster.
[00381] B-15) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-11) a B-14), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado são, cada um, independentemente selecionados do grupo que consiste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2'-O-metóxi-etil nucleotí- deos e 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00382] B-16) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-11) a B-15), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Xb' e Xa são cada um, independentemente, LNA ou 2'-O-metoxietil nucleotídeo.
[00383] B-17) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-11) a B-16), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Y* são 2'-O-metil nucleotídeos.
[00384] B-18) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-11) a B-17), em que os nucleotídeos contidos em Xb', Xb?, Xa e Y'* são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfo- rotioato, e os nucleotídeos contido em Y? são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00385] B-19) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-11) a B-18), em que os respectivos nucleotídeos termi- nais de Xb' e Xb?, Xb? e Xa, e Y? e Y' são acoplados através de uma ligação fosforotioato, e os respectivos nucleotídeos terminais de Xa e Y? são acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00386] No acima mencionado B-11) a B-19), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb?, e o oligonucleotídeo Y é representado por YA.
[00387] B-20) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 1), é representado pela fórmula
Fórmula 15 Xb!-Xb?-Xb*-Xa-Yº-Y' (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 4 a 6 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00388] —Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto de 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00389] Xb3? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto de 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00390] Xaé composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00391] Y? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y?, que é composto de 9 a 12 ribonucleotídeos, e
[00392] Y' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y'* que é composto por 4 a 6 de nucleotídeos com açúcar modificado.
[00393] B-21) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), é representado pela fórmula Fórmula 16 Xb'!-Xb?-Xb*-Xa-Yº-Y'!-B-A (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 4 a 6 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00394] “Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto por 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00395] —Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00396] Xaé composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00397] Y? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y?, que é composto por 9 a 12 ribonucleotídeos,
[00398] Y'representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y'* que é composto por 4 a 6 de nucleotídeos com açúcar modificado.
[00399] B representa um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni- leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote- gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NRº- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(0)>-), e
[00400] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00401] B-22) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-21), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00402] B-23) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-21) ou B-22), em que B é acoplado com o nucleotídeo terminal de Y' atra- vés de uma ligação fosfodiéster. B-24) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de B-20) a B-23), em que o nucleotídeo com açúcar modificado é cada um independentemente selecionado do grupo que consiste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2'-O-metóxi-etil nucleotídeos e 2'-O- metilcarbamoiletil nucleotídeos. B-25) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de B-20) a B-24), em que os nucleotídeos com açúcar modificado conti- dos em Xb', Xb? e Xa são cada um, independentemente, LNA ou 2"-O- metoxietil nucleotídeos.
[00403] B-26) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-20) a B-25), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Y* são 2'-O-metil nucleotídeos.
[00404] B-27) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-20) a B-26), em que os nucleotídeos contidos em Xb', Xb?, Xb?, Xa e Y* são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato, e os nucleotídeos contidos em Y? são mutuamente aco- plados entre si através de uma ligação fosfodiéster.
[00405] B-28) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-20) a B-27), em que os respectivos nucleotídeos termi- nais de Xb' e Xb?, Xb? e Xb?, Xbº? e Xa, e Yº e Y' são acoplados entre si através de uma ligação fosforotioato, e os respectivos nucleotídeos terminais de Xa e Y? são acoplados através de uma ligação fosfodiés- ter.
[00406] No acima mencionado B-20) a B-28), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb2-Xb?, e o oligonucleotídeo Y é representado por Y2-Y1.
[00407] — B-29) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), é representado pela fórmula Fórmula 17 Xb'-Xb?º-Xa?º-Xa'—-Yº-B-TA (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00408] “Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 6 a 8 desoxirribonucleotídeos,
[00409] “Xa? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa? que é composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos,
[00410] Xa' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00411] Yº representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo que é composto por 8 a 11 ribonucleotídeos,
[00412] B representa um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni- leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote- gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NR8- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(O0)2-), e
[00413] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00414] B-30) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-28), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00415] B-31) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-29) ou B-30), em que B é acoplado com o nucleotídeo terminal de Yº atra- vés de uma ligação fosfodiéster.
[00416] B-32) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-29) a B-31), em que Xa? é um grupo derivado de um oli- gonucleotídeo Xa? composto por 2 ou 3 desoxirribonucleotídeos.
[00417] B-33) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-29) a B-32), em que o nucleotídeo com açúcar modifica- do é cada um independentemente selecionado do grupo que consiste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2-O-metóxi-etil nucleotídeos e 2'-O- metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00418] B-34)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-29) a B-33), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Xb' e Xa? são LNA, 2'-O-metoxietil nucleotídeos ou 2' O-metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00419] B-35) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-29) a B-34), em que os nucleotídeos contidos em Xb', Xb?, Xa' e Xa? são mutuamente acoplados através de uma ligação fos- foroticato, e a nucleotídeos contidos em Yº são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00420] B-36) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-29) a B-35), em que os respectivos nucleotídeos termi- nais de Xb' e Xb?, Xb? e Xa', e Xa' e Xa? são cada um acoplados através de uma ligação fosforoticato, e os nucleotídeos terminais de Xa? e Yº são cada um acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00421] No acima mencionado B-29) a B-36), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb?, o oligonucleotídeo Xa é representado por Xa?-Xa!, e o oligonucleotídeo Y é representado por Yº.
[00422] B-37) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), é representado pela fórmula Fórmula 18 Xb'-Xb?-Xa-Yº-B-A (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00423] “Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto de 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00424] Xaé composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00425] Yº representa um grupo derivado do oligonucleotídeo Yº que é composto de 12 a 15 ribonucleotídeos,
[00426] B representa um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni-
leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote- gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NRº- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(0)>-), e
[00427] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00428] B-38) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-37), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00429] — B-39) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-37) ou B-38), em que B é acoplado com o nucleotídeo terminal de Yº atra- vés de uma ligação fosfodiéster.
[00430] —B-40)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-37) a B-39), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado são, cada um, independentemente selecionados do grupo que consiste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2'-O-metoxietil nucleotídeos e 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00431] B-41)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-37) a B-40), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Xb' e Xa são, cada um, independentemente LNA, 2”- O-metoxietil nucleotídeo ou 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotídeo.
[00432] B-42) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual-
quer um de B-37) a B-41), em que os nucleotídeos contidos em Xb', Xb? e Xa são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforoti- oato, e os nucleotídeos contidos em Yº são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00433] B-43) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-37) a B-42), em que os respectivos nucleotídeos termi- nais de Xb' e Xb?, e Xb? e Xa são mutuamente acoplados através de uma ligação fosforotioato, e os respectivos nucleotídeos terminais de Xa e Yº são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiés- ter.
[00434] “No acima mencionado B-37) a B-43), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb?, e o oligonucleotídeo Y é representado por Yº.
