WO2003079013A1 - Substrat pour essai biologique, appareil d'essai biologique et appareil de lecture - Google Patents

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WO2003079013A1
WO2003079013A1 PCT/JP2003/003089 JP0303089W WO03079013A1 WO 2003079013 A1 WO2003079013 A1 WO 2003079013A1 JP 0303089 W JP0303089 W JP 0303089W WO 03079013 A1 WO03079013 A1 WO 03079013A1
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bioassay
detection
substance
detection surface
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PCT/JP2003/003089
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Motohiro Furuki
Hisayuki Yamatsu
Original Assignee
Sony Corporation
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    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
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    • GPHYSICS
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    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
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Definitions

  • the present invention relates to a disc-shaped information recording medium which is a useful bioassay tool in the field of bioinformatics (bioinformatics). More specifically, by dropping a solution containing a labeled target substance onto the surface of the substrate on which the detection substance is immobilized, hybridization and other intermolecular interactions are enhanced.
  • the present invention relates to a bioassay substrate devised to occur with high precision, a bioassay method using the substrate, a bioassay device using the substrate, and a device for reading recorded information. Background art
  • DNA chip a so-called DNA chip or DNA microarray (hereinafter, collectively referred to as “DNA chip”) on which predetermined DNAs are finely arranged by microarray technology, is used as an integrated substrate for a bioassay. It is used for SNP s (base polymorphism) analysis, gene expression frequency analysis, etc., and has begun to be widely used in drug discovery, clinical diagnosis, pharmacogenetics, forensic medicine and other fields.
  • SNP s base polymorphism
  • This DNA chip has a large number of DNA oligo chains ⁇ cDNA (complementary DNA) etc. integrated on a glass substrate or a silicon substrate, so that the interaction between molecules such as hybridization It is characterized by the fact that exhaustive analysis of is possible.
  • a DNA probe immobilized on a glass substrate or silicon substrate is subjected to reverse transcription PCR of mRNA extracted from cells, tissues, etc.
  • PCR amplification is performed while incorporating the fluorescent probe dNTP, hybridization is performed on the substrate, and fluorescence is measured with a predetermined detector.
  • the DNA chips can be classified into two types.
  • the first evening is the synthesis of oligonucleotides directly on a given substrate using a photolithography technique that applies semiconductor exposure technology, and is based on Affymetrix. Things are typical.
  • this type of chip has a high degree of integration, there is a limit to DNA synthesis on the substrate, and it is only several tens of bases long.
  • the second type which is also called the “Stanford method”, is manufactured by dispensing and solidifying DNA prepared in advance on a substrate using a split pin. Although this type of chip has a lower integration density than the former, it has the advantage that a DNA fragment of about 1 kb can be immobilized.
  • an atsey device for immobilizing a detection substance such as a DNA probe on a substrate surface and dropping (spotting) a sample solution containing a target substance and a method for disposing the detection substance and the labeled target substance Since the analysis device, also called “reader” or “scanner”, that reads the results of the interaction between the two, was conventionally a separate and independent configuration, the bioassay followed by reading and analysis could not be integrated. It was very inconvenient.
  • the present invention provides an inexpensive bioassay substrate in which the amount of a substance for detection immobilized on a solid phase is large, and the substance can be freely grouped, and a suitable method for producing the substrate and an efficient bioassay. It is a main object of the present invention to provide a bioassay device capable of performing reliable and reliable reading of substrate recording information, which can perform a series of reading and analyzing operations. Disclosure of the invention
  • the present invention provides the following “substrate for bioassay”.
  • bioassay means a biochemical analysis based on an interaction between substances.
  • the bioassay substrate provided optically records recorded information.
  • a detection surface on which a detection substance can be immobilized is provided on a surface of a disk-shaped substrate that can be read, and the detection surface is provided in a groove structure provided on the substrate so as to extend in an upward emission direction.
  • the term “detection substance” refers to a substance specifically immobilized on a detection surface directly or indirectly via a linker and labeled with a fluorescent substance or the like. Widely encompasses small molecules, macromolecules, biomaterials, etc. that exhibit a typical mutual coupling reaction and are not interpreted narrowly.
  • the “groove structure” formed on the substrate is, for example, a microchannel structure or a groove structure portion extending in a streak shape, and is radially separated by a pit or a cell structure in the groove structure. It is also composed of an aggregate of pits and cell structures, and has a structure that exhibits a substantially streak-like appearance when the pit-cell structure arrangement portion is viewed from above. May not be narrowly interpreted.
  • One field to which the bioassay substrate having the groove structure belongs is a disk-shaped microchannel array.
  • this bioassay substrate for example, a disc-shaped substrate having a diameter of about 10 cm is employed as a substrate for immobilizing the substance for detection.
  • a disc-shaped substrate having a diameter of about 10 cm is employed as a substrate for immobilizing the substance for detection.
  • many pits, dubs and the like having a surface can be integrated. That is, it is possible to provide a DNA chip, a biosensor chip, and the like, which have a large amount of recorded information.
  • the detection surface is provided in a groove structure provided at a predetermined interval so as not to be contaminated with each other so as to form a radial view from above on the substrate, detection is performed for each groove structure.
  • Types of substances for use can be grouped. For example, a marker of disease onset-heredity It is possible to group nucleotides by groove structure units or to group nucleotides (detection substances) immobilized on groove structure units based on differences in Tm or GC content. This makes it possible to change the hybridization conditions such as the composition and concentration of the buffer to obtain the optimal reaction of the substance to be detected, other reaction conditions, washing conditions, and the concentration of the sample solution. The risk of showing false positives or false negatives can be significantly reduced.
  • liquid supply utilizing a capillary phenomenon and rotation of the disk-shaped substrate by a predetermined method.
  • Liquid transfer utilizing the centrifugal force generated by this can also be used. For example, when removing excess target material that has not been actively bound after the reaction, the cleaning solution must be transferred smoothly and reliably from the central region of the substrate into the groove structure (each detection surface area). Becomes possible.
  • the subsequently provided bioassay substrate includes means for providing position information and rotation synchronization information of the detection surface site, and the means is provided by publishing or addressing provided on the substrate. Things.
  • a “publishing” means that a group (guide groove) for recording data by a user is centered on the track. Meandering slightly to the left and right. Normally, for frequencies higher than the tracking support band, FM modulation with a slight frequency deviation is performed, and the amplitude of the sine wave modulation signal is imprinted on the substrate as a group radial displacement.
  • the bioassay substrate is preferably used when a solution containing a detection substance and a solution containing an evening-get substance are dripped by accurately following a predetermined detection surface site based on position information and rotation synchronization information. be able to.
  • the bioassay substrate to be provided has at least one of a nucleotide chain, a peptide, a protein, a lipid, a low molecular compound, a ribosome, and other biological substances immobilized on the detection surface site formed on the substrate. It has a configuration.
  • This substrate is used for the interaction between single-stranded nucleotide chains, that is, the interaction between a DNA chip double-stranded nucleotide chain and peptide (or protein) for hybridization, antigen-antibody reaction, and other intermolecular interactions. It can be widely used as a single biosensor chip.
  • nucleotide chain refers to an oligonucleotide or a polynucleotide containing a DNA probe in which a nucleotide has been polymerized, a DNA in which a plasmid and a pyrimidine nucleotide are polymerized (full length or a fragment thereof), or obtained by reverse transcription. Includes cDNA (cDNA probe), RNA, etc.
  • cDNA probe cDNA probe
  • RNA RNA, etc.
  • analysis based on a hybridization reaction with a target nucleotide molecule is performed.
  • double-stranded DNA analysis of the reaction between the protein and DNA (specific sequence site) can be performed.
  • a receptor molecule such as a hormone receptor, which is a transcription factor
  • DNA portion of the response element can be analyzed.
  • Peptide is a plurality of amino acids linked by peptide bonds.
  • Protein is a biological macromolecule whose main component is a polypeptide chain in which L- ⁇ -amino acids are linked by peptide bonds, and is a simple protein. Quality and complex proteins. These include DNA fragments and various ligand molecules to which biotin is tightly bound to streptavidin.
  • “Lipid” includes phospholipid membranes, and the detection surface can be used as a membrane model.
  • Low molecular weight compounds include silane coupling agents.
  • the agent is a type of cross-linking agent that is bound to the silicon surface or the glass surface and functions as a linker for peptides, proteins, and the like.
  • Biomolecules also include cells and virus particles.
  • the configuration of the detection surface treatment can be appropriately selected depending on the detection substance to be solid-phased.
  • the present invention provides the following “bioassay method”.
  • a detection surface on which a detection substance can be immobilized is provided on the surface of a disk-shaped substrate from which recorded information can be read optically, and is formed on the substrate at a predetermined interval so as to form a radial shape when viewed from above.
  • a solution containing a substance for detection is dropped on the bioassay substrate having a configuration in which the detection surface is provided in the grooved structure by the ink jet printing method or the micromechanical spotting method.
  • This method is a method of accurately dropping microdroplets containing a substance for detection and microdroplets containing a set of labeled target substances while accurately following a predetermined detection surface site in a groove structure. It is suitable.
  • the “ink-jet printing method” is a method in which the nozzle used in the ink-jet printing is applied, and electric power is applied to the ink-jet printing from the printing head as in an ink-jet printer.
