WO2004000313A2 - Traitement de la sclerose laterale amyotrophique avec des composes modulateurs de l’activite de pgc-1 - Google Patents

Traitement de la sclerose laterale amyotrophique avec des composes modulateurs de l’activite de pgc-1 Download PDF

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Annelies Resink
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    • G01N33/5058—Neurological cells

Definitions

  • the present invention relates to the field of biology, genetics and medicine. It relates in particular to new methods for the treatment (or management) of amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
  • the invention also relates to methods for the identification or screening of active compounds in this pathology.
  • the invention also relates to the compounds, genes, cells, plasmids or compositions useful for the implementation of the above methods.
  • the invention derives in particular from the identification of the role of PGC-1, and of the metabolic pathways implying or regulated by PGC-1, in this pathology and describes their uses as therapeutic targets.
  • Amyotrophic lateral sclerosis (SAL or ALS for Amyotrophic Lateral Sclerosis) is a neurodegenerative disease associated with different types of inclusions such as Lewis bodies and characterized by apoptosis of the spinal and cortical motoneurons, the fatal outcome of which is sometimes associated with dementia end.
  • Sporadic forms without any mutation described, coexist with familial forms (FALS) associated with mutations in the SOD1 gene coding for superoxide dismutase.
  • FALS familial forms
  • the majority of cases are sporadic, familial forms (FALS) being very rare. It is likely that a long asymptomatic period precedes the onset of clinical symptoms which are varied and whose classification is complex.
  • Animal models provide access to biological samples which make it possible to analyze different stages of the development of a pathology and to compare these stages with healthy controls.
  • IL3 interleukin 3
  • the most studied model is represented by transgenic mice which express the human SOD1 gene carrying one of the mutations which prevails in FALS (mutation G93A). This model reproduces in 120 days the fatal outcome of the disease with symptoms comparable to those of human disease.
  • ALS symptoms linked to the G93A mutation in SOD1 is not not the consequence of a reduction in superoxide dismutase activity but of a gain in function which increases the capacity of the enzyme to generate free radicals.
  • molecular events that govern the different stages of ALS are poorly understood.
  • the complexity of these molecular events reflects the evolution of the pathology: In the transgenic model studied, no neuronal deregulation or clinical manifestation was reported at 30 days. 60 days corresponds to a stage which slightly precedes the first symptoms, but which is already characterized in the brain by changes in cellular physiology such as an alteration in mitochondrial metabolism, stress and neuronal death associated with a phenomenon of excitotoxicity.
  • the present invention now describes the identification of genetic events associated with the development of ALS.
  • the present invention thus provides new therapeutic and diagnostic approaches to this pathology, as well as new targets for the identification of active compounds.
  • RNA extracted from brain and spinal cord samples without prior isolation of the neurons in order to take into account a maximum of alternative splicing events linked to the development of the pathology.
  • This analysis was carried out by qualitative differential screening according to the DATAS technique, described in application No. WO99 / 46403.
  • the present patent application derives in particular from the identification of modifications of the messenger RNAs of osteopontin and of PGC1 (“PPAR Gamma Co-activator 1”), which distinguish the RNAs from healthy subjects from those which are engaged in the development of ALS symptoms.
  • the present application therefore highlights and documents for the first time the involvement of PGC1 in the development of ALS.
  • a first aspect of the invention resides in the use of a compound modulating the activity of PGC1 for the preparation of a medicament intended for the treatment of ALS.
  • Another aspect of the invention resides in a method of treating ALS comprising administering to a subject an effective amount of a compound modulating the activity of PGC1.
  • Another aspect of the invention relates to a method for demonstrating a predisposition to ALS in a subject, comprising determining (typically in vitro or ex vivo) the presence of an alteration of the PGC1 locus in the subject. .
  • subject or “patient” designates any mammal, preferably a human.
  • Another aspect of the invention relates to methods of screening for active compounds in ALS, comprising measuring the effect of test compounds on the activity of PGC1 and, typically, selecting compounds capable of increasing or mimic this activity. These tests can be carried out in vitro, in vivo, ex vivo, in a cellular, animal or acellular system, etc.
  • Another aspect of the invention relates to tools and compositions which can be used in the methods described above. These include nucleic acids, polypeptides, antibodies and recombinant cells. Detailed description of the invention
  • the present application relates to compositions and methods for the detection, diagnosis and treatment of ALS as well as for the screening of compounds active on this pathology.
  • the present application is based more particularly on the identification of the role of PGC1 in the development of this disease.
  • the results obtained show a differential alteration of the PGC1 mRNA, linked to a structural modification of the corresponding RNA, in particular to a deletion in the 3'UTR region.
  • This modification which distinguishes the healthy situation from the ALS situation, derives from the 3 'non-coding region (3'UTR) and was identified by DATAS when the heteroduplexes are formed by the mRNAs of control animals and the cDNAs of transgenic animals. for the SOD1 gene.
  • This means that this region is preferably deleted in the directory of mRNAs of pathological subjects.
  • the deletion observed is compatible with a destabilization or a decrease in the translucibility of the mRNA of PGC1 and therefore with a decrease in the activity of PGC1.
  • the present invention therefore describes an original molecular event which results in an alteration of the PGC1 mRNA in the brains of pathological subjects and which is correlated over time with the phenomenon of excitotoxicity and / or neuronal death.
  • the invention also shows, for the first time, that an alteration in the expression of PGC1 is associated with the early stages of ALS.
  • PGC1 therefore constitutes a new and important therapeutic target in the development of therapeutics for these pathologies, usable in particular at the early stages of their development, and addressing the real molecular bases of the pathology and not the associated inflammatory symptoms or components.
  • a first object of the invention therefore relates to the use of a compound modulating the activity of PGC1 for the preparation of a medicament intended for the treatment of ALS.
  • Another aspect of the invention resides in a method of treating ALS comprising administering to a subject an effective amount of a compound modulating the activity of PGC1.
  • PGC1 denotes the co-activator-1 of the gamma PPAR receptors.
  • the complete protein sequence is known to those skilled in the art, and is referenced in databases.
  • Genbank AF159714 the sequence of a human PGC-1 protein is available under the reference Genbank AF159714, as well as the corresponding DNA.
  • Genbank AF049330 The sequence of a mouse PGC-1 protein is available under the reference Genbank AF049330, as well as the corresponding DNA.
  • PGC-1 designates any protein, preferably of mammal, in particular human, comprising the sequence indicated above as well as any homolog or variant, in particular the homologs or natural variants resulting from polymorphism, splicing, or originating from 'other species.
  • the invention relates to the use of compounds modulating the activity of PGC1 for the treatment of ALS.
  • the term “compound” is understood broadly to mean any molecule, substance, composition or treatment, or a combination thereof. It is preferably a substance or composition.
  • the compound is a chemical compound, of natural or synthetic origin, in particular an organic or inorganic molecule, of plant, bacterial, viral, animal, eukaryotic, synthetic or semi-synthetic origin, capable of modulating the activity of PGCL II can typically be a nucleic acid, lipid, polypeptide (eg, protein, peptide), a synthetic chemical molecule, etc.
  • PGC1 activity includes any step or event involved, involved in, or resulting from the expression of the biological activity of the PGC1 protein.
  • the compound used is more particularly an activator of PGC1, that is to say a compound capable of increasing, restoring or mimicking PGC1 activity.
  • PGC1 an activator of PGC1
  • the present application shows for the first time that ALS is associated with a genetic alteration leading to a decrease in PGC1 activity.
  • the therapeutic strategies of ALS proposed in the present application are therefore preferably based on restoring or stimulating PGC1 activity in subjects.
  • the compound is a molecule capable of modulating, preferably activating the synthesis of PGC1, in particular the transcription of the gene, the translation of the messenger, or the maturation of the messenger. It is more preferably an activator of the synthesis of PGC-1, such as for example a nucleic acid encoding PGC-1 or a compound activator of the PGC-1 promoter.
  • the compound is a molecule capable of modulating, preferably activating the expression or the action of PGC1 on one or more intracellular signaling pathways.
  • PGC1 occupies an essential place in cellular metabolism and signaling.
