BR112019017466A2 - Uso de biomarcadores na identificação de pacientes com câncer que serão responsivos a tratamento com um inibidor de prmt5 - Google Patents

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Abstract

a presente invenção refere-se a um método de identificação de um paciente que é provável que seja responsivo a tratamento com um inibidor de proteína arginina n-metiltransferase 5 (prmt5) compreendendo: avaliação de uma amostra biológica do paciente quanto à presença de uma alteração de spliceossoma, em que a presença de qualquer referida alteração indica uma probabilidade mais elevada de o referido paciente ser responsivo a tratamento com o referido inibidor de prmt5 do que na ausência de qualquer referida mutação ou alteração.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para “USO DE BIOMARCADORES NA IDENTIFICAÇÃO DE PACIENTES COM CÂNCER QUE SERÃO RESPONSIVOS A TRATAMENTO COM UM INIBIDOR DE PRMT5”.
CAMPO TÉCNICO [0001 ] A presente invenção refere-se a métodos de identificação de um paciente com uma elevada probabilidade de ser responsive a tratamento com um inibidor de proteína arginina N-metiltransferase 5 e métodos de tratamento do mesmo.
ANTECEDENTES [0002] A proteína arginina N-metiltransferase 5 (PRMT5), também descrita como Hsl7, Jbp1, Skb1, Capsuleen ou Dart5, é uma das principais metiltransferases responsáveis pela mono- e dimetilação simétrica de argininas. A PRMT5 pertence à família de enzimas Sym Arg Dimetiltransferases. A atividade catalítica está ligada à ativação da via condutora pulmonar oncogênica (splicing & sinalização de WNT) e repressão epigenética de supressores tumorais bem como quimiocinas imunogênicas tumorais. O nível e localização de proteínas se correlacionam com metilação celular mais elevada, perda do fenótipo epitelial brônquico e fraca progressão da doença.
[0003] A metilação pós-translacional de argininas em histonas e proteínas diferentes de histonas é crucial para uma variedade de processos biológicos, como organização do genoma, transcrição, diferenciação, função de spliceossoma, transdução do sinal e regulação da progressão do ciclo celular, destino de células-tronco e células T. O PRMT5 de metazoários forma um complexo funcional com a proteína do metilossomo 50 (MEP50), também chamada como Wdr77, coativador de receptores de androgênio p44 e Valois. Tanto o nível elevado de proteína PRMT5-MEP50 como o acúmulo citoplasmático estão implica
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2/47 dos na tumorigênese cancerígena e foram recentemente correlacionados com fraco desfecho clínico. Experiências de resgate celular que abordaram a função tanto catalítica como de suporte do complexo PRMT5-MEP50, para além de estudos enzimológicos abrangentes, comprovaram a ligação oncogênica entre nível de proteína, localização e função enzimática. Esta correlação torna a PRMT5 em um alvo de fármaco de pequena molécula essencial contra câncer e outras doenças.
[0004] A PRMT5 é um membro da subfamília PRMT de tipo II que utiliza S-adenosilmetionina (SAM) para gerar arginina dimetilada simétrica em histonas e substratos de proteínas diferentes de histonas e Sadenosil-homocisteína (SAH). A regulação da atividade de PRMT5 ocorre através de um vasto número de diferentes parceiros de ligação, modificações pós-translacionais, miRNA e localização subcelular. A metilação das histonas H2A e H4 em Arg3 e histona H3 em Arg8 regula a organização da cromatina para repressão/ativação específica de transcritos de genes que estão envolvidos na diferenciação, transformação, progressão do ciclo celular e supressão tumoral. Além do mais, a metilação mediada por PRMT5 da histona H4 em Arg3 podería recrutar a DNA-metiltransferase DNMT3A para acoplar a metilação de histonas e DNA para silenciamento de genes a longo prazo.
[0005] A metilação diferente de histonas pode ocorrer no citoplasma ou núcleo dependendo da localização celular de PRMT5. A metilação das proteínas Sm D1 e D3, que são requeridas para a montagem do spliceossoma nuclear, tem lugar no citoplasma como parte do “metilossomo” contendo PRMT5. Evidência adicional de que PRMT5 está envolvida no splicing foi proporcionada pelo nocaute de PRMT5 condicional em células-tronco neurais de camundongo. As células que não têm PRMT5 mostraram uma retenção seletiva de introns e salto de éxons com locais doadores 5’ fracos. Adicionalmente a um papel no splicing,
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3/47 a PRMT5 influencia vias-chave envolvidas no destino celular e homeostase por metilação direta de nódulos de sinalização-chave como p53,30 EGFR.26 CRAF,3 PI3K/AKT.64 e NFkB.
[0006] Uma vez que a PRMT5 é uma das principais sym-Arg metiltransferases e está envolvida em uma multitude de processos celulares, uma expressão de proteína aumentada parece ser um fator importante na sua tumorigenicidade. Interessantemente, a tradução de PRMT5 no linfoma de células do manto (MCL) parece ser regulada por miRNA. Embora as células com MCL mostrem menos mRNA e uma taxa de transcrição mais lenta de PRMT5 do que linfócitos B normais, o nível de PRMT5 e a metilação de H3R8 e H4R3 estão significativamente aumentados. A reexpressão de miRNA que se ligam à região 3'UTR de PRMT5 diminui o nível de proteína PRMT5. Surpreendentemente, foi encontrado um RNA antissenso de PRMT5 dentro do gene PRMT5 humano, o que suporta a hipótese de uma regulação translacional específica ao invés de elevado nível de expressão de mRNA.
[0007] Embora a PRMT5 seja altamente considerada como um alvo clínico relevante, muito poucos inibidores seletivos de PRMT5 foram ainda publicados. Recentemente, um inibidor de PRMT5 potente subnanomolar (EPZ015666) com atividade antitumoral em múltiplos modelos de xenoenxerto de MCL foi descrito como sendo a primeira sonda química adequada para validação adicional da biologia e papel em câncer da PRMT5 (Chan-Penebre E, Kuplast KG, Majer CR, et al. A selective inhibitor of PRMT5 with in vivo and in vitro potency in MCL models. Nat Chem Biol. Jun 2015; 11 (6): 432-437).
[0008] WO2014100695A1 divulga compostos úteis para inibição da atividade de PRMT5; São também descritos métodos de uso dos compostos para tratamento de disfunções mediadas por PRMT5.
[0009] W02014100730A1 divulga inibidores de PRMT5 contendo uma di-hidro- ou tetra-hidroisoquinolina e seus usos.
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MM [0010] Devkota, Κ. et al., ACS Med Chem Lett, 2014. 5: p. 293-297, descreve a síntese de uma série de análogos do produto natural sinefungina e a capacidade destes análogos de inibirem EHMT1 e EHMT2. [0011] W02003070739 divulga agonistas parciais e totais de receptores de adenosina A1, sua preparação e seu uso terapêutico.
[0012] WO2012082436 divulga compostos e composições como moduladores de histona metiltransferases e para tratamento de doenças influenciadas por modulação da atividade de hístona metiltransferases.
[0013] WO2014100719 divulga inibidores de PRMT5 e seus usos.
[0014] W003074083 divulga terapias de combinação que matam seletivamente células deficientes em metiltioadenosina fosforilase. Análogos de MTA são descritos aqui como agentes antitoxicidade.
[0015] Kung, P.-P. et al., Bioorg Med Chem Lett, 2005. 15: p. 28292833, descrevem o desenho, síntese e avaliação biológica de substratos de 5'-desóxi-5'-metiltiadenosina fosforilase (MTAP) humana.
[0016] WO2012075500 divulga moduladores de 7-deazapurina de histona metiltransferase.
[0017] WO2014035140 divulga compostos e composições para modulação da atividade de histona metiltransferase.
[0018] WO2015200680 descreve inibidores de PRMT5 e seus usos.
[0019] WO2017/032840 e WO2017/153186 também descrevem inibidores de PRMT5 e seus usos e são incorporadas por referência aqui. [0020] A PRMT5 tem sido ligada ao câncer do pulmão através de múltiplos mecanismos. A expressão elevada de PRMT5 e MEP50 em NSCLC está altamente correlacionada com sobrevivência mais fraca. O conhecimento mecanístico desta expressão elevada no adenocarcinoma do pulmão foi mostrado por estudos nos quais a elevada expressão citoplasmática de PRMT5 estava diretamente correlacionada com fraco prognóstico, possivelmente mediada através da transição epitelialPetição 870190081714, de 22/08/2019, pág. 21/66
5/47 para-mesenquimal e metilação de histonas. Adicionalmente, a sobreexpressão de PRMT5 causa a formação de tumores em camundongos nus. O mecanismo por detrás das capacidades transformantes de células de PRMT5 não é claro, mas é postulado que a enzima tem papéis na morte celular, progressão do ciclo celular, splicing, crescimento e proliferação celular.
[0021] Dados pré-clínicos demonstram que a inibição de PRMT5 causa morte de células cancerosas do pulmão de um subconjunto de população com câncer do pulmão enquanto diferentes subconjuntos não são afetados por exposição longa ao inibidor de PRMT5. Portanto, existe uma necessidade clara de biomarcadores farmacodinâmicos (PD) e/ou preditores para se determinar se a doença mediada por PRMT5 de um paciente particular tem uma elevada probabilidade de responder a tratamento com um inibidor de PRMT5 ou para medir efeitos farmacodinâmicos de um tratamento com um inibidor de PRMT5 em um paciente com NSCLC ou SCLC ou outras doenças mediadas por PRMT5. Nenhuns tais biomarcadores são correntemente conhecidos.
SUMÁRIO [0022] São divulgados aqui métodos de identificação de um paciente que terão uma elevada probabilidade de ser responsive a tratamento com um inibidor de proteína arginina N-metiltransferase 5 (PRMT5).
[0023] Os inibidores de PRMT5 podem se ligar à enzima PRMT5, competitivamente com o substrato natural SAM (S-adenosil-L-metionina), para inibir tal enzima.
[0024] É portanto antecipado que os inibidores de PRMT5 ou suas composições farmacêuticas possam ser úteis para tratamento ou prevenção, em particular tratamento, de doenças tais como disfunções do sangue, disfunções metabólicas, disfunções autoimunes, câncer, doen
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6/47 ças inflamatórias, doenças cardiovasculares, doenças neurodegenerativas, pancreatite, falência de múltiplos órgãos, doenças renais, agregação de plaquetas, motilidade do esperma, rejeição de transplante, rejeição de enxerto, lesões pulmonares e similares.
[0025] Em particular, os inibidores de PRMT5 ou suas composições farmacêuticas podem ser úteis para tratamento ou prevenção, em particular tratamento, de doenças tais como alergia, asma, câncer hematopoiético, câncer do pulmão, câncer da próstata, melanoma, disfunção metabólica, diabetes, obesidade, disfunção do sangue, anemia falciforme e similares.
[0026] Os inibidores de PRMT5 ou suas composições farmacêuticas podem ser úteis para tratamento ou prevenção, em particular tratamento, de doenças tais como uma disfunção proliferativa, tal como uma doença autoimune, câncer, uma neoplasia benigna ou uma doença inflamatória.
[0027] Os inibidores de PRMT5 ou suas composições farmacêuticas podem ser úteis para tratamento ou prevenção, em particular tratamento, de doenças tais como uma disfunção metabólica compreendendo diabetes, obesidade; uma disfunção proliferativa compreendendo câncer, câncer hematopoiético, câncer do pulmão, câncer da próstata, melanoma ou câncer pancreático; disfunção do sangue; hemoglobinopatia; anemia falciforme; β-talassemia, uma doença inflamatória e doença autoimune, por exemplo, artrite reumatoide, lúpus eritematoso sistêmico, síndrome de Sjôgren, diarréia, doença do refluxo gastroesofágico e similares.
