WO2010120143A2 - 간암 예후 마커 - Google Patents

간암 예후 마커 Download PDF

Info

Publication number
WO2010120143A2
WO2010120143A2 PCT/KR2010/002373 KR2010002373W WO2010120143A2 WO 2010120143 A2 WO2010120143 A2 WO 2010120143A2 KR 2010002373 W KR2010002373 W KR 2010002373W WO 2010120143 A2 WO2010120143 A2 WO 2010120143A2
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
liver cancer
ncbi
seq
protein
prognosis
Prior art date
Application number
PCT/KR2010/002373
Other languages
English (en)
French (fr)
Other versions
WO2010120143A3 (ko
Inventor
박진영
홍석주
김종민
Original Assignee
씨비에스바이오사이언스 주식회사
심영택
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 씨비에스바이오사이언스 주식회사, 심영택 filed Critical 씨비에스바이오사이언스 주식회사
Priority to JP2012505825A priority Critical patent/JP5745500B2/ja
Priority to ES10764682.0T priority patent/ES2576743T3/es
Priority to CN2010800213900A priority patent/CN102428184A/zh
Priority to US13/264,975 priority patent/US20120115153A1/en
Priority to EP10764682.0A priority patent/EP2420575B1/en
Publication of WO2010120143A2 publication Critical patent/WO2010120143A2/ko
Publication of WO2010120143A3 publication Critical patent/WO2010120143A3/ko

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
    • G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups

Definitions

  • the present invention is a liver cancer prognostic marker, a composition for estimating liver cancer prognosis comprising a substance for detecting a change in the expression amount of the liver cancer prognostic marker, a kit for estimating liver cancer prognosis comprising the composition for estimating liver cancer prognosis, liver cancer using the liver cancer prognostic marker A method for estimating prognosis and a method for screening a liver cancer therapeutic agent using the liver cancer prognostic markers.
  • Cancer has the same meaning as a malignant tumor, and for various reasons, it is impaired in the cell's proliferation regulating function, and these abnormal cells proliferate uncontrolled and proliferate excessively, invading surrounding tissues and organs, forming masses and destroying normal tissues. it means. Cancer, which occurs in various tissues of the human body, poses a danger to life due to rapid growth, invasive (digging or spreading) growth, and metastasis (moving from its original place).
  • liver cancer is known as one of the most deadly cancers in the world, and more than half a million people die of liver cancer each year, especially in Asia and sub-Saharan Africa. Liver cancer can be classified into primary liver cancer (hepatocellular carcinoma) originating from the liver cells itself and metastatic liver cancer in which cancers of other tissues have spread to the liver. More than 90% of liver cancers are primary liver cancers. It is understood to refer to primary liver cancer.
  • liver cancer Although most of the causes of liver cancer are reported to be acute or chronic infections caused by hepatitis B virus or hepatitis C virus, the molecular mechanisms within the cells regarding the development and progression of liver cancer are still unclear. .
  • proto-oncogenes such as various growth factor genes, are mutated to oncogenes for various reasons and are overexpressed or overactive, or with Rb or p53 proteins. It has been reported that the same tumor suppressor gene causes the development and progression of various cancers, including liver cancer, when they are mutated by various causes and are underexpressed or lose their function.
  • genes such as modified p53, beta-catenin, AXINI, p21 (WAF1 / CIP1) and p27 Kip are involved.
  • p53 modified p53
  • beta-catenin beta-catenin
  • AXINI p21
  • p27 Kip p27 Kip
  • Prognosis of liver cancer refers to predicting various conditions of patients with liver cancer, such as the cure of liver cancer, the possibility of recurrence after treatment, and the patient's survival after the diagnosis of liver cancer. It depends on various conditions such as treatment progress. Liver cancer can be effectively treated only when various treatment methods are applied according to its prognosis. For example, patients with a good prognosis need to avoid risky treatments, such as aggressive chemotherapy, surgery, or radiation therapy, that can cause serious side effects, and should be relatively moderate and conservative. The safe treatment method should be chosen. Conversely, patients who are suspected of having poor prognosis should actively mobilize treatment methods such as chemotherapy, surgery, and radiation therapy to increase the duration or probability of survival.
  • liver cancer which has already advanced, has a very poor prognosis and dies within 6 months of diagnosis and has a high mortality rate of only 4 months.However, small liver cancers less than 3cm in size have a prognosis. It is known that the survival rate of 1 year without special treatment reaches 90%, and the 5-year survival rate is 40-50% when operated. However, accurately estimating the prognosis of liver cancer patients is very difficult with conventional techniques. For accurate estimation of the prognosis, an analysis method is needed to classify patients by risk group.To date, the prognosis is determined only by the pathological stage of diagnosis and primary surgical treatment without the means of accurately estimating the prognosis of liver cancer. I'm doing it. Unfortunately, the stage of liver cancer alone cannot accurately determine the prognosis for each liver cancer patient.
  • CBS protein (cystathionine beta-synthase) is an enzyme that converts homocysteine to cystathionine and is known to play a role in the trans-sulfurization pathway and play an important role in methionine metabolism in vivo [J Biol Chem . 1994 May 20; 269 (20): 14835-40.
  • NNMT protein (nicotinamide N-methyltransferase) is an N-methylation enzyme of nicotinamide and pyridine, and is known to be involved in the metabolism of various drugs and xenobiotic compounds [Genomics. 1998 Sep 15; 52 (3): 312-24.
  • TKT protein is an enzyme that plays a key role in the non-oxidative pentose-phosphate pathway.
  • TKTL1 transketolase-like 1
  • TKTL2 transketolase-like 2
  • AIFM1 protein (apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 1) is a flavoprotein, also known as AIF, and when apoptosis occurs, the protein moves to the nucleus, causing chromosomal aggregation and fragmentation, and also cytochromes from mitochondria. Induced secretion of c and caspase-9 [Nature. 1999 Feb 4; 397 (6718): 441-6.
  • AKT protein is a protein associated with AKT2, AKT3 and is a growth factor signal through phosphatidylinositol 3-kinase, namely platelet-derived growth factor (PDGF), epithelial growth factor (EGF), insulin and insulin-like growth factor I (IGF). -I), and it is known to be able to inactivate the apoptosis-related proteins when activated by phosphorylation [Proc Natl Acad Sci US A. 1987 Jul; 84 (14): 5034-7 ]
  • PDGF platelet-derived growth factor
  • EGF epithelial growth factor
  • IGF insulin-like growth factor I
  • ATG3 protein (autophagy related 3 homolog) is involved in the binding of GATE-16, GABARAP, MAP-LC3 to human ATG8 homologues and lipids, and mice lacking ATG3 do not form autophagosomes after birth It was reported to die in one day [J Biol Chem. 2002 Apr 19; 277 (16): 13739-44. Epub 2002 Feb 1].
  • the AGT5 protein (autophagy related 5 homolog) is involved in autophagy, where ATG5 forms an ATG12-ATG5 junction through the action of ATG7 and ATG10, and this ATG12-ATG5 migrates to the membrane of the autophagosome and causes ATG8 and phosphatidyl It is known that mice without ATG5, which do not form autophagosomes, die at birth, and that truncated ATG5 can induce cytochrome c secretion and caspase activation in mitochondria. [Nature 432: 1032 -1036 (2004)].
  • the ATG7 protein (autophagy related 7 homolog) is involved in progeny, where ATG7 forms an ATG12-ATG5 junction with ATG10, which is associated with the binding of ATG8 and phosphatidylethanolamine with ATG3, in mice without ATG7 It has been reported to die at birth without forming a moth [J Biol Chem. 2001 Jan 19; 276 (3): 1701-6. Epub 2000 Nov 28].
  • ATG12 protein autophagy related 12 homolog
  • ATG12 forms an ATG12-ATG5 junction through the action of ATG7 and ATG10, and this ATG12-ATG5 migrates to the membrane of the autophagosome to bind ATG8 to phosphatidylethanolamine It is known to act on [J Biol Chem. 1998 Dec 18; 273 (51): 33889-92.
  • BAX protein (BCL2-associated X protein) is a member of the BCL2 protein group, which binds to BCL2 and promotes apoptosis, and is known to be involved in mitochondrial membrane potential loss and cytochrome c secretion [Cell. 1993 Aug 27; 74 (4): 609-19.
  • B-cell lymphoma protein 2 is a membrane protein of mitochondria that acts to inhibit apoptosis, inhibits the secretion of cytochrome c from mitochondria, and binds to apoptosis-activating factors to activate caspase activation and apoptosis. It is known to inhibit [Proc Natl Acad Sci US A. 1986 Jul; 83 (14): 5214-8].
  • BCL2L1 protein (Bcl-2-like 1 protein) is a member of the BCL2 protein family, which is known to be involved in mitochondrial membrane channel sharing and is located in the mitochondrial outer membrane. Inhibits cell death and the shorter form BCL-XS is known to promote cell death [Cell. 1993 Aug 27; 74 (4): 597-608.
  • BNIP3 protein (BCL2 / adenovirus E1B 19kD-interacting protein 3) is capable of binding to E1B 19 kDa protein and BCL2 and is known to induce apoptosis and induction [J Exp Med. 1997 Dec 15; 186 (12): 1975-83.
  • CASP8 protein (caspase 8, apoptosis-related cysteine protease) is an enzyme belonging to the group of caspases. It is a caspase that acts early in the cell death mechanism by FAS, and when activated through binding to FADD and proteolytic cleavage, It is known to activate other caspases [Proc Natl Acad Sci US A. 1996 Dec 10; 93 (25): 14486-91; Biochem J. 1997 Aug 15; 326 (Pt 1): 1-16)]
  • CSE1L protein (CSE1 chromosome segregation 1-like) plays a role in the export of impintin- ⁇ from the nucleus back to the cytoplasm and is known to be involved in apoptosis or cell proliferation [Proc Natl Acad Sci US A. 1995 Oct 24; 92 (22): 10427-31.
  • DIABLO protein Direct IAP-binding protein with low pI
  • IAP inhibitor of Apoptosis protein
  • DRAM protein (damage-regulated autophagy modulator) is a membrane protein of lysosomes and is involved in the progeny controlled by p53 tumor suppressors and is known to be essential for apoptosis controlled by p53 [Cell. 2006 Jul 14; 126 (1): 121-34.
  • E2F1 protein (E2F transcription factor 1) is a member of the E2F family of transcription factors, closely related to the cell cycle and control of tumor suppressors, and binds to the Rb protein to promote cell growth or induce apoptosis associated with p53. It is known that [Gene. 1996 Sep 16; 173 (2): 163-9.
  • FAS proteins (APO-1, CD95, TNFRSF6) are members of the TNF receptor family and receive signal from FAS ligands, together with fas-associated death domain protein (FADD), caspase 8, and caspase 10, and death-inducing signaling. complex and is known to induce apoptosis [J Biol Chem. 1992 May 25; 267 (15): 10709-15.
  • FRAP1 protein (Mammalian target of rapamycin), also known as mTOR, mediates the response to stresses such as DNA damage and nutrient depletion in cells, and the TORC2 complex, including FRAP1, inhibits cell cycle arrest and immunosuppression of the FKBP12-rapamycin complex. It is known to be the target of [Nature. 1994 Jun 30; 369 (6483): 756-8.
  • LAMP1 protein (lysosomal-associated membrane protein 1), also known as CD107a antigen, is a type of protein per membrane that is thought to be involved in metastasis of cancer cells [J Biol Chem. 1990 May 5; 265 (13): 7548-51.
  • LC3 protein (MAP1 light chain 3-like protein 1) is a microtubule-associated protein involved in the interaction of the microtubule with the cytoskeleton, and the LC3 protein is an ATG8 homologue of yeast and is acted upon by phosphatidylethanolamine. It is known to form an autophagosome in combination with J Biol Chem. 1994 Apr 15; 269 (15): 11492-7.
  • the PRKAA1 protein (AMP-activated protein kinase, catalytic, alpha-1) is a catalytic subunit of AMPK, which is a protein that senses cellular energy levels and is activated when the ratio of AMP / ATP increases. It is known to play a role in limiting biosynthetic action [FEBS Lett. 1994 Dec 12; 356 (1): 117-21.
  • PTEN proteins phosphatase and tensin homologs
  • PI3K-AKT protein phosphatase and phosphatidylinositol-3,4,5-triphosphate 3-phosphatase.
  • PKB is known to act to attenuate signal transduction [Nat Genet. 1997 Apr; 15 (4): 356-62.
  • ULK1 protein (Unc-51-like kinase 1) is a serine / threonine kinase involved in axon growth, also known as ATG1 homologue, and is known to be phosphorylated by mTOR in relation to progeny [Genomics. 1998 Jul 1; 51 (1): 76-85.
  • XIAP protein (X-linked inhibitor of apoptosis protein) is a member of the IAP group, has a strong apoptosis inhibitory effect among IAP, inhibits apoptosis by binding to tumor necrosis factor receptor-associated factors TRAF1 and TRAF2, caspase activity It is known to act as a suppressor [Nature. 1996 Jan 25; 379 (6563): 349-53.
  • liver cancer liver cancer
  • prognostic marker There was no example used as a prognostic marker.
  • An object of the present invention is to provide a biomarker related to the prognosis of liver cancer, to easily and accurately estimate the prognosis of liver cancer patients, and to provide an important starting point for developing a therapeutic agent for liver cancer.
  • a liver cancer prognostic marker a composition for estimating liver cancer prognosis comprising a substance for detecting a change in expression amount of the liver cancer prognostic marker, a kit for estimating liver cancer prognosis comprising the liver cancer prognostic estimation composition, and a liver cancer prognostic marker It is intended to provide a method for estimating liver cancer prognosis to be used and a method for screening a liver cancer therapeutic agent using the liver cancer prognostic marker.
  • the present inventors compared the gene expression levels of liver cancer tissues collected from a plurality of patients confirmed that the onset of liver cancer, and then used to estimate the prognosis of liver cancer by detecting genes expressing excessive or small amounts specifically according to the progress of each patient. Possible prognostic markers for liver cancer were identified.
  • a first aspect of the invention relates to a liver cancer prognostic marker comprising one or more combinations selected from the group consisting of the following genes:
  • CBS (cystathionine beta-synthase; NCBI GI: 209862802; SEQ ID NO: 79);
  • NNMT nicotinamide N-methyltransferase
  • TKT (transketolase; NCBI GI: 205277461; SEQ ID NO: 81);
  • AIFM1 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial; NCBI GI: 22202627; SEQ ID NO: 82);
  • AKT1 (RAC-alpha serine / threonine-protein kinase; NCBI GI: 62241010; SEQ ID NO: 83);
  • ATG3 (Autophagy-related protein 3; NCBI GI: 34147490; SEQ ID NO: 84);
  • ATG5 Autophagy protein 5; NCBI GI: 92859692; SEQ ID NO: 85;
  • ATG7 Autophagy-related protein 7; NCBI GI: 222144225; SEQ ID NO: 86;
  • ATG12 Autophagy-related protein 12; NCBI GI: 38261968; SEQ ID NO: 87;
  • Apoptosis regulator BAX NCBI GI: 34335114; SEQ ID NO: 88);
  • BCL2 Apoptosis regulator Bcl-2; NCBI GI: 72198188; SEQ ID NO: 89);
  • BCL2L1 Apoptosis regulator Bcl-X; NCBI GI: 20336333; SEQ ID NO: 90;
  • BNIP3 (BCL2 / adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3; NCBI GI: 7669480; SEQ ID NO: 91);
  • CASP8 (Caspase-8; NCBI GI: 122056470; SEQ ID NO: 92);
  • CSE1L Exportin-2; NCBI GI: 29029558; SEQ ID NO: 93;
  • DIABLO Diablo homolog, mitochondrial; NCBI GI: 218505810; SEQ ID NO: 94;
  • DRAM Downlink-regulated autophagy modulator
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 NCBI GI: 23510419; SEQ ID NO: 97;
  • FRAP1 FKBP12-rapamycin complex-associated protein; NCBI GI: 206725550; SEQ ID NO: 98);
  • LAMP1 (Lysosome-associated membrane glycoprotein 1; NCBI GI: 112380627; SEQ ID NO: 99);
  • LC3 [MAP1LC3A] (Microtubule-associated proteins 1A / 1B light chain 3A; NCBI GI: 31563519; SEQ ID NO: 100);
  • PRKAA1 (5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1; NCBI GI: 94557300; SEQ ID NO: 101);
  • PTEN Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN; NCBI GI: 110224474; SEQ ID NO: 102);
  • ULK1 Serine / threonine-protein kinase ULK1; NCBI GI: 225637564; SEQ ID NO: 103;
  • XIAP Bacteoviral IAP repeat-containing protein 4; NCBI GI: 32528298; SEQ ID NO: 104.
  • the prognosis of liver cancer can be estimated from various points of view, but is typically judged in terms of recurrence, survival, and disease-free survival.
  • the studies described herein obtain a gene expression profile in liver cancer tissues of a number of liver cancer patients, and then, through statistical data processing in consideration of recurrence, viability, and disease-free survival, significantly different expression levels
  • the genes were detected by detecting markers that enable the estimation of the prognosis of liver cancer.
  • hepatic cancer prognostic marker refers to a genetic marker that serves as a basis for predicting a patient with a good or poor prognosis after the development of liver cancer.
  • this marker is characteristically more or less when compared with the experimentally established reference value in the liver cancer tissue of a patient with a good prognosis.
  • this marker has a significantly low p-value calculated based on the difference in expression in liver cancer tissue of a patient with a good prognosis and a poor prognosis.
  • the p-value is less than 0.05.
  • the markers thus identified are those of liver cancer.
  • Patients with a good or poor prognosis can be specifically distinguished from patients who do not, and thus can be usefully used to estimate the prognosis of liver cancer.
  • the physiological function of these markers is the development and progression of liver cancer, in particular the physiological functions associated with the prognosis.
  • the marker may be directly related to, and thus this marker may be usefully used as a target for studying the mechanism of liver cancer development and progression or for developing a liver cancer therapeutic agent.
  • liver cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention is obtained by statistically analyzing liver cancer tissues of a large number of patients without a conventional origin, it has been discovered based on the gene expression profile of liver cancer tissues of very few patients. These markers are more meaningful and clinically valuable than liver cancer related markers, and have more accurate predictive power in estimating liver cancer prognosis.
  • the second aspect of the present invention relates to a composition for estimating hepatic cancer prognosis comprising a substance that specifically detects the expression level, expression pattern, or both of the liver cancer prognostic marker of the first aspect.
  • the expression level or expression pattern of each liver cancer prognostic marker can be detected by a conventional biochemical analysis method for confirming the amount or pattern of mRNA generated by transcription of the gene.
  • Analytical methods for determining the amount or pattern of such mRNAs include RT-PCR, competitive RT-PCR, Real-time RT-PCR, and RNase protection assay. , Northern blot, DNA microarray and the like, but any method conventionally performed in the art may be used.
  • the amount or pattern of mRNA in a biological sample of liver cancer patients can be compared with a baseline, from which the difference in expression level, expression pattern, or both of liver cancer prognostic markers of the present invention is detected, and liver cancer It is possible to estimate the prognosis of the patient.
  • biological sample refers to a cell or tissue isolated from a human body capable of detecting the amount or pattern of expression of a liver cancer prognostic marker or the amount or pattern of protein encoding a liver cancer prognostic marker. , Blood, plasma, serum, and the like, but is not particularly limited thereto.
  • Kits for measuring the amount or pattern of mRNA by RT-PCR include primers specific for the mRNA of the liver cancer prognostic markers of the invention.
  • a "primer” refers to a nucleic acid sequence having a free 3 'hydroxyl group capable of complementarily binding to a template and allowing reverse transcriptase or DNA polymerase to initiate replication of the template. Means.
  • a primer is a nucleotide having a sequence complementary to the nucleic acid sequence of a particular gene, and may be used in a length of about 7 bp to 50 bp, preferably about 10 bp to 30 bp.
  • RT-PCR kits may include test tubes or other suitable containers, reaction buffers, deoxynucleotides (dNTPs), enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNAse, RNAse inhibitor DEPC-water (DEPCwater), depending on the specific embodiment. , Sterile water and the like.
  • Primers can initiate DNA synthesis in the presence of four different nucleoside triphosphates and reagents for polymerization (ie, DNA polymerase or reverse transcriptase) at appropriate buffers and temperatures.
  • the primer may also include additional other base sequences that do not change the basic properties of the primer that serve as the starting point for DNA synthesis.
  • Primers can be chemically synthesized using well known methods, and such nucleic acid sequences can also be modified using many means known in the art.
  • a substance which specifically detects the expression amount, expression pattern, or both of the liver cancer prognostic markers is specific to the marker in the method for analyzing the expression amount or expression pattern of the liver cancer prognostic markers. Any material that can be used as or a combination of two or more thereof, and is not necessarily limited to primers for RT-PCR.
  • the second aspect of the present invention is a technical feature of detecting the difference by comparing the expression level or expression pattern of liver cancer prognostic markers in liver cancer tissues of the subject liver cancer patients with a reference value, and thus a substance capable of detecting such a difference.
  • a third aspect of the present invention relates to a composition for estimating hepatic cancer prognosis comprising a substance that specifically detects an amount of a protein encoded by the liver cancer prognostic marker of the first aspect, a presence pattern, or both.
  • each marker is encoded in the sample
  • the method of inferring the expression amount and expression pattern of each marker can also be used by detecting the quantity or expression pattern of the said protein.
  • Specific detection of the amount or pattern of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker in the present invention refers to the process of identifying how and in what pattern the protein encoded by the liver cancer prognostic marker of the present invention in a biological sample. For example, a process of confirming the amount or pattern of existence using an antibody that specifically binds to the protein encoded by the liver cancer prognostic marker may be utilized.
  • the term "antibody” refers to a protein that can specifically bind to epitopes of an antigen, and is a concept including all polyclonal antibodies, monoclonal antibodies, and recombinant antibodies.
  • Methods for measuring the amount or pattern of abundance of proteins using an antibody include Western blot, enzyme linked immunosorbent assay (ELISA), radioimmunoassay, radioimmunodiffusion, and Ouchterlony. Immune diffusion, rocket immunoelectrophoresis, tissue immunostaining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay, FACS, protein chip, etc. Any method performed by the above can be used.
  • the amount of antigen-antibody complex formed in a biological sample of a target liver cancer patient and its formation pattern can be compared with the reference value. From this, the amount or presence pattern of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker of the present invention can be compared. The prognosis of the liver cancer patient can be estimated ultimately.
