TW202246498A

TW202246498A - 用於環介導恆溫擴增(lamp)病原體檢測的引子設計及用途

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Publication number: TW202246498A
Application number: TW111105150A
Authority: TW
Inventors: 約西亞戴維森; 江山王; 穆拉利Ｋ馬魯塔穆圖; 安德烈斯德克斯特; 莫希特維爾瑪
Original assignee: 普渡研究基金會
Priority date: 2021-02-11
Filing date: 2022-02-11
Publication date: 2022-12-01
Also published as: AR124855A1; US20220290261A1; WO2022174080A1

Abstract

本揭露內容係關於一種核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)，其可包含與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少85%一致的核苷酸序列。在一個實施例中，用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組可包含正向內引子(FIP)序列、反向內引子(BIP)序列、正向外引子(F3)序列、反向外引子(B3)序列、正向環引子(LF)序列及反向環引子(LB)序列。在另一個實施例中，檢測目標病原體之方法可包含提供引子組。

Description

用於環介導恆溫擴增(LAMP)病原體檢測的引子設計及用途

發明領域 相關申請案

本申請案主張2021年2月11日申請之美國臨時專利申請案序號63/148,527的權益，其全部內容以引用的方式併入本文中。

本發明係有關於用於環介導恆溫擴增(LAMP)病原體檢測的引子設計及用途。

發明背景

聚合酶鏈反應(PCR)為一種分子生物學技術，其允許出於各種分析目的擴增核苷酸。定量PCR (qPCR)為PCR之一種改編，其允許在PCR過程中監測目標核苷酸之擴增。診斷性qPCR已被應用於檢測可診斷感染性疾病、癌症及基因異常之核苷酸。反轉錄酶qPCR (RT-qPCR)為qPCR之一種改編，其允許檢測目標RNA核苷酸。由於此能力，RT-qPCR非常適用於檢測病毒病原體。然而，RT-qPCR需要相當大的常規設備，其在某些醫療點可能無法使用，且另外需要大量的樣本製備及時間來進行及獲得結果。

相比之下，環介導恆溫擴增(LAMP)為一種更簡單的診斷性鑑別目標核苷酸的方法。特定言之，LAMP為一種使特定目標核苷酸序列倍增的單操作核酸擴增方法。除了使用恆溫加熱過程之外，LAMP可使用視覺輸出測試指示劑，諸如簡單的顏色變化，而非PCR所需之更複雜的螢光指示劑。反轉錄酶LAMP (RT-LAMP)可如RT-qPCR一般使用，以鑑別RNA中是否存在目標核苷酸，且因此可用於診斷能力，以鑑別測試個體體內是否存在病毒病原體。因為LAMP更簡單，其可用更少的設備及樣本製備來進行，且因此更易於在醫療點諸如臨床、急診室及甚至在移動基礎上使用。

發明概要

本揭露內容係關於用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析及檢測個體體內之薩貝冠狀病毒( Sarbecovirus)目標病原體的技術(例如cDNA、引子組及方法)。

在一些揭露實施例中，核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)可包括與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少85%一致的核苷酸序列。在一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9 (例如SEQ ID NO: 1接合至SEQ ID NO: 2)至少85%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可包含SEQ ID NO: 1藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 2。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10 (例如SEQ ID NO: 3接合至SEQ ID NO: 4)至少85%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可包含SEQ ID NO: 3藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 4。

在一個態樣中，核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為50%或更少。在另一個態樣中，核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為40%或更少。在另一個態樣中，核苷酸序列之末端穩定性可小於-2.5 kcal/mol。在另一個態樣中，核苷酸序列之解鏈溫度可為約40℃至約62℃。在另一個態樣中，核苷酸序列之最小引子二聚化能量可小於-1.0 kcal/mol。在另一個態樣中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於50%一致。

在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少90%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少95%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合100%一致。

在一些揭露實施例中，用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組可包括：與SEQ ID NO: 1偶合至SEQ ID NO: 2之組合(例如SEQ ID NO: 9)至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3偶合至SEQ ID NO: 4之組合(例如SEQ ID NO: 10)至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之連接序列。在一個態樣中，連接序列可選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之連接序列。在一個態樣中，連接序列可選自表11。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為50%或更少。在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為40%或更少。在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之末端穩定性可小於-2.5 kcal/mol。在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之解鏈溫度可為約40℃至約62℃。在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之最小引子二聚化能量可小於-1.0 kcal/mol。在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於50%一致。

在另一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少90%一致。在另一個態樣中，BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少90%一致。在另一個態樣中，F3序列可與SEQ ID NO: 5至少90%一致。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6至少90%一致。在另一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7至少90%一致。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8至少90%一致。

在另一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少95%一致。在另一個態樣中，BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少95%一致。在另一個態樣中，F3序列可與SEQ ID NO: 5至少95%一致。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6至少95%一致。在另一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7至少95%一致。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8至少95%一致。

在另一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少100%一致，其等效於SEQ ID NO: 9。在另一個態樣中，BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少100%一致，其等效於SEQ ID NO: 10。在另一個態樣中，F3序列可與SEQ ID NO: 5至少100%一致。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6至少100%一致。在另一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7至少100%一致。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8至少100%一致。

在一些揭露實施例中，檢測個體體內之目標薩貝冠狀病毒病原體的方法可包括提供引子組。在一個態樣中，引子組可包括：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在一個態樣中，目標病原體可為選自以下之人類冠狀病毒：嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV (SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)、中東呼吸道症候群(MERS)-CoV (MERS-CoV)、SARS-CoV hCoV-HKU1、hCoV-OC43、hCoV-NL63及hCoV-229E。在一個態樣中，個體可為人類個體。在另一個態樣中，目標病原體可為嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)。

較佳實施例之詳細說明

在描述本發明實施例之前，應理解，本揭露內容不限於本文所揭露之特定結構、過程步驟或材料，而是擴展至一般熟習相關技術者所認可的其等效物。亦應理解，本文採用之術語僅用於描繪特定實例或實施例之目的，且不意欲為限制性的。不同圖式中之相同參考數字表示相同元件。流程圖及過程中提供之數字係為了清楚地說明步驟及操作而提供，且不一定指示特定順序或次序。

此外，所描述之特徵、結構或特性可以任何適合方式組合於一或多個實施例中。在以下描述中，提供許多具體細節，諸如組成物、儲存、投予等之實例，以提供對各種本發明實施例之透徹理解。然而，熟習相關技術者將認識到，此類詳細實施例不限制本文闡述之整體發明概念，而僅為其代表。定義

應注意，如本文所用，單數形式「一(a/an)」及「該」包括多個指代物，除非上下文另外明確規定。因此，例如，提及「賦形劑」包括提及此類賦形劑中之一或多者，且提及「載劑」包括提及此類載劑中之一或多者。

如本文所用，術語「調配物」及「組成物」可互換使用，且係指兩種或更多種化合物、元素或分子之混合物。在一些態樣中，術語「調配物」及「組成物」可用於指一或多種活性劑與載劑或其他賦形劑之混合物。

如本文所用，術語「可溶性」為物質或藥劑在其溶解於給定溶劑中之能力方面的量度或特徵。物質或藥劑在組成物之特定組分中的溶解度係指在諸如約25℃或約37℃之規定溫度下，溶解形成可見澄清溶液之物質或藥劑的量。

如本文所用，「個體」係指動物。在一個態樣中，動物可為哺乳動物。在另一個態樣中，哺乳動物可為人類。

如本文所用，當用於指本文所揭露之組成物的狀態時，「非液體」係指組成物之物理狀態為半固體或固體。在此書面描述中，術語「固體」之使用應為術語「半固體」提供明確支持，反之亦然。

如本文所用，「固體」及「半固體」係指組成物在標準溫度及壓力下支撐其自身重量且具有足夠的黏度或結構而不會自由流動的物理狀態。半固體材料在外加電壓下可符合容器的形狀。

如本文所用，「固相介質」係指非液體介質。在一個實例中，非液體介質可為具有多孔表面之材料。在另一個實例中，非液體介質可為具有纖維狀表面之材料。在另一個實例中，非液體介質可為紙。

如本文所用，當第一核苷酸序列偶合至連接序列之第一末端(例如5'或3'端)且第二核苷酸序列偶合至連接序列之第二末端(例如5'或3'端)時，第一核苷酸序列可藉由「連接序列」接合至第二核苷酸序列。在一個實例中，第一核苷酸序列可直接偶合至連接序列之第一末端，且第二核苷酸可直接偶合至連接序列之第二末端。

如本文所用，「正向內引子(FIP)」可為F1c引子及F2引子之組合。

如本文所用，「F1c」、「F2」、「反向內引子(BIP)」、「B1c」、「B2」、「正向外引子(F3)」、「反向外引子(B3)」、「正向環引子(LF)」、「反向環引子(LB)」係指RT-LAMP反應中使用之各種引子。此等術語為此項技術中眾所周知的且其公認的含義為本文所指的。

在本揭露內容中，「包含(comprises/comprising)」、「含有」及「具有」及其類似者可具有美國專利法賦予其之含義，且可意謂「包括(includes/including)」及其類似者，且一般解釋為開放式術語。術語「由……組成(consisting of/consists of)」為封閉式術語，且僅包括與此類術語一起具體列出的組分、結構、步驟或其類似物，以及符合美國專利法的內容。「基本上由組成(consisting essentially of/consists essentially of)」具有美國專利法通常賦予其之含義。特定言之，此類術語通常為封閉式術語，但允許包括實質上不影響結合其使用之項目的基本及新穎特徵或功能的額外項目、材料、組分、步驟或元件。舉例而言，存在於組成物中但不影響組成物性質或特徵之微量元素若以「基本上由……組成」的語言存在，即使在此類術語後之項目清單中未明確列出，仍為容許的。當在書面描述中使用如「包含」或「包括」之開放式術語時，應理解為亦直接支持「基本上由……組成」的語言以及「由……組成」的語言，如同明確地陳述一般，反之亦然。

本說明書及申請專利範圍中之術語「第一」、「第二」、「第三」、「第四」及其類似者，若存在，係用於區分類似元件，而不一定用於描述特定順序或時間次序。應理解，如此使用之任何術語在適當情況下可互換，使得本文所述之實施例例如能夠以除了本文所說明或以其他方式描述之順序以外的順序操作。類似地，若在本文中將方法描述為包含一系列步驟，則如本文中呈現之此類步驟之次序未必為可執行此類步驟之唯一次序，且可能省略某些所陳述步驟及/或本文中未描述之某些其他步驟可能添加至該方法中。

如本文所用，諸如「增加」、「減少」、「更好」、「更差」、「更高」、「更低」、「增強」、「最大化」、「最小化」及其類似者之比較術語係指裝置、組分、組成物或活性之特性與處於周圍或相鄰區域、處於類似位置、處於單個裝置或組合物或多個可比裝置或組合物、處於一個組或類別、處於多個組或類別之其他裝置、組分、組合物或活性或與已知目前先進技術相比有明顯的不同。

如本文所用，術語「偶合」定義為以化學、機械、電氣或非電氣方式直接或間接連接。本文中描述為彼此「相鄰」之物體可彼此物理接觸、彼此緊密接近或彼此處於相同的一般區域，視使用該片語的上下文而定。「直接偶合」係指物體、組件或結構彼此物理接觸且連接。

本文中出現的片語「在一個實施例中」或「在一個態樣中」未必全部係指同一個實施例或態樣。

如本文所用，術語「實質上」係指動作、特徵、特性、狀態、結構、項目或結果的完全或幾乎完全的範圍或程度。舉例而言，「實質上」封閉的物體意謂該物體完全封閉或幾乎完全封閉。在一些情況下，允許偏離絕對完整性的確切程度可能取決於具體情形。然而，一般而言，接近完成的程度將與獲得絕對及完全完成之情況下的總體結果相同。當用於負面內涵時，「實質上」之使用同樣適用於指完全或幾乎完全沒有動作、特徵、特性、狀態、結構、項目或結果。舉例而言，「實質上不含」粒子之組成物完全沒有粒子，或幾乎完全沒有粒子，其效果與完全沒有粒子之情況相同。換言之，「實質上不含」成分或元素之組成物實際上仍可含有此類項目，只要其不存在明顯影響即可。

如本文所用，術語「約」用於藉由規定給定值可「略高於」或「略低於」端點而為數值範圍端點提供靈活性。除非另有說明，否則根據特定數值或數值範圍使用術語「約」亦應理解為在沒有術語「約」之情況下為此類數值術語或範圍提供支持。舉例而言，為了方便及簡潔起見，「約50埃至約80埃」之數字範圍亦應理解為對「50埃至80埃」之範圍提供支持。此外，應理解，在本說明書中，提供對實際數值之支持，即使在術語「約」與其一起使用時。舉例而言，「約」30之敍述應解釋為不僅為略高於及略低於30之值提供支持，且亦為30之實際數值提供支持。

如本文所用，為方便起見，多個項目、結構元素、組成元素及/或材料可呈現於共同清單中。然而，此等清單應解釋為如同清單之每一成員個別地鑑別為單獨且獨特的成員。因此，在不存在相反指示的情況下，此類清單之個別成員不應僅僅基於其在共同組中之呈現而解釋為實際上等效於同一清單之任何其他成員。

濃度、量、位準及其他數值資料可在本文中以範圍格式來表達或呈現。應理解，此類範圍格式僅為了方便及簡潔而使用，且因此應靈活地解釋為不僅包括明確敍述為範圍界限之數值，且亦包括該範圍內涵蓋的所有個別數值或子範圍或小數單位，如同明確敍述各數值及子範圍一般。作為說明，「約1至約5」之數值範圍應解釋為不僅包括約1至約5之明確敍述之值，且亦包括指定範圍內之個別值及子範圍。因此，此數值範圍中包括諸如2、3及4之個別值及諸如1-3、2-4及3-5等之子範圍，以及個別地1、2、3、4及5。此同一原理適用於僅敍述一個數值作為最小值或最大值的範圍。此外，無論範圍之廣度或所描述之特徵如何，此類解釋均應適用。

本說明書通篇提及的「實例」意謂結合實例描述之特定特徵、結構或特徵包括在至少一個實施例中。因此，貫穿本說明書之各個地方出現的片語「在一實例中」未必皆指同一個實施例。 實例實施例

下文提供本發明實施例之初步概述，且接著進一步詳細描述特定實施例。此初步概述意欲幫助讀者更快速地理解技術概念，但並不意欲鑑別其關鍵或基本特徵，亦不意欲限制所主張主題之範疇。

由於所涉及之各種限制，選擇用於環介導恆溫擴增(LAMP)及反轉錄LAMP (RT-LAMP)之引子組可為困難的。首先，引子應具有足夠的穩定性，以使LAMP反應能及時進行。第二，當用作特定病原體之診斷測試時，引子應靶向與其他潛在病原體、共生體或背景基因體之重疊最小的獨特序列。第三，目標病原體之檢測極限應足夠低，以允許在低濃度下檢測目標病原體。第四，應控制假陽性率及假陰性率，以使檢測結果具有可靠性及顯著信賴度。第五，當在固體反應介質(例如紙)上進行LAMP反應時，在液體LAMP中可能不是問題的輕微缺陷可能造成問題。最後，在一些情況下，在以固體為主之介質中的反應速度可比在以液體為主之介質中的反應速度慢兩倍以上。

引子選擇之通用方法可依賴於引子之選定的特性。舉例而言，引子之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可提供粗略且現成的方式來估計引子之穩定性。然而，引子及相關工具之GC含量可能會產生誤導。因此，在數萬個核苷酸之基因體中尋找特定引子序列可涉及極端量的實驗。藉由使用選定的引子參數(例如核苷酸區域長度、引子長度、引子之間的距離、末端穩定性、解鏈溫度、最小引子二聚化能量、環引子及內引子之間的距離及基於反應速度、檢測極限及減少假陽性之篩選)之組合的過程，可顯著控制實驗的量。

由此類過程產生之核苷酸序列可具有效能特性(例如低假陽性、快反應速度及低檢測極限)。基於此過程鑑別之引子組之一為如本文所鑑別之RegX3.1引子組。在一個實施例中，RegX3.1引子組可包括如下十個引子：F1c引子、F2引子、B1c引子、B2引子、F3引子、B3引子、LF引子、LB引子、FIP引子及BIP引子，其可與10個不同的核苷酸序列相關。

舉例而言，在一個揭露實施例中，核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)可包括與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少85%一致的核苷酸序列。

在另一個揭露實施例中，用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組可包括：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列。在一些實施例中，SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合可為SEQ ID NO: 9。在其他實施例中，SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合可為SEQ ID NO: 10。

在另一個揭露實施例中，檢測個體體內來自薩貝冠狀病毒之目標病原體的方法可包括提供引子組。在一個態樣中，引子組可包括：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列。在一些實施例中，SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合可為SEQ ID NO: 9。在其他實施例中，SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合可為SEQ ID NO: 10。

考慮到上述背景，本揭露內容係關於用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之cDNA、引子組及方法。本揭露內容亦關於檢測個體體內來自薩貝冠狀病毒亞屬之目標病原體。本揭露內容亦關於用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之各種引子組。

在一個揭露實施例中，核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)可具有特定核苷酸序列。在一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、其類似者或其組合至少85%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、其類似者或其組合至少90%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、其類似者或其組合至少95%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、其類似者或其組合100%一致。

在一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9一致。在一個態樣中，SEQ ID NO: 9可為SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合。在一個實例中，當SEQ ID NO: 9與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之串聯(例如SEQ ID: 1接合至SEQ ID NO: 2，SEQ ID: 1與SEQ ID: 2之間無任何介入序列) 100%一致時，SEQ ID NO: 9可為SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合。

在一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9至少85%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9至少90%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9至少95%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9 100%一致。

在另一個態樣中，核苷酸序列可包括SEQ ID NO: 1藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 2。在此實例中，連接序列可為SEQ ID NO: 1與SEQ ID NO: 2之間的介入序列，而在SEQ ID NO: 1與SEQ ID NO: 2之間無任何其他序列。在此實例中，當移除SEQ ID NO: 1與SEQ ID NO: 2之間的連接序列時，則所得序列可與SEQ ID NO: 9 85%一致、90%一致、95%一致或100%一致。

在一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10一致。在一個態樣中，SEQ ID NO: 10可為SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合。在一個實例中，當SEQ ID NO: 10與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 3之串聯(例如SEQ ID: 3接合至SEQ ID NO: 4，SEQ ID: 3與SEQ ID: 4之間無任何介入序列) 100%一致時，SEQ ID NO: 10可為SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 3之組合。

在一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10至少85%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10至少90%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10至少95%一致。在另一個態樣中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10 100%一致。

在另一個態樣中，核苷酸序列可包括SEQ ID NO: 3藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 4。在此實例中，連接序列可為SEQ ID NO: 3與SEQ ID NO: 4之間的介入序列，而在SEQ ID NO: 3與SEQ ID NO: 4之間無任何其他序列。在此實例中，當移除SEQ ID NO: 3與SEQ ID NO: 4之間的連接序列時，則所得序列可與SEQ ID NO: 10 85%一致、90%一致、95%一致或100%一致。