  • This is a method in which a substance for detection is injected onto the substrate and fixed.
  • This method includes a piezoelectric ink jet method, a bubble jet method, and an ultrasonic jet method.
  • the piezoelectric ink jet method is a method in which a droplet is ejected by a displacement pressure generated by applying a pulse to a piezoelectric body.
  • the bubble jet method is a thermal method in which droplets are ejected by the pressure of bubbles generated by heating a heater in a nozzle.
  • a silicon substrate that serves as a heater is embedded in the nozzle, and controlled at about 300 ° C s to create uniform air bubbles and extrude droplets.
  • the ultrasonic jet method is a method in which an ultrasonic beam is applied to a free surface of a liquid, and a high pressure is applied locally to discharge droplets from the area. It can form droplets about 1 xm in diameter at high speed without the need for a nozzle.
  • a piezoelectric ink jetting method can be suitably used as the "injection printing method".
  • the size of the droplet can be controlled, which is suitable for improving the analysis accuracy.
  • the radius of curvature of the droplet surface is small, the droplet can be made small, and when the radius of curvature of the droplet is large, the droplet can be made large. It is also possible to reduce the radius of curvature by pulling the droplet surface inward by rapidly changing the pulse in the negative direction.
  • micromechanical spotting method uses a microspotting pen, capillary (capillary tube), or a printhead equipped with tweezers to detect microdrops containing a substance to be detected on a substrate. This is a method of spotting on the surface.
  • the present invention provides a “bioassay device” having the following configuration. Offer.
  • the bioassay device provided first has a detection surface on which a substance for detection can be immobilized on the surface of a disk-shaped substrate from which optically recorded information can be read, and the substrate has an upward visible radiation.
  • substrate rotating means for rotatably holding the bioassay substrate, (2) the detection substance-containing solution and the labeling target substance-containing solution while rotating the bioassay substrate by the substrate rotating means.
  • a focus servo mechanism for maintaining a constant distance between the dropping device and the bioassay substrate; (4) a focus servo mechanism based on the position information and the rotation synchronization information.
  • a tracking servo mechanism for causing the drop of the solution to follow the detection surface portion.
  • a disc-shaped bioassay substrate is provided at a predetermined position by rotating the disc-shaped bioassay substrate based on the position information and the rotation synchronization information and maintaining the dropping distance constant with high precision by a focus servo mechanism.
  • Microdrops of a uniform shape can be dropped on a certain area of the detected detection surface site, and the fluorescence intensity can be detected with good reproducibility.
  • the tracking servo mechanism allows the solution containing the detection substance and the solution containing the target substance to be dripped reliably by sequentially following the detection surface portion in the predetermined groove structure. As a result, the reaction between the detection substance and the labeled target substance can be performed with high accuracy, and the analysis signal is stabilized, and the analysis precision is improved. improves.
  • a dripping device that can be suitably employed in the bioassay device is any of an ink jet printing device and a micro mechanical spotting device.
  • the inkjet printing apparatus is an apparatus that can perform the above-described “ink-jet printing method”
  • the micro-mechanical spotting apparatus is an apparatus capable of performing the above-described “micro-mechanical spotting method”. Means a device that can be implemented. When an ink jet printing apparatus is used, an apparatus that can perform a piezoelectric ink jet printing method is preferable for the reasons described above.
  • the apparatus is disposed to face the bioassay substrate, and emits a laser beam that carries a focus support and a tracking support to the substrate.
  • the inkjet nozzle is integrated with the support that contains the objective lens to be used.
  • a predetermined solution can be dropped onto the substrate while being synchronized with the focus support and the tracking support, and the apparatus can be made compact.
  • the present invention provides a “substrate recording information reading device” having the following configuration.
  • the substrate recording information reading device provided by the present invention is characterized in that it is united with the bioassay device described above.
  • the bioassay device is provided with a focus support and a tracking service for the bioassay substrate. With a pickup lens, etc.
  • the laser light condensed by the irradiation is irradiated on a fluorescent label target substance bound to the detection substance on the detection surface, and the intensity of a fluorescent dye that emits light when excited is detected.
  • a detection substance such as a DNA probe is solidified on a substrate surface, and then a sample solution containing a target substance is dropped (spotted) to allow an interaction between the above substances. Since the bioassay device and the reader for the interaction information between the detection substance and the target substance are integrated, the assembly operation and the subsequent reading operation can be integrated.
  • the present invention has a technical significance of providing a novel technology relating to a DNA chip and a biosensor chip.
  • FIG. 1 is a top view of a bioassay substrate (1) according to a preferred embodiment of the present invention.
  • FIG. 2 shows (A) a schematic diagram partially exaggerating the configuration of the substrate (1), and (B) a configuration of an embodiment of the groove structure (3) in the substrate (1). Partial enlarged view showing
  • FIG. 3 is an external view of a modified example of the substrate (1) when viewed from above.
  • FIG. 4 is a block diagram schematically showing the configuration of a preferred embodiment of a bioassay device (10) according to the present invention.
  • Fig. 5 shows (A) a perspective view of the outer periphery of the nozzle (30), and (B) an enlarged plan view of the nozzle (30).
  • FIG. 6 shows a bioassay according to a preferred embodiment of the present invention.
  • FIG. 1 is a flow chart of a bioassay process that can be carried out using a substrate (1).
  • FIG. 1 is an external view of a bioassay substrate according to a preferred embodiment of the present invention when viewed upward
  • FIG. 2 (A) is a schematic diagram partially exaggerating the configuration of the substrate
  • FIG. 2 (B) is a partially enlarged view showing a configuration of an embodiment of a groove structure portion provided on the substrate.
  • substrate 1 is formed from a base material used for a disk substrate (disk) used for optical information recording media such as CD, DVD, and MD.
  • the substrate is formed in a disc shape using quartz glass, silicon, polycarbonate, polystyrene, or another synthetic resin that can be formed into a disc shape, preferably a synthetic resin that can be injection-molded.
  • a lower running cost can be realized as compared with a conventionally used glass chip.
  • a hole 2 for fixing to a spindle provided in a substrate rotating means described later is formed.
  • This reflection film has a surface reflection of 4% or more from a substrate having a refractive index of 1.5 or more.
  • the upper layer of this reflective film is made of transparent glass or transparent
  • a light transmitting layer made of resin or the like is formed.
  • groove structures 3 extending radially upward from the center of the substrate 1 are provided at predetermined intervals.
  • detection surface portions S (see FIG. 2) which are surface-treated so that the detection substance can be immobilized are arranged at predetermined intervals in the radial direction.
  • the detection surface portion S may be formed at a pit portion arranged in each groove structure, or may be formed over the entire inner wall surface of each groove structure 3.
  • FIG. 3 which is an external view showing a modification of the substrate 1
  • a detection surface portion S is provided on a cell-shaped pit 3a, and a plurality of the pits 3a are arranged in a radial direction.
  • Groove structure 3 detection of pits or cell-shaped pits 3a in the groove structure 3 By dropping small droplets on the surface, almost the same spot size can be realized, and the fluorescence intensity with good reproducibility Detection can be realized.
  • Reference numeral 4a in FIG. 3 represents an address pit or the like.
  • the detection surface site S is appropriately selected and subjected to a suitable surface treatment for immobilizing a desired detection substance such as a DNA probe on a solid phase.
  • a desired detection substance such as a DNA probe on a solid phase.
  • the surface is treated with a silane coupling agent solution containing amino groups or a polylysine solution. If it is a synthetic resin substrate, its surface is treated with plasma and DUV (Deep UV, far-infrared) irradiation After that, it is treated with an amino group-containing silane coupling agent solution.
  • a substance having a functional group (active group) such as an amino group, a thiol group, or a hydroxyl group on the surface layer, cysteamine, or streptavidin Etc. may be coated.
  • a linker for immobilizing the substance for detection may be bound to the detection surface as needed.
  • the substrate 1 In the rotation direction of the substrate 1, a number of address pits 4, 4,... Formed in advance by an optical disk mastering process are formed.
  • the position information and rotation synchronization information of the substrate 1 will be described.
  • the groove structure 3 which is a drop detection position is considered as a user data overnight area, and the other areas are sample lasers.
  • Synchronization pits are arranged by a method and used as a tracking service, and position information is given by inserting an address part (geographical address on the disk) immediately after.
  • the address section starts from the sector 1 mark, which is the first pattern, and has a VFO (Variable Frequency Oscillator) that gives the rotation phase of the disk that is actually rotating, and an address mark that gives the start position of the address address.
  • VFO Very Frequency Oscillator
  • An ID Ideniifer
  • an origami is formed on the track, and the wobbling of the wobbling is adjusted so as to have clock information corresponding to the position. Addressing may be performed. At the same time, tracking support can be performed by using the wobbling frequency component. Furthermore, by forming the address pit and the wobbling together, more accurate addressing and tracking can be performed. Dasa one point becomes possible.
  • FIG. 4 is a block diagram schematically showing the configuration of the device.
  • a bioassay apparatus 10 shown in FIG. 4 is a bioassay apparatus using the substrate 1 having the above-described configuration, and includes a substrate rotating unit 5 that rotatably holds the substrate 1 and a substrate rotating unit 5.
