WO2005045029A1 - パクリタキセル療法による副作用を予測する方法およびキット - Google Patents

パクリタキセル療法による副作用を予測する方法およびキット Download PDF

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WO2005045029A1
WO2005045029A1 PCT/JP2004/016805 JP2004016805W WO2005045029A1 WO 2005045029 A1 WO2005045029 A1 WO 2005045029A1 JP 2004016805 W JP2004016805 W JP 2004016805W WO 2005045029 A1 WO2005045029 A1 WO 2005045029A1
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PCT/JP2004/016805
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Yoshio Miki
Masaaki Matsuura
Minoru Isomura
Satoshi Miyata
Masataka Yoshimoto
Tetsuo Noda
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Japanese Foundation For Cancer Research
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    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Definitions

  • the present invention relates to a method for predicting the risk of developing granulocytopenia, which is one of the side effects of paclitaxel therapy, by identifying a genetic polymorphism, and a diagnostic kit for carrying out such a method.
  • Paclitaxel is an alkyloid of a diterbene derivative, also known by its name, such as Taxol®. It is an antitumor agent that promotes microtubule protein polymerization, stabilizes microtubules and causes hyperplasia, and impairs spindle function to inhibit cell division (Manfredi, JJ and Horwitz, SB Taxol: Pharmac. Ther., 25: 83 "125, 1984), is widely used for the treatment of various cancers such as breast cancer, ovarian cancer, gastric cancer and non-small cell lung cancer.
  • paclitaxel therapy is granulocytopenia, (E.g., Seidman, AD, et al. Dose-dense therapy with weekly 1-hour paclitaxel infusions in the treatment of metastatic breast cancer.J Clin Oncol, 16: 3353-3361, 1998) .
  • JP 2003-93068 discloses a method for predicting the sensitivity of patients to paclitaxel by examining the polymorphism of the metabolic enzyme CYP 2 C8.
  • all the gene mutations involving amino acid mutations disclosed in this application have low allele frequencies.
  • the inventors of this application report that these allele frequencies are O.007 ( Soyama, A., Y. Saito, et al. (2001).
  • An object of the present invention is to provide a method and a kit for predicting the possibility of the onset of granulocytopenia in paclitaxel therapy. Disclosure of the invention
  • the present invention relates to a gene isolated from a subject, the polymorphism at the eleventh base of the sequence defined by SEQ ID NO: 1 in the CYP2C8 gene, and the sequence defined by SEQ ID NO: 2 in the CYP2C8 gene.
  • the sequence defined by SEQ ID NO: 1 in the CYP2C8 gene When the dienotype at the first base is GZG, the risk of developing granulocytopenia is predicted to be high, and when the dienotype at the first base is AZG or A / A, the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low. Is done.
  • the dienotype at the first base of the sequence defined by SEQ ID NO: 2 in the CYP2C8 gene is TZT
  • the risk of developing granulocytopenia is high.
  • CZT or CZC the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia is high when the dienotype at the first base of the sequence defined by SEQ ID NO: 3 in the CYP2C8 gene is GZG.
  • the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the dienotype at the first base of the sequence defined by SEQ ID NO: 4 in the CYP2C8 gene is TZT
  • the risk of developing granulocytopenia is high.
  • the risk of developing cytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia is high when the dienotype at the first base of the sequence defined by SEQ ID NO: 5 in the CYP2C8 gene is GZG.
  • the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia is high when the dienotype at the first base of the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene is AZA.
  • the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia is high when the dienotype at the 1st base of the sequence defined by SEQ ID NO: 7 in the BUB1b gene is TZT. Predicted and when GZT or GZG, the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia when the dienotype at the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 8 in the BUB1b gene is C / C.
  • CZT or TZT is predicted to reduce the risk of developing granulocytopenia.
  • the risk of developing granulocytopenia is high when the dienotype at the first base in the sequence defined by SEQ ID NO: 9 in the BUB1b gene is CZC.
  • CZT or T / T predicts a low risk of developing granulocytopenia.
  • the dienotype at the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 10 in the BUB1b gene is T / T
  • the onset of granulocytopenia is The risk is predicted to be high
  • CZT or CZC the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the risk of developing granulocytopenia can be predicted with higher accuracy by arbitrarily combining one or more of the SNPs identified according to the present invention. As shown in the Examples below, it was found that the correlation between a specific SNP s combination and the incidence of granulocytopenia was particularly high. That is, the book
  • the present invention relates to a gene isolated from a subject, the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 4 in the CYP2C8 gene and the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene.
  • a method for predicting the risk of developing granulocytopenia due to paclitaxel therapy in a subject comprising identifying a gene polymorphism in the subject.
  • the dienotype at the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 4 in the CYP2C8 gene is TZT, and the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene.
  • the dienotype at the base is AZA or G ZG, the risk of developing granulocytopenia is predicted to be high.
  • the dienotype at the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 4 in the CYP2C8 gene is AZT or AZA, and the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene
  • the genotype at the eleventh base is AZG, the risk of developing granulocytopenia is predicted to be low.
  • the present invention provides a diagnostic kit for predicting the risk of developing granulocytopenia due to paclitaxel therapy in a subject.
  • the kit comprises, for a gene isolated from a subject, a gene polymorphism at the eleventh base of the sequence defined by SEQ ID NO: 1 in the CYP2C8 gene, the sequence defined by SEQ ID NO: 2 in the CYP2C8 gene, Genetic polymorphism at the 11th base, Genetic polymorphism at the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 3 in the CYP2C8 gene, Specified by SEQ ID NO: 4 in the CYP2C8 gene Genetic polymorphism at the 11th base in the sequence, Genetic polymorphism at the 11th base in the sequence defined by SEQ ID NO: 5 in the CYP2C8 gene, defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene Genetic polymorphism at the 11th base in the sequence, Genetic polymorphism at the 11th base of the sequence, Genetic
  • BUB1b has at least 10 contiguous nucleotide sequences containing or adjacent to the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the gene or a nucleotide sequence complementary thereto A nucleic acid molecule;
  • BUB1b At least 10 contiguous nucleotides containing or adjacent to the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 7 in the gene, or a nucleotide sequence complementary thereto A nucleic acid molecule;
  • nucleic acid molecule Containing a base in the nucleic acid molecule means that the base corresponding to the target SNP site is included in the sequence of the nucleic acid molecule, and this base is located inside the nucleic acid molecule.
  • a nucleic acid molecule can be used as a hybridization probe, a Ta QM an probe, or the like in SNP typing.
  • the nucleic acid molecule of the present invention may further contain a sequence unrelated to the region surrounding the SNP site Such a nucleic acid molecule is used as a primary probe in the invader method in SNP typing.
  • a nucleic acid molecule is “adjacent” to a base when the nucleic acid molecule does not contain a base corresponding to the target SNP site, but is upstream or downstream adjacent to the SNP site. It is meant to include contiguous nucleotide sequences in the stream.
  • An example of a sequence “adjacent” to the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 1 is a sequence containing the 11th to 10th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 1, and another example is 12- This is a sequence containing the 21st base.
  • Such a nucleic acid molecule can be used as an invader probe in the invader method or a primer in the MALD I-TOFZMS method and the primer extension method in SNP typing. These probes can be designed by referring to the sequence of the CYP2C8 gene or BUB1b gene according to the teachings of the present invention.
  • the reagent contained in the kit of the present invention is one or more nucleic acid molecules selected from the following primer nucleic acid molecules:
  • a PCR primer pair designed to amplify a DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 1 in the CYP2C8 gene;
  • a PCR primer pair designed to amplify a DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 2 in the CYP2C8 gene;
  • a pair of PCR primers designed to amplify DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 5 in the CYP2C8 gene;
  • a PCR primer pair designed to amplify DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 6 in the BUB1b gene;
  • a pair of PCR primers designed to amplify a DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 7 in the BUB1b gene;
  • a pair of PCR primers designed to amplify DNA corresponding to the region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 8 in the BUB1b gene;
  • a pair of PCR primers designed to amplify DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 9 in the BUB1b gene;
  • a pair of PCR primers designed to amplify DNA corresponding to a region containing the 11th base of the sequence defined by SEQ ID NO: 10 in the BUB1b gene.
  • primer pairs can be used to amplify the target gene in various tying methods. These primer pairs can be designed by referring to the sequence of the CYP2C8 gene or BUB1b gene in accordance with the teachings of the present invention. Suitable primer pair design methods for amplification are well known in the art. Detailed description of the invention
  • the above IMS-JST number is the entry number in the J SNP database (littp: //snp.ims.u-tokyo.ac.jp/), including the NCB I dbSNP database. You can search from various databases.
  • the SNP site in the genome sequence and a sequence containing 10 bases before and after the SNP site are each represented by SEQ ID NO: 11
  • the SNP s are shown with reference to these SEQ ID NOs. It will be apparent to those skilled in the art that some of the nucleotide sequences shown in these SEQ ID NOs may be changed due to the discovery of sequence errors or new polymorphisms later.