[0028] Em algumas modalidades, a inibição de PRMT5 pode ser útil no tratamento ou prevenção, em particular tratamento, da seguinte lista não limitante de cânceres: câncer da mama, câncer do pulmão, câncer esofágico, câncer da bexiga, câncer hematopoiético, linfoma, meduloblastoma, adenocarcinoma do reto, adenocarcinoma do cólon, câncer
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7/47 gástrico, câncer pancreático, câncer do fígado, carcinoma adenoide cístico, adenocarcinoma pulmonar, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço, tumores do cérebro, carcinoma hepatocelular, carcinoma de células renais, melanoma, oligodendroglioma, carcinoma de células claras do ovário e cistadenoma seroso do ovário.
[0029] Exemplos de disfunções metabólicas que podem ser tratados ou prevenidos, em particular tratados, incluem, mas não estão limitados a, diabetes ou obesidade.
[0030] Exemplos de disfunções do sangue que podem ser tratados ou prevenidos, em particular tratados, incluem, mas não estão limitados a, hemoglobinopatia, tal como doença de células falciformes ou β-talassemia.
[0031] Exemplos de cânceres que podem ser tratados ou prevenidos, em particular tratados, incluem, mas não estão limitados a, neuroma acústico, adenocarcinoma, câncer das glândulas adrenais, câncer anal, angiossarcoma (por exemplo, linfangiossarcoma, linfangioendoteliossarcoma, hemangiossarcoma), câncer do apêndice, gamopatia monoclonal benigna, câncer biliar (por exemplo, colangiocarcinoma), câncer da bexiga, câncer da mama (por exemplo, adenocarcinoma da mama, carcinoma papilar da mama, câncer mamário, carcinoma medular da mama), câncer do cérebro (por exemplo, meningioma; glioma, por exemplo, astrocitoma, oligodendroglioma; meduloblastoma), câncer dos brônquios, tumor carcinoide, câncer cervical (por exemplo, adenocarcinoma cervical), cordoma, coriocarcinoma, craniofaringioma, câncer colorretal (por exemplo, câncer do cólon, câncer retal, adenocarcinoma colorretal), carcinoma epitelial, ependimoma, endoteliossarcoma (por exemplo, sarcoma de Kaposi, sarcoma hemorrágico idiopático múltiplo), câncer endometrial (por exemplo, câncer uterino, sarcoma uterino), câncer esofágico (por exemplo, adenocarcinoma do esôfago, adenocarci
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8/47 noma de Barrett), sarcoma de Ewing, câncer do olho (por exemplo, melanoma intraocular, retinoblastoma), hipereosinofilia familiar, câncer da vesícula biliar, câncer gástrico (por exemplo, adenocarcinoma do estômago), tumor estromal gastrointestinal (GIST), câncer da cabeça e pescoço (por exemplo, carcinoma de células escamosas da cabeça e pescoço, câncer oral (por exemplo, carcinoma de células escamosas orais (OSCC), câncer da garganta (por exemplo, câncer faríngeo, câncer laríngeo, câncer nasofaríngeo, câncer orofaríngeo)), cânceres hematopoiéticos (por exemplo, leucemia tal como leucemia linfocítica aguda (ALL) (por exemplo, ALL de células B, ALL de células T), leucemia mielocítica aguda (AML) (por exemplo, AML de células B, AML de células T), leucemia mielocítica crônica (CML) (por exemplo, CML de células B, CML de células T) e leucemia linfocítica crônica (CLL) (por exemplo, CLL de células B, CLL de células T); linfoma tal como linfoma de Hodgkin (HL) (por exemplo, HL de células B, HL de células T) e linfoma de não Hodgkin (NHL) (por exemplo, NHL de células B tal como linfoma difuso de grandes células (DLCL) (por exemplo, linfoma difuso de grandes células B (DLBCL)), linfoma folicular, leucemia linfocítica crônica /pequeno linfoma linfocítico (CLL/SLL), linfoma de células do manto (MCL), linfomas de células B da zona marginal (por exemplo, linfomas de tecido linfoide associado à mucosa (MALT), linfoma de células B da zona marginal nodal, linfoma de células B da zona marginal esplênica), linfoma primário de células B mediastinais, linfoma de Burkitt, linfoma linfoplasmacítico (isto é, “macroglobulinemia de Waldenstrom”), linfoma imunoblástico de grandes células, leucemia de células pilosas (HCL), linfoma B-linfoblástico precursor e linfoma primário do sistema nervoso central (CNS); e NHL de células T tal como linfoma/leucemia T-Iinfoblástico precursor, linfoma de células T periféricas (PTCL) (por exemplo, linfoma de células T cutâneas (CTCL) (por exemplo, micose fungoide, síndrome de Sézary), linfoma angioimunoblástico de células T, linfoma de
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9/47 células T matadoras naturais extranodais, linfoma de células T tipo enteropatia, linfoma de células T tipo paniculite subcutâneas, linfoma anaplásico de grandes células); uma mistura de uma ou mais leucemias/linfoma como descrito aqui; e mieloma múltiplo (MM)), doença de cadeia pesada (por exemplo, doença de cadeia alfa, doença de cadeia gama, doença de cadeia mu), hemangioblastoma, tumores miofibroblásticos inflamatórios, amiloidose imunocítica, câncer do rim (por exemplo, nefroblastoma também conhecido como tumor de Wilms, carcinoma de células renais), câncer do fígado (por exemplo, câncer hepatocelular (HCC), hepatoma maligno), câncer do pulmão (por exemplo, carcinoma broncogênica, câncer do pulmão de não pequenas células (NSCLC), câncer escamoso do pulmão (SLC), adenocarcinoma do pulmão, sarcoma do pulmão de Lewis, tumores neuroendócrinos do pulmão: carcinoide típico, carcinoide atípico, câncer do pulmão de pequenas células (SCLC) e carcinoma neuroendócrino de grandes células), leiomiossarcoma (LMS), mastocitose (por exemplo, mastocitose sistêmica), síndromes mielodisplásicos (MDS), mesotelioma, disfunção mieloproliferativa (MPD) (por exemplo, policitemia Verdadeira (PV), trombocitose essencial (ET), metaplasia mieloide agnogênica (AMM) também conhecida como mielofibrose (MF), mielofibrose idiopática crônica, leucemia mielocítica crônica (CML), leucemia neutrofílica crônica (CNL), síndrome hipereosinofílica (HES)), neuroblastoma, neurofibroma (por exemplo, neurofibromatose (NF) tipo 1 ou tipo 2, schwanomatose), câncer neuroendócrino (por exemplo, tumor neuroendócrino gastroenteropancreático (GEP-NET), tumor carcinoide), osteossarcoma, câncer do ovário (por exemplo, cistadenocarcinoma, carcinoma embriônico do ovário, adenocarcinoma do ovário), adenocarcinoma papilar, câncer pancreático (por exemplo, adenocarcinoma pancreático, neoplasma mucinoso papilar intraductal (IPMN), Tumores das células das ilhotas), câncer do pênis (por
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10/47 exemplo, doença de Paget do pênis e escroto), pinealoma, tumor neuroectodérmico primitivo (PNT), câncer da próstata (por exemplo, adenocarcinoma da próstata), câncer retal, rabdomiossarcoma, câncer das glândulas salivares, câncer da pele (por exemplo, carcinoma de células escamosas (SCC), ceratoacantoma (KA), melanoma, carcinoma de células basais (BCC)), câncer do intestino delgado (por exemplo, câncer do apêndice), sarcoma de tecidos moles (por exemplo, histiocitoma fibroso maligno (MFH), lipossarcoma, tumor maligno da bainha do nervo periférico (MPNST), condrossarcoma, fibrossarcoma, mixossarcoma), carcinoma das glândulas sebáceas, carcinoma das glândulas sudoríparas, sinovioma, câncer testicular (por exemplo, seminoma, carcinoma embriônico testicular), câncer da tireoide (por exemplo, carcinoma papilar da tireoide, carcinoma papilar da tireoide (PTC), câncer medular da tireoide), câncer uretral, câncer vaginal e câncer vulval (por exemplo, doença de Paget da vulva).
[0032] Exemplos de doenças neurodegenerativas que podem ser tratadas ou prevenidas, em particular tratadas, incluem, mas não estão limitadas a, doença do neurônio motor, paralisia supranuclear progressiva, degeneração corticobasal, doença de Pick, doença de Alzheimer, demência relacionada com AIDS, doença de Parkinson, esclerose lateral amiotrófica, retinite pigmentosa, atrofia muscular espinhal e degeneração cerebelar.
[0033] Exemplos de doenças cardiovasculares que podem ser tratadas ou prevenidas, em particular tratadas, incluem, mas não estão limitadas a, hipertrofia cardíaca, restenose, aterosclerose e glomerulonefrite.
[0034] Exemplos de doenças inflamatórias que podem ser tratadas ou prevenidas, em particular tratadas, incluem, mas não estão limitadas a, inflamação associada à acne, anemia (por exemplo, anemia aplásica,
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11/47 anemia autoimune hemolítica), rinite, asma, arterite (por exemplo, poliarterite, arterite temporal, periarterite nodosa, arterite de Takayasu), artrite (por exemplo, artrite cristalina, osteoartrite, artrite psoriática, artrite gotosa, artrite reativa, artrite reumatoide e artrite de Reiter), doença do trato respiratório superior, espondilite anquilosante, amilose, esclerose lateral amiotrófica, doenças autoimunes, alergias ou reações alérgicas, aterosclerose, bronquite, bursite, prostatite crônica, conjuntivite, doença de Chagas, doença pulmonar obstrutiva crônica, diverticulite, cermatomiosite, diabetes (por exemplo, diabetes mellitusde tipo I, diabetes mellitus de tipo 2), uma condição da pele (por exemplo, psoríase, eczema, reações de hipersensibilidade ao eczema, queimaduras, dermatite, prurido (coceira)), endometriose, síndrome de Guillain-Barré, infecção, doença cardíaca isquêmica, doença de Kawasaki, glomerulonefrite, gengivite, hipersensibilidade, cefaleias (por exemplo, cefaleias de enxaqueca, cefaleias de tensão), íleo (por exemplo, íleo pós-operatório e íleo durante sépsis), púrpura trombocitopênica idiopática, cistite intersticial (síndrome da bexiga dolorosa), disfunção gastrointestinal (por exemplo, selecionada de úlceras pépticas, enterite regional, diverticulite, sangramento gastrointestinal, disfunções gastrointestinais eosinofílicas (por exemplo, esofagite eosinofílica, gastrite eosinofílica, gastroenterite eosinofílica, colite eosinofílica), gastrite, diarréia, doença do refluxo gastroesofágico (GORD ou seu sinônimo GERD), doença inflamatória do intestino (IBD) (por exemplo, doença de Crohn, colite ulcerativa, colite colagenosa, colite linfocítica, colite isquêmica, colite de desvio, síndrome de Behçet, colite indeterminada) e síndrome inflamatória do intestino (IBS)), lúpus, morféia, miastenia grave, isquemia miocardíaca, esclerose múltipla, síndrome nefrótica, pênfigo vulgar, anemia perniciosa, úlceras pépticas, polimiosite, cirrose biliar primária, neuroinflamação associada a disfunções do cérebro (por exemplo, doença de Parkinson, doença de Huntington e doença de Alzheimer), prostatite, inflamação
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12/47 crônica associada à lesão por radiação craniana, doença inflamatória pélvica, lesão de reperfusão, enterite regional, febre reumática, lúpus eritematoso sistêmico, escleroderma, esclerodoma, sarcoidose, espondiloartopatias, síndrome de Sjõgren, tireoidite, rejeição de transplante, tendinite, traumatismo ou lesão (por exemplo, úlcera do frio, irritantes químicos, toxinas, cicatrizes, queimaduras, lesões físicas), vasculite, vitiligo e granulomatose de Wegener.