  • PGC1 was first described as a co-activator of the gamma receptor activated by peroxisomes or PPAR gamma. An alteration of PGC1 therefore results in an alteration of the activation of the gamma PPAR receptor.
  • PGC1 is capable of interacting with several nuclear receptors involved in the regulation of transcription, including the PPAR alpha and beta / delta.
  • a therapeutic strategy aimed at regulating the activity of PPARs can therefore be proposed in the context of ALS.
  • the present invention therefore provides for the first time the molecular basis for the rational which presides over the use of PPAR agonists for the treatment of ALS.
  • the compound is an agonist of PPAR alpha or beta / delta, more preferably still an agonist of PPAR beta / delta (also designated PPAR beta).
  • PPAR beta is that it is the form of PPAR most expressed in neurons.
  • a particular embodiment of the invention therefore resides in the use of a PPAR beta agonist, preferably a selective agonist, that is to say essentially devoid of specific activity on PPAR gamma.
  • PPAR beta agonist compounds include, but are not limited to, the compound L-165041 (Wurch T, et al., Arch Pharmacol.
  • PPAR alpha agonist compound is compound WY-14,643 (Hinz B et al., Biochem Biophys Res Commun. 2003; 302 (2): 415-20).
  • a particular object of the invention thus lies in the use of a PPAR beta agonist for the preparation of a medicament intended for the treatment of ALS, in particular for reducing the neuronal excitotoxicity associated with ALS.
  • These agonists can be advantageously selected from compound L-165041 and GW501516.
  • ALS molecules which increase the expression and / or the transcriptional activity of PPAR.
  • These molecules are advantageously selected from the family of HMGCoA reductase inhibitors that statins form. Among these are advantageously used pravastatin, cerivastatin, lovastatin, fluvastatin, atorvastatin and simvastatin.
  • Another particular object of the invention therefore lies in the use of an HMGCoA reductase inhibitor for the preparation of a medicament intended for the treatment of ALS, in particular for reducing the neuronal excitotoxicity associated with ALS.
  • These inhibitors are advantageously chosen from the group of statins, and in particular from pravastatin, cerivastatin, lovastatin, fluvastatin, atorvastatin and simvastatin.
  • osteopontin is negatively regulated by PPAR gamma.
  • the use of the compounds listed above consequently makes it possible to decrease the expression of osteopontin, and the invention also includes the use of compounds inhibiting or reducing the expression or the activity of osteopontin in the treatment of ALS.
  • PPAR gamma agonists for the treatment of Alzheimer's disease.
  • the rationale advanced for this is based on the observation that PPAR gamma agonists can protect granular cells of the cerebellum from cytokine-induced apoptosis.
  • Uryu et al (Brain Res. 924 (2002) 229-36) have shown that troglitazone can protect granular cells of the cerebellum from excitotoxicity.
  • no evidence of protection is provided in other neuronal types, such as cortical neurons and motor neurons. These neurons are more particularly affected in neurodegenerative pathologies such as ALS.
  • the present invention documents for the first time a modification of cellular signaling relayed by PGC1 in an ALS model. More specifically, the present invention describes a decrease in the activation of PGC1 and provides the first rational for the use of PPAR beta agonists for the treatment of ALS.
  • the invention therefore relates to the use of a compound modulating the metabolic activity of PGC1 for the preparation of a medicament intended for the treatment of ALS, said compound being chosen from:
  • treatment refers to the preventive, curative or palliative treatment of the pathology, including the reduction of suffering, the decrease in the progression of the pathology, the increase in the survival of the subjects or the improvement of the viability of neurons placed in conditions of excitotoxicity, etc.
  • the proposed treatments can be carried out alone or in combination with other active principles or treatments, in particular addressing late events or symptoms of the pathology, such as caspase inhibitors or other active compounds such as riluzole.
  • the administration can be carried out by any method known to a person skilled in the art, preferably by injection, typically by intraperitoneal, intra-cerebral, intravenous, intra-arterial or intramuscular route. These injected doses can be adapted by those skilled in the art. Typically, from 0.01 mg to 100 mg / kg approximately are injected, for inhibiting compounds of a chemical nature. For nucleic compounds, the doses can vary for example between 0.01 mg and 100 mg per dose. It is understood that repeated injections can be carried out, possibly in combination with other active agents or any pharmaceutically acceptable vehicle (eg, buffers, saline, isotonic solutions, in the presence of stabilizing agents, etc.). DETECTION
  • the present invention can also be used for the diagnosis of ALS, in particular in the early stages. It can be used in particular to detect the presence, predisposition or development of ALS, or to characterize the presence of such a pathology in a subject. It is particularly suitable for early detection of ALS.
  • Another aspect of the invention therefore relates to a method for demonstrating a predisposition, the presence or the stage of development of ALS in a subject, comprising the determination (typically in vitro or ex vivo) of the presence of PGC1 locus alteration in the subject.
  • Another aspect of the present application relates to methods and tools for detecting the presence of a PGC1 variant (splicing variant or other genetic alteration) in biological samples, or for assaying or determining the relative amounts of such a variant .
  • Another particular object relates to a method for detecting a situation of excitotoxicity or neuronal stress in a subject, comprising the detection of the presence (or absence) of a mutated form of PGC1 or of the corresponding RNA , in a sample from the subject.
  • PGC1 locus designates any nucleic acid coding for the PGC1 protein, including genomic DNA (coding and non-coding regions) and RNAs, in particular messenger RNAs.
  • locus also includes the PGC1 protein itself.
  • the present application demonstrates the existence of particular genetic events, affecting the PGC1 locus, which are correlated with ALS.
  • the request demonstrates in particular the existence of alterations in the 3 'non-coding region ("3'-UTR") of PGC1, which are correlated with ALS. These alterations are in particular the result of alternative splices, which affect the 3'-UTR region, and induce a deletion of part of this region.
  • a particular embodiment of the method of the invention therefore comprises determining the presence of splicing in the RNA of PGC-1, in particular in the 3 ′ non-coding region.
  • Tools suitable for measuring or detecting a protein, RNA, alteration or expression include in particular nucleic probes or primers, antibodies or other specific ligands, kits, supports, chips , etc.
  • Detection methods can include hybridization, amplification (e.g., PCR), chromatography, immunology, etc. These methods are particularly suitable for the detection, characterization, monitoring of the progression or the effectiveness of a treatment for pathologies as mentioned above, or for determining a predisposition.
  • the method can be implemented using different biological samples, such as blood, plasma, urine, serum, saliva, biopsies or cell cultures, etc. It is preferably a sample comprising nerve or muscle cells. Depending on the technique used, the sample can be treated beforehand, for example to make the nucleic acids accessible to a hybridization and / or amplification reaction, and / or to make the proteins accessible to an immunological or enzymatic reaction.
  • biological samples such as blood, plasma, urine, serum, saliva, biopsies or cell cultures, etc. It is preferably a sample comprising nerve or muscle cells.
  • the sample can be treated beforehand, for example to make the nucleic acids accessible to a hybridization and / or amplification reaction, and / or to make the proteins accessible to an immunological or enzymatic reaction.
  • the expression is measured, the presence or the quantity of mRNA encoding PGC1 is measured or measured in the sample.
  • This measurement, detection and / or assay can be carried out by different techniques, and preferably by hybridization or selective amplification, sequencing, migration on gel, etc.
  • the determination is carried out by hybridization of the sample with a nucleic probe specific for the RNA considered, in particular a probe comprising all or part of a sequence of the messenger RNA of PGC1 or of a complementary or derived sequence.
  • the probe is single-stranded and / or is labeled, to facilitate the detection of the hybridization product.
  • the labeling can be radioactive, fluorescent, luminescent, etc.
  • the probe can be immobilized on a support.
  • the probe advantageously comprises at least 15 nucleotides, more preferably at least 30.
  • Specific probes can comprise the entire sequence of the PGC-1 mRNA, or a portion thereof, for example corresponding to region 3 'non-coding.
  • the probe comprises a sequence which is complementary and specific to at least one region of the PGC-1 mRNA, for example to a region of 30 consecutive nucleotides.
