TWI797100B - 抗－神經纖毛蛋白質(neuropilin)抗原－結合蛋白及其使用方法 - Google Patents

抗－神經纖毛蛋白質(neuropilin)抗原－結合蛋白及其使用方法 Download PDF

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Abstract

本文提供選擇性結合NRP-1之抗原結合蛋白(ABPs)及其同功異型物及同系物，及包含該等ABP之組合物。亦提供使用該等ABP之方法，諸如治療及診斷方法。

Description

抗－神經纖毛蛋白質(NEUROPILIN)抗原－結合蛋白及其使用方法
本文提供對NRP-1具有結合特異性之抗原結合蛋白(ABP)及包含該等ABP之組合物(包括醫藥組合物、診斷組合物及套組)。亦提供製備NRP-1 ABP之方法及使用NRP-1 ABP之方法，例如用於治療目的、診斷目的及研究目的。
多種研究已證實腫瘤能夠建立免疫抑制微環境以避開免疫監視及促進腫瘤發育。調節性T細胞(Treg)為腫瘤環境中免疫抑制環境之重要組成部分及藉由減弱T細胞對腫瘤相關抗原免疫性發揮作用。因此，Treg為封固有效抗-腫瘤免疫反應之主要障礙。鼠類癌症模型中耗乏Treg會抑制腫瘤生長；然而，伴隨之與Treg之完全耗乏相關聯之自體免疫及炎症可限制該方法之臨床效用。在發炎性腫瘤微環境中特異性靶向Treg之策略可係可行之替代方案。若干實驗室中之最新研究已識別神經纖毛蛋白質1 (NRP-1)為用於調節腫瘤中Treg活性而不影響周邊Treg之候選標靶(參見，例如，Chaudhary及Elkord，Vaccines (2016) Sep；4(3):28；Bos等人，J Exp Med (2013) 210 (11):2435-66；Teng等人，Cancer Res. (2010) 70 (20):7800-。 NRP-1為具有包含兩個N-端CUB域(a1及a2)、兩個凝血因子V/VIII同源域(b1及b2)及單個MAM域(c)之大胞外域之多功能130-kDa跨膜蛋白質。細胞質尾短及自身不顯示任何催化活性。NRP-1為具有多個已知配體及共同受體(尤其包括信號素(semaphorin)、VEGF、PlGF及叢蛋白(plexin))之受體(Appleton等人，Embo J. (2007) Nov 28；26(23):4902–4912)。 NRP-1表現於人類及鼠類Treg上，及該表現識別高度抑制性Treg子組。在腫瘤微環境中， NRP-1表現為Treg穩定性及功能所需但不影響腫瘤發炎環境外的Treg。最新研究已識別免疫細胞表現之配體信號素4A (Sema4a)為NRP-1之另一配體，及證實sema4a/NRP-1相互作用係體外Treg穩定性及體內發炎位點之重要介體。該等資料顯示NRP-1為Treg譜系穩定性及功能所需(參見，例如，Delgoffe等人，Nature (2013) Sep 12；501(7466):252-6)。 多方面證據支持靶向NRP-1及其相關聯蛋白質之相互作用(特定言之靶向NRP-1/Sema軸)對於Treg之效用，作為用於調節在腫瘤中發現之免疫抑制微環境之策略。例如，具有Treg靶向之NRP-1基因剔除的小鼠展現在若干鼠類腫瘤模型中減慢之腫瘤生長，無任何其他自體免疫表現型。另外，NRP-1或Sema之拮抗劑逆轉Treg抑制活性及又證實無自體免疫不良事件下之抗腫瘤功效。此外，已提出NRP-1-VEGFA軸為調節Treg進入腫瘤微環境中之趨化性之重要途徑，及阻斷Treg上之此相互作用之拮抗Ab可抑制該等抑制細胞流入腫瘤中。 新出現的證據顯示NRP-1表現於人類腫瘤中免疫細胞之表面上。NRP-1+ Treg在子宮頸癌患者之引流淋巴結(DLN)中發現，及在對術前放化療具有病理反應之患者中存在DLN中Treg之百分比顯著減小。此外，已在罹患黑色素瘤及頭部及頸部鱗狀細胞癌之患者之腫瘤浸潤性淋巴細胞(TIL)中觀察到NRP-1 + Treg。 因此，需要可拮抗NRP-1而不誘導自體免疫疾病之治療劑。本文提供滿足該種需求之ABP。
本文提供特異性結合NRP-1之ABP及使用該等ABP之方法。 在一個態樣中，本文提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其中該ABP包含以下六個CDR序列： (a) 具有SEQ ID NO:47中所述序列之CDR-H3； (b) 具有如SEQ ID NO:136中所述序列X1 ISGSGGX2 TYYADSVX3 G (其中X1 為I或A，X2 為S或A，且X3 為K或E)之CDR-H2； (c) 具有如SEQ ID NO:137中所述序列FTFX1 SX2 AMV (其中X1 為A、K或S且X2 為Y或V)之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:81中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:71中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:63中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:47之CDR-H3、SEQ ID NO:27之CDR-H2、SEQ ID NO:12之CDR-H1、SEQ ID NO:81之CDR-L3、SEQ ID NO:71之CDR-L2及SEQ ID NO:63之CDR-L1；或SEQ ID NO:47之CDR-H3、SEQ ID NO:28之CDR-H2、SEQ ID NO:13之CDR-H1、SEQ ID NO:81之CDR-L3、SEQ ID NO:71之CDR-L2及SEQ ID NO:63之CDR-L1；SEQ ID NO:47之CDR-H3、SEQ ID NO:29之CDR-H2、SEQ ID NO:14之CDR-H1、SEQ ID NO:81之CDR-L3、SEQ ID NO:71之CDR-L2及SEQ ID NO:63之CDR-L1；或SEQ ID NO:47之CDR-H3、SEQ ID NO:30之CDR-H2、SEQ ID NO:14之CDR-H1、SEQ ID NO:81之CDR-L3、SEQ ID NO:71之CDR-L2及SEQ ID NO:63之CDR-L1。 在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:92之VH 序列及SEQ ID NO:104之VL 序列；SEQ ID NO:93之VH 序列及SEQ ID NO:104之VL 序列；SEQ ID NO:94之VH 序列及SEQ ID NO:104之VL 序列；SEQ ID NO:95之VH 序列及SEQ ID NO:104之VL 序列；或SEQ ID NO:96之VH 序列及SEQ ID NO:104之VL 序列。 在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:114之重鏈及SEQ ID NO:126之輕鏈；SEQ ID NO:115之重鏈及SEQ ID NO:126之輕鏈；SEQ ID NO:116之重鏈及SEQ ID NO:126之輕鏈；SEQ ID NO:117之重鏈及SEQ ID NO:126之輕鏈；或SEQ ID NO:118之重鏈及SEQ ID NO:126之輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其中該ABP包含以下六個CDR序列： (a) 具有SEQ ID NO:41中所述序列之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:23中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:8中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:77中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:67中所述序列之CDR-L2，及 (f) 具有SEQ ID NO:59中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:85之VH 序列及SEQ ID NO:100之VL 序列；或SEQ ID NO:86之VH 序列及SEQ ID NO:100之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:107之重鏈及SEQ ID NO:122之κ輕鏈；及SEQ ID NO:108之重鏈及SEQ ID NO:122之κ輕鏈。 在另一個態樣中提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其中該ABP包含以下六個CDR序列： (a) 具有如SEQ ID NO:138中所述序列ARDLGYYGSGMHX (其中X為A或V)之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:24中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:9中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:78中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:68中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:60中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含：SEQ ID NO:42之CDR-H3、SEQ ID NO:24之CDR-H2、SEQ ID NO:9之CDR-H1、SEQ ID NO:78之CDR-L3、SEQ ID NO:68之CDR-L2及SEQ ID NO:60之CDR-L1；或SEQ ID NO:43之CDR-H3、SEQ ID NO:24之CDR-H2、SEQ ID NO:9之CDR-H1、SEQ ID NO:78之CDR-L3、SEQ ID NO:68之CDR-L2及SEQ ID NO:60之CDR-L1。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:87之VH 序列及SEQ ID NO:101之VL 序列；或該ABP包含SEQ ID NO:88之VH 序列及SEQ ID NO:101之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:109之重鏈及SEQ ID NO:123之κ輕鏈；或該ABP包含SEQ ID NO:110之重鏈及SEQ ID NO:123之κ輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其中該ABP包含以下六個CDR序列： (a) 具有如(SEQ ID NO:139)中所述序列ARDRGMYYASGFXP (其中X為G或N)之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:25中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:10中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:79中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:69中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:61中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:44之CDR-H3、SEQ ID NO:25之CDR-H2、SEQ ID NO:10之CDR-H1、SEQ ID NO:79之CDR-L3、SEQ ID NO:69之CDR-L2及SEQ ID NO:61之CDR-L1；或SEQ ID NO:45之CDR-H3、SEQ ID NO:25之CDR-H2、SEQ ID NO:10之CDR-H1、SEQ ID NO:79之CDR-L3、SEQ ID NO:69之CDR-L2及SEQ ID NO:61之CDR-L1。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:89之VH 序列及SEQ ID NO:102之VL 序列；或SEQ ID NO:90之VH 序列及SEQ ID NO:102之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:111之重鏈及SEQ ID NO:124之κ輕鏈；或該ABP包含SEQ ID NO:112之重鏈及SEQ ID NO:124之κ輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其包含以下六個CDR序列： (a) 具有SEQ ID NO:46中所述序列之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:26中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:11中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:80中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:70中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:62中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:91之VH 序列及SEQ ID NO:103之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:113之重鏈及SEQ ID NO:125之κ輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其包含以下六個CDR序列： (a) 具有SEQ ID NO:48中所述序列之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:31中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:15中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:82中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:68中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:64中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:97之VH 序列及SEQ ID NO:105之VL 序列、或SEQ ID NO:98之VH 序列及SEQ ID NO:105之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含：SEQ ID NO:119之重鏈及SEQ ID NO:127之κ輕鏈；或SEQ ID NO:120之重鏈及SEQ ID NO:127之κ輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其包含以下六個CDR序列： (a) 具有SEQ ID NO:49中所述序列之CDR-H3； (b) 具有SEQ ID NO:32中所述序列之CDR-H2； (c) 具有SEQ ID NO:16中所述序列之CDR-H1； (d) 具有SEQ ID NO:83中所述序列之CDR-L3； (e) 具有SEQ ID NO:72中所述序列之CDR-L2；及 (f) 具有SEQ ID NO:65中所述序列之CDR-L1。 在一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:99之VH 序列及SEQ ID NO:106之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含SEQ ID NO:121之重鏈及SEQ ID NO:128之κ輕鏈。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1 (hNRP-1；SEQ ID NO:130)之分離的抗原結合蛋白(ABP)，其包含與VH 區之選自SEQ ID NO:41-49之CDR-H3具有至少約80%同一性之CDR-H3；與VH 區之選自SEQ ID NO:23-32之CDR-H2具有至少約80%同一性之CDR-H2；與VH 區之選自SEQ ID NO:8-16之CDR-H1具有至少約80%同一性之CDR-H1；與VL 區之選自SEQ ID NO:77-83之CDR-L3具有至少約80%同一性之CDR-L3；與VL 區之選自SEQ ID NO:67-72之CDR-L2具有至少約80%同一性之CDR-L2；及與VL 區之選自SEQ ID NO:59-65之CDR-L1具有至少約80%同一性之CDR-L1。在一個實施例中，該CDR-H3、CDR-H2、CDR-H1、CDR-L3、CDR-L2及CDR-L1各自係依選自Kabat編號方案、Chothia編號方案或IMGT編號方案之編號方案識別。在另一個實施例中，該CDR-H1係依如Chothia及Kabat兩種編號方案(包括兩種編號方案之邊界在內)所定義識別。在一個實施例中，該CDR-H3包含選自SEQ ID NO:41-49之CDR-H3或其具有1種、2種或3種胺基酸取代之變異體；該CDR-H2包含選自SEQ ID NO:23-32之CDR-H2或其具有1種、2種或3種胺基酸取代之變異體；該CDR-H1包含選自SEQ ID NO:8-16之CDR-H1或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體；該CDR-L3包含選自SEQ ID NO:77-83之CDR-L3或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體；該CDR-L2包含選自SEQ ID NO:67-72之CDR-L2或其具有1種胺基酸取代之變異體；及該CDR-L1包含選自SEQ ID NO:59-65之CDR-L1或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體。在一個實施例中，該等胺基酸取代係保守性胺基酸取代。 在另一個態樣中，提供一種特異性結合人類NRP-1之ABP，其中該ABP： (a) 與選自MAB1、MAB2、MAB3、MAB4、MAB5、MAB6、MAB7、MAB8、MAB9、MAB10、MAB11、MAB12、MAB13、MAB14或MAB15 (各者提供於本發明之附錄A中)之抗體競爭或交叉競爭結合至NRP-1； (b) 對細胞表面NRP-1具有特異性； (c) 特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素多肽； (d) 阻斷NRP-1多肽與血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽間之相互作用； (e) 能夠抑制人類個體中之Treg抑制作用； (f) 與來自抗原呈現細胞之抗原呈現組合共同刺激效應T細胞； (g) 抑制調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用； (h) 減少組織或全身性循環中效應T細胞之數量； (i) 實質上不結合血小板； (j) 當投與患者時實質上不引起血小板減少症； (k) 阻斷SEMA3結合至NRP-1； (l) 不結合至NRP-1-陰性細胞；或 (m) 能夠具有(a)至(l)之任何組合。 在一個實施例中，該ABP抗體不與選自MAB1、MAB2、MAB3、MAB4、MAB5、MAB6、MAB7、MAB8、MAB9、MAB10、MAB11、MAB12、MAB13、MAB14或MAB15 (各者提供於本發明之附錄A中)之抗體競爭或交叉競爭結合。在一個實施例中，該ABP為選自MAB1、MAB2、MAB3、MAB4、MAB5、MAB6、MAB7、MAB8、MAB9、MAB10、MAB11、MAB12、MAB13、MAB14或MAB15 (各者提供於本發明之附錄A中)之ABP。在一個實施例中，該NRP-1係選自由hNRP-1 (SEQ ID NO:130)、cNRP-1 (SEQ ID NO:132)、mNRP-1 (SEQ ID NO:134)、rNRP-1 (SEQ ID NO:135)及其組合組成之群。 在一個實施例中，該ABP包含抗體。在一個實施例中，該抗體為單株抗體。在另一個實施例中，該抗體係選自人類抗體、人源化抗體或嵌合抗體。在一個實施例中，該ABP係多價的。在另一個實施例中，該ABP包含抗體片段。在另一個實施例中，該ABP包含替代骨架。在另一個實施例中，該ABP包含免疫球蛋白恆定區。在另一個實施例中，該ABP包含選自IgA、IgD、IgE、IgG或IgM之類別的重鏈恆定區。在另一個實施例中，該ABP包含類別IgG及選自IgG4、IgG1、IgG2或IgG3之子類別之重鏈恆定區。在另一個實施例中，該IgG為IgG4。在另一個實施例中，該IgG為IgG1。 在一個實施例中，該ABP包含共有輕鏈抗體、具有杵臼(knob-into-hole)修飾之抗體、連接至IgG之scFv、連接至IgG之Fab、雙功能抗體、四價雙特異性抗體、DVD-IgMAB、DARTT M、DuoBody® 、CovX-Body、Fcab抗體、TandAb® 、串接Fab、ZybodyMAB 或其組合。 在一個實施例中，該ABP阻斷信號素3A (SEMA3A)至NRP-1之結合至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%或至少約90%。在一個實施例中，該ABP使得信號素3A至NRP-1之結合減少至少約50%。在一個實施例中，該組織為腫瘤。在另一個實施例中，該NRP-1表現於靶細胞之表面上。 在一個實施例中，該ABP包含在其N-端具有焦麩胺酸(pE)殘基之多肽序列。在另一個實施例中，該ABP包含其中的N-端Q經pE取代之VH 序列。在另一個實施例中，該ABP包含其中的N-端E經pE取代之VH 序列。在另一個實施例中，該ABP包含其中的N-端E經pE取代之VL 序列。在另一個實施例中，該ABP包含N-端Q經pE取代之重鏈序列。在另一個實施例中，該ABP包含其中的N-端經pE取代之重鏈序列。在另一個實施例中，該ABP包含N-端E經pE取代之輕鏈序列。 在一個實施例中，該ABP係以小於20 nM、小於10 nM、小於5 nM、小於2 nM、小於1 nM、小於0.5 nM或小於0.2 nM之kD特異性結合至人類NRP-1。在另一個實施例中，該ABP特異性結合至來自人類、鼠類及食蟹獼猴之NRP-1。在一個實施例中，該ABP係結合至NRP-1上之不同於NRP-1上SEC10所結合的抗原決定基之抗原決定基。在一個實施例中，該ABP係結合至NRP-1之a1、a2、b1或b2域。在另一個實施例中，該ABP係結合至NRP-1之超過一個域。在另一個實施例中，該ABP係結合至NRP-1之b2域。在另一個實施例中，該ABP係結合至NRP-1之b1域。 在另一個態樣中，提供本文所揭示的ABP中之任何者，其用作藥物。在另一個實施例中，該ABP係提供用於治療癌症或病毒感染。在一個實施例中，該癌症係選自實體腫瘤及血液腫瘤。 在另一個態樣中，提供一種包括本文所揭示之ABP中之任何者及使用該ABP之說明書之套組。在一個實施例中，該套組包括經凍乾之ABP。在另一個實施例中，該套組包括用於復原經凍乾之ABP之流體。 在另一個態樣中，提供一種編碼本文所揭示之ABP、其VH 、其VL 、其輕鏈、其重鏈或其抗原結合部分之分離的多核苷酸。 在另一個態樣中，提供一種載體，其包含編碼本文所揭示之ABP、其VH 、其VL 、其輕鏈、其重鏈或其抗原結合部分之分離的多核苷酸。 在另一個態樣中，提供一種包含本文所揭示之載體或多核苷酸中任一者之宿主細胞。在一個實施例中，該宿主細胞係選自細菌細胞、真菌細胞及哺乳動物細胞。在另一個實施例中，該宿主細胞係選自大腸桿菌細胞、釀酒酵母細胞及CHO細胞。 在另一個態樣中，提供一種包含本文所揭示之載體或多核苷酸中任一者之無細胞表現反應。 在另一個態樣中，提供一種製備本文所揭示之ABP之方法，其包括在本文所揭示之宿主細胞中表現ABP及分離所表現之ABP。 在另一個態樣中，提供一種包含本文所揭示之ABP中之任何者及醫藥上可接受之賦形劑之醫藥組合物。在一個實施例中，該ABP係以可有效局部抑制腫瘤中NRP-1:信號素-4相互作用之量存於組合物中。在一個實施例中，該抗-NRP-1抗體係以當投與人類個體時可有效抑制NRP-1與跨膜信號素多肽間之相互作用之量存於組合物中。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素多肽。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體阻斷NRP-1多肽與血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽間之相互作用。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體阻斷信號素多肽之結合。在一個實施例中，該抗-NRP1抗體阻斷SEMA3結合。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體阻斷SEMA4結合。在另一個實施例中，該抗體阻斷NRP-1多肽與SEMA3間之相互作用。在另一個實施例中，該抗體阻斷NRP-1多肽與VEGF間之相互作用。在一個實施例中，該抗體阻斷信號素多肽結合但不阻斷VEGF結合。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體能夠抑制人類個體中之Treg抑制作用。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體能夠降低人類個體中之Treg存活率及/或穩定性。在一個實施例中，該抗-NRP-1抗體係以可有效局部抑制腫瘤中NRP-1:信號素-4相互作用之量存於組合物中。在另一個實施例中，該抗-NRP-1抗體係以可有效防止發展出非所欲自體免疫及/或發炎表現之量存於組合物中。在一個實施例中，人類個體正罹患癌症。在一個實施例中，醫藥組合物中該ABP之量係足以在個體中(a)減小調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用；(b)活化效應T細胞；(c)減少組織中或全身調節性T細胞之數量；(d)誘導或增強效應T細胞之增殖；(e)抑制腫瘤生長速率；(f)誘導腫瘤消退；或(g)其組合。 在一個實施例中，該醫藥組合物係用作藥物。在一個實施例中，該醫藥組合物係用於治療癌症或病毒感染。在一個實施例中，該醫藥組合物係用於治療癌症，其中該癌症係選自腦癌、前列腺癌、乳癌、結腸癌、皮膚癌及肺癌。在一個實施例中，該醫藥組合物包含醫藥上可接受之賦形劑。在一個實施例中，醫藥組合物中該ABP之量係足以在個體中(a)減小調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用；(b)活化效應T細胞；(c)減少組織中或全身調節性T細胞之數量；(d)誘導或增強效應T細胞之增殖；(e)抑制腫瘤生長速率；(f)誘導腫瘤消退；或(g)其組合。 在另一個態樣中，提供一種抑制個體中調節性T細胞(Treg)之功能或降低Treg之穩定性之方法，其包括在體內將Treg暴露於Treg中神經纖毛蛋白質-1 (NRP-1):信號素-4A軸之抑制劑，其中向該個體投與有效量之本文所提供之ABP或本文所提供之醫藥組合物。在一個實施例中，該方法包括增強T效應細胞(Teff )功能或在體內將Teff 暴露至本文所提供之ABP，包括向個體投與有效量本文所提供之醫藥組合物。在一個實施例中，該個體罹患癌症。在一個實施例中，該方法誘導或增強對癌症相關聯抗原之免疫反應。在一個實施例中，該ABP能夠(a)降低人類個體中之Treg存活率及/或穩定性；(b)結合至NRP-1多肽之胞外域；或(c)其組合。 在一個實施例中，該方法進一步包括投與一或多種其他治療劑。在一個實施例中，該其他治療劑係選自放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗血管生成劑及其組合。在一個實施例中，該其他治療劑為免疫刺激劑。在一個實施例中，該免疫刺激劑包括阻斷由免疫細胞表現之抑制受體或其配體之信號傳導之藥劑。在一個實施例中，由免疫細胞表現之該抑制受體或其配體係選自PVRIG、VISTA、CCR4、CD27、CTLA-4、PD-1、PD-L1、LAG-3、Tim3、TIGIT、神經突起因子(neuritin)、BTLA、KIR及其組合。在一個實施例中，該免疫刺激劑包括由免疫細胞表現之刺激受體之促效劑。在一個實施例中，由免疫細胞表現之該刺激受體係選自OX40、GITR、ICOS、CD28、CD37、CD40、4-1BB及其組合。在一個實施例中，該免疫刺激劑包括細胞介素。在另一個實施例中，該免疫刺激劑包括癌症相關抗原之疫苗。 在另一個態樣中提供一種調節有此需要之個體之免疫反應的方法，其包括向個體投與有效量之本文所提供之ABP。在一個實施例中，該方法進一步包括向該個體投與一或多種其他治療劑。在一個實施例中，該其他治療劑為(i)免疫細胞之刺激受體之促效劑或(ii)免疫細胞之抑制受體之拮抗劑，其中免疫細胞之該受體係選自OX40、CD2、CD27、CDS、ICAM-1、LFA-1 (CD11a/CD18)、ICOS (CD278)、4-1BB (CD137)、CD28、CD30、CD40、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、GITR、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3、CD83配體及其組合。在另一個實施例中，該其他治療劑為選自單純疱疹病毒、水泡性口炎病毒、腺病毒、新城雞瘟病毒(Newcastle disease virus)、牛痘病毒、馬拉巴病毒(maraba virus)及其組合之溶瘤病毒。在一個實施例中，該其他治療劑係經調配成如ABP之相同治療組合物。在另一個實施例中，該其他治療劑係經調配成不同於ABP之醫藥組合物。 在一個實施例中，該其他治療劑係在投與ABP之前投與。