TWI470225B - 用以評估muc1及il-2於癌症患者之治療效力的活體外方法 - Google Patents

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Description

用以評估MUC1及IL-2於癌症患者之治療效力的活體外方法
本發明係屬於免疫療法之領域，且係關於一種判定某種免疫療法治療效力之方法。本發明方法包括在開始免疫療法治療之後一段時間測定特殊的生物標記，以評定該治療法之臨床結果。本發明因此具有醫學領域之應用。
傳統疫苗技術係將一種可誘發免疫反應的抗原(例如肽、蛋白質)引入至動物系統中，並藉此保護該動物免受例如感染，該技術已知多年。該等技術進一步包括活疫苗及失活疫苗兩者的發展。活疫苗通常為感染媒介之經減毒的非致病形式，其能夠引發針對該感染媒介之致病形式之免疫反應。
近年來，重組疫苗(特別是重組活疫苗)的發展上已有進步，其中感興趣的外源抗原係由載體所編碼及表現。在這些當中，以重組病毒為基礎之載體已顯示具有極大的前景，並在發展新穎疫苗上扮演重要的角色。許多病毒業已研究出其自外源致病源或腫瘤組織表現出蛋白質，及於活體內誘發針對該等抗原之特異性免疫反應的能力。大體上，該等以基因為基礎之疫苗可刺激強力體液及細胞免疫反應，而病毒載體則為遞送編碼抗原之基因及便於及加強抗原展現之有效策略。為了作為疫苗載體使用，理想病毒載體應具安全性，且具有將所需的致病源特異性抗原展現予免疫系統的能力。此外，該載體系統必須符合能夠大規模生產之標準。迄今為止，數種病毒疫苗載體已出現，根據所提出的應用，該等全部具有相關的優點及限制性(關於重組病毒疫苗，請參見例如Harrop及Carroll,2006,Front Biosci.,11,804-817；Yokoyama等人，1997,J Vet Med Sci.,59,311-322)。該等重組疫苗通常名為標靶免疫療法或抗原特異性及主動免疫療法。
在1990年代早期發現質粒DNA載體可於活體內直接轉染動物細胞後，許多研究亦已致力於發展以DNA質粒用途為基礎而誘發免疫反應之免疫療法技術，該技術係將編碼抗原的DNA直接導入至動物。該等被廣泛稱為接種DNA疫苗、或DNA免疫療法之技術現已在許多疾病模型中用於引發保護性免疫反應。關於DNA疫苗，請參見Reyes-Sandoval及Ertl,2001(Current Molecular Medicine,1,217-243)。
然而，免疫療法領域廣泛存在之問題是對可誘發出足夠強之免疫反應繼而保護接受治療之個體免受感染及疾病之方法的鑑別方法。
因此，近年來主要致力於例如發現藉由刺激免疫系統某些關鍵態樣而可增加由免疫療法所誘發之免疫反應的新穎藥物化合物，稱為免疫反應改質劑(IRM)或佐劑之大多數該等化合物表現為經類-Toll受體(TLR)誘發多種重要細胞激素生物合成(例如干擾素、介白素、腫瘤壞死因子、等。參見例如Schiller等人，2006,Exp Dermatol.,15,331-341)，透過基本免疫系統機制起作用。已顯示該等化合物會刺激某些源於樹突狀細胞、單核細胞/巨噬細胞之細胞激素快速釋放，且亦能夠刺激B細胞分泌抗體(其在IRM化合物之抗病毒及抗腫瘤活性上起重要作用)。
替代性地已提出免疫療法策略，其中大多數係以引發-加強接種疫苗療程為基礎。根據該等「引發-加強」免疫療法方法，首先藉由投與患者引發性組合物來誘發免疫系統，隨後再藉由投與加強性第二組合物來加強(參見例如EP 1411974或US 20030191076)。
此外，業已顯示，在健康護理領域，一種治療法可能只對特定患者群有效。因此希望提供一種能夠制定出最優且個性化之患者療法的生理工具及方法(亦即能夠在正確時間提供正確患者正確的療法，能夠提供較高治療成功率，能夠監測對治療法之反應，能夠增加藥物效力，能夠避免以對患者不適用之療法不必要的治療患者，能夠減少患者不必要的毒性及副作用，能夠減少患者之花費及關於不必要或危險無效藥物之保險費用，且能夠改善患者生活品質，最終使得癌症成為可治癒之疾病)，及(若適宜則)提供後續檢定法。
基於上述考慮，文獻提出許多工具及方法，諸如(例如)：
-　藥物遺傳學，其係由研究對藥物之個別反應成基因差異之函數所組成。該等反應係關於一種藥物如何在某個指定個體中起作用，其如何代謝、其毒性及劑量要求。得益於人類基因體計畫，藥物遺傳學已擴展至藥物基因體學。藥物基因體學之應用範圍超越藥物遺傳學，其有潛力用於自藥物發現及發展中找出用途，標靶性發現及校驗，及臨床試驗。
-　新陳代謝學亦可用於預測性藥物之領域。與受限於遺傳因素的藥物遺傳學不同，藥物-新陳代謝學能夠基於遺傳學因素及非遺傳學因素(諸如患者體內之其他藥物、患者當前之健康狀態等)預測個體對藥物之反應。
-　在臨床發展療法上，生物標記的作用的重要性與日俱增。生物標記可為正常生物學過程、疾病過程、或對療法介入之藥理學反應的指示劑。其角色範圍係幫助鑑別出具有反應者與沒有反應者，從而將患者群體分級，至確定治療法之效力。生物標記為一種用於作出較佳決定之重要工具，其將減少藥物在發展上之花費，並使療法更快地提供給正確患者群體。
本發明提供一種評估與投與患者免疫原性組合物有關之治療法(亦即免疫療法治療法)之效力的物質及方法，其係採用一種已確定為大體上可靠之與所需免疫反應相關之信號物的生物學標記(生物標記)。該等生物標記存在於獲自該患者之生物樣本中。於一種治療法啟動後不久，預測該治療法之臨床結果的能力將使醫生及患者鑑別出無效療法，作出關於治療過程的明智決定(包括放棄還是允許實施替代性療法)。
如整個申請案通篇所用，除非上下文另外指出，否則使用「一」(「a」)及「一」(「an」)係意指「至少一個」、「至少第一個」、「一或多個」或「複數個」所指化合物或步驟。例如，術語「一細胞」包括複數個細胞，包含其混合物。更明確地，「至少一個」及「一或多個」意指是1的數目，或大於1的數目，特佳者指1、2或3。
全文所用之術語「及/或」包括「及」、「或」及「由該術語相連之元素的全部或任一其他組合」之含意。
如文中所用，術語「大約」或「約」意指20%以內，較佳10%以內，且更佳5%以內。
術語「患者」、「受檢者」係指脊椎動物，特別是許多哺乳動物物種，且包括但不限於畜養動物、競技類動物、包括人類之靈長類動物。
如文中所用，術語「治療法」或「治療」包括預防及/或治療。因此，本發明免疫原性組合或方法不限於治療應用，且可用於預防。其在文中用於術語「以發展一種預防性或治療性反應，較佳免疫反應」。「預防」不限於預防立即性疾病(例如感染性疾病)，其進一步包括預防該等感染之長期結果，諸如硬化或癌症。
活性化合物之「有效量」或「足夠量」為足以產生包括臨床結果之有利或所需結果的含量。有效量可以一或多次投藥方式投與。「治療有效量」為可產生有利臨床結果之含量，該等結果包括但不限於緩解與病毒感染相關之一或多種症狀，及預防疾病(例如預防感染之一或多種症狀)。
