WO2004042054A1 - 歯周疾患に関連する遺伝的多型 - Google Patents

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WO2004042054A1
WO2004042054A1 PCT/IB2003/004669 IB0304669W WO2004042054A1 WO 2004042054 A1 WO2004042054 A1 WO 2004042054A1 IB 0304669 W IB0304669 W IB 0304669W WO 2004042054 A1 WO2004042054 A1 WO 2004042054A1
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seq
dbsnp
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nucleotide sequence
base
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PCT/IB2003/004669
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Kyuichi Kamoi
Asami Suzuki
Yukihiro Numabe
Guijin Ji
Masaaki Muramatsu
Masanori Baba
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Hubit Genomix, Inc.
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a method for examining periodontal disease using a genetic polymorphism or haplotype associated with periodontal disease as an index.
  • Periodontitis is considered to be one of lifestyle-related diseases like type II diabetes and hypertension.According to the 1999 Survey of Dental Diseases, gingiva There is a survey result that reaches 72.9%. In addition, periodontitis has been confirmed to have systemic effects such as diabetes, endocarditis, deterioration of arteriosclerosis, pneumonia and rheumatoid arthritis. It is important for QOL (Quality of Life).
  • Periodontitis is an inflammatory infectious disease that develops and progresses through the interaction of environmental factors such as dental plaque and occlusion with host factors, mainly the immune response. For this reason, periodontitis is a multifactorial disease caused by multiple genetic factors in addition to oral environmental factors.
  • Non-Patent Documents 1 and 2 In recent years, with the progress of human genome analysis (Non-Patent Documents 1 and 2), attention has been paid to genetic research related to periodontitis in dentistry (Non-Patent Documents 3 to 17). And for multifactorial diseases such as periodontitis, no single gene in itself has the determinants of disease onset and progression, but multiple genes associated with disease susceptibility are risk factors. It is considered to be related. For these reasons, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), which are about to make it possible to comprehensively search the entire gene from its structure, are attracting attention.
  • SNPs Single Nucleotide Polymorphisms
  • SNPs are widely distributed at high density throughout the genome and are valuable genomic diversity markers that vary depending on race, individual, or disease status, and at the same time, bring about changes in the quality and quantity of gene expression products, and are diagnostics 'Can be a target for treatment. It has been estimated that the frequency of SNPs exists at a ratio of several hundred base pairs to one in 1,000 base pairs. In other words, it is thought that there are 3 to 10 million SNPs in the entire human genome (Non-Patent Documents 18 to 21). Advances in databases and typing techniques have enabled SNPs analysis to enable comprehensive searches of entire genes, and are useful for elucidating multiple risk factors for multifactorial diseases such as periodontitis. In addition, almost single ethnic groups such as Japanese people are unlikely to have individual differences due to races, etc., and it is necessary to search for them. In addition, it is necessary to analyze B himself (Non-patent Documents 19 to 19). twenty one ) .
  • cSPs targeting cDNA There are two types of SNPs: cSPs targeting cDNA and SNPs targeting genomic DNA.
  • cDNA SNPs can be used to find SNPs that encode proteins, and are useful for finding SNPs that cause changes in the amino acid sequence of proteins.
  • SNPs of genomic DNA have the advantage that they are effective in searching for intron SNPs that are not reflected in the nucleotide sequence of mRNA or enhancer-silencer sequences that regulate gene expression.
  • Non-Patent Document 1 The International SNP Map Working Group, Nature, 409: 928-933, 2001
  • Non-Patent Document 2 The International Human Genome Mapping Consortium, Nature,
  • Non-Patent Document 3 Kornman, K.S. et al., J. Clin. Periodontol., 24: 72-77,
  • Non-patent document 4 Kobayashi, T. et al, Infect. Immun., 65: 3556-3560, 1997
  • Non-patent document 5 Gore, EA et al., J. Clin. Periodontol., 25: 781-785 ,
  • Non-Patent Document 6 Galbraith, G. M. et al., J. Clin. Periodontol., 26: 705-709, 1999
  • Non-patent document 9 Mark, Shi L. et al., J. Periodont. Res., 35: 172-177, 2000
  • Non-patent document 10 Armitage, GC et al., J. Periodontol., 71: 164-171
  • Non-Patent Document 11 Kobayashi, T. et al., J. Periodontol., 71: 1425-1432,
  • Non-Patent Document 1 Shirodaria, S. et al., J. Dent. Res., 79: 1864-1869,
  • Non-patent Document 13 Kobayashi, T., Yamanoto, K., Sugita, N., van der Pol.
  • Non-patent Document 14 Laine, M. Shi et al., J. Dent. Res., 80: 1695-1699, 2001
  • Non-patent Document 15 Thomson, WM et al., J. Dent. Res. , 80: 1700-1703,
  • Non-Patent Document 20 Mori Moriya, Mitsuo Itakura, Experimental Medicine, 18: 1667-1672, 2000
  • Non-Patent Document 21 Maki Moriya, Mitsuo Itakura, Experimental Medicine, 18: 1907-1911, 2000
  • Non-patent Document 2 Suzuki A et al., J Jpn Soc Periodontol (in Japanese)
  • Non-patent Document 23 The 44th Autumn Meeting of the Japanese Society of Periodontology Proposal to the Need for Genetic Analysis of Periodontal Disease Patients in Japanese SNP Analysis of Periodontal Disease Patients-Asami Suzuki, Yukihiro Numabe Hisashi Kamoi
  • Non-Patent Document 24 The 4th 5th Annual Meeting of the Japanese Society of Periodontology Spring Association Japanese Association of Monosalt Base Polymorphism (SNPs) with Periodontitis Asami Suzuki, Yukihiro Numabe, Hisaichi Kamoi
  • Non-Patent Document 25 Asami Suzuki, Yukihiro Numabe, Hisaichi Kamoi Journal of Japanese Society of Periodontology 44 (2):
  • Non-Patent Document 26 JAPANESE ASSOCIATION FOR DENTAL RESEARCH 50th ANNUAL
  • the present invention has been made in view of such a situation, and an object thereof is to find a genetic polymorphism or a haplotype associated with a periodontal disease, and to use the genetic polymorphism or the haplotype as an index.
  • the purpose of this study is to provide a method for examining a periodontal disease.
  • JSNP database Hirakawa M et al., Nucleic Acids Research 2002; 30: 158-162
  • SNP analysis techniques will greatly aid in examining a number of genetic factors associated with complex diseases such as periodontitis.
  • the present inventors examined candidate and non-candidate genes for susceptibility to periodontitis using SNP analysis and the JSNP database.
  • genomic DM was obtained from 13 Japanese patients with aggressive periodontitis, 9 patients with chronic periodontitis, and 19 healthy volunteers.
  • PCR TaqMan polymerase chain reaction
  • DPP4 dipeptidic / repeptidase 4
  • TEP1 telomerase protein component 1
  • PK3R1 phosphoinositide- 3-kinase regulatory subunit polypeptide 1
  • CAT catalase
  • EDN3 endothelin 3
  • FGL2 fibrinogen-like protein 2
  • P0N1 paraoxonase 1
  • YWHAZ tyrosine 3-monooxygenase
  • ADCY9 Gene regions of adenylate cyclase 9
  • GNRH1 gonadotropin-releasing hormone
  • genomic DNA was obtained from 134 Japanese patients with invasive periodontitis, 117 patients with chronic periodontitis, and 125 healthy subjects with no periodontal abnormalities, and SNP typing was performed as described above.
  • SNP typing was performed as described above.
  • Statistical significance of genotype frequencies was analyzed using Fisher's exact test.
  • oral gender adjustments adjusted for age and gender, which are factors affecting the incidence of disease, were conducted. Regression analysis was performed to estimate genotypes considered as at-risk factors.
  • C0L4A1 type 16 collagen ct1 (C0L16A1), cathepsin B (CTSB), interleukin 10 receptor / 3 (IL10RB), interleukin la (ILIA), interleukin 6 signal transducer (IL6ST), hair specific Acidic keratin 2
  • KRTHA2 laminin a4
  • LAMA4 laminin receptor 1
  • LAMR1 laminin receptor 1
  • P0D2 digoxygenase 2
  • PRG4 proteoglycin 4
  • PEGDS prostaglandin D2 synthase
  • PTGER1 Prostaglandin ⁇ ⁇ receptor 1
  • PEGFR prostaglandin F receptor
  • TGFBR3 transforming growth factor receptor 3
  • ⁇ 3 tumor necrosis factor (TNFA), scavenger receptor class Bl (SCARB1), 1 collagen type a l (C0L1A1), epidermal growth factor (EGF), elastin (ELN), keratin 23 (KRT23), laminin ⁇ ⁇ (LAMB1), type 12 collagen ⁇ (C0L12A1), type 17 collagen ⁇ (C0L17A1), type 9 collagen ⁇ (C0L9A1), cathepsin! )
  • CSD cathepsin G
  • EGFR epidermal growth factor receptor
  • FGF12 fucosyltransferase 1
  • HSPG2 laminin ⁇ 2
  • LAMA2 laminin ⁇ 2
  • POD procollagen lysine 2 oxoglutarate 5-dioxygenase
  • PTGER2 prostaglandin E receptor 2
  • PTGER3 prostaglandin E receptor 3
  • the present invention uses a genetic polymorphism or haplotype associated with periodontal disease as an index.
  • the present invention provides the following [1] to [38] with respect to a method for examining a periodontal disease.
  • a method for examining periodontal disease comprising a step of detecting a polymorphism in any one of the following regions (1) to (52):
  • an invasion method comprising the step of detecting a polymorphism in the region of any of (1) to (35) according to [1] or a polymorphism in a region in a complementary strand forming a base pair with the region. Sex Periodontitis test method.
  • a chronic method comprising the step of detecting a polymorphism in the region of any one of (28) to (51) according to [1] or a polymorphism in a region in a complementary strand forming a base pair with the region. Inspection method for periodontitis.
  • a method for examining periodontal disease comprising the step of determining a base type of a polymorphic site in any of the regions (1) to (52) according to [1].
  • the base species at the polymorphic sites described in (9 ′) to (27 ′) and (30 ′ :) to (35,) are as follows (9 ′′) to (27 ′′) and (30 ′′) to (35 "), the test method according to [6], wherein the test is determined to be susceptible to invasive periodontitis.
  • T is the base at position 15367 or C is the base at position 21995
  • SEQ ID NO: 118 The nucleotide at position 10001 in the base sequence described is G
  • nucleotide at position 10204 in the described nucleotide sequence is C.
  • SEQ ID NO: 120 The base type at position 10001 in the base sequence described is G
  • SEQ ID NO: 121 The base type at position 11915 in the base sequence described is G
  • SEQ ID NO: 122 The base type at position 10001 in the base sequence described is A
  • SEQ ID NO: 123 The base type at position 10001 in the base sequence described is A
  • the base type at position 10001 is T, or the base type at position 13288 is ⁇
  • nucleotide at position 10001 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 126 is ⁇
  • SEQ ID NO: 129 SEQ ID NO: 129.
  • the nucleotide at position 10001 in the nucleotide sequence described in 129 is G.
  • nucleotide at position 10001 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 131 is A
  • the nucleotide at position 10001 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 133 is A (30 ⁇ )
  • the nucleotide at position 42327 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 134 is T (31 ()
  • the nucleotide at position 20135 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 135 is C (32 ")
  • the base type at position 10001 in the base sequence described in 136 is G (33 ").
  • the base type at position 28575 in the base sequence described in SEQ ID NO: 13 is G (34 SEQ ID NO: 138
  • the base type at position 10001 in the base sequence described is G,
  • a method for detecting chronic periodontitis comprising a step of determining a species or a base type of a polymorphic site in a region in a complementary strand forming a base pair with the region.
  • the base species at the polymorphic sites described in (30 ′) to (35 ′) and (39 ′;) to (51 ′) in [9] are the following (3 ( ⁇ ) to (35 ”), respectively. ) And (39 ⁇ to (5 ⁇ )), the examination method according to [7], which is determined to be susceptible to chronic periodontitis.
  • (30 ") In the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 134, the nucleotide at position 23071 is A, or the nucleotide at position 10001 is ⁇ .
  • nucleotide at position 20135 in the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 135 is C
  • nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1336 In the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1336, the nucleotide at position 43199 is G, or the nucleotide at position 48326 is ⁇
  • nucleotide at position 23293 in the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 141 is C
  • nucleotide at position 12807 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 144 is T
  • nucleotide at position 21001 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 148 is G
  • the base type at position 15737 is G
  • the base type at position 21001 is G
  • the base type at position 29440 is T
  • nucleotide species at 247961 stands is T.
  • A is the base at position 48204 or C is the base at position 68294
  • the haplotype forms a base pair with the polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence of SEQ ID NOs: 85, 87, 89, 91, 93, 95, and 97, or a base at the site.
  • the method according to [11] which is a combination of at least two or more polymorphic sites among the sites in the complementary strand.
  • the haplotype is a polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 11 1 or 113, or a base and a base pair at the position.
  • the method according to [11] which is a combination of at least two or more polymorphic sites among the sites in the complementary strand to be formed.
  • the method according to [11] which is a combination of one or more polymorphic sites.
  • a method for examining periodontal disease comprising the following steps (a) and (b).
  • step (b) replacing the base species determined in step (a) with SEQ ID NOs: 85, 87, 89,
  • the nucleotide at position 151 in the nucleotide sequence described in 91, 93, 95 and 97 is a nucleotide at a polymorphic site in a gene region showing a haplotype described in any of the following (i) to (iV): Process to compare with seed
  • the polymorphic site in the ADCY9 gene region described in step (a) is the polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 85, 87, 89, 91, 93, 95, or 97
  • a method for examining periodontal disease comprising the following steps (a) and (b).
  • step (b) replacing the nucleotide species determined in step (a) with the nucleotides at position 151 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111 and 113; A step in which the species is compared with the base species at the polymorphic site in the gene region exhibiting the haplotype described in (i) or (ii) below.
  • the polymorphic site in the CALCR gene region described in Step (a) is the same as the nucleotide sequence of any of SEQ ID NO: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111 or 113, but also Inspection method according to [18], which is a polymorphic site at the position.
  • a method for examining periodontal disease comprising the following steps (a) and (b).
  • the polymorphic site in the LAMC2 gene region described in Step (a) is the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 153 at positions 3105, 3201, 3293, 3525, and 3637. , 3797, 4083, 4122, 4304, 4461, 8946, 9580, 9821, 10001, 10044, 10981, 11605, 11700, 12261, 12519, 1329frf 20416 ⁇ Stand, 20647, 21607, 21628, 23154, 25250, 26280, 27519, 27522, 2775frf, 27763, 28310, 29245, 29896 ⁇ Stand, or 30311
  • the testing method according to [20] which is a polymorphic site.
  • the polymorphic site in the LAMC2 gene region described in step (a) is any of the polymorphic sites at positions 10001, 12477, and 15382 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 132.
  • a method for examining periodontal disease comprising the following steps (a) and (b).
  • the nucleotide species determined in step (a) are G, A, and T at nucleotide positions 10001, 12477, and 15382 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 154.
  • the polymorphic site in the IL4 gene region described in step (a) is any one of the polymorphic sites 10001, 12477, and 15382 in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 154. , [23].
  • a tooth comprising an oligonucleotide having a chain length of at least 15 nucleotides, which hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in any of the regions (1) to (52) according to [1].
  • Test reagent for perioperative disease
  • a tooth comprising a foreprimer and a reverse primer designed to amplify a DNA containing a polymorphic site in any of the regions (1) to (52) according to [1].
  • Test reagent for perioperative disease
  • a periodontal disease comprising a solid phase on which a nucleotide probe that hybridizes with DNA containing a polymorphic site in any of the regions (1) to (52) according to [1] is immobilized. Testing reagent.
  • the periodontal disease is invasive periodontitis, and the polymorphic site is (1)-
  • the periodontal disease is chronic periodontitis, and the polymorphic site is (28)-
  • test reagent according to any one of [26] to [28], which is a region of any of (51) or a polymorphic site of a region in a complementary strand forming a base pair with the region.
  • test reagent for periodontal disease comprising an oligonucleotide having a chain length of 15 nucleotides.
  • the polymorphic site is the polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 85, 87, 89, 91, 93, 95, or 97;
  • the test reagent according to [34] which is a site in a complementary strand to be formed.
  • the polymorphic site is the polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence of any one of SEQ ID NOs: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 11 1 and 113, or [34]
  • the test reagent according to [34] which is a position in a complementary strand that forms a base pair with the base in [1].
  • the polymorphic site is any of the polymorphic site at position 10001, 13296, or 20647 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 153, or a complementary strand forming a base pair with the base at the site; Inspection according to [34], which is a site in reagent.
  • the polymorphic site is the 10001 position in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 154,
  • test reagent c which is a polymorphic site at any of the positions 12477 or 15382, or a site in a complementary strand that forms a base pair with a base in the site.
  • the present inventors have found that a periodontal disease can be examined by detecting a polymorphism in any of the following regions (1) to (52).
  • DPP4 Dipeptidylpeptidase 4
  • Endothelin 3 (endothelin 3; EDN3) gene region
  • Type 18 collagen a l (collagen, type XVIII, alpha 1; C0L18A1) gene region
  • Type 3 collagen a l (collagen, type III, alpha 1 (Ehlers—Danlos
  • Type 4 collagen al (collagen, type IV, alpha 1; C0L4A1) gene region
  • Type 16 collagen CK I (collagen, type XVI, alpha 1; C0L16A1) gene region Area
  • Interleukin la interleukin 1, alpha; ILIA gene region
  • LAMR1 gene region
  • proteoglycan 4 (megakaryocyte stimulating
  • Tumor necrosis factor (TNF superfamily, member 2); Tumor necrosis factor (TNF superfamily, member 2); TNFA gene region
  • ADCY9 Adenylate cyclase 9 (ADCY9) gene region
  • Keratin 23 histone deacetylase inducible
  • Coagulation factor V proaccelerin, labile
  • Type 17 collagen al (collagen, type XVII, alpha 1; C0L17A1) gene region (41)
  • Type 9 collagen al (collagen, type IX, alpha 1; C0L9A1) gene region
  • fcosyltransferase 1 galactoside 2-alpha-L-fucosyltransr erase, Bombay phenotype included
  • f JTl gene region
  • a method for testing for the presence or absence of a polymorphism associated with periodontal disease, including the step of detecting a mold Provide the law.
  • the "periodontal disease” is preferably periodontitis, more preferably invasive '14 aggressive periodontitis or IS 'chronic periodontitis.
  • the invasive periodontitis is detected. Perform an inspection.
  • it is preferable to detect chronic periodontitis by detecting any of the above-mentioned regions (28) to (51) or a polymorphism in a region in a complementary strand forming a base pair with the region.
  • the gene region means a certain region on the genomic DM containing the gene.
  • the region includes a gene expression control region (for example, a promoter region) and a 3′-terminal untranslated region of a gene.
  • a polymorphism is generally defined genetically as a base change occurring at a frequency of 1% or more in a population.
  • the “polymorphism” in the present invention is not limited to this definition, and includes less than 1% of base changes.
  • Examples of the types of polymorphisms in the present invention include single nucleotide polymorphisms, polymorphisms in which one to several tens of bases (sometimes thousands of bases) are deleted, substituted or inserted, and the like. It is not limited.
  • the number of polymorphic sites is not particularly limited, and may have one or more polymorphisms.
  • the single nucleotide polymorphism means a polymorphism due to a single nucleotide difference in the DNA base sequence between individuals.
  • the polymorphism in the present invention is not particularly limited as long as it is a polymorphism related to periodontal disease.
  • the polymorphic site in the present invention preferably includes the polymorphic site described in any one of the following () to (52 ′).
  • Any polymorphic site at position 22223 (20 ′) A polymorphic site in the PL0D2 gene region, wherein positions 902, 931, 3204, 6676, 7682, 7682, 7686, 7693, and 8859 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 126 , 9195, 9518, 9971, 10001, 10088, 10091, 11195, 13421, 13437, 13686, 13803, 13974, 14217, 18217, 18702, or 19179 Polymorphic site
  • a polymorphic site at any one of positions 37200, 37692, 42327, or 50935 (31 ′) a polymorphic site in the C0L1A1 gene region, wherein positions 109 and 654 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 135 , 732, 1798, 2708, 2903, 4079, 4228, 4252, 4792, 5120, 5301, 7409, 7610, 8346, 8373, 8690, 8832, 9099 , 9755, 9786, 9829. 9942, 9947, 10001, 10069, 10196, 10232, 10519, 10883, 10977, 11043, 11045, 11310, 11622, 11697th,
  • a polymorphic site which is a polymorphic site in the HSPG2 gene region, wherein SEQ ID NO: Positions 3831, 3882, 3925, 3928, 4010, 4197, 4545, 4701, 4880, 4949, 10001, 10001, 12151, 13134, 15737 in the nucleotide sequence described in 148 , 16289, 16318, 20915, 21001, 22799, 22800, 23002, 25842, 29440, 31331, 31347, 31845, 31973, 33925, 37187, 38753, 40474 No., 40493, 44461, 45840,
  • any polymorphic site means at least one polymorphic site. That is, in the test method or test reagent of the present invention, all of the above polymorphic sites in the target gene may be targeted, or may be targeted.
  • nucleotide sequence of any of the regions (1) to (8), (28), (29), (36), (37), and (38) of a healthy person is represented by SEQ ID NO: : Enter the odd number in 1-28.
  • examples of the base sequence of a region having a polymorphism showing susceptibility are described in even numbers in SEQ ID NOs: 1 to 28, respectively.
  • nucleotide sequence of any one of the regions (9) to (27), (30) to (35), (39) to (50), and (51) is represented by SEQ ID NO: 115, respectively.
  • SEQ ID NO: 115 SEQ ID NO: 115
  • detection of a polymorphism can be performed by a method well known to those skilled in the art. For example, it can be carried out by determining the type of base at the polymorphic site, but is not limited to this method.
  • determining the type of base at the polymorphic site but is not limited to this method.
  • preferred embodiments of the inspection method of the present invention will be described, but the method of the present invention is not limited to those methods.
  • a DNA sample is prepared from a subject.
  • the prepared DNA sample is cut with a restriction enzyme.
  • the DNA fragments are separated according to their size.
  • the size of the detected DNA fragment is then compared to a control.
  • a DNA sample is prepared from a subject.
  • DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • the amplified DNA is cut with a restriction enzyme.
  • the DNA fragments are separated according to their size.
  • the size of the detected DNA fragment is compared with a control.
  • Such methods include, for example, restriction fragment length polymorphism (Restriction
  • Fragment Length Polymorphism / RFLP Fragment Length Polymorphism / RFLP
  • the size of the fragment generated after the restriction enzyme treatment is different from that of the control. It changes in comparison.
  • these mutations can be detected as a difference in the mobility of the band after electrophoresis.
  • the presence or absence of a mutation can be detected by treating chromosomal DNA with these restriction enzymes, electrophoresing, and performing Southern plotting using the probe DNA of the present invention.
  • the restriction enzyme to be used can be appropriately selected according to each mutation.
  • this method in addition to genomic DMA, it is also possible to convert RNA prepared from a subject into cDNA with reverse transcriptase, cut it directly with a restriction enzyme, and then perform Southern blotting. Also, using this cDNA as type III, amplify the DNA containing the polymorphic site in any of the above (1) to (52) by PCR, cut it with restriction enzymes, and examine the difference in mobility. Is also possible.
  • a DNA sample is first prepared from a subject. Then Amplify DNA containing a polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52). In addition, the amplified DNA is dissociated into single-stranded DNA. Next, the dissociated single-stranded DNA is separated on a non-invariant gel. Compare the mobility of the separated single-stranded DNA on the gel with the control.
  • Examples of the moth method include _ ⁇ PCR-SSCP single-strand conformation polymorphism ⁇ -chain r3 ⁇ 4 next-order g polymorphism) (Cloning and polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism analysis of anonymous Alu repeats on chromosome 11.Genomics. 1992 Jan 1; 12 (1): 139—146., Detection of p53 gene
  • the single-stranded DNAs with the same complementary length move to different positions according to the difference in their higher-order structures. Move.
  • the substitution of a single base also changes the higher-order structure of this single-stranded DM, indicating different mobilities in polyacrylamide gel electrophoresis. Therefore, by detecting this change in mobility, the presence of a mutation in the DNA fragment due to point mutation, deletion, insertion, or the like can be detected.
  • a DNA containing a polymorphic site in any one of the above (1) to (52) is amplified by a PCR method or the like.
  • the amplification range is usually preferably about 200 to 400 bp.
  • PCR can be performed by those skilled in the art by appropriately selecting reaction conditions and the like.
  • a primer labeled with an isotope such as 32 P, a fluorescent dye, or biotin during PCR, the amplified DM product can be labeled. Wear.
  • the amplified DNA product can be labeled by performing PCR by adding a substrate base labeled with an isotope such as 32 P, a fluorescent dye, or biotin to the PCR reaction solution.
  • labeling can also be performed by adding a substrate base labeled with an isotope such as 32 P, a fluorescent dye, biotin, or the like to the amplified DNA fragment using a Taronow enzyme after the PCR reaction.
  • the labeled DNA fragment thus obtained is denatured by applying heat or the like, and electrophoresis is carried out on a polyacrylamide gel containing no denaturant such as urea.
  • an appropriate amount (about 5 to 10%) of glycerol to the polyacrylamide gel, the conditions for separating DNA fragments can be improved.
  • electrophoresis conditions vary depending on the properties of each DNA fragment, but usually, the reaction should be performed at room temperature (20 to 25 ° C), and if the desired separation cannot be obtained, the optimal temperature should be 4 to 30 ° C.
  • the temperature that gives mobility After the electric swim, the mobility of the DNA fragments is detected and analyzed by autoradiography using an X-ray film or a scanner that detects fluorescence. If a band with a difference in mobility is detected, this band can be excised directly from the gel, re-amplified by PCR, and sequenced directly to confirm the presence of the mutation. Even when labeled DNA is not used, the band can be detected by staining the gel after electrophoresis with ethidium bromide-silver staining.
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • a DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • the amplified DNA is separated on a gel with increasing concentrations of DNA denaturant. The mobility of the separated DNA on the gel is then compared to a control.
  • Examples of such a method include a denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE method) and the like.
  • the DGGE method is a method in which a mixture of DNA fragments is electrophoresed in a polyacrylamide gel having a concentration gradient of a denaturing agent, and the DNA fragments are separated based on differences in their instabilities. Mismatched When an unstable DNA fragment moves to a certain concentration of denaturant in the gel, the DNA sequence around the mismatch is partially dissociated into single strands due to the instability. The mobility of this partially dissociated DNA fragment becomes very slow, and the mobility of the completely dissociated double-stranded DNA without dissociated part is different from that of the partially dissociated DNA, so that the two can be separated.
  • DNA containing a polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified by a PCR method using the primers of the present invention or the like, and this is amplified by a denaturant such as urea.
  • a denaturant such as urea.
  • the DNA fragment becomes single-stranded at a lower concentration of the denaturing agent and the movement speed becomes extremely slow.Therefore, the presence or absence of the mutation is detected by detecting the difference in the mobility. be able to.
  • the polymorphism can also be detected by determining the base species at the polymorphic site.
  • a DNA sample is prepared from a subject.
  • the DNA sample can be prepared, for example, based on chromosomal DNA or RNA extracted from a subject's blood, skin, saliva, oral mucosa, hair, tissue or cells collected or excised by surgery or examination, for example.
  • a DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is isolated.
  • the DNA can be isolated by, for example, PCR using chromosomal DNA or RNA as a ⁇ type using a primer that hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in each gene region.
  • the base sequence of the isolated DNA is determined.
  • the nucleotide sequence of the isolated DNA can be determined by a method known to those skilled in the art.
  • the determined DNA base sequence is then compared with a control.
  • the control refers to a DNA comprising the nucleotide sequence of any one of SEQ ID NOs: 1 to 28 and SEQ ID NOs: 85 to 154.
  • the test method of the present invention can be performed by various methods capable of detecting a polymorphism, in addition to the method of directly determining the base sequence of DNA derived from a subject as described above.
  • a DNA containing a polymorphic site in any one of the above-mentioned regions (1) to (52), prepared from a subject, and a solid phase on which nucleotide probes are immobilized are provided. I do.
  • solid phase means a plate-like material to which a nucleotide probe can be immobilized.
  • nucleotides include oligonucleotides and polynucleotides.
  • the solid phase of the present invention is not particularly limited as long as the nucleotide probe can be immobilized, but a solid phase generally used in DM array technology can be suitably used.
  • DNA arrays are composed of thousands of nucleotides printed on a solid phase at high density. Usually these DNAs are printed on the surface of a non-porous solid phase.
  • the surface of the solid phase is generally glass, but a permeable membrane, such as a nitrocellulose membrane, can be used.
  • an array based on oligonucleotides developed by Affymetrix can be exemplified as a method for immobilizing (array) nucleotides.
  • oligonucleotides are usually synthesized at /? P'tro.
  • methods for synthesizing oligonucleotides using photolithographic technology (Affymetrix) and ink jet (Rosetta Inpharmatics) technology for immobilizing lignological substances are already known. It can be used to fabricate substrates.
  • the nucleotide probe immobilized on the solid phase is not particularly limited as long as it can detect a polymorphism in any of the above-mentioned regions (1) to (52). That is, the probe is, for example, a probe that hybridizes to DNA containing a polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52). As long as specific hybridization is possible, the nucleotide probe does not need to be completely complementary to DM containing the polymorphic site in any of the above-mentioned (1) to (52).
  • the length of the nucleotide probe to be bound to the solid phase is usually 10 when the oligonucleotide is immobilized.
  • mismatched probes can be used to avoid errors due to cross-hybridization (non-specific hybridization).
  • the mismatch probe forms a pair with an oligonucleotide having a nucleotide sequence completely complementary to the target nucleotide sequence.
  • Oligonucleotides consisting of a base sequence that is completely complementary to the mismatch probe are called “perfect match” (PM) probes, and cross-hybridize by eliminating the signals observed with the mismatch probe during the data analysis process. The effect of the dimensionalization can be reduced.
  • the DNA is then brought into contact with the solid phase.
  • DNA is hybridized to the nucleotide probe.
  • the reaction solution and reaction conditions for the hybridization can vary depending on various factors such as the length of the nucleotide probe immobilized on the solid phase, but can be generally performed by a method well known to those skilled in the art.
  • the intensity of hybridization between the DM and the nucleotide probe immobilized on the solid phase is detected.
  • This detection can be performed, for example, by reading the fluorescent signal with a scanner or the like.
  • DNA arrays DNA fixed on a slide glass is generally called a probe, while labeled DNA in a solution is called a target. Therefore, the above nucleotide immobilized on a solid phase is referred to herein as a nucleotide probe.
  • the detected hybridization intensity is further compared with a control.
  • Examples of such methods include the DNA array method (Cell Engineering Separate Volume “DNA Microarrays and the Latest PCR Method”, Shujunsha, published April 20, 2000, p97-103, “SNP analysis using Oligo DNA chip. ”And Shinichi Kajie).
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • a primer having a sequence complementary to the base sequence on the side is prepared.
  • the DNA is converted into type III, and a primer extension reaction is performed using the primer.
  • the primer extension reaction product is applied to a mass spectrometer to perform mass measurement.
  • the genotype is determined from the results of the mass measurement. The determined genotype is then compared to a control.
  • Examples of such a method include the MALDI-TOF / MS method (SNP gene polymorphism strategy, Kenichi Matsubara and Yoshiyuki Sakaki, Nakayama Shoten, pl06-117, Trends Biotechnol (2000): 18: 77-84) and the like. Is mentioned. Specifically, first, a DNA sample is prepared from a subject. At this time, it is preferable to prepare by amplifying the DM containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) using PCR or the like.
  • a dienotyping primer (complementary to the base sequence from 1 base 3 ′ to 3 ′ of the base at the polymorphic site in any of the above (1) to (52)) DdNTP primer extension reaction).
  • the PCR product used in this reaction is preferably purified to remove the PCR primers.
  • Dienotypic primers usually have a length of 15 bp or more.
  • a dienotyping primer in excess of 10-fold relative to the PCR product is added, but this is not a limitation.
  • the conditions of the thermal cycle can be appropriately selected, but preferably conditions under which about 30 to 60% of the dienotyping primer is extended.
  • an appropriate elongation efficiency can be obtained by performing about 25 times between two temperatures of 94 ° C and 37 ° C.
  • the primer extension reaction product is spotted on the MALDI plate, and then the mass is measured (create a mass spectrogram).
  • the genotype is then determined from mass spectrogram analysis and compared to controls.
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • a nucleotide probe labeled with reporter fluorescence and quencher fluorescence which hybridizes to DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is prepared.
  • the DNA is hybridized with the nucleotide probe.
  • DM containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • the emission of reporter fluorescence is detected. The emission of the detected reporter fluorescence is then compared to a control.
  • Examples of the method include the TaqMan PCR method (SNP polymorphism strategy, Kenichi Matsubara and Yoshiyuki Sakaki, Nakayama Shoten, p94-105, Genet Anal. (1999) 14: 143-149) and the like.
  • a reporter fluorescence is labeled at the 5 ′ end of the nucleotide probe that hybridizes to the DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (A) to (N).
  • examples of the reporter fluorescence include, but are not limited to, FAM and VIC.
  • the probe is labeled with quencher monofluorescence at the 3 ′ end.
  • the quencher fluorescence is not particularly limited as long as it is a substance capable of quenching reporter fluorescence.
  • a nucleotide probe labeled with the reporter fluorescence is hybridized to DNA prepared from the subject.
  • DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified using a DNA polymerase having 5 'nuclease activity.
  • the reporter fluorescence labeled portion of the nucleotide probe labeled with the reporter fluorescence and quencher fluorescence is cleaved, and the reporter fluorescence is released.
  • a preferable example of the DNA polymerase having 5 'nuclease activity is Taq DNA polymerase, but is not limited thereto.
  • the released reporter fluorescence is then detected, and the emission of the reporter fluorescence is compared with a control.
  • two types of nucleotides labeled with different reporter fluorescences when the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is normal or mutant are used. By using a probe, tying can be performed in a single reaction.
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • a sequence complementary to the base sequence 5 'to the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52), and a base 3' to the base 3 'to the base 1 to the base Prepare a nucleotide probe having a sequence (flap) that does not hybridize to the base sequence.
  • the base (arbitrary base) corresponding to the base at the polymorphic site in any of the regions (1) to (52) is at the 3 'end, and the base at the 1' base and the 3 'side of the base at the polymorphic site
  • the prepared DNA is hybridized with the above two types of nucleotide probes.
  • the hybridized DNA is cleaved with a single-stranded DNA cleaving enzyme to release the flap.
  • the single-stranded DNA cleavage enzyme is not particularly limited, and examples thereof include the following cleavase.
  • a nucleotide probe having a sequence complementary to the flap, which is labeled with a reporter fluorescence or a fluorescence is then hybridized to the flap.
  • the intensity of the generated fluorescence is measured. The measured fluorescence intensity is then compared to a control.
  • Examples of the above method include the Invader method (SNP genetic polymorphism strategy, Kenichi Matsubara and Yoshiyuki Sakaki, Nakayama Shoten, p94-105, Genome Research (2000) 10: 330-343). Specifically, first, a sequence complementary to the base sequence at the 5 ′ side from the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52), ie, one base 3 ′ of the base Nucleotide probe having a sequence (flap) that does not hybridize with the base sequence 3 'from the base
  • a probe is synthesized. Also, a base (arbitrary base) corresponding to the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is the 3 ′ end, and the base at the polymorphic site is A nucleotide probe (probe B) having a sequence complementary to the base sequence on the 3 ′ side is synthesized from the base on the 3 ′ side from the base 1 from the base 3. Then, these probes are hybridized to the prepared type I DNA. The base (arbitrary base) of probe B corresponding to the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) invades between the type I DNA and probe A.
  • cleavase endonuclease
  • a nucleotide Dopuropu having a sequence complementary to the flaps, quinuclidine repo Ichita one fluorescence and Kuenchiya one fluorescence labeled Hybridize the reotide probe (probe for detection).
  • the detection probe is generally called a fluorescence resonance energy transfer (FRET) probe.
  • FRET fluorescence resonance energy transfer
  • a reporter fluorescence is labeled on the 5' end, and quencher fluorescence is labeled on the 3 'side of the 5' end.
  • the base at the 3 'end of the released flap hybridizes to the FRET probe.
  • the reporter fluorescence of the probe penetrates the labeled complementary binding site, thereby generating a structure recognized by cleavase.
  • the reporter fluorescence released by cleavage of the reporter fluorescent label by cleavase is detected, and the measured fluorescence intensity is compared with a control.
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • the amplified DNA is dissociated into single strands.
  • only one strand of the dissociated single-stranded DNA is separated.
  • an extension reaction is performed one base at a time from the vicinity of the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52), and pyrophosphoric acid generated at that time is enzymatically luminescent, and Measure strength.
  • the measured fluorescence intensity is then compared with a control. Examples of such a method include the Pyrosequencing method (Anal. Biochem. (2000) 10: 103-110).
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • a primer having a sequence complementary to the base sequence at one base 3 ′ to the base 3 ′ of the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is prepared.
  • the amplified DNA is converted into type III, and a single-base extension reaction is performed using the prepared primers.
  • the degree of polarization of the fluorescence is measured. The measured degree of fluorescence polarization is then compared to a control.
  • Such methods include, for example,
  • a DNA sample is first prepared from a subject.
  • DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is amplified.
  • a primer having a sequence complementary to the base sequence from the base 3 'to the base 3' of the base at the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) is prepared.
  • the amplified DNA is converted into type II, and a single-base extension reaction is performed using the prepared primers.
  • the type of base used in the single base extension reaction is determined.
  • the determined base species is compared with a control. Examples of such a method include the SNuPE method (Rapid Vommun Mass Spectrom. (2000) 14: 950-959).
  • the base type of a polymorphic site is determined using a lis type restriction enzyme.
  • a primer having a recognition sequence for a lis type restriction enzyme is used for PCR.
  • General restriction enzymes (type II) used for genetic recombination recognize specific nucleotide sequences and cleave specific sites in the nucleotide sequences.
  • lis-type restriction enzymes recognize specific nucleotide sequences and cut sites away from the recognized nucleotide sequence. The number of bases between the recognition sequence and the cleavage site is determined by the enzyme.
  • the primer containing the recognition sequence of the lis-type restriction enzyme is annealed at a position separated by this number of bases, the amplification product can be cleaved at the polymorphic site by the lis-type restriction enzyme. Can be.
  • a cohesive end containing the bases of SNPs is formed at the end of the amplification product cleaved with the lis type restriction enzyme.
  • an adapter consisting of a base sequence corresponding to the cohesive end of the amplification product is ligated.
  • the adapter consists of different base sequences including bases corresponding to the polymorphic mutation, and can be labeled with different fluorescent dyes.
  • the amplification product is labeled with a fluorescent dye corresponding to the base at the polymorphic site.
  • the primer containing the lis-type restriction enzyme recognition sequence is added to a capture primer (capture
  • the amplification products are fluorescently labeled and can be immobilized using a capture primer.
  • a biotin-labeled primer is used as a capture primer
  • the amplification product can be captured on avidin-conjugated beads. By tracking the fluorescent dye of the amplification product thus captured, the base species can be determined.
  • a probe having a base complementary to the polymorphic site of each allele at the end is immobilized on the magnetic fluorescent beads. Both are combined so that each allele corresponds to a magnetic fluorescent bead having a unique fluorescent signal.
  • the probe immobilized on the magnetic fluorescent beads hybridizes to the complementary sequence, a fluorescently labeled oligo DNA having a complementary base sequence in an adjacent region on the allele is prepared.
  • the region containing the allele is amplified by asymmetric PCR, the above-described magnetic fluorescent bead-immobilized probe is hybridized with the fluorescence-labeled oligo DNA, and both are ligated.
  • the probe is efficiently ligated.
  • the terminal bases are different due to polymorphism, the ligation efficiency of both will decrease.
  • each Fluorescently labeled oligo DNA binds to the magnetic fluorescent beads only when the sample is a base species complementary to the magnetic fluorescent beads.
  • the base species is determined by collecting the magnetic fluorescent beads by magnetism and detecting the presence of fluorescently labeled oligo-DNA on each magnetic fluorescent bead.
  • Magnetic fluorescent beads can be used to analyze the fluorescent signal of each bead using a flow cytometer, so signals can be easily separated even when various types of magnetic fluorescent beads are mixed. In other words, “multiplexing” is achieved, in which multiple types of polymorphic sites are analyzed in parallel in a single reaction vessel.
  • the RCA method can be used.
  • a method for amplifying DNA based on a reaction in which a DNA polymerase having a strand displacement action synthesizes a long complementary strand using a circular single-stranded DNA as a ⁇ -type is determined by the Rolling Circle Amplification (RCA) method (Lizardri PM et al. , Nature
  • an amplification reaction is constructed using a primer that anneals to circular DNA to initiate complementary strand synthesis and a second primer that anneals to the long complementary strand generated by this primer. I have.
  • the RCA method utilizes a DNA polymerase having a strand displacement action. Therefore, the portion that has become double-stranded by complementary strand synthesis is replaced by a complementary strand synthesis reaction initiated from another primer that has been annealed to the 5 ′ side.
  • a complementary strand synthesis reaction in which a circular DNA is a type II does not end in one round. Synthesis of the complementary strand continues while replacing the previously synthesized complementary strand, producing a long single-stranded DNA.
  • the second primer anneals to the long single-stranded DNA generated as a circular DNA as a type II, and the complementary strand synthesis starts.
  • the base sequence is a repetition of the same base sequence.
  • continuous production of a long single strand results in continuous annealing of the second primer.
  • a single-stranded portion where the primer can be annealed is continuously produced without a denaturation step.
  • DNA amplification is achieved.
  • RCA The base type can be determined using the method.
  • a linear, single-stranded padlock probe is used.
  • the padlock probe has complementary nucleotide sequences on both sides of the polymorphic site to be detected at the 5 and 3 ends. These base sequences are linked by a part consisting of a special base sequence called a backbone. If the polymorphic site is a nucleotide sequence complementary to the terminal of the padlock probe, the terminal of the padlock probe hybridized to the allele can be ligated by DNA ligase. As a result, the linear padlock probe is circularized, triggering the RCA reaction.
  • the reaction of DNA ligase significantly reduces the efficiency of the reaction if the ends to be ligated are not completely complementary. Therefore, by confirming the presence or absence of ligation by the RCA method, it is possible to determine the nucleotide type at the polymorphic site.
  • the RCA method can amplify DNA, but does not generate a signal as it is. In addition, if only the presence or absence of amplification is used as an index, it is usually impossible to determine the base type unless a reaction is performed for each allele. Methods that improve these points for the determination of base species are known.
  • a molecular beacon can be used to determine the deferred species in one tube based on the RCA method.
  • the molecular beacon is a signal generation probe using a fluorescent dye and quencher as in the TaqMan method.
  • the molecular beacon is composed of complementary base sequences at the 5 'and 3' ends and forms a hairpin structure by itself.
  • both ends are labeled with a fluorescent dye and quencher, no fluorescent signal can be detected when the hairpin structure is formed. If a part of the molecular beacon is used as a base sequence similar to the RCA amplification product, the molecular beacon will hybridize to the RCA amplification product. The hairpin structure is eliminated by hybridization, and a fluorescent signal is generated.
  • the advantage of the molecular beacon is that by utilizing the base sequence of the backbone of the padlock probe, the molecular beacon can be used regardless of the detection target. This is a common base sequence. By changing the base sequence of the backbone for each area and combining two types of molecular beacons with different fluorescence wavelengths, the base type can be determined in one tube. Since the cost of synthesizing fluorescently labeled probes is high, it is an economic advantage to be able to use a common probe regardless of the measurement target. In addition, a single molecule fluorescence spectroscopy (Siam) system, which enables fluorescence analysis of a minute region called lfUfemtoliter, is available.
  • Siam single molecule fluorescence spectroscopy
  • the extension of the fluorescently labeled primer can be detected as an increase in translational diffusion time.
  • Each primer is bound to a distinguishable fluorescent label.
  • PCR is performed using these primers, and the amplified product is measured for fluorescence by Fluorescence Correlation Spectroscopy. If the sample has a nucleotide sequence complementary to the primer, the primer is extended by PCR. Extended primers cause fluorescence fluctuations due to the larger molecules. This fluctuation in fluorescence is detected as an increase in translational diffusion time. If the base sequence complementary to the primer is not contained in the sample, no PCR amplification product will be generated and no fluorescence change will occur.
  • the allele-specific oligonucleotide (AS0) hybridization method can be used for the purpose of detecting only a mutation at a specific position. Oligonucleotides containing nucleotide sequences that are considered to have mutations Producing leotide and hybridizing it with DNA reduces the efficiency of hybridization if the mutation is present. It can be detected by the Southern plot method or a method utilizing the property of quenching by intercalating a special fluorescent reagent into the gap of the hybrid.
  • chromosomes exist in pairs and are derived from the father and mother, respectively.
  • a haplotype refers to a combination of the genotypes of individuals with respect to one of them, and each shows how the loci are arranged on one parental chromosome. Since chromosomes are inherited one by one from parents, if recombination does not occur during gametogenesis, genes on one chromosome are always transmitted to the child together, that is, linked. . However, recombination actually occurs during meiosis, so even genes on a single chromosome are not necessarily linked. However, conversely, even when genetic recombination occurs, loci at close distances on the same chromosome are strongly linked.
  • linkage disequilibrium Observing such phenomena in a group and finding the independence of Aryl is called linkage disequilibrium. For example, when observing a three loci, when there is no linkage complaints ⁇ between them, haplotypes present are expected are two 3, each frequency is a value predicted from the frequency of each locus but absent 2 triplicate Riyori less haplotype and force when there is linkage disequilibrium, the frequency also results showing the predicted value different.
  • haplotypes have been shown to be useful for linkage disequilibrium analysis (Genetic Epidemiology 23: 221-233), and studies have been conducted. It has been clarified that a region transmitted from ancestors to offspring as one region (a region identified by haplotype) has a commonality across races (Science 226, 5576: 2225-2229). ).
  • a periodontal disease test can be performed by detecting the haplotype.
  • the present inventors have been working diligently As a result, we succeeded in finding a haplotype associated with periodontal disease.
  • a periodontal disease comprising a step of detecting a haplotype in the ADCY9 gene region, the CALCR gene region, the LAMC2 gene region or the IL4 gene region, or a region in a complementary strand forming a base pair with those regions. Inspection method is provided. Further, a reagent usable in the method is provided.
  • the reagent at least a DNA that hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in an ADCY9 gene region, a CALCR gene region, a LAMC2 gene region, an IL4 gene region, or a region in a complementary strand forming a base pair with those regions.
  • An example is an oligonucleotide having a chain length of 15 nucleotides.
  • a kit containing at least two or more such oligonucleotides can also be provided.
  • the haplotype can be determined by a person skilled in the art analyzing a polymorphism detected by the above-described polymorphism detection method by a known method, for example, a method described in Examples.
  • a polymorphic site in an approximately 287 kb region extending from position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 85 to position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 97 is a combination of at least two or more polymorphic sites among sites in a complementary chain that forms a base pair with a base in the site, and more preferably SEQ ID NO: 85, 87, 89, 91, 9
  • CTAGACC As the combination of each base type at position 151 in the base sequence, CTAGACC, TAATACC, TATGACA, or TATTGCC It is preferable that In such a combination, it is determined that CTAGACC and TMTACC are susceptible to periodontal disease, and TATGACA and TATTGCC are determined to be less susceptible to periodontal disease.
  • the haplotype in the CALCR region preferably ranges from position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 99 to position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 113.
  • a region of about 287 kb extending from position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 85 to position 151 of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 97, and SEQ ID NO: 99 in the CALCR region A polymorphic site in a region of about 50 kb extending from position 151 of the described nucleotide sequence to position 151 of the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 113 is generally known by those skilled in the art to Table 8 in Example 2.
  • a polymorphic site in a region of about 27 kb extending from position 3105 to position 30311 of the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 153, or a complementary strand forming a base pair with a base in the site preferably, A combination of at least two or more polymorphic sites, more preferably a polymorphic site in a region of about llkb extending from positions 10001 to 20647 of the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 153. Or a combination of at least two or more polymorphic sites in a complementary strand that forms a base pair with a base in the site.
