WO2012108527A1 - 肝細胞癌への進展予測マーカー - Google Patents

肝細胞癌への進展予測マーカー Download PDF

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WO2012108527A1
WO2012108527A1 PCT/JP2012/053116 JP2012053116W WO2012108527A1 WO 2012108527 A1 WO2012108527 A1 WO 2012108527A1 JP 2012053116 W JP2012053116 W JP 2012053116W WO 2012108527 A1 WO2012108527 A1 WO 2012108527A1
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WO
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gene
seq
polymorphism
base
hepatocellular carcinoma
Prior art date
Application number
PCT/JP2012/053116
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English (en)
French (fr)
Inventor
一彰 茶山
秀典 越智
大樹 三木
Original Assignee
独立行政法人理化学研究所
国立大学法人広島大学
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Publication date
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a marker gene related to the onset of hepatocellular carcinoma hepatocellular carcinoma (HCC).
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • Hepatocellular carcinoma is a cancer type with an extremely large number of affected people and a high mortality rate in the world. In Japan, hepatocellular carcinoma occupies an important position, and the death toll from hepatocellular carcinoma exceeds 30,000 per year. Many HCCs are caused by persistent infection with hepatitis viruses such as hepatitis B virus (HBV) and hepatitis C virus (HCV). About 20% are hepatitis virus infected, and HCV-related HCCs account for more than 70% of the total. For this reason, HCV infection is considered the most important cause of HCC.
  • HBV hepatitis B virus
  • HCV hepatitis C virus
  • GWAS Genome Wide Association Study
  • Non-Patent Document 1 GWAS related to the therapeutic effect of PEG-interferon and ribavirin combination therapy in patients with chronic hepatitis C
  • Non-Patent Documents 2, 3 and 4 HCV GWAS (Non-patent Document 5) related to the natural exclusion of GWAS
  • GWAS for chronic hepatitis B Non-patent document 8 has been reported.
  • the molecular mechanism for the development of hepatocellular carcinoma in HCV-infected patients remains unclear.
  • Non-Patent Document 9 mentions DEPDC5 as one of the genes in which deletion has been detected, but does not describe any relationship with liver cancer or hepatitis virus.
  • DEP Domain Containing 5 is a gene whose cDNA sequence and encoded amino acid sequence have been reported as “human clone KIAA0645” (Non-patent Document 10), but its function is unknown. Further, Non-Patent Document 10 reports that DEPDC5 was associated with a malignant tumor and a deletion was observed in a region containing the same gene in a very small number of cases of glioblastoma of the brain. . Patent Document 1 discloses about 50 cDNAs identified in liver tumor tissues and about 40 cDNAs identified in lung tumor tissues. DEPDC5 is a gene that is highly expressed in lung tumor tissues. Are listed. However, the relationship between DEPDC5 and hepatocellular carcinoma or HCV infection was not known at all.
  • the problem to be solved by the present invention is to provide a marker gene associated with the onset of hepatocellular carcinoma (HCC).
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • the present inventors examined the genetic background of the development of hepatocellular carcinoma (HCC) in HCV-infected patients and conducted a genome-wide association study (Genome Wide Association Study: GWAS) for the purpose of identifying genes associated with the onset of HCC. went. First, we examined what kind of SNP each patient had in the group that was infected with HCV and developed hepatocellular carcinoma, and the group that did not.
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • silica gel beads carrying oligonucleotides (Illumina HumanHap 610) was used to screen about 500,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) across the entire genome. After quality control of the obtained typing data, comparison between both groups was performed by chi-square test assuming the effect of each SNP as an additive model.
  • Fine Mapping in SNP typing 43 of tag-SNP Been (MAF> 0.05, r 2> 0.8) for both no SNP indicating stronger associated than Rs1012068, also not LD block (chain containing the landmark Facts SNP The region where the equilibrium remained strong) was localized on the DEPDC5 gene (isoform 1) and was independent of the genes on both sides. Furthermore, assuming the possibility of the existence of SNPs (coding SNP: cSNP) that cause unknown amino acid substitutions that affect the function of the DEPDC5 gene, we used 48 cases of samples for all 42 exon regions of the gene. When re-sequencing was performed again by the direct sequence method, no new SNPs showing strong association were detected as a result.
  • the landmark SNP (rs1012068) is one of the functional SNP candidates, and the locus on the DEPDC5 gene containing this SNP is associated with the onset of HCC in patients with chronic hepatitis C. That is, it was found that a locus related to the onset of HCC exists on the DEPDC5 gene.
  • the present invention has been completed based on the above findings.
  • the present invention [1] A gene polymorphism existing in the DEP Domain Containing 5 (DEPDC5) gene region, A) gene polymorphism (T> G) at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1; B) Gene polymorphism (T> C) at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 2; and / or C) Gene polymorphism at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 (G> C) (However, parentheses indicate major allele> minor allele.) A reagent for predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC), comprising a polynucleotide capable of detecting each minor allele in the polymorphism of [2] The reagent according to [1] above, further comprising a polynucleotide capable of detecting a major allele; [3] A gene fragment of DEPDC5, wherein the polynucleotide capable of
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • the present invention has made it possible to provide a marker for predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) ⁇ in HCV-infected individuals.
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • FIG. 1 Shows the genomic structure of the DEPDC5 gene on chromosome 22 and its surrounding region (22q12.2-3) (middle), a plot of the case-control correlation analysis results in that region (upper), and the linkage disequilibrium map (lower) FIG.
  • a detailed SNP analysis (Fine Mapping) was performed for the region of position 30.39-30.74 Mb on chromosome 22 (interval between two broken lines).
  • the dots in the above figure collectively show the -log 10 (P value) of each SNP obtained by genome-wide association analysis (GWAS) and Fine Mapping using GWAS samples.
  • GWAS genome-wide association analysis
  • a linkage disequilibrium map based on the D ′ value was created using genotype data of the case group (Case) and the control group (Control) in the GWAS sample.
  • the landmark SNP (rs1012068) is indicated by a one-dot chain line.
  • Figure 1 the genome structure of the DEPDC5 gene on chromosome 22 and its surrounding region (22q12.2-3) (middle), and the case-control correlation analysis plot (upper) in that region (upper) and linkage disequilibrium map (Lower stage) FIG.
  • DEPDC5 is a known protein
  • human DEPDC5 is known as Genbank Accession No .: NP_055477.1 etc., which is a protein consisting of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, ie, DEP domain containing 5 A protein comprising variant 1 or an amino acid sequence substantially identical thereto.
  • proteins and peptides are described with the N-terminus (amino terminus) at the left end and the C-terminus (carboxyl terminus) at the right end according to the convention of peptide designation.
  • DEPDC5 is a concept including a human isoform having a homology of about 98% or more, preferably about 99% or more with DEPDC5 Variant 1 represented by SEQ ID NO: 5, Variant 2 (Genbank Accession No .: NP_001007189.1; SEQ ID NO: 7), Variant 3 (Genbank Accession No .: NP_001129501.1; SEQ ID NO: 9) and the like are known.
  • amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5 or an amino acid sequence substantially identical thereto examples include the following (a) to (c): (A) the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, 7, or 9; (B) an amino acid sequence of a splice variant of a human protein consisting of the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, 7, or 9; and (c) an allelic variant or polymorphic variant of (a) or (b) [for example, one Nucleotide polymorphisms (SNPs)] (in this specification, those with a minor allele frequency of 1% or more are defined as polymorphic variants and those with less than 1% are defined as allelic variants).
  • SNPs Nucleotide polymorphisms
  • a protein comprising an amino acid sequence substantially identical to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, 7, or 9 is an amino acid substantially identical to the amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, 7, or 9.
  • substantially the same function means that the properties are qualitatively the same, for example, physiologically or pharmacologically, and the degree of function (eg, about 0.1 to about 10 Times, preferably 0.5 to 2 times) and quantitative factors such as the molecular weight of the protein may be different.
  • DEPDC5 Although the role of DEPDC5 in vivo is unknown at present, since the protein exhibits a function based on its specific three-dimensional structure, it is represented by human DEPDC5 protein, that is, SEQ ID NO: 5, 7, or 9.
  • a protein that can be recognized by an antibody that specifically binds to a protein consisting of an amino acid sequence can be regarded as a “protein having substantially the same function”.
  • DEPDC5-encoding gene (DEPDC5 gene) is an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 5, 7, or 9 shown in the above (a) to (c), or an amino acid sequence substantially identical thereto. Represents a gene having a base sequence encoding.
  • a human DEPDC5 gene As a human DEPDC5 gene, a polynucleotide encoding the amino acid sequence of DEPDC5 Variant 1 represented by SEQ ID NO: 4 (Genbank Accession No .: NM_014662.2), SEQ ID NO: 6 (Genbank Accession No .: NM_001007188.1) ), A polynucleotide encoding the amino acid sequence of DEPDC5 Variant 2, and a human comprising a polynucleotide encoding the amino acid sequence of DEPDC5 Variant 3 represented by SEQ ID NO: 8 (GenBank Accession Number: NM_001136029.1) And DEPDC5 gene.
  • the DEPDC5 gene is a concept that includes those splice variants, allelic variants, polymorphic variants, and the like.
  • the mutation or polymorphism in the allelic variant or polymorphic variant may or may not result in a modification in the amino acid sequence of the DEPDC5 protein.
  • polynucleotide is a concept including both RNA and DNA.
  • DNA includes not only double-stranded DNA but also each single-stranded DNA such as a sense strand (also referred to as a normal strand) and an antisense strand (also referred to as a complementary strand or reverse strand) constituting the DNA. Used for purposes.
  • the antisense strand means a polynucleotide having a base-complementary relationship based on the base pair relationship such as A: T and G: C with respect to the normal strand.
  • the gene or DNA does not ask for distinction of the functional region, and can include, for example, an expression control region, a coding region, an exon, or an intron.
