BR112020024564A2 - Compostos e métodos para redução da expressão de lrrk2 - Google Patents

Compostos e métodos para redução da expressão de lrrk2 Download PDF

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Tracy A. Cole
Holly Kordasiewicz
Huynh-Hoa Bui
Susan M. Freier
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Ionis Pharmaceuticals, Inc.
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Abstract

compostos e métodos para redução da expressão de lrrk2. a presente invenção refere-se a compostos, métodos e composições farmacêuticas para reduzir a quantidade ou atividade de rna de lrrk2 em uma célula ou animal e, em certos casos, reduzir a quantidade de proteína lrrk2 em uma célula ou animal. tais compostos, métodos e composições farmacêuticas são úteis para melhorar pelo menos 5 um sintoma ou marca de uma doença neurodegenerativa. tais sintomas e características incluem ataxia, neuropatia e formação de agregados. tais doenças neurodegenerativas incluem a doença de parkinson.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para “COM-
POSTOS E MÉTODOS PARA REDUÇÃO DA EXPRESSÃO DE LRRK2”. Listagem de Sequências
[001] O presente pedido está sendo depositado juntamente com uma Listagem de Sequências em formato eletrônico. A Listagem de Se- quência é fornecida como um arquivo intitulado BIOL0324WOSEQ_ST25.txt, criado em 14 de junho de 2019, com 1,12 MB de tamanho. As informações no formato eletrônico da listagem de sequências são incorporadas aqui por referência na sua totalidade. Campo
[002] A presente invenção refere-se a compostos, métodos e com- posições farmacêuticas para reduzir a quantidade ou atividade do RNA da quinase 2 e repetição rica em leucina (LRRK2) em uma célula ou animal e, em certos casos, reduzir a quantidade de proteína LRRK2 em uma célula ou animal. Tais compostos, métodos e composições farma- cêuticas são úteis para melhorar pelo menos um sintoma ou marca de uma doença neurodegenerativa. Tais sintomas e características in- cluem ataxia, neuropatia e formação de agregados. Tais doenças neu- rodegenerativas incluem a doença de Parkinson. Antecedentes
[003] O gene LRRK2 codifica uma proteína com uma região de re- petição de tatu (ARM), uma região de repetição de anquirina (ANK), um domínio de repetição rico em leucina (LRR), um domínio de quinase, um domínio de RAS, um domínio de GTPase e um domínio WD40. A pro- teína está presente em grande parte no citoplasma, mas também se associa à membrana externa mitocondrial. Um segmento da proteína LRRK2 é enriquecido com leucina e pode estar envolvido na transdução de sinal e na montagem do citoesqueleto. Pensa-se também que outras partes da proteína LRRK2 estejam envolvidas nas interações proteína-
proteína. Estudos adicionais indicam que a proteína LRRK2 possui uma função enzimática conhecida como atividade da quinase, incluindo a fosforilação e a atividade da GTPase. O LRRK2 é ativo no cérebro e em outros tecidos do corpo.
[004] Estudos de associação genômica descobriram uma associ- ação entre LRRK2 e doença de Parkinson. De fato, o LRRK2 é o maior contribuidor genético conhecido para a doença de Parkinson. No en- tanto, a doença de Parkinson não foi considerada uma doença genética. A maioria dos casos da doença de Parkinson é idiopática. Aproximada- mente 10 por cento dos casos da doença de Parkinson foram relaciona- dos a uma causa genética. Mutações no gene LRRK2 são a causa mais comum da doença de Parkinson neste grupo relativamente pequeno, representando um a dois por cento do total de casos da doença de Par- kinson.
[005] Atualmente, faltam opções aceitáveis para o tratamento de doenças neurodegenerativas, como a doença de Parkinson, incluindo a doença de Parkinson não mediada por LRRK2. É, portanto, um objetivo aqui fornecer compostos, métodos e composições farmacêuticas para o tratamento de tais doenças. Sumário da Invenção
[006] São fornecidos aqui compostos, métodos e composições far- macêuticas para reduzir a quantidade ou atividade de RNA de LRRK2 e, em certas modalidades, reduzir a quantidade de proteína LRRK2 em uma célula ou animal. Em certas modalidades, o animal tem uma do- ença neurodegenerativa. Em certas modalidades, o animal tem doença de Parkinson. Em certas modalidades, os compostos úteis para reduzir a expressão do RNA de LRRK2 são compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos úteis para reduzir a expressão do RNA de LRRK2 são oligonucleotídeos modificados.
[007] Também são fornecidos métodos úteis para melhorar pelo menos um sintoma ou marca de uma doença neurodegenerativa. Em certas modalidades, a doença neurodegenerativa é a doença de Parkin- son. Em certas modalidades, a doença de Parkinson é doença de Par- kinson mediada por LRRK2 ou doença de Parkinson não mediada por LRRK2. Em certas modalidades, o sintoma ou marca inclui ataxia, neu- ropatia e formação de agregados. Em certas modalidades, a melhoria desses sintomas resulta em função motora melhorada, neuropatia redu- zida e redução no número de agregados. Descrição Detalhada da Invenção
[008] Deve ser entendido que a descrição geral anterior e a des- crição detalhada a seguir são exemplificativas e explicativas apenas e não são restritivas da invenção. Neste documento, o uso do singular inclui o plural, a menos que especificamente especificado de outra forma. Conforme utilizado neste documento, o uso de "ou" significa "e/ou" a menos que indicado de outra forma. Além disso, o uso do termo "incluindo", bem como outras formas, tais como "inclui" e "incluído", não é limitativo. Além disso, termos como "elemento" ou "componente" abrangem elementos e componentes que compreendem uma unidade e elementos e componentes que compreendem mais de uma subuni- dade, a menos que especificamente indicado de outra forma.
[009] Os títulos das seções usados aqui são para fins organizaci- onais apenas e não devem ser interpretados como limitadores do objeto descrito. Todos os documentos ou partes de documentos citados neste pedido, incluindo, entre outros, patentes, pedidos de patentes, artigos, livros e tratados, são expressamente incorporados por referência para as partes do documento discutido neste documento, bem como na sua totalidade. Definições
[010] A menos que definições específicas sejam fornecidas, as no- menclaturas utilizadas em conjunto com, e os procedimentos e técnicas de, química analítica, química orgânica sintética e química medicinal e farmacêutica aqui descritas são as bem conhecidas e vulgarmente utili- zados na técnica. Onde permitido, todas as patentes, pedidos, pedidos publicados e outras publicações e outros dados mencionados na des- crição são incorporados por referência aqui na sua totalidade. Salvo indicação em contrário, os seguintes termos têm os seguintes significados:
DEFINIÇÕES
[011] Conforme utilizado neste documento, "2'-desoxinucleosídeo" significa um nucleosídeo compreendendo uma porção de açúcar 2’- H(H) desoxirribosila, como encontrado nos ácidos desoxirribonucleicos (DNA) de ocorrência natural. Em certas modalidades, um 2'-desoxinu- cleosídeo pode compreender uma nucleobase modificada ou pode com- preender uma nucleobase de RNA (uracil).
[012] Conforme utilizado neste documento, "nucleosídeo 2'-subs- tituído" significa um nucleosídeo compreendendo uma porção de açúcar 2'-substituído. Conforme utilizado neste documento, "2'-substituído" em referência a uma porção de açúcar significa uma porção de açúcar com- preendendo pelo menos um grupo substituinte 2' diferente de H ou OH.
[013] Conforme utilizado neste documento, "5-metil citosina" signi- fica uma citosina modificada com um grupo metil ligado à posição 5. Uma 5-metil citosina é uma nucleobase modificada.
[014] Conforme utilizado neste documento, "administrar" significa fornecer um agente farmacêutico a um animal.
[015] Conforme utilizado neste documento, "animal" significa um animal humano ou não humano.
[016] Conforme utilizado neste documento, "atividade antissenso" significa qualquer alteração detectável e/ou mensurável atribuível à hi- bridação de um composto antissenso com seu ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antissenso é uma diminuição na quan- tidade ou expressão de um ácido nucleico ou proteína alvo codificado por esse ácido nucleico alvo em comparação com os níveis alvo de ácido nucleico ou níveis de proteína alvo na ausência do composto an- tissenso.
[017] Conforme utilizado neste documento, "composto antissenso" significa um composto oligomérico capaz de atingir pelo menos uma ati- vidade antissenso.
[018] Conforme utilizado neste documento, "melhorar" em referên- cia a um tratamento significa melhoria em pelo menos um sintoma em relação ao mesmo sintoma na ausência do tratamento. Em certas mo- dalidades, a melhoria é a redução na gravidade ou frequência de um sintoma ou o início retardado ou a desaceleração da progressão na gra- vidade ou frequência de um sintoma. Em certas modalidades, o sintoma ou marca é ataxia, neuropatia e formação de agregados. Em certas mo- dalidades, a melhoria desses sintomas resulta em função motora me- lhorada, neuropatia reduzida e redução no número de agregados.
[019] Conforme utilizado neste documento, "nucleosídeo bicíclico" ou "BNA" significa um nucleosídeo compreendendo uma porção de açú- car bicíclico.
[020] Conforme utilizado neste documento, "açúcar bicíclico" ou "porção de açúcar bicíclico" significa uma porção de açúcar modificada compreendendo dois anéis, em que o segundo anel é formado através de uma ponte que conecta dois dos átomos no primeiro anel, formando assim uma estrutura bicíclica. Em certas modalidades, o primeiro anel da porção de açúcar bicíclico é uma porção furanosila. Em certas mo- dalidades, a porção de açúcar bicíclico não compreende uma porção furanosila.
[021] Conforme utilizado neste documento, "porção clivável" signi-
fica uma ligação ou grupo de átomos que é clivada sob condições fisio- lógicas, por exemplo, dentro de uma célula, um animal ou um ser hu- mano.
[022] Conforme utilizado neste documento, "complementar" em re- ferência a um oligonucleotídeo significa que pelo menos 70% das nu- cleobases do oligonucleotídeo ou de uma ou mais regiões do mesmo e as nucleobases de outro ácido nucleico ou de uma ou mais regiões do mesmo são capazes de ligar hidrogênio um ao outro quando a sequên- cia de nucleobases do oligonucleotídeo e o outro ácido nucleico estão alinhados em direções opostas. Nucleobases complementares significa nucleobases capazes de formar ligações de hidrogênio entre si. Pares de nucleobases complementares incluem adenina (A) e timina (T), ade- nina (A) e uracil (U), citosina (C) e guanina (G), 5-metil citosina (mC) e guanina (G). Os oligonucleotídeos e/ou ácidos nucleicos complementa- res não precisam ter complementaridade de nucleobases em cada nu- cleosídeo. Em vez disso, algumas incompatibilidades são toleradas. Conforme utilizado neste documento, "totalmente complementar" ou "100% complementar" em referência a oligonucleotídeos significa que os oligonucleotídeos são complementares a outro oligonucleotídeo ou ácido nucleico em cada nucleosídeo do oligonucleotídeo.
[023] Conforme utilizado neste documento, "grupo conjugado" sig- nifica um grupo de átomos que está direta ligado a um oligonucleotídeo. Grupos conjugados incluem uma porção conjugada e um ligante conju- gado que liga a porção conjugada ao oligonucleotídeo.
[024] Conforme utilizado neste documento, "ligante conjugado" significa uma única ligação ou um grupo de átomos compreendendo pelo menos uma ligação que conecta uma porção conjugada a um oli- gonucleotídeo.
[025] Conforme utilizado neste documento, "porção conjugada" significa um grupo de átomos que está ligado a um oligonucleotídeo por meio de um ligante conjugado.
[026] Conforme utilizado neste documento, "contíguo" no contexto de um oligonucleotídeo refere-se a nucleosídeos, nucleobases, porções de açúcar ou ligações internucleosídicas que são imediatamente adja- centes um ao outro. Por exemplo, "nucleobases contíguas" significa nu- cleobases que são imediatamente adjacentes umas às outras em uma sequência.
[027] Conforme utilizado neste documento, "etil restrito" ou "cEt" ou "açúcar modificado por cEt” significa uma porção de açúcar β-D ribo- sil bicíclico em que o segundo anel do açúcar bicíclico é formado através de uma ponte que liga o carbono 4’ e o carbono 2’ da porção de açúcar β-D ribosila, em que a ponte tem a fórmula 4'-CH(CH3)-O-2', e em que o grupo metil da ponte está na configuração S .
[028] Conforme utilizado neste documento, "nucleosídeo cEt" sig- nifica um nucleosídeo compreendendo açúcar modificado por cEt.
[029] Conforme utilizado neste documento, "população quiral- mente enriquecida" significa uma pluralidade de moléculas de fórmula molecular idêntica, em que o número ou porcentagem de moléculas na população que contêm uma configuração estereoquímica específica em um centro quiral específico é maior que o número ou porcentagem de moléculas esperadas para conter a mesma configuração estereoquí- mica específica no mesmo centro quiral específico dentro da população, se o centro quiral específico fosse estéreo-aleatório. Populações de mo- léculas enriquecidas quiralmente que têm múltiplos centros quirais den- tro de cada molécula podem conter um ou mais centros quirais estéreo- aleatórios. Em certas modalidades, as moléculas são oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, as moléculas são compostos compreendendo oligonucleotídeos modificados.
[030] Conforme utilizado neste documento, "gapmer" significa um oligonucleotídeo modificado compreendendo uma região interna com uma pluralidade de nucleosídeos que suportam a clivagem de RNase H posicionada entre regiões externas com um ou mais nucleosídeos, em que os nucleosídeos que compreendem a região interna são quimica- mente distintos do nucleosídeo ou nucleosídeos que compreendem as regiões externas. A região interna pode ser chamada de "lacuna" e as regiões externas podem ser chamadas de "asas". Salvo indicação em contrário, "gapmer" refere-se a um motivo de açúcar. Salvo indicação em contrário, as porções de açúcar dos nucleosídeos da lacuna de um gapmer são 2'-desoxirribosil não modificado. Assim, o termo "gapmer MOE" indica um gapmer com um motivo de açúcar de nucleosídeos 2'- MOE em ambas as asas e uma lacuna de 2'-desoxinucleosídeos. Salvo indicação em contrário, um gapmer MOE pode compreender uma ou mais ligações internucleosídicas modificadas e/ou nucleobases modifi- cadas e tais modificações não seguem necessariamente o padrão ga- pmer das modificações de açúcar.
[031] Conforme utilizado neste documento, "região de ponto de acesso" é uma faixa de nucleobases em um ácido nucleico alvo passível de redução mediada por composto oligomérico da quantidade ou ativi- dade do ácido nucleico alvo.
[032] Conforme utilizado neste documento, "hibridação" significa o emparelhamento ou recozimento de oligonucleotídeos e/ou ácidos nu- cleicos complementares. Embora não esteja limitado a um mecanismo específico, o mecanismo mais comum de hibridação envolve a ligação de hidrogênio, que pode ser a ligação de hidrogênio Watson-Crick, Ho- ogsteen ou Hoogsteen reversa, entre nucleobases complementares.
[033] Conforme utilizado neste documento, o termo "ligação inter- nucleosídica" é a ligação covalente entre nucleosídeos adjacentes em um oligonucleotídeo. Conforme utilizado neste documento, "ligação in- ternucleosídica modificada" significa qualquer ligação internucleosídica que não seja uma ligação internucleosídica fosfodiéster. "Ligação inter- nucleosídica fosforotioato" é uma ligação internucleosídica modificada na qual um dos átomos de oxigênio sem ponte de uma ligação internu- cleosídica fosfodiéster é substituído por um átomo de enxofre.
[034] Conforme utilizado neste documento, "ligante-nucleosídeo" significa um nucleosídeo que liga, direta ou indiretamente, um oligonu- cleotídeo a uma porção conjugada. Os ligantes-nucleosídeos estão lo- calizados dentro do ligante conjugado de um composto oligomérico. Os ligantes-nucleosídeos não são considerados parte da porção oligonu- cleotídica de um composto oligomérico, mesmo que sejam contíguos ao oligonucleotídeo.
[035] Conforme utilizado neste documento, "porção de açúcar mo- dificado não bicíclico" significa uma porção de açúcar modificado que compreende uma modificação, como um substituinte, que não forma uma ponte entre dois átomos de açúcar para formar um segundo anel.
[036] Conforme utilizado neste documento, "incompatibilidade" ou "não complementar" significa uma nucleobase de um primeiro oligonu- cleotídeo que não é complementar com a nucleobase correspondente de um segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico alvo quando o pri- meiro e o segundo oligonucleotídeos estão alinhados.
[037] Conforme utilizado neste documento, "MOE" significa meto- xietila. ”2’-MOE” ou “açúcar modificado por 2’-MOE” significa um grupo 2’-OCH2CH2OCH3 no lugar do grupo 2’-OH de uma porção de açúcar ribosila. Conforme utilizado neste documento, "nucleosídeo 2'-MOE" significa um nucleosídeo compreendendo um açúcar modificado por 2'- MOE.
[038] Conforme utilizado neste documento, "motivo" significa o pa- drão de porções de açúcar não modificado e/ou modificado, nucleoba- ses e/ou ligações internucleosídicas, em um oligonucleotídeo.
[039] Conforme utilizado neste documento, "RNA" significa um transcrito de RNA que codifica uma proteína e inclui o pré-mRNA e o mRNA maduro, a menos que seja especificado de outra forma.
[040] Conforme utilizado neste documento, "doença neurodegene- rativa" significa uma condição marcada por perda progressiva de função ou estrutura, incluindo perda de função motora e morte de neurônios. Em certas modalidades, a doença neurodegenerativa é a doença de Parkinson. Em certas modalidades, a doença de Parkinson pode ser doença de Parkinson mediada por LRRK2 ou doença de Parkinson não mediada por LRRK2.
[041] "Doença de Parkinson não mediada por LRRK2" é um diag- nóstico da doença de Parkinson não associado a uma mutação genética causadora de LRRK2. As mutações genéticas causadoras de LRRK2 incluem G2019S, R1441C, R1441G, I2020T e Y1699C. O diagnóstico da doença de Parkinson pode ser realizado por qualquer método, inclu- indo a avaliação do histórico médico de um indivíduo, observação de sinais e sintomas e testes ou avaliações clínicas padrão. O teste gené- tico para uma mutação associada ao LRRK2, como G2019S, R1441C, R1441G, I2020T e Y1699C, pode revelar se um indivíduo tem doença de Parkinson não mediada por LRRK2. Um indivíduo com diagnóstico de doença de Parkinson, mas sem uma mutação causadora de LRRK2, tem doença de Parkinson não mediada por LRRK2. “Identificar um ani- mal com Doença de Parkinson não mediada por LRRK2” significa iden- tificar um animal que foi diagnosticado com Doença de Parkinson ou predisposto a desenvolver a Doença de Parkinson sem uma mutação causadora de LRRK2.
[042] Conforme utilizado neste documento, "nucleobase" significa uma nucleobase não modificada ou uma nucleobase modificada. Con- forme utilizado neste documento, uma "nucleobase não modificada" é adenina (A), timina (T), citosina (C), uracil (U) ou guanina (G). Conforme utilizado neste documento, uma "nucleobase modificada" é um grupo de átomos que não A, T, C, U ou G não modificado capaz de emparelhar com pelo menos uma nucleobase não modificada. Uma "5-metil cito- sina" é uma nucleobase modificada. Uma base universal é uma nucleo- base modificada que pode emparelhar com qualquer uma das cinco nu- cleobases não modificadas. Conforme utilizado neste documento, "se- quência de nucleobases" significa a ordem de nucleobases contíguas em um ácido nucleico ou oligonucleotídeo independente de qualquer modificação de ligação de açúcar ou internucleosídeo.
[043] Conforme utilizado neste documento, "nucleosídeo" significa um composto compreendendo uma nucleobase e uma porção de açú- car. A nucleobase e a porção de açúcar são, cada uma, independente- mente, não modificadas ou modificadas. Conforme utilizado neste do- cumento, "nucleosídeo modificado" significa um nucleosídeo compreen- dendo uma nucleobase modificada e/ou uma porção de açúcar modifi- cado. Os nucleosídeos modificados incluem nucleosídeos abásicos, que não possuem uma nucleobase. "Nucleosídeos ligados" são nucleo- sídeos conectados em uma sequência contígua (isto é, nenhum nucleo- sídeo adicional é apresentado entre aqueles que estão ligados).
[044] Conforme utilizado neste documento, "composto oligomé- rico" significa um oligonucleotídeo e opcionalmente um ou mais recur- sos adicionais, como um grupo conjugado ou grupo terminal. Um com- posto oligomérico pode ser emparelhado com um segundo composto oligomérico que é complementar ao primeiro composto oligomérico ou pode não ser emparelhado. Um "composto oligomérico de fita simples" é um composto oligomérico não emparelhado. O termo "duplex oligo- mérico" significa um duplex formado por dois compostos oligoméricos que possuem sequências de nucleobases complementares. Cada com- posto oligomérico de um duplex oligomérico pode ser referido como um "composto oligomérico duplexado".
[045] Conforme utilizado neste documento, "oligonucleotídeo" sig- nifica uma cadeia de nucleosídeos ligados conectados via ligações in- ternucleosídicas, em que cada ligação nucleosídica e internucleosídica pode ser modificada ou não modificada. Salvo indicação em contrário, os oligonucleotídeos consistem em 8-50 nucleosídeos ligados. Con- forme utilizado neste documento, "oligonucleotídeo modificado" significa um oligonucleotídeo, em que pelo menos uma ligação nucleosídica ou internucleosídica é modificada. Conforme utilizado neste documento, "oligonucleotídeo não modificado" significa um oligonucleotídeo que não compreende nenhuma modificação de nucleosídeo ou modificação de internucleosídeos.
[046] Conforme utilizado neste documento, "transportador ou dilu- ente farmaceuticamente aceitável" significa qualquer substância ade- quada para uso na administração a um animal. Certos transportadores permitem que as composições farmacêuticas sejam formuladas como, por exemplo, comprimidos, pílulas, drágeas, cápsulas, líquidos, géis, xaropes, pastas, suspensões e pastilhas para a ingestão oral por um sujeito. Em certas modalidades, um transportador ou diluente farmaceu- ticamente aceitável é água estéril, solução salina estéril, solução tam- pão estéril ou fluido cerebrospinal artificial estéril.
[047] Conforme utilizado neste documento, "sais farmaceutica- mente aceitáveis" significa sais fisiologicamente e farmaceuticamente aceitáveis de compostos. Os sais farmaceuticamente aceitáveis retêm a atividade biológica desejada do composto original e não conferem a eles efeitos toxicológicos indesejados.
[048] Conforme utilizado neste documento, "composição farma- cêutica" significa uma mistura de substâncias adequadas para adminis- tração a um sujeito. Por exemplo, uma composição farmacêutica pode compreender um composto oligomérico e uma solução aquosa estéril.
Em certas modalidades, uma composição farmacêutica mostra ativi- dade no ensaio de captação livre em certas linhagens celulares.
[049] Conforme utilizado neste documento, "profármaco" significa um agente terapêutico em uma forma fora do corpo que é convertida em uma forma diferente dentro de um animal ou células do mesmo. Tipica- mente, a conversão de uma profármaco no animal é facilitada pela ação de enzimas (por exemplo, enzima endógena ou viral) ou de produtos químicos presentes nas células ou tecidos e/ou por condições fisiológi- cas.
[050] Conforme utilizado neste documento, "redução ou inibição da quantidade ou atividade" refere-se a uma redução ou bloqueio da expressão ou atividade transcricional em relação à expressão ou ativi- dade transcricional em uma amostra não tratada ou de controle e não indica necessariamente uma eliminação total da expressão ou atividade transcricional.
[051] Conforme utilizado neste documento, "composto RNAi" sig- nifica um composto antissenso que atua, pelo menos em parte, através de RISC ou Ago2 para modular um ácido nucleico alvo e/ou proteína codificada por um ácido nucleico alvo. Os compostos de RNAi incluem, mas não estão limitados a, siRNA de fita dupla, RNA de fita simples (ssRNA) e microRNA, incluindo imitações de microRNA. Em certas mo- dalidades, um composto de RNAi modula a quantidade, atividade e/ou emendas de um ácido nucleico alvo. O termo composto RNAi exclui compostos antissenso que atuam através da RNase H.
[052] Conforme utilizado neste documento, "autocomplementar" em referência a um oligonucleotídeo significa um oligonucleotídeo que pelo menos parcialmente hibrida com ele mesmo.
[053] Conforme utilizado neste documento, "siRNA" refere-se a uma molécula de ácido ribonucleico tendo uma estrutura dúplex inclu-
indo duas fitas de ácido nucleico anti-paralelas e substancialmente com- plementares. As duas fitas que formam a estrutura duplex podem ser porções diferentes de uma molécula de RNA maior ou podem ser molé- culas de RNA separadas. Onde as duas fitas fazem parte de uma mo- lécula maior e, portanto, são conectadas por nucleobases consecutivas entre a extremidade 3' de uma fita e a extremidade 5' da respectiva outra fita que forma a estrutura duplex, a cadeia de RNA de conexão é cha- mada de uma "alça em gancho". As fitas de RNA podem ter o mesmo ou um número diferente de nucleotídeos.
[054] Conforme utilizado neste documento, "ensaio de célula pa- drão" significa o ensaio descrito no Exemplo 4 e variações razoáveis do mesmo.
[055] Conforme utilizado neste documento, "ensaio padrão in vivo" significa a experiência descrita no Exemplo 14 e variações razoáveis do mesmo.
[056] Conforme utilizado neste documento, "centro quiral estéreo- aleatório" no contexto de uma população de moléculas de fórmula mo- lecular idêntica significa um centro quiral com uma configuração estere- oquímica aleatória. Por exemplo, em uma população de moléculas que compreendem um centro quiral estéreo-aleatório, o número de molécu- las com a configuração (S) do centro quiral estéreo-aleatório pode ser, mas não é necessariamente o mesmo que o número de moléculas com a configuração (R) do centro quiral estéreo-aleatório. A configuração es- tereoquímica de um centro quiral é considerada aleatória quando é os resultados de um método sintético que não foi projetado para controlar a configuração estereoquímica. Em certas modalidades, um centro qui- ral estereoquímico é uma ligação internucleosídica fosforotioato esté- reo-aleatória.
[057] Conforme utilizado neste documento, "porção de açúcar" sig- nifica uma porção de açúcar não modificado ou uma porção de açúcar modificado. Conforme utilizado neste documento, "porção de açúcar não modificado" significa uma porção de 2'-OH(H) ribosila, como encon- trada no RNA (uma "porção de açúcar de RNA não modificado"), ou uma porção 2'-H(H) desoxiribosila, como encontrada em DNA (uma "porção de açúcar de DNA não modificado"). As porções de açúcar não modifi- cado têm um hidrogênio em cada uma das posições 1', 3' e 4', um oxi- gênio na posição 3' e dois hidrogênios na posição 5'. Conforme utilizado neste documento, "porção de açúcar modificado" ou "açúcar modifi- cado" significa uma porção de açúcar furanosil modificado ou um subs- tituto de açúcar.
[058] Conforme utilizado neste documento, "substituto de açúcar" significa uma porção de açúcar modificado com outra porção de furano- sil que pode ligar uma nucleobase a outro grupo, como uma ligação in- ternucleosídica, grupo conjugado ou grupo terminal em um oligonucleo- tídeo. Os nucleosídeos modificados compreendendo substitutos de açú- car podem ser incorporados em uma ou mais posições dentro de um oligonucleotídeo e esses oligonucleotídeos são capazes de hibridar com compostos oligoméricos complementares ou ácidos nucleicos alvo.
[059] Conforme utilizado neste documento, "ácido nucleico alvo" e "RNA alvo" significam um ácido nucleico que um composto antissenso é projetado para afetar.
[060] Conforme utilizado neste documento, "região alvo" significa uma porção de um ácido nucleico alvo ao qual um composto oligomérico é projetado para hibridar.
[061] Conforme utilizado neste documento, "grupo terminal" signi- fica um grupo químico ou grupo de átomos que está covalentemente ligado a um terminal de um oligonucleotídeo.
[062] Conforme utilizado neste documento, "quantidade terapeuti- camente eficaz" significa uma quantidade de um agente farmacêutico que fornece um benefício terapêutico a um animal. Por exemplo, uma quantidade terapeuticamente eficaz melhora um sintoma de uma do- ença.
CERTAS MODALIDADES
[063] A presente descrição fornece as seguintes modalidades nu- meradas não limitativas:
[064] Modalidade 1. Um composto oligomérico compreendendo um oligonucleotídeo modificado que consiste em 12 a 50 nucleosídeos ligados, em que a sequência de nucleobases do oligonucleotídeo modi- ficado é pelo menos 90% complementar a uma porção de comprimento igual de um ácido nucleico LRRK2 e em que o oligonucleotídeo modifi- cado compreende pelo menos uma modificação selecionado de um açú- car modificado, um substituto de açúcar e uma ligação internucleosídica modificada.
[065] Modalidade 2: Um composto oligomérico compreendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 50 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19, ou pelo menos 20 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleoba- ses da SEQ ID NOS: 30-3847.
[066] Modalidade 3: Um composto oligomérico compreendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 50 nucleosídeos ligados e que possui uma sequência de nucleobases compreendendo uma porção de pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19 ou pelo menos 20 nucleobases contíguas de: uma porção de comprimento igual de nucleobases 18.633-18.658 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 21.721-21.755 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 27.963-28.016 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 35.415-35.446 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 77.221-77.264 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 81.581-81.612 e/ou 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 81.627-81.651 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.058-82.081 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.500-82.525 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 91.038-91.067 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 92.148-92.173 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 98.218-98.242 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 99.199-99.223 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 119.903-
119.936 da SEQ ID NO: 2; ou uma porção de comprimento igual de nucleobases 4.062-4.086 da
SEQ ID NO: 1;
[067] Modalidade 4. O composto oligomérico, de qualquer das mo- dalidades 1 a 3, em que o oligonucleotídeo modificado tem uma sequên- cia de nucleobases que é pelo menos 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% complementar à sequência de nucleobase de SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, quando medido através de toda a sequência de nucleobases do oligonucleotídeo modificado.
[068] Modalidade 5. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-4, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleosídeo modificado.
[069] Modalidade 6. O composto oligomérico da modalidade 5, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleo- sídeo modificado compreendendo uma porção de açúcar modificado.
[070] Modalidade 7. O composto oligomérico da modalidade 6, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleo- sídeo modificado compreendendo uma porção de açúcar bicíclico.
[071] Modalidade 8. O composto oligomérico da modalidade 7, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleo- sídeo modificado compreendendo uma porção de açúcar bicíclico com uma ponte 2'-4', em que a ponte 2'-4' é selecionada de –O-CH2-; e –O- CH(CH3)-.
[072] Modalidade 9. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 5-8, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo uma porção de açúcar modificado não bicíclico.
[073] Modalidade 10. O composto oligomérico da modalidade 9, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nu- cleosídeo modificado compreendendo uma porção de açúcar modifi- cado não bicíclico compreendendo um açúcar modificado por 2'-MOE ou açúcar modificado por 2'-OMe.
[074] Modalidade 11. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 5-10, em que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo um subs- tituto de açúcar.
[075] Modalidade 12. O composto oligomérico da modalidade 11, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nu- cleosídeo modificado compreendendo um substituto de açúcar selecio- nado de morfolino e PNA.
[076] Modalidade 13. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-12, em que o oligonucleotídeo modificado tem um motivo de açúcar compreendendo: uma região 5' que consiste em 1-5 nucleosídeos da região 5' ligados; uma região central que consiste em 6-10 nucleosídeos da região central ligados; e uma região 3' que consiste em 1-5 nucleosídeos da região 3' ligados; em que cada um dos nucleosídeos da região 5' e cada um dos nucleosídeos da região 3' compreende uma porção de açúcar modificado e cada um dos nucleosídeos da região central compreende uma porção de açúcar 2'- desoxiribosil não modificado.
[077] Modalidade 14. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-13, em que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos uma ligação internucleosídica modificada.
[078] Modalidade 15. O composto oligomérico da modalidade 14, em que cada ligação internucleosídica do oligonucleotídeo modificado é uma ligação internucleosídica modificada.
[079] Modalidade 16. O composto oligomérico da modalidade 14 ou 15, em que pelo menos uma ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica fosforotioato.
[080] Modalidade 17. O composto oligomérico da modalidade 14 ou 16, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[081] Modalidade 18. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 14, 16 ou 17, em que cada ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica fosfodiéster ou uma ligação internucleo- sídica fosforotioato.
[082] Modalidade 19. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-18, em que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos uma nucleobase modificada.
[083] Modalidade 20. O composto oligomérico da modalidade 19, em que a nucleobase modificada é uma 5-metil citosina.
[084] Modalidade 21. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-20, em que o oligonucleotídeo modificado consiste em 12-30, 12-22, 12-20, 14-20, 15-25, 16-20, 18-22 ou 18-20 nucleosí- deos ligados.
[085] Modalidade 22. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-21, em que o oligonucleotídeo modificado consiste em 17 ou 20 nucleosídeos ligados.
[086] Modalidade 23. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-22 que consiste no oligonucleotídeo modificado.
[087] Modalidade 24. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-22 compreendendo um grupo conjugado compreen- dendo uma porção conjugada e um ligante conjugado.
[088] Modalidade 25. O composto oligomérico da modalidade 24, em que o grupo conjugado compreende um agrupamento GalNAc com- preendendo 1-3 ligandos GalNAc.
[089] Modalidade 26. O composto oligomérico da modalidade 24 ou 25, em que o ligante conjugado consiste em uma ligação simples.
[090] Modalidade 27. O composto oligomérico da modalidade 25, em que o ligante conjugado é clivável.
[091] Modalidade 28. O composto oligomérico da modalidade 27, em que o ligante conjugado compreende 1-3 ligantes-nucleosídeos.
[092] Modalidade 29. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 24-28, em que o grupo conjugado está ligado ao oli- gonucleotídeo modificado na extremidade 5' do oligonucleotídeo modi- ficado.
[093] Modalidade 30. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 24-28, em que o grupo conjugado está ligado ao oli- gonucleotídeo modificado na extremidade 3' do oligonucleotídeo modi- ficado.
[094] Modalidade 31. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-30 compreendendo um grupo terminal.
[095] Modalidade 32. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-31, em que o composto oligomérico é um composto oligomérico de fita simples.
[096] Modalidade 33. O composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-27 ou 29-31, em que o composto oligomérico não compreende ligantes-nucleosídeos.
[097] Modalidade 34. Um duplex oligomérico compreendendo um composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1-31 ou 33.
[098] Modalidade 35. Um composto antissenso que compreende ou consiste em um composto oligomérico de qualquer uma das modali- dades 1-33 ou um duplex oligomérico da modalidade 34.
[099] Modalidade 36. Uma composição farmacêutica compreen- dendo um composto oligomérico de qualquer uma das modalidades 1- 33 ou um duplex oligomérico da modalidade 34 e um transportador ou diluente farmaceuticamente aceitável.
[100] Modalidade 37. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 222) ou um sal dos mesmos.
[101] Modalidade 38. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 888) ou um sal dos mesmos.
[102] Modalidade 39. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 1431) ou um sal dos mesmos.
[103] Modalidade 40. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 3590) ou um sal dos mesmos.
[104] Modalidade 41. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 3385) ou um sal dos mesmos.
[105] Modalidade 42. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 852) ou um sal dos mesmos.
[106] Modalidade 43. O oligonucleotídeo modificado de qualquer uma das modalidades 37-42, que é um sal de sódio da fórmula.
[107] Modalidade 44. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 222).
[108] Modalidade 45. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 888).
[109] Modalidade 46. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 1431).
[110] Modalidade 47. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 3590).
[111] Modalidade 48. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 3385).
[112] Modalidade 49. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
(SEQ ID NO: 852).
[113] Modalidade 50. Uma população quiralmente enriquecida do oligonucleotídeo modificado de qualquer uma das modalidades 37-49, em que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados compreendendo pelo menos uma ligação particular internucleosídica fosforotioato tendo uma configuração estereoquímica específica.
[114] Modalidade 51. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 50, em que a população é enriquecida para um oligonucleotí- deo modificado compreendendo pelo menos uma ligação internucleosí- dica fosforotioato particular tendo a configuração (Sp).
[115] Modalidade 52. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 50 ou 51, em que a população é enriquecida para oligonucleo- tídeos modificados tendo pelo menos uma internucleosídica fosforotio- ato particular tendo a configuração (RpRp).
[116] Modalidade 53. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 50, em que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com uma configuração estereoquímica particular selecio- nada independentemente em cada ligação internucleosídica fosforotio- ato
[117] Modalidade 54. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 53, em que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com a configuração (Sp) em cada ligação internucleosídica fosforotioato.
[118] Modalidade 55. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 53, em que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com a configuração (Rp) em cada ligação internucleosídica fosforotioato.
[119] Modalidade 56. A população quiralmente enriquecida da mo- dalidade 50 ou modalidade 53, em que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com pelo menos 3 ligações internucleo- sídicas fosforotioato contíguas na configuração Sp-Sp-Rp, na direção 5’ a 3’.
[120] Modalidade 57. Uma população de oligonucleotídeos modifi- cados de qualquer uma das modalidades 37-49, em que todas as liga- ções internucleosídicas de fosforotioato do oligonucleotídeo modificado são estéreo-aleatório.
[121] Modalidade 58. Uma composição farmacêutica compreen- dendo o oligonucleotídeo modificado de qualquer uma das modalidades 37-49 e um diluente ou transportador farmaceuticamente aceitável.
[122] Modalidade 59. A composição farmacêutica da modalidade 58, em que o diluente farmaceuticamente aceitável é o líquido cefalor- raquidiano artificial.
[123] Modalidade 60. A composição farmacêutica da modalidade 59, em que a composição farmacêutica consiste essencialmente no oli- gonucleotídeo modificado e no líquido cefalorraquidiano artificial.
[124] Modalidade 61. Um método compreendendo administrar a um animal uma composição farmacêutica de qualquer uma das modali- dades 36 ou 58-60.
[125] Modalidade 62. Um método de tratamento de uma doença associada a LRRK2 compreendendo administrar a um indivíduo com ou em risco de desenvolver uma doença associada a LRRK2 uma quanti- dade terapeuticamente eficaz de uma composição farmacêutica de acordo com qualquer uma das modalidades 36 ou 58-60; e, assim, tratar a doença associada a LRRK2.
[126] Modalidade 63. O método da modalidade 62, em que a do- ença associada a LRRK2 é uma doença neurodegenerativa.
[127] Modalidade 64. O método da modalidade 63, em que a do- ença neurodegenerativa é doença de Parkinson.
[128] Modalidade 65. O método da modalidade 64, em que pelo menos um sintoma ou marca da doença neurodegenerativa é melho- rada.
[129] Modalidade 66. O método da modalidade 65, em que o sin- toma ou marca é qualquer ataxia, neuropatia e formação de agregados.
[130] Modalidade 67. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Ges mCeo Teo mCeo Aes Tds Ads Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeo mCeo Ges mCes Ae (SEQ ID NO: 222); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[131] Modalidade 68. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Tes mCeo Aeo mCeo mCes Ads mCds Ads Ads Ads mCds Tds mCds Ads Tds Geo Geo Aes mCes Te (SEQ ID NO: 888); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[132] Modalidade 69. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes mCeo mCeo mCeo Tes Tds Tds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads Aeo mCeo Aes Tes Te (SEQ ID NO: 1431); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[133] Modalidade 70. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes mCeo Geo mCeo Aes mCds Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds
Ads Teo mCeo Aes Tes Ae (SEQ ID NO: 3590); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[134] Modalidade 71. Um composto oligomérico compreendendo um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes Geo mCeo Aeo Aes Tds mCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo Tes Aes mCe (SEQ ID NO: 3385) em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[135] Modalidade 72. Um composto oligomérico compreendendo um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: mCes Geo mCes Aes mCes Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo Tes Aes Te (SEQ ID NO: 852); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE,
d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[136] Modalidade 73. O composto oligomérico da modalidade 3, em que o oligonucleotídeo modificado é um composto de RNAi.
[137] Modalidade 74. O composto oligomérico da modalidade 73, em que o composto RNAi é um ssRNA ou um siRNA. I. Certos oligonucleotídeos
[138] Em certas modalidades, são aqui fornecidos compostos oli- goméricos compreendendo oligonucleotídeos, que consistem em nu- cleosídeos ligados. Os oligonucleotídeos podem ser oligonucleotídeos não modificados (RNA ou DNA) ou podem ser oligonucleotídeos modi- ficados. Os oligonucleotídeos modificados compreendem pelo menos uma modificação em relação ao RNA ou DNA não modificado. Ou seja, os oligonucleotídeos modificados compreendem pelo menos um nucleo- sídeo modificado (compreendendo uma porção de açúcar modificado e/ou uma nucleobase modificada) e/ou pelo menos uma ligação inter- nucleosídica modificada. A. Certos nucleosídeos modificados
[139] Os nucleosídeos modificados compreendem uma porção de açúcar modificado ou uma nucleobase modificada ou ambas uma por- ção de açúcar modificado e uma nucleobase modificada.
1. Certas porções de açúcar
[140] Em certas modalidades, porções de açúcar modificado são porções de açúcar modificado não bicíclico. Em certas modalidades, porções de açúcar modificado são porções de açúcar bicíclico ou tricí- clico. Em certas modalidades, porções de açúcar modificado são subs- titutos de açúcar. Esses substitutos de açúcar podem compreender uma ou mais substituições correspondentes às de outros tipos de porções de açúcar modificado.
[141] Em certas modalidades, porções de açúcar modificado são porções de açúcar modificado não bicíclico compreendendo um anel fu- ranosil com um ou mais grupos substituintes, nenhum dos quais liga dois átomos do anel furanosil para formar uma estrutura bicíclica.
Tais substituintes sem ponte podem estar em qualquer posição do furanosila, incluindo, mas não se limitando a, substituintes nas posições 2', 4' e/ou 5'. Em certas modalidades, um ou mais substituintes sem pontes de por- ções de açúcar modificado não bicíclico são ramificados.
Exemplos de grupos substituintes 2' adequados para porções de açúcar modificado não bicíclico incluem, mas não estão limitados a: 2’-F, 2'-OCH3 (“OMe” ou “O-metila”), e 2'-O(CH2)2OCH3 (“MOE”). Em certas modalidades, gru- pos substituintes 2' são selecionados de: halo, alila, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O-C1-C10 alcóxi, O-C1-C10 alcóxi substituído, O- C1-C10 alquila, O-C1-C10 alquil substituído, S-alquila, N(Rm)-alquila, O- alquenila, S-alquenila, N(Rm)-alquenila, O-alquinila, S-alquinila, N(Rm)- alquinila, O-alquilenil-O-alquila, alquinila, alcarila, aralquila, O-alcarila, O-aralquila, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) ou OCH2C(=O)- N(Rm)(Rn), onde cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo pro- tetor de amino ou C1-C10 alquila substituída ou não substituída, e os grupos 2'-substituintes descritos em Cook et al., U.S. 6.5315.84; Cook et al., U.S. 5.859.221; e Cook et al., U.S. 6.005.087. Certas modalidades desses grupos substituintes 2' podem ser ainda substituídas por um ou mais grupos substituintes selecionados independentemente de: hidro- xila, amino, alcóxi, carbóxi, benzila, fenila, nitro (NO2), tiol, tioalcóxi, tio- alquila, halogênio, alquila, arila, alquenil e alquinila.
Exemplos de grupos substituintes 4' adequados para porções de açúcar modificado não bicí- clico incluem, mas não estão limitados a, alcóxi (por exemplo, metóxi), alquila e aqueles descritos em Manoharan et al., WO 2015/106128. Exemplos de grupos substituintes 5' adequados para porções de açúcar modificado não bicíclico incluem, mas não estão limitados a: 5-metila (R ou S), 5'-vinila e 5'-metóxi. Em certas modalidades, porções de açúcar modificado não bicíclico compreendem mais de um substituinte de açú- car sem ponte, por exemplo, porções de açúcar 2'-F-5'-metila e porções de açúcar modificadas e nucleosídeos modificados descritos em Mi- gawa et al., WO 2008/101157 e Rajeev et al., US2013/0203836.).
[142] Em certas modalidades, um nucleosídeo modificado não bi- cíclico substituído por 2' compreende uma porção de açúcar compreen- dendo um grupo substituinte 2' sem ponte selecionado de: F, NH2, N3, OCF3, OCH3, O(CH2)3NH2, CH2CH=CH2, OCH2CH=CH2, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, e uma acetamida não substituída (OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn)), onde cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo protetor de amino, ou C1-C10 alquila substituída ou não subs- tituída.
[143] Em certas modalidades, um nucleosídeo modificado não bi- cíclico substituído por 2' compreende uma porção de açúcar compreen- dendo um grupo substituinte 2' sem ponte selecionado de: F, OCF3, OCH3, OCH2CH2OCH3, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2ON(CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, e OCH2C(=O)-N(H)CH3 (“NMA”).
[144] Em certas modalidades, um nucleosídeo modificado não bi- cíclico substituído por 2' compreende uma porção de açúcar compreen- dendo um grupo substituinte 2' sem ponte selecionado de: F, OCH3, e OCH2CH2OCH3.
[145] Certas porções de açúcar modificado compreendem um substituinte que liga dois átomos do anel furanosil para formar um se- gundo anel, resultando em uma porção de açúcar bicíclico. Em certas modalidades, a porção de açúcar bicíclico compreende uma ponte entre os átomos do anel furanose 4' e 2'. Exemplos desses substituintes de açúcar em ponte de 4' a 2' incluem, mas não estão limitados a: 4'-CH2- 2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2' (“LNA”), 4'-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-
O-2' (“ENA”), 4'-CH(CH3)-O-2' (referido como “etil restrito” ou “cEt”), 4’- CH2-O-CH2-2’, 4’-CH2-N(R)-2’, 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' (“MOE restrito" ou "cMOE") e análogos dos mesmos (ver, por exemplo, Seth et al., U.S.
7.399.845, Bhat et al., US 7.569.686, Swayze et al., US 7.741.457, e Swayze et al., US 8.022.193), 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' e análogos dos mes- mos (ver, por exemplo,Seth et al., US 8.278.283), 4'-CH2-N(OCH3)-2' e análogos dos mesmos (ver por exemplo, Prakash et al., US 8.278.425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (ver, por exemplo, Allerson et al., US 7.696.345 e Allerson et al., US 8.124.745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (ver, por exemplo, Zhou, et al., J. Org. Chem.,2009, 74, 118-134), 4'-CH2-C(=CH2)-2' e aná- logos dos mesmos (ver, por exemplo, Seth et al., U.S. 8.278.426), 4’- C(RaRb)-N(R)-O-2’, 4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’, 4'-CH2-O-N(R)-2', e 4'-CH2- N(R)-O-2', em que cada R, Ra, e Rb é, independentemente, H, um grupo protetor, ou C1-C12 alquil (ver, por exemplo Imanishi et al., U.S.
7.427.672).
[146] Em certas modalidades, essas pontes de 4' a 2' compreen- dem independentemente de 1 a 4 grupos ligados selecionados indepen- dentemente de: -[C(Ra)(Rb)]n-, -[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N- , -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, e -N(Ra)-; em que: x é 0, 1, ou 2; n é 1, 2, 3 ou 4; cada Ra e Rb é, independentemente, H, um grupo protetor, hidroxila, C1-C12 alquila, C1-C12 alquila substituída, C2-C12 alquenila, C2- C12 alquenila substituída, C2-C12 alquinila, C2-C12 alquinila substituída, C5-C20 arila, C5-C20 arila substituída, radical heterociclo, radical hetero- ciclo substituído, heteroarila, heteroarila substituída, radica C5-C7 alicí- clico, radical C5-C7 alicíclico substituído, halogênio, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acila (C(=O)-H), acila substituída, CN, sulfonila (S(=O)2-J1), ou sulfoxila (S(=O)-J1); e cada J1 e J2 é independentemente, H, C1-C12 alquila, C1-C12 alquila substituída, C2-C12 alquenila, C2-C12 alquenila substituída, C2-C12 alquinila, C2-C12 alquinila substituída, C5-C20 arila, C5-C20 arila substitu- ída, acila (C(=O)-H), acila substituída, um radical heterociclo, um radical heterociclo substituído, C1-C12 aminoalquila, C1-C12 aminoalquila subs- tituída, ou um grupo protetor.
[147] Porções de açúcar bicíclico adicionais são conhecidas na técnica, ver, por exemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetra- hedron, 1998, 54, 3607-3630; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 8362-8379;Wengel et a., U.S. 7.053.207; Imanishi et al., U.S. 6.268.490; Imanishi et al. U.S.
6.770.748; Imanishi et al., U.S. RE44.779; Wengel et al., U.S. 6.794.499; Wengel et al., U.S. 6.670.461; Wengel et al., U.S. 7.034.133; Wengel et al., U.S. 8.080.644; Wengel et al., U.S. 8.034.909; Wengel et al., U.S.
8.153.365; Wengel et al., U.S. 7.572.582; e Ramasamy et al., U.S.
6.525.191; Torsten et al., WO 2004/106356; Wengel et al., WO 1999/014226; Seth et al.,WO 2007/134181; Seth et al., U.S. 7.547.684; Seth et al., U.S. 7.666.854; Seth et al., U.S. 8.088.746; Seth et al., U.S.
7.750.131; Seth et al., U.S. 8.030.467; Seth et al., U.S. 8.268.980; Seth et al., U.S. 8.546.556; Seth et al., U.S. 8.530.640; Migawa et al., U.S.
9.012.421; Seth et al., U.S. 8.501.805; e Publicações de Patente U.S. Allerson et al., US2008/0039618 e Migawa et al., US2015/0191727.
[148] Em certas modalidades, porções de açúcar bicíclico e nu- cleosídeos que incorporam essas porções de açúcar bicíclico são ainda definidos por configuração isomérica. Por exemplo, um nucleosídeo LNA (aqui descrito) pode estar na configuração α-L ou na configuração β-D.
LNA (configuração β-D) -L-LNA (configuração -L) ponte = 4’-CH2-O-2’ ponte = 4’-CH2-O-2’ Os nucleosídeos bicílicos α-L-metileno-óxi (4’-CH2-O-2’) ou α-L-LNA bi- cíclico foram incorporados em oligonucleotídeos que mostraram ativi- dade antissenso (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). Aqui, descrições gerais de nucleosídeos bicíclicos incluem ambas as configurações isoméricas. Quando as posições de nucleosí- deos bicíclicos específicos (por exemplo, LNA ou cEt) são identificadas nas modalidades exemplificadas neste documento, elas estão na confi- guração β-D, a menos que especificado de outra forma.
[149] Em certas modalidades, as porções de açúcar modificado compreendem um ou mais substituintes de açúcar sem ponte e um ou mais substituintes de açúcar em ponte (por exemplo, açúcares substitu- ídos em 5' e açúcares em ponte 4'-2').
[150] Em certas modalidades, porções de açúcar modificado são substitutos de açúcar. Em certas modalidades, o átomo de oxigênio da porção de açúcar é substituído, por exemplo, por um átomo de enxofre, carbono ou nitrogênio. Em certas modalidades, essas porções de açú- car modificadas também compreendem substituintes em ponte e/ou não em ponte, como aqui descrito. Por exemplo, certos substitutos de açúcar compreendem um átomo de 4'-enxofre e uma substituição na posição 2' (ver, por exemplo, Bhat et al., US 7.875.733 e Bhat et al., US 7.939.677) e/ou a posição 5' .
[151] Em certas modalidades, substitutos de açúcar compreendem anéis com outros que não 5 átomos. Por exemplo, em certas modalida- des, um substituto de açúcar compreende um tetra-hidropirano de seis membros ("THP"). Tais tetra-hidropiranos podem ser adicionalmente modificados ou substituídos. Os nucleossídeos compreendendo esses tetra-hidropiranos modificados incluem, mas não estão limitados a, ácido nucleico hexitol ("HNA"), ácido nucleico anitol ("ANA"), ácido nu- cleico manitol ("MNA") (ver, por exemplo, Leumann, CJ. Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), fluoro HNA: ("F-HNA", ver, por exemplo, Swayze et al., US 8.088.904; Swayze et al., US 8.440.803; Swayze et al., US 8.796.437; e Swayze et al., US
9.005.906; F-HNA também pode ser referido como um F-THP ou 3'-flu- oro-tetra-hidropirano) e nucleosídeos compreendendo compostos THP modificados adicionais com a fórmula: em que, independentemente, para cada um dos referidos nucleosídeos THP modificados: Bx é uma porção de nucleobase; T3 e T4 são cada um, independentemente, um grupo de liga- ção internucleosídica que liga o nucleosídeo THP modificado ao res- tante de um oligonucleotídeo ou um de T3 e T4 é um grupo de ligação internucleosídica que liga o nucleosídeo THP modificado ao restante de um oligonucleotídeo e o outro de T3 e T4 é H, um grupo protetor de hi- droxila, um grupo conjugado ligado ou um grupo terminal 5' ou 3'; q1, q2, q3, q4, q5, q6 and q7 são cada um, independentemente, H, C1-C6 alquila,C1-C6 alquila substituída, C2-C6 alquenila, C2-C6 alquenila subs- tituída, C2-C6 alquinila, ou C2-C6 alquinila substituída; e cada um de R1 e R2 é selecionado independentemente de: hidrogênio, halogênio, alcóxi substituído ou não substituído, NJ1J2, SJ1, N3, OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J2, NJ3C(=X)NJ1J2, e CN, em que X é O, S ou NJ1, e cada J1, J2, e J3 ié, independentemente, H ou C1-C6 alquila.
[152] Em certas modalidades, são fornecidos nucleosídeos THP modificados em que q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 são cada H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é diferente de H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, q4, q5, q6 e q7 é metila. Em certas modalidades, são fornecidos nucleosídeos THP mo- dificados, em que um de R1 e R2 é F. Em certas modalidades, R1 é F e R2 é H, em certas modalidades, R1 é metóxi e R2 é H, e em certas mo- dalidades, R1 é metóxietoxi e R2 é H.
[153] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compreen- dem anéis com mais de 5 átomos e mais de um heteroátomo. Por exem- plo, foram relatados nucleosídeos compreendendo porções de morfo- lino açúcar e seu uso em oligonucleotídeos (ver, por exemplo, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 e Summerton et al., US
5.698.685; Summerton et al., US 5.166.315; Summerton et al., US
5.185.444; e Summerton et al., US 5.034.506). Conforme utilizado neste documento, o termo "morfolino" significa um substituto do açúcar com a seguinte estrutura:
O O Bx
N . Em certas modalidades, os morfolinos podem ser modificados, por exemplo, adicionando ou alterando vários grupos substituintes da estru- tura de morfolino acima. Esses substitutos de açúcar são aqui referidos como "morfolinos modificados".
[154] Em certas modalidades, substitutos de açúcar compreendem porções acíclicas. Exemplos de nucleosídeos e oligonucleotídeos com- preendendo esses substitutos de açúcar acíclico incluem, mas não es- tão limitados a: ácido nucleico peptídico ("PNA"), ácido nucleico butílico acíclico (ver, por exemplo, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853-5865) e nucleosídeos e oligonucleotídeos descritos em Manoha- ran et al., WO2011/133876.
[155] Muitos outros sistemas bicíclicos e tricíclicos de açúcar e anéis substitutos de açúcar são conhecidos na técnica que podem ser utilizados em nucleosídeos modificados.
2. Certas nucleobases modificadas
[156] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos compreendendo uma nucleo- base não modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos mo- dificados compreendem um ou mais nucleosídeos compreendendo uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos que não compre- endem uma nucleobase, referida como um nucleosídeo abásico.
[157] Em certas modalidades, as nucleobases modificadas são se- lecionadas de: pirimidinas 5-substituídas, 6-azapirimidinas, pirimidinas substituídas por alquila ou alquinila, purinas substituídas por alquila e purinas substituídas por N-2, N-6 e O-6. Em certas modalidades, as nu- cleobases modificadas são selecionadas de: 2-aminopropiladenina, 5- hidroximetil citosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metil- guanina, 6-N-metiladenina, 2-propiladenina, 2-tiouracila, 2-tiotimina e 2- tiocitosina, 5-propinil (-CC-CH3) uracila, 5-propinilcitosina, 6-azoura- cila, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosiluracil (pseudouracil), 4-tioura- cila, 8-halo, 8-amino, 8-tiol, 8-tioalquila, 8-hidroxila, 8-aza e outras puri- nas 8-substituídas, 5-halo, particularmente 5-bromo, 5-trifluorometila, 5- halouracil e 5-halocitosina, 7-metilguanina, 7-metiladenina, 2-F-ade-
nina, 2-aminoadenina, 7-deazaguanina, 7-deaza-adenina, 3- deazagua- nina, 3-deaza-adenina, 6-N-benzoiladenina, 2-N-isobutirilguanina, 4-N- benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracila, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracila, bases universais, bases hidrofóbicas, bases promís- cuas, bases de tamanho expandido e bases fluoradas. Outras nucleo- bases modificadas incluem pirimidinas tricíclicas, como 1,3-diazafe- noxazina-2-ona, 1,3-diazafenotiazina-2-ona e 9-(2-aminoetóxi) -1,3-dia- zafenoxazina-2-ona (grampo G). As nucleobases modificadas também podem incluir aquelas nas quais a base de purina ou pirimidina é subs- tituída por outros heterociclos, por exemplo 7-desaza-adenina, 7-deaza- guanosina, 2-aminopiridina e 2-piridona. Outras nucleobases incluem as divulgadas em Merigan et al., US 3.687.808, as divulgadas na The Con- cise Encyclopedia Of Polymer Science and Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, Y.S., Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. e Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288; e os divulgados nos Capítulos 6 e 15, Anti- sense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 e 442-443.
[158] As publicações que ensinam a preparação de algumas das nucleobases modificadas mencionadas acima, bem como outras nu- cleobases modificadas, incluem, sem limitação, Manohara et al., US2003/0158403; Manoharan et al., US2003/0175906; Dinh et al., US
4.845.205; Spielvogel et al., US 5.130.302; Rogers et al., US 5.134.066; Bischofberger et al., US 5.175.273; Urdea et al., US 5.367.066; Benner et al., US 5.432.272; Matteucci et al., US 5.434.257; Gmeiner et al., US
5.457.187; Cook et al., US 5.459.255; Froehler et al., US 5.484.908; Matteucci et al., US 5.502.177; Hawkins et al., US 5.525.711; Haralam- bidis et al., US 5.552.540; Cook et al., US 5.587.469; Froehler et al., US
5.594.121; Switzer et al., US 5.596.091; Cook et al., US 5.614.617;
Froehler et al., US 5.645.985; Cook et al., US 5.681.941; Cook et al., US
5.811.534; Cook et al., US 5.750.692; Cook et al., US 5.948.903; Cook et al., US 5.587.470; Cook et al., US 5.457.191; Matteucci et al., US
5.763.588; Froehler et al., US 5.830.653; Cook et al., US 5.808.027; Cook et al., 6.166.199; e Matteucci et al., US 6.005.096.
3. Certas ligações internucleosídicas modificadas
[159] Em certas modalidades, nucleosídeos de oligonucleotídeos modificados podem ser ligados entre si usando qualquer ligação inter- nucleosídica. As duas classes principais de grupos de ligação internu- cleosídicas são definidas pela presença ou ausência de um átomo de fósforo. As ligações internucleosídicas representativas contendo fósforo incluem, mas não estão limitadas a, fosfatos, que contêm uma ligação fosfodiéster ("P = O") (também conhecida como ligações não modifica- das ou de ocorrência natural), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosfora- midatos e fosforotioatos ("P=S”) e fosforoditioatos (“HS-P=S”). Grupos de ligação internucleosídicas que não contêm fósforo representativos incluem, mas não estão limitados a, metilenometilimino (-CH2-N(CH3)- O-CH2-), tiodiéster, tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-); siloxano (-O- SiH2-O-); e N,N'-dimetil-hidrazina (-CH2-N(CH3)-N(CH3)-). Ligações in- ternucleosídicas modificadas, em comparação com ligações fosfato de ocorrência natural, podem ser usadas para alterar, tipicamente aumen- tar a resistência à nuclease do oligonucleotídeo. Em certas modalida- des, as ligações internucleosídicas com um átomo quiral podem ser pre- paradas como uma mistura racêmica ou como enantiômeros separados. Os métodos de preparação de ligações internucleosídicas contendo fós- foro e não contendo fósforo são bem conhecidos dos versados na téc- nica.
[160] As ligações internucleosídicas representativas com um cen- tro quiral incluem, mas não estão limitadas a, alquilfosfonatos e fosforo-
tioatos.
Os oligonucleotídeos modificados compreendendo ligações in- ternucleosídicas com um centro quiral podem ser preparados como po- pulações de oligonucleotídeos modificados compreendendo ligações estéreo-aleatórias ou como populações de oligonucleotídeos modifica- dos compreendendo ligações fosforotioato em configurações estereo- químicas particulares.
Em certas modalidades, as populações de oligo- nucleotídeos modificados compreendem ligações internucleosídicas fosforotioato em que todas as ligações internucleosídicas fosforotioato são estéreo-aleatórias.
Tais oligonucleotídeos modificados podem ser gerados usando métodos sintéticos que resultam na seleção aleatória da configuração estereoquímica de cada ligação fosforotioato.
No en- tanto, como é bem entendido pelos versados na matéria, cada fosforo- tioato individual de cada molécula de oligonucleotídeo individual tem uma estéreo-configuração definida.
Em certas modalidades, as popula- ções de oligonucleotídeos modificados são enriquecidas para oligonu- cleotídeos modificados compreendendo uma ou mais ligações internu- cleosídicas fosforotioato particulares em uma configuração estereoquí- mica específica, independentemente selecionada.
Em certas modalida- des, a configuração particular da ligação fosforotioato específica está presente em pelo menos 65% das moléculas na população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação fosforotioato especí- fica está presente em pelo menos 70% das moléculas na população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação fosforotio- ato específica está presente em pelo menos 80% das moléculas na po- pulação.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação fosforotioato específica está presente em pelo menos 90% das molécu- las na população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação fosforotioato específica está presente em pelo menos 99% das moléculas na população.
Tais populações quiralmente enriquecidas de oligonucleotídeos modificados podem ser geradas usando métodos sin- téticos conhecidos na técnica, por exemplo, métodos descritos em Oka et al., JACS 125, 8307 (2003), Wan et al. Nuc. Acid. Res. 42, 13456 (2014) e WO 2017/015555. Em certas modalidades, uma população de oligonucleotídeos modificados é enriquecida para oligonucleotídeos mo- dificados com pelo menos um fosforotioato indicado na configuração (Sp). Em certas modalidades, uma população de oligonucleotídeos mo- dificados é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com pelo menos um fosforotioato na configuração (Rp). Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendendo fosforotioatos (Rp) e/ou (Sp) compreendem uma ou mais das seguintes fórmulas, respecti- vamente, em que "B" indica uma nucleobase: A menos que indicado de outro modo, as ligações internucleosídicas quirais de oligonucleotídeos modificados aqui descritos podem ser es- téreo-aleatóarias ou em uma configuração estereoquímica específica.
[162] Ligações internucleosídicas neutras incluem, sem limitação, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3'-CH2-N(CH3)-O-5'), amido-3 (3'- CH2-C(=O)-N(H)-5'), amido-4 (3'-CH2-N(H)-C(=O)-5'), formacetal (3'-O- CH2-O-5'), metoxipropila e tioformacetal (3'-S-CH2-O-5'). Outras liga- ções internucleosídicas neutras incluem ligações não iônicas compre- endendo siloxano (dialquilsiloxano), éster carboxilato, carboxamida, sul- feto, éster sulfonato e amidas (Ver, por exemplo: Carbohydrate Modifi- cations in Antisense Research; Y.S. Sanghvi and P.D. Cook, Eds., ACS
Symposium Series 580; Capítulos 3 e 4, 40-65). Ligações internucleosí- dicas neutras adicionais incluem ligações não iônicas compreendendo partes componentes mistas de N, O, S e CH2 . B. Certos Motivos
[163] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos modificados compreendendo uma porção de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonu- cleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos modifi- cados compreendendo uma nucleobase modificada. Em certas modali- dades, os oligonucleotídeos modificados compreendem uma ou mais ligações internucleosídicas modificadas. Em tais modalidades, as por- ções de açúcar modificado, não modificado e diferentemente modifi- cado, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas de um oligonucleo- tídeo modificado definem um padrão ou motivo. Em certas modalidades, os padrões de porções de açúcar, nucleobases e ligações internucleo- sídicas são cada um independente um do outro. Assim, um oligonucle- otídeo modificado pode ser descrito por seu motivo de açúcar, motivo de nucleobase e/ou motivo de ligação internucleosídica (como aqui uti- lizado, motivo de nucleobase descreve as modificações nas nucleoba- ses independentemente da sequência de nucleobases).
1. Certos motivos de açúcar
[164] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem um ou mais tipos de porção açúcar modificado e/ou açúcar não modifi- cado dispostos ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão definido ou motivo de açúcar. Em certos casos, esses moti- vos de açúcar incluem mas não estão limitados a nenhuma das modifi- cações de açúcar discutidas aqui.
[165] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um motivo gapmer, que é definido por duas regiões externas ou "asas" e uma região central ou interna ou "lacuna". As três regiões de um motivo gapmer (a asa 5', a abertura e a asa 3') formam uma sequência contígua de nucleosídeos, em que pelo menos algumas das porções de açúcar dos nucleosídeos de cada uma das asas diferem de pelo menos algumas das porções de açúcar dos nucleosídeos da lacuna. Especificamente, pelo menos as porções de açúcar dos nucleosídeos de cada asa que estão mais próxi- mas da lacuna (o nucleosídeo mais 3' da asa 5' e o nucleosídeo mais 5' da asa 3') diferem da porção de açúcar dos nucleosídeos da lacuna vi- zinha, definindo assim o limite entre as asas e a lacuna (isto é, a junção asa/lacuna). Em certas modalidades, as porções de açúcar dentro da lacuna são iguais umas às outras. Em certas modalidades, a lacuna in- clui um ou mais nucleosídeos com uma porção de açúcar que difere da porção de açúcar de um ou mais outros nucleosídeos da folga. Em cer- tas modalidades, os motivos de açúcar das duas asas são os mesmos um do outro (gapmer simétrico). Em certas modalidades, o motivo de açúcar da asa 5' difere do motivo de açúcar da asa 3' (gapmer assimé- trico).
[166] Em certas modalidades, as asas de um gapmer compreen- dem 1-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, cada nucleosídeo de cada asa de um gapmer é um nucleosídeo modificado. Em certas mo- dalidades, pelo menos um nucleosídeo de cada asa de um gapmer é um nucleosídeo modificado. Em certas modalidades, pelo menos dois nucleosídeos de cada asa de um gapmer são nucleosídeos modifica- dos. Em certas modalidades, pelo menos três nucleosídeos de cada asa de um gapmer são nucleosídeos modificados. Em certas modalidades, pelo menos quatro nucleosídeos de cada asa de um gapmer são nu- cleosídeos modificados.
[167] Em certas modalidades, a lacuna de um gapmer compre- ende 7-12 nucleosídeos. Em certas modalidades, cada nucleosídeo da lacuna de um gapmer é um nucleosídeo 2'-desóxi não modificado. Em certas modalidades, pelo menos um nucleosídeo da lacuna de um ga- pmer é um nucleosídeo modificado.
[168] Em certas modalidades, o gapmer é um desóxi gapmer. Em certas modalidades, os nucleosídeos no lado da lacuna de cada junção de asa/folga são 2'-desóxi nucleosídeos não modificados e os nucleosí- deos nos lados da asa de cada junção de asa/lacuna são nucleosídeos modificados. Em certas modalidades, cada nucleosídeo da lacuna é um nucleosídeo 2'-desóxi não modificado. Em certas modalidades, cada nu- cleosídeo de cada asa de um gapmer é um nucleosídeo modificado.
[169] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um motivo de açúcar totalmente modificado. Em tais modalidades, cada nucleosídeo da re- gião totalmente modificada do oligonucleotídeo modificado compreende uma porção de açúcar modificado. Em certas modalidades, cada nu- cleosídeo de todo o oligonucleotídeo modificado compreende uma por- ção de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um motivo de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo dentro da região totalmente modificada compreende a mesma porção de açúcar modificado, aqui referida como um motivo de açúcar uniformemente mo- dificado. Em certas modalidades, um oligonucleotídeo totalmente modi- ficado é um oligonucleotídeo uniformemente modificado. Em certas mo- dalidades, cada nucleosídeo de um modificado uniformemente compre- ende a mesma modificação 2'.
[170] Aqui, os comprimentos (número de nucleosídeos) das três regiões de um gapmer podem ser fornecidos usando a notação [# de nucleosídeos na asa 5'] - [# de nucleosídeos na folga] - [# de nucleosí- deos na asa 3']. Assim, um gapmer 5-10-5 consiste em 5 nucleosídeos ligados em cada asa e 10 nucleosídeos ligados na lacuna. Quando essa nomenclatura é seguida por uma modificação específica, essa modifi- cação é a modificação em cada porção de açúcar de cada asa e os nucleosídeos de lacuna compreendem açúcares desoxinucleosídeos não modificados. Assim, um gapmer 5-10-5 MOE consiste em 5 nucleo- sídeos modificados por MOE na asa 5', 10 desoxinucleosídeos ligados na lacuna e 5 nucleosídeos MOE ligados na asa 3'.
[171] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers 5-10-5 MOE. Em certas modalidades, os oligonucleotí- deos modificados são gapmers 3-10-3 BNA. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers 3-10-3 cEt. Em certas mo- dalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers 3-10-3 LNA.
2. Certos motivos de nucleobases
[172] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem nucleobases modificadas e/ou não modificadas dispostas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão ou motivo definido. Em certas modalidades, cada nucleobase é modificada. Em certas mo- dalidades, nenhuma das nucleobases é modificada. Em certas modali- dades, cada purina ou cada pirimidina é modificada. Em certas modali- dades, cada adenina é modificada. Em certas modalidades, cada gua- nina é modificada. Em certas modalidades, cada timina é modificada. Em certas modalidades, cada uracil é modificado. Em certas modalida- des, cada citosina é modificada. Em certas modalidades, algumas ou todas as nucleobases da citosina em um oligonucleotídeo modificado são 5-metil citosinas. Em certas modalidades, todas as nucleobases da citosina são 5-metil citosinas e todas as outras nucleobases do oligonu- cleotídeo modificado são nucleobases não modificadas.
[173] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um bloco de nucleobases modificadas. Em certas moda- lidades, o bloco está na extremidade 3' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 3'
do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está na extremi- dade 5' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 5' do oligonucleotídeo.
[174] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos com um motivo gapmer compreendem um nucleosídeo compreendendo uma nucleo- base modificada. Em certas modalidades, um nucleosídeo compreen- dendo uma nucleobase modificada está no espaço central de um oligo- nucleotídeo com um motivo gapmer. Em certas modalidades, a porção de açúcar do referido nucleosídeo é uma porção 2'-desoxirribosila. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é selecionada de: uma 2- tiopirimidina e uma 5-propinopirimidina.
3. Certos motivos de ligação internucleosídica
[175] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem ligações internucleosídicas modificadas e/ou não modificadas dispostas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão ou motivo definido. Em certas modalidades, cada grupo de ligação internu- cleosídica é uma ligação internucleosídica fosfodiéster (P=O). Em cer- tas modalidades, cada grupo de ligação internucleosídica de um oligo- nucleotídeo modificado é uma ligação internucleosídica fosforotioato (P=S). Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo modificado é selecionada independentemente de uma ligação internucleosídica fosforotioato e ligação internucleosídica fosfo- diéster. Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica fosforo- tioato é selecionada independentemente de um fosforotioato estéreo- aleatório, um fosforotioato de (Sp) e um fosforotioato de (Rp). Em certas modalidades, o motivo de açúcar de um oligonucleotídeo modificado é um gapmer e as ligações internucleosídicas dentro da lacuna são todas modificadas. Em certas modalidades, algumas ou todas as ligações in- ternucleosídicas nas asas são ligações internucleosídicas fosfodiéster não modificadas. Em certas modalidades, as ligações internucleosídi- cas terminais são modificadas. Em certas modalidades, o motivo de açúcar de um oligonucleotídeo modificado é um gapmer, e o motivo de ligação internucleosídica compreende pelo menos uma ligação internu- cleosídica fosfodiéster em pelo menos uma asa, em que a pelo menos uma ligação fosfodiéster não é uma ligação terminal internucleosídica e o restante das ligações internucleosídicas são ligações internucleosídi- cas fosforotioato. Em certas modalidades, todas as ligações de fosforo- tioato são estéreo-aleatórias. Em certas modalidades, todas as ligações fosforotioato nas asas são fosforotioatos (Sp), e a lacuna compreende pelo menos um motivo Sp, Sp, Rp. Em certas modalidades, as popula- ções de oligonucleotídeos modificados são enriquecidas para oligonu- cleotídeos modificados compreendendo esses motivos de ligação inter- nucleosídicas. C. Certos comprimentos
[176] É possível aumentar ou diminuir o comprimento de um oligo- nucleotídeo sem eliminar a atividade. Por exemplo, em Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992), uma série de oligonu- cleotídeos com 13-25 nucleobases de comprimento foram testados quanto à sua capacidade de induzir a clivagem de um RNA alvo em um modelo de injeção de oócitos. Os oligonucleotídeos com 25 nucleoba- ses de comprimento com 8 ou 11 bases de incompatibilidade próximas às extremidades dos oligonucleotídeos foram capazes de direcionar a clivagem específica do RNA alvo, embora em menor extensão do que os oligonucleotídeos que não continham incompatibilidades. Da mesma forma, a clivagem específica do alvo foi alcançada usando 13 oligonu- cleotídeos de nucleobases, incluindo aqueles com 1 ou 3 desencontros.
[177] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos (incluindo oli- gonucleotídeos modificados) podem ter uma variedade de comprimen-
tos.
Em certas modalidades, os oligonucleotídeos consistem em nucleo- sídeos ligados a X a Y, em que X representa o menor número de nu- cleosídeos na faixa e Y representa o maior número de nucleosídeos na faixa.
Em certas dessas modalidades, X e Y são cada um independen- temente selecionados de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26 , 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 e 50; desde que X≤Y.