  • antigen-antibody complex means a combination of a protein encoded by a liver cancer prognostic marker and an antibody specific thereto, and the amount or pattern of formation of the antigen-antibody complex is usually a detection label associated with a secondary antibody. Measurement is possible by detecting the magnitude and pattern of the signal.
  • detection labels include, but are not limited to, enzymes, fluorescent materials, ligands, luminescent materials, microparticles, redox molecules, radioisotopes, and the like.
  • enzymes When enzymes are used as detection labels, available enzymes include ⁇ -glucuronidase, ⁇ -D-glucosidase, ⁇ -D-galactosidase, urease, peroxidase or alkaline phosphatase, acetylcholinese Therapase, glucose oxidase, hexokinase and GDPase, RNase, glucose oxidase, luciferase, phosphofructokinase, phosphoenolpyruvate carboxylase, aspartate aminotransferase, phosphphenolpyruvate deca Carboxylase, ⁇ -latamase, and the like, but are not limited thereto.
  • fluorescent materials include fluorescein, isothiocyanate, rhodamine, phycoerythrin, phycocyanin, allophycocyanin, o-phthalaldehyde, fluorescamine, etc.
  • available fluorescent materials include fluorescein, isothiocyanate, rhodamine, phycoerythrin, phycocyanin, allophycocyanin, o-phthalaldehyde, fluorescamine, etc.
  • available ligands include, but are not limited to, biotin derivatives.
  • a luminescent material include, but are not limited to, acridinium ester, luciferin, luciferase, and the like.
  • the microparticles available include, but are not limited to, colloidal gold and colored latex.
  • the available redox molecules include ferrocene, ruthenium complex, biologen, quinone, Ti ion, Cs ion, diimide, 1,4-benzoquinone, hydroquinone, K4W (CN) 8 , [Os (bpy) 3] 2+, [RU (bpy) 3] 2+, [MO (CN) 8] 4- and the like, but are not limited thereto.
  • radioisotopes When radioisotopes are used as detection labels, the radioisotopes available include, but are not limited to, 3H, 14C, 32P, 35S, 36Cl, 51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 90Y, 125I, 131I or 186Re.
  • a substance that specifically detects the amount, pattern, or both of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker is used to detect the amount or pattern of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker.
  • the marker may be any substance that can be used specifically for the protein encoding, and is not necessarily limited to the antibody.
  • the third aspect of the present invention is because the technical features of detecting the difference by comparing the amount or pattern of presence of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker in the biological sample of the subject liver cancer patient with the reference value, it is possible to detect such a difference
  • Any substance to be used can be used as "a substance which specifically detects the amount of a protein, the pattern of abundance, or both of which the liver cancer prognostic marker encodes", and can achieve the technical effect which this invention aims at, If the reference to the average knowledge and well-known technology in the art can be used to select / select the appropriate material according to the specific embodiment without particular difficulties.
  • a fourth aspect of the present invention relates to a kit for estimating liver cancer prognosis comprising a composition for estimating hepatic cancer prognosis of the second or third aspect of the present invention.
  • the kit for estimating liver cancer prognosis of the present invention includes a substance that specifically detects the expression amount, expression pattern, or both of the expression of the liver cancer prognostic marker included in the composition for estimating the liver cancer prognosis, or the amount of the protein encoded by the liver cancer prognostic marker, or the presence thereof.
  • the substance which specifically detects the pattern or both it further comprises one or more other components, solutions or devices suitable for the method for analyzing the gene expression amount or expression pattern or for the method for analyzing the amount or presence of protein. can do.
  • the diagnostic kit when the diagnostic kit is a diagnostic kit for detecting the expression level or expression pattern of a gene, the diagnostic kit may be a diagnostic kit including essential components necessary to perform RT-PCR, such RT PCR kits can be used in addition to individual primers specific for mRNA of the marker gene, depending on the specific embodiment, such as, for example, test tubes or other suitable containers, reaction buffers, deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymerases and reverse transcriptases. Enzymes, DNAse, RNAse inhibitor DEPC-water (DEPCwater), sterile water, primer pairs specific for genes used as quantitative controls, and the like.
  • the diagnostic kit when the diagnostic kit is a diagnostic kit for detecting the amount or pattern of the presence of the protein, the diagnostic kit may be, for example, a diagnostic kit containing essential components necessary to perform the ELISA, such ELISA kit Is an antibody that is specific for components capable of detecting bound antibodies, such as labeled secondary antibodies, chromopores, enzymes (eg, enzymes conjugated with antibodies) and substrates thereof, and quantitative control proteins. And the like.
  • the diagnostic kit may comprise a DNA microarray or a protein microarray.
  • the fifth aspect of the present invention the first step of treating the liver cancer prognosis composition of the second aspect of the present invention to a biological sample collected from a target liver cancer patient; And a second step of detecting a difference between the expression level, expression pattern, or both of the liver cancer prognostic marker of claim 1 based on the treatment result of the first step against a reference value.
  • liver cancer prognostic markers when detecting a difference in the expression level of liver cancer prognostic markers that are expressed more in liver cancer tissues of a patient with a good prognosis of liver cancer, if the expression level of the markers in a biological sample of a subject liver cancer patient is greater than the reference value, This suggests that the prognosis of liver cancer will be relatively good.
  • the difference in the expression amount of liver cancer prognostic markers expressed more in the liver cancer tissues of patients with poor prognosis of liver cancer when detecting the difference in the expression amount of liver cancer prognostic markers expressed more in the liver cancer tissues of patients with poor prognosis of liver cancer, if the expression amount of the markers in the biological sample of the subject liver cancer patients In many cases, this suggests that the prognosis for liver cancer will be relatively poor.
  • liver cancer prognostic marker that is expressed more in liver cancer tissue of a patient with a good prognosis of liver cancer
  • the marker in the biological sample of the subject liver cancer patient is If the amount of protein encoding is greater than the baseline, this may indicate that the prognosis of liver cancer will be relatively good.
  • liver cancer prognostic marker that is expressed more in liver cancer tissue of a patient with a poor prognosis of liver cancer
  • the marker in the biological sample of the subject liver cancer patient is If the amount of protein encoding is greater than the baseline, this may indicate that the prognosis for liver cancer will be relatively poor.
  • a sixth aspect of the present invention relates to a method for screening a liver cancer therapeutic agent utilizing the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention.
  • the hepatic cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention may be a gene directly involved in the development or progression of liver cancer, in particular the physiological function associated with the prognosis, since the difference in the expression pattern according to the prognosis of the liver cancer patient is prominent.
  • the protein encoded by the marker may be useful as a target protein for studying the mechanism of liver cancer development or progression, or for the development of a therapeutic agent for liver cancer. That is, since the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention solves an important premise of the development of a therapeutic agent for liver cancer, a method for screening a therapeutic agent for liver cancer using this marker is also within the scope of the present invention.
  • An example of a sixth aspect of the invention is a method of screening for a liver cancer therapeutic agent comprising the step of identifying whether the test compound promotes or inhibits the expression of the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the invention.
  • Methods for screening such therapeutic agents include, for example, RT-PCR, competitive RT-PCR, Real-time RT-PCR, RNase protection assay, Northern blots, DNA microarrays, SAGE [Serial Analysis of Gene Expression; Velculescu et al, Science 270: 484-7, MPSS [Massively Parellel Signature Sequencing; Brenner et al, PNAS. USA. 97, 1665-1670, and the like, but in addition, a number of known methods known in the art may be used as necessary.
  • another example of the sixth aspect of the present invention may include a first step of binding a test compound to a protein encoded by a liver cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention; And a second step of confirming whether the test compound promotes or inhibits the physiological activity of the protein.
  • a method of screening such a therapeutic agent a method of fixing the proteinaceous marker for early diagnosis of liver cancer of the first aspect of the present invention in an affinity column and contacting and purifying the sample [Pandya et al, Virus Res 87: 135-143, 2002] ], Using the two-hybrid method, Western blot, high throughput screening method [High-Throughput Screening; Aviezer et al, J Biomol Screen 6: 171-7, 2001, and the like, but in addition, a number of known methods known in the art may be used as necessary.
  • test compound for use in screening in the sixth aspect of the present invention for example, tissue extracts, expression products of gene libraries, synthetic compounds, synthetic peptides, natural compounds and the like can be used, but are not limited thereto.
  • a seventh aspect of the present invention relates to an antibody that specifically recognizes a protein encoded by the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the present invention.
  • Antibodies that specifically recognize the liver cancer prognostic markers of the first aspect of the present invention are representative substances that specifically detect the amount or pattern of the protein encoded by the liver cancer prognostic markers, and thus may be useful for estimating the prognosis of liver cancer. Corresponds to the possible substances. Furthermore, in some cases, the activity of a protein that plays an important role in the development or progression of liver cancer may be specifically promoted or inhibited, and thus may be used as a therapeutic agent for liver cancer.
  • liver cancer prognostic markers of the first aspect of the present invention Since the liver cancer prognostic markers of the first aspect of the present invention have been discovered, the production of polyclonal antibodies, monoclonal antibodies and recombinant antibodies to the proteins encoded by the respective liver cancer prognostic markers using techniques well known in the art. It can be performed easily.
  • Polyclonal antibodies can be produced by methods well known in the art for injecting into the animal the protein antigen encoded by the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the invention described above and collecting blood from the animal to obtain a serum comprising the antibody.
  • Such polyclonal antibodies can be prepared from a variety of animal species hosts such as goats, rabbits, sheep, monkeys, horses, pigs, cattle, dogs, and the like, and methods for their preparation are well known in the art.
  • Monoclonal antibodies are known in the art by the hybridoma method (see Kohler and Milstein (1976) European Jounral of Immunology 6: 511-519), or phage antibody libraries (Clackson et al, Nature, 352: 624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222: 58, 1-597, 1991), and the like.
  • the hybridoma method utilizes cells from an immunologically suitable host animal, such as a mouse, injected with a protein antigen encoded by the liver cancer prognostic marker of the first aspect of the invention, with the other population being cancer or myeloma Use cell lines.
  • Phage antibody library method is a method of producing an antibody library in vitro by obtaining a gene of the desired antibody and expressing it in the form of a fusion protein on the surface of the phage, to isolate the desired monoclonal antibody from the library to produce a monoclonal antibody .
  • Monoclonal antibodies prepared by the above method can be separated using known methods such as gel electrophoresis, dialysis, salt precipitation, ion exchange chromatography, affinity chromatography.
  • Antibodies of the seventh aspect of the invention include functional fragments of antibody molecules, as well as complete forms having two full length light chains and two full length heavy chains.
  • the functional fragment of an antibody molecule means the fragment which has an antigen binding function, and includes Fab, F (ab '), F (ab') 2, and Fv.
  • the present invention is a liver cancer prognostic marker, a composition for estimating liver cancer prognosis comprising a substance for detecting a change in the expression amount of the liver cancer prognostic marker, a kit for estimating liver cancer prognosis comprising the composition for estimating liver cancer prognosis, the liver cancer
  • a method for estimating liver cancer prognosis using a prognostic marker and a method for screening a liver cancer therapeutic agent using the liver cancer prognostic marker.
  • the hepatic cancer prognostic marker may be useful for simple and accurate prognostic estimation of liver cancer patients. Furthermore, the physiological function of this marker may be directly related to the onset or progression of liver cancer, and thus the marker may be useful as a target for studying the mechanism of liver cancer development or progression or for developing a liver cancer therapeutic agent.
  • the hepatic cancer prognostic markers are statistically significant and clinically valuable markers because they have been statistically analyzed and found in liver cancer tissues of a large number of patients without a conventional origin, and have more accurate predictive power in estimating the prognosis of liver cancer. It is.
  • 1 to 10 are Kaplan-Meier curves showing the liver cancer prognostic markers of the present invention measured in terms of recurrence, survival, and disease free survival.
  • RNA of each tissue was extracted and cDNA was synthesized in the following manner.
  • T 1 ⁇ M oligod
  • Enzyme mixture [2 ⁇ l of 0.1 M DTT (Duchefa, Netherlands), 2 ⁇ l of 10 ⁇ reverse transcript buffer, 5 ⁇ l of 2 mM dNTP, 1 ⁇ l of 200 U / ⁇ l MMLV reverse transcriptase, and 40 U / ⁇ l RNase inhibitor (Korea Enzynomics) 1 ⁇ l; 11 ⁇ l total] was prepared separately.
  • the enzyme mixture was added to the sample containing the RNA, incubated at 42 ° C. for 90 minutes, and then incubated at 80 ° C. for 10 minutes to inactivate reverse transcriptase. Diethylpyrocarbonate (DEPC) -treated water was added to the sample to a final volume of 400 ⁇ l.
  • DEPC Diethylpyrocarbonate
  • NNMT nicotinamide N-methyltransferase
  • Real-time PCR analysis was performed using 5 ⁇ l of 2 ⁇ Takman gene expression main mixture (Applied Biosystems, USA), 1 ⁇ l of 5 ⁇ M forward and reverse primer, 1 ⁇ l of 1 ⁇ M probe (Genotech Korea), 2 ⁇ l of cDNA (control equivalent) Real time PCR analysis was carried out in a total volume of 10 ⁇ l. After 10 minutes of dissociation at 95 ° C., dissociation for 15 seconds at 95 ° C., and amplification through a cycle of synthesis at 60 ° C. for 1 minute. Primer and probe sequences were designed using Primer Express 3.0 (Applied Biosystems, USA) and all probe sequences were labeled with FAM at the 5 'end and TAMRA at the 3' end. For each marker, primers and probe sequences as shown in Table 1 were used:
  • each marker gene was measured three times and normalized by subtracting the average expression of five reference genes (B2M, GAPDH, HMBS, HPRT1, and SDHA).
  • the CT of each marker (the number of cycles required to achieve the baseline) was measured, the ⁇ CT value (CT-average CT of the reference gene of each marker) was calculated, and the copy number of mRNA was calculated as 2 - ⁇ CT .
  • Standard curves were completed from the results of simultaneous amplification of serial dilutions of cDNA samples.
  • interval survival (or interval recurrence rate) was determined by dividing surviving patients (or relapsed patients) by the number of subjects at risk. Cumulative survival (or cumulative relapse rate) is a conditional probability, which is obtained by multiplying the previous cumulative survival rate (or cumulative relapse rate) by the current interval survival rate (or interval recurrence rate). Kaplan-Meier curves were completed by plotting the abscissa as the survival time (or observation period) and the ordinate as the cumulative survival rate (or cumulative relapse rate) as a step function.
  • Kaplan-Meier curves for relapse, survival, and disease free survival were completed.
  • the expression of each marker measured in Example 2 was classified into high and low expression based on the statistically significant reference value determined experimentally, and Kaplan-Meier curves were separated for the high and low expression for each marker. Was completed.
  • the completed Kaplan-Meier curve is shown in FIG. 1.
  • each marker represents a case of high and low expression.
  • the case formed a distinct curve. This means that there is a significant difference in the interval recurrence rate or interval survival rate and the cumulative relapse rate or cumulative survival rate based on the high and low expression levels of each marker. In other words, it can be an indicator of the viability.
  • the significance test by the log-rank method is performed by calculating the chi-square test statistics by calculating the observation and expectation values at each time point of relapse or death.
  • the calculated p-values are shown in Table 2 below.
  • each marker or combination of both showed a significantly lower p-value for both relapse, survival and disease free survival.
  • all p-values for relapse, survival, and disease-free survival for the combination of the two markers were preferred below 0.05.
  • the lower p-value suggests that the hepatic cancer prognosis according to each marker or combination of both will be more accurate.
  • TKT (transketolase; NCBI GI: 205277461; SEQ ID NO: 81).
  • the marker formed a curve that is distinctly distinguished between the case of high and low expression. This means that there is a significant difference in the interval recurrence rate or interval survival rate, and the cumulative recurrence rate or cumulative survival rate based on the high and low expression of the marker, and as a result, the expression pattern of the marker is likely to recur later in the patient. In other words, it can be an indicator of the viability.
  • the markers showed p-values less than 0.05 for both relapse, survival, and disease-free survival, indicating a low p-value at the desired level.
  • the lower p-value suggests that the hepatic cancer prognosis according to the marker will be more accurate.
  • the experiment was performed in the same manner as in Examples 1 to 3, except that the liver cancer tissues and normal tissues of 369 liver cancer patients were obtained and tested, and the Kaplan-Meier curve and p- using the following 23 genes as markers. The value was obtained:
  • AIFM1 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial; NCBI GI: 22202627; SEQ ID NO: 82);
  • AKT1 (RAC-alpha serine / threonine-protein kinase; NCBI GI: 62241010; SEQ ID NO: 83);
  • ATG3 (Autophagy-related protein 3; NCBI GI: 34147490; SEQ ID NO: 84);
  • ATG5 Autophagy protein 5; NCBI GI: 92859692; SEQ ID NO: 85;
  • ATG7 Autophagy-related protein 7; NCBI GI: 222144225; SEQ ID NO: 86;
  • ATG12 Autophagy-related protein 12; NCBI GI: 38261968; SEQ ID NO: 87;
  • Apoptosis regulator BAX NCBI GI: 34335114; SEQ ID NO: 88);
  • BCL2 Apoptosis regulator Bcl-2; NCBI GI: 72198188; SEQ ID NO: 89);
  • BCL2L1 Apoptosis regulator Bcl-X; NCBI GI: 20336333; SEQ ID NO: 90;
  • BNIP3 (BCL2 / adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3; NCBI GI: 7669480; SEQ ID NO: 91);
  • CASP8 (Caspase-8; NCBI GI: 122056470; SEQ ID NO: 92);
  • CSE1L Exportin-2; NCBI GI: 29029558; SEQ ID NO: 93;
  • DIABLO Diablo homolog, mitochondrial; NCBI GI: 218505810; SEQ ID NO: 94;
  • DRAM Downlink-regulated autophagy modulator
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 NCBI GI: 23510419; SEQ ID NO: 97;
  • FRAP1 FKBP12-rapamycin complex-associated protein; NCBI GI: 206725550; SEQ ID NO: 98);
  • LAMP1 (Lysosome-associated membrane glycoprotein 1; NCBI GI: 112380627; SEQ ID NO: 99);
  • LC3 [MAP1LC3A] (Microtubule-associated proteins 1A / 1B light chain 3A; NCBI GI: 31563519; SEQ ID NO: 100);
  • PRKAA1 (5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1; NCBI GI: 94557300; SEQ ID NO: 101);
  • PTEN Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN; NCBI GI: 110224474; SEQ ID NO: 102);
  • ULK1 Serine / threonine-protein kinase ULK1; NCBI GI: 225637564; SEQ ID NO: 103;
  • XIAP Bacteoviral IAP repeat-containing protein 4; NCBI GI: 32528298; SEQ ID NO: 1044
  • each marker formed a distinct curve between high and low expression. This means that there is a significant difference in the rate of interval recurrence or interval survival, and the cumulative recurrence rate or cumulative survival rate based on the high and low expression of each marker. In other words, it can be an indicator of the viability.
  • every marker or combination of two markers showed a significantly lower p-value for both relapse, survival and disease free survival.
  • the lower the p-value the greater the statistical significance.
  • the lower p-value suggests that hepatic cancer prognostic estimates for each marker or combination thereof will be accurate.
  • each marker or any combination of two markers exhibited preferably low p-values of mostly less than 0.05.
  • the p-values for the combination of three or more markers were all less than 0.05.
  • the single lowest p-value or combination of two or more markers and corresponding p-values are shown in Table 10 below.
  • AIFM1_AKT1_LC3 (71.3% at p ⁇ 0.05)