  • a dropping device 6 for dropping the detection substance-containing solution D and the labeling target substance-containing solution ⁇ onto the detection surface site S in a predetermined order and timing while rotating the substrate 1,
  • Force servo mechanism 7 for maintaining the distance between the substrate and the bioassay substrate constant, and dropping of the solutions D and T on the substrate 1 based on the position information and the rotation synchronization information from the substrate 1.
  • a tracking support mechanism 8 for following the surface portion S is provided.
  • the bioassay device 10 includes a blue semiconductor laser 11 serving as an excitation light source, and a red semiconductor laser 121 serving as a focus servo mechanism 7 and a tracking support mechanism 8.
  • the blue semiconductor laser 111 functions as an excitation light source for reading reaction information of the substrate 1.
  • the laser beam B emitted from the blue semiconductor laser 11 is reflected at a right angle by the reflecting mirror 12 and is converted into parallel light by the lenses 13 and 14 arranged side by side in the traveling direction of the reflected light. Is done.
  • the parallel light is reflected at right angles by the reflection mirror 15 and then passes through the ⁇ ⁇ 4 plate 16 to become circularly polarized light.
  • This circularly polarized light is reflected by a dichroic mirror 19 after the beam is expanded by a concave lens 17 and a convex lens 18, and the objective lens placed opposite to the substrate 1 It is incident on 20.
  • the objective lens 20 is housed in the support G.
  • the dichroic mirror 19 is designed to reflect light in a wavelength band centered on the laser beam B emitted from the blue semiconductor laser 11 and transmit other light. More specifically, the laser is designed to reflect the light B and transmit the fluorescence from the fluorescent material on the substrate 1 excited by the laser light B, which will be described later.
  • the substrate 1 held by the substrate rotating means 5 is irradiated with one blue laser beam B from the objective lens 20 to a position below the objective lens 20.
  • the fluorescence from the fluorescent substance (bound as a label to the target substance) excited by this blue laser light B passes through the objective lens 20 and further passes through the dichroic mirrors 19 and 26 Then, the light is reflected at right angles by the reflection mirror 27 and detected by the photomultiplier tube and the avalanche photodiode detector (detector) 28. With this configuration, the fluorescence intensity is detected.
  • the dichroic mirror 26 is designed to reflect light in a wavelength band centered on the wavelength of the red laser light R described later and transmit other light including fluorescent light.
  • the red laser light R emitted from the red semiconductor laser indicated by the reference numeral 21 is used for focusing, which serves to keep the distance between the substrate 1 and the objective lens 20 constant.
  • the objective lens 20 is arranged on the substrate 1 based on the position information and the rotation synchronization information provided by the address pits 4 or Z of the substrate 1 and the shifted group. It is used to perform tracking services that follow the detection surface site S in the groove structure 3 that has been set.
  • Reference numeral 29 indicates the red color. This is a position sensor detector (PSD) for adjusting the irradiation position of each light R.
  • PSD position sensor detector
  • the laser light R emitted from the red semiconductor laser 121 shown in FIG. 4 is composed of two lenses 22 and 23 arranged side by side in the traveling direction of the laser light R. Is converted into parallel light. This parallel light is split by the polarizing beam splitter 24 disposed in front, and further passes through the ⁇ 4 plate 25, and is then reflected at a right angle by the dichroic mirror 26, and reflected by the objective lens 20. And the other is guided to PSD29.
  • nozzle 30 a jet nozzle 30 (hereinafter simply referred to as “nozzle 30”) provided integrally with the objective lens 20 on the support G.
  • nozzle 30 a solution D containing a substance for detection or a labeled target is provided.
  • the substance-containing solution ⁇ is dripped exactly at the predetermined timing immediately above the detection surface site S.
  • FIG. 5 ( ⁇ ) is an external perspective view of the periphery of the nozzle 30, and FIG. 5 ( ⁇ ⁇ ) is an enlarged view of the nozzle 30.
  • the objective lens 20 is provided in the center of a rectangular actuator holder ⁇ supporting the objective lens 20, and a nozzle 30 is provided in a region behind the objective lens 20 of the holder ⁇ . Note that a plurality of nozzles 30 may be provided.
  • the nozzle 30 changes the shape of the pulse applied to the piezoelectric body. Therefore, there is an advantage that the size of the ejected droplet can be easily controlled. Therefore, it is preferable to use a piezoelectric ink jet nozzle.
  • the arrow indicated by the symbol X in FIG. 5 indicates the traveling direction (rotation direction) of the substrate 1.
  • the nozzles 30 are provided with a plurality of nozzle groups 31 arranged in a line in the radial direction Y along the arrow X direction.
  • This nozzle group 31 is an aggregate of nozzle holes 32, 32,...
  • the different detection substance-containing solutions D are simultaneously dropped onto the corresponding detection surface portions S in the groove structure 3 on the lower substrate 1, and subsequently, After a predetermined period of time, a solution T containing a different or the same type of labeled target substance is simultaneously dropped onto the detection surface site S.
  • the solution D containing the detection substance is dropped onto the detection surface site S, and then a label is placed thereon.
  • the time T until the solution containing the get molecule is dropped in the evening can be calculated by the following equation.
  • FIG. 6 shows bioassays that can be performed using the substrate 1. It is a flowchart of a process.
  • the hole 2 of the substrate 1 is fixed to the spindle 51 (see FIG. 4) of the substrate rotating means 5 (see FIG. 4) and rotated, and the focus support mechanism 7 or Z and the tracking servo mechanism 8 are rotated.
  • the solution containing the substance for detection D 1 D 2- ⁇ ′ is applied to the substrate 1 from the nozzle 30 (nozzle group 31) arranged opposite to the substrate 1 while detecting the position information by It is dropped on the predetermined detection surface area S (see Fig. 2) provided in (Fig. 6 (A)).
  • the fluorescently labeled solution T containing the target substance is supplied to the nozzle 1 disposed opposite the substrate 1 while detecting the position information by the focus servo mechanism 7 or the tracking servo mechanism 8 (see FIG. 4).
  • the droplet is dropped from 30 (nozzle group 31) onto the detection surface site S by the ink jet printing method (see FIG. 6 (B)).
  • the substrate 1 is kept at a constant temperature and humidity in order to optimally perform a hybridization or other mutual coupling reaction between the detection substance and the labeled substance.
  • Heat in tank 9 for several hours see Fig. 6 (C)).
  • a predetermined cleaning solution U is dropped from the cleaning nozzle N arranged opposite to the substrate 1 so that the labeling target substance that does not show an active binding reaction is dropped. Is removed from the detection surface site S.
  • a buffer solution containing a surfactant, SDS is used as a buffer solution (Sa1ine—SodiumCitrate (SSC)) (see FIG. 6 (D)).
  • the substrate 1 is irradiated with blue laser light B to excite each detection surface site S. Then, the magnitude of the fluorescence intensity is detected by the detector 28, and the state of the binding reaction between the detection substance and the labeled target substance is determined. Finally, the fluorescence intensity for each detection surface site S is visualized by A / D conversion and the distribution ratio of the binding reaction is displayed on the screen of the computer C (see Fig. 6 (E)). .
  • a quartz glass substrate having a diameter of 12 cm was used.
  • the surface of the substrate was formed by etching a group having a radius of 20 mm to 40 mm, a track pitch of 50 m> Duty 70%, and a groove depth of 500 nm.
  • the surface of the substrate was treated by spin coating using 0.3 wt% of an ethanol solution of a silane coupling agent (Nippon Unitika: All 100). Then, it was dried in a bake oven at 100 ° C. for 2 hours.
  • phototopin photobiotin (Sigma-A1 drich: N- (4-azido-2-nitropheny1) -N,-(3—biotiny1 aminopropy1) -N'-methy1-1-1,3-propanydiamine (acetate) was dissolved in distilled water to a concentration of 10 g / mL and spin-coated on the silane-treated substrate surface.
  • the light was focused with a 0.45 NA pickup lens, and the substrate was subjected to focus servo and tracking servo. While keeping the distance between the substrate and the lens constant and following the group at a linear velocity of 1 mZ seconds, photobiotin was applied to a blue semiconductor laser, wavelength of 405 nm, 1 mW, 1 Modulation was performed at 0 kHz, and exposure was performed with an objective lens NA of 0.45. After that, it was washed with distilled water and exposed. Phototopin (photobiotin) pattern was formed only in the rear, and negative lithography was obtained.
  • the average of 120 mV for the concentration of 25 g / ml and the average of 60 OmV for the concentration of 250 g / m1 was obtained.
  • the intensity variation was as high as 1 mV in ⁇ .
  • the substrate for bioassay according to the present invention is radially Since the detection surface portion is arranged in the provided groove structure, a large amount and a large number of detection substances can be accumulated. In addition, since multiple detection substances can be grouped and arranged, and the optimum reaction conditions can be selected for each groove structure, the incidence of false positive and false negative results can be significantly reduced. Decrease. Therefore, according to the bioassay substrate, comprehensive, efficient, and highly accurate analysis can be performed. Also, the cost per recorded information is low.
  • the bioassay substrate according to the present invention is particularly useful as a DNA chip or a biosensor chip.
  • a disk-shaped microchannel array having a novel structure can be provided.
  • this substrate can be used as a DNA chip, it can be used for gene mutation analysis, SNPs (single nucleotide polymorphism) analysis, gene expression frequency analysis, etc., and is widely used in drug discovery, clinical diagnosis, pharmacogenetics, forensic medicine and other fields.