根據第一項實施例，本發明係關於用於監測、修改或調整治療(與投與患者免疫原性組合物有關)的物質及方法。該等物質及方法係基於患者體內至少一種生物標記之含量，且包括在開始治療之後，至少一次測量患者生物樣本(例如血清或血漿)中至少一種生物標記的含量的步驟。根據較佳實施例，該生物標記為干擾素伽馬(干擾素γ或INFγ)。
本發明提供一種於活體外評估將免疫原性組合物投與患者之治療法(亦即免疫療法治療法)的效力之方法。
根據本發明，術語「評估」應理解為「監測、修改或調整」與將免疫原性組合物投與患者有關之治療法。
在某些態樣中，該方法包括在免疫療法治療之後，以患者的干擾素γ含量為基礎，評估免疫療法治療之效力。
在某些態樣中，本方法包括在免疫療法治療法之後，測定患者的干擾素γ含量；並以干擾素γ含量為基礎評估免疫療法治療法之效力。
在某些態樣中，本方法包括於免疫療法治療之後數週，至少一次測定患者的干擾素γ含量；並以干擾素γ含量為基礎評估該免疫療法治療之效力。
在某些態樣中，本方法可進一步包括在免疫療法治療之前，測定患者的干擾素γ含量。
開始免疫療法治療與測定干擾素γ之間之時間可為1天至約48週或更長時間(例如約1天至約1週、約1週至約2週、約2週至約4週、約4週至約8週、約8週至約12週、約12週至約16週、約16週至約24週、約24週至約48週、或更長時間)。在本發明之一項較佳實施例中，時間間隔為約5週。類似地，其他測定(亦即第3次、第4次、第5次等測定)可在第2次測定之後，隔相同時間間隔進行。
根據本發明之特定實施例，「免疫療法治療法」係由至少一次投與患者免疫原性組合物所組成，根據特定實施例，該「免疫療法治療法」包括將免疫原性組合物連續投與患者，更特定言之，其包括於至少兩週期間，較佳於至少六週期間投藥。
在相關態樣中，本方法包括在向患者投與免疫原性組合物後，測定該患者之干擾素γ含量；比較該含量與截斷值；並以干擾素γ含量與截斷值之比較為基礎，評估該免疫療法治療法之效力。
根據本發明之特定實施例，「干擾素γ含量」意指可測得之干擾素γ含量，「可測得」之定義為檢測極限，更特定言之，即用於測定干擾素γ含量之測試/方法(Luminex、Elisa、等)的檢測極限。一種測試/方法之檢測極限可輕易地以常規方法確定。
根據特定實施例，截斷值及/或檢測極限為較佳如利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析(Multi-analyte plasma protein profiling)測定，為約4 pg/ml(例如於血漿中4.6 pg/ml)(參見實例1)。熟習另一種測試/方法(例如Elisa)者不難確定一種特定測試中相當於利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測得該約4 pg/ml的截斷值及/或檢測極限之當量。根據特定實施例，該根據本發明之截斷值可定義為相當於如利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測得之截斷值的當量。「相當於如利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測得之截斷值的截斷值當量」意指該截斷值對患者之判斷與利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測得截斷值對患者之判斷相同。
根據特定實施例，本發明係關於一種用以評估與投與患者免疫原性組合物有關之治療法效力的方法，包括：
(i)投與該受檢者一或多劑該免疫原性組合物；
(ii)至少在其中一次進行該投與後，測定該受檢者體內之干擾素γ含量。
根據特定實施例，本發明係關於一種用以評估與投與患者免疫原性組合物有關之治療法的效力之方法，包括：
(i)投與該受檢者一或多劑該免疫原性組合物；
(ii)至少在其中一次投與後，測定該受檢者體內之干擾素γ含量；
(iii)其中利用Luminex系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測之高於約4 pg/ml(例如4.6 pg/ml)之干擾素γ含量表示，該受檢者對該治療顯示具有成功的臨床結果，即存活率增加。
根據本發明之替代性實施例，本發明方法進一步包括初始步驟，其係由在投與免疫原性組合物之前，測定該患者體內之干擾素γ含量所組成。
根據本發明，係從獲自患者之生物樣本中測定干擾素γ含量。生物樣本包括但不限於血液及其他生物來源之液體樣本、諸如切片樣本之固體組織樣本。在一項較佳實施例中，生物樣本為血液、血漿或血清，其中自患者獲取樣本為相當簡單且非侵入性之過程。獲得血液或血清之方法為相關技術中已熟知，且不為本發明之一部分。
另外，已知用於偵測及定量包括瞬時生物標記之多肽的許多方法。該等方法包括但不限於以抗體為基礎之方法，更特定言之，以單株抗體為基礎之方法。偵測及定量該生物標記之特定方法對本發明並不重要。例如可與Luminex技術(Luminex公司，Austin,Tex.)或酶聯免疫吸附檢定法(enzyme-linked immunosorbant assays)(ELISA，可購得多種ELISA套組，例如購自CliniScience,Diaclone,Biosource)一起使用本發明材料及方法。
如文中所用，術語「免疫原性組合物」、「疫苗組合物」、「疫苗」或類似術語可相互交換地使用，且意指一種藥劑，其適於激發/誘發/增加患者免疫系統，以改善當前之病症，或預防或減少當前或將來之害處或感染(包括病毒、細菌、寄生生物感染)，例如減少腫瘤細胞增殖或存活，減少病原體複製或在受檢者體內散播，或可偵測性地減少與病症相關之有害症狀，延長患者存活時間。該免疫原性組合物可包括(i)至少一種標靶抗原之全部或部分，及/或(ii)至少一種重組載體，其於活體內可表現至少一種異種核苷酸序列的全部或部分，特定言之，表現可編碼至少一種標靶抗原之全部或部分的異種核苷酸序列。根據一項替代性實施例，本發明免疫原性組合物包括(iii)單獨僅有或併與(i)及/或(ii)組合之至少一種免疫反應改質劑。該等免疫反應改質劑(IRM)實例包括CpG寡核苷酸(參見例如US 6,194,388、US 2006094683、WO 2004039829)、脂多醣、聚肌苷酸：聚胞苷酸複合物(Kadowaki，等人，2001,J. Immunol. 166,2291-2295)、及已知之誘發樹突狀細胞及/或單核細胞/巨噬細胞產生細胞激素之多肽及蛋白質。該等免疫反應改質劑(IRM)之其他實例為小型有機分子，諸如咪唑喹啉胺、咪唑吡啶胺、6,7-稠合環烷基咪唑吡啶胺、咪唑萘啶胺、噁唑喹啉胺、噻唑喹啉胺及1,2-橋連咪唑喹啉胺(參見例如US 4,689,338；US 5,389,640；US 6,110,929；及US 6,331,539)。
如文中所用，術語「抗原」係指能夠成為免疫反應之標靶的任何物質，包括複雜抗原(例如腫瘤細胞、受病毒感染之細胞、等)。抗原可為(例如)患者之細胞介導性免疫反應及/或體液免疫反應的標靶。術語「抗原」包括例如病毒抗原、腫瘤特異性或腫瘤相關性抗原、細菌抗原、寄生生物抗原之全部或部分，諸如：
