WO2016170285A1 - Procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal - Google Patents

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WO2016170285A1
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microbiota
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donor subject
solution
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Hervé AFFAGARD
Carole SCHWINTNER
Catherine JUSTE
Joël DORE
Patricia Lepage
Christel MAILLET
Sylvie RABOT
Fernanda Fonseca
Hervé BLOTTIERE
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Maat Pharma
Institut National De La Recherche Agronomique
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Definitions

  • the present invention relates to a method for preparing a faecal microbiota sample.
  • the invention also relates to the use of said sample in the transplantation of fecal microbiota, preferably for treating intestinal dysbiosis, particularly Clostridium difficile infections.
  • the human intestinal microbiota is the set of micro-organisms (bacteria, yeasts and fungi) found in the human gastrointestinal system (stomach, intestine and colon). Microbial diversity is currently estimated at about 10 bacterial species making up the dominant intestinal microbiota of an adult, with an abundance of 10 14 bacteria, representing a bacterial metagenome of 200,000 to 800,000 genes in each individual, ie 10 to 50 times the number of genes in the human genome.
  • the human intestinal microbiota is a very diverse ecosystem, complex and specific to each individual.
  • microbiota It is essential for the health of an individual to maintain a stable microbiota that is both able to return to its original state after a change and resistant to invasion. Maintaining a great diversity of the microbiota promotes its stability. However, some pathologies or treatments unbalance the microbiota: antibiotics, for example, as well as diseases with an inflammatory component, such as inflammatory bowel disease (IBD), can limit the diversity of the microbiota in the intestine.
  • IBD inflammatory bowel disease
  • Antibiotic treatments result in an alteration of the microbiota, which can promote the proliferation of pathogenic organisms such as Clostridium difficile.
  • Clostridium difficile infections are responsible for nosocomial diarrhea; this bacterium is resistant to conventional antibiotics (broad spectrum, such as vancomycin or metronidazole).
  • the transplantation of fecal microbiota is considered and tested. It consists of introducing the stool of a healthy donor into the gastrointestinal tract of a recipient patient to rebalance the altered intestinal microbiota of the host.
  • This fecal microbiota transplantation can be allogeneic (that is, from a healthy individual donor to a patient) or autologous (that is, from an individual to himself).
  • Allogeneic that is, from a healthy individual donor to a patient
  • autologous that is, from an individual to himself.
  • the current transplantation method is empirical and takes no special precautions to best preserve the viability of anaerobic bacteria, major components of the gut microbiota.
  • the efficiency of fecal microbiota transplantation is variable, and may require more than one cure.
  • allogeneic transplantation requires testing the donor's faeces to ensure that no pathogenic germ will be transplanted to the recipient, or will pose a risk to personnel handling it during the operation.
  • the present invention makes it possible to meet these needs.
  • the present invention thus relates to a method for preparing a faecal microbiota sample from a donor subject, comprising the steps of:
  • steps b) to e) being performed anaerobically.
  • Such a fecal microbiota transplantation method is indeed easy to implement, and its effectiveness can be estimated by comparing the microbial population obtained after the process, compared to the initial sample. Different indices can be used to evaluate this effectiveness, and the following results could be obtained:
  • the present invention also relates to the use of a sample of fecal microbiota of a donor subject that can be obtained by the method according to the invention, in the thawed state, in the transplantation of autologous or allogeneic fecal microbiota. .
  • the present invention also relates to the use of a fecal microbiota sample of a donor subject that can be obtained by the process according to the invention, in the thawed state, for treating intestinal dysbiosis, and in particular the Clostridium difficile infections, dysbiosis induced by medicinal treatments, by physical treatments (radiation in particular), by surgical interventions (intestinal in particular), or by nutritional contributions.
  • the present invention also relates to the use of a sample of fecal microbiota of a donor subject that can be obtained by the method according to the invention, in the thawed state, for treating a pathology selected from inflammatory bowel disease (IBD), intestinal functional disorders, obesity, metabolic diseases (type 2 diabetes, metabolic syndrome in particular) and autoimmune diseases (type 1 diabetes in particular), allergies, liver diseases (steatosis, cirrhosis in particular), certain neurological diseases (particularly autism) ) and some cancers (colorectal cancer in particular).
  • IBD inflammatory bowel disease
  • intestinal functional disorders e.g., obesity
  • metabolic diseases type 2 diabetes, metabolic syndrome in particular
  • autoimmune diseases type 1 diabetes in particular
  • allergies steatosis, cirrhosis in particular
  • certain neurological diseases particularly autism
  • colonal cancer colonal cancer in particular
  • sustained imbalance of the intestinal microbiota is meant any loss of beneficial microorganisms, and / or any loss of microorganism diversity, and / or any expansion or development of aggressive microorganisms among commensals (pathobionts), and / or or any proliferation of pathogenic micro-organisms (especially C. difficile).
  • Any sustained alteration of the human intestinal microbiota can indeed cause a pathological state.
  • the reduction of diversity within the microbiota is characteristic of diseases associated with dysbiosis (obesity, Crohn's disease, diabetes or allergy) (Sansonetti, Collège de France, January 22, 2014).
  • the pathology to be treated is intestinal dysbiosis.
  • IBD Inflammatory chronic diseases of the intestine
  • Functional bowel disorders include irritable bowel syndrome, spasmodic colitis.
  • the method for preparing a sample of fecal microbiota of a donor subject thus comprises a step a) of sampling at least one sample of faecal microbiota from the donor subject.
  • the method according to the invention comprises a step a) of sampling at least one stool sample, comprising the fecal microbiota, from the donor subject.
  • the donor subject is a healthy human subject.
  • healthy subject we mean a subject not suffering from an imbalance of the intestinal microbiota or a pathology diagnosed / recognized by the medical profession.
  • the stool sample has a mass of at least 20 g.
  • step b) the sample obtained in a) is placed in an oxygen-tight collection device: this is step b).
  • the airtight collection device is in a form of the type comprising:
  • a container comprising a body that has an interior space adapted to receive the fecal microbiota sample from the donor subject, and a neck that delimits an access opening to the interior space of the body, and
  • a cover adapted to be removably and sealingly mounted on the neck of the container so as to close the access opening of the neck and to close the interior space of the body
  • the body of the container consists of a flexible bag, and wherein at least one of the container and the lid is provided with a discharge member adapted to discharge at least a portion of the gases contained in the interior space of the container body.
  • the device discharge member includes a passageway through one of the container and the lid, and a closure member of the passage to prevent external fluids from entering the interior space of the body. of the container.
  • the device discharge member further comprises a microporous filtration membrane disposed in the passage.
  • the airtight collection device is in a form of the type comprising: a container comprising a body that has an interior space adapted to receive the fecal microbiota sample from the donor subject, and a neck that delimits an access opening to the interior space of the body, and
  • a cover adapted to be removably and sealingly mounted on the neck of the container so as to close the access opening of the neck and to close the interior space of the body
  • interior space of the container body optionally comprises an oxygen neutralizing chemical device.
  • the airtight collection device is used for steps a) and b): the sampling of the sample of step a) is carried out directly in said device, in particular in the container, and the closure of the device, in particular by means of the lid, places the sample in an oxygen-free atmosphere (step b).
  • steps b) to e) are carried out under an oxygen-free atmosphere.
  • anaerobiosis the viability of the bacteria constituting the fecal microbiota present in the sample is thus preserved.
  • the device used in step b), mentioned above makes it possible to perform all the steps b) to e) under anaerobic conditions.
  • the sample (obtained in a) may optionally be incubated at a temperature of between 33 ° C. and 40 ° C. for a maximum duration of 75 hours.
  • this incubation step is carried out at a temperature between 35 ° C and 38 ° C for a period of between 24 and 73 hours.
  • this step is done at a temperature of about 37 ° C for 72h.