  • the combination of the nucleotides at positions 10001, 13296, and 20647 in the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 153 is preferably CGG. In the case of such a combination, it is determined that it is hard to suffer from invasive periodontal disease and chronic periodontal disease.
  • a polymorphic site in a region of about 21 kb extending from position 4276 to position 25173 of the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 154, or a base and a base pair in the site It is a combination of at least two or more polymorphic sites among the sites in the complementary strand, and more preferably a combination of about 5.4 kb of the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 154, which extends from positions 10001 to 15382.
  • the combination of the nucleotides at positions 10001, 12477, or 15382 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 154 is preferably CAT. In the case of such a combination, it is determined that the subject is susceptible to chronic periodontal disease.
  • a preferred embodiment of the method for detecting a periodontal disease comprising the step of detecting a haplotype in the ADCY9 region or a region in a complementary strand forming a base pair with the ADCY9 region, comprises the following steps (a) and (b): .
  • step (b) the base species determined in step (a) is represented by SEQ ID NO: 85, 87, 89, Each of the nucleotides at position 151 in the nucleotide sequences described in 91, 93, 95, and 97 has a haplotype described in any of the following (i) to (iV) or a gene in the gene region: The step of comparing with the base type at the type site
  • the polymorphic site in the above step (a) is preferably a polymorphic site in the ADCY9 region, and more preferably a base sequence from position 151 to position 97 in the base sequence of SEQ ID NO: 85.
  • a preferred embodiment of the method for detecting periodontal disease which comprises the step of detecting a haplotype in the CALCR region or a region in a complementary strand forming a base pair with the CALCR region, comprises the following steps (a) and (b): Including.
  • step (b) replacing the base species determined in step (a) with the base sequences of SEQ ID NOs: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111 and 113;
  • the polymorphic site in the above-mentioned step (a) is preferably a polymorphic site in the CALCR region, and more preferably a position of position 151 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 99.
  • the polymorphic site at position 151 in the nucleotide sequence described in 111 or 113 can be shown.
  • a preferred embodiment of the method for detecting a periodontal disease comprising the step of detecting the haplotype in the LAMC2 region or a region in a complementary strand forming a base pair with the region, comprises the following steps (a) and (b): .
  • the base species determined in the step (a) is replaced by a haplotype in which the base species at positions 10001, 13296, and 20647 in the base sequence of SEQ ID NO: 153 are (:, G and G, respectively.
  • a haplotype in which the base species at positions 10001, 13296, and 20647 in the base sequence of SEQ ID NO: 153 are (:, G and G, respectively.
  • the polymorphic site in the above step (a) is preferably a polymorphic site in the LAMC2 region, and more preferably a 3105-position, a 3201-position, a 3293-position, a 3525-position in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 153, 3637, 3797, 4083, 4122, 4304, 4461, 8946, 9580, 9821, 10001, 10044, 10981, 11605, 11700, 12261, 12519, 13296 , 20416, 20647, 21607, 21628, 23154, 25250, 26280, 27519, 27522, 27756, 27763, 28310, 29245, 29896, 29303, or 30311 And more preferably, 10001 position, 10044 position, 10981 position, 11605 position, 11700 position, 12261 position, 12519 position, 13519 position, 13296 position, 20416 position, or 20647 position in the base sequence of SEQ ID
  • Haploproteins in the IL4 region or in the region of the complementary strand that base pairs with the region Preferred embodiments of the method for detecting periodontal disease, including the step of detecting the type, include the following steps (a) and (b).
  • step (b) the base species determined in step (a) is G, A, and T, respectively, at positions 10001, 12477, and 15382 in the base sequence of SEQ ID NO: 154; A step of comparing the gene with a haplotype or a base type at a polymorphic site in the gene region
  • the polymorphic site in the above step (a) is preferably a polymorphic site in the IL4 region, more preferably a position 4276, 4617, 4882, or 4927 in the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 154. No., 5491, 5633, 5710, 6302, 6408, 6475, 6524, 6527, 6554, 6777, 6819, 6857, 6946, 7374, 7950, 8120, 8428, 8536, 8874, 8938, 8951, 9019, 9948, 9987, 10001, 10196, 10256, 10269, 10278, 10330, 10481, 10602, 10653 , 10697, 10868, 11120, 11373, 11516, 11629, 11647, 11687, 11719, 11721, 11779, 11792, 11940, 12233, 12327, 12448, 12477 No., 12537, 12610, 12
  • the present invention provides a reagent for use in the test method of the present invention.
  • a test reagent which hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) and contains an oligonucleotide having a chain length of at least 15 nucleotides. .
  • the oligonucleotide specifically hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in any one of the above-mentioned regions (1) to (52).
  • “specifically hybridizes” means under ordinary hybridization conditions, preferably under stringent hybridization conditions (for example, Sambrook et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, NY). USA, 2nd edition 1989), does not significantly cause cross-hybridization with other DNA.
  • the oligonucleotide can completely bind to the DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52). Need not be complementary to
  • Oligonucleotides that hybridize to the DNA containing the polymorphic site in any of the above-mentioned regions (1) to (52) and have a chain length of at least 15 nucleotides are used as the probe (the probe is immobilized) in the above-described test method of the present invention.
  • Solid phase) and primers are used.
  • the oligonucleotide is used as a primer, its length is usually 15 bp to 100 bp, preferably 17 bp to 30 bp.
  • the primer is not particularly limited as long as it can amplify at least a part of any of the regions (1) to (52) including the polymorphic portion.
  • the primer for amplifying a region containing a polymorphic site also includes a primer capable of initiating complementary strand synthesis toward a polymorphic site by using a DNA containing the polymorphic site as ⁇ .
  • the primer can also be expressed as a primer for providing a replication origin on the 3 ′ side of the polymorphic site in DNA containing the polymorphic site.
  • the distance between the region to which the primer hybridizes and the polymorphic site is arbitrary.
  • a suitable number of bases can be selected for the interval between the two according to the method of analyzing the bases at the polymorphic site.
  • an amplification product having a length of 20 to 500, usually 50 to 200 bases can be obtained as a region containing a polymorphic site.
  • Primers can be designed. Those skilled in the art can design a primer according to the analysis method based on the nucleotide sequence information of the peripheral DNA region including the polymorphic site.
  • the nucleotide sequence constituting the primer of the present invention can be appropriately modified as well as the nucleotide sequence completely complementary to the nucleotide sequence of the genome.
  • An arbitrary base sequence can be added to the primer of the present invention in addition to a base sequence complementary to the base sequence of the genome.
  • a primer for a polymorphism analysis method using a lis type restriction enzyme a primer to which a recognition sequence of a lis type restriction enzyme is added is used.
  • Such a primer whose base sequence has been modified is included in the primer of the present invention.
  • the primer of the present invention can be modified. Wear.
  • a primer labeled with a fluorescent substance or a binding affinity substance such as biotin or digoxin is used in various dienotyping methods. Primers having these modifications are also included in the present invention.
  • the probe may be any one as long as it specifically hybridizes to a DNA containing a polymorphic site in any one of the above-mentioned (1) to (52). Not restricted.
  • the probe may be a synthetic oligonucleotide, usually having a chain length of at least 15 bp or more.
  • Such probes include, but are not limited to, SEQ ID NOs: 29-56.
  • a probe containing a polymorphic site in the probe base sequence is preferable as the probe of the present invention.
  • the probe may be designed so that the end of the probe corresponds to a base adjacent to the polymorphic site.
  • a probe that does not contain a polymorphic site in the nucleotide sequence of the probe itself but contains a nucleotide sequence complementary to a region adjacent to the polymorphic site can also be shown as a desirable probe in the present invention.
  • a probe capable of hybridizing to the polymorphic site of the present invention or a site adjacent to the polymorphic site on the genomic DM is preferable as the probe of the present invention.
  • the probe of the present invention can be modified in the base sequence, added to the base sequence, or modified.
  • a probe used in the Invader method has a nucleotide sequence that is unrelated to the genome constituting the flap. Such a probe is also included in the probe of the present invention as long as it hybridizes to a region containing a polymorphic site.
  • the nucleotide sequence constituting the probe of the present invention can be designed according to the analysis method based on the nucleotide sequence of the DNA region around the polymorphic site of the present invention in the genome.
  • the oligonucleotide of the present invention can be produced, for example, by a commercially available oligonucleotide synthesizer.
  • the probe can also be prepared as a double-stranded DNA fragment obtained by treatment with a restriction enzyme or the like.
  • Any modification can also be introduced into an oligonucleotide using a nucleotide derivative modified with a fluorescent dye biotin or the like.
  • a method of binding a fluorescent dye or the like to the synthesized oligonucleotide is also known.
  • the oligonucleotide of the present invention is used as a probe, it is preferable to appropriately label it. Labeling can be performed by using T4 polynucleotide kinase to label the 5 'end of the oligonucleotide with phosphoric acid with 32 P, or by using a random polymerase oligonucleotide using a DNA polymerase such as Klenow enzyme.
  • a method of incorporating a base base labeled with an isotope such as 32 P, a fluorescent dye, or biotin using nucleotide or the like as a primer can be exemplified.
  • test reagent of the present invention includes a first primer and a second primer designed to amplify a DNA containing a polymorphic site in any one of the above-mentioned (1) to (52).
  • the test reagent contains: Primer length is usually 15 bp
  • the primer is not particularly limited as long as it can amplify at least a part of any of the above regions (1) to (52) including the polymorphic portion.
  • Such primers include, but are not limited to, SEQ ID NOs: 57-84.
  • test agent of the present invention is a tooth comprising a solid phase to which a nucleotide probe that hybridizes with DNA containing a polymorphic site in any one of the above-mentioned regions (1) to (52) is immobilized. It is a test reagent for periodontal disease.
  • oligonucleotide in addition to the oligonucleotide as an active ingredient, for example, sterile water, physiological saline, vegetable oil, surfactant, lipid, solubilizer, buffer, preservative, various enzymes, enzyme substrates, etc. May be mixed as necessary.
  • the enzyme include enzymes required for various analysis methods exemplified as the above-described base type determination method, such as DNA polymerase, DNA ligase, and lis restriction enzyme. Mild solution In the analysis, a buffer suitable for maintaining the activity of the enzyme used in these analyzes is appropriately selected.
  • the enzyme substrate for example, a substrate for complementary strand synthesis or the like is used.
  • a control in which the base at the polymorphic site is apparent can be attached to the reagent of the present invention.
  • a genome or a fragment of the genome in which the nucleotide type of the polymorphic site is previously known can be used.
  • the genome may be extracted from a cell, or a cell or a fraction of a cell may be used.
  • the results of the control can prove that the genomic DNA extraction procedure was performed correctly.
  • DNA consisting of a nucleotide sequence containing a polymorphic site can be used as a control.
  • a YAC vector or a BAC vector containing a genomic-derived DNA of which the base type at the polymorphic site of the present invention has been identified is useful as a control.
  • a vector into which only several hundred bases corresponding to the polymorphic site have been cut out and inserted can be used as a control.
  • Subjects were selected based on the extent of periodontal tissue destruction by measuring the depth of the periodontal vocket at six locations for each tooth, evaluated from radiographs of the entire oral cavity. All subjects were non-smoking Japanese.
  • the criteria for invasive periodontitis were as follows. '. Onset before age 35 years old, 2 or more teeth with a depth of 5 or more periodontal pockets due to probe, typical on radiographs There is vertical bone resorption. Criteria for chronic periodontitis were as follows: onset after age 35, destruction of periodontal tissue, periodontal pocket depth of 3 or more teeth with probe, 3 or more teeth, There is typical full jaw vertical bone resorption on radiographs. Subjects within each periodontitis group had similar clinical findings. Healthy volunteers have no teeth with a probe with a periodontal pocket depth greater than ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ , and no bone resorption due to disease.
  • the principle of the TaqMan PCR method is that the 5 'end of an aryl-specific oligo (TaqMan probe) of about 20 bases in length is labeled with a fluorescent reporter dye of FAM and VIC, and the 3' end with a quencher (quencher). . At this time, the terminal is phosphorylated to prevent extension reaction from the TaqMan probe during the PCR reaction.
  • the fluorescent dye-binding portion is cleaved by the 5 'nuclease activity of Taq DNA polymerase, the fluorescent dye is released, The color is no longer affected by the color, and the color is detected. 5.0 ng of DNA was used per SNP.
  • the reaction composition was lOXTaqMan Probe kit 0.5 ⁇ ⁇ (Applied Biosystems, USA), 2X TaqMan Universal PCR Master Mix 2.ax 1 (Applied Biosystems, USA), Template Substitute 2 ⁇ 1 (2.5ng / z 1), total volume 5 1 GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems, USA) was used for amplification, and the PCR conditions were 50 ° C for 2 minutes, 95C for 10 minutes, 95 ° C for 15 seconds, 60 ° C for 60 seconds and 40 cycles.
  • ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System and Software version ABI PRISM RSDS2.0 were used as the analyzer, and the 5'-terminal FAM or VIC fluorescent reporter dye due to the nuclease activity of Taq DM polymerase was used. Color was detected, and an allyl search was performed.
  • Chromosome region 16ql3.3 16ql3.3 lq23) value p 0.0014 / ⁇ 0.0196 / ⁇ 0.0009
  • results of this example show that there is a significant difference in genotype frequencies of candidate and non-candidate genes for periodontitis between healthy volunteers and patients with periodontitis. This demonstrates the need to examine SNPs based on the entire genome.
  • SNP analysis may be useful to identify a number of genes associated with periodontitis as genomic markers (Taylor JG. Choi EH et al., TRENDS in Molecular Medicine 2001; 7: 507-512). By acting as genomic markers, SNPs can help identify risk factors for complex diseases.
  • the 287 kb region containing the SNP in the nucleotide sequence was found to be linked to periodontal disease, and SEQ ID NO: 99, 101 of the CALCR region. , 103, 105, 107, 109, 111 and 113, the combination of SNPs (this SNP exists in the range of 50 kb) is susceptible to periodontal disease in the case of TCTTTTTG, TCACGCGC At that time, it was found that it was difficult to concentrate on periodontal disease (Table 7).
  • the present inventors have found that the 50 kb region in which the SNP in the nucleotide sequence described in SEQ ID NO: 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111 It was found to be linked to periodontal disease.
  • Table 8 shows the sequence around the SNP site of the haplotype linked to periodontal disease.
  • the nucleotide sequences described in Table 8 correspond to the sequences of SEQ ID NO: 85 to SEQ ID NO: 114.
  • V9DWOVDDV00019WOOD1D090 V09W ⁇ ⁇ vmv. wvo ⁇ vo ⁇ ⁇ w ⁇
  • V3 091V99i) V99Vi) ⁇ 3VW ⁇ 9W ⁇ 001019W001VWW9V01100V1
  • VDV01W9V1V11V9110V1DV911 999W1091V0V11VV11V1000DV
  • 0100D1VD1V10DV10110110091 9V ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ V ⁇ V99 ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ ⁇ V ⁇ ⁇ ⁇ V
  • V9 ⁇ VO E ⁇ VW ⁇ ⁇ ;
  • Periodontitis patients Periodontitis patients Number of subjects 125 134 117
  • Alveolar bone resorption is 0.40 ⁇ 0.31 0.31 ⁇ 0.24 of root length
  • PD periodontal pocket
  • BOP bleeding during probing
  • Table 10 shows the accession numbers of GenBank of each gene. Information on the nucleotide sequences of these genes and the amino acid sequences of the proteins encoded by these genes can be easily obtained from GenBank accession numbers shown in Table 10.
  • those skilled in the art can use the gene notation (gene name) shown in Table 10 to determine the base sequence of a gene and the amino acid sequence of a protein encoded by the gene from public gene databases or literature databases. Related information can be easily obtained.
  • common periodontitis refers to a gene showing a significant difference in both “invasive periodontitis” and “chronic periodontitis”. Genes marked with * indicate genes with significant differences in haplotype analysis.
  • polymorphic sites present in any of the genes listed in Table 10 or in the DNA region near the gene are shown in Tables 11 to 50 below.
  • chr4 111236089 dbSNP rs rs2024114 A c 16837 + chr4 111236633 dbSNP rs rs2237044 CG 17381 + chr4 111239584 dbSNP rs rs2298980 AC 20332 + chr4 111239722 dbSNP rs rs2298981 AG 20470 + Kunikuni chr4 111240001 dbSNP rs rs2298982 AG 20749 + Compete chr4 111240994 dbSNP rs rs2282783 AT 21742 + ⁇ chr4 111244341 dbSNP rs rs882405 CT 25089-country

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Description

明細書 歯周疾患に関連する遺伝的多型 技術分野
本発明は、 歯周疾患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを指標とした歯 周疾患の検査方法に関する。 背景技術
歯周炎は、 II型糖尿病や高血圧症などと同様に生活習慣病の一つとされ、 平成 11年齒科疾患実態調査によると、 歯肉に齒周炎の所見のあるものは、 平均すると 国民の 72. 9%に達するという調査結果がある。 また、 歯周炎は、 糖尿病、 心内膜 炎、 動脈硬化の悪化、 肺炎およびリウマチ性関節炎など全身への影響が確認され、 高齢社会を迎え、 歯周炎の予防おょぴ適切な治療が QOL (Quality of Life) には 重要であるといえる。
歯周炎は、 炎症性の感染疾患であり、 デンタルプラークや咬合等の環境因子と 免疫応答を中心とした宿主因子との相互作用により、 発症および進行する。 この こと力ら、 歯周炎は、 口腔内環境因子の他に複数の遺伝子因子に起因する多因子 性疾患である。
近年、 ヒトゲノム解析の進歩に伴い （非特許文献 1、 2 ) 、 歯科においても歯 周炎に関連した遺伝子学的研究が注目されるようになってきた （非特許文献 3〜 1 7 ) 。 そして、 歯周炎のような多因子性疾患については、 単一の遺伝子そのも のが疾患発症および進行を決める決定因子は存在しないが、 疾患易罹患'性に関連 した複数の遺伝子が危険因子として関連していると考えられる。 これらのことか ら、 現在、 包括的に遺伝子全体を構造から検索することが可能になろうとしてい る一塩基多型 (Single Nucleotide Polymorphisms： SNPs) が注目されている。 SNPsはゲノム上に広く高密度に分布し、 人種 ·個人 ·疾患の有無により異なる 有益なゲノム多様性マーカーであると同時に、 それ自身が遺伝子発現産物の質 · 量的な変化をもたらし、 診断 '治療のターゲットとなりえる。 SNPsの頻度は、 数 百塩基対から 1, 000塩基対に 1か所の割合で存在すると推測されている。 つまり、 ヒトゲノム全体では 300万から 1, 000万の SNPsがあると考えられている （非特許 文献 1 8〜2 1 ) 。 SNPs解析はデータベースおよびタイピング技術の進歩により 遺伝子全体の包括的な検索が可能となろうとしており、 歯周炎のような多因子性 疾患の複数存在する危険因子の解明には有用である。 また、 日本人のようなほぼ 単一の民族は、 人種等による個人差が少ないと考えられることから検索しゃすく、 また、 B本人についての解析が必要と考えられる （非特許文献 1 9〜2 1 ) 。
SNPsには、 cDNAをターゲットとした cS Psとゲノム DNAをターゲットとした SNPsがある。 cDNAの SNPsは、 タンパク質をコードする SNPsを見つけることがで き、 タンパク質のアミノ酸配列に変化を起すような SNPsを見つけるのに有効であ る。 それに対し、 ゲノム DNAの SNPsは、 mRNAの塩基配列に反映されないィント ロンの SNPsや遺伝子発現を調整しているェンハンサーゃサイレンサー配列などの 検索に有効であるという利点がある。
SNPsに関する分析技術とデータベースの新しい開発によって、 歯周炎と多数の SNPsとの関係を調べることが可能である。 歯周炎と候補遺伝子における SNPsと の関連を報告した研究がいくつかあるが、 非候補遺伝子における SNPsとの関連を 報告した研究はない。 本発明者らは以前に、 候補遺伝子アプローチを用いて、 健 康なボランティァと侵襲性歯周炎患者とのあいだの遺伝子型頻度 （腫瘍壊死因子 受容体関連因子 l (TRAFl) ) 、 および健康なボランティアと慢性歯周炎患者とのあ いだの遺伝子型頻度 （マトリクスメタ口プロテナーゼ 9 (MMP9) ) に統計学的に有 意な差 （p〈0. 02) を認めた （非特許文献 2 2 ) 。
尚、 本出願の発明に関連する先行技術文献情報としては以下のものがある。
〔非特許文献 1〕 The International SNP Map Working Group, Nature, 409： 928-933, 2001
〔非特許文献 2〕 The International Human Genome Mapping Consortium, Nature,
409： 934-941, 2001
〔非特許文献 3〕 Kornman, K. S. et al. , J. Clin. Periodontol. , 24： 72—77,
1997
〔非特許文献 4〕 Kobayashi, T. et al, Infect. Immun. , 65： 3556 - 3560， 1997 〔非特許文献 5〕 Gore, E. A. et al. , J. Clin. Periodontol. , 25： 781-785,
1998
〔非特許文献 6〕 Galbraith, G. M. et al. , J. Clin. Periodontol. , 26： 705 - 709, 1999
〔非特許文献 7〕 McGuire, M. K. et al. , J. Periodontol. , 70： 49—56， 1999 〔非特許文献 8〕 Engebretson, S. P. et al. , J. Periodontol. , 70： 567—573，
1999
〔非特許文献 9〕 Mark, し L. et al. , J. Periodont. Res. , 35： 172—177， 2000 〔非特許文献 1 0〕 Armitage, G. C. et al. , J. Periodontol. , 71： 164 - 171，
2000
〔非特許文献 1 1〕 Kobayashi, T. et al. , J. Periodontol. ，71 : 1425-1432,
2000
〔非特許文献 1 2〕 Shirodaria, S. et al. , J. Dent. Res. , 79 : 1864-1869,
2000
〔非特許文献 1 3〕 Kobayashi, T.， Yamanoto, K. , Sugita, N.， van der Pol.
W -し， Yasuda, K. , Kaneko, S.， van de inkel, J. et al. ,
J. Periodontol. , 72： 1324-1331, 2001
〔非特許文献 1 4〕 Laine, M. し et al. , J. Dent. Res. , 80： 1695—1699, 2001 〔非特許文献 1 5〕 Thomson, W. M. et al.， J. Dent. Res. , 80： 1700—1703，
2001 〔非特許文献 1 6〕 加藤葉月， 日歯周誌， 42 : 1-12, 2000
〔非特許文献 1 7〕 小林哲夫， 吉江弘正， 最新医学， 55: 2329-2335, 2000 〔非特許文献 1 8〕 Anthony, J. B. Gene, 234： 177-186, 1999
〔非特許文献 1 9〕 森谷眞紀， 板倉光夫， 遺伝， 54： 36-41, 2000
〔非特許文献 2 0〕 森谷眞紀， 板倉光夫， 実験医学， 18: 1667-1672, 2000 〔非特許文献 2 1〕 森谷眞紀， 板倉光夫， 実験医学， 18: 1907-1911, 2000 〔非特許文献 2 2〕 Suzuki A et al.， J Jpn Soc Periodontol (in Japanese)
2002； 44： 159-167
〔非特許文献 2 3〕 第 44回日本歯周病学会秋季学術大会 日本人における歯周病 患者の遺伝子解析の必要性への提言一歯周病患者の S N P解 析ー 鈴木麻美、 沼部幸博、 鴨井久一
〔非特許文献 2 4〕 第 4 5回日本歯周病学会春季学術大会 日本人における一塩 基多型 （S N P s ) と歯周炎との関連について 鈴木麻美、 沼部幸博、 鴨井久一
〔非特許文献 2 5〕 鈴木麻美、 沼部幸博、 鴨井久一 日本歯周病学会誌 44 (2) ：
159-167, 2002
〔非特許文献 2 6〕 JAPANESE ASSOCIATION FOR DENTAL RESEARCH 50th ANNUAL
MEETING Haplotype Analyses on Candidate and Non- Candidate Genes of Periodontitis. 鈴木麻美、 沼咅陣博、 鴨井久一 発明の開示
本発明は、 このような状況に鑑みてなされたものであり、 その目的は、 歯周疾 患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを見出し、 該遺伝的多型または該ハ プロタイプを指標とした歯周疾患の検査方法を することにある。
JSNPデータベース （Hirakawa M et al. , Nucleic Acids Research 2002; 30： 158-162) および SNP分析技術の最近の発達は、 歯周炎のような複雑な疾患に関連 した多数の遺伝的要因を調べるために大いに役立つ。 本発明者らは、 SNP分析お よび JSNPデータベースを用いて、 歯周炎に対する感受性に関して候補遺伝子と非 候補遺伝子とを調べた。
具体的には、 日本人の侵襲性歯周炎 （aggressive periodontitis) 患者 13人、 慢性歯周炎 （chronic periodontitis) 患者 9人、 および健康なポランティア 19 人からゲノム DMを得た。 TaqManポリメラーゼ連鎖反応 （PCR) 法を用いて、 被 験者の非候補遺伝子 244個における SNPs637個の遺伝子型を調べた。 遺伝子型頻 度の統計学的有意差は、 フィッシャーのイダザクト検定によって分析した。
非候補遺伝子アプローチを用いて、 本発明者らは、 健康なボランティアと侵襲 性歯周炎患者では、 ジぺプチジ /レぺプチダ一ゼ 4 (DPP4) 、 テロメラーゼ蛋白質 成分 1 (TEP1) 、 ホスホイノシチド- 3-キナーゼ調節サブュニットポリぺプチド 1 (PIK3R1) 、 カタラーゼ （CAT) 、 エンドセリン 3 (EDN3) 、 フイブリノゲン様蛋 白質 2 (FGL2) 、 パラォキソナーゼ 1 (P0N1) 、 チロシン 3-モノォキシゲナーゼ (YWHAZ) 、 アデ二レートシクラーゼ 9 (ADCY9) 、 および、 ゴナドトロピン放出 ホルモン （GNRH1) の遺伝子領域、 ならびに、 健康なボランティアと慢性歯周炎患 者では、 ADCY9、 G匪 1、 血液凝固第 V因子 （F5) 、 フイブリノゲン様蛋白質 1
(FGL1) 、 および、 レブチン （LEP) の遺伝子領域における遺伝子型頻度に統計学 的に有意な差 （pく 0. 02) を認めた。 また、 ADCY9遺伝子領域おょぴカルシトニン レセプター （CALCR) 遺伝子領域において、 歯周疾患に関連するハプロタイプを見 出した。
さらに、 日本人の侵襲性歯周炎患者 134人、 慢性歯周炎患者 117人、 および歯 周に異常がなかった健常群 125人からゲノム DNAを得て、 上述の方法で SNPタイ ビングを行なった。 遺伝子型頻度の統計学的有意差はフィッシヤーの直接確率検 定を用いて解析した。 さらに、 疾患を予測する最も有用な遺伝子の遺伝子型を抽 出するため、 疾患の発症率に影響する因子である年齢 ·性別で調整した口ジステ ィック回帰分析を行い、 at- risk factorと考えられる遺伝子型を推定した。
その結果、 歯周に異常がなかった健常群と侵襲性歯周炎患者では、 18型コラー ゲン c l (C0L18A1) 、 3型コラーゲン a l (C0L3A1) 、 4型コラーゲン α 1
(C0L4A1) 、 16型コラーゲン ct l (C0L16A1) 、 カテブシン B (CTSB) 、 インター ロイキン 10受容体 /3 (IL10RB) 、 インターロイキン l a (ILIA) 、 インターロイ キン 6シグナルトランスデューサー （IL6ST) 、 毛特異的酸性ケラチン 2
(KRTHA2) 、 ラミニン a 4 (LAMA4) 、 ラミニン受容体 1 (LAMR1) 、 プロコラーゲ ンリシン 2ォキソグルタレート 5ジォキシゲナーゼ 2 (PL0D2) 、 プロテオグリ力 ン 4 (PRG4) 、 プロスタグランジン D2合成酵素 （PTGDS) 、 プロスタグランジン Ε 受容体 1 (PTGER1) 、 プロスタグランジン F受容体 （PTGFR) 、 トランスフォーミ ング成長因子 受容体 3 (TGFBR3) 、 メタ口プロティナーゼ組織阻害剤 3
(ΤΙΜΡ3) 、 腫瘍壊死因子 （TNFA) 、 スカベンジャー受容体クラス Bl (SCARB1) 、 1型コラーゲン a l (C0L1A1) 、 上皮成長因子 （EGF) 、 エラスチン （ELN) 、 ケラ チン 23 (KRT23) 、 ラミニン β ΐ (LAMB1) 、 12型コラーゲン α ΐ (C0L12A1) 、 17 型コラーゲン α ΐ (C0L17A1) 、 9型コラーゲン α ΐ (C0L9A1) 、 カテブシン！）
(CTSD) 、 カテブシン G (CTSG) 、 上皮成長因子受容体 （EGFR) 、 線維芽細胞成 長因子 12 (FGF12) 、 フコシルトランスフェラーゼ 1 (FUT1) 、 へパラン硫酸プロ テオグリカン 2 (HSPG2) 、 ラミニン α 2 (LAMA2) 、 プロコラーゲンリシン 2ォキ ソグルタレート 5ジォキシゲナーゼ （PLOD) 、 プロスタグランジン E受容体 2 (PTGER2) 、 および、 プロスタグランジン E受容体 3 (PTGER3) の遺伝子領域に おける遺伝子型頻度に有意差が認められ、 at- risk factorと考えられる遺伝子型 が同定された。 また、 ラミニン γ 2 (LA C2) およびインターロイキン 4受容体 (IL4) の遺伝子領域において、 歯周疾患に関連するハプロタイプを見出した。 これらの結果は、 歯周炎のゲノムリスクマーカーを同定するために、 候補遺伝 子のみならず、 非候補遺伝子においても SNPsを分析する必要性を証明している。 即ち、 本発明は、 歯周疾患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを指標と した歯周疾患の検査方法に関し、 以下の 〔1〕 〜 〔3 8〕 を提供するものである。 〔1〕 以下の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型を検出する工程を含 む、 歯周疾患の検査方法。
(1) DPP4、 （2) TEP1、 (3) PIK3R1、 (4) CAT、 (5) EDN3、 (6) FGL2、 (7) P0N1、 (8) YWHAZ、 (9) C0L18A1、 (10) C0L3A1、 (11) C0L4A1、 (12) C0L16AK (13) CTSB、 (14) IL10RB、 (15) ILIA, (16) IL6STゝ (17) KRTHA2、 (18) LAMA4, (19) LAMR1、 (20) PL0D2、 （21) PRG4、 (22) PTGDS、 (23) PTGER1、 (24) PTGFR、 (25) TGFBR3、 (26) TIMP3、 (27) TNFA、 (28) ADCY9、 (29) GNRH1, (30) SCARB1、 (31) C0L1A1、 (32) EGF、 (33) ELN、 (34) KRT23、 (35) LAMBU (36) F5、 (37) FGL1、 (38) LEP、 (39) C0L12A1、 (40) C0L17A1、 (41) C0L9A1、 (42) CTSD、 (43) CTSG、 (44) EGFR、 (45) FGF12、 (46) FUT1、 (47) HSPG2、 (48) LAMA2、 (49) PLOD, (50) PTGER2、 (51) PTGER3、 （52) (1) 〜 （51) の いずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域
〔2〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型、 または、 該領 域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、 侵襲性 歯周炎の検査方法。
〔3〕 〔1〕 に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型、 または、 該領 域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、 慢性歯 周炎の検査方法。
〔4〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基種を 決定する工程を含む、 歯周疾患の検査方法。
〔5〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型部位の塩基種、 ま たは、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定 する工程を含む、 侵襲性歯周炎の検查方法。
〔6〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型部位が、 それぞれ 以下の （ ) 〜 （35' ) に記載の多型部位である、 〔5〕 に記載の方法。
( ) 配列番号： 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(2' ) 配列番号： 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(3' ) 配列番号： 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(4' ) 配列番号： 7に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(5' ) 配列番号： 9に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(6' ) 配列番号： 1 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(7' ) 配列番号： 1 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(8' ) 配列番号： 1 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(9' ) 配列番号： 1 1 5に記載の塩基配列における 1748位、 3813位、 4313位、
4362位、 4397位、 4613位、 4727位、 4737位、 4944位、 5577位、 5690f立、 6003 位、 6469位、 6582位、 6948位、 7008位、 7033位、 7060位、 7151位、 7473位、 8202位、 9209位、 10001位、 10559位、 10592位、 10777位、 10787位、 10909位、 1563&1立、 17481位、 17724位、 20894位、 21147位、 21590位、 21811位、 22127 位、 23111位、 23755位、 23810位、 24079位、 24785位、 24888位、 25945位、
26253位、 26288位、 27690位、 27850位、 30456位、 または 30461位のいずれか の多型部位
(10' ) 配列番号： 1 1 6に記載の塩基配列における 473位、 1138位、 2875位、 3930位、 6005位、 6154位、 6179位、 7226位、 8642位、 9475位、 10001位、 10145位、 11007位、 14468位、 15283位、 17539位、 または 19223位のいずれか の多型部位
(11' ) 配列番号： 1 1 7に記載の塩基配列における 7 、 682位、 918位、 1108位、 1202位、 1313位、 1612位、 1831位、 2122位、 4067位、 4076位、 4253 位、 4909位、 4970位、 5664位、 5944位、 6217位、 6641位、 7335位、 7385位、 7715位、 8876位、 9687位、 9906位、 10001位、 10004位、 10130位、 10398位、
10496位、 10499位、 10535位、 10669位、 10704位、 11058位、 13722位、 13931 位、 14135位、 15367位、 15518位、 15818位、 15872位、 15874位、 16943位、 17215位、 17551位、 17847位、 17862位、 17932位、 18118位、 18124位、 18459 位、 19249位、 19435位、 19466位、 20634位、 21382位、 21995位、 22078位、 22381位、 23010位、 24635位、 26588位、 27193位、 27354位、 28000位、 28059 位、 28097位、 28129位、 29190位、 29247位、 30094位、 30572位、 30956位、
31082位、 31168位、 31404位、 32562位、 33125位、 34529位、 35265位、 35587 位、 35858位、 36049位、 36239位、 37065位、 37734位、 37771位、 38835位、 38898位、 39278位、 39461位、 40309位、 40334位、 40625位、 立、 41386 位、 41558位、 41580位、 41980位、 42026位、 42039位、 42059位、 42352位、 42365位、 42370位、 42376位、 42428位、 42585位、 42764{ 、 43051位、 43419 位、 45973位、 46151位、 46221位、 46629位、 46697位、 46724位、 46815位、 48046位、 48367位、 48439位、 48864{立、 49316位、 50078位、 50234位、 50287 位、 または 50763位のいずれかの多型部位
(12' ) 配列番号： 1 1 8に記載の塩基配列における 1335位、 1980位、 2991位、 3060位、 3347位、 3463位、 3582位、 4355位、 5639位、 5825位、 6654{立、 10001 位、 13577位、 14487位、 または 19768位のいずれかの多型部位
(13' ) 配列番号： 1 1 9に記載の塩基配列における 1207位、 1214位、 1240位、 1256位、 1354位、 1539位、 2049位、 2050位、 2304位、 2423位、 3066立、 3199 位、 3298位、 3609位、 4286位、 4494位、 4569位、 4850位、 4963位、 5599位、 5607位、 5763位、 5958位、 6060位、 6115位、 6140位、 6464位、 6605位、 6704 位、 6744位、 6750位、 6751位、 6795位、 6818位、 6868位、 6984位、 7066位、 7139位、 7148位、 7175位、 7237位、 7303位、 7404位、 7456位、 7702位、 7870 位、 7910位、 8198位、 8282位、 8359位、 8385位、 8519位、 8521位、 9158位、 9160位、 9212位、 9319位、 9581位、 9740位、 9759位、 10001位、 10204位、 10244位、 10304位、 10310位、 10539位、 10732位、 11091位、 11170位、 11443 位、 11870位、 11889位、 11894位、 11904位、 12036位、 12451位、 12662位、 12813位、 13122位、 13217位、 13312位、 13662位、 13692位、 14060位、 14807 位、 14819位、 15163位、 15231位、 15491位、 15565位、 15921位、 16011位、 16019位、 16335位、 17305位、 または 17501位のいずれかの多型部位
(14，） 配列番号： 1 2 0に記載の塩基配列における 3383位、 3458位、 7823位、 8517位、 9173位、 9924位、 10001位、 10461位、 10556位、 10667位、 10669位、
10965位、 11930位、 12339位、 12341位、 13898位、 14356位、 14406位、 14407 位、 15224位、 15364位、 16774位、 16950位、 19265位、 19659位、 19665位、 19950位、 20265位、 20771位、 20948位、 21083位、 21933位、 21991位、 22246 位、 22270位、 23238位、 23599位、 23817位、 23989位、 24063位、 24100位、 24372位、 24808位、 24992位、 25164位、 25191位、 25641位、 26765位、 27212 位、 27492位、 27795位、 28161位、 28558位、 28829位、 28948位、 28972位、 ま たは 30011位のいずれかの多型部位
(15' ) 配列番号： 1 2 1に記載の塩基配列における 4662位、 5587位、 5854位、 6282位、 6646位、 6799位、 8172位、 9139位、 9958位、 10001位、 10216位、 10372位、 10496{立、 11753位、 11786位、 11902位、 11915位、 13053位、 13345 位、 14444位、 14535位、 14647位、 14740位、 14768位、 16488位、 17523位、 17836位、 18997位、 19030位、 19389位、 19476位、 または 19748位のいずれか の多型部位
(16' ) 配列番号： 1 2 2に記載の塩基配列における 115位、 119位、 123位、 139位、 2517位、 2813位、 5750位、 5769位、 または 10001位のいずれかの多型 部位
(17' ) 配列番号： 1 2 3に記載の塩基配列における 1796位、 1867位、 1964位、 4942位、 5020位、 5323位、 5841位、 6113位、 6132位、 6164位、 6347位、 6380 位、 7316位、 7905位、 8025位、 8095位、 8252位、 8405位、 8838位、 8940位、 8985位、 9606位、 9763位、 9964位、 9979位、 9980位、 10001位、 10072位、
10105位、 10326位、 10920位、 11619位、 11796位、 12217位、 12218位、 12672 位、 12954位、 13271位、 14010位、 14011位、 14508位、 14594位、 14771位、 14772位、 15043位、 15126位、 15212位、 15293位、 15309位、 15311位、 15502 位、 19773位、 19836位、 20077位、 20083位、 または 20641位のいずれかの多型 部位
(18' ) 配列番号： 1 2 4に記載の塩基配列における 964位、 3645位、 5581位、
5587位、 5609位、 5610位、 6605位、 6616位、 6843位、 6850位、 6931位、 7370 位、 10001位、 10108位、 12342位、 12536位、 14272位、 または 16116位のいず れかの多型部位
(19' ) 配列番号： 1 2 5に記載の塩基配列における 134位、 6382位、 6519位、 6701位、 9035位、 9368位、 10001位、 12269位、 12337位、 12354位、 12360位、
13003位、 13288位、 13391位、 13825位、 13841位、 14006位、 14007位、 22058 位、 または 22223位のいずれかの多型部位
(20' ) 配列番号： 1 2 6に記載の塩基配列における 902位、 931位、 3204位、 6676位、 7682位、 7686位、 7693位、 8859位、 9195位、 9518位、 9971位、 10001 位、 10088位、 10091位、 11195位、 13421位、 13437位、 13686位、 13803位、
13974位、 14217位、 18702位、 または 19179位のいずれかの多型部位
(21，） 配列番号： 1 2 7に記載の塩基配列における 1364位、 2299位、 2464位、 2480位、 9633位、 9850位、 10001位、 11730位、 14666位、 または 15759位のい ずれかの多型部位
(22' ) 配列番号： 1 2 8に記載の塩基配列における 4627位、 6035位、 6336位、
6644位、 10001位、 12748位、 12920位、 13013位、 18444位、 18457位、 19432位、 または 20001位のレ、ずれかの多型部位
(23，） 配列番号： 1 2 9に記載の塩基配列における 211位、 247位、 264位、
341位、 859位、 4903位、 7292位、 8697位、 8768位、 8866位、 9293位、 9493位、 9567位、 10001位、 10128位、 11151位、 12244位、 12474位、 12634位、 14705位、
16841位、 17148位、 17710位、 17760位、 17966位、 19760位、 または 19793位の いずれかの多型部位
(24，） 配列番号： 1 3 0に記載の塩基配列における 3980位、 4498位、 6500位、 6680位、 7028位、 8271位、 8357位、 9576位、 10001位、 10374位、 10470位、 10647位、 10732位、 10789位、 10981位、 10989位、 11278位、 11928位、 12543 位、 13326位、 13452位、 13472位、 13472位、 13567位、 14166位、 14390位、
14609位、 14655位、 15214位、 16840位、 17187位、 17639位、 17883位、 18814 位、 または 19093位のいずれかの多型部位
(25，） 配列番号： 1 3 1に記載の塩基配列における 956位、 2506位、 2574位、 3616位、 4741位、 5235位、 6250位、 6686位、 6933位、 7057位、 9168位、 9372 位、 9427位、 9443位、 9513位、 10001位、 10064位、 10778位、 10929位、 11165 位、 11270位、 11406位、 11816位、 11829位、 12272位、 12822位、 12984位、 14112位、 15427位、 16850位、 18887位、 19130位、 19194位、 19753位、 20583 位、 22282位、 22746位、 22901位、 23049位、 23494位、 24791位、 25498位、 25978位、 26098位、 26424位、 26745位、 26746位、 26821位、 27869位、 30043 位、 30156位、 または 30164位のいずれかの多型部位
(26，） 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 340位、 4755位、 7131位、 9154位、 10001位、 12378位、 16455位、 16576位、 16776位、 18262位、 18275位、 18477位、 19149位、 19316位、 19387位、 19876位、 19885位、 19896位、 または 19955位のいずれかの多型部位
(27' ) 配列番号： 1 3 3に記載の塩基配列における 287位、 515位、 889位、
3127位、 3699位、 5145位、 5178位、 5397位、 5398位、 5910位、 6335位、 6545 位、 6667位、 6668位、 6971位、 7041位、 7042位、 7329位、 7456位、 7593位、 7657位、 7661位、 7684{立、 8679位、 8748位、 9208位、 9354位、 937&f立、 9382 位、 9553位、 9555位、 9591位、 9664位、 9671位、 9720位、 9931位、 9995位、 10001位、 10306位、 10391位、 10505位、 10572位、 10658位、 10727位、 10927 位、 11089位、 11125位、 11406位、 11491位、 11542位、 11818位、 12291位、 12633位、 12667位、 13395位、 13662位、 13689位、 13750位、 13854位、 13880 位、 14015位、 14267位、 14320位、 14360位、 14374位、 14414位、 14511位、 14547位、 14589位、 14692位、 14719位、 15096位、 15268位、 15351位、 15756 位、 15790位、 16307位、 16456位、 16701位、 17352位、 17439位、 17460位、 17966位、 18095位、 18424位、 または 18437位のいずれかの多型部位
(28' ) 配列番号： 1 7または配列番号： 1 9に記載の塩基配列における 151 位の多型部位
(29' ) 配列番号： 2 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(30' ) 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 120位、 136位、 162位、 427位、 530位、 1362位、 1363位、 1412位、 1567位、 2341位、 2610位、 3524位、
3959位、 4296位、 4940位、 5409位、 5824位、 6522位、 6564位、 6755位、 7646 位、 7798位、 7819位、 8015位、 8122位、 8848位、 9096位、 9413位、 9424位、 9441位、 10001位、 11639位、 11982位、 11990位、 12077位、 12090位、 13737位、 13755位、 14554位、 15066立、 15292位、 15457位、 15646{立、 15943位、 17114 位、 17287位、 17714位、 18291位、 19403位、 19425位、 20143位、 20404位、
20522位、 21726位、 22920位、 23071位、 24276位、 24360位、 25434位、 25539 位、 25703位、 25971位、 26431位、 26739位、 26760位、 26764位、 26927位、 28308位、 28619位、 28760位、 29179位、 29329位、 29560位、 30251位、 30736 位、 30998位、 31207位、 31920位、 32218位、 37200位、 37692位、 42327位、 ま たは 50935位のいずれかの多型部位
