WO2022114201A1

WO2022114201A1 - アトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法

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Publication number: WO2022114201A1
Application number: PCT/JP2021/043715
Authority: WO
Inventors: 直人高田; 哲矢桑野; 高良井上
Original assignee: 花王株式会社
Priority date: 2020-11-30
Filing date: 2021-11-29
Publication date: 2022-06-02
Also published as: JP2022087075A

Abstract

被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法。該マーカーを用いたアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法。

Description

アトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法

　本発明は、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択する方法、該選択方法で得られたマーカー、及び該マーカーを用いたアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法に関する。

　アトピー性皮膚炎（以下、「ＡＤ」とも称する）は、アトピー素因を有する者に主に発症する湿疹性皮膚疾患である。ＡＤの典型的な症状は、左右対側性に発生する、慢性及び反復性の痒み、皮疹、紅斑等、ならびに角化不全、バリア能低下、乾燥肌などである。ＡＤの多くは乳幼児に発症し、成長と共に軽快傾向を示すが、近年では成人型や難治性のアトピー性皮膚炎も増加している。ＡＤでは、様々な病因が複合的に関わることにより、症状や表現型の多様性が形成され、増悪と軽快を繰り返すことが知られている（非特許文献１）。例えば、外用薬による寛解導入後に保湿を継続しない場合、１４日で約４割のＡＤ患者が、２８日で約６割のＡＤ患者が、症状の再燃を起こすことが報告されている（非特許文献２）。従って、ＡＤを治療するにあたっては、症状や表現型の多様性も含めたＡＤの症度を正しく把握することが必要である。

　従来のＡＤの症度の評価方法としては、医師の肉眼による所見に基づく評価が挙げられる。所見項目としては、乾燥症状、紅斑、鱗屑、丘疹、掻破痕、浮腫、痂疲の付着、小水疱、びらん、痒診結節など様々に存在する。これらをスコア化した指標として、Ｅｃｚｅｍａ　Ａｒｅａ　ａｎｄ　Ｓｅｖｅｒｉｔｙ　Ｉｎｄｅｘ（ＥＡＳＩ）やＳｅｖｅｒｉｔｙ　ＳＣＯＲｉｎｇ　ｏｆ　Ａｔｏｐｉｃ　Ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ（ＳＣＯＲＡＤ）が存在する。また、高性能のカメラやプローブなどの機械を用いて、ＡＤに係る症状についての客観的数値を取得する方法もある。一方、肉眼による所見や触覚を通した自覚に基づく、患者自身によるＡＤの評価も行われており、評価のためのスコア化した指標として、Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　Ｅｃｚｅｍａ　Ｍｅａｓｕｒｅ（ＰＯＥＭ）、Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　ＳＣＯＲＡＤ（ＰＯ－ＳＣＯＲＡＤ）やＶｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ（ＶＡＳ）が存在する。

　近年、所見や自覚に現れる表現型（フェノタイプ）だけでなく、病態生物学的な機序の型（エンドタイプ）を用いてＡＤの病態の評価を行い、最適な治療法選択の一助とすることが提唱されている。つまり、類似する表現型を呈するＡＤ患者同士でも、それらが異なる分子機序によって引き起こされている可能性が存在する。フェノタイプとエンドタイプを合わせてＡＤ患者の病態を細分化することで、個別の患者に適した最適治療につながると考えられつつある。現在、疾患の病態の客観的な理解、又はエンドタイプを考慮した病態の理解には、皮膚生検、血液、角層などに含まれる遺伝子またはその発現産物や、特定の細胞種の存在（これらを総称してバイオマーカーと称することもある）が用いられることが多い。従来、ＡＤの存在の有無や症度を評価するためのバイオマーカーとしては、血液の末梢血好酸球数、血清総ＩｇＥ値、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）値、血清中のＴｈｙｍｕｓ　ａｎｄ　Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ－Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ（ＴＡＲＣ）やＳｑｕａｍｏｕｓ　ｃｅｌｌ　ｃａｒｃｉｎｏｍａ　ａｎｔｉｇｅｎ　２（ＳＣＣＡ２）等が提案されている（非特許文献３、４）。しかしそれらのバイオマーカーについて、同一個人の症度変化に伴って存在量が上下することを示すデータが十分存在するとはいえない。

　近年、生体試料中のＤＮＡやＲＮＡ等の核酸の解析によりヒトの生体内の現在さらには将来の生理状態を調べる技術が開発されている。生体由来の核酸は、血液等の体液、分泌物、組織等から抽出することができる。さらに最近、皮膚表上脂質（ｓｋｉｎ　ｓｕｒｆａｃｅ　ｌｉｐｉｄｓ；ＳＳＬ）に含まれるＲＮＡを生体の解析用の試料として利用可能であることが報告されている（特許文献１）。ＳＳＬからアトピー性皮膚炎のマーカー遺伝子が検出できることも報告されている（特許文献２）。

（特許文献１）国際公開公報第２０１８／００８３１９号
（特許文献２）特開２０２０－０７４７６９号公報
（非特許文献１）加藤ら、日本皮膚科学会誌, 2018, 128:2431-2502
（非特許文献２）Lin et al., Adv Ther, 2017, 34:2601-2611
（非特許文献３）Sugawara et al., Allergy, 2002, 57:180-181
（非特許文献４）Ohta et al., Ann Clin Biochem, 2012, 49:277-284

　本発明は、被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法であって、
１）経時的に隔てられた複数の時期での被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアと、該複数の時期に該被験者から採取した生体試料における、下記表１に示す遺伝子又はその発現産物のいずれか１つの発現レベルに基づいて、下記Ｐ１及びＰ２を算出すること、

　ここで、
　ｎは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料を取得した回数の総数を表し、
　ｋは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料の取得順を表し、
　Ｓ_kは、ｋ回目に測定した該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアを表し、
　Ｅ_kは、ｋ回目に採取した生体試料における該遺伝子又はその発現産物の発現レベルを表す、
２）Ｐ１＝Ｐ２となった場合に、該遺伝子又はその発現産物を、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーとして決定すること、
を含む、方法を提供する。
　また本発明は、被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法であって、
　被験者から採取した生体試料における、前記方法で決定したアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーの発現レベルを測定すること、
　該マーカーの発現レベルの変化に基づいて、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化を検出すること、
を含む、方法を提供する。
　また本発明は、前記検出方法に用いられる、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのキットを提供する。
　また本発明は、下記表１に示す遺伝子又はその発現産物からなる、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーを提供する。
　また本発明は、下記表１に示す遺伝子又はその発現産物の、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーとしての使用、又はアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーの製造における使用を提供する。

発明の詳細な説明

　本明細書中で引用された全ての特許文献、非特許文献、及びその他の刊行物は、その全体が本明細書中において参考として援用される。

　本明細書において、「核酸」又は「ポリヌクレオチド」と云う用語は、ＤＮＡ又はＲＮＡを意味する。ＤＮＡには、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び合成ＤＮＡのいずれもが含まれ、「ＲＮＡ」には、ｔｏｔａｌＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｎｏｎ-ｃｏｄｉｎｇＲＮＡ及び合成のＲＮＡのいずれもが含まれる。

　本明細書において「遺伝子」とは、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡの他、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（正鎖）、当該正鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ（相補鎖）、及びこれらの断片を包含するものであって、ＤＮＡを構成する塩基の配列情報の中に、何らかの生物学的情報が含まれているものを意味する。また、本明細書における「遺伝子」には、特定の塩基配列で表される「遺伝子」だけではなく、その同族体（すなわち、ホモログもしくはオーソログ）、遺伝子多型等の変異体、及び誘導体が包含される。

　本発明において、遺伝子の「発現産物」とは、遺伝子の転写産物及び翻訳産物を包含する概念である。「転写産物」とは、遺伝子（ＤＮＡ）から転写されて生じるＲＮＡであり、「翻訳産物」とは、ＲＮＡに基づき翻訳合成される、遺伝子にコードされたタンパク質を意味する。

　本明細書において、「皮膚表上脂質（ｓｋｉｎ　ｓｕｒｆａｃｅ　ｌｉｐｉｄｓ；ＳＳＬ）」とは、皮膚の表上に存在する脂溶性画分をいい、皮脂と呼ばれることもある。一般に、ＳＳＬは、皮膚にある皮脂腺等の外分泌腺から分泌された分泌物を主に含み、皮膚表面を覆う薄い層の形で皮膚表上に存在している。

　本明細書において、「皮膚」とは、特に限定しない限り、角層、表皮、真皮、毛包、ならびに汗腺、皮脂腺及びその他の腺などの組織を含む領域の総称である。

　本明細書において、「アトピー性皮膚炎（「ＡＤ」とも称する）」とは、増悪・寛解を繰り返す、そう痒のある湿疹を主病原とする疾患を指し、その患者の多くは、アトピー素因を持つとされている。アトピー素因としては、ｉ）家族歴・既往歴（気管支喘息、アレルギー性鼻炎・結膜炎、アトピー性皮膚炎のうちいずれか、あるいは複数の疾患）、又はii）ＩｇＥ抗体を産生し易い素因、が挙げられる。

　本明細書において、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の「症度」とは、ＡＤの存在の有無ではなく、ＡＤの症状の悪さのレベルを指し、かつ軽度、中等度、重度などの大まかな分類だけでなく、より軽微な違いによる分類を含む。ＡＤの「症度」は、例えば、ＡＤ症状を評価する公知の各種評価スコアに基づいて決定することができる。本明細書では、該評価スコアを「アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の症度に係るスコア」と称する。該ＡＤの症度に係るスコアの例としては、ＡＤによる全身の皮疹に係るＥＡＳＩスコア及びＰＯＥＭスコア、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコア、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコア（アトピー性皮膚炎診療ガイドライン，日本皮膚科学会刊行，日皮会誌：１２８（１２），２４３１－２５０２（２０１８））、ならびにＡＤによる顔面部紅斑に係る紅斑インデックス（特開２０１８－２３７５６号公報、及びＤａｗｓｏｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｈｙｓ　Ｍｅｄ　Ｂｉｏｌ，２５，１９８０を参照）が挙げられ、あるいは、これらのスコア及びインデックスから選択されるいずれか２つ以上を総合的に評価して決定されたスコアを用いてもよい。「症度」として、該ＡＤの症度に係るスコア自体をＡＤの症状の悪さのレベルとして用いても良い。

　本明細書において、ＡＤの症度変化の「検出」は、検査、測定、判定又は評価支援などの用語で言い換えることもできる。なお、本明細書におけるＡＤの症度変化の「検出」、「検査」、「測定」、「判定」又は「評価」という用語は、医師によるＡＤの症度変化の診断を含むものではない。

　本発明は、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択する方法、該選択方法で用いられる候補マーカー、及び該選択方法で選択された検出マーカーを用いたアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法を提供することに関する。

　本発明は、アトピー性皮膚炎の症度の変化を検出するための候補マーカーを提供する。該候補マーカーの中から、個々人にとって適切な、アトピー性皮膚炎の症度の変化を検出するためのマーカーを選択することができる。当該マーカーは、個別のアトピー性皮膚炎患者におけるアトピー性皮膚炎の症度の変化（例えば増悪又は軽快）を簡便に、かつ客観的に検出することを可能にする。当該マーカーを用いることで、個別のアトピー性皮膚炎患者の病態の正しい把握、及び個別の患者に適した最適治療を提供することが可能になる。