[00435] — B-44) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em 73), é representado pela fórmula Fórmula 19 Xb'!-Xb?º-Xbº*-Xa-Yº-B-A (em que, Xb' representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto por 4 a 6 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00436] “Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb? que é composto de 8 a 10 desoxirribonucleotídeos,
[00437] Xb? representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb' que é composto de 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modificado,
[00438] Xaé composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modifi- cado,
[00439] Yº representa um grupo derivado do oligonucleotídeo Yº que é composto de 13 a 18 ribonucleotídeos,
[00440] B representa um grupo alquileno C2.20 ou um grupo alqueni- leno C2-20 (os grupos metileno contidos no grupo alquileno e no grupo alquenileno são independentemente não substituídos ou substituídos por um ou mais substituintes selecionados do grupo que consiste em um átomo de halogênio, um grupo hidroxila, um grupo hidroxila prote- gido, um grupo oxo e um grupo tioxo. Além disso, os grupos metileno do grupo alquileno e o grupo alquenileno são, cada um, independen- temente não substituídos, ou substituídos com -O-, -NRº- (Rº repre- senta um átomo de hidrogênio, um grupo alquila C1-.6 ou um grupo ha- lo-alquila C1-6), -S-, -S(O)- ou -S(0)>-), e
[00441] A representa um grupo derivado de uma molécula funcio- nal).
[00442] B-45)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-42), em que B representa um grupo alquileno C2.20 (os grupos metileno do grupo alquileno não são substituídos independentemente ou substituí- dos por -O-. Os grupos metileno não substituídos são, cada um, inde- pendentemente não substituídos ou substituídos por um grupo hidroxi- la) e A representa um grupo derivado de tocoferol.
[00443] B-46)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-44) ou B-45), em que B é acoplado com o nucleotídeo terminal de Yº atra- vés de uma ligação fosfodiéster.
[00444] —B-47)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-44) a B-46), em que o nucleotídeo com açúcar modifica- do é cada um independentemente selecionado do grupo que consiste em LNA, 2'-O-metil nucleotídeos, 2'-O-metoxietil nucleotídeos e 2'-O- metilcarbamoiletil nucleotídeos.
[00445] — B-48)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-44) a B-47), em que os nucleotídeos com açúcar modifi- cado contidos em Xb', Xb? e Xa são, cada um, independentemente LNA, 2'-O-metoxietil nucleotídeo ou 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotí- deo.
[00446] B-49)O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-44) a B-47), em que os nucleotídeos com açúcar modifi-
cado contidos em Xb', Xbº? e Xa são 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotí- deos.
[00447] —B-50) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-44) a B-48), em que os nucleotídeos contidos em Xb', Xb?, Xbº? e Xa são mutuamente acoplados através de uma ligação fos- foroticato, e os nucleotídeos contidos em Yº são mutuamente acopla- dos através de uma ligação fosfodiéster.
[00448] B-51) O oligonucleotídeo de fita simples descrito em qual- quer um de B-44) a B-50), em que os respectivos nucleotídeos termi- nais de Xb' e Xb?, Xb? e Xb?, e Xb? e Xa são acoplados através de uma ligao fosforotioato, e os respectivos nucleotídeos terminais de Xa e Yº são acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
[00449] No acima mencionado B-44) a B-51), o oligonucleotídeo Xb é representado por Xb!-Xb?-Xb3, e o oligonucleotídeo Y é representado por Yº.
[00450] —B-52) O oligonucleotídeo de fita simples em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-51), em que a porção de base de desoxirribonucle- otídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado é pelo menos um tipo selecionado do grupo constituído por adenina (A), gua- nina (G), timina (T), citosina (C), uracilo (U) e 5-metilcitosina (5-me-C).
[00451] —D-1) Um produto farmacêutico contendo como ingrediente ativo o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52).
[00452] — Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-1), em que a parte representada por Xb!-Xb?-Xa?-Xa' é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb? e a porção representada por Y?-Y' se hibridiza dentro da mo- lécula do mesmo, é mostrado na Figura 1. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 1, Xb! composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 6 a 8 desoxirribonucleotí-
deos, Xa* composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos, Xa? composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, Y? composto por 6 a 8 ribonucleotídeos e Y* composto por 2 ou 3 de nucleotídeos com açú- car modificado estão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Y' pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5º. Na Figura 1, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb' e Y* formam uma fita dupla.
[00453] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-2), em que a parte representada por Xb!-Xb?-Xa?-Xa' é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb? e a porção representada por Y?-Y' se hibridiza dentro da mo- lécula do mesmo, é mostrado na Figura 2. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 2, Xb! composto de 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 6 a 8 desoxirribonucleotí- deos, Xa* composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos, Xa? composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, Y? composto por 6 a 8 ribonucleotídeos, Y* composto por 2 ou 3 de nucleotídeos com açúcar modificado, B, que é um grupo alquileno C2.20 e similares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, são ligados nesta or- dem. A direção da ligação de Xb' a Y'? pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5º. Na Figura 2, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb' e Y formam uma fita dupla.
[00454] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-11), em que a parte representada por Xb!-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb'- Xb? e a porção representada por Y?-Y' se hibridiza dentro da molécula do mesmo, é mostrado na Figura 3. No oligonucleotídeo de fita sim- ples mostrado na Figura 3, Xb* composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonucleotídeos, Xa composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Yº? com- posto por 8 a 10 ribonucleotídeos, e Y* composto por 4 ou 5 nucleotí-
deos com açúcar modificado, estão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Y' pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5. Na Figura 3, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb' e Y* formam uma fita dupla.
[00455] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-12), em que a porção representada por Xb!-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb? e a porção representada por Y?-Y'* se hibridiza dentro da mo- lécula do mesmo, é mostrado na Figura 4. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 4, Xb! composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb ? composto por 8 a 10 desoxirribonucleotí- deos, Xa composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Y? composto por 8 a 10 ribonucleotídeos, Y* composto por 4 ou 5 nucleo- tídeos com açúcar modificado, B, que é um grupo alquileno C2.20 e si- milares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, es- tão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Y'? pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 50. Na Figura 4, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb* e Y* formam uma fita dupla.
[00456] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-20), em que a porção representada por Xb!-Xb2-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb?-Xb? e a porção representada por Yº-Y' se hibridiza dentro da molécula do mesmo, é mostrado na Figura 5. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 5, Xb! composto por 4 a 6 nucleotí- deos com açúcar modificado, Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonu- cleotídeos, Xb? composto por 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modifi- cado, Xa composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modificado, Y? composto por 9 a 12 ribonucleotídeos, e Y* composto por 4 a 6 nucleo- tídeos com açúcar modificado, são ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Y' pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5.
Na Figura 5, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb' e Y* formam uma fita dupla.
[00457] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-21), em que a porção representada por Xb!-Xb2-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb?-Xb? e a porção representada por Y?-Y' se hibridiza dentro da molécula do mesmo, é mostrado na Figura 6. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 6, Xb' composto por 4 a 6 nucleotí- deos com açúcar modificado, Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonu- cleotídeos, Xb? composto por 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modifi- cado, Xa composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modificado, Y? composto por 9 a 12 ribonucleotídeos, Y* composto por 4 a 6 nucleotí- deos com açúcar modificado, B, que é um grupo alquileno C2.20 e simi- lares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, são ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Y'* pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5'. Na Figura 6, Xb? e Y? formam uma fita dupla. Xb' e Y* formam uma fita dupla.