  • the sample may, optionally, be incubated at a temperature between 2 ° C and 10 ° C for a maximum of 75h.
  • this incubation step is carried out at a temperature between 4 ° C and 8 ° C, for a period of between 24 and 72 hours.
  • a visual check can be made to evaluate the quality of the sample obtained at this stage of the process. If this check is compliant, optionally, a transport step can take place. This transport step makes it possible to repatriate the sample from the sampling site to the laboratory, for further processing and analysis. The aforementioned visual inspection can also be carried out after the transport.
  • the sample placed in the collection device of step b) undergoes a transport step before step c).
  • the sample placed in the collection device of step b) is incubated at a temperature of between 33 ° C. and 40 ° C., preferably between 35 ° C. and 38 ° C., for a maximum duration of 75h, preferably between 24h and 73h, between steps b) and c).
  • the incubation takes place before and during the transport step.
  • step c) this step comprises mixing the sample obtained in b) with at least one aqueous saline solution comprising at least one cryoprotectant and / or a filler.
  • step c) obviously comprises mixing the sample obtained in b), after transport and / or incubation, with at least one aqueous solution saline comprising at least one cryoprotectant and / or a filler.
  • the aqueous salt solution according to the invention comprises water and physiologically acceptable salts.
  • the salts are calcium, sodium, potassium or magnesium salts, with chloride, gluconate, acetate or hydrogencarbonate ions.
  • the aqueous saline solution according to the invention may also optionally comprise at least one antioxidant.
  • the antioxidant is especially chosen from ascorbic acid and its salts (ascorbate), tocopherols (especially -tocopherol), cysteine and its salified forms (hydrochloride in particular) and their mixtures.
  • the aqueous saline solution according to the invention comprises:
  • At least one salt selected from sodium chloride, calcium chloride, magnesium chloride, potassium chloride, sodium gluconate and sodium acetate, and optionally at least one antioxidant, preferably chosen from sodium L-ascorbate, tocopherols, L-cysteine hydrochloride monohydrate and their mixtures.
  • the salt is present in the aqueous saline solution in a concentration of between 5 and 20 g / l, preferably between 7 and 10 g / l.
  • antioxidant is present in the aqueous saline solution in an amount of between 0.3 and 1% by weight relative to the total volume of solution, preferably in an amount of between 0.4 and 0.6% by weight relative to the total volume of solution.
  • the antioxidant is a mixture of sodium L-ascorbate and L-cysteine hydrochloride monohydrate
  • the sodium L-ascorbate is present in an amount of between 0.4 and 0.6% by weight relative to the total volume of solution
  • the L-cysteine hydrochloride monohydrate is present in an amount of between 0.01 and 0.1% by weight relative to the total volume of solution.
  • the aqueous saline solution according to the invention also comprises at least one cryoprotectant.
  • a cryoprotectant is a substance used to protect the sample from damage caused by freezing, especially due to the formation of ice crystals.
  • the cryoprotectant is chosen from polyols, di-pentasaccharides (L-disaccharides, trisaccharides, quadrisaccharides and pentasaccharides), DMSO and mixtures thereof.
  • the cryoprotectant is chosen from polyols, tri- and disaccharides, DMSO and mixtures thereof. More preferably, the cryoprotectant present in the aqueous saline solution is a disaccharide or a trisaccharide.
  • glycerol mannitol, sorbitol, but also propylene glycol or ethylene glycol may be found.
  • di-pentasaccharides that may be used, mention may be made of dimers, trimers, quadrimers and pentamers of identical or different units, said units being chosen from glucose, fructose, galactose, fucose and N-acetylneuraminic acid.
  • disaccharides that can be used are, in particular, trehalose or one of its analogues, or sucrose.
  • DMSO dimethylsulfoxide
  • cryoprotectants can be used alone or as a mixture.
  • the total amount of cryoprotectant present in the aqueous saline solution is between 3 and 30% by weight relative to the total volume of solution, preferably between 4% and 20% by weight relative to the total volume of solution.
  • the cryoprotectant is chosen from glycerol, mannitol, sorbitol, DMSO, propylene glycol, ethylene glycol, trehalose and its analogues, sucrose, galactose-lactose and their mixtures. More preferably, the cryoprotectant is galactose-lactose or trehalose.
  • the aqueous saline solution according to the invention comprises at least one filler.
  • the bulking agent is preferably selected from partial hydrolysates of starch or starch.
  • Partial hydrolysates of starch, in particular wheat or maize, as well as partial hydrolysates of starch, for example of potato, comprise a large quantity of maltodextrins.
  • Maltodextrins are the result of the partial hydrolysis of starch or starch, and consist of various sugars (glucose, maltose, maltotriose, oligo- and polysaccharides), the proportions of which vary according to the degree of hydrolysis.
  • the bulking agent present in the aqueous saline solution is a mixture of maltodextrins, wherein the amount of maltodextrins is between 4 and 20% by weight relative to the total volume of solution.
  • the aqueous saline solution according to the invention comprises at the same time:
  • cryoprotectant as described above, i.e. selected from polyols, di-pentasaccharides (i.e., disaccharides, trisaccharides, quadrisaccharides and pentasaccharides), DMSO and mixtures thereof, and
  • At least one filler as described above i.e. selected from the partial hydrolysates of starch or starch, preferably the filler consists of maltodextrins.
  • the amount of cryoprotectant is between 3 and 30% by weight relative to the total volume of solution, preferably between 4% and 20% by weight. in relation to the total volume of solution; and the amount of the filler, preferably maltodextrins, is from 4 to 20% by weight based on the total volume of solution.
  • Step c) of mixing the sample obtained in b) with at least one aqueous saline solution comprising at least one cryoprotectant may in particular be carried out by kneading, in order to obtain a homogeneous mixture.
  • the sample obtained in b) is mixed with said aqueous saline solution in a weight / volume ratio of between 0.5 weight: 10 volumes and 2 weight: 2 volumes.
  • a sample weight / volume ratio: solution equal to 0.5 weight: 10 volumes means that the sample is mixed with 0.5 weight (for example 0.5 g) for 10 volumes of solution (for example 10 ml).
  • the weight / volume sample: solution is equal to 1 sample weight for 4 volumes of solution (1 weight: 4 volumes).
  • Step d) comprises the filtration of the mixture obtained in c), in particular by a filter comprising pores with a diameter of less than or equal to 0.7 mm, preferably less than or equal to 0.5 mm. Such a filtration allows the retention of coarse particles, and the recovery of the bacteria of interest (constitutive of the fecal microbiota) in the filtrate.
  • step e the freezing (and therefore storage) temperature is between -60 ° C and -90 ° C; more preferably it is about -80 ° C or about -65 ° C.
  • the mixture can be aliquoted beforehand, to ensure specimens of constant volume.
  • the aliquoting is performed to obtain specimens of volume equal to 50 ml, 100 ml, 150 ml, or 200 ml.
  • the aliquoting is performed to obtain specimens of volume equal to 100 ml.
  • This freezing and storage step makes it possible to keep the treated samples for a period of at least 2 months.
  • the samples thus stored also have good quality, even after thawing.
  • the process according to the invention comprises a step f) of thawing the frozen sample obtained in e), under anaerobic conditions, to room temperature.
  • This f) defrosting step may be carried out by placing the frozen sample in a water bath at a temperature of between 35 ° C. and 40 ° C., for example 37 ° C., for a period of a few minutes (typically from 2 to 10 minutes).
  • the thawing step f) can also be carried out by placing the frozen sample at a temperature of between 2 ° C. and 10 ° C., for example between 4 ° C. and 8 ° C., for a period of 10 to 20 hours. .
  • the thus thawed sample at room temperature can then be administered to the recipient patient.
  • the recipient patient may be different from the donor subject, and the transplant is then allogenic.