（１．アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のための候補マーカーの探索）
　ＡＤの症度変化を検出できるバイオマーカーが求められている。ＡＤ患者の症度変化をより精密に検出することができれば、患者の病態の正しい把握、ひいては患者に適した最適治療の提供が可能になる。従来のＡＤの存在の有無や症度を検出するためのマーカーは、主に、集団解析、すなわち異なる症度に属する群（例えば、罹患群と正常群、又は重症群と軽症群）間での対比に基づいて見出されてきた。しかし、これら集団解析で見出された従来のマーカーは、各群内における個人のＡＤの症度の軽微な違いを反映できるものとは限らず、これらの従来のマーカーによるＡＤの症度変化の検出は困難であった。

　本発明者はまず、ＡＤの症度変化の検出のための候補マーカーの探索を試みた。すなわち、被験者のＡＤの症度に係るスコアを経時的に取得し、また該被験者における各種遺伝子の発現レベルを経時的に取得した。次いで、各被験者におけるＡＤの症度に係るスコアの変化と遺伝子の発現レベルの変化との関係を調べた。その結果、個別の被験者のＡＤの症度に係るスコアの経時的変化と一致して発現レベルが変化し、かつそのような発現レベルの挙動が多くの被験者に共通してみられる遺伝子が見出された。これらの遺伝子又はその発現産物を、被験者におけるＡＤの症度変化の検出のための候補マーカーとした。

　具体的には、後述の実施例に示すとおり、候補マーカーの探索において、アトピー性皮膚炎を有する１８名の成人を被験者とした。まず、各被験者のＡＤの症度に係るスコアを２週間ごとに４回取得するとともに、該被験者における遺伝子又はその発現産物として皮膚表上脂質（ＳＳＬ）中のＲＮＡ発現レベルを同様に４回測定し、該指標の経時的変化プロファイル（以下症度に係るスコアの推移パターンともいう）と該ＲＮＡ発現レベルの経時的変化のプロファイル（以下、発現レベルの推移パターンともいう）を取得した。ＡＤの症度に係るスコアとして、ＡＤによる全身の皮疹に係るＥＡＳＩスコア及びＰＯＥＭスコア、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコア、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコア、ならびにＡＤによる顔面部紅斑の紅斑インデックスを用いた。次に、被験者の症度に係るスコアの推移パターンと発現レベルの推移パターンを比較し、発現レベルの推移パターンがＡＤの症度に係るスコアの推移パターンと関係する遺伝子又はその発現産物を探索した。

　ＡＤ症度に係るスコアの推移パターンは、以下の式（１）に従って表すことができる。

　式（１）中、
　ｊは被験者ＩＤを表す。ｊは１以上かつ被験者の総数以下の整数である；
　ｎは、被験者のＡＤの症度に係るスコアを取得した回数の総数を表す；
　ｋは被験者のＡＤの症度に係るスコアの取得順、すなわち、経時的に被験者からＡＤの症度に係るスコアを取得したときに、該に係るスコアが取得された順番を表す。ｋは、１以上かつｎ－１以下の整数である；
　Ｓ_j,kはＩＤがｊの被験者におけるｋ回目に取得したＡＤの症度に係るスコアを表す。

　Ｐ１_jの値は、被験者ＩＤ：ｊの症度に係るスコアの推移パターンを表す。Ｐ１_jの値の桁数は、症度に係るスコアを取得した回数と症度の変化（f(x)＝０又は１）に依存し、Ｐ１_jの値は２^n-1通り存在し得る。例えば被験者のＡＤの症度に係るスコアを４回取得した（ｎ＝４）場合、Ｐ１_jは「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値のいずれかの値となる：ここで、Ｐ１_j＝０は、被験者のＡＤの症度がその取得期間中に一度も前回と比べて増悪しなかったこと（１０² * ０＋１０¹ * ０＋１０⁰* ０）を表し；Ｐ１_j＝１１１は、被験者のＡＤの症度がその取得期間中に前回と比べて増悪し続けたこと（１０² * １＋１０¹ * １＋１０⁰* １）を表す。その他のＰ１_jの値の意味が同様に理解され得る。例えば、Ｐ１_j＝１１は、２回目及び３回目に取得した症度は前回と比べて増悪したが、４回目に取得した症度は前回と比べて増悪しなかったことを表す。

　被験者における遺伝子又はその発現産物の発現レベルの推移パターンは、以下の式（２）に従って表すことができる。

　式（２）中、
　ｉは遺伝子又はその発現産物のＩＤを表す。ｉは１以上、かつ調べた遺伝子又はその発現産物の総数以下の整数である；
　ｊは被験者ＩＤを表す。ｊは１以上かつ被験者の総数以下の整数である；
　ｎは、遺伝子又はその発現産物の発現レベルを取得した回数、言い換えると、該遺伝子又はその発現産物が由来する生体試料を採取した回数の総数を表す；
　ｋは、遺伝子又はその発現産物の発現レベルの取得順、言い換えると、該遺伝子又はその発現産物が由来する生体試料の取得順を表す。ｋは、１以上かつｎ－１以下の整数である；
　Ｅ_i,j,kは、ＩＤ：ｊの被験者からｋ回目に採取した生体試料におけるＩＤ：ｉの該遺伝子又はその発現産物の発現レベルを表す。

　Ｐ２_i,jの値は、ＩＤ：ｊの被験者（又はサンプル）におけるＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物についての発現レベルの推移パターンを表す。Ｐ２_i,jの値の桁数は、発現レベルを取得した回数と発現レベルの変化（f(x)＝０又は１）に依存し、Ｐ２_i,jの値は２^n-1通り存在し得る。例えば被験者の遺伝子又はその発現産物の発現レベルを４回取得した（ｎ＝４）場合、Ｐ２_i,jは「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値のいずれかの値となる：ここで、Ｐ２_i,j＝０は、標的とする遺伝子又はその発現産物の発現レベルがその取得期間中に一度も前回と比べて増加を示さなかったこと（１０² * ０＋１０¹ * ０＋１０⁰* ０）を表し；Ｐ２_i,j＝１１１は、該発現レベルがその取得期間中に前回と比べて増加を示し続けたこと（１０² * １＋１０¹ * １＋１０⁰* １）を表す。その他のＰ２_i,jの値の意味が同様に理解され得る。例えば、Ｐ２_i,j＝１１は、２回目及び３回目に取得した発現レベルは前回と比べて増加したが、４回目に取得した発現レベルは前回と比べて増加を示さなかったことを表す。

　上記式（１）及び式（２）により、ＡＤの症度に係るスコアの推移パターン、及び遺伝子又はその発現産物の発現レベルの推移パターンを、複数の被験者についてまとめて算出することができる。しかし、より簡易的には、個別の被験者のＡＤの症度に係るスコアの推移パターン、及び遺伝子又はその発現産物の発現レベルの推移パターンを、それぞれ下記式（１ａ）及び式（２ａ）に従って求めることができる。

　式（１ａ）におけるｎ、ｋ、及びＳ_kは、ｊを規定しないことを除いて、上記式（１）で定義した通りである。式（２ａ）におけるｉ、ｎ、ｋ、及びＥ_i,kは、ｊを規定しないことを除いて、上記式（２）で定義した通りである。以下の本明細書においては、特に説明しない限り、任意の被験者ｊについてのＰ１_j及びＰ２_i,jは、それぞれＰ１及びＰ２_iとして表される。

　次いで、発現レベルの推移パターンが、ＡＤの症度に係るスコアの推移パターンと関係するか否かを決定する。ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物の発現レベルの推移パターンＰ２_iと、ＡＤの症度に係るスコアの推移パターンＰ１との関係性は、以下の手順で評価することができる。
　まず、帰無仮説Ｈ₀と対立仮説Ｈ₁を次のように定める：
　Ｈ₀：Ｐ２_iが取り得る２^n-1通りの値のうち、各々の値をとる確率はそれぞれ等しく１／２^n-1である；
　Ｈ₁：Ｐ２_iが取り得る２^n-1通りの値のうち、各々の値をとる確率はそれぞれ等しく１／２^n-1ではない、
　帰無仮説が成立する場合、Ｐ２_iは等しい確率で２^n-1通りのそれぞれの値をとり、Ｐ１＝Ｐ２_iとなる確率は１／２^n-1である。例えば、ＡＤの症度に係るスコア及び遺伝子又はその発現産物の発現レベルを４回取得した（ｎ＝４）場合、Ｐ２_iはそれぞれ１／８の確率で「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値をとり、Ｐ１＝Ｐ２_iとなる確率は１／８である。一方、帰無仮説が棄却される場合は対立仮説が採択され、Ｐ１＝Ｐ２_iとなる確率は１／２^n-1ではない。

　次に、被験者全員のうち、ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物においてＰ１＝Ｐ２_iとなった被験者の数をカウントする。得られた数を、ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物についての一致数ｍ_i（ｉは遺伝子又はその発現産物のＩＤを表す）として取得する。ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物において帰無仮説Ｈ₀（Ｐ１＝Ｐ２_iとなる確率は１／２^n-1）が成立すると仮定した場合に被験者全員（総数とＪとする）中ｍ_i人でＰ１＝Ｐ２_iとなる確率ｐ_i（ｉは遺伝子又はその発現産物のＩＤを表す）を、下記式（３）に従って算出する。

　一致数ｍ_iが得られる確率ｐ_iが有意水準より低いと判断された場合、帰無仮説Ｈ₀は棄却され対立仮説Ｈ₁が採択される。これは、ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物の発現レベルの増加及び非増加と、ＡＤの症度の増悪及び非増悪とが統計学的に有意な関係性を有することを示唆する。この場合、ＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物を、被験者のＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補として決定することができる。
　後述する実施例に示すように、被験者数１８名の場合、Ｐ１＝Ｐ２_iとなった被験者数が７名以上であれば、ＡＤの症度に係るスコアの推移パターンとＩＤ：ｉの遺伝子又はその発現産物の発現レベルの推移パターンは有意な関係性を有すると判断する。

　以上の手順で探索された発現レベルの推移パターンがＡＤの症度に係るスコアの推移パターンと有意な関係性を有する遺伝子又はその発現産物は、ＡＤの症度変化の検出のための候補マーカーとして抽出される。したがって、本発明により、ＡＤの症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーが提供される。これらの候補マーカーの中から、個別の被験者のための、ＡＤの症度変化の検出のためのマーカーを選択することができる。

（２．アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のための候補マーカー）
　以上の手順で探索された候補マーカーは、下記表２に示す１２２個の遺伝子及びその発現産物である。なお表２に示す遺伝子の名称（Ｇｅｎｅ　Ｓｙｍｂｏｌ）及びＧｅｎｅ　ＩＤは、ＮＣＢＩ（[www.ncbi.nlm.nih.gov/]）に記載のあるＯｆｆｉｃｉａｌ　Ｓｙｍｂｏｌ及びＧｅｎｅ　ＩＤに従う。これらの遺伝子及びその発現産物は、本願発明により提供される、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーである。

　表２に示される遺伝子は、それ自体又はそれに由来する発現産物がＡＤ症度変化の検出のためのマーカーとして機能する限り、ＮＣＢＩに登録されているヌクレオチド配列からなるものの他、該登録されている配列と実質的に同一の配列からなるものを包含する。ここで、実質的に同一の配列とは、例えば、相同性計算アルゴリズムＮＣＢＩ　ＢＬＡＳＴを用い、期待値＝１０；ギャップを許す；フィルタリング＝ＯＮ；マッチスコア＝１；ミスマッチスコア＝－３の条件にて検索をした場合、当該遺伝子のヌクレオチド配列と９０％以上、好ましくは９５％以上、より好ましくは９８％以上、さらに好ましくは９９％以上の同一性がある配列を意味する。

　前記の候補マーカーのうち、下記表３に示す２０個遺伝子及びその発現産物（以下、表３の候補マーカーともいう）は、ＥＡＳＩスコアの変化と関係する。したがって、表３の候補マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化の検出のためのマーカーの候補であり、例えば、ＥＡＳＩスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補である。より詳細には、表３の候補マーカーは、ＥＡＳＩスコアの増加及び非増加に伴って発現レベルが増加及び非増加の推移を呈する。したがって、表３の候補マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補であり、例えば、ＥＡＳＩスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補である。