  • RNA is used to include not only single-stranded RNA but also single-stranded RNA having a complementary sequence thereto, and further double-stranded RNA composed thereof.
  • DNA and RNA chimeric molecules and DNA: RNA hybrids are also encompassed by the polynucleotides herein.
  • the following (d) to (g) (D) the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4, 6 or 8; (E) a base sequence of a splicing variant of human mRNA comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 4, 6 or 8; (F) a nucleotide sequence on human chromosome 22 including each exon region constituting the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 4, 6 or 8; and (g) an allele of (d) to (f) Base sequences in mutants or polymorphic variants [eg single nucleotide polymorphisms (SNPs)]; The gene which has is mentioned.
  • SNPs single nucleotide polymorphisms
  • the gene may be any of DNA such as cDNA or genomic DNA, or RNA such as mRNA, and is a concept including both a single-stranded nucleic acid sequence and a double-stranded nucleic acid sequence.
  • the nucleic acid sequence represented by SEQ ID NO: 4, 6 or 8 is a DNA sequence for convenience.
  • thymine (T) is converted to uracil (U ).
  • the first aspect of the present invention relates to a reagent for diagnosis or prediction of the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) according to the above [1] to [7]. That is, the gene polymorphism at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 present in the DEP Domain Containing 5 (DEPDC5) gene region located on chromosome 22 described in [1] above
  • the polymorphism (SNP) at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 2 is a polymorphism that causes linkage disequilibrium with each other, and the marker polymorphism of the present invention Useful as.
  • linkage disequilibrium is a polymorphism in a chain disequilibrium state in which the linkage disequilibrium coefficient r 2 is 0.64 or more, preferably 0.8 or more.
  • Linkage disequilibrium coefficient r 2 is defined as (A, a) for all polymorphisms and (B, b) for alleles of the second polymorphism. If the frequencies of the two haplotypes (AB, Ab, aB, ab) are P AB , P Ab , P aB , P ab , the following formula is obtained.
  • (gene) polymorphism is a change in one or more bases (substitution, deletion, insertion, transposition, inversion, etc.) on genomic DNA, and the change is 1 in the population.
  • % Present at a frequency of at least%, for example, one base substituted with another base (SNP), one to several tens of bases deleted or inserted (DIP), 2 to several
  • SNP base substituted with another base
  • DIP base deleted or inserted
  • the number of repeats is different at sites where sequences with 10 bases as one unit are repeated (microsatellite polymorphisms with 2-4 base repeat units, variable number of tandem repeat (with several to several tens bases) VNTR)) and the like, and SNP or DIP is preferred.
  • an “allele” is defined as one type when there are multiple genetic components that can occupy the same locus (locus) on a chromosome. It is not a concept that necessarily includes a gene as a functional unit, and there are cases where multiple bases (sequences) exist at the same locus for gene polymorphisms such as SNP. That is, it shows a plurality of types of genes and bases located at homologous loci in a pair of homologous chromosomes derived from parents, and in this specification, gene polymorphisms such as SNPs located at homologous loci.
  • a allele for a chromosome derived from a father and G for a chromosome derived from a mother at a certain locus
  • G allele for a chromosome derived from a mother
  • “major allele” means a base (sequence) that appears at a high frequency when a gene polymorphism exists at a corresponding gene locus.
  • the frequency of the A allele is 80% and the frequency of the G allele is 20%.
  • SNPs are called major alleles.
  • the base (sequence) that appears less frequently in the above example, the SNP of G) is referred to as a minor allele.
  • the marker polymorphism described in A) of [1] is a gene polymorphism at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1, and NCBI [http: //www.ncbi. ID number: rs1012068 in the SNP database dbSNP [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/] provided by nlm.nih.gov/].
  • the polymorphism is a gene polymorphism (SNP) in which the base corresponding to contig number 11656472 is T> G (major allele> minor allele, the same applies hereinafter) in the genomic sequence NT_011520.12 including the DEPDC5 gene region. It is.
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 shows the genomic sequence of human chromosome 22 (base sequence corresponding to contig number 11655972-11656972 in NT_011520.12) 500 bp before and after the SNP.
  • the marker polymorphism described in B) of [1] is a gene polymorphism at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 2, and NCBI [http: //www.ncbi. ID number: rs5998152 in SNP database dbSNP [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/] provided by nlm.nih.gov/].
  • the polymorphism is a gene polymorphism (SNP) in which the base corresponding to contig number 11653731 is T> C in the genome sequence NT_011520.12 including the region of the DECDC5 gene.
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 2 represents the genomic sequence of human chromosome 22 (base sequence corresponding to contig number 11653231-11654231 in NT_011520.12) of 500 bp before and after the SNP.
  • the marker polymorphism described in C) of [1] is a gene polymorphism at the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 3, and NCBI [http: //www.ncbi.
  • the polymorphism is a gene polymorphism (SNP) in which the base corresponding to contig number 11632516 is G> C in the genome sequence NT_011520.12 including the region of the DECDC5 gene.
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 represents the genomic sequence of human chromosome 22 (base sequence corresponding to contig number 11632016-11633016 in NT_011520.12) before and after the SNP.
  • the present invention provides a polynucleotide capable of detecting the marker polymorphism.
  • a polynucleotide is useful as a reagent for detecting a marker polymorphism.
  • the polynucleotide capable of detecting the marker polymorphism of the present invention is useful for diagnosing or predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) in a subject.
  • the subject here is preferably an HCV infected person. In patients with HCV infection, the frequency of minor alleles in the marker polymorphisms of the present invention was shown to be significantly higher in the group that developed hepatocellular carcinoma (HCC).
  • the reagent for diagnosing or predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) of the present invention contains a polynucleotide capable of detecting at least a minor allele in the marker polymorphism of the present invention. That is, in the marker polymorphism of A) in [1] above, a continuous 10-200 base sequence or its complementary strand sequence containing the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1.
  • the polynucleotide capable of detecting the marker polymorphism of the present invention is a gene chip such as Taqman probe method, Invader probe method (Third Wave), GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX) or Beadchip (ILLUMINA). It is used as a primer or probe in known gene analysis methods such as SNP typing method, direct sequencing method, SSCP method (single-stranded conformational polymorphism analysis), ASP-PCR method (allele-specific primer PCR analysis) and the like.
  • polynucleotide that can amplify the human DEPDC5 gene fragment containing the marker polymorphic site of the present invention, and if it is a probe, it is a stringent and human DEPDC5 gene region containing the polymorphic site.
  • Polynucleotide that can hybridize under mild conditions.
  • the stringent conditions are, for example, the conditions described in Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, 6.3.1-6.3.6, 1999, such as 6 ⁇ SSC (sodium chloride / sodium citrate) / 45 ° C.
  • the length of the polynucleotide capable of detecting the marker polymorphism of the present invention is not particularly limited as long as it can detect a human DEPDC5 gene fragment having 10 to 200 consecutive base sequences including the polymorphic site, Specifically, the length can be appropriately selected and set according to the use of the polynucleotide.
  • polynucleotide of the present invention When the polynucleotide of the present invention is used as a primer, one having a base length of 10 bp to 200 bp, preferably 15 bp to 50 bp, more preferably 15 bp to 35 bp can be exemplified.
  • a detection probe When used as a detection probe, one having a base length of 10 bp to 200 bp, preferably 10 bp to 50 bp, more preferably 15 bp to 30 bp can be exemplified.
  • the minor allele is a high-risk allele for developing hepatocellular carcinoma (HCC), whereas the major allele is a low-risk allele. That is, if the subject has a genotype that is homozygous for the major allele, the frequency of hepatocellular carcinoma (HCC) onset is not significant compared to the heterozygous or minor allele homozygous type Very expensive. Therefore, the reagent for diagnosing or predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) of the present invention desirably further contains a polynucleotide capable of detecting a major allele in the marker polymorphism of the present invention.
  • such a polynucleotide is a continuous 10-200 base sequence comprising the 501st base in the base sequence represented by SEQ ID NO: 1, or its complement. It is possible to detect the presence of a sequence having a base sequence T (A in the case of a complementary strand sequence), and in the marker polymorphism (B) of [1] above, A sequence of 10 to 200 bases or its complementary strand sequence including the 501st base in the base sequence represented by No. 2 and the base is T (A for a complementary strand sequence) In the marker polymorphism of C) in the above [1], the presence of the sequence can be detected. In the base sequence represented by SEQ ID NO: 3, A base sequence or its complementary strand sequence, wherein the base is G (C for complementary strand sequences) It is capable of detecting the presence of.
  • the probe may contain an additional sequence (a sequence not complementary to genomic DNA) suitable for detecting the polymorphism.
  • the allele probe used in the Invader probe method has an additional sequence called a flap at the 5 ′ end of the base at the polymorphic site.
  • the probe may be an appropriate labeling agent such as a radioisotope (eg, 125 I, 131 I, 3 H, 14 C, etc.), an enzyme (eg, ⁇ -galactosidase, ⁇ -glucosidase, alkaline phosphatase, peroxidase).
  • fluorescent substances eg fluorescamine, fluorescein isothiocyanate, Cy3, Cy5 etc.
  • luminescent substances eg luminol, luminol derivatives, luciferin, lucigenin etc.
  • a quencher quenching substance
  • the fluorescence is detected by separating the fluorescent substance and the quencher during the detection reaction.
  • the primer contains an additional sequence suitable for detection of the polymorphism (a sequence not complementary to genomic DNA), for example, a linker sequence. May be.
  • the primer may be an appropriate labeling agent such as a radioisotope (eg, 125 I, 131 I, 3 H, 14 C, etc.), an enzyme (eg, ⁇ -galactosidase, ⁇ -glucosidase, alkaline phosphatase, peroxidase).