在一些情況下，核苷酸序列之熱力學參數及其他特性可影響RT-LAMP反應之穩定性及效能。如表1中所示，F3、B3、FIP、BIP、LF、LB、F2、F1c、B2及B1c引子之熱力學參數可落在選定的範圍內。

orf7ab.1 (例如RegX3.1)引子組中所包括之10個引子具有相對較低的鳥嘌呤/胞嘧啶(GC)含量(30%-50%)，其中此引子組之平均值為約39% GC。通常，許多引子組之GC含量可達到45%與65%之間。隨著GC含量下降至45%至65%之範圍以下，預計穩定性會下降。然而，orf7ab.1引子組之情況並非如此，因為orf7ab.1引子組之末端穩定性(引子5'端或3'端之最後6個鹼基對結合時的自由能變化)比-2.5 kcal/mol更負(除了LB之5'端以及F2及B2之3'端之外)。相對於-4.0臨限值之此增加的末端穩定性與相對於隨機核苷酸樣本之較低的GC含量的組合可為orf7ab.1引子組提供增加的穩定性及效能。表 1 ：引子組 orf7ab.1 之 熱力學參數

名稱	長度	解鏈溫度 ( ℃ )	5' 穩定性 (kcal/mol)	3' 穩定性 (kcal/mol)	GC 含量
SARS-CoV-2_RegX3.1_F3	18	56.38	-4.76	-7.85	0.5
SARS-CoV-2_RegX3.1_B3	23	55.96	-4.36	-4.09	0.35
SARS-CoV-2_RegX3.1_FIP	43
SARS-CoV-2_RegX3.1_BIP	47
SARS-CoV-2_RegX3.1_LF	25	60.43	-4.18	-4.91	0.36
SARS-CoV-2_RegX3.1_LB	20	55.15	-3.52	-4.91	0.35
SARS-CoV-2_RegX3.1_F2	18	55.48	-4.25	-3.73	0.5
SARS-CoV-2_RegX3.1_F1C	25	60.24	-4.69	-5.04	0.4
SARS-CoV-2_RegX3.1_B2	23	55.98	-4.74	-3.57	0.3
SARS-CoV-2_RegX3.1_B1C	24	60.75	-4.55	-7.93	0.38

在一個態樣中，核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可小於或等於選定的百分比。選定的GC含量百分比可基於核苷酸序列之末端穩定性。在一個實例中，核苷酸序列之GC含量可為50%或更少(例如小於或等於50%之核苷酸序列由鳥嘌呤(G)或胞嘧啶(C)構成，核苷酸序列之其餘核苷酸由腺嘌呤(A)或胸腺嘧啶(T)構成)。在一個實例中，核苷酸序列之GC含量可為45%或更少。在另一個實例中，核苷酸序列之GC含量可為40%或更少。在另一個實例中，核苷酸序列之GC含量可為35%或更少。

在另一個態樣中，核苷酸序列之至少一個末端穩定性(例如核苷酸序列之5'端、3'端或5'端及3'端兩者)可具有小於或等於選定的穩定性數的穩定性。選定的穩定性數可基於以下中之一或多者：選定的GC含量百分比、選定的溫度範圍、其類似者或其組合。在一個實例中，核苷酸序列之至少一個末端穩定性可小於-2.5 kcal/mol (亦即更負)。在另一個實例中，核苷酸序列之至少一個末端穩定性可小於-5.0 kcal/mol。在另一個實例中，核苷酸序列之至少一個末端穩定性可小於-6.0 kcal/mol。在另一個實例中，核苷酸序列之至少一個末端穩定性可小於-7.0 kcal/mol。在一個態樣中，核苷酸序列之5'端及3'端可小於以下中之至少一者：-2.5 kcal/mol、-4.0 kcal/mol、-5.0 kcal/mol、-6.0 kcal/mol、-7.0 kcal/mol、其類似者或其組合。

在另一個態樣中，核苷酸序列之解鏈溫度可在選定的溫度範圍內。選定的溫度範圍可基於以下中之一或多者：反轉錄酶活化之溫度範圍、DNA聚合酶之溫度範圍、其類似者或其組合。在一個實例中，核苷酸序列之解鏈溫度可為約40℃至約62℃。在另一個實例中，核苷酸序列之解鏈溫度可為約50℃至約62℃。在一個實例中，核苷酸序列之解鏈溫度可為約55℃至約62℃。

在另一個態樣中，核苷酸序列可具有選定的最小引子二聚化能量。選定的最小引子二聚化能量可基於以下中之一或多者：選定的GC含量百分比、選定的穩定性數、選定的溫度範圍、其類似者或其組合。在一個實例中，最小引子二聚化能量可小於-0.5 kcal/mol。在另一個實例中，最小引子二聚化能量可小於-1.0 kcal/mol。在另一個實例中，最小引子二聚化能量可小於-2.5 kcal/mol。在另一個實例中，最小引子二聚化能量可小於-5.0 kcal/mol。

在另一個態樣中，核苷酸序列之交叉污染同源性可小於交叉污染百分比。在一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於50%一致。在一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於40%一致。在一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於30%一致。在一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於20%一致。在一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列小於10%一致。

在一些揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列；其類似者或其組合。在一些實施例中，SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合可為SEQ ID NO: 9。在其他實施例中，SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合可為SEQ ID NO: 10。

正向內引子(FIP)及反向內引子(BIP)可藉由組合兩個引子(例如FIP引子之F1c及F2引子，或BIP引子之B1c及B2引子)產生。F1c、F2、B1c及B2序列可具有連接子序列(L)，使得FIP引子可為F1c-L-F2且BIP引子可為B1c-L-B2。表11含有產生FIP及BIP引子時使用之F1c、F2、B1c及B2子引子的清單。

在一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少90%一致。在另一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少95%一致。在另一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 9。

在一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之連接序列。無論FIP序列與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合之間的同源性百分比如何，SEQ ID NO: 1與SEQ ID NO: 2之間的連接序列可為選自表11之連接序列。在一個實例中，接合SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之連接序列可與選自表11之連接序列85%、90%、95%、100%、其類似者或其組合一致。

在一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少90%一致。在另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少95%一致。在另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 10。

在一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之連接序列。無論BIP序列與SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合之間的同源性百分比如何，SEQ ID NO: 3與SEQ ID NO: 4之間的連接序列可為選自表11之連接序列。在一個實例中，接合SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之連接序列可與選自表11之連接序列85%、90%、95%、100%、其類似者或其組合一致。

F3與SEQ ID NO: 5之間的同源性百分比可在選定的百分比範圍內變化。在一個實例中，F3序列可與SEQ ID NO: 5至少90%一致。在另一個態樣中，F3序列可與SEQ ID NO: 5至少95%一致。在另一個態樣中，F3序列可與SEQ ID NO: 5 100%一致。

B3與SEQ ID NO: 6之間的同源性百分比可在選定的百分比範圍內變化。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6至少90%一致。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6至少95%一致。在另一個態樣中，B3序列可與SEQ ID NO: 6 100%一致。

LF與SEQ ID NO: 7之間的同源性百分比可在選定的百分比範圍內變化。在一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7至少90%一致。在另一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7至少95%一致。在另一個態樣中，LF序列可與SEQ ID NO: 7 100%一致。

LB與SEQ ID NO: 8之間的同源性百分比可在選定的百分比範圍內變化。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8至少90%一致。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8至少95%一致。在另一個態樣中，LB序列可與SEQ ID NO: 8 100%一致。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB、其類似者或其組合之GC含量可為以下中之一或多者：50%或更少、45%或更少、40%或更少、35%或更少、其類似者或其組合。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB、其類似者或其組合之末端穩定性可小於以下中之一或多者：-2.5 kcal/mol、-4.0 kcal/mol、-5.0 kcal/mol、-6.0 kcal/mol、-7.0 kcal/mol、其類似者或其組合。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB、其類似者或其組合之解鏈溫度可為以下範圍內之溫度：約40℃至約62℃；或約50℃至約62℃；或約55℃至約62℃。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB、其類似者或其組合之最小引子二聚化能量可小於以下中之一或多者：-0.5 kcal/mol、-1.0 kcal/mol、-2.0 kcal/mol、-4.0 kcal/mol、-5.0 kcal/mol、其類似者或其組合。

在另一個態樣中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB、其類似者或其組合與非目標因子(共生微生物、其他病原體及人類基因體)相關之核苷酸序列的一致性可小於選定的百分比。在一個實例中，選定的百分比可小於或等於以下中之一或多者：50%、40%、30%、20%、10%、其類似者或其組合。

在另一個揭露實施例中，檢測個體體內之目標病原體的方法可包括提供引子組。在一個態樣中，引子組可包括：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列；其類似者或其組合。

目標病原體可包含各種病原體類型。在一個態樣中，病原體目標可為病毒病原體、細菌病原體、真菌病原體、原生動物病原體、其類似者或其組合中之一或多者。當病原體目標之核酸可自細胞壁、細胞膜、蛋白質衣殼或其類似者中釋放時，可檢測病原體目標。

更特定言之，在一個態樣中，病原體目標可為病毒目標。在一些態樣中，病毒目標可為H1N1、H2N2、H3N2、H1N1pdm09、嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒1 (SARS-CoV-1)、嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2 (SARS-CoV-2)、中東呼吸道症候群(MERS)、流感、其類似者或其組合。

在一個實例中，目標病原體可為選自以下之人類冠狀病毒：嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV (SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)、中東呼吸道症候群(MERS)-CoV (MERS-CoV)、SARS-CoV hCoV-HKU1、hCoV-OC43、hCoV-NL63及hCoV-229E。在一個實例中，個體可為人類個體。在另一個實例中，目標病原體可為嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)。

當病原體目標包括RNA時，RNA可經反轉錄。因此，在另一個態樣中，LAMP檢測可為反轉錄RT-LAMP。在此實例中，cDNA可用反轉錄酶由目標RNA產生。cDNA可擴增至可檢測量。當病原體目標可直接自DNA檢測時，則LAMP可用於將DNA擴增至可檢測量，而無需將RNA反轉錄為DNA。 額外引子組

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 15至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 16至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 17至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 18至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 19。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 20。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 25至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 26至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 27至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 28至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 29。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 30。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 35至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 36至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 37至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 38至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 39。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 40。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 45至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 46至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 47至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 48至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 49。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 50。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 55至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 56至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 57至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 58至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 59。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 60。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個揭露實施例中，用於RT-LAMP分析之引子組可包括：(a)與SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之組合至少85%一致的FIP序列；(b)與seq ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之組合至少85%一致的BIP序列；(c)與SEQ ID NO: 65至少85%一致的F3序列；(d)與SEQ ID NO: 66至少85%一致的B3序列；(e)與SEQ ID NO: 67至少85%一致的LF序列；及(f)與SEQ ID NO: 68至少85%一致的LB序列。在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 69。在另一個態樣中，FIP序列可包括接合SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之連接序列，其中該連接序列係選自表11。在另一個態樣中，BIP序列可與SEQ ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之組合100%一致，其可等效於SEQ ID NO: 70。在另一個態樣中，BIP序列可包括接合SEQ ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之連接序列，其中該連接序列係選自表11。 核苷酸序列：

以下引子組包含：(1) F1c引子，(2) F2引子，(3) B1c引子，(4) B2引子，(5) F3引子，(6) B3引子，(7) LF引子，(8) LB引子，(9) FIP引子，及(10) BIP引子，各引子組按照該順序。 REGX 核苷酸序列：REGX3.1引子組

如本文所用，術語「REGX3.1」及「orf7ab.1」可互換使用且係指同一引子組。

SEQ ID NO: 1可為：GGAGAGTAAAGTTCTTGAACTTCCT

SEQ ID NO: 2可為：AGTTACGTGCCAGATCAG

SEQ ID NO: 3可為：TGCGGCAATAGTGTTTATAACACT

SEQ ID NO: 4可為：ATGAAAGTTCAATCATTCTGTCT

SEQ ID NO: 5可為：CGGCGTAAAACACGTCTA

SEQ ID NO: 6可為：GCTAAAAAGCACAAATAGAAGTC

SEQ ID NO: 7可為：TGTCTGATGAACAGTTTAGGTGAAA

SEQ ID NO: 8可為：TTGCTTCACACTCAAAAGAA

SEQ ID NO: 9可為：GGAGAGTAAAGTTCTTGAACTTCCTAGTTACGTGCCAGATCAG

SEQ ID NO: 10可為：TGCGGCAATAGTGTTTATAACACTATGAAAGTTCAATCATTCTGTCT REGX1.1引子組

SEQ ID NO: 11可為：TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATG

SEQ ID NO: 12可為：TGACACTAAGAGGGGTGTA

SEQ ID NO: 13可為：AAGAGCTATGAATTGCAGACACC

SEQ ID NO: 14可為：TGGACATTCCCCATTGAAG

SEQ ID NO: 15可為：GTCCGAACAACTGGACTT

SEQ ID NO: 16可為：GTCTTGATTATGGAATTTAAGGGAA

SEQ ID NO: 17可為：CTCATGTTCACGGCAGCAGTA

SEQ ID NO: 18可為：ATTGGCAAAGAAATTTGACAC

SEQ ID NO: 19可為：TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATGTGACACTAAGAGGGGTGTA

SEQ ID NO: 20可為：AAGAGCTATGAATTGCAGACACCTGGACATTCCCCATTGAAG REGX1.2引子組

SEQ ID NO: 21可為：TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATG

SEQ ID NO: 22可為：TGACACTAAGAGGGGTGTA

SEQ ID NO: 23可為：CTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGAC

SEQ ID NO: 24可為：TTGGACATTCCCCATTGA

SEQ ID NO: 25可為：GTCCGAACAACTGGACTT

SEQ ID NO: 26可為：GTCTTGATTATGGAATTTAAGGGAA

SEQ ID NO: 27可為：TCATGTTCACGGCAGCAGTA

SEQ ID NO: 28可為：ATTGGCAAAGAAATTTGACACCT

SEQ ID NO: 29可為：TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATGTGACACTAAGAGGGGTGTA

SEQ ID NO: 30可為：CTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACTTGGACATTCCCCATTGA REGX2.1引子組

SEQ ID NO: 31可為：AGCCGCATTAATCTTCAGTTCATC

SEQ ID NO: 32可為：TAAGCGTGTTGACTGGAC

SEQ ID NO: 33可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGT

SEQ ID NO: 34可為：TAGGGTTACCAATGTCGTGA

SEQ ID NO: 35可為：CTGTCCACGAGTGCTTTG

SEQ ID NO: 36可為：TGAGGTACACACTTAATAGCTT

SEQ ID NO: 37可為：ACCAATTATAGGATATTCAAT

SEQ ID NO: 38可為：AGCAGACAAATTCCCAGTTCT

SEQ ID NO: 39可為：AGCCGCATTAATCTTCAGTTCATCTAAGCGTGTTGACTGGAC

SEQ ID NO: 40可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAGGGTTACCAATGTCGTGA REGX2.2引子組

SEQ ID NO: 41可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA

SEQ ID NO: 42可為：TTAAGCGTGTTGACTGGA

SEQ ID NO: 43可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTA

SEQ ID NO: 44可為：TTAGGGTTACCAATGTCGT

SEQ ID NO: 45可為：CTGTCCACGAGTGCTTTG

SEQ ID NO: 46可為：TGAGGTACACACTTAATAGCT

SEQ ID NO: 47可為：CCAATTATAGGATATTCAATAG

SEQ ID NO: 48可為：TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA

SEQ ID NO: 49可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGA

SEQ ID NO: 50可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTATTAGGGTTACCAATGTCGT REGX2.3引子組

SEQ ID NO: 51可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA

SEQ ID NO: 52可為：TTAAGCGTGTTGACTGGA

SEQ ID NO: 53可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTT

SEQ ID NO: 54可為：TTAGGGTTACCAATGTCGT

SEQ ID NO: 55可為：CTGTCCACGAGTGCTTTG

SEQ ID NO: 56可為：TGAGGTACACACTTAATAGCT

SEQ ID NO: 57可為：CCAATTATAGGATATTCAATAG

SEQ ID NO: 58可為：TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA

SEQ ID NO: 59可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGA

SEQ ID NO: 60可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTTTAGGGTTACCAATGTCGT REGX2.4引子組

SEQ ID NO: 61可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA

SEQ ID NO: 62可為：TTAAGCGTGTTGACTGGAC

SEQ ID NO: 63可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTT

SEQ ID NO: 64可為：TTAGGGTTACCAATGTCGT

SEQ ID NO: 65可為：CTGTCCACGAGTGCTTTG

SEQ ID NO: 66可為：TGAGGTACACACTTAATAGCT

SEQ ID NO: 67可為：CCAATTATAGGATATTCAATA

SEQ ID NO: 68可為：TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA

SEQ ID NO: 69可為：GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGAC

SEQ ID NO: 70可為：AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTTTAGGGTTACCAATGTCGT N 核苷酸序列：N3引子組

SEQ ID NO: 71可為：CCACTGCGTTCTCCATTCTGGT

SEQ ID NO: 72可為：AAATGCACCCCGCATTACG

SEQ ID NO: 73可為：CGCGATCAAAACAACGTCGGC

SEQ ID NO: 74可為：CCTTGCCATGTTGAGTGAGA

SEQ ID NO: 75可為：TGGACCCCAAAATCAGCG

SEQ ID NO: 76可為：GCCTTGTCCTCGAGGGAAT

SEQ ID NO: 77可為：GTTGAATCTGAGGGTCCACCA

SEQ ID NO: 78可為：ACCCAATAATACTGCGTCTTGG

SEQ ID NO: 79可為：CCACTGCGTTCTCCATTCTGGTAAATGCACCCCGCATTACG

SEQ ID NO: 80可為：CGCGATCAAAACAACGTCGGCCCTTGCCATGTTGAGTGAGA N6引子組

SEQ ID NO: 81可為：CGACGTTGTTTTGATCGCGCC

SEQ ID NO: 82可為：ATTACGTTTGGTGGACCCTC

SEQ ID NO: 83可為：GCGTCTTGGTTCACCGCTCT

SEQ ID NO: 84可為：AATTGGAACGCCTTGTCCTC

SEQ ID NO: 85可為：CCCCAAAATCAGCGAAATGC

SEQ ID NO: 86可為：AGCCAATTTGGTCATCTGGA

SEQ ID NO: 87可為：TCCATTCTGGTTACTGCCAGTTG

SEQ ID NO: 88可為：CAACATGGCAAGGAAGACCTT

SEQ ID NO: 89可為：CGACGTTGTTTTGATCGCGCCATTACGTTTGGTGGACCCTC

SEQ ID NO: 90可為：GCGTCTTGGTTCACCGCTCTAATTGGAACGCCTTGTCCTC N10引子組

SEQ ID NO: 91可為：CGCCTTGTCCTCGAGGGAATT

SEQ ID NO: 92可為：CGTCTTGGTTCACCGCTC

SEQ ID NO: 93可為：AGACGAATTCGTGGTGGTGACG

SEQ ID NO: 94可為：TGGCCCAGTTCCTAGGTAG

SEQ ID NO: 95可為：GCCCCAAGGTTTACCCAAT

SEQ ID NO: 96可為：AGCACCATAGGGAAGTCCAG

SEQ ID NO: 97可為：TCTTCCTTGCCATGTTGAGTG

SEQ ID NO: 98可為：ATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG

SEQ ID NO: 99可為：CGCCTTGTCCTCGAGGGAATTCGTCTTGGTTCACCGCTC

SEQ ID NO: 100可為：AGACGAATTCGTGGTGGTGACGTGGCCCAGTTCCTAGGTAG N13e引子組

SEQ ID NO: 101可為：GTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCC

SEQ ID NO: 102可為：TGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG

SEQ ID NO: 103可為：GGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCAC

SEQ ID NO: 104可為：TTGAGGAAGTTGTAGCACGATTG

SEQ ID NO: 105可為：AATTGGCTACTACCGAAGAGCTA

SEQ ID NO: 106可為：GTAGAAGCCTTTTGGCAATGTTG

SEQ ID NO: 107可為：TGGCCCAGTTCCTAGGTAGTAGAAATA

SEQ ID NO: 108可為：CGCAATCCTGCTAACAATGCTG

SEQ ID NO: 109可為：GTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCCTGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG

SEQ ID NO: 110可為：GGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACTTGAGGAAGTTGTAGCACGATTG Rdrp 核苷酸序列：RdRp.1引子組

SEQ ID NO: 111可為：CAGTTGAAACTACAAATGGAACACC

SEQ ID NO: 112可為：TACAGTGTTCCCACCTACA

SEQ ID NO: 113可為：AGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGA

SEQ ID NO: 114可為：GGTCAGCAGCATACACAAG

SEQ ID NO: 115可為：CAGATGCATTCTGCATTGT

SEQ ID NO: 116可為：ATTACCAGAAGCAGCGTG

SEQ ID NO: 117可為：TTTTCTCACTAGTGGTCCAAAACT

SEQ ID NO: 118可為：TGTAAACTTACATAGCTCTAGACTT

SEQ ID NO: 119可為：CAGTTGAAACTACAAATGGAACACCTACAGTGTTCCCACCTACA

SEQ ID NO: 120可為：AGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGAGGTCAGCAGCATACACAAG RdRp.2引子組

SEQ ID NO: 121可為：GCCAACCACCATAGAATTTGCT

SEQ ID NO: 122可為：AATAGCCGCCACTAGAGG

SEQ ID NO: 123可為：AGTGATGTAGAAAACCCTCACCT

SEQ ID NO: 124可為：AGGCATGGCTCTATCACAT

SEQ ID NO: 125可為：ACTATGACCAATAGACAGTTTCA

SEQ ID NO: 126可為：GGCCATAATTCTAAGCATGTT

SEQ ID NO: 127可為：GTTCCAATTACTACAGTAGC

SEQ ID NO: 128可為：ATGGGTTGGGATTATCCTAA

SEQ ID NO: 129可為：GCCAACCACCATAGAATTTGCTAATAGCCGCCACTAGAGG

SEQ ID NO: 130可為：AGTGATGTAGAAAACCCTCACCTAGGCATGGCTCTATCACAT RdRp.3引子組

SEQ ID NO: 131可為：ATCACCCTGTTTAACTAGCATTGT

SEQ ID NO: 132可為：TGACCTTACTAAAGGACCTC

SEQ ID NO: 133可為：TATGTGTACCTTCCTTACCCAGA

SEQ ID NO: 134可為：CCATCTGTTTTTACGATATCATCT

SEQ ID NO: 135可為：GCAAAATGTTGGACTGAGAC

SEQ ID NO: 136可為：GAACCGTTCAATCATAAGTGTA

SEQ ID NO: 137可為：ATGTTGAGAGCAAAATTCAT

SEQ ID NO: 138可為：TCCATCAAGAATCCTAGGGGC

SEQ ID NO: 139可為：ATCACCCTGTTTAACTAGCATTGTTGACCTTACTAAAGGACCTC

SEQ ID NO: 140可為：TATGTGTACCTTCCTTACCCAGACCATCTGTTTTTACGATATCATCT RdRp.4引子組

SEQ ID NO: 141可為：ATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTC

SEQ ID NO: 142可為：CAACACAGACTTTATGAGTGTC

SEQ ID NO: 143可為：TGATACTCTCTGACGATGCTGT

SEQ ID NO: 144可為：AGCCACTAGACCTTGAGAT

SEQ ID NO: 145可為：CGATAAGTATGTCCGCAATT

SEQ ID NO: 146可為：ACTGACTTAAAGTTCTTTATGCT

SEQ ID NO: 147可為：TGTGTCAACATCTCTATTTCTATAG

SEQ ID NO: 148可為：TGTGTGTTTCAATAGCACTTATGC

SEQ ID NO: 149可為：ATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTCCAACACAGACTTTATGAGTGTC

SEQ ID NO: 150可為：TGATACTCTCTGACGATGCTGTAGCCACTAGACCTTGAGAT Orf1ab 核苷酸序列：Orf1ab.1引子組

SEQ ID NO: 151可為：TCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTG

SEQ ID NO: 152可為：CCAATTCAACTGTATTATCTTTCTG

SEQ ID NO: 153可為：GTGTTAAGATGTTGTGTACACACAC

SEQ ID NO: 154可為：ATCCATATTGGCTTCCGG

SEQ ID NO: 155可為：AGCTGGTAATGCAACAGAA

SEQ ID NO: 156可為：CACCACCAAAGGATTCTTG

SEQ ID NO: 157可為：GCTTTAGCAGCATCTACAGCA

SEQ ID NO: 158可為：TGGTACTGGTCAGGCAATAACAGT

SEQ ID NO: 159可為：TCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTG

SEQ ID NO: 160可為：GTGTTAAGATGTTGTGTACACACACATCCATATTGGCTTCCGG Orf1ab.2引子組

SEQ ID NO: 161可為：TGACTGAAGCATGGGTTCGC

SEQ ID NO: 162可為：GTCTGCGGTATGTGGAAAG

SEQ ID NO: 163可為：GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACG

SEQ ID NO: 164可為：CATCAGTACTAGTGCCTGT

SEQ ID NO: 165可為：ACTTAAAAACACAGTCTGTACC

SEQ ID NO: 166可為：TCAAAAGCCCTGTATACGA

SEQ ID NO: 167可為：GAGTTGATCACAACTACAGCCATA

SEQ ID NO: 168可為：TTGCGGTGTAAGTGCAGCC

SEQ ID NO: 169可為：TGACTGAAGCATGGGTTCGCGTCTGCGGTATGTGGAAAG

SEQ ID NO: 170可為：GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGCATCAGTACTAGTGCCTGT Orf1ab.3引子組

SEQ ID NO: 171可為：GATCACAACTACAGCCATAACCTTT

SEQ ID NO: 172可為：GGGTTTTACACTTAAAAACACAG

SEQ ID NO: 173可為：TGATGCACAATCGTTTTTAAACGG

SEQ ID NO: 174可為：CATCAGTACTAGTGCCTGT

SEQ ID NO: 175可為：TTGTGCTAATGACCCTGT

SEQ ID NO: 176可為：TCAAAAGCCCTGTATACGA

SEQ ID NO: 177可為：CCACATACCGCAGACGGTACAG

SEQ ID NO: 178可為：GGTGTAAGTGCAGCCCGT

SEQ ID NO: 179可為：GATCACAACTACAGCCATAACCTTTGGGTTTTACACTTAAAAACACAG

SEQ ID NO: 180可為：TGATGCACAATCGTTTTTAAACGGCATCAGTACTAGTGCCTGT Orf1ab.4引子組

SEQ ID NO: 181可為：ACAAGGTGGTTCCAGTTCTGTA

SEQ ID NO: 182可為：GGGCTAGATTCCCTAAGAGT

SEQ ID NO: 183可為：TGTTACAGACACACCTAAAGGTCC

SEQ ID NO: 184可為：ACCATACCTCTATTTAGGTTGTT

SEQ ID NO: 185可為：CTGTTATCCGATTTACAGGATT

SEQ ID NO: 186可為：GGCAGCTAAACTACCAAGT

SEQ ID NO: 187可為：TAGATAGTACCAGTTCCATC

SEQ ID NO: 188可為：TGAAGTATTTATACTTTATTAAAGG

SEQ ID NO: 189可為：ACAAGGTGGTTCCAGTTCTGTAGGGCTAGATTCCCTAAGAGT

SEQ ID NO: 190可為：TGTTACAGACACACCTAAAGGTCCACCATACCTCTATTTAGGTTGTT E 核苷酸序列：E.1引子組

SEQ ID NO: 191可為：CGTCGGTTCATCATAAATTGGTTC

SEQ ID NO: 192可為：CACAATCGACGGTTCATCC

SEQ ID NO: 193可為：ACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGC

SEQ ID NO: 194可為：GTCTCTTCCGAAACGAATG

SEQ ID NO: 195可為：CCTGAAGAACATGTCCAAAT

SEQ ID NO: 196可為：CGCTATTAACTATTAACGTACCT

SEQ ID NO: 197可為：CATTACTGGATTAACAACTCC

SEQ ID NO: 198可為：ACAAGCTGATGAGTACGAACTTATG

SEQ ID NO: 199可為：CGTCGGTTCATCATAAATTGGTTCCACAATCGACGGTTCATCC

SEQ ID NO: 200可為：ACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCGTCTCTTCCGAAACGAATG E.2引子組

SEQ ID NO: 201可為：CGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGCT

SEQ ID NO: 202可為：AGTACGAACTTATGTACTCATTCG

SEQ ID NO: 203可為：TGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGC

SEQ ID NO: 204可為：AGACTCACGTTAACAATATTGC

SEQ ID NO: 205可為：TTGTAAGCACAAGCTGATG

SEQ ID NO: 206可為：AGAGTAAACGTAAAAAGAAGGTT

SEQ ID NO: 207可為：ACGTACCTGTCTCTTCCGAAA

SEQ ID NO: 208可為：CATCCTTACTGCGCTTCGATTGTG

SEQ ID NO: 209可為：CGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGCTAGTACGAACTTATGTACTCATTCG

SEQ ID NO: 210可為：TGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCAGACTCACGTTAACAATATTGC E.3引子組

SEQ ID NO: 211可為：CTAGCAAGAATACCACGAAAGCAAG

SEQ ID NO: 212可為：TTCGGAAGAGACAGGTACG

SEQ ID NO: 213可為：CACTAGCCATCCTTACTGCGC

SEQ ID NO: 214可為：AAGGTTTTACAAGACTCACGT

SEQ ID NO: 215可為：GTACGAACTTATGTACTCATTCG

SEQ ID NO: 216可為：TTTTTAACACGAGAGTAAACGT

SEQ ID NO: 217可為：AGAAGTACGCTATTAACTATTA

SEQ ID NO: 218可為：TTCGATTGTGTGCGTACTGCTG

SEQ ID NO: 219可為：CTAGCAAGAATACCACGAAAGCAAGTTCGGAAGAGACAGGTACG

SEQ ID NO: 220可為：CACTAGCCATCCTTACTGCGCAAGGTTTTACAAGACTCACGT E.4引子組

SEQ ID NO: 221可為：ACGAGAGTAAACGTAAAAAGAAGGT

SEQ ID NO: 222可為：GCTTCGATTGTGTGCGTA

SEQ ID NO: 223可為：CTAGAGTTCCTGATCTTCTGGTCT

SEQ ID NO: 224可為：TGGCTAAAATTAAAGTTCCAAAC

SEQ ID NO: 225可為：CACTAGCCATCCTTACTGC

SEQ ID NO: 226可為：GTACCGTTGGAATCTGCC

SEQ ID NO: 227可為：AGACTCACGTTAACAATATTGCAGC

SEQ ID NO: 228可為：ACGAACTAAATATTATATTAGTTTT

SEQ ID NO: 229可為：ACGAGAGTAAACGTAAAAAGAAGGTGCTTCGATTGTGTGCGTA

SEQ ID NO: 230可為：CTAGAGTTCCTGATCTTCTGGTCTTGGCTAAAATTAAAGTTCCAAAC E.5引子組

SEQ ID NO: 231可為：CTGCCATGGCTAAAATTAAAGTTCC

SEQ ID NO: 232可為：AGTTCCTGATCTTCTGGTCT

SEQ ID NO: 233可為：TCCAACGGTACTATTACCGTTGA

SEQ ID NO: 234可為：AAGGAATAGGAAACCTATTACTAGG

SEQ ID NO: 235可為：ACTCTCGTGTTAAAAATCTGAA

SEQ ID NO: 236可為：GCAAATTGTAGAAGACAAATCCAT

SEQ ID NO: 237可為：AAAACTAATATAATATTTAGTTCGT

SEQ ID NO: 238可為：AAAAAGCTCCTTGAACAATGGAA

SEQ ID NO: 239可為：CTGCCATGGCTAAAATTAAAGTTCCAGTTCCTGATCTTCTGGTCT

SEQ ID NO: 240可為：TCCAACGGTACTATTACCGTTGAAAGGAATAGGAAACCTATTACTAGG RNase P 核苷酸序列：RNaseP.1引子組

SEQ ID NO: 241可為：GTTGCGGATCCGAGTCAGTGG

SEQ ID NO: 242可為：CCGTGGAGCTTGTTGATGA

SEQ ID NO: 243可為：AACTCAGCCATCCACATCCGAG

SEQ ID NO: 244可為：TCACGGAGGGGATAAGTGG

SEQ ID NO: 245可為：GGTGGCTGCCAATACCTC

SEQ ID NO: 246可為：ACTCAGCATGCGAAGAGC

SEQ ID NO: 247可為：GTGTGTCGGTCTCTGGCTCCA

SEQ ID NO: 248可為：TCTTCAGGGTCACACCCAAGT

SEQ ID NO: 249可為：GTTGCGGATCCGAGTCAGTGGCCGTGGAGCTTGTTGATGA

SEQ ID NO: 250可為：AACTCAGCCATCCACATCCGAGTCACGGAGGGGATAAGTGG RNaseP.2引子組

SEQ ID NO: 251可為：CGGATGTGGATGGCTGAGTTGT

SEQ ID NO: 252可為：GAGCCAGAGACCGACACA

SEQ ID NO: 253可為：ACTCCTCCACTTATCCCCTCCG

SEQ ID NO: 254可為：TGGTCCGAGGTCCAGTAC

SEQ ID NO: 255可為：CGTGGAGCTTGTTGATGAGC

SEQ ID NO: 256可為：TGGGCTTCCAGGGAACAG

SEQ ID NO: 257可為：ATCCGAGTCAGTGGCTCCCG

SEQ ID NO: 258可為：ATATGGCTCTTCGCATGCTG

SEQ ID NO: 259可為：CGGATGTGGATGGCTGAGTTGTGAGCCAGAGACCGACACA

SEQ ID NO: 260可為：ACTCCTCCACTTATCCCCTCCGTGGTCCGAGGTCCAGTAC RNaseP.3引子組

SEQ ID NO: 261可為：ACATGGCTCTGGTCCGAGGTC

SEQ ID NO: 262可為：CTCCACTTATCCCCTCCGTG

SEQ ID NO: 263可為：CTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGG

SEQ ID NO: 264可為：TAACTGGGCCCACCAAGAG

SEQ ID NO: 265可為：TCAGGGTCACACCCAAGT

SEQ ID NO: 266可為：CGCATACACACACTCAGGAA

SEQ ID NO: 267可為：ACTCAGCATGCGAAGAGCCATAT

SEQ ID NO: 268可為：CTGCATTGAGGGTGGGGGTAAT

SEQ ID NO: 269可為：ACATGGCTCTGGTCCGAGGTCCTCCACTTATCCCCTCCGTG

SEQ ID NO: 270可為：CTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGGTAACTGGGCCCACCAAGAG RNaseP.4引子組

SEQ ID NO: 271可為：CACTGGATCCAGTTCAGCCTCC

SEQ ID NO: 272可為：GCACACAGCATGGCAGAA

SEQ ID NO: 273可為：TTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCG

SEQ ID NO: 274可為：TGGGCCTTAAAGTCCGTCTT

SEQ ID NO: 275可為：GCCCTGTGGAACGAAGAG

SEQ ID NO: 276可為：TCCGTCCAGCAGCTTCTG

SEQ ID NO: 277可為：CACCGCGGGGCTCTCGGT

SEQ ID NO: 278可為：CTGCCCCGGAGACCCAATG

SEQ ID NO: 279可為：CACTGGATCCAGTTCAGCCTCCGCACACAGCATGGCAGAA

SEQ ID NO: 280可為：TTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCGTGGGCCTTAAAGTCCGTCTT RNaseP.5引子組

SEQ ID NO: 281可為：CACCTGCAAGGACCCGAAGC

SEQ ID NO: 282可為：AACCGCGCCATCAACATC

SEQ ID NO: 283可為：GCCAATACCTCCACCGTGGAG

SEQ ID NO: 284可為：GTTGCGGATCCGAGTCAG

SEQ ID NO: 285可為：TACATTCACGGCTTGGGC

SEQ ID NO: 286可為：GGGTGTGACCCTGAAGACT

SEQ ID NO: 287可為：CGCCTGCAGCTGCAGCGC

SEQ ID NO: 288可為：GTTGATGAGCTGGAGCCAGAGA

SEQ ID NO: 289可為：CACCTGCAAGGACCCGAAGCAACCGCGCCATCAACATC

SEQ ID NO: 290可為：GCCAATACCTCCACCGTGGAGGTTGCGGATCCGAGTCAG 實例

提供以下實例以促進對本發明之某些實施例的更清晰理解，且決不意圖作為對其之限制。實例 1- 引子組示意圖

如圖1中所示，藉由在65℃下加熱唾液及試劑混合物而在一鍋式混合物中提取唾液中之SARS-CoV-2病毒的RNA，反轉錄且擴增。用於LAMP之四個引子組包括：靶向SARS-CoV-2 RdRp基因之引子組、靶向SARS-CoV-2包膜基因(E)之引子組、靶向SARS-CoV-2 ORF1ab區之引子組及充當機載對照之靶向人類RNaseP (RP)基因之引子組。

圖1中之圖示表示試紙上之目標RNA區域，其中白色點表示空間且橙色點表示測試區域。各橙色測試區域為約5 mm寬及20 mm高，各橙色測試區域之間約2.5 mm。各引子組由6個單獨引子構成，靶向病毒或人類RNA之特定區域，在恆溫培育期間使用反轉錄酶及股置換聚合酶進行反轉錄及擴增。在此實例中，當Orf1ab、E基因或RdRp基因之3個目標基因引子區域中之2個獲得陽性結果時，確定陽性測試解釋。實例 2- 包容性分析

進行電腦模擬研究以表徵LAMP分析引子之包容性及交叉反應性。一個分析包括三個引子組：(a)靶向E基因(包膜小膜蛋白)，(b) RdRp基因(亦稱為nsp12基因，其編碼病毒聚合酶)，及(c) ORF1ab區(編碼多種具有臨床意義之非結構蛋白)。各引子組含有6個引子。對於包容性及交叉反應性研究，使用BLASTn工具將各引子序列與適當的參考基因體進行比對。

如表2中所示，包容性研究顯示由各引子組檢測到的SARS-CoV-2基因體的比例。藉由將各引子與2020年6月12日自NCBI (txid2697049)下載之5332個SARS-CoV基因體序列進行比對來計算包容性。若引子組中之所有六個引子均與目標基因體100%匹配，則認為該組具有包容性。該測試採用3個引子組，其中各組含有6個單獨引子。另外，陽性SARS-CoV-2測試使用3個引子組中之2個來顯示陽性反應。因此，所顯示的跨越個別基因的92-94%包容性對於測試之個別基因組分為可接受的位準。表 2 電腦模擬包容性分析

引子組	E 基因	RdRp/nsp12 基因	ORF1ab
總基因體	5332	5332	5332
完全匹配	5030	5020	4928
錯配 =1	70	59	43
錯配 =2	9	12	7
錯配 =3	4	5	3
錯配 =4	4	0	2
錯配＞=5	215	236	349
包容性 %	94.3	94.1	92.4