  • SNPs single nucleotide polymorphism
  • gene expression frequency analysis etc.
  • the bioassay device is used for spotting and immobilizing a substance for detection on a substrate, followed by spotting and reaction of a labeled target substance, washing, reading and analyzing the reaction result. Since a series of operations can be performed smoothly, the operations from Atsushi to analysis are more efficient and faster, which is very convenient.
  • a substance for detection is periodically applied to the substrate while applying a focus support and / or a tracking support to the substrate.
  • Solution containing the solution, followed by detection of DNA probes, antibodies, etc. The solid substance is immobilized on a predetermined detection surface, and a target substance such as a cDNA or an antigen labeled with a fluorescent substance is dropped on the detection surface site again by applying the above-mentioned servo.
  • the complex process of conducting a reaction promotion process, washing under predetermined conditions, and finally exciting the fluorescent substance with one laser beam, detecting the amount of emitted fluorescence, and reading the information can be performed in a series.

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Description

明細書 バイオアツセィ用基板とバイオアツセィ装置及び読み取り装置 技術分野
本発明は、 バイオインフォマティ クス (生命情報科学) 分野に おいて有用なバイオアツセィツールとなる円盤状の情報記録媒 体等に関する。 より詳細には、 検出用物質が固相化された基板表 面部位に標識化されたターゲッ ト物質を含む溶液を滴下するこ とにより、 ハイブリダィゼーショ ンその他の分子間相互反応が高 精度に起こるように工夫されたバイオアツセィ用基板、 該基板を 用いたバイオアツセィ方法及び該基板を利用したバイオアツセ ィ装置並びにその記録情報の読み取り装置に関する。 背景技術
本発明の主たる従来技術を以下説明する。 現在、 マイクロアレ ィ技術によって所定の D NAが微細配列された、 いわゆる D NA チップ又は D N Aマイクロアレイ (以下、 「D N Aチップ」 と総 称。) と呼ばれるパイオアッセィ用の集積基板が、 遺伝子の変異 解析、 S N P s (—塩基多型) 分析、 遺伝子発現頻度解析等に利 用されており、 創藥、 臨床診断、 薬理ジエノミクス、 法医学その 他の分野において広範囲に活用され始めている。
この D NAチップは、 ガラス基板やシリコン基板上に多種 ·多 数の D NAオリ ゴ鎖ゃ c D N A (complementary DNA) 等が集積 されていることから、 ハイブリダィゼ一シヨ ン等の分子間相互反 応の網羅的解析が可能となる点が特徴とされている。 T/JP03/03089
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D N Aチップによる解析手法の一例を簡潔に説明すれば、 ガラ ス基板やシリ コン基板上に固相化された D N Aプロ一ブに対し て、 細胞、 組織等から抽出した mR N Aを逆転写 P C R反応等に よって蛍光プローブ d N T Pを組み込みながら P C R増幅し、 前 記基板上においてハイブリダィゼーシヨンを行い、 所定の検出器 で蛍光測定を行うという手法である。
ここで、 D N Aチップは二つのタイプに分類できる。 第 1 の夕 イブは、 半導体露光技術を応用したフォ トリソグラフィ一の技術 を用いて、 所定の基板上に直接オリ ゴヌクレオチドを合成してい く ものであり、 ァフィメ トリクス社 (A f f y m e t r i x社) によるものが代表的である。 この種のチップは、集積度は高いが、 基板上での D NA合成には限界があって、 数十塩基程度の長さで ある。 第 2のタイプは、 「スタンフォード方式」 とも称されるも ので、 先割れピンを用いて、 予め用意された D N Aを基板上に分 注 · 固相化していく ことによって作製されるものである。 この種 のチップは、 集積度は前者に比べて低いが、 1 k b程度の D N A 断片を固相化できるという利点がある。
しかしながら、 上記した従来の D N Aチップ技術では、 該 D N Aチップ自体の集積数、 集積密度が少なかったので、 一度のアツ セィで達成できる解析量が充分とは言えなかった。 また、 検出用 物質の種類と数、 更にはその基板上における配置分け (グルーピ ング) を、 ュ一ザ一が自由に設定することが困難であった。
また、 Tm (melting Temperature) 又は G C含有率が揃って いない D N Aプローブが二次元の平面的な広がり を持つ基板表 面上に検出用物質が配列された構成の従来の D N Aチップにお いては、 同一のハイブリダィゼーシヨ ン条件、 洗浄条件に晒され て偽陽性又は偽陰性を示す危険性が高いという問題があった。 また、 基板表面に D N Aプローブ等の検出用物質を固相化する とともに、 ターゲッ ト物質を含むサンプル溶液を滴下 (スポッテ イ ング) するアツセィ装置と、 該検出用物質と前記標識夕ーゲッ ト物質の間の相互反応結果を読み取る、 「リーダー」 又は 「スキ ャナ一」 とも称される解析装置が、 従来別個独立の構成であった ので、 バイオアツセィとそれに続く読み取り及び解析作業を一連 化できなかったので、 非常に不便であった。
更に、 D N Aプローブ等の検出用物質やサンプル溶液の微小滴 の量や形状が不均一であったので、 蛍光強度読み取り精度が低い という技術的課題があった。
そして、 チップ 1枚当たり、 更には集積量当りの単価が高く、 解析装置も非常に高価な装置であった。
そこで、 本発明は、 固相化される検出用物質の集積量が多く、 また、 該物質のグルーピングが自在で、 かつ安価なバイオアツセ ィ基板と、 該基板の好適な製造方法並びにバイオアツセィを効率 的かつ確実に行えるバイオアツセィ装置とアツセィ と読み取り 解析作業を一連化できる基板記録情報の読み取り装置を提供す ることを主な目的とする。 発明の開示
上記技術的課題を解決するために、 まず、 本発明においては、 以下の 「バイオアツセィ用基板」 を提供する。 なお、 本発明にお いて 「バイオアツセィ」 とは、 物質間の相互反応に基づく生化学 的分析を意味する。
第 1 に提供するバイオアツセィ用基板は、 光学的に記録情報の 読み取りが可能とされた円盤状基板の表面に検出用物質を固相 化できる検出表面を備え、 この検出表面を、 前記基板に上方視放 射方向に延びるように設けられた溝構造内に設けるように工夫 した。
ここで、 本発明において 「検出用物質」 とは、 検出表面に直接 的に、 又はリ ンカ一を介して間接的に固相化され、 蛍光物質等に より標識された夕ーゲッ ト物質と特異的な相互結合反応を発揮 する低分子、 高分子及び生体物質等を広く包含し、 狭く解釈され ない。 また、 基板に形成される 「溝構造」 とは、 例えば、 筋状に 延設されたマイクロチャンネル構造又は溝構造部位であり、 この 溝構造内にはピッ 卜やセル構造等によって放射方向に区切りが あってもよく、 また、 ピッ トやセル構造の集合体から構成され、 これらのピッ トゃセル構造が配列された部位を上方視したとき に略筋状の外観を呈するような構造であってもよく、 狭く解釈さ れない。 この溝構造を備えるバイオアツセィ用基板が属する一つ の分野は、 円盤状のマイクロチャネルアレイである。
このバイオアツセィ用基板は、 検出用物質を固相化するための 基板として、 例えば、 直径 1 0 c m程度の円盤状基板が採用され ているので、 検出用物質を固相化できる検出表面又は該検出表面 を備えるピッ ト、 ダル一ブ等を多数集積できるという利点がある 即ち、 記録情報の集積量が多い D N Aチップやバイオセンサ一チ ップ等を提供できる。
