WO2006133749A1 - Thermocycler - Google Patents

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WO2006133749A1 PCT/EP2006/001995 EP2006001995W WO2006133749A1 WO 2006133749 A1 WO2006133749 A1 WO 2006133749A1 EP 2006001995 W EP2006001995 W EP 2006001995W WO 2006133749 A1 WO2006133749 A1 WO 2006133749A1
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receiving area
optical unit
base body
lid
positioning
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Henner Tasch
Bernd Krüger
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Eppendorf Ag
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    • G01—MEASURING; TESTING
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    • G01N21/01—Arrangements or apparatus for facilitating the optical investigation
    • G01N21/03—Cuvette constructions
    • G01N21/0303—Optical path conditioning in cuvettes, e.g. windows; adapted optical elements or systems; path modifying or adjustment
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L7/00—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices
    • B01L7/52—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices with provision for submitting samples to a predetermined sequence of different temperatures, e.g. for treating nucleic acid samples
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
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    • B01L2300/04—Closures and closing means
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    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
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    • B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
    • B01L2300/0627—Sensor or part of a sensor is integrated
    • B01L2300/0654—Lenses; Optical fibres

Definitions

  • the invention relates to a thermal cycler according to the preamble of claim 1.
  • thermocycler generally refers to devices in which PCR reactions can be carried out.
  • PCR is an established abbreviation, known to those skilled in the art, for a method in which target nucleic acids contained with a polymerase in a sample can be amplified.
  • thermocycler with which real-time mode can ⁇ be the increase of the amplified products measured over time in.
  • Thermocyclers of this type have a base body in which a receptable area for reaction vessels that is suitable for carrying out PCR reactions is formed.
  • a lid which can be moved from an open position to a working position above the receiving area.
  • an optical unit is arranged, which lies in the working position opposite the receiving area and can irradiate light into the reaction vessels and / or can absorb light emerging from the reaction vessels.
  • fluorescent dyes are contained in real-time PCR batches and the optical unit sends excitation light into the reaction vessels and absorbs any emitted fluorescence.
  • a plurality of light paths are defined in the optical unit, one of which is associated with a receptacle for a reaction vessel in the receiving area. To ensure error-free measurement it is important that the optical unit and the imaging area are exactly aligned during the PCR reaction.
  • lid and base body are usually shipped separately due to their weight.
  • base bodies are not necessarily limited to use in the real-time method, but rather can be used with other lids for conventional PCR methods.
  • the lid will not be mounted on the base body until after both units have left the factory.
  • the object of the invention is to provide a thermal cycler, in which a permanent adjustment of the optical unit and receiving area is possible even with later assembly of the lid to the base body in a particularly simple manner.
  • the optical unit and / or receiving area are accommodated with play in the cover or base body.
  • the game must be designed so that one for an adjustment of the Optic unit to the receiving area sufficient relative movement between the optical unit and receiving area is possible.
  • each positioning device on the base body is assigned in each case one positioning device on the cover.
  • At least one of these two mutually associated positioning devices is adjustable with respect to their position to the receiving area or the optical unit and fixed in a set position to the receiving area and / or the optical unit fixable.
  • An essential effect of the invention is that the receiving area and / or the optical unit with play in the base body or the lid are arranged, which an adjustment, e.g. after or during the assembly of the lid in the first place.
  • the adjustment can be done, for example, as mentioned below, by means of a jig, which is placed on the receiving area and then aligned when lowering the lid in the working position, the optical unit adjusted.
  • the positioning means are provided.
  • positioning are aligned in pairs to each other and fixed in the then assumed position, as far as they are, for example, slidably received. After fixing all positioning are stationary with respect to their position to the receiving area or the optical unit. In the operation of the device, it is sufficient to align the positioning to each other, which then automatically the optical unit and receiving area are adjusted to each other.
  • the mentioned adjustment takes place during operation in real-time mode.
  • the base body which does not necessarily have to be operated in real-time mode, not unnecessarily complex, it makes sense that the necessary facilities for the adjustment are provided only in the lid.
  • a preferred embodiment therefore provides that only the optical unit is received with play in the lid, while the receiving area is stationary in the base body.