由於SARS-CoV-2已經歷大量突變，所以引子組在5.7-7.6%之測試菌株中表現出不同長度的錯配。雖然在目標基因體內存在單一錯配表明對該特定菌株缺乏包容性，但此結論並不確定。舉例而言，先前關於MERS-CoV之工作表明，一個引子中的單核苷酸錯配可能不會對LAMP分析之檢測極限產生影響。另外，LAMP反應使用每組6個引子且其中兩個(例如環引子)不用於擴增，而是有助於提高反應速率。即使環引子中存在錯配，仍可成功擴增。因此，表2中之包容性百分比代表最壞情況下的假設。

隨後進行電腦模擬包容性研究，以驗證用orf1ab.II引子組檢測SARS-CoV-2。將orf1ab.II之RT-LAMP引子與NCBI核苷酸資料庫中截至2020年8月5日公開可用的SARS-CoV-2全基因體進行比對。當與orf1ab.II引子組比對時，orf1ab.II引子組與可用的8,844個序列中之98.72%具有100%序列一致性；且99.79%之序列含有1個錯配或更少。與orf1ab.II引子組含有2個或更多錯配(19個序列)的比對在單個引子內具有多個錯配。儘管此發生頻率低於0.5%，但已證明此等類型之錯配會影響RT-LAMP反應且可能導致假陰性。

全SARS-CoV-2基因體係藉由利用以下過濾所有SARS-CoV-2基因體(由分類ID # 2697049所鑑別)來鑑別：(i)基因體序列類型，(ii)序列名稱中包含片語「全基因體」，及(iii)長度在28,000與30,000個鹼基對之間的序列。此係藉由使用Entrez esearch公用程式之以下Entrez查詢來執行，以獲得寄存編號：「 txid2697049[Organism:noexp] AND (viruses[filter] AND biomol_genomic[PROP] AND (28000[SLEN] : 30000[SLEN])) AND (complete genome[All Fields])」。Entrez efetch公用程式用於下載各寄存編號之完整FASTA序列。使用BBMap v38.86之msa.sh (亦即MultiStateAligner)功能將引子與各序列進行比對。各引子之所得SAM文件中所含之CIGAR字符串用於確定比對的引子與主題序列之間的匹配數。序列一致性百分比係使用匹配數除以比對長度(在所有情況下等於引子長度)來計算。包容性係藉由計算SARS-CoV-2全基因體序列中與所有比對的引子具有100%序列一致性之部分來確定。為了進行更靈活的分析，計算各引子比對之錯配數。對於各序列，若所有引子之錯配總和小於預先確定的錯配臨限值，則將特定序列用於序列包容性。對於此分析，使用FIP (例如F1c及F2)及BIP (B1c/B2)之組成引子代替FIP及BIP引子。實例 3- 交叉反應性分析

為了預測各LAMP引子組之交叉反應性，針對相關脫靶背景基因體之清單計算各引子的序列相似性。隨後，過濾比對以獲得≥80%的序列匹配，如表3中所示。表 3 電腦模擬交叉反應性分析

脫靶基因體	相似性＞80% 的引子 (#/6)
E 基因	RdRp	ORF1ab
人類冠狀病毒229E	0	0	0
人類冠狀病毒OC43	0	0	0
人類冠狀病毒HKU1	0	0	0
人類冠狀病毒NL63	0	0	0
SARS	6	6	6
中東呼吸道症候群相關冠狀病毒	0	2	0
肺炎披衣菌	0	1	0
流感嗜血桿菌	1	1	0
退伍軍人症嗜肺桿菌	0	0	0
結核分枝桿菌	0	0	0
肺炎鏈球菌	0	0	0
化膿性鏈球菌	0	0	0
百日咳博德氏桿菌	0	0	0
肺炎黴漿菌	0	0	0
傑氏肺囊蟲	0	0	0
綠膿桿菌	0	1	0
表皮葡萄球菌	0	1	0
唾液鏈球菌	0	0	0
腺病毒	0	0	0
人類間質肺炎病毒	0	0	0
人類副流感病毒	0	0	1
A型流感	0	1	0
B型流感	0	0	0
腸病毒	1	0	0
呼吸道融合病毒	0	0	0
鼻病毒	0	0	0
人類GRCh38	2	2	2

所測試之背景基因體包括在臨床標本中合理地可能遇到的基因體。將引子與人類參考基因體(GRCh38.p13)及鼻微生物組定序資料(寄存編號：PRJNA342328)進行比較，以代表人類呼吸道中之各種微生物菌群。

交叉反應性分析之結果表明，脫靶生物體之假陽性機率可忽略不計。表中各SARS-CoV-2基因目標之欄指示各組(總共六個)中評分超過80%臨限值之引子數。在少數情況下(例如肺炎披衣菌、流感嗜血桿菌)，一組六個引子中之一個引子評分超過臨限值。在此情況下，非特異性擴增之風險為最小的，因為除非至少兩個引子與目標結合，否則不可能發生擴增。在MERS之情況下，六個引子中之兩個與RdRp基因高度相似。然而，MERS在美國並不流行，曾報告過2例。此外，即使此標記物出現假陽性，另外兩個標記物沒有陽性擴增仍將向操作者指示陰性測試結果。與脫靶生物體發生交叉反應的最高風險似乎是與相關的SARS病毒，尤其人類SARS-CoV-1、蝙蝠及貓冠狀病毒。由於SARS-CoV-1目前不存在於人類群體中，因此可認為此脫靶之假陽性機率可忽略不計。最後，各組六個引子中之兩個與人類基因體背景相似。然而，此等引子組在實驗中對人類唾液標本沒有表現出非特異性擴增。此等結果表明，由於交叉反應性而出現假陽性的概率很低。

額外的濕實驗室測試可使用市售面板(例如ZeptoMetrix驗證面板(#NATRVP-3、NATPPQ-BIO、NATPPA-BIO)與完整的不活化生物體確認此等計算預測。實例 4A- 電腦模擬一致性分析

亦使用BLAST對人類唾液或人類呼吸道中可能存在的數種潛在病原微生物及病毒進行電腦模擬同源性研究。若如一致性百分比所確定，任何引子之一致性＞80%，則認為生物體具有潛在的交叉反應性。因此，發現四種微生物具有潛在的交叉反應性：SARS冠狀病毒、流感嗜血桿菌、傑氏肺囊蟲及綠膿桿菌。傑氏肺囊蟲及綠膿桿菌均具有一個同源性＞80%之引子。因此，預計orf1ab.II引子組不會與此等病原體交叉反應。發現兩個引子可能與流感嗜血桿菌交叉反應；然而，此等兩個引子中之一者為環引子，其主要用於加速RT-LAMP反應。在沒有多於一個「核心」引子(例如F3/B3或FIP/BIP)具有反應性的情況下，預計orf1ab.II引子組將不會與此等生物體交叉反應。發現四個引子可能與SARS冠狀病毒交叉反應；然而，由於此病毒在一般人群中的流行率很低，因此orf1ab.II產生假陽性之風險最小。同源性分析之綜合結果可見於表4A中。表 4A ：orf1ab.II引子組之電腦模擬同源性分析的結果.

分類單元	TXID	F3	B3	FIP	BIP	LF	LB	引子＞= 0.8
人類冠狀病毒229E	11137	0.59	0.63	0.28	0.30	0.50	0.58	0
人類冠狀病毒OC43	31631	0.55	0.63	0.28	0.30	0.54	0.53	0
人類冠狀病毒HKU1	290028	0.50	0.47	0.26	0.27	0.54	0.47	0
人類冠狀病毒NL63	277944	0.50	0.47	0.31	0.30	0.50	0.63	0
SARS冠狀病毒	694009	1.00	1.00	0.54	0.57	1.00	1.00	4
MERS冠狀病毒	1335626	0.64	0.79	0.28	0.32	0.67	0.63	0
人類呼吸道病毒1	12730	0.73	0.58	0.26	0.27	0.46	0.58	0
人類腮腺炎病毒2	1979160	0.45	0.58	0.26	0.27	0.54	0.74	0
人類呼吸道病毒3	11216	0.64	0.47	0.33	0.34	0.50	0.58	0
人類腮腺炎病毒4	1979161	0.68	0.47	0.23	0.30	0.54	0.53	0
A型流感病毒	11320	0.64	0.68	0.36	0.32	0.67	0.74	0
B型流感病毒	11520	0.45	0.58	0.28	0.25	0.46	0.58	0
人類腸病毒	1193974	0.50	0.53	0.31	0.27	0.50	0.58	0
人類呼吸道融合病毒	11250	0.55	0.53	0.28	0.27	0.50	0.53	0
鼻病毒A	147711	0.59	0.63	0.56	0.34	0.54	0.63	0
鼻病毒B	147712	0.59	0.68	0.31	0.30	0.54	0.53	0
鼻病毒C	463676	0.59	0.63	0.36	0.30	0.54	0.58	0
肺炎披衣菌	83558	0.64	0.63	0.33	0.34	0.67	0.63	0
流感嗜血桿菌	727	0.64	0.89	0.41	0.39	0.67	0.84	2
退伍軍人症嗜肺桿菌	446	0.68	0.79	0.38	0.41	0.63	0.68	0
結核分枝桿菌	1773	0.00	0.58	0.41	0.00	0.00	0.74	0
肺炎鏈球菌	1313	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0
化膿性鏈球菌	1314	0.68	0.74	0.33	0.43	0.58	0.74	0
百日咳博德氏桿菌	520	0.55	0.63	0.41	0.00	0.00	0.63	0
肺炎黴漿菌	2104	0.68	0.53	0.33	0.39	0.58	0.68	0
傑氏肺囊蟲	42068	0.73	0.84	0.33	0.43	0.67	0.74	1
白色念珠菌	5476	0.64	0.68	0.36	0.48	0.67	0.79	0
綠膿桿菌	287	0.59	0.84	0.44	0.39	0.63	0.79	1
表皮葡萄球菌	1282	0.64	0.74	0.41	0.43	0.58	0.68	0
唾液鏈球菌	1304	0.73	0.74	0.36	0.39	0.58	0.68	0

藉由針對NCBI核苷酸資料庫中感興趣的特定分類單元的可用序列對各引子執行BLAST搜索來進行電腦模擬同源性分析。在BLAST搜索中使用的參數可見於表4B中(對於entrez查詢，「 {TaxonID}」替換為相應微生物的TaxonID)。BLAST分析中每個命中的序列一致性隨後藉由使用命中之匹配數除以引子之長度而非比對長度來計算。同源性係藉由計算特定引子對個別生物體之所有命中的最大序列一致性來確定且報告於表4B中。同源性大於80%之引子被視為具有潛在交叉反應性。表 4B

參數	值
算法	blastn
資料庫	nt
Entrez查詢	txid {TaxonID}[ORGN]
預期臨限值	1000
比對	1000
匹配/錯配評分	1, -3
空隙存在/擴展	5, 2

亦可測試呼吸道樣本中發現的內源性或外源性干擾物質，以評估潛在分析抑制的程度(若存在)。生物備用唾液標本(例如無防腐劑之冷凍樣本)可摻入2倍檢測極限(LoD)的不活化病毒，以進一步表徵潛在分析抑制。實例 4B- 電腦模擬一致性分析II

RT-LAMP引子組係使用PrimerExplorer v5設計且呈現於表10中。用於設計引子之參數可見於表5A中。所有其他Primer Explorer參數均保持在其預設值。引子組係使用SARS-CoV-2參考基因體(NCBI寄存編號：NC_045512)之部分來設計。藉由首先將nsp12基因序列分成2部分來設計RdRP之引子組。引子組RdRP.I係使用nsp12序列之第一部分來設計，而引子組RdRP.II及RdRP.III係使用nsp12序列之第二部分來設計。orf1ab之引子組係使用orf1ab基因序列之一部分來設計。RegX之引子組係藉由選擇參考基因體之三個隨機2,000 nt區域來設計。使用電腦模擬分析來預測各引子組之敏感性及特異性。對最佳引子組進行實驗性交叉反應性研究，以確保對SARS-CoV-2之特異性。

全SARS-CoV-2基因體係藉由利用基因體序列類型、序列名稱中包含片語「全基因體」及長度在28,000及30,000個鹼基對之間的序列過濾截至2021年2月5日NCBI核苷酸資料庫中所有公開可用的SARS-CoV-2基因體(由分類單元ID 2697049所鑑別)來鑑別。此鑑別係藉由使用Entrez esearch公用程式之以下Entrez查詢來實現，以獲得寄存編號：「 txid2697049[Organism:noexp] AND (viruses[filter] AND biomol_genomic[PROP] AND (28000[SLEN] : 30000[SLEN])) AND (complete genome[All Fields])」。隨後使用Entrez efetch公用程式下載各寄存編號之完整FASTA序列。使用BBMap v38.86之msa.sh (其代表MultiStateAligner而非Multiple Sequence Alignment)功能將引子與各序列進行比對。各引子之所得SAM文件中所含之CIGAR字符串用於確定比對的引子與主題序列之間的匹配數。序列一致性百分比係使用匹配數除以比對長度(在所有情況下等於引子長度)來計算。隨後藉由計算SARS-CoV-2全基因體序列中與所有比對的引子具有100%序列一致性之部分來確定包容性。為了進行更寬鬆的分析，計算各引子比對之錯配數。對於各序列，若所有引子之錯配總和小於給定錯配臨限值(0、1或更大)，則計算此序列之序列包容性。對於此分析，分別使用FIP及BIP之組成引子F1c/F2及B1c/B2代替FIP及BIP引子。orf1ab.II及orf7ab.I引子組分別與可用的39,134個序列中之97.52%及95.12%具有100%序列一致性。當整個組中允許有一個錯配時，orf1ab.II及orf7ab.I引子組則具有99.63%及99.29%之序列符合此限制條件。

吾等進行電腦模擬包容性及序列一致性研究，以驗證RT-LAMP引子與可用SARS-CoV-2序列之守恆性且預測吾等引子組之交叉反應性。藉由針對NCBI核苷酸資料庫中感興趣的特定分類單元的可用序列對各引子執行BLAST搜索來進行電腦模擬序列一致性分析。BLAST搜索中所用之參數可見於表5B中。BLAST分析中每個命中的序列一致性隨後藉由使用命中之匹配數除以引子之長度而非比對長度來計算。總體序列一致性係藉由計算特定引子對個別生物體之所有命中的最大序列一致性來確定且報導於表5C及表5D中。序列一致性大於80%之引子被視為具有潛在交叉反應性。一個被認為具有潛在交叉反應性(序列一致性＞0.8)之引子為orf1ab.II與百日咳博德氏桿菌之F2引子；所有其他引子未預測為具有交叉反應性(表5A及表5B)。由於預測單一引子具有交叉反應性，所以吾等預計吾等引子組不與任何生物體交叉反應。吾等使用此等目標之基因體提取物以實驗方式證實此等目標無顯著交叉反應(表5E及表5F)。orf7ab.I之一個複本與HRSV病毒株A2011交叉反應，但由於所有三個複本均未擴增，因此不認為是一個問題。所計算之orf1ab.II及orf7ab.I之敏感性為100%，且所計算之orf1ab.II及orf7ab.I之特異性分別為100%及99.13%。

orf7ab.I及orf1ab.II引子組用於測試針對出現類似於COVID-19症狀之個體的上呼吸道中發現的數種病原體的交叉反應性。對於各病原體，使用5 µL濃度為2×10 ³個複本/µL之基因體DNA/RNA作為模板，產生總共10 ⁴個複本/反應。與水之NTC反應用作陰性對照，且濃度為2×10 ³個複本/µL且產生總共10 ⁴個複本/反應之熱不活化SARS-CoV-2用作陽性對照。陽性擴增確定為在30分鐘之任何擴增大於陽性對照在30分鐘之平均螢光強度值的50%。敏感性及特異性以與先前列舉相同之方式計算。所使用之病原體及其與orf7ab.I及orf7ab.II之反應性分別顯示於表5E及表5F中。表 5A ：RT-LAMP引子設計中使用之Primer Explorer V5參數。在選擇參數集時由Primer Explorer設置的預設值由「-」指示。此表中未包括之參數保持在其預設值。

		N.I	N.II	N.III	RdRP.I	RdRP.II	RdRP.III	Orf1ab.I	Orf1ab.II	Orf1ab.III	RegX
	參數集	正常	正常	正常	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	正常
引子之間的距離 (bp)	F2/B2	-	120-225	120-220	-	-	-	-	-	-	-
F2/F3	-	0-30	0-40	0-30	0-25	0-25	0-25	0-25	0-25	0-35
引子長度 (bp)	F1c/B1c	-	-	27-40	-	-	-	-	-	-	-
F2/B2	-	-	23-35	-	-	-	-	-	-	-
F3/B3	-	-	23-35	-	-	-	-	-	-	-
	GC 含量 (%)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	30-65
	∆ G _min( 二聚化 ) (kcal/mol)	-	-	-5.00	-	-	-	-	-	-	-5.0
		環引子
	GC 含量 (%)	-	-	10-80	-	10-65	10-65	-	-	-	10-90
	∆ G _min( 二聚化 ) (kcal/mol)	-	-	-5.00	-	-	-	-	-	-	-3.50
	解鏈溫度 ( ℃ )	-	-	50-66	-	50-66	50-66	-	-	-	50-66
	引子長度 (bp)	-	-	20-35	-	-	-	-	-	-	-

表 5B ：在電腦模擬同源性分析期間使用的BLAST參數。對於entrez查詢，「{TaxonID}」替換為相應微生物的TaxonID。

表 5C ：orf1ab.II引子組之電腦模擬序列一致性分析的結果，其中引子被認為具有潛在交叉反應性(序列一致性＞0.8)。

分類單元	TXID	F3	B3	LF	LB	F2	F1c	B2	B1c
人類冠狀病毒229E	11137	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.32
人類冠狀病毒OC43	31631	0.36	0.42	0.33	0.42	0.42	0.40	0.42	0.36
人類冠狀病毒HKU1	290028	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
人類冠狀病毒NL63	277944	0.36	0.37	0.33	0.37	0.37	0.35	0.37	0.32
SARS冠狀病毒	694009	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
MERS冠狀病毒	1335626	0.41	0.47	0.38	0.47	0.47	0.45	0.47	0.36
人類呼吸道病毒1	12730	0.32	0.37	0.33	0.37	0.37	0.35	0.37	0.32
人類腮腺炎病毒2	1979160	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
人類呼吸道病毒3	11216	0.41	0.42	0.50	0.42	0.42	0.40	0.42	0.36
人類腮腺炎病毒4	1979161	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
A型流感病毒	11320	0.55	0.53	0.46	0.53	0.53	0.50	0.53	0.48
B型流感病毒	11520	0.41	0.58	0.42	0.47	0.47	0.45	0.47	0.40
人類腸病毒	1193974	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
人類呼吸道融合病毒	11250	0.45	0.47	0.42	0.47	0.47	0.45	0.47	0.40
鼻病毒A	147711	0.36	0.37	0.33	0.37	0.37	0.40	0.37	0.32
鼻病毒B	147712	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
鼻病毒C	463676	0.36	0.37	0.33	0.37	0.37	0.40	0.37	0.32
肺炎披衣菌	83558	0.41	0.47	0.38	0.47	0.47	0.45	0.47	0.36
流感嗜血桿菌	727	0.45	0.53	0.42	0.53	0.53	0.50	0.53	0.40
退伍軍人症嗜肺桿菌	446	0.50	0.53	0.46	0.53	0.53	0.50	0.53	0.44
結核分枝桿菌	1773	0.00	0.58	0.00	0.58	0.58	0.55	0.63	0.48
肺炎鏈球菌	1313	0.50	0.53	0.46	0.53	0.53	0.55	0.53	0.44
化膿性鏈球菌	1314	0.50	0.58	0.46	0.58	0.58	0.55	0.58	0.44
百日咳博德氏桿菌	520	0.55	0.63	0.00	0.63	0.84	0.65	0.00	0.00
肺炎黴漿菌	2104	0.45	0.47	0.42	0.47	0.47	0.45	0.47	0.40
傑氏肺囊蟲	42068	0.32	0.37	0.29	0.37	0.37	0.35	0.37	0.28
白色念珠菌	5476	0.45	0.53	0.42	0.53	0.53	0.50	0.53	0.40
綠膿桿菌	287	0.55	0.63	0.50	0.63	0.63	0.60	0.63	0.48
表皮葡萄球菌	1282	0.50	0.53	0.46	0.53	0.53	0.50	0.53	0.44
唾液鏈球菌	1304	0.41	0.47	0.42	0.47	0.47	0.45	0.47	0.52