  • the nucleic acid probe and / or primer are each separately (or mixed if possible) in water or in an appropriate buffer (eg, TE buffer) at an appropriate concentration (eg, 2 ⁇ to 20 ⁇ ). And can be stored at about -20 ° C.
  • fluorescent substances eg fluorescamine, fluorescein isothiocyanate, Cy3, Cy5 etc.
  • luminescent substances eg luminol, luminol derivatives, luciferin, lucigenin etc.
  • the nucleic acid probe and / or primer are each separately (or mixed if possible) in water or in an appropriate buffer (eg, TE buffer) at an appropriate concentration (eg, 2 ⁇ to 20 ⁇ ). And can be stored at about -20 ° C.
  • the reagent for diagnosing or predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) according to the present invention may further contain other components necessary for carrying out the method as a component, depending on the polymorphism detection method.
  • the reagent when the reagent is for polymorphism detection by TaqMan PCR method, the reagent includes 10 ⁇ PCR reaction buffer, 10 ⁇ MgCl 2 aqueous solution, 10 ⁇ dNTPs aqueous solution, Taq DNA polymerase (5 U / ⁇ L), etc. Can further be included.
  • the method for predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) also predicts the risk of developing a hepatocellular carcinoma (HCC) by examining the genotype of the subject, [8] to The prediction method according to [10] is included.
  • the subject-derived gene sample to be measured here is not particularly limited as long as it is a biological sample containing the gene of the subject (patient etc.), that is, genomic DNA and RNA, and is appropriately selected according to the type of detection method used. (However, when RNA or a polynucleotide derived therefrom (eg, cDNA) is used as a gene sample, the marker polymorphism to be detected is selected from those present in the exon portion of the human DEPDC5 gene) .
  • the gene sample is preferably a biological sample containing genomic DNA.
  • the sample may be, for example, a biological tissue of a subject, specifically, blood, liver biopsy, buccal mucosa and the like, and genomic DNA or total RNA prepared therefrom according to a conventional method may be used.
  • genomic DNA or total RNA prepared therefrom may be used.
  • Various polynucleotides prepared based on RNA may be used. Any method known to those skilled in the art may be used to prepare genomic DNA and RNA from a subject-derived sample. Examples of subjects include HCV infected persons.
  • the race of the subject is not particularly limited, but is preferably East Asian, and more preferably Japanese. More preferably, it is a Japanese male.
  • the above-described polynucleotide capable of detecting the marker polymorphism of the present invention is used as a primer or a probe according to a conventional method, Taqman probe method, Invader probe method (Third Wave Technologies), GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX And SNP typing method using gene chips such as Beadchip (ILLUMINA), direct sequencing method, SSCP method (single-stranded conformational polymorphism analysis), ASP-PCR method (allele-specific primer PCR analysis), etc. What is necessary is just to test by the well-known method of detecting a gene specifically.
  • PCR primers and SNPs that detect SNP regions using TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping Assays reagents commercially available from Applied Biosystems. Fluorescently labeled TaqMan probes that identify alleles and genomic DNA from the subject's genetic sample are mixed, reacted according to the package insert, and analyzed for fluorescence signals to analyze the SNP alleles contained in the sample.
  • a method for detecting the genotype can be exemplified (Nat Genet 2003; 34: 395-402).
  • a method for identifying an SNP genotype using an Invader probe is well known to those skilled in the art, and an Invader probe and a reaction reagent for identifying an SNP allele marketed by Third Wave Technologies are mixed to derive from a subject's gene sample.
  • a method for detecting the genotype of an SNP allele contained in a sample can be exemplified by reacting genomic DNA as a template according to the method recommended by kit and detecting a fluorescent signal with a general-purpose fluorescent plate reader (J Hum Genet 2001; 46: 471-477).
  • a polynucleotide that can detect the marker polymorphism described in [1] above may be used as a probe.
  • the probe radioisotope (32 P, 33 P, etc.: RI) labeled with a, fluorescent substance, it was nylon membrane or the like is RNA hybridized from transfer cells to the usual manner Thereafter, the formed double strand of the probe (DNA or RNA) and RNA is used as a signal derived from the probe label (RI or fluorescent substance) as a radiation detector (BAS-1800II, manufactured by Fuji Film) Or the method of detecting and measuring with a fluorescence detector can be illustrated.
  • the probe is labeled according to the protocol, hybridized with cell-derived RNA, and then the signal derived from the label of the probe is multi-bypassed.
  • a method of detecting and measuring with an imager STORM860 can also be used.
  • the genotype of the subject can also be detected using a gene chip such as GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX) or Beadchip (ILLUMINA), and includes a polynucleotide sequence that can detect the marker polymorphism of the present invention.
  • a polynucleotide of any length up to 10-100 bp can be used as a probe.
  • Methods using GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX) and Beadchip (ILLUMINA) are well known to those skilled in the art, and according to the kit recommended method from AFFYMETRIX and ILLUMINA, a DNA chip containing the polynucleotide of the present invention in the probe is used.
  • a method for detecting the genotype of an SNP allele contained in a sample by hybridizing with a gene sample derived from a subject can be exemplified.
  • the disease of “hepatocellular carcinoma” is diagnosed by diagnostic imaging such as computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), angiography, and CT angiography.
  • diagnostic imaging such as computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), angiography, and CT angiography.
  • HCC-related tumor markers such as alpha-fetoprotein (AFP) or PIVKA-II (protein induced in the absence of vitamin K or antagonist II) in patient serum or biopsy of tumor-derived tissue It can also be diagnosed.
  • AFP alpha-fetoprotein
  • PIVKA-II protein induced in the absence of vitamin K or antagonist II
  • the morbidity of "hepatocellular carcinoma” includes morbidity caused by the progression to so-called hepatocellular carcinoma, for example, HCV infection becomes chronic and fibrosis progresses from chronic hepatitis to cirrhosis to develop hepatocellular carcinoma, Moreover, it becomes a suitable diagnosis and prediction object of this invention.
  • the subject when the subject has a minor allele, the subject can be predicted to have a high risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC). More preferably, when the above-mentioned genetic polymorphism is tested, if the major allele is homozygous, the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) is low, and if heterozygous, the major allele is homozygous Compared to the case, the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) is high, and if the minor allele is homozygous, the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) can be predicted to be even higher.
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • Specific preventive treatments include suppressing long-term administration of interferon, preferably interferon alpha, for a long period of time, liver protection agents such as glycyrrhizin / glycine / cysteine, ursodeoxycholic acid, and hemoptysis to suppress inflammation.
  • Example 1 Search for SNPs correlated with the onset of hepatocellular carcinoma (HCC) in chronic HCV infection (1) Samples In the GWAS test (genome-wide association study), Toranomon Hospital Liver Center, Hiroshima University Hospital A blood sample (peripheral blood leukocytes) from 977 patients (Japanese over 55 years) diagnosed with chronic HCV infection at Hiroshima University School of Medicine was used. All patients had abnormal serum alanine transaminase levels for over 6 months and were positive for anti-HCV antibodies and serum HCV RNA. All patients were negative for hepatitis B surface antigen and no other signs of liver disease. All patients had not received immunosuppressive treatment prior to enrollment in the study.
  • HCC hepatocellular carcinoma
  • hepatocellular carcinoma case group (Case)
  • control group hepatocellular carcinoma
  • serum levels of hepatocellular carcinoma-related tumor markers such as ⁇ -fetoprotein and PIVKA-II (protein induced in the absence of vitamin K or antagonist II) increase or exceed
  • mass lesions were detected by ultrasonography, they were confirmed by dynamic computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), angiography, and CT angiography.
  • CT computed tomography
  • MRI magnetic resonance imaging
  • angiography angiography
  • a percutaneous tissue biopsy under ultrasound diagnosis was performed to make a definitive diagnosis of hepatocellular carcinoma.
  • Clinical information such as age, gender, and platelet count was available for all patients.
  • the case group the age at the time of diagnosis of the first hepatocellular carcinoma and the platelet count were adopted as clinical information in this study.
  • the subject population was selected based on the same criteria as in the genome-wide association analysis, and 710 case groups and 1625 control groups were used.
  • patients in the reproducibility confirmation test include those diagnosed with chronic HCV infection at Sapporo Kosei Hospital. Table 1 shows the characteristics of patients used in this study.
  • liver fibrosis along with age and sex, strongly influences the development of HCV-related hepatocellular carcinoma.
  • platelet count is significantly correlated with the stage of liver fibrosis in HCV patients, and a platelet count of less than 10 ⁇ 10 4 / ⁇ l is used as a marker for cirrhosis. Therefore, after adjusting these factors, the correlation between the SNP and hepatocellular carcinoma was re-evaluated.
  • the odds ratio in patients with low platelet counts is 2.26 (95% confidence interval 1.67-3.31), while the odds ratio in patients with platelet counts of 10 x 10 4 / ⁇ l or more is 1.71 (95% confidence interval 1.42-2.05) and the relationship between the SNP and hepatocellular carcinoma was stronger in patients with low platelet counts. Furthermore, the odds ratio for men with low platelet counts was 2.54 (95% confidence interval 1.48-4.35), whereas for women with high platelet counts, the odds ratio was 1.21 (95% confidence interval 0.84-1.74). The SNP was strongly related to hepatocellular carcinoma about twice as much as the latter.
  • Example 2 Detailed search of the peripheral region of rs1012068
  • Fine mapping In order to search in more detail about the region surrounding rs1012068, chromosomes upstream and downstream of the DEPDC5 locus in patient samples of genome-wide association analysis A gene region containing 350 kb extending from position 22q12.2 to 22q12.3 (including genes C22orf30 and YWHAH adjacent to DEPDC5) was fine-mapped (FIG. 1). All case group samples and control group samples of genome-wide association analysis were used.