　前記の候補マーカーのうち、下記表４に示す６個の遺伝子及びその発現産物（以下、表４の候補マーカーともいう）は、ＰＯＥＭスコアの変化と関係する。したがって、表４の候補マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化の検出のためのマーカーの候補であり、例えば、ＰＯＥＭスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補である。より詳細には、表４の候補マーカーは、ＰＯＥＭスコアの増加及び非増加に伴って発現レベルが増加及び非増加の推移を呈する。したがって、表４の候補マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補であり、例えば、ＰＯＥＭスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補である。

　上記の候補マーカーのうち、下記表５に示２４個の遺伝子及びその発現産物（以下、表５の候補マーカーともいう）は、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコアの変化と関係する。したがって、表５の候補マーカーは、ＡＤによる皮膚の痒みの症度の変化の検出のためのマーカーの候補であり、例えば、皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補である。より詳細には、表５の候補マーカーは、皮膚の痒みのＶＡＳスコアの増加及び非増加に伴って発現レベルが増加及び非増加の推移を呈する。したがって、表５の候補マーカーは、ＡＤによる皮膚の痒みの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補であり、例えば、皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補である。

　上記の候補マーカーのうち、下記表６に示す２６個の遺伝子及びその発現産物（以下、表６の候補マーカーともいう）は、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコアの変化と関係する。したがって、表６の候補マーカーは、ＡＤによる皮膚の乾燥の症度の変化の検出のためのマーカーの候補であり、例えば、皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補である。より詳細には、表６の候補マーカーは、皮膚乾燥のＶＡＳスコアの増加及び非増加に伴って発現レベルが増加及び非増加の推移を呈する。したがって、表６の候補マーカーは、ＡＤによる皮膚の乾燥の症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補であり、例えば、皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補である。

　上記の候補マーカーのうち、下記表７に示す４６個遺伝子及びその発現産物（以下、表７の候補マーカーともいう）は、ＡＤによる顔面部紅斑の紅斑インデックスの変化と関係する。したがって、表７の候補マーカーは、ＡＤによる顔面部紅斑の症度の変化の検出のためのマーカーの候補であり、例えば、顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーの候補である。より詳細には、表７の候補マーカーは、顔面部紅斑の紅斑インデックスの増加及び非増加に伴って発現レベルが増加及び非増加の推移を呈する。したがって、表７の候補マーカーは、ＡＤによる顔面部紅斑の症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補であり、例えば、顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーの候補である。

（３．個別の被験者のための、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーの選択）
　本発明は、上記で探索された候補マーカーから、個別の被験者のために、ＡＤの症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法を提供する。具体的には、ある１人の被験者のＡＤの症度に係るスコアの推移パターンを取得するとともに、該被験者における該候補マーカーの発現レベルの推移パターンを取得する。次いで、発現レベルの推移パターンがＡＤの症度に係るスコアの推移パターンと一致するマーカーを選択する。選択されたマーカーは、該被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカーとして使用することができる。

　本発明による被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法の具体的手順を説明する。
　一実施形態において、本方法は、以下の工程：
１）経時的に隔てられた複数の時期での被験者のＡＤの症度に係るスコアと、該複数の時期に該被験者から採取した生体試料における、いずれか１つの前記候補マーカーの発現レベルに基づいて、下記Ｐ１及びＰ２を算出すること、
２）Ｐ１＝Ｐ２となった場合に、該候補マーカーを、該被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカーとして決定すること、
を含む。Ｐ１及びＰ２は、下記式（１ａ）及び式（２ｂ）で表される。

　式（１ａ）におけるｎ、ｋ、及びＳ_kは、前記定義した通りであり、式（２ｂ）におけるｎ、ｋ、及びＥ_kは、ｉ及びｊを規定しないことを除いて、上記式（２）で定義した通りである。すなわち、ｎは、該被験者の症度に係るスコア及び生体試料を取得した回数の総数を表し；ｋは、該被験者の症度に係るスコア及び生体試料の取得順を表し；Ｓ_kは、ｋ回目に取得した該被験者のＡＤの症度に係るスコアを表し；Ｅ_kは、ｋ回目に採取した生体試料における該候補マーカーの発現レベルを表す。式（１ａ）におけるｎと式（２ｂ）におけるｎは同じ値であり、２以上であればよく、好ましくは３以上、より好ましくは４以上、かつ好ましくは１０以下、より好ましくは８以下であり得る。

　本方法における被験者は、自身用のＡＤの症度変化の検出のためのマーカーを特定することが望まれる者である。その例としては、ＡＤの症度変化の検出を必要とする者又は希望する者、例えば、ＡＤを発症している者などが挙げられる。

　本方法において、被験者のＡＤの症度に係るスコアは、経時的に隔てられた複数の時期に取得される。前記候補マーカーの発現レベルは、経時的に隔てられた複数の時期に該被験者から採取された生体試料から取得される。したがって、取得された発現レベルは、該経時的に隔てられた複数の時期での被験者における該候補マーカーの発現レベルを反映する。

　したがって、一実施形態において本方法は、上記工程１）の前に、以下の工程ａ）及びｂ）をさらに含み得る：
ａ）経時的に隔てられた複数の時期に、被験者のＡＤの症度に係るスコアを取得するとともに、該被験者から生体試料を採取すること、
ｂ）採取された生体試料から、いずれか１つの前記候補マーカーの発現レベルを測定すること。

　本明細書において、複数の時期が「経時的に隔てられている」とは、該複数の時期のうちの１つ１つの時期が、その隣の時期に対して、被験者のＡＤの症度に係るスコアの変化が現れることが期待できる程度に時間的に離れていることを表す。被験者のＡＤの症度に係るスコア、及び生体試料を取得する回数は、複数（２以上）であればよいが、好ましくは３以上であり、より好ましくは４以上である。取得回数の上限は特に限定されない。単に時間及びコストの節約の点から、取得回数は、好ましくは１０以下、より好ましくは８以下であり得る。

　例えば、被験者のＡＤの症度に係るスコア、及び生体試料は、１日以上、好ましくは３日以上、より好ましくは１週間以上、さらに好ましくは１週間以上４週間以下、さらに好ましくは１２日間以上１６日間以下の間隔を空けた複数の時期に取得され得る。あるいは、被験者のＡＤの症度に係るスコア、及び生体試料は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日もしくは１４日ごとに、又は、１週間以上４週間以下に１回の間隔もしくは１２日間以上１６日間以下に１回の間隔で、２回以上、好ましくは３回以上、より好ましくは４回以上、かつ好ましくは１０回以下、より好ましくは８回以下繰り返して取得され得る。

　被験者のＡＤの症度に係るスコアには、ＡＤ症状を検出できる任意のスコアを用いることができ、例えば、ＡＤによる全身の皮疹に係るＥＡＳＩスコア及びＰＯＥＭスコア、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコア、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコア、ＡＤによる顔面部紅斑に係る紅斑インデックス、カメラやプローブなどでの観察に基づく皮膚状態のスコア等から選択される１つ以上、あるいは、これらのスコア及びインデックスから選択されるいずれか２つ以上を総合的に評価して決定されたスコアを使用することができる。好ましくは、ＡＤによる全身の皮疹に係るＥＡＳＩスコア及びＰＯＥＭスコア、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコア、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコア、ＡＤによる顔面部紅斑に係る紅斑インデックスから選択される１つ以上を使用することができる。

　本方法に用いる候補マーカーは、前述した（１．アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のための候補マーカーの探索）において説明した帰無仮説Ｈ₀が棄却されたものである。候補マーカーより選択される任意のものについてＰ１＝Ｐ２が得られた場合、該候補マーカーの発現レベルの増加は、被験者のＡＤの症度の増悪を表し、該候補マーカーの発現レベルの非増加は、被験者のＡＤの症度の非増悪を表しているとみなされ、該候補マーカーを、該被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカー（以下、個人用マーカーともいう）として決定することができる。

　本方法においては、前述した候補マーカーの１つ以上について、それぞれ上記の工程１）及び２）に従って、被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカー（個人用マーカー）として使用できるか否かを決定することができる。その場合、各々の候補マーカーについて上記工程１）及び２）を繰り返し実施してもよく、又は、各々の候補マーカーについての上記工程１）及び２）を並行して実施してもよい。

　本方法に用いる候補マーカーは、被験者のために本方法で選択される個人用マーカーにより検出したいＡＤの症度（言い換えると、本方法に供される被験者で検出したいＡＤの症度）と関係するものであることが好ましい。

　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表３の候補マーカーからなる群より選択されるいずれか１つ又は２つ以上、好ましくは全部であり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化の検出のためのマーカー、例えばＥＡＳＩスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる全身の皮疹の症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えばＥＡＳＩスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。
　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表４の候補マーカーからなる群より選択されるいずれか１つ又は２つ以上、好ましくは全部であり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化の検出のためのマーカー、例えばＰＯＥＭスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる全身の皮疹の症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えばＰＯＥＭスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。
　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表５の候補マーカーからなる群より選択されるいずれか１つ又は２つ以上、好ましくは全部であり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる皮膚の痒みの症度の変化の検出のためのマーカー、例えば皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる皮膚の痒みの症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えば皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。
　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表６の候補マーカーからなる群より選択されるいずれか１つ又は２つ以上、好ましくは全部であり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる皮膚の乾燥の症度の変化の検出のためのマーカー、例えば皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる皮膚の乾燥の症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えば皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。
　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表７の候補マーカーからなる群より選択されるいずれか１つ又は２つ以上、好ましくは全部であり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる顔面部紅斑の症度の変化の検出のためのマーカー、例えば顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる顔面部紅斑の症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えば顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。
　一実施形態において、本方法に用いる候補マーカーは、表２の候補マーカーからなる群より選択される少なくとも１つであり、かつ本方法で選択される個人用マーカーは、ＡＤによる全身の皮疹の症度、皮膚の痒みの症度、皮膚の乾燥の症度、又は顔面部紅斑の症度の変化の検出のためのマーカー、例えばＥＡＳＩスコア、ＰＯＥＭスコア、皮膚の痒みのＶＡＳスコア、皮膚乾燥のＶＡＳスコア、又は顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の変化を検出するためのマーカーであり、より詳細には、ＡＤによる全身の皮疹の症度、皮膚の痒みの症度、皮膚の乾燥の症度、又は顔面部紅斑の症度の増悪及び非増悪を表すマーカー、例えばＥＡＳＩスコア、ＰＯＥＭスコア、皮膚の痒みのＶＡＳスコア、皮膚乾燥のＶＡＳスコア、又は顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の増悪及び非増悪を表すマーカーである。

　候補マーカーである遺伝子又はその発現産物の被験者における発現レベルは、被験者から採取した生体試料、例えば、細胞、組織（生検等）、体液（組織浸出液等の体液、血液、血液から調製された血清、血漿、等）、臓器、皮膚、尿、唾液、汗、角層、皮膚表上脂質（ＳＳＬ）、便、毛髪などから常法に従って測定すればよい。生体試料からの核酸又はタンパク質の調製には、市販のキットを使用することができる。生体試料から調製される核酸の好ましい例としては、ゲノムＤＮＡ等のＤＮＡ、及びｍＲＮＡ等のＲＮＡなどが挙げられる。

　発現レベルが測定される該遺伝子又はその発現産物の数や種類には特に制限はなく、好ましくは、採取した生体試料に含まれる、候補マーカーに該当する遺伝子又はその発現産物の発現レベルが網羅的に測定され得る。

　より好ましくは、発現レベルが測定される該遺伝子又はその発現産物は、被験者のＳＳＬから調製される核酸又はタンパク質、さらに好ましくはＲＮＡである。ＳＳＬが採取される皮膚の部位としては、特に特定されず、頭、顔、首、体幹、手足等の身体の任意の部位の皮膚が挙げられ、皮脂の分泌が多い部位、例えば頭又は顔の皮膚が好ましく、顔の皮膚がより好ましい。また、ＳＳＬが採取される皮膚の部位は、ＡＤが発症している皮疹部であっても、発症していない無疹部であってもいずれでもよいが、好ましくは、皮疹部又は皮疹部近傍の無疹部が好ましい。ここで皮疹部近傍とは、皮疹部に隣接する１０ｃｍ以内の範囲を指す。

　被験者の皮膚からのＳＳＬの採取には、皮膚からのＳＳＬの回収又は除去に用いられているあらゆる手段を採用することができる。好ましくは、後述するＳＳＬ吸収性素材、ＳＳＬ接着性素材、又は皮膚からＳＳＬをこすり落とす器具を使用することができる。ＳＳＬ吸収性素材又はＳＳＬ接着性素材としては、ＳＳＬに親和性を有する素材であれば特に限定されず、例えばポリプロピレン、パルプ等が挙げられる。皮膚からのＳＳＬの採取手順のより詳細な例としては、あぶら取り紙、あぶら取りフィルム等のシート状素材へＳＳＬを吸収させる方法、ガラス板、テープ等へＳＳＬを接着させる方法、スパーテル、スクレイパー等によりＳＳＬをこすり落として回収する方法、などが挙げられる。ＳＳＬの吸着性を向上させるため、脂溶性の高い溶媒を予め含ませたＳＳＬ吸収性素材を用いてもよい。一方、ＳＳＬ吸収性素材は、水溶性の高い溶媒や水分を含んでいるとＳＳＬの吸着が阻害されるため、水溶性の高い溶媒や水分の含有量が少ないことが好ましい。ＳＳＬ吸収性素材は、乾燥した状態で用いることが好ましい。

　採取されたＳＳＬは、直ちに後述の核酸又はタンパク質の抽出工程に用いられてもよく、又は、該核酸又はタンパク質抽出工程に用いるまで保存されてもよい。保存する場合、ＳＳＬは、好ましくは低温条件で保存される。ＳＳＬの保存の温度条件は、０℃以下であればよく、好ましくは－２０±２０℃～－８０±２０℃、より好ましくは－２０±１０℃～－８０±１０℃、さらに好ましくは－２０±２０℃～－４０±２０℃、さらに好ましくは－２０±１０℃～－４０±１０℃、さらに好ましくは－２０±１０℃、さらに好ましくは－２０±５℃である。ＳＳＬの保存の期間は、特に限定されないが、好ましくは１２ヶ月以下、例えば６時間以上１２ヶ月以下、より好ましくは６ヶ月以下、例えば１日間以上６ヶ月以下、さらに好ましくは３ヶ月以下、例えば３日間以上３ヶ月以下である。

　採取したＳＳＬからの核酸又はタンパク質の抽出には、生体試料からの核酸又はタンパク質の抽出又は精製に通常使用される方法を使用することができる。核酸の抽出又は精製方法の例としては、フェノール/クロロホルム法、ＡＧＰＣ（ａｃｉｄ　ｇｕａｎｉｄｉｎｉｕｍ　ｔｈｉｏｃｙａｎａｔｅ－ｐｈｅｎｏｌ－ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ　ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ）法、又はＴＲＩｚｏｌ（登録商標）、ＲＮｅａｓｙ（登録商標）、ＱＩＡｚｏｌ（登録商標）などのカラムを用いた方法、シリカをコーティングした特殊な磁性体粒子を用いる方法、Ｓｏｌｉｄ　Ｐｈａｓｅ　Ｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ　Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ磁性体粒子を用いる方法、ＩＳＯＧＥＮ等の市販のＲＮＡ抽出試薬による抽出、などが挙げられる。タンパク質の抽出又は精製には、ＱＩＡｚｏｌ　Ｌｙｓｉｓ　Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｑｉａｇｅｎ）等の市販のタンパク質抽出試薬を用いることができる。

　核酸又はタンパク質の発現レベルは、当該分野で通常用いられる核酸又はタンパク質の定量法に従って、測定することができる。測定する核酸又はタンパク質の発現レベルは、生体試料中の該核酸又はタンパク質の絶対量に基づく発現レベルであっても、他の標準物質や、全核酸又は全タンパク質の発現レベルに対する相対発現レベルであってもよい。

　例えば、核酸の発現レベルは、当該分野で通常用いられる遺伝子発現解析の手順に従って測定すればよい。遺伝子発現解析の手法の例としては、ＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ハイブリダイゼーション（ＤＮＡチップ、ＤＮＡマイクロアレイ、ドットブロットハイブリダイゼーション、スロットブロットハイブリダイゼーション、ノーザンブロットハイブリダイゼーション等）、シーケンシング、クロマトグラフィーなどの核酸又はその増幅産物を定量する方法が挙げられる。核酸がＲＮＡの場合は、ＲＮＡを逆転写によりｃＤＮＡに変換した後、上記方法で定量することが好ましい。

　タンパク質の発現レベルは、当該分野で通常用いられるタンパク質定量法、例えば免疫測定法（例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫染色等）、蛍光法、電気泳動、プロテインチップ、クロマトグラフィー、質量分析（例えば、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ／ＭＳ）、１－ハイブリッド法（ＰＮＡＳ，１００：１２２７１－１２２７６（２００３））、２－ハイブリッド法（Ｂｉｏｌ　Ｒｅｐｒｏｄ，５８：３０２－３１１（１９９８））などを用いて測定することができる。あるいは、標的の核酸又はタンパク質と相互作用する分子を測定することで、標的の核酸又はタンパク質の発現レベルを測定してもよい。核酸又はタンパク質と相互作用する分子としては、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、多糖、オリゴ糖、単糖、脂質、脂肪酸、及びこれらのリン酸化物、アルキル化物、糖付加物等、及び上記いずれかの複合体が挙げられる。

　好ましくは、ＳＳＬ由来ＲＮＡの発現レベルが測定される。好ましくは、ＳＳＬから抽出したＲＮＡを逆転写によりｃＤＮＡに変換した後、該ｃＤＮＡ又はその増幅産物を上記の手法で定量することで、該ＳＳＬ由来ＲＮＡの発現レベルが測定される。

　ＲＮＡの逆転写には、解析したい特定のＲＮＡを標的としたプライマーを用いてもよいが、より包括的な核酸の保存及び解析のためにはランダムプライマーを用いることが好ましい。該逆転写には、一般的な逆転写酵素又は逆転写試薬キットを使用することができる。好適には、正確性及び効率性の高い逆転写酵素又は逆転写試薬キットが用いられ、その例としては、Ｍ－ＭＬＶ　Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ及びその改変体、あるいは市販の逆転写酵素又は逆転写試薬キット、例えばＰｒｉｍｅＳｃｒｉｐｔ（登録商標）Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅシリーズ（タカラバイオ社）、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅシリーズ（Ｔｈｅｒｍｏ　Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）III Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＶＩＬＯ　ｃＤＮＡ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ｋｉｔ（いずれもＴｈｅｒｍｏ　Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）等が挙げられる。
　該逆転写における伸長反応では、温度を好ましくは４２℃±１℃、より好ましくは４２℃±０．５℃、さらに好ましくは４２℃±０．２５℃に調整し、一方、反応時間を好ましくは６０分間以上、より好ましくは８０～１２０分間に調整することが好ましい。

　ＰＣＲを用いて核酸の発現レベルを測定する場合、必要に応じて生体試料由来のＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した後、プライマーペアを用いて該生体試料由来のＤＮＡを増幅する。ＰＣＲでは、解析したい特定のＤＮＡを標的としたプライマーペアを用いて該特定の１種のＤＮＡのみを増幅してもよいが、複数のプライマーペアを用いて同時に複数の特定のＤＮＡを増幅してもよい。好ましくは、該ＰＣＲはマルチプレックスＰＣＲである。マルチプレックスＰＣＲは、ＰＣＲ反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで、複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法である。マルチプレックスＰＣＲは、市販のキット（例えば、Ｉｏｎ　ＡｍｐｌｉＳｅｑＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ｋｉｔ；ライフテクノロジーズジャパン株式会社等）を用いて実施することができる。

　該ＰＣＲにおけるアニーリング及び伸長反応の温度は、使用するプライマーに依存するため一概には言えないが、上記のマルチプレックスＰＣＲキットを用いる場合、好ましくは６２℃±１℃、より好ましくは６２℃±０．５℃、さらに好ましくは６２℃±０．２５℃である。したがって、該ＰＣＲでは、好ましくはアニーリング及び伸長反応が１ステップで行われる。該アニーリング及び伸長反応のステップの時間は、増幅すべきＤＮＡのサイズ等に依存して調整され得るが、好ましくは１４～１８分間である。該ＰＣＲにおける変性反応の条件は、増幅すべきＤＮＡに依存して調整され得るが、好ましくは９５～９９℃で１０～６０秒間である。上記のような温度及び時間での逆転写及びＰＣＲは、一般的にＰＣＲに使用されるサーマルサイクラーを用いて実行することができる。

　当該ＰＣＲで得られた反応産物の精製は、反応産物のサイズ分離によって行われることが好ましい。サイズ分離により、目的のＰＣＲ反応産物を、ＰＣＲ反応液中に含まれるプライマーやその他の不純物から分離することができる。ＤＮＡのサイズ分離は、例えば、サイズ分離カラムや、サイズ分離チップ、サイズ分離に利用可能な磁気ビーズ等によって行うことができる。サイズ分離に利用可能な磁気ビーズの好ましい例としては、Ａｍｐｕｒｅ　ＸＰ等のＳｏｌｉｄ　Ｐｈａｓｅ　Ｒｅｖｅｒｓｉｂｌｅ　Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ（ＳＰＲＩ）磁性ビーズが挙げられる。

　精製したＰＣＲ反応産物に対して、その後の定量解析を行うために必要なさらなる処理を施してもよい。例えば、ＤＮＡのシーケンシングのために、精製したＰＣＲ反応産物を、適切なバッファー溶液へと調製したり、ＰＣＲ増幅されたＤＮＡに含まれるＰＣＲプライマー領域を切断したり、増幅されたＤＮＡにアダプター配列をさらに付加したりしてもよい。例えば、精製したＰＣＲ反応産物をバッファー溶液へと調製し、増幅ＤＮＡに対してＰＣＲプライマー配列の除去及びアダプターライゲーションを行い、得られた反応産物を、必要に応じて増幅して、定量解析のためのライブラリーを調製することができる。これらの操作は、例えば、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＶＩＬＯ　ｃＤＮＡ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ｋｉｔ（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）に付属している５×ＶＩＬＯ　ＲＴ　Ｒｅａｃｔｉｏｎ　Ｍｉｘ、及びＩｏｎ　ＡｍｐｌｉＳｅｑ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ｋｉｔ（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）に付属している５×Ｉｏｎ　ＡｍｐｌｉＳｅｑ　ＨｉＦｉ　Ｍｉｘ、及びＩｏｎ　ＡｍｐｌｉＳｅｑ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ｃｏｒｅ　Ｐａｎｅｌを用いて、各キット付属のプロトコルに従って行うことができる。

　リアルタイムＰＣＲを用いて核酸の発現レベルを測定する場合、必要に応じて生体試料由来のＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した後、予め放射性同位元素（ＲＩ）、蛍光物質等で標識しておいたプライマーを用いてＰＣＲを行い、産生される標識二本鎖ＤＮＡを検出、定量する。

　ノーザンブロットハイブリダイゼーションを用いて核酸の発現レベルを測定する場合、例えば、常法に従ってメンブレン上に生体試料由来のＲＮＡをトランスファーし、次いでＲＩ、蛍光物質等で標識したプローブＤＮＡを該ＲＮＡにハイブリダイズさせる。形成された標識プローブＤＮＡとＲＮＡとの二重鎖から該標識に由来するシグナルを検出することにより、核酸の発現レベルを測定することができる。

　ＤＮＡマイクロアレイを用いて核酸の発現レベルを測定する場合、例えば、支持体上に標的の核酸に特異的にハイブリダイズする核酸（ｃＤＮＡ又はＤＮＡ）を固定化したマイクロアレイを用いる。生体試料から調製した核酸（ｃＤＮＡ又はｃＲＮＡ）をマイクロアレイ上に結合させ、マイクロアレイ上の標識を検出することによって、生体試料中の核酸の発現レベルを測定することができる。
　前記マイクロアレイに固定化される核酸としては、ストリンジェントな条件下に標的の核酸に特異的（すなわち、実質的に標的の核酸のみに）にハイブリダイズする核酸であればよく、標的の核酸の全配列を有する核酸であっても、部分配列からなる核酸であってもよい。該「部分配列」としては、少なくとも１５～２５塩基からなる核酸が挙げられる。ここでストリンジェントな条件としては、通常「１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、３７℃」程度の洗浄条件、好ましくは「０．５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、４２℃」程度の条件、さらに好ましくは「０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃」程度の条件を挙げることができる。ストリンジェントなハイブリダイズ条件は、例えばＪ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ　Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ（２００１）に記載されている。

　シーケンシングを用いて標的の核酸の発現レベルを測定する場合、好ましくは次世代シーケンサー（例えばＩｏｎ　Ｓ５／ＸＬシステム、ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いることができる。シーケンシングで作成されたリードの数（リードカウント）に基づいて、ＤＮＡ又はＲＮＡの発現レベルを測定することができる。

　シーケンシングにより複数の核酸の発現レベルを測定する場合は、上記したリードカウントを発現レベルのデータとして用いることができる。あるいは、該リードカウントにおけるサンプル間の総リード数の違いを補正した、該リードカウントのＲＰＭ（Ｒｅａｄｓ　ｐｅｒ　ｍｉｌｌｉｏｎ　ｍａｐｐｅｄ　ｒｅａｄｓ）値、該ＲＰＭ値の対数値（Ｌｏｇ₂ＲＰＭ値、又はＬｏｇ₂（ＲＰＭ＋１）値）、ＤＥＳｅｑ２（Ｌｏｖｅ　ＭＩ　ｅｔ　ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ　Ｂｉｏｌ，２０１４）を用いて補正されたカウント値（Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ　ｃｏｕｎｔ値）又はその対数値（Ｌｏｇ₂（Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ　ｃｏｕｎｔ＋１）値）、などを発現レベルのデータとして用いることができる。あるいは、発現レベルのデータとして、ＲＮＡ－ｓｅｑの定量値として一般的な、Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｐｅｒ　ｋｉｌｏｂａｓｅ　ｏｆ　ｅｘｏｎ　ｐｅｒ　ｍｉｌｌｉｏｎ　ｒｅａｄｓ　ｍａｐｐｅｄ　（ＦＰＫＭ）、ｒｅａｄｓ　ｐｅｒ　ｋｉｌｏｂａｓｅ　ｏｆ　ｅｘｏｎ　ｐｅｒ　ｍｉｌｌｉｏｎ　ｒｅａｄｓ　ｍａｐｐｅｄ　（ＲＰＫＭ）、ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ　ｐｅｒ　ｍｉｌｌｉｏｎ　（ＴＰＭ）などを用いることができる。

　核酸の発現レベルの測定に用いられるプローブ又はプライマーは、例えば、標的の核酸を特異的に増幅するためのプライマー、又は標的の核酸を特異的に検出するためのプローブであり得る。ここで「特異的」とは、例えばノーザンブロット法において、実質的に標的の核酸のみが検出されること、又はＰＣＲにおいて、実質的に標的の核酸のみが増幅されることなど、実質的に標的の核酸に由来する生成物又は検出物が生成するように核酸を認識又は検出できることを意味する。これらのプローブ又はプライマーは、標的の核酸のヌクレオチド配列に基づいて設計することができる。
　該プローブ又はプライマーの具体的な例としては、標的の核酸の全配列又は部分配列からなるオリゴヌクレオチド又はその相補鎖を利用することができる。該「相補鎖」とは、標的の核酸を特異的に認識する限り、完全に相補的な配列に限られず、好ましくは８０％以上、より好ましくは９０％以上、さらに好ましくは９５％以上の配列同一性を有する配列であればよい。配列の同一性は、上述したＮＣＢＩ　ＢＬＡＳＴ等のアルゴリズムにより決定することができる。
　該核酸の発現レベルの測定に用いられるプライマーの例としては、標的の核酸に対して特異的なアニーリング及び鎖伸長ができるものであって、好ましくは１０塩基以上、より好ましくは１５塩基以上、さらに好ましくは２０塩基以上、かつ好ましくは１００塩基以下、より好ましくは５０塩基以下、さらに好ましくは３５塩基以下の鎖長を有するものが挙げられる。
　該核酸の発現レベルの測定に用いられるプローブの例としては、標的の核酸に対して特異的なハイブリダイゼーションができるものであって、好ましくは１０塩基以上、より好ましくは１５塩基以上、かつ好ましくは１００塩基以下、より好ましくは５０塩基以下、さらに好ましくは２５塩基以下の鎖長を有するものが挙げられる。
　該プローブ又はプライマーは、ＤＮＡあるいはＲＮＡであることができ、合成されたものでも天然のものでもよい。ハイブリダイゼーションに用いるプローブは、通常、標識したものが用いられる。

　免疫測定法を用いてタンパク質の発現レベルを測定する場合、例えば、該標的タンパク質に対する抗体を生体試料と接触させ、該抗体に結合した標的タンパク質を定量すればよい。例えば、ウェスタンブロットでは、標的タンパク質に対する一次抗体を用いた後、ＲＩ、蛍光物質、酵素等で標識した二次抗体を用いて該一次抗体を標識し、次いで該標識由来のシグナルを測定することで標的タンパク質の発現レベルを測定することができる。標的タンパク質に対する抗体は、ポリクローナル抗体であってもモノクローナル抗体であってもよい。これらの抗体は、公知の方法に従って製造することができる。

（４．アトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法）
　さらに本発明は、上記３．で選択した個別の被験者におけるＡＤの症度変化の検出のためのマーカー（該被験者のための個人用マーカー）を用いた、該被験者におけるＡＤの症度変化の検出方法を提供する。本発明によるＡＤの症度変化の検出方法（以下、本検出方法という）では、被験者のための個人用マーカーの発現レベルの変化に基づいて、該被験者におけるＡＤの症度変化（例えば症状の増悪又は非増悪）を検出する。該個人用マーカーの発現レベルの増加は、被験者のＡＤの症度の増悪を表し、一方、発現レベルの非増加は、被験者のＡＤの症度の非増悪を表す。

　本検出方法は、被験者から採取した生体試料における、該被験者のための個人用マーカーの発現レベルを測定することを含む。本検出方法は、被験者から生体試料を採取することをさらに含んでいてもよい。

　本検出方法に供される被験者の例としては、ヒト及び非ヒト哺乳動物を含む哺乳動物が挙げられ、好ましくはヒトである。被験者がヒトの場合、その性別、年齢及び人種等は特に限定されず、乳児から老人までを含み得る。例えば、ＡＤの症度変化の検出を必要とする者又は希望する者、例えば、ＡＤを発症している者などが挙げられる。該被験者のための個人用マーカーは、上記３．で述べた、被験者におけるＡＤの症度変化を検出するマーカーの選択方法に基づいて、上記２．で述べた候補マーカーの中から、該被験者のために選択されたマーカーである。該被験者のための個人用マーカーは、本検出方法の前に予め特定されていてもよく、または本検出方法の手順の中で特定してもよい。採取される生体試料の種類、及びマーカーの発現レベルの測定手順は、前記個人用マーカーの選択方法の場合と同様である。発現レベルを測定する個人用マーカーの数には特に制限はなく、１つであっても複数であってもよい。個人用マーカーは、核酸マーカーであっても、タンパク質マーカーであってもよい。あるいは、核酸マーカーとタンパク質マーカーを組み合わせて使用してもよい。好ましくは、該生体試料はＳＳＬであり、該マーカーはＳＳＬ由来ＲＮＡである。ＳＳＬの採取、ＳＳＬからのマーカーの抽出、及びＳＳＬ由来ＲＮＡの発現レベルの測定の手順は、上述したとおりである。

　本検出方法においては、ある時期（基準時）に測定された同じ被験者における同じマーカーの発現レベルを基準値として設定することができる。例えば、測定した該個人用マーカーの発現レベルが基準値よりも高い場合、該被験者のＡＤの症度は基準時より増悪したと検出することができ、一方、該個人用マーカーの発現レベルが基準値よりも低いか又は差異がない場合、該被験者のＡＤの症度は基準時より増悪していないと検出することができる。
　一実施形態においては、被験者における該個人用マーカーの発現レベルを経時的に測定し、２回目以降のいずれかの測定回での発現レベルを、前回又はそれ以前の測定回での発現レベル（これが基準値となる）と比較する。基準値より高い発現レベルは、該被験者におけるＡＤの症度の増悪を表し、基準値よりも低いか又は差異がない発現レベルは、該被験者におけるＡＤの症度の非増悪を表す。
　別の一実施形態においては、ある時期（基準時）に被験者のＡＤの症度を決定するとともに、該被験者における該個人用マーカーの発現レベルを測定し、基準値として設定する。その後、該被験者で該個人用マーカーの発現レベルを測定し、基準値と比較する。基準値より高い発現レベルは、該被験者におけるＡＤの症度の基準時からの増悪を表し、基準値よりも低いか又は差異がない発現レベルは、該被験者におけるＡＤの症度の基準時からの非増悪を表す。

　一実施形態において、個人用マーカーの発現レベルが、基準値に対して統計学的に有意に低い場合、該マーカーの発現レベルは基準値より低いと判断され得、個人用マーカーの発現レベルが、基準値に対して統計学的に有意に高い場合、該マーカーの発現レベルは基準値より高いと判断され得る。
　別の一実施形態において、個人用マーカーの発現レベルが、基準値に対して好ましくは９９％以下、より好ましくは９５％以下、さらに好ましくは９１％以下であれば、該マーカーの発現レベルは基準値より低いと判断され得、個人用マーカーの発現レベルが、基準値に対して好ましくは１０１％以上、より好ましくは１０５％以上、さらに好ましくは１１０％以上であれば、該マーカーの発現レベルは基準値より高いと判断され得る。
　個人用マーカーとして複数のマーカーを用いる場合には、個々のマーカーの発現レベルを基準値と比較し、一定割合、例えば５０％以上、好ましくは７０％以上、より好ましくは９０％以上、さらに好ましくは１００％のマーカーの発現レベルが基準値と異なるか否かを調べることで、ＡＤの症度変化を検出することができる。

　好ましい実施形態において、本検出方法で検出されるＡＤの症度は、ＡＤによる全身の皮疹の症度、皮膚の痒みの症度、皮膚の乾燥の症度、及び顔面部紅斑の症度からなる群より選択される少なくとも１つである。別の好ましい実施形態において、本検出方法で検出されるＡＤの症度は、ＡＤによる全身の皮疹に係るＥＡＳＩスコア及びＰＯＥＭスコア、ＡＤによる皮膚の痒みのＶＡＳスコア、ＡＤによる皮膚乾燥のＶＡＳスコア、ならびにＡＤによる顔面部紅斑に係る紅斑インデックスからなる群より選択される少なくとも１つである。本検出方法で検出されるＡＤの症度の種類は、使用される個人用マーカーの種類によって異なり得る。
　一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが少なくとも１つの表３に示す遺伝子又はその発現産物を含む場合、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化、例えばＥＡＳＩスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出することができる。
　別の一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが少なくとも１つの表４に示す遺伝子又はその発現産物を含む場合、ＡＤによる全身の皮疹の症度の変化、例えばＰＯＥＭスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出することができる。
　別の一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが少なくとも１つの表５に示す遺伝子又はその発現産物を含む場合、ＡＤによる皮膚の痒みの症度の変化、例えば皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出することができる。
　別の一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが少なくとも１つの表６に示す遺伝子又はその発現産物を含む場合、ＡＤによる皮膚の乾燥の症度の変化、例えば皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するＡＤの症度の変化を検出することができる。
　別の一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが少なくとも１つの表７に示す遺伝子又はその発現産物を含む場合、ＡＤによる顔面部紅斑の症度の変化、例えば顔面部紅斑の紅斑インデックスに対応するＡＤの症度の変化を検出することができる。
　別の一例において、本検出方法で用いられる個人用マーカーが表３～７に示す遺伝子又はその発現産物をそれぞれ含む場合、ＡＤによる全身の皮疹の症度、皮膚の痒みの症度、皮膚の乾燥の症度、及び顔面部紅斑の症度の変化、例えばＥＡＳＩスコア、ＰＯＥＭスコア、皮膚の痒みのＶＡＳスコア、皮膚乾燥のＶＡＳスコア、及び顔面部紅斑の紅斑インデックスにそれぞれ対応するＡＤの症度の変化を全て検出することができる。

（５．ＡＤ症度変化の検出キット）
　さらなる一態様において、本発明は、上記４．で説明した本発明によるＡＤの症度変化の検出方法に従って被験者におけるＡＤの症度変化を検出するためのキットを提供する。一実施形態において、本発明のキットは、上述した表２に示すマーカーの発現レベルを測定するための試薬又は器具を備える。例えば、本発明のキットは、核酸マーカーを増幅又は定量するための試薬（例えば、逆転写酵素、ＰＣＲ用試薬、プライマー、プローブ、シーケンシング用アダプター配列等）、又はタンパク質マーカーを定量するための試薬（例えば、免疫学的測定のための試薬、抗体など）を備え得る。好ましくは、本発明のキットは、核酸マーカーと特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（例えば、ＰＣＲ用のプライマー、又はプローブ）、あるいは、タンパク質マーカーを認識する抗体を含有する。好ましくは、本発明のキットは、マーカーの発現レベルを検出するための指標又はガイダンスを備える。例えば、本発明のキットは、各マーカーに関係するＡＤの症状（例えば皮疹、皮膚痒み、皮膚乾燥、顔面部紅斑）を説明するガイダンスを備え得る。また本発明のキットは、生体試料採取デバイス（例えば、上記のＳＳＬ吸収性素材又はＳＳＬ接着性素材）、生体試料からマーカーを抽出するための試薬（例えば核酸精製用試薬）、生体試料採取後の試料採取デバイスの保存剤や保存用容器などをさらに備えていてもよい。

　本発明の例示的実施形態として、以下の物質、製造方法、用途、方法等をさらに本明細書に開示する。但し、本発明はこれらの実施形態に限定されない。

〔１〕被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法であって、
１）経時的に隔てられた複数の時期での被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアと、該複数の時期に該被験者から採取した生体試料における、上記表１に示す遺伝子又はその発現産物のいずれか１つの発現レベルに基づいて、下記Ｐ１及びＰ２を算出すること、

　ここで、
　ｎは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料を取得した回数の総数を表し、
　ｋは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料の取得順を表し、
　Ｓ_kは、ｋ回目に測定した該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアを表し、
　Ｅ_kは、ｋ回目に採取した生体試料における該遺伝子又はその発現産物の発現レベルを表す、
２）Ｐ１＝Ｐ２となった場合に、該遺伝子又はその発現産物を、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーとして決定すること、
を含む、方法。
〔２〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、〔１〕記載の方法。
〔３〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産物が、表３に示す遺伝子及びその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度である、〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔４〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度がＥＡＳＩに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、〔３〕記載の方法。
〔５〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産が、表４に示す遺伝子及びその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度である、〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔６〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度がＰＯＥＭに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、〔５〕記載の方法。
〔７〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産が、表５に示す遺伝子及びその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度である、〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔８〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、〔７〕記載の方法。
〔９〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産が、表６に示す遺伝子及びその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度である、〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔１０〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が、皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、〔９〕記載の方法。
〔１１〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産が、表７に示す遺伝子及びその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔１２〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、〔１１〕記載の方法。
〔１３〕前記経時的に隔てられた複数の時期が、好ましくは１日以上、より好ましくは３日以上、さらに好ましくは１週間以上、さらに好ましくは１週間以上４週間以下、さらに好ましくは１２日間以上１６日間以下の間隔を空けた、複数の時期である、〔１〕～〔１２〕のいずれか１項記載の方法。
〔１４〕ｎが、好ましくは３以上、より好ましくは４以上であり、かつ好ましくは１０以下、より好ましくは８以下である、〔１〕～〔１３〕のいずれか１項記載の方法。
〔１５〕好ましくは、前記生体試料が皮膚表上脂質である、〔１〕～〔１４〕のいずれか１項記載の方法。
〔１６〕好ましくは、前記遺伝子又はその発現産物の発現レベルが、皮膚表上脂質に含まれるＲＮＡの発現レベルである、〔１５〕記載の方法。

〔１７〕被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法であって、
　被験者から採取した生体試料における、〔１〕～〔１６〕のいずれか１項記載の方法で決定されたアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーの発現レベルを測定すること、
　該マーカーの発現レベルの変化に基づいて、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化を検出すること、
を含む、方法。
〔１８〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、〔１７〕記載の方法。
〔１９〕好ましくは、前記マーカーが表３に示す遺伝子及びその発現産物からなる群より選択される少なくとも１つを含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくはアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度であり、より好ましくはＥＡＳＩに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２０〕好ましくは、前記マーカーが表４に示す遺伝子及びその発現産物からなる群より選択される少なくとも１つを含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくはアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度であり、より好ましくはＰＯＥＭに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２１〕好ましくは、前記マーカーが表５に示す遺伝子及びその発現産物からなる群より選択される少なくとも１つを含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくはアトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度であり、より好ましくは皮膚の痒みのＶＡＳスコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２２〕好ましくは、前記マーカーが表６に示す遺伝子及びその発現産物からなる群より選択される少なくとも１つを含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくはアトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度であり、より好ましくは皮膚乾燥のＶＡＳスコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２３〕好ましくは、前記マーカーが表７に示す遺伝子及びその発現産物からなる群より選択される少なくとも１つを含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくはアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度であり、より好ましくは顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２４〕好ましくは、前記マーカーが表３～７に示す遺伝子又はその発現産物をそれぞれ含み、
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、好ましくは、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、及びアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度であり、より好ましくは、ＥＡＳＩスコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度、ＰＯＥＭに対応するアトピー性皮膚炎の症度、皮膚の痒みのＶＡＳスコア、皮膚乾燥のＶＡＳスコア、及び顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、
〔１７〕又は〔１８〕記載の方法。
〔２５〕好ましくは、前記マーカーの発現レベルが基準値よりも高い場合、前記被験者のアトピー性皮膚炎の症度は該基準値が測定された時期よりも増悪したと検出され、一方、前記マーカーの発現レベルが基準値よりも低いか又は差異がない場合、前記被験者のアトピー性皮膚炎の症度は該基準値が測定された時期よりも増悪していないと検出される、〔１７〕～〔２４〕のいずれか１項記載の方法。
〔２６〕好ましくは、前記基準値が、
　特定の時期に測定された前記被験者における前記マーカーの発現レベルであるか、
　過去に測定された前記被験者における前記マーカーの発現レベルである、
〔２５〕記載の方法。
〔２７〕好ましくは、前記マーカーの発現レベルが前記基準値に対して統計学的に有意に高い場合、該マーカーの発現レベルは該基準値より高いと判断される、〔２５〕又は〔２６〕記載の方法。
〔２８〕好ましくは、前記マーカーの発現レベルが前記基準値に対して１０１％以上、より好ましくは１０５％以上、さらに好ましくは１１０％以上である場合、該マーカーの発現レベルは該基準値より高いと判断される、〔２５〕又は〔２６〕記載の方法。

〔２９〕〔１〕～〔１６〕のいずれか１項記載の方法で使用される遺伝子又はそれに由来する核酸と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、又は〔１〕～〔１６〕のいずれか１項記載の方法で使用される遺伝子の発現産物を認識する抗体を含有する、〔１７〕～〔２８〕のいずれか１項記載の方法に用いられる、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのキット。
〔３０〕上記表１に示す遺伝子又はそれに由来する核酸と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、又は上記表１に示す遺伝子の発現産物を認識する抗体を含有する、〔１７〕～〔２８〕のいずれか１項記載の方法に用いられる、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのキット。
〔３１〕上記表１に示す遺伝子又はその発現産物からなる、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカー。
〔３２〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、〔３１〕記載の候補マーカー。
〔３３〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表３に示す遺伝子又はその発現産物である、〔３１〕又は〔３２〕記載の候補マーカー。
〔３４〕好ましくは、前記候補マーカーがＥＡＳＩ（Ｅｃｚｅｍａ　Ａｒｅａ　ａｎｄ　Ｓｅｖｅｒｉｔｙ　Ｉｎｄｅｘ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔３３〕記載の候補マーカー。
〔３５〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表４に示す遺伝子又はその発現産物である、〔３１〕又は〔３２〕記載の候補マーカー。
〔３６〕好ましくは、前記候補マーカーがＰＯＥＭ（Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　Ｅｃｚｅｍａ　Ｍｅａｓｕｒｅ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔３５〕記載の候補マーカー。
〔３７〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表５に示す遺伝子又はその発現産物である、〔３１〕又は〔３２〕記載の候補マーカー。
〔３８〕好ましくは、前記候補マーカーが皮膚の痒みのＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔３７〕記載の候補マーカー。
〔３９〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表６に示す遺伝子又はその発現産物である、〔３１〕又は〔３２〕記載の候補マーカー。
〔４０〕好ましくは、前記候補マーカーが皮膚乾燥のＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔３９〕記載の候補マーカー。
〔４１〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表７に示す遺伝子又はその発現産物である、〔３１〕又は〔３２〕記載の候補マーカー。
〔４２〕好ましくは、前記候補マーカーが顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔４１〕記載の候補マーカー。
〔４３〕上記表１に示す遺伝子又はその発現産物の、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーとしての使用、又はアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーの製造における使用。
〔４４〕好ましくは、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、〔４３〕記載の使用。
〔４５〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表３に示す遺伝子又はその発現産物である、〔４３〕又は〔４４〕記載の使用。
〔４６〕好ましくは、前記候補マーカーがＥＡＳＩ（Ｅｃｚｅｍａ　Ａｒｅａ　ａｎｄ　Ｓｅｖｅｒｉｔｙ　Ｉｎｄｅｘ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔４５〕記載の使用。
〔４７〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表４に示す遺伝子又はその発現産物である、〔４３〕又は〔４４〕記載の使用。
〔４８〕好ましくは、前記候補マーカーがＰＯＥＭ（Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　Ｅｃｚｅｍａ　Ｍｅａｓｕｒｅ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔４７〕記載の使用。
〔４９〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表５に示す遺伝子又はその発現産物である、〔４３〕又は〔４４〕記載の使用。
〔５０〕好ましくは、前記候補マーカーが皮膚の痒みのＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔４９〕記載の使用。
〔５１〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表６に示す遺伝子又はその発現産物である、〔４３〕又は〔４４〕記載の使用。
〔５２〕好ましくは、前記候補マーカーが皮膚乾燥のＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔５１〕記載の使用。
〔５３〕好ましくは、前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、上記表７に示す遺伝子又はその発現産物である、〔４３〕又は〔４４〕記載の使用。
〔５４〕好ましくは、前記候補マーカーが顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、〔５３〕記載の使用。

　以下、実施例に基づき本発明をさらに詳細に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。
実施例１　ＳＳＬ由来ＲＮＡを用いたアトピー性皮膚炎の症度変化に関連する遺伝子の探索
１）アトピー性皮膚炎患者の症度に係るスコアの取得及びＳＳＬ採取
　アトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する成人１８名（２３～５７歳、男性）を被験者とした。被験者は、初回測定時に皮膚科専門医により重症度が軽症及び中等症のアトピー性皮膚炎であるとの診断を受けたＡＤ患者であった。被験者は１４日おきに計４回来場し、ＡＤの症度に係るスコアの取得とＳＳＬの採取を受けた。以下では、集めたＡＤの症度に係るスコア及びＳＳＬをそれぞれ、初回の来場からの順番に基づき、１回目、２回目、３回目、４回目のＡＤ症度スコア及びＳＳＬサンプルと称する。ＡＤ症度スコアとして、医師による全身のＥＡＳＩスコア（Ｈａｎｉｆｉｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｅｘｐ　ｄｅｒｍａｔｏｌ，１０，２００１、全身の皮疹に基づき症状を０～７２までにスコアリングする）と、被験者自身による、全身のＰＯＥＭスコア（Ｃｈａｒｍａｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ａｒｃｈ　Ｄｅｒｍａｔｏｌ，１４０，２００４、全身の皮疹に基づき症状を０～２８までにスコアリングする）、全身の皮膚の痒みのＶＡＳスコア（痒みの強さを０～１００までにスコアリングする）及び全身の皮膚の乾燥のＶＡＳスコア（乾燥の強さを０～１００までにスコアリングする）と、ハイパースペクトラルイメージング装置（ハイパースペクトルカメラＮＨ－７、エバ・ジャパン社）による顔面部画像に基づく顔面部の紅斑インデックス（特開２０１８－２３７５６号公報、及びＤａｗｓｏｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｈｙｓ　Ｍｅｄ　Ｂｉｏｌ，２５，１９８０を参照）とをそれぞれ用いた。顔面部の紅斑インデックスの計算では、下式（４）に従ってハイパースペクトラルイメージング装置による顔面部正面画像上の各画素ごとに紅斑インデックスを算出した。画像上の額、両目の上部及び両頬に相当する部分に任意のＲＯＩ（Ｒｅｇｉｏｎ　ｏｆ　Ｉｎｔｅｒｅｓｔ）を定め、５か所のＲＯＩでの紅斑インデックスの平均値を顔面部の紅斑インデックスとして用いた。

　各被験者の全顔からあぶら取りフィルム（５×８ｃｍ、ポリプロピレン製、３Ｍ社）を用いて皮脂を回収した。該あぶら取りフィルムをバイアルに移し、ＲＮＡ抽出に使用するまで－８０℃で約１ヶ月間保存した。

２）ＲＮＡ調製及びシーケンシング
　上記１）のあぶら取りフィルムを適当な大きさに切断し、ＱＩＡｚｏｌ　Ｌｙｓｉｓ　Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて、付属のプロトコルに準じてＲＮＡを水層に移行させた。該水層から、ＲＮＡ抽出用スピンカラムを用いた市販のＲＮＡ抽出キットを用いて、付属のプロトコルに従いＲＮＡを抽出した。抽出されたＲＮＡを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ　ＶＩＬＯ　ｃＤＮＡ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ｋｉｔ（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いて４２℃、９０分間逆転写し、ｃＤＮＡを合成した。逆転写反応のプライマーには、キットに付属しているランダムプライマーを使用した。得られたｃＤＮＡから、マルチプレックスＰＣＲにより２０８０２遺伝子に由来するＤＮＡを含むライブラリーを調製した。マルチプレックスＰＣＲは、Ｉｏｎ　ＡｍｐｌｉＳｅｑＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ｋｉｔ（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いて、［９９℃、２分→（９９℃、１５秒→６２℃、１６分）×２０サイクル→４℃、Ｈｏｌｄ］の条件で行った。得られたＰＣＲ産物は、Ａｍｐｕｒｅ　ＸＰ（ベックマン・コールター株式会社）で精製した後に、バッファーの再構成、プライマー配列の消化、アダプターライゲーションと精製、及び増幅を行い、ライブラリーを調製した。調製したライブラリーをＩｏｎ　５４０　Ｃｈｉｐにローディングし、Ｉｏｎ　Ｓ５／ＸＬシステム（ライフテクノロジーズジャパン株式会社）を用いてシーケンシングした。シーケンシングで得られた各リード配列をヒトゲノムのリファレンス配列であるｈｇ１９　ＡｍｐｌｉＳｅｑ　Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ　ＥＲＣＣ　ｖ１を用いて遺伝子マッピングすることで各リード配列の由来する遺伝子を決定した。

３）使用データ
　上記２）で測定した被験者のＳＳＬ由来ＲＮＡのシーケンシングによる各リードのリードカウントを、各ＲＮＡの発現レベルのデータとした。シーケンシングでの増幅領域が少なくとも２つ以上のエキソンをまたぐ遺伝子を解析対象遺伝子とした。サンプル間の総リードカウントの違いを補正するため、解析対象遺伝子のリードカウントをＲＰＭ（Ｒｅａｄｓ　ｐｅｒ　ｍｉｌｌｉｏｎ　ｍａｐｐｅｄ　ｒｅａｄｓ）値に変換した。この中で、９０％以上のサンプルで２０以上のリードカウントが得られている４８４５遺伝子を以下の解析に使用した。さらに、ＲＰＭ値を正規分布に近似するため、整数１を加算した底２の対数値（Ｌｏｇ₂（ＲＰＭ＋１）値）に変換した。以上の手順で、１８名の被験者からの１回目、２回目、３回目、及び４回目のＳＳＬサンプルのそれぞれについて、４８４５遺伝子の発現レベルデータ（Ｌｏｇ₂（ＲＰＭ＋１）値）を作成した。これらをそれぞれ、初回の来場からの順番に基づき、１回目、２回目、３回目、及び４回目の発現レベルと称する。

４）データ解析
　上記１）で取得した１８名のＡＤ患者のそれぞれについて、１～４回目のＡＤ症度スコアを基に、１４日間毎の症度変化の推移を示す指標であるＰ１_jを下式（１）'に従って算出した。Ｐ１_jは、ＡＤ症度スコアの推移パターンに基づき、「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値のいずれかの値となる。

　式（１）'中、
　ｊはサンプル（又は被験者）ＩＤを表し、本実施例ではｊ＝１～１８の整数であり、
　ｋはＡＤ症度スコアの取得順を表し、本実施例ではスコアを４回取得したのでｋ＝１～３の整数であり、
　Ｓ_j,kはＩＤがｊの被験者におけるｋ回目のＡＤ症度スコアを表す。

　次に、上記３）で算出された１８名のＡＤ患者のそれぞれについての、１～４回目の発現レベルデータ（Ｌｏｇ₂（ＲＰＭ＋１）値）を基に、１４日間毎の遺伝子発現レベルの推移を示す指標であるＰ２_i,jを、下式（２）'に従って算出した。Ｐ２_i,jは、遺伝子発現レベルの推移パターンに基づき、「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値のいずれかの値となる。

　式（２）'中、
　ｉは遺伝子ＩＤを表し、本実施例ではｉ＝１～４８４５の整数であり、
　ｊは被験者ＩＤを表し、本実施例ではｊ＝１～１８の整数であり、
　ｋはＳＳＬサンプル取得順を表し、本実施例ではｋ＝１～３の整数であり、
　Ｅ_i,j,kはＩＤがｊの被験者からｋ回目に採取したＳＳＬサンプルにおけるＩＤがｉの遺伝子についての発現レベルを表す。

　このとき、ＩＤがｊ（ｊ＝１～１８）のサンプル（又は被験者）から、ＩＤ毎に固定のＰ１_jと、当該サンプルにおけるＩＤがｉ（ｉ＝１～４８４５）の遺伝子についてＰ２_i,jが取得される。
　ここで、帰無仮説Ｈ₀と対立仮説Ｈ₁を次のように定めた。
　Ｈ₀：Ｐ２_i,jが「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値をとる確率はそれぞれ等しく１／８である
　Ｈ₁：Ｐ２_i,jが「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値をとる確率はそれぞれ等しく１／８でない
　帰無仮説が成立する場合、Ｐ２_i,jはそれぞれ１／８の確率で「０、１、１０、１１、１００、１０１、１１０、１１１」の８通りの値をとり得、Ｐ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８であるものとし、帰無仮説を棄却できる場合は対立仮説を採択し、Ｐ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではないとする。

　次に、４８４５遺伝子を対象に、ＩＤがｉの遺伝子においてＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなったサンプル数をカウントし、その数を一致数ｍ_iとした。帰無仮説Ｈ₀（Ｐ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８）が成立すると仮定した場合に、１８サンプル中ｍ_iサンプルでＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率ｐ_iを下式（３）'から算出した。ｐ_iが片側の有意水準０．００５を下回った場合、帰無仮説Ｈ₀を棄却し、対立仮説Ｈ₁を採択した。

５）ＡＤ症度スコアと連動する遺伝子
ｉ）ＥＡＳＩスコアと連動する遺伝子
　ＡＤ症度スコアとしてＥＡＳＩスコアを用いた４）での解析の結果、表８に示す２３遺伝子において、１８サンプル中７サンプル以上でＰ１_jとＰ２_i,jが一致し、ｐ_iが有意水準を下回った。すなわち、表８に示す２３遺伝子におけるＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではなく、したがって、これら２３遺伝子が、偶然ではなくＥＡＳＩスコアと連動している可能性が示された。また、表８に示す２３遺伝子のうちの２０遺伝子（表中＊で示した）については、これまでにアトピー性皮膚炎との関連性を示唆する報告がないことから、新規なアトピー性皮膚炎の症度変化、好ましくはＥＡＳＩスコアに反映されるアトピー性皮膚炎による皮疹の症度変化のマーカーとなり得ると判断された。

ii）ＰＯＥＭスコアと連動する遺伝子
　ＡＤ症度スコアとしてＰＯＥＭスコアを用いた４）での解析の結果、表９に示す７遺伝子において、１８サンプル中７サンプル以上でＰ１_jとＰ２_i,jが一致し、ｐ_iが有意水準を下回った。すなわち、表９に示す７遺伝子におけるＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではなく、したがって、これら７遺伝子が、偶然ではなくＰＯＥＭスコアと連動している可能性が示された。また、表９に示す７遺伝子のうちの６遺伝子（表中＊で示した）については、これまでにアトピー性皮膚炎との関連性を示唆する報告がないことから、新規なアトピー性皮膚炎の症度変化、好ましくはＰＯＥＭスコアに反映されるアトピー性皮膚炎による皮疹の症度変化のマーカーとなり得ると判断された。

iii）痒みＶＡＳスコアと連動する遺伝子
　ＡＤ症度スコアとして皮膚痒みのＶＡＳスコアを用いた４）での解析の結果、表１０に示す２７遺伝子において、１８サンプル中７サンプル以上でＰ１_jとＰ２_i,jが一致し、ｐ_iが有意水準を下回った。すなわち、表１０に示す２７遺伝子におけるＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではなく、したがって、これら２７遺伝子が、偶然ではなく皮膚痒みのＶＡＳスコアと連動している可能性が示された。また、表１０に示す２７遺伝子のうちの２４遺伝子（表中＊で示した）については、これまでにアトピー性皮膚炎との関連性を示唆する報告がないことから、新規なアトピー性皮膚炎の症度変化、好ましくは皮膚痒みのＶＡＳスコアに反映されるアトピー性皮膚炎による皮膚の痒み症状の症度変化のマーカーとなり得ると判断された。

iv）乾燥ＶＡＳスコアと連動する遺伝子
　ＡＤ症度スコアとして皮膚乾燥のＶＡＳスコアを用いた４）での解析の結果、表１１に示す２６遺伝子において、１８サンプル中７サンプル以上でＰ１_jとＰ２_i,jが一致し、ｐ_iが有意水準を下回った。すなわち、表１１に示す２６遺伝子におけるＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではなく、したがって、これら２６遺伝子が、偶然ではなく皮膚乾燥のＶＡＳスコアと連動している可能性が示された。また、表１１に示す２６遺伝子のうちの全２６遺伝子（表中＊で示した）については、これまでにアトピー性皮膚炎との関連性を示唆する報告がないことから、新規なアトピー性皮膚炎の症度変化、好ましくは皮膚乾燥のＶＡＳスコアに反映されるアトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥症状の症度変化のマーカーとなり得ると判断された。

ｖ）紅斑インデックスと連動する遺伝子
　ＡＤ症度スコアとして顔面部の紅斑インデックスを用いた４）での解析の結果、表１２に示す５４遺伝子において、１８サンプル中７サンプル以上でＰ１_jとＰ２_i,jが一致し、ｐ_iが有意水準を下回った。すなわち、表１２に示す５４遺伝子におけるＰ１_j＝Ｐ２_i,jとなる確率は１／８ではなく、したがって、これら５４遺伝子が、偶然ではなく顔面部の紅斑インデックスと連動している可能性が示された。また、表１２に示す５４遺伝子のうちの４６遺伝子（表中＊で示した）については、これまでにアトピー性皮膚炎との関連性を示唆する報告がないことから、新規なアトピー性皮膚炎の症度変化、好ましくは顔面部の紅斑インデックスに反映されるアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度変化のマーカーとなり得ると判断された。

実施例２　アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーの選択
　実施例１で見出されたＥＡＳＩスコアと連動する各マーカー候補遺伝子について、１８名の被験者における各遺伝子の発現レベルの推移パターンとＥＡＳＩスコアの推移パターンとの一致性を調べた。発現レベルの推移パターンが被験者のＥＡＳＩスコアの推移パターンと一致した遺伝子を、表１３において丸印を付して示す。

　表１３の各被験者において、○印を付した遺伝子又はその発現産物は、当該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度、特にＥＡＳＩスコアで示される皮疹の症度の変化の検出のためのマーカーとして選択することができる。同様に、ＡＤ症度スコアとしてＰＯＥＭ、痒みＶＡＳ、乾燥ＶＡＳ及び紅斑インデックスを用いた場合においても、推移パターンが一致した遺伝子又はその発現産物を、当該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーとして選択することができる。

Claims

　被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択する方法であって、
１）経時的に隔てられた複数の時期での被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアと、該複数の時期に該被験者から採取した生体試料における、下記表１に示す遺伝子又はその発現産物のいずれか１つの発現レベルに基づいて、下記Ｐ１及びＰ２を算出すること、

　ここで、
　ｎは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料を取得した回数の総数を表し、
　ｋは、該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコア及び生体試料の取得順を表し、
　Ｓ_kは、ｋ回目に測定した該被験者のアトピー性皮膚炎の症度に係るスコアを表し、
　Ｅ_kは、ｋ回目に採取した生体試料における該遺伝子又はその発現産物の発現レベルを表す、
２）Ｐ１＝Ｐ２となった場合に、該遺伝子又はその発現産物を、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーとして決定すること、
を含む、方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、請求項１記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産物が、以下の遺伝子：CLTC、PDZD8、CEACAM1、CRISPLD2、EFTUD2、GTF2H1、LDHA、NSFP1、PKP1、PSMA1、RABGGTB、SERPINB1、SF3B1、SIGLEC5、STEAP4、TMED10、TMED5、TPMT、YWHAB、及びZDHHC12、ならびにその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度である、請求項１又は２記載の方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度がＥＡＳＩ（Ｅｃｚｅｍａ　Ａｒｅａ　ａｎｄ　Ｓｅｖｅｒｉｔｙ　Ｉｎｄｅｘ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度である、請求項３記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産が、以下の遺伝子：BNIP3L、CD1E、DDHD1、MLF2、NPC1、及びSCNN1B、ならびにその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度である、請求項１又は２記載の方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度がＰＯＥＭ（Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　Ｅｃｚｅｍａ　Ｍｅａｓｕｒｅ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度である、請求項５記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産が、以下の遺伝子：KDM5D、RBM7、CCDC125、CDKAL1、CERS5、DAD1、EMC2、FAM210A、GBP1、GHITM、HSBP1、IGSF6、LSM1、MOSPD2、MXD1、NUDC、NUP58、PDXK、PRDX3、PRKAR1A、PTPN1、SERINC1、SRRM2、及びTM2D1、ならびにその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度である、請求項１又は２記載の方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度が皮膚の痒みのＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、請求項７記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産が、以下の遺伝子：RPLP0、MRPL23、RPL10A、CNKSR3、ECHS1、GPATCH2、GSR、HTATSF1、MPC2、MRPL42、MRPS22、MRPS24、NDUFS6、NFYC、PHB、RPL22、RPL37A、RPS12、RPS4X、SLC25A3、SLIRP、TBC1D9、TOMM20、TTC14、UBE2K、及びZNF791、ならびにその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度である、請求項１又は２記載の方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、皮膚乾燥のＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、請求項９記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産が、以下の遺伝子：CCDC186、NCOA2、A2ML1、BSPRY、CHAC1、DNAJA1、FCHSD1、IFI27、MAPK13、OSBP2、RXRB、SLC22A23、SPRR2F、ACAT2、AFTPH、CLTB、CPEB4、CTNNBIP1、DNAJA3、DOP1A、FRMPD1、GAN、GDPD3、GJB5、HIP1R、IFFO2、ING4、KPNB1、LRATD2、MED31、NUAK2、PAN3、PDCD6、SASH1、SCNN1G、SDR9C7、SEC61A1、SERPINA9、SMIM5、TINCR、TMED7、TMEM123、TRPC4AP、TUFT1、VCP、及びZFPL1、ならびにその発現産物のいずれか１つであり、前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、請求項１又は２記載の方法。
　前記アトピー性皮膚炎の症度が顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度である、請求項１１記載の方法。
　前記経時的に隔てられた複数の時期が、１２日間以上１６日間以下の間隔を空けた複数の時期である、請求項１～１２のいずれか１項記載の方法。
　ｎが３以上である、請求項１～１３のいずれか１項記載の方法。
　前記生体試料が皮膚表上脂質である、請求項１～１４のいずれか１項記載の方法。
　前記遺伝子又はその発現産物の発現レベルが、皮膚表上脂質に含まれるＲＮＡの発現レベルである、請求項１５記載の方法。
　被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化の検出方法であって、
　被験者から採取した生体試料における、請求項１～１６のいずれか１項記載の方法で決定されたアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーの発現レベルを測定すること、
　該マーカーの発現レベルの変化に基づいて、該被験者におけるアトピー性皮膚炎の症度変化を検出すること、
を含む、方法。
　請求項１～１６のいずれか１項記載の方法で使用される遺伝子又はそれに由来する核酸と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、又は請求項１～１６のいずれか１項記載の方法で使用される遺伝子の発現産物を認識する抗体を含有する、請求項１７記載の方法に用いられる、アトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのキット。
　下記表２に示す遺伝子又はその発現産物の、アトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーとしての使用、又はアトピー性皮膚炎の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーの製造における使用。
　前記アトピー性皮膚炎の症度が、アトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度、アトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度、又はアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度である、請求項１９記載の使用。
　前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、以下の遺伝子：CLTC、PDZD8、CEACAM1、CRISPLD2、EFTUD2、GTF2H1、LDHA、NSFP1、PKP1、PSMA1、RABGGTB、SERPINB1、SF3B1、SIGLEC5、STEAP4、TMED10、TMED5、TPMT、YWHAB、及びZDHHC12、又はその発現産物である、請求項１９又は２０記載の使用。
　前記候補マーカーがＥＡＳＩ（Ｅｃｚｅｍａ　Ａｒｅａ　ａｎｄ　Ｓｅｖｅｒｉｔｙ　Ｉｎｄｅｘ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、請求項２１記載の使用。
　前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による全身の皮疹の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、以下の遺伝子：BNIP3L、CD1E、DDHD1、MLF2、NPC1、及びSCNN1B、又はその発現産物である、請求項１９又は２０記載の使用。
　前記候補マーカーがＰＯＥＭ（Ｐａｔｉｅｎｔ　Ｏｒｉｅｎｔｅｄ　Ｅｃｚｅｍａ　Ｍｅａｓｕｒｅ）に対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、請求項２３記載の使用。
　前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の痒みの症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、以下の遺伝子：KDM5D、RBM7、CCDC125、CDKAL1、CERS5、DAD1、EMC2、FAM210A、GBP1、GHITM、HSBP1、IGSF6、LSM1、MOSPD2、MXD1、NUDC、NUP58、PDXK、PRDX3、PRKAR1A、PTPN1、SERINC1、SRRM2、及びTM2D1、又はその発現産物である、請求項１９又は２０記載の使用。
　前記候補マーカーが皮膚の痒みのＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、請求項２５記載の使用。
　前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による皮膚の乾燥の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、以下の遺伝子：RPLP0、MRPL23、RPL10A、CNKSR3、ECHS1、GPATCH2、GSR、HTATSF1、MPC2、MRPL42、MRPS22、MRPS24、NDUFS6、NFYC、PHB、RPL22、RPL37A、RPS12、RPS4X、SLC25A3、SLIRP、TBC1D9、TOMM20、TTC14、UBE2K、及びZNF791、又はその発現産物である、請求項１９又は２０記載の使用。
　前記候補マーカーが皮膚乾燥のＶＡＳ（Ｖｉｓｕａｌ　Ａｎａｌｏｇ　Ｓｃａｌｉｎｇ）スコアに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、請求項２７記載の使用。
　前記候補マーカーがアトピー性皮膚炎による顔面部紅斑の症度変化の検出のためのマーカーを選択するための候補マーカーであり、かつ該候補マーカーが、以下の遺伝子：CCDC186、NCOA2、A2ML1、BSPRY、CHAC1、DNAJA1、FCHSD1、IFI27、MAPK13、OSBP2、RXRB、SLC22A23、SPRR2F、ACAT2、AFTPH、CLTB、CPEB4、CTNNBIP1、DNAJA3、DOP1A、FRMPD1、GAN、GDPD3、GJB5、HIP1R、IFFO2、ING4、KPNB1、LRATD2、MED31、NUAK2、PAN3、PDCD6、SASH1、SCNN1G、SDR9C7、SEC61A1、SERPINA9、SMIM5、TINCR、TMED7、TMEM123、TRPC4AP、TUFT1、VCP、及びZFPL1、又はその発現産物である、請求項１９又は２０記載の使用。
　前記候補マーカーが顔面部紅斑に係る紅斑インデックスに対応するアトピー性皮膚炎の症度変化を検出するためのマーカーを選択するための候補マーカーである、請求項２９記載の使用。