  • a particular object of the invention resides in the use of a nucleic acid comprising all or part of a sequence derived (eg, complementary) from the gene or messenger RNA of PGC1 for the implementation a method of diagnosis, detection, screening or characterization of a situation of neuronal stress and more particularly the situation of excitotoxicity, in particular a method of diagnosis, detection, screening or characterization of the ALS.
  • a nucleic acid comprising all or part of a sequence derived (eg, complementary) from the gene or messenger RNA of PGC1 for the implementation a method of diagnosis, detection, screening or characterization of a situation of neuronal stress and more particularly the situation of excitotoxicity, in particular a method of diagnosis, detection, screening or characterization of the ALS.
  • Another particular object relates to a method for demonstrating a predisposition, the presence or the stage of development of ALS in a subject, comprising bringing into contact (typically in vitro or ex vivo) a sample of the subject with a nucleic probe specific for PGC-1, under conditions allowing the realization of a hybridization between complementary sequences, and the detection of the formation of a hybrid.
  • This detection can be carried out for example by using a nucleic probe specific for the sequence resulting from the junction between the deleted regions (ie, spliced) of the RNA.
  • the evolution of the relationship between the spliced form and the non-spliced form can be followed, as an indicator of the progression of the pathology (or of the effectiveness of a treatment).
  • the deleted region relates for example to nucleotides 2678 to 2734 referenced according to the GenBank sequence AF049330.
  • the deleted sequence is shown in bold below, as well as the flanking sequences in the non-spliced RNA (the sequence shown corresponds to nucleotides 2641 to 2701 of the GenBank sequence AF049330).
  • a particular probe for the detection or the assay of the non-spliced form can therefore comprise a sequence complementary and specific to the region indicated above in bold type, or to a part thereof.
  • a particular probe for detecting or assaying the spliced form may comprise a sequence complementary and specific to the junction region formed after elimination of the sequence indicated above in bold characters. It may, for example, be a complementary probe specific for the agaacaaagtaag sequence.
  • the 3'-UTR region begins at nucleotide 2427 of the sequence referenced in Genbank under the number AF159714. From this sequence, it is possible to synthesize probes complementary to the RNA of PGC-1, in particular of the 3'-UTR region, and in particular specific to the spliced and non-spliced forms.
  • the measurement, detection or assay of an alteration of the PGC-1 locus can also be carried out by selective amplification of the nucleic acids of the sample with a nucleic primer (or a couple of primers) specific for the RNA considered.
  • primer designates a single-stranded nucleic acid, of length generally between 10 and 60 nucleotides, the sequence of which is complementary and specific to a portion of a target sequence (that of PGC-1), thus making it possible to initiate an amplification reaction.
  • the primers therefore typically comprise a sequence complementary to a portion of the PGC-1 RNA, and can be synthesized for example on the basis of the PGC-1 sequence as provided above.
  • the primer (or one of the primers of the pair) is specific for the sequence resulting from the junction between the deleted regions (Le., Spliced) of the RNA, as defined above.
  • an amplification product is only obtained when the test sample has the spliced shape.
  • Amplification can be carried out according to different techniques, for example by PCR, LCR, NASBA, etc.
  • the preferred techniques are PCR, in particular allele specific.
  • the amplification product can be detected or assayed by any known technique.
  • the primers (or pairs of primers) defined above constitute another object of the present application.
  • the presence or the quantity of PGCL is detected or measured in the sample.
  • This detection can be carried out using a specific antibody, or any other specific ligand.
  • the detection can be carried out by conventional immunology techniques, such as ELISA, RIA, EIA, etc.
  • any antibody specific to PGC-1, or any fragment or derivative of a such antibodies in particular Fab, Fab'2 fragments, CDR regions, synthetic, poly-functional, single-chain antibodies, etc.
  • a conventional test comprises bringing the sample into contact with an antibody (or fragment or derivative) and detecting the presence of an immune complex.
  • Another subject of the invention relates to any variant of splicing of PGC1 as well as any nucleic acid encoding such a polypeptide, the vectors containing it, recombinant cells, and uses. It is more preferably a variant of the RNA of PGC-1, comprising an alteration in the 3'-non-coding region, in particular a deletion.
  • the vectors can be plasmids, phages, cosmids, viruses, artificial chromosomes, etc.
  • Preferred vectors are, for example, plasmid vectors, such as those derived from commercial plasmids (pUC, pcDNA, pBR, etc.).
  • Such vectors advantageously comprise a selection gene and / or an origin of replication and / or a transcriptional promoter.
  • Other particular vectors are, for example, viruses or phages, in particular recombinant viruses defective for replication, such as viruses derived from retroviruses, adenoviruses, AAVs, herpesviruses, baculoviruses, etc.
  • the vectors can be used in any competent host, such as, for example, prokaryotic or eukaryotic cells. They can be bacteria (for example E. coli), yeasts (for example Saccharomyces or Kluyveromyces), plant cells, insect cells, mammalian, in particular human cells, etc. These can be lines, primary cells, mixed cultures, etc.
  • a particular object of the invention relates to any recombinant cell, characterized in that it comprises a nucleic acid encoding a PGC-1.
  • Another subject of the invention relates to a (product comprising a) support on which one or more nucleic acids (including a vector, a probe, a primer, an oligonucleotide, an antisense), polypeptides (including an antibody) or cells as defined above are immobilized.
  • the support can be solid, flat or not, regular or not, such as for example nylon, glass, plastic, metal, fiber, ceramic, silica, polymer, etc., or any other compatible material.
  • the polypeptides or nucleic acids are preferably immobilized at one end, under conditions which leave the molecule accessible for an interaction reaction with a specific ligand, such as an antibody or a probe.
  • the polypeptides or nucleic acids can be precisely arranged on the support, and deposited in several copies.
  • the present invention also provides a new target for the identification, validation, selection or optimization of active compounds.
  • the invention indeed makes it possible to select compounds having advantageous therapeutic or biological properties, on the basis of their capacity to modulate the activity of PGC1, in particular to increase or mimic this activity.
  • These tests can be carried out in a cellular, animal or acellular system (eg, on isolated proteins, polypeptides or nucleic acids, or on in vitro expression systems), and can be based on the measurement of an interaction (eg, link tests, travel, competition, etc.) or a function (activity, transcription, etc.).
  • a particular object of the invention relates to a method for screening for active compounds in ALS, comprising (i) measuring the effect of test compounds on the activity of PGC1 and (ii) selecting the compounds capable of increase or mimic this activity.
  • These tests can be carried out in vitro, in vivo, ex vivo, in a cellular, animal or acellular system, etc., by bringing the test compound into contact with PGC-1 (or a PGC-1 expression system. ), and activity measurement.
  • Another particular object of the invention relates to a method of selection, identification or characterization of active compounds, in particular on pathologies associated with excitotoxicity or neuronal stress, in particular ALS, comprising contacting a test compound with a cell expressing a PGC1 or a fragment or functional variant thereof, and determining the ability of the compound to increase the expression or activity of this protein.
  • the methods can be implemented with different cell populations, such as primary cells or cell lines of mammalian origin (human, murine, etc.).
  • cells which do not express PGC1 in a natural manner are used and which are transfected with a nucleic acid encoding this protein. In this way, the selectivity of the method is increased.
  • Transgenic non-human animals can also be used.
  • the modulating effect can be measured in different ways, such as by measuring RNA, measuring protein, measuring activity, etc.
  • the assays can be carried out by any conventional immunoenzymatic technique (RIA, ELISA, EIA, etc.) or by hybridization techniques with labeled probes, on a chip, amplification with specific primers, etc.
  • the selection methods can also be carried out in a cell-free system, by measuring the capacity of test compounds to bind PGC1 or a variant or fragment thereof.
  • another particular object of the invention relates to a method of selection, identification or characterization of active compounds, in particular on pathologies associated with excitotoxicity or neuronal stress, in particular ALS, comprising contacting of a test compound with a PGC1 or a variant or fragment thereof, and determining the ability of the test compound to bind said protein, fragment or variant.
  • the PGC1, fragment or variant can be used in isolated and purified form, soluble or attached to a support (eg, ball, column, etc.), or incorporated into a membrane or a vesicle.