在另一個實施例中，該其他治療劑係在投與ABP之後投與。在另一個實施例中，該其他治療劑係與ABP同時投與。在一個實施例中，該方法實質上不引起個體中之血小板減少症。 在另一個態樣中，提供一種抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含包含由SEQ ID NO:47組成之CDR-H3、由SEQ ID NO:30組成之CDR-H2及由SEQ ID NO:14組成之CDR-H1之重鏈可變區；及包含由SEQ ID NO:81組成之CDR-L3、由SEQ ID NO:71組成之CDR-L2及由SEQ ID NO:63組成之CDR-L1之輕鏈可變區。在一個實施例中，該抗體或抗原結合片段係選自以下(1)及(2)中之任何一者： (1) 抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含由SEQ ID NO:96組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO:104組成之輕鏈可變區；及 (2) 抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含由SEQ ID NO:96 (其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO:104組成之輕鏈可變區。 在一個實施例中係一種製備抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現四價抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段： (a) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (b) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及 (c)經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞及經包括包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 在另一個實施例中提供(1)包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸、及(2)包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。 在另一個實施例中提供一種表現載體，其包含：(a) 包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸、及/或(b)包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。 在另一個實施例中提供一種選自由(a)至(d)組成之群之經表現載體轉形之宿主細胞： (a) 經包括包含編碼上述態樣(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (b) 經包括包含編碼上述態樣(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼上述態樣之抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (c) 經包括包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及 (d) 經包括包含編碼上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 在另一個實施例中提供根據上述態樣之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其係選自由(1)至(4)組成之群： (1) 包含由SEQ ID NO:118組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體； (2) 包含由SEQ ID NO:118 (其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體； (3) 包含由胺基酸編號1至453之SEQ ID NO:118之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體；及 (4) 包含由胺基酸編號1至453之SEQ ID NO:118 (其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體。 在一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體係用於預防或治療癌症。在另一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體係用於製造用於預防或治療癌症之醫藥組合物。 一種多核苷酸，其係選自由(1)及(2)組成之群： (1) 包含編碼根據上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸，及 (2) 包含編碼根據上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。 一種表現載體，其包含： (a) 包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸，及/或 (b) 包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。 一種選自由(a)至(d)組成之群之經表現載體轉形之宿主細胞： (a) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (b) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (c) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體之宿主細胞；及 (d) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 一種用於製備抗-人類NRP-1抗體之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現抗-人類NRP-1抗體： (a) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； (b) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及 (c) 經包括包含編碼上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞及經包括包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞； 在一個實施例中，提供一種醫藥組合物，其包含上述實施例之抗-人類NRP-1抗體及醫藥上可接受之賦形劑。在另一個實施例中，提供一種醫藥組合物，其包含上述實施例(1)之抗-人類NRP-1抗體、上述實施例(2)之抗-人類NRP-1抗體、上述實施例(3)之抗-人類NRP-1抗體及/或上述實施例(4)之抗-人類NRP-1抗體及醫藥上可接受之賦形劑。在一個實施例中，該醫藥組合物為用於治療癌症之醫藥組合物。在另一個實施例中，該組合物係組合放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗-激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗-血管生成劑或其組合投與。 在另一個實施例中，提供一種用於預防或治療癌症之方法，其包括投與治療上有效量之上述態樣之抗-人類NRP-1抗體。在一個實施例中，該方法進一步包括投與一或多種其他治療劑。在一個實施例中，該其他治療劑係選自由放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗-激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗-血管生成劑及其組合組成之群。
1. 定義 除非另外定義，否則用於本文中之所有技術術語、記法及其他科學術語欲具有通常為熟習本發明相關技術者所瞭解之含義。在一些情況中，具有通常所瞭解含義之術語在本文中出於清晰及/或容易參考而進行定義，及本文中該等定義之包含不一定要解釋為代表優於相關技術中所通常瞭解者之差異。本文所描述或所引用之技術及步驟通常係為熟習此項技術者所充分瞭解的，並常利用習知方法學加以使用，諸如，例如，述於Sambrook等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual 第4版 (2012) Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY中之廣泛使用的分子選殖方法。若需要，除非另外註明，否則涉及使用市售套組及試劑之程序一般係依製造商界定的方案及條件進行。 如本文中所使用，除非另有明確指示，否則單數形式「一」、「一個」及「該」包括複數個指示物。除非另外明確指明，否則術語「包括」、「諸如」及類似意欲傳遞包含而非限制。 如本文中所使用，除非另外明確指明，否則術語「包含」亦明確包括「由」及「基本上由」所舉元件「組成」之實施例。 術語「約」指示及包括所示值及該值上下之範圍。在某些實施例中，術語「約」指示指定值±10%、±5%或±1%。在某些實施例中，在適用的情況下，術語「約」指示指定值±該(等)值之一個標準偏差。 術語「免疫球蛋白」係指一類一般包含兩對多肽鏈：一對輕(L)鏈及一對重(H)鏈之結構上相關之蛋白質。在「完整免疫球蛋白」中，所有四個該等鏈係經二硫鍵互連。已明確表徵免疫球蛋白之結構。參見，例如，Paul，Fundamental Immunology 第7版，Ch. 5 (2013) Lippincott Williams & Wilkins，Philadelphia，PA。簡言之，各重鏈通常包含重鏈可變區(VH )及重鏈恆定區(CH )。該重鏈恆定區通常包含三個域，簡稱CH1 、CH2 及CH3 。各輕鏈通常包含輕鏈可變區(VL )及輕鏈恆定區。該輕鏈恆定區通常包含一個域，簡稱CL 。 術語「抗原結合蛋白」(ABP)係指包含一或多個特異性結合抗原或抗原決定基之抗原結合域之蛋白質。在一些實施例中，該抗原結合域係以類似於天然抗體之特異性及親和力之特異性及親和力結合抗原或抗原決定基。在一些實施例中，該ABP包含抗體。在一些實施例中，該ABP係由抗體組成。在一些實施例中，該ABP基本上係由抗體組成。在一些實施例中，該ABP包含替代骨架。在一些實施例中，該ABP係由替代骨架組成。在一些實施例中，該ABP基本上係由替代骨架組成。在一些實施例中，該ABP包含抗體片段。在一些實施例中，該ABP係由抗體片段組成。在一些實施例中，該ABP基本上係由抗體片段組成。「NRP-1 ABP」、「抗-NRP-1 ABP」或「NRP-1-特異性ABP」為如本文中所提供之特異性結合至抗原NRP-1之ABP。在一些實施例中，該ABP係結合NRP-1之胞外域。在某些實施例中，本文所提供之NRP-1 ABP結合至NRP-1之在不同物種之NRP-1蛋白質當中或之間高度保守之抗原決定基。 本文中術語「抗體」係在其最廣泛意義上使用及包括某些類型之包含一或多個特異性結合至抗原或抗原決定基之抗原結合域之免疫球蛋白分子。具體而言，抗體包括完整抗體(例如，完整免疫球蛋白)、抗體片段及多特異性抗體。抗體係ABP之一種類型。 術語「抗原結合域」意指ABP之能夠特異性結合至抗原或抗原決定基之部分。抗原結合域之一個實例為藉由抗體之VH -VL 二聚物形成之抗原結合域。抗原結合域之另一個實例為藉由使來自黏附蛋白(adnectin)之第十個纖連蛋白III型域之某些環多樣化形成之抗原結合域。 術語「全長抗體」、「完整抗體」及「全抗體」可互換使用，係指具有實質上類似於天然抗體結構之結構及具有包含Fc區之重鏈的抗體。例如，當用於指IgG分子時，「全長抗體」為包含兩個重鏈及兩個輕鏈之抗體。「抗-人類NRP-1抗體」為如本文所提供之特異性結合至人類NRP-1之完整抗體。 術語「Fc區」意指免疫球蛋白重鏈之在天然抗體中與Fc受體及補體系統之某些蛋白質相互作用之C-端區。相關技術中已知各種免疫球蛋白之Fc區之結構及其中所包含的糖基化位點。參見Schroeder及Cavacini，J. Allergy Clin. Immunol.，2010，125:S41-52，該案以其全文引用的方式併入本文中。Fc區可為天然Fc區或依相關技術中或本發明其他地方所述修飾之Fc區。 VH 及VL 區可進一步再分為具有高變性之區域(「高變區(HVR)」；亦稱為「互補決定區」(CDR))，其穿插有更保守的區域。該等更保守的區域稱為框架區(FR)。一般而言，各VH 及VL 包含按以下順序配置(自N-端至C-端)之三個CDR及四個FR：FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4。該等CDR參與抗原結合，及影響抗體之抗原特異性及結合親和力。參見Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest 第5版 (1991) Public Health Service，美國國立衛生研究院(National Institutes of Health)，Bethesda，MD，該案以其全文引用的方式併入本文中。 根據輕鏈恆定域之序列，任何脊椎動物物種之輕鏈可歸類為兩種類型之一，稱為卡帕(κ)及蘭姆達(λ)。 任何脊椎動物物種之重鏈可歸類為五種不同類別(或同型物)之一：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM。該等類別亦分別標示為α、δ、ε、γ及µ。根據序列及功能上之差異，該等IgG及IgA類別進一步分為子類別。人類表現以下子類別：IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。 CDR之胺基酸序列邊界可由熟習此項技術者使用多種已知編號方案中之任一者來確定，包括彼等由Kabat等人(同前述)描述者(「Kabat」編號方案)；彼等由Al-Lazikani等人，1997，J. Mol. Biol. ，273:927-948描述者(「Chothia」編號方案)；彼等由MacCallum等人，1996，J. Mol. Biol. 262:732-745描述者(「Contact」編號方案)；彼等由Lefranc等人，Dev. Comp. Immunol. ，2003，27:55-77描述者(「IMGT」編號方案)；及彼等由Honegge及Plückthun，J. Mol. Biol. , 2001, 309:657-70描述者(「AHo」編號方案)；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 表1提供藉由Kabat及Chothia方案識別之CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3之位置。就CDR-H1而言，使用Kabat及Chothia兩種編號方案提供殘基編號。 可例如使用抗體編號軟體，諸如，可在www.bioinf.org.uk/abs/abnum/得到及述於Abhinandan及Martin，Immunology ，2008，45:3832-3839 (該案以其全文引用的方式併入本文中)中之Abnum，歸類 CDR。 表1.CDR中依Kabat及Chothia編號方案之殘基。
Figure 106145004-A0304-0001
 *當使用Kabat編號慣例編號時，取決於CDR之長度，CDR-H1之C-端在H32與H34之間變化。 一般而言，當提及抗體重鏈恆定區中之殘基時，使用「EU編號方案」(例如，如Kabat等人(同前述)所報導)。除非另外指明，否則EU編號方案用於指代本文所述抗體重鏈恆定區中之殘基。 「抗體片段」或「抗原結合片段」包含完整抗體之一部分，諸如完整抗體之抗原結合或可變區。抗體片段包括(例如) Fv片段、Fab片段、F(ab’)2 片段、Fab’片段、scFv(sFv)片段及scFv-Fc片段。 「Fv」片段包含一條重鏈可變域及一條輕鏈可變域之非共價鍵聯二聚物。 除了重鏈及輕鏈可變域外，「Fab」片段包含輕鏈之恆定域及重鏈之第一恆定域(CH1 )。Fab片段可例如藉由重組方法或藉由全長抗體之木瓜酶消化產生。 「F(ab’)2 」片段包含在接近鉸鏈區之處經二硫鍵連接之兩個Fab’片段。F(ab’)2 片段可例如藉由重組法或木瓜酶消化完整抗體產生。該等F(ab’)片段可例如藉由用β-巰基乙醇處理來解離。 「單鏈Fv」或「sFv」或「scFv」抗體片段在單一多肽鏈中包含VH 域及VL 域。一般而言，該VH 及VL 經肽連接子鍵聯。參見Plückthun A. (1994)。可使用任何適宜的連接子。在一些實施例中，該連接子為(GGGGS)n (SEQ ID NO:140)。在一些實施例中，n = 1、2、3、4、5或6。參見來自大腸桿菌之抗體。Rosenberg M.及Moore G.P.(編)，The Pharmacology of Monoclonal Antibodies 第113卷(第269-315頁)，Springer-Verlag，New York，該案以其全文引用的方式併入本文中。 「scFv-Fc」片段包含連接至Fc域之scFv。例如，Fc域可連接至scFv之C-端。Fc域可在VH 或VL 之後，取決於scFv中可變域之定向(即，VH -VL 或VL -VH )。可使用相關技術中已知或本文所述之任何適宜之Fc域。在一些情況中，該Fc域包含IgG4 Fc域。 術語「單域抗體」係指不存在其他可變域下抗體之一個可變域特異性結合至抗原之分子。單域抗體及其片段述於Arabi Ghahroudi等人，FEBS Letters ，1998，414:521-526及Muyldermans等人，Trends in Biochem.Sci. ，2001，26:230-245中，該等案各以其全文引用的方式併入本文中。單域抗體亦稱為sdAb或奈米抗體。 術語「單株抗體」係指來自實質上均質抗體之群體之抗體。實質上均質抗體之群體包括實質上相似且結合相同抗原決定基之抗體，除了可常在產生單株抗體期間產生之變異體以外。該等變異體一般僅少量存在。通常，藉由包括自複數個抗體選擇單一抗體之方法來獲得單株抗體。例如，選擇過程可係自複數個純系選擇某一獨特純系，諸如一池融合瘤純系、噬菌體純系、酵母純系、細菌純系或其他重組DNA純系。經選擇之抗體可進一步改變，例如，以改良針對標靶之親和力(「親和力成熟」)，將抗體人源化，改良其在細胞培養中之產生，及/或減小其在個體中之免疫原性。 術語「嵌合抗體」係指重鏈及/或輕鏈之一部分係衍生自特定來源或物種，而該重鏈及/或輕鏈之其餘部分係衍生自不同來源或物種之抗體。 非人類抗體之「人源化」形式係指嵌合抗體，其含有源自非人類抗體之最小序列。一般而言，人源化抗體為來自一或多個CDR之殘基經來自非人類抗體(供者抗體)之一或多個CDR之殘基替換之人類抗體(接受者抗體)。供者抗體可為具有所需特異性、親和力或生物效應之任何適宜的非人類抗體，諸如小鼠、大鼠、兔、雞或非人類的靈長類動物抗體。在一些情況中，接受者抗體之經選擇之框架區殘基經對應之來自供者抗體之框架區殘基替換。人源化抗體亦可包含未見於接受者抗體或供者抗體任一者中之殘基。可進行該等修飾以進一步精修抗體功能。關於進一步的細節，參見Jones等人，Nature ，1986，321:522-525；Riechmann等人，Nature ，1988，332:323-329；及Presta，Curr. Op. Struct. Biol. , 1992，2:593-596，該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 「人類抗體」為具有對應於由人類或人類細胞產生之抗體之胺基酸序列之胺基酸序列、或衍生自使用人類抗體譜系或人類抗體編碼序列之非人類來源(例如，獲自人類來源或經重新設計)之抗體。具體而言，人類抗體不包括人源化抗體。 「SEC10」表示先前在利用及不利用貝伐單抗(bevacizumab)下用於治療實體腫瘤之臨床試驗中的抗-NRP-1抗體。參見，例如，「A Study of MNRP1685A in Patients with Locally Advanced or Metastatic Solid Tumors」，clinicaltrials.gov 識別碼NCT00747734。 「SEC3」表示述於SEQ ID NO:144中之泛-抗-NRP-1抗體，亦述於例如Appleton等人，The EMBO Journal (2007) 26，4902-4912中。 「MAB59941」表示可自R&D Systems得到之抗-小鼠神經纖毛蛋白質-1抗體，純系#761704。 「分離的ABP」或「分離的核酸」為自其天然環境的組分分離及/或回收之ABP或核酸。天然環境之組分可包括酵素、激素及其他蛋白質或非蛋白質物質。在一些實施例中，分離的ABP係純化至例如藉由使用旋杯式定序儀足以得到N-端或內部胺基酸序列之至少15個殘基之程度。在一些實施例中，分離的ABP係純化至以凝膠電泳(例如，SDS-PAGE)在還原或非還原條件下藉由考馬斯藍(Coomassie blue)或銀染色偵測為均質性。在一些實施例中，分離的ABP可包括於重組細胞內在原位的ABP，因為該ABP的天然環境之至少一種組分係不存在的。在一些態樣中，分離的ABP或分離的核酸係藉由至少一個純化步驟製備。在一些實施例中，分離的ABP或分離的核酸係純化至至少80重量%、85重量%、90重量%、95重量%或99重量%。在一些實施例中，分離的ABP或分離的核酸係純化至至少80體積%、85體積%、90體積%、95體積%或99體積%。在一些實施例中，分離的ABP或分離的核酸係呈包含至少85重量%、90重量%、95重量%、98重量%、99重量%至100重量% ABP或核酸之溶液形式提供。在一些實施例中，分離的ABP或分離的核酸係呈包含至少85體積%、90體積%、95體積%、98體積%、99體積%至100體積% ABP或核酸之溶液形式提供。 「親和力」係指某一分子(例如，ABP)之單一結合位點與其結合搭配物(例如，抗原或抗原決定基)間之非共價相互作用之總計強度。除非另有說明，否則如本文中所使用，「親和力」係指反映結合對之成員間(例如，ABP及抗原或抗原決定基)以1:1相互作用之固有結合親和力。分子X對其搭配物Y之親和力可以解離平衡常數(KD )表示。下文更詳細地描述有助於解離平衡常數之動力學分量。可藉由相關技術中已知的常見方法，包括彼等述於本文中者，諸如表面電漿共振(SPR)技術(例如，BIACORE®)或生物膜層干涉測量法(例如，FORTEBIO®)測定親和力。 就ABP結合至靶分子而言，術語「結合」、「特異性結合」、「特異性結合至」、「具特異性對於」、「選擇性結合」及「具選擇性對於」特定抗原(例如多肽靶)或特定抗原上之抗原決定基意指可測量地不同於非特異性或非選擇性相互作用(例如與非靶分子)之結合。特異性結合可例如藉由測量與靶分子之結合及將其與非靶分子之結合比較來測量。特異性結合亦可藉由與模擬靶分子上識別的抗原決定基之對照分子競爭來測定。在該情況中，若ABP與靶分子之結合受對照分子競爭性抑制，則指示特異性結合。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約50%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約40%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約30%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約20%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約10%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約1%。在一些態樣中，NRP-1 ABP對非靶分子之親和力小於對NRP-1之親和力之約0.1%。 如本文中所使用，術語「kd 」(sec-1 )係指特定ABP-抗原相互作用之解離速率常數。該值亦稱為koff 值。 如本文中所使用，術語「ka 」(M-1 ×sec-1 )係指特定ABP-抗原相互作用之締合速率常數。該值亦稱為kon 值。 如本文中所使用，術語「KD 」(M)係指特定ABP-抗原相互作用之解離平衡常數。KD = kd /ka 。在一些實施例中，ABP之親和力係以該ABP與其抗原間相互作用之KD 描述。為了清晰起見，如相關技術中已知，較小的KD 值指示較高之親和相互作用，而較大的KD 值指示較低的親和相互作用。 如本文中所使用，術語「KA 」(M-1 )係指特定ABP-抗原相互作用之締合平衡常數。KA = ka /kd 。 「親和力成熟」ABP為相對親本ABP(即衍生或設計改變之ABP之ABP)具有一或多種改變(例如在一或多個CDR或FR中)導致該ABP對其抗原之親和力相較於不具改變之親本ABP改善之ABP。在一些實施例中，親和力成熟之ABP對靶抗原具有奈莫耳或皮莫耳親和力。可使用相關技術中已知的多種方法來產生親和力成熟之ABPs。例如，Marks等人(Bio/ Technology ，1992，10:779-783，以其全文引用的方式併入本文中) 描述藉由VH 及VL 域混排(shuffling)之親和力成熟。例如，Barbas等人(Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. ，1994，91:3809-3813)；Schier等人，Gene ，1995，169:147-155；Yelton等人，J. Immunol. ，1995，155:1994-2004；Jackson等人，J. Immunol. ，1995，154:3310-33199；及Hawkins等人，J. Mol. Biol. ，1992，226:889-896描述CDR及/或框架殘基之隨機誘變；各以其全文引用的方式併入本文中。 「免疫共軛物」為共軛至一或多個異種分子(諸如治療劑或診斷劑)之ABP。 「效應子功能」係指藉由抗體之Fc區介導之其等生物活性，該等活性可根據抗體同型物改變。抗體效應子功能之實例包括C1q結合以活化補體依賴性細胞毒性(CDC)、Fc受體結合以活化抗體依賴性細胞細胞毒性(ADCC)、及抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)。 當本文中在兩個或更多個ABP之上下午中使用時，術語「與...競爭」或「與...交叉競爭」指示該兩個或更多個ABP競爭結合至抗原(例如，NRP-1)。在一個示例性試驗中，將NRP-1塗覆於表面上及與第一NRP-1 ABP接觸，此後，添加第二NRP-1 ABP。在另一個示例性試驗中，將第一NRP-1 ABP塗覆於表面上及與NRP-1接觸，及然後添加第二NRP-1 ABP。若在任一試驗中，第一NRP-1 ABP之存在減少第二NRP-1 ABP之結合， ABP則彼此競爭。術語「與...競爭」亦包括ABP之組合，其中一個ABP減少另一個ABP之結合，但在將ABP以相反順序添加時未觀察到競爭。然而，在一些實施例中，該第一ABP及第二ABP抑制彼此之結合，與彼等的添加順序無關。在一些實施例中，一個ABP使得另一個ABP與其抗原之結合減少至少25%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%。熟練技術人員可根據ABP對NRP-1之親和力及ABP之化學價選擇用於競爭試驗中之抗體之濃度。該種定義中描述之試驗具示例性，及熟練技術人員可使用任何適宜的試驗以確定抗體是否彼此競爭。適宜的試驗述於例如Cox等人，「Immunoassay Methods」，Assay Guidance Manual [Internet] ，2014年12月24日更新(www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92434/；2015年9月29日訪問)；Silman等人，Cytometry ，2001，44:30-37；及Finco等人，J. Pharm. Biomed. Anal. ，2011，54:351-358中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 術語「抗原決定基」意指特異性結合至ABP之抗原之一部分。抗原決定基通常係由表面可及胺基酸殘基及/或糖側鏈組成及可具有特異性三維結構特徵及特異性電荷特徵。構形及非構形抗原決定基之區別之處在於在變性溶劑的存在下與前者之結合可能喪失，但與後者之結合不會喪失。抗原決定基可包含直接參與結合之胺基酸殘基及不直接參與結合之其他胺基酸殘基。可使用已知的抗原決定基測定技術，諸如(例如)針對於ABP與具有不同點突變之NRP-1變異體或與嵌合NRP-1變異體結合之測試，來測定ABP所結合的抗原決定基。 多肽序列與參考序列間之「同一性」百分比定義為在比對該等序列及若需要引入間隙以達成最大序列同一性百分比之後多肽序列中之胺基酸殘基與參考序列中之胺基酸殘基相同之百分比。為確定百分比胺基酸序列一致性之目的，可以各種此項技術中之方法實現比對，例如，利用公開可用的計算軟體，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN、MEGALIGN(DNASTAR)、CLUSTALW、CLUSTAL OMEGA或MUSCLE軟體。熟習此項技術者可決定用於比對序列之適宜參數，包括為得到最大對齊對所比較序列之全部長度所必須之任何算法。 「保守性取代」或「保守性胺基酸取代」係指用化學上或功能上類似的胺基酸取代胺基酸。相關技術中熟知提供類似胺基酸之保守性取代表。舉例而言，在一些實施例中，提供於表2至4中之胺基酸組被視為相互保守性取代。表 2. 在某些實施例中被視為相互保守性取代之胺基酸的所選群組。
Figure 106145004-A0304-0002
 表 3. 在某些實施例中被視為相互保守性取代之胺基酸的其他所選群組。
Figure 106145004-A0304-0003
 表 4. 在某些實施例中被視為相互保守性取代之胺基酸的其他所選群組。
Figure 106145004-A0304-0004