  • the recipient patient may also be identical to the donor subject, and the transplant is then autologous; this type of transplantation can take place when the subject, while healthy, gives a sample before the alteration of its microbiota.
  • the sample is then frozen according to the steps described in the present application, and then transplanted to the same subject (recipient patient) if it has in particular a Clostridium difficile infection.
  • Autologous fecal microbiota transplantation has the advantage of avoiding transmission of pathogen from another donor.
  • the present invention also relates to a fecal microbiota sample of a donor subject that can be obtained by the method according to the invention, for its use in the transplantation of autologous or allogenic fecal microbiota.
  • the present invention also relates to a faecal microbiota sample of a donor subject obtainable by the process according to the invention, for its use for treating Clostridium difficile infections.
  • the present invention also relates to a fecal microbiota sample of a donor subject susceptible to be obtained by the method according to the invention, for its use for treating a pathology selected from inflammatory bowel disease (IBD), intestinal functional disorders, obesity, metabolic diseases and autoimmune diseases. immune, allergies, neurological diseases and cancers.
  • IBD inflammatory bowel disease
  • Figure 3 Spearman correlations at the bacterial genus level for the different diluents tested after one week of storage, compared to the "fresh stool" control
  • Figure 4 Kinetics of colonization of Bacteroides and Faecalibacterium populations in mouse feces Example 1 Preparation of a Fecal Microbiota Sample of a Donor Subject According to the Invention
  • the stools are homogenized for 5 minutes in anaerobic atmosphere, by manual mixing in the collection bag (step b) of the process).
  • Small aliquots 150-200 mg) of crude fecal matter (SB for Brute Saddle) are retained for profiling of 16S rDNA and 16S rRNA of raw faeces.
  • An aliquot (1 g) is diluted in enriched cold heart brain broth, centrifuged at 220,000xg, at 4 ° C for 1h, and the supernatant is fractionated into 1ml aliquots for metabolomic profiling of raw faecal water.
  • Aliquots for DNA, RNA and metabolomic profiling are stored at -80 ° C.
  • a third aliquot (0.4 g) is diluted in 1.6 ml of the culture broth and used to inoculate 3 Kimax culture tubes (0.5 ml of inoculum per 9.5 ml of broth, extemporaneously enriched in L-ascorbate of sodium and L-cysteine hydrochloride monohydrate at a final concentration of 0.5% [w / v] and 0.05% [w / v], respectively) for the baseline activity test.
  • Eight stool fractions are then transferred to Stomacher filter bags: 4 bags for conditioning in the four diluents under anaerobic conditions, and four bags for packaging in the same four diluents under aerobic conditions.
  • MDX 15 - MDX (maltodextrins) 15% (w / v) + TR (trehalose) 5% (w / v) in 9g / L saline solution (identified as "MDX 15")
  • the MDX and TRI 5 preparations carried out under anaerobic atmosphere are further supplemented by the two reducing agents, sodium L-ascorbate and L-cysteine monohydrate hydrochloride, at a final concentration of 0.5% (w / v) and 0.1 % (w / v), respectively.
  • Resuspension is provided by manual mixing for 5 minutes through the bag. This mixture provides filtration at the same time, through a gauze (0.5 mm holes) present in the bag (step d) of the process).
  • CryoMACS bags are thawed for 3 consecutive days at a rate of one bag per person per day. Thawing is performed according to two different protocols (step f) of the process):
  • the samples are cultured in enriched brain heart broth, and the metabolic activity is evaluated. Aliquots of thawed filtrates before culture (thawed non-cultured filtrates) are also conserved for 16S rDNA, 16S rRNA, and metabolomic profiling.
  • a sample is collected and used to seed triplicate culture tubes each containing 9.5 ml of enriched brain-core broth.
  • the culture tubes had already been reduced in the anaerobic chamber to remove any dissolved oxygen and allow the growth of strict anaerobic bacteria.
  • the triplicate cultures are harvested, pooled in Falcon50 tubes, and centrifuged for 30 min at 5000 x g, 4 ° C. The supernatant is further ultracentrifuged for 1 hour at 220,000 xg, 4 ° C for metabolomic profiling (1 ml fraction supernatant stored at -80 ° C), while the wet 5,000 xg pellet is divided into three parts. Equal fractions in Sarstedt tubes for 16S rDNA and 16S rRNA, all aliquots being stored at -80 ° C until analyzes.
  • Metabolomic analyzes are then performed to obtain LC-MS (Q-Exactive Thermofisher Scientific) profiles in positive and negative ionization modes.
  • the total DNA is extracted. It is then controlled and sequenced by pyrosequencing. Transcriptomic profiles
  • RNA is extracted using the following method: briefly, the bacteria are lysed by chemical and mechanical treatment; then the lysates are precipitated and centrifuged; finally the RNA is isolated and purified on minicolumns using the kit High Pure Isolation Kit (Roche). Their integrity is evaluated and they are then subjected to RT-PCR.
  • the cDNAs are sequenced by pyrosequencing and then subjected to the same analysis as for the DNA.
  • the major discriminating factor is the subject. This was expected since the host specificity of the microbial flora is well established. This means that whatever the stool conditioning effect, it will respect the host specificity. The comparisons made will therefore be reliable and the behaviors preserved for different individuals will be more significant.
  • Figure 1 shows the Pearson correlations between phylo-transcriptomic profiles obtained from the bacterial family distribution in the total RNA of the different fractions prepared.
  • the reference is the profile obtained from raw faeces (SB for 'raw stool').
  • MDX15 frozen with 15% maltodextrins and 5% trehalose (MDX15" described in Example 1); or
  • Samples and analyzes after 2 days, 4 days and 15 days, 2 to 3 freshly and spontaneously emitted faecal pellets are collected per animal in the morning for microbiological analysis. In addition, a sample of caecal content is collected at sacrifice at 15 days for phylogenomic and / or transcriptomic and metabolomic analysis.
  • Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients. Proc Natl Acad Sci U S A, pp. 105 (43): 16731-6.

Abstract

La présente invention se rapporte à un procédé de préparation d'un échantillon de 5 microbiote fécal d'un sujet donneur, comprenant les étapes suivantes: a) le prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, b) dans un délai inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, le placement dudit échantillon obtenu en a) dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène, c) le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline 10 comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge, d) optionnellement, la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm, et e) le stockage du mélange obtenu en c) ou d) par congélation à une température 15 comprise entre -15°C et -100°C, les étapes b) à e) étant réalisées en anaérobiose.

Description

Procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal
La présente invention se rapporte à un procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal. L'invention se rapporte également à l'utilisation dudit échantillon dans la transplantation de microbiote fécal, de préférence pour traiter les dysbioses intestinales, notamment les infections à Clostridium difficile.
Le microbiote intestinal humain est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, levures et champignons) qui se trouvent dans le système gastro-intestinal humain (estomac, intestin et côlon). La diversité microbienne est estimée à l'heure actuelle à environ 10 espèces bactériennes composant le microbiote intestinal dominant d'un individu adulte, avec une abondance de 1014 bactéries, représentant un métagénome bactérien de 200 000 à 800 000 gènes chez chaque individu, soit 10 à 50 fois le nombre de gènes du génome humain.
Stérile in utero, l'intestin se colonise dès les premiers jours de vie jusqu'à évoluer vers un microbiote individuel unique. Chaque personne possède des bactéries relativement proches en termes d'espèces, mais la composition exacte de son microbiote (espèces, proportions) est pour une large part (plus de ¾ des espèces) spécifique de l'hôte.
Ainsi, le microbiote intestinal humain est un écosystème très diversifié, complexe et spécifique de chaque individu.