表 5D ：orf7ab.I引子組之電腦模擬序列一致性分析的結果，其中引子被認為具有潛在交叉反應性(序列一致性＞0.8)。

分類單元	TXID	F3	B3	LF	LB	F2	F1c	B2	B1c
人類冠狀病毒229E	11137	0.39	0.30	0.32	0.35	0.39	0.32	0.30	0.29
人類冠狀病毒OC43	31631	0.44	0.35	0.36	0.40	0.44	0.36	0.35	0.33
人類冠狀病毒HKU1	290028	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
人類冠狀病毒NL63	277944	0.39	0.48	0.32	0.35	0.39	0.32	0.35	0.33
SARS冠狀病毒	694009	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
MERS冠狀病毒	1335626	0.50	0.39	0.36	0.45	0.50	0.36	0.39	0.38
人類呼吸道病毒1	12730	0.39	0.35	0.32	0.35	0.39	0.32	0.35	0.33
人類腮腺炎病毒2	1979160	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
人類呼吸道病毒3	11216	0.44	0.35	0.36	0.40	0.44	0.36	0.35	0.38
人類腮腺炎病毒4	1979161	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
A型流感病毒	11320	0.56	0.57	0.44	0.55	0.56	0.44	0.48	0.46
B型流感病毒	11520	0.50	0.48	0.48	0.65	0.50	0.40	0.43	0.42
人類腸病毒	1193974	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
人類呼吸道融合病毒	11250	0.50	0.48	0.48	0.45	0.50	0.40	0.48	0.54
鼻病毒A	147711	0.39	0.35	0.32	0.45	0.39	0.32	0.43	0.33
鼻病毒B	147712	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
鼻病毒C	463676	0.39	0.35	0.32	0.40	0.39	0.32	0.35	0.33
肺炎披衣菌	83558	0.50	0.39	0.36	0.45	0.50	0.36	0.39	0.38
流感嗜血桿菌	727	0.56	0.43	0.40	0.50	0.56	0.40	0.43	0.42
退伍軍人症嗜肺桿菌	446	0.56	0.48	0.44	0.50	0.56	0.44	0.48	0.46
結核分枝桿菌	1773	0.61	0.00	0.48	0.55	0.61	0.60	0.52	0.50
肺炎鏈球菌	1313	0.56	0.48	0.44	0.55	0.56	0.44	0.48	0.46
化膿性鏈球菌	1314	0.56	0.48	0.44	0.55	0.56	0.44	0.48	0.46
百日咳博德氏桿菌	520	0.67	0.00	0.00	0.00	0.67	0.52	0.00	0.00
肺炎黴漿菌	2104	0.50	0.43	0.40	0.45	0.50	0.40	0.43	0.42
傑氏肺囊蟲	42068	0.39	0.30	0.28	0.35	0.39	0.28	0.30	0.29
白色念珠菌	5476	0.50	0.43	0.40	0.50	0.50	0.40	0.43	0.67
綠膿桿菌	287	0.61	0.52	0.48	0.60	0.61	0.48	0.52	0.50
表皮葡萄球菌	1282	0.56	0.48	0.44	0.50	0.56	0.68	0.48	0.46
唾液鏈球菌	1304	0.50	0.52	0.40	0.45	0.50	0.40	0.39	0.42

表 5E ：用於測試與orf7ab.I之交叉反應性的病原體及相關陽性擴增。以NR-為前綴之產品編號係經由BEI Resources、NIAID、NIH獲得；所有其他係購自美國典型培養物保藏中心(ATCC)。

病毒	產品編號	陽性擴增
A型流感(H1N1)	NR-2773	0/3
A型流感(H3N2)	NR-10045	0/3
B型流感	NR-45848	0/3
MERS-CoV	NR-45843	0/3
表皮葡萄球菌(VCU036)	NR-51362	0/3
SARS-CoV (Urbani)	NR-52346	0/3
乙型冠狀病毒1 (OC43)	VR-1558D	0/3
腸病毒71 (MP4)	NR-4961	0/3
腸病毒D68	NR-49136	0/3
人類冠狀病毒(229E)	VR-740D	0/3
人類冠狀病毒(NL63)	NR-44105	0/3
人類間質肺炎病毒(TN/83-1211)	NR-49122	0/3
HRSV (A2011/3-12)	NR-44227	1/3
HRSV (B1)	NR-48831	0/3
人類腺病毒11 (Slobitski)	VR-12D	0/3
人類腺病毒3 (GB)	VR-847D	0/3
人類腺病毒4 (RI-67)	VR-1572D	0/3
人類腺病毒7 (Gomen)	VR-7D	0/3
白色念珠菌(12C)	NR-50307	0/3
結核分枝桿菌(H37Rv)	NR-48669	0/3
人類鼻病毒17 (33342)	VR-1663D	0/3
人類副流感病毒1 (C35)	VR-94D	0/3
人類副流感病毒2 (Greer)	VR-92D	0/3
人類副流感病毒3 (C243)	VR-93D	0/3
流感嗜血桿菌(KW20)	51907D-5	0/3
退伍軍人症嗜肺桿菌(Philadelphia-1)	33152D-5	0/3
化膿性鏈球菌(T1)	12344D-5	0/3
肺炎鏈球菌(Klein)	700669D-5	0/3
百日咳博德氏桿菌(MN2531)	BAA-1335D-5	0/3
綠膿桿菌	15442D-5	0/3
水(陰性)	-	0/21
HI SARS-CoV-2 (陽性)	VR-1986HK	21/21
敏感性		1.0
特異性		0.9913

表 5F ：用於測試與orf1ab.II之交叉反應性的病原體及相關陽性擴增。以NR-為前綴之產品編號係經由BEI Resources、NIAID、NIH獲得；所有其他係購自美國典型培養物保藏中心(ATCC)。

病毒	產品編號	陽性擴增
A型流感(H1N1)	NR-2773	0/3
A型流感(H3N2)	NR-10045	0/3
B型流感	NR-45848	0/3
MERS-CoV	NR-45843	0/3
表皮葡萄球菌(VCU036)	NR-51362	0/3
SARS-CoV (Urbani)	NR-52346	0/3
乙型冠狀病毒1 (OC43)	VR-1558D	0/3
腸病毒71 (MP4)	NR-4961	0/3
腸病毒D68	NR-49136	0/3
人類冠狀病毒(229E)	VR-740D	0/3
人類冠狀病毒(NL63)	NR-44105	0/3
人類間質肺炎病毒(TN/83-1211)	NR-49122	0/3
HRSV (A2011/3-12)	NR-44227	0/3
HRSV (B1)	NR-48831	0/3
人類腺病毒11 (Slobitski)	VR-12D	0/3
人類腺病毒3 (GB)	VR-847D	0/3
人類腺病毒4 (RI-67)	VR-1572D	0/3
人類腺病毒7 (Gomen)	VR-7D	0/3
白色念珠菌(12C)	NR-50307	0/3
結核分枝桿菌(H37Rv)	NR-48669	0/3
人類鼻病毒17 (33342)	VR-1663D	0/3
人類副流感病毒1 (C35)	VR-94D	0/3
人類副流感病毒2 (Greer)	VR-92D	0/3
人類副流感病毒3 (C243)	VR-93D	0/3
流感嗜血桿菌(KW20)	51907D-5	0/3
退伍軍人症嗜肺桿菌(Philadelphia-1)	33152D-5	0/3
化膿性鏈球菌(T1)	12344D-5	0/3
肺炎鏈球菌(Klein)	700669D-5	0/3
百日咳博德氏桿菌(MN2531)	BAA-1335D-5	0/3
綠膿桿菌	15442D-5	0/3
水(陰性)	-	0/15
HI SARS-CoV-2 (陽性)	VR-1986HK	15/15
敏感性		1.0
特異性		1.0

實例 5- 引子之設計及篩選

使用PrimerExplorer V5針對SARS-CoV-2之以下守恆基因設計每個基因至少三個引子組：N基因、RdRp基因及orf1ab區段。使用熱不活化SARS-CoV-2進行三個實驗以選擇最佳引子組：(1)使用螢光RT-LAMP套組及彙集之唾液確定引子是否可在18%唾液中擴增目標，其為液體型式中可達到的最大唾液濃度)；(2)使用螢光RT-LAMP套組及水確定引子是否可二聚化(亦即在非模板對照(NTC)中顯示擴增)；及(3)使用比色RT-LAMP套組確定引子組之檢測極限(LoD)。

使用螢光RT-LAMP套組及引子組靶向基因之活體外轉錄SARS-CoV-2 RNA在水中篩選引子組，以評定效能及二聚化能力。使用水來防止與樣本背景之任何脫靶相互作用。分析利用無引子對照，以確保反應區在加熱時不會變色。使用螢光RT-LAMP套組及熱不活化SARS-CoV-2在18%唾液中進行確定脫靶相互作用之進一步篩選，以評定在複雜樣本中之效能。在篩選表6中所示之引子組後且基於圖2、3及4中所示之結果，如表7中所示之orf1ab.II引子組為最佳引子組，因為其沒有提供假陽性(在水及唾液中)且LoD為200個複本/µL反應(反應體積為25 µL)。類似地，設計靶向唾液中之目標RNaseP的引子作為陽性對照，以確保在唾液中可獲得擴增，如圖5中所示。表 6

引子	序列 (5 ' – 3 ' )
N.I_F3	TGGACCCCAAAATCAGCG
N.I_B3	GCCTTGTCCTCGAGGGAAT
N.I_FIP	CCACTGCGTTCTCCATTCTGGTAAATGCACCCCGCATTACG
N.I_BIP	CGCGATCAAAACAACGTCGGCCCTTGCCATGTTGAGTGAGA
N.I_LF	GTTGAATCTGAGGGTCCACCA
N.I_LB	ACCCAATAATACTGCGTCTTGG
N.II_F3	GCCCCAAGGTTTACCCAAT
N.II_B3	AGCACCATAGGGAAGTCCAG
N.II_FIP	CGCCTTGTCCTCGAGGGAATTCGTCTTGGTTCACCGCTC
N.II_BIP	AGACGAATTCGTGGTGGTGACGTGGCCCAGTTCCTAGGTAG
N.II_LF	TCTTCCTTGCCATGTTGAGTG
N.II_LB	ATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG
N.III_F3	AATTGGCTACTACCGAAGAGCTA
N.III_B3	GTAGAAGCCTTTTGGCAATGTTG
N.III_FIP	GTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCCTGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG
N.III_BIP	GGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACTTGAGGAAGTTGTAGCACGATTG
N.III_LF	TGGCCCAGTTCCTAGGTAGTAGAAATA
N.III_LB	CGCAATCCTGCTAACAATGCTG
RdRP.I_F3	CAGATGCATTCTGCATTGT
RdRP.I_B3	ATTACCAGAAGCAGCGTG
RdRP.I_FIP	CAGTTGAAACTACAAATGGAACACCTACAGTGTTCCCACCTACA
RdRP.I_BIP	AGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGAGGTCAGCAGCATACACAAG
RdRP.I_LF	TTTTCTCACTAGTGGTCCAAAACT
RdRP.I_LB	TGTAAACTTACATAGCTCTAGACTT
RdRP.II_F3	ACTATGACCAATAGACAGTTTCA
RdRP.II_B3	GGCCATAATTCTAAGCATGTT
RdRP.II_FIP	GCCAACCACCATAGAATTTGCTAATAGCCGCCACTAGAGG
RdRP.II_BIP	AGTGATGTAGAAAACCCTCACCTAGGCATGGCTCTATCACAT
RdRP.II_LF	GTTCCAATTACTACAGTAGC
RdRP.II_LB	ATGGGTTGGGATTATCCTAA
RdRP.III_F3	CGATAAGTATGTCCGCAATT
RdRP.III_B3	ACTGACTTAAAGTTCTTTATGCT
RdRP.III_FIP	ATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTCCAACACAGACTTTATGAGTGTC
RdRP.III_BIP	TGATACTCTCTGACGATGCTGTAGCCACTAGACCTTGAGAT
RdRP.III_LF	TGTGTCAACATCTCTATTTCTATAG
RdRP.III_LB	TGTGTGTTTCAATAGCACTTATGC
orf1ab.I_F3	AGCTGGTAATGCAACAGAA
orf1ab.I_B3	CACCACCAAAGGATTCTTG
orf1ab.I_FIP	TCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTG
orf1ab.I_BIP	GTGTTAAGATGTTGTGTACACACACATCCATATTGGCTTCCGG
orf1ab.I_LF	GCTTTAGCAGCATCTACAGCA
orf1ab.I_LB	TGGTACTGGTCAGGCAATAACAGT
orf1ab.II_F3	ACTTAAAAACACAGTCTGTACC
orf1ab.II_B3	TCAAAAGCCCTGTATACGA
orf1ab.II_FIP	TGACTGAAGCATGGGTTCGCGTCTGCGGTATGTGGAAAG
orf1ab.II_BIP	GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGCATCAGTACTAGTGCCTGT
orf1ab.II_LF	GAGTTGATCACAACTACAGCCATA
orf1ab.II_LB	TTGCGGTGTAAGTGCAGCC
orf1ab.III_F3	TTGTGCTAATGACCCTGT
orf1ab.III_B3	TCAAAAGCCCTGTATACGA
orf1ab.III_FIP	GATCACAACTACAGCCATAACCTTTGGGTTTTACACTTAAAAACACAG
orf1ab.III_BIP	TGATGCACAATCGTTTTTAAACGGCATCAGTACTAGTGCCTGT
orf1ab.III_LF	CCACATACCGCAGACGGTACAG
orf1ab.III_LB	GGTGTAAGTGCAGCCCGT
RNaseP.I_F3	TCAGGGTCACACCCAAGT
RNaseP.I_B3	CGCATACACACACTCAGGAA
RNaseP.I_FIP	ACATGGCTCTGGTCCGAGGTCCTCCACTTATCCCCTCCGTG
RNaseP.I_BIP	CTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGGTAACTGGGCCCACCAAGAG
RNaseP.I_LF	ACTCAGCATGCGAAGAGCCATAT
RNaseP.I_LB	CTGCATTGAGGGTGGGGGTAAT
RNaseP.II_F3	GCCCTGTGGAACGAAGAG
RNaseP.II_B3	TCCGTCCAGCAGCTTCTG
RNaseP.II_FIP	CACTGGATCCAGTTCAGCCTCCGCACACAGCATGGCAGAA
RNaseP.II_BIP	TTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCGTGGGCCTTAAAGTCCGTCTT
RNaseP.II_LF	CACCGCGGGGCTCTCGGT
RNaseP.II_LB	CTGCCCCGGAGACCCAATG
RNaseP.III_F3	TACATTCACGGCTTGGGC
RNaseP.III_B3	GGGTGTGACCCTGAAGACT
RNaseP.III_FIP	CACCTGCAAGGACCCGAAGCAACCGCGCCATCAACATC
RNaseP.III_BIP	GCCAATACCTCCACCGTGGAGGTTGCGGATCCGAGTCAG
RNaseP.III_LF	CGCCTGCAGCTGCAGCGC
RNaseP.III_LB	GTTGATGAGCTGGAGCCAGAGA

表 7

引子	序列 (5 ' - 3 ' )
orf1ab.II_F3	ACTTAAAAACACAGTCTGTACC
orf1ab.II_B3	TCAAAAGCCCTGTATACGA
orf1ab.II_FIP	TGACTGAAGCATGGGTTCGCGTCTGCGGTATGTGGAAAG
orf1ab.II_BIP	GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGCATCAGTACTAGTGCCTGT
orf1ab.II_LF	GAGTTGATCACAACTACAGCCATA
orf1ab.II_LB	TTGCGGTGTAAGTGCAGCC
RNaseP.III_F3	TACATTCACGGCTTGGGC
RNaseP.III_B3	GGGTGTGACCCTGAAGACT
RNaseP.III_FIP	CACCTGCAAGGACCCGAAGCAACCGCGCCATCAACATC
RNaseP.III_BIP	GCCAATACCTCCACCGTGGAGGTTGCGGATCCGAGTCAG
RNaseP.III_LF	CGCCTGCAGCTGCAGCGC
RNaseP.III_LB	GTTGATGAGCTGGAGCCAGAGA

如圖2中所示，生成不同引子組在最終濃度為18%之唾液中的RT-qLAMP擴增曲線。藍線表示陽性對照，其中將5 µL加熱不活化SARS-CoV-2摻入唾液中且添加至反應混合物中，使最終濃度為每個反應1.0×10 ⁵個病毒基因體複本。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水9:10稀釋之唾液添加至反應混合物中。

如圖3A中所示，生成不同引子組在水中之RT-qLAMP擴增曲線。藍線表示陽性對照，其中將5 µL 0.2 ng/µL： A)N基因合成RNA模板、 B)RNA依賴性RNA聚合酶(RdRP)合成RNA模板或 C)orf1ab合成RNA模板添加至反應中。黑線表示非模板對照(NTC)，其中添加5 µL水代替模板合成RNA。每個引子組在各條件下重複運行四次。

如圖3B中所示，Region X引子組在18%唾液中之RT-qLAMP螢光結果。藍線表示陽性對照，其中將5 µL加熱不活化SARS-CoV-2添加至反應混合物中，使最終濃度為每個反應1.0×10 ⁵個病毒基因體複本。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用無核酸酶水稀釋至90%的人類唾液添加至反應混合物中。反應之最終體積為25 µL且使用NEB 2x螢光主混合物。反應在qTower3G上以0.1℃/s之升溫速率運行。

如圖4中所示，生成不同orf1ab及RdRP引子組之檢測極限(LoD)的比色RT-LAMP掃描影像。黃色孔表示發生成功的LAMP反應，而紅色/橙色孔分別表示不存在或低位準擴增。在20 µL反應混合物中摻入5 µL標記濃度之熱不活化病毒於水中之稀釋液。將盤在65℃下培育60分鐘後拍攝終點影像。每個引子組在各病毒濃度下重複運行三次。

如圖5中所示，生成靶向人類RNaseP POP7基因之引子組在以下各項中之螢光RT-qLAMP結果： A)摻入10 ⁵個基因體當量/反應之熱不活化SARS-CoV-2的18%唾液； B)具有0.2 ng合成RNaseP POP7 RNA之水；及 C)在摻入10 ⁵個基因體當量/反應之熱不活化SARS-CoV-2的18%唾液中的比色RT-LAMP LoD。實例 6- 引子設計

使用PrimerExplorer v5設計RT-LAMP引子組。用於設計引子之參數可見於表8中。所有未在表8中指出之其他Primer Explorer參數均設置為預設值。表 8