 其他保守性取代可參見例如Creighton，Proteins: Structures and Molecular Properties 第2版 (1993) W. H. Freeman & Co.，New York，NY。藉由進行親本ABP中胺基酸殘基之一或多種保守性取代產生之ABP稱為「保守性修飾變異體」。 術語「胺基酸」係指二十種常見的天然胺基酸。天然胺基酸包括丙胺酸(Ala；A)、精胺酸(Arg；R)、天冬醯胺酸(Asn；N)、天冬胺酸(Asp；D)、半胱胺酸(Cys；C)；麩胺酸(Glu；E)、麩醯胺酸(Gln；Q)、麩胺酸(Gly；G)；組胺酸(His；H)、異白胺酸(Ile；I)、白胺酸(Leu；L)、離胺酸(Lys；K)、甲硫胺酸(Met；M)、苯丙胺酸(Phe；F)、脯胺酸(Pro；P)、絲胺酸(Ser；S)、蘇胺酸(Thr；T)、色胺酸(Trp；W)、酪胺酸(Tyr；Y)及纈胺酸(Val；V)。 如本文中所使用，術語「載體」係指能夠繁殖其所鍵聯的另一核酸之核酸分子。該術語包括作為自複製核酸結構之載體及作為併入至已引入載體的宿主細胞之基因組中之載體。某些載體能夠引導該等載體可以操作方式鍵聯的核酸之表現。本文中，該等載體稱為「表現載體」。 術語「宿主細胞」、「宿主細胞系」及「宿主細胞培養物」可互換使用及係指已引入外源核酸之細胞及該等細胞之子代。宿主細胞包括「轉形體」(或「經轉形之細胞」)及「轉染體」(或「經轉染之細胞」)，其等各包括初級經轉形或經轉染之細胞及自其衍生之子代。該種子代在核酸含量上可不與親本細胞完全相同，及可包含突變。 術語「治療(treating)」(及其變化形式，諸如「治療(treat)」或「治療(treatment)」)係指嘗試改變有此需要的個體之疾病或病症之自然過程之臨床干預。可出於預防目的及在臨床病理過程期間進行治療。治療之期望之效果包括預防疾病之出現或復發，緩解症狀，減少疾病之任何直接或間接病理結果，防止轉移，減小疾病發展速率，改善或減輕疾病狀態，及緩解或改良預後。 如本文中所使用，術語「治療上有效量」或「有效量」係指本文所提供之ABP或醫藥組合物當在投與個體時可有效治療疾病或病症之量。 如本文中所使用，術語「個體」意指哺乳動物個體。示例性個體包括人類、猴、狗、貓、小鼠、大鼠、牛、馬、駱駝、山羊、兔及羊。在某些實施例中，該個體係人類。在一些實施例中，該個體罹患可用本文中所提供之ABP治療之疾病或病症。在一些態樣中，該疾病或病症為癌症。在一些態樣中，該疾病或病症為病毒感染。 術語「包裝插頁」係用於指代通常包括在治療或診斷產品(例如，套組)商業包裝中之指示說明，其包含關於適應症、用法、劑量、投藥、組合療法、禁忌症及/或關於使用該等治療或診斷產品之警示之資訊。 如本文中所使用，術語「細胞毒性劑」係指抑制或防止細胞功能及/或導致細胞死亡或受破壞之物質。 「化療劑」係指可用於治療癌症之化合物。化療劑包括可調節、減小、阻斷或抑制可促進癌症生長之激素之效應之「抗激素劑」或「內分泌治療劑」 術語「細胞生長抑制劑」係指抑制細胞在體外或體內生長之化合物或組合物。在一些實施例中，細胞生長抑制劑為減小在S期中之細胞之百分比之藥劑。在一些實施例中，細胞生長抑制劑使得在S期中之細胞之百分比減小至少約20%、至少約40%、至少約60%或至少約80%。 術語「腫瘤」係指所有瘤性細胞生長及增殖(不論惡性或良性)及所有癌前及癌細胞及組織。如本文中所提及，術語「癌」、「癌性」、「細胞增殖性病症」、「增殖性病症」及「腫瘤」並不相互排斥。術語「細胞增殖性病症」及「增殖性病症」係指與某種程度之異常細胞增殖相關聯之病症。在一些實施例中，該細胞增殖性病症為癌症。在一些態樣中，該腫瘤為實體腫瘤。在一些態樣中，該腫瘤為惡性血液病。 術語「醫藥組合物」係指一種製劑，其呈該種允許其中所包含的活性成分之生物活性在治療個體中有效之形式及不含以醫藥組合物中提供的量對個體而言係不可接受毒性之額外組分。 術語「調節」係指減小或抑制或替代性地活化或增加所列舉的變量。 術語「增加」及「活化」係指所列舉變量增加10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、10-倍、20-倍、50-倍、100-倍或更大。 術語「減小」及「抑制」係指所列舉變量減小10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、10-倍、20-倍、50-倍100-倍或更大。 術語「促效」係指活化受體信號傳遞以誘導與受體之活化相關聯之生物反應。「促效劑」為結合至受體並促效其之實體。 術語「拮抗」係指抑制受體信號傳遞以抑制與受體之活化相關聯之生物反應。「拮抗劑」為結合至受體並拮抗其之實體。在一個實施例中，拮抗劑100%阻斷配體與其受體之結合；在其他實施例中，拮抗劑可使得配體與其受體之結合減小1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。 本文中，與Treg之NRP-1:信號素軸有關之術語「信號素分子」包涵參與在Treg上與NRP-1相互作用之跨膜信號素分子(例如，Sema3a、Sema4a)、該等分子之各種經表面-及珠粒-固定之形式、以及該等分子之可用於增強功能或增加Treg之穩定性之多聚物、衍生物、突變體、類似物及片段。該等促效信號素分子之非限制性實例包括(例如)聚集無法固定交聯NRP-1之補體之多聚體複合物之IgM-衍生之信號素融合蛋白質。 如本文中所使用，術語「調節性T細胞(Treg)之神經纖毛蛋白質-1 (NRP-1):信號素軸」係指藉由信號素(例如，由細胞(諸如(例如)習知T細胞)表現之信號素或重組信號素)引發、連接NRP-1及隨後的下游信號傳遞的信號傳遞路徑。 術語「效應T細胞」包括T輔助性(即，CD4+)細胞及細胞毒性(即，CD8+) T細胞。CD4+效應T細胞有助於若干免疫過程之發展，包括B細胞成熟變成漿細胞及記憶B細胞、及細胞毒性T細胞及巨噬細胞之活化。CD8+效應T細胞破壞病毒感染細胞及腫瘤細胞。關於效應T細胞之其他資訊，參見Seder及Ahmed，Nature Immunol. ，2003，4:835-842，該案以其全文引用的方式併入本文中。 術語「調節性T細胞」包括例如藉由抑制效應T細胞調節免疫耐受性之細胞。在一些態樣中，該調節性T細胞具有CD4+CD25+Foxp3+表現型。在一些態樣中，該調節性T細胞具有CD8+CD25+表現型。關於表現NRP-1之調節性T細胞之其他資訊，參見Nocentini等人，Br. J. Pharmacol. ，2012，165:2089-2099，該案以其全文引用的方式併入本文中。 術語「樹突細胞」係指能夠活化初始T細胞及刺激B細胞之生長及分化之細胞之專職性抗原呈現細胞。2. NRP-1 抗原結合蛋白 2.1 NRP-1 結合及靶細胞 本文中提供特異性結合NRP-1之ABP。在一些態樣中，該NRP-1為hNRP-1 (SEQ ID NO:130)。在一些態樣中，該NRP-1為cNRP-1 (SEQ ID NO:132)。在一些態樣中，該NRP-1為具有SEQ ID NO:134提供之序列之mNRP-1。在一些態樣中，該NRP-1為具有SEQ ID NO:135提供之rNRP-1。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP特異性結合至NRP-1之胞外域。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP特異性結合至NRP-1之胞外域及PD-1、PD-L1或PD-L2之胞外域，即，為雙特異性抗體。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP為抗體。在一些實施例中，本文中所提供的ABP為抗體片段。在一些實施例中，本文中所提供的ABP為替代骨架。 該NRP-1可表現於任何適宜的靶細胞之表面上。在一些實施例中，該靶細胞為T細胞。在一些實施例中，該靶細胞為效應T細胞。在一些實施例中，該靶細胞為調節性T細胞。在一些實施例中，該靶細胞為自然殺手(NK)細胞。在一些實施例中，該靶細胞為自然殺手T (NKT)細胞。在一些實施例中，該靶細胞為巨噬細胞。在其他實施例中，該靶細胞為樹突細胞。在一個實施例中，該樹突細胞為漿細胞樣樹突細胞。 在一些實施例中，該NRP-1與細胞表面上之另一受體相關聯。在一些實施例中，該NRP-1為共受體複合物之一部分。在一個實施例中，該NRP-1與叢蛋白相關聯。在一些實施例中，該NRP-1與VEGF受體相關聯。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP包含免疫球蛋白分子。在一些實施例中，本文中所提供的ABP由免疫球蛋白分子組成。在一些實施例中，本文中所提供的ABP基本上由免疫球蛋白分子組成。在一些態樣中，該免疫球蛋白分子包含抗體。在一些態樣中，該免疫球蛋白分子由抗體組成。在一些態樣中，該免疫球蛋白分子基本上由抗體組成。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP包含輕鏈。在一些態樣中，該輕鏈為κ輕鏈。在一些態樣中，該輕鏈為λ輕鏈。 在一些實施例中，本文中所提供的ABP包含重鏈。在一些態樣中，該重鏈為IgA。在一些態樣中，該重鏈為IgD。在一些態樣中，該重鏈為IgE。在一些態樣中，該重鏈為IgG。在一些態樣中，該重鏈為IgM。在一些態樣中，該重鏈為IgG1。在一些態樣中，該重鏈為IgG2。在一些態樣中，該重鏈為IgG3。在一些態樣中，該重鏈為IgG4。在一些態樣中，該重鏈為IgA1。在一些態樣中，該重鏈為IgA2。 在一些態樣中，本文中提供的ABP包含抗體片段。在一些實施例中，本文中提供的ABP由抗體片段組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP基本上由抗體片段組成。在一些態樣中，該抗體片段為Fv片段。在一些態樣中，該抗體片段為Fab片段。在一些態樣中，該抗體片段為F(ab’)2 片段。在一些態樣中，該抗體片段為Fab’片段。在一些態樣中，該抗體片段為scFv(sFv)片段。在一些態樣中，該抗體片段為scFv-Fc片段。在一些態樣中，該抗體片段為單域抗體之片段。 在一些實施例中，本文中提供的抗體片段係衍生自本文中提供的示例性抗體。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段不係衍生自本文中提供的示例性抗體及可例如依本文中提供的方法重新分離以獲得抗體片段。 在一些實施例中，所提供的抗體片段特異性結合hNRP-1。在一些實施例中，本文中所提供的抗體片段特異性結合cNRP-1。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段特異性結合mNRP-1。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段特異性結合hNRP-1及cNRP-1。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段特異性結合hNRP-1及mNRP-1。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段特異性結合cNRP-1及mNRP-1。在一些實施例中，本文中提供的抗體片段特異性結合hNRP-1、cNRP-1及mNRP-1。 在一些實施例中，本文中提供的抗體片段保留拮抗NRP-1之能力，藉由本文中所述的一或多種試驗或生物效應測定。在一些實施例中，如本文中所述，本文中提供的抗體片段保留防止NRP-1與其配體中之一或多者相互作用之能力。 在一些實施例中，本文中提供的抗體片段與選自MAB1、MAB2、MAB3、MAB4、MAB5、MAB6、MAB7、MAB8、MAB9、MAB10、MAB11、MAB12、MAB13、MAB14或MAB15 (各者提供於本發明之附錄A中)之抗體競爭結合至NRP-1。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對細胞表面NRP-1具特異性。 在一些實施例中，本文中提供的ABP特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素多肽。 在一些實施例中，本文中提供的ABP阻斷NRP-1多肽與血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽間之相互作用。在一個實施例中，該VEGF多肽為VEGFA。 在一些實施例中，該抗-NRP-1抗體阻斷SEMA3結合。 在一些實施例中，該抗-NRP-1抗體阻斷SEMA4結合。 在一些實施例中，該抗體阻斷NRP-1多肽與SEMA3間之相互作用。 在一些實施例中，該抗體阻斷NRP-1多肽與VEGF間之相互作用。 在一些實施例中，本文中提供的ABP能夠抑制人類個體中Treg之抑制作用。 在一些實施例中，結合來自抗原呈現細胞之抗原呈現，本文中提供的ABP共同刺激效應T細胞。 在一些實施例中，本文中提供的ABP抑制由調節性T細胞之效應T細胞之抑制作用。 在一些實施例中，本文中提供的ABP減少組織或全身性循環中效應T細胞之數量。 在一些實施例中，本文中提供的抗體之片段結合NRP-1之與該抗體相同的抗原決定基。 在一些實施例中，本文中提供的ABP為單株抗體。在一些實施例中，本文中提供的ABP為多株抗體。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含嵌合抗體。在一些實施例中，本文中提供的ABP由嵌合抗體組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP基本上由嵌合抗體組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP包含人源化抗體。在一些實施例中，本文中提供的ABP由人源化抗體組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP基本上由人源化抗體組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP包含人類抗體。在一些實施例中，本文中提供的ABP由人類抗體組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP基本上由人類抗體組成。 在一些實施例中，本文中提供的ABP係親和力成熟的。在一些態樣中，親和力成熟ABP為衍生自本文中所提供示例性ABP之親和力成熟之ABP。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含替代骨架。在一些實施例中，本文中提供的ABP由替代骨架組成。在一些實施例中，本文中提供的ABP基本上由替代骨架組成。可使用任何適宜的替代骨架。在一些態樣中，該替代骨架係選自AdnectinTM 、iMab、Anticalin® 、EETI-II/AGRP、孔尼茲(Kunitz)域、硫氧化還原蛋白肽適體、Affibody® 、錨蛋白重複蛋白(DARPin)、人泛素(Affilin)、四聯蛋白(Tetranectin)、Fynomer及艾菲爾親和聚體(Avimer)。 在一些實施例中，本文中提供的ABP特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素多肽。在一些態樣中，該ABP抑制NRP-1與跨膜信號素多肽之結合至少約50%。在一些態樣中，該ABP抑制NRP-1與跨膜信號素多肽之結合至少約75%。在一些態樣中，該ABP抑制NRP-1與跨膜信號素多肽之結合至少約90%。在一些態樣中，該ABP抑制NRP-1與跨膜信號素多肽之結合至少約95%。在一些實施例中，該信號素多肽為SEMA3多肽。在其他實施例中，該信號素多肽為SEMA4多肽。 在一些實施例中，本發明ABP為與本文中提供的示例性ABP競爭之ABP。在一些態樣中，該與本文中提供的示例性ABP競爭之ABP結合與本文提供的示例性ABP相同的抗原決定基。 已知當抗體表現於細胞中時，該抗體係在轉譯後進行修飾。轉譯後修飾之實例包括藉由羧基肽酶裂解重鏈C端之離胺酸；藉由焦麩胺醯化將重鏈及輕鏈之N端之麩醯胺酸或麩胺酸修飾成焦麩胺酸；糖基化；氧化；脫醯胺化；及糖基化，及已知該等轉譯後修飾在各種抗體中出現(參見Journal of Pharmaceutical Sciences，2008，第97卷，第2426-2447頁，該案以其全文引用的方式併入本文中)。在一些實施例中，本發明ABP為已經歷轉譯後修飾之抗體或其抗原結合片段。已經歷轉譯後修飾之抗體或其抗原結合片段之實例包括已經歷在重鏈可變區之N端焦麩胺醯化、在輕鏈可變區之N端焦麩胺醯化及/或缺失在重鏈C端處之離胺酸之抗體或其抗原結合片段。相關技術中已知由於在N端焦麩胺醯化及缺失在C端之離胺酸所致之該種轉譯後修飾對抗體或其片段之片段不具有任何影響(Analytical Biochemistry ，2006，第348卷，第24-39頁，該案以其全文引用的方式併入本文中)。 在一些實施例中，本發明ABP為抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含包含由SEQ ID NO:47組成之CDR-H3、由SEQ ID NO:30組成之CDR-H2及由SEQ ID NO:14組成之CDR-H1之重鏈可變區；及包含由SEQ ID NO:81組成之CDR-L3、由SEQ ID NO:71組成之CDR-L2及由SEQ ID NO:63組成之CDR-L1之輕鏈可變區。 在一些實施例中，該抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段包含由SEQ ID NO:96組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO:104組成之輕鏈可變區。 在一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段包含由SEQ ID NO:96(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO:104組成之輕鏈可變區。 在一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體包含由SEQ ID NO:118組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈。 在一個實施例中，抗-人類NRP-1抗體包含由SEQ ID NO:118(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈。 在一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體包含由SEQ ID NO:118之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈。 在一個實施例中，該抗-人類NRP-1抗體包含由SEQ ID NO:118(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈。2.2 NRP-1 拮抗作用 在一些實施例中，本文中提供的ABP在結合時拮抗NRP-1。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致效應T細胞之活化。在一些態樣中，該效應T細胞為CD8+ T細胞。在一些態樣中，該效應T細胞為CD4+ T細胞。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致NK細胞之活化。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致NKT細胞之活化。在一些實施例中，該NKT細胞為IL-17-分泌細胞。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致調節性T細胞對效應T細胞之抑制活性之減小。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致靶細胞之IL-2、IL-6、GM-CSF、TNF、LT-α及/或IFN-γ之分泌之增加。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用增加效應T細胞之增殖、存活及/功能。在一些態樣中，該效應T細胞為CD4+效應T細胞。在一些態樣中，該效應T細胞為CD8+效應T細胞。 在一些實施例中，本文提供的ABP對NRP-1之拮抗作用廢除調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用。在一些態樣中，該調節性T細胞為CD4+CD25+Foxp3+調節性T細胞。在一些態樣中，該調節性T細胞為CD8+CD25+調節性T細胞。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致免疫反應之增強。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致預防腫瘤。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致腫瘤發作延遲。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致腫瘤尺寸縮小。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致腫瘤之消除。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致轉移數量減少。 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致預防病毒疾病。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致病毒疾病發作延遲。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致個體之病毒負荷減少。在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致病毒感染之消除。2.3 抗原結合蛋白對 NRP-1 之親和力及動力學；效力 在一些實施例中，本文中提供的ABP對NRP-1之親和力(以KD 指示)小於約10-5 M、小於約10-6 M、小於約10-7 M、小於約10-8 M、小於約10-9 M、小於約10-10 M、小於約10-11 M或小於約10-12 M。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-7 M與10-12 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-7 M與10-11 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-7 M與10-10 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-7 M與10-9 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-7 M與10-8 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-8 M與10-12 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-8 M與10-11 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-9 M與10-11 M之間。在一些實施例中，ABP之親和力在約10-10 M與10-11 M之間。2.3.1 糖基化變異體 在某些實施例中，本文中提供的ABP可經改變以增加、減少或消除其糖基化之程度。多肽之糖基化通常為「N-連接」或「O-連接」。 「N-連接」糖基化係指將碳水化合物部分附接於天冬醯胺殘基之側鏈。三肽序列天冬醯胺-X-絲胺酸及天冬醯胺-X-蘇胺酸(其中X為任何胺基酸，脯胺酸除外)係碳水化合物部分與天冬醯胺側鏈進行酶附接之識別序列。因此，多肽中存在此等兩種三肽序列中任一者皆可創造潛在糖基化位點。 「O-連接」糖基化係指將糖N-乙醯胺基半乳糖、半乳糖或木糖之一者附接於羥胺基酸上，最共有為絲胺酸或蘇胺酸，但亦可使用5-羥脯胺酸或5-羥離胺酸。 將N-連接糖基化位點新增至本文提供的ABP或自其缺失可藉由改變胺基酸序列使得建立或移除上述三肽序列中之一或多者來達成。O-連接糖基化位點之新增或缺失可藉由(視情況而定)在ABP之序列中或對其新增、缺失或取代一或多個絲胺酸或蘇胺酸殘基來達成。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含不同於天然ABP之糖基化基元。任何適宜的天然糖基化基元可在本文中提供的ABP中進行修飾。免疫球蛋白之結構及糖基化性質例如在相關技術中已知及概述於例如Schroeder及Cavacini，J. Allergy Clin. Immunol. ，2010，125:S41-52中，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含具有對連接至天冬醯胺酸297 (Asn 297)之寡醣修飾之IgG1 Fc區。哺乳動物細胞所產生之天然IgG1抗體通常包含支鏈雙觸寡醣，其通常係藉由N-鍵結附接至Fc區之CH2 域之Asn 297上。參見Wright等人，TIBTECH ，1997，15:26-32，該案以其全文引用的方式併入本文中。該連接至Asn 297之寡醣可包括各種碳水化合物(諸如，甘露糖、N-乙醯葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖及唾液酸)，及附接在雙觸寡醣結構之「主幹」上之GlcNAc之岩藻糖。 在一些實施例中，該連接至Asn 297之寡醣係經修飾以建立具有經改變之ADCC之ABP。在一些實施例中，該寡醣係經改變以改良ADCC。在一些實施例中，該寡醣係經改變以減小ADCC。 在一些態樣中，本文中提供的ABP包含相較於天然IgG1域在位置Asn 297之處具有減小之岩藻糖含量之IgG1域。已知該等Fc域具有經改良之ADCC。參見Shields等人，J. Biol. Chem. ，2002，277:26733-26740，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些態樣中，該等ABP在位置Asn 297之處不包含任何岩藻糖。岩藻糖之量可使用例如如WO 2008/077546中所述之任何適宜方法來確定，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含二分型寡醣，諸如連接至ABP之由GlcNAc對分之Fc區之雙觸寡醣。該等ABP變異體可具有減小之岩藻糖基化作用及/或改良之ADCC功能。該等ABP變異體之實例述於例如WO 2003/011878；美國專利第6,602,684號；及美國專利公開案第2005/0123546號中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 可併入本文中提供的ABP之其他示例性糖基化變異體述於例如美國專利公開案第2003/0157108號、第2004/0093621號、第2003/0157108號、第2003/0115614號、第2002/0164328號、第2004/0093621號、第2004/0132140號、第2004/0110704號、第2004/0110282號、第2004/0109865號；國際專利公開案第2000/61739號、第2001/29246號、第2003/085119號、第2003/084570號、第2005/035586號、第2005/035778號；第2005/053742號、第2002/031140號；Okazaki等人，J. Mol.Biol.，2004，336:1239-1249；及Yamane-Ohnuki等人，Biotech. Bioeng. ，2004，87:614-622中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含Fc區，其中寡醣中之至少一個半乳糖殘基連接至Fc區。該等ABP變異體可具有改良之CDC功能。該等ABP變異體之實例述於例如WO 1997/30087；WO 1998/58964；及WO 1999/22764中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 能夠產生去岩藻糖基化ABP之細胞系之實例包括Lec13 CHO細胞，其缺乏蛋白質岩藻糖基化(參見Ripka等人，Arch. Biochem. Biophys. ，1986，249:533-545；美國專利公開案第2003/0157108號；WO 2004/056312；該等案各以其全文引用的方式併入本文中)、及基因剔除細胞系，諸如α-1,6-岩藻糖轉移酶基因或FUT8基因剔除CHO細胞(參見Yamane-Ohnuki等人，Biotech. Bioeng. ，2004, 87:614-622；Kanda等人，Biotechnol. Bioeng. ，2006，94:680-688；及WO 2003/085107；該等案各以其全文引用的方式併入本文中)。 在一些實施例中，本文中提供的ABP為無糖基化ABP。可使用相關技術中已知或本文中所述的任何方法產生無糖基化ABP。在一些態樣中，藉由修飾ABP以移除所有糖基化位點來產生無糖基化ABP。在一些態樣中，僅移除ABP之Fc區之該等糖基化位點。在一些態樣中，藉由在無法糖基化之生物體(諸如大腸桿菌)中表現ABP或藉由在無細胞反應混合物中表現ABP來產生無糖基化ABP。 在一些實施例中，本文中提供的ABP具有相較於初始IgG1抗體具有減小之效應子功能之恆定區。在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區之恆定區對Fc受體之親和力小於初始IgG1恆定區對該Fc受體之親和力。 2.4 NRP-1域 NRP-1具有跨膜型及截短型兩種。跨膜型如下。在一段短的分泌信號後，NRP-1由四個不同域組成：CUB域之兩個重複(a1/a2)、FV/VIII域之兩個重複(b1/b2)、MAM (c)域及包含跨膜及相對短的40至43個胺基酸細胞質區之第四域(d)。該第一CUB域與補體因子C1s/C1r、骨形態發生蛋白1 (BMP1)及Tolloid蛋白具有顯著同源性。該第二FV/VIII域與凝血因子FV/VIII、受體型酪胺酸激酶DDR中之一者及網柄菌凝素-1 (discoidin-1)共有同源性。該第三域MAM為甲基多巴(meprin)、A5 (原名為NRP)及受體蛋白-酪胺酸磷酸酶μ及κ之縮寫。在一個實施例中，本文中提供的ABP結合至a1域。在另一個實施例中，本文中提供的ABP結合至a2域。在另一個實施例中，本文中提供的ABP結合至b1域。在另一個實施例中，本文中提供的ABP結合至b2域。在一個實施例中，本文中提供的ABP結合至超過一個域。1.1. Fc 區胺基酸序列變異體 在某些實施例中，本文中提供的ABP包含相較於天然Fc區具有一或多種胺基酸取代、插入或缺失之Fc區。