Il est essentiel pour la santé d'un individu de maintenir un microbiote stable qui est à la fois capable de revenir à son état initial après un changement et résistant à l'invasion. Le maintien d'une grande diversité du microbiote favorise sa stabilité. Cependant, certaines pathologies ou traitements déséquilibrent le microbiote : les antibiotiques par exemple, ainsi que les maladies à composante inflammatoire, telle que les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), peuvent limiter la diversité du microbiote dans l'intestin.
Les traitements antibiotiques (ou antibiothérapie), notamment, résultent en une altération du microbiote, ce qui peut favoriser la prolifération d'organismes pathogènes comme Clostridium difficile. Les infections à Clostridium difficile sont responsables de diarrhées nosocomiales ; cette bactérie est résistante à l'antibiothérapie classique (à spectre large, tels que vancomycine ou métronidazole). Afin de rétablir le microbiote intestinal, et lutter contre les infections de type Clostridium difficile, et ainsi rétablir l'homéostasie (Le. la symbiose), la transplantation de microbiote fécal est envisagée et testée. Elle consiste en l'introduction des selles d'un sujet donneur sain dans le tube digestif d'un patient receveur, afin de rééquilibrer le microbiote intestinal altérée de l'hôte. Cette transplantation de microbiote fécal peut être allogénique (c'est-à-dire d'un individu donneur sain vers un patient) ou autologue (c'est-à-dire d'un individu vers lui-même). Les résultats obtenus sur les infections de type Clostridium difficile sont encourageants, et certains patients ont été traités avec succès (Tauxe et al, Lab Medicine, Winter 2015, volume 46, Number 1).
Cependant, la méthode de transplantation actuelle est empirique et ne prend aucune précaution particulière pour préserver au mieux la viabilité des bactéries anaérobies, composants majoritaires du microbiote intestinal. En outre, l'efficacité de la transplantation de microbiote fécal est variable, et peut nécessiter plus d'une cure. Par ailleurs, la transplantation allogénique nécessite de tester les fèces du donneur pour s'assurer qu'aucun germe pathogène ne sera transplanté au receveur, ou présentera un risque pour le personnel le manipulant pendant l'opération.
Il existe donc un besoin de disposer d'un procédé de transplantation de microbiote fécal qui soit sécurisé, efficace et facile à mettre en œuvre, notamment à l'échelle industrielle. En outre, il existe un besoin pour un procédé de transplantation de microbiote fécal dans lequel la viabilité des bactéries est conservée.
La présente invention permet de répondre à ces besoins.
La présente invention se rapporte donc à un procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur, comprenant les étapes suivantes:
a) le prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, b) dans un délai inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, le placement dudit échantillon obtenu en a) dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène,
c) le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge,
d) optionnellement, la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm et
e) le stockage du mélange obtenu en c) ou d) par congélation à une température comprise entre -15°C et -100°C, de préférence entre -60°C et -90°C,
les étapes b) à e) étant réalisées en anaérobiose.
Un tel procédé de transplantation de microbiote fécal est en effet facile à mettre en œuvre, et son efficacité peut être estimée en comparant la population microbienne obtenue après le procédé, comparée au prélèvement initial. Différents indices peuvent être utilisés pour évaluer cette efficacité, et les résultats ci-dessous ont pu être obtenus :
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La présente invention se rapporte également à l'utilisation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, à l'état décongelé, dans la transplantation de microbiote fécal autologue ou allogénique.
La présente invention se rapporte également à l'utilisation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, à l'état décongelé, pour traiter les dysbioses intestinales, et notamment les infections à Clostridium difficile, les dysbioses induites par des traitements médicamenteux, par des traitements physiques (radiations notamment), par des interventions chirurgicales (intestinales notamment), ou par des apports nutritionnels. La présente invention se rapporte également à l'utilisation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, à l'état décongelé, pour traiter une pathologie choisie parmi les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), les troubles fonctionnels intestinaux, l'obésité, les maladies métaboliques (diabète de type 2, syndrome métabolique notamment) et les maladies auto-immunes (diabète de type 1, notamment), les allergies, les maladies hépatiques (stéatose, cirrhose notamment), certaines maladies neurologiques (autisme notamment) et certains cancers (cancer colorectal notamment). Par dysbiose intestinale, on entend tout déséquilibre soutenu du microbiote intestinal. Par déséquilibre soutenu du microbiote intestinal, on entend toute perte de micro- organismes bénéfiques, et/ou toute perte de diversité de micro-organismes, et/ou toute expansion ou développement de micro-organismes agressifs parmi les commensaux (pathobiontes), et/ou toute prolifération de micro-organismes pathogènes (C. difficile notamment). Toute altération soutenue du microbiote intestinal humain peut en effet engendrer un état pathologique. Notamment, la réduction de la diversité au sein du microbiote est caractéristique des maladies associées à une dysbiose (obésité, maladie de Crohn, diabète ou allergie notamment) (Sansonetti, Collège de France, 22 janvier 2014).
De préférence, la pathologie à traiter est une dysbiose intestinale.
Par maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), on entend notamment la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique.
Par troubles fonctionnels intestinaux, on entend notamment le syndrome du côlon irritable, la colite spasmodique.
Le procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur selon l'invention comprend ainsi une étape a) de prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur.
Cette étape se fait de préférence par prélèvement d'un échantillon de selles du sujet donneur. En effet, l'échantillon de selles contient du microbiote fécal du sujet donneur. Ainsi, le procédé selon l'invention comprend une étape a) de prélèvement d'au moins un échantillon de selles, comprenant le microbiote fécal, du sujet donneur. De préférence, selon l'invention le sujet donneur est un sujet humain sain. Par sujet « sain », on entend un sujet non atteint d'un déséquilibre du microbiote intestinal ou d'une pathologie diagnostiquée/reconnue par le corps médical.
De préférence, l'échantillon de selles présente une masse d'au moins 20g.
Suite à cette étape de prélèvement, et dans un délai très rapide, Le. inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, de préférence inférieur à 3 minutes, plus préférentiellement inférieur à 1 minute, le prélèvement obtenu en a) est placé dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène : c'est l'étape b).
Toute la suite du procédé s'effectue désormais en anaérobiose {Le. en atmosphère anaérobie).
De préférence, le dispositif de collecte étanche à l'air se présente sous une forme du type comprenant :
- un conteneur comprenant un corps qui comporte un espace intérieur adapté pour recevoir l'échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, et un col qui délimite une ouverture d'accès à l'espace intérieur du corps, et
- un couvercle adapté pour être monté de manière amovible et étanche sur le col du conteneur de manière à obturer l'ouverture d'accès du col et à fermer l'espace intérieur du corps,
dans lequel le corps du conteneur est constitué d'une poche souple, et dans lequel au moins l'un parmi le conteneur et le couvercle est pourvu d'un organe d'évacuation adapté pour évacuer au moins une partie des gaz contenus dans l'espace intérieur du corps du conteneur.
De préférence, l'organe d'évacuation du dispositif comprend un passage ménagé au travers de l'un parmi le conteneur et le couvercle, et un élément d'obturation du passage pour empêcher des fluides extérieurs de pénétrer dans l'espace intérieur du corps du conteneur. De préférence, l'organe d'évacuation du dispositif comprend en outre une membrane de filtration microporeuse disposée dans le passage.
Alternativement, le dispositif de collecte étanche à l'air se présente sous une forme du type comprenant : - un conteneur comprenant un corps qui comporte un espace intérieur adapté pour recevoir l'échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, et un col qui délimite une ouverture d'accès à l'espace intérieur du corps, et
- un couvercle adapté pour être monté de manière amovible et étanche sur le col du conteneur de manière à obturer l'ouverture d'accès du col et à fermer l'espace intérieur du corps,
dans lequel l'espace intérieur du corps du conteneur comprend éventuellement un dispositif chimique neutralisant l'oxygène.