		N.I	N.II	N.III	RdRP.I	RdRP.II	RdRP.III	Orf1ab.I	Orf1ab.II	Orf1ab.III	RNaseP.I	RNaseP.I	RNaseP.III
	參數集	正常	正常	正常	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	富含AT	正常	正常	正常
引子之間的距離 (bp)	F2/B2	-	120-225	120-220	-	-	-	-	-	-	-	-	-
F2/F3	-	0-30	0-40	0-30	0-25	0-25	0-25	0-25	0-25	-	-	-
引子長度 (bp)	F1c/B1c	-	-	27-40	-	-	-	-	-	-	-	-	-
F2/B2	-	-	23-35	-	-	-	-	-	-	-	-	-
F3/B3	-	-	23-35	-	-	-	-	-	-	-	-	-
	GC 含量 (%)	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
	∆G _min( 二聚化 ) (kcal/mol)	-	-	-5.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-
		環引子
	GC 含量 (%)	-	-	10-80	-	10-65	10-65	-	-	-	40-99	40-99	40-99
	∆G _min( 二聚化 ) (kcal/mol)	-	-	-5.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-
	解鏈溫度 ( ℃ )	-	-	50-66	-	50-66	50-66	-	-	-	60-80	60-80	60-80
	引子長度 (bp)	-	-	20-35	-	-	-	-	-	-	-	-	-

引子組係使用SARS-CoV-2參考基因體(NCBI寄存編號：NC_045512)之部分來設計。藉由首先將nsp12基因序列分成2部分來設計RdRP之引子組。引子組RdRP.I係使用nsp12序列之第一部分來設計，而引子組RdRP.II及RdRP.III係使用nsp12序列之第二部分來設計。orf1ab之引子組係使用orf1ab基因序列之一部分來設計。RNaseP之引子組係使用POP7基因之mRNA序列來設計，該基因編碼RNaseP之p20次單元。實例 7- 混合引子之效果

為了提高RT-LAMP反應的速度，研究在螢光RT-LAMP反應混合物中包含多個引子組。研究係在水中進行，使用NEB LAMP螢光染料作為螢光指示劑。包含多個引子組似乎並未顯著提高反應速度。相反，反應主要以單獨使用時反應時間最快的引子組的速度進行。實例 8- 引子檢測極限

如圖6中所示，確定orf7ab引子組在新鮮唾液中的檢測極限。使用流涎法收集新鮮唾液。唾液在水中1:4稀釋以獲得20%唾液。將熱不活化SARS-CoV-2藉由連續稀釋摻入20%唾液中。無摻入病毒之20%唾液用作非模板對照(NTC)。將5 μl 20%唾液添加至20 μl RT-LAMP試劑中以獲得5%之唾液總濃度。在65℃下培育60分鐘後，顏色發生變化，如圖6中所示。在該圖中，y軸上之複本數代表100%唾液之原始濃度(亦即稀釋前)。orf7ab之檢測極限為在25 μl體積中每個反應250個複本，其等效於2×10 ⁵個複本/毫升唾液。亦即，當引子組為orf7ab時，2×10 ⁵個複本/毫升唾液可始終實現自紅色至黃色的顏色變化(其指示陽性結果)。

如圖7中所示，orf7ab引子組之檢測極限為2×10 ⁵個複本/毫升唾液；orf1ab引子組之檢測極限為4×10 ⁵個複本/毫升唾液；且E基因引子組之檢測極限為4×10 ⁵個複本/毫升唾液。實例 9- 樣本LAMP方案

LAMP方案中使用之材料的樣本清單可見於表9中。表 9

材料	供應商 ( 目錄號 )	每個反應的成本 ($)
Orf1ab.II引子組	Life Technologies (N/A)	0.02
RNaseP.III引子組	Life Technologies (N/A)	0.09
SARS-CoV-2快速比色LAMP分析套組	New England Biolabs (E2019S)	1.33
總計	-	1.44

引子混合物

引子混合物調配如下：(1)自冰箱中獲得所有6個經稀釋之引子(100 µM)，(2)在管中混合80 µl FIP、80 µl BIP、20 µl FB、20 µl LB、10 µl F3及10 µl B3；及(3)添加足夠的PCR級水，使總量達到500 µl。 LAMP

1. 獲取NEB Bst 2.0 Warmstart套組及引子混合物；2. 在試劑解凍時及在噴灑RNaseAway 至少5分鐘後，用Kimwipe擦拭表面；3. 在所有需要的PCR管上標記將使用的DNA樣本及引子。確保添加一個不添加DNA的陰性對照；4. 每個反應添加5 µl PCR級水(或染料)、12.5 µl NEB Bst 2.0 Warmstart套組及2.5 µl引子混合物。可為將要運行的許多反應製備主混合物；5. 若添加5 µl EBT染料，則其應為1500 µM濃度，使得最終濃度為300 µM；6. 無DNA之反應應額外添加5 µl PCR級水，直至必須加載至凝膠上才能再次打開；7. 一旦準備就緒，應將PCR管置於先前留在直通室中的PCR托盤中且轉移到不同的房間；8. 進入新房間後，自-20℃冰箱中獲取樣本DNA；9. 用RNaseAway噴霧劑噴灑雙手且在DNA樣本管周圍揉搓，使其亦由噴霧劑覆蓋；10. 適當時添加5 µl DNA樣本且將管關閉。避免同時打開2個DNA管且在添加DNA後立即關閉PCR管；11. 將樣本置於設置為65℃ 1小時及80℃ 5分鐘的熱循環儀中(在此操作後樣本可在-20℃保持隔夜)。實例 10- 比較引子組效能 - Region X1.1及X1.2

如圖8A中所示，使用4個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及4個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X1.1之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入100k個複本之量的SARS-CoV-2的樣本。

如圖中所示，摻入病毒之樣本在反應開始後7至13分鐘之間達到約5×10 ⁴的螢光強度，而對照樣本在反應開始後45至60分鐘之間達到約5×10 ⁴的螢光強度。

如圖8B中所示，使用4個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及4個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X1.2之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

如圖中所示，摻入病毒之樣本在反應開始後10至12分鐘之間達到約5×10 ⁴的螢光強度，而對照樣本在反應開始後35至45分鐘之間達到約5×10 ⁴的螢光強度。

基於圖8A-8B中呈現之資料，與Reg X3.1引子組相比，Region X1.1及X1.2引子組未提供在不同濃度的SARS-CoV-2下檢測SARS-CoV-2之可靠結果。實例 11- 比較引子組效能 - Region X1.1

如圖9A-9G中所示，使用3個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及3個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X1.1之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

如圖9A中所示，對於病毒濃度為約100k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後10分鐘達到約3×10 ⁴的螢光強度。

如圖9B中所示，對於病毒濃度為約10k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後10分鐘達到約3×10 ⁴的螢光強度。

如圖9C中所示，對於病毒濃度為約1k個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後10分鐘達到約3×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖9D中所示，對於病毒濃度為約100個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後20分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。對於病毒濃度為約100個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後40分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖9E中所示，對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後50分鐘達到約4×10 ⁴的螢光強度。對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後55分鐘達到約4×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖9F中所示，對於病毒濃度為約1個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後25分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。對於病毒濃度為約1個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後55分鐘達到約3×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖9G中所示，對於未摻入SARS-CoV-2病毒之對照，對於病毒濃度為約1個複本之SARS-CoV-2病毒，三個樣本中之一者在反應開始後50分鐘達到約4×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

基於圖9A-9G中呈現之資料，與Reg X3.1引子組相比，Region X1.1引子組未提供在不同濃度的SARS-CoV-2下檢測SARS-CoV-2之可靠結果。實例 12- 比較引子組效能 - Region X2.1-X2.4

如圖10A-10D中所示，使用4個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及4個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X2.1-X2.4之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入100k個複本之量的SARS-CoV-2的樣本。

如圖10A中所示，當使用自Region X2.1獲取之引子組時，對於病毒濃度為約10k個複本的SARS-CoV-2病毒，四個摻入病毒的樣本在反應開始後20分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。對照直至50分鐘後才出現尖峰。

如圖10B中所示，當使用自Region X2.2獲取之引子組時，對於病毒濃度為約10k個複本的SARS-CoV-2病毒，四個摻入病毒的樣本在反應開始後20-30分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。對照直至40分鐘後才出現尖峰。

如圖10C中所示，當使用自Region X2.3獲取之引子組時，對於病毒濃度為約10k個複本的SARS-CoV-2病毒，四個摻入病毒的樣本在反應開始後20-30分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。對照直至40分鐘後才出現尖峰。

如圖10D中所示，當使用自Region X2.4獲取之引子組時，對於病毒濃度為約10k個複本的SARS-CoV-2病毒，四個摻入病毒的樣本在反應開始後10-20分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。對照直至30分鐘後才出現尖峰。

基於圖10A-10D中呈現之資料，與Reg X3.1引子組相比，Region X2.1-X2.4引子組未提供檢測SARS-CoV-2之可靠結果。實例 13- 比較引子組效能 - Region X2.1

如圖11A-11G中所示，使用3個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及3個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X2.1之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

如圖11A中所示，對於病毒濃度為約100k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後20分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖11B中所示，對於病毒濃度為約10k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後20-30分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖11C中所示，對於病毒濃度為約1k個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後30分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者在反應開始後40-60分鐘表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖11D中所示，對於病毒濃度為約100個複本的SARS-CoV-2病毒，所有三個摻入病毒的樣本在反應開始後30-40分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖11E中所示，對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後30-60分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖11F中所示，對於病毒濃度為約1個複本的SARS-CoV-2病毒，所有三個摻入病毒的樣本在反應開始後45-60分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖11G中所示，對於未摻入SARS-CoV-2病毒之對照，三個樣本中之一者在反應開始後45分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者直至反應開始後50分鐘才表現出螢光尖峰。

基於圖11A-11G中呈現之資料，與Reg X3.1引子組相比，Region X2.1引子組未提供在不同濃度的SARS-CoV-2下檢測SARS-CoV-2之一致結果。實例 14- 比較引子組效能 - Region X3.1

如圖12中所示，使用4個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及4個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成區域X3.1之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

對於病毒濃度為約100k個複本之SARS-CoV-2病毒，四個摻入病毒的樣本在反應開始後15分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。四個對照中之一者在約40分鐘後出現尖峰，而其餘三個對照未表現出高於基線位準的螢光尖峰。實例 15- 比較引子組效能 - Region X3.1

如圖13A-13G中所示，使用3個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及3個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region X2.1之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

如圖13A中所示，對於病毒濃度為約100k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後10分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖13B中所示，對於病毒濃度為約10k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後20分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖13C中所示，對於病毒濃度為約1k個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後20分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者在反應開始後40-60分鐘表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖13D中所示，對於病毒濃度為約100個複本的SARS-CoV-2病毒，所有三個摻入病毒的樣本在反應開始後50分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖13E中所示，對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後30分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後45分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖13F中所示，對於病毒濃度為約1個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之兩者在反應開始後45-60分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖13G中所示，對於未摻入SARS-CoV-2病毒之對照，三個樣本中之一者在反應開始後40分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者直至反應開始後50分鐘才表現出螢光尖峰。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

基於圖13A-13G中呈現之資料，Region X3.1引子組提供的效能結果與其他引子組(例如REG X1.1、REG X1.2、REG X2.1、REG X2.2、REG X2.3、REG X2.4、Orf1ab.2)相比更可靠、精確及一致。實例 16- 比較引子組效能 - Orf1ab.2

如圖14A-14G中所示，使用3個在18%唾液中摻入SARS-CoV-2病毒之樣本及3個在18%唾液中未摻入SARS-CoV-2病毒之樣本，生成Region Orf1ab.2之螢光強度隨時間(分鐘)推移的曲線圖。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL用水稀釋至18%的唾液添加至反應混合物中。綠線表示摻入SARS-CoV-2之樣本。

如圖14A中所示，對於病毒濃度為約100k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後20分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。

如圖14B中所示，對於病毒濃度為約10k個複本之SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後20分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者在反應開始後40-60分鐘表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖14C中所示，對於病毒濃度為約1k個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後40分鐘達到約8×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後40-60分鐘表現出高於基線位準的螢光尖峰。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖14D中所示，對於病毒濃度為約100個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後60分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另外兩者直至60分鐘後才表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖14E中所示，對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之一者在反應開始後40分鐘達到約7×10 ⁴的螢光強度。對於病毒濃度為約10個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本中之另一者在反應開始後50分鐘達到約6×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

如圖14F中所示，對於病毒濃度為約1個複本的SARS-CoV-2病毒，三個摻入病毒的樣本在反應開始後60分鐘達到約4×10 ⁴的螢光強度。

如圖14G中所示，對於未摻入SARS-CoV-2病毒之對照，三個樣本中之一者在反應開始後35分鐘達到約4×10 ⁴的螢光強度。三個摻入病毒的樣本中之另一者直至反應開始後50分鐘才表現出螢光尖峰。三個摻入病毒的樣本中之另一者未表現出高於基線位準的螢光尖峰。

基於圖14A-14G中呈現之資料，與Reg X3.1引子組相比，Region Orf1ab.2引子組未提供在不同濃度的SARS-CoV-2下檢測SARS-CoV-2之一致結果。實例 17- 具有反向互補序列之引子的清單

具有N.3、N.6、N.10、N.13e、RdRP.1、RdRP.2、RdRP.3、RdRP.4、orf1ab.1、orf1ab.2、orf1ab.3、orf1ab.4、E.1、E.2、E.3、E.4、E.5、RNaseP.1、RNaseP.2、RNaseP.3、RNaseP.4、RNaseP.5、RegX1.1、RegX1.2、RegX2.1、RegX2.2、RegX2.3、RegX2.4、RegX2.3、RegX2.4及RegX3.1之序列及反向互補序列之引子(F3、B3、FIP、BIP、LF及LB)的清單可見於表10中。表 10 ：引子序列及反向互補序列之清單