  • tag SNPs (43) with a minor allele frequency (MAF) of 0.05 or more in relation to the landmark SNP (rs1012068) and linkage disequilibrium (r 2 > 0.8) using Haploview software LD block (linkage disequilibrium map) was created. Furthermore, the genotype of each SNP in a patient sample was analyzed by the invader assay (Third Wave Technologies) based on multiplex PCR similarly to the reproducibility confirmation test of Example 1. As a result, another intron SNP rs5998152 showing a strong correlation with the progression to hepatocellular carcinoma was identified (FIG. 1).
  • Probes or primers for detecting DEPDC5 or DEPDC5 gene are useful for predicting the risk of developing hepatocellular carcinoma (HCC) in HCV-infected individuals.
  • HCC hepatocellular carcinoma

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Abstract

　本発明は、DEP　Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する遺伝子多型であって、 A）配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）； B）配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）；及び／又は C）配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C） （但し、カッコ内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。） の遺伝子多型において、各マイナー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドを含んでなる、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測用試薬などを提供する。

Description

肝細胞癌への進展予測マーカー
　本発明は、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症に関連するマーカー遺伝子に関する。
　肝細胞癌 (HCC) は世界において、罹患者数が極めて多く、死亡率も高い癌種である。我が国においても、肝細胞癌は重要な位置を占めており、肝細胞癌による死亡者数は年間3万人を超えている。多くのHCCは、B型肝炎ウイルス (hepatitis B virus: HBV) やC型肝炎ウイルス (hepatitis C virus: HCV) といった肝炎ウイルスの持続感染に起因するものであり、我が国においてはHCC患者の実に約9割が肝炎ウイルス感染者であり、中でもHCV関連のHCCが全体の7割以上を占めている。
　このため、HCV感染はHCCの最も重要な原因と考えられている。更に、HCV感染が慢性化して慢性肝炎から肝硬変へと線維化が進行することでHCC発症のリスクが顕著に高まることが知られている。その他にも、男性や高齢であることなどが臨床疫学的に肝発癌リスクを上昇させることが報告されている。
　しかし、同じ年齢、性別のHCV感染患者であり、肝線維化のレベルが同程度であっても、肝細胞癌を発症する症例と発症しない症例が存在する。
　現在、C型慢性肝炎患者に対しては、肝癌診療ガイドラインで肝線維化の進行度などを発癌リスクの指標として、癌の早期発見のためのサーベイランスアルゴリズムが提唱されているが、更に発癌リスクの評価の確度を挙げるための指標が求められている。
　近年、病気の原因遺伝子を解析する方法として、ゲノムワイド関連解析 (Genome Wide Association Study (GWAS)) が行われるようになった。GWASとは、ヒトゲノム中に存在するSNPs (一塩基多型) を指標として用いて、特定の疾患に罹患した患者各個体が全ゲノム中にどのようなSNPsを有するかを網羅的に解析することにより、当該疾患に関連する遺伝子 (マーカー遺伝子) を同定する手法である。すなわち、患者と健常者のSNPsの頻度に有意差が見出された場合、当該SNPsの近傍にコードされる遺伝子が、当該疾患のマーカー遺伝子の候補と考えられる。HCCに関しては、HBVに起因するHCCに関するGWAS (非特許文献１を参照)、C型慢性肝炎患者におけるPEG-インターフェロン及びリバビリン併用療法の治療効果に関するGWAS (非特許文献２、３及び４)、HCVの自然排除に関連するGWAS (非特許文献５)、C型慢性肝炎患者におけるPEG-インターフェロン及びリバビリン併用療法による副作用としての貧血に関するGWAS (非特許文献６及び７)、B型慢性肝炎に関するGWAS (非特許文献８) 等が報告されている。
　しかしながら、依然としてHCV感染患者における肝細胞癌発症の分子機構は明らかとなっていない。
　一方、アストロサイトの腫瘍において、第22番染色体に異常があることが多数報告されており、異常が生じている領域や、がん遺伝子を正確にマッピングするためにtile pathアレイという特殊なDNAアレイが作成された (非特許文献９)。これを用いて幾つかのアストロサイト腫瘍が検討されており、第22番染色体上に多数の重複や欠失が認められた。非特許文献９には、欠失が検出された遺伝子の一つとしてDEPDC5が挙げられているが、肝臓癌又は肝炎ウイルスとの関係については全く記載されていない。
　DEP Domain Containing 5 (DEPDC5) は、「human clone KIAA0645」としてそのcDNA配列及びコードするアミノ酸配列が報告された遺伝子であるが (非特許文献１０)、その機能は未知である。また、非特許文献１０には、DEPDC5の悪性腫瘍との関連について、脳の神経膠芽腫 (glioblastoma) のごく少数例において同遺伝子を含む領域に欠失が認められたことが報告されている。また、特許文献１には、肝臓腫瘍組織において同定されたcDNA約50個及び肺腫瘍組織において同定されたcDNA約40個が開示されており、DEPDC5は肺腫瘍組織において高発現している遺伝子として挙げられている。
　しかしながら、DEPDC5と肝細胞癌又はHCV感染の関係は全く知られていなかった。
国際公開第2004/060270号パンフレット
Zang Hら著、Nat Genet 2010; 42: 755-8. Ge DL, Fellay J, Thompson AJら著、Nature 2009; 461: 399-401. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel Gら著、Nat Genet 2009; 41: 1100-4. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama Mら著、Nat Genet 2009; 41: 1105-9. Thomas DL, Thio CL, Martin MPら著、Nature 2009; 461: 798-801. Fellay Jら著、Nature 2010; 464: 405-8. Ochi Hら著、Gastroenterology 2010; 139: 1190-7. Kamatani Yら著、Nat Genet 2009; 41: 591-5. Seng TJ, et alら著、Genes Chromosomes Cancer 2005; 43: 181-93. K. Ishikawaら著、DNA Research 1998; 5(3): 169-76.
　本発明が解決しようとする課題は、肝細胞癌 (HCC) 発症に関連するマーカー遺伝子を提供することにある。
　本願発明者らは、HCV感染患者における肝細胞癌 (HCC) 発症の遺伝的背景を検討し、HCC発症に関連する遺伝子の同定を目的に、ゲノムワイド関連解析 (Genome Wide Association Study: GWAS) を行った。
　まず、HCVに感染しており肝細胞癌を発症した群と、発症していない群とで、それぞれの患者がどのようなSNPを持つかを検討した。すなわち、C型慢性肝炎患者 (日本人) のうち、HCCを発症した群 (Case): 212例と発症していない群 (Control): 765例について、オリゴヌクレオチドが担持されているシリカゲルビーズ (Illumina HumanHap 610) を用いてゲノム全域の約50万個の一塩基多型 (Single Nucleotide polymorphism: SNP) をスクリーニングした。得られたタイピングデータのクオリティーコントロール後に、各SNPの効果をadditive modelと想定したカイ2乗検定により両群間での比較を行った。その結果、第22番染色体に位置するDEPDC5遺伝子上のSNP (rs1012068) がBonferroni補正後の有意水準を満たすマーカーとして同定された (P = 7.93 x 10-8, OR ＝ 2.20, 95%CI = 1.64-2.97)。さらに独立したCase: 710例とControl: 1625例について、インベーダーアッセイ (Invader assay) による再現性確認試験 (Replication study) を行ったところ、再現性が確認された (P = 2.39 x 10-8, OR = 1.63, 95%CI = 1.37-1.93)。
　GWASとReplication studyの結果を合わせると、Pcombine = 1.27 x 10-13 (OR = 1.75,95%CI = 1.51-2.03) となった。
　以上のことから、肝細胞癌発症群ではDEPDC5上のSNP rs1012068のマイナー対立遺伝子を高頻度に持つことが示された。
　次いで、HCC発症と関連の強い領域をさらに明確にするために目印 (landmark) となったマーカーSNP (rs1012068) を中心とし、DEPDC5遺伝子全域のみならず上流および下流の各遺伝子 (C22orf30、YWHAH) まで含めた22q12.2-3内350 kbの領域について、GWASに使用したサンプルセットを用いて、詳細なSNP解析 (Fine Mapping) を行った。Fine MappingでSNPタイピングを行った43のtag-SNP (MAF > 0.05、r2 > 0.8) については、いずれもrs1012068より強い関連を示すSNPはなく、また、このlandmark SNPを含むLD block (連鎖不平衡が強く残っている領域) はDEPDC5遺伝子(isoform 1) 上に限局しており、両隣の遺伝子とは独立していた。さらに、DEPDC5遺伝子の機能に影響するような未知のアミノ酸置換を生じるSNP (coding SNP: cSNP) が存在する可能性を想定し、同遺伝子の全42のexon領域について48症例分のサンプルを用いて直接シークエンス法 (direct sequence法) で再度配列解析 (re-sequencing) を行ったが、結果的に強い関連を示す新規のSNPは検出されなかった。また、landmark SNPを含む約38kbのLD blockの範囲についても同様の解析を行ったが、新規のSNPは検出されなかった。
　最終的に、landmark SNP (rs1012068) は機能性SNP候補の一つであり、このSNPを含むDEPDC5遺伝子上のlocusがC型慢性肝炎患者におけるHCC発症と関連していると結論付けた。すなわち、HCC発症に関連する遺伝子座 (locus) が、DEPDC5遺伝子上に存在していることを見出した。
　本発明は上記の知見をもとに完成するに至ったものである。
　即ち本発明は、
〔１〕　DEP Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する遺伝子多型であって、
A）配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）；
B）配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）；及び／又は
C）配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C）