-　病毒抗原包括例如以下病毒之抗原：肝炎病毒A、B、C、D及E、HIV、疱疹病毒、巨大細胞病毒、水痘帶狀疱疹病毒、乳頭瘤病毒、艾伯斯坦-巴爾(Epstein Barr)病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、腺病毒、柯沙奇(coxsakie)病毒、細小核糖核酸病毒、輪狀病毒、呼吸道融合性病毒、痘病毒、鼻病毒、風疹病毒、微小病毒、流行性腮腺炎病毒、麻疹病毒；已知之病毒抗原之非限制性實例包括以下抗原：源自HIV-1之抗原，諸如tat、nef、gp120或gp160、gp40、p24、gag、env、vif、vpr、vpu、rev或其部分及/或組合；源自疱疹病毒之抗原，諸如gH、gL、gM、gB、gC、gK、gE或gD或其部分及/或組合；或中間體早期蛋白質，諸如源自HSV1或HSV2之ICP27、ICP47、ICP4、ICP36；源自巨大細胞病毒，特定言之人類巨大細胞病毒之抗原，諸如gB或其衍生物；源自艾伯斯坦-巴爾病毒之抗原，諸如gp350或其衍生物；源自水痘帶狀疱疹病毒之抗原，諸如gp1、11、111及IE63；源自肝炎病毒之抗原，諸如B型肝炎、C型肝炎或E型肝炎病毒抗體(例如外被膜蛋白質E1或E2、核心蛋白質、NS2、NS3、NS4a、NS4b、NS5a、NS5b、p7、或其部分及/或與HCV之組合)；源自人類乳頭瘤病毒病毒(例如HPV6、11、16、18)之抗原(如L1、L2、E1、E2、E3、E4、E5、E6、E7、或其部分及/或組合)；源自其他病毒病原體之抗原，諸如呼吸道融合性病毒(例如F及G蛋白質或其衍生物)、副流行性感冒病毒、麻疹病毒、流行性腮腺炎病毒、黃病毒(例如黃熱病病毒、登革熱病毒、蜱媒腦炎病毒、日本腦炎病毒)或流感病毒細胞之抗原(例如HA、NP、NA、或M蛋白質、或其部分及/或組合)；
-　腫瘤特異性或相關性抗原，包括但不限於癌瘤、淋巴瘤、母細胞瘤、肉瘤、及白血病。該等癌症之更特定言之的實例包括乳癌、前列腺癌、結腸癌、鱗狀上皮細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸道癌、胰腺癌、神經膠質母細胞癌、子宮頸癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝腫瘤、結腸直腸癌、子宮內膜癌、唾液腺癌、腎癌、肝癌、陰道癌、甲狀腺癌、肝瘤癌及多種類型之頭部及頸部癌、腎癌、皮膚惡性黑色素瘤、喉癌、前列腺癌。癌症抗原為可強力刺激明顯的腫瘤特異性免疫反應之抗原。一些該等抗原係由正常細胞編碼，雖然並不必然會表現。該等抗原之特徵為：在正常細胞中通常是沉默的(亦即不表現)、僅以低含量表現、或處於分化之某些階段表現、及暫時表現，諸如胚胎及胎兒抗原。其他癌症抗原係由突變細胞基因所編碼，諸如致癌基因(例如，經活化ras致癌基因)、抑制子基因(例如，突變的p53)、內部缺失或染色體移位後所導致之融合蛋白質。其他癌症抗原可由病毒基因編碼，諸如彼等RNA及DNA腫瘤病毒所攜帶者。腫瘤特異性或腫瘤相關性抗原的一些非限制性實例包括MART-1/Melan-A、gp100、二肽基肽酶IV(DPPIV)、腺苷酸脫胺酶結合性蛋白質(ADAbp)、親環素b、結腸直腸相關性抗原(CRC)-C017-1A/GA733、癌胚抗原(CEA)及其免疫原性抗原決定基CAP-1及CAP-2、etv6、amll、前列腺特異性抗原(PSA)及其免疫原性抗原決定基PSA-1、PSA-2、及PSA-3、前列腺特異性膜抗原(PSMA)、T-細胞受體/CD3-ζ鏈、MAGE家族腫瘤抗原(例如MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A5、MAGE-A6、MAGE-A7、MAGE-A8、MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A11、MAGE-A12、MAGE-Xp2(MAGE-B2)、MAGE-Xp3(MAGE-B3)、MAGE-Xp4(MAGE-B4)、MAGE-C1、MAGE-C2、MAGE-C3、MAGE-C4、MAGE-C5)、GAGE家族腫瘤抗原(例如GAGE-1、GAGE-2、GAGE-3、GAGE-4、GAGE-5、GAGE-6、GAGE-7、GAGE-8、GAGE-9)、BAGE、RAGE、LAGE-1、NAG、GnT-V、MUM-1、CDK4、酪胺酸酶、p53、MUC家族(例如MUC-1)、HER2/neu、p21ras、RCAS1、α-鐵蛋白、E-鈣黏素、α-索烴素、β-索烴素及γ-索烴素、p120ctn、gp100.sup.Pme1117、PRAME、NY-ESO-1、cdc27、大腸瘜肉症蛋白(APC)、胞衬蛋白(fodrin)、連接蛋白37、Ig-個體基因型、p15、gp75、GM2及GD2神經節苷脂、病毒產物(諸如人類乳頭瘤病毒蛋白質、Smad家族腫瘤抗原、1mp-1、P1A、經EBV編碼之核抗原(EBNA)-1、腦糖原磷酸酶、SSX-1、SSX-2(HOM-MEL-40)、SSX-1、SSX-4、SSX-5、SCP-1及CT-7、及c-erbB-2；
-　細菌抗原包括(例如)源自如下之抗原：引起TB及痲瘋之分枝菌、肺炎球菌、好氧型革蘭氏陰性桿菌、黴漿菌、葡萄球菌病原體、鏈球菌病原體、沙門氏菌、衣原體、奈瑟氏菌(neisseriae)；
-　其他抗原包括(例如)獲自瘧原蟲病、利什曼原蟲病(leishmaniasis)、錐蟲病(trypanosomiasis)、弓蟲病(toxoplasmosis)、血吸蟲病(schistosomiasis)、絲蟲病(filariasis)之抗原。
根據一項特定實施例，該抗原係由異種核苷酸序列編碼，且係由重組載體於活體內表現。
在一項特定佳之實施例中，本發明異種核苷酸序列係編碼以下一或多種抗原之全部或部分：HBV-PreS1 PreS2及表面外被膜蛋白質、核蛋白質及polHIV-gp120 gp40、gp160、p24、gag、pol、env、vif、vpr、vpu、tat、rev、nef；HPV-E1、E2、E3、E4、E5、E6、E7、E8、L1、L2(參見例如WO 90/10459、WO 98/04705、WO 99/03885)；HCV外被膜蛋白質E1或E2、核蛋白質、NS2、NS3、NS4a、NS4b、NS5a、NS5b、p7(參見例如WO2004111082、WO2005051420)；Muc-1(參見例如US 5,861,381、US6,054,438、WO98/04727、WO98/37095)。
根據本發明之變化，免疫原性組合物包含至少2種抗原，或編碼至少2種抗原之異種核苷酸序列，或編碼至少2種抗原之至少2種異種核苷酸序列，或其組合。
根據另一項特定實施例，該本發明異種核苷酸序列編碼選自以下組成之群的HPV抗原之全部或部分：HPV之E6早期編碼區域、HPV之E7早期編碼區域、及其衍生物或組合。