[0035] Em particular, a doença inflamatória pode ser uma doença inflamatória aguda (por exemplo, por exemplo, inflamação resultando de infecção). Em particular, a doença inflamatória pode ser uma doença inflamatória crônica (por exemplo, condições resultando de asma, artrite e doença inflamatória do intestino). Os inibidores de PRMT5 podem ser também úteis no tratamento de inflamação associada a traumatismo e mialgia não inflamatória. Os compostos podem ser também úteis no tratamento de inflamação associada a câncer.
[0036] Exemplos de doenças autoimunes que podem ser tratadas ou prevenidas, em particular tratadas, incluem, mas não estão limitadas a, artrite (incluindo artrite reumatoide, espondiloartopatias, artrite gotosa, doenças articulares degenerativas tais como osteoartrite, lúpus eritematoso sistêmico, síndrome de Sjõgren, espondilite anquilosante, espondilite indiferenciada, doença de Behçet, anemias hemolíticas autoimunes, esclerose lateral amiotrófica, amilose, esclerose múltipla, ombro dolorido agudo, artrite psoriática e juvenil), asma, aterosclerose, osteoporose, bronquite, tendinite, bursite, condição da pele (por exemplo, psoríase, eczema, reações de hipersensibilidade ao eczema, queimaduras, dermatite, prurido (coceira)), enurese, doença eosinofílica, disfunção gastrointestinal (por exemplo, selecionada de úlceras pépticas, enterite regional, diverticulite, sangramento gastrointestinal, disfunções gastrointestinais eosinofílicas (por exemplo, esofagite eosinofílica, gastrite eosinofílica, gastroenterite eosinofílica, colite eosinofílica), gastrite,
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13/47 diarréia, doença do refluxo gastroesofágico (GORD ou seu sinônimo GERD), doença inflamatória do intestino (IBD) (por exemplo, doença de Crohn, oolite ulcerativa, oolite colagenosa, oolite linfocítica, oolite isquêmica, oolite de desvio, síndrome de Behçet, oolite indeterminada) e síndrome inflamatória do intestino (IBS)) e disfunções melhorados por um agente gastroprocinético (por exemplo, íleo, íleo pós-operatório e íleo durante sépsis; doença do refluxo gastroesofágico (GORD ou seu sinônimo GERD); esofagite eosinofílica, gastroparesia tal como gastroparesia diabética; intolerâncias alimentares e alergias alimentares e outras disfunções funcionais do intestino, tais como dispepsia não ulcerativa (DNU) e dor torácica não cardíaca (DTNC, incluindo costocondrite)).
[0037] Em uma modalidade particular, um inibidor de PRMT5 pode ser útil na reprogramação de células somáticas, tal como reprogramação de células somáticas em células-tronco. Em uma modalidade particular, um inibidor de PRMT5 pode ser útil no desenvolvimento de células germinativas e, portanto, é considerado útil nas áreas da tecnologia reprodutiva e medicina regenerativa.
[0038] Outras doenças que podem ser tratadas ou prevenidas, em particular tratadas, incluem, mas não estão limitadas a, infartos do miocárdio associados a lesões isquêmicas, doenças imunológicas, acidente vascular cerebral, arritmia, doenças hepáticas induzidas por toxinas ou relacionadas com álcool, rinossinusite sensível à aspirina, fibrose cística, dor de câncer e doenças hematológicas, por exemplo anemia crônica e anemia aplásica.
[0039] A presente invenção compreende assim um método de identificação de um paciente que é provável que seja responsive a tratamento com um inibidor de proteína arginina N-metiltransferase 5 (PRMT5) compreendendo avaliação de uma amostra biológica do paciente quanto à presença de qualquer uma das seguintes:
• uma mutação ativante de PIC3CA,
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14/47 • uma alteração de spliceossoma, • uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou • uma alteração da via de WNT em que a presença de qualquer referida mutação ou alteração indica uma probabilidade mais elevada de o referido paciente ser responsive a tratamento com o referido inibidor de PRMT5 do que na ausência de qualquer referida mutação ou alteração.
[0040] Em uma modalidade preferencial, a alteração de spliceossoma compreende uma mutação em um gene selecionado do grupo consistindo em U2AF1, RBM10 e KIAA1429. Em uma modalidade específica, o gene é U2AF1 e a mutação é S34F. Em outra modalidade específica, o gene é RBM10 e a mutação é selecionada do grupo consistindo em I696fs, I348N, G840fs. Ainda em outra modalidade específica, o gene é KIAA1429 e a mutação é selecionada do grupo consistindo em L837V, F1260L, D251 if, T1333M, V1548L, G397A e Q962E. Outras alterações de spliceossoma podem também indicar uma probabilidade mais elevada de o paciente ser responsive a tratamento com um inibidor de PRMT5.
[0041] Em outra modalidade, a mutação ativante de PIC3CA é selecionada do grupo consistindo em H1047R, PG106-R108del, T1025A e E542K. No entanto, outra mutação ativante pode também indicar uma probabilidade mais elevada de o paciente ser responsive a tratamento com um inibidor de PRMT5.
[0042] Em outra modalidade, a amplificação da via de ciclina D1 é uma amplificação da expressão de Ciclina D1, CDK4 ou CDK6. No entanto, outras amplificações da via de ciclina D1 podem também indicar uma probabilidade mais elevada de o paciente ser responsive a tratamento com um inibidor de PRMT5.
[0043] Em outra modalidade, a alteração de sinalização de WNT
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15/47 compreende sinalização autócrina de WNT. Preferencialmente, a alteração da via de WNT compreende uma mutação em um gene APC ou CTNNB1. Em uma modalidade específica, o gene é APC e a mutação é selecionada do grupo consistindo em R213Q, R2673G, I1177M e D2796G. Em outra modalidade específica, o gene é CTNNB1 e a mutação é selecionada do grupo consistindo em Y670*, S45F e T41A. No entanto, outras alterações da via de WNT podem também indicar uma probabilidade mais elevada de o paciente ser responsive a tratamento com um inibidor de PRMT5.
[0044] Em uma modalidade particular, a mutação ou alteração de acordo com a invenção compreende uma alteração de spliceossoma e o paciente tem NSCLC.
[0045] Em outra modalidade particular, a mutação ou alteração de acordo com a invenção compreende uma amplificação da via de ciclina D1 ou uma alteração da via de WNT e o paciente tem NSCLC.
[0046] Em outra modalidade particular, a mutação ou alteração de acordo com a invenção compreende uma mutação ativante de PIC3CA e o paciente tem NSCLC.
[0047] Em uma modalidade preferencial da invenção, o inibidor de PRMT5 é o composto 2 ou o composto 80.
[0048] O presente pedido divulga uma ligação de sensibilidade a mutações ativantes de PI3K-alfa em SCLC e em alterações de spliceossoma e sobrerregulação da via de WNT em NSCLC. As amplificações da via de ciclina D1 estão associadas à resposta de inibidor de PRMT5 em NSCLC.
[0049] Estojos e iniciadores para identificação da presença de uma ou mais mutações ou alterações como descrito acima em uma amostra biológica são adicionalmente proporcionados aqui.
[0050] Os métodos, estojos e iniciadores divulgados podem ser en
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16/47 tendidos mais prontamente por referência à seguinte descrição detalhada tomada em conexão com as figuras acompanhantes, que formam uma parte desta descrição. É para ser entendido que os métodos, estojos e iniciadores divulgados não estão limitados aos métodos, estojos e iniciadores específicos descritos e/ou mostrados aqui e que a terminologia usada aqui é para o propósito de descrever modalidades particulares somente a título de exemplo e não se pretende ser limitante dos métodos, estojos e iniciadores reivindicados.
[0051 ] A referência a um valor numérico particular inclui pelo menos esse valor particular, a não ser que o contexto dite claramente de outro modo. Quando uma gama de valores é expressa, outra modalidade inclui a partir do valor particular e/ou até ao outro valor particular. Adicionalmente, a referência a valores apresentados nas gamas inclui cada um dos e todos os valores dentro dessa gama. Todas as gamas são inclusivas e combináveis.
[0052] É para ser apreciado que certas características dos métodos, estojos e iniciadores divulgados que são, para clareza, descritos aqui no contexto de modalidades separadas, podem ser também proporcionadas em combinação em uma única modalidade. Reciprocamente, várias características dos métodos, estojos e iniciadores divulgados que são, para brevidade, descritos no contexto de uma única modalidade, podem ser também proporcionadas separadamente ou em qualquer subcombinação.
[0053] Como usadas aqui, as formas singulares “um”, “uma” e “o/a” incluem o plural.
[0054] Como usado aqui, “tratamento” e termos similares se referem à redução da gravidade e/ou frequência de sintomas de câncer, eliminação de sintomas de câncer e/ou da causa subjacente dos referidos sintomas, redução da frequência ou probabilidade de sintomas de
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17/47 câncer e/ou sua causa subjacente e melhoria ou remediação de danos causados, diretamente ou indiretamente, por câncer.
[0055] “Amostras biológicas” se referem a qualquer amostra de um paciente no qual células cancerosas podem ser obtidas e RNA pode ser isolado. Amostras biológicas adequadas incluem, mas não estão limitadas a, sangue, fluido linfático, medula óssea, uma amostra de tumor sólido ou qualquer sua combinação.
[0056] Como usada aqui, “pré-amplificação” se refere a um procedimento de PCR que é realizado antes do passo de amplificação de modo a aumentar a quantidade de cDNA modelo para o passo de amplificação. Um passo de pré-amplificação pode ser realizado, por exemplo, usando a TaqMan® PreAmp Master Mix (produto da Life Technologies/Applied Biosystems® # 4391128).
[0057] Como usados aqui, “amplificação”, “amplificar” e termos similares se referem à geração de numerosas cópias idênticas de uma amostra de ácido nucleico. Técnicas adequadas para amplificação de uma amostra de ácido nucleico incluem, mas não estão limitadas a, reação em cadeia da polimerase (PCR) e reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR). Em algumas modalidades, o passo de amplificação compreende RT-PCR.
[0058] “Sequenciamento de próxima geração” ou “NGS” se refere a qualquer método de sequenciamento que determina a sequência de nucleotídeos de moléculas de ácido nucleico individuais (por exemplo, em sequenciamento de moléculas únicas) ou substitutos clonalmente próximos para moléculas de ácido nucleico individuais de um modo paralelo de elevada produtividade (por exemplo, mais do que 103, 104, 105 ou mais moléculas podem ser sequenciadas simultaneamente). Técnicas de sequenciamento de próxima geração exemplificativas incluem sequenciamento por síntese, sequenciamento por ligação e sequenciamento por hibridação. Métodos de sequenciamento de próxima geração
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18/47 exemplificativos incluem Sequenciamento de Assinatura Massivamente em Paralelo (Lynx Therapeutics); pirossequenciamento 454 (454 Life Sciences/Roche Diagnostics); sequenciamento com terminador de corante reversível, em fase sólida (Solexa/lllumina); tecnologia SOLiD (Applied Biosystems); Sequenciamento semicondutor Ion (Ion Torrent); e sequenciamento de nanobolas de DNA (Complete Genomics). Descrições de certas plataformas de NGS podem ser encontradas no que se segue: Shendure, et al., “Next-generation DNA sequencing”, Nature, 2008, vol. 26, No. 10, 1135-1145;
Plataformas de NGS [0059] Em algumas modalidades, o sequenciamento massivamente em paralelo de elevada produtividade emprega sequenciamento-porsintese com terminadores de corante reversíveis. Em outras modalidades, o sequenciamento é realizado através de sequenciamento-por-ligação. Ainda em outras modalidades, o sequenciamento é sequenciamento de moléculas únicas. Exemplos de técnicas de Sequenciamento de Próxima Geração incluem, mas não estão limitados a, pirossequenciamento, Sequenciamento com terminador corante reversível, sequenciamento SOLiD, sequenciamento semicondutor lon, sequenciamento de moléculas únicas Helioscope, etc.
