WO2005051420A1 - Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c - Google Patents

Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c Download PDF

Info

Publication number
WO2005051420A1
WO2005051420A1 PCT/FR2004/050581 FR2004050581W WO2005051420A1 WO 2005051420 A1 WO2005051420 A1 WO 2005051420A1 FR 2004050581 W FR2004050581 W FR 2004050581W WO 2005051420 A1 WO2005051420 A1 WO 2005051420A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
Prior art keywords
amino acid
peptide
seq
hcv
amino
Prior art date
Application number
PCT/FR2004/050581
Other languages
English (en)
Inventor
Anne Fournillier
Geneviève INCHAUSPE
Perrine Martin
Original Assignee
Transgene Sa
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Transgene Sa filed Critical Transgene Sa
Publication of WO2005051420A1 publication Critical patent/WO2005051420A1/fr

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A61K39/29—Hepatitis virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/576—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for hepatitis
    • G01N33/5767—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for hepatitis non-A, non-B hepatitis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/545—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the dose, timing or administration schedule
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
    • C12N2770/24222—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24211—Hepacivirus, e.g. hepatitis C virus, hepatitis G virus
    • C12N2770/24234—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein

Definitions

  • New immunogenic peptide and new epitopes and uses in particular in the preparation of pharmaceutical compositions active against the hepatitis C virus The present invention relates to a new polyepitopic peptide derived from the polyprotein of the hepatitis C virus and comprising at least two new epitopes restricted by the HLA-B7 molecule, said new epitopes, as well as their use in particular in the preparation of pharmaceutical compositions active against the hepatitis C virus, useful in particular in the prophylactic and therapeutic vaccination directed against the virus hepatitis C.
  • Hepatitis C is the main cause of transfusion-acquired hepatitis. hepatitis
  • Hepatitis C can also be transmitted by other percutaneous routes, for example by injecting drugs intravenously.
  • the risk of contamination of health professionals is also not negligible.
  • Hepatitis C differs from other forms of liver disease associated with viruses, such as hepatitis A, B or D.
  • Hepatitis C virus (HCV or HCV) infections are predominantly chronic, resulting in liver diseases, such as hepatitis, cirrhosis and carcinoma in a large number of cases (5 to 20%).
  • HCV Hepatitis C virus
  • the risk of transmission of the virus by transfusion decreased due to the introduction of screening tests in the 1990s, the frequency of hepatitis C remains high. For example, a recent study indicates that there are still 10,000 to 15,000 new cases of infection per year in France today (S. Deuffic et al., Hepatology 1999;
  • HCV was the first hepatotropic virus isolated using molecular biology techniques. The viral genome sequences were cloned before the viral particle had been viewed. HCV belongs to a new genus in the family of Flaviviridae, the hepaciviruses.
  • RNA virus 9.5 kb
  • the 5 'end of the HCV genome corresponds to an untranslated region adjacent to the genes that code for structural proteins, the core protein of the nucleocapsid, the two envelope glycoproteins, E1 and E2, and a small protein called p7.
  • the 5 'untranslated region and the core gene are relatively well conserved in the various genotypes.
  • the envelope proteins E1 and E2 are encoded by regions that vary more from one isol t to another.
  • the p7 protein is an extremely hydrophobic protein which would constitute an ion channel.
  • the 3 'end of the HCV genome contains the genes that code for non-structural proteins (NS2, NS3, NS4, NS5 a and b) and for a 3' non-coding region with a well conserved domain (Major ME, Feinstone SM , Hepatology, June 1997, 25 (6): 1527-1538).
  • NS2, NS3, NS4, NS5 a and b non-structural proteins
  • 3' non-coding region with a well conserved domain Major ME, Feinstone SM , Hepatology, June 1997, 25 (6): 1527-1538.
  • the most effective therapy for the treatment of hepatitis C combines pegylated interferon and ribavirin (Manns MP et al., The Lancet, September 22, 2001, Vol. 358, 958-965).
  • Vaccines based on the use of peptides generally aim to induce immune responses mediated by T-CD4 + and / or T-CD80 lymphocytes
  • the molecules of the major histocompatibility complex (MHC or HLA for humans) are said to be class I or class H.
  • the molecules of class I are expressed on almost all of the nucleated cells and are capable of presenting epitopes or peptides to cytotoxic T lymphocytes (CIL) CD80 Class H molecules are capable of presenting epitopes to CD4 + T cells, but their expression is restricted to antigen presenting cells.
  • HLA-A2 HLA-B7
  • HLA-A3 HLA-A3
  • the only epitopes identified to date and restricted by this HLA namely the second most represented HLA in the Caucasian population (approximately 10%) are epitopes located in the viral capsid (Wond DK., Et al., 1998, J Immunology, 160: 1479; Gruener NH. 5 et al., 2000, J. Infectious Diseases, 181: 1528; Chang KM. Et al., 1999, 162: 1156).
  • the Applicant has now unexpectedly isolated from NS3 protein of HCV a new polyepitopic peptide of 86 amino acids containing at least two new epitopes restricted by the HLA-B7 molecule, said peptide having a strong immunogenic power.
  • the present invention first relates to a peptide of 86 amino acids located in the NS3 protein of HCV, ranging from amino acid 1096 to amino acid 1181 on the polyprotein of HCV.
  • This new peptide is particularly effective in combination with other peptides also polyepitopic located in the proteins NS3, NS4 and NS5b of the HCV, namely: - peptide A located in the protein NS3, which contains at least 31 amino acids ranging from l amino acid 1244 to amino acid 1274 on the polyprotein encoded by the virus and at most 46 amino acids ranging from amino acid 1237 to amino acid 1282, - peptide B still located in protein NS3, which contains at least 45 amino acids ranging from amino acid 1038 to amino acid 1082 on said viral polyprotein and at most 63 amino addes ranging from amino acid 1027 to amino acid 1089,
  • - peptide C located in the NS4 protein, which contains at least 32 amino acids ranging from amino acid 1789 to amino acid 1820 on said viral polyprotein and at most 57 amino acids ranging from amino acid 1767 to amino acid 1823
  • - peptide D located in the protein NS5b, which comprises at least 29 amino acids ranging from amino acid 2573 to amino acid 2601 on said viral polyprotein and at most 44 amino acids ranging from amino acid 2570 to amino acid 2613.
  • the subject of the present invention therefore also is peptide compositions comprising the new peptide of the invention and at least one peptide chosen from peptides A to D defined above, as well as their use, in particular as a vaccine, for the preparation of a medicament intended for the inhibition or prevention of an infection caused by the hepatitis C virus, and as a diagnostic composition.
  • a subject of the present invention is also the new epitopes included in the peptide of the invention, as well as their use, in particular as a vaccine, for the preparation of a medicament intended for the inhibition or the prevention of an infection caused by the hepatitis C virus, and as a diagnostic composition.
  • the peptide of the invention having a strong immunogenic power, is a peptide of 86 amino acids located in the NS3 protein of the HCV, going from the amino adde 1096 to the amino acid 1181 on the polyprotein of the HCV and having the one of the amino acid sequences SEQ ID No. l to SEQ ID No. 104.
  • peptide or course epitope peptides and epitopes having the sequences in native amino acids, from any strain and isolate HCV, as defined in the sequence listing, as well as their analogs, muteins and homologs.
  • Epitopes are peptides having approximately 8 to 15 amino acids, so the term "peptide” will be used interchangeably in the definitions below to denote an epitope or a peptide.
  • analogs or “muteins” of a peptide is meant the biologically active derivatives of the reference molecules which exhibit the desired activity, namely the ability to stimulate a cell-mediated immune response as defined above.
  • analog refers to compounds having a sequence and a native polypeptide structure having one or more additions, substitutions (generally conservative in terms of nature) and / or deletions of amino acid, with respect to the native molecule, as long as the modifications do not destroy the immunogenic activity.
  • mutein is meant peptides having one or more elements imitating the peptide ("peptoids"), such as those described in PCT patent application WO91 / 04282.
  • the analog or mutein have at least the same immunoactivity as the native molecule.
  • amino acids are generally divided into 4 families, namely (1) acid amino acids such as aspartate and glutamate, (2) basic amino acids such as lysine, arghiine and histidine, (3) non-polar amino acids such as alanine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, methionine and tryptophan and (4) polar non-charged amino acids such as glycine, asparagine , glutamine, cysteine, serine, threonine and tyrosine. Phenylalanine, tryptophan and tyrosine are sometimes classified as aromatic amino acids.
  • identity refers to an exact amino acid by amino acid match of two peptide sequences. Percent identity can be determined by direct comparison of the sequence information between two molecules by aligning the sequences, counting the exact number of mismatches between the two aligned sequences, dividing by the length of the shortest sequence and by multiphaning the result by 100. The percentage of identity can also be determined using computer programs such as ALIGN, Dayhoff, MO in Atlas of Protein
  • the native peptides included in the scope of the invention are the peptides originating from viruses of genotype 1 (SEQ ID N ° 1 to 3), of genotype la (SEQ ID N ° 4 to 14), of genotype lb (SEQ ID N ° 15 to 83), genotype 2 (SEQ ID N ° 84 to 99), genotype 3 (SEQ ID N ° 100 to 103) and genotype 4 (SEQ ID N ° 104).
  • the peptide of the invention has the sequence SEQ ID No. 15.
  • the peptide of the invention is particularly effective in combination with other peptides also polyepitopic located in the proteins NS3, NS4 and NS5b of the HCV, namely with:
  • - peptide A located in the NS3 protein, which comprises at least 31 amino addes ranging from amino acid 1244 to amino acid 1274 on the polyprotein encoded by the virus and at most 46 amino acids ranging from amino acid 1237 at amino acid 1282
  • - peptide B still located in the NS3 protein, which comprises at least 45 amino addes ranging from amino acid 1038 to amino acid 1082 on said viral polyprotein and at most 63 amino addes ranging from amino ade 1027 to 1 amino acid 1089,
  • NS4 protein located in the NS4 protein, which contains at least 32 amino acids ranging from amino acid 1789 to amino acid 1820 on said viral polyprotein and at most 57 amino addes ranging from innate acid 1767 to 1 amino acid 1823, and finally
  • peptide D located in the protein NS5b, which comprises at least 29 amino acids ranging from amino acid 2573 to amino acid 2601 on said viral polyprotein and at most 44 amino addes ranging from amino acid 2570 to amino acid 2613.
  • the expression “peptide A comprises at least 31 amino addes ranging from amino acid 1244 to amino acid 1274 on the polyprotein encoded by the virus and at most 46 amino acids ranging from amino ade 1237 at amino acid 1282 "means that the N-terminal end is delimited by the amino acid located at one of positions 1237 to 1244 of the viral polyprotein and the C-terminal end is delimited by the amino acid located at one of positions 1274 to 1282 of the viral polyprotein.
  • peptide A always has at least the 31 consecutive amino acids corresponding to positions 1244-1274 and at most 15 additional amino acids distributed on either side of these 31 amino acids within the limit of positions 1237-1282.
  • a peptide A can comprise 33 amino addes consisting of 31 amino acids corresponding to positions 1244-1274 and either 2 Nterminal amino acids (positions of the peptide of 33 amino acids: 1242-1274), or 2 C-terminal amino acids ( positions of the 33 amino acid peptide: 1244-1276), i.e. an N-terminal amino adde and a C-terminal amino adde (positions of the 33 amino acid peptide: 1243-1275).
  • peptide B comprises at least 45 amino addes ranging from amino adde 1038 to amino acid 1082 on said viral polyprotein and at most 63 amino acids ranging from amino acid 1027 to amino acid 1089” means that the N-terminal end is delimited by the amino acid located in one of positions 1027 to 1038 and the C-terminal end is delimited by the amino acid located in one of positions 1082 to 1089.
  • peptide B always has at least the corresponding 45 consecutive amino acids at positions 1038-1082 and at most 18 additional amino addes distributed on either side of these 45 amino acids within the limit of positions 1027-1089.
  • peptide C comprises at least 32 amino addes ranging from amino adde 1789 to amino acid 1820 on said viral polyprotein and at most 57 amino addes ranging from amino acid 1767 to amino acid 1823” means that the N-terminal end is delimited by the amino acid located in one of the positions 1767 to 1789 and the C-terminal end is delimited by the amino acid located in one of the positions 1820 to 1823.
  • the peptide C of the invention always has at least the 32 consecutive amino addes corresponding to positions 1789-1820 and at most 25 additional amino acids distributed on either side of these 32 amino acids within the limit of positions 1767-1823 .
  • peptide D comprises at least 29 amino addes ranging from amino acid 2573 to amino acid 2601 on said viral polyprotein and at most 44 amino addes ranging from amino acid 2570 to amino ad 2613” means that the N-terminal end is delimited by the amino acid located at one of positions 2570 to 2573 and the C-terminal end is delimited by the amino acid located at one of positions 2601 to 2613.
  • the peptide D of the invention always has at least the 29 consecutive amino acids corresponding to positions 2573-2601 and at most 15 additional amino addes distributed on either side of these 29 amino acids within the limit of positions 2570-2613.
  • the subject of the present invention is also the peptide compositions comprising the peptide of the invention and at least also a peptide chosen from:
  • NS3 protein located in the NS3 protein, which contains at least 31 amino acids ranging from amino acid 1244 to amino acid 1274 on the polyprotein encoded by the virus and at most 46 amino acids ranging from amino acid 1237 at amino acid 1282,
  • - peptide B still located in the NS3 protein, which contains at least 45 amino acids ranging from amino acid 1038 to amino acid 1082 on said viral polyprotein and at most 63 amino acids ranging from amino adde 1027 to amino acid 1089
  • - peptide C located in protein NS4, which comprises at minus 32 amino acids ranging from amino ad 1789 to amino acid 1820 on said viral polyprotein and at most 57 amino addes ranging from amino ad 1767 to amino acid 1823
  • - peptide D located in the protein NS5b which comprises at least 29 amino acids ranging from amino acid 2573 to amino acid 2601 on said viral polyprotein and at most 44 amino addes ranging from amino acid 2570 to amino acid 2613.
  • peptide A has at least the amino acid sequence SEQ ID No 105 and at most the amino acid sequence SEQ ID No 106
  • peptide B has at least the amino acid sequence SEQ ID No 107 and at most the amino acid sequence SEQ ID No 108
  • the peptide C has at least the amino add sequence SEQ ID No 109 and at most the amino add sequence SEQ ID No 110
  • the peptide D has at least the amino acid sequence SEQ ID No.
  • peptide compositions of the invention therefore contain at least two peptides, one being the peptide of the invention, the other being chosen from peptides A to D as defined above.
  • compositions of the invention can contain two peptides according to the following combinations: peptide of the invention and peptide A, peptide of the invention and peptide B, peptide of the invention and peptide C, and peptide of the invention and peptide D.