  • CYP 2C8 (cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 8) is a cytochrome P450 involved in the metabolism of various drugs and is mapped to chromosome position 10q23.33.
  • Paclitaxel is metabolized mainly in hepatocytes, and metabolites are excreted in bile.
  • Hydrolysis by CYP2 C8 plays an important role in the detoxification of paclitaxel, whereby paclitaxel is degraded to detoxified 67-droxypaclitaxel (Rahman, A., et al. Selective biotransformation of taxol to 6 «-hydroxytaxol by human cytochrome P4502C8. Cancer Res, 54: 5543-5546, 1994).
  • CYP 2 C8 protein plays an important role in determining the blood concentration of paclitaxel. This suggests that CYP 2 C8 may also be associated with side effects. It is known that the CYP 2 C8 gene has several c SNPs. For example, one of the five c SNPs with amino acid substitution (416G-> A) is known to have a slower metabolic rate of paclitaxel than the wild type (Bahadur, ⁇ al.CYP2C8 polymorphisms m Caucasians and their relationship with paclitaxel 6alpha-hydroxylase activity in human liver microsomes. Biochem. Pharmacol., 64: 1579-1589, 2002; Dai, D., et al.
  • the BUB1b gene is a homologue of the BUB gene associated with a mitotic checkpoint in S. cerevisiae and is mapped to chromosome position 15ql5 (Cahill, DP, et al Mutations of mitotic clieckpoint genes m human Cancers. Nature, 392: 300-303, 1998; Hoyt, MA, et al. S. cerevisiae genes required for cell cycle arrest in response to loss of microtubule function.Cell, 66: 507-517, 1991 .; Li, R and Murray, AW Feedback control of mitosis in budding yeast. Cell, 66: 519-531, 1991).
  • paclitaxel The antitumor effect of paclitaxel is exerted by promoting microtubule polymerization, which is the target molecule of paclitaxel.
  • HGVbase ID SNP000830254
  • Organism Homo sapiens
  • Organism Homo sapiens
  • Organism Homo sapiens ''
  • HGVbase ID SNP001282389
  • Organism Homo sapiens
  • HGVbase ID SNP001276002
  • Organism Homo sapiens
  • HGVbase ID SNP001383307
  • Organism Homo sapiens
  • Organism Homo sapiens
  • HGVbase ID SNP001383945
  • HGVbase ID SNP001383051
  • Organism Homo sapiens
  • peripheral blood, other body fluids, cells, tissues, etc. are collected from a subject who is planned to be treated with paclitaxel or is administered paclitaxel.
  • a genomic DNA is prepared from the sample by the standard method. If necessary, amplify the sequence at the site to be typed. Genetic polymorphism typing ⁇ ⁇ ⁇
  • the typing method include, but are not limited to, the direct sequence method, the invader method, the TaqMan method, the MALD I-TOF / MS method, the primer extension method, the hybridization method, and the like.
  • SNP can be identified by amplifying DNA in the region containing the SNP site by PCR and directly sequencing the sequence of this PCR product.
  • an invader probe containing a specific sequence 3 'to the SNP site and a primary probe containing a specific sequence 5' to the template SNP site and an unrelated flap sequence prepare.
  • Clebase is allowed to act in the presence of these probes, a FRET probe containing a sequence complementary to the flap and a sequence complementary to the flap and labeled with both a fluorescent dye and a quencher, and a template.
  • the primary probe hybridizes with the template, the 3 'end of the invader probe invades the SNP site, and this structure is cleaved by Klebase to release the flap.
  • the flap binds to the FRET probe, and the fluorescent dye is cleaved by the cleabase to generate fluorescence.
  • an allele-specific probe labeled with a fluorescent dye and quencher is hybridized to a target site, and a PCR reaction is performed with a primer designed to amplify a region containing this site. While the extension reaction from the primer proceeds, the hybridized probe is cleaved by the 5 'exonuclease activity of Taq DNA polymerase. When the fluorescent dye separates from the quencher, fluorescence is generated, and by detecting this, SNP can be identified.
  • a primer adjacent to the SNP site is prepared, and the PCR-amplified sample DNA is used as a type II, and the primer is extended by one base using ddNTP.
  • MALD I-TOF Identify the added dd NTP by mass spectrometry with / US.
  • DNA in the region containing the SNP site is amplified by PCR, and the amplified product is detected by hybridization using a probe specific to the SNP site.
  • various methods such as an RFLP method, a DNA chip method, a molecular beacon method, and a ligation method have been developed, and any of these methods can be used in the present invention.
  • typing is performed on one or more of the SNP sites identified in the present invention, and by referring to the statistical data shown in the Examples below, the side effects of paclitaxel therapy are evaluated. The risk of onset can be predicted.
  • the method according to the invention is preferably applied to mongoloids, particularly preferably to Japanese.
  • the SNP in the CYP2C8 gene identified in the present invention and the SNP in the BUB1b gene are typed, and by combining these results, the risk of developing side effects due to paclitaxel therapy is reduced. Predict. Examples of such combinations include:
  • IMS-JST111898 SEQ ID NO: 1
  • IMS-JST074538 SEQ ID NO: 6
  • IMS-JST111898 SEQ ID NO: 1
  • IMS-JST079837 SEQ ID NO: 7:
  • IMS-JST111898 SEQ ID NO: 1
  • IMS-JST044164 SEQ ID NO: 8
  • IMS-JST111898 SEQ ID NO: 1
  • IMS-JST063023 SEQ ID NO: 9:
  • IMS-JST111898 SEQ ID NO: 1
  • IMS-JST042569 SEQ ID NO: 10
  • IMS-JST105874 SEQ ID NO: 2
  • IMS-JST074538 SEQ ID NO: 6
  • IMS-JST105874 SEQ ID NO: 2
  • IMS-JST079837 SEQ ID NO: 7:
  • IMS-JST105874 SEQ ID NO: 2
  • IMS-JST044164 SEQ ID NO: 8
  • IMS-JST105874 (SEQ ID NO: 2) and IMS-JST063023 (SEQ ID NO: 9:
  • IMS-JST105874 (SEQ ID NO: 2) and IMS-JST042569 (SEQ ID NO: 10),
  • IMS-JST082397 SEQ ID NO: 3
  • IMS-JST074538 SEQ ID NO: 6:
  • IMS-JST082397 SEQ ID NO: 3
  • IMS-JST079837 SEQ ID NO: 7
  • IMS-JST082397 SEQ ID NO: 3
  • IMS-JST044164 SEQ ID NO: 8:
  • IMS-JST082397 (SEQ ID NO: 3) and IMS-JST063023 (SEQ ID NO: 9
  • IMS-JST082397 SEQ ID NO: 3
  • IMS-JST042569 SEQ ID NO: 10
  • IMS-JST071852 SEQ ID NO: 4
  • IMS-JST074538 SEQ ID NO: 6
  • IMS-JST071852 SEQ ID NO: 4
  • IMS-JST079837 SEQ ID NO: 7
  • IMS-JST071852 SEQ ID NO: 4
  • IMS-JST044164 SEQ ID NO: 8
  • IMS-JST071852 SEQ ID NO: 4
  • IMS-JST063023 SEQ ID NO: 9
  • IMS-JST071852 SEQ ID NO: 4
  • IMS-JST042569 SEQ ID NO: 10
  • IMS-JST071853 SEQ ID NO: 5
  • IMS-JST074538 SEQ ID NO: 6
  • IMS-JST071853 SEQ ID NO: 5
  • IMS-JST079837 SEQ ID NO: 7
  • IMS-JST071853 SEQ ID NO: 5
  • IMS-JST044164 SEQ ID NO: 8
  • IMS-JST071853 SEQ ID NO: 5
  • IMS-JST063023 SEQ ID NO: 9
  • IMS-JST071853 SEQ ID NO: 5
  • IMS-JST042569 SEQ ID NO: 10
  • the present invention also provides a kit for predicting the risk of developing side effects due to paclitaxel therapy, comprising a reagent for use in the above-mentioned typing method.
  • reagents are probes and primers.
  • the primer used to amplify the region of the gene containing the SNP site identified in the present invention is preferably 15 to 30 bases in length, sandwiches the target SNP site, and amplifies the desired length by PCR. Designed to produce a product.
  • the primary probe used in the invader method contains a sequence specific to the target region 5 ′ to the target SNP site, and further contains an unrelated flap sequence.
  • the invader probe used in the invader method and the primer used in the MALD I-TOFZMS method and the primer extension method do not contain a base corresponding to the target SNP site, but are adjacent to the SNP site. Includes upstream or downstream contiguous nucleotide sequences. Methods for designing and synthesizing such probes and primers are well known in the art.
  • SNPs at 2,727 sites within 298 genes were typed using the Invaders method. 14 ml of peripheral blood was collected from 54 patients. Standard methods were used for extracting DNA from peripheral blood. Before tying by the invader method, about 500 bp around the target SNP site was amplified by PCR. At that time, 10 ng of DNA was used as a template, and multiplex PCR using 48 primer sets was performed to simultaneously amplify 48 DNA fragments. Primers used to amplify the periphery of each SNP site were those prepared based on the sequence described in the J SNP database.