  • the binding of the test compound and PGC1 can be determined by any known technique, in particular by displacement of a labeled reference ligand, by migration on gel, electrophoresis, etc.
  • variant includes polypeptides comprising one or more mutations, substitutions, deletions and / or additions of one or more amino acid residues and having substantially the same antigenic specificity or activity, and in particular retaining the capacity to activate PPAR gamma.
  • Typical examples of derivatives include sequence variations due to PGC1 polymorphism, splicing, etc. Particularly preferred derivatives include at most 5 amino acid residues distinct from those present in the wild-type sequence.
  • fragment designates any polypeptide comprising from 5 to 100 consecutive residues of the amino acid sequence of PGC1, preferably from 10 to 100. The fragments advantageously comprise an active site of the protein.
  • test compounds can be of varied nature and origin, such as natural or synthetic compounds, lipids, nucleic acids, polypeptides, chemical molecules, etc. They can be isolated or mixed compounds, combinatorial libraries, etc. In the methods of the invention, it is possible to test several test compounds in parallel, for example in suitable devices such as multiwell plate, box, etc.

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Abstract

La présente invention concerne le domaine de la biologie, de la génétique et de la médecine. Elle concerne notamment de nouvelles méthodes pour le traitement (ou la prise en charge) de la sclérose latérale amyotrophique. L'invention concerne également des méthodes pour l'identification ou le criblage de composés actifs dans cette pathologie. L'invention concerne également les composés, gènes, cellules, plasmides ou compositions utiles pour la mise en oeuvre des méthodes ci-dessus. L'invention décrit notamment le rôle de PGC1 dans cette pathologie et son utilisation comme cible thérapeutique.

Description

NOUVELLES APPROCHES THERAPEUTIQUES DE LA SCLEROSE LATERALE AMYOTROPHIQUE
Introduction et Art Antérieur
La présente invention concerne le domaine de la biologie, de la génétique et de la médecine. Elle concerne notamment de nouvelles méthodes pour le traitement (ou la prise en charge) de la sclérose latérale amyotrophique (SLA). L'invention concerne également des méthodes pour l'identification ou le screening de composés actifs dans cette pathologie. L'invention concerne également les composés, gènes, cellules, plasmides ou compositions utiles pour la mise en œuvre des méthodes ci-dessus. L'invention découle notamment de l'identification du rôle de PGC-1 , et des voies métaboliques impliquant ou régulées par PGC-1, dans cette pathologie et décrit leurs utilisations comme cibles thérapeutiques.
La sclérose amyotrophique latérale (SAL ou ALS pour Amyotrophic Latéral Sclerosis) est une maladie neurodégénérative associée à différents types d'inclusions tels les corps de Lewis et caractérisée par une apoptose des motoneurones spinaux et corticaux dont l'issue fatale est parfois associée à une démence frontale. Des formes sporadiques, sans aucune mutation décrite, coexistent avec des formes familiales (FALS) associées à des mutations dans le gène SOD1 codant pour la superoxide dismutase. La majorité des cas est sporadique, les formes familiales (FALS) étant très rares. Il est vraisemblable qu'une longue période asymptomatique précède l'apparition des symptômes cliniques qui sont variés et dont la classification est complexe. Les futurs développements thérapeutiques substitueront aux traitements de la symptomatologie des stratégies basées sur les causes moléculaires de la pathologie. Au niveau cellulaire, ces symptômes sont associés à une mort des motoneurones corticaux et des motoneurones spinaux. Cette mort neuronale a été reliée à différents phénomènes qui constituent la base de plusieurs pathologies neurodégénératives. C'est le cas de l'excitotoxicité liée au glutamate, du stress oxydatif, d'une certaine auto immunité dirigée contre des marqueurs neuronaux (les canaux calciques dans le cas de l'ALS) ainsi que d'anomalies du cytosquelette. Si ces phénomènes sont décrits, la ou les causes de ces maladies, dont l'ALS, sont obscures. En outre, même si les FALS sont liées à des mutations dans le gène SOD1 qui code pour la superoxide dismutase, les mécanismes qui engagent les neurones vers la mort cellulaire dont au moins une composante est l'apoptose, sont inconnus.
L'identification des événements moléculaires impliqués dans les différents phénomènes conduisant ou associés à la mort cellulaire permettra de mettre en place de nouvelles stratégies thérapeutiques. L'étude de ces événements est bien entendu difficilement réalisable à partir de biopsies humaines. Ces biopsies proviennent en effet d'échantillons post-mortem, dont la qualité est difficilement contrôlable, et ne représentent que des états pathologiques représentatifs des phases tardives de la maladie.
Les modèles animaux donnent accès à des échantillons biologiques qui permettent d'analyser différentes étapes du développement d'une pathologie et de comparer ces étapes à des témoins sains.
Un modèle récent et peu étudié a été obtenu par expression dans des souris transgéniques d'interleukine 3 (IL3). Ce modèle reproduit en 7 à 10 mois certains aspects de la SLA avec notamment une paralysie due à la mort des motoneurones.
Le modèle le plus étudié est représenté par des souris transgéniques qui expriment le gène humain SOD1 portant l'une des mutations qui prévaut dans les FALS (mutation G93A). Ce modèle reproduit en 120 jours l'issue fatale de la maladie avec des symptômes comparables à ceux de la maladie humaine.
L'apparition des symptômes d'ALS liés à la mutation G93A dans SOD1 n'est pas la conséquence d'une réduction de l'activité superoxyde dismutase mais d'un gain de fonction qui augmente la capacité de l'enzyme à générer des radicaux libres. Malgré ces informations, les événements moléculaires qui président aux différentes étapes de l'ALS sont mal connus. La complexité de ces événements moléculaires reflète l'évolution de la pathologie : Dans le modèle transgénique étudié, aucune dérégulation neuronale ou manifestation clinique n'a été rapportée à 30 jours. 60 jours correspondent à un stade qui précède de peu les premiers symptômes, mais qui est déjà caractérisé au niveau cérébral par des changements dans la physiologie cellulaire tels qu'une altération du métabolisme mitochondrial, un stress et une mort neuronale associés à un phénomène d'excitotoxicité. A 90 jours, 50% des motoneurones corticaux et spinaux sont morts et un processus actif d'apoptose neuronale est engagé parallèlement à une activation astrocytaire. Le phénomène d'excitotoxicité n'est plus observé à ce stade. La mort neuronale y est associée à l'activation de caspases qui ne semblent pas impliquées dans les phases précoces de la pathologie.
Résumé de l'Invention
La présente invention décrit à présent l'identification d'événements génétiques associés au développement de l'ALS. La présente invention fournit ainsi de nouvelles approches thérapeutiques et diagnostiques de cette pathologie, ainsi que de nouvelles cibles pour l'identification de composés actifs.
Plus particulièrement, une analyse qualitative différentielle a été effectuée à partir d'ARN extraits d'échantillons de cerveau et de moelle épinière, sans isolement préalable des neurones afin de prendre en compte un maximum d'événements d'épissages alternatifs liés au développement de la pathologie. Cette analyse a été effectuée par criblage différentiel qualitatif selon la technique DATAS, décrite dans la demande n° WO99/46403. La présente demande de brevet découle notamment de l'identification de modifications des ARN messagers de l'ostéopontine et de PGC1 (« PPAR Gamma Co-activator 1 »), qui distinguent les ARN de sujets sains de ceux qui sont engagés dans le développement des symptômes de l'ALS.
La présente demande met donc en évidence et documente pour la première fois l'implication de PGC1 dans le développement de l'ALS.
Un premier aspect de l'invention réside dans l'utilisation d'un composé modulant l'activité de PGC1 pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS.
Un autre aspect de l'invention réside dans une méthode de traitement de l'ALS comprenant l'administration à un sujet d'une quantité efficace d'un composé modulant l'activité de PGC1.
Un autre aspect de l'invention concerne un procédé de mise en évidence d'une prédisposition à l'ALS chez un sujet, comprenant la détermination (typiquement in vitro ou ex vivo) de la présence d'une altération du locus PGC1 chez le sujet.