  • the compositions of the invention can also contain three peptides according to the following combinations: peptide of the invention and peptides A and B, peptide of the invention and peptides A and C, peptide of the invention and peptides A and D, peptide of the invention and peptides B and C, peptide of the invention and peptides B and D, and peptide of the invention and peptides C and D.
  • compositions of the invention can contain four peptides according to the following combinations: peptide of the invention and peptides AB and C, peptide of the invention and peptides A, B and D, peptide of the invention and peptides A, C and D, and peptide of the invention and peptides B, C and D.
  • compositions of the invention may contain five peptides, namely the peptide of the invention and the four peptides A, B, C, D, which constitutes a particular embodiment of the invention.
  • the peptide of the invention contains in its sequence, in addition to known epitopes such as the epitope MYTJ VDQDL restricted by the molecule HLA-A24 (position 1100-1109 in the viral polyprotein; Ito et al, 2001, Journal of Gastroenterology and Hepatology , 16: 309- 316) and the LLCPSGHW epitope restricted by the HLA-A2 molecule (position 1169-1177 in the viral polyprotein; Cemy et al, 1995, Journal of Clinical investigations, 95: 521-530), six new epitopes , in particular T, restricted by the HLA-B7 molecule having a strong immunogenic power.
  • epitope MYTJ VDQDL restricted by the molecule HLA-A24 position 1100-1109 in the viral polyprotein; Ito et al, 2001, Journal of Gastroenterology and Hepatology , 16: 309- 316
  • the LLCPSGHW epitope restricted by the HLA-A2 molecule position 1169
  • another subject of the invention relates to the epitope in particular T L10K of 10 amino acids located in the NS3 protein of HCV, ranging from amino acid 1153 to amino acid 1162 on the polyprotein of HCV and having the one of the amino acid sequences SEQ ID No 113 to SEQ ID No 124 and preferably the sequence SEQ ID No 115.
  • This epitope is called the L10K epitope because it has 10 amino acids, begins with a leucine and ends with a lysine.
  • the two 9 amino acid epitopes contained in L10K namely the L9L and S9K epitopes, located respectively from amino acid 1153 to amino acid 1161 and from amino acid 1154 to amino acid 1162, also have a strong immunogenic power and constitute another object of the invention.
  • the L9L epitope has one of the amino acid sequence SEQ ID No 125 to SEQ ID No 136, preferably the sequence SEQ ID 127
  • the S9K epitope has one of the amino acid sequence SEQ JJD N ° 137 to SEQ ID No. 148, preferably the sequence SEQ JX) N 0 139.
  • these epitopes are respectively called L9L and S9K because they have 9 amino acids, L9L starting with the amino addon L and ending with the amino addon L and S9K starting with the amino acid S and ending with the amino add K.
  • the invention also relates to the epitope in particular T W10M of 10 amino addes located in the NS3 protein of the HCV, going from the arnine acid 1111 to the amino acid 1120 on the polyprotein of the HCV and having one of the sequences in amino acids SEQ JD No 149 to SEQ ID No 178, and preferably the sequence SEQ ID No 155.
  • this epitope is called W10M because it has 10 amino acids, begins with amino acid W and ends with amino add M.
  • the two epitopes of 9 amino acids contained in W10M namely the epitopes
  • W9S and P9M located respectively from amino acid 1111 to amino acid 1119 and from amino acid 1112 to amino acid 1120, also have a strong immunogenic power and constitute another object of the invention.
  • the W9S epitope has one of the amino acid sequence SEQ ID No 179 to SEQ ID No 203, preferably the sequence SEQ ID 179
  • the P9M epitope has one of the amino acid sequence SEQ ID N 204 to SEQ ID NO: 232, preferably SEQ ID No. 204.
  • these epitopes are called respectively W9S and P9M because they have 9 amino acids, W9S starting with the amino acid W and teirninant by amino acid S and P9M starting with F arine adde P and ending with amino acid M.
  • the present invention also relates to the nucleotide sequences coding for the peptide and for the epitopes of the invention as defined above.
  • the peptides and epitopes of the invention can be either of native origin or of recombinant origin.
  • the peptides and epitopes of native origin are obtained from the strains or isolates of the HCV, by means of the use of primers oGonucleotides synthetic which will be used to amplify the native viral sequences, either from sera of patients infected with the viral genotype (s) dmount, either from viral RNA already purified, coming for example from the blood or the liver of patients, or from free complementary DNA or cloned beforehand an expression vector, either from viral particles purified from biological samples or from an in vitro propagation system.
  • the peptides and epitopes of the invention of recombinant origin can be obtained by the technique of genetic engineering which comprises the stages of: - culture of a microorganism or of eukaryotic cells transformed (es) using a nucleotide sequence coding for said peptides or epitopes and - recovery of the peptide produced by said microorganism or said eukaryotic cells.
  • This technique is well known to those skilled in the art.
  • nucleotide sequences according to the invention can be prepared by chemical synthesis and genetic engineering using techniques well known to those skilled in the art and described for example in Sambrook J . et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 1989.
  • nucleotide sequence means all the sequences coding for the peptides and epitopes, their complementary sequence, thus the sequences coding for their analogs, muteins and homologs. , as defined above.
  • the nucleotide sequences of the invention can be inserted into expression vectors, in a suitable expression system, for example in order to obtain the compositions or peptides of the invention.
  • Another object of the invention thus consists of expression vectors comprising at least one nucleotide sequence of the invention, as well as the means necessary for its expression.
  • the term “means necessary for the expression of a peptide” means the term peptide being used for any peptide molecule, such as peptide, epitope, protein, etc., any means which makes it possible to obtain the peptide, such as in particular a promoter , a transcription terminator, an origin of replication and preferably a selection marker.
  • the means necessary for the expression of a peptide are linked in an operational manner to the nucleotide acid sequence coding for the peptide of interest.
  • mes in an operational manner is meant a juxtaposition of said elements necessary for expression and of the gene coding for the peptide of interest, which are in a relationship such that this allows them to function in an expected manner. For example, there may be additional bases between the promoter and the gene of interest as long as their functional relationship is preserved.
  • the means necessary for the expression of a peptide can be homologous means, that is to say included in the genome of the vector used, or else be heterologous. In the latter case, said means are cloned with the peptide of interest to be expressed. Said sequences contained in the expression vector may be linked directly to one another under the control of a single promoter and / or of a single expression regulating element, or else they may be separated by being dependent on each.
  • expression vector which are suitable for the purposes of the invention, it is possible, for example, to determine plasmids, viral vectors of the adenovirus, poxvirus, vaccinia virus, baculovirus, bacterial vectors of the salmonella, listeria and BCG type.
  • the vectors of the invention can also comprise sequences necessary for the targeting of peptides to particular cellular compartments.
  • An example of targeting may be targeting to the endoplasmic reticulum obtained using targeting sequences of the type of the leader sequence derived from the E3 protein of the adenovirus (Ciernik IF, et al., The Journal of Immunology, 1999, 162, 3915-3925).
  • the expression vectors of the invention can comprise either a single nucleotide sequence coding for the peptide of the invention only, or at least two nucleotide sequences, one coding for the peptide of the invention and the other coding for a peptide chosen from peptides A to D.
  • the expression vectors comprise a nucleotide sequence coding for the peptide of the invention and at least one nucleotide sequence coding for the peptides A to D, as well as the means necessary for their expression.
  • the expression vectors of the invention can therefore contain two, three, four or five nucleotide sequences, it being understood that one of them codes for the peptide of the invention and the others code for peptides A, B, C and D, according to the combinations described above for the peptide compositions.
  • the expression vectors comprise a nucleotide sequence coding for the peptide of the invention and 4 nucleotide sequences coding respectively for the peptides A to D.
  • the order of the nucleotide sequences in expression vectors doesn't matter.
  • the expression vectors of the invention comprise several nucleotide sequences
  • said sequences can be linked directly to each other, or alternatively by means of spacer agents or linkers which are typically made up of small neutral molecules such as amino acids or amino additive mimetics which typically have a neutral charge under physiological conditions.
  • spacer agents it is possible to determine the residues Ala, Gly or other neutral spacing agents of non-polar amino acids or of neutral polar amino acids.
  • These spacer amino acids have at least one or two residues and usually 3 to 6 residues.
  • the subject of the invention is also the microorganisms and the host or eukaryotic cells transformed by an expression vector of the invention.
  • yeasts such as those of the following families: Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Kluveromyces, Pichia, Hanseluna, Yarowia, Schwaniomyces, Zygosaccharomyces, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces carlsbergensis and Kluveromyces lactis being preferred; and bacteria, such as E. coli and those of the following families: Lactobacillus, Lactococcus, Salmonella, Strptococcus, Bacillus and Streptomyces.
  • eukaryotic host cells examples include cells originating from animals such as mammals, reptiles, insects and the like.
  • the preferred eukaryotic cells are cells originating from the Chinese hamster (CHO cells), from the monkey (COS and Vero cells), dwarf hamster kidney (BHK cells), pig kidney (PK 15 cells) and rabbit kidney (RK13 cells, human osteosacorm cell lines (143 B cells), HeLa human cell lines and hepatoma human cell lines (such as Hep G2 cells), as well as insect cell lines (eg Spodoptera frugiperda).
  • Host cells can be supplied in suspension or suspension cultures flask, in tissue cultures, organ cultures and the like.
  • the host cells can also be transgenic animals.
  • the microorganisms or eukaryotic cells are transformed by an expression vector containing at least two nucleotide sequences, or else they are cotransformed by ns two expression vectors containing a single nucleotide sequence, each vector coding for a peptide of different type.
  • the microorganisms and host cells are cotransformed with two expression vectors, one coding for the peptide of the invention and the other coding for at least one peptide A to D.
  • the microorganisms or host cells are cotransformed by two expression vectors, one coding for the peptide of the invention and the other coding for the four peptides A to D.
  • the invention also relates to antibodies directed against the peptide or against one of the epitopes of the invention as defined above
  • the antibodies according to the invention are either polyclonal or monoclonal antibodies.
  • polyclonal antibodies can be obtained by immunization of an animal with the peptide or epitope of interest as an antigen, followed by the recovery of the desired antibodies in purified form, by removal of the serum from said animal, and separation of said said antibodies to the other constituents of the serum, in particular by affinity chromatography on a column on which is fixed an antigen specifically recognized by the antibodies, in particular the peptide or the epitope of interest
  • Monoclonal antibodies can be obtained by the hybridoma technique, the general principle of which is recalled below.
  • an animal generally a mouse
  • B lymphocytes are then capable. to produce antibodies against said antigen.
  • These antibody-producing lymphocytes are then fused with "immortal" myeloma cells (murine in the example) to give rise to hybridomas.
  • the peptide, the peptide compositions, the epitopes, the nucleic sequences and the vectors of the invention are particularly effective for inhibiting, preventing and treating the virus or the infection of patients carrying the virus, so that its use for the preparation of a medicament constitutes another object of the invention.
  • the present invention also relates to the use of a peptide of the invention, of a peptide composition of the invention, of at least one epitope of the invention, of a nucleotide sequence of the invention or of an expression vector of the invention, for the preparation of a medicament intended for the inhibition, prevention or treatment of an infection caused by the hepatitis C virus in an animal, preferably man.
  • the nucleotide sequences and the expression vectors will be used according to the criteria of gene therapy.
  • the nucleotide sequences may be linked to biocompatible polymers widely known to those skilled in the art.
  • the present invention also relates to pharmaceutical compositions, in particular vaccine, containing as active substance at least one peptide of the invention, or a peptide composition of the invention, or at least one epitope of the invention, or at least one nucleotide sequence of the invention, placed under the control of elements necessary for a constitutive and / or inducible expression of the peptide (s) of interest coded by said sequence, or a vector of the invention, or else at least one antibody of the invention, in combination with a pharmaceutically acceptable excipient.
  • elements necessary for a constitutive expression of the peptides is meant a ubiquitous or specific promoter of eukaryotic cells.
  • elements necessary for an inducible expression of the peptides mention may be made of the regulatory elements of the E. coli operon for resistance to tetiacycline (Gossen M.
  • compositions of the invention are suitable for oral, sublingual, subcutaneous, intramuscular, intravenous, topical, local, intratracheal, intranasal, transdermal, rectal, intraocular, intra-auricular administration, said active prindpe can be administered in unit administration form.
  • administration can be for example tablets, capsules, granules, powders, oral solutions or suspensions for injection, transdermal patches ("patch"), sublingual, buccal, intratracheal, intraocular, intranasal, in-ear, inhalation administration forms, topical, transdermal, subcutaneous, intramuscular or intravenous administration forms, rectal administration forms or implants.
  • transdermal patches "patch")
  • sublingual, buccal, intratracheal intraocular, intranasal, in-ear
  • inhalation administration forms topical, transdermal, subcutaneous, intramuscular or intravenous administration forms, rectal administration forms or implants.
  • topical administration creams, gels, ointments, lotions or eye drops can be considered.
  • These dosage forms are prepared according to the usual methods of the fields considered. Said unit forms are dosed to allow daily administration of 0.001 to 10 mg of active principle per kg of body weight, depending on the dosage form.
  • the present invention also relates to a method of treatment. pathologies associated with the hepatitis C virus which comprises the administration to a patient of an effective dose of a medicament of the invention.
  • the invention also has a diagnostic application in the sense that the peptides, nucleotide sequences and antibodies of the invention can be used as a binding partner in said tests.