  • the PCR reaction was performed with the following composition (6.7 mM MgCl 2 , 67 mM TcisHCl, 16.6 mM NH 4 S04 ) lOmM 2 ⁇ mercaptoethanol, 6.7 ⁇ EDTA, l, 5 mM dNTPs, 10% DMSO, 1 pmol of each primer and 0.05 U of Ex-Taq).
  • the first PCR reaction was performed at 94 ° C for 2 minutes, and then three steps of 94 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 15 seconds, and 72 ° C for 2 minutes were repeated 35 times.
  • the PCR product was dispensed into a reaction vessel using a TANGO dispenser.
  • the Invader reaction reagent was dispensed to the Invader one-use reaction card using a Cartesian dispenser.
  • Invader reaction reagents include allele-specific oligonucleotides, Cleavase VII, and FEET cassettes labeled with EAM or Redmond Red. These reagents were purchased from Third Wave.
  • the genotype was detected by TECAN Ultra, and the dienotype was determined using the signal intensity of FAM and Redmond Red developed on a two-dimensional chart.
  • haplotype block structure was constructed for each gene. For SNPs mapped within the same gene, we estimated all linkage disequilibrium coefficients
  • a two-step screening was performed to identify SNPs that correlated with side effects.
  • a 2 x 3 contingency table was used to test for independence of the distribution of dienotypes between groups with and without side effects.
  • the first stage of screening revealed two haplotype blocks that correlated with granulocytopenia. Each of these haplotype blocks contained five SNPs mapped in the CYP2C8 gene and five SNPs mapped in the BUB1b gene. The lowest p-value was 0.0065 for the haplotype block containing the CYP2C8 gene and 0.010 for the haplotype block containing the BUB1b gene.
  • both of the SNPs mapped to the two genes showed higher correlations than when assuming recessive inheritance.
  • the dienotypes of these three cSNPs were determined by RFLP. Was determined.
  • the probability of the occurrence of side effects was calculated for each dienotypic combination of one SNP on the CYP2C8 gene and one SNP on the BUB1b gene.
  • a logistic regression model was used for the calculation. At that time, four variables were used, and two types of SNP alleles on the CYP2C8 gene and two types of SNP alleles on the BUB1b gene were respectively assigned.
  • the likelihood ratio test the most appropriate combination of SNPs was searched, and the combination of IMS-JST071852 on the CYP2C8 gene and IMS-JST074538 on the BUB1b gene was selected (p ⁇ 0.000532).
  • Table 13 shows the probability of occurrence of side effects by dienotype of these two SNPs.
  • the allele frequency was estimated from the allele frequency of each SNP obtained from the JSNP database. Table 14. Probability of onset of granulocytopenia for each dienotype
  • genotype combinations that are considered to have a low probability of developing granulocytopenia are A / T and A / G, or a combination of A / A and A / G.
  • the frequencies at are 0.23 and 0.14, respectively.

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Abstract

被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症の発症のリスクを予測する方法が開示される。本発明の方法は、被験者から単離された遺伝子について、ＣＹＰ２Ｃ８遺伝子中の５個のＳＮＰ（IMS-JST111898（配列番号１）、IMS-JST105874（配列番号２）、IMS-JST082397（配列番号３）、IMS-JST071852（配列番号４）、IMS-JST071853（配列番号５））、ならびにＢＵＢ１ｂ遺伝子中の５個のＳＮＰ（IMS-JST074538（配列番号６）、IMS-JST079837（配列番号７）、IMS-JST044164（配列番号８）、IMS-JST063023（配列番号９）、IMS-JST042569（配列番号１０））について遺伝子多型を同定することを含む。また本発明の方法に用いられる試薬を含むキットも開示される。

Description

パクリタキセル療法による副作用を予測する方法およびキット 技術分野
本発明は、 遺伝子多型を同定することにより、 パクリタキセル療法の副作用の 一つである顆粒球減少症の発症のリスクを予測する方法、 ならびにかかる方法を 実施するための診断用キッ卜に関する。 背景技術
パクリタキセルは、 タキソール （登録商標） などの名称でも知られるジテルべ ン誘導体のアル力ロイドである。 微小管蛋白重合を促進することにより微小管の 安定化 ·過剰形成を引き起こし、 紡錐体の機能を障害することにより細胞分裂を 阻害する抗腫瘍剤であり (Manfredi, J. J. and Horwitz, S. B. Taxol: an antimitotic agent with a new mechanism of action. Pharmac. Ther., 25: 83" 125, 1984)、 乳癌、 卵巣癌、 胃癌および非小細胞肺癌等の種々の癌の治療に広く 用いられている。 パクリタキセル療法の最適投与量および投与スケジュールにつ いては、 現在も種々の臨床試験が進行中である。 パクリタキセル療法による副作 用の主要なものの 1つは顆粒球減少症であり、 この副作用の発症のために投与量 が制限されている (例えば、 Seidman, A. D., et al. Dose-dense therapy with weekly 1-hour paclitaxel infusions in the treatment of metastatic breast cancer. J Clin Oncol, 16: 3353-3361, 1998)。 .
パクリタキセル療法による副作用を低下させる方法として、 患者の遺伝子を分 析することにより副作用を予測し、 その薬剤の使用または投与量を決定する方法 が研究されている。 このような研究から、 薬剤代謝に関連するか、 あるいは薬剤 活性と機能的に関連している遺伝子が、 薬剤の副作用の発症の原因である可能性 が明らかになった。 例えば、 チトクローム P 4 5 0ファミリ一等の薬剤代謝関連 遺伝子におけるいくつかの c S N P s力、 高い頻度でいくつかの薬剤の副作用と 相関していることが示されている (Relling, M. V. and Dervieux, T.
Pharmacogenetics and cancer therapy. Nat Rev Cancer, 1: 99-108, 2001)。 し かし、 これらの高リスク遺伝子多型のアレル頻度は比較的低いため、 大部分の患 者について副作用を生ずる可能性を説明するには不十分である。 したがって、 パ クリタキセル療法による副作用の発症と遺伝子多型との相関に関するさらなる研 究が必要とされている。
特開 2003-93068は、 代謝酵素 CYP 2 C 8の多型を調べることによ り、 患者のパクリタキセルに対する感受性を予測する方法を開示する。 しかし、 この出願に開示されるアミノ酸変異を伴う遺伝子変異はいずれもアレル頻度が低 レ^ 例えば、 この出願の発明者らは、 これらのアレル頻度が O.007であると報 告している (Soyama, A., Y. Saito, et al. (2001). "Non-synonvmo s single nucleotide alterations found in the CYP2C8 gene result in reduced in vitro paclitaxel metabolism." Biol Pharm Bull 24(12), 1427-1430) 。
本発明の目的は、 パクリタキセル療法における顆粒球減少症の発症の可能性を 予測するための方法ならびにキットを提供することである。 発明の開示
本発明は、 被験者から単離された遺伝子について、 CYP2C8遺伝子中の配 列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2C8 遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 1 1番目の塩基における 遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 1 1番目の 塩基における遺伝子多型、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列 の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定 される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番 号 7で規定される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 BUB l b遺伝子 中の配列番号 8で規定される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多 型、 および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩 基における遺伝子多型からなる群より選択される 1またはそれ以上の遺伝子多型 を同定する工程を含む、 被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症 の発症のリスクを予測する方法を提供する c -れらの配列は以下の表 1に示され る。
Figure imgf000004_0001