Il est entendu que le terme « sujet » ou « patient » désigne tout mammifère, de préférence un humain.
Un autre aspect de l'invention concerne des procédés de criblage de composés actifs dans l'ALS, comprenant la mesure de l'effet de composés tests sur l'activité de PGC1 et, typiquement, la sélection des composés capables d'augmenter ou de mimer cette activité. Ces tests peuvent être réalisés in vitro, in vivo, ex vivo, en système cellulaire, animal ou acellulaire, etc.
Un autre aspect de l'invention concerne des outils et compositions utilisables dans les méthodes décrites ci-avant. Il s'agit notamment d'acides nucléiques, de polypeptides, anticorps et cellules recombinantes. Description détaillée de l'invention
La présente demande concerne des compositions et méthodes pour la détection, le diagnostic et le traitement de l'ALS ainsi que pour le criblage de composés actifs sur cette pathologie.
La présente demande est basée plus particulièrement sur l'identification du rôle de PGC1 dans le développement de cette maladie. Les résultats obtenus montrent une altération différentielle de l'ARNm de PGC1 , liée à une modification structurale de l'ARN correspondant, notamment à une délétion dans la région 3'UTR. Cette modification, qui distingue la situation saine de la situation SLA, dérive de la région 3' non codante (3'UTR) et a été identifiée par DATAS lorsque les hétéroduplex sont formés par les ARNm d'animaux contrôles et les ADNc des animaux transgéniques pour le gène SOD1. Cela signifie que cette région est préférentiellement délétée dans le répertoire des ARNm des sujets pathologiques. Les séquences 3'UTR étant impliquées dans la stabilité et la traductibilité des ARNm, la délétion observée est compatible avec une déstabilisation ou une baisse de la traductibilité de l'ARNm de PGC1 et donc avec une diminution de l'activité de PGC1.
La présente invention décrit donc un événement moléculaire original qui aboutit à une altération de l'ARNm de PGC1 dans le cerveau des sujets pathologiques et qui est corrélé dans le temps avec le phénomène d'excitotoxicité et/ou de mort neuronale. L'invention montre également, pour la première fois, qu'une altération de l'expression de PGC1 est associée aux stades précoces de l'ALS. PGC1 constitue donc une cible thérapeutique nouvelle et importante dans le développement de thérapeutiques de ces pathologies, utilisables notamment à des phases précoces de leur développement, et s'adressant aux véritables bases moléculaires de la pathologie et non aux symptômes ou composantes inflammatoires associées. TRAITEMENT DE L'ALS
Un premier objet de l'invention concerne donc l'utilisation d'un composé modulant l'activité de PGC1 pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS. Un autre aspect de l'invention réside dans une méthode de traitement de l'ALS comprenant l'administration à un sujet d'une quantité efficace d'un composé modulant l'activité de PGC1.
Au sens de l'invention, PGC1 désigne le co-activateur-1 des récepteurs PPAR gamma. La séquence complète de la protéine est connue de l'homme du métier, et référencée dans les banques de données. Ainsi, la séquence d'une protéine PGC-1 humaine est disponible sous la référence Genbank AF159714, de même que l'ADN correspondant. La séquence d'une protéine PGC-1 de souris est disponible sous la référence Genbank AF049330, de même que l'ADN correspondant. Il est entendu que le terme PGC-1 désigne toute protéine, de préférence de mammifère, notamment humaine, comprenant la séquence indiquée ci-dessus ainsi que tout homologue ou variant, notamment les homologues ou variant naturels résultant de polymorphisme, épissage, ou provenant d'autres espèces.
L'invention concerne l'utilisation de composés modulant l'activité de PGC1 pour le traitement de l'ALS. On entend par « composé », de manière large, toute molécule, substance, composition ou traitement, ou une combinaison de ceux- ci. H s'agit de préférence d'une substance ou composition.
Dans un mode de réalisation préféré, le composé est un composé chimique, d'origine naturelle ou synthétique, notamment une molécule organique ou inorganique, d'origine végétale, bactérienne, virale, animale, eucaryote, synthétique ou semi-synthétique, capable de moduler l'activité de PGCL II peut s'agir typiquement d'un acide nucléique, lipide, polypeptide (e.g., protéine, peptide), d'une molécule chimique de synthèse, etc. Le terme « activité de PGC1 » inclut toute étape ou événement impliqué, participant ou résultant de l'expression de l'activité biologique de la protéine PGC1. Cela comprend notamment la synthèse de la protéine ou du messager (transcription, traduction, épissage, etc.), la maturation de la protéine (glycosylation, transport, dégradation) ou l'activité biologique de la protéine (liaison à un récepteur, régulation transcriptionnelle, etc.), y compris l'expression ou l'action de PGC1 sur une ou des voies de signalisation intracellulaire.
Le composé utilisé est plus particulièrement un activateur de PGC1 , c'est-à-dire un composé capable d'augmenter, de restaurer ou de mimer l'activité PGC1. En effet, la présente demande montre pour la première fois que l'ALS est associée à une altération génétique conduisant à une diminution de l'activité PGC1. Les stratégies thérapeutiques de l'ALS proposées dans la présente demande reposent donc préférentiellement sur une restauration ou une stimulation de l'activité PGC1 chez des sujets.
Dans une première variante, le composé est une molécule capable de moduler, de préférence d'activer la synthèse de PGC1 , notamment la transcription du gène, la traduction du messager, ou la maturation du messager. Il s'agit plus préférentiellement d'un activateur de la synthèse de PGC-1, comme par exemple un acide nucléique codant PGC-1 ou un composé activateur du promoteur PGC-1.
Dans une autre variante, le composé est une molécule capable de moduler, de préférence d'activer l'expression ou l'action de PGC1 sur une ou des voies de signalisation intracellulaire. Ainsi, il est connu que PGC1 occupe une place essentielle dans le métabolisme et la signalisation cellulaires. En particulier, PGC1 a tout d'abord été décrit comme un co-activateur du récepteur gamma activé par les peroxysomes ou PPAR gamma. Une altération de PGC1 aboutit donc à une altération de l'activation du récepteur PPAR gamma. Néanmoins, PGC1 est capable d'interagir avec plusieurs récepteurs nucléaires impliqués dans la régulation de la transcription, dont les récepteurs PPAR alpha et beta/delta. Une stratégie thérapeutique ayant pour but de réguler l'activité des PPAR peut donc être proposée dans le cadre de l'ALS. La présente invention fournit donc pour la première fois les bases moléculaires au rationnel qui préside à l'utilisation d'agonistes de PPAR pour le traitement de l'ALS.
De manière particulièrement préférée, le composé est un agoniste de PPAR alpha ou beta/delta, plus préférentiellement encore un agoniste de PPAR beta/delta (encore désigné PPAR beta). L'intérêt de PPAR beta est qu'il s'agit de la forme de PPAR la plus exprimée dans les neurones. Un mode de mise en œuvre particulier de l'invention réside donc dans l'utilisation d'un agoniste de PPAR beta, de préférence un agoniste sélectif, c'est-à-dire essentiellement dépourvu d'activité spécifique sur PPAR gamma. Des exemples de composés agonistes de PPAR beta sont notamment, mais sans caractère limitatif, le composé L-165041 (Wurch T, et al., Arch Pharmacol. 2002 ; 365(2):133-40 ; Epub 2001 23 Nov.) et le GW501516 (Oliver WR Jr et al., Proc NatI Acad Sci USA. 2001;98(9):5306-11 ; Epub 2001 17 avril), qui peuvent être utilisés comme prototypes de nouveaux traitements pour les maladies neurodégénératives. Un exemple de composé agoniste de PPAR alpha est le composé WY-14,643 (Hinz B et al., Biochem Biophys Res Commun. 2003 ; 302(2):415-20).
Un objet particulier de l'invention réside ainsi dans l'utilisation d'un agoniste de PPAR beta pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS, notamment pour réduire l'excitotoxicité neuronale associée à l'ALS. Ces agonistes peuvent être sélectionnés avantageusement parmi le composé L- 165041 et le GW501516.