また、 前記基板上に上方視放射状をなすように、 互いにコンタ ミネーショ ンしないよう に所定間隔で設けられた溝構造内に検 出表面を設けた構成を採用しているので、 溝構造毎に検出用物質 の種類をグルーピングできる。 例えば、 疾病発症のマーカ一遺伝 子を溝構造単位でグルーピングしたり、 T m又は G C含有率の違 いに基づいて、 溝構造単位に固相化するヌクレオチド (検出用物 質) をグルーピングしたりすることが可能となる。 これにより、 検出用物質の至適反応が得られるバッファ一組成、 濃度等のハイ ブリダィゼ一シヨ ン条件その他の反応条件、 洗浄条件、 サンプル 溶液濃度等を変えることが可能になるので、 解析作業において偽 陽性又は偽陰性が示される危険性を格段に減少させることがで さる。
また、 円盤状基板の中心側から外周側に延びる上方視放射状の 溝構造を該基板上に形成したことによって、 毛細管現象を利用し た送液や、 円盤状の基板を所定の方法で回転させることによって 生じる遠心力を生かした送液も利用することができる。 例えば、 反応後にアクティ ブに結合しなかった余分な夕ーゲッ ト物質を 除去する際には、 洗浄液を基板中心領域から溝構造内 (の各検出 表面部位) に、 円滑かつ確実に送液することが可能となる。
続いて提供するバイオアツセィ用基板は、 前記検出表面部位の 位置情報と回転同期情報を提供する手段を備えるものであり、 ま た、 この手段が前記基板上に設けられたゥォブリ ングまたはアド レスピッ トによるものとすることができる。 なお、 「ゥォブリ ン グ」 とは、 ディスク上の物理的な番地 (ァ ドレス) の情報を予め ディスク上に記録するために、 ユーザ一によるデータを記録する グループ (案内溝) をトラックの中心に対してわずかに左右に蛇 行させることである。 通常、 トラッキングサ一ポ帯域より高い周 波数に対し、 わずかな周波数の偏向 (D ev i a t i o n) を有する F M 変調を行われ、 正弦波変調信号振幅をグループ半径方向変位とし て基板上に刻まれる。 このバイオアツセィ用基板は、 位置情報と回転同期情報に基づ いて、 検出用物質含有溶液並びに夕一ゲッ ト物質含有溶液を所定 の検出表面部位に正確に追従させて滴下する場合に好適に利用 することができる。
更に提供するバイオアツセィ用基板は、 上記基板上に形成され た上記検出表面部位に、ヌクレオチド鎖、ペプチド、タンパク質、 脂質、 低分子化合物、 リボソームその他の生体物質のいずれかが 少なく とも固相化された構成を備えるものである。
この基板は、 一本鎖ヌクレオチド鎖間の相互反応、 即ちハイプ リダィゼーショ ンを行わせる D N Aチップ二本鎖ヌク レオチド 鎖とペプチド (又はタンパク質) の相互反応、 抗原抗体反応その 他の分子間相互反応を行わせるバイオセンサ一チップとして広 く利用できる。
ここで、 「ヌクレオチド鎖」 とは、 ヌク レオチドが重合した D N Aプローブを含むオリゴヌクレオチド、 ポリヌクレオチド、 プ リ ンヌク レオチ ドとピリ ミジンヌク レオチォドが重合した D N A (全長あるいはその断片)、 逆転写により得られる c D N A ( c D N Aプローブ)、 R N A等を広く含む。 一本鎖の場合は、 標的 ヌク レオチド分子とのハイブリダィゼ一シヨ ン反応に基づく分 析を行う。 二本鎖の場合は、 タンパク質と D N A (特定の配列部 位) との反応に分析を行う ことができ、 例えば、 転写因子である ホルモンレセプター等のレセプ夕一分子と応答配列 D N A部分 の結合等を分析することができる。 「ペプチド」 は、 複数のアミ ノ酸がペプチド結合によって結合したものである。 「タンパク質」 は、 L— α —アミノ酸がペプチド結合によって連結したポリぺプ チド鎖を主要構成成分とする生体高分子であって、 単純タンパク 質、 複合タンパク質のいずれも含む。 以上には、 ス トレプトアビ ジンと強固に結合するピオチンが結合された D N A断片や種々 のリガンド分子が含まれる。 「脂質」 には、 リ ン脂質膜が含まれ、 検出表面を膜モデルとして利用できる。 「低分子化合物」 には、 シランカップリ ング剤が含まれる。 該剤はシリコン表面又はガラ ス表面に結合され、 ペプチド、 タンパク質等のリ ンカ一として機 能する架橋剤の一種である。 「生体分子」 には、 細胞やウィルス 粒子も含まれる。 なお、 検出表面処理の構成は、 固相化する検出 用物質によって適宜選択でき、 場合によっては吸着防止剤である ポリ リシンで処理される。
次に、本発明では、 以下の「バイオアツセィ方法」 を提供する。 光学的に記録情報の読み取りが可能とされた円盤状基板の表 面に、 検出用物質を固相化できる検出表面を備え、 前記基板に上 方視放射状をなすよう に所定間隔を置いて形成された溝構造内 に該検出表面が設けられた構成のバイオアツセィ用基板に対し て、 インクジエツ トプリ ンティ ング法又はマイクロメカ二カルス ポッティ ング法によって、 前記検出表面部位に検出用物質含有溶 液を滴下して前記検出用物質を固相化するバイオアツセィ用基 板の製造方法を提供する。
この方法は、 溝構造内の所定の検出表面部位に正確に追従させ ながら、 検出用物質を含む微小滴、 並んでいる標識夕一ゲッ ト物 質を含む微小滴を、 正確に滴下する方法として、 好適である。
ここで、 「インクジェッ トプリ ンティ ング法」 は、 インクジェ ッ トプリ ン夕一で用いられるノズルを応用する方法であって、 電 気を用いてイ ンクジエツ トプリ ンターのようにプリ ン夕一へッ ドから基板に検出用物質を噴射し、 固定する方法である。 この方法には、 圧電式イ ンクジェッ ト法、 バブルジエツ ト法、 超音波ジェッ ト法がある。 圧電式インクジェッ ト法は、 圧電体に パルスを印加することによって生じる変位の圧力によって液滴 を飛ばす方法である。 バブルジェッ ト法は、 熱方式であって、 ノ ズル中のヒータ一を熱して発生させた気泡の圧力によって液滴 を飛ばす方式である。 ノズル内にヒーターとなるシリ コン基盤を 埋め込み、 約 3 0 0 °Cノ sで制御して一様な気泡を作成し、 液滴 を押し出す。 しかしながら、 高温に液体が曝されることになるこ とから、 生体物質試料には適さないと考えられる。 超音波ジエツ ト法は、 超音波ビームを液体の自由面に当てて、 局所的に高い圧 力を与えることによってその箇所から小滴を放出させる方式で ある。 ノズルを必要とせず、 高速で直径約 1 x mの小滴を形成で きる。
本発明においては、 「イ ンクジェッ トプリ ンティ ング法」 とし て、 「圧電式インクジエツティ ン.グ法」 を好適に採用できる。 印 加するパルスの形状を変えることによって、 液滴 (微小滴) のサ ィズを制御することができるので、 解析精度向上に好適である。 液滴表面の曲率半径が小さいときは液滴を小さく し、 液滴の曲率 半径が大きいときは液滴を大きくすることができる。 また、 パル スを急激に負の方向に変化させることによ り液滴表面を内側に 引っ張り、 曲率半径を小さくすることも可能である。
「マイクロメカニカルスポッティ ング法」 は、 マイクロスポッ ティ ングペン、 キヤピラリー (細管)、 あるいはピンセッ トを装 着させたプリ ントへッ ドを用いて、 検出用物質を含む微小滴を基 板上の検出表面部位にスポッ トしていく方法である。
次に、 本発明では、 以下の構成の 「バイオアツセィ装置」 を提 供する。
まず、 第 1 に提供されるバイオアツセィ装置は、 光学的に記録 情報の読み取りが可能とされた円盤状基板の表面に、 検出用物質 を固相化できる検出表面を備え、 前記基板に上方視放射方向に延 びるように設けられた溝構造内に前記検出表面が設けられ、 位置 情報と回転同期情報を提供するバイオアツセィ用基板を用いる バイオアツセィ装置であって、 次の ( 1 ) 〜 ( 4 ) の手段等を少 なく とも備える。
( 1 ) 前記バイオアツセィ用基板を回転可能に保持する基板回 転手段、 ( 2 ) 前記基板回転手段によって、 前記バイオアツセィ 用基板を回転させながら検出用物質含有溶液並びに標識ターゲ ッ ト物質含有溶液を前記検出表面部位に滴下する滴下装置、 ( 3 ) 該滴下装置と前記バイオアツセィ用基板との間の距離を一定に 保持するためのフォーカスサーボ機構、 ( 4 ) 前記位置情報と回 転同期情報に基づいて、 前記溶液の滴下を前記検出表面部位に追 従させる トラッキングサーボ機構。
このバイオアツセィ装置では、 円盤状のバイオアツセィ用基板 を、 該基板の位置情報と回転同期情報に基づいて回転させながら フォーカスサーボ機構によって、 滴下距離を高精度に一定に維持 することにより、 所定位置に設けられた検出表面部位の一定の領 域に均一形状の微小滴を滴下でき、 蛍光強度を再現性良く検出す ることができる。 また、 トラッキングサーボ機構によって、 検出 用物質含有溶液とターゲッ ト物質含有溶液を、 順次所定の溝構造 内の検出表面部位に追従させて確実に滴下することができる。 こ の結果、 検出用物質と標識ターゲッ ト物質の反応を高精度に行わ せることができるとともに、 解析シグナルが安定し、 解析精度が 向上する。