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

본 발명은 간암 예후 마커, 상기 간암 예후 마커의 발현량 변화를 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물, 상기 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트, 상기 간암 예후 마커를 이용하는 간암 예후 추정 방법, 상기 간암 예후 마커를 활용한 간암 치료제 스크리닝 방법에 관한 것이다.

Description

[규칙 제26조에 의한 보정 14.05.2010]　간암 예후 마커
본 발명은 간암 예후 마커, 상기 간암 예후 마커의 발현량 변화를 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물, 상기 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트, 상기 간암 예후 마커를 이용하는 간암 예후 추정 방법, 상기 간암 예후 마커를 활용한 간암 치료제 스크리닝 방법에 관한 것이다.
암은 악성 종양과 동일한 의미를 가지며, 다양한 원인으로 세포의 증식 조절 기능에 훼손되고 이러한 비정상적인 세포들이 통제되지 못하고 과다하게 증식하면서 주위 조직 및 장기에 침입하여 종괴를 형성하고 정상 조직을 파괴하는 상태를 의미한다. 인체의 각종 조직에서 발생하는 암은 빠른 성장, 침윤성 (파고들거나 퍼져나감) 성장, 전이 (원래 장소에서 떨어진 곳까지 이동함) 등으로 인하여 생명에 위험을 초래하게 된다.
암 중에서 간암은 세계적으로 가장 치명적인 암의 하나로 알려져 있으며, 특히 아시아와 사하라 이남 아프리카에서 해마다 약 오십만 명 이상이 간암으로 사망하고 있는 것으로 보고되고 있다. 간암은 크게 간세포 자체로부터 발생한 원발성 간암 (간세포암; hepatocellular carcinoma) 과 다른 조직의 암이 간으로 전이되어 온 전이성 간암으로 구분할 수 있는데, 간암의 약 90% 이상은 원발성 간암이며, 흔히 간암이라 함은 원발성 간암을 지칭하는 것으로 이해된다.
이러한 간암의 발병 원인 중 대다수는 B형 간염 바이러스 또는 C형 간염 바이러스에 의한 급성 또는 만성적인 감염이라는 것이 보고되고 있지만, 간암의 발병 및 진행에 관한 세포 내의 분자적 메커니즘은 아직도 명확히 규명되지 못한 상태이다. 종래의 연구에 따르면 각종 성장인자 유전자와 같은 전-종양형성유전자 (proto-oncogene) 가 다양한 원인에 의하여 종양형성유전자 (oncogene) 로 돌연변이되어 과발현하거나 과활성을 갖는 경우, 또는 Rb 단백질이나 p53 단백질과 같은 종양형성 억제 유전자 (tumor suppressor gene) 가 다양한 원인에 의하여 돌연변이되어 저발현하거나 기능을 잃는 경우 간암을 비롯한 다양한 암의 발병과 진행을 유발하는 것으로 보고되어 있다. 특히 간암과 관련해서는, 변형된 p53, 베타-카테닌, AXINI, p21(WAF1/CIP1) 및 p27 Kip 등의 유전자가 관련되어 있다는 것이 밝혀지기도 하였다. 그러나, 최근에는 간암을 비롯한 대부분의 암의 발병 및 진행은 특정 몇몇 유전자들만에 의하여 이루어지는 것이 아니라 세포주기, 신호전달 등과 관련된 다양한 각종 유전자들의 복합적인 상호작용에 발병하는 것으로 인식되고 있으며, 따라서 개별적인 유전자나 단백질의 발현이나 기능에만 중점을 두는 것에서 벗어나 다양한 유전자나 단백질에 대한 총체적인 연구의 필요성이 대두되고 있다.
간암의 예후 (prognosis) 는 간암이 진단된 이후에 간암의 완치가능성, 치료 후 재발가능성, 환자의 생존가능성 등 간암에 따른 환자의 각종 상태를 예측하는 것을 일컫는데, 이는 질병의 심각성, 진단 시점, 치료경과 등의 다양한 조건에 의존하여 달라진다. 간암은 그 예후에 따라 적합하게 다양한 치료방법이 적용되어야만 효율적인 치료가 가능하다. 예를 들어, 예후가 양호할 것으로 추정되는 환자들에 대해서는 공격적인 화학치료나 수술, 방사선 치료 등 환자에게 심각한 부작용을 야기할 가능성이 있는 위험한 치료방법은 지양할 필요가 있고, 상대적으로 온건하고 보존적이며 안전한 치료방법을 선택하여야 한다. 반대로 예후가 불량할 것으로 추정되는 환자들에 대해서는 화학치료나 수술, 방사선 치료와 같은 치료방법을 적극적으로 동원하여 생존의 기간이나 확률을 높이고자 시도하여야 한다.
현재까지의 연구에 따르면, 이미 진행되어버린 간암은 그 예후가 극히 불량하여 진단 후 6개월 이내에 사망하여 평균 생존 기간이 4개월밖에 되지 않는 높은 치명율을 보이는데 비해, 크기가 3cm 미만인 작은 간암은 예후가 양호하여 특별한 치료 없이도 1년간 생존할 확률이 90%에 이르고 수술을 한 경우 5년 생존율이 40-50% 정도가 되는 것으로 알려져 있다. 그러나, 간암 환자의 예후를 정확하게 추정하는 것은 종래의 기술로는 매우 어렵다. 예후의 정확한 추정을 위해서는 환자들을 위험군별로 분류하는 분석방법이 필요한데, 현재까지는 간암의 예후를 정확하게 추정할 수 있는 수단 없이 진단시의 병리임상학적인 간암의 단계와 1차적 외과 치료에만 의존하여 예후를 판단하고 있는 실정이다. 그러나, 불행하게도 간암의 단계만으로는 각 간암 환자에 대한 예후를 정확하게 판단할 수 없다.
CBS 단백질 (cystathionine beta-synthase) 은 호모시스틴 (homocysteine) 을 시스타티오닌 (cystathionine) 으로 변환시키는 효소로서, 트랜스-황화 경로에서 작용하며 생체 내의 메티오닌 대사에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다 [J Biol Chem. 1994 May 20;269(20):14835-40].
NNMT 단백질 (nicotinamide N-methyltransferase) 은 니코틴아미드와 피리딘의 N-메틸화 작용을 하는 효소로서, 여러가지 약물 및 생체 이물화합물 (xenobiotic compound) 의 대사에 관여하는 것으로 알려져 있다 [Genomics. 1998 Sep 15;52(3):312-24].
TKT 단백질 (transketolase) 은 비-산화성 펜토오스-포스페이트 경로에서 핵심적인 역할을 수행하는 효소로서, 그 군의 일원으로는 TKTL1 (transketolase-like 1), TKTL2 (transketolase-like 2) 가 알려져 있다 [J Biol Chem. 1993 Jan 15;268(2):1397-404].
AIFM1 단백질 (apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 1) 은 AIF로도 알려져 있는 플라보단백질이며, 세포사멸 (apoptosis) 이 일어나면 이 단백질은 핵으로 이동하여 염색체 응집 및 조각화를 일으키게 되고, 또한 미토콘드리아로부터 시토크롬 c와 카스파아제-9의 분비를 유도하는 것으로 알려져 있다 [Nature. 1999 Feb 4;397(6718):441-6].
AKT 단백질은 AKT2, AKT3와 연관된 단백질이며, 포스파티딜이노시톨 3-키나아제를 통한 성장인자 신호, 즉 혈소판-유래 성장인자 (PDGF), 상피세포 성장인자 (EGF), 인슐린 및 인슐린-유사 성장인자 I (IGF-I) 등의 신호를 전달하는 역할을 하며, 활성화되는 경우 세포사멸 관련 단백질들을 인산화시켜 불활성화 할 수 있는 것으로 알려져 있다 [Proc Natl Acad Sci U S A. 1987 Jul;84(14):5034-7]
ATG3 단백질 (autophagy related 3 homolog) 은 사람의 ATG8 동족체인 GATE-16, GABARAP, MAP-LC3과 지질과의 결합에 관여하고, ATG3가 결여된 마우스는 오토파고좀 (autophagosome) 을 형성하지 못하고 태어난 후 하루 만에 죽는 것으로 보고되었다 [J Biol Chem. 2002 Apr 19;277(16):13739-44. Epub 2002 Feb 1].
AGT5 단백질 (autophagy related 5 homolog) 은 자식작용 (autophagy) 에 관여하는데, ATG5는 ATG7과 ATG10의 작용을 통해 ATG12-ATG5 접합을 이루게 되고 이 ATG12-ATG5는 오토파고좀의 막으로 이동하여 ATG8과 포스파티딜에타놀아민의 결합에 작용하며, ATG5가 없는 마우스는 오토파고좀을 형성하지 못하며 태어나면서 죽게되고, 잘려진 ATG5는 미토콘드리아에서 시토크롬 c 분비와 카스파아제 활성화를 유도할 수 있는 것으로 알려져 있다 [Nature 432:1032-1036 (2004)].
ATG7 단백질 (autophagy related 7 homolog) 은 자식작용에 관여하는데, ATG7은 ATG10과 함께 ATG12-ATG5 접합을 이루게 되고, 이는 ATG3와 함께 ATG8과 포스파티딜에탄올아민의 결합에 관여하며, ATG7이 없는 마우스는 오토파고좀을 형성하지 못하며 태어나면서 죽는 것으로 보고되었다 [J Biol Chem. 2001 Jan 19;276(3):1701-6. Epub 2000 Nov 28].
ATG12 단백질 (autophagy related 12 homolog) 은 자식작용에 관여하는데, ATG12은 ATG7과 ATG10의 작용을 통해 ATG12-ATG5 접합을 이루고 이 ATG12-ATG5는 오토파고좀의 막으로 이동하여 ATG8과 포스파티딜에탄올아민의 결합에 작용한다고 알려져 있다 [J Biol Chem. 1998 Dec 18;273(51):33889-92].
BAX 단백질 (BCL2-associated X protein) 은 BCL2 단백질 군 중 하나로서, BCL2와 결합하여 세포사멸 촉진 작용을 하고, 미토콘드리아 막전위 손실과 시토크롬 c 분비에도 관여하는 것으로 알려져 있다 [Cell. 1993 Aug 27;74(4):609-19].
BCL2 단백질 (B-cell lymphoma protein 2) 은 미토콘드리아의 막 단백질로서 세포사멸을 억제하는 작용을 하고, 미토콘드리아로부터 시토크롬 c의 분비 억제, 세포사멸-활성화 인자와의 결합을 통해 카스파아제 활성화 및 세포사멸을 억제하는 것으로 알려져 있다 [Proc Natl Acad Sci U S A. 1986 Jul;83(14):5214-8].
BCL2L1 단백질 (Bcl-2-like 1 protein) 은 BCL2 단백질 군 중 일원으로서, 미토콘드리아 외막에 위치하며 미토콘드리아 막채널 공유에 관여하는 것으로 알려져 있는데, 두 가지 형태의 이소 형태로 존재하며 보다 긴 형태 BCL-XL 은 세포사멸를 억제하고 보다 짧은 형태 BCL-XS는 세포사멸을 촉진하는 것으로 알려져 있다 [Cell. 1993 Aug 27;74(4):597-608].
BNIP3 단백질 (BCL2/adenovirus E1B 19kD-interacting protein 3) 은 E1B 19 kDa 단백질 및 BCL2와 결합할 수 있으며, 세포사멸과 자식작용을 유도하는 작용을 하는 것으로 알려져 있다 [J Exp Med. 1997 Dec 15;186(12):1975-83].
CASP8 단백질 (caspase 8, apoptosis-related cysteine protease) 은 카스파아제의 군에 속하는 효소로서, FAS에 의한 세포 사멸 기작의 초기에 작용하는 카스파아제이며, 이는 FADD와의 결합 및 단백질 분해성 절단을 통해 활성화 되면 여러 다른 카스파아제를 활성화 시키는 것으로 알려져 있다 [Proc Natl Acad Sci U S A. 1996 Dec 10;93(25):14486-91; Biochem J. 1997 Aug 15;326 (Pt 1):1-16)]
CSE1L 단백질 (CSE1 chromosome segregation 1-like) 은 임포틴-α를 핵에서 세포질로 다시 내보내는 역할을 하며, 세포사멸 또는 세포 증식에도 관여하는 것으로 알려져 있다 [Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 Oct 24;92(22):10427-31].
DIABLO 단백질 (Direct IAP-binding protein with low pI) 는 미토콘드리아에 위치하는 단백질이며 세포사멸이 일어나면 세포질로 이동하여 IAP (inhibitor of Apoptosis protein) 와 결합하여 카스파아제 활성화에 도움을 준다고 알려져 있다 [Cell. 2000 Jul 7;102(1):43-53].
DRAM 단백질 (damage-regulated autophagy modulator) 은 리소좀의 막 단백질이며 p53 종양 억제자 (tumor suppressor) 에 의해 제어되는 자식작용에 관여하고, p53에 의해 제어되는 세포사멸에도 필수적이라고 알려져 있다 [Cell. 2006 Jul 14;126(1):121-34].
E2F1 단백질 (E2F transcription factor 1) 은 E2F 군의 전사인자의 일원으로서, 세포 주기와 종양 억제자의 제어와 밀접한 관련이 있으며, Rb 단백질과 결합을 하여 세포의 성장을 촉진하거나 p53과 관련한 세포사멸을 유도하는 것으로 알려져 있다 [Gene. 1996 Sep 16;173(2):163-9].
FAS 단백질 (APO-1, CD95, TNFRSF6) 은 TNF 수용체 군의 일원으로서, FAS 리간드의 신호를 받아 FADD (Fas-associated death domain protein), 카스파아제 8, 카스파아제 10 과 함께 DISC (death-inducing signaling complex) 를 구성하며 세포사멸을 유도하는 것으로 알려져 있다 [J Biol Chem. 1992 May 25;267(15):10709-15].
FRAP1 단백질 (Mammalian target of rapamycin) 은 mTOR로도 알려져 있고, 세포 내의 DNA 손상, 영양 고갈 등의 스트레스에 대한 반응을 매개하며, FRAP1을 포함한 TORC2 복합체는 FKBP12-라파마이신 복합체의 세포 주기 정지와 면역 억제 작용의 타겟이 되는 것으로 알려져 있다 [Nature. 1994 Jun 30;369(6483):756-8].
LAMP1 단백질 (lysosomal-associated membrane protein 1) 은 CD107a 항원으로도 알려져 있고, 막 당 단백질의 일종으로 암세포의 전이에 관여하는 것으로 생각된다 [J Biol Chem. 1990 May 5;265(13):7548-51].
LC3 단백질 (MAP1 light chain 3-like protein 1) 은 미세소관-연관 단백질로서 미세소관과 세포골격의 상호작용에 관여하며, LC3 단백질은 효모의 ATG8 동족체로서 여러 자식작용 단백질들의 작용에 의해 포스파티딜에탄올아민과 결합되어 오토파고좀을 구성하는 것으로 알려져 있다 [J Biol Chem. 1994 Apr 15;269(15):11492-7].
PRKAA1 단백질 (AMP-activated protein kinase, catalytic, alpha-1) 은 AMPK의 촉매성 서브유닛이고, 이 AMPK는 세포내의 에너지 수준을 감지하는 역할을 하는 단백질로서 AMP/ATP 의 비율이 증가하면 활성화되어 여러 생합성 작용을 제한하는 역할을 하는 것으로 알려져 있다 [FEBS Lett. 1994 Dec 12;356(1):117-21].
PTEN 단백질 (phosphatase and tensin homolog) 은 종양 억제자로 알려져 있으며, 여러 종류의 암에서 불활성화 되어 있고, 단백질 포스파타아제이면서 포스파티딜이노시톨-3,4,5-트리스포스페이트 3-포스파타아제로서 PI3K-AKT/PKB 신호 전달을 약화시키는 작용을 하는 것으로 알려져 있다 [Nat Genet. 1997 Apr;15(4):356-62].
ULK1 단백질 (Unc-51-like kinase 1) 은 축색돌기 성장에 관련된 세린/트레오닌 키나아제이며, ATG1 동족체로도 알려져 있고, 자식작용과 관련하여 mTOR에 의해 인산화되는 것으로 알려져 있다 [Genomics. 1998 Jul 1;51(1):76-85].
XIAP 단백질 (X-linked inhibitor of apoptosis protein) 은 IAP 군의 일원으로서, IAP 중에서도 강한 세포사멸 억제 효과를 갖고 있으며, 종양 괴사 인자 수용체-연관 인자 TRAF1, TRAF2 와의 결합을 통한 세포사멸 억제, 카스파아제 활성 억제의 작용을 하는 것으로 알려져 있다 [Nature. 1996 Jan 25;379(6563):349-53].
그러나, 상기 단백질들이 구체적으로 간암 조직에서 발현량이나 발현 패턴이 어떻게 변화하는지, 간암의 예후 추정에 있어서 어떻게 활용될 수 있는지에 대해서는 알려지지 않았으며, 현재까지 상기 단백질이나 상기 단백질을 코딩하는 유전자들을 간암 예후 마커로서 사용한 예는 없었다.
본 발명은 간암의 예후와 관련된 바이오마커를 제공하여, 간암 환자의 예후 추정이 간편하고 정확하게 이루어지도록 하고, 나아가 간암의 치료제 개발에 중요한 시발점을 제공하는 것을 목적으로 한다. 이에 따라 본 발명에서는 간암 예후 마커, 상기 간암 예후 마커의 발현량 변화를 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물, 상기 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트, 상기 간암 예후 마커를 이용하는 간암 예후 추정 방법, 상기 간암 예후 마커를 활용한 간암 치료제 스크리닝 방법을 제공하고자 한다.
본 발명자들은 간암의 발병이 확인된 다수의 환자들에게서 채취한 간암 조직들의 유전자 발현 정도를 비교한 후, 각 환자들의 경과에 따라 특이적으로 과량 또는 소량 발현하는 유전자들을 검출하여 간암 예후 추정에 사용될 수 있는 간암 예후 마커들을 발굴해내었다.
본 발명의 첫번째 국면은 하기 유전자로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 또는 둘 이상의 조합을 포함하는 간암 예후 마커에 관한 것이다:
CBS (cystathionine beta-synthase; NCBI GI: 209862802; 서열번호 79);
NNMT (nicotinamide N-methyltransferase; NCBI GI: 62953139; 서열번호 80);
TKT (transketolase; NCBI GI: 205277461; 서열번호 81);
AIFM1 (Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial; NCBI GI: 22202627; 서열번호 82);
AKT1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase; NCBI GI: 62241010; 서열번호 83);
ATG3 (Autophagy-related protein 3; NCBI GI: 34147490; 서열번호 84);
ATG5 (Autophagy protein 5; NCBI GI: 92859692; 서열번호 85);
ATG7 (Autophagy-related protein 7; NCBI GI: 222144225; 서열번호 86);
ATG12 (Autophagy-related protein 12; NCBI GI: 38261968; 서열번호 87);
BAX (Apoptosis regulator BAX; NCBI GI: 34335114; 서열번호 88);
BCL2 (Apoptosis regulator Bcl-2; NCBI GI: 72198188; 서열번호 89);
BCL2L1 (Apoptosis regulator Bcl-X; NCBI GI: 20336333; 서열번호 90);
BNIP3 (BCL2/adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3; NCBI GI: 7669480; 서열번호 91);
CASP8 (Caspase-8; NCBI GI: 122056470; 서열번호 92);
CSE1L (Exportin-2; NCBI GI: 29029558; 서열번호 93);
DIABLO (Diablo homolog, mitochondrial; NCBI GI: 218505810; 서열번호 94);
DRAM (Damage-regulated autophagy modulator; NCBI GI: 110825977; 서열번호 95);
E2F1 (Transcription factor E2F1; NCBI GI: 168480109; 서열번호 96);
FAS (Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6; NCBI GI: 23510419; 서열번호 97);
FRAP1 (FKBP12-rapamycin complex-associated protein; NCBI GI: 206725550; 서열번호 98);
LAMP1 (Lysosome-associated membrane glycoprotein 1; NCBI GI: 112380627; 서열번호 99);
LC3[MAP1LC3A] (Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A; NCBI GI: 31563519; 서열번호 100);
PRKAA1 (5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1; NCBI GI: 94557300; 서열번호 101);
PTEN (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN; NCBI GI: 110224474; 서열번호 102);