  • Conceivable are a number of different suitable positioning devices.
  • the positioning devices are merely detectable markings which each have to be centered on one another when the cover is moved into the working position.
  • a detection device could then e.g. the light intensity passing through the holes in the templates is measured and adjusted to adjust the adjusted position by e.g. Move the optical unit to a maximum value.
  • Conceivably e.g. also magnetic or electrical positioning devices, to name just a few examples.
  • positioning devices are preferably provided which pass into the guide position when the cover is moved into the working position and then automatically align the receiving area and the optical unit in the adjusted position relative to one another.
  • a particularly preferred embodiment of the invention provides in this context that, for example, serving as positioning on the base body Guide pins are provided, which reach with bushes on the lid in Form gleichein- grip.
  • the base body is not necessarily intended exclusively for real-time purposes, e.g. be provided that not only the optical unit is received in the lid with play, while the receiving area is fixedly arranged in the base body, but that equally only the cover provided on the positioning means are adjustable and fixable with respect to their distance from the optical unit, while the positioning not adjustable on the base body, so are provided permanently fixed.
  • the adjustment of the optical unit and receiving area during assembly is preferably done by means of a jig. It is e.g. a device which can be arranged in a defined manner on the receiving area and e.g. upwardly facing leading edges, etc., which come into engagement with correspondingly provided counter walls at the lower end of the optical unit and then move accordingly in the adjusted position.
  • Fig. 1 shows schematically a sectional front view of the thermal cycler according to the invention, wherein the optical unit is additionally cut along the line I-I shown in FIG.
  • Fig. 2 shows a plan view of the optical unit of the invention
  • Thermocycler. 1 shows a thermal cycler 10 with a base body 11 and a cover 12.
  • the base body 11 has a heatable receiving area 13 with receptacles 14 for reaction vessels.
  • the positioning devices 15 and 16 are stationary and at a defined distance from the likewise stationary receiving area 13.
  • an optical unit 17 is mounted with play in the direction of the arrow 18 through holes 19 on support rods 20.
  • the holes 19 have a slightly larger diameter than the support rods, whereby the game is made possible.
  • the lower end of the optical unit 17 measuring openings 21 are provided.
  • the lower end has a frame 22.
  • the frame 22 is formed so that it can reach into adjustment engagement with a jig 23, which is defined in the case shown by means of pins 24 attached to the receiving area 13.
  • the frame 22 engages with the jig 23 and displaces the optical unit 17 to the right in the case shown, with the optical unit 17 or its measuring openings 21 aligned with the receptacles 14 for the reaction vessels.
  • adjustable bushings 27 and 28 are arranged.
  • the jacks 27 and 28 are brought into positive engagement with the pins 15 and 16, which is readily possible due to the adjustability of the sockets.
  • the jacks 27 and 28 can be fixed in their respective positions by means not shown, eg screws etc.
  • the bushings 27 and 28 can then no longer be moved in the direction of the arrows 25 and 26. Rather, they are stationary relative to the optical unit 17 and can only be moved together with it in the direction of the arrow 18.
  • the set by means of the teaching 23 alignment position of the optical unit 17 can thus be produced reproduced at each lowering by engaging the pins 15 and 16 with the jacks 27 and 28.
  • FIG. 2 shows a plan view of the optical unit 17 from FIG. 1.
  • the optical unit 17 is supported by four holes 19 on support rods 20 with play in the direction of the arrow 18. Also shown are the bushings 27 and 28 which are adjustable in the direction of the arrows 26 and 25 in grooves 29, 30 and fixed by means of a non-illustrated element in a set position.

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Abstract

Thermocycler mit einem Basiskörper, der einen temperierbaren Aufnahmebereich für Reaktionsgefäße aufweist, und mit einem an den Basiskörper montierbaren Deckel, der in montiertem Zustand aus einer geöffneten Position in eine Arbeitsstellung über den Aufnahmebereich bringbar ist, wobei in dem Deckel eine Optikeinheit angeordnet ist, wobei Optikeinheit und/oder Aufnahmebereich mit Spiel in dem Deckel bzw. Basiskörper aufgenommen sind, wobei das Spiel eine für eine Justierung der Optikeinheit zu dem Aufnahmebereich ausreichende Relativbewegung zwischen Optikeinheit und Aufnahmebereich erlaubt, und am Basiskörper und Deckel jeweils mindestens 2 Positioniereinrichtungen vorgesehen sind, die eine reproduzierbare Ausrichtung von Optikeinheit und Aufnahmebereich in einer zueinander justierten Position erlauben.

Description

Thermocycler
Die Erfindung bezieht sich auf einen Thermocycler nach dem Oberbegriff des Anspruches 1.
Der Begriff Thermocycler bezeichnet generell Einrichtungen, in denen PCR- Reaktionen durchgeführt werden kann. PCR ist eine etablierte, Fachleuten bekannte Abkürzung für eine Methode, bei dem mit einer Polymerase in einer Probe enthaltene Target-Nukleinsäuren amplifiziert werden können.
Die vorliegende Erfindung betrifft Thermocycler, mit denen im Real-Time- Modus die Zunahme der amplifizierten Produkte über die Zeit gemessen ^werden kann. Solche Thermocycler weisen einen Basiskörper auf, in dem ein für die Durchführung von PCR-Reaktionen geeignet temperierbarer Aufnahmebereich für Reaktionsgefäße ausgebildet ist.
Weiterhin ist ein Deckel vorgesehen, der aus einer geöffneten Position in eine Arbeitsstellung über dem Aufnahmebereich verfahren werden.kann. In dem Dek- kel ist eine Optikeinheit angeordnet, die in Arbeitsstellung dem Aufnahmebereich gegenüber liegt und Licht in die Reaktionsgefäße einstrahlen und/oder aus den Reaktionsgefäßen austretendes Licht aufnehmen kann. In der Regel sind in Real-Time-PCR-Ansätzen Fluoreszenzfarbstoffe enthalten und die Optikeinheit sendet Anregungslicht in die Reaktionsgefäße und nimmt eventuell emittierte Fluoreszenz auf.
Üblicherweise sind in der Optikeinheit mehrere Lichtwege definiert, von denen jeweils einer einer Aufnahme für ein Reaktionsgefäß in dem Aufnahmebereich zugeordnet ist. Um eine fehlerfreie Messung zu gewährleisten ist wichtig, dass die Optikeinheit und der Aufnahmebereich während der PCR-Reaktion exakt zueinander justiert sind.
Eine Vorabjustierung ab Werk ist in den meisten Fällen nicht möglich. So werden Deckel und Basiskörper auf Grund ihres Gewichtes in der Regel getrennt verschifft. Weiterhin sind Basiskörper nicht zwingend auf die Benutzung im Real- Time-Verfahren beschränkt, sondern können vielmehr auch mit anderen Deckeln für konventionelle PCR- Verfahren verwendet werden.
In einer Reihe von Anwendungsfällen wird der Deckel also erst später, nachdem beide Einheiten das Werk verlassen haben, an dem Basiskörper montiert.
Aufgabe der Erfindung ist es, einen Thermocycler bereitzustellen, bei dem eine dauerhafte Justierung von Optikeinheit und Aufnahmebereich auch bei späterer Montage des Deckels an dem Basiskörper in besonders einfacher Weise möglich ist.
Gelöst wird die Aufgabe mit einer Vorrichtung, die die Merkmale des Anspruches 1 aufweist.
Bei dem erfindungsgemäßen Thermocycler ist vorgesehen, dass Optikeinheit und/oder Aufnahmebereich mit Spiel in dem Deckel bzw. Basiskörper aufgenommen sind. Das Spiel muss so ausgelegt sein, dass eine für eine Justierung der Optikeinheit zu dem Aufnahmebereich ausreichende Relativbewegung zwischen Optikeinheit und Aufnahmebereich möglich ist.
Weiterhin sind am Basiskörper und Deckel jeweils mindestens 2 Positionierein- richtungen vorgesehen, wobei jeder Positioniereinrichtung am Basiskörper jeweils eine Positioniereinrichtung am Deckel zugeordnet ist. Jeweils mindestens eine dieser beiden einander zugeordneten Positioniereinrichtungen ist bezüglich ihrer Position zu dem Aufnahmebereich oder der Optikeinheit einstellbar und in einer eingestellten Position ortsfest zu dem Aufnahmebereich und/oder der Optikeinheit fixierbar.
Ein wesentlicher Effekt der Erfindung ist, dass der Aufnahmebereich und/oder die Optikeinheit mit Spiel in dem Basiskörper bzw. dem Deckel angeordnet sind, was eine Justierung, z.B. nach oder während der Montage des Deckels überhaupt erst ermöglicht. Die Justierung kann dabei z.B., wie weiter unten erwähnt, mittels einer Lehre erfolgen, die auf den Aufnahmebereich aufgesetzt wird und dann bei Absenken des Deckels in die Arbeitsstellung die Optikeinheit justiert ausrichtet.
Damit diese ausgerichtete Position von Optikeinheit und Aufnahmebereich während des Betriebs des Thermocyclers wiederholt und ohne erneute Justierung eingestellt werden kann, sind die Positioniereinrichtungen vorgesehen.
Während der Justierung werden die in dem erfindungsgemäßen Cycler vorgesehenen Positioniereinrichtungen paarweise zueinander ausgerichtet und in der dann eingenommenen Position fixiert, soweit sie z.B. verschiebbar aufgenommen sind. Nach der Fixierung sind alle Positioniereinrichtungen bezüglich ihres Position zu dem Aufnahmebereich bzw. der Optikeinheit ortsfest. Im Betrieb des Gerätes genügt es, die Positioniereinrichtungen zueinander auszurichten, womit dann automatisch Optikeinheit und Aufnahmebereich zueinander justiert sind. Vorteilhafte Ausgestaltungen der Erfindung sind in den Unteransprüchen angegeben.
Die erwähnte Justierung erfolgt bei Betrieb im Real-Time Modus. Um den Basiskörper, der nicht zwingend im Real-Time Modus betrieben werden muss, nicht unnötig aufwändig zu gestalten, ist sinnvoll, dass die für die Justierung erforderlichen Einrichtungen lediglich im Deckel vorgesehen sind. Eine bevorzugte Ausgestaltung sieht daher vor, dass lediglich die Optikeinheit mit Spiel im Deckel aufgenommen ist, während der Aufnahmebereich im Basiskörper ortsfest ist.
Denkbar sind eine Reihe unterschiedlicher geeigneter Positionier einrichtungen. Möglich ist z.B., dass es sich bei den Positioniereinrichtungen lediglich um de- tektierbare Markierungen handelt, die jeweils bei Verbringen des Deckels in die Arbeitsstellung zuneinander zentriert werden müssen. Denkbar wäre z.B., im Basiskörper als Positioniereinrichtung Leuchtdioden vorzusehen und im Deckel zugeordnete Lochschablonen. Mittels einer Detektionseinrichtung könnte dann z.B. die durch die Löcher in den Schablonen hindurchtretende Lichtintensität gemessen und zur Einstellung der justierten Position durch z.B. Verschieben der Optikeinheit auf einen maximalen Wert eingestellt werden. Denkbar sind z.B. auch magnetische oder elektrische Positioniereinrichtungen, um nur einige Beispiele zu nennen.
Bevorzugt werden jedoch Positioniereinrichtungen vorgesehen, die bei Verbringen des Deckels in Arbeitsstellung in Führungseingriff gelangen und dann Aufnahmebereich und Optikeinheit automatisch in der justierten Position zueinander ausrichten.
Eine besonders bevorzugte Ausgestaltung der Erfindung sieht in diesem Zusammenhang vor, dass z.B. am Basiskörper als Positioniereinrichtungen dienende Führungsstifte vorgesehen sind, die mit Buchsen am Deckel in Formschlussein- griff gelangen.
Da, wie oben angesprochen, der Basiskörper nicht zwingend ausschließlich für Real-Time-Zwecke gedacht ist, kann z.B. vorgesehen sein, dass nicht nur die Optikeinheit im Deckel mit Spiel aufgenommen ist, während der Aufnahmebereich fest in dem Basiskörper angeordnet ist, sondern dass gleichermaßen auch nur die am Deckel vorgesehenen Positioniereinrichtungen bezüglich ihres Abstandes zu der Optikeinheit einstellbar und fixierbar ausgebildet sind, während die Positioniereinrichtungen am Basiskörper nicht einstellbar, also dauerhaft ortsfest vorgesehen sind.
Wie oben angesprochen, erfolgt die Justierung von Optikeinheit und Aufnahmebereich während der Montage bevorzugt mittels einer Lehre. Es handelt sich dabei z.B. um eine Einrichtung, die definiert am Aufnahmebereich angeordnet werden kann und z.B. nach oben weisende Leitkanten etc. aufweist, die in Eingriff mit entsprechend vorgesehenen Gegenwänden am unteren Ende der Optikeinheit gelangen und diese dann entsprechend in die justierte Position verschieben.
Im folgenden soll die Erfindung an Hand von zwei Abbildungen näher erläutert werden.
Fig. 1 zeigt schematisch eine geschnittene Vorderansicht des erfindungsgemäßen Thermocyclers, wobei die Optikeinheit zusätzlich entlang der in Fig 2 dargestellten Linie I-I geschnitten ist.
Fig. 2 zeigt eine Draufsicht auf die Optikeinheit des erfindungsgemäßen
Thermocyclers. Fig. 1 zeigt einen Thermocycler 10 mit einem Basiskörper 11 und einem Deckel 12. Der Basiskörper 11 weist einen temperierbaren Aufnahmebereich 13 mit Aufnahmen 14 für Reaktionsgefäße auf.
An dem Basiskörper 11 sind als Stifte 15 und 16 ausgebildete Positioniereinrichtungen angeordnet. Die Positioniereinrichtungen 15 und 16 sind ortsfest und in definiertem Abstand zu dem ebenfalls ortsfesten Aufnahmebereich 13.
In dem Deckel 12 ist eine Optikeinheit 17 mit Spiel in Richtung des Pfeiles 18 über Bohrungen 19 an Haltestangen 20 gelagert. Die Bohrungen 19 haben einen etwas größeren Durchmesser als die Haltestangen, wodurch das Spiel ermöglicht wird.
An dem unteren Ende der Optikeinheit 17 sind Messöffnungen 21 vorgesehen. Außerdem weist das untere Ende einen Rahmen 22 auf. Der Rahmen 22 ist so ausgeformt, dass er in Justiereingriff mit einer Lehre 23 gelangen kann, die im gezeigten Fall mittels Zapfen 24 definiert an dem Aufnahmebereich 13 aufgesetzt ist.
Wird der Deckel 12 abgesenkt, so gelangt der Rahmen 22 in Eingriff mit der Lehre 23 und verschiebt dabei im gezeigten Fall die Optikeinheit 17 nach rechts, wobei sich die Optikeinheit 17 bzw. deren Messöffnungen 21 zu den Aufnahmen 14 für die Reaktionsgefäße justiert ausrichten.
Weiterhin sind in dem Deckel als Positioniereinrichtungen in Richtung der Pfeile 25 und 26 in Nuten 29, 30 verstellbare Buchsen 27 und 28 angeordnet.
Während der Justierung der Optikeinheit 17 zu dem Aufnahmebereich 13 werden die Buchsen 27 und 28 in formschlüssigen Eingriff mit den Stiften 15 und 16 gebracht, was auf Grund der Verstellbarkeit der Buchsen ohne weiteres möglich ist. Sobald die Optikeinheit 17 über die Lehre 23 zu dem Aufnahmebereich 13 justiert ist und die Stifte 15 und 16 die Buchsen 27 und 28 gefangen haben, können die Buchsen 27 und 28 durch nicht gezeigte Einrichtungen, z.B. Schrauben etc. in ihren jeweiligen Positionen fixiert werden. Die Buchsen 27 und 28 können dann nicht mehr in Richtung der Pfeile 25 und 26 bewegt werden. Sie sind vielmehr relativ zu der Optikeinheit 17 ortsfest und können nur noch mit dieser zusammen in Richtung des Pfeiles 18 bewegt werden.
Die mittels der Lehre 23 festgelegte Justierposition der Optikeinheit 17 kann also bei jedem Absenken durch Ineingriffbringen der Stifte 15 und 16 mit den Buchsen 27 und 28 reproduziert hergestellt werden.
Zum besseren Verständnis sei auf Fig. 2 verwiesen, die eine Draufsicht auf die Optikeinheit 17 aus Fig. 1 zeigt.
Man erkennt, dass die Optikeinheit 17, über vier Bohrungen 19 an Haltestangen 20 mit Spiel in Richtung des Pfeiles 18 gelagert ist. Weiterhin dargestellt sind die Buchsen 27 und 28, die in Richtung der Pfeile 26 und 25 in Nuten 29, 30 verstellbar und mittels einem nicht dargestellten Element in einer eingestellten Position fixierbar sind.

Claims

Patentansprüche:
1. Thermocycler mit einem Basiskörper, der einen temperierbaren Aufnahmebereich für Reaktionsgefäße aufweist, und mit einem an den Basiskörper montierbaren Deckel, der in montiertem Zustand aus einer geöffneten Position, in der der Aufnahmebereich zum Einsetzen und zur Entnahme der Reaktionsgefäße zugänglich ist, in eine Arbeitsstellung über den Aufnahmebereich bringbar ist, wobei in dem Deckel eine Optikeinheit angeordnet ist, die in Arbeitsstellung des Deckels Licht in die Reaktionsgefäße einstrahlt und/oder aus den Reaktionsgefäßen austretendes Licht aufnimmt, dadurch gekennzeichnet, dass Optikeinheit (17) und/oder Aufnahmebereich (13) mit Spiel in dem Deckel (12) bzw. Basiskörper (11) aufgenommen sind, wobei das Spiel eine für eine Justierung der Optikeinheit (17) zu dem Aufnahmebereich (13) ausreichende Relativbewegung zwischen Optikeinheit (17) und Aufnahmebereich (13) erlaubt, und am Basiskörper (11) und Deckel (12) jeweils mindestens 2 Positioniereinrichtungen (15, 16; 27, 28) vorgesehen sind, wobei jeder Positioniereinrichtung (15, 16) am Basiskörper (11) jeweils eine Positioniereinrichtung (27, 28) am Deckel (12) zugeordnet ist, und jeweils mindestens eine dieser beiden einander zugeordneten Positioniereinrichtungen (27, 28) bezüglich ihrer Position zu dem Aufnahmebereich (13) oder der Optikeinheit (17) einstellbar und in einer eingestellten Position ortsfest zu dem Aufnahmebereich (13) und/oder der Optikeinheit (17) fixierbar ist, dergestalt, dass bei der Justierung der Optikeinheit (17) zu dem Aufnahmebereich (13) eine Ausrichtung der zugeordneten Positioniereinrichtungen (15, 27; 16, 28) zueinander und dauerhafte Fixierung möglich ist.
2. Thermocycler nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass nur die
Optikeinheit (17) mit Spiel in dem Deckel (12) aufgenommen ist.
3. Thermocycler nach Anspruch 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass die Positioniereinrichtungen (15, 16; 27, 28) bei Verbringen des Deckels in die Arbeitsstellung (12) den Aufnahmebereich (13) und die Optikeinheit (17) automatisch in der justierten Position zueinander ausrichten.
4. Thermocycler nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, dass die einander zugeordneten Positioniereinrichtungen (15, 27; 16, 28) jeweils als miteinander in Formschlusseingriff bringbare Buchse und Stift ausgebildet sind.
5. Thermocycler nach Anspruch 3 oder 4, dadurch gekennzeichnet, dass nur die am Deckel (12) vorgesehenen Positioniereinrichtungen (27, 28) bezüglich ihrer Position einstellbar sind.
6. Thermocycler nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Optikeinheit (17) Einrichtungen (22) aufweist, die eine Justierung zu dem Aufnahmebereich (13) mittels einer auf dem Aufnahmebereich anordenbaren Lehre (23) ermöglichen.
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