Por exemplo, em certas modalidades, os oligonucleotídeos consistem em 12 a 13, 12 a 14, 12 a 15, 12 a 16, 12 a 17, 12 a 18, 12 a 19, 12 a 20, 12 a 21, 12 a 22, 12 a 23, 12 a 24, 12 a 25, 12 a 26, 12 a 27, 12 a 28, 12 a 29, 12 a 30, 13 a 14, 13 a 15, 13 a 16, 13 a 17, 13 a 18, 13 a 19, 13 a 20, 13 a 21, 13 a 22, 13 a 23, 13 a 24, 13 a 25, 13 a 26, 13 a 27, 13 a 28, 13 a 29, 13 a 30, 14 a 15, 14 a 16, 14 a 17, 14 a 18, 14 a 19, 14 a 20, 14 a 21, 14 a 22, 14 a 23, 14 a 24, 14 a 25, 14 a 26, 14 a 27, 14 a 28, 14 a 29, 14 a 30, 15 a 16, 15 a 17, 15 a 18, 15 a 19, 15 a 20, 15 a 21, 15 a 22, 15 a 23, 15 a 24, 15 a 25, 15 a 26, 15 a 27, 15 a 28, 15 a 29, 15 a 30, 16 a 17, 16 a 18, 16 a 19, 16 a 20, 16 a 21, 16 a 22, 16 a 23, 16 a 24, 16 a 25, 16 a 26, 16 a 27, 16 a 28, 16 a 29, 16 a 30, 17 a 18, 17 a 19, 17 a 20, 17 a 21, 17 a 22, 17 a 23, 17 a 24, 17 a 25, 17 a 26, 17 a 27, 17 a 28, 17 a 29, 17 a 30, 18 a 19, 18 a 20, 18 a 21, 18 a 22, 18 a 23, 18 a 24, 18 a 25, 18 a 26, 18 a 27, 18 a 28, 18 a 29, 18 a 30, 19 a 20, 19 a 21, 19 a 22, 19 a 23, 19 a 24, 19 a 25, 19 a 26, 19 a 29, 19 a 28, 19 a 29, 19 a 30, 20 a 21, 20 a 22, 20 a 23, 20 a 24, 20 a 25, 20 a 26, 20 a 27, 20 a 28, 20 a 29, 20 a 30, 21 a 22, 21 a 23, 21 a 24, 21 a 25, 21 a 26, 21 a 27, 21 a 28, 21 a 29, 21 a 30, 22 a 23, 22 a 24, 22 a 25, 22 a 26, 22 a 27, 22 a 28, 22 a 29, 22 a 30, 23 a 24, 23 a 25, 23 a 26, 23 a 27, 23 a 28, 23 a 29, 23 a 30, 24 a 25, 24 a 26, 24 a 27, 24 a 28, 24 a 29, 24 a 30, 25 a 26, 25 a 27, 25 a 28, 25 a 29, 25 a 30, 26 a 27, 26 a 28, 26 a 29, 26 a 30, 27 a 28, 27 a 29, 27 a 30, 28 a 29, 28 a 30 ou 29 a 30 nucleosídeos ligados
D. Certos oligonucleotídeos modificados
[178] Em certas modalidades, as modificações acima (açúcar, nu- cleobase, ligação internucleosídica) são incorporadas em um oligonu- cleotídeo modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos mo- dificados são caracterizados por seus motivos de modificação e compri- mentos gerais. Em certas modalidades, esses parâmetros são indepen- dentes um do outro. Assim, salvo indicação em contrário, cada ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo com um motivo de açúcar ga- pmer pode ser modificada ou não modificada e pode ou não seguir o padrão de modificação gapmer das modificações de açúcar. Por exem- plo, as ligações internucleosídicas nas regiões de asa de um gapmer de açúcar podem ser iguais ou diferentes umas das outras e podem ser iguais ou diferentes das ligações internucleosídicas da região de lacuna do motivo do açúcar. Da mesma forma, esses oligonucleotídeos gapmer de açúcar podem compreender uma ou mais nucleobases modificadas independentes do padrão gapmer das modificações de açúcar. Salvo indicação em contrário, todas as modificações são independentes da sequência de nucleobases. E. Certas populações de oligonucleotídeos modificados
[179] As populações de oligonucleotídeos modificados nas quais todos os oligonucleotídeos modificados da população têm a mesma fór- mula molecular podem ser populações estéreo-aleatórias ou popula- ções enriquecidas quirais. Todos os centros quirais de todos os oligo- nucleotídeos modificados são estéreo-aleatórios em uma população es- téreo-aleatória. Numa população quiralmente enriquecida, pelo menos um centro quiral em particular não é estéreo-aleatório nos oligonucleo- tídeos modificados da população. Em certas modalidades, os oligonu- cleotídeos modificados de uma população enriquecida quiralmente são enriquecidos para as porções de açúcar β-D ribosila, e todas as ligações internucleosídicas de fosforotioato são estéreo-aleatórias. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados de uma população enri- quecida quiralmente são enriquecidos para ambas as porções de açú- car β-D ribosil e pelo menos uma ligação internucleosídica fosforotioato particular em uma configuração estereoquímica específica. F. Sequência de nucleobases
[180] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos (oligonucleotí- deos não modificados ou modificados) são ainda descritos por sua se- quência de nucleobases. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos têm uma sequência de nucleobases que é complementar a um segundo oligonucleotídeo ou a um ácido nucleico de referência identificado, como um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma região de um oli- gonucleotídeo possui uma sequência de nucleobases que é comple- mentar a um segundo oligonucleotídeo ou a um ácido nucleico de refe- rência identificado, como um ácido nucleico alvo. Em certas modalida- des, a sequência de nucleobases de uma região ou comprimento inteiro de um oligonucleotídeo é de pelo menos 50%, pelo menos 60%, pelo menos 70%, pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90%, pelo menos 95 % ou 100% complementar ao segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico, como um ácido nucleico alvo. II. Certos compostos oligoméricos
[181] Em certas modalidades, são aqui fornecidos compostos oli- goméricos, os quais consistem em um oligonucleotídeo (modificado ou não modificado) e, opcionalmente, um ou mais grupos conjugados e/ou grupos terminais. Os grupos conjugados consistem em um ou mais gru- pos conjugados e um ligante conjugado que liga o grupo conjugado ao oligonucleotídeo. Os grupos conjugados podem ser ligados a uma ou ambas as extremidades de um oligonucleotídeo e/ou em qualquer posi- ção interna. Em certas modalidades, grupos conjugados são ligados à posição 2' de um nucleosídeo de um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, os grupos conjugados que estão ligados a uma ou ambas as extremidades de um oligonucleotídeo são grupos terminais. Em certas modalidades, grupos conjugados ou grupos terminais são li- gados na extremidade 3' e/ou 5' dos oligonucleotídeos. Em certas mo- dalidades, os grupos conjugados (ou grupos terminais) são ligados na extremidade 3' dos oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os gru- pos conjugados são ligados perto da extremidade 3' dos oligonucleotí- deos. Em certas modalidades, grupos conjugados (ou grupos terminais) são ligados na extremidade 5' dos oligonucleotídeos. Em certas moda- lidades, os grupos conjugados são ligados perto da extremidade 5' dos oligonucleotídeos.
[182] Exemplos de grupos terminais incluem, mas não estão limi- tados a, grupos conjugados, grupos de capeamento, porções fosfato, grupos de proteção, nucleosídeos modificados ou não modificados e dois ou mais nucleosídeos que são modificados ou não modificados in- dependentemente. A. Certos Grupos Conjugados
[183] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos são covalente- mente ligados a um ou mais grupos conjugados. Em certas modalida- des, os grupos conjugados modificam uma ou mais propriedades do oli- gonucleotídeo ligado, incluindo mas não se limitando a farmacodinâ- mica, farmacocinética, estabilidade, ligação, absorção, distribuição de tecidos, distribuição celular, captação celular, carga e liberação. Em cer- tas modalidades, os grupos conjugados conferem uma nova proprie- dade ao oligonucleotídeo ligado, por exemplo, fluoróforos ou grupos re- pórteres que permitem a detecção do oligonucleotídeo. Certos grupos conjugados e porções conjugadas foram descritos anteriormente, por exemplo: porção de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053-1060), um tioéter, por exemplo, hexil-S-tritil-
tiol (Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Mano- haran et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), um tioco- lesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), uma corrente alifática, por exemplo, resíduos de dodecandiol ou undecil (Sai- son-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), um fosfolipídeo, por exemplo, di-hexadecil-rac-glicerol ou 1,2-di- O-hexadecil-rac-glicero-3-H-fosfonato de trietilamônio (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), uma cadeia de poliamina ou polietileno gli- col (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), ou ácido adamantano acético, uma porção palmitil (Mishra et al., Bio- chim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), uma porção octadecilamina ou hexilamino-carbonil-oxicolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), um grupo tocoferol (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; e Nishina et al., Molecular The- rapy, 2008, 16, 734-740), ou um agrupamento GalNAc (por exemplo, WO2014/179620).
1. Porções Conjugadas
[184] As porções conjugadas incluem, sem limitação, intercalado- res, moléculas repórteres, poliaminas, poliamidas, peptídeos, carboidra- tos, porções vitamínicas, polietileno glicóis, tioéteres, poliéteres, coles- teróis, tiocolesteróis, porções de ácido cólico, folato, lipídeos, fosfolipí- deos, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano, acri- dina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas, fluoróforos e corantes. Em certas modalidades, uma porção conjugada compreende uma subs- tância ativa, por exemplo, aspirina, varfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fenbufeno, cetoprofeno, (S)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, 2,3,5- ácido tri-iodobenzoico, fingolimod, ácido flufenâ-
mico, ácido folínico, benzotiadiazida, clorotiazida, diazepina, indomé- tica, barbitúrico, cefalosporina, droga sulfa, antidiabético, antibacteriano ou antibiótico.
2. Ligantes Conjugados
[185] As porções conjugadas são ligadas a oligonucleotídeos atra- vés de ligantes conjugados. Em certos compostos oligoméricos, o li- gante conjugado é uma ligação química única (ou seja, a porção conju- gada é ligada diretamente a um oligonucleotídeo através de uma ligação simples). Em certas modalidades, o ligante conjugado compreende uma estrutura de cadeia, como uma cadeia hidrocarbila, ou um oligômero de unidades repetidas, como etileno glicol, nucleosídeos ou unidades de aminoácidos.
[186] Em certas modalidades, um ligante conjugado compreende um ou mais grupos selecionados de alquila, amino, oxo, amida, dissul- feto, polietileno glicol, éter, tioéter e hidroxilamino. Em certas modalida- des, o ligante conjugado compreende grupos selecionados de grupos alquilaila, amino, oxo, amida e éter. Em certas modalidades, o ligante conjugado compreende grupos selecionados de grupos alquila e amida. Em certas modalidades, o ligante conjugado compreende grupos sele- cionados de grupos alquila e éter. Em certas modalidades, o ligante con- jugado compreende pelo menos uma porção de fósforo. Em certas mo- dalidades, o ligante conjugado compreende pelo menos um grupo fos- fato. Em certas modalidades, o ligante conjugado inclui pelo menos um grupo de ligação neutro.
[187] Em certas modalidades, os ligantes conjugados, incluindo os ligantes conjugados descritos acima, são porções de ligação bifuncio- nais, por exemplo, aquelas conhecidas na técnica por serem úteis para ligar grupos conjugados a compostos parentais, como os oligonucleotí- deos aqui fornecidos. Em geral, uma porção de ligação bifuncional com- preende pelo menos dois grupos funcionais. Um dos grupos funcionais é selecionado para se ligar a um sítio específico em um composto pa- rental e o outro é selecionado para se ligar a um grupo conjugado. Exemplos de grupos funcionais utilizados em uma porção de ligação bifuncional incluem, mas não estão limitados a, eletrófilos para reagir com grupos nucleofílicos e nucleófilos para reagir com grupos eletrofíli- cos. Em certas modalidades, as porções de ligação bifuncional compre- endem um ou mais grupos selecionados de amino, hidroxila, ácido car- boxílico, tiol, alquila, alquenila e alquinila.
[188] Exemplos de ligantes conjugados incluem, entre outros, pir- rolidina, ácido 8-amino-3,6-dioxaoctanoico (ADO), 4-(N-maleimidome- tila) ciclo-hexano-1-carboxilato de succinimidila (SMCC) e ácido 6- amino-hexanoico (AHEX ou AHA). Outros ligantes conjugados incluem, mas não estão limitados a C1-C10 alquila substituída ou não substituída, C2-C10 alquenila substituída ou não substituída ou C2-C10 alquinila subs- tituída ou não substituída, em que uma lista não limitativa de grupos substituintes preferidos inclui hidroxila, amino, alcóxi, carbóxi, benzila, fenila, nitro, tiol, tioalcóxi, halogênio, alquila, arila, alquenil e alquinila.
[189] Em certas modalidades, os ligantes conjugados compreen- dem 1-10 ligantes-nucleosídeos. Em certas modalidades, ligantes con- jugados compreendem 2-5 ligantes-nucleosídeos. Em certas modalida- des, os ligantes conjugados compreendem exatamente 3 ligantes-nu- cleosídeos. Em certas modalidades, ligantes conjugados compreendem o motivo de TCA. Em certas modalidades, esses ligantes-nucleosídeos são nucleosídeos modificados. Em certas modalidades, tais ligantes-nu- cleosídeos compreendem uma porção de açúcar modificado. Em certas modalidades, os ligantes-nucleosídeos não são modificados. Em certas modalidades, os ligantes-nucleosídeos compreendem uma base hete- rocíclica opcionalmente protegida selecionada de uma purina, purina substituída, pirimidina ou pirimidina substituída. Em certas modalidades, uma porção clivável é um nucleosídeo selecionado de uracila, timina,
citosina, 4-N-benzoilcitosina, 5-metil citosina, 4-N-benzoil-5-metil cito- sina, adenina, 6-N-benzoladenina, guanina e 2-N-isobutirilguanina. É ti- picamente desejável que os ligantes-nucleosídeos sejam clivados do composto oligomérico depois de atingir um tecido alvo. Por conseguinte, os ligantes-nucleosídeos estão tipicamente ligados um ao outro e ao restante do composto oligomérico através de ligações cliváveis. Em cer- tas modalidades, essas ligações cliváveis são ligações fosfodiéster.
[190] Aqui, os ligantes-nucleosídeos não são considerados parte do oligonucleotídeo. Por conseguinte, em modalidades nas quais um composto oligomérico compreende um oligonucleotídeo que consiste em um número ou faixa especificado de nucleosídeos ligados e/ou uma porcentagem complementar especificada a um ácido nucleico de refe- rência e o composto oligomérico também compreende um grupo conju- gado compreendendo um ligante conjugado compreendendo ligante- nucleosídeos, esses ligantes-nucleosídeos não são contados em rela- ção ao comprimento do oligonucleotídeo e não são utilizados na deter- minação da complementaridade percentual do oligonucleotídeo para o ácido nucleico de referência. Por exemplo, um composto oligomérico pode compreender (1) um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 30 nucleosídeos e (2) um grupo conjugado compreendendo 1-10 nucleotídeos de ligação que são contíguos aos nucleosídeos do oligo- nucleotídeo modificado. O número total de nucleosídeos ligados contí- guos em tal composto oligomérico é superior a 30. Alternativamente, um composto oligomérico pode compreender um oligonucleotídeo modifi- cado que consiste em 8 a 30 nucleosídeos e nenhum grupo conjugado. O número total de nucleosídeos ligados contíguos em tal composto oli- gomérico não é superior a 30. A menos que os ligantes conjugados in- dicados de outro modo compreendam não mais do que 10 ligantes-nu- cleosídeos. Em certas modalidades, ligantes conjugados compreendem não mais que 5 ligantes-nucleosídeos. Em certas modalidades, os ligan- tes conjugados compreendem não mais que 3 ligantes-nucleosídeos. Em certas modalidades, ligantes conjugados compreendem não mais que 2 ligantes-nucleosídeos. Em certas modalidades, os ligantes conju- gados compreendem não mais que 1 ligante-nucleosídeo.
[191] Em certas modalidades, é desejável que um grupo conju- gado seja clivado do oligonucleotídeo. Por exemplo, em certas circuns- tâncias, os compostos oligoméricos que compreendem uma porção conjugada específica são mais bem absorvidos por um tipo de célula específico, mas uma vez que o composto oligomérico foi absorvido, é desejável que o grupo conjugado seja clivado para liberar o oligonucle- otídeo não conjugado ou parental. Assim, certos ligantes conjugados podem compreender uma ou mais porções cliváveis. Em certas modali- dades, uma porção clivável é uma ligação clivável. Em certas modalida- des, uma porção clivável é um grupo de átomos compreendendo pelo menos uma ligação clivável. Em certas modalidades, uma porção clivá- vel compreende um grupo de átomos possuindo uma, duas, três, quatro ou mais de quatro ligações cliváveis. Em certas modalidades, uma por- ção clivável é clivada seletivamente dentro de uma célula ou comparti- mento subcelular, como um lisossomo. Em certas modalidades, uma porção clivável é clivada seletivamente por enzimas endógenas, como nucleases.
[192] Em certas modalidades, uma ligação clivável é selecionada de: uma amida, um éster, um éter, um ou ambos os ésteres de um fos- fodiéster, um éster de fosfato, um carbamato ou um dissulfeto. Em cer- tas modalidades, uma ligação clivável é um ou ambos os ésteres de um fosfodiéster. Em certas modalidades, uma porção clivável compreende um fosfato ou fosfodiéster. Em certas modalidades, a porção clivável é uma ligação fosfato entre um oligonucleotídeo e uma porção conjugada ou grupo conjugado.
[193] Em certas modalidades, uma porção clivável compreende ou consiste em um ou mais nucleotídeos-ligante. Em certas modalidades, o um ou mais ligantes-nucleosídeos estão ligados um ao outro e/ou ao restante do composto oligomérico através de ligações cliváveis. Em cer- tas modalidades, essas ligações cliváveis são ligações fosfodiéster não modificadas. Em certas modalidades, uma porção clivável é o nucleosí- deo 2'-desóxi que está ligado ao nucleosídeo 3' ou 5'-terminal de um oligonucleotídeo por uma ligação internucleosídica fosfato e covalente- mente ligado ao restante do elemento de ligação conjugado ou porção conjugada por um ligação fosfato ou fosforotioato. Em certas modalida- des, a porção clivável é 2'-desoxiadenosina. B. Certos grupos de terminais
[194] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos compre- endem um ou mais grupos terminais. Em certas modalidades, os com- postos oligoméricos compreendem um 5'-fosfato estabilizado. Os 5'-fos- fatos estabilizados incluem, mas não estão limitados a 5'-fosfatos, inclu- indo, mas não se limitando a 5'-vinilfosfonatos. Em certas modalidades, os grupos terminais compreendem um ou mais nucleosídeos abásicos e/ou nucleosídeos invertidos. Em certas modalidades, os grupos termi- nais compreendem um ou mais nucleosídeos ligados a 2'. Em certas modalidades, o nucleosídeo ligado a 2' é um nucleosídeo abásico. III Duplexes oligoméricos
[195] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos aqui descritos compreendem um oligonucleotídeo, tendo uma sequência de nucleobases complementar à de um ácido nucleico alvo. Em certas mo- dalidades, um composto oligomérico é emparelhado com um segundo composto oligomérico para formar um duplex oligomérico. Tais duple- xes oligoméricos compreendem um primeiro composto oligomérico tendo uma região complementar a um ácido nucleico alvo e um segundo composto oligomérico tendo uma região complementar ao primeiro composto oligomérico. Em certas modalidades, o primeiro composto oli- gomérico de um duplex oligomérico compreende ou consiste em (1) um oligonucleotídeo modificado ou não modificado e opcionalmente um grupo conjugado e (2) um segundo oligonucleotídeo modificado ou não modificado e opcionalmente um grupo conjugado. Um ou ambos os compostos oligoméricos de um duplex oligomérico podem compreender um grupo conjugado. Os oligonucleotídeos de cada composto oligomé- rico de um duplex oligomérico podem incluir nucleosídeos pendentes não complementares. IV. Atividade antissenso
[196] Em certas modalidades, compostos oligoméricos e duplex oligoméricos são capazes de hibridar com um ácido nucleico alvo, re- sultando em pelo menos uma atividade antissenso; tais compostos oli- goméricos e duplex oligoméricos são compostos antissenso. Em certas modalidades, os compostos antissenso têm atividade antissenso quando eles reduzem ou inibem a quantidade ou atividade de um ácido nucleico alvo em 25% ou mais no ensaio celular padrão. Em certas mo- dalidades, os compostos antissenso afetam seletivamente um ou mais ácidos nucleicos alvo. Tais compostos antissenso compreendem uma sequência de nucleobases que hibrida com um ou mais ácidos nucleicos alvo, resultando em uma ou mais atividades antissenso desejadas e não hibrida com um ou mais ácidos nucleicos não alvo ou não hibrida com um ou mais ácidos nucleicos não alvo de tal maneira que resulte em significativa atividade antissenso indesejada.
[197] Em certas atividades antissenso, a hibridação de um com- posto antissenso com um ácido nucleico alvo resulta no recrutamento de uma proteína que cliva o ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos antissenso resultam na clivagem mediada por RNase H do ácido nucleico alvo. A RNase H é uma endonuclease celular que cliva a fita de RNA de um duplex RNA:DNA. O DNA em um duplex RNA:DNA não precisa ser um DNA não modificado. Em certas modalidades, aqui descritos são compostos antissenso que são suficientemente "similares ao DNA" para provocar a atividade da RNase H. Em certas modalida- des, um ou mais nucleosídeos não similares a DNA na lacuna de um gapmer são tolerados.
[198] Em certas atividades antissenso, um composto antissenso ou uma porção de um composto antissenso é carregado em um com- plexo de silenciamento induzido por RNA (RISC), resultando finalmente na clivagem do ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos an- tissenso resultam na clivagem do ácido nucleico alvo pelo Argonaute. Os compostos antissenso que são carregados no RISC são compostos de RNAi. Os compostos de RNAi podem ser de fita dupla (siRNA) ou de fita simples (ssRNA).
[199] Em certas modalidades, a hibridação de um composto antis- senso com um ácido nucleico alvo não resulta no recrutamento de uma proteína que cliva o ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a hi- bridação do composto antissenso com o ácido nucleico alvo resulta na alteração da emenda do ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a hibridação de um composto antissenso com um ácido nucleico alvo re- sulta na inibição de uma interação de ligação entre o ácido nucleico alvo e uma proteína ou outro ácido nucleico. Em certas modalidades, a hibri- dação de um composto antissenso com um ácido nucleico alvo resulta na alteração da tradução do ácido nucleico alvo.
[200] As atividades antissenso podem ser observadas direta ou in- diretamente. Em certas modalidades, a observação ou detecção de uma atividade antissenso envolve a observação ou detecção de uma altera- ção em uma quantidade de um ácido nucleico ou proteína alvo codifi- cado por esse ácido nucleico alvo, uma alteração na razão de variantes de emenda de um ácido nucleico ou proteína e/ou uma mudança feno- típica em uma célula ou animal.
V. Certos ácidos nucleicos alvo
[201] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos compre- endem ou consistem em um oligonucleotídeo compreendendo uma re- gião que é complementar a um ácido nucleico alvo. Em certas modali- dades, o ácido nucleico alvo é uma molécula de RNA endógena. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo codifica uma proteína. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é selecionado de: um mRNA maduro e um pré-mRNA, incluindo regiões intrônicas, exônicas e não traduzidas. Em certas modalidades, o RNA alvo é um mRNA maduro. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é um pré-mRNA. Em cer- tas modalidades, a região alvo está inteiramente dentro de um íntron. Em certas modalidades, a região alvo abrange uma junção íntron/éxon. Em certas modalidades, a região alvo está pelo menos 50% dentro de um íntron. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é o produto transcricional de RNA de um retrógeno. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é um RNA não codificante. Em certas modalidades, o RNA não codificante alvo é selecionado de: um RNA não codificante longo, um RNA não codificante curto, uma molécula de RNA intrônico. A. Complementaridade/incompatibilidades com o ácido nu- cleico alvo
[202] É possível introduzir bases de incompatibilidade sem elimi- nar a atividade. Por exemplo, Gautschi et al. (J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, março de 2001) demonstraram a capacidade de um oligo- nucleotídeo com 100% de complementaridade com o mRNA de bcl-2 e com 3 incompatibilidades com o mRNA de bcl-xL para reduzir a expres- são de bcl-2 e bcl-xL in vitro e in vivo. Além disso, este oligonucleotídeo demonstrou potente atividade antitumoral in vivo. Maher and Dolnick (Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988) testaram uma série de oligonu- cleotídeos de 14 nucleobases em tandem e oligonucleotídeos de 28 e
42 nucleobases compreendendo a sequência de dois ou três dos oligo- nucleotídeos em tandem, respectivamente, quanto à sua capacidade de interromper a tradução do DHFR humano em um ensaio de reticulócitos de coelho. Cada um dos três oligonucleotídeos de 14 nucleobases so- zinho foi capaz de inibir a tradução, embora em um nível mais modesto que os 28 ou 42 oligonucleotídeos de nucleobase.
[203] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos são comple- mentares ao ácido nucleico alvo ao longo de todo o comprimento do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos são 99%, 95%, 90%, 85% ou 80% complementares ao ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos são pelo menos 80% com- plementares ao ácido nucleico alvo ao longo de todo o comprimento do oligonucleotídeo e compreendem uma região que é 100% ou totalmente complementar a um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a re- gião de complementaridade completa é de 6 a 20, 10 a 18 ou 18 a 20 nucleobases de comprimento.
[204] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma ou mais nucleobases incompatíveis em relação ao ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antissenso contra o alvo é re- duzida por essa incompatibilidade, mas a atividade contra um não alvo é reduzida em uma quantidade maior. Assim, em certas modalidades, a seletividade do oligonucleotídeo é melhorada. Em certas modalidades, a incompatibilidade é posicionada especificamente dentro de um oligo- nucleotídeo com um motivo gapmer. Em certas modalidades, a incom- patibilidade está na posição 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ou 8 a partir da extremidade 5' da região de lacuna. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 a partir da extremidade 3' da região de lacuna. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 1, 2, 3 ou 4 da extremidade 5' da região de asa. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 4, 3, 2 ou 1 da extremidade 3' da região de asa. B. LRRK2
[205] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos compre- endem ou consistem em um oligonucleotídeo compreendendo uma re- gião que é complementar a um ácido nucleico alvo, em que o ácido nu- cleico alvo é LRRK2. Em certas modalidades, o ácido nucleico LRRK2 tem a sequência estabelecida na SEQ ID NO: 1 (Nº de Acessão GEN- BANK: NM_198578.3) e SEQ ID NO: 2 (Nº de Acessão GENBANK: NT_029419.11 truncado dos nucleotídeos 2759000 a 2909000).
[206] Em certas modalidades, o contato de uma célula com um composto oligomérico complementar à SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2 reduz a quantidade de RNA de LRRK2 e, em certas modalidades, reduz a quantidade de proteína LRRK2. Em certas modalidades, o composto oligomérico consiste em um oligonucleotídeo modificado. Em certas mo- dalidades, o contato de uma célula com um composto oligomérico com- plementar à SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2 melhora um ou mais sinto- mas ou marcas de uma doença neurodegenerativa. Em certas modali- dades, o composto oligomérico consiste em um oligonucleotídeo modi- ficado. Em certas modalidades, o sintoma ou marca é ataxia, neuropatia e formação de agregados. Em certas modalidades, o contato de uma célula com um oligonucleotídeo modificado complementar à SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2 resulta em função motora melhorada, neuropa- tia reduzida e redução no número de agregados. Em certas modalida- des, o composto oligomérico consiste em um oligonucleotídeo modifi- cado C. Certos ácidos nucleicos alvo em certos tecidos
[207] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos compre- endem ou consistem em um oligonucleotídeo compreendendo uma re- gião que é complementar a um ácido nucleico alvo, em que o ácido nu- cleico alvo é expresso num tecido farmacologicamente relevante. Em certas modalidades, os tecidos farmacologicamente relevantes são as células e tecidos que compreendem o sistema nervoso central (CNS). Esses tecidos incluem tecidos cerebrais, como córtex, substância ne- gra, estriado, mesencéfalo e tronco cerebral e medula espinhal. VI. Certas composições farmacêuticas
[208] Em certas modalidades, aqui descritas são composições far- macêuticas compreendendo um ou mais compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os um ou mais compostos oligoméricos cada um consiste em um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, a composição farmacêutica compreende um diluente ou transportador far- maceuticamente aceitável. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende ou consiste em uma solução salina estéril e um ou mais compostos oligoméricos. Em certas modalidades, a solução salina estéril é solução salina de qualidade farmacêutica. Em certas mo- dalidades, uma composição farmacêutica compreende ou consiste em um ou mais composto oligomérico e água estéril. Em certas modalida- des, a água estéril é água de grau farmacêutico. Em certas modalida- des, uma composição farmacêutica compreende ou consiste em um ou mais compostos oligoméricos e solução salina tamponada com fosfato (PBS). Em certas modalidades, o PBS estéril é PBS de grau farmacêu- tico. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compre- ende ou consiste em um ou mais composto oligomérico e fluido cere- brospinal artificial. Em certas modalidades, o líquido cefalorraquidiano artificial é de grau farmacêutico.
[209] Em certas modalidades, uma composição farmacêutica com- preende um oligonucleotídeo modificado e um fluido cerebrospinal arti- ficial. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica consiste em um oligonucleotídeo modificado e fluido cerebrospinal artificial. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica consiste essencial-
mente em um oligonucleotídeo modificado e fluido cerebrospinal artifi- cial. Em certas modalidades, o líquido cefalorraquidiano artificial é de grau farmacêutico.
[210] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem um ou mais compostos oligoméricos e um ou mais exci- pientes. Em certas modalidades, os excipientes são selecionados de água, soluções salinas, álcool, polietileno glicóis, gelatina, lactose, ami- lase, estearato de magnésio, talco, ácido silícico, parafina viscosa, hi- droximetilcelulose e polivinilpirrolidona.
[211] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos podem ser misturados com substâncias ativas e/ou inertes farmaceuticamente aceitáveis para a preparação de composições ou formulações farma- cêuticas. As composições e métodos para a formulação de composi- ções farmacêuticas dependem de vários critérios, incluindo, mas não se limitando a, via de administração, extensão da doença ou dose a ser administrada.
[212] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendendo um composto oligomérico abrangem quaisquer sais farmaceuticamente aceitáveis do composto oligomérico, ésteres do composto oligomérico ou sais desses ésteres. Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendendo compostos oligoméri- cos compreendendo um ou mais oligonucleotídeos, após administração a um animal, incluindo um humano, são capazes de fornecer (direta ou indiretamente) o metabólito ou resíduo biologicamente ativo. Por conse- guinte, por exemplo, a descrição também é desenhada para sais farma- ceuticamente aceitáveis de compostos oligoméricos, profármacos, sais farmaceuticamente aceitáveis de tais profármacos e outros bioequiva- lentes. Os sais farmaceuticamente aceitáveis adequados incluem, mas não estão limitados a, sais de sódio e potássio. Em certas modalidades, as profármacos compreendem um ou mais grupos conjugados ligados a um oligonucleotídeo, em que o grupo conjugado é clivado por nuclea- ses endógenas no corpo.
[213] As porções lipídicas têm sido usadas em terapias de ácidos nucleicos em uma variedade de métodos. Em certos métodos, o ácido nucleico, como um composto oligomérico, é introduzido em lipossomas ou lipoplexes pré-formados feitos de misturas de lipídeos catiônicos e lipídeos neutros. Em certos métodos, complexos de DNA com lipídeos mono- ou policatiônicos são formados sem a presença de um lipídeo neutro. Em certas modalidades, uma porção lipídica é selecionada para aumentar a distribuição de um agente farmacêutico para uma célula ou tecido específico. Em certas modalidades, uma porção lipídica é seleci- onada para aumentar a distribuição de um agente farmacêutico no te- cido adiposo. Em certas modalidades, uma porção lipídica é selecio- nada para aumentar a distribuição de um agente farmacêutico no tecido muscular.
[214] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem um sistema de distribuição. Exemplos de sistemas de distribuição incluem, mas não estão limitados a, lipossomos e emulsões. Certos sistemas de distribuição são úteis para preparar certas composi- ções farmacêuticas, incluindo aquelas que compreendem compostos hi- drofóbicos. Em certas modalidades, certos solventes orgânicos, como dimetilsulfóxido, são usados.
[215] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem uma ou mais moléculas de distribuição específicas de tecido projetadas para distribuir o um ou mais agentes farmacêuticos da presente invenção a tecidos ou tipos de células específicos. Por exem- plo, em certas modalidades, as composições farmacêuticas incluem li- possomos revestidos com um anticorpo específico de tecido.
[216] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas compreendem um sistema de cossolvente. Alguns desses sistemas de cossolventes compreendem, por exemplo, álcool benzílico, um surfac- tante não polar, um polímero orgânico miscível com água e uma fase aquosa. Em certas modalidades, esses sistemas de cossolvente são usados para compostos hidrofóbicos. Um exemplo não limitativo desse sistema de cossolvente é o sistema de cossolvente VPD, que é uma solução de etanol absoluto compreendendo 3% p/v de álcool benzílico, 8% p/v de surfactante não polar Polysorbate 80™ e 65 % p/v de polieti- leno glicol 300. As proporções de tais sistemas de cossolventes podem variar consideravelmente sem alterar significativamente suas caracte- rísticas de solubilidade e toxicidade. Além disso, a identidade dos com- ponentes de cossolvente pode variar: por exemplo, outros surfactantes podem ser utilizados em vez do Polysorbate 80™; o tamanho da porção do polietilenoglicol pode variar; outros polímeros biocompatíveis podem substituir o polietilenoglicol, por exemplo, polivinilpirrolidona; e outros açúcares ou polissacarídeos podem substituir a dextrose.
[217] Em certas modalidades, as composições farmacêuticas são preparadas para administração oral. Em certas modalidades, as com- posições farmacêuticas são preparadas para administração bucal. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica é preparada para administração por injeção (por exemplo, intravenosa, subcutânea, intra- muscular, intratecal (IT), intracerebroventricular (ICV), etc.). Em algu- mas dessas modalidades, uma composição farmacêutica compreende um transportador e é formulada em solução aquosa, como água ou tam- pões fisiologicamente compatíveis, como solução de Hanks, solução de Ringer ou tampão fisiológico salino. Em certas modalidades, outros in- gredientes são incluídos (por exemplo, ingredientes que auxiliam na so- lubilidade ou servem como conservantes). Em certas modalidades, as suspensões injetáveis são preparadas usando veículos líquidos apropri- ados, agentes de suspensão e similares. Certas composições farma- cêuticas para injeção são apresentadas na forma de dosagem unitária,
por exemplo, em ampolas ou em recipientes de múltiplas doses. Certas composições farmacêuticas para injeção são suspensões, soluções ou emulsões em veículos oleosos ou aquosos e podem conter agentes de formulação, como agentes de suspensão, estabilização e/ou dispersão. Certos solventes adequados para uso em composições farmacêuticas para injeção incluem, entre outros, solventes lipofílicos e óleos graxos, como óleo de gergelim, ésteres sintéticos de ácidos graxos, como oleato de etil ou triglicerídeos e lipossomas.
[218] Sob certas condições, certos compostos aqui divulgados atuam como ácidos. Embora esses compostos possam ser desenhados ou descritos na forma protonada (ácido livre), na forma ionizada (ânion) ou ionizada e em associação com uma forma cátion (sal), soluções aquosas de tais compostos existem em equilíbrio entre essas formas. Por exemplo, existe uma ligação fosfato de um oligonucleotídeo em so- lução aquosa em equilíbrio entre as formas de ácido livre, ânion e sal. Salvo indicação em contrário, os compostos aqui descritos pretendem incluir todas as formas. Além disso, certos oligonucleotídeos têm várias dessas ligações, cada uma das quais está em equilíbrio. Assim, os oli- gonucleotídeos em solução existem em um conjunto de formas em múl- tiplas posições, tudo em equilíbrio. O termo "oligonucleotídeo" pretende incluir todas essas formas. Estruturas desenhadas necessariamente re- presentam uma única forma. No entanto, a menos que indicado de outra forma, esses desenhos também devem incluir formas correspondentes. Aqui, uma estrutura que representa o ácido livre de um composto se- guido pelo termo "ou sais do mesmo" inclui expressamente todas as formas que podem ser total ou parcialmente protonadas/desprotona- das/em associação com um cátion. Em certos casos, um ou mais cá- tions específicos são identificados.
[219] Em certas modalidades, os compostos oligoméricos aqui di- vulgados estão em solução aquosa com sódio. Em certas modalidades,
os compostos oligoméricos estão em solução aquosa com potássio. Em certas modalidades, os compostos oligoméricos estão no CSF artificial. Em certas modalidades, os compostos oligoméricos estão em PBS. Em certas modalidades, os compostos oligoméricos estão na água. Em cer- tas modalidades, o pH da solução é ajustado com NaOH e/ou HCl para alcançar o pH desejado. VII. Certas composições
1. Composto No: 780241
[220] O Composto No: 780241 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5' a 3') GCTCATA- TCTAAAGACCGCA (incorporada aqui como SEQ ID NO: 222), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5' a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-desoxinu- cleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 16 a 17, e 17 a 18, são ligações internucleosí- dicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 1 a 2, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internucleosí- dicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5'-metil citosina.
[221] O Composto No: 780241 pode ser caracterizado pela se- guinte notação química: Ges mCeo Teo mCeo Aes Tds Ads Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeo mCeo Ges mCes Ae; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[222] O Composto No: 780241 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 1. Composto No: 780241 (SEQ ID NO: 222).
[223] O Composto No: 780241 pode ser representado pela se- guinte estrutura química:
Estrutura 2. O sal de sódio do Composto no: 780241 (SEQ ID NO: 222).
2. Composto No: 802714
[224] O Composto No: 802714 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5' a 3') TCACCA- CAAACTCATGGACT (incorporada aqui como SEQ ID NO: 888), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5' a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-de- soxinucleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nu- cleosídeos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 16 a 17, e 17 a 18, são ligações internu- cleosídicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nu- cleosídeos 1 a 2, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internu- cleosídicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5'-metil citosina.
[225] O Composto No: 802714 pode ser caracterizado pela se- guinte notação química: Tes mCeo Aeo mCeo mCes Ads mCds Ads Ads
Ads mCds Tds mCds Ads Tds Geo Geo Aes mCes Te; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[226] O Composto No: 802714 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 3. Composto No: 802714 (SEQ ID NO: 888).
[227] O Composto No: 802714 pode ser representado pela se- guinte estrutura química:
Estrutura 4. O sal de sódio do Composto No: 802714 (SEQ ID NO: 888).
3. Composto No: 803268
[228] O Composto No: 803268 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5' a 3') ACCCTTT- CCATGTGAACATT (incorporada aqui como SEQ ID NO: 1431), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5' a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-desoxinu- cleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 16 a 17, e 17 a 18, são ligações internucleosí- dicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 1 a 2, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internucleosí- dicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5'-metil citosina.
[229] O Composto No: 803268 pode ser caracterizado pela se- guinte notação química: Aes mCeo mCeo mCeo Tes Tds Tds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads Aeo mCeo Aes Tes Te; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[230] O Composto No: 803268 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 5. Composto No: 803268 (SEQ ID NO: 1431).
[231] O Composto No: 803268 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 6. O sal de sódio do Composto No: 803268 (SEQ ID NO: 1431).
4. Composto No: 876031
[232] O Composto No: 876031 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5' a 3') ACGCACT- TAACAATATCATA (incorporada aqui como SEQ ID NO: 3590), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5' a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-desoxinu- cleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 16 a 17, e 17 a 18, são ligações internucleosí- dicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 1 a 2, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internucleosí- dicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5'-metil citosina.
[233] O Composto No: 876031 pode ser caracterizado pela se- guinte notação química: Aes mCeo Geo mCeo Aes mCds Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Teo mCeo Aes Tes Ae; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[234] O Composto No: 876031 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 7. Composto No: 876031 (SEQ ID NO: 3590).
[235] O Composto No: 876031 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 8. O sal de sódio do Composto No: 876031 (SEQ ID NO: 3590).
5. Composto No: 876604
[236] O Composto No: 876604 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5' a 3') AGCAAT- CATTGGTAGCATAC (incorporada aqui como SEQ ID NO: 3385), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5' a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-de- soxinucleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nu- cleosídeos 2 a 3, 3 a 4, 4 a 5, 16 a 17, e 17 a 18, são ligações internu- cleosídicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nu- cleosídeos 1 a 2, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13, 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internu- cleosídicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5'-metil citosina.
[237] O número do composto: 876604 pode ser caracterizado pela seguinte notação química: Aes Geo mCeo Aeo Aes Tds mCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo Tes Aes mCe; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[238] O Composto No: 876604 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 8. Composto No: 876604 (SEQ ID NO: 3385).
[239] O Composto No: 876604 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 10. O sal de sódio do Composto No: 876604 (SEQ ID NO: 3385).
6. Composto No: 934556
[240] O Composto No: 934556 pode ser caracterizado como um gapmer 5-10-5 MOE, tendo uma sequência de (de 5 'a 3') CGCACT- TAACAATATCATAT (incorporada aqui como SEQ ID NO: 852), em que cada um dos nucleosídeos 1- 5 e 16-20 (de 5 'a 3') compreendem uma modificação 2'-MOE e cada um dos nucleosídeos 6-15 são 2'-desoxinu- cleosídeos, em que as ligações internucleosídicas entre os nucleosí- deos 2 a 3 e 17 a 18 são ligações internucleosídicas fosfodiéster e as ligações internucleosídicas entre os nucleosídeos 1 a 2, 3 a 4, 4 a 5, 5 a 6, 6 a 7, 7 a 8, 8 a 9, 9 a 10, 10 a 11, 11 a 12, 12 a 13 , 13 a 14, 14 a 15, 15 a 16, 16 a 17, 18 a 19 e 19 a 20 são ligações internucleosídicas fosforotioato, e em que cada citosina é uma 5-metil citosina.
[241] O Composto No: 934556 pode ser caracterizado pela se- guinte notação química: mCes Geo mCes Aes mCes Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo Tes Aes Te; em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
[242] O Composto No: 934556 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 11. Composto No: 934556 (SEQ ID NO: 852).
[243] O Composto No: 934556 pode ser representado pela se- guinte estrutura química: Estrutura 12. O sal de sódio do Composto No: 934556 (SEQ ID NO: 852). VIII. Certas regiões de ponto de acesso
1. Nucleobases 18.633-18.658 da SEQ ID NO: 2
[244] Em certas modalidades, as nucleobases 18.633-18.658 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 18,633- 18,658 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 18.633-18.658 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[245] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 852, 1997, 2073, 2148, 3513 e 3590 são complementares às nucleobases 18,633- 18,658 da SEQ ID NO: 2.
[246] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 18.633-18.658 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 54% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
2. Nucleobases 21.721-21.755 de SEQ ID NO: 2
[247] Em certas modalidades, as nucleobases 21.721-21.755 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto ativo. Em certas mo- dalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 21,721- 21,755 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 21.721-21.755 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[248] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 291, 869, 870, 871, 872, 873, 874, 875, 876, 877, 878, 879 e 880 são complemen- tares às nucleobases 21.721-21.755 da SEQ ID NO: 2.
[249] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 21.721-21.755 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 52% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
3. Nucleobases 27.963-28.016 de SEQ ID NO: 2
[250] Em certas modalidades, as nucleobases 27.963-28.016 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 27.963-
28.016 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 27.963-28.016 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[251] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 293, 886, 887, 888, 889, 890, 891, 892, 893 e 3745 são complementares às nu- cleobases 27.963-28.016 da SEQ ID NO: 2.
[252] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 27.963-28.016 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 39% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
4. Nucleobases 35.415-35.446 de SEQ ID NO: 2
[253] Em certas modalidades, as nucleobases 35.415-35.446 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 35.415-
35.446 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 35.415-35.446 da
SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[254] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 920, 921, 2378, 2454, 2530, 2606, 2683, 2759, 2835, 3061, 3137, 3212 e 3288 são complementares às nucleobases 35,415-35,446 da SEQ ID NO: 2.
[255] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 35.415-35.446 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 42% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
5. Nucleobases 77.221-77.264 de SEQ ID NO: 2
[256] Em certas modalidades, as nucleobases 77.221-77.264 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 77.221-
77.264 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 77.221-77.264 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[257] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 131, 217,
1106, 1107 e 1108 são complementares às nucleobases 77.221-77.264 da SEQ ID NO: 2.
[258] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 77.221-77.264 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 51% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
6. Nucleobases 81.581-81.612 e 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2
[259] Em certas modalidades, as nucleobases 81.581-81.612 e
87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nu- cleobases 81.581-81.612 e 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 81.581-81.612 e 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2. Em cer- tas modalidades, os oligonucleotídeos modificados têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifi- cados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações internucleosídicas fos- fodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s") são dispos- tas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[260] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 667, 668, 669, 670, 671, 1785, 1786, 1787, 1788, 1789, 1790, 1791 e 1792 são complementares às nucleobases 81.581-81.612 e 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2.
[261] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 81.581-81.612 e 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2 alcançam pelo menos 38% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
7. Nucleobases 81.627-81.651 de SEQ ID NO: 2
[262] Em certas modalidades, as nucleobases 81.627-81.651 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 81.627-
81.651 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 81.627-81.651 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[263] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 674, 1799, 1800, 1801, 1802 e 1803 são complementares às nucleobases 81.627-
81.651 da SEQ ID NO: 2.
[264] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 81.627-81.651 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 66% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
8. Nucleobases 82.058-82.081 de SEQ ID NO: 2
[265] Em certas modalidades, as nucleobases 82.058-82.081 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 82.058-
82.081 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 82.058-82.081 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[266] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 222, 1130, 1131, 1132 e 1133 são complementares às nucleobases 82.058-82.081 da SEQ ID NO: 2.
[267] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 82.058-82.081 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 53% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
9. Nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2
[268] Em certas modalidades, as nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto ativo. Em certas mo- dalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 82.180-
82.220 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[269] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 225, 1145, 2005, 2840, 3369, 3446, 3521, 3598 e 3674 são complementares às nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2.
[270] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 82.180-82.220 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 64% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
10. Nucleobases 82.500-82.525 de SEQ ID NO: 2
[271] Em certas modalidades, as nucleobases 82.500-82.525 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 82.500-
82.525 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 82.500-82.525 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[272] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 439, 1807, 1808, 1809, 1810, 1811 e 1812 são complementares às nucleobases
82.500-82.525 da SEQ ID NO: 2.
[273] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 82.500-82.525 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 49% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
11. Nucleobases 91.038-91.067 de SEQ ID NO: 2
[274] Em certas modalidades, as nucleobases 91.038-91.067 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto ativo. Em certas mo- dalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 91.038-
91.067 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 91.038-91.067 da
SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[275] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 692, 1826, 1827, 1828, 1829, 1830, 1831, 1832, 1833, 1834 e 1835 são comple- mentares às nucleobases 91.038-91.067 da SEQ ID NO: 2.
[276] Os oligonucleotídeos modificados dos Compostos Nos: 780642, 803664, 803665, 803666, 803667, 803668, 803669, 803670, 803671, 803672 e 803673 são complementares às nucleobases 91.038-
91.067 da SEQ ID NO: 2.
[277] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 91.038-91.067 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 42% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
12. Nucleobases 92.148-92.173 de SEQ ID NO: 2
[278] Em certas modalidades, as nucleobases 92.148-92.173 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 92.148-
92.173 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 92.148-92.173 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[279] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 1213, 2613, 2690, 3143, 3219 e 3295 são complementares às nucleobases 92.148-
92.173 da SEQ ID NO: 2.
[280] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 92.148-92.173 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 59% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
13. Nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2
[281] Em certas modalidades, as nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto ativo. Em certas mo- dalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 98.186-
98.220 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[282] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 1231, 1232, 2462, 2538, 2614, 2691, 2767, 3069, 3144, 3220, 3296 são complemen- tares às nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2.
[283] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 98.186-98.220 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 55% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
14. Nucleobases 98.218-98.242 de SEQ ID NO: 2
[284] Em certas modalidades, as nucleobases 98.218-98.242 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 98.218-
98.242 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 98.218-98.242 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[285] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 150, 1233, 2008, 3372, 3449 e 3524 são complementares às nucleobases 98.218-
98.242 da SEQ ID NO: 2.
[286] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 98.218-98.242 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 38% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
15. Nucleobases 99.199-99.223 da SEQ ID NO: 2
[287] Em certas modalidades, as nucleobases 99.199-99.223 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto ativo. Em certas mo- dalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 99.199-
99.223 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 99.199-99.223 da
SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modifica- dos têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[288] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 1243, 2311, 2387, 2920, 2995 e 3755 são complementares às nucleobases 99.199-
99.223 da SEQ ID NO: 2.
[289] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 99.199-99.223 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 52% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
16. Nucleobases 119.903-119.936 de SEQ ID NO: 2
[290] Em certas modalidades, as nucleobases 119.903-119.936 da SEQ ID NO: 2 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases
119.903-119.936 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonu- cleotídeos modificados são complementares às nucleobases 119.903-
119.936 da SEQ ID NO: 2. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalida- des, os oligonucleotídeos modificados são gapmers. Em certas modali- dades, os gapmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são li- gações internucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em cer- tas modalidades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooossssssssss- sooss.
[291] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 750, 1927, 1928, 1929, 1930, 1931, 1932, 1933, 1934, 1935, 2822, 2898, 3351 e 3733 são complementares às nucleobases 119.903-119.936 da SEQ ID NO: 2.
[292] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 119.903-119.936 da SEQ ID NO: 2 al- cançam pelo menos 51% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única.
17. Nucleobases 4.062-4.086 de SEQ ID NO: 1
[293] Em certas modalidades, as nucleobases 4.062-4.086 da SEQ ID NO: 1 compreendem uma região de ponto de acesso. Em certas modalidades, os siRNAs são complementares às nucleobases 4.062-
4.086 da SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são complementares às nucleobases 4.062-4.086 da SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados têm 20 nucleobases de comprimento. Em certas modalidades, os oligonu- cleotídeos modificados são gapmers. Em certas modalidades, os ga- pmers são 5-10-5 MOE gapmers. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas dos oligonucleotídeos modificados são ligações inter- nucleosídicas fosfodiéster ("o") e fosforotioato ("s"). Em certas modali- dades, as ligações internucleosídicas de fosfodiéster ("o") e fosforotio- ato ("s") são dispostas na ordem de 5'a 3': sooosssssssssssooss.
[294] As sequências de nucleobases das SEQ ID Nos: 39, 231, 232, 233, 1161 e 1162 são complementares às nucleobases 4.062-
4.086 da SEQ ID NO: 1.
[295] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados complementares às nucleobases 4.062-4.086 da SEQ ID NO: 1 alcan- çam pelo menos 56% de redução do RNA de LRRK2 in vitro em pelo menos um ensaio de dose única. Descrição e incorporação não limitativas por referência
[296] Cada uma das publicações de literatura e patente listadas neste documento é incorporada por referência na sua totalidade.
[297] Embora certos compostos, composições e métodos aqui descritos tenham sido descritos com especificidade de acordo com cer- tas modalidades, os exemplos a seguir servem apenas para ilustrar os compostos aqui descritos e não se destinam a limitar o mesmo. Cada uma das referências, números de acessão GenBank e similares citados no presente pedido são incorporados aqui por referência em sua totali- dade.
[298] Embora a lista de sequências que acompanha este arquivo identifique cada sequência como "RNA" ou "DNA", conforme necessá- rio, na realidade, essas sequências podem ser modificadas com qual- quer combinação de modificações químicas. Um versado na técnica apreciará prontamente que uma designação como "RNA" ou "DNA" para descrever oligonucleotídeos modificados é, em certos casos, arbitrário. Por exemplo, um oligonucleotídeo compreendendo um nucleosídeo compreendendo uma porção de açúcar 2'-OH e uma base de timina pode ser descrito como um DNA com um açúcar modificado (2'-OH no lugar de um 2'-H de DNA) ou como um RNA tendo uma base modificada (timina (uracil metilado) no lugar de um uracil de RNA). Por conseguinte, as sequências de ácidos nucleicos aqui fornecidas, incluindo, mas não se limitando àquelas na listagem de sequências, pretendem abranger ácidos nucleicos contendo qualquer combinação de RNA e/ou DNA na- tural ou modificado, incluindo, entre outros, os ácidos nucleicos com nu- cleobases modificadas. A título de exemplo adicional e sem limitação, um composto oligomérico que possui a sequência de nucleobases "ATCGATCG" abrange todos os compostos oligoméricos que possuem essa sequência de nucleobases, modificados ou não, incluindo, mas não se limitando a, compostos que compreendem bases de RNA, tais como aquelas que possuem sequência "AUCGAUCG" e aquelas com algumas bases de DNA e algumas bases de RNA, como "AUCGATCG" e compostos oligoméricos com outras nucleobases modificadas, como “ATmCGAUCG,” em que mC indica uma base de citosina que compre- ende um grupo metil na posição 5.
[299] Certos compostos aqui descritos (por exemplo, oligonucleo- tídeos modificados) têm um ou mais centros assimétricos e, assim, dão origem a enantiômeros, diastereômeros e outras configurações estere- oisoméricas que podem ser definidas, em termos de estereoquímica ab- soluta, como (R) ou (S), como α ou β, como para anômeros de açúcar, ou como (D) ou (L), como para aminoácidos, etc. Os compostos aqui fornecidos que são desenhados ou descritos como tendo certas confi- gurações estereoisoméricas incluem apenas os compostos indicados. Os compostos aqui fornecidos que são desenhados ou descritos com estereoquímica indefinida incluem todos esses isômeros possíveis, in- cluindo suas formas estereoquímicas e opticamente puras, a menos que especificado de outra forma. Do mesmo modo, as formas tautoméricas dos compostos aqui descritos também estão incluídas, salvo indicação em contrário. Salvo indicação em contrário, os compostos aqui descritos pretendem incluir formas salinas correspondentes.
[300] Os compostos aqui descritos incluem variações nas quais um ou mais átomos são substituídos por um isótopo não radioativo ou isótopo radioativo do elemento indicado. Por exemplo, os compostos aqui contidos que compreendem átomos de hidrogênio abrangem todas as substituições de deutério possíveis para cada um dos átomos de 1H hidrogênio. As substituições isotópicas abrangidas pelos compostos aqui mencionados incluem, mas não estão limitadas a: 2H ou 3H no lugar de1H, 13C ou 14C no lugar de 12C, 15N no lugar de 14N, 17O ou 18O no lugar 16 33 34 35 36 32 de O, e S, S, S, ou S no lugar de S. Em certas modalidades, as substituições isotópicas não radioativas podem conferir novas propri- edades ao composto oligomérico que são benéficas para uso como uma ferramenta terapêutica ou de pesquisa. Em certas modalidades, as substituições isotópicas radioativas podem tornar o composto adequado para fins de pesquisa ou diagnóstico, como imageamento.
EXEMPLOS
[301] Os exemplos a seguir ilustram certas modalidades da pre- sente descrição e não são limitativos. Além disso, onde modalidades específicas são fornecidas, os inventores contemplaram a aplicação ge- nérica dessas modalidades específicas. Por exemplo, a descrição de um oligonucleotídeo com um motivo particular fornece suporte razoável para oligonucleotídeos adicionais com o mesmo ou um motivo similar. E, por exemplo, onde uma modificação de alta afinidade específica apa- rece em uma posição específica, outras modificações de alta afinidade na mesma posição são consideradas adequadas, a menos que indicado de outra forma. Exemplo 1: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas de fosforotioatos na expressão de RNA de LRRK2 hu- mano in vitro, dose única
[302] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico de LRRK2 humano foram concebidos e testados quanto ao seu efeito no RNA de LRRK2 in vitro.
[303] As células SH-SY5Y cultivadas a uma densidade de 20.000 células por poço foram transfectadas usando eletroporação com con- centração de 5.000 nM de oligonucleotídeo modificado ou sem oligonu- cleotídeo modificado para controles não tratados. Após aproximada- mente 24 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador humano RTS3133_MGB (sequência direta TTCCACACTTGCGGTCTTTAGA, designada aqui como SEQ ID NO: 11; sequência reversa GCGGGACCTGGTAGGTACTG, designada aqui como SEQ ID NO: 12; sequência de sonda ATGAGCAGCAATGAT, de- signada aqui como SEQ ID: 13) foi usado para medir os níveis de RNA . Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresen- tados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Os oligonucleotídeos modi- ficados com valores percentuais de controle marcados com um aste- risco (*) têm como alvo a região do amplicon do conjunto de sonda de iniciador. Ensaios adicionais podem ser utilizados para medir a potência e eficácia dos oligonucleotídeos direcionados à região do amplicon.
[304] Os oligonucleotídeos modificados na Tabela 1 são gapmers 5-10-5 MOE. Os gapmers têm 20 nucleobases de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende dez 2'-desoxinucleosídeos e é flanqueado por segmentos de asa na extremidade 5' e na extremidade 3' compreendendo cinco nucleosídeos 2'-MOE. O motivo do açúcar para os gapmers é (de 5 'para 3'): eeeeeddddddddddeeeee; em que 'd' re- presenta um açúcar 2'-desoxirribose e 'e' representa um açúcar modifi- cado por 2'-MOE. Cada ligação internucleosídica é uma ligação internu- cleosídica de fosforotioato e cada resíduo de citosina é uma 5-metil ci- tosina. "Sítio de início" indica o nucleosídeo mais 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano. "Sítio de pa- rada" indica o nucleosídeo mais 3' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano.
[305] Cada oligonucleotídeo modificado listado na Tabela 1 a se- guir é complementar às sequências de ácidos nucleicos de LRRK2 hu- mano SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, como indicado. 'N/A' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência de ácido nucleico particular com 100% de complementaridade. Como mos- trado abaixo, os oligonucleotídeos modificados complementares à se- quência do RNA LRRK2 humano reduziram a quantidade de RNA de
LRRK2 humano. Tabela 1 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas de fosforotioato
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 422420 368 387 10392 10411 ATTAATTTGCACAGAAGTGA 75 30 422421 375 394 10399 10418 GACTTCTATTAATTTGCACA 65 31 422425 441 460 10465 10484 ACCAAGGACTTCCCAATCAT 111 32 422428 606 625 16126 16145 GTGCATGGCATCAAAAATTA 35 33 422433 1791 1810 52705 52724 TCCACATTTCTGAATCCCAG 24 34 422435 1904 1923 N/A N/A TCTTGGTCATCTGGATACAT 76 35 422436 1913 1932 N/A N/A CACTGAATTTCTTGGTCATC 84 36 422437 1919 1938 N/A N/A CCCAGACACTGAATTTCTTG 53 37 422450 3886 3905 N/A N/A GAGGAATCTCTTTCAGTTTA 58 38 422451 4064 4083 84059 84078 AACCTTATGATGTCTTTGGC 44 39 422456 4472 4491 88573 88592 GAAACATCCAAATGTGTGCC 64 40 422457 4484 4503 88585 88604 TGCTTCTCATCAGAAACATC 66 41 422458 4580 4599 88681 88700 TCCTCGGTGGCATTCACAAA 96 42 422461 4908 4927 93369 93388 CCACTTGGGTTCCACAAAGT 39 43 422462 4915 4934 93376 93395 TACAAAGCCACTTGGGTTCC 57 44 422466 5480 5499 100469 100488 GGAAACCATTCTTCCATGAG 85 45 422469 5702 5721 101340 101359 TTTCTAGGCAGGTCAGCCAA 74 46 422470 5978 5997 113175 113194 AGCAGGCGATCCAAGGAACC 90 47 422472 6139 6158 118472 118491 CAATGATGGCAGCATTGGGA 72 48 422475 6260 6279 124891 124910 TGTTGGTTATAAATGACATT 81 49 422477 6461 6480 126577 126596 TGAGGATTTTCTTTCAAACA 96 50 422479 6500 6519 129645 129664 TTCAAAATGTCAAAGACCTG 98 51 422480 6841 6860 132551 132570 AAGTGACAGAATCAGTCATC 83 52 422483 7108 7127 137512 137531 TGAGTTTCTGAATGGTGAAA 92 53 438386 117 136 3236 3255 GCTGCCACTAGCCATGGTGG 99 54 438387 185 204 3304 3323 TCCTGGACATTGTTCAGCCT 48 55 438388 381 400 10405 10424 TGGACAGACTTCTATTAATT 73 56 438401 3944 3963 83939 83958 AGTTCCAAGTTGTAACTGAC 71 57 438405 4408 4427 87312 87331 AGAGCCAAGGCTTCATGGCA 98 58 438408 4619 4638 88720 88739 TTTATGATGGTTTTCCGAAG 107 59 438410 4649 4668 N/A N/A TGATCTCGGATCTTGAAATT 88 60 438429 8882 8901 147051 147070 ATGAATACTGGTCAGGGCCA 77 61 438432 N/A N/A 4483 4502 AAACTGATTTCAGTTCCCCA 50 62 438433 N/A N/A 52819 52838 ACCTTGGTCATCTGGATACA 93 63 438434 N/A N/A 92072 92091 TGATCTCGGATCTATGAAAT 94 64 438436 N/A N/A 114858 114877 ATCCTGGTGTTCAAAAGCAG 69 65 438437 N/A N/A 129638 129657 TGTCAAAGACCTGAGAAAGT 116 66 438538 171 190 3290 3309 CAGCCTGACTATCAACTTCT 35 67 438539 436 455 10460 10479 GGACTTCCCAATCATTTCCA 90 68 438540 1074 1093 N/A N/A GAAAATAGTCTCAGTGAGGA 70 69
438541 1078 1097 N/A N/A TTAAGAAAATAGTCTCAGTG 98 70
438542 2275 2294 56283 56302 CCATGATGCTGTTATTCTGA 54 71
438543 2282 2301 56290 56309 CATTCAACCATGATGCTGTT 50 72
438544 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 22 73
438545 2366 2385 61987 62006 GGACTGCTCTCTTTCTCACA 26 74
438546 2525 2544 62146 62165 AATCCTCCAAGGCAAATGCT 55 75
438547 2564 2583 62185 62204 AAAGGACCAAGCCAAGAAGG 58 76
438548 2571 2590 62192 62211 TGGAAATAAAGGACCAAGCC 27 77
438549 2759 2778 65597 65616 ACACTGTCCATAGAAGAGTC 56 78
438550 2764 2783 65602 65621 CAAACACACTGTCCATAGAA 44 79
438551 3503 3522 77252 77271 AAAATCTTCAGTTCCTTCAG 82 80
438552 3857 3876 82202 82221 AGATGCAGTTTCTCTACTCT 67 81
438553 4300 4319 N/A N/A CCTCACGACCTGCAAAATCC 65 82
438554 4305 4324 N/A N/A GAATTCCTCACGACCTGCAA 77 83
438555 4480 4499 88581 88600 TCTCATCAGAAACATCCAAA 77 84
438556 4575 4594 88676 88695 GGTGGCATTCACAAAGTGGT 52 85
438557 4641 4660 N/A N/A GATCTTGAAATTAAGGCTCT 69 86
438558 5225 5244 99231 99250 AATCTTGACCAAAATCCCAT 79 87
438559 5530 5549 100519 100538 TCTTCAACAGAGTTTCTCCT 81 88
438560 5537 5556 100526 100545 GCCCATTTCTTCAACAGAGT 30 89
438561 5568 5587 100557 100576 ATGTTCTTCACCATCATTAA 98 90
438562 5735 5754 101373 101392 TCAAATTCCAACTCATCATT 111 91
438563 5825 5844 106516 106535 AAAATCTTCACAGCCACTTC 109 92
438564 5829 5848 106520 106539 ATTAAAAATCTTCACAGCCA 136 93
438565 6000 6019 113197 113216 GAGGCTGGCTTTGTCCTGCT 52 94
438566 6074- 6093 118407 118426 ATAATCATGGCTGAGTGGAG 83 95
438567 6135 6154 118468 118487 GATGGCAGCATTGGGATACA 90 96
438568 6401 6420 126517 126536 CCATATTCTTTAACTGGATC 74 97
438569 6427 6446 126543 126562 TCTCAACCATAGGCCATGGG 47 98
438570 6465 6484 126581 126600 TTCTTGAGGATTTTCTTTCA 106 99
438571 6494 6513 N/A N/A ATGTCAAAGACCTGGGCAGA 107 100
438572 6572 6591 129717 129736 GCAACCATGCATTCAACAAT 76 101
438573 6696 6715 132406 132425 TCTACTATCAGCAACTTCCT 89 102
438574 6845 6864 132555 132574 AAACAAGTGACAGAATCAGT 110 103
438575 7632 7651 145801 145820 GTGTTTTTCTAAATTTTGCA 65 104
438576 7640 7659 145809 145828 ACTTCAATGTGTTTTTCTAA 105 105
438577 N/A N/A 3658 3677 AAATAACTTGGAGGCTGGAA 114 106
438578 N/A N/A 4487 4506 GACAAAACTGATTTCAGTTC 82 107
438579 N/A N/A 77354 77373 CACTTACCAAGAAAATTCAT 118 108
438580 N/A N/A 116733 116752 ATTATAGAATTTAATCTTAA 96 109
438581 N/A N/A 142937 142956 ACCTCCCTAGAACCATAAAG 104 110
438582 60 79 3179 3198 TCCGCTGCTCAGGGAACCGG 65 111
438583 449 468 10473 10492 TGGTGAACACCAAGGACTTC 55 112
438584 457 476 N/A N/A GAATCAATTGGTGAACACCA 63 113
438585 529 548 13795 13814 GGAGGAGATCTAAGGTCTTC 90 114
438586 550 569 N/A N/A AGGTGATTTTACCTGAAGTT 64 115
438587 624 643 16144 16163 ATCATTGGCTGGAAATGAGT 51 116
438588 883 902 21714 21733 GGAATGCTTTCATAGCTTCC 56 117
438589 1166 1185 29427 29446 TTGTAACAGGCTTCCAGCCA 53 118
438590 1300 1319 N/A N/A CCCTATGAGCTGGGAAATGG 79 119
438591 1534 1553 N/A N/A CCAGGGAAGTGTTGCTTCCT 77 120
438592 1610 1629 37659 37678 TCCAGCTGCACTGGTAATGA 90 121
438593 1774 1793 N/A N/A CAGGATTTCCAATGAACCTG 72 122
438594 1885 1904 52799 52818 TCTGCAGTGTGTGAAGCACT 76 123
438595 2108 2127 56042 56061 TGATGCACCAGCAGCTTAGA 48 124
438596 2318 2337 56326 56345 TTTGCTTGATTGGCATCTGC 55 125
438597 2380 2399 62001 62020 GTTCCACCAATTTGGGACTG 34 126
438598 2412 2431 62033 62052 ATCTTGTTCACGAGATCCAC 70 127
438599 2515 2534 62136 62155 GGCAAATGCTATTGTTGGCC 63 128
438600 3171 3190 73707 73726 GAGTGCATTCTGGTGAAGCT 70 129
438601 3211 3230 N/A N/A AACTCTTCAGAGTTTCACAT 94 130
438602 3475 3494 77224 77243 GGGAGCATATCCCTGATATT 42 131
438603 3565 3584 77314 77333 CTTTAGGACAAGCCTCAAGA 71 132
438604 3702 3721 N/A N/A AGACCGCAAGTGTGGAAGAT 17* 133
438605 3707 3726 N/A N/A TCTAAAGACCGCAAGTGTGG 22* 134
438606 3930 3949 83925 83944 ACTGACATCCAGAGATGTCA 126 135
438607 3952 3971 83947 83966 AGGATCTTAGTTCCAAGTTG 95 136
438608 3957 3976 83952 83971 GGGAAAGGATCTTAGTTCCA 70 137
438609 3969 3988 83964 83983 CCCCATTTCATTGGGAAAGG 77 138
438610 4190 4209 86685 86704 CCAAGATCTGATTTCTTGGT 104 139
438611 4353 4372 87257 87276 AGCAAGGTACAATGCTCGCT 69 140
438612 4395 4414 87299 87318 CATGGCATCAACTTCAGCCT 83 141
438613 4413 4432 87317 87336 ATTGAAGAGCCAAGGCTTCA 94 142
438614 4422 4441 N/A N/A AGCCTTTATATTGAAGAGCC 103 143
438615 4428 4447 N/A N/A AGCGCGAGCCTTTATATTGA 91 144
438616 4433 4452 N/A N/A GAAGAAGCGCGAGCCTTTAT 66 145
438617 4544 4563 88645 88664 GCAGGGAACCCTCGCTTATT 97 146
438618 4682 4701 92105 92124 TAGCAGTCTGGAATCAGCTG 89 147
438619 4816 4835 92239 92258 CGTGAGGAAGCTCATTTTCA 70 148
438620 4963 4982 98111 98130 GTTTTGGACAACCTTCCACT 96 149
438621 5074 5093 98222 98241 TCTGGAATTTTTCTAGGAGC 62 150
438622 5116 5135 98264 98283 TGCTTGGAACCAGCAAATAT 78 151
438623 5451 5470 100440 100459 GTGGTCCACAACTTGGCCCA 71 152
438624 5745 5764 101383 101402 TGGAGCTTGTTCAAATTCCA 104 153
438625 5887 5906 113084 113103 GGTGGAGGTGGCAAAGCACC 78 154
438626 5968 5987 113165 113184 CCAAGGAACCCTTGGAGGCT 97 155
438627 5986 6005 113183 113202 CCTGCTGAAGCAGGCGATCC 75 156
438628 5991 6010 113188 113207 TTTGTCCTGCTGAAGCAGGC 89 157
438629 6058 6077 N/A N/A GGAGGTATCTCAAACCATCA 111 158
438630 6149 6168 118482 118501 GCAATCTTTGCAATGATGGC 72 159
438631 6157 6176 118490 118509 CGTAGTCAGCAATCTTTGCA 78 160
438632 6581 6600 129726 129745 TGATGTGTAGCAACCATGCA 62 161
438633 6586 6605 129731 129750 TGTTGTGATGTGTAGCAACC 77 162
438634 6613 6632 129758 129777 AGCCCAGCCAAATGCTTGCA 97 163
438635 6624 6643 129769 129788 GGTGTGCCCACAGCCCAGCC 70 164
438636 6677 6696 129822 129841 TCAGAAGTGTATCCTTCAGT 95 165
438637 7373 7392 143021 143040 GCAGTGTTCTTCTGAAGGCA 100 166
438638 7482 15595 143130 143149 TGTCATCATGACTCTGACCG 74 167
438639 8333 8352 146502 146521 AGGACTTTGACAGTATGTCA 66 168
438640 8696 8715 146865 146884 TCCTTCAGCAACTGAAAAGT 85 169
438641 8748 8767 146917 146936 TGGAAGCCTAGGGTGGCAGA 62 170
438642 8914 8933 147083 147102 AGTTGTCCTATCACAGGGAA 90 171
438643 N/A N/A 78939 78958 ATCAGATTCCCCTGAGGTAC 93 172 438644 N/A N/A 78947 78966 CAGTCTGAATCAGATTCCCC 85 173 438645 N/A N/A 143365 143384 GTTCAGCTGCAGTAATCTGC 67 174 438646 N/A N/A 143372 143391 ACTGAGTGTTCAGCTGCAGT 80 175 438647 N/A N/A 143377 143396 CCCAAACTGAGTGTTCAGCT 99 176 438648 N/A N/A 10479 10498 ACTTACTGGTGAACACCAAG 121 177 438649 N/A N/A 31012 31031 ATGAGCTGGGAAACTTTCAA 84 178 438650 N/A N/A 41888 41907 TCTGGCATGCCTAAATGCAC 101 179 438651 N/A N/A 52827 52846 TTGTACTGACCTTGGTCATC 126 180 438652 N/A N/A 76342 76361 TCTTCAGAGTCTGAAAAGAC 83 181 438653 N/A N/A 88530 88549 AAGCGCGAGCCTGGAGGGAA 89 182 438654 N/A N/A 118392 118411 TGGAGGTATCTGCCAGAAAA 91 183 438655 N/A N/A 118553 118572 ATCACCTACCTGGTGTGCCC 122 184 Exemplo 2: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, dose única
[306] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico de LRRK2 humano foram concebidos e testados quanto ao seu efeito no RNA de LRRK2 in vitro. Os oligonucleotídeos modifica- dos foram testados em uma série de experiências que tinham condições de cultura similares.
[307] As células SH-SY5Y cultivadas a uma densidade de 20.000 células por poço foram transfectadas usando eletroporação com con- centração de 5.000 nM de oligonucleotídeo modificado ou sem oligonu- cleotídeo modificado para controles não tratados. Após aproximada- mente 24 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. Os conjun- tos de sonda de iniciador humano RTS3132 (sequência direta CATCAC- TCAGGCTGTTAAGACAAGA, designada aqui como SEQ ID NO: 14; sequência reversa CAGCTGCCAGCAAAGATATCAA, designada aqui como SEQ ID NO: 15; sequência de sonda CTTTGCCACCTCCACCAC- CCCA, designada aqui como SEQ ID: 16), RTS3133_MGB (sequência direta TTCCACACTTGCGGTCTTTAGA, designada aqui como SEQ ID NO: 11; sequência reversa GCGGGACCTGGTAGGTACTG, designada aqui como SEQ ID NO: 12; sequência de sonda ATGAGCAGCAATGAT, designada aqui como SEQ ID: 13), e RTS3146_MGB (sequência direta
GAGCTTCCTCACGCAGTTCAC, designada aqui como SEQ ID NO: 17; sequência reversa TGCTGGGTCTTGAAAATGAAGA, designada aqui como SEQ ID NO: 18; sequência de sonda TTCTAAATGAATCAGGA- GTCC, designada aqui como SEQ ID: 19) foram usadas para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Os oligonucleo- tídeos modificados com valores percentuais de controle marcados com um asterisco (*) têm como alvo a região do amplicon do conjunto de sonda de iniciador.
[308] Os oligonucleotídeos modificados na Tabela 2 são gapmers 5-10-5 MOE. Os gapmers têm 20 nucleobases de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende dez 2'-desoxinucleosídeos e é flanqueado por segmentos de asa na extremidade 5' e na extremidade 3' compreendendo cinco nucleosídeos 2'-MOE. O motivo do açúcar para os gapmers é (de 5 'para 3'): eeeeeddddddddddeeeee; em que 'd' re- presenta um açúcar 2'-desoxirribose e 'e' representa um açúcar modifi- cado por 2'-MOE. Todos os resíduos de citosina ao longo de cada ga- pmer são 5-metil citosinas. As ligações internucleosídicas são ligações fosfodiéster e fosforotioato mistas. O motivo de ligação internucleosídica para os gapmers é (de 5 'a 3'): sooosssssssssssooss; em que 'o' repre- senta uma ligação internucleosídica fosfodiéster e 's' representa uma ligação internucleosídica fosforotioato. "Sítio de início" indica o nucleo- sídeo mais 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais 3' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano.