[00458] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-29), em que a parte representada por Xb!-Xb?-Xa?-Xa' é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb? e a porção representada por Yº se hibridiza dentro da molécu- la do mesmo, é mostrado na Figura 7. No oligonucleotídeo de fita sim- ples mostrado na Figura 7, Xb* composto por 2 ou 3 de nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 6 a 8 desoxirribonucleotí- deos, Xa* composto por 1 a 3 desoxirribonucleotídeos, Xa? composto por 2 ou 3 nucleotídeos com açúcar modificado, Yº composto por 8 a 11 ribonucleotídeos, B, que é um grupo alquileno C2.20 e similares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, estão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb'! a Yº pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5º. Na Figura 7, Xb? e Yº formam uma fita dupla.
Xb' e Yº formam uma fita dupla.
[00459] Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-37), em que a porção representada por Xb!-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb? e a porção representada por Yº se hibridiza dentro da molécu- la do mesmo, é mostrado na Figura 8. No oligonucleotídeo de fita sim- ples mostrado na Figura 8, Xb' composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonucleotídeos, Xa composto por 4 ou 5 nucleotídeos com açúcar modificado, Yº com- posto por 12 a 15 ribonucleotídeos, B, que é um alquileno C2. 20 e simi- lares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, estão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Yº pode estar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5'. Na Figura 8, Xb? e Yº formam uma fita dupla. Xb' e Yº formam uma fita dupla.
[00460] “Um diagrama conceitual do oligonucleotídeo de fita simples descrito em B-44), em que a porção representada por Xb!-Xb2?-Xb?-Xa é uma porção da sequência antissentido, e a porção representada por Xb!-Xb?-Xb? e a porção representada por Yº se hibridiza dentro da mo- lécula do mesmo, é mostrado na Figura 9. No oligonucleotídeo de fita simples mostrado na Figura 9, Xb! composto por 4 a 6 nucleotídeos com açúcar modificado, Xb? composto por 8 a 10 desoxirribonucleotí- deos, Xb? composto por 1 ou 2 nucleotídeos com açúcar modificado, Xa composto por 3 ou 4 nucleotídeos com açúcar modificado, Yº com- posto por 13 a 18 ribonucleotídeos, B, que é um grupo alquileno C2-20 e similares, e A, que é um grupo derivado de uma molécula funcional, estão ligados nesta ordem. A direção da ligação de Xb' a Yº pode es- tar na direção 5' a 3' ou na direção 3' a 5º. Na Figura 9, Xb? e Yº for- mam uma fita dupla. Xb' e Yº formam uma fita dupla.
[00461] A seguir são listados exemplos de métodos preferenciais para usar o oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção.
[00462] E-1) Um método para controlar uma função de um RNA al- vo, compreendendo uma etapa para colocar em contato o nucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) com uma célula.
[00463] E-2) O método para controlar uma função de um RNA alvo em um mamífero, compreendendo uma etapa para administração de uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B- 52) para o mamífero.
[00464] E-3) O método descrito em E-2), em que o mamífero é um ser humano.
[00465] EH) O método descrito em E-2) ou E-3), em que uma via de administração é enteral.
[00466] E-5)O método descrito em E-2) ou E-3), em que uma via de administração é parenteral.
[00467] E-6) Uma utilização do oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) para controlar uma função de um RNA alvo em um mamífero.
[00468] E-7) Uma utilização do oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) para produzir um fármaco para controlar um RNA alvo em um mamífero.
[00469] E-8)A utilização descrita em E-6) ou E-7), em que o mamí- fero é um ser humano.
[00470] O controle da função de um RNA alvo na presente invenção refere-se a suprimir a tradução ou regular ou converter uma função de junção, como a junção por éxon que ocorre cobrindo uma porção de um RNA alvo devido à hibridização por uma porção da sequência an- tissentido ou suprimindo uma função de um RNA alvo degradando o RNA alvo mencionado acima que é capaz de ocorrer como resultado do reconhecimento de uma porção hibridizada de uma porção da se-
quência antissentido e uma parte do RNA alvo.
[00471] E-9) Um método para controlar uma expressão de um ge- ne-alvo, compreendendo uma etapa para colocar em contato o oligo- nucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) com uma célula.
[00472] E-10) Um método para controlar uma expressão de um ge- ne-alvo em um mamífero, compreendendo uma etapa para administra- ção de uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B- 52) para o mamífero.
[00473] E-11) O método descrito em E-10), em que o mamífero é um ser humano.
[00474] E-12) O método descrito em E-10) ou E-11), em que uma via de administração é enteral.
[00475] E-13) O método descrito em E-10) ou E-11), em que uma via de administração é parenteral.
[00476] E-14) Uma utilização do oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) para controlar uma expressão de um gene-alvo em um mamífero.
[00477] E-15) Uma utilização do oligonucleotídeo de fita simples descrito em qualquer um de 1) a 85) e B-1) a B-52) para produzir um fármaco para controlar uma expressão de um gene-alvo em um mamí- fero.
[00478] E-16)A utilização descrita em E-14) ou E-15), em que o mamífero é um ser humano.
[00479] “Embora o acima exposto tenha fornecido uma explicação dos aspectos preferenciais dos oligonucleotídeos de fita simples, o oli- gonucleotídeo de fita simples da presente invenção não se limita aos aspectos mencionados acima. O oligonucleotídeo de fita simples inclui, por exemplo, o que está presente no presente após ter sido submetido a tautomerismo ou isomerismo geométrico, independentemente se en- docíclico ou exocíclico, bem como o presente como misturas dos mesmos ou como misturas dos respectivos isômeros dos mesmos. Além disso, no caso da presença de um centro assimétrico ou no caso de gerar um centro assimétrico como resultado da isomerização, o oli- gonucleotídeo de fita simples inclui aquele que está presente como seus respectivos isômeros ópticos e misturas de proporções arbitrá- rias. Além disso, no caso de um composto com dois ou mais centros assimétricos, também estão presentes diastereômeros devido aos seus respectivos isômeros ópticos. A presente invenção inclui todas essas formas em sua proporção opcional.
[00480] A presente invenção também inclui um sal farmaceutica- mente aceitável do nucleotídeo de fita simples representado pela fór- mula (1).
[00481] O oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmu- la (1) também pode ser convertido em um sal farmaceuticamente acei- tável ou liberado de um sal formado, conforme necessário. Exemplos do sal farmaceuticamente aceitável do oligonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1) incluem um sal formado com um metal alcalino (como lítio, sódio e potássio), um metal alcalino-terroso (como magnésio e cálcio), amônio, uma base orgânica (como trietilamina e trimetilamina), um aminoácido (como glicina, lisina e ácido glutâmico), ácidos inorgânicos (como ácido clorídrico, ácido bromídrico, ácido fosfóri- co e ácido sulfúrico) e um ácido orgânico (como como ácido acético, áci- do cítrico, ácido maleico, ácido fumárico, ácido tartárico, ácido benze- nossulfônico, ácido metanossulfônico e ácido p-toluenossulfônico).