在一些態樣中，該等取代、插入或缺失產生具有改變之穩定性、糖基化或其他特徵之ABP。在一些實施例中，該等取代、插入或缺失產生無糖基化ABP。 在一些態樣中，本文中提供的ABP之Fc區係經修飾以產生具有改變之對Fc受體親和力之ABP或更具免疫惰性之ABP。在一些實施例中，本文中提供的ABP變異體具有部分但非全部之效應子功能。該等ABP可有用，例如，當ABP在體內之半衰期具有重要意義時，但是當某些效應子功能(例如，補體活化及ADCC)係不必要且有害時不可用。 在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區為包含鉸鏈穩定突變S228P及L235E中之一或多者之人類IgG4 Fc區。參見Aalberse等人，Immunology ，2002，105:9-19，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區為包含鉸鏈穩定突變S228P之人類IgG4 Fc區。在一些實施例中，該IgG4 Fc區包含以下突變中之一或多者：E233P、F234V及L235A。參見Armour等人，Mol. Immunol. ，2003，40:585-593，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，該IgG4 Fc區在位置G236之處包含缺失。 在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區為包含一或多個突變以減少Fc受體結合之人類IgG1 Fc區。在一些態樣中，該一或多個突變係在選自S228 (例如，S228A)、L234 (例如，L234A)、L235 (例如，L235A)、D265 (例如，D265A)及N297 (例如，N297A)之殘基中。在一些態樣中，該ABP包含PVA236突變。PVA236意指來自IgG4之IgG1或EFLG之胺基酸位置233至236之胺基酸序列ELLG經PVA替換。參見美國專利第9,150,641號，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區係如Armour等人，Eur. J. Immunol. ，1999，29:2613-2624；WO 1999/058572；及/或英國專利申請案第98099518號中所述修飾，該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區為包含突變A330S及P331S中之一或多者之人類IgG2 Fc區。 在一些實施例中，本文中提供的ABP之Fc區在選自238、265、269、270、297、327及329之一或多個位置處具有胺基酸取代。參見美國專利第6,737,056號，該案以其全文引用的方式併入本文中。該等Fc突變體包括在胺基酸位置265、269、270、297及327之兩者或更多者之處具有取代之Fc突變體，包括所謂的以丙胺酸取代殘基265及297之「DANA」 Fc突變體。參見美國專利第7,332,581號，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，該ABP在胺基酸位置265之處包含丙胺酸。在一些實施例中，該ABP在胺基酸位置297之處包含丙胺酸。 在某些實施例中，本文中提供的ABP包含具有一或多種會改良ADCC之胺基酸取代(諸如在Fc區之位置298、333及334中之一或多者之處之取代)之Fc區。在一些實施例中，本文中提供的ABP包含在位置239、332及330之處具有一或多種胺基酸取代之Fc區，如Lazar等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA ，2006，103:4005-4010中所述，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含一或多種會改良或減少C1q結合及/或CDC之改變。參見美國專利第6,194,551號；WO 99/51642；及Idusogie等人，J. Immunol. ，2000，164:4178-4184；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含一或多個改變以增加半衰期。具有增加之半衰期及改良之對新生Fc受體(FcRn)之結合之ABP述於例如Hinton等人，J. Immunol. ，2006，176:346-356；及美國專利第7,361,740號中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。該等Fc變異體包括彼等在以下Fc區殘基中之一或多者中具有取代者：IgG之238、250、256、265、272、286、303、305、307、311、312、314、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424、428及434。 在一些實施例中，本文中提供的ABP包含如美國專利第7,371,826號、第5,648,260號及第5,624,821號；Duncan及Winter，Nature ，1988，322:738-740；及WO 94/29351中所述之一或多個Fc區變異體；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。1.2. 焦麩胺酸 如相關技術中已知，在重組蛋白質之N-端之處之麩胺酸(E)及麩醯胺酸(Q)二者在體外及體內可同時環化形成焦麩胺酸(pE)。參見Liu等人，J. Biol. Chem. ，2011，286:11211-11217，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之多肽序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供N-端殘基已自Q轉化為pE之多肽序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自E轉化為pE之多肽序列之ABP。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之VH 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自Q轉化為pE之VH 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含選自SEQ ID NO:85-90、97-99之VH 序列之ABP，其中該N-端Q殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含選自SEQ ID NO:85-90、97-99之VH ，其中該組合物中該VH 之N-端殘基之至少約20%、至少約40%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自Q轉化為pE。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之VH 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自E轉化為pE之VH 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含選自SEQ ID NO:91-96之VH 序列之ABP，其中該N-端E殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含選自SEQ ID NO:91-96之VH ，其中該組合物中該VH 之N-端殘基之至少約20%、至少約40%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自E轉化為pE。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之VL 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自E轉化為pE之VL 序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含SEQ ID No:120中描述之VL 序列之ABP，其中該N-端E殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含SEQ ID NO:120中描述之VL ，其中該組合物中該VL 之N-端殘基之至少約20%、至少約40%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自E轉化為pE。 在一些實施例中，本文ABP包含在N-端位置處具有pE殘基之重鏈序列。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自Q轉化為pE之重鏈序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含選自SEQ ID NO:107-112、119-121之重鏈序列之ABP，其中該N-端Q殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含選自SEQ ID NO:107-112、119-121之重鏈，其中該組合物中該重鏈之N-端殘基之至少約20%、至少約0%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自Q轉化為pE。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之重鏈序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自E轉化為pE之重鏈序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含選自SEQ ID NO:113-118之重鏈序列之ABP，其中該N-端E殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含選自SEQ ID NO:113-118之重鏈，其中該組合物中該重鏈之N-端殘基之至少約20%、至少約40%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自E轉化為pE。 在一些實施例中，本文中提供包含在N-端位置處具有pE殘基之輕鏈序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含N-端殘基已自E轉化為pE之輕鏈序列之ABP。在一些實施例中，本文中提供包含選自SEQ ID NO:124-125之κ輕鏈序列之ABP，其中該N-端E殘基已轉化為pE。在一些實施例中，本文中提供包含ABP之組合物，其中該ABP包含選自SEQ ID NO:124-125之κ輕鏈，其中該組合物中該輕鏈之N-端殘基之至少約20%、至少約40%、至少約60%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約99%已自E轉化為pE。1.3. 經半胱胺酸工程化之抗原結合蛋白變異體 在某些實施例中，本文中提供經半胱胺酸工程化之ABP(稱為「thioMAb」)，其中該ABP之一或多個殘基經半胱胺酸殘基取代。在特定實施例中，該等經取代之殘基存於ABP之溶劑可及位點處。藉由用半胱胺酸取代該等殘基，在ABP之溶劑可及位點處引入反應性硫基及可用於共軛ABP至其他部分(諸如例如藥物部分或連接子-藥物部分)，以建立免疫共軛物。 在某些實施例中，以下殘基中之任何一或多者可經半胱胺酸取代：輕鏈之V205；重鏈Fc區之A118；及重鏈Fc區之S400。經半胱胺酸工程化之ABP可如例如美國專利第7,521,541號中所述產生，該案以其全文引用的方式併入本文中。2. 製備 NRP-1 抗原結合蛋白之方法 2.1. NRP-1 抗原之製備 用於分離本文中提供的ABP之NRP-1抗原可為完整NRP-1或NRP-1之片段。該NRP-1抗原可例如呈分離的蛋白質或表現於細胞表面上之蛋白質之形式。 在一些實施例中，該NRP-1抗原為NRP-1之非天然變異體，諸如自然中未出現之具有胺基酸序列或轉譯後修飾之NRP-1蛋白質。 在一些實施例中，該NRP-1抗原係藉由移除例如胞內或跨膜序列或信號序列截短。在一些實施例中，該NRP-1抗原係在其C-端處融合至人類IgG1 Fc域或聚組胺酸標籤。2.2. 製備單株抗體之方法 可例如使用首次由Kohler等人，Nature ，1975，256:495-497(該案以其全文引用的方式併入本文中)所描述的融合瘤方法，及/或藉由重組DNA法(參見，例如，美國專利第4,816,567號，該案以其全文引用的方式併入本文中)，獲得單株抗體。亦可例如使用噬菌體或酵母庫獲得單株抗體。參見，例如，美國專利第8,258,082號及第8,691,730號，該等案各以其全文引用的方式併入本文中。 在融合瘤方法中，對小鼠或其他適宜宿主動物進行免疫，以誘發產生或能夠產生可特異性與進行免疫所用蛋白質結合之抗體的淋巴細胞。或者，可在體外免疫接種淋巴細胞。接著利用適宜助融劑(諸如聚乙二醇)使淋巴細胞與骨髓瘤細胞融合，以形成融合瘤細胞。參見Goding J.W.，Monoclonal Antibodies: Principles and Practice 第3版(1986) Academic Press，San Diego, CA，該案以其全文引用的方式併入本文中。 將融合瘤細胞接種並生長於適宜培養基中，該培養基包含可抑制未經融合、親本骨髓瘤細胞生長或存活之一或多種物質。例如，若親本骨髓瘤細胞缺乏酵素次黃嘌呤鳥嘌呤磷酸核糖轉移酶(HGPRT或HPRT)，則融合瘤之培養基就會包含次黃嘌呤、胺喋呤及胸苷(HAT培養基)，該等係防止HGPRT-缺乏細胞生長之物質。 適用的骨髓瘤細胞係彼等高效融合、藉由所選的抗體產生細胞保持抗體之穩定高含量生產且對培養基條件(諸如存在或不存在HAT培養基)敏感之骨髓瘤細胞。該等骨髓瘤細胞當中，較佳之骨髓瘤細胞系為鼠類骨髓瘤細胞系，諸如彼等衍生自MOP-21及MC-11小鼠腫瘤者(可自索爾克研究所細胞分佈中心(Salk Institute Cell Distribution Center)，San Diego, CA得到)、及SP-2或X63-Ag8-653細胞(可自美國模式培養物保藏所(American Type Culture Collection)，Rockville，MD得到)。人類骨髓瘤及小鼠-人類異源骨髓瘤細胞系亦已針對人類單株抗體之產生進行描述。參見，例如，Kozbor，J. Immunol. ，1984，133:3001，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在識別產生具有所需特異性、親和力及/或生物活性之抗體之融合瘤細胞之後，可依有限稀釋法將所選純系進行次選殖，並依標準方法生長。參見Goding，同前述。適合此目的之培養基包括(例如)D-MEM或RPMI-1640培養基。此外，該融合瘤細胞可為生長於動物活體內之腹水性腫瘤。 編碼該等單株抗體之DNA可利用習知步驟輕易地分離並加以定序(例如，藉由利用能夠特異性結合編碼單株抗體重鏈及輕鏈之基因之寡核苷酸探針)。因此，該等融合瘤細胞可充作編碼具有所需性質之抗體之DNA的適用來源。一旦分離，可立刻將該DNA置於表現載體中，然後，將該等表現載體轉染至宿主細胞，諸如細菌(例如，大腸桿菌)、酵母(例如，酵母菌屬(Saccharomyces )或畢赤酵母菌屬(Pichia sp. ))、COS細胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細胞或不會以其他方式產生抗體之骨髓瘤細胞中以產生單株抗體。 在另一個態樣中提供一種產生抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段：(a)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸轉形之表現載體轉形之宿主細胞；(b) 經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包含包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(c) 經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之表現載體轉形之宿主細胞及經包含包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 在另一個態樣中提供一種用於產生抗-人類NRP-1抗體之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現抗-人類NRP-1抗體：(a) 經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b) 經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包含包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(c) 經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞及經包含包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。2.3. 製備嵌合抗體之方法 製備嵌合抗體之示例性方法述於例如美國專利第4,816,567號；及Morrison等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA，1984，81:6851-6855中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，嵌合抗體係藉由使用重組技術將非人類可變區(例如，衍生自小鼠、大鼠、倉鼠、兔或非人類的靈長類動物(諸如猴)之可變區)與人類恆定區組合來製備。2.4. 製備人源化抗體之方法 可藉由用對應之人類抗體序列替換非人類單株抗體之大多數但並非全部之結構部分來產生人源化抗體。因此，產生僅抗原特異性可變區或CDR由非人類序列組成之雜交分子。獲得人源化抗體之方法包括彼等述於例如Winter及Milstein，Nature ，1991，349:293-299；Rader等人，Proc.Nat. Acad.Sci.U.S.A.，1998，95:8910-8915；Steinberger等人，J. Biol.Chem. ，2000，275:36073-36078；Queen等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.，1989，86:10029-10033；及美國專利第5,585,089號、第5,693,761號、第5,693,762號及第6,180,370號中之方法；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。2.5. 製備人類抗體之方法 可藉由相關技術中已知的多種技術，例如藉由使用轉殖基因動物(例如，人源化小鼠)產生人類抗體。參見，例如，Jakobovits等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. ，1993，90:2551；Jakobovits等人，Nature ，1993，362:255-258；Bruggermann等人，Year in Immuno. ，1993，7:33；及美國專利第5,591,669號、第5,589,369號及第5,545,807號；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。人類抗體亦可衍生自噬菌體呈現庫(參見，例如，Hoogenboom等人，J. Mol. Biol. ，1991，227:381-388；Marks等人，J. Mol. Biol. ，1991，222:581-597；及美國專利第5,565,332號及第5,573,905號；該等案各以其全文引用的方式併入本文中)。亦可由體外活化之B細胞產生人類抗體(參見，例如，美國專利第5,567,610號及第5,229,275號，該等案各以其全文引用的方式併入本文中)。人類抗體亦可衍生自基於酵母之庫(參見，例如，美國專利第8,691,730號，該案以其全文引用的方式併入本文中)。2.6. 製備抗體片段之方法 可藉由任何適宜方法，包括本文中所述之示例性方法或彼等在相關技術中已知之方法，製備本文中提供的抗體片段。適宜的方法包括重組技術及完全抗體之蛋白質水解消化。製備抗體片段之示例性方法述於例如Hudson等人，Nat. Med. ，2003，9:129-134中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備scFv抗體之方法述於例如Plückthun，The Pharmacology of Monoclonal Antibodies ，第113卷，Rosenburg及Moore編，Springer-Verlag，New York，第269-315頁(1994)；WO 93/16185；及美國專利第5,571,894號及第5,587,458號中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。2.7. 製備替代骨架之方法 可藉由任何適宜方法，包括本文中所述之示例性方法或彼等在相關技術中已知之方法製備本文中提供的替代骨架。例如，製備AdnectinsTM 之方法述於Emanuel等人，mAbs ，2011，3:38-48中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備iMab之方法述於美國專利公開案第2003/0215914號中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備Anticalins® 之方法述於Vogt及Skerra，Chem. Biochem. ，2004，5:191-199中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備孔尼茲域之方法述於Wagner等人，Biochem.& Biophys. Res. Comm .，1992，186:118-1145中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備硫氧化還原蛋白肽適體之方法提供於Geyer及Brent，Meth. Enzymol. ，2000，328:171-208中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備Affibody之方法提供於Fernandez，Curr. Opinion in Biotech. ，2004，15:364-373中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備錨蛋白重複蛋白(DARPin)之方法提供於Zahnd等人，J. Mol. Biol. ，2007，369:1015-1028中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備人泛素(Affilin)之方法提供於Ebersbach等人，J. Mol. Biol. ，2007，372:172-185中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備四聯蛋白之方法提供於Graversen等人，J. Biol. Chem. ，2000，275:37390-37396中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備艾菲爾親和聚體(Avimer)之方法提供於Silverman等人，Nature Biotech. ，2005，23:1556-1561中，該案以其全文引用的方式併入本文中。製備Fynomer之方法提供於Silacci等人，J. Biol. Chem. ，2014，289:14392-14398中，該案以其全文引用的方式併入本文中。 關於替代骨架之進一步的資訊提供於Binz等人，Nat. Biotechnol. ，2005 23:1257-1268；及Skerra，Current Opin. in Biotech. ，2007 18:295-304中，該等案各以其全文引用的方式併入本文中。2.8. 製備變異體之方法 在一些實施例中，本文中提供的ABP為親本ABP之親和力成熟變異體，其可例如使用基於噬菌體呈現之親和力成熟技術產生。簡言之，一或多個CDR殘基經突變及變異體ABP或其部分呈現於噬菌體上並基於親和力選擇。可在CDR「熱點」、或藉由密碼子編碼之在體細胞成熟方法期間高頻率經歷突變之殘基(參見Chowdhury，Methods Mol. Biol. ，2008，207:179-196，該案以其全文引用的方式併入本文中)、及/或接觸抗原之殘基中做出該等改變。 任何適宜的方法可用於引入可變性至編碼ABP之多核苷酸序列中，包括易錯PCR、鏈重排及寡核苷酸定點突發誘變，諸如三核苷酸-定點突發突變(TRIM)。在一些態樣中，將若干CDR殘基(例如，一次4-6個殘基)隨機分組。具體而言，可例如使用丙胺酸掃描突發誘變或模型化識別參與抗原結合之CDR殘基。特定言之CDR-H3及CDR-L3通常係針對突變的。 引入多樣性至可變區及/或CDR中可用於產生二級庫。然後，該二級庫經選擇以識別具有改良之親和力之ABP變異體。藉由構建二級庫及自其再選擇之親和力成熟已述於例如Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology ，2001，178:1-37中，該案以其全文引用的方式併入本文中。2.9. 載體、宿主細胞及重組方法 亦提供編碼NRP-1 ABP之分離的核酸、包含核酸之載體及包含載體及核酸之宿主細胞、以及用於產生ABP之重組技術。 在另一個態樣中提供包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。在另一個態樣中提供包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。 在另一個態樣中提供包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸。在另一個態樣中提供包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。 為重組產生ABP，可分離編碼該ABP之核酸，並將該核酸插入至複製型載體中，以供進一步選殖(即，DNA之擴增)或表現。在一些態樣中，該核酸可藉由例如如美國專利第5,204,244號所述之同源重組產生，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在另一個態樣中提供表現載體，其包含(a)包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及/或(b)包含編碼抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。 在另一個態樣中提供表現載體，其包含(a)包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及/或(b)包含編碼抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。 相關技術中已知許多不同載體。一般而言，該載體組分包含以下一或多者：信號序列、複製起點、一或多個標記基因、增強子元件、啟動子及轉錄終止序列，例如，如美國專利第5,534,615號中所述，該案以其全文引用的方式併入本文中。 下文提供適宜宿主細胞之示例性實例。該等宿主細胞並非意為限制，及任何適宜的宿主細胞可用於產生本文中提供的ABP。 在另一個態樣中提供選自由(a)至(d)組成之群之經表現載體轉形之宿主細胞：(a)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包含包含編碼抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(c)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(d)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 在另一個態樣中提供選自由(a)至(d)組成之群之經表現載體轉形之宿主細胞：(a)經包含包含編碼本文提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包含包含編碼抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(c)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(d)經包含包含編碼本文中提供的抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。 適宜的宿主細胞包括任何原核細胞(例如，細菌)、較低等真核細胞(例如，酵母)或較高等真核細胞(例如，哺乳動物)細胞。適宜的原核生物包括真細菌，諸如革蘭氏-陰性或革蘭氏-陽性生物體，例如，腸內桿菌科，諸如艾氏菌屬(Escherichia )(大腸桿菌)、腸內桿菌屬(Enterobacter )、歐文氏桿菌屬(Erwinia )、克雷伯氏菌屬(Klebsiella )、變形桿菌屬(Proteus )、沙門氏桿菌屬(Salmonella )(鼠傷寒沙門氏桿菌(S. typhimurium ))、鋸桿菌屬(Serratia )(黏質鋸桿菌(S. marcescans ))、志賀桿菌屬(Shigella )、桿菌屬(枯草桿菌(B. subtilis )及地衣型芽胞桿菌(B. licheniformis ))、假單胞菌屬(Pseudomonas )(綠膿假單胞菌(P. aeruginosa ))及鏈黴菌屬(Streptomyces )。一種有用的大腸桿菌選殖宿主為大腸桿菌294，但其他菌株(諸如大腸桿菌B、大腸桿菌X1776及大腸桿菌W3110)也是適宜的。 除了原核生物外，真核微生物(諸如絲狀真菌或酵母菌)亦為NRP-1 ABP-編碼載體之適宜選殖或表現宿主。釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae )或常見麵包酵母菌係常用的較低等真核宿主微生物。