ここで、 上記バイオアツセィ装置において好適に採用できる滴 下装置は、 ィンクジエツ トプリ ンティ ング装置又はマイクロメカ 二カルスポッテリ ング装置のいずれかである。 なお、 インクジェ ッ トプリ ンティ ング装置は、 既述した 「インクジェッ トプリ ンテ ィ ング法」 を実施できる装置であって、 マイクロメカニカルスポ ッテリ ング装置は、 既述した 「マイクロメカニカルスポッティ ン グ法」 を実施できる装置を意味する。 なお、 インクジェッ トプリ ンティ ング装置を採用する場合は、 既述した理由により、 圧電式 インクジエツ トプリ ンティ ング法を実施できる装置が好適であ る。
ここで、 上記バイオアツセィ装置における滴下装置としてイン クジェッ トプリ ンティ ング装置を採用した構成では、 バイオアツ セィ用基板に対向配置されており、 フォーカスサ一ポ及びトラッ キングサーポを担う レーザ一光を前記基板に出射する対物レン ズを収容する支持体に、 インクジェッ トノズルを一体化する。
この支持体一体型のインクジエツ トノズル構成は、 フォーカス サーポ及びトラッキングサ一ポと同期させながら、 基板に対して 所定溶液の滴下を行う ことができ、 かつ装置をコンパク ト化でき る。
次に本発明では、以下の構成の「基板記録情報の読み取り装置」 を提供する。
本発明で提供する基板記録情報の読み取り装置は、 まず、 上記 バイオアツセィ装置とュニッ ト化されている点に特徴を有し、 そ して、 バイオアツセィ用基板に対して、 フォーカスサ一ポと トラ ッキングサーポをかけるとともに、 ピックアップレンズ等によつ て集光したレーザー光を、 前記検出表面において前記検出用物質 と結合したる蛍光標識ターゲッ ト物質に照射し、 励起されて発光 する蛍光色素強度を検出するという構成を備える。
この手段では、 基板表面に D NAプローブ等の検出用物質を固 相化し、 続いてターゲッ ト物質を含むサンプル溶液を滴下 (スポ ッティ ング) して前記各物質間の相互反応を行う ことができるバ ィオアッセィ装置と該検出用物質と前記夕ーゲッ ト物質の間の 相互反応情報に関する読み取り装置が一体化されているので、 ァ ッセィ作業とそれに続く読み取り作業を一連化することができ る。
以上のように、 本発明は、 D N Aチップやバイオセンサーチッ プに係わる新規技術を提供するという技術的意義を有している。 図面の簡単な説明
第 1 図は、 本発明に係る好適な実施形態であるバイオアツセィ 用基板 ( 1 ) を上方視した
ときの外観図
第 2図は、 (A) 同基板 ( 1 ) の構成を一部誇張して示す模式 図、 (B ) 同基板 ( 1 ) に配設された溝構造 ( 3 ) 部分の一実施 形態の構成を表す部分拡大図
第 3図は、 同基板 ( 1 ) の変形例を上方視したときの外観図 第 4図は、 本発明に係るバイオアツセィ装置 ( 1 0 ) の好適な 実施形態の構成を簡略に表すブロック図
第 5図は、 (A) ノズル ( 3 0 ) 周辺部分の外観斜視図、 ( B ) ノズル ( 3 0 ) の拡大平面図
第 6図は、 本発明に係る好適な実施形態であるバイオアツセィ 用基板 ( 1 ) を用いて実施できるバイオアツセィプロセスのフロ 一図 発明を実施するための最良の形態
以下、 添付図面に基づき、 本発明の好適な実施形態について説 明する。 第 1 図は、 本発明に係る好適な実施形態であるバイオア ッセィ用基板を上方視したときの外観図、 第 2図 (A ) は、 同基 板の構成を一部誇張して示す模式図、 第 2図 (B ) は、 同基板に 配設された溝構造部分の一実施形態の構成を表す部分拡大図で ある。
まず、 第 1 図の符号 1 は、 本発明に係るバイオアツセィ用基板 の好適な一実施形態を示している。 このバイオアツセィ用基板 1 (以下、 「基板 1」 と略称) は、 C D、 D V D , M D等の光情報 記録媒体に用いられる円盤基板 (ディスク) に採用される基材か ら形成されている。
該基材は、 石英ガラスやシリコン、 ポリカーボネー ト、 ポリス チレンその他の円盤状に成形可能な合成樹脂、 好ましくは射出成 形可能な合成樹脂によって円盤状に形成されている。 なお、 安価 な合成樹脂基板を用いることで、 従来使用されていたガラスチッ プに比して低ランニングコス トを実現できる。基板 1の中心には、 後述する基板回転手段に設けられたスピン ドルに固定するため の孔 2が形成されている。
この基板 1 の一方の表面には、 反射膜である厚さ 4 0 n m程度 のアルミ蒸着層が形成されており、 該層は反射膜として機能して いる。 この反射膜は、 屈折率 1 . 5以上の基盤単体からの表面反 射 4 %以上とする。 この反射膜の上層には、 透明なガラスや透明 樹脂等からなる光透過層が成膜されている。 なお、 基材が高反射 率の材料である場合には、 基材表面自体が反射面として機能する ので前記反射膜は形成しなくてもかまわない。 また、 金属膜など の高反射率膜を形成すれば蛍光標識されたターゲッ ト物質の蛍 光強度を、 感度良く検出することができる。
前記光透過層には、 基板 1 の中心部から上方視放射状に延びる 溝構造 3が所定間隔で凹設されている。 各溝構造 3内には、 検出 用物質を固相化できるように表面処理された検出表面部位 S (第 2図参照) が、 半径方向に所定間隔で配列されている。 なお、 検 出表面部位 Sは、 各溝構造内に配列されたピッ ト部分に形成して もよく、 各溝構造 3の内側壁面全体に亘つて形成することも可能 である。
また、 基板 1 の変形例を表す外観図である第 3図のように、 セ ル状のピッ ト 3 aに検出表面部位 S を設け、 そしてこのピッ ト 3 aを放射状方向に複数配列し、 更に放射状に並んだピッ ト 3 aの 列を、 周方向に複数形成した構成を採用することも可能である。 溝構造 3、 該溝構造 3内のピッ ト又はセル状のピッ ト 3 aの検出 表面に対して微小滴を滴下することによって、 ほぼ同一のスポッ トサイズを実現できるので、 再現性の良い蛍光強度検出を実現で きる。 なお、 第 3図中の符号 4 aは、 ア ドレスピッ ト等を表して いる。
前記検出表面部位 Sは、 D N Aプローブ等の所望の検出用物質 を固相化するために好適な表面処理が適宜選択されて施されて いる。 例えば、 アミノ基含有のシランカップリ ング剤溶液やポリ リシン溶液で表面処理される。 合成樹脂製基板であれば、 その表 面をプラズマ処理及び D U V ( D e e p U V、 遠赤外) 照射処理 後、 アミノ基含有シランカップリ ング剤溶液で処理する。
また、 表面に銅、 銀、 アルミニウム又は金をスパッ夕して成膜 し、 その表層にアミノ基、 チオール基、 力ルポキシル基等の官能 基 (活性基) を有する物質やシステアミン、 ス トレプトアビジン 等をコートしてもよい。 また、 検出表面には、 必要に応じて検出 用物質を固相化するためのリ ンカ一を結合させておいてもよい。
基板 1 の回転方向には、 予め光ディスクマスタリ ングプロセス により形成された多数のアドレスピッ ト 4, 4 · · · が形成され ている。 ここで、 基板 1の位置情報及び回転同期情報について説 明すると、 基板 1 を光ディスクとして考えた場合、 滴下検出位置 である溝構造 3 をユーザーデ一夕領域と考え、 他の領域は、 サン プルサーポ方式等により同期ピッ トを配列し、 かつ トラッキング サーポとしても利用し、 更に、 直後にアドレス部 (ディスク上の 地理的な番地) を挿入することによって位置情報を与える。
ア ドレス部は、 先頭パターンであるセクタ一マークから始まり 実際に 回転 してい るディ ス ク の回転位相 を与え る V F O (Variable Frequency Oscillator) とア ドレスデ一夕の開始位 置を与えるァ ドレスマークと トラックとセクタのナンパ一が入 つた I D (Ideniifer) などが組み合わされてなる。
なお、 上記ア ドレスピッ トを用いる代わりにトラック上にゥォ プリ ングを形成し、位置に応じたクロック情報を持たせるように ゥォブリ ングの蛇行を調節して、 ディスク上の位置情報を取得し てァ ドレッシングを行うようにしても良い。 同時に、 ゥォブリ ン グ周波数成分を利用することで トラッキングサ一ポを行う こと が出来る。さらに、 ア ドレスピッ 卜とゥォブリ ングを併せて形成 することにより、 より高精度のア ドレッシングおよびトラツキン ダサ一ポが可能となる。
次に、 第 4図に基づいて、 上記基板 1 を用いる本発明に係るパ ィオアッセィ装置の好適な実施形態について説明する。 なお、 第 4図は、 同装置の構成を簡略に表すブロック図である。
まず、 第 4図に示されたバイオアツセィ装置 1 0は、 上記構成 の基板 1 を用いるバイオアツセィ装置であって、 前記基板 1 を回 転可能に保持する基板回転手段 5 と、 この基板回転手段 5によつ て、 前記基板 1 を回転させながら検出用物質含有溶液 D並びに標 識ターゲッ ト物質含有溶液 τを検出表面部位 Sに、 所定の順序、 タイミングで滴下する滴下装置 6 と、 該滴下装置 6 と前記バイオ アツセィ用基板との間の距離を一定に保持するためのフォー力 スサーボ機構 7 と、 基板 1からの位置情報と回転同期情報に基づ いて、 前記溶液 D, Tの滴下を基板 1 の検出表
面部位 Sに追従させる トラッキングサ一ポ機構 8 を備えている。
ここで、 バイオアツセィ装置 1 0は、 励起光源である青色半導 体レーザー 1 1 と、 フォーカスサーボ機構 7 と トラッキングサ一 ポ機構 8 を担う赤色半導体レーザ一 2 1 を備えている。
青色半導体レーザ一 1 1 は、 基板 1 の反応情報読み取りのため の励起光源として機能する。 まず、 この青色半導体レーザー 1 1 から出射されたレーザ一光 Bは、 反射ミラー 1 2で直角に反射さ れ、 該反射光の進行方向に並設されたレンズ 1 3、 1 4によって 平行光とされる。
この平行光は、 反射ミラー 1 5で直角に反射された後、 λ Ζ 4 板 1 6 を通過して円偏光とされる。 この円偏光は、凹レンズ 1 7, 凸レンズ 1 8 によってビームが拡大された後にダイクロイ ツク ミラー 1 9 により反射され、 基板 1 に対向配置された対物レンズ 2 0 に入射される。 なお、 対物レンズ 2 0は支持体 Gに収容され ている。
ダイクロイツクミラ一 1 9は、 青色半導体レーザー 1 1から出 射されたレーザ一光 Bを中心とする波長帯の光を反射し、 それ以 外の光を透過するように設計されている。 より詳しくは、 レーザ —光 Bを反射し、 後述する、 レーザ一光 Bによって励起された基 板 1上の蛍光物質からの蛍光を透過するように設計されている。
このようにして、 対物レンズ 2 0の下方位置に、 基板回転手段 5 に保持された基板 1 に対し、 前記対物レンズ 2 0から青色レー ザ一光 Bを照射する。 この青色レ一ザ一光 Bによって励起された (ターゲッ ト物質に標識として結合されている) 蛍光物質からの 蛍光は、 対物レンズ 2 0 を通過し、 更にダイクロイツクミラー 1 9, 2 6を通過し、 反射ミラ一 2 7 により直角に反射されて、 光 電子増倍管及びアバランシェフオ トダイオード検出器 (ディテク タ一) 2 8によって検出される。 この構成によって、 蛍光強度を 検出する。 なお、 ダイクロイツクミラ一 2 6は、 後述する赤色レ 一ザ一光 Rの波長を中心とする波長帯の光を反射し、 蛍光を含む 他の光を透過するように設計されている。
次に、 符号 2 1で示す赤色半導体レーザーから出射された赤色 レーザー光 Rは、 基板 1 と対物レンズ 2 0 との間の距離を一定に 保つ役割を果たすフォーカシングのために利用される。
また、 この赤色レーザー光 Rは、 基板 1 のアドレスピッ ト 4又 は Z及びゥォブリ ングされたグループによって提供される位置 情報及び回転同期情報に基づいて、 上記対物レンズ 2 0が基板 1 に配設された溝構造 3 内の検出表面部位 S を追従する トラツキ ングサーポを行うために利用される。 なお、 符号 2 9は、 赤色レ 一ザ一光 Rの照射位置を調整するためのポジショ ンセンサーデ ィテク夕一 ( P S D ) である。
具体的には、 第 4図に示された赤色半導体レーザ一 2 1から出 射されたレーザ一光 Rは、 該レーザー光 Rの進行方向に並設され た二枚のレンズ 2 2 , 2 3 によって平行光とされる。 この平行光 は、 前方に配置された偏光ビームスプリ ッタ 2 4により分光され 一方は更に λ Ζ 4板 2 5 を通過した後、 ダイクロイ ツクミラー 2 6で直角に反射され、 前記対物レンズ 2 0 に入射し、 他方は P S D 2 9に導かれる。
このようにして、 対物レンズ 2 0から出射される赤色レーザー 光 Rを用いて、 フォーカシンダサーポと トラッキングサ一ポを行 いながら、 基板 1 の所定の検出表面部位 Sの位置を正確に読み取 つて、 上記支持体 Gに対物レンズ 2 0 と一体化して設けられたィ ンクジェッ トノズル 3 0 (以下、 単に 「ノズル 3 0」 と称する。) を介して、 検出用物質含有溶液 D又は標識ターゲッ ト物質含有溶 液 Τを、 検出表面部位 Sの真上に順次、 所定タイミ ングで正確に 滴下する。
次に、 第 5図に基づいて、 支持体 G内に対物レンズ 2 0 と一体 化されたノズル 3 0の構成について詳説する。 第 5 図 (Α ) は、 ノズル 3 0周辺部分の外観斜視図、 同図 (Β ) は、 ノズル 3 0の 拡大図である。
対物レンズ 2 0 を支持する矩形のァクチユエ一ターホルダー Ηの中央に、 上記対物レンズ 2 0が設けられ、 前記ホルダー Ηの 対物レンズ 2 0 の後方側領域に、 ノズル 3 0が設けられている。 なお、 このノズル 3 0は、 複数設けてもよい。
また、 ノズル 3 0は、 圧電体に印加するパルスの形状を変える ことで吐出される液滴の大きさを制御し易いという利点がある ため、 圧電式インクジェッ トノズルを採用するのが好ましい。 な お、 第 5図中の符号 Xで示す矢印は、 基板 1の進行方向 (回転方 向) を示している。
ここで、 ノズル 3 0には、 ラジアル方向 Yに一列に並設された ノズル群 3 1が、 矢印 X方向に沿つて複数列配設されている。 こ のノズル群 3 1 は、 同一の検出用物質含有溶液 Dを同時に滴下す るためのノズル孔 3 2, 3 2 · · · の集合体である。 ノズル群 3 1, 3 1 · · · からは、 順次、 異種の検出用物質含有溶液 Dが下 方の基板 1 における溝構造 3 内の対応する検出表面部位 S に同 時に滴下され、 続いて、 所定時間後に、 異種又は同種の標識ター ゲッ ト物質含有溶液 Tが、 同検出表面部位 Sに同時に滴下される なお、 検出用物質含有溶液 Dを検出表面部位 Sに滴下してから その上に標識夕一ゲッ ト分子含有溶液を滴下させるまでの時間 Tは、 次式にて算定できる。
T = [ L 0 + ( n - 1 ) L! + 0 . 5 φ ] ÷ V x - W / V 2 なお、 上記式において、 L。は、 対物レンズ 2 0の中心と一列 目のノズル群 3 1 aまでの距離、 L iはノズル群 3 1 の配置間隔、 φはプローブ D N Aの液滴の径、 V iは基板 1 の線速度、 Wはノ ズル 3 0 と基板 1 までの距離、 V 2はノズル 3 0からの液滴速度、 をそれぞれ表している。 この式に従えば、 検出用物質含有溶液の 液滴の上に真上に、 タ一ゲッ ト物質含有溶液を滴下させることが できる。
最後に、 第 6図に基づいて、 上記基板 1 を用いて実施できるバ ィオアッセィプロセスについて簡潔に説明する。 なお、 第 6 図 ( A ) 〜 (E ) は、 同基板 1 を用いて実施できるバイオアツセィ プロセスのフロー図である。
まず、 基板 1 の孔 2 を、 基板回転手段 5 (第 4図参照) のスピ ンドル 5 1 (第 4図参照) に固定して回転させ、 フォーカスサ一 ポ機構 7又は Z及びトラッキングサーボ機構 8 により位置情報 を検出しながら、 基板 1 に対向配置されたノズル 3 0 (ノズル群 3 1 ) からインクジェッ トプリ ンティ ング法に基づき、 検出用物 質含有溶液 D l D 2 - · ' を基板 1上に設けられた所定の検出 表面部位 S (第 2図参照) に滴下する (第 6図 (A ) 参照)。
続いて、 蛍光標識された夕一ゲッ ト物質含有溶液 Tを、 フォー カスサーボ機構 7又はノ及びトラッキングサーボ機構 8 (第 4図 参照) により位置情報を検出しながら、 基板 1 に対向配置された ノズル 3 0 (ノズル群 3 1 ) からインクジエツ トプリンティ ング 法により、 上記検出表面部位 Sの上に滴下する (第 6図 (B ) 参 照)。
次に、 基板 1 の検出表面部位 Sにおいて、 検出用物質と標識夕 —ゲッ ト物質との間のハイブリダィゼ一ショ ンその他の相互結 合反応を至適に行うために、 基板 1 を恒温恒湿槽 9において数時 間加温する (第 6図 ( C ) 参照)。
続いて、 再びスピンドル 5 1 によって基板 1 を回転させながら 該基板 1 に対向配置された洗浄ノズル Nから所定の洗浄液 Uを 滴下することによって、 アクティ ブな結合反応を示さなかった標 識ターゲッ ト物質を検出表面部位 Sから除去する。 洗浄液は、 例 えば、 界面活性剤 S D Sを含む S a 1 i n e — S o d i u m C i t r a t e ( S S C ) バッファー溶液を用いる (第 6図 (D ) 参照)。
基板 1 に青色レーザー光 Bを照射して各検出表面部位 S を励 起させ、 蛍光強度の大きさを検出器 2 8 によって検出し、 検出用 物質と標識ターゲッ ト物質の間の結合反応の状況を判断する。 最 後に、 各検出表面部位 Sに対する蛍光強度を、 A/D変換して結 合反応割合をコンピュータ Cの画面に分布表示することによつ て、 視覚化する (第 6図 (E) 参照)。
実施例
直径 1 2 c mの石英ガラス基板を使用した。 該基板の表面を、 半径 2 0 mmから 4 0 mmまで、 トラックピッチ 5 0 m > D u t y 7 0 %、 溝深さ 5 0 0 n mのグループをエッチングして形成 した。 また、 基板表面は、 シランカップリ ング剤 (日本ュニチカ : A l l 0 0 ) のエタノール溶液 0. 3 w t %を用いて、 スピンコ —トにより処理した。 その後 1 0 0 °Cで 2時間、 ベーク炉にて乾 燥させた。