[0060] O sistema de sequenciamento de amplicons Ion Torrent™ (Life Technologies, Carlsbad, CA) emprega uma abordagem à base de fluxo que detecta mudanças de pH causadas pela liberação de íons de hidrogênio durante incorporação de nucleotídeos não modificados na replicação de DNA. Para uso com este sistema, uma biblioteca de sequenciamento é inicialmente produzida por geração de fragmentos de DNA flanqueados por adaptadores de sequenciamento. Em algumas modalidades, estes fragmentos podem ser clonalmente amplificados em partículas por PCR por emulsão. As partículas com o molde amplificado são depois colocadas em um chip de sequenciamento semicondutor de
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19/47 silício. Durante replicação, o chip é inundado com um nucleotídeo após o outro e, se um nucleotídeo complementar a molécula de DNA em um micropoço particular do chip, então será incorporado. Um próton é naturalmente libertado quando um nucleotídeo é incorporado pela polimerase na molécula de DNA, resultando em uma mudança local detectável de pH. O pH da solução muda depois nesse poço e é detectado pelo sensor de íons. Se repetições de homopolímero estiverem presentes na sequência molde, múltiplos nucleotídeos serão incorporados em um único ciclo. Isto leva a um número correspondente de hidrogênios liberados e um sinal eletrônico proporcionalmente mais elevado.
[0061] O sistema de sequenciamento 454TM GS FLX™ (Roche, Alemanha) emprega uma metodologia de detecção à base de luz em um sistema de pirossequenciamento em paralelo em larga escala. O pirossesequenciamento usa polimerização de DNA, adicionando uma espécie de nucleotídeo em um momento e detectando e quantificando o número de nucleotídeos adicionados a uma dada localização através da luz emitida pela liberação de pirofosfatos anexados. Para uso com o sistema 454™, fragmentos de DNA ligados a adaptadores são fixados a pequenas esférulas de captura de DNA em uma emulsão água-emóleo e amplificados por PGR (PCR por emulsão). Cada esférula ligada a DNA é colocada em um poço em uma placa de picotitulação e reagentes de sequenciamento são distribuídos ao longo dos poços da placa. Os quatro nucleotídeos de DNA são adicionados sequencialmente em uma ordem fixa ao longo do dispositivo de placa de picotitulação durante uma operação de sequenciamento. Durante o fluxo de nucleotídeos, milhões de cópias de DNA ligado a cada uma das esférulas são sequenciadas em paralelo. Quando um nucleotídeo complementar à fita molde é adicionado a um poço, o nucleotídeo é incorporado na fita de DNA existente, gerando um sinal de luz que é registrado por uma câmera CCD no instrumento.
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20/47 [0062] Tecnologia de sequenciamento à base de terminadores de corante reversíveis: moléculas de DNA são em primeiro lugar anexadas a iniciadores em uma lâmina e amplificadas tal que sejam formadas colônias clonais locais. Quatro tipos de bases de terminadores reversíveis (bases RT) são adicionados, e os nucleotídeos não incorporados são separados por lavagem. Ao contrário do pirossequenciamento, o DNA pode ser só prolongado um nucleotídeo de cada vez. Uma câmera tira imagens dos nucleotídeos fluorescentemente etiquetados, depois o corante em conjunto com o bloqueador 3' terminal são quimicamente removidos do DNA, permitindo o próximo ciclo.
[0063] O sequenciamento de moléculas únicas da Helicos usa fragmentos de DNA com adaptadores de cauda de poliA adicionados, que estão anexados à superfície de células de fluxo. Em cada ciclo, DNA polimerase e uma única espécie de nucleotídeo fluorescentemente etiquetado são adicionadas, resultando em prolongamento dependente do molde dos dúplexes iniciador-molde imobilizados na superfície. As leituras são realizadas pelo sequenciador Helioscope. Após aquisição de imagens preenchendo a matriz total, a divagem química e liberação da etiqueta fluorescente permitem o ciclo subsequente de prolongamento e visualização.
[0064] O sequenciamento por síntese (SBS), como o sequenciamento eletroforético de terminação de corante de “estilo antigo”, se baseia na incorporação de nucleotídeos por uma DNA polimerase para se determinar a sequência de base. Uma biblioteca de DNA com adaptadores afixados é desnaturada em fitas únicas e enxertada para uma célula de fluxo, seguida por amplificação em ponte para formar uma matriz de elevada densidade de pontos em um chip de vidro. Os métodos de terminadores reversíveis usam versões reversíveis de terminadores de corante, adicionando um nucleotídeo de cada vez, detectando a fluorescência em cada posição por remoção repetida do grupo bloqueante para
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21/47 permitir polimerização de outro nucleotídeo. O sinal de incorporação de nucleotídeos pode variar com nucleotídeos fluorescentemente etiquetados, reações de luz dirigidas por fosfato e detecção de íons de hidrogênio tendo sido todos usados. Exemplos de plataformas de SBS incluem Illumina GA e HiSeq 2000. O sistema de sequenciamento pessoal MiSeq® (Illumina, Inc.) emprega também sequenciamento por síntese com química terminadora reversível.
[0065] Em contraste ao método de sequenciamento por síntese, o método de sequenciamento por ligação usa uma DNA ligase para determinar a sequência alvo. Este método de sequenciamento se baseia na ligação enzimática de oligonucleotídeos que estão adjacentes através de complementaridade local em uma fita de DNA molde. Esta tecnologia emprega uma divisão de todos os possíveis oligonucleotídeos de um comprimento fixo, etiquetados de acordo com a posição sequenciada. Os oligonucleotídeos são emparelhados e ligados e a ligação preferencial por DNA ligase para sequências correspondentes resulta em um sinal de espaço colorido codificado por dinucleotídeos em essa posição (através da liberação de uma sonda fluorescentemente etiquetada que corresponde a um nucleotídeo conhecido em uma posição conhecida ao longo do oligo). Este método é principalmente usado por sequenciadores SOLiD™ da Life Technologies. Antes do sequenciamento, o DNA é amplificado por PCR por emulsão. As esférulas resultantes, contendo cada uma somente cópias da mesma molécula de DNA, são depositadas em um substrato planar sólido.
[0066] O sequenciamento SMRT™ é baseado no sequenciamento por abordagem de síntese. O DNA é sintetizado em recipientes tipo poço pequeno de guias-ondas (ZMW) em modo zero com as ferramentas de captura localizadas no fundo do poço. O sequenciamento é realizado com uso de polimerase não modificada (anexada ao fundo de ZMW) e nucleotídeos fluorescentemente etiquetados fluindo livremente
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22/47 na solução. Os poços são interpretados de um modo que somente a fluorescência ocorrendo no fundo do poço é detectada. A etiquetada fluorescente é desanexada do nucleotídeo na sua incorporação na fita de DNA, deixando uma fita de DNA não modificada.
Iniciadores para amplificação de mutantes [0067] Um perito na técnica sabe que a amplificação de ácido nucleico requer iniciadores que são complementares, e se ligam a, uma região 5' e 3' da fita de ácido nucleico que flanqueia a região que se procura amplificar. Como usado aqui, “par de iniciadores” se refere aos iniciadores diretos e reversos usados em um passo de amplificação.
[0068] O perito na técnica consegue identificar iniciadores adequados para amplificação e detecção de mutações particulares como descrito acima, usando métodos conhecidos.
Genômica e análise [0069] Genômica funcional e análise da transcrição podem ser usadas para análise da amplificação de vias e genes, usando técnicas e protocolos padrão.
Inibidores de PRMT5 para uso nos métodos divulgados [0070] Inibidores de PRMT5 adequados para uso nos métodos divulgados são proporcionados aqui. Em algumas modalidades, se uma ou mais mutações ou amplificações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT estiverem presentes na amostra, o paciente pode ser tratado com um inibidor de PRMT5 divulgado em PCT/EP2016/070097 (incorporada aqui por referência), incluindo qualquer sua forma tautomérica ou estereoquimicamente isomérica e um seu A/-óxido, um seu sal farmaceuticamente aceitável ou um seu solvato (grupos R adequados são também divulgados em PCT/EP2016/070097). Em alguns aspectos, por exemplo, o paciente
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23/47 pode ser tratado com o composto 2 ou o composto 80, incluindo qualquer sua forma tautomérica ou estereoquimicamente isomérica e um seu N-óxido, um seu sal farmaceuticamente aceitável ou um seu solvato. Em alguns aspectos, o sal farmaceuticamente aceitável é um sal de HCI.
[0071] Em algumas modalidades, o paciente pode ser tratado com um inibidor de PRMT5 se uma ou mais mutações ou amplificações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT estiverem presentes na amostra, em que o inibidor de PRMT5 é um anticorpo anti-PRMT5.
[0072] Os sais podem ser sintetizados a partir de um composto original que contém uma fração básica ou ácida por métodos químicos convencionais tais como métodos descritos em Pharmaceutical Salts: Properties, Selection, and Use, P. Heinrich Stahl (Editor), Camille G. Wermuth (Editor), ISBN: 3-90639-026-8, Capa Dura, 388 páginas, August 2002, que é incorporado aqui por referência. Geralmente, tais sais podem ser preparados por reação das formas ácidas ou básicas livres destes compostos com a base ou ácido apropriado em água ou em um solvente orgânico ou em uma mistura dos dois; geralmente são usados meios não aquosos tais como éter, acetato de etila, etanol, isopropanol ou acetonitrila. Os inibidores de PRMT5 para uso nos métodos divulgados podem existir como mono- ou di-sais dependendo do pKa do ácido a partir do qual o sal é formado.
[0073] Os sais de adição de ácidos podem ser formados com uma ampla variedade de ácidos, tanto inorgânicos como orgânicos. Exemplos de sais de adição de ácidos incluem sais formados com um ácido incluindo, mas não se limitando a, ácidos acético, 2,2-dicloroacético, adípico, algínico, ascórbico (por exemplo, L-ascórbico), L-aspártico,
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24/47 benzenossulfônico, benzoico, 4-acetamidobenzoico, butanoico, (+)-canfórico, canfor-sulfônico, (+)-(1 S)-canfor-10-sulfônico, cáprico, caproico, caprílico, cinâmico, cítrico, ciclâmico, dodecilsulfúrico, etano-1,2-dissulfônico, etanossulfônico, 2-hidroxietanossulfônico, fórmico, fumárico, galactárico, gentísico, gluco-heptônico, D-glucônico, glucurônico (por exemplo, D-glucurônico), glutâmico (por exemplo, L-glutâmico), a-oxoglutárico, glicólico, hipúrico, bromídrico, clorídrico, iodrídico, isetiônico, láctico (p.gx., (+)-L-láctico, (±)-DL-láctico), lactobiônico, maleico, málico, (-)-L-málico, malônico, (±)-DL-mandélico, metanossulfônico, naftalenossulfônico (por exemplo, naftaleno-2-sulfônico), naftaleno-1,5-dissulfônico, 1-hidróxi-2-naftoico, nicotínico, nítrico, oleico, orótico, oxálico, palmítico, pamoico, fosfórico, propiônico, L-piroglutâmico, pirúvico, salicílico, 4-amino-salicílico, sebácico, esteárico, succínico, sulfúrico, tânico, (+)-L-tartárico, tiociânico, toluenossulfônico (por exemplo, p-toluenossulfônico), undecilênico e valérico, bem como aminoácidos acilados e resinas de permuta catiônica.