[309] Cada oligonucleotídeo modificado listado na Tabela 2 a se- guir é complementar às sequências de ácidos nucleicos de LRRK2 hu- mano SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, como indicado. 'N/A' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência de ácido nucleico particular com 100% de complementaridade.
Como mos- trado abaixo, os oligonucleotídeos modificados complementares à se- quência do RNA LRRK2 humano reduziram a quantidade de RNA de LRRK2 humano.
Tabela 2 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas SEQ % de % de SEQ ID SEQ SEQ ID % de ID controle controle Número NO: 1 ID NO: NO: 2 controle NO: 1 de de SEQ ID do com- Sítio 2 Sítio Sítio Sequência (5’ a 3’) de Sítio LRRK2 LRRK2 NO posto de Pa- de Iní- de Pa- LRRK2 de RTS3133 RTS3146 rada cio rada RTS3132 Início _MGB _MGB
693423 4064 4083 84059 84078 AACCTTATGATGTCTTTGGC 15 31 18 39
693424 4908 4927 93369 93388 CCACTTGGGTTCCACAAAGT 24 31 24 43
693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 10 14 11 73
693429 2571 2590 62192 62211 TGGAAATAAAGGACCAAGCC 26 31 27 77
780202 2368 2387 61989 62008 TGGGACTGCTCTCTTTCTCA 19 26 20 185
780203 2371 2390 61992 62011 ATTTGGGACTGCTCTCTTTC 28 36 32 186
780204 2406 2425 62027 62046 TTCACGAGATCCACTATTCA 48 51 51 187
780205 2451 2470 62072 62091 GTCACCTTTCCCAATGCTTA 21 35 29 188
780206 2499 2518 62120 62139 GGCCACATCCAGGGCCAGCC 56 62 45 189
780207 2543 2562 62164 62183 TCAACTTTTCCTATACAAAA 38 42 47 190
780208 2566 2585 62187 62206 ATAAAGGACCAAGCCAAGAA 53 56 64 191
780209 2569 2588 62190 62209 GAAATAAAGGACCAAGCCAA 48 53 54 192
780210 2573 2592 62194 62213 TCTGGAAATAAAGGACCAAG 21 24 27 193
780211 2576 2595 62197 62216 TTATCTGGAAATAAAGGACC 39 37 41 194
780212 2587 2606 62208 62227 AATTAGAAGTCTTATCTGGA 59 61 59 195
780213 2632 2651 65470 65489 TCACCATTCTTGCTAGTGTA 41 42 50 196
780214 2678 2697 65516 65535 CCTGAGGCTGTTCCTTCTTC 37 47 44 197
780215 2722 2741 65560 65579 CATCAAATTTAGACAGCACA 41 44 48 198
780216 2759 2778 65597 65616 ACACTGTCCATAGAAGAGTC 50 48 45 78
780217 2762 2781 65600 65619 AACACACTGTCCATAGAAGA 41 47 43 199
780218 2764 2783 65602 65621 CAAACACACTGTCCATAGAA 31 39 37 79
780219 2766 2785 65604 65623 AGCAAACACACTGTCCATAG 21 27 24 200
780220 2769 2788 65607 65626 TTGAGCAAACACACTGTCCA 34 37 36 201
780221 2810 2829 71653 71672 AGAAATGAGCCTTCACTTCC 35 49 41 202
780222 2854 2873 71697 71716 GGTAAAATTCTCCTACACTA 37 39 38 203
780223 2898 2917 71741 71760 ATGTCTTTGCAAATTTGGTG 41 46 38 204
780224 2942 2961 72966 72985 TTCAGTAAATCTTCATGATC 55 57 64 205
780225 2986 3005 N/A N/A ATGACCTGAGTGAATCATCT 51 46 55 206
780226 3031 3050 73567 73586 GAGAAGAAATGCTGTCTGAA 54 61 62 207
780227 3075 3094 73611 73630 TGCTGAAAGGTCTAGTGATG 34 37 37 208
780228 3120 3139 73656 73675 TATACAGCATTTCTGGCTTA 61 79 59 209
780229 3164 3183 73700 73719 TTCTGGTGAAGCTCCAGCTT 27 32 29 210
780230 3208 3227 N/A N/A TCTTCAGAGTTTCACATAGC 62 70 61 211
780231 3256 3275 76390 76409 AAGGAAATGATGTAAATTTA 65 70 69 212
780232 3300 3319 76434 76453 AGAGACATCAAGATTAGCAA 24 33 35 213
780233 3344 3363 76478 76497 TTCACTGTAGGATCTAAAAC 46 45 45 214
780234 3389 3408 76523 76542 GACAGCTGGTTATATGACAG 30 31 29 215
780235 3433 3452 76567 76586 GCTCCAGTTTCTCTACCACA 41 40 50 216
780236 3494 3513 77243 77262 AGTTCCTTCAGTCTCAAGGG 16 31 22 217
780237 3538 3557 77287 77306 CTGATAGGGATGAAATGTGG 27 31 28 218
780238 3582 3601 77331 77350 GGCACTGAAACTCTCCACTT 25 37 27 219
780239 3626 3645 80906 80925 ATAGAAGGAGGCAAGAAAGG 47 60 67 220
780240 3670 3689 80950 80969 CTGGAATACAGGAAAATTTG 52 44 51 221
780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 10 3* 13 222
780242 3758 3777 82103 82122 GATTTCCAGTGTGCGGGACC 27 20* 33 223
780243 3802 3821 82147 82166 TGCTGATCTGATTATGGCTA 22 36 33 224
780244 3846 3865 82191 82210 CTCTACTCTAGACCATAAAT 25 32 28 225
780245 3891 3910 N/A N/A CTCAGGAGGAATCTCTTTCA 43 47 51 226
780246 3935 3954 83930 83949 TTGTAACTGACATCCAGAGA 63 75 74 227
780247 3979 3998 83974 83993 TGCTTAATTTCCCCATTTCA 23 41 37 228
780248 4023 4042 84018 84037 ATCAAAGTTAAGATGCAGTT 25 30 29 229
780249 4059 4078 84054 84073 TATGATGTCTTTGGCTTTAC 33 41 36 230
780250 4062 4081 84057 84076 CCTTATGATGTCTTTGGCTT 28 34 31 231
780251 4066 4085 N/A N/A GAAACCTTATGATGTCTTTG 42 39 41 232
780252 4067 4086 N/A N/A AGAAACCTTATGATGTCTTT 34 45 50 233
780253 4069 4088 N/A N/A GAAGAAACCTTATGATGTCT 44 61 47 234
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 17 24 14 235
780255 4155 4174 86650 86669 CAATAAGGTGGTTTTACCAC 35 51 47 236
780256 4199 4218 86694 86713 CTTTGCATTCCAAGATCTGA 30 33 32 237
780257 4243 4262 86738 86757 TTATTTGGATAGGCCAGTCT 34 42 50 238
780258 4287 4306 86782 86801 AAAATCCCACACATTTAGGA 54 60 57 239
780259 4350 4369 87254 87273 AAGGTACAATGCTCGCTGCG 51 65 51 240
780260 4394 4413 87298 87317 ATGGCATCAACTTCAGCCTG 45 41 49 241
780261 4438 4457 88539 88558 GGGAAGAAGAAGCGCGAGCC 29 41 32 242
780262 4483 4502 88584 88603 GCTTCTCATCAGAAACATCC 30 41 35 243
780263 4527 4546 88628 88647 ATTCAGGAGTTCCTTGGTGA 43 85 47 244
780264 4571 4590 88672 88691 GCATTCACAAAGTGGTAATC 35 43 35 245
780265 4615 4634 88716 88735 TGATGGTTTTCCGAAGTTTT 43 46 49 246
780266 4659 4678 92082 92101 AACAACAAGCTGATCTCGGA 49 57 56 247
780267 4703 4722 ,92126 92145 ATGATTTTTTCAAGTTCTAC 31 47 45 248
780268 4747 4766 92170 92189 CAATTACGGGAAATTCAATT 68 60 57 249
780269 4791 4810 92214 92233 CTGCAGCTGATTTTCTCTCA 23 32 27 250
780270 4835 4854 92258 92277 TCATTTAGAAAGTGAACTGC 40 51 54 251
780271 4883 4902 93344 93363 TCACTTAACTGCAGTGCTGG 27 38 10* 252
780272 4903 4922 93364 93383 TGGGTTCCACAAAGTACAAG 41 47 42 253
780273 4906 4925 93367 93386 ACTTGGGTTCCACAAAGTAC 42 38 38 254
780274 4910 4929 93371 93390 AGCCACTTGGGTTCCACAAA 28 43 30 255
780275 4913 4932 93374 93393 CAAAGCCACTTGGGTTCCAC 31 43 38 256
Exemplo 3: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, dose única
[310] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico de LRRK2 humano foram concebidos e testados quanto ao seu efeito no RNA de LRRK2 in vitro. Os oligonucleotídeos modifica- dos foram testados em uma série de experiências que tinham condições de cultura similares.
[311] As células SH-SY5Y cultivadas a uma densidade de 20.000 células por poço foram transfectadas usando eletroporação com con- centração de 3.000 nM de oligonucleotídeo modificado ou sem oligonu- cleotídeo modificado para controles não tratados. Após aproximada- mente 24 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real usando o conjunto de sondas de iniciador humana RTS3132, conforme descrito no Exemplo 2. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Os oligonucleo- tídeos modificados com valores percentuais de controle marcados com um asterisco (*) têm como alvo a região do amplicon do conjunto de sonda de iniciador. Ensaios adicionais podem ser utilizados para medir a potência e eficácia dos oligonucleotídeos direcionados à região do amplicon.
[312] Os oligonucleotídeos modificados nas Tabelas 3-9 são ga- pmers 5-10-5 MOE. Os gapmers têm 20 nucleobases de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende dez 2'-desoxinucleo- sídeos e é flanqueado por segmentos de asa na extremidade 5' e na extremidade 3' compreendendo cinco nucleosídeos 2'-MOE. O motivo do açúcar para os gapmers é (de 5 'para 3'): eeeeeddddddddddeeeee; em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose e 'e' representa um açúcar modificado por 2'-MOE. Todos os resíduos de citosina ao longo de cada gapmer são 5-metil citosinas. As ligações internucleosídicas são ligações fosfodiéster e fosforotioato mistas. O motivo de ligação in- ternucleosídica para os gapmers é (de 5 'a 3'): sooosssssssssssooss; em que 'o' representa uma ligação internucleosídica fosfodiéster e 's' representa uma ligação internucleosídica fosforotioato. "Sítio de início" indica o nucleosídeo mais 5' ao qual o gapmer é complementar na se- quência de ácido nucleico humano. "Sítio de parada" indica o nucleosí- deo mais 3' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano.
[313] Cada oligonucleotídeo modificado listado na Tabela 3-9 a se- guir é complementar às sequências de ácidos nucleicos de LRRK2 hu- mano SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, como indicado. 'N/A' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência de ácido nucleico particular com 100% de complementaridade. Como mos- trado abaixo, os oligonucleotídeos modificados complementares à se- quência do RNA LRRK2 humano reduziram a quantidade de RNA de LRRK2 humano. Tabela 3 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 690092 171 190 3290 3309 CAGCCTGACTATCAACTTCT 57 67 690093 2366 2385 61987 62006 GGACTGCTCTCTTTCTCACA 70 74 693420 606 625 16126 16145 GTGCATGGCATCAAAAATTA 41 33 693421 1791 1810 52705 52724 TCCACATTTCTGAATCCCAG 48 34 693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 51 73 693438 883 902 21714 21733 GGAATGCTTTCATAGCTTCC 43 117 725607 2362 2381 61983 62002 TGCTCTCTTTCTCACATACC 35 257 725608 2363 2382 61984 62003 CTGCTCTCTTTCTCACATAC 40 258 725609 2364 2383 61985 62004 ACTGCTCTCTTTCTCACATA 62 259 780133 1 20 3120 3139 TCACCGCCCGCAGCCAGCGC 95 260 780134 56 75 3175 3194 CTGCTCAGGGAACCGGCAGG 134 261 780135 100 119 3219 3238 TGGCACCTGCTTCCAACCCG 115 262 780136 157 176 3276 3295 ACTTCTTCAGAGTTTCCTCG 59 263 780137 166 185 3285 3304 TGACTATCAACTTCTTCAGA 86 264
780138 169 188 3288 3307 GCCTGACTATCAACTTCTTC 59 265
780139 173 192 3292 3311 TTCAGCCTGACTATCAACTT 70 266
780140 176 195 3295 3314 TTGTTCAGCCTGACTATCAA 87 267
780141 203 222 3322 3341 GTTTCTATCTGTTTTCCTTC 44 268
780142 271 290 N/A N/A CTTGAAATAACTTGGAGGCG 72 269
780143 315 334 3706 3725 ATAGGAGTCCAAGACGATCA 49 270:
780144 362 381 10386 10405 TTGCACAGAAGTGACCAACC 64 271
780145 406 425 10430 10449 GTCCCATTAAGCTTTGCATT 48 272
780146 451 470 N/A N/A ATTGGTGAACACCAAGGACT 48 273
780147 495 514 13761 13780 CAAGTTTACACTGGCATTAT 57 274
780148 539 558 13805 13824 CCTGAAGTTAGGAGGAGATC 32 275
780149 585 604 16105 16124 CATGAAAATATCACTTTCTT 76 276
780150 601 620 16121 16140 TGGCATCAAAAATTAACATG 70 277
780151 604 623 16124 16143 GCATGGCATCAAAAATTAAC 96 278
780152 608 627 16128 16147 GAGTGCATGGCATCAAAAAT 44 279
780153 611 630 16131 16150 AATGAGTGCATGGCATCAAA 74 280
780154 629 648 16149 16168 ACTTCATCATTGGCTGGAAA 57 281
780155 673 692 16193 16212 CTCTCTCAAACAGCACATGT 74 282
780156 717 736 18616 18635 ATAATCTTTGTTCTCAACAA 62 283
780157 764 783 18663 18682 ATTTCCTCTTCATCTTTAAA 134 284
780158 808 827 18707 18726 AAGGAATCGCTAGGGAATGT 57 285
780159 852 871 21683 21702 ATAACACCTGACATTGCCAC 48 286
780160 878 897 21709 21728 GCTTTCATAGCTTCCACCAC 60 287
780161 881 900 21712 21731 AATGCTTTCATAGCTTCCAC 59 288
780162 885 904 21716 21735 AGGGAATGCTTTCATAGCTT 34 289
780163 888 907 21719 21738 CATAGGGAATGCTTTCATAG 99 290
780164 896 915 21727 21746 CTTTCACTCATAGGGAATGC 34 291
780165 940 959 21771 21790 CTAATGTAAGCCTATGGAGC 51 292
780166 988 1007 27963 27982 CCACAAACTCATGGACTTCG 30 293
780167 1032 1051 28007 28026 GATCTGCAATGCTGCATTCT 58 294
780168 1078 1097 N/A N/A TTAAGAAAATAGTCTCAGTG 160 70
780169 1123 1142 29384 29403 CATCATCATTCTCTTGATTC 63 295
780170 1167 1186 29428 29447 TTTGTAACAGGCTTCCAGCC 46 296
780171 1216 1235 N/A N/A AGCATGCGGCCTCCTGCACG 73 297
780172 1260 1279 29611 29630 CTCATGTAAACTGTTTTGGT 62 298
780173 1304 1323 31020 31039 ACTTCCCTATGAGCTGGGAA 134 299
780174 1348 1367 31064 31083 GGAAAACTTCCTTTGATGAA 91 300
780175 1417 1436 35364 35383 TTGATAACAGTATTTTTCTG 75 301
780176 1461 1480 35408 35427 TATATGCTTCTGCATTAACT 78 302
780177 1505 1524 35452 35471 TGATTTAGCATTTTACAGCC 106 303
780178 1549 1568 37598 37617 CTGCTGCCATTATATCCAGG 56 304
780179 1598 1617 37647 37666 GGTAATGATGTCTCATGACG 60 305
780180 1645 1664 37694 37713 CAGGCACTATAAAATGTAAA 93 306
780181 1689 1708 41922 41941 CTTATGATGAAATTCTGTAT 60 307
780182 1734 1753 41967 41986 TTTGTGAATATCATTCTTGA 52 308
780183 1779 1798 52693 52712 AATCCCAGGATTTCCAATGA 78 309
780184 1786 1805 52700 52719 ATTTCTGAATCCCAGGATTT 119 310
780185 1789 1808 52703 52722 CACATTTCTGAATCCCAGGA 41 311
780186 1793 1812 52707 52726 AATCCACATTTCTGAATCCC 70 312
780187 1796 1815 52710 52729 TTTAATCCACATTTCTGAAT 80 313
780188 1826 1845 52740 52759 TCAGGAAAATGTACAATAGA 128 314
780189 1873 1892 52787 52806 GAAGCACTGAATCCATAGCA 34 315
780190 1919 1938 N/A N/A CCCAGACACTGAATTTCTTG 56 37
780191 1963 1982 53003 53022 TGAACACATTCTTCTTTGTA 64 316
780192 2009 2028 53049 53068 TATAAGCTGGAAACCAGAAT 86 317
780193 2053 2072 N/A N/A TCTGAAATCCTTTAGTCTGT 106 318
780194 2097 2116 56031 56050 CAGCTTAGAAAAAGATGCTG 66 319
780195 2141 2160 56075 56094 GACATTTGATGGAATATTAC 45 320
780196 2185 2204 N/A N/A AGAGGTTTAGAAACTGTTGA 44 321
780197 2229 2248 56237 56256 TTTTAAGTAATCATCCATAG 70 322
780198 2273 2292 56281 56300 ATGATGCTGTTATTCTGATC 71 323
780199 2317 2336 56325 56344 TTGCTTGATTGGCATCTGCT 41 324
780200 2356 2375 N/A N/A CTTTCTCACATACCTGACAA 59 325
780201 2359 2378 N/A N/A TCTCTTTCTCACATACCTGA 50 326
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 36 235
Tabela 4 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas SEQ ID NO: SEQ ID NO: 1 SEQ ID NO: 2 % de con- Número do SEQ ID NO: 2 SEQ 1 Sítio de Sítio de Pa- Sítio de Pa- Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de Início ID NO Início rada rada LRRK2
693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 28 73
693430 5537 5556 100526 100545 GCCCATTTCTTCAACAGAGT 25 89
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 23 235
780276 4929 4948 93390 93409 CTGTGCCATGATTTTACAAA 62 327
780277 4973 4992 98121 98140 CCCTTAGGGTGTTTTGGACA 65 328
780278 5019 5038 98167 98186 CCTTTTTTTTGAAAGAAATT 154 329
780279 5063 5082 98211 98230 TCTAGGAGCTTAAAATACTG 112 330
780280 5109 5128 98257 98276 AACCAGCAAATATTCTTCTC 83 331
780281 5169 5188 99175 99194 TTCAGAGTTCTCACAATGGG 72 332
780282 5217 5236 99223 99242 CCAAAATCCCATTGGAAAAT 88 333
780283 5261 5280 99267 99286 AGCATGTAAGGTGAAATCTC 88 334
780284 5305 5324 100157 100176 GCCAATACATTCTGTTTGGG 25 335
780285 5349 5368 100201 100220 CAGACAATAAGCTTCAGGAG 82 336
780286 5396 5415 100248 100267 ATTTTTAAGAAACTCTCTGG 86 337
780287 5440 5459 100429 100448 CTTGGCCCAAAAGAATACAG 69 338
780288 5488 5507 100477 100496 GCAACCCAGGAAACCATTCT 83 339
780289 5532 5551 100521 100540 TTTCTTCAACAGAGTTTCTC 157 340
780290 5535 5554 100524 100543 CCATTTCTTCAACAGAGTTT 64 341
780291 5539 5558 100528 100547 ATGCCCATTTCTTCAACAGA 59 342
780292 5542 5561 100531 100550 ATAATGCCCATTTCTTCAAC 135 343
780293 5577 5596 100566 100585 GATTTTTTGATGTTCTTCAC 64 344
780294 5622 5641 N/A N/A TAAGAGATCTCCTTCCTCTG 77 345
780295 5666 5685 101304 101323 ATCTGAGATATTGGAATGGT 86 346
780296 5710 5729 101348 101367 ACATAATATTTCTAGGCAGG 48 347
780297 5754 5773 101392 101411 GAGAAACTCTGGAGCTTGTT 138 348
780298 5798 5817 106489 106508 TCATAGGCTGCTCGGTAAAC 109 349
780299 5842? 5861 106533 106552 GTGATGTATGTTTATTAAAA 88 350
780300 5886 5905 - 113083 113102 GTGGAGGTGGCAAAGCACCA 50* 351
780301 5946 5965 113143 113162 CTCCATCACCAACATCCGGG 121 352
780302 5990 6009 113187 113206 TTGTCCTGCTGAAGCAGGCG 136 353
780303 6034 6053 113231 113250 CGTGGAGTGCAATCCTGTGC 89 354
780304 6078 6097 118411 118430 GTATATAATCATGGCTGAGT 68 355
780305 6122 6141 118455 118474 GGATACAGTGTGAAAAGCAG 61 356
780306 6166 6185 118499 118518 GAGCAATGCCGTAGTCAGCA 61 357
780307 6170 6189 118503 118522 TACTGAGCAATGCCGTAGTC 75 358
780308 6173 6192 118506 118525 CAGTACTGAGCAATGCCGTA 61 359
780309 6175 6194 118508 118527 AGCAGTACTGAGCAATGCCG 58 360
780310 6177 6196 118510 118529 ACAGCAGTACTGAGCAATGC 70 361
780311 6180 6199 118513 118532 TCTACAGCAGTACTGAGCAA 88 362
780312 6211 6230 118544 118563 CTGGTGTGCCCTCTGATGTT 97 363
780313 6255 6274 * 124886 124905 GTTATAAATGACATTTCCTC 77 364
780314 6299 6318 124930 124949 ATGTCATAGAGTAGTAAACC 111 365
780315 6345 6364 124976 124995 ATTTGGAAACTTCAAACCCT 60 366
780316 6389 6408 N/A N/A ACTGGATCAGGTAATTTTCC 62 367
780317 6433 6452 126549 126568 TTAATTTCTCAACCATAGGC 120 368
780318 6477 6496 126593 126612 AGAAGTAGGCCTTTCTTGAG 95 369
780319 6521 6540 129666 129685 AGACAGACTAATTCAGCTGA 78 370
780320 6568 6587 129713 129732 CCATGCATTCAACAATTACG 57 371
780321 6612 6631 129757 129776 GCCCAGCCAAATGCTTGCAT 41 372
780322 6656 6675 129801 129820 TTTAAGTCAAGAAATGAGAG 92 373
780323 6700 6719 132410 132429 ATATTCTACTATCAGCAACT 97 374
780324 6744 6763 132454 132473 CCAGCTTTCCTTTTCAACAG 132 375
780325 6788 6807 132498 132517 GTATTGATGACCAGGAGAGT 92 376
780326 6832 6851 132542 132561 AATCAGTCATCTTTTCTAGG 98 377
780327 6876 6895 N/A N/A TTTGCTTTGCTTGGAAAAGG 85 378
780328 6920 6939 134252 134271 GCTAACTTGCCATCAGCGGT 84 379
780329 6964 6983 137368 137387 AAGGAGCAGCTCCTTTAAGC 65 380
780330 7008 7027 137412 137431 ACACATCAATGGAGTACTGA 51 381
780331 7052 7071 137456 137475 NAVEGACATTACATTTCTTTC 124 382
780332 7096 7115 137500 137519 TGGTGAAATCATTAGAAAAG 119 383
780333 7141 7160 N/A N/A CATAAGAAAACAGTTGGCTT 61 384
780334 7185 7204 141546 141565 AGTGTCTACCACCACTGTTA 124 385
780335 7229 7248 141590 141609 CACACTTCCACAACAGGGCT 116 386
780336 7273 7292 141634 141653 GCACGCAGTCTATTAGTCCA 60 387
780337 7318 7337 142966 142985 GTTTTGATTCCTTGTTTTCT 92 388
780338 7362 7381 143010 143029 CTGAAGGCAGAGGGTTTTCA 78 389
780339 7406 7425 143054 143073 AAAATATGGCCTCCTCCAGT 82 390
780340 7457 7476 143105 143124 CAAAAGTTGTAAATTACACG 77 391
780341 15595 7520 N/A N/A TAAGGCTTCCTAGCTGTGCT 89 392
780342 7545 7564 145148 145167 TTCAGTATTTTTCCGGTTGT 121 393
780343 7589 7608 145758 145777 CAAACGGTCAAGCAAGATTG 138 394
780344 7636 7655 145805 145824 CAATGTGTTTTTCTAAATTT 102 395
780345 7688 7707 145857 145876 TCTTACTCAACAGATGTTCG 92 396
780346 7732 7751 145901 145920 GAGGAGAGAATAATTTTCCT 91 397
780347 7776 7795 145945 145964 GAGTACCCTTTCCATGTGAA 34 398
780348 7822 7841 145991 146010 AAAATAATAACATTCCTTCA 96 399
780349 7867 7886 146036 146055 AAAATACACATTTACTGGTA 115 400
780350 7912 7931 146081 146100 CTGGTATTTATAAGAAATAT 91 401
780351 7960 7979 146129 146148 ATTAGGTACTTCACAGATTT 140 402
Tabela 5 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas SEQ ID NO: SEQ ID NO: SEQ ID NO: 2 % de con- Número do SEQ ID NO: 2 SEQ 1 Sítio de 1 Sítio de Sítio de Pa- Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de Início ID NO Início Parada rada LRRK2
693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 30 73
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 39 235
780352 8004 8023 146173 146192 AACAAAAAATTATCGGCCTT 79 403
780353 8052 8071 146221 146240 CTTAAGCACAGAATTTAAAA 94 404
780354 8096 8115 146265 146284 ATACCGTGCAGATTTCTAGA 91 405
780355 8140 8159 146309 146328 AAGAAGGAATACATTACATG 148 406
780356 8186 8205 146355 146374 TTTGAATATTTACAAGCATA 163 407
780357 8201 8220 146370 146389 ATTAGTGCAAATTCATTTGA 79 408
780358 8206 8225 146375 146394 ACTTTATTAGTGCAAATTCA 118 409
780359 8211 8230 146380 146399 AAAGGACTTTATTAGTGCAA 48 410
780360 8216 8235 146385 146404 CCAACAAAGGACTTTATTAG 75 411
780361 8221 8240 146390 146409 ACATACCAACAAAGGACTTT 98 412
780362 8231 8250 146400 146419 AAGAGAATTCACATACCAAC 164 413
780363 8275 8294 146444 146463 AATTGAGTGAAGTTGTGTAA 133 414
780364 8319 8338 146488 146507 ATGTCATGTTTTTTCATTAG 157 415
780365 8364 8383 146533 146552 AAAGAGAGTTTCTGTGTCTT 146 416
780366 8408 8427 146577 146596 ACAACTCTATTATGTCTAGG 161 417
780367 8452 8471 146621 146640 TATACAAAATTCAGGGTATC 94 418
780368 8515 8534 146684 146703 TAGTGGTATGAATAAAAAAA 107 419
780369 8561 8580 146730 146749 AGATGAATATAAGCATTAGA 98 420
780370 8605 8624 146774 146793 TATCTGAATGATGTAGGATC 118 421
780371 8650 8669 146819 146838 GTAGGAGCTGTGGAATTCTA 125 422
780372 8694 8713 146863 146882 CTTCAGCAACTGAAAAGTGT 132 423
780373 8741 8760 146910 146929 CTAGGGTGGCAGATATTTTT 126 424
780374 8785 8804 146954 146973 TATTGTGGTAAGCTATGTAA 106 425
780375 8829 8848 146998 147017 AAATGACCTCAAATTATTAC 84 426
780376 8873 8892 147042 147061 GGTCAGGGCCAAAGAATTTA 130 427
780377 8917 8936 147086 147105 ACTAGTTGTCCTATCACAGG 81 428
780378 8962 8981 147131 147150 GTTTTCACATAGTAAAATGC 47 429
780379 9006 9025 147175 147194 TCATCTTTAAGAATTTGATT 94 430
780380 9050 9069 147219 147238 ATAACAAGTTAAAGCATAGC 58 431
780381 9094 9113 147263 147282 CTGGAACAAAGAGCTCTATT 97 432
780382 9143 9162 147312 147331 CTTTGGTAAAAAAAATTGCA 125 433
780383 9183 9202 147352 147371 ATTATTCCATTTAAATATGG 125 434
780384 9188 9207 147357 147376 CCTTTATTATTCCATTTAAA 77 435
780385 9193 9212 147362 147381 AAAAACCTTTATTATTCCAT 93 436
780386 N/A N/A 82225 82244 CCTCTTTCAGTTTATTGTGA 87 437
780387 N/A N/A 82365 82384 ATAGTTGACAGGAATTTATA 71 438
780388 N/A N/A 82505 82524 GTTTAGTGGAAGTATTAAGG 51 439
780389 N/A N/A 82645 82664 TATATGATAACATCACACAT 106 440
780390 N/A N/A 82785 82804 TTCCATAGAACACTCTTTAT 219 441
780391 N/A N/A 82925 82944 AGGAAATTATGCTGTGTTAC 108 442
780392 N/A N/A 83065 83084 AGAAAAATGGTTTATTTAAG 96 443 780394 N/A N/A 79043 79062 ACACTGACCATACACAAGCT 100 444 780395 N/A N/A 143142 143161 GCCTAGCTGTGCTGTCATCA 126 445 780396 N/A N/A 143282 143301 TACCAGTCTTATGTTTCACT 108 446 780397 N/A N/A 143422 143441 ATTTCCCATTTTTGCCTTAG 62 447 780398 N/A N/A 143565 143584 TGTATTGCTGCAAGAAAAAA 90 448 780399 N/A N/A 143705 143724 ACGCAAATATATTTATGCAG 74 449 780400 N/A N/A 143845 143864 ATGTTCAAAACATTCATTAT 137 450 780401 N/A N/A 143985 144004 TAATAGTTTACAGTCATTAA 111 451 780402 N/A N/A 144125 144144 TATAACTTCAGTTATAAGCA 92 452 780403 N/A N/A 144265 144284 AGACAAGCAAGATCTGGTAG 118 453 780404 N/A N/A 144405 144424 ACAGGAGCTAACATTTCAAA 123 454 780405 N/A N/A 144553 144572 AACCGTCTTGGAGTTTATAT 56 455 780406 N/A N/A 144694 144713 TATACTGATACTATGTCAAA 193 456 780407 N/A N/A 144834 144853 CAGTATTTATACATTACCCT 150 457 780408 N/A N/A 144974 144993 TTTTCTAGGTGACCCTTCAA 119 458 780409 N/A N/A 145168 145187 CCTTTCTGCTTTTGTGTACC 93 459 780410 N/A N/A 145310 145329 AAGTTCTTTACACTATAAAC 112 460 780411 N/A N/A 145450 145469 GACATTATGTAGATATAGAT 80 461 780412 N/A N/A 145597 145616 ATTATTATTTATAAAAAACT 124 462 780413 N/A N/A 145740 145759 TGTATCTCTAGAAAAAGAAA 111 463 780414 N/A N/A 3862 3881 AATCACAGTCAGAGGTTCCT 120 464 780415 N/A N/A 4122 4141 CCCTTTTCCAAACTATTCAT 119 465 780416 N/A N/A 4157 4176 GTGACAAAGTTGCATTTTAT 108 466 780417 N/A N/A 4174 4193 TCTACAAGAGTTTGCTAGTG 97 467 780418 N/A N/A 4185 4204 AAGTGCTGAACTCTACAAGA 134 468 780419 N/A N/A 6986 7005 CTCTCACTTCGCTATGACAG 116 469 780420 N/A N/A 7557 7576 AACCGTCAATTTTCTAAAGA 110 470 780421 N/A N/A 7842 7861 CTATTCAATTAAAAGCTTAT 122 471 780422 N/A N/A 8002 8021 CTCAAGGAAAAAACCTGTTT 125 472 780423 N/A N/A 8263 8282 AAAGGCGGCAATTTCTGATA 130 473 780424 N/A N/A 8791// 8810 TATACTTGACATGGTCAAAA 177 474 780425 N/A N/A 8820 8839 CTCCAATTCATTCTATTATA 89 475 780426 N/A N/A 11028 11047 AACATAGCTGGTAAAATTAC 143 476 780427 N/A N/A 11977 11996 AAACATTCAATGAATAGAAG 86 477 780428 N/A N/A 12155 12174 ACGGAAGAAATTTTTCTTCA 116 478 Tabela 6 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 38 73 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 18 235 780429 N/A N/A 12244 12263 CCAGTCTTCGATTCTCTGCC 135 479 780430 N/A N/A 12353 12372 TTGGCTTTACATTATTGGAA 41 480 780431 N/A N/A 12761 12780 GTGGCCGTTGCTCACGCCTG 130 481
780432 N/A N/A 12910 12929 TCTTAGACATGTTGATATAT 136 482
780433 N/A N/A 14791 14810 TCTTAGCAGGACTGATGAGG 75 483
780434 N/A N/A 15592 15611 CAAATCAATTCATTACCAAG 91 484
780435 N/A N/A 15874 15893 GCTCTAGATCTTTATAAATG 102 485
780436 N/A N/A 16258 16277 TACTTTTCCCAGTATAAGCC 114 486
780437 N/A N/A 16448 16467 CCTTATGCCTTGTTAAGCAA 84 487
780438 N/A N/A 16899 16918 GAAATTAGACTGGTAAACTG 113 488
780439 N/A N/A 16920 16939 ATCCCATTCTGGGAACTGCA 61 489
780440 N/A N/A 17294 17313 TTGTATTCCTTGCAAAATGT 123 490
780441 N/A N/A 17451 17470 TTAGTTGCAAGATAGAACAT 82 491
780442 N/A N/A 17796 17815 ATGGTCTAGTTTCCACAGTA 44 492
780443 N/A N/A 18025 18044 AGTAAGTTCCATTTGGAGTC 61 493
780444 N/A N/A 18279 18298 GGGAAATTCTAGAGAAACT 64 494
780445 N/A N/A 18439 18458 TGTGAAGCAGCCCTTCCTAA 128 495
780446 N/A N/A 19114 19133 ACTTCAGGTCACACCTTCAT 66 496
780447 N/A N/A 19502 19521 CACATCAAATTAATTTCTTC 95 497
19553 19572 780448 N/A N/A AAACAGAATATGAACCATTA 129 498 19583 19602
19556 19575 780449 N/A N/A ACAAAACAGAATATGAACCA 71 499 19586 19605
19559 19578 780450 N/A N/A AAAACAAAACAGAATATGAA 143 500 19589 19608
19562 19581 780451 N/A N/A TACAAAACAAAACAGAATAT 190 501 19592 19611
780452 N/A N/A 19953 19972 TGTGGATAAGAAAACATTGT 119 502
780453 N/A N/A 20195 20214 TCTTGACTTTTGCATTATGA 76 503
20454 20473 780454 N/A N/A AAATGTTAACTGTTCTTTTT 60 504 22583 22602
780455 N/A N/A 20713 20732 TCAGCTATGACCTGTTTCCT 34 505
780456 N/A N/A 20716 20735 AAATCAGCTATGACCTGTTT 128 506
780457 N/A N/A 21493 21512 GTAAAAAATACTATGCTGTT 87 507
780458 N/A N/A 22339 22358 CAAACATTAACAATTTTGCT 118 508
780459 N/A N/A 23396 23415 ACCTCTAATAAATTGTGCTG 73 509
780460 N/A N/A 23640 23659 GCATGGAATAGTAAAGGCCC 61 510
780461 N/A N/A 23970 23989 ATTGCTAGGTAGAGAACTTA 50 511
780462 N/A N/A 24452 24471 TCTAATAAATGACCAAGTTA 76 512
780463 N/A N/A 24633 24652 GAACTTTATATATAGTTATC 92 513
780464 N/A N/A 24916 24935 CTTGTGGGAAAGCATGAATC 67 514
780465 N/A N/A 25082 25101 TCCAACAGTTAACGATCATT 51 515
780466 N/A N/A 25273 25292 GATATAATCATGATACTAGA 57 516
780467 N/A N/A 25433 25452 CAGTTTTAGTCATATAACAA 108 517
780468 N/A N/A 25435 25454 TACAGTTTTAGTCATATAAC 155 518
25637 25656
25667 25686 780469 N/A N/A ATATGTATATTTATATACAT 171 519 25697 25716
25727 25746
25640 25659
25670 25689
780470 N/A N/A 25700 25719 TAAATATGTATATTTATATA 149 520
25730 25749
25794 25813
780471 N/A N/A GTATAAATATGTATATTTAT 163 521 25733 25752
25797 25816
25861 25880
25646 25665
25676 25695
25706 25725 780472 N/A N/A TGTGTATAAATATGTATATT 96 522 25736 25755
25800 25819
25864 25883
25649 25668
25679 25698
25709 25728 780473 N/A N/A ATCTGTGTATAAATATGTAT 106 523 25739 25758
25803 25822
25867 25886
25652 25671
25682 25701
25712 25731 780474 N/A N/A TACATCTGTGTATAAATATG 138 524 25742 25761
25806 25825
25870 25889
25655 25674
25685 25704
25715 25734 780475 N/A N/A ATATACATCTGTGTATAAAT 179 525 25745 25764
25809 25828
25873 25892
25658 25677
25688 25707
25718 25737 780476 N/A N/A TTTATATACATCTGTGTATA 129 526 25748 25767
25812 25831
25876 25895
25661 25680
25691 25710
25721 25740 780477 N/A N/A ATATTTATATACATCTGTGT 66 527 25751 25770
25815 25834
25879 25898
25664 25683
25694 25713
25724 25743 780478 N/A N/A TGTATATTTATATACATCTG 55 528 25754 25773
25818 25837
25882 25901
25755 25774 780479 N/A N/A TTGTATATTTATATACATCT 88 529 25819 25838
780480 N/A N/A 25822 25841 TATTTGTATATTTATATACA 164 530
25886 25905
25761 25780
780481 N/A N/A 25825 25844 TTATATTTGTATATTTATAT 156 531
25889 25908
25764 25783
780482 N/A N/A 25828 25847 TATTTATATTTGTATATTTA 178 532
25892 25911
25767 25786
780483 N/A N/A 25831 25850 ATATATTTATATTTGTATAT 96 533
25895 25914
25770 25789
780484 N/A N/A 25834 25853 TGTATATATTTATATTTGTA 110 534
25898 25917
25773 25792
780485 N/A N/A 25837 25856 AAATGTATATATTTATATTT 102 535
25901 25920
25776 25795
780486 N/A N/A 25840 25859 TATAAATGTATATATTTATA 144 536
25904 25923
25779 25798
780487 N/A N/A 25843 25862 ATATATAAATGTATATATTT 122 537
25907 25926
25782 25801
780488 N/A N/A 25846 25865 TTTATATATAAATGTATATA 106 538
25910 25929
25785 25804
780489 N/A N/A 25849 25868 ATATTTATATATAAATGTAT 139 539
25913 25932
25788 25807 780490 N/A N/A TGTATATTTATATATAAATG 98 540 25852 25871
25791 25810 780491 N/A N/A ATATGTATATTTATATATAA 110 541 25855 25874
780492 N/A N/A 26102 26121 CCATGTTTAGAAGAAATACT 57 542
780493 N/A N/A 26738 26757 ATTACATAGTTTGGCAAAAC 107 543
780494 N/A N/A 27287 27306 ACTGCAGAAATATGTACCTT 89 544
780495 N/A N/A 27387 27406 CACCCCAGGAAGAAGTCCCA 100 545
780496 N/A N/A 27872 27891 GTTAAATTACCTTTAACATA 174 546
780497 N/A N/A 28186 28205 TCCTTGAAAGTATCCTCTAC 90 547
780498 N/A N/A 29148 29167 CCATCCTATCCAGATAAATA 137 548
780499 N/A N/A 29220 29239 AGGTGTGCTTTAGGAGAAGC 34 549
780500 N/A N/A 32958 32977 TTATTAAGGCAGAACTCCAA 92 550
780501 N/A N/A 33224 33243 CATCCCAAGTGCCTACAGAC 146 551
780502 N/A N/A 34124 34143 ACTTTGAAAGTGGCAGAAAA 125 552
780503 N/A N/A 34685 34704 TTACAGTTATTTTCACAAAG 89 553
780504 N/A N/A 34756 34775 CAAACATTATAATTTCTATA 195 554
780505 N/A N/A 34881 34900 TATAAGCATGTGGAGGTATC 90 555
Tabela 7 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 49 73 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 33 235 780506 N/A N/A 35751 35770 TGCTATGTGCTATACAATTA 75 556 780507 N/A N/A 36381 36400 CTTACAAGTCTGCAGTTACG 72 557 780508 N/A N/A 36600 36619 TGCCCAGAATCTACAGAATC 99 558 780509 N/A N/A 36661 36680 TCCAGGGCTGCAACTGTACA 107 559 780510 N/A N/A 36909 36928 GTTCTGTGGACACTGAGATA 91 560 780511 N/A N/A 36965 36984 GCTTTGCTTGTTAACTGAAA 66 561 780512 N/A N/A 37065 37084 TTTCTCTCAGGTATTTAAGC 74 562 780513 N/A N/A 37116 37135 GACTTCTTATAAGGTATTTT 65 563 780514 N/A N/A 37198 37217 GGCTGGTACCCAAACTTGTC 91 564 780515 N/A N/A 37201 37220 CAAGGCTGGTACCCAAACTT 72 565 780516 N/A N/A 37303 37322 ACAATCCCAGCAGGTAGGTG 57 566 780517 N/A N/A 37333 37352 ATCCTTCTGACCTACGATGG 72 567 780518 N/A N/A 37398 37417 CTTTGAACTCATAAGATAGA 83 568 780519 N/A N/A 37548 37567 GCTTATTGAAAGACTGATCT 88 569 780520 N/A N/A 38071 38090 GAAGGAAGAGAACAGGTATG 94 570 780521 N/A N/A 38396 38415 CGCCTCTCTCACGCTGCCTG 92 571 780522 N/A N/A 38720 38739 TGCAAACAATTTTAATAAAC 96 572 780523 N/A N/A 38837 38856 TGACTACCATGGACCTCCAA 83 573 780524 N/A N/A 38855 38874 CCTTCACTGGGTCTCACTTG 91 574 780525 N/A N/A 39213 39232 ACTAAGCTGAAACTATGAAT 104 575 780526 N/A N/A 39521 39540 CTGATTGATTGTTAACTAAC 79 576 780527 N/A N/A 40301 40320 TTATAAGTAAGTAGATTTGA 111 577 780528 N/A N/A 40577 40596 AGATTGTTGCACAAATATTT 95 578 780529 N/A N/A 40733 40752 TACTATTCAAATGGATATAA 116 579 780530 N/A N/A 41316 41335 GAACTATGCTAAAAACACTA 90 580 780531 N/A N/A 41593 41612 TTTTGTGTGAGTAGGCTGTG 83 581 780532 N/A N/A 42005 42024 TATATTCAACATACCCTGTT 100 582 780533 N/A N/A 43265 43284 TACAACATAAATTCTTGCCA 57 583 780534 N/A N/A 45337 45356 AATCTTACTGTCAATATAGT 101 584 780535 N/A N/A 45380 45399 TTAAAAGGAAGTAACCATGT 44 585 780536 N/A N/A 45462 45481 TGGTATCCCTCCTAAGTGCT 55 586 780537 N/A N/A 45650 45669 CTCTCTTGGCTCCCGACTGC 75 587 780538 N/A N/A 46047 46066 TACCTTATTTGGAACTCTGC 86 588 780539 N/A N/A 46543 46562 TTACTTATATGTAATTTGTT 77 589 780540 N/A N/A 46567 46586 CATCCTGTAAACCTTTTTTA 79 590 780541 N/A N/A 47702 47721 AAAGATTAAATTAAGCTGCA 121 591 780542 N/A N/A 47812 47831 ACATTAGGAATCTCACCTCA 71 592 780543 N/A N/A 48404 48423 CTGAATATAAATATTATCTA 229 593 780544 N/A N/A 48835 48854 ATGTATAGCTAGAATGAGGA 99 594
780545 N/A N/A 48873 48892 AGATGCAACTCAAGAAAACT 81 595 48947 48966 780546 N/A N/A TATTTATAAAGCACCTATCT 85 596 50077 50096 780547 N/A N/A 50094 50113 AAATTATATCAAATTGATAT 73 597 780548 N/A N/A 51550 51569 TTTTATAGAGGCTGAGGAGA 98 598 780549 N/A N/A 52154 52173 GCCAAACTTTAAAGATGCAG 33 599 780550 N/A N/A 53367 53386 CGAATAAACTCAGCTAGCTG 87 600 780551 N/A N/A 53543 53562 GACAGTTATTATATATCATG 42 601 780552 N/A N/A 53603 53622 AAATTTATTCTTAATCTCCC 79 602 780553 N/A N/A 54774 54793 AAAACAAGTGAATGCTACAG 92 603 780554 N/A N/A 54886 54905 CTCTTATGATGCTGAGTATC 108 604 780555 N/A N/A 55333 55352 ATGTTTTAATGAAAGATTGG 86 605 780556 N/A N/A 55870 55889 TTAACTATAGATATATTGGG 80 606 780557 N/A N/A 55936 55955 GGCAAAATGAATAAACAGTA 94 607 780558 N/A N/A 56363 56382 TTGAATATTTACCTGACAAA 107 608 780559 N/A N/A 56837 56856 AGTGTTACACAACTTTGGCC 120 609 780560 N/A N/A 56947 56966 GAGGGCTTTAAAGAAAGATA 97 610 780561 N/A N/A 57738 57757 TGTAGTACAGTTGTATCAGG 84 611 780562 N/A N/A 57907 57926 TAAACCTAATACATAATCCT 81 612 780563 N/A N/A 57911 57930 TCTTTAAACCTAATACATAA 102 613 780564 N/A N/A 59330 59349 ATTAGAACCTACTGGACCTT 89 614 780565 N/A N/A 60045 60064 TTTTCTCTAAGATATGCCAT 78 615 780566 N/A N/A 60338 60357 GCTCATAGCAAAATTAAAAG 109 616 780567 N/A N/A 60503 60522 TTTCATTTAATGTAGCACTG 101 617 780568 N/A N/A 61046 61065 AGCAACTGAGACTTGGATTT 91 618 780569 N/A N/A 62829 62848 ACATTTAGTGTGAACAAATG 77 619 780570 N/A N/A 62985 63004 TGCTAGTGAGTGCATCATAA 120 620 780571 N/A N/A 63074 63093 TGGATGGGTACTTTTCTCTA 74 621 780572 N/A N/A 63219 63238 AGGTAGAGAGAGAGTAACAC 92 622 780573 N/A N/A 63229 63248 ATTTAGAGCTAGGTAGAGAG 93 623 780574 N/A N/A 63326 63345 TGAGAAATAAAGTGCTATAG 105 624 780575 N/A N/A 63342 63361 TGAATGGTAGTATATGTGAG 84 625 780576 N/A N/A 63662 63681 ACATTGTGAGGTCAAAAAAG 98 626 780577 N/A N/A 64157 64176 TCCCTCTCCAATGGGCCCAC 74 627 780578 N/A N/A 64433 64452 TTCCAGAGTAATATGTTATG 134 628 780579 N/A N/A 64500 64519 GATAAACCCCAAGAAGGCAA 76 629 780580 N/A N/A 64878 64897 TACATTATGTATTAGCTCTA 76 630 780581 N/A N/A 65152 65171 GTGTTCAAGTCATAGAAATG 88 631 780582 N/A N/A 65840 65859 AACCAATTAGTATAACATTT 75 632 Tabela 8 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 39 73 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 30 235
780583 N/A N/A 66279 66298 CTCATTTTTTGCCCTCTCAA 55 633
780584 N/A N/A 66413 66432 TAATTTTCAAAGCGCATGAA 66 634
780585 N/A N/A 66417 66436 ATGTTAATTTTCAAAGCGCA 39 635
780586 N/A N/A 66480 66499 GAAGAAACTTTTTGGATAA 72 636
780587 N/A N/A 68762 68781 AATAAATTTGGCAACTTATA 126 637
780588 N/A N/A 68885 68904 GAGAAAGTAACACAAACAAT 106 638
780589 N/A N/A 69914 69933 CAAATCCTCAATTACAACTT 91 639
780590 N/A N/A 69919 69938 ACCAACAAATCCTCAATTAC 98 640
780591 N/A N/A 70220 70239 GGAGATAGAGATCAACATTT 55 641
780592 N/A N/A 70279 70298 AATTAAGGGCCATATACATA 79 642
780593 N/A N/A 72795 72814 ACCCAATTATGAGGATAAAA 41 643
780594 N/A N/A 72902 72921 TCATTTATTGGAGAAGAGGA 115 644
780595 N/A N/A 73395 73414 AAACCAAACTATGGAGTTTA 89 645
780596 N/A N/A 75173 75192 AAGTCCTGTCCTCAAAGAGT 74 646
780597 N/A N/A 75176 75195 AACAAGTCCTGTCCTCAAAG 99 647
780598 N/A N/A 75470 75489 AACAAACAAAGTGCCATCTA 52 648
780599 N/A N/A 75646 75665 ATTATAGAGGCTTATTAACC 83 649
780600 N/A N/A 76096 76115 TAGAGTTGAAAGCTTCCTTC 65 650
780601 N/A N/A 76298 76317 CCATCTGAGGAACTTAAGTC 67 651
780602 N/A N/A 76349 76368 GTCAAACTCTTCAGAGTCTG 24 652
76970 76989 780603 N/A N/A TATATAGTATATATATAATA 138 653 76997 77016
76973 76992 780604 N/A N/A TTATATATAGTATATATATA 104 654 77000 77019
76976 76995 780605 N/A N/A GTATTATATATAGTATATAT 106 655 77003 77022
76979 76998 780606 N/A N/A TAAGTATTATATATAGTATA 105 656 77006 77025
76982 77001 780607 N/A N/A TAATAAGTATTATATATAGT 76 657 77009 77028
76985 77004 780608 N/A N/A ATATAATAAGTATTATATAT 78 658 77012 77031
76988 77007 780609 N/A N/A TATATATAATAAGTATTATA 126 659 77015 77034
780610 N/A N/A 77524 77543 TTTCATAGTTTTATAGCATT 72 660
780611 N/A N/A 77611 77630 GTCTTATAGTTGGGAACGAA 43 661
780612 N/A N/A 78065 78084 ACTATCATTTTAACCTCTGA 71 662
780613 N/A N/A 78080 78099 ACAGTAGGCCAAGTAACTAT 80 663
780614 N/A N/A 78344 78363 AAGTGATGATAATAATTTGC 54 664
780615 N/A N/A 78724 78743 TGGCCAATATTCAGGAGGGT 81 665
780616 N/A N/A 78787 78806 GCTTTGCTTACTAGTGAGTG 70 666
81581 81600 780617 N/A N/A GTTTGAAGGAATAGCTGACA 60 667 87838 87857
81584 81603 780618 N/A N/A AGTGTTTGAAGGAATAGCTG 52 668 87841 87860
81587 81606 780619 N/A N/A CATAGTGTTTGAAGGAATAG 129 669 87844 87863
81590 81609 780620 N/A N/A AGCCATAGTGTTTGAAGGAA 40 670 87847 87866
81593 81612 780621 N/A N/A AAAAGCCATAGTGTTTGAAG 91 671 87850 87869
780622 N/A N/A CTAAAAAGCCATAGTGTTTG 85 672 87853 87872
81599 81618 780623 N/A N/A ATTCTAAAAAGCCATAGTGT 117 673 87856 87875
81630 81649 780624 N/A N/A GCAGCATCATGCAAGCAGCA 31 674 87887 87906
81633 81652 780625 N/A N/A ATTGCAGCATCATGCAAGCA 81 675 87890 87909
780626 N/A N/A 83145 83164 TGGCGGAATGCAGAAATTTA 61 676
780627 N/A N/A 83842 83861 GTGGGAAGGAAGAAATGTGC 70 677
780628 N/A N/A 84184 84203 AGCATATTAATGCCAAATAT 73 678
780629 N/A N/A 84201 84220 AAAGGCAAATGACACACAGC 87 679
780630 N/A N/A 84266 84285 ATTAGTCTGGCTAAGAAGAA 95 680
780631 N/A N/A 84723 84742 ACAGAGCTGAGGTCTGCAAC 58 681
780632 N/A N/A 84951 84970 AAGCTCAGGAGTTCAGAAAA 111 682
780633 N/A N/A 86880 86899 GGTTTCTGGATATTAGAACA 76 683
780634 N/A N/A 87013 87032 TTGTCAGCAACCGATCAAAG 82 684
780635 N/A N/A 88098 88117 CAATTTGGAGTCTACAATGA 78 685
780636 N/A N/A 88353 88372 AAATGTAACCTTACGACATT 77 686
780637 N/A N/A 88867 88886 TAATGCTAACAGCAACAAGG 85 687
780638 N/A N/A 89084 89103 TCACCTTTACCCTTGTGATT 57 688
780639 N/A N/A 89635 89654 CAGGCCAAATAGGACTCTAT 51 689
780640 N/A N/A 89998 90017 AGTCATATTAGTTTCTAATT 96 690
780641 N/A N/A 90808 90827 CTGCTCTGCTAATGGGCTGG 54 691
780642 N/A N/A 91043 91062 TTCATGTATCTCTTAACCCA 42 692
780643 N/A N/A 91084 91103 ACTTCCATATTTACCTGCAA 105 693
780644 N/A N/A 92608 92627 TGCACTAAACTCATTTGACA 98 694
780645 N/A N/A 92700 92719 GCATCATCTCAGGGAGCCAT 45 695
780646 N/A N/A 92957 92976 CAGCATATCTCAGCATACCT 51 696
780647 N/A N/A 93284 93303 CAAACAGTGAAACATGGAAT 89 697
780648 N/A N/A 93697 93716 TTCAATTGACTAATTCAGTA 85 698
780649 N/A N/A 94459 94478 GCTGATTGCAATGTTTCAAT 33 699
780650 N/A N/A 94553 94572 AAATCACATTATCCATGACA 78 700
780651 N/A N/A 95499 95518 AATAGCTGTCAGACAAGTTG 64 701
780652 N/A N/A 95576 95595 TTAGAGCTTCTGCACCATGA 91 702
780653 N/A N/A 95725 95744 TTCCACCTGATTAATTGAAT 70 703
780654 N/A N/A 96460 96479 ATTTTTTAAAGAGTTTGTGC 51 704
780655 N/A N/A 96720 96739 TATAAACTCATAGGCCCTGG 74 705
780656 N/A N/A 97174 97193 GTTTAAGGAATACTTAAACA 81 706
780657 N/A N/A 97323 97342 TGCCCTGAGAATGAAATAAC 73 707
780658 N/A N/A 97591 97610 TTTGATGGATTCTACTTGCA 83 708
780659 N/A N/A 97610 97629 CTCAAAGTAACTACTGCATT 46 709
Tabela 9 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada
693428 2361 2380 61982 62001 GCTCTCTTTCTCACATACCT 38 73
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 27 235
780660 N/A N/A 99313 99332 TCTAAAAATCTAATAAGTCT 89 710
780661 N/A N/A 99451 99470 TACTCCAAGGTTTTATGAGC 81 711
780662 N/A N/A 99569 99588 AAGAGATAATTACAGTCCCT 71 712
780663 N/A N/A 99813 99832 CTAAACGCAAAACTTTCTGA 107 713
780664 N/A N/A 100778 100797 TAGAATACAAGATTTTATTG 134 714
780665 N/A N/A 102009 102028 TGAGCACCTAAACATGCTAC 65 715
780666 N/A N/A 102270 102289 ACAGCATCGCAGGTCTTGTA 50 716
780667 N/A N/A 102579 102598 AATGCATTTCATAGTTGTCC 60 717
780668 N/A N/A 104248 104267 TTCTCTATTTGAGAATCGCC 64 718
780669 N/A N/A 104621 104640 AAATTTCAAGTTGGAGTAGG 85 719
780670 N/A N/A 105660 105679 GTCATATAGTGGCCCCTAAA 31 720
780671 N/A N/A 106100 106119 CACTGGTATGCCCTTCCAAC 65 721
780672 N/A N/A 106561 106580 GAATTTCTTACTTGTCTTAA 95 722
780673 N/A N/A 107953 107972 GCTACATAAAATAAATCACC 79 723
780674 N/A N/A 109817 109836 AGAGTCTGAAGTATCTAGAA 98 724
780675 N/A N/A 110040 110059 TGAAGCCTGGAACCAGTTTA 94 725
780676 N/A N/A 110227 110246 CCTAAAGCCAATTAGCACAA 101 726
780677 N/A N/A 110637 110656 AGTGTAGCCACTAAGAATTT 88 727
780678 N/A N/A 110978 110997 CTTATACACTAATTGGCTCT 66 728
780679 N/A N/A 111011 111030 TTTCTTCCACCATTCCCTTA 101 729
780680 N/A N/A 111182 111201 CTCACTAATTGCAAAGAAAA 109 730
780681 N/A N/A 111343 111362 CAAAGCTTCAGACTGTGATC 70 731
780682 N/A N/A 111843 111862 TCAGAGAGGCCCGCCATGGG 122 732
780683 N/A N/A 111897 111916 TTCACATGGCTGAAGTCTTG 115 733
780684 N/A N/A 112310 112329 ATCTACTGAATTCTGGTTAG 103 734
780685 N/A N/A 112349 112368 GCACACAGTGTAGTCATACT 44 735
780686 N/A N/A 114870 114889 AACCCAAGATTCCCCCTGGT 99 736
780687 N/A N/A 115427 115446 TGGAGAAGTAAGCTAACAGT 109 737
780688 N/A N/A 115958 115977 TAACTGAAAATTCAAGCCTG 115 738
780689 N/A N/A 116039 116058 CTTAAGGAAAATGAGCTCTC 106 739
780690 N/A N/A 116174 116193 TATAATATCTAGCTTTCCCT 95 740
780691 N/A N/A 116253 116272 CAGAGGGAGAAAAACACTGA 110 741
780692 N/A N/A 116357 116376 CCCTTGAGGGTGTCACAATC 82 742
780693 N/A N/A 116374 116393 ATCTTTGTATCTCTGCTCCC 89 743
780694 N/A N/A 116669 116688 TTGAAATAATAAGTAAAGAT 123 744
780695 N/A N/A 116874 116893 ATAAGACATGCCTCTTTAAG 74 745
780696 N/A N/A 117178 117197 AGTACATATTATTTAACTGC 61 746
780697 N/A N/A 117306 117325 ACTGTTGGTTTTGGCTCACA 66 747
780698 N/A N/A 117646 117665 TCTGGAGACTGACCCACGCA 73 748
780699 N/A N/A 118398 118417 GCTGAGTGGAGGTATCTGCC 92 749
780700 N/A N/A 119907 119926 ATATGGTTTAGGAGAGACTA 41 750
780701 N/A N/A 121039 121058 ATACTTAACTCATGGATAGA 80 751
780702 N/A N/A 121425 121444 AAAAGTGCAATTGCCATAGG 57 752
780703 N/A N/A 121530 121549 CCGGTAACATTTTATTTACC 62 753
780704 N/A N/A 121871 121890 TCAATGTATTGTTGCCAAAT 45 754
780705 N/A N/A 122553 122572 ATGAGCTACCCACACAGTCA 78 755
780706 N/A N/A 123081 123100 TTGGAAGGATGGAGACATCG 28 756 780707 N/A N/A 123885 123904 TGATATGGCATGATGTCTAC 67 757 780708 N/A N/A 124062 124081 AGATGATATGCTATGACATA 77 758 780709 N/A N/A 124679 124698 TGTCCTGTCTCATAACATCT 68 759 780710 N/A N/A 125144 125163 AGAATATTTATGCACTAAAC 71 760 780711 N/A N/A 125277 125296 GTTCTAACAGCAATTTCCTT 78 761 780712 N/A N/A 126145 126164 ATCCTTATGTCCTCACAGAT 89 762 780713 N/A N/A 126446 126465 TATTTCCTCTCAATGTTTAT 125 763 780714 N/A N/A 127216 127235 TTAAAAAAAGGAATGGGATA 92 764 780715 N/A N/A 127242 127261 CAACCTGAAAAAATTAGTCT 79 765 780716 N/A N/A 127360 127379 ATAAATGAGTTGATCAGTGG 83 766 780717 N/A N/A 127443 127462 TATTCCTGGATGAGAAAAAT 103 767 780718 N/A N/A 127460 127479 CCTAAGACTGGTTAAAATAT 91 768 780719 N/A N/A 128188 128207 ATAAGGAAAGTTGTTCTGGG 108 769 780720 N/A N/A 132660 132679 ATGCAATAACAATTATGCAC 75 770 780721 N/A N/A 133278 133297 GGAGTTGATATTTCAGGTAC 81 771 780722 N/A N/A 134443 134462 TTTTCAGAGGATCTACTGTG 90 772 780723 N/A N/A 136265 136284 TAAATGTGAGGAAATATTTG 94 773 780724 N/A N/A 137896 137915 CATATGTATAGTCCGTGAAT 81 774 780725 N/A N/A 138142 138161 TCACTGAGGAATGTGATAAA 108 775 780726 N/A N/A 138369 138388 TTTATTGACAGCTTACCAGG 83 776 780727 N/A N/A 138502 138521 AGCAAAAAACAAAGGAGTCA 94 777 780728 N/A N/A 138562 138581 GAGAACAGTGAGAAGTACAA 100 778 780729 N/A N/A 138891 138910 TAGAGATCTGAGTCAATTTC 70 779 780730 N/A N/A 139058 139077 GCTACTGTGAAGGAAAACAT 66 780 780731 N/A N/A 139370 139389 ATCCAAATGTTAACCACATA 60 781 780732 N/A N/A 139871 139890 ACAGGAGATACTTGTTCAGA 62 782 780733 N/A N/A 140263 140282 TAGAAAATAGTTCCAATTAG 86 783 780734 N/A N/A 140887 140906 CCTTAAAATATTTCCCTTTC 115 784 780735 N/A N/A 141689 141708 AAAGATAATTCTTTTGGGAA 129 785 144735 144754 780736 N/A N/A GTACAAATATGAGTATTTAG 65 786 144754 144773 Exemplo 4: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, dose única
[314] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico de LRRK2 humano foram concebidos e testados quanto ao seu efeito no RNA de LRRK2 in vitro. Os oligonucleotídeos modifica- dos foram testados em uma série de experiências que tinham condições de cultura similares.
[315] As células SH-SY5Y cultivadas a uma densidade de 20.000 células por poço foram transfectadas usando eletroporação com con-
centração de 4.000 nM de oligonucleotídeo modificado ou sem oligonu- cleotídeo modificado para controles não tratados. Após aproximada- mente 24 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real usando o conjunto de sondas de iniciador humana RTS3132, conforme descrito no Exemplo 2. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Os oligonucleo- tídeos modificados com valores percentuais de controle marcados com um asterisco (*) têm como alvo a região do amplicon do conjunto de sonda de iniciador. Ensaios adicionais podem ser utilizados para medir a potência e eficácia dos oligonucleotídeos direcionados à região do amplicon.
[316] Os oligonucleotídeos modificados nas Tabelas 10-50 são ga- pmers 5-10-5 MOE. Os gapmers têm 20 nucleobases de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende dez 2'-desoxinucleo- sídeos e é flanqueado por segmentos de asa na extremidade 5' e na extremidade 3' compreendendo cinco nucleosídeos 2'-MOE. O motivo do açúcar para os gapmers é (de 5 'para 3'): eeeeeddddddddddeeeee; em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose e 'e' representa um açúcar modificado por 2'-MOE. Todos os resíduos de citosina ao longo de cada gapmer são 5-metil citosinas. As ligações internucleosídicas são ligações fosfodiéster e fosforotioato mistas. O motivo de ligação in- ternucleosídica para os gapmers é (de 5 'a 3'): sooosssssssssssooss; em que 'o' representa uma ligação internucleosídica fosfodiéster e 's' representa uma ligação internucleosídica fosforotioato. "Sítio de início" indica o nucleosídeo mais 5' ao qual o gapmer é complementar na se- quência de ácido nucleico humano. "Sítio de parada" indica o nucleosí- deo mais 3' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano.