[00482] Em particular, uma estrutura parcial representada por - P(=O)(OH)- pode ser convertida em uma estrutura parcial aniônica re- presentada por -P(=O)(O')- para formar um sal com um metal alcalino (como lítio, sódio e potássio), um metal alcalino-terroso (como magné-
sio e cálcio) ou amônio. Além disso, uma estrutura parcial representa- da por -P(=O)(SH)-, que forma uma ligação fosforotioato, pode ser convertida em uma estrutura parcial aniônica representada por - P(=O)(S')- para formar similarmente um sal com um metal alcalino, um metal alcalino-terroso ou amônio.
[00483] A presente invenção também inclui um pró-fármaco do oli- gonucleotídeo de fita simples representado pela fórmula (1).
[00484] Um pró-fármaco refere-se a um derivado de um composto farmacêutico com um grupo que pode ser degradado química ou me- tabolicamente, e é um composto que é degradado por solvólise ou in vivo sob condições fisiológicas e derivado de um composto farmacêutico far- maceuticamente ativo. Métodos adequados para selecionar e produzir derivados de pró-fármacos são descritos em, por exemplo, Design of Prodrugs (Elsevier, Amsterdam, 1985). No caso da presente invenção, e no caso de ter um grupo hidroxila, um exemplo de pró-fármaco é um de- rivado acilóxi produzido por reação do composto com um haleto de acila adequado, um anidrido ácido adequado ou um composto alquiloxicarbo- nila halogenado adequado. Exemplos particularmente preferenciais das estruturas do pró-fármaco incluem -O-COC2Hs, -O-CO(t-Bu), -O- COC15sH31, -O-CO(M-CO2Na-Ph), -O-COCH2CH2CO2Na-OCOCH(NH>2) CH3, -O-COCHAN(CH3)2 ou -O-CH20C(=O0)CH3. No caso de o oligonu- cleotídeo de fita simples que forma a presente invenção possuir um grupo amino, exemplos do pró-fármaco incluem aqueles produzidos pela reação do composto que possui um grupo amino com um haleto de ácido adequado, um anidrido de ácido misto adequado ou um com- posto alquiloxicarbonila halogenado adequado. Exemplos particular- mente preferenciais da estrutura do pró-fármaco incluem -NH-CO (CH2)20OCH3, -NH-COCH(NH2)CHsa, -NH-CH20C(=O0)CH; e similares.
[00485] “Embora o oligonucleotídeo de fita simples indicado na fór- mula (1) da presente invenção, ou um sal farmaceuticamente aceitável do mesmo, possa estar presente em uma forma cristalina arbitrária ou hidrato arbitrário de acordo com as condições de produção, essas for- mas cristalinas, hidratos e misturas dos mesmos estão incluídos no escopo da presente invenção. Além disso, também pode estar presen- te como um solvato de um solvente orgânico, como acetona, etanol, 1- propanol, 2-propanol e similares, e todas essas formas também estão incluídas no escopo da presente invenção.
[00486] O oligonucleotídeo de fita simples pode ser produzido sele- cionando adequadamente um método conhecido pelos versados na técnica. Por exemplo, um versado na técnica é capaz de sintetizar o oligonucleotídeo de fita simples projetando a sequência nucleotídica do oligonucleotídeo de fita simples com base nos dados da sequência de nucleotídeos de um RNA alvo e depois sintetizando o oligonucleotí- deo de fita simples usando um sintetizador automatizado de ácido nu- cleico disponível comercialmente (como o fabricado pela Applied Biosystems, Beckman ou GeneDesign Inc.). Além disso, também pode ser sintetizado por uma reação utilizando enzimas. Exemplos das en- zimas mencionada acimas incluem, mas não estão limitados a polime- rases, ligases e enzimas de restrição. Ou seja, um método para pro- duzir o oligonucleotídeo de fita simples de acordo com a presente mo- dalidade pode compreender uma etapa para estender uma fita de nu- cleotídeo na extremidade 3' ou na extremidade 5' de um oligonucleotí- deo contendo pelo menos um de X, Y, Xz, Yz, Lx e Ly (entre eles, um oligonucleotídeo contendo pelo menos um de Xe Y).
[00487] São conhecidos na técnica numerosos métodos para a li- gação de moléculas funcionais com o oligonucleotídeo, e seus exem- plos podem ser referenciados, por exemplo, no European Journal of Pharmaceuticals and Biopharmaceutics, Vol. 107, pp. 321-340 (2016), Advanced Drug Delivery Reviews, Vol. 104, pp. 78-92 (2016) ou Expert Opinion on Drug Delivery, Vol. 11, pp. 791-822 (2014). Por exemplo,
após a ligação de uma molécula funcional e de um ligante de acordo com um método conhecido, o material resultante é derivado de uma amidita com um reagente de amiditação ou derivado de uma forma de H-fosfonato com um reagente de H-fosfonato seguido de ligação ao oligonucleotídeo.
[00488] “Um oligonucleotídeo de fita simples pode ser preparado por purificação do oligonucleotídeo resultante por cromatografia em coluna em fase reversa e similares. Um oligonucleotídeo de fita simples que se hibridizou dentro de uma molécula do mesmo pode ser preparado misturando o oligonucleotídeo de fita simples preparado em uma solu- ção tampão adequada e desnaturando por vários minutos (como 5 mi- nutos) de 90ºC a 98ºC, seguido de hibridização ao longo de 1 a 8 ho- ras de 30ºC a 70ºC. Há casos em que a etapa de hibridização intramo- lecular pode ser omitida.
[00489] O oligonucleotídeo de fita simples é capaz de controlar efe- tivamente a expressão de um gene-alvo. Dessa forma, a presente in- venção é capaz de fornecer uma composição contendo o oligonucleo- tídeo de fita simples como seu ingrediente ativo para, por exemplo, controlar a expressão de um gene-alvo com base em um efeito antis- sentido. Em particular, uma vez que o oligonucleotídeo de fita simples permite a obtenção de alta eficácia farmacológica por administração em baixa concentração, composições farmacêuticas para o tratamen- to, prevenção e melhora de doenças como doenças metabólicas, tu- mores ou infecções associadas à superexpressão de um gene-alvo também poder ser fornecidas em várias modalidades.
[00490] “Uma composição contendo o oligonucleotídeo de fita sim- ples pode ser formulada de acordo com um método de preparação farmacêutica conhecido. Por exemplo, uma composição contendo o oligonucleotídeo de fita simples pode ser usada por via enteral (como por via oral) ou por via parenteral como cápsula, comprimido, pílula, lí-
quido, pó, grânulo, grânulo fino, preparação revestida por filme, pastilha, troche, preparação sublingual, preparação mastigável, preparação bucal, pasta, xarope, suspensão, elixir, emulsão, preparação com revestimento, pomada, emplastro, preparação absorvida transcutaneamente, loção, inalante, aerossol, preparação ou supositório para injeção.