(31' ) 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 109位、 654位、 732位、 1798位、 2708位、 2903位、 4079位、 4228位、 4252位、 4792位、 5120位、 5301 位、 7409位、 7610位、 8346位、 8373位、 8690位、 8832位、 9099位、 9755位、 9786位、 9829位、 9942位、 9947位、 10001位、 10069位、 10196位、 10232位、 10519位、 10883位、 10977位、 11043位、 11045位、 11310位、 11622位、 11697 位、 12189位、 12406位、 12475位、 12704位、 13649位、 14271位、 14434位、 14565位、 15203位、 15419位、 15423位、 15606位、 16001位、 16171位、 16282 位、 16406位、 16582位、 16705位、 16883位、 16960位、 17825位、 18287位、 18360位、 18413位、 18756位、 19035位、 20135位、 20419位、 20444位、 21226 位、 21271位、 21289位、 22641位、 22678位、 22696位、 22709位、 22719位、 23897位、 23951位、 24215位、 24714位、 24729位、 24743位、 24767位、 24796 位、 25455位、 25475位、 25499位、 25529位、 25530位、 25911位、 26199位、 26204位、 27336立、 27635位、 27636位、 または 27970位のいずれかの多型部位 (32' ) 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 5944位、 9392位、 96%位、 10001位、 10517位、 10796位、 11240位、 11335位、 11483位、 11526位、 11620 位、 12079位、 13907位、 14899位、 14979位、 15973位、 16362位、 16837位、
17381位、 20332位、 20470位、 20749位、 21742位、 25089位、 43199位、 48326 位、 49066位、 49543位、 50522位、 52218位、 54317位、 55447位、 または 57297 位のいずれかの多型部位
(33' ) 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 1142位、 2657位、 2975位、 3650位、 3751位、 3803位、 5367位、 5519位、 10001位、 10124位、 12490位、
13245位、 14509位、 15451位、 20178位、 27030位、 28575位、 28643位、 31355 位、 34097位、 34110位、 または 36614位のいずれかの多型部位
(34，） 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 342位、 2029位、 2118位、 6500位、 6752位、 8709位、 8823位、 10001位、 10277位、 10794位、 10805位、 10810位、 11430位、 11597位、 12525位、 12830位、 14388位、 14645位、 15029 位、 15186位、 16565位、 16816位、 17176位、 21790位、 21827位、 21947位、 21964位、 22640位、 22752位、 25900位、 26502位、 27635位、 27777位、 27791 位、 30616位、 30650位、 または 30957位のいずれかの多型部位
(35' ) 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 480位、 1230位、 2221位、 2414位、 2781位、 2875位、 4999位、 5055位、 5901位、 8107位、 10001位、
10139位、 10275位、 10897位、 10962位、 11190位、 11393位、 11942位、 12734 位、 12849位、 14845位、 15165位、 15699位、 16530位、 18323位、 または 18333 位のいずれかの多型部位
〕 （9' ) 〜 （27' ) および （30'：)〜 （35，） に記載の多型部位における塩基 種が、 それぞれ以下の （9") 〜 (27") および （30") 〜 （35") である場合に、 侵襲性歯周炎にかかりやすいと判定される 〔6〕 に記載の検査方法。
(9") 配列番号： 1 1 5に記載の塩基配列における 24079位の塩基種が A
(10") 配列番号： 1 1 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(11") 配列番号： 1 1 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G、
15367位の塩基種が T、 または 21995位の塩基種が C
(12") 配列番号： 1 1 8に ：記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(13 配列番号： 1 1 9に ：記載の塩基配列における 10204位の塩基種が C
(14") 配列番号： 1 2 0に ：記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(15") 配列番号： 1 2 1に ：記載の塩基配列における 11915位の塩基種が G
(16") 配列番号： 1 2 2に ：記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(17") 配列番号： 1 2 3に ：記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(18〃） 配列番号： 1 2 4に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
( ） 配列番号： 1 2 5に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が T、 または 13288位の塩基種が Τ
(20") 配列番号： 1 2 6に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が Τ
(21") 配列番号： 1 2 7に .記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(22") 配列番号： 1 2 8に .記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(23") 配列番号： 1 2 9に .記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(24") 配列番号： 1 3 0に .記載の塩基配列における 10001位の塩基種が C
(25") 配列番号： 1 3 1に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(26") 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(27") 配列番号： 1 3 3に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A (30〃） 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 42327位の塩基種が T (31Ί 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 20135位の塩基種が C (32") 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G (33") 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 28575位の塩基種が G (34つ 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G、
11597位の塩基種が G、 または 14388位の塩基種が C
(35") 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G 〔8〕 〔1〕 に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決 定する工程を含む、 慢性歯周炎の検查方法。
〔9〕 〔1〕 に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型部位が、 それぞ れ以下の （28' ) 〜 （51，） に記載の多型部位である、 〔8〕 に記載の方法。
(28' ) 配列番号： 1 7または配列番号： 1 9に記載の塩基配列における 151 位の多型部位
(29' ) 配列番号： 2 1に記載の塩基配列における Ιδΐ位の多型部位
(30，） 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 120位、 136位、 162位、 427位、 530位、 1362位、 1363位、 1412位、 1567位、 2341位、 2610位、 3524位、 3959位、 4296位、 4940位、 5409位、 5824位、 6522位、 6564位、 6755位、 7646 位、 7798位、 7819位、 8015位、 8122位、 8848位、 9096位、 9413位、 9424位、 9441位、 10001位、 11639位、 11982位、 11990位、 12077位、 12090位、 13737位、
13755位、 1455 立、 15066位、 15292位、 15457位、 15646位、 15943位、 17114 位、 17287位、 17714位、 18291位、 19403位、 19425位、 20143位、 20404位、 20522位、 21726位、 22920位、 23071位、 24276位、 24360位、 25434位、 25539 位、 25703位、 25971位、 26431位、 26739位、 26760位、 26764位、 26927位、 28308位、 28619位、 28760位、 29179位、 29329位、 29560位、 30251位、 30736 位、 30998位、 31207位、 31920位、 32218位、 37200位、 37692位、 42327位、 ま たは 50935位のいずれかの多型部位
(31' ) 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 109位、 654位、 732位、 1798位、 2708位、 2903位、 4079位、 4228位、 4252位、 4792位、 5120位、 5301 位、 7409位、 7610位、 8346位、 8373位、 8690位、 8832位、 9099位、 9755位、 9786位、 9829位、 9942位、 9947位、 10001位、 10069位、 10196位、 10232位、
10519位、 10883位、 10977位、 11043位、 11045位、 11310位、 11622位、 11697 位、 12189位、 12406位、 12475位、 12704位、 13649位、 14271位、 14434位、 14565位、 15203位、 15419位、 15423位、 15606位、 16001位、 16171位、 16282 位、 16406位、 16582位、 16705位、 16883位、 16960位、 17825位、 18287位、 18360位、 18413位、 18756位、 19035位、 20135位、 20419位、 20444位、 21226 位、 21271位、 21289位、 22641位、 22678位、 22696位、 22709位、 22719位、 23897位、 23951位、 24215位、 24714位、 24729位、 24743位、 24767位、 24796 位、 25455位、 25475位、 25499位、 25529位、 25530位、 25911位、 26199位、 26204位、 27336位、 27635位、 27636位、 または 27970位のいずれかの多型部位 (32' ) 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 5944位、 9392位、 9696位、
10001位、 10517位、 10796位、 11240位、 11335位、 11483位、 11526位、 11620 位、 12079位、 13907位、 14899位、 14979位、 15973位、 16362位、 16837位、 17381位、 20332位、 20470位、 20749位、 21742位、 25089位、 43199位、 48326 位、 49066位、 49543位、 50522位、 52218位、 54317位、 55447位、 または 57297 位のいずれかの多型部位
(33，） 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 1142位、 2657位、 2975位、 3650位、 3751位、 3803位、 5367位、 5519位、 10001位、 10124位、 12490位、 13245位、 14509位、 15451位、 20178位、 27030位、 28575位、 28643位、 31355 位、 34097位、 34110位、 または 36614位のいずれかの多型部位
(34' ) 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 342位、 2029位、 2118位、
6500位、 6752位、 8709位、 8823位、 10001位、 10277位、 10794位、 10805位、 10810位、 11430位、 11597位、 12525位、 12830位、 14388位、 14645位、 15029 位、 15186位、 16565位、 16816位、 17176位、 21790位、 21827位、 21947位、 21964^立、 22640位、 22752位、 25900位、 26502位、 27635位、 27777位、 27791 位、 30616位、 30650位、 または 30957位のいずれかの多型部位
(35' ) 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 480位、 1230位、 2221位、
2414位、 2781位、 2875位、 4999位、 5055位、 5901位、 8107位、 10001位、 10139位、 10275位、 10897位、 10962位、 11190位、 11393位、 11942位、 12734 位、 12849位、 14845位、 15165位、 15699位、 16530位、 18323位、 または 18333 位のいずれかの多型部位
(36' ) 配列番号： 2 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(37' ) 配列番号： 2 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(38' ) 配列番号： 2 7に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(39' ) 配列番号： 1 4 0に記載の塩基配列における 2198位、 2699位、 6511位、 6789位、 7554位、 8442位、 8715位、 10001位、 11254位、 12288位、 16001位、 または 17077位のいずれかの多型部位
(40，） 配列番号： 1 4 1に記載の塩基配列における 96位、 813位、 848位、 1033位、 1442位、 1593位、 1815位、 1919位、 4094位、 4296位、 4339位、 759 位、 5670位、 5886位、 6542位、 6701位、 7886位、 7950位、 9151位、 9725位、 9873位、 10001位、 10029位、 10969位、 11165位、 11255位、 14195位、 14245位、 14534位、 14615位、 14971位、 15174位、 16520位、 16668位、 17012位、 19784 位、 20876位、 21747位、 22893位、 22958位、 23051位、 23106位、 23232位、 23293位、 24106位、 28196位、 28675位、 2946 立、 30486位、 31935位、 32255 位、 32622位、 32733位、 33000位、 33037位、 33120位、 33250位、 33862位、 34481位、 34688位、 34712位、 34839位、 36994位、 37259位、 37752位、 38231 位、 38301位、 38661位、 38932位、 39090位、 39632位、 40905位、 42065位、
42129位、 43761位、 44085位、 44329位、 44756位、 45848位、 46277位、 46454 位、 49738位、 49778位、 49972位、 54744位、 54796位、 56499位、 57799位、 57915位、 60576位、 61688位、 63023位、 63822位、 63834位、 または 63870位の いずれかの多型部位
(41' ) 配列番号： 1 4 2に記載の塩基配列における 498位、 555位、 1366位、 1640位、 1782位、 2517位、 3110位、 3264位、 3650位、 4279位、 4581位、 4622 位、 505 5431位、 5635位、 6973位、 7018位、 7687位、 8071位、 8128位、 8803位、 8852位、 8954位、 9310位、 10001位、 10024位、 10389位、 10424位、 10426位、 10565位、 10600位、 10819位、 11101位、 11175位、 11634{立、 12172 位、 12581位、 13079位、 13740位、 14267位、 14778位、 14818位、 16202位、 16528位、 16578位、 19782位、 22905位、 23164位、 23818位、 24163位、 24244 位、 24489位、 24828位、 24882位、 25274位、 26327位、 26451位、 27952位、 29546位、 29572位、 29730位、 29777位、 32992位、 33119位、 36396j立、 36884 位、 39627位、 39749位、 41439位、 42155位、 42449位、 43759位、 43994位、 44763位、 45412位、 45500位、 45706位、 45711位、 45886位、 45906位、 46098 位、 46106位、 46823位、 46899位、 46946位、 47188位、 47211位、 47608位、
47964{立、 48003位、 48279位、 48774位、 48792位、 49161位、 49167位、 49494 位、 49640位、 49787位、 49840位、 50344位、 50416位、 50419位、 50461位、 50619位、 5Π54位、 51344位、 51379位、 51713位、 51943位、 52486位、 52620 位、 52688位、 53319位、 53966位、 54757位、 57343位、 59179位、 59449位、 59459位、 59766位、 60205位、 60470位、 60594位、 60697位、 61411位、 62620 位、 62792位、 62860位、 62950位、 63914位、 64055位、 64125位、 64523位、 64929位、 65453位、 65782位、 66946位、 67630位、 68103位、 68229位、 68230 位、 68315位、 70016位、 70867位、 71137位、 71886位、 72331位、 72353位、 72579位、 または 72616位のいずれかの多型部位
(42' ) 配列番号： 1 4 3に記載の塩基配列における 822位、 824位、 853位、
870位、 963位、 1035位、 1169位、 1308位、 7146位、 7709位、 7728位、 7741位、 7780位、 7805位、 7843位、 7844位、 7888位、 7941位、 7965位、 8060位、 8335 位、 9948位、 10001位、 11990位、 12342位、 12807位、 16263位、 または 16768 位のいずれかの多型部位
(43' ) 配列番号： 1 4 4に記載の塩基配列における 757位、 984位、 1360位、 2092位、 8980位、 10001位、 10624位、 11042位、 または 15953位のいずれかの 多型部位
(44' ) 配列番号： 1 4 5に記載の塩基配列における 75位、 2800位、 3010位、 3957位、 4627位、 4722位、 4825位、 4881位、 5253位、 7319位、 8087位、 8396 位、 883 9100位、 9105位、 9826位、 9835位、 10001位、 10070位、 10598位、 10618位、 10631位、 10642位、 10718位、 11329位、 11615位、 12098位、 13256 位、 13279位、 15458位、 17422位、 18635位、 19920位、 23233位、 23710位、 24050位、 24751位、 25417位、 26209位、 26441位、 28826位、 29255位、 29296 位、 30119位、 31377位、 31512位、 31699位、 32775位、 32825位、 33303位、 33387位、 33437位、 33573位、 34680位、 36145位、 36371位、 36573位、 36597 位、 36683位、 36759位、 36763位、 36787位、 37038位、 39317位、 39970位、
42697位、 43630位、 または 43638位のいずれかの多型部位
(45' ) 配列番号： 1 4 6に記載の塩基配列における 319位、 2530位、 6272位、 7937位、 8205位、 10001位、 11274位、 13402位、 14476位、 14801位、 14852位、 17882位、 18217位、 18522位、 18674位、 18812位、 または 18989位のいずれか の多型部位
(46' ) 配列番号： 1 4 7に記載の塩基配列における 222位、 2465位、 2466位、 4624位、 5112位、 6298位、 6976位、 8485位、 9457位、 9945位、 10001位、 10397位、 10821位、 10944位、 11507位、 11635位、 11%3位、 12750位、 12819 位、 14634位、 14709位、 15985位、 16968位、 17124位、 17312位、 17567位、 17621位、 17775位、 18137位、 18225位、 18347位、 18879位、 18923位、 19284 位、 19609位、 19714位、 19753位、 または 19754位のいずれかの多型部位 (47' ) 配列番号： 1 4 8に記載の塩基配列における 3831位、 3882位、 3925位、 3928位、 4010位、 4197位、 4545位、 4701位、 4880位、 4949位、 10001位、 12151位、 13134位、 15737位、 16289位、 16318位、 20915位、 21001位、 22799 位、 22800位、 23002位、 25842位、 29440位、 31331位、 31347位、 31845位、 31973位、 33925位、 37187位、 38753位、 40474f立、 40493位、 44461位、 45840 位、 46045位、 46468位、 または 48627位のいずれかの多型部位
(48' ) 配列番号： 1 4 9に記載の塩基配列における 3728位、 5033位、 5770位、 9803位、 10001位、 10071位、 15368位、 16174位、 16379位、 16584位、 または 19623位のいずれかの多型部位
(49' ) 配列番号： 1 5 0に記載の塩基配列における 869位、 1048位、 1103位、
5092位、 5333位、 5795位、 6328位、 6455位、 6489位、 6616位、 8061位、 10001 位、 12618位、 12746位、 15882位、 15970位、 16961位、 17746位、 17751位、 18004位、 22945位、 24796位、 29622位、 29877位、 30580位、 31500位、 32397 位、 32406位、 32528位、 33004位、 33056位、 33071位、 または 33127位のいず れかの多型部位
(50，） 配列番号： 1 5 1に記載の塩基配列における 360位、 3151位、 4321位、 6804位、 8069位、 8931位、 9094位、 9111位、 9789位、 10001位、 10715位、 10720位、 10909位、 11107位、 11318位、 11557位、 11651位、 11797位、 14819 位、 14825位、 15057位、 15862位、 18390位、 18494位、 18769位、 18841位、 18928位、 19215位、 19273位、 19516位、 19598位、 20007位、 20203位、 20254 位、 20324位、 21302位、 21496位、 21536位、 21752位、 22956位、 23732位、 23755位、 23839位、 23923位、 24268位、 24690位、 24837位、 25556位、 26024 位、 26509位、 26703位、 27302位、 28257位、 28473位、 28722位、 28855位、 29409位、 30167位、 31943位、 34159位、 34751位、 35954位、 36290位、 36384 位、 または 36487位のいずれかの多型部位
(51，） 配列番号： 1 5 2に記載の塩基配列における 431位、 1625位、 1710位、 1813位、 2757位、 4822位、 7809位、 8435位、 9518位、 9827位、 10001位、 10022位、 11582位、 12156位、 12379位、 12700位、 12999位、 13649位、 13726 位、 14224位、 15770位、 15773位、 15879位、 16242位、 17759位、 19514位、 19743位、 20005位、 20133位、 20425位、 20609位、 21350位、 21358位、 21975 位、 22916位、 23279位、 23283位、 23475位、 25464位、 25715位、 25941位、
25995位、 26229位、 26300位、 26385位、 26408位、 26657位、 27250位、 27347 位、 27407位、 27613位、 27613位、 27892位、 28348位、 28648位、 28989位、 29161位、 29392位、 29611位、 30407位、 30703位、 30777位、 31051位、 31735 位、 32037位、 32225位、 32239位、 32388位、 34349位、 37610位、 38225位、 38393位、 41420位、 42116位、 42306位、 48204位、 48464位、 48550位、 48656 位、 51710位、 51751位、 52774位、 52841位、 53077位、 55039位、 55208位、 57049位、 57345位、 58040位、 58140位、 58321位、 58353位、 58905位、 58968 位、 59269位、 59704位、 59809位、 60020位、 60030位、 60128位、 60130位、 60570位、 60573位、 60575位、 60620位、 60638位、 60656位、 60797位、 60868 位、 61099位、 61123位、 61850位、 61869位、 63543位、 63907位、 64308位、
64308位、 65722位、 65743位、 66131位、 66885位、 67162位、 67209位、 67825 位、 68294位、 68317位、 68557位、 68672位、 68913位、 69091位、 69212位、 69369位、 69426位、 69460位、 69640位、 69960位、 70030位、 70373位、 70620 位、 70643位、 70651位、 70665位、 70749位、 70872位、 71048位、 71070位、 72248位、 72510位、 72537位、 72671位、 72696位、 72754位、 73232位、 73380 位、 73400位、 73545位、 73594位、 74072位、 74864位、 または 76950位のいず れかの多型部位
0〕 〔9〕 の （30' )〜 （35' ) および （39'；)〜 （51' ) に記載の多型部位に おける塩基種が、 それぞれ以下の （3(Γ) 〜 （35") および （39Ί 〜 （5Γ) である場合に、 慢性歯周炎にかかりやすいと判定される 〔7〕 に記載の検査 方法。 (30") 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 23071位の塩基種が A、 または 10001位の塩基種が τ
(31") 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 20135位の塩基種が C
(32") 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 43199位の塩基種が G、 または 48326位の塩基種が Τ
(33") 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が B
(34") 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 22640位の塩基種が C
(35') 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(39") 配列番号： 1 4 0に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(40") 配列番号： 1 4 1に記載の塩基配列における 23293位の塩基種が C
(41") 配列番号： 1 4 2に記載の塩基配列における 62860位の塩基種が C
(42") 配列番号： 1 4 3に記載の塩基配列における 12807位の塩基種が T
(43") 配列番号： 1 4 4に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が T
(44 配列番号： 1 4 5に記載の塩基配列における 37038位の塩基種が G
(45") 配列番号： 1 4 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が C
(46") 配列番号： 1 4 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(47") 配列番号： 1 4 8に記載の塩基配列における 21001位の塩基種が G、
15737位の塩基種が G、 21001位の塩基種が G、 または 29440位の塩基種が T
(48") 配列番号： 1 4 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(49") 配列番号： 1 5 0に記載の塩基配列における 247961立の塩基種が T
(50") 配列番号： 1 5 1に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(51 配列番号： 1 5 2に記載の塩基配列における 41420位の塩基種が T、
48204位の塩基種が A、 または 68294位の塩基種が C
1〕 ADCY9遺伝子領域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域もしくは IL4遺 伝子領域、 または、 それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域のハプ 口タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法。 〔1 2〕 ハプロタイプが、 配列番号： 85、 87、 89、 91、 93、 95お よび 97に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位にお ける塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の 多型部位の組み合わせである、 〔1 1〕 に記載の方法。
〔1 3〕 ハプロタイプが、 配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 109、 1 1 1および 113に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせである、 〔1 1〕 に記載の方法。 〔14〕 ハプロタイプが、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 10001位、 1329啦、 および 20647位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基 対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み 合わせである、 〔1 1〕 に記載の方法。
〔15〕 ハプロタイプが、 配列番号： 154に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 および 15382位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基 対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み 合わせである、 〔1 1〕 に記載の方法。
〔16〕 以下の工程 (a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) ADCY9遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 （a) により決定された塩基種を、 配列番号： 85、 87、 89、
91、 93、 95および 97に記載の塩基配列における 151位のそれぞれの 塩基種が、 以下の （i ) 〜 （i V) のいずれかに記載のハプロタイプを示 す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
(i) C、 T、 A、 G、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ
(i i) T、 A、 A、 T、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ
( i i i) T、 A、 T、 G、 A、 Cおよび Aであるハプロタイプ (i v) T、 A、 T、 T、 G、 Cおよび Cであるハプロタイプ
〔17〕 工程 （a) に記載の ADCY9遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 85、 87、 89、 91、 93、 95または 97のいずれかに記載の塩基 配列における 151位の多型部位である、 〔16〕 に記載の検査方法。
〔18〕 以下の工程 （a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) CALCR遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 (a) により決定された塩基種を、 配列番号： 99、 101、 10 3、 105、 107、 109、 11 1および 1 13に記載の塩基配列にお ける 151位のそれぞれの塩基種が、 以下の （i) または （i i) に記载のハ プロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
( i) T、 C、 Τ、 Τ、 Τ、 Τ、 Τおよび Gであるハプロタイプ
( i i) T、 C、 A、 C、 G、 （：、 Gおよび Cであるハプロタイプ
〔1 9〕 工程 （a) に記載の CALCR遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 109、 1 11または 11 3の いずれかに記載の塩基配列における 151位の多型部位である、 〔18〕 に記 載の検査方法。
〔20〕 以下の工程 (a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) LAMC2遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 (a) により決定された塩基種を、 配列番号： 153に記載の塩基 配列における 10001位、 13296位、 および 20647位のそれぞれの塩基種が、 （：、 Gおよび Gであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種 と比較する工程
〔21〕 工程 （a) に記載の LAMC2遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 3105位、 3201位、 3293位、 3525位、 3637 位、 3797位、 4083位、 4122位、 4304位、 4461位、 8946位、 9580位、 9821位、 10001位、 10044位、 10981位、 11605位、 11700位、 12261位、 12519位、 1329frf立、 20416{立、 20647位、 21607位、 21628位、 23154位、 25250位、 26280位、 27519位、 27522位、 2775frf立、 27763位、 28310位、 29245位、 29896{立、 または 30311位のいずれかの多型部位である、 〔2 0〕 に記載の 検査方法。
〔2 2〕 工程 （a ) に記載の LAMC2遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位のいず れかの多型部位である、 〔2 0〕 に記載の検査方法。
〔2 3〕 以下の工程 ( a ) および （b ) を含む、 歯周疾患の検査方法。
( a ) IL4遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補 鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
( b ) 工程 ( a ) により決定された塩基種を、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基 配列における 10001位、 12477位、 および 15382位のそれぞれの塩基種が、 G、 Aおよび Tであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種 と比較する工程
〔2 4〕 工程 （a ) に記載の IL4遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 4276位、 4617位、 4882位、 4927位、 5491位、 5633位、 5710位、 6302位、 6408位、 6475位、 6524位、 6527位、 6554位、 6777位、 6819位、 6857位、 6946位、 7374位、 7950位、 8120位、 8428位、
8536位、 8874位、 8938位、 8951位、 9019位、 9948位、 9987位、 10001位、
10196位、 1025&f立、 10269位、 10278位、 10330位、 10481位、 10602位、
10653位、 10697位、 10868位、 11120位、 11373位、 115贿、 11629位、
11647位、 11687位、 11719位、 11721位、 11779位、 11792位、 11940位、
12233位、 12327位、 12448位、 12477位、 12537位、 12610位、 12650位、
12783位、 12885位、 13164位、 13425位、 13433位、 13630位、 13674位、 13821位、 14216{立、 14217位、 14445位、 14521位、 14641位、 14677位、
14902位、 1492啦、 14951位、 15166{立、 15382位、 16038位、
16122位、 16439位、 16630位、 1663&f立、 16819位、 16854位、 16983位、
17092位、 17200位、 17275位、 17323位、 17747位、 17789位、 17822位、
17842位、 17934位、 17944位、 18061位、 18507位、 18666立、 18707位、
19042位、 19057位、 19203位、 19261位、 19269位、 19271位、 1941
19619位、 19715位、 19735位、 應5位、 19987位、 20088位、 20151位、
20458位、 20571位、 20683位、 20815位、 21002位、 211 、 21162位、
21163位、 21324位、 21326j立、 21415位、 21427位、 21452位、 21496{立、
21561位、 21588位、 21687{tL 22334位、 22379位、 22422位、 22693位、
23081位、 23084位、 23091位、 23198位、 23328位、 24043位、 24525位、
24747位、 24837位、 24986立、 25009位、 25013位、 25128位、 25160位、 また は 25173位のいずれかの多型部位である、 〔2 3〕 に記載の検査方法。 〔2 5〕 工程 （a ) に記載の IL4遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位のいずれ かの多型部位である、 〔2 3〕 に記載の検查方法。
〔2 6〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAにハイプリダイズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有するオリ ゴヌクレオチドを含む、 歯周疾患の検査試薬。
〔2 7〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAを増幅するように設計されたフォヮ一ドプライマ一およびリバースプ ライマ一を含む、 歯周疾患の検査試薬。
〔2 8〕 〔1〕 に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された固相からな る、 歯周疾患の検査試薬。
〔2 9〕 歯周疾患が侵襲性歯周炎であり、 多型部位が 〔1〕 に記載の （1) 〜 (35) のいずれかの領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における 領域の多型部位である、 〔26〕 〜 〔28〕 のいずれかに記載の検査試薬。 〔30〕 歯周疾患が慢性歯周炎であり、 多型部位が 〔1〕 に記載の （28) 〜
(51) のいずれかの領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における 領域の多型部位である、 〔26〕 〜 〔28〕 のいずれかに記載の検査試薬。
〔31〕 多型部位が 〔6〕 および 〔9〕 に記載の （ ) 〜 （51，） のいずれかに 記載の多型部位である、 〔26〕 〜 〔28〕 に記載の検査試薬。
〔32〕 多型部位が 〔6〕 に記載の （1，） 〜 （35' ) のいずれかの多型部位であ る、 〔29〕 に記載の検查試薬。
〔33〕 多型部位が 〔9〕 に記載の （28' ) 〜 （51，） のいずれかの多型部位で ある、 〔30〕 に記載の検査試薬。
〔34〕 ADCY9遺伝子領域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域もしくは IL4遺 伝子領域、 または、 それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域にお ける多型部位を含む DNAにハイブリダイズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの 鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む、 歯周疾患の検査試薬。
〔35〕 多型部位が配列番号： 85、 87、 89、 91、 93、 95もしくは 97のいずれかに記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部 位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、 〔34〕 に記 載の検査試薬。
〔36〕 多型部位が、 配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 1 09、 1 1 1もしくは 1 13のいずれかに記載の塩基配列における 151位の 多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部 位である、 〔34〕 に記載の検査試薬。
〔37〕 多型部位が、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 10001位、 13296位、 もしくは 20647位のいずれかの多型部位、 または、 該部位におけ る塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、 〔34〕 に記載の検査 試薬。
〔3 8〕 多型部位が配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、
12477位、 もしくは 15382位のいずれかの多型部位、 または、 該部位におけ る塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、 〔3 4〕 に記載の検査 試薬 c
本発明者らは、 以下の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型を検出する ことで、 歯周疾患を検査できることを見出した。
(1) ジぺプチジルぺプチダーゼ 4 (dipeptidylpeptidase 4； DPP4) 遺伝子領域
(2) テロメラーゼ蛋白質成分 1 (telomerase protein component 1； TEPl) 遺伝 子領域
(3) ホスホイノシチド- 3-キナーゼ調節サブュニットポリぺプチド 1
(phosphoinositiae-J-kinase, regulatory subumt, polypeptide 1 (p85 alpha) ； PIK3R1) 遺伝子領域
(4) カタラーゼ （catalase； CAT) 遺伝子領域
(5) エンドセリン 3 (endothelin 3； EDN3) 遺伝子領域
(6) フィプリノゲン様蛋白質 2 (fibrinogen-like 2； FGL2) 遺伝子領域
(7) パラォキソナーゼ 1 (paraoxonase 1； P0N1) 遺伝子領域
(8) チ口シン 3_モノオヤシケナーゼ (tyrosine 3-monooxygenase/ tryptophan
5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide； YWHAZ) 迪伝ナ 領域
(9) 18型コラーゲン a l (collagen, type XVIII, alpha 1； C0L18A1) 遺伝子領 域
(10) 3型コラーゲン a l (collagen, type III， alpha 1 (Ehlers— Danlos
syndrome type IV, autosomal dominant) ； C0L3A1) 遺伝ナ¾¾^
(11) 4型コラーゲン a l (collagen, type IV, alpha 1 ; C0L4A1) 遺伝子領域 (12) 16型コラーゲン CK I (collagen, type XVI, alpha 1； C0L16A1) 遺伝子領 域
(13) カテブシン B (cathepsin B； CTSB) 遺伝子領域
(14) インタ—ロイキン 10受容体 /3 (interleukin 10 receptor, beta；
IL10RB) 遺伝子領域
(15) インターロイキン l a (interleukin 1, alpha； ILIA) 遺伝子領域
(16) インターロイキン 6シグナルトランスデューサ一 （interleukin 6 signal transducer pl30， oncostatin M receptor) ； IL6ST) 遺 ナ ¾ί
(17) 毛特異的酸性ケラチン 2 (keratin, hair, acidic, 2； KRTHA2) 遺伝子镇 域
(18) ラミニン α 4 (laminin, alpha 4； LAMA4) 遺伝子領域
(19) フ ニン ¾：容体 1 (laminin receptor 1 (ribosomal protein SA,
67kDa) ； LAMR1) 遺伝子領域
(20) プロコラーゲンリシン 2ォキソグルタレート 5ジォキシゲナーゼ 2
(procollagen-lysine, 2— oxoglutarate 5-dioxygenase v^ysine hydroxylase) 2； PL0D2) 遺伝子領域
(21) プロテオグリカン 4 (proteoglycan 4, (megakaryocyte stimulating
r act or, articular superiicia丄 zone protein, camptodacty丄 y，
arthropathy, coxa vara, pericarditis syndrome) ； PRG4) 遺伝ナ¾¾!
(22) プロスタグランジン D2合成酵素 （prostaglandin D2 synthase 21kDa (brain) ； PTGDS) 遺伝子領域
(23) プロスタグランジン E受容体 1 (prostaglandin E receptor 1 (subtype EP1) , 42kDa； PTGER1) 遺伝子領域
(24) プロスタグランジン F受容体 （prostaglandin F receptor (FP) ； PTGFR) 遺伝子領域
(25) トランスフォーミング成長因子 β受容体 3 (transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kDa) ； TGFBR3) 遺伝子領域 (26) メタ口プロティナーゼ組織阻害剤 3 (tissue inhibitor of metal丄 oproteinase 3 (Sorsby fundus dystrophy, pseudoinflammatoryノ TI P3) 遺伝子領域
(27) 腫瘍壊死因子 (tumor necrosis factor (TNF superfamily, member 2) ； TNFA) 遺伝子領域
(28) アデ二レートシクラーゼ 9 (adenylate cyclase 9； ADCY9) 遺伝子領域
(29) ゴナド卜口ピン放出ホノレモン (gonadotropin- releasing hormone 1
(leutinizing- releasing hormoneノ ； GNRH1) 遺 ナ" Ρ ¾¾'
(30) スカべンジャー受容体クフス Bl (scavenger receptor class B, member 1 ； SCARB1) 遺伝子領域
(31) 1型コラーゲン a l (collagen, type I, alpha 1 ; C0L1A1) 遺伝子領域
(32) 上皮成長因子 (epidermal growth factor (beta-urogastrone) ； EGF) 遺伝 子領域
(33) エフスチン (elastin (supravalvular aortic stenosis, Williams - Beuren syndrome) ； ELN) 遺伝子領域
(34) ケラチン 23 (keratin 23 (histone deacetyl ase inducible) ； KRT23) 遺 伝子領域
(35) ラミニン 1 (laminin, beta 1； LAMB1) 遺伝子領域
(36) 血液凝固第 V因子 (coagulation factor V (proaccelerin, labile
factor) ； F5) 遺伝子領域
(37) フイブリノゲン様蛋白質 1 (fibrinogen- like 1； FGLl) 遺伝子領域
(38) レプチン （leptin (obesity homolog, mouse) ； LEP) 遺伝子領域
(39) 12型コラーゲン ct l (collagen, type XII， alpha 1； C0L12A1) 遺伝子領 域
(40) 17型コラーゲン a l (collagen, type XVII, alpha 1； C0L17A1) 遺伝子領 域 (41) 9型コラーゲン a l (collagen, type IX, alpha 1； C0L9A1) 遺伝子領域
(42) カテブシン D (cathepsin D (lysosomal aspartyl protease)； CTSD) 遺 is 子領域
(43) カテブシン G (cathepsin G； CTSG) 遺伝子領域
(44) 上皮成長因子受容体 (epidermal growth factor receptor
(erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homo log, avian) ； EGFR) 遺伝子領域
(45) 線維芽細胞成長因子 12 (fibroblast growth factor 12； FGF12) 遺伝子領 域
(46) フコシルトランスフェラ一ゼ 1 (fucosyltransferase 1 (galactoside 2- alpha-L-fucosyltransr erase, Bombay phenotype included) ； f JTl) 遺伝 子領域
(47) へノくラン硫酸プロテ才グジカン 2 (heparan sulfate proteoglycan 2
(perlecan) ； HSPG2) 遺伝子領域
(48) フ：^ニン α 2 (laminin, alpha 2 (merosin, congenita丄 muscular
dystrophy) ； LAMA2) 遺伝子領域
(49) プロコラーゲンリシン 2ォキソグルタレート 5ジォキシゲナ一ゼ
(procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase (lysine hydroxylase, Ehlers - Danlos syndrome type VI) ； PLOD) 伝ナ 域 (50) プロスタグランジン E受容体 2 (prostaglandin E receptor 2 (subtype EP2)， 53kDa； PTGER2) 遺伝子領域
(51) プロスタグランジン E受容体 3 (prostaglandin E receptor 3 (subtype EP3) ； PTGER3) 遺伝子領域
(52) (1) 〜 （51) のいずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域 本発明は、 この知見に基づき、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型を検 出する工程を含む、 歯周疾患に関連する多型を有する力否かを検査するための方 法を提供する。
本発明において、 「歯周疾患」 としては、 好ましくは歯周炎であり、 より好ま しくは侵襲' 14歯周炎 (aggressive periodontitis) または IS'性歯周炎 (chronic periodontitis) で teる。
本発明においては、 好ましくは、 上記 (1) 〜 （35) のいずれかの領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出することで、 侵襲性歯周 炎の検査を行う。 また、 上記 （28) 〜 （51) のいずれかの領域、 または、 該領域 と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出することで、 慢性歯周炎の検査 を行うことが好ましい。
本発明において、 遺伝子領域とは、 遺伝子を含むゲノム DM上の一定領域を意 味する。 該領域には、 遺伝子の発現制御領域 （例えば、 プロモータ一領域） や遺 伝子の 3'末端非翻訳領域などが含まれる。
多型とは、 遺伝学的には、 母集団中 1%以上の頻度で存在している塩基変化と 一般的に定義される。 しかしながら、 本発明における 「多型」 は、 この定義に制 限されず、 1%未満の塩基の変化も 「多型」 に含む。 本発明における多型の種類と しては、 例えば、 一塩基多型、 一から数十塩基 （時には数千塩基） が欠失、 置換 あるいは挿入している多型等が挙げられるが、 これらに限定されるものではない。 さらに、 多型部位の数についても特に制限はなく、 1個以上の多型を有していて もよい。 ここで、 一塩基多型とは、 個人間での DNA塩基配列の一塩基の違いによ る多型を意味する。
本発明における多型としては、 歯周疾患に関連する多型であれば特に制限はな レ、。 本発明における多型部位としては、 好ましくは、 以下の （ ) 〜 （52' ) のい ずれかに記載の多型部位が挙げられる。
(1' ) DPP4遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1または 2に記載 の塩基配列における 151位の多型部位
(2' ) TEP1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 3または 4に記載 の塩基配列における 151位の多型部位
(3' ) PIK3R1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 5または 6に記 載の塩基配列における 151位の多型部位
(4' ) CAT遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 7または 8に記載 の塩基配列における 151位の多型部位
(5' ) EDN3遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 9または 1 0に記 載の塩基配列における 151位の多型部位
(6' ) FGL2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1または 1 2に 記載の塩基配列における 151位の多型部位
(7' ) P0N1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3または 1 4に 記載の塩基配列における 151位の多型部位
(8' ) YWHAZ遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 5または 1 6 に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(9' ) C0L18A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1 5に記載 の塩基配列における 1748位、 3813位、 4313位、 4362位、 4397位、 4613 位、 4727位、 4737位、 4944位、 5577位、 5690位、 6003位、 6469位、
6582位、 6948位、 7008位、 7033位、 7060位、 7151位、 7473位、 8202位、
9209位、 10001位、 10559位、 10592位、 10777位、 10787位、 10909位、
15636位、 17481位、 17724位、 20894位、 21147位、 21590位、 21811位、 22127位、 23111位、 23755位、 23810位、 24079位、 24785位、 24888位、
25945位、 26253位、 26288位、 27690位、 27850位、 30456位、 または
30461位のいずれかの多型部位
(10' ) C0L3A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1 6に記載 の塩基配列における 473位、 1138位、 2875位、 3930位、 6005位、 6154位、 6179位、 7226位、 8642位、 9475位、 10001位、 10145位、 11007位、
14468位、 15283位、 17539位、 または 19223位のいずれかの多型部位 (11' ) C0L4A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1 7に記載 の塩基配列における 76位、 682位、 918位、 1108位、 1202位、 1313位、 1612位、 1831位、 2122位、 4067位、 4076位、 4253位、 4909位、 4970位、 5664位、 5944位、 6217位、 6641位、 7335位、 7385位、 7715位、 8876位、 9687位、 9906位、 10001位、 10004位、 10130位、 10398位、 10496位、
10499位、 10535位、 10669位、 10704位、 11058位、 13722位、 13931位、
14135位、 15367位、 15518位、 15818位、 15872位、 15874位、 16943位、
17215位、 17551位、 17847位、 17862位、 17932位、 18118位、 18124位、
18459位、 19249位、 19435位、 19466位、 20634位、 21382位、 21995位、
22078位、 22381位、 23010位、 24635位、 26588位、 27193位、 27354位、
28000位、 28059位、 28097位、 28129位、 29190位、 29247位、 30094位、
30572位、 30956位、 31082位、 31168位、 31404位、 32562位、 33125位、
34529位、 35265位、 35587位、 35858位、 36049位、 36239位、 37065位、
3773 位、 37771位、 38835位、 38898位、 39278位、 39461位、 40309位、
40334位、 40625位、 41314位、 41386位、 41558位、 41580位、 41980位、
42026位、 42039位、 42059位、 42352位、 42365位、 42370位、 42376位、
42428位、 42585位、 42764位、 43051位、 43419位、 45973位、 46151位、
46221位、 46629位、 46697位、 46724位、 46815位、 48046位、 48367位、
48439位、 48864位、 49316位、 50078位、 50234位、 50287位、 または 50763位のいずれかの多型部位
(12' ) C0L16A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1 8に記载 の塩基配列における 1335位、 1980位、 2991位、 3060位、 3347位、 3463 位、 3582位、 4355位、 5639位、 5825位、 6654位、 10001位、 13577位、
14487位、 または 19768位のいずれかの多型部位
(13' ) CTSB遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 1 9に記載の 塩基配列における 1207位、 1214位、 1240位、 1256位、 1354位、 1539位、 2049位、 2050位、 2304位、 2423位、 3066位、 3199位、 3298位、 3609位
4286位、 4494位、 4569位、 4850位、 4963位、 5599位、 5607位、 5763位
5958位、 6060位、 6115位、 6140位、 6464位、 6605位、 6704位、 674 位
6750位、 6751位、 6795位、 6818位、 6868位、 6984位、 7066位、 7139位.
7148位、 7175位、 7237位、 7303位、 7404位、 7456位、 7702位、 7870位.
7910位、 8198位、 8282位、 8359位、 8385位、 8519位、 8521位、 9158位.
9160位、 9212位、 9319位、 9581位、 9740位、 9759位、 10001位、 10204 位、 10244位、 10304位、 10310位、 10539位、 10732位、 11091位、 11170 位、 11443位、 11870位、 11889位、 11894位、 11904位、 12036位、 12451 位、 12662位、 12813位、 13122位、 13217位、 13312位、 13662位、 13692 位、 14060位、 14807位、 14819位、 15163位、 15231位、 15491位、 15565 位、 15921位、 16011位、 16019位、 16335位、 17305位、 または 17501位 のいずれかの多型部位
(14' ) IL10RB遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 0に記載 の塩基配列における 3383位、 3458位、 7823位、 8517位、 9173位、 9924 位、 10001位、 10461位、 10556位、 10667位、 10669位、 10965位、 11930 位、 12339位、 12341位、 13898位、 14356位、 14406位、 14407位、 15224 位、 15364位、 16774位、 16950位、 19265位、 19659位、 19665位、 19950 位、 20265位、 20771位、 20948位、 21083位、 21933位、 21991位、 22246 位、 22270位、 23238位、 23599位、 23817位、 23989位、 24063位、 24100 位、 24372位、 24808位、 24992位、 25164位、 25191位、 25641位、 26765 位、 27212位、 27492位、 27795位、 28161位、 28558位、 28829位、 28948 位、 28972位、 または 30011位のいずれかの多型部位
(15' ) ILIA遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 1に記載の 塩基配列における 4662位、 5587位、 5854位、 6282位、 6646位、 6799位
-8172位、 9139位、 9958位、 10001位、 10216位、 10372位、 10496位、 11753位、 11786位、 11902位、 11915位、 13053位、 13345位、 14444位、 14535位、 14647位、 14740位、 14768位、 16488位、 17523位、 17836位、 18997位、 19030位、 19389位、 19476位、 または 19748位のいずれかの多 型部位
(16' ) IL6ST遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 2に記載の 塩基配列における 115位、 119位、 123位、 139位、 2517位、 2813位、 5750位、 5769位、 または 10001位のいずれかの多型部位
(17' ) KRTHA2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 3に記載 の塩基配列における 1796位、 1867位、 1964位、 4942位、 5020位、 5323 位、 5841位、 6113位、 6132位、 6164位、 6347位、 6380位、 7316位、 7905位、 8025位、 8095位、 8252位、 8405位、 8838位、 8940位、 8985位、 9606位、 9763位、 9964位、 9979位、 9980位、 10001位、 10072位、 10105 位、 10326位、 10920位、 11619位、 11796位、 12217位、 12218位、 12672 位、 12954位、 13271位、 14010位、 14011位、 14508位、 14594位、 14771 位、 14772位、 15043位、 15126位、 15212位、 15293位、 15309位、 15311 位、 15502位、 19773位、 19836位、 20077位、 20083位、 または 20641位 のレ 、ずれかの多型部位
(18' ) LAMA4遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 4に記載の 塩基配列における 964位、 3645位、 5581位、 5587位、 5609位、 5610位、 6605位、 6616位、 6843位、 6850位、 6931位、 7370位、 10001位、 10108 位、 12342位、 12536位、 14272位、 または 16116位のいずれかの多型部位 (19' ) LAMR1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 5に記載の 塩基配列における 134位、 6382位、 6519位、 6701位、 9035位、 9368位、 10001位、 12269位、 12337位、 12354位、 12360位、 13003位、 13288位、 13391位、 13825位、 13841位、 14006位、 14007位、 22058位、 または
22223位のいずれかの多型部位 (20' ) PL0D2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 6に記載の 塩基配列における 902位、 931位、 3204位、 6676位、 7682位、 7686位、 7693位、 8859位、 9195位、 9518位、 9971位、 10001位、 10088位、 10091 位、 11195位、 13421位、 13437位、 13686位、 13803位、 13974位、 14217 位、 18702位、 または 19179位のいずれかの多型部位
(21' ) PRG4遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 7に記載の 塩基配列における 1364位、 2299位、 2464位、 2480位、 9633位、 9850位、 10001位、 11730位、 14666位、 または 15759位のいずれかの多型部位
(22' ) PTGDS遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 8に記載の 塩基配列における 4627位、 6035位、 6336位、 6644位、 10001位、 12748 位、 12920位、 13013位、 18444位、 18457位、 19432位、 または 20001位 のいずれかの多型部位
(23' ) PTGERl遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 2 9に記载 の塩基配列における 211位、 247位、 264位、 341位、 859位、 4903位、 7292位、 8697位、 8768位、 8866位、 9293位、 9493位、 9567位、 10001位、
10128位、 11151位、 12244位、 12474位、 12634位、 14705位、 16841位、 17148位、 17710位、 17760位、 17966位、 19760位、 または 19793位のい ずれかの多型部位
(24' ) PTGFR遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 0に記載の 塩基配列における 3980位、 4498位、 6500位、 6680位、 7028位、 8271位、
8357位、 9576位、 10001位、 10374位、 10470位、 10647位、 10732位、 10789位、 10981位、 10989位、 11278位、 11928位、 12543位、 13326位、 13452位、 13472位、 472位、 13567位、 14166位、 14390位、 14609位、 14655位、 15214位、 16840位、 17187位、 17639位、 17883位、 18814位、 または.19093位のいずれかの多型部位
(25' ) TGFBR3遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 1に記載 の塩基配列における 956位、 2506位、 2574位、 3616位、 4741位、 5235位、 6250位、 6686位、 6933位、 7057位、 9168位、 9372位、 9427位、 9443位、
9513位、 10001位、 10064位、 10778位、 10929位、 11165位、 11270位、
11406位、 11816位、 11829位、 12272位、 12822位、 12984位、 14112位、
15427位、 16850位、 18887位、 19130位、 19194位、 19753位、 20583位、
22282位、 22746位、 22901位、 23049位、 23494位、 24791位、 25498位、
25978位、 26098位、 26424位、 26745位、 26746位、 26821位、 27869位、
30043位、 30 6位、 または 30164位のいずれかの多型部位
(26' ) TIMP3遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 2に記載の 塩基配列における 340位、 4755位、 7131位、 9154位、 10001位、 12378位、
16455位、 16576位、 16776位、 18262位、 18275位、 18477位、 19149位、 19316位、 19387位、 19876位、 19885位、 19896位、 または 19955位のい ずれかの多型部位
(27' ) TNFA遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 3に記載の 塩基配列における 287位、 515位、 889位、 3127位、 3699位、 5145位、
5178位、 5397位、 5398位、 5910位、 6335位、 6545位、 6667位、 6668位、 6971位、 7041位、 7042位、 7329位、 7456位、 7593位、 7657位、 7661位、 7684位、 8679位、 8748位、 9208位、 9354位、 9376位、 9382位、 9553位、 9555位、 9591位、 9664位、 9671位、 9720位、 9931位、 9995位、 10001位、
10306位、 10391位、 10505位、 10572位、 10658位、 10727位、 10927位、
11089位、 11125位、 11406位、 11491位、 11542位、 11818位、 12291位、
12633位、 12667位、 13395位、 13662位、 13689位、 13750位、 13854位、
13880位、 14015位、 14267位、 14320位、 14360位、 14374位、 14414位、
14511位、 14547位、 14589位、 14692位、 14719位、 15096位、 15268位、
15351位、 15756位、 15790位、 16307位、 16456位、 16701位、 17352位、
17439位、 17460位、 17966位、 18095位、 18424位、 または 18437位のい ずれかの多型部位
(28' ) ADCY9遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 7または 1 8 に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 配列番号： 1 9ま たは 2 0に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(29' ) GNRH1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 2 1または 2 2 に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(30' ) SCARB1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 4に記載 の塩基配列における 120位、 136位、 162位、 427位、 530位、 1362位、 1363位、 1412位、 1567位、 2341位、 2610位、 3524位、 3959位、 4296位 4940位、 5409位、 5824位、 6522位、 6564位、 6755位、 7646位、 7798位 7819位、 8015位、 8122位、 8848位、 9096位、 9413位、 9424位、 9441位.
