WO2012067165A1 - 自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法 - Google Patents
自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法 Download PDFInfo
- Publication number
- WO2012067165A1 WO2012067165A1 PCT/JP2011/076450 JP2011076450W WO2012067165A1 WO 2012067165 A1 WO2012067165 A1 WO 2012067165A1 JP 2011076450 W JP2011076450 W JP 2011076450W WO 2012067165 A1 WO2012067165 A1 WO 2012067165A1
- Authority
- WO
- WIPO (PCT)
- Prior art keywords
- protein
- analysis
- data
- derived
- mammal
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6863—Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
- G01N33/6869—Interleukin
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/564—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for pre-existing immune complex or autoimmune disease, i.e. systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, rheumatoid factors or complement components C1-C9
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6845—Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/32—Cardiovascular disorders
- G01N2800/323—Arteriosclerosis, Stenosis
Definitions
- the present invention relates to a method for analyzing a protein involved in an autoimmune disease and a method for examining the disease.
- Nucleic acids such as the search for amino acid sequences (domains) conserved across species and the classification of orthologous genes based on them while facilitating the development of bioinformatics for genes after the completion of human genome sequencing Analysis centering on amino acid sequences.
- nearly half of the genes on the genome still have unknown functions.
- most of the genes found in the genome, of which the function is completely unknown are actually annotated, but the biochemical functions are not yet known. Therefore, in order to obtain more effective information on more than 25,000 genes discovered by investing a huge budget in the post-genome era after genome sequencing, the biochemical functions of proteins are comprehensive. Development of analysis technology is essential (see Non-Patent Document 1).
- a method using a gene expression profile is known as one of the techniques for exhaustive analysis as described above. Studies have been conducted to clarify gene functions by analyzing gene expression profiles and to obtain knowledge for drug discovery, pharmacology, toxicology, and diagnosis. For example, statistical analysis such as correlation analysis, principal factor analysis, variance analysis, k-means clustering, hierarchical clustering, shortest neighbor method, discriminant analysis, neural network, and genetic algorithm are applied to the analysis of DNA chip data (see: Patent Documents 1, 5 to 7).
- an autoimmune disease refers to a disease that occurs due to an immune response to an antigen (self-antigen) that is a component of itself, that is, autoimmunity.
- an autoantigen is present in a specific organ, tissue or cell, only that organ is damaged, resulting in an organ-specific autoimmune disease.
- myasthenia gravis and multiple sclerosis are known.
- the existence of autoantibodies against universal self-antigens such as nuclear substances is known, and those with systemic lesions such as vasculitis are systemic autoimmune diseases.
- systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, multiple arterial inflammation and the like are known.
- Atherosclerosis is a terminal image of lifestyle-related diseases such as hypertension, diabetes, and dyslipidemia, and develops myocardial infarction, cerebral infarction, peripheral arterial disease, etc., fatal or greatly increases the activity of daily living (ADL). It may be damaged. For this reason, early detection and prediction of the onset of atherosclerosis are important, but conventional image diagnosis cannot diagnose atherosclerosis at an early stage, and there are some useful serum markers. It is a situation that does not. Recent research results have suggested that autoimmune mechanisms may be involved in some of the inflammation in atherosclerosis, but the substance remains unknown.
- Patent Document 3 JP-T-2009-503529 discloses a “method for detecting an individual having a risk of atherosclerosis and related vascular diseases, including detection of IL-1 ⁇ autoantibodies”. .
- IL-1 ⁇ autoantibodies are the only factors involved in autoimmune diseases.
- IL-1 ⁇ is not included in the factors involved in the autoimmune disease specified in the present invention.
- Patent Document 4 JP-T-2008-501636 discloses that “the presence or absence of an autoantibody against phosphorylcholine, particularly an IgM autoantibody, is associated with an increase or decrease in the risk of developing atherosclerosis”. Yes. However, it cannot be considered that phosphorylcholine autoantibodies are the only factors involved in autoimmune diseases. Further, the factor involved in the autoimmune disease specified in the present invention does not include phosphorylcholine.
- the present inventors detected autoantibody production by contacting a mammal-derived protein expressed by a cell-free protein synthesis system with a sample from an autoimmune disease patient. Then, the detected data was subjected to statistical analysis processing, gene ontology analysis and / or pathway analysis, thereby providing a means for comprehensive analysis of proteins involved in autoimmune diseases.
- the present invention provides a means for analyzing a protein involved in autoimmune diseases, particularly arteriosclerosis, with high sensitivity and high efficiency. Furthermore, the present invention provides a method for examining arteriosclerosis, particularly atherosclerosis, by detecting the antibody titer of an autoantibody against a protein involved in arteriosclerosis obtained from the means.
- the present invention is as follows. “1. A method for examining arteriosclerosis, wherein an antibody titer of an autoantibody against any one of the following protein groups is detected from a patient-derived sample.
- Protein group involved in amino acid transporter wherein the protein group involved in amino acid transporter is any one or more of the following: SLC7A11; SLC36A4; SLC7A9, SLC1A3.
- a test kit comprising at least the following for performing an arteriosclerosis test: IL-5; STX1A; CSNK2A1; VAMP2; GSK3B; PRKCZ; PCNA; PIN1; STX4; HRB; HMGN1; HIST1H1C; TUBB; NPM1; VAMP8; VAPA; STX3; RABAC1; CCND2; SLC7A11; SLC36A4; . 8).
- a method for analyzing a protein involved in an autoimmune disease having the following steps: (1) Contacting a mammal-derived protein with a sample from an autoimmune disease patient to obtain autoantibody detection data (data 1); (2) Contacting a mammal-derived protein with a sample from a healthy person to obtain autoantibody detection data (data 2), and / or using a mammal-derived protein as a therapeutic agent for an autoimmune disease Obtaining autoantibody detection data (data 3) by contacting with a sample from an autoimmune disease patient being administered; (3) Statistical analysis is performed using any two or more of the above data 1 to 3, and data of a group of autoantigen proteins (mammals derived from mammals) of one or more differentially expressed autoantibodies ( Obtaining data 4); (4) Annotating the protein group of data 4 above (annotation), (5) A step of extracting
- the analysis method according to item 9 further comprising a step of performing data mining using a constraint condition based on the common rule.
- the analysis method according to item 9 or 10 above wherein the steps (1) to (5) are repeated a plurality of times using the protein having the common rule extracted in the step (5).
- the step of obtaining data 5 by performing the steps (1) to (3) using a protein derived from a mammal not included in the data 1 to 3 and having the common rule.
- autoimmune disease is selected from any one of the following: Systemic lupus erythematosus, discoid lupus erythematosus, polymyositis, scleroderma, mixed connective tissue disease, Hashimoto's thyroiditis, primary myxedema, thyrotoxicosis, pernicious anemia, Good-pasture syndrome, acute progressive glomerulonephritis, Myasthenia gravis, pemphigus vulgaris, bullous pemphigoid, insulin resistant diabetes, juvenile diabetes, Addison's disease, atrophic gastritis, male infertility, premature menopause, phakogenic uveitis, interchangeability Vasculitis, multiple sclerosis, arteriosclerosis, atherosclerosis, ulcerative colitis, primary biliary cirrhosis, chronic active hepatitis, autoimmune hemolytic anemia, paroxysmal hemoglobin
- Example of hierarchical structure of gene ontology analysis results Example of hierarchical structure of gene ontology analysis results Results of gene ontology analysis of Example 6 Analysis results of proteins involved in autoimmune diseases by pathway analysis Result of measurement of antibody titer of autoantibody of Example 4 (“AS” in the figure means serum derived from arteriosclerosis patient, “C” means serum derived from healthy subject)
- Cluster analysis results Cluster analysis results Measurement results of antibody titers of autoantibodies in each statistically treated patient Average profile in each cluster for each patient Results of gene ontology analysis for each cluster Results of measurement of antibody titer of anti-IL-5 antibody in serum of patients with coronary sclerosis with each IL-5 addition Result of measurement of antibody titer of anti-IL-5 antibody in serum of patients with obstructive arteriosclerosis and coronary arteriosclerosis by addition of secretory IL-5 (20-135) (“C” in the figure is secreted) (No addition of type IL-5 (20-135)) Measurement result of IL-5 concentration in serum of patients
- the method for analyzing a protein involved in an autoimmune disease of the present invention mainly has the following characteristics.
- a protein derived from a mammal is brought into contact with a sample derived from an autoimmune disease patient to obtain autoantibody detection data (data 1).
- the protein (autoantigen protein) derived from the mammal which reacted with the autoantibody in the sample derived from an autoimmune disease patient can be specified.
- the “autoantibody” is generally an IgG molecule, particularly an IgG4 molecule, but may be an IgM, IgE, IgA, or IgD molecule.
- Autoantibody detection data (data 2) and / or administering a mammal-derived protein to a therapeutic agent for an autoimmune disease
- Autoantibody detection data (data 3) is obtained by contacting with a sample derived from an autoimmune disease patient.
- the autoimmune disease of the present invention is selected from any one of the following.
- the preferred autoimmune disease is arteriosclerosis, more preferably atherosclerosis.
- sample means biological materials derived from autoimmune disease patients and healthy individuals in various states (states in which a therapeutic drug for serious, mild, or autoimmune diseases is administered).
- the collected blood, blood-derived components (serum, plasma), urine, feces, saliva, and products contained in sweat are targeted.
- a preferred sample is serum.
- the mammal-derived protein of the present invention means a protein expressed in the body of a mammal, particularly in blood.
- the mammal of the present invention includes primates including humans (eg, gorilla, chimpanzee, baboon, squirrel monkey), companion animals (eg, cats, rabbits, dogs, horses), livestock (eg, cows, sheep, pigs, Goats, horses), and laboratory animals (eg, cats, dogs, guinea pigs, rabbits, sheep, goats, pigs, chimpanzees, and baboons).
- Contact in each step of the present invention means both of adding the A solution to the B solution or adding the B solution to the A solution.
- a solution containing a protein derived from a mammal is added to the sample, or the sample is a solution containing a protein derived from a mammal You may add to.
- the data mining of the present invention is a technique for automatically extracting interesting regularity and causal relationship from data using a program or the like.
- the data mining used in the present invention includes both a statistical method and a non-statistical method.
- statistical methods include principal component analysis, multiple regression analysis, factor analysis, discriminant analysis, X-square test, Fisher exact test, Wilcoxon test, F-test, multiple test, Welch t-test, etc.
- non-statistical methods include cluster analysis, neural network, self-organizing map, genetic algorithm, decision tree, k-nearest neighbor method, pattern recognition, and the like.
- the methods described above can be used in combination.
- the process of the present invention preferably introduces normalization and / or filtering. Since the time, place, and operator of the experiment are different, the background of the experiment and the level of noise are different. Therefore, normalization is performed to align the background and the level of noise for each experiment.
- the image luminance fluorescence intensity
- Filtering is an operation of selecting appropriate data and removing error values that adversely affect analysis. For example, there is a method for determining a threshold value. Specifically, when the signal intensity (fluorescence intensity) is low, the threshold value is set to X, and the signal intensity below X is set to X or zero. Cross validation may also be introduced.
- Gene ontology analysis In order to examine the function of a gene, it is necessary to classify and visualize the gene group to be analyzed based on the function of the gene. A gene ontology analysis is often used as a method for displaying gene functions. Gene Ontology was proposed by a project called the Gene Ontology Consortium (http://www.geneontology.org/), which was launched because of the need to establish a unified framework for gene function. According to Gene Ontology, gene functions are organized as three types of information. That is, molecular function, intracellular component, and biological process.
- GOID is a database identification code for three types of information: biological processes, subcellular localization, and molecular functions.
- the numbers in the right end bracket of the ontology in FIG. 1 indicate the number of registered genes.
- 32056 genes are currently registered as genes having transporter functions, and 1272 genes are registered in amino acid tramsports.
- FIG. 2 the lower hierarchy of the amino acid transporter ⁇ acidic amino acid transporter (95), amino acid transmembrane transporter (8), etc. ⁇ is registered.
- Gene ontology forms a hierarchical structure from general-purpose major classifications to detailed minor classifications.
- Example 6 The gene ontology analysis result of Example 6 below will be described with reference to FIG.
- the four proteins described in FIG. 3 are the results obtained by gene ontology analysis. It is assumed that the gene group in FIG. 3 is a protein group that is found to be important in a certain class classification by statistical analysis (data mining) in the step (3). Extracting common properties and characteristics from the gene group in FIG. 3 is the purpose of the process of extracting common rules from gene annotations. For example, with respect to the gene ontology shown in FIG. 3, a search is made for an ontology commonly found in a plurality of genes. In FIG. 3, “amino acid transporter” or its lower layer is commonly seen.
- the term with the highest frequency may be extracted as the common rule among the term of the protein group classified into classes.
- a step of performing data mining using a constraint condition based on the extracted common rule may be added.
- data mining for example, for the obtained data 1 to 3, a constraint condition of data (protein) corresponding to amino acid transporter (GO: 0006865) is provided, and data mining is performed only on the corresponding protein group.
- the upper layer of amino acid transporter (GO: 0006865) is amino transport (GO: 0015837).
- the obtained data 1 to 3 is provided with a constraint condition of data (protein) corresponding to amino transport (GO: 0015837), and data mining only with the corresponding protein group,
- a constraint condition of data (protein) corresponding to amino transport GO: 0015837
- data mining only with the corresponding protein group
- the lower layer of amino acid transporter GO: 0006865
- acidic amino acid transport GO: 0015800
- a constraint condition of data (protein) corresponding to acidic amino acid transport (GO: 0015800) is provided, and data mining is performed only with the corresponding protein group.
- cross-validation it is possible to quantitatively grasp how much acid amino acid transporter contributes to classification.
- a common rule with higher generality can be extracted by repeating a plurality of steps as described above.
- data 5 that is additional data is obtained by performing the above-mentioned steps (1) to (3) for proteins that are not included in data 1 to 3 and that have common rule characteristics. can do.
- by combining the data 5 with the data 4 it is possible to extract a common rule with high accuracy and higher generality.
- each circle indicates a gene, and a line connecting the circles indicates that there is a correlation.
- the correlation score is omitted.
- the correlation score generally indicates the number of cases where two genes connected by a line exist in the same abstract sentence of the medical literature database MEDLINE.
- nine types of proteins IL-5, STX1A, CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ, PCNA, PIN1, STX4 can be specified as one hub protein.
- HMGN1, HIST1H1C, TUBB, NPM1, VAMP8, VAPA, STX3, RABAC1, and CCND2 10 kinds of proteins (HRB, HMGN1, HIST1H1C, TUBB, NPM1, VAMP8, VAPA, STX3, RABAC1, and CCND2) can be identified.
- MEDLINE or OMIM of US NCBI is generally used, but other document databases may be used.
- pathway analysis software well-known software ⁇ Example: Pathway Assist ver3.0 (Ariadene Genomics) ⁇ can be used.
- an expressed protein list including data 4 of a group of one or more proteins (autoantigen proteins) that are differentially expressed is created. Then, the created expression protein list is imported into pathway analysis software. In the following examples, since pathway analysis was performed using known pathway analysis software, the protocol in the attached manual was followed. Next, the pathway in the expressed protein list is calculated.
- MEDLINE database which is a public database that stores biomedical literature information
- pathway analysis software processing algorithm Natural Language Processing Engine
- a node is displayed on the pathway drawing screen.
- the common rules of the hub protein group (in FIG. 4: IL-5, STX1A, CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ, PCNA, PIN1, STX4) are extracted.
- a part of each protein group is a protein (common rule) that is statistically significantly related to a cytokine (human cytokine).
- the gene ontology analysis described above can be used.
- the protein identified by the pathway analysis by confirming the correlation with the expression level of the protein group in the data 1 to 3 above, the protein identified by the pathway analysis
- the correlation between groups and autoimmune diseases can be verified. Therefore, by performing a plurality of verifications, it is possible to more reliably predict that there is a high possibility of having a correlation between the identified protein group and an autoimmune disease.
- steps such as data mining may be added as described in paragraphs “0026” and “0027”.
- the mammal-derived protein used in the present invention is preferably expressed using a cell-free protein synthesis system, more preferably an extract for cell-free protein synthesis using eukaryotic-derived wheat germ or the like.