[00491] Essas preparações podem ser adequadamente combina- das com um veículo farmaceuticamente aceitável ou um veículo na forma de um alimento ou bebida, exemplos específicos dos quais inclu- em água estéril ou soro fisiológico, óleo vegetal, solvente, base, emulsifi- cante, agente de suspensão, tensoativo, ajustador de pH, estabilizante, aromatizante, fragrância, excipiente, veículo, conservante, ligante, diluen- te, agente isotônico, analgésico, carga, agente de desintegração, tam- pão, agente de revestimento, lubrificante, corante, adoçante, agentes es- pessantes, corretivo, auxiliar de solubilização e outros aditivos.
[00492] “Não há limitações particulares na forma de administração da composição contendo o oligonucleotídeo de fita simples, e exem- plos da mesma incluem administração enteral (oral e afins) e parente- ral. Mais preferencialmente, exemplos de formas de administração in- cluem administração intravenosa, administração intra-arterial, adminis- tração intraperitoneal, administração subcutânea, administração intra- dérmica, administração intratraqueal, administração retal, administra- ção intramuscular, administração intratecal, administração intraventri- cular, administração transnasal e administração intravítrea e adminis- tração por infusão.
[00493] “Não há limitações particulares para a doença capaz de ser tratada, prevenida ou melhorada usando o oligonucleotídeo de fita simples, e seus exemplos incluem doenças metabólicas, doenças cir- culatórias, tumores, infecções, doenças oftálmicas, doenças inflamató- rias, doenças autoimunes, doenças raras hereditárias e doenças cau- sadas pela expressão de um gene. Exemplos específicos incluem hi-
percolesterolemia, hipertrigliceridemia, atrofia muscular espinhal, dis- trofia muscular (como distrofia muscular de Duchenne, distrofia miotô- nica, distrofia muscular congênita (como distrofia muscular congênita tipo Fukuyama, distrofia muscular congênita do tipo Ullrich, distrofia muscular congênita com deficiência de merosina, deficiência de inte- grina ou síndrome de Walker Warburg), distrofia muscular de Becker, distrofia muscular de cintura, distrofia muscular de Miyoshi ou distrofia muscular facioescapuloumeral), doença de Huntington, doença de Al- zheimer, amiloidose relacionada com transtirretina, cardiomiopatia amiloide familiar, esclerose múltipla, doença de Crohn, doença infla- matória intestinal, acromegalia, diabetes tipo 2, nefropatia crônica, in- fecção pelo vírus RS, febre hemorrágica do Ebola, vírus Marburg, HIV, influenza, hepatite B, hepatite C, cirrose, insuficiência cardíaca crôni- ca, fibrose miocárdica, fibrilação atrial, câncer de próstata, melanoma, câncer de mama, câncer pancreático, câncer colorretal, carcinoma de células renais, colangiocarcinoma, câncer cervical, câncer de fígado, câncer de pulmão, leucemia, linfoma não Hodgkin, dermatite atópica, glaucoma e degeneração macular relacionada com a idade. O gene que causa a doença mencionada acima pode ser configurado para o gene-alvo mencionado acima, correspondente ao tipo da doença, e a sequência de controle de expressão mencionada acima (como uma sequência antissentido) pode ser configurada adequadamente, corres- pondendo à sequência do gene-alvo mencionado acima.
[00494] — Além de primatas, como seres humanos, uma variedade de outras doenças de mamíferos pode ser tratada, prevenida e melhorada por composições compreendendo oligonucleotídeos de fita simples. Por exemplo, embora não limitados a isso, várias doenças de espécies de mamíferos, incluindo vacas, ovelhas, cabras, cavalos, cães, gatos, porquinhos-da-índia e outros bovinos, ovinos, equinos, caninos, felinos e espécies de roedores, como ratos, podem ser tratadas. Além disso,
uma composição contendo o oligonucleotídeo de fita simples também pode ser aplicada a outras espécies, como aves (como galinhas).
[00495] “Quando uma composição contendo um oligonucleotídeo de fita simples é administrada ou alimentada a animais, incluindo seres hu- manos, a dose de administração ou quantidade ingerida pode ser ade- quadamente selecionada, dependendo da idade, peso corporal, sintomas ou estado de saúde do indivíduo ou o tipo de composição (produtos far- macêuticos, alimentos e bebidas) e similares, e a dose de administração ou quantidade ingerida é, de preferência, 0,0001 mg/kg/dia a 100 mg/kg/dia como a quantidade do oligonucleotídeo de fita simples.
[00496] O oligonucleotídeo de fita simples é capaz de controlar a expressão de um gene-alvo de maneira extremamente eficaz. Dessa forma, um método para controlar a expressão de um gene-alvo por um efeito antissentido pode ser fornecido pela administração do oligonu- cleotídeo de fita simples a animais, incluindo seres humanos. Além disso, um método para tratar, prevenir ou melhorar várias doenças as- sociadas à superexpressão de um gene-alvo também pode ser forne- cido, o que compreende administrar uma composição contendo o oli- gonucleotídeo de fita simples a animais, incluindo seres humanos.
EXEMPLO
[00497] “Embora os seguintes forneçam uma explicação mais deta- lhada da presente invenção com base em Exemplos e Exemplos Comparativos, as modalidades da presente invenção não estão limita- das aos seguintes Exemplos. No exemplo a seguir e nas Figuras 10, 12 e 14, "Exemplo" refere-se ao Exemplo, "Comparativo" refere-se ao Exemplo Comparativo e "controle" refere-se ao controle. Exemplo 1, Exemplo Comparativo 1
[00498] Os oligonucleotídeos descritos na Tabela 1 foram prepara- dos usando o Sintetizador de Ácido Nucleico Automatizado nS-8I! (fa- bricado pela GeneDesign). O gene-alvo é o membro 1 da classe B do receptor de sequestrante de camundongo (SRB1). Aliás, nas notações de sequência mostradas na Tabela 1, “(L)” refere-se a LNA, “(M)' refe- re-se a em 2'-O-metil nucleotídeo, letras minúsculas referem-se a de- soxirribonucleotídeo, letras maiúsculas (exceto para os alfabetos men- cionados acima anexados com (L) e (M)) referem-se ao ribonucleotí- deo, ““" refere-se a uma ligação fosforotioato, “5” indica que a base do nucleotídeo é 5-metilcitosina. “Toc-TEG-” indica que uma porção obti- da pela remoção de um átomo de hidrogênio do grupo hidroxila do to- coferol representado pela fórmula (IV) a seguir está ligada a um único átomo de oxigênio do grupo fosfato na extremidade 5' por meio de um grupo representado pela seguinte fórmula (111-2): Fórmula 20 * MO A ONÇA “. 12 (em que um asterisco (*) representa um sítio de ligação com o oligo- nucleotídeo Y, enquanto dois asteriscos (**) representam um sítio de ligação com tocoferol). Fórmula 21 o Tabela 1 Exemplo 1 Ao SA Base 1124X ecoa
[00499] A hibridização intramolecular no Exemplo 1 e a hibridização intermolecular entre dois oligonucleotídeos no Exemplo Comparativo 1 foram realizadas por aquecimento por 5 minutos a 95ºC seguido de re- pouso por 1 hora a 37ºC a uma temperatura constante. A hibridização foi confirmada por eletroforese em gel de poliacrilamida não desnaturante.