[0074] Um grupo particular de sais consiste em sais formados a partir de ácidos acético, clorídrico, iodrídico, fosfórico, nítrico, sulfúrico, cítrico, láctico, succínico, maleico, málico, isetiônico, fumárico, benzenossulfônico, toluenossulfônico, metanossulfônico (mesilato), etanossulfônico, naftalenossulfônico, valérico, acético, propanoico, butanoico, malônico, glucurônico e lactobiônico. Outro grupo de sais de adição de ácidos inclui sais formados a partir de ácidos acético, adípico, ascórbico, aspártico, cítrico, DL-Láctico, fumárico, glucônico, glucurônico, hipúrico, clorídrico, glutâmico, DL-málico, metanossulfônico, sebácico, esteárico, succínico e tartárico.
[0075] Se o composto for aniônico, ou tiver um grupo funcional que possa ser aniônico (por exemplo, -COOH pode ser -COO ), então, um sal pode ser formado com um cátion adequado. Exemplos de cátions
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25/47 inorgânicos adequados incluem, mas não estão limitados a, íons de metais alcalinos tais como Na+ e K+, cátions de metais alcalinoterrosos tais como Ca2+ e Mg2+ e outros cátions tais como Al3+. Exemplos de cátions orgânicos adequados incluem, mas não estão limitados a, íon de amônio (isto é, NH4+) e íons de amônio substituídos (por exemplo, NHsR+, NH2R2+, nhr3+, nr4+).
[0076] Exemplos de alguns íons de amônio substituídos adequados são aqueles derivados de: etilamina, dietilamina, diciclo-hexilamina, trietilamina, butilamina, etilenodiamina, etanolamina, dietanolamina, piperazina, benzilamina, fenilbenzilamina, colina, meglumina, e trometamina, bem como aminoácidos, tais como lisina e arginina. Um exemplo de um íon de amônio quaternário comum é N(CH3)4 +.
[0077] Onde os compostos contêm uma função de amina, estes podem formar sais de amônio quaternário, por exemplo por reação com um agente alquilante de acordo com métodos bem conhecidos do perito. Tais compostos de amônio quaternário estão dentro do escopo dos compostos divulgados. Os compostos contendo uma função de amina podem também formar N-óxidos. Uma referência aqui a um composto que contém uma função de amina inclui também o N-óxido. Onde um composto contém várias funções de amina, um ou mais do que um átomo de nitrogênio podem ser oxidados para formar um N-óxido. Exemplos particulares de N-óxidos são os N-óxidos de uma amina terciária ou um átomo de nitrogênio de um heterociclo contendo nitrogênio. Os N-óxidos podem ser formados por tratamento da amina correspondente com um agente oxidante tal como peróxido de hidrogênio ou um perácido (por exemplo, um ácido peroxicarboxílico), ver por exemplo Advanced Organic Chemistry, por Jerry March, 4a Edição, Wiley Interscience, páginas. Mais particularmente, os N-óxidos podem ser preparados pelo procedimento de L. W. Deady (Syn. Comm. (1977), 7, 509-514)
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26/47 no qual o composto de amina é reagido com ácido m-cloroperoxibenzoico (MCPBA), por exemplo, em um solvente inerte tal como diclorometano.
[0078] Como usado aqui, o termo “solvato” significa uma associação física do composto a uma ou mais moléculas de solvente. Esta associação física envolve graus variáveis de ligação iônica e covalente, incluindo ligação de hidrogênio. Em certos casos, o solvato será capaz de isolamento, por exemplo quando uma ou mais moléculas de solvente são incorporadas na estrutura de cristal do sólido cristalino. O termo “solvato” se destina a englobar solvatos tanto em fase de solução como isoláveis. Exemplos não limitantes de solvatos adequados incluem compostos divulgados em combinação com água, isopropanol, etanol, metanol, DMSO, acetato de etila, ácido acético ou etanolamina e similares. O composto pode exercer seus efeitos biológicos enquanto em solução. [0079] Os solvatos são bem conhecidos na química farmacêutica. Eles podem ser importantes para os processos para a preparação de uma substância (por exemplo, em relação à sua purificação), o armazenamento da substância (por exemplo, sua estabilidade) e a facilidade de manuseamento da substância e são frequentemente formados como parte das etapas de isolamento ou purificação de uma síntese química. Um perito na técnica pode determinar por meio de técnicas padrão e há muito usadas se um hidrato ou outro solvato se formou pelas condições de isolamento ou condições de purificação usadas para preparar um dado composto. Exemplos de tais técnicas incluem análise termogravimétrica (TGA), calorimetria diferencial de varrimento (DSC), cristalografia de raios X (por exemplo, cristalografia de raios X de cristal único ou difração de raios X em pó) e RMN em Estado Sólido (SS-RMN, também conhecida como RMN com Rotação em torno do Ângulo Mágico ou MAS-RMN). Tais técnicas são tanto parte do estojo de ferramentas ana
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27/47 lítico padrão do químico perito como RMN, IR, HPLC e MS. Alternativamente, o perito pode deliberadamente formar um solvato usando condições de cristalização que incluem uma quantidade do solvente requerida para o solvato particular. Subsequentemente, os métodos padrão descritos acima podem ser usados para estabelecer se se haviam formado solvatos. Estão também englobados quaisquer complexos (por exemplo, complexos de inclusão ou clatratos com compostos tais como ciclodextrinas, ou complexos com metais) do inibidor de PRMT5.
[0080] Além do mais, o composto pode ter uma ou mais formas polimorfas (cristalinas) ou amorfas.
[0081] Os compostos incluem compostos com uma ou mais substituições isotópicas, e uma referência a um elemento particular inclui dentro do seu escopo todos os isótopos do elemento. Por exemplo, uma referência a hidrogênio inclui dentro do seu escopo 1H, 2H (D) e 3H (T). Similarmente, as referências a carbono e oxigênio incluem dentro do seu escopo respectivamente 12C, 13C e 14C e 16O e 18O. Os isótopos podem ser radioativos ou não radioativos. Em uma modalidade, os compostos não contêm nenhuns isótopos radioativos. Tais compostos são preferenciais para uso terapêutico. Em outra modalidade, no entanto, o composto pode conter um ou mais radioisótopos. Os compostos contendo tais radioisótopos podem ser úteis em um contexto de diagnóstico.
[0082] Em algumas modalidades, o paciente é tratado com um inibidor de PRMT5 se um ou mais mutantes de U2AF1 estiverem presentes na amostra, em que o inibidor de PRMT5 é o composto 2 ou o composto 80 ou um seu sal ou solvato farmaceuticamente aceitável.
Métodos de tratamento de câncer em um paciente [0083] São divulgados aqui métodos de tratamento de câncer em um paciente compreendendo: avaliação de uma amostra biológica do paciente quanto à presença de uma ou mais mutações ou amplificações
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28/47 incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT; e tratamento do paciente com um inibidor de PRMT5 se uma ou mais mutações ou amplificações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT estiverem presentes na amostra.
[0084] Os métodos divulgados podem ser usados para tratar uma variedade de tipos de câncer incluindo, mas não se limitando a, câncer da bexiga, câncer metastático da bexiga, câncer do ovário, câncer da cabeça e pescoço, câncer esofágico, adenocarcinoma do pulmão de não pequenas células, carcinoma de células escamosas do pulmão de não pequenas células, câncer da próstata, câncer do pulmão, câncer gástrico, carcinoma urotelial, câncer do pulmão de pequenas células, câncer da mama, câncer endometrial, coleagiocarcinoma, glioblastoma, gliomas, carcinoma do cólon, sarcomas, tumores sólidos de origem escamosa e mieloma múltiplo.
[0085] Em algumas modalidades, o passo de avaliação compreende: isolamento de RNA a partir de uma amostra biológica; síntese de cDNA a partir do RNA isolado; pré-amplificação do cDNA; e amplificação do cDNA pré-amplificado com um par de iniciadores que se ligam a e amplificam uma ou mais mutações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT.
[0086] O isolamento de RNA a partir da amostra biológica pode ser realizado por um número de procedimentos conhecidos de um perito na técnica. Em uma modalidade, o RNA pode ser isolado a partir da amostra biológica usando um Estojo AlIPrep DNA/RNA FFPE da Qiagen (produto # 80234)
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29/47 [0087] A síntese de RNA a partir de RNA isolado pode ser realizada por um número de procedimentos conhecidos de um perito na técnica. Em uma modalidade, o cDNA pode ser sintetizado a partir de RNA isolado usando um Estojo High Capacity cDNA Reverse Transcriptase com Inibidor de RNase da ABI (produto # 4374966).
[0088] A pré-amplificação do cDNA pode ser realizada por um número de procedimentos conhecidos de um perito na técnica. Procedimentos de amplificação são bem conhecidos na técnica. Em uma modalidade, o cDNA pode ser pré-amplificado usando uma TaqMan® PreAmp Master Mix (produto da Life Technologies/Applied Biosystems® # 4391128).
[0089] Inibidores de PRMT5 adequados para uso nos métodos de tratamento incluem aqueles previamente descritos aqui.
Métodos de identificação de um paciente com câncer que será responsive a tratamento com um inibidor de proteína arginina N-metiltransferase 5 (PRMT5)
Estojos para identificação da presença de genes mutantes ou alterados [0090] São adicionalmente divulgados estojos para identificação da presença de uma ou mais mutações ou amplificações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT em uma amostra biológica compreendendo: pares de iniciadores tendo as sequências de sua combinação; e instruções para realização de um ensaio para detectar uma ou mais mutações ou amplificações incluindo uma mutação ativante de PIC3CA, uma alteração de spliceossoma, uma amplificação da via de ciclina D1 e/ou uma alteração da via de WNT.
[0091 ] O sumário, bem como a seguinte descrição detalhada, é adicionalmente compreendido quando lido em conjunto com os desenhos anexados. Para o propósito de ilustração dos métodos, estojos e inicia
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30/47 dores divulgados são mostrados nos desenhos modalidades exemplificativas dos métodos, estojos e iniciadores; no entanto, os métodos, estojos e iniciadores não estão limitados às modalidades divulgadas específicas.
DESCRIÇÃO DETALHADA DE MODALIDADES ILUSTRATIVAS [0092] Os inibidores de PRMT5 compostos 2 e 80 como usados nos exemplos são também exemplificados em PCT/EP2016/070097.