然而，多種其他屬、種及菌株係可利用的且可用的，諸如粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe )、克魯維酵母屬(Kluyveromyces )(乳酸克魯維酵母菌(K. lactis )、脆壁克魯維酵母菌(K. fragilis )、保加利亞克魯維酵母(K. bulgaricus )、威克海姆克魯維酵母(K. wickeramii )、瓦爾特克魯維酵母(K. waltii )、果蠅克魯維酵母(K. drosophilarum )、耐熱克魯維酵母(K. thermotolerans )及馬克斯克魯維酵母菌(K. marxianus ))、耶氏酵母屬(Yarrowia )、嗜甲醇酵母菌(Pichia pastoris )、念珠菌屬(Candida )(白色念珠菌(C. albicans ))、小蒼蘭木黴屬(Trichoderma reesia )、粗糙脈孢菌(Neurospora crassa )、許旺酵母屬(Schwanniomyces )(許旺酵母(S. occidentalis ))及絲狀真菌，諸如，例如青黴菌屬(Penicillium )、彎頸黴菌屬(Tolypocladium )及曲黴屬(Aspergillus )(構巢麯黴(A. nidulans )及黑麯黴(A. niger ))。 可在多種培養基中培養用於產生本文中所揭示的NRP-1 ABP之宿主細胞。市售培養基(諸如，例如Ham’s F10、最低要求培養基(MEM)、RPMI-1640及杜貝卡氏改良依格培養基(Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium) (DMEM))適於培養宿主細胞。此外，可使用Ham等人，Meth. Enz.，1979，58:44；Barnes等人，Anal. Biochem. ，1980，102:255；及美國專利第4,767,704號、第4,657,866號、第4,927,762號、第4,560,655號及第5,122,469號；或WO 90/03430及WO 87/00195中所述之任何培養基。前述參考文獻各以其全文引用的方式併入本文中。 任何此等培養基可在必要時補充激素及/或其他生長因子(諸如胰島素、轉鐵蛋白或表皮生長因子)、鹽(諸如氯化鈉、鈣、鎂及磷酸鹽)、緩衝劑(諸如HEPES)、核苷酸(諸如腺苷及胸苷)、抗生素、痕量元素(定義為通常以微莫耳範圍之最終濃度存在之無機化合物)，及葡萄糖或等效能量來源。亦可包括熟習此項技術者所知之適宜濃度之任何其他必要補充劑。 培養條件(諸如溫度、pH及類似條件)為先前選擇用於表現之宿主細胞所用之條件，且將為一般技術者明瞭。 當利用重組技術時，ABP可在細胞內、在胞外質間隙內生產，或直接分泌至培養基中。若ABP係產生在細胞內，第一步驟是藉由例如離心或超過濾移除宿主細胞或溶解片段的顆粒碎屑。例如，Carter等人(Bio/ Technology ，1992，10:163-167，以其全文引用的方式併入本文中)描述一種用於分離分泌至大腸桿菌胞外質間隙中之ABPs之程序。簡言之，細胞糊在乙酸鈉(pH 3.5)、EDTA及苯甲磺醯氟(PMSF)存在下解凍超過約30分鐘。細胞碎片可藉由離心移除。 在一些實施例中，該ABP係在無細胞系統中產生。在一些態樣中，該無細胞系統為如Yin等人，mAb s ，2012，4:217-225中所述之體外轉錄及轉譯系統，其以全文引用的方式併入本文中。在一些態樣中，該無細胞系統使用來自真核細胞或來自原核細胞之無細胞萃取物。在一些態樣中，該原核細胞為大腸桿菌。ABP之無細胞表現可能有用，例如，在ABP呈不溶性聚集物累積於細胞中之情況下，或在胞外質表現之產量低之情況下。 若ABP係分泌至培養基中，此等表現系統之上清液通常先利用市售蛋白濃縮過濾器(例如Amicon® 或Millipore® Pellcon® 超過濾裝置)濃縮。任何上述步驟中可包括蛋白酶抑制劑(諸如PMSF)以抑制蛋白水解，及可包括抗生素以防止外來污染物之生長。 從細胞所製備之ABP組合物可利用例如羥基磷灰石層析、凝膠電泳、透析及親和力層析純化，其中親和力層析係特別有用的純化技術。蛋白質A作為親和力配體之適合性取決於物種及存在於ABP中任何免疫球蛋白Fc域之同型物。可使用蛋白質A以純化包含人類γ1、γ2或γ4重鏈之ABPs (Lindmark等人，J. Immunol. Meth. ，1983，62:1-13，以其全文引用的方式併入本文中)。蛋白質G可用於所有小鼠同型物及人類γ3 (Guss等人，EMBO J. ，1986，5:1567-1575，以其全文引用的方式併入本文中)。 親和配體所附接之基質最常者是瓊脂糖，但其他基質亦可使用。機械穩定基質(諸如可控孔玻璃或聚(聚乙烯二乙烯)苯)可以承受比瓊脂糖所能達到之更快流速且更短處理時間。若ABP包含CH3 域，則BakerBond ABX®樹脂可用於純化。 用於蛋白質純化之其他技術，諸如在離子交換柱上進行分餾、乙醇沉澱、逆相HPLC、在二氧化矽上進行層析、在肝素Sepharose®上進行層析、聚焦層析、SDS-PAGE及硫酸銨沉澱也是可用的，及可由熟習此項技術者施用。 在任何初級純化步驟後，將包含所述ABP及污染物之混合物經受低pH疏水作用層析，利用pH在約2.5至約4.5之間之洗脫緩衝劑，通常在低鹽濃度下進行(例如，約0至約0.25M鹽)。3. 分析法 可使用相關技術中已知的多種分析法以識別及表徵本文中提供的NRP-1 ABP。3.1. 結合 、競爭及抗原決定基測圖分析 可藉由任何適宜的方法，包括使用SPR、BLI、RIA、KinExA、流式細胞測量法及MSD-SET，評估本文中提供的ABP之特異性抗原結合活性。此外，可藉由ELISA分析法及西方墨點分析法來評估抗原結合活性。 用於測定兩種ABP間或ABP與另一分子(例如，NRP-1之一或多個配體)間之競爭之分析法述於本發明其他地方及例如述於Harlow及Lane，Antibodies: A Laboratory Manual ch. 14，1988，Cold Spring Harbor Laboratory，Cold Spring Harbor，N.Y中，該案以其全文引用的方式併入本文中。 用於對本文中提供的ABP所結合的抗原決定基基因定位(mapping)之分析法述於例如Morris 「Epitope Mapping Protocols」，Methods in Molecular Biology 第66卷，1996，Humana Press，Totowa，N.J.中，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，該抗原決定基係藉由肽競爭確定。在一些實施例中，該抗原決定基係藉由質譜分析確定。在一些實施例中，該抗原決定基係藉由結晶學技術確定。3.2. NRP-1 拮抗作用分析 在一些實施例中，本文中提供的ABP係經選擇以識別或表徵對NRP-1具有拮抗活性之ABP。任何適宜之分析法可用於識別或表徵該等ABP。在一些態樣中，該分析可測定在使效應T細胞與本文中提供的ABP接觸後由效應T細胞分泌之細胞介素的量。在一些態樣中，該細胞介素係選自IL-2、IL-6、LT-α、TNF、GM-CSF、IFNγ及其組合。在一些態樣中，該細胞介素係選自sCD40L、VEGF、TGF-α、RANTES、PDGF-AB/BB、PDGF-AA、MIP-1β、MIP-1α、MDC(CCL22)、MCP-3、MCP-1、IP-10、IL-17A、IL-2Rα、IL-15、IL-13、IL-12(p70)、IL-12(p40)、IL-10、IL-9、IL-8、IL-7、IL-5、IL-4、IL-3、IL-2、IL-2Rα、IL-1RA、IL-1β、IL-1α、IFNγ、IFNα2、GRO、GM-CSF、G-CSF、分形趨化因子、Flt-3配體、FGF-2、嗜酸性粒細胞趨化因子、EGF及其組合。 在一些實施例中，該等效應細胞與CD3之促效劑共同刺激，促使效應細胞分泌細胞介素。在一些態樣中，該CD3促效劑以次最大水平提供。 在一些態樣中，該等分析法可測定在使效應T細胞與本文中提供的ABP接觸後效應T細胞之增殖。在一些態樣中，效應T細胞之增殖係藉由稀釋染料(例如，羧基螢光素琥珀醯亚胺酯；CFSE)、藉由氚化胸腺嘧啶吸收、藉由發光細胞活力分析法或藉由相關技術中已知的其他分析法測定。 在一些態樣中，該等分析法可測定在使調節性T細胞與本文中提供的ABP接觸後調節性T細胞之分化、細胞介素之產生、活力(例如，存活期)、增殖或抑制活性。 在一些態樣中，該等分析法可測定在使NK細胞與本文中提供的ABP接觸後NK細胞之細胞毒性活性。在一些態樣中，使用定量靶細胞(例如，K562細胞系)之NK-介導之殺死的細胞毒性分析法測定NK細胞之細胞毒性活性。參見Jang等人，Ann. Clin. Lab. Sci. ，2012，42:42-49，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些態樣中，該等分析法可測定顆粒酶B之量。在一些態樣中，該等分析法可測定穿孔蛋白之量。3.3. 效應子功能之分析 可使用相關技術中已知的多種體外及體內分析法評估在本文中提供的ABP之治療後之效應子功能，該等分析法包括彼等述於Ravetch及Kinet，Annu.Rev. Immunol. ，1991，9:457-492；美國專利第5,500,362號、第5,821,337號；Hellstrom等人，Proc. Nat’l Acad. Sci. USA ，1986，83:7059-7063；Hellstrom等人，Proc. Nat’l Acad. Sci. USA ，1985，82:1499-1502；Bruggemann等人，J. Exp. Med. ，1987，166:1351-1361；Clynes等人，Proc. Nat’l Acad. Sci. USA ，1998，95:652-656；WO 2006/029879；WO 2005/100402；Gazzano-Santoro等人，J. Immunol. Methods ，1996，202:163-171；Cragg等人，Blood ，2003，101:1045-1052；Cragg等人，Blood ，2004，103:2738-2743；及Petkova等人，Int’l. Immunol. ，2006，18:1759-1769中者；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。4. 醫藥組合物 本文中提供的ABP可經調配成任何適宜之醫藥組合物及藉由任何適宜的投藥途徑投與。適宜之投藥途徑包括(但不限於)動脈內、皮內、肌肉內、腹膜內、靜脈內、鼻、非經腸、肺及皮下途徑。 在另一個態樣中提供包含本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段及醫藥上可接受之賦形劑之醫藥組合物。 在另一個態樣中提供包含複數種本文中提供的抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之醫藥組合物。例如，該醫藥組合物包含未經歷轉譯後修飾之抗體或其抗原結合片段及自抗體或其抗原結合片段之轉譯後修飾衍生得的抗體或其抗原結合片段。 在一個實施例中，該醫藥組合物包含至少兩種選自(1)至(4)之抗-人類NRP-1抗體：(1)包含由SEQ ID NO:118組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體、(2)包含由SEQ ID NO:118組成之其中的胺基酸編號1之E係經修飾成焦麩胺酸之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體、(3)包含由SEQ ID NO:118之胺基酸編號1至453之胺基酸序列之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體；及(4)包含由SEQ ID NO:118之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之其中的胺基酸編號1中之E係經修飾成焦麩胺酸之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體。 在一個實施例中，該醫藥組合物包含包含由SEQ ID NO:118組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體、包含由SEQ ID NO:118之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO:126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體、及醫藥上可接受之賦形劑。 該醫藥組合物可包含一或多種醫藥賦形劑。可使用任何適宜的醫藥賦形劑，及熟習此項技術者能夠選擇適宜的醫藥賦形劑。因此，下文提供的醫藥組合物意欲為示例性而非限制性。其他醫藥賦形劑包括(例如)彼等述於Handbook of Pharmaceutical Excipients ，Rowe等人(編)第6版(2009)中者，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含消泡劑。可使用任何適宜的消泡劑。在一些態樣中，該消泡劑係選自醇、醚、油、蠟、聚矽氧、表面活性劑及其組合。在一些態樣中，該消泡劑係選自礦物油、植物油、伸乙基雙硬脂醯按、石蠟、酯蠟、脂肪醇蠟、長鏈脂肪醇、脂肪酸皂、脂肪酸酯、矽二醇、氟聚矽氧、聚乙二醇-聚丙二醇共聚物、聚二甲基矽氧烷-二氧化矽、醚、辛醇、辛醇、山梨糖醇三油酸酯、乙醇、2-乙基-己醇、二甲聚矽氧烷、油醇、聚甲矽康(simethicone)及其組合。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含共溶劑。共溶劑之示例性實例包括乙醇、聚(乙二醇)、丁二醇、二甲基乙醯胺、甘油、丙二醇及其組合。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含緩衝劑。緩衝劑之示例性實例包括乙酸鹽、硼酸鹽、碳酸鹽、乳酸鹽、蘋果酸鹽、磷酸鹽、檸檬酸鹽、氫氧化物、二乙醇胺、單乙醇胺、甘胺酸、甲硫胺酸、瓜爾膠、麩胺酸單鈉及其組合。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含載劑或填充劑。載劑或填充劑之示例性實例包括乳糖、麥芽糊精、甘露醇、山梨糖醇、甲殼素、硬脂酸、黃原膠、瓜爾膠及其組合。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含表面活性劑。表面活性劑之示例性實例包括d-α生育酚、氯化苄二甲烴銨、氯化苄乙氧銨(benzethonium chloride)、溴化十六烷基三甲銨、氯化十六烷基吡啶鎓、多庫酯鈉、山崳酸甘油酯(glyceryl behenate)、單油酸甘油酯、月桂酸、聚乙二醇15羥基硬脂酸酯(macrogol 15 hydroxystearate)、肉豆蔻醇、磷脂、聚氧乙烯烷基醚、聚氧伸乙基山梨糖醇酐脂肪酸酯、聚氧乙烯硬脂酸酯、聚氧甘油酯、月桂基硫酸鈉、山梨糖醇酐酯、維生素E聚乙(二醇)琥珀酸酯及其組合。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含防結塊劑。防結塊劑之示例性實例包括磷酸鈣(三元)、羥甲基纖維素、羥丙基纖維素、氧化鎂及其組合。 可用於醫藥組合物之其他賦形劑包括(例如)白蛋白、抗氧化劑、抗細菌劑、抗真菌劑、生物可吸收聚合物、螯合劑、控制釋放劑、稀釋劑、分散劑、增溶劑、乳化劑、膠凝劑、軟膏基質、滲透促進劑、防腐劑、助溶劑、溶劑、穩定劑、糖及其組合。該等試劑各者之特定實例述於例如Handbook of Pharmaceutical Excipients ，Rowe等人(編)第6版(2009)，The Pharmaceutical Press，該案以其全文引用的方式併入本文中。 在一些實施例中，該醫藥組合物包含溶劑。在一些態樣中，該溶劑為鹽水溶液，諸如無菌等滲鹽水溶液或葡萄糖溶液。在一些態樣中，該溶劑為注射用水。 在一些實施例中，該等醫藥組合物係呈顆粒形式，諸如微粒或奈米粒子。微粒及奈米粒子可自任何適宜材料，諸如聚合物或脂質形成。在一些態樣中，該等微粒或奈米粒子為膠束、脂質體或聚合物囊泡。 本文中進一步提供包含ABP之無水醫藥組合物及劑型，因為水可促進部分ABP降解。 可使用無水或低水分含量成分及低水分或低濕度條件來製備本文中提供的無水醫藥組合物及劑型。若預期在製造、包裝及/或儲藏期間會與水分及/或濕度實質性接觸，包含乳糖及至少一種活性成分(包括一級胺或二級胺)之醫藥組合物及劑型可為無水。 應以保持無水性質的方式來製備及儲存無水醫藥組合物。因此，可使用已知用於防止曝露至水的材料封裝無水組合物以使其可包括在適宜處方套組中。適宜包裝之實例包括(但不限於)氣密密封箔、塑膠、單位劑量容器(例如小瓶)、泡殼包裝及條帶封裝。4.1. 非經腸劑型 在某些實施例中，本文中提供的ABP係經調配呈非經腸劑型。非經腸劑型可藉由各種途徑(包括(但不限於)皮下、靜脈內(包括輸注及快速注射)、肌肉內及動脈內)投與個體。因為其投與通常會避開個體的自然抗污染物防禦，故非經腸劑型通常係無菌或可在投與個體之前滅菌。非經腸劑型之實例包括(但不限於)易注射溶液、易溶解或懸浮於醫藥上可接受之注射用媒劑中之無水(例如，凍乾)產品、易注射懸浮液及乳液。 熟習此項技術者熟知可用於提供非經腸劑型之適宜媒劑。實例包括(但不限於)：注射用水USP；水性媒劑，諸如(例如但不限於)氯化鈉注射液、林格氏注射液(Ringer’s Injection)、葡萄糖注射液、葡萄糖及氯化鈉注射液及乳酸化林格氏注射液；水可混溶媒劑，諸如(但不限於)乙醇、聚乙二醇及聚丙二醇；及非水媒劑，諸如(但不限於)玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、油酸乙酯、肉豆蔻酸異丙酯及苯甲酸苄酯。 亦可將增加本文中揭示的ABP中一或多者之溶解度之賦形劑併入至非經腸劑型中。 在一些實施例中，該非經腸劑型係經凍乾。示例性凍乾調配物述於例如美國專利第6,267,958號及第6,171,586號；及WO 2006/044908中；該等案各以其全文引用的方式併入本文中。5. 劑量及單位劑型 在人類治療學中，醫師將根據預防性或治癒性治療及根據年齡、體重、病症或對待治療個體具特異性之其他因素確定認為最為適宜的劑量。 在某些實施例中，本文中提供的組合物為醫藥組合物或單一單位劑型。本文中提供的醫藥組合物及單一單位劑型包含預防上或治療上有效量之一或多種預防性或治療性ABP。 ABP或組合物之將可有效預防或治療病症或其一或多種症狀之量將根據疾病或病症之性質及嚴重度及投與ABP之途徑改變。頻率及劑量亦將根據對每一個體具特異性之因素改變，取決於所投與的特定療法(例如，治療性或預防性藥劑)、病症、疾病或病症之嚴重度、投藥途徑以及個體的年齡、體重、反應及既往病史而定。可自源於活體外或動物模型試驗系統之劑量-反應曲線外推出有效劑量。 在某些實施例中，組合物之示例性劑量包括每公斤體重或樣品重量的ABP毫克或微克數(例如，約10微克/公斤至約50毫克/公斤，約100微克/公斤至約25毫克/公斤或約100微克/公斤至約10毫克/公斤)。在某些實施例中，以ABP的重量計，本文中提供的ABP經投與以預防、治療、管理或改善個體之病症或其一或多種症狀之劑量為0.1 mg/kg個體體重、1 mg/kg個體體重、2 mg/kg個體體重、3 mg/kg個體體重、4 mg/kg個體體重、5 mg/kg個體體重、6 mg/kg個體體重、10 mg/kg個體體重、15 mg/kg個體體重、20 mg/kg個體體重、25 mg/kg個體體重、30 mg/kg個體體重、40 mg/kg個體體重或更大。在一些情況中，熟習此項技術者當明瞭，可能需要使用超出本文中所揭示範圍之ABP劑量。此外，應注意醫師或治療醫生知曉結合個體反應如何及何時中斷、調整或終止療法。 熟習此項技術者將輕易知曉，不同的治療上有效量可應用於不同疾病及病症。類似地，本文中提供的給藥量及給藥頻率時間表亦包括足以預防、管理、治療或改善該等病症，但不足以引起、或足以減少與本文中提供的ABP相關聯之不良事件之量。另外，當對個體投與多劑量之本文中提供的組合物時，並非所有劑量需要相同。例如，可增加投與個體之劑量以改良組合物之預防或治療效果或可減少劑量以減小特定個體經歷之一或多種副作用。 在某些實施例中，治療或預防可藉由一或多種負荷劑量之本文中提供的ABP或組合物開始，接著係一或多種維持劑量。 在某些實施例中，可投與本文中提供的ABP或組合物之劑量以達成個體血液或血清中穩態濃度之ABP。該穩態濃度可藉由根據熟習此項技術者可用的技術之測量或可基於個體的物理特徵(諸如身高、體重及年齡)來確定。 在某些實施例中，可重複相同組合物之投與及該等投與可間隔至少1天、2天、3天、5天、10天、15天、30天、45天、2個月、75天、3個月或6個月。在其他實施例中，可重複相同組合物之投與及該組合物可每週一次、每兩週一次、每三週一次或每四週一次投與。在某些實施例中，投與患者之第一劑量可為「負載劑量」。負載劑量可為高於隨後劑量之劑量。 如本發明其他地方的更詳細的描述，本文中提供的ABP可視需要與用於預防或治療疾病或病症之一或多種其他藥劑一起投與。該等其他藥劑之有效量可取決於調配物中所存在的ABP之量、病症或治療之類型、及相關技術中已知或本文中所述的其他因素。6. 治療應用 就治療應用而言，將本發明ABP係呈醫藥上可接受之劑型(諸如彼等在相關技術中已知者及彼等於上文所述者)投與給哺乳動物(一般而言係人類)。例如，可將本發明ABP經靜脈內作為大丸劑或藉由歷時一段時間連續輸液、藉由肌肉內、腹膜內、腦脊髓內、皮下、關節內、滑膜內、鞘內或瘤內途徑投與人類。該等ABP亦適宜藉由瘤周、病灶內、或病灶周途徑投與以產生局部及全身治療效應。該腹膜內途徑可尤其用於例如卵巢腫瘤之治療。 本文中提供的ABP可用於治療與NRP-1有關的任何疾病或病症。在一些實施例中，該疾病或病症為可自抗-NRP-1 ABP之治療獲益之疾病或病症。在一些實施例中，該疾病或病症為腫瘤。在一些實施例中，該疾病或病症為細胞增生疾病。在一些實施例中，該疾病或病症為癌症。 在一些實施例中，提供本文中提供的ABP以用作藥物。在一些實施例中，提供本文中提供的ABP以用於製造或製備藥物。在一些實施例中，該藥物係用於治療可自抗-NRP-1 ABP獲益之疾病或病症。在一些實施例中，該疾病或病症為腫瘤。在一些實施例中，該疾病或病症為細胞增生疾病。在一些實施例中，該疾病或病症為癌症。在一些實施例中，該疾病或病症為病毒感染。 在一些實施例中，本文中提供一種治療藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來治療該個體之疾病或病症之方法。在一些態樣中，該疾病或病症為癌症。在一些態樣中，該疾病或病症為病毒感染。 可用本文中提供的ABP治療任何適宜癌症。示例性適宜癌症包括(例如)急性淋巴母細胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、腎上腺皮質癌、肛門癌、闌尾癌、星形細胞瘤、基底細胞癌、腦瘤、膽管癌、膀胱癌、骨癌、乳癌、支氣管癌、原發部位未知之癌、心臟腫瘤、子宮頸癌、脊索瘤、結腸癌、結腸直腸癌、顱咽管瘤、乳腺管癌、胚胎癌、子宮內膜癌、室管膜瘤、食道癌、嗅神經母細胞瘤、纖維組織細胞瘤、尤因氏肉瘤(Ewing sarcoma)、眼睛癌、生殖細胞瘤、膽囊癌、胃癌、胃腸道類癌腫瘤、胃腸道間質瘤、妊娠期滋養層疾病、膠質瘤、頭部及頸部癌症、肝細胞癌、組織細胞增生、霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、下咽癌、眼內黑色素瘤、胰島細胞癌、卡波西肉瘤(Kaposi sarcoma)、腎癌、蘭格罕細胞組織細胞增生(Langerhans cell histiocytosis)、喉癌、唇及口腔癌、肝癌、原位小葉癌、肺癌、巨球蛋白血症、惡性纖維組織細胞瘤、黑色素瘤、默克細胞癌(Merkel cell carcinoma)、間皮瘤、潛伏的原發轉移性鱗狀細胞頸部癌、與NUT基因有關之中線癌、口腔癌、多發性內分泌腫瘤症候群、多發性骨髓瘤、蕈樣黴菌病、脊髓發育不良症候群、脊髓發育不良/骨髓增生腫瘤、鼻腔及副鼻竇癌、鼻咽癌、神經母細胞瘤、非小細胞肺癌、口咽癌、骨肉瘤、卵巢癌、胰癌、乳頭狀瘤病、副神經節瘤、副甲狀腺癌、陰莖癌、咽癌、嗜鉻細胞瘤、垂體瘤、胸膜肺母細胞瘤、原發性中樞神經系統淋巴瘤、前列腺癌、直腸癌、腎細胞癌、腎盂及輸尿管癌、視網膜母細胞瘤、橫紋樣瘤、唾液腺癌、賽扎來症候群(Sezary syndrome)、皮膚癌、小細胞肺癌、小腸癌、軟組織肉瘤、脊髓瘤、胃癌、T-細胞淋巴瘤、畸胎瘤、睪丸癌、喉癌、胸腺瘤及胸腺癌、甲狀腺癌、尿道癌、子宮癌、陰道癌、外陰癌及威爾姆腫瘤(Wilms tumor)。 在一些實施例中，本文中提供藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來拮抗該個體之靶細胞中之NRP-1之方法。在一些態樣中，本文中提供的ABP對NRP-1之拮抗作用導致靶細胞分泌增多的IL-2、LT-α、IL-6、TNF、GM-CSF、IFNγ或其組合。 在一些實施例中，本文中提供藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來增加該個體之效應T細胞之增殖、存活及/或功能之方法。在一些態樣中，該效應T細胞為CD4+效應T細胞。在一些態樣中，該效應T細胞為CD8+效應T細胞。 在一些實施例中，本文中提供藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來廢除該個體中調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用之方法。在一些態樣中，該調節性T細胞為CD4+CD25+Foxp3+調節性T細胞。在一些態樣中，該調節性T細胞為CD8+CD25+調節性T細胞。 在一些實施例中，本文中提供藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來增加該個體中自然殺手(NK)細胞、自然殺手T (NKT)細胞、巨噬細胞或樹突細胞(例如，漿細胞樣樹突細胞)之活性之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種治療罹患癌症但未伴隨血小板減少之個體之方法。在一些態樣中，該方法不會導致個體中大量之血小板減少症。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來增強該個體之免疫反應之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來延遲該個體中腫瘤發作之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來預防該個體中腫瘤發作之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來延遲該個體中癌症發作之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來預防該個體中癌症發作之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來減小該個體中腫瘤尺寸之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來減少該個體中轉移數量之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來減低該個體中病毒效價之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由向有此需要的個體投與有效量之本文中提供的ABP來延長該個體之總存活期、中值存活時間或無疾病進展存活期之方法。 在一些實施例中，本文中提供一種藉由已變得對標準照護治療劑具耐藥性的個體投與有效量之本文中提供的ABP來治療該個體之方法。在一些實施例中，個體已變得具耐藥性之該標準照護治療劑為PD-1抑制劑。在其他實施例中，個體已變得具耐藥性之該標準照護治療劑為PD-L1抑制劑。在其他實施例中，個體已變得具耐藥性之該標準照護治療劑為CTLA-4抑制劑。7. 組合療法 在一些實施例中，本文中提供的ABP係與至少一種其他治療劑一起投與。任何適宜之其他治療劑可與本文中提供的ABP一起投與。在一些態樣中，該其他治療劑係選自放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗-激素劑、EGFR抑制劑、免疫刺激劑、抗-血管生成劑及其組合。 在一些實施例中，該其他治療劑包含免疫刺激劑。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為阻斷免疫細胞之抑制受體或其配體之信號傳導之藥劑。在一些態樣中，該抑制受體或配體係選自PVRIG、VISTA、CCR4、CD27、CTLA-4、PD-1、PD-L1、LAG-3、Tim3、TIGIT、神經突起因子(neuritin)、BTLA、KIR及其組合。在一些態樣中，該藥劑係選自抗-PD-1抗體(例如，帕姆單抗(pembrolizumab)或納武單抗(nivolumab))及抗-PD-L1抗體(例如，阿特珠單抗(atezolizumab))、抗-CTLA-4抗體(例如，易普利單抗(ipilimumab))及其組合。在一些態樣中，該藥劑為帕姆單抗。在一些態樣中，該藥劑為納武單抗。在一些態樣中，該藥劑為阿特珠單抗。 在一些實施例中，該其他治療劑為抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑。在一些態樣中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之其他治療劑係選自抗體、模擬肽及小分子。在一些態樣中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之其他治療劑係選自帕姆單抗、納武單抗、阿特珠單抗、阿維單抗(avelumab)、度伐魯單抗(durvalumab)、BMS-936559、磺胺間甲氧嘧啶1及磺胺甲噻唑2。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之其他治療劑為相關技術中已知具有該活性之任何治療劑，例如，如Weinmann等人，Chem Med Chem ，2016，14:1576 (DOI: 10.1002/cmdc.201500566)中所述，該案以其全文引用的方式併入本文中。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑係經調配成與本文中提供的ABP相同之醫藥組合物。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑係經調配成不同於本文中提供的ABP之醫藥組合物。