根據本發明之由重組載體編碼之HPV抗原係選自由以下組成之群：HPV E6多肽、HPV E7多肽或HPV E6多肽及HPV E7多肽。本發明包括使用對p53之結合力改變或至少顯著減小之任一HPV E6多肽，及/或使用對Rb之結合力改變或至少顯著減小之任一HPV E7多肽(Munger等人，1989,EMBO J. 8,4099-4105；Crook等人，1991,Cell 67,547-556；Heck等人，1992,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89,4442-4446；Phelps等人，1992,J. Virol. 66,2148-2427)。適於本發明目的之非致癌性HPV-16 E6變體之位於約第118位至約第122位之一或多個胺基酸殘基已缺失(+1表示天然HPV-16 E6多肽之首個甲硫胺酸殘基，以全部第118至第122位殘基缺失者(CPEEK)為特別佳)。適於本發明目的之非致癌性HPV-16 E7變異體之位於約第21位至約第26位上之一或多個胺基酸殘基已缺失(+1表示天然HPV-16 E7多肽之首個甲硫胺酸殘基，以第21至第26位殘基全部缺失者(DLYCYE)為特別佳)。根據較佳實施例，用於本發明之一或多種HPV-16早期多肽係經進一步之修改，以改善I類MHC及/或II類MHC展現，及/或以刺激抗-HPV免疫。HPV E6及E7多肽為核蛋白質，且先前已顯示膜展現可改善其治療效力(參見例如WO 99/03885)。因此，建議修改至少一種HPV早期多肽，使其可錨定於細胞膜。可藉由在HPV早期多肽中併入膜-錨定序列及(若天然多肽缺少，則)併入分泌序列(亦即信號肽)輕易地實現膜錨定化。在相關技術中已知膜-錨定及分泌序列。簡言之，分泌序列存在於膜展現或分泌多肽之N-末端，並引發該等多肽傳遞至內質網(ER)。其通常包括15至35個基本上疏水性之胺基酸，隨後藉由特定之位於ER內之肽鏈內切酶將其移除，產生成熟多肽。天然膜-錨定序列通常高度疏水，並可將多肽錨定於細胞膜(參見例如Branden及Tooze,1991,in Introduction to Protein Structure p. 202-214,NY Garland)。
多種膜-錨定及分泌序列可用於本發明之範圍。其可獲自包含其之任一膜-錨定及/或分泌多肽(例如細胞性或病毒性多肽)，諸如兔醣蛋白、HIV病毒外被膜醣蛋白、或麻疹病毒F蛋白質、或可合成。用於插入根據本發明使用之各早期HPV-16多肽的膜錨定及/或分泌序列可具有相同或不同之來源。分泌序列之較佳插入位點為起始轉譯之密碼子的N-末端下游，且膜-錨定序列之較佳插入位點係位於C-末端，例如終止密碼子之緊鄰上游。
用於本發明之HPV E6多肽較佳係藉由插入麻疹F蛋白質之分泌及膜-錨定信號序列加以修飾。視需要或在組合中，用於本發明之HPV E7多肽較佳係藉由插入兔醣蛋白之分泌及膜-錨定信號序列加以修飾。
亦可藉由使用編碼免疫增強劑多肽之一或多種核酸改善重組載體之治療效力。例如，宜使HPV早期多肽連接至以下多肽：諸如鈣網蛋白(calreticulin)(Cheng等人，2001,J. Clin. Invest. 108,669-678)、結核分枝桿菌熱休克蛋白70(HSP70)(Chen等人，2000,Cancer Res. 60,1035-1042)、泛素(Rodriguez等人，1997,J. Virol. 71,8497-8503)或諸如綠膿桿菌外毒素A之細菌毒素的移位區域(ETA(dIII))(Hung等人，2001 Canser Res. 61,3698-3703)。
根據另一項實施例，根據本發明之重組載體包括編碼一或多種上述定義之早期多肽(且更特定言之，HPV-16及/或HPV-18早期E6及/或E7多肽)的核酸。
根據另一項特定且較佳實施例，該本發明異種核苷酸序列係編碼MUC 1抗原或其衍生物之全部或部分。
根據另一項特定實施例，該本發明異種核苷酸序列編碼以下一或多種多肽之全部或部分：HCV外被膜蛋白質E1或E2、核蛋白質、NS2、NS3、NS4a、NS4b、NS5a、NS5b、p7或其衍生物。根據另一項特定實施例，該本發明異種核苷酸序列編碼一或多種非天然組態之融合蛋白質，其意指至少其中一種NS多肽存在之順序與天然組態不同。因此，若該融合蛋白質包括NS3多肽、NS4A多肽及NS5B多肽，則天然組態可為NS3-NS4A-NS5B，其中NS3位於N-末端，且NS5B位於C-末端。與之相對的，非天然組態可為NS5B-NS3-NS4A、NS5B-NS4A-NS3、NS4A-NS3-NS5B、NS4A-NS5B-NS3或NS3-NS5B-NS4A。特定言之，根據本發明之融合蛋白質包括至少一種以下融合蛋白質：
○與NS3多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合之NS4A多肽；
○與NS5B多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合之NS3多肽；
○與NS5B多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合之NS4B多肽；
○與NS3多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合之NS4A多肽，該NS3多肽又與NS4B多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合；及/或
○與NS4B多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合之NS3多肽，該NS4B多肽又與NS5B多肽之N-末端直接融合或透過連接子融合。
於本發明融合蛋白質之該特定部分中，各NS多肽可相互獨立地為天然或經修飾。例如，包含於NS4A-NS3部分之NS4A多肽可為天然，而NS3多肽則包括至少一種如下所述之修改。
若需要，用於本發明之核酸分子可經最優化而提供於特定寄主細胞或生物(例如人類寄主細胞或生物)中高度表現之標靶抗原(例如HPV早期多肽)。密碼子最優化之常用方法為：將一或多個對應於不常用於哺乳動物寄主細胞之密碼子的「天然」(例如HPV)密碼子替代為一或多個較常使用之編碼相同胺基酸之密碼子。此可藉由常用突變化方法或藉由化學合成技術(例如導致一合成核酸)達成。並不一定替代所有對應於不常使用之密碼子的天然密碼子，因為甚至部分取代即可使表現增加。此外，從嚴守密碼子至最優化密碼子用法之某些變化誤差可以加以製造，以方便限制性位點之引入。