[317] Cada oligonucleotídeo modificado listado na Tabela 10-50 a seguir é complementar às sequências de ácidos nucleicos de LRRK2 humano SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, como indicado. 'N/A' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequên- cia de ácido nucleico particular com 100% de complementaridade. Como mostrado abaixo, os oligonucleotídeos modificados complemen- tares à sequência do RNA LRRK2 humano reduziram a quantidade de RNA de LRRK2 humano. Tabela 10 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 693426 185 204 3304 3323 TCCTGGACATTGTTCAGCCT 39 55 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 19 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 37 235 802613 10 29 3129 3148 GAGCTCAGCTCACCGCCCGC 99 787 802614 33 52 3152 3171 GCCGGCCACAGCTCCCCGGG 138 788 802615 80 99 3199 3218 CCGCCCTCCCAGCATGAACG 89 789 802616 89 108 3208 3227 TCCAACCCGCCGCCCTCCCA 122 790 802617 109 128 3228 3247 TAGCCATGGTGGCACCTGCT 68 791 802618 118 137 3237 3256 AGCTGCCACTAGCCATGGTG 126 792 802619 127 146 3246 3265 ACCCCTGACAGCTGCCACTA 83 793 802620 136 155 3255 3274 CCTCTTCGCACCCCTGACAG 106 794 802621 198 217 3317 3336 TATCTGTTTTCCTTCCTGGA 67 795 802622 199 218 3318 3337 CTATCTGTTTTCCTTCCTGG 46 796 802623 200 219 3319 3338 TCTATCTGTTTTCCTTCCTG 50 797 802624 201 220 3320 3339 TTCTATCTGTTTTCCTTCCT 42 798 802625 202 221 3321 3340 TTTCTATCTGTTTTCCTTCC 69 799 802626 204 223 3323 3342 CGTTTCTATCTGTTTTCCTT 46 800 802627 222 241 3341 3360 CTCCAGGATTTGGACCAGCG 45 801 802628 231 250 3350 3369 CAGCAGATCCTCCAGGATTT 91 802 802629 240 259 3359 3378 CGTGAACACCAGCAGATCCT 68 803 802630 280 299 3671 3690 TATTTTTGCCTTGAAATAAC 104 804 802631 289 308 3680 3699 GCACATGGATATTTTTGCCT 38 805 802632 298 317 3689 3708 TCAACAGAGGCACATGGATA 60 806 802633 324 343 3715 3734 GACTCTCATATAGGAGTCCA 124 807 802634 333 352 3724 3743 CACACTCGCGACTCTCATAT 109 808 802635 342 361 N/A N/A CACCTGCTGCACACTCGCGA 58 809
802636 351 370 N/A N/A TGACCAACCCACCTGCTGCA 101 810
802637 371 390 10395 10414 TCTATTAATTTGCACAGAAG 104 811
802638 380 399 10404 10423 GGACAGACTTCTATTAATTT 61 812
802639 389 408 10413 10432 ATTGTACCTGGACAGACTTC 53 813
802640 426 445 10450 10469 ATCATTTCCAACATCCTGGG 82 814
802641 435 454 10459 10478 GACTTCCCAATCATTTCCAA 98 815
802642 460 479 N/A N/A TAAGAATCAATTGGTGAACA 62 816
802643 469 488 13735 13754 TTAGCATTTTAAGAATCAAT 49 817
802644 480 499 13746 13765 ATTATGAACTGTTAGCATTT 47 818
802645 504 523 13770 13789 AATCACTGACAAGTTTACAC 74 819
802646 513 532 13779 13798 CTTCAGTCCAATCACTGACA 54 820
802647 522 541 13788 13807 ATCTAAGGTCTTCAGTCCAA 80 821
802648 534 553 13800 13819 AGTTAGGAGGAGATCTAAGG 106 822
802649 535 554 13801 13820 AAGTTAGGAGGAGATCTAAG 96 823
802650 536 555 13802 13821 GAAGTTAGGAGGAGATCTAA 87 824
802651 537 556 13803 13822 TGAAGTTAGGAGGAGATCTA 94 825
802652 538 557 13804 13823 CTGAAGTTAGGAGGAGATCT 58 826
802653 540 559 13806 13825 ACCTGAAGTTAGGAGGAGAT 41 827
802654 541 560 13807 13826 TACCTGAAGTTAGGAGGAGA 53 828
802655 542 561 13808 13827 TTACCTGAAGTTAGGAGGAG 33 829
802656 543 562 N/A N/A TTTACCTGAAGTTAGGAGGA 55 830
802657 544 563 N/A N/A TTTTACCTGAAGTTAGGAGG 56 831
802658 548 567 N/A N/A GTGATTTTACCTGAAGTTAG 53 832
802659 557 576 16077 16096 ATCAGCAAGGTGATTTTACC 61 833
802660 566 585 16086 16105 TCATCCAATATCAGCAAGGT 78 834
802661 575 594 16095 16114 TCACTTTCTTCATCCAATAT 53 835
802662 602 621 16122 16141 ATGGCATCAAAAATTAACAT 47 836
802663 603 622 16123 16142 CATGGCATCAAAAATTAACA 40 837
802664 605 624 16125 16144 TGCATGGCATCAAAAATTAA 75 838
802665 607 626 16127 16146 AGTGCATGGCATCAAAAATT 56 839
802666 609 628 16129 16148 TGAGTGCATGGCATCAAAAA 68 840
802667 610 629 16130 16149 ATGAGTGCATGGCATCAAAA 62 841
802668 612 631 16132 16151 AAATGAGTGCATGGCATCAA 54 842
802669 613 632 16133 16152 GAAATGAGTGCATGGCATCA 49 843
802670 620 639 16140 16159 TTGGCTGGAAATGAGTGCAT 42 844
802671 638 657 16158 16177 AGTTTCTGGACTTCATCATT 95 845
802672 647 666 16167 16186 TTGCATCCAAGTTTCTGGAC 70 846
802673 656 675 16176 16195 TGTAAAGCTTTGCATCCAAG 73 847
802674 682 701 N/A N/A CCTCTGAGACTCTCTCAAAC 41 848
802675 691 710 18590 18609 TCAGTTGCTCCTCTGAGACT 51 849
802676 700 719 18599 18618 CAAATTCAGTCAGTTGCTCC 69 850
802677 726 745 18625 18644 CAATATCATATAATCTTTGT 101 851
802678 735 754 18634 18653 CGCACTTAACAATATCATAT 34 852
802679 744 763 18643 18662 ATTTGTTAACGCACTTAACA 63 853
802680 753 772 18652 18671 ATCTTTAAAATTTGTTAACG 136 854
802681 773 792 18672 18691 TGAAGCACAATTTCCTCTTC 51 855
802682 782 801 18681 18700 TGCAGCACATGAAGCACAAT 67 856
802683 791 810 18690 18709 TGTAAACAATGCAGCACATG 77 857
802684 817 836 N/A N/A CATTATTGCAAGGAATCGCT 58 858
802685 826 845 N/A N/A GGACTTCCACATTATTGCAA 32 859
802686 835 854 21666 21685 CACTCATGAGGACTTCCACA 34 860
802687 861 880 21692 21711 CACAATATTATAACACCTGA 50 861 802688 879 898 21710 21729 TGCTTTCATAGCTTCCACCA 32 862 Tabela 11 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 42 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 17 235 802689 880 899 21711 21730 ATGCTTTCATAGCTTCCACC 24 863 802690 882 901 21713 21732 GAATGCTTTCATAGCTTCCA 36 864 802691 884 903 21715 21734 GGGAATGCTTTCATAGCTTC 30 865 802692 886 905 21717 21736 TAGGGAATGCTTTCATAGCT 36 866 802693 887 906 21718 21737 ATAGGGAATGCTTTCATAGC 44 867 802694 889 908 21720 21739 TCATAGGGAATGCTTTCATA 53 868 802695 890 909 21721 21740 CTCATAGGGAATGCTTTCAT 44 869 802696 891 910 21722 21741 ACTCATAGGGAATGCTTTCA 25 870 802697 892 911 21723 21742 CACTCATAGGGAATGCTTTC 48 871 802698 893 912 21724 21743 TCACTCATAGGGAATGCTTT 29 872 802699 894 913 21725 21744 TTCACTCATAGGGAATGCTT 41 873 802700 895 914 21726 21745 TTTCACTCATAGGGAATGCT 19 874 802701 897 916 21728 21747 TCTTTCACTCATAGGGAATG 27 875 802702 898 917 21729 21748 TTCTTTCACTCATAGGGAAT 40 876 802703 899 918 21730 21749 ATTCTTTCACTCATAGGGAA 35 877 802704 900 919 21731 21750 AATTCTTTCACTCATAGGGA 40 878 802705 901 920 21732 21751 GAATTCTTTCACTCATAGGG 30 879 802706 905 924 21736 21755 TCTTGAATTCTTTCACTCAT 43 880 802707 915 934 21746 21765 GCAACTCACTTCTTGAATTC 53 881 802708 924 943 21755 21774 GAGCAAACAGCAACTCACTT 71 882 802709 949 968 N/A N/A AAAAATTACCTAATGTAAGC 112 883 802710 958 977 27933 27952 GGATATTGAAAAAATTACCT 55 884 802711 967 986 27942 27961 TTAATACCAGGATATTGAAA 88 885 802712 989 1008 27964 27983 ACCACAAACTCATGGACTTC 42 886 802713 990 1009 27965 27984 CACCACAAACTCATGGACTT 34 887 802714 991 1010 27966 27985 TCACCACAAACTCATGGACT 45 888 802715 992 1011 27967 27986 TTCACCACAAACTCATGGAC 61 889 802716 993 1012 27968 27987 TTTCACCACAAACTCATGGA 45 890 802717 998 1017 27973 27992 ACAGCTTTCACCACAAACTC 35 891 802718 1007 1026 27982 28001 TACTGCTGCACAGCTTTCAC 40 892 802719 1016 1035 27991 28010 TTCTCTGGGTACTGCTGCAC 47 893 802720 1055 1074 28030 28049 AGGGCCAAACAGCTGAGCGC 70 894 802721 1064 1083 N/A N/A TCAGTGAGGAGGGCCAAACA 83 895 802722 1090 1109 29351 29370 CTAAATCTTGATTTAAGAAA 134 896 802723 1099 1118 29360 29379 TCTTTTCCTCTAAATCTTGA 55 897 802724 1111 1130 29372 29391 CTTGATTCTCATTCTTTTCC 47 898 802725 1132 1151 29393 29412 CTTCCCCCTCATCATCATTC 58 899
802726 1141 1160 29402 29421 ATTTATCTTCTTCCCCCTCA 43 900 802727 1150 1169 29411 29430 GCCAAAACAATTTATCTTCT 44 901 802728 1176 1195 29437 29456 CGTTAATGCTTTGTAACAGG 26 902 802729 1194 1213 29455 29474 CTTGTTCTTTCTATGCCACG 64 903 802730 1225 1244 29576 29595 TTAGTGCCCAGCATGCGGCC 37 904 802731 1234 1253 29585 29604 GGAGATTATTTAGTGCCCAG 20 905 802732 1243 1262 29594 29613 GGTACATAAGGAGATTATTT 30 906 802733 1269 1288 29620 29639 TCCAATCTTCTCATGTAAAC 99 907 802734 1278 1297 29629 29648 ATCTTCATCTCCAATCTTCT 93 908 802735 1287 1306 N/A N/A GAAATGGCCATCTTCATCTC 110 909 802736 1313 1332 31029 31048 GAGAGCATCACTTCCCTATG 47 910 802737 1322 1341 31038 31057 ATCAGCATGGAGAGCATCAC 48 911 802738 1331 1350 31047 31066 GAAGAATGCATCAGCATGGA 58 912 802739 1357 1376 31073 31092 CAGATGCCTGGAAAACTTCC 51 913 802740 1366 1385 31082 31101 ATGCATTCGCAGATGCCTGG 43 914 802741 1375 1394 31091 31110 GAGTTGACAATGCATTCGCA 59 915 802742 1385 1404 Total 31120 TGTTCTAAGAGAGTTGACAA 85 916 802743 1426 1445 35373 35392 GTATTCCTTTTGATAACAGT 24 917 802744 1435 1454 35382 35401 CATTCAGGTGTATTCCTTTT 27 918 802745 1444 1463 35391 35410 ACTCCAAAACATTCAGGTGT 40 919 802746 1470 1489 35417 35436 AGGAGAATGTATATGCTTCT 18 920 802747 1479 1498 35426 35445 AGCCACTTCAGGAGAATGTA 27 921 802748 1488 1507 35435 35454 GCCACTTTCAGCCACTTCAG 21 922 802749 1514 1533 35461 35480 TCAAAAAGATGATTTAGCAT 113 923 802750 1523 1542 N/A N/A TTGCTTCCTTCAAAAAGATG 78 924 802751 1533 1552 N/A N/A CAGGGAAGTGTTGCTTCCTT 53 925 802752 1574 1593 37623 37642 ATAACTGTTAGTATTTTGGG 34 926 802753 1607 1626 37656 37675 AGCTGCACTGGTAATGATGT 57 927 802754 1631 1650 37680 37699 TGTAAAATAGCTCGAAGCGC 90 928 802755 1654 1673 N/A N/A CTGGCATGCCAGGCACTATA 62 929 802756 1663 1682 N/A N/A TGGATTCTTCTGGCATGCCA 40 930 802757 1672 1691 41905 41924 TATCCTCCCTGGATTCTTCT 69 931 802758 1699 1718 41932 41951 CCATATTTAGCTTATGATGA 20 932 802759 1708 1727 41941 41960 GTTTTTTAACCATATTTAGC 38 933 802760 1717 1736 41950 41969 TGAAACACTGTTTTTTAACC 48 934 802761 1743 1762 41976 41995 TAGGACCAGTTTGTGAATAT 72 935 802762 1752 1771 41985 42004 CAAAGCTGCTAGGACCAGTT 69 936 802763 1761 1780 N/A N/A GAACCTGTTCAAAGCTGCTA 47 937 802764 1770 1789 N/A N/A ATTTCCAATGAACCTGTTCA 71 938 802765 1784 1803 52698 52717 TTCTGAATCCCAGGATTTCC 38 939 Tabela 12 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 42 235
780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 50 235
802766 1785 1804 52699 52718 TTTCTGAATCCCAGGATTTC 140 940
802767 1787 1806 52701 52720 CATTTCTGAATCCCAGGATT 97 941
802768 1788 1807 52702 52721 ACATTTCTGAATCCCAGGAT 60 942
802769 1790 1809 52704 52723 CCACATTTCTGAATCCCAGG 41 943
802770 1792 1811 52706 52725 ATCCACATTTCTGAATCCCA 57 944
802771 1794 1813 52708 52727 TAATCCACATTTCTGAATCC 119 945
802772 1806 1825 52720 52739 AGAAATTACTTTTAATCCAC 97 946
802773 1815 1834 52729 52748 TACAATAGAAGAAATTACTT 176 947
802774 1835 1854 52749 52768 TCTAATGCATCAGGAAAATG 145 948
802775 1844 1863 52758 52777 GATAACATCTCTAATGCATC 56 949
802776 1853 1872 52767 52786 CCTTCCAGGGATAACATCTC 125 950
802777 1862 1881 52776 52795 TCCATAGCACCTTCCAGGGA 73 951
802778 1868 1887 52782 52801 ACTGAATCCATAGCACCTTC 52 952
802779 1869 1888 52783 52802 CACTGAATCCATAGCACCTT 63 953
802780 1870 1889 52784 52803 GCACTGAATCCATAGCACCT 44 954
802781 1871 1890 52785 52804 AGCACTGAATCCATAGCACC 65 955
802782 1872 1891 52786 52805 AAGCACTGAATCCATAGCAC 70 956
802783 1874 1893 52788 52807 TGAAGCACTGAATCCATAGC 100 957
802784 1875 1894 52789 52808 GTGAAGCACTGAATCCATAG 53 958
802785 1876 1895 52790 52809 TGTGAAGCACTGAATCCATA 107 959
802786 1877 1896 52791 52810 GTGTGAAGCACTGAATCCAT 62 960
802787 1878 1897 52792 52811 TGTGTGAAGCACTGAATCCA 73 961
802788 1882 1901 52796 52815 GCAGTGTGTGAAGCACTGAA 100 962
802789 1891 1910 52805 52824 GATACATCTGCAGTGTGTGA 116 963
802790 1900 1919 52814 52833 GGTCATCTGGATACATCTGC 77 964
802791 1909 1928 N/A N/A GAATTTCTTGGTCATCTGGA 106 965
802792 1928 1947 52968 52987 AGACTTAAACCCAGACACTG 78 966
802793 1937 1956 52977 52996 TATCCTATAAGACTTAAACC 157 967
802794 1946 1965 52986 53005 GTAATCAAGTATCCTATAAG 105 968
802795 1972 1991 53012 53031 CAGTTCCTATGAACACATTC 76 969
802796 1981 2000 53021 53040 GCAGATGTCCAGTTCCTATG 79 970
802797 1990 2009 53030 53049 TTTTTGCCAGCAGATGTCCA 117 971
802798 1999 2018 53039 53058 AAACCAGAATTTTTGCCAGC 81 972
802799 2018 2037 53058 53077 TTAAATCGGTATAAGCTGGA 112 973
802800 2027 2046 53067 53086 GCAACATCCTTAAATCGGTA 78 974
802801 2036 2055 53076 53095 TGTATTTCAGCAACATCCTT 145 975
802802 2062 2081 N/A N/A CTAAGATTGTCTGAAATCCT 84 976
802803 2071 2090 56005 56024 TGAGGATTGCTAAGATTGTC 84 977
802804 2080 2099 56014 56033 CTGACAATTTGAGGATTGCT 58 978
802805 2106 2125 56040 56059 ATGCACCAGCAGCTTAGAAA 71 979
802806 2115 2134 56049 56068 AAATGAATGATGCACCAGCA 82 980
802807 2124 2143 56058 56077 TACTAAGTCAAATGAATGAT 109 981
802808 2151 2170 56085 56104 GATATTGGAAGACATTTGAT 143 982
802809 2160 2179 56094 56113 TTGTTCCATGATATTGGAAG 128 983
802810 2180 2199 N/A N/A TTTAGAAACTGTTGATCCTT 113 984
802811 2181 2200 N/A N/A GTTTAGAAACTGTTGATCCT 128 985
802812 2182 2201 N/A N/A GGTTTAGAAACTGTTGATCC 93 986
802813 2183 2202 N/A N/A AGGTTTAGAAACTGTTGATC 115 987
802814 2184 2203 N/A N/A GAGGTTTAGAAACTGTTGAT 118 988
802815 2186 2205 N/A N/A CAGAGGTTTAGAAACTGTTG 63 989
802816 2187 2206 N/A N/A ACAGAGGTTTAGAAACTGTT 84 990 802817 2188 2207 N/A N/A AACAGAGGTTTAGAAACTGT 119 991 802818 2189 2208 N/A N/A CAACAGAGGTTTAGAAACTG 99 992 802819 2190 2209 56198 56217 GCAACAGAGGTTTAGAAACT 94 993 802820 2194 2213 56202 56221 ACTTGCAACAGAGGTTTAGA 109 994 802821 2203 2222 56211 56230 TTGCAAAACACTTGCAACAG 120 995 802822 2212 2231 56220 56239 TAGCTACTTTTGCAAAACAC 88 996 802823 2238 2257 56246 56265 CATCACATTTTTTAAGTAAT 100 997 802824 2247 2266 56255 56274 TCTCTCTAGCATCACATTTT 80 998 802825 2256 2275 56264 56283 ATCACACGCTCTCTCTAGCA 57 999 802826 2282 2301 56290 56309 CATTCAACCATGATGCTGTT 79 72 802827 2291 2310 56299 56318 AGAAGCAAGCATTCAACCAT 103 1.000 802828 2300 2319 56308 56327 GCTCCCAATAGAAGCAAGCA 108 1001 802829 2312 2331 56320 56339 TGATTGGCATCTGCTCCCAA 96 1002 802830 2313 2332 56321 56340 TTGATTGGCATCTGCTCCCA 67 1003 802831 2314 2333 56322 56341 CTTGATTGGCATCTGCTCCC 87 1004 802832 2315 2334 56323 56342 GCTTGATTGGCATCTGCTCC 54 1005 802833 2316 2335 56324 56343 TGCTTGATTGGCATCTGCTC 83 1006 802834 2318 2337 56326 56345 TTTGCTTGATTGGCATCTGC 82 125 802835 2319 2338 56327 56346 CTTTGCTTGATTGGCATCTG 80 1007 802836 2320 2339 56328 56347 CCTTTGCTTGATTGGCATCT 70 1008 802837 2321 2340 56329 56348 TCCTTTGCTTGATTGGCATC 94 1009 802838 2322 2341 56330 56349 CTCCTTTGCTTGATTGGCAT 75 1010 802839 2326 2345 56334 56353 ATCCCTCCTTTGCTTGATTG 124 1011 802840 2335 2354 56343 56362 TTAAAGAAGATCCCTCCTTT 186 1012 802841 2344 2363 56352 56371 CCTGACAAATTAAAGAAGAT 148 1013 802842 2357 2376 N/A N/A TCTTTCTCACATACCTGACA 69 1014 Tabela 13 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 693433 2380 2399 62001 62020 GTTCCACCAATTTGGGACTG 41 126 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 30 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 22 235 802843 2358 2377 N/A N/A CTCTTTCTCACATACCTGAC 74 1015 802844 2360 2379 N/A N/A CTCTCTTTCTCACATACCTG 53 1016 802845 2365 2384 61986 62005 GACTGCTCTCTTTCTCACAT 34 1017 802846 2367 2386 61988 62007 GGGACTGCTCTCTTTCTCAC 39 1018 802847 2369 2388 61990 62009 TTGGGACTGCTCTCTTTCTC 53 1019 802848 2370 2389 61991 62010 TTTGGGACTGCTCTCTTTCT 59 1020 802849 2372 2391 61993 62012 AATTTGGGACTGCTCTCTTT 99 1021 802850 2373 2392 61994 62013 CAATTTGGGACTGCTCTCTT 83 1022 802851 2389 2408 62010 62029 TCAGTAAGAGTTCCACCAAT 65 1023 802852 2415 2434 62036 62055 TACATCTTGTTCACGAGATC 92 1024 802853 2460 2479 62081 62100 GATCTGGCTGTCACCTTTCC 65 1025
802854 2469 2488 62090 62109 CAAGCTGATGATCTGGCTGT 98 1026
802855 2478 2497 62099 62118 CCTTAAGAGCAAGCTGATGA 58 1027
802856 2487 2506 62108 62127 GGCCAGCCTCCTTAAGAGCA 74 1028
802857 2508 2527 62129 62148 GCTATTGTTGGCCACATCCA 44 1029
802858 2517 2536 62138 62157 AAGGCAAATGCTATTGTTGG 90 1030
802859 2526 2545 62147 62166 AAATCCTCCAAGGCAAATGC 92 1031
802860 2552 2571 62173 62192 CAAGAAGGTTCAACTTTTCC 87 1032
802861 2596 2615 62217 62236 GTTTCCTTAAATTAGAAGTC 169 1033
802862 2606 2625 N/A N/A ATATTTGTTTGTTTCCTTAA 81 1034
802863 2615 2634 N/A N/A GTAGATGCTATATTTGTTTG 82 1035
802864 2641 2660 65479 65498 GATATCTGATCACCATTCTT 78 1036
802865 2650 2669 65488 65507 TTTTCATCTGATATCTGATC 121 1037
802866 2659 2678 65497 65516 CCACAGCACTTTTCATCTGA 116 1038
802867 2668 2687 65506 65525 TTCCTTCTTCCACAGCACTT 115 1039
802868 2687 2706 65525 65544 CCATCGCTGCCTGAGGCTGT 69 1040
802869 2696 2715 65534 65553 GAAAAATTTCCATCGCTGCC 149 1041
802870 2705 2724 65543 65562 ACATCTTCAGAAAAATTTCC 86 1042
802871 2731 2750 65569 65588 AGGTCCATTCATCAAATTTA 77 1043
802872 2740 2759 65578 65597 CAGGAATAAAGGTCCATTCA 68 1044
802873 2749 2768 65587 65606 TAGAAGAGTCAGGAATAAAG 119 1045
802874 2761 2780 65599 65618 ACACACTGTCCATAGAAGAG 53 1046
802875 2763 2782 65601 65620 AAACACACTGTCCATAGAAG 102 1047
802876 2765 2784 65603 65622 GCAAACACACTGTCCATAGA 43 1048
802877 2767 2786 65605 65624 GAGCAAACACACTGTCCATA 42 1049
802878 2768 2787 65606 65625 TGAGCAAACACACTGTCCAT 70 1050
802879 2770 2789 65608 65627 TTTGAGCAAACACACTGTCC 124 1051
802880 2771 2790 65609 65628 CTTTGAGCAAACACACTGTC 141 1052
802881 2778 2797 65616 65635 GTCATCACTTTGAGCAAACA 90 1053
802882 2787 2806 65625 65644 ACTATCCAGGTCATCACTTT 121 1054
802883 2796 2815 N/A N/A ACTTCCTTCACTATCCAGGT 53 1055
802884 2819 2838 71662 71681 TTTTTCACAAGAAATGAGCC 96 1056
802885 2828 2847 71671 71690 TTAGATTTCTTTTTCACAAG 116 1057
802886 2837 2856 71680 71699 CTAATTGAATTAGATTTCTT 106 1058
802887 2863 2882 71706 71725 CGGCATCTCGGTAAAATTCT 48 1059
802888 2872 2891 71715 71734 GCTGTAATACGGCATCTCGG 27 1060
802889 2907 2926 71750 71769 GGAATTGGAATGTCTTTGCA 76 1061
802890 2916 2935 N/A N/A GGGCCCCAAGGAATTGGAAT 102 1062
802891 2925 2944 N/A N/A ATCAAAAATGGGCCCCAAGG 87 1063
802892 2951 2970 72975 72994 CTTTTTCGCTTCAGTAAATC 79 1064
802893 2962 2981 72986 73005 ATAATATTTTTCTTTTTCGC 109 1065
802894 2971 2990 72995 73014 CATCTGAAGATAATATTTTT 141 1066
802895 2995 3014 N/A N/A GAAGTTTTGATGACCTGAGT 108 1067
802896 3004 3023 73540 73559 TATGGGATTGAAGTTTTGAT 56 1068
802897 3013 3032 73549 73568 AATGCCTCATATGGGATTGA 93 1069
802898 3022 3041 73558 73577 TGCTGTCTGAATGCCTCATA 60 1070
802899 3040 3059 73576 73595 CAGAAGCCAGAGAAGAAATG 135 1071
802900 3049 3068 73585 73604 ATTCTCTCTCAGAAGCCAGA 53 1072
802901 3058 3077 73594 73613 ATGTAATATATTCTCTCTCA 52 1073
802902 3084 3103 73620 73639 TAGTTCATTTGCTGAAAGGT 66 1074
802903 3093 3112 73629 73648 AATATCTCTTAGTTCATTTG 146 1075
802904 3102 3121 73638 73657 TAGGGCATCAATATCTCTTA 40 1076
802905 3111 3130 73647 73666 TTTCTGGCTTAGGGCATCAA 133 1077 802906 3129 3148 73665 73684 ATGAACACTTATACAGCATT 114 1078 802907 3138 3157 73674 73693 ATGCTCCAAATGAACACTTA 124 1079 802908 3147 3166 73683 73702 CTTTTCAAGATGCTCCAAAT 170 1080 802909 3173 3192 73709 73728 GTGAGTGCATTCTGGTGAAG 72 1081 802910 3192 3211 73728 73747 TAGCTGTTGTGGAAAGCTCG 114 1082 802911 3217 3236 N/A N/A GTGTCAAACTCTTCAGAGTT 34 1083 802912 3218 3237 76352 76371 TGTGTCAAACTCTTCAGAGT 60 1084 802913 3219 3238 76353 76372 ATGTGTCAAACTCTTCAGAG 63 1085 802914 3220 3239 76354 76373 AATGTGTCAAACTCTTCAGA 99 1086 802915 3226 3245 76360 76379 AGTCCAAATGTGTCAAACTC 23 1087 802916 3235 3254 76369 76388 TACTGTGCAAGTCCAAATGT 119 1088 802917 3244 3263 76378 76397 TAAATTTATTACTGTGCAAG 55 1089 802918 3265 3284 76399 76418 ACAAATAAGAAGGAAATGAT 196 1090 Tabela 14 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID NO: SEQ ID NO: % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- SEQ ID 1 Sítio de 2 Sítio de Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Iní- NO Parada Parada LRRK2 cio cio 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 22 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 29 235 802919 3274 3293 76408 76427 TCATTTTCAACAAATAAGAA 110 1091 802920 3283 3302 76417 76436 CAATACAACTCATTTTCAAC 63 1092 802921 3309 3328 76443 76462 GTCATTTCGAGAGACATCAA 36 1093 802922 3318 3337 76452 76471 GGGTCCAATGTCATTTCGAG 38 1094 802923 3327 3346 76461 76480 AACCACTGAGGGTCCAATGT 51 1095 802924 3353 3372 76487 76506 GTTGGACATTTCACTGTAGG 20 1096 802925 3362 3381 76496 76515 TGTTTCAGAGTTGGACATTT 77 1097 802926 3371 3390 76505 76524 AGGTTAAACTGTTTCAGAGT 36 1098 802927 3380 3399 76514 76533 TTATATGACAGGTTAAACTG 103 1099 802928 3398 3417 76532 76551 GGTACAAAAGACAGCTGGTT 34 1100 802929 3407 3426 76541 76560 AGGTTCTCAGGTACAAAAGA 47 1101 802930 3416 3435 76550 76569 ACATCAGTGAGGTTCTCAGG 37 1102 802931 3442 3461 76576 76595 AAATGAGCTGCTCCAGTTTC 75 1103 802932 3.451 3470 N/A N/A TTCCTTCTAAAATGAGCTGC 53 1104 802933 3463 3482 N/A N/A CTGATATTTTATTTCCTTCT 69 1105 802934 3472 3491 77221 77240 AGCATATCCCTGATATTTTA 29 1106 802935 3495 3514 77244 77263 CAGTTCCTTCAGTCTCAAGG 32 1107 802936 3496 3515 77245 77264 TCAGTTCCTTCAGTCTCAAG 49 1108 802937 3497 3516 77246 77265 TTCAGTTCCTTCAGTCTCAA 80 1109 802938 3498 3517 77247 77266 CTTCAGTTCCTTCAGTCTCA 37 1110 802939 3499 3518 77248 77267 TCTTCAGTTCCTTCAGTCTC 56 1111 802940 3505 3524 77254 77273 TTAAAATCTTCAGTTCCTTC 59 1112 802941 3514 3533 77263 77282 TACTAAGGTTTAAAATCTTC 105 1113 802942 3523 3542 77272 77291 TGTGGTTCTTACTAAGGTTT 38 1114 802943 3547 3566 77296 77315 GAAAGTTCTCTGATAGGGAT 59 1115 802944 3556 3575 77305 77324 AAGCCTCAAGAAAGTTCTCT 59 1116
802945 3565 3584 77314 77333 CTTTAGGACAAGCCTCAAGA 65 132
802946 3591 3610 77340 77359 ATTCATTCTGGCACTGAAAC 136 1117
802947 3600 3619 N/A N/A AGCAAGAAAATTCATTCTGG 75 1118
802948 3609 3628 N/A N/A AGGCATAGCAGCAAGAAAAT 57 1119
802949 3635 3654 80915 80934 AGGATTGTCATAGAAGGAGG 19 1120
802950 3644 3663 80924 80943 GATAATTTTAGGATTGTCAT 58 1121
802951 3654 3673 80934 80953 TTTGTTCTGAGATAATTTTA 32 1122
802952 3679 3698 80959 80978 AAATTGCTTCTGGAATACAG 75 1123
802953 3688 3707 80968 80987 GAAGATTTAAAATTGCTTCT 115 1124
802954 3697 3716 N/A N/A GCAAGTGTGGAAGATTTAAA 50 1125
802955 3709 3728 N/A N/A TATCTAAAGACCGCAAGTGT 51 1126
802956 3710 3729 N/A N/A ATATCTAAAGACCGCAAGTG 62 1127
802957 3711 3730 N/A N/A CATATCTAAAGACCGCAAGT 63 1128
802958 3712 3731 82057 82076 TCATATCTAAAGACCGCAAG 71 1129
802959 3713 3732 82058 82077 CTCATATCTAAAGACCGCAA 47 1130
802960 3715 3734 82060 82079 TGCTCATATCTAAAGACCGC 35 1131
802961 3716 3735 82061 82080 CTGCTCATATCTAAAGACCG 43 1132
802962 3717 3736 82062 82081 GCTGCTCATATCTAAAGACC 28 1133
802963 3718 3737 82063 82082 TGCTGCTCATATCTAAAGAC 64 1134
802964 3719 3738 82064 82083 TTGCTGCTCATATCTAAAGA 79 1135
802965 3723 3742 82068 82087 ATCATTGCTGCTCATATCTA 82 1136
802966 3732 3751 82077 82096 GTACTGAATATCATTGCTGC 31 1137
802967 3741 3760 82086 82105 ACCTGGTAGGTACTGAATAT 50 1138
802968 3767 3786 82112 82131 AAGTTCAAAGATTTCCAGTG 50 1139
802969 3776 3795 82121 82140 AGTTCCCTTAAGTTCAAAGA 78 1140
802970 3785 3804 82130 82149 CTAAATAAGAGTTCCCTTAA 75 1141
802971 3811 3830 82156 82175 AGTCCAAGATGCTGATCTGA 49 1142
802972 3820 3839 82165 82184 TTTCACTCAAGTCCAAGATG 52 1143
802973 3829 3848 82174 82193 AATATGCTTTTTCACTCAAG 64 1144
802974 3855 3874 82200 82219 ATGCAGTTTCTCTACTCTAG 31 1145
802975 3864 3883 82209 82228 GTGAGAAAGATGCAGTTTCT 47 1146
802976 3873 3892 82218 82237 CAGTTTATTGTGAGAAAGAT 89 1147
802977 3882 3901 N/A N/A AATCTCTTTCAGTTTATTGT 65 1148
802978 3900 3919 83895 83914 ACAGCCAATCTCAGGAGGAA 56 1149
802979 3909 3928 83904 83923 ATTTTCAAGACAGCCAATCT 72 1150
802980 3918 3937 83913 83932 AGATGTCAGATTTTCAAGAC 141 1151
802981 3944 3963 83939 83958 AGTTCCAAGTTGTAACTGAC 59 57
802982 3953 3972 83948 83967 AAGGATCTTAGTTCCAAGTT 89 1152
802983 3962 3981 83957 83976 TCATTGGGAAAGGATCTTAG 107 1153
802984 3988 4007 83983 84002 CCCATATTTTGCTTAATTTC 54 1154
802985 3997 4016 83992 84011 AAGGAAGATCCCATATTTTG 72 1155
802986 4006 4025 84001 84020 GTTCATCCAAAGGAAGATCC 40 1156
802987 4033 4052 84028 84047 TATGTTTAAAATCAAAGTTA 128 1157
802988 4042 4061 84037 84056 TACATCCTATATGTTTAAAA 101 1158
802989 4060 4079 84055 84074 TTATGATGTCTTTGGCTTTA 41 1159
802990 4061 4080 84056 84075 CTTATGATGTCTTTGGCTTT 53 1160
802991 4063 4082 84058 84077 ACCTTATGATGTCTTTGGCT 36 1161
802992 4065 4084 N/A N/A AAACCTTATGATGTCTTTGG 41 1162
802993 4068 4087 N/A N/A AAGAAACCTTATGATGTCTT 80 1163
802994 4078 4097 N/A N/A ATCGCTGTTGAAGAAACCTT 38 1164
802995 4087 4106 86582 86601 CCTTTTTTAATCGCTGTTGA 69 1165
Tabela 15 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 31 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 51 235 802996 4096 4115 86591 86610 AAGGCACAGCCTTTTTTAAT 88 1166 802997 4106 4125 86601 86620 ATTCGGTTATAAGGCACAGC 39 1167 802998 4107 4126 86602 86621 CATTCGGTTATAAGGCACAG 54 1168 802999 4108 4127 86603 86622 TCATTCGGTTATAAGGCACA 51 1169 803000 4109 4128 86604 86623 TTCATTCGGTTATAAGGCAC 34 1170 803001 4110 4129 86605 86624 TTTCATTCGGTTATAAGGCA 47 1171 803002 4112 4131 86607 86626 AGTTTCATTCGGTTATAAGG 57 1172 803003 4113 4132 86608 86627 AAGTTTCATTCGGTTATAAG 72 1173 803004 4114 4133 86609 86628 TAAGTTTCATTCGGTTATAA 89 1174 803005 4115 4134 86610 86629 ATAAGTTTCATTCGGTTATA 44 1175 803006 4116 4135 86611 86630 CATAAGTTTCATTCGGTTAT 45 1176 803007 4120 4139 86615 86634 CAATCATAAGTTTCATTCGG 51 1177 803008 4129 4148 86624 86643 TATTTCCCACAATCATAAGT 98 1178 803009 4138 4157 86633 86652 CACTCCCAGTATTTCCCACA 69 1179 803010 4164 4183 86659 86678 TAATTGCTGCAATAAGGTGG 51 1180 803011 4173 4192 86668 86687 GGTTTTCATTAATTGCTGCA 40 1181 803012 4184 4203 86679 86698 TCTGATTTCTTGGTTTTCAT 58 1182 803013 4208 4227 86703 86722 ACTGTGGCACTTTGCATTCC 80 1183 803014 4217 4236 86712 86731 TCTATGCCAACTGTGGCACT 79 1184 803015 4226 4245 86721 86740 TCTTTCACATCTATGCCAAC 79 1185 803016 4252 4271 86747 86766 TTTTGTCTCTTATTTGGATA 44 1186 803017 4267 4286 86762 86781 CGAGATCTCTCTTTCTTTTG 56 1187 803018 4276 4295 86771 86790 CATTTAGGACGAGATCTCTC 92 1188 803019 4296 4315 N/A N/A ACGACCTGCAAAATCCCACA 65 1189 803020 4305 4324 N/A N/A GAATTCCTCACGACCTGCAA 90 83 803021 4314 4333 87218 87237 AGTACTATAGAATTCCTCAC 35 1190 803022 4359 4378 87263 87282 ATAGACAGCAAGGTACAATG 101 1191 803023 4368 4387 87272 87291 GCTGAGGTCATAGACAGCAA 101 1192 803024 4377 4396 87281 87300 CTGTCCCTTGCTGAGGTCAT 89 1193 803025 4403 4422 87307 87326 CAAGGCTTCATGGCATCAAC 85 1194 803026 4412 4431 87316 87335 TTGAAGAGCCAAGGCTTCAT 96 1195 803027 4421 4440 N/A N/A GCCTTTATATTGAAGAGCCA 62 1196 803028 4456 4475 88557 88576 TGCCAACGAGAATCACAGGG 45 1197 803029 4465 4484 88566 88585 CCAAATGTGTGCCAACGAGA 70 1198 803030 4474 4493 88575 88594 CAGAAACATCCAAATGTGTG 69 1199 803031 4505 4524 88606 88625 TTACTCATGCAGGCTTTGCG 44 1.200 803032 4514 4533 88615 88634 TTGGTGATTTTACTCATGCA 43 1201 803033 4536 4555 88637 88656 CCCTCGCTTATTCAGGAGTT 98 1202 803034 4545 4564 88646 88665 GGCAGGGAACCCTCGCTTAT 61 1203
803035 4580 4599 88681 88700 TCCTCGGTGGCATTCACAAA 60 42 803036 4589 4608 88690 88709 GCATCAGATTCCTCGGTGGC 39 1204 803037 4598 4617 88699 88718 TTTGCCAAAGCATCAGATTC 67 1205 803038 4639 4658 N/A N/A TCTTGAAATTAAGGCTCTCG 91 1206 803039 4648 4667 N/A N/A GATCTCGGATCTTGAAATTA 125 1207 803040 4668 4687 92091 92110 CAGCTGTCCAACAACAAGCT 81 1208 803041 4677 4696 92100 92119 GTCTGGAATCAGCTGTCCAA 55 1209 803042 4686 4705 92109 92128 TACATAGCAGTCTGGAATCA 75 1210 803043 4712 4731 92135 92154 TCCGATAAAATGATTTTTTC 60 1211 803044 4721 4740 92144 92163 TTTTTACGCTCCGATAAAAT 132 1212 803045 4730 4749 92153 92172 ATTGGCACATTTTTACGCTC 24 1213 803046 4756 4775 92179 92198 GTTTCCGGTCAATTACGGGA 21 1214 803047 4775 4794 92198 92217 CTCACTAGTTGTAATAATCG 63 1215 803048 4800 4819 92223 92242 TTCATCTAACTGCAGCTGAT 59 1216 803049 4810 4829 92233 92252 GAAGCTCATTTTCATCTAAC 49 1217 803050 4844 4863 N/A N/A ACTCCTGATTCATTTAGAAA 88 1218 803051 4853 4872 N/A N/A TGAAGAAGGACTCCTGATTC 99 1219 803052 4862 4881 93323 93342 TCTTGAAAATGAAGAAGGAC 100 1220 803053 4871 4890 93332 93351 AGTGCTGGGTCTTGAAAATG 55 1221 803054 4892 4911 93353 93372 AAGTACAAGTCACTTAACTG 38 1222 803055 4938 4957 N/A N/A TGTCAAAATCTGTGCCATGA 70 1223 803056 4947 4966 98095 98114 CACTTTCACTGTCAAAATCT 76 1224 803057 4956 4975 98104 98123 ACAACCTTCCACTTTCACTG 65 1225 803058 4982 5001 98130 98149 GAAATAATGCCCTTAGGGTG 98 1226 803059 4991 5010 98139 98158 TCTCTACGCGAAATAATGCC 58 1227 803060 5000 5019 98148 98167 TTTTCCACATCTCTACGCGA 49 1228 803061 5009 5028 98157 98176 GAAAGAAATTTTCCCCATC 65 1229 803062 5028 5047 98176 98195 TGGAAATTTCCTTTTTTTTG 81 1230 803063 5038 5057 98186 98205 TGTAGTTCTTTGGAAATTTC 45 1231 803064 5047 5066 98195 98214 ACTGTGACATGTAGTTCTTT 29 1232 803065 5072 5091 98220 98239 TGGAATTTTTCTAGGAGCTT 23 1233 803066 5082 5101 98230 98249 CAAAGCAATCTGGAATTTTT 104 1234 803067 5091 5110 98239 98258 TCCTATTGGCAAAGCAATCT 79 1235 803068 5100 5119 98248 98267 ATATTCTTCTCCTATTGGCA 84 1236 803069 5118 5137 N/A N/A ACTGCTTGGAACCAGCAAAT 72 1237 803070 5127 5146 N/A N/A GTCAGACAAACTGCTTGGAA 84 1238 803071 5136 5155 99142 99161 AGGCCTGTGGTCAGACAAAC 87 1239 803072 5145 5164 99151 99170 CTCTATCACAGGCCTGTGGT 73 1240 Tabela 16 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 11 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 26 235 803073 5178 5197 99184 99203 GATGATAATTTCAGAGTTCT 49 1241
803074 5187 5206 99193 99212 ATATAGTCGGATGATAATTT 53 1242
803075 5196 5215 99202 99221 AGGCATTTCATATAGTCGGA 11 1243
803076 5206 5225 99212 99231 TTGGAAAATAAGGCATTTCA 48 1244
803077 5227 5246 99233 99252 TTAATCTTGACCAAAATCCC 76 1245
803078 5236 5255 99242 99261 ATCGATTGATTAATCTTGAC 48 1246
803079 5245 5264 99251 99270 TCTCAAGTAATCGATTGATT 34 1247
803080 5270 5289 99276 99295 CTCCCTGAAAGCATGTAAGG 64 1248
803081 5294 5313 100146 100165 CTGTTTGGGCGAAGTGCTCG 45 1249
803082 5300 5319 100152 100171 TACATTCTGTTTGGGCGAAG 52 1250
803083 5301 5320 100153 100172 ATACATTCTGTTTGGGCGAA 40 1251
803084 5302 5321 100154 100173 AATACATTCTGTTTGGGCGA 33 1252
803085 5303 5322 100155 100174 CAATACATTCTGTTTGGGCG 39 1253
803086 5304 5323 100156 100175 CCAATACATTCTGTTTGGGC 48 1254
803087 5306 5325 100158 100177 CGCCAATACATTCTGTTTGG 36 1255
803088 5307 5326 100159 100178 TCGCCAATACATTCTGTTTG 44 1256
803089 5.308 5327 100160 100179 GTCGCCAATACATTCTGTTT 57 1257
803090 5309 5328. 100161 100180 TGTCGCCAATACATTCTGTT 55 1258
803091 5310 5329 100162 100181 TTGTCGCCAATACATTCTGT 62 1259
803092 5314 5333 100166 100185 TGCCTTGTCGCCAATACATT 46 1260
803093 5323 5342 100175 100194 TTAAGTAAATGCCTTGTCGC 61 1261
803094 5332 5351 100184 100203 GAGACCAATTTAAGTAAATG 63 1262
803095 5358 5377 100210 100229 AGATCCTACCAGACAATAAG 83 1263
803096 5367 5386 100219 100238 TAAGACTTCAGATCCTACCA 49 1264
803097 5376 5395 100228 100247 ATGATTGTCTAAGACTTCAG 38 1265
803098 5385 5404 100237 100256 ACTCTCTGGATGATTGTCTA 36 1266
803099 5405 5424 100257 100276 GGAACTGTAATTTTTAAGAA 98 1267
803100 5414 5433 100266 100285 CTACAAGAAGGAACTGTAAT 98 1268
803101 5423 5442 N/A N/A CAGCCTTTTCTACAAGAAGG 40 1269
803102 5449 5468 100438 100457 GGTCCACAACTTGGCCCAAA 28 1270
803103 5.458 5477 100447 100466 AATCAATGTGGTCCACAACT 70 1271
803104 5467 5486 100456 100475 CCATGAGAGAATCAATGTGG 35 1272
803105 5476 5495 100465 100484 ACCATTCTTCCATGAGAGAA 36 1273
803106 5497 5516 100486 100505 CAATCTCCAGCAACCCAGGA 69 1274
803107 5507 5526 100496 100515 CCACAAATATCAATCTCCAG 45 1275
803108 5516 5535 100505 100524 TCTCCTTCACCACAAATATC 46 1276
803109 5533 5552 100522 100541 ATTTCTTCAACAGAGTTTCT 103 1277
803110 5534 5553 100523 100542 CATTTCTTCAACAGAGTTTC 64 1278
803111 5536 5555 100525 100544 CCCATTTCTTCAACAGAGTT 36 1279
803112 5538 5557 100527 100546 TGCCCATTTCTTCAACAGAG 22 1280
803113 5540 5559 100529 100548 AATGCCCATTTCTTCAACAG 53 1281
803114 5541 5560 100530 100549 TAATGCCCATTTCTTCAACA 67 1282
803115 5551 5570 100540 100559 TAAAACTATATAATGCCCAT 49 1283
803116 5560 5579 100549 100568 CACCATCATTAAAACTATAT 72 1284
803117 5586 5605 100575 100594 ATCAAGTAAGATTTTTTGAT 84 1285
803118 5595 5614 100584 100603 CATCAAGTCATCAAGTAAGA 70 1286
803119 5604 5623 100593 100612 TGCTTTCTTCATCAAGTCAT 80 1287
803120 5631 5650 101269 101288 TGGATTTACTAAGAGATCTC 36 1288
803121 5640 5659 101278 101297 TGGTTGATCTGGATTTACTA 49 1289
803122 5649 5668 101287 101306 GGTGAGCCTTGGTTGATCTG 28 1290
803123 5689 5708 101327 101346 CAGCCAAAATCAAGTCAGGG 29 1291
803124 5698 5717 101336 101355 TAGGCAGGTCAGCCAAAATC 47 1292
803125 5721 5740 101359 101378 ATCATTATTCAACATAATAT 78 1293 803126 5730 5749 101368 101387 TTCCAACTCATCATTATTCA 37 1294 803127 5739). 5758 101377 101396 TTGTTCAAATTCCAACTCAT 79 1295 803128 5763 5782 N/A N/A ATCACCTAGGAGAAACTCTG 52 1296 803129 5772 5791 N/A N/A AAAACTGCCATCACCTAGGA 60 1297 803130 5781 5800 106472 106491 AACTGATCCAAAACTGCCAT 51 1298 803131 5807 5826 106498 106517 TCTTCTCCTTCATAGGCTGC 55 1299 803132 5816 5835 106507 106526 ACAGCCACTTCTTCTCCTTC 80 1300 803133 5825 5844 106516 106535 AAAATCTTCACAGCCACTTC 102 92 803134 5851 5870 106542 106561 ACAGCCTGAGTGATGTATGT 32* 1301 803135 5860 5879 106551 106570 CTTGTCTTAACAGCCTGAGT 28* 1302 803136 5869 5888 N/A N/A CCACAAGCTCTTGTCTTAAC 34* 1303 803137 5909 5928 113106 113125 AGCAAAGATATCAAACTGGG 51* 1304 803138 5918 5937 113115 113134 CCAGCTGCCAGCAAAGATAT 44* 1305 803139 5927 5946 113124 113143 GGACGAATCCCAGCTGCCAG 42* 1306 803140 5955 5974 113152 113171 GGAGGCTAACTCCATCACCA 35 1307 803141 5964 5983 113161 113180 GGAACCCTTGGAGGCTAACT 89 1308 803142 5973 5992 113170 113189 GCGATCCAAGGAACCCTTGG 91 1309 803143 5999 6018 113196 113215 AGGCTGGCTTTGTCCTGCTG 110 1310 803144 6008 6027 113205 113224 GTTCTAGTGAGGCTGGCTTT 75 1311 803145 6017 6036 113214 113233 TGCTGTAGGGTTCTAGTGAG 93 1312 803146 6052 6071 N/A N/A ATCTCAAACCATCAGCTACG 76 1313 803147 6061 6080 N/A N/A AGTGGAGGTATCTCAAACCA 85 1314 803148 6087 6106 118420 118439 CAGGTCTCGGTATATAATCA 69 1315 803149 6111 6130 118444 118463 GAAAAGCAGCACATTGTGGG 47 1316 Tabela 17 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 12 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 24 235 803150 6131 6150 118464 118483 GCAGCATTGGGATACAGTGT 53 1317 803151 6140 6159 118473 118492 GCAATGATGGCAGCATTGGG 59 1318 803152 6149 6168 118482 118501 GCAATCTTTGCAATGATGGC 56 159 803153 6189 6208 118522 118541 TATCCCCATTCTACAGCAGT 81 1319 803154 6198 6217 118531 118550 TGATGTTTTTATCCCCATTC 98 1320 803155 6.220 6239 N/A N/A CACGAAACCCTGGTGTGCCC 58 1321 803156 6229 6248 124860 124879 CTTCAGGTGCACGAAACCCT 101 1322 803157 6238 6257 124869 124888 CTCTGGCAACTTCAGGTGCA 65 1323 803158 6264 6.283 124895 124914 AGCCTGTTGGTTATAAATGA 64 1324 803159 6273 6292 124904 124923 ATAAACATCAGCCTGTTGGT 83 1325 803160 6282 6301 124913 124932 ACCAAATGAATAAACATCAG 60 1326 803161 6308 6327 124939 124958 GTTGTCAAAATGTCATAGAG 57 1327 803162 6317 6336 124948 124967 CTACCTCCAGTTGTCAAAAT 72 1328 803163 6326 6345 124957 124976 TCTACTATTCTACCTCCAGT 57 1329
803164 6335 6,354 124966 124985 TTCAAACCCTCTACTATTCT 85 1330
803165 6,354 6373 124985 125004 ATCAAACTCATTTGGAAACT 71 1331
803166 6363 6382 124994 125013 TTCTAATTCATCAAACTCAT 90 1332
803167 6372 6391 125003 125022 TCCTTGTATTTCTAATTCAT 93 1333
803168 6398 6417 N/A N/A TATTCTTTAACTGGATCAGG 81 1334
803169 6407 6426 126523 126542 GCACAACCATATTCTTTAAC 70 1335
803170 6442 6461 126558 126577 ACTGTTTAATTAATTTCTCA 60 1336
803171 6451 6470 126567 126586 CTTTCAAACACTGTTTAATT 68 1337
803172 6460 6479 126576 126595 GAGGATTTTCTTTCAAACAC 39 1338
803173 6486 6505 N/A N/A GACCTGGGCAGAAGTAGGCC 62 1339
803174 6495 6514 N/A N/A AATGTCAAAGACCTGGGCAG 94 1340
803175 6504 6523 129649 129668 TGAATTCAAAATGTCAAAGA 113 1341
803176 6,548 6567 129693 129712 TTTTTAGGTAATAAAATGCG 112 1342
803177 6577 6596 129722 129741 GTGTAGCAACCATGCATTCA 32 1343
803178 6586 6605 129731 129750 TGTTGTGATGTGTAGCAACC 54 162
803179 6595 6614 129740 129759 CATTCCTGCTGTTGTGATGT 66 1344
803180 6607 6626 129752 129771 GCCAAATGCTTGCATTCCTG 42 1345
803181 6608 6627 129753 129772 AGCCAAATGCTTGCATTCCT 38 1346
803182 6609 6628 129754 129773 CAGCCAAATGCTTGCATTCC 64 1347
803183 6610 6629 129755 129774 CCAGCCAAATGCTTGCATTC 53 1348
803184 6611 6630 129756 129775 CCCAGCCAAATGCTTGCATT 59 1349
803185 6613 6632 129758 129777 AGCCCAGCCAAATGCTTGCA 43 163
803186 6614 6633 129759 129778 CAGCCCAGCCAAATGCTTGC 73 1350
803187 6615 6634 129760 129779 ACAGCCCAGCCAAATGCTTG 97 1351
803188 6616 6635 129761 129780 CACAGCCCAGCCAAATGCTT 90 1352
803189 6617 6636 129762 129781 CCACAGCCCAGCCAAATGCT 104 1353
803190 6621 6640 129766 129785 GTGCCCACAGCCCAGCCAAA 60 1354
803191 6630 6649 129775 129794 TCTGTCGGTGTGCCCACAGC 77 1355
803192 6639 6658 129784 129803 GAGCTGTCCTCTGTCGGTGT 71 1356
803193 6665 6684 129810 129829 CCTTCAGTATTTAAGTCAAG 75 1357
803194 6674 6693 129819 129838 GAAGTGTATCCTTCAGTATT 76 1358
803195 6683 6702 N/A N/A ACTTCCTCAGAAGTGTATCC 89 1359
803196 6709 6728 132419 132438 CTAAGCACAATATTCTACTA 65 1360
803197 6718 6737 132428 132447 GCACCAAGGCTAAGCACAAT 54 1361
803198 6727 6746 132437 132456 CAGGAAGATGCACCAAGGCT 53 1362
803199 6753 6772 132463 132482 AGACACAATCCAGCTTTCCT 113 1363
803200 6762 6781 132472 132491 CTGTGTCCCAGACACAATCC 91 1364
803201 6771 6790 132481 132500 AGTACCAGACTGTGTCCCAG 74 1365
803202 6797 6816 132507 132526 CCATCTTCGGTATTGATGAC 57 1366
803203 6806 6825 132516 132535 CTCTTTTTCCCATCTTCGGT 61 1367
803204 6815 6834 132525 132544 AGGGTATGTCTCTTTTTCCC 42 1368
803205 6841 6860 132551 132570 AAGTGACAGAATCAGTCATC 71 52
803206 6850 6869 132560 132579 AATACAAACAAGTGACAGAA 98 1369
803207 6864 6883 132574 132593 GGAAAAGGAATTGCAATACA 76 1370
803208 6902 6921 134234 134253 GTTCCAACCAAAAGAAAATT 86 1371
803209 ≤6911 6930 134243 134262 CCATCAGCGGTTCCAACCAA 55 1372
803210 6929 6948 134261 134280 TCAAAAATTGCTAACTTGCC 111 1373
803211 6938 6957 134270 134289 GTCTTATCTTCAAAAATTGC 92 1374
803212 6947 6966 N/A N/A AGCTTAACAGTCTTATCTTC 94 1375
803213 6973 6992 137377 137396 GTATCTTCAAAGGAGCAGCT 72 1376
803214 6983 7002 137387 137406 CCTATATTTAGTATCTTCAA 54 1377
803215 6992 7011 137396 137415 CTGACATTTCCTATATTTAG 73 1378 803216 7017 7036 137421 137440 TTCACTCAAACACATCAATG 68 1379 803217 7026 7045 137430 137449 ATTTGTGGATTCACTCAAAC 72 1380 803218 7035 7054 137439 137458 TTCCGTTGAATTTGTGGATT 85 1381 803219 7061 7080 137465 137484 CCACATCCTCCCCACATTAC 62 1382 803220 7070 7089 137474 137493 ATCTTTGTGCCACATCCTCC 77 1383 803221 7087 7106 137491 137510 CATTAGAAAAGGAGAAAATC 85 1384 803222 7105 7124 137509 137528 GTTTCTGAATGGTGAAATCA 76 1385 803223 7114 7133 137518 137537 TCTCAATGAGTTTCTGAATG 74 1386 803224 7123 7142 137527 137546 TTGTTCTTGTCTCAATGAGT 100 1387 803225 7132 7151 137536 137555 ACAGTTGGCTTGTTCTTGTC 104 1388 803226 7150 7169 141511 141530 TGAAAGCTGCATAAGAAAAC 116 1389 Tabela 18 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 25 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 20 235 803227 7159 7178 141520 141539 TGGAATCACTGAAAGCTGCA 65 1390 803228 7168 7187 141529 141548 TTATGATGTTGGAATCACTG 60 1391 803229 7194 7213 141555 141574 ATAGAGAGCAGTGTCTACCA 66 1392 803230 7203 7222 141564 141583 CTTAGCAATATAGAGAGCAG 97 1393 803231 7212 7231 141573 141592 GCTATTTTGCTTAGCAATAT 46 1394 803232 7238 7257 141599 141618 TTCTTATCCCACACTTCCAC 89 1395 803233 7248 7267 141609 141628 TTTTTCAGTTTTCTTATCCC 75 1396 803234 7257 7276 141618 141637 TCCACAGAGTTTTTCAGTTT 64 1397 803235 7282 7301 141643 141662 TTAAAAAGTGCACGCAGTCT 108 1398 803236 7291 7310 N/A N/A TTACCTCCCTTAAAAAGTGC 95 1399 803237 7.300 7319 N/A N/A CTTTTACCATTACCTCCCTT 80 1400 803238 7309 7328 142957 142976 CCTTGTTTTCTTTTACCATT 65 1401 803239 7339 7358 142987 143006 TCCCAGAATAAGACATTTTG 68 1402 803240 7348 7367 142996 143015 TTTTCACTCTCCCAGAATAA 62 1403 803241 7371 7390 143019 143038 AGTGTTCTTCTGAAGGCAGA 60 1404 803242 7380 7399 143028 143047 CCAAAGAGCAGTGTTCTTCT 86 1405 803243 7389 7408 143037 143056 AGTTCCTATCCAAAGAGCAG 87 1406 803244 7415 7434 143063 143082 TCCAGGAGTAAAATATGGCC 51 1407 803245 7424 7443 143072 143091 GTTGAAAGATCCAGGAGTAA 106 1408 803246 7433 7452 143081 143100 AGTCGACGAGTTGAAAGATC 106 1409 803247 7466 7485 143114 143133 ACCGAATTACAAAAGTTGTA 71 1410 803248 7475 7494 143123 143142 ATGACTCTGACCGAATTACA 82 1411 803249 7484 7503 143132 143151 GCTGTCATCATGACTCTGAC 65 1412 803250 7510 7529 145113 145132 TGACATTTTTAAGGCTTCCT 58 1413 803251 7522 7541 145125 145144 CCAATACCAGCATGACATTT 75 1414 803252 7531 7550 145134 145153 GGTTGTAGCCCAATACCAGC 74 1415 803253 7554 7573 145157 145176 TTGTGTACCTTCAGTATTTT 61 1416
803254 7564 7583 145167 145186 CTTTCTGCTTTTGTGTACCT 92 1417
803255 7573 7592 N/A N/A ATTGTATCTCTTTCTGCTTT 104 1418
803256 7598 7617 145767 145786 TTGATGTCCCAAACGGTCAA 49 1419
803257 7607 7626 145776 145795 TGTGGAAGATTGATGTCCCA 96 1420
803258 7616 7635 145785 145804 TGCACTTCATGTGGAAGATT 74 1421
803259 7625 7644 145794 145813 TCTAAATTTTGCACTTCATG 71 1422
803260 7645 7664 145814 145833 TTCTCACTTCAATGTGTTTT 48 1423
803261 7654 7673 145823 145842 CTAATTCTTTTCTCACTTCA 93 1424
803262 7666 7685 145835 145854 TCATTTTTTCAGCTAATTCT 95 1425
803263 7697 7716 145866 145885 CTATTTCTCTCTTACTCAAC 77 1426
803264 7706 7725 145875 145894 AGACAATTCCTATTTCTCTC 45 1427
803265 7717 7736 145886 145905 TTCCTATCCAAAGACAATTC 83 1428
803266 7741 7760 145910 145929 TATTTACAAGAGGAGAGAAT 75 1429
803267 7771 7790 145940 145959 CCCTTTCCATGTGAACATTT 65 1430
803268 7772 7791 145941 145960 ACCCTTTCCATGTGAACATT 49 1431
803269 7773 7792 145942 145961 TACCCTTTCCATGTGAACAT 49 1432
803270 7774 7793 145943 145962 GTACCCTTTCCATGTGAACA 41 1433
803271 7775 7794 145944 145963 AGTACCCTTTCCATGTGAAC 54 1434
803272 7777 7796 145946 145965 TGAGTACCCTTTCCATGTGA 43 1435
803273 7778 7797 145947 145966 GTGAGTACCCTTTCCATGTG 44 1436
803274 7779 7798 145948 145967 TGTGAGTACCCTTTCCATGT 66 1437
803275 7780 7799 145949 145968 ATGTGAGTACCCTTTCCATG 37 1438
803276 7781 7800 145950 145969 AATGTGAGTACCCTTTCCAT 57 1439
803277 7785 7804 145954 145973 AAAAAATGTGAGTACCCTTT 68 1440
803278 7794 7813 145963 145982 AGCTATTTCAAAAAATGTGA 89 1441
803279 7803 7822 145972 145991 ATACACACGAGCTATTTCAA 76 1442
803280 7812 7831 145981 146000 CATTCCTTCATACACACGAG 57 1443
803281 7850 7869 146019 146038 GTAAGTATTTTTACATATAT 69 1444
803282 7876 7895 146045 146064 TAGTTCTTTAAAATACACAT 58 1445
803283 7888 7907 146057 146076 TTGTGTTTTAAATAGTTCTT 56 1446
803284 7897 7916 146066 146085 AATATAACATTGTGTTTTAA 95 1447
803285 7921 7940 146090 146109 CGAAAGTAACTGGTATTTAT 40 1448
803286 7930 7949 146099 146118 ATTAATGAACGAAAGTAACT 125 1449
803287 7939 7958 146108 146127 TTTTCATTAATTAATGAACG 99 1450
803288 7948 7967 146117 146136 ACAGATTTATTTTCATTAAT 82 1451
803289 7969 7988 146138 146157 AGTACTTAAATTAGGTACTT 126 1452
803290 7978 7997 146147 146166 TTTAGTATGAGTACTTAAAT 102 1453
803291 7987 8006 146156 146175 CTTATAAATTTTAGTATGAG 98 1454
803292 8019 8038 146188 146207 CATTACAGACAAGAAAACAA 109 1455
803293 8028 8047 146197 146216 GTTTACCTCCATTACAGACA 61 1456
803294 8037 8056 146206 146225 TAAAATAAAGTTTACCTCCA 59 1457
803295 8061 8080 146230 146249 TAGTCCTGTCTTAAGCACAG 74 1458
803296 8070 8089 146239 146258 GACAAGCAATAGTCCTGTCT 66 1459
803297 8079 8098 146248 146267 AGAAAAATCGACAAGCAATA 89 1460
803298 8105 8124 146274 146293 ATTTTCATTATACCGTGCAG 55 1461
803299 8116 8135 146285 146304 ACTGTCTTAATATTTTCATT 53 1462
803300 8125 8144 146294 146313 ACATGGGAAACTGTCTTAAT 56 1463
803301 8149 8168 146318 146337 ATGCAATCTAAGAAGGAATA 67 1464
803302 8158 8177 146327 146346 TGCATTTCGATGCAATCTAA 36 1465
803303 8167 8186 146336 146355 ATATGATAGTGCATTTCGAT 69 1466
Tabela 19 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 27 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 12 235 803304 8176 8195 146345 146364 TACAAGCATATATGATAGTG 83 1467 803305 8207 8226 146376 146395 GACTTTATTAGTGCAAATTC 54 1468 803306 8208 8227 146377 146396 GGACTTTATTAGTGCAAATT 45 1469 803307 8209 8228 146378 146397 AGGACTTTATTAGTGCAAAT 54 1470 803308 8210 8229 146379 146398 AAGGACTTTATTAGTGCAAA 56 1471 803309 8212 8231 146381 146400 CAAAGGACTTTATTAGTGCA 59 1472 803310 8213 8232 146382 146401 ACAAAGGACTTTATTAGTGC 58 1473 803311 8214 8233 146383 146402 AACAAAGGACTTTATTAGTG 63 1474 803312 8215 8234 146384 146403 CAACAAAGGACTTTATTAGT 101 1475 803313 8240 8259 146409 146428 ACAGCAACAAAGAGAATTCA 88 1476 803314 8252 8271 146421 146440 GCACTGTTTGCAACAGCAAC 91 1477 803315 8261 8280 146430 146449 GTGTAAGATGCACTGTTTGC 74 1478 803316 8284 8303 146453 146472 TTTCTTTTGAATTGAGTGAA 92 1479 803317 8293 8312 146462 146481 TAATGGAGTTTTCTTTTGAA 87 1480 803318 8302 8321 146471 146490 TAGTACTTTTAATGGAGTTT 115 1481 803319 8328 8347 146497 146516 TTTGACAGTATGTCATGTTT 118 1482 803320 8337 8356 146506 146525 TATGAGGACTTTGACAGTAT 101 1483 803321 8346 8365 146515 146534 TTTCCTAGATATGAGGACTT 121 1484 803322 8.355 8374 146524 146543 TTCTGTGTCTTTCCTAGATA 125 1485 803323 8373 8392 146542 146561 TTCTGTGACAAAGAGAGTTT 73 1486 803324 8382 8401 146551 146570 ACAGAGAGTTTCTGTGACAA 85 1487 803325 8391 8410 146560 146579 AGGAAAGACACAGAGAGTTT 100 1488 803326 8418 8437 146587 146606 GAGTTGAAAAACAACTCTAT 129 1489 803327 8427 8446 146596 146615 TCAAACATAGAGTTGAAAAA 116 1490 803328 8436 8455 146605 146624 TATCCACATTCAAACATAGA 116 1491 803329 8461 8480 146630 146649 TACACTAATTATACAAAATT 114 1492 803330 8470 8489 146639 146658 CACTGTATTTACACTAATTA 73 1493 803331 8479 8498 146648 146667 AGGACTGAACACTGTATTTA 56 1494 803332 8488 8507 146657 146676 ATCACTTGAAGGACTGAACA 73 1495 803333 8524 8543 146693 146712 ACAAGTAGCTAGTGGTATGA 85 1496 803334 8533 8552 146702 146721 GATTAGAAAACAAGTAGCTA 69 1497 803335 8545 8564 146714 146733 TAGAATGAAGCAGATTAGAA 116 1498 803336 8570 8589 146739 146758 TTAGGGAAAAGATGAATATA 93 1499 803337 8579 8598 146748 146767 ATCACAAATTTAGGGAAAAG 72 1500 803338 8588 8607 146757 146776 ATCTGCAGCATCACAAATTT 77 1501 803339 8614 8633 146783 146802 AAAGGTTTCTATCTGAATGA 107 1502 803340 8639 8658 146808 146827 GGAATTCTATAATTCTGAAA 80 1503 803341 8659 8678 146828 146847 ATGGTCTTGGTAGGAGCTGT 77 1504 803342 8668 8687 146837 146856 TTTATCCTCATGGTCTTGGT 56 1505
803343 8677 8696 146846 146865 TGTTAGATATTTATCCTCAT 66 1506 803344 8705 8724 146874 146893 GCTCCTTTCTCCTTCAGCAA 58 1507 803345 8714 8733 146883 146902 ATAACTAAAGCTCCTTTCTC 111 1508 803346 8723 8742 146892 146911 TTATCCATCATAACTAAAGC 112 1509 803347 8732 8751 146901 146920 CAGATATTTTTATCCATCAT 57 1510 803348 8750 8769 146919 146938 TTTGGAAGCCTAGGGTGGCA 80 1511 803349 8759 8778 146928 146947 TAAGTATAATTTGGAAGCCT 69 1512 803350 8768 8787 146937 146956 TAAACAATTTAAGTATAATT 121 1513 803351 8794 8813 146963 146982 TGATACTCCTATTGTGGTAA 89 1514 803352 8803 8822 146972 146991 ATTTGGCCCTGATACTCCTA 71 1515 803353 8812 8831 146981 147000 TACATAGGTATTTGGCCCTG 111 1516 803354 8838 8857 147007 147026 CTAAAGCAGAAATGACCTCA 61 1517 803355 8847 8866 147016 147035 GTACTTTTCCTAAAGCAGAA 74 1518 803356 8856 8875 147025 147044 TTACCGAAAGTACTTTTCCT 89 1519 803357 8882 8901 147051 147070 ATGAATACTGGTCAGGGCCA 102 61 803358 8891 8910 147060 147079 TCTGAAATAATGAATACTGG 85 1520 803359 8900 8919 147069 147088 AGGGAATTATCTGAAATAAT 46 1521 803360 8926 8945 147095 147114 ATTAAATGTACTAGTTGTCC 90 1522 803361 8935 8954 147104 147123 TCTGAGAATATTAAATGTAC 66 1523 803362 8944 8963 147113 147132 GCCATAAGTTCTGAGAATAT 53 1524 803363 8953 8972 147122 147141 TAGTAAAATGCCATAAGTTC 79 1525 803364 8957 8976 147126 147145 CACATAGTAAAATGCCATAA 51 1526 803365 8958 8977 147127 147146 TCACATAGTAAAATGCCATA 63 1527 803366 8959 8978 147128 147147 TTCACATAGTAAAATGCCAT 43 1528 803367 8960 8979 147129 147148 TTTCACATAGTAAAATGCCA 55 1529 803368 8961 8980 147130 147149 TTTTCACATAGTAAAATGCC 80 1530 803369 8963 8982 147132 147151 AGTTTTCACATAGTAAAATG 101 1531 803370 8964 8983 147133 147152 AAGTTTTCACATAGTAAAAT 133 1532 803371 8965 8984 147134 147153 AAAGTTTTCACATAGTAAAA 77 1533 803372 8966 8985 147135 147154 TAAAGTTTTCACATAGTAAA 88 1534 803373 8967 8986 147136 147155 TTAAAGTTTTCACATAGTAA 97 1535 803374 8972 8991 147141 147160 TAAATTTAAAGTTTTCACAT 104 1536 803375 8988 9007 147157 147176 TTACCCTTAATATAAATAAA 113 1537 803376 8997 9016 147166 147185 AGAATTTGATTACCCTTAAT 82 1538 803377 9015 9034 147184 147203 GAAAATCTTTCATCTTTAAG 116 1539 803378 9028 9047 147197 147216 CCTTTAAAATACAGAAAATC 110 1540 803379 9037 9056 147206 147225 GCATAGCTTCCTTTAAAATA 70 1541 803380 9059 9078 147228 147247 GTTAATTACATAACAAGTTA 76 1542 Tabela 20 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 25 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 20 235 803381 9078 9097 147247 147266 TATTATATATGATTTTTTTG 96 1543
