WO2011105617A1 - 化学物質の活性度の予測方法 - Google Patents

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博久 永堀
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住友化学株式会社
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    • G16CCOMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
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    • G16C20/30Prediction of properties of chemical compounds, compositions or mixtures
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16CCOMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
    • G16C10/00Computational theoretical chemistry, i.e. ICT specially adapted for theoretical aspects of quantum chemistry, molecular mechanics, molecular dynamics or the like

Definitions

  • the present invention uses a method for predicting the activity of a chemical substance, more specifically, an index relating to the reactivity of a molecule calculated from the electron density and orbital energy level of a reactive molecular orbital possessed by a molecule constituting the chemical substance.
  • the present invention relates to a method for predicting the activity of chemical substances.
  • chemical substances for example, chemical substances that serve as substrates based on the reactivity of molecules that constitute the chemical substance that serves as a substrate, such as the structure of the receptor, the interaction between the receptor and the substrate, etc.
  • the molecule having the optimum activity or safety (or toxicity) is selected from the correlation with the influence of the molecule on the living body.
  • the chemical structure of the raw material such as the chemical structure of the molecules that make up the chemical substance that is the raw material, the interaction between the molecules that make up the multiple chemical substances that are the raw materials, etc.
  • the synthesis route of the target chemical substance is designed based on the reactivity of the molecules to be selected, and the synthesis route having an excellent yield or selectivity is selected.
  • the prediction results obtained using the prediction method based on the frontier orbital theory and the prediction results obtained using the prediction method comparing the magnitudes of the electron densities Since there are cases where they conflict, it is not easy to evaluate the reactivity of chemical substances in advance.
  • the prediction method comparing the magnitudes of electron densities does not consider stabilization due to delocalization of electrons in the transition state, so the reaction in which the transition state defines the reactivity of the molecule, The reactivity could not be predicted.
  • the present invention provides a method for predicting the activity of a new chemical substance using a molecular reactivity index calculated based on a quantum chemical calculation considering reactive molecular orbitals other than the frontier orbitals. . That is, the present invention 1.
  • ERMO reactive molecular orbital energy density
  • a method for predicting the activity of chemical substances The reference energy level determined according to the object whose activity is to be predicted is Es, and any atom in the molecule constituting the chemical substance is ⁇ , any molecular orbital of the molecule is i,
  • the orbital energy level of i that can be obtained by chemical calculation is Ei
  • the electron density in the atom ⁇ of i is Qi ⁇
  • i corresponds to a reactive molecular orbital described in any of the following: ⁇ i ⁇ (Ei ⁇ Es) * Qi ⁇
  • “*” means multiplication, Calculating the value of 2) a step of setting the calculated value as a reactive molecular orbital energy density (ERMO; Energy density of Reactive Molecular Orbital); 3)
  • the step of evaluating the activity of the chemical substance based on the set value or the result obtained by statistical analysis of the value includes evaluating the activity of the chemical substance according to the prediction target.
  • Prediction method (hereinafter also referred to as the present invention prediction method): ⁇ Existing reactive molecular orbitals> (1) a molecular orbital in which the molecular orbital is smaller than the reference energy level and in an orbital energy level equal to or higher than the lowest empty orbital energy level (ELUMO); and (2) the molecular orbital is the reference energy level.
  • a method for predicting the activity of a plurality of chemical substances including both of the following (A) and (B): Sometimes referred to as invention prediction method.): (A) The method for predicting the activity of at least one chemical substance is the prediction method according to the preceding item 2; and (B) the molecule that constitutes at least one chemical substance has the method for predicting the activity of at least one chemical substance.
  • As an arbitrary molecular orbital an orbital energy level equivalent to the reference energy level exists, and 0 (eV) is set as ERMO in that case, and the set value or the value is obtained by statistical analysis.
  • a prediction method including a step of evaluating the activity of the chemical substance according to the prediction target based on the result 4).
  • the evaluation step is (i) the difference between the set value and the control value, (ii) the discriminant determined in advance based on the correlation between the plurality of set values and the activity related to the prediction target; A discriminant score calculated by both of the target set value, or (iii) a regression equation determined in advance based on the correlation between a plurality of set values and the activity related to the prediction target; Either of the preceding items 2 or 3, wherein the activity is a step of evaluating the degree of activity of the chemical substance related to the prediction target based on either of the predicted values calculated by both the target set value and the target value.
  • the discriminant or the regression equation has the smallest value as the ERMO minimum value (ERMOmin) or the largest value as the ERMO maximum value (ERMOmax).
  • ERMOmin the ERMO minimum value or ERMO maximum value
  • ERMOmax the largest value as the ERMO maximum value
  • y a * x + b
  • “*” means multiplication
  • a and b constants set in advance using a chemical substance that is a standard depending on the target whose activity is predicted.
  • An arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a mono-substituted benzene compound, and the target of activity prediction is nitration orientation, 8.
  • the prediction method according to any one of the preceding items 2 to 3, wherein Etc. are provided.
  • the present invention can provide a method or the like that can predict the activity of a chemical substance even in a chemical substance having a complicated structure.
  • FIG. 1 shows Example 2 (example in which an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a phenolic compound, and a target whose activity is predicted is a radical scavenging effect)
  • the reference energy level is set to -9 eV
  • the reactive molecular orbital energy density (ERMO) of all carbon atoms on the aromatic ring is calculated. That is to the ERMO maximum value (ERMOmax), which was a vertical axis, is a diagram illustrating a result of evaluation of correlation radical scavenging effect (k 30 / k 3) as the horizontal axis.
  • FIG. 1 shows Example 2 (example in which an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a phenolic compound, and a target whose activity is predicted is a radical scavenging effect)
  • the reference energy level is set to -9 eV
  • Example 4 Any atom in the molecule constituting the chemical substance is a carbon atom at the ortho-position or para-position in biphenyl, and the object whose activity is predicted is “electrophilic substitution reaction of biphenyl”
  • the ortho / para-orientation in the electrophilic substitution reaction of biphenyl (compound U) in Example 3 that is, the ortho-substituted product produced in the electrophilic substitution reaction of biphenyl /
  • Reactive molecular orbital energy densities of the ortho-position and para-position carbon atoms on the aromatic ring (which may be referred to as ERMOortho and ERMOpara, respectively) are calculated.
  • the “target for predicting the activity of (a chemical substance)” means the physiological activity (specifically, for example, a molecule having a specific reactive site, etc.) that constitutes a chemical substance.
  • physiological activity specifically, for example, a molecule having a specific reactive site, etc.
  • it includes pharmacological activity, safety (or toxicity), etc.) and qualitative characteristics / scientific matters such as reaction progress due to chemical reaction.
  • toxicity include acute toxicity, eye irritation, skin irritation, sensitization, carcinogenicity, mutagenicity, reproductive toxicity, subacute toxicity, chronic toxicity and the like.
  • “Activity of (chemical substance)” refers to physiological activity (specifically, for example, pharmacological activity) of a molecule constituting the chemical substance (specifically, for example, a molecule having a specific reactive site). , Including safety (or toxicity), etc.) quantitative characteristics and scientific matters such as presence / absence or strength thereof, types of reaction products generated by chemical reaction, or production amounts thereof.
  • examples of the “molecule” include a molecule having a specific reactive site.
  • a molecule having a structure involved in a nucleophilic reaction, an electrophilic reaction or a radical reaction can be preferably exemplified.