Exemplo de Avaliação 1
[00500] O Exemplo 1 e o Exemplo Comparativo 1, cada um dissol- vido em soro fisiológico (solução salina normal de Otsuka, Otsuka Pharmaceutical Factory) foram administrados por via intravenosa a camundongos C57BL/6J (macho, cinco semanas de idade, Japan Charles River), de modo que a dosagem por peso corporal do camun- dongo fosse de 40 nmol/kg em termos da quantidade do oligonucleotí- deo antissentido. Somente solução salina fisiológica (solução salina normal Otsuka, Otsuka Pharmaceutical Factory) foi administrada como controle. Após a coleta de sangue do plexo venoso orbital 3 dias após a administração, o tecido do fígado foi removido sob anestesia com isoflurano. A extração de RNA do fígado foi realizada usando o Mini Kit RNeasy (fabricado pela Qiagen) de acordo com o protocolo recomen- dado da Qiagen. O cDNA foi obtido do RNA total usando o PrimeScript RT Master Mix (fabricado pela Takara Bio Inc.). A PCR em tempo real foi então realizada com o sistema 7500 Real-Time PCR (fabricado pela Applied Biosystems) usando o cDNA resultante e o TagqManO Gene Expression ID (fabricado pela Applied Biosystems) para determinar a quantidade de mMRNA de SRB1. Durante a PCR em tempo real, a quantidade de MRNA de um gene de manutenção na forma de ciclofilina foi analisada simultaneamente e a quantidade de mMRNA de SRB1 em relação à quantidade de mRNA de ciclofilina foi avaliada como o nível de expressão de SRB1. Os resultados são mostrados na Figura 10.
[00501] A propósito, o iniciador utilizado foi o TagqMan Gene Ex- pression Assay (fabricado pela Applied Biosystems) e o ID do Ensaio foi o seguinte:
[00502] Ensaio de SRB1 no camundongo: MmMOO450234 m1
[00503] Ensaio de ciclofilina no camundongo: MmO0234230 9g1
[00504] Como é claro na Figura 10, confirmou-se que o oligonucleo- tídeo de fita simples (Exemplo 1) de acordo com a presente invenção demonstrou um efeito antissentido similar em comparação com HDO (Exemplo Comparativo 1). Exemplo de Avaliação 2
[00505] Os resultados da eletroforese em gel de poliacrilamida não desnaturada antes e após o tratamento de hibridização intramolecular mencionado acima no Exemplo 1 são mostrados na Figura 11. Marca- dores de tamanho de DNA de fita simples para eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram usados como marcadores de tamanho do DNA de fita simples. Contém DNA de fita simples com um número de nucleotídeos de 15, 20, 30, 40, 50, 60 e 80. Marcadores de tamanho de RNA de fita dupla para eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram utilizados como marcadores de tamanho do RNA de fita dupla. Contém RNA de fita dupla com um número de pares de bases de 17, 21, 25 e 29. Aliás, na Figura 11, "nº da faixa" indica o número de faixas no teste de eletroforese mencionado acima, "Exemplo nº" indica o número de exemplos, "antes" indica os resultados antes do tratamento de hibridização mencionado acima, "depois" indica os re- sultados após o tratamento de hibridização mencionado acima, "mar- cador de tamanho ss-DNA'" indica marcadores de tamanho do DNA de fita simples, "marcador tamanho ds-RNA'" indica marcadores de tama- nho do RNA de fita dupla, "mer" indica o número de bases e "bp" indi- ca o número de pares de bases.
[00506] “Como é claro na Figura 11, foi confirmado que o oligonu- cleotídeo de fita simples, de acordo com a presente invenção, adota a estrutura da hibridização intramolecular sem passar por uma etapa es- pecial de hibridização ou por operações simples de aquecimento e res- friamento. Exemplo 2, Exemplo Comparativo 2
[00507] Os oligonucleotídeos descritos na Tabela 2 foram prepara- dos usando o Sintetizador de Ácido Nucleico Automatizado nS-8I! (fa-
bricado pela GeneDesign). O gene-alvo é o Homólogo de Fosfatase Humana e Tensina Deletado do Cromossomo 10 (PTEN). Aliás, nas no- tações de sequência mostradas na Tabela 2, "(m)" indica 2'-O-metoxietil nucleotídeo, "5" indica que a base do nucleotídeo é 5-metilcitosina, "5 (x)" indica que a base do desoxirribonucleotídeo é 5-metilcitosina, e as ou- tras indicações de sequência são as mesmas da Tabela 1.
[00508] “Sequência (lado esquerdo representa o lado 5' e o lado di- reito representa o lado 3') Comentários Tabela 2 Exemplo Comparativo 3
[00509] (SEQID NO:6) Exemplo 2
[00510] (SEQIDNO:4 Exemplo Comparativo 2
[00511] (SEQIDNO:5) [E Sequence Tefi side represents 5"side and right side represents 3-side)— |Remaris — — (SEQ ID NO: 4) [500 te 8'a Tim)" T(m)"T(m)"G(m)"A(m) (Bases 17-20: Xa Comparative Bases 21-38: XD [EE mm | (SEQ ID NO: 5) (SEQ ID NO: 6) [500560 56) gg a Tim) T(m)"T(m)"G(m)"A(m)
[00512] A hibridização intramolecular no Exemplo 2 e no Exemplo Comparativo 3 foi realizada por aquecimento durante 5 minutos a 95ºC, seguido de repouso durante 1 hora a 37ºC a uma temperatura constante. A hibridização foi confirmada por eletroforese em gel de po- liacrilamida não desnaturante. Exemplo de Avaliação 3
[00513] As células de linhagens de células derivadas de hepatoma humano HuH-7 foram semeadas em uma placa de 96 poços de modo a ser de 3.000 células/poço, e cultivadas a 37ºC sob 5% de CO, du-
rante 24 horas. Cada oligonucleotídeo na Tabela 2 foi adicionado a cada poço usando Lipofectamina? RNAiMax (fabricado por Thermo Fisher Scientific) de modo que a concentração final fosse de 1 nM (transfecção). Após 4 horas, o meio foi trocado e após 20 horas adici- onais, as células foram coletadas e o RNA total foi extraído das células usando o RNeasy mini kit (fabricado pela QIAGEN).
[00514] O cDNA foi obtido do RNA total usando PrimeScript RT Master Mix (fabricado pela Takara Bio Inc.). Utilizando o cDNA obtido e o TagqMan º Gene Expression ID (fabricado pela Applied Biosys- tems), a PCR em tempo real foi realizada pelo sistema 7500 Real- Time PCR (fabricado pela Applied Biosystems) para determinar a quantidade de mMRNA do PTEN. Na PCR em tempo real, a quantidade de mRNA de um gene de manutenção GAPDH (gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase) também foi determinada simultaneamente, e a quanti- dade de mRNA de PTEN em relação à quantidade de MRNA de GA- PDH foi avaliada como o nível de expressão do PTEN, respectivamen- te. As células não submetidas ao procedimento de transfecção foram usadas como controle. Os resultados são mostrados na Figura 12.