ULK1 (Serine/threonine-protein kinase ULK1; NCBI GI: 225637564; 서열번호 103); 및
XIAP (Baculoviral IAP repeat-containing protein 4; NCBI GI: 32528298; 서열번호 104).
간암의 예후는 다양한 관점에서 추정될 수 있지만, 대표적으로 재발가능성, 생존가능성, 무병생존가능성의 관점에서 판단된다. 본 명세서에서 기술된 연구는 다수의 간암 환자의 간암조직에서 유전자 발현 프로파일을 수득하고, 이를 재발가능성, 생존가능성, 무병생존가능성의 관점을 모두 고려한 통계적 데이터 처리 과정을 거쳐서, 유의성 있게 발현량의 차이가 발생하는 유전자들을 검출하여 간암의 예후 추정이 가능하도록 하는 마커들을 발굴하는 방식으로 진행되었다.
본 명세서에서 "간암 예후 마커"는 간암 발병 이후 예후가 양호하거나 불량한 환자를 예측해내는 기준이 되는 유전자 마커를 지칭한다. 본 발명에서 이 마커는 예후가 양호한 환자의 간암 조직 내에서의 발현량이 실험적으로 설정된 기준치와 비교할 때 특징적으로 많거나 적다. 구체적으로, 본 발명에서 이 마커는 예후가 양호한 환자와 불량한 환자의 간암 조직 내에서의 발현 차이에 기초하여 산출되는 p-값이 유의하게 낮다. 바람직하게는, 상기 p-값은 0.05 미만이다.
본 발명은 간암의 발병이 확인된 다수의 환자들의 간암 조직을 대상으로 하여 치료 경과가 양호하거나 불량한 환자의 간암 조직의 유전자 발현 프로파일을 기준치와 비교하여 분석한 것이기 때문에, 이렇게 확인된 마커는 간암의 예후가 양호하거나 불량한 환자를 그렇지 않은 환자와 특이적으로 구분해낼 수 있으며, 따라서 간암의 예후를 추정하는데 유용하게 사용될 수 있다. 나아가, 이렇게 확인된 마커가 특정 예후의 환자의 간암 조직에서 특이적으로 고발현 또는 저발현하는 것이라는 점을 감안한다면, 이 마커의 생리학적 기능은 간암 발병 및 진행, 특히 상기 예후와 관련된 생리학적 기능에 직접적으로 관계된 것일 가능성이 있으며, 따라서 이 마커는 간암 발병 및 진행의 메커니즘을 연구하거나 간암 치료제의 개발을 위한 표적으로서도 유용하게 사용될 수 있다.
특히 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커는 종래 유래가 없는 정도의 다수의 환자의 간암 조직을 통계적으로 분석하여 발굴해낸 것이기 때문에, 극히 일부 환자의 간암 조직의 유전자 발현 프로파일에 기초하여 발굴된 종래의 간암 관련 마커들에 비하여 더욱 유의성이 있고 임상적으로 활용 가치가 높은 마커들이며, 간암 예후 추정에 있어서 보다 정확한 예측력을 보유하는 것이다.
본 발명의 두번째 국면은 상기 첫번째 국면의 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물에 관한 것이다.
여기서 각 간암 예후 마커의 발현량이나 발현 패턴은 해당 유전자의 전사로 인해 생성된 mRNA의 양이나 패턴을 확인하는 통상적인 생화학적 분석 방법으로써 검출될 수 있다. 이러한 mRNA의 양이나 패턴을 확인하기 위한 분석 방법으로는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR (Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR (Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법 (RNase protection assay), 노던 (Northern blot) 블랏, DNA 마이크로어레이 (microarray) 등이 있으나, 그 외에도 당업계에서 통상적으로 수행되는 어떠한 방법이라도 사용될 수 있다.
이 분석 방법들을 통하여, 간암 환자의 생물학적 시료에서의 mRNA의 양이나 패턴을 기준치와 비교할 수 있고, 이로부터 본 발명의 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두의 차이를 검출하며, 간암 환자의 예후를 추정하는 것이 가능하게 된다. 본 명세서에서 "생물학적 시료"란 간암 예후 마커의 발현량이나 발현 패턴, 또는 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 검출할 수 있는 인체로부터 분리된 세포, 조직 등을 의미하며, 뇨, 혈액, 혈장, 혈청 등을 예로 들 수 있지만 특별히 이에 제한되지는 않는다.
mRNA의 양이나 패턴을 RT-PCR로 측정하기 위한 키트는 본 발명의 간암 예후 마커의 mRNA에 특이적인 프라이머를 포함한다. 본 명세서에서 "프라이머"는 템플레이트 (template) 와 상보적으로 결합할 수 있고 역전사효소 또는 DNA 중합효소가 템플레이트의 복제를 개시할 수 있도록 하는 자유 3말단 수산화기 (free 3' hydroxyl group) 를 가지는 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 특정 유전자의 핵산 서열에 상보적인 서열을 가지는 뉴클레오티드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp 의 길이가 사용될 수 있다. 그 외 RT-PCR 키트는 구체적인 실시 양상에 따라 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액, 데옥시뉴클레오티드 (dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수 (DEPCwater), 멸균수 등을 포함할 수 있다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응 (즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소) 을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시시킬 수 있다. 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 다른 염기 서열을 포함할 수도 있다. 프라이머는 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있으며, 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다.
본 발명의 두번째 국면에서의 "간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질"은 해당 간암 예후 마커의 발현량이나 발현 패턴의 분석 방법에 있어서 해당 마커에 특이적으로 사용될 수 있는 임의의 물질 또는 그 둘 이상의 조합일 수 있으며, 반드시 RT-PCR용 프라이머에 제한되는 것은 아니다. 본 발명의 두번째 국면은 대상 간암 환자의 간암 조직에서의 간암 예후 마커의 발현량이나 발현 패턴을 기준치와 비교하여 그 차이를 검출하는 것에 기술적 특징이 있는 것이기 때문에, 이러한 차이의 검출을 가능하게 하는 물질은 어떠한 것이라도 "간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질"로서 사용될 수 있고 발명이 목적하는 기술적 효과를 달성할 수 있으며, 당업자라면 당업계의 평균적인 지식을 참고하여 구체적인 실시양상에 따라 적당한 물질을 선택/선별하여 사용할 수 있을 것이다.
본 발명의 세번째 국면은 상기 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 간암 예후 마커의 발현량이나 발현 패턴은, 상기 본 발명의 두번째 국면과 같이 각 마커의 발현에 따른 mRNA의 양이나 패턴을 검출하는 방법을 사용하는 것 외에도, 시료 내에서 각 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 검출함으로써 각 마커의 발현량이나 발현 패턴을 유추하는 방법을 사용할 수도 있다.
본 발명에서 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴의 특이적인 검출은 생물학적 시료 내에 본 발명의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질이 얼마나 존재하는지 및 어떠한 패턴으로 존재하는지를 확인하는 과정을 의미하며, 예를 들어, 상기 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 그 존재량이나 존재 패턴을 확인하는 과정이 활용될 수 있다. 본 명세서에서 "항체"란 항원의 항원결정기 (epitope) 에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질을 의미하며, 다클론 항체, 단일클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함하는 개념이다.
항체를 이용하여 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 측정하는 방법으로는, 웨스턴 블랏, ELISA (enzyme linked immunosorbent assay) , 방사선 면역분석 (Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법 (radioimmunodiffusion), 오우크테를로니 (Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트 (rocket) 면역 전기영동, 조직 면역 염색, 면역 침전 분석법 (Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법 (Complement Fixation Assay), FACS, 단백질 칩 (protein chip) 등이 있으나, 그 외에도 당업계에서 통상적으로 수행되는 어떠한 방법이라도 사용될 수 있다.
이 분석 방법들을 통하여, 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서의 항원-항체 복합체의 형성량이나 그 형성 패턴과 기준치를 비교할 수 있고, 이로부터 본 발명의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 판단할 수 있으며, 궁극적으로 간암 환자의 예후를 추정할 수 있게 된다.
여기서 "항원-항체 복합체"란 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성량이나 형성 패턴은 통상 2차 항체에 연계된 검출 라벨 (detection label) 의 시그널의 크기 및 패턴을 검출함으로써 측정이 가능하다. 이러한 검출 라벨은 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자, 레독스 분자, 방사선 동위원소 등을 예로 들 수 있으나, 반드시 이로 제한되는 것은 아니다. 검출 라벨로서 효소가 사용되는 경우 이용 가능한 효소에는 β-글루쿠로니다제, β-D-글루코시다제, β-D-갈락토시다제, 우레아제, 퍼옥시다아제 또는 알칼라인 포스파타아제, 아세틸콜린에스테라제, 글루코즈 옥시다제, 헥소키나제와 GDPase, RNase, 글루코즈 옥시다제, 루시페라제, 포스포프럭토키나제, 포스포에놀피루베이트 카복실라제, 아스파르테이트 아미노트랜스페라제, 포스페놀피루베이트 데카복실라제, β-라타마제 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 형광물이 사용되는 경우 이용 가능한 형광물에는 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리테린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드, 플루오레스카민 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 리간드가 사용되는 경우 이용 가능한 리간드에는 바이오틴 유도체 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 발광물이 사용되는 경우 이용 가능한 발광물에는 아크리디늄 에스테르, 루시페린, 루시퍼라아제 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 미소입자가 사용되는 경우 이용 가능한 미소입자에는 콜로이드 금, 착색된 라텍스 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 레독스 분자가 사용되는 경우 이용 가능한 레독스 분자에는 페로센, 루테늄 착화합물, 바이올로젠, 퀴논, Ti 이온, Cs 이온, 디이미드, 1,4-벤조퀴논, 하이드로퀴논, K4W(CN)8, [Os(bpy)3]2+ , [RU(bpy)3]2+, [MO(CN)8]4- 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다. 검출 라벨로서 방사성 동위원소가 사용되는 경우 이용 가능한 방사성 동위원소에는 3H, 14C, 32P, 35S, 36Cl, 51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 90Y, 125I, 131I 또는 186Re 등이 있으나, 이로 제한되지 않는다.
본 발명의 세번째 국면에서의 "간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질"은 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 검출하기 위한 분석 방법에서 그 마커가 코딩하는 단백질에 대하여 특이적으로 사용될 수 있는 임의의 물질일 수 있으며, 반드시 항체로 제한되는 것은 아니다. 본 발명의 세번째 국면은 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 기준치와 비교하여 그 차이를 검출하는 것에 기술적 특징이 있는 것이기 때문에, 이러한 차이의 검출을 가능하게 하는 물질이라면 어떠한 것이라도 "간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질"로서 사용될 수 있고 발명이 목적하는 기술적 효과를 달성할 수 있으며, 당업자라면 당업계의 평균적인 지식 및 공지기술을 참고하여 구체적인 실시양상에 따라 적당한 물질을 특별한 어려움 없이 선택/선별하여 사용할 수 있을 것이다.
본 발명의 네번째 국면은 상기 본 발명의 두번째 국면 또는 세번째 국면의 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트에 관한 것이다.
본 발명의 간암 예후 추정용 키트는 간암 예후 추정용 조성물에 포함되는 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질 또는 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질 외에, 유전자 발현량이나 발현 패턴의 분석 방법 또는 단백질 존재량이나 존재 패턴의 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성 성분, 용액 또는 장치를 더 포함할 수 있다. 예를 들어, 상기 진단 키트가 유전자의 발현량이나 발현 패턴을 검출하기 위한 진단 키트인 경우에는, 이 진단 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 성분을 포함하는 진단 키트일 수 있으며, 이러한 RT-PCR 키트는 마커 유전자의 mRNA에 대한 특이적인 각각의 프라이머 외에도 구체적인 실시 양상에 따라 예를 들어 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액, 데옥시뉴클레오티드 (dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수 (DEPCwater), 멸균수, 정량 대조군으로 사용되는 유전자에 특이적인 프라이머 쌍 등을 포함할 수 있다. 한편, 상기 진단 키트가 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 검출하기 위한 진단 키트인 경우에는, 이 진단 키트는 예를 들어 ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 성분을 포함하는 진단 키트일 수 있으며, 이러한 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 성분들, 예를 들어 표지된 2차 항체, 발색단 (chromopores), 효소 (예를 들어, 항체와 접합된 효소) 및 그의 기질, 및 정량 대조군 단백질에 특이적인 항체 등을 포함할 수 있다. 또한, 구체적인 실시 양상에 따라서는, 상기 진단 키트는 DNA 마이크로어레이 또는 단백질 마이크로어레이를 포함할 수 있다.
본 발명의 다섯번째 국면은, 상기 본 발명의 두번째 국면의 간암 예후 추정용 조성물을 대상 간암 환자에게서 채취한 생물학적 시료에 처리하는 제 1 단계; 및 제 1 단계의 처리 결과를 기준치와 대비하여 제 1 항의 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두의 차이를 검출하는 제 2 단계를 포함하는 간암 예후 추정 방법에 관한 것이다. 또한, 추가로, 본 발명의 다섯번째 국면은, 상기 본 발명의 세번째 국면의 간암 예후용 조성물을 간암 예후 추정용 조성물을 간암 환자에게서 채취한 생물학적 시료에 처리하는 제 1 단계; 및 제 1 단계의 처리 결과를 기준치와 대비하여 제 1 항의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두의 차이를 검출하는 제 2 단계를 포함하는 간암 예후 추정 방법에 관한 것이다.
예를 들어, 간암의 예후가 양호한 환자의 간암 조직에서 더 많이 발현하는 간암 예후 마커의 발현량의 차이를 검출하는 경우에는, 만약 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서의 상기 마커의 발현량이 기준치보다 많다면 이는 간암의 예후가 상대적으로 양호할 것이라는 점을 제시하는 것이라고 할 수 있을 것이다. 한편, 예를 들어, 간암의 예후가 불량한 환자의 간암 조직에서 더 많이 발현하는 간암 예후 마커의 발현량의 차이를 검출하는 경우에는, 만약 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서의 상기 마커의 발현량이 기준치보다 많다면 이는 간암의 예후가 상대적으로 불량할 것이라는 점을 제시하는 것이라고 할 수 있을 것이다.
한편, 예를 들어, 간암의 예후가 양호한 환자의 간암 조직에서 더 많이 발현하는 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량의 차이를 검출하는 경우에는, 만약 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서의 상기 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이 기준치보다 많다면 이는 간암의 예후가 상대적으로 양호할 것이라는 점을 제시하는 것이라고 할 수 있을 것이다. 한편, 예를 들어, 간암의 예후가 불량한 환자의 간암 조직에서 더 많이 발현하는 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량의 차이를 검출하는 경우에는, 만약 대상 간암 환자의 생물학적 시료에서의 상기 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이 기준치보다 많다면 이는 간암의 예후가 상대적으로 불량할 것이라는 점을 제시하는 것이라고 할 수 있을 것이다.
본 발명의 여섯번째 국면은 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커를 활용한 간암 치료제의 스크리닝 방법에 관한 것이다. 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커는 간암 환자의 예후에 따른 발현 양상의 차이가 두드러지는 것이기 때문에 간암의 발병이나 진행, 특히 상기 예후와 관련된 생리학적 기능에 직접 관여하는 유전자일 가능성이 있으며, 따라서 상기 마커가 코딩하는 단백질은 간암 발병이나 진행의 메커니즘을 연구하거나 간암 치료제의 개발을 위한 표적 단백질로서도 유용하게 사용될 수 있는 것이다. 즉, 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커는 간암의 치료제 개발의 중요한 전제를 해결한 것이므로, 따라서 이 마커를 이용하여 간암의 치료제를 스크리닝하는 방법도 또한 본 발명의 범주에 속한다.
본 발명의 여섯번째 국면의 예로는, 시험 화합물이 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커의 발현을 촉진 또는 억제하는지 여부를 확인하는 단계를 포함하는 간암 치료제의 스크리닝 방법을 들 수 있다. 이러한 치료제를 스크리닝하는 방법으로는, 예를 들어, RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR (Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR (Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법 (RNase protection assay), 노던 블랏, DNA 마이크로어레이, SAGE [Serial Analysis of Gene Expression; Velculescu et al, Science 270:484-7], MPSS [Massively Parellel Signature Sequencing; Brenner et al, PNAS. USA. 97, 1665-1670] 등을 활용할 수 있으나, 그 외에도 필요에 따라 당업계에 알려진 다수의 공지의 방법을 사용할 수 있다.