  • atom arbitrary molecule constituting a chemical substance
  • examples of “atom (arbitrary molecule constituting a chemical substance)” include atoms that exist at a specific reactive site.
  • an atom actually involved in a nucleophilic reaction, an electrophilic reaction or a radical reaction can be preferably mentioned.
  • it is generated after reacting with a chemical substance having a reactive structure. Compared with substances, atoms and the like which are combined and changed before and after the reaction can be mentioned.
  • the prediction method of the present invention is a method for predicting the activity of a chemical substance
  • the reference energy level determined according to the object whose activity is to be predicted is Es, and any atom in the molecule constituting the chemical substance is ⁇ , any molecular orbital of the molecule is i,
  • the orbital energy level of i that can be obtained by chemical calculation is Ei
  • the electron density in the atom ⁇ of i is Qi ⁇
  • i corresponds to a reactive molecular orbital described in any of the following: ⁇ i ⁇ (Ei ⁇ Es) * Qi ⁇
  • “*” means multiplication, Calculating the value of 2) a step of setting the calculated value as a reactive molecular orbital energy density (ERMO; Energy density of Reactive Molecular Orbital); 3) It includes a step of evaluating the activity of the chemical substance related to the prediction target based on a set value or a result obtained by statistical analysis of the value.
  • the semi-empirical methods such as the empirical molecular orbital method and the AM1 Hamiltonian method are used.
  • the orbital energy levels of all molecular orbitals and all molecular orbitals are used. What is necessary is just to obtain
  • the results obtained by performing such quantum chemistry calculations ie, from the orbital energy level of the molecular orbital and the coefficient of the atomic orbital, the electron density, the lowest empty orbital energy level and the lowest empty orbital energy level (ELUMO)) and The highest occupied orbit and the highest occupied orbit energy level (EHOMO) can be calculated by using a normal method such as the following method.
  • a normal method such as the following method. For example, in order to obtain “orbital energy levels” (of molecular orbitals) and “coefficients of atomic orbitals”, the following formulas (A) to (C) are used to calculate the atomic orbitals of atoms constituting the molecular orbitals.
  • the coefficient of the ⁇ -th atomic orbital, “Ei”, indicates the orbital energy level in the i-th molecular orbital.
  • the AM1 Hamiltonian method may be used among the calculation methods installed in Hyperchem 8 (Hypercube Inc., FL, USA) which is a commercially available program. In this case, after entering the structure of the chemical substance into the commercially available program Hyperchem 8, first (1) optimize the three-dimensional structure, and (2) then the lowest empty orbit energy (ELUMO) and highest occupied orbit energy (EHOMO). What is necessary is just to calculate the molecular orbital energy level of all the included molecular orbitals and the coefficient of the atomic orbital of any atom in all the molecular orbitals.
  • ELUMO lowest empty orbit energy
  • EHOMO highest occupied orbit energy
  • the “orbital energy level” in the prediction method of the present invention refers to a molecular orbital (one-electron wave function that describes the spatial distribution of each electron in a molecule) that describes the state of individual electrons that make up the molecule that constitutes the chemical substance. As described above, it can be calculated by quantum chemical calculation.
  • Orbital energy level of molecular orbital (any molecule has)” (Ei) means an orbital energy level of any molecular orbital that a molecule comprising a chemical substance and containing an arbitrary atom ⁇ has. It is.
  • a reference energy level (determined according to an object whose activity is predicted) means an energy level at a boundary that separates a reactive molecular orbital from other molecular orbitals. Is.
  • the reference energy level is usually a value determined empirically or from the result of statistical analysis of experimental results, etc., and when the molecule to be reacted is determined, (1) In the nucleophilic reaction, the energy level can be set at a certain energy smaller than the highest occupied orbital energy level (EHOMO) of the molecule as the reaction partner. (2) In the electrophilic reaction, it can be determined at an energy level far away from the lowest unoccupied orbital energy level (ELUMO) of the molecule as the reaction partner by a certain energy.
  • EHOMO highest occupied orbital energy level
  • the reference energy level is set to ⁇ 2 eV.
  • Tentative reactive molecular orbital energy density was calculated for each of several molecules of known activity using the respective tentative reference energy levels, The correlation between activity and provisional reactive molecular orbital energy density is obtained.
  • the provisional reference energy showing the highest correlation value is selected as the optimum reference energy level and determined.
  • the “highest occupied orbit” in the prediction method of the present invention means a molecular orbital having the highest energy level among molecular orbitals occupied by electrons, and is generally called HOMO.
  • the “highest occupied orbital energy level” in the prediction method of the present invention means the orbital energy level of the highest occupied orbital and is generally called EHOMO.
  • EHOMO the orbital energy level of the highest occupied orbital
  • the AM1 Hamiltonian method among the calculation methods installed in Hyperchem 8 (Hypercube Inc., FL, USA), which is a commercially available program may be used.
  • the “lowest unoccupied orbit” in the prediction method of the present invention means a molecular orbital having the lowest energy level among molecular orbitals not occupied by electrons, and is generally also called LUMO.
  • the most probable density portion of LUMO is the reaction point of the electrophile.
  • the AM1 Hamiltonian method among the calculation methods installed in the commercially available program Hyperchem 8 (Hypercube Inc., FL, USA) may be used.
  • a ⁇ reactive molecular orbital '' is a molecular orbital in which a nucleophilic reaction may be involved in an electrophilic reaction, and is determined by comparing the orbital energy level calculated by quantum chemical calculation with the reference energy level. It is what is done.
  • a molecular orbital (any molecule has)” (i) is an arbitrary molecular orbital that a molecule constituting a chemical substance and containing an arbitrary atom ⁇ has.
  • EHOMO highest occupied orbital energy level
  • the molecular orbitals in The “electron density” in the prediction method of the present invention means the density of molecular orbitals (one-electron wave function describing the spatial distribution of each electron in a molecule) describing the states of individual electrons constituting the molecule. is there.
  • the electron density can be calculated from the coefficient (C) of atomic orbitals obtained by quantum chemical calculation.
  • the “electron density of the i in the atom ⁇ ” (Qi ⁇ ) in the prediction method of the present invention means the probability that a specific reactive molecular orbital (i) is distributed in the atom ⁇ .
  • the “electron density of the i in the atom ⁇ ” is defined as follows, where the atomic number of the atom ⁇ is ⁇ and C i ⁇ is the coefficient of the ⁇ -th atomic orbital in the i-th molecular orbital: 2 * (C i ⁇ ) 2
  • “*” means multiplication, It can be calculated by the calculation formula shown by
  • the “reactive molecular orbital energy density (ERMO)” in the prediction method of the present invention means an index related to the reactivity of the molecule at the atom ⁇ .
  • ERMO ERMO
  • i that is, an arbitrary molecular orbital of a molecule constituting a chemical substance
  • Qi ⁇ a reactive molecular orbital described in any of the following: ⁇ i ⁇ (Ei ⁇ Es) * Qi ⁇
  • “*” means multiplication, May be calculated.
  • (1) A molecular orbital in which the molecular orbital is smaller than the reference energy level and in an orbital energy level equal to or higher than the lowest empty orbital energy level (ELUMO), or (2) A molecular orbital in which the molecular orbital is higher than the reference energy level and in an orbital energy level equal to or lower than the highest occupied orbital energy level (EHOMO).
  • 0 eV
  • the chemical substance is calculated by evaluating the activity of the chemical substance related to the prediction target based on the set value (that is, ERMO) or the result obtained by statistical analysis of the value. Activity can be predicted.