De préférence, le dispositif de collecte étanche à l'air est utilisé pour les étapes a) et b) : le prélèvement de l'échantillon de l'étape a) s'effectue directement dans ledit dispositif, notamment dans le conteneur, et la fermeture du dispositif, notamment grâce au couvercle, place l'échantillon en atmosphère sans oxygène (étape b).
Selon le procédé de l'invention, les étapes b) à e) sont réalisées sous une atmosphère dépourvue d'oxygène. En anaérobiose, la viabilité des bactéries constitutives du microbiote fécal et présentes dans l'échantillon est ainsi préservée.
En particulier, le dispositif utilisé à l'étape b), mentionné ci-dessus, permet de réaliser toutes les étapes b) à e) en anaérobiose. Une fois l'échantillon (obtenu en a) placé dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène, il peut, de façon optionnelle, être incubé à une température comprise entre 33°C et 40°C pendant une durée maximale de 75h. De préférence, cette étape d'incubation se fait à une température comprise entre 35°C et 38°C, pendant une durée comprise entre 24h et 73h. Idéalement, cette étape se fait à une température d'environ 37°C pendant 72h. Alternativement, l'échantillon peut, de façon optionnelle, être incubé à une température comprise entre 2°C et 10°C pendant une durée maximale de 75h. De préférence, cette étape d'incubation se fait à une température comprise entre 4°C et 8°C, pendant une durée comprise entre 24h et 72h.
A l'issue de cette étape, un contrôle visuel peut être effectué, afin d'évaluer la qualité de l'échantillon obtenu à ce stade du procédé. Si ce contrôle est conforme, de façon optionnelle, une étape de transport peut ainsi avoir lieu. Cette étape de transport permet de rapatrier l'échantillon du lieu de prélèvement au laboratoire, pour traitement ultérieur et analyse. Le contrôle visuel mentionné précédemment peut également être réalisé après le transport.
Ainsi, de préférence, l'échantillon placé dans le dispositif de collecte de l'étape b) subit une étape de transport avant l'étape c).
De préférence également, l'échantillon placé dans le dispositif de collecte de l'étape b) est incubé à une température comprise entre 33°C et 40°C, de préférence entre 35°C et 38°C, pendant une durée maximale de 75h, de préférence comprise entre 24h et 73h, entre les étapes b) et c). De préférence, l'incubation a lieu avant et pendant l'étape de transport.
Puis intervient l'étape c) : cette étape comprend le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge.
Si une étape de transport, et éventuellement une étape d'incubation, ont lieu, alors l'étape c) comprend bien évidemment le mélange de l'échantillon obtenu en b), après transport et/ou incubation, avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge. Typiquement, la solution aqueuse saline selon l'invention comprend de l'eau et des sels physiologiquement acceptables. Typiquement, les sels sont des sels de calcium, sodium, potassium ou magnésium, avec des ions chlorure, gluconate, acétate ou hydrogénocarbonate.
La solution aqueuse saline selon l'invention peut également optionnellement comprendre au moins un antioxydant. L' antioxydant est notamment choisi parmi l'acide ascorbique et ses sels (ascorbate), les tocophérols (notamment -tocophérol), la cystéine et ses formes salifiées (chlorhydrate notamment) et leurs mélanges.
De préférence, la solution aqueuse saline selon l'invention comprend :
- au moins un sel choisi parmi le chlorure de sodium, le chlorure de calcium, le chlorure de magnésium, le chlorure de potassium, le sodium gluconate et le sodium acétate, et - optionnellement au moins un antioxydant, de préférence choisi parmi le L-ascorbate de sodium, les tocophérols, le chlorhydrate de L-cystéine monohydraté et leurs mélanges.
Typiquement, le sel est présent dans la solution aqueuse saline en concentration comprise entre 5 et 20g/L, de préférence entre 7 et 10 g/L.
Typiquement, antioxydant est présent dans la solution aqueuse saline en quantité comprise entre 0.3 et 1% en poids par rapport au volume total de solution, de préférence en quantité comprise entre 0.4 et 0.6% en poids par rapport au volume total de solution. De préférence, lorsque antioxydant est un mélange de L-ascorbate de sodium et de chlorhydrate de L-cystéine monohydraté, le L-ascorbate de sodium est présent en quantité comprise entre 0.4 et 0.6% en poids par rapport au volume total de solution, et le chlorhydrate de L-cystéine monohydraté est présent en quantité comprise entre 0.01 et 0.1% en poids par rapport au volume total de solution. De préférence, la solution aqueuse saline selon l'invention comprend également au moins un cryoprotectant. Un cryoprotectant est une substance utilisée pour protéger l'échantillon des dommages causés par la congélation, notamment dus à la formation de cristaux de glace.
De préférence, le cryoprotectant est choisi parmi les polyols, les di- à pentasaccharides (Le. les disaccharides, les trisaccharides, les quadrisaccharides et les pentasaccharides), le DMSO et leurs mélanges. De préférence, le cryoprotectant est choisi parmi les polyols, les tri- et disaccharides, le DMSO et leurs mélanges. Plus préférentiellement, le cryoprotectant présent dans la solution aqueuse saline est un disaccharide ou un trisaccharide.
Parmi les polyols utilisables, on trouve notamment le glycérol, le mannitol, le sorbitol, mais également le propylène glycol ou l'éthylène glycol.
Parmi les di- à pentasaccharides utilisables, on peut citer les dimères, trimères, quadrimères et pentamères d'unités identiques ou différentes, lesdites unités étant choisies parmi le glucose, le fructose, le galactose, le fucose et l'acide N- acétylneuraminique .
Parmi les disaccharides utilisables, on trouve notamment le tréhalose ou l'un de ses analogues, ou le saccharose. Enfin, le DMSO, ou diméthylsulfoxide, est un cryoprotectant classique.
Ces cryoprotectants peuvent être utilisés seuls ou en mélange.
Typiquement, la quantité totale de cryoprotectant présent dans la solution aqueuse saline est comprise entre 3 et 30% en poids par rapport au volume total de solution, de préférence entre 4% et 20% en poids par rapport au volume total de solution.
De préférence, le cryoprotectant est choisi parmi le glycérol, le mannitol, le sorbitol, le DMSO, le propylène glycol, l'éthylène glycol, le tréhalose et ses analogues, le saccharose, le galactose-lactose et leurs mélanges. Plus préférentiellement, le cryoprotectant est le galactose-lactose ou le tréhalose.
De préférence, la solution aqueuse saline selon l'invention comprend au moins un agent de charge.
L'agent de charge est de préférence choisi parmi les hydrolysats partiels d'amidon ou de fécule. Les hydrolysats partiels d'amidon, notamment de blé ou de maïs, ainsi que les hydrolysats partiels de fécule, par exemple de pomme de terre, comprennent une forte quantité de maltodextrines. Les maltodextrines sont le résultat de l'hydrolyse partielle d'amidon ou de fécule, et sont constituées de différents sucres (glucose, maltose, maltotriose, oligo- et polysaccharides), dont les proportions varient en fonction du degré d'hydrolyse.
De préférence, l'agent de charge présent dans la solution aqueuse saline est un mélange de maltodextrines, dans lequel la quantité de maltodextrines est comprise entre 4 et 20% en poids par rapport au volume total de solution.
De préférence, la solution aqueuse saline selon l'invention comprend à la fois :
- au moins un cryoprotectant tel que décrit ci-dessus, i.e. choisi parmi les polyols, les di- à pentasaccharides (i.e. les disaccharides, les trisaccharides, les quadrisaccharides et les pentasaccharides), le DMSO et leurs mélanges, et
- au moins un agent de charge tel que décrit ci-dessus, i.e. choisi parmi les hydrolysats partiels d'amidon ou de fécule, de préférence l'agent de charge est constitué de maltodextrines.