한편, 본 발명의 여섯번째 국면의 또다른 예로는, 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질에 시험 화합물을 결합시키는 제 1 단계; 및 시험 화합물이 상기 단백질의 생리학적 활성을 촉진 또는 억제하는지 여부를 확인하는 제 2 단계를 포함하는 간암 치료제의 스크리닝 방법을 들 수 있다. 이런 치료제를 스크리닝하는 방법으로는, 본 발명의 첫번째 국면의 간암 조기 진단용 단백질성 마커를 어피니티 칼럼에 고정시키고 이를 시료와 접촉시켜 정제하는 방법 [Pandya et al, Virus Res 87: 135-143, 2002], 투-하이브리드 (two-hybrid) 방법을 이용하는 방법, 웨스턴 블랏, 하이스루풋스크리닝 방법 [High-Throughput Screening; Aviezer et al, J Biomol Screen 6: 171-7, 2001] 등을 활용할 수 있으나, 그 외에도 필요에 따라 당업계에 알려진 다수의 공지의 방법을 사용할 수 있다.
본 발명의 여섯번째 국면에서 스크리닝에 사용하기 위한 시험 화합물로는, 예를 들어, 조직 추출액, 유전자 라이브러리의 발현산물, 합성 화합물, 합성 펩티드, 천연 화합물 등이 사용될 수 있으나 이에 제한되지는 않는다.
본 발명의 일곱번째 국면은, 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질을 특이적으로 인식하는 항체에 관한 것이다.
본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커를 특이적으로 인식하는 항체는 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량이나 존재 패턴을 특이적으로 검출하는 대표적인 물질이며, 따라서 간암의 예후 추정을 위해 유용하게 사용할 수 있는 물질에 해당한다. 나아가, 경우에 따라서는 간암의 발병이나 진행에 중요한 역할을 담당하는 단백질의 활성을 특이적으로 촉진하거나 억제할 수도 있으며, 이에 따라 간암에 대한 치료제로서도 활용될 수 있다.
본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 발굴되었으므로, 이를 이용하여 각 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질에 대한 다클론 항체, 단일클론 항체 및 재조합 항체를 제조하는 것은 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 수행될 수 있다.
다클론 항체는 상기한 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산할 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소, 개 등의 다양한 동물 종 숙주로부터 제조 가능하며, 그 제조 방법은 당업계에 잘 알려져 있다.
단일클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법 (hybridoma method) (Kohler 및 Milstein (1976) European Jounral of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리 (Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991) 기술 등을 이용하여 제조될 수 있다. 통상적으로, 하이브리도마 방법은 본 발명의 첫번째 국면의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질 항원을 주사한 마우스와 같은 면역학적으로 적합한 숙주 동물로부터의 세포를 이용하고, 나머지 하나의 집단으로는 암 또는 골수종 세포주를 이용한다. 이러한 두 집단의 조직들을 폴리에틸렌글리콜과 같은 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 융합시키고 나서 항체-생산 세포를 표준적인 조직 배양 방법에 의해 증식시킨다. 한계 희석법 (limited dilution technique) 에 의한 서브클로닝에 의해 균일한 세포 집단을 수득한 후, 원하는 항체를 생산할 수 있는 하이브리도마를 공지된 기술에 따라 시험관 내에서 또는 생체내에서 대량으로 배양한다. 파지 항체 라이브러리 방법은 원하는 항체의 유전자를 획득하여 이를 파아지의 표면에 융합 단백질 형태로 발현시킴으로서 항체 라이브러리를 시험관 내에서 제작하고, 이 라이브러리로부터 원하는 단일클론 항체를 분리하여 단일클론 항체를 제작하는 방법이다. 상기 방법으로 제조된 단일클론 항체는 젤 전기영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 공지된 방법을 이용하여 분리할 수 있다.
본 발명의 일곱번째 국면의 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv 등이 있다.
본 발명에 의하여, 본 발명은 간암 예후 마커, 상기 간암 예후 마커의 발현량 변화를 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물, 상기 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트, 상기 간암 예후 마커를 이용하는 간암 예후 추정 방법, 상기 간암 예후 마커를 활용한 간암 치료제 스크리닝 방법이 제공된다.
상기 간암 예후 마커는 간암 환자의 간편하고 정확한 예후 추정에 유용하게 사용될 수 있다. 나아가, 이 마커의 생리학적 기능은 간암의 발병이나 진행에 직접적으로 관계된 것일 가능성이 있으며, 따라서 이 마커는 간암 발병 또는 진행의 메커니즘을 연구하거나 간암 치료제의 개발을 위한 표적으로서도 유용하게 사용될 수 있다.
상기 간암 예후 마커는 종래 유래가 없는 정도의 다수의 환자의 간암 조직을 통계적으로 분석하여 발굴해낸 것이기 때문에 더욱 유의성이 있고 임상적으로 활용 가치가 높은 마커들이며, 간암 예후 추정에 있어서 보다 정확한 예측력을 보유하는 것이다.
도 1 내지 10은 본원 발명의 간암 예후 마커들을 재발, 생존, 무병생존의 측면에서 측정하여 도시한 카플란-마이어 곡선이다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 보다 구체적으로 설명하나, 이는 본 발명의 이해를 돕기 위한 것일 뿐 본 발명의 범위를 어떤 식으로든 제한하고자 하는 것은 아니다.
실시예 1: RNA 추출 및 cDNA 합성
간암 발병이 진단되고 진행 경과가 확인된 120명의 간암 환자의 간암 조직 및 주변 정상 조직을 입수하였다. 하기의 방식에 따라 각 조직의 RNA를 추출하고 cDNA를 합성하였다.
RNeasy Minikit (독일 Qiagen 사) 를 사용하여 사용자 설명서에 따라 간암 조직 및 주변 정상 조직으로부터 전체 RNA를 추출하였다. 수득된 RNA 추출물을 Bioanalyzer 2100 (미국 Agilent Technologies 사) 를 사용하여 전체 RNA를 정량하였다. 추출 단계에서 DNase I을 처리하여 RNA 추출물에 오염된 게놈 DNA를 제거하였다. 전체 RNA 4 μg 을 포함하는 샘플을 1 μM 올리고d(T)18 프라이머 (한국 Genotech 사) 2 μl 과 함께 70℃에서 7분간 배양하였고, 얼음 위에서 5분간 식혔다. 효소 혼합액 [0.1 M DTT (네덜란드 Duchefa 사) 2 μl, 10× 역전사 완충액 2 μl, 2 mM dNTP 5 μl, 200 U/μl MMLV 역전사효소 1 μl, 및 40 U/μl RNase 저해자 (한국 Enzynomics 사) 1 μl; 총 11 μl] 을 별도로 준비하였다. 효소 혼합액을 상기 RNA를 포함하는 샘플에 첨가하였고, 42℃에서 90분간 배양하였으며, 이어서 80℃에서 10분간 배양하여 역전사효소를 불활성화시켰다. 상기 샘플에 디에틸피로카르보네이트(DEPC)-처리한 물을 첨가하여 최종 부피가 400 μl 가 되도록 하였다.
실시예 2: 정량적 실시간 PCR
실시예 1에서 수득된 cDNA 샘플 각각에 대하여 PRISM 7900HT (미국 Applied Biosystems 사) 을 사용하여 사용자 설명서에 따라 하기 2 종의 유전자 마커에 대하여 실시간 PCR 증폭을 수행하였다:
CBS (cystathionine beta-synthase; NCBI GI: 209862802; 서열번호 79); 및
NNMT (nicotinamide N-methyltransferase; NCBI GI: 62953139; 서열번호 80).
실시간 PCR 분석은 2× 태크만 유전자 발현 주혼합액 (미국 Applied Biosystems 사) 5 μl, 5 μM 포워드 및 리버스 프라이머 각 1 μl, 1 μM 프로브 (한국 Genotech 사) 1 μl, cDNA 2 μl (대조군의 경우 동량의 물) 로 이루어진 총 10 μl 의 부피에서 실시간 PCR 분석을 수행하였다. 95℃에서 10분간 해리 단계를 거친 후, 95℃에서 15초간 해리, 60℃에서 1분간 합성의 순환을 통하여 증폭시켰다. 프라이머와 프로브 서열은 Primer Express 3.0 (미국 Applied Biosystems 사) 를 사용하여 고안하였고 모든 프로브 서열은 5' 말단에 FAM 및 3' 말단에 TAMRA로 표지하였다. 각 마커에 대하여, 하기 표 1과 같은 프라이머 및 프로브 서열이 사용되었다:
표 1
Figure PCTKR2010002373-appb-T000001
각 마커 유전자의 발현을 3회 반복하여 측정하였고, 5 종의 참조 유전자 (B2M, GAPDH, HMBS, HPRT1, 및 SDHA) 의 평균적인 발현을 공제하여 표준화하였다. 각 마커의 CT (기준치를 달성하는데 소요되는 사이클 횟수) 를 측정하였고, ΔCT 값 (각 마커의 CT - 참조 유전자의 평균 CT) 을 계산하였으며, mRNA의 카피수는 2-ΔCT로 계산되었다. cDNA 샘플의 연속적 희석물의 동시적 증폭의 결과로부터 표준 곡선을 완성하였다.
실시예 3: 통계적 분석
실시예 2에서 수득된 각 마커에 대한 표준화된 발현, 및 각 조직을 제공한 환자의 경과를 고려하여, 카플란-마이어 곡선을 완성한 후 유의성 검정을 수행하였다.
간암 조직을 제공한 120명의 환자의 경과를 토대로 재발, 생존, 무병생존 각각에 대하여 기간이 짧은 순서대로 나열하였다. 생존한 환자 (또는 재발한 환자) 를 위험에 노출된 대상 환자수로 나누어 구간 생존율 (또는 구간 재발율) 을 구하였다. 누적 생존율 (또는 누적 재발율) 은 조건부 확률이며, 이전까지의 누적 생존율 (또는 누적 재발율) 에 현재의 구간 생존율 (또는 구간 재발율) 을 곱하여 구하였다. 가로축을 생존시간 (또는 관찰기간), 세로축을 누적 생존율 (또는 누적 재발율) 로 하여 계단 함수로 그려서 카플란-마이어 곡선을 완성하였다.
각 마커에 대하여, 재발, 생존, 무병생존에 관한 카플란-마이어 곡선을 완성하였다. 실시예 2에서 측정된 각 마커의 발현을, 실험적으로 결정된 통계적으로 유의한 기준치에 의거하여 고발현 및 저발현으로 분류하였으며, 각 마커에 대하여 고발현 및 저발현의 경우를 분리하여 카플란-마이어 곡선을 완성하였다. 완성된 카플란-마이어 곡선을 도 1에 나타내었다.
도 1에서 확인할 수 있다시피, 재발 (Recurrence), 생존 (Overall Survival), 무병생존 (Disease-free Survival) 의 측면에서 완성된 카플란-마이어 곡선에 있어서, 각 마커들은 고발현의 경우와 저발현의 경우가 뚜렷하게 구분되는 곡선을 형성하였다. 이는 각 마커들이 고발현하는 경우와 저발현하는 경우 구간 재발율이나 구간 생존율, 및 이에 기초한 누적 재발율이나 누적 생존율에 현저한 차이가 발생한다는 것을 의미하며, 결과적으로 각 마커의 발현 양상이 차후 환자의 재발가능성이나 생존가능성을 시사하는 지표가 될 수 있음을 의미하는 것이다.
각 마커 및 그 둘의 조합에 대하여 재발 또는 사망이 일어난 시점마다 관찰값과 기대값을 계산하여 교차분석 (Chi-square test) 통계량을 구하는 방식으로 로그순위 (log-rank) 법에 의한 유의성 검정을 시행하여 p-값을 산출하였다. 산출된 p-값은 하기 표 2와 같다.
표 2
Figure PCTKR2010002373-appb-T000002
상기 표 2에서 확인할 수 있다시피, 각 마커 또는 그 둘의 조합은 재발, 생존, 무병생존 모두에 대하여 유의한 정도로 낮은 p-값을 나타내었다. 특히, 두 마커의 조합의 경우 재발, 생존, 및 무병생존에 대한 모든 p-값이 0.05 미만으로 바람직하였다. p-값이 낮으면 낮을수록 통계적 유의성은 커지는 것인바, 상기 낮은 p-값은 각 마커 또는 그 둘의 조합에 따른 간암 예후 추정이 정확도가 높을 것이라는 점을 시사한다.
실시예 4: 추가의 마커 발굴
185명의 간암 환자의 간암 조직 및 그 주변 정상 조직을 입수하여 실험한 것을 제외하고는 상기 실시예 1 내지 3과 동일한 방식으로 실험하여, 하기 유전자를 마커로 사용한 카플란-마이어 곡선과 p-값을 수득하였다:
TKT (transketolase; NCBI GI: 205277461; 서열번호 81).
사용된 프라이머 및 프로브는 하기 표 3과 같고, 카플란-마이어 곡선은 도 2와 같으며, 산출된 p-값은 표 4와 같다.
표 3
Figure PCTKR2010002373-appb-T000003
표 4
Figure PCTKR2010002373-appb-T000004
도 2에서 확인할 수 있다시피, 재발, 생존, 무병생존의 측면에서 완성된 카플란-마이어 곡선에 있어서, 상기 마커는 고발현의 경우와 저발현의 경우가 뚜렷하게 구분되는 곡선을 형성하였다. 이는 상기 마커가 고발현하는 경우와 저발현하는 경우 구간 재발율이나 구간 생존율, 및 이에 기초한 누적 재발율이나 누적 생존율에 현저한 차이가 발생한다는 것을 의미하며, 결과적으로 상기 마커의 발현 양상이 차후 환자의 재발가능성이나 생존가능성을 시사하는 지표가 될 수 있음을 의미하는 것이다.
상기 표 4에서 확인할 수 있다시피, 상기 마커는 재발, 생존, 무병생존 모두에 대하여 p-값이 0.05 미만을 나타내어, 바람직한 수준으로 낮은 p-값을 나타내었다. p-값이 낮으면 낮을수록 통계적 유의성은 커지는 것인바, 상기 낮은 p-값은 상기 마커에 따른 간암 예후 추정이 정확도가 높을 것이라는 점을 시사한다.
실시예 5: 추가의 마커 발굴
369명의 간암 환자의 간암 조직 및 그 주변 정상 조직을 입수하여 실험한 것을 제외하고는 상기 실시예 1 내지 3과 동일한 방식으로 실험하여, 하기 23종의 유전자를 마커로 사용한 카플란-마이어 곡선과 p-값을 수득하였다:
AIFM1 (Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial; NCBI GI: 22202627; 서열번호 82);
AKT1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase; NCBI GI: 62241010; 서열번호 83);
ATG3 (Autophagy-related protein 3; NCBI GI: 34147490; 서열번호 84);
ATG5 (Autophagy protein 5; NCBI GI: 92859692; 서열번호 85);
ATG7 (Autophagy-related protein 7; NCBI GI: 222144225; 서열번호 86);
ATG12 (Autophagy-related protein 12; NCBI GI: 38261968; 서열번호 87);
BAX (Apoptosis regulator BAX; NCBI GI: 34335114; 서열번호 88);
BCL2 (Apoptosis regulator Bcl-2; NCBI GI: 72198188; 서열번호 89);
BCL2L1 (Apoptosis regulator Bcl-X; NCBI GI: 20336333; 서열번호 90);
BNIP3 (BCL2/adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3; NCBI GI: 7669480; 서열번호 91);
CASP8 (Caspase-8; NCBI GI: 122056470; 서열번호 92);
CSE1L (Exportin-2; NCBI GI: 29029558; 서열번호 93);
DIABLO (Diablo homolog, mitochondrial; NCBI GI: 218505810; 서열번호 94);
DRAM (Damage-regulated autophagy modulator; NCBI GI: 110825977; 서열번호 95);
E2F1 (Transcription factor E2F1; NCBI GI: 168480109; 서열번호 96);
FAS (Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6; NCBI GI: 23510419; 서열번호 97);
FRAP1 (FKBP12-rapamycin complex-associated protein; NCBI GI: 206725550; 서열번호 98);
LAMP1 (Lysosome-associated membrane glycoprotein 1; NCBI GI: 112380627; 서열번호 99);
LC3[MAP1LC3A] (Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A; NCBI GI: 31563519; 서열번호 100);
PRKAA1 (5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1; NCBI GI: 94557300; 서열번호 101);
PTEN (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN; NCBI GI: 110224474; 서열번호 102);
ULK1 (Serine/threonine-protein kinase ULK1; NCBI GI: 225637564; 서열번호 103); 및
XIAP (Baculoviral IAP repeat-containing protein 4; NCBI GI: 32528298; 서열번호 104)
사용된 프라이머 및 프로브는 하기 표 5와 같고, 카플란-마이어 곡선은 도 3 내지 10과 같으며, 각 마커에 대하여 산출된 p-값은 표 6과 같다. 2 종의 마커가 임의로 조합된 경우 산출된 p-값은 표 7 내지 9와 같다.
[규칙 제26조에 의한 보정 14.05.2010]　
Figure WO-DOC-TABLE-5
[규칙 제26조에 의한 보정 14.05.2010]　
Figure WO-DOC-153
표 6
Figure PCTKR2010002373-appb-T000006
표 7
Figure PCTKR2010002373-appb-T000007
표 8
Figure PCTKR2010002373-appb-T000008
표 9
Figure PCTKR2010002373-appb-T000009
도 3내지 10에서 확인할 수 있다시피, 재발, 생존, 무병생존의 측면에서 완성된 카플란-마이어 곡선에 있어서, 각 마커는 고발현의 경우와 저발현의 경우가 뚜렷하게 구분되는 곡선을 형성하였다. 이는 각 마커가 고발현하는 경우와 저발현하는 경우 구간 재발율이나 구간 생존율, 및 이에 기초한 누적 재발율이나 누적 생존율에 현저한 차이가 발생한다는 것을 의미하며, 결과적으로 각 마커의 발현 양상이 차후 환자의 재발가능성이나 생존가능성을 시사하는 지표가 될 수 있음을 의미하는 것이다.
상기 표 6 내지 9에서 확인할 수 있다시피, 각 마커 또는 2 종의 마커의 모든 조합은 재발, 생존, 무병생존 모두에 대하여 유의한 정도로 낮은 p-값을 나타내었다. p-값이 낮으면 낮을수록 통계적 유의성은 커지는 것인바, 상기 낮은 p-값은 각 마커 또는 이들의 조합에 따른 간암 예후 추정이 정확할 것이라는 점을 시사한다. 특히, 각 마커 또는 2 종의 마커의 임의의 조합은 대부분 0.05 미만의 바람직하게 낮은 p-값을 나타내었다.
3종 이상의 마커의 조합에 관한 p-값은 모두 0.05 미만이었다. 가장 p-값이 낮은 단일 마커나 둘 이상의 마커의 조합 및 해당 p-값은 하기 표 10과 같다.
표 10
Figure PCTKR2010002373-appb-T000010
상기 표 10으로부터, 본 발명의 마커들이 조합되면 조합될수록 p-값이 낮아진다는 점을 알 수 있다. 이는 본 발명의 마커들이 조합되면 조합될수록 더욱 유의한 정도로 낮은 p-값을 나타낸다는 것으로서, 이 마커들의 조합에 기초한 예후 추정의 정확도는 더욱 향상될 것이라는 점을 알 수 있다.
실시예 6: 교차 검증
실시예 5에서 통계적으로 유의하게 나타난 마커들의 조합에 대하여, 교차 검증을 수행하였다.
369명의 간암 환자를 무작위로 두 군 (양성군: 185명; 시험군: 184명) 으로 나누고, 양성군에 대하여 상기 실시예 3에서와 동일한 방식으로 통계적으로 유의하게 나타나는 기준치를 실험적으로 설정하여 고발현과 저발현을 분류하였다. 이렇게 설정된 기준치를 고정한채 시험군에 대하여 재발, 생존, 무병생존의 측면에서 p<0.05 또는 p<0.001 의 수준으로 예측 정확도를 계산하였다.
재발, 생존, 무병생존의 각 측면에서 우수한 예측 정확도를 나타낸 대표적인 예는 다음과 같다.
재발: AIFM1_AKT1_LC3 (p<0.05 수준에서 77.3%)
생존: ATG5_DRAM_FAS_XIAP (p<0.001 수준에서 87.3%)
무병생존: AIFM1_AKT1_LC3 (p<0.05 수준에서 71.3%)