如文中所用，術語「重組載體」係指病毒及非病毒載體，包括染色體外(例如，離合染色小體)、多副本及整合載體(亦即，用以併入至寄主染色體之載體)。對本發明具特別重要性的係用於基因療法之載體(亦即能夠遞送核酸至寄主生物者)及用於多種表現系統之表現載體。適當的非病毒載體包括質粒，諸如pREP4、pCEP4(Invitrogene)、pCI(Promega)、pCDM8(Seed,1987,Nature 329,840)、pVAX及pgWiz(Gene Therapy System Inc；Himoudi等人，2002,J. Virol. 76,12735-12746)。適當的病毒載體可源自於多種不同病毒(例如逆轉錄病毒、腺病毒、AAV、痘病毒、疱疹病毒、麻疹病毒、泡沫病毒及類似病毒等)。如文中所用，術語「病毒載體」包括載體DNA/RNA以及其所產生之病毒顆粒。病毒載體可呈複製-感受態形式，或是在遺傳學上是失能狀態而呈現為複製-缺陷態或複製-受損態。如文中所用之術語「複製-感受態」包括選擇性複製及條件下複製的病毒載體，其係經改造而可在特定寄主細胞(例如腫瘤細胞)中複製地更好或選擇性複製。
在一態樣中，用於本發明之重組載體為腺病毒載體(參見「Adenoviral vectors for gene therapy」，2002,Ed D. Curiel及J. Douglas,Academic出版社)。其可源自多種人類或動物來源，且可使用自腺病毒血清型1直至51的任一血清型。以人類腺病毒2(Ad2)、5(Ad5)、6(Ad6)、11(Ad11)、24(Ad24)及35(Ad35)為特別佳。該等腺病毒可獲自美國類型菌種收集中心(American Type Culture Collection)(ATCC,Rockville,Md.)，且已有許多文獻闡述其序列、機制、製造方法，相關技術者可使用該等訊息(參見例如US 6,133,028；US 6,110,735；WO 02/40665；WO 00/50573；EP 1016711；Vogels等人，2003,J. Virol. 77,8263-8271)。
用於本發明之腺病毒載體可呈複製-感受態。熟習此項技術者可輕易獲得複製-感受態腺病毒載體之許多實例(參見例如Hernandez-Alcoceba等人，2000,Human Gene Ther. 11,2009-2024；Nemunaitis等人，2001,Gene Ther. 8,746-759；Alemany等人，2000,Nature Biotechnology 18,723-727)。例如，其可藉由於E1A CR2區域中刪除(參見例如WO 00/24408)及/或藉由以組織、腫瘤或細胞狀態-特異性啟動子代替天然E1及/或E4啟動子(參見例如US 5,998,205,WO 99/25860,US 5,698,443,WO 00/46355,WO 00/15820及WO 01/36650)，自野生型腺病毒基因體改造而得。
或者，用於本發明之腺病毒載體係呈複製-缺陷態(參見例如WO 94/28152；Lusky等人，1998,J. Virol 72,2022-2032)。較佳複製-缺陷態腺病毒載體為E1缺陷型(參見例如US 6,136,594及US 6,013,638)，其具有自約第459位延伸至第3328位，或自約第459位延伸至第3510位之E1-缺失(可參見揭示於GeneBank之登錄號M 73260或揭示於Chroboczek等人，1992,Virol. 186,280-285之5型人類腺病毒之序列)。可藉由刪除腺病毒基因體之其他位點(非必須E3區域或其他必須E2、E4區域之全部或部分)而進一步改善選殖能力。如Chartier等人(1996,J. Virol. 70,4805-4810)所述，可透過同源重組將核酸插入腺病毒載體之任一位點。例如，可插入編碼HPV-16 E6多肽之核酸，以替代E1區域，且可插入編碼HPV-16 E7多肽之核酸，以替代E3區域，反之亦然。
在另一且較佳態樣中，用於本發明之載體為痘病毒載體(參見例如Cox等人，「Viruses in Human Gene Therapy」Ed J. M. Hos,Carolina Academic出版社)。根據另一項較佳實施例，其係選自由痘病毒組成之群：適宜痘病毒包括但不限於哥本哈根病毒株(Copenhagen strain)(Goebel等人，1990,Virol. 179,247-266及517-563；Johnson等人，1993,Virol. 196,381-401)、惠氏病毒株(Wyeth strain)及衍生自彼等之高度減毒之減毒病毒(包括MVA)(請參見Mayr,A.,等人，1975,Infection 3,6-14)及其衍生物(諸如MVA痘病毒株575(ECACC V00120707-US 6,913,752)、NYVAC(參見WO 92/15672-Tartaglia等人，1992,Virology,188,217-232)。對MVA基因體之全部序列之確定及其與哥本哈根VV基因體之比較使得可精確鑒別出現於MVA基因體之七種缺失型(I至VII)(Antoine等人，1998,Virology 244,365-396)，其任一種均可用於插入編碼抗原之核酸。載體亦可獲自痘病毒科之任一其他成員，特定言之雞痘(例如TROVAC，參見Paoletti等人，1995,Dev Biol Stand.,84,159-163)；鳥痘(例如ALVAC,WO 95/27780,Paoletti等人，1995,Dev Biol Stand.,84,159-163)；鴿痘；水痘等。例如，熟習此項技術者可參考WO 92/15672(以引用的方式併入)，其闡述引入表現載體之方法，該載體係基於能夠表現該等異種核苷酸序列(特定言之編碼抗原之核苷酸序列)之痘病毒。
熟習此項技術者可獲得之許多文獻已闡述插入核酸之基本技術及如何在痘病毒基因體中表現所需之相關規則要素(Paul等人，2002,Canser gene Ther. 9,470-477；Piccini等人，1987,Methods of Enzymology 153,545-563；US 4,769,330；US 4,772,848；US 4,603,112；US 5,100,587及US 5,179,993)。通常係透過存在於病毒基因體及帶有欲插入核酸之質粒上之重疊序列(亦即所需插入位點)之間進行同源性重組作用。
較佳將編碼本發明抗原之核酸插入至痘病毒基因體之非必須位點，以保持重組痘病毒之活性及感染性。非必須區域為不編碼之基因間區域，或為在失去活性或缺失後不顯著損及病毒生長、複製或感染之任一基因。亦可考慮插入必須病毒位點，其限制條件為於導入病毒顆粒期間，以反式方式提供缺失之功能，例如藉由使用攜帶對應於在痘病毒基因體中之缺失序列的互補序列的助手細胞株。