De préférence, dans ce cas, la quantité de cryoprotectant est comprise entre 3 et 30% en poids par rapport au volume total de solution, de préférence entre 4% et 20% en poids par rapport au volume total de solution ; et la quantité d'agent de charge, de préférence de maltodextrines, est comprise entre 4 et 20% en poids par rapport au volume total de solution. L'étape c) de mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant peut notamment être réalisée par malaxage, afin d'obtenir un mélange homogène.
De préférence, l'échantillon obtenu en b) est mélangé avec ladite solution aqueuse saline dans un rapport poids/volume respectif compris entre 0.5 poids : 10 volumes et 2 poids : 2 volumes. Un rapport poids/volume échantillon : solution égal à 0.5 poids : 10 volumes signifie que l'échantillon est mélangé à 0.5 poids (par exemple 0.5g) pour 10 volumes de solution (par exemple 10ml). De préférence, le rapport poids/volume échantillon : solution est égal à 1 poids d'échantillon pour 4 volumes de solution (1 poids : 4 volumes).
Une fois cette étape réalisée, une étape d) optionnelle peut être effectuée. L'étape d) comprend la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm. Une telle filtration permet la rétention des particules grossières, et la récupération des bactéries d'intérêt (constitutives du microbiote fécal) dans le filtrat.
Puis, suite à l'étape c) ou d), lorsque cette dernière a lieu, le mélange obtenu est stocké par congélation à une température comprise entre -15°C et -100°C : c'est l'étape e). De préférence, la température de congélation (et donc de stockage) est comprise entre - 60°C et -90°C ; plus préférentiellement elle est d'environ -80°C ou d'environ -65°C.
Afin d'être congelé, suite à l'étape c) ou d), et avant l'étape e), le mélange peut être préalablement aliquoté, pour assurer des spécimens de volume constant. Par exemple, l'aliquotage est effectué pour obtenir des spécimens de volume égal à 50 ml, 100 ml, 150 ml, ou 200 ml. De préférence, l'aliquotage est effectué pour obtenir des spécimens de volume égal à 100 ml. Cette étape de congélation et stockage permet de conserver les échantillons traités pendant une durée d'au moins 2 mois. Les échantillons ainsi stockés présentent en outre une bonne qualité, même après décongélation. De préférence, le procédé selon l'invention comprend une étape f) de décongélation de l'échantillon congelé obtenu en e), en anaérobiose, jusqu'à température ambiante. Cette étape f) de décongélation peut s'effectuer en mettant l'échantillon congelé au bain- marie à une température comprise entre 35°C et 40°C, par exemple 37°C, pendant une durée de quelques minutes (typiquement de 2 à 10 minutes). L'étape f) de décongélation peut également s'effectuer en mettant l'échantillon congelé à une température comprise entre 2°C et 10°C, par exemple entre 4°C et 8°C, pendant une durée de 10 à 20 heures.
L'échantillon ainsi décongelé, à température ambiante, peut ensuite être administré au patient receveur.
Le patient receveur peut être différent du sujet donneur, et la transplantation est alors allogénique.
Le patient receveur peut aussi être identique au sujet donneur, et la transplantation est alors autologue ; ce type de transplantation peut avoir lieu lorsque le sujet, alors sain, donne un échantillon avant l'altération de son microbiote. L'échantillon est alors congelé selon les étapes décrites dans la présente demande, puis transplanté à ce même sujet (patient receveur) si celui-ci présente notamment une infection à Clostridium difficile. La transplantation de microbiote fécal autologue présente l'avantage d'éviter la transmission d'agent pathogène provenant d'un autre donneur. La présente invention se rapporte également à un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, pour son utilisation dans la transplantation de microbiote fécal autologue ou allogénique.
La présente invention se rapporte également à un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, pour son utilisation pour traiter les infections à Clostridium difficile. La présente invention se rapporte également à un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon l'invention, pour son utilisation pour traiter une pathologie choisie parmi les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), les troubles fonctionnels intestinaux, l'obésité, les maladies métaboliques et les maladies auto-immunes, les allergies, les maladies neurologiques et les cancers.
L'invention va maintenant être exemplifiée à l'aide des exemples qui suivent, qui ne sont pas limitatifs.
Les légendes des figures sont les suivantes :
Figure 1 : corrélation de Pearson pour les profils de phylo-transcriptomique
- SB. Contrôle échantillon fécal brut (non conditionné)
- NaCl. Solution saline
- MDX. Saline avec maltodextrines 15% (p/v) + tréhalose 5% (p/v)
- TR. Saline avec tréhalose 15% (p/v) + maltodextrines 5% (p/v)
- AE (rouge). Aérobie (exposition à l'air)
- AN (bleu). Anaérobie (non exposé à l'air + antioxydants)
Figure 2 : résultats des analyses métabolomiques
DM1 = MDX15
DM2 = TR15
Figure 3 : corrélations de Spearman au niveau des genres bactériens pour les différents diluants testés après une semaine de conservation, comparées au témoin "selles fraîches"
DM1 = MDX15
DM2 = TR15
Figure 4: cinétique de colonisation des populations de Bacteroides et Faecalibacterium dans les fèces de souris Exemple 1: Préparation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur selon l'invention
Matériels & Méthodes :
Prélèvement d'échantillons
Pendant trois jours consécutifs, 3 participants (un par jour) sont invités à fournir un échantillon de selles fraîches, recueilli le matin et mis en anérobiose à l'aide de l'ajout d'un catalyseur type Anaerocult® IS (ref 116819 chez Merck-Millipore) (étape a) du procédé). Une évaluation visuelle et la qualification des selles sont faites selon le tableau de Bristol.
Dans les 2h après la collecte, les selles sont homogénéisées pendant 5 minutes en atmosphère anaérobie, par malaxage manuel dans la poche de collecte (étape b) du procédé). De petits aliquots (150-200mg) de matière fécale brute (SB, pour Selle Brute) sont conservés pour le profilage de l'ADNr 16S et de l'ARNr 16S des matières fécales brutes. Un aliquot (1 g) est dilué dans du bouillon cerveau-cœur enrichi et froid, centrifugé à 220 OOOxg, à 4°C pendant lh, et le surnageant est fractionné en aliquots de lml pour le profilage métabolomique d'eau fécale brute. Les aliquots pour l'ADN, l'ARN et le profilage métabolomique sont stockés à -80°C. Un troisième aliquot (0,4 g) est dilué dans 1,6ml du bouillon de culture et utilisé pour inoculer 3 tubes de culture Kimax (0,5 ml d'inoculum pour 9,5 ml de bouillon, extemporanément enrichi en L- ascorbate de sodium et en chlorhydrate de L-cystéine monohydrate à une concentration finale de 0.5% [p/v] et 0,05% [p/v], respectivement) pour le test d'activité de référence. Huit fractions de selles sont ensuite transférées dans des sacs filtrants Stomacher : 4 sacs pour le conditionnement dans les quatre diluants dans des conditions anaérobies, et quatre sacs pour le conditionnement dans les mêmes quatre diluants dans des conditions aérobies.
Conditionnement
Deux équipes réalisent les étapes de conditionnement en parallèle pour assurer que tous les échantillons sont traités de manière identique. Les 4 fractions sous chaque condition d'atmosphère sont remises en suspension dans 4 volumes des solutions aqueuses suivantes (étape c) du procédé):
- Solution saline 9g/L (identifiée « NaCl »),
- DMSO 6,25% (v/v) dans une solution saline 9 g/L (identifiée « DMSO »),
- MDX (maltodextrines) 15% (p/v) + TR (tréhalose) 5% (p/v) dans une solution saline 9g/L (identifiée « MDX 15 »), et
- MDX 5% + TR 15% dans une solution saline 9g/L (identifiée « TRI 5 »).