引子	序列	反向互補序列
N.3_F3	TGGACCCCAAAATCAGCG	CGCTGATTTTGGGGTCCA
N.3_B3	GCCTTGTCCTCGAGGGAAT	ATTCCCTCGAGGACAAGGC
N.3_FIP	CCACTGCGTTCTCCATTCTGGTAAATGCACCCCGCATTACG	CGTAATGCGGGGTGCATTTACCAGAATGGAGAACGCAGTGG
N.3_BIP	CGCGATCAAAACAACGTCGGCCCTTGCCATGTTGAGTGAGA	TCTCACTCAACATGGCAAGGGCCGACGTTGTTTTGATCGCG
N.3_LF	GTTGAATCTGAGGGTCCACCA	TGGTGGACCCTCAGATTCAAC
N.3_LB	ACCCAATAATACTGCGTCTTGG	CCAAGACGCAGTATTATTGGGT
N.6_F3	CCCCAAAATCAGCGAAATGC	GCATTTCGCTGATTTTGGGG
N.6_B3	AGCCAATTTGGTCATCTGGA	TCCAGATGACCAAATTGGCT
N.6_FIP	CGACGTTGTTTTGATCGCGCCATTACGTTTGGTGGACCCTC	GAGGGTCCACCAAACGTAATGGCGCGATCAAAACAACGTCG
N.6_BIP	GCGTCTTGGTTCACCGCTCTAATTGGAACGCCTTGTCCTC	GAGGACAAGGCGTTCCAATTAGAGCGGTGAACCAAGACGC
N.6_LF	TCCATTCTGGTTACTGCCAGTTG	CAACTGGCAGTAACCAGAATGGA
N.6_LB	CAACATGGCAAGGAAGACCTT	AAGGTCTTCCTTGCCATGTTG
N.10_F3	GCCCCAAGGTTTACCCAAT	ATTGGGTAAACCTTGGGGC
N.10_B3	AGCACCATAGGGAAGTCCAG	CTGGACTTCCCTATGGTGCT
N.10_FIP	CGCCTTGTCCTCGAGGGAATTCGTCTTGGTTCACCGCTC	GAGCGGTGAACCAAGACGAATTCCCTCGAGGACAAGGCG
N.10_BIP	AGACGAATTCGTGGTGGTGACGTGGCCCAGTTCCTAGGTAG	CTACCTAGGAACTGGGCCACGTCACCACCACGAATTCGTCT
N.10_LF	TCTTCCTTGCCATGTTGAGTG	CACTCAACATGGCAAGGAAGA
N.10_LB	ATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG	CCATCTTGGACTGAGATCTTTCAT
N.13e_F3	AATTGGCTACTACCGAAGAGCTA	TAGCTCTTCGGTAGTAGCCAATT
N.13e_B3	GTAGAAGCCTTTTGGCAATGTTG	CAACATTGCCAAAAGGCTTCTAC
N.13e_FIP	GTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCCTGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG	CCATCTTGGACTGAGATCTTTCAGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGAC
N.13e_BIP	GGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACTTGAGGAAGTTGTAGCACGATTG	CAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGTGATCTTTTGGTGTATTCAAGGCTCC
N.13e_LF	TGGCCCAGTTCCTAGGTAGTAGAAATA	TATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCA
N.13e_LB	CGCAATCCTGCTAACAATGCTG	CAGCATTGTTAGCAGGATTGCG
RdRP.1_F3	CAGATGCATTCTGCATTGT	ACAATGCAGAATGCATCTG
RdRP.1_B3	ATTACCAGAAGCAGCGTG	CACGCTGCTTCTGGTAAT
RdRP.1_FIP	CAGTTGAAACTACAAATGGAACACCTACAGTGTTCCCACCTACA	TGTAGGTGGGAACACTGTAGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTG
RdRP.1_BIP	AGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGAGGTCAGCAGCATACACAAG	CTTGTGTATGCTGCTGACCTCCTGATTATGTACAACACCTAGCT
RdRP.1_LF	TTTTCTCACTAGTGGTCCAAAACT	AGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAA
RdRP.1_LB	TGTAAACTTACATAGCTCTAGACTT	AAGTCTAGAGCTATGTAAGTTTACA
RdRP.2_F3	ACTATGACCAATAGACAGTTTCA	TGAAACTGTCTATTGGTCATAGT
RdRP.2_B3	GGCCATAATTCTAAGCATGTT	AACATGCTTAGAATTATGGCC
RdRP.2_FIP	GCCAACCACCATAGAATTTGCTAATAGCCGCCACTAGAGG	CCTCTAGTGGCGGCTATTAGCAAATTCTATGGTGGTTGGC
RdRP.2_BIP	AGTGATGTAGAAAACCCTCACCTAGGCATGGCTCTATCACAT	ATGTGATAGAGCCATGCCTAGGTGAGGGTTTTCTACATCACT
RdRP.2_LF	GTTCCAATTACTACAGTAGC	GCTACTGTAGTAATTGGAAC
RdRP.2_LB	ATGGGTTGGGATTATCCTAA	TTAGGATAATCCCAACCCAT
RdRP.3_F3	GCAAAATGTTGGACTGAGAC	GTCTCAGTCCAACATTTTGC
RdRP.3_B3	GAACCGTTCAATCATAAGTGTA	TACACTTATGATTGAACGGTTC
RdRP.3_FIP	ATCACCCTGTTTAACTAGCATTGTTGACCTTACTAAAGGACCTC	GAGGTCCTTTAGTAAGGTCAACAATGCTAGTTAAACAGGGTGAT
RdRP.3_BIP	TATGTGTACCTTCCTTACCCAGACCATCTGTTTTTACGATATCATCT	AGATGATATCGTAAAAACAGATGGTCTGGGTAAGGAAGGTACACATA
RdRP.3_LF	ATGTTGAGAGCAAAATTCAT	ATGAATTTTGCTCTCAACAT
RdRP.3_LB	TCCATCAAGAATCCTAGGGGC	GCCCCTAGGATTCTTGATGGA
RdRP.4_F3	CGATAAGTATGTCCGCAATT	AATTGCGGACATACTTATCG
RdRP.4_B3	ACTGACTTAAAGTTCTTTATGCT	AGCATAAAGAACTTTAAGTCAGT
RdRP.4_FIP	ATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTCCAACACAGACTTTATGAGTGTC	GACACTCATAAAGTCTGTGTTGGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCAT
RdRP.4_BIP	TGATACTCTCTGACGATGCTGTAGCCACTAGACCTTGAGAT	ATCTCAAGGTCTAGTGGCTACAGCATCGTCAGAGAGTATCA
RdRP.4_LF	TGTGTCAACATCTCTATTTCTATAG	CTATAGAAATAGAGATGTTGACACA
RdRP.4_LB	TGTGTGTTTCAATAGCACTTATGC	GCATAAGTGCTATTGAAACACACA
orf1ab.1_F3	AGCTGGTAATGCAACAGAA	TTCTGTTGCATTACCAGCT
orf1ab.1_B3	CACCACCAAAGGATTCTTG	CAAGAATCCTTTGGTGGTG
orf1ab.1_FIP	TCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTG	CAGAAAGATAATACAGTTGAATTGGCAAAGATTATCTAGCTAGTGGGGGA
orf1ab.1_BIP	GTGTTAAGATGTTGTGTACACACACATCCATATTGGCTTCCGG	CCGGAAGCCAATATGGATGTGTGTGTACACAACATCTTAACAC
orf1ab.1_LF	GCTTTAGCAGCATCTACAGCA	TGCTGTAGATGCTGCTAAAGC
orf1ab.1_LB	TGGTACTGGTCAGGCAATAACAGT	ACTGTTATTGCCTGACCAGTACCA
orf1ab.2_F3	ACTTAAAAACACAGTCTGTACC	GGTACAGACTGTGTTTTTAAGT
orf1ab.2_B3	TCAAAAGCCCTGTATACGA	TCGTATACAGGGCTTTTGA
orf1ab.2_FIP	TGACTGAAGCATGGGTTCGCGTCTGCGGTATGTGGAAAG	CTTTCCACATACCGCAGACGCGAACCCATGCTTCAGTCA
orf1ab.2_BIP	GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGCATCAGTACTAGTGCCTGT	ACAGGCACTAGTACTGATGCGTTTAAAAACGATTGTGCATCAGC
orf1ab.2_LF	GAGTTGATCACAACTACAGCCATA	TATGGCTGTAGTTGTGATCAACTC
orf1ab.2_LB	TTGCGGTGTAAGTGCAGCC	GGCTGCACTTACACCGCAA
orf1ab.3_F3	TTGTGCTAATGACCCTGT	ACAGGGTCATTAGCACAA
orf1ab.3_B3	TCAAAAGCCCTGTATACGA	TCGTATACAGGGCTTTTGA
orf1ab.3_FIP	GATCACAACTACAGCCATAACCTTTGGGTTTTACACTTAAAAACACAG	CTGTGTTTTTAAGTGTAAAACCCAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATC
orf1ab.3_BIP	TGATGCACAATCGTTTTTAAACGGCATCAGTACTAGTGCCTGT	ACAGGCACTAGTACTGATGCCGTTTAAAAACGATTGTGCATCA
orf1ab.3_LF	CCACATACCGCAGACGGTACAG	CTGTACCGTCTGCGGTATGTGG
orf1ab.3_LB	GGTGTAAGTGCAGCCCGT	ACGGGCTGCACTTACACC
orf1ab.4_F3	CTGTTATCCGATTTACAGGATT	AATCCTGTAAATCGGATAACAG
orf1ab.4_B3	GGCAGCTAAACTACCAAGT	ACTTGGTAGTTTAGCTGCC
orf1ab.4_FIP	ACAAGGTGGTTCCAGTTCTGTAGGGCTAGATTCCCTAAGAGT	ACTCTTAGGGAATCTAGCCCTACAGAACTGGAACCACCTTGT
orf1ab.4_BIP	TGTTACAGACACACCTAAAGGTCCACCATACCTCTATTTAGGTTGTT	AACAACCTAAATAGAGGTATGGTGGACCTTTAGGTGTGTCTGTAACA
orf1ab.4_LF	TAGATAGTACCAGTTCCATC	GATGGAACTGGTACTATCTA
orf1ab.4_LB	TGAAGTATTTATACTTTATTAAAGG	CCTTTAATAAAGTATAAATACTTCA
E.1_F3	CCTGAAGAACATGTCCAAAT	ATTTGGACATGTTCTTCAGG
E.1_B3	CGCTATTAACTATTAACGTACCT	AGGTACGTTAATAGTTAATAGCG
E.1_FIP	CGTCGGTTCATCATAAATTGGTTCCACAATCGACGGTTCATCC	GGATGAACCGTCGATTGTGGAACCAATTTATGATGAACCGACG
E.1_BIP	ACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCGTCTCTTCCGAAACGAATG	CATTCGTTTCGGAAGAGACGCTTACAAAGGCACGCTAGTAGT
E.1_LF	CATTACTGGATTAACAACTCC	GGAGTTGTTAATCCAGTAATG
E.1_LB	ACAAGCTGATGAGTACGAACTTATG	CATAAGTTCGTACTCATCAGCTTGT
E.2_F3	TTGTAAGCACAAGCTGATG	CATCAGCTTGTGCTTACAA
E.2_B3	AGAGTAAACGTAAAAAGAAGGTT	AACCTTCTTTTTACGTTTACTCT
E.2_FIP	CGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGCTAGTACGAACTTATGTACTCATTCG	CGAATGAGTACATAAGTTCGTACTAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCG
E.2_BIP	TGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGCAGACTCACGTTAACAATATTGC	GCAATATTGTTAACGTGAGTCTGCTAGTGTAACTAGCAAGAATACCA
E.2_LF	ACGTACCTGTCTCTTCCGAAA	TTTCGGAAGAGACAGGTACGT
E.2_LB	CATCCTTACTGCGCTTCGATTGTG	CACAATCGAAGCGCAGTAAGGATG
E.3_F3	GTACGAACTTATGTACTCATTCG	CGAATGAGTACATAAGTTCGTAC
E.3_B3	TTTTTAACACGAGAGTAAACGT	ACGTTTACTCTCGTGTTAAAAA
E.3_FIP	CTAGCAAGAATACCACGAAAGCAAGTTCGGAAGAGACAGGTACG	CGTACCTGTCTCTTCCGAACTTGCTTTCGTGGTATTCTTGCTAG
E.3_BIP	CACTAGCCATCCTTACTGCGCAAGGTTTTACAAGACTCACGT	ACGTGAGTCTTGTAAAACCTTGCGCAGTAAGGATGGCTAGTG
E.3_LF	AGAAGTACGCTATTAACTATTA	TAATAGTTAATAGCGTACTTCT
E.3_LB	TTCGATTGTGTGCGTACTGCTG	CAGCAGTACGCACACAATCGAA
E.4_F3	CACTAGCCATCCTTACTGC	GCAGTAAGGATGGCTAGTG
E.4_B3	GTACCGTTGGAATCTGCC	GGCAGATTCCAACGGTAC
E.4_FIP	ACGAGAGTAAACGTAAAAAGAAGGTGCTTCGATTGTGTGCGTA	TACGCACACAATCGAAGCACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGT
E.4_BIP	CTAGAGTTCCTGATCTTCTGGTCTTGGCTAAAATTAAAGTTCCAAAC	GTTTGGAACTTTAATTTTAGCCAAGACCAGAAGATCAGGAACTCTAG
E.4_LF	AGACTCACGTTAACAATATTGCAGC	GCTGCAATATTGTTAACGTGAGTCT
E.4_LB	ACGAACTAAATATTATATTAGTTTT	AAAACTAATATAATATTTAGTTCGT
E.5_F3	ACTCTCGTGTTAAAAATCTGAA	TTCAGATTTTTAACACGAGAGT
E.5_B3	GCAAATTGTAGAAGACAAATCCAT	ATGGATTTGTCTTCTACAATTTGC
E.5_FIP	CTGCCATGGCTAAAATTAAAGTTCCAGTTCCTGATCTTCTGGTCT	AGACCAGAAGATCAGGAACTGGAACTTTAATTTTAGCCATGGCAG
E.5_BIP	TCCAACGGTACTATTACCGTTGAAAGGAATAGGAAACCTATTACTAGG	CCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTTTCAACGGTAATAGTACCGTTGGA
E.5_LF	AAAACTAATATAATATTTAGTTCGT	ACGAACTAAATATTATATTAGTTTT
E.5_LB	AAAAAGCTCCTTGAACAATGGAA	TTCCATTGTTCAAGGAGCTTTTT
RNaseP.1_F3	GGTGGCTGCCAATACCTC	GAGGTATTGGCAGCCACC
RNaseP.1_B3	ACTCAGCATGCGAAGAGC	GCTCTTCGCATGCTGAGT
RNaseP.1_FIP	GTTGCGGATCCGAGTCAGTGGCCGTGGAGCTTGTTGATGA	TCATCAACAAGCTCCACGGCCACTGACTCGGATCCGCAAC
RNaseP.1_BIP	AACTCAGCCATCCACATCCGAGTCACGGAGGGGATAAGTGG	CCACTTATCCCCTCCGTGACTCGGATGTGGATGGCTGAGTT
RNaseP.1_LF	GTGTGTCGGTCTCTGGCTCCA	TGGAGCCAGAGACCGACACAC
RNaseP.1_LB	TCTTCAGGGTCACACCCAAGT	ACTTGGGTGTGACCCTGAAGA
RNaseP.2_F3	CGTGGAGCTTGTTGATGAGC	GCTCATCAACAAGCTCCACG
RNaseP.2_B3	TGGGCTTCCAGGGAACAG	CTGTTCCCTGGAAGCCCA
RNaseP.2_FIP	CGGATGTGGATGGCTGAGTTGTGAGCCAGAGACCGACACA	TGTGTCGGTCTCTGGCTCACAACTCAGCCATCCACATCCG
RNaseP.2_BIP	ACTCCTCCACTTATCCCCTCCGTGGTCCGAGGTCCAGTAC	GTACTGGACCTCGGACCACGGAGGGGATAAGTGGAGGAGT
RNaseP.2_LF	ATCCGAGTCAGTGGCTCCCG	CGGGAGCCACTGACTCGGAT
RNaseP.2_LB	ATATGGCTCTTCGCATGCTG	CAGCATGCGAAGAGCCATAT
RNaseP.3_F3	TCAGGGTCACACCCAAGT	ACTTGGGTGTGACCCTGA
RNaseP.3_B3	CGCATACACACACTCAGGAA	TTCCTGAGTGTGTGTATGCG
RNaseP.3_FIP	ACATGGCTCTGGTCCGAGGTCCTCCACTTATCCCCTCCGTG	CACGGAGGGGATAAGTGGAGGACCTCGGACCAGAGCCATGT
RNaseP.3_BIP	CTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGGTAACTGGGCCCACCAAGAG	CTCTTGGTGGGCCCAGTTACCTTTGGGCTTCCAGGGAACAG
RNaseP.3_LF	ACTCAGCATGCGAAGAGCCATAT	ATATGGCTCTTCGCATGCTGAGT
RNaseP.3_LB	CTGCATTGAGGGTGGGGGTAAT	ATTACCCCCACCCTCAATGCAG
RNaseP.4_F3	GCCCTGTGGAACGAAGAG	CTCTTCGTTCCACAGGGC
RNaseP.4_B3	TCCGTCCAGCAGCTTCTG	CAGAAGCTGCTGGACGGA
RNaseP.4_FIP	CACTGGATCCAGTTCAGCCTCCGCACACAGCATGGCAGAA	TTCTGCCATGCTGTGTGCGGAGGCTGAACTGGATCCAGTG
RNaseP.4_BIP	TTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCGTGGGCCTTAAAGTCCGTCTT	AAGACGGACTTTAAGGCCCACGGCTGGGAAGCCTTTTCCTAA
RNaseP.4_LF	CACCGCGGGGCTCTCGGT	ACCGAGAGCCCCGCGGTG
RNaseP.4_LB	CTGCCCCGGAGACCCAATG	CATTGGGTCTCCGGGGCAG
RNaseP.5_F3	TACATTCACGGCTTGGGC	GCCCAAGCCGTGAATGTA
RNaseP.5_B3	GGGTGTGACCCTGAAGACT	AGTCTTCAGGGTCACACCC
RNaseP.5_FIP	CACCTGCAAGGACCCGAAGCAACCGCGCCATCAACATC	GATGTTGATGGCGCGGTTGCTTCGGGTCCTTGCAGGTG
RNaseP.5_BIP	GCCAATACCTCCACCGTGGAGGTTGCGGATCCGAGTCAG	CTGACTCGGATCCGCAACCTCCACGGTGGAGGTATTGGC
RNaseP.5_LF	CGCCTGCAGCTGCAGCGC	GCGCTGCAGCTGCAGGCG
RNaseP.5_LB	GTTGATGAGCTGGAGCCAGAGA	TCTCTGGCTCCAGCTCATCAAC
RegX1.1_F3	GTCCGAACAACTGGACTT	AAGTCCAGTTGTTCGGAC
RegX1.1_B3	GTCTTGATTATGGAATTTAAGGGAA	TTCCCTTAAATTCCATAATCAAGAC
RegX1.1_FIP	TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATGTGACACTAAGAGGGGTGTA	TACACCCCTCTTAGTGTCACATGAAATTGCTTGGTACACGGAA
RegX1.1_BIP	AAGAGCTATGAATTGCAGACACCTGGACATTCCCCATTGAAG	CTTCAATGGGGAATGTCCAGGTGTCTGCAATTCATAGCTCTT
RegX1.1_LF	CTCATGTTCACGGCAGCAGTA	TACTGCTGCCGTGAACATGAG
RegX1.1_LB	ATTGGCAAAGAAATTTGACAC	GTGTCAAATTTCTTTGCCAAT
RegX1.2_F3	GTCCGAACAACTGGACTT	AAGTCCAGTTGTTCGGAC
RegX1.2_B3	GTCTTGATTATGGAATTTAAGGGAA	TTCCCTTAAATTCCATAATCAAGAC
RegX1.2_FIP	TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATGTGACACTAAGAGGGGTGTA	TACACCCCTCTTAGTGTCACATGAAATTGCTTGGTACACGGAA
RegX1.2_BIP	CTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACTTGGACATTCCCCATTGA	TCAATGGGGAATGTCCAAGTCTGCAATTCATAGCTCTTTTCAG
RegX1.2_LF	TCATGTTCACGGCAGCAGTA	TACTGCTGCCGTGAACATGA
RegX1.2_LB	ATTGGCAAAGAAATTTGACACCT	AGGTGTCAAATTTCTTTGCCAAT
RegX2.1_F3	CTGTCCACGAGTGCTTTG	CAAAGCACTCGTGGACAG
RegX2.1_B3	TGAGGTACACACTTAATAGCTT	AAGCTATTAAGTGTGTACCTCA
RegX2.1_FIP	AGCCGCATTAATCTTCAGTTCATCTAAGCGTGTTGACTGGAC	GTCCAGTCAACACGCTTAGATGAACTGAAGATTAATGCGGCT
RegX2.1_BIP	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAGGGTTACCAATGTCGTGA	TCACGACATTGGTAACCCTAACAACCATGTGTTGAACCTTTCT
RegX2.1_LF	ACCAATTATAGGATATTCAAT	ATTGAATATCCTATAATTGGT
RegX2.1_LB	AGCAGACAAATTCCCAGTTCT	AGAACTGGGAATTTGTCTGCT
RegX2.2_F3	CTGTCCACGAGTGCTTTG	CAAAGCACTCGTGGACAG
RegX2.2_B3	TGAGGTACACACTTAATAGCT	AGCTATTAAGTGTGTACCTCA
RegX2.2_FIP	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGA	TCCAGTCAACACGCTTAATGATGAACTGAAGATTAATGCGGC
RegX2.2_BIP	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTATTAGGGTTACCAATGTCGT	ACGACATTGGTAACCCTAATAACAACCATGTGTTGAACCTTTCT
RegX2.2_LF	CCAATTATAGGATATTCAATAG	CTATTGAATATCCTATAATTGG
RegX2.2_LB	TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA	TGGGAATTTGTCTGCTAATAATGCA
RegX2.3_F3	CTGTCCACGAGTGCTTTG	CAAAGCACTCGTGGACAG
RegX2.3_B3	TGAGGTACACACTTAATAGCT	AGCTATTAAGTGTGTACCTCA
RegX2.3_FIP	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGA	TCCAGTCAACACGCTTAATGATGAACTGAAGATTAATGCGGC
RegX2.3_BIP	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTTTAGGGTTACCAATGTCGT	ACGACATTGGTAACCCTAAAACAACCATGTGTTGAACCTTTCT
RegX2.3_LF	CCAATTATAGGATATTCAATAG	CTATTGAATATCCTATAATTGG
RegX2.3_LB	TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA	TGGGAATTTGTCTGCTAATAATGCA
RegX2.4_F3	CTGTCCACGAGTGCTTTG	CAAAGCACTCGTGGACAG
RegX2.4_B3	TGAGGTACACACTTAATAGCT	AGCTATTAAGTGTGTACCTCA
RegX2.4_FIP	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCATTAAGCGTGTTGACTGGAC	GTCCAGTCAACACGCTTAATGATGAACTGAAGATTAATGCGGC
RegX2.4_BIP	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTTTAGGGTTACCAATGTCGT	ACGACATTGGTAACCCTAAAACAACCATGTGTTGAACCTTTCT
RegX2.4_LF	CCAATTATAGGATATTCAATA	TATTGAATATCCTATAATTGG
RegX2.4_LB	TGCATTATTAGCAGACAAATTCCCA	TGGGAATTTGTCTGCTAATAATGCA
RegX3.1_F3	CGGCGTAAAACACGTCTA	TAGACGTGTTTTACGCCG
RegX3.1_B3	GCTAAAAAGCACAAATAGAAGTC	GACTTCTATTTGTGCTTTTTAGC
RegX3.1_FIP	GGAGAGTAAAGTTCTTGAACTTCCTAGTTACGTGCCAGATCAG	CTGATCTGGCACGTAACTAGGAAGTTCAAGAACTTTACTCTCC
RegX3.1_BIP	TGCGGCAATAGTGTTTATAACACTATGAAAGTTCAATCATTCTGTCT	AGACAGAATGATTGAACTTTCATAGTGTTATAAACACTATTGCCGCA
RegX3.1_LF	TGTCTGATGAACAGTTTAGGTGAAA	TTTCACCTAAACTGTTCATCAGACA
RegX3.1_LB	TTGCTTCACACTCAAAAGAA	TTCTTTTGAGTGTGAAGCAA

實例 18- F2、F1c、B2 B1c引子的清單.