Claims (11)

  1. 하기 유전자로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 또는 둘 이상의 조합을 포함하는 간암 예후 마커:
    CBS (cystathionine beta-synthase; NCBI GI: 209862802; 서열번호 79);
    NNMT (nicotinamide N-methyltransferase; NCBI GI: 62953139; 서열번호 80);
    TKT (transketolase; NCBI GI: 205277461; 서열번호 81);
    AIFM1 (Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial; NCBI GI: 22202627; 서열번호 82);
    AKT1 (RAC-alpha serine/threonine-protein kinase; NCBI GI: 62241010; 서열번호 83);
    ATG3 (Autophagy-related protein 3; NCBI GI: 34147490; 서열번호 84);
    ATG5 (Autophagy protein 5; NCBI GI: 92859692; 서열번호 85);
    ATG7 (Autophagy-related protein 7; NCBI GI: 222144225; 서열번호 86);
    ATG12 (Autophagy-related protein 12; NCBI GI: 38261968; 서열번호 87);
    BAX (Apoptosis regulator BAX; NCBI GI: 34335114; 서열번호 88);
    BCL2 (Apoptosis regulator Bcl-2; NCBI GI: 72198188; 서열번호 89);
    BCL2L1 (Apoptosis regulator Bcl-X; NCBI GI: 20336333; 서열번호 90);
    BNIP3 (BCL2/adenovirus E1B 19 kDa protein-interacting protein 3; NCBI GI: 7669480; 서열번호 91);
    CASP8 (Caspase-8; NCBI GI: 122056470; 서열번호 92);
    CSE1L (Exportin-2; NCBI GI: 29029558; 서열번호 93);
    DIABLO (Diablo homolog, mitochondrial; NCBI GI: 218505810; 서열번호 94);
    DRAM (Damage-regulated autophagy modulator; NCBI GI: 110825977; 서열번호 95);
    E2F1 (Transcription factor E2F1; NCBI GI: 168480109; 서열번호 96);
    FAS (Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6; NCBI GI: 23510419; 서열번호 97);
    FRAP1 (FKBP12-rapamycin complex-associated protein; NCBI GI: 206725550; 서열번호 98);
    LAMP1 (Lysosome-associated membrane glycoprotein 1; NCBI GI: 112380627; 서열번호 99);
    LC3[MAP1LC3A] (Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A; NCBI GI: 31563519; 서열번호 100);
    PRKAA1 (5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1; NCBI GI: 94557300; 서열번호 101);
    PTEN (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN; NCBI GI: 110224474; 서열번호 102);
    ULK1 (Serine/threonine-protein kinase ULK1; NCBI GI: 225637564; 서열번호 103); 및
    XIAP (Baculoviral IAP repeat-containing protein 4; NCBI GI: 32528298; 서열번호 104).
  2. 제 1 항의 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물.
  3. 제 1 항의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질을 포함하는 간암 예후 추정용 조성물.
  4. 제 2 항에 있어서, 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질이 간암 예후 마커의 mRNA를 검출하기 위한 RT-PCR용 프라이머인 간암 예후 추정용 조성물.
  5. 제 3 항에 있어서, 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두를 특이적으로 검출하는 물질이 상기 단백질을 특이적으로 인식하는 항체인 간암 예후 추정용 조성물.
  6. 제 2 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항의 간암 예후 추정용 조성물을 포함하는 간암 예후 추정용 키트.
  7. 제 2 항 또는 제 4 항의 간암 예후 추정용 조성물을 대상 간암 환자에게서 채취한 생물학적 시료에 처리하는 제 1 단계; 및
    제 1 단계의 처리 결과를 기준치와 대비하여 제 1 항의 간암 예후 마커의 발현량, 발현 패턴, 또는 양자 모두의 차이를 검출하는 제 2 단계;
    를 포함하는 간암 예후 추정 방법.
  8. 제 3 항 또는 제 5 항의 간암 예후 추정용 조성물을 간암 환자에게서 채취한 생물학적 시료에 처리하는 제 1 단계; 및
    제 1 단계의 처리 결과를 기준치와 대비하여 제 1 항의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질의 존재량, 존재 패턴, 또는 양자 모두의 차이를 검출하는 제 2 단계;
    를 포함하는 간암 예후 추정 방법.
  9. 시험 화합물이 제 1 항의 간암 예후 마커의 발현을 촉진 또는 억제하는지 여부를 확인하는 단계;
    를 포함하는 간암 치료제의 스크리닝 방법.
  10. 제 1 항의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질에 시험 화합물을 결합시키는 제 1 단계; 및
    시험 화합물이 상기 단백질의 생리학적 활성을 촉진 또는 억제하는지 여부를 확인하는 제 2 단계;
    를 포함하는 간암 치료제의 스크리닝 방법.
  11. 제 1 항의 간암 예후 마커가 코딩하는 단백질을 특이적으로 인식하는 항체.
PCT/KR2010/002373 2009-04-17 2010-04-16 간암 예후 마커 WO2010120143A2 (ko)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2012505825A JP5745500B2 (ja) 2009-04-17 2010-04-16 肝臓癌予後マーカー
ES10764682.0T ES2576743T3 (es) 2009-04-17 2010-04-16 Marcador para pronóstico de cáncer de hígado
CN2010800213900A CN102428184A (zh) 2009-04-17 2010-04-16 肝癌预后标记物
US13/264,975 US20120115153A1 (en) 2009-04-17 2010-04-16 Marker for prognosis of liver cancer
EP10764682.0A EP2420575B1 (en) 2009-04-17 2010-04-16 Marker for prognosis of liver cancer