803382 9103 9122 147272 147291 GAGATAACACTGGAACAAAG 79 1544
803383 9112 9131 147281 147300 ACAATGAAAGAGATAACACT 96 1545
803384 9125 9144 147294 147313 CAAATACAAAGTAACAATGA 119 1546
803385 9164 9183 147333 147352 GTATTCATTTTTTTAATTTG 95 1547
803386 N/A N/A 3733 3752 TACCTGCTGCACACTCGCGA 32 1548
803387 N/A N/A 4361 4380 ATCCAAGATACATAGCAAAT 61 1549
803388 N/A N/A 4768 4787 TAATAGTCAGATGGAAAATA 92 1550
803389 N/A N/A 5023 5042 TATCAAGCAGGAGTGACTCT 81 1551
803390 N/A N/A 5210 5229 CTCTCTAGGCAGAAATACTA 87 1552
803391 N/A N/A 5227 5246 ATACTTTGCCTCTGGTACTC 80 1553
803392 N/A N/A 5291 5310 CAACTATGATATATCCAAAA 139 1554
803393 N/A N/A 7598 7617 AAAAGATAGGCAGGAAAAGA 185 1555
803394 N/A N/A 8034 8053 TGCCAAACTCATCTCTGTAC 76 1556
803395 N/A N/A 8402 8421 GTAAACAACGGCTATTTTAG 65 1557
803396 N/A N/A 10211 10230 CCCAGAAACAAAAGCAAGCC 70 1558
803397 N/A N/A 11602 11621 GTACTGAAAACAAGAAGAGC 96 1559
803398 N/A N/A 11762 11781 GGACATTTAAAGTTACAATT 66 1560
803399 N/A N/A 12023 12042 TCTTCTTCACAACTGCATGG 71 1561
803400 N/A N/A 12348 12367 TTTACATTATTGGAAGAAGA 84 1562
803401 N/A N/A 12349 12368 CTTTACATTATTGGAAGAAG 96 1563
803402 N/A N/A 12350 12369 GCTTTACATTATTGGAAGAA 64 1564
803403 N/A N/A 12351 12370 GGCTTTACATTATTGGAAGA 46 1565
803404 N/A N/A 12352 12371 TGGCTTTACATTATTGGAAG 52 1566
803405 N/A N/A 12354 12373 TTTGGCTTTACATTATTGGA 69 1567
803406 N/A N/A 12355 12374 GTTTGGCTTTACATTATTGG 40 1568
803407 N/A N/A 12356 12375 TGTTTGGCTTTACATTATTG 68 1569
803408 N/A N/A 12357 12376 TTGTTTGGCTTTACATTATT 85 1570
803409 N/A N/A 12358 12377 ATTGTTTGGCTTTACATTAT 57 1571
803410 N/A N/A 13200 13219 GAATAATTCACAATGTACAC 64 1572
803411 N/A N/A 13280 13299 CATGTGTGTTTGTTTCTTTC 70 1573
803412 N/A N/A 14768 14787 ATTCAAACCTTCCCAATCAC 131 1574
803413 N/A N/A 14988 15007 TCCATCGCCAAATGGAGAAT 102 1575
803414 N/A N/A 15083 15102 AATACTGGAATAGGAGTAGT 98 1576
803415 N/A N/A 15343 15362 TCTCATGATCCTTAGTATGA 72 1577
803416 N/A N/A 15717 15736 ACCTGGCCTACTCCTGTTCC 95 1578
803417 N/A N/A 16619 16638 ATGCATATTAGTCTTTTTCC 61 1579
803418 N/A N/A 18995 19014 CTGCCACTGTAATCACCTCT 54 1580
803419 N/A N/A 19777 19796 TACATATTGTCTAATAATCC 114 1581
803420 N/A N/A 20043 20062 TTTGTTGGCAGTGATGTCTC 49 1582
803421 N/A N/A 20233 20252 TTAAAAACTTTTGATTTCTT 131 1583
803422 N/A N/A 20684 20703 AAGGGCAACCAATGTACAAG 43 1584
803423 N/A N/A 20708 20727 TATGACCTGTTTCCTCCATT 60 1585
803424 N/A N/A 20709 20728 CTATGACCTGTTTCCTCCAT 82 1586
803425 N/A N/A 20710 20729 GCTATGACCTGTTTCCTCCA 37 1587
803426 N/A N/A 20711 20730 AGCTATGACCTGTTTCCTCC 43 1588
803427 N/A N/A 20712 20731 CAGCTATGACCTGTTTCCTC 35 1589
803428 N/A N/A 20714 20733 ATCAGCTATGACCTGTTTCC 69 1590
803429 N/A N/A 20715 20734 AATCAGCTATGACCTGTTTC 70 1591
803430 N/A N/A 20717 20736 AAAATCAGCTATGACCTGTT 72 1592
803431 N/A N/A 20718 20737 TAAAATCAGCTATGACCTGT 88 1593
803432 N/A N/A 21079 21098 ATGTGGTGAATATTATAGAA 38 1594
803433 N/A N/A 21236 21255 CTTTATTGAAAATTGCCACA 43 1595 803434 N/A N/A 22179 22198 CATTTAAGTTGGATAGTGAG 80 1596 803435 N/A N/A 23283 23302 GGAATAAAATATACAATATA 86 1597 803436 N/A N/A 23734 23753 AGTTCTTCTTAAAATGATCC 34 1598 803437 N/A N/A 24259 24278 AAGCCCACATTGAAAAAACA 80 1599 803438 N/A N/A 24494 24513 TGAAAATAAACAGAGAAGAT 93 1600 803439 N/A N/A 24497 24516 ATGTGAAAATAAACAGAGAA 97 1601 803440 N/A N/A 24663 24682 AGCCTAGAAGCAGTTGGTTT 88 1602 803441 N/A N/A 25966 25985 AATAATAACAATATCCCATC 83 1603 803442 N/A N/A 26005 26024 AAGATTGATGAACCACAGGA 51 1604 803443 N/A N/A 26046 26065 ATTTCATCCCTTACTGCTTA 123 1605 803444 N/A N/A 26583 26602 AGAGATAATCAAGAGAAAAA 104 1606 803445 N/A N/A 27062 27081 AGTATGGAGCTCCTTTACCA 66 1607 803446 N/A N/A 28223 28242 TACATTGAGATGTGTATATT 111 1608 803447 N/A N/A 29215 29234 TGCTTTAGGAGAAGCCTTGG 62 1609 803448 N/A N/A 29216 29235 GTGCTTTAGGAGAAGCCTTG 41 1610 803449 N/A N/A 29217 29236 TGTGCTTTAGGAGAAGCCTT 36 1611 803450 N/A N/A 29218 29237 GTGTGCTTTAGGAGAAGCCT 34 1612 803451 N/A N/A 29219 29238 GGTGTGCTTTAGGAGAAGCC 40 1613 803452 N/A N/A 29221 29240 GAGGTGTGCTTTAGGAGAAG 58 1614 803453 N/A N/A 29222 29241 TGAGGTGTGCTTTAGGAGAA 56 1615 803454 N/A N/A 29223 29242 ATGAGGTGTGCTTTAGGAGA 80 1616 803455 N/A N/A 29224 29243 AATGAGGTGTGCTTTAGGAG 68 1617 803456 N/A N/A 29225 29244 GAATGAGGTGTGCTTTAGGA 63 1618 803457 N/A N/A 29927 29946 ATTTTAAAACGATCAGCCAG 87 1619 Tabela 21 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 16 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 28 235 803458 N/A N/A 30062 30081 AGTTGGGAACTCATCATAGG 79 1620 803459 N/A N/A 30238 30257 AGGCTCACGGATATGAAACA 59 1621 803460 N/A N/A 30698 30717 AAGAGAGGAAAAACTGAAAA 83 1622 803461 N/A N/A 31335 31354 GTTTACACATAGAAGTCCGG 46 1623 803462 N/A N/A 32129 32148 TAAAGGGATACAAGCCATTT 74 1624 803463 N/A N/A 32534 32553 TCCTTGAGAGCAGCCCCTGT 76 1625 803464 N/A N/A 32577 32596 ATTCGAGAACAGCGATTCCC 100 1626 803465 N/A N/A 32857 32876 ACTGAACAAAGACATCAGGG 36 1627 803466 N/A N/A 32987 33006 ATGAACGAGCTACTCAAGTT 79 1628 803467 N/A N/A 32997 33016 AAGAAAGTTGATGAACGAGC 48 1629 803468 N/A N/A 33091 33110 CCTGCCAATGTAGCCATTTT 40 1630 803469 N/A N/A 33163 33182 GAATAGGAAAAATGTCACAC 39 1631 803470 N/A N/A 33422 33441 GTCTTACTCAATAGTCACCT 25 1632 803471 N/A N/A 33499 33518 TCTTGATCTCATCCACTCCA 44 1633
803472 N/A N/A 35580 35599 CAAGTGTCTTATGTTTTTCT 42 1634
803473 N/A N/A 35803 35822 GATTTTATCTTTTATAACTT 75 1635
803474 N/A N/A 36736 36755 TCTGTTTACTTATCAGTCTC 77 1636
803475 N/A N/A 37002 37021 GCAGTAGGTACTATGAACTT 36 1637
803476 N/A N/A 38011 38030 CTTGAACTCAGGTCATGGCA 69 1638
803477 N/A N/A 38572 38591 CTCACCCCCGACCATGTGCA 71 1639
803478 N/A N/A 38768 38787 CACAATGCTATTGTCTTTAG 72 1640
803479 N/A N/A 39901 39920 CATAATGTACATCTTTGCCA 59 1641
803480 N/A N/A 40030 40049 AATGTCTATATAACAAGTTA 80 1642
803481 N/A N/A 40156 40175 TATATCCCTTCTTAAAGAAT 94 1643
803482 N/A N/A 40684 40703 CGTGTGGACTGTAAATTTTT 91 1644
803483 N/A N/A 40840 40859 CATCATGCTACATGTAATGG 59 1645
803484 N/A N/A 41078 41097 TGCTGGGAATACTATGGTAA 64 1646
803485 N/A N/A 41108 41127 ATTCCAATTACATGCCAAGG 49 1647
803486 N/A N/A 41173 41192 ATCTGCATTAATGCAAACTG 71 1648
803487 N/A N/A 41893 41912 ATTCTTCTGGCATGCCTAAA 75 1649
803488 N/A N/A 42134 42153 TCATCTTATGTCTCTAACCA 68 1650
803489 N/A N/A 44968 44987 TACTTTGCTGAGTACCATCC 54 1651
803490 N/A N/A 45375 45394 AGGAAGTAACCATGTCCTCA 38 1652
803491 N/A N/A 45376 45395 AAGGAAGTAACCATGTCCTC 58 1653
803492 N/A N/A 45377 45396 AAAGGAAGTAACCATGTCCT 57 1654
803493 N/A N/A 45378 45397 AAAAGGAAGTAACCATGTCC 93 1655
803494 N/A N/A 45379 45398 TAAAAGGAAGTAACCATGTC 92 1656
803495 N/A N/A 45381 45400 ATTAAAAGGAAGTAACCATG 78 1657
803496 N/A N/A 45382 45401 TATTAAAAGGAAGTAACCAT 90 1658
803497 N/A N/A 45383 45402 GTATTAAAAGGAAGTAACCA 86 1659
803498 N/A N/A 45384 45403 GGTATTAAAAGGAAGTAACC 34 1660
803499 N/A N/A 45385 45404 AGGTATTAAAAGGAAGTAAC 50 1661
803500 N/A N/A 46126 46145 TATGTATCCAAACATGGATT 71 1662
803501 N/A N/A 46232 46251 GGTGACAAAGTCTTCATCTG 58 1663
803502 N/A N/A 46931 46950 TTTATTTGAGTCTATTTCCT 79 1664
803503 N/A N/A 48097 48116 GGGTGCATAGTCTGTAGGTA 32 1665
803504 N/A N/A 48768 48787 GGATTTCAAGAGAAAAAATC 93 1666
803505 N/A N/A 48918 48937 ATATCTTTACCATGTATATG 88 1667
803506 N/A N/A 49003 49022 TCCAAACTCAGAATGCACCA 42 1668
803507 N/A N/A 49316 49335 GTCTATGAGTAATGGCATGG 47 1669
803508 N/A N/A 49674 49693 GGATTAAAATCAATTTATCA 80 1670
803509 N/A N/A 50436 50455 AATTTCTTTTGGCTTGATAC 89 1671
803510 N/A N/A 51368 51387 TTCAAATTATGCGAATCTGA 66 1672
803511 N/A N/A 51478 51497 TTGGACATCATTTCATTTAT 48 1673
803512 N/A N/A 52070 52089 ACCTTAAAAGCCCAGGATCT 85 1674
803513 N/A N/A 52149 52168 ACTTTAAAGATGCAGAAATA 80 1675
803514 N/A N/A 52150 52169 AACTTTAAAGATGCAGAAAT 92 1676
803515 N/A N/A 52151 52170 AAACTTTAAAGATGCAGAAA 111 1677
803516 N/A N/A 52152 52171 CAAACTTTAAAGATGCAGAA 63 1678
803517 N/A N/A 52153 52172 CCAAACTTTAAAGATGCAGA 28 1679
803518 N/A N/A 52155 52174 TGCCAAACTTTAAAGATGCA 40 1680
803519 N/A N/A 52156 52175 TTGCCAAACTTTAAAGATGC 30 1681
803520 N/A N/A 52157 52176 TTTGCCAAACTTTAAAGATG 63 1682
803521 N/A N/A 52158 52177 GTTTGCCAAACTTTAAAGAT 50 1683
803522 N/A N/A 52159 52178 GGTTTGCCAAACTTTAAAGA 39 1684
803523 N/A N/A 52305 52324 CCAAATATGTTTCACCCCAG 78 1685 803524 N/A N/A 52501 52520 AGCATTTTTACAATTAAGGA 59 1686 803525 N/A N/A 53088 53107 CATACTTTAGTCTGTATTTC 69 1687 803526 N/A N/A 53538 53557 TTATTATATATCATGTTTTA 83 1688 803527 N/A N/A 53539 53558 GTTATTATATATCATGTTTT 62 1689 803528 N/A N/A 53540 53559 AGTTATTATATATCATGTTT 55 1690 803529 N/A N/A 53541 53560 CAGTTATTATATATCATGTT 55 1691 803530 N/A N/A 53542 53561 ACAGTTATTATATATCATGT 33 1692 803531 N/A N/A 53544 53563 AGACAGTTATTATATATCAT 49 1693 803532 N/A N/A 53545 53564 AAGACAGTTATTATATATCA 64 1694 803533 N/A N/A 53546 53565 AAAGACAGTTATTATATATC 80 1695 803534 N/A N/A 53547 53566 CAAAGACAGTTATTATATAT 100 1696 Tabela 22 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 20 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 19 235 803535 N/A N/A 53548 53567 ACAAAGACAGTTATTATATA 107 1697 803536 N/A N/A 54011 54030 TTCCTGAGTCAGCTGGGCAC 74 1698 803537 N/A N/A 55467 55486 GTTGAGTGTAGTTGAGAAGC 49 1699 803538 N/A N/A 55699 55718 AAAGATGCTTGTCTAAAGCC 51 1700 803539 N/A N/A 55823 55842 AATAAATACTCCCTCTCTCT 89 1701 803540 N/A N/A 56181 56200 ACTAAAAAGAGTGGAAATGA 98 1702 803541 N/A N/A 57300 57319 GGCAAACATAGTACTTTATT 27 1703 803542 N/A N/A 57536 57555 TGTTGCTTGCTTAAAAGAAA 87 1704 803543 N/A N/A 59667 59686 TACTGCTCACAGATATTTAT 82 1705 803544 N/A N/A 59986 60005 CTCTTGTCAATGCCCTACAC 64 1706 803545 N/A N/A 60613 60632 GCAAAAAGGTGTTCATTCTT 71 1707 803546 N/A N/A 60625 60644 ACTTTTCACCCAGCAAAAAG 106 1708 803547 N/A N/A 60658 60677 ATGCTATTTCTATTACCCCA 58 1709 803548 N/A N/A 61404 61423 ACCTTCCTCTAAATGTTATG 87 1710 803549 N/A N/A 61573 61592 CTGTCCTGCCTTTATTTGTG 86 1711 803550 N/A N/A 62233 62252 TGTTACTTACTTGTTTGTTT 108 1712 803551 N/A N/A 63413 63432 TTGACTTCATGGTACTAACA 76 1713 803552 N/A N/A 63832 63851 CAAAGCATTCCACAACATGT 65 1714 803553 N/A N/A 63953 63972 TGCATTTTCATCAACATTAG 59 1715 803554 N/A N/A 64097 64116 TTTTTGGCATAAGACTAGTT 79 1716 803555 N/A N/A 64246 64265 TCTATGTTTTTTTAACTGGG 40 1717 803556 N/A N/A 64593 64612 CAACAGTAGGAATAGCAATA 98 1718 803557 N/A N/A 64954 64973 GTTTGCTGAGTGATTCATTA 59 1719 803558 N/A N/A 66316 66335 AATGGTTTGACTTGAGACAC 52 1720 803559 N/A N/A 66412 66431 AATTTTCAAAGCGCATGAAA 92 1721 803560 N/A N/A 66414 66433 TTAATTTTCAAAGCGCATGA 45 1722 803561 N/A N/A 66415 66434 GTTAATTTTCAAAGCGCATG 29 1723
803562 N/A N/A 66416 66435 TGTTAATTTTCAAAGCGCAT 29 1724
803563 N/A N/A 66418 66437 TATGTTAATTTTCAAAGCGC 32 1725
803564 N/A N/A 66419 66438 ATATGTTAATTTTCAAAGCG 96 1726
803565 N/A N/A 66420 66439 AATATGTTAATTTTCAAAGC 90 1727
803566 N/A N/A 66421 66440 GAATATGTTAATTTTCAAAG 100 1728
803567 N/A N/A 66422 66441 TGAATATGTTAATTTTCAAA 112 1729
803568 N/A N/A 66672 66691 AGAATGCTCATGTACTGCTG 43 1730
803569 N/A N/A 66673 66692 CAGAATGCTCATGTACTGCT 55 1731
803570 N/A N/A 66911 66930 CTGTCACAACTTCTATCTAG 69 1732
803571 N/A N/A 67066 67085 GTTTCTTAAGTGGGATACAA 25 1733
803572 N/A N/A 67163 67182 ACTTAAAATGTTTTAGACCT 88 1734
803573 N/A N/A 68270 68289 AATACCTCAGCAGATGCTGA 81 1735
803574 N/A N/A 68715 68734 CACATTACTAAAACTGACTT 78 1736
803575 N/A N/A 68989 69008 AAACCAGTGTTCTAAGCTTC 64 1737
803576 N/A N/A 70079 70098 AAATGATACTAACTGCAAAC 85 1738
803577 N/A N/A 70083 70102 AAGAAAATGATACTAACTGC 78 1739
803578 N/A N/A 70146 70165 TAATCTGCATATGGGTTTCT 36 1740
803579 N/A N/A 70615 70634 AGATTATTAAATTATCATAA 112 1741
803580 N/A N/A 71056 71075 TATTTGAATTTCATGTTTCA 54 1742
803581 N/A N/A 71205 71224 TTTTTATGGAGACCGCTGGA 77 1743
803582 N/A N/A 71512 71531 GTCCATTCCCTTTGTAAAAT 53 1744
803583 N/A N/A 71525 71544 TGGAAATTTCACAGTCCATT 30 1745
803584 N/A N/A 72654 72673 TCATTAACCAAACTACTTTT 106 1746
803585 N/A N/A 72790 72809 ATTATGAGGATAAAAGAAAA 125 1747
803586 N/A N/A 72791 72810 AATTATGAGGATAAAAGAAA 121 1748
803587 N/A N/A 72792 72811 CAATTATGAGGATAAAAGAA 117 1749
803588 N/A N/A 72793 72812 CCAATTATGAGGATAAAAGA 92 1750
803589 N/A N/A 72794 72813 CCCAATTATGAGGATAAAAG 49 1751
803590 N/A N/A 72796 72815 AACCCAATTATGAGGATAAA 81 1752
803591 N/A N/A 72797 72816 GAACCCAATTATGAGGATAA 60 1753
803592 N/A N/A 72798 72817 AGAACCCAATTATGAGGATA 85 1754
803593 N/A N/A 72799 72818 AAGAACCCAATTATGAGGAT 99 1755
803594 N/A N/A 72800 72819 TAAGAACCCAATTATGAGGA 89 1756
803595 N/A N/A 73940 73959 AGATCTGTTTCCATTGCCTG 24 1757
803596 N/A N/A 74241 74260 CTTTAAGTTACACATTATTT 44 1758
803597 N/A N/A 74300 74319 CAAACTATGTTATACTTTAA 92 1759
803598 N/A N/A 76344 76363 ACTCTTCAGAGTCTGAAAAG 79 1760
803599 N/A N/A 76345 76364 AACTCTTCAGAGTCTGAAAA 71 1761
803600 N/A N/A 76346 76365 AAACTCTTCAGAGTCTGAAA 71 1762
803601 N/A N/A 76347 76366 CAAACTCTTCAGAGTCTGAA 67 1763
803602 N/A N/A 76348 76367 TCAAACTCTTCAGAGTCTGA 62 1764
803603 N/A N/A 76350 76369 TGTCAAACTCTTCAGAGTCT 20 1765
803604 N/A N/A 76351 76370 GTGTCAAACTCTTCAGAGTC 16 1766
803605 N/A N/A 77606 77625 ATAGTTGGGAACGAATAGTA 61 1767
803606 N/A N/A 77607 77626 TATAGTTGGGAACGAATAGT 89 1768
803607 N/A N/A 77608 77627 TTATAGTTGGGAACGAATAG 94 1769
803608 N/A N/A 77609 77628 CTTATAGTTGGGAACGAATA 72 1770
803609 N/A N/A 77610 77629 TCTTATAGTTGGGAACGAAT 65 1771
803610 N/A N/A 77612 77631 TGTCTTATAGTTGGGAACGA 36 1772
803611 N/A N/A 77613 77632 ATGTCTTATAGTTGGGAACG 32 1773
Tabela 23 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- Sítio de tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada Início rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 12 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 11 235 81581 81600 780617 N/A N/A GTTTGAAGGAATAGCTGACA 35 667 87838 87857 81584 81603 780618 N/A N/A AGTGTTTGAAGGAATAGCTG 25 668 87841 87860 81587 81606 780619 N/A N/A CATAGTGTTTGAAGGAATAG 62 669 87844 87863 81590 81609 780620 N/A N/A AGCCATAGTGTTTGAAGGAA 11 670 87847 87866 81593 81612 780621 N/A N/A AAAAGCCATAGTGTTTGAAG 55 671 87850 87869 81596 81615 780622 N/A N/A CTAAAAAGCCATAGTGTTTG 69 672 87853 87872 81599 81618 780623 N/A N/A ATTCTAAAAAGCCATAGTGT 45 673 87856 87875 81630 81649 780624 N/A N/A GCAGCATCATGCAAGCAGCA 12 674 87887 87906 81633 81652 780625 N/A N/A ATTGCAGCATCATGCAAGCA 40 675 87890 87909 803612 N/A N/A 77614 77633 AATGTCTTATAGTTGGGAAC 36 1774 803613 N/A N/A 77615 77634 GAATGTCTTATAGTTGGGAA 45 1775 803614 N/A N/A 77616 77635 AGAATGTCTTATAGTTGGGA 30 1776 803615 N/A N/A 78807 78826 TAAGGACAGAGACCGAGTTT 58 1777 803616 N/A N/A 79332 79351 CATTTACATGGGATTATTTT 56 1778 803617 N/A N/A 79675 79694 ATAGCTATTATACCTCACCT 52 1779 803618 N/A N/A 79976 79995 ATTGTTAAGAAGGAAATGCA 70 1780 803619 N/A N/A 80327 80346 ACTCTGGTATATTTTATGAT N/A 1781 803620 N/A N/A 80378 80397 AGAGATTGGGAAACATTCAG 38 1782 803621 N/A N/A 80523 80542 TATAGCAAAACAACTATGAA 84 1783 803622 N/A N/A 81353 81372 CC0AAAATTTCACTCAAAC 55 1784 81582 81601 803623 N/A N/A TGTTTGAAGGAATAGCTGAC 50 1785 87839 87858 81583 81602 803624 N/A N/A GTGTTTGAAGGAATAGCTGA 39 1786 87840 87859 81585 81604 803625 N/A N/A TAGTGTTTGAAGGAATAGCT 48 1787 87842 87861 81586 81605 803626 N/A N/A ATAGTGTTTGAAGGAATAGC 48 1788 87843 87862 81588 81607 803627 N/A N/A CCATAGTGTTTGAAGGAATA 26 1789 87845 87864
803628 N/A N/A GCCATAGTGTTTGAAGGAAT 12 1790 87846 87865
81591 81610 803629 N/A N/A AAGCCATAGTGTTTGAAGGA 19 1791 87848 87867
81592 81611 803630 N/A N/A AAAGCCATAGTGTTTGAAGG 34 1792 87849 87868
81594 81613 803631 N/A N/A AAAAAGCCATAGTGTTTGAA 56 1793 87851 87870
81595 81614 803632 N/A N/A TAAAAAGCCATAGTGTTTGA 76 1794 87852 87871
81597 81616 803633 N/A N/A TCTAAAAAGCCATAGTGTTT 58 1795 87854 87873
81598 81617 803634 N/A N/A TTCTAAAAAGCCATAGTGTT 71 1796 87855 87874
803635 N/A N/A 81625 81644 ATCATGCAAGCAGCATTTTA 63 1797
803636 N/A N/A 81626 81645 CATCATGCAAGCAGCATTTT 82 1798
803637 N/A N/A 81627 81646 GCATCATGCAAGCAGCATTT 23 1799
803638 N/A N/A 81628 81647 AGCATCATGCAAGCAGCATT 25 1800
803639 N/A N/A 81629 81648 CAGCATCATGCAAGCAGCAT 34 1801
81631 81650 803640 N/A N/A TGCAGCATCATGCAAGCAGC 16 1802 87888 87907
81632 81651 803641 N/A N/A TTGCAGCATCATGCAAGCAG 31 1803 87889 87908
81634 81653 803642 N/A N/A CATTGCAGCATCATGCAAGC 44 1804 87891 87910
81635 81654 803643 N/A N/A TCATTGCAGCATCATGCAAG 43 1805 87892 87911
803644 N/A N/A 81822 81841 GGAGATAATAACAGTGGCTA 48 1806
803645 N/A N/A 82500 82519 GTGGAAGTATTAAGGCTACT 14 1807
803646 N/A N/A 82501 82520 AGTGGAAGTATTAAGGCTAC 23 1808
803647 N/A N/A 82502 82521 TAGTGGAAGTATTAAGGCTA 20 1809
803648 N/A N/A 82503 82522 TTAGTGGAAGTATTAAGGCT 36 1810
803649 N/A N/A 82504 82523 TTTAGTGGAAGTATTAAGGC 43 1811
803650 N/A N/A 82506 82525 TGTTTAGTGGAAGTATTAAG 32 1812
803651 N/A N/A 82507 82526 TTGTTTAGTGGAAGTATTAA 81 1813
803652 N/A N/A 82508 82527 ATTGTTTAGTGGAAGTATTA 60 1814
803653 N/A N/A 82509 82528 TATTGTTTAGTGGAAGTATT 62 1815
803654 N/A N/A 82510 82529 TTATTGTTTAGTGGAAGTAT 36 1816
803655 N/A N/A 82697 82716 TTGTCATAGTTAAGTAACAG 20 1817
803656 N/A N/A 83102 83121 AAACAAGTAATACAGTATAC 83 1818
803657 N/A N/A 83213 83232 ATTTCAGATTTACAACAGAG 70 1819
803658 N/A N/A 85777 85796 TGTTAAAGCTTGATAATAGG 49 1820
803659 N/A N/A 86988 87007 AGCACCAAATTGTTCCTAAC 62 1821
803660 N/A N/A 89783 89802 AGCACACATAATCTATATAA 34 1822
803661 N/A N/A 89916 89935 TACCATCTATCATCAATAAA 26 1823
803662 N/A N/A 90146 90165 TTCTCTGACAACAATGACAA 62 1824
803663 N/A N/A 90678 90697 TGTCTGCACAGACACCTGTT 87 1825
803664 N/A N/A 91038 91057 GTATCTCTTAACCCAGAGAA 37 1826
803665 N/A N/A 91039 91058 TGTATCTCTTAACCCAGAGA 17 1827
803666 N/A N/A 91040 91059 ATGTATCTCTTAACCCAGAG 24 1828
803667 N/A N/A 91041 91060 CATGTATCTCTTAACCCAGA 36 1829
803668 N/A N/A 91042 91061 TCATGTATCTCTTAACCCAG 37 1830 803669 N/A N/A 91044 91063 TTTCATGTATCTCTTAACCC 26 1831 803670 N/A N/A 91045 91064 TTTTCATGTATCTCTTAACC 58 1832 803671 N/A N/A 91046 91065 GTTTTCATGTATCTCTTAAC 20 1833 803672 N/A N/A 91047 91066 TGTTTTCATGTATCTCTTAA 36 1834 803673 N/A N/A 91048 91067 CTGTTTTCATGTATCTCTTA 21 1835 803674 N/A N/A 91144 91163 AAATTAACTTGGTCTTTTTC 68 1836 803675 N/A N/A 91456 91475 TCTGTTGCTCTTAGAATCTA 23 1837 803676 N/A N/A 91530 91549 ATGGAACCTTGAACTTGGGA 25 1838 803677 N/A N/A 92329 92348 GATTCAGAAACACTTTTATA 59 1839 803678 N/A N/A 92773 92792 AAGTTGCTTTGAGAATTTTC 48 1840 803679 N/A N/A 93235 93254 AAATCTAGTCCAACTTCCTC 78 1841 Tabela 24 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 18 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 20 235 803680 N/A N/A 93932 93951 ACTCATTGGTAATGGATTAT 24 1842 803681 N/A N/A 94454 94473 TTGCAATGTTTCAATATGCT 53 1843 803682 N/A N/A 94455 94474 ATTGCAATGTTTCAATATGC 26 1844 803683 N/A N/A 94456 94475 GATTGCAATGTTTCAATATG 58 1845 803684 N/A N/A 94457 94476 TGATTGCAATGTTTCAATAT 65 1846 803685 N/A N/A 94458 94477 CTGATTGCAATGTTTCAATA 53 1847 803686 N/A N/A 94460 94479 TGCTGATTGCAATGTTTCAA 24 1848 803687 N/A N/A 94461 94480 TTGCTGATTGCAATGTTTCA 57 1849 803688 N/A N/A 94462 94481 ATTGCTGATTGCAATGTTTC 59 1850 803689 N/A N/A 94463 94482 AATTGCTGATTGCAATGTTT 54 1851 803690 N/A N/A 94464 94483 TAATTGCTGATTGCAATGTT 75 1852 803691 N/A N/A 95362 95381 AATCGGAAATTTAAATTATC 104 1853 803692 N/A N/A 95619 95638 TTAGTGACCTAACAGCTCGG 64 1854 803693 N/A N/A 97048 97067 GTACAGTATTTATTGAATCA 27 1855 803694 N/A N/A 97142 97161 ATTTATGCTATCATGTAGTT 71 1856 803695 N/A N/A 97748 97767 AATAATATATTCCCAGGAAA 90 1857 803696 N/A N/A 97935 97954 TAGCAACCATGTGGCCTAGA 59 1858 803697 N/A N/A 98088 98107 ACTGTCAAAATCTGAAAGAT 92 1859 803698 N/A N/A 98337 98356 AGTTAGTTTGACAATTAAAA 72 1860 803699 N/A N/A 98486 98505 AGTAACTATACACATAAAGT 99 1861 803700 N/A N/A 99619 99638 CACCGGATTTGCTCTTTTTT 30 1862 803701 N/A N/A 100073 100092 AATCTACTGCACACAACACA 89 1863 803702 N/A N/A 100118 100137 AATGGAGCCATTAATTATTA 95 1864 803703 N/A N/A 100281 100300 ATTTCCTTACCTTTTCTACA 103 1865 803704 N/A N/A 100353 100372 GCTTTAAGGTAAAGTTTTTT 33 1866 803705 N/A N/A 100816 100835 GCCAGCATTCAAACCCTCAA 39 1867 803706 N/A N/A 102479 102498 ATGAGAGTAGATTTTAATAG 85 1868
803707 N/A N/A 102841 102860 CTGAGTTCCAAAGCATTTAA 80 1869
803708 N/A N/A 103029 103048 CACATTTTAATGCAGGAAAA 97 1870
803709 N/A N/A 105168 105187 TGGATATAAGTGAATACACA 71 1871
803710 N/A N/A 105655 105674 ATAGTGGCCCCTAAATCCTT 83 1872
803711 N/A N/A 105656 105675 TATAGTGGCCCCTAAATCCT 79 1873
803712 N/A N/A 105657 105676 ATATAGTGGCCCCTAAATCC 73 1874
803713 N/A N/A 105658 105677 CATATAGTGGCCCCTAAATC 88 1875
803714 N/A N/A 105659 105678 TCATATAGTGGCCCCTAAAT 80 1876
803715 N/A N/A 105661 105680 AGTCATATAGTGGCCCCTAA 46 1877
803716 N/A N/A 105662 105681 TAGTCATATAGTGGCCCCTA 58 1878
803717 N/A N/A 105663 105682 ATAGTCATATAGTGGCCCCT 57 1879
803718 N/A N/A 105664 105683 CATAGTCATATAGTGGCCCC 49 1880
803719 N/A N/A 105665 105684 CCATAGTCATATAGTGGCCC 35 1881
803720 N/A N/A 105789 105808 CTTCCAACTCATTCTCTCTC 75 1882
803721 N/A N/A 105839 105858 GTGGCCTCAGAGCTTTCTGC 62 1883
803722 N/A N/A 105902 105921 TCCACTGTGTAGCCTCATTT 103 1884
803723 N/A N/A 106062 106081 AAGCCACATTTATTACCTTT 49 1885
803724 N/A N/A 106724 106743 GAGAAATAACACAAAACTTT 101 1886
803725 N/A N/A 106922 106941 GGCACTGAAAAGTCCCAAGT 28 1887
803726 N/A N/A 107295 107314 AGTAGGAAATAGGATAAGCA 79 1888
803727 N/A N/A 108334 108353 TTAACATGTAAGGACTGAAA 97 1889
803728 N/A N/A 108377 108396 TGATGACATATCCACCACAT 84 1890
803729 N/A N/A 108774 108793 TTTAGCTTACTACTATATAT 91 1891
803730 N/A N/A 109150 109169 TAATGCAAGTAATACAAAAA 102 1892
803731 N/A N/A 109281 109300 TTCTTTAACAATCAATAGAG 79 1893
803732 N/A N/A 109893 109912 TATGGATGAAAAGTGAACAT 91 1894
803733 N/A N/A 110855 110874 GAAATTACCTACACATTAAA 103 1895
803734 N/A N/A 110955 110974 GACATTTTTAATGTACTAAT 63 1896
803735 N/A N/A 111205 111224 AATTTTCTATCCTGGAAAAG 95 1897
803736 N/A N/A 111262 111281 AGAAGGAGTTAAGTTAGCTC 51 1898
803737 N/A N/A 112344 112363 CAGTGTAGTCATACTAACAG 58 1899
803738 N/A N/A 112345 112364 ACAGTGTAGTCATACTAACA 54 1900
803739 N/A N/A 112346 112365 CACAGTGTAGTCATACTAAC 58 1901
803740 N/A N/A 112347 112366 ACACAGTGTAGTCATACTAA 31 1902
803741 N/A N/A 112348 112367 CACACAGTGTAGTCATACTA 38 1903
803742 N/A N/A 112350 112369 TGCACACAGTGTAGTCATAC 35 1904
803743 N/A N/A 112351 112370 GTGCACACAGTGTAGTCATA 30 1905
803744 N/A N/A 112352 112371 AGTGCACACAGTGTAGTCAT 27 1906
803745 N/A N/A 112353 112372 CAGTGCACACAGTGTAGTCA 19 1907
803746 N/A N/A 112354 112373 ACAGTGCACACAGTGTAGTC 45 1908
803747 N/A N/A 112629 112648 CTTGCTTTATGGTAAGAATG 46 1909
803748 N/A N/A 113302 113321 CAAGTCTGGATCACACTTGT 71 1910
803749 N/A N/A 113398 113417 AAAATTTGATCAGGGAAATG 102 1911
803750 N/A N/A 113772 113791 GTGGAATAGTGATGAATCCC 35 1912
803751 N/A N/A 113824 113843 AGACTATTTAAAAAATGGGA 77 1913
803752 N/A N/A 114604 114623 CACAGTAATTCTGAAGGCTT 64 1914
803753 N/A N/A 114621 114640 CCTTCCCCTACTGTCAACAC 80 1915
803754 N/A N/A 114658 114677 ATJAGAGGCACTGTTTTCCTT 92 1916
803755 N/A N/A 115071 115090 GTTTCAGAGAACTAGAATAA 65 1917
803756 N/A N/A 115110 115129 ACTTCATCAGAAACTGCTGG 48 1918
Tabela 25 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID NO: 2 SEQ ID NO: 2 % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- Sítio de Iní- Sítio de Pa- Sequência (5’ a 3’) trole de SEQ ID NO composto tio de Iní- tio de Pa- cio rada LRRK2 cio rada 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 24 235 780254 4111 4130 86606 86625 GTTTCATTCGGTTATAAGGC 26 235 803757 N/A N/A 117459 117478 AAAATTCTGATTTCCAACTC 94 1919 803758 N/A N/A 118016 118035 GTATGTTAAATAAGAATTGA 99 1920 803759 N/A N/A 118692 118711 CAATGTGATGCTTGCATTTT 87 1921 803760 N/A N/A 118987 119006 TGACACCAAATTAGTCATTT 55 1922 803761 N/A N/A 119091 119110 TGTACTCAAACATGTATATA 75 1923 803762 N/A N/A 119108 119127 GGTCACGGCCAGCCCCCTGT 95 1924 803763 N/A N/A 119608 119627 AACATACACTTTGAAGTGTT 62 1925 803764 N/A N/A 119902 119921 GTTTAGGAGAGACTATAGAA 73 1926 803765 N/A N/A 119903 119922 GGTTTAGGAGAGACTATAGA 42 1927 803766 N/A N/A 119904 119923 TGGTTTAGGAGAGACTATAG 43 1928 803767 N/A N/A 119905 119924 ATGGTTTAGGAGAGACTATA 43 1929 803768 N/A N/A 119906 119925 TATGGTTTAGGAGAGACTAT 49 1930 803769 N/A N/A 119908 119927 CATATGGTTTAGGAGAGACT 28 1931 803770 N/A N/A 119909 119928 GCATATGGTTTAGGAGAGAC 8 1932 803771 N/A N/A 119910 119929 TGCATATGGTTTAGGAGAGA 14 1933 803772 N/A N/A 119911 119930 TTGCATATGGTTTAGGAGAG 40 1934 803773 N/A N/A 119912 119931 GTTGCATATGGTTTAGGAGA 21 1935 803774 N/A N/A 120040 120059 TCTATGGAATTTCATCCTTT 62 1936 803775 N/A N/A 120380 120399 CAGCAAAACCAGGAAGTCAG 75 1937 803776 N/A N/A 121866 121885 GTATTGTTGCCAAATGAATG 50 1938 803777 N/A N/A 121867 121886 TGTATTGTTGCCAAATGAAT 64 1939 803778 N/A N/A 121868 121887 ATGTATTGTTGCCAAATGAA 66 1940 803779 N/A N/A 121869 121888 AATGTATTGTTGCCAAATGA 77 1941 803780 N/A N/A 121870 121889 CAATGTATTGTTGCCAAATG 56 1942 803781 N/A N/A 121872 121891 TTCAATGTATTGTTGCCAAA 49 1943 803782 N/A N/A 121873 121892 GTTCAATGTATTGTTGCCAA 21 1944 803783 N/A N/A 121874 121893 TGTTCAATGTATTGTTGCCA 43 1945 803784 N/A N/A 121875 121894 ATGTTCAATGTATTGTTGCC 38 1946 803785 N/A N/A 121876 121895 AATGTTCAATGTATTGTTGC 57 1947 803786 N/A N/A 122268 122287 CACATCCTTTTACAATAGTT 46 1948 803787 N/A N/A 123076 123095 AGGATGGAGACATCGAATTT 67 1949 803788 N/A N/A 123077 123096 AAGGATGGAGACATCGAATT 78 1950 803789 N/A N/A 123078 123097 GAAGGATGGAGACATCGAAT 45 1951 803790 N/A N/A 123079 123098 GGAAGGATGGAGACATCGAA 46 1952 803791 N/A N/A 123080 123099 TGGAAGGATGGAGACATCGA 67 1953 803792 N/A N/A 123082 123101 GTTGGAAGGATGGAGACATC 65 1954 803793 N/A N/A 123083 123102 AGTTGGAAGGATGGAGACAT 54 1955 803794 N/A N/A 123084 123103 GAGTTGGAAGGATGGAGACA 67 1956 803795 N/A N/A 123085 123104 AGAGTTGGAAGGATGGAGAC 82 1957
803796 N/A N/A 123086 123105 AAGAGTTGGAAGGATGGAGA 99 1958 803797 N/A N/A 124014 124033 TGGATAGACAGAAAGTTATC 89 1959 803798 N/A N/A 124460 124479 TCCAGGACAGTGTTTTAAAA 57 1960 803799 N/A N/A 125043 125062 AATCTTCATTGTAGAGAAAA 96 1961 803800 N/A N/A 125214 125233 GCGGATTTTTTAAAAAGCCT 44 1962 803801 N/A N/A 126287 126306 TAAAAAGAGACCCAAATAAC 108 1963 803802 N/A N/A 126714 126733 TTTAATTCTGTCTCTGTGTG 88 1964 803803 N/A N/A 127951 127970 GCTTGAGAAGACCTAAGTAA 72 1965 803804 N/A N/A 128819 128838 GATGGTAACCTAAATTAAAA 87 1966 803805 N/A N/A 129120 129139 AGAGCTGTGACATGGCCACC 74 1967 803806 N/A N/A 129202 129221 TCTCTAGATTCTGTTTTTGA 97 1968 803807 N/A N/A 129512 129531 CTGGAACCCAACTAGATCAC 78 1969 803808 N/A N/A 129985 130004 TGATTCTAAAGCAAAACACA 96 1970 803809 N/A N/A 130212 130231 CTTGCCTGGCAGTGGGAAAA 120 1971 803810 N/A N/A 130229 130248 AATGAAAGACTGGCTCCCTT 103 1972 803811 N/A N/A 130358 130377 GTTCAGAGATGTGCTATTTA 61 1973 803812 N/A N/A 130530 130549 GCACAATATTTATCTTCAGG 44 1974 803813 N/A N/A 130540 130559 TAATGTTGAGGCACAATATT 121 1975 803814 N/A N/A 132624 132643 AAAGATCTGTAATTTCCCCA 59 1976 803815 N/A N/A 134408 134427 AGCAATACAAATACAGCATA 55 1977 803816 N/A N/A 136673 136692 GTAGGTAGACCAATGTAGAG 73 1978 803817 N/A N/A 137059 137078 ATTAATAAAATACCTAGGAG 110 1979 803818 N/A N/A 137783 137802 TACTAAGATTACAATGAGTT 82 1980 803819 N/A N/A 137934 137953 TTCCTACAATCAATACTTAA 86 1981 803820 N/A N/A 138184 138203 GAACTATGATTTATGCTCTT 47 1982 803821 N/A N/A 138715 138734 ATTGCATCAGATTGATGTAC 82 1983 803822 N/A N/A 139321 139340 AAAAATCCTCATTCATGGGA 66 1984 803823 N/A N/A 139750 139769 TAAAGCATCTATGCTCCAAA 47 1985 803824 N/A N/A 140044 140063 GCAGACCTAGAACTCCAAAA 39 1986 803825 N/A N/A 140485 140504 AACAACGAGGAATATGTAAA 91 1987 803826 N/A N/A 140731 140750 CAAAATAGACCAACCAGTCC 87 1988 803827 N/A N/A 140958 140977 CATCCAAACATAAACAGAAA 85 1989 803828 N/A N/A 141091 141110 GTTAGCCTTTTATACCTAGA 29 1990 803829 N/A N/A 141151 141170 ATCTGTAACTTTGAGAGTT 77 1991 803830 N/A N/A 142094 142113 GGTCTTGATCCCCACTCCTT 110 1992 803831 N/A N/A 142406 142425 TATCAAGGAGACCTGTTGGC 114 1993 803832 N/A N/A 142595 142614 AAGTTTTACATGAAGTCTCA 92 1994 803833 N/A N/A 144471 144490 AGCTGTTATGGGAACCCAAA 60 1995 Tabela 26 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 24 222 81585 81604 803625 N/A N/A TAGTGTTTGAAGGAATAGCT 69 1787 87842 87861
876008 62 81 3181 3200 CGTCCGCTGCTCAGGGAACC 39 1996
876032 737 756 18636 18655 AACGCACTTAACAATATCAT 33 1997
876056 872 891 21703 21722 ATAGCTTCCACCACAATATT 71 1998
876080 1337 1356 31053 31072 TTTGATGAAGAATGCATCAG 83 1999
876104 1486 1505 35433 35452 CACTTTCAGCCACTTCAGGA 47 2000
876128 1728 1747 41961 41980 AATATCATTCTTGAAACACT 44 2001
876152 2493 2512 62114 62133 ATCCAGGGCCAGCCTCCTTA 76 2002
876176 3158 3177 73694 73713 TGAAGCTCCAGCTTTTCAAG 45 2003
876200 3571 3590 77320 77339 TCTCCACTTTAGGACAAGCC 35 2004
876224 3856 3875 82201 82220 GATGCAGTTTCTCTACTCTA 24 2005
876248 4319 4338 87223 87242 GGATGAGTACTATAGAATTC 41 2006
876272 4754 4773 92177 92196 TTCCGGTCAATTACGGGAAA 63 2007
876296 5075 5094 98223 98242 ATCTGGAATTTTTCTAGGAG 49 2008
876320 5482 5501 100471 100490 CAGGAAACCATTCTTCCATG 44 2009
876344 5833 5852 106524 106543 GTTTATTAAAAATCTTCACA 76 2010
876368 6603 6622 129748 129767 AATGCTTGCATTCCTGCTGT 70 2011
876392 7223 7242 141584 141603 TCCACAACAGGGCTATTTTG 75 2012
876416 8192 8211 146361 146380 AATTCATTTGAATATTTACA 89 2013
876440 9043 9062 147212 147231 GTTAAAGCATAGCTTCCTTT 63 2014
876464 N/A N/A 4983 5002 AATGAAGGTGGCCAGAATCA 125 2015
876488 N/A N/A 7242 7261 AAGTGAGTATTAAAATGTCA 112 2016
876512 N/A N/A 9238 9257 CAAAATGTAAGTTATCAGAA 138 2017
876536 N/A N/A 12445 12464 TCAATAATGTTTAGTTAGTT 85 2018
876560 N/A N/A 15299 15318 ACTATAGTACATGTATCTCA 68 2019
876584 N/A N/A 17431 17450 TTATACATGACAGCCTGAAG 121 2020
876608 N/A N/A 19744 19763 AGAACACTTATTACATACCA 56 2021
876632 N/A N/A 21991 22010 TTTTTGACACTCCTTTTAAA 93 2022
876656 N/A N/A 25071 25090 ACGATCATTCCTTATTATTC 52 2023
876680 N/A N/A 27616 27635 GGCACGACAATATTCATTGT 68 2024
876704 N/A N/A 30008 30027 CAACCTGCTGGCTAGTCACC 40 2025
876728 N/A N/A 32100 32119 TAATTATACAAAGCTATAAG 126 2026
876752 N/A N/A 33547 33566 ATAGAACATTTTACACACTA 63 2027
876776 N/A N/A 35959 35978 AACCGCCAGCTATATAATCT 73 2028
876800 N/A N/A 38194 38213 AGGTGATAACAGATGTCAGT 104 2029
876824 N/A N/A 39985 40004 AGTAATAGATTGAAAGAAAC 90 2030
876848 N/A N/A 42029 42048 TTAATAGTATAAATACAGAA 119 2031
876872 N/A N/A 45638 45657 CCGACTGCTGAGGTTACACC 64 2032
876896 N/A N/A 47955 47974 GTGAGGGAGAGGACATAAAG 99 2033
876920 N/A N/A 49786 49805 TGTATTACATAGGTATGACT 52 2034
876944 N/A N/A 52148 52167 CTTTAAAGATGCAGAAATAA 100 2035
876968 N/A N/A 55095 55114 TTACCCGTGCATGCACCTGT 119 2036
876992 N/A N/A 57336 57355 ATATTAAATACAGTAAGGTT 115 2037
877016 N/A N/A 60029 60048 CCATTCACTCCTTACTTTGT 66 2038
877040 N/A N/A 62799 62818 AAAGATAAAAATAGTGTCAG 91 2039
877064 N/A N/A 65735 65754 CTCAAGTTTTTCCAGATGAT 55 2040
877088 N/A N/A 67068 67087 AGGTTTCTTAAGTGGGATAC 40 2041
877112 N/A N/A 70290 70309 GCTTAGAGACAAATTAAGGG 37 2042
877136 N/A N/A 72623 72642 TTATATATAAATTCGAAAGA 158 2043
877160 N/A N/A 73942 73961 TCAGATCTGTTTCCATTGCC 31 2044
877184 N/A N/A 75823 75842 CAATTTCTAATTTTATAATG 111 2045
877208 N/A N/A 78402 78421 ATTTCCTCTATTATTTCATA 47 2046
877239 N/A N/A 83094 83113 AATACAGTATACAGGCCAGT 32 2047 877263 N/A N/A 85311 85330 CATTACCTTTCTTGATTTAT 85 2048 877287 N/A N/A 88256 88275 TTTCCTTTCCCATCTTCATG 92 2049 877311 N/A N/A 90591 90610 GAGGACAAAAAATGATCTCT 70 2050 877335 N/A N/A 92465 92484 CTAAATTTGTTTTCTTATGA 129 2051 877359 N/A N/A 94743 94762 ACCAGGGAGGCAATATAGAA 62 2052 877383 N/A N/A 96119 96138 CCACATGGAGAAGCACCAAT 62 2053 877407 N/A N/A 99047 99066 AAAGTCAATGAAGGTAATCA 56 2054 877431 N/A N/A 101670 101689 ATTAAGGCAAATACAAAGAT 127 2055 877455 N/A N/A 104228 104247 GCTGCATTAATATGGAGTAT 47 2056 877479 N/A N/A 106092 106111 TGCCCTTCCAACTCAATCAC 82 2057 877503 N/A N/A 108922 108941 TTATAGATAAAACTTGAAGA 126 2058 877527 N/A N/A 111504 111523 ATGCTTTAAACTGTGATTGC 72 2059 877551 N/A N/A 113499 113518 TTAAGATGATGGGTTCTAGA 77 2060 877575 N/A N/A 116118 116137 TGCAAGAAACACAAGTTGGA 102 2061 877599 N/A N/A 118373 118392 ATGCACAGGAAATCTTATTC 96 2062 877623 N/A N/A 120463 120482 ATATTGGAGATTAAAAGGGA 121 2063 877647 N/A N/A 122643 122662 TTTACAAACGACATAATCCT 117 2064 877671 N/A N/A 126280 126299 AGACCCAAATAACGATTTAA 55 2065 877695 N/A N/A 128683 128702 CCAAATCAAGAGCTCACAAC 91 2066 877719 N/A N/A 133235 133254 TAGTACTTTTTTCCAATAC 65 2067 877743 N/A N/A 136955 136974 AGATATTCATGCTCACAGAC 142 2068 877767 N/A N/A 140322 140341 TGTTGTCAGAGAGCCACTAC 71 2069 877791 N/A N/A 141782 141801 GAAGCATTACAAATTTTTTT 105 2070 877815 N/A N/A 144092 144111 CCAAAGTACATACAATTCAA 61 2071 Tabela 27 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 29 222 81586 81605 803626 N/A N/A ATAGTGTTTGAAGGAATAGC 50 1788 87843 87862 876009 191 210 3310 3329 TTTCCTTCCTGGACATTGTT 50 2072 876033 738 757 18637 18656 TAACGCACTTAACAATATCA 31 2073 876057 874 893 21705 21724 TCATAGCTTCCACCACAATA 74 2074 876081 1342 1361 31058 31077 CTTCCTTTGATGAAGAATGC 39 2075 876105 1487 1506 35434 35453 CCACTTTCAGCCACTTCAGG 55 2076 876129 1865 1884 52779 52798 GAATCCATAGCACCTTCCAG 62 2077 876153 2532 2551 62153 62172 TATACAAAATCCTCCAAGGC 71 2078 876177 3198 3217 73734 73753 TTCACATAGCTGTTGTGGAA 76 2079 876201 3576 3595 77325 77344 GAAACTCTCCACTTTAGGAC 30 2080 876225 3857 3876 82202 82221 AGATGCAGTTTCTCTACTCT 43 81 876249 4320 4339 87224 87243 GGGATGAGTACTATAGAATT 44 2081 876273 4755 4774 92178 92197 TTTCCGGTCAATTACGGGAA 48 2082 876297 5077 5096 98225 98244 CAATCTGGAATTTTTCTAGG 67 2083
876321 5522 5541 100511 100530 AGAGTTTCTCCTTCACCACA 42 2084
876345 5875 5894 N/A N/A AAAGCACCACAAGCTCTTGT 18* 2085
876369 6605 6624 129750 129769 CAAATGCTTGCATTCCTGCT 61 2086
876393 7263 7282 141624 141643 TATTAGTCCACAGAGTTTTT 108 2087
876417 8267 8286 146436 146455 GAAGTTGTGTAAGATGCACT 83 2088
876441 9084 9103 147253 147272 GAGCTCTATTATATATGATT 68 2089
876465 N/A N/A 5.078 5097 TTATCTAGACCCTGCAGACC 105 2090
876489 N/A N/A 7262 7281 GAAGGAAAAATACTACTTTT 92 2091
876513 N/A N/A 9756 9775 AGTTTTAGAGGTTGTACCAA 62 2092
876537 N/A N/A 12772. 12791 GTAGTGGGCCGGTGGCCGTT 77 2093
876561 N/A N/A 15455 15474 GCTTAATTGCTCTACAGTCC 48 2094
876585 N/A N/A 17472 17491 ATCCTAATTGTCATCGAAAG 99 2095
876609 N/A N/A 19783 19802 ATAAAATACATATTGTCTAA 97 2096
876633 N/A N/A 22053 22072 TATAGAACTACATCTATAAA 103 2097
876657 N/A N/A 25245 25264 TACAAGTTGCTACAATGGAG 69 2098
876681 N/A N/A 27636 27655 ATGTCATGTCTGTGACACAC 65 2099
876705 N/A N/A 30159 30178 TTATGATGTTTGAATGGCAC 108 2100
876729 N/A N/A 32279 32298 ATTTTTTGCCCTCTAAAAAT 109 2101
876753 N/A N/A 33681 33700 CCCAGCAAATGCTGCTGGTC 96 2102
876777 N/A N/A 36087 36106 TGTGCCAATTATTTTTTTTA 84 2103
876801 N/A N/A 38237 38256 AATACAGACATAGGTGTTTT 86 2104
876825 N/A N/A 40148 40167 TTCTTAAAGAATTTCACATT 111 2105
876849 N/A N/A 42157 42176 TTTCACTTCCCACATCCCCA 91 2106
876873 N/A N/A 45665 45684 CACAGCACTTACTTGCTCTC 45 2107
876897 N/A N/A 48048 48067 AATTCCAGGAACCACAAACT 98 2108
876921 N/A N/A 49975 49994 TCAGTACAGGTTAATGATGA 63 2109
876945 N/A N/A 52174 52193 CAGCTTCATGTAATAGGTTT 44 2110
876969 N/A N/A 55241 55260 CCTCTAATATTACATATTAA 111 2111
876993 N/A N/A 57372 57391 AATCCATAGGCAAGTGGGAT 63 2112
877017 N/A N/A 60530 60549 ACCATTTCTCCTCCCGGCTC 83 2113
877041 N/A N/A 62800 62819 AAAAGATAAAAATAGTGTCA 136 2114
877065 N/A N/A 65802 65821 TTCCTTGACCCATCACTTTA 87 2115
877089 N/A N/A 67069 67088 AAGGTTTCTTAAGTGGGATA 60 2116
877113 N/A N/A 70299 70318 TGGCCTTCTGCTTAGAGACA 36 2117
877137 N/A N/A 72643 72662 ACTACTTTTTATAACTAAAT 150 2118
877161 N/A N/A 73943 73962 ATCAGATCTGTTTCCATTGC 36 2119
877185 N/A N/A 76014 76033 TTTGAATTAATGATTTAACA 128 2120
877209 N/A N/A 78477 78496 GAATTCCTGTTTATTGTCAT 64 2121
877240 N/A N/A 83109 83128 AGCTGAAAAACAAGTAATAC 112 2122
877264 N/A N/A 85425 85444 AATTAGAGAAAAAGACTAAA 117 2123
877288 N/A N/A 88395 88414 AAGAAAAGAACAACTGTCCT 75 2124
877312 N/A N/A 90592 90611 AGAGGACAAAAAATGATCTC 86 2125
877336 N/A N/A 92591 92610 ACATTATGAATGTCATTTGA 111 2126
877360 N/A N/A 94819 94838 TCCTGATTAACATTCTTTAA 76 2127
877384 N/A N/A 96218 96237 ATCTGCTTCATTTCTCTTGG 60 2128
877408 N/A N/A 99066 99085 GCAAATGATTTTACTGCTTA 52 2129
877432 N/A N/A 101696 101715 CTTATTTGCCTCCCATATCC 112 2130
877456 N/A N/A 104260 104279 TTTTTAAAGCCCTTCTCTAT 110 2131
877480 N/A N/A 106129 106148 CTACACTTCCAACTTTGTGT 97 2132
877504 N/A N/A 108958 108977 GAAACCTGTAAGAGACAGTC 111 2133
877528 N/A N/A 111524 111543 GTGTGATGTTAAATTGATTC 58 2134
877552 N/A N/A 113529 113548 CATTTTTATAGAAGGCAGAT 68 2135 877576 N/A N/A 116214 116233 ACTCTCCTACTAGACTGTAA 69 2136 877600 N/A N/A 118773 118792 ATTCTCTTCTTTTTATTCAG 64 2137 877624 N/A N/A 120519 120538 ATTAGGCCCTGGGTTTCTGA 87 2138 877648 N/A N/A 122804 122823 AAGATAAAACATATCCCTAA 83 2139 877672 N/A N/A 126378 126397 TTTATGTAAATTTACTTGTC 108 2140 877696 N/A N/A 128758 128777 TAAAGTCATTATAGTTGTAC 83 2141 877720 N/A N/A 133258 133277 AAAAAACAGGCTTCACATTT 127 2142 877744 N/A N/A 137015 137034 ATCTCTATAAGGAAACCTGA 120 2143 877768 N/A N/A 140412 140431 TTTAACAATCATTAGTATAT 88 2144 877792 N/A N/A 141884 141903 GAGAACATTCTTTGTAATAC 66 2145 877816 N/A N/A 144288 144307 TGAGAAGAACTGGATGTTCA 65 2146 Tabela 28 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 38 222 81587 81606 780619 N/A N/A CATAGTGTTTGAAGGAATAG 91 669 87844 87863 876010 304 323 3695 3714 AGACGATCAACAGAGGCACA 56 2147 876034 740 759 18639 18658 GTTAACGCACTTAACAATAT 46 2148 876058 875 894 21706 21725 TTCATAGCTTCCACCACAAT 72 2149 876082 1403 1422 N/A N/A TTTCTGAAATTAACATTTTG 88 2150 876106 1489 1508 35436 35455 AGCCACTTTCAGCCACTTCA 41 2151 876130 1867 1886 52781 52800 CTGAATCCATAGCACCTTCC 55 2152 876154 2537 2556 62158 62177 TTTCCTATACAAAATCCTCC 55 2153 876178 3212 3231 N/A N/A AAACTCTTCAGAGTTTCACA 108 2154 876202 3615 3634 N/A N/A CAAGAAAGGCATAGCAGCAA 77 2155 876226 3858 3877 82203 82222 AAGATGCAGTTTCTCTACTC 105 2156 876250 4383 4402 87287 87306 TTCAGCCTGTCCCTTGCTGA 91 2157 876274 4757 4776 92180 92199 CGTTTCCGGTCAATTACGGG 32 2158 876298 5151 5170 99157 99176 GGGAAGCTCTATCACAGGCC 31 2159 876322 5543 5562 100532 100551 TATAATGCCCATTTCTTCAA 99 2160 876346 5880 5899 113077 113096 GTGGCAAAGCACCACAAGCT 35 2161 876370 6606 6625 129751 129770 CCAAATGCTTGCATTCCTGC 73 2162 876394 7324 7343 142972 142991 TTTTGTGTTTTGATTCCTTG 65 2163 876418 8308 8327 146477 146496 TTTCATTAGTACTTTTAATG 120 2164 876442 9131 9150 147300 147319 AAATTGCAAATACAAAGTAA 137 2165 876466 N/A N/A 5103 5122 CTGGGTTGTCAAGTATAGCA 81 2166 876490 N/A N/A 7469 7488 TATCATGTTAAATGGCATCT 56 2167 876514 N/A N/A 9834 9853 CATATAATTTCTAAATTATG 126 2168 876538 N/A N/A 12900 12919 GTTGATATATTAAAATATAG 101 2169 876562 N/A N/A 15482 15501 ATTCTCATCTAGAATGCAAA 93 2170 876586 N/A N/A 17692 17711 TACTCTACATTTATAGTCAT 117 2171 876610 N/A N/A 19865 19884 GAAGGCTCACACCTTCAGAT 72 2172
876634 N/A N/A 22186 22205 TATACAACATTTAAGTTGGA 95 2173
25650 25669
25680 25699
25710 25729 876658 N/A N/A CATCTGTGTATAAATATGTA 85 2174 25740 25759
25804 25823
25868 25887
876682 N/A N/A 27649 27668 CTGATTCCCTCTCATGTCAT 63 2175
876706 N/A N/A 30201 30220 ACTCCTTGCTACAGCTTGTA 40 2176
876730 N/A N/A 32460 32479 GGTGAGATGAAAAAGGAGGA 64 2177
876754 N/A N/A 33697 33716 CTGTTTATCAAGTTCCCCCA 61 2178
876778 N/A N/A 36104 36123 GTTTTCACTGCAACTTCTGT 73 2179
876802 N/A N/A 38252 38271 TAAATGTGTTGGATGAATAC 104 2180
876826 N/A N/A 40280 40299 TAGAGTTTCATATCCCTTTG 58 2181
876850 N/A N/A 42247 42266 GAGTGGATTTATGTTACTGG 35 2182
876874 N/A N/A 45671 45690 CCACATCACAGCACTTACTT 60 2183
876898 N/A N/A 48092 48111 CATAGTCTGTAGGTAGTAGT 54 2184
876922 N/A N/A 50209 50228 CGTTAATAATTTTCAAACAA 145 2185
876946 N/A N/A 52275 52294 CTTGACCAGTAAAACGCAAT 72 2186
876970 N/A N/A 55359 55378 CAGAGTCTGTCCTCTTCACT 79 2187
876994 N/A N/A 57490 57509 GTTTATGTGATTTTAATTCA 60 2188
877018 N/A N/A 60774 60793 AAGCACTACAGAGCTCTGAT 75 2189
877042 N/A N/A 63004 63023 CTGACCAAAACTGGTGTTTT 131 2190
877066 N/A N/A 65861 65880 TTTCCTGGAATATTAACCAT 57 2191
877090 N/A N/A 67071 67090 AAAAGGTTTCTTAAGTGGGA 70 2192
877114 N/A N/A 70300 70319 CTGGCCTTCTGCTTAGAGAC 55 2193
877138 N/A N/A 72664 ,72683 ATATAATTTCTCATTAACCA 79 2194
877162 N/A N/A 73945 73964 TAATCAGATCTGTTTCCATT 52 2195
877186 N/A N/A 76016 76035 TATTTGAATTAATGATTTAA 155 2196
877210 N/A N/A 78507 78526 TATTCTCTATGAAGGAAGAT 72 2197
877241 N/A N/A 83229 83248 GACAAACAAATTATCAATTT 70 2198
877265 N/A N/A 86490 86509 TCTTTTACATGTCACACTAT 116 2199
877289 N/A N/A 88459 88478 TGTTGATATTTGCTTTCCGT 45 2200
877313 N/A N/A 90605 90624 TGAAAAATAAATGAGAGGAC 107 2201
877337 N/A N/A 92763 92782 GAGAATTTTCATCTTTGAGA 42 2202
877361 N/A N/A 94894 94913 TTATTTGTCCCCATACATGA 102 2203
877385 N/A N/A 96275 96294 GTAGCAGAATTAATATTTTT 59 2204
877409 N/A N/A 99079 99098 CCAACCTTGTTGAGCAAATG 109 2205
877433 N/A N/A 101710 101729 CACCTGAAAACTGTCTTATT 123 2206
877457 N/A N/A 104825 104844 ACTGGAATCAGAAATAGAAT 119 2207
877481 N/A N/A 106421 106440 AATTAAGCTGTCCAAGCGAA 150 2208
877505 N/A N/A 109331 109350 TGAATGTGAAGAATGCCCAT 97 2209
877529 N/A N/A 111530 111549 TAGCTTGTGTGATGTTAAAT 56 2210
877553 N/A N/A 113596 113615 GACTCATCTTTCCTCATTGG 52 2211
877577 N/A N/A 116216 116235 TGACTCTCCTACTAGACTGT 66 2212
877601 N/A N/A 118774 118793 CATTCTCTTCTTTTTATTCA 60 2213
877625 N/A N/A 120524 120543 AAAAGATTAGGCCCTGGGTT 71 2214
877649 N/A N/A 122888 122907 ATTATACATTTCCTTAGAAT 142 2215
877673 N/A N/A 126380 126399 TATTTATGTAAATTTACTTG 115 2216
877697 N/A N/A 128864 128883 ATTTTTACTGTGGACATAAA 96 2217
877721 N/A N/A 133263 133282 GGTACAAAAAACAGGCTTCA 55 2218
877745 N/A N/A 137032 137051 AACAAAGATGATGAACGATC 134 2219 877769 N/A N/A 140492 140511 ATGAATGAACAACGAGGAAT 145 2220 877793 N/A N/A 141955 141974 TGTGACAGAACTATGTCAAA 87 2221 877817 N/A N/A 144304 144323 AATATAGCATAGTAATTGAG 109 2222 Tabela 29 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 32 222 81588 81607 803627 N/A N/A CCATAGTGTTTGAAGGAATA 47 1789 87845 87864 876011 309 328 3700 3719 GTCCAAGACGATCAACAGAG 47 2223 876035 797 816 18696 18715 AGGGAATGTAAACAATGCAG 41 2224 876059 876 895 21707 21726 TTTCATAGCTTCCACCACAA 59 2225 876083 1408 1427 N/A N/A GTATTTTTCTGAAATTAACA 87 2226 876107 1490 1509 35437 35456 CAGCCACTTTCAGCCACTTC 49 2227 876131 1952 1971 52992 53011 TTCTTTGTAATCAAGTATCC 110 2228 876155 2558 2577 62179 62198 CCAAGCCAAGAAGGTTCAAC 51 2229 876179 3214 3233 N/A N/A TCAAACTCTTCAGAGTTTCA 97 2230 876203 3620 3639 80900 80919 GGAGGCAAGAAAGGCATAGC 46 2231 876227 3860 3879 82205 82224 GAAAGATGCAGTTTCTCTAC 59 2232 876251 4388 4407 87292 87311 TCAACTTCAGCCTGTCCCTT 105 2233 876275 4781 4800 92204 92223 TTTTCTCTCACTAGTTGTAA 48 2234 876299 5191 5210 99197 99216 TTTCATATAGTCGGATGATA 72 2235 876323 5566 5585 100555 100574 GTTCTTCACCATCATTAAAA 61 2236 876347 5979 5998 113176 113195 AAGCAGGCGATCCAAGGAAC 112 2237 876371 6645 6664 129790 129809 AAATGAGAGCTGTCCTCTGT 71 2238 876395 7354 7373 143002 143021 AGAGGGTTTTCACTCTCCCA 60 2239 876419 8313 8332 146482 146501 TGTTTTTTCATTAGTACTTT 91 2240 876443 9170 9189 147339 147358 AATATGGTATTCATTTTTTT 100 2241 876467 N/A N/A 5161 5180 ATGCTCAGGCTTGGGCAATT 64 2242 876491 N/A N/A 7474 7493 TGGAATATCATGTTAAATGG 65 2243 876515 N/A N/A 10519 10538 AAATAAATACTCAAGGCCAT 88 2244 876539 N/A N/A 13003 13022 TATTTTCACCCAACTCCATA 126 2245 876563 N/A N/A 15487 15506 TTTGCATTCTCATCTAGAAT 108 2246 876587 N/A N/A 17742 17761 ATCCTGAGTCCTGGAGAACC 99 2247 876611 N/A N/A 19889 19908 ATTGGGTTTTACTCTGCCTA 41 2248 876635 N/A N/A 22443 22462 CCACATGCAAAAATATTTCT 57 2249 25651 25670 25681 25700 25711 25730 876659 N/A N/A ACATCTGTGTATAAATATGT 61 2250 25741 25760 25805 25824 25869 25888 876683 N/A N/A 27820 27839 GATGAATATTCAATGGCATT 36 2251
876707 N/A N/A 30247 30266 AAAACACAAAGGCTCACGGA 73 2252
876731 N/A N/A 32510 32529 CTGTCAGTGCCCTGGCCACT 42 2253
876755 N/A N/A 33873 33892 GTGGCTAGCTTCTAGCCAAG 110 2254
876779 N/A N/A 36197 36216 TGTTATTATCATTCCTCTTT 95 2255
876803 N/A N/A 38423 38442 AAAGCCTTTTATATATGCAT 57 2256
876827 N/A N/A 40345 40364 CTTTTTAAGTCCTCCATATT 65 2257
876851 N/A N/A 42335 42354 AGAAAACAGCAGCCATAGTA 113 2258
876875 N/A N/A 45683 45702 AAGTGATTTTCTCCACATCA 62 2259
876899 N/A N/A 48094 48113 TGCATAGTCTGTAGGTAGTA 23 2260
876923 N/A N/A 50229 50248 TGTTGTCACCCTTGTAAAAT 85 2261
876947 N/A N/A 52382 52401 AATTCACTGAGGGTTAGAAT 82 2262
876971 N/A N/A 55369 55388 AGCACATCCCCAGAGTCTGT 76 2263
876995 N/A N/A 57777 57796 TAAATTGAAAGAATAGTAGA 147 2264
877019 N/A N/A 60820 60839 AAATGCCCACCAGTCTCCAA 93 2265
877043 N/A N/A 63105 63124 AAACCTTGATGTATAAAGGC 115 2266
877067 N/A N/A 65930 65949 TACACAAGCCACGAAAGGAT 72 2267
877091 N/A N/A 67193 67212 TCTTCATTGACACACCACAC 52 2268
877115 N/A N/A 70305 70324 TCACTCTGGCCTTCTGCTTA 76 2269
877139 N/A N/A 72670 72689 ATATCCATATAATTTCTCAT 97 2270
877163 N/A N/A 74025 74044 GAATTAAATGATTAAAGTAT 91 2271
877187 N/A N/A 76071 76090 TTTTGTAAATTATTTCCAGA 80 2272
877211 N/A N/A 78563 78582 AAAAATTATTTTACTGAGTC 158 2273
877242 N/A N/A 83232 83251 TGAGACAAACAAATTATCAA 55 2274
877266 N/A N/A 86571 86590 CGCTGTTGAAGAAACCTAGT 62 2275
877290 N/A N/A 88524 88543 GAGCCTGGAGGGAAAGACAC 99 2276
877314 N/A N/A 90620 90639 GATCAAAGGCAAATATGAAA 81 2277
877338 N/A N/A 92815 92834 ATTTCTAGCAAGGTAATATG 82 2278
877362 N/A N/A 94924 94943 GTACAGGATGCAGCTACCTA 56 2279
877386 N/A N/A 96286 96305 GTTACTAGAATGTAGCAGAA 74 2280
877410 N/A N/A 99359 99378 CATCTCCCTAATTTCTCTAA 92 2281
877434 N/A N/A 101744 101763 GTCATTTTATAAAATATGGC 95 2282
877458 N/A N/A 104836 104855 AACTGTTACATACTGGAATC 109 2283
877482 N/A N/A 106589 106608 ATGTGCAATTTAATATAATT 89 2284
877506 N/A N/A 109785 109804 ACTTGTGGCCCACAGGTCGC 87 2285
877530 N/A N/A 111542 111561 TGTTGAAATGTATAGCTTGT 57 2286
877554 N/A N/A 113660 113679 GACATGTGAGATGGTCATGC 55 2287
877578 N/A N/A 116500 116519 TCTTCATAGCTTAAAGTAAA 79 2288
877602 N/A N/A 118817 118836 GAATCTACAAATCTAACTTT 118 2289
877626 N/A N/A 120677 120696 AAAATTGGAGGCAGAGTTTA 94 2290
877650 N/A N/A 122924 122943 ATATTGTTACAGATACAATG 90 2291
877674 N/A N/A 126393 126412 CTCCATAATCCTATATTTAT 83 2292
877698 N/A N/A 128986 129005 AAGTATGTCTAAGCTTTTTA 59 2293
877722 N/A N/A 133331 133350 TTGAAATTTTTCTTTGACCA 36 2294
877746 N/A N/A 137262 137281 TTTCCATCTTAAATGATTAG 86 2295
877770 N/A N/A 140513 140532 AATAGAAGAAGGCACTACAG 111 2296
877794 N/A N/A 142230 142249 AAATAAAAATATAAAGTGGC 154 2297
877818 N/A N/A 144312 144331 TGAGGCAAAATATAGCATAG 93 2298