（但し、カッコ内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。）
の遺伝子多型において、各マイナー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドを含んでなる、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測用試薬；
〔２〕　メジャー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドをさらに含む、上記〔１〕に記載の試薬；
〔３〕　対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドが、配列番号：１～３で表わされる各塩基配列において該対立遺伝子を含む10～200の連続した塩基配列もしくはその相補鎖配列からなるDEPDC5の遺伝子断片と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るプローブ、および／または該遺伝子断片を増幅し得るプライマーである、上記〔１〕または〔２〕に記載の試薬；
〔４〕　DEPDC5の遺伝子断片が10～50の連続した塩基配列からなる、上記〔３〕に記載の試薬；
〔５〕　DEPDC5の遺伝子断片が15～30の連続した塩基配列からなる、上記〔３〕に記載の試薬；
〔６〕　HCV感染者に対して、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの有無を予測するために用いられる、上記〔１〕～〔５〕のいずれかに記載の試薬；
〔７〕　HCV感染患者が東アジア人である、上記〔１〕～〔６〕のいずれかに記載の試薬；
〔８〕　（１）被験者由来の遺伝子サンプルを使用し、DEP Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する遺伝子多型であって、
A）配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）；
B）配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）；及び／又は
C）配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C）
（但し、括弧内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。）
の遺伝子多型を試験する工程、および
（２）（１）の試験の結果、マイナー対立遺伝子の存在が認められた場合、該被験者は、マイナー対立遺伝子を有しない者に比べて肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクが高いと判断する工程
を含む、HCV感染者の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測方法；
〔９〕　遺伝子サンプルが、ゲノムDNAを含む、上記〔８〕に記載の予測方法；並びに
〔１０〕　被験者が、東アジア人である、上記〔８〕又は〔９〕に記載の予測方法；
に関する。
　本発明により、HCV感染者の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測を行うためのマーカーを提供することが可能になった。すなわち本発明により、将来の発癌リスクを勘案して治療介入を検討するという意味においては、遺伝子背景の違いまで含めた個々の患者の多様性を考慮したオーダーメイド医療の一翼を担うことが可能となる。
第22番染色体のDEPDC5遺伝子とその周辺領域 (22q12.2-3) のゲノム構造 (中段)、並びに当該領域における症例-対照相関解析結果のプロット (上段) 及び連鎖不平衡地図 (下段) を示す図である。第22番染色体上の位置30.39-30.74 Mbの領域 (2本の破線に挟まれた区間) について詳細なSNP解析 (Fine Mapping) を行った。上図のドットはゲノムワイド関連解析 (GWAS) 及びGWASサンプルを用いたFine Mappingにより得られた各SNPの-log10(P値)をまとめて表示している。GWASサンプルにおける症例群（Case）及び対照群（Control）のジェノタイプデータを用いて、D’値に基づく連鎖不平衡地図を作成した。landmark SNP (rs1012068) は一点鎖線で示している。 図１と同様、第22番染色体のDEPDC5遺伝子とその周辺領域 (22q12.2-3) のゲノム構造 (中段)、並びに当該領域における症例-対照相関解析結果のプロット (上段) 及び連鎖不平衡地図 (下段) を示す図である。
　以下に本発明を詳細に説明する。
　本明細書において、DEPDC5は公知のタンパク質であり、ヒトDEPDC5はGenbank Accession No.: NP_055477.1等として知られている、配列番号：５で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、すなわちDEP domain containing 5 variant 1又はこれと実質的に同一のアミノ酸配列を含むタンパク質である。本明細書において、タンパク質およびペプチドは、ペプチド標記の慣例に従って左端がN末端 (アミノ末端)、右端がC末端 (カルボキシル末端) で記載される。
　本明細書において、DEPDC5は配列番号：５で表されるDEPDC5 Variant 1と約98%以上、好ましくは約99%以上の相同性を有するヒトアイソフォームも含む概念であり、ヒトアイソフォームとしては、Variant 2 (Genbank Accession No.: NP_001007189.1; 配列番号：７)、Variant 3 (Genbank Accession No.: NP_001129501.1; 配列番号：９) 等が知られている。
　「配列番号：５で表されるアミノ酸配列またはこれと実質的に同一のアミノ酸配列」としては、以下の（ａ）～（ｃ）が挙げられる：
（ａ）配列番号：５、７または９で示されるアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号：５、７または９で表されるアミノ酸配列からなるヒトタンパク質のスプライスバリアントのアミノ酸配列；および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）のアレル変異体もしくは多型バリアント〔例えば一塩基多型（SNPs）〕(本明細書ではマイナー対立遺伝子頻度が1%以上のものを多型バリアント、1%未満のものをアレル変異体と定義する) におけるアミノ酸配列。
　「配列番号：５、７または９で表されるアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列を含むタンパク質」は、配列番号：５、７または９で表されるアミノ酸配列と実質的に同一のアミノ酸配列を含み、かつ配列番号：５、７または９で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質と実質的に同質の機能を有するタンパク質である。
　ここで「実質的に同質の機能」とは、例えば生理学的に、あるいは薬理学的にみて、その性質が定性的に同じであることを意味し、機能の程度（例、約0.1～約10倍、好ましくは0.5～2倍）や、タンパク質の分子量などの量的要素は異なっていてもよい。尚、現時点でDEPDC5の生体内での役割は未知であるが、タンパク質はその特異な立体構造に基づいて機能を発揮することから、ヒトDEPDC5タンパク質、すなわち配列番号：５、７または９で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質に特異的に結合する抗体により認識され得るタンパク質を、「実質的に同質の機能を有するタンパク質」と見なすことができる。
　「DEPDC5をコードする遺伝子（DEPDC5遺伝子）」は、上記(ａ)～（ｃ）で示される、配列番号：５、７または９で表されるアミノ酸配列またはこれと実質的に同一のアミノ酸配列をコードする塩基配列を有する遺伝子を表す。
　ヒトDEPDC5遺伝子としては、配列番号：４（Genbank Accession No.：NM_014662.2）で表される、DEPDC5 Variant 1のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、配列番号：６（Genbank Accession No.:NM_001007188.1）で表される、DEPDC5 Variant 2のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、配列番号：８（GenBank Accession Number: NM_001136029.1 ）で表される、DEPDC5 Variant 3のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含むヒトDEPDC5遺伝子等が挙げられる。また、DEPDC5遺伝子は、それらのスプライスバリアント、アレル変異体、多型バリアント等も含む概念である。アレル変異体または多型バリアントにおける変異または多型は、結果としてDEPDC5タンパク質のアミノ酸配列に改変をもたらすものであってもよいし、そうでなくてもよい。
　ここで「ポリヌクレオチド」とは、RNAおよびDNAを共に含む概念である。ここで「DNA」とは、２本鎖DNAのみならず、それを構成するセンス鎖（正鎖とも言う）およびアンチセンス鎖（相補鎖または逆鎖とも言う）といった各1本鎖DNAを包含する趣旨で用いられる。
　ここでアンチセンス鎖（相補鎖、逆鎖）とは、正鎖に対して、A:TおよびG:Cといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味するものである。
　なお、遺伝子またはDNAは、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エクソン、またはイントロンを含むことができる。
　また、「RNA」とは、1本鎖RNAのみならず、それに相補的な配列を有する1本鎖RNA、さらにはそれらから構成される2本鎖RNAを包含する趣旨で用いられる。
　さらに、DNAとRNAとのキメラ分子やDNA:RNAハイブリッドもまた、本明細書におけるポリヌクレオチドに包含される。
　具体的には、以下の（ｄ）～（ｇ）：
（ｄ）配列番号：４、６または８で示される塩基配列；
（ｅ）配列番号：４、６または８で示される塩基配列を含むヒトmRNAのスプライシングバリアントの塩基配列；
（ｆ）配列番号：４、６または８で示される塩基配列を構成する各エクソン領域が包含される、ヒト第22番染色体上の塩基配列；および
（ｇ）（ｄ）～（ｆ）のアレル変異体もしくは多型バリアント〔例えば一塩基多型（SNPs）〕における塩基配列；
を有する遺伝子が挙げられる。
　尚、ここで遺伝子とは、cDNAもしくはゲノムDNA等のDNA、またはmRNA等のRNAのいずれでもよく、また一本鎖の核酸配列および二本鎖の核酸配列を共に含む概念である。また、本明細書において、配列番号：４、６または８等に示される核酸配列は、便宜的にDNA配列であるが、mRNAなどRNA配列を示す場合には、チミン（T）をウラシル（U）として解する。
Ｉ．本発明のマーカー多型およびその検出用試薬
　本発明の第一の態様は、上述の〔１〕～〔７〕に記載の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの診断又は予測用試薬に関する。すなわち、上記〔１〕に記載の、第22番染色体に位置するDEP Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する、A) 配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（SNP）と、B) 配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（SNP）とは、互いに連鎖不平衡となる多型であり、本発明のマーカー多型として有用である。ここで「連鎖不平衡」とは、連鎖不平衡係数r2が0.64以上、好ましくは0.8以上の連鎖不平衡状態にある多型である。「連鎖不平衡係数r2」は、2つの遺伝子多型について第一の多型の各対立遺伝子を（A, a）、第二の多型の各対立遺伝子を（B, b）とし、4つのハプロタイプ（AB, Ab, aB, ab）の各頻度をPAB, PAb, PaB, Pabとすると、下記式により得られる。
　　　r2＝(PABPab－PAbPaB)2／(PAB＋PaB)(PaB＋Pab)(PAB＋PAb)(PAb＋Pab)
　また上記遺伝子多型と連鎖不平衡となるその他の既知多型についても、例えば、HapMapデータベース(http://www.hapmap.org/index.html.ja) 等を用いて同定することができる。本明細書において「（遺伝子）多型」とは、ゲノムDNA上の1または複数の塩基の変化（置換、欠失、挿入、転位、逆位等）であって、その変化が集団内に1%以上の頻度で存在するものをいい、例えば、1個の塩基が他の塩基に置換されたもの（SNP）、1～数十塩基が欠失もしくは挿入されたもの（DIP）、2～数十塩基を1単位とする配列が繰り返し存在する部位においてその繰り返し回数が異なるもの（繰り返し単位が2～4塩基のものをマイクロサテライト多型、数～数十塩基のものをvariable number of tandem repeat (VNTR)という）等が挙げられるが、好ましくはSNPもしくはDIPである。