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020090033638A KR100964193B1 (ko) 2009-04-17 2009-04-17 간암 예후 마커
KR10-2009-0033638 2009-04-17

Publications (2)

Publication Number Publication Date
WO2010120143A2 true WO2010120143A2 (ko) 2010-10-21
WO2010120143A3 WO2010120143A3 (ko) 2011-05-26

Family

ID=42370128

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/KR2010/002373 WO2010120143A2 (ko) 2009-04-17 2010-04-16 간암 예후 마커

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20120115153A1 (ko)
EP (1) EP2420575B1 (ko)
JP (1) JP5745500B2 (ko)
KR (1) KR100964193B1 (ko)
CN (2) CN102428184A (ko)
ES (1) ES2576743T3 (ko)
WO (1) WO2010120143A2 (ko)

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012036329A1 (ko) * 2010-09-16 2012-03-22 씨비에스바이오사이언스 주식회사 간암 예후 예측용 조성물 또는 키트, 및 간암 예후 예측 방법
KR101346038B1 (ko) * 2010-09-16 2013-12-27 박진영 간암 예후 예측용 조성물 또는 키트, 및 간암 예후 예측 방법
WO2014018801A1 (en) * 2012-07-25 2014-01-30 The Texas A&M University System Diagnosis and treatment of cancer using differentially expressed starvation markers
EA201591219A1 (ru) * 2012-12-27 2015-12-30 Санофи Антитела против lamp1 и конъюгаты антитела и лекарственного средства, а также их применение
EP2989466B1 (en) * 2013-04-25 2018-10-31 CBS Bioscience, Co., Ltd Analytical method for increasing susceptibility of molecular targeted therapy in hepatocellular carcinoma
AU2014101153A4 (en) * 2014-01-03 2014-10-23 Macau University Of Science And Technology A Group of Alkaloids, the Novel Autophagic Enhancers for Treatment of Cancers and Neurodegenerative Conditions Thereof
CN105477644A (zh) * 2014-09-18 2016-04-13 南京大学 Pp2a拮抗剂在制备促进肝脏再生药物中的应用
KR102042332B1 (ko) 2018-01-25 2019-11-07 가톨릭대학교 산학협력단 간암의 재발 및 예후 예측용 tcirg1 마커 및 이의 용도
CN110656168B (zh) * 2019-09-30 2023-04-18 中南大学 一种copd早期诊断标志物及其应用
CN114381461B (zh) * 2022-03-24 2022-07-19 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种通过清除野生型p53蛋白促进ATG5-ATG12共轭增强细胞自噬的应用
CN114717320A (zh) * 2022-04-21 2022-07-08 中山大学附属第一医院 一种新的肝癌肿瘤标志物及其应用
CN117517658B (zh) * 2023-11-14 2024-04-12 北京大学 检测组蛋白烟酰化修饰试剂的新用途

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20050123938A1 (en) * 1999-01-06 2005-06-09 Chondrogene Limited Method for the detection of osteoarthritis related gene transcripts in blood
US20040241726A1 (en) * 1999-01-06 2004-12-02 Chondrogene Limited Method for the detection of allergies related gene transcripts in blood
US6974667B2 (en) * 2000-06-14 2005-12-13 Gene Logic, Inc. Gene expression profiles in liver cancer
AU2002364078A1 (en) * 2001-12-21 2003-09-02 Gene Logic, Inc. Gene expression profiles in liver disease
JP4280814B2 (ja) * 2002-01-17 2009-06-17 国立がんセンター総長 肝がん診断マーカー、肝がんの検出方法、肝がんの診断方法、肝がん分析用定量キット、肝がん細胞スクリーニングキット、肝がん分析方法
WO2005052156A1 (ja) * 2003-11-28 2005-06-09 Kanagawa Academy Of Science And Technology 肝癌の検出方法及び肝癌診断薬並びに癌治療薬
EP1830289A1 (en) * 2005-11-30 2007-09-05 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Methods for hepatocellular carninoma classification and prognosis
US8067152B2 (en) * 2006-02-27 2011-11-29 The Fred Hutchinson Cancer Research Center Liver cancer biomarkers
WO2007133551A2 (en) * 2006-05-08 2007-11-22 Hitachi Chemical Co., Ltd. Method for testing drug sensitivity in solid tumors by quantifying mrna expression in thinly-sliced tumor tissue
WO2007132883A1 (ja) * 2006-05-17 2007-11-22 Yokohama City University 肝臓癌の鑑別、疾患ステージの判定又は予後の予測方法及びキット
US20100196889A1 (en) * 2006-11-13 2010-08-05 Bankaitis-Davis Danute M Gene Expression Profiling for Identification, Monitoring and Treatment of Colorectal Cancer
KR20090029868A (ko) * 2007-09-19 2009-03-24 한국생명공학연구원 체액 내 간암 마커로서의 아넥신 2 및 이를 이용한 간암진단 키트

Non-Patent Citations (35)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AVIEZER ET AL., J BIOMOL SCREEN, vol. 6, 2001, pages 171 - 7
BIOCHEM J., vol. 326, 15 August 1997 (1997-08-15), pages 1 - 16
BRENNER ET AL., PNAS. USA, vol. 97, pages 1665 - 1670
CELL, vol. 102, no. 1, 7 July 2000 (2000-07-07), pages 43 - 53
CELL, vol. 126, no. 1, 14 July 2006 (2006-07-14), pages 121 - 34
CELL, vol. 74, no. 4, 27 August 1993 (1993-08-27), pages 597 - 608
CELL, vol. 74, no. 4, 27 August 1993 (1993-08-27), pages 609 - 19
CLACKSON ET AL., NATURE, vol. 352, 1991, pages 624 - 628
FEBS LETT, vol. 356, no. 1, 12 December 1994 (1994-12-12), pages 117 - 21
GENE, vol. 173, no. 2, 16 September 1996 (1996-09-16), pages 163 - 9
GENOMICS, vol. 51, no. 1, 1 July 1998 (1998-07-01), pages 76 - 85
GENOMICS, vol. 52, no. 3, 15 September 1998 (1998-09-15), pages 312 - 24
J BIOL CHEM., vol. 265, no. 13, 5 May 1990 (1990-05-05), pages 7548 - 51
J BIOL CHEM., vol. 267, no. 15, 25 May 1992 (1992-05-25), pages 10709 - 15
J BIOL CHEM., vol. 268, no. 2, 15 January 1993 (1993-01-15), pages 1397 - 404
J BIOL CHEM., vol. 269, no. 15, 15 April 1994 (1994-04-15), pages 11492 - 7
J BIOL CHEM., vol. 269, no. 20, 20 May 1994 (1994-05-20), pages 14835 - 40
J BIOL CHEM., vol. 273, no. 51, 18 December 1998 (1998-12-18), pages 33889 - 92
J BIOL CHEM., vol. 276, no. 3, 19 January 2001 (2001-01-19), pages 1701 - 6
J BIOL CHEM., vol. 277, no. 16, 19 April 2002 (2002-04-19), pages 13739 - 44
J EXP MED., vol. 186, no. 12, 15 December 1997 (1997-12-15), pages 1975 - 83
KOHLER; MILSTEIN, EUROPEAN JOUNRAL OF IMMUNOLOGY, vol. 6, 1976, pages 511 - 519
MARKS ET AL., J. MOL. BIOL., vol. 222, no. 58, 1991, pages 1 - 597
NAT GENET., vol. 15, no. 4, April 1997 (1997-04-01), pages 356 - 62
NATURE, vol. 369, no. 6483, 30 June 1994 (1994-06-30), pages 756 - 8
NATURE, vol. 379, no. 6563, 25 January 1996 (1996-01-25), pages 349 - 53
NATURE, vol. 397, no. 6718, 4 February 1999 (1999-02-04), pages 441 - 6
NATURE, vol. 432, 2004, pages 1032 - 1036
PANDYA ET AL., VIRUS RES, vol. 87, 2002, pages 135 - 143
PROC NATL ACAD SCI U S A., vol. 93, no. 25, 10 December 1996 (1996-12-10), pages 14486 - 91
PROC NATL ACAD SCI USA., vol. 83, no. 14, July 1986 (1986-07-01), pages 5214 - 8
PROC NATL ACAD SCI USA., vol. 84, no. 14, July 1987 (1987-07-01), pages 5034 - 7
PROC NATL ACAD SCI USA., vol. 92, no. 22, 24 October 1995 (1995-10-24), pages 10427 - 31
See also references of EP2420575A4
VELCULESCU ET AL., SCIENCE, vol. 270, pages 484 - 7

Also Published As

Publication number Publication date
WO2010120143A3 (ko) 2011-05-26
JP2012523833A (ja) 2012-10-11
US20120115153A1 (en) 2012-05-10
KR100964193B1 (ko) 2010-06-16
EP2420575B1 (en) 2016-03-30
EP2420575A4 (en) 2013-01-30
CN105648058A (zh) 2016-06-08
EP2420575A2 (en) 2012-02-22
ES2576743T3 (es) 2016-07-11
JP5745500B2 (ja) 2015-07-08
CN102428184A (zh) 2012-04-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2010120143A2 (ko) 간암 예후 마커
EP1781814B3 (en) Methods and kit for the prognosis of breast cancer
EP2456889B1 (en) Markers for endometrial cancer
JP5091163B2 (ja) 癌またはその素因の早期検出のための方法およびキット
US20130303826A1 (en) Prognostic signature for oral squamous cell carcinoma
WO2009113814A2 (ko) 간암 진단용 단백질성 마커
US20110092388A1 (en) Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of breast cancer
US20020076735A1 (en) Diagnostic and therapeutic methods using molecules differentially expressed in cancer cells
KR20080080525A (ko) 유전자 전사에 대한 ｆｇｆｒ３의 억제제의 효과
Yeh et al. Genetic characterization of fas-associated phosphatase-1 as a putative tumor suppressor gene on chromosome 4q21. 3 in hepatocellular carcinoma.
JP2006514823A (ja) 子宮頸癌の同定、評価、予防および治療を行うための組成物、キットおよび方法
WO2009007958A2 (en) Compositions, methods and kits for the diagnosis of carriers of mutations in the brca1 and brca2 genes and early diagnosis of cancerous disorders associated with mutations in brca1 and brca2 genes
WO2021086014A1 (ko) 폐암 환자의 면역치료 반응성 예측용 cxcl13 마커 및 이의 용도
US20110151443A1 (en) Marker for gastric cancer
WO2003073911A2 (en) Method and composition for detection and treatment of breast cancer
WO2012051568A1 (en) Identification and treatment of cancer subsets
KR20110106244A (ko) 간세포암종의 예후 진단용 단일 염기 다형성
EP1774046A2 (en) Novel nucleotide and amino acid sequences and assays and methods of use thereof for diagnosis of lung cancer
US20140011696A1 (en) Bap1 mutational analysis in determining susceptibility to, prognosis of, and treatment of melanocytic neoplasia
Sun et al. Correlation between COX-2 gene polymorphism and susceptibility to nasopharyngeal carcinoma.
WO2016013807A1 (ko) 표적 항암 치료제에 대한 감수성 예측 방법
EP2138589A1 (en) Molecular signature of liver tumor grade and use to evaluate prognosis and therapeutic regimen
KR100568724B1 (ko) 담관암 유전자 마커 및 이를 이용한 담관암 진단킷트
KR101346038B1 (ko) 간암 예후 예측용 조성물 또는 키트, 및 간암 예후 예측 방법
WO2023149608A1 (ko) 흑색종 치료 내성 예측용 trim51 바이오마커 및 이의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 201080021390.0

Country of ref document: CN

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application

Ref document number: 10764682

Country of ref document: EP

Kind code of ref document: A2

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2012505825

Country of ref document: JP

NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 2010764682

Country of ref document: EP

WWE Wipo information: entry into national phase

Ref document number: 13264975

Country of ref document: US