10001位、 11639位、 11982位、 11990位、 12077位、 12090位、 13737位、
13755位、 14554位、 15066位、 15292位、 15457位、 15646位、 15943位、
17114位、 17287位、 17714位、 18291位、 19403位、 19425位、 20143位、
2040 位、 20522位、 21726位、 22920位、 23071位、 24276位、 24360位、
25434位、 25539位、 25703位、 25971位、 26431位、 26739位、 26760位、
26764位、 26927位、 28308位、 28619位、 28760位、 29179位、 29329位、
29560位、 30251位、 30736位、 30998位、 31207位、 31920位、 32218位、
37200位、 37692位、 42327位、 または 50935位のいずれかの多型部位 (31' ) C0L1A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 5に記載 の塩基配列における 109位、 654位、 732位、 1798位、 2708位、 2903位、 4079位、 4228位、 4252位、 4792位、 5120位、 5301位、 7409位、 7610位 8346位、 8373位、 8690位、 8832位、 9099位、 9755位、 9786位、 9829位. 9942位、 9947位、 10001位、 10069位、 10196位、 10232位、 10519位、 10883位、 10977位、 11043位、 11045位、 11310位、 11622位、 11697位、
12189位、 12406位、 12475位、 12704位、 13649位、 14271位、 14434位、 14565位、 15203位、 15419位、 15423位、 15606位、 16001位、 16171位、
16282位、 16406位、 16582位、 16705位、 16883位、 16960位、 17825位、
18287位、 18360位、 18413位、 18756位、 19035位、 20135位、 20419位、
20444位、 21226位、 21271位、 21289位、 22641位、 22678位、 22696位、
22709位、 22719位、 23897位、 23951位、 24215位、 24714位、 24729位、
24743位、 24767位、 24796位、 25455位、 25475位、 25499位、 25529位、
25530位、 25911位、 26199位、 26204位、 27336位、 27635位、 27636位、 または 27970位のいずれかの多型部位
(32' ) EGF遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 6に記載の塩 基配列における 5944位、 9392位、 9696位、 10001位、 10517位、 10796位
11240位、 11335位、 11483位、 11526位、 11620位、 12079位、 13907位、 14899位、 14979位、 15973位、 16362位、 16837位、 17381位、 20332位、 20470位、 20749位、 21742位、 25089位、 43199位、 48326位、 49066位、 49543位、 50522位、 52218位、 54317位、 55447位、 または 57297位のい ずれかの多型部位
(33' ) ELN遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 7に記載の塩 基配列における 1142位、 2657位、 2975位、 3650位、 3751位、 3803位、 5367位、 5519位、 10001位、 10124位、 12490位、 13245位、 14509位、 15451位、 20178位、 27030位、 28575位、 28643位、 31355位、 34097位、 34110位、 または 36614位のいずれかの多型部位
(34' ) KRT23遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 8に記載の 塩基配列における 342位、 2029位、 2118位、 6500位、 6752位、 8709位、 8823位、 10001位、 10277位、 10794位、 10805位、 10810位、 11430位、 11597位、 12525位、 12830位、 14388位、 14645位、 15029位、 15186位、 16565位、 16816位、 17176位、 21790位、 21827位、 21947位、 21964位、
22640位、 22752位、 25900位、 26502位、 27635位、 27777位、 27791位、 30616位、 30650位、 または 30957位のいずれかの多型部位
(35，） LAMB1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 3 9に記載の 塩基配列における 480位、 1230位、 2221位、 2414位、 2781位、 2875位、 4999位、 5055位、 5901位、 8107位、 10001位、 10139位、 10275位、 10897位、 10962位、 11190位、 11393位、 11942位、 12734位、 12849位、
14845位、 15165位、 15699位、 16530位、 18323位、 または 18333位のい ずれかの多型部位
(36' ) F5遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 2 3または 2 4に 記載の塩基配列における 151位の多型部位
(37' ) FGL1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 2 5または 2 6 に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(38' ) LEP遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 2 7または 2 8に 記載の塩基配列における 151位の多型部位
(39' ) C0L12A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 0に記載 の塩基配列における 2198位、 2699位、 6511位、 6789位、 7554位、 8442 位、 8715位、 10001位、 11254位、 12288位、 16001位、 または 17077位の いずれかの多型部位
(40' ) C0L17A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 1に記載 の塩基配列における 96位、 813位、 848位、 1033位、 1442位、 1593位、 1815位、 1919位、 4094位、 42%位、 4339位、 4759位、 5670位、 5886位
6542位、 6701位、 7886位、 7950位、 9151位、 9725位、 9873位、 10001位
10029位、 10969位、 11165位、 11255位、 14195位、 14245位、 14534位、
14615位、 14971位、 15174位、 16520位、 16668位、 17012位、 19784位、
20876位、 21747位、 22893位、 22958位、 23051位、 23106位、 23232位、
23293位、 24106位、 28196位、 28675位、 29464位、 30486位、 31935位、
32255位、 32622位、 32733位、 33000位、 33037位、 33120位、 33250位、 33862位、 34481位、 34688位、 34712位、 34839位、 36994位、 37259位、
37752位、 38231位、 38301位、 38661位、 38932位、 39090位、 39632位、
40905位、 42065位、 42129位、 43761位、 44085位、 44329位、 44756位、
45848位、 46277位、 46454位、 49738位、 49778位、 49972位、 54744位、
54796位、 56499位、 57799位、 57915位、 60576位、 61688位、 63023位、
63822位、 63834位、 または 63870位のいずれかの多型部位
(41' ) C0L9A1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 2に記載 の塩基配列における 498位、 555位、 1366位、 1640位、 1782位、 2517位、 3110位、 326 位、 3650位、 4279位、 581位、 622位、 5056位、 5431位、 5635位、 6973位、 7018位、 7687位、 8071位、 8128位、 8803位、 8852位、 8954位、 9310位、 10001位、 10024位、 10389位、 10424位、 10426位、
10565位、 10600位、 10819位、 11101位、 11175位、 11634位、 12172位、
12581位、 13079位、 13740位、 14267位、 14778位、 14818位、 16202位、
16528位、 16578位、 19782位、 22905位、 23164位、 23818位、 24163位、
24244位、 24489位、 24828位、 24882位、 25274位、 26327位、 26451位、
27952位、 29546位、 29572位、 29730位、 29777位、 32992位、 33119位、
36396位、 36884位、 39627位、 39749位、 41439位、 42155位、 42449位、
43759位、 43994位、 44763位、 45412位、 45500位、 45706位、 45711位、
45886位、 45906位、 46098位、 46106位、 46823位、 46899位、 46946位、
47188位、 47211位、 47608位、 47964位、 48003位、 48279位、 48774位、
48792位、 49161位、 49167位、 49494位、 49640位、 49787位、 49840位、
50344位、 50416位、 50419位、 50461位、 50619位、 51154位、 5134 位、
51379位、 51713位、 51943位、 52486位、 52620位、 52688位、 53319位、
53966位、 54757位、 57343位、 59179位、 59449位、 59459位、 59766位、
60205位、 60470位、 60594位、 60697位、 61411位、 62620位、 62792位、
62860位、 62950位、 63914位、 64055位、 64125位、 64523位、 64929位、 65453位、 65782位、 66946位、 67630位、 68103位、 68229位、 68230位、 68315位、 70016位、 70867位、 71137位、 71886位、 72331位、 72353位、 72579位、 または 72616位のいずれかの多型部位
(42' ) CTSD遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 3に記載の 塩基配列における 822位、 824位、 853位、 870位、 963位、 1035位、 1169 位、 1308位、 7146位、 7709位、 7728位、 7741位、 7780位、 7805位、 7843位、 7844位、 7888位、 7941位、 7965位、 8060位、 8335位、 9948位 10001位、 11990位、 12342位、 12807位、 16263位、 または 16768位のい ずれかの多型部位
(43' ) CTSG遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 4に記載の 塩基配列における 757位、 984位、 1360位、 2092位、 8980位、 10001位、 10624位、 11042位、 または 15953位のいずれかの多型部位
(44' ) EGFR遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 5に記載の 塩基配列における 75位、 2800位、 3010位、 3957位、 4627位、 4722位、 4825位、 4881位、 5253位、 7319位、 8087位、 8396位、 8834位、 9100位.
9105位、 9826位、 9835位、 10001位、 10070位、 10598位、 10618位、
10631位、 10642位、 10718位、 11329位、 11615位、 12098位、 13256位、
13279位、 15458位、 17422位、 18635位、 19920位、 23233位、 23710位、
24050位、 24751位、 25417位、 26209位、 26441位、 28826位、 29255位、
29296位、 30119位、 31377位、 31512位、 31699位、 32775位、 32825位、
33303位、 33387位、 33437位、 33573位、 34680位、 36145位、 36371位、
36573位、 36597位、 36683位、 36759位、 36763位、 36787位、 37038位、
39317位、 39970位、 42697位、 43630位、 または 43638位のレ、ずれかの多 型部位
(45' ) FGF12遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 6に記載の 塩基配列における 319位、 2530位、 6272位、 7937位、 8205位、 10001位、 11274位、 13402位、 14476位、 14801位、 14852位、 17882位、 18217位、 18522位、 18674位、 18812位、 または 18989位のいずれかの多型部位 (46' ) FUT1遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 7に記載の 塩基配列における 222位、 2465位、 2466位、 4624位、 5112位、 6298位、 6976位、 8485位、 9457位、 9945位、 10001位、 10397位、 10821位、
10944位、 11507位、 11635位、 11963位、 12750位、 12819位、 14634位、 14709位、 15985位、 16968位、 17124位、 17312位、 17567位、 17621位、 17775位、 18137位、 18225位、 18347位、 18879位、 18923位、 19284位、 19609位、 19714位、 19753位、 または 19754位のいずれかの多型部位 (47' ) HSPG2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 8に記載の 塩基配列における 3831位、 3882位、 3925位、 3928位、 4010位、 4197位、 4545位、 4701位、 4880位、 4949位、 10001位、 12151位、 13134位、 15737位、 16289位、 16318位、 20915位、 21001位、 22799位、 22800位、 23002位、 25842位、 29440位、 31331位、 31347位、 31845位、 31973位、 33925位、 37187位、 38753位、 40474位、 40493位、 44461位、 45840位、
46045位、 46468位、 または 48627位のいずれかの多型部位
(48' ) LAMA2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 4 9に記載の 塩基配列における 3728位、 5033位、 5770位、 9803位、 10001位、 10071 位、 15368位、 16174位、 16379位、 16584位、 または 19623位のいずれか の多型部位
(49' ) PLOD遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 5 0に記載の 塩基配列における 869位、 1048位、 1103位、 5092位、 5333位、 5795位、 6328位、 6455位、 6489位、 6616位、 8061位、 10001位、 12618位、 12746 位、 15882位、 15970位、 16961位、 17746位、 17751位、 18004位、 22945 位、 24796位、 29622位、 29877位、 30580位、 31500位、 32397位、 32406 位、 32528位、 33004位、 33056位、 33071位、 または 33127位のいずれか の多型部位
(50' ) PTGER2遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 5 1に記載 の塩基配列における 360位、 3151位、 4321位、 6804位、 8069位、 8931位、 9094位、 9111位、 9789位、 10001位、 10715位、 10720位、 10909位、
11107位、 11318位、 11557位、 11651位、 11797位、 14819位、 14825位、
15057位、 15862位、 18390位、 18494位、 18769位、 18841位、 18928位、
19215位、 19273位、 19516位、 19598位、 20007位、 20203位、 20254位、
20324位、 21302位、 21496位、 21536位、 21752位、 22956位、 23732位、
23755位、 23839位、 23923位、 24268位、 24690位、 24837位、 25556位、
26024位、 26509位、 26703位、 27302位、 28257位、 28473位、 28722位、
28855位、 29409位、 30167位、 31943位、 34159位、 34751位、 3595 位、
36290位、 36384位、 または 36487位のいずれかの多型部位
(51' ) PTGER3遺伝子領域における多型部位であって、 配列番号： 1 5 2に記載 の塩基配列における 431位、 1625位、 1710位、 1813位、 2757位、 4822位、 7809位、 8435位、 9518位、 9827位、 10001位、 10022位、 11582位、
12156位、 12379位、 12700位、 12999位、 13649位、 13726位、 14224位、
15770位、 15773位、 15879位、 16242位、 17759位、 19514位、 19743位、
20005位、 20133位、 20425位、 20609位、 21350位、 21358位、 21975位、
22916位、 23279位、 23283位、 23475位、 25464位、 25715位、 25941位、
25995位、 26229位、 26300位、 26385位、 26408位、 26657位、 27250位、
27347位、 27407位、 27613位、 27613位、 27892位、 28348位、 28648位、
28989位、 29161位、 29392位、 29611位、 30407位、 30703位、 30777位、
31051位、 31735位、 32037位、 32225位、 32239位、 32388位、 34349位、
37610位、 38225位、 38393位、 41420位、 42116位、 42306位、 48204位、
48464位、 48550位、 48656位、 51710位、 51751位、 52774位、 52841位、
53077位、 55039位、 55208位、 57049位、 57345位、 58040位、 58140位、 58321位、 58353位、 58905位、 58968位、 59269位、 59704位、 59809位、
60020位、 60030位、 60128位、 60130位、 60570位、 60573位、 60575位、
60620位、 60638位、 60656位、 60797位、 60868位、 61099位、 61123位、
61850位、 61869位、 63543位、 63907位、 64308位、 64308位、 65722位、
65743位、 66131位、 66885位、 67162位、 67209位、 67825位、 68294位、
68317位、 68557位、 68672位、 68913位、 69091位、 69212位、 69369位、
69426位、 69460位、 69640位、 69960位、 70030位、 70373位、 70620位、
70643位、 70651位、 70665位、 70749位、 70872位、 71048位、 71070位、
72248位、 72510位、 72537位、 72671位、 72696位、 72754位、 73232位、
73380位、 73400位、 73545位、 73594位、 74072位、 74864位、 または
76950位のレ、ずれかの多型部位
(52' ) (1' ) 〜 （51' ) のいずれかに記載の多型部位を有する鎖の相補鎖におけ る多型部位
なお、 本発明において、 「いずれかの多型部位」 とは、 少なくとも一つの多型 部位を意味する。 すなわち、 本発明の検査方法または検査試薬では標的遺伝子に おける上記多型部位の全てを対象としてもよいし、 そのうちの を対象として もよい。
本発明においては、 健常人の （1) 〜 （8) 、 (28) 、 (29) 、 (36) 、 (37) 、 および （38) のいずれかの領域の塩基配列を、 それぞれ、 配列番号： 1〜2 8に おける奇数番号に記載する。 また、 易罹患性を示す多型を有する領域の塩基配列 の例を、 それぞれ、 配列番号： 1〜2 8における偶数番号に記載する。
また、 （9) 〜 （27) 、 (30) 〜 （35) 、 (39) 〜 （50) 、 および （51) のいず れかの領域の塩基配列を、 それぞれ、 配列番号： 1 1 5〜1 5 2に記載する。
本発明において、 多型の検出は、 当業者に周知の方法で行なうことができる。 例えば、 多型部位における塩基種を決定することで行うことができるが、 この方 法に限定されるものではなレ、。 以下、 本発明の検査方法の好ましい態様を記載するが、 本発明の方法はそれら の方法に限定されるものではない。
本発明において、 多型を検出する方法としては、 まず、 被検者から DNA試料を 調製する。 次いで、 調製した DNA試料を制限酵素により切断する。 次いで、 DNA 断片をその大きさに応じて分離する。 次いで、 検出された DNA断片の大きさを、 対照と比較する。 また、 他の一つの態様においては、 まず、 被検者から DNA試料 を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNA を増幅する。 さらに、 増幅した DNAを制限酵素により切断する。 次いで、 DNA断 片をその大きさに応じて分離する。 次いで、 検出された DNA断片の大きさを、 対 照と比較する。
このような方法としては、 例えば、 制限酵素断片長多型 (Restriction
Fragment Length Polymorphism/RFLP) を利用した方法や PCR - RFLP法等が挙げら れる。 具体的には、 制限酵素の認識部位に変異が存在する場合、 あるいは制限酵 素処理によって生じる DNA断片内に塩基挿入または欠失がある場合、 制限酵素処 理後に生じる断片の大きさが対照と比較して変化する。 この変異を含む部分を PCR法によって増幅し、 それぞれの制限酵素で処理することによって、 これらの 変異を電気泳動後のパンドの移動度の差として検出することができる。 あるいは、 染色体 DNAをこれらの制限酵素によって処理し、 電気泳動した後、 本発明のプロ ーブ DNAを用いてサザンプロッティングを行うことにより、 変異の有無を検出す ることができる。 用いられる制限酵素は、 それぞれの変異に応じて適宜選択する ことができる。 この方法では、 ゲノム DMA以外にも被検者から調製した RNAを逆 転写酵素で cDNAにし、 これをそのまま制限酵素で切断した後、 サザンブロッティ ングを行うことも可能である。 また、 この cDNAを铸型として PCRで上記 （1) 〜 (52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅し、 それを制限酵素で切断 した後、 移動度の差を調べることも可能である。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅する。 さらに、 増幅した DNAを一本鎖 DNAに解離させる。 次いで、 解離させた一本鎖 DNAを非変 性ゲル上で分離する。 分離した一本鎖 DNA のゲル上での移動度を対照と比較する。
亥ガ法としては、 例 _ίί PCR-SSCP single-strand conformation polymorphism^ ー 鎖 r¾次構g多型)法 (Cloning and polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism analysis of anonymous Alu repeats on chromosome 11. Genomics. 1992 Jan 1 ; 12 (1)： 139— 146.、 Detection of p53 gene
mutations in human brain tumors by single-strand conformation
polymorphism analysis of polymerase chain reaction products. Oncogene. 1991 Aug 1； 6 (8)： 1313- 1318.、 Multiple fluorescence-based PCR-SSCP analysis with postlabeling. 、 PCR Methods Appl. 1995 Apr 1 ; 4 (5) : 275- 282. )が挙げられる。 この方法は操作が比較的簡便であり、 また被検試料の量も少 なくて済む等の利点を有するため、 特に多数の DNA試料をスクリーニングするの に好適である。 その原理は次の通りである。 二本鎖 DM断片を一本鎖に解離する と、 各鎖はその塩基配列に依存した独自の高次構造を形成する。 この解離した DNA鎖を、 変性剤を含まないポリアクリルアミドゲル中で電気泳動すると、 それ ぞれの高次構造の差に応じて、 相補的な同じ鎖長の一本鎖 DNAが異なる位置に移 動する。 一塩基の置換によってもこの一本鎖 DMの高次構造は変化し、 ポリアク リルアミドゲル電気泳動において異なる移動度を示す。 従って、 この移動度の変 化を検出することにより DNA断片に点突然変異や欠失、 あるいは挿入等による変 異の存在を検出することができる。
具体的には、 まず、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNA を PCR法等によって増幅する。 増幅される範囲としては、 通常 200〜400bp程度の 長さが好ましい。 PCRは、 当業者においては反応条件等を適宜選択して行うこと ができる。 PCRの際に、 32P等のアイソトープ、 蛍光色素、 またはピオチン等によ つて標識したプライマーを用いることにより、 増幅 DM産物を標識することがで きる。 あるいは PCR反応液に32 P等のアイソトープ、 蛍光色素、 またはピオチン等 によって標識された基質塩基を加えて PCRを行うことにより、 増幅 DNA産物を標 識することも可能である。 さらに、 PCR反応後にタレノウ酵素等を用いて、 32P等 のアイソトープ、 蛍光色素、 またはビォチン等によって標識された基質塩基を、 増幅 DNA断片に付加することによつても標識を行うことができる。 こうして得ら れた標識 DNA断片を、 熱を加えること等により変性させ、 尿素などの変性剤を含 まないポリアクリルアミドゲルによって電気泳動を行う。 この際、 ポリアクリル ァミドゲルに適量 （5〜10%程度） のグリセ口ールを添加することにより、 DNA断 片の分離の条件を改善することができる。 また、 泳動条件は各 DNA断片の性質に より変動するが、 通常、 室温 （20〜25°C) で行い、 好ましい分離が得られないと きには 4から 30°Cまでの温度で最適の移動度を与える温度の検討を行う。 電気泳 動後、 DNA断片の移動度を、 X線フィルムを用いたオートラジオグラフィーや、 蛍 光を検出するスキャナ一等で検出し、 解析を行う。 移動度に差があるバンドが検 出された場合、 このバンドを直接ゲルから切り出し、 PCRによって再度増幅し、 それを直接シークェンシングすることにより、 変異の存在を確認することができ る。 また、 標識した DNAを使わない場合においても、 電気泳動後のゲルをェチジ ゥムプロマイドゃ銀染色法などによって染色することによって、 パンドを検出す ることができる。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 ) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅する。 さらに、 増幅した DNAを、 DNA変性剤の濃度が次第に高まるゲル上で分離する。 次いで、 分離した DNAのゲル上での移動度を対照と比較する。
このような方法としては、 例えば、 変性剤濃度勾配ゲル (denaturant gradient gel electrophoresis ： DGGE法） 等を例示することができる。 DGGE法は、 変性剤 の濃度勾配のあるポリアクリルアミドゲル中で、 DNA断片の混合物を泳動し、 そ れぞれの不安定性の違いによって DNA断片を分離する方法である。 ミスマッチの ある不安定な DNA断片が、 ゲル中のある変性剤濃度の部分まで移動すると、 ミス マッチ周辺の DNA配列はその不安定さのために、 部分的に 1本鎖へと解離する。 この部分的に解離した DNA断片の移動度は、 非常に遅くなり、 解離部分のない完 全な二本鎖 DNAの移動度と差がつくことから、 両者を分離することができる。 具 体的には、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを本発明の プライマー等を用いた PCR法等によって増幅し、 これを尿素などの変性剤の濃度 が移動するに従って徐々に高くなつているポリアクリルアミドゲル中で電気泳動 し、 対照と比較する。 変異が存在する DNA断片の場合、 より低い変性剤濃度位置 で DNA断片が一本鎖になり、 極端に移動速度が遅くなるため、 この移動度の差を 検出することにより変異の有無を検出することができる。
また、 本発明においては、 多型部位の塩基種を決定することによつても多型を 検出することができる。
例えば、 被検者から DNA試料を調製する。 DNA試料は、 例えば被検者の血液、 皮膚、 だ液、 口腔粘膜、 毛髪、 手術または検査により採取あるいは切除した組織 または細胞から抽出した染色体 DNA、 あるいは RNA を基に調製することができる 本方法においては、 次いで、 上記 ) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を 含む DNAを単離する。 該 DNAの単離は、 例えば、 それぞれの遺伝子領域の多型部 位を含む DNAにハイブリダィズするプライマーを用いて、 染色体 DNA、 あるいは RNAを踌型とした PCR等によって行うことができる。
本方法においては、 次いで、 単離した DNAの塩基配列を決定する。 単離した DNAの塩基配列の決定は、 当業者に公知の方法で行うことができる。
本方法においては、 次いで、 決定した DNAの塩基配列を、 対照と比較する。 本 発明において、 対照とは、 配列番号： 1〜2 8、 および、 配列番号： 8 5〜1 5 4のいずれかに記載の塩基配列を含む DNAをいう。
本発明の検査方法は、 上記の如く被検者由来の DNAの塩基配列を直接決定する 方法以外に、 多型の検出が可能な種々の方法によって行うことができる。 別の方法においては、 まず、 被検者から調製した上記 （1) 〜 （52) のいずれか の領域の多型部位を含む DNA、 および、 ヌクレオチドプロ一プが固定された固相、 を提供する。
本発明において 「固相」 とは、 ヌクレオチドプローブを固定することが可能な 板状の材料を意味する。 本発明においてヌクレオチドには、 オリゴヌクレオチド およびポリヌクレオチドが含まれる。 本発明の固相は、 ヌクレオチドプローブを 固定することができれば特に制限はないが、 一般に DMァレイ技術で使用される 固相を好適に用いることができる。 一般に DNAアレイは、 高密度に固相にプリン トされた何千ものヌクレオチドで構成されている。 通常これらの DNAは非透過性 (non- porous)の固相の表層にプリントされる。 固相の表層は、 一般的にはガラス であるが、 透過性 (porous)の膜、 例えばニトロセルロースメンブレムを使用する ことができる。
本発明において、 ヌクレオチドの固定 （アレイ） 方法として、 Aff ymetrix社開 発によるオリゴヌクレオチドを基本としたアレイが例示できる。 オリゴヌクレオ チドのアレイにおいて、 オリゴヌクレオチドは通常 /? p 'troで合成される。 例え ば、 photolithographicの技術 （Aff ymetrix社） 、 およびィヒ学物質を固定させる ためのインクジエツト（Rosetta Inpharmatics社）技術等によるオリゴヌクレオチ ドの合成法が既に知られており、 いずれの技術も本発明の基板の作製に利用する ことができる。
固相に固定するヌクレオチドプローブは、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域 の多型を検出することができるものであれば、 特に制限されない。 即ち該プロー ブは、 例えば、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAにハイ ブリダィズするようなプローブである。 特異的なハイブリダィズが可能であれば、 ヌクレオチドプローブは、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DMに対し、 完全に相補的である必要はない。 本発明において固相に結合させる ヌクレオチドプローブの長さは、 オリゴヌクレオチドを固定する場合は、 通常 10 〜100ベースであり、 好ましくは 10〜50ベースであり、 さらに好ましくは 15〜25 ベースである。 更に、 クロスハイブリダィゼーシヨン （非特異的ハイブリダィゼ ーシヨン） による誤差を避けるために、 ミスマッチ (匪）プローブを用いることも できる。 ミスマッチプローブは、 標的塩基配列と完全に相補的な塩基配列からな るオリゴヌクレオチドとのペアを構成している。 ミスマッチプローブに対して、 完全に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドはパーフエクトマツチ （PM〉 プローブと呼ばれる。 データ解析の過程で、 ミスマッチプローブで観察されたシ グナルを消去することによって、 クロスハイブリダィゼーションの影響を小さく することができる。
本方法においては、 次いで、 該 DNAと該固相を接触させる。 この過程により、 上記ヌクレオチドプローブに対し、 DNAをハイプリダイズさせる。 ハイブリダィ ゼーションの反応液および反応条件は、 固相に固定するヌクレオチドプローブの 長さ等の諸要因により変動しうるが、 一般的に当業者に周知の方法により行うこ とができる。
本方法においては、 次いで、 該 DMと該固相に固定されたヌクレオチドプロ一 ブとのハイブリダィズの強度を検出する。 この検出は、 例えば、 蛍光シグナルを スキャナ一等によって読み取ることによって行うことができる。 尚、 DNAアレイ においては、 一般的にスライドガラスに固定した DNAをプローブといい、 一方溶 液中のラベルした DNAをターゲットという。 従って、 固相に固定された上記ヌク レオチドを、 本明細書においてヌクレオチドプローブと記載する。 本方法におい ては、 さらに、 検出したハイブリダィズの強度を対照と比較する。
このような方法としては、 例えば、 DNAアレイ法 （細胞工学別冊 「DNAマイクロ アレイと最新 PCR法」 ，秀潤社, 2000. 4/20発行， p97- 103 「ォリゴ DNAチップによ る SNPの解析」 ，梶江慎一） 等が挙げられる。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 また、 上 記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3' 側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。 次いで、 該 DNAを 铸型とし、 該プライマーを用いて、 プライマー伸長反応を行う。 次いで、 プライ マ一伸長反応産物を質量分析機にかけ、 質量測定を行う。 次いで、 質量測定の結 果から遺伝子型を決定する。 次いで、 決定した遺伝子型を対照と比較する。
このような方法としては、 例えば、 MALDI- T0F/MS法 (SNP遺伝子多型の戦略、 松 原謙一 ·榊佳之、 中山書店、 pl06- 117、 Trends Biotechnol (2000)： 18 : 77- 84)等 が挙げられる。 具体的には、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 この際、 上 記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DMを PCRなどを使用して増 幅することで調製することが好ましい。 次いで、 PCR産物を铸型として、 ジエノ タイピングプライマー （上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマー） の ddNTPプライマー伸長反応を行う。 この反応に用いる PCR産物は、 PCRプライマー を除去するための精製が行われてレ、ることが好ましい。 ジエノタイピンダプラィ マーは、 通常、 15bp以上の長さを有する。 プライマー伸長反応においては、 通常、 PCR産物に対して 10倍以上の過剰のジエノタイピングプライマーを加えるが、 こ れに制限されるものではなレ、。 サーマルサイクルの条件は適宜選択しうるが、 ジ エノタイビングプライマーのうち 30〜60%程度が伸長する条件が好ましい。 例え ば、 94°Cと 37°Cの 2温度間で 25回程度行うことで適当な伸長効率を得ることが できる。 次いで、 プライマ一伸長反応産物の MALDI プレートへのスポットを行い、 次いで、 質量測定を行う （マススペクトログラムを作成する） 。 次いで、 マスス ぺクトログラム解析から遺伝子型を決定し、 対照と比較する。
さらに別の 法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAにハイブリダィズする、 レポーター蛍光およびクェンチヤ一蛍光が標識されたヌクレオチドプローブを調 製する。 次いで、 該 DNAに、 該ヌクレオチドプローブをハイブリダィズさせる。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DMを増幅する。 次いで、 レポーター蛍光の発光を検出する。 次いで、 検出したレポーター蛍光の 発光を対照と比較する。
上記方法としては、 TaqMan PCR法 （SNP遺伝子多型の戦略、 松原謙一 ·榊佳之、 中山書店、 p94- 105、 Genet Anal. (1999) 14: 143 - 149) 等を挙げることができる。 具体的には、 上記 （A) 〜 （N) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAにハイ ブリダィズするヌクレオチドプローブの 5'末端にレポーター蛍光を標識する。 本 発明において、 レポーター蛍光としては、 FAMや VICなどが例示できるが、 これ らに限定されない。 さらに、 上記プローブの 3'末端にクェンチヤ一蛍光を標識す る。 本発明において、 クェンチヤ一蛍光としては、 レポーター蛍光を消光できる 物質であれば特に制限されない。 次いで、 レポーター蛍光おょぴクェンチヤ一蛍 光が標識されたヌクレオチドプローブを、 被検者から調製した DNAにハイプリダ ィズさせる。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNA を、 5'ヌクレア一ゼ活性を有する DNA ポリメラーゼを用いて増幅する。 その結果、 レポーター蛍光とクェンチヤ一蛍光を標識したヌクレオチドプローブのレポータ 一蛍光標識部分が切断され、 レポーター蛍光が遊離する。 本発明において、 5'ヌ クレアーゼ活性を有する DNAポリメラーゼとしては、 好適には TaqDNAポリメラー ゼが例示できるが、 これに限定されるものではなレ、。 本方法においては、 次いで、 遊離したレポーター蛍光を検出し、 さらに、 該レポーター蛍光の発光を対照と比 較する。 なお、 本方法においては、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部 位の塩基が正常型である場合と変異型である場合で異なるレポーター蛍光を標識 した 2種類のヌクレオチドプローブを用いることで、 1回の反応でタイビングす ることが可能である。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基から 5'側の塩基配列と相 補的な配列および該塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配列とハイブリダイ ズしない配列 （フラップ） を有するヌクレオチドプローブを調製する。 また、 上 記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基に対応する塩基 （任意の塩 基） が 3'末端であり、 該多型部位の塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配 列と相補的な配列を有するヌクレオチドプローブを調製する。 次いで、 調製した DNAに、 上記 2種類のヌクレオチドプローブをハイブリダィズさせる。 次いで、 ハイブリダイズした DNAを一本鎖 DNA切断酵素で切断し、 フラップを遊離させる。 本発明において、 一本鎖 DNA切断酵素としては、 特に制限はなく、 例えば下記の cleavaseが例示できる。 本方法においては、 次いで、 フラップと相補的な配列を 有するヌクレオチドプローブであって、 レポーター蛍光おょぴクェンチヤ一蛍光 が標識されたヌクレオチドプローブをフラップにハイブリダィズさせる。 次いで、 発生する蛍光の強度を測定する。 次いで、 測定した蛍光の強度を対照と比較する。 上記方法としては、 例えば、 Invader法 （SNP遺伝子多型の戦略、 松原謙一 ·榊 佳之、 中山書店、 p94- 105、 Genome Research (2000) 10: 330-343) 等が挙げられる。 具体的には、 まず、 上記 (1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基から 5'側の塩基配列と相補的な配列おょぴ該塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基 配列とハイプリダイズしない配列 （フラップ） を有するヌクレオチドプローブ
(プローブ を合成する。 また、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部 位の塩基に対応する塩基 （任意の塩基） が 3'末端であり、 該多型部位の塩基の 1 塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配列と相補的な配列を有するヌクレオチドプロー ブ （プローブ B) を合成する。 次いで、 これらプローブを調製した铸型 DNAにハ イブリダィズさせる。 この際、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の 塩基に対応するプローブ Bの塩基 （任意の塩基） が铸型 DNAとプローブ Aとの間 に侵入する。 この侵入部位を認識して、 該部位に対応するプローブ Aの塩基と該 塩基の 1塩基 3'側の塩基の間を切断するエンドヌクレアーゼ （cleavase) を用い てハイブリダィズした DNAを切断する。 これにより、 フラップ部分が遊離する。 次いで、 遊離したフラップ部分と、 フラップと相補的な配列を有するヌクレオチ ドプロープであって、 レポ一タ一蛍光およびクェンチヤ一蛍光が標識されたヌク レオチドプローブ （検出用プローブ） をハイブリダィズさせる。 該検出用プロ一 ブは、 一般的に fluorescence resonance energy transfer (FRET) プローブとよ ばれる。 該プローブにおいて、 5'側は自身で相補的に結合できる。 また、 3'側は フラップと相補的な配列を有している。 また、 自身で相補的に結合できる 5'側に おいて、 5'末端にはレポーター蛍光が標識され、 該 5'末端の 3'側にはクェンチヤ 一蛍光が標識されている。 遊離したフラップの 3'末端の塩基が、 FRETプローブに ハイブリダイズする結果、 該プローブのレポ一ター蛍光が標識された相補結合部 位に侵入することで、 cleavase が認識する構造が生成される。 本方法においては、 cleavaseによるレポーター蛍光標識部分の切断によつて遊離したレポ一タ一蛍光 を検出し、 さらに、 測定した蛍光の強度を対照と比較する。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅する。 次いで、 増幅した DNAを一本鎖に解離させる。 次いで、 解離させた一本鎖 DNAのうち、 片 鎖のみを分離する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩 基の近傍より 1塩基ずつ伸長反応を行い、 その際に生成されるピロリン酸を酵素 的に発光させ、 発光の強度を測定する。 次いで、 測定した蛍光の強度を対照と比 較する。 このような方法としては、 例えば、 Pyrosequencing法 (Anal. Biochem. (2000) 10: 103-110) 等が挙げられる。
さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。 次いで、 蛍光ラ ベルしたヌクレオチド存在下で、 増幅した DNAを铸型とし、 調製したプライマー を用いて一塩基伸長反応を行う。 次いで、 蛍光の偏光度を測定する。 次いで、 測 定した蛍光の偏光度を対照と比較する。 このような方法としては、 例えば、
AcycloPrime法 (Genome Research (1999) 9:492—498) 等が挙げられる。 さらに別の方法においては、 まず、 被検者から DNA試料を調製する。 次いで、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAを増幅する。 次いで、 上記 (1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基の 1塩基 3'側の塩基から 3'側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。 次いで、 蛍光ラ ベルしたヌクレオチド存在下で、 増幅した DNAを铸型とし、 調製したプライマー を用いて、 一塩基伸長反応を行う。 次いで、 一塩基伸長反応に使われた塩基種を 判定する。 次いで、 判定された塩基種を対照と比較する。 このような方法として、 例えば、 SNuPE法 (Rapid Vommun Mass Spectrom. (2000) 14 : 950 - 959)等が挙げら れる。
また、 PCR法を利用した更に高速な塩基種の決定が可能な方法も報告されてい る。 例えば、 lis型制限酵素を利用して多型部位の塩基種の決定が行われている。 この方法においては、 PCRにあたり、 lis型制限酵素の認識配列を有するプライマ —が用いられる。 遺伝子組み換えに利用される一般的な制限酵素 （II型） は、 特 定の塩基配列を認識して、 その塩基配列中の特定部位を切断する。 これに対して lis型の制限酵素は、 特定の塩基配列を認識して、 認識塩基配列から離れた部位 を切断する。 酵素によって、 認識配列と切断個所の間の塩基数は決まっている。 従って、 この塩基数の分だけ離れた位置に lis型制限酵素の認識配列を含むブラ イマ一がァニールするようにすれば、 lis型制限酵素によってちようど多型部位 で増幅産物を切断することができる。
lis型制限酵素で切断された増幅産物の末端には、 SNPsの塩基を含む付着末端 (conhesive end)が形成される。 ここで、 増幅産物の付着末端に対応する塩基配列 からなるアダプターをライゲーシヨンする。 アダプタ一は、 多型変異に対応する 塩基を含む異なる塩基配列からなり、 それぞれ異なる蛍光色素で標識しておくこ とができる。 最終的に、 増幅産物は多型部位の塩基に対応する蛍光色素で標識さ れる。
前記 lis型制限酵素認識配列を含むプライマーに、 捕捉プライマー (capture primer)を組み合せて PCR法を行えば、 増幅産物は蛍光標識されるとともに、 捕捉 プライマーを利用して固相化することができる。 例えばビォチン標識プライマー を捕捉プライマーとして用いれば、 増幅産物はアビジン結合ビーズに捕捉するこ とができる。 こうして捕捉された増幅産物の蛍光色素を追跡することにより、 塩 基種を決定することができる。
また、 複数のァレルを単一の反応系で並行して解析することができる技術も公 知である。 複数のアレルを並行して解析することは、 多重化と呼ばれている。 一 般に蛍光シグナルを利用したタイビング方法では、 多重化のために異なる蛍光波 長を有する蛍光成分が必要である。 しかし実際の解析に利用することができる蛍 光成分は、 それほど多くない。 これに対して、 樹脂等に複数種の蛍光成分を混合 した場合には、 限られた種類の蛍光成分であっても、 相互に識別可能な多様な蛍 光シグナルを得ることができる。 更に、 樹脂中に磁気で吸着される成分を加えれ ば蛍光を発するとともに、 磁気によって分離可能なビーズとすることができる。 このような磁気蛍光ビーズを利用した、 多重化多型タイピングが考え出された (バ ィォサイエンスとバイオインダストリ一， Vol. 60 Νο· 12， 821-824)。
磁気蛍光ビーズを利用した多重ィヒ多型タイビングにおいては、 各アレルの多型 部位に相補的な塩基を末端に有するプローブが磁気蛍光ビーズに固定化される。 各アレルにそれぞれ固有の蛍光シグナルを有する磁気蛍光ビーズが対応するよう に、 両者は組み合せられる。 一方、 磁気蛍光ビーズに固定されたプローブが相補 配列にハイブリダイズしたときに、 当該ァレル上で隣接する領域に相補的な塩基 配列を有する蛍光標識オリゴ DNAを調製する。
ァレルを含む領域を非対称 PCRによつて増幅し、 上記の磁気蛍光ビーズ固定ィ匕 プローブと蛍光標識ォリゴ DNAをハイブリダイズさせ、 更に両者をライゲーショ ンする。 磁気蛍光ビーズ固定化プローブの末端が、 多型部位の塩基に相補的な塩 基配列であった場合には効率的にライゲーシヨンされる。 逆にもしも多型のため に末端の塩基が異なれば、 両者のライゲ一シヨン効率は低下する。 その結果、 各 磁気蛍光ビーズには、 試料が当該磁気蛍光ビーズに相補的な塩基種であった場合 に限り、 蛍光標識ォリゴ DNAが結合する。
磁気によつて磁気蛍光ビーズを回収し、 更に各磁気蛍光ビーズ上の蛍光標識ォ リゴ DNA の存在を検出することにより、 塩基種が決定される。 磁気蛍光ビーズは、 フローサイトメーターでビーズ毎に蛍光シグナルを解析できるので、 多種類の磁 気蛍光ビーズが混合されていてもシグナルの分離は容易である。 つまり、 多種類 の多型部位について、 単一の反応容器で並行して解析する 「多重化」 が達成され る。
また、 RCA法も利用できる。 鎖置換作用を有する DNAポリメラーゼが、 環状の 1本鎖 DNAを铸型として長い相補鎖を合成する反応に基づく DNAの増幅方法が、. Rolling Circle Amplification (RCA)法でめる (Lizardri PM et al. , Nature
Genetics 19, 225， 1998)。 RCA法においては、 環状 DNAにァニールして相補鎖合 成を開始するプライマーと、 このプライマーによって生成する長い相補鎖にァニ ールする第 2のプライマーを利用して、 増幅反応を構成している。
RCA法には、 鎖置換作用を有する DNAポリメラーゼが利用されている。 そのた め、 相補鎖合成によって 2本鎖となった部分は、 より 5'側にァニールした別のプ ライマーから開始した相補鎖合成反応によって置換される。 例えば、 環状 DNAを 铸型とする相補鎖合成反応は、 1周分では終了しない。 先に合成した相補鎖を置 換しながら相補鎖合成は継続し、 長い 1本鎖 DNAが生成される。 一方、 環状 DNA を铸型として生成した長い 1本鎖 DNAには、 第 2のプライマ一がァニールして相 補鎖合成が開始する。 RCA法において生成される 1本鎖 DNAは、 環状の DNAを铸 型としていることから、 その塩基配列は同じ塩基配列の繰り返しである。 従って、 長い 1本鎖の連続的な生成は、 第 2のプライマーの連続的なァニールをもたらす。 その結果、 変性工程を経ることなく、 プライマーがァニールすることができる 1 本鎖部分が連続的に生成される。 こうして、 DNAの増幅が達成される。
RCA法に必要な環状 1本鎖 DNAが多型部位の塩基種に応じて生成されれば、 RCA 法を利用して塩基種の決定をすることができる。 そのために、 直鎖状で 1本鎖の パドロックプローブが利用される。 パドロックプローブは、 5，末端と 3，末端に検 出すべき多型部位の両側に相補的な塩基配列を有している。 これらの塩基配列は、 バックボーンと呼ばれる特殊な塩基配列からなる部分で連結されている。 多型部 位がパドロックプローブの末端に相補的な塩基配列であれば、 ァレルにハイブリ ダイズしたパドロックプローブの末端を DNAリガーゼによってライゲ一ションす ることができる。 その結果、 直鎖状のパドロックプローブが環状化され、 RCA法 の反応がトリガーされる。 DNAリガーゼの反応は、 ライゲーションすべき末端部 分が完全に相補的でない場合には反応効率が著しく低下する。 従って、 ライグー ションの有無を RCA法で確認することによって、 多型部位の塩基種の決定が可能 である。
RCA法は、 DNAを増幅することはできるが、 そのままではシグナルを生成しない。 また増幅の有無のみを指標とするのでは、 アレル毎に反応を行わなければ、 通常、 塩基種を決定することができない。 これらの点を塩基種の決定のために改良した 方法が公知である。 例えば、 モレキュラービーコンを利用して、 RCA法に基づい て 1チューブで延期種の決定を行うことができる。 モレキュラービーコンは、 TaqMan法と同様に、 蛍光色素とクェンチヤ一を利用したシグナル生成用プローブ である。 モレキュラービーコンの 5'末端と 3'末端は相補的な塩基配列で構成され ており、 単独ではヘアピン構造を形成する。 両端付近を蛍光色素とクェンチヤ一 で標識しておけば、 ヘアピン構造を形成している状態では蛍光シグナルが検出で きない。 モレキュラービーコンの一部を、 RCA法の増幅産物に相ネ甫的な塩基配列 としておけば、 モレキュラービーコンは RCA法の増幅産物にハイブリダィズする。 ノ、ィブリダイズによつてヘアピン構造が解消されるため、 蛍光シグナルが生成さ れる。
モレキュラービーコンの利点は、 パドロックプローブのバックボーン部分の塩 基配列を利用することによって、 検出対象とは無関係にモレキユラ一ビーコンの 塩基配列を共通にできる点である。 ァレノレ毎にバックボーンの塩基配列を変え、 蛍光波長が異なる 2種類のモレキュラービーコンを組み合せれば、 1チューブで 塩基種の決定が可能である。 蛍光標識プローブの合成コストは高いので、 測定対 象に関わらず共通のプローブを利用できることは、 経済的なメリットである。 また、 lfUfemtoliter)という微小領域の蛍光分析を可能とする、 1分子蛍光分 析シスアム (Single molecule fluorescence spectroscopy)シスアム ;0実用ィ匕 れ ている。 このシステムを用いれば、 蛍光標識プライマーの伸長を、 並進拡散時間 (translational diffusion time)の増大として検出することができる。 タイピン グの対象となるアレルに対してそれぞれ相補的な塩基配列を有するプライマーを 用意する。 各プライマ一には、 それぞれ識別可能な蛍光標識を結合しておく。 こ のプライマーを使って PCRを行い、 増幅産物を蛍光相関分析法 (Fluorescence Correlation Spectroscopy)によって蛍光測定する。 サンプルがプライマーに相補 的な塩基配列を有していれば、 PCRによってプライマーは伸長する。 伸長したプ ライマーは分子が大きくなるために、 蛍光の揺らぎを生じる。 この蛍光の揺らぎ が並進拡散時間（translational diffusion time)の増大として検出される。 プラ イマ一に相補的な塩基配列がサンプル中に含まれなければ、 PCRの増幅産物が生 成しないので、 蛍光変化は起きない。
具体的には、 2つのアレル Aと Bに対して、 それぞれ異なる蛍光標識を有する プライマ一を用いて、 同じ反応液中で P C Rを行う。 増幅産物の蛍光測定におい て、 Aまたは Bのいずれか一方の蛍光シグナルの変化が観察されれば、 いずれか のホモ、 両方の蛍光シグナルが変化すればヘテロであることが確認できる (PharmaGenomics, July/August 46-48, 2003)。 正確で迅速な解析方法として評価 されている。
上記の方法以外にも、 特定位置の変異のみを検出する目的にはアレル特異的ォ リゴヌクレオチド （Allele Specific 01igonucleotide/AS0) ハイブリダィゼー シヨン法が利用できる。 変異が存在すると考えられる塩基配列を含むオリゴヌク レオチドを作製し、 これと DNAでハイプリダイゼーシヨンを行わせると、 変異が 存在する場合、 ハイブリッド形成の効率が低下する。 それをサザンプロット法や、 特殊な蛍光試薬がハイプリッドのギャップにインターカレーシヨンすることによ り消光する性質を利用した方法等により検出することができる。
ヒ トの染色体は 2本 1組で存在し、 それぞれ父親と母親から由来している。 ハ プロタイプとは、 その一方に関する個体の遺伝子型の組み合わせをいい、 それぞ れ父母由来の 1本の染色体上に遺伝子座がどのように並んでいるかを示すもので ある。 染色体を父母から 1本づっ受け継ぐので、 配偶子形成の際に組み換えが起 きないとすれば 1本の染色体上にのっている遺伝子は必ず一緒に子に伝えられる、 すなわち連鎖する事になる。 し力 し、 実際は減数分裂の際に組み換えが起きるた め、 1本の染色体上にのっている遺伝子であっても必ずしも連鎖しているわけで はない。 しかし逆に、 遺伝的組み換えが起きた場合であっても同一染色体上の距 離が近い遺伝子座は強く連鎖する。
このような現象を集団において観察し、 ァリルの非独立が認められる事を連鎖 不平衡という。 例えば、 3つの遺伝子座を観察した場合、 これらの間に連鎖不平 衡がないとすると、 存在するハプロタイプは 2 3通りと予測され、 それぞれの頻度 は各遺伝子座の頻度から予測される値となるが、 連鎖不平衡がある場合には 2 3通 りより少ないハプロタイプし力存在せず、 その頻度も予測と異なる値を示す結果 となる。
近年、 ハプロタイプが連鎖不平衡解析に有用である事が示されており （Genetic Epidemiology 23: 221-233) 研究が行われているが、 ゲノム上には組換えが起きや すい部位と起きにくい部位があり、 1つの領域として先祖から子孫へと伝えられ る領域 （ハプロタイプによって特定される領域） は人種を越えて共通性がある事 が明らかになつている （Science 226, 5576: 2225-2229) 。
つまり、 歯周疾患と関連するハプロタイプが見出されれば、 該ハプロタイプを 検出することにより、 歯周疾患の検査が可能となる。 本発明者らは、 鋭意研究に · より、 歯周疾患と関連するハプロタィプを見出すことに成功した。
本発明においては、 ADCY9遺伝子領域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域も しくは IL4遺伝子領域、 または、 それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領 域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法を提供する。 さらに、 該方法に使用可能な試薬を提供する。 該試薬としては、 ADCY9遺伝子領 域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域もしくは IL4遺伝子領域、 または、 それ らの領域と塩基対をなす相補鎖における領域における多型部位を含む DNAにハイ ブリダィズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドが 挙げられる力 該オリゴヌクレオチドを少なくとも 2つ以上含むキットとして提 供することもできる。
ハプロタイプは、 上記の多型検出方法により検出した多型に対し、 当業者が周 知の方法、 例えば実施例記載の方法で解析を行うことで決定することができる。
ADCY9領域におけるハプロタイプとしては、 好ましくは、 配列番号： 8 5に記 載の塩基配列の 151位から配列番号： 9 7に記載の塩基配列の 151位にわたる約 287kbの領域における多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相 補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 より好ましくは、 配列番号： 8 5、 8 7、 8 9、 9 1、 9 3、 9 5および 9 7に 記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基 対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わ せである。 配列番号： 8 5、 8 7、 8 9、 9 1、 9 3、 9 5および 9 7に記載の 塩基配列における 151位のそれぞれの塩基種の組み合わせとしては、 CTAGACC、 TAATACC, TATGACA、 または、 TATTGCCであることが好ましい。 このような組み合 わせの場合、 CTAGACC, TMTACCのときに歯周疾患にかかりやすく、 TATGACA、 TATTGCCのときに歯周疾患にかかりにくいと判定される。
CALCR領域におけるハプロタイプとしては、 好ましくは、 配列番号： 9 9に記 載の塩基配列の 151位から配列番号： 1 1 3に記載の塩基配列の 151位にわたる 約 50kbの領域における多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相 補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 より好ましくは、 配列番号： 9 9、 1 0 1、 1 0 3、 1 0 5、 1 0 7、 1 0 9、 1 1 1および 1 1 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部 位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上 の多型部位の組み合わせである。 配列番号： 9 9、 1 0 1、 1 0 3、 1 0 5、 1 0 7、 1 0 9、 1 1 1および 1 1 3に記載の塩基配列における 151位のそれぞれ の塩基種の組み合わせとしては、 TCTTTTTG、 または、 TCACGCGCであることが好ま しい。 このような組み合わせの場合、 TCTTTTTG のときに歯周疾患にかかりやすく、 TCACGCGCのときに歯周疾患にかかりにくいと判定される。
上記 ADCY9領域における配列番号： 8 5に記載の塩基配列の 151位から配列番 号： 9 7に記載の塩基配列の 151位にわたる約 287kbの領域、 および、 CALCR領 域における配列番号： 9 9に記載の塩基配列の 151位から配列番号： 1 1 3に記 載の塩基配列の 151位にわたる約 50kbの領域における多型部位は、 当業者におい ては、 通常、 実施例 2中の表 8に記載の多型に付与された登録 ID番号、 例えば IMS - JST番号をもとに、 JSNPデータベースから、 容易に検索することができる (http://snp. ims. u- tokyo. ac. jp/ index, html参照) 。
LAMC2領域におけるハプロタイプとしては、 好ましくは、 配列番号： 1 5 3に 記載の塩基配列の 3105位〜 30311位にわたる約 27kbの領域における多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なく とも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 より好ましくは、 配列番号： 1 5 3に記載の塩基配列の 10001位〜 20647位にわたる約 llkbの領域における多型部 位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少 なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 さらに好ましくは、 配列番 号： 1 5 3に記載の塩基配列における 3105位、 3201位、 3293位、 3525位、 3637 位、 3797位、 4083位、 4122位、 4304位、 4461位、 8946位、 9580位、 9821位、 10001位、 10044位、 10981位、 11605位、 11700位、 12261位、 12519位、 13296 位、 20416位、 20647位、 21607位、 21628位、 23154位、 25250位、 26280位、 27519位、 27522位、 27756位、 27763位、 28310位、 29245位、 29896位、 もしく は 30311位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖にお ける部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 さらによ り好ましくは、 配列番号： 1 5 3に記載の塩基配列における 10001位、 13296位、 および 20647位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖 における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせである。 配列 番号： 1 5 3に記載の塩基配列における 10001位、 13296位、 および 20647位の 塩基種の組み合わせとしては、 CGGであることが好ましい。 このような組み合わ せの場合、 侵襲性歯周疾患および慢性歯周疾患にかかりにくいと判定される。