Il peut également être envisagé pour la première fois d'utiliser dans le traitement de l'ALS des molécules qui augmentent l'expression et/ou l'activité transcriptionnelle de PPAR. Ces molécules sont avantageusement sélectionnées parmi la famille des inhibiteurs d'HMGCoA reductase que forment les statines. Parmi celles-ci sont utilisées avantageusement la pravastatine, la cérivastatine, la lovastatine, la fluvastatine, l'atorvastatine et la simvastatine. En rétablissant une stimulation appropriée du PPAR, l'emploi des composés mentionnés ci-dessus doit restaurer les chemins de signalisation, les voies métaboliques qui sont altérées dans l'ALS.
Un autre objet particulier de l'invention réside donc dans l'utilisation d'un inhibiteur d'HMGCoA reductase pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS, notamment pour réduire l'excitotoxicité neuronale associée à l'ALS. Ces inhibiteurs sont avantageusement choisis dans le groupe des statines, et notamment parmi la pravastatine, la cérivastatine, la lovastatine, la fluvastatine, l'atorvastatine et la simvastatine.
De même, l'expression de l'osteopontine est régulée négativement par PPAR gamma. L'emploi des composés listés ci-dessus permet par conséquent de diminuer l'expression de l'osteopontine, et l'invention inclut également l'utilisation de composés inhibant ou réduisant l'expression ou l'activité de l'osteopontine dans le traitement de l'ALS.
L'art antérieur ne permet pas d'anticiper l'invention qui propose de nouvelles approches thérapeutiques pour la SLA. Ainsi, Henka et al (J.Neuroimmunol.,
100 (1999) 156-168) propose l'utilisation d'agonistes de PPAR gamma pour le traitement de la maladie d'Alzheimer. Le rationnel avancé pour cela est basé sur l'observation que les agonistes de PPAR gamma peuvent protéger les cellules granulaires du cervelet de l'apoptose induite par les cytokines. D'autre part, Uryu et al (Brain Res. 924 (2002) 229-36) ont montré que la troglitazone peut protéger de l'excitotoxicité les cellules granulaires du cervelet. En revanche, aucune évidence de protection n'est apportée dans d'autres types neuronaux, tels les neurones corticaux et les motoneurones. Ces neurones sont plus particulièrement affectés dans des pathologies neurodégénératives comme la SLA. D'autre part, aucune approche sélective, basée sur une modulation directe de PGC1 ou sur la voie métabolique PPAR beta n'a été proposée ou suggérée dans l'art antérieur. La présente invention documente pour la première fois une modification de la signalisation cellulaire relayée par PGC1 dans un modèle de SLA. Plus précisément, la présente invention décrit une diminution de l'activation de PGC1 et fournit le premier rationnel à l'utilisation d'agonistes de PPAR beta pour le traitement de l'ALS.
Dans un mode particulier, l'invention porte donc sur l'utilisation d'un composé modulant l'activité métabolique de PGC1 pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS, ledit composé étant choisi parmi :
- un activateur de la synthèse de PGC1 , - un agoniste de PPAR beta,
- un inhibiteur d'HMGCoA reductase, et un inhibiteur de l'osteopontine.
Le terme « traitement » désigne le traitement préventif, curatif ou palliatif de la pathologie, y compris la réduction de la souffrance, la diminution de la progression de la pathologie, l'augmentation de la survie des sujets ou l'amélioration de la viabilité de neurones placés en conditions d'excitotoxicité, etc. D'autre part, les traitements proposés peuvent être réalisés seuls ou en combinaison avec d'autres principes actifs ou traitements, notamment adressant des événements tardifs ou des symptômes de la pathologie, tels que des inhibiteurs de caspases ou autres composés actifs tel le riluzole.
L'administration peut être réalisée par toute méthode connue de l'homme du métier, de préférence par injection, typiquement par voie intra-péritonéale, intra- cérébrale, intra-veineuse, intra-artérielle ou intra-musculaire. Ces doses injectées peuvent être adaptées par l'homme de l'art. Typiquement, de 0,01 mg à 100 mg / kg environ sont injectés, pour des composés inhibiteurs de nature chimique. Pour des composés nucléiques, les doses peuvent varier par exemple entre 0,01 mg et 100 mg par dose. Il est entendu que des injections répétées peuvent être réalisées, éventuellement en combinaison avec d'autres agents actifs ou tout véhicule acceptable sur le plan pharmaceutique (e.g., tampons, solutions saline, isotonique, en présence d'agents stabilisants, etc.). DETECTION
La présente invention est également utilisable pour le diagnostic de l'ALS, notamment en phases précoces. Elle est notamment utilisable pour détecter la présence, la prédisposition ou le développement de l'ALS, ou pour la caractérisation de la présence d'une telle pathologie chez un sujet. Elle est particulièrement adaptée à la détection à un stade précoce de l'ALS.
Un autre aspect de l'invention concerne donc un procédé de mise en évidence d'une prédisposition, de la présence, ou du stade de développement de l'ALS chez un sujet, comprenant la détermination (typiquement in vitro ou ex vivo) de la présence d'une altération du locus PGC1 chez le sujet.
Un autre aspect de la présente demande concerne des méthodes et outils pour détecter la présence d'un variant de PGC1 (variant d'épissage ou autre altération génétique) dans des échantillons biologiques, ou pour doser ou déterminer les quantités relatives d'un tel variant.
Un autre objet particulier concerne une méthode de détection d'une situation d'excitotoxicité ou de stress neuronal chez un sujet, comprenant la détection de la présence (ou de l'absence) d'une forme mutée de PGC1 ou de l'ARN correspondant, dans un échantillon provenant du sujet.
Le terme « locus » PGC1 désigne tout acide nucléique codant pour la protéine PGC1, incluant l'ADN génomique (régions codantes et non codantes) et les ARN, notamment les ARN messagers. Le terme locus inclut également la protéine PGC1 elle-même.
Comme indiqué précédemment, la présente demande démontre l'existence d'événements génétiques particuliers, affectant le locus PGC1 , qui sont corrélés à l'ALS. La demande démontre notamment l'existence d'altérations dans la région 3' non-codante (« 3'-UTR ») de PGC1 , qui sont corrélées à l'ALS. Ces altérations sont notamment le résultat d'épissages alternatifs, qui affectent la région 3'-UTR, et induisent une délétion d'une partie de cette région. Un mode de réalisation particulier du procédé de l'invention comprend donc la détermination de la présence d'un épissage dans l'ARN de PGC-1 , notamment dans la région 3' non codante.
Des outils adaptés à la mesure ou à la détection d'une protéine, d'un ARN, d'une altération ou d'une expression comprennent notamment des sondes ou amorces nucléiques, des anticorps ou autres ligands spécifiques, des kits, supports, puces, etc. Les méthodes de détection peuvent inclure les méthodes d'hybridation, d'amplification (e.g., de PCR), de chromatographie, d'immunologie, etc. Ces méthodes sont particulièrement adaptées à la détection, la caractérisation, le suivi de la progression ou de l'efficacité d'un traitement de pathologies telles que mentionnées ci-avant, ou à la détermination d'une prédisposition.
La méthode peut être mise en œuvre à partir de différents échantillons biologiques, tels que sang, plasma, urine, sérum, salive, biopsies ou cultures cellulaires, etc. Il s'agit de préférence d'un échantillon comprenant des cellules nerveuses ou musculaires. Selon la technique utilisée, l'échantillon peut être traité préalablement, par exemple pour rendre les acides nucléiques accessibles à une réaction d'hybridation et/ou d'amplification, et/ou pour rendre les protéines accessibles à une réaction immunologique ou enzymatique.
Dans un mode particulier de mise en œuvre, on mesure l'expression, on détecte ou on dose, dans l'échantillon, la présence ou la quantité d'ARNm codant PGC1.