[0093] Doravante, o termo “ta“, “t.a.“ ou “TA“ significa temperatura ambiente; “Me“ significa metila; “MeOH“ significa metanol; “Et“ significa etila; “EtOH“ significa etanol; “NaH“ significa hidreto de sódio; “DEAD significa azodicarboxilato de dietila; “HMPT“ significa triamida hexametilfosforosa; “Boc2O“ significa anidrido de terc-butoxicarbonila; “ButONO significa nitrito de terc-butila; “TosOH“ significa ácido 4-metilbenzenossulfônico; “TosCI“ significa cloreto de 4-metilbenzenossulfonila (também cloreto de p-toluenossulfonila); “CMBP“ significa cianometilenotributilfosforano; “DBAD“ significa azodicarboxilato de di-terc-butila; “LAH“ significa hidreto de lítio e alumínio; “NaBH(AcO)s“ ou “NaBH(OAc)s“ significa triacetoxiboro-hidreto de sódio; “EtOAc significa acetato de etila; “TEA ou “EtsN“ significa trietilamina; “DCM“ significa diclorometano; “q.s.“ significa quantum sufficit, “lnt.“ Significa intermediário; “MeCN“ ou “ACN“ significa acetonitrila; “DMF“ significa formamida de N,N-dimetila; “DMA significa Ν,Ν-dimetilacetamida; “DMF-DMA“ significa Acetal de dimetila de Ν,Ν-dimetilformamida; “Pd(dppf)Cl2“ significa [1,1 '-Bis(difenilfosfino)ferroceno]dicloropaládio (II); “THF“ significa tetra-hidrofurano; “C34H28FeP2.Cl2Pd“ significa [1 ,T-bis(difenilfosfino)ferroceno]dicloropaládio (ii); “/-PrOH“ ou “/PrOH“ significa 2-propanol; “LC“ significa cromatografia líquida; “LCMS significa cromatografia Líquida/Espectrometria de massa; “HPLC significa cromatografia líquida de elevado desempenho; “int.“ significa intermediário; “HPLC-prep“ significa cromatografia líquida preparativa de elevado desempenho; “m-CPBA“ significa Ácido
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31/47 mefà-cloroperoxibenzoico; “TFA“ significa ácido trifluoroacético; “p.f.“ significa ponto de fusão; “RP“ significa fase reversa; “min“ significa minuteis); “h“ significa hora(s); “PE“ significa éter de petróleo; “v/v“ significa volume por volume; “Celite®“ significa terra diatomácea; “DMSO“ significa sulfóxido de dimetila; “SFC“ significa Cromatografia com Fluido Supercrítico; “DIPE“ significa éter de di-isopropila; “dppf“ ou “DPPF“ significa 1,1'-Bis(difenilfosfino)ferroceno; “DIPEA“ ou “DIEA“ significa N,Ndi-isopropiletilamina; “PPhs“ significa trifenilfosfina; “EÍ2O“ significa éter de dietila; “Pd/C“ significa paládio em carbono; “Pt/C“ significa platina em carbono; “Pd(OH)2/C“ significa hidróxido de paládio em carbono; “CPME“ significa éter de ciclopentilmetila; “Pd2(dba)s“ significa Tris(dibenzilidenoacetona)dipaládio; “DIAD“ significa azodicarboxilato de diisopropila; “TMSCFs significa trimetil(trifluorometil)silano; “TBAF“ significa fluoreto de tetrabutilamônio; “psi“ significa libra-força por polegada quadrada; “Et4NCI“ significa cloreto de tetraetilamônio; “eq.“ significa equivalente(s); “Pd(OAc)2“ significa acetato de paládio (II); “AcOH“ significa ácido acético; “DMAP“ significa 4-(dimetilamino)piridina; “FBuOK“, “tBuOK“ ou “KOtBu“significa terc-butóxido de potássio; “periodinano de Dess-Martin“ significa 1,1,1-Triacetóxi-1,1 -di-hidro-1,2-benziodoxol3(1H)-ona; “TBDMSCI significa Cloreto de terc-butildimetilsilila; “PPhspolímero ou “PPhs-ροΓ significa ligado a polímero de trifenilfosfina; “PhsPCHsBr significa brometo de metiltrifenilfosfônio; “Bn“ significa benzila; “Bz“ significa benzoíla; “p-TSA“ significa ácido 4-metilbenzenossulfônico; “BFs.Et2O“ significa Complexo de Trifluoreto de Boro-Éter de Etila; “9-BBN“ significa 9-Borabiciclo[3.3.1]nonano; “Pd-118“ significa Dicloro[1 ,T-bis(di-terc-butilfosfino)ferroceno]paládio (II); e “TLC“ significa cromatografia em camada delgada; “TLC-prep“ significa TLC preparativa;
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32/47 [0094] “p-MeCeHkSOsH.hW11 significa hidrato de ácido para-toluenossulfônico; “PMB“ significa para metoxibenzila; “KOAc“ significa acetato de potássio; “PTSA” significa Ácido para-toluenossulfônico; “MTBE“ significa éter de metila e terc-butila; “Rh(acac)(eth)2“ significa Acetilacetonatobis(etileno)ródio (I); “(S)-MonoPhos“significa (S)-N,N-dimetildinafto[2,1-D:1',2'-F][1,3,2]dioxafosfepin-4-amina; “Tf2O“ significa anidrido trifílico; “Mel“ significa iodeto de metila; “Me2NH“ significa dimetilamina; “Me2NH.HCI“ significa ácido clorídrico de dimetilamina; “Me4NCI“ significa cloreto de tetrametilamônio; “MeONa“ significa metóxido de sódio; “Ts“ significa tosila; “MsCI“ significa cloreto de mesila; “DIBAH“ significa Hidreto de di-isobutilalumínio;
[0095] “TBDMS” significa Dimetilsilila de terc-butila; “Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2” significa [1,1 '-bis(difenilfosfino)ferroceno]dicloropaládio (II), complexo com diclorometano; “PPA” significa ácido polifosfórico; “NFEBn” significa benzilamina; “Pd(PPh3)2Cl2” significa Diclorobis(trifenilfosfina)paládio (II).
[0096] Para os intermediários que foram usados em um próximo passo de reação como um intermediário em bruto ou parcialmente purificado, as quantidades em mol estimadas (em alguns casos indicadas por ~) são indicadas nos protocolos de reação descritos abaixo ou, alternativamente, as quantidades em mol teóricas são indicadas. Preparação do intermediário 1 ,--N < vcl \ >-ci w
HO x x HO _ í \ σ ν^ογΝ^···
TosOH, Acetona, 60 °C Ç Jp intermediáxio 1 [0097] A uma mistura de 6-cloro-7-desazapurinabeta-d-ribosídeo (25,0 g, 87,5 mmol) em acetona (330 mL) foram adicionados 2,2-dime
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33/47 toxipropano (18,2 g, 175 mmol) e ácido 4-metilbenzenossulfônico (TosOH) (1,51 g, 8,75 mmol) em uma porção a 25°C sob N2. A mistura foi agitada a 60°C durante 2 horas. A mistura foi resfriada até 25°C. A reação foi extinta por adição de NaHCOs saturado (100 mL) lentamente e depois extraída com acetato de etila (125 mL x 5). A fase orgânica combinada foi lavada com salmoura saturada (120 mL), seca com MgSCri anidro, filtrada e concentrada em vácuo. O resíduo foi purificado por cromatografia em sílica-gel (eluição com gradiente: DCM/Acetato de etila de 1:0 a 2:1) para originar intermediário 1 bruto (38,0 g) como uma goma amarelo-clara.
Preparação do intermediário 59
Br
Figure BR112019017466A2_D0001
ci [0098] Azodicarboxilato de di-isopropila (0,221 mL, 1,125 mmol) foi adicionado gota a gota a uma suspensão agitada do intermediário 1 (0,27 g, 0,80 mmol), 3-bromoquinolin-7-ol (0,18 g, 0,80 mmol) e resina de trifenilfosfina (0,375 g, 3 mmol/g, 1,125 mmol) em THF (8 mL) à temperatura ambiente. Após adição, a mistura reacional foi agitada durante 18 horas. A mistura reacional foi filtrada sobre uma almofada de Dicalite®. O resíduo foi lavado com metanol. Os solventes do filtrado foram evaporados. O resíduo foi usado como tal no próximo passo. Preparação do intermediário 105
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intermediário 59 intermediário 105
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34/47 [0099] O intermediário 59 em bruto (q.s., teoricamente 0,83 mmol) foi dissolvido em Nhh a 7 M em MeOH (20 mL, 7 M, 140 mmol). A solução resultante foi agitada e aquecida a 130°C usando irradiação por micro-ondas durante 2 horas. Os solventes foram evaporados. O resíduo foi dissolvido em diclorometano e purificado sobre uma coluna de S1O2, tipo Grace Reveleris SRC, 12 g, Si 40, em um sistema de purificação Grace Reveleris X2 usando diclorometano e metanol como eluentes em um gradiente começando a partir de DCM a 100% para 20 volumes de coluna até MeOH a 20% e DCM a 80% ao longo de 20 volumes de coluna. As frações contendo 0 produto foram combinadas e os solventes foram evaporados originando 0 intermediário 105 em bruto (175 mg) usado como tal no passo de reação seguinte.
Preparação do Composto 2
Figure BR112019017466A2_D0003
[00100] HCI a 4 M em dioxano (0,7 mL, 2,9 mmol) foi adicionado a uma solução agitada do intermediário 105 (175,1 mg, em bruto, ~ 0,29 mmol) em MeOH (10 mL) à temperatura ambiente. A mistura reacional foi agitada à temperatura ambiente durante 18 horas. A reação foi extinta pela adição de 1,5 mL de uma solução a 7 N de NH3 em MeOH. Os solventes foram evaporados. O resíduo foi dissolvido em DCM. O precipitado foi separado por filtração. O filtrado foi purificado sobre uma coluna de S1O2, tipo Grace Reveleris SRC, 12 g, Si 40, em um sistema de purificação Armen Spot II Ultimate usando DCM e MeOH como eluentes em um gradiente começando a partir de DCM a 100% e terminando com MeOH a 40% e DCM a 60%. As frações contendo 0 produto foram combinadas e os solventes foram evaporados originando 24,5 mg do composto 2.
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Preparação do intermediário 10
HO
À -Cl \ J Í
/. X;N o .0
Passo a)
HO’ \/
HO$ ^OH HC!
EtOλ·--, >~OEt prcpan-2-οί / H20 (7:1)/ ):-X > % N . ,·
Cl—·/ VN 2) HCl a 1 M HO OH
W 50*0,2 h-aS intermediário 9 [00101] A uma mistura de 4,6-dicloro-5-(2,2-dietoxietil)pirimidina (14,0 g, 52,8 mmol) e cloridrato de (1 R,2S,3R,5R)-3-amino-5-(hidroximetil)ciclopentano-1,2-diol (10,7 g, 58,1 mmol) em propan-2-ol/H2O (208 mL, 7:1) foi adicionado EtsN (13,4 g, 132 mmol) em uma porção a 25°C sob N2. A mistura foi agitada a 90°C durante 23 horas. A mistura foi resfriada até 50°C e HCl a 4 M (24 mL, 106 mmol) foi adicionado lentamente. O resíduo foi depois agitado a 50°C durante 2 horas. A mistura reacional foi resfriada até 25°C e NaHCOs(14 g, 100 mmol) foi adicionado lentamente. Acetato de etila (230 mL) foi adicionado, seguido pela adição de uma solução semissaturada de NaHCOs (q.s.). A fase orgânica foi isolada e a fase aquosa foi extraída com acetato de etila (230 mL x 2). A fase orgânica combinada foi seca com MgSCri anidro, filtrada e concentrada em vácuo para originar 0 intermediário 9 como sólido amarelo (17,4 g, rendimento quantitativo em 2 passos). O produto em bruto foi diretamente usado como tal no próximo passo de reação sem purificação adicional.
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Passo b)
...... · ClP >-.< *°v°* ,.^-'X^X/pí
HO \ / 'T N ---—--* H0 V./\,-X
ΓΡ N=-Z TosOH X k N
HO OHO O
X
Intermediário 9 Intermediário 10 [00102] A uma mistura do intermediário 9 (17,4 g, ~ 52,7 mmol) em acetona (250 mL) foram adicionados 2,2-oxiprodimetoxipropano (11,0 g, 105 mmol) e TsOH.HLO (908 mg, 5,27 mmol) em uma porção a 25 °C sob N2. A mistura foi agitada a 60°C durante 2 horas. A mistura foi resfriada até 25°C e a solução foi concentrada em vácuo, extinta por NaHCOs saturado (100 mL) lentamente e depois extraída com acetato de etila (100 mL x 3). A fase orgânica combinada foi lavada com salmoura saturada (100 mL), seca com MgSCri anidro, filtrada e concentrada em vácuo. O resíduo foi purificado por cromatografia flash em sílica-gel (eluição com gradiente: DCM/Acetato de etila de 1/0 a 2/1) para originar 0 intermediário 10 como goma amarelo-clara (15,5 g, rendimento de 89%).