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑係在投與本文中提供的ABP之前投與。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑係在投與本文中提供的ABP之後投與。在一些實施例中，該抑制PD-1與PD-L1間之相互作用之藥劑係與本文中提供的ABP同時投與，但該藥劑及ABP係呈不同醫藥組合物投與。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為當單獨地且在其推薦劑量下投與時導致個體中一定量之血小板減少症之藥劑。在一些態樣中，該藥劑可組合本文中提供的ABP以減小之劑量投與。該組合療法可安全投與而不會導致大量血小板惡化或血小板減少症。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為免疫細胞之共刺激受體之促效劑。在一些態樣中，該共刺激受體係選自OX40、ICOS、CD28、CD37、GITR、CD40及4-1BB及其組合。在一些實施例中，該促效劑為抗體。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為細胞介素。在一些態樣中，該細胞介素係選自IL-2、IL-5、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21及其組合。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為溶瘤病毒。在一些態樣中，該溶瘤病毒係選自單純疱疹病毒、水泡性口炎病毒、腺病毒、新城雞瘟病毒(Newcastle disease virus)、牛痘病毒、馬拉巴病毒(maraba virus)及其組合之溶瘤病毒。 在一些實施例中，該免疫刺激劑為具有嵌合抗原受體之T細胞(CAR-T細胞)。在一些實施例中，該免疫刺激劑為雙-或多-特異性T細胞-導向抗體。在一些實施例中，該免疫刺激劑為抗-TGF-β抗體。在一些實施例中，該免疫刺激劑為TGF-β阱(TGF-β trap)。 在一些實施例中，該其他治療劑為針對腫瘤抗原之疫苗。任何適宜抗原可由疫苗靶向，但限制條件為其存在於經本文中提供的方法治療之腫瘤中。在一些態樣中，該腫瘤抗原為相較於其在正常組織中之表現水平過度表現之腫瘤抗原。在一些態樣中，該腫瘤抗原係選自腫瘤睪丸抗原、分化抗原、NY-ESO-1、MAGE-A1、MART及其組合。 其他治療劑之其他實例包括紫杉烷(例如，太平洋紫杉醇(paclitaxel)或多烯紫杉醇(docetaxel))；鉑劑(例如，卡鉑、奧沙利鉑(oxaliplatin)及/或順鉑)；拓樸異構酶抑制劑(例如，依立替康(irinotecan)、拓樸替康(topotecan)、依託泊苷(etoposide)及/或mitoxantrone)；亞葉酸(例如，甲醯四氫葉酸)；或核苷代謝抑制劑(例如，氟尿嘧啶、卡培他濱(capecitabine)及/或吉西他濱(gemcitabine))。在一些實施例中，該其他治療劑為亞葉酸、5-氟尿嘧啶及/或奧沙利鉑。在一些實施例中，該其他治療劑為5-氟尿嘧啶及伊立諾替康。在一些實施例中，該其他治療劑為紫杉烷及鉑劑。在一些實施例中，該其他治療劑為太平洋紫杉醇及卡鉑。在一些實施例中，該其他治療劑為培美曲塞(pemetrexate)。在一些實施例中，該其他治療劑為靶治療劑，諸如EGFR、RAF或MEK-靶向藥劑。 該其他治療劑可藉由任何適宜方法投與。在一些實施例中，本文中提供的ABP及該其他治療劑係包含於相同醫藥組合物中。在一些實施例中，本文中提供的ABP及該其他治療劑係包含於不同醫藥組合物中。 在本文中提供的ABP及該其他治療劑係包含於不同醫藥組合物中之實施例中，ABP之投與可在投與該其他治療劑之前、與其同時及/或之後進行。在一些態樣中，本文中提供的ABP及該其他治療劑之投與分別在約一個月內進行。在一些態樣中，本文中提供的ABP及該其他治療劑之投與分別在約一週內進行。在一些態樣中，本文中提供的ABP及該其他治療劑之投與分別在約一天內進行。在一些態樣中，本文中提供的ABP及該其他治療劑之投與分別在約十二小時內進行。在一些態樣中，本文中提供的ABP及該其他治療劑之投與分別在約一小時內進行。8. 套組 亦提供包括本文中提供的ABP之套組。該等套組可用於治療、預防及/或診斷如本文中所述之疾病或病症。 在一些實施例中，該套組包括容器及在該容器上或與該容器相關之標籤或包裝插頁。適宜之容器包括(例如)瓶、小瓶、注射器及IV溶液袋。該等容器可由各種材料形成，諸如玻璃或塑料。該容器裝納單獨或當與另一組合物組合時可有效治療、預防及/或診斷疾病或病症之組合物。該容器可具有無菌入孔。例如，若該容器為靜脈內注射溶液袋或小瓶，則其可具有可以針刺穿之孔。該組合物中之至少一種活性劑為本文中提供的ABP。標籤或包裝插頁指示該組合物係用於治療所選病症。 在一些實施例中，該套組包括(a)其中裝納第一組合物之第一容器，其中該第一組合物包含本文中提供的ABP；及(b)其中裝納第二組合物之第二容器，其中該第二組合物包含其他治療劑。本發明該實施例中之套組可進一步包括指示該等組合物可用於治療特定病症之包裝插頁。 或者或另外，該套組可進一步包括包含醫藥上可接受之賦形劑之第二(或第三)容器。在一些態樣中，該賦形劑為緩衝劑。該套組可進一步包括從商業及使用者角度合宜的其他材料，包括過濾器、針及注射器。實例 以下為本發明之方法及組合物的實例。應理解，依據本文中提供的綜述，可進行各種其他的實施例。實例 1. 抗體選擇 材料及方法 使用來自Pierce之EZ-Link Sulfo-NHS-生物素化套組將抗原生物素化。山羊F(ab’)2 抗-人類κ-FITC (LC-FITC)、ExtrAvidin-PE (EA-PE)及鏈黴抗生物素-AF633 (Streptavidin-AF633) (SA-633)分別係自Southern Biotech、Sigma及Molecular Probes獲得。鏈黴抗生物素微珠及MACS LC分離柱係購自Miltenyi Biotec。山羊抗-人類IgG-PE (人類-PE)係自Southern Biotech得到。初始探索 如先前所述繁殖八個各具~109 多樣性之初始人類合成酵母庫(參見，例如，Y. Xu等人，Addressing polyspecificity of antibodies selected from an in vitro yeast presentation system: a FACS-based, high-throughput selection and analytical tool.PEDS 26.10 ，663-70 (2013)；WO2009036379；WO2010105256；及WO2012009568)。就前兩輪選擇而言，如先前所述，進行使用Miltenyi MACS系統之磁珠分選技術(參見例如Siegel等人，High efficiency recovery and epitope-specific sorting of an scFv yeast display library.J Immunol Methods 286(1-2) ，141-153 (2004))。簡言之，酵母細胞(~1010 個細胞/庫)與5 ml 100 nM生物素化抗原在30℃下於洗滌緩衝液(磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)/0.1%牛血清白蛋白(BSA))中培養30分鐘。在用40 ml冰冷洗滌緩衝液洗滌一次後，將細胞小球懸浮於20 mL洗滌緩衝液中，及添加鏈黴抗生物素微珠(500 μl)至酵母並在4℃下培養15分鐘。接下來，使酵母成團，再懸浮於20 mL洗滌緩衝液中，且加載至Miltenyi LS柱上。在加載20 mL後，用3 ml洗滌緩衝液洗滌該管柱3次。然後，從磁場移走該管柱，及用5 mL生長培養基洗脫該酵母及然後生長過夜。使用流式細胞儀進行後面幾輪的選擇。使約2×107 個酵母成團，用洗滌緩衝液洗滌三次，且在30℃下用在平衡條件下之漸減濃度之生物素化抗原(100至1 nM)、便於獲得物種交叉反應性之100 nM不同物種生物素化抗原或用可自選擇中移除非特異性抗體之多特異性耗盡型試劑(PSR)培養。就PSR耗盡而言，如先前所述，該等庫與1:10稀釋之生物素化PSR試劑進行培養(參見，例如，Y. Xu等人，Addressing polyspecificity of antibodies selected from an in vitro yeast presentation system: a FACS-based, high-throughput selection and analytical tool.PEDS 26.10 ，663-70 (2013))。然後，用洗滌緩衝液洗滌酵母兩次，及在4℃下用LC-FITC (經1:100稀釋)及SA-633(經1:500稀釋)或EAPE(經1:50稀釋)二級試劑中任一者染色15分鐘。在用洗滌緩衝液洗滌兩次後，將細胞小球再懸浮於0.3 mL洗滌緩衝液中且轉移至粗濾器加蓋之分選管。使用FACS ARIA分選器(BD Biosciences)進行分選及確定分選閘以選擇具有所需特徵之抗體。重複多輪選擇直到得到具有所有所需特徵之種群。在最後一輪分選之後，對酵母接種且挑選個別菌落進行表徵。抗體最佳化 藉由如下文所述之輕鏈多樣化方案，及然後藉由引入多樣性至重鏈及輕鏈可變區中，進行抗體之最佳化。各抗體使用該等方法中幾種方法之組合。 輕鏈分批多樣化方案：藉由打碎並抓取從酵母萃取來自初始選擇輸出之重鏈質體，在大腸桿菌中繁殖及於隨後自大腸桿菌純化，且轉化為具有5 x 106 之多樣性之輕鏈庫。用一輪MACS及四輪FACS，使用與初始探索相同之條件，進行選擇。 CDRH1及CDRH2選擇：將單一抗體之CDRH3重組形成1 x 108 多樣性之具有CDRH1及CDRH2變異體之預製庫及依初始探索中所述用一輪MACS及四輪FACS進行選擇。就每一輪FACS而言，基於PSR結合、物種交叉反應性及親和力壓力之目的查找該等庫，及進行分選以得到具有所需特徵之種群。 VH 突變體選擇：藉由易錯PCR誘變重鏈可變區(VH )。然後，藉由轉形該經突變之VH 及重鏈表現載體進入已經包含親本之輕鏈質體之酵母來建立庫。類似於前面循環使用FACS分選兩輪進行選擇。就每一輪FACS而言，基於PSR結合、物種交叉反應性及親和力壓力之目的查找該等庫，及進行分選以得到具有所需特徵之種群。抗體之產生及純化 使酵母純系生長至飽和及然後在30℃下振盪誘導48小時。在誘導後，使酵母細胞成團及收集上清液以進行純化。使用蛋白質A管柱純化IgG及用乙酸pH 2.0洗脫。藉由木瓜酶消化產生Fab片段及於KappaSelect® (GE Healthcare LifeSciences)上純化。ForteBio KD 測量 大致如先前所述在Octet RED384上進行ForteBio親和力測量 (參見，例如，Estep等人，High throughput solution-based measurement of antibody-antigen affinity and epitope binning.Mabs 5(2) ，270-278 (2013))。簡言之，藉由線上加載IgG至AHQ感測器上進行ForteBio親和力測量。離線在分析緩衝液中平衡感測器30分鐘及然後線上監測60秒以建立基線。將加載IgG之感測器暴露至100 nM抗原3分鐘，及此後將其轉移至分析緩衝液3分鐘以用於解離速率測量。就單價親和力評估而言，改用Fab替代IgG。就該評估而言，將未生物素化Fc融合抗原線上加載至AHQ感測器上。離線在分析緩衝液中平衡感測器30分鐘及然後線上監測60秒以建立基線。將加載抗原之感測器暴露至200 nM Fab 3分鐘，及此後將其轉移至分析緩衝液3分鐘以用於解離速率測量。使用1:1結合模型分析所有動力學。ForteBio 抗原決定基分區 / 配體阻斷 使用標準三明治型交叉阻斷分析進行抗原決定基分區/配體阻斷。將對照抗-靶IgG加載至AHQ感測器上及用不相干人類IgG1抗體阻斷感測器上之未佔用之Fc-結合位點。然後，將該等感測器暴露至100 nM靶抗原，接著將其暴露至第二抗-靶抗體或配體。在抗原締合後另與第二抗體或配體結合指示未佔用之抗原決定基(非競爭者)，而無結合指示抗原決定基阻斷(競爭者或配體阻斷)。尺寸排除層析 使用TSKgel® SuperSW mAb HTP柱(22855)在0.4 mL/min下以6 min/輪之循環時間進行哺乳動物產生之mAb之快速SEC分析。200 mM磷酸鈉及250 mM氯化鈉用作流動相。動態掃描螢光測定法 將10 µL 20x Sypro Orange添加至20 µL 0.2-1mg/mL mAb或Fab溶液。使用RT-PCR儀器(BioRad CFX96 RT PCR)使樣品板溫度以0.5℃的增量自40℃斜升至95℃，在每一個溫度平衡2分鐘。原始數據之一階倒數的負數係用於導出Tm。實例 2. 抗體表徵 ForteBio KD 測量： 利用生物膜層干涉測量法(BLI)，使用ForteBio®，測量抗體與重組單體人類、小鼠或食蟹獼猴NRP-1之定量結合。大致如Estep等人，Mabs ，2013，5:270-278中所述進行所選抗體之親和力測量，該案以其全文引用的方式併入本文中。藉由線上加載IgG (人類IgG1 N297A)至AHQ感測器上進行ForteBio親和力測量。離線在分析緩衝液中平衡感測器30分鐘及然後線上監測60秒以建立基線。將加載IgG之感測器暴露至單一濃度之抗原(100 nM) 3分鐘。此後，將其轉移至分析緩衝液3分鐘以用於解離速率測量。使用1:1結合模型分析動力學。抗體結合單一濃度之人類、食蟹獼猴及小鼠NRP-1之KD 測量之概述顯示於下表5中。 用八種抗體(人類IgG4 S228P)，使用多濃度動力學，進行其他KD 測量。使用Octet QKe儀器(ForteBio)測量對人類NRP-1-His、食蟹獼猴NRP-1-His及小鼠NRP-1-His之結合親和力。使用在單體NRP-1蛋白質之締合/解離前捕捉感測器上之抗體的策略來避免該分析中之結合性效應。在30℃下使用1X動力學緩衝液(ForteBio)作為分析緩衝液進行BLI分析。先將抗-人類IgG Fc捕捉(AHC)生物感測器(ForteBio)預浸在分析緩衝液超過5分鐘。將測試抗體(5 μg/mL)於該感測器上捕捉250秒。然後將該等感測器浸在分析緩衝液中60秒以在測量與每一NRP-1蛋白質之結合之前建立基線。然後，將該等感測器浸入不同濃度之人類NRP-1-His (93.3至0.7 nM，在分析緩衝液中之2-倍稀釋液)、食蟹獼猴NRP-1-His (93.3至1.5 nM，在分析緩衝液中之2-倍稀釋)或小鼠NRP-1-His (93.3至1.5 nM，在分析緩衝液中之2-倍稀釋) 250秒以測量締合。然後，藉由將該等感測器進入分析緩衝液600秒測量NRP-1之解離。所有步驟之攪拌係1000 rpm。利用8.2.0.7版Octet數據分析軟體，使用參考物減法(抗體與緩衝劑「結合」)、基於解離之步驟間之校正，1對1結合模型及整體擬合(未經感測器連接之Rmax)，得到動力學參數。KD 值顯示於表6中。MSD-SET KD 測量： 大致如先前所述進行所選抗體結合人類NRP-1之溶液平衡親和力測量。參見Estep等人，同前述，該案以其全文引用的方式併入本文中。簡言之，在抗原保持恆定為10-100 pM之PBS + 0.1% IgG-無BSA (PBSF)中進行溶液平衡滴定(SET)及與Fab或mAb以10 pM-10 nM開始之3-至5-倍連續稀釋液培養。將抗體(20 nM，含於PBS中)塗佈至標準結合MSD-ECL板在4℃下過夜或在室溫下30分鐘。然後，藉由BSA以700 rpm振盪阻斷該等板30分鐘，接著用洗滌緩衝液(PBSF + 0.05% Tween® 20)進行三次洗滌。應用SET樣品及以700 rpm振盪培養該等板150秒，接著進行一次洗滌。用250 ng/mL含在PBSF中之經磺基標籤標記之鏈黴抗生物素，藉由該等板上培養3分鐘，偵測捕捉於板上的抗原。用洗滌緩衝液洗滌該等板三次及然後使用1x讀取緩衝液T及表面活性劑在MSD部門成像儀2400儀器上讀數。游離抗原百分比在Prism中繪製成經滴定之抗體之函數關係圖且擬合至二次方程式以導出KD 。為改良處理量，在整個MSD-SET實驗(包括SET樣品製備)中使用液體處理機器人。表 5. 抗體結合親和力–單一濃度動力學
Figure 106145004-A0304-0005
 表 6. 抗體結合親和力–多濃度動力學
Figure 106145004-A0304-0006
 實例 3. 九種抗 -NRP-1 MAB 單獨及與 PD-1 或 PD-L1 抗體組合之抗腫瘤功效 使用免疫功能正常的小鼠評估九種最佳化抗體之抗-腫瘤功效。利用一組鼠類形式MAB 2、3、4、5、7、12、13、14及15以及作為比較器之IgG對照及SEC10 (SEQ ID NO 141-142)進行分析。該等抗體係經測試為包含廢除ADCC及CDC效應子功能之N297A突變之嵌合小鼠IgG2a抗體。使用在雌性BALB/c小鼠中生長之小鼠結腸CT26同基因腫瘤模型測量抗-腫瘤功效。在第1天經皮下植入3 x 105 個小鼠CT26細胞。根據體重將該等小鼠隨機分組及在腫瘤細胞植入的同一天以指示劑量經腹膜內投與抗體。作為單藥療法以500 μg/劑量或組合以200 μg/劑量使用的抗-PD-1免疫檢查點抑制劑投與抗-NRP-1抗體。圖1A顯示CT26模型中抗體之單藥療法效應，及圖1B顯示抗-NRP-1抗體與抗-PD-1組合之效應。沿水平軸的黑色箭頭指示抗體之治療天數。顯示每一治療組之每組10隻小鼠的平均腫瘤體積。 圖1C顯示來自圖1A及1B之數據子集，其在小鼠結腸CT26同基因腫瘤模型中比較mMAB12單獨情況與與抗-PD-1檢查點抗體組合情況。相較於經對照抗體治療之小鼠，在500 μg/動物下之mMAB12抑制腫瘤生長61.6% TGI (腫瘤生長抑制)。藉由學生t檢驗，該效應在統計學上顯著(p＜0.05)。以200 μg/動物投與之抗-PD-1檢查點抗體不如mMAB12有效(37.8% TGI，p＜0.05)。然而，相較於單藥療法治療，mMAB12與PD-1抗體之組合導致累加的抗-腫瘤功效(79.0% TGI，p＜0.001)。相較於PD-1及mMAB12，該組合之效應在統計學上顯著(兩種情況下，p＜0.05)。除了mMAB12組中的一隻非治療相關期滿小鼠外，在治療過程中獲得體重增加的所有經治療小鼠未顯示不良毒性。 在第二腫瘤模型，小鼠結腸MC38同基因模型中評估相同九種抗體。將5 x 105 個小鼠MC38細胞經皮下植入雌性C57Bl/6小鼠中。當腫瘤達到60 mm3 至90 mm3 之平均腫瘤體積時將該等小鼠隨機分成治療組，接著在第1天開始治療。作為單藥療法以500 μg/劑量或與以250 μg/劑量使用的抗-PD-L1免疫檢查點抑制劑組合投與抗-NRP-1抗體。該抗-PD-L1抗體以與PD-1抗體相同的免疫檢查點路徑發揮作用。圖2A顯示MC38模型中抗體之單藥療法效應，及圖2B顯示抗-NRP-1抗體與抗-PD-L1之組合之效應。沿水平軸之黑色箭頭指示治療天數。顯示每一治療組之每組10隻小鼠的平均腫瘤體積。 MC38同基因結腸小鼠腫瘤模型中mMAB12之抗-腫瘤功效顯示於圖2C中。相較於經對照抗體治療之小鼠，在500 μg/動物下之mMAB12抑制腫瘤生長77.3% TGI (p＜0.05)。該MC38模型對PD-1抗體阻斷極敏感。因此，使用在250 μg/動物下以與PD-1抗體相同的免疫檢查點路徑發揮作用之抗PD-L1抗體以證實潛在之組合效益。如所期，PD-L1單藥療法阻斷腫瘤生長77.5% TGI (p＜0.05)。然而，mMAB12與PD-L1抗體之組合不證實額外抗-腫瘤效益(76.2% TGI)。如同CT26模型，在治療過程中獲得體重增加的所有經治療小鼠未顯示不良毒性。四種抗體(MAB 2、5、12及13)係基於其在CT26及MC38研究中之功效選擇及於MC38模型中在相同條件(單獨及與抗-PD-L1組合)下進行再測試。該重複MC38研究中之發現結果證實上述關於功效及耐受性之發現結果。實例 4. NRP-1 配體之阻斷之評估 藉由阻斷ELISA測量定量配體阻斷研究，該等研究測量抗體阻斷重組人類SEMA3A及人類VEGFA結合至重組人類NRP-1之能力。為測量抗體阻斷SEMA3A/NRP-1相互作用之能力，將分析板塗佈有2.5 µg/mL之含在PBS中之人類SEMA3A，在4℃下過夜。生物素化人類NRP-1 (500 ng/mL，含在1% BSA/PBS中)與測試抗體(30-0.002 µg/mL，在1% BSA/PBS中之4-倍稀釋液)一起培養，然後添加至分析板，及然後使用HRP共軛鏈黴抗生物素(1:200，含在1% BSA/PBS中)以偵測經結合至SEMA3A之NRP-1。簡言之，為測量抗體阻斷VEGFA/NRP-1相互作用之能力，使分析板塗佈有2.5 µg/mL之含在PBS中之人類NRP-1，在4℃下過夜。測試抗體(30-0.002 µg/mL，4-倍稀釋液，含在1% BSA/PBS中)與VEGFA(125 ng/mL)一起培養，然後添加至分析板，添加生物素化抗-VEGFA抗體(0.2 µg/mL，含在1% BSA/PBS中)，及然後使用HRP共軛鏈黴抗生物素(1:200，含在1% BSA/PBS中)以偵測結合至NRP-1之VEGFA。阻斷SEMA3A/VEGFA結合之15個IgG1型測試抗體之IC50 值顯示於表7中。表 7. 利用IgG1型抗體之阻斷分析之IC50 值
Figure 106145004-A0304-0007
 將八種MAB轉化為IgG4 S228P型及重複該分析法。平均值之概述顯示於表8中。表 8. 利用IgG4型抗體之阻斷分析之平均值
Figure 106145004-A0304-0008
 *人源化定點突變實例 5. MAB12 相對 SEC10 之抗原決定基分區 (Binning) 利用生物膜層干涉測量法(BLI)，使用Octet® QKe儀器(ForteBio®)，測量MAB12及SEC10之抗原決定基分區。將5 µg/mL之MAB12或SEC10固定於抗-人類Fc AHC感測器上300秒。然後，將該等感測器浸在動力學緩衝液中以進行基線測定。接著，將該等感測器浸在200 µg/ml之人類IgG中400秒以使感測器上之所有IgG Fc結合位點飽和。在基線測定後，將該等感測器暴露至100 nM人類NRP-1-HIS 300秒以允許抗原結合。最後，將該等感測器轉移至包含20 µg/mL之MAB12或SEC10之孔持續300秒以分析抗體結合。若測試抗體顯示在最後步驟中明確結合，則其被視為非競爭者(不同抗原決定基區)，及若測試抗體不顯示明確結合，則其被認為係競爭者(相同抗原決定基區)。 結果顯示於圖3中。捕捉MAB12及然後結合NRP-1亦不會防止SEC10結合NRP-1 (頂圖)。同樣地，捕捉SEC10及然後結合NRP-1亦不會防止MAB12結合NRP-1 (底圖)。自分區(例如，捕捉MAB12，結合NRP-1，測試MAB12之結合)充作分區之陽性對照。該等數據顯示MAB12及SEC10可同時結合NRP-1，及因此須要結合至不同抗原決定基。實例 6. 抗 -NRP-1 抗體與 NRP-1 域之結合 為理解抗體與人類NRP-1結合之大致結合域，藉由BLI，使用Octet® QKe儀器(ForteBio® )，測量抗體結合NRP-1之片段之能力，該等片段包含NRP-1胞外區之不同域。重組人類NRP-1-Fc融合蛋白質由a1、a1a2、a1a2b1、a2b1b2或a1a2b1b2域組成及結合至每種蛋白質的抗體之差異可確定抗體所結合之主要域。在29℃或30℃下，使用1X動力學緩衝液(ForteBio)作為分析緩衝液，進行BLI分析。簡言之，將抗體(5 µg/mL)捕捉至抗-人類IgG Fc (AHC)生物感測器上250秒。然後，將該等感測器浸入分析緩衝液中(100秒)以達成基線，然後測量與每一NRP-1蛋白質之結合。接著，進行淬滅步驟，其使用人類IgG Fc (150 nM、250 nM或500 nM，根據實驗而定)持續250秒。然後，將該等感測器浸在每一500 nM之NRP-1蛋白質中300秒，接著在分析緩衝液中解離每一NRP-1蛋白質900或1000秒。所有步驟均以900 rpm或1000 rpm進行攪拌，根據實驗而定。 表9顯示上述分析之結果。每一抗體之結合域顯示於最右行。表 9. NRP1域結合特異性
Figure 106145004-A0304-0009
 *SEQ ID NO 141-142 **述於Appleton等人，The EMBO Journal (2007) 26，4902-4912中。 ***述於Delgoffe GM、Woo S-R、Turnis ME、Gravano DM、Guy C、Overacre AE等人中。藉由神經纖毛蛋白質-1-信號素-4a軸維持調節性T細胞之穩定性及功能(Stability and function of regulatory T cells is maintained by a neuropilin-1-semaphorin-4a axis)。Nature 501(7466):252–6。可自R&D Systems得到。實例 7 ：針對抗原決定基之突變分析測定 為識別MAB12與人類NRP1之b1域結合之抗原決定基，在人類NRP1 b1域中進行單點突變。使用丙胺酸取代或NRP2特異性殘基中任一者(MAB12不結合NRP2)。在HEK293細胞中表現蛋白質，分泌為可溶性蛋白質，於Ni-NTA樹脂上純化，及藉由SDS-PAGE表徵。藉由Bio-Layer干涉測量法(BLI)，使用Octet平臺，評估結合。將MAB12捕捉於抗-人類Fc感測器上，洗滌，及將其暴露至單體野生型人類NRP1 b1域或暴露至單體突變體NRP1 b1。被視為結合抗原決定基之一部分之殘基證實減少之結合(例如，KD 超過5-倍少於與野生型人類NRP1 b1之結合之KD )或無結合。單點突變體P317A、D320A、T349A、K352G、Y353A、Y354A及T413A導致減少之結合，然而，K351N及E412H導致無結合。實例 8 ：與 NRP1 錯合之 MAB12 之結構測定 亦藉由結晶學研究識別結合抗原決定基。將MAB12 Fab與人類NRP1 b1錯合，藉由尺寸排除層析純化且濃縮至10 mg/ml。晶體在42% PEG200，HEPES pH 7中生長出。在阿貢國家實驗室(Argonne National Laboratories) (GM/CA CAT 23ID-D)處收集X-射線數據及使用CCP4及Phenix處理。將在距重鏈及輕鏈3.8Å接觸距離內之NRP1 b1殘基視為結合抗原決定基之一部分及包括Y297、T316、D320、E348、T349、K350、K351、K352、Y353、Y354、E412、T413、G414及I415。實例 9 ： MAB12 之胺基酸修飾之分析 經純化MAB12之胺基酸修飾之分析 顯示在重鏈之C端處離胺酸之缺失發生在大多數經純化之抗體中及在輕鏈之N端處麩胺酸之焦麩胺酸化發生在部分經純化之抗體中。以引用的方式併入 本文中引述的所有專利及非專利公開案之全文內容分別針對所有目的以其全文引用的方式併入本文中。其他實施例 上述揭示內容可包含具有獨立實用性之多個不同發明。雖然該等發明各者以其較佳形式揭示，但其在本文中揭示及說明之特定實施例不欲視為具限制意義，因為許多變化係可行的。本發明之標的包括本文中所揭示的各種元件、特徵、功能及/或性質之所有新穎且非顯易見性之組合及子組合。隨後之申請專利範圍尤其指出被認為是新穎且非顯易見性之某些組合及子組合。以特徵、功能、元件及/或性質之其他組合及子組合實施之發明可在本申請案、主張本申請案優先權之申請案或相關申請案中主張。該等申請專利範圍，無論關於不同發明或關於相同發明，及無論相比最初申請專利範圍其範疇更寬、更窄、相等或不同，亦被認為包含於本發明之發明標的中。
Figure 106145004-A0305-02-0099-1
Figure 106145004-A0305-02-0100-2
Figure 106145004-A0305-02-0101-3
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圖 1A 及 1B 為顯示經鼠類形式之MAB 2、3、4、5、7、12、13、14及15、以及作為比較器之IgG對照及抗-NRP-1抗體SEC10治療之CT26帶腫瘤的小鼠中腫瘤生長抑制的兩個圖。用MAB單藥療法(圖1A)或組合PD-1抗體(圖1B)治療小鼠。抗體治療時間(天)以箭頭顯示。圖 1C 為顯示經單藥療法及如本文所述之組合療法治療之CT26帶腫瘤的小鼠中腫瘤生長抑制之圖。提供的是：i)鼠類形式MAB12，ii) PD-1抑制劑，及iii) mMAB12與PD-1抑制劑之組合。抗體治療時間(天)以箭頭顯示。圖 2 為顯示經鼠類形式MAB 2、3、4、5、7、12、13、14及15、以及作為比較器之IgG對照及SEC10治療之MC38帶腫瘤的小鼠中腫瘤生長抑制的三個圖。用MAB單藥療法(圖2A)或組合PD-L1抗體(圖2B)治療小鼠。抗體治療時間(天)以箭頭顯示。mMAB12單獨或組合PD-L1抗體在MC38同基因結腸小鼠腫瘤模型中之抗腫瘤功效顯示於圖2C中。圖 3 為顯示抗-NRP-1抗體MAB12及SEC10之抗原決定基分區數據的兩個圖。頂圖顯示抗人類Fc AHC感測器上固定有5 µg/mL MAB12之MAB12及SEC10之分區數據。底圖顯示該感測器上固定有5 µg/mL SEC10之MAB12及SEC10之分區數據。NRP1蛋白質係結合至經固定之抗體及評估第二抗體之結合。跡線顯示MAB12及SEC10能夠同時結合NRP1。
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<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 61
Figure 106145004-A0305-02-0145-66
<210> 62
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 62
Figure 106145004-A0305-02-0146-67
<210> 63
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 63
Figure 106145004-A0305-02-0146-68
<210> 64
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 64
Figure 106145004-A0305-02-0146-69
<210> 65
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 65
Figure 106145004-A0305-02-0146-70
<210> 66
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 66