具有N.3、N.6、N.10、N.13e、nsp12.1、nsp12.2、nsp12.3、nsp12.4、orf1ab.1、orf1ab.2、orf1ab.3、orf1ab.4、E.1、E.2、E.3、E.4、E.5、RNaseP.1、RNaseP.2、RNaseP.3、RNaseP.4、RNaseP.5、RegX1.1、RegX1.2、RegX2.1、RegX2.2、RegX2.3、RegX2.4、RegX2.3、RegX2.4及RegX3.1之正向序列之引子(F2、F1c、B2及B1c)的清單可見於表11中。表 11 ：

序列名稱	序列 ( 正向 )
SARS-CoV-2_N.3_F2	AAATGCACCCCGCATTACG
SARS-CoV-2_N.3_F1C	CCACTGCGTTCTCCATTCTGGT
SARS-CoV-2_N.3_B2	CCTTGCCATGTTGAGTGAGA
SARS-CoV-2_N.3_B1C	CGCGATCAAAACAACGTCGGC
SARS-CoV-2_N.6_F2	ATTACGTTTGGTGGACCCTC
SARS-CoV-2_N.6_F1C	CGACGTTGTTTTGATCGCGCC
SARS-CoV-2_N.6_B2	AATTGGAACGCCTTGTCCTC
SARS-CoV-2_N.6_B1C	GCGTCTTGGTTCACCGCTCT
SARS-CoV-2_N.10_F2	CGTCTTGGTTCACCGCTC
SARS-CoV-2_N.10_F1C	CGCCTTGTCCTCGAGGGAATT
SARS-CoV-2_N.10_B2	TGGCCCAGTTCCTAGGTAG
SARS-CoV-2_N.10_B1C	AGACGAATTCGTGGTGGTGACG
SARS-CoV-2_N.13e_F2	TGAAAGATCTCAGTCCAAGATGG
SARS-CoV-2_N.13e_F1C	GTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCC
SARS-CoV-2_N.13e_B2	TTGAGGAAGTTGTAGCACGATTG
SARS-CoV-2_N.13e_B1C	GGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCAC
SARS-CoV-2_nsp12.1_F2	TACAGTGTTCCCACCTACA
SARS-CoV-2_nsp12.1_F1C	CAGTTGAAACTACAAATGGAACACC
SARS-CoV-2_nsp12.1_B2	GGTCAGCAGCATACACAAG
SARS-CoV-2_nsp12.1_B1C	AGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGA
SARS-CoV-2_nsp12.2_F2	AATAGCCGCCACTAGAGG
SARS-CoV-2_nsp12.2_F1C	GCCAACCACCATAGAATTTGCT
SARS-CoV-2_nsp12.2_B2	AGGCATGGCTCTATCACAT
SARS-CoV-2_nsp12.2_B1C	AGTGATGTAGAAAACCCTCACCT
SARS-CoV-2_nsp12.3_F2	TGACCTTACTAAAGGACCTC
SARS-CoV-2_nsp12.3_F1C	ATCACCCTGTTTAACTAGCATTGT
SARS-CoV-2_nsp12.3_B2	CCATCTGTTTTTACGATATCATCT
SARS-CoV-2_nsp12.3_B1C	TATGTGTACCTTCCTTACCCAGA
SARS-CoV-2_nsp12.4_F2	CAACACAGACTTTATGAGTGTC
SARS-CoV-2_nsp12.4_F1C	ATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTC
SARS-CoV-2_nsp12.4_B2	AGCCACTAGACCTTGAGAT
SARS-CoV-2_nsp12.4_B1C	TGATACTCTCTGACGATGCTGT
SARS-CoV-2_orf1ab.1_F2	CCAATTCAACTGTATTATCTTTCTG
SARS-CoV-2_orf1ab.1_F1C	TCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTG
SARS-CoV-2_orf1ab.1_B2	ATCCATATTGGCTTCCGG
SARS-CoV-2_orf1ab.1_B1C	GTGTTAAGATGTTGTGTACACACAC
SARS-CoV-2_orf1ab.2_F2	GTCTGCGGTATGTGGAAAG
SARS-CoV-2_orf1ab.2_F1C	TGACTGAAGCATGGGTTCGC
SARS-CoV-2_orf1ab.2_B2	CATCAGTACTAGTGCCTGT
SARS-CoV-2_orf1ab.2_B1C	GCTGATGCACAATCGTTTTTAAACG
SARS-CoV-2_orf1ab.3_F2	GGGTTTTACACTTAAAAACACAG
SARS-CoV-2_orf1ab.3_F1C	GATCACAACTACAGCCATAACCTTT
SARS-CoV-2_orf1ab.3_B2	CATCAGTACTAGTGCCTGT
SARS-CoV-2_orf1ab.3_B1C	TGATGCACAATCGTTTTTAAACGG
SARS-CoV-2_orf1ab.4_F2	GGGCTAGATTCCCTAAGAGT
SARS-CoV-2_orf1ab.4_F1C	ACAAGGTGGTTCCAGTTCTGTA
SARS-CoV-2_orf1ab.4_B2	ACCATACCTCTATTTAGGTTGTT
SARS-CoV-2_orf1ab.4_B1C	TGTTACAGACACACCTAAAGGTCC
SARS-CoV-2_E.1_F2	CACAATCGACGGTTCATCC
SARS-CoV-2_E.1_F1C	CGTCGGTTCATCATAAATTGGTTC
SARS-CoV-2_E.1_B2	GTCTCTTCCGAAACGAATG
SARS-CoV-2_E.1_B1C	ACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGC
SARS-CoV-2_E.2_F2	AGTACGAACTTATGTACTCATTCG
SARS-CoV-2_E.2_F1C	CGAAAGCAAGAAAAAGAAGTACGCT
SARS-CoV-2_E.2_B2	AGACTCACGTTAACAATATTGC
SARS-CoV-2_E.2_B1C	TGGTATTCTTGCTAGTTACACTAGC
SARS-CoV-2_E.3_F2	TTCGGAAGAGACAGGTACG
SARS-CoV-2_E.3_F1C	CTAGCAAGAATACCACGAAAGCAAG
SARS-CoV-2_E.3_B2	AAGGTTTTACAAGACTCACGT
SARS-CoV-2_E.3_B1C	CACTAGCCATCCTTACTGCGC
SARS-CoV-2_E.4_F2	GCTTCGATTGTGTGCGTA
SARS-CoV-2_E.4_F1C	ACGAGAGTAAACGTAAAAAGAAGGT
SARS-CoV-2_E.4_B2	TGGCTAAAATTAAAGTTCCAAAC
SARS-CoV-2_E.4_B1C	CTAGAGTTCCTGATCTTCTGGTCT
SARS-CoV-2_E.5_F2	AGTTCCTGATCTTCTGGTCT
SARS-CoV-2_E.5_F1C	CTGCCATGGCTAAAATTAAAGTTCC
SARS-CoV-2_E.5_B2	AAGGAATAGGAAACCTATTACTAGG
SARS-CoV-2_E.5_B1C	TCCAACGGTACTATTACCGTTGA
SARS-CoV-2_RNaseP.1_F2	CCGTGGAGCTTGTTGATGA
SARS-CoV-2_RNaseP.1_F1C	GTTGCGGATCCGAGTCAGTGG
SARS-CoV-2_RNaseP.1_B2	TCACGGAGGGGATAAGTGG
SARS-CoV-2_RNaseP.1_B1C	AACTCAGCCATCCACATCCGAG
SARS-CoV-2_RNaseP.2_F2	GAGCCAGAGACCGACACA
SARS-CoV-2_RNaseP.2_F1C	CGGATGTGGATGGCTGAGTTGT
SARS-CoV-2_RNaseP.2_B2	TGGTCCGAGGTCCAGTAC
SARS-CoV-2_RNaseP.2_B1C	ACTCCTCCACTTATCCCCTCCG
SARS-CoV-2_RNaseP.3_F2	CTCCACTTATCCCCTCCGTG
SARS-CoV-2_RNaseP.3_F1C	ACATGGCTCTGGTCCGAGGTC
SARS-CoV-2_RNaseP.3_B2	TAACTGGGCCCACCAAGAG
SARS-CoV-2_RNaseP.3_B1C	CTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGG
SARS-CoV-2_RNaseP.4_F2	GCACACAGCATGGCAGAA
SARS-CoV-2_RNaseP.4_F1C	CACTGGATCCAGTTCAGCCTCC
SARS-CoV-2_RNaseP.4_B2	TGGGCCTTAAAGTCCGTCTT
SARS-CoV-2_RNaseP.4_B1C	TTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCG
SARS-CoV-2_RNaseP.5_F2	AACCGCGCCATCAACATC
SARS-CoV-2_RNaseP.5_F1C	CACCTGCAAGGACCCGAAGC
SARS-CoV-2_RNaseP.5_B2	GTTGCGGATCCGAGTCAG
SARS-CoV-2_RNaseP.5_B1C	GCCAATACCTCCACCGTGGAG
SARS-CoV-2_RegX1.1_F2	TGACACTAAGAGGGGTGTA
SARS-CoV-2_RegX1.1_F1C	TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATG
SARS-CoV-2_RegX1.1_B2	TGGACATTCCCCATTGAAG
SARS-CoV-2_RegX1.1_B1C	AAGAGCTATGAATTGCAGACACC
SARS-CoV-2_RegX1.2_F2	TGACACTAAGAGGGGTGTA
SARS-CoV-2_RegX1.2_F1C	TTCCGTGTACCAAGCAATTTCATG
SARS-CoV-2_RegX1.2_B2	TTGGACATTCCCCATTGA
SARS-CoV-2_RegX1.2_B1C	CTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGAC
SARS-CoV-2_RegX2.1_F2	TAAGCGTGTTGACTGGAC
SARS-CoV-2_RegX2.1_F1C	AGCCGCATTAATCTTCAGTTCATC
SARS-CoV-2_RegX2.1_B2	TAGGGTTACCAATGTCGTGA
SARS-CoV-2_RegX2.1_B1C	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGT
SARS-CoV-2_RegX2.2_F2	TTAAGCGTGTTGACTGGA
SARS-CoV-2_RegX2.2_F1C	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA
SARS-CoV-2_RegX2.2_B2	TTAGGGTTACCAATGTCGT
SARS-CoV-2_RegX2.2_B1C	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTA
SARS-CoV-2_RegX2.3_F2	TTAAGCGTGTTGACTGGA
SARS-CoV-2_RegX2.3_F1C	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA
SARS-CoV-2_RegX2.3_B2	TTAGGGTTACCAATGTCGT
SARS-CoV-2_RegX2.3_B1C	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTT
SARS-CoV-2_RegX2.4_F2	TTAAGCGTGTTGACTGGAC
SARS-CoV-2_RegX2.4_F1C	GCCGCATTAATCTTCAGTTCATCA
SARS-CoV-2_RegX2.4_B2	TTAGGGTTACCAATGTCGT
SARS-CoV-2_RegX2.4_B1C	AGAAAGGTTCAACACATGGTTGTT
SARS-CoV-2_RegX3.1_F2	AGTTACGTGCCAGATCAG
SARS-CoV-2_RegX3.1_F1C	GGAGAGTAAAGTTCTTGAACTTCCT
SARS-CoV-2_RegX3.1_B2	ATGAAAGTTCAATCATTCTGTCT
SARS-CoV-2_RegX3.1_B1C	TGCGGCAATAGTGTTTATAACACT

實例 19- 引子設計及平鋪

RT-LAMP引子最初係使用CDC SARS-CoV-2 RT-PCR引子及其他RT-LAMP引子靶向之區域來設計。使用NCBI的blastn算法針對目標基因體對引子進行blast，其中參數如下：字長：7；預期臨限值：1E11。將正向/反向引子(RT-PCR引子)或F3/B3引子(RT-LAMP引子)之比對結果中所含的區域導出為FASTA檔案格式。若藉由引子比對鑑別之區域少於1200個核苷酸，則在所鑑別之區域二側平均填充與生物體序列相對應的核苷酸，直至該區域之總長度為約1200個核苷酸。RdRP基因分成兩個區域，以確保序列長度小於2,000個核苷酸。

藉由將SARS-CoV-2基因體(寄存編號：NC_045512.2)分成2,000個核苷酸的部分來鑑別其他區域。該等區域重疊500個核苷酸。此等區域中之每一者稱為平鋪區域。舉例而言，平鋪區域1將為參考基因體中自位置0至位置2000的核苷酸序列，平鋪區域2為1,500至3,500，平鋪區域3為3,000至5,000，以此類推。

各平鋪區域用作Primer Explorer v5算法之輸入。調整算法參數以設計引子(最明顯的是引子長度及引子之間的距離)。來自CDC及文獻之靶向區域的引子組係基於其末端穩定性來選擇，亦即F1c/B1c之5'端及F3/B3/F2/B2/LF/LB之3'端應小於-4.00 kcal/mol (亦即更負)。若無法維持此等限制，則選擇末端穩定性最接近-4.00的引子組。選定的引子組用作Primer Explorer v5算法中設計環引子的輸入。選擇解鏈溫度最接近65℃的環引子，限制條件為其仍維持本揭露內容中先前描述的熱力學參數。

平鋪區域用作Primer Explorer v5算法之輸入。如下設置參數以使返回引子組之數目達到最大：(a)降低最小引子二聚化能量，(b)增加環引子與F2之間的距離，及(c)增加返回引子組之最大數目。將所得引子組中之每一者(其不包括環引子)與專用FAST-NA算法(其確定與人類呼吸道背景中發現之生物體，亦即人類DNA及存在於呼吸道之細菌/病毒具有最小序列一致性的子序列)之結果進行比對。選擇與此等FAST-NA結果大部分一致(FAST-NA區域以外之所有引子總共少於5個核苷酸)且維持如先前所述之大部分熱力學參數的引子組進行進一步實驗篩選。此等引子由前綴RegX指示。

對前述選定的引子組進行實驗篩選，以如下優先級遞減的順序確定其反應功效及效率：(i)假陽性數目，(ii)反應速度及(iii)檢測極限。實驗依次(1)在溶液(水，隨後為唾液)中使用螢光RT-LAMP，隨後(2)在溶液中使用比色RT-LAMP，最後(3)在紙上使用比色RT-LAMP來進行。以實驗方式測試篩選出的引子組與人類呼吸道中之其他生物體的交叉反應性。實例 20- SARS-CoV-2_N

SARS-CoV-2 N可具有序列：ATGTCTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTACGTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTCGTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGAAGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAAGGGAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTTCAAGAAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTCTTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACTGTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCTTCTAAGAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAACACAAGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCGGGAACGTGGTTGACCTACACAGGTGCCATCAAATTGGATGACAAAGATCCAAATTTCAAAGATCAAGTCATTTTGCTGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGCCTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGCTGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGACTCTTCTTCCTGCTGCAGATTTGGATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAGTGCTGACTCAACTCAGGCCTAA。

SARS-CoV-2 N反義可具有序列： TTAGGCCTGAGTTGAGTCAGCACTGCTCATGGATTGTTGCAATTGTTTGGAGAAATCATCCAAATCTGCAGCAGGAAGAAGAGTCACAGTTTGCTGTTTCTTCTGTCTCTGCGGTAAGGCTTGAGTTTCATCAGCCTTCTTCTTTTTGTCCTTTTTAGGCTCTGTTGGTGGGAATGTTTTGTATGCGTCAATATGCTTATTCAGCAAAATGACTTGATCTTTGAAATTTGGATCTTTGTCATCCAATTTGATGGCACCTGTGTAGGTCAACCACGTTCCCGAAGGTGTGACTTCCATGCCAATGCGCGACATTCCGAAGAACGCTGAAGCGCTGGGGGCAAATTGTGCAATTTGCGGCCAATGTTTGTAATCAGTTCCTTGTCTGATTAGTTCCTGGTCCCCAAAATTTCCTTGGGTTTGTTCTGGACCACGTCTGCCGAAAGCTTGTGTTACATTGTATGCTTTAGTGGCAGTACGTTTTTGCCGAGGCTTCTTAGAAGCCTCAGCAGCAGATTTCTTAGTGACAGTTTGGCCTTGTTGTTGTTGGCCTTTACCAGACATTTTGCTCTCAAGCTGGTTCAATCTGTCAAGCAGCAGCAAAGCAAGAGCAGCATCACCGCCATTGCCAGCCATTCTAGCAGGAGAAGTTCCCCTACTGCTGCCTGGAGTTGAATTTCTTGAACTGTTGCGACTACGTGATGAGGAACGAGAAGAGGCTTGACTGCCGCCTCTGCTCCCTTCTGCGTAGAAGCCTTTTGGCAATGTTGTTCCTTGAGGAAGTTGTAGCACGATTGCAGCATTGTTAGCAGGATTGCGGGTGCCAATGTGATCTTTTGGTGTATTCAAGGCTCCCTCAGTTGCAACCCATATGATGCCGTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCCAGCTTCTGGCCCAGTTCCTAGGTAGTAGAAATACCATCTTGGACTGAGATCTTTCATTTTACCGTCACCACCACGAATTCGTCTGGTAGCTCTTCGGTAGTAGCCAATTTGGTCATCTGGACTGCTATTGGTGTTAATTGGAACGCCTTGTCCTCGAGGGAATTTAAGGTCTTCCTTGCCATGTTGAGTGAGAGCGGTGAACCAAGACGCAGTATTATTGGGTAAACCTTGGGGCCGACGTTGTTTTGATCGCGCCCCACTGCGTTCTCCATTCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTGAGGGTCCACCAAACGTAATGCGGGGTGCATTTCGCTGATTTTGGGGTCCATTATCAGACAT。實例 21- SARS-CoV-2_orf1ab

SARS-CoV-2 orf1ab可具有序列： AGGGAGGTAGGTTTGTACTTGCACTGTTATCCGATTTACAGGATTTGAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGAACTGGTACTATCTATACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTACAGACACACCTAAAGGTCCTAAAGTGAAGTATTTATACTTTATTAAAGGATTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTACTTGGTAGTTTAGCTGCCACAGTACGTCTACAAGCTGGTAATGCAACAGAAGTGCCTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTGTGCTTTTGCTGTAGATGCTGCTAAAGCTTACAAAGATTATCTAGCTAGTGGGGGACAACCAATCACTAATTGTGTTAAGATGTTGTGTACACACACTGGTACTGGTCAGGCAATAACAGTTACACCGGAAGCCAATATGGATCAAGAATCCTTTGGTGGTGCATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTACAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCTACAATGATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCAAGAAAAGGACGAAGATGACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATTTACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAAACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCACGTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTCGTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTGTGACACATTAAAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCCAGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTA。

SARS-CoV-2 orf1ab反義可具有序列：TACTGTTTTTAACAAAGCTTGGCGTACACGTTCACCTAAGTTGGCGTATACGCGTAATATATCTGGGTTTTCTACAAAATCATACCAGTCCTTTTTATTGAAATAATCATCATCACAACAATTGTATGTGACAAGTATTTCTTTTAATGTGTCACAATTACCTTCATCAAAATGCCTTAAAGCATAGACGAGGTCTGCCATTGTGTATTTAGTAAGACGTTGACGTGATATATGTGGTACCATGTCACCGTCTATTCTAAACTTAAAGAAGTCATGTTTAGCAACAGCTGGACAATCCTTAAGTAAATTATAAATTGTTTCTTCATGTTGGTAGTTAGAGAAAGTGTGTCTCTTAACTACAAAGTAAGAATCAATTAAATTGTCATCTTCGTCCTTTTCTTGGAAGCGACAACAATTAGTTTTTAGGAATTTAGCAAAACCAGCTACTTTATCATTGTAGATGTCAAAAGCCCTGTATACGACATCAGTACTAGTGCCTGTGCCGCACGGTGTAAGACGGGCTGCACTTACACCGCAAACCCGTTTAAAAACGATTGTGCATCAGCTGACTGAAGCATGGGTTCGCGGAGTTGATCACAACTACAGCCATAACCTTTCCACