WO2017094101A1 - 細胞解析デバイス、装置およびそれを用いた細胞解析方法 - Google Patents

細胞解析デバイス、装置およびそれを用いた細胞解析方法 Download PDF

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    • G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
    • G01N33/54306—Solid-phase reaction mechanisms

Definitions

  • the present invention relates to a technical field such as gene expression analysis, cell function analysis, biological tissue analysis method, disease diagnosis, drug discovery, and more specifically, a cell analysis device that enables gene analysis of a single cell,
  • the present invention relates to an apparatus and a cell analysis method using the same.
  • Single cell analysis is a technique for detecting and / or quantifying biomolecules in cells for each single cell with high accuracy.
  • cells are isolated for individual processing, nucleic acids to be measured in cells are efficiently extracted, complementary strands (eg, cDNA) are synthesized, and amplified as necessary. It is necessary to analyze the sequence of the resulting product.
  • cDNA complementary strands
  • FIG. 1 shows a basic configuration of such a device (corresponding to FIG. 8 of Patent Document 1).
  • a cell solution containing cells 101 is introduced from an inlet 106.
  • the cell solution is sucked from the upper outlet 107.
  • a negative pressure is applied by sucking the solution from the lower outlet 108, the cell solution is sucked through the porous membrane 102, and the cells 101 are guided to the cell trap 103.
  • the cells 101 are captured by a lattice-shaped cell trap 103 formed on the porous membrane 102.
  • the nucleic acids eg, mRNA
  • the nucleic acid extracted from the captured cell is captured with almost no contact with the region other than the inner wall of the porous membrane, which is the reaction region, and the nucleic acid corresponding to the captured nucleic acid (for example, cDNA) can be synthesized. Therefore, it is possible to prepare a product for sequence analysis with high efficiency while suppressing the probability that a nucleic acid is adsorbed on the inner wall of a device not related to the reaction.
  • the average pore diameter of the porous membrane 102 needs to be several ⁇ m or less, and particularly preferably 1 ⁇ m or less.
  • the film thickness of the porous film 102 is desirably 10 ⁇ m or more, particularly several tens of ⁇ m or more.
  • the pressure loss when passing the cell solution increases.
  • the suction speed is lowered when the solution is sucked from the lower outlet 108, so that the speed at which the cells 101 are sucked into the cell trap 103 is lowered.
  • the cell indicated by 109 is an example of a cell that has not reached such a cell trap 103.
  • the retention of cells in areas other than the cell trapping part 103 not only reduces the percentage of cells that can be analyzed, but also causes associated problems. That is, when extracting nucleic acid from a cell, a step of crushing the cell is required. At that time, cells existing in a region other than the cell capturing unit 103 are also crushed at the same time, and a plurality of nucleic acids extracted from the cell are extracted. Into the cell trapping part 103, and there is a problem that accurate single cell analysis becomes difficult.
  • a nucleic acid amplification step is required. In this step, it is necessary to release the nucleic acid amplification product from the nucleic acid capturing part (as described in Patent Document 1), extract it as a solution sample outside the device, and perform sequence analysis. There may be a problem that the amplification product in the solution is adsorbed on the inner wall of the device. Adsorption reduces the yield of nucleic acid amplification products necessary for sequence analysis, and the rate of adsorption varies depending on the base length of the nucleic acid, so the sequence analysis for a composition different from the original nucleic acid composition in the cell is performed. there is a possibility.
  • the present inventors use a second three-dimensional porous membrane (three-dimensional porous body) to increase the suction force, thereby causing the region other than the cell trapping portion to be affected by other forces.
  • a method to prevent adsorption is effective, but the inner wall of this second three-dimensional porous membrane needs to be hydrophilic, so negatively charged DNA strands adsorb to the inner wall with a high probability. There was something to do. For this reason, the yield of the amplification product to be obtained is lowered, and the yield may vary depending on the length of the DNA amplification product, so that it may be difficult to analyze the nucleic acid composition in one cell.
  • a means to inject a non-polar solvent such as air or oil at an appropriate timing, or install an actuator inside the device so that the installation distance of the first and second porous membranes is perpendicular to the membrane It was found that it was effective to install in Furthermore, it may be effective to prevent the amplification product from reaching the second porous membrane by using a separation membrane such as an ultrafiltration membrane or a gel membrane between the first and second porous membranes. I found it.
  • the gist of the present invention is as follows: (1) a solution introduction channel for introducing a solution containing cells; A cell capture portion having a recess that is in contact with the solution introduction channel and capable of capturing one cell, and is provided corresponding to each recess of the cell capture portion, and is extracted from the cells captured by the cell capture portion.
  • a substrate provided with a plurality of sets of nucleic acid capturing units for capturing nucleic acids;
  • a discharge channel provided adjacent to the nucleic acid capturing part of the substrate and discharging the solution of the nucleic acid capturing part;
  • Pressure control means provided in the discharge flow path, The substrate has a repulsive force in a direction to pull cells away from the substrate, When the cell is captured by the cell capturing unit, the pressure control means controls the force in the direction from the cell capturing unit to the nucleic acid capturing unit to be a first pressure larger than the repulsive force.
  • Cell analysis device characterized by.
  • the pressure control means has a force in the direction from the cell capture unit to the nucleic acid capture unit that is greater than gravity and less than the first pressure.
  • the cell analysis device according to (1) which is controlled as follows. (3) The cell analysis device according to (1), wherein a region on the substrate other than the concave portion in contact with the solution containing the cells is a region that exerts repulsive force on the cells. (4) The cell analysis device according to (1), wherein the repulsive force is a repulsive force that is generated when the substrate is placed so that the cell capturing unit captures cells in a direction against gravity.
  • the cell analysis device wherein the repulsive force is a repulsive force caused by a process for suppressing cell adsorption on the surface of the substrate.
  • the treatment for suppressing cell adsorption is a surface treatment with a coating agent, such as MPC polymer.
  • An electrode pair provided so as to sandwich the substrate is further provided, the nucleic acid capturing unit includes metal fine particles, and the repulsive force is a repulsive force due to a voltage applied to the electrode pair and a dielectric bond between the metal fine particles.
  • the cell analysis device wherein the metal fine particles are gold fine particles and / or the substrate is a platinum substrate.
  • a solution introduction channel for introducing a solution containing cells;
  • a plurality of cell trapping units provided adjacent to the solution introduction channel and capable of capturing cells one by one, and provided corresponding to each cell trapping unit of the plurality of cell trapping units,
  • a two-dimensional array chip comprising a nucleic acid capture unit that captures nucleic acids extracted from the captured cells; Equipped with a three-dimensional porous body that absorbs the solution staying in the nucleic acid capture unit, and a discharge channel for discharging the solution,
  • a separation control unit for controlling separation between the nucleic acid capturing unit and the discharge channel,
  • the cell separation device wherein the separation control unit performs separation control so that a product amplified from the captured nucleic acid is not introduced into the discharge channel after the nucleic acid is captured by the nucleic acid capturing unit.
  • the cell analysis device according to (7), wherein the separation control unit is suction pressure application means provided in the discharge channel.
  • an ultrafiltration membrane or a gel membrane that prevents passage of molecules having a molecular size of the amplification product is disposed between the two-dimensional array chip and the three-dimensional porous body.
  • Analysis device. The cell analysis device according to (7), wherein the separation control unit is means for introducing a separation solvent or air between the nucleic acid capturing unit and the discharge channel.
  • the separation solvent is mineral oil.
  • the nucleic acid capture unit has a nucleic acid probe for capturing a nucleic acid, and the nucleic acid probe has a nucleic acid capture sequence that hybridizes with a nucleic acid extracted from a cell, and a different cell recognition corresponding to each cell capture unit
  • a cell analysis method using the cell analysis device according to (1) Filling the substrate with a solution containing cells; and applying a negative pressure to the cell trapping part, sucking the solution containing the cells toward the substrate and trapping a single cell in the cell trapping part
  • the method comprising the steps of: (13)
  • the method further includes a step of crushing a single cell captured by the cell trapping unit in a state where a negative pressure is applied to the cell trapping unit, and capturing the nucleic acid extracted from the cell by the nucleic acid trapping unit.
  • a cell analysis method using the cell analysis device according to (7) Filling the top of the two-dimensional array chip with a solution containing cells; and applying a negative pressure to the cell trapping part to suck the solution containing the cells from the discharge channel provided with the three-dimensional porous body
  • the nucleic acid capture unit or the two-dimensional array before the start of the amplification reaction or before the end of the amplification reaction
  • the method comprising the step of separating a chip and the three-dimensional porous body.
  • (15-1) a step of crushing a single cell captured by the cell trapping part while applying a negative pressure to the cell trapping part, and causing the nucleic acid trapping part to capture a nucleic acid extracted from the cell
  • the analysis method according to (15-1) further comprising a step of supplying the DNA to synthesize complementary strand.
  • a cell analysis apparatus comprising the cell analysis device according to any one of (1) to (11) and cell observation means (for example, a fluorescence microscope).
  • the efficiency of capturing the cell by the cell capture unit is improved as compared with the conventional method while maintaining the nucleic acid capture efficiency of the nucleic acid capture unit. Succeeded. As a result, it has become possible to prepare a sample for single cell analysis with a higher degree of separation of individual cells with higher accuracy than conventional devices and the like.
  • the cell analysis device, apparatus, and cell analysis method of the present invention have made it possible to recover amplification products with high efficiency when an amplification reaction is performed inside the device.
  • the cell analysis device, the apparatus and the cell analysis method of the present invention can quantitatively analyze not only the gene expression level as an average of the tissue but also the contents of individual cells constituting the tissue with high efficiency and high accuracy. Is possible. To know in detail the various phenomena that occur in the body, including the interaction between cells, by performing single cell analysis that measures the genes (eg, mRNA) that are active in living tissues at the single cell level. It is expected to have a great effect in the life science field, especially in medicine, drug discovery, diagnosis, and basic research on life phenomena.
  • genes eg, mRNA
  • FIG. 2 is a diagram showing a basic configuration of a device described in Patent Document 1, which is a related technique of the present invention. It is a figure showing an embodiment of composition of a cell analysis device concerning one mode of the present invention. It is a figure which shows embodiment of the structure of the cell analysis device which concerns on another aspect of this invention. It is a figure which shows the flowchart and separation timing of the cell analysis method using the cell analysis device which concerns on this invention.
  • FIG. 3 is a diagram showing an outline of the configuration of a device manufactured in Example 1-1. It is a figure which shows the nucleic acid processing process in the analysis method using the cell analysis device which concerns on this invention.
  • FIG. 6 is a diagram showing an outline of the configuration of a device manufactured in Example 1-4.
  • FIG. 6 is a diagram illustrating an outline of a configuration of a device according to Example 2. This is a continuation of FIG. 8-1. It is a figure which shows the outline
  • FIG. 6 is a diagram illustrating an outline of a configuration of a device according to Example 3.
  • the cells when the cells are aspirated to the cell capturing part of the 2D array chip, the cells are aspirated by competing with the repulsive force (for example, gravity) in the direction of separating the cells from the substrate of the 2D array chip. This prevents the cells from adsorbing to the two-dimensional array chip.
  • the repulsive force for example, gravity
  • the cell analysis device of the present invention includes a solution introduction channel for introducing a solution containing cells, a cell capture unit having a recess in contact with the solution introduction channel and capable of capturing one cell, A substrate provided corresponding to each concave portion of the cell trapping part, and provided with a plurality of sets of nucleic acid trapping parts that trap nucleic acids extracted from the cells trapped by the cell trapping part, and the nucleic acid trapping of the substrate And a pressure control means provided in the discharge channel, the substrate having a repulsive force in a direction in which the cells are separated from the substrate.
  • the pressure control means when capturing cells in the cell capture unit, the force in the direction from the cell capture unit to the nucleic acid capture unit is a first pressure greater than the repulsive force It is something to control.
  • FIG. 2A and 2B are diagrams showing an embodiment of the configuration of the cell analysis device according to the above aspect of the present invention, in which FIG. 2A is a bottom view (a plan view seen from the bottom), and FIG. (C) shows a cross-sectional view of the 2B-2B ′ cross-section. Further, (d) is an enlarged view of a region 2C in the sectional view (c).
  • the cell analysis device includes a plurality of cell capture units 203 capable of capturing cells one by one, and nucleic acids that are present corresponding to each cell capture unit and extracted from the cells captured by the cell capture unit.
  • a lower region 214 having a substrate (hereinafter referred to as a two-dimensional array chip (213)) having a set of nucleic acid capturing units 210 to capture and holding a cell solution introduced from the cell introduction port 211 before suction is two-dimensional.
  • the upper region 215 opposite to the array chip is connected to the upper outlet 207 at the top.
  • a pump or syringe is connected to the upper outlet 207.
  • a negative pressure By applying a negative pressure to the upper outlet 207, a negative pressure can be applied to the nucleic acid capturing unit 210 and the cell capturing unit 203 on the two-dimensional array chip.
  • the cell solution in the region 214 is sucked into the cell trap 203.
  • a force acts on the cell upward (in the direction of arrow 216) due to the viscosity of the solution when the cell solution is sucked.
  • gravity works in the 217 direction and is opposite to the suction direction.
  • the nucleic acid capturing unit 210 is composed of a porous material or beads (preferably magnetic beads), and a nucleic acid probe for capturing nucleic acids extracted from cells is fixed.
  • the nucleic acid probe has a nucleic acid capture sequence that hybridizes with a nucleic acid extracted from a cell and a different cell recognition sequence corresponding to each cell capture portion, and amplifies the nucleic acid captured by such a nucleic acid probe. Single cell analysis becomes possible by using the obtained product.
  • Nucleic acid probes can be appropriately designed by those skilled in the art depending on the purpose of analysis, the analysis target (mRNA, genomic DNA, ncRNA, etc.), the configuration of the device used, the type of amplification reaction, and the like.
  • the cell solution is introduced from the cell introduction port 211.
  • the single cell is adsorbed to the cell trap 203 by sucking the solution from the upper outlet 207 and applying a negative pressure, which is the same as in the conventional device.
  • the device according to the present invention is different from the conventional device in that the direction of gravity is controlled to an appropriate direction.
  • the suction force approaching the two-dimensional array chip during cell aspiration must be stronger than the gravity applied in the opposite direction.
  • This strong suction is particularly effective when the negative pressure applied to the upper outlet is close to 1 atm, and the pressure inside the region 215 is set lower than the saturated vapor pressure of the cell solution.
  • a continuous suction pump such as a diaphragm pump is more effective than a pump using a syringe with a finite suction volume.
  • Another method for realizing a strong suction force to overcome gravity is a method of arranging a three-dimensional porous body.
  • the three-dimensional porous body When the three-dimensional porous body is arranged in the region 215, it quickly absorbs the aqueous solution contacted by capillary action, and discharges the absorbed aqueous solution to the outside, particularly in a direction not in contact with the nucleic acid capturing unit 210. It has the property that can be made. By discharging the absorbed aqueous solution, the solution absorption performance by capillary action of the three-dimensional porous body can be maintained. By utilizing the capillary phenomenon of the three-dimensional porous body, the solution staying in the nucleic acid capturing unit 210 is sucked more quickly than in the case of simply applying a negative pressure as in the conventional example shown in FIG. In addition, the ability of the cell capture unit 203 to adsorb cells can be improved.
  • the embodiment using a three-dimensional porous material will be described in detail in the description of the configuration for recovering a nucleic acid amplification product with high efficiency when nucleic acid amplification is performed in the device.
  • the force applied to the cells in the direction of separating the cells from the two-dimensional array chip is not limited to gravity.
  • a repulsive force is applied to the cell in the vicinity of the 2D array chip, and the cell is transferred to the 2D array chip. Adsorption can be suppressed. It can also be realized by coating the surface with a coating agent such as MPC polymer or polyethylene glycol.
  • a three-dimensional porous body is arranged adjacent to the two-dimensional array chip to accelerate the suction of the cells by capillary action, and the effect of sedimentation due to the gravity of the cells. It is to reduce.
  • the amplified product on the two-dimensional array chip is not adsorbed on the three-dimensional porous body. And a means for separating the three-dimensional porous body.
  • the cell analysis device of the present invention includes a solution introduction channel for introducing a solution containing cells; a plurality of cell traps provided adjacent to the solution introduction channel and capable of capturing cells one by one
  • a two-dimensional array chip provided with a portion and a nucleic acid capturing portion that is provided corresponding to each cell capturing portion of the plurality of cell capturing portions and captures nucleic acid extracted from the cells captured by the cell capturing portion;
  • a three-dimensional porous body that absorbs the solution staying in the nucleic acid capture unit, and a discharge channel that discharges the solution; a separation control unit that controls separation between the nucleic acid capture unit and the discharge channel;
  • the separation control unit performs separation control so that a product amplified from the captured nucleic acid is not introduced into the discharge channel after the nucleic acid is captured by the nucleic acid capturing unit.
  • FIG. 3 is a diagram showing an embodiment of the configuration of the cell analysis device according to the above aspect of the present invention, in which (a) is a bottom view (a plan view seen from below), and (b) is a cross section taken along the 3A-3A ′. Cross-sectional views, (c) and (d) show cross-sectional views in the 3B-3B ′ cross-section, respectively.
  • the cell analysis device relates to a configuration provided with means for efficiently recovering an amplification product from a nucleic acid extracted from a cell to the outside. 2 provided with a plurality of cell capture units 303 capable of capturing cells one by one, and a nucleic acid capture unit 310 that captures nucleic acids extracted from the cells captured by the cell capture unit corresponding to each cell capture unit
  • the three-dimensional array chip (313) is the same as in the above embodiment, and the lower region 314 holding the cell solution introduced from the cell introduction port 311 is disposed adjacent to the two-dimensional array chip, and the upper region 315 on the opposite side is The same applies to the connection to the upper outlet 307.
  • a pump or a syringe is connected to the upper outlet 307.
  • a negative pressure is applied to the upper outlet 307, a negative pressure is applied to the nucleic acid capturing unit 310 and the cell capturing unit 303 on the two-dimensional array chip.
  • the cell solution in the region 314 is sucked into the cell trapping portion 303.
  • a means for separating the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip is provided in the configuration in which the suction force is increased by arranging the three-dimensional porous body in the upper region and the cells are captured.
  • This separation means includes "for" 323 in FIG.
  • a syringe 333 is provided as means for injecting air or a separation solvent.
  • the two-dimensional array chip is made of an elastic material (here, PDMS resin), by applying a negative pressure for suction to the upper outlet 307, (C) in FIG.
  • the two-dimensional array chip bends and adheres to the three-dimensional porous body 319 by applying a negative pressure. By such close contact, the three-dimensional porous body can be sucked by the capillary effect.
  • a bead outflow prevention film (hydrophilic porous film) 318 is added to the two-dimensional array chip 313. It is in close contact with the back side. The close contact between the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip is accurately realized by close contact between the bead holding film 318 and the three-dimensional porous body.
  • the bead outflow prevention film 318 functions integrally with the two-dimensional array chip 313, suction by the capillary effect is effective.
  • an actuator can be connected to the three-dimensional porous body to change the distance between the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip.
  • an isolation film that prevents the amplification product from reaching the surface of the three-dimensional porous body while keeping in close contact. This is achieved, for example, by placing a pore sized ultrafiltration membrane or gel membrane between the 3D porous body and the 2D array chip to prevent the molecular size molecules (eg DNA molecules) of the amplification products from passing through.
  • the three-dimensional porous material used in the present invention has a surface hydrophilicity enough to absorb aqueous solution by capillary action caused by the presence of pores randomly having pores of several tens of nm to several ⁇ m of zero points. It is the material which has. Specific examples thereof include a porous glass material, a glass fiber aggregate (for example, a bundle of glass fibers aligned in the same direction), and a glass bead aggregate (with an average particle size in the range of 0.1 to 30 ⁇ m). Preferred). It is preferable that the three-dimensional porous body is not easily deformed because the absorbed solution is unlikely to be unintentionally discharged and flows back to the nucleic acid capturing unit 310 or the cell capturing unit 303.
  • the hydrophilicity of the surface of the three-dimensional porous body has a water contact angle measured using pure water of 90 ° or less, preferably 80 ° or less, more preferably 50 ° or less, particularly preferably 40 ° or less, Alternatively, when 1 ⁇ L of pure water is dropped on a three-dimensional porous body having a volume sufficient to hold 1 ⁇ L of liquid, it is within 10 seconds, preferably within 5 seconds, more preferably within 3 seconds, particularly preferably. It can be characterized by any of the absorption of drops dropped within 1 second. In addition, when the liquid droplet is absorbed by the three-dimensional porous body, it means that the presence of the liquid droplet cannot be visually confirmed when observed from a plane perpendicular to the surface of the three-dimensional porous body. To do.
  • the three-dimensional porous body constituting the solution holding unit 319 is preferably sufficiently larger than the pores of the nucleic acid capturing unit 310 made of a porous membrane, beads, etc., for example, the average pore size is 0.2 ⁇ m or more, In particular, it is preferably 3 ⁇ m or more. With such a size, an excessively large pressure loss does not occur when a gas such as air passes through the solution holding unit 319. Further, if the pore size of the three-dimensional porous material is as described above, a sufficient pressure difference is generated between the upper part and the lower part of the nucleic acid capturing part 310 when a negative pressure is applied from the upper outlet 307. Can do.
  • the flow path provided with the solution holding unit 319 and communicated with the upper outlet 307 is also communicated with the intake port 321 opened to the outside of the apparatus via the pressure adjusting member 320.
  • the intake port 321 is released to the outside in the upper part direction of the apparatus.
  • the intake port 321 when negative pressure is applied from the upper outlet 307, outside air is taken in from the intake port 321 via the pressure adjusting member 320, and an air flow 322 is generated, thereby the solution holding unit 319.
  • the solution absorbed in is discharged.
  • the solution holding unit 319 absorbs the solution by capillary action only when negative pressure is applied from the upper outlet 307, that is, the volume of the solution discharged by the solution holding unit 319. Only by capillary action can the solution be absorbed again. Further, in the case of a configuration in which the intake port 321 is not provided, if the upper region 314 is simply filled with the solution, the solution may not reach the solution holding unit 319 and absorption may not start. Absorption does not stop until the capacity of 319 is satisfied and the controllability becomes insufficient, but the controllability can be supplemented by providing the intake port 321. It is preferable to further provide an air valve at the intake port 321 because controllability of solution absorption is further improved.
  • the pressure adjusting member 320 causes a pressure loss larger than that generated when the solution passes the nucleic acid capturing unit 310 when the gas passes.
  • the pressure adjusting member 320 for example, a material having pores finer than the holes of the nucleic acid capturing unit 310, for example, about 1/5 to about 1/10 of the average pore diameter of the holes of the nucleic acid capturing unit 310, more preferably about If a material having an average pore diameter of 1/7 to about 1/9, specifically about 1/8, is used, it can be said that the balance is good from the viewpoint of the difference in viscosity between air and water.
  • FIG. 4 shows a flow diagram of a cell analysis method using the device according to the present invention. This will explain at what timing the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip are separated.
  • the extracted nucleic acid (for example, mRNA) is captured by a nucleic acid probe fixed to the nucleic acid capturing unit 310.
  • the nucleic acid captured on the surface of the nucleic acid capture unit 310 in (Step 3) can be obtained by introducing a reagent containing an enzyme into the nucleic acid capture unit so that the first strand (eg, cDNA) complementary to the captured nucleic acid (eg, mRNA) Synthesized.
  • a second DNA strand is synthesized by introducing a second DNA probe and an enzyme reagent corresponding to the gene to be measured into the nucleic acid capture unit. All the reactions up to this point occur on the surface of the nucleic acid capturing part, and necessary reaction products are immobilized on the surface. In subsequent amplification reactions (eg, PCR), the amplification product is released from the surface and is recovered from the device as the final product. At this time, in order to prevent the amplification product from adsorbing to the three-dimensional porous body wall, a reagent containing an enzyme and a substrate necessary for the amplification reaction is introduced into the nucleic acid capture unit by suction, and then the suction force is turned off.
  • a reagent containing an enzyme and a substrate necessary for the amplification reaction is introduced into the nucleic acid capture unit by suction, and then the suction force is turned off.
  • the separation air or the separation solvent is injected between the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip by pushing the syringe 333 from “for” 323. This prevents the amplification product from moving from the two-dimensional array chip to the three-dimensional porous body, thereby preventing adsorption. During amplification, the amplification product spreads from the two-dimensional array chip to the region 314 by diffusion.
  • the timing of separation by injection of air or separation solvent may be the timing before the amplification reaction (for example, PCR cycle reaction) after the introduction of the reagent, but amplification for several cycles before moving from the nucleic acid capture part to the three-dimensional porous material by diffusion. It is better to separate after the reaction is complete. By executing at such timing, the influence of the movement of the solution due to the temperature change can be minimized.
  • amplification reaction for example, PCR cycle reaction
  • the amplification product is collected from the sample collection port 312 by suction.
  • the cell introduction port 311 is open, and the solution moves from 311 toward 312. Since the obtained amplification product contains DNA strands that are unnecessary for analysis (especially short DNA strands), purification was performed to remove them in (Step 7), and next generation in (Step 8). Perform sequence analysis with the sequencer. Finally, it is the same as in the conventional example to obtain a single cell analysis result by regrouping the sequences obtained for each tag sequence corresponding to the cell capture position (Step 9).
  • the amplification of the nucleic acid is preferably PCR amplification, but is not limited thereto, and other amplification methods such as rolling circle amplification (RCA) reaction, NASBA method, LAMP method can be used.
  • RCA rolling circle amplification
  • NASBA NASBA method
  • LAMP LAMP method
  • the separation is executed at the same timing as above.
  • the movement of the amplification product to the porous body is always blocked, so there is no need to set the separation timing.
  • the pore size of the ultrafiltration membrane or gel membrane is set to 1 to 10 nm, for example, 5 nm (30 kDa), so that the amount of nucleic acid transferred by the amplification product without negative pressure is reduced to 1/10 The following can be reduced.
  • FIG. 5 is a diagram showing an outline of the configuration of the device manufactured in this example, (a) is a bottom view (plan view from below), (b) is a diagram Sectional drawing in a 5A-5A 'cross section is shown.
  • the device 500 includes a plurality of reaction chambers 524, and each of the reaction chambers 524 includes a plurality of cell capture units 503 and a set of nucleic acid capture units 510 corresponding to the individual cell capture units 503.
  • a dimension array chip 513 is arranged.
  • the cell solution is supplied onto the two-dimensional array chip 513 by flowing through the common channel 525 from the cell introduction port 511 toward the sample recovery port 512, and the chip solution is filled with the cell solution.
  • the individual inlet 527 is used when a reagent is individually introduced into a chip, specifically, for example, when a reagent including a primer having a tag sequence for identifying a chip is introduced.
  • the two-dimensional array chip 513 For the production of the two-dimensional array chip 513, a resin chip made of dimethylpolysiloxane (PDMS) obtained by injection molding (a square with a side of 1.125 mm) is used, and a through hole with a diameter of about 3 to 10 ⁇ m smaller than the cell is formed. Thus, a cell capturing unit 503 was obtained.
  • the two-dimensional array chip may be manufactured using a resin chip obtained by injection molding using another resin (polycarbonate, cyclic polyolefin, polypropylene, etc.), or using a nanoimprint technology or a semiconductor process. Can also be done.
  • the material used for manufacturing the two-dimensional array chip is preferably a hydrophobic material, which can reduce adsorption of cells, reagents, and the like on the array chip.
  • a repulsive force can also be applied to the cells by performing a treatment for suppressing the adsorption of the cells on the surface of the substrate of such a two-dimensional array chip (see Example 1-3).
  • the filling of magnetic beads is performed individually using an ink jet printer head. In a state where the chip is turned upside down, 2 nL of the bead solution in which different sequences are fixed for each region is individually filled in the nucleic acid capturing unit 510. In the bead solution used for filling, magnetic beads having a diameter of 1 ⁇ m are suspended at a number density of 5 ⁇ 10 9 particles / mL.
  • Streptavidin is immobilized on the magnetic beads, and a 5 'biotin group-modified DNA probe is immobilized via this streptavidin.
  • the bead diameter was set to several ⁇ m or less (for example, 1 ⁇ m or less).
  • a bead outflow prevention film 518 resin porous film having a pore diameter of 0.8 ⁇ m: Isopore film, manufactured by Millipore having a pore diameter smaller than the bead diameter was brought into close contact with the two-dimensional array chip 513 so that the filled magnetic beads did not flow out.
  • gravity is used as the repulsive force, and the cells are prevented from coming into contact with and adsorbing to areas other than the cell trapping portion on the two-dimensional array chip due to the sedimentation of the cells due to gravity.
  • gravity works in a direction away from the two-dimensional array chip, it is necessary to overcome the gravity and suck cells.
  • the nucleic acid capture unit 510 of the two-dimensional array chip 513 is filled with fine magnetic beads, a cell solution is sufficient by simply applying a pressure difference between the upper and lower parts of the two-dimensional array chip 513 using a syringe. It may not flow at a flow rate and a sufficient suction force may not be obtained.
  • the suction method is not a syringe, but a diaphragm pump is connected to the upper outlet, so that the region of the upper channel 526 is kept below the saturated vapor pressure of the aqueous solution, and the two-dimensional array chip This was realized by evaporating the solution that reached the backside of the plate and quickly discharging it. Evaporating the solution in this way promotes the capillary effect of the nucleic acid capturing unit, thereby realizing high-speed suction and capturing cells against gravity.
  • FIG. 4 is a flowchart showing an outline of a single cell analysis method using the device of the present invention produced in Example 1-1 shown in FIG. FIG.
  • Step 1 cell capture, (Step 2) cell lysis (disruption), (Step 3) complementary strand (1st strand) synthesis (eg, cDNA synthesis), (Step 4) capture nucleic acid degradation (eg, mRNA degradation) ), (Step 5) 2nd strand synthesis, and (Step 6) amplification reaction are performed in the device.
  • the reaction up to (Step 5) is a solid-phase reaction in which the reaction product is immobilized on the nucleic acid capturing unit 510.
  • the amplification product released from the two-dimensional array chip in (Step 6) diffuses into the reaction reagent in the reaction chamber 524. After completion of the amplification reaction, the reagent containing this amplification product is recovered from the sample recovery port 512 by aspiration.
  • Step 4 After completing the complementary strand (1st strand) synthesis (for example, cDNA synthesis) of (Step 4), remove the 2D array chip from the device and submerge the chip in the tube containing the reagent, so that the beads are in solution. (Step IV5) and subsequent reactions may be carried out in the tube (outside the device).
  • Step 7) is a purification step that removes by-products during amplification that are unnecessary for nucleic acid sequence analysis.
  • Step 8) is a sequence analysis step by a next-generation sequencer, and any sequence analysis platform may be used as long as the sequencer has a high degree of parallelism.
  • the last (Step 9) is a data analysis step, in which sequence analysis results are compiled for each cell identification tag and chip tag, and gene analysis data for each single cell is constructed.
  • a step of capturing the cells in the cell solution by the cell capturing unit 503 on the two-dimensional array chip 513 is performed.
  • the cell solution is introduced from the cell introduction port 511 and sucked from the sample collection port 512 to fill the two-dimensional array chip 513 with the cell solution.
  • the cell solution passes through the cell capturing unit 503 and the nucleic acid capturing unit 510 on the two-dimensional array chip 513, and the cells are captured by the cell capturing unit 503.
  • Reference numeral 501 in FIG. 5 (a) denotes a cell captured by the cell capturing unit.
  • the lysis buffer is introduced from the cell inlet 511 and sucked from the sample collection port 512, so that the lysis buffer fills the 2D array chip 513 and obtains the required suction speed. Apply negative pressure to 507.
  • the negative pressure to be applied was the same as that during cell aspiration. In order to completely complete cell aspiration, it was effective to introduce about 1 ⁇ L of PBS buffer before introducing the lysis buffer.
  • the step of complementary strand (1st strand) synthesis (for example, reverse transcription, cDNA synthesis).
  • the negative pressure value is reset so that the necessary introduction rate of the complementary strand synthesis (reverse transcription) reagent mix can be obtained.
  • the reagent is introduced from the cell introduction port 511, and the two-dimensional array chip 513 is filled with the reagent.
  • the temperature of the device is raised and maintained for the time required for the reaction. Further, the temperature is raised to 85 ° C. in order to inactivate the reagent (for example, reverse transcriptase).
  • the washing buffer is introduced from the cell introduction port 511, and the negative pressure is reset in order to introduce and remove the washing buffer from the nucleic acid capturing unit.
  • capture nucleic acid degradation (mRNA degradation) and 2nd strand synthesis are almost the same as the complementary strand (1st strand) synthesis (reverse transcription) step.
  • the last step is an amplification reaction.
  • the amplification reaction reagent mix is introduced into the cell introduction port 511, and the negative pressure is set so that the reagent mix is introduced into the nucleic acid capturing unit 510 at a necessary solution speed.
  • FIG. 6 shows how a sample is prepared by processing a nucleic acid (for example, mRNA) captured by the nucleic acid capturing unit 510 of the device of this example.
  • a nucleic acid for example, mRNA
  • This step involves cell disruption after cell capture (Step 1) and capture of nucleic acid (mRNA) (Step 2) and synthesis of complementary strand (1st strand) (eg cDNA) (Step 3) and capture nucleic acid (eg mRNA) ) Degradation (Step 4), nucleic acid amplification (PCR) and synthesis of 2nd ⁇ ⁇ strand that introduces known terminal sequences necessary for sequencing (Step 5), and nucleic acid amplification (Step 6-1) (Step 6-2) Divided into steps.
  • the cells are trapped here. Since the trapped cells act as plugs for the solution flow, the solution flow moves to the cell trapping portion 503 that has not yet trapped the cells. Therefore, the remaining cells are moved to and captured by the capturing unit where the cells are not yet captured.
  • a lysis buffer for example, a surface active agent such as Tween 20
  • a surface active agent such as Tween 20
  • the bead outflow prevention membrane 518 is a flow path made of a porous material having a diameter of 0.8 ⁇ m and has a large pressure loss.
  • the trapped cell 501 is crushed by the lysis buffer, and the nucleic acid 606 (for example, mRNA) goes out of the cell, but the flow of the cell solution around the cell trapping part 503 is sucked into the holes constituting the cell trapping part 503.
  • the nucleic acid 606 (for example, mRNA) reaches the nucleic acid capturing unit 510 through the cell capturing unit 503 without diffusing to the periphery.
  • cell disruption and capture of the nucleic acid 606 (for example, mRNA) by the first DNA probe 601 immobilized on the beads of the nucleic acid capture unit 510 are simultaneously performed. This is shown in Step 2 of FIG.
  • the information on the position on the two-dimensional array chip 513 where the cells are trapped that is, the position coordinates of the cell trapping portions 503 arranged in a lattice pattern as shown in FIG. Therefore, on the bead surface of the nucleic acid capturing unit 510, a first DNA probe 601 having a cell recognition sequence 602 having a different sequence for each cell capturing unit 503 is fixed.
  • the diagonal line at the left end of each step diagram indicates the fixed wall surface, here, the bead surface.
  • This first DNA probe 601 has a sequence complementary to the nucleic acid to be captured at the 3 ′ end region (for example, when capturing mRNA, a poly T sequence), and the sequence of the nucleic acid to be captured Nucleic acid 606 (eg, mRNA) is captured by hybridizing to (eg, hybridizing to the poly A sequence at the 3 ′ end of the mRNA). Further, a common primer (604, Reverse) for amplification reaction may be provided on the 5 ′ end side.
  • the first DNA probe 601 is composed of a common primer for amplification of about 30 bases from the 5 ′ end (604, Reverse), a cell recognition sequence of about 7 bases (602), and an oligo of about 18 bases ( dT) Sequence + VN sequence of 2 bases.
  • a poly-T sequence was used as part of the capture DNA probe 601 to analyze mRNA, but in order to perform microRNA and genome analysis, the sequence of the nucleic acid to be analyzed was replaced with the poly-T sequence.
  • a part of the complementary sequence or a random sequence can be used, and the sequence design of such a capture probe can be appropriately performed by those skilled in the art based on conventional techniques.
  • 1st strand 607 is synthesized using the nucleic acid (mRNA) 606 captured by the first DNA probe 601 as a template.
  • mRNA nucleic acid
  • a synthesis reagent eg, reverse transcriptase
  • the complementary strand synthesis reaction (1st-strand synthesis reaction) was carried out for about 50 minutes after heating.
  • nucleic acids for example, cDNA
  • cDNA single-cell nucleic acid
  • a synthesis reagent eg, reverse transcriptase
  • a nucleic acid library array for example, a cDNA library array, corresponding to all the cells for each captured cell is constructed as shown in Step IV 4 of FIG.
  • Ex Taq ⁇ Hot start version (TaKaRa Bio) with 69 ⁇ L of sterilized water, 10 ⁇ L Ex Taq Buffer (TaKaRa Bio) 10 ⁇ L, 2.5mM dNTP Mix 100 ⁇ L, and 10 ⁇ M of each common sequence for amplification (Reverse) 609 was added. ) 1 ⁇ L was mixed, and this mixed reagent was introduced from the upper inlet 511 to the nucleic acid capturing unit 510 in the same manner as in the previous step. A method for individually introducing the second DNA probe 608 with the chip identification tag 610 will be described later. Thereafter, the secondary structure of the nucleic acid was solved at 95 ° C.
  • Step 5 in FIG. 6 shows that the second DNA probe 608 is hybridized to 1st strand and synthesizes 2nd strand 612.
  • the complementary strand extension reaction is completed by raising the temperature to 72 ° C. for 6 minutes.
  • the introduction of the second DNA probe 608 into the reaction chamber 524 is performed as follows. First, mineral oil is introduced from the cell inlet 511 and discharged from the upper outlet 512. Next, a buffer solution containing a reagent is flowed from the upper channel 526 toward the individual inlet 527, and excess mineral oil in the reaction chamber is discharged from the individual inlet 527. By doing so, the region filled with the buffer solution in the reaction chamber 524 below the two-dimensional array chip 513 is separated by mineral oil. Such separation occurs because the inner wall of the reaction chamber 524 is hydrophilic while the surface treatment is performed so that the region 528 between the reaction chambers is hydrophobic.
  • the 1st strand is firmly fixed to the beads (for example, by a biotin-avidin bond) in order to maintain high reaction efficiency.
  • a buffer solution containing a second DNA probe having a different chip identification sequence is introduced from the individual inlet 527 and discharged from the upper outlet 512 through the upper channel 526.
  • the vicinity of the nucleic acid capture unit 510 is filled with the second DNA probe that is different for each reaction chamber 524, and this probe hybridizes in 1st strand.
  • the last step is an amplification reaction using a common primer as shown in Steps 6-1 and 6-2 in FIG.
  • PCR reaction was performed, sterilized water 49 ⁇ L, 10 x High Fidelity PCR Buffer (Invitrogen) 10 ⁇ L, 2.5 mM dNTP mix 10 ⁇ L, 50 mM MgSO4 4 ⁇ L, 10 ⁇ M PCR amplification common primers (Forward) 10 ⁇ L
  • a reagent was prepared by mixing 10 ⁇ L of a sequence primer (Reverse) and 1.5 ⁇ L of Platinum Taq Polymerase High Fidelity (Invitrogen), and then introduced from the cell inlet 511 as in the previous step.
  • the amplification step was performed after cooling.
  • This reaction is a common reaction, and the amplification efficiency can be made uniform between the chips by performing the amplification reaction under the same conditions for all the chips.
  • the amplification product solution accumulated in the solution is collected, and for the purpose of removing residual reagents such as free common sequence primers (Forward / Reverse) and enzymes contained in this solution, for example, PCR Purification Kit (QIAGEN) ).
  • the obtained amplification product 615 is a sequence that can be sequenced and is called a sequencing library. Even if an amplification bias occurs between genes or molecules in the above-mentioned process, high-accuracy quantitative data can be obtained because the amplification bias can be corrected using molecular recognition tags after acquiring sequencing data. Can do.
  • a gene expression level can be obtained for each cell identification sequence and chip identification sequence. That is, it is possible to simultaneously analyze the number of cells equal to or less than the product of the type of the cell identification sequence and the type of the chip identification sequence simultaneously introduced into the device. As a result, it is possible to analyze the number of cells significantly larger than the number of cell identification sequences introduced in advance into the two-dimensional array chip.
  • a two-dimensional array chip can be fabricated using PDMS resin. Before injecting the beads constituting the nucleic acid capture unit, the surface of the 2D array chip (substrate) made of PDMS resin is coated to separate the cells from the 2D array chip (substrate) in the vicinity of the 2D array chip surface. A repulsive force works in the direction, and the adsorption of cells to the chip surface can be suppressed.
  • MPC (2-methacryloyloxyethyl phosphorylcholine) polymer (Nippo Lipidure (registered trademark) -CM5206) was coated, and the cell adsorption rate could be reduced to 1/10 or less.
  • a coating method a 0.5 w% ethanol solution was prepared, 2 ⁇ L per chip was dropped onto a PDMS resin film, the chip was covered with the solution, and left for 5 minutes, and the chip was collected. The structure of the device was the same as in FIG. 5, and almost no cells were adsorbed, and more than 95% of cells were recovered in all chips.
  • coating agents based on PEG (polyethylene glycol) (Block Master manufactured by JSR Life Sciences), and any coating agent may be used.
  • FIG. 7 shows a configuration in which repulsion is applied to the cells using dielectrophoresis to reduce the adsorption of the cells to the two-dimensional array chip.
  • the difference from the basic configuration shown in FIG. 5 is that electrodes for dielectrophoresis are arranged on the top and bottom, that the beads of the nucleic acid capturing part are made of metallic gold fine particles instead of magnetic beads, and that a high frequency power source is used. It is arranged.
  • the electrode configuration for suppressing cell adsorption is as follows.
  • the upper electrode 729 is disposed in the upper flow path 726 and is a flat plate substrate made of platinum. As many as 1.1 mm square electrodes, which are arranged immediately above the two-dimensional array chip and have the same size as the two-dimensional array chip, are connected in series by the number of chips.
  • the electrode thickness was 0.1 mm. In the method of use in this embodiment, since the applied voltage is low, the possibility of corrosion is low, and the material may be a metal other than platinum.
  • wires having a diameter of 0.1 mm were arranged in a lattice shape, and an electrode structure was formed by ultrasonic welding.
  • Fig.7 (a) it has arrange
  • the nucleic acid capturing unit 731 was packed with gold fine particles having a diameter of 400 nm, and a DNA probe was immobilized on the surface thereof using a thiol group.
  • an attractive force acts toward the cell capturing part by dielectric bonding.
  • the alternating voltage applied to both electrodes from the high frequency power source 732 was a sine wave of 10 Vpp at several kHz, and a frequency lower than the frequency at which the dielectric attractive force was inverted to the dielectric repulsive force was applied.
  • the frequency may be higher than several MHz (this frequency varies depending on the cell size and dielectric constant), and the dielectric force may be repulsive and antagonized with the attractive force.
  • FIG. 8 is a diagram showing an outline of the configuration of a device according to another aspect of the present invention, where (a) is a top view, and (b) is a cross-sectional view in the 8A-8A ′ cross section, showing the configuration during cell solution aspiration. Show.
  • FIG. 8C shows a cross-sectional view when the three-dimensional porous body and the two-dimensional array chip are separated during the amplification reaction.
  • gravity and suction force are not installed in opposite directions as in Example 1 (may be installed in opposite directions), and the suction force is increased by using a three-dimensional porous body, and gravity It is the structure which suppresses the influence of the sedimentation by minimum.
  • FIG. 8 (b) is a cross-sectional view of the device during cell capture.
  • the two-dimensional array chip 813 is made of a flexible PDMS resin, and a resin porous membrane (Isopore membrane having a pore diameter of 0.8 ⁇ m) is used as a bead outflow prevention film 818 for preventing outflow of beads forming the nucleic acid capturing unit 810. , Manufactured by Millipore).
  • the device 800 includes a plurality of reaction chambers 824, and each of the reaction chambers 824 includes a two-dimensional array including a plurality of cell capture units 803 and a nucleic acid capture unit 810 corresponding to each of the cell capture units 803.
  • a chip 813 is arranged.
  • the cell solution is supplied onto the two-dimensional array chip 813 by flowing through the common channel 825 from the cell introduction port 811 toward the sample collection port 812, and the chip solution is filled with the cell solution.
  • the individual inlet 827 is used when a reagent is individually introduced into a chip, specifically, for example, when a reagent including a primer having a tag sequence for identifying a chip is introduced.
  • a porous shirasu sintered body (shirasu porous glass: SPG film, manufactured by SPG Techno Co.), which is a three-dimensional porous body, was disposed, and a solution holding unit 819 was obtained.
  • the lower flow path 837 communicates with the lower outlet 838 and the intake port 835 for taking in air, and in the vicinity of the intake port 835, a pressure adjustment filter 836 (in this embodiment, taking into account the difference in viscosity between water and air, A resin porous membrane (Isopore membrane, manufactured by Millipore) having a pore size of 0.1 ⁇ m and an air valve 834 were provided.
  • a resin porous membrane Isopore membrane, manufactured by Millipore
  • the two-dimensional array chip 813 is filled with the cell solution, and then a negative pressure is applied by a syringe pump connected to the lower outlet 838 with the air valve 834 opened.
  • a syringe pump may be used instead of the syringe pump.
  • the two-dimensional array chip By applying a negative pressure to the lower outlet 838, the two-dimensional array chip is bent, and the bead outflow prevention film 818 and the three-dimensional porous body (819) are brought into close contact with each other. Thereby, the cell solution can be sucked at high speed by utilizing the capillary effect of the three-dimensional porous body.
  • position A upper part of the two-dimensional array chip 813
  • position B lower flow path 837 between the solution holding unit 819 and the pressure adjustment filter 836
  • position C (2 Dimensional array chip 813 and solution holding part 819)
  • the pressure relationship at position D is the magnitude relationship of A >> B> C> D
  • the suction force due to this capillary phenomenon generates a suction force of about 100 kPa in the cell trapping part 803 (assuming a circular shape with a diameter of 5 ⁇ m) in the configuration of this example. Can be calculated. As a result, the cells can be sucked almost without being affected by sedimentation due to gravity.