Tabela 30 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 43 222 81590 81609 780620 N/A N/A AGCCATAGTGTTTGAAGGAA 28 670 87847 87866 876013 339 358 3730 3749 CTGCTGCACACTCGCGACTC 55 2299 876037 821 840 N/A N/A TCCACATTATTGCAAGGAAT 51 2300 876061 930 949 21761 21780 CCTATGGAGCAAACAGCAAC 89 2301 876085 1455 1474 35402 35421 CTTCTGCATTAACTCCAAAA 49 2302 876109 1493 1512 35440 35459 TTACAGCCACTTTCAGCCAC 33 2303 876133 2042 2061 53082 53101 TTAGTCTGTATTTCAGCAAC 81 2304 876157 2626 2645 65464 65483 TTCTTGCTAGTGTAGATGCT 48 2305 876181 3216 3235 N/A N/A TGTCAAACTCTTCAGAGTTT 40 2306 876205 3703 3722 N/A N/A AAGACCGCAAGTGTGGAAGA 56 2307 876229 3929 3948 83924 83943 CTGACATCCAGAGATGTCAG 89 2308 876253 4432 4451 N/A N/A AAGAAGCGCGAGCCTTTATA 103 2309 876277 4877 4896 93338 93357 AACTGCAGTGCTGGGTCTTG 49 2310 876301 5194 5.213 99200 99219 GCATTTCATATAGTCGGATG 22 2311 876325 5610 5629 100599 100618 TTCCTCTGCTTTCTTCATCA 56 2312 876349 6023 6042 113220 113239 ATCCTGTGCTGTAGGGTTCT 58 2313 876373 6689 6708 N/A N/A TCAGCAACTTCCTCAGAAGT 97 2314 876397 7400 7419 143048 143067 TGGCCTCCTCCAGTTCCTAT 73 2315 876421 8402 8421 146571 146590 CTATTATGTCTAGGAAAGAC 138 2316 876445 N/A N/A 3487 3506 CTCCTTAAGAGTCCGGGTTT 103 2317 876469 N/A N/A 5188 5207 TGACACTCATAACTACTCCG 68 2318 876493 N/A N/A 7785 7804 AATACAATTAAATTGGTAGT 97 2319 876517 N/A N/A 10746 10765 AAAATCTACAACTTAACCAG 107 2320 876541 N/A N/A 13064 13083 AAAAAGTTAAAAGCACTACT 90 2321 876565 N/A N/A 15570 15589 CTTTAAGAATATCTCCTACA 97 2322 876589 N/A N/A 17908 17927 AGTGATCAACATTCATTTTT 58 2323 876613 N/A N/A 19993 20012 TTATTGTTCAGCCCCACCCA 92 2324 876637 N/A N/A 22715 22734 CTATCCTGTGAACAATATTG 74 2325 25662 25681 25692 25711 25722 25741 876661 N/A N/A TATATTTATATACATCTGTG 60 2326 25752 25771 25816 25835 25880 25899 876685 N/A N/A 27910 27929 AGTTAAGTGAAACATTAGCT 98 2327 876709 N/A N/A 30373 30392 AACAAATAGACGGTCAAGAT 58 2328 876733 N/A N/A 32619 32638 TCCCTGTCCAGACCTCTTTA 83 2329 876757 N/A N/A 33996 34015 ATACTGCCAGAGCCTGAAAA 81 2330 876781 N/A N/A 36419 36438 TTAGTTAGACTGATGTTAAA 96 2331 876805 N/A N/A 38456 38475 GAAGAAATTATTTGTGCCTC 56 2332 876829 N/A N/A 40740 40759 GAGGTCCTACTATTCAAATG 49 2333 876853 N/A N/A 42906 42925 CTTCTCTTTTTCATACTCAG 47 2334 876877 N/A N/A 46382 46401 AGAAGACTGGTTTTACTTTA 78 2335 876901 N/A N/A 48096 48115 GGTGCATAGTCTGTAGGTAG 28 2336
876925 N/A N/A 50288 50307 TTCACAGGTGTGTATTTCAC 62 2337 876949 N/A N/A 52569 52588 AAATCAGTATCCTTGATTTT 92 2338 876973 N/A N/A 55733 55752 GGAAAAAGAACTAATACCCT 97 2339 876997 N/A N/A 57805 57824 AAAATCCTGTTGGGTAGAAA 84 2340 877021 N/A N/A 61061 61080 CCCTTACAGCTAGCAAGCAA 75 2341 877045 N/A N/A 63132 63151 AACTTTTGGAGCCTACTGAG 79 2342 877069 N/A N/A 66149 66168 TCATTATATATTTCACCATA 47 2343 877093 N/A N/A 67368 67387 TAAGAATAAGGTATAAATCA 114 2344 877117 N/A N/A 70856 70875 ATTTTAAATTCCCCTACTCT 87 2345 877141 N/A N/A 72684 72703 TGAGTGAAAAAGCTATATCC 52 2346 877165 N/A N/A 74316 74335 AGAGCTATCCTATCAACAAA 83 2347 877189 N/A N/A 76262 76281 CTTACACACCTCTGGTAACT 47 2348 877213 N/A N/A 78841 78860 TTTGTCTGTGCTCTGAACTT 69 2349 877244 N/A N/A 83428 83447 CCTAATTGGAGTAATTTCTT 89 2350 877268 N/A N/A 86896 86915 TCCATACAGTCTACCAGGTT 50 2351 877292 N/A N/A 89032 89051 GGCATCAAAAACATTTTCTC 23 2352 877316 N/A N/A 90814 90833 AGATGCCTGCTCTGCTAATG 83 2353 877340 N/A N/A 93050 93069 TTCACACATAAGTAGAAATT 106 2354 877364 N/A N/A 95117 95136 CTGTATAAGATATACCCATC 35 2355 877388 N/A N/A 96349 96368 TGCTATTCATATAGAGTCTC 27 2356 877412 N/A N/A 99735 99754 ATTTTGGAAACCAGTAACAC 94 2357 877436 N/A N/A 101885 101904 TTTGAGTATGTCACCATGTA 59 2358 877460 N/A N/A 104875 104894 ATTAGTTAGGATTGTTGGTA 62 2359 877484 N/A N/A 106759 106778 AGGATTCTCAGATACAGTGT 99 2360 877508 N/A N/A 109926 109945 AATCCTATGGTGAGTACCTC 94 2361 877532 N/A N/A 111674 111693 GATCCAATGGCAACAACCCT 97 2362 877556 N/A N/A 113970 113989 GGAATGTAAGGTGACTCTCA 80 2363 877580 N/A N/A 116687 116706 AGACTAGCAAAATAGCTTTT 97 2364 877604 N/A N/A 118908 118927 GTGGACCTGAATTTGATTTG 58 2365 877628 N/A N/A 120831 120850 AGGAAGATTCATTAAACGGA 76 2366 877652 N/A N/A 123128 123147 AAAGATGGAGCTCAGCAGTC 89 2367 877676 N/A N/A 126731 126750 TTTGCCTTATAACTATTTTT 92 2368 877700 N/A N/A 129195 129214 ATTCTGTTTTTGATCTGGAG 78 2369 877724 N/A N/A 133350 133369 CCTTGCCCAATTCCATCCAT 49 2370 877748 N/A N/A 138041 138060 TATTCTTGTTTGAAACTGGT 46 2371 877772 N/A N/A 140642 140661 CCCTCACACTAGATTATGAG 72 2372 877796 N/A N/A 142347 142366 AGAAAAACTGTCAGATGAAT 116 2373 877820 N/A N/A 144537 144556 ATATTCTAGTGAAGAGACTA 164 2374 Tabela 31 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 19 222 81593 81612 780621 N/A N/A AAAAGCCATAGTGTTTGAAG 35 671 87850 87869
876016 395 414 10419 10438 CTTTGCATTGTACCTGGACA 37 2375
876040 825 844 N/A N/A GACTTCCACATTATTGCAAG 36 2376
876064 1070 1089 N/A N/A ATAGTCTCAGTGAGGAGGGC 50 2377
876088 1468 1487 35415 35434 GAGAATGTATATGCTTCTGC 15 2378
876112 1539 1558 37588 37607 TATATCCAGGGAAGTGTTGC 71 2379
876136 2091 2110 56025 56044 AGAAAAAGATGCTGACAATT 86 2380
876160 2802 2.821 N/A N/A GCCTTCACTTCCTTCACTAT 59 2381
876184 3223 3242 76357 76376 CCAAATGTGTCAAACTCTTC 39 2382
876208 3791 3810 82136 82155 TTATGGCTAAATAAGAGTTC 69 2383
876232 4012 4031 84007 84026 GATGCAGTTCATCCAAAGGA 35 2384
876256 4609 4628 88710 88729 TTTTCCGAAGTTTTGCCAAA 73 2385
876280 4967 4986 98115 98134 GGGTGTTTTGGACAACCTTC 37 2386
876304 5198 5217 99204 99223 TAAGGCATTTCATATAGTCG 48 2387
876328 5647 5666 101285 101304 TGAGCCTTGGTTGATCTGGA 21 2388
876352 6072 6091 118405 118424 AATCATGGCTGAGTGGAGGT 80 2389
876376 6738 6757 132448 132467 TTCCTTTTCAACAGGAAGAT 68 2390
876400 7495 7514 N/A N/A TTCCTAGCTGTGCTGTCATC 91 2391
876424 8539 8558 146708 146727 GAAGCAGATTAGAAAACAAG 86 2392
876448 N/A N/A 3736 3755 CTTTACCTGCTGCACACTCG 63 2393
876472 N/A N/A 5572 5591 CCAGAGACTGGAAATGAAAG 95 2394
876496 N/A N/A 7851 7870 TCCATTAATCTATTCAATTA 78 2395
876520 N/A N/A 10808 10827 GTATCGATTCTATTATTAAA 71 2396
876544 N/A N/A 13929 13948 AATCAAGCTACCCTAATCCT 95 2397
876568 N/A N/A 15860 15879 TAAATGAGATAAACTCCCAG 96 2398
876592 N/A N/A 18000 18019 TATTGGGCAACAACCTGAAA 95 2399
876616 N/A N/A 20210 20229 TTTTAGCTGCTACTTTCTTG 84 2400
876640 N/A N/A 23220 23239 GATACATAAAAAAGAGTAAA 135 2401
876664 N/A N/A 26207 26226 AGATTAAAACATTATCAGAT 84 2402
876688 N/A N/A 28199 28218 ACAACTGTTAGTTTCCTTGA 55 2403
876712 N/A N/A 30796 30815 TTTCAAAAGCATATGCAGCA 51 2404
876736 N/A N/A 32794 32813 CAGTCGAAATTTCACAAAGT 66 2405
876760 N/A N/A 34084 34103 CTTAAGTACTGCTTTTAAAA 69 2406
876784 N/A N/A 36835 36854 CCTCCCCTCCTTGGGTAACC 93 2407
876808 N/A N/A 38630 38649 TCAGCCTTTCCTTCCACACT 74 2408
876832 N/A N/A 40891 40910 TATTACACCTTAAGAAGATG 106 2409
876856 N/A N/A 42932 42951 TTACACAATTTAAATGTAAT 104 2410
876880 N/A N/A 46724 46743 TTAGTTCCAGAAAATACTAT 71 2411
876904 N/A N/A 48100 48119 CCAGGGTGCATAGTCTGTAG 44 2412
876928 N/A N/A 50374 50393 CTTCTACAAAAAAAAGTCAG 87 2413
876952 N/A N/A 52953 52972 CACTGAATTTCTAGGAAAAT 117 2414
876976 N/A N/A 56393 56412 AGAATACTGAGCAAAGACAA 88 2415
877000 N/A N/A 58100 58119 GTCTAACACAACTCCACCCT 95 2416
877024 N/A N/A 61215 61234 CCAAGATAACAGGTAATAGA 60 2417
877048 N/A N/A 63290 63309 CTTCCAGACTGGTGATAGCA 97 2418
877072 N/A N/A 66302 66321 AGACACAATATTTTGGAACA 53 2419
877096 N/A N/A 67753 67772 GTTAGAAATTTTAAAAGACT 86 2420
877120 N/A N/A 71190 71209 CTGGAATAGGGTCTAGCAGC 37 2421
877144 N/A N/A 72946 72965 AAAAATGGGCCCCTATTAAA 102 2422
877168 N/A N/A 74838 74857 TCCCTTAAATATACTTAAAA 101 2423
877192 N/A N/A 76677 76696 GTTGTTAAAACTCATTGCTA 38 2424
877216 N/A N/A 79254 79273 GACCACTTCTCAAACTATTA 64 2425
877247 N/A N/A 83670 83689 CTCCCAAACAATCTATGTCA 41 2426 877271 N/A N/A 87005 87024 AACCGATCAAAGTACCTAGC 36 2427 877295 N/A N/A 89220 89239 CACAGTGACAAAATTCATGA 50 2428 877319 N/A N/A 91037 91056 TATCTCTTAACCCAGAGAAT 79 2429 877343 N/A N/A 93174 93193 CTGGGACTAGAAGCTGTGCA 37 2430 877367 N/A N/A 95220 ,95239 ACTTAATTACTCCACAGAAT 91 2431 877391 N/A N/A 96751 96770 TTCTCTCATTTGAATATCAG 63 2432 877415 N/A N/A 99949 99968 TAAAAAGAGTTAAATCCCCT 88 2433 877439 N/A N/A 102322 102341 TGTACAAAGTATATCTTTTT 45 2434 877463 N/A N/A 104975 104994 ATTAGATTGTAAATATGTTA 147 2435 877487 N/A N/A 106908 106927 CCAAGTTTCTACATTTCTAA 64 2436 877511 N/A N/A 110185 110204 TTGTTGAGAAAAGCACAGAT 94 2437 877535 N/A N/A 111992 112011 CATTGGCATTCATTCAATCC 73 2438 877559 N/A N/A 114281 114300 GGTATCTGCAAGGAACCTCA 87 2439 877583 N/A N/A 117201 117220 TTCAATTGTATGAGGGCCTG 102 2440 877607 N/A N/A 119250 119269 TTACTTCCTGCTCAAACTGA 99 2441 877631 N/A N/A 121200 121219 CAGGAGCTCTGCTCTCAGGC 67 2442 877655 N/A N/A 123752 123771 GTACTACTCTTTCTTTCTTT 62 2443 877679 N/A N/A 126891 126910 TTTTTTCTGATTTGATTTGT 81 2444 877703 N/A N/A 129329 129348 GCATGCAATTCTATATTGCA 100 2445 877727 N/A N/A 133490 133509 CCCACTTCCTTCCAACAAGG 77 2446 877751 N/A N/A 138235 138254 GAAAGGTTATTGCCCAAGTT 45 2447 877775 N/A N/A 140814 140833 GCCACATCAGCATGGCAAAC 50 2448 877799 N/A N/A 142668 142687 TACCAAAGCTATCTAATTCA 99 2449 877823 N/A N/A 144798 144817 TTAAACGAGGTAATGTGTGT 60 2450 Tabela 32 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 37 222 81594 81613 803631 N/A N/A AAAAAGCCATAGTGTTTGAA 80 1793 87851 87870 876017 400 419 10424 10443 TTAAGCTTTGCATTGTACCT 40 2451 876041 827 846 N/A N/A AGGACTTCCACATTATTGCA 37 2452 876065 1084 1103 29345 29364 CTTGATTTAAGAAAATAGTC 83 2453 876089 1469 1488 35416 35435 GGAGAATGTATATGCTTCTG 27 2454 876113 1555 1574 37604 37623 GGACCACTGCTGCCATTATA 43 2455 876137 2130 2149 56064 56083 GAATATTACTAAGTCAAATG 84 2456 876161 2843 2862 71686 71705 CCTACACTAATTGAATTAGA 52 2457 876185 3224 3243 76358 76377 TCCAAATGTGTCAAACTCTT 31 2458 876209 3796 3815 82141 82160 TCTGATTATGGCTAAATAAG 41 2459 876233 4017 4036 84012 84031 GTTAAGATGCAGTTCATCCA 55 2460 876257 4621 4640 88722 88741 CGTTTATGATGGTTTTCCGA 79 2461 876281 5042 5061 98190 98209 GACATGTAGTTCTTTGGAAA 44 2462 876305 5199 5218 99205 99224 ATAAGGCATTTCATATAGTC 74 2463
876329 5648 5667 101286 101305 GTGAGCCTTGGTTGATCTGG 55 2464
876353 6093 6112 118426 118445 GGGTTTCAGGTCTCGGTATA 72 2465
876377 6777 6796 132487 132506 CAGGAGAGTACCAGACTGTG 71 2466
876401 7516 7535 145119 145138 CCAGCATGACATTTTTAAGG 37 2467
876425 8551 8570 146720 146739 AAGCATTAGAATGAAGCAGA 56 2468
876449 N/A N/A 3738 3757 GCCTTTACCTGCTGCACACT 69 2469
876473 N/A N/A 5806 5825 CTCTAAATTAATTACTTAAC 97 2470
876497 N/A N/A 7895 7914 TGATTAAATAGAATCTCTGG 89 2471
876521 N/A N/A 10905 10924 AAATGTACTATTTAAAGACA 84 2472
876545 N/A N/A 13978 13997 GGCTGTCCCATCACTAGGTC 40 2473
876569 N/A N/A 15888 15907 GTTAGACTTATCAAGCTCTA 41 2474
876593 N/A N/A 18037 18056 TTTGATCAAGCCAGTAAGTT 47 2475
876617 N/A N/A 20433 20452 TGTTTAAAAAAAGGCTGTTT 88 2476
876641 N/A N/A 23260 23279 ATTATCTTAGGGAAAGGACA 83 2477
876665 N/A N/A 26250 26269 TGTGCTACTCTGACACCTGG 41 2478
876689 N/A N/A 28210 28229 GTATATTTGTCACAACTGTT 52 2479
876713 N/A N/A 30800 30819 GCTTTTTCAAAAGCATATGC 35 2480
876737 N/A N/A 32826 32845 TGTAACCAGTCCTCAGACAC 73 2481
876761 N/A N/A 34100 34119 ACATAAAAAGTTTTAACTTA 105 2482
876785 N/A N/A 36869 36888 AAAGTCCCAGTTTAAACACA 73 2483
876809 N/A N/A 38643 38662 TTTTCTTTGGGCCTCAGCCT 110 2484
876833 N/A N/A 40900 40919 GAGGCTGCCTATTACACCTT 60 2485
876857 N/A N/A 42939 42958 TTTTGCATTACACAATTTAA 74 2486
876881 N/A N/A 46818 46837 TGGAGTTAGGCCATATGAAT 45 2487
876905 N/A N/A 48102 48121 GTCCAGGGTGCATAGTCTGT 28 2488
876929 N/A N/A 50419 50438 TACCAGTATCTTAAATTCAG 93 2489
876953 N/A N/A 53117 53136 AGTTCCCAAATTCTTTCCAA 86 2490
876977 N/A N/A 56418 56437 AATGGCAGGGCTCTTACATT 45 2491
877001 N/A N/A 58449 58468 GAGCCACCCTGCATGAAGCT 74 2492
877025 N/A N/A 61291 61310 GCACTGCATGCTGGCCCTAC 122 2493
877049 N/A N/A 63355 63374 TTATATAATGTGGTGAATGG 124 2494
877073 N/A N/A 66309 66328 TGACTTGAGACACAATATTT 52 2495
877097 N/A N/A 67953 67972 ATTGTGAACAAAGAAAATCC 110 2496
877121 N/A N/A 71306 71325 CAAATCAATCAACGGTTACA 60 2497
877145 N/A N/A 73081 73100 TAATTGGAGGAAATTCAACC 113 2498
877169 N/A N/A 74847 74866 GAAAAAACATCCCTTAAATA 119 2499
877193 N/A N/A 77052 77071 TAAAAGTTGTAATATTCATT 88 2500
877217 N/A N/A 79613 79632 TTCAGAGTCTTGAGTTTCAT 51 2501
877248 N/A N/A 84372 84391 TCTTTAGATTGTGTAATTGG 43 2502
877272 N/A N/A 87027 87046 CACTTTTAGCATATTTGTCA 80 2503
877296 N/A N/A 89765 89784 AAATGGAACAGAACTAAGCT 100 2504
877320 N/A N/A 91067 91086 CAAATGGTTACTCAAGAGAC 68 2505
877344 N/A N/A 93198 93217 ATTTCAGCATAGCTAGTGAC 102 2506
877368 N/A N/A 95236 95255 CTTTCATGGAGTTTCAACTT 100 2507
877392 N/A N/A 96941 96960 TCCCATGTTGTGTACTTTAT 36 2508
877416 N/A N/A 100066 100085 TGCACACAACACAAGTGATT 64 2509
877440 N/A N/A 102409 102428 TCTCCATTCCACAACATATA 98 2510
877464 N/A N/A 105094 105113 ATGGAAAGCCTCTACCTATT 111 2511
877488 N/A N/A 106972 106991 TGGAGGCAGCTAGGAGTCTG 100 2512
877512 N/A N/A 110233 110252 CAAAGGCCTAAAGCCAATTA 128 2513
877536 N/A N/A 112047 112066 AGGCCTTCCAGACCTTCTCG 108 2514
877560 N/A N/A 114295 114314 GATATAAAGCCTCTGGTATC 98 2515 877584 N/A N/A 117209 117228 CCTGAACTTTCAATTGTATG 73 2516 877608 N/A N/A 119259 119278 CTAAATGATTTACTTCCTGC 77 2517 877632 N/A N/A 121414 121433 TGCCATAGGACCCAGAATTA 146 2518 877656 N/A N/A 124006 124025 CAGAAAGTTATCAAATATGT 90 2519 877680 N/A N/A 126954 126973 AGCTCGAAAAAGAAATTGCA 80 2520 877704 N/A N/A 129393 129412 TAACTTGAAAAGAAAATCTC 105 2521 877728 N/A N/A 133512 133531 CCTAATCACATTGACAACTG 101 2522 877752 N/A N/A 138252 138271 GAGATGACTGAAGATGTGAA 73 2523 877776 N/A N/A 140877 140896 TTTCCCTTTCAACCTAAGAC 99 2524 877800 N/A N/A 142754 142773 CTTTACTTGAAGCATAAATT 93 2525 877824 N/A N/A 144813 144832 CCCAAAGTTACAATGTTAAA 72 2526 Tabela 33 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 38 222 81596 81615 780622 N/A N/A CTAAAAAGCCATAGTGTTTG 53 672 87853 87872 876019 486 505 13752 13771 ACTGGCATTATGAACTGTTA 37 2527 876043 829 848 21660 21679 TGAGGACTTCCACATTATTG 47 2528 876067 1156 1175 29417 29436 CTTCCAGCCAAAACAATTTA 99 2529 876091 1472 1491 35419 35438 TCAGGAGAATGTATATGCTT 47 2530 876115 1613 1632 37662 37681 GCCTCCAGCTGCACTGGTAA 58 2531 876139 2223 2242 56231 56250 GTAATCATCCATAGCTACTT 31 2532 876163 2867 2886 71710 71729 AATACGGCATCTCGGTAAAA 77 2533 876187 3227 3246 76361 76380 AAGTCCAAATGTGTCAAACT 44 2534 876211 3799 3818 82144 82163 TGATCTGATTATGGCTAAAT 49 2535 876235 4053 4072 84048 84067 GTCTTTGGCTTTACATCCTA 48 2536 876259 4697 4716 92120 92139 TTTTCAAGTTCTACATAGCA 59 2537 876283 5045 5064 98193 98212 TGTGACATGTAGTTCTTTGG 38 2538 876307 5251 5270 99257 99276 GTGAAATCTCAAGTAATCGA 74 2539 876331 5651 5670 101289 101308 ATGGTGAGCCTTGGTTGATC 57 2540 876355 6160 6179 118493 118512 TGCCGTAGTCAGCAATCTTT 86 2541 876379 6821 6840 132531 132550 TTTTCTAGGGTATGTCTCTT 88 2542 876403 7579 7598 N/A N/A AGCAAGATTGTATCTCTTTC 78 2543 876427 8599 8618 146768 146787 AATGATGTAGGATCTGCAGC 65 2544 876451 N/A N/A 3760 3779 AATGAGTTGAAGTGAAAACA 130 2545 876475 N/A N/A 6080. 6099 TATCAACAGATTAACAAAGA 111 2546 876499 N/A N/A 7975 7994 TTGGTGAAGCAACAGTATCA 42 2547 876523 N/A N/A 10994 11013 TACAGATGTGCTGAAAGTTA 112 2548 876547 N/A N/A 14093 14112 TAAAACCAATGTATTGAATG 84 2549 876571 N/A N/A 16270 16289 ATAACTGTGTTCTACTTTTC 82 2550 876595 N/A N/A 18575 18594 AGACTTAAAAATGAAAGACA 106 2551 876619 N/A N/A 20584 20603 AAAATATAAGTCTTAGGGAC 89 2552
876643 N/A N/A 23603 23622 GTGCCTAAAAAAGAATGTAT 49 2553
876667 N/A N/A 26400 26419 AGTAGCATTTCCCTGATCAC 49 2554
876691 N/A N/A 100 29120 AAAAAAAAACCTAATAGACG 118 2555
876715 N/A N/A 30926 30945 AAATATCTCTAACAACAATT 88 2556
876739 N/A N/A 33082 33101 GTAGCCATTTTTTCTAAAAA 51 2557
876763 N/A N/A 34583 34602 TAATGATTAAGGAATAATTT 124 2558
876787 N/A N/A 36936 36955 ATCAGAACCATGTTCTCACT 95 2559
876811 N/A N/A 38784 38803 CTATCATCCTCTGCACCACA 96 2560
876835 N/A N/A 41037 41056 CCCTCCTCCAACTTTCAGTC 89 2561
876859 N/A N/A 43022 43041 TATGTCTTTATTCTTAACAT 67 2562
876883 N/A N/A 47044 47063 TATTCAGCTTTCTTTGCTTT 93 2563
876907 N/A N/A 48276 48295 GATACTTTTAAATCTAATAG 116 2564
876931 N/A N/A 50755 50774 CTTCTTTTACCTCCAAACCC 81 2565
876955 N/A N/A 53306 53325 AATGGTGAATAACCATGCTG 76 2566
876979 N/A N/A 56534 56553 CCTAAAGGACCCTATTACTT 99 2567
877003 N/A N/A 59266 59285 CAGTGCCCAGGTGGTAATGA 73 2568
877027 N/A N/A 61418 61437 TCTCTCAGTCTTCAACCTTC 93 2569
877051 N/A N/A 63467 63486 ATGTGCAAAACACTAGTATC 74 2570
877075 N/A N/A 66552 66571 ATTGTCAGGAAGCAAATGAT 60 2571
877099 N/A N/A 68281 68300 TGAAAAATATGAATACCTCA 100 2572
877123 N/A N/A 71767 71786 ACAATTTAACTTACCAAGGA 152 2573
877147 N/A N/A 73109 73128 GATGAAACTGGCACCAAGAA 100 2574
877171 N/A N/A 74897 74916 GTGGGTCACCTTTCTTTCTT 43 2575
877195 N/A N/A 77106 77125 ATCAAAGAGGACTCATTAAT 116 2576
877219 N/A N/A 79825 79844 CAAATCTACCGTTTCTAGGA 84 2577
877250 N/A N/A 84428 84447 GTTAACTAGTTGCTATATGA 54 2578
877274 N/A N/A 87487 87506 ACTCGGAAAGTTTCCCAATT 63 2579
877298 N/A N/A 89963 89982 GAATAGGAAAGTCTACAAAT 72 2580
877322 N/A N/A 91301 91320 TAATATCCAGAGTGCCGTTA 52 2581
877346 N/A N/A 93489 93508 CTTAACTAAACCCAAATTCT 116 2582
877370 N/A N/A 95491 95510 TCAGACAAGTTGCTCTTGGT 31 2583
877394 N/A N/A 97213 97232 AAGAGGTTTGTATTTAATTT 68 2584
877418 N/A N/A 100658 100677 CACTTCATAAGTATTGAAGG 53 2585
877442 N/A N/A 102464 102483 AATAGTTCTCACCACATAAA 101 2586
877466 N/A N/A 130001 105220 TCTCATATAGTGCCTTGAAA 65 2587
877490 N/A N/A 107094 107113 AGTCATGTTCAATAAAAATA 124 2588
877514 N/A N/A 110289 110308 AGGTGGGAATATTCTAAGTA 48 2589
877538 N/A N/A 112191 112210 CTACAAAAGTTTACCGAGGA 67 2590
877562 N/A N/A 114372 114391 GAAAGATTCAGATAATCCTT 130 2591
877586 N/A N/A 117360 117379 ATAATTTCTCACAAGACTTA 85 2592
877610 N/A N/A 119341 119360 GTAATTTTACTTACAAATAA 101 2593
877634 N/A N/A 121663 121682 TAAGAGAAATTTATGAATTA 108 2594
877658 N/A N/A 124138 124157 AACCTAAAGACATCCAATCA 86 2595
877682 N/A N/A 127082 127101 CAACAGGACCAAATAGGAAT 78 2596
877706 N/A N/A 130011 130030 GGGACCCTGAGCTAAGACAT 99 2597
877730 N/A N/A 134153 134172 AAATGGCCTTAATGTTCTCC 71 2598
877754 N/A N/A 138408 138427 TTTGTGACTCAAAGCTAATA 76 2599
877778 N/A N/A 140926 140945 CCATTTTCCCCTTTTAAACA 79 2600
877802 N/A N/A 143250 143269 AAGACCATCCATATGACACT 89 2601
877826 N/A N/A 144863 144882 AACAGCTTAACCTTTCTATA 88 2602
Tabela 34 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 44 222 876020 528 547 13794 13813 GAGGAGATCTAAGGTCTTCA 37 2603 876044 830 849 21661 21680 ATGAGGACTTCCACATTATT 110 2604 876068 1161 1180 29422 29441 ACAGGCTTCCAGCCAAAACA 15 2605 876092 1473 1492 35420 35439 TTCAGGAGAATGTATATGCT 93 2606 876116 1637 1656 37686 37705 ATAAAATGTAAAATAGCTCG 56 2607 876140 2262 2281 56270 56289 ATTCTGATCACACGCTCTCT 46 2608 876164 2869 2888 71712 71731 GTAATACGGCATCTCGGTAA 84 2609 876188 3228 3247 76362 76381 CAAGTCCAAATGTGTCAAAC 97 2610 876212 3800 3819 82145 82164 CTGATCTGATTATGGCTAAA 66 2611 876236 4144 4163 86639 86658 TTTTACCACTCCCAGTATTT 76 2612 876260 4725 4744 92148 92167 CACATTTTTACGCTCCGATA 49 2613 876284 5046 5065 98194 98213 CTGTGACATGTAGTTCTTTG 65 2614 876308 5338 5357 100190 100209 CTTCAGGAGACCAATTTAAG 75 2615 876332 5652 5671 101290 101309 AATGGTGAGCCTTGGTTGAT 126 2616 876356 6204 6223 118537 118556 GCCCTCTGATGTTTTTATCC 31 2617 876380 6826 6845 132536 132555 TCATCTTTTCTAGGGTATGT 38 2618 876404 7660 7679 145829 145848 TTTCAGCTAATTCTTTTCTC 100 2619 876428 8683 8702 146852 146871 GAAAAGTGTTAGATATTTAT 34 2620 876452 N/A N/A 3761 3780 GAATGAGTTGAAGTGAAAAC 53 2621 876476 N/A N/A 6208 6227 ATCCAGTAATCTCATCGCTG 50 2622 876500 N/A N/A 8095 8114 ATTCTGAACAGCTTCTGGTG 102 2623 876524 N/A N/A 11128 11147 TTTTCCTGGAAACACATTCT 71 2624 876548 N/A N/A 14203 14222 AAGGGCAGGAATGACCACTA 127 2625 876572 N/A N/A 16432 16451 GCAATTGAAGAAAGTCTACT 81 2626 876596 N/A N/A 18903 18922 GTTTCTCCAGCACCAAGCCC 126 2627 876620 N/A N/A 20690 20709 TTCCAGAAGGGCAACCAATG 89 2628 876644 N/A N/A 23667 23686 GAACTGGACAAGTTAATCCT 57 2629 876668 N/A N/A 26426 26445 TGCTGTTCTAGACAATTTGG 73 2630 876692 N/A N/A 29204 29223 AAGCCTTGGTCAATTATAAA 131 2631 876716 N/A N/A 30940 30959 CACTTGCCATTATCAAATAT 100 2632 876740 N/A N/A 33139 33158 TGTATGCAACCTTGGGACCT 56 2633 876764 N/A N/A 34714 34733 TGGAAAGCATTTACATAGAA 97 2634 876788 N/A N/A 36957 36976 TGTTAACTGAAACTTGTGCA 44 2635 876812 N/A N/A 38785 38804 TCTATCATCCTCTGCACCAC 52 2636 876836 N/A N/A 41061 41080 TAAGGAAGGCAGCCTTGATA 42 2637 876860 N/A N/A 43045 43064 TTTATAAAAATGTTCACACT 31 2638 876884 N/A N/A 47090 47109 AATCTCATCCATCTGTAATT 80 2639 876908 N/A N/A 48315 48334 TACTCTGATTTCCTCATCTT 66 2640 876932 N/A N/A 50766 50785 CTTTACAATGTCTTCTTTTA 103 2641 876956 N/A N/A 53309 53328 ATAAATGGTGAATAACCATG 140 2642
876980 N/A N/A 56543 56562 TGGATAACACCTAAAGGACC 39 2643 877004 N/A N/A 59276 59295 GTATTTGGAGCAGTGCCCAG 52 2644 877028 N/A N/A 61596 61615 GTACCTTAACACAGTAAATA 104 2645 877052 N/A N/A 63476 63495 TAATCTACTATGTGCAAAAC 53 2646 877076 N/A N/A 66557 66576 TCTACATTGTCAGGAAGCAA 51 2647 877100 N/A N/A 68445 68464 ATCTCTCACAGATGCAAAAT 74 2648 877124 N/A N/A 71781 71800 ATAATCACAATTGCACAATT 107 2649 877148 N/A N/A 73144 73163 GAATCATTAGGTAAATATAT 107 2650 877172 N/A N/A 74948 74967 AGTGGAGAAGAGAGAAAGAC 63 2651 877196 N/A N/A 77137 77156 TATCAAAAACAATTTGCTTT 143 2652 877220 N/A N/A 79895 79914 ACAGTCTCTTTTCTTATCTG 74 2653 877232 N/A N/A 81609 81628 TTTAGTGTCAATTCTAAAAA 101 2654 877251 N/A N/A 84464 84483 CAGTAGCTATAATGCTTTAA 66 2655 877275 N/A N/A 87627 87646 TTTAGATTTCATTTAAGAAA 69 2656 877299 N/A N/A 89982 90001 AATTACATGTCCAACAAGAG 35 2657 877323 N/A N/A 91362 91381 AATAAAAGTATCTTCCAAAC 76 2658 877347 N/A N/A 93509 93528 AAATTCACAAAAGTTTCTGC 90 2659 877371 N/A N/A 95698 95717 TTTCATATCTCTTTTATCAT 77 2660 877395 N/A N/A 97239 97258 TTTTGCTTTGTCAAATTCAC 41 2661 877419 N/A N/A 100725 100744 CTATAATTGAATATACTATT 33 2662 877443 N/A N/A 102592 102611 ATTAAATCAATCTAATGCAT 122 2663 877467 N/A N/A 105313 105332 CTCAATCCCCAAGGAGTTTG 61 2664 877491 N/A N/A 107115 107134 CTTTCACCCTGAACACACAG 72 2665 877515 N/A N/A 110361 110380 CTCAACCCTCACCCATGCAG 100 2666 877539 N/A N/A 112217 112236 CCTGCTTATAATCTCTGGTT 57 2667 877563 N/A N/A 114595 114614 TCTGAAGGCTTACTATTTTA 72 2668 877587 N/A N/A 117410 117429 ACTACAGCATTTCATGTGAT 51 2669 877611 N/A N/A 119355 119374 ATGTATAGCCACCTGTAATT 47 2670 877635 N/A N/A 121814 121833 CTTGGATAATTATCATAATG 70 2671 877659 N/A N/A 124271 124290 TCTCTTGGGTTCATGCCTGA 49 2672 877683 N/A N/A 127120 127139 TAAATATTTTTTAGCTCTA 47 2673 877707 N/A N/A 130019 130038 TGTTTCTAGGGACCCTGAGC 66 2674 877731 N/A N/A 134194 134213 AAATGTTGAAATTGTTACAA 68 2675 877755 N/A N/A 138536 138555 AAATGACAATTAGGAGGGTC 61 2676 877779 N/A N/A 141131 141150 CTTGCAAAACTTTGTTTCAT 38 2677 877803 N/A N/A 143288 143307 AATTTATACCAGTCTTATGT 147 2678 877827 N/A N/A 144888 144907 ATTCTTAATTATGTGAGTCT 75 2679 Tabela 35 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- LRRK2% de SEQ Sequência (5’ a 3’) composto tio de tio de Pa- tio de tio de Pa- controle ID NO Início rada Início rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 17 222 81630 81649 780624 N/A N/A GCAGCATCATGCAAGCAGCA 33 674 87887 87906 876021 545 564 N/A N/A ATTTTACCTGAAGTTAGGAG 71 2680
876045 831 850 21662 21681 CATGAGGACTTCCACATTAT 56 2681
876069 1229 1248 29580 29599 TTATTTAGTGCCCAGCATGC 61 2682
876093 1474 1493 35421 35440 CTTCAGGAGAATGTATATGC 41 2683
876117 1678 1697 41911 41930 ATTCTGTATCCTCCCTGGAT 49 2684
876141 2267 2286 56275 56294 CTGTTATTCTGATCACACGC 25 2685
876165 2870 2889 71713 71732 TGTAATACGGCATCTCGGTA 24 2686
876189 3229 3248 76363 76382 GCAAGTCCAAATGTGTCAAA 30 2687
876213 3801 3820 82146 82165 GCTGATCTGATTATGGCTAA 24 2688
876237 4149 4168 86644 86663 GGTGGTTTTACCACTCCCAG 31 2689
876261 4727 4746 92150 92169 GGCACATTTTTACGCTCCGA 10 2690
876285 5048 5067 98196 98215 TACTGTGACATGTAGTTCTT 18 2691
876309 5343 5362 100195 100214 ATAAGCTTCAGGAGACCAAT 51 2692
876333 5654 5673 101292 101311 GGAATGGTGAGCCTTGGTTG 42 2693
876357 6244 6263 124875 124894 CATTTCCTCTGGCAACTTCA 55 2694
876381 6856 6875 132566 132585 AATTGCAATACAAACAAGTG 115 2695
876405 7723 7742 145892 145911 ATAATTTTCCTATCCAAAGA 108 2696
876429 8688 8707 146857 146876 CAACTGAAAAGTGTTAGATA 67 2697
876453 N/A N/A 4066 4085 ATACTTGGAATAGTCAAGTC 73 2698
876477 N/A N/A 6274 6293 TAGCACAGCCATGATGAAAC 74 2699
876501 N/A N/A 8339 8358 TTGGATCTTTTCCAGATTAA 48 2700
876525 N/A N/A 11354 11373 AAAAGATTTAAAGTTAATGA 101 2701
876549 N/A N/A 14435 14454 ACTTCAGTGTTTGTCACTTA 62 2702
876573 N/A N/A 16563 16582 AATTTCTATGATTTCTGGTG 57 2703
876597 N/A N/A 19215 19234 ACTGAGCTACTTTTGTCTTC 65 2704
876621 N/A N/A 20798 20817 TTGGAGAATGACTTTTGCAT 77 2705
876645 N/A N/A 23873 23892 TGCATTTCTTTATGAAAACA 26 2706
876669 N/A N/A 26498 26517 AAAGTTACATATGACATGAC 99 2707
876693 N/A N/A 29206 29225 AGAAGCCTTGGTCAATTATA 45 2708
876717 N/A N/A 30957 30976 TAACTATCTCAAATTCTCAC 64 2709
876741 N/A N/A 33365 33384 GATGTCTAACATATCATATT 39 2710
876765 N/A N/A 34855 34874 TCACTCAGCTTTTTGGGAGT 60 2711
876789 N/A N/A 37013 37032 TTGACTAGAATGCAGTAGGT 43 2712
876813 N/A N/A 38806 38825 TGTATCTAGTCTCTCTCCCT 70 2713
876837 N/A N/A 41246 41265 ATAATGTTTTCCAAACCTAA 85 2714
876861 N/A N/A 43074 43093 CCATTAATTATTTTAAATAG 125 2715
876885 N/A N/A 47190 47209 AAATTTCCCTCCAACAAGGT 78 2716
876909 N/A N/A 48331 48350 ATATTAGAAGTGCAAATACT 102 2717
876933 N/A N/A 50793 50812 CTTTAAAATCATTCCTTTAC 143 2718
876957 N/A N/A 53340 53359 TTAGCACATTCTCTGAACTT 76 2719
876981 N/A N/A 56553 56572 AAGATTAGACTGGATAACAC 79 2720
877005 N/A N/A 59643 59662 ACATTTAAATAATAATGAAG 126 2721
877029 N/A N/A 61788 61807 ATCAATGTCAGAATAGCATG 87 2722
877053 N/A N/A 63610 63629 TGCCAAATTGTCCTCAAAAG 142 2723
877077 N/A N/A 66573 66592 CTAGAGAAAACATTAATCTA 125 2724
877101 N/A N/A 68563 68582 AAAATACCTTTACACAAATT 116 2725
877125 N/A N/A 71841 71860 TTGTTCCTAGCTTTGGCATA 93 2726
877149 N/A N/A 73151 73170 ATGGAAGGAATCATTAGGTA 47 2727
877173 N/A N/A 74967 74986 GTATTTAGCAAGGCAAAGAA 92 2728
877197 N/A N/A 77171 77190 AAATTGCATAAATTCATATG 114 2729
877221 N/A N/A 79928 79947 CTGTGAAACACAATTTGGGA 60 2730
877252 N/A N/A 84473 84492 ACATGATGTCAGTAGCTATA 41 2731
877276 N/A N/A 87718 87737 TTCACACTAAATGGCCCCTG 81 2732 877300 N/A N/A 90037 90056 TAATTGGATGAATAAATTTT 132 2733 877324 N/A N/A 91380 91399 TAAGAGGATAGTTTCTACAA 57 2734 877348 N/A N/A 93609 93628 TGGCTTGAAAACCAAGTCAT 86 2735 877372 N/A N/A 95700 95719 TCTTTCATATCTCTTTTATC 68 2736 877396 N/A N/A 97476 97495 TGATCCTTGTCATGGCAGTT 36 2737 877420 N/A N/A 100797 100816 AATCAACATTTTCTGAATCT 84 2738 877444 N/A N/A 102597 102616 TTTATATTAAATCAATCTAA 120 2739 877468 N/A N/A 105335 105354 AAGAGCTCTGCTACTCCATC 131 2740 877492 N/A N/A 107501 107520 TAAAGAACTTGAGAAGGTGA 94 2741 877516 N/A N/A 110418 110437 CCACTGTTAACTAACAGTGT 144 2742 877540 N/A N/A 112261 112280 CTATAGCCACTACTAATCAG 109 2743 877564 N/A N/A 114597 114616 ATTCTGAAGGCTTACTATTT 89 2744 877588 N/A N/A 117435 117454 TTCTCTGCCCCATGATGTCA 75 2745 877612 N/A N/A 119387 119406 GGTGATTTAATTGAGTTGCA 45 2746 877636 N/A N/A 121878 121897 TAAATGTTCAATGTATTGTT 70 2747 877660 N/A N/A 124436 124455 GAGAGATGAGTAGAAAGGAG 92 2748 877684 N/A N/A 127318 127337 GCACATTATCTTTAATAAAT 84 2749 877708 N/A N/A 130037 130056 ATAACCCATCTCAGGCTCTG 62 2750 877732 N/A N/A 134431 134450 CTACTGTGTTCAAGATTTTA 66 2751 877756 N/A N/A 138860 138879 AGCACAGATGGCAAAAAGCT 77 2752 877780 N/A N/A 141161 141180 GAAATATTATATCTGTAACT 85 2753 877804 N/A N/A 143352 143371 AATCTGCTTCTCTTGTGGGA 68 2754 877828 N/A N/A 145005 145024 CAAATACCTTGGAACTGAAT 109 2755 Tabela 36 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 49 222 81635 81654 803643 N/A N/A TCATTGCAGCATCATGCAAG 53 1805 87892 87911 876025 706 725 18605 18624 TCTCAACAAATTCAGTCAGT 55 2756 876049 836 855 21667 21686 CCACTCATGAGGACTTCCAC 55 2757 876073 1235 1254 29586 29605 AGGAGATTATTTAGTGCCCA 35 2758 876097 1478 1497 35425 35444 GCCACTTCAGGAGAATGTAT 39 2759 876121 1697 1716 41930 41949 ATATTTAGCTTATGATGAAA 93 2760 876145 2448 2467 62069 62088 ACCTTTCCCAATGCTTATCG 57 2761 876169 2890 2909 71733 71752 GCAAATTTGGTGAGCAACGC 50 2762 876193 3294 3313 76428 76447 ATCAAGATTAGCAATACAAC 105 2763 876217 3807 3826 82152 82171 CAAGATGCTGATCTGATTAT 64 2764 876241 4309 4328 87213 87232 TATAGAATTCCTCACGACCT 85 2765 876265 4732 4751 92155 92174 CAATTGGCACATTTTTACGC 79 2766 876289 5053 5072 98201 98220 TAAAATACTGTGACATGTAG 39 2767 876313 5446 5465 100435 100454 CCACAACTTGGCCCAAAAGA 68 2768 876337 5691 5710 101329 101348 GTCAGCCAAAATCAAGTCAG 48 2769
876361 6380 6399 125011 125030 GGTAATTTTCCTTGTATTTC 57 2770
876385 6998 7017 137402 137421 GGAGTACTGACATTTCCTAT 46 2771
876409 7903 7922 146072 146091 ATAAGAAATATAACATTGTG 99 2772
876433 8823 8842 146992 147011 CCTCAAATTATTACATAGGT 60 2773
876457 N/A N/A 4255 4274 TAAGACATCACTTTCTTTAG 58 2774
876481 N/A N/A 6920 6939 GAATCAAATATTGGCTGTGC 115 2775
876505 N/A N/A 8749 8768 CATATATGTACCCTCTAGAG 88 2776
876529 N/A N/A 11687 11706 CTGATACATAGAATTACAGA 70 2777
876553 N/A N/A 14518 14537 GCCAAAGTTTTCTCAGGGAA 54 2778
876577 N/A N/A 16867 16886 GGGCCCACATAAATCATTCT 113 2779
876601 N/A N/A 19369 19388 CTCTCCACTCCATGTCTCTG 75 2780
876625 N/A N/A 21104 21123 ACAATAATGTAACATATTTT 94 2781
876649 N/A N/A 24272 24291 AGCAAACATTTAAAAGCCCA 52 2782
876673 N/A N/A 26747 26766 CATAATTAGATTACATAGTT 110 2783
876697 N/A N/A 29480 29499 TTTATGAGAGTCCTACCTGC 131 2784
876721 N/A N/A 31326 31345 TAGAAGTCCGGAAAAATATA 106 2785
876745 N/A N/A 33421 33440 TCTTACTCAATAGTCACCTT 72 2786
876769 N/A N/A 35273 35292 TTAGAATATTAATATAGTCC 44 2787
876793 N/A N/A 37536 37555 ACTGATCTGATTCAATGGTA 96 2788
876817 N/A N/A 38963 38982 CAGAACAAAGTATCATCCCT 88 2789
876841 N/A N/A 41339 41358 CTTTATTAAGCTACACTGTA 82 2790
876865 N/A N/A 43282 43301 AGATAAATTTAACCCATTAC 95 2791
876889 N/A N/A 47322 47341 ACGAATCATGCCACAGTGAA 95 2792
876913 N/A N/A 48676 48695 TACTAGAACACAGTGAAATG 119 2793
876937 N/A N/A 51449 51468 AATACATAGTCTCCCTTGAC 95 2794
876961 N/A N/A 53597 53616 ATTCTTAATCTCCCGTGAAC 74 2795
876985 N/A N/A 56874 56893 CATGGTTCAGGAGGGAAGAG 107 2796
877009 N/A N/A 59869 59888 TCCTTGGAGGATCCAAACTA 99 2797
877033 N/A N/A 62406 62425 TCATAAAGAACTTAAATGTC 135 2798
877057 N/A N/A 64411 64430 ATGGGAAATTATCCCGAAGC 133 2799
877081 N/A N/A 66847 66866 CAAAATACTTCAACACTTCA 119 2800
877105 N/A N/A 68855 68874 AATATAACAAAAATCTGATT 126 2801
877129 N/A N/A 72099 72118 AACCCACACCATTAGGTAGA 90 2802
877153 N/A N/A 73877 73896 TGCAAAAACCAGAGGCACGG 78 2803
877177 N/A N/A 75128 75147 TTTTAAATCAAATTGGATGA 143 2804
877201 N/A N/A 77744 77763 ATCCTCTATAGTATACAAAA 94 2805
877225 N/A N/A 80668 80687 TTAACCTGGAAGCTAAACAG 149 2806
877256 N/A N/A 84735 84754 TGAGAGGTGATGACAGAGCT 99 2807
877280 N/A N/A 87905 87924 TGCACAGAAGAGTTCATTGC 86 2808
877304 N/A N/A 90343 90362 TAAAAAGTTGTCTTCAAAGG 87 2809
877328 N/A N/A 91620 91639 CTTGGTTATTTGTAAAATGT 37 2810
877352 N/A N/A 93973 93992 TTATGTCAAAGCTACAGAGA 60 2811
877376 N/A N/A 95796 95815 TTTTCCAAATTCCTTTGTAT 58 2812
877400 N/A N/A 97827 97846 GAAACAATGAACATCAGTAT 80 2813
877424 N/A N/A 101020 101039 AACTGCTGCAGACTACCAGA 82 2814
877448 N/A N/A 102830 102849 AGCATTTAAATTCAACCTAA 133 2815
877472 N/A N/A 105422 105441 GTAAGGTTGAGAACAAGTGC 80 2816
877496 N/A N/A 108081 108100 AGTAGATTCTGTTATACAAA 53 2817
877520 N/A N/A 110838 110857 AAAAGAGATTATGTCAGATT 86 2818
877544 N/A N/A 112426 112445 GTACTGTCAGAATTAAATTT 76 2819
877568 N/A N/A 115091 115110 GATTTGTTATTTAAAGTAAG 166 2820
877592 N/A N/A 117565 117584 ACAGTGTAAAGTTTTCATCT 58 2.821 877616 N/A N/A 119914 119933 GAGTTGCATATGGTTTAGGA 36 2822 877640 N/A N/A 122283 122302 TTCTCATCCAGTGCACACAT 81 2823 877664 N/A N/A 124843 124862 CCTGAAAGTAAGCAGATAAA 141 2824 877688 N/A N/A 127923 127942 AATTCATGCCATTCCAGAAT 143 2825 877712 N/A N/A 132134 132153 ATAAGAAGATTGTTCCTCTC 84 2826 877736 N/A N/A 135027 135046 AGAGAAATAAATGCTCATGG 82 2827 877760 N/A N/A 139725 139744 TATGGAACTTTAAAGAGTTA 93 2828 877784 N/A N/A 141305 141324 ACTTTACTTACTTTTGGTTA 81 2829 877808 N/A N/A 143492 143511 AGACTATGATTAAAACAAAC 88 2830 877832 N/A N/A 145211 145230 ACATCATTGCCCTGTTTGGA 55 2831 Tabela 37 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 34 222 876026 711 730 18610 18629 TTTGTTCTCAACAAATTCAG 45 2832 876050 837 856 21668 21687 GCCACTCATGAGGACTTCCA 25 2833 876074 1236 1255 29587 29606 AAGGAGATTATTTAGTGCCC 41 2834 876098 1480 1499 35427 35446 CAGCCACTTCAGGAGAATGT 33 2835 876122 1698 1717 41931 41950 CATATTTAGCTTATGATGAA 66 2836 876146 2449 2468 62070 62089 CACCTTTCCCAATGCTTATC 44 2837 876170 2931 2950 72955 72974 TTCATGATCAAAAATGGGCC 44 2838 876194 3333 3352 76467 76486 ATCTAAAACCACTGAGGGTC 59 2839 876218 3835 3854 82180 82199 ACCATAAATATGCTTTTTCA 36 2840 876242 4311 4330 87215 87234 ACTATAGAATTCCTCACGAC 45 2841 876266 4733 4752 92156 92175 TCAATTGGCACATTTTTACG 71 2842 876290 5067 5086 98215 98234 TTTTTCTAGGAGCTTAAAAT 90 2843 876314 5447 5466 100436 100455 TCCACAACTTGGCCCAAAAG 75 2844 876338 5692 5711 101330 101349 GGTCAGCCAAAATCAAGTCA 76 2845 876362 6427 6446 126543 126562 TCTCAACCATAGGCCATGGG 36 89 876386 7041 7060 137445 137464 ATTTCTTTCCGTTGAATTTG 71 2846 876410 7993 8012 146162 146181 ATCGGCCTTATAAATTTTAG 56 2847 876434 8862 8881 147031 147050 AAGAATTTACCGAAAGTACT 88 2848 876458 N/A N/A 4345 4364 AAATTTCTGGGTTTCCTATG 78 2849 876482 N/A N/A 7014 7033 AGCTCTTTGATCCTCAGTGA 43 2850 876506 N/A N/A 8763 8782 AAAAAGAGAAAGTGCATATA 97 2851 876530 N/A N/A 11858 11877 TGTACAGGAATATGACTAGA 73 2852 876554 N/A N/A 14745 14764 TCCAGCCTCTCTCATGCTAT 94 2853 876578 N/A N/A 16881 16900 TGATAACTGACACAGGGCCC 91 2854 876602 N/A N/A 19380 19399 GGCCCTTCATGCTCTCCACT 81 2855 876626 N/A N/A 21285 21304 AGATAAATAAATTGGAGGGT 76 2856 876650 N/A N/A 24302 24321 ATATTTTTAAGCCCACATTG 83 2857 876674 N/A N/A 27099 27118 TCATCAACGGCCTCACAATC 114 2858 876698 N/A N/A 29500 29519 AATTTTGAATAACTCTAATA 115 2859
876722 N/A N/A 31348 31367 ATGTCATGTGTGAGTTTACA 46 2860
876746 N/A N/A 33423 33442 GGTCTTACTCAATAGTCACC 55 2861
876770 N/A N/A 35317 35336 ACTTATAGATATGAAAGCAT 86 2862
876794 N/A N/A 37818 37837 AAAGATTTACATTTAGTCGA 67 2863
876818 N/A N/A 39048 39067 ATATAACTAGAGAAAATGAT 118 2864
876842 N/A N/A 41389 41408 AAGTTCTGTAAAGGCTATAT 65 2865
876866 N/A N/A 43424 43443 AAAGAAAAGAACCAAGGTTT 67 2866
876890 N/A N/A 47351 47370 GCATTTAGTTTGTTGCCACA 30 2867
876914 N/A N/A 48782 48801 CTAATAAAGTGGATGGATTT 117 2868
876938 N/A N/A 51461 51480 TATCATCTTAATAATACATA 66 2869
876962 N/A N/A 53654 53673 CTCTTGAAGAAAAACTATTT 96 2870
876986 N/A N/A 56900 56919 AGAACAATCAGATAGATATA 105 2871
877010 N/A N/A 59885 59904 TTTGTGGAAGGAATTTTCCT 73 2872
877034 N/A N/A 62466 62485 GTACCCCTTCAAAAAGCTTC 97 2873
877058 N/A N/A 64464 64483 CACTATACCCATATACCCAA 84 2874
877082 N/A N/A 67017 67036 GAAAACTGCATTTCACCAAG 67 2875
877106 N/A N/A 69629 69648 TTATCCAGAAAATCTCCAAA 99 2876
877130 N/A N/A 72373 72392 TCCATAGTTCCAAAACAGAC 76 2877
877154 N/A N/A 73916 73935 CAAAGATGCTCCTGAACATC 87 2878
877178 N/A N/A 75204 75223 CACTGGGAATAGACAGAAAC 68 2879
877202 N/A N/A 77774 77793 GGTTTTGACAAGTGTACCAT 57 2880
877226 N/A N/A 80802 80821 ACCAATAGTGTGTCACTTAA 48 2881
877233 N/A N/A 81930 81949 ACTAGCATTATTGACATATG 98 2882
877257 N/A N/A 84787 84806 TAGTGAGTGAACACAGCCAT 48 2883
877281 N/A N/A 87933 87952 TCCTGACACAAGCTTTTTAA 64 2884
877305 N/A N/A 90378 90397 CTGGTATTTCTCAAAGCATT 40 2885
877329 N/A N/A 91655 91674 TTTTAAATATTCAAGGTAAA 96 2886
877353 N/A N/A 94061 94080 AATGTGCAACAAAGAATTAT 74 2887
877377 N/A N/A 95892 95911 CATTATCTTGACTTTATCAC 78 2888
877401 N/A N/A 98295 98314 TAGCAATTAATTTTTTAAGG 95 2889
877425 N/A N/A 101246 101265 AGAAGTAATAAAACATTTTT 140 2890
877449 N/A N/A 103447 103466 GGGAGAGTAATCACAAACAT 76 2891
877473 N/A N/A 105724 105743 TCTCCTGTTCAGAAACAAAT 103 2892
877497 N/A N/A 108130 108149 GTTTAGAGCAGTAAGTCATG 65 2893
877521 N/A N/A 110906 110925 TAAAATTTGAAATGCATGCT 118 2894
877545 N/A N/A 112696 112715 TACTTAACGAAGATTAAATA 106 2895
877569 N/A N/A 115659 115678 CAAATGCATACTTGCTTTCG 71 2896
877593 N/A N/A 117566 117585 AACAGTGTAAAGTTTTCATC 65 2897
877617 N/A N/A 119915 119934 AGAGTTGCATATGGTTTAGG 39 2898
877641 N/A N/A 122290 122309 TTCTAAATTCTCATCCAGTG 61 2899
877665 N/A N/A 125117 125136 ATGATCATCTGTTTAAGGAA 74 2900
877689 N/A N/A 128242 128261 AGCATAAACAAGAAGGAGAA 80 2901
877713 N/A N/A 132213 132232 AGTTTTGCCTATCAAGATGA 82 2902
877737 N/A N/A 135443 135462 CCTAAGCACCCATGAATGAA 79 2903
877761 N/A N/A 139807 139826 AATCTCTTTTGGGAGATGAG 81 2904
877785 N/A N/A 141341 141360 TAACCATTCTGAATTGAATA 86 2905
877809 N/A N/A 143723 143742 AATTATTATCAAAGGAAGAC 126 2906
877833 N/A N/A 145245 145264 AATTTATGAAACACATAATA 101 2907
Tabela 38 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers
MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 15 222 81592 81611 803630 N/A N/A AAAGCCATAGTGTTTGAAGG 66 1792 87849 87868 876015 341 360 3732 3751 ACCTGCTGCACACTCGCGAC 39 2908 876039 824 843 N/A N/A ACTTCCACATTATTGCAAGG 38 2909 876063 1038 1057 28013 28032 CGCTGAGATCTGCAATGCTG 66 2910 876087 1467 1486 35414 35433 AGAATGTATATGCTTCTGCA 75 2911 876111 1499 1518 35446 35465 AGCATTTTACAGCCACTTTC 50 2912 876135 2086 2105 56020 56039 AAGATGCTGACAATTTGAGG 66 2913 876159 2716 2735 65554 65573 ATTTAGACAGCACATCTTCA 76 2914 876183 3222 3241 76356 76375 CAAATGTGTCAAACTCTTCA 42 2915 876207 3752 3771 82097 82116 CAGTGTGCGGGACCTGGTAG 52 2916 876231 3973 3992 83968 83987 ATTTCCCCATTTCATTGGGA 74 2917 876255 4604 4623 88705 88724 CGAAGTTTTGCCAAAGCATC 37 2918 876279 4962 4981 98110 98129 TTTTGGACAACCTTCCACTT 51 2919 876303 5197 5216 99203 99222 AAGGCATTTCATATAGTCGG 31 2920 876327 5646 5665 101284 101303 GAGCCTTGGTTGATCTGGAT 41 2921 876351 6067 6086 N/A N/A TGGCTGAGTGGAGGTATCTC 100 2922 876375 6733 6752 132443 132462 TTTCAACAGGAAGATGCACC 68 2923 876399 7490 7509 143138 143157 AGCTGTGCTGTCATCATGAC 77 2924 876423 8494 8513 146663 146682 AAAAATATCACTTGAAGGAC 76 2925 876447 N/A N/A 3735 3754 TTTACCTGCTGCACACTCGC 44 2926 876471 N/A N/A 5332 5351 TATACATGTATCAAATAGCA 56 2927 876495 N/A N/A 7824 7843 ATCTCTCTAAGAGAGAAGGT 110 2928 876519 N/A N/A 10780 10799 TCTCTTCATGGTTTGAATTC 72 2929 876543 N/A N/A 13667 13686 AAGTTTGCTTATTTGCATTT 75 2930 876567 N/A N/A 15828 15847 TAATTTCATGAGTCTCAATC 89 2931 876591 N/A N/A 17978 17997 CATGTATAAAATTATAGTTT 72 2932 876615 N/A N/A 20147 20166 CAATGTGGGTGGAAAACAAT 107 2933 876639 N/A N/A 23039 23058 ATAGACAATGACCCTTGCTC 38 2934 876663 N/A N/A 26161 26180 TTCTCATGAAAAATAATGAA 80 2935 876687 N/A N/A 28159 28178 TGAGCTACACAGGACAGAAA 90 2936 876711 N/A N/A 30793 30812 CAAAAGCATATGCAGCAGAG 47 2937 876735 N/A N/A 32754 32773 ATCAAAGGAGATTTCCAGGT 33 2938 876759 N/A N/A 34066 34085. AATAAGTAGTCTATCTTAAG 101 2939 876783 N/A N/A 36564 36583 TCCGCTGTGTTTTTGCCTCA 65 2940 876807 N/A N/A 38580 38599 ATGCCTCACTCACCCCCGAC 70 2941 876831 N/A N/A 40880 40899 AAGAAGATGTGACCACTAAA 122 2942 876855 N/A N/A 42917 42936 GTAATTCCCTTCTTCTCTTT 47 2943 876879 N/A N/A 46712 46731 AATACTATTGTTATTTTTAC 126 2944 876903 N/A N/A 48099 48118 CAGGGTGCATAGTCTGTAGG 49 2945 876927 N/A N/A 50346 50365 TCTGAACTTTCTGTTTGATT 35 2946 876951 N/A N/A 52863 52882 GCCCTACAAAAATCTATTCT 53 2947 876975 N/A N/A 56130 56149 GGATGCAAGTGAAAAACACT 103 2948
876999 N/A N/A 57946 57965 CTAGATATAAATAACCTCTG 52 2949 877023 N/A N/A 61194 61213 ATAATATCCATCAGTTACTG 97 2950 877047 N/A N/A 63254 63273 GAAGAGACAGCCAGGTGAAG 126 2951 877071 N/A N/A 66298 66317 ACAATATTTTGGAACAACTC 51 2952 877095 N/A N/A 67597 67616 ATAGGTAATATGATTTAATT 127 2953 877119 N/A N/A 71046 71065 TCATGTTTCATGGTTTCTTT 31 2954 877143 N/A N/A 72871 72890 GGAAGGAACCATGAAATTTT 74 2955 877167 N/A N/A 74441 74460 CCTTGAGAATTTAACAATTT 44 2956 877191 N/A N/A 76594 76613 CTCTTTCTTACCCTTCTAAA 143 2957 877215 N/A N/A 79222 79241 GCAAAGCAAACAGATTTTGA 49 2958 877246 N/A N/A 83653 83672 TCACTCATCTGTAATATTAA 34 2959 877270 N/A N/A 86973 86992 CTAACATATCCCTCCATGTT 69 2960 877294 N/A N/A 89174 89193 CCATAAAACAGGAATTCCAA 84 2961 877318 N/A N/A 91036 91055 ATCTCTTAACCCAGAGAATT 93 2962 877342 N/A N/A 93085 93104 ATATTTGAGACACTGACATG 107 2963 877366 N/A N/A 95216 95235 AATTACTCCACAGAATCTTC 104 2964 877390 N/A N/A 96680 96699 AATTCTAACTCTACCTCTTC 140 2965 877414 N/A N/A 99835 99854 TAAAAAGAAGTTTTTGATCA 100 2966 877438 N/A N/A 102077 102096 ATGTGCAGGAAGTCAAGATA 63 2967 877462 N/A N/A 104952 104971 GTATTATTTGCATCTTATCA 57 2968 877486 N/A N/A 106807 106826 AGTGAGTCTTACAAAAAGTT 73 2969 877510 N/A N/A 110180 110199 GAGAAAAGCACAGATGACTC 46 2970 877534 N/A N/A 111786 111805 CTCTGCAATTCAAAAAAAGT 100 2971 877558 N/A N/A 114104 114123 TAGGCAATGAGAGATGATAC 147 2972 877582 N/A N/A 117147 117166 CAGCTGAAGATTCTCTCTCTCT 66 2973 877606 N/A N/A 119182 119201 TCAGGATTGGGAACTAAGAA 56 2974 877630 N/A N/A 121116 121135 TTCTCTAAACTTTAGTCTCT 53 2975 877654 N/A N/A 123425 123444 TACTCTTTCAACTGTTCTTT 61 2976 877678 N/A N/A 126753 126772 GGATGGTGAAAATTATAGGA 61 2977 877702 N/A N/A 129321 129340 TTCTATATTGCAGAGCCACC 131 2978 877726 N/A N/A 133413 133432 TTCAGTGGAGTTTAGTTCAG 81 2979 877750 N/A N/A 138222 138241 CCAAGTTCACAAAACCAATA 57 2980 877774 N/A N/A 140803 140822 ATGGCAAACTCCTACTTGGC 97 2981 877798 N/A N/A 142508 142527 TTTTCCCAGAACCAGTGAAT 102 2982 877822 N/A N/A 144769 144788 TTTGGATATGGTAAGGTACA 71 2983 Tabela 39 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 18 222 81589 81608 803628 N/A N/A GCCATAGTGTTTGAAGGAAT 43 1790 87846 87865 876012 338 357 3729 3748 TGCTGCACACTCGCGACTCT 71 2984 876036 802 821 18701 18720 TCGCTAGGGAATGTAAACAA 63 2985 876060 877 896 21708 21727 CTTTCATAGCTTCCACCACA 56 2986
876084 1450 1469 35397 35416 GCATTAACTCCAAAACATTC 32 2987
876108 1491 1510 35438 35457 ACAGCCACTTTCAGCCACTT 63 2988
876132 1957 1976 52997 53016 CATTCTTCTTTGTAATCAAG 53 2989
876156 2621 2640 N/A N/A GCTAGTGTAGATGCTATATT 26 2990
876180 3215 3234 N/A N/A GTCAAACTCTTCAGAGTTTC 21 2991
876204 3660 3679 80940 80959 GGAAAATTTGTTCTGAGATA 20 2992
876228 3924 3943 83919 83938 ATCCAGAGATGTCAGATTTT 131 2993
876252 4427 4446 N/A N/A GCGCGAGCCTTTATATTGAA 95 2994
876276 4816 4835 92239 92258 CGTGAGGAAGCTCATTTTCA 30 148
876300 5193 5212 99199 99218 CATTTCATATAGTCGGATGA 46 2995
876324 5571 5590 100560 100579 TTGATGTTCTTCACCATCAT 57 2996
876348 5984 6003 113181 113200 TGCTGAAGCAGGCGATCCAA 97 2997
876372 6650 6669 129795 129814 TCAAGAAATGAGAGCTGTCC 87 2998
876396 7395 7414 143043 143062 TCCTCCAGTTCCTATCCAAA 87 2999
876420 8397 8416 146566 146585 ATGTCTAGGAAAGACACAGA 119 3000
876444 9175 9194 147344 147363 ATTTAAATATGGTATTCATT 145 3001
876468 N/A N/A 5184 5203 ACTCATAACTACTCCGGACA 101 3002
876492 N/A N/A 7482 15595 TGGCAGTCTGGAATATCATG 62 3003
876516 N/A N/A 10656 10675 AATCAAACTTCTGAGTTTAA 78 3004
876540 N/A N/A 13053 13072 AGCACTACTTATTTTCCAAT 34 3005
876564 N/A N/A 15510 15529 AGGCACCTTCATTCCTATTG 63 3006
876588 N/A N/A 17889 17908 TTTTAATTTTATGCCAGAGT 42 3007
876612 N/A N/A 19937 19956 TTGTGATTTTATAAACATCA 72 3008
876636 N/A N/A 22628 22647 TTAACCCTTATTTATATATG 104 3009
25657 25676
25687 25706
25717 25736 876660 N/A N/A TTATATACATCTGTGTATAA 85 3010 25747 25766
25811 25830
25875 25894
876684 N/A N/A 27860 27879 TTAACATATAACACTATTTA 119 3011
876708 N/A N/A 30296 30315 CAGAGGATACCCATTGCAAA 60 3012
876732 N/A N/A 32607 32626 CCTCTTTAACTGCACAGTAG 38 3013
876756 N/A N/A 33886 33905 AACCTTTCCCAAAGTGGCTA 56 3014
876780 N/A N/A 36392 36411 TAACCCTACTTCTTACAAGT 109 3015
876804 N/A N/A 38436 38455 CATCGATATTCTCAAAGCCT 45 3016
876828 N/A N/A 40375 40394 TACTTAAAATACTTCAAACA 110 3017
876852 N/A N/A 42387 42406 ACCATATACTATGAGACCAG 40 3018
876876 N/A N/A 45845 45864 GGAATTACAGTGGAGAGGTT 107 3019
876900 N/A N/A 48095 48114 GTGCATAGTCTGTAGGTAGT 28 3020
876924 N/A N/A 50233 50252 GCTCTGTTGTCACCCTTGTA 62 3021
876948 N/A N/A 52394 52413 CATTAGAAGATGAATTCACT 104 3022
876972 N/A N/A 55581 55600 ATAATATTGAACAGTAGGTT 84 3023
876996 N/A N/A 57799 57818 CTGTTGGGTAGAAAGATTTG 85 3024
877020 N/A N/A 60838 60857 GGTTGGAAGGCACCAATTAA 76 3025
877044 N/A N/A 63123 63142 AGCCTACTGAGCGGTTGGAA 82 3026
877068 N/A N/A 66018 66037 GTTGCAGACATTTTACATAC 32 3027
877092 N/A N/A 67322 67341 TAGAACCATACCTAAATAGT 97 3028
877116 N/A N/A 70348 70367 GTAATACCCGAAAGAAGGGA 53 3029
877140 N/A N/A 72680 72699 TGAAAAAGCTATATCCATAT 120 3030
877164 N/A N/A 74213 74232 AAAAAAAACTTTCAGTAATC 142 3031
877188 N/A N/A 76212 76231 AACACAATCCACAACAGAAT 89 3032 877212 N/A N/A 78681 78700 AGGAGGAAAATACTATCCAA 59 3033 877243 N/A N/A 83326 83345 TATATGCACAGTTTTGCTGA 71 3034 877267 N/A N/A 86866 86885 AGAACAGAAAGCTCAGTTTT 80 3035 877291 N/A N/A 89005 89024 CTCTCAGAAACATTTTCTCA 66 3036 877315 N/A N/A 90693 90712 AACAAAACTTAAAAGTGTCT 166 3037 877339 N/A N/A 92828 92847 AAACAACTCACACATTTCTA 84 3038 877363 N/A N/A 95003 95022 AGTTGAGTTACCTCCTGATA 72 3039 877387 N/A N/A 96290 96309 TCTGGTTACTAGAATGTAGC 104 3040 877411 N/A N/A 99458 99477 GATTGCCTACTCCAAGGTTT 56 3041 877435 N/A N/A 101844 101863 AGGCTTTTAATGAATATTTC 80 3042 877459 N/A N/A 104859 104878 GGTATTGAGAGAGCTTCAGA 51 3043 877483 N/A N/A 106692 106711 GAAAAGACAAACTAGGATTG 70 3044 877507 N/A N/A 109824 109843 GTAGAACAGAGTCTGAAGTA 67 3045 877531 N/A N/A 111551 111570 CTGTAACTCTGTTGAAATGT 96 3046 877555 N/A N/A 113739 113758 TCAAAGACCACAGCCTTTCC 116 3047 877579 N/A N/A 116515 116534 GCTAAGAGACTTCTTTCTTC 48 3048 877603 N/A N/A 118863 118882 ACTAAAGTTTTTGCTGTTAC 51 3049 877627 N/A N/A 120815 120834 CGGAAAAGACAAGAAGATAA 82 3050 877651 N/A N/A 122955 122974 TTATCATGTGAATTAGCATA 47 3051 877675 N/A N/A 126419 126438 CCAGACATTGCAAAGAAAAA 65 3052 877699 N/A N/A 129171 129190 AGTGTGAAGGCACCGTAAGA 73 3053 877723 N/A N/A 133344 133363 CCAATTCCATCCATTGAAAT 69 3054 877747 N/A N/A 137747 137766 AAAAGTGATTAGGTTGAGTG 62 3055 877771 N/A N/A 140595 140614 TATTTTCTACATACCCCTCG 93 3056 877795 N/A N/A 142281 142300 ATCTAAAATGTTCTCAAGAG 136 3057 877819 N/A N/A 144428 144447 GTTGGCTTCTCAGAGGTTTT 50 3058 Tabela 40 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ ID Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 24 222 81595 81614 803632 N/A N/A TAAAAAGCCATAGTGTTTGA 91 1794 87852 87871 876018 441 460 10465 10484 ACCAAGGACTTCCCAATCAT 69 32 876042 828 847 21659 21678 GAGGACTTCCACATTATTGC 19 3059 876066 1105 1124 29366 29385 TCTCATTCTTTTCCTCTAAA 30 3060 876090 1471 1490 35418 35437 CAGGAGAATGTATATGCTTC 25 3061 876114 1580 1599 37629 37648 CGTTTCATAACTGTTAGTAT 46 3062 876138 2218 2237 56226 56245 CATCCATAGCTACTTTTGCA 54 3063 876162 2848 2867 71691 71710 ATTCTCCTACACTAATTGAA 64 3064 876186 3225 3244 76359 76378 GTCCAAATGTGTCAAACTCT 20 3065 876210 3797 3816 82142 82161 ATCTGATTATGGCTAAATAA 48 3066 876234 4048 4067 84043 84062 TGGCTTTACATCCTATATGT 43 3067 876258 4692 4711 92115 92134 AAGTTCTACATAGCAGTCTG 34 3068
876282 5044 5063 98192 98211 GTGACATGTAGTTCTTTGGA 11 3069 876306 5201 5220 99207 99226 AAATAAGGCATTTCATATAG 56 3070 876330 5650 5669 101288 101307 TGGTGAGCCTTGGTTGATCT 42 3071 876354 6155 6174 118488 118507 TAGTCAGCAATCTTTGCAAT 96 3072 876378 6782 6801 132492 132511 ATGACCAGGAGAGTACCAGA 69 3073 876402 7537 7556 145140 145159 TTTTCCGGTTGTAGCCCAAT 70 3074 876426 8594 8613 146763 146782 TGTAGGATCTGCAGCATCAC 60 3075 876450 N/A N/A 3743 3762 ACAATGCCTTTACCTGCTGC 98 3076 876474 N/A N/A 5889 5908 TACTTCAGCCCAGGATTGCA 70 3077 876498 N/A N/A 7911 7930 CTACATGGAACTTCTGTGAT 71 3078 876522 N/A N/A 10992 11011 CAGATGTGCTGAAAGTTAAT 62 3079 876546 N/A N/A 14076 14095 ATGAGATTTTTGAGAGGCAA 107 3080 876570 N/A N/A 15984 16003 AATTTTTACATGAAGACTGT 83 3081 876594 N/A N/A 18271 18290 CTAGAGAAAACTGACAGTGA 80 3082 876618 N/A N/A 20538 20557 AAAGACTCTACCAGAAAAAG 106 3083 876642 N/A N/A 23590 23609 AATGTATGGTGACTTGACCT 97 3084 876666 N/A N/A 26378 26397 AACAAAACCACTTCTTCTTC 69 3085 876690 N/A N/A 28864 28883 TGAAGAGAAAACCACACACT 50 3086 876714 N/A N/A 30858 30877 TTATAGTTCATTTTTTAAGA 159 3087 876738 N/A N/A 32945 32964 ACTCCAAAGACAATACAAAA 102 3088 876762 N/A N/A 34263 34282 CAACTGGCCAATTTTCCTCT 60 3089 876786 N/A N/A 36893 36912 GATACATTCCTTCTTTTCCA 50 3090 876810 N/A N/A 38645 38664 CCTTTTCTTTGGGCCTCAGC 55 3091 876834 N/A N/A 40906 40925 ACTTCTGAGGCTGCCTATTA 102 3092 876858 N/A N/A 42989 43008 CCAATTCATCTTATGCAAAA 50 3093 876882 N/A N/A 46918 46937 ATTTCCTGAGCCACCCTTCT 62 3094 876906 N/A N/A 48113 48132 ATTAAGTACTTGTCCAGGGT 41 3095 876930 N/A N/A 50500 50519 GACACAGAGAGCTGTGAGCA 73 3096).