IL4領域におけるハプロタイプとしては、 好ましくは、 配列番号： 1 5 4に記 載の塩基配列の 4276位〜 25173位にわたる約 21kbの領域における多型部位、 ま たは、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくと も 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 より好ましくは、 配列番号： 1 5 4 に記載の塩基配列の 10001位〜 15382位にわたる約 5. 4kbの領域における多型部 位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少 なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 さらに好ましくは、 配列番 号： 1 5 4に記載の塩基配列における 4276位、 4617位、 4882位、 4927位、 5491 位、 5633位、 5710位、 6302位、 6408位、 6475位、 6524位、 6527位、 6554位、 6777位、 6819位、 6857位、 6946位、 7374位、 7950位、 8120位、 8428位、 8536 位、 8874位、 8938位、 8951位、 9019位、 9948位、 9987位、 10001位、 10196位、 10256位、 10269位、 10278位、 10330位、 10481位、 10602位、 10653位、 10697 位、 10868位、 11120位、 11373位、 11516位、 11629位、 11647位、 11687位、 11719位、 11721位、 11779位、 11792位、 11940位、 12233位、 12327位、 12448 位、 12477位、 12537位、 12610位、 12650位、 12783位、 12885位、 13164位、 13425位、 13433位、 13630位、 13674位、 13821位、 14216位、 14217位、 14445 位、 14521位、 14641位、 14677位、 14756位、 14902位、 14926位、 14951位、 15166位、 15382位、 16038位、 16122位、 16439位、 16630位、 16636位、 16819 位、 16854位、 16983位、 17092位、 17200位、 17275位、 17323位、 17747位、 17789位、 17822位、 17842位、 17934位、 17944位、 18061位、 18507位、 18666 位、 18707位、 19042位、 19057位、 19203位、 19261位、 19269位、 19271位、 19416位、 19619位、 19715位、 19735位、 19885位、 19987位、 20088位、 20151 位、 20458位、 20571位、 20683位、 20815位、 21002位、 21116位、 21162位、 21163位、 21324位、 21326位、 21415位、 21427位、 21452位、 21496位、 21561 位、 21588位、 21687位、 22334位、 22379位、 22422位、 22693位、 23081位、 23084位、 23091位、 23198位、 23328位、 24043位、 24525位、 24747位、 24837 位、 24986位、 25009位、 25013位、 25128位、 25160位、 もしくは 25173位の多 型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせであり、 さらにより好ましくは、 配 列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位 の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位の うち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせである。 配列番号： 1 5 4に 記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位の塩基種の組み合 わせとしては、 CATであることが好ましい。 このような組み合わせの場合、 慢性 歯周疾患にかかりやすいと判定される。
ADCY9領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプ 口タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、 以下の 工程 （a ) および （b ) を含む。
( a ) ADCY9領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖 における領域の多型部位の塩基種を決定する工程
( b ) 工程 ( a ) により決定された塩基種を、 配列番号： 8 5、 8 7、 8 9、 91、 93、 95および 97に記載の塩基配列における 151位のそれぞれの塩基 種が、 以下の （i ) 〜 （i V) のいずれかに記載のハプロタイプを示す遺伝子も しくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
( i ) C、 T、 A、 G、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ
( i i ) T、 A、 A、 T、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ
( i i i ) T、 A、 T、 G、 A、 Cおよび Aであるハプロタイプ
( i v) T、 A、 T、 T、 G、 Cおよび Cであるハプロタイプ
上記工程 (a) における多型部位としては、 好ましくは ADCY9領域における多 型部位であって、 より好ましくは、 配列番号： 85に記載の塩基配列の 151位か ら配列番号： 97に記載の塩基配列の 151位にわたる約 287kbの領域に存在する 多型部位であって、 さらに好ましくは、 配列番号： 85、 87、 89、 91、 9 3、 95または 97に記載の塩基配列における 151位の多型部位を示すことがで さる。
CALCR領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプ 口タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検查方法の好ましい態様は、 以下の 工程 （a) および （b) を含む。
(a) CALCR領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖 における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 （a) により決定された塩基種を、 配列番号： 99、 101、 10 3、 105、 107、 109、 11 1および 1 13に記載の塩基配列における
151位のそれぞれの塩基種が、 以下の （i) または （i i) に記載のハプロタイ プを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程 ( i) T、 C、 Τ、 Τ、 Τ、 Τ、 Τおよび Gであるハプロタイプ
( i i) T、 C、 A、 C、 G、 C, Gおよび Cであるハプロタイプ
上記工程 (a) における多型部位としては、 好ましくは CALCR領域における多 型部位であって、 より好ましくは、 配列番号： 99に記載の塩基配列の 151位か ら配列番号： 1 1 3に記載の塩基配列の 151位にわたる約 50kbの領域に存在する 多型部位であって、 さらに好ましくは、 配列番号： 99、 101、 103、 10 5、 107、 109、 1 1 1または 1 13に記載の塩基配列における 151位の多 型部位を示すことができる。
LAMC2領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプ 口タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、 以下の 工程 （a) および （b) を含む。
(a) LAMC2領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖 における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 （a) により決定された塩基種を、 配列番号： 153に記載の塩基 配列における 10001位、 13296位、 および 20647位のそれぞれの塩基種が、 （：、 G および Gであるハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部 位の塩基種と比較する工程
上記工程 ( a ) における多型部位としては、 好ましくは LAMC2領域における多 型部位であって、 より好ましくは、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 3105位、 3201位、 3293位、 3525位、 3637位、 3797位、 4083位、 4122位、 4304 位、 4461位、 8946位、 9580位、 9821位、 10001位、 10044位、 10981位、 11605 位、 11700位、 12261位、 12519位、 13296位、 20416位、 20647位、 21607位、 21628位、 23154位、 25250位、 26280位、 27519位、 27522位、 27756位、 27763 位、 28310位、 29245位、 29896位、 または 30311位の多型部位であって、 より好 ましくは、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 10001位、 10044位、 10981位、 11605位、 11700位、 12261位、 12519位、 13296位、 20416位、 または 20647位の多型部位であって、 さらに好ましくは、 配列番号： 153に記載の塩 基配列における 10001位、 13296位、 および 20647位の多型部位を示すことがで きる。
IL4領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロ タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、 以下のェ 程 （a ) および （b ) を含む。
( a ) IL4領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖に おける領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
( b ) 工程 ( a ) により決定された塩基種を、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基 配列における 10001位、 12477位、 および 15382位のそれぞれの塩基種が、 G、 A および Tであるハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部 位の塩基種と比較する工程
上記工程 ( a ) における多型部位としては、 好ましくは IL4領域における多型 部位であって、 より好ましくは、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 4276位、 4617位、 4882位、 4927位、 5491位、 5633位、 5710位、 6302位、 6408 位、 6475位、 6524位、 6527位、 6554位、 6777位、 6819位、 6857位、 6946位、 7374位、 7950位、 8120位、 8428位、 8536位、 8874位、 8938位、 8951位、 9019 位、 9948位、 9987位、 10001位、 10196位、 10256位、 10269位、 10278位、 10330位、 10481位、 10602位、 10653位、 10697位、 10868位、 11120位、 11373 位、 11516位、 11629位、 11647位、 11687位、 11719位、 11721位、 11779位、 11792位、 11940位、 12233位、 12327位、 12448位、 12477位、 12537位、 12610 位、 12650位、 12783位、 12885位、 13164位、 13425位、 13433位、 13630位、 13674位、 13821位、 14216位、 14217位、 14445位、 14521位、 14641位、 14677 位、 14756位、 14902位、 14926位、 14951位、 15166位、 15382位、 16038位、 16122位、 16439位、 16630位、 16636位、 16819位、 16854位、 16983位、 17092 位、 17200位、 17275位、 17323位、 17747位、 17789位、 17822位、 17842位、 17934位、 17944位、 18061位、 18507位、 18666位、 18707位、 19042位、 19057 位、 19203位、 19261位、 19269位、 19271位、 19416位、 19619位、 19715位、 19735位、 19885位、 19987位、 20088位、 20151位、 20458位、 20571位、 20683 位、 20815位、 21002位、 21116位、 21162位、 21163位、 21324位、 21326位、 21415位、 21427位、 21452位、 21496位、 21561位、 21588位、 21687位、 22334 位、 22379位、 22422位、 22693位、 23081位、 23084位、 23091位、 23198位、 23328位、 24043位、 24525位、 24747位、 24837位、 24986位、 25009位、 25013 位、 25128位、 25160位、 または 25173位の多型部位であって、 より好ましくは、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、 10196位、 10256位、
10269位、 10278位、 10330位、 10481位、 10602位、 10653位、 10697位、 10868 位、 11120位、 11373位、 11516位、 11629位、 11647位、 11687位、 11719位、 11721位、 11779位、 11792位、 11940位、 12233位、 12327位、 12448位、 12477 位、 12537位、 12610位、 12650位、 12783位、 12885位、 13164位、 13425位、 13433位、 13630位、 13674位、 13821位、 14216位、 14217位、 14445位、 14521 位、 14641位、 14677位、 14756位、 14902位、 14926位、 14951位、 15166位、 ま たは 15382位の多型部位であって、 さらに好ましくは、 配列番号： 1 5 4に記載 の塩基配列における 10001位、 12477位、 および 15382位の多型部位を示すこと ができる。
さらに、 本発明は、 本発明の検査方法に使用するための試薬を提供する。 その 一つの態様としては、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNA にハイプリダイズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオ チドを含む検査試薬が挙げられる。
該オリゴヌクレオチドは、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含 む DNAに特異的にハイブリダィズするものである。 ここで 「特異的にハイブリダ ィズする」 とは、 通常のハイブリダイゼーション条件下、 好ましくはストリンジ ェントなハイブリダィゼ一シヨン条件下 （例えば、 サムブルックら， Molecular Cloning, Cold Spring Harbour Laboratory Press, New York, USA,第 2版 1989に記 載の条件） において、 他の DNAとクロスハイブリダィゼ一シヨンを有意に生じな いことを意味する。 特異的なハイプリダイズが可能であれば、 該オリゴヌクレオ チドは、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAに対し、 完全 に相補的である必要はない。
上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAにハイブリダィズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドは、 上記本発明の 検査方法におけるプローブ （該プローブが固定された固相を含む） やプライマー として用いることができる。 該オリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場 合、 その長さは、 通常 15bp〜100bpであり、 好ましくは 17bp〜30bpである。 プラ イマ一は、 多型部分を含む上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の少なくとも一部 を増幅しうるものであれば、 特に制限されない。
本発明において、 多型部位を含む領域を増幅するためのプライマーには、 多型 部位を含む DNAを铸型として、 多型部位に向かって相補鎖合成を開始することが できるプライマーも含まれる。 該プライマーは、 多型部位を含む DNAにおける、 多型部位の 3'側に複製開始点を与えるためのプライマーと表現することもできる。 プライマーがハイブリダィズする領域と多型部位との間隔は、 任意である。 両者 の間隔は、 多型部位の塩基の解析手法に応じて、 好適な塩基数を選択することが できる。 たとえば、 DNAチップによる解析のためのプライマ一であれば、 多型部 位を含む領域として、 2 0〜 5 0 0、 通常 5 0〜 2 0 0塩基の長さの増幅産物が 得られるようにプライマーをデザインすることができる。 当業者においては、 多 型部位を含む周辺 DNA領域についての塩基配列情報を基に、 解析手法に応じたプ ライマーをデザインすることができる。 本発明のプライマーを構成する塩基配列 は、 ゲノムの塩基配列に対して完全に相補的な塩基配列のみならず、 適宜改変す ることができる。
本発明のプライマーには、 ゲノムの塩基配列に相補的な塩基配列に加え、 任意 の塩基配列を付加することができる。 例えば、 lis型の制限酵素を利用した多型 の解析方法のためのプライマーにおいては、 lis型制限酵素の認識配列を付加し たプライマーが利用される。 このような、 塩基配列を修飾したプライマ一は、 本 発明のプライマ一に含まれる。 更に、 本発明のプライマーは、 修飾することがで きる。 例えば、 蛍光物質や、 ビォチンまたはジゴキシンのような結合親和性物質 で標識したプライマーが各種のジエノタイビング方法において利用される。 これ らの修飾を有するプライマーも本発明に含まれる。
また、 上記オリゴヌクレオチドをプローブとして使用する場合、 該プローブは、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位を含む DNAに特異的にハイブリダ ィズするものであれば、 特に制限されない。 該プローブは、 合成オリゴヌクレオ チドであってもよく、 通常少なくとも 15bp以上の鎖長を有する。 このようなプロ ーブとしては、 配列番号： 2 9〜 5 6が挙げられるが、 これらに限定されない。 プローブの塩基配列中に多型部位を含むプローブは本発明のプロープとして好ま しい。 あるいは、 多型部位における塩基の解析方法によっては、 プローブの末端 が多型部位に隣接する塩基に対応するように、 デザインされる場合もある。 従つ て、 プローブ自身の塩基配列には多型部位が含まれないが、 多型部位に隣接する 領域に相補的な塩基配列を含むプローブも、 本発明における望ましいプローブと して示すことができる。
言いかえれば、 ゲノム DM上の本発明の多型部位、 または多型部位に隣接する 部位にハイブリダイズすることができるプロ一ブは、 本発明のプローブとして好 ましい。 本発明のプローブには、 プライマーと同様に、 塩基配列の改変、 塩基配 列の付加、 あるいは修飾が許される。 例えば、 Invader法に用いるプローブは、 フラップを構成するゲノムとは無関係な塩基配列が付加される。 このようなプロ —ブも、 多型部位を含む領域にハイブリダィズする限り、 本発明のプローブに含 まれる。 本発明のプローブを構成する塩基配列は、 ゲノムにおける本発明の多型 部位の周辺 DNA領域の塩基配列をもとに、 解析方法に応じてデザィンすることが できる。
本発明のォリゴヌクレオチドは、 例えば市販のォリゴヌクレオチド合成機によ り作製することができる。 プローブは、 制限酵素処理等によって取得される二本 鎖 DNA断片として作製することもできる。 更に、 オリゴヌクレオチドの合成にお いて、 蛍光色素ゃビォチンなどで修飾されたヌクレオチド誘導体を利用して、 ォ リゴヌクレオチドに任意の修飾を導入することもできる。 あるいは、 合成された オリゴヌクレオチドに、 蛍光色素などを結合する方法も公知である。
本発明のオリゴヌクレオチドをプローブとして用いる場合は、 適宜標識して用 いることが好ましい。 標識する方法としては、 T4ポリヌクレオチドキナーゼを用 いて、 オリゴヌクレオチドの 5，端を 32P でリン酸ィヒすることにより標識する方法、 およぴクレノゥ酵素等の DNAポリメラーゼを用い、 ランダムへキサマーオリゴヌ クレオチド等をプライマ一として32 P等のアイソトープ、 蛍光色素、 またはビォチ ン等によって標識された基質塩基を取り込ませる方法 （ランダムプライム法等） を例示することができる。
また、 本発明における検査試薬の別の態様は、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの 領域の多型部位を含む DNAを増幅するように設計されたフォヮ一ドプライマ一お よびリバースプライマ一を含む検査試薬である。 プライマーの長さは、 通常 15bp
〜100bpであり、 好ましくは 17bp〜30bpである。 プライマーは、 多型部分を含む 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの領域の少なくとも一部を増幅しうるものであれば、 特に制限されない。 このようなプライマーとしては、 配列番号： 5 7〜8 4が挙 げられるが、 これらに限定されない。
さらに、 本発明における検査薬の別の態様は、 上記 （1) 〜 （52) のいずれかの 領域の多型部位を含む DNAとハイプリダイズするヌクレオチドプローブが固定さ れた固相からなる、 歯周疾患の検査試薬である。 これらの調製方法に関しては、 上述の通りである。
上記の検査薬においては、 有効成分であるオリゴヌクレオチド以外に、 例えば、 滅菌水、 生理食塩水、 植物油、 界面活性剤、 脂質、 溶解補助剤、 緩衝剤、 保存剤、 各種の酵素、 酵素基質等が必要に応じて混合されていてもよい。 酵素としては、 DNAポリメラーゼ、 DNAリガーゼ、 あるいは lis制限酵素などの、 上記の塩基種決 定方法として例示した各種の解析方法に必要な酵素を示すことができる。 緩種 ί液 は、 これらの解析に用いる酵素の活性の維持に好適な緩衝液が、 適宜選択される。 更に、 酵素基質としては、 例えば、 相補鎖合成用の基質等が用いられる。
更に本発明の試薬には、 多型部位における塩基が明らかな対照を添付すること ができる。 対照は、 予め多型部位の塩基種が明らかなゲノム、 あるいはゲノムの 断片を用いることができる。 ゲノムは、 細胞から抽出されたものでもよいし、 細 胞あるいは細胞の分画を用いることもできる。 細胞を対照として用いれば、 対照 の結果によってゲノム DNAの抽出操作が正しく行われたことを証明することがで きる。 あるいは、 多型部位を含む塩基配列からなる DNAを対照として用いること もできる。 具体的には、 本発明の多型部位における塩基種が明らかにされたゲノ ム由来の DNAを含む YACベクターや BACベクターは、 対照として有用である。 あ るいは多型部位に相当する数百ベースのみを切り出して挿入したベクターを対照 として用いることもできる。 発明を実施するための最良の形態
以下、 本発明を実施例により、 さらに具体的に説明するが本発明はこれら実施 例に制限されるものではなレ、。
( 1 ) 被験者の選択
被験者群は 3群あり、 以下の通りであった。 侵襲性歯周炎患者 13人 （平均年齢
32. 2歳、 女性 10人および男性 3人） 、 慢性歯周炎患者 9人 （平均年齢 50. 5歳、 女性 3人、 および男性 6人） 、 および健康なボランティア 19人 （平均年齢 38. 8 歳、 女性 10人および男性 9人） 。 被験者は、 口腔全体の X線写真から評価して、 それぞれの歯に関して 6箇所での歯周ボケットの深さを測定することによって、 歯周組織の破壊の程度に基づいて選択した。 被験者は全員、 喫煙しない日本人で めった。
侵襲性歯周炎の基準は以下の通りであった '.年齢 35歳以前での発症、 プローブ による歯周ポケットの深さが 5画以上の歯が 2歯以上、 X線写真において典型的 垂直性骨吸収がある。 慢性歯周炎の基準は以下の通りであった：年齢 35歳以降で の発症、 歯周組織の破壊に対応する、 プローブによる歯周ポケットの深さ 5腿以 上の歯が 3歯以上、 X線写真における典型的全顎的垂直性骨吸収がある。 それぞ れの歯周炎群内被験者は、 類似する臨床所見を示していた。 健康なボランティア は、 プローブによる歯周ポケットの深さが ½ηι以上の歯はなく、 疾患による骨吸 収は認められない。
本研究を実施する前に、 本発明者らの院内倫理委員会からの承認を得て、 書面 でのインフォームドコンセントを得た。
( 2 ) DNA抽出法
前腕の静脈より末梢血を 7 ml採取し、 凝固防止剤 （EDTA 0. 5M) 処理を行った。 その後、 血液 DNA抽出キット GENOMIX (Talent SRL、 Italy) を用いてゲノム DM の抽出を行い、 S Ps解析に用いた。
[実施例 1 ] TaqMan PCR法による解析
非候補遺伝子 244個における SNPs 637個の 2つの両対立遺伝子多形性を、 TaqManポリメラーゼ連鎖反応 （PCR) (Lymichev, V. et al. , SCIENCE, 260： 778-783, 1993； Livak, K. J. , Genetic Analysis : Biomolecular Engineering, 14： 143-149, 1999； Lyamichev, V. et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96: 6143-6148, 1999) を用いて調べた。 選択した SNPsは、 コード SNPs (アミノ 酸置換を引き起こす） 、 調節 SNPs (遺伝子発現に影響を及ぼす） 、 およびイント ロン SNPs (遺伝子発現に影響を及ぼす） であった。 これらの SNPsは、 連鎖不平 衡を考慮して選択した。
TaqMan PCR法の原理は、 約 20塩基程度の長さのァリル特異的ォリゴ （TaqMan プローブ） の 5'末端を FAMと VICの蛍光レポーター色素で、 3'末端をクェンチヤ 一 （消光物質） で標識する。 その際、 3，末端をリン酸ィヒし、 PCR反応中に TaqMan プローブからの伸長反応が起こらないようにする。 TaqDNAポリメラーゼの 5'ヌク レア一ゼ活性により、 蛍光色素結合部分が切断されると蛍光色素が遊離し、 タエ ンチヤーの影響を受けなくなり発色し、 その発色を検出するというものである。 1SNPあたり DNA5.0ngを用いた。 反応組成は、 lOXTaqMan Probe kit 0.5μ \ (Applied Biosystems、 U.S.A.) 、 2 X TaqMan Universal PCR Master Mix 2. a x 1 (Applied Biosystems, U.S.A. ) 、 Template 讓 2 μ 1 (2.5ng/ z 1)で全量 5 1 とした。 増幅には GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems, U.S.A. ) を 使用し、 PCR条件は、 50°C2分、 95C10分の後、 95°C15秒、 60°C60秒 40サイク ノレとした。
解析装置としては、 ABI PRISM 7900HT Sequence Detection Systemとソフトゥ エア version ABI PRISM RSDS2.0 (Applied Biosystems、 U.S.A.) を使用し、 Taq DMポリメラーゼのヌクレアーゼ活性による 5'末端の FAMまたは VICの蛍光レポ 一ター色素の発色を検出し、 ァリルの検索を行った。
検討の結果、 DPP4、 TEP1、 PIK3R1、 CAT、 EDN3、 FGL2、 P0N1、 YWHAZ、 ADCY9、 お よび、 GNRH1において、 健康なボランティアと侵襲性歯周炎患者との遺伝子型頻 度 （ρ<0·02) に有意差を認めた （表 1〜3) 。 また、 ADCY9、 GNRH1S F5、 FGL1、 および、 LEPにおいて、 健康なボランティアと慢性歯周炎患者との遺伝子型頻度 (p<0.02) に有意差を認めた （表 4および 5) 。
表 1 遺伝子記号 ADCY9 ADCY9 DPP4 PIK3R1
JSNPID IMS-JST033012 IMS-JST033013 IMS-JST022880 IMS-JST013201 SNP位置 イン卜ロン 3 イン卜ロン 3 イン卜ロン 3 イン卜ロン 3 ァリル T/C ATT AG C/T
染色体部位 16ql3.3 16ql3.3 2q24.3 5ql2-13 値 ― σ=0.0015 ― 尸 0.0135 严 0.0102— ^=0.0066
表 2 遺伝子記号 TEP1 EDN3 P0N1 GNRH1
JSNP ID IMS-JST052229 IMS-JST009292 IMS- JSTO 18206 IMS JST057216
SNP位置 ェキソン 3 イントロン 1 イン卜ロン 3 CDS1
ァリル C/T C/T G/T G/C
染色体部位 14qll.2 20ql3.2 7q21.3 8p21-8pll.2
•20ql3.3
jo値 /^0.0047 p=0扁 03 p=0.0Q91 p=0.009 表 3 退伝ナ目 c号 FGL2 CAT YWHAZ
JSNP ID IMS-JST003521 IMS-JST034162 IMS-JST009586
SNP位置 CDS1 イン卜ロン 3 CDS3
ァリル A/G T/G G/C
染色体部位 7qll.23 llql3 6q22.3 値 p=0.0161 p=0.0126 p=0.0147
表 4 退 + d号 ADCY9 ADCY9 F5
JSNP ID IMS-JST033012 IMS-JST033013 IMS-JST011189
SNP位置 イン卜ロン 3 イン卜ロン 3 イン卜ロン 1
ァリル T/C A/T C/T
染色体部位 16ql3.3 16ql3.3 lq23 )値 p=0.0014 /^0.0196 /^0.0009
表 5
GNRH1 FGL1 LEP
JSNP ID IMS-JST057216 IMS-JST009968 IMS-JST026278
SNP位置 CDS1 プロモータ—3 イン卜ロン 3
ァリル G/C G/A G/A
染色体部位 8p21-8p ll.2 8 7q31.3
2値 p=0.0010 2=0.0009 2=0.0091 なお、 SNP検出に用いたプローブおよびプライマーの配列番号を以下に示す。 (表 6 )
表 6
Figure imgf000080_0001
SNPデータベースおよび自動高処理能遺伝子ァッセィ技術における最近の進歩 によって、 歯周炎のような複雑な疾患の感受性遺伝子を同定するために多数の SNPsを調べることが可能になった。 本研究は、 JSNPデータベースを用いて歯周炎 の遺伝的要因を初めて調べた研究である。 本実施例の結果は、 SNPsと、 侵襲性歯 周炎および慢性歯周炎の発症および進行との関連を調べる可能性を証明する。 これまで、 いくつかの研究が、 IL-1遺伝子における齒周炎と SNPsとの関連を 示してレヽる （Korn匪 KS et al. , J Clin Periodontol 1999； 24： 72 - 77;
McGuire MK et al. , J Periodontol 1999 ; 70: 49-56； Thomson WM et al. , J Dent Res 2001 ; 80: 1700 - 1703) 。 し力、し、 他の研究は、 歯周炎と IL- 1および IL-10遺伝子の SNPsとの関連が低いことを示した他の研究もあった。 同様に、 IL-1および IL - 10遺伝子における SNPsが集団特異的であることが証明された
(Armitage GC et al. , J Periodontol 2000·； 71： 164—171 ; Diehl SR et al. , J Periodontol 1999； 70： 418-429； Yaraazaki K et al. , J Clin Periodontol 2001； 28： 828-832) 。
これまでの研究において、 本発明者らは、 候補遺伝子 20個における SNPs 59個 と、 侵襲性および慢性歯周炎とのあいだの関連を調べた。 すでに、 本発明者らは、 TRAF1遺伝子における SNPsが侵襲性歯周炎に関連すること、 および M P9遺伝子 における SNPsが慢性歯周炎に関連することを示した。 また、 健康なボランティア と歯周炎患者とのあいだの ILIAおよび IL1B遺伝子における遺伝子型頻度に有意 差 めな力つた ( Suzuki A et al. , J Jpn Soc Periodontol (in Japanese) 2002 ; 44： 159-167) 。
本実施例において、 本発明者らは、 非候補遺伝子 244個における SNPs 637個と 侵襲性および慢性歯周炎とのあいだの関連を調べた。 本発明者らは、 侵襲性歯周 炎と DPP4、 TEP1、 PIK3R1、 CAT、 EDN3、 FGL2、 P0N1、 YWHAZ、 ADCY9、 および、 GNRH1における SNPsとの関連を認めた。 本発明者らはまた、 慢性歯周炎と、 ADCY9、 GNRH F5、 FGL1, および、 LEPにおける SNPsとの関連を認めた。
本実施例の結果は、 健康なボランティアと歯周炎患者とのあいだで、 歯周炎の 候補遺伝子と非候補遺伝子の遺伝子型頻度に有意差が存在することを示している。 これは、 ゲノム全体に基づいて SNPsを調べる必要性を証明している。
SNP分析は、 ゲノムマーカーとして歯周炎に関連する多数の遺伝子を同定する ために役立つと考えられる （Taylor JG. Choi E- H et al.， TRENDS in Molecular Medicine 2001； 7 : 507-512) 。 ゲノムマーカーとして作用することによって、 SNPsは、 複雑な疾患の危険因子を明らかにするために役立ちうる。
[実施例 2 ] ハプロタイプ分析
ハプロタイプ分析は、 コントロール 19人、 歯周疾患群 22人について、 最大尤 W
-81 - 度法に基づいたソフトウェア LD- support (PCT/JP02/03770)を用いて行った。 歯 周疾患群とコントロール群のハプロタイプ頻度の差を、 フィッシャーのイダザク ト検定によって評価した。 その結果、 ADCY9領域の、 配列番号： 85、 87、 8 9、 9 1、 93、 95および 97に記載の塩基配列における SNP (この SNPは 287kbの範囲に存在する） の組み合わせが、 CTAGAC (：、 TAATACCのときに歯周疾患 にかかりやすく、 TATGACA、 TATTGCCのときに歯周疾患にかかりにくいことが判明 した （表 7) 。 即ち、 本発明者らは、 ADCY9領域であって配列番号： 85、 87 89、 91、 93、 95および 97に記載の塩基配列における SNPが存在する 287kbの領域が、 歯周疾患と連鎖することを見出した。 さらに、 CALCR領域の、 配 列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 109、 1 1 1および 1 13 に記載の塩基配列における SNP (この SNPは 50kbの範囲に存在する） の組み合わ せが、 TCTTTTTGのときに歯周疾患にかかりやすく、 TCACGCGCのときに歯周疾患に 力かりにくいことが判明した （表 7) 。 即ち、 本発明者らは、 CALCR領域であつ て配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 109、 1 1 1ぉょぴ1 13に記載の塩基配列における SNPが存在する 50kbの領域が、 歯周疾患と連鎖す ることを見出した。
- 8 2 - 表 7 11500ま000000
Figure imgf000083_0001
なお、 歯周疾患と連鎖するハプロタイプの SNP部位の周辺配列を表 8に示す。 表 8に記載の塩基配列は、 配列番号： 8 5〜配列番号： 1 1 4の配列に相当する。
表 8
CTCTGGGGATATCT6AATGGCGACT AAGATGAGCAGCTGCGACAGTGAGT CCACCAC丌 GCTAGGGATTTAGTTA ACTAGGGGTGAGGAGGTGAGAGACA AACCTCTCTGCACCTTGGTTTTATC GCTTTGGGAGCAATCATTCTACACT
Figure imgf000083_0002
ATCTGTAAAATGGAGATCACAGCAC ACATATGATTTCTTTCCTGACCATG
CTCCTCTAAGG6TT6C6TGAGAACT CTTAAACAGTAATGAAATAAAGGAA AAACAAGTTCCTATATGCGAAGCAC T6CTTTACAGAGAACGTGTAATGGT TTGATGGCTGTACTCTGTATCAGGT AGATCACCTGAG6TCAGGAGATCAA ATCAAAAAACATCCTGCTTCGCTGA GACCCGTCTG6CCAACATGGTGAAA ATGATTACTATTTAGCTTCCATTTA CCTCATCTCTACTAAAAATACAAAA
AAAAACCCAAGCAAGACAGGGCCAG ' ATTAGCTGAGCGTGGTGGTGGGTGC GCACAGTAGCTCATGCCTGTAATTC CT6TAATCCTAGGTACGTA6GAGGG CAGTATTTTAGGAAGCCCAG6CAGG TGACACCGGAGAATTGCTGAACTCG 0VD1V091V0V91VW391199VDD WVW0DV99DV10VDV9V991113
1010WW0V00011100V999V30 VE)V。丄丄 WVVO丄 WOO丄 VV9V0V09
V001910DW10910W10V01V0V
Figure imgf000084_0001
00V0V90V0V100131V1V1011V0
E)1E)V9丄丄 0丄 VISUVVE)丄丄丄 W丄 191D191V001111D10V01001VV
0DW0V1VDV0V10901V3DV011V 91301V0110IDDD100ilVlV191
M01V0 丄丄 33W丄丄 33WV39Vi)丄丄 丄 丄 0丄 V丄 JW丄丄 WlVOVWE)Vi)E)lV丄 V
IVOOOIVOIIOIIOOIIOOOIOOOO V00VDi0D0W0D0VlV0V19VW0
Ejvovoo丄丄 V丄 ov丄丄 vswoom丄丄
Figure imgf000084_0002
1199il9911991193019iVVllV
W10109110V9110110VW9110 9V0V091V0V0V000D101010V0V
IVWWOVDWDVOOODiOOVVOOV 09101109DV0D0V000390V110V
OOVV010DV910010W311019D1 01009V1910V0109V0101V01VO
009VOOW9131VOOV0111V99VO 9V0DV0913V991099V00091091
VDODVODiiliVODiiiiiDViOiV 910D1101309VlV9VllliD1110 T05MS1907 IJS301JS098 IST03MS3一 M03035T103JT014S JST3 IMSJS005I—III
00011V00V009100V099V0V10V 19111119111391011V3W91VV
99D119V19VDV001009V0100V0 V901VD10VDW010119V0V0V01 10110 T00 T000 T00400030102005010 T007 T010 T019
001000V909W0109DV000110V OVWiOOJ WOVO丄 W91V39ViU cusos Focusocu 2us locus 5 ll 3 Lus Locl Loc 0
DV09WD0W11010VDV319VDD1 019D1V10V91V193VOOWOV9DV
911D09DV0110VW0010000191 0W0OD999V9VV0100V11V00OD 8 00W901099i9109093W00W0 V301319100V91901V9V900991 C CALR
9/V
9VC i)i)9VVi)V9丄丄 31V399E)99VE) 111V10V01D1D1V90V909V0D1D
9VOV09W99V0010D19D90V9DV 991V910VOVOV10V1119100110
V9DWOVDDV00019WOOD1D090 V09W丄丄 vmv。wvo丄 vo丄丄 w丄
101illV01W0VlVW03D0910V VW11IWD00V00111VV1101VD
1W0VD10V1V9101D0010V1009 1111100011VW1111V1001DV0
VE)丄 WE)丄 OVJ VVO丄丄丄33丄丄丄 9VV
Figure imgf000084_0003
V11V011V101VV110D111IV111
V3丄 091V99i)V99Vi)丄 3VW丄 9W丄 001019W001VWW9V01100V1
丄 0丄丄丄丄 0上丄 V9丄 E)UV丄 9丄 mo丄 9 V009D1VDV1011D01V00V91901
V9丄 E VE VOOOOWVOOOOVIVIV V90109W1010V1V001V0139V0
V1V10010V9W0V100D1V00V91 910W1100D10199W19191019
V19VQ1391DV91V0100010VD01
Figure imgf000084_0004
1D1D0D0 1VDV0V0019911099
9V0010V0910V00V0DI1V9VD00 11VV0I90W031D909009V1D01
W91DV001109VDD003V90D000 1100011V9000W990V0110919
ε 8—
699簡 eoozai/iDd WOZ請 OOZ OAV lDllVD09V011V0VVWDlllil0 VDIIIVVIVIOIODIVIVIIIWVV
WV119VW1VD1V111V01V19 0V1101V1111VD101019D10V10
100V1VV0VV10DDVW1010D110„ /Λ 101V1VV0DV0DV1V0099V39011
011VDVV9939111DlV11011ilO 丄 OLSVO上丄丄丄 ί)丄丄 V0W3丄 E)丄丄 9丄丄
101VllV011V00011V91011i09 9WV0V丄丄丄 V丄丄 V1W9丄 9丄丄 0V丄 V
VDV01W9V1V11V9110V1DV911 999W1091V0V11VV11V1000DV
VlVllV19VlVDlDW0VW0V0Vi 91V001V0V0V10V1911V009111
1100D1091WVVW9911100099 V1V01VV9101D100D1DW11WV
VDV0V1D111VVV91VW01V9V31 D0VV000W091V9VV011D10iV0
DW9V1D10W0190VD1V1000VV 10910D9V010010911V10V0111
WOVOIWIODIIDIVOIVOWWV 0DV1W9V001V0991VD1D11101
VE)E)丄 E)V19V9E>丄丄 09V0UV9W丄 V 0110VD1V1W9DV1WD9DVVD00
丄 0丄 0丄 0丄丄丄0丄丄丄丄丄丄0丄丄丄丄丄丄丄丄 11V01V0100V0001WD10VWV9
101011111091119V1DDV11110 9丄 ViV丄 E)WE)V9WVi )VE)V丄丄
0100D1VD1V10DV10110110091 9V丄丄丄丄 V丄 V99丄 丄丄丄丄 V丄丄丄 V
1101099DV00090W111100V0V 99丄3丄 0丄 E>VW3VW9VE)WVE)V0丄
0000VDV1V19VD0V9V39101V01 0D09110V0001111V00V1V0W1
丄 OVIOL丄丄; )9丄 9VW99VW9V丄 9丄 0119V03V0V011V1191911VD1V
丄 丄 03VE)E)W9丄丄 OO VOIV W9i00111DlllD9V109VllV01
0011D19100V1DV00D10010W0 VOOiE)丄 9丄丄 V0V0V99V0丄 WO丄
丄 丄丄丄丄 D丄 99V0V30丄丄 399 0101101VDV01 10099VDDWD IMSJST0338 MS JST00794 MS JST054507 MSJST0089SJS045SS22204 IMT515 IMJT054517
9WV11D11V9V9119V0V0DV011 丄 WE)丄 VE)J 1V0VW0V丄 0
0180190189 T000191 T008 T002 T009 T00015 T00196 T0190000
D1V01000VDV0D191010110011 丄 39丄丄丄 0013丄丄 WV9丄 E)丄 W O丄
OlVilOOOVOlDWODlllOOOVll 1W1V0V1DDV99DDV1DDDV00DV 654ocusocsos 3 -l -lc 2 llu
0D11V0WDV0V991VDV111V0V9 V19V01001VWW11V0W11WV 一u VOWWVW91Vill00011V1011 9丄丄 WUW9V9V9V丄 09丄 V999丄 9
V1V109D10VOV9110W10V09V1 19DVDWDW91011911W1VD19
WVDV19DV110191V9VD101V0V 丄 0V1丄丄丄 W丄丄丄 W1丄丄丄 丄 V
01D111111IV0W0V9009VV0V9 10VlVlV110009D9V0110001iO
V9丄 VO E)丄 VW丄丄; )90丄∞V丄 WV 1090D0V0VW0VD9V9V0WiVlV
V1D111V119VDV1V110DV0910V E)V丄 W丄丄 V丄 0丄丄 UVV丄 W丄丄丄 V
W111VDW001WV10VVD11V11 lWlV9i01V0V010V01VWWDl
01D9V0VWV00VD1V1911V1111 09D911V110WVDV0WW0VW1
llVOlVOllWlVlOOVlllliWO I 0V丄 VOVV丄 丄 09E)WVV丄丄
99丄丄 OVVO丄丄丄 00丄 WWVW丄 丄 1911V10010V0W9W9111V1VV
丄 09丄 0丄 W010V丄丄 99丄丄丄 lOOlViVOl OVOlWVODlOlVO
V09VWVW01V091DVD113VWO VOOWIVOIOVOOVOVIOVOIOOVD
i lE)E) W丄 9丄丄丄 3VJ 丄丄丄 V1(U 100V10WOV11V1VOOV3W0001
丄 999Vi)9VVi)VE)丄 丄丄 丄 31V丄 V91iV0W9V01VW10VVlllV90
1VWOOV010101V1VOOV11090V0 1011009W911V1V911WV09
丄 WVOmSVW丄 丄丄丄 IV丄丄 9V丄丄丄 丄 00V9i ViW09丄丄
1V010VVOODWOV 0111VOVOO V909199V0001V001V009V0V09
- 8—
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV [実施例 3〗 単 SNPを用いた疾患関連解析
( 1 ) 被験者の選択
日本歯科大学附属病院およびその協力施設を受診した日本人の侵襲性歯周炎患 者 134人、 慢性歯周炎患者 117人、 歯周に異常がなかった健常群 125人を対象として 解析を行なった。 疾患群は、 歯周組織破壊の進行度によって選択され、 口腔全体 をカバーする X線写真、 歯周ポケットの深さ、 歯の動摇度を基準とした。 侵襲'性歯 周炎の診断基準は、 35歳以下で特徴的な歯槽骨の垂直方向の吸収を伴って発症し た者とした。 慢性歯周炎の診断基準は 35歳以上で歯槽骨の全体的な吸収および歯 周組織の炎症を伴って発症したものとした。 齒周に異常がない健常群として、 歯 周病の家族歴がなく 4mm以上の歯周ポケットがなく、 かつ病的な歯槽骨の吸収が認 められないものとした。 対象者のデータの平均値を表 9に示す。
表 9
特徴 健常群 侵襲性 慢性
歯周炎患者 歯周炎患者 被験者数 125 134 117
性別 （女性/男性） 59/66 79/55 64/53
年齢 (歳) 40.15±15.21 39.54±11.06 54.15±8.68 残存歯数 27.64±1.58 26.02±3.73 23.26±4.68
PD 平均値 (mm) 2.11±0.33 4.15±1.06 4.02±1.20
PDが 4 mmを超える歯の割合 0.08±0.12 0.81±0.21 0.81±0.27
PDが 4 mmを超えるポケットの割合 0.02±0.04 0.50±0.22 0.52±0.26
BOP (+)の歯の割合 0.19±0.23 0.68±0.30 0.69±0.31
歯の動揺度が Π度以上の割合 0 0.22+0.23 0.22±0.22
歯槽骨吸収が歯根の長さの 0 0.40±0.31 0.31 ±0.24
2/3以上の歯の割合
値は平均 ±SD
PD:歯周ポケット、 BOP: プロ一ビング時の出血
( 2 ) 疾患関連解析
本実施例の歯周炎疾患に関連する各遺伝子の名称、 各遺伝子の染色体上の位置、 および各遺伝子の GenBankのァクセッション番号を表 1 0に示す。 これら遺伝子の 塩基配列、 およびそれら遺伝子によってコードされるタンパク質のァミノ酸配列 に関する情報は、 表 1 0に示す GenBankのァクセッション番号から、 容易に取得す ることが可能である。 また当業者においては、 表 1 0に示す遺伝子表記 （遺伝子 名） を基に、 公共の遺伝子データベースあるいは文献データベース等から遺伝子 の塩基配列、 およぴ該遺伝子によってコードされるタンパク質のァミノ酸配列に 関する情報を容易に入手することが可能である。
表 1 0
Figure imgf000087_0001
(yp,ecosstoa tuo facrTNF suefmilmr nrir
Figure imgf000088_0001
member 2)
なお、 上記表中、 「歯周炎共通」 とは、 「侵襲性歯周炎」 および 「慢性歯周炎」 の両方で有意差を示した遺伝子を指す。 また、 *が付いた遺伝子は、 ハプロタイ プ解析で有意差があつた遺伝子を示す。
また、 表 1 0に記載のいずれかの遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域に存在 する多型部位を、 以下の表 1 1〜表 5 0に示す。
〔SCARB1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 34 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ブロック
124985740 dbSNP rs rs838881 G 20
124985756 dbSNP rs rs838882 C 36
124985782 dbSNP rs rs838883 .62
124986047 dbSNP rs rs838884 G 427
124986150 dbSNP rs rs1059496 C 5
chr12 124986982 dbSNP rs rs701103 C 1362 +
chr12 124986983 dbSNP rs rs747157 A C 1363
chr12 124987032 dbSNP rs rs1059413 C T 1412
chr12 124987187 dbSNP rs rs747155 A G 1567 +
chr12 124987961 dbSNP rs rs701105 C 2341
chr12 124988230 dbSNP rs rs838886 G 2610 +
chr12 124989144 dbSNP rs rs921919 A G 3524 +
Figure imgf000089_0001
chr12 124989579 dbSNP rs rs701106 A G 3959 +
chr12 124989916 dbSNP rs rs838887 C G 4296 +
chr12 124990560 dbSNP rs rs838888 C A 4940 +
Figure imgf000090_0001
- 68-
699 00/C00Zai/X3d KOZ請 OO OAV chr12 125016618 dbSNP rs rs838902 G A 30998 - chr12 125016827 dbSNP rs rs838901 G T 31207 - chr12 125017540 dbSNP rs rs838900 A G 31920 - chr12 125017838 dbSNP rs rs838899 A G 32218 - chr14 125022820 dbSNP rs rs5889 C T 37200 - chr12 125023312 dbSNP rs rs2278986 G A 37692 + chr12 125027947 dbSNP rs rs1902569 C T 42327 + chr12 125036555 in-house T018310 C G 50935 + 表 1 2
〔C0L1A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 35 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ブロック chr17 48595208 dbSNP rs rs1801192 C 109 +
chr17 48595753 dbSNP rs rs2696287 C 654
chr17 48595831 dbSNP rs rs2696286 C 732
chr17 48596897 dbSNP rs rs2696285 C G 1798 +
chr17 48597807 dbSNP rs rs2696284 C 2708
chr17 48598002 dbSNP rs rs2586480 G 2903 + chr17 48599178 dbSNP rs rs2586481 A G 4079
chr17 48599327 dbSNP rs rs2586482 A 4228
chr17 48599351 dbSNP rs rs2586483 A C 4252
chr17 48599891 dbSNP rs rs2696270 C 4792
chr17 48600219 dbSNP rs rs2586484 C 5120
chr17 48600400 dbSNP rs rs2586485 C 5301
chr17 48602508 dbSNP rs rs748075 C G 7409
chr17 48602709 dbSNP rs rs2077470 A G 7610
c r17 48603445 dbSNP rs rs909102 A G 8346
chr17 48603472 dbSNP rs rs867184 A G 8373 + chr17 48603789 dbSNP rs rs1062135 C T 8690
chr17 48603931 dbSNP rs rs1061970 C T 8832
chr17 48604198 dbSNP rs rs1061947 C T 9099
chr17 48604854 dbSNP rs rs1061237 A 9755 +
chr17 48604885 dbSNP rs Γ310144 A C 9786 +
chr17 48604928 dbSNP rs rs1064882 A C 9829
chr17 48605041 dbSNP rs rs1059475 A C 9942
chr17 48605046 dbSNP rs rs1059454 A C 9947
chr17 48605100 dbSNP rs rs2249492 C T 10001
chr17 48605168 dbSNP rs rs2696244 A 10069
chr17 48605295 dbSNP rs rs2586486 A C 10196
chr17 48605331 dbSNP rs rs3205509 A C 10232
chr17 48605618 dbSNP rs rs2734276 A C 10519
Figure imgf000092_0001
6-
6991"00/C00Zai/X3d KOZ請 OOZ OAV
Figure imgf000093_0001
表 1 3
〔EGF遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 36 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ブロック chr4 111225196 dbSNP rs rs3056618 - ATTT 5944 + 画画扉 chr4 111228643 dbSNP rs rs3216211 - G 9392 + 111 chr4 111228948 dbSNP rs rs1860131 C G 9696 +
IMS- chr4 111229253 JSNP JST032036 A G 10001 + ▲ chr4 111229769 dbSNP rs rs2250616 A G 10517 +
chr4 111230048 dbSNP rs rs887028 A C 10796 +
chr4 111230492 dbSNP rs rs2250724 C T 11240 +
chr4 111230587 dbSNP rs rs2282782 A T 11335 + 靈漏 chr4 111230735 dbSNP rs rs2347135 A G 11483 +
chr4 111230778 dbSNP rs rs2298977 A C 11526 +
chr4 111230872 dbSNP rs rs2298978 A G 11620 +
chr4 111231331 dbSNP rs rs2298979 A G 12079 +
chr4 111233159 dbSNP rs rs2237041 C T 13907 + 帽醒き chr4 111234151 dbSNP rs rs2881559 A G 14899 + 111 chr4 111234231 dbSNP rs rs2347136 A C 14979 +
chr4 111235225 dbSNP rs rs2237042 A G 15973 + δ chr4 111235614 dbSNP rs rs2237043 C T 16362 +
chr4 111236089 dbSNP rs rs2024114 A c 16837 + 謹 chr4 111236633 dbSNP rs rs2237044 C G 17381 + chr4 111239584 dbSNP rs rs2298980 A C 20332 + chr4 111239722 dbSNP rs rs2298981 A G 20470 + 國國 chr4 111240001 dbSNP rs rs2298982 A G 20749 + 闘 chr4 111240994 dbSNP rs rs2282783 A T 21742 + 誦 chr4 111244341 dbSNP rs rs882405 C T 25089 - 國
IMS- chr4 111262451 JSNP JST032041 A G 43199 +
IMS- 國 chr4 111267578 JSNP JST054188 C T 48326 + chr4 111268318 dbSNP rs rs1024599 C T 49066 + 圖 chr4 111268795 dbSNP rs rs1024600 C G 49543 + chr4 111269774 dbSNP rs rs2298985 A T 50522 + ill chr4 111271470 dbSNP rs rs2347139 C G 52218 + chr4 111273569 dbSNP rs rs2067004 C T 54317 + chr4 111274699 dbSNP rs rs2237045 A G 55447 + chr4 111276549 dbSNP rs rs929446 C T 57297 + 表 1 4
〔ELN遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000094_0001
chr7 72874531 dbSNP rs rs810556 A G 34097 - chr7 72874544 dbSNP rs rs810555 A G 34110 - chr7 72877048 dbSNP rs rs810554 A T 36614 + 表 1 5
〔KRT23遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 38 不平衡
Chr. No. Chに Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ブロック chr17 38979222 dbSNP rs rs975793 A G 342 - chr17 38980909 dbSNP rs rs3065501 - AG 2029 + chr17 38980998 dbSNP rs rs2158298 A G 2118 - chr17 38985380 dbSNP rs rs2023873 A T 6500 + chr17 38985632 dbSNP rs rs2023872 C G 6752 + chr17 38987589 dbSNP rs rs2269862 G T 8709 - chr17 38987703 dbSNP rs rs2269861 C T 8823 - chr17 38988881 dbSNP rs rs731056 C G 10001 + chr17 38989157 dbSNP rs rs731057 A G 10277 - chr17 38989674 dbSNP rs rs730927 A G 10794 - chr17 38989685 dbSNP rs rs730929 C T 10805 - c r17 38989690 dbSNP rs rs730928 C G 10810 + chr17 38990310 dbSNP rs rs2269860 C T 11430 - chr17 38990477 dbSNP rs rs8037 C T 11597 - c r17 38991405 dbSNP rs rs1859253 A G 12525 - chr17 38991710 dbSNP rs rs2315600 A G 12830 +
IMS- chr17 38993268 JSNP JST036155 A G 14388
chr17 38993525 dbSNP rs rs2285817 A T 14645 + chr17 38993909 dbSNP rs rs1859252 A C 15029 -
；—— chr17 38994066 dbSNP rs rs3067615 - AA 15186 + c r17 38995445 dbSNP rs rs2872963 A G 16565 + chr17 38995696 dbSNP rs rs2315601 C T 16816 + chr17 38996056 dbSNP rs rs2051808 A G 17176 - chr17 39000670 dbSNP rs rs2315602 A G 21790 + chr17 39000707 dbSNP rs rs2315603 A G 21827 + chr17 39000827 dbSNP rs rs2315604 C T 21947 + chr17 39000844 dbSNP rs rs2872964 C T 21964 +
IMS- chr17 39001520 JSNP JST024185 A G 22640
chr17 39001632 dbSNP rs rs2269858 C T 22752 - chr17 39004780 dbSNP rs rs2214469 C T 25900 - chr17 39005382 dbSNP rs rs1859251 C T 26502 - chr17 39006515 dbSNP rs rs925323 A G 27635 + chr17 39006657 dbSNP rs rs1876929 A G 27777 - chr17 39006671 dbSNP rs rs1876928 C G 27791
chr17 39009496 dbSNP rs rs929268 A G 30616 - chr17 39009530 dbSNP rs rs931983 C T 30650 - chr17 39009837 dbSNP rs rs1510077 A G 30957 - 表 1 6
[LAMB1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000096_0001
表 1 7
[C0L12A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 号： 1 40 + 不平衡 中の No. ブロック chr6 75754234 dbSNP rs rs3216650 - T 2198 - chr6 75754735 dbSNP rs rs473777 A G 2699 - chr6 75758547 dbSNP rs rs860569 A G 6511 - chr6 75758825 dbSNP rs rs2300796 A C 6789 - chr6 75759590 dbSNP rs rs544419 A G 7554 - chr6 75760478 dbSNP rs rs515103 A G 8442 - chr€ 75760751 dbSNP rs rs626497 C T 8715 - chr6 75762037 dbSNP rs rs556674 A G 10001 + 謹圍 chr6 75763290 dbSNP rs rs864983 C G 11254 + 國 chr6 75764324 dbSNP rs rs2015242 A C 12288 - chr6 75768037 dbSNP rs rs1332021 G T 16001 - chr6 75769113 dbSNP rs rs2295253 A G 17077 - 表 1 8