更に、 フォ トピオチン ; p h o t o b i o t i n ( S i g m a -A 1 d r i c h : N - ( 4 - a z i d o - 2 - n i t r o p h e n y 1 ) - N, - ( 3 — b i o t i n y 1 a m i n o p r o p y 1 ) -N ' -m e t h y 1 - 1 , 3 -p r o p a n y d i a m i n e ( a c e t a t e ) を、 1 0 g /mL濃度になるように蒸留水に溶 解し、 前記シラン処理を施した基板表面にスピンコートした。
波長 6 8 O n mの赤外半導体レーザーを用いて、 N A 0. 4 5 のピックアップレンズで集光し、 基板へフォーカスサーボ及びト ラキングサーポをかけた。 基板とレンズとの間の距離を一定に保 つて、 線速 1 m Z秒で、 グループに追従させながら、 フォ トピオ チン ( p h o t o b i o t i n ) を青色半導体レーザ一、 波長 4 0 5 n m、 1 mW, 1 0 k H zで変調し、 対物レンズ NA 0. 4 5 にて露光を行った。 その後、 蒸留水にて洗浄し、 露光されたェ リアのみフォ トピオチン ( p h o t o b i o t i n ) パターンが 形成され、 ネガ型リソグラフィ を得た。
アビジン : A v i d i n (V e c t o r L a b : A v i d i n D ) 2 5 g /m 1 . P B S溶液を、 イ ンクジェッ トノズル から吐出し、 上記フォ トビォチンパターンの上に半径 r = 2 0 — 3 0 までを トラッキングサーポ及びフォーカスサーポをかけな がら滴下を行った。
次に S S O ^ g /m l のアビジン (A v i d i n ) D . P B S 溶液を、 半径 r = 3 0 — 4 0 に滴下した。 その後、 p h o s p h a t e b u f f e r s o l u t i o n ( S u g m a : 1 0 0 3 ) 溶液にてスピンコート洗浄を行った。
再度波長 6 8 0 n mの赤外半導体レーザ一を用いて、 基板に ト ラッキングサーボ及びフォーカスサ一ポをかけ、 グループに追従 させながら、更に青色半導体レーザーによって、出力 1 0 0 W、 ビーム径 2 mmのレ一ザ一光を出射し、 上記 N A O . 4 5の対物 レンズを用いて、 線速 5 m Z秒にて、 蛍光強度を読み取った。 検出器は、 光電子増倍管 (浜松ホトニクス : H 5 7 8 4 - 0 1 ) を使用した。 読み取りに要した時間は r = 2 0 — 3 0で約 6. 3 秒、 r = 2 0 — 4 0で約 8 . 8秒であった。 これにより、 従来の 読み取り装置に比べて非常に短時間で読み取ることができる こ とが判明した。
また蛍光強度比は、 濃度 2 5 g /m l のものは平均 1 2 0 m V, 2 5 0 g /m 1 のものは、 平均 6 0 O mVという値が得ら れ、 強度比 1 / 5 という値が得られた。 また、 どち らも強度ばら つきは、 σで 1 mVと非常に精度の高い結果が得られた。
( 1 ) 本発明に係るバイオアツセィ用基板は、 上方視放射状に 配設された溝構造内に検出表面部位が配列された構成を備えて いるので、 多量 · 多数の検出用物質を集積することができる。 ま た、 複数の検出用物質をグルーピングして配列させて、 溝構造毎 に至適反応条件等を選択してアツセィを行う ことができるので、 偽陽性、 偽陰性の結果の発生率が格段に減少する。 従って、 前記 バイオアツセィ用基板によれば、 網羅的かつ効率的で、 しかも高 精度な解析を行う ことができる。 また、 記録情報当りのコス トも 安価である。
( 2 ) 本発明に係るバイオアツセィ用基板は、 D N Aチップや バイオセンサーチップとして、 特に有用である。 また、 新規構造 を備える円盤状のマイクロチャネルアレイを提供できる。 本基板 を D N Aチップとして利用する場合は、 遺伝子の変異解析、 S N P s (一塩基多型) 分析、 遺伝子発現頻度解析等に利用でき、 創 薬、 臨床診断、 薬理ジエノミクス、 法医学その他の分野において 広範囲に活用できる。 本基板をバイオセンサ一チップとして利用 する場合は、 抗原坊体反応の検査、 内分泌攪乱物質の検定等に利 用できる。
( 3 ) 次に、 本発明に係るバイオアツセィ装置は、 基板上での 検出用物質のスポッティ ング及び固相化作業、 続く標識ターゲッ ト物質のスポッティ ング及び反応、 洗浄、 反応結果の読み取り及 び解析を一連の作業で円滑に行う ことができるので、 アツセィか ら解析に至る作業が効率化、 迅速化し、 大変便利である。
( 4 ) 本発明に係る前記アツセィ装置とュニッ ト化された基板 情報の読み取り装置を用いて、 基板にファーカスサ一ポ及び 又 はトラッキングサーポをかけながら、 一定量周期的に基板に検出 用物質含有溶液を滴下し、 続いて D N Aプローブ、 抗体等の検出 用物質を所定の検出表面に固相化し、 更に、 蛍光物質が標識され た c D N A、 抗原等のターゲッ ト物質を, 再度上記サーポをかけ ながら検出表面部位に滴下し、 続いて、 所定の相互反応促進プロ セスを行い、 所定条件下で洗浄し、 最後にレーザ一光により蛍光 物質を励起させて、 蛍光発行量を検出して情報を読み取るという 複雑な作業を、 一連で行う ことができる。

Claims

請求の範囲
1 . 光学的に記録情報の読み取りが可能とされた円盤状基板の 表面に検出用物質を固相化できる検出表面を備え、
前記検出表面は、 前記基板の表面に上方視放射方向に延びるよ うに設けられた溝構造内に設けられたことを特徴とするバイオ アツセィ用基板。
2 . 前記検出表面部位の位置情報と回転同期情報を提供する手 段を備えることを特徴とする請求の範囲第 1項記載のバイオア ッセィ用基板。
3 . 前記手段は、 前記基板上に設けられたゥォプリ ングまたは ア ドレスピッ トによることを特徴とする請求の範囲第 2項記載 のバイオアツセィ用基板。
4 . 前記検出用物質は、 ヌクレオチド鎖、 ペプチド、 タンパク 質、 脂質、 低分子化合物、 リボソームその他の生体物質のいずれ かがであることを特徴とする請求の範囲第 1項記載のバイオア ッセィ用基板。
5 . 光学的に記録情報の読み取りが可能とされた円盤状基板の 表面に、 検出用物質を固相化できる検出表面を備え、 前記基板に 上方視放射方向に延びるよう に形成された溝構造内に該検出表 面が設けられた構成のバイオアツセィ用基板に対して、
イ ンクジエツ トプリ ンティ ング法又はマイクロメカ二カルス ポッティ ング法によって、 前記検出表面部位に検出用物質含有溶 液を滴下して前記検出用物質を固相化することを特徴とするバ ィオアッセィ方法。
6 . 光学的に記録情報の読み取りが可能とされた円盤状基板の 表面に、 検出用物質を固相化できる検出表面を備え、 前記検出表 面が前記基板表面に上方視放射方向に延びるよう に設けられた 溝構造内に設けられ、 位置情報と回転同期情報を提供するバイオ アツセィ用基板を用いるバイオアツセィ装置であって、
前記バイオアツセィ用基板を回転可能に保持する基板回転手 段と、
前記基板回転手段によって、 前記バイオアツセィ用基板を回転 させながら検出用物質含有溶液並びに標識ターゲッ ト物質含有 溶液を前記検出表面部位に滴下する滴下装置と、
該滴下装置と前記バイオアツセィ用基板との間の距離を一定 に保持するためのフォーカスサーボ機構と、
前記位置情報と回転同期情報に基づいて、 前記溶液の滴下を前 記検出表面部位に追従させる トラッキングサ一ポ機構と、
を少なく とも備えることを特徴とするバイオアツセィ装置。
7 . 前記滴下装置は、 インクジェッ トプリ ンティ ング装置又は マイク ロメカニカルスポッテリ ング装置のいずれか一つから選 択されることを特徴とする請求の範囲第 6項記載のバイオアツ セィ装置。
8 . 前記滴下装置はインクジエツ トプリ ンティ ング装置であつ て、
前記バイオアツセィ用基板に対向配置され、 フォーカスサ一ポ 及びトラッキングサーポを担う レーザー光を前記基板に出射す る対物レンズを収容する支持体に、 インクジエツ トノズルが一体 化されている ことを特徴とする請求の範囲第 6項記載のバイオ アツセィ装置。
9 . 請求の範囲第 6項記載のバイオアツセィ装置とュニッ ト化 された、 前記オアッセィ用基板上の記録情報を読み取る装置であ つて、
前記バイオアツセィ用基板に対して、 フォーカスサーポと トラ ッキングサ一ポをかけるとともに、 集光したレ一ザ一光を、 前記 検出表面において前記検出用物質と結合したる蛍光標識ターゲ ッ ト物質に照射し、 励起されて発光する蛍光色素強度を検出する ことを特徴とする基板記録情報の読み取り装置。
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