876954 N/A N/A 53300 53319 GAATAACCATGCTGACTTTA 66 3097 876978 N/A N/A 56491 56510 AAGACACAAACAATTGCAAT 98 3098 877002 N/A N/A 59243 59262 TGATAGAAGTGTTTGGTTTT 60 3099 877026 N/A N/A 61360 61379 GGTTAGCATGTGAGGTGCCA 83 3100 877050 N/A N/A 63441 63460 AAGGTTACAACCATGAACAA 158 3101 877074 N/A N/A 66455 66474 ATATTGCATAACTTAATAGC 106 3102 877098 N/A N/A 68250 68269 AGAGCATTTTTCAACACCTA 13 3103 877122 N/A N/A 71326 71345 ATAGTCCAGCAGGAAAAAGC 81 3104 877146 N/A N/A 73085 73104 TGAATAATTGGAGGAAATTC 98 3105 877170 N/A N/A 74875 74894 CTCTGTCTCCAGATATAAAA 27 3106 877194 N/A N/A 77081 77100 AATTAGTTGTAAAAATGTAA 118 3107 877218 N/A N/A 79715 79734 CAGGACACTCCTAGAAGCTG 44 3108 877249 N/A N/A 84418 84437 TGCTATATGAAATACAGTGT 58 3109 877273 N/A N/A 87070 87089 GACCATGTTTAGAGAACTAT 48 3110 877297 N/A N/A 89927 89946 TTACATGACATTACCATCTA 50 3111 877321 N/A N/A 91204 91223 CAGAATTTCTGCTTAAATTC 56 3112 877345 N/A N/A 93276 93295 GAAACATGGAATCTAGAACA 150 3113 877369 N/A N/A 95294 95313 CAAATTAACTTAATTTTTAC 125 3114 877393 N/A N/A 97092 97111 GCCCAAGGACTTGTCTTACC 52 3115 877417 N/A N/A 100614 100633 GTATCAAAACATACCTTCCT 108 3116 877441 N/A N/A 102459 102478 TTCTCACCACATAAATATTT 67 3117 877465 N/A N/A 105189 105208 CCTTGAAATGTAGTCACTTG 61 3118 877489 N/A N/A 107021 107040 ACAGAAGGCGAAGTCAGGAG 90 3119
877513 N/A N/A 110256 110275 GGCCACAGTGATCAGTTTGG 56 3120 877537 N/A N/A 112156 112175 AAAAAATACATATCATCCCC 124 3121 877561 N/A N/A 114361 114380 ATAATCCTTTATAATAAGTA 118 3122 877585 N/A N/A 117351 117370 CACAAGACTTAATGGAGTTA 61 3123 877609 N/A N/A 119274 119293 AACAAATGCCAACCCCTAAA 103 3124 877633 N/A N/A 121503 121522 TATAGTATTTATATGGGTGT 50 3125 877657 N/A N/A 124119 124138 ACAAAGGGAAATGGTTAAAC 40 3126 877681 N/A N/A 126991 127010 ACGGGCACCCTACAAGAAAT 117 3127 877705 N/A N/A 129885 129904 AGTAACTTTCCAAATGGTAT 69 3128 877729 N/A N/A 134033 134052 CTCTGCCCCTTTTCCCAGAC 83 3129 877753 N/A N/A 138357 138376 TTACCAGGTGCTGGTCATTA 24 3130 877777 N/A N/A 140907 140926 ATAAAGAAAAATTACGAACA 79 3131 877801 N/A N/A 142946 142965 TTTACCATTACCTCCCTAGA 61 3132 877825 N/A N/A 144861 144880 CAGCTTAACCTTTCTATAAA 60 3133 Tabela 41 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 16 222 876020 528 547 13794 13813 GAGGAGATCTAAGGTCTTCA 35 2603 876044 830 849 21661 21680 ATGAGGACTTCCACATTATT 47 2604 876068 1161 1180 29422 29441 ACAGGCTTCCAGCCAAAACA 63 2605 876092 1473 1492 35420 35439 TTCAGGAGAATGTATATGCT 46 2606 876116 1637 1656 37686 37705 ATAAAATGTAAAATAGCTCG 112 2607 876140 2262 2281 56270 56289 ATTCTGATCACACGCTCTCT 42 2608 876164 2869 2888 71712 71731 GTAATACGGCATCTCGGTAA 66 2609 876188 3228 3247 76362 76381 CAAGTCCAAATGTGTCAAAC 58 2610 876212 3800 3819 82145 82164 CTGATCTGATTATGGCTAAA 59 2611 876236 4144 4163 86639 86658 TTTTACCACTCCCAGTATTT 114 2612 876260 4725 4744 92148 92167 CACATTTTTACGCTCCGATA 31 2613 876284 5046 5065 98194 98213 CTGTGACATGTAGTTCTTTG 39 2614 876308 5338 5357 100190 100209 CTTCAGGAGACCAATTTAAG 48 2615 876332 5652 5671 101290 101309 AATGGTGAGCCTTGGTTGAT 57 2616 876356 6204 6223 118537 118556 GCCCTCTGATGTTTTTATCC 98 2617 876380 6826 6845 132536 132555 TCATCTTTTCTAGGGTATGT 43 2618 876404 7660 7679 145829 145848 TTTCAGCTAATTCTTTTCTC 56 2619 876428 8683 8702 146852 146871 GAAAAGTGTTAGATATTTAT 135 2620 876452 N/A N/A 3761 3780 GAATGAGTTGAAGTGAAAAC 120 2621 876476 N/A N/A 6208 6227 ATCCAGTAATCTCATCGCTG 47 2622 876500 N/A N/A 8095 8114 ATTCTGAACAGCTTCTGGTG 136 2623 876524 N/A N/A 11128 11147 TTTTCCTGGAAACACATTCT 114 2624 876548 N/A N/A 14203 14222 AAGGGCAGGAATGACCACTA 72 2625 876572 N/A N/A 16432 16451 GCAATTGAAGAAAGTCTACT 56 2626 876596 N/A N/A 18903 18922 GTTTCTCCAGCACCAAGCCC 49 2627 876620 N/A N/A 20690 20709 TTCCAGAAGGGCAACCAATG 100 2628
876644 N/A N/A 23667 23686 GAACTGGACAAGTTAATCCT 47 2629
876668 N/A N/A 26426 26445 TGCTGTTCTAGACAATTTGG 46 2630
876692 N/A N/A 29204 29223 AAGCCTTGGTCAATTATAAA 91 2631
876716 N/A N/A 30940 30959 CACTTGCCATTATCAAATAT 84 2632
876740 N/A N/A 33139 33158 TGTATGCAACCTTGGGACCT 57 2633
876764 N/A N/A 34714 34733 TGGAAAGCATTTACATAGAA 47 2634
876788 N/A N/A 36957 36976 TGTTAACTGAAACTTGTGCA 70 2635
876812 N/A N/A 38785 38804 TCTATCATCCTCTGCACCAC 69 2636
876836 N/A N/A 41061 41080 TAAGGAAGGCAGCCTTGATA 54 2637
876860 N/A N/A 43045 43064 TTTATAAAAATGTTCACACT 112 2638
876884 N/A N/A 47090 47109 AATCTCATCCATCTGTAATT 50 2639
876908 N/A N/A 48315 48334 TACTCTGATTTCCTCATCTT 58 2640
876932 N/A N/A 50766 50785 CTTTACAATGTCTTCTTTTA 139 2641
876956 N/A N/A 53309 53328 ATAAATGGTGAATAACCATG 60 2642
876980 N/A N/A 56543 56562 TGGATAACACCTAAAGGACC 122 2643
877004 N/A N/A 59276 59295 GTATTTGGAGCAGTGCCCAG 110 2644
877028 N/A N/A 61596 61615 GTACCTTAACACAGTAAATA 82 2645
877052 N/A N/A 63476 63495 TAATCTACTATGTGCAAAAC 100 2646
877076 N/A N/A 66557 66576 TCTACATTGTCAGGAAGCAA 66 2647
877100 N/A N/A 68445 68464 ATCTCTCACAGATGCAAAAT 82 2648
877124 N/A N/A 71781 71800 ATAATCACAATTGCACAATT 109 2649
877148 N/A N/A 73144 73163 GAATCATTAGGTAAATATAT 99 2650
877172 N/A N/A 74948 74967 AGTGGAGAAGAGAGAAAGAC 92 2651
877196 N/A N/A 77137 77156 TATCAAAAACAATTTGCTTT 136 2652
877220 N/A N/A 79895 79914 ACAGTCTCTTTTCTTATCTG 76 2653
877232 N/A N/A 81609 81628 TTTAGTGTCAATTCTAAAAA 119 2654
877251 N/A N/A 84464 84483 CAGTAGCTATAATGCTTTAA 80 2655
877275 N/A N/A 87627 87646 TTTAGATTTCATTTAAGAAA 105 2656
877299 N/A N/A 89982 90001 AATTACATGTCCAACAAGAG 92 2657
877323 N/A N/A 91362 91381 AATAAAAGTATCTTCCAAAC 91 2658
877347 N/A N/A 93509 93528 AAATTCACAAAAGTTTCTGC 80 2659
877371 N/A N/A 95698 95717 TTTCATATCTCTTTTATCAT 97 2660
877395 N/A N/A 97239 97258 TTTTGCTTTGTCAAATTCAC 45 2661
877419 N/A N/A 100725 100744 CTATAATTGAATATACTATT 108 2662
877443 N/A N/A 102592 102611 ATTAAATCAATCTAATGCAT 105 2663
877467 N/A N/A 105313 105332 CTCAATCCCCAAGGAGTTTG 60 2664
877491 N/A N/A 107115 107134 CTTTCACCCTGAACACACAG 68 2665
877515 N/A N/A 110361 110380 CTCAACCCTCACCCATGCAG 93 2666
877539 N/A N/A 112217 112236 CCTGCTTATAATCTCTGGTT 87 2667
877563 N/A N/A 114595 114614 TCTGAAGGCTTACTATTTTA 71 2668
877587 N/A N/A 117410 117429 ACTACAGCATTTCATGTGAT 46 2669
877611 N/A N/A 119355 119374 ATGTATAGCCACCTGTAATT 93 2670
877635 N/A N/A 121814 121833 CTTGGATAATTATCATAATG 41 2671
877659 N/A N/A 124271 124290 TCTCTTGGGTTCATGCCTGA 67 2672
877683 N/A N/A 127120 127139 TAAATATTTTTTAGCTCTA 83 2673
877707 N/A N/A 130019 130038 TGTTTCTAGGGACCCTGAGC 58 2674
877731 N/A N/A 134194 134213 AAATGTTGAAATTGTTACAA 150 2675
877755 N/A N/A 138536 138555 AAATGACAATTAGGAGGGTC 78 2676
877779 N/A N/A 141131 141150 CTTGCAAAACTTTGTTTCAT 66 2677
877803 N/A N/A 143288 143307 AATTTATACCAGTCTTATGT 126 2678
877827 N/A N/A 144888 144907 ATTCTTAATTATGTGAGTCT 77 2679
Tabela 42 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 35 222 81631 81650 803640 N/A N/A TGCAGCATCATGCAAGCAGC 22 1802 87888 87907 876022 547 566 N/A N/A TGATTTTACCTGAAGTTAGG 82 3134 876046 832 851 21663 21682 TCATGAGGACTTCCACATTA 50 3135 876070 1231 1250 29582 29601 GATTATTTAGTGCCCAGCAT 47 3136 876094 1475 1494 35422 35441 ACTTCAGGAGAATGTATATG 58 3137 876118 1683 1702 41916 41935 ATGAAATTCTGTATCCTCCC 70 3138 876142 2306 2325 56314 56333 GCATCTGCTCCCAATAGAAG 48 3139 876166 2871 2890 71714 71733 CTGTAATACGGCATCTCGGT 25 3140 876190 3231 3250 76365 76384 GTGCAAGTCCAAATGTGTCA 15 3141 876214 3803 3822 82148 82167 ATGCTGATCTGATTATGGCT 76 3142 876238 4190 4209 86685 86704 CCAAGATCTGATTTCTTGGT 72 139 876262 4728 4747 92151 92170 TGGCACATTTTTACGCTCCG 26 3143 876286 5049 5068 98197 98216 ATACTGTGACATGTAGTTCT 24 3144 876310 5429 5448 N/A N/A AGAATACAGCCTTTTCTACA 53 3145 876334 5655 5674 101293 101312 TGGAATGGTGAGCCTTGGTT 41 3146 876358 6249 6268 124880 124899 AATGACATTTCCTCTGGCAA 69 3147 876382 6870 6889 132580 132599 TTGCTTGGAAAAGGAATTGC 63 3148 876406 7747 7766 145916 145935 AATAAATATTTACAAGAGGA 165 3149 876430 8774 8793 146943 146962 GCTATGTAAACAATTTAAGT 96 3150 876454 N/A N/A 4075 4094 ATTGGGAAGATACTTGGAAT 86 3151 876478 N/A N/A 6864 6883 ACACAAATCATTTCAAAATG 80 3152 876502 N/A N/A 8430 8449 GGCACAAGTTTCTTACTCGC 56 3153 876526 N/A N/A 11515 11534 TCTAATTTGTCTAAATTTAT 120 3154 876550 N/A N/A 14441 14460 CTCTGCACTTCAGTGTTTGT 55 3155 876574 N/A N/A 16653 16672 ATCTCAGTTATCAATCTCAG 51 3156 876598 N/A N/A 19231 19250 ATAACCCCACACCTTTACTG 239 3157 876622 N/A N/A 20813 20832 CGAGGCTCAACCCCATTGGA 58 3158 876646 N/A N/A 23976 23995 TATATAATTGCTAGGTAGAG 52 3159 876670 N/A N/A 26660 26679 TCATTCAGCTACTTTTGAAA 55 3160 876694 N/A N/A 29232 29251 ACCAACAGAATGAGGTGTGC 36 3161 876718 N/A N/A 30990 31009 ATTCAAACAAAATGTTAGTA 125 3162 876742 N/A N/A 33417 33436 ACTCAATAGTCACCTTCTTT 60 3163 876766 N/A N/A 34874 34893 ATGTGGAGGTATCGACCATT 32 3164 876790 N/A N/A 37365 37384 CGGGAATTATTTCACTTCAT 21 3165 876814 N/A N/A 38809 38828 CCTTGTATCTAGTCTCTCTC 49 3166 876838 N/A N/A 41299 41318 CTACAAGTCAAAAATGTGGT 71 3167 876862 N/A N/A 43081 43100 ATCATTTCCATTAATTATTT 72 3168 876886 N/A N/A 47247 47266 CTTAGAATGAAATTGCTGAT 48 3169 876910 N/A N/A 48381 48400 TGCCAATGTGGAGTTAATTT 103 3170
876934 N/A N/A 50807 50826 TAATTATTCTCAGTCTTTAA 110 3171 876958 N/A N/A 53342 53361 TCTTAGCACATTCTCTGAAC 61 3172 876982 N/A N/A 56609 56628 GACACATTTGAAAAGTTATT 45 3173 877006 N/A N/A 59726 59745 TCTTTAGAATATTCACACAT 112 3174 877030 N/A N/A 61906 61925 ACTGGCAAATCAAACTTCAT 104 3175 877054 N/A N/A 63890 63909 AATGTAATCTTTATCAGGAC 65 3176 877078 N/A N/A 66625 66644 TTGGAAAACAGACACAAAAG 61 3177 877102 N/A N/A 68600 68619 GGCCTTTGCTGGTGAAGTCT 39 3178 877126 N/A N/A 71855 71874 GAAATCCCTACCAATTGTTC 119 3179 877150 N/A N/A 73433 73452 CAATCAGGCTTTCTTCAAGG 88 3180 877174 N/A N/A 75007 75026 TGATGAAGTGACAGTTAAAT 116 3181 877198 N/A N/A 77396 77415 GTACAACTTAGAGGGCCTGG 38 3182 877222 N/A N/A 80337 80356 AGTTCTCAATACTCTGGTAT 35 3183 877253 N/A N/A 84478 84497 ATTTCACATGATGTCAGTAG 61 3184 877277 N/A N/A 87800 87819 AGATAGAAAAGCAACAAAAG 153 3185 877301 N/A N/A 90174 90193 CAACAAGTCTTTTTAAAGAT 74 3186 877325 N/A N/A 91493 91512 AACATCAGTGATTCTGATAG 136 3187 877349 N/A N/A 93656 93675 GGATCTAGTAAAGCAGCATG 39 3188 877373 N/A N/A 95702 95721 TCTCTTTCATATCTCTTTTA 42 3189 877397 N/A N/A 97648 97667 GAATAGGAAGACAGACTGTG 69 3190 877421 N/A N/A 100889 100908 TCTTTATAACAGTTCTATGA 99 3191 877445 N/A N/A 102737 102756 GACAACTTTTTGCTAATAAT 70 3192 877469 N/A N/A 105355 105374 TTCAGGCCTCCATACCCTTG 184 3193 877493 N/A N/A 107755 107774 AGAGAATCCATTTGACTTTG 37 3194 877517 N/A N/A 110432 110451 GAATACAGGAATAACCACTG 61 3195 877541 N/A N/A 112355 112374 AACAGTGCACACAGTGTAGT 46 3196 877565 N/A N/A 114614 114633 CTACTGTCAACACAGTAATT 72 3197 877589 N/A N/A 117436 117455 CTTCTCTGCCCCATGATGTC 56 3198 877613 N/A N/A 119406 119425 TTTCTTCTGTGCCAGGCACG 47 3199 877637 N/A N/A 121914 121933 GCCACTATTAAGTGGTAGAG 52 3200 877661 N/A N/A 124653 124672 CCAAGGTTGACCACACAGGA 66 3201 877685 N/A N/A 127508 127527 TCATAAGATTTGACAGCATG 48 3202 877709 N/A N/A 130133 130152 TTCAGAAACCACATTTCTGC 123 3203 877733 N/A N/A 134456 134475 CAATCAGCAAGTATTTTCAG 113 3204 877757 N/A N/A 138991 139010 GTGGTGCTTGGACTGAAATA 85 3205 877781 N/A N/A 141186 141205 TTGTACTATATCTAAATTTC 89 3206 877805 N/A N/A 143353 143372 TAATCTGCTTCTCTTGTGGG 71 3207 877829 N/A N/A 145054 145073 ATATTAAACTGGCCTGAAAA 145 3208 Tabela 43 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 49 222 81632 81651 803641 N/A N/A TTGCAGCATCATGCAAGCAG 57 1803 87889 87908
876023 662 681 16182 16201 AGCACATGTAAAGCTTTGCA 51 3209
876047 833 852 21664 21683 CTCATGAGGACTTCCACATT 60 3210
876071 1232 1251 29583 29602 AGATTATTTAGTGCCCAGCA 43 3211
876095 1476 1495 35423 35442 CACTTCAGGAGAATGTATAT 35 3212
876119 1694 1713 41927 41946 TTTAGCTTATGATGAAATTC 36 3213
876143 2395 2414 62016 62035 CACTATTCAGTAAGAGTTCC 19 3214
876167 2873 2892 71716 71735 CGCTGTAATACGGCATCTCG 58 3215
876191 3250 3269 76384 76403 ATGATGTAAATTTATTACTG 75 3216
876215 3804 3823 82149 82168 GATGCTGATCTGATTATGGC 33 3217
876239 4232 4251 86727 86746 GGCCAGTCTTTCACATCTAT 39 3218
876263 4729 4748 92152 92171 TTGGCACATTTTTACGCTCC 21 3219
876287 5050 5069 98198. 98217 AATACTGTGACATGTAGTTC 38 3220
876311 5434 5.453 N/A N/A CCAAAAGAATACAGCCTTTT 52 3221
876335 5660 5679 101298 101317 GATATTGGAATGGTGAGCCT 28 3222
876359 6288 6307 124919 124938 TAGTAAACCAAATGAATAAA 78 3223
876383 6953 6972 N/A N/A CCTTTAAGCTTAACAGTCTT 125 3224
876407 7856 7875 146025 146044 TTACTGGTAAGTATTTTTAC 57 3225
876431 8779 8798 146948 146967 GGTAAGCTATGTAAACAATT 105 3226
876455 N/A N/A 4112 4131 AACTATTCATAATCTTCTCA 93 3227
876479 N/A N/A 6910 6929 TTGGCTGTGCAAAAGAAGGA 112 3228
876503 N/A N/A 8563 8582 CTGCTACATGATAAGGAAGC 62 3229
876527 N/A N/A 11614 11633 CACACCCTTTATGTACTGAA 33 3230
876551 N/A N/A 14462 14481 TCTTAGTGGCCAAAGCAACT 80 3231
876575 N/A N/A 16768 16787 TCACAAGCTCTGTGTCCTCA 45 3232
876599 N/A N/A 19233 19252 TCATAACCCCACACCTTTAC 91 3233
876623 N/A N/A 20902 20921 TTTTTTTTGATGTGGAGAAA 161 3234
876647 N/A N/A 24058 24077 GACTCATGTAAGAAGACAAG 48 3235
876671 N/A N/A 26694 26713 TTTAATTTTAACTATGAAGA 101 3236
876695 N/A N/A 29272 29291 TAACAGTTTGACCAACTCTA 76 3237
876719 N/A N/A 30991 31010 AATTCAAACAAAATGTTAGT 180 3238
876743 N/A N/A 33419 33438 TTACTCAATAGTCACCTTCT 62 3239
876767 N/A N/A 34973 34992 TTCCAATACTTAAAACAAGT 76 3240
876791 N/A N/A 37386 37405 AAGATAGAATTCATAGTAAT 108 3241
876815 N/A N/A 38831 38850 CCATGGACCTCCAACCCAAT 86 3242
876839 N/A N/A 41301 41320 CACTACAAGTCAAAAATGTG 62 3243
876863 N/A N/A 43157 43176 ATTTTTAAGGGAGATCTCTC 56 3244
876887 N/A N/A 47300 47319 TTCATGTCTAATAATCTTTA 64 3245
876911 N/A N/A 48530 48549 TCTAAAGAAATTCAGACAAC 115 3246
876935 N/A N/A 50878 50897 CAAAGAAAAAAGTCCAATAA 168 3247
876959 N/A N/A 53439 53458 GCAACCTGCAATAAAACCCA 43 3248
876983 N/A N/A 56638 56657 AGACTAAGTTGTAGAGATGC 79 3249
877007 N/A N/A 59787 59806 TAAAATAAATAAATGCCAGC 125 3250
877031 N/A N/A 62296 62315 ACTAAAAGACTAGTGACTTA 69 3251
877055 N/A N/A 64013 64032 GAACCCATTTCTGGAGGGTT 180 3252
877079 N/A N/A 66732 66751 CACTAGAACAGCTAAAAGTA 172 3253
877103 N/A N/A 68807 68826 TCACTAACAGGATAATTAAA 103 3254
877127 N/A N/A 72021 72040 TGAAGTGTACTGTAAGTATA 46 3255
877151 N/A N/A 73765 73784 CTTGAAAGTTACAAGGATAA 60 3256
877175 N/A N/A 75058 75077 GGTGGGTAGGTTGGCTGGAG 88 3257
877199 N/A N/A 77450 77469 ACTGAAATGCCACTTTTAAA 74 3258
877223 N/A N/A 80422 80441 ATGGGTGTTATTTAATAAAA 65 3259
877254 N/A N/A 84582 84601 AAGTGTAAAGACCAGAAACA 169 3260 877278 N/A N/A 87864 87883 TAGTCTCCATTCTAAAAAGC 64 3261 877302 N/A N/A 90291 90310 GACTTATTGGTAATGATATC 57 3262 877326 N/A N/A 91566 91585 GCAGAGACATAAAATCCCAC 36 3263 877350 N/A N/A 93891 93910 TTCCATGTGAAATATAAGAA 79 3264 877374 N/A N/A 95756 95775 AAGGTTAAATTGCCATGTAA 45 3265 877398 N/A N/A 97666 97685 CTAGGAGAGGACTTCCATGA 52 3266 877422 N/A N/A 100940 100959 ATTATATGGCAGACATGTTG 73 3267 877446 N/A N/A 102740 102759 TTGGACAACTTTTGCTAAT 72 3268 877470 N/A N/A 105358 105377 ACCTTCAGGCCTCCATACCC 95 3269 877494 N/A N/A 107793 107812 CCTTTATTTTTATAAATTGA 51 3270 877518 N/A N/A 110571 110590 TACAGTTGAGTTCTGGTATA 100 3271 877542 N/A N/A 112357 112376 GAAACAGTGCACACAGTGTA 56 3272 877566 N/A N/A 114956 114975 AAAAACTAGAACCTAGAGTT 90 3273 877590 N/A N/A 117469 117488 AGATGTCTATAAAATTCTGA 77 3274 877614 N/A N/A 119511 119530 AACCAGGCATTGGAATCTGG 65 3275 877638 N/A N/A 121934 121953 AATTTCTTGATGAACATCAT 69 3276 877662 N/A N/A 124733 124752 CTAAACCAGGCTGTGTTATT 75 3277 877686 N/A N/A 127511 127530 TTTTCATAAGATTTGACAGC 83 3278 877710 N/A N/A 130554 130573 TTTAACCTCAGAACTAATGT 152 3279 877734 N/A N/A 134509 134528 ATCAGATGTCATTTATCATT 67 3280 877758 N/A N/A 139025 139044 AGCACAAAGTCACCTAACCT 50 3281 877782 N/A N/A 141209 141228 TCTATGTGGCTCTTTGTAGA 50 3282 877806 N/A N/A 143361 143380 AGCTGCAGTAATCTGCTTCT 33 3283 877830 N/A N/A 145056 145075 ATATATTAAACTGGCCTGAA 152 3284 Tabela 44 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 23 222 81633 81652 780625 N/A N/A ATTGCAGCATCATGCAAGCA 56 675 87890 87909 876024 667 686 16187 16206 CAAACAGCACATGTAAAGCT 75 3285 876048 834 853 21665 21684 ACTCATGAGGACTTCCACAT 42 3286 876072 1233 1252 29584 29603 GAGATTATTTAGTGCCCAGC 30 3287 876096 1477 1496 35424 35443 CCACTTCAGGAGAATGTATA 48 3288 876120 1696 1715 41929 41948 TATTTAGCTTATGATGAAAT 58 3289 876144 2400 2419 62021 62040 AGATCCACTATTCAGTAAGA 42 3290 876168 2874 2893 71717 71736 ACGCTGTAATACGGCATCTC 26 3291 876192 3289 3308 76423 76442 GATTAGCAATACAACTCATT 41 3292 876216 3805 3824 82150 82169 AGATGCTGATCTGATTATGG 46 3293 876240 4237 4256 ,86732 86751 GGATAGGCCAGTCTTTCACA 43 3294 876264 4731 4750 92154 92173 AATTGGCACATTTTTACGCT 41 3295 876288 5052 5071 98200 98219 AAAATACTGTGACATGTAGT 26 3296 876312 5444 5463 100433 100452 ACAACTTGGCCCAAAAGAAT 101 3297
876336 5690 5709 101328 101347 TCAGCCAAAATCAAGTCAGG 50 3298
876360 6293 6312 124924 124943 TAGAGTAGTAAACCAAATGA 82 3299
876384 6958 6977 N/A N/A CAGCTCCTTTAAGCTTAACA 73 3300
876408 7861 7880 146030 146049 CACATTTACTGGTAAGTATT 52 3301
876432 8818 8837 146987 147006 AATTATTACATAGGTATTTG 97 3302
876456 N/A N/A 4226 4245 GGTATACTACAACTAAAGGC 45 3303
876480 N/A N/A 6916 6935 CAAATATTGGCTGTGCAAAA 50 3304
876504 N/A N/A 8607 8626 TAAGCCAGATTGTATAAGAA 91 3305
876528 N/A N/A 11615 11634 ACACACCCTTTATGTACTGA 35 3306
876552 N/A N/A 14467 14486 CTACCTCTTAGTGGCCAAAG 58 3307
876576 N/A N/A 16784 16803 TAATTGAACTGTACTGTCAC 77 3308
876600 N/A N/A 19236 19255 CACTCATAACCCCACACCTT 68 3309
876624 N/A N/A 20923 20942 TGTTATATTGCTTACCTTTT 69 3310
876648 N/A N/A 24093 24112 TCAATGGCTCTATTTAACAC 74 3311
876672 N/A N/A 26696 26715 GTTTTAATTTTAACTATGAA 63 3312
876696 N/A N/A 29292 29311 CATTATATATATTATCTACT 94 3313
876720 N/A N/A 30992 31011 AAATTCAAACAAAATGTTAG 77 3314
876744 N/A N/A 33420 33439 CTTACTCAATAGTCACCTTC 51 3315
876768 N/A N/A 35168 35187 ACACATGTCATTTCCAATTT 38 3316
876792 N/A N/A 37410 37429 TAATTGTCTAAACTTTGAAC 72 3317
876816 N/A N/A 38923 38942 TCACATCAAACAGATCTCCC 68 3318
876840 N/A N/A 41323 41342 TGTAGCTGAACTATGCTAAA 118 3319
876864 N/A N/A 43234 43253 TGTATTAAAGTTTGAGTATA 77 3320
876888 N/A N/A 47312 47331 CCACAGTGAACATTCATGTC 39 3321
876912 N/A N/A 48595 48614 GTCCAAATATAAAGGCAAAA 36 3322
876936 N/A N/A 51297 51316 AGAAGTGGTAAGTTAAAAAG 101 3323
876960 N/A N/A 53567 53586 CCAGTATCTTGAATTCCTTA 38 3324
876984 N/A N/A 56680 56699 TATCAAAACATTAGAACTAT 86 3325
877008 N/A N/A 59803 59822 GAGAAAGTGAATCTGATAAA 48 3326
877032 N/A N/A 62335 62354 ATCTTTGGCTTAAGGTCCCT 54 3327
877056 N/A N/A 64117 64136 TGAAGATTAAAGTAAGCAGG 46 3328
877080 N/A N/A 66821 66840 AATAAGAATGGCCAATAAGA 97 3329
877104 N/A N/A 68820 68839 CAGGATAATTAAATCACTAA 89 3330
877128 N/A N/A 72024 72043 TCTTGAAGTGTACTGTAAGT 36 3331
877152 N/A N/A 73771 73790 AAATGTCTTGAAAGTTACAA 58 3332
877176 N/A N/A 75109 75128 ACCGAATGAGAATTAGGTGG 22 3333
877200 N/A N/A 77633 77652 ATAATTTTGTCTCTTCCAGA 61 3334
877224 N/A N/A 80461 80480 TATGGTACTAGCTCATAAAG 87 3335
877255 N/A N/A 84665 84684 TATGAGAAAGTAATAAGACC 103 3336
877279 N/A N/A 87867 87886 GTTTAGTCTCCATTCTAAAA 58 3337
877303 N/A N/A 90326 90345 AGGTGATTTATAAGTGCCAA 28 3338
877327 N/A N/A 91617 91636 GGTTATTTGTAAAATGTTAT 33 3339
877351 N/A N/A 93895 93914 CATTTTCCATGTGAAATATA 50 3340
877375 N/A N/A 95790 95809 AAATTCCTTTGTATTTCTCC 31 3341
877399 N/A N/A 97756 97775 GTCTCATCAATAATATATTC 46 3342
877423 N/A N/A 100944 100963 TGTTATTATATGGCAGACAT 66 3343
877447 N/A N/A 102748 102767 CTCAAATTTTGGACAACTTT 66 3344
877471 N/A N/A 105367 105386 ATGCTTTGTACCTTCAGGCC 39 3345
877495 N/A N/A 108045 108064 TTAGAAACACTTGAAGTCAT 61 3346
877519 N/A N/A 110743 110762 AATTAAAATGCCCCCAGGAT 74 3347
877543 N/A N/A 112384 112403 CTCTGTTTTTATCAGACATT 49 3348
877567 N/A N/A 115086 115105 GTTATTTAAAGTAAGGTTTC 52 3349 877591 N/A N/A 117552 117571 TTCATCTCAACCAGGTCTTA 67 3350 877615 N/A N/A 119913 119932 AGTTGCATATGGTTTAGGAG 29 3351 877639 N/A N/A 122135 122154 AATATTTACTTCAATATGGA 68 3352 877663 N/A N/A 124792 124811 CATCCAAGGAGGCATACACT 78 3353 877687 N/A N/A 127780 127799 TTAAAGGAAAAGTTAACCAG 75 3354 877711 N/A N/A 132127 132146 GATTGTTCCTCTCCCTCTCC 57 3355 877735 N/A N/A 134694 134713 TAATGACTAAATAGGAATCT 89 3356 877759 N/A N/A 139104 139123 GTAGATTTAGTGGTATTGAG 54 3357 877783 N/A N/A 141286 141305 ACTTTATATTAATTTCTTGT 67 3358 877807 N/A N/A 143430 143449 TACCATGTATTTCCCATTTT 61 3359 877831 N/A N/A 145069 145088 TTCTGTTAAAACTATATATT 128 3360 Tabela 45 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 16 222 876028 732 751 18631 18650 ACTTAACAATATCATATAAT 116 3361 876052 840 859 21671 21690 ATTGCCACTCATGAGGACTT 23 3362 876076 1239 1258 29590 29609 CATAAGGAGATTATTTAGTG 51 3363 876100 1482 1501 35429 35448 TTCAGCCACTTCAGGAGAAT 36 3364 876124 1701 1720 41934 41953 AACCATATTTAGCTTATGAT 35 3365 876148 2452 2471 62073 62092 TGTCACCTTTCCCAATGCTT 37 3366 876172 2977 2996 73001 73020 GTGAATCATCTGAAGATAAT 79 3367 876196 3422 3441 76556 76575 TCTACCACATCAGTGAGGTT 46 3368 876220 3850 3869 82195 82214 GTTTCTCTACTCTAGACCAT 29 3369 876244 4313 4332 87217 87236 GTACTATAGAATTCCTCACG 33 3370 876268 4736 4755 92159 92178 AATTCAATTGGCACATTTTT 80 3371 876292 5070 5089 98218 98237 GAATTTTTCTAGGAGCTTAA 47 3372 876316 5450 5469 100439 100458 TGGTCCACAACTTGGCCCAA 45 3373 876340 5704 5723 101342 101361 TATTTCTAGGCAGGTCAGCC 62 3374 876364 6471 6490 126587 126606 AGGCCTTTCTTGAGGATTTT 56 3375 876388 7076 7095 137480 137499 GAGAAAATCTTTGTGCCACA 66 3376 876412 8045 8064 146214 146233 ACAGAATTTAAAATAAAGTT 64 3377 876436 8906 8925 147075 147094 TATCACAGGGAATTATCTGA 113 3378 876460 N/A N/A 4437 4456 ATCACCTTGGCCTATAATTT 73 3379 876484 N/A N/A 7124 7143 TTGCTTTTTACTAGCTTGCA 38 3380 876508 N/A N/A 9022 9041 GGCTCTTTCACATTTCGAAA 63 3381 876532 N/A N/A 11902 11921 TTTCCTACATAAACTTTTAT 137 3382 876556 N/A N/A 14858 14877 GTTGAGTACCTTCTTGTTTT 43 3383 876580 N/A N/A 17001 17020 TCTTGTGTATTATAATTATC 55 3384 876604 N/A N/A 19521 19540 AGCAATCATTGGTAGCATAC 17 3385 876628 N/A N/A 21334 21353 GTACTGAAAATGAAAGTCTG 79 3386 876652 N/A N/A 24857 24876 AAGGTAAGGTCTCAACCAGA 41 3387 876676 N/A N/A 27470 27489 TCATTGGCATGTTTACCATT 46 3388
876700 N/A N/A 29725 29744 CTAACAATAAAAGTTACGGT 49 3389
876724 N/A N/A 31409 31428 AATTTGGTTATAAAAGAGTA 94 3390
876748 N/A N/A 33425 33444 CAGGTCTTACTCAATAGTCA 32 3391
876772 N/A N/A 35704 35723 AGCATCAGGTTCAAAAGCAA 43 3392
876796 N/A N/A 37927 37946 CATTGTAGTTACTTTGTATA 100 3393
876820 N/A N/A 39204 39223 AAACTATGAATAGGACACCA 49 3394
876844 N/A N/A 41563 41582 CTGGAAGATTTTTATGCAAC 66 3395
876868 N/A N/A 45405 45424 CTCTCACAATGAGACAGGAT 48 3396
876892 N/A N/A 47401 47420 GGTGGAGAAATAAAAATATC 153 3397
876916 N/A N/A 49326 49345 GATGTCCCTTGTCTATGAGT 80 3398
876940 N/A N/A 51672 51691 GTCTTTGACCAAAATCTTCT 53 3399
876964 N/A N/A 54224 54243 CTATCTTGGTTTAATCAGCC 51 3400
876988 N/A N/A 57012 57031 ATATATTTTCATAGACTGAC 73 3401
877012 N/A N/A 59950 59969 CATCTTGAAACAGGAAACCC 90 3402
877036 N/A N/A 62729 62748 GCTTGAAAGTATAAAGAAAA 92 3403
877060 N/A N/A 64985 65004 GCTAAATAAAGGATCTTGTT 61 3404
877084 N/A N/A 67063 67082 TCTTAAGTGGGATACAAAAA 77 3405
877108 N/A N/A 69905 69924 AATTACAACTTCAATATTTC 117 3406
877132 N/A N/A 72455 72474 CAAAGTGAACCTGAGAATAA 86 3407
877156 N/A N/A 73937 73956 TCTGTTTCCATTGCCTGCCC 24 3408
877180 N/A N/A 75325 75344 ATTATTTTGCTTGCTCATTT 62 3409
877204 N/A N/A 78164 78183 TATCTCAGTATCAGGATGCC 36 3410
877228 N/A N/A 81375 81394 TACATAAACTTGCCTAATCT 120 3411
877235 N/A N/A 82381 82400 ATGGAAATCTGGATTTATAG 48 3412
877259 N/A N/A 84939 84958 TCAGAAAACAAAATCCTTCC 70 3413
877283 N/A N/A 87993 88012 CATTAAAAAATACCCAAATT 142 3414
877307 N/A N/A 90438 90457 TCAAACCATTATGCCAGAAT 34 3415
877331 N/A N/A 91722 91741 AATGTGAAACAGACACGCTA 53 3416
877355 N/A N/A 94450 94469 AATGTTTCAATATGCTCTTG 22 3417
877379 N/A N/A 95946 95965 ATTTTAAGCCTCCAAGTTTC 110 3418
877403 N/A N/A 98420 98439 CAAAATAAATGATACATGTC 104 3419
877427 N/A N/A 101435 101454 CATCCTAATTTTTATTCTCA 94 3420
877451 N/A N/A 103549 103568 AGCCAAAATGGCAACAGCTC 52 3421
877475 N/A N/A 105747 105766 TCATTCCACTTTGATTGTGT 40 3422
877499 N/A N/A 108438 108457 GGAATTTTCTTCAAATTTTG 102 3423
877523 N/A N/A 111233 111252 TCATAGGCACAGACAGAGGT 68 3424
877547 N/A N/A 112873 112892 ACTACAGTTGACCTATGGAC 74 3425
877571 N/A N/A 115802 115821 ATTGCAAGCATAAACAGATT 98 3426
877595 N/A N/A 118045 118064 ATGAATATTTTAACTATTTC 65 3427
877619 N/A N/A 119984 120003 GCTATTCATGGCTCTGTTGT 66 3428
877643 N/A N/A 122352 122371 GTTAGAATTTGGAATCACAG 42 3429
877667 N/A N/A 125287 125306 CAAATGTGGAGTTCTAACAG 106 3430
877691 N/A N/A 128589 128608 TGGACAAGGTTACTTGGGCA 55 3431
877715 N/A N/A 132782 132801 TTTATAAATGTCTCAGCTAG 72 3432
877739 N/A N/A 135635 135654 ATTGCTATAGCCACTACGGA 102 3433
877763 N/A N/A 140038 140057 CTAGAACTCCAAAAGTCCTA 76 3434
877787 N/A N/A 141378 141397 ACAAGCTAGACTATTGCAAT 55 3435
877811 N/A N/A 143863 143882 GAATATATTTTCTTCACCAT 62 3436
877835 N/A N/A 145294 145313 AAACTACCAATTAAAATTCC 80 3437
Tabela 46 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 42 222 876029 733 752 18632 18651 CACTTAACAATATCATATAA 73 3438 876053 841 860 21672 21691 CATTGCCACTCATGAGGACT 29 3439 876077 1249 1268 29600 29619 TGTTTTGGTACATAAGGAGA 60 3440 876101 1483 1502 35430 35449 TTTCAGCCACTTCAGGAGAA 50 3441 876125 1702 1721 41935 41954 TAACCATATTTAGCTTATGA 56 3442 876149 2453 2472 62074 62093 CTGTCACCTTTCCCAATGCT 26 3443 876173 3064 3083 73600 73619 CTAGTGATGTAATATATTCT 32 3444 876197 3427 3446 76561 76580 GTTTCTCTACCACATCAGTG 38 3445 876221 3852 3871 82197 82216 CAGTTTCTCTACTCTAGACC 28 3446 876245 4315 4334 87219 87238 GAGTACTATAGAATTCCTCA 81 3447 876269 4741 4760 92164 92183 CGGGAAATTCAATTGGCACA 44 3448 876293 5071 5090 98219 98238 GGAATTTTTCTAGGAGCTTA 27 3449 876317 5451 5470 100440 100459 GTGGTCCACAACTTGGCCCA 72 152 876341 5745 5764 101383 101402 TGGAGCTTGTTCAAATTCCA 52 153 876365 6510 6529 129655 129674 TTCAGCTGAATTCAAAATGT 82 3450 876389 7174 7193 141535 141554 CCACTGTTATGATGTTGGAA 65 3.451 876413 8085 8104 146254 146273 ATTTCTAGAAAAATCGACAA 115 3452 876437 8911 8930 147080 147099 TGTCCTATCACAGGGAATTA 81 3453 876461 N/A N/A 4590 4609 GTCTGTCAAGCCTCTCAACC 79 3454 876485 N/A N/A 7136 7155 TATCAAACCATTTTGCTTTT 79 3455 876509 N/A N/A 9076 9095 CAGATTTCTCTAGAATGAAT 67 3456 876533 N/A N/A 12031 12050 TGTGTCTATCTTCTTCACAA 119 3457 876557 N/A N/A 14909 14928 AGACTCTTAGTGCATGCCAT 46 3458 876581 N/A N/A 17076 17095 CCTTAGAAACACAGTAAACT 72 3459 19554 19573 876605 N/A N/A AAAACAGAATATGAACCATT 48 3460 19584 19603 876629 N/A N/A 21340 21359 GGAAAAGTACTGAAAATGAA 134 3461 876653 N/A N/A 24869 24888 CAGACTCTCTGCAAGGTAAG 88 3462 876677 N/A N/A 27495 27514 CTTAAAGGAATAGTGCTTAG 71 3463 876701 N/A N/A 29875 29894 AATTACCAAATGACCCTTGA 73 3464 876725 N/A N/A 31897 31916 TGGTGTTTACTATGGGTTCC 28 3465 876749 N/A N/A 33427 33446 TGCAGGTCTTACTCAATAGT 75 3466 876773 N/A N/A 35778 35797 CACACAATAATTAGAAAAAC 106 3467 876797 N/A N/A 37999 38018 TCATGGCAACAAAAATAGAA 129 3468 876821 N/A N/A 39337 39356 TGTCAACTTTAAGGATAATC 35 3469 876845 N/A N/A 41680 41699 TAAATATAATGTGTAAGAAT 117 3470 876869 N/A N/A 45530 45549 CACCAACACTCACCATGAAT 62 3471 876893 N/A N/A 47579 47598 CCCTCAGGGACCTCTACTGA 59 3472 876917 N/A N/A 49662 49681 ATTTATCAGTGTCTACTTAG 68 3473 876941 N/A N/A 51782 51801 TTCATTTAGATGATGTTTTG 95 3474
876965 N/A N/A 54337 54356 ACTCTACTATAGAGATTCTA 95 3475 876989 N/A N/A 57276 57295 ATTTAATAATGTGTATTAAA 129 3476 877013 N/A N/A 59957 59976 TACAAACCATCTTGAAACAG 98 3477 877037 N/A N/A 62733 62752 ATGAGCTTGAAAGTATAAAG 83 3478 877061 N/A N/A 65104 65123 GTATCAGTGTCCTCACCTGG 84 3479 877085 N/A N/A 67064 67083 TTCTTAAGTGGGATACAAAA 81 3480 877109 N/A N/A 69996 70015 ATAGTCCTTAATGTTTGCAC 46 3481 877133 N/A N/A 72458 72477 TTTCAAAGTGAACCTGAGAA 83 3482 877157 N/A N/A 73938 73957 ATCTGTTTCCATTGCCTGCC 69 3483 877181 N/A N/A 75378 75397 CCTTGTCACAGTCTCTTCCA 56 3484 877205 N/A N/A 78262 78281 AAAACCATTAAATGATTAAT 148 3485 877229 N/A N/A 81468 81487 AACACACTCAAGATCCAATT 94 3486 877236 N/A N/A 82634 82653 ATCACACATAATTTGAAATG 91 3487 877260 N/A N/A 85112 85131 AGTATAATACACTGAAAGCT 86 3488 877284 N/A N/A 88019 88038 AGCTGTAAAAAAGTTAATAA 80 3489 877308 N/A N/A 90441 90460 TTTTCAAACCATTATGCCAG 77 3490 877332 N/A N/A 91728 91747 AAACTTAATGTGAAACAGAC 77 3491 877356 N/A N/A 94452 94471 GCAATGTTTCAATATGCTCT 13 3492 877380 N/A N/A 96049 96068 GAATGAAGCCAAGTGAATAA 82 3493 877404 N/A N/A 98444 98463 AGTGTCAGATGCAATGTTTT 92 3494 877428 N/A N/A 101447 101466 AGGAGAAAATTACATCCTAA 81 3495 877452 N/A N/A 104028 104047 AAGAGGAAATGTACCCTGTG 77 3496 877476 N/A N/A 105776 105795 CTCTCTCTCTTGCAAAATTA 74 3497 877500 N/A N/A 108554 108573 AATTCAAAAGGTCAAATTTT 105 3498 877524 N/A N/A 111239 111258 TTGTTTTCATAGGCACAGAC 35 3499 877548 N/A N/A 112899 112918 TTCAGTAATAAAAAGCTGGT 63 3500 877572 N/A N/A 115808 115827 CAAGGAATTGCAAGCATAAA 69 3501 877596 N/A N/A 118216 118235 GTCTAATATTACACAGCAAA 55 3502 877620 N/A N/A 119990 120009 ATATTTGCTATTCATGGCTC 54 3503 877644 N/A N/A 122379 122398 AGCATATTTTTTCTTGATAA 40 3504 877668 N/A N/A 125297 125316 TAAAAATCACCAAATGTGGA 85 3505 877692 N/A N/A 128599 128618 GATAATATGGTGGACAAGGT 38 3506 877716 N/A N/A 132876 132895 GATTCATTGATCTGAGGAGA 55 3507 877740 N/A N/A 135638 135657 TAAATTGCTATAGCCACTAC 72 3508 877764 N/A N/A 140071 140090 TTGCCGACCTAGGACTAAAA 53 3509 877788 N/A N/A 141480 141499 AAAAAATAGAAAGTCATCAC 128 3510 877812 N/A N/A 143888 143907 TTCCTCTTTCACATATACTT 77 3511 877836 N/A N/A 145295 145314 TAAACTACCAATTAAAATTC 139 3512 Tabela 47 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 31 222 876030 734 753 18633 18652 GCACTTAACAATATCATATA 34 3513 876054 846 865 21677 21696 CCTGACATTGCCACTCATGA 38 3514
876078 1293 1312 N/A N/A AGCTGGGAAATGGCCATCTT 64 3515
876102 1484 1503 35431 35450 CTTTCAGCCACTTCAGGAGA 62 3516
876126 1704 1723 41937 41956 TTTAACCATATTTAGCTTAT 58 3517
876150 2454 2473 62075 62094 GCTGTCACCTTTCCCAATGC 31 3518
876174 3069 3088 73605 73624 AAGGTCTAGTGATGTAATAT 43 3519
876198 3457 3476 N/A N/A TTTTATTTCCTTCTAAAATG 113 3520
876222 3853 3872 82198 82217 GCAGTTTCTCTACTCTAGAC 25 3521
876246 4316 4335 87220 87239 TGAGTACTATAGAATTCCTC 46 3522
876270 4751 4770 92174 92193 CGGTCAATTACGGGAAATTC 45 3523
876294 5073 5092 98221 98240 CTGGAATTTTTCTAGGAGCT 13 3524
876318 5452 5471 100441 100460 TGTGGTCCACAACTTGGCCC 43 3525
876342 5787 5806 106478 106497 TCGGTAAACTGATCCAAAAC 63 3526
876366 6.515 6534 129660 129679 ACTAATTCAGCTGAATTCAA 67 3527
876390 7179 7198 141540 141559 TACCACCACTGTTATGATGT 45 3528
876414 8090 8109 146259 146278 TGCAGATTTCTAGAAAAATC 43 3529
876438 8978 8997 147147 147166 TATAAATAAATTTAAAGTTT 96 3530
876462 N/A N/A 4609 4628 AAAGATTGAGATGCCTCATG 73 3531
876486 N/A N/A 7222 7241 GTAGGAGACCCCTTTCTACA 67 3532
876510 N/A N/A 9202 9221 AATGAAGCTAGAATAATAGA 118 3533
876534 N/A N/A 12064 12083 GAGTGATCTAATACACTCCA 93 3534
876558 N/A N/A 14962 14981 CCGTCAAAAAAAAATACCT 129 3535
876582 N/A N/A 17310 17329 CTCGCTGCAATACACTTTGT 66 3536
19555 19574 876606 N/A N/A CAAAACAGAATATGAACCAT 84 3537 19585 19604
876630 N/A N/A 21645 21664 TATTGCCTGAATTTAAAGAG 81 3538
876654 N/A N/A 25038 25057 ACTTTTAAATGCATTGTTGT 72 3539
876678 N/A N/A 27571 27590 TTTAAAGTTGAAACTCTTAA 124 3540
876702 N/A N/A 29941 29960 TGAATTAATATGGCATTTTA 86 3541
876726 N/A N/A 31920 31939 AAACAGAGGAGGAAAGTGAT 126 3542
876750 N/A N/A 33456 33475 TCAGAGGCAAAAAACAATAT 67 3543
876774 N/A N/A 35835 35854 CGTTGTGAAAGAGCAAAATT 50 3544
876798 N/A N/A 38037 38056 GTACAATTCAAACAAGAGAA 100 3545
876822 N/A N/A 39461 39480 GAAATACTGTATTCAAAACT 73 3546
876846 N/A N/A 41819 41838 GACTGTTACTTTCTAGAAAT 93 3547
876870 N/A N/A 45583 45602 GGCTAACTGGAACCAGTTAT 48 3548
876894 N/A N/A 47597 47616 GACTCTGCTTGTTGTAGTCC 68 3549
876918 N/A N/A 49701 49720 TAATGTATTGCATTGGTGCT 62 3550
876942 N/A N/A 51819 51838 TAAAAATTATAGTGCCATCC 51 3551
876966 N/A N/A 54764 54783 AATGCTACAGCAGAGCAGGC 45 3552
876990 N/A N/A 57307 57326 AACTATTGGCAAACATAGTA 76 3553
877014 N/A N/A 59967 59986 CATACAGACCTACAAACCAT 69 3554
877038 N/A N/A 62754 62773 CATAATATGTACAAAATACA 100 3555
877062 N/A N/A 65304 65323 AGTGATCCTGAATAATTAAC 94 3556
877086 N/A N/A 67065 67084 TTTCTTAAGTGGGATACAAA 66 3557
877110 N/A N/A 70097 70116 AATTCTTCCAGAGGAAGAAA 123 3558
877134 N/A N/A 72483 72502 ATTGGAGAATAGGTTAGAAC 64 3559
877158 N/A N/A 73939 73958 GATCTGTTTCCATTGCCTGC 44 3560
877182 N/A N/A 75408 75427 TGTCCAGTCATTGAATGCCG 30 3561
877206 N/A N/A 78354 78373 CTTTTAATAAAAGTGATGAT 115 3562
877230 N/A N/A 81470 81489 ACAACACACTCAAGATCCAA 68 3563
877237 N/A N/A 82682 82701 AACAGTTAAGAATAATTTGA 122 3564
877261 N/A N/A 85276 85295 CACTATTTGAAAAAATGTCT 81 3565 877285 N/A N/A 88051 88070 GACTGCCACTGTACTATTTG 45 3566 877309 N/A N/A 90454 90473 GCAATCAAATGAGTTTTCAA 66 3567 877333 N/A N/A 92392 92411 ATCAGTGGCCTATTAAAGAA 98 3568 877357 N/A N/A 94453 94472 TGCAATGTTTCAATATGCTC 34 3569 877381 N/A N/A 96103 96122 CAATACTCCAAAAACATGCA 52 3570 877405 N/A N/A 98870 98889 TTAGTTATGCATAGACAAAT 49 3571 877429 N/A N/A 101479 101498 ATATAATTATGAAATCTATT 95 3572 877453 N/A N/A 104214 104233 GAGTATGGATTGTCATGTCT 63 3573 877477 N/A N/A 105993 106012 ACAAAAAGTCTTTTTGAGGC 48 3574 877501 N/A N/A 108768 108787 TTACTACTATATATATATCA 72 3575 877525 N/A N/A 111286 111305 CATGTCAGTTGGTTAGAACT 62 3576 877549 N/A N/A 113456 113475 TATTACTACTTGCTATGAGG 55 3577 877573 N/A N/A 116029 116048 ATGAGCTCTCTAGGCAGACA 40 3578 877597 N/A N/A 118217 118236 AGTCTAATATTACACAGCAA 41 3579 877621 N/A N/A 120065 120084 TTTTTCCAGGTGGAAATATA 120 3580 877645 N/A N/A 122402 122421 ATTCAAAAACTATTTAAATG 118 3581 877669 N/A N/A 125328 125347 TAATGAGTACACAGTAATTC 54 3582 877693 N/A N/A 128602 128621 TCAGATAATATGGTGGACAA 53 3583 877717 N/A N/A 132890 132909 AGAGGCCCTACAAAGATTCA 92 3584 877741 N/A N/A 136288 136307 TCAACAATATAGAGAGGATC 113 3585 877765 N/A N/A 140272 140291 TGTATTTAATAGAAAATAGT 114 3586 877789 N/A N/A 141697 141716 TGAAGTGCAAAGATAATTCT 129 3587 877813 N/A N/A 144037 144056 CTGAGACAACCTATTGAGAG 67 3588 877837 N/A N/A 145342 145361 CATATCACTTGTAATTTTGA 43 3589 Tabela 48 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 Sí- NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto tio de Iní- tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 cio rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 18 222 876031 736 755 18635 18654 ACGCACTTAACAATATCATA 22 3590 876055 867 886 21698 21717 TTCCACCACAATATTATAAC 42 3591 876079 1298 1317 N/A N/A CTATGAGCTGGGAAATGGCC 62 3592 876103 1485 1504 35432 35451 ACTTTCAGCCACTTCAGGAG 38 3593 876127 1723 1742 41956 41975 CATTCTTGAAACACTGTTTT 39 3594 876151 2456 2475 62077 62096 TGGCTGTCACCTTTCCCAAT 33 3595 876175 3153 3172 73689 73708 CTCCAGCTTTTCAAGATGCT 33 3596 876199 3529 3548 77278 77297 ATGAAATGTGGTTCTTACTA 35 3597 876223 3854 3873 82199 82218 TGCAGTTTCTCTACTCTAGA 23 3598 876247 4317 4336 87221 87240 ATGAGTACTATAGAATTCCT 48 3599 876271 4753 4772 92176 92195 TCCGGTCAATTACGGGAAAT 36 3600 876295 5074 5093 98222 98241 TCTGGAATTTTTCTAGGAGC 26 150 876319 5454 5473 100443 100462 AATGTGGTCCACAACTTGGC 49 3601 876343 5792 5811 106483 106502 GCTGCTCGGTAAACTGATCC 46 3602 876367 6601 6620 129746 129765 TGCTTGCATTCCTGCTGTTG 43 3603
876391 7218 7237 141579 141598 AACAGGGCTATTTTGCTTAG 54 3604
876415 8131 8150 146300 146319 TACATTACATGGGAAACTGT 43 3605
876439 9021 9040 147190 147209 AATACAGAAAATCTTTCATC 120 3606
876463 N/A N/A 4967 4986 ATCAGGCACTTCTGAACACC 51 3607
876487 N/A N/A 7241 7260 AGTGAGTATTAAAATGTCAG 47 3608
876511 N/A N/A 9214 9233 TGCTCCCCAAGTAATGAAGC 65 3609
876535 N/A N/A 12417 12436 GATTTTAATCCCTATGTTAT 115 3610
876559 N/A N/A 15046 15065 ACTTCAATATATTCCAGTGT 54 3611
876583 N/A N/A 17338 17357 TGCTATTCTGACTTTTGACA 87 3612
876607 N/A N/A 19605 19624 GTTAATGGTCACTTACAAAA 32 3613
876631 N/A N/A 21986 2/2005 GACACTCCTTTTAAAAGTCC 33 3614
876655 N/A N/A 25054 25073 TTCAGCAACCACTCTCACTT 60 3615
876679 N/A N/A 27604 27623 TTCATTGTGTAAAATAACTT 95 3616
876703 N/A N/A 29976 29995 ATCACAGATGGCTCTGCAAT 56 3617
876727 N/A N/A 32024 32043 ATAATAGACAATTTTACCAG 33 3618
876751 N/A N/A 33545 33564 AGAACATTTTACACACTATC 52 3619
876775 N/A N/A 35950 35969 CTATATAATCTTAGCATCTC 86 3620
876799 N/A N/A 38144 38163 CATTGAGGTAAATGAGTACA 83 3621
876823 N/A N/A 39741 39760 TTGATACCTAGAATGATACG 71 3622
876847 N/A N/A 42026 42045 ATAGTATAAATACAGAAAAC 84 3623
876871 N/A N/A 45585 45604 TTGGCTAACTGGAACCAGTT 63 3624
876895 N/A N/A 47882 47901 GGAAGGAAAAAACGAATACC 61 3625
876919 N/A N/A 49713 49732 ATCTTGAAATAGTAATGTAT 67 3626
876943 N/A N/A 52094 52113 TGGGACTTGAATATAAATGT 97 3627
876967 N/A N/A 54851 54870 TTGATAAGCAAAGTAGCCTT 34 3628
876991 N/A N/A 57309 57328 TAAACTATTGGCAAACATAG 79 3629
877015 N/A N/A 60005 60024 AGGTGATTTATGTTTTACTC 56 3630
877039 N/A N/A 62783 62802 TCAGAAGATGGTAACTTACC 85 3.631
877063 N/A N/A 65433 65452 TAAGAGATACACCAGCAACT 91 3632
877087 N/A N/A 67067 67086 GGTTTCTTAAGTGGGATACA 45 3633
877111 N/A N/A 70265 70284 TACATAAGAAGAAATTTAAA 105 3634
877135 N/A N/A 72531 72550 ATTAACACAAAACAACCCTC 63 3635
877159 N/A N/A 73941 73960 CAGATCTGTTTCCATTGCCT 23 3636
877183 N/A N/A 75798 75817 AGCAAACCCCTACTTACACA 37 3637
877207 N/A N/A 78361 78380 TCTACAACTTTTAATAAAAG 85 3638
877231 N/A N/A 81545 81564 AAAGATAAATTTACACATAT 76 3639
877238 N/A N/A 82750 82769 AGAATTTTTATCCTTATACT 77 3640
877262 N/A N/A 85277 85296 CCACTATTTGAAAAAATGTC 41 3641
877286 N/A N/A 88222 88241 ATTCACTCCTAAATAAAATA 95 3642
877310 N/A N/A 90580 90599 ATGATCTCTAATAGATTAAA 76 3643
877334 N/A N/A 92439 92458 ACATGATTTGTCATGAACAC 19 3644
877358 N/A N/A 94604 94623 TAAGTGCTCTGGGTCACACT 53 3645
877382 N/A N/A 96108 96127 AGCACCAATACTCCAAAAAC 67 3646
877406 N/A N/A 98871 98890 ATTAGTTATGCATAGACAAA 83 3647
877430 N/A N/A 101490 101509 AATCTATGACAATATAATTA 102 3648
877454 N/A N/A 104219 104238 ATATGGAGTATGGATTGTCA 46 3649
877478 N/A N/A 106035 106054 ACTAGTTTTTATTCTACCTT 90 3650
877502 N/A N/A 108861 108880 CTAACATATACTCTTGGAGC 44 3651
877526 N/A N/A 111304 111323 AATCTTTTTTTTAATGCCCA 61 3652
877550 N/A N/A 113493 113512 TGATGGGTTCTAGAGCAGAA 38 3653
877574 N/A N/A 116095 116114 GCTAACACTTCATGACACAC 49 3654
877598 N/A N/A 118289 118308 AGCATCAAAAATTCTGTGCT 51 3655 877622 N/A N/A 120141 120160 GTGGTCCAGTCCACCTTCAT 61 3656 877646 N/A N/A 122515 122534 TTATGCTTCCCTTCTTAGAA 63 3657 877670 N/A N/A 125342 125361 AAAACATTCCAGGATAATGA 52 3658 877694 N/A N/A 128625 128644 TAAAACATGACAAGAGTTCT 124 3659 877718 N/A N/A 133009 133028 TCTTAATTTGGTAGTTAGAT 28 3660 877742 N/A N/A 136525 136544 GATGAAAGTAGGCCCCACTC 70 3661 877766 N/A N/A 140319 140338 TGTCAGAGAGCCACTACGCT 57 3662 877790 N/A N/A 141746 141765 TTCTCTATTCAGAGGCAGAA 61 3663 877814 N/A N/A 144077 144096 TTCAACTAGAGAATGCAACA 58 3664 877838 N/A N/A 145702 145721 AAAGATCCATCATAAAACAT 111 3665 Tabela 49 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de Iní- tio de Pa- ID NO LRRK2 Início rada cio rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 28 222 876027 730 749 18629 18648 TTAACAATATCATATAATCT 6 3666 876051 838 857 21669 21688 TGCCACTCATGAGGACTTCC 39 3667 876075 1237 1256 29588 29607 TAAGGAGATTATTTAGTGCC 61 3668 876099 1481 1500 35428 35447 TCAGCCACTTCAGGAGAATG 53 3669 876123 1700 1719 41933 41952 ACCATATTTAGCTTATGATG 25 3670 876147 2450 2469 62071 62090 TCACCTTTCCCAATGCTTAT 77 3671 876171 2936 2955 72960 72979 AAATCTTCATGATCAAAAAT 85 3672 876195 3338 3357 76472 76491 GTAGGATCTAAAACCACTGA 22 3673 876219 3840 3859 82185 82204 TCTAGACCATAAATATGCTT 29 3674 876243 4312 4331 87216 87235 TACTATAGAATTCCTCACGA 58 3675 876267 4735 4754 92158 92177 ATTCAATTGGCACATTTTTA 49 3676 876291 5069 5088 98217 98236 AATTTTTCTAGGAGCTTAAA 107 3677 876315 5448 5467 100437 100456 GTCCACAACTTGGCCCAAAA 30 3678 876339 5694 5713 101332 101351 CAGGTCAGCCAAAATCAAGT 37 3679 876363 6466 6485 126582 126601 TTTCTTGAGGATTTTCTTTC 75 3680 876387 7046 7065 137450 137469 ATTACATTTCTTTCCGTTGA 53 3681 876411 7998 8017 146167 146186 AAATTATCGGCCTTATAAAT 96 3682 876435 8867 8886 147036 147055 GGCCAAAGAATTTACCGAAA 48 3683 876459 N/A N/A 4386 4405 TTTTTAAGGCCCCCTTTAAA 95 3684 876483 N/A N/A 7028 7047 TTAGGTCTGTCACAAGCTCT 50 3685 876507 N/A N/A 8960 8979 CAGTCTGTTTACAAGATGCC 36 3686 876531 N/A N/A 11871 11890 TGAACAGTTGGTTTGTACAG 67 3687 876555 N/A N/A 14783 14802 GGACTGATGAGGACAATTCA 88 3688 876579 N/A N/A 16929 16948 AGGTGATCTATCCCATTCTG 67 3689 876603 N/A N/A 19458 19477 GTGGCTAAATTTCAAAGCCT 70 3690 876627 N/A N/A 21316 21335 TGGAAATGTAATGTATTGGT 56 3691 876651 N/A N/A 24654 24673 GCAGTTGGTTTAGACTCCCC 44 3692 876675 N/A N/A 27306 27325 AGGAAAAACTTTACCTGATA 83 3693 876699 N/A N/A 29666 29685 ATTTTCTATCATATAAAATC 93 3694
876723 N/A N/A 31361 31380 TAAAATTTTGTATATGTCAT 146 3695
876747 N/A N/A 33424 33443 AGGTCTTACTCAATAGTCAC 34 3696
876771 N/A N/A 35347 35366 CTGAAATTAACTGAGATTTT 84 3697
876795 N/A N/A 37878 37897 TATAAAAATTAATCTAAGTG 85 3698
876819 N/A N/A 39165 39184 CTGATTGAATAGCCACCAGA 110 3699
876843 N/A N/A 41526 41545 AAGCTCAGAGTTACTTGGAC 52 3700
876867 N/A N/A 45354 45373 GACGCGGCAACTGTGGCAAT 34 3701
876891 N/A N/A 47370 47389 ATGAATGATTACCATGTAAG 87 3702
876915 N/A N/A 49237 49256 TCCAACATCATATGACTGAT 62 3703
876939 N/A N/A 51525 51544 CAGTTTCTCACCCTGTGTCC 50 3704
876963 N/A N/A 54026 54045 AGTTACAAAAAATATTTCCT 79 3705
876987 N/A N/A 56923 56942 GAATTATATTTTGAAGGGAG 66 3706
877011 N/A N/A 59932 59951 CCATTTTATATTCTCTATTA 85 3707
877035 N/A N/A 62618 62637 TACATGTAAGCATATAAAAA 116 3708
877059 N/A N/A 64920 64939 CCTGATGGAATTTCAAAGTT 89 3709
877083 N/A N/A 67061 67080 TTAAGTGGGATACAAAAAGC 65 3710
877107 N/A N/A 69892 69911 ATATTTCTCTATCAAATACA 79 3711
877131 N/A N/A 72432 72451 GGCTCCCAATTTCCTCAACT 25 3712
877155 N/A N/A 73935 73954 TGTTTCCATTGCCTGCCCTC 62 3713
877179 N/A N/A 75295 75314 AATTGAAGGATTACCAAGTT 67 3714
877203 N/A N/A 78122 78141 TGCATGTTTAGTTTAAGACT 65 3715
877227 N/A N/A 81187 81206 GTTTTTACACAATGATCCAC 57 3716
877234 N/A N/A 82324 82343 TCATGAAATTGGTATTTAGA 73 3717
877258 N/A N/A 84886 84905 AGAGATTTTAGGCAGAAGAG 68 3718
877282 N/A N/A 87961 87980 TGTATGCAGCCAATTACATG 81 3719
877306 N/A N/A 90436 90455 AAACCATTATGCCAGAATGC 54 3720
877330 N/A N/A 91673 91692 CTTTTGGATATTATTATATT 76 3721
877354 N/A N/A 94268 94287 AATAATTTTAGGAACTCGGG 85 3722
877378 N/A N/A 95893 95912 ACATTATCTTGACTTTATCA 41 3723
877402 N/A N/A 98345 98364 TAGACTACAGTTAGTTTGAC 49 3724
877426 N/A N/A 101401 101420 ATTACCTAGGAGAAACTCTG 66 3725
877450 N/A N/A 103499 103518 TTCTGTAAATGAACATGGGA 62 3726
877474 N/A N/A 105725 105744 CTCTCCTGTTCAGAAACAAA 114 3727
877498 N/A N/A 108194 108213 GAGGGCGAGGAAACTAACTC 66 3728
877522 N/A N/A 111004 111023 CACCATTCCCTTAGTTTGCC 38 3729
877546 N/A N/A 112841 112860 AAGTGCATGAGTCCACATAT 81 3730
877570 N/A N/A 115680 115699 TAGAGTCAAGGACCTGGTGG 62 3731
877594 N/A N/A 117784 117803 CTTCTGTTTGAGTATATAAT 83 3732
877618 N/A N/A 119917 119936 TTAGAGTTGCATATGGTTTA 41 3733
877642 N/A N/A 122346 122365 ATTTGGAATCACAGGCTCTT 66 3734
877666 N/A N/A 125137 125156 TTATGCACTAAACAAAAAAA 106 3735
877690 N/A N/A 128267 128286 TGGGACCCCAAAGGACTGCA 54 3736
877714 N/A N/A 132254 132273 TTTATTTAATTTTCAGCAAT 78 3737
877738 N/A N/A 135518 135537 ATATCAAAGGGATTCCTATA 113 3738
877762 N/A N/A 139971 139990 CCTCTCAGTCGGTGTGTACT 102 3739
877786 N/A N/A 141372 141391 TAGACTATTGCAATTATTTC 87 3740
877810 N/A N/A 143858 143877 TATTTTCTTCACCATGTTCA 97 3741
877834 N/A N/A 145268 145287 TACCATATGTAATATTTTCT 57 3742
Tabela 50 Porcentagem de controle do RNA de LRRK2 humano com gapmers
MOE 5-10-5 com ligações internucleosídicas mistas
SEQ ID SEQ ID SEQ ID SEQ ID % de con- Número do NO: 1 NO: 1 Sí- NO: 2 Sí- NO: 2 Sí- SEQ ID Sequência (5’ a 3’) trole de composto Sítio de tio de Pa- tio de tio de Pa- NO LRRK2 Início rada Início rada 780241 3714 3733 82059 82078 GCTCATATCTAAAGACCGCA 24 222 803629 N/A N/A 81591 81610 AAGCCATAGTGTTTGAAGGA 34 1791 876014 340 359 87848 87867 CCTGCTGCACACTCGCGACT 48 3743 876038 823 842 3731 3750 CTTCCACATTATTGCAAGGA 41 3744 876062 1022 1041 27997 28016 GCTGCATTCTCTGGGTACTG 28 3745 876086 1465 1484 35412 35431 AATGTATATGCTTCTGCATT 77 3746 876110 1494 1513 35441 35460 TTTACAGCCACTTTCAGCCA 63 3747 876134 2047 2066 N/A N/A ATCCTTTAGTCTGTATTTCA 83 3748 876158 2711 2730 65549 65568 GACAGCACATCTTCAGAAAA 64 3749 876182 3221 3240 76355 76374 AAATGTGTCAAACTCTTCAG 52 3750 876206 3747 3766 82092 82111 TGCGGGACCTGGTAGGTACT 57 3751 876230 3968 3987 83963 83982 CCCATTTCATTGGGAAAGGA 45 3752 876254 4520 4539 88621 88640 AGTTCCTTGGTGATTTTACT 45 3.753 876278 4919 4938 93380 93399 ATTTTACAAAGCCACTTGGG 74 3754 876302 5195 5214 99201 99220 GGCATTTCATATAGTCGGAT 26 3755 876326 5644 5663 101282 101301 GCCTTGGTTGATCTGGATTT 32 3756*** 876350 6028 6047 113225 113244 GTGCAATCCTGTGCTGTAGG 42 3757 876374 6694 6713 N/A N/A TACTATCAGCAACTTCCTCA 100 3758 876398 7439 7458 143087 143106 CGTATAAGTCGACGAGTTGA 98 3759 876422 8442 8461 146611 146630 TCAGGGTATCCACATTCAAA 69 3760 876446 N/A N/A 3734 3753 TTACCTGCTGCACACTCGCG 63 3761 876470 N/A N/A 5242 5261 TCCTTATTTTCCAGCATACT 57 3762 876494 N/A N/A 7823 7842 TCTCTCTAAGAGAGAAGGTT 64 3763 876518 N/A N/A 10777 10796 CTTCATGGTTTGAATTCAAA 38 3764 876542 N/A N/A 13175 13194 AAATCATCAATTGTATACCT 70 3765 876566 N/A N/A 15815 15834 CTCAATCAGTACTTCTAGCC 79 3766 876590 N/A N/A 17963 17982 AGTTTATCTAGCTTGAGAAT 67 3767 876614 N/A N/A 20012 20031 AAACCATGGCCTTTCTCTAT 65 3768 876638 N/A N/A 22763 22782 CCAAAACATTATTATCCAGA 58 3769 876662 N/A N/A 26068 26087 AGAAATTTGGGTTCTCAGCC 64 3770 876686 N/A N/A 28077 28096 AAATGCCTCTGTAAGAATCC 81 3771 876710 N/A N/A 30722 30741 AAGTGAGGAGAAGAGAATGG 96 3772 876734 N/A N/A 32675 32694 TCTAAAGGTGCCCCAACAGA 71 3773 876758 N/A N/A 34015 34034 ATCACATACACATTCTAAAA 68 3774 876782 N/A N/A 36424 36443 ATAGATTAGTTAGACTGATG 48 3775 876806 N/A N/A 38547 38566 TTCTGCTTGAAATGTCTTCC 78 3776 876830 N/A N/A 40757 40776 TCTTTGTTCTATCACTTGAG 72 3777 876854 N/A N/A 42910 42929 CCTTCTTCTCTTTTTCATAC 42 3778 876878 N/A N/A 46658 46677 TAAAAATTTAGTCCTTCATC 115 3779 876902 N/A N/A 48098 48117 AGGGTGCATAGTCTGTAGGT 52 3780 876926 N/A N/A 50310 50329 CTGTTTGGCAGGCAAGGCCA 114 3781 876950 N/A N/A 52848 52867 ATTCTAAATCCTGAATTCAA 102 3782 876974 N/A N/A 55881 55900 AGGATGTTCATTTAACTATA 53 3783 876998 N/A N/A 57829 57848 GAATATGGAAAGAGGAATAA 94 3784
877022 N/A N/A 61188 61207 TCCATCAGTTACTGTGCTAA 58 3785 877046 N/A N/A 63238 63257 GAAGAGAGAATTTAGAGCTA 81 3786 877070 N/A N/A 66210 66229 AAAGCCCCTCACTCCATTTT 60 3787 877094 N/A N/A 67516 67535 AAGTTAGTTGATTAAAAATT 120 3788 877118 N/A N/A 71000 71019 ATAAATTTGGCTGGCAATAA 76 3789 877142 N/A N/A 72845 72864 GTTAATGGTATTTATAATTA 86 3790 877166 N/A N/A 74324 74343 ATTTTCAGAGAGCTATCCTA 103 3791 877190 N/A N/A 76592 76611 CTTTCTTACCCTTCTAAAAT 71 3792 877214 N/A N/A 79053 79072 CTGAGATGACACACTGACCA 50 3793 877245 N/A N/A 83601 83620 CTCTTCAAGACATTGAAAGT 81 3794 877269 N/A N/A 86919 86938 GAAATGAAGGGCTTTGGAAT 76 3795 877293 N/A N/A 89053 89072 ATAAGAAGTTGAATCAGAAA 99 3796 877317 N/A N/A 91034 91053 CTCTTAACCCAGAGAATTAG 82 3797 877341 N/A N/A 93061 93080 ACAGAGCATATTTCACACAT 42 3798 877365 N/A N/A 95209 95228 CCACAGAATCTTCAGGAATT 45 3799 877389 N/A N/A 96646 96665 TTGGATAAATTATTCAACCT 70 3800 877413 N/A N/A 99821 99840 TGATCATGCTAAACGCAAAA 90 3801 877437 N/A N/A 102050 102069 GAATATTGAAACATGGTTAC 48 3802 877461 N/A N/A 104931 104950 TCTTGGTATTCTCTCATTCT 46 3803 877485 N/A N/A 106787 106806 TTACAACACACTATGTATCA 86 3804 877509 N/A N/A 109992 110011 ATTAAACCAATATACCAAGG 60 3805 877533 N/A N/A 111782 111801 GCAATTCAAAAAAAGTCCGA 58 3806 877557 N/A N/A 114063 114082 TGAGAGAAATTGTTAGAAGC 85 3807 877581 N/A N/A 116850 116869 TTTATAGAACACAGACTCTT 88 3808 877605 N/A N/A 119162 119181 AGGGAGGTAAGATTCCACAG 62 3809 877629 N/A N/A 121067 121086 CATATGTCAGAGGGTCCTAA 63 3810 877653 N/A N/A 123315 123334 TTTGCTAAAATTATCTGTGC 65 3811 877677 N/A N/A 126752 126771 GATGGTGAAAATTATAGGAG 50 3812 877701 N/A N/A 129290 129309 AAAAACCCTTGGGCCAACAA 71 3813 877725 N/A N/A 133380 133399 CCCTGCTGTGATAGGCTTGA 51 3814 877749 N/A N/A 138071 138090 TTGAAAGAGGTTTATATTAA 95 3815 877773 N/A N/A 140699 140718 GGTGTCACTGTCATATTATA 60 3816 877797 N/A N/A 142490 142509 ATAGTCTAATTCATGACAAA 102 3817 877821 N/A N/A 144612 144631 CTATGTAGGCCCTAGGCTAG 73 3818 Exemplo 5: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas de fosforotioatos na expressão de RNA de LRRK2 hu- mano in vitro, múltiplas doses
[318] Os oligonucleotídeos modificados selecionados do Exemplo 1 acima foram testados em várias doses em células SH-SY5Y. As célu- las foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com concentrações de 1,125 µM, 2,250 µM, 4,500 µM, 9,000 µM e 18,000 µM de oligonucleotídeo modifi- cado, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quanti- tativa em tempo real.
O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano RTS3133_MGB (descrito aqui no Exemplo 1) foi usado para medir os níveis de RNA.
Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas.
Como ilustrado nas tabelas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotí- deos modificados.