[00515] Aliás, os iniciadores usados são TagqMan Gene Expression Assay (fabricado pela Applied Biosystems) e o ID do ensaio foi o se- guinte:
[00516] —Ensaiode PTEN humano: Hs02621230
[00517] Ensaio de GAPDH humana: Hs99999905 m1
[00518] “Como é claro na Figura 12, confirmou-se que o oligonucleo- tídeo de fita simples (Exemplo 2), de acordo com a presente invenção, demonstrou um alto efeito antissentido mais alto em comparação com ASO (Exemplo Comparativo 2). Além disso, confirmou-se que o oligo- nucleotídeo de fita simples (Exemplo 2), de acordo com a presente in- venção, demonstrou um efeito antissentido igual ou superior ao de HDO (Exemplo Comparativo 3) que foi acoplado ao oligonucleotídeo.
Exemplo de Avaliação 4
[00519] Os resultados da eletroforese em gel de poliacrilamida não desnaturada antes e após o tratamento de hibridização intramolecular mencionado acima no Exemplo 2 são mostrados na Figura 13. Marca- dores de tamanho de DNA de fita simples para eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram usados como marcadores de tamanho do DNA de fita simples. Marcadores de tamanho de RNA de fita dupla pa- ra eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram utilizados co- mo marcadores de tamanho do RNA de fita dupla. Aliás, abreviações na Figura 13 são iguais às da Figura 11.
[00520] Como é claro na Figura 13, foi confirmado que o oligonu- cleotídeo de fita simples, de acordo com a presente invenção, adota a estrutura da hibridização intramolecular sem passar por uma etapa es- pecial de hibridização ou por operações simples de aquecimento e res- friamento. Exemplo 3, Exemplos Comparativos 4 e 5
[00521] Os oligonucleotídeos descritos na Tabela 3 foram prepara- dos usando o Sintetizador de Ácido Nucleico Automatizado nS-8I! (fa- bricado pela GeneDesign). O gene-alvo é o membro 1 da classe B do receptor de sequestrante de camundongo (SRB1). Aliás, nas notações de sequência na Tabela 3, "(V)" indica 2'-O-metilcarbamoiletil nucleotí- deo, e as outras notações de sequência são as mesmas da Tabela 1 e Tabela 2.
[00522] Sequência (lado esquerdo representa o lado 5' e o lado di- reito representa o lado 3') Comentários Tabela 3 Exemplo Comparativo 5
[00523] (SEQIDNO:9)
Exemplo Comparativo 4
[00524] (SEQIDNO:8) Exemplo 3
[00525] (SEQIDNO:7) Molécula funcional está ligada [| ] Sequence(efisiderepresents5"side and rightside represents 3-side) “IRemarss =— >] (SEQIDNO:7) |n&t ga e TV) SW) SO) TIV)TIV) (Bases 17-20: Xa, Example 4 — [GV SW) T(V)TIV)"5(V) agora E a o TIV)IS0V) SW) ITOV)ITIV) (SEQ ID NO: 8) (SEG ID NO 9) 50 a E Co a tg a o É T(V) S(V) SO) TV) T(V) is bound
[00526] A hibridização intramolecular no Exemplo 3 e no Exemplo Comparativo 5 foi realizada por aquecimento durante 5 minutos a 95ºC, seguido de repouso durante 1 hora a 37ºC a uma temperatura constante. A hibridização foi confirmada por eletroforese em gel de po- liacrilamida não desnaturante.
Exemplo de Avaliação 5
[00527] O mesmo método de avaliação que no Exemplo de Avalia- ção 1 foi utilizado. Cada oligonucleotídeo do Exemplo 3 e do Exemplo Comparativo 5 na Tabela 3 foi administrado por via intravenosa, de modo que a dosagem foi de 0,7 umol/kg por corpo individual de ca- mundongo, em termos da quantidade de oligonucleotídeos antissenti- do, e do oligonucleotídeo do Exemplo Comparativo 4, de modo que a dosagem foi 1. 4 umol/kg por corpo individual de camundongo em ter- mos da quantidade de oligonucleotídeos antissentido. A administração apenas de soro fisiológico (solução salina normal Otsuka, Otsuka Pharmaceutical Factory) foi utilizada como controle. A quantidade de MRNA de SRB1 em relação à quantidade de mRNA de ciclofilina no tecido hepático três dias após a administração foi avaliada como o ní- vel de expressão de SRB1. Os resultados são mostrados na Figura 14.
[00528] “Como é claro na Figura 14, confirmou-se que o oligonucleo-
tídeo de fita simples (Exemplo 3) de acordo com a presente invenção demonstrou um efeito antissentido mais alto em comparação com ASO (Exemplo Comparativo 4). Além disso, confirmou-se que o oligonucleo- tídeo de fita simples (Exemplo 3), de acordo com a presente invenção, demonstrou um efeito antissentido igual ou superior ao de HDO (Exemplo Comparativo 5) que foi acoplado ao oligonucleotídeo. Exemplo de Avaliação 6
[00529] Os resultados da eletroforese em gel de poliacrilamida não desnaturada antes e após o tratamento de hibridização intramolecular mencionado acima no Exemplo 3 são mostrados na Figura 15. Marca- dores de tamanho de DNA de fita simples para eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram usados como marcadores de tamanho do DNA de fita simples. Marcadores de tamanho de RNA de fita dupla pa- ra eletroforese, fabricados pela GeneDesign Inc., foram utilizados co- mo marcadores de tamanho do RNA de fita dupla. Aliás, abreviações na Figura 15 são iguais às da Figura 11.
[00530] “Como é claro na Figura 15, foi confirmado que o oligonu- cleotídeo de fita simples, de acordo com a presente invenção, adota a estrutura da hibridização intramolecular sem passar por uma etapa es- pecial de hibridização ou por operações simples de aquecimento e res- friamento.
APLICABILIDADE INDUSTRIAL
[00531] O uso do oligonucleotídeo de fita simples da presente in- venção torna possível entregar eficientemente um ácido nucleico an- tissentido a um órgão (ou célula) específico com alta especificidade, controlar efetivamente a função de um RNA alvo com esse ácido nu- cleico e/ou efetivamente suprimir a expressão de um gene-alvo. Além disso, uma vez que o oligonucleotídeo de fita simples da presente in- venção é capaz de aplicar várias moléculas como lipídios (como toco- ferol e colesterol), açúcares (como glicose e sacarose), proteínas, pep-
tídeos ou anticorpos como moléculas funcionais para fornecer a um órgão específico, o oligonucleotídeo de fita simples da presente inven- ção é capaz de atingir vários órgãos, tecidos e células. Além disso, uma vez que o seu efeito antissentido não diminui, mesmo que o oli- gonucleotídeo de fita simples da presente invenção seja modificado a fim de conferir resistência à RNase e similares, ele também pode ser usado em um aspecto da administração enteral.
[00532] Dessa forma, o oligonucleotídeo de fita simples da presente invenção permite a obtenção de alta eficácia farmacológica por admi- nistração em baixa concentração e, uma vez que também é superior em termos de redução dos efeitos colaterais adversos como resultado da supressão da distribuição em outros órgãos além do alvo do ácido nucleico antissentido, é útil como uma composição farmacêutica e si- milares para o tratamento e prevenção de doenças associadas à fun- ção de um RNA alvo e/ou superexpressão de um gene-alvo, como do- enças metabólicas, tumores ou infecções.