　「対立遺伝子」とは、染色体上の同一の遺伝子座（座位）を占めることができる遺伝構成要素が複数存在する場合、その一つの型と定義される。
　機能単位としての遺伝子を必ず含む概念ではなく、SNPなどの遺伝子多型についても同一遺伝子座に複数の塩基（配列）が存在する場合もある。すなわち、両親由来の1対の相同な染色体において相同な遺伝子座に位置する複数種の遺伝子や塩基を示し、本明細書の場合は相同な遺伝子座に位置するSNPなどの遺伝子多型を示す。例を挙げて説明すると、ある遺伝子座について父親由来の染色体ではA、母親由来の染色体ではGの場合、それぞれA対立遺伝子、G対立遺伝子という概念をしめす。英語表記はA allele、G alleleとなる。
　本明細書において、「メジャー対立遺伝子（major allele)」とは、該当する遺伝子座で、遺伝子多型が存在する場合に高頻度で出現する方の塩基（配列）を表す。例えば、父親由来の染色体ではA、母親由来の染色体ではGのSNPを想定した場合、A対立遺伝子の頻度が80%、G対立遺伝子の頻度が20%の場合、50%を超える頻度を示すAのSNPをメジャー対立遺伝子と言う。一方、該当する遺伝子座で、遺伝子多型が存在する場合に低頻度で出現する方の塩基（配列）（上記の例においては、GのSNP）をマイナー対立遺伝子と言う。
　本発明において、〔１〕のA)に記載のマーカー多型は、配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型であり、NCBI [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]が提供するSNPデータベースdbSNP [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/] でのID番号：rs1012068で示されるSNPである。当該多型は、DEPDC5遺伝子の領域を含むゲノム配列NT_011520.12においてcontig番号11656472に相当する塩基がT>G（メジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子で示す。以下同じ）である遺伝子多型（SNP）である。配列番号：１で表わされる塩基配列は、上記SNPの前後500bpのヒト第22番染色体のゲノム配列（NT_011520.12においてcontig番号11655972-11656972に相当する塩基配列）を示す。
　本発明において、〔１〕のB)に記載のマーカー多型は、配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型であり、NCBI [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]が提供するSNPデータベースdbSNP [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/] でのID番号：rs5998152で示されるSNPである。当該多型は、DECDC5の遺伝子の領域を含むゲノム配列NT_011520.12においてcontig番号11653731に相当する塩基がT>Cである遺伝子多型（SNP）である。配列番号：２で表わされる塩基配列は、上記SNPの前後500bpのヒト第22番染色体のゲノム配列（NT_011520.12においてcontig番号11653231-11654231に相当する塩基配列）を示す。
　本発明において、〔１〕のC)に記載のマーカー多型は、配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型であり、NCBI [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/]が提供するSNPデータベースdbSNP [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/] でのID番号：rs5998140で示されるSNPである。当該多型は、DECDC5の遺伝子の領域を含むゲノム配列NT_011520.12においてcontig番号11632516に相当する塩基がG>Cである遺伝子多型（SNP）である。配列番号：３で表わされる塩基配列は、上記SNPの前後500bpのヒト第22番染色体のゲノム配列（NT_011520.12においてcontig番号11632016-11633016に相当する塩基配列）を示す。
　本発明は、上記マーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドを提供する。このようなポリヌクレオチドはマーカー多型の検出用試薬として有用である。さらに本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドは、被験者の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクを診断又は予測するために有用である。ここで被験者は好ましくはHCV感染者である。HCV感染患者において、本発明のマーカー多型におけるマイナー対立遺伝子の頻度は、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC)を発症した群で有意に高いことが示された。従って、被験者が、本発明のマーカー多型においてマイナー対立遺伝子を有するか否かを試験することにより、該被験者が肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) を発症するリスクが高いか否かを予測することができる。したがって、本発明の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの診断又は予測用試薬は、本発明のマーカー多型において、少なくともマイナー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドを含有するものである。即ち、上記〔１〕のA)のマーカー多型にあっては、配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がG（相補鎖配列にあってはC）である配列の存在を検出し得るものであり、上記〔１〕のB)のマーカー多型にあっては、配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がC（相補鎖配列にあってはG）である配列の存在を検出し得るものであり、上記〔１〕のC)のマーカー多型にあっては、配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がC（相補鎖配列にあってはG）である配列の存在を検出し得るものである。
　具体的には、本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドは、Taqmanプローブ法、Invaderプローブ法(Third Wave社)、GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX社)やBeadchip(ILLUMINA社)など遺伝子チップを用いたSNPタイピング法、ダイレクトシークエンス法、SSCP法 (single-stranded conformational polymorphism analysis) 、ASP-PCR法(allele-specific primer PCR analysis) などといった公知の遺伝子解析方法におけるプライマーまたはプローブとして用いられる。すなわち、プライマーであれば、本発明のマーカー多型部位を含むヒトDEPDC5遺伝子断片を増幅し得る1対のポリヌクレオチドであり、プローブであれば、当該多型部位を含むヒトDEPDC5遺伝子領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るポリヌクレオチドである。ストリンジェントな条件とは、例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, 6.3.1-6.3.6, 1999に記載される条件、例えば、6×ＳＳＣ（sodium chloride/sodium citrate）／45℃でのハイブリダイゼーション、次いで0.2×ＳＳＣ／0.1％ＳＤＳ／50～65℃での一回以上の洗浄等が挙げられるが、当業者であれば、これと同等のストリンジェンシーを与えるハイブリダイゼーションの条件を適宜選択することができる。
　本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドの長さは、当該多型部位を含む10～200の連続した塩基配列を有するヒトDEPDC5遺伝子断片を検出し得るものであれば特に制限はなく、具体的には該ポリヌクレオチドの用途に応じて、長さを適宜選択し設定することができる。
　本発明のポリヌクレオチドをプライマーとして用いる場合には、10bp～200bp、好ましくは15bp～50bp、より好ましくは15bp～35bpの塩基長を有するものが例示できる。また検出プローブとして用いる場合には、10bp～200bp、好ましくは10bp～50bp、より好ましくは15bp～30bpの塩基長を有するものが例示できる。
　本発明のマーカー多型において、マイナー対立遺伝子は肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC)発症のハイリスク対立遺伝子であるのに対し、メジャー対立遺伝子はローリスク対立遺伝子である。すなわち、被験者がメジャー対立遺伝子のホモ接合型である遺伝子型を有する場合、ヘテロ接合型やマイナー対立遺伝子のホモ接合型と比較して、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症へ至らない頻度が顕著に高い。したがって、本発明の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの診断もしくは予測用試薬は、本発明のマーカー多型において、メジャー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドをさらに含有していることが望ましい。かかるポリヌクレオチドは、上記〔１〕のA)のマーカー多型にあっては、配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がT（相補鎖配列にあってはA）である配列の存在を検出し得るものであり、上記〔１〕のB)のマーカー多型にあっては、配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がT（相補鎖配列にあってはA）である配列の存在を検出し得るものであり、上記〔１〕のC)のマーカー多型にあっては、配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基を含む、連続した10～200塩基の配列またはその相補鎖配列であって、当該塩基がG（相補鎖配列にあってはC）である配列の存在を検出し得るものである。
　本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドがプローブとして用いられる場合、該プローブは多型性の検出に適した付加的配列（ゲノムDNAと相補的でない配列）を含んでいてもよい。例えば、Invaderプローブ法に用いられるアレルプローブは、多型部位の塩基の5’末端にフラップと呼ばれる付加的配列を有する。
　また、該プローブは、適当な標識剤、例えば、放射性同位元素（例：125I、131I、3H、14C等）、酵素（例：β-ガラクトシダーゼ、β-グルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素等）、蛍光物質（例：フルオレスカミン、フルオレッセンイソチオシアネート、Cy3、Cy5等）、発光物質（例：ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニン等）などで標識されていてもよい。あるいは、蛍光物質（例：FAM、VIC等）の近傍に該蛍光物質の発する蛍光エネルギーを吸収するクエンチャー（消光物質）がさらに結合されていてもよい。かかる実施態様においては、検出反応の際に蛍光物質とクエンチャーとが分離して蛍光が検出される。
　本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドがプライマーとして用いられる場合、該プライマーは、多型性の検出に適した付加的配列（ゲノムDNAと相補的でない配列）、例えばリンカー配列を含んでいてもよい。