當使用哥本哈根痘病毒時，較佳將編碼抗原之核酸插入胸苷激酶基因(tk)(Hruby等人，1983,Proc. Natl. Acad. Sci USA 80,3411-3415；Weir等人，1983,J. Virol. 46,530-537)。然而，其他插入位點亦為適宜，例如插入至血球凝集素基因(Guo等人，1989,J. Virol. 63,4189-4198)、插入至K1L基因座、插入至u基因(Zhou等人，1990,J. Gen. Virol. 71,2185-2190)或已有文獻報導存在多種自發性或經改造之缺失的痘病毒基因體之左末端(Altenburger等人，1989,Archives Virol. 105,15-27；Moss等人1981,J. Virol. 40,387-395；Panicali等人，1981,J. Virol. 37,1000-1010；Perkus等人，1989,J. Virol. 63,3829-3836；Perkus等人，1990,Virol. 179,276-286；Perkus等人，1991,Virol. 180,406-410)。
當使用MVA時，可將編碼抗原之核酸插入至所定義缺失型I至VII之任一種、及插入至D4R基因座，但以插入至缺失型II或III為較佳(Meyer等人，1991,J. Gen. Virol. 72,1031-1038；Sutter等人，1994,Vaccine 12,1032-1040)。
當使用雞痘病毒時，雖然亦可考慮插入胸苷激酶基因，但較佳係將編碼抗原之核酸導入至位於ORF 7及9間之基因間區域(參見例如EP 314 569及US 5,180,675)。
根據一項特定實施例，該重組載體為重組質粒DNA或重組病毒載體。
根據另一項特定實施例，該重組病毒載體為重組腺病毒載體。
根據另一項特定實施例，該重組病毒載體為重組痘病毒載體。
根據一項較佳實施例，該重組疫苗載體為重組MVA載體。
較佳地，用於本發明之編碼抗原之核酸係以一種適於在寄主細胞或生物中表現的形式呈現，其意指該編碼抗原之核酸序列係處在寄主細胞或生物中一或多個對其表現所必須之調節序列之控制下。如文中所用，術語「調節序列」係指允許、有助於或調節核酸於指定寄主細胞中表現(包括複製(replication)、複製(duplication)、轉錄、剪接、轉譯、安定化及/或轉運核酸或其中一種衍生物(亦即mRNA)進入寄主細胞)任一序列。熟習此項技術者應瞭解可取決於諸如寄主細胞、載體及所需之表現水平等因素選擇調節序列。編碼抗原之核酸係以人工操作方式連接至在真核細胞中指導抗原核酸表現的基因表現序列。該基因表現序列為任一調節性核苷酸序列，諸如，啟動子序列或啟動子-增強子組合，其有利於與其以人工操作方式相連之抗原核酸的高效轉錄作用及轉譯作用。該基因表現序列可為(例如)哺乳動物或病毒啟動子，諸如，基本組成性或可誘發性啟動子。基本組成性哺乳動物啟動子包括但不限於以下基因之啟動子：次黃嘌呤核酸轉移酶(HPRT)、腺苷脫胺酶、丙酮酸激酶、b-活化素啟動子及其他基本組成性啟動子。於真核細胞中之基本組成性發揮作用之病毒啟動子實例包括(例如)獲自以下病毒之啟動子：巨大細胞病毒(CMV)、猿病毒(例如SV40)、乳頭狀瘤病毒、腺病毒、人類免疫缺陷病毒(HIV)、勞氏肉瘤病毒(Rous sarcoma virus)、巨大細胞病毒、莫洛尼氏白血病病毒(Moloney leukemia virus)之長末端重複序列(LTR)及其他反轉錄病毒、及單純疱疹病毒之胸苷激酶啟動子。其他基本組成性啟動子為彼等熟習此項技術者所知。適用於作為本發明基因表現序列之啟動子亦包括可誘發性啟動子。可誘發性啟動子係於誘發劑存在下表現。例如，金屬硫蛋白啟動子係在某種金屬離子存在下所誘發，以促使轉錄及轉譯作用。其他可誘發性啟動子係為一般技術者所知。基因表現序列通常包括(當需要時)分別涉及轉錄及轉譯起始之5'非轉錄及5'非轉譯序列，諸如TATA盒(TATA box)、加帽序列(capping sequence)、CAAT序列及類似序列等。明確言之，該等5'非轉錄序列包括啟動子區域，其包括用於轉錄控制與其以人工操作方式相連之抗原核酸的啟動子序列。基因表現序列選擇性地包括所需之增強子序列或上游活化子序列。用於痘病毒載體(參見下文)之較佳啟動子包括但不限於疫苗啟動子7.5K、H5R、TK、p28、p11及K1L、介於早期及晚期痘病毒啟動子之嵌合啟動子、及合成啟動子，諸如彼等闡述於Chakrabarti等人(1997,Biotechniques 23,1094-1097)，Hammond等人(1997,J. Virological Methods 66,135-138)及Kumar及Boyle(1990,Virology 179,151-158)中者。
啟動子具特別重要性，且本發明包括使用於多種寄主細胞中指導核酸表現的基本組成性啟動子、或僅於某些寄主細胞中指導核酸表現、或因應特定時間或外源因素(例如溫度、營養添加劑、激素或其他配體)指導核酸表現的基本組成性啟動子。適宜啟動子廣泛闡述於文獻中，且相關技術者可使用更明確言之病毒啟動子，諸如RSV、SV40、CMV及MLP啟動子。用於痘病毒載體之較佳啟動子包括但不限於疫苗啟動子7.5K、H5R、TK、p28、p11及K1L、介於早期及晚期痘病毒啟動子之間之嵌合啟動子、及合成啟動子，諸如彼等闡述於Chakrabarti等人(1997,Biotechniques 23,1094-1097)；Hammond等人(1997,J. Virological Methods 66,135-138)及Kumar及Boyle(1990,Virology 179,151-158)中者。
熟習此項技術者應瞭解，控制本發明核酸分子表現之調節要素可進一步包括用於下列過程之其他要素：在寄主細胞或生物體中針對轉錄作用做出恰當的起始作用、調節及/或終止(例如，polyA轉錄終止序列)、mRNA轉運(例如，核定位信號序列)、處理(例如，剪接信號)、及安定化(例如，內含子及非編碼性5'及3'序列)、轉譯作用(例如，肽信號、前肽、三聯先導序列、核糖體結合位點、Shine-Dalgamo序列等)。
或者，用於本發明之重組載體可進一步包括至少一種編碼至少一種細胞激素之核酸。適宜細胞激素包括但不限於介白素(例如IL-2、IL-7、IL-15、IL-18、IL-21)及干擾素(例如IFNγ、INFα)，以介白素IL-2為特別佳。當本發明重組疫苗包括表現細胞激素之核酸時，該核酸可由編碼一或多種抗原之重組載體所攜帶或由具有相同或不同起源之獨立重組載體所攜帶。
根據一項較佳實施例，本發明所使用之重組體是編碼MUC1抗原或其衍生物之全部或部分、及至少一種上述所列之細胞激素，且較佳者是介白素，特別是IL2。
包括上述重組病毒載體之感染性病毒顆粒可藉由常規性方法製得。示例性方法包括以下步驟：
a.　將病毒載體導入至適宜細胞株中，
b.　在適宜條件下培養該細胞株，以便產生該種感染性病毒顆粒，
c.　自該細胞株培養物中回收所產生之感染性病毒顆粒，及
d.　選擇性地純化該經回收之感染性病毒顆粒。
適於培養腺病毒載體之細胞為(例如)293細胞、PERC6細胞、HER96細胞、或揭示於WO 94/28152、WO 97/00326、US 6,127,175中之細胞。
適於培養痘病毒載體之細胞為鳥類細胞、且最佳者為獲自受精雞蛋之雞胚的初代培養的雞胚胎纖維母細胞(CEF)。
可自培養物上清液或經裂解後之細胞(例如藉由化學方法、冷凍/融解、滲透休克、機械休克、超音波及類似方法)回收感染性病毒顆粒。可藉由連續幾輪之斑塊純化作用，分離出病毒顆粒，並隨後利用相關技術中之技術(層析法、於氯化銫或葡萄糖梯度上之超離心分離)純化。