  • the air taken in from the intake port 835 passes through the solution holding part 819 due to the pressure difference between the position B, the position C, and the position D, whereby the aqueous solution absorbed by the solution holding part 819 is discharged toward the position D.
  • the By this discharge the suction force due to the capillary action of the solution holding unit 819 is recovered, so that the suction force of the solution holding unit 819 continues as long as the suction from the lower outlet 838 continues.
  • the suction from the lower outlet 838 stops the inner wall of the three-dimensional porous body constituting the solution holding portion 819 is quickly covered with the aqueous solution, and the suction force is lost.
  • the reaction chamber 824 is filled with reagents for amplification reaction (PCR reaction), and then a negative pressure is applied to the lower outlet 838 to introduce the amplification reagent (PCR reagent) into the nucleic acid trap.
  • PCR reaction reagents for amplification reaction
  • the syringe 833 is pushed in, and the mineral oil accumulated in the bottle 823 is slowly injected between the bead outflow prevention membrane 818 and the three-dimensional porous body in about 10 seconds.
  • the three-dimensional porous body is highly hydrophilic, mineral oil, which is a nonpolar solvent, does not infiltrate into the porous body. In this way, as shown in FIG.
  • the amplification reagent (PCR reagent) solution remaining in the three-dimensional porous body is isolated from the amplification reagent (PCR reagent) in the nucleic acid capturing part in the two-dimensional array chip. can do.
  • air is used instead of mineral oil, the air enters the three-dimensional porous body, and the amplification reagent (PCR reagent) solution can be isolated from the two-dimensional array chip.
  • Example 2-2 Separation by a moving mechanism of a three-dimensional porous body
  • a nonpolar solvent or oil was injected for separation, but in this example, a three-dimensional porous body and two-dimensional It is also possible to separate the solution by separating the array chip from each other at an appropriate timing.
  • a mechanism for movement may be inserted immediately below the three-dimensional porous body.
  • an example using air pressure is shown, but a moving mechanism such as a servo mechanism may be used.
  • Fig. 9 shows a configuration for separating a two-dimensional array chip and a three-dimensional porous body by air pressure.
  • Reference numeral 939 denotes an airbag made of polyethylene resin. The size is about 1x1mm, similar to the two-dimensional array chip.
  • a pump such as a syringe 940
  • the thickness of the airbag can be reduced to about 0.1mm to 0.3mm. Designed to change.
  • the two-dimensional array chip and the three-dimensional porous body are in close contact with each other, and the solution can be sucked by the capillary effect.
  • the internal pressure of the airbag 939 is reduced and the thickness is reduced, so that the three-dimensional porous body is separated from the two-dimensional array chip.
  • amplification reagent PCR reagent
  • increase the internal pressure of the airbag, and reduce the internal pressure of the airbag after the start of the amplification reaction (for example, PCR cycle) to the three-dimensional porous body wall of the amplification product Can be prevented.
  • an ultrafiltration membrane having a pore size of about 5 nm may be used instead of 0.8 ⁇ m pore ISOPORE.
  • the two-dimensional array chip and the three-dimensional porous body remain in close contact with each other, but since the application of negative pressure is turned off during the amplification reaction, the speed at which the amplification product passes through the ultrafiltration membrane is greatly increased. Can be lowered. This can also prevent the amplification product from adsorbing to the three-dimensional porous material.
  • Example 3 In this example, an apparatus configuration in which the device configuration of Example 1 is combined with a fluorescence microscope for observing captured cells will be described.
  • Figure 10 shows the configuration diagram.
  • the configuration of the device 1001 is the basic configuration of the first embodiment.
  • the three-dimensional porous body 319, 819, 919 for high speed suction is also included. That is, the gravity direction 217 is set in a direction opposite to the cell suction direction 216.
  • a two-dimensional array chip 513 in the figure shows a state when the cell solution is sucked, and is in close contact with the three-dimensional porous bodies 319, 819, and 919.
  • 501 is a captured cell.
  • a diaphragm pump 1002 is used for applying negative pressure.
  • the cells suspended in the buffer in the cell solution tube 1003 are introduced into the reaction chamber through the cell inlet 511 by suction with the syringe 1004. Excess cell solution and reagent are discharged to the waste liquid tube 1006 through the sample outlet 512 and the three-way stopcock 1005. With the cell solution introduced into the reaction chamber, the diaphragm pump 1002 is operated to capture the cells.
  • the CCD camera 1010 is arranged as shown in FIG.
  • Reference numeral 1011 denotes an XYZ stage for changing the focus adjustment and imaging area.
  • a staining method for staining the cell membrane was employed. Since the fluorescence image is acquired through the microscope observation window 1012 on the device 1001, acrylic (PMMA) is used as the material of the device including the window.
  • acrylic (PMMA) is used as the material of the device including the window.
  • other transparent resin materials polycarbonate, cycloolefin, etc.
  • other transparent resin materials polycarbonate, cycloolefin, etc.
  • Solution holder (3D porous body) 320... Pressure adjustment member 321 ... Intake port 322 ... Air flow 323 ... for 333 ... Syringe 500, 700, 800, 900 ... devices 501, 701, 801, 901 ... cells 503, 703, 803, 903 ... cell trapping part 507, 707 ... Lower outlet 510, 810, 910 ... Nucleic acid capture unit 511, 711, 811, 911 ... Cell inlet (upper inlet) 512, 712, 812, 912 ... Sample recovery port (upper outlet) 513, 713, 813, 913 ... 2D array chip 518, 718, 818... Bead outflow prevention membrane 524, 724, 824, 924 ...
  • Lower electrode 731 Gold fine particle nucleic acid capturing part 732... High frequency power supply 819, 919 ... Solution holding part (3D porous body) 823 ... for 833 ... Syringe 834, 934 ... Air valve 835, 935 ... Intake port 836, 936 ... Pressure adjustment filter 837, 937 ... Lower channel 838, 938 ... Lower outlet 939... Airbag 940 ... Syringe 1001... Device (housing) 1002 ... Diaphragm pump 1003... Cell solution tube 1004 ... Syringe 1005 ... Three-way stopcock 1006 ... Waste liquid tube 1007 ... Objective lens 1008 ... Laser light source 1009... Dichroic mirror 1010 ... CCD camera 1011... XYZ stage 1012 ... Microscope observation window

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Abstract

本発明は、単一細胞解析デバイスにおいて、核酸捕捉効率の向上と細胞捕捉効率の向上の両立を図ることで高精度な単一細胞解析データを得ることを目的とする。本発明は、細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部と、各細胞捕捉部に対応して存在し、細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部とを備えた2次元アレイチップを備えた細胞解析デバイスの改良に関する。

Description

細胞解析デバイス、装置およびそれを用いた細胞解析方法
　本発明は、遺伝子発現解析、細胞機能解析、生体組織の解析方法、病気の診断、創薬などの技術分野に関し、より具体的には単一細胞についての遺伝子解析を可能とする細胞解析デバイス、装置およびそれを用いた細胞解析方法に関する。
　単一細胞解析は、単一細胞毎の細胞中の生体分子を高精度に検出および／または定量する技術である。単一細胞解析を行うためには、細胞を個別処理するために単離し、細胞中の計測対象となる核酸を効率よく抽出し、相補鎖（例えばcDNA）を合成し、必要に応じて、増幅して得られた産物を配列解析する必要がある。
　特許文献１には、細孔アレーシートの細孔に個々の細胞を捕捉し、次いで細孔に固定され細孔ごとに異なるタグ配列を有するDNAプローブでその細胞由来の核酸を捕捉してcDNAを合成することにより、どの細胞に由来するかを識別可能な配列解析用の産物を得ることができるデバイスが開示されている。図１にそのようなデバイスの基本構成（特許文献１の図8に相当）を示す。