　また、該プライマーは、適当な標識剤、例えば、放射性同位元素（例：125I、131I、3H、14C等）、酵素（例：β-ガラクトシダーゼ、β-グルコシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、パーオキシダーゼ、リンゴ酸脱水素酵素等）、蛍光物質（例：フルオレスカミン、フルオレッセンイソチオシアネート、Cy3、Cy5等）、発光物質（例：ルミノール、ルミノール誘導体、ルシフェリン、ルシゲニン等）などで標識されていてもよい。
　上記核酸プローブおよび／またはプライマーは、各々別個に（あるいは可能であれば混合した状態で）水もしくは適当な緩衝液（例：TEバッファーなど）中に適当な濃度（例：2×～20×の濃度で1～50μMなど）となるように溶解し、約-20℃で保存することができる。
　本発明の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの診断もしくは予測用試薬は、多型検出法に応じて、当該方法の実施に必要な他の成分を構成としてさらに含んでいてもよい。例えば、該試薬がTaqMan PCR法による多型検出用である場合には、該試薬は、10×PCR反応緩衝液、10×MgCl2水溶液、10×dNTPs水溶液、Taq DNAポリメラーゼ（5U/μL）等をさらに含むことができる。
ＩＩ．肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC)発症リスクの予測方法
　本発明はまた、被験者が肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC)発症のリスクを、当該被験者の遺伝子型を調べることによって予測する、上記〔８〕～〔１０〕に記載の予測方法を包含する。
　ここで測定対象試料となる被験者由来の遺伝子サンプルは、被験者（患者等）の遺伝子、すなわちゲノムDNAおよびRNAを含む生体試料であれば特に限定はなく、使用する検出方法の種類に応じて適宜選択することができる（但し、RNAもしくはそれに由来するポリヌクレオチド（例、cDNA）を遺伝子サンプルとする場合、検出すべきマーカー多型としては、ヒトDEPDC5遺伝子のエクソン部分に存在するものが選択される）。上記〔１〕のA)、B)およびC)のマーカー多型を検出する場合、これらの多型はいずれもDEPDC5 variant 1およびvariant 3遺伝子のイントロン（A)、B)は第32イントロン、C)は第30イントロン）内に存在するため、遺伝子サンプルはゲノムDNAを含む生体試料であることが望ましい。
　該試料は、例えば、被験者の生体組織、具体的には、血液、肝生検、頬粘膜などを採取し、そこから常法に従って調製したゲノムDNAまたはtotal RNAを用いてもよいし、さらに該RNAをもとにして調製される各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。被験者由来サンプルからのゲノムDNAおよびRNAの調製は、当業者に周知の任意の方法を用いればよい。
　被験者としては、例えばHCV感染者が挙げられる。
　また、被験者の人種は特に限定されないが、好ましくは東アジア人、更に好ましくは日本人である。更に好ましくは、日本人男性である。
　具体的には、上述の本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドを、常法に従ってプライマーまたはプローブとして利用し、Taqmanプローブ法、Invaderプローブ法(Third Wave Technologies社)、GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX社)やBeadchip (ILLUMINA社)など遺伝子チップを用いたSNPタイピング法、ダイレクトシークエンス法、SSCP法 (single-stranded conformational polymorphism analysis)、ASP-PCR法 (allele-specific primer PCR analysis)、などといった、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法で試験すればよい。
　例えば、Taqmanプローブ法およびInvaderプローブ法を用い、
A) 配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）;
B) 配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）;および
C) 配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C）
（但し、括弧内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。）
から選択される遺伝子多型の当該多型部位を含むヒトDEPDC5遺伝子断片が特異的に生成されることを確認することができる。Taqmanプローブ法を利用してSNP遺伝子型を予測する方法は当業者に周知であり、例えばApplied Biosystems社が市販するTaqMan（登録商標）SNP Genotyping Assays試薬を用い、SNP領域を検出するPCRプライマーおよびSNP対立遺伝子を識別する蛍光標識されたTaqManプローブおよび被験者の遺伝子サンプル由来のゲノムDNAを混合して、キットの添付文書に従って反応させ、蛍光シグナルを解析することにより、サンプル中に含まれるSNP対立遺伝子の遺伝子型を検出する方法を例示することができる(Nat Genet 2003; 34: 395-402)。
　また、Invaderプローブを用いてSNP遺伝子型を同定する方法も当業者に周知であり、Third Wave Technologies社が市販するSNP対立遺伝子を識別するInvaderプローブおよび反応試薬を混合し、被験者の遺伝子サンプル由来のゲノムDNAを鋳型としてkit推奨の方法に従い反応させ、汎用の蛍光プレートリーダーで蛍光シグナルを検出することにより、サンプル中に含まれるSNP対立遺伝子の遺伝子型を検出する方法を例示することができる(J Hum Genet 2001; 46: 471-477)。
　ノーザンブロット法を利用する場合、上述の〔１〕に記載のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドをプローブとして用いればよい。具体的には、前記プローブを放射性同位元素（32P、33Pなど：RI）や蛍光物質などで標識し、それを、常法に従ってナイロンメンブレン等にトランスファーした細胞由来のRNAとハイブリダイズさせた後、形成された前記プローブ（DNAまたはRNA）とRNAとの二重鎖を、前記プローブの標識物（RI若しくは蛍光物質）に由来するシグナルとして放射線検出器（BAS-1800II、富士フィルム社製）または蛍光検出器で検出、測定する方法を例示することができる。また、AlkPhos Direct Labelling and Detection System (Amersham Pharmacia Biotech社製)を用いて、該プロトコールに従って前記プローブを標識し、細胞由来のRNAとハイブリダイズさせた後、前記プローブの標識物に由来するシグナルをマルチバイオイメージャーSTORM860（Amersham Pharmacia Biotech社製）で検出、測定する方法を使用することもできる。
　また、被験者の遺伝子型は、GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX社)やBeadchip (ILLUMINA社)など遺伝子チップを利用して検出することもでき、本発明のマーカー多型を検出し得るポリヌクレオチドの配列を含む10-100bpまでの任意の長さのポリヌクレオチドをプローブとして用いることが可能である。GENECHIP SNP ARRAY (AFFYMETRIX社)やBeadchip (ILLUMINA社)を用いた方法は当業者に周知であり、AFFYMETRIX社およびILLUMINA社からのkit推奨の方法に従い、本発明のポリヌクレオチドをプローブに含むDNAチップを、被験者由来の遺伝子サンプルとハイブリダイズさせることにより、サンプル中に含まれるSNP対立遺伝子の遺伝子型を検出する方法を例示することができる。
　「肝細胞癌」への罹患は、CT（Computed Tomography)、MRI（magnetic resonance imaging）、アンジオグラフィー（Angiography）、CT angiography等の画像診断によって診断される。また、患者血清中の、アルファフェトプロテイン（AFP;alpha-fetoprotein）又はPIVKA-II (protein induced in the absence of vitamin K or antagonist II) 等のHCC関連腫瘍マーカーの検出、または腫瘍由来組織の生検によって診断することもできる。「肝細胞癌」への罹患には、例えばHCV感染が慢性化して慢性肝炎から肝硬変へと線維化が進行し肝細胞癌を発症するといった、いわゆる肝細胞癌への進展による罹患も含まれ、また、本発明の好適な診断・予測対象となる。
　「肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクが高い」とは、具体的には、上記の通常の診断方法によってHCCに罹患していないと診断される状態の、ある対立遺伝子を保有する被験者が、当該対立遺伝子を保有しない者に比べて、将来的に肝細胞癌に罹患する可能性が高いことを意味する。
　被験者由来の遺伝子サンプルにおいて、上述の遺伝子多型について試験した結果、被験者がマイナー対立遺伝子を有する場合、該被験者は肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクが高いと予測することができる。より好ましくは、上述の遺伝子多型について試験した結果、メジャー対立遺伝子をホモにもつ場合、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクが低く、ヘテロ接合型の場合、メジャー対立遺伝子をホモにもつ場合に比べて肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクが高く、マイナー対立遺伝子をホモにもつ場合、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクがさらに高いと予測することができる。
　肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症のリスクが高いと予測された患者は、特にHCCの予防的治療を開始することが期待され得る。具体的な予防的治療としては、インターフェロン、好ましくはインターフェロンαを少量で長期間投与する治療や、グリチルリチン・グリシン・システイン配合剤、ウルソデオキシコール酸等の肝庇護剤や瀉血療法で炎症を抑えることによりトランスアミナーゼ（AST, ALT）値を低く保つ治療等が挙げられる。
　以下、実施例により本発明をさらに詳しく説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。
〔実施例１〕慢性HCV感染における肝細胞癌（HCC）発症と相関するSNPの探索
（１）サンプル
　GWAS試験（ゲノムワイド関連解析　genome-wide association study）には、虎ノ門病院肝臓センター、広島大学病院及び広島大学医学部関連病院で慢性HCV感染と診断された患者977例の患者（55歳以上の日本人）由来の血液サンプル（末梢血の白血球）を用いた。全ての患者は血清中のアラニントランスアミナーゼレベルが6ヶ月以上に渡って異常値を示しており、抗HCV抗体と血清中のHCV RNAが陽性であった。全ての患者はB型肝炎表面抗原が陰性であり、その他の肝臓疾患の兆候は認められなかった。また、全ての患者は本試験への登録前に免疫抑制的な治療は受けていなかった。
　これらの患者のうち、212例は肝細胞癌に進展し（症例群（Case））、残りの765例は肝細胞癌を発症しなかった（対照群（Control））。肝細胞癌の診断は多血性に基づいて行い、αフェトプロテインやPIVKA-II（protein induced in the absence of vitamin K or antagonist II）などの肝細胞癌関連腫瘍マーカーの血清レベルが増大するか、あるいは超音波診断で腫瘤性病変が検出された場合に、ダイナミックコンピュータ断層撮影（CT）、磁気共鳴造影法（MRI）、血管造影検査、CT血管造影検査などで確認した。結節が多血性であると証明されなかった場合には、超音波診断下での経皮的な組織生検を実施し、肝細胞癌の確定診断を行った。
　年齢、性別、血小板数といった臨床情報は全ての患者について利用可能であった。症例群については、最初の肝細胞癌の診断時の年齢、血小板数を本試験における臨床情報として採用された。
　独立した再現性確認試験でも、ゲノムワイド関連解析の場合と同じ基準で被験者集団を選択し、710例の症例群と1625例の対照群を用いた。再現性確認試験の患者には上記の病院に加え、札幌厚生病院で慢性HCV感染と診断された患者を含んでいる。本試験に採用した患者の特徴を表１に示した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