Claims (27)

REIVINDICAÇÕES
1. Oligonucleotídeo de fita simples caracterizado pelo fato de que apresenta a seguinte fórmula (|): [Xz-Lx])-X-Y-[Ly-Yz], (1) em que Y representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Y composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um ribonucleo- tídeo que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, X representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo X composto de 5 a 80 nucleotídeos representados pela fórmula: Xb-Xa em que Xb representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xb composto de 4 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleotí- deo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nu- cleotídeos com açúcar modificado, Xa representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xa composto de 1 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado, e Xa está ligado ao oligonucleo- tídeo Y e o oligonucleotídeo Xb em ambas as extremidades, respecti- vamente, Xz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Xz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
Yz representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Yz composto de 5 a 40 nucleotídeos contendo pelo menos um nucleo- tídeo com açúcar modificado que é selecionado independentemente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleotídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
Lx representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Lx composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado e está ligado ao Xb,
Ly representa um grupo derivado de um oligonucleotídeo Ly composto de O a 20 nucleotídeos que é selecionado independente- mente do grupo que consiste em desoxirribonucleotídeos, ribonucleo- tídeos e nucleotídeos com açúcar modificado,
m representa O ou 1,
quando m representa O, n representa O ou 1,
quando m representa 1, n representa 0,
o oligonucleotídeo X tem uma sequência de nucleotídeos X, o oligonucleotídeo Xa tem uma sequência de nucleotídeos Xa, o oligo- nucleotídeo Xb tem uma sequência de nucleotídeos Xb, o oligonucleo- tídeo Y tem uma sequência de nucleotídeos Y, o oligonucleotídeo Xz tem uma sequência de nucleotídeos Xz, o oligonucleotídeo Yz tem um sequência de nucleotídeos Yz, o oligonucleotídeo Lx tem uma sequên- cia de nucleotídeos Lx e o oligonucleotídeo Ly tem uma sequência de nucleotídeos Ly,
a sequência nucleotídica Xb é complementar à sequência nucleotídica Y,
a sequência nucleotídica X contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo,
quando m representa 1 e n representa O,
a sequência nucleotídica Xz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, quando m representa O e n representa 1, a sequência nucleotídica Yz contém uma sequência antis- sentido que é capaz de se hibridizar com um RNA alvo, e no caso de haver duas ou mais das sequências antissenti- do, o RNA alvo hibridizado por cada porção da sequência antissentido pode ser cada um igual ou diferente, e Xb e Y se hibridizam.
2. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a reivin- dicação 1, caracterizado pelo fato de que Xb se liga a Xa no lado 3' e Y se liga a Xa no lado 5.
3. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a reivin- dicação 1, caracterizado pelo fato de que Xb se liga a Xa no lado 5' e Y se liga a Xa no lado 3”.
4. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que a se- quência antissentido é uma sequência em que cada uma contém inde- pendentemente pelo menos quatro nucleotídeos contíguos reconheci- dos pela RNase H, ou uma sequência contendo pelo menos um nucleotídeo com açúcar modificado e não contendo quatro desoxirribonucleotídeos con- tíguos.
5. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a reivin- dicação 4, caracterizado pelo fato de que pelo menos uma da sequên- cia antissentido é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleo- tídeos contíguos reconhecidos pela RNase H, e a porção da sequência antissentido contém um nucleotídeo com açúcar modificado ligado ad- jacentemente ao lado 5' e o lado 3' da porção de sequência contendo os pelo menos quatro nucleotídeos contíguos mencionados acima, re-
conhecidos pela RNase H.
6. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizado pelo fato de que a porção da sequência antissentido contém uma ligação fosforotioato.
7. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caracterizado pelo fato de que a se- quência antissentido é uma sequência composta de 10 a 30 nucleotí- deos contendo pelo menos um desoxirribonucleotídeo.
8. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 7, caracterizado pelo fato de que a se- quência nucleotídica Y é uma sequência contendo pelo menos quatro nucleotídeos contíguos clivados pela RNase H.
9. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizado pelo fato de que o oligo- nucleotídeo Y contém um ou vários nucleotídeos com açúcar modifi- cado em pelo menos um dos lados 5' e 3' do oligonucleotídeo Y.
10. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qual- quer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que m é Oenéo.
11. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qual- quer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que m é Oené1.
12. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 11, caracterizado pelo fato de que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Ly são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
13. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 11 ou 12, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo Ly é DNA ou RNA.
14. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qual-
quer uma das reivindicações 1 a 9, caracterizado pelo fato de que m é 1enéo.
15. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 14, caracterizado pelo fato de que os nucleotídeos contidos no oligonucleotídeo Lx são mutuamente acoplados através de uma ligação fosfodiéster.
16. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 14 ou 15, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo Lx é DNA ou RNA.
17. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com qual- quer uma das reivindicações 1 a 16, caracterizado pelo fato de conter ainda um grupo derivado de uma molécula funcional que possui pelo menos uma função selecionada do grupo que consiste em uma função de marcação, uma função purificadora e uma função de entrega no sítio-alvo.
18. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 17, caracterizado pelo fato de que a molécula funcional é selecionada do grupo que consiste em açúcares, lipídios, peptídeos, proteínas e derivados dos mesmos.
19. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 17 ou 18, caracterizado pelo fato de que a molécula funcio- nal é um lipídio selecionado do grupo que consiste em colesterol, toco- ferol e tocotrienol.
20. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 17 ou 18, caracterizado pelo fato de que a molécula funcio- nal é um derivado de açúcar que interage com um receptor de asialo- glicoproteína.
21. Oligonucleotídeo de fita simples, de acordo com a rei- vindicação 17 ou 18, caracterizado pelo fato de que a molécula funcio- nal é um peptídeo ou proteína selecionado do grupo que consiste em ligantes receptores e anticorpos.
22. Composição farmacêutica caracterizada pelo fato de conter o oligonucleotídeo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 21 e um veículo farmacologicamente acei- tável.
23. Método para controlar uma função de um RNA alvo, ca- racterizado pelo fato de incluir uma etapa para colocar em contato o oligonucleotídeo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 21 com uma célula.
24. Método para controlar uma função de um RNA alvo em um mamífero, caracterizado pelo fato de incluir uma etapa para admi- nistrar uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotídeo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 21 no mamífero.
25. Método para controlar a expressão de um gene-alvo, caracterizado pelo fato de incluir uma etapa para colocar em contato o oligonucleotídeo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 21 com uma célula.
26. Método para controlar a expressão de um gene-alvo em um mamífero, caracterizado pelo fato de incluir uma etapa para admi- nistração de uma composição farmacêutica contendo o oligonucleotí- deo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1a21 no mamífero.
27. Método para produzir o oligonucleotídeo de fita simples como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 21, caracteri- zado pelo fato de incluir uma etapa para alongamento da fita de nucle- otídeos na extremidade 3' ou na extremidade 5' de um oligonucleotí- deo contendo pelo menos um de Xe Y.
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