　図１のデバイスにおいて、細胞101を含む細胞溶液はインレット106から導入する。平面基板形状をした多孔質膜102の上部領域104を細胞溶液で満たすため、上部アウトレット107から細胞溶液を吸引する。下部アウトレット108から溶液を吸引して負圧をかけると、細胞溶液は多孔質膜102を介して吸引され、細胞101は細胞捕捉部103に誘導される。細胞101は多孔質膜102の上に構築された格子状の細胞捕捉部103で捕捉され、細胞を破砕すると、その細胞中の核酸（例えばmRNA）は細胞の直下の多孔質膜中に固定されたDNAプローブ（例えばポリTプローブ）によって捕捉される。
　図１のようなデバイスを用いると、捕捉された細胞から抽出された核酸を、反応領域である多孔質膜内壁以外の領域にほとんど接触させることなく捕捉し、捕捉された核酸に対応する核酸（例えばcDNA）を合成することができる。そのため、反応に関連のないデバイスの内壁に核酸が吸着する確率を低く抑えて、高効率に配列解析のための産物を調製することができる。
国際公開第2014/020657号
　図１のようなデバイスにおいて、核酸を効率よく捕捉するためには、多孔質膜102を構成する平均的な孔の直径は数μm以下である必要があり、特に1μm以下であることが望ましい。また、多孔質膜102の膜厚は10μm以上、特に数十μm以上であることが望ましい。しかし、そのような多孔質膜を用いると、細胞溶液を通過させる際の圧力損失が大きくなってしまう。圧力損失が大きいと、下部アウトレット108から溶液を吸引した際に吸引速度が低下することにより、細胞101が細胞捕捉部103に吸引される速度が低下する。そのため、比較的多くの細胞が重力により沈降し、細胞捕捉部103にたどり着く前に、その他のデバイス上の領域に留まってしまう現象がみられていた。図１中、109で示した細胞は、そのような細胞捕捉部103まで到達しなかった細胞の一例である。
　細胞捕捉部103以外の領域に細胞が留まってしまうことは、解析できる細胞の割合が低下するのみならず、付随した問題を引き起こす。すなわち、細胞から核酸を抽出する際には細胞を破砕する工程が必要となるが、その際に細胞捕捉部103以外の領域に存在する細胞も同時に破砕され、その細胞から抽出された核酸が複数の細胞捕捉部103に流入してしまい、正確な単一細胞解析が困難になるという問題が生じる。
　上記のような問題は、核酸捕捉効率の向上を図って、多孔質膜102の孔の直径を小さくし、膜厚を大きくしたことによる圧力損失の増大が原因である。それゆえ、核酸捕捉効率の向上と細胞捕捉効率の向上がトレードオフの関係になっていることが本質的な課題である。
　さらに、核酸を捕捉後、配列解析を行うためには、核酸増幅工程が必要である。この工程では、（特許文献１に記載されているように）核酸捕捉部から核酸増幅産物が遊離し、溶液サンプルとしてデバイスの外部に抽出し、配列解析を実行する必要がある。この溶液中の増幅産物がデバイスの内壁に吸着する問題が生じる場合がある。吸着によって配列解析に必要な核酸増幅産物の収量が低下し、また、核酸の塩基長の違いによって吸着率が異なるため細胞中の本来の核酸の組成とは異なる組成についての配列解析を行ってしまう可能性がある。
　本発明者らは上述したような問題を検討した結果、以下のような結論に達した。細胞溶液を核酸捕捉部が配置された基板（例えば多孔質膜）の裏面から吸引する際に、細胞捕捉部以外の基板上の領域に近づかないような斥力が細胞に印加されるようにデバイス構成をとることが有効である。すなわち、一例として、図２に示すように細胞への吸引方向と細胞への重力が反対方向に印加されるように構成されたデバイスが有効である。このような斥力は、図２に例示したような重力の場合のみならず、表面処理による静電気力や誘電泳動力も有効である。
　また、本発明者らは、図３に示すように第2の3次元多孔質膜（3次元多孔質体）を用いて吸引力を強めることによって、細胞捕捉部以外の領域に他の力による吸着を防止する方法が有効であることを見出したが、この第2の3次元多孔質膜の内壁は親水性である必要があるため、負の電荷を有するDNA鎖は高確率に内壁へ吸着することがあった。そのため、得られる増幅産物の収量が低下し、DNA増幅産物の長さによる収量の変化が生じることがあるため、一細胞中の核酸組成の解析が難しいこともある。この点をさらに改良するために、増幅反応過程で前記親水性の3次元多孔質膜と増幅反応部である前記核酸捕捉部の溶液を分離する手段を設けることが有効であることを見い出した。このような分離を行う手段としては、核酸捕捉部である第1の多孔質膜（または基板、すなわち2次元アレイチップ）と吸引補助用の第2の親水性3次元多孔質膜との間に、適切なタイミングで空気またはオイルなどの非極性溶媒を注入する手段を設けること、あるいは、第1と第2の多孔質膜の設置距離が膜に対して垂直方向に離れるようなアクチュエータをデバイス内部に設けることが有効であることを見い出した。さらに、第1と第2の多孔質膜の間に限外ろ過膜またはゲル膜等の分離膜を用いて増幅産物が第2の多孔質膜に到達しないようにすることが有効であることも見い出した。
　したがって、本発明の要旨は以下のとおりである：
（1）細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と、
　前記溶液導入流路に接し、細胞を1個捕捉可能な凹部を有する細胞捕捉部と、前記細胞捕捉部のそれぞれの凹部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部との組を複数備えた基板と、
　前記基板の前記核酸捕捉部に隣接して設けられ、前記核酸捕捉部の溶液を排出する排出流路と、
　前記排出流路に設けられた圧力制御手段と
を備え、
　前記基板は、細胞を前記基板から引き離す方向の斥力を備え、
　前記圧力制御手段は、前記細胞捕捉部に細胞を捕捉する際は、前記細胞捕捉部から前記核酸捕捉部への方向の力が、前記斥力よりも大きな第1の圧力となるように制御する
ことを特徴とする細胞解析デバイス。
（2）前記圧力制御手段は、前記核酸捕捉部での核酸反応の際は、前記細胞捕捉部から前記核酸捕捉部への方向の力が、重力よりも大きく前記第1の圧力よりも小さくなるように制御する、（1）に記載の細胞解析デバイス。
（3）前記基板上の、前記細胞を含む溶液と接する前記凹部以外の領域は、細胞に対して斥力を働かせる領域である、（1）に記載の細胞解析デバイス。
（4）前記斥力は、前記細胞捕捉部が細胞を重力に逆らう方向に捕捉するように前記基板が設置されることによる斥力である、（1）に記載の細胞解析デバイス。
（5）前記斥力は、前記基板の表面が細胞の吸着を抑制する処理をされることによる斥力である、（1）に記載の細胞解析デバイス。
（5-1）細胞の吸着を抑制する処理が、コーティング剤、例えばMPCポリマによる表面処理である、（5）に記載の細胞解析デバイス。
（6）前記基板を挟むように設けられた電極対をさらに備え、前記核酸捕捉部は金属微粒子を備え、前記斥力は前記電極対に印加される電圧と前記金属微粒子による誘電結合による斥力である、（1）に記載の細胞解析デバイス。
（6-1）金属微粒子が金微粒子である、および／または基板が白金基板である、（6）に記載の細胞解析デバイス。
（7）細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と、
　前記溶液導入流路に隣接して設けられ、細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部と、前記複数の細胞捕捉部の各細胞捕捉部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部とを備えた2次元アレイチップと、
　前記核酸捕捉部に滞留した溶液を吸収する3次元多孔質体を備え、前記溶液を排出する排出流路と、
　前記核酸捕捉部と前記排出流路との間を分離制御する分離制御部と
を備え、
　前記分離制御部は、前記核酸捕捉部に前記核酸が捕捉された後、捕捉された核酸から増幅された産物が前記排出流路に導入されないように分離制御を行う
ことを特徴とする細胞解析デバイス。
（8）前記分離制御部は、前記排出流路に設けられた吸引圧力印加手段である、（7）に記載の細胞解析デバイス。
（9）前記2次元アレイチップと前記3次元多孔質体の間に、前記増幅産物の分子サイズの分子の通過を防止する限外ろ過膜またはゲル膜を配置する、（7）に記載の細胞解析デバイス。
（10）前記分離制御部は、前記核酸捕捉部と前記排出流路との間に分離溶媒または空気を導入する手段である、（7）に記載の細胞解析デバイス。
（10-1）分離溶媒がミネラルオイルである、（10）に記載の細胞解析デバイス。
（11）前記核酸捕捉部が核酸を捕捉するための核酸プローブを有し、前記核酸プローブは細胞から抽出された核酸とハイブリダイズする核酸捕捉配列と、各細胞捕捉部に対応して異なる細胞認識配列とを有する、（1）または（7）に記載の細胞解析デバイス。
（12）（1）に記載の細胞解析デバイスを用いた細胞解析方法であって、
　前記基板の上を細胞を含む溶液で満たす工程、および
　前記細胞捕捉部に負圧を印加し、前記細胞を含む溶液を前記基板に向かって吸引し、前記細胞捕捉部に単一の細胞を捕捉する工程
を含む、前記方法。
（13）前記細胞捕捉部に捕捉した単一の細胞を、前記細胞捕捉部に負圧を印加した状態で破砕し、前記細胞から抽出された核酸を前記核酸捕捉部に捕捉させる工程をさらに含む、（12）に記載の細胞解析方法。
（14）前記核酸捕捉部に捕捉された核酸とハイブリダイズする配列を有する第2の核酸プローブ、ならびに捕捉された核酸を鋳型とする相補鎖合成のための酵素および基質を前記核酸捕捉部に供給して相補鎖合成を行う工程をさらに含む、（13）に記載の解析方法。
（15）（7）に記載の細胞解析デバイスを用いた細胞解析方法であって、
　前記2次元アレイチップの上を細胞を含む溶液で満たす工程、および
　前記細胞捕捉部に負圧を印加し、前記細胞を含む溶液を前記3次元多孔質体を備えた前記排出流路から吸引するとともに、核酸増幅のための試薬を前記核酸捕捉部に前記細胞を含む溶液と同様に吸引によって導入後、増幅反応の開始前または増幅反応の開始後終了前まで前記核酸捕捉部または前記2次元アレイチップと前記3次元多孔質体を分離する工程
を含む、前記方法。
（15-1）前記細胞捕捉部に捕捉した単一の細胞を、前記細胞捕捉部に負圧を印加した状態で破砕し、前記細胞から抽出された核酸を前記核酸捕捉部に捕捉させる工程をさらに含む、（15）に記載の細胞解析方法。
（15-2）前記核酸捕捉部に捕捉された核酸とハイブリダイズする配列を有する第2の核酸プローブ、ならびに捕捉された核酸を鋳型とする相補鎖合成のための酵素および基質を前記核酸捕捉部に供給して相補鎖合成を行う工程をさらに含む、（15-1）に記載の解析方法。
（16）（1）～（11）のいずれかに記載の細胞解析デバイスと、細胞観察手段（例えば蛍光顕微鏡）とを備えることを特徴とする細胞解析装置。
　本発明の細胞解析デバイス、装置および細胞解析方法により、細胞からの核酸捕捉の際に、核酸捕捉部における核酸捕捉効率を維持しつつ、細胞捕捉部が細胞を捕捉する効率を従来よりも向上させることに成功した。その結果、従来のデバイス等よりも高精度に個々の細胞の分離度を高めた単一細胞解析用のサンプルを調製することが可能となった。また本発明の細胞解析デバイス、装置および細胞解析方法により、デバイス内部で増幅反応を行う際に、高効率に増幅産物を回収することが可能となった。
　したがって、本発明の細胞解析デバイス、装置および細胞解析方法により、組織の平均としての遺伝子の発現量だけではなく、組織を構成する個々の細胞の中味を高効率かつ高精度に定量分析することが可能である。生体組織の中で活動する遺伝子（例えばmRNA）を単一細胞レベルで計測する単一細胞解析を行うことにより、生体内で起こっている種々現象を細胞間の相互作用も含めて詳細に知ることができるようになり、生命科学分野、特に医療、創薬、診断、生命現象の基礎研究などに大きな効果があると期待される。
本発明の関連技術である、特許文献1に記載のデバイスの基本構成を示す図である。 本発明の一態様に係る細胞解析デバイスの構成の実施形態を示す図である。 本発明の別の態様に係る細胞解析デバイスの構成の実施形態を示す図である。 本発明に係る細胞解析デバイスを用いた細胞解析方法のフロー図と分離タイミングを示す図である。 実施例1-1で製造したデバイスの構成の概要を示す図である。 本発明に係る細胞解析デバイスを用いた解析方法における核酸処理過程を示す図である。 実施例1-4で製造したデバイスの構成の概要を示す図である。 実施例2に係るデバイスの構成の概要を示す図である。 図８－１の続きである。 実施例2-2で製造したデバイスの構成の概要を示す図である。 実施例3に係る装置の構成の概要を示す図である。
　一態様において、本発明の細胞解析デバイスでは、2次元アレイチップの細胞捕捉部に細胞を吸引する際に、2次元アレイチップの基板から細胞を引き離す方向の斥力（例えば重力）と拮抗させて吸引することで、細胞の2次元アレイチップへの吸着を防止する。具体的には、本発明の細胞解析デバイスは、細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と、前記溶液導入流路に接し、細胞を1個捕捉可能な凹部を有する細胞捕捉部と、前記細胞捕捉部のそれぞれの凹部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部との組を複数備えた基板と、前記基板の前記核酸捕捉部に隣接して設けられ、前記核酸捕捉部の溶液を排出する排出流路と、前記排出流路に設けられた圧力制御手段とを備え、前記基板は、細胞を前記基板から引き離す方向の斥力を備え、前記圧力制御手段は、前記細胞捕捉部に細胞を捕捉する際は、前記細胞捕捉部から前記核酸捕捉部への方向の力が、前記斥力よりも大きな第1の圧力となるように制御するものである。
　図２は、本発明の上記態様に係る細胞解析デバイスの構成の一実施形態を示す図であり、（a）は下面図（下から見た平面図）、（b）は2A-2A'断面における断面図、（c）は2B-2B'断面における断面図をそれぞれ示す。また、（d）は断面図（c）中の領域2Cの拡大図である。
　本発明に係る細胞解析デバイスは、細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部203と、各細胞捕捉部に対応して存在し、細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部210の組を備えた基板（以下、2次元アレイチップ(213)という）を有し、細胞導入口211から導入された細胞溶液を吸引前に保持する下部領域214が2次元アレイチップに隣接して配置され、反対側の上部領域215は上部にある上部アウトレット207に接続されている。この上部アウトレット207にはポンプまたはシリンジが接続されており、この上部アウトレット207に負圧を印加することで、2次元アレイチップ上の、核酸捕捉部210および細胞捕捉部203に負圧を印加可能となり、領域214中の細胞溶液は細胞捕捉部203に吸引される。（d）の拡大断面図に示すように細胞溶液の吸引時に溶液の粘度によって細胞には上向き（矢印216の方向）に力が働く。一方、重力は217方向に働き、吸引方向と反対向きとなる。これによって、重力による細胞の沈降は、2次元アレイチップから引き離す方向に働くから、細胞の吸引力は細胞捕捉部203のみで働き、2次元アレイチップ上の細胞捕捉部以外の領域への細胞吸着を防止する。この実施形態では、重力を2次元アレイチップから引き離す方向の斥力として利用しているが、他の斥力を利用できることについては後述する。
　核酸捕捉部210は、多孔質材料またはビーズ（好ましくは磁性ビーズ）などから構成され、細胞から抽出された核酸を捕捉するための核酸プローブが固定されている。核酸プローブには、細胞から抽出された核酸とハイブリダイズする核酸捕捉配列と、各細胞捕捉部に対応して異なる細胞認識配列とを有し、そのような核酸プローブに捕捉された核酸を増幅させた産物を用いることにより単一細胞解析が可能となる。核酸プローブは、解析の目的、解析対象（mRNA、ゲノムDNA、ncRNA等）、使用するデバイスの構成、増幅反応の種類などに応じて、当業者であれば適宜設計することができる。
　細胞溶液は、細胞導入口211から導入する。図１に示した従来例とは上下反転した形で領域214を細胞溶液で満たすため、サンプル回収口212から細胞溶液を吸引する。次いで、上部アウトレット207から溶液を吸引して負圧を印加することにより、細胞捕捉部203に単一の細胞を吸着させる点も、従来例のデバイスと同じである。しかし、本発明に係るデバイスは、重力方向を適切な向きに制御することが従来例のデバイスとは相違する。
　細胞吸引時の2次元アレイチップに近づく吸引力は、反対方向に加わる重力よりも強い必要がある。この強い吸引は上部アウトレットに印加する負圧が1気圧に近く、領域215の内部の圧力が細胞溶液の飽和蒸気圧よりも低く設定するときに特に有効である。この飽和蒸気圧よりも内部圧力を低くするためには、持続的な吸引が必要であることから、吸引体積が有限なシリンジを用いたポンプよりも、ダイアフラムポンプなどの連続吸引ポンプが有効である。重力に打ち勝つほどの強い吸引力を実現するためのもう1つの方法は、3次元多孔質体を配置する方法である。3次元多孔質体は、領域215に配置した場合には、毛細管現象により接触した水溶液を素早く吸収し、かつ、その吸収した水溶液を外部へ、とりわけ核酸捕捉部210に接していない方向へと排出させることができる性質を有する。吸収した水溶液を排出させることにより、3次元多孔質体の毛細管現象による溶液吸収性能を維持させることができる。3次元多孔質体の毛細管現象を利用することにより、図１に示した従来例のように単に負圧を印加するのみの場合と比べて、より速やかに核酸捕捉部210に滞留した溶液を吸引することができ、さらに細胞捕捉部203が細胞を吸着する能力も向上させることができる。3次元多孔質体を用いる実施の形態については、核酸増幅までをデバイス内で行うとき高効率に核酸増幅産物を回収するための構成の記載において詳述する。