- a cell-free protein synthesis system more preferably an extract for cell-free protein synthesis using eukaryotic-derived wheat germ or the like.
- examples of commercially available extracts for protein synthesis include Rabbit Reticulocyte Lysate System (Promega) derived from rabbit reticulocytes and Wheat Germ Expression Premium Kit (WEPRO registered trademark , Cell Free Science Co., Ltd.) derived from wheat germ.
- the best extract to be applied to the present invention is an extract derived from wheat germ, and an extract from which a metabolite such as glucose that causes inhibition of protein synthesis in the endosperm components and germ tissue cells is further removed. It is a liquid.
- the extract from which the endosperm component is substantially removed means that the deadenination rate of ribosome is 7% or less, preferably 1% or less.
- sugar and phosphorylated saccharide are reduced to 10 mM or less, preferably 6 mM or less (as the glucose concentration in the extract having an absorbance of 200 OD / ml at 260 nm).
- a method for preparing such an extract is exemplified in WO2005 / 063979 A1.
- a protein derived from a mammal in a wheat germ cell-free protein synthesis system by expressing a protein derived from a mammal in a wheat germ cell-free protein synthesis system, a protein derived from a biotinylated mammal after synthesis is expressed as shown in Example 3 below. There is no need to wash. That is, it is not necessary to remove biotin that did not bind to the biotinylated sequence. Thereby, in the analysis method of this invention, the antibody titer of the autoantibody with respect to protein of a large amount of mammals can be measured efficiently.
- “Acquisition of autoantibody detection data” of the present invention means detecting autoantibodies specifically expressed in patients with autoimmune diseases, and more specifically, measuring the antibody titer of the autoantibodies. It is.
- a method for detecting the antibody titer a method known per se can be used.
- the numerical value of the antibody titer of one or more detected autoantibodies can be obtained as data by writing it into an Excel file (manufactured by Microsoft).
- the method for detecting the antibody titer of the autoantibody is not particularly limited. However, it is preferable to use a homogeneous assay that can omit the washing step, particularly ALPHA as a detection system. In the present invention, it is preferable to use ALPHA, whereby a large amount of expressed protein can be detected efficiently and with high accuracy.
- ALPHA Analog to Physical Reduction Agent
- ALPHA Analog to Physical Reduction Agent
- the method is an analysis method based on the movement of singlet oxygen between a donor bead and an acceptor bead which are brought close to each other. This is because upon excitation at 680 nm, the photosensitizer in the donor bead converts ambient oxygen to singlet state oxygen, which diffuses to a distance of 200 nm.
- the chemiluminescent group in the acceptor bead transfers energy to the fluorescent acceptor in the bead and subsequently emits light at about 600 nm.
- the acceptor beads are inert carriers such as glass, silica gel, and resin, and are carriers for immobilizing the biomolecules.
- Donor beads are inert carriers such as glass, silica gel, and resin, and are carriers for immobilizing streptavidin.
- Biotinylated mammal-derived proteins sometimes referred to as biotinylated mammal-derived proteins
- acceptor beads that can directly or indirectly recognize the biotinylated substrate
- Anti-IgG protein G
- Acceptor Beads A donor bead conjugated with streptavidin, a sample from an autoimmune disease patient (serum) and / or a sample from a healthy person is added to the microplate.
- the autoantibody against a biotinylated mammal-derived protein if an autoantibody against a biotinylated mammal-derived protein is expressed, the autoantibody recognizes (binds) the biotinylated mammal-derived protein as an antigen, so that the donor beads and the acceptor beads are brought close to each other. An increase in signal occurs.
- the autoantibody against the biotinylated mammal-derived protein is not expressed, the autoantibody does not recognize (bind) the biotinylated mammal-derived protein as an antigen, so that the donor beads and the acceptor beads cannot be brought close to each other. There is no rise.
- the detection method of a signal is measured, for example using fluorescence intensity which an acceptor bead emits.
- the antibody titer of an autoantibody can be detected by contacting a mammal-derived protein or fragment thereof with a sample (particularly serum) derived from an autoimmune disease, particularly arteriosclerosis.
- a sample particularly serum
- Autoantibodies that bind to mammal-derived proteins or fragments thereof can be detected by immunoassays known per se. Specific methods are as follows, but are not particularly limited.
- Non-competitive immunoassay Autoantibodies that bind to mammalian-derived proteins or fragments thereof are detected by anti-human immunoglobulin antibodies.
- a mammal-derived protein or a fragment thereof or an anti-human immunoglobulin antibody is preliminarily immobilized, removal of unreacted components (generally called B / F separation) can be easily performed by washing. it can. For example, after contacting a solid phase mammal-derived protein or fragment thereof with patient serum, the serum is removed and then anti-human immunoglobulin antibody is added. If the anti-human immunoglobulin antibody is labeled, the amount of label binding to the solid phase increases in proportion to the autoantibody.
- This anti-human immunoglobulin antibody corresponds to an antibody called a second antibody. If an antibody capable of identifying the antibody class is used as the anti-human immunoglobulin antibody, autoantibodies can be detected by class. A mammal-derived protein or fragment thereof, a sample (eg, serum), and an anti-human immunoglobulin antibody can be reacted simultaneously.
- particle agglutination or immunochromatography can be used as a non-competitive immunoassay.
- the particle agglutination reaction is a detection method based on a phenomenon in which a mammal-derived protein or a fragment-sensitized particle thereof is aggregated by an autoantibody.
- immunochromatography the above-described immobilized mammal-derived protein or fragment thereof is present in a chromatographic medium, to which autoantibodies in a sample and labeled anti-human immunoglobulin antibodies are reacted. Furthermore, it is designed such that separation of unreacted components is performed in parallel with the reaction in the chromatographic medium.
- Competitive immunoassay It is possible to detect an autoantibody by utilizing a phenomenon in which an autoantibody inhibits an immunological reaction between a mammal-derived protein or fragment thereof and an anti-mammal protein or fragment antibody thereof. Also in this case, removal of unreacted components can be easily performed using a solid phase. That is, when the anti-mammalian protein or fragment antibody thereof is brought into contact with the mammal-derived protein or fragment thereof in the presence of a blood sample, either the anti-mammal protein or fragment antibody thereof and the mammalian protein or fragment thereof Is solid-phased and the other is labeled for use. In addition, autoantibodies can be detected based on the amount of label bound to the solid phase after B / F separation. When a competitive immunoassay is performed, the anti-mammalian protein or fragment antibody used as a reaction component may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody as long as it competes with an autoantibody.
- a reaction with the anti-mammal-derived protein or fragment antibody thereof is performed.
- an autoantibody against a mammal-derived protein or fragment thereof is not included, the reaction between the mammal-derived protein or fragment thereof and the anti-mammalian protein or fragment antibody thereof is not inhibited.
- the presence of autoantibodies to the fragments will result in inhibition.
- the immobilized mammal-derived protein or a fragment thereof is first added to the sample, and after sufficiently reacting, an anti-mammal-derived protein or a fragment antibody thereof is further added.
- the presence of the autoantibody can be confirmed by measuring the amount of the label bound (or not) to the solid phase.
- the sample can be brought into contact with a labeled mammal-derived protein or a fragment thereof, and the sample can be contacted with an immobilized anti-mammalian-derived protein or a fragment antibody thereof. This method is particularly advantageous when applied to immunochromatography.
- Known labels for use in immunoassays include fluorescent substances, luminescent substances, dyes, enzymes, coenzymes, or radioisotopes.
- enzyme labels such as alkaline phosphatase and peroxidase are advantageous labeling components because they are excellent in safety and economy and can achieve the necessary sensitivity relatively easily.
- Reaction components such as anti-human immunoglobulin antibodies and mammalian proteins or fragments thereof can be directly labeled with these label components, or antibodies or avidin-biotin systems that recognize these components can be used. It can also be used for indirect labeling.
- a solid support such as microplates, plastic beads, or synthetic resin microparticles, physical adsorption, chemical binding, or indirect binding using avidin-biotin.
- the method is generally used.
- a carrier on which these immune components are immobilized can be treated with an inactive protein such as bovine serum albumin or skim milk to suppress nonspecific reactions.
- This immunoassay is particularly called ELISA when a solid phase and enzyme label are combined.
- Examples of detection of autoantibody titers other than the above include indirect fluorescent antibody method, immunoturbidimetric method, immunotrophic method, double immunodiffusion method (DID method), latex agglutination method, chemiluminescence method (chemiluminescence enzyme immunization) Measurement method, etc.) and the like, but are not particularly limited.
- any one or more antibodies of the following protein groups are detected from a patient-derived sample, particularly serum.
- the test of the present invention includes an onset risk test, a severity determination test, and a therapeutic effect determination test.
- the protein group involved in cytokine is preferably IL-5 (interleukin-5), STX1A (syntaxin 1A), CSNK2A1 (casein kinase 2, alpha 1 polypeptide), VAMP2 ⁇ vesicle-associated membrane protein 2 (synaptobrevin 2) ⁇ , GSK3B (glycogen synthase kinase 3 beta), PRKCZ (protein kinase C, zeta), PCNA (proliferating cell nuclear antigen), STX4 ( syntaxin 4) or PIN1 (peptidylprolyl cis / trans isomerase, NIMA-interacting 1) and / or HRB (HIV-1 Rev binding protein), HMGN1 (high-mobility group nucleosome binding domain 1), HIST1H1C (histone cluster 1, H1c ), TUBB (tubulin, beta), NPM1 ⁇ nucleophosmin (IL-5), STX1A (syntaxin 1A),
- the protein group involved in the amino acid transporter is preferably SLC7A11 ⁇ solute carrier family 7, (cationic amino acid transporter, y + system) member 11 ⁇ , SLC36A4 ⁇ solute carrier family 36 (proton / amino acid symporter), member 4 ⁇ , SLC7A9 ⁇ solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y + system), member 9 ⁇ or SLC1A3 ⁇ solute carrier family 1 (glial high affinity glutamate transporter), member 3 ⁇ , but is not particularly limited.
- IL-5 is preferable among the above protein group.
- IL-5 is not only a full length, but also a partial sequence ⁇ eg, IL-5 (20-135:: means positions 20 to 135 of IL-5; the same applies hereinafter), IL-5 (64-135: It means the 64th to 135th position of IL-5. The same applies hereinafter) ⁇ , particularly including secreted IL-5 ⁇ IL-5 (20-135) ⁇ .
- the test kit for autoimmune diseases of the present invention can be a kit for carrying out the above-described ELISA, chemiluminescence method, immunochromatography method and the like.
- ELISA kit IL-5, STX1A, CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ, PCNA, PIN1, STX4, HRB, HMGN1, HIST1H1C, TUBB, NPM1, VAMP8, VAPA, STX3, RABAC1, CCND2, RABAC1, SLC7A11 It includes SLC36A4, SLC7A9, and / or SLC1A3, and further includes any one of the following configurations.
- Microplate Standard solution
- Positive negative control (4) Reaction buffer (5)
- Enzyme labeled antibody (6) Washing buffer (7) Enzyme substrate solution (8) Reaction stop solution
- MRNA as a translation template is a biotinylated protein transcription template in which a biotin tag is fused to a gene encoding various mammalian-derived proteins (approximately 3,000 types) (pEU-biotinylated tag-derived from various mammals) protein).
- a PCR product containing the ⁇ sequence portion of tobacco mosaic virus (TMV) was used as a template.
- the transcription template was transferred to a transcription reaction solution [final concentration, 80 mM HEPES-KOH pH 7.8, 16 mM magnesium acetate, 10 mM dithiothreitol, 2 mM spermidine, 2.5 mM 4NTPs (4 types of nucleotide triphosphates), 0.8 U / ⁇ L RNase inhibition.
- Agent 1.6 U / ⁇ L SP6 RNA polymerase] and reacted at 37 ° C. for 3 hours.
- the obtained RNA was extracted with phenol / chloroform, precipitated with ethanol, and then purified with a Nick Column (Amersham Pharmacia Biotech) to obtain a translation template.
- a 384-well titer plate (Optiplate-384TPP) was used as a reaction vessel. 8.0 ⁇ L Mixture A ⁇ 6.0 ⁇ L MillQ, 1.0 ⁇ L 10 ⁇ AlphaScreen Buffer (1M Tris-HCl, pH 8.0 / 0.1% Tween20), 1.0 ⁇ L 10 mG / mL BSA ⁇ , 10 ⁇ L serum ⁇ (+): 2.5 ⁇ 10-3 dilution ⁇ and 5.0 ⁇ L of the various biotinylated mammal-derived proteins of Example 3 above (diluted 5-fold, using Biomek FX) were added to each well, and allowed to stand at 26 ° C.
- Ha1, Ha2, Ha3, and Ha4 respectively show a mild patient (mild), a serious patient (Serious), a mild and old patient (mild Old), and a severe and old patient (mild Old).
- the antibody titer of the autoantibody varies depending on the state of each disease.
- FIG. 10 shows a part of the imported results. As shown in FIG. 10, it can be seen that the term is different for each cluster.
- the calculated value (Pvalue) of FIG. 10 is a calculation result obtained by comparing a plurality of signal value groups and performing a test.
- Term indicates the function of the gene.
- cluster1 is an amino acid transporter
- cluster2 is inflammatory reaction (Inflammation), carbohydrate metabolism (Carbohydrate matabolism) and steroid metabolism (Steroid metabolism)
- cluster3 is translation (Translation), Transcription and recombination
- cluster4 was RNA catabolism.
- SLC7A11, SLC36A4, SLC7A9 and SLC1A3 which are the protein groups shown in FIG. 3 can be determined to be proteins involved in autoimmune diseases, particularly arteriosclerosis. That is, by detecting and measuring the antibody titer of autoantibodies against autoimmune diseases, particularly patients with atherosclerosis, particularly serum, SLC7A11, SLC36A4, SLC7A9 and SLC1A3, autoimmune diseases, especially arteriosclerosis Furthermore, it is possible to determine the onset risk, severity, and therapeutic effect of atherosclerosis.
- IL-5, STX1A, CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ, PCNA, PIN1 and STX4, which are shown in FIG. 4, and HRB, HMGN1, HIST1H1C, TUBB, NPM1, VAMP8, VAPA, STX3 RABAC1 and CCND2 can be determined to be proteins involved in autoimmune diseases, in particular arteriosclerosis, and further atherosclerosis.
- samples from patients with autoimmune diseases especially arteriosclerosis, and even atherosclerosis, especially serum IL-5, STX1A, CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ, PCNA, PIN1 and STX4, and also HRB
- autoimmune diseases especially arteriosclerosis, and even atherosclerosis
- serum IL-5 especially serum IL-5
- STX1A especially CSNK2A1, VAMP2, GSK3B, PRKCZ
- PCNA PIN1 and STX4
- HRB HRB
- the analysis method of the present invention was found to be excellent as a method for analyzing proteins involved in autoimmune diseases.
- the antibody titer of anti-IL-5 antibody which is an index for determining the onset risk, severity, and therapeutic effect of autoimmune diseases, particularly atherosclerosis, was measured in detail according to Examples 1-8. Details are as follows. In the same manner as in Examples 2-4 above, full-length IL-5, secreted IL-5 (20-135) and partial sequence IL-5 (64-135) having higher antibody titers than full-length IL-5 were obtained. Based on the encoded gene, biotinylated Full length IL-5, biotinylated IL-5 (20-135) and biotinylated IL-5 (64-135) were expressed in wheat germ Extract for cell-free protein synthesis .
- biotinylated full length, biotinylated secreted IL-5 (20-135) and biotinylated partial sequence IL-5 (64-135) were detected in coronary atherosclerosis patients (IHD) and obstructive arteriosclerosis, respectively.
- the antibody titer of anti-IL-5 antibody was measured by adding it to serum derived from a patient (ASO).
- Anti-IL- in coronary sclerosis patient serum by adding full length IL-5, secretory IL-5 (20-135) and partial sequence IL-5 (64-135) in coronary arteriosclerosis patient serum The measurement result of the antibody titer of the 5 antibody is shown in FIG. As shown in FIG. 11, the anti-IL-5 antibody in the serum of patients with coronary atherosclerosis is secreted IL-5 (20-135) and partial sequence IL-5 (64-135) rather than Full length IL-5. ) was strongly recognized.