  • a method for “evaluating the activity of a chemical substance related to the prediction target based on a set value (ie, ERMO) or a result obtained by statistical analysis of the value” For example, a method used in a normal structure-activity relationship can be used.
  • “Statistical analysis” in the prediction method of the present invention means that a plurality of data is numerically analyzed to estimate correlations such as magnitude, variance, probability, or causality of events.
  • the estimation may be performed using an analysis method such as analysis of variance, multivariate analysis.
  • multivariate analysis include regression analysis such as single regression analysis, multiple regression analysis, and logistic regression analysis, or discriminant analysis.
  • the “regression analysis” in the prediction method of the present invention is a statistical analysis technique using a regression equation that represents the relationship between a plurality of data of interest (independent variables) and a plurality of data to be described (dependent variables). is there.
  • the regression equation may be calculated using a least square method or the like.
  • the “discriminant analysis” in the prediction method of the present invention is a statistical analysis method using a discriminant for classifying a plurality of data into a plurality of categories.
  • the discriminant may be calculated using Mahalanobis distance or the like.
  • the evaluation step in the prediction method of the present invention for example, based on (i) the difference between the set value and the control value, and (ii) the correlation between the plurality of set values and the activity related to the prediction target, Based on the discriminant score calculated by both the determined discriminant and the target set value, or (iii) the correlation between the plurality of set values and the activity related to the prediction target, Any process may be used as long as it evaluates the activity of the chemical substance related to the prediction target based on either the determined regression equation or the predicted value calculated by the target set value.
  • the discriminant in (ii) above include, for example, the smallest value of the reactive molecular orbital energy density of the molecule as the ERMO minimum value (ERMOmin), and the ERMO minimum value as x.
  • Y a * x + b
  • “*” means multiplication
  • a and b represent constants set in advance using a chemical substance that is a standard depending on the target whose activity is predicted.
  • the linear function formula shown by can be mentioned. Based on the discriminant score (y) calculated by such a linear function equation, it is only necessary to determine the presence or absence of activity related to the prediction target of the chemical substance, and further, the level of activity is determined according to the magnitude of the difference. You may judge.
  • regression equation in (iii) above include, for example, the reactive molecular orbital energy density of the molecule having the highest value as the ERMO maximum value (ERMOmax), and the ERMO maximum value as x.
  • Y a * x + b
  • “*” means multiplication
  • a and b represent constants set in advance using a chemical substance that is a standard depending on the target whose activity is predicted.
  • the linear function formula shown by can also be mentioned. Based on the predicted value (y) calculated by such a linear function formula, it is only necessary to determine the presence or absence of the activity related to the prediction target of the chemical substance, and the level of activity according to the size of the predicted value Can be judged.
  • the reactivity of the chemical substance can be evaluated in advance in the design of the structure of the chemical substance and the design of the synthesis route, that is, the activity of the chemical substance can be predicted. It becomes possible.
  • the present invention prediction The method can be applied.
  • the reference energy level Es may be 0 (eV), for example.
  • the discriminant score (y) is positive. Evaluates that the chemical sensitization of the chemical substance is positive, and on the other hand, if the discrimination score (y) is negative, the chemical sensitization of the chemical substance may be evaluated as negative. .
  • the reference energy level Es may be set to ⁇ 9 (eV), for example.
  • the constant a in the linear function equation of the regression equation is 4 ⁇ 10 ⁇ 5
  • the constant b is 0.00273
  • the ERMO maximum value of the compound that predicts the activity is calculated.
  • a predicted value (y) may be calculated, and the calculated predicted value may be evaluated as an index of the radical scavenging effect.
  • an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a mono-substituted benzene compound, and the object whose activity is predicted is nitrated orientation
  • the prediction method of the present invention can be applied.
  • the reference energy level Es is set to, for example, -10.7 (eV), and it may be evaluated that the carbon atoms on the aromatic ring in the molecule have nitration orientation in descending order of ERMO.
  • an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom at the ortho-position or para-position in biphenyl, and the object whose activity is predicted is “electrophilic substitution of biphenyl”
  • the present invention prediction method can also be applied to the case of “ortho / para orientation in reaction”.
  • the prediction method of the present invention is applied to each of the plurality of chemical substances, and the evaluation results obtained individually are combined for comprehensive evaluation. It is also possible to efficiently predict the activities of a plurality of chemical substances by applying the prediction method 2 of the present invention. Furthermore, after constructing in advance a correlation equation based on the correlation between the activity of the chemical substance predicted by the prediction method of the present invention and the ERMO used for the prediction, molecules constituting the chemical substance to be newly predicted By substituting ERMO possessed by the above into the correlation equation, for example, the activity of the chemical substance can be predicted from the discrimination score calculated in this way. Specific embodiments of the present invention include the following embodiments of the present invention.
  • Example 1 (example in which an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is an aromatic halogenated carbon atom and the target whose activity is predicted is skin sensitization)
  • the discrimination score (y) is calculated. (1) When positive, the sensitization is evaluated as positive. (2) When negative, the sensitization is evaluated as negative.
  • the halogenated aromatic compound acts as an electrophile with a protein as a reaction partner, and halogen substitution occurs. Therefore, the reference energy is set to 0 eV, the reactive molecular orbital is 0 eV or less and the lowest free orbital energy level.
  • molecular orbitals at orbital energy levels higher than or equal to (ELUMO) ERMO in ELUMO and aromatic halogenated carbon has been obtained from quantum chemical calculations. The results are shown in Table 1 (ELUMO, ERMO, discriminant score (y), activity evaluation (sensitization) and sensitization (based on the reference literature) listed for each chemical substance).
  • Example 2 (an example in which an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a phenolic compound, and a target whose activity is predicted is a radical scavenging effect)
  • the reference energy level is set to -9 eV
  • the reactive molecular orbital energy density (ERMO) of all carbon atoms on the aromatic ring is calculated.
  • FIG. 1 shows the result of confirming the correlation by the least square method with the ERMO maximum value (ERMOmax) as the vertical axis and the radical scavenging effect (k 30 / k 3 ) as the horizontal axis.
  • FIG. 1 shows that a positive correlation is observed between the ERMO maximum value (ERMOmax) and the radical scavenging effect.
  • Example 3 (example in which an arbitrary atom in a molecule constituting a chemical substance is a carbon atom on an aromatic ring in a mono-substituted benzene compound, and the object whose activity is predicted is nitrated orientation) Reactive molecular orbital energies of ortho, meta, and para carbon atoms on the aromatic ring with the reference energy level of -10.7 eV at the positions where the following four types of monosubstituted benzene compounds are nitrated.
  • ERMO density
  • ERMO reactive molecular orbital energy density
  • ERMO was calculated
  • the results are shown in Table 3 (ERMO, activity evaluation (rank), and the ratio of substitution products based on the reference and the ranking of the orientation listed for each chemical substance).
  • ERMO reactive molecular orbital energy density
  • it calculated using AM1 Hamiltonian method using program Hyperchem8.
  • the ratio of the chemical substitution product described in Reference Document 5 below is also shown in Table 3.
  • Reference 5 I.I. Fleming, Introduction to Frontier Orbital Method, 1978, Kodansha Scientific Compound T: Anisole (CAS No. 100-66-3)
  • Compound U biphenyl (CAS No.
  • Example 4 (Any atom in the molecule constituting the chemical substance is a carbon atom at the ortho-position or para-position in biphenyl, and the object whose activity is predicted is “ortho / electrophilic substitution reaction of biphenyl / Example of “para-orientation”
  • the object whose activity is predicted is “ortho / electrophilic substitution reaction of biphenyl / Example of “para-orientation”
  • the reference energy levels were set to -11, -10.5, -10, and -9.5 eV, and the correlation was confirmed using this as the horizontal axis.
  • Biphenyl is an ortho-substituted product and / or a para-substituted product generated by an electrophile. Therefore, a molecule having a reactive molecular orbital at an orbital energy level higher than the reference energy and lower than the highest occupied orbital energy level (EHOMO). As an orbit, ERMO was obtained from quantum chemical calculations. The results are shown in FIG. The reactive molecular orbital energy density (ERMO) was calculated using the AM1 Hamiltonian method using the program Hyperchem8. As is clear from FIG. 2, when the reference energy is increased, the value of ERMOortho / ERMOpara decreases, and the activity of the carbon atom at the para position is predicted to be higher than the activity of the carbon atom at the ortho position. .
  • High reference energy indicates that there are few reactive orbitals and means that biphenyl is replaced using a less reactive electrophile. That is, it was predicted that the production rate of the para-substituted product would be increased by using a less reactive electrophile. It was confirmed that the prediction result completely coincided with the experimental result described in Reference Document 4 “when the electrophile is soft (the reactivity is low), the generation ratio of the para-substituted product is high”. .
  • the present invention selects a molecule having an optimal activity or safety (or toxicity), or selects a synthetic route having an excellent yield or selectivity in the field of synthetic chemistry. It is used when doing.

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Abstract

本発明は、活性度予測対象に応じた化学物質の構成分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度に基づき、化学物質の活性度を評価する工程を含む予測方法等を提供する。

Description

化学物質の活性度の予測方法
 本発明は、化学物質の活性度の予測方法、更に詳しくは、化学物質を構成する分子が有する反応性分子軌道の電子密度及び軌道エネルギー準位から算出した分子の反応性に係る指標を利用した、化学物質の活性度の予測方法等に関する。
 化学物質の開発においては、例えば、受容体の構造、受容体と基質との間の相互作用等のような、基質となる化学物質を構成する分子の反応性等に基づいて基質となる化学物質の構造の設計が行なわれ、前記分子が生体に及ぼす影響との相関から、最適な活性又は安全性(若しくは毒性)を有する分子が選択される。
 合成化学の分野においては、例えば、原料となる化学物質を構成する分子の化学構造、原料となる複数の化学物質を各々構成する分子間の相互作用等のような、原料となる化学物質を構成する分子の反応性等に基づいて目的とする化学物質の合成経路の設計が行なわれ、優れた収率又は選択性を有する合成経路が選択される。
 これら化学物質の構造の設計や合成経路の設計においては、化学物質の反応性を予め評価すること、即ち、化学物質の活性度を予測すること、は極めて重要であり、そのための優れた方法の開発が望まれている。
 従来、化学物質の活性度を予測するために、例えば、フロンティア理論に基づく予測方法、電子密度の大小を比較する予測方法等が併用されてきた(三訂 量子化学入門、米沢貞次郎、1983、化学同人株式会社;特開2004−12451)。
 しかしながら、複雑な構造を有する化学物質においては、フロンティア軌道理論に基づく予測方法を利用して得られた予測結果と、電子密度の大小を比較する予測方法を利用して得られた予測結果とが食い違う場合も存在することから、化学物質の反応性を予め評価することは容易ではなかった。
 具体的には例えば、電子密度の大小を比較する予測方法では、遷移状態の電子の非局在化による安定化を考慮していないため、遷移状態が分子の反応性を規定する反応については、前記反応性を予測できなかった。一方、フロンティア理論に基づく予測方法では、簡単な構造を有する化学物質、即ち、モデル分子においては、最もエネルギーの低い空軌道(LUMO)が求電子反応に関与し、その空軌道の分布が分子の反応性を規定することを明らかにし、遷移状態が分子の反応性を規定する反応については、当該反応性を予測できたが、しかしながら、実際の複雑な構造を有する化学物質においては、最もエネルギーの低い空軌道が求電子反応に関与しない原子に分布し、次にエネルギーの低い空軌道や更にその次にエネルギーの低い空軌道が分子の反応性に関与する場合が存在しており、反応性分子軌道がフロンティア軌道以外にも存在する場合の反応においては、前記反応性を予測するには限界があった。
 本発明は、フロンティア軌道以外の反応性分子軌道をも考慮した量子化学計算に基づき算出された分子の反応性の指標を利用した新たな化学物質の活性度の予測方法等を提供するものである。
 即ち、本発明は、
1.活性度を予測する対象に応じた、化学物質を構成する分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程を含むことを特徴とする予測方法;
2.化学物質の活性度の予測方法であり、
活性度を予測する対象に応じて定める基準エネルギー準位をEsとし、及び、化学物質を構成する分子内の任意の原子をα、前記分子が有する任意の分子軌道をiとし、更にまた、量子化学計算にて取得できるiの軌道エネルギー準位をEiとし、及び、前記iの前記原子αにおける電子密度をQiμとするとき、
1)前記iが、以下のいずれかに記載される反応性分子軌道に相当する場合、
Σi{(Ei−Es)*Qiμ}
ここで、「*」は乗算を意味する、
の値を算出する工程、
2)算出された値を反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)として設定する工程、及び、
3)設定された値又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程
を含むことを特徴とする、前記化学物質の活性度の予測方法(以下、本発明予測方法と記すこともある。):
<存在する反応性分子軌道>
(1)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道;及び
(2)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道;
3.複数の化学物質の活性度の予測方法であり、下記(A)と下記(B)との両者を含むことを特徴とする、前記複数化学物質の活性度の予測方法(以下、第2の本発明予測方法と記すこともある。):
(A)少なくとも一つの化学物質の活性度の予測方法が前項2記載の予測方法;及び
(B)少なくとも一つの化学物質の活性度の予測方法が、少なくとも一つの化学物質を構成する分子が有する任意の分子軌道として、基準エネルギー準位と同等な軌道エネルギー準位が存在し、且つ、その場合におけるERMOとして0(eV)を設定し、設定された値又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程を含む予測方法;
4.評価工程が、(i)設定された値と対照値との差異、(ii)複数の設定された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された判別式と、目的の設定された値との両者により算出される判別得点、又は、(iii)複数の設定された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された回帰式と、目的の設定された値との両者により算出される予測値のいずれかに基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程であることを特徴とする、前項2又は3のいずれか記載の予測方法;
5.前記判別式又は前記回帰式が、前記分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度のうち、最も小さい値となるものをERMO最小値(ERMOmin)若しくは最も大きい値となるものをERMO最大値(ERMOmax)として、当該ERMO最小値若しくはERMO最大値をxとする式:
y=a*x+b
式中、「*」は乗算を意味し、a及びbは、活性度を予測する対象に応じて標準となる化学物質を用いて予め設定された定数を表す、
で示される一次関数式であることを特徴とする、前項4記載の予測方法;
6.化学物質を構成する分子内の任意の原子が芳香族ハロゲン化炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が皮膚感作性であることを特徴とする、前項2乃至5のいずれか記載の予測方法;
7.化学物質を構成する分子内の任意の原子がフェノール系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がラジカル捕捉効果であることを特徴とする、前項2乃至5のいずれか記載の予測方法;
8.化学物質を構成する分子内の任意の原子が一置換ベンゼン系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がニトロ化配向性であることを特徴とする、前項2乃至3のいずれか記載の予測方法;および
9.化学物質を構成する分子内の任意の原子がビフェニル中のオルト位又はパラ位の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が「ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ配向性」であることを特徴とする、前項2乃至3のいずれか記載の予測方法;
等を提供するものである。
 本発明は、複雑な構造を有する化学物質においても、化学物質の活性度を予測することが可能となる方法等を提供可能とする。
 図1は、実施例2(化学物質を構成する分子内の任意の原子がフェノール系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がラジカル捕捉効果である事例)において、11種類のフェノール系化合物について、基準エネルギー準位を−9eVとして、芳香環上の全ての炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)を算出し、その値のうち、最も大きい値となるものをERMO最大値(ERMOmax)とし、これを縦軸とし、ラジカル捕捉効果(k30/k)を横軸として相関性を確認した結果を示す図である。
 図2は、実施例4(化学物質を構成する分子内の任意の原子がビフェニル中のオルト位又はパラ位の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が「ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ配向性」である事例)において、実施例3におけるビフェニル(化合物U)の求電子置換反応でのオルト/パラ配向性(即ち、ビフェニルの求電子置換反応で生じるオルト置換体/パラ置換体の生成比率)を評価するために、(1)芳香環上のオルト位及びパラ位の炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(それぞれ、ERMOortho、ERMOparaと記すこともある。)を算出した後、更にERMOortho/ERMOparaを算出し、これを縦軸とし、一方、(2)ビフェニル(化合物U)について、基準エネルギー準位を−11、−10.5、−10、−9.5eVとして、これを横軸として相関性を確認した結果を示す図である。
 以下に本発明を詳細に説明する。
 本発明において「(化学物質の)活性度を予測する対象」とは、化学物質を構成する分子(具体的には例えば、特定の反応性部位を有するような分子等)の生理学的活性(具体的には例えば、薬理活性、安全性(又は毒性)等を含む。)や、化学反応による反応進行性等の定性的な特徴・科学的事項を意味するものである。尚、ここで「毒性」としては、例えば、急性毒性、眼刺激性、皮膚刺激性、感作性、発癌性、変異原性、生殖毒性、亜急性毒性、慢性毒性等を挙げることができる。
 「(化学物質)の活性度」としては、化学物質を構成する分子(具体的には例えば、特定の反応性部位を有するような分子等)の生理学的活性(具体的には例えば、薬理活性、安全性(又は毒性)等を含む。)の有無若しくはそれらの強度や、化学反応によって生じる反応生成物の種類若しくはそれらの生成量等の定量的な特徴・科学的事項を挙げることができる。
 本発明において「(化学物質を構成する)分子」としては、例えば、特定の反応性部位を有するような分子等を挙げることができる。このような分子としては、求核反応、求電子反応又はラジカル反応に関与する構造を持つ分子等を好ましく挙げることができ、具体的には例えば、α,β−不飽和ケトン、ハロゲン化芳香環、アルデヒド等を有する分子等が挙げられる。
 「(化学物質を構成する分子内の任意の)原子」としては、例えば、特定の反応性部位に存在するような原子等を挙げることができる。このような原子としては、求核反応、求電子反応又はラジカル反応に実際に関与する原子等を好ましく挙げることができ、具体的には、反応性を有する構造を持つ化学物質と反応後の生成物とを比較して、反応前後で結合し変化する原子等が挙げられる。
 本発明予測方法は、化学物質の活性度の予測方法であり、
活性度を予測する対象に応じて定める基準エネルギー準位をEsとし、及び、化学物質を構成する分子内の任意の原子をα、前記分子が有する任意の分子軌道をiとし、更にまた、量子化学計算にて取得できるiの軌道エネルギー準位をEiとし、及び、前記iの前記原子αにおける電子密度をQiμとするとき、
1)前記iが、以下のいずれかに記載される反応性分子軌道に相当する場合、
Σi{(Ei−Es)*Qiμ}
ここで、「*」は乗算を意味する、
の値を算出する工程、
2)算出された値を反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)として設定する工程、及び、
3)設定された値又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程
を含むことを特徴とする。
<存在する反応性分子軌道>
(1)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道
(2)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道
 本発明において「量子化学計算」とは、化学物質を構成する分子内の各電子の空間分布を記述するシュレーディンガー方程式を、一電子近似を用いて解いて、全ての分子軌道の軌道エネルギー準位及び原子軌道の係数を求めることを意味しており、例えば、経験的分子軌道法、AM1ハミルトニアン法等のような半経験的分子軌道法、第一原理分子軌道計算法等の通常の方法を用いて、全ての分子軌道の軌道エネルギー準位及び全ての分子軌道における任意の原子の原子軌道の係数を求めればよい。
 このような量子化学計算を行うことにより求められた結果(即ち、分子軌道の軌道エネルギー準位及び原子軌道の係数から、更に、電子密度、最低空軌道及び最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)並びに最高占有軌道と最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)を、下記のような方法等の通常の方法を用いて、算出することができる。
 例えば、「(分子軌道の)軌道エネルギー準位」及び「原子軌道の係数」を求めるには、下記の(A)~(C)で示された式を、分子軌道を構成する原子の原子軌道関数χμの一次結合でLCAO近似した式を量子化学計算によって解く方法を用いればよい。
(A):Ψ=ΨΨ・・・Ψ
(B):HΨ=EΨ
(C):Ψ=ΣμCiμχμ
ここで、式中の「Ψ」は波動関数、「Ψi」は分子軌道関数であり、「Hi」は分子軌道Ψiに対するハミルトン関数、χμは原子軌道関数、Ciμはi番目の分子軌道におけるμ番目の原子軌道の係数、「Ei」はi番目の分子軌道における軌道エネルギー準位を示している。
 上記近似式を量子化学計算によって解くには、市販のプログラムであるHyperchem8(Hypercube Inc.,FL,USA)に搭載されている計算法のうちAM1ハミルトニアン法により計算すればよい。この場合、市販のプログラムHyperchem8に、化学物質の構造を入力した後、まず(1)三次元構造を最適化し、(2)次いで、最低空軌道エネルギー(ELUMO)及び最高占有軌道エネルギー(EHOMO)を含めた全ての分子軌道の分子軌道エネルギー準位及び全ての分子軌道における任意の原子の原子軌道の係数を算出すればよい。
 本発明予測方法における「軌道エネルギー準位」とは、化学物質を構成する分子を構成する個々の電子の状態を記述する分子軌道(分子内の各電子の空間分布を記述する一電子波動関数)のエネルギーの値を意味するものであり、前記の通り、量子化学計算によって算出することができる。「(分子が有する任意の)分子軌道の軌道エネルギー準位」(Ei)とは、化学物質を構成し且つ任意の原子αを含む分子が有する任意の分子軌道の軌道エネルギー準位を意味するものである。
 本発明予測方法における「(活性度を予測する対象に応じて定める)基準エネルギー準位」(Es)とは、反応性分子軌道とそれ以外の分子軌道とを分ける境界のエネルギー準位を意味するものである。基準エネルギー準位は、通常、経験的に又は実験結果を統計解析した結果等から定められる値であり、反応相手となる分子が定まる場合には、
(1)求核反応においては、反応相手となる分子の最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)から一定のエネルギーだけ小さく離れたエネルギー準位に定めることができる。
(2)求電子反応においては、反応相手となる分子の最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)から一定のエネルギーだけ大きく離れたエネルギー準位に定めることができる。
 尚、反応相手となる分子が定まらない場合や、前記の一定のエネルギーを最適化したい場合には、まず、いくつかの仮の基準エネルギー準位を設定した(例えば、基準エネルギー準位を−2eVから0.1eV刻みに設定した)後、活性度が判明しているいくつかの分子について、それぞれの仮の基準エネルギー準位を用いて仮の反応性分子軌道エネルギー密度を算出し、次いで、前記活性度と仮の反応性分子軌道エネルギー密度との相関性を求める。求められた相関性が最も高い値を示す仮の基準エネルギーを、最適な基準エネルギー準位として選択し、これに定めればよい。
 本発明予測方法における「最高占有軌道」とは、電子によって占有されている分子軌道のうち最もエネルギー準位の高い分子軌道を意味するものであり、一般的にはHOMOとも呼ばれるものである。フロンティア軌道理論では、HOMOの最も確率密度の高い部分が求核剤の反応点となると言われている。
 本発明予測方法における「最高占有軌道エネルギー準位」とは、最高占有軌道の軌道エネルギー準位を意味するものであり、一般的にはEHOMOとも呼ばれるものである。EHOMOを求めるには、前述の如く、例えば、市販のプログラムであるHyperchem8(Hypercube Inc.,FL,USA)に搭載されている計算法のうちAM1ハミルトニアン法により計算すればよい。
 本発明予測方法における「最低空軌道」とは、電子によって占有されていない分子軌道のうち最もエネルギー準位の低い分子軌道を意味するものであり、一般的にはLUMOとも呼ばれるものである。フロンティア軌道理論では、LUMOの最も確率密度の高い部分が求電子剤の反応点となると言われている。ELUMOを求めるには、前述の如く、例えば、市販のプログラムであるHyperchem8(Hypercube Inc.,FL,USA)に搭載されている計算法のうちAM1ハミルトニアン法により計算すればよい
 本発明予測方法における「反応性分子軌道」とは、求核反応は求電子反応に関与する可能性を有する分子軌道であり、量子化学計算によって算出された軌道エネルギー準位と基準エネルギー準位とを比較することにより決定されるものである。これは、前述の如く、「(分子が有する任意の)分子軌道」(i)とは、化学物質を構成し且つ任意の原子αを含む分子が有する任意の分子軌道のうち、
(1)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道、又は、
(2)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道
のいずれかに相当するような、特定の反応性分子軌道を意味するものである。
 反応性分子軌道を求める場合において、
(1)求核反応性の反応性分子軌道を求める場合には、前記特定の反応性分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道とすればよく、一方、
(2)求電子反応性の反応性分子軌道を求める場合には、前記特定の反応性分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道とすればよい。
 本発明予測方法における「電子密度」とは、分子を構成する個々の電子の状態を記述する分子軌道(分子内の各電子の空間分布を記述する一電子波動関数)の密度を意味するものである。分子軌道上に電子が存在しない場合には、軌道密度と呼ばれることもある。電子密度は、量子化学計算によって求められた原子軌道の係数(C)から算出することができる。
 本発明予測方法における「前記iの前記原子αにおける電子密度」(Qiμ)とは、特定の反応性分子軌道(i)が原子αに分布する確率を意味するものである。具体的に「前記iの前記原子αにおける電子密度」は、原子αの原子番号をμとして、Ciμをi番目の分子軌道におけるμ番目の原子軌道の係数とすると、
2*(Ciμ
ここで、「*」は乗算を意味する、
で示される計算式によって計算することができる。
 本発明予測方法における「反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)」とは、原子αにおける分子の反応性に係る指標を意味するものである。
 当該値(ERMO)は、前述の如く、前記i(即ち、(化学物質を構成する分子が有する任意の)分子軌道)が、以下のいずれかに記載される反応性分子軌道に相当する場合、
Σi{(Ei−Es)*Qiμ}
ここで、「*」は乗算を意味する、
の値を算出すればよい。
(1)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道、又は、
(2)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道
 但し、化学物質を構成する分子が有する任意の分子軌道として、反応性分子軌道が存在しない場合には、ERMOとして0(eV)を設定すればよい。
 このようにして算出して、設定された値(即ち、ERMO)又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価することにより、化学物質の活性度を予測することができる。
 本発明予測方法では、「設定された値(即ち、ERMO)又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する」ための手法としては、例えば、通常の構造活性相関で用いられる手法等を用いることができる。
 本発明予測方法における「統計解析」とは、複数のデータを数値解析して、事象の大小、分散、確率若しくは因果関係等の相関性を推定することを意味しており、例えば、検定・推定、分散分析、多変量解析等の解析手法を用いて推定すればよい。尚、多変量解析としては、例えば、単回帰分析、重回帰分析、ロジスティック回帰分析等の回帰分析又は判別分析等を挙げることができる。
 本発明予測方法における「回帰分析」とは、注目している複数のデータ(独立変数)と説明したい複数のデータ(従属変数)との間での関係を表す回帰式を用いた統計解析手法である。例えば、最小二乗法等を用いて、回帰式を算出すればよい。
本発明予測方法における「判別分析」とは、複数のデータを複数のカテゴリーに分類するための判別式を用いた統計解析手法である。例えば、マハラノビスの距離等を用いて、判別式を算出すればよい。
 本発明予測方法における評価工程では、例えば、(i)設定された値と対照値との差異、(ii)複数の設定された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された判別式と、目的の設定された値との両者により算出される判別得点、又は、(iii)複数の設定された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された回帰式と、目的の設定された値との両者により算出される予測値のいずれかに基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程であればよい。
 上記(ii)における判別式としては、具体的には例えば、前記分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度のうち、最も小さい値となるものをERMO最小値(ERMOmin)として、当該ERMO最小値をxとする式
y=a*x+b
式中、「*」は乗算を意味し、a及びbは、活性度を予測する対象に応じて標準となる化学物質を用いて予め設定された定数を表す、
で示される一次関数式を挙げることができる。このような一次関数式により算出される判別得点(y)に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性の存在有無を判断すればよく、更に当該差異の大きさに応じて活性度のレベルを判断してもよい。
 上記(iii)における回帰式としては、具体的には例えば、前記分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度のうち、最も大きい値となるものをERMO最大値(ERMOmax)として、当該ERMO最大値をxとする式
y=a*x+b
式中、「*」は乗算を意味し、a及びbは、活性度を予測する対象に応じて標準となる化学物質を用いて予め設定された定数を表す、
で示される一次関数式も挙げることができる。このような一次関数式により算出される予測値(y)に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性の存在有無を判断すればよく、更に当該予測値の大きさに応じて活性度のレベルを判断すればよい。
 このような判断結果により、本発明予測方法では、化学物質の構造の設計や合成経路の設計においては、化学物質の反応性を予め評価すること、即ち、化学物質の活性度を予測することが可能となる。
 具体的な例としては、化学物質を構成する分子内の任意の原子が芳香族ハロゲン化炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が皮膚感作性である場合には、本発明予測方法を適用することができる。その場合の基準エネルギー準位Esは、例えば、0(eV)とすればよい。
 そして、本発明予測方法での評価工程において、前記判別式の一次関数式における定数aが−5.2であり、定数bが−4.5であり、判別得点(y)が正の場合には、前記化学物質の皮膚感作性が陽性であると評価し、一方、前記判別得点(y)が負の場合には、前記化学物質の皮膚感作性が陰性であると評価すればよい。
 他の具体的な例としては、化学物質を構成する分子内の任意の原子がフェノール系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がラジカル捕捉効果である場合には、本発明予測方法を適用することができる。その場合の基準エネルギー準位Esは、例えば、基準エネルギー準位Esが−9(eV)にすればよい。
 そして、本発明予測方法での評価工程において、前記回帰式の一次関数式における定数aが4×10−5であり、定数bが0.00273として、活性度を予測する化合物のERMO最大値から予測値(y)を算出し、算出された予測値をラジカル捕捉効果の指標として評価すればよい。
 他の具体的な例としては、化学物質を構成する分子内の任意の原子が一置換ベンゼン系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がニトロ化配向性である場合には、本発明予測方法を適用することができる。その場合の基準エネルギー準位Esは、例えば、−10.7(eV)にし、分子内の芳香環上の炭素原子のうち、ERMOの大きい順にニトロ化配向性があると評価すればよい。
 他の具体的な例としては、化学物質を構成する分子内の任意の原子がビフェニル中のオルト位又はパラ位の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が「ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ配向性」である場合にも、本発明予測方法を適用することができる。
 活性度を予測したい化学物質が複数存在する場合には、本発明予測方法を複数の化学物質の個々に適用し、個々に得られた評価結果を組み合わせて総合的に評価したり、また、第2の本発明予測方法を適用したりすることで複数の化学物質の活性度を効率良く予測することも可能となる。
 更に、本発明予測方法により予測された化学物質の活性度と当該予測に用いられたERMOとの両者の相関関係に基づいた相関式を予め構築した後、新たに予測したい化学物質を構成する分子が有するERMOを当該相関式に代入することにより、例えば、このようにして算出された判別得点から、化学物質の活性度を予測することもできる。
 本発明の具体的な適用・応用例としては、下記のような本発明の実施態様を挙げることができる。
実施例1(化学物質を構成する分子内の任意の原子が芳香族ハロゲン化炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が皮膚感作性である事例)
 芳香族ハロゲン化炭素を有する下記の8種類の化学物質(即ち、ハロゲン化芳香族系化合物)について、最低空軌道エネルギー(ELUMO)、基準エネルギー準位を0eVとして反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)の値、ERMOの最小値(ERMOmin)をマハラノビスの距離から算出した判別式:
y=−5.2×ERMOmin−4.5
に代入することにより、判別得点(y)を算出し、(1)正の場合には、感作性を陽性として評価し、(2)負の場合には、感作性を陰性として評価することにより、感作性に係る活性度を評価した。尚、ハロゲン化芳香族系化合物はタンパク質を反応相手とする求電子試薬として働き、ハロゲンの置換が起きるので、基準エネルギーを0eVにして、反応性分子軌道を前記の0eV以下且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道として、ELUMO及び芳香族ハロゲン化炭素におけるERMOを量子化学計算から求めていた。
 結果を表1(ELUMO、ERMO、判別得点(y)、活性度評価(感作性)及び感作性(参考文献記載に基づくもの)を前記化学物質毎に列挙したもの)に示す。尚、上記の最低空軌道エネルギー(ELUMO)及び反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)については、プログラムHyperchem8を用いてAM1ハミルトニアン法を用いて算出した。前記化学物質の感作性の有無については、下記の参考文献1、2及び3に記載されたものを表1に併記している。
参考文献1:Patlewicz G.et al.Chem.Res.Toxicol.21,521,2008
参考文献2:Roberts D.W.Chem.Res.Toxicol.8,545,1995
参考文献3:Tomlin C.D.S.The Pesticide Manual(Eleventh Edition),British Crop Protection Council,UK,1997
化合物A:1−chloro−2,4−dinitrobenzene(CAS No.97−00−7)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000001
化合物B:2,4,6−trichloro−1,3,5−triazine(CAS No.108−77−0)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000002
化合物C:1,5−Dichloro−2,4−dinitrobenzene(CAS No.3698−83−7)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000003
化合物D:2,4,6−Trinitrochlorobenzene(CAS No.88−88−0)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000004
化合物E:4−chloronitrobenzene(CAS No.100−00−5)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000005
化合物F:brodifacoum(CAS No.56073−10−0)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000006
化合物G:chlorsulfuron(CAS No.64902−72−3)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000007
化合物H:sulcofuron−sodium(CAS No.3567−25−7)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000008
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
 表1から明らかなように、判別得点(y)が正の場合には、感作性が陽性であり、負においては陰性であることが示された。よって、本発明予測方法により予測された感作性に係る活性度評価は、前記参考文献に記載されたものと完全一致することが確認された。
 以上、本発明により、化学物質の活性度を予測可能になることが確認された。
実施例2(化学物質を構成する分子内の任意の原子がフェノール系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がラジカル捕捉効果である事例)
 下記の11種類のフェノール系化合物について、基準エネルギー準位を−9eVとして、芳香環上の全ての炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)を算出し、その値のうち、最も大きい値となるものをERMO最大値(ERMOmax)とし、これを縦軸とし、ラジカル捕捉効果(k30/k)を横軸として最小二乗法により相関性を確認した結果を図1に示す。
 尚、上記の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)については、プログラムHyperchem8を用いてAM1ハミルトニアン法を用いて算出した。各種フェノールのラジカル捕捉効果(k30/k)については、下記の参考文献4に記載されたものを用いた。
参考文献4:松崎啓、大澤善次郎訳、自動酸化(化学的機構と応用)、丸善、p159、1972
化合物I:フェノール(CAS No.108−95−2)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000010
化合物J:p−クレゾール(CAS No.106−44−5)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000011
化合物K:p−t−ブチルフェノール
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000012
化合物L:m−クレゾール(CAS No.108−39−4)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000013
化合物M:o−クレゾール(CAS No.95−48−7)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000014
化合物N:2,4−ジメチルフェノール(CAS No.105−67−9)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000015
化合物O:メシトール(CAS No.527−60−6)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000016
化合物P:ジブチルヒドロキシトルエン(CAS No.128−37−0)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000017
化合物Q:α−ナフトール(CAS No.90−15−3)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000018
化合物R:β−ナフトール(CAS No.135−19−3)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000019
化合物S:1−フェナントロール(CAS No.2433−56−9)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000020
 図1により、ERMO最大値(ERMOmax)とラジカル捕捉効果との間には、正の相関性が認められることが示された。このようにして、回帰式
y=4×10−5x+0.0273(定数a=4×10−5、定数b=0.0273)を得た。当該回帰式と、目的の設定された値との両者により算出される予測値より、ラジカル捕捉効果を正確に予測することが可能と考えられ、例えば、酸化防止剤の開発に有用であると考えられる。
実施例3(化学物質を構成する分子内の任意の原子が一置換ベンゼン系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がニトロ化配向性である事例)
 下記の4種類の一置換ベンゼン系化合物がニトロ化される位置について、基準エネルギー準位を−10.7eVとして、芳香環上のオルト位、メタ位及びパラ位の炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)の値を算出し、オルト位、メタ位及びパラ位の炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)を算出し、その値のうち、最も大きい値となるものを最もニトロ化配向性が高いもの(尚、これを対照値とすることもできる。)として、また当該値の大きい順にニトロ化が起き易い(活性度が高い)と評価した。
 一置換ベンゼン系化合物は、求電子試薬(NO )によって、ニトロベンゼン系誘導体に変換するため、基準エネルギーを−10.7eVにして、反応性分子軌道を前記の−10.7eV以上且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道として、ERMOを量子化学計算から求めた。
 結果を表3(ERMO、活性度評価(順位)及び参考文献に基づく置換体の生成比率及び配向性の順位を前記化学物質毎に列挙したもの)に示した。
 尚、上記の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)については、プログラムHyperchem8を用いてAM1ハミルトニアン法を用いて算出した。前記化学物質の置換体の生成比率については、下記の参考文献5に記載されたものを表3に併記している。
参考文献5:I.フレミング、フロンティア軌道法入門、1978、講談社サイエンティフィック
化合物T:アニソール(CAS No.100−66−3)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000021
化合物U:ビフェニル(CAS No.92−52−4)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000022
化合物V:安息香エチル(CAS No.93−89−0)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000023
化合物W:ニトロベンゼン(CAS No.98−95−3)
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000024
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000025
 表2から明らかなように、ERMOから評価された配向性の順位は、参考文献5に記載された「置換体の生成比率(配向性の順位)」と完全一致することが確認された。
 以上、本発明により、一置換ベンゼン系化合物における置換位置を正確に予測できることが確認された。
実施例4(化学物質を構成する分子内の任意の原子がビフェニル中のオルト位又はパラ位の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が「ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ配向性」である事例)
 実施例3におけるビフェニル(化合物U)の求電子置換反応でのオルト/パラ配向性(即ち、ビフェニルの求電子置換反応で生じるオルト置換体/パラ置換体の生成比率)を評価するために、(1)芳香環上のオルト位及びパラ位の炭素原子の反応性分子軌道エネルギー密度(それぞれ、ERMOortho、ERMOparaと記すこともある。)を算出した後、更にERMOortho/ERMOparaを算出し、これを縦軸とし、一方、(2)ビフェニル(化合物U)について、基準エネルギー準位を−11、−10.5、−10、−9.5eVとして、これを横軸として相関性を確認した。
 ビフェニルは求電子試薬によって、オルト置換体及び/又はパラ置換体が生成するため、反応性分子軌道を前記の基準エネルギー以上且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道として、ERMOを量子化学計算から求めた。
 結果を図2に示す。上記の反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)については、プログラムHyperchem8を用いてAM1ハミルトニアン法を用いて算出した。
 図2から明らかなように、基準エネルギーを増加させると、ERMOortho/ERMOparaの数値が低下し、パラ位の炭素原子の活性度の方がオルト位の炭素原子の活性度よりも高くなると予測された。基準エネルギーが高いということは、反応性軌道が少ないことを示し、より反応性の低い求電子試薬を用いてビフェニルを置換することを意味する。即ち、より反応性の低い求電子試薬を用いることにより、パラ位置換体の生成比率が高くなると予測された。当該予測結果は、参考文献4に記載された「求電子試薬が軟らかい(反応性が低い)場合には、パラ位置換体の生成比率が高くなる」という実験結果と完全一致することが確認された。
 以上、本発明予測方法により、ビフェニルの求電子置換反応において、用いられる求電子試薬の反応性に応じた、反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO)に基づき、ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ生成比率を評価し、当該反応でのオルト/パラ配向性を予測できることが確認された。
 本発明は、化学物質の開発においては、最適な活性又は安全性(若しくは毒性)を有する分子を選択する際や、合成化学の分野においては、優れた収率又は選択性を有する合成経路を選択する際等に利用される。

Claims (9)

  1. 化学物質の活性度の予測方法であり、
    活性度を予測する対象に応じた、化学物質を構成する分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程を含むことを特徴とする予測方法。
  2. 化学物質の活性度の予測方法であり、
    活性度を予測する対象に応じて定める基準エネルギー準位をEsとし、及び、化学物質を構成する分子内の任意の原子をα、前記分子が有する任意の分子軌道をiとし、更にまた、量子化学計算にて取得できるiの軌道エネルギー準位をEiとし、及び、前記iの前記原子αにおける電子密度をQiμとするとき、
    1)前記iが、以下のいずれかに記載される反応性分子軌道に相当する場合、
    Σi{(Ei−Es)*Qiμ}
    ここで、「*」は乗算を意味する、
    の値を算出する工程、
    2)算出された値を反応性分子軌道エネルギー密度(ERMO;Energy density of Reactive Molecular Orbital)として設定する工程、及び、
    3)設定された値又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程
    を含むことを特徴とする、前記化学物質の活性度の予測方法:
    <存在する反応性分子軌道>
    (1)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より小さく且つ最低空軌道エネルギー準位(ELUMO)以上の軌道エネルギー準位にある分子軌道;及び
    (2)前記分子軌道が、前記基準エネルギー準位より大きく且つ最高占有軌道エネルギー準位(EHOMO)以下の軌道エネルギー準位にある分子軌道。
  3. 複数の化学物質の活性度の予測方法であり、下記(A)と下記(B)との両者を含むことを特徴とする、前記複数化学物質の活性度の予測方法:
    (A)少なくとも一つの化学物質の活性度の予測方法が請求項2記載の予測方法;及び
    (B)少なくとも一つの化学物質の活性度の予測方法が、少なくとも一つの化学物質を構成する分子が有する任意の分子軌道として、基準エネルギー準位と同等な軌道エネルギー準位が存在し、且つ、その場合におけるERMOとして0(eV)を設定し、設定された値又は当該値を統計解析して得られた結果に基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程を含む予測方法。
  4. 評価工程が、(i)設定された値と対照値との差異、又は、(ii)複数の設定された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された判別式と、目的の設定された値との両者により算出される判別得点、又は、(iii)複数の設置された値と前記予測対象に係る活性度との相関性に基づき、予め決定された回帰式と、目的の設定された値との両者により算出される予測値のいずれかに基づき、化学物質の前記予測対象に係る活性度を評価する工程であることを特徴とする、請求項2又は3のいずれか記載の予測方法。
  5. 前記判別式又は前記回帰式が、前記分子が有する反応性分子軌道エネルギー密度のうち、最も小さい値となるものをERMO最小値(ERMOmin)若しくは最も大きい値となるものを、ERMO最小値(ERMOmin)若しくはERMO最大値(ERMOmax)として、当該ERMO最小値若しくはERMO最大値をxとする式:
    y=a*x+b
    式中、「*」は乗算を意味し、a及びbは、活性度を予測する対象に応じて標準となる化学物質を用いて予め設定された定数を表す;
    で示される一次関数式であることを特徴とする、請求項4記載の予測方法。
  6. 化学物質を構成する分子内の任意の原子が芳香族ハロゲン化炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が皮膚感作性であることを特徴とする、請求項2乃至5のいずれか記載の予測方法。
  7. 化学物質を構成する分子内の任意の原子がフェノール系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がラジカル補捉効果であることを特徴とする、請求項2乃至5のいずれか記載の予測方法。
  8. 化学物質を構成する分子内の任意の原子が一置換ベンゼン系化合物中の芳香環上の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象がニトロ化配向性であることを特徴とする、請求項2乃至3のいずれか記載の予測方法。
  9. 化学物質を構成する分子内の任意の原子がビフェニル中のオルト位又はパラ位の炭素原子であり、且つ、活性度を予測する対象が「ビフェニルの求電子置換反応でのオルト/パラ配向性」であることを特徴とする、請求項2乃至3のいずれか記載の予測方法。
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