　細胞を2次元アレイチップから引き離す方向に細胞に印加する力は重力に限られるものではない。例えば、2次元アレイチップに対して負電荷を持った表面処理を2次元アレイチップ（基板）に行うことで、2次元アレイチップ近傍で細胞に斥力を印加して、細胞の2次元アレイチップへの吸着を抑制することが可能である。また、MPCポリマやポリエチレングリコールなどのコーティング剤で表面をコートすることによっても実現可能である。
　さらに、誘電泳動によって細胞を2次元アレイチップから引き離す方向に力を印加することも可能である。詳細については実施例1-4に記載する。
　また別の態様において、本発明の細胞解析デバイスでは、2次元アレイチップに隣接して3次元多孔質体を配置することで毛細管現象により細胞の吸引を高速化し、細胞の重力による沈降の影響を低減するものである。本発明の細胞解析デバイスは、3次元多孔質体を備える場合、同時に、2次元アレイチップ上での増幅された増幅産物が3次元多孔質体に吸着されないように増幅反応中に2次元アレイチップと3次元多孔質体を分離する手段を備えるものである。具体的には、本発明の細胞解析デバイスは、細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と；前記溶液導入流路に隣接して設けられ、細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部と、前記複数の細胞捕捉部の各細胞捕捉部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部とを備えた2次元アレイチップと；前記核酸捕捉部に滞留した溶液を吸収する3次元多孔質体を備え、前記溶液を排出する排出流路と；前記核酸捕捉部と前記排出流路との間を分離制御する分離制御部とを備え、前記分離制御部は、前記核酸捕捉部に前記核酸が捕捉された後、捕捉された核酸から増幅された産物が前記排出流路に導入されないように分離制御を行うものである。
　図３は、本発明の上記態様の細胞解析デバイスの構成の一実施形態を示す図であり、（a）は下面図（下から見た平面図）、（b）は3A-3A'断面における断面図、（c）および（d）は3B-3B'断面における断面図をそれぞれ示す。
　本発明の別の態様に係る細胞解析デバイスは、細胞から抽出した核酸からの増幅産物を効率よく外部に回収できる手段を設けたことを特徴とする構成に関するものである。細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部303と、各細胞捕捉部に対応して、細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部310とを備えた2次元アレイチップ(313)は、前記態様と同様であり、細胞導入口311から導入された細胞溶液を保持する下部領域314が2次元アレイチップに隣接して配置され、反対側の上部領域315は上部アウトレット307に接続されていることも同様である。さらに、この上部アウトレット307にはポンプまたはシリンジが接続されており、この上部アウトレット307に負圧を印加することで、2次元アレイチップ上の、核酸捕捉部310および細胞捕捉部303に負圧を印加可能となり、領域314中の細胞溶液は細胞捕捉部303に吸引されることも同様である。しかし、本態様では、上部領域に3次元多孔質体を配置することによって吸引力を増して、細胞を捕捉する構成において、3次元多孔質体と2次元アレイチップを分離する手段を設ける点で異なる。この分離手段としては、図３の323の“ため”（空気または非極性溶媒（例えばミネラルオイル）などの分離溶媒を入れる空間）と、3次元多孔質体と2次元アレイチップの間の領域に空気または分離溶媒を注入する手段としてのシリンジ333を設けている。本実施の形態では、2次元アレイチップは弾力性のある材料（ここではPDMS樹脂）で作製しているため、吸引のための負圧を上部アウトレット307に印加することによって図３の（C）の313で示す2次元アレイチップのように、2次元アレイチップは負圧印加によってたわんで3次元多孔質体319に密着する。このような密着によって、3次元多孔質体のキャピラリ効果による吸引が可能となる。負圧印加をとめて、空気または分離溶媒をそれぞれの媒体の“ため”323から3次元多孔質体319と2次元アレイチップ313の間に注入することによって、溶液を介した物質の移動を遮断する。この遮断によって、増幅産物であるDNAの3次元多孔質体内壁への吸着を防止することができる。
　具体的には、2次元アレイチップ中の核酸捕捉部310を構成する多数のビーズがパックされた状態を維持するために、ビーズ流出防止膜（親水性多孔質膜）318を2次元アレイチップ313の裏面に密着させている。3次元多孔質体と2次元アレイチップの密着は正確にはビーズ保持膜318と3次元多孔質体の密着によって実現される。ここでビーズ流出防止膜318は2次元アレイチップ313と一体となって機能するため、前記キャピラリ効果による吸引は有効である。
　分離手段としては、3次元多孔質体にアクチュエータを接続して3次元多孔質体と2次元アレイチップの間の距離を変えて分離することもできる。
　さらに、密着したままで3次元多孔質体表面に増幅産物が到達しないような隔離膜を設けることによって分離することも可能である。これは、例えば3次元多孔質体と2次元アレイチップの間に増幅産物の分子サイズの分子（例えばDNA分子）の通過を防止するポアサイズの限外ろ過膜またはゲル膜を配置することによって実現される。
　本発明に用いる3次元多孔質体とは、数十nmから零点数μmの細孔をランダムに有し、その細孔の存在により生じる毛細管現象により水溶液を吸収することができる程度の表面親水性を有する材料である。その具体例としては、多孔質ガラス材、ガラス繊維集合体（例えば、ガラス繊維を同じ方向に揃えて束ねたもの）、ガラスビーズ集合体（平均粒径が0.1～30μmの範囲であることがより好ましい）などが挙げられる。3次元多孔質体は、容易に変形するもものではないほうが、吸収した溶液が意図せず排出されて核酸捕捉部310や細胞捕捉部303に逆流する可能性が低くなるため好ましい。3次元多孔質体の表面の親水性は、純水を用いて測定した水接触角が90°以下、好ましくは80°以下、より好ましくは50°以下、特に好ましくは40°以下であること、あるいは1μLの液体を保持するのに十分な体積を有する3次元多孔質体に1μLの純水を滴下した際に、10秒以内、好ましくは5秒以内、より好ましくは3秒以内、特に好ましくは1秒以内に滴下した液滴が吸収されることのいずれかにより特徴付けることができる。なお、液滴が3次元多孔質体に吸収されるとは、3次元多孔質体表面に対して垂直な面から観察した際に、液滴の存在が目視で確認できない状態となることを意味する。
　また、溶液保持部319を構成する3次元多孔質体は、その孔径が多孔質膜やビーズなどからなる核酸捕捉部310が有する孔よりも十分大きいことが好ましく、例えば平均孔径が0.2μm以上、特に3μm以上であることが好ましい。そのような大きさであれば、空気などの気体が溶液保持部319を通過する際に、過度に大きな圧力損失は生じない。また、3次元多孔質体の孔径が上記のような大きさであれば、上部アウトレット307から負圧をかけた際に、核酸捕捉部310の上部－下部間に十分な圧力差を生じさせることができる。
　溶液保持部319が設けられており上部アウトレット307と連通する流路は、圧力調整部材320を介して装置外部に開放された吸気ポート321とも連通していることが好ましい。図３の装置では、吸気ポート321は装置上部方向に外部へと解放されている。吸気ポート321が設けられている場合、上部アウトレット307から負圧をかけると、圧力調整部材320を介して吸気ポート321から外気が取り込まれ、空気の流れ322が発生し、それにより溶液保持部319に吸収された溶液が排出される。吸気ポート321を設けた構成とすることで、上部アウトレット307から負圧をかけた時のみ溶液保持部319が毛細管現象により溶液を吸収するように、すなわち溶液保持部319が排出した溶液の容量分だけ毛細管現象により再び溶液を吸収するようにすることができる。また、吸気ポート321を設けない構成の場合は、上部領域314を溶液で満たしただけでは溶液が溶液保持部319まで到達せずに吸収が始まらないこともある一方、吸収が始まれば溶液保持部319の容量が満たされるまで吸収は停止せず、制御性が不十分となるが、吸気ポート321を設けることにより制御性を補うことができる。吸気ポート321にエアバルブをさらに設けると、溶液の吸収の制御性がより向上するため好ましい。
　圧力調整部材320は、気体が通過する際に、溶液が核酸捕捉部310を通過する際に生じるものよりも大きな圧力損失を生じさせるものであることが好ましい。そのような圧力調整部材320を設けることで、上部アウトレット307から負圧を印加した際に、吸気ポート321のみならず、溶液保持部319、核酸捕捉部310および細胞捕捉部302に十分な負圧が印加されるようになる。圧力調整部材320としては、例えば核酸捕捉部310が有する孔よりも微細な孔を有する材料、例えば核酸捕捉部310が有する孔の平均孔径の約1/5～約1/10、より好ましくは約1/7～約1/9、具体的には約1/8の平均孔径を有する材料を用いると、空気と水の粘度差の観点からバランスがよいといえる。
　なお、本発明者らは、3次元多孔質体を備えた細胞解析デバイスについて既に国際特許出願（2015年9月30日出願のPCT/JP2015/077849）を行っている。その出願の明細書、請求の範囲および図面に記載された内容は、そのまま参考として本明細書中にとり入れるものとする。
　図４に本発明に係るデバイスを用いた細胞解析方法のフロー図を示す。これによって、どのタイミングで3次元多孔質体と2次元アレイチップを分離するかを説明する。
　最初のステップで、上述のようにして細胞を細胞捕捉部303に捕捉した後、（Step 2）で上部アウトレット307から負圧を印加した状態で、リシスバッファなどにより細胞を破砕すると、その細胞から抽出された核酸（例えばmRNA）は核酸捕捉部310に固定された核酸プローブにより捕捉される。（Step 3）で核酸捕捉部310表面上に捕捉された核酸は、酵素を含む試薬を核酸捕捉部に導入することで、捕捉された核酸（例えばmRNA）の相補鎖1st strand（例えばcDNA）が合成される。（Step 4）で計測対象の遺伝子に対応する第2のDNAプローブと酵素試薬を核酸捕捉部に導入することによって、2nd strandを合成する。ここまでの反応はすべて核酸捕捉部表面で起き、必要な反応産物は前記表面上に固定されている。次の増幅反応（例えばPCR）では、増幅産物は表面上から遊離し、最終産物としてデバイスから回収される。このとき、増幅産物が3次元多孔質体内壁に吸着することを防止するために、増幅反応に必要な酵素と基質を含む試薬を核酸捕捉部に吸引によって導入した後、吸引力をオフにして、分離用の空気または分離溶媒を“ため”323からシリンジ333を押し込むことによって、3次元多孔質体と2次元アレイチップの間に注入する。これによって、増幅産物が2次元アレイチップ中から3次元多孔質体へ移動することを遮断し、吸着を防止することができる。増幅時に増幅産物は領域314に拡散によって2次元アレイチップ中から広がっていく。
　空気または分離溶媒の注入による分離のタイミングは試薬導入後の増幅反応（例えばPCRサイクル反応）前のタイミングでもよいが、拡散によって核酸捕捉部から3次元多孔質体に移動する前の数サイクルの増幅反応が完了した後で分離した方が良い。このようなタイミングで実行することによって、温度変化による溶液の移動の影響を最小限に抑えることができる。
　増幅工程完了後、増幅産物は、サンプル回収口312から吸引によって回収される。このとき、細胞導入口311は開放されており、溶液は311から312に向かって移動する。得られた増幅産物には解析に不要な長さのDNA鎖（特に短いDNA鎖）が含まれているため、(Step 7)で除去するために精製を実施し、(Step 8)で次世代シーケンサにて配列解析を行う。最後に細胞捕捉位置に対応するタグ配列ごとに得られた配列をまとめなおすこと（Step 9）によって単一細胞解析結果を得ることは従来例と同様である。なお、核酸の増幅は、好ましくはPCR増幅であるが、それに限定されず、ローリングサークル増幅（RCA）反応、NASBA法、LAMP法などの他の増幅法を用いることが可能である。そのような他の増幅法は、当技術分野で周知であり、当業者であれば適宜使用する核酸プローブ、試薬を選択することができる。
　また、アクチュエータによって3次元多孔質体と2次元アレイチップを分離する場合も上記と同じタイミングで分離を実行する。
　さらに、限外ろ過膜またはゲル膜を用いる分離方法では多孔質体への増幅産物の移動が常時遮断されるので分離のタイミングを設定する必要はない。ここで、限外ろ過膜またはゲル膜のポアサイズは、1～10 nm、例えば5 nm（30 kDa）と設定することで負圧印加がない状態での増幅産物の核酸の移動量を1/10以下に低減することができる。
　以下、実施例を用いて本発明をより詳細に説明するが、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。
（実施例1-1）デバイスの製造
　図５は、本実施例で製造したデバイスの構成の概要を示す図であり、（a）は下面図（下から見た平面図）、（b）は5A-5A'断面における断面図を示す。デバイス500は複数の反応室524を備えており、その反応室524のそれぞれには、複数の細胞捕捉部503と、その個々の細胞捕捉部503に対応する核酸捕捉部510の組を備えた2次元アレイチップ513が配置されている。細胞溶液は、細胞導入口511からサンプル回収口512に向かって共通流路525の中を流すことにより2次元アレイチップ513上に供給し、チップ上を細胞溶液で満たす。個別インレット527は、チップことに個別に試薬を導入する場合、具体的には、例えばチップを識別するためのタグ配列を有するプライマーを含む試薬を導入する際などに用いる。
　2次元アレイチップ513の製造には、射出成形により得られたジメチルポリシロキサン（PDMS）製樹脂チップ（一辺が1.125mmの正方形）を用い、細胞より小さい直径3～10μm程度の貫通孔を形成して細胞捕捉部503とした。なお、2次元アレイチップの製造は、他の樹脂（ポリカーボネート、サイクリックポリオレフィン、ポリプロピレンなど）を用いた射出成形により得られた樹脂チップを用いて行ってもよく、あるいはナノインプリント技術や半導体プロセスを用いて行うこともできる。2次元アレイチップの製造に用いる材料は、疎水性材料であることが好ましく、それにより細胞や試薬などのアレイチップ上への吸着を低減することができる。このような2次元アレイチップの基板の表面に、細胞の吸着を抑制する処理を行うことでも、細胞に斥力を印加することが可能である（実施例1-3参照）。
　細胞捕捉部503の直下には、直径数十μm（例えば10～50μm）の円筒状の空間を設け、その中に核酸捕捉用プローブを固定した磁性ビーズを充填し、核酸捕捉部510を構成するようにした。磁性ビーズの充填は個別にインクジェットプリンタヘッドを用いて実行する。チップを上下逆転させた状態で、領域ごとに異なる配列が固定されたビーズ溶液を個別に核酸捕捉部510に2nLずつ充填する。充填に用いるビーズ溶液は、直径1μmの磁性ビーズが5×109個/mLの数密度で懸濁されている。磁性ビーズ上にはストレプトアビジンが固定されており、このストレプトアビジンを介して5'ビオチン基修飾されたDNAプローブが固定される。充填する磁性ビーズの数を増やして核酸捕捉効率を向上させるため、ビーズの直径は数μm以下（例えば1μm以下）とした。充填した磁性ビーズが流出しないよう、ビーズ直径よりも孔径が小さいビーズ流出防止膜518（孔径0.8μmの樹脂製ポーラス膜：Isopore膜、ミリポア社製）を2次元アレイチップ513に密着させた。
　本実施例では、斥力として重力を利用し、重力による細胞の沈降によって2次元アレイチップ上の細胞捕捉部以外の領域に細胞が接触し、吸着することを防止する。しかし、本実施例では、重力は2次元アレイチップから引き離す方向に働くため、重力に打ち勝って細胞を吸引する必要がある。しかし、2次元アレイチップ513の核酸捕捉部510は微細な磁性ビーズが充填されているため、シリンジを用いた2次元アレイチップ513の上部と下部に圧力差を印加するのみでは細胞溶液が十分な流速で流れず、十分な吸引力を得ることができないこともある。そこで本実施例では、より好ましい実施形態として、吸引方法をシリンジではなく、上部アウトレットにダイアフラムポンプを接続することによって、上部流路526の領域を水溶液の飽和蒸気圧以下に保ち、2次元アレイチップの裏面に到達した溶液を蒸発させて速やかに排出することによって実現した。このように溶液を蒸発させることは、核酸捕捉部のキャピラリ効果を促し、これによって、高速の吸引が実現し、重力に逆らって細胞を捕捉することができる。
（実施例1-2）デバイスを用いた単一細胞解析方法
　図４は、図５に示される実施例1-1で製造した本発明のデバイスを用いた単一細胞解析方法の概略を示すフロー図である。本実施例では、(Step 1)細胞捕捉、(Step 2)細胞リシス(破砕)、(Step 3)相補鎖（1st strand）合成（例えばcDNA合成）、(Step 4)捕捉核酸分解（例えばmRNA分解）、(Step 5)2nd strand合成、(Step 6)増幅反応、をデバイス中で実行する。また、(Step 5)までの反応は、核酸捕捉部510上に反応生成物は固定されており、固相反応となっている。(Step 6)で2次元アレイチップから遊離した増幅産物は反応室524の反応試薬中に拡散していく。増幅反応完了後、この増幅産物を含む試薬をサンプル回収口512から吸引によって回収する。
　また、(Step 4)の相補鎖（1st strand）合成（例えばcDNA合成）が完了したあと、2次元アレイチップをデバイスから取り外して、チップを試薬の入ったチューブに沈めることによって、ビーズを溶液中に回収し(Step 5)以降の反応をチューブ中（デバイスの外）で実行してもよい。
　(Step 7)は核酸配列解析に不要な増幅時の副産物を除去する精製工程である。さらに(Step 8)は次世代シーケンサによる配列解析工程であり、並列度の高いシーケンサであればどのような配列解析プラットフォームを用いても良い。最後の（Step 9）がデータ解析工程であり、細胞識別タグやチップタグごとに配列解析結果をまとめて、単一細胞毎の遺伝子解析データを構築する工程である。
　まず、細胞溶液中の細胞を2次元アレイチップ513上の細胞捕捉部503で捕捉する工程を行う。そのために、細胞溶液を細胞導入口511から導入し、サンプル回収口512から吸引することで、細胞溶液で2次元アレイチップ513上を満たす。次に、下部アウトレット507に負圧を印加することによって、細胞溶液が2次元アレイチップ513上の細胞捕捉部503と核酸捕捉部510を通過して、細胞が細胞捕捉部503に捕捉される。図５（a）の501は細胞捕捉部に捕捉された細胞を示す。このとき、ダイアフラムポンプによる連続排気と核酸捕捉部のキャピラリ効果によって高速吸引が実現し、重力による沈降に打ち勝って吸引することができる。吸引時間は1μLあたり1分以内であった。このとき、沈降による2次元アレイチップ上の細胞の吸着は10％以下であった。
　細胞を破砕するためにリシスバッファを細胞導入口511から導入し、サンプル回収口512から吸引することで、リシスバッファで2次元アレイチップ513上を満たし、必要な吸引速度が得られるように下部アウトレット507に負圧を印加する。印加する負の圧力は細胞吸引時と同じ圧力とした。なお、細胞吸引を完全に完了するために、リシスバッファを導入する前にPBSバッファを1μL程度導入することも有効であった。
　次に相補鎖（1st strand）合成（例えば、逆転写、cDNA合成）のステップに進む。相補鎖合成（逆転写）用試薬ミックスの必要な導入速度が得られるように、負圧の値を再設定する。設定後、細胞導入口511から試薬を導入し、2次元アレイチップ513上を試薬で満たす。その後、相補鎖合成反応（逆転写反応）を進めるためにデバイスの温度を上昇させて、反応に必要な時間だけ維持する。さらに、試薬（例えば逆転写酵素）を失活させるために85℃まで昇温する。不要な洗浄液を洗浄・排出するため、洗浄バッファを細胞導入口511から導入し、洗浄バッファを核酸捕捉部に導入・排出するために負圧を再設定する。次の工程である捕捉核酸分解（mRNA分解）と2nd strand合成は、前記相補鎖（1st strand）合成（逆転写）の工程とほぼ同じである。
　最後の工程が増幅反応である。増幅反応試薬ミックスを細胞導入口511に導入し、核酸捕捉部510に試薬ミックスを必要な溶液速度で導入されるように負圧設定を行う。増幅反応（特にPCR）を行うために温度サイクルを開始し、1～数サイクル目に負圧の印加を停止すると同時にシリンジをするように圧力設定を変更する。その後、必要な増幅産物濃度になるまで温度サイクルを繰り返し、増幅産物を回収するために、下部アウトレット507に負圧を印加して、吸引し、回収された増幅産物溶液をチューブに排出する。
　次に、2次元アレイチップ513を用いたシーケンシング用サンプルの調製手順を詳細に説明する。本実施例のデバイスの核酸捕捉部510に捕捉された核酸（例えばmRNA）の処理によって、どのようにサンプルが調製されるかを図６に示した。この工程は、細胞捕捉(Step 1)の後の細胞の破砕および核酸（mRNA）の捕捉(Step 2)および相補鎖（1st strand）（例えばcDNA）の合成(Step 3)と捕捉核酸（例えばmRNA）の分解（Step 4)、核酸増幅（PCR）およびシーケンスに必要な既知の末端配列を導入する2nd strandの合成(Step 5)、そして核酸増幅(Step 6-1) (Step 6-2)のステップに分けられる。
　細胞を500μLの1×PBSバッファで細胞を傷つけないように洗浄後、4℃に冷却された1×PBSバッファ10μLに懸濁された1000個の細胞を細胞導入口511から導入し、反応室524がこの溶液で満たされるように、上部アウトレット512から吸引する。このようにすることで、2次元アレイチップ513上は細胞を含むPBSバッファで満たされることとなる。次に、上部流路526に向かって細胞捕捉部503を溶液が通って流れるように、下部アウトレット507に、例えばダイアフラムポンプにて負圧0.95気圧を印加して溶液を吸引する。細胞は溶液の流れに乗って移動し、細胞捕捉部503まで到達し、細胞捕捉部503の開口直径が細胞の直径よりも小さいため、ここに細胞が捕捉される。捕捉された細胞は、溶液流に対して栓の役割を果たすので、溶液の流れはまだ細胞を捕捉していない細胞捕捉部503に移動する。そのため、残りの細胞はまだ細胞が捕捉されていない捕捉部へと移動し捕捉される。
　細胞が十分な数だけが捕捉されたら、捕捉されなかった過剰な細胞とPBSバッファをサンプル回収口512から排出する。次に、細胞導入口511からサンプル回収口512に向かってリシスバッファ（例えばTween 20などの表面活性剤）を流し、2次元アレイチップ513上がバッファで満たされたあと、直ちに下部アウトレット507に負圧を印加して吸引する。以下すべての溶液は、同様の方法によって2次元アレイチップ513の核酸捕捉部510を通過させる。このとき、ビーズ流出防止膜518は直径0.8μmの多孔質材料から構成された流路であり、圧力損失が大きいため、このようなビーズ流出防止膜518を使用することで、リシスバッファが細胞捕捉部503を通って上部流路526に向かって5分程度ゆっくりと流れ続けるようにすることは容易にできる。
　リシスバッファによって、捕捉された細胞501は破砕され、核酸606（例えばmRNA）は細胞の外に出るが、細胞捕捉部503周辺での細胞溶液の流れは、細胞捕捉部503を構成する孔に吸い込まれるように流れ続けているので、核酸606（例えばmRNA）は周辺に拡散することなく細胞捕捉部503を通って核酸捕捉部510まで到達する。このようにして、リシスバッファの導入によって、細胞の破砕と、核酸606（例えばmRNA）の核酸捕捉部510のビーズ上に固定された第1のDNAプローブ601での捕捉とが同時に実行される。その様子を図６のStep 2に示す。
　ここで、細胞が捕捉された2次元アレイチップ513上における位置の情報、すなわち図５の(a)に示したような格子状に配列した細胞捕捉部503の位置座標を遺伝子解析のデータの中に盛り込むために、核酸捕捉部510のビーズ表面上には、細胞捕捉部503ごとに異なる配列の細胞認識配列602が導入された第1のDNAプローブ601が固定されている。図６において、各ステップ図の左端の斜線は固定壁面、ここではビーズ表面を示す。この第1のDNAプローブ601は、3'末端領域に捕捉しようとする核酸に相補的な配列（例えばmRNAを捕捉する場合には、ポリT配列）を持っており、捕捉しようとする核酸の配列とハイブリダイズすることによって（例えば、mRNAの3'末端のポリA配列とハイブリダイズすることによって）核酸606（例えばmRNA）を捕捉する。また、5'末端側に増幅反応のための共通プライマー(604、Reverse)を設けてもよい。
　本実施例において、この第1のDNAプローブ601は、5'末端から約30塩基の増幅用共通プライマー(604、Reverse)、約7塩基の細胞認識配列(602)、および約18塩基のオリゴ(dT)配列＋2塩基のVN配列の順に配列する。本実施例では、mRNAを解析するために捕捉用DNAプローブ601の一部にポリT配列を用いたが、microRNAやゲノム解析を行うために、ポリT配列の代わりに解析対象の核酸の配列と相補的な配列の一部、またはランダム配列を用いることができ、このような捕捉用プローブの配列設計は、当業者であれば慣用技術に基づいて適宜行うことができる。
　次に、図６のStep 3で示すように、第1のDNAプローブ601に捕捉された核酸（mRNA）606を鋳型として、1st strand 607を合成する。本実施例ではmRNAから1st cDNAを合成するため、1st strand合成試薬として、0.1％Tween20を含む10mM Tris Buffer (pH = 8.0) 58.5μL、10mM dNTP 4μL、5xRT Buffer (SuperScript III、 Invitrogen社) 225μL、0.1M DTT 4μL、RNaseOUT (Invitrogen社) 4μL、およびSuperscript III(逆転写酵素、Invitrogen社)4μLを混和し、細胞導入口511から前工程と同様に導入する。上記溶液を合成試薬（例えば逆転写酵素）および合成基質を含む溶液で充填されたビーズの空隙部分を満たした状態で、反応室524から上部流路526に非常にゆっくり流しながら、50℃にゆっくり昇温して50分ほど相補鎖合成反応（1st strand合成反応）を行った。その結果、細胞ごとに複数のビーズ表面に固定された核酸（例えばcDNA）をライブラリとして得た。これはいわば一細胞核酸（cDNA）ライブラリアレイというべきものであり、従来多くの細胞から得られる平均化された核酸（cDNA）ライブラリとは根本的に異なるものである。
　1st strand 607を合成した後、デバイス全体を85℃にて1.5分保ち、合成試薬（例えば逆転写酵素）を失活させた。さらに、4℃に冷却後、例えばRNaseおよび0.1％Tween20を含む10mM Tris Buffer(pH = 8.0)0.2mLを上部インレット511から注入し、上部アウトレット512から吸引して、反応室524を溶液で満たした後、下部アウトレット507から排出し、反応室524中のバッファを上部アウトレット512から取り除くという工程を5回繰り返すことによって、捕捉核酸（mRNA）を分解し、核酸捕捉部中の残存物および分解物を除去・洗浄した。さらに、アルカリ変性剤を含む液および洗浄液で同様に5回洗浄した。ここまでのプロセスで、図６のStep 4に示すような、捕捉した細胞ごとの、すべての細胞に対応する核酸ライブラリアレイ、例えばcDNAライブラリアレイが構築される。
　次に、滅菌水69μL、10 x Ex Taq Buffer(TaKaRa Bio社)10μL、2.5mM dNTP Mix 100μL、および各10μMの増幅用共通配列(Reverse)609が付加されたEx Taq Hot start version (TaKaRa Bio社)1μLを混和し、この混合試薬を前工程と同様に上部インレット511から核酸捕捉部510に導入した。チップ識別タグ610付きの第2のDNAプローブ608の個別導入方法は後述する。その後、95℃、3分間で核酸の2次構造を解いたあと、44℃2分間で1st strandを鋳型としてプライマーの遺伝子特異的配列611をアニールさせた。図６のStep 5に第2のDNAプローブ608が1st strandにハイブリダイズし、2nd strand 612を合成している様子を示す。6分間72℃に温度を上げることによって相補鎖伸長反応は完了する。
　反応室524への第2のDNAプローブ608の導入は以下のように行う。まず、細胞導入口511からミネラルオイルを導入し、上部アウトレット512から排出する。次に試薬を含む緩衝溶液を上部流路526から個別インレット527に向かって流し、反応室内の余分ミネラルオイルを個別インレット527から排出する。このようにすることによって、2次元アレイチップ513下部の反応室524に緩衝液で満たされた領域がミネラルオイルによって分離される。このような分離が起きるのは、反応室524の内壁が親水的である一方、反応室間の領域528が疎水的になるように表面処理が施されているからである。また、1st strandがビーズに強固に（たとえばビオチン－アビジン結合によって）固定されていることも高い反応効率を維持するために好ましい。反応室524の分離の完了後、チップ識別配列がそれぞれ異なる第2のDNAプローブを含む緩衝溶液を個別インレット527から導入し、上部流路526を通して上部アウトレット512から排出する。これによって、核酸捕捉部510近傍は、反応室524ごとに異なる第2のDNAプローブで満たされ、このプローブが1st strandにハイブリダイズする。2nd strandの合成の完了後、細胞導入口511からサンプル回収口512に向かって大量の緩衝溶液を流し、領域528にあるミネラルオイルを洗い流す。流路がつながればよいので、多少ミネラルオイルが領域528に残ってもよい。
　最後の工程は、図６のStep 6-1とStep 6-2に示すような、共通プライマーによる増幅反応である。本実施例ではPCR反応を行い、滅菌水49μL、10 x High Fidelity PCR Buffer (Invitrogen) 10μL、2.5 mM dNTP mix 10μL、50mM MgSO4 4μL、10μM PCR増幅用共通プライマー(Forward)10μL、10μM PCR増幅用共通配列プライマー(Reverse)10μL、およびPlatinum Taq Polymerase High Fidelity (Invitrogen社) 1.5μLを混和して試薬を調製後、前工程と同様に細胞導入口511から導入した。続いて、デバイス全体を30秒間94℃に保ち、94℃30秒間→55℃30秒間→68℃30秒間の3段階工程を40サイクル繰り返し、最後に68℃で3分間保った後、4℃に冷却して増幅工程を行った。この反応は共通反応であり、すべてのチップについて共通の条件で増幅反応を行うことで、チップ間での増幅効率の均一化を図ることができる。溶液中に蓄積された増幅産物溶液を回収し、この溶液中に含まれるフリーの増幅用共通配列プライマー(Forward/Reverse)や酵素などの残留試薬を除去する目的で、例えばPCR Purification Kit(QIAGEN社)を用いて精製する。
　得られた増幅産物615は配列解析が可能な配列であり、シーケンシングライブラリと呼ばれる。上述の工程において遺伝子間または分子間で増幅バイアスが生じたとしても、シーケンシングデータ取得後に、分子認識タグを利用して増幅バイアスの補正を行うことができるため、高精度な定量データを得ることができる。このシーケンシングライブラリを配列解析することによって、細胞識別配列、チップ識別配列ごとに遺伝子発現量が得られる。すなわち、デバイス中に同時に導入された細胞識別配列の種類とチップ識別配列の種類の積の数以下の細胞数についての同時解析が可能となる。これによって、事前に2次元アレイチップ中に導入した細胞識別配列数よりも大幅に多い数の細胞数の解析が可能となる。
　なお、本発明者らは、単一細胞についての遺伝子解析と、その細胞を含む細胞集団についての網羅的遺伝子解析とを同時に実現可能とする細胞解析方法について既に国際特許出願（2014年9月9日出願のPCT/JP2014/073753）を行っている。その出願の明細書、請求の範囲および図面に記載された内容は、そのまま参考として本明細書中にとり入れるものとする。
（実施例1-3）重力以外の斥力の印加方法（表面処理）
　2次元アレイチップはPDMS樹脂を用いて作製することができる。核酸捕捉部を構成するビーズを注入する前に、PDMS樹脂製の2次元アレイチップ（基板）の表面をコーティングすることによって、細胞に2次元アレイチップ表面近傍で2次元アレイチップ（基板）から引き離す方向に斥力が働き、チップ表面への細胞の吸着を抑制することができる。本実施例では、MPC（2-メタクリロイルオキシエチルホスホリルコリン）ポリマ（日油製Lipidure(登録商標)-CM5206）をコーティングし、細胞の吸着率を1/10以下に低下させることができた。コーティング方法としては0.5w％エタノール溶液を調製し、PDMS樹脂膜に1チップ辺り2μLを滴下して、チップを溶液で覆い5分放置し、チップを回収した。デバイスの構造は図５と同じであり、細胞はほとんど吸着せずすべてのチップにおいて95％以上の細胞が回収された。コーティング剤としてMPCポリマ以外にもPEG（ポリエチレングリコール）をベースとしたもの（JSRライフサイエンス社製Blockmaster）などがあり、いずれのコーティング剤を用いてもよい。
（実施例1-4）重力以外の斥力の印加方法（誘電泳動による構成）
　図７に、誘電泳動を用いて細胞に斥力を印加して、細胞の2次元アレイチップへの吸着を低減する構成を示した。図５に示した基本構成との相違は、上下に誘電泳動のための電極を配置したことと、核酸捕捉部のビーズを、磁性ビーズではなく金属性の金微粒子としたこと、さらに高周波電源を配置したことである。