Figure 106145004-A0305-02-0147-71
<210> 67
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 67
Figure 106145004-A0305-02-0147-72
<210> 68
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 68
Figure 106145004-A0305-02-0147-73
<210> 69
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 69
Figure 106145004-A0305-02-0148-74
<210> 70
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 70
Figure 106145004-A0305-02-0148-75
<210> 71
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 71
Figure 106145004-A0305-02-0148-76
<210> 72
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 72
Figure 106145004-A0305-02-0148-77
<210> 73
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 73
Figure 106145004-A0305-02-0149-78
<210> 74
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 74
Figure 106145004-A0305-02-0149-79
<210> 75
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 75
Figure 106145004-A0305-02-0149-80
<210> 76
<211> 32
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 76
Figure 106145004-A0305-02-0150-81
<210> 77
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 77
Figure 106145004-A0305-02-0150-82
<210> 78
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 78
Figure 106145004-A0305-02-0150-83
<210> 79
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 79
Figure 106145004-A0305-02-0151-84
<210> 80
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 80
Figure 106145004-A0305-02-0151-85
<210> 81
<211> 8
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 81
Figure 106145004-A0305-02-0151-86
<210> 82
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 82
Figure 106145004-A0305-02-0151-87
Figure 106145004-A0305-02-0152-88
<210> 83
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 83
Figure 106145004-A0305-02-0152-89
<210> 84
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 84
Figure 106145004-A0305-02-0152-90
<210> 85
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 85
Figure 106145004-A0305-02-0152-91
Figure 106145004-A0305-02-0153-92
<210> 86
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 86
Figure 106145004-A0305-02-0153-93
Figure 106145004-A0305-02-0154-94
<210> 87
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 87
Figure 106145004-A0305-02-0154-95
Figure 106145004-A0305-02-0155-96
<210> 88
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 88
Figure 106145004-A0305-02-0155-97
<210> 89
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 89
Figure 106145004-A0305-02-0156-98
<210> 90
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 90
Figure 106145004-A0305-02-0157-99
<210> 91
<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 91
Figure 106145004-A0305-02-0157-100
Figure 106145004-A0305-02-0158-101
<210> 92
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 92
Figure 106145004-A0305-02-0158-102
Figure 106145004-A0305-02-0159-103
<210> 93
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 93
Figure 106145004-A0305-02-0159-104
Figure 106145004-A0305-02-0160-105
<210> 94
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 94
Figure 106145004-A0305-02-0160-106
<210> 95
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 95
Figure 106145004-A0305-02-0161-107
<210> 96
<211> 127
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 96
Figure 106145004-A0305-02-0162-108
<210> 97
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 97
Figure 106145004-A0305-02-0162-109
Figure 106145004-A0305-02-0163-110
<210> 98
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 98
Figure 106145004-A0305-02-0163-111
Figure 106145004-A0305-02-0164-112
<210> 99
<211> 123
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 99
Figure 106145004-A0305-02-0164-113
Figure 106145004-A0305-02-0165-114
<210> 100
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 100
Figure 106145004-A0305-02-0165-115
<210> 101
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 101
Figure 106145004-A0305-02-0166-116
<210> 102
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 102
Figure 106145004-A0305-02-0166-117
Figure 106145004-A0305-02-0167-118
<210> 103
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 103
Figure 106145004-A0305-02-0167-119
Figure 106145004-A0305-02-0168-120
<210> 104
<211> 106
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 104
Figure 106145004-A0305-02-0168-121
<210> 105
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 105
Figure 106145004-A0305-02-0169-122
<210> 106
<211> 107
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 106
Figure 106145004-A0305-02-0169-123
Figure 106145004-A0305-02-0170-124
<210> 107
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 107
Figure 106145004-A0305-02-0170-125
Figure 106145004-A0305-02-0171-126
Figure 106145004-A0305-02-0172-127
<210> 108
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 108
Figure 106145004-A0305-02-0173-128
Figure 106145004-A0305-02-0174-129
Figure 106145004-A0305-02-0175-130
<210> 109
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 109
Figure 106145004-A0305-02-0175-131
Figure 106145004-A0305-02-0176-132
Figure 106145004-A0305-02-0177-133
<210> 110
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 110
Figure 106145004-A0305-02-0178-134
Figure 106145004-A0305-02-0179-135
Figure 106145004-A0305-02-0180-136
<210> 111
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 111
Figure 106145004-A0305-02-0180-137
Figure 106145004-A0305-02-0181-138
Figure 106145004-A0305-02-0182-139
<210> 112
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 112
Figure 106145004-A0305-02-0182-140
Figure 106145004-A0305-02-0183-141
Figure 106145004-A0305-02-0184-142
Figure 106145004-A0305-02-0185-143
<210> 113
<211> 448
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 113
Figure 106145004-A0305-02-0185-144
Figure 106145004-A0305-02-0186-145
Figure 106145004-A0305-02-0187-146
<210> 114
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 114
Figure 106145004-A0305-02-0187-147
Figure 106145004-A0305-02-0188-148
Figure 106145004-A0305-02-0189-149
Figure 106145004-A0305-02-0190-150
<210> 115
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 115
Figure 106145004-A0305-02-0190-151
Figure 106145004-A0305-02-0191-152
Figure 106145004-A0305-02-0192-153
<210> 116
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 116
Figure 106145004-A0305-02-0192-154
Figure 106145004-A0305-02-0193-155
Figure 106145004-A0305-02-0194-156
Figure 106145004-A0305-02-0195-157
<210> 117
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 117
Figure 106145004-A0305-02-0195-158
Figure 106145004-A0305-02-0196-159
Figure 106145004-A0305-02-0197-160
<210> 118
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 118
Figure 106145004-A0305-02-0197-161
Figure 106145004-A0305-02-0198-162
Figure 106145004-A0305-02-0199-163
Figure 106145004-A0305-02-0200-164
<210> 119
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 119
Figure 106145004-A0305-02-0200-165
Figure 106145004-A0305-02-0201-166
Figure 106145004-A0305-02-0202-167
<210> 120
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 120
Figure 106145004-A0305-02-0202-168
Figure 106145004-A0305-02-0203-169
Figure 106145004-A0305-02-0204-170
Figure 106145004-A0305-02-0205-171
<210> 121
<211> 450
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 121
Figure 106145004-A0305-02-0205-172
Figure 106145004-A0305-02-0206-173
Figure 106145004-A0305-02-0207-174
<210> 122
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 122
Figure 106145004-A0305-02-0207-175
Figure 106145004-A0305-02-0208-176
<210> 123
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 123
Figure 106145004-A0305-02-0209-177
Figure 106145004-A0305-02-0210-178
<210> 124
<211> 215
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 124
Figure 106145004-A0305-02-0210-179
Figure 106145004-A0305-02-0211-180
<210> 125
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 125
Figure 106145004-A0305-02-0211-181
Figure 106145004-A0305-02-0212-182
<210> 126
<211> 213
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 126
Figure 106145004-A0305-02-0213-183
Figure 106145004-A0305-02-0214-184
<210> 127
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 127
Figure 106145004-A0305-02-0214-185
Figure 106145004-A0305-02-0215-186
<210> 128
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 128
Figure 106145004-A0305-02-0215-187
Figure 106145004-A0305-02-0216-188
<210> 129
<211> 2772
<212> DNA
<213> 智人
<400> 129
Figure 106145004-A0305-02-0216-189
Figure 106145004-A0305-02-0217-190
Figure 106145004-A0305-02-0218-191
<210> 130
<211> 923
<212> PRT
<213> 智人
<400> 130
Figure 106145004-A0305-02-0219-192
Figure 106145004-A0305-02-0220-193
Figure 106145004-A0305-02-0221-194
Figure 106145004-A0305-02-0222-195
Figure 106145004-A0305-02-0223-196
<210> 131
<211> 2772
<212> DNA
<213> 食蟹獼猴
<400> 131
Figure 106145004-A0305-02-0223-197
Figure 106145004-A0305-02-0224-198
Figure 106145004-A0305-02-0225-199
<210> 132
<211> 923
<212> PRT
<213> 食蟹獼猴
<400> 132
Figure 106145004-A0305-02-0225-200
Figure 106145004-A0305-02-0226-201
Figure 106145004-A0305-02-0227-202
Figure 106145004-A0305-02-0228-203
Figure 106145004-A0305-02-0229-204
Figure 106145004-A0305-02-0230-205
<210> 133
<211> 2772
<212> DNA
<213> 小鼠
<400> 133
Figure 106145004-A0305-02-0230-206
Figure 106145004-A0305-02-0231-207
Figure 106145004-A0305-02-0232-208
<210> 134
<211> 923
<212> PRT
<213> 小鼠
<400> 134
Figure 106145004-A0305-02-0232-209
Figure 106145004-A0305-02-0233-210
Figure 106145004-A0305-02-0234-211
Figure 106145004-A0305-02-0235-212
Figure 106145004-A0305-02-0236-213
Figure 106145004-A0305-02-0237-214
<210> 135
<211> 922
<212> PRT
<213> 大鼠
<400> 135
Figure 106145004-A0305-02-0237-215
Figure 106145004-A0305-02-0238-216
Figure 106145004-A0305-02-0239-217
Figure 106145004-A0305-02-0240-218
Figure 106145004-A0305-02-0241-219
<210> 136
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<220>
<221> 變體
<222> (1)..(1)
<223> /replace="Ala"
<220>
<221> 變體
<222> (8)..(8)
<223> /replace="Ala"
<220>
<221> 變體
<222> (16)..(16)
<223> /replace="Glu"
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(17)
<223> /note="該序列中之變體殘基對於變體位置沒有偏好"
<400> 136
Figure 106145004-A0305-02-0242-220
<210> 137
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<220>
<221> 變體
<222> (4)..(4)
<223> /replace="Lys" or "Ser"
<220>
<221> 變體
<222> (6)..(6)
<223> /replace="Val"
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(9)
<223> /note="該序列中之變體殘基對於變體位置沒有偏好"
<400> 137
Figure 106145004-A0305-02-0243-221
<210> 138
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<220>
<221> 變體
<222> (13)..(13)
<223> /replace="Val"
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(13)
<223> /note="該序列中之變體殘基對於變體位置沒有偏好"
<400> 138
Figure 106145004-A0305-02-0243-222
<210> 139
<211> 14
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<220>
<221> 變體
<222> (13)..(13)
<223> /replace="Asn"
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(14)
<223> /note="該序列中之變體殘基對於變體位置沒有偏好"
<400> 139
Figure 106145004-A0305-02-0244-223
<210> 140
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 140
Figure 106145004-A0305-02-0244-224
<210> 141
<211> 453
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 141
Figure 106145004-A0305-02-0244-225
Figure 106145004-A0305-02-0245-226
Figure 106145004-A0305-02-0246-227
Figure 106145004-A0305-02-0247-228
<210> 142
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 142
Figure 106145004-A0305-02-0247-229
Figure 106145004-A0305-02-0248-230
<210> 143
<211> 923
<212> PRT
<213> 智人
<400> 143
Figure 106145004-A0305-02-0248-231
Figure 106145004-A0305-02-0249-232
Figure 106145004-A0305-02-0250-233
Figure 106145004-A0305-02-0251-234
Figure 106145004-A0305-02-0252-235
Figure 106145004-A0305-02-0253-236
<210> 144
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 144
Figure 106145004-A0305-02-0253-237
Figure 106145004-A0305-02-0254-238
<210> 145
<211> 454
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成多肽"
<400> 145
Figure 106145004-A0305-02-0254-239
Figure 106145004-A0305-02-0255-240
Figure 106145004-A0305-02-0256-241
Figure 106145004-A0305-02-0257-242
<210> 146
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<221> 來源
<223> /note="人工序列描述：合成肽"
<400> 146
Figure 106145004-A0305-02-0257-243
<210> 147
<211> 4
<212> PRT
<213> 智人
<400> 147
Figure 106145004-A0305-02-0257-244
<210> 148
<211> 4
<212> PRT
<213> 智人
<400> 148
Figure 106145004-A0305-02-0257-245

Claims (115)

  1. 一種特異性結合人類NRP-1(hNRP-1；SEQ ID NO：130)且阻斷NRP-1結合至信號素(semaphorin)多肽及血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽之分離的多價抗原結合蛋白(ABP)，其中該ABP包含以下六個CDR序列：(a)具有SEQ ID NO：47中所述序列之CDR-H3；(b)具有如SEQ ID NO：136中所述序列X1ISGSGGX2TYYADSVX3G(其中X1為I或A，X2為S或A，且X3為K或E)之CDR-H2；(c)具有如SEQ ID NO：137中所述序列FTFX1SX2AMV(其中X1為A、K或S且X2為Y或V)之CDR-H1；(d)具有SEQ ID NO：81中所述序列之CDR-L3；(e)具有SEQ ID NO：71中所述序列之CDR-L2；及(f)具有SEQ ID NO：63中所述序列之CDR-L1。
  2. 如請求項1之ABP，其中該ABP包含：(a)SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：27之CDR-H2、SEQ ID NO：12之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；(b)SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：28之CDR-H2、SEQ ID NO：13之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；(c)SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：29之CDR-H2、SEQ ID NO：14之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；或(d)SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：30之CDR-H2、SEQ ID NO：14之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1。