E=A/G; Y=T/C; W=T/A; K=T/G 本発明の 1つの態様においては、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定さ れる配列の.1 1番目の塩基におけるジエノタイプが GZGであるときに、 顆粒球 減少症の発症のリスクが高いと予測され、 AZGまたは A/Aであるときに、 顆 粒球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定され る配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが TZTであるときに、 顆粒球減 少症の発症のリスクが高いと予測され、 CZTまたは CZCであるときに、 顆粒 球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定され る配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが GZGであるときに、 顆粒球減 少症の発症のリスクが高いと予測され、 AZGまたは AZAであるときに、 顆粒 球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定され る配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが TZTであるときに、 顆粒球減 少症の発症のリスクが高いと予測され、 A/Tまたは AZAであるときに、 顆粒 球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定され る配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが GZGであるときに、 顆粒球減 少症の発症のリスクが高いと予測され、 AZGまたは AZAであるときに、 顆粒 球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 B UB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される 配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが AZAであるときに、 顆粒球減少 症の発症のリスクが高いと予測され、 AZGまたは GZGであるときに、 顆粒球 減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 B UB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される 配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが TZTであるときに、 顆粒球減少 症の発症のリスクが高いと予測され、 GZTまたは GZGであるときに、 顆粒球 減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 B UB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される 配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが C/Cであるときに、 顆粒球減少 症の発症のリスクが高いと予測され、 CZTまたは TZTであるときに、 顆粒球 減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 B UB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される 配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが CZCであるときに、 顆粒球減少 症の発症のリスクが高いと予測され、 CZTまたは T/Tであるときに、 顆粒球 減少症の発症のリスクが低いと予測される。
本発明の別の態様においては、 B UB 1 b遺伝子中の配列番号 1 0で規定され る配列の 1 1番目の塩基におけるジエノタイプが T/Tであるときに、 顆粒球減 少症の発症のリスクが高いと予測され、 CZTまたは CZCであるときに、 顆粒 球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
さらに本発明においては、 本発明により同定された S N P sの 1またはそれ以 上を任意に組み合わせて、 顆粒球減少症の発症のリスクをより高い精度で予測す ることができる。 後述の実施例に示されるように、 特定の S N P sの組み合わせ と顆粒球減少症の発症率との相関が特に高いことが見いだされた。 すなわち、 本 発明は、 被験者から単離された遺伝子について、 CYP2C8遺伝子中の配列番 号 4で規定される配列の 11番目の塩基および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6 で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型を同定することを含む、 被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症の発症のリスクを予測す る方法を提供する。
好ましくは、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目 の塩基におけるジエノタイプが TZTであり、 かつ BUB 1 b遺伝子中の配列番 号 6で規定される配列の 11番目の塩基におけるジエノタイプが AZAまたは G ZGであるときに、 顆粒球減少症の発症のリスクが髙いと予測される。 また好ま しくは、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基 におけるジエノタイプが AZTまたは AZAであり、 かつ BUB 1 b遺伝子中の 配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基におけるジェノ夕ィプが AZGで あるときに、 顆粒球減少症の発症のリスクが低いと予測される。
さらに別の観点においては、 本発明は、 被験者におけるパクリタキセル療法に よる顆粒球減少症の発症のリスクを予測するための診断用キットを提供する。 該 キットは、 被験者から単離された遺伝子について、 CYP2C8遺伝子中の配列 番号 1で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP2C8遺 伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 C YP2C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の塩基における遺 伝子多型、 C YP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩 基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定さ れる配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB l b遺伝子中 の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基に おける遺伝子多型からなる群より選択される 1またはそれ以上の遺伝子多型を同 定するための試薬を含有することを特徴とする。 本発明のキットに含有される試薬は、 好ましくは以下の核酸分子から選択され る 1またはそれ以上の核酸分子である：
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B U B 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B U B 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子； BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 10個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子。
ここで、 核酸分子が塩基を 「含む _! とは、 核酸分子の配列中に標的とする SN P部位に対応する塩基が含まれていることを意味し、 この塩基は核酸分子の内部 に位置していても、 5' 末端または 3' 末端に位置していてもよい。 このような 核酸分子は、 SNPのタイピングにおいて、 ハイブリダィゼーシヨンプローブ、 T a QM anプローブ等として用いることができる。 さらに、 本発明の核酸分子 は S N P部位の周囲の領域とは無関係な配列をさらに含有していてもよい。 この ような核酸分子は、 SNPのタイピングにおいて、 インベーダー法におけるブラ ィマリ一プローブとして用いることができる。 また、 核酸分子が塩基に 「隣接す る」 とは、 核酸分子が、 標的とする SNP部位に対応する塩基を含まないが、 S N P部位に隣接する上流または下流の連続するヌクレオチド配列を含むことを意 味する。 配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基に 「隣接する」 配列の例 は、 配列番号 1で規定される配列の 1一 10番目の塩基を含む配列であり、 別の 例は 12— 21番目の塩基を含む配列である。 このような核酸分子は、 SNPの タイビングにおいて、 ィンベーダ一法におけるィンべ一ダープローブまたは MA LD I—TOFZMS法およびプライマ一エクステンション法におけるプライマ 一として用いることができる。 これらのプローブは、 本発明の教示にしたがって、 CYP 2 C 8遺伝子または BUB 1 b遺伝子の配列を参照することにより設計す ることができる。
また好ましくは、 本発明のキットに含有される試薬は、 以下のプライマー核酸 分子から選択される 1またはそれ以上の核酸分子である：
CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマー対；
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマー対；
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマー対； CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
CYP 2C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマ一対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマ一対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマ一対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対。
これらのプライマ一対は、 種々のタイビング法において標的遺伝子を増幅する ために用いることができる。 これらのプライマ一対は、 本発明の教示にしたがつ て、 CYP2C8遺伝子または BUB 1 b遺伝子の配列を参照することにより設 計することができる。 増幅のための好適なプライマ一対の設計方法は当該技術分 野においてよく知られている。 発明の詳細な説明
本発明においては、 パクリタキセル療法による副作用と関連する遺伝子多型を 検索するため、 まず薬剤代謝関連遺伝子ならびに薬理学的にパクリタキセルの作 用機序に関連する遺伝子 298個を選定した。 次にこれら 298個の遺伝子内に 存在する SNP sを J SNPデータべ一ス上で検索を行い、 2， 727個の S N P sを抽出した。 パクリタキセルを投与した 54名の乳癌患者の末梢血から DN Aを抽出し、 SNP sのタイピングを行ったところ、 後述の実施例に示されるよ うに、 CYP2C8遺伝子内にマップされた 5個の S N P (IMS- JST111898 (配列番号 1) 、 IMS-JST105874 (配列番号 2) 、 IMS-JST082397 (配列番 号 3) 、 IMS-JST071852 (配列番号 4) 、 IMS-JST071853 (配列番号 5 ) ) 、 ならびに B U B 1 b遺伝子内にマップされた 5個の S N P (IMS-JST074538
(配列番号 6) 、 IMS-JST079837 (配列番号 7) 、 IMS-JST044164 (配列番 号 8) 、 IMS-JST063023 (配列番号 9) 、 IMS-JST042569 (配列番号 1
0) ) について、 顆粒球減少症の発症との相関が見いだされた。
なお、 上記の IMS- JST番号は、 J SNPデータベース （littp://snp.ims.u- tokyo.ac.jp/) におけるェントリ一番号であり、 NCB Iの dbSNPデータべ ースをはじめとする各種デ一タベースから検索することができる。 本明細書にお いては、 本発明において見いだされたこれらの SNP sの位置をより明確に示す ために、 ゲノム配列中の当該 SNP部位およびその前後各 10塩基を含む配列を それぞれ配列番号 1一 10として示し、 これらの配列番号を参照して SNP sを 表している。 後にシークェンスエラ一や新たな多型が発見されることにより、 こ れらの配列番号に示される塩基配列の一部が変動するかもしれないことは、 当業 者には明らかであろう。
CYP 2C8 (チトクローム P450, ファミリー 2,サブファミリー C, ポ リペプチド 8) は、 種々の薬物の代謝に関与するチトクローム P 450であり、 染色体位置 10q23.33にマツプされている。 パクリタキセルの代謝は主に肝細胞 において行われ、 代謝物は胆汁中に排泄される。 パクリタキセルの解毒化には C YP2 C8による加水分解能が重要な働きをしており、 これによりパクリ夕キセ ルが解毒化された 6 七ドロキシパクリタキセルに分解される (Rahman, A., et al. Selective biotransformation of taxol to 6 « -hydroxytaxol by human cytochrome P4502C8. Cancer Res, 54: 5543-5546, 1994)。 このため、 C Y P 2 C 8蛋白質がパクリ夕キセルの血中濃度の決定に重要な働きをしていることが考 えられる。 このことは CYP 2 C 8が副作用とも関連している可能性を示唆して いる。 CYP 2 C 8遺伝子にはいくつかの c SNPがあることが知られている。 例えば、 アミノ酸の置換を伴う 5箇所の c SNPのうち一つ (416G->A)は、 パク リタキセルの代謝速度がワイルドタイプに比べて遅くなることが知られている (Bahadur, Ν·, et al. CYP2C8 polymorphisms m Caucasians and their relationship with paclitaxel 6alpha-hydroxylase activity in human liver microsomes. Biochem. Pharmacol., 64: 1579-1589, 2002； Dai, D.,.et al.
Polymorphisms in human CYP2C8 decrease metabolism of the anticancer drug paclitaxel and arachidonic acid. Pharmacogenetics, 11: 597-607, 2001)。 し力 ^し、 日本人を対象としたアレル頻度の解析研究において、 これらの c S N P sの頻度は極めて低いことが知られている。 実際、 本発明において実施したタイ ピングにおいても 5 4検体から 1196A>Gの変異アレルが一つ見つかつたのみで ある。 これらのことから C Y P 2 C 8遺伝子に存在する既知の c S N P sはパク リタキセルの顆粒球減少症にはほとんど関与していないことが示唆される。 本発 明により見いだされた S N P sは、 未知のメカニズムで顆粒球減少症と関連して いるものと考えられる。
B U B 1 b遺伝子は、 出芽酵母において有糸分裂のチェックポイントに関連し ている B U B遺伝子のホモログであり、 染色体位置 15ql5にマップされている (Cahill, D. P.,.et al Mutations of mitotic clieckpoint genes m human cancers. Nature, 392: 300-303, 1998； Hoyt, M. A., et al. S. cerevisiae genes required for cell cycle arrest in response to loss of microtubule function. Cell, 66: 507-517, 1991. ; Li, R. and Murray, A. W. Feedback control of mitosis in budding yeast. Cell, 66: 519-531, 1991)。 パクリタキセルの抗腫瘍効果は微小管の重合を促進さ せることにより発揮され、 微小管がパクリタキセルの標的分子である。 これらの ことは、 B U B 1 b遺伝子とパクリタキセルの薬理作用が、 機能的な面で関連が あることを示唆している。
本発明において、 パクリタキセル療法による副作用との相関が見いだされた S N P sの位置および多型の情報を以下の表に示す。
表 2
IMS-JST111898
General Information
JSNP ID ： IMS-JST111898
dbSNP ID(rs#)： 1557044
dbSNP ID(ss#)： 4944611
HGVbase ID ： SNP000830254
Organism： Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO* 11)
5' Assay ： AAAAAGAAAG GTCAAGGCAG GAGCCTCAGC
TCAGGAGAAG AAACAAGGAG CAGAGCAAGG
Observed ： A/G
3' Assay ： CAACTGTTTC TCAAGGAATAAAATTATTGC TCTAAAGAGA GAAAGTGAAC TTATTTTATC 表 3
IMS-JST105874
General Information
JSNP ID ： IMS-JST105874
dbSNP ID(rs#)： 3752988
dbSNP ID(ss#)： 4939017
HGVbase ID ：
Organism： Homo sapiens
Molecular type: Lrenomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 12)
5' Assay ： CAAATTCCCC ATGTGTCCAA AAAAAATCAG CATGGATGAA ATAAACACAT TACTTTTACC
Observed ： T/C
3' Assay ： TAAATATGAG TTGAGCATTA CAGGCTAGCT AAACAATGTC ATTTCGCATG TGGTTATTCA 表 4
IMS-JST082397
General Information
JSNP ID ： IMS-JST082397
dbSNP ID(rs#)： 1891071
dbSNP ID(ss#)： 4923304
HGVbase ID ：
Organism： Homo sapiens '
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 13)
5' Assay ： TTGATGACAC AATTTAAAAT GACATCTTTG TACAATGGAG GAGGATGACA GAGATCAGTA
Observed ： AJG
3' Assay ： AAACAGTATG GCAGTAGCAAAATAAGTAAA GCACTGATGA AGTGTCTGGA TTTCAGCAAA 表 5
IMS-JST071852
General Information
JSNP ID ： IMS-JST071852
dbSNP ID(rs#) ： 2275620
dbSNP ID(ss#) ： 3211768
HGVbase ID ： SNP001282389
Organism： Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ·· SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 14)
5' Assay ： CTCATCCCCAAGGTAAGCTT GTTTCTCTTA CACTATATTT CTGTACTTCT GAAATTTCCA
Observed ： T/A
3' Assay ： AGTGCTGGTT TGGTTCCAAC CCTCTAACAA CACAAGATGA GAGAAGTGCAAAACTCATAC 表 6
IMS-JST071853
General Information
JSNP ID ： IMS-JST071853
dbSNP ID(rs#) ： 1934951
dbSNP ID(ss#) ： 3211769
HGVbase ID ： SNP001276002
Organism： Homo sapiens
Molecular type- Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 15)
5' Assay ： TTTTTGGAAT TAGTTGGAAT TTACATGGCA CCTCCTCTGG GGCTGGTAGAATTGCTATTT
Observed ： G/A
3' Assay ： TCCATGATCAAGAGCACCAC TCTTAACACC CATGTGCTCC ACCCTCACAA TACACCATCA 表 7
IMS-JST074538
General Information
JSNP ID ： IMS-JST074538
dbSNP ID(rs#) ： 2277559
dbSNP ID(ss#) ： 3214454
HGVbase ID ： SNP001383307
Organism '■ Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 16)
5' Assay ： TTTGAAACTT GGCGGCTAGG GGTGTGGGCT
TGAGGTGGCC GGTTTGTTAG GGAGTCGTGT
Observed ： A/G
3' Assay ： CGTGCCTTGG TCGCTTCTGT AGCTCCGAGG
GCAGGTTGCG GAAGAAAGCC CAGGCGGTCT 表 8
IMS-JST079837
General Information
JSNP ID ： IMS-JST079837
dbSNP ID(rs#)： 3214012
dbSNP ID(ss#)： 4474916
HGVbase ID ：
Organism： Homo sapiens
Molecular type- genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 17)
5' Assay ： TAAATGTCTT CCGAAAGGTG ATTATTCATG GTCTTGGGTT GAATATAGTG GACTGACACA
Observed ： T/G
3' Assay ： AATTATTATT ATTATTATAT GCCTAAGCTT CTTTGTTAGC TGTTTTTCAA GTTTATGGCT 表 9
IMS-JST044164
General Information
JSNP ID ： IMS-JST044164
dbSNP ID(rs#)： 1801376
dbSNP ID(ss#)： 3234079
HGVbase ID ：
Organism： Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 18)
5' Assay ： CCCACCCTTAATAATTCCCA CTTCAAAATA TCCAAAAACC ACACTCACAT AACTGGCTGT
Observed ： C/T
3' Assay ： GTGCAGTCTC TTCCACATAT GGAGTGAAAC
TGGGAAGCAC AGCGGGTACA GCTATCAGTG 表 1 0
IMS-JST063023
General Information
JSNP ID ： IMS-JST063023
dbSNP ID(rs#)： 2305653
dbSNP ID(ss#)： 3252938
HGVbase ID ： SNP001383945
Organism '· Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 19)
5' Assay ： TCTTCAAGAC AACCAGATAAATTAATCAAT ATTTTGTGTT GTTTGAAAGC AGGAAGGCAA
Observed ： C/T
3* Assay ： CTGTTTTTTT AATAACAAAA AGCTTCAAAC ATATAAAAGG TCATTAAACAATTTACCAAT 表 1 1
IMS-JST042569
General Information
JSNP ID ： IMS-JST042569
dbSNP ID(rs#)： 2290551
dbSNP ID(ss#)： 3232484
HGVbase ID ： SNP001383051
Organism： Homo sapiens
Molecular type: Genomic
Allele Sequence
Variation Type ： SNP
Flanking Sequence Information (SEQ ID NO: 20)
5' Assay ： AGGCCATGAA AGAAGCTGCA TAGCTGGTCT TTAAAAAAAA AAGGTACCTT GGGTACATCT
Observed ： T/C
3' Assay ： AGCTATGCCAACAACTCCCT CCAGTGGTTAATTTTGAAAA TGCACCTGTAAGACAGAGCA 本発明の方法においては、 パクリタキセルによる治療が計画されているか、 あ るいはパクリタキセルを投与されている被験者から末梢血液、 他の体液、 細胞、 組織等を採取し、 これらの試料から定法によりゲノム D NAを調製する。 必要な 場合には、 タイピングすべき部位の配列を増幅する。 遺伝子多型のタイピングは、 麵碰舰
16 当該技術分野において知られるかまたは開発されつつある種々の方法のいずれか を用いて容易に行うことができる。 タイピング方法の例としては、 直接シークェ ンス法、 インベーダー法、 TaqMan法、 MALD I— TOF/MS法、 プラ イマ一ェクステンション法およびハイブリダィゼ一ション法等が挙げられるが、 これらに限定されない。
直接シークェンス法を用いる場合には、 SNP部位を含む領域の DNAを PC Rにより増幅し、 この PCR産物の配列を直接シークェンスすることにより、 S N Pを同定することが、できる。
インベーダー法を用いる場合には、 SNP部位から 3' 側に特異的な配列を含 むインベーダープローブと、 テンプレートの SNP部位から 5 ' 側に特異的な配 列および無関係なフラップ配列を含むプライマリ一プローブとを用意する。 これ らのプローブと、 フラップと相補的な配列と自己相補的な配列を含み蛍光色素と クェンチヤ一との両方で標識されている FRETプローブ、 およびテンプレート の存在下でクリベースを作用させる。 プライマリープロ一ブがテンプレートとノ、 イブリダィズすると、 SNP部位にインベーダープローブの 3' 末端が侵入し、 この構造がクリベースにより切断されてフラップが遊離する。 フラップは F R E Tプローブと結合して、 クリベースにより蛍光色素部分が切断されて、 蛍光が発 生する。 フラップ—FRETプローブを 2組用意し、 異なる蛍光色素で標識する ことにより、 1回のアツセィで各ホモ接合体とへテロ接合体とを区別することが できる。
T a qM an法を用いる場合には、 蛍光色素とクェンチヤ一により標識したァ レル特異的プローブを標的部位にハイブリダィズさせて、 この部位を含む領域を 増幅するよう設計したプライマーで PCR反応を行う。 プライマ一からの伸長反 応が進むと同時に、 T a q DNAポリメラーゼの 5 ' ェキソヌクレアーゼ活性に より、 ハイブリダィズしたプローブが切断される。 蛍光色素がクェンチヤ一と離 れると蛍光が生じ、 これを検出することにより S N Pを同定することができる。
MALD I— TOFZMS法を用いる場合には、 S NP部位に隣接するプライ マ一を作成し、 PCR増幅させたサンプル DN Aを铸型として、 ddNTPを用 いて 1塩基分だけプライマ一伸長を行う。 伸長反応生成物を MALD I一 TOF /U Sで質量分析することにより、 付加した d d N T Pを識別する。
ハイブリダィゼーション法を用いる場合には、 SNP部位を含む領域の DNA を P C Rにより増幅し、 S N P部位に特異的なプローブを用いてハイプリダイゼ —シヨンにより増幅産物を検出する。 さらに、 これらの方法に加えて、 RFLP 法、 DNAチップ法、 分子ビーコン法、 ライゲ一シヨン法などの種々の方法が開 発されており、 本発明においてはこれらのいずれをも用いることができる。 本発明の方法にしたがえば、 本発明において同定された SNP部位の 1または それ以上についてタイピングを行い、 後述の実施例において示される統計デ一夕 を参照して、 パクリ夕キセル療法による副作用の発症のリスクを予測することが できる。 本発明の方法は、 好ましくはモンゴロイドに、 特に好ましくは日本人に 適用される。 より好ましくは、 本発明において同定された CYP 2 C 8遺伝子中 の SNPと、 BUB 1 b遺伝子中の SNPについてタイピングを行い、 これらの 結果を組み合わせることにより、 パクリタキセル療法による副作用の発症のリス クを予測する。 そのような組み合わせの例としては、
IMS-JST111898 (配列番号 1 ) と IMS-JST074538 (配列番号 6:
IMS-JST111898 (配列番号 1 ) と IMS-JST079837 (配列番号 7:
IMS-JST111898 (配列番号 1 ) と IMS-JST044164 (配列番号 8:
IMS-JST111898 (配列番号 1) と IMS-JST063023 (配列番号 9:
IMS-JST111898 (配列番号 1 ) と IMS-JST042569 (配列番号 10) 、
IMS-JST105874 (配列番号 2) と IMS-JST074538 (配列番号 6:
IMS-JST105874 (配列番号 2) と IMS-JST079837 (配列番号 7:
IMS-JST105874 (配列番号 2) と IMS-JST044164 (配列番号 8:
IMS-JST105874 (配列番号 2) と IMS-JST063023 (配列番号 9:
IMS-JST105874 (配列番号 2 ) と IMS-JST042569 (配列番号 10) 、
IMS-JST082397 (配列番号 3) と IMS-JST074538 (配列番号 6:
IMS-JST082397 (配列番号 3) と IMS-JST079837 (配列番号 7
IMS-JST082397 (配列番号 3) と IMS-JST044164 (配列番号 8:
IMS-JST082397 (配列番号 3) と IMS-JST063023 (配列番号 9
IMS-JST082397 (配列番号 3 ) と IMS-JST042569 (配列番号 10) 、 IMS-JST071852 (配列番号 4) と IMS-JST074538 (配列番号 6) 、
IMS-JST071852 (配列番号 4) と IMS-JST079837 (配列番号 7) 、
IMS-JST071852 (配列番号 4) と IMS-JST044164 (配列番号 8) 、
IMS-JST071852 (配列番号 4) と IMS-JST063023 (配列番号 9) 、
IMS-JST071852 (配列番号 4) と IMS-JST042569 (配列番号 10) 、
IMS-JST071853 (配列番号 5) と IMS-JST074538 (配列番号 6) 、
IMS-JST071853 (配列番号 5) と IMS-JST079837 (配列番号 7) 、
IMS-JST071853 (配列番号 5) と IMS-JST044164 (配列番号 8) 、
IMS-JST071853 (配列番号 5) と IMS-JST063023 (配列番号 9) 、
IMS-JST071853 (配列番号 5 ) と IMS-JST042569 (配列番号 10 )
が挙げられる。
本発明はまた、 上述のタイピング法において用いるための試薬を含む、 パクリ タキセル療法による副作用の発症のリスクを予測するためのキットを提供する。 試薬の例はプローブおよびプライマ一である。 本発明において同定された S N P 部位を含む遺伝子の領域を増幅するために用いられるプライマーは、 好ましくは 15— 30塩基の長さであり、 標的 SNP部位を挟みかつ PCR反応により所望 の長さの増幅産物が生成されるよう設計される。 インベーダー法において用いら れるプライマリープロ一ブは、 標的 SNP部位から 5' 側の標的領域に特異的な 配列を含み、 さらに無関係なフラップ配列を含む。 また、 インべ一ダ一法におい て用いられるインベーダープローブおよび MALD I一 TOFZMS法およびプ ライマーエクステンション法において用いられるプライマ一は、 標的 SNP部位 に対応する塩基を含まないが、 S NP部位に隣接する上流または下流の連続する ヌクレオチド配列を含む。 このようなプローブおよびプライマーの設計方法なら びに合成方法は当該技術分野においてよく知られている。
本明細書において明示的に引用される全ての特許および参考文献の内容は全て 本明細書の一部としてここに引用する。 また， 本出願が有する優先権主張の基礎 となる出願である日本特許出願 2003-375369号の明細書および図面に 記載の内容は全て本明細書の一部としてここに引用する。 実施例
以下に実施例により本発明をより詳細に説明するが， これらの実施例は本発明 の範囲を制限するものではない。 臨床サンプル
5 4名の乳癌患者がパクリタキセルの術前化学療法の臨床試験に登録された。 患者選択の条件について要約すると以下の通りである。 1 ) 7 0歳以下で病理組 織学敵に確認されたステージ IIまた Iliaの乳癌患者であること、 2 ) 生理学的 機能が適切であること (WBC > 4,000 mm3,血小板力ゥント > 10,000 mm3, へ モグロビンレベル > 10g/dl, 血清クレアチニン濃度く 1.2 mg/dl,血清総ビリルビ ンレベルく 1.5mg /dl， GOT/GPT < 60/70)。 本治療の前に化学療法あるいは放射 線療法が施行されていないことなどである。 すなわち、 パクリタキセルの術前化 学療法の臨床試験が施行された 5 4名は、 臨床上また組織学的にもほぼ同一のス テージであり、 前症例とも化学療法の施行歴はなかった。 患者は、 一週間に一回、 80mg/m2のパクリタキセルを 1時間かけて点滴投与された。 この投与を 1 2週 間継続した。 これらの患者に最も高頻度に観察された副作用は顆粒球減少症であ り、 2 4名の患者に認められた。 副作用の定義
副作用の有無を確認するために各患者について毎週、 白血球数、 赤血球数、 へ モグロビン量、 血小板数が測定された。 治療中に認められた副作用は米国
National Cancer Instituteの Common Ibxicity Criteria(NCI-CTC)に基づいて 評価されグレード分類が行われた ( rotti, A., et al. Common toxicity criteria: version 2.0. an improved reference for grading the acute effects of cancer treatment: impact on radiotherapy. Int J Radiat Oncol Biol Phys, 47: 13-47, 2000参照)。 すべての臨床情報は SCTS21システム （三井情報開発） を用いて 匿名化され、 以後の解析に用いられた。 顆粒球減少症のグレードが NCI-CTCの 分類にてグレード 1〜 4までを示した患者を顆粒球減少症ありとし、 グレード 0 の患者を顆粒球減少症なしとした。 顆粒球減少症あり群となし群間で年齢、 発症 年齢間に相関は認められなかった。
SNP sのタイピング
パクリタキセルの副作用と関連する遺伝子多型を検索するため、 まず薬剤代謝 関連遺伝子ならびに薬理学的にパクリタキセルの作用機序に関連する遺伝子 29 8個を選定した。 次にこれら 298個の遺伝子内に存在する SNP sを J SNP デ—夕ベース上で検索を行い、 2,727個のSNP sを抽出した。
本研究に用いた 54症例についてィンベーダ一法を用いて 298遺伝子内にあ る 2,727力所の SNPのタイピングを行った。 54名の患者から末梢血 14ml を採取した。 末梢血から DNAを抽出する方法については標準的な方法を用いた。 ィンベーダ一法によるタイビングを行う前に、 標的とする SNP部位の周辺約 500bpを PCR法にて増幅した。 その際 10ngの DNAをテンプレ一トとして用 レ 、 また 48個のプライマーセットを用いたマルチプレックス PCRを行うこと により 48力所の DNA断片を同時に増幅した。 各 SNP部位周辺を増幅するた めに用いたプライマ一は J SNPデータベースに記載されている配列に基づいて 作製したものを用いた。 PCRの反応は以下の組成にて行った （6.7mMMgCl2， 67 mM TcisHCl, 16.6 mM NH4S04) lOmM 2·メルカプトェタノ一ル， 6.7μΜ EDTA, l,5mM dNTPs, 10% DMSO, 1 pmolの各プライマー， および 0.05U の Ex-Taq) 。 P C Rの反応は最初のディネ一チヤ一反応は 94°Cにて 2分間行い、 次に 94°C15秒、 60°C15秒、 72°C 2分の 3ステップを 35回繰り返した。 Multimek96反応ロポットを用いて P C R産物を滅菌蒸留水にて希釈した後、 TANGO分注機を用いてィンべ一ダ一反応用力一ドに分注した。 次に Cartesian 分注機を用いてィンベーダー反応試薬をィンベーダ一用反応カードに分注した。 ィンべ一ダー反応試薬には、 ァレル特異的ォリゴヌクレオチド、 Cleavase VII、 そして EAMあるいは; Redmond Redにてラベルされた FEETカセットが含ま れている。 これらの試薬は Third Wave社より購入した。 蛍光シグナルは
TECAN Ultraにて検出し、 ジエノタイプは FAMと Redmond Redの信号強度 を 2次元チャートに展開したものを用いて決定した。
ジエノタイピングを行った 2, 727 SNP sのうち 2,123 SNP sについ ては 8 0 %以上の症例においてタイピングの決定を行うことができた。 ジエノ夕 ィプの正確性について検討を行うため、 ランダムに選んだ 3 S N P sのタイピン グデ一夕を R F L P法にて決定したジェノ夕ィプと比較した所、 調べた約 1 , 0 0 0超のジエノタイプの全てで両タイピング法での結果が一致した。 このことか らタイピングの正確性は非常に高いものであることが示唆された。 また、 各 S N Pについて Hardy- Weinberg平衡状態であるかどうかについてカイ 2乗検定を 用いて行つたところ、 調べた全ての S N P sが Hardy-Weinbergの平衡状態に あることが示唆された。 副作用と関連する S N P sの検索および相関解析
まず最初に、 各遺伝子毎にハプロタイプブロック構造の構築を行った。 同一遺 伝子内にマップされた S N Pについて、 任意の 2つの S N P間の連鎖不平衡係数 | D，|をすベての組み合わせについて推定し、 これを S N Pの位置順に並べたマ トリックスを作成した。 もし 2つの S N P間の I D，|が 0.9以上であれば、 2遺 伝子間はハプロタイプブロックを形成しているものと推定した。 その結果、 タイ ビングを行った 2 9 8遺伝子は 4 1 9個のハプロタイププロックに分割されるこ とが分かった。
次に副作用と相関する S N Pを同定するために、 2段階のスクリ一ニングを行 つた。 第一段階では、 副作用がある群とない群間でのジエノタイプの分布につい て、 2 x 3分割表を用いた独立性の検定を行った。 第一段階のスクリーニングに より顆粒球減少症と相関を認める 2箇所のハプロタイププロックが見いだされた。 これらのハプロタイプブロックには各々 C Y P 2 C 8遺伝子内にマップされた 5 個の S N P、 ならびに B U B 1 b遺伝子内にマツプされた 5個の S N Pが含まれ ていた。 p値の最低値は C Y P 2 C 8遺伝子を含むハプロタイプブロックでは 0.0065、 B U B 1 b遺伝子を含むハプロタイプブロックでは 0.010であった。 第一段階で同一ハプロタイプブロック内あるいは同一遺伝子内にある全ての S N P p値が 0.05以下であるものを第 2段階の解析に用いた。 第 2段階では、 優 性遺伝モデルあるいは劣性遺伝モデルを想定した 2 X 2分割表を作成し、 独立性 の検定を Fisher's exact testを用いて行つた。 表 12. CYP2C8遺伝子と顆粒球減少症との相関
Figure imgf000023_0001
表 13. BUB 1 b遺伝子と顆粒球減少症との相関
Figure imgf000024_0001
第 2段階の解析では 2つの遺伝子にマツプされた S N Pのいずれも劣性遺伝形 式を想定した場合より高い相関を認めた。 最も高い相関を認めた SNPは CYP 2 C 8遺伝子にマップされた S N Pでは IMS-JST071852(p = 0.0020，ォッズ比 10.7)であり、 BUB 1 b遺伝子にマップされた SNPでは IMS-JST074538(p = 0.0062,ォッズ比 5.11)であった。 CYP 2 C 8遺伝子内に存在する 3箇所の既 知の c SNPが、 本研究で使用した SNP sと関連があるかどうかを調べるため、 これら 3箇所の c SNP sのジエノタイプを RF LP法を用いて決定した。 その 結果一症例に 1196A>G部位のへテロ接合体を認めたのみで、 他の症例では 3箇 所の c S N P全てでワイルドタイプであつた。 このことから. C Y P 2 C 8遺伝子 内に存在する 3箇所の c SNP sの頻度は非常に低いものと推定された。 また、 BUB 1 b遺伝子内にマップされる一個の SNP(IMS-JST044164)における多 型はアミノ酸置換 (Arg->Gln)を伴う c SNPである。 本研究ではワイルドタイ プである Argを持つァレルをホモに持つ割合が顆粒球減少症を示す患者で多い ことが示された。 ジエノタイプの組み合わせによる副作用出現確率の推定
CYP 2 C 8遺伝子上の一個の SNPと BUB 1 b遺伝子上の一個の SNPの ジエノタイプの組み合わせの各々について副作用出現の確率を計算した。 計算に はロジスティック回帰モデルを用いた。 その際 4個の変数を用い、 CYP 2 C 8 遺伝子上の SNPのアレルタイプ 2種類と、 BUB 1 b遺伝子上の SNPのァレ ル夕ィプ 2種類を各々割り当てた。 likelihood ratio testを用い最も適切な S N Pの組み合わせを検索し、 C YP 2 C 8遺伝子上の IMS-JST071852と BUB 1 b遺伝子上の IMS-JST074538の組み合わせを選択した (p<0.000532)。 この 2つの SNP sのジエノタイプ別の副作用出現確率を表 1 3に示す。 アレル頻度 は J S N Pデータベースより得られた各々の S N Pのァレル頻度より推定した。 表 14. 各ジエノタイプによる顆粒球減少症発症の確率
Figure imgf000025_0001
*括弧内の数字は日本人集団におけるアレル頻度予測を示す 本発明により、 2つの遺伝子の 2個の S N Pを用いれば顆粒球減少症発症の可 能性を確実に予測することができることが示された。 C Y P 2 C 8遺伝子上の IMS-JST071852と B U B 1 b遺伝子上の IMS-JST074538のジエノタイプの組 み合わせが T/Tと A/A、 あるいは T/Tと G/Gの組み合わせであれば顆粒球減少 症を発症する確立が非常に高いと考えられる。 J S N Pデータべ一スにおいて公 開されているアレル頻度をもとにすれば、 これら 2つのジエノタイプの組み合わ せの日本人における頻度はそれぞれ 0.12と 0.04である。 他方、 顆粒球減少症を 発症する確率が低いと考えられるジェノタイプの組み合わせは、 A/Tと A/G、 あ るいは A/Aと A/Gの組み合わせであり、 これらの組み合わせの日本人における 頻度はそれぞれ 0.23と 0.14である。 以上の結果を組み合わせれば、 日本人の約 半数についてはパクリタキセル治療における顆粒球減少症の発症の有無を予測で きることがわかる。

Claims

請求の範囲
1. 被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症の発症のリスクを 予測する方法であって、 前記被験者から単離された遺伝子について、 CYP2C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基における 遺伝子多型、 C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の 塩基における遺伝子多型、 C YP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列 の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規 定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列 番号 6で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝 子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BU B 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子 多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基にお ける遺伝子多型、 および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型からなる群より選択される 1またはそれ以上 の遺伝子多型を同定する工程を含む方法。
2. 被験者から単離された遺伝子が、 以下の （a) 〜 （e) ：
(a) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが GZGである；
(b) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが TZTである；
(c) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが GZGである；
(d) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが τζτである；
(e) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが GZGである；
のうち 1またはそれ以上である場合に、 顆粒球減少症の発症のリスクが高いと予 測する、 請求項 1記載の方法。
3. 被験者から単離された遺伝子が、 以下の （ί) 〜 （j) ：
(f) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが AZGまたは A/ Aである；
(g) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが CZTまたは czcである；
(h) CYP 2C8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが AZGまたは AZ Aである；
(i) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが AZTまたは AZAである；
( j ) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが A/Gまたは A/Aである；
のうち 1またはそれ以上である場合に、 顆粒球減少症の発症のリスクが低いと予 測する、 請求項 1記載の方法。
4. 被験者から単離された遺伝子が、 以下の （A) 〜 （E) ：
(A) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが AZAである；
(B) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが TZTである；
(C) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが C/Cである；
(D) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが CZCである；
(E) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが T/Tである；
のうち 1またはそれ以上である場合に、 顆粒球減少症の発症のリスクが高いと予 測する、 請求項 1記載の方法。
5. 被験者から単離された遺伝子が、 以下の （F) 〜 （J) ：
(F) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが A/Gまたは GZGである；
(G) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが G/Tまたは GZGである；
(H) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが C/Tまたは TZTである；
(I) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基にお けるジエノタイプが CZTまたは T/Tである；
(J) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが CZTまたは CZCである；
のうち 1またはそれ以上である場合に、 顆粒球減少症の発症のリスクが低いと予 測する、 請求項 1記載の方法。
6. 被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症の発症のリスクを 予測する方法であって、 前記被験者から単離された遺伝子について、 （1) CY P 2C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝 子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基 における遺伝子多型、 C YP 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 1 1番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定さ れる配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 C YP 2 C 8遺伝子中の配列番 号 5で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型からなる群より選択 される 1またはそれ以上の遺伝子多型を同定する工程、 および （2) BUB l b 遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基における遺 伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基 における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11 番目の塩基における遺伝子多型、 および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規 定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型からなる群より選択される 1 またはそれ以上の遺伝子多型を同定する工程、 を含む方法。
7, 被験者におけるパクリタキセル療法による顆粒球減少症の発症のリスクを 予測する方法であって、 前記被験者から単離された遺伝子について、 CYP2C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基および BUB 1 b遺 伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型を同 定することを含む請求項 6記載の方法。
8. CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが T/Tであり、 かつ BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規 定される配列の 11番目の塩基におけるジェノタイプが A/Aまたは GZGであ るときに、 顆粒球減少症の発症のリスクが高いと予測する、 請求項 7記載の方法。
9. CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基に おけるジエノタイプが A/Tまたは AZAであり、 かつ BUB 1 b遺伝子中の配 列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基におけるジエノタイプが AZGであ るときに、 顆粒球減少症の発症のリスクが低いと予測する、 請求項 7記載の方法。
10. 被験者におけるパクリ夕キセル療法による顆粒球減少症の発症のリスク を予測するための診断用キッ卜であって、 前記被験者から単離された遺伝子につ いて、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基に おける遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11 番目の塩基における遺伝子多型、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定され る配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP2C8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 CYP2C8遺伝子 中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多 型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基におけ る遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の 塩基における遺伝子多型、 BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型、 および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10 で規定される配列の 11番目の塩基における遺伝子多型からなる群より選択され る 1またはそれ以上の遺伝子多型を同定するための試薬を含有することを特徴と するキット。
11. 前記試薬が、
CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B U B 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
B UB 1 b遺伝子中の配列番号 1 0で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子； からなる群より選択される 1またはそれ以上の核酸分子である、 請求項 1 0記載 の診断用キット。
1 2 . 前記試薬が、
( 1 ) C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 1 1番目の塩基を 含むかまたはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 ま たはこれに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子； C Y P 2 C 8遺伝子中 の配列番号 2で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこれに隣接する 少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれに相補的なヌクレオ チド配列を有する核酸分子； C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 3で規定される配 列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続する ヌクレオチド配列、 またはこれに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
C Y P 2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；および、 C Y P 2 C 8遺伝子 中の配列番号 5で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこれに隣接す る少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれに相補的なヌクレ ォチド配列を有する核酸分子からなる群より選択される 1またはそれ以上の核酸 分子；および
( 2 ) B U B 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 1 1番目の塩基を含 むかまたはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 また はこれに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子； B UB 1 b遺伝子中の配 列番号 7で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこれに隣接する少な くとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれに相補的なヌクレオチド 配列を有する核酸分子； B U B 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこれに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレ ォチド配列、 またはこれに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子； B U B 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 1 1番目の塩基を含むかまたはこ れに隣接する少なくとも 1 0個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれに相補 的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；および B UB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基を含むかまたはこれに隣接する少なくと も 10個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれに相補的なヌクレオチド配列 を有する核酸分子からなる群より選択される 1またはそれ以上の核酸分子； を含む、 請求項 10記載の診断用キット。
13. 前記試薬が、
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基を含むか またはこれに隣接する少なくとも 10個の連続するヌクレオチド配列、 またはこ れに相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；および
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基を含むかま たはこれに隣接する少なくとも 10個の連続するヌクレオチド配列、 またはこれ に相補的なヌクレオチド配列を有する核酸分子；
を含む、 請求項 10記載の診断用キット。
14. 前記試薬が、
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマ一対；
CYP 2C8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマ一対；
CYP2C 8遺伝子中の配列審号 3で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DN Aを増幅するよう設計された PC Rプライマ一対；
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DN Aを増幅するよう設計された PC Rプライマ一対；
CYP2C 8遺伝子中の配列番号 5で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマ一対； BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマー対；
BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマ一対。
からなる群より選択される 1またはそれ以上のプライマ一対である、 請求項 10 記載の診断用キット。
15. 前記試薬が、
(1) CYP 2 C 8遺伝子中の配列番号 1で規定される配列の 11番目の塩基を 含む領域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマー対； CY P2C 8遺伝子中の配列番号 2で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に 対応する DNAを増幅するよう設計された P CRプライマ一対； CYP 2 C 8遺 伝子中の配列番号 3で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する D NAを増幅するよう設計された P CRプライマ一対； C YP 2 C 8遺伝子中の配 列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する DNAを増幅 するよう設計された PCRプライマ一対；および、 CYP 2 C 8遺伝子中の配列 番号 5で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する DNAを増幅す るよう設計された PCRプライマ一対；からなる群より選択される 1またはそれ 以上のプライマー対、 および
(2) BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基を含 む領域に対応する DNAを増幅するよう設計された PC Rプライマー対； BUB
1 b遺伝子中の配列番号 7で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応 する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマ一対； BUB 1 b遺伝子中 の配列番号 8で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する DNAを 増幅するよう設計された PCRプライマ一対； BUB 1 b遺伝子中の配列番号 9 で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する DNAを増幅するよう 設計された PCRプライマ一対； BUB 1 b遺伝子中の配列番号 10で規定され る配列の 11番目の塩基を含む領域に対応する DNAを増幅するよう設計された P CRプライマー対；からなる群より選択される 1またはそれ以上のプライマー 対； を含む、 請求項 10記載の診断用キット。
16. 前記試薬が、
CYP2 C 8遺伝子中の配列番号 4で規定される配列の 11番目の塩基を含む領 域に対応する DNAを増幅するよう設計された PCRプライマ一対；および BUB 1 b遺伝子中の配列番号 6で規定される配列の 11番目の塩基を含む領域 に対応する D N Aを増幅するよう設計された P C Rプライマ一対
を含む、 請求項 10記載の診断用キット。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
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US8669056B2 (en) 2002-12-31 2014-03-11 Cargill Incorporated Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003093068A (ja) * 2001-09-25 2003-04-02 Kokuritsu Iyakuhin Shokuhin Eisei Kenkyusho 代謝酵素ｃｙｐ２ｃ８の多型を利用した、薬物代謝の検査方法および検査薬並びに薬物代謝を改善する化合物のスクリーニング方法

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6528260B1 (en) * 1999-03-25 2003-03-04 Genset, S.A. Biallelic markers related to genes involved in drug metabolism
US6136846A (en) * 1999-10-25 2000-10-24 Supergen, Inc. Formulation for paclitaxel
AU2002344369A1 (en) * 2001-06-01 2002-12-16 Epidauros Biotechnologie Ag Polymorphisms in the human gene for cytochrome p450 polypeptide 2c8 and their use in diagnostic and therapeutic applications
JP2005524388A (ja) * 2001-11-28 2005-08-18 ディーエヌエープリント ジェノミクス インコーポレーティッド パクリタキセル応答性予測の一塩基多型及びそれらの組合せ

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003093068A (ja) * 2001-09-25 2003-04-02 Kokuritsu Iyakuhin Shokuhin Eisei Kenkyusho 代謝酵素ｃｙｐ２ｃ８の多型を利用した、薬物代謝の検査方法および検査薬並びに薬物代謝を改善する化合物のスクリーニング方法

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BAHADUR, N. ET AL.: "CYP2C8 polymorphisms in Caucasians and their relationship with paclitaxel 6alpha-hydroxylase activity in human liver microsomes", BIOCHEM PHARMACOL, vol. 64, no. 11, 2002, pages 1579 - 1589, XP002983729 *
DATABASE //SNP.IMS.U-TOKYO.AC.JP/ [online] XP002983730, Database accession no. IMS-JST111898 *
HOYT, M.A. ET AL.: "S. cerevisiae genes required for cell cycle arrest in response to loss of microtubule function", CELL, vol. 66, 1991, pages 507 - 517
LI, R.; MURRAY, A.W.: "Feedback control of mitosis in budding yeast", CELL, vol. 66, 1991, pages 519 - 531
SOYAMA, A. ET AL.: "Non-synonymous single nucleotide alterations found in the CYP2C8 gene result in reduced in vitro paclitaxel metabolism", BIOL PHARM BULL, vol. 24, no. 12, 2001, pages 1427 - 1430, XP001121633 *

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8669056B2 (en) 2002-12-31 2014-03-11 Cargill Incorporated Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed
US9206478B2 (en) 2002-12-31 2015-12-08 Branhaven LLC Methods and systems for inferring bovine traits
US9982311B2 (en) 2002-12-31 2018-05-29 Branhaven LLC Compositions, methods, and systems for inferring bovine breed
US10190167B2 (en) 2002-12-31 2019-01-29 Branhaven LLC Methods and systems for inferring bovine traits
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