[C0L17A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 41 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr10 105913526 dbSNP rs rs805676 A G 96 + chr10 105914243 dbSNP rs rs805677 A C 813 - chr10 105914278 dbSNP rs rs805678 C T 848 + chr10 105914463 dbSNP rs rs805679 A G 1033 + ch O 105914872 dbSNP rs rs805680 A G 1442 + ch O 105915023 dbSNP rs rs805681 A G 1593 + chr10 105915245 dbSNP rs rs805682 A G 1815 + chMO 105915349 dbSNP rs rs805683 G T 1919
chMO 105917524 dbSNP rs rs805684 C T 4094 + chMO 105917726 dbSNP rs rs2902640 A c 4296 + chr10 105917769 dbSNP rs rs809303 A G 4339 + chMO 105918189 dbSNP rs rs1803467 A C 4759 + chMO 105919100 dbSNP rs rs809821 A G 5670 +
chMO 105919316 dbSNP rs rs813402 C T 5886 +
chr10 105919972 dbSNP rs rs6787 C T 6542 + chMO 105920131 dbSNP rs rs3124 A c 6701 + chMO 105921316 dbSNP rs rs805685 C T 7886 + chMO 105921380 dbSNP rs rs805686 C ' T 7950 + chMO 105922581 dbSNP rs rs9425 A G 9151 - chr10 105923155 dbSNP rs rs805687 C G 9725 + 顯纏 chr10 105923303 dbSNP rs rs805688 A G 9873 + ：, chMO 105923431 dbSNP rs rs813943 A C 10001 + chMO 105923459 dbSNP rs rs1774568 G T 10029 - m 議 chMO 105924399 dbSNP rs rs1747675 G T 10969 + ■
Figure imgf000098_0001
- 6-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV chr10 105953062 dbSNP rs rs805706 C T 39632
chr10 105954335 dbSNP rs rs805707 C T 40905 + chr10 105955495 dbSNP rs rs1054113 C G 」 42065 國議 chr10 105955559 dbSNP rs rs805708 C T 42129 - 麵 雜; chr10 105957191 dbSNP rs rs805709 A c 43761 + 醫 chr10 105957515 dbSNP rs rs805710 C G 44085 + 國 chr10 105957759 dbSNP rs rs805711 A G 44329 謹 chr10 105958186 dbSNP rs rs805712 A G 44756 + 國 chr10 105959277 dbSNP rs rs3068942 - TTTG 45848 + 建 chr10 105959707 dbSNP rs rs805713 A C 46277 + 麵 chr10 105959884 dbSNP rs rs2476960 A G 46454 + 儷 chr10 105963168 dbSNP rs rs2274103 C T 49738 + 議 chr10 105963208 dbSNP rs rs2274104 A c 49778 + 薩 chr10 105963402 dbSNP rs rs1886273 C G 49972 + 編 chr10 105968174 dbSNP rs rs2274105 A G 54744 + 議 chr10 105968226 dbSNP rs rs2274106 A G 54796 + 漏 chr10 105969929 dbSNP rs rs2274107 A G 56499 + c r10 105971229 dbSNP rs rs1570647 C 丁 57799 + chr10 105971345 dbSNP rs rs805897 C G 57915 + chr10 105974006 dbSNP rs rs647481 A G 60576 + chr10 105975118 dbSNP rs rs674311 A G 61688 + chr10 105976453 dbSNP rs rs582661 C T 63023 + chr10 105977252 dbSNP rs rs942408 C T 63822 + chr10 105977264 dbSNP rs rs942409 A G 63834 + chr!O 105977300 dbSNP rs rs1320448 A G 63870 + 表 1 9
[C0L9A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 42 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr6 70866989 dbSNP rs rs3215860 - A 498 - chr6 70867046 dbSNP rs rs1200576 A C 555 +
chr6 70867857 dbSNP rs rs1200575 C T 1366 - chr6 70868131 dbSNP rs rs1201814 A T 1640 +
chr6 70868273 dbSNP rs rs1200574 A G 1782 - chr€ 70869008 dbSNP rs rs652776 C T 2517 - chr6 70869601 dbSNP rs rs552628 C T 3110 - chr6 70869755 dbSNP rs rs529805 A G 3264 - chr6 70870141 dbSNP rs rs637054 A G 3650 - chr6 70870770 dbSNP rs rs624243 A G 4279 - chr6 70871072 dbSNP rs rs622918 C T 4581 - chr6 70871113 dbSNP rs rs622566 C T 4622 -
Figure imgf000100_0001
- 6 6—
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV
Figure imgf000101_0001
0 0 簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV
Figure imgf000102_0001
0
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV 表 2 0
〔CTSD遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000103_0001
表 2 1
〔CTSG遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号： 1 44 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. + ブロック chr14 23024973 dbSNP rs rs1956912 A G 757 - chr14 23025200 dbSNP rs rs1956908 C T 984 - chr14 23025576 dbSNP rs rs1304909 A C 1360 + chr14 23026308 dbSNP rs rs2332401 G T 2092 + chr14 23033196 dbSNP rs rs1885597 G T 8980 +
IMS- chr14 23034217 dbSNP rs JST005652 A G 10001
chr14 23034840 dbSNP rs rs1957523 A G 10624 - chr14 23035258 dbSNP rs rs2236742 A G 11042 - chr14 23040169 dbSNP rs rs2332402 A G 15953 + 表 2 2
〔EGFR遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 45 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr7 54950531 dbSNP rs rs712831 C T 75 +
chr7 54953256 dbSNP rs rs845552 A G 2800 +
chr7 54953466 dbSNP rs rs845553 A G 3010 +
chr7 54954413 dbSNP rs rs845554 C G 3957 +
chr7 54955083 dbSNP rs rs845555 C T 4627 +
chr7 54955178 dbSNP rs rs845556 G T 4722 +
chr7 54955281 dbSNP rs rs845557 C T 4825 +
chr7 54955337 dbSNP rs rs845558 A G 4881 +
chr7 54955709 dbSNP rs rs845559 C T 5253 +
chr7 54957775 dbSNP rs rs2075101 A G 7319 +
chr7 54958543 dbSNP rs rs845560 C T 8087 +
chr7 54958852 dbSNP rs rs741153 A G 8396 - c r7 54959290 dbSNP rs rs2877261 A G 8834 +
chr7 54959556 dbSNP rs rs940805 C T 9100 +
chr7 54959561 dbSNP rs rs759163 C G 9105 +
chr7 54960282 dbSNP rs rs1861002 A T 9826 +
chr7 54960291 dbSNP rs rs1861003 A G 9835 +
chr7 54960457 dbSNP rs rs845561 C T 10001 +
chr7 54960526 dbSNP rs rs1861004 A G 10070 + 國 chr7 54961054 dbSNP rs rs2075102 A C 10598 + 國 chr7 54961074 dbSNP rs rs2075103 A G 10618 + 國 chr7 54961087 dbSNP rs rs2075104 A T 10631 + 國 chr7 54961098 dbSNP rs rs2075105 A T 10642 + 醫 chr7 54961174 dbSNP rs rs2075106 C T 10718 +
chr7 54961785 dbSNP rs rs2075107 C T 11329 +
chr7 54962071 dbSNP rs rs2075108 A G 11615 + 謹曙 chr7 54962554 dbSNP rs rs845562 A G 12098 + 圖 chr7 54963712 dbSNP rs rs1554718 C T 13256 + 聽 chr7 54963735 dbSNP rs rs2740761 C T 13279 + 扁 chr7 54965914 dbSNP rs rs2692450 C T 15458 + chr7 54967878 dbSNP rs rs2692451 G 17422 + chr7 54969091 dbSNP rs rs2740762 G 18635
chr7 54970376 dbSNP rs rsl 404908 A G 19920
chr7 54973689 dbSNP rs rs2472520 C G 23233 + chr7 54974166 dbSNP rs rsl 140475 C 23710 + chr7 54974506 dbSNP rs rs2293348 A G 24050
chr7 54975207 dbSNP rs rs2740764 G 24751 + chr7 54975873 dbSNP rs rs2692452 C 25417
chr7 54976665 dbSNP rs rs2293347 C T 26209
chr7 54976897 dbSNP rs rs2692453 A 26441 + chr7 54979282 dbSNP rs rs2472521 C 28826 + chr7 54979711 dbSNP rs rs2692454 A C 29255
chr7 54979752 dbSNP rs rs2692455 A G 29296 + chr7 54980575 dbSNP rs rs2692456 A G 30119 + chr7 54981833 dbSNP rs rs884225 A G 31377
chr7 54981968 dbSNP rs rsl 063486 A G 31512 + chr7 54982155 dbSNP rs rs954311 C T 31699 + chr7 54983231 dbSNP rs rs884904 A G 32775 + chr7 54983281 dbSNP rs rs3088198 A 32825 + c r7 54983759 dbSNP rs rs940811 C 33303
chr7 54983843 dbSNP rs rs2280653 C T 33387
chr7 54983893 dbSNP rs rs884420 A G 33437
chr7 54984029 dbSNP rs rs884419 C 33573
chr7 54985136 dbSNP rs rs940810 A G 34680
c r7 54986601 dbSNP rs rs7334 A C 36145 + chr7 54986827 dbSNP rs rs4051 C 36371
chr7 54987029 dbSNP rs rsl 357973 G T 36573
chr7 54987053 dbSNP rs rs3065295 AAT 36597 + chr7 54987139 dbSNP rs rs954936 A 36683 + chr7 54987215 dbSNP rs rs940809 A G 36759
chr7 54987219 dbSNP rs rs940808 C G 36763 + chr7 54987243 dbSNP rs rs940807 G 36787
chr7 54987494 dbSNP rs rs940806 C 37038
chr7 54989773 dbSNP rs rs2331013 C 39317 + chr7 54990426 dbSNP rs rs1111650 C 39970
chr7 54993152 dbSNP rs rs3065299 GT 42697 + chr7 54994086 dbSNP rs rs2331014 C 43630 + chr7 54994094 dbSNP rs rsl 830063 C 43638 表 2 3
〔FGF12遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 号： 1 46 + 不平衡 中の No. ブロック chr3 193471108 dbSNP rs rs940903 C T 319 +
chr3 193473319 dbSNP rs rs1967622 A G 2530 +
chr3 193477061 dbSNP rs rs2366653 A G 6272 +
chr3 193478726 dbSNP rs rs1464940 A T 7937 +
chr3 193478994 dbSNP rs rs1464939 C T 8205 - chr3 193480790 dbSNP rs rs2280674 A C 10001 +
chr3 193482063 dbSNP rs rs1830089 A T 11274 +
chr3 193484191 dbSNP rs rs3074512 - GAC 13402 +
chr3 193485265 dbSNP rs rs2366656 C T 14476 +
chr3 193485590 dbSNP rs rs2366657 C T 14801 +
chr3 193485641 dbSNP rs rs1917789 A G 14852 +
chr3 193488671 dbSNP rs rs1 64942 A T 17882 + 舊國 chr3 193489006 dbSNP rs rs1464943 A G 18217 +
chr3 193489311 dbSNP rs rs1464944 G T 18522 +
chr3 193489463 dbSNP rs rs1 64945 A C 18674 +
chr3 193489601 dbSNP rs rs2366658 A G 18812 +
chr3 193489778 dbSNP rs rs2366659 C 丁 18989 + 表 2 4
〔FUT1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 47 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. +ブロック chr19 53917997 dbSNP rs rs973579 C T 222 - chr19 53920240 dbSNP rs rs2307018 A C 2465 + chr19 53920241 dbSNP rs rs2307019 A G 2466 + chr19 53922399 dbSNP rs rs838148 C T 4624 一 chr19 53922887 dbSNP rs rs838147 Ί A 1 G 5112 + chr19 53924073 dbSNP rs rs838146 A G 6298 - chr19 53924751 dbSNP rs rs838145 A G 6976 + chr19 53926260 dbSNP rs rs838144 A G 8485 一 chr19 53927232 dbSNP rs rs3086493 - CACACACA 9457 + chr19 53927720 dbSNP rs rs13100 G T 9945 一 c r19 53927776 dbSNP rs rs838143 C 丁 10001 - • chr19 53928172 dbSNP rs rs838142 A G 10397 + chr19 53928596 dbSNP rs rs838141 A T 10821 + chr19 53928719 dbSNP rs rs838140 A G 10944 - chr19 53929282 dbSNP rs rs4021 A G 11507 + chr19 53929410 dbSNP rs rs4015 A G 11635 - chr19 53929738 dbSNP rs rs838138 A C 11963 - chr19 53930525 dbSNP rs rs2071699 C T 12750 - chr19 53930594 dbSNP rs rs838137 A T 12819 + chr19 53932409 dbSNP rs rs838136 A G 14634 - chr19 53932484 dbSNP rs rs838135 C G 14709 + chr19 53933760 dbSNP rs rs838134 G T 15985 - chr19 53934743 dbSNP rs rs2231858 C T 16968 + chr19 53934899 dbSNP rs rs2231859 C T 17124 + chr19 53935087 dbSNP rs rs2231860 C G 17312 + chr19 53935342 dbSNP rs rs2231861 C G 17567 + chr19 53935396 dbSNP rs rs2231862 C T 17621 + chr19 53935550 dbSNP rs rs838133 A G 17775 + chr19 53935912 dbSNP rs rs漏 262 A G 18137 + chr19 53936000 dbSNP rs rs838132 A G 18225 + chr19 53936122 dbSNP rs rs490942 C T 18347 + chr19 53936654 dbSNP rs rs623588 A G 18879 + chr19 53936698 dbSNP rs rs838131 A C 18923 + chr19 53937059 dbSNP rs rs1688263 A G 19284 + chr19 53937384 dbSNP rs rs885662 C G 19609 + chr19 53937489 dbSNP rs rs838130 A G 19714 - chr19 53937528 dbSNP rs rs885661 A T 19753 + chr19 53937529 dbSNP rs rs885660 C G 19754 + 表 2 5
〔HSPG2遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 48 不平衡
Chr. No. ChrPosition DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ブロック chrl 21294797 dbSNP rs rs1049675 C T 3831
chrl 21294848 dbSNP rs rs1065017 A G 3882 - chrl 21294891 dbSNP rs rs3207900 A G 3925 - chrl 21294894 dbSNP rs rs3207899 C G 3928 +
chrl 21294976 dbSNP rs rs14494 A C 4010 - chrl 21295163 dbSNP rs rs1049644 C G 4197 +
chrl 21295511 dbSNP rs rs734818 C G 4545 +
chrl 21295667 dbSNP rs rs897468 A C 4701 - chrl 21295846 dbSNP rs rs2229477 C T 4880 - chrl 21295915 dbSNP rs rs897467 A G 4949 - chrl 21300967 in-house T019711 A G 10001 +
chrl 21303117 dbSNP rs rs2004150 A G 12151 - a
謹 chrl 21304100 dbSNP rs rs2270701 A C 13134 - 議 chrl 21306703 dbSNP rs rs3767137 A G 15737 +
chrl 21307255 dbSNP rs rs2229492 C T 16289 - 議 chrl 21307284 dbSNP rs rs2270699 C T 16318 - 國 chrl 21311881 dbSNP rs rs2291826 C T 20915 - 画 chrl 21311967 dbSNP rs rs2291827 C T 21001 - chrl 21313765 dbSNP rs rs2270695 A G 22799 + m 碰 m: chrl 21313766 dbSNP rs rs2270696 A G 22800
c rl 21313968 dbSNP rs rs2270697 G T 23002
chrl 21316808 dbSNP rs rs2270698 C G 25842 圍謹 chrl 21320406 dbSNP rs rs2290501 A C 29440 - chrl 21322297 dbSNP rs rs2315929 A G 31331 - 誦 chrl 21322313 dbSNP rs rs1962711 A C 31347 + 誦 chrl 21322811 dbSNP rs rs2290500 A G 31845 - 画 chrl 21322939 dbSNP rs rs2290499 A G 31973 - 隱 chrl 21324891 dbSNP rs rs1563370 A G 33925 - 画 chrl 21328153 dbSNP rs rs2290498 A G 37187 - 議 chrl 21329719 dbSNP rs rs2305562 C T 38753 - 漏 chrl 21331440 dbSNP rs rs2124369 C T 40474 - chrl 21331459 dbSNP rs rs2124368 A G 40493 - chrl 21335427 dbSNP rs rs2315928 C T 44461 - chrl 21336806 dbSNP rs rs3217649 - G 45840 - chrl 21337011 dbSNP rs rs897472 G T 46045 - chrl 21337434 dbSNP rs rs897471 C T 46468 - chrl 21339593 dbSNP rs rs3077631 - AAA 48627 - 表 2 6
CLAMA2遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000108_0001
表 2 7
〔PLOD遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号： 1 50 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ブロック + 9 V 蕭 S SJ SJ dNsqp S06S9Z0S
- 9 V 96W0ZSJ SJ dNsqp ZU09
+ 09ε 9 V SJ dNsqp 66SZ0S
+ ΌΝΟ)φ aidNS aa uouisod'JLiO O J O
L9L:-i- 顧 冊 31
8 S峯
Figure imgf000109_0001
- 8 ο τ-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 00Z OAV
Figure imgf000110_0001
- 60 1-
699簡 eoozai/iod t^Oひ 0歸 OAV 0 -
Figure imgf000111_0001
表 2 9
CPTGER3遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DM領域における多型部位〕
配列番
号： 1 5 連鎖 2中の 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 No. 土ブロック chrl 70801897 dbSNP rs rs681196 C G 431 + chrl 70803091 dbSNP rs rs5700 A T 1625 + 譲輸 chrl 70803176 dbSNP rs rs5699 A G 1710 - chrl . 70803279 dbSNP rs rs5698 A G 1813 - chrl 70804223 dbSNP rs rs571705 C T 2757 + chrl 70806288 dbSNP rs rs661000 A G 4822 + chrl 70809275 dbSNP rs rs847727 A G 7809 + chrl 70809901 dbSNP rs rs699220 A G 8435 + 議 chrl 70810984 dbSNP rs rs977214 A G 9518 + chrl 70811293 dbSNP rs rs573688 C 1 T 9827 + chrl 70811467 dbSNP rs rs926457 G T 10001 + i chrl 70811488 dbSNP rs rs3216528 - G 10022 + 國 chrl 70813048 dbSNP rs rs847729 C T 11582 + 靈 chrl 70813622 dbSNP rs rs847731 C T 12156 + chrl 70813845 dbSNP rs rs1205488 c T 12379 + 薩國 chrl 70814166 dbSNP rs rs847732 A T 12700 + chrl 70814465 dbSNP rs rs847733 C T 12999 + chrl 70815115 dbSNP rs rs594095 A T 13649 + chrl 70815192 dbSNP rs rs594454 A c 13726 - 隱霧 chrl 70815690 dbSNP rs rs596829 C G 14224 + 霧
Figure imgf000112_0001
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV
Figure imgf000113_0001
ζ /εθΟΖ3Ι/Χ3«Ι 請 ΟΟΖ OAV
Figure imgf000114_0001
- ε I I-
699l700/f00iai/X3d 1"SOひ OAV 4 一
Figure imgf000115_0001
表 3 0
CC0L18A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 1 5 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr21 45766963 dbSNP rs rs2838947 C T 1748 +
chr21 45769028 dbSNP rs rs1556329 C T 3813 +
chr21 45769528 dbSNP rs rs2297287 A G 4313 +
chr21 45769577 dbSNP rs rs2297288 C T 4362 +
chr21 45769612 dbSNP rs rs2297289 A T 4397 +
chr21 45769828 dbSNP rs rs2297290 C G 4613 +
chr21 45769942 dbSNP rs rs749625 A G 4727 +
chr21 45769952 dbSNP rs rs749626 C G 4737 +
chr21 45770159 dbSNP rs rs749627 A G 4944 +
chr21 45770792 dbSNP rs rs2282119 A T 5577 +
chr21 45770905 dbSNP rs rs1556330 C T 5690 +
chr21 45771218 dbSNP rs rs1556331 C T 6003 +
chr21 45771684 dbSNP rs rs2236475 A G 6469 +
chr21 45771797 dbSNP rs rs2236476 C G 6582 +
chr21 45772163 dbSNP rs rs3028017 - ACAT 6948 +
chr21 45772223 dbSNP rs rs2150441 C T 7008 +
chr21 45772248 dbSNP rs rs2150442 A C 7033 +
chr21 45772275 dbSNP rs rs3028018 - AC 7060 +
chr21 45772366 dbSNP rs rs2150443 A G 7151 + 議圍 chr21 45772688 dbSNP rs rs2330180 G T 7473 +
chr21 45773417 dbSNP rs rs2838948 C G 8202 +
chr21 45774424 dbSNP rs rs2236478 A G 9209 + 纖議 chr21 45775216 dbSNP rs rs2282120 C T 10001 +
chr21 45775774 dbSNP rs rs2236479 A G 10559 +
chr21 45775807 dbSNP rs rs2236480 G T 10592 +
chr21 45775992 dbSNP rs rs2236481 C T 10777 +
chr21 45776002 dbSNP rs rs2236482 C T 10787 +
chr21 45776124 dbSNP rs rs2236482 C T 10909 +
chr21 45780851 dbSNP rs rs2838949 A c 15636 +
chr21 45782696 dbSNP rs rs2236483 C T 17481 +
chr21 45782939 dbSNP rs rs2838950 C T 17724 +
chr21 45786109 dbSNP rs rs1050351 A G 20894 +
chr21 45786362 dbSNP rs rs2838951 C G 21147 +
chr21 45786805 dbSNP rs rs2838952 C T 21590 +
chr21 45787026 dbSNP rs rs2838953 C G 21811 + 5 - chr21 45787342 I dbSNP rs rs2838954 A G 22127 + chr21 45788326 dbSNP rs rs2236484 A G 23111 + chr21 45788970 dbSNP rs rs7499 A G 23755 + chr21 45789025 dbSNP rs rs8199 A G 23810 +
IMS- chr21 45789294 JSNP JST016806 A G 24079 chr21 45790000 dbSNP rs rs1063505 C G 24785 chr21 45790103 dbSNP rs rs1063507 C G 24888 chr21 45791160 dbSNP rs rs2838955 C 25945 + chr21 45791468 dbSNP rs rs1051298 C 26253 chr21 45791503 dbSNP rs rs1051296 G 26288 chr21 45792905 dbSNP rs rs1888529 C G 27690 + chr21 45793065 dbSNP rs rs1888530 C 27850 + chr21 45795671 dbSNP rs rs3028039 AAGG 30456 + chr21 45795676 dbSNP rs rs2330181 A G 30461 + 表 3 1
〔C0L3A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000116_0001
表 3 2
[C0L4A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000117_0001
- 91 1-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV
Figure imgf000118_0001
- L
699簡 eoozai/ェ:) d 請 OOZ OAV 8 -
Figure imgf000119_0001
表 3 3
〔C0L16A1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号：1 1 8 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. + ブロック chrl 31581927 dbSNP rs rs2297682 A G 1335 - chrl 31582572 dbSNP rs rs2297681 A C 1980 - chrl 31583583 dbSNP rs rs2297680 G T 2991 - chrl 31583652 dbSNP rs rs2297679 A C 3060 - 圖 chrl 31583939 dbSNP rs rs2297678 G T 3347 - 議議, chrl 31584055 dbSNP rs rs2297677 C T 3463 - chrl 31584174 dbSNP rs rs2297676 A G 3582 - chrl 31584947 dbSNP rs rs2297675 C T 4355 - chrl 31586231 dbSNP rs rs2275097 G T 5639 - chrl 31586417 dbSNP rs rs2275096 A C 5825 - chrl 31587246 dbSNP rs rs2275095 C T 6654 - chrl 31590593 dbSNP rs rs2297674 C G 10001 + 議, chrl 31594169 dbSNP rs rs1815465 C G 13577 +
chrl 31595079 dbSNP rs rs909000 C T 14487 +
chrl 31600360 dbSNP rs rs2007147 C T 19768 - 表 3 4
[： CTSB遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖
Chr. 号：1 1 9 不平衡 No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. + ブロック chr8 11567379 dbSNP rs rs14873 A C 1207 + 闻纖 chr8 11567386 dbSNP rs rs3258 A G 1214 - ,議議讓 chr8 11567412 dbSNP rs rs3188986 A C 1240 +
chr8 11567428 dbSNP rs rs3189016 C T 1256 + 讓圖 Ϊ chr8 11567526 dbSNP rs rs8944 A c 1354 + 謹蠢麵 chr8 11567711 dbSNP rs rs2446 C G 1539 +
chr8 11568221 dbSNP rs rs2645432 C T 2049 - chr8 11568222 dbSNP rs rs2645431 C T 2050 - chr8 11568476 dbSNP rs rs1296026 C T 2304 + IIIII chr8 11568595 dbSNP rs rs1296027 A G 2423 +
chr8 11569238 dbSNP rs rs1293329 C T 3066 +
chr8 11569371 dbSNP rs rs1293330 C T 3199 +
chr8 11569470 dbSNP rs rs1293331 C T 3298 +
chr8 11569781 dbSNP rs rs1296028 A G 3609 + II謹謹 chr8 11570458 dbSNP rs rs1692823 G T 4286 - chr8 11570666 dbSNP rs rs1613883 A T 4494 +
chr8 11570741 dbSNP rs rs1692822 A C 4569 - chr8 11571022 dbSNP rs rs1692821 A G 4850 - chr8 11571135 dbSNP rs rs6731 A G 4963 - chr8 11571771 dbSNP rs rs1065387 A G 5599 - 議麵 chr8 11571779 dbSNP rs rs1736077 C G 5607 + chr8 11571935 dbSNP rs rs1065379 A G 5763 - chr8 11572130 dbSNP rs rs8005 G T 5958 - ：響灣 chr8 11572232 dbSNP rs rs12898 C T 6060 - chr8 11572287 dbSNP rs rs2740592 A G 6115 + chr8 11572312 dbSNP rs rs2645425 C T 6140 - chr8 11572636 dbSNP rs rs1065714 A G 6464 - chr8 11572777 dbSNP rs rs21 2469 A G 6605 + chr8 11572876 dbSNP rs rs1736078 A C 6704 + chr8 11572916 dbSNP rs rs3200715 A C 6744 - chr8 11572922 dbSNP rs rs4178 - GT 6750 + chr8 11572923 dbSNP rs rs3030211 - GT 6751 + chr8 11572967 dbSNP rs rs4839 A G 6795 - chr8 11572990 dbSNP rs rs3208088 A C 6818
chr8 11573040 dbSNP rs rs9009 A T 6868 + 幽き讁義 chr8 11573156 dbSNP rs rs1065712 C G 6984 + chr8 11573238 dbSNP rs rs6730 A G 7066 + chr8 11573311 dbSNP rs rs3088244 C G 7139 + chr8 11573320 dbSNP rs rs1803249 A G 7148 - chr8 11573347 dbSNP rs rs709822 C G 7175 + chr8 11573409 dbSNP rs rs3947 A G 7237 + chr8 11573475 dbSNP rs rs3088245 A G 7303 + chr8 11573576 dbSNP rs rs8898 C T 7404 + chr8 11573628 dbSNP rs rs709821 C G 7456 + chr8 11573874 dbSNP rs rs1736081 G T 7702 + chr8 11574042 dbSNP rs rs2272763 C T 7870 + chr8 11574082 dbSNP rs rs1692811 C G 7910 + chr8 11574370 dbSNP rs rs2272764 C G 8198 + chr8 11574454 dbSNP rs rs1736082 C T 8282 + chr8 11574531 dbSNP rs rs1736083 G T 8359 + chr8 11574557 dbSNP rs rs1692812 G T 8385 + chr8 11574691 dbSNP rs rs1736084 C T 8519 + chr8 11574693 dbSNP rs rs1736085 C T 8521 + chr8 11575330 dbSNP rs rs1692813 G T 9158 + c r8 11575332 dbSNP rs rs1692814 C T 9160 + chr8 11575384 dbSNP rs rs1692815 C G 9212 + chr8 11575491 dbSNP rs rs1692816 A C 9319 + chr8 11575753 dbSNP rs rs1692817 A C 9581 + chr8 11575912 dbSNP rs rs1692818 C G 9740 + chr8 11575931 dbSNP rs rs1736086 C T 9759 + chr8 11576173 dbSNP rs rs2294138 C T 10001 + 瞵麵
IMS- chr8 11576376 JSNP JST047518 C G 10204 +
CCCCAGCTGGG
chr8 11576416 dbSNP rs rs3215434 CGAGGCAG 10244 + chr8 11576476 dbSNP rs rs2294139 G 丁 10304 + H - 1 2
Figure imgf000122_0001
表 3 5
[IL10RB遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DM領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 20 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ブロック chr21 33552636 dbSNP rs rs2300371 C T 3383 +
chr21 33552711 dbSNP rs rs2250226 C T 3458 +
chr21 33557076 dbSNP rs rs14861 A G 7823 +
chr21 33557770 dbSNP rs rs2409482 C G 8517 +
chr21 33558426 dbSNP rs rs999788 C T 9173 +
chr21 33559177 dbSNP rs rs1058857 C T 9924 +
Figure imgf000123_0001
- ζ ζ \-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV chr21 33577414 dbSNP rs rs2843714 A C 28161 + 囊 chr21 33577811 dbSNP rs rs2850003 A G 28558 +
chr21 33578082 dbSNP rs rs2247526 C T 28829 +
chr21 33578201 dbSNP rs rs2855250 A G 28948 +
chr21 33578225 dbSNP rs rs2850004 G T 28972 +
chr21 33579264 dbSNP rs rs2843970 A T 30011 + 表 3 6
CILIA遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 21 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr2 113436914 dbSNP rs rs1040193 C T 4662 + chr2 113437839 dbSNP rs rs1516789 A G 5587 - chr2 113438106 dbSNP rs rs1516790 A G 5854 + chr2 113438534 dbSNP rs rs16347 - TGAA 6282 + chr2 113438898 dbSNP rs rs2856836 C T 6646 - chr2 113439051 dbSNP rs rs1304037 A G 6799 - chr2 113440424 dbSNP rs rs2856843 C G 8172 + chr2 113441391 dbSNP rs rs2856842 A G 9139 - chr2 113442210 dbSNP rs rs2071376 A C 9958 + chr2 113442253 dbSNP rs rs2071375 A G 10001 - 漏 chr2 113442468 dbSNP rs rs1801715 C G 10216 + chr2 113442624 dbSNP rs rs3074430 - GT 10372 + chr2 113442748 dbSNP rs rs1516792 C T 10496 - 圍画 chr2 113444005 dbSNP rs rs17562 A G 11753 - chr2 113444038 dbSNP rs rs17561 G T 11786 - chr2 113444154 dbSNP rs rs2856841 C T 11902 - 圖画
IMS- chr2 113444167 JSNP JST006816 A c 11915
chr2 113445305 dbSNP rs rs1969294 C T 13053 - 國 chr2 113445597 dbSNP rs rs1533463 C T 13345 - chr2 113446696 dbSNP rs rs2856839 C T 14444 - 誦誦 chr2 113446787 dbSNP rs rs2856838 C T 14535 - 議 chr2 113446899 dbSNP rs rs2071373 C T 14647 - S chr2 113446992 dbSNP rs rs1894399 A G 14740 - chr2 113447020 dbSNP rs rs1609682 A C 14768 - chr2 113448740 dbSNP rs rs2856837 C T 16488 - chr2 113449775 dbSNP rs rs1800587 A G 17523 + chr2 113450088 dbSNP rs rs1800794 C T 17836 - chr2 113451249 dbSNP rs rs1878321 C T 18997 - chr2 113451282 dbSNP rs rs1878320 A G 19030 - chr2 113451641 dbSNP rs rs1878319 C T 19389 - c r2 113451728 dbSNP rs rs3074432 - AA 19476 + chr2 113452000 dbSNP rs rs1878318 C T 19748 - 表 3 7
〔IL6ST遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000125_0001
表 3 8
〔KRTHA2遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 23 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. + ブロック chr17 39519674 dbSNP rs rs1455534 A G 1796 - chr17 39519745 dbSNP rs rs1455533 C T 1867 - chr17 39519842 dbSNP rs rs1455532 C T 1964 - chr17 39522820 dbSNP rs rs1563323 A G 4942 - chr17 39522898 dbSNP rs rs2320706 A G 5020 + chr17 39523201 dbSNP rs rs2857251 A T 5323 + chr17 39523719 dbSNP rs rs2168306 C T 5841 + chr17 39523991 dbSNP rs rs2248027 A G 6113 - chr17 39524010 dbSNP rs rs2248028 A G 6132 + chr17 39524042 dbSNP rs rs2248139 A C 6164 - chr17 39524225 dbSNP rs rs1823995 A G 6347 - chr17 39524258 dbSNP rs rs2320704 C T 6380 + chr17 39525194 dbSNP rs rs2604953 A C 7316 - chr17 39525783 dbSNP rs rs2857250 C G 7905 + chr17 39525903 dbSNP rs rs2857249 G T 8025 - chr17 39525973 dbSNP rs rs2045217 A G 8095 + chr17 39526130 dbSNP rs rs1993356 C G 8252 + chr17 39526283 dbSNP rs rs1993357 A G 8405 + chr17 39526716 dbSNP rs rs2857248 G T 8838 - chr17 39526818 dbSNP rs rs2857247 A G 8940 - chr17 39526863 dbSNP rs rs2857246 A G 8985 - chr17 39527484 dbSNP rs rs2071565 A G 9606 - chr17 39527641 dbSNP rs rs2071564 A G 9763 - chr17 39527842 dbSNP rs rs2857258 C T 9964 - chr17 39527857 dbSNP rs rs2604954 C T 9979 - chr17 39527858 dbSNP rs rs2604955 A G 9980 -
IMS- chr17 39527879 JSNP JST007095 C T 10001
chr17 39527950 dbSNP rs rs2604956 C G 10072 + mm chr17 39527983 dbSNP rs rs2857257 C T 10105 - chr17 39528204 dbSNP rs rs3216797 - G 10326 - chr17 39528798 dbSNP rs rs2857254 A G 10920 - chr17 39529497 dbSNP rs rs2604958 C G 11619 + chr17 39529674 dbSNP rs rs2604959 A C 11796 + chr17 39530095 dbSNP rs rs2857253 C G 12217 + chr17 39530096 dbSNP rs rs2857252 C G 12218 + chr17 39530550 dbSNP rs rs2071562 A G 12672 - chr17 39530832 dbSNP rs rs2071561 A C 12954 - chr17 39531149 dbSNP rs rs2071560 C T 13271 - chr17 39531888 dbSNP rs rs1111169 C G 14010 + chr17 39531889 dbSNP rs rs1111168 C G 14011 + chr17 39532386 dbSNP rs rs1807434 A C 14508 + chr17 39532472 dbSNP rs rs737487 A G 14594 - chr17 39532649 dbSNP rs rs1318202 C T 14771 + chr17 39532650 dbSNP rs rs897429 A G 14772 + chr17 39532921 dbSNP rs rs2017284 C T 15043 - chr17 39533004 dbSNP rs rs2077063 C G 15126 + chr17 39533090 dbSNP rs rs867243 C G 15212 + chr17 39533171 dbSNP rs rs3077840 - ΤΤΓΤ 15293 - chr17 39533187 dbSNP rs rs2320703 C T 15309 - chr17 39533189 dbSNP rs rs1317497 c T 15311 - chr17 39533380 dbSNP rs rs928982 A G 15502 + chr17 39537651 dbSNP rs rs1809197 G T 19773 - chr17 39537714 dbSNP rs rs1809196 A G 19836 - lllll chr17 39537955 dbSNP rs rs3078615 - CJJ 20077 - ιι||| chr17 39537961 dbSNP rs rs3078613 - cnnr 20083 - mi chr17 39538519 dbSNP rs rs1987231 A T 20641 + 表 3 9
〔LAMA4遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DM領域における多型部位〕
Chr. 配列番 連鎖
No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 号： 1 24 ± 不平衡 中の No. ブロック chr6 112451634 dbSNP rs rs3220450 (CA)/17/18/19/20/21 964 - chr6 112454315 dbSNP rs rs764587 C T 3645 - 議帽 chr6 112456251 dbSNP rs rs3073785 - AACAGG 5581 +
chr6 112456257 dbSNP rs rs2345805 C T 5587 +
chr6 112456279 dbSNP rs rs720179 A T 5609 + 圖議 chr6 112456280 dbSNP rs rs2345806 A T 5610 + 議■園 chr6 112457275 dbSNP rs rs2032565 A T 6605 +
chr6 112457286 dbSNP rs rs2032566 C T 6616 +
chr6 112457513 dbSNP rs rs1050349 C G 6843 +
chr6 112457520 dbSNP rs rs2032567 A G 6850 - chr6 112457601 dbSNP rs rs2032568 A G 6931 +
chr6 112458040 dbSNP rs rs3073791 - AA 7370 +
chr6 112460671 dbSNP rs rs2072019 A G 10001 + ▲ chr6 112460778 dbSNP rs rs2072020 A G 10108 +
chr6 112463012 dbSNP rs rs1016825 C T 12342 - chr6 112463206 dbSNP rs rs2072026 C T 12536 +
chr6 112464942 dbSNP rs rs763247 A c 14272 +
chr6 112466786 dbSNP rs rs744006 C T 16116 - 表 4 0
〔LAMR1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖不 号： 1 25 平衡プロ
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ック chr3 39253119 dbSNP rs rs1875089 A G 134 - 111 chr3 39259367 dbSNP rs rs2133578 C T 6382 + |ιιιιΙ chr3 39259504 dbSNP rs rs2133579 A G 6519 +
chr3 39259686 dbSNP rs rs2173603 C T 6701 +
chr3 39262020 dbSNP rs rs1472508 A G 9035 +
chr3 39262353 dbSNP rs rs1803893 C T 9368 +
chr3 39262986 dbSNP rs rs3772140 G T 10001 +
chr3 39265254 dbSNP rs rs1318417 A G 12269 + 1 chr3 39265322 dbSNP rs rs2077798 A G 12337 + 議 chr3 39265339 dbSNP rs rs2077797 A G 12354 + 續 chr3 39265345 dbSNP rs rs2077799 G T 12360 + 議 chr3 39265988 dbSNP rs rs1392192 A G 13003 + 1 chr3 39266273 dbSNP rs rs2269349 C T 13288 +
chr3 39266376 dbSNP rs rs2269350 A G 13391 +
chr3 39266810 dbSNP rs rs2276714 C T 13825 - chr3 39266826 dbSNP rs rs2723 A G 13841 - 驪關 chr3 39266991 dbSNP rs rs2724 C T 14006 + 豳圖 chr3 39266992 dbSNP rs rs2725 A G 14007 + 國鑾 chr3 39275043 dbSNP rs rs2047552 A G 22058 +
chr3 39275208 dbSNP rs rs2047553 C T 22223 + 表 4 1
〔PL0D2遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA镇域における多型部位〕
Figure imgf000128_0001
表 4 2
CPRG4遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号： 1 27 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ブロック chrl 182792928 dbSNP rs rs1293991 A G 1364 - chrl 182793863 dbSNP rs rs2273779 C T 2299 + chrl 182794028 dbSNP rs rs2273778 C T 2464 - chrl 182794044 dbSNP rs rs2273777 C T 2480 - ch 182801197 dbSNP rs rs1293985 C T 9633 + mi ch 182801414 dbSNP rs rs9272 A T 9850 + ill chrl 182801565 dbSNP rs rs7756 A c 10001 - 議圖 chrl 182803294 dbSNP rs rs1406294 C T 11730 - chrl 182806230 dbSNP rs rs857586 A G 14666 +
chrl 182807323 dbSNP rs rs1830344 A G 15759 - 表 4 3
CPTGDS遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
Figure imgf000129_0001
表 4 4
CPTGER1遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 29 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. 土 ブロック chr19 14419191 dbSNP rs rs1363403 A T 211 +
chr19 14419227 dbSNP rs rs2420537 C T 247 - chr19 14419244 dbSNP rs rs1363402 A c 264 - chr19 14419321 dbSNP rs rs1363401 A T 341 +
chr19 14419839 dbSNP rs rs2287701 C T 859 - chr19 14423883 dbSNP rs rs2287700 A G 4903 - chr19 14426272 dbSNP rs rs1042728 A G 7292 +
chr19 14427677 dbSNP rs rs10846 A G 8697 +
chr19 14427748 dbSNP rs rs8598 C T 8768 +
chr19 14427846 dbSNP rs rs3211327 C T 8866 +
chr19 14428273 dbSNP rs rs2241364 C G 9293 + chr19 14428473 dbSNP rs rs2241363 C G 9493 chr19 14428547 dbSNP rs rs1057368 A C 9567 -
IMS- chr19 14428981 JSNP JST013213 C G 10001 + ▲ chr19 14429108 dbSNP rs rs2241361 G T 10128 - chr19 14430131 dbSNP rs rs1057362 A G 11151 - 謹 chr19 14431224 dbSNP rs rs2241360 A G 12244 - chr19 14431454 dbSNP rs rs2241359 C T 12474 - chr19 14431614 dbSNP rs rs3214440 - G 12634 - chr19 14433685 dbSNP rs rs2241358 C G 14705 + chr19 14435821 dbSNP rs rs2287699 c T 16841 - chr19 14436128 dbSNP rs rs2241357 c T 17148 - chr19 14436690 dbSNP rs rs1043533 A c 17710 - chr19 14436740 dbSNP rs rs1043531 A G 17760 - chr19 14436946 dbSNP rs rs2420536 C T 17966 - chr19 14438740 dbSNP rs rs1043530 C T 19760 - chr19 14438773 dbSNP rs rs1043529 C G 19793 + 表 4 5
CPTGFR遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖
Chr. 号： 1 30 不平衡 No. Chr. Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ±ブロック
(CA)/17/19/2 D/22/23/24
chrl 78375314 dbSNP rs rs3221794 。5/26/27/28ゾ 29 3980 + chrl 78375832 dbSNP rs rs1265657 A C 4498 + chrl 78377834 dbSNP rs rs538976 G T 6500 + chrl 78378014 dbSNP rs rs540757 A G 6680 + chrl 78378362 dbSNP rs rs672561 C T 7028 + chrl 78379605 dbSNP rs rs688775 G T 8271 + chrl 78379691 dbSNP rs rs577333 A G 8357 - chrl 78380910 dbSNP rs rs520171 A C 9576 +
IMS- chrl 78381335 JSNP JST120734 G C 10001 + ▲ chrl 78381708 dbSNP rs rs2882850 A G 10374 + chrl 78381804 dbSNP rs rs1119770 A G 10470 + chrl 78381981 dbSNP rs rs551253 C G 10647 + chrl 78382066 dbSNP rs rs552177 C G 10732 + chrl 78382123 dbSNP rs rs552328 A G 10789 + chrl 78382315 dbSNP rs rs1265660 C T 10981 + chrl 78382323 dbSNP rs rs1265661 A G 10989 + chrl 78382612 dbSNP rs rs556817 A G 11278 + chrl 78383262 dbSNP rs rs473027 C T 11928 - chrl 78383877 dbSNP rs rs668005 A G 12543 - c rl 78384660 dbSNP rs rs1322929 A G 13326 - II聽錢 chrl 78384786 dbSNP rs rs2146490 C T 13452 - chrl 78384806 dbSNP rs rs1322928 A G 13472 - IIII chrl 78384901 dbSNP rs rs530871 C T 13567 - II,画 chrl 78385500 dbSNP rs rs536354 C T 14166 +
chrl 78385724 dbSNP rs rs538275 C T 14390 - chrl 78385943 dbSNP rs rs589958 C T 14609 - chrl 78385989 dbSNP rs rs590309 A G 14655 - chrl 78386548 dbSNP rs rs494196 C T 15214 +