O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 51 Redução dependente da dose da expressão de RNA de LRRK2 hu- mano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 1,125 µM 2,250 µM 4,500 µM 9,000 µM 18,000 µM
438387 81 43 30 18 14 2
438429 119 109 116 89 81 31
438432 110 78 64 42 15 7
438543 94 85 69 44 42 10
438565 92 80 80 66 53 22
438569 94 79 65 51 47 12
438586 98 85 52 38 27 6
438587 91 80 58 43 32 7
438595 86 66 41 35 25 4
438597 45 39 37 32 18 n/a*
438602 59 73 50 30 33 4
438622 109 115 100 92 85 40
438625 110 108 96 94 81 36
422428 75 57 35 27 20 3
422433 75 56 32 18 15 3
422450 81 97 87 71 66 51
422451 74 52 40 29 26 3
422461 89 65 44 30 25 4
438538 72 54 33 20 16 3
* O valor de IC50 não pôde ser calculado Exemplo 6: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, múltiplas doses
[319] Os oligonucleotídeos modificados selecionados dos Exem- plos 2 e 3 acima foram testados em várias doses em células SH-SY5Y. As células foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com concentrações de 0,333 µM, 1,000 µM, 3,000 µM e 9,000 µM de oligonucleotídeo modifi- cado, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quanti- tativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano RTS3132 (descrito acima no Exemplo 2) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apre- sentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Como ilustrado nas ta- belas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modifi- cados. O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 52 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y
Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,333 µM 1,000 µM 3,000 µM 9,000 µM
693423 62 46 45 13 0,9
693428 58 45 34 13 0,7
693430 68 28 32 26 0,6
725607 66 42 30 21 0,8
725608 54 44 36 40 0,4
780148 80 67 51 19 2,2
780162 56 35 29 19 0,4
780164 43 24 21 24 0,07
780166 60 51 26 18 0,8
780189 60 37 22 31 0,5
780202 70 42 36 20 0,9
780205 68 44 32 25 0,9
780210 62 56 31 25 1,0
780219 75 52 24 31 1,2
780236 42 34 29 19 0,1
780241 67 47 18 5 0,8
780243 37 41 26 25 n/a*
780254 68 37 35 19 0,8
780284 66 44 26 19 0,8
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 53 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,333 µM 1,000 µM 3,000 µM 9,000 µM
780254 61 45 23 17 0,7
780321 66 59 46 25 1,6
780347 55 47 43 47 0,8
780430 82 70 55 33 3,5
780442 80 81 43 31 3,0
780455 92 61 47 21 2,2
780461 74 90 72 40 7,3
780499 74 67 36 36 2,2
780535 86 71 75 63 >60
780549 56 31 19 2 0,4
780551 93 65 26 35 1,9
780602 52 41 27 17 0,4
780624 71 52 37 27 1,3
780649 67 40 29 12 0,7
780670 85 71 55 31 3,4 780685 73 43 29 15 0,9 780700 96 61 36 24 2,0 780704 84 86 45 37 3,8 780706 94 72 66 42 6,1 Exemplo 7: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, múltiplas doses
[320] Os oligonucleotídeos modificados selecionados do Exemplo 4 acima foram testados em várias doses em células SH-SY5Y. As célu- las foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com concentrações de 0,296, 0,888, 2,666 e 8,000 µM de oligonucleotídeo modificado, conforme es- pecificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de apro- ximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano RTS3132 (descrito no Exemplo 2) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Como ilustrado nas tabelas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modificados. O IC50 foi calcu- lado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 54 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,296 µM 0,888 µM 2,666 µM 8,000 µM 780254 58 36 30 15 0,5 802655 103 90 87 20 5,0
802678 51 68 25 5 0,7
802685 110 82 43 13 2,3
802686 147 115 70 29 4,8
802688 87 67 40 15 1,7
802689 85 69 52 6 2,0
802700 163 84 29 29 2,0
802731 155 89 43 40 3,7
802746 120 78 65 18 3,5
802748 116 82 36 12 2,1
802758 119 71 31 5 1,7
802769 87 81 39 38 2,9
802778 97 53 56 30 2,6
802780 92 53 34 22 1,4
802784 84 82 42 26 2,5
802832 116 62 94 31 6,0
802888 58 54 26 10 0,7
802915 80 50 28 10 1,0
Tabela 55 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,296 µM 0,888 µM 2,666 µM 8,000 µM
780254 76 56 26 12 1,0
802845 127 100 43 13 1,0
802911 77 44 27 11 0,8
802924 184 159 59 18 n/a*
802934 158 108 93 47 7,6
802949 113 69 33 Sem sinal 1,7
802962 128 150 93 27 6,1
802966 171 130 17 31 n/a*
802974 120 71 36 13 1,9
803000 106 158 57 36 4,9
803021 80 112 75 70 22,1
803045 87 68 54 32 3,0
803046 70 69 28 14 1,2
803054 104 114 116 45 n/a*
803064 60 80 62 26 3,1
803065 101 89 27 55 4,0
803075 94 56 53 10 1,8
803112 90 37 27 11 0,9
803122 74 63 26 27 1,3
*O valor de IC50 não pode ser calculado
Tabela 56 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,296 µM 0,888 µM 2,666 µM 8,000 µM
780254 57 43 30 10 0,5
803102 76 76 46 28 2,4
803123 103 110 60 30 4,2
803172 104 87 82 46 7,3
803177 138 98 72 41 5,9
803181 142 84 86 50 8,0
803272 105 94 68 47 6,6
803285 87 80 56 38 4,1
803359 102 81 105 69 n/a*
803386 81 65 28 24 1,4
803436 116 97 59 81 n/a*
803470 60 61 25 44 1,1
803503 71 50 61 50 8,4
803517 75 48 58 22 1,7
803519 80 59 43 52 3,9
803571 65 57 36 26 1,1
803595 66 62 34 25 1,2
803603 86 65 59 29 3,0
803604 50 32 52 22 0,2
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 57 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,296 µM 0,888 µM 2,666 µM 8,000 µM
780254 54 45 18 22 0,4
780620 120 87 77 37 5,7
780624 133 66 38 62 5,5
803541 110 86 40 16 2,3
803628 140 77 57 15 3,0
803629 78 31 40 15 0,8
803640 116 125 81 39 6,4
803645 123 117 59 33 4,5
803665 154 121 68 48 6,8
803680 87 71 39 27 2,1
803682 94 64 31 17 1,5 803686 79 69 54 21 2,3 803744 85 50 29 20 1,1 803745 91 75 55 24 2,9 803769 60 79 48 19 1,9 803770 43 38 25 5 0,2 803771 49 47 20 11 0,4 803773 73 54 28 28 1,1 803782 75 61 22 16 1,1 Exemplo 8: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, múltiplas doses
[321] Os oligonucleotídeos modificados selecionados do Exemplo 4 acima foram testados em várias doses em células SH-SY5Y. As célu- las foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com concentrações de 0,444, 1,333, 4,000, e 12,000 µM de oligonucleotídeo modificado, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os ní- veis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano RTS3132 (des- crito no Exemplo 2) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às célu- las de controle não tratadas. Como ilustrado nas tabelas abaixo, os ní- veis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modificados. O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação vari- ável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 58 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y
Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 57 29 9 3 0,6
876032 80 56 25 12 1,6
876033 65 45 45 8 1,3
876035 65 59 35 17 1,6
876200 105 49 29 17 1,9
876201 83 84 45 22 3,8
876204 58 38 22 14 0,7
876224 74 48 41 15 1,6
876274 70 48 26 16 1,2
876298 60 47 42 28 1,2
876611 71 52 27 16 1,4
876683 79 58 23 27 1,8
876706 80 57 43 17 2,2
876850 89 64 37 16 2,4
876899 42 29 18 9 0,3
877113 53 44 34 10 0,7
877160 88 57 29 14 1,9
877239 115 93 59 31 6,1
877722 72 43 38 28 1,5
Tabela 59 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 54 37 41 19 n/a*
803629 90 60 31 31 2,5
876062 62 38 16 7 0,8
876084 114 89 42 18 3,7
876109 84 58 59 40 5,6
876156 80 68 28 31 2,5
876180 79 53 41 15 1,9
876181 73 51 31 33 1,7
876276 93 51 19 11 1,5
876301 55 41 32 7 0,7
876302 47 25 21 7 0,3
876326 66 50 35 12 1,3
876900 63 42 21 13 0,9
876901 63 56 36 29 1,6
877068 66 42 17 5 0,9
877292 53 34 16 28 0,4
877364 71 53 28 31 1,6
877388 57 56 34 37 1,3
877748 71 58 40 24 2,0
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 60 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 87 35 22 14 1,2
876038 68 39 40 32 1,3
876041 78 60 31 23 2,0
876042 52 34 25 12 0,5
876088 77 61 56 20 3,1
876089 80 76 48 15 3,2
876090 73 53 38 22 1,8
876185 55 52 32 15 0,9
876186 52 33 23 11 0,5
876282 53 35 25 11 0,5
876328 79 60 25 15 1,7
876401 83 60 52 42 5,1
876518 75 75 39 22 2,8
876713 61 59 50 19 1,9
876905 75 58 42 25 2,3
877098 82 54 34 24 2,0
877170 71 60 35 24 1,9
877392 68 48 31 23 1,3
877753 67 55 26 22 1,4
Tabela 61 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 70 44 39 18 1,4
876019 67 45 28 11 1,1
876020 67 55 49 25 2,2
876066 60 62 36 19 1,5
876139 78 37 39 10 1,3
876140 80 47 36 14 1,6
876255 72 39 33 27 1,2
876260 70 46 22 29 1,2
876261 33 25 18 4 n/a*
876283 75 60 29 13 1,7
876284 48 35 35 18 n/a*
876303 48 21 32 2 0,3
876499 66 72 42 26 2,7
876735 67 43 28 7 1,0
876927 63 42 37 41 1,2
877119 61 31 35 4 0,7
877246 78 58 43 34 2,9
877370 69 58 46 40 3,3
877635 77 82 46 24 3,7
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 62 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 62 42 16 23 0,8
780624 70 37 21 6 0,9
803640 80 34 53 43 3,0
876141 66 50 30 17 1,2
876143 70 55 38 29 1,9
876165 110 74 54 18 4,1
876166 64 53 34 27 1,4
876189 62 33 24 22 0,7
876190 44 27 34 10 0,2
876213 71 50 37 12 1,5
876237 52 41 20 15 0,6
876262 59 37 21 13 0,7
876263 61 36 36 23 0,8
876285 68 62 31 23 1,8
876286 69 67 33 21 2,0
876645 94 59 47 17 2,8
876766 67 37 26 13 0,9
876790 58 41 33 13 0,8
877222 68 48 32 20 1,3
Tabela 63 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 71 54 41 27 2,0
876072 73 57 40 29 2,2
876073 72 52 24 25 1,4
876095 101 80 61 31 5,8
876097 55 44 42 24 n/a*
876168 64 45 21 9 0,9
876215 88 62 37 13 2,3
876288 75 62 28 6 1,7
876289 73 65 41 20 2,3
876335 77 75 43 25 3,2
876527 90 73 41 21 3,1
876769 78 67 41 31 1,5
877176 75 55 41 7 1,8
877303 61 45 23 19 0,8
877328 64 38 27 12 0,9
877375 82 68 47 28 3,5
877615 58 61 33 21 1,4
877616 75 50 25 19 1,4
877806 83 76 50 26 4,0
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 64 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 66 53 29 24 1,4
876050 83 58 52 17 2,8
876052 72 48 53 17 2,0
876053 75 47 36 20 1,6
876098 95 59 38 16 2,4
876149 71 52 28 20 1,4
876218 79 61 44 17 2,4
876220 68 43 39 18 1,3
876221 48 29 16 9 0,4
876293 72 54 21 17 1,3
876337 85 90 59 19 4,9
876362 86 73 54 26 4,2
876385 81 62 36 20 2,3
876604 48 27 23 16 0,3
876725 66 50 39 35 1,7
876890 76 57 37 21 2,0
877156 80 58 44 28 2,7
877355 71 46 42 14 1,5
877356 49 41 24 29 0,3
Tabela 65 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 75 62 42 15 2,2
876027 87 76 74 54 n/a*
876030 75 60 44 18 2,3
876031 69 44 43 13 1,4
876123 68 48 28 27 1,3
876150 82 55 48 27 2,8
876195 77 51 31 45 2,4
876219 77 65 46 24 2,9
876222 102 68 54 21 3,9
876223 74 58 41 16 2,0
876294 44 25 16 10 0,3
876295 71 48 51 36 2,7
876315 75 58 46 41 3,7
877131 83 67 43 23 2,9
877159 68 59 41 24 2,0
877182 104 88 70 19 5,9
877334 93 87 51 22 4,4
877357 97 84 51 25 4,5
877718 73 57 51 32 3,0
*O valor de IC50 não pode ser calculado Tabela 66 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 63 36 24 23 0,8
803627 76 52 30 10 1,4
876008 59 56 33 31 1,3
876011 90 66 45 29 3,4
876034 102 67 39 28 3,2
876081 80 69 56 29 4,2
876106 64 43 31 23 1,0
876203 60 40 23 7 0,8
876225 77 54 41 32 2,4
876249 81 69 37 33 3,1
876321 74 63 43 21 2,4
876540 90 69 44 22 3,1
876704 83 73 49 47 6,8
876731 70 49 39 40 2,1
877088 77 61 38 31 2,6
877112 65 52 28 17 1,2
877161 91 61 62 19 3,8
877289 73 55 34 20 1,7
877337 71 57 31 22 1,7
Tabela 67 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 50 107 20 6 n/a*
876015 89 63 46 35 3,8
876039 64 52 30 29 1,3
876043 56 41 20 6 0,7
876091 90 59 30 20 2,1
876092 72 49 33 21 1,5
876093 58 97 31 27 3,1
876187 75 55 47 21 2,2
876235 72 51 28 20 1,4
876380 86 57 41 27 2,6
876639 76 62 42 35 3,0
876668 75 54 31 22 1,7
876732 77 52 44 24 2,2
876741 75 113 46 51 9,0
876852 70 53 38 28 1,8
877171 57 39 32 26 0,7
877395 62 35 22 26 0,7
877396 77 42 32 7 1,2
877587 108 83 48 46 6,7
*O valor de IC50 não pode ser calculado
Tabela 68 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 52 36 33 11 0,5
876119 80 67 42 22 2,8
876169 64 50 34 26 1,3
876239 71 44 29 23 1,2
876287 55 41 29 23 0,6
876334 64 51 44 37 2,0
876528 83 49 31 19 1,7
876649 78 60 37 32 2,5
876694 66 48 32 26 1,3
876912 68 48 25 30 1,2
876960 52 32 26 8 0,5
877102 67 48 30 32 1,3
877128 66 53 35 30 1,6
877198 73 52 35 17 1,6
877252 75 73 34 31 2,9
877326 50 40 33 12 0,5
877327 78 53 27 25 1,7
877349 47 41 33 24 0,3
877493 88 75 44 37 0,4
Tabela 69 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM
780241 63 34 25 9 0,8
803643 49 59 54 32 1,7
876049 72 49 46 20 1,8
876074 54 32 28 7 0,5
876100 91 50 32 17 1,9
876124 61 37 17 23 0,7
876146 52 36 30 26 0,4
876170 78 48 41 25 1,9
876173 65 51 23 30 1,2
876244 71 52 29 31 1,6
876482 84 83 48 23 4,0
876553 79 54 32 23 1,8 876748 75 45 25 14 1,2 876821 83 64 40 26 2,8 877204 101 76 45 29 4,1 877305 63 41 28 17 0,9 877307 72 50 31 25 1,5 877496 71 59 34 24 1,9 877617 62 71 31 20 1,8 Tabela 70 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto IC50 (µM) 0,444 µM 1,333 µM 4,000 µM 12,000 µM 780241 62 39 34 7 0,9 876054 72 74 42 27 3,0 876151 66 62 53 34 3,5 876175 95 48 36 29 2,3 876197 75 64 37 29 2,5 876318 68 58 39 16 1,7 876339 91 77 43 25 3,6 876414 77 52 48 25 2,4 876507 103 80 66 46 9,2 876607 79 57 43 25 2,4 876631 68 43 25 25 1,1 876727 93 79 59 32 5,6 876747 75 54 35 19 1,8 876867 71 54 25 13 1,3 877524 106 106 71 42 9,0 877573 75 59 36 28 2,1 877597 88 79 45 33 4,3 877644 94 67 41 45 4,8 877692 78 67 53 25 3,5 Exemplo 9: Projeto de gapmers com ligações internucleosídicas mistas complementares ao RNA de LRRK2 humano
[322] Foram projetados oligonucleotídeos modificados comple- mentares a um ácido nucleico de LRRK2 humano. Os oligonucleotídeos modificados na Tabela 71 são gapmers. Os gapmers têm um segmento de lacuna central que compreende 2'-desoxinucleosídeos e é flanque-
ado por segmentos de asa na extremidade 5' na extremidade 3' com- preendendo nucleosídeos cEt e nucleosídeos 2’-MOE. Todos os resí- duos de citosina ao longo de cada gapmer são 5'-metil citosinas. As li- gações internucleosídicas são ligações internucleosídicas fosfodiéster e ligações internucleosídicas fosforotioato mistas. A coluna de sequência e notação química especifica a sequência, incluindo 5'-metil-citosina, química de açúcar e química da ligação internucleosídica, em que o subscrito 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose; o subscrito 'e' repre- senta um açúcar modificado por 2'-MOE; o subscrito 'k' representa um açúcar modificado por cEt; o subscrito 'o' representa uma ligação inter- nucleosídica fosfodiéster; o subscrito 's' representa uma ligação internu- cleosídica fosforotioato; e um sobrescrito 'm' antes do resíduo de cito- sina indica uma 5-metil citosina. "Sítio de início" indica o nucleosídeo mais 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nu- cleico humano. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais 3' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humano.
[323] Cada oligonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo é complementar às sequências de ácidos nucleicos de LRRK2 humano SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, como indicado. 'N/A' indica que o oli- gonucleotídeo modificado não é complementar a esse ácido nucleico em particular com 100% de complementaridade. Tabela 71 Oligonucleotídeos modificados complementares ao RNA de LRRK2 humano SEQ ID NO: SEQ ID NO: SEQ ID NO: Número do com- SEQ ID NO: 1 Notação de sequência e química SEQ ID 1 Sítio de 2 Sítio de 2 Sítio de posto Sítio de Início (5' a 3') NO Parada Início Parada Ges mCeoT eomCesAes- 872246 TdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCeomCeoGes- 222 m 3714 3733 82059 82078 CesAe Ges mCeomCeoAesAe- m 872247 sAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTeoGeomCesA- 599 N/A N/A 52154 52173 esG e AesGeoTeoTes mCes- m 872248 CdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAeoAeoGes- 217 3494 3513 77243 77262 GesGe
GesAeoGeoTes Aes- m 872249 Cds mCdsmCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGeoTeo- 398 7776 7795 145945 145964 GesAesAe m Ces mCeoAeomCesAe- m 872250 sAdsAds CdsTdsmCdsAdsTdsGdsGdsAds mCeoTeoTes- 293 m 988 1007 27963 27982 CesGe Ges mCeoT es mCesAes- 872251 TdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCeomCeoGes- 222 m 3714 3733 82059 82078 CesAe Ges mCeomCes AesAe- m 872252 sAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTeoGeomCesA- 599 N/A N/A 52154 52173 esG e
AesGeoTesTes mCes- m 872253 CdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAeoAeoGes- 217 3494 3513 77243 77262 GesGe GesAeoGesTesAes- m 872254 Cds mCdsmCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGeoTeo- 398 7776 7795 145945 145964 GesAesAe m Ces mCeoAesmCesAe- m 872255 988 1007 27963 27982 sAdsAds CdsTdsmCdsAdsTdsGdsGdsAds mCeoTeoTes- 293 m CesGe Ges mCeoT es mCesAes- 872256 TdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCes mCeoGes- 222 m 3714 3733 82059 82078 CesAe Ges mCeomCes AesAe- m 872257 sAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTesGeomCesA- 599 N/A N/A 52154 52173 esG e
AesGeoTesTes mCes- m 872258 CdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAesAeoGes- 217 3494 3513 77243 77262 GesGe GesAeoGesTesAes- m 872259 Cds mCdsmCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGesTeo- 398 7776 7795 145945 145964 GesAesAe m Ces mCeoAesmCesAe- m 872260 988 1007 27963 27982 sAdsAds CdsTdsmCdsAdsTdsGdsGdsAds mCesTeoTes- 293 m CesGe Ges mCesT es mCesAes- 872261 TdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCes mCeoGes- 222 m 3714 3733 82059 82078 CesAe Ges mCes mCes AesAe- m 872262 sAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTesGeomCesA- 599 N/A N/A 52154 52173 esG e
AesGesTesTes mCes- m 872263 CdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAesAeoGes- 217 3494 3513 77243 77262 GesGe GesAesGesTesAes- m 872264 Cds mCdsmCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGesTeo- 398 7776 7795 145945 145964 GesAesAe m Ces mCes Aes mCesAe- m 872265 sAdsAds CdsTdsmCdsAdsTdsGdsGdsAds mCesTeoTes- 293 m 988 1007 27963 27982 CesGe Tes mCeoAesTesAes- 872266 TdsmCdsTdsAds AdsAdsGdsAds mCds mCdsGes mCeoA- 1129 3712 3731 82057 82076 es AesG e m CesTeomCesAesTe- m 872267 sAdsTds CdsTdsAdsAdsAdsGdsAds mCdsmCesGeomCe- 1130 3713 3732 82058 82077 sAesAe
TesGeomCesTesmCe- m 872268 sAdsTdsAdsTds CdsTdsAdsAdsAdsGdsAes mCeomCes- 1131 3715 3734 82060 82079 Ges mCe m CesTeoGes mCesTes- m 872269 CdsAdsTdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAdsGesAeomCes- 1132 m 3716 3735 82061 82080 CesGe
872270 3717 3736 82062 82081 Ges mCeoT esGes mCes- 1133
TdsmCdsAdsTdsAdsTdsmCdsTdsAdsAdsAesGeoAes- m Ces mCe AesAeoAesmCesTes- 872271 TdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTdsGdsmCdsAesGeoAesA- 1677 N/A N/A 52151 52170 es Ae m CesAeoAesAesmCes- 872272 TdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTdsGdsmCesAeoGesA- 1678 N/A N/A 52152 52171 es Ae m Ces mCeoAesAes Aes- m 872273 CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsTdsGesmCeoAesGe- 1679 N/A N/A 52153 52172 sA e
TesGeomCes mCesAe- m 872274 sAdsAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGdsAesTeoGes mCe- 1680 N/A N/A 52155 52174 sA e
TesTeoGes mCesmCe- m 872275 sAdsAdsAds CdsTdsTdsTdsAdsAdsAdsGesAeoTesGes- 1681 m N/A N/A 52156 52175 Ce TesTeoTesGes mCes- m 872276 CdsAdsAdsAds mCdsTdsTdsTdsAdsAdsAesGeoAes- 1682 N/A N/A 52157 52176 TesGe m CesAeoGesTesTes- m 872277 Cds mCdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCesAeoA- 1107 3495 3514 77244 77263 esG esG e
Tes mCeoAesGesTes- 872278 TdsmCds mCdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTes mCeoA- 1108 3496 3515 77245 77264 es AesG e
TesTeomCes AesGes- 872279 TdsTdsmCdsmCdsTdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCesTeomCe- 1109 3497 3516 77246 77265 sAesAe
TesAeomCes mCes mCes- 872280 TdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGdsTdsGdsAes AeomCesA- 1432 7773 7792 145942 145961 esT e
GesTeoAes mCes mCes- m 872281 CdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGdsTdsGesAeoAes- 1433 m 7774 7793 145943 145962 CesAe AesGeoTes Aes mCes- m 872282 Cds mCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsGdsTesGeoA- 1434 m 7775 7794 145944 145963 es Aes Ce TesGeoAesGesTe- m 872283 sAds CdsmCdsmCdsTdsTdsTdsmCds mCdsAdsTesGeo- 1435 7777 7796 145946 145965 TesGesAe GesTeoGesAesGes- TdsAdsmCdsmCdsmCdsTdsTdsTdsmCds mCdsAesTeo- 1436 872284 7778 7797 145947 145966 GesTesGe TesGeoTesGesAes- GdsTdsAdsmCdsmCdsmCdsTdsTdsTdsmCds mCesAeo- 1437 872285 7779 7798 145948 145967 TesGesTe m CesAeoT eoAeoTes- m 874144 CdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCdsmCdsGdsmCeoAeoAes- 3820 N/A N/A 82056 82075 Ges mCe GesTeoTeomCeomCes- 874145 TdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTds mCdsAdsAeoGeoGes- 3821 3493 3512 77242 77261 GesGe TesTeomCeomCeoTes- 874146 TdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAdsAdsGeoGeoGes- 3822 3492 3511 77241 77260 GesGe Tes mCeomCeoTeoTes- m 874147 CdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAdsAdsGdsGeoGeoGes- 3823 3491 3510 77240 77259 GesAe Tes mCeoAeoTeoAe- m 874148 sAdsGdsTdsTdsTds CdsAdsTdsTdsmCdsGeoGeoTesTe- 3824 4117 4136 86612 86631 sA e m CesAeoT es AesTes- m 874149 CdsTdsAdsAdsAdsGdsAdsmCdsmCdsGdsmCesAeoAes- 3820 N/A N/A 82056 82075 Ges mCe
GesTeoTes mCesmCes- 874150 TdsTdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTds mCdsAdsAesGeoGes- 3821 3493 3512 77242 77261 GesGe TesTeomCes mCesTes- 874151 TdsmCdsAdsGdsTdsmCdsTdsmCdsAdsAdsGesGeoGes- 3822 3492 3511 77241 77260 GesGe m CesTeoT eoTeomCes- 890206 TdsmCdsAdsmCdsAdsTdsAdsmCdsmCdsTdsAeoTeoTe- 3825 N/A N/A 61977 61996 sAesAe
Tes mCeoT eoTeoTes- m 890207 CdsTds mCdsAdsmCdsAdsTdsAdsmCdsmCdsTeoAeo- 3826 N/A N/A 61978 61997 TesTesAe m CesTeomCeoTeoTes- 890208 TdsmCdsTdsmCdsAdsmCdsAdsTdsAdsmCdsmCeoTeoA- 3827 N/A N/A 61979 61998 esT esT e
Tes mCeoT eomCeoTes- 890209 TdsTdsmCdsTdsmCdsAds mCdsAdsTdsAds mCeomCeoTe- 3828 N/A N/A 61980 61999 sAesTe
TesGeomCesTesTes- 934514 TdsmCdsAdsTdsAdsGds mCdsTdsTdsmCdsmCesAe- 862 m m 879 898 21710 21729 o Ces CesAe
AesTeoGes mCesTes- 934515 TdsTdsmCdsAdsTdsAdsGdsmCdsTdsTdsmCes mCeoAes- 863 m 880 899 21711 21730 Ces mCe Ges mCeomCes AesmCes- 934516 TdsmCdsAdsTdsGdsAdsGdsGdsAdsmCdsTesTeomCes- 2833 m 837 856 21668 21687 CesAe AesTeoTesGes mCes- m 934517 840 859 21671 21690 CdsAdsmCdsTdsmCdsAdsTdsGdsAdsGdsGesAe- 3362 m o CesT esTe
AesTeoTesGes mCes- m 934517 CdsAdsmCdsTdsmCdsAdsTdsGdsAdsGdsGesAe- 3362 m 840 859 21671 21690 o CesT esTe m Ces mCeoTesGesAes- m 934518 846 865 21677 21696 CdsAdsTdsTdsGdsmCdsmCdsAds mCdsTds mCesAeo- 3514 TesGesAe m Ces mCeoTesGesAes- m 934518 CdsAdsTdsTdsGdsmCdsmCdsAds mCdsTds mCesAeo- 3514 846 865 21677 21696 TesGesAe TesGeomCesAesTes- 934519 TdsTdsmCdsTdsTdsTdsAdsTdsGdsAdsAes AeoAes mCe- 2706 N/A N/A 23873 23892 sA e
GesAeoGesAesTes- 934520 TdsAdsTdsTdsTdsAdsGdsTdsGdsmCdsmCes mCeoAes- 3287 1233 1252 29584 29603 Ges mCe GesTeoAesTesTes- m 934521 Cds mCdsTdsTdsTdsTdsGdsAdsTdsAdsAesmCeoAes- 917 1426 1445 35373 35392 GesTe m CesAeoT esTes mCe- m 934522 sAdsGdsGdsTdsGdsTdsAdsTdsTds CdsmCesTeoTes- 918 1435 1454 35382 35401 TesTe Ges mCeomCes AesmCes- 934523 1488 1507 35435 35454 TdsTdsTdsmCdsAdsGds mCds mCdsAds mCdsTesTeomCe- 922 sAesG e
AesmCeomCesAesTe- m 934524 sAdsTdsTdsTdsAdsGds CdsTdsTdsAdsTesGeoAes- 3670 1700 1719 41933 41952 TesGe AesAeomCes mCes Aes- 934525 3365 1701 1720 41934 41953 TdsAdsTdsTdsTdsAdsGdsmCdsTdsTdsAesTeoGesAesTe TesGeomCesAesTe- m 934526 sAdsGdsTds CdsTdsGdsTdsAdsGdsGdsTesAeoGesTe- 2260 N/A N/A 48094 48113 sA e m CesTeoGesTesTe- m 934528 2267 2286 56275 56294 sAdsTdsTds CdsTdsGdsAdsTdsmCdsAdsmCesAe- 2685 m m o CesG es Ce
TesGeoTes mCesAes- m 934529 2452 2471 62073 62092 Cds mCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsmCdsAdsAdsTesGe- 3366 m o CesT esTe m CesTeoGesTesmCe- m 934530 2453 2472 62074 62093 sAds CdsmCdsTdsTdsTdsmCds mCds mCdsAdsAesTeo- 3443 Ges mCesT e Ges mCeoT esGesTes- m 934531 CdsAdsmCds mCdsTdsTdsTdsmCdsmCdsmCdsAesAeo- 3518 2454 2473 62075 62094 TesGes mCe TesGeoGes mCesTes- 934532 GdsTdsmCdsAdsmCdsmCdsTdsTdsTdsmCds mCes mCeo- 3595 2456 2475 62077 62096 AesAesTe m CesTeoGes mCesTes- m 934533 CdsTds mCdsTdsTdsTdsmCdsTdsmCdsAdsmCesAeoTe- 258 m 2363 2382 61984 62003 sAes Ce m CesTeoGesTesAe- m 934534 sAdsTdsAds CdsGdsGds mCdsAdsTdsmCdsTes mCeo- 3140 2871 2890 71714 71733 GesGesTe m CesAeoGesAesTes- m 934535 CdsTdsGdsTdsTdsTdsmCdsmCdsAdsTdsTesGeomCes- 3636 m N/A N/A 73941 73960 CesTe GesGeomCes AesmCes- 934536 TdsGdsAdsAdsAdsmCdsTdsmCdsTdsmCdsmCes Ae- 219 m 3582 3601 77331 77350 o CesT esTe
GesTeoTesTes mCes- 934537 TdsmCdsTdsAds mCdsTdsmCdsTdsAdsGdsAes mCeomCe- 3369 3850 3869 82195 82214 sAesTe m CesAeoGesTesTes- 934538 TdsmCdsTdsmCdsTdsAds mCdsTds mCdsTdsAesGeoAes- 3446 m 3852 3871 82197 82216 Ces mCe AesTeoGesTesAes- 934540 TdsmCdsTdsmCdsTdsTdsAdsAdsmCdsmCdsmCesAeoGe- 1828 N/A N/A 91040 91059 sAesG e m CesAeoT esGesTe- m 934541 sAdsTds CdsTds mCdsTdsTdsAdsAdsmCdsmCesmCeoA- 1829 N/A N/A 91041 91060 esG es Ae
GesTeoTesTesTes- m 934542 CdsAdsTdsGdsTdsAdsTdsmCdsTdsmCdsTesTeoAes A- 1833 m N/A N/A 91046 91065 es Ce TesGeoTesTesTes- 934543 TdsmCdsAdsTdsGdsTdsAdsTdsmCdsTdsmCesTeoTesA- 1834 N/A N/A 91047 91066 es Ae m CesTeoGesTesTes- 934544 TdsTdsmCdsAdsTdsGdsTdsAdsTdsmCdsTes mCeoTesTe- 1835 N/A N/A 91048 91067 sA e
GesGeomCes AesmCe- m 934545 sAdsTdsTdsTdsTdsTdsAds CdsGds mCdsTesmCeomCes- 2690 4727 4746 92150 92169 GesAe m CesTeoGesGesAe- m 934546 sAdsTdsTdsTdsTdsTds CdsTdsAdsGdsGesAeoGes- 3524 m 5073 5092 98221 98240 CesTe Tes mCeoAesTesGes- 934547 TdsAdsTdsmCdsTds mCdsTdsTdsAdsAdsmCesmCeomCe- 1830 N/A N/A 91042 91061 sAesG e
TesAeomCes mCesTes- 934548 GdsAdsAdsGdsTdsTdsAdsGdsGdsAdsGesGeoAesGe- 828 541 560 13807 13826 sA e
AesmCeomCesTesGe- 934549 sAdsAdsGdsTdsTdsAdsGdsGds AdsGdsG esAeoG es A- 827 540 559 13806 13825 esT e
Ges mCeoAesmCesTes- 934552 TdsAdsAds mCdsAdsAdsTdsAdsTdsmCdsAesTeoAesTe- 3513 734 753 18633 18652 sA e
934553 737 756 18636 18655 AesAeomCesGes mCe- 1997 m sAds CdsTdsTdsAdsAds mCdsAdsAdsTdsAesTeomCe- sAesTe
TesAeoAes mCesGes- m 934554 738 757 18637 18656 CdsAdsmCdsTdsTdsAdsAdsmCdsAdsAdsTesAeoTes- 2073 m CesAe GesTeoTes AesAes- m 934555 CdsGdsmCdsAds mCdsTdsTdsAdsAdsmCdsAes AeoTe- 2148 740 759 18639 18658 sAesTe m CesGeomCes AesmCes- 934556 735 754 18634 18653 TdsTdsAdsAdsmCdsAdsAdsTdsAdsTds mCesAeoTes A- 852 esT e
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Exemplo 10: Efeito de gapmers 5-10-5 MOE com ligações internu- cleosídicas mistas na expressão de RNA de LRRK2 humano in vi- tro, via absorção livre
[325] Os oligonucleotídeos modificados selecionados a partir dos exemplos acima foram testados em várias doses em células A431 por absorção livre. As células foram plaqueadas a uma densidade de 10.000 células por poço com concentrações de oligonucleotídeo modificado de 0,039, 0,156, 0,625, 2,500 e 10.000 µM, conforme especificado nas ta- belas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano RTS3132 (descrito no Exemplo 2) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBO- GREEN®. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como ní- veis percentuais de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Como ilustrado nas tabelas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modificados. O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 pa- râmetros)” usando o software Prism6. Tabela 72 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células A431 por absorção livre Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto 0,039 µM 0,156 µM 0,625 µM 2,500 µM 10,000 µM IC50 (µM) 780160 101 86 56 55 48 4,5 780161 102 85 58 31 45 1,9 780164 95 75 63 52 40 3,1 780166 94 42 42 31 32 0,4 780241 70 70 46 35 50 1,3 802655 81 76 58 52 36 2,3 802665 78 73 62 59 53 14,3
802678 77 44 28 24 26 0,2 802714 84 84 64 47 40 2,8 802758 84 51 25 23 29 0,2 802770 74 68 44 28 31 0,5 802784 88 70 37 20 25 0,5 802938 109 53 50 38 34 1,0 802939 96 80 63 44 31 1,9 802963 92 102 88 78 64 26,0 803000 85 84 60 30 33 1,3 803006 89 77 53 43 37 1,7 803268 90 93 55 46 27 1,7 803270 86 80 52 44 43 2,2 872255 96 67 36 29 22 0,5 872260 52 55 33 23 29 0,1 876031 96 60 33 21 20 0,4 876180 101 94 90 90 80 > 300 876190 81 68 36 24 23 0,4 876604 91 71 46 28 41 0,0 934517 80 86 43 38 48 0,9 934518 82 54 28 25 31 1,8 934523 71 49 30 15 23 0,3 934528 71 57 50 26 34 0,2 934529 76 43 24 27 29 0,4 934530 89 68 40 28 25 0,2 934553 99 73 51 33 31 0,6 934554 95 73 72 40 35 1,0 934556 63 59 41 26 28 2,1 934557 107 63 51 33 33 0,3 Exemplo 11: Efeito de oligonucleotídeos modificados no RNA de LRRK2 de macaco rhesus in vitro, doses múltiplas
[326] Os oligonucleotídeos modificados selecionados dos exem- plos acima, que também são complementares ao LRRK2 de macaco Rhesus foram testados em várias doses em células de macaco LLC- MK2. As células foram plaqueadas a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com concentrações de 0,011, 0,034, 0,103, 0,309, 0,926, 2,778, 8.333, e 25,000 µM de oligo- nucleotídeo modificado, conforme especificado nas tabelas abaixo. Também foram testados oligonucleotídeos de controle, 676630, um ga-
pmer 5-10-5 MOE com espinha dorsal mista de fosfodiéster e fosforoti- oato sem alvo conhecido e a sequência CCTATAGGACTATCCAGGAA (SEQ ID NO: 3848). Após um período de tratamento de aproximada- mente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real.
O con- junto de sonda de iniciador LRRK2 humano hLRRK2 LTS35700 (se- quência direta CCAGGTACAATGCAAAGCTTAAT, aqui designada como SEQ ID NO: 20; sequência reversa TCAGTCCAATCACTGA- CAAGTT, aqui designada como SEQ ID NO: 21; sequência de sonda TTGGGAAGTCCTTGGTGTTCACCA, aqui designada como SEQ ID NO: 22) foi usado para medir os níveis de RNA.
Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, conforme medido por RIBOGREEN.
Os resultados são apresentados na tabela abaixo como porcentagem dos níveis de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas.
Como ilustrado nas tabelas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modificados.
O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação vari- ável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 73 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em células de macaco rhesus LLC-MK2 Expressão de LRRK2 (% de controle) IC50 (µM) Número do composto 0,011 µM 0,034 µM 0,103 µM 0,309 µM 0,926 µM 2,778 µM 8,333 µM 25,000 µM
676630 118 114 124 128 123 134 125 125 n/a#
780241 114 118 116 92 67 51 46 41 6,4
802714** 122 116 130 131 112 80 41 20 7,4
803268* 101 109 105 112 108 89 76 69 50,4
876031 122 113 106 84 46 14 8 1 0,9
876604** 97 95 99 97 107 107 105 77 n/a#
934556 88 84 71 55 30 12 11 6 0,3
#O valor de IC50 não pode ser calculado *Este oligonucleotídeo modificado é complementar e contém uma in- compatibilidade com o ácido nucleico de LRRK2 do macaco rhesus SEQ
ID NO: 3 **Esses oligonucleotídeos modificados são complementares e contêm duas incompatibilidades com o ácido nucleico de LRRK2 de macaco rhesus SEQ ID NO: 3 Exemplo 12: Efeito de oligonucleotídeos modificados na expressão de RNA de LRRK2 humano in vitro, doses múltiplas
[327] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados em várias doses em células SH-SY5Y. As células foram plaquea- das a uma densidade de 20.000 células por poço e transfectadas usando eletroporação com 0,011, 0,034, 0,103, 0,309, 0,926, 2,778,
8.333, e 25,000 µM de oligonucleotídeo modificado, conforme especifi- cado nas tabelas abaixo. Também foi testado o oligonucleotídeo de con- trole 676630, um gapmer 5-10-5 MOE com fosfodiéster misto e espinha dorsal de fosforotioato sem alvo conhecido. Após um período de trata- mento de aproximadamente 24 horas, o RNA total foi isolado das células e os níveis de RNA de LRRK2 foram medidos por PCR quantitativa em tempo real. O conjunto de sonda de iniciador LRRK2 humano LTS35700 (descrito no Exemplo 11) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, conforme medido por RIBOGREEN. Os resultados são apresen- tados na tabela abaixo como porcentagem dos níveis de RNA de LRRK2 em relação às células de controle não tratadas. Como ilustrado nas ta- belas abaixo, os níveis de RNA de LRRK2 foram reduzidos de maneira dependente da dose em células tratadas com oligonucleotídeos modifi- cados. O IC50 foi calculado usando a fórmula “log(inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Tabela 74 Redução dependente da dose da expressão de LRRK2 humano em Células SH-SY5Y Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do com- IC50 (µM) 0,011 µM 0,034 µM 0,103 µM 0,309 µM 0,926 µM 2,778 µM 8,333 µM 25,000 µM posto
Controle 676630 129 113 108 133 109 131 122 133 n/a* 780241 117 104 92 93 76 59 58 58 n/a* 802714 100 123 98 93 75 56 44 36 6,3 803268 99 121 96 83 77 84 73 68 105,6 876031 96 99 93 73 49 22 18 15 1,0 876604 97 91 78 65 43 20 15 15 0,6 934556 97 90 77 55 42 27 20 15 0,6 *O valor de IC50 não pode ser calculado Exemplo 13: Atividade de oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao LRRK2 humano em camundongos transgênicos, ava- liação de duas semanas
[328] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados no modelo de camundongo transgênico LRRK2 de tipo selvagem BAC humano (B6; SJL-Tg (LRRK2) 66Mjff/J; Estoque No: 013725, The Jackson Laboratory) para avaliar a atividade após duas semanas. Os camundongos hemizigóticos para o transgene BAC LRRK2-Wt são viá- veis e férteis. Esses camundongos expressam um gene de quinase 2 de repetição rica em leucina humana (LRRK2), dirigido pelas regiões de promotor/intensificador de LRRK2 no transgene BAC (Ouyang Y et al., 2011). Os camundongos deste modelo expressam LRRK2 humano em uma variedade de tecidos, incluindo a medula espinhal e o cérebro. Tratamento
[329] Os camundongos transgênicos LRRK2 receberam uma dose intracerebroventricular (ICV) única de 300 µg de oligonucleotídeos mo- dificados listados na tabela abaixo. Cada grupo de tratamento consistiu em 4 camundongos. Um grupo de 4 camundongos recebeu PBS como controle negativo. Análise de RNA
[330] Após duas semanas, os camundongos foram sacrificados e o RNA foi extraído do tecido cerebral cortical e da medula espinhal para análise em PCR em tempo real da medição da expressão de RNA de LRRK2 usando o conjunto de sonda de iniciador hLRRK2 LTS35700 (descrito acima no Exemplo 11). Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação ao controle de PBS, normalizados com ciclofilina A.
[331] Como mostrado na tabela abaixo, o tratamento com oligonu- cleotídeos modificados resultou em redução do RNA de LRRK2 humano em comparação com o controle de PBS. Tabela 75 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2 Número do composto (% de controle) Córtex Medula espinhal PBS 100 100 693430 46 37 725607 24 50 725608 19 33 725609 30 37 780162 59 76 780164 27 62 780166 14 26 780189 58 49 780202 42 36 780203 65 66 780205 13 29 780219 34 43 780236 19 29 780241 23 38 780243 54 47 780254 42 41 780284 61 53 780321 39 64 780347 42 51 780549 63 53 780602 93 103 780620 47 45 780624 63 75 780649 52 48 780685 42 37 802655 30 48 802678 7 26 802685 38 32 802686 17 40
Tabela 76 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgênicos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802849 78 77
802850 73 92
802888 49 63
802911 80 92
802915 54 68
802935 69 61
802936 40 52
802937 43 40
802958 57 78
802960 54 48
802961 34 44
802962 40 51
802974 50 55
803002 30 44
803003 67 85
803004 73 86
803005 66 65
803046 95 65
803065 55 52
802959 41 62
803075 38 54
803102 89 89
803112 40 51
803122 52 71
803386 73 80
803515 81 104
803516 63 81
803517 55 67
Tabela 77 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2 (% de controle) Número do composto Córtex Medula espinhal
PBS 100 100 780160 13 15
780161 24 30
802665 17 35
802678 27 35
802690 33 40
802714 21 47
802758 23 42
802770 11 22
802781 32 49
802784 16 30
802938 21 32
802939 13 41
802963 26 51
803000 22 42
803001 36 50
803006 29 39
803268 31 52
803269 38 49
803270 24 75
803271 31 48
803272 76 75
803273 77 70
803274 50 65
Tabela 78 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 24 19
803275 52 77
872246 44 49
872247 57 63
872248 24 44
872249 61 73
872250 34 28
872251 37 51
872252 54 62
872253 29 43
872254 94 71
872256 34 44
872257 70 72
872258 55 42
872259 82 72
872260 10 30
872261 37 55
872262 50 71
872263 28 49
872264 43 67
872265 36 35
872266 92 88
872267 68 74
Tabela 79 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 9 19
802780 42 49
802847 54 64
803021 67 70
803045 36 60
Tabela 80 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 30 41
803426 70 63
872280 83 64
872281 49 64
872282 48 64
872283 61 60
872285 26 41
876019 58 72
934596 n.d. n.d.
934597 48 59 934600 15 33 Tabela 81 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2 Número do composto (% de controle) Córtex Medula espinhal PBS 100 100 780241 55 57 802678 12 20 876185 59 56 876190 25 38 876223 46 70 876326 36 57 876345 77 79 876735 64 57 876766 67 75 876900 41 46 877068 44 52 877159 52 61 877305 52 57 877328 68 76 890207 42 60 890208 32 45
Tabela 82 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 15 21
803427 34 32
876028 99 61
876029 106 69
876043 55 36
876062 39 26
876074 70 35
876146 82 42
876189 54 34
876203 90 46
876221 60 31
876237 80 35
876262 58 31
876284 74 41
876287 129 57
876302 81 34
876303 76 46
876899 60 34
876960 93 41
877119 62 36
877171 67 66
877292 68 58
877326 74 58
877349 106 81
877395 69 75
Tabela 83 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 13 13
Tabela 84 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgênicos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 31 40
872284 69 57
876274 65 60
877113 76 98
877303 67 68
890206 41 77
934538 49 49
934540 80 67
934541 43 54
934542 44 63
934543 58 60
934544 46 52
934545 39 35
934546 37 44
934547 45 51
934548 37 43
934549 34 42
934552 37 35
Tabela 85 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgênicos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 10 17
934514 17 28
934515 16 21
934516 9 26
934517 16 36
934518 25 23
934519 71 70
934520 47 27
934521 52 50
934522 45 58
934523 29 30
934524 35 38
934525 50 56
934526 41 43
934528 28 33
934529 30 33
934530 31 35
934531 33 37
934532 33 37
934533 37 32
934534 38 44
934535 80 55
934536 57 61
934537 45 45
Tabela 86 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgênicos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 11 22
Tabela 87 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2
Número do composto (% de controle)
Córtex Medula espinhal
PBS 100 100
802678 16 18
952358 80 84
952359 54 66
952360 34 39
952361 51 47
952362 42 41
952363 45 42
952364 45 57
952365 39 63
952366 38 56
952367 61 50
952368 33 52
Exemplo 14: Atividade de oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao LRRK2 humano em camundongos transgênicos, ava- liação de oito semanas
[332] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados no modelo de camundongo transgênico LRRK2 de tipo selvagem BAC humano (descrito aqui acima) para avaliar a atividade após oito semanas. Os camundongos hemizigóticos para o transgene BAC LRRK2-Wt são viáveis e férteis. Esses camundongos expressam um gene de quinase 2 de repetição rica em leucina humana (LRRK2), diri- gido pelas regiões de promotor/intensificador de LRRK2 no transgene BAC (Ouyang Y et al., 2011). Os camundongos deste modelo expres- sam LRRK2 humano em uma variedade de tecidos, incluindo a medula espinhal e o cérebro. Tratamento
[333] Os camundongos transgênicos LRRK2 receberam uma dose ICV única de 300 µg de oligonucleotídeos modificados listados na tabela abaixo. Cada grupo de tratamento consistiu em 4 camundongos. Um grupo de 4 camundongos recebeu PBS como controle negativo. Análise de RNA
[334] Após oito semanas, os camundongos foram sacrificados e o RNA foi extraído do tecido cerebral cortical e da medula espinhal para análise em PCR em tempo real da medição da expressão de RNA de
LRRK2 usando o conjunto de sonda de iniciador hLRRK2 LTS35700 (descrito acima no Exemplo 11). Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação ao controle de PBS, normalizados com ciclofilina A.
[335] Como mostrado na tabela abaixo, o tratamento com oligonu- cleotídeos modificados resultou em redução do RNA de LRRK2 humano em comparação com o controle de PBS. Tabela 88 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgêni- cos Expressão de LRRK2 no córtex Número do composto (% de controle) PBS 100 802665 44 934556 16 934517 26 802678 19 876031 33 934553 34 934554 34 780166 28 802714 27 802770 16 802938 23 803270 33 780161 39 780241 44 934557 18 Tabela 89 Redução do RNA de LRRK2 humano em camundongos transgênicos Número do composto Expressão de LRRK2 no córtex (% de controle) PBS 100 780164 54 803000 39 803268 66 876604 78 934518 21
Exemplo 15: Atividade de oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao LRRK2 humano em ratos transgênicos
[336] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados no modelo de rato transgênico LRRK2 mutante BAC G2019S hu- mano (NTac:SD-Tg (LRRK*G2019S)571Cjli; Taconic) para avaliar a ati- vidade. O modelo foi criado através da injeção pronuclear de todo o gene humano LRRK2 com a mutação G2019S nos zigotos NTac:SD. Os ratos deste modelo expressam LRRK2 humana em uma variedade de tecidos, incluindo a medula espinhal e o cérebro (West AB et al., J. Comp. Neurology, 2014, 522(11):2465-2480). Tratamento
[337] Os ratos transgênicos LRRK2 receberam uma dose ICV única de 1.000 µg de oligonucleotídeos modificados listados na tabela abaixo. Cada grupo de tratamento consistiu em 4-5 ratos. Um grupo de 4 ratos recebeu PBS como controle negativo. Análise de RNA
[338] Após duas semanas, os ratos foram sacrificados e o RNA foi extraído do tronco cerebral, tecido cerebral cortical, medula espinhal, pulmão e rim para análise em PCR em tempo real da medição da ex- pressão de RNA de LRRK2 usando o conjunto de sonda de iniciador hLRRK2 LTS35700 (descrito acima no Exemplo 11). Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação ao controle de PBS, normalizados com ciclofilina A.
[339] Como mostrado na tabela abaixo, o tratamento com oligonu- cleotídeos modificados resultou em redução do RNA de LRRK2 humano em comparação com o controle de PBS. Tabela 90 Redução do RNA de LRRK2 humano em ratos transgênicos Número do composto Expressão de LRRK2 (% de controle) Tronco cerebral Córtex Medula espinhal PBS 100 100 100
Exemplo 16: Potência de oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao LRRK2 humano em ratos transgênicos
[340] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados no modelo de rato transgênico LRRK2 mutante BAC G2019S hu- mano (NTac: SD-Tg (LRRK*G2019S) 571Cjli), descrito acima, para tes- tar a potência dos oligonucleotídeos. Tratamento
[341] Cada um dos ratos transgênicos LRRK2 recebeu uma única dose intracerebroventricular (ICV) de 10, 30, 100, 300, 700, 1.000 ou
3.000 µg de oligonucleotídeos modificados listados na tabela abaixo. Cada grupo de tratamento consistiu em 5 ratos. Um grupo de 5 ratos recebeu PBS como controle negativo para cada grupo de dosagem. Análise de RNA
[342] Após duas semanas, os ratos foram sacrificados e o RNA foi extraído do córtex para análise em PCR em tempo real da medição da expressão de RNA de LRRK2 usando o conjunto de sonda de iniciador hLRRK2 LTS35700 (descrito acima no Exemplo 11). Os resultados são apresentados na tabela abaixo como níveis percentuais de RNA de LRRK2 em relação ao controle de PBS, normalizados com ciclofilina A.
[343] Como mostrado na tabela abaixo, o tratamento com oligonu- cleotídeos modificados resultou em redução do RNA de LRRK2 humano em comparação com o controle de PBS. Os dados de resposta à dose foram analisados usando o software GraphPad Prism 6 (San Diego, CA). Os valores de ED50 foram calculados a partir de doses ou concen- trações transformadas em log e níveis individuais de RNA de LRRK2 em animais, usando a fórmula integrada do GraphPad "log (agonista)
vs. resposta - Find ECanything", com as seguintes restrições: inferior > 0, superior = 100, F = 50 para ED50. Tabela 91 Redução percentual dependente da dose do RNA de LRRK2 hu- mano em ratos transgênicos, córtex Expressão de LRRK2 (% de controle) no córtex Número do ED50 (µg/g) composto 10 µg 30 µg 100 µg 300 µg 1000 µg 3000 µg 780241 107,4 96,4 75,9 41,9 33,1 34,9 129 876031 102,0 94,6 67,6 18,7 5,9 4,6 135 934556 105,9 94,2 56,6 17,3 7,1 3,7 111 Exemplo 17: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados complementares a LRRK2 em camundongos do tipo selvagem, 3 horas de avaliação FOB
[344] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados em camundongos fêmeas C57/Bl6 do tipo selvagem para avaliar a tolerabilidade dos oligonucleotídeos. Camundongos fêmeas do tipo selvagem C57/Bl6 receberam uma dose única de ICV de 700 µg de oli- gonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo. Cada grupo de tra- tamento consistiu em 4 camundongos. Um grupo de 4 camundongos recebeu PBS como controle negativo para cada experimento (identifi- cado em tabelas separadas abaixo). 3 horas após a injeção, os camun- dongos foram avaliados de acordo com sete critérios diferentes. Os cri- térios são (1) o camundongo era brilhante, alerta e responsivo; (2) o camundongo estava em pé ou curvado sem estímulos; (3) o camun- dongo mostrou qualquer movimento sem estímulos; (4) o camundongo demonstrou movimento para frente após ser levantado; (5) o camun- dongo demonstrou qualquer movimento após ser levantado; (6) o ca- mundongo respondeu ao beliscão da cauda; (7) respiração regular. Para cada um dos 7 critérios, um camundongo recebeu uma subpontuação de 0 se atendeu aos critérios e 1 se não atendeu (pontuação funcional da bateria de observação ou FOB). Após todos os 7 critérios terem sido avaliados, as pontuações foram somadas para cada camundongo e cal- culadas a média em cada grupo de tratamento.
Os resultados são apre- sentados nas tabelas abaixo.
Tabela 92 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0
802678 0
693430 0
725607 0
780164 0
780166 6
780205 0
780254 7
780321 0
780685 2
802685 0
802688 0
802689 0
802731 6
802746 6
802888 6
802936 4
802937 4
802959 1
802962 0
802974 0
803002 7
803075 4
803682 1
Tabela 93 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0 780160 0
802784 6
802939 3
803006 5
Tabela 94 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0
872255 5
934514 4
934515 2
934516 6
934518 4
934523 7
934528 5
934529 5
934530 3
934517 4
802758 7
876180 0
Tabela 95 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0 780161 1
780164 5
780166 6
802665 1
802714 3
802770 4
802938 4
802963 0
803000 4
Tabela 96 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0 876031 0
876604 5
Tabela 97 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0 952334 2
952335 0
952336 2
952338 5
952340 3
952358 5
952359 7
952360 6
952361 4
952362 6
952363 3
Tabela 98 Pontuações de tolerabilidade em camundongos na dose de 700 µg Número do composto 3 h FOB
PBS 0 952364 0
952365 0
952366 3
952367 6
952368 5
952369 7
952370 7
952371 6
952372 7
952373 7
952374 4
952375 2
Exemplo 18: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados complementares ao LRRK2 humano em ratos, 3 horas de avaliação
FOB
[345] Os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram tes- tados em ratos Sprague Dawley para avaliar a tolerabilidade dos oligo- nucleotídeos. Cada um dos ratos Sprague Dawley recebeu uma dose intratecal única (IT) de 3 mg de oligonucleotídeo listado na tabela abaixo. Cada grupo de tratamento consistiu em 3-4 ratos. Um grupo de 4 ratos recebeu PBS como controle negativo para cada experimento (identificado em tabelas separadas abaixo). 3 horas após a injeção, fo- ram avaliados movimentos de 7 partes diferentes do corpo para cada rato. As 7 partes do corpo são (1) a cauda do rato; (2) postura posterior do rato; (3) membros posteriores do rato; (4) patas traseiras do rato; (5) patas dianteiras do rato; (6) postura anterior do rato; (7) a cabeça do rato.
Para cada uma das 7 partes diferentes do corpo, cada rato recebeu uma subpontuação de 0 se a parte do corpo estava em movimento ou 1 se a parte do corpo não estava se movendo.
Para cada um dos 7 crité- rios, um rato recebeu uma subpontuação de 0 se atendeu aos critérios e 1 se não atendeu (pontuação funcional da bateria de observação ou FOB). Após todos os 7 critérios terem sido avaliados, as pontuações foram somadas para cada rato e calculadas a média em cada grupo de tratamento.
Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo.
Tabela 99 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg Número do composto 3 h FOB
PBS n.d. 780164 2
780166 2
780189 1
780236 4
780241 1
780243 3
780254 3
780347 0
780549 0
Tabela 100 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg Número do composto 3 h FOB
PBS 0,25 780236 5
802678 2
802688 2
802748 6
872259 3
872261 4
872269 4
872279 3
Tabela 101 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg Número do composto 3 h FOB
PBS 0
725607 1
780620 6
802888 5
802936 5
802937 5
802959 4
802961 2
802962 2
802974 3
803520 5
Tabela 102 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg Número do composto 3 h FOB
PBS 0
725609 0
780164 3
780166 6
780205 3
802689 2
802731 7
802746 5
802845 2
802846 4
876088 1
Tabela 103 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg Número do composto 3 h FOB
PBS 0
802655 5
802686 2
802688 2
803075 5
803682 1
876031 0
876261 4
Tabela 104 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 693430 3 780219 5 780254 2 780321 3 780347 1 Tabela 105 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 780160 1 780161 2 802784 5 802938 1 802939 3 802963 2 803000 5 803006 4 803270 1 872248 3 872253 6 Tabela 106 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 872260 5 872263 7 934553 0 934554 0 934555 2 934556 0 934557 0
Tabela 107 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 934517 2 934523 6 934528 4 934529 1 934530 0 Tabela 108 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 802678 0,5 802758 3,25 876604 5 Tabela 109 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 802665 1 802714 2 802770 2 803268 3 872255 5 934516 3 934518 4 Tabela 110 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 693421 2,5 690093 3,0 Tabela 111 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg
3h Número do composto
FOB PBS 0 952334 4 952335 2 952336 3 952338 2 952358 3 952359 2 Tabela 112 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 952378 5 952379 5 952380 3 952381 4 953599 1 953600 1 953601 0 953602 2 953603 0 953604 3 953605 5 953606 5 Tabela 113 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 953607 3 953608 4 953609 5 953610 3 953611 4 953612 3 953613 1 953614 4 953615 1 953616 4 953617 4
Tabela 114 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 952371 4 952372 4 952373 4 952374 2 952375 5 952376 4 952377 5 Tabela 115 Pontuações de tolerabilidade em ratos na dose de 3 mg 3h Número do composto
FOB PBS 0 952340 1 952360 4 952361 3 952362 5 952363 4 952364 5 952365 2 952366 5 952367 5 952368 6 952369 4 952370 5 Exemplo 19: Redução profilática de LRRK2 com oligonucleotídeos modificados no modelo de PFF
[346] Camundongos do tipo selvagem receberam uma injeção única ICV de 700 µg de um oligonucleotídeo listado na tabela abaixo ou veículo PBS sozinho. Cada grupo de tratamento consistiu em onze ou doze camundongos. Duas semanas após o tratamento com oligonucle- otídeo, fibrilas pré-formadas (PFFs) de α-sinucleína foram injetadas no estriado, resultando na formação de agregados de α-sinucleína em vá- rias regiões do cérebro e déficits motores, conforme descrito (ver Luk et al., Science, 2012, 338, 949-953). Um grupo controle não recebeu inje- ção de PFFs. Cinquenta e cinco dias após o tratamento com oligonucle- otídeo, a função motora foi testada em um teste de queda de fio. Os resultados são apresentados na tabela abaixo como o período médio de tempo em que os camundongos de cada grupo de tratamento permane- ceram no fio.
[347] Um dia após o teste de queda de fio, todos os camundongos em cada grupo de tratamento foram sacrificados, exceto o grupo que não recebeu oligonucleotídeo e nenhuma injeção de PFF; apenas qua- tro camundongos desse grupo foram sacrificados. Os animais foram perfundidos com PBS gelado. Os hemisférios ipsilaterais foram fixados e processados para imunoquímica. O mesencéfalo e o estriado contra- laterais foram dissecados e congelados até a análise de RNA, enquanto o córtex contralateral inteiro foi dissecado e congelado até a análise de proteínas. A expressão de RNA de LRRK2 foi analisada por PCR quan- titativa em tempo real usando o conjunto de sondas de iniciadores mu- rinos RTS3043 (sequência direta GGCGAGTTATCCGCACCAT, aqui designada como SEQ ID NO: 23; sequência reversa CCAAAACCAG- CATGACATTCTTAA, aqui designada como SEQ ID NO: 24; sequência de sonda TGAGAGCCATGGCCACAGCACAA, aqui designada como SEQ ID NO: 25). Os níveis de RNA de LRRK2 foram ajustados de acordo com o teor total de RNA, medido por RIBOGREEN. Os resulta- dos são mostrados na tabela abaixo como porcentagem média de inibi- ção em relação ao grupo controle do tipo selvagem que não recebeu tratamento com oligonucleotídeo nem injeção de PFF.
[348] Os níveis de proteína LRRK2, α-sinucleína e α-sinucleína hi- perfosforilada (p-α-syn) no córtex foram analisados por western blot. O tecido do córtex contralateral foi homogeneizado primeiro em tampão RIPA e centrifugado a 13.300x g. O sobrenadante foi submetido a wes- tern blot para o nível de proteína LRRK2, e a β-tubulina foi usada como controle de carregamento.
Os resultados indicaram que os níveis de proteína LRRK2 no córtex eram significativamente mais baixos nos ani- mais tratados com oligonucleotídeo do que nos animais que não rece- beram tratamento com oligonucleotídeo.
O sedimento foi ressuspenso em tampão RIPA, centrifugado a 100.000x g, e o material insolúvel re- sultante foi ainda suspenso em tampão SDS a 2%, seguido por uma rotação adicional de 100.000x g.
O sobrenadante resultante foi anali- sado por transferência de Western para α-sinucleína e p-α-syn.
Os re- sultados mostraram que a injeção de PFF resultou no recrutamento de α-sinucleína endógena de camundongo em agregados insolúveis, como relatado em Luk et al.
Os agregados também foram hiperfosforilados.
Os tratamentos com oligonucleotídeos reduziram a formação dos agre- gados, como evidenciado por uma redução de α-sinucleína e p-α-syn insolúveis em camundongos nas transferências Western.
Os agregados de p-α-syn na substância negra foram visualizados por imuno-histoquí- mica.
O número médio de agregados observados para amostras de ta- manho igual de cada grupo de tratamento é mostrado na tabela abaixo.
O teste ANOVA de uma via dos resultados mostrou que as diferenças entre os animais tratados com PBS e os animais tratados com oligonu- cleotídeo eram significativas.
Tabela 116 Tratamento profilático de camundongos PFF com oligonucleotí- deos modificados por LRKK2 Número do Injetados Tempo no teste de Inibição do RNA de LRRK2 (%) Nº de agregados p-α-syn composto com PFF queda de fio (s) Mesencéfalo Estriado
PBS Não 193 0 4,0 0
PBS Sim 94 0 0 42
693421 Sim 187 52,0 49,0 12
690093 Sim 175 43,0 24,8 21
Exemplo 20: Redução de LRRK2 com oligonucleotídeo modificado no modelo PFF
[349] Os efeitos da redução de oligonucleotídeo em camundongos do tipo selvagem após a injeção de PFFs foram avaliados usando
690093. Os camundongos foram tratados como descrito no Exemplo 19, exceto que o tratamento com oligonucleotídeo ocorreu duas semanas após a injeção de PFF em vez de duas semanas antes da injeção de PFF. Cada grupo de tratamento consistiu em dez animais. Cinquenta e cinco dias após a injeção de PFF, os camundongos foram avaliados em um teste de queda de fio, como descrito no Exemplo 19. Um dia após o teste de queda de fio, os camundongos foram sacrificados, o mesencé- falo, o estriado e a substância negra foram coletados e os agregados de RNA de LRRK2 e p-α-syn foram medidos, como descrito no Exemplo
19. Os resultados são mostrados na tabela abaixo como as médias para cada grupo de tratamento. Uma entrada de "nd" indica que os dados não foram coletados para esse grupo de tratamento. Os resultados mos- tram que, mesmo quando o oligonucleotídeo modificado foi adminis- trado após o início do modelo de PFF, a função motora foi melhorada e o número de agregados patológicos foi reduzido. Tabela 117 Tratamento de camundongos PFF com oligonucleotídeos modifi- cados por LRKK2 Injetados Tempo no teste de Inibição do RNA de LRRK2 (%) Oligo ID Nº de agregados p-α-syn com PFF queda de fio (s) Mesencéfalo Estriado PBS Não 227 0 0 nd PBS Sim 58 0 0 49 690093 Sim 141 62,3 43,6 38 Exemplo 21: Redução profilática de LRRK2 com oligonucleotídeos modificados no modelo de PFF em um estudo de longo prazo
[350] Os oligonucleotídeos modificados foram testados em um es- tudo de longo prazo para determinar se o tratamento a longo prazo com oligonucleotídeos modificados é protetor dos neurônios dopaminérgi- cos. A acumulação de agregados α-syn na substância negra pars com- pacta compromete a sobrevida dos neurônios dopaminérgicos ao longo do tempo (Luk 2012, Tran 2014).
[351] Os efeitos da redução de oligonucleotídeo em camundongos do tipo selvagem após a injeção de PFFs foram avaliados usando 690093 ou oligonucleotídeo de controle 676630, um gapmer 5-10-5 MOE com espinha dorsal mista de fosfodiéster e fosforotioato sem alvo conhecido. Os camundongos foram tratados como descrito no Exemplo 19, exceto que os ratos receberam uma segunda dose de ICV de 690093 aos 90 dias e foram sacrificados aos 180 dias após o primeiro tratamento com ICV. Cada grupo de tratamento consistiu em 12 ani- mais. No sacrifício, o mesencéfalo, o estriado e a substância negra fo- ram coletados e os agregados de RNA de LRRK2 e p-α-syn foram me- didos, conforme descrito no Exemplo 19, e as células dopaminérgicas foram quantificadas por imuno-histoquímica usando o anticorpo anti-ti- rosina hidroxilase (TH). Os resultados são mostrados na tabela abaixo como as médias para cada grupo de tratamento. Os resultados mostram que no grupo tratado com oligonucleotídeo modificado complementar a LRRK2, o número de agregados patológicos foi reduzido ao longo de um longo curso de tratamento. Adicionalmente, a quantificação de neu- rônios TH positivos mostrou que a supressão de LRRK2 mediada por 690093 resgatou células TH positivas na substância ipsilateral negra pars compacta em comparação com as células tratadas de controle. Tabela 118 Tratamento profilático de camundongos PFF com oligonucleotí- deos modificados por LRKK2 em estudo de longo prazo Inibição do RNA de LRRK2 (%) Nº de células dopaminér- Número do Injetados Nº de agregados p-α-syn gicas composto com PFF Mesencéfalo Estriado 676630 Sim 0 0 160 5880 690093 Sim 61,7 0 48 7522 Exemplo 22: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados complementares ao LRRK2 humano em ratos, avaliação a longo prazo
[352] Em estudos separados realizados sob as mesmas condi- ções, os oligonucleotídeos modificados descritos acima foram testados em ratos Sprague Dawley para avaliar a tolerabilidade a longo prazo dos oligonucleotídeos.
Cada um dos ratos Sprague Dawley recebeu uma dose intratecal única (IT) de 3 mg de oligonucleotídeo ou PBS.
Du- rante 6 semanas, começando 1 semana após o tratamento, cada animal foi pesado e avaliado semanalmente por um observador treinado para eventos adversos.
Eventos adversos foram definidos como disfunção neurológica não típica em animais de controle tratados com PBS, inclu- indo, mas não se limitando a: presença anormal de membros, marcha anormal, tremores, respiração anormal, paralisia e espasticidade.
O iní- cio do evento adverso é definido como a semana pós-dosagem em que a disfunção foi registrada pela primeira vez.
Se nenhum evento adverso foi alcançado, não há início (-). O início dos eventos adversos normal- mente se correlaciona com uma falha no crescimento, conforme definido pela falta de ganho/manutenção do peso corporal similar aos animais tratados com PBS.
Avaliações de tolerabilidade similares foram descri- tas em Ostergaard et al., Nucleic Acids Res. 2013 Nov; 41 (21): 9634- 9650 e Southwell et al., Mol Ther. 2014 Dec; 22(12): 2093–2106. Con- forme mostrado na tabela abaixo, 876031, 780241, 802714, 803268, 876604 e 934556 foram bem tolerados na avaliação de tolerabilidade a longo prazo.
Tabela 119 Tolerabilidade a longo prazo em ratos na dose de 3 mg Início de eventos adversos, semanas após o tratamento, ani- Número do composto mais individuais
690093 2, 3, 4, 4
693421 4, -, -, -
876031 -,-,-,-
780241 -,-,-,-
802714 -,-,-,-
803268 -,-,-,-
876604 -,-,-,-
934556 -,-,-,-
PBS -,-,-,-

Claims (1)

  1. REIVINDICAÇÕES
    1. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado que consiste em 12 a 50 nucleosídeos ligados, em que a sequência de nucleobases do oligonu- cleotídeo modificado é pelo menos 90% complementar a uma porção de comprimento igual de um ácido nucleico LRRK2 e em que o oligonu- cleotídeo modificado compreende pelo menos uma modificação seleci- onada de um açúcar modificado, e uma ligação internucleosídica modi- ficada.
    2. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 50 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compre- endendo pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19, ou pelo menos 20 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases da SEQ ID NOS: 30-3847.
    3. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 50 nucleosídeos ligados e que possui uma sequência de nucleobases com- preendendo uma porção de pelo menos 8, pelo menos 9, pelo menos 10, pelo menos 11, pelo menos 12, pelo menos 13, pelo menos 14, pelo menos 15, pelo menos 16, pelo menos 17, pelo menos 18, pelo menos 19, ou pelo menos 20 nucleobases contíguas, em que a porção é com- plementar a: uma porção de comprimento igual de nucleobases 18.633-
    18.658 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 21.721-
    21.755 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 27.963-
    28.016 da SEQ ID NO: 2;
    uma porção de comprimento igual de nucleobases 35.415-
    35.446 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 77.221-
    77.264 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 81.581-
    81.612 e/ou 87.838-87.869 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 81.627-
    81.651 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.058-
    82.081 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.180-
    82.220 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 82.500-
    82.525 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 91.038-
    91.067 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 92.148-
    92.173 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 98.186-
    98.220 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 98.218-
    98.242 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual das nucleobases 99.199-
    99.223 da SEQ ID NO: 2; uma porção de comprimento igual de nucleobases 119.903-
    119.936 da SEQ ID NO: 2; ou uma porção de comprimento igual de nucleobases 4.062-
    4.086 da SEQ ID NO: 1;
    4. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado tem uma sequência de nucleobases que é pelo menos 80%, pelo menos 85%, pelo menos 90%, pelo menos 95% ou 100% comple- mentar às sequências de nucleobases de SEQ ID NO: 1 ou SEQ ID NO: 2, quando medido através de toda a sequência de nucleobases do oli- gonucleotídeo modificado.
    5. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleosídeo modificado.
    6. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 5, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo uma por- ção de açúcar modificado.
    7. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 6, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo uma por- ção de açúcar bicíclico.
    8. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 7, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo uma por- ção de açúcar bicíclico com uma ponte 2'-4', em que a ponte 2'-4' é se- lecionada de –O-CH2-; e –O-CH(CH3)-.
    9. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 a 8, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleosídeo modificado com- preendendo uma porção de açúcar modificado não bicíclico.
    10. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 9, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compre- ende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo uma por- ção de açúcar modificado não bicíclico compreendendo um açúcar mo- dificado por 2'-MOE ou açúcar modificado por 2'-OMe.
    11. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 5 a 10, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos um nucleosídeo modificado com- preendendo um substituto do açúcar.
    12. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 11, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado com- preende pelo menos um nucleosídeo modificado compreendendo um substituto de açúcar selecionado de morfolino e PNA.
    13. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 12, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado tem um motivo de açúcar compreendendo: uma região 5' que consiste em 1-5 nucleosídeos da região 5' ligados; uma região central que consiste em 6-10 nucleosídeos da região central ligados; e uma região 3' que consiste em 1-5 nucleosídeos da região 3' ligados; em que cada um dos nucleosídeos da região 5' e cada um dos nu- cleosídeos da região 3' compreende uma porção de açúcar modificado e cada um dos nucleosídeos da região central compreende uma porção de açúcar 2'-desoxiribosil não modificado.
    14. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 13, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos uma ligação internucleosídica mo- dificada.
    15. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 14, caracterizado pelo fato de que cada ligação internucleosídica do oli- gonucleotídeo modificado é uma ligação internucleosídica modificada.
    16. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 14 ou 15, caracterizado pelo fato de que pelo menos uma ligação internu- cleosídica é uma ligação internucleosídica fosforotioato.
    17. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 14 ou 16, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    18. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 14, 16 ou 17, caracterizado pelo fato de que cada ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica fosfodiéster ou uma ligação internucleosídica fosforotioato.
    19. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 18, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos uma nucleobase modificada.
    20. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 19, caracterizado pelo fato de que a nucleobase modificada é uma 5- metil citosina.
    21. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 20, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado consiste em 12-30, 12-22, 12-20, 14-20, 15-25, 16-20, 18-22 ou 18-20 nucleosídeos ligados.
    22. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 21, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado consiste em 17 ou 20 nucleosídeos ligados.
    23. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 22, caracterizado pelo fato de que consiste no oligo- nucleotídeo modificado.
    24. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 22, caracterizado pelo fato de que compreende um grupo conjugado compreendendo uma porção conjugada e um ligante conjugado.
    25. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação
    24, caracterizado pelo fato de que o grupo conjugado compreende um agrupamento GalNAc compreendendo 1-3 ligandos GalNAc.
    26. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 24 ou 25, caracterizado pelo fato de que o ligante conjugado consiste em uma ligação simples.
    27. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 25, caracterizado pelo fato de que o ligante conjugado é clivável.
    28. Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 27, caracterizado pelo fato de que o ligante conjugado compreende 1-3 ligantes-nucleosídeos.
    29. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 24 a 28, caracterizado pelo fato de que o grupo conju- gado está ligado ao oligonucleotídeo modificado na extremidade 5' do oligonucleotídeo modificado.
    30. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 24 a 28, caracterizado pelo fato de que o grupo conju- gado está ligado ao oligonucleotídeo modificado na extremidade 3' do oligonucleotídeo modificado.
    31. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 30, caracterizado pelo fato de que compreende um grupo terminal.
    32. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 31, caracterizado pelo fato de que o composto oligo- mérico é um composto oligomérico de fita simples.
    33. Composto oligomérico, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 27 ou 29 a 31, caracterizado pelo fato de que o com- posto oligomérico não compreende ligantes-nucleosídeos.
    34. Duplex oligomérico, caracterizado pelo fato de que com- preende um composto oligomérico como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 31 ou 33.
    35. Composto antissenso, caracterizado pelo fato de que compreende ou consiste em um composto oligomérico como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 33 ou um duplex oligomérico como definido na reivindicação 34.
    36. Composição farmacêutica, caracterizada pelo fato de que compreende o um composto oligomérico como definido em qual- quer uma das reivindicações 1 a 33 ou um duplex oligomérico como definido na reivindicação 34 e um transportador ou diluente farmaceuti- camente aceitável.
    37. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 222) ou um sal dos mesmos.
    38. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
    (SEQ ID NO: 888) ou um sal dos mesmos.
    39. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 1431) ou um sal dos mesmos.
    40. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 3590) ou um sal dos mesmos.
    41. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
    (SEQ ID NO: 3385) ou um sal dos mesmos.
    42. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
    (SEQ ID NO: 852) ou um sal dos mesmos.
    43. Oligonucleotídeo modificado, de acordo com qualquer uma das reivindicações 37 a 42, caracterizado pelo fato de que é um sal de sódio da fórmula.
    44. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
    (SEQ ID NO: 222).
    45. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 888).
    46. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 1431).
    47. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 3590).
    48. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula:
    (SEQ ID NO: 3385).
    49. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que é de acordo com a seguinte fórmula: (SEQ ID NO: 852).
    50. População quiralmente enriquecida do oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 37 a 49, caracterizada pelo fato de que a população é enriquecida para oligonu- cleotídeos modificados compreendendo pelo menos uma ligação inter- nucleosídica fosforotioato particular tendo uma configuração estereo- química particular.
    51. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 50, caracterizada pelo fato de que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados compreendendo pelo menos uma ligação internucleosídica fosforotioato particular tendo a configuração (Sp).
    52. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 50 ou 51, caracterizada pelo fato de que a população é enri- quecida para oligonucleotídeos modificados compreendendo pelo me- nos uma internucleosídica fosforotioato particular tendo a configuração (Rp).
    53. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 50, caracterizada pelo fato de que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com uma configuração estereoquí- mica particular selecionada independentemente em cada ligação inter- nucleosídica fosforotioato
    54. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 53, caracterizada pelo fato de que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com a configuração (Sp) em cada ligação internucleosídica fosforotioato.
    55. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 53, caracterizada pelo fato de que a população é enriquecida para oligonucleotídeos modificados com a configuração (Rp) em cada ligação internucleosídica fosforotioato.
    56. População quiralmente enriquecida, de acordo com a rei- vindicação 50 ou 53, caracterizada pelo fato de que a população é enri- quecida para oligonucleotídeos modificados com pelo menos 3 ligações internucleosídicas fosforotioato contíguas na configuração Sp-Sp-Rp, na direção 5’ a 3’.
    57. População de oligonucleotídeos modificados, de acordo com qualquer uma das reivindicações 37 a 49, caracterizada pelo fato de que todas as ligações internucleosídicas fosforotioato do oligonucle- otídeo modificado são estéreo-aleatórias.
    58. Composição farmacêutica, caracterizada pelo fato de que compreende o oligonucleotídeo modificado como definido em qual- quer uma das reivindicações 37 a 49 e um diluente ou transportador farmaceuticamente aceitável.
    59. Composição farmacêutica, de acordo com a reivindica- ção 58, caracterizada pelo fato de que o diluente farmaceuticamente aceitável é o líquido cefalorraquidiano artificial. 60 Composição farmacêutica, de acordo com a reivindicação 59, caracterizada pelo fato de que a composição farmacêutica consiste essencialmente no oligonucleotídeo modificado e no líquido cefalorra- quidiano artificial.
    61. Método, caracterizado pelo fato de que compreende ad- ministrar a um animal uma composição farmacêutica como definida em qualquer uma das reivindicações 36 ou 58-60.
    62. Método de tratamento de uma doença associada a LRRK2, caracterizado pelo fato de que compreende administrar a um indivíduo com ou em risco de desenvolver uma doença associada a LRRK2 uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma composição farmacêutica como definida em qualquer uma das reivindicações 36 ou 58 a 60; e, assim, tratar a doença associada a LRRK2.
    63. Método, de acordo com a reivindicação 62, caracterizado pelo fato de que a doença associada a LRRK2 é uma doença neurode- generativa.
    64. Método, de acordo com a reivindicação 63, caracterizado pelo fato de que a doença neurodegenerativa é doença de Parkinson.
    65. Método, de acordo com a reivindicação 64, caracterizado pelo fato de que pelo menos um sintoma ou marca da doença neurode- generativa é melhorado.
    66. Método, de acordo com a reivindicação 65, caracterizado pelo fato de que o sintoma ou marca é qualquer de ataxia, neuropatia e formação de agregados.
    67. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Ges mCeo Teo mCeo Aes Tds Ads Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeo mCeo Ges mCes Ae (SEQ ID NO: 222); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    68. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Tes mCeo Aeo mCeo mCes Ads mCds Ads Ads Ads mCds Tds mCds Ads Tds Geo Geo Aes mCes Te (SEQ ID NO: 888); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina,
    G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    69. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes mCeo mCeo mCeo Tes Tds Tds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads Aeo mCeo Aes Tes Te (SEQ ID NO: 1431); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    70. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes mCeo Geo mCeo Aes mCds Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Teo mCeo Aes Tes Ae (SEQ ID NO: 3590); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose,
    s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    71. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: Aes Geo mCeo Aeo Aes Tds mCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo Tes Aes mCe (SEQ ID NO: 3385) em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    72. Composto oligomérico, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado de acordo com a seguinte fórmula: mCes Geo mCes Aes mCes Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo Tes Aes Te (SEQ ID NO: 852); em que, A = uma nucleobase de adenina, mC = uma nucleobase de 5-metil-citosina, G = uma nucleobase de guanina, T = uma nucleobase de timina, e = um açúcar modificado por 2'-MOE, d = um açúcar 2'-desoxirribose, s = uma ligação internucleosídica fosforotioato, e o = uma ligação internucleosídica fosfodiéster.
    73.Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 3, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado é um com- posto de RNAi.
    74.Composto oligomérico, de acordo com a reivindicação 73,
    caracterizado pelo fato de que o composto RNAi é um ssRNA ou um siRNA.
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