根據另一項實施例，本發明方法可與用於預測治療效力，更特定言之用於預測免疫療法治療之效力的其他方法組合。例如生物標記之含量，諸如經活化NK細胞之含量(參見主張EP 08305876.8之優先權的專利申請案)或sICAM-1之含量(參見主張EP 09305032.6之優先權的專利申請案)。
若需要，投與根據本發明免疫原性組合物可與一或多種常用治療方法(例如放射術、化學療法及/或手術)一起進行。使用多種治療方法可提供給所選患者更為廣泛基礎之介入。在一項實施例中，投與根據本發明免疫原性組合物可在手術介入之前或之後進行。在另一項實施例中，其可在放射療法(例如伽馬放射)之前或之後進行。彼等熟習此項技術者可輕易地制定出適宜放射療法方案及可使用之參數(參見例如Perez及Brady,1992,Principles及Practice of Radiation Oncology，第二版。JB Lippincott Co；彼等熟習此領域技術者可進行改變及修改)。在另一項實施例中，投與根據本發明免疫原性組合物係與使用一或多種藥物(例如常用於治療或預防病毒感染、病毒相關之病症、癌症等之藥物)之化學療法聯合。
本發明因此係關於一種改善正接受使用化學治療劑之化學療法治療的癌症患者的治療效果之方法，該方法包括如下步驟：
-　投與患者一或多劑根據本發明免疫原性組合物及一或多劑化學治療劑，
-　至少在其中一次投與免疫原性組合物後，測定該受檢者體內之干擾素γ含量；
-　其中高於約4 pg/ml(例如4.6 pg/ml)之干擾素γ含量表示，該受檢者對該治療顯示具有成功的臨床結果，即存活率增加。
根據一項實施例，在投與該免疫原性組合物之前投與該化學治療劑。
根據另一項實施例，在投與該免疫原性組合物之後投與該化學治療劑。
根據另一項實施例，在投與該免疫原性組合物的同時投與該化學治療劑。
在另一項實施例中，根據引發-加強療法方式實施本發明之方法或用途，該引發-加強療法方式包括連續投與一或多種引發組合物及一或多種加強組合物。典型地，該引發及該強化組合物係使用不同的媒介體，該媒介體包括或編碼至少一種常見抗原區域。首先投與該寄主生物體引發組合物，隨後在一段自1天至12個月之時期之後，投與同一寄主生物體強化組合物。本發明方法可包括1至10次連續投與引發組合物，隨後1至10次連續投與強化組合物。合意地，注射間隔為1週至6個月。此外，引發及強化組合物可以相同或不相同投與途徑，在同一位置或不同位置施用。
根據一項特定實施例，本發明係關於上述方法，其中該人類疾病為癌症。
根據一項特定實施例，該癌症為(例如)乳癌、結腸癌、腎癌、直腸癌、肺癌、頭部及頸部之癌症、腎癌、皮膚惡性黑色素瘤、喉癌、卵巢癌、子宮颈癌、前列腺癌、非小細胞肺癌(NSCLC)、血癌、胃癌、骨髓癌。
根據一項較佳實施例，該癌症為非小細胞肺癌(NSCLC)。
根據一項特定實施例，本發明係關於上述之方法，其中該人類疾病為感染性疾病。
根據一項較佳實施例，該感染性疾病為病毒所誘發之疾病，諸如，例如由HIV、HCV、HBV、HPV及其類似病毒所誘發之疾病。
根據一項特定實施例，在接受治療之患者群體中所觀察到的免疫反應係針對腫瘤特異性或腫瘤相關性抗原及/或病毒抗原的免疫反應。根據一項實施例，該患者群體之該「免疫反應」係針對不同的抗原。根據一項特定實施例，該患者群體之該「免疫反應」係針對MUC1抗原。根據另一項特定實施例，該患者群體之該「免疫反應」為T細胞免疫反應，且較佳為CD8+(細胞毒性T淋巴細胞)免疫反應。根據另一項特定實施例，該患者群體之該「免疫反應」為非特異性免疫反應。根據另一項特定實施例，該患者群體之該「免疫反應」為激發先天性免疫反應。
利用多種相關技術中之標準檢定法，於活體外或於活體內評估動物或人類生物體經投藥所誘發或刺激免疫反應的能力。對評估引發及活化免疫反應之可獲得技術一般性闡述請參見例如Coligan等人(1992及1994,Current Protocols in Immunology；ed J Wiley & Sons Inc,National Institute of Health)。細胞免疫之測定法可為：藉由測定經活化效應細胞所分泌之細胞激素型態(包括彼等源自CD4+及CD8+T-細胞者(例如藉由ELIspot，對可產生IL-10或IFN伽馬之細胞定量))；藉由確定免疫效應細胞之活化狀態(例如利用經典[3 H]胸苷吸收之T細胞增殖檢定法)；藉由檢定經激敏受檢者之抗原特異性T淋巴細胞(例如細胞毒性檢定中之肽特異性裂解)或藉由利用螢光MHC及/或肽多聚體(例如四聚體)，偵測抗原特異性T細胞。可藉由抗體結合及/或結合時之競爭力測定刺激體液反應的能力(參見例如Harlow,1989,Antibodies,Cold Spring Harbor出版社)。本發明方法於受適宜腫瘤-誘發性抗原激發之動物模型(例如表現MUC1之RMA細胞)亦是有效的，以測定抗腫瘤活性、反映對抗-抗原免疫反應之誘發或加強作用。
因此，本發明進一步係關於使接受免疫原性組合物而治療人類疾病之患者的存活時間延長之方法，該方法包括如下步驟：
-　投與患者一或多劑根據本發明之免疫原性組合物，
-　至少一次在投與根據本發明免疫原性組合物之後，測定該患者體內之干擾素γ含量(參見上文)。
根據另一項實施例，本發明係關於一種以干擾素γ作為生物標記之用途，用以預測接受免疫原性組合物之受檢者是或否對發展出預防性或治療性反應具有感受性，且以在投與免疫原性組合物之後出現預防性或治療性免疫反應為較佳。
根據另一項實施例，本發明係關於一種以干擾素γ作為生物標記之用途，用以監測、修改或調整投與患者免疫原性組合物有關之治療法。
更明確言之，本發明係關於一種以干擾素γ作為生物標記之含量之用途，用以監測、修改或調整與投與患者免疫原性組合物有關之治療法，其中在該投與後所測得高於約4 pg/ml(例如4.6 pg/ml)之干擾素γ含量表示，該受檢者對該治療法顯示具有成功的臨床結果，即存活率增加。
本發明亦提供套組，其包括用於操作文中所述方法且顯然可由文中所提供實例中了解的部件。該等部件之套組(群)可包括用於收集及/或測定血清中干擾素伽馬之含量的試劑。該等試劑可包括抗體。該等套組可進一步包括供收集及/或處理生物樣本之設備。該等套組亦可包括使用說明書、截斷值及/或其判定說明、及用於解釋使用該套組後所獲之數據的說明。
本發明進一步提供電腦程式及/或演算系統，以監測臨床試驗及干擾素伽馬含量，確定該等含量是否高於或低於閾值、及/或建議修改治療方法，以改善患者對免疫療法治療之反應。該等電腦程式或演算系統可與必要之硬體一起提供，例如呈套組或裝置形式，其亦可接受生物樣本並測定其中存在之干擾素伽馬的相對含量。上述電腦程式及/或裝置同樣可向醫生或臨床實驗研究者提供適宜指示及試劑，包括抗體。
本發明業已依示例方式加以說明，應瞭解所使用之術語係用於闡述而非限制。顯而易見地，可依據上述教示對本發明進行修飾及改變。因此應瞭解，可在附屬申請專利範圍內，依不同於文中所特定闡述之方法實施本發明。