　細胞の吸着を抑制するための電極構成は以下の通りである。上部電極729は上部流路726中に配置され、白金製の平板基板である。2次元アレイチップの直上に配置されて2次元アレイチップとほぼ同じサイズの1.1ミリ角の四角い電極がチップの数だけ直列に接続されている。また、電極の厚さは0.1mmとした。本実施例での使用方法では印加電圧が低いため、腐食の可能性が低く、材質は白金以外の金属でもよい。また、下部電極730は直径0.1mmのワイヤを格子状に配置して、超音波溶着によって電極構造を成型した。さらに、図７（a）に示すようにワイヤが細胞捕捉部の間に位置するよう配置した。また、核酸捕捉部731は直径400nmの金微粒子をパックして、その表面にチオール基を用いてDNAプローブを固定した。この核酸捕捉部を金微粒子（金コロイド）にしたことによって、誘電結合によって、細胞捕捉部に向かって吸引力が働く。なお、高周波電源732から両電極に印加される交流電圧は数kHzで10Vppの正弦波であり、誘電引力から誘電斥力に反転する周波数よりも低い周波数を印加した。当然のことながら、周波数を数MHzよりも高くして（細胞のサイズや誘電率によってこの周波数は異なる）誘電力を斥力にして、吸引力と拮抗させて用いてもよい。
（実施例2）
　図８は、本発明の別の態様に係るデバイスの構成の概要を示す図であり、（a）は上面図、（b）は8A-8A'断面における断面図で細胞溶液吸引時の構成を示している。また、図８の（c）は、増幅反応時の3次元多孔質体と2次元アレイチップが分離されたときの断面図を示している。本実施例のデバイスでは、実施例1のように重力と吸引力を反対方向に設置せず（反対方向に設置してもよい）、3次元多孔質体を用いることによって吸引力を増し、重力による沈降の影響を最小に抑制する構成である。このとき課題となる溶液保持部819に配置した3次元多孔質体内部への増幅産物の吸着を抑制するために3次元多孔質体と2次元アレイチップを分離する手段を設けたデバイス構成と動作方法について実施例1との相違点を中心に説明する。
　図８（b）は細胞捕捉の際のデバイスの断面図である。2次元アレイチップ813は弾力性のあるPDMS樹脂で作製されており、核酸捕捉部810を形成するビーズの流出を防止するためのビーズ流出防止膜818として孔径0.8μmの樹脂製ポーラス膜（Isopore膜、ミリポア社製）を用いた。
　デバイス800は複数の反応室824を備えており、その反応室824のそれぞれには、複数の細胞捕捉部803と、その個々の細胞捕捉部803に対応する核酸捕捉部810を備えた2次元アレイチップ813が配置されている。細胞溶液は、細胞導入口811からサンプル回収口812に向かって共通流路825の中を流すことにより2次元アレイチップ813上に供給し、チップ上を細胞溶液で満たす。個別インレット827は、チップことに個別に試薬を導入する場合、具体的には、例えばチップを識別するためのタグ配列を有するプライマーを含む試薬を導入する際などに用いる。
　核酸捕捉部810の下部流路837には、3次元多孔質体である多孔質シラス焼結体（シラス多孔質ガラス：SPG膜、SPGテクノ社製）を配置し、溶液保持部819とした。この3次元多孔質体を用いることによって、高速に吸引でき、重力による沈降の影響を排除することができる。下部流路837は、下部アウトレット838および空気を取り入れる吸気ポート835と連通するようにし、吸気ポート835近傍には、圧力調整フィルタ836（本実施例では水と空気の粘度の差を考慮して、孔径0.1μmの樹脂製ポーラス膜（Isopore膜、ミリポア社製）を用いた）およびエアバルブ834を設けた。細胞捕捉部803に細胞を捕捉させる際には、2次元アレイチップ813上を細胞溶液で満たした後、エアバルブ834を開いた状態で下部アウトレット838に接続したシリンジポンプにより負圧を印加する。もちろん、シリンジポンプに代えて、ダイアフラムポンプなど他のポンプを用いることもできる。
　下部アウトレット838に負圧を印加することによって2次元アレイチップはたわみ、ビーズ流出防止膜818と3次元多孔質体(819)が密着する。これによって、3次元多孔質体のキャピラリ効果を活用して高速に細胞溶液を吸引することができる。
　以下キャピラリ効果を活用した高速吸引の方法について記す。図８に示したデバイスにおいて、図中に示した位置A（2次元アレイチップ813の上部）、位置B（溶液保持部819と圧力調整フィルタ836の間の下部流路837）、位置C（2次元アレイチップ813と溶液保持部819の間）、および位置D（溶液保持部819よりも下部アウトレット838に近い下部流路837）における圧力関係は、A>>B>C>Dの大小関係となるように設定すると、核酸捕捉部810が溶液で満たされ、さらに溶液保持部819に溶液が接するようになり、溶液保持部819を構成する3次元多孔質体における毛細管現象が生じて大きな吸引力が発生する。この毛細管現象による吸引力は、例えば3次元多孔質体のポアサイズが10μmであった場合、本実施例の構成では、細胞捕捉部803（直径5μmの円形と仮定）に約100kPaの吸引力を生じさせると計算することができる。これによって、重力による沈降にほとんど影響されることなく細胞を吸引することができる。
　吸気ポート835から取り入れられた空気は、位置B、位置Cおよび位置Dの間の圧力差によって溶液保持部819を通過し、それにより溶液保持部819が吸収した水溶液は位置Dに向かって排出される。この排出によって溶液保持部819の毛細管現象による吸引力は回復するため、下部アウトレット838からの吸引が続く限り、溶液保持部819の吸引力は持続する。一方、下部アウトレット838からの吸引が止まれば、溶液保持部819を構成する3次元多孔質体の孔内壁は速やかに水溶液で覆われ、吸引力は失われる。
　次に、3次元多孔質体と2次元アレイチップの分離方法について記載する。実施例1と同様に増幅反応（PCR反応）用の試薬で反応室824を満たした後、下部アウトレット838に負圧を印加することで増幅試薬（PCR試薬）を核酸捕捉部に導入する。この後、シリンジ833を押し込み、 “ため”823にたまったミネラルオイルを10秒程度でゆっくりビーズ流出防止膜818と3次元多孔質体の間に注入する。このとき3次元多孔質体は高度に親水性のために多孔質内には非極性溶媒であるミネラルオイルは大きく浸潤しない。このようにして、図８（c）に示すように、3次元多孔質体に残留した増幅試薬（PCR試薬）溶液と2次元アレイチップ中の核酸捕捉部にある増幅試薬（PCR試薬）を隔離することができる。ミネラルオイルの替わりに空気を用いた場合には、空気は3次元多孔質体の中に入っていき、増幅試薬（PCR試薬）溶液を2次元アレイチップ中と隔離できることは同様である。
（実施例2-2）3次元多孔質体の移動機構による分離
　実施例2-1では分離のために非極性溶媒またはオイルを注入したが、本実施例では、3次元多孔質体と2次元アレイチップを適切なタイミングで両者の間隔を離して、溶液を分離することも可能である。具体的には、3次元多孔質体の直下に移動のための機構を挿入すればよい。本実施例では空気圧を用いた例を示すが、サーボ機構などの移動機構を用いてもよい。
　図９に、空気圧で2次元アレイチップと3次元多孔質体を分離する構成を示す。939はポリエチレン樹脂製のエアバックである。大きさは2次元アレイチップと同様に1×1mm程度で、シリンジ940等のポンプを用いて、エアバックの中に空気を注入することによって、エアバックの厚さが0.1mm～0.3mm程度まで変化するように設計されている。シリンジ940を押して空気を注入したときには2次元アレイチップと3次元多孔質体は密着し、キャピラリ効果による溶液の吸引が可能となる。シリンジ940を引くことでエアバック939の内圧が低下し、厚さが薄くなることを利用して、2次元アレイチップから3次元多孔質体を分離する。
　増幅試薬（PCR試薬）導入時までは、エアバックの内圧を高めておき、増幅反応（例えばPCRサイクル）の開始後にエアバックの内圧を低下させることによって、増幅産物の3次元多孔質体内壁への吸着を防止することが可能となる。
　また、可動部を伴った分離を行なわず、3次元多孔質体への増幅産物への吸着を防止することも可能である。ビーズ流出防止膜918として、0.8μmポアのISOPOREの代わりにポアサイズ5nm程度の限外ろ過膜を用いることも可能である。この場合、2次元アレイチップと3次元多孔質体は全工程で密着したままであるが、増幅反応時には負圧の印加をオフとするため、増幅産物が限外ろ過膜を通過する速度を大幅に低下させることができる。これによって3次元多孔質体への増幅産物の吸着を防止することも可能である。
（実施例3）
　本実施例は、実施例1のデバイス構成と捕捉した細胞観察のための蛍光顕微鏡を組み合わせた装置構成について説明する。
　図１０に構成図を示す。デバイス1001の構成は実施例1の構成基本としている。ただし、高速吸引のための3次元多孔質体319,819,919も含む構成としている。すなわち、重力方向217は細胞吸引方向216と反対方向に設定している。図中の2次元アレイチップ513は細胞溶液吸引時の状態を示し、3次元多孔質体319,819,919に密着している。501は捕捉された細胞である。
　また、負圧印加のためにダイアフラムポンプ1002を用いている。細胞溶液用チューブ1003中のバッファ中に懸濁された細胞はシリンジ1004による吸引によって細胞導入口511を通って反応室に導入される。過剰な細胞溶液や試薬はサンプル排出口512および三方活栓1005を介して廃液用チューブ1006に排出される。細胞溶液が反応室に導入された状態でダイアフラムポンプ1002を作動させて、細胞を捕捉する。このときの様子を蛍光顕微鏡で観察するために、対物レンズ1007および細胞を染色した蛍光体に適した励起波長を持つレーザ光源1008、励起光と細胞からの蛍光を分離するダイクロイックミラー1009および撮像カメラであるCCDカメラ1010を図１０のように配置する。1011はフォーカス調整と撮像領域を変更のためのXYZステージである。蛍光顕微鏡によって細胞を観察する場合には細胞を蛍光染色する必要がある。ここでは細胞膜を染色する染色方法を採用した。蛍光イメージの取得はデバイス1001上の顕微鏡観察窓1012を介して行うために、窓を含めデバイスの材質はアクリル（PMMA）を用いた。当然ながら、他の透明な樹脂材料（ポリカーボネート、シクロオレフィン等）を用いることも可能である。
　本明細書中で引用した全ての刊行物、特許および特許出願をそのまま参考として本明細書中にとり入れるものとする。
101、201、301…細胞
102…多孔質膜
103、203、303…細胞捕捉部
104、204、304…上部領域
105…下部領域
106…インレット
107、207、307…上部アウトレット
108…下部アウトレット
109…細胞
210、310…核酸捕捉部
211、311…細胞導入口
212、312…サンプル回収口
213、313…2次元アレイチップ
214、314…吸引前細胞溶液保持のための下部領域
215、315…上部領域
216…細胞吸引（力）方向
217…重力方向
318…ビーズ流出防止膜（親水性多孔質膜）
319…溶液保持部（3次元多孔質体）
320…圧力調整部材
321…吸気ポート
322…空気の流れ
323…ため
333…シリンジ
500、700、800、900…デバイス
501、701、801、901…細胞
503、703、803、903…細胞捕捉部
507、707…下部アウトレット
510、810、910…核酸捕捉部
511、711、811、911…細胞導入口（上部インレット）
512、712、812、912…サンプル回収口（上部アウトレット）
513、713、813、913…2次元アレイチップ
518、718、818…ビーズ流出防止膜
524、724、824、924…反応室
525、725、825、925…共通流路
526、726、826、926…上部流路
527、727、827、927…個別インレット
528、728、828、928…反応室間の領域
601…第1のDNAプローブ
602…細胞認識配列
604…共通プライマー
606…核酸（mRNA）
607…1st strand
608…第2のDNAプローブ
609…増幅用共通配列(Reverse)
610…チップ識別タグ
611…遺伝子特異的配列
612…2nd strand
613…共通プライマー
614…増幅用共通配列(Forward)
615…増幅産物
729…上部電極
730…下部電極
731…金微粒子核酸捕捉部
732…高周波電源
819、919…溶液保持部（3次元多孔質体）
823…ため
833…シリンジ
834、934…エアバルブ
835、935…吸気ポート
836、936…圧力調整フィルタ
837、937…下部流路
838、938…下部アウトレット
939…エアバック
940…シリンジ
1001…デバイス（筐体）
1002…ダイアフラムポンプ
1003…細胞溶液用チューブ
1004…シリンジ
1005…三方活栓
1006…廃液用チューブ
1007…対物レンズ
1008…レーザ光源
1009…ダイクロイックミラー
1010…CCDカメラ
1011…XYZステージ
1012…顕微鏡観察窓

Claims (15)

  1. 　細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と、
    　前記溶液導入流路に接し、細胞を1個捕捉可能な凹部を有する細胞捕捉部と、前記細胞捕捉部のそれぞれの凹部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部との組を複数備えた基板と、
    　前記基板の前記核酸捕捉部に隣接して設けられ、前記核酸捕捉部の溶液を排出する排出流路と、
    　前記排出流路に設けられた圧力制御手段と
    を備え、
    　前記基板は、細胞を前記基板から引き離す方向の斥力を備え、
    　前記圧力制御手段は、前記細胞捕捉部に細胞を捕捉する際は、前記細胞捕捉部から前記核酸捕捉部への方向の力が、前記斥力よりも大きな第1の圧力となるように制御する
    ことを特徴とする細胞解析デバイス。
  2. 　前記圧力制御手段は、前記核酸捕捉部での核酸反応の際は、前記細胞捕捉部から前記核酸捕捉部への方向の力が、重力よりも大きく前記第1の圧力よりも小さくなるように制御することを特徴とする請求項１に記載の細胞解析デバイス。
  3. 　前記基板上の、前記細胞を含む溶液と接する前記凹部以外の領域は、細胞に対して斥力を働かせる領域であることを特徴とする請求項１に記載の細胞解析デバイス。
  4. 　前記斥力は、前記細胞捕捉部が細胞を重力に逆らう方向に捕捉するように前記基板が設置されることによる斥力であることを特徴とする請求項１に記載の細胞解析デバイス。
  5. 　前記斥力は、前記基板の表面が細胞の吸着を抑制する処理をされることによる斥力であることを特徴とする請求項１に記載の細胞解析デバイス。
  6. 　前記基板を挟むように設けられた電極対をさらに備え、前記核酸捕捉部は金属微粒子を備え、前記斥力は前記電極対に印加される電圧と前記金属微粒子による誘電結合による斥力であることを特徴とする請求項１に記載の細胞解析デバイス。
  7. 　細胞を含む溶液を導入する溶液導入流路と、
    　前記溶液導入流路に隣接して設けられ、細胞を1個ずつ捕捉可能な複数の細胞捕捉部と、前記複数の細胞捕捉部の各細胞捕捉部に対応して設けられ、前記細胞捕捉部に捕捉された細胞から抽出された核酸を捕捉する核酸捕捉部とを備えた2次元アレイチップと、
    　前記核酸捕捉部に滞留した溶液を吸収する3次元多孔質体を備え、前記溶液を排出する排出流路と、
    　前記核酸捕捉部と前記排出流路との間を分離制御する分離制御部と
    を備え、
    　前記分離制御部は、前記核酸捕捉部に前記核酸が捕捉された後、捕捉された核酸から増幅された産物が前記排出流路に導入されないように分離制御を行う
    ことを特徴とする細胞解析デバイス。
  8. 　前記分離制御部は、前記排出流路に設けられた吸引圧力印加手段であることを特徴とする請求項７に記載の細胞解析デバイス。
  9. 　前記2次元アレイチップと前記3次元多孔質体の間に、前記増幅産物の分子サイズの分子の通過を防止する限外ろ過膜またはゲル膜を配置することを特徴とする請求項７に記載の細胞解析デバイス。
  10. 　前記分離制御部は、前記核酸捕捉部と前記排出流路との間に分離溶媒または空気を導入する手段であることを特徴とする請求項７に記載の細胞解析デバイス。
  11. 　前記核酸捕捉部が核酸を捕捉するための核酸プローブを有し、前記核酸プローブは細胞から抽出された核酸とハイブリダイズする核酸捕捉配列と、各細胞捕捉部に対応して異なる細胞認識配列とを有することを特徴とする請求項１または７に記載の細胞解析デバイス。
  12. 　請求項１に記載の細胞解析デバイスを用いた細胞解析方法であって、
    　前記基板の上を細胞を含む溶液で満たす工程、および
    　前記細胞捕捉部に負圧を印加し、前記細胞を含む溶液を前記基板に向かって吸引し、前記細胞捕捉部に単一の細胞を捕捉する工程
    を含む、前記方法。
  13. 　前記細胞捕捉部に捕捉した単一の細胞を、前記細胞捕捉部に負圧を印加した状態で破砕し、前記細胞から抽出された核酸を前記核酸捕捉部に捕捉させる工程をさらに含む、請求項１２に記載の細胞解析方法。
  14. 　前記核酸捕捉部に捕捉された核酸とハイブリダイズする配列を有する第2の核酸プローブ、ならびに捕捉された核酸を鋳型とする相補鎖合成のための酵素および基質を前記核酸捕捉部に供給して相補鎖合成を行う工程をさらに含む、請求項１３に記載の解析方法。
  15. 　請求項７に記載の細胞解析デバイスを用いた細胞解析方法であって、
    　前記2次元アレイチップの上を細胞を含む溶液で満たす工程、および
    　前記細胞捕捉部に負圧を印加し、前記細胞を含む溶液を前記3次元多孔質体を備えた前記排出流路から吸引するとともに、核酸増幅のための試薬を前記核酸捕捉部に前記細胞を含む溶液と同様に吸引によって導入後、増幅反応の開始前または増幅反応の開始後終了前まで前記核酸捕捉部または前記2次元アレイチップと前記3次元多孔質体を分離する工程
    を含む、前記方法。
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