Cette mesure, détection et/ou ce dosage peuvent être effectués par différentes techniques, et de préférence par hybridation ou amplification sélective, séquençage, migration sur gel, etc. Selon un premier mode préféré de mise en œuvre, la détermination est réalisée par hybridation de l'échantillon avec une sonde nucléique spécifique de l'ARN considéré, notamment une sonde comprenant tout ou partie d'une séquence de l'ARN messager de PGC1 ou d'une séquence complémentaire ou dérivée. Dans un mode particulier, la sonde est simple-brin et/ou est marquée, pour faciliter la détection du produit d'hybridation. Le marquage peut être radioactif, fluorescent, luminescent, etc. La sonde peut être immobilisée sur un support. La sonde comprend avantageusement au moins 15 nucléotides, plus préférentiellement au moins 30. Des sondes particulières peuvent comprendre l'intégralité de la séquence de l'ARNm de PGC-1 , ou une portion de celle-ci, par exemple correspondant à la région 3' non-codante. Préférentiellement, la sonde comporte une séquence complémentaire et spécifique d'une région au moins de l'ARNm de PGC-1 , par exemple d'une région de 30 nucléotides consécutifs.
A cet égard, un objet particulier de l'invention réside dans l'utilisation d'un acide nucléique comprenant tout ou partie d'une séquence dérivée (e.g., complémentaire) du gène ou de l'ARN messager de PGC1 pour la mise en œuvre d'une méthode de diagnostic, de détection, de dépistage ou de caractérisation d'une situation de stress neuronal et plus particulièrement la situation d'excitotoxicité, notamment d'une méthode de diagnostic, de détection, de dépistage ou de caractérisation de l'ALS.
Un autre objet particulier concerne un procédé de mise en évidence d'une prédisposition, de la présence, ou du stade de développement de l'ALS chez un sujet, comprenant la mise en contact (typiquement in vitro ou ex vivo) d'un échantillon du sujet avec une sonde nucléique spécifique de PGC-1 , dans des conditions permettant la réalisation d'une hybridation entre des séquences complémentaires, et la détection de la formation d'un hybride.
Comme indiqué ci-avant, la présente demande démontre l'existence d'une forme épissée de PGC-1 dans certains tissus engagés dans des processus de neurotoxicité. Dans un mode de réalisation préféré, l'invention comprend une détection ou un dosage (par exemple relatif) de la forme épissée et/ou de la forme non épissée dans un échantillon. L'apparition, la présence ou l'augmentation de l'espèce épissée est corrélée au développement de la situation d'excitotoxicité, notamment de l'ALS. Dans une variante particulière, la méthode de l'invention prévoit donc une analyse de la présence de la forme épissée et/ou de la forme non épissée de l'ARN codant PGC1. Cette détection peut être réalisée par exemple en utilisant une sonde nucléique spécifique de la séquence résultant de la jonction entre les régions délétées (i.e., épissées) de l'ARN. L'évolution de rapport entre la forme épissée et la forme non épissée peut être suivie, comme un indicateur de la progression de la pathologie (ou de l'efficacité d'un traitement).
A titre d'exemple spécifique, la région délétée porte par exemple sur les nucléotides 2678 à 2734 référencés selon la séquence GenBank AF049330. La séquence délétée est représentée en gras ci-dessous, ainsi que les séquences flanquantes dans l'ARN non épissé (la séquence représentée correspond aux nucléotides 2641 à 2701 de la séquence GenBank AF049330).
aacaacaaca ataacaacaa caaccatacc agaacaagaa caacggttfca catgaacaca gctgctgaag aggcaagaga cagaatgata atccagtaag cacacgttta ttcacgggtg
Une sonde particulière pour la détection ou le dosage de la forme non épissée peut donc comprendre une séquence complémentaire et spécifique de la région indiquée ci-dessus en caractères gras, ou d'une partie de celle-ci.
Une sonde particulière pour la détection ou le dosage de la forme épissée peut comprendre une séquence complémentaire et spécifique de la région de jonction formée après élimination de la séquence indiquée ci-dessus en caractères gras. Il peut s'agir par exemple d'une sonde complémentaire et spécifique de la séquence agaacaaagtaag.
De manière similaire, la région 3'-UTR commence au nucléotide 2427 de la séquence référencée dans Genbank sous le n° AF159714. A partir de cette séquence, il est possible de synthétiser des sondes complémentaires de l'ARN de PGC-1 , notamment de la région 3'-UTR, et en particulier spécifiques des formes épissées et non épissées.
Selon un autre mode préféré de mise en œuvre du procédé de l'invention, la mesure, détection ou le dosage d'une altération du locus PGC-1 peut également être effectuée par amplification sélective des acides nucléiques de l'échantillon avec une amorce nucléique (ou un couple d'amorces) spécifique de l'ARN considéré. Le terme amorce désigne un acide nucléique simple-brin, de longueur généralement comprise entre 10 et 60 nucléotides, dont la séquence est complémentaire et spécifique d'une portion d'une séquence cible (celle de PGC-1 ), permettant ainsi d'initier une réaction d'amplification. Les amorces comprennent donc typiquement une séquence complémentaire d'une portion de l'ARN de PGC-1 , et peuvent être synthétisées par exemple sur la base de la séquence de PGC-1 telle que fournie ci-avant. Dans un mode particulier, l'amorce (ou l'une des amorces du couple) est spécifique de la séquence résultant de la jonction entre les régions délétées (Le., épissées) de l'ARN, telle que définie ci-avant. Ainsi, un produit d'amplification n'est obtenu que lorsque l'échantillon testé comporte la forme épissée.
L'amplification peut être effectuée selon différentes techniques, par exemple par PCR, LCR, NASBA, etc. Les techniques préférées sont la PCR, notamment spécifique d'allèle. Le produit d'amplification peut être détecté ou dosé par toute technique connue. Les amorces (ou couples d'amorces) définis ci-avant constituent un autre objet de la présente demande.
Dans un autre mode particulier de mise en œuvre, on détecte ou on dose, dans l'échantillon, la présence ou la quantité de PGCL Cette détection peut être réalisée en utilisant un anticorps spécifique, ou tout autre ligand spécifique. Dans le cas d'un anticorps, la détection peut être réalisée par des techniques classiques d'immunologie, telles que ELISA, RIA, EIA, etc. Dans ce contexte, on peut utiliser tout anticorps spécifique de PGC-1 , ou tout fragment ou dérivé d'un tel anticorps, notamment des fragments Fab, Fab'2, des régions CDR, des anticorps synthétiques, poly-fonctionnels, simple-chaîne, etc. Un test classique comprend la mise en contact de l'échantillon avec un anticorps (ou fragment ou dérivé) et la détection de la présence d'un complexe immun.
Un autre objet de l'invention concerne tout variant d'épissage de PGC1 ainsi que tout acide nucléique codant un tel polypeptide, les vecteurs le contenant, cellules recombinantes, et utilisations. Il s'agit plus préférentiellement d'un variant de l'ARN de PGC-1 , comprenant une altération dans la région 3'-non codante, notamment une délétion. Les vecteurs peuvent être des plasmides, phages, cosmides, virus, chromosomes artificiels, etc. Des vecteurs préférés sont par exemple des vecteurs plasmidiques, comme ceux dérivés de plasmides commerciaux (pUC, pcDNA, pBR, etc.). De tels vecteurs comportent avantageusement un gène de sélection et/ou une origine de réplication et/ou un promoteur transcriptionnel. D'autres vecteurs particuliers sont par exemples des virus ou des phages, notamment des virus recombinants défectifs pour la réplication, tels que des virus dérivés de rétrovirus, adénovirus, AAV, herpès- virus, baculovirus, etc. Les vecteurs peuvent être utilisés dans tout hôte compétent, comme par exemple des cellules procaryotes ou eucaryotes. Il peut s'agit de bactéries (par exemple E. coli), levures (par exemple Saccharomyces ou Kluyveromyces), cellules végétales, cellules d'insectes, cellules de mammifères, notamment humaines, etc. Il peut s'agir de lignées, cellules primaires, cultures mixtes, etc. A cet égard, un objet particulier de l'invention concerne toute cellule recombinante, caractérisée en ce qu'elle comprend un acide nucléique codant un PGC-1.
Un autre objet de l'invention concerne un (produit comprenant un) support sur lequel un ou plusieurs acides nucléiques (y compris un vecteur, une sonde, une amorce, un oligonucléotide, un antisens), polypeptides (y compris un anticorps) ou cellules tels que définis ci-avant sont immobilisés. Le support peut être solide, plan ou non, régulier ou non, comme par exemple du nylon, verre, plastique, métal, fibre, céramique, silice, polymère, etc., ou tout autre matériau compatible. Les polypeptides ou acides nucléiques sont préférentiellement immobilisés par une extrémité, dans des conditions laissant la molécule accessible pour une réaction d'interaction avec un ligand spécifique, tel qu'un anticorps ou une sonde. Les polypeptides ou acides nucléiques peuvent être arrangés de manière précise sur le support, et déposés en plusieurs exemplaires.
CRIBLAGE
La présente invention fournit également une nouvelle cible pour l'identification, la validation, la sélection ou l'optimisation de composés actifs. L'invention permet en effet de sélectionner des composés ayant des propriétés thérapeutiques ou biologiques avantageuses, sur la base de leur capacité à moduler l'activité de PGC1 , notamment à augmenter ou mimer cette activité. Ces tests peuvent être réalisés en système cellulaire, animal, ou acellulaire (e.g., sur des protéines, polypeptides ou acides nucléiques isolés, ou sur des système d'expression in vitro), et être basés sur la mesure d'une interaction (e.g., tests de liaison, déplacement, compétition, etc.) ou d'une fonction (activité, transcription, etc.).
Un objet particulier de l'invention concerne un procédé de criblage de composés actifs dans l'ALS, comprenant (i) la mesure de l'effet de composés tests sur l'activité de PGC1 et (ii) la sélection des composés capables d'augmenter ou de mimer cette activité. Ces tests peuvent être réalisés in vitro, in vivo, ex vivo, en système cellulaire, animal ou acellulaire, etc., par mise en contact du composé test et de PGC-1 (ou d'un système d'expression de PGC-1), et mesure de l'activité.
Un autre objet particulier de l'invention concerne une méthode de sélection, identification ou caractérisation de composés actifs, notamment sur les pathologies associées à l'excitotoxicité ou au stress neuronal, en particulier l'ALS, comprenant la mise en contact d'un composé test avec une cellule exprimant une PGC1 ou un fragment ou variant fonctionnel de celle-ci, et la détermination de la capacité du composé à augmenter l'expression ou l'activité de cette protéine.
Les méthodes peuvent être mises en œuvre avec différentes populations cellulaires, telles que des cellules primaires ou des lignées de cellules d'origine mammifère (humaine, murine, etc.). On utilise avantageusement des cellules qui n'expriment pas PGC1 de manière naturelle, et qui sont transfectées avec un acide nucléique codant cette protéine. De cette manière, la sélectivité de la méthode est augmentée. On peut également utiliser des cellules eucaryotes inférieures (levure, etc.) ou des cellules procaryotes. On peut également utiliser des animaux non-humains transgéniques.
L'effet modulateur (e.g., activateur) peut être mesuré de différentes façons, comme notamment par dosage des ARN, dosage de la protéine, mesure d'une activité, etc. Les dosages peuvent être effectués par toute technique immuno- enzymatique classique (RIA, ELISA, EIA, etc.) ou par des techniques d'hybridation avec des sondes marquées, sur puce, amplification avec des amorces spécifiques, etc.
Les méthodes de sélection peuvent également être réalisées en système acellulaire, par mesure de la capacité de composés tests à lier PGC1 ou un variant ou fragment de celle-ci. A cet égard, un autre objet particulier de l'invention concerne une méthode de sélection, identification ou caractérisation de composés actifs, notamment sur les pathologies associées à l'excitotoxicité ou au stress neuronal, en particulier l'ALS, comprenant la mise en contact d'un composé test avec une PGC1 ou un variant ou fragment de celle-ci, et la détermination de la capacité du composé test à lier ladite protéine, fragment ou variant. La PGC1 , fragment ou variant peut être utilisée sous forme isolée et purifiée, soluble ou attachée à un support (e.g., bille, colonne, etc.), ou incorporé à une membrane ou une vésicule. La liaison du composé test et de PGC1 peut être déterminée par toute technique connue, notamment par déplacement d'un ligand de référence marqué, par migration sur gel, électrophorèse, etc.
Le terme « variant » inclut des polypeptides comprenant une ou plusieurs mutations, substitutions, delétions et/ou additions d'un ou de plusieurs résidus d'acides aminés et présentant substantiellement la même spécificité antigénique ou activité, et notamment conservant la capacité à activer PPAR gamma. Des exemples typiques de dérivés incluent des variations de séquence dues au polymorphisme de PGC1 , à l'épissage, etc. Des dérivés particulièrement préférés comprennent au plus 5 résidus d'acides aminés distincts de ceux présents dans la séquence sauvage. Le terme « fragment » désigne tout polypeptide comprenant de 5 à 100 résidus consécutifs de la séquence en acides aminés de PGC1 , de préférence de 10 à 100. Les fragments comportent avantageusement un site actif de la protéine.
Les composés tests peuvent être de nature et d'origine variées, telles que des composés naturels ou synthétiques, des lipides, des acides nucléiques, des polypeptides, des molécules chimiques, etc. Il peut s'agir de composés isolés ou sous forme de mélange, de banques combinatoires, etc. Dans les méthodes de l'invention, il est possible de tester en parallèle plusieurs composés tests, par exemple dans des dispositifs adaptés tels que plaque multipuits, boite, etc.

Claims

REVENDICATIONS
1. Utilisation d'un composé modulant l'activité métabolique de PGC1 pour la préparation d'un médicament destiné au traitement de l'ALS, ledit composé étant choisi parmi :
- un activateur de la synthèse de PGC1 ,
- un agoniste de PPAR beta,
- un inhibiteur d'HMGCoA reductase, et
- un inhibiteur de l'osteopontine.
2. Utilisation selon la revendication 1 , caractérisée en ce que le composé activateur de la synthèse de PGC1 est un acide nucléique codant PGC1 ou un composé activant le promoteur PGC1.
3. Utilisation selon la revendication 1 , caractérisée en ce que le composé agoniste de PPAR beta est un agoniste sélectif, essentiellement sans activité sur PPAR gamma.
4. Utilisation selon la revendication 1 ou 3, caractérisée en ce que le composé agoniste de PPAR beta est choisi parmi le composé L-165041 et le composé
GW501516.
5. Utilisation selon la revendication 1 , caractérisée en ce que le composé inhibiteur d'HMGCoA reductase est choisi parmi la pravastatine, la cérivastatine, la lovastatine, la fluvastatine, l'atorvastatine et la simvastatine.
6. Utilisation selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que le composé est combiné à un autre principe actif, de préférence un inhibiteur de caspase ou le riluzole.
7. Utilisation selon l'une quelconque des revendications précédentes, pour augmenter la survie neuronale chez les patients atteints d'ALS.
8. Procédé de mise en évidence d'une prédisposition, de la présence, ou du stade de développement de l'ALS chez un sujet, comprenant la détermination in vitro ou ex vivo de la présence d'une altération du locus PGC1 chez le sujet.
9. Procédé selon la revendication 8, caractérisé en ce qu'il comprend la détermination de la présence d'un épissage dans l'ARN de PGC-1 , notamment dans la région 3' non codante.
10. Procédé selon la revendication 8 ou 9, caractérisé en ce que la détermination est réalisée par hybridation ou amplification sélective.
11. Procédé de criblage de composés actifs dans l'ALS, comprenant la mesure de l'effet de composés tests sur l'activité de PGC1 , et la sélection des composés capables d'augmenter ou de mimer cette activité.
12. Procédé selon la revendication 11 , comprenant la mise en contact d'un composé test avec une cellule exprimant une PGC1 ou un fragment ou variant fonctionnel de celle-ci, et la détermination de la capacité du composé à augmenter l'expression ou l'activité de cette protéine.
13. Procédé selon la revendication 11, comprenant la mise en contact d'un composé test avec une PGC1 ou un variant ou fragment de celle-ci, et la détermination de la capacité du composé test à lier ladite protéine, fragment ou variant.
14. Cellule recombinante, caractérisée en ce qu'elle comprend un acide nucléique codant un PGC-1.
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