所有上述所引用之專利揭示案、公開案及數據整體的全部內容係以引用的方式特別併入本文中，其引用程度就如同已特定地及個別地將各專利案、公開案或整體以引用的方式併入文中一般。
實例 圖示： 圖1：闡述以疫苗免疫療法治療肺癌時之存活曲線：於第43天，患者具有或不具有可偵測之干擾素γ
第一組：患者以治療疫苗(亦即免疫原性組合物)+化學療法治療，在第43天具有可偵測之干擾素γ。可偵測之定義為4.6 pg/ml之偵測極限。22名患者。存活時間中位數為25.4個月。
── 第二組：患者以治療疫苗(亦即免疫原性組合物)+化學療法治療，在第43天不具有可偵測之干擾素γ者不具有可偵測之定義係指周邊血液中sCD54<4.6 pg/ml。29名患者。存活時間中位數為10.14個月。
以對數級表示之顯著性差異 ：p=0.019
O完整的+不完整的
圖2：闡述以化學療法治療肺癌時之存活曲線：患者具有或不具有可偵測( 4.6 pg/ml)之干擾素γ
第一組：患者僅以化學療法治療(不使用治療疫苗)，在第43天具有可偵測之干擾素γ。可偵測之定義為在周邊血液中4.6 pg/ml。25名患者。存活時間中位數為8.5個月。
── 第二組：患者僅以化學療法治療(不使用治療疫苗)，在第43天不具有可偵測之干擾素γ的患者。不可偵測之定義為在周邊血液中IFNg<4.6 pg/ml。34名患者。存活時間中位數為12.8個月。
以對數級表示之顯著性差異：p=0.047
O完整的+不完整的
圖3：闡述以化學療法治療肺癌時之存活曲線：患者具有 4.6 pg/ml之干擾素γ
第一組：患者以治療疫苗(亦即免疫原性組合物)+化學療法治療，且具有可偵測含量之干擾素γ。可偵測含量之定義為在周邊血液中4.6 pg/ml。22名患者。存活時間中位數為25.4個月。
── 第二組：患者僅以化學療法治療(不使用TG4010疫苗)，且具有可偵測含量之干擾素γ。可偵測含量之定義為在周邊血液中干擾素γ4.6 pg/ml。25名患者。存活時間中位數為8.5個月。
以對數級表示之顯著性差異：p=0.002
O完全的+不完整的
實例1：
併與標準化學療法組合使用，將名為疫苗TG4010之免疫原性組合物用以治療非小型細胞肺癌(NSCLC)患者。
TG4010是一種重組經改質的安卡拉病毒(Modified Virus Ankara；MVA)，其會表現IL2及腫瘤相關性抗原MUC1。
隨機分配148名患者接受如下治療：
-只有化學療法(於每3週之第1天投與Cisplatin 75 mg/m2 且於第1天及第8天投與Gemcitabine 1250 mg/m2 ，計達6個週期)(第2研究群)或，
-化學療法連同TG4010(第1研究群)。
每6週評估腫瘤(WHO標準)。評估指標是在6個月時之無疾病進展存活率(progression-free survival；PFS)及治療分析之整體存活率。
於第43天採集血液樣本(每週1次注射，第6次後一週)，並立即送至中心免疫學實驗室，於該處將血漿樣本分成數份並冷凍。經冷凍經分裝的血漿置於乾冰上，整批送至第二中心實驗室，於該處評估干擾素γ含量。
利用Luminex系統，藉由多重分析血漿蛋白質概況分析評估血漿樣本之干擾素伽馬(干擾素γ)含量。偵測極限業已建立，係為4.6 pg/ml。
圖1顯示，當以TG4010疫苗及化學療法治療時，於第43天具有可偵測之干擾素γ的患者[第1研究群(TG4010+化學療法)]的存活時間(存活時間中位數=25.4個月)長於具有無法偵測到干擾素γ的患者(存活時間中位數=10.14個月)。
圖2之數據證實，可偵測之血漿干擾素γ與整體存活率間之正相關性侷限於接種治療疫苗之患者。在僅接受化學療法之第二組患者中，於第43天具有可偵測之血漿干擾素γ的患者的存活時間(8.5個月)少於於第43天不具有可偵測之干擾素γ的患者(12.8個月)。
圖3之數據證實，基於偵測患者於第43天之血漿干擾素γ選擇患者的效應侷限於接種治療疫苗之患者。圖3顯示，只要患者接受治療疫苗，於第43天具有可偵測之干擾素γ的患者具有較佳之存活率預期。
圖1顯示闡述以疫苗免疫療法治療肺癌時之存活率曲線：於第43天具有或不具有可偵測之干擾素γ的患者；
圖2顯示闡述以化學療法治療肺癌時之存活率曲線：具有或不具有可偵測(4.6 pg/ml)之干擾素γ的患者；及
圖3顯示闡述以化學療法治療肺癌時之存活率曲線：具有可偵測(4.6 pg/ml)之干擾素γ的患者。

Claims (19)

  1. 一種用以評估涉及將免疫原性組合物投與罹患癌症之患者之治療效力的活體外方法，該免疫原性組合物含有至少一種於活體內表現全部或部分之MUC1抗原及IL-2之重組病毒載體，該方法包括：至少在其中一次投與後，測定該受檢者體內之干擾素γ含量。
  2. 如請求項1之方法，其中若干擾素γ含量高於約4pg/ml，則表示該受檢者對該治療顯示具有成功的臨床結果。
  3. 如請求項2之方法，其中干擾素γ含量為高於約4.6pg/ml。
  4. 如請求項2之方法，其中該治療之成功的臨床結果為存活率增加。
  5. 如請求項1至4中任一項之方法，其中投與該受檢者之該免疫原性組合物包括至少一種免疫反應改質劑。
  6. 如請求項1之方法，其中該癌症為非小細胞肺癌或腎癌。
  7. 如請求項1之方法，其中開始該包含投與免疫原性組合物之治療與測定干擾素γ之間之時間為約4至約8週。
  8. 如請求項1或2之方法，其中開始該包含投與免疫原性組合物之治療與測定干擾素γ之間之時間為約5週。
  9. 如請求項1之方法，其中該干擾素γ含量係利用Luminex®系統之多重分析血漿蛋白質概況分析所測得。
  10. 如請求項1之方法，其中該干擾素γ含量係從選自由血液、血漿或血清樣本組成之群之生物樣本中測定。
  11. 如請求項1之方法，其中該重組病毒載體為複製-感受態。
  12. 如請求項1之方法，其中該重組病毒載體為複製-缺陷態。
  13. 如請求項1之方法，其中該重組病毒載體為重組腺病毒載體。
  14. 如請求項1之方法，其中該重組病毒載體為重組痘病毒載體。
  15. 如請求項14之方法，其中該重組痘病毒載體為重組MVA載體。
  16. 如請求項1之方法，其中該患者為經化學治療劑治療之患者。
  17. 如請求項16之方法，其中該化學治療劑之投與係與該免疫原性組合物之投與同時進行。
  18. 一種套組之用途，其係用於測試罹患癌症之患者是否對於包含投與免疫原性組合物之治療的方法有治療上之反應，其中該套組包含：(a)用於測定來自該患者之血液、血漿或血清樣本中干擾素γ之含量的抗體；及(b)用於解釋所獲得之數據的說明，其指出若干擾素γ含量高於約4pg/ml，則表示該受檢者對該治療顯示具有成功的臨床結果，其中該免疫原性組合物含有至少一種於活體內表現全部或部分之MUC1抗原及IL-2之重組病毒載體。
  19. 如請求項18之用途，其中干擾素γ含量為高於約4.6pg/ml。
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