Preparação do intermediário 33 ••n · Ν . ci ν' V~'ci
HO \ Dess^Martin η N ··/’ pj DCM
ô.„/° c .° / \ intexmedzájric I intermediário 33 [00103] A uma mistura do intermediário 1 (2,00 g, teoricamente 6,18 mmol) em DCM (40 mL) foi adicionado periodinano de Dess-Martin (5,24 g, 12,36 mmol) em uma porção a 0°C sob N2. A mistura foi agitada a 0°C durante 3 horas. À mistura foi adicionado Na2S20s (4 g) em NaHCOs saturado (20 mL) e agitada durante 10 min. A fase aquosa foi extraída com DCM (20 mL x 3). A fase orgânica combinada foi lavada com salmoura saturada (20 mL x 2), seca com MgSÜ4 anidro, filtrada e
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37/47 concentrada em vácuo para originar o intermediário 33 (1,80 g, em bruto) como goma amarelo-clara. O produto em bruto foi diretamente usado para o próximo passo de reação sem purificação adicional.
[00104] Os intermediários abaixo foram preparados por um protocolo de reação análogo como foi usado para a preparação do intermediário usando os materiais de partida apropriados (Tabela 7).
Tabela 7
Int. estrutura Material de partida
Figure BR112019017466A2_D0004
Figure BR112019017466A2_D0005
Figure BR112019017466A2_D0006
brometo de metiltrifenilfosfônio (4.87
Preparação do intermediário 38 Método 1 ....
X:.J —— £ h Wokw / x [00105] A uma mistura de
13,62 mmol) em THF (500 mL) foi adicionado FBuOK (11,4 mL, 1 M em THF, 1,27 g, 11,35 mmol) gota a gota a 0°C sob N2. A suspensão foi transformada em amarelo brilhante e agitada a 0°C durante 0,5 h e depois aquecida até 25°C durante 0,5 h. A mistura foi resfriada até -40°C. A solução do intermediário 35 (1,46 g, teoricamente 4,54 mmol) em THF (130,0 mL) foi adicionada gota a gota e depois agitada a -20°C durante 1 h, após isto, a mistura foi aquecida até 25°C durante 2 h. À mistura foi adicionado NH4CI saturado (4 g) e agitada durante 10 min. As camadas foram separadas e a fase aquosa foi extraída com DCM (300 mL x 2). A fase orgânica combinada foi lavada com salmoura saturada (500 mL), seca com MgSCX anidro, filtrada e concentrada em vácuo. O resíduo foi purificado por cromatografia em sílica-gel (ISCO®, 80 g Coluna Flash de
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38/47
Silica SepaFlash®, Eluição com gradiente: De 0 a 15% de Acetato de etila/Éter de petróleo). As frações desejadas foram coletadas e o solvente foi evaporado. O intermediário 38 foi obtido como sólido esbranquiçado (530 mg, rendimento de 36%).
Método 2:
intermediário 38
Figure BR112019017466A2_D0007
tnt:&àti 35 Znterwee£i4rxo 38 [00106] Uma solução do intermediário 35 (10,0 g, teoricamente 31,1 mmol) em THF (100 mL) foi adicionada gota a gota sob N2 ao longo de um período de 30 minutos a uma solução de bis(iodozincio)metano em THF (180 mL, 0,31 M, 55,9 mmol, preparada de acordo com 0 procedimento descrito em Tetrahedron 2002, 58, 8255-8262), a agitação foi continuada até à conversão completa (aproximadamente 2 horas). A mistura reacional foi extinta pela adição lenta de uma solução aquosa saturada de NH4CI, durante a qual foi observada formação de sal. Antes da extração (EtOAc, 2 x 200 mL), os sais foram dissolvidos novamente pela adição de uma solução aquosa de amônia (25%). As fases orgânicas combinadas foram lavadas com uma solução aquosa de bissulfito de sódio e salmoura, secas com MgSO4 anidro, filtradas e concentradas em vácuo. O resíduo foi purificado por cromatografia em sílica-gel (eluente: diclorometano/EtOAc 95/5) para proporcionar 0 intermediário 38 como um sólido esbranquiçado (6,9 g, 66%).
Preparação do intermediário 174
Figure BR112019017466A2_D0008
® -CPBA, DCM
Figure BR112019017466A2_D0009
intermediário 174
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39/47 [00107] 3-Bromo-7-iodo-quinolina (5,99 g, 17,7 mmol) foi dissolvido em diclorometano (60 mL), depois m-CPBA (4,57 g, 26,5 mmol) foi adicionado em porções. A mistura foi agitada à temperatura ambiente durante 4 dias. A mistura foi extinta por uma solução aquosa saturada de Na2S20s (40 mL) e uma solução aquosa saturada de NaHCO3 (pH até
6-7), depois extraída por diclorometano (50 mL x 3). A fase orgânica foi lavada com H2O (50 mL), seca com Na2SÜ4 anidro e evaporada sob pressão reduzida. O resíduo foi purificado por coluna sílica-gel (eluente: éter de petróleo/acetato de etila = 10/1 a 1/1) para originar 0 produto desejado intermediário 174 (1,9 g, rendimento de 14,1%) como um sólido amarelo.
Preparação do intermediário 175 rf poci31 CHCI3 br 'rí80 °c·12 h cr ‘ n ' ' } ò intermediário 174 intermediário 175 [00108] A uma solução do intermediário 174 (2,9 g, 8,29 mmol) em clorofórmio (60 mL) foi adicionado tricloreto de fosforila (8,3 g, 54,1 mmol). A mistura foi agitada a 80°C durante 12 h. A mistura foi evaporada sob pressão reduzida para se obter o produto em bruto. O produto em bruto foi purificado por coluna de cromatografia (eluente: éter de petróleo/acetato de etila = 10/1 a 1/1). As frações desejadas foram coletadas e concentradas para dar o produto intermediário 175 (1,3 g, rendimento de 41,5%) como um sólido branco.
Preparação do intermediário 176
Figure BR112019017466A2_D0010
100 °C intermediário 175 intermediário 176 [00109] 4-Metoxibenzilamina (1,34 g, 9,78 mmol) foi adicionada à mistura do intermediário 175 (0,8 g, ~ 1,95 mmol) em etanol (10 mL). A
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40/47 mistura foi aquecida em um tubo selado a 100°C durante 12 h. A mistura foi evaporada sob vácuo para obter o produto em bruto. Este foi purificado por coluna de cromatografia (gradiente de eluente: acetato de etila/éter de petróleo de 0/1 a 1/10). As frações desejadas foram coletadas e concentradas para dar o produto intermediário 176 (600 g, rendimento de 51,6%) como um óleo. Preparação do intermediário 177 Br 1)9-B8N/THF, refiuxo θΓ·
Ίί Ύ 2) Pd(dppf)CI2. Κ3ΡΟ4, ,....¼
Ν' Ν' :· I ----------------:-------------*Η intermediário 176 [00110] Uma mistura do intermediário 38 (44 mg, 0,138 mmol) em 9BBN (1,3 mL, 0,69 mmol, 0,5 M em THF) foi submetida ao refluxo durante 1 h sob N2. A mistura foi resfriada à temperatura ambiente, depois K3PO4 (87 mg, 0,413 mmol) em H2O (1 mL) foi adicionado, seguido por THF (5 mL), intermediário 176 (122,727 mg, -0,206 mmol) e [1 ,T-bis(difenilfosfino)ferroceno]dicloropaládio (II) (4,48 mg, 0,007 mmol). A mistura reacional foi sujeita ao refluxo durante 3 horas. A mistura foi concentrada. O resíduo foi dissolvido em acetato de etila (40 mL), lavado com água (6 mL) com salmoura (6 mL). A fase orgânica foi seca sobre Na2SO4, filtrada e concentrada para dar a fração 1 do intermediário 177 em bruto (120 mg, rendimento de 71,5%).
[00111] Uma mistura do intermediário 38 (233,7 mg, 0,73 mmol) em 9-BBN (7,31 mL, 3,65 mmol, 0,5 M em THF) foi submetida ao refluxo durante 1 h sob N2. A mistura foi resfriada à temperatura ambiente, depois K3PO4 (87 mg, 0,413 mmol) em H2O (1 mL) foi adicionado, seguido por THF (5 mL), intermediário 176 (478 mg, - 0,80 mmol) e [1,1 '-bis(difenilfosfino)ferroceno]dicloropaládio (II) (23,8 mg, 0,037 mmol). A mistura reacional foi sujeita ao refluxo durante 3 horas. A mistura foi concentrada. O resíduo foi dissolvido em acetato de etila (40 mL), lavado
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41/47 com água (6 mL), salmoura (6 mL). A fase orgânica foi seca sobre Na2SO4, filtrada e concentrada até com fração 2 do intermediário 177 em bruto (600 mg, rendimento de 63,1%). As duas frações foram combinadas e purificadas por coluna de cromatografia (eluente de gradiente: acetato de etila/éter de petróleo de 1/10 a 1/1). As frações desejadas foram coletadas e concentradas para dar o intermediário 177 (300 mg, rendimento de 61,0%) como um sólido.
Preparação do intermediário 178
Figure BR112019017466A2_D0011
intermediário 177 intermediário 178 ' [00112] Uma mistura do intermediário 177 (300 mg, ~ 0,446 mmol) e NH3.H2O (10 mL) em dioxano (10 mL) foi agitada em um tubo selado a 120°C durante 14 h. Esta reação foi evaporada sob vácuo para obter 0 intermediário 178 (250 mg, rendimento de 87,1%) como um óleo.
Preparação do intermediário 179
Figure BR112019017466A2_D0012
intermediário 178 intermediário 179 [00113] A mistura do intermediário 178 (250 mg, ~ 0,388 mmol) em TFA (5 mL) foi agitada a 50°C durante 1 h. A mistura foi evaporada sob vácuo para obter o intermediário 179 (350 mg, rendimento de 63,4%) como um óleo.
Preparação do Composto 80
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42/47 [00114] A mistura do intermediário 179 (350 mg) e K2CO3 (102 mg, 0,74 mmol) em metanol (3 mL) foi agitada a 60°C durante 1 h. A mistura foi filtrada e evaporada sob vácuo para obter 0 produto em bruto. O produto em bruto foi purificado por HPLC-prep (Coluna: Waters Xbridge Prep OBD C18 150 x 30 mm, 5 pm, Condição: gradiente de água (hidróxido de amônia a 0,05% v/v)-ACN). As frações desejadas foram coletadas e 0 solvente foi evaporado para dar 0 Composto 80 (113,3 mg, rendimento de 94,9%) como um sólido branco.
Parte Analítica
RMN [00115] Para um número de composto, os espectros de 1H RMN foram registrados em Bruker DPX-360 operando a 360 MHz, em um Bruker Avance 600 operando a 600 MHz, em um Bruker Avance 400 operando a 400 MHz ou em um espectrofotômetro Varian 400MR operando a 400 MHz. Como solventes foram usados CLOROFÓRMIO-d (clorofórmio deuterado, CDCI3) ou DMSO-cfô (DMSO deuterado, dimetilcfô-sulfóxido). Os desvios químicos (õ) são relatados em partes por milhão (ppm) em relação ao tetrametilsilano (TMS), que foi usado como padrão interno.
Co. 80:1H RMN (600 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1,50- 1,56 (m, 1 H) 1,681,75 (m, 1 H) 1,85- 1,92 (m, 1 H) 1,96 (ddt, J= 13,0, 9,0, 6,5, 6,5 Hz, 1 H) 2,25 (dt, J = 12,7, 7,9 Hz, 1 H) 2,69 - 2,80 (m, 2 H) 3,76 (br t, J = 4,7 Hz, 1 H) 4,21 (dd, J= 7,6, 6,0 Hz, 1 H) 4,57 (br s, 1 H) 4,72 (br s, 1 H) 4,80 (dt, J= 10,5, 7,9 Hz, 1 H) 6,50 (br s, 2 H) 6,59 (d, J= 3,5 Hz, 1 H) 7,07 (br s, 2 H) 7,12 (dd, J = 8,2, 1,6 Hz, 1 H) 7,29 (d, J = 3,6 Hz, 1 H) 7,34 (s, 1 H) 7,58 (d, J= 8,1 Hz, 1 H) 8,07 (s, 1 H) 8,31 (s, 1 H).
PROCEDIMENTOS EXPERIMENTAIS ensaio in vitro (ensaios 1a e 1b)
Reagentes.
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43/47 [00116] A enzima PRMT5-MEP50 foi adquirida a partir de Charles River (Argenta). O complexo de enzima foi produzido em células de insetos (Sf9) infetadas simultaneamente com dois baculovírus. Um vírus expressa PRMT5 humano de comprimento total com marcador de Flag no terminal N, o segundo vírus expressa MEP50 de comprimento total com divagem de His6-TEV no terminal N. A proteína foi purificada por afinidade usando esférulas anti-Flag (M2) eluídas com peptídeo 3xFLAG, seguido por His-Select eluído com imidazol a 0,5 Μ. A proteína eluída foi depois dialisada contra solução salina tamponada com Tris (TBS) (pH 8,0) contendo glicerol a 20% e ditiotreitol (DTT) a 3 mM.
[00117] A histona H2A recombinante humana não marcada de comprimento total (resíduos 1-130, Acesso da Genbank # NM_021052, PM = 14,1 kDa) expressa em E. colito\ adquirida a partir da Reaction Biology Corporation, # de Cat HMT-11-146. Os reagentes usados para preparação do tampão de reação ou paragem da reação foram adquiridos incluindo base Tris (Sigma # de Cat T-1503), NaCI (Sigma # de Cat RGF3270), MgCh (Sigma # de Cat M0250), DTT (Invitrogen # de Cat 15508013) e Ácido Fórmico (Riedel deHaen, # de Cat 33015)
Ensaio com Espectrômetro de Massa de Elevada Produtividade [00118] A PRMT5 catalisa as metilações sequenciais dos átomos de nitrogênio terminais nos grupos guanidina de resíduos de arginina dentro de proteínas usando o cossubstrato S-adenosil-L-metionina (AdoMet, SAM), formando monometila (MMA), arginina dimetil-simétrica (sDMA) e S-adenosil-L-homocisteína (AdoHcy, SAH). A atividade de enzima foi determinada seguindo a formação de produto SAH usando espectrometria de massa de elevada produtividade (Sistema Agilent Rapidfire 300 acoplado a um MS/MS triple-quad Sciex 4000 series QTrap®). O tampão de reação foi Tris-HCI a 20 mM, pH 8,5, NaCI a 50 mM, MgCh a 5 mM e DTT a 1 mM. A atividade de reação foi parada usando ácido fórmico a 1% (concentração final).
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44/47 [00119] Estudos de Inibição. Os Estudos de IC50 foram realizados usando séries de dosagem de onze pontos feitas para cada composto por diluição em série 1:2 em sulfóxido de dimetila (DMSO), com 0 ponto 12 sendo um controle de DMSO. Os compostos foram em primeiro lugar colocados em placas e seguidos por adição de mistura de solução de SAM a 2 μΜ e H2A (histona H2A) a 0,6 μΜ. O mesmo volume de solução de enzima foi adicionado para iniciar as reações enzimáticas. As concentrações finais da reação são SAM a 1 μΜ, H2A a 0,3 μΜ e enzima a 10 nM (ensaio 1a) ou enzima a 1,25 nM (ensaio 1b). A reação foi incubada a 30 °C durante 60 minutos (min) quando foi usada enzima a 10 nM e durante 120 min quando foi usada enzima a 1,25 nM. Subsequentemente, a reação foi extinta por adição de ácido fórmico até uma concentração final de 1%. As inibições da formação de SAH na presença de compostos foram calculadas como uma percentagem do controle em relação à reação não inibida como função da concentração de inibidor. Os dados foram ajustados como se segue:
[00120] Y = Fundo + (Topo - Fundo)/(1 +10Λ((log IC50 -X)*h)) [00121] onde IC50 é a concentração de inibidor (mesma unidade que X) à inibição de 50% e h é 0 declive de Hill. Y é a percentagem de inibição, X é log da concentração de composto. Fundo e Topo são os patamares nas mesmas unidades que Y.
[00122] Os valores de pICso na Tabela 1 abaixo são valores médios (Co. No. significa número do composto).
Co. No. pCI50 Ensaio 1a pCI50 Ensaio 1b
2 8,1 7,6
80 9,9 9,7
Tabela 1
Exemplo 1: As mutações ativantes de PIK3CA estão associadas à sensibilidade ao inibidor de PRMT5 em SCLC·
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45/47 [00123] O perfil de sensibilidade celular do composto 2 foi avaliado na subclassificação de SCLC de um amplo painel de linhagens celulares do pulmão. Surpreendentemente, algumas das linhagens celulares mais sensíveis abrigam diferentes mutações de ganho-de-função no gene PIK3Ca e são mencionadas na Tabela 2. A ativação da via de PI3Ka (mutações de ganho-de-função ou estimulação da via) como uma resposta tumoral na direção do padrão-de-cuidados (cisplatina) ou mesmo na direção de agentes visados como a última geração de inibidores de PARP implica um papel crucial no processo de resistência que podería estar ligado à baixa sobrevivência global de paciente com SCLC pósterapia.
Linhagem celular Mutação de PIK3CA Subtipo de histologia Gho
NCI-H1048 H1047R SCLC 94,62 nM
LU99a T1025A SCLC 128,53 nM
H69V G106_R108del SCLC 85,62 nM
Tabela 2
Exemplo 2: As alterações de spliceossoma estão associadas à sensibilidade ao inibidor de PRMT5 em NSCLC [00124] Se sabe que eventos de splicing específicos de câncer iniciam malignidade e também contribuem para progressão da doença. Até agora, duas proteínas envolvidas no splicing, U2AF1 e RBM10, foram descritas como estando mal reguladas em SCLC.
[00125] U2AF1, um fator de splicing bem caracterizado, abriga uma mutação de ponto quente de ganho-de-função (S34F) em 3-8% de pacientes com NSCLC. Recentemente, a proteína inibidora de RNA RBM10, também crucial para a montagem do spliceossoma, foi classificada como um supressor tumoral que é inativado por mutações de perda-de-função, predominantemente em pacientes com NSCLC (~8%) com um historiai de tabagismo.
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46/47 [00126] As proteínas Sm, cruciais para montagem de spliceossoma, foram descritas como substratos diretos de PRMT5 e, portanto, a função de PRMT5 tem sido ligada à modulação da atividade de spliceossoma. [00127] Uma vez que a mutação de ganho-de-função S34F em U2AF1 foi confirmada como oncogênica, um pequeno painel de todas as linhagens celulares de NSCLC disponíveis comerciais, abrigando a mutação S34F, foi montado para analisar a potencial relação letal sintética entre U2AF1-S34F e a inibição de PRMT5.
[00128] Todas as (três de três) células de NSCLC que abrigam esta mutação de ponto quente são sensíveis em termos de proliferação ao inibidor de PRMT5 composto 2, ver Tabela 3.
Linhagem celular Gene/mutação Subtipo de histologia GI50
NCI-H441 U2AF1-S34F Adenocarcinoma 98,40 nM
LC-2/ad U2AF1-S34F Adenocarcinoma 116,08 nM
HCC78 U2AF1-S34F Adenocarcinoma 107,65 nM
Tabela 3
Exemplo 3: As amplificações da via de ciclina D1 estão associadas à sensibilidade ao inibidor de PRMT5 em NSCLC [00129] A amplificação e/ou expressão aumentada da família de ciclinas G1 foram relatadas em múltiplos cânceres, incluindo NSCLC. Foi observada uma correlação entre PRMT5 e a expressão de moduladores do ciclo celular, incluindo Ciclina D1, CDK4 e CDK6, sugerindo que PRMT5 pode ter um efeito regulador na fase G1. A análise do painel de linhagens celulares do pulmão tratadas com o composto 2 revelou uma associação significativa entre amplificação(ões) de Ciclina D1/CDK4/CDK6 e sensibilidade a PRMT5Í, indicando que as aberrações da via de ciclina podem ser usadas como marcadores para seleção de pacientes. A Tabela 4 mostra que as linhagens celulares de NSCLC abrigando tal(ais) amplicação(ões) de Ciclina D1/CDK4/CDK6 são sensíveis ao tratamento com o composto 2.
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47/47
Linhagem celular Gene amplificado Subtipo de histologia GI50
EPLC272H Ciclina D1 Adenocarcinoma 98,53 nM
NCI-H226 CDK4 Adenocarcinoma 204,52 nM
HLC1 CDK6 Carcinoma de Células Escamosas 96,39 ηΜ
Tabela 4
Exemplo 4: As alterações da via de WNT estão associadas à sensibilidade ao inibidor de PRMT5 [00130] As linhagens celulares abrigando em genes de sinalização de Wnt-chaves, incluindo β-catenina e APC, mostram sensibilidade ao tratamento com PRMT5Í como mostrado na tabela 5.
Linhagem celular Gene/mutação Subtipo de histologia GÍ50
Α427 CTNNB1/T41A Adenocarcinoma 166,52 nM
HCC15 CTNNB1/S45F, Y670* Carcinoma de Células Escamosas 266,07 nM
LK2 APC/W685*, E1020K Carcinoma de Células Escamosas 114,53 nM
Tabela 5
EXEMPLOS [00131] Os peritos na técnica apreciarão que numerosas mudanças e modificações podem ser feitas às modalidades preferenciais da invenção e que tais mudanças e modificações podem ser feitas sem se afastarem do espírito da invenção. É, portanto, pretendido que as reivindicações anexas abranjam todas tais variações equivalentes como residam dentro do verdadeiro espírito e escopo da invenção.
[00132] As descrições de cada patente, pedido de patente e publicação citados ou descritos neste documento são deste modo incorporadas aqui por referência, na sua totalidade.

Claims (7)

  1. REIVINDICAÇÕES
    1. Método de identificação de um paciente que é provável que seja responsive a tratamento com um inibidor de proteína arginina N-metiltransferase 5 (PRMT5) caracterizado pelo fato de que compreende:
    avaliação de uma amostra biológica do paciente quanto à presença de uma alteração de spliceossoma, em que a presença de qualquer referida alteração indica uma probabilidade mais elevada de o referido paciente ser responsive a tratamento com o referido inibidor de PRMT5 do que na ausência de qualquer referida alteração.
  2. 2. Método, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que a alteração de spliceossoma compreende uma mutação em um gene selecionado do grupo consistindo em U2AF1, RBM10 e KIAA1429.
  3. 3. Método, de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que o gene é U2AF1 e a mutação é S34F.
  4. 4. Método, de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que o gene é RBM10 e a mutação é selecionada do grupo consistindo em I696fs, I348N, G840fs.
  5. 5. Método, de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que o gene é KIAA1429 e a mutação é selecionada do grupo consistindo em L837V, F1260L, D251f, T1333M, V1548L, G397A e Q962E.
  6. 6. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caracterizado pelo fato de que a amostra biológica compreende uma alteração de spliceossoma e o paciente tem NSCLC.
  7. 7. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações
    1 a 6, caracterizado pelo fato de que o inibidor de PRMT5 é o composto
    2 ou o composto 80.
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