  3. 如請求項2之ABP，其中：(a)如請求項2(a)之ABP包含SEQ ID NO：92之VH序列及SEQ ID NO：104之VL序列；(b)如請求項2(b)之ABP包含SEQ ID NO：93之VH序列及SEQ ID NO：104之VL序列；(c)如請求項2(c)之ABP包含SEQ ID NO：94之VH序列及SEQ ID NO：104之VL序列；(d)如請求項2(d)之ABP包含SEQ ID NO：95之VH序列及SEQ ID NO：104之VL序列；或(e)如請求項2(e)之ABP包含SEQ ID NO：96之VH序列及SEQ ID NO：104之VL序列。
  4. 如請求項3之ABP，其中：(a)如請求項2(a)之ABP包含(i)SEQ ID NO：114之重鏈及SEQ ID NO：126之輕鏈；(b)如請求項2(b)之ABP包含(i)SEQ ID NO：115之重鏈及SEQ ID NO：126之輕鏈； (c)如請求項2(c)之ABP包含(i)SEQ ID NO：116之重鏈及SEQ ID NO：126之輕鏈；(d)如請求項2(d)之ABP包含(i)SEQ ID NO：117之重鏈及SEQ ID NO：126之輕鏈；或(e)如請求項2(e)之ABP包含(i)SEQ ID NO：118之重鏈及SEQ ID NO：126之輕鏈。
  5. 一種特異性結合人類NRP-1(hNRP-1；SEQ ID NO：130)且阻斷NRP-1結合至信號素(semaphorin)多肽及血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽之分離的抗原結合蛋白(ABP)，其包含：(a)與SEQ ID NO：47所示之VH區之CDR-H3具有至少約80%同一性之CDR-H3；(b)與選自SEQ ID NO：27-30之VH區之CDR-H2具有至少約80%同一性之CDR-H2；(c)與選自SEQ ID NO：12-14之VH區之CDR-H1具有至少約80%同一性之CDR-H1；(d)與SEQ ID NO：81所示之VL區之CDR-L3具有至少約80%同一性之CDR-L3；(e)與SEQ ID NO：71所示之VL區之CDR-L2具有至少約80%同一性之CDR-L2；(f)與SEQ ID NO：63所示之VL區之CDR-L1具有至少約80%同一性之CDR-L1。
  6. 如請求項5之ABP，其中該CDR-H3、CDR-H2、CDR-H1、CDR-L3、CDR-L2及CDR-L1各依選自Kabat編號方案、Chothia編號方案或IMGT編號方案之編號方案識別。
  7. 如請求項5或6之ABP，該CDR-H1係如Chothia及Kabat兩種編號方案(包括兩種編號方案之邊界)所定義識別。
  8. 如請求項5之ABP，其中：(a)該CDR-H3包含SEQ ID NO：4749所示之CDR-H3或其具有1種、2種或3種胺基酸取代之變異體；(b)該CDR-H2包含選自SEQ ID NO：27-30之CDR-H2或其具有1種、2種或3種胺基酸取代之變異體；(c)該CDR-H1包含選自SEQ ID NO：12-14之CDR-H1或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體；(d)該CDR-L3包含SEQ ID NO：81所示之CDR-L3或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體；(e)該CDR-L2包含SEQ ID NO：71所示之CDR-L2或其具有1種胺基酸取代之變異體；及(f)該CDR-L1包含SEQ ID NO：63所示之CDR-L1或其具有1種或2種胺基酸取代之變異體。
  9. 如請求項1至6及8中任一項之ABP，其中該等胺基酸取代為保守性胺基酸取代。
  10. 如請求項1之ABP，其中該ABP係以下中之一或多者：(a)與選自MAB8、MAB9、MAB10、MAB11或MAB12之抗體競爭或交叉競爭結合至NRP-1，其中：MAB8包含SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：27之CDR-H2、SEQ ID NO：12之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；MAB9包含SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：28之CDR-H2、SEQ ID NO：13之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；MAB10包含SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：29之CDR-H2、SEQ ID NO：14之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；MAB11包含SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：30之CDR-H2、SEQ ID NO：14之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；且MAB12包含SEQ ID NO：47之CDR-H3、SEQ ID NO：30之CDR-H2、SEQ ID NO：14之CDR-H1、SEQ ID NO：81之CDR-L3、SEQ ID NO：71之CDR-L2及SEQ ID NO：63之CDR-L1；(b)對細胞表面NRP-1具有特異性；(c)特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素(semaphorin)多肽；(d)能夠抑制人類個體中之Treg抑制作用；(e)與來自抗原呈現細胞之抗原呈現組合共同刺激效應T細胞； (f)抑制調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用；(g)減少組織中或全身性循環中效應T細胞之數量；(h)實質上不結合血小板；(i)當投與給患者時實質上不引起血小板減少症；(j)阻斷SEMA3結合至NRP-1；(k)不結合至NRP-1-陰性細胞；(l)特異性結合選自由Y297、T316、D320、E348、T349、K350、K351、K352、Y353、Y354、E412、T413、G414及I415組成之群之NRP1殘基中之一或多者；或(m)能夠具有(a)至(l)之任何組合。
  11. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該NRP-1係選自hNRP-1(SEQ ID NO：130)、cNRP-1(SEQ ID NO：132)、mNRP-1(SEQ ID NO：134)、rNRP-1(SEQ ID NO：135)及其組合。
  12. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP包括抗體。
  13. 如請求項12之ABP，其中該抗體為單株抗體。
  14. 如請求項12之ABP，其中該抗體係選自人類抗體、人源化抗體或嵌合抗體。
  15. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP係多價的。
  16. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP包括抗體片段。
  17. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP包含替代骨架。
  18. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP包含免疫球蛋白恆定區。
  19. 如請求項18之ABP，其中該ABP包含選自IgA、IgD、IgE、IgG或IgM之類別的重鏈恆定區。
  20. 如請求項19之ABP，其中該ABP包含類別IgG及選自IgG4、IgG1、IgG2或IgG3之子類別之重鏈恆定區。
  21. 如請求項20之ABP，其中該IgG為IgG4。
  22. 如請求項20之ABP，其中該IgG為IgG1。
  23. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP包含共有輕鏈抗體、具有杵臼(knobs-into-holes)修飾之抗體、連接至IgG之scFv、連接至IgG之Fab、雙功能抗體(diabody)、四價雙特異性抗體、DVD-IgMAB、DARTT M、DuoBody®、CovX-Body、Fcab抗體、TandAb®、串接Fab、ZybodyMAB或其組合。
  24. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP使得信號素3A結合至NRP-1減小至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%或至少約90%。
  25. 如請求項1至6、8及10中任一項之ABP，其中該ABP使得信號素3A結合至NRP-1減小至少約10%、至少約20%、至少約30%、至少約40%、至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%或至少約90%，及其中該ABP不阻斷VEGF結合至NRP-1。
  26. 如請求項24之ABP，其中該ABP使得信號素3A結合至NRP-1減少至少約50%。
  27. 如請求項10(g)之ABP，其中該組織為腫瘤。
  28. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該NRP-1係表現於靶細胞之表面上。
  29. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP包含在N-端具有焦麩胺酸(pE)殘基之多肽序列。
  30. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP包含其中N-端Q經pE取代之VH序列。
  31. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP包含其中N-端E經pE取代之VL序列。
  32. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP包含其中N-端Q經pE取代之重鏈序列。
  33. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP包含其中N-端E經pE取代之輕鏈序列。
  34. 一種如請求項1至33中任一項之ABP的用途，其係用作製備藥物。
  35. 一種如請求項1至33中任一項之ABP的用途，其係用作製備用於治療癌症或病毒感染之藥物。
  36. 如請求項35的用途，其中該癌症係選自實體腫瘤及血液腫瘤。
  37. 一種套組，其包括如請求項1至33中任一項之ABP及使用該ABP之說明書。
  38. 如請求項37之套組，其中該ABP係經凍乾。
  39. 如請求項38之套組，其進一步包括用於復原凍乾之ABP之液體。
  40. 一種分離的多核苷酸，其編碼如請求項1至33中任一項之ABP、其VH、其VL、其輕鏈、其重鏈或其抗原結合蛋白。
  41. 一種載體，其包含如請求項40之多核苷酸。
  42. 一種宿主細胞，其包含如請求項40之多核苷酸或如請求項41之載體。
  43. 如請求項42之宿主細胞，其中該宿主細胞係選自細菌細胞、真菌細胞及哺乳動物細胞。
  44. 如請求項42之宿主細胞，其中該宿主細胞係選自大腸桿菌(E.coli)細胞、釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)細胞及CHO細胞。
  45. 一種無細胞表現反應，其包括如請求項40之多核苷酸或如請求項41之載體。
  46. 一種製備如請求項1至33中任一項之ABP之方法，其包括在如請求項42之宿主細胞中表現該ABP及分離該表現之ABP。
  47. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至33中任一項之ABP及醫藥上可接受之賦形劑。
  48. 如請求項47之醫藥組合物，其中該ABP係以可有效局部抑制腫瘤中NRP-1：信號素相互作用之量存於該組合物中。
  49. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體係以投與人類個體時可有效抑制NRP-1與跨膜信號素多肽間相互作用之量存於該組合物中。
  50. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體特異性阻斷NRP-1結合至跨膜信號素多肽。
  51. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體不影響NRP-1多肽與血管內皮細胞生長因子(VEGF)多肽間之相互作用。
  52. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體能夠抑制該人類個體中之Treg抑制作用。
  53. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體能夠降低該人類個體中之Treg存活率及/或穩定性。
  54. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體係以可有效局部抑制腫瘤中NRP-1：信號素-4相互作用之量存於該組合物中。
  55. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體係以可有效局部抑 制腫瘤中NRP-1：信號素-3相互作用之量存於該組合物中。
  56. 如請求項47之醫藥組合物，其中該抗-NRP-1抗體係以可有效防止發生不欲自體免疫及/或發炎表現之量存於該組合物中。
  57. 如請求項47之醫藥組合物，其中該人類個體正罹患癌症。
  58. 如請求項47之醫藥組合物，其中該醫藥組合物中ABP之量係足以在個體中(a)減小調節性T細胞對效應T細胞之抑制作用；(b)活化效應T細胞；(c)減少組織中或全身調節性T細胞之數量；(d)誘導或增強效應T細胞之增殖；(e)抑制腫瘤生長速率；(f)誘導腫瘤消退；或(g)其組合。
  59. 一種如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備藥物。
  60. 一種如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備用於治療癌症或病毒感染之藥物。
  61. 如請求項60之的用途，其中該癌症係選自腦癌、前列腺癌、乳癌、結腸癌、皮膚癌及肺癌。
  62. 一種有效量之如請求項1至33中任一項之ABP或如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備用於在個體中調節性T細胞 (Treg)之功能抑制或穩定性減小之藥物。
  63. 一種如請求項1至33中任一項之ABP或如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備用於增強T效應細胞(Teff)功能或在體內將Teff暴露於該ABP之藥物。
  64. 如請求項62或63之用途，其中該個體罹患癌症。
  65. 如請求項62或63之用途，其中該藥物誘導或增強對癌症相關抗原之免疫反應。
  66. 如請求項62或63之用途，其中該ABP能夠(a)降低該人類個體中Treg存活率及/或穩定性；(b)結合至NRP-1多肽之胞外域；或(c)其組合。
  67. 一種有效量之如請求項1至33中任一項之ABP或如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備在個體中抑制調節性T細胞(Treg)之功能或減小調節性T細胞(Treg)之穩定性之藥物，其中該藥物與一或多種其他治療劑組合使用。
  68. 如請求項67之用途，其中該其他治療劑係選自放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗血管生成劑及其組合。
  69. 如請求項67之用途，其中該其他治療劑為免疫刺激劑。
  70. 如請求項69之用途，其中該其他治療劑為嵌合抗原受體T細胞。
  71. 如請求項69之用途，其中該免疫刺激劑包括阻斷免疫細胞表現之抑制受體或其配體之信號傳導之藥劑。
  72. 如請求項71之用途，其中免疫細胞表現之抑制受體或其配體係選自PVRIG、VISTA、CCR4、CD27、CTLA-4、PD-1、PD-L1、LAG-3、Tim3、TIGIT、神經突起因子(neuritin)、BTLA、KIR及其組合。
  73. 如請求項69之用途，其中該免疫刺激劑包括免疫細胞表現之刺激受體之促效劑。
  74. 如請求項72之用途，其中由免疫細胞表現之該刺激受體係選自OX40、ICOS、GITR、CD28、CD37、CD40、4-1BB及其組合。
  75. 如請求項69之用途，其中該免疫刺激劑包括細胞介素。
  76. 如請求項69之用途，其中該免疫刺激劑包括癌症相關抗原之疫苗。
  77. 一種有效量之如請求項1至33中任一項之ABP或如請求項47至58中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備用於調節有需要個體中免疫反應 之藥物。
  78. 如請求項62、63及67至77中任一項之用途，其中該藥物進一步包括一或多種其他治療劑或該藥物與一或多種其他治療劑組合使用。
  79. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑為(i)免疫細胞之刺激受體之促效劑或(ii)免疫細胞之抑制受體之拮抗劑，其中免疫細胞之受體係選自OX40、CD2、CD27、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、CD28、CD30、CD40、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、GITR、SLAMF7、NKp80、CD160、B7-H3、CD83配體及其組合。
  80. 如請求項78用途，其中該其他治療劑為選自單純疱疹病毒、水泡性口炎病毒、腺病毒、新城雞瘟病毒(Newcastle disease virus)、牛痘病毒、馬拉巴病毒(maraba virus)及其組合之溶瘤病毒。
  81. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑係調配於ABP之相同治療組合物中。
  82. 如請求項78至之用途，其中該其他治療劑係調配於不同於ABP之醫藥組合物中。
  83. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑係在投與該ABP之前投與。
  84. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑係在投與該ABP之後投與。
  85. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑係與該ABP同時投與。
  86. 如請求項62、63及67至77中任一項之用途，其中該藥品之投與在該個體中實質上不引起血小板減少症。
  87. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP係以小於20nM、小於10nM、小於5nM、小於2nM、小於1nM、小於0.5nM或小於0.2nM之kD特異性結合至人類NRP-1。
  88. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP係特異性結合至人類、小鼠及食蟹獼猴(cynomolgus monkeys)之NRP-1。
  89. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP係結合至NRP-1上之抗原決定基不同於NRP-1上SEC10所結合的抗原決定基。
  90. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP係結合至NRP-1之b1域。
  91. 如請求項1至6、8、10及27中任一項之ABP，其中該ABP特異性結合NRP1(SEQ ID NO：130)上之一或多個殘基，該等殘基選自由特異性結合 選自由Y297、T316、D320、E348、T349、K350、K351、K352、Y353、Y354、E412、T413、G414及I415組成之群之NRP1殘基中之一或多者組成之群。
  92. 一種抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含：包含由SEQ ID NO：47組成之CDR-H3、由SEQ ID NO：30組成之CDR-H2及由SEQ ID NO：14組成之CDR-H1之重鏈可變區；及包含由SEQ ID NO：81組成之CDR-L3、由SEQ ID NO：71組成之CDR-L2及由SEQ ID NO：63組成之CDR-L1之輕鏈可變區。
  93. 如請求項1之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其係選自以下(1)及(2)中之任一者：(1)抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含由SEQ ID NO：96組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO：104組成之輕鏈可變區；及(2)抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其包含由SEQ ID NO：96(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈可變區及由SEQ ID NO：104組成之輕鏈可變區。
  94. 如請求項2之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段，其係選自由(1)至(4)組成之群：(1)包含由SEQ ID NO：118組成之重鏈及由SEQ ID NO：126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體， (2)包含由SEQ ID NO：118(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)組成之重鏈及由SEQ ID NO：126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體，(3)包含由SEQ ID NO：118之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO：126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體；及(4)包含由SEQ ID NO：118(其中胺基酸編號1之E係經修飾為焦麩胺酸)之胺基酸編號1至453之胺基酸序列組成之重鏈及由SEQ ID NO：126組成之輕鏈之抗-人類NRP-1抗體。
  95. 一種多核苷酸，其係選自由(1)及(2)組成之群：(1)包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸，及(2)包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。
  96. 一種多核苷酸，其係選自由(1)及(2)組成之群：(1)包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸，及(2)包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。
  97. 一種表現載體，其包含：(a)包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片 段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸，及/或(b)包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸。
  98. 一種表現載體，其包含：(a)包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸，及/或(b)包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸。
  99. 一種經表現載體轉形之宿主細胞，其選自由(a)至(d)組成之群：(a)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼該抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼該抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(c)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(d)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原 結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。
  100. 一種經表現載體轉形之宿主細胞，其選自由(a)至(d)組成之群：(a)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼該抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼該抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(c)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(d)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。
  101. 一種製備抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現四價抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段：(a)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼該抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原 結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼該抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(c)經包括包含編碼如請求項93(1)之抗-人類NRP-1抗體或其抗原結合片段之重鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞及經包括包含編碼該抗體或其抗原結合片段之輕鏈可變區之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。
  102. 一種製備抗-人類NRP-1抗體之方法，其包括培養選自由以下(a)至(c)組成之群之宿主細胞以表現抗-人類NRP-1抗體：(a)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸及包含編碼該抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；(b)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體及包括包含編碼該抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞；及(c)經包括包含編碼如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體之重鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞及經包括包含編碼該抗體之輕鏈之鹼基序列之多核苷酸之表現載體轉形之宿主細胞。
  103. 一種醫藥組合物，其包含如請求項94之抗-人類NRP-1抗體及醫藥上可接受之賦形劑。
  104. 一種醫藥組合物，其包含如請求項94(1)之抗-人類NRP-1抗體、如請求項94(2)之抗-人類NRP-1抗體、如請求項94(3)之抗-人類NRP-1抗體及/或如請求項94(4)之抗-人類NRP-1抗體及醫藥上可接受之賦形劑。
  105. 一種如請求項103及104中任一項之醫藥組合物的用途，其係用作製備用於治療癌症之藥物。
  106. 一種如請求項103或104之醫藥組合物的用途，其係用作製備與放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗-激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗-血管生成劑及其組合之組合用於治療癌症之藥物。
  107. 一種如請求項94之抗-人類NRP-1抗體的用途，其係用作製備用於預防或治療癌症之藥物。
  108. 一種如請求項94之抗-人類NRP-1抗體之用途，其用於製造用於預防或治療癌症之醫藥組合物。
  109. 一種有效量之如請求項94之抗-人類NRP-1抗體的用途，其係用作製備用於預防或治療癌症之藥物。
  110. 一種有效量之如請求項94之抗-人類NRP-1抗體的用途，其係用作製備用於與一或多種其他治療劑之組合來預防或治療癌症之藥物。
  111. 如請求項110之用途，其中該其他治療劑係選自由放射、細胞毒性劑、化療劑、細胞生長抑制劑、抗-激素劑、VEGF抑制劑、免疫刺激劑、抗-血管生成劑及其組合組成之群。
  112. 如請求項69之用途，其中該免疫刺激劑係為抗-PD-1抗體。
  113. 如請求項112之用途，其中該抗-PD-1抗體係為帕姆單抗(pembrolizumab)、納武單抗(nivolumab)或其組合。
  114. 如請求項78之用途，其中該其他治療劑係為抗-PD-1抗體。
  115. 如請求項114之用途，其中該抗-PD-1抗體係為帕姆單抗、納武單抗或其組合。
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