- FIG. 12 shows the measurement results of the antibody titer of anti-IL-5 antibody in the serum of patients with obstructive arteriosclerosis and coronary arteriosclerosis by addition of secretory IL-5 (20-135).
- the anti-IL-5 antibody in the serum of patients with obstructive arteriosclerosis and coronary arteriosclerosis recognizes secreted IL-5 (20-135).
- anti-IL-5 antibodies in the serum of patients with obstructive arteriosclerosis and coronary arteriosclerosis are not only full length IL-5, but also secretory IL-5 (20-135) and partial sequence IL-5. Recognize (64-135). In this way, autoimmune diseases, particularly arteriosclerosis, are examined by detecting autoantibodies against secreted IL-5 (20-135) and partial sequence IL-5 (64-135) in the serum of patients. be able to.
- IL-5 was expressed in a wheat germ Extract for cell-free protein synthesis based on the IL-5 gene sequence.
- the measurement results are shown in FIG. As shown in FIG. 13, it was confirmed that the IL-5 concentration in the serum of coronary atherosclerosis patients, who are atherosclerosis patients, was significantly reduced. As described above, by detecting the IL-5 concentration in the serum of a patient, an autoimmune disease, particularly arteriosclerosis can be examined.
- the present invention can provide means for analyzing proteins involved in autoimmune diseases, particularly arteriosclerosis, with high sensitivity and high efficiency.
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Rehabilitation Therapy (AREA)
- Rheumatology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
【課題】自己免疫疾患に関与する無数のタンパク質を高感度かつ高効率に検出する方法及び該検出方法から得られたデータの解析方法を提供する。 【解決手段】上記検出方法及び解析方法を構築するために、無細胞タンパク質合成系により発現させた哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させることにより自己抗体産出を検出し、そして該検出したデータを統計的分析処理、さらに遺伝子オントロジー解析及び／又はパスウェイ解析を行うことにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質を網羅的に解析する手段を提供した。
Description
本発明は、自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法に関する。
なお、本出願は、参照によりここに援用されるところの、日本国特許出願の特願2010-256418からの優先権を請求する。
なお、本出願は、参照によりここに援用されるところの、日本国特許出願の特願2010-256418からの優先権を請求する。
ヒトのゲノムシークエンスが終了し、遺伝子について、バイオインフォマティクス（bioinformatics）の発展を促しながら、種を超えて保存されているアミノ酸配列（ドメイン）の探索、それを基にしたオーソログ遺伝子の分類など、核酸やアミノ酸配列を中心とした解析がなされている。しかし、未だにゲノム上の遺伝子の半数近くは、機能未知のままである。
ゲノム上に見出された、機能がまったく未知の遺伝子はもちろんのこと、実は、アノテーション（注釈付け）された遺伝子でさえ、生化学的な機能はまだわかっていない遺伝子が大半を占める。
そのため、ゲノムシークエンス後のポストゲノム時代において、膨大な予算を投入して見つかった２万５千種を超える遺伝子に関して、より有効な情報を得るためには、タンパク質の生化学的な機能を網羅的に解析する技術の発展が必須である（参照：非特許文献１）。
ゲノム上に見出された、機能がまったく未知の遺伝子はもちろんのこと、実は、アノテーション（注釈付け）された遺伝子でさえ、生化学的な機能はまだわかっていない遺伝子が大半を占める。
そのため、ゲノムシークエンス後のポストゲノム時代において、膨大な予算を投入して見つかった２万５千種を超える遺伝子に関して、より有効な情報を得るためには、タンパク質の生化学的な機能を網羅的に解析する技術の発展が必須である（参照：非特許文献１）。
上記のような網羅的に解析する技術の一つとして遺伝子発現プロファイルを使用する方法が知られている。遺伝子発現プロファイルを解析することで遺伝子機能を明らかにし、創薬、薬理学、毒性学、診断に供する知見を得るための研究がなされている。例えば、相関分析、主因子分析、分散分析などの統計解析、ｋ平均クラスタリング、階層クラスタリング、最短近傍法、判別分析、ニューラルネットワーク、遺伝的アルゴリズムをＤＮＡチップデータの解析に適用している（参照：特許文献１、５～７）。
一方、自己免疫疾患は、自分自身の構成成分である抗原（自己抗原）に対する免疫応答すなわち自己免疫によって発生する疾患を言う。
自己抗原が特定の臓器あるいは組織・細胞に限局して存在するような場合には、その臓器のみが障害されることとなり臓器特異的自己免疫疾患となる。代表的な例として、重症筋無力症、多発硬化症等が知られている。
一方、核物質など全身に普遍的な自己抗原に対する自己抗体の存在が知られており、血管炎など全身性の病変が生じているものは全身性自己免疫疾患となる。代表的な例として、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、多発動脈炎症等が知られている。
自己抗原が特定の臓器あるいは組織・細胞に限局して存在するような場合には、その臓器のみが障害されることとなり臓器特異的自己免疫疾患となる。代表的な例として、重症筋無力症、多発硬化症等が知られている。
一方、核物質など全身に普遍的な自己抗原に対する自己抗体の存在が知られており、血管炎など全身性の病変が生じているものは全身性自己免疫疾患となる。代表的な例として、全身性エリテマトーデス、慢性関節リウマチ、多発動脈炎症等が知られている。
アテローム性動脈硬化症は、高血圧、糖尿病、脂質異常症といった生活習慣病の終末像であり、心筋梗塞、脳梗塞、末梢動脈疾患等を発症し、致命的又はADL（Activity of Daily Living）を大きく損なうことがある。
そのため、アテローム性動脈硬化症は、早期発見、発病予測が重要であるが、従来の画像診断では、初期段階のアテローム性動脈硬化を診断することができず、血清マーカー等も有用なものが存在しない状況である。
また、近年の研究成果から、アテローム性動脈硬化における炎症の一部に、自己免疫性機序が関わる可能性が示唆されていたが、実体は不明のままである。
そのため、アテローム性動脈硬化症は、早期発見、発病予測が重要であるが、従来の画像診断では、初期段階のアテローム性動脈硬化を診断することができず、血清マーカー等も有用なものが存在しない状況である。
また、近年の研究成果から、アテローム性動脈硬化における炎症の一部に、自己免疫性機序が関わる可能性が示唆されていたが、実体は不明のままである。
近年、上記述べた症状が、少なくとも部分的には自己免疫が関与していると考えられるようになってきたが、なお不明な点も多い。一方、臓器特異的自己免疫疾患では、自己抗体の病因的役割がはっきりしている場合が多い。これまでの研究から、臓器特異的自己免疫疾患は、抗原刺激を受けた Tリンパ球によって引き起こされるものと推定されるに至っている。自己抗体の産生機序については、さまざまな考えが出されている。第１は特定の自己抗体の産生に関わる遺伝子の関与説である。第２は、通常血中に微量にしか存在しない抗原がなんらかの原因で多量に放出されること、又は抗原がなんらかの原因で修飾されることによるとするものである。第３は、抗体産生に関与するリンパ球側に異常があり、寛容状態から逸脱してしまうことによるとするものである。
おそらく、これらが重複して自己抗体が産生されてくると考えられている（参照：特許文献２）。また、全身性自己免疫疾患における自己抗体の役割についてはいくつか報告されている。
おそらく、これらが重複して自己抗体が産生されてくると考えられている（参照：特許文献２）。また、全身性自己免疫疾患における自己抗体の役割についてはいくつか報告されている。
特表２００９－５０３５２９号公報（特許文献３）は、「IL-1α自己抗体の検出を含む、アテローム性動脈硬化症および関連血管疾患の危険度を有する個体を検出する方法」を開示している。
しかし、自己免疫疾患に関与する因子がIL-1α自己抗体のみであると考えることはできない。さらに、本発明で特定した自己免疫疾患に関与する因子には、IL-1αが含まれていない。
しかし、自己免疫疾患に関与する因子がIL-1α自己抗体のみであると考えることはできない。さらに、本発明で特定した自己免疫疾患に関与する因子には、IL-1αが含まれていない。
特表２００８－５０１６３６号公報（特許文献４）は、「ホスホリルコリンに対する自己抗体、特にIgM自己抗体の有無は、アテローム性動脈硬化症を発症する危険の増減と関連していること」を開示している。
しかし、自己免疫疾患に関与する因子がホスホリルコリン自己抗体のみであると考えることはできない。さらに、本発明で特定した自己免疫疾患に関与する因子には、ホスホリルコリンが含まれていない。
しかし、自己免疫疾患に関与する因子がホスホリルコリン自己抗体のみであると考えることはできない。さらに、本発明で特定した自己免疫疾患に関与する因子には、ホスホリルコリンが含まれていない。
生化学 第７９巻 第３号、pp.278-286, ２００７
上記述べた現状により、現段階においては、自己免疫疾患に関与する因子は、単独ではなく複数の因子、特に複数のタンパク質に対する自己抗体が発現していると考えられている。
従来の遺伝子発現プロファイル（参照：特許文献１、５～７）では、自己免疫疾患患者由来の試料中の遺伝子発現量を、健常者由来の試料中の遺伝子発現量と比較することにより、原因タンパク質を特定していた。
しかし、各種の疾患患者の試料中の遺伝子発現量（転写産物）が、該遺伝子をコードするタンパク質の実際の発現量とは必ずしも一致しないことが多々報告されている。さらには、該プロファイルでは、自己抗体が発現しているかどうかを十分に特定することができない。
以上により、自己免疫疾患に関与する無数のタンパク質を高感度かつ高効率に検出する方法及び該検出方法から得られたデータの解析方法の構築が必要である。
従来の遺伝子発現プロファイル（参照：特許文献１、５～７）では、自己免疫疾患患者由来の試料中の遺伝子発現量を、健常者由来の試料中の遺伝子発現量と比較することにより、原因タンパク質を特定していた。
しかし、各種の疾患患者の試料中の遺伝子発現量（転写産物）が、該遺伝子をコードするタンパク質の実際の発現量とは必ずしも一致しないことが多々報告されている。さらには、該プロファイルでは、自己抗体が発現しているかどうかを十分に特定することができない。
以上により、自己免疫疾患に関与する無数のタンパク質を高感度かつ高効率に検出する方法及び該検出方法から得られたデータの解析方法の構築が必要である。
本発明者らは、上記検出方法及び解析方法を構築するために、無細胞タンパク質合成系により発現させた哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させることにより自己抗体産出を検出し、そして該検出したデータを統計的分析処理、さらに遺伝子オントロジー解析及び／又はパスウェイ解析を行うことにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質を網羅的に解析する手段を提供した。
本発明では、高感度かつ高効率で自己免疫疾患、特に動脈硬化に関与するタンパク質を解析する手段を提供した。さらに、該手段から得られた動脈硬化に関与するタンパク質に対する自己抗体の抗体価を検出することによる動脈硬化、特にアテローム性動脈硬化の検査方法を提供した。
すなわち、本発明は以下の通りである。
「１．以下のいずれか１のタンパク質群に対する自己抗体の抗体価を患者由来の試料から検出することを特徴とする動脈硬化の検査方法。
（１）サイトカインに関与するタンパク質群、ここで、サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1、CCND2。
（２）アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群、ここで、アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、SLC1A3。
２．前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）IL-5
（２）STX1A
（３）CSNK2A1
（４）VAMP2
（５）GSK3B
（６）PRKCZ
（７）PCNA
（８）PIN1
（９）STX4
３．前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）HRB
（２）HMGN1
（３）HIST1H1C
（４）TUBB
（５）NPM1
（６）VAMP8
（７）VAPA
（８）STX3
（９）RABAC1
（１０）CCND2
４．前記アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）SLC7A11
（２）SLC36A4
（３）SLC7A9
（４）SLC1A3
５．前記動脈硬化が、アテローム性動脈硬化症である前項１～４のいずれか１の検査方法。
６．前記検査方法は、発病リスクの検査、重症度の判定検査、又は治療効果の判定検査である前項５の検査方法。
７．動脈硬化検査を実施するための、少なくとも以下を含む検査キット：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1；CCND2；SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、及び／又はSLC1A3。
８．動脈硬化検査を実施するための、IL-5を含み、さらに少なくとも以下のいずれか１を含む検査キット。
（１）マイクロプレート
（２）標準液
（３）陽陰性コントロール
（４）反応用緩衝液
（５）酵素標識抗体
（６）洗浄用緩衝液
（７）酵素基質液
（８）反応停止液
９．以下の工程を有する自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法：
（１）哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ１）を取得する工程；
（２）哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ２）を取得する工程、及び／又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患の治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ３）を取得する工程；
（３）上記データ１～３のいずれか２以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している１以上の自己抗体の自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）群のデータ（データ４）を取得する工程；
（４）上記データ４のタンパク質群に注釈付け（アノテーション）を行う工程、
（５）上記アノテーションに基づき上記タンパク質群の共通規則を抽出する工程。
１０．さらに、前記共通規則に基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を有することを特徴とする前項９の解析方法。
１１．前記（５）の工程で抽出された共通規則を有するタンパク質を用いて上記（１）～（５）の工程を複数回繰り返す工程を特徴とする前項９又は１０の解析方法。
１２．さらに、前記データ１～３に含まれておらず、かつ前記共通規則を有する哺乳動物由来のタンパク質を使用して、上記（１）～（３）の工程を行うことによりデータ５を取得する工程を有することを特徴とする前項９～１１のいずれか１の解析方法。
１３．前記データ５を上記４データに組み合わせる工程を有することを特徴とする前項９～１２のいずれか１の解析方法。
１４．前記哺乳動物由来のタンパク質を無細胞タンパク質合成系で発現させることを特徴とする前項９～１３のいずれか１の解析方法。
１５．前記（１）及び／又は（２）の工程で、ALPHA（増幅発光近接ホモジニアスアッセイ）を使用してIgGと反応する哺乳動物由来のタンパク質を検出することを特徴とする前項９～１４のいずれか１の解析方法。
１６．前記自己免疫疾患が、以下のいずれか１から選ばれる前項９～１５のいずれか１の解析方法、
全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Good-pasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、及びシェーグレン症候群。
１７．前記自己免疫疾患が、動脈硬化症である前項９～１６のいずれか１の解析方法。
１８．前記（４）の工程は、遺伝子オントロジー解析であることを特徴とする前項９～１７のいずれか１の解析方法。
１９．前記遺伝子オントロジー解析の１つ以上が、分子機能、細胞内局在及び生物学的過程から選択される前項１８の解析方法。
２０．前記遺伝子オントロジー解析の共通規則が、分子機能の分類であることを特徴とする前項１９の解析方法。
２１．前記（１）～（５）の工程を繰り返すことにより、前記分子機能の分類を下階層に絞りこむことを特徴とする前項２０の解析方法。
２２．前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がアミノ酸輸送体であることを特徴とする前項１８～２１のいずれか１の解析方法。
２３．前記（４）の工程は、パスウェイ解析であることを特徴とする前項９～１７のいずれか１の解析方法。
２４．前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がサイトカインであることを特徴とする前項２３の解析方法。」
「１．以下のいずれか１のタンパク質群に対する自己抗体の抗体価を患者由来の試料から検出することを特徴とする動脈硬化の検査方法。
（１）サイトカインに関与するタンパク質群、ここで、サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1、CCND2。
（２）アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群、ここで、アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、SLC1A3。
２．前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）IL-5
（２）STX1A
（３）CSNK2A1
（４）VAMP2
（５）GSK3B
（６）PRKCZ
（７）PCNA
（８）PIN1
（９）STX4
３．前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）HRB
（２）HMGN1
（３）HIST1H1C
（４）TUBB
（５）NPM1
（６）VAMP8
（７）VAPA
（８）STX3
（９）RABAC1
（１０）CCND2
４．前記アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である前項１の検査方法。
（１）SLC7A11
（２）SLC36A4
（３）SLC7A9
（４）SLC1A3
５．前記動脈硬化が、アテローム性動脈硬化症である前項１～４のいずれか１の検査方法。
６．前記検査方法は、発病リスクの検査、重症度の判定検査、又は治療効果の判定検査である前項５の検査方法。
７．動脈硬化検査を実施するための、少なくとも以下を含む検査キット：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1；CCND2；SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、及び／又はSLC1A3。
８．動脈硬化検査を実施するための、IL-5を含み、さらに少なくとも以下のいずれか１を含む検査キット。
（１）マイクロプレート
（２）標準液
（３）陽陰性コントロール
（４）反応用緩衝液
（５）酵素標識抗体
（６）洗浄用緩衝液
（７）酵素基質液
（８）反応停止液
９．以下の工程を有する自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法：
（１）哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ１）を取得する工程；
（２）哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ２）を取得する工程、及び／又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患の治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ３）を取得する工程；
（３）上記データ１～３のいずれか２以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している１以上の自己抗体の自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）群のデータ（データ４）を取得する工程；
（４）上記データ４のタンパク質群に注釈付け（アノテーション）を行う工程、
（５）上記アノテーションに基づき上記タンパク質群の共通規則を抽出する工程。
１０．さらに、前記共通規則に基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を有することを特徴とする前項９の解析方法。
１１．前記（５）の工程で抽出された共通規則を有するタンパク質を用いて上記（１）～（５）の工程を複数回繰り返す工程を特徴とする前項９又は１０の解析方法。
１２．さらに、前記データ１～３に含まれておらず、かつ前記共通規則を有する哺乳動物由来のタンパク質を使用して、上記（１）～（３）の工程を行うことによりデータ５を取得する工程を有することを特徴とする前項９～１１のいずれか１の解析方法。
１３．前記データ５を上記４データに組み合わせる工程を有することを特徴とする前項９～１２のいずれか１の解析方法。
１４．前記哺乳動物由来のタンパク質を無細胞タンパク質合成系で発現させることを特徴とする前項９～１３のいずれか１の解析方法。
１５．前記（１）及び／又は（２）の工程で、ALPHA（増幅発光近接ホモジニアスアッセイ）を使用してIgGと反応する哺乳動物由来のタンパク質を検出することを特徴とする前項９～１４のいずれか１の解析方法。
１６．前記自己免疫疾患が、以下のいずれか１から選ばれる前項９～１５のいずれか１の解析方法、
全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Good-pasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、及びシェーグレン症候群。
１７．前記自己免疫疾患が、動脈硬化症である前項９～１６のいずれか１の解析方法。
１８．前記（４）の工程は、遺伝子オントロジー解析であることを特徴とする前項９～１７のいずれか１の解析方法。
１９．前記遺伝子オントロジー解析の１つ以上が、分子機能、細胞内局在及び生物学的過程から選択される前項１８の解析方法。
２０．前記遺伝子オントロジー解析の共通規則が、分子機能の分類であることを特徴とする前項１９の解析方法。
２１．前記（１）～（５）の工程を繰り返すことにより、前記分子機能の分類を下階層に絞りこむことを特徴とする前項２０の解析方法。
２２．前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がアミノ酸輸送体であることを特徴とする前項１８～２１のいずれか１の解析方法。
２３．前記（４）の工程は、パスウェイ解析であることを特徴とする前項９～１７のいずれか１の解析方法。
２４．前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がサイトカインであることを特徴とする前項２３の解析方法。」
（自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法）
本発明の自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法は、主に以下の特徴を有する。
（１）哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ１）を取得する。
これにより、自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質（自己抗原タンパク質）を特定することができる。
なお、「自己抗体」とは、一般的にはIgG分子であり、特に、IgG4分子であるが、IgM、IgE、IgA、またはIgD分子でもよい。
（２）哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ２）を取得する、及び／又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ３）を取得する。
これにより、健常者由来の試料中及び／又は自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質（自己抗原タンパク質）を特定することができる。
（３）上記データ１～３のいずれか２以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している１以上の自己抗体に対する自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）群のデータ（データ４）を取得する。
これにより、健常者、自己免疫疾患患者、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者によって、どのような自己抗体が特異的に産出、増加、減少又は消失されているかを特定することができる。
（４）上記データ４のタンパク質群に注釈付け（アノテーション）を行う。
これにより、自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）の遺伝子機能情報、疾患関連情報、塩基配列情報、公共データベース情報、他種遺伝子間のホモログ情報、遺伝子ネットワーク情報、パスウェイ情報等が付与される。
（５）前記アノテーションに基づき前記タンパク質群の共通規則を抽出する。
これにより、各種の自己抗原タンパク質の共通規則が特定される。
なお、「共通規則」とは、各タンパク質が、発病時期、分子機能、細胞内構成、生物学的プロセス等の共通の性質を共有することを意味する。
本発明の自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法は、主に以下の特徴を有する。
（１）哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ１）を取得する。
これにより、自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質（自己抗原タンパク質）を特定することができる。
なお、「自己抗体」とは、一般的にはIgG分子であり、特に、IgG4分子であるが、IgM、IgE、IgA、またはIgD分子でもよい。
（２）哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ２）を取得する、及び／又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ３）を取得する。
これにより、健常者由来の試料中及び／又は自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料中の自己抗体と反応した哺乳動物由来のタンパク質（自己抗原タンパク質）を特定することができる。
（３）上記データ１～３のいずれか２以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している１以上の自己抗体に対する自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）群のデータ（データ４）を取得する。
これにより、健常者、自己免疫疾患患者、自己免疫疾患治療薬を投与されている自己免疫疾患患者によって、どのような自己抗体が特異的に産出、増加、減少又は消失されているかを特定することができる。
（４）上記データ４のタンパク質群に注釈付け（アノテーション）を行う。
これにより、自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）の遺伝子機能情報、疾患関連情報、塩基配列情報、公共データベース情報、他種遺伝子間のホモログ情報、遺伝子ネットワーク情報、パスウェイ情報等が付与される。
（５）前記アノテーションに基づき前記タンパク質群の共通規則を抽出する。
これにより、各種の自己抗原タンパク質の共通規則が特定される。
なお、「共通規則」とは、各タンパク質が、発病時期、分子機能、細胞内構成、生物学的プロセス等の共通の性質を共有することを意味する。
（自己免疫疾患）
本発明の自己免疫疾患は、以下のいずれか１から選択される。特に、好ましい自己免疫疾患は、動脈硬化であり、より好ましくはアテローム性動脈硬化である。
全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Good-pasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化、アテローム性動脈硬化、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、およびシェーグレン症候群。
本発明の自己免疫疾患は、以下のいずれか１から選択される。特に、好ましい自己免疫疾患は、動脈硬化であり、より好ましくはアテローム性動脈硬化である。
全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Good-pasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化、アテローム性動脈硬化、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、およびシェーグレン症候群。
（試料）
本発明の試料は、各状態（重篤、軽症、自己免疫疾患治療薬を投与されている状態）の自己免疫疾患患者及び健常者由来の生物学的材料を意味する。例えば、採取した血液、血液由来成分（血清、血漿）、尿、糞便、唾液、汗に含まれる産物を対象とする。特に、好ましい試料は、血清である。
本発明の試料は、各状態（重篤、軽症、自己免疫疾患治療薬を投与されている状態）の自己免疫疾患患者及び健常者由来の生物学的材料を意味する。例えば、採取した血液、血液由来成分（血清、血漿）、尿、糞便、唾液、汗に含まれる産物を対象とする。特に、好ましい試料は、血清である。
（哺乳動物由来のタンパク質）
本発明の哺乳動物由来のタンパク質は、哺乳動物の体内、特に血液で発現しているタンパク質を意味する。
さらに、本発明の哺乳動物は、ヒトを含む霊長類（例えば、ゴリラ、チンパンジー、ヒヒ、リスザル）、コンパニオンアニマル（例えば、ネコ、ウサギ、イヌ、ウマ）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマ）、および実験動物（例えば、ネコ、イヌ、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、チンパンジー、およびヒヒ）を含む。
本発明の哺乳動物由来のタンパク質は、哺乳動物の体内、特に血液で発現しているタンパク質を意味する。
さらに、本発明の哺乳動物は、ヒトを含む霊長類（例えば、ゴリラ、チンパンジー、ヒヒ、リスザル）、コンパニオンアニマル（例えば、ネコ、ウサギ、イヌ、ウマ）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマ）、および実験動物（例えば、ネコ、イヌ、モルモット、ウサギ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、チンパンジー、およびヒヒ）を含む。
（接触）
本発明の各工程における「接触」とは、Ａ溶液をＢ溶液に添加する、又はＢ溶液をＡ溶液に添加する、の両方を意味する。
例えば、哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させる場合には、哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液を試料に添加しても、又は、試料を哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液に添加してもよい。
本発明の各工程における「接触」とは、Ａ溶液をＢ溶液に添加する、又はＢ溶液をＡ溶液に添加する、の両方を意味する。
例えば、哺乳動物由来のタンパク質を自己免疫疾患患者由来の試料と接触させる場合には、哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液を試料に添加しても、又は、試料を哺乳動物由来のタンパク質を含む溶液に添加してもよい。
（データマイニング）
本発明のデータマイニングとは、データから、興味ある規則性や因果関係をプログラム等を使用して自動的に抽出する技術のことである。なお、本発明で使用するデータマイニングは、統計的手法又は非統計的手法の両方を含む。
統計的手法の例として、主成分分析、重回帰分析、因子分析、判別分析、Ｘ二乗検定、Fisherの正確検定、Wilcoxonの検定、F-検定、多重検定、Welchのt-検定等が挙げられる。
非統計的手法の例として、クラスター解析、ニューラルネットワーク、自己組織化マップ、遺伝的アルゴリズム、決定木、ｋ－最近傍法、パターン認識等が挙げられる。
加えて、以上述べた手法を併用することもできる。
本発明のデータマイニングとは、データから、興味ある規則性や因果関係をプログラム等を使用して自動的に抽出する技術のことである。なお、本発明で使用するデータマイニングは、統計的手法又は非統計的手法の両方を含む。
統計的手法の例として、主成分分析、重回帰分析、因子分析、判別分析、Ｘ二乗検定、Fisherの正確検定、Wilcoxonの検定、F-検定、多重検定、Welchのt-検定等が挙げられる。
非統計的手法の例として、クラスター解析、ニューラルネットワーク、自己組織化マップ、遺伝的アルゴリズム、決定木、ｋ－最近傍法、パターン認識等が挙げられる。
加えて、以上述べた手法を併用することもできる。
（正規化及びフィルタリング）
本発明の工程では、好ましくは、正規化及び／又はフィルタリングを導入する。
実験を行った時間、場所、作業者が異なることから実験のバックグランドや、ノイズの程度が異なるので、その実験ごとのバックグランドやノイズの程度を揃えるために正規化を行う。本発明の工程で、プロテインチップを使用した場合には、チップごとに画像輝度（蛍光強度）が異なることがある。よって、バックグランド輝度を考慮する必要がある。
また、フィルタリングでは、適切なデータを選択し、解析に悪影響を与える誤り値を除く操作のことである。例えば、しきい値を定める方法がある。具体的には、信号強度（蛍光強度）が低い場合、しきい値をＸとし、Ｘ以下の信号強度をＸにするかもしくはゼロにする。
また、クロスバリデーションも導入してもよい。
本発明の工程では、好ましくは、正規化及び／又はフィルタリングを導入する。
実験を行った時間、場所、作業者が異なることから実験のバックグランドや、ノイズの程度が異なるので、その実験ごとのバックグランドやノイズの程度を揃えるために正規化を行う。本発明の工程で、プロテインチップを使用した場合には、チップごとに画像輝度（蛍光強度）が異なることがある。よって、バックグランド輝度を考慮する必要がある。
また、フィルタリングでは、適切なデータを選択し、解析に悪影響を与える誤り値を除く操作のことである。例えば、しきい値を定める方法がある。具体的には、信号強度（蛍光強度）が低い場合、しきい値をＸとし、Ｘ以下の信号強度をＸにするかもしくはゼロにする。
また、クロスバリデーションも導入してもよい。
（遺伝子オントロジー解析）
遺伝子の機能を調べるには、解析対象の遺伝子群を、遺伝子の機能に基づいて、分類し、視覚化する必要がある。遺伝子の機能を表示する方式として、よく使われているものに、遺伝子オントロジー解析がある。遺伝子オントロジーは、遺伝子の機能に関する統一的な枠組みを制定する必要性から立ち上げられたGene Ontologyコンソーシアム（http://www.geneontology.org/）と呼ばれるプロジェクトによって、提案されたものである。Gene Ontologyによると、遺伝子の機能を３つの情報として体系化している。即ち、分子機能（Molecular Function）、細胞内局在（Cellular component）、生物学的過程（Biological process）である。
遺伝子の機能を調べるには、解析対象の遺伝子群を、遺伝子の機能に基づいて、分類し、視覚化する必要がある。遺伝子の機能を表示する方式として、よく使われているものに、遺伝子オントロジー解析がある。遺伝子オントロジーは、遺伝子の機能に関する統一的な枠組みを制定する必要性から立ち上げられたGene Ontologyコンソーシアム（http://www.geneontology.org/）と呼ばれるプロジェクトによって、提案されたものである。Gene Ontologyによると、遺伝子の機能を３つの情報として体系化している。即ち、分子機能（Molecular Function）、細胞内局在（Cellular component）、生物学的過程（Biological process）である。
遺伝子オントロジー解析から得られた結果の例を図１及び図２で説明する。
GOIDは、生物学的過程、細胞内局在、及び分子機能の３つの情報に関するデータベースの識別符号である。
図１のオントロジー右端括弧中の数字は登録遺伝子数を示す。３２０５６個の遺伝子が輸送体機能（transport）を有する遺伝子として現在登録されており、アミノ酸輸送体（amino acid tramsport）には１２７２個の遺伝子が登録されている。
さらに、図２では、アミノ酸輸送体の下階層｛酸性アミノ酸輸送体（９５個）、アミノ酸膜貫通輸送体（８個）等｝が登録されている。
遺伝子オントロジーでは汎用的な大分類から詳細な小分類へと階層構造を形成している。
GOIDは、生物学的過程、細胞内局在、及び分子機能の３つの情報に関するデータベースの識別符号である。
図１のオントロジー右端括弧中の数字は登録遺伝子数を示す。３２０５６個の遺伝子が輸送体機能（transport）を有する遺伝子として現在登録されており、アミノ酸輸送体（amino acid tramsport）には１２７２個の遺伝子が登録されている。
さらに、図２では、アミノ酸輸送体の下階層｛酸性アミノ酸輸送体（９５個）、アミノ酸膜貫通輸送体（８個）等｝が登録されている。
遺伝子オントロジーでは汎用的な大分類から詳細な小分類へと階層構造を形成している。
（遺伝子オントロジー解析を用いて共通規則を抽出する工程）
下記実施例６の遺伝子オントロジー解析結果の図３を使用して説明する。
図３に記載の４つのタンパク質は、遺伝子オントロジー解析によって得られた結果である。
図３の遺伝子群は、あるクラス分類において重要であることが、上記（３）の工程の統計学的分析（データマイニング）により分かったタンパク質群であるとする。この図３の遺伝子群から共通した性質や特徴を抽出することが、遺伝子アノテーションから共通規則を抽出する工程の目的である。例えば、図３の遺伝子オントロジーに対して、複数の遺伝子において共通に見られるオントロジーがないかを検索する。
図３では、「amino acid transporter（アミノ酸輸送体）」又はその下階層が共通して見られる。これにより、一回目の上記（１）～（５）の工程により、自己免疫疾患に関与するタンパク質群はアミノ酸輸送体のクラス分類に関わっているという規則が潜んでいる可能性を見出すことができる。
なお、実験者の主観を排除するために、クラス分類されたタンパク質群のTermの中で一番頻出頻度が高いものを共通規則として抽出してもよい。
下記実施例６の遺伝子オントロジー解析結果の図３を使用して説明する。
図３に記載の４つのタンパク質は、遺伝子オントロジー解析によって得られた結果である。
図３の遺伝子群は、あるクラス分類において重要であることが、上記（３）の工程の統計学的分析（データマイニング）により分かったタンパク質群であるとする。この図３の遺伝子群から共通した性質や特徴を抽出することが、遺伝子アノテーションから共通規則を抽出する工程の目的である。例えば、図３の遺伝子オントロジーに対して、複数の遺伝子において共通に見られるオントロジーがないかを検索する。
図３では、「amino acid transporter（アミノ酸輸送体）」又はその下階層が共通して見られる。これにより、一回目の上記（１）～（５）の工程により、自己免疫疾患に関与するタンパク質群はアミノ酸輸送体のクラス分類に関わっているという規則が潜んでいる可能性を見出すことができる。
なお、実験者の主観を排除するために、クラス分類されたタンパク質群のTermの中で一番頻出頻度が高いものを共通規則として抽出してもよい。
上記工程（１）～（５）の工程の終了後において、抽出した共通規則の基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を追加してもよい。
データマイニングでは、例えば、得られたデータ１～３に対し、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、amino acid transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
また、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）の上階層は、amino transport（ＧＯ：００１５８３７）である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ１～３に対し、amino transport（ＧＯ：００１５８３７）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、amino transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
加えて、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）の下階層は、acidic amino acid transport（ＧＯ：００１５８００）である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ１～３に対し、acidic amino acid transport（ＧＯ：００１５８００）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、acid amino acid transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
仮に、"acidic amino acid transportを含む"を拘束条件としてデータマイニングを行った結果（正解率もしくはエラー率）を、"amino transport"を含む拘束条件としデータマイニングを行った結果及び"amino acid transport"を含む拘束条件としデータマイニングを行った結果と比較した場合に、"acidic amino acid transportを含む"を拘束条件としてデータマイニングを行った結果が他２者より良ければクラス分類には、" amino acid transporter "及び" amino transporter "ではなく、" acidic amino acid transport "が重要であることが分かる。これにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質の分子機能を上階層から下階層に絞りこむことができる。
データマイニングでは、例えば、得られたデータ１～３に対し、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、amino acid transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
また、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）の上階層は、amino transport（ＧＯ：００１５８３７）である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ１～３に対し、amino transport（ＧＯ：００１５８３７）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、amino transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
加えて、amino acid transporter（ＧＯ：０００６８６５）の下階層は、acidic amino acid transport（ＧＯ：００１５８００）である。そこで別のデータマイニングでは、得られたデータ１～３に対し、acidic amino acid transport（ＧＯ：００１５８００）に対応するデータ（タンパク質）という拘束条件を設けて、それに該当するタンパク質群のみでデータマイニング、さらにはクロスバリデーションすることで、acid amino acid transporterがどの程度、クラス分類に寄与するかを定量的に把握することができる。
仮に、"acidic amino acid transportを含む"を拘束条件としてデータマイニングを行った結果（正解率もしくはエラー率）を、"amino transport"を含む拘束条件としデータマイニングを行った結果及び"amino acid transport"を含む拘束条件としデータマイニングを行った結果と比較した場合に、"acidic amino acid transportを含む"を拘束条件としてデータマイニングを行った結果が他２者より良ければクラス分類には、" amino acid transporter "及び" amino transporter "ではなく、" acidic amino acid transport "が重要であることが分かる。これにより、自己免疫疾患に関与するタンパク質の分子機能を上階層から下階層に絞りこむことができる。
すなわち、上記のような工程を複数繰り返すことにより、より一般性の高い共通規則を抽出することができる。
加えて、データ１～３には含まれておらず、かつ共通規則の特性を有するタンパク質を、上記（１）～（３）の工程を実施することにより、追加のデータであるデータ５を取得することができる。さらに、データ５をデータ４に組み合わせることにより、精度の高く、より一般性の高い共通規則を抽出することができる。
加えて、データ１～３には含まれておらず、かつ共通規則の特性を有するタンパク質を、上記（１）～（３）の工程を実施することにより、追加のデータであるデータ５を取得することができる。さらに、データ５をデータ４に組み合わせることにより、精度の高く、より一般性の高い共通規則を抽出することができる。
パスウェイ解析を本実施例から得られた図４で説明する。図４では、各丸印は遺伝子を、丸印同士をつなぐ線は、相互関係があることを示している。なお、図４では、相互関係スコアを省略している。相互関係スコアとは、一般に、線でつながれた二つの遺伝子が医学文献データベースＭＥＤＬＩＮＥの同一アブストラクト文中に存在した件数を示している。
また、１つのハブタンパク質として、９種類のタンパク質(IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4)を特定できる。さらに、別のハブタンパク質として、１０種類のタンパク質(HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2)を特定することができる。
文献データベースとしては、一般に、米国ＮＣＢＩのＭＥＤＬＩＮＥやＯＭＩＭを用いているが、その他の文献データベースでもかまわない。
また、１つのハブタンパク質として、９種類のタンパク質(IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4)を特定できる。さらに、別のハブタンパク質として、１０種類のタンパク質(HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2)を特定することができる。
文献データベースとしては、一般に、米国ＮＣＢＩのＭＥＤＬＩＮＥやＯＭＩＭを用いているが、その他の文献データベースでもかまわない。
（パスウェイ解析を用いて共通規則を抽出する工程）
パスウェイ解析により、自己免疫疾患に関与するタンパク質の共通規則を抽出する工程を説明する。また、パスウェイ解析ソフトウェアとしては、公知のソフトウェア｛例：Ｐａｔｈｗａｙ Ａｓｓｉｓｔ ｖｅｒ３．０（Ａｒｉａｄｎｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）｝を用いることができる。
上記説明したように示差的に発現している１以上のタンパク質（自己抗原タンパク質）群のデータ４を含む発現タンパク質リストを作成する。
そして、作成した発現タンパク質リストをパスウェイ解析ソフトウェアにインポートする。なお、下記実施例においては、公知のパスウェイ解析ソフトウェアを用いてパスウェイ解析を行なっているため、添付されている説明書のプロトコールに従った。
次に、発現タンパク質リスト内でのパスウェイを計算する。即ち、生物医学文献情報を記憶している公共のデータベースであるＭＥＤＬＩＮＥデータベースにおいて検索可能な論文の要約中から、パスウェイ解析ソフトウェアの処理アルゴリズム（Ｎａｔｕｒａｌ Ｌａｎｇｕａｇｅ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｅｎｇｉｎｅ）で関連付けられている分子間のつながりが検索される。
そして、分子間のつながりが抽出された場合には、分子間のつながりを示すパスウェイが計算される。
パスウェイ解析により、自己免疫疾患に関与するタンパク質の共通規則を抽出する工程を説明する。また、パスウェイ解析ソフトウェアとしては、公知のソフトウェア｛例：Ｐａｔｈｗａｙ Ａｓｓｉｓｔ ｖｅｒ３．０（Ａｒｉａｄｎｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）｝を用いることができる。
上記説明したように示差的に発現している１以上のタンパク質（自己抗原タンパク質）群のデータ４を含む発現タンパク質リストを作成する。
そして、作成した発現タンパク質リストをパスウェイ解析ソフトウェアにインポートする。なお、下記実施例においては、公知のパスウェイ解析ソフトウェアを用いてパスウェイ解析を行なっているため、添付されている説明書のプロトコールに従った。
次に、発現タンパク質リスト内でのパスウェイを計算する。即ち、生物医学文献情報を記憶している公共のデータベースであるＭＥＤＬＩＮＥデータベースにおいて検索可能な論文の要約中から、パスウェイ解析ソフトウェアの処理アルゴリズム（Ｎａｔｕｒａｌ Ｌａｎｇｕａｇｅ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｅｎｇｉｎｅ）で関連付けられている分子間のつながりが検索される。
そして、分子間のつながりが抽出された場合には、分子間のつながりを示すパスウェイが計算される。
ＭＥＤＬＩＮＥデータベースにおいて検索可能な論文の要約中から、パスウェイ解析ソフトウェアのアルゴリズムで関連づけられている分子間のつながりが抽出されると、パスウェイ描画画面でノードが表示される。
次に、ハブタンパク質群（図４中：IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4）の共通規則を抽出する。例えば、本実施例では、各タンパク質群の一部が統計的に有意にサイトカイン（ヒトサイトカイン）に関連するタンパク質（共通規則）であることが抽出することができる。なお、共通規則を抽出するために、前記説明した遺伝子オントロジー解析を利用することができる。
また、パスウェイ解析により特定されたタンパク質群と自己免疫疾患との相関について、上記データ１～３のデータでの該タンパク質群の発現レベルとの相関を確認することにより、パスウェイ解析により特定されたタンパク質群と自己免疫疾患の相関を検証できる。
従って、複数の検証を行うことにより、特定されたタンパク質群と自己免疫疾患の相関を有する可能性が高いものであるとの予測をより確実なものとすることができる。
加えて、段落「００２６」及び「００２７」に記載のように、データマイニング等の工程を追加してもよい。
従って、複数の検証を行うことにより、特定されたタンパク質群と自己免疫疾患の相関を有する可能性が高いものであるとの予測をより確実なものとすることができる。
加えて、段落「００２６」及び「００２７」に記載のように、データマイニング等の工程を追加してもよい。
（無細胞タンパク質合成系）
本発明で使用する哺乳動物由来のタンパク質は、好ましくは、無細胞タンパク質合成系、より好ましくは真核生物由来のコムギ胚芽等を用いた無細胞タンパク質合成用抽出液を使用して発現させる。
市販のタンパク質合成用抽出液としては、ウサギ網状赤血球由来のRabbit Reticulocyte Lysate System（Promega社）やコムギ胚芽由来のWheat Germ Expression Premium Kit（WEPRO登録商標、株式会社セルフリーサイエンス）等が挙げられる。
本発明に適用される最良の抽出液は、コムギ胚芽由来の抽出液であり、さらに混入する胚乳成分や胚芽組織細胞中のタンパク質合成阻害をもたらすグルコースなどの代謝物質が実質的に除去された抽出液である。なお、胚乳成分が実質的に除去された抽出液とは、リボソームの脱アデニン化率が７％以下、好ましくは１％以下になっていること意味する。さらに、好適には、細胞抽出液は、糖、リン酸化糖が10mM以下、好ましくは6mM以下まで低減されている（260nmにおける吸光度200OD/mlの抽出液中のグルコース濃度として）。このような抽出液の調製方法は、WO2005/063979 A1号公報に例示される。
本発明で使用する哺乳動物由来のタンパク質は、好ましくは、無細胞タンパク質合成系、より好ましくは真核生物由来のコムギ胚芽等を用いた無細胞タンパク質合成用抽出液を使用して発現させる。
市販のタンパク質合成用抽出液としては、ウサギ網状赤血球由来のRabbit Reticulocyte Lysate System（Promega社）やコムギ胚芽由来のWheat Germ Expression Premium Kit（WEPRO登録商標、株式会社セルフリーサイエンス）等が挙げられる。
本発明に適用される最良の抽出液は、コムギ胚芽由来の抽出液であり、さらに混入する胚乳成分や胚芽組織細胞中のタンパク質合成阻害をもたらすグルコースなどの代謝物質が実質的に除去された抽出液である。なお、胚乳成分が実質的に除去された抽出液とは、リボソームの脱アデニン化率が７％以下、好ましくは１％以下になっていること意味する。さらに、好適には、細胞抽出液は、糖、リン酸化糖が10mM以下、好ましくは6mM以下まで低減されている（260nmにおける吸光度200OD/mlの抽出液中のグルコース濃度として）。このような抽出液の調製方法は、WO2005/063979 A1号公報に例示される。
なお、本発明の特徴の一つとして、コムギ胚芽無細胞タンパク質合成系で哺乳動物由来のタンパク質を発現させることにより、下記実施例３に示すように、合成後のビオチン化哺乳動物由来のタンパク質を洗浄する必要がないことが挙げられる。すなわち、ビオチン化配列と結合しなかったビオチンを除去する必要がない。
これにより、本発明の解析方法では、多量の哺乳動物由来のタンパク質に対する自己抗体の抗体価を効率的に測定することができる。
これにより、本発明の解析方法では、多量の哺乳動物由来のタンパク質に対する自己抗体の抗体価を効率的に測定することができる。
（自己抗体の検出データの取得）
本発明の「自己抗体の検出データの取得」とは、自己免疫疾患患者に特異的に発現している自己抗体を検出することを意味し、より詳しくは該自己抗体の抗体価を測定することである。なお、抗体価を検出する方法は自体公知の方法を利用することができる。
本発明では検出した１以上の自己抗体の抗体価の数値をエクセルファイル（Microsoft社製）等に書き込むことにより、データとして取得することができる。
本発明の「自己抗体の検出データの取得」とは、自己免疫疾患患者に特異的に発現している自己抗体を検出することを意味し、より詳しくは該自己抗体の抗体価を測定することである。なお、抗体価を検出する方法は自体公知の方法を利用することができる。
本発明では検出した１以上の自己抗体の抗体価の数値をエクセルファイル（Microsoft社製）等に書き込むことにより、データとして取得することができる。
（自己抗体の抗体価の検出系）
本発明では、自己抗体の抗体価の検出方法は特に限定されない。しかし、洗浄工程を省略できるホモジニアスアッセイ、特にALPHAを検出系として使用することが好ましい。
本発明では、好ましくはALPHAを使用することで、大量に発現したタンパク質を効率的かつ高精度に検出することができる。
本発明では、自己抗体の抗体価の検出方法は特に限定されない。しかし、洗浄工程を省略できるホモジニアスアッセイ、特にALPHAを検出系として使用することが好ましい。
本発明では、好ましくはALPHAを使用することで、大量に発現したタンパク質を効率的かつ高精度に検出することができる。
｛ALPHA（増幅発光近接ホモジニアスアッセイ）｝
ALPHA は、PerkinElmer社のAlphaScreenTMが代表的なアッセイ法である。
その方法は、近接させられたドナービーズとアクセプタービースとの間に一重項酸素の移動に基づく分析方法である。これは、680nmでの励起において、ドナービース中の光増感剤は、周囲の酸素を一重項状態の酸素に変換し、その酸素が200nmの距離まで拡散する。アクセプタービーズ中の化学発光基は、エネルギーをビーズ内の蛍光アクセプターに移動させ、続いて約600nmで光を放出する。なお、アクセプタービーズは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、上記生体分子を固定化しておくための担体である。ドナービースは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、ストレプトアビジンを固定化しておくための担体である。
ALPHA は、PerkinElmer社のAlphaScreenTMが代表的なアッセイ法である。
その方法は、近接させられたドナービーズとアクセプタービースとの間に一重項酸素の移動に基づく分析方法である。これは、680nmでの励起において、ドナービース中の光増感剤は、周囲の酸素を一重項状態の酸素に変換し、その酸素が200nmの距離まで拡散する。アクセプタービーズ中の化学発光基は、エネルギーをビーズ内の蛍光アクセプターに移動させ、続いて約600nmで光を放出する。なお、アクセプタービーズは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、上記生体分子を固定化しておくための担体である。ドナービースは、ガラス、シリカゲル、樹脂のような不活性担体であって、ストレプトアビジンを固定化しておくための担体である。
（ALPHAを使用したin vitroでの自己抗体価の検出）
ビオチン化した哺乳動物由来のタンパク質（ビオチン化哺乳動物由来タンパク質と称する場合がある）、該ビオチン化基質を直接的又は間接的に認識可能なアクセプタービーズ{Anti-IgG(protein G) Acceptor Beads}、ストレプトアビジンが結合したドナービース、自己免疫疾患患者由来の試料（血清）及び／又は健常者由来の試料をマイクロプレートに添加する。
ここで、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していれば、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識（結合）することにより、ドナービースとアクセプタービーズが近接してシグナルの上昇が起こる。
一方、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していなければ、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識（結合）しないので、ドナービースとアクセプタービーズが近接できずシグナルの上昇が起こらない。
なお、シグナルの検出方法は、例えばアクセプタービーズが発する蛍光強度を使って測定する。
ビオチン化した哺乳動物由来のタンパク質（ビオチン化哺乳動物由来タンパク質と称する場合がある）、該ビオチン化基質を直接的又は間接的に認識可能なアクセプタービーズ{Anti-IgG(protein G) Acceptor Beads}、ストレプトアビジンが結合したドナービース、自己免疫疾患患者由来の試料（血清）及び／又は健常者由来の試料をマイクロプレートに添加する。
ここで、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していれば、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識（結合）することにより、ドナービースとアクセプタービーズが近接してシグナルの上昇が起こる。
一方、ビオチン化哺乳動物由来タンパク質に対する自己抗体が発現していなければ、該自己抗体が該ビオチン化哺乳動物由来タンパク質を抗原として認識（結合）しないので、ドナービースとアクセプタービーズが近接できずシグナルの上昇が起こらない。
なお、シグナルの検出方法は、例えばアクセプタービーズが発する蛍光強度を使って測定する。
（イムノアッセイを使用した自己抗体価の検出）
本発明では、自己抗体の抗体価の検出は、哺乳動物由来タンパク質又はその断片を、自己免疫疾患、特に動脈硬化症由来の試料（特に血清）に接触させることによって行うことができる。哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体は、自体公知のイムノアッセイにより検出することができる。具体的な方法は、以下の通りであるが、特に限定されない。
本発明では、自己抗体の抗体価の検出は、哺乳動物由来タンパク質又はその断片を、自己免疫疾患、特に動脈硬化症由来の試料（特に血清）に接触させることによって行うことができる。哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体は、自体公知のイムノアッセイにより検出することができる。具体的な方法は、以下の通りであるが、特に限定されない。
（非競合的イムノアッセイ）
哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体を、抗ヒト・イムノグロブリン抗体によって検出する。このとき、哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、又は、抗ヒト・イムノグロブリン抗体を予め固相化しておくと、未反応成分の除去（一般にB/F分離と呼ばれる）を洗浄によって容易に行うことができる。
例えば、固相化哺乳動物由来タンパク質又はその断片を患者血清に接触後、血清を除去してから抗ヒト・イムノグロブリン抗体を加える。抗ヒト・イムノグロブリン抗体を標識しておけば、自己抗体に比例して固相に結合する標識が増加する。この抗ヒト・イムノグロブリン抗体は、第２抗体と呼ばれる抗体に相当する。抗ヒト・イムノグロブリン抗体として、抗体のクラスを識別しうる抗体を利用すれば、自己抗体をクラス別に検出することもできる。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、試料（例：血清）、および抗ヒト・イムノグロブリン抗体とは、同時に反応させることもできる。
哺乳動物由来タンパク質又はその断片に結合する自己抗体を、抗ヒト・イムノグロブリン抗体によって検出する。このとき、哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、又は、抗ヒト・イムノグロブリン抗体を予め固相化しておくと、未反応成分の除去（一般にB/F分離と呼ばれる）を洗浄によって容易に行うことができる。
例えば、固相化哺乳動物由来タンパク質又はその断片を患者血清に接触後、血清を除去してから抗ヒト・イムノグロブリン抗体を加える。抗ヒト・イムノグロブリン抗体を標識しておけば、自己抗体に比例して固相に結合する標識が増加する。この抗ヒト・イムノグロブリン抗体は、第２抗体と呼ばれる抗体に相当する。抗ヒト・イムノグロブリン抗体として、抗体のクラスを識別しうる抗体を利用すれば、自己抗体をクラス別に検出することもできる。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片、試料（例：血清）、および抗ヒト・イムノグロブリン抗体とは、同時に反応させることもできる。
非競合的なイムノアッセイとして、粒子凝集反応やイムノクロマトグラフィーを利用することもできる。粒子凝集反応は、哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片感作粒子が自己抗体によって凝集する現象に基づく検出方法である。
一方、イムノクロマトグラフィーでは、先に述べた固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片がクロマトグラフ媒体中に存在し、これに対して試料中の自己抗体、そして標識した抗ヒト・イムノグロブリン抗体を反応させ、更に未反応成分の分離がクロマトグラフ媒体中で反応と並行して行われるように設計されている。
一方、イムノクロマトグラフィーでは、先に述べた固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片がクロマトグラフ媒体中に存在し、これに対して試料中の自己抗体、そして標識した抗ヒト・イムノグロブリン抗体を反応させ、更に未反応成分の分離がクロマトグラフ媒体中で反応と並行して行われるように設計されている。
（競合的イムノアッセイ）
哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との免疫学的な反応を、自己抗体が阻害する現象を利用して、自己抗体の検出が可能である。この場合にも、未反応成分の除去は、固相を利用して簡便に行うことができる。すなわち、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と血液試料の存在下で哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と接触させるとき、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のいずれかを固相化し、他方を標識して用いる。加えて、B/F分離の後に固相に結合した標識量に基づいて自己抗体の検出が可能である。競合的なイムノアッセイを行う場合、反応成分として用いる抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体は、自己抗体と競合するものであればポリクローナル抗体でもモノクローナル抗体であっても良い。
哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との免疫学的な反応を、自己抗体が阻害する現象を利用して、自己抗体の検出が可能である。この場合にも、未反応成分の除去は、固相を利用して簡便に行うことができる。すなわち、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と血液試料の存在下で哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と接触させるとき、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のいずれかを固相化し、他方を標識して用いる。加えて、B/F分離の後に固相に結合した標識量に基づいて自己抗体の検出が可能である。競合的なイムノアッセイを行う場合、反応成分として用いる抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体は、自己抗体と競合するものであればポリクローナル抗体でもモノクローナル抗体であっても良い。
（抑制的イムノアッセイ）
哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料とを接触させた後に、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応を行う。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体を含まない場合には哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応が阻害されないが、試料中に哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体が存在すれば阻害をもたらす。
具体的には、まず固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片を試料に加え、十分に反応させた後に、さらに抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を加える。抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を標識しておけば、固相に結合した（またはしなかった）標識量を測定することによって自己抗体の存在を確認することができる。あるいは、標識した哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料を接触させ、これを固相化した抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と接触させることも可能である。特にイムノクロマトグラフィーに応用する場合には利点がある方法である。
哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料とを接触させた後に、抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応を行う。哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体を含まない場合には哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体との反応が阻害されないが、試料中に哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片に対する自己抗体が存在すれば阻害をもたらす。
具体的には、まず固相化哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片を試料に加え、十分に反応させた後に、さらに抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を加える。抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体を標識しておけば、固相に結合した（またはしなかった）標識量を測定することによって自己抗体の存在を確認することができる。あるいは、標識した哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片と試料を接触させ、これを固相化した抗哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片抗体と接触させることも可能である。特にイムノクロマトグラフィーに応用する場合には利点がある方法である。
イムノアッセイに用いる標識には、蛍光物質、発光物質、色素、酵素、補酵素、又はラジオアイソトープ等が知られている。中でも、アルカリホスファターゼやパーオキシダーゼのような酵素標識は、安全性や経済性に優れ、しかも必要な感度を比較的容易に達成できることから、有利な標識成分である。
抗ヒト・イムノグロブリン抗体や哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のような反応成分は、これらの標識成分によって直接標識することもできるし、あるいは更にこれらの成分を認識する抗体やアビジン－ビオチン系などを利用して間接標識することもできる。各種の抗体を固相に結合させるには、マイクロプレート、プラスチックビーズ、あるいは合成樹脂微粒子のような固相担体を用い、物理吸着や化学的な結合、あるいはアビジン－ビオチンを用いた間接的な結合方法が一般に利用される。これらの免疫成分を固相化した担体は、ウシ血清アルブミンやスキムミルクなどの不活性タンパク質で処理することによって、非特異的な反応を抑制することができる。なお、固相と酵素標識を組み合わせたとき、このイムノアッセイは特にELISAと呼ばれる。
抗ヒト・イムノグロブリン抗体や哺乳動物由来タンパク質若しくはその断片のような反応成分は、これらの標識成分によって直接標識することもできるし、あるいは更にこれらの成分を認識する抗体やアビジン－ビオチン系などを利用して間接標識することもできる。各種の抗体を固相に結合させるには、マイクロプレート、プラスチックビーズ、あるいは合成樹脂微粒子のような固相担体を用い、物理吸着や化学的な結合、あるいはアビジン－ビオチンを用いた間接的な結合方法が一般に利用される。これらの免疫成分を固相化した担体は、ウシ血清アルブミンやスキムミルクなどの不活性タンパク質で処理することによって、非特異的な反応を抑制することができる。なお、固相と酵素標識を組み合わせたとき、このイムノアッセイは特にELISAと呼ばれる。
上記以外での自己抗体価の検出の例示として、間接蛍光抗体法、免疫比濁法、免疫比ろう法、二重免疫拡散法(DID法)、ラテックス凝集法、化学発光法（化学発光酵素免疫測定法等）等が挙げられるが特に限定されていない。
（検査方法）
本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査において、以下のタンパク質群のいずれか１以上の抗体を患者由来の試料、特に血清から検出する。
なお、本発明の検査とは、発症リスク検査、重症度の判定検査、治療効果の判定検査を含む。
（１）サイトカインに関与するタンパク質群
（２）アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群
サイトカインに関与するタンパク質群としては、好ましくは、IL-5（interleukin-5）、STX1A（syntaxin 1A）、CSNK2A1（casein kinase 2, alpha 1 polypeptide）、VAMP2｛vesicle-associated membrane protein 2 (synaptobrevin 2)｝、GSK3B（glycogen synthase kinase 3 beta）、PRKCZ （protein kinase C, zeta）、PCNA（proliferating cell nuclear antigen）、STX4（syntaxin 4）若しくはPIN1（peptidylprolyl cis/trans isomerase, NIMA-interacting 1）、及び／又はHRB（HIV-1 Rev binding protein）、HMGN1（high-mobility group nucleosome binding domain 1）、HIST1H1C（histone cluster 1, H1c）、TUBB（tubulin, beta）、NPM1｛nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin)｝、VAMP8（vesicle-associated membrane protein 8）、VAPA｛VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein A｝、STX3（SYNTAXIN 3）、CCND2（cyclin D2）若しくはRABAC1（Rab acceptor 1)であるが特に限定されない。
アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群としては、好ましくは、SLC7A11｛solute carrier family 7, (cationic amino acid transporter, y+ system) member 11｝、SLC36A4｛solute carrier family 36 (proton/amino acid symporter), member 4｝、SLC7A9｛solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 9｝又はSLC1A3｛solute carrier family 1 (glial high affinity glutamate transporter), member 3｝であるが特に限定されない。
加えて、下記実施例９～１１の結果により、上記タンパク質群の中でも、IL-5が好ましい。さらに、IL-5はfull lengthである完全長だけでなく、部分配列｛例、IL-5(20-135: : IL-5の20位から135位を意味する。以下同じ)、IL-5(64-135:IL-5の64位から135位を意味する。以下同じ)｝、特に分泌型IL-5{ IL-5(20-135) }も含む。
本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査において、以下のタンパク質群のいずれか１以上の抗体を患者由来の試料、特に血清から検出する。
なお、本発明の検査とは、発症リスク検査、重症度の判定検査、治療効果の判定検査を含む。
（１）サイトカインに関与するタンパク質群
（２）アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群
サイトカインに関与するタンパク質群としては、好ましくは、IL-5（interleukin-5）、STX1A（syntaxin 1A）、CSNK2A1（casein kinase 2, alpha 1 polypeptide）、VAMP2｛vesicle-associated membrane protein 2 (synaptobrevin 2)｝、GSK3B（glycogen synthase kinase 3 beta）、PRKCZ （protein kinase C, zeta）、PCNA（proliferating cell nuclear antigen）、STX4（syntaxin 4）若しくはPIN1（peptidylprolyl cis/trans isomerase, NIMA-interacting 1）、及び／又はHRB（HIV-1 Rev binding protein）、HMGN1（high-mobility group nucleosome binding domain 1）、HIST1H1C（histone cluster 1, H1c）、TUBB（tubulin, beta）、NPM1｛nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin)｝、VAMP8（vesicle-associated membrane protein 8）、VAPA｛VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein A｝、STX3（SYNTAXIN 3）、CCND2（cyclin D2）若しくはRABAC1（Rab acceptor 1)であるが特に限定されない。
アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群としては、好ましくは、SLC7A11｛solute carrier family 7, (cationic amino acid transporter, y+ system) member 11｝、SLC36A4｛solute carrier family 36 (proton/amino acid symporter), member 4｝、SLC7A9｛solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 9｝又はSLC1A3｛solute carrier family 1 (glial high affinity glutamate transporter), member 3｝であるが特に限定されない。
加えて、下記実施例９～１１の結果により、上記タンパク質群の中でも、IL-5が好ましい。さらに、IL-5はfull lengthである完全長だけでなく、部分配列｛例、IL-5(20-135: : IL-5の20位から135位を意味する。以下同じ)、IL-5(64-135:IL-5の64位から135位を意味する。以下同じ)｝、特に分泌型IL-5{ IL-5(20-135) }も含む。
（検査キット）
本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査キットは、上記述べた各ELISA、化学発光法、イムノクロマト法等を実施するためのキットでありうる。
特に、ELISAキットでは、IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、RABAC1、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9、及び／又はSLC1A3を含み、さらに以下のいずれか１の構成を含む。
（１）マイクロプレート
（２）標準液
（３）陽陰性コントロール
（４）反応用緩衝液
（５）酵素標識抗体
（６）洗浄用緩衝液
（７）酵素基質液
（８）反応停止液
本発明の自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査キットは、上記述べた各ELISA、化学発光法、イムノクロマト法等を実施するためのキットでありうる。
特に、ELISAキットでは、IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、RABAC1、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9、及び／又はSLC1A3を含み、さらに以下のいずれか１の構成を含む。
（１）マイクロプレート
（２）標準液
（３）陽陰性コントロール
（４）反応用緩衝液
（５）酵素標識抗体
（６）洗浄用緩衝液
（７）酵素基質液
（８）反応停止液
以下、実施例を挙げて本発明を詳細に説明するが、本発明の範囲はこれらの実施例により限定されるものではない。
（自己免疫疾患患者由来の試料の調製）
本実施例では、アテローム性動脈硬化症の患者（２３名）から得た血清を試料とした。さらに、該試料を、軽度の患者（mild）、重症患者（Serious）、軽度かつ陳旧性患者（mild Old）及び重症かつ陳旧性患者（mild Old）に分けて解析した。
なお、健常者由来の血清をコントロールとした。
本実施例では、アテローム性動脈硬化症の患者（２３名）から得た血清を試料とした。さらに、該試料を、軽度の患者（mild）、重症患者（Serious）、軽度かつ陳旧性患者（mild Old）及び重症かつ陳旧性患者（mild Old）に分けて解析した。
なお、健常者由来の血清をコントロールとした。
（ビオチン化哺乳動物由来タンパク質をコードする翻訳鋳型の作成）
翻訳鋳型となるmRNAは、各種哺乳動物由来タンパク質（約３千種類）をコードする遺伝子にビオチンタグを融合したビオチン化タンパク質転写鋳型であるベクターを作成した（pEU-ビオチン化タグ-各種哺乳動物由来タンパク質）。該ベクターを基に、タバコモザイクウィルス（TMV）のΩ配列部分を含むＰＣＲ産物を鋳型とした。該転写鋳型を、転写反応溶液〔最終濃度、80ｍＭ ＨＥＰＥＳ－ＫＯＨ ｐＨ7.8、16ｍＭ 酢酸マグネシウム、10ｍＭ ジチオトレイトール、2ｍＭ スペルミジン、2.5ｍＭ 4ＮＴＰｓ（４種類のヌクレオチド三リン酸）、0.8Ｕ／μLＲＮａｓｅ阻害剤、1.6Ｕ／μL ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ〕に添加し、37℃で3時間反応させた。得られたRNAをフェノール／クロロフォルム抽出、エタノール沈殿の後、Nick Column（Amersham Pharmacia Biotech社製）により精製して翻訳鋳型とした。
翻訳鋳型となるmRNAは、各種哺乳動物由来タンパク質（約３千種類）をコードする遺伝子にビオチンタグを融合したビオチン化タンパク質転写鋳型であるベクターを作成した（pEU-ビオチン化タグ-各種哺乳動物由来タンパク質）。該ベクターを基に、タバコモザイクウィルス（TMV）のΩ配列部分を含むＰＣＲ産物を鋳型とした。該転写鋳型を、転写反応溶液〔最終濃度、80ｍＭ ＨＥＰＥＳ－ＫＯＨ ｐＨ7.8、16ｍＭ 酢酸マグネシウム、10ｍＭ ジチオトレイトール、2ｍＭ スペルミジン、2.5ｍＭ 4ＮＴＰｓ（４種類のヌクレオチド三リン酸）、0.8Ｕ／μLＲＮａｓｅ阻害剤、1.6Ｕ／μL ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ〕に添加し、37℃で3時間反応させた。得られたRNAをフェノール／クロロフォルム抽出、エタノール沈殿の後、Nick Column（Amersham Pharmacia Biotech社製）により精製して翻訳鋳型とした。
（ビオチン化哺乳動物由来タンパク質の翻訳反応工程）
96穴タイタープレートを反応容器として用いた。
先ず、125.0μLの供給相（2×Substrate Mixture 62.5μ1、50μMのビオチン1.25μ1、MilliQ 61.25μ1）をタイタープレートに添加した。次に、25.0μ1の反応相（4μg/μLのcreatine kinase 0.25μ1、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extract（200 O.D.）6.5μ1、ビオチン化酵素（180 O.D.）1.0μ1、2×Substrate Mixture 8.75μ1、5μMのビオチン2.5μ1、MilliQ 3.5μ1）に、上記実施例２の各翻訳鋳型｛ペレット状の翻訳鋳型（mRNA）を25μLの反応液で溶かした｝を添加したものを、注意深く静かにタイタープレートの底に添加した。タンパク質合成反応は、26度、15～20時間の静置で行った。
合成終了のビオチン化タンパク質は精製せずに、以下の実施例に用いた。
96穴タイタープレートを反応容器として用いた。
先ず、125.0μLの供給相（2×Substrate Mixture 62.5μ1、50μMのビオチン1.25μ1、MilliQ 61.25μ1）をタイタープレートに添加した。次に、25.0μ1の反応相（4μg/μLのcreatine kinase 0.25μ1、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extract（200 O.D.）6.5μ1、ビオチン化酵素（180 O.D.）1.0μ1、2×Substrate Mixture 8.75μ1、5μMのビオチン2.5μ1、MilliQ 3.5μ1）に、上記実施例２の各翻訳鋳型｛ペレット状の翻訳鋳型（mRNA）を25μLの反応液で溶かした｝を添加したものを、注意深く静かにタイタープレートの底に添加した。タンパク質合成反応は、26度、15～20時間の静置で行った。
合成終了のビオチン化タンパク質は精製せずに、以下の実施例に用いた。
（Alpha ScreenTMを用いた自己抗体の抗体価の測定）
384穴タイタープレート（Optiplate-384TPP）を反応容器として用いた。
8.0μLのMixture A｛6.0μLのMillQ, 1.0μLの10×AlphaScreen Buffer（1M Tris-HCl, pH8.0/0.1% Tween20）, 1.0μLの10mG/mL BSA｝、10μLの血清｛（＋）：2.5×10-3希釈｝及び5.0μLの上記実施例３の各種のビオチン化哺乳動物由来タンパク質（5倍希釈、Biomek FXを使用）を、それぞれの穴に添加して、26℃、30分間静置した。
上記静置後、10μLのMixture B（7.88μLのMillQ, 1.0μLの10×AlphaScreen Buffer（1M Tris-HCl, pH8.0/0.1% Tween20）, 1.0μLの10mG/mL BSA, 0.06μLの｛5mG/mL StreptAvidin Donor Beads, 0.06μLの5mG/mL Anti-IgG (protein G) Acceptor Beads｝を、さらにそれぞれの穴に添加して、26℃、60分間静置した。
上記静置後、EnVisionを用いて蛍光強度（自己抗体価）を測定した。
384穴タイタープレート（Optiplate-384TPP）を反応容器として用いた。
8.0μLのMixture A｛6.0μLのMillQ, 1.0μLの10×AlphaScreen Buffer（1M Tris-HCl, pH8.0/0.1% Tween20）, 1.0μLの10mG/mL BSA｝、10μLの血清｛（＋）：2.5×10-3希釈｝及び5.0μLの上記実施例３の各種のビオチン化哺乳動物由来タンパク質（5倍希釈、Biomek FXを使用）を、それぞれの穴に添加して、26℃、30分間静置した。
上記静置後、10μLのMixture B（7.88μLのMillQ, 1.0μLの10×AlphaScreen Buffer（1M Tris-HCl, pH8.0/0.1% Tween20）, 1.0μLの10mG/mL BSA, 0.06μLの｛5mG/mL StreptAvidin Donor Beads, 0.06μLの5mG/mL Anti-IgG (protein G) Acceptor Beads｝を、さらにそれぞれの穴に添加して、26℃、60分間静置した。
上記静置後、EnVisionを用いて蛍光強度（自己抗体価）を測定した。
上記測定における一部の自己抗体の結果を図５に示す。
上記結果から、哺乳動物由来タンパク質の相違により自己抗体の検出結果が異なることがわかった。
さらに、抗体価の高い自己抗原タンパク質に関するデータを取得した。
上記結果から、哺乳動物由来タンパク質の相違により自己抗体の検出結果が異なることがわかった。
さらに、抗体価の高い自己抗原タンパク質に関するデータを取得した。
（自己免疫疾患に特異的に発現している自己抗原タンパク質の解析）
上記実施例４から得られた各患者｛軽度の患者（mild）、重症患者（Serious）、軽度かつ陳旧性患者（mild Old）及び重症かつ陳旧性患者（mild Old）｝由来の試料における蛍光強度（自己抗体価）のデータを、コントロールである健常者由来の試料における蛍光強度（自己抗体価）のデータを比較して、示差的に発現している自己抗体（特に、発現が上昇している自己抗体）の自己抗原タンパク質群のデータを取得した。
より詳しくは、各々のデータを自然対数変換したのち、平均・標準偏差を使ってスコア化（平均値を0として、+1SDのものを1, +2SDのものを2とする）した。さらに、スコアの上位のものから382種類のタンパク質を選択した。
上記実施例４から得られた各患者｛軽度の患者（mild）、重症患者（Serious）、軽度かつ陳旧性患者（mild Old）及び重症かつ陳旧性患者（mild Old）｝由来の試料における蛍光強度（自己抗体価）のデータを、コントロールである健常者由来の試料における蛍光強度（自己抗体価）のデータを比較して、示差的に発現している自己抗体（特に、発現が上昇している自己抗体）の自己抗原タンパク質群のデータを取得した。
より詳しくは、各々のデータを自然対数変換したのち、平均・標準偏差を使ってスコア化（平均値を0として、+1SDのものを1, +2SDのものを2とする）した。さらに、スコアの上位のものから382種類のタンパク質を選択した。
（２）クラスター分析（統計ソフトR(http://www.r-project/org）のheatmap2を用いて、Correlation heatmapを作成した）を用いて、上記３８２種類のタンパク質群を相互に関連性の高いタンパク質群である４つの群に分けた。
なお、cluster 1～4は、それぞれ、１２６個（参照：図６、７）、６２個（参照：図６、７）、１２９個（参照：図６、７）及び６５個（参照：図６、７）を示すグループであった。
なお、cluster 1～4は、それぞれ、１２６個（参照：図６、７）、６２個（参照：図６、７）、１２９個（参照：図６、７）及び６５個（参照：図６、７）を示すグループであった。
上記解析結果の一部のデータを図８に示す。なお、Ha1、Ha2、Ha3及びHa4は、それぞれ、軽度の患者（mild）、重症患者（Serious）、軽度かつ陳旧性患者（mild Old）及び重症かつ陳旧性患者（mild Old）を示す。
図８の結果から明らかなように、各疾患の状態により、自己抗体の抗体価が異なることがわかった。
図８の結果から明らかなように、各疾患の状態により、自己抗体の抗体価が異なることがわかった。
また、各患者におけるそれぞれのクラスターでのAverage profileを図９に示す。
図９の結果から明らかなように、各疾患の状態及び各クラスターにより自己抗体の抗体価が異なることがわかる。
特に、cluster1に属するタンパク質に対する自己抗体の抗体価が非常に高いことがわかった。
図９の結果から明らかなように、各疾患の状態及び各クラスターにより自己抗体の抗体価が異なることがわかる。
特に、cluster1に属するタンパク質に対する自己抗体の抗体価が非常に高いことがわかった。
図８及び図９に記載の解析結果から明らかなように、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の患者では、病状の進行、年齢等により、血清中に発現している自己抗体の量及び種類が異なることがわかった。
これにより、血清中の自己抗体に対する自己抗原タンパク質を検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
これにより、血清中の自己抗体に対する自己抗原タンパク質を検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
（遺伝子オントロジー解析による自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析）
上記実施例５で取得した自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化で示差的に発現しているタンパク質群の各クラスター別のデータを、公共のデータベース（http://www.geneontology.org/）にインポートした。
上記実施例５で取得した自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化で示差的に発現しているタンパク質群の各クラスター別のデータを、公共のデータベース（http://www.geneontology.org/）にインポートした。
上記インポートした一部の結果を図１０に示す。
図１０に示すように、各クラスター別では、Termが異なることがわかる。なお、図１０の計算値（Pvalue）は、複数のシグナル値のグループを比較し検定を行った計算結果である。Termは遺伝子の機能を示す。
また、各クラスターで頻出Termに関し、cluster1はアミノ酸輸送体（Amino acid transporter）、cluster2は炎症反応（Inflammation）、糖質代謝（Carbohydrate matabolism）及びステロイド代謝（Steroid metabolism）、cluster3は翻訳（Translation）、転写（Transcription）及び組換え（recombination）、並びにcluster4はRNA異化（RNA catabolism）であった。
図１０に示すように、各クラスター別では、Termが異なることがわかる。なお、図１０の計算値（Pvalue）は、複数のシグナル値のグループを比較し検定を行った計算結果である。Termは遺伝子の機能を示す。
また、各クラスターで頻出Termに関し、cluster1はアミノ酸輸送体（Amino acid transporter）、cluster2は炎症反応（Inflammation）、糖質代謝（Carbohydrate matabolism）及びステロイド代謝（Steroid metabolism）、cluster3は翻訳（Translation）、転写（Transcription）及び組換え（recombination）、並びにcluster4はRNA異化（RNA catabolism）であった。
cluster1に属し、さらにTermアミノ酸輸送体又は該アミノ酸輸送体の下階層概念を有するタンパク質を抽出して、図３に示した。
これにより、図３に示したタンパク質群であるSLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3は、自己免疫疾患、特に動脈硬化に関与するタンパク質であると判定することができる。
すなわち、自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化の患者由来の試料、特に血清中のSLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3に対する自己抗体の抗体価を検出、測定することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症、さらにはアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
これにより、図３に示したタンパク質群であるSLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3は、自己免疫疾患、特に動脈硬化に関与するタンパク質であると判定することができる。
すなわち、自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化の患者由来の試料、特に血清中のSLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3に対する自己抗体の抗体価を検出、測定することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症、さらにはアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
（パスウェイ解析による自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析）
上記実施例５で取得した自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化で示差的に発現しているタンパク質群のデータを、公知のソフトウェア｛GeneSphere,Fujitsu（http://venus.netlaboratory.com/drug_discovery/genesphere/feature/）｝で解析し、パスウェイ単位でタンパク質発現を評価した場合に自己免疫疾患において健常者群と比べて有意に発現変動しているパスウェイを抽出した。
上記実施例５で取得した自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化で示差的に発現しているタンパク質群のデータを、公知のソフトウェア｛GeneSphere,Fujitsu（http://venus.netlaboratory.com/drug_discovery/genesphere/feature/）｝で解析し、パスウェイ単位でタンパク質発現を評価した場合に自己免疫疾患において健常者群と比べて有意に発現変動しているパスウェイを抽出した。
上記解析結果を図４に示す。
図４の結果により、１４種類のタンパク質(IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2)を特定した。
図４の結果により、１４種類のタンパク質(IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2)を特定した。
これにより、図４に示したタンパク質群であるIL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1及びSTX4、さらには、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1及びCCND2は、自己免疫疾患、特に動脈硬化、さらにはアテローム性動脈硬化に関与するタンパク質であると判定することができる。
すなわち、自己免疫疾患、特に動脈硬化、さらにはアテローム性動脈硬化の患者由来の試料、特に血清中のIL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1及びSTX4、さらには、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1及びCCND2に対する自己抗体の抗体価を検出、測定することにより、自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
すなわち、自己免疫疾患、特に動脈硬化、さらにはアテローム性動脈硬化の患者由来の試料、特に血清中のIL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1及びSTX4、さらには、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1及びCCND2に対する自己抗体の抗体価を検出、測定することにより、自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
（上記実施例で解析して得られた各タンパク質での確認）
上記解析して得られた各タンパク質（IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3）を用いて上記実施例４と同様な方法により、患者由来の血清中の自己抗体の抗体価を測定した。
上記解析して得られた各タンパク質（IL-5、STX1A、CSNK2A1、VAMP2、GSK3B、PRKCZ、PCNA、PIN1、STX4、HRB、HMGN1、HIST1H1C、TUBB、NPM1、VAMP8、VAPA、STX3、RABAC1、CCND2、SLC7A11、SLC36A4、SLC7A9及びSLC1A3）を用いて上記実施例４と同様な方法により、患者由来の血清中の自己抗体の抗体価を測定した。
上記タンパク質の大部分は、健常者由来の試料であるコントロールと比較して、有意に高い抗体価を示した。
これにより、上記解析して得られた各タンパク質を用いれば自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
さらには、本発明の解析方法は、自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法として優れていることがわかった。
これにより、上記解析して得られた各タンパク質を用いれば自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定を行うことができる。
さらには、本発明の解析方法は、自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法として優れていることがわかった。
（抗IL-5抗体の抗体価の測定）
上記実施例１～８により自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定の指標となる抗IL-5抗体の抗体価を詳細に測定した。詳細は、以下の通りである。
上記実施例２～４と同様な方法により、Full length IL-5、Full length IL-5より抗体価の高い分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)をコードする遺伝子を基にして、ビオチン化Full length IL-5、ビオチン化IL-5(20-135)及びビオチン化IL-5(64-135)を無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。
さらに、ビオチン化Full length、 ビオチン化分泌型IL-5(20-135)及びビオチン化部分配列IL-5(64-135)を、それぞれ、冠状動脈硬化症患者(IHD)及び閉塞性動脈硬化症患者（ASO）由来の血清中に添加して、抗IL-5抗体の抗体価を測定した。
上記実施例１～８により自己免疫疾患、特にアテローム性動脈硬化症の発病リスク、重症度、治療効果の判定の指標となる抗IL-5抗体の抗体価を詳細に測定した。詳細は、以下の通りである。
上記実施例２～４と同様な方法により、Full length IL-5、Full length IL-5より抗体価の高い分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)をコードする遺伝子を基にして、ビオチン化Full length IL-5、ビオチン化IL-5(20-135)及びビオチン化IL-5(64-135)を無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。
さらに、ビオチン化Full length、 ビオチン化分泌型IL-5(20-135)及びビオチン化部分配列IL-5(64-135)を、それぞれ、冠状動脈硬化症患者(IHD)及び閉塞性動脈硬化症患者（ASO）由来の血清中に添加して、抗IL-5抗体の抗体価を測定した。
冠状動脈硬化症患者血清中のFull length IL-5、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)の添加による、冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体の抗体価の測定結果を図１１に示す。
図１１に示すように、冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、Full length IL-5よりも、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)を強く認識することを確認した。
図１１に示すように、冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、Full length IL-5よりも、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)を強く認識することを確認した。
分泌型IL-5(20-135)の添加による、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体の抗体価の測定結果を図１２に示す。
図１２に示すように、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、分泌型IL-5(20-135)を認識していることを確認した。
以上により、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、Full length IL-5だけでなく、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)を認識する。これにより、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)に対する自己抗体を患者の血清中から検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。
図１２に示すように、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、分泌型IL-5(20-135)を認識していることを確認した。
以上により、閉塞性動脈硬化症患者及び冠状動脈硬化症患者血清中の抗IL-5抗体は、Full length IL-5だけでなく、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)を認識する。これにより、分泌型IL-5(20-135)及び部分配列IL-5(64-135)に対する自己抗体を患者の血清中から検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。
（動脈硬化症患者の血清中のIL-5濃度測定）
動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清中（n=20）及び健常者由来の血清中(n=10)のIL-5濃度をELISA(IMMUNOTECH, Mareille, France)で測定した。
なお、IL-5は、IL-5 遺伝子配列を基にして、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。
動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清中（n=20）及び健常者由来の血清中(n=10)のIL-5濃度をELISA(IMMUNOTECH, Mareille, France)で測定した。
なお、IL-5は、IL-5 遺伝子配列を基にして、無細胞タンパク質合成用コムギ胚芽Extractで発現させた。
上記の測定結果を図１３に示す。
図１３に示すように、動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清のIL-5濃度が有意に低下していることを確認した。
以上により、患者の血清中のIL-5濃度を検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。
図１３に示すように、動脈硬化症患者である冠状動脈硬化症患者血清のIL-5濃度が有意に低下していることを確認した。
以上により、患者の血清中のIL-5濃度を検出することにより、自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査を行うことができる。
（抗IL-5抗体価の受信者動作特性曲線の作成）
上記実施例９～１０の結果を基にして、抗IL-5抗体の抗体価の受信者動作特性曲線を作成した。
図１４に示すように、抗IL-5抗体の抗体価の感度・特異度は、カットオフ値を1.19-1.21にすると、感度約81.3%, 特異度90%となる。
以上により、患者の血清中のIL-5抗体の抗体価の検出による自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査は、感度及び特異度が高いことを確認した。
上記実施例９～１０の結果を基にして、抗IL-5抗体の抗体価の受信者動作特性曲線を作成した。
図１４に示すように、抗IL-5抗体の抗体価の感度・特異度は、カットオフ値を1.19-1.21にすると、感度約81.3%, 特異度90%となる。
以上により、患者の血清中のIL-5抗体の抗体価の検出による自己免疫疾患、特に動脈硬化症の検査は、感度及び特異度が高いことを確認した。
本発明では、高感度かつ高効率で自己免疫疾患、特に動脈硬化に関与するタンパク質を解析する手段を提供することができる。
Claims (24)
- 以下のいずれか１のタンパク質群に対する自己抗体の抗体価を患者由来の試料から検出することを特徴とする動脈硬化の検査方法。
（１）サイトカインに関与するタンパク質群、ここで、サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1、CCND2。
（２）アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群、ここで、アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である：
SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、SLC1A3。 - 前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である請求項１の検査方法。
（１）IL-5
（２）STX1A
（３）CSNK2A1
（４）VAMP2
（５）GSK3B
（６）PRKCZ
（７）PCNA
（８）PIN1
（９）STX4 - 前記サイトカインに関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である請求項１の検査方法。
（１）HRB
（２）HMGN1
（３）HIST1H1C
（４）TUBB
（５）NPM1
（６）VAMP8
（７）VAPA
（８）STX3
（９）RABAC1
（１０）CCND2 - 前記アミノ酸輸送体に関与するタンパク質群は、以下のいずれか１以上である請求項１の検査方法。
（１）SLC7A11
（２）SLC36A4
（３）SLC7A9
（４）SLC1A3 - 前記動脈硬化が、アテローム性動脈硬化症である請求項１～４のいずれか１の検査方法。
- 前記検査方法は、発病リスクの検査、重症度の判定検査、又は治療効果の判定検査である請求項５の検査方法。
- 動脈硬化検査を実施するための、少なくとも以下を含む検査キット：
IL-5；STX1A；CSNK2A1；VAMP2；GSK3B；PRKCZ；PCNA；PIN1；STX4；HRB；HMGN1；HIST1H1C；TUBB；NPM1；VAMP8；VAPA；STX3；RABAC1；CCND2；SLC7A11；SLC36A4；SLC7A9、及び／又はSLC1A3。 - 動脈硬化検査を実施するための、IL-5を含み、さらに少なくとも以下のいずれか１を含む検査キット。
（１）マイクロプレート
（２）標準液
（３）陽陰性コントロール
（４）反応用緩衝液
（５）酵素標識抗体
（６）洗浄用緩衝液
（７）酵素基質液
（８）反応停止液 - 以下の工程を有する自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法：
（１）哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ１）を取得する工程；
（２）哺乳動物由来のタンパク質を、健常者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ２）を取得する工程、及び／又は、哺乳動物由来のタンパク質を、自己免疫疾患の治療薬を投与されている自己免疫疾患患者由来の試料と接触させて自己抗体の検出データ（データ３）を取得する工程；
（３）上記データ１～３のいずれか２以上を用いて統計学的分析を行い、示差的に発現している１以上の自己抗体の自己抗原タンパク質（哺乳動物由来のタンパク質）群のデータ（データ４）を取得する工程；
（４）上記データ４のタンパク質群に注釈付け（アノテーション）を行う工程、
（５）上記アノテーションに基づき上記タンパク質群の共通規則を抽出する工程。 - さらに、前記共通規則に基づく拘束条件を用いてデータマイニングを行う工程を有することを特徴とする請求項９の解析方法。
- 前記（５）の工程で抽出された共通規則を有するタンパク質を用いて上記（１）～（５）の工程を複数回繰り返す工程を特徴とする請求項９又は１０の解析方法。
- さらに、前記データ１～３に含まれておらず、かつ前記共通規則を有する哺乳動物由来のタンパク質を使用して、上記（１）～（３）の工程を行うことによりデータ５を取得する工程を有することを特徴とする請求項９～１１のいずれか１の解析方法。
- 前記データ５を上記４データに組み合わせる工程を有することを特徴とする請求項９～１２のいずれか１の解析方法。
- 前記哺乳動物由来のタンパク質を無細胞タンパク質合成系で発現させることを特徴とする請求項９～１３のいずれか１の解析方法。
- 前記（１）及び／又は（２）の工程で、ALPHA（増幅発光近接ホモジニアスアッセイ）を使用してIgGと反応する哺乳動物由来のタンパク質を検出することを特徴とする請求項９～１４のいずれか１の解析方法。
- 前記自己免疫疾患が、以下のいずれか１から選ばれる請求項９～１５のいずれか１の解析方法、
全身性エリテマトーデス、円板状エリテマトーデス、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、甲状腺中毒症、悪性貧血、Good-pasture症候群、急性進行性糸球体腎炎、重症筋無力症、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡、インスリン抵抗性糖尿病、若年性糖尿病、アジソン病、萎縮性胃炎、男性不妊症、早発性更年期、水晶体原性ぶどう膜炎、交換性脈炎、多発性硬化症、動脈硬化症、アテローム性動脈硬化症、潰瘍性大腸炎、原発性胆汁性肝硬変、慢性活動性肝炎、自己免疫性溶血性貧血、発作性血色素尿症、突発性血小板減少性紫斑病、及びシェーグレン症候群。 - 前記自己免疫疾患が、動脈硬化症である請求項９～１６のいずれか１の解析方法。
- 前記（４）の工程は、遺伝子オントロジー解析であることを特徴とする請求項９～１７のいずれか１の解析方法。
- 前記遺伝子オントロジー解析の１つ以上が、分子機能、細胞内局在及び生物学的過程から選択される請求項１８の解析方法。
- 前記遺伝子オントロジー解析の共通規則が、分子機能の分類であることを特徴とする請求項１９の解析方法。
- 前記（１）～（５）の工程を繰り返すことにより、前記分子機能の分類を下階層に絞りこむことを特徴とする請求項２０の解析方法。
- 前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がアミノ酸輸送体であることを特徴とする請求項１８～２１のいずれか１の解析方法。
- 前記（４）の工程は、パスウェイ解析であることを特徴とする請求項９～１７のいずれか１の解析方法。
- 前記自己免疫疾患が動脈硬化症であり、前記共通規則がサイトカインであることを特徴とする請求項２３の解析方法。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2012544286A JP5904553B2 (ja) | 2010-11-17 | 2011-11-16 | 自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法 |
| US13/988,269 US9310380B2 (en) | 2010-11-17 | 2011-11-16 | Method for analyzing proteins contributing to autoimmune diseases, and method for testing for said diseases |
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2010-256418 | 2010-11-17 | ||
| JP2010256418 | 2010-11-17 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| WO2012067165A1 true WO2012067165A1 (ja) | 2012-05-24 |
Family
ID=46084088
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PCT/JP2011/076450 WO2012067165A1 (ja) | 2010-11-17 | 2011-11-16 | 自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法 |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9310380B2 (ja) |
| JP (1) | JP5904553B2 (ja) |
| WO (1) | WO2012067165A1 (ja) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014075995A (ja) * | 2012-10-09 | 2014-05-01 | Norichika Ogata | トランスクリプトームを用いた、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法 |
| WO2018074497A1 (ja) | 2016-10-19 | 2018-04-26 | 公立大学法人横浜市立大学 | 抗動脈硬化剤及び動脈硬化の病態判定方法 |
| JP2021528639A (ja) * | 2018-06-20 | 2021-10-21 | ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニーＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ | Ａａｖ治療の方法 |
Families Citing this family (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP6725798B2 (ja) * | 2016-11-15 | 2020-07-22 | 藤倉化成株式会社 | 動脈硬化の検出方法 |
| DE102018004759A1 (de) | 2017-06-16 | 2018-12-20 | Euroimmun Medizinische Labordiagnostika Ag | Diagnose einer Neuroautoimmunkrankheit |
| EP3652204A4 (en) * | 2017-07-13 | 2021-04-21 | Magarray, Inc. | QUANTIFICATION PROCEDURES FOR AUTOANTIBODIES |
| JP6944700B2 (ja) * | 2017-10-02 | 2021-10-06 | 学校法人 川崎学園 | 自己免疫異常の検査方法 |
| CN110412278A (zh) * | 2019-06-26 | 2019-11-05 | 四川大学华西医院 | Slc1a3自身抗体检测试剂在制备肺癌筛查试剂盒中的用途 |
| CN113721021B (zh) * | 2021-09-16 | 2023-07-07 | 郑州大学 | Prkcz自身抗体在食管鳞癌辅助诊断中的应用 |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008501636A (ja) * | 2004-04-15 | 2008-01-24 | アテラ バイオテクノロジーズ エービー | 新規組成物 |
| JP2009503529A (ja) * | 2005-08-02 | 2009-01-29 | エクスバイオテク インコーポレーティッド | ＩＬ−１α自己抗体を用いた血管障害の診断、処置、および予防 |
| JP2009544971A (ja) * | 2006-07-26 | 2009-12-17 | イノヴァ ダイアグノスティクス インコーポレイテッド | 急性アテローム硬化症候群を有する患者を診断するための組成物および方法 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2007199047A (ja) * | 2005-12-28 | 2007-08-09 | Cellfree Sciences Co Ltd | ビオチン化タンパク質の調製方法及び該タンパク質を用いた検出方法 |
| US20080254482A1 (en) * | 2006-11-22 | 2008-10-16 | Invitrogen Corporation | Autoimmune disease biomarkers |
-
2011
- 2011-11-16 JP JP2012544286A patent/JP5904553B2/ja active Active
- 2011-11-16 WO PCT/JP2011/076450 patent/WO2012067165A1/ja active Application Filing
- 2011-11-16 US US13/988,269 patent/US9310380B2/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2008501636A (ja) * | 2004-04-15 | 2008-01-24 | アテラ バイオテクノロジーズ エービー | 新規組成物 |
| JP2009503529A (ja) * | 2005-08-02 | 2009-01-29 | エクスバイオテク インコーポレーティッド | ＩＬ−１α自己抗体を用いた血管障害の診断、処置、および予防 |
| JP2009544971A (ja) * | 2006-07-26 | 2009-12-17 | イノヴァ ダイアグノスティクス インコーポレイテッド | 急性アテローム硬化症候群を有する患者を診断するための組成物および方法 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| BINDER,C.J. ET AL.: "The role of natural antibodies in atherogenesis", J.LIPID RES., vol. 46, no. 7, 2005, pages 1353 - 1363 * |
| MASATO NOSE ET AL.: "Nanchisei Kekkan'en ni Kansuru Chosa Kenkyu Musaibo Tanpakushitsu Goseikei ni yoru Jiko Kotai no Screening-ho to Kanben na ELISA-ho no Kakuritsu", NANCHISEI KEKKAN'EN NI KANSURU CHOSA KENKYU HEISEI 19 NENDO SOKATSU BUNTAN KENKYU HOKOKUSHO, 2008, pages 53 - 56 * |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014075995A (ja) * | 2012-10-09 | 2014-05-01 | Norichika Ogata | トランスクリプトームを用いた、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法 |
| WO2018074497A1 (ja) | 2016-10-19 | 2018-04-26 | 公立大学法人横浜市立大学 | 抗動脈硬化剤及び動脈硬化の病態判定方法 |
| JP2021528639A (ja) * | 2018-06-20 | 2021-10-21 | ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニーＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ | Ａａｖ治療の方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JPWO2012067165A1 (ja) | 2014-05-12 |
| US9310380B2 (en) | 2016-04-12 |
| JP5904553B2 (ja) | 2016-04-13 |
| US20130273579A1 (en) | 2013-10-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP5904553B2 (ja) | 自己免疫疾患に関与するタンパク質の解析方法及び該疾患の検査方法 | |
| Deutsch et al. | Advances and utility of the human plasma proteome | |
| Tsai et al. | Ultrasensitive antibody detection by agglutination-PCR (ADAP) | |
| Baird et al. | Age-dependent changes in the cerebrospinal fluid proteome by slow off-rate modified aptamer array | |
| KR20140084106A (ko) | 심혈관 위험 사건 예측 및 그것의 용도 | |
| Bruzelius et al. | PDGFB, a new candidate plasma biomarker for venous thromboembolism: results from the VEREMA affinity proteomics study | |
| US20050266467A1 (en) | Biomarkers for multiple sclerosis and methods of use thereof | |
| Tozzoli | Recent advances in diagnostic technologies and their impact in autoimmune diseases | |
| KR101338136B1 (ko) | 금 나노입자를 이용하여 신호 증폭도가 향상된, 표적 물질의 다중화 처리 분석법과 그 시스템 | |
| CN109738653B (zh) | 用于阿尔茨海默症的检测、诊断或风险预测的抗原蛋白组合以及包含其的试剂盒 | |
| Frohnert et al. | Predictive modeling of type 1 diabetes stages using disparate data sources | |
| Krasitskaya et al. | Bioluminescent aptamer-based sandwich-type assay of anti-myelin basic protein autoantibodies associated with multiple sclerosis | |
| Li et al. | Applications of protein microarrays in biomarker discovery for autoimmune diseases | |
| WO2015164616A1 (en) | Biomarkers for detection of tuberculosis | |
| Bodansky et al. | Autoantigen profiling reveals a shared post-COVID signature in fully recovered and long COVID patients | |
| Alghamdi et al. | Advances in the diagnosis of autoimmune diseases based on citrullinated peptides/proteins | |
| Ding et al. | Potential biomarkers identified by tandem mass tags based quantitative proteomics for diagnosis and classification of Guillain–Barré syndrome | |
| Poulsen et al. | Identification of potential autoantigens in anti-CCP-positive and anti-CCP-negative rheumatoid arthritis using citrulline-specific protein arrays | |
| Couch | Challenges associated with using extracellular vesicles as biomarkers in neurodegenerative disease | |
| WO2016123058A1 (en) | Biomarkers for detection of tuberculosis risk | |
| Magnusson et al. | RNA-sequencing and mass-spectrometry proteomic time-series analysis of T-cell differentiation identified multiple splice variants models that predicted validated protein biomarkers in inflammatory diseases | |
| WO2022271865A2 (en) | Protein biomarker indicators of neurological injury and/or disease and methods of use thereof | |
| Yin et al. | Proteome profiling of early gestational plasma reveals novel biomarkers of congenital heart disease | |
| Gaun et al. | Triple‐threat quantitative multiplexed plasma proteomics analysis on immune complex disease MRL‐lpr mice | |
| Mossotto et al. | Evidence of a genetically driven metabolomic signature in actively inflamed Crohn’s disease |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| 121 | Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application |
Ref document number: 11840952 Country of ref document: EP Kind code of ref document: A1 |
|
| ENP | Entry into the national phase |
Ref document number: 2012544286 Country of ref document: JP Kind code of ref document: A |
|
| NENP | Non-entry into the national phase |
Ref country code: DE |
|
| WWE | Wipo information: entry into national phase |
Ref document number: 13988269 Country of ref document: US |
|
| 122 | Ep: pct application non-entry in european phase |
Ref document number: 11840952 Country of ref document: EP Kind code of ref document: A1 |