  • the invention also relates to the use of a peptide, a nucleotide sequence or an antibody of the invention for the in vitro diagnosis of the hepatitis C virus in a sample or a biological sample.
  • the peptide and antibodies of the invention can be used in immunoassay assays, such as the ELISA assay, and the nucleotide sequences can be used in hybridization assays. Examples of diagnostic methods include without limitation, blots, so-called sandwich techniques, competition techniques and PCR detection techniques, especially those called "real time”.
  • the invention relates to a method for detecting and / or quantifying the hepatitis C virus in a biological sample taken from an individual likely to be infected with said virus, such as plasma, serum or tissue , characterized in that it comprises the stages consisting in: - bringing said biological sample into contact with the antibodies according to the invention under conditions allowing the formation of a complex between the virus and the antibody, and - detecting and / or quantify the formation of said complex by any suitable means.
  • FIGS. 1 to 13 in which: FIG. 1 represents the alignment as a function of the genotype, of the peptide of the invention,
  • FIG. 2 represents the alignment, as a function of the genotype, of the L10K, L9L and S9K epitopes of the invention
  • FIG. 3 represents the alignment as a function of the genotype, of the W10M, W9S and P9M epitopes of the invention.
  • FIG. 4 gives the specific cellular response of the L9L epitope (FIG. 4A) or by the S9K epitope (FIG. 4B) according to the CTL test where the epitope of interest of interest is used to stimulate the splenocytes in culture and to charge the CTL dbles and the result of which is expressed as a percentage of specific lysis as a function of the effector / target ratio, - Figure 5 sleeps the specific cellular response of the L9L epitope or by the S9K epitope according to the specific ELISPOT test for the epitope of appropriate interest, where the result is given in number of spots / 10 6 cells,
  • - Figure 6 gives the specific cellular response of the W10M epitope according to the specific ELISPOT test for this epitope, where the result is given in number of spots / 10 6 cells
  • - Figure 7 gives the specific cellular response of the epitope W10M according to the CTL test where the W10M epitope was used to stimulate the splenocytes in culture and to charge the CTL targets and the result of which is expressed as a percentage of specific lysis as a function of the effector / target ratio
  • FIG. 9 gives the specific cellular response of the L10K epitope, after immunization of transgenic mice for the HLA-B7 molecule, according to the CTL test where the epitope of interest appropriate was used to stimulate the splenocytes in culture and for load CTL targets; the result is expressed as a percentage of specific lysis as a function of the effector / target cell ratio,
  • FIG. 10 gives the specific cellular response of the epitopes of the invention (FIG. 10A for the L9L, S9K epitopes and FIG. 10B for the W10M, W9S, P9M epitopes) according to the Elispot test specific for these epitopes measuring the production of JFN- ⁇ and IL-10, after restimulation of PBMC of patients chronically infected with HCV by these peptides; the result is given in number of spots for 10 6 cells and the threshold of positivity of the results, calculated for each patient as being 2 times the background noise observed with medium alone, is indicated by a broken line, - Figure 11 gives the map of the plasmids pCR-BlueScript (FIG. 11 A) and pgWiz (FIG. 11B) used for the expression of the synthetic genes coding for the peptide of the invention alone or for the association of the peptide of the invention and the peptides A , B, C and D,
  • FIG. 12 gives the cellular response induced by the peptide of the invention expressed alone (pgWiz-fgt E) ( Figure 12A) or in combination with peptides A, B, C and D (pgWiz polyEWT-B7) ( Figure 12B ) in the form of a synthetic gene, after immunization of transgenic mice for the HLA-B7 molecule, according to the Elispot test specific for the L10K, L9L, S9K and W10M epitopes, present in the peptide of the invention, and measuring the production of IFN - ⁇ ; the result is given in number of spots for 10 6 cells, and - Figure 13 gives the cellular response induced by the peptide of the invention expressed alone (pgWiz-fgt E) ( Figure 13A) or in association with peptides A, B, A, C, and D (pgWiz polyEWT-B7) ( Figure 13B) in the form of a synthetic gene, after immunization of trans
  • EXAMPLE 1 Demonstration of the Immunogenicity of the L9L Epitope of the Invention in Mice 1.
  • Immunization of Mice Transgenic mice were immunized for the molecule HLA-B7 (Rohrlish et al., 2003, International Immunology, 15 (6): 765-772) with a plasmid encoding the proteins NS3 and NS4 (pgWiz NS3NS4; Himoudi et al., 2002, J. Virol., 76: 12735-12746), then boosted these same mice with an Adenovirus expressing the NS3 proteins and NS4 (pIV317 as described in application FR03 / 06772 filed by the Applicant).
  • each mouse received, by intramuscular injection at the level of the thigh, 50 ⁇ L of cardiotoxin at 10 ⁇ M on D-5, then 100 ⁇ g of pgWiz NS3NS4 at D0 then 10 9 IU of Adenovirus NS3NS4 at D15.
  • the control mice received an injection of cardiotoxin on D-5, like the mice previously described, an injection of empty pgWiz (Himoudi et al., 2002, supra) on D0 (100 ⁇ g) and an injection of 10 9 UI of Adenovirus ⁇ -gal (Transgene, France) at D15, by intramuscular injection.
  • CTL test The purpose of the CTL test is to evaluate the specific lysis by CD8 + T lymphocytes originating from the spleen of target cells loaded with potential HCV epitopes. To carry out this test, these splenocytes were cultured in a 24-well plate in the presence of
  • the cytotoxic activity of the effector cells, specific to the potential epitope loaded on the target cells, is determined by measuring, after 4 hours of incubation with the target cells, the Cr 51 released following the lysis of the target cells using a ⁇ -Cobra U counting device (Perkin Elmer, France).
  • the spontaneous and maximum release of Cr 51 by the target cells was determined from the wells containing only the target cells and from the medium alone or from the lysis buffer (HC1 IN).
  • the specific percentage of cytotoxicity was calculated by the formula: (release in resai-spontaneous Hberation) / (maximum release-spontaneous hberation) X100.
  • the specific lysis of the potential epitope was determined by the difference between the percentage of lysis obtained in the presence of target cells loaded with the L9L epitope and the percentage of lysis obtained in the presence of unloaded target cells.
  • FIG. 4 A represents a graph giving the effector / target ratio as a function of the percentage of specific lysis and where SI is mouse 1, S2 is mouse 2, S3 is mouse 3, these three mice having were immunized with the plasmid pgWiz NS3NS4 then with the Adenovirus NS3NS4, and S neg is the control mouse having been immunized with the plasmid pgWiz empty and the Adenovirus ⁇ -gal.
  • This epitope is the target of a cytotoxic response after injection into transgenic mice for the HLA-B7 molecule of a plasmid pgWizNS3NS4 and of an adenovirus NS3NS4 and is capable of inducing a strong CTL response.
  • ELISPOT test The purpose of the ELISPOT test is to measure the number of specific cells of an epitope producing IFN ⁇ when they are stimulated by this epitope.
  • the splenocytes of the immunized mice were cultured for 48 hours in 96-well MultiScreen plates (MOlipore) previously coated with an anti-murine ⁇ -interferon antibody (TFN ⁇ ) (BD Biosdences, 10 ⁇ g / ml in the end).
  • the splenocytes are cultured in the presence of 10 ⁇ M of the L9L epitope of sequence SEQ ID No. 127 and in the presence of 10 U of murine recombinant interleukin 2 per ml in ⁇ MEM.
  • the splenocytes are cultured in the presence of concanavalin A (5 ⁇ g / ml).
  • the splenocytes are cultured either in the presence of a non-specific peptide (or irrelevant peptide) belonging to the capsid protein of the HCV, whose sequence is DLMGYIPLV, or in miheu alone, without any peptide.
  • a non-specific peptide or irrelevant peptide belonging to the capsid protein of the HCV, whose sequence is DLMGYIPLV, or in miheu alone, without any peptide.
  • the wells are washed once with PBS IX, then 3 times with 0.05% PBS-Tween, then are incubated for 2 hours with a biotinylated anti-murine IFN ⁇ antibody (BD Biosciences, 1 ⁇ g / ml at final).
  • the wells are then washed 3 times with 0.05% PBS-Tween, then incubated for 1 h with a stieptavidin-HRP conjugate (Southern Biotechnology Associates).
  • the enzymatic activity is then revealed by degradation of a substrate, the AEC.
  • the spots obtained are then counted using a Zeiss ELISpot reader (Zeiss microscope coupled to the KS-ELISpot logidel).
  • the number of specific spots corresponding to the production of JFN ⁇ by the specific cells of the potential epitope, is determined for a million cells and we subtract from the number of spots observed in the well where the cells are in the presence of the L9L epitope the number of spots observed in the well where the cells are in a single medium.
  • EXAMPLE 2 Demonstration of the Immunogenicity of the S9K Epitope of the Invention in Mice
  • the procedure indicated in Example 1 above was repeated, except that the L9L epitope was replaced by the epitope S9K of sequence SEQ ID No. 139.
  • the results of the CTL test and those of the ELISPOT test are given respectively in FIG. 4B and FIG. 5. These results demonstrate that the S9K epitope is an epitope located in the NS3 protein of the HCV, restricted by the HLA-B7 molecule and capable of reducing both a strong CTL response (Figure 4B) and a high production of IEN ⁇ ( Figure 5).
  • EXAMPLE 3 Demonstration of the Immunogenicity of the W10M Epitope of the Invention in Mice
  • the procedure indicated in Example 1 above was repeated, except that replaced the L9L epitope with the W10M epitope of sequence SEQ ID No. 155.
  • the results of the ELISPOT test are given in FIG. 6 and of the CTL test are given in FIG. 7. These results demonstrate that the W10M epitope is an epitope located in the NS3 protein of the HCV, restricted by the HLA-B7 molecule. and capable of inducing both a high production of IFN ⁇ (Figure 6) and a strong CTL response (Figure 7).
  • Example 4 Demonstration of the immunogenicity of the L10K epitope in mice. 1. Immunization of the mice We proceeded as indicated in example 1, point 1 above, except that we used the epitope of sequence SEQ ID No.115. 2. Elis ⁇ ots test We proceeded as indicated in Example 1, point 3, except that the epitope of sequence SEQ ID No. 115 was used. The results are indicated in FIG. 8, which represents a graph giving the number of spots observed specifically in the presence of the L10K peptide or of a non-specific peptide (irrelevant) for 10 6 cells.
  • SI is mouse 1
  • S2 is mouse 2
  • S3 is mouse 3
  • these 3 mice having been immunized with the plasmid pgWiz NS3NS4 and then with the Adenovirus NS3NS4, and
  • Sneg is the control mouse having been immunized with the plasmid pgWiz empty then the Adenovirus ⁇ -gal.
  • the total number of spots represents the number of IFN- ⁇ -producing cells specific to each of the epitopes.
  • SI is mouse 1
  • S2 is mouse 2
  • S3 is mouse 3
  • these 3 mice having been immunized with the plasmid pgWiz NS3NS4 and then with the Adenovirus NS3NS4, and
  • Sneg is the control mouse having been immunized with the plasmid pgWiz empty then the Adenovirus ⁇ -gaL
  • Sneg is the control mouse having been immunized with the plasmid pgWiz empty then the Adenovirus ⁇ -gaL
  • Example 5 Demonstration of specific cellular responses of the L9L, S9K, and W10M, W9S, P9M epitopes in patients chronically infected with the hepatitis C virus.
  • PBMC peripheral blood mononuclear cells
  • Elispot tests carried out here with the PBMC of patients aim to measure the ability of the L9L, S9K, W10M, W9S and P9M epitopes to recall cellular responses that may exist in natural infection and thus to show the existence of such responses during natural infection. During these Elispot tests, the production of IFN- ⁇ and the production of IL-10 are measured.
  • the PBMCs are cultured for 48 hours in 96-well Ehspots plates from ELI-SPOTS kits supplied by the company Diaclone. The entire Ehspot protocol is readjusted according to the supplier's instructions.
  • the number of spots represents the quantity of cells specifically stimulated by the epitopes and secreting in response to this stimulation either of IFN- ⁇ or of FIL-10.
  • Results The results are indicated in FIG. 10A and 10B which respectively represent the cellular responses specific to the L9L, S9K epitopes, and the cellular responses specific to the WIOM, W9S, P9M epitopes, illustrated in each case by the production of IFN- ⁇ or d 'IL-10 after restimulation of the PBMCs of the patients by each of the epitopes.
  • PBMCs from healthy subjects were tested as a negative control: the results observed in healthy subjects were negative during the experiments represented in this figure (results not shown). These results show that the epitopes of the invention are the dble of cellular responses during natural HCV infection and capable of inducing the production of IFN- ⁇ and / or IL10 in 6 patients out of 15 patients. tested.
  • Example 6 Demonstration of the immunogenicity of the peptide of the invention in transgenic mice for the HLA-B7 molecule.
  • mice received an intramuscular injection at the same cardiotoxin site (50 ⁇ L of cardiotoxin at 50 ⁇ M, Latoxan).
  • the cell responses induced in these mice by this vaccination were observed 15 days after the second injection by isolating the cells from the spleen and performing a cytotoxicity test and an ELISPOT test. 3.
  • EUspot test The procedure was carried out as in example 1, point 3, in example 2, in example 3 and in example 4, point 2. The results are indicated in FIG.
  • 12A which represents a graph giving the number of spots specific for the L10K, L9L, S9K, and WIOM epitopes, contained in the peptide of the invention, for 10 6 ceUules, where SI is the mouse 1, S2 is the mouse 2, S3 is the mouse 3, these mice having been immunized with the plasmid pgWiz-fgtE, and Sneg is the control mouse having been immunized with the plasmid pgWiz empty.
  • the peptide of the invention is immunogenic when U is injected into transgenic mice for the HLA-B7 molecule in the form of a synthetic gene: it is capable of inducing a production of IFN- ⁇ specific for the WIOM epitope in 1 out of 3 mice. 4.
  • CTL test The procedure was carried out as in example 1, point 2, in example 2, in example 3 and in example 4, point 3. The results are indicated in FIG.
  • SEQ ID No. 236 is a chimeric sequence coding, in order, for peptides B, A, C, D, respectively of sequences SEQ ID No. 105, SEQ ID No. 107, SEQ ID No. 109 and SEQ ID No. III, and the peptide of the invention of sequence SEQ JD N ° 15 (called peptide E).
  • BACDE was cloned into the plasmid pBlueScript.
  • the cloning of this gene in the plasmid pgWiz was carried out according to the same protocol and with the same reagents as the cloning of the peptide of invention E alone, with the exception of one of the ohgos:
  • This ohgo was used in place of lohgo 1 and the second ohgo used was ohgo 2 of sequence SEQ ID No. 235.
  • the plasmid pgWiz thus obtained, coding for domains B, A, C, D, and E is called pgWiz-polyEWT-B7 and the gene coding for this sequence is dependent on a CMV promoter, as in the construction concerning the peptide of the invention on its own.
  • 2. Immunization of the Mice The procedure was as described in Example 6, point 2 above, using the plasmid prepared in point 1 above. 3. TestElispots We proceeded as indicated in example 1, point 3, in example 2, in example 3 and in example 4, point 2. The results are indicated in FIG.
  • FIG. 13B represents a graph giving the percentage of specific lysis as a function of the ratio effector cells / target cells during the CTL test, where S4 is mouse 4, S5 is mouse 5, S6 is mouse 6, these mice having been immunized with the plasmid pgWiz -polyEWT-B7, and Sneg is the control mouse having been immunized with the empty plasmid pgWiz.
  • a very strong specific cytotoxic response of the L10K epitope is induced in 2 mice out of 3, with percentages of specific lysis higher than those observed when the peptide of the invention is expressed alone.

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

La présente invention a pour objet un nouveau peptide de 86 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, allant de l'acide aminé 1096 à l'acide aminé 1181 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°1 à SEQ ID N°104, ainsi que 6 nouveaux épitopes inclus dans ce peptide restreint HLA-B7. Elle concerne également les compositions comprenant ce peptide, le cas échéant avec 4 autres peptides A à D situés respectivement dans la protéine NS3 (A et B), dans la protéine NS4 (C) et dans la protéine NS5b (D). Ces compositions sont utiles notamment dans la préparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l’hépatite C.

Description

Nouveau peptide irnmunogène et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la préparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hépatite C La présente invention a pour objet un nouveau peptide polyépitopique issu de la polyprotéine du virus de l'hépatite C et comprenant au moins deux nouveaux epitopes restreints par la molécule HLA-B7, lesdits nouveaux epitopes, ainsi que leur utilisation notamment dans la préparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hépatite C, utiles notamment dans la vaccination prophylactique et thérapeutique dirigée contre le virus de l'hépatite C. L'hépatite C est la cause principale des hépatites acquises par transfusion. L'hépatite
C peut également être transmise par d'autres voies percutanées, par exemple par injection de drogues par voie intraveineuse. Le risque de contamination des professionnels de la santé n'est par ailleurs pas négligeable. L'hépatite C se distingue des autres formes de maladies du foie associées à des virus, telles que les hépatites A, B ou D. Les infections par le virus de l'hépatite C (VHC ou HCV) sont majoritairement chroniques avec pour résultante des maladies du foie, telles que hépatite, cirrhose et carcinome dans un grand nombre de cas (5 à 20%). Bien que le risque de transmission du virus par transfusion ait diminué du fait de la mise en place de tests de criblage dans les années 1990, la fréquence des hépatites C reste élevée. A titre d'exemple, une étude récente indique qu'il y aurait encore aujourd'hui 10000 à 15 000 nouveaux cas d'infection par an en France (S. Deuffic et al., Hepatology 1999 ;
29 : 1596-1601). Actuellement, environ 170 millions de personnes à travers le monde sont infectées de manière chronique par le VHC. Les populations à risque élevé sont principalement le personnel hospitalier et les utilisateurs de drogues intraveineuses, mais il existe des donneurs de sang asymptomatiques qui n'appartiennent pas à ces groupes à risque élevé et chez lesquels des anticorps anti- VHC circulants ont été retrouvés. Pour ces derniers, la voie de l'infection n'a encore pas été identifiée. Le VHC a été le premier virus hépatotrope isolé au moyen des techniques de biologie moléculaire. Les séquences du génome viral ont été clonées avant que la particule virale n'ait été visualisée. Le VHC appartient à un nouveau genre de la famille des Flaviviridae, les hepacivirus. C'est un virus à ARN simple brin positif, de 9,5 kb, qui se réplique par une copie d' A N complémentaire et dont le produit de la traduction est un précurseur polyprotéique unique d'environ 3000 acides aminés. L'extrémité 5' du génome du VHC correspond à une région non traduite adjacente aux gènes qui codent pour les protéines structurales, la protéine core de la nucléocapside, les deux glycoprotéines d'enveloppe, El et E2, et une petite protéine appelée p7. La région non traduite 5' et le gène core sont relativement bien conservés dans les différents génotypes. Les protéines d'enveloppe El etE2 sont codées par des régions plus variables d'un isol t à un autre. La protéine p7 est une protéine extrêmement hydrophobe qui constituerait un canal ionique. L'extrémité 3' du génome du VHC contient les gènes qui codent pour les protéines non structurales (NS2, NS3, NS4, NS5 a et b) et pour une région 3' non codante possédant un domaine bien conservé (Major ME, Feinstone SM, Hepatology, juin 1997, 25(6) : 1527-1538). A l'heure actuelle, la thérapie la plus efficace pour le traitement de l'hépatite C associe l'interféron pégylé et la ribavirine (Manns MP et al., The Lancet, 22 septembre 2001, Vol. 358, 958-965). Alors que cette thérapie est particulièrement efficace dans le cas des patients infectés par des souches virales appartenant aux génotypes 2 et 3, elle n'a encore qu'un effet limité sur les génotypes la, lb et 4 (Manns MP, supra). Moins de 50% des patients traités deviennent des « répondeurs à long terme ». Il est donc nécessaire de mettre au point une composition vaccinale ciblant en priorité ces génotypes « mauvais répondeurs ». Plusieurs études montrent aujourd'hui que le contrôle d'une infection due au VHC, soit naturellement («résolution spontanée »), soit après traitement («résolution thérapeutique ») est associé à l'induction ou la potentialisation de réponses irnmunes à médiation cellulaire faisant intervenir les lymphocytes T-CD4+ et T-CD8+ (Ward S., et al., 2002, Clin. Exp. Immunol, 128 : 195-203). Les vaccins basés sur l'utilisation de peptides ont généralement pour but d'induire des réponses immunes médiées par les lymphocytes T-CD4+ et/ou T-CD80 Les molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH ou HLA pour l'homme) sont dites de classe I ou de classe H. Les molécules de classe I sont exprimées sur la quasi totalité des cellules nucléées et sont capables de présenter des epitopes ou peptides aux lymphocytes T cytotoxiques (CIL) CD80 Les molécules de classe H sont capables de présenter des epitopes aux cellules T CD4+, mais leur expression est restreinte aux cellules présentatrices d'antigène. Plusieurs epitopes de type T, c'est-à-dire capables d'induire des réponses immunes à médiation cellulaire, ont été décrits sur la polyprotéine du VHC. Ces epitopes sont restreints par des molécules HLA diverses, incluant des molécules HLA-A2, HLA-B7, HLA- A3, etc. (Ward S., et al., 2002, supra). Néanmoins, aucun épitope minimal restreint par la molécule HLA-B7 et situé dans la protéine NS3 n'a été identifié. Les seuls epitopes identifiés à ce jour et restreints par cet HLA, à savoir le deuxième HLA le plus représenté dans la population caucasienne (environ 10%) sont des epitopes situés dans la capside virale (Wond DK., et al., 1998, J. Immunology, 160 : 1479 ; Gruener NH.5 et al., 2000, J. Infectious Diseases, 181 : 1528 ; Chang KM. et al., 1999, 162 : 1156). La Demanderesse a maintenant isolé de façon inattendue de la protéine NS3 du VHC un nouveau peptide polyépitopique de 86 acides aminés contenant au moins deux nouveaux epitopes restreints par la molécule HLA-B7, ledit peptide ayant un fort pouvoir immunogène. Ainsi, la présente invention a pour premier objet un peptide de 86 acides aminés situé dans la protéine NS3 du VHC, allant de l'acide aminé 1096 à l'acide aminé 1181 sur la polyprotéine du VHC. Ce nouveau peptide est particulièrement efficace en association avec d'autres peptides également polyépitopiques situés dans les protéines NS3, NS4 et NS5b du VHC, à savoir : - le peptide A situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 31 acides aminés allant de l'acide aminé 1244 à l'acide aminé 1274 sur la polyprotéine codée par le virus et au plus 46 acides aminés allant de l'acide aminé 1237 à l'acide aminé 1282, - le peptide B encore situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 45 acides aminés allant de l'acide aminé 1038 à l'acide aminé 1082 sur ladite polyprotéine virale et au plus 63 addes aminés allant de l'acide aminé 1027 à l'acide aminé 1089,
- le peptide C situé dans la protéine NS4, lequel comporte au moins 32 acides aminés allant de l'adde aminé 1789 à l'acide aminé 1820 sur ladite polyprotéine virale et au plus 57 acides aminés allant de l'adde aminé 1767 à l'acide aminé 1823, et enfin - le peptide D situé dans la protéine NS5b, lequel comporte au moins 29 acides aminés allant de l'adde aminé 2573 à l'acide aminé 2601 sur ladite polyprotéine virale et au plus 44 acides aminés allant de l'acide aminé 2570 à l'acide aminé 2613. Ainsi, la présente invention a donc également pour objet les compositions peptidiques comprenant le nouveau peptide de l'invention et au moins un peptide choisi parmi les peptides A à D définis d- dessus, ainsi que leur utilisation, notamment en tant que vaccin, pour la préparation d'un médicament destiné à rinhibition ou la prévention d'une infection provoquée par le virus de l'hépatite C, et en tant que composition diagnostique. La présente invention a également pour objet les nouveaux epitopes inclus dans le peptide de l'invention, ainsi que leur utilisation, notamment en tant que vaccin, pour la préparation d'un médicament destiné à l'inhibition ou la prévention d'une infection provoquée par le virus de l'hépatite C, et en tant que composition diagnostique. Elle a également pour objet les séquences nucléotidiques codant pour le peptide et les epitopes de l'invention, ainsi que les microorganismes ou cellules hôtes (co)transformés par ces vecteurs. Elle a enfin pour objet les anticorps dirigés contre le peptide ou les epitopes de l'invention et un procédé de détection et/ou de quantification du virus de l'hépatite C dans un échantillon biologique en utilisant lesdits anticorps. Le peptide de l'invention, présentant un fort pouvoir immunogène, est un peptide de 86 acides aminés situé dans la protéine NS3 du VHC, allant de l'adde aminé 1096 à l'acide aminé 1181 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID Nol à SEQ ID No104. Dans toute la suite, on entendra par peptide ou épitope bien entendu les peptides et epitopes ayant les séquences en acides aminés natives, provenant de toute souche et isolât du VHC, telles que définies dans le listage de séquences, ainsi que leurs analogues, mutéines et homologues. Les epitopes sont des peptides ayant environ de 8 à 15 acides aminés, de sorte qu'on utilisera dans les définitions ci- après indifféremment le terme «peptide » pour désigner un épitope ou un peptide. Par « analogues » ou «mutéines » d'un peptide, on entend les dérivés biologiquement actifs des molécules de référence qui présentent l'activité souhaitée, à savoir la capacité à stimuler une réponse immunitaire à médiation cellulaire comme défini d- dessus. De façon générale, le terme « analogue » se réfère à des composés ayant une séquence et une structure polypeptidique native présentant une ou plusieurs additions, substitutions (généralement conservatrice en termes de nature) el/ou délétions d'acide aminé, par rapport à la molécule native, dans la mesure où les modifications ne détruisent pas l'activité immunogène. Par le terme «mutéine », on entend les peptides présentant un ou plusieurs éléments imitant le peptide («peptoïdes »), tels que ceux décrits dans la demande de brevet PCT WO91/04282. De préférence, l'analogue ou la mutéine ont au moins la même immunoactivité que la molécule native. Des procédés de préparation d'analogues et mutéines polypeptidiques sont connus de l'homme du métier et sont décrits ci- dessous. Les analogues particulièrement préférés incluent les substitutions conservatrices en nature, c'est-à-dire les substitutions qui prennent place dans une famille d'acides aminés. Spécifiquement, les acides aminés sont généralement divisés en 4 familles, à savoir (1) les acides aminés acides tels que l'aspartate et le glutamate, (2) les acides aminés basiques tels que la lysine, l'arghiine et l'histidine, (3) les addes arninés non polaires tels que l'alanine, la leucine, l'isoleucine, la proline, la phénylalanine, la méthionine et le tryptophane et (4) les acides aminés non chargés polaires tels que la glycine, l'asparagine, la glutamine, la cystéine, la serine, la thréonine et la tyrosine. La phénylalanine, le tryptophane et la tyrosine sont parfois classés en acides aminés aromatiques. Par exemple, on peut prédire de façon raisonnable qu'un remplacement isolé de leucine par de l'isoleucine ou de la valine, d'un aspartate par un glutamate, d'une thréonine par une serine, ou un remplacement conservateur Similaire d'un adde aminé par un autre acide aminé ayant un rapport structurel, n'aura pas d'effet majeur sur l'activité biologique. L'homme du métier déterminera facilement les régions de la molécule peptidique d'intérêt qui peuvent tolérer un changement par référence aux plots Hopp/Woods et Kyte-Doolite, biens connus dans la technique. Par « homologie », on entend le pourcentage d'identité entre deux molécules peptidiques. Deux séquences d'acides aminés sont «sensiblement homologues » l'une par rapport à l'autre lorsque les séquences présentent au moins 60%, de préférence au moins
75%, de préférence encore au moins 80-85%, de préférence encore au moins 90% et d'avantage préféré au moins 95-98% ou plus d'identité de séquence sur une longueur définie des molécules peptidiques. De manière générale, le terme «identité » se réfère à une correspondance exacte acide aminé par acide aminé de deux séquences peptidiques. Le pourcentage d'identité peut être déterminé par une comparaison directe de l'information de séquence entre deux molécules en alignant les séquences, en comptant le nombre exact de mésappariements entre les deux séquences alignées, en divisant par la longueur de la séquence la plus courte et en multiphant le résultat par 100. Le pourcentage d'identité peut également être déterminé à l'aide de programmes d'ordinateurs tels que ALIGN, Dayhoff, M.O. dans Atlas of Protein
Séquence and Structure M.O. Dayhoff éd., 1981, 5 Suppl., 3 : 482-489. Les peptides natifs inclus dans la portée de l'invention sont les peptides issus des virus de génotype 1 (SEQ ID N°l à 3), de génotype la (SEQ ID N°4 à 14), de génotype lb (SEQ ID N°15 à 83), de génotype 2 (SEQ ID N°84 à 99), de génotype 3 (SEQ ID N°100 à 103) et de génotype 4 (SEQ ID N°104). Selon un mode de réalisation préféré, le peptide de l'invention a la séquence SEQ ID N°15. Le peptide de l'invention est particulièrement efficace en association avec d'autres peptides également polyépitopiques situés dans les protéines NS3, NS4 et NS5b du VHC, à savoir avec :
- le peptide A situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 31 addes aminés allant de l'acide aminé 1244 à l'acide aminé 1274 sur la polyprotéine codée par le virus et au plus 46 acides aminés allant de l'acide aminé 1237 à l'acide aminé 1282, - le peptide B encore situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 45 addes aminés allant de l'acide aminé 1038 à l'acide aminé 1082 sur ladite polyprotéine virale et au plus 63 addes aminés allant de l'adde aminé 1027 à l'acide aminé 1089,
- le peptide C situé dans la protéine NS4, lequel comporte au moins 32 acides aminés allant de l'adde aminé 1789 à l'acide aminé 1820 sur ladite polyprotéine virale et au plus 57 addes aminés allant de l'acide a iné 1767 à l'acide aminé 1823, et enfin
- le peptide D situé dans la protéine NS5b, lequel comporte au moins 29 acides aminés allant de l'adde aminé 2573 à l'acide aminé 2601 sur ladite polyprotéine virale et au plus 44 addes aminés allant de l'acide aminé 2570 à l'acide aminé 2613. L'expression «le peptide A comporte au moins 31 addes aminés allant de l'adde aminé 1244 à l'acide aminé 1274 sur la polyprotéine codée par le virus et au plus 46 acides aminés allant de l'adde aminé 1237 à l'acide aminé 1282 » signifie que l'extrémité N- terminale est délimitée par l'acide aminé situé à l'une des positions 1237 à 1244 de la polyprotéine virale et l'extrémité C-terminale est délimitée par l'acide aminé situé à l'une des positions 1274 à 1282 de la polyprotéine virale. Ainsi le peptide A a toujours au moins les 31 acides aminés consécutifs correspondant aux positions 1244-1274 et au plus 15 acides aminés supplémentaires distribués de part et d'autre de ces 31 acides aminés dans la limite des positions 1237-1282. Par exemple, un peptide A peut comporter 33 addes aminés constitués de 31 acides aminés correspondant aux positions 1244-1274 et soit 2 acides aminés Nterminaux (positions du peptide de 33 acides aminés : 1242-1274), soit 2 acides aminés C- terminaux (positions du peptide de 33 acides aminés : 1244-1276), soit un adde aminé N- terminal et un adde aminé C- terminal (positions du peptide de 33 acides aminés : 1243-1275). L'expression «le peptide B comporte au moins 45 addes aminés allant de l'adde aminé 1038 à l'acide aminé 1082 sur ladite polyprotéine virale et au plus 63 acides aminés allant de l'acide aminé 1027 à l'acide aminé 1089 » signifie que rextrémité N-terminale est délimitée par l'acide aminé situé à l'une des positions 1027 à 1038 et rextrémité C-terminale est délirnitée par l'acide aminé situé à l'une des positions 1082 à 1089. Ainsi le peptide B a toujours au moins les 45 acides aminés consécutifs correspondant aux positions 1038-1082 et au plus 18 addes aminés supplémentaires distribués de part et d'autre de ces 45 acides aminés dans la limite des positions 1027-1089. L'expression «le peptide C comporte au moins 32 addes aminés allant de l'adde aminé 1789 à l'acide aminé 1820 sur ladite polyprotéine virale et au plus 57 addes aminés allant de l'acide aminé 1767 à l'acide aminé 1823 » signifie que l'extrémité N-terminale est délimitée par l'acide aminé situé à l'une des positions 1767 à 1789 et l'extrémité C-terminale est délimitée par l'adde aminé situé à l'une des positions 1820 à 1823. Ainsi le peptide C de l'invention a toujours au moins les 32 addes aminés consécutifs correspondant aux positions 1789-1820 et au plus 25 acides aminés supplémentaires distribués de part et d'autre de ces 32 acides aminés dans la limite des positions 1767-1823. L'expression «le peptide D comporte au moins 29 addes aminés allant de l'acide aminé 2573 à l'acide aminé 2601 sur ladite polyprotéine virale et au plus 44 addes aminés allant de l'acide aminé 2570 à l'adde aminé 2613 » signifie que l'extrémité N-teπninale est délimitée par l'acide aminé situé à Tune des positions 2570 à 2573 et rextrémité C-terminale est délimitée par l'adde aminé situé à l'une des positions 2601 à 2613. Ainsi le peptide D de l'invention a toujours au moins les 29 acides aminés consécutifs correspondant aux positions 2573-2601 et au plus 15 addes aminés supplémentaires distribués de part et d'autre de ces 29 acides aminés dans la limite des positions 2570-2613. L'assodation du peptide de l'invention et des peptides A à D permet d'induire des lymphocytes T cytotoxiques spécifiques capables d'une vigueur et d'une efficadté supérieure à celle obtenue avec chacun des peptides utilisés séparément et/ou chacun des epitopes individuels contenus dans ces peptides utilisés seuls ou en association ainsi que de stimuler une production supérieure d'interféron γ. Ainsi, la présente invention a également pour objet les compositions peptidiques comprenant le peptide de l'invention et au moins également un peptide choisi parmi :
- le peptide A situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 31 acides aminés allant de l'acide aminé 1244 à l'acide aminé 1274 sur la polyprotéine codée par le virus et au plus 46 acides aminés allant de l'acide aminé 1237 à l'acide aminé 1282,
- le peptide B encore situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 45 acides aminés allant de l'acide aminé 1038 à l'acide aminé 1082 sur ladite polyprotéine virale et au plus 63 acides aminés allant de l'adde aminé 1027 à l'acide aminé 1089, - le peptide C situé dans la protéine NS4, lequel comporte au moins 32 acides aminés allant de l'adde aminé 1789 à l'acide aminé 1820 sur ladite polyprotéine virale et au plus 57 addes aminés allant de l'adde aminé 1767 à l'acide aminé 1823, et - le peptide D situé dans la protéine NS5b, lequel comporte au moins 29 acides aminés allant de l'adde aminé 2573 à l'acide aminé 2601 sur ladite polyprotéine virale et au plus 44 addes aminés allant de l'acide aminé 2570 à l'adde aminé 2613. Les peptides A, B, C et D, ainsi que leurs séquences en addes aminés ont été décrits dans la demande de brevet, déposée par la Demanderesse, PCT/FR03/01478 (WO03/097677), à laquelle l'homme du métier pourra se référer. De préférence, le peptide A a au moins la séquence en acides aminés SEQ ID N°105 et au plus la séquence en acides aminés SEQ ID N°106, le peptide B a au moins la séquence en addes aminés SEQ ID N°107 et au plus la séquence en acides aminés SEQ ID N°108, le peptide C a au moins la séquence en addes aminés SEQ ID N°109 et au plus la séquence en addes aminés SEQ ID N°110 et le peptide D a au moins la séquence en acides aminés SEQ ID N°lll et au plus la séquence en acides aminés SEQ ID N°112. Le peptide A de séquence SEQ ID N°105, le peptide B de séquence SEQ ID N°107, le peptide C de séquence SEQ ID N°109 et le peptide D de séquence SEQ ID N° 111 sont particulièrement préférés aux fins de l'invention. Les compositions peptidiques de l'invention contiennent donc au moins deux peptides, l'un étant le peptide de l'invention, l'autre étant choisi parmi les peptides A à D tels que définis ci- dessus. Ainsi, les compositions de l'invention peuvent contenir deux peptides selon les combinaisons suivantes : peptide de l'invention et peptide A, peptide de l'invention et peptide B, peptide de l'invention et peptide C, et peptide de l'invention et peptide D. Les compositions de l'invention peuvent également contenir trois peptides selon les combinaisons suivantes : peptide de l'invention et peptides A et B, peptide de l'invention et peptides A et C, peptide de l'invention et peptides A et D, peptide de l'invention et peptides B et C, peptide de l'invention et peptides B et D, et peptide de l'invention et peptides C et D. De même, les compositions de l'invention peuvent contenir quatre peptides selon les combinaisons srivantes : peptide de l'invention et peptides A B et C, peptide de l'invention et peptides A, B et D, peptide de l'invention et peptides A, C et D, et peptide de l'invention et peptides B, C et D. Enfin, les compositions de l'invention peuvent contenir cinq peptides, à savoir le peptide de l'invention et les quatre peptides A, B, C, D, ce qui constitue un mode de réalisation particulier de l'invention. Le peptide de l'invention contient dans sa séquence, outre des epitopes connus tels que l'épitope MYTJ VDQDL restreint par la molécule HLA- A24 (position 1100-1109 dans la polyprotéine virale ; Ito et al, 2001, Journal of Gastroenterology and Hepatology, 16 : 309- 316) et l'épitope LLCPSGHW restreint par la molécule HLA-A2 (position 1169-1177 dans la polyprotéine virale ; Cemy et al, 1995, Journal of Clinical investigations, 95 : 521- 530), six nouveaux epitopes, notamment T, restreints par la molécule HLA-B7 présentant un fort pouvoir immunogène. Ainsi, un autre objet de l'invention concerne l'épitope notamment T L10K de 10 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, allant de l'acide aminé 1153 à l'acide aminé 1162 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°113 à SEQ ID N°124 et de préférence la séquence SEQ ID N°115. Cet épitope est appelé épitope L10K car il possède 10 acides aminés, commence par une leucine et termine par une lysine. Les deux epitopes de 9 acides aminés contenus dans L10K, à savoir les epitopes L9L et S9K, situés respectivement de l'acide aminé 1153 à l'acide aminé 1161 et de l'acide aminé 1154 à l'acide aminé 1162, présentent également un fort pouvoir immunogène et constituent un autre objet de l'invention. L'épitope L9L possède l'une des séquence en acides aminés SEQ ID N°125 à SEQ ID N°136, de préférence la séquence SEQ ID 127, et l'épitope S9K possède l'une des séquence en acides aminés SEQ JJD N°137 à SEQ ID N°148, de préférence la séquence SEQ JX) N0139. Là encore, ces epitopes sont appelés respectivement L9L et S9K car ils possèdent 9 acides aminés, L9L commençant par l'adde aminé L et terminant par l'adde aminé L et S9K commençant par l'acide aminé S et terminant par l'adde aminé K. L'invention concerne également l'épitope notamment T W10M de 10 addes aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, allant de l'acide arniné 1111 à l'acide aminé 1120 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ JD N°149 à SEQ ID N°178, et de préférence la séquence SEQ ID N°155. De même, cet épitope est appelé W10M car il possède 10 acides aminés, commence par l'acide aminé W et termine par l'adde aminé M. Les deux epitopes de 9 acides aminés contenus dans W10M, à savoir les epitopes
W9S et P9M, situés respectivement de l'acide aminé 1111 à l'acide aminé 1119 et de l'acide aminé 1112 à l'acide aminé 1120, présentent également un fort pouvoir immunogène et constituent un autre objet de l'invention. L'épitope W9S possède l'une des séquence en acides aminés SEQ ID N°179 à SEQ ID N°203, de préférence la séquence SEQ ID 179, et l'épitope P9M possède l'une des séquence en acides aminés SEQ ID N°204 à SEQ ID N°232, de préférence la séquence SEQ ID No204. Là encore, ces epitopes sont appelés respectivement W9S et P9M car ils possèdent 9 acides aminés, W9S commençant par l'acide aminé W et teirninant par l'acide aminé S et P9M commençant par F adde arniné P et terminant par l' acide aminé M. La présente invention concerne également les séquences nucléotidiques codant pour le peptide et pour les epitopes de l'invention tels que définis précédemment. Les peptides et epitopes de l'invention peuvent être soit d'origine native, soit d'origine recombinante. Les peptides et epitopes d'origine native sont obtenus à partir des souches ou isolats du VHC, par le biais de l'utilisation d'amorces oUgonucléotidiques synthétiques qui vont servir à amplifier les séquences virales natives, soit à partir de sera de patients infectés par le ou les génotypes viraux dblés, soit à partir d'ARN viral déjà purifié, provenant par exemple de sang ou de foie de patients, soit à partir d'ADN complémentaire libre ou clone au préalable dans un vecteur d'expression, soit encore à partir de particules virales purifiées à partir de prélèvements biologiques ou de système de propagation in vitro. Les peptides et epitopes de l'invention d'origine recombinante peuvent être obtenus par la technique du génie génétique qui comprend les étapes de : - culture d'un microorganisme ou de cellules eucaryotes transformé(es) à l'aide d'une séquence nucléotidique codant pour lesdits peptides ou epitopes et - récupération du peptide produit par ledit microorganisme ou lesdites cellules eucaryotes. Cette technique est bien connue de l'homme du métier. Pour plus de détails la concernant, on pourra se référer à l'ouvrage ci- après : Recombinant DNA Technology I, Editors Aies Prokop, Raskesh K Bajpai ; Armais of the New- York Academy of Sciences, Volume 646, 1991. Les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent être préparées par synthèse chimique et génie génétique en utilisant les techniques bien connues de l'homme du métier et décrites par exemple dans Sambrook J. et al., Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 1989. Là encore, on entend par «séquence nucléotidique », toutes les séquences codant pour les peptides et epitopes, leur séquence complémentaire, ainsi les séquences codant pour leurs analogues, mutéines et homologues, tels que définis précédemment. Les séquences nucléotidiques de l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs d'expression, dans un système d'expression adapté, par exemple afin d'obtenir les compositions ou les peptides de l'invention. Ainsi, un autre objet de l'invention consiste en les vecteurs d'expression comprenant au moins une séquence nucléotidique de l'invention, ainsi que les moyens nécessaires à son expression. On entend par moyen nécessaire à l'expression d'un peptide, le terme peptide étant utilisé pour toute molécule peptidique, telle que peptide, épitope, protéine, etc., tout moyen qui permet d'obtenir le peptide, tel que notamment un promoteur, un terminateur de transcription, une origine de réplication et de préférence un marqueur de sélection. Les moyens nécessaires à l'expression d'un peptide sont liés de façon opérationnelle à la séquence d'acide nucléotidique codant pour le peptide d'intérêt. Par «Mes de façon opérationnelle », on entend une juxtaposition desdits éléments nécessaires à l'expression et du gène codant pour le peptide d'intérêt, lesquels sont en une relation telle que cela leur permet de fonctionner de façon attendue. Par exemple, ils peut exister des bases supplémentaires entre le promoteur et le gène d'intérêt tant que leur relation fonctionnelle est préservée. Les moyens nécessaires à l'expression d'un peptide peuvent être des moyens homologues, c'est-à-dire inclus dans le génome du vecteur utilisé, ou bien être hétérologues. Dans ce dernier cas, lesdits moyens sont clones avec le peptide d'intérêt à exprimer. Lesdites séquences contenues dans le vecteur d'expression peuvent être liées directement entre elles sous le contrôle d'un seul promoteur et/ou d'un seul élément régulateur de l'expression, ou bien elles peuvent être séparées en étant sous la dépendance chacune de promoteurs et/ou régulateurs de l'expression indépendants, identiques ou différents. A titre de vecteur d'expression qui conviennent aux fins de l'invention, on peut dter par exemple les plasmides, les vecteurs viraux type adenovirus, poxvirus, virus de la vaccine, baculovirus, les vecteurs bactériens du type salmonelle, listéria, BCG. Les vecteurs de l'invention peuvent également comprendre des séquences nécessaires au dblage des peptides vers des compartiments cellulaires particuliers. Un exemple de ciblage peut être le ciblage vers le réticulum endoplasmique obtenu en utilisant des séquences d'adressage du type de la séquence leader issue de la protéine E3 de l'adénovirus (Ciernik I.F., et al., The Journal of Immunology, 1999, 162, 3915- 3925). Les vecteurs d'expression de l'invention peuvent comprendre soit une seule séquence nucléotidique codant pour le peptide de l'invention uniquement, soit au moins deux séquences nucléotidiques, l'une codant pour le peptide de l'invention et l'autre codant pour un peptide choisi parmi les peptides A à D. Ainsi, selon un mode de réalisation de l'invention, les vecteurs d'expression comprennent une séquence nucléotidique codant pour le peptide de l'invention et au moins une séquence nucléotidique codant pour les peptides A à D, ainsi que les moyens nécessaires à leur expression. Les vecteurs d'expression de l'invention peuvent donc contenir deux, trois, quatre ou cinq séquences nucléotidiques, étant entendu que l'une d'entre elles code pour le peptide de l'invention et les autres codent pour les peptides A, B, C et D, selon les combinaisons décrites précédemment pour les compositions peptidiques. Selon un mode de réalisation particulier de l'invention, les vecteurs d'expression comprennent une séquence nucléotidique codant pour le peptide de l'invention et 4 séquences nucléotidiques codant respectivement pour les peptides A à D. Bien entendu, l'ordre des séquences nucléotidiques dans les vecteurs d'expression importe peu. Lorsque les vecteurs d'expression de l'invention comprennent plusieurs séquences nucléotidiques, lesdites séquences peuvent être hées directement entre elles, ou bien par l'mlermédiaire d'agents espaceurs ou lieurs qui sont typiquement constitués de petites molécules neutres telles que des acides aminés ou mimétiques d' addes aminés qui ont typiquement une charge neutre dans des conditions physiologiques. A titre d'agents espaceurs, on peut dter les résidus Ala, Gly ou d'autres agents espaceurs neutres d'acides aminés non polaires ou d'acides aminés polaires neutres. Ces acides aminés espaceurs ont au moins un ou deux résidus et habituellement de 3 à 6 résidus. L'invention a également pour objet les rnicroorganismes et les cellules hôtes ou eucaryotes transformés par un vecteur d'expression de l'invention. A titre d'exemples de microorganisme qui conviennent aux fins de l'invention, on peut citer les levures, telles que celles des familles suivantes : Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Kluveromyces, Pichia, Hanseluna, Yarowia, Schwaniomyces, Zygosaccharomyces, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces carlsbergensis et Kluveromyces lactis étant préférées ; et les bactéries, telles que E. coli et celles des familles suivantes : Lactobacillus, Lactococcus, Salmonella, Strptococcus, Bacillus et Streptomyces. A titre d'exemples de cellules eucaryotes hôtes, on peut citer les cellules provenant d'ariimaux tels que les mammifères, les reptiles, les insectes et équivalent Les cellules eucaryotes préférées sont les cellules provenant du hamster chinois (cellules CHO), du singe (cellules COS et Vero), du rein de hamster nain (cellules BHK), du rein de cochon (cellules PK 15) et du rein de lapin (cellules RK13, les lignées cellulaires humaines de l'ostéosacorme (cellules 143 B), les lignées cellulaires humaines HeLa et les lignées cellulaires humaines de l'hépatome (du type cellules Hep G2), ainsi que les lignées cellulaires d'insecte (par exemple de Spodoptera frugiperda). Les cellules hôtes peuvent être fournies dans des cultures en suspension ou en flacon, dans des cultures tissulaires, des cultures d'organe et équivalent. Les cellules hôtes peuvent également être des animaux transgéniques. Lorsqu'on veut obtenir une composition de l'invention contenant au moins deux peptides, dont l'un est le peptide de l'invention et l'autre est choisi parmi les peptides A à D, les microorganismes ou cellules eucaryotes sont transformés par un vecteur d'expression contenant au moins deux séquences nucléotidiques, ou bien ils sont cotransformés par au moins deux vecteurs d'expression contenant une seule séquence nucléotidique, chaque vecteur codant pour un peptide de type différent. Selon un mode de réalisation de l'invention, les microorganismes et cellules hôtes sont cotransformés avec deux vecteurs d'expression, l'un codant pour le peptide de l'invention et l'autre codant pour au moins un peptide A à D. Selon un mode de réalisation préféré, les microorganismes ou cellules hôtes sont cotransformés par deux vecteurs d'expression, l'un codant pour le peptide de l'invention et l'autre codant pour les quatre peptides A à D. L'invention concerne également des anticorps dirigés contre le peptide ou contre l'un des epitopes de l'invention tels que définis précédemment Les anticorps selon l'invention sont soit des anticorps polyclonaux, soit monoclonaux. Les anticorps polyclonaux sus- mentionnés peuvent être obtenus par immunisation d'un animal avec le peptide ou épitope d'intérêt à titre d'antigène, suivie de la récupération des anticorps recherchés sous forme purifiée, par prélèvement du sérum dudit animal, et séparation desdits anticorps des autres constituants du sérum, notamment par chromatographie d'affinité sur une colonne sur laquelle est fixée un antigène spécifiquement reconnu par les anticorps, notamment le peptide ou l'épitope d'intérêt Les anticorps monoclonaux peuvent être obtenus par la technique des hybridomes dont le principe général est rappelé ci- après. Dans un premier temps, on immunise un animal, généralement une souris, (ou des cellules en culture dans le cadre d'immunisations in vitro) avec le peptide ou épitope d'intérêt à titre d'antigène, dont les lymphocytes B sont alors capables de produire des anticorps contre ledit antigène. Ces lymphocytes producteurs d'anticorps sont ensuite fusionnés avec des cellules myélomateuses "immortelles" (murines dans l'exemple) pour donner lieu à des hybridomes. A partir du mélange hétérogène des cellules ainsi obtenu, on effectue alors une sélection des cellules capables de produire un anticorps particulier et de se multiplier mdéfjniment Chaque hybridome est multiplié sous la forme de clone, chacun conduisant à la production d'un anticorps monoclonal dont les propriétés de reconnaissance vis-à-vis du peptide ou épitope d'intérêt pourront être testées par exemple en ELIS A, par immunotransfert en une ou deux dimensions, en immunofluorescence, ou à l'aide d'un biocapteur. Les anticorps monoclonaux ainsi sélectionnés, sont par la suite purifiés notamment selon la technique de chromatographie d'affinité décrite ci- dessus. Le peptide, les compositions peptidiques, les epitopes, les séquences nucléiques et les vecteurs de l'invention, sont particulièrement efficaces pour l'inhibition, la prévention et le traitement du virus ou de l'infection des patients porteurs du virus, de sorte que son utilisation pour la préparation d'un médicament constitue un autre objet de l'invention. La présente invention concerne également l'utilisation d'un peptide de l'invention, d'une composition peptidique de l'invention, d'au moins un épitope de l'invention, d'une séquence nucléotidique de l'invention ou d'un vecteur d'expression de l'invention, pour la préparation d'un médicament destiné à rinhibition, la prévention ou le traitement d'une infection provoquée par le virus de l'hépatite C chez un animal, de préférence l'homme. Les séquences nucléotidiques et les vecteurs d'expression seront utilisés selon les critères de la thérapie génique. Par exemple, les séquences nucléotidiques pourront être hées à des polymères biocompatibles largement connus de l'homme du métier La présente invention concerne également les compositions pharmaceutiques, notamment vaccin, contenant à titre de substance active au moins un peptide de l'invention, ou une composition peptidique de l'invention, ou au moins un épitope de l'invention, ou au moins une séquence nucléotidique de l'invention, placée sous le contrôle d'éléments nécessaires à une expression constitutive et/ou inductible du ou des peptides d'intérêt codée par ladite séquence, ou un vecteur de Tinvention, ou bien au moins un anticorps de l'invention, en assodation avec un excipient pharmaceutiquement acceptable. Par éléments nécessaires à une expression constitutive des peptides, on entend un promoteur ubiquitaire ou spécifique des cellules eucaryotes. A titre d'éléments nécessaires à une expression inductible des peptides, on peut citer les éléments de régulation de l'opéron de E. coli pour la résistance à la tétiacycline (Gossen M. et al, Proc Natl Acad Sci USA, 89 : 5547-5551 (1992). La quantité et la nature de l'excipient peuvent être facilement déterminées par l'homme du métier. Elles sont choisies selon la forme pharmaceutique et le mode d'administration souhaités. Les compositions pharmaceutiques de l'invention sont appropriées pour l'administration orale, sublinguale, sous- cutanée, intramusculaire, intraveineuse, topique, locale, intratrachéale, intranasale, transdermique, rectale, intraoculaire, intra- auriculaire, ledit prindpe actif pouvant être administré sous forme unitaire d'administration. Les formes unitaires d'administration peuvent être par exemple des comprimés, des gélules, des granules, des poudres, des solutions ou suspensions orales injectables, des timbres transdermiques (« patch»), des formes d'administration sublinguale, buccale, intratrachéale, intraoculaire, intranasale, intra- auriculaire, par inhalation, des formes d'administration topique, transdermique, sous-cutanée, intramusculaire ou intraveineuse, des formes d'administration rectale ou des implants. Pour l'administration topique, on peut envisager des crèmes, gels, pommades, lotions ou collyres. Ces formes galéniques sont préparées selon les méthodes usuelles des domaines considérés. Lesdites formes unitaires sont dosées pour permettre une administration journalière de 0,001 à 10 mg de principe actif par kg de poids corporel, selon la forme galénique. H peut y avoir des cas particuliers où des dosages plus élevés ou plus faibles sont appropriés ; de tels dosages ne sortent pas du cadre de l'invention. Selon la pratique habituelle, le dosage approprié à chaque patient est déterminé par le médecin selon le mode d'administration, le poids et la réponse du patient Selon un autre mode de réalisation de l'invention, la présente invention concerne également une méthode de traitement des pathologies associées au virus de l'hépatite C qui comprend l'administration, à un patient d'une dose efficace d'un médicament de l'invention. Outre une application thérapeutique, l'invention a également une application diagnostique en ce sens que les peptides, les séquences nucléotidiques et les anticorps de l'invention peuvent être utilisés à titre de partenaire de liaison dans lesdits tests. Ainsi, l'invention concerne également l'utilisation d'un peptide, d'une séquence nucléotidique ou d'un anticorps de l'invention pour le diagnostic in vitro du virus de l'hépatite C dans un échantillon ou un prélèvement biologique. Le peptide et les anticorps de l'invention peuvent être utilisés dans des tests de dosage immunologique, tel que le dosage ELISA, et les séquences nucléotidiques peuvent être utilisées dans des tests de d'hybridation. Des exemples de procédés diagnostiques comprennent sans aucune limitation, les blots, les techniques dites sandwich, les techniques de compétition et les techniques de détection par PCR, notamment celles dites « en temps réel ». Selon un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et/ou de quantification du virus de l'hépatite C dans un échantillon biologique prélevé chez un individu susceptible d'être infecté par ledit virus, tel que plasma, sérum ou tissu, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes consistant à : - mettre en contact ledit échantillon biologique avec les anticorps selon l'invention dans des conditions permettant la formation d'un complexe entre le virus et l'anticorps, et - détecter et/ou quantifier la formation dudit complexe par tout moyen approprié. La présente invention sera mieux comprise à l'aide des exemples suivants donnés uniquement à titre illustratif et non limitatif, ainsi qu'à l'aide des figures 1 à 13 annexées, sur lesquelles : - la figure 1 représente l'alignement en fonction du génotype, du peptide de l'invention,
- la figure 2 représente T alignement, en fonction du génotype, des epitopes L10K, L9L et S9K de l'invention,
- la figure 3 représente l'ahgnement en fonction du génotype, des épitope W10M, W9S et P9M de l'invention et
- la figure 4 donne la réponse cellulaire spécifique de l'épitope L9L (figure 4A)ou par l'épitope S9K (figure 4B) selon le test CTL où on a utilisé l'épitope d'intérêt approprié pour stimuler les splénocytes en culture et pour charger les dbles du CTL et dont le résultat est exprimé en pourcentage de lyse spécifique en fonction du rapport effecteur/cible, - la figure 5 dorme la réponse cellulaire spécifique de l'épitope L9L ou par l'épitope S9K selon le test ELISPOT spécifique pour l'épitope d'intérêt approprié, où le résultat est donné en nombre de spots/106 cellules,
- la figure 6 donne la réponse cellulaire spécifique de l'épitope W10M selon le test ELISPOT spécifique pour cet épitope, où le résultat est donné en nombre de spots/106 cellules, - la figure 7 donne la réponse cellulaire spécifique de l'épitope W10M selon le test CTL où on a utilisé l'épitope W10M pour stimuler les splénocytes en culture et pour charger les cibles du CTL et dont le résultat est exprimé en pourcentage de lyse spécifique en fonction du rapport effecteur/cible,
- la figure 8 dorme la réponse cellulaire spécifique de l'épitope L10K, après immunisation de souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 avec un adénovirus codant pour les protéines
NS3 et NS4, selon le test Elispot spécifique de cet épitope et mesurant la production d'IFN- γ ; le résultat est donné en nombre de spots pour 106 cellules,
- la figure 9 donne la réponse cellulaire spécifique de l'épitope L10K, après immunisation de souris transgéniques pour la molécule HLA-B7, selon le test CTL où on a utilisé l'épitope d'intérêt approprié pour stimuler les splénocytes en culture et pour charger les cibles du CTL ; le résultat est exprimé en pourcentage de lyse spécifique en fonction du rapport cellules efîectrices/ cellules cibles,
- la figure 10 donne la réponse cellulaire spécifique des epitopes de l'invention (figure 10A pour les epitopes L9L, S9K et figure 10B pour les epitopes W10M, W9S, P9M) selon le test Elispot spécifique de ces epitopes mesurant la production d'JFN-γ et d'IL-10, après restimulation de PBMC de patients infectés chroniquement par le VHC par ces peptides ; le résultat est donné en nombre de spots pour 106 cellules et le seuil de positivité des résultats, calculé pour chaque patient comme étant 2 fois le bruit de fond observé avec du milieu seul, est indiqué par un trait discontinu, - la figure 11 donne la carte des plasmides pCR-BlueScript (figure 11 A) et pgWiz (figure 11B) utilisés pour l'expression des gènes synthétiques codant pour le peptide de l'invention seul ou pour l'association du peptide de l'invention et des peptides A, B, C et D,
- la figure 12 donne la réponse cellulaire induite par le peptide de l'invention exprimé seul (pgWiz-fgt E) (Figure 12A) ou en association avec les peptides A, B,C et D (pgWiz polyEWT-B7) (Figure 12B) sous forme de gène synthétique, après immunisation de souris transgéniques pour la molécule HLA-B7, selon le test Elispot spécifique des epitopes L10K, L9L, S9K et W10M, présents dans le peptide de l'invention, et mesurant le production d'IFN-γ ; le résultat est donné en nombre de spots pour 106 cellules, et - la figure 13 donne la réponse cellulaire induite par le peptide de l'invention exprimé seul (pgWiz-fgt E) (Figure 13A) ou en association avec les peptides A, B, A, C, et D (pgWiz polyEWT-B7) (Figure 13B) sous forme de gène synthétique, après immunisation de souris transgéniques pour la molécule HLA-B7, selon le test CTL où on a utilisé l'épitope d'intérêt approprié pour stimuler les splénocytes en culture et pour charger les cibles du CTL ; le résultat est exprimé en pourcentage de lyse spécifique en fonction du rapport cellules effectrices/ cellules cibles.
Exemple 1 : Mise en évidence de l'immunogénicité de l'épitope L9L de l'invention chez la souris 1. Immunisation des souris On a immunisé des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 (Rohrlish et al., 2003, International Immunology, 15(6) : 765-772) avec un plasmide codant pour les protéines NS3 et NS4 (pgWiz NS3NS4 ; Himoudi et al., 2002, J. Virol., 76 : 12735- 12746), puis boosté ces mêmes souris avec un Adénovirus exprimant les protéines NS3 et NS4 (pIV317 tel que décrit dans la demande FR03/06772 déposée par la Demanderesse). Pour ce faire, chaque souris a reçu, en injection intramusculaire au niveau de la cuisse, 50μL de cardiotoxine à lOμM à J-5, puis lOOμg de pgWiz NS3NS4 à J0 puis 109 IU d'Adénovirus NS3NS4 à J15. Les souris témoins (S neg) ont reçu une injection de cardiotoxine à J-5, comme les souris précédemment décrites, une injection de pgWiz vide (Himoudi et al., 2002, supra) à J0 (lOOμg) et une injection de 109 IU d'Adénovirus β-gal (Transgène, Strasbourg, France) à J15, en injection intramusculaire. Quinze jours après l'injection de l'adénovirus, on a observé la réponse cellulaire en isolant les cellules de la rate des souris en réalisant un test de cytotoxicité (CTL) et un test ELISPOT. 2. Test CTL Le test CTL a pour but d'évaluer la lyse spécifique par les lymphocytes T CD8+ provenant de la rate de cellules cibles chargées avec des epitopes potentiels du VHC. Pour réaliser ce test, on a cultivé ces splénocytes en plaque 24 puits en présence de
5μM de l'épitope L9L de séquence SEQ ID N°127 et en présence d'interleukine 2 recombinante murine 10 U par mL dans du milieu modifié essentiel alpha ( MEM) pendant 5 jours. Au 5eme jour, on a effectué l'étape de restimulation qui consiste à rajouter aux splénocytes en culture des splénocytes de souris naïves en présence de l'épitope potentiel pendant 2 jours. Au 7ème jour, on a réahsé le test CTL en lui-même qui consiste à mettre en présence les splénocytes des souris immunisées après les 7 jours de culture (cellules effectrices) et des cellules CEM B7 B7 Kd chargées avec lOμM de l'épitope L9L et marquées au Cr51 (cellules dbles). L'activité cytotoxique des cellules effectrices, spécifique de l'épitope potentiel chargé sur les cellules cibles, est déterminée par la mesure, après 4h d'incubation avec les cellules cibles, du Cr51 libéré suite à la lyse des cellules cibles en utilisant un appareil de comptage γ-Cobra U (Perkin Elmer, France). On a déterminé la libération spontanée et maximale de Cr51 par les cellules cibles à partir des puits ne contenant que les cellules cibles et du milieu seul ou du tampon de lyse (HC1 IN). On a calculé le pourcentage spécifique de cytotoxicité par la formule : (libération dans ressai-Hbération spontanée)/(libération maximale-hbération spontanée) X100. On a déterminé la lyse spécifique de l'épitope potentiel par la différence entre le pourcentage de lyse obtenu en présence des cellules cibles chargées avec l'épitope L9L et le pourcentage de lyse obtenu en présence des cellules cibles non chargées. Les résultats sont indiqués sur la figure 4 A qui représente un graphe donnant le rapport effecteur/cible en fonction du pourcentage de lyse spécifique et où SI est la souris 1, S2 est la souris 2, S3 est la souris 3, ces trois souris ayant été immunisées par le plasmide pgWiz NS3NS4 puis par l'Adénovirus NS3NS4, et S neg est la souris témoin ayant été nnmuriisée par le plasmide pgWiz vide et l'Adénovirus β-gal. Ces résultats montrent que cet épitope est la cible d'une réponse cytotoxique après injection à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 d'un plasmide pgWizNS3NS4 et d'un adénovirus NS3NS4 et est capable d'induire une forte réponse CTL. 3. Test ELISPOT Le test ELISPOT a pour but de mesurer le nombre de cellules spécifiques d'un épitope produisant de l'IFNγ lorsqu'elles sont stimulées par cet épitope. Pour réaliser ce test, on a cultivé les splénocytes des souris immunisées pendant 48H dans des plaques 96 puits MultiScreen (MOlipore) préalablement coatées avec un anticorps anti-interféron-γ murin (TFNγ) (BD Biosdences, lOμg/mL au final). Les splénocytes sont mis en culture en présence de lOμM de l'épitope L9L de séquence SEQ ID N°127 et en présence de 10 U d'interleukine 2 recombinante murine par mL dans du αMEM. Pour le contrôle positif, les splénocytes sont cultivés en présence de concanavaline A (5μg/mL). Pour le contrôle négatif, les splénocytes sont cultivés soit en présence d'un peptide non- spécifique (ou peptide irrelevant) appartenant à la protéine de capside du VHC, dont la séquence est DLMGYIPLV, soit en miheu seul, sans aucun peptide. Après les 48H de culture, les puits sont lavés une fois avec du PBS IX, puis 3 fois avec du PBS-Tween 0,05%, puis sont incubés 2H avec un anticorps biotinylé anti- IFNγ murin (BD Biosciences, lμg/mL au final). Les puits sont ensuite lavés 3 fois avec du PBS- Tween 0,05%, puis incubés pendant lh avec un conjugué stieptavidine-HRP (Southern Biotechnology Associates). L'activité enzymatique est ensuite révélée par dégradation d'un substrat, l'AEC. Les spots obtenus sont ensuite comptés grâce à un lecteur ELISpot Zeiss (microscope Zeiss couplé au logidel KS- ELISpot). Le nombre de spots spécifiques, correspondant à la production d' JFNγ par les cellules spécifiques de l'épitope potentiel, est déterminé pour un million de cellules et on retranche au nombre de spots observés dans le puits où les cellules sont en présence de l'épitope L9L le nombre de spots observés dans le puits où les cellules sont en milieu seul Chaque condition est réalisée en triplicate. Les résultats sont indiqués sur la figure 5 qui donne le nombre de spots pour 106 splénocytes de souris notamment en présence de l'épitope L9L (LSPRPVSYL) et en présence d'un peptide irrelevant, le nombre de spots étant indiqué au-dessus de chaque barre de l'histogramme. Ces résultats montrent clairement que l'épitope L9L est un épitope situé dans la protéine NS3 du VHC, restreint par la molécule HLA-B7, est capable d'induire une forte production d' IFNγ, outre la forte réponce CTL mise en évidence au point 2 ci- dessus.
Exemple 2 : Mise en évidence de l'immunogénicite de l'épitope S9K de l'invention chez la souris On a repris le mode opératoire indiqué dans l'exemple 1 ci-dessus, à ceci près qu'on a remplacé l'épitope L9L par l'épitope S9K de séquence SEQ ID N°139. Les résultats du test CTL et ceux du test ELISPOT sont donnés respectivement sur la figure 4B et la figure 5. Ces résultats mettent en évidence que l'épitope S9K est un épitope situé dans la protéine NS3 du VHC, restreint par la molécule HLA-B7 et capable d'mduire à la fois une forte réponse CTL (figure 4B) et une forte production d'IENγ (figure 5).
Exemple 3 : Mise en évidence de l'immunogénicite de l'épitope W10M de l'invention chez la souris On a repris le mode opératoire indiqué dans l'exemple 1 ci-dessus, à ceci près qu'on a remplacé l'épitope L9L par l'épitope W10M de séquence SEQ ID N°155. Les résultats du test ELISPOT sont donnés sur la figure 6 et du test CTL sont donnés sur la figure 7. Ces résultats mettent en évidence que l'épitope W10M est un épitope situé dans la protéine NS3 du VHC, restreint par la molécule HLA-B7 et capable d'induire à la fois une forte production d'IFNγ (figure 6) et une forte réponse CTL (figure 7).
Exemple 4 : Mise en évidence de l'innnunogénicité de l'épitope L10K chez la souris. 1. Immunisation des souris On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 1 ci- dessus, à ceci près qu'on a utilisé l'épitope de séquence SEQ ID N°l 15. 2. Test Elisρots On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 3, à ceci près qu'on a utilisé l'épitope de séquence SEQ ID N°115. Les résultats sont indiqués sur la figure 8, qui représente un graphe donnant le nombre de spots observés spécifiquement en présence du peptide L10K ou d'un peptide non- spécifique (irrelevant) pour 106 cellules. SI est la souris 1, S2 est la souris 2, S3 est la souris 3, ces 3 souris ayant été immunisées par le plasmide pgWiz NS3NS4 puis par l'Adénovirus NS3NS4, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée par le plasmide pgWiz vide puis l'Adénovirus β-gal. Le nombre total de spots représente le nombre de cellules productrices d'IFN-γ spécifiques de chacun des epitopes. Ces résultats montrent que l'épitope L10K, comme les epitopes L9L, S9K, est la cible d'une réponse cellulaire spécifique, illustrée par une forte production d'IFN-γ spécifique de cet épitope, après injection à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 d'un plasmide pgWiz NS3NS4 et d'un adénovirus NS3NS4. 3. Test CTL Là encore, on a répété le mode opératoire indiqué dans l'exemple 1, point 1, à ceci près qu'on a utilisé l'épitope de séquence SEQ ID N°115. Les résultats sont indiqués sur la figure 9, qui représente un graphe donnant le pourcentage de lyse observé lors du test CTL en fonction du rapport cellules effectrices/cellules cibles. SI est la souris 1, S2 est la souris 2, S3 est la souris 3, ces 3 souris ayant été immunisées par le plasmide pgWiz NS3NS4 puis par l'Adénovirus NS3NS4, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée par le plasmide pgWiz vide puis l'Adénovirus β-gaL Ces résultats montrent que cet épitope L10K est la cible d'une réponse cytotoxique spécifique, après injection à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 d'un plasmide pgWiz NS3NS4 et d'un adénovirus NS3NS4. L'épitope L10K est capable d'induire une forte réponse CTL.
Exemple 5 : Mise en évidence de réponses cellulaires spécifiques des epitopes L9L, S9K, et W10M, W9S, P9M chez les patients infectés chroniquement par le virus de l'hépatite C. 1. Récupération des cellules mononuclées du sang périphérique (PBMC). Des échantillons sanguins sont prélevés chez des patients infectés chroniquement par le VHC, suivis et traités à l'Hôtel Dieu (Lyon). Les PBMC sont récupérées via un gradient de Ficoll et sont congelées jusqu'à la réalisation des tests. Les échantillons de sang de 6 patients ont été utilisés pour cette étude. 2. Tests Elispot Les tests Elispot réalisés ici avec les PBMC de patients ont pour but de mesurer la capacité des epitopes L9L, S9K, W10M, W9S et P9M à rappeler des réponses cellulaires pouvant exister dans l'infection naturelle et de montrer ainsi l'existence de telles réponses lors de l'infection naturelle. Au cours de ces tests Elispot sont mesurées la production d'IFN-γ et la production d'IL- 10. Les PBMC sont cultivées pendant 48H dans des plaques Ehspots 96 puits provenant de kits ELI- SPOTS fournis par la société Diaclone. L'ensemble du protocole d'Ehspot est réahsé selon les instructions du fournisseur. Comme décrit pour les expériences réalisées chez la souris, le nombre de spots représente la quantité de cellules spécifiquement stimulées par les epitopes et sécrétant en réponse à cette stimulation soit de l'IFN-γ, soit de FIL- 10. 3. Résultats Les résultats sont indiqués sur la figure 10A et 10B qui représentent respectivement les réponses ceUulaires spécifiques des epitopes L9L, S9K, et les réponses cellulaires spécifiques des epitopes WIOM, W9S, P9M, illustrées dans chaque cas par la production d'IFN-γ ou d'IL- 10 après restimulation des PBMC des patients par chacun des epitopes. ParaUelement aux PBMC de patients infectés chroniquement par le VHC, des PBMC de sujets sains ont été testées comme témoin négatif : les résultats observés chez les sujets sains étaient négatifs lors des expériences représentées sur cette figure (résultats non-montrés). Ces résultats montrent que les epitopes de l'invention sont la dble de réponses ceUulaires lors de l'infection natureUe par le VHC et sant capables d'induire la production d'IFN-γ et/ ou d'ILlO chez 6 patients sur 15 patients testés.
Exemple 6 : Mise en évidence de l'immunogénicite du peptide de l'invention chez les souris transgéniques pour la molécule HLA-B7. 1. Préparation du gène synthétique Le gène synthétique de séquence SEQ ID N°233, codant pour le peptide de l'invention de séquence SEQ ID N°15, a été clone dans le plasmide pCR-BlueScript (Figure 11 A, Stratagène) entre les sites de restrictions Kprύ. et Sacl. Ce gène a ensuite été amplifié par technique de PCR selon le protocole suivant : OUgonucléotides utilisés (Eurogentec, Belgique) : OUgo 1 : 5' CGC-ATA-GTC-GAC-CGC-CAT-GCC-AAT-CAC-CCA-AAT-GTA- CAC-C-3' (SEQ ID N°234)
Ohgo 2: 5' GCG-TAT-GCG-GCC-GCT-ACC-GGA-AGA-TGC-CTA-CAA-CGT-G-3' (SEQ TD N°235) Réactifs utihsés : Polymérase Vent (Biolabs), Tampon PCR (Biolabs), et dNTP, l,25mM chacun (Roche Diagnostics) Conditions de la PCR :
- 5 minutes à 95°C,
- 18 cycles de la série : 1min 30s à 95°C, 1min 30s à 55°C, 45s à 72°C
- retour à 25°C Etapes pour le clonage :
- digestion enzymatique du plasmide pgWiz (Figure 11B) (Gène Therapy System) par les enzymes de restriction NofUSaU (Roche Diagnostics) dans le tampon H (Roche Diagnostic)
- digestion du fragment amplifié, le gène synthétique codant pour le peptide de l'invention, par les enzymes de restriction NotUSaU (Roche Diagnostic) dans le tampon H (Roche
Diagnostic)
- Ugature (T4 DNA Ugase (hivitrogen) dans Reaction Buffer (Tnvitrogen))
- transformation bactérienne (bactéries E. CoU DH5-α, hivitrogen)
- sélection des clones bactériens sur miheu LB (Sigma) +Kanamycine (hivitrogen) - analyse des clones par PCR (utilisation de la Taq polymérase (Promega), OUgo 1 et 2, dNTP)
- Mini-préparation avec kit (Macherey-Nagel)
- Analyse de restriction avec les enzymes NotUSaU (Roche) dans tampon H (Roche)
- Séquençage des plasmides - Obtention du plasmide pgWiz-fgtE, codant pour le peptide de l'invention. Dans ce plasmide, le gène codant pour le peptide de l'invention est sous la dépendance d'un promoteur CMV, permettant son expression dans une ceUule eucaryote. 2. Immunisation des souris Les souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 ont été immunisées 2 fois à 15 jours d'intervaUe, par injection intramusculaire dans la patte, de lOOμg de plasmide pgWiz- fgtE (quantité total d'ADN reçu : 200μg). Cinq jours avant la première injection, les souris ont reçu une injection intramusculaire au même site de cardiotoxine (50 μL de cardiotoxine à 50μM, Latoxan). Les réponses ceUulaires induites chez ces souris par cette vaccination ont été observées 15 jours après la deuxième injection en isolant les ceUules de la rate et en réalisant un test de cytotoxicité et un test ELISPOT. 3. Test EUspot On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 3, dans l'exemple 2, dans l'exemple 3 et dans l'exemple 4, point 2. Les résultats sont indiqués sur la figure 12A qui représente un graphe donnant le nombre de spots spécifiques des epitopes L10K, L9L, S9K, et WIOM, contenus dans le peptide de l'invention, pour 106 ceUules, où SI est la souris 1, S2 est la souris 2, S3 est la souris 3, ces souris ayant été immunisées avec le plasmide pgWiz-fgtE, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée avec le plasmide pgWiz vide. Ces résultats montrent que le peptide de l'invention est immunogène lorsqu'U est injecté à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 sous forme d'un gène synthétique : il est capable d'induire une production d'IFN-γ spécifique de l'épitope WIOM chez 1 souris sur 3. 4. Test CTL On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 2, dans l'exemple 2, dans l'exemple 3 et dans l'exemple 4, point 3. Les résultats sont indiqués sur la Figure 13A qui représente un graphe donnant le pourcentage de lyse spécifique en fonction du ratio ceUules effectrices/ceUules cibles au cours du test CTL, où SI est la souris 1, S2 est la souris 2, S3 est la souris 3, ces souris ayant été immunisées avec le plasmide pgWiz-fgtE, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée avec le plasmide pgWiz vide. Ces résultats montrent que le peptide de l'invention est immunogène lorsqu'U est injecté à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 sous forme d'un gène synthétique : U est capable d'induire une importante réponse cytotoxique spécifique de l'épitope L10K chez 1 souris sur 3 et une forte réponse cytotoxique spécifique de l'épitope
W10M chez 2 souris sur 3.
Exemple 7 : Mise en évidence d'une immunogénicité plus importante du fragment E chez les souris transgénique pour la molécule HLA-B7, lorsqu'il est associé aux domaines A, B, C et D 1. Préparation du gène synthétique Ce gène de séquence SEQ ID N°236, est une séquence chimère codant, dans l'ordre, pour les peptides B, A, C, D, respectivement de séquences SEQ ID N°105, SEQ ID N°107, SEQ ID N°109 et SEQ ID N°lll, et le peptide de l'invention de séquence SEQ JD N°15 (appelé peptide E). Comme pour le peptide de l'invention seul, ce gène codant pour
BACDE a été clone dans le plasmide pBlueScript. Le clonage de ce gène dans le plasmide pgWiz a été réahsé selon le même protocole et avec les mêmes réactifs que le clonage du peptide de l'invention E seul, à l'exception d'un des ohgos :
Ohgo 3 : 5'-CGC-ATA-GTC-GAC-CGC-CAT-GGG-CCT-GCT-TGG-CTG-TAT-CAT-
C-3' (SEQ TD N°237)
Cet ohgo a été utilisé à la place de lohgo 1 et le deuxième ohgo utilisé a été l'ohgo 2 de séquence SEQ ID N°235. Le plasmide pgWiz ainsi obtenu, codant pour les domaines B, A, C, D, et E est appelé pgWiz-polyEWT-B7 et le gène codant pour cette séquence est sous dépendance d'un promoteur CMV, comme dans la construction concernant le peptide de l'invention tout seul . 2. Immunisation des souris On a procédé comme décrit dans l'exemple 6, point 2 ci- dessus en utilisant le plasmide préparé dans le point 1 ci- dessus. 3. TestElispots On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 3, dans l'exemple 2, dans l'exemple 3 et dans l'exemple 4, point 2. Les résultats sont indiqués sur la figure 12B qui représente un graphe montrant le nombre de spots spécifiques obtenus en présence des epitopes L10K, L9L, S9K et W10M pour 106 ceUules, où S4 est la souris 4, S5 est la souris 5, S6 est la souris 6, ces souris ayant été immunisées avec le plasmide pgWiz-fgtE, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée avec le plasmide pgWiz vide. Ces résultats montrent que la construction associant le peptide de l'invention aux peptides A, B, C et D est immunogène lorsqu'eUe est injectée à des souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 sous forme d'un gène synthétique, pgWiz-polyEWT-B7 : cette construction est capable d'mduire la production d'IFN-γ spécifique des epitopes L10K, L9L et W10M chez 1 souris sur 3. En comparaison de ce qui est observé avec le peptide de l'invention seul, les 2 expériences ayant été réalisées simultanément, le spectre des réponses observées est plus large lorsque le peptide de l'invention est assodé aux domaines A, B, C, et D que lorsqu'U est exprimé seul. 3. Test CTL On a procédé comme indiqué dans l'exemple 1, point 2, dans l'exemple 2, dans l'exemple 3 et dans l'exemple 4, point 3. Les résultats sont indiqués sur la Figure 13B qui représente un graphe donnant le pourcentage de lyse spécifique en fonction du ratio ceUules effectrices/ceUules cibles au cours du test CTL, où S4 est la souris 4, S5 est la souris 5, S6 est la souris 6, ces souris ayant été immunisées avec le plasmide pgWiz-polyEWT-B7, et Sneg est la souris témoin ayant été immunisée avec le plasmide pgWiz vide. Les résultats montrent que le gène synthétique pgWiz-polyEWT-B7 est immunogène lorsqu'U est injecté aux souris transgéniques pour la molécule HLA-B7 et est capable d'induire des réponses cytotoxiques spécifiques des epitopes L10K et W10M. Une très forte réponse cytotoxique spécifique de l'épitope L10K est induite chez 2 souris sur 3, avec des pourcentages de lyse spécifique supérieurs à ceux observés lorsque le peptide de l'invention est exprimé seul. De même, une très forte réponse cytotoxique spécifique de l'épitope W10M est induite chez 2 souris sur 3, avec de très forts pourcentages de lyse spécifique alors qu'une seule souris sur 3 présente des réponses lorsque le peptide de l'invention est exprimé seul L'ensemble de ces résultats montre que le peptide de l'invention est immunogène et que son nnmunogénidté peut être augmentée lorsqu'U est co-exprimé avec les peptides A, B, C et D.

Claims

REVENDICAΉONS
1. Peptide de 86 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'acide aminé 1096 à l'acide aminé 1181 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°l à SEQ ID N°104.
2. Peptide selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'U a la séquence SEQ ID
N°15.
3. Composition peptidique caractérisée en ce qu'eUe comprend le peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 ou 2 et au moins également un peptide choisi parmi :
- le peptide A situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 31 addes aminés aUant de l'acide aminé 1244 à l'acide aminé 1274 sur la polyprotéine codée par le virus et au plus 46 acides aminés aUant de l'acide aminé 1237 à l'acide aminé 1282, - le peptide B encore situé dans la protéine NS3, lequel comporte au moins 45 acides aminés aUant de l'acide aminé 1038 à l'acide arniné 1082 sur ladite polyprotéine virale et au plus 63 acides aminés aUant de l'acide aminé 1027 à l'adde aminé 1089,
- le peptide C situé dans la protéine NS4, lequel comporte au moins 32 acides aminés aUant de l'adde aminé 1789 à l'acide aminé 1820 sur ladite polyprotéine virale et au plus 57 addes aminés aUant de l'acide aminé 1767 à l'adde aminé 1823, et
- le peptide D situé dans la protéine NS5b, lequel comporte au moins 29 acides aminés aUant de l'adde aminé 2573 à Facide aminé 2601 sur ladite polyprotéine virale et au plus 44 acides aminés aUant de l'acide aminé 2570 à l'acide aminé 2613.
4. Composition peptidique selon la revendication 3, caractérisée en ce qu'eUe comprend le peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 ou 2 et lesdits peptides A à D.
5. Epitope L10K de 10 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'adde aminé 1153 à l'acide arniné 1162 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°113 à SEQ ID N°124, de préférence SEQ ID N°115.
6. Epitope L9L de 9 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'acide aminé 1153 à l'acide aminé 1161 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°125 à SEQ ID N°136, de préférence SEQ ID N°127.
7. Epitope S9K de 9 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'adde arniné 1154 à l'acide aminé 1162 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°137 à SEQ ID N°148, de préférence SEQ ID N°139.
8. Epitope W10M de 10 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'acide arniné 1111 à l'acide aminé 1120 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°149 à SEQ ID N°178, de préférence SEQ ID
N°155.
9. Epitope W9S de 9 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de l'acide aminé 1111 à F acide aminé 1119 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°179 à SEQ ID N°203, de préférence SEQ ID
N°179.
10. Epitope P9M de 9 acides aminés situés dans la protéine NS3 du VHC, aUant de Facide aminé 1112 à l'adde aminé 1120 sur la polyprotéine du VHC et ayant l'une des séquences en acides aminés SEQ ID N°204 à SEQ ID N°232, de préférence SEQ ID N°204.
11. Séquences nucléotidiques codant pour le peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 ou 2.
12. Séquences nucléotidiques codant pour l'un quelconque des epitopes tels que définis dans les revendications 5 à 10.
13. Vecteur d'expression caractérisé en ce qu'U comprend au moins une séquence nucléotidique telle que définie dans l'une des revendications 11 ou 12, ainsi que les moyens nécessaires à son expression.
14. Vecteur d'expression, caractérisé en ce qu'U comprend une séquence nucléotidique teUe que définie dans la revendication 11 et au moins une séquence nucléotidique codant pour les peptides A à D tels que définis dans la revendication 3, ainsi que les moyens nécessaires à leur expression.
15. Vecteur d'expression selon la revendication 14, caractérisé en ce qu'U comprend, une séquence nucléotidique tétte que définie dans la revendication 11 et 4 séquences nucléotidiques codant respectivement pour les peptides A à D.
16. Microorganisme ou ceUule hôte transformé par un vecteur d'expression tel que défini dans l'une quelconque des revendications 13 à 15.
17. Microorganisme ou ceUule hôte cotransformé par au moins deux vecteurs d'expression, l'un codant pour le peptide tel que défini dans les revendications 1 ou 2 et l'autre codant pour au moins un peptide A à D tels que définis dans la revendication 3.
18. Microorganisme ou ceUule hôte selon la revendication 17, caractérisé en ce qu'U est cotransformé par deux vecteurs d'expression, l'un codant pour le peptide tel que défini dans les revendications 1 ou 2 et l'autre codant pour les peptides A à D tels que définis dans la revendication 3.
19. Anticorps dirigés contre le peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 à 2 ou contre l'un des epitopes tels que définis dans l'une quelconque des revendications 5 à 10.
20. Utilisation d'un peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 ou 2, d'une composition peptidique teUe que définie dans l'une des revendications 3 à 4, d'au moins un épitope tel que défini dans les revendications 5 à 10, d'une séquence nucléotidique teUe que définie dans l'une des revendications 11 à 12 ou d'un vecteur tel que défini dans l'une des revendications 13 à 15 pour la préparation d'un médicament destiné à Finhibition, la prévention ou le traitement d'une infection provoquée par le virus de l'hépatite C chez un artimal, de préférence l'homme.
21. Composition pharmaceutique, notamment vaccin, contenant à titre de substance active au moins un peptide tel que défini dans l'une des revendications 1 à 2, ou une composition peptidique teUe que définie dans l'une des revendications 3 à 4, ou au moins un épitope tel que défini dans les revendications 5 à 10, ou au moins une séquence nucléotidique teUe que définie dans l'une des revendications 11 à 12, placée sous le contrôle d'éléments nécessaires à une expression constitutive et ou inductible du ou des peptides d'intérêt codée par ladite séquence, ou un vecteur tel que défini dans l'une des revendications 13 à 15, ou bien au moins un anticorps tel que défini dans la revendication 19, en association avec un excipient pharmaceutiquement approprié.
22. Utilisation d'un peptide tel que défini dans les revendications 1 à 2, d'une séquence nucléotidique teUe que définie dans la revendication 11 ou d'un anticorps tel que défini dans la revendication 19 pour le diagnostic in vitro du virus de l'hépatite C dans un échantillon ou un prélèvement biologique.
23. Procédé de détection et/ou de quantification du virus de l'hépatite C dans un échantillon biologique prélevé chez un individu susceptible d'être infecté par ledit virus, tel que plasma, sérum ou tissu, caractérisé en ce qu'U comprend les étapes consistant à : - mettre en contact ledit échantillon biologique avec les anticorps selon la revendication 19 dans des conditions permettant la formation d'un complexe entre le viras et l'anticorps, et - détecter et/ou quantifier la formation dudit complexe par tout moyen approprié.
PCT/FR2004/050581 2003-11-21 2004-11-10 Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c WO2005051420A1 (fr)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR0313649 2003-11-21
FR0313649A FR2862648B1 (fr) 2003-11-21 2003-11-21 Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l 'hepatite c

Publications (1)

Publication Number Publication Date
WO2005051420A1 true WO2005051420A1 (fr) 2005-06-09

Family

ID=34531167

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PCT/FR2004/050581 WO2005051420A1 (fr) 2003-11-21 2004-11-10 Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c

Country Status (2)

Country Link
FR (1) FR2862648B1 (fr)
WO (1) WO2005051420A1 (fr)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010084100A1 (fr) 2009-01-20 2010-07-29 Transgene Sa Icam-1 soluble en tant que biomarqueur pour la prédiction d'une réponse thérapeutique
WO2010108908A1 (fr) 2009-03-24 2010-09-30 Transgene Sa Marqueur biologique permettant de surveiller des patients
WO2010119003A1 (fr) 2009-04-17 2010-10-21 Transgene Sa Biomarqueur pour surveiller des patients
US8858931B2 (en) 2005-07-29 2014-10-14 Institut Pasteur Polynucleotides encoding MHC class I-restricted hTERT epitopes, analogues thereof or polyepitopes
US10767167B2 (en) 2005-07-29 2020-09-08 Institut Pasteur Polynucleotides encoding MHC class I-restricted hTERT epitopes, analogues thereof or polyepitopes

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2447899C2 (ru) * 2010-05-27 2012-04-20 Михаил Валентинович Филатов Композиция для лечения гепатита с и способ лечения гепатита с
RU2514034C2 (ru) * 2012-08-14 2014-04-27 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российский онкологический научный центр имени Н.Н. Блохина" Российской академии медицинских наук (ФГБУ "РОНЦ им. Н.Н. Блохина" РАМН) Способ вакцинотерапии герпетической инфекции

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5709995A (en) * 1994-03-17 1998-01-20 The Scripps Research Institute Hepatitis C virus-derived peptides capable of inducing cytotoxic T lymphocyte responses
FR2839722A1 (fr) * 2002-05-17 2003-11-21 Bio Merieux Nouvelles compositions peptidiques et leur utilisation notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5709995A (en) * 1994-03-17 1998-01-20 The Scripps Research Institute Hepatitis C virus-derived peptides capable of inducing cytotoxic T lymphocyte responses
FR2839722A1 (fr) * 2002-05-17 2003-11-21 Bio Merieux Nouvelles compositions peptidiques et leur utilisation notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c

Non-Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BRINSTER C ET AL: "DIFFERENT HEPATITIS C VIRUS NONSTRUCTURAL PROTEIN 3 (NS3)-DNA-EXPRESSING VACCINES INDUCE IN HLA-A2.1 TRANSGENIC MICE STABLE CYTOTOXIC T LYMPHOCYTES THAT TARGET ONE MAJOR EPITOPE", HEPATOLOGY, WILLIAMS AND WILKINS, BALTIMORE, MD, US, vol. 34, no. 6, December 2001 (2001-12-01), pages 1206 - 1217, XP008028005, ISSN: 0270-9139 *
BRINSTER C ET AL: "Hepatitis C virus non-structural protein 3-specific cellular immune responses following single or combined immunization with DNA or recombinant Semliki Forest virus particles", JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, vol. 83, no. 2, February 2002 (2002-02-01), pages 369 - 381, XP002277101, ISSN: 0022-1317 *
CERNY ANDREAS ET AL: "Cytotoxic T Lymphocyte Response to Hepatitis C Virus-derived Peptides Containing the HLA A2.1 Binding Motif", JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION, vol. 95, no. 2, 1995, pages 521 - 530, XP009029326, ISSN: 0021-9738 *
HIMOUDI NOURREDINE ET AL: "Comparative vaccine studies in HLA-A2.1-Transgenic mice reveal a clustered organization of epitopes presented in hepatitis C virus natural infection.", JOURNAL OF VIROLOGY, vol. 76, no. 24, December 2002 (2002-12-01), pages 12735 - 12746, XP002277100, ISSN: 0022-538X (ISSN print) *
ITO AKIHIKO ET AL: "Generation of hepatitis C virus-specific cytotoxic T lymphocytes from healthy individuals with peptide-pulsed dendritic cells", JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY, vol. 16, no. 3, March 2001 (2001-03-01), pages 309 - 316, XP002323557, ISSN: 0815-9319 *
ROLLIER C ET AL: "Control of heterologous hepatitis C virus infection in chimpanzees is associated with the quality of vaccine-induced peripheral T-helper immune response.", JOURNAL OF VIROLOGY, vol. 78, no. 1, January 2004 (2004-01-01), pages 187 - 196, XP009029314, ISSN: 0022-538X (ISSN print) *
WARD S ET AL: "Cellular immune responses against hepatitis C virus: The evidence base 2002", CLINICAL AND EXPERIMENTAL IMMUNOLOGY, vol. 128, no. 2, May 2002 (2002-05-01), pages 195 - 203, XP002277099, ISSN: 0009-9104 *

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8858931B2 (en) 2005-07-29 2014-10-14 Institut Pasteur Polynucleotides encoding MHC class I-restricted hTERT epitopes, analogues thereof or polyepitopes
US9624479B2 (en) 2005-07-29 2017-04-18 Institut Pasteur Polynucleotides encoding MHC class I-restricted hTERT epitopes, analogues thereof or polyepitopes
US10767167B2 (en) 2005-07-29 2020-09-08 Institut Pasteur Polynucleotides encoding MHC class I-restricted hTERT epitopes, analogues thereof or polyepitopes
WO2010084100A1 (fr) 2009-01-20 2010-07-29 Transgene Sa Icam-1 soluble en tant que biomarqueur pour la prédiction d'une réponse thérapeutique
WO2010108908A1 (fr) 2009-03-24 2010-09-30 Transgene Sa Marqueur biologique permettant de surveiller des patients
WO2010119003A1 (fr) 2009-04-17 2010-10-21 Transgene Sa Biomarqueur pour surveiller des patients

Also Published As

Publication number Publication date
FR2862648B1 (fr) 2006-02-03
FR2862648A1 (fr) 2005-05-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP1629091B1 (fr) Composition comprenant la polyproteine ns3/ns4 et le polypeptide ns5b du vhc, vecteurs d'expression incluant les sequences nucleiques correspondantes et leur utilisation en therapeutique
EP1893228B1 (fr) Polypeptides chimeriques et leurs applications thérapeutiques contre une infection à flaviviridae
US8080525B2 (en) Peptide compositions and their use against the hepatitis C virus
EP2285952B1 (fr) Nouvelles proteines de fusion et leur application pour la preparation de vaccins contre l'hepatite c
EP1309860A2 (fr) Procede de criblage de peptides utilisables en immunotherapie
WO2005051420A1 (fr) Nouveau peptide immunogene et nouveaux epitopes et utilisations notamment dans la preparation de compositions pharmaceutiques actives contre le virus de l'hepatite c
EP1527089B1 (fr) Melange de peptides issus des proteines c et ns3 du virus de hepatite c et leurs applications.
WO2004110483A1 (fr) Methode et composition pour la conception d'un nouveau vaccin de prevention et de traitement du sras
EP1383796B2 (fr) Souche neurovirulente du virus west-nile et ses applications
EP1583773A1 (fr) Polypeptides f' du virus de l'hepatite c, epitopes et leurs applications diagnostiques et therapeutiques
WO2002096941A2 (fr) Polypeptide reagissant avec les anticoprs de patients infectes par le vhc et utilisations
FR2794864A1 (fr) Methode de detection precoce des flavivirus et ses applications
Bahrami et al. Assessment of a poly-epitope candidate vaccine against Hepatitis B, C, and poliovirus in interaction with monocyte-derived dendritic cells: An ex-vivo study
FR3110166A1 (fr) Nouvelles compositions immunogenes et leur application pour la preparation de vaccins contre l’hepatite c et l’hepatite b
US20160215023A1 (en) Simple vaccines from dna launched suicidal flaviviruses
EP1203076A1 (fr) Procede de culture in vitro de virus des familles togaviridae et flaviviridae et applications
WO2002096929A2 (fr) Polypeptides réagissant avec les anticorps de patients infectés par le vhc et utilisations
WO2006134280A2 (fr) Sequences nucleotidiques mutees du virus de l'hepatite c

Legal Events

Date Code Title Description
AK Designated states

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): AE AG AL AM AT AU AZ BA BB BG BR BW BY BZ CA CH CN CO CR CU CZ DE DK DM DZ EC EE EG ES FI GB GD GE GH GM HR HU ID IL IN IS JP KE KG KP KR KZ LC LK LR LS LT LU LV MA MD MG MK MN MW MX MZ NA NI NO NZ OM PG PH PL PT RO RU SC SD SE SG SK SL SY TJ TM TN TR TT TZ UA UG US UZ VC VN YU ZA ZM ZW

AL Designated countries for regional patents

Kind code of ref document: A1

Designated state(s): GM KE LS MW MZ NA SD SL SZ TZ UG ZM ZW AM AZ BY KG KZ MD RU TJ TM AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IS IT LU MC NL PL PT RO SE SI SK TR BF BJ CF CG CI CM GA GN GQ GW ML MR NE SN TD TG

121 Ep: the epo has been informed by wipo that ep was designated in this application
NENP Non-entry into the national phase

Ref country code: DE

WWW Wipo information: withdrawn in national office

Country of ref document: DE

122 Ep: pct application non-entry in european phase