Les préparations MDX 15 et TRI 5 réalisées sous atmosphère anaérobie sont en outre complétées par les deux agents réducteurs, L-ascorbate de sodium et chlorhydrate de L- cystéine monohydraté, à une concentration finale de 0.5% (p/v) et 0,1% (p/v), respectivement.
La remise en suspension est assurée par un mélange manuel pendant 5 minutes à travers le sac. Ce mélange assure la filtration en même temps, à travers une gaze (trous de 0,5 mm) présente dans le sac (étape d) du procédé).
20 ml de chaque filtrat sont ensuite transférés avec une pipette dans deux sacs de congélation CryoMACS® Freezing Bags 50 (Ref Miltenyi Biotec SAS 200-074-400), donnant un total de 16 CryoMACS® pour chaque donneur (2 x NaCl-An, 2 x DMSO- An, 2 x MDX15-An, 2 x TR15-An, 2 x NaCl-Ae, 2 x DMSO-Ae, 2 x MDX15-Ae, 2 x TR15-Ae), qui sont stockés à -80°C (étape e) du procédé).
Des aliquots de chaque filtrat sont également conservés pour l'ADNr 16S, l'ARNr 16S, le profilage métabolomique, et les cultures bactériennes. Pour l'ADNr 16S, 16S ARNr et la métabolomique, 6 aliquots de 1ml de chaque suspension sont centrifugés à 5000 x g, 4°C pendant 30 minutes; les surnageants regroupés sont en outre ultra-centrifugés (220 000 x g, 4°C, 1 h) pour la métabolomique, tandis que le culot humide de x 5000 g est conservé pour le profilage de l'ADNr 16S et de l'ARNr 16S. Trois aliquots de 0,5 ml de chaque filtrat sont utilisés pour inoculer 3 tubes de culture Kimax de bouillon de culture, comme décrit précédemment pour les matières fécales brutes. L'ensemble du processus est répété 3 fois sur 3 jours consécutifs pour gérer 3 selles différentes de trois donneurs différents. Reconditionnement
Pour assurer le même temps de stockage pour les échantillons des 3 donneurs, les sacs CryoMACS sont décongelés sur 3 jours consécutifs à raison d'un sac par personne et par jour. La décongélation est effectuée selon deux protocoles différents (étape f) du procédé):
- pendant une nuit à 4°C ;
- pendant 5 minutes à 37°C dans un bain-marie.
Après décongélation, les échantillons sont mis en culture dans un bouillon cerveau- cœur enrichi, et l'activité métabolique est évaluée. Les aliquots de filtrats décongelés avant culture (filtrats décongelés non cultivés) sont également conservés pour l'ADNr 16S, l'ARNr 16S et le profilage métabolomique.
Les cultures microbiennes
A chaque étape critique du procédé, un échantillon est recueilli et utilisé pour ensemencer des tubes de culture en triplicate contenant chacun 9,5mL de bouillon cerveau-cœur enrichi. Les tubes de culture avaient déjà été réduits dans la chambre anaérobie pour éliminer tout dioxygène dissous et permettre la croissance des bactéries anaérobies strictes.
Après incubation pendant 48 heures à 37°C dans des conditions anaérobies strictes, les cultures en triplicate sont récoltées, regroupées dans des tubes Falcon50, et centrifugées pendant 30 min à 5000 x g, 4°C. Le surnageant est en outre ultra-centrifugé pendant 1 heure à 220 000 xg, 4°C pour le profilage métabolomique (1 ml de surnageant de fraction conservée à -80°C), tandis que le culot humide de 5000 x g est divisé en trois fractions égales dans des tubes Sarstedt pour le 16S ADNr et 16S ARNr, tous les aliquots étant conservés à -80°C jusqu'aux analyses.
Analyses métabolomique s
Les analyses métabolomiques sont ensuite effectuées, pour obtenir les profils LC-MS (Q-Exactive Thermofisher Scientific) dans les modes d'ionisation positifs et négatifs.
Profil phylo génétique
L'ADN total est extrait. Il est ensuite contrôlé et séquencé par pyroséquençage. Profils transcriptomiques
L'ARN est extrait en utilisant la méthode suivante : brièvement, les bactéries sont lysées par traitement chimique et mécanique ; puis les lysats sont précipités et centrifugés ; enfin l'ARN est isolé et purifié sur minicolonnes en utilisant le kit High Pure Isolation Kit (Roche). Leur intégrité est évaluée et ils sont ensuite soumis à une RT-PCR.
Les ADNc sont séquencés par pyroséquençage, puis soumis à la même analyse que pour l'ADN.
Résultats :
Profil phylo génétique
Le facteur discriminant majeur est le sujet. Ceci était attendu, étant donné que la spécificité d'hôte de la flore microbienne est bien établie. Cela signifie que quel que soit l'effet de conditionnement des selles, il respectera la spécificité d'hôte. Les comparaisons effectuées seront donc fiables et les comportements conservés pour différents individus seront plus significatifs.
Les corrélations de Pearson et Spearman ont ensuite été utilisées pour évaluer le diluant de conditionnement le plus efficace. Des observations similaires ont été faites lorsque l'on compare les profils phylogénétiques basés sur l'ADN total et les profils de phylo- transcriptomique basés sur l'ARN. L'illustration ci-dessous (Figure 1) met en évidence les principaux résultats obtenus. Impact de la procédure de reconditionnement sur l'intégrité de l'échantillon
Les conditions comparées pour le re-conditionnement des préparations congelées qui doivent être utilisées pour la ré-administration sont :
- pendant une nuit à 4°C ; ou
- pendant 5 minutes à 37 °C.
Quel que soit le diluant (MDX15 ou TR15), la décongélation rapide à 37°C apparaît la plus favorable pour la reconstruction d'un microbiote proche des selles initiales. Profils transcriptomiques
Les corrélations de Pearson entre les profils de phylo-transcriptomique sont discriminantes et informatives, alors qu'entre les profils de phylo-génomique elles ne le sont pas.
La figure 1 présente les corrélations de Pearson entre les profils de phylo- transcriptomique obtenus à partir de la distribution au niveau des familles bactériennes dans l'ARN total des différentes fractions préparées. La référence est le profil obtenu à partir de matières fécales brutes (SB pour 'Selles Brutes').
La figure indique que des diluants contenant les mélanges de maltodextrine (MDX) et le tréhalose (TR) permettent une meilleure préservation de l'intégrité du microbiote dominant par rapport à la solution saline (NaCl). Depuis, des observations similaires ont été faites pour l'ADN, ce qui signifie que le procédé permet de préserver les populations et leur intégrité fonctionnelle.
Analyses métabolomiques
Les résultats des analyses métabolomiques sont présentés en Figure 2.
Les profils métaboliques des cultures de suspensions fécales décongelées dans MDX 15 ou TRI 5 sont les plus similaires aux cultures des suspensions fraîches correspondantes (flèches vertes), que ce soit en condition aérobie (Ae) ou anaérobie (An). Des corrélations plus faibles ont été obtenues entre les cultures de suspensions congelées et fraîches en NaCl (flèches rouges). Le reconditionnement à 4°C pendant la nuit ou à 37°C pendant 5 minutes fait peu de différence sur le profil métabolomique. Dans l'ensemble, sur la base de la conservation des profils métaboliques entre les cultures de matières fécales fraîches, des suspensions de matières fécales fraîches et les mêmes suspensions congelées-décongelées, les maltodextrines ou le tréhalose sont des cryoprotectants et agents de charge très efficaces pour les transplantations fécales. Exemple 2: Reconstruction des microbiotes dans des souris axéniques
La procédure vise à analyser l'impact du processus de conditionnement de selles humaines sur l'écologie intestinale reconstruite après inoculation en souris axéniques de lignée C3H/HeN. L'approche standardisée comporte un groupe témoin et plusieurs groupes tests. Par comparaison au groupe témoin recevant une suspension des selles fraîchement collectées, les groupes tests reçoivent des préparations réalisées à partir des mêmes selles :
- congelées en NaCl,
- congelées avec maltodextrines 15% et tréhalose 5% (« MDX15 » décrits à l'exemple 1) ; ou
- congelées avec tréhalose 15% et maltodextrines 5% (« TR15 » décrits à l'exemple 1). Ces diverses conditions visent à optimiser la préservation du microbiote. Les fractions congelées sont administrées in vivo après conditionnement et stockage pendant 1 et 7 semaines. Un témoin d'essai a été réalisé avec la selle brute formulée en NaCl, implantée immédiatement après conditionnement. Cette procédure fait appel à l'utilisation de souris axéniques recevant les différentes préparations d'inoculum per os, à l'aide d'une sonde oro-gastrique (0,2 mL/souris). L'évaluation de la réussite de la procédure est basée sur la caractérisation du microbiote en termes de composition et d'activité, la similarité maximale (%) avec le contrôle étant initialement recherchée. Cette procédure est mise en œuvre sur 4 animaux par condition pour tester un ensemble de conditions préalablement validées par des analyses comparées in vitro.