chrl 78388174 dbSNP rs rs620580 C T 16840 +
chrl 78388521 dbSNP rs rs622346 C G 17187 +
chrl 78388973 dbSNP rs rs1265663 C T 17639 +
chrl 78389217 dbSNP rs rs1265664 A G 17883 +
chrl 78390148 dbSNP rs rs501078 C T 18814 +
chrl 78390427 dbSNP rs rs686262 C T 19093 - 表 4 6
[TGFBR3遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 31 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chrl 91489998 dbSNP rs rs1887053 C T 956 - chrl 91491548 dbSNP rs rs2765886 A G 2506 +
chrl 91491616 dbSNP rs rs2810891 C T 2574 - chrl 91492658 dbSNP rs rs2810890 C T 3616 - chrl 91493783 dbSNP rs rs2810889 A T 4741 +
chrl 91494277 dbSNP rs rs2810888 A G 5235 - chrl 91495292 dbSNP rs rs2391026 C G 6250 +
chrl 91495728 dbSNP rs rs2893178 A G 6686 +
chrl 91495975 dbSNP rs rs2765887 A G 6933 +
chrl 91496099 dbSNP rs rs2810887 A G 7057 - chrl 91498210 dbSNP rs rs3038541 - TT 9168 +
chrl 91498414 dbSNP rs rs1555890 A G 9372 - chrl 91498469 dbSNP rs rs1555889 A G 9427 - chrl 91498485 dbSNP rs rs1555887 A G 9443 - chrl 91498555 dbSNP rs rs3038544 - MCA 9513 +
IMS- chrl 91499043 JSNP JST050873 A T 10001 +
chrl 91499106 dbSNP rs rs2296622 C T 10064 - chrl 91499820 dbSNP rs rs2765888 A G 10778 - chrl 91499971 dbSNP rs rs2007686 A G 10929 - chrl 91500207 dbSNP rs rs1926263 A T 11165 +
chrl 91500312 dbSNP rs rs1926262 A c 11270 - chrl 91500448 dbSNP rs rs1926261 A G 11406 - 一 1 3
Figure imgf000132_0001
表 4 7
CTIMP3遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号： 1 32 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr22 31563795 dbSNP rs rs130306 A G 340 +
chr22 31568210 dbSNP rs rs2283883 G T 4755 +
chr22 31570586 dbSNP rs rs2071947 C T 7131 - III chr22 31572609 dbSNP rs rs2283884 A T 9154 +
IMS- chr22 31573456 JSNP JST033539 A G 10001 + ▲ chr22 31575833 dbSNP rs rs137484 C T 12378 + chr22 31579910 dbSNP rs rs漏 709 G T 16455 + 議寒 chr22 31580031 dbSNP rs rs1804710 G T 16576 + chr22 31580231 dbSNP rs rs1060198 A C 16776 + chr22 31581717 dbSNP rs rs3207540 A G 18262 + chr22 31581730 dbSNP rs rs137486 - A 18275 + chr22 31581932 dbSNP rs rs16447 - AGA 18477 + III chr22 31582604 dbSNP rs rs2267184 C T 19149 +
chr22 31582771 dbSNP rs rs2267185 A G 19316 +
chr22 31582842 dbSNP rs rs1065314 C T 19387 +
chr22 31583331 dbSNP rs rs11287 C T 19876 +
chr22 31583340 dbSNP rs rs12234 C G 19885 +
chr22 31583351 dbSNP rs rs3206603 C T 19896 +
chr22 31583410 dbSNP rs rs3206624 C T 19955 + 表 4 8
〔TNFA遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DM領域における多型部位〕 配列番 連鎖 号： 1 33 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr6 31592251 dbSNP rs rs2857602 C T 287 - chr6 31592479 dbSNP rs rs2857708 A G 515 - 111 chr6 31592853 dbSNP rs rs2857601 C T 889 - chr6 31595091 dbSNP rs rs2844484 C T 3127 - chr6 31595663 dbSNP rs rs2844483 A c 3699 - chr6 31597109 dbSNP rs rs2009658 C G 5145 +
chr6 31597142 dbSNP rs rs3093539 A G 5178 +
chr6 31597361 dbSNP rs rs736160 A T 5397 +
chr6 31597362 dbSNP rs rs915654 A T 5398 +
chr6 31597874 dbSNP rs rs3093540 A G 5910 + III chr6 31598299 dbSNP rs rs2516312 C T 6335 - chr6 31598509 dbSNP rs rs3093541 - AG 6545 +
chr6 31598631 dbSNP rs rs2844482 A G 6667 - chr6 31598632 dbSNP rs rs2071590 A G 6668 +
chr6 31598935 dbSNP rs rs1800683 A G 6971 +
chr6 31599005 dbSNP rs rs2239704 G T 7041 - chr6 31599006 dbSNP rs rs3093546 A G 7042 +
chr6 31599293 dbSNP rs rs746868 C G 7329 +
chr6 31599420 dbSNP rs rs2857713 C T 7456 +
chr6 31599557 dbSNP rs rs3093542 C G 7593 +
chr6 31599621 dbSNP rs rs3093543 A C 7657 + ¾ ; chr6 31599625 dbSNP rs rs2071589 C T 7661 + 議酵 chr6 31599648 dbSNP rs rs1041981 A c 7684 + 111 chr6 31600643 dbSNP rs rs3093544 A G 8679 +
chr6 31600712 dbSNP rs rs3093547 A T 8748 + chr6 31601172 dbSNP rs rs1799964 A G 9208 - chr6 31601318 dbSNP rs rs2507961 C T 9354 - chr6 31601340 dbSNP rs rs1800630 A C 9376 + chr6 31601346 dbSNP rs rs1799724 A G 9382 - chr6 31601517 dbSNP rs rs2857712 G T 9553 - chr6 31601519 dbSNP rs rs2736196 G T 9555 - chr6 31601555 dbSNP rs rs2736195 C T 9591 - chr6 31601628 dbSNP rs rs漏 195 A G 9664 + chr6 31601635 dbSNP rs rs2857711 C G 9671 + 1111 chr6 31601684 dbSNP rs rs3093548 C T 9720 + ,謹 chr6 31601895 dbSNP rs rs1800629 A G 9931 + chr6 31601959 dbSNP rs rs673 A G 9995 + chr6 31601965 dbSNP rs rs361525 A G 10001 + ▲ chr6 31602270 dbSNP rs rs3093660 C G 10306 + chr6 31602355 dbSNP rs rs2515924 A G 10391 - chr6 31602469 dbSNP rs rs2228088 G T 10505 + chr6 31602536 dbSNP rs rs3179060 A c 10572 + chr6 31602622 dbSNP rs rs3093661 A G 10658 + chr6 31602691 dbSNP rs rs1800610 A G 10727 + chr6 31602891 dbSNP rs rs1799769 - G 10927 + chr6 31603053 dbSNP rs rs3093662 A G 11089 + chr6 31603089 dbSNP rs rs3093663 C T 11125 + chr6 31603370 dbSNP rs rs1800619 A G 11406 - chr6 31603455 dbSNP rs rs1800620 A G 11491 + chr6 31603506 dbSNP rs rs3093664 A 6 11542 + chr6 31603782 dbSNP rs rs1800618 C T 11818 + chr6 31604255 dbSNP rs rs3093665 A c 12291 + chr6 31604597 dbSNP rs rs3093666 C T 12633 + chr6 31604631 dbSNP rs rs3093667 G T 12667 + chr6 31605359 dbSNP rs rs3093668 C G 13395 + chr6 31605626 dbSNP rs rs3093669 A G 13662 + chr6 31605653 dbSNP rs rs3093726 C T 13689 + chr6 31605714 dbSNP rs rs3091257 A G 13750 + 議:園讓 chr6 31605818 dbSNP rs rs3093670 C G 13854 + chr6 31605844 dbSNP rs rs3093671 A G 13880 + chr6 31605979 dbSNP rs rs3093727 A G 14015 + chr6 31606231 dbSNP rs rs2736193 G T 14267 - chr6 31606284 dbSNP rs rs3093672 C T 14320 + chr6 31606324 dbSNP rs rs3091258 A G 14360 + chr6 31606338 dbSNP rs rs3093561 C T 14374 - HI chr6 31606378 dbSNP rs rs769178 A c 14414 - chr6 31606475 dbSNP rs rs769177 A G 14511 - 111 chr6 31606511 dbSNP rs rs3093560 - T 14547 - chr6 31606553 dbSNP rs rs769176 A G 14589 - chr6 31606656 dbSNP rs rs3093559 A G 14692 - chr6 31606683 dbSNP rs rs3093558 A G 14719 - chr6 31607060 dbSNP rs rs3093557 C T 15096 - chr6 31607232 dbSNP rs rs769175 A G 15268 - chr6 31607315 dbSNP rs rs3093556 C T 翁 ^
15351 - chr6 31607720 dbSNP rs rs2229699 A c 15756 - chr6 31607754 dbSNP rs rs3093555 C G 15790 +
chr6 31608271 dbSNP rs rs3093554 A G 16307 - chr6 31608420 dbSNP rs rs3093553 A C 16456 - chr6 31608665 dbSNP rs rs3093552 C T 16701 - chr6 31609316 dbSNP rs rs3093551 C T 17352 - chr6 31609403 dbSNP rs rs3093550 C T 17439 - chr6 31609424 dbSNP rs rs2022045 A G 17460 幽園 chr6 31609930 dbSNP rs rs769174 C G 17966 +
chr6 31610059 dbSNP rs rs3093549 A G 18095 - chr6 31610388 dbSNP rs rs3093563 A G 18424 一 chr6 31610401 dbSNP rs rs3093562 C G 18437 + 表 4 9
〔LAMC2遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 53 不平衡
Chr. No. ChrPosition DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chrl 179704686 dbSNP rs rs2274982 A G 3105 - chrl 179704782 dbSNP rs rs2274981 A G 3201 - chrl 179704874 dbSNP rs rs2274980 C T 3293 + 圍 chrl 179705106 dbSNP rs rs875794 C T 3525 + 鬮議圖 chrl 179705218 dbSNP rs rs875795 C T 3637 + 謹讓康 i康聽 chrl 179705378 dbSNP rs rs875796 C T 3797 +
chrl 179705664 dbSNP rs Γ3942617 C G 4083 +
chrl 179705703 dbSNP rs rs625597 A G 4122 - III chrl 179705885 dbSNP rs rs875793 A G 4304 - 謹圖謹 chrl 179706042 dbSNP rs rs875792 C T 4461 - chrl 179710527 dbSNP rs rs2095287 A G 8946 - 讓霸圜 chrl 179711161 dbSNP rs rs639207 A G 9580 - chrl 179711402 dbSNP rs rs2296307 A G 9821 -
IMS- chrl 179711582 JSNP JST050457 A C 10001 + 嚆麵 chrl 179711625 dbSNP rs rs2296305 A G 10044 - 國 chrl 179712562 dbSNP rs rs1047980 G T 10981 + 國 chrl 179713186 dbSNP rs rs2021958 C T 11605 - chrl 179713281 dbSNP rs rs2021957 A G 11700 一 鬭 chrl 179713842 dbSNP rs rs2147582 C T 12261 - 國 chrl 179714100 dbSNP rs rs3064952 - CA 12519 + 國
IMS- chrl 179714877 JSNP JST050455 C T 13296 闘 chrl 179721997 dbSNP rs rs2296304 C T 20416 - 讕 IMS- chrl 179722228 JSNP JST050453 C G 20647
chrl 179723188 dbSNP rs rs2147581 A T 21607 +
chrl 179723209 dbSNP rs rs2147580 C T 21628 - chrl 179724735 dbSNP rs rs2296302 C T 23154 - chrl 179726831 dbSNP rs rs1047981 A G 25250 +
chrl 179727861 dbSNP rs rs1925043 A G 26280 - 議隱 chrl 179729100 dbSNP rs rs648809 A C 27519 - chrl 179729103 dbSNP rs rs2296301 A G 27522 - chrl 179729337 dbSNP rs rs2477437 A G 27756 - chrl 179729344 dbSNP rs rs2477436 G T 27763 - chrl 179729891 dbSNP rs rs644673 A G 28310 +
chrl 179730826 dbSNP rs rs630468 A G 29245 +
chrl 179731477 dbSNP rs rs497267 A G 29896 +
chrl 179731892 dbSNP rs rs472193 C T 30311 - 表 5 0
CIL4R遺伝子もしくは該遺伝子の近傍 DNA領域における多型部位〕
配列番 連鎖 号： 1 54 不平衡
Chr. No. Chr.Position DB SNP ID アレル 1 アレル 2 中の No. ± ブロック chr16 27277945 dbSNP rs rs3024530 A G 4276 +
c r16 27278286 dbSNP rs rs3024531 A T 4617 +
chr16 27278551 dbSNP rs rs3024532 A G 4882 +
chr16 27278596 dbSNP rs rs2057767 A G 4927 +
chr16 27279160 dbSNP rs rs3024533 A G 5491 +
chr16 27279302 dbSNP rs rs3024534 A C 5633 +
chr16 27279379 dbSNP rs rs3024535 C T 5710 +
chr16 27279971 dbSNP rs rs3024536 C T 6302 +
chr16 27280077 dbSNP rs rs3024537 A G 6408 +
chr16 27280144 dbSNP rs rs3024538 C T 6475 +
chr16 27280193 dbSNP rs rs3024539 C G 6524 +
chr16 27280196 dbSNP rs rs3024540 A T 6527 + |圖 chr16 27280223 dbSNP rs rs3024541 C T 6554 +
chr16 27280446 dbSNP rs rs3024542 A G 6777 + 5 ¾ ¾ chr16 27280488 dbSNP rs rs3024543 A G 6819 +
chr16 27280526 dbSNP rs rs3024686 A G 6857 +
chr16 27280615 dbSNP rs rs3024544 C T 6946 +
chr16 27281043 dbSNP rs rs3024545 A G 7374 +
chr16 27281619 dbSNP rs rs3024547 C T 7950 +
chr16 27281789 dbSNP rs rs3024548 C G 8120 +
chr16 27282097 dbSNP rs rs3024549 C G 8428 +
chr16 27282205 dbSNP rs rs3024550 C T 8536 +
chr16 27282543 dbSNP rs rs3024554 G T 8874 +
Figure imgf000137_0001
- 981-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV + 丄 0 SJ dNsqp 9μリ。
+ 9 V 9霞 SJ SJ dNsqp 9 w
+ 88002 9 V sj dNsqp 9μ。
+ Z866 9 V !•69霞 SJ sj d s p 959962Z2 9 μο
+ S8961. 丄 0 9龍 SJ sj dNs p 9μι
+ 5£Z6l. 9 V 9應 a SJ dNsqp wmziz 9μιρ
+ 9im 9 V 0S9霞 SJ SJ dNsqp
+ 6 9 V 629fr20esJ SJ dNs p 9
+ 9i 9 V SJ dNsqp 980ε622
+ ZQl 9 V SJ dNs p
+ 6926 上 0 929^0£SJ SJ dNs p
+ 1926 9 V SJ dNsqp 9μリ。
+ 9 V 9薩 SJ dNsqp zi ziz
+ Z9061. 9 V SJ dNsqp
+ 9 〇 SJ dNs p
+ iom 丄 0 9霞 a SJ dNsqp
+ 999 丄 0 069霞 a SJ dNsqp
+ Z09SI. 9 0 ( 9霞 a SJ d sqp z z 9 リ。
+ 9081- 丄 V 91·9霞 a SJ d sq 。
+ m 0 V Sl>9霞 SJ SJ d sqp zi ziz 9μμ。
+ m 9 V 1H9霞 SJ SJ dNsqp zo ziz 9μι
- zn 9 V £19霞 a SJ dNsqp 9」リ。
+ zzm 9 V ^議 SSJ SJ dNsqp
+ ma 0 V "9霞 a SJ dNsqp 91··
- in 9 V (H9霞 SJ SJ d s p 9i ziz
+ zzm 上 0 609籠 SJ SJ dNsqp
+ 9LZII 9 0 809 SJ SJ dNsqp 9μリ。
+ ma 9 V Z09應 SJ SJ dNsqp 6980 9 リ。
+ zm 9 0 SJ d sqp 9μφ
+ £8691. 9 V 889應 a SJ dNsqp 299062Z2 9μφ
+ ½89l 丄 〇 S09應 sj SJ dNsqp zz z 9μι
+ 6 丄 〇 W議 SSJ SJ dNsqp
+ 99991 〇 V εο9籠 a SJ dNs p 9
+ 9 V Z09 a SJ dNs p 9 ο
+ ezm 丄 0 09應 a SJ dNs p 9 ο
+ ZZi9i 9 0 009fr20CSJ SJ dNsqp e ziz 。
+ 8S09 9 V 669frZ0esJ SJ dNs p lomziz 。
z i 9 V 09WH0丄 S「 dNS「 190692Z2 9 ο
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+ 99191 9 V 86S籠 SJ SJ dNsqp 9μμ。
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+ 9 V Z6S霞 SJ SJ dNsqp 969992Z2
+ 06W 0 V 969fr20£SJ SJ dNsqp zLi 9μμο
- n 丄 9 SJ dNSQP 9zmziz
+ ii〇 - fr6S籠 a SJ dNsqp a
+ 9 V £6S應 SJ SJ dNsqp oi ziz
+ IZ9VI 丄 V ¾S霞 a SJ dNsqp oemziz 綱。
- ζ ε I-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV chr16 27294240 dbSNP rs rs3024636 C T 20571 + chr16 27294352 dbSNP rs rs3024637 G T 20683 + chr16 27294484 dbSNP rs rs3024638 C G 20815 + chr16 27294671 dbSNP rs rs3116572 C T 21002 + chr16 27294785 dbSNP rs rs3024639 C T 21116 + chr16 27294831 dbSNP rs rs3024640 C T 21162 + chr16 27294832 dbSNP rs rs3024641 A G 21163 + chr16 27294993 dbSNP rs rs3024642 C G 21324 + chr16 27294995 dbSNP rs rs3024643 - A 21326 + chr16 27295084 dbSNP rs rs3024644 C G 21415 + chr16 27295096 dbSNP rs rs3024692 c G 21427 + chr16 27295121 dbSNP rs rs3024645 c G 21452 + chr16 27295165 dbSNP rs rs3024646 c T 21496 + chr16 27295230 dbSNP rs rs3024647 A G 21561 + chr16 27295257 dbSNP rs rs3024648 C T 21588 + chr16 27295356 dbSNP rs rs3024649 C T 21687 + chr16 27296003 dbSNP rs rs3024650 C T 22334 + chr16 27296048 dbSNP rs rs2891057 A T 22379 + chr16 27296091 dbSNP rs rs2891058 A G 22422 + chr16 27296362 dbSNP rs rs3024652 - GA 22693 + chr16 27296750 dbSNP rs rs3024653 A G 23081 + chr16 27296753 dbSNP rs rs3024654 A G 23084 + chr16 27296760 dbSNP rs rs3024655 A G 23091 + chr16 27296867 dbSNP rs rs3024656 A G 23198 + chr16 27296997 dbSNP rs rs3024657 A G 23328 + chr16 27297712 dbSNP rs rs3024658 A G 24043 + chr16 27298194 dbSNP rs rs3024659 C T 24525 - chr16 27298416 dbSNP rs rs3024660 C T 24747 + chr16 27298506 dbSNP rs rs3024661 C T 24837 + chr16 27298655 dbSNP rs rs3024662 A G 24986 + chr16 27298678 dbSNP rs rs3024663 C G 25009 + chr16 27298682 dbSNP rs rs3024664 C T 25013 + chr16 27298797 dbSNP rs rs3024665 C T 25128 + chr16 27298829 dbSNP rs rs3024666 A G 25160 +
chr16 27298842 dbSNP rs rs3024667 C T 25173 + なお、 上記表中、 *は単 SNPで有意ではないが LDブロックを構成する SNP、 秦は 慢性歯周炎との関連において有意差ありの SNP、 ▲は侵襲性歯周炎との関連におい て有意差ありの SNPを示し、 格子状網掛け領域は連鎖不平衡ブロック、 グレー網掛 け領域は連鎖不平衡が予測される領域を示す。
SNPタイピングは、 [実施例 1 ]に記載の方法で行い、 統計解析ツールには SPSS -139 -
Ver.11.5 J for Windows (SPSS Japan Inc.)を用いた。
表 51に、 同定した SNPsのうち歯周炎との関連において有意差を示したものを 示す。
Figure imgf000140_0001
4 0
Figure imgf000141_0001
4
Figure imgf000142_0001
Figure imgf000143_0001
Figure imgf000144_0001
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5 0
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5
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Figure imgf000154_0001
swl dN I
Sつ01S 906901-9つ6寸
Figure imgf000155_0001
なお、 上記表中、 グレー網掛け領域は単 SNPとしてのリスクァリルを示す。
表 5 1に記載のリスクァリルの部位は、 表 1 1〜表 5 0に記載の侵襲性歯周炎 との関連において有意差ありの SNP部位、 または慢'性歯周炎との関連において有意 差ありの SNP部位を参照のこと。
また、 表 5 1に記載の単 SNP部位の周辺配列を表 5 2に示す。 表 5 2に記載の塩 基配列は、 配列番号： 1 1 5〜配列番号： 1 5 2の配列の一部に相当する。
表 5 2
+/
- 5'側 1 50塩基 多型 A B 3'側 1 50塩基
鎖
GACATGGACCAGCGTATCA6AA G6CATATGACCTCTTCTCCTGA ACTTCACCCTGTCCAAGCACCC AAGTGGGGAAGTTGGTTTCCAA TATGTCAGTTATCCCACCAAGG GGTGTCAGCTTTTCTCTTAAAC
- TGAAAGGGATCCCTAGAGATGG A/G T C TTACTTCTCTCGCAGCTTTTCA GGAAGACAGAAGCTGCATGAAG GAATTCCTTCTGGCCTAGCTTG AGGTAAAGTCCCTGGCCCTGGG TTTTATTTTATTATTTTATTTT TGTAAAATAATTTTGTTG ATTTTATTTACT6TATTT
GCCCTTGGGGACCAGCTTCACC CCCAGGACAAAGGTGTTAGTGA
CTGAATCAGAAGAAA6GACATA ACGGGCTGCTCTCTTGCCACTC
TCAGAAGCCACCCTGGGAAACC TGGGTCCCTTTGGTTTGGGGAA
+ CAACCTTGCCTCTCGGGAT6GC A/C A C CAGGGAGACATGAACCCCTTGG
AGGAGGAAGGGGAGACAGGGAC CCCATGAGGGTCATGCTTAGAG
AGGAGAGCAATGATCAGGACTC GA6AGT6GGGGGTCTCACCTTA
TAAGATCAGAGACGGAGA GCACCAACAGCACCAGGG OD100900VOOVV0101V 00V00010DD9V00001I V9V39丄 V33V3i)99VVE)9£)丄 VV 0DV9DV0009000099910091
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丄 3丄丄 9999丄丄 ί)丄 0 丄 9/V 0D0100000V9V009V01109V - 9丄 DOOOOVOOOE)丄 i)9VE)E)i)i)3V 0V0V0D0010VV91V00V0991
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9D1100010VV01000VD1000 VOOVOO1V0VD19DVV0V9V09 "
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9丄丄 39993丄 V9V丄 E)丄 3V9 1000191D9V09019V09
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99丄 V丄丄丄丄 3E)V9丄 VVVVVOV丄丄 19VDD1D001111VVDV90910
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E)VE)9丄丄丄 9V9V丄丄 VV9V丄 VV丄 V 丄 VlOVi)丄丄 E)丄;) VV9V9丄;) 39丄 V
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E)丄 3丄丄;)丄 9999丄 3丄 9丄；) VO丄 39 1101V0000119D11V101D1V
01001V01D091000900 10000DV001100V01D1 + + +
5657 JST055740 JST068777 JST044356 JST002 JST03049 JST021696
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00009VV9VOOOVD00009VOV V9VOV01099VOODV1910999
100VV019V3000VVV0VD390 0i09V191113i0O19110913
8 9
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 OOZ OAV ioool 6ol 5 9 -
929L9es」 TTAGAATGTTGAGAGAGCTTAT TTATTGTTTATGTAGCGGAGAC TGCAATCCCAAACTTGGAAATT ATGCTCTCCAGCTGGCTGCAGG AGCTGGGCTGTGGGGTGAAGGT GGACAGAACGTGGGGGACATTA
+ GAAAGTTTCCAGAACTGGCTGC A/G A G TGTCCCAGCTGGTCCTGGGAGG TCTAAGCTGTGGGGACCTTATC GTCCCATGGGGAGACCCGCTGG TCCCATCAGGACCATGAGAAAC TCATGTGCTTTGCATGTCCTGA CGATCCACTGTGCCAGGA CTGTAGGCAGAGCAGACC
TCCTGTCTGGAAGTTAGAAGGA GAGCAGGGAGGATGGGGAGTGT AACAGACCACAGACCTGGTCCC GAGGGGTATCCTTGATGCTTGT CAAAAGAAATGGAGGCAATAGG GTGTCCCCAACTTTCCAAATNC
+ TTTTGAGGGGCATGGGGACGGG A/G A G CCGCCCCCGCGATGGAGAAGAA GTTCAGCCTCCAGGGTCCTACA ACCGAGACAGAAGGTGCAGGGC CACAAATCAGTCAGTGGCCCAG CCACTACCGCTTCCTCCAGATG AAGACCCCCCTCGGAATC AGCTTATGGGTTTCTCCA
2 6位が多型部位 （前後 2 5塩基づつの配列を表示）
SNP ID +/ -鎖 5'側 25塩基 [多型] 3'側 25塩基 多型
TTTCTTAAAGGGACTATAGGAAACA [C/T]
T01 9753 rs 1 902569 C/T
GCCTGGGGTCCACTTGGACTCCTCT
T023802 rs5888 + TCACCGCTTCTGCCAGAACCGGGTC [G/A]
GCGTTGAGGAAGTGAGGATGGGAGA I MS- GGGAGG6AGGAGCCTACCCAGCTGG [A/G] T01 6553 A/G
JST058238 AATGGGACAAGGAAACTAGGAACAG
ACTTGTCCCAGACTACAGTCTCCTG [C/G]
T020965 rs731 056 C/G
AACTTTTCTGTGAGATATTAAAGGT
ATTCATTGTTCTGCCGCTCCAGTTC [A/G] . /r T023880 rs8037
TGGCGTAGCTGCGTCAGTTCCTCCT A b
TGCCATCTGCTTCCCACAGCAATTA [A/G] A /r T01 6728 rs2237701
TGTCAGTTTCAACATGAGAAAATTC Α/ ϋ
ATCACTTCATAAATCCAGTGTAAGC [A/G] . /r T01 6041 rs556674
TTCAGAATGAGCACAGAAGGGTATT ,
TAGATGCAAGCCACTAGTCCACTAG [C/T] p /T T01 6030 rs550675
GTTACAGACTGCTCTGCCATTTGAG し 1
TGCCCTCAGCGCTGGGAACAAGACA [C/T]
T01 7751 rs 1 31 7356 C/T
AGCCTGGGCCAGGAGCCCGAGAGAT
TTTTTCTATGGCAAGCCCAGGTTTT [A/G]
T01 81 1 3 rs940806 A/G
TTTCTTCAGAGTACCAAAATAATTA
TATCTCTGCAG6ATGTCAGCTCTCC [C/A]
T01 4978 rs2280674 C/A
TCAGAAGTTCCTGGGTTTTGAATTT
GACAAAGACCAACTTCCTTCATTGT [A/G]
T007755 rs8381 43
AGAGGCAACCTGAACTCACACCCAA I MS- GCACACTAGGGGCAGTATAGGTAAG [A/G] T005807 A/G
JST1 21 604 AAGTTTG6AGGCAAGTCACAGGGCT
GCAGAGACCCAGGTGTACCAGCAGG [A/G] . /r
T01 971 1 T01 971 1
AGAAGAATGCAGCAGAGGGGAGCTG Α ϋ 6 0 -
TGCCACCCTCTGCGCCACTTGTCTG [G/T] -！
T023044 rs2290501
ACCCCCTGCCCTCTCTGCTCTCACC b/ 1
TTGAGTGTCATGCAGTTCCAAAGCT [A/G]
T01 61 90 rs 1 889892 A/G
GAATCCAAGTCTTCTAGCTCTGCCC
GGATGGCAAAGATTGGTAATAAGTT [A/G]
T006991 rs 1 254601 A/G
TTACTGACCTGCAGAGTTTACAGCT
TGAAAGAATGAGGTAGGTACTGGTG [C/G] p /
T009969 rs2297674
GCTGGGGACAGGCTTGAGGGTAGGC U b
GTAAGGTCCTCGTTGGCAAGACTCA [A/T]
T023556 rs7719246 A/T
GCCATGTGAAGAAGCCATAATGGAT
ATTTGAACACTACAGTTTCTGTTAT [A/G] T01 6148 rs207201 9 A/G
CTTTTCAAGTGAAGCCCTTTTAACC
ΤΩ 1 Q41 9 I MS- GGATGAATCTTGCATCAGTGCAGAT [G/T]
G/T
I U I JST1 27292 ATAAAAGGGAAAGAGTGGCA6AAAG
TAAGAGATGTCTGTACTTTTGGTAC [C/T] p /T
T020145 rs2269349
TAGATGATGTAAGAGCCAGGAAGGT U/ 1
ATCTGCTGTCTGTATTACCAAACAC [G/T] T014877 rs 1 375588 C/T
AAAAACAAGCTTTCCCC6CCCTTCC
TACTTTCTTTTTCCTTGTGGGTAAG [G/T] T01 0389 rs7756
AAAGCAGTTTGTTCAGGTTTGTTAG
CTGCTAGGAGCGCCCTTTCCTCACC [A/G] T025323 rs7851 828 A/G
CTGGCTCTTCTCAGATCTGTGGCCC
I MS- TTTCTCACTGGCAATACAACCTGAT [G/C]
T01 01 03 G/C
JST 1 20734 AGAATTTATCTACCTTAGCTAGT6A
(i) 年齢、 性別調整しない方法
疾患群と対照群における Genotypeおよぴァリルの分布差の検定を以下の 4通り の解析で行なった。 ① Genotypeの集計度数を用いた 2 X 3分割表、 ②ァリルの集 計度数を用いた 2 X 2分割表、 ③遺伝様式を優性と仮定し Genotypeを AA+AB、 BBの 2群にまとめた 2 X 2分割表 （一方のァリルを A、 一方を Bとして） ④遺伝様式 を劣性と仮定し遺伝子型を M+AB、 BBの 2群にまとめた 2 X 2分割表、 の 4種類を 作成しフィッシヤーの直接確率検定を行った。 侵襲性歯周炎疾患群と対照群にお ける上記①〜④の解析結果を表 5 3〜表 5 6に、 慢性歯周炎疾患群と対照群にお ける上記①〜④の解析結果を表 5 7〜表 6 0に示す。
表 5 3
Figure imgf000161_0001
8 0928 III 626Ό 69に 0 ζβεο 00 00 mo 1S91I 9W6 ZSJ εζ £61 fr LLVZ mi i 330Ό 0Ό im taiAivi
L6 III 8S 261- Z093 ζοιι 600Ό 600Ό wo zaoid
οζ 861- 68 S60 ZZQO 220Ό wo 9SZZSJ
19Ζ L 09Z 0 ON ON ON 9m SIOO wo VdNl
G[ LL 1.9 8 Ό 90 εεοο eeoo 03
-SIAII 瞎 6E9esoisr
6 66 mo 89^0 9200 00 Sd
-S^ll
£91 SU 991 S9 6Ζ6Ό 8 0 S890 9S0 ■0 6μリ。 ld391d
-SIAII 翻
S V g V OU'Jl]つ ベく、
丄 ΙΟ%96
(¾γ)
環 (條丫）
s挲
Figure imgf000162_0001
- X 9 T-
699雨 coozai/ェ:) d 1^0ひ 0/1"OOZ OAV 表 5 5
Figure imgf000163_0001
表 5 6
侵襲性 対照 歯周炎 (人数) 患者 (人数)
95%CI 95%CI
シンボル Chr.no 尤度比 Fisher オッス'比 A B A B
下限 上限
IMS-
IL10RB chr21 0.047 0.047 1.668 1.02 2.726 70 55 58 76 JST010758
IMS-
ELN Chr7 0.045 0.045 3.797 1.02 14.133 10 115 3 131 JST006717
IMS-
TGFBR3 chrl 0.042 0.042 1.703 1.025 2.829 84 40 74 60 JST050873
IMS-
COL4A1 chr13 0.017 0.017 1.845 1.118 3.044 77 45 64 69 JST062254
IMS-
HAIK1 chr17 0.009 0.009 6.327 1.373 29.151 11 113 2 130 JST036155
Figure imgf000164_0001
8 S挲
Figure imgf000164_0002
L S峯
Figure imgf000164_0003
- ε 9 I-
699簡 eooiai/iDd KOZ請 OOZ OAV rs2237701 LAMB1 Chr7 0.018 0.018 1.697 1.108 2.599 203 47 168 66 rs1317356 CTSD Chr11 0.013 0.013 1.603 1.116 2.303 124 126 89 145 表 5 9
Figure imgf000165_0001
表 6 0
Figure imgf000165_0002
(ii) 年齢、 性別を調整する方法
疾患を予測する最も有用な遺伝子の Genotypeを抽出するため、 疾患の発症率に - 1 6 5 - 影響する因子である年齢 ·性別で調整した口ジスティック回帰分析を行なった。 口ジスティック回帰分析は二つのカテゴリ一からなる従属変数 （本研究では歯周 病のあり、 なし） と複数の説明変数 （SNPからなる Genotyp 年齢、 性別など） が ある場合に用いられ、 説明変数が結果に与える影響を明らかにする。 本研究で行 つたロジスティック回帰分析により示した結果は単一 S Pと年齢、 性別を説明変数 として行い、 結果に与える影響を明らかにする目的で行なった。 一方のァリルを A、 一方を Bとして以下の 3通りの解析を行なった。 ① Mを比較対象にして、 3 種 Genotypeの疾患関連性の検定、 ②遺伝様式を優性と仮定し遺伝子型を M+AB BB の 2群にまとめて、 2群 Genotypeの疾患関連性の検定、 ③遺伝様式を劣性と仮定 し遺伝子型を M+AB BBの 2群にまとめて 2群 Genotypeの疾患関連性の検定。 以上 の 3通りの解析により、 at- risk factorと考えられる Genotypeを推定した。 侵襲 性歯周炎疾患群と対照群における①の解析結果を表 6 1に、 ②および③の結果を 表 6 2に示し、 慢性歯周炎疾患群と対照群における①の解析結果を表 6 3に、 ② およぴ③の結果を表 6 4に示す。
Figure imgf000166_0001
Figure imgf000167_0001
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 00Z OAV
Figure imgf000168_0001
Z 9挲
Figure imgf000168_0002
- 191-
699簡 eoozai/ェ:) d 請 00Z OAV ε 9挲
Figure imgf000169_0001
- 89 1-
699簡 eoozai/ェ:) d WOZ請 00Z OAV //DさssalId/ Oささ sM
Figure imgf000170_0001
7
1.15 0.43
0.634 0.052
ΓΒ2280674 FGF12 Chr3 8 0.632 2.121 7 0.19 1.007
C0L9A rh . 2.12 0.63
0.207 0.125
rs550675 1 し n¾ 6 0.658 6.867 1 0.35 1.136
IMS-
0.73 6.56
JST05823 ELN Chr7 0.325 0.046
6 2
8 0.4 1.355 1.035 41.594
1.36 2.12
0.596 0.014
Γ32237701圆1 Chr7 3 0.434 4.279 9 1.165 3.89
1.16 3.69
0.63 0.002
rs1317356 CTSD Chr" 4 0.626 2.164 3 1.638 8.325
0.66 7.65
0.217 0.034
■06 EGFR Chr7 1 0.343 1.274 3 1.166 50.211 また、 表 5 0に示した歯周炎との関連において有意差を示した各 SNPについて周辺 の SNPsとの連鎖不平衡について LD support (PCT/JP02/03770、 ポストゲノム時代の 遺伝統計学 （鎌谷直之編 羊土社 2001年 10月 10日初版第 1刷発行 pl97- 200) を 用いて調べた。 その結果、 SCARB1、 C0L1A1、 EGF、 ELN、 KRT23、 C0L17A1、 C0L9A1 CTSD、 CTSG、 EGFR, HSPG2、 PL0D、 PTGER2、 PTGER3、 C0L18A1、 C0L4A1、 CTSB、 IL10RB、 ILIA, KRTHA2、 LAMR1、 TGFBR3遺伝子領域の表下部において示した SNPsの 間に連鎖不平衡が認められた。 当該領域の連鎖不平衡の尺度である連鎖不平衡係 数 （D' ) 等を表 6 5〜表 8 6に示した。
表 6 5
SCARB1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
(a) blockl
Figure imgf000171_0001
0 ： IMS- JST067469
1 rs5888 - 1 7
rs2278986
(b) block2
Figure imgf000172_0001
0 rs2278986
1 rs 1902569
2 T018310 表 6 6
C0L1A 1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000172_0002
0 ： rs2249492
1 ： rs2075559
2 IMS-JST095906 表 6 7
EGF遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
1 j Lod Score D D' r2
0 1 10.866 -0.055 1 0.094
1 0 10.866 -0.055 1 0.094
0 2 10.837 -0.054 1 0.094
2 0 10.837 -0.054 1 0.094
1 2 148.445 0.204 1 1
2 1 148.445 0.204 1 1 0 ： rs2237042
1 IMS-JST032041
2 IMS-JST054188 表 6 8
ELN遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000173_0001
0 IMS-JST058238
1 ： rs2239691
2 IMS-JST006717 表 6 9
KRT23遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
# Lod ¾core
Figure imgf000173_0002
# D'
Figure imgf000173_0003
# r2
1 2 3
4 0.052 0.052 0.052
3 1 1
2 1 # p-value
Figure imgf000174_0001
1 rs731056
2 ： rs8037
3 ： IMS-JST036155
4 ： IMS-JST024185 表 7 0
C0L17A1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
# Lod iscore
Figure imgf000174_0002
# D'
Figure imgf000174_0003
# r2
Figure imgf000174_0004
# p—value
1 2 3 4
5 0.00024 0 0 0
4 0.02926 0 0
3 0.02601 0 rs813943
IMS-JST030497
rs805701
rs805708
rs2274106 表 7 1
C0L9A1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000175_0001
0 rs 1064250
1 rs550675 表 7 2
CTSD遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
# Lod Score '
# Lod ocore
1 2
3 3.025 1 1.751
2 1 1.562
# D'
1 2
3 1 1
2 0.794
# r2
1 2
3 0.022 0.082
2 0.1 17
# p-value
1 2
3 0.00019 0 2 I 0
1 rs2292963
2 ： rs1317356
3 ： rs2236784 表 7 3
CTSG遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000176_0001
0 IMS - JST005652
1 rs 1957523
2 ： rs2236742 表 7 4
EGFR遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000176_0002
0 rs845561
1 ： rs2280653
2 rs940806 表 7 5
HSPG2遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡 # Lod Score
Figure imgf000177_0001
#D'
Figure imgf000177_0002
#r2
Figure imgf000177_0003
# p-value
Figure imgf000177_0004
1 T019711
2 rs3767137
3 rs2291827
4 rs2290501
5 rs2305562 表 76
PLOD遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
# Lod ucore
1 2 3
4 12.892 41.327 42.204
3 11.885 152.76 61 SJ L
109*92 LSJ ： 0
Figure imgf000178_0001
z z峯 ん 890丄 Sr-SI II ：
： Z
9dZZLZZSJ 1
Figure imgf000178_0002
9n|BA-d #
Figure imgf000178_0003
2J #
Figure imgf000178_0004
,α #
I 986.8 I Z
- 1 1 τ - 簡 eoozai/iod WOi請 00Z OAV 表 7 8
PTGER 3遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡 # Loa Score
Figure imgf000179_0001
# D'
Figure imgf000179_0002
# r2
Figure imgf000179_0003
p-value
1 2 3 4 5 6 7 8
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0
0 0 0
0 0
0 rs926457
rs5697
rs2072946
rs541667
rs2268052
IMS-JST055740
IMS-JST021696
rs2300168
IMS-JST021703 表 7 9
C0L18A1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不¥
Figure imgf000180_0001
0 rs2282120
1 IMS- JST016806 表 8 0
C0L4A1遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000180_0002
0 IMS-JST062254
1 rs2241967
2 rs2241967 表 8 1
CTSB遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000181_0001
0 rs2294138
1 IMS-JST047518
2 rs2294140 表 8 2
ILIORB遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000181_0002
0 IMS-JST010758
1 ： rs2284552
2 ： rs2285020 表 8 3
ILIA遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
1 j Loa Score D D' r2
0 1 2.076 -0.013 1 0.017
1 0 2.076 -0.013 1 0.017
0 2 34.318 0.073 1 0.35
2 0 34.318 0.073 1 0.35 8 1 -
Figure imgf000182_0001
0 rs2071375
1 IMS-JST006816
2 rs2071373 表 8 4
KRTHA2遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000182_0002
0 IMS-JST007095
1 rs2071561
2 rs2071560 表 8 5
LAMR1遣伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
Figure imgf000182_0003
0 rs3772140
1 ： rs2269349 表 8 6
TGFBR3遺伝子領域における有意 SNPと周辺 SNP sの連鎖不平衡
1 j Lod Score D D, r2
0 1 13.685 -0.053 1 0.091
1 0 13.685 -0.053 1 0.091
0 2 6.109 -0.023 1 0.033 2 0 6.109 -0.023 1 0.033
1 2 38.973 0.08 1 0.37
2 1 38.973 0.08 1 0.37
0 IMS-JST050873
1 rs284877
2 ： rs2296620
[実施例 4 ] ハプロタイプを用いた疾患関連解析
個各個人のハプロタイプ相 （各個人のディプロタイプ） を、 EMアルゴリズム ^expectation— maximization (EM) algorithm) を用レヽた LDsupportにより決定し、 連鎖不平衡が認められた領域について疾患関連解析を行なった。 有意差の評価は、 並べ替え検定 (permutation test) 〖こより行い、 得られた経験的 p値 （empirical p) 力 . 05未満であった に有意差ありと判断した。 LAMC2および IL4遺伝子領域 の、 歯周炎疾患に関連して有意差があったハプロタイプの SNP部位の周辺配列を表 8 7に示す。 なお、 表 8 7における塩基配列は、 配列番号： 1 5 3および配列番 号： 1 5 4の配列の一部に相当する。
表 8 7
LAMC2
5'側 150塩基 多型 3'側 150塩基
Figure imgf000183_0001
ACTACCCGGAGATGCTGCTACCCTG TCTAGTCGTTGGGCTGAGCTAAACA CATCTTGATGGCGCTGTGACCATTG GAGCTTTGCAGGAGACCCATTTCGT TGGACAGGCTTCCAGCCATCMCAT
Figure imgf000183_0002
CTGGAACACAAACATAATCAGTCTG
TACCAGGAGCCACAAAATAGACAGG CATTGGACAAGCCCTCATCATCTAT ACTTGCGATCATCATGGTTTCAGGT TGCCCCCTTCTAAGCAGGACTGGGA GATGTCACCCCTGGATCTGGACTTC AGGGGCTTAGCTGTTCCC6TATCCT
I MS- CCACACT6GGATGCCCTCCATCACT CAGGCATAATTTATAACA6GTAGGT
JST05045 (SNP2)- A/G
TCCTCTGGGGTTTGTCCTCCCCATG ATGTGGTAAGAATCGGATTTTTAAA
5
GAGTGAGGAAGGTCCAAGTACATGC GCTTTTGATTTTAMTTATGCAG6T CTATGAAAAGGTGGCTCTCAGTCCT TAAAT6AGCATCCAAGCAATAATTG
I S- AACAACCTGTCAGGTAGATCAGAAA TTTCTGCCAGGCTCAGCTGCATCTG
(SNP3)- C/G
JST05045 CAGAAAGTGAGCCACTGAGAGACAG AGTGATGAGCCTGTGAGTATCCCGA AAATTGAGTCAGTGAGATCTACAAG ACTCGGTTCTGGTACTGACTTCCCA TAGGTCTCCCAACACAGCAGTATTC GAGCCCGAACTCTTTCCACAGTCAT TCAATACTCTAGCCCAGCAAAAACC CTTGAGGTCATCCAGGCGGCTCTGG TACAGTGTTTCCCAAGGAAGCTTCA TAGCTGTTCTCTTGGCTCCTCACCT
I L4R
Figure imgf000184_0001
GGGCTGAAGGGGGCTTGGTGGTCTA CACCCCACCCTCAACCCAGGCAGCT CTGCGACCAGCTCCGTTTCAAAGGT GTGGGAACACACCCAGCCACCCCTG
I S- GGGAGGACTGAGGCCCAGGCAGGGG CCACACTCCGCCCTGCTCACCAT6C
JST00150(SNP1 )_ C/T
CAGGAATCCCATCAGATTTGGGAAA TCGCTGGGCTTGAAGGAGCCCTTCC
1
ATACAGGCGGCTTCCTCCTGCTG丌 ACAGCAGCTGCTGCCCAGCCCACAG GCTATGACCCCACCTCCTCCCCTGC GTCCA6TGTATAGTTATCCGCACT6 TCCCATATGTCCAGAGATTGTCCCT TGACCTGATA6TTTCCTGTAAATCC CCAATG6GAATGTGAGGAAGGTGGA TCTCGCCCTTTTTAAAGATGTCAAT
IMS- TTCAGGGTGGGGAAACATGGGTGGC ACATGTACTTAAGAAGGAACTCCAC
JST01046 (SNP2)- C/T
AGGAAATGACCTCCCCGCACACCAG TGGCCAGGTGCGGTGGCTCACACCT
4
CAGAAAAATAGGGGGACTCAGCCAC GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCA CCACTGTGGACGGCCCCTGCCATTA A6GCGAGTGGATCATCTGAGGTCAG CTGTCACCCCTCTCCCTGCGAGATC GAGGTTTTTTCACAAGAAAGAAGCA CAGGGCTATGCACCTCCCTCTCCTC AAGTTCCAAAAGATTGCTGGAGCAA
I MS- TTCCTCAGCCCCCG6CAGTTTCTTC CTACAGAGAGTTCAGAGATTTTCCT
JST01046 (SNP3)- A/G
CTGGTTACTGGCAGCTCCATTTCTG ATTACAGAGGGAGCTGAGGGTGGGG
0
CTTGT6GTTGGAAGCACATTTGGGG TGTGAGTTGT6GGGAGACTGGGGAA AAACCTGGTGGAAA6TGAGCCAA6G GGGAGAGAAAATTCTCACTCTCTTT さらに、 疾患にリスクを持つハプロタイプを特定するために、 Empirical Pく 0. 05を示した L Dブロックについてハプロタイプ毎に疾患群と対象群とのァリ ル頻度をフィッシヤーの直接確率検定により検定し p〈0. 05を有意差がありとした。 LAMC2遺伝子領域における解析結果を表 8 8〜表 9 2に、 IL4遺伝子領域における 解析結果を表 9 3〜表 9 5に示す。 表 8 9および表 9 0より、 L AMC 2の表 8 8に示す S N P sから成るハプロタイプのうちハプロタイプ 4 (CGG) が侵襲性歯 周炎、 慢性歯周炎のいづれにも罹患しにくいと判別することができ、 ハプロタイ プ 4 (CGG) が歯周炎罹患に抵抗性の遺伝素因であるといえる。 表 9 4より、 I L 4の表 9 3に示す S N P sから成るハプロタイプのうちハプロタイプ 3 (TAG) が ハハイハイイイイハイハイハイハ - 1 8 4 - ププププププププププププ
慢性 P Q□ □ p p p P歯 4231タタタタ周炎に罹患しやすいと判別することができ、 ハプロタイプ 3 (TAG) が慢性 歯周炎に易罹患性の遺伝子型であると言える。
表 8 8
[ L AMC 2遺伝子領域のハプロタィプを構成する S N P sの情報]
SNP ID 染色体 SNP部位 ァリル * アミノ酸変異 染色体 遺伝子
IMS-JST050457 1 179711582 Coding- gaC/gaA D/E
(SNP1) nonsynon
IMS-JST050455 1 179714877 イン卜ロン G/A
(SNP2)
IMS-JST050453 1 179722228 Coding- aGt/aCt SfT
(SNP3) nonsynon
*ァリルは +鎖側での塩基を示す
表 8 9
[侵襲性歯周炎患者対健常者のハプロタイプを用いたの疾患関連解析結果] ハプロタ ァリル ハプロタイプ頻 P-値 ォッズ 95%CI イブ ID 度 比
SNP1 SNP2 SNP3 対照/症例 （数）
CAG 123/152 0.09446 1.353 0.957-
1.912
CGC 67/79 0.55776 1.142 0.777-
1.675
AGG 34/27 0.22259 0.712 0.415-
1.218
CGG 26/10 0.00311 0.334 0.157-
0.707 表 9 0
[慢; |4歯周炎患者対健常者のハプロタイプを用いたの疾患関連解析結果] ハプロタ ァリル /、プロタイプ頻 P-値 ォッズ 95%CI イブ ID 度 比
SNP1 SNP2 SNP3 対照/症例 （数）
CAG 123/126 0.31803 1.205 0.842-1.721
CGC 67/72 0.36605 1.214 0.818-1.800
AGG 34/28 0.68337 0.684 0.505-1.474
CGG 26/8 0.00381 0.305 0.135-0.688 イハイハイハ
¾¾ププププ
□□□ 32タタタ 1 表 9 1
[SNPs間の連鎖不均衡 (侵襲性齒周炎 +健常者の集団) ]
IMS-JST050457 IMS-JST050455 IMS-JST050453 (SNP1) (SNP2) (SNP3)
IMS-JST050457 D p P D, 1.000 1.000
(SNP1) R 0.151 0.052
P 0.0000 0.0003
IMS-JST050455 1.000
(SNP2) 0.442
0.0000 表 9 2
[SNPs間の連鎖不均衡 (慢性歯周炎 +健常者の集団) ] ―
IMS-JST050457 IMS-JST050455 IMS-JST050453
(SNP1) (SNP2) (SNP3)
IMS-JST050457 1.000 1.000
(SNP1) 0.156 0.060
0.0000 0.0008
IMS-JST050455 1.000
(SNP2) 0.425
0.0000 表 9 3
[ I L 4遺伝子領域のハプロタイプを構成する S N P sの情報]
SNIP ID 染色体 SNP部位 ァリル *
染色体 退伝子
IMS-JST001501 16 27283670 イン卜ロン G/A
(SNP1 )
IMS-JST010464 16 27286146 イン卜ロン G/A
(SNP2)
IMS-JST010460 16 27289051 イン卜ロン C T
(SNP3)
*ァリルは +鎖側での塩基を示す
¾ 9 4
[慢性歯周炎患者対健常者のハプロタイプを用いたの疾患関連解析結果] ハプロタ ァリル ハプロタイプ頻 P-値 ォッズ比 95%CI イブ ID 度
SNP1 SNP2 対照/症例 （数）
SNP3
GGC 216/187 0.06738 0.626 0.386-1.014
AAT 33/39 0.30801 1.315 0.795-2.173
GAT 1/7 0.03230 7.678 0.937-62.893 ハプロタ GGT 0/1 0.48347 3.218 0.130-79.401 イブ 4 表 9 5
[SNPs間の連鎖不均衡 (慢性歯周炎 +健常者の集団) ]
IMS-JST001501 IMS-JST010464 IMS-JST010460
― (SNP1)_ ― (SNP2)一 jSNP3) ―
IMS-JST001501 D' 0.983 1.000
(SNP1) P 0.866 0.869
p 0.0000 0.0000
IMS-JST010464 1.000
(SNP2) 0.970
0.0.000
産業上の利用の可能性
本発明によって、 歯周疾患に関連する多型またはハプロタイプを有する力否か を検査するための方法および該検査のための試薬が提供された。 該検査方法およ び該検査試薬を使用することで、 侵襲性歯周病や慢性歯周病等の歯周疾患に関連 する多型またはハプロタイプを有するか否かを検査できるようになった。 このよ うな検査によって、 歯周疾患の発症予防または適切な治療を、 個人個人に適した 方法でより効果的に行うことが可能になるものと期待される。