　GWAS試験および再現性確認試験に参加した全ての患者は、当該試験についての詳細な説明を受け、書面でのインフォームドコンセントに署名した。これらの試験は参加した各医療センターならびに理化学研究所ゲノム医科学研究センターの倫理委員会の承認を得ている。
（２）遺伝子多型ジェノタイピング
　ゲノムDNAは標準的な手法を用いて末梢血白血球から抽出した。ゲノムワイド関連解析では、慢性HCV感染の日本人患者981例中、コールレート98%未満の2例と近い血縁関係もしくはサンプルの重複と判断された別の2例とを除いた977例（症例群212例、対照群765例）について、HumanHap 610- QuadBeadChip (Illumina社) を用いてSNPの遺伝子型の判定を行った。常染色体上の467538のSNP（症例群、対照群双方でコールレート99％以上、マイナー対立遺伝子頻度（MAF）0.01以上、対照群においてHardy-Weinberg平衡にある (p≧1×10-6)）が解析対象となった。
　再現性確認試験（症例群710例、対照群1625例）においては、マルチプレックスPCRに基づいたインベーダーアッセイ（Third Wave Technologies社）を用いた（J. Hum. Genet. 46: 471-7 (2001)）。
（３）統計解析
　遺伝子型に基づく関連解析は、自由度1のコクラン・アーミテージ検定で行った。オッズ比（OR）および信頼区間（CI）は2×2アレル頻度テーブルから算出した。解析結果を統合評価するためにMantel-Haenszel検定を行った。試験間の不均一性テストはBreslow-Day検定を用いて行なった。一般的な統計解析にはR statistical environment version 2.11.1もしくはPLINK 1.03（J. Hum. Genet. 81: 559-75 (2007)）を用いた。
　ハプロタイプ解析、DEPDC5遺伝子内およびその周辺領域に存在するSNP間のLD値の解析並びに連鎖不平衡地図の作成には、Haploviewソフトウェア（Bioinformatics 21: 263-5 (2005)）を用いた。
（４）結果
　症例群212例と対照群765例において、Illumina チップ上の467538個のSNPを解析対象として、各SNPの遺伝子型と肝細胞癌への進展との関連性について解析した。Genomic control法を用いたinflation factorは1.00であり、患者のサブストラクチャーの効果は無視してよいことを示しているので、ゲノムワイド関連解析におけるジェノミックコントロールに対する補正は行なわなかった。
　その結果、DEPDC5のアイソフォーム1をコードする、第22番染色体上のDEPDC5 variant 1遺伝子の第32イントロン内に存在するSNPであるrs1012068（T>G）が、慢性HCV感染からの肝細胞癌への進展と強い相関性があることが示された（P = 7.93 × 10-8、オッズ比（OR）2.20、95%信頼区間（CI）1.64- 2.97）。即ち、マイナー対立遺伝子頻度（MAF）は対照群で0.095であるのに対し、症例群では0.189と顕著に高かった（表２）。Bonferroni補正後も、SNP rs1012068はHCVに関連した肝細胞癌と統計学的に有意な相関性を示した (P < 0.05/467,538)。その他のSNPは統計学的に有意な相関を示さなかった。
　症例群710例、対照群1625例を用いた再現性確認試験においても、SNP rs1012068は肝細胞癌と強く相関することが確認された（P = 2.39 × 10-8; オッズ比1.63）。マイナー対立遺伝子頻度は症例群で0.182、対照群で0.121であった（表２）。さらに、ゲノムワイド関連解析と再現性確認試験の結果をMantel-Haenszel検定で統合した場合も、rs1012068は肝細胞癌と強く相関することが確認された（P = 1.27 × 10-13、オッズ比1.75）。オッズ比は2つの試験間で同様な値であり、統計学的な不均一性は認められなかった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
　年齢、性別とともに、肝線維化がHCVが関係する肝細胞癌の進展に強く影響することは周知である。また、血小板数がHCV患者の肝線維化のステージと有意に相関することが知られており、血小板数が10 × 104/μl未満であることが肝硬変のマーカーとして用いられている。そのため、これらの因子を調整した後に、上記SNPと肝細胞癌の相関性を再評価した。多重ロジスティック回帰分析を用いて年齢、性別、血小板数を調整すると、rs1012068はより高い有意な相関性を示した（P = 1.35 × 10-14; オッズ比1.96）（表３）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
　rs1012068の肝細胞癌に対する影響を他の予測因子とは独立に調べるために、性別と血小板数を用いた層別解析を行なった（表４）。
　興味深いことに、該SNPの肝細胞癌との関係は、男性におけるオッズ比1.99（95％信頼区間1.63-2.42）に対して女性におけるオッズ比は1.51（95％信頼区間1.18-1.93）と、男性においてより強かった。また、血小板数が低値の患者（< 10 x 104/μl）におけるオッズ比2.26（95％信頼区間1.67-3.31）に対して、血小板数10 x 104/μl以上の患者におけるオッズ比は1.71（95％信頼区間1.42-2.05）と、血小板数が低値の患者において該SNPの肝細胞癌との関係がより強かった。更に、血小板数が低値の男性におけるオッズ比2.54（95％信頼区間1.48-4.35）に対して、血小板数が高値の女性ではオッズ比は1.21（95％信頼区間0.84-1.74）であり、前者は後者の約2倍も該SNPの肝細胞癌との関係が強かった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
〔実施例２〕rs1012068の周辺領域の詳細な探索
（１）ファインマッピング
　rs1012068の周囲の領域についてより詳細に探索するために、ゲノムワイド関連解析の患者サンプルにおいて、DEPDC5遺伝子座の上流、下流の染色体位置22q12.2から22q12.3におよぶ350kbを含む遺伝子領域（DEPDC5に隣接する遺伝子C22orf30とYWHAHを含む）をファインマッピングした（図１）。ゲノムワイド関連解析の全ての症例群サンプル、対照群サンプルを用いた。HapMap JPT dataに基づいて、landmark SNP（rs1012068）と連鎖不平衡（r2 > 0.8）の関係にある、マイナー対立遺伝子頻度（MAF）が0.05以上のタグSNP（43個）を、Haploviewソフトウェアを用いて選択し、LDブロック（連鎖不平衡地図）を作成した。さらに、実施例１の再現性確認試験と同様に、マルチプレックスPCRに基づいたインベーダーアッセイ（Third Wave Technologies社）により、患者サンプルにおける各SNPの遺伝子型を解析した。その結果、肝細胞癌への進展と強い相関を示す別のイントロンSNP rs5998152を同定した（図１）。このSNPはrs1012068の上流2.7kbに位置しており、rs1012068とは強い連鎖不平衡にあった（r2 = 0.99）。しかし、rs1012068以上に肝細胞癌への進展と強い相関を有するSNPは見出されなかった。
（２）再シーケンシング
　rs1012068と高度に連鎖した機能的なコーディングSNPの存在を調べるために、HCV感染患者48例から得たジェノミックDNAを用いて、DEPDC5 variant 1遺伝子の42個のエクソンの配列を、直接シーケンシングにより調べた。その結果、dbSNPデータベースに登録されていない2つの新規なSNPが同定されたが、これらはいずれもマイナー対立遺伝子頻度（MAF）が低く（0.010）、rs1012068とは連鎖していなかった（r2 = 0.00）。更に、これらのSNPは肝細胞癌とは有意な相関性を示さなかった。landmark SNP（rs1012068）を含む約38kbのLD blockの範囲についても同様の解析を行ったところ、rs1012068の上流24kbのイントロン上にrs1012068と強い連鎖不平衡にある(r2 = 1)SNP rs5998140が同定された（図２）が、新規のSNPは同定されなかった。
　また、肝細胞癌への感受性と高度に相関するようなSNPの組み合わせについて調べるためにハプロタイプ解析を行なったが、単一マーカーであるrs1012068以上に強い相関性を示すハプロタイプはなかった。
　すなわち、SNP rs101268はHCVが関係する肝細胞癌と最も強い独立した相関性を持っていた。
　DEPDC5又はDEPDC5遺伝子を検出するためのプローブもしくはプライマー等は、HCV感染者の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC)発症リスクを予測するために有用である。
　本出願は日本で出願された特願２０１１－０２７９３４（出願日：２０１１年２月１０日）を基礎としており、その内容は本明細書に全て包含されるものである。

Claims (10)

  1. 　DEP Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する遺伝子多型であって、
    A）配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）；
    B）配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）；及び／又は
    C）配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C）
    （但し、カッコ内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。）
    の遺伝子多型において、各マイナー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドを含んでなる、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測用試薬。
  2. 　メジャー対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１に記載の試薬。
  3. 　対立遺伝子を検出し得るポリヌクレオチドが、配列番号：１～３で表わされる各塩基配列において該対立遺伝子を含む10～200の連続した塩基配列もしくはその相補鎖配列からなるDEPDC5の遺伝子断片と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るプローブ、および／または該遺伝子断片を増幅し得るプライマーである、請求項１または２に記載の試薬。
  4. 　DEPDC5の遺伝子断片が10～50の連続した塩基配列からなる、請求項３に記載の試薬。
  5. 　DEPDC5の遺伝子断片が15～30の連続した塩基配列からなる、請求項３に記載の試薬。
  6. 　HCV感染者に対して、肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの有無を予測するために用いられる、請求項１～５のいずれか１項に記載の試薬。
  7. 　HCV感染患者が東アジア人である、請求項１～６のいずれか１項に記載の試薬。
  8. （１）被験者由来の遺伝子サンプルを使用し、DEP Domain Containing 5（DEPDC5）遺伝子領域に存在する遺伝子多型であって、
    A）配列番号：１で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>G）；
    B）配列番号：２で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（T>C）；及び／又は
    C）配列番号：３で表わされる塩基配列中第501番目の塩基における遺伝子多型（G>C）
    （但し、括弧内はメジャー対立遺伝子>マイナー対立遺伝子を示す。）
    の遺伝子多型を試験する工程、および
    （２）（１）の試験の結果、マイナー対立遺伝子の存在が認められた場合、該被験者は、マイナー対立遺伝子を有しない者に比べて肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクが高いと判断する工程
    を含む、HCV感染者の肝細胞癌hepatocellular carcinoma (HCC) 発症リスクの予測方法。
  9. 　遺伝子サンプルが、ゲノムDNAを含む、請求項８に記載の予測方法。
  10. 　被験者が、東アジア人である、請求項８又は９に記載の予測方法。
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