Prélèvements et analyses: après 2 jours, 4 jours et 15 jours, 2 à 3 pellets fécaux fraîchement et spontanément émis sont collectés par animal le matin pour analyse microbiologique. Par ailleurs un échantillon de contenu caecal est collecté au sacrifice à 15 jours pour analyse phylogénomique et/ou transcriptomique et métabolomique.
Résultats :
Ces analyses ont été menées sur la première série de cages (1 semaine de conservation vs témoin). Les ADN ont été extraits puis séquencés en rDNA 16S. Les OTU (Operational Taxonomic Unit) ont été identifiées et quantifiées. Une corrélation statistique de Spearman permet ensuite de comparer les contenus taxonomiques de chaque échantillon testé. Les résultats sont présentés en Figure 3. Les corrélations de Spearman calculées entre les différentes conditions montrent que la colonisation se fait de manière efficace avec un avantage aux formulations DM1 et DM2 comparées avec le NaCl 0,9% seul. A J+2, la formulation DM1 donne des similarités très proches des témoins, alors que la formulation DM2 arrive à un niveau de performance équivalent à J+4. A J+4, le microbiote se stabilise et il y a peu de différence observée avec le point J+15.
Une analyse approfondie au niveau des genres bactériens les plus affectés dans ces essais, c'est-à-dire les genres Bacteroides et Faecalibacterium, est présentée dans la Figure 4.
L'évolution de D2 à D15 montre bien que le diluant DM1 présente rapidement un profil plus proche de la selle fraîche que le diluant DM2. A 15 jours cependant tous deux ont des profils similaires. A contrario, le NaCl favorise une colonisation forte des Bacteroides, bactéries pro-inflammatoires, au détriment en particulier des Faecalibacterium, qui ne parviennent pratiquement pas à s'implanter. Or le genre Faecalibacterium a été beaucoup étudié car présentant des propriétés antiinflammatoires et concourant à l'efficacité de la barrière intestinale (Everard, 2013; Sokol, 2008). Sa présence en faible quantité dans le microbiote humain est également corrélée avec différentes pathologies (maladie de Crohn, obésité, maladies inflammatoires de l'intestin...).
L'utilisation du NaCl ne permet donc pas de rétablir une flore de même qualité que la selle fraîche initiale, alors que les diluants DM1 et DM2 y parviennent, avec un effet légèrement plus rapide avec DM1, ainsi qu'une variabilité inter-individus plus faible, représentée par la hauteur de la box. L'évolution de la répartition des familles bactériennes suit une même tendance entre le groupe témoin, le groupe ayant reçu l'échantillon avec MDX15 (DM1) et le groupe ayant reçu l'échantillon avec TRI 5 (DM2).
La même tendance est observée sur les prélèvements et analyses effectués après 7 semaines de stockage (résultats non montrés).
Il ressort ainsi que les maltodextrines ou le tréhalose permettent une recolonisation efficace de l'intestin sans altération du microbiote initial.
Everard, A., 2013. Cross-talk between Akkermansia muciniphila and intestinal epithelium controls diet-induced obesity. Proc Natl Acad Sci U S A, pp. 110(22): 9066-71.
Sokol, H., 2008. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients. Proc Natl Acad Sci U S A, pp. 105(43): 16731-6.

Claims

REVENDICATIONS
1. Procédé de préparation d'un échantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur, comprenant les étapes suivantes:
a) le prélèvement d'au moins un échantillon de microbiote fécal du sujet donneur, b) dans un délai inférieur à 5 minutes suivant le prélèvement, le placement dudit échantillon obtenu en a) dans un dispositif de collecte étanche à l'oxygène,
c) le mélange de l'échantillon obtenu en b) avec au moins une solution aqueuse saline comprenant au moins un cryoprotectant et/ou un agent de charge,
d) optionnellement, la filtration du mélange obtenu en c), notamment par un filtre comprenant des pores de diamètre inférieur ou égal à 0.7 mm, de préférence inférieur ou égal à 0.5 mm, et
e) le stockage du mélange obtenu en c) ou d) par congélation à une température comprise entre -15°C et -100°C, de préférence entre -60°C et -90°C,
les étapes b) à e) étant réalisées en anaérobiose.
2. Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce que l'échantillon placé dans le dispositif de collecte de l'étape b) subit une étape de transport avant l'étape c).
3. Procédé selon l'une des revendications 1 à 2, caractérisé en ce que l'échantillon placé dans le dispositif de collecte de l'étape b) est incubé à une température comprise entre 33°C et 40°C pendant une durée maximale de 75h, entre les étapes b) et c).
4. Procédé selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que le cryoprotectant est choisi parmi les polyols, les di- à pentasaccharides, le DMSO et leurs mélanges.
5. Procédé selon l'une des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que le cryoprotectant est choisi parmi le glycérol, le mannitol, le sorbitol, le DMSO, le propylène glycol, l'éthylène glycol, le tréhalose, le saccharose, le galactose-lactose et leurs mélanges.
6. Procédé selon l'une des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que le cryoprotectant est choisi parmi le tréhalose, le galactose-lactose et leurs mélanges.
7. Procédé selon l'une des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que la quantité totale de cryoprotectant présent dans la solution aqueuse saline est comprise entre 3 et 30% en poids par rapport au volume total de solution, de préférence entre 4% et 20% en poids par rapport au volume total de solution.
8. Procédé selon l'une des revendications 1 à 7, caractérisé en ce que la solution aqueuse saline comprend:
- au moins un sel choisi parmi le chlorure de sodium, le chlorure de calcium, le chlorure de magnésium, le chlorure de potassium, le sodium gluconate et le sodium acétate, et
- optionnellement au moins un antioxydant, de préférence choisi parmi le L-ascorbate de sodium, les tocophérols, le chlorhydrate de L-cystéine monohydraté et leurs mélanges.
9. Procédé selon l'une des revendications 1 à 8, caractérisé en ce que l'agent de charge est des maltodextrines.
10. Procédé selon l'une des revendications 1 à 9, caractérisé en ce que l'agent de charge est un mélange de maltodextrines, dans lequel la quantité de maltodextrines est comprise entre 4 et 20% en poids par rapport au volume total de solution.
11. Procédé selon l'une des revendications 1 à 10, caractérisé en ce qu'il comprend une étape f) de décongélation de l'échantillon congelé obtenu en e), en anaérobiose, jusqu'à température ambiante.
12. Echantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon la revendication 11, pour son utilisation dans la transplantation de microbiote fécal autologue ou allogénique.
13. Echantillon de microbiote fécal d'un sujet donneur susceptible d'être obtenu par le procédé selon la revendication 11, pour son utilisation pour traiter les dysbioses intestinales.
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