また、 従来は、 臨床所見のみで行っていた疾患の分類を、 ジエノタイプを判定 する事によつて分類の一助とし、 治療に役立てることも期待できる。

Claims

請求の範囲 以下の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型を検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法。
(1) DPP4、 (2) TEP1、 (3) PIK3R1、 (4) CAT、 (5) EDN3、 (6) FGL2、
(7) P0N1、 (8) YWHAZ、 (9) C0L18A1、 (10) C0L3A1、 (11) C0L4A1、 (12) C0L16A (13) CTSB、 (14) IL10RB、 (15) ILIA, (16) IL6ST、 (17) KRTHA2、 (18) LAMA4、 (19) LAMR1、 (20) PL0D2、 (21) PRG4、 (22) PTGDS、 (23) PTGER1、 (24) PTGFR、 (25) TGFBR3、 (26) TIMP3、 (27) TNFA、 （28) ADCY9、 (29) GNRH1、 (30) SCARB1、 (31) C0L1A1、
(32) EGF、 (33) ELN、 (34) KRT23、 (35) LAMB1、 (36) F5、 (37) FGL1、 (38) LEP、 (39) C0L12A1、 (40) C0L17A1、 (41) C0L9A1、 (42) CTSD、 (43) CTSG、 （44) EGFR、 (45) FGF12、 （46) FUT1、 (47) HSPG2、 (48) LA A2、 (49) PLOD, (50) PTGER2、 (51) PTGER3、 (52) (1) 〜 （51) の いずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域
請求項 1に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型、 または、 該領 域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、 侵襲性 歯周炎の検査方法。
請求項 1に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型、 または、 該領 域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、 慢性歯 周炎の検査方法。
請求項 1に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域の多型部位の塩基種を 決定する工程を含む、 齒周疾患の検査方法。
請求項 1に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型部位の塩基種、 ま たは、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定 する工程を含む、 侵襲性歯周炎の検査方法。 請求項 1に記載の （1) 〜 （35) のいずれかの領域の多型部位が、 それぞれ 以下の （1' ) 〜 （35' ) に記載の多型部位である、 請求項 5に記載の方法。
(1，） 配列番号： 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(2' ) 配列番号： 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(3' ) 配列番号： 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(4，） 配列番号： 7に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(5，） 配列番号： 9に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(6' ) 配列番号： 1 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(7' ) 配列番号： 1 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(8' ) 配列番号： 1 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(9，） 配列番号： ： 1 1 5に記載の塩基配列における 1748位、 3813位、
4362位、 4397位、 4613位、 4727位、 4737位、 4944位、 5577位、 5690位、 6003 位、 6469位、 6582位、 6948位、 7008位、 7033位、 7060位、 7151位、 7473位、 8202位、 9209位、 10001位、 10559位、 10592位、 10777位、 10787位、 10909位、 15636位、 17481位、 17724位、 20894位、 21147位、 21590位、 21811位、 22127 位、 23111位、 23755位、 23810位、 24079位、 24785位、 24888位、 25945位、 26253位、 26288位、 27690位、 27850位、 30456位、 または 30461位のいずれか の多型部位
(10，） 配列番号： 1 1 6に記載の塩基配列における 473位、 1138位、 2875位、 3930位、 6005位、 6154位、 6179位、 7226位、 8642位、 9475位、 10001位、
10145位、 11007位、 14468位、 15283位、 17539位、 または 19223位のいずれか の多型部位
(11' ) 配列番号： 1 1 7に記載の塩基配列における 76位、 682位、 918位、 1108位、 1202位、 1313位、 1612位、 1831位、 2122位、 4067位、 4076位、 4253 位、 4909位、 4970位、 5664位、 5944位、 6217位、 6641位、 7335位、 7385位、
7715位、 8876位、 9687位、 9906位、 10001位、 10004位、 10130位、 10398位、 10496位、 10499位、 10535位、 10669位、 10704位、 11058位、 13722位、 13931 位、 14135位、 15367位、 15518位、 15818位、 15872位、 15874位、 16943位、 17215位、 17551位、 17847位、 17862位、 17932位、 18118位、 18124位、 18459 位、 19249位、 19435位、 19466位、 20634位、 21382位、 21995位、 22078位、 22381位、 23010位、 24635位、 26588位、 27193位、 27354位、 28000位、 28059 位、 28097位、 28129位、 29190位、 29247位、 30094位、 30572位、 30956位、 31082位、 31168位、 31404^立、 32562位、 33125位、 34529位、 35265位、 35587 位、 35858位、 36049位、 36239位、 37065位、 37734位、 37771位、 38835位、 38898位、 39278位、 39461位、 40309位、 40334位、 40625位、 41314{立、 41386 位、 41558位、 41580位、 41980位、 42026位、 42039位、 42059位、 42352位、
42365位、 42370位、 42376位、 42428位、 42585位、 42764位、 43051位、 43419 位、 45973位、 46151位、 46221位、 46629位、 46697位、 46724位、 46815位、 48046位、 48367位、 48439位、 48864位、 49316位、 50078位、 50234位、 50287 位、 または 50763位のいずれかの多型部位
(12' ) 配列番号： 1 1 8に記載の塩基配列における 1335位、 1980位、 2991位、
3060位、 3347位、 3463位、 3582位、 4355位、 5639位、 5825位、 6654位、 10001 位、 13577位、 14487位、 または 19768位のいずれかの多型部位
(13，） 配列番号： 1 1 9に記載の塩基配列における 1207位、 1214位、 1240位、 1256位、 1354位、 1539位、 2049位、 2050位、 2304位、 2423位、 306frf立、 3199 位、 3298位、 3609位、 4286位、 4494位、 4569位、 4850位、 4963位、 5599位、
5607位、 5763位、 5958位、 6060位、 6115位、 6140位、 6464位、 6605位、 6704 位、 6744位、 6750位、 6751位、 6795位、 6818位、 6868位、 6984位、 7066位、 7139位、 7148位、 7175位、 7237位、 7303位、 7404{立、 7456位、 7702位、 7870 位、 7910位、 8198位、 8282位、 8359位、 8385位、 8519位、 8521位、 9158位、 9160位、 9212位、 9319位、 9581位、 9740位、 9759位、 10001位、 10204位、
10244位、 10304位、 10310位、 10539位、 10732位、 11091位、 11170位、 11443 位、 11870位、 11889位、 11894位、 11904位、 12036位、 12451位、 12662位、 12813位、 13122位、 13217位、 13312位、 13662位、 13692位、 14060位、 14807 位、 14819位、 15163位、 15231位、 15491位、 15565位、 15921位、 16011位、 16019位、 16335位、 17305位、 または 17501位のいずれかの多型部位
(14' ) 配列番号： 1 2 0に記載の塩基配列における 3383位、 3458位、 7823位、
8517位、 9173位、 9924位、 10001位、 10461位、 10556位、 10667位、 10669位、 10965位、 11930位、 12339位、 12341位、 13898位、 14356位、 14406立、 14407 位、 15224位、 15364位、 16774位、 16950位、 19265位、 19659位、 19665位、 19950位、 20265位、 20771位、 20948位、 21083位、 21933位、 21991位、 22246 位、 22270位、 23238位、 23599位、 23817位、 23989位、 24063位、 24100位、
24372位、 24808位、 24992位、 25164位、 25191位、 25641位、 26765位、 27212 位、 27492位、 27795位、 28161位、 28558位、 28829位、 28948位、 28972位、 ま たは 30011位のいずれかの多型部位
(15' ) 配列番号： 1 2 1に記載の塩基配列における 4662位、 5587位、 5854位、 6282位、 6646位、 6799位、 8172位、 9139位、 9958位、 10001位、 10216^立、
10372位、 10496位、 11753位、 11786位、 11902位、 11915位、 13053位、 13345 位、 14444位、 14535位、 14647位、 14740位、 14768位、 16488位、 17523位、 17836{立、 18997位、 19030位、 19389位、 19476位、 または 19748位のいずれか の多型部位
(16' ) 配列番号： 1 2 2に記載の塩基配列における 115位、 119位、 123位、
139位、 2517位、 2813位、 5750位、 5769位、 または 10001位のいずれかの多型 部位
(17' ) 配列番号： 1 2 3に記載の塩基配列における 1796位、 1867位、 1964位、 4942位、 5020位、 5323位、 5841位、 6113位、 6132位、 6164位、 6347位、 6380 位、 7316位、 7905位、 8025位、 8095位、 8252位、 8405位、 8838位、 8940位、
8985位、 9606位、 9763位、 9964位、 9979位、 9980位、 10001位、 10072位、 10105位、 10326位、 10920位、 11619位、 11796位、 12217位、 12218位、 12672 位、 12954位、 13271位、 14010位、 14011位、 14508位、 14594位、 14771位、 14772位、 15043位、 15126位、 15212位、 15293位、 15309位、 15311位、 15502 位、 19773位、 19836位、 20077位、 20083位、 または 20641位のいずれかの多型 部位
(18，） 配列番号： 1 2 4に記載の塩基配列における 964位、 3645位、 5581位、 5587位、 5609位、 5610位、 6605位、 6616位、 6843位、 6850位、 6931位、 7370 位、 10001位、 10108位、 12342位、 12536位、 14272位、 または 16116位のいず れかの多型部位
(19' ) 配列番号： 1 2 5に記載の塩基配列における 134位、 6382位、 6519位、
6701位、 9035位、 9368位、 10001位、 12269位、 12337位、 12354位、 12360位、 13003位、 13288位、 13391位、 13825位、 13841位、 1400&f立、 14007位、 22058 位、 または 22223位のいずれかの多型部位
(20' ) 配列番号： 1 2 6に記載の塩基配列における 902位、 931位、 3204位、 6676位、 7682位、 7686位、 7693位、 8859位、 9195位、 9518位、 9971位、 10001 位、 10088位、 10091位、 11195位、 13421位、 13437位、 13686位、 13803位、 13974位、 14217位、 18702位、 または 19179位のいずれかの多型部位
(21' ) 配列番号： 1 2 7に記載の塩基配列における 1364位、 2299位、 2464位、 2480位、 9633位、 9850位、 10001位、 11730位、 14666位、 または 15759位のい ずれかの多型部位
(22，） 配列番号： 1 2 8に記載の塩基配列における 4627位、 6035位、 6336位、 6644位、 10001位、 12748位、 12920位、 13013位、 1844 [立、 18457位、 19432位、 または 20001位のいずれかの多型部位
(23' ) 配列番号： 1 2 9に記載の塩基配列における 211位、 247位、 264位、 341位、 859位、 4903位、 7292位、 8697位、 8768位、 8866位、 9293位、 9493位、
9567位、 10001位、 10128位、 11151位、 12244位、 12474位、 12634位、 14705位、 16841位、 17148位、 17710位、 17760位、 17966^立、 19760位、 または 19793位の いずれかの多型部位
(24' ) 配列番号： 1 3 0に記載の塩基配列における 3980位、 4498位、 6500位、 6680位、 7028位、 8271位、 8357位、 9576位、 10001位、 10374位、 10470位、 10647位、 10732位、 10789位、 10981位、 10989位、 11278位、 11928位、 12543 位、 13326位、 13452位、 13472位、 13472位、 13567位、 14166位、 14390位、 14609位、 14655位、 15214 (立、 16840位、 17187位、 17639位、 17883位、 18814 位、 または 19093位のいずれかの多型部位
(25，） 配列番号： 1 3 1に記載の塩基配列における 956位、 2506位、 2574位、 3616位、 4741位、 5235位、 6250位、 6686位、 6933位、 7057位、 9168位、 9372 位、 9427位、 9443位、 9513位、 10001位、 10064位、 10778位、 10929位、 11165 位、 11270位、 11406位、 11816位、 11829位、 12272位、 12822位、 12984位、 14112位、 15427位、 16850位、 18887位、 19130位、 19194{立、 19753位、 20583 位、 22282位、 22746位、 22901位、 23049位、 23494位、 24791位、 25498位、 25978位、 26098位、 26424位、 26745位、 26746位、 26821位、 27869位、 30043 位、 30156位、 または 30164位のいずれかの多型部位
(26，） 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 340位、 4755位、 7131位、 9154位、 10001位、 12378位、 16455位、 16576位、 16776位、 18262位、 18275位、 18477位、 19149位、 19316位、 19387位、 1987啦、 19885位、 19896位、 または 19955位のいずれかの多型部位
(27' ) 配列番号： 1 3 3に記載の塩基配列における 287位、 515位、 889位、 3127位、 3699位、 5145位、 5178位、 5397位、 5398位、 5910位、 6335位、 6545 位、 6667位、 6668位、 6971位、 7041位、 7042位、 7329位、 7456位、 7593位、 7657位、 7661位、 7684{立、 8679位、 8748位、 9208位、 9354位、 9376f立、 9382 位、 9553位、 9555位、 9591位、 9664位、 9671位、 9720位、 9931位、 9995位、
10001位、 1030frf立、 10391位、 10505位、 10572位、 10658位、 10727位、 10927 位、 11089位、 11125位、 11406位、 11491位、 11542位、 11818位、 12291位、 12633位、 12667位、 13395位、 13662位、 13689位、 13750位、 13854位、 13880 位、 14015位、 14267位、 14320位、 14360位、 14374位、 14414位、 14511位、 14547位、 14589位、 14692位、 14719位、 15096{立、 15268位、 15351位、 15756 位、 15790位、 16307位、 16456位、 16701位、 17352位、 17439位、 17460位、
17966位、 18095位、 18424位、 または 18437位のいずれかの多型部位
(28' ) 配列番号： 1 7または配列番号： 1 9に記載の塩基配列における 151 位の多型部位
(29' ) 配列番号： 2 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(30' ) 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 120位、 136位、 162位、
427位、 530位、 1362位、 1363位、 1412位、 1567位、 2341位、 2610位、 3524位、 3959位、 4296位、 4940位、 5409位、 5824位、 6522位、 6564位、 6755位、 7646 位、 7798位、 7819位、 8015位、 8122位、 8848位、 9096位、 9413位、 9424位、 9441位、 10001位、 11639位、 11982位、 11990位、 12077位、 12090位、 13737位、 13755位、 14554位、 15066位、 15292位、 15457位、 15646位、 15943位、 17114 位、 17287位、 17714位、 18291位、 19403位、 19425位、 20143位、 20404位、 20522位、 21726位、 22920位、 23071位、 24276位、 24360位、 25434位、 25539 位、 25703位、 25971位、 26431位、 26739位、 26760位、 26764位、 26927位、 28308位、 28619位、 28760位、 29179位、 29329位、 29560位、 30251位、 30736 位、 30998位、 31207位、 31920位、 32218位、 37200位、 37692位、 42327位、 ま たは 50935位のいずれかの多型部位
(31' ) 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 109位、 654位、 732位、 1798位、 2708位、 2903位、 4079位、 4228位、 4252位、 4792位、 5120位、 5301 位、 7409位、 7610位、 8346位、 8373位、 8690位、 8832位、 9099位、 9755位、 9786位、 9829位、 9942位、 9947位、 10001位、 10069位、 10196位、 10232位、
10519位、 10883位、 10977位、 11043位、 11045位、 11310位、 11622位、 11697 位、 12189位、 12406位、 12475位、 12704位、 13649位、 14271位、 14434位、 14565位、 15203位、 15419位、 15423位、 15606位、 16001位、 16171位、 16282 位、 16406位、 16582位、 16705位、 16883位、 16960位、 17825位、 18287位、 18360位、 18413位、 18756{立、 19035位、 20135位、 20419位、 20444位、 21226 位、 21271位、 21289位、 22641位、 22678位、 22696位、 22709位、 22719位、
23897位、 23951位、 24215位、 24714位、 24729位、 24743位、 24767位、 24796 位、 25455位、 25475位、 25499位、 25529位、 25530位、 25911位、 26199位、 26204位、 27336位、 27635位、 27636位、 または 27970位のいずれかの多型部位 (32' ) 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 5944位、 9392位、 9696位、 10001位、 10517位、 10796位、 11240位、 11335位、 11483位、 11526{立、 11620 位、 12079位、 13907位、 14899位、 14979位、 15973位、 16362位、 16837位、 17381位、 20332位、 20470位、 20749位、 21742位、 25089位、 43199位、 48326 位、 49066位、 49543位、 50522位、 52218位、 54317位、 55447位、 または 57297 位のいずれかの多型部位
(33' ) 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 1142位、 2657位、 2975位、
3650位、 3751位、 3803位、 5367位、 5519位、 10001位、 10124位、 12490位、 13245位、 14509位、 15451位、 20178位、 27030位、 28575位、 28643位、 31355 位、 34097位、 34110位、 または 36614位のいずれかの多型部位
(34' ) 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 342位、 2029位、 2118位、 6500位、 6752位、 8709位、 8823位、 10001位、 10277位、 10794位、 10805位、
10810位、 11430位、 11597位、 12525位、 12830位、 14388位、 14645位、 15029 位、 15186位、 16565位、 16816位、 17176位、 21790位、 21827位、 21947位、 21964位、 22640位、 22752位、 25900位、 26502位、 27635位、 27777位、 27791 位、 30616位、 30650位、 または 30957位のいずれかの多型部位
(35' ) 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 480位、 1230位、 2221位、
2414位、 2781位、 2875位、 4999位、 5055位、 5901位、 8107位、 10001位、 10139位、 10275位、 10897位、 10962位、 11190位、 11393位、 11942位、 12734 位、 12849位、 14845位、 15165位、 15699位、 16530位、 18323位、 または 18333 位のいずれかの多型部位
(9' ) 〜 （27' ) および （30' )〜 （35' ) に記載の多型部位における塩基種 力 それぞれ以下の （9") 〜 （27") および （30") 〜 （35Ί である場合に、 侵襲性歯周炎にかかりやすいと判定される請求項 6に記載の検査方法。
(9") 配列番号： 1 1 5に記載の塩基配列における 24079位の塩基種が A
(ιο 配列番号： 1 1 6に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が A
(11") 配列番号： 1 1 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G、
15367位の塩基種が Τ、 または 21995位の塩基種が C
(12〃） 配列番号： 1 1 8に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が G
(13") 配列番号： 1 1 9に記載の塩基配列に .おける 10204位の塩基種が C
(14") 配列番号： 1 2 0に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が G
(15 配列番号： 1 2 1に記載の塩基配列に .おける 11915位の塩基種が G
(16") 配列番号： 1 2 2に記載の塩基配列に .ぉける 10001位の塩基種が A
(17 配列番号： 1 2 3に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が A
(18") 配列番号： 1 2 4に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が A
( ） 配列番号： 1 2 5に記載の塩基配歹【Jに .おける 10001位の塩基種が T、 または 13288位の塩基種が Τ
(20") 配列番号： 1 2 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が Τ
(21") 配列番号： 1 2 7に記載の塩基配列に .おける 10001位の塩基種が G
(22") 配列番号： 1 2 8に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(23") 配列番号： 1 2 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(24") 配列番号： 1 3 0に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が C
(25") 配列番号： 1 3 1に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(26") 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A (27") 配列番号： 1 3 3に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A (30") 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 42327位の塩基種が T (3 ) 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 20135位の塩基種が C (32") 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G (33") 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 28575位の塩基種が G (34") 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G、 11597位の塩基種が G、 または 14388位の塩基種が C
(35") 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G 請求項 1に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決 定する工程を含む、 慢性歯周炎の検査方法。
請求項 1に記載の （28) 〜 （51) のいずれかの領域の多型部位が、 それぞ れ以下の （28' ) 〜 （51' ) に記載の多型部位である、 請求項 8に記載の方法。
(28' ) 配列番号： 1 7または配列番号： 1 9に記載の塩基配列における 151 位の多型部位
(29' ) 配列番号： 2 1に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(30' ) 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 120位、 136位、 162位、 427位、 530位、 1362位、 1363位、 1412位、 1567位、 2341位、 2610位、 3524位、 3959位、 4296位、 4940位、 5409位、 5824位、 6522位、 6564位、 6755位、 7646 位、 7798位、 7819位、 8015位、 8122位、 8848位、 9096位、 9413位、 9424位、 9441位、 10001位、 11639位、 11982位、 11990位、 12077位、 12090位、 13737位、 13755位、 14554位、 立、 15292位、 15457位、 15646位、 15943位、 17114 位、 17287位、 17714位、 18291位、 19403位、 19425位、 20143位、 20404位、 20522位、 21726位、 22920位、 23071位、 24276位、 24360位、 25434位、 25539 位、 25703位、 25971位、 26431位、 26739位、 26760位、 26764位、 26927位、 28308位、 28619位、 28760位、 29179位、 29329位、 29560位、 30251位、 30736 位、 30998位、 31207位、 31920位、 32218位、 37200位、 37692位、 42327位、 ま たは 50935位のいずれかの多型部位
(31，） 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 109位、 654位、 732位、 1798位、 2708位、 2903位、 4079位、 4228位、 4252位、 4792位、 5120位、 5301 位、 7409位、 7610位、 8346位、 8373位、 8690位、 8832位、 9099位、 9755位、
9786位、 9829位、 9942位、 9947位、 10001位、 10069位、 10196位、 10232位、 10519位、 10883位、 10977位、 11043位、 11045位、 11310位、 11622位、 11697 位、 12189位、 12406位、 12475位、 12704位、 13649位、 14271位、 14434位、 14565位、 15203位、 15419位、 15423位、 15606位、 16001位、 16171位、 16282 位、 16406位、 16582位、 16705位、 16883位、 16960位、 17825位、 18287位、
18360位、 18413位、 18756位、 19035位、 20135位、 20419位、 20444位、 21226 位、 21271位、 21289位、 22641位、 22678位、 22696位、 22709位、 22719位、 23897位、 23951位、 24215位、 24714位、 24729位、 24743位、 24767位、 24796 位、 25455位、 25475位、 25499位、 25529位、 25530位、 25911位、 26199位、 26204{立、 27336位、 27635位、 27636位、 または 27970位のいずれかの多型部位 (32' ) 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 5944位、 9392位、 9696位、 10001位、 10517位、 10796位、 11240位、 11335位、 11483位、 11526位、 11620 位、 12079位、 13907位、 14899位、 14979位、 15973位、 16362位、 16837位、 17381位、 20332位、 20470位、 20749位、 21742位、 25089位、 43199位、 48326 位、 49066位、 49543位、 50522位、 52218位、 54317位、 55447位、 または 57297 位のいずれかの多型部位
(33' ) 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 1142位、 2657位、 2975位、 3650位、 3751位、 3803位、 5367位、 5519位、 10001位、 10124位、 12490位、 13245位、 14509位、 15451位、 20178位、 27030位、 28575位、 28643位、 31355 位、 34097位、 34110位、 または 36614位のいずれか 多型部位
(34' ) 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 342位、 2029位、 2118位、 6500位、 6752位、 8709位、 8823位、 10001位、 10277位、 10794位、 10805位、 10810位、 11430位、 11597位、 12525位、 12830位、 14388位、 14645位、 15029 位、 15186位、 16565位、 16816位、 17176位、 21790位、 21827位、 21947位、 21964位、 22640位、 22752位、 25900位、 26502位、 27635位、 27777位、 27791 位、 30616位、 30650位、 または 30957位のいずれかの多型部位
(35，） 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 480位、 1230位、 2221位、 2414位、 2781位、 2875位、 4999位、 5055位、 5901位、 8107位、 10001位、 10139位、 10275位、 10897位、 10962位、 11190位、 11393位、 11942位、 12734 位、 12849位、 14845位、 15165位、 15699位、 16530位、 18323位、 または 18333 位のいずれかの多型部位
(36' ) 配列番号： 2 3に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(37' ) 配列番号： 2 5に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(38' ) 配列番号： 2 7に記載の塩基配列における 151位の多型部位
(39' ) 配列番号： 1 4 0に記載の塩基配列における 2198位、 2699位、 6511位、 6789位、 7554位、 8442位、 8715位、 10001位、 11254位、 12288位、 16001位、 または 17077位のいずれかの多型部位
(40' ) 配列番号： 1 4 1に記載の塩基配列における 96位、 813位、 848位、 1033位、 1442位、 1593位、 1815位、 1919位、 4094立、 4296位、 4339位、 4759 位、 5670位、 5886位、 6542位、 6701位、 7886位、 7950位、 9151位、 9725位、 9873位、 10001位、 10029位、 10969位、 11165位、 11255位、 14195位、 14245位、
14534位、 14615位、 14971位、 15174位、 16520位、 16668位、 17012位、 19784 位、 20876位、 21747位、 22893位、 22958位、 23051位、 23106位、 23232位、 23293位、 24106立、 28196立、 28675位、 29464位、 30486位、 31935位、 32255 位、 32622位、 32733位、 33000位、 33037位、 33120位、 33250位、 33862位、 34481位、 34688位、 34712位、 34839位、 36994位、 37259位、 37752位、 38231 位、 38301位、 38661位、 38932位、 39090位、 39632位、 40905位、 42065位、 42129位、 43761位、 44085位、 44329位、 44756{立、 45848位、 46277位、 46454 位、 49738位、 49778位、 49972位、 54744位、 54796位、 56499位、 57799位、 57915位、 60576立、 61688位、 63023位、 63822位、 63834位、 または 63870位の いずれかの多型部位
(41，） 配列番号： 1 4 2に記載の塩基配列における 498位、 555位、 1366位、
1640位、 1782位、 2517位、 3110位、 3264位、 3650位、 4279位、 4581位、 4622 位、 5056位、 5431位、 5635位、 6973位、 7018位、 7687位、 8071位、 8128位、 8803位、 8852位、 8954位、 9310位、 10001位、 10024位、 10389位、 10424位、 10426位、 10565位、 10600位、 10819位、 11101位、 11175位、 11634立、 12172 位、 12581位、 13079位、 13740位、 14267位、 14778位、 14818位、 16202位、
16528位、 16578位、 19782位、 22905位、 23164位、 23818位、 24163位、 24244 位、 24489位、 24828位、 24882位、 25274位、 26327位、 26451位、 27952位、 29546位、 29572位、 29730位、 29777位、 32992位、 33119位、 36396位、 36884 位、 39627位、 39749位、 41439位、 42155位、 42449位、 43759位、 43994位、 44763位、 45412位、 45500位、 45706位、 45711位、 45886位、 45906位、 46098 位、 46106位、 46823位、 46899位、 46946位、 47188位、 47211位、 47608位、 47964位、 48003位、 48279位、 48774位、 48792位、 49161位、 49167位、 49494 位、 49640位、 49787位、 49840位、 50344位、 50416位、 50419位、 50461位、 50619位、 51154位、 51344位、 51379位、 51713位、 51943位、 52486位、 52620 位、 52688位、 53319位、 53966位、 54757位、 57343位、 59179位、 59449位、
59459位、 59766位、 60205位、 60470位、 60594位、 60697位、 61411位、 62620 位、 62792位、 62860位、 62950位、 63914位、 64055位、 64125位、 64523位、 64929位、 65453位、 65782位、 66946位、 67630位、 68103位、 68229位、 68230 位、 68315位、 70016位、 70867位、 71137位、 71886位、 72331位、 72353位、 72579位、 または 72616位のいずれかの多型部位
(42，） 配列番号： 1 4 3に記載の塩基配列における 822位、 824位、 853位、 870位、 963位、 1035位、 1169位、 1308位、 7146位、 7709位、 7728位、 7741位、 7780位、 7805位、 7843位、 7844位、 7888位、 7941位、 7965位、 8060位、 8335 位、 9948位、 10001位、 11990位、 12342位、 12807位、 16263位、 または 16768 位のいずれかの多型部位
(43' ) 配列番号： 1 4 4に記載の塩基配列における 757位、 984位、 1360位、
2092位、 8980位、 10001位、 10624位、 11042位、 または 15953位のいずれかの 多型部位
(44' ) 配列番号： 1 4 5に記載の塩基配列における 75位、 2800位、 3010位、 3957位、 4627位、 4722位、 4825位、 4881位、 5253位、 7319位、 8087位、 8396 位、 8834位、 9100位、 9105位、 9826位、 9835位、 10001位、 10070位、 10598位、
10618位、 10631位、 10642位、 10718位、 11329位、 11615位、 12098位、 13256 位、 13279位、 15458位、 17422位、 18635位、 19920位、 23233位、 23710位、 24050位、 24751位、 25417位、 26209位、 26441位、 28826位、 29255位、 29296 位、 30119位、 31377位、 31512位、 31699位、 32775位、 32825位、 33303位、 33387位、 33437位、 33573位、 34680位、 36145位、 36371位、 36573位、 36597 位、 36683位、 36759位、 36763位、 36787位、 37038位、 39317位、 39970位、 42697位、 43630位、 または 43638位のいずれかの多型部位
(45，） 配列番号： 1 4 6に記載の塩基配列における 319位、 2530位、 6272位、 7937位、 8205位、 10001位、 11274位、 13402位、 14476位、 14801位、 14852位、 17882位、 18217位、 18522位、 18674位、 18812位、 または 18989位のいずれか の多型部位
(46' ) 配列番号： 1 4 7に記載の塩基配列における 222位、 2465位、 2466位、 4624位、 5112位、 6298位、 6976位、 8485位、 9457位、 9945位、 10001位、 10397位、 10821位、 10944位、 11507位、 11635位、 11963位、 12750位、 12819 位、 14634位、 14709位、 15985位、 16968位、 17124位、 17312位、 17567位、
17621位、 17775位、 18137位、 18225位、 18347位、 18879位、 18923位、 19284 位、 19609位、 19714位、 19753位、 または 19754位のいずれかの多型部位
(47，） 配列番号： 1 4 8に記載の塩基配列における 3831位、 3882位、 3925位、 3928位、 4010位、 4197位、 4545位、 4701位、 4880位、 4949位、 10001位、 12151位、 13134位、 15737位、 16289位、 16318位、 20915位、 21001位、 22799 位、 22800位、 23002位、 25842位、 29440位、 31331位、 31347位、 31845位、
31973位、 33925位、 37187位、 38753位、 40474位、 40493位、 44461位、 45840 位、 46045位、 46468位、 または 48627位のいずれかの多型部位
(48，） 配列番号： 1 4 9に記載の塩基配列における 3728位、 5033位、 5770位、 9803位、 10001位、 10071位、 15368位、 16174位、 16379位、 16584位、 または 19623位のいずれかの多型部位
(49，） 配列番号： 1 5 0に記載の塩基配列における 869位、 1048位、 1103位、 5092位、 5333位、 5795位、 6328位、 6455位、 6489位、 6616位、 8061位、 10001 位、 12618位、 12746位、 15882位、 15970位、 16961位、 17746位、 17751位、 18004立、 22945位、 24796位、 29622位、 29877位、 30580位、 31500位、 32397 位、 32406位、 32528位、 33004位、 33056位、 33071位、 または 33127位のいず れかの多型部位
(50' ) 配列番号： 1 5 1に記載の塩基配列における 360位、 3151位、 4321位、 6804位、 8069位、 8931位、 9094位、 9111位、 9789位、 10001位、 10715位、 10720位、 10909位、 11107位、 11318位、 11557位、 11651位、 11797位、 14819 位、 14825位、 15057位、 15862位、 18390位、 18494位、 18769位、 18841位、
18928位、 19215位、 19273位、 19516位、 19598位、 20007位、 20203位、 20254 位、 20324位、 21302位、 21496位、 21536位、 21752位、 22956位、 23732位、 23755位、 23839位、 23923位、 24268位、 24690位、 24837位、 25556^立、 26024 位、 26509位、 26703位、 27302位、 28257位、 28473位、 28722位、 28855位、 29409位、 30167位、 31943位、 34159位、 34751位、 35954位、 36290位、 36384 位、 または 36487位のいずれかの多型部位 (51，） 配列番号： 1 5 2に記載の塩基配列における 431位、 1625位、 1710位、 1813位、 2757位、 4822位、 7809位、 8435位、 9518位、 9827位、 10001位、 10022位、 11582位、 12156位、 12379位、 12700位、 12999位、 13649位、 13726 位、 14224位、 15770位、 15773位、 15879位、 16242位、 17759位、 19514位、 19743位、 20005位、 20133位、 20425位、 20609位、 21350位、 21358位、 21975 位、 22916位、 23279位、 23283位、 23475位、 25464位、 25715位、 25941位、 25995位、 26229位、 26300位、 26385位、 26408位、 26657位、 27250位、 27347 位、 27407位、 27613位、 27613位、 27892位、 28348位、 28648位、 28989位、 29161位、 29392位、 29611位、 30407位、 30703位、 30777位、 31051位、 31735 位、 32037位、 32225位、 32239位、 32388位、 34349位、 37610位、 38225位、 38393位、 41420位、 42116位、 42306位、 48204位、 48464位、 48550位、 48656 位、 51710位、 51751位、 52774位、 52841位、 53077位、 55039位、 55208位、 57049位、 57345位、 58040位、 58140位、 58321位、 58353位、 58905位、 58968 位、 59269位、 59704位、 59809位、 60020位、 60030位、 60128位、 60130位、 60570位、 60573位、 60575位、 60620位、 60638位、 60656位、 60797位、 60868 位、 61099位、 61123位、 61850位、 61869位、 63543位、 63907位、 64308位、 64308位、 65722位、 65743位、 66131位、 66885位、 67162位、 67209位、 67825 位、 68294位、 68317位、 68557位、 68672位、 68913位、 69091位、 69212位、 69369位、 69426位、 69460位、 69640位、 69960位、 70030位、 70373位、 70620 位、 70643位、 70651位、 70665位、 70749位、 70872位、 71048位、 71070位、 72248位、 72510位、 72537位、 72671位、 72696位、 72754位、 73232位、 73380 位、 73400位、 73545位、 73594位、 74072位、 74864位、 または 76950位のいず れかの多型部位
. 請求項 9の （30'：)〜 （35' ) および （39'：)〜 （51，） に記載の多型部位に おける塩基種が、 それぞれ以下の （30") 〜 （35Ί および （39") 〜 （5 ) である場合に、 慢性歯周炎にかかりやすいと判定される請求項 7に記載の検 査方法。
(30") 配列番号： 1 3 4に記載の塩基配列における 23071位の塩基種が A、 または 10001位の塩基種が T
(3D 配列番号： 1 3 5に記載の塩基配列における 20135位の塩基種が C
(Ζ2 配列番号： 1 3 6に記載の塩基配列における 43199位の塩基種が G、 または 48326位の塩基種が Τ
(33") 配列番号： 1 3 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が B
(34") 配列番号： 1 3 8に記載の塩基配列における 22640位の塩基種が C
(35") 配列番号： 1 3 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(39") 配列番号： 1 4 0に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(40") 配列番号： 1 4 1に記載の塩基配列における 23293位の塩基種が C
(4Γ) 配列番号： 1 4 2に記載の塩基配列における 62860位の塩基種が C
(42〃） 配列番号： 1 4 3に記載の塩基配列における 12807位の塩基種が T
(43") 配列番号： 1 4 4に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が T
(44") 配列番号： 1 4 5に記載の塩基配列における 37038位の塩基種が G
(45") 配列番号： 1 4 6に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が C
(46") 配列番号： 1 4 7に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(47") 配列番号： 1 4 8に記載の塩基配列における 21001位の塩基種が G、
15737位の塩基種が G、 21001位の塩基種が G、 または 29440位の塩基種が T
(48") 配列番号： 1 4 9に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が A
(49 ） 配列番号： 1 5 0に記載の塩基配列における 24796位の塩基種が T
(50") 配列番号： 1 5 1に記載の塩基配列における 10001位の塩基種が G
(5Γ) 配列番号： 1 5 2に記載の塩基配列における 41420位の塩基種が T、
48204位の塩基種が A、 または 68294位の塩基種が C
1 1 . ADCY9遺伝子領域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域もしくは IL4遺伝 子領域、 または、 それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域のハプロ タイプを検出する工程を含む、 歯周疾患の検査方法。
12. ハプロタイプが、 配列番号： 85、 87、 89、 91、 93、 95およ び 97に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位におけ る塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多 型部位の組み合わせである、 請求項 1 1に記載の方法。
13. ハプロタイプが、 配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、
109、 1 11および 1 13に記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み合わせである、 請求項 1 1に記載の方 法。
14， ハプロタイプが、 配列番号： 1 53に記載の塩基配列における 10001位、
13296位、 および 20647位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基 対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み 合わせである、 請求項 1 1に記載の方法。
15. ハプロタイプが、 配列番号： 154に記載の塩基配列における 10001位、
12477位、 および 15382位の多型部位、 または、 該部位における塩基と塩基 対をなす相補鎖における部位のうち、 少なくとも 2つ以上の多型部位の組み 合わせである、 請求項 1 1に記載の方法。
16. 以下の工程 （a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) ADCY9遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 (a) により決定された塩基種を、 配列番号： 85、 87、 89、
91、 93、 95および 97に記載の塩基配列における 151位のそれぞれの 塩基種が、 以下の （i ) 〜 （i V) のいずれかに記載のハプロタイプを示 す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
(i) C、 T、 A、 G、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ ( i i) T、 A、 A、 T、 A、 Cおよび Cであるハプロタイプ
( i i i ) T、 A、 T、 G、 A、 Cおよび Aであるハプロタイプ
(i v) T、 Α、 Τ、 Τ、 G、 Cおよび Cであるハプロタイプ
17. 工程 （a) に記載の ADCY9遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 8 5、 87、 89、 91、 93、 95または 97のいずれかに記載の塩基配 列における 151位の多型部位である、 請求項 16に記載の検査方法。
18. 以下の工程 （a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) CALCR遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 （a) により決定された塩基種を、 配列番号： 99、 101、 10 3、 105、 107、 109、 1 1 1および 1 13に記載の塩基配列にお ける 151位のそれぞれの塩基種が、 以下の （i) または （i i) に記載のハ プロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
( i) T、 C、 Τ、 Τ、 Τ、 Τ、 Τおよび Gであるハプロタイプ
( i i) Τ、 （：、 A、 C, G、 C, Gおよび Cであるハプロタイプ
19. 工程 （a) に記載の CALCR遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 9 9、 101、 103、 105、 107、 109、 1 1 1または 1 13のい ずれかに記載の塩基配列における 151位の多型部位である、 請求項 18に記 載の検査方法。
20. 以下の工程 (a) および （b) を含む、 歯周疾患の検査方法。
(a) LAMC2遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相 補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
(b) 工程 (a) により決定された塩基種を、 配列番号： 153に記載の塩基 配列における 10001位、 13296位、 および 20647位のそれぞれの塩基種が、 （：、 Gおよび Gであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種 と比較する工程
1 . 工程 （a ) に記載の LAMC2遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 5 3に記載の塩基配列における 3105位、 3201位、 3293位、 3525位、 3637位、 3797位、 4083位、 4122位、 4304位、 4461位、 8946{立、 9580位、 9821位、 10001位、 10044位、 10981位、 11605位、 11700位、 12261位、 12519位、 13296^立、 20416{立、 20647位、 21607位、 21628位、 23154位、 25250位、 26280位、 27519位、 27522位、 27756{立、 27763位、 28310位、 29245位、 29896位、 または 30311位のいずれかの多型部位である、 請求項 2 0に記載 の検査方法。
2 . 工程 （a ) に記載の LAMC2遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 3 2に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位のいずれ かの多型部位である、 請求項 2 0に記載の検査方法。
3 . 以下の工程 ( a ) および （b ) を含む、 歯周疾患の検査方法。
( a ) IL4遺伝子領域の多型部位の塩基種、 または、 該領域と塩基対をなす相補 鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
( b ) 工程 （a ) により決定された塩基種を、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基 配列における 10001位、 12477位、 および 15382位のそれぞれの塩基種が、 G、 Aおよび Tであるハプロタィプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種 と比較する工程
4 . 工程 （a ) に記載の IL4遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 4276位、 4617位、 4882位、 4927位、 5491位、
5633位、 5710位、 6302位、 6408位、 6475位、 6524位、 6527位、 6554位、 6777位、 6819位、 6857位、 6946位、 7374位、 7950位、 8120位、 8428位、 8536位、 8874位、 8938位、 8951位、 9019位、 9948位、 9987位、 10001位、 10196位、 10256位、 10269位、 10278位、 10330位、 10481位、 10602位、 10653位、 10697位、 10868位、 11120位、 11373位、 11516位、 11629位、
11647位、 11687位、 11719位、 11721位、 11779位、 11792位、 11940位、 12233位、 12327位、 12448位、 12477位、 12537位、 12610位、 12650位、
12783位、 12885位、 13164位、 13425位、 13433位、 13630位、 13674位、
13821位、 1421&ί立、 14217位、 14445位、 14521位、 14641位、 14677位、
14756立、 14902位、 1492frf立、 14951位、 151661立、 15382位、 16038位、
16122位、 16439位、 16630位、 16636位、 16819位、 16854位、 16983位、
17092位、 17200位、 17275位、 17323位、 17747位、 17789位、 17822位、
17842位、 179341立、 17944位、 18061位、 18507位、 18666位、 18707位、
19042位、 19057位、 19203位、 19261位、 19269位、 19271位、 19416位、
19619位、 19715位、 19735位、 19885位、 19987位、 20088位、 20151位、
20458位、 20571位、 20683位、 20815位、 21002位、 211贿、 21162位、
21163位、 21324位、 21326{立、 21415位、 21427位、 21452位、 21496立、
21561位、 21588位、 21687位、 22334位、 22379位、 22422位、 22693位、
23081位、 23084位、 23091位、 23198位、 23328位、 24043位、 24525位、
24747位、 24837位、 24986位、 25009位、 25013位、 25128位、 251601立、 は 25173位のいずれかの多型部位である、 請求項 2 3に記載の検查方法。
2 5 . 工程 （a ) に記載の IL4遺伝子領域における多型部位が、 配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、 12477位、 または 15382位のいずれか の多型部位である、 請求項 2 3に記載の検査方法。
2 6 . 請求項 1に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAにハイブリダイズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖長を有するォリ ゴヌクレオチドを含む、 歯周疾患の検査試薬。
2 7 . 請求項 1に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAを増幅するように設計されたフォワードプライマーおよびリバースプ ライマーを含む、 歯周疾患の検査試薬。
2 8 . 請求項 1に記載の （1) 〜 （52) のいずれかの領域における多型部位を含 む DNAとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された固相からな る、 歯周疾患の検査試薬。
29. 歯周疾患が侵襲性歯周炎であり、 多型部位が請求項 1に記載の （1) 〜
(35) のいずれかの領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における 領域の多型部位である、 請求項 26〜28のいずれかに記載の検査試薬。 30. 歯周疾患が慢性歯周炎であり、 多型部位が請求項 1に記載の （28) 〜 (51) のいずれかの領域、 または、 該領域と塩基対をなす相補鎖における 領域の多型部位である、 請求項 26〜 28のいずれかに記載の検査試薬。 3 1. 多型部位が請求項 6および請求項 9に記載の （ ) 〜 （51' ) のいずれか に記載の多型部位である、 請求項 26〜28に記載の検査試薬。
32. 多型部位が請求項 6に記載の （1') 〜 （35' ) のいずれかの多型部位であ る、 請求項 29に記載の検査試薬。
33. 多型部位が請求項 9に記載の （28' ) 〜 （51' ) のいずれかの多型部位で ある、 請求項 30に記載の検查試薬。
34. ADCY9遺伝子領域、 CALCR遺伝子領域、 LAMC2遺伝子領域もしくは IL4遺伝 子領域、 または、 それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけ る多型部位を含む DNAにハイブリダイズし、 少なくとも 15ヌクレオチドの鎖 長を有するオリゴヌクレオチドを含む、 街周疾患の検査試薬。
35. 多型部位が配列番号： 85、 87、 89、 91、 93、 95もしくは 9 7のいずれかに記載の塩基配列における 151位の多型部位、 または、 該部位 における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、 請求項 34に記 載の検査試薬。
36. 多型部位が、 配列番号： 99、 101、 103、 105、 107、 10 9, 1 1 1もしくは 1 13のいずれかに記載の塩基配列における 151位の多 型部位、 または、 該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位 である、 請求項 34に記載の検査試薬。
37. 多型部位が、 配列番号： 153に記載の塩基配列における 10001位、 1329 &位、 もしくは 20647位のいずれかの多型部位、 または、 該部位におけ る塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、 請求項 3 4に記載の検 查試薬。
多型部位が配列番号： 1 5 4に記載の塩基配列における 10001位、 12477 位、 もしくは 15382位のいずれかの多型部位、 または、 該部位における塩基 と塩基対をなす相補鎖における部位である、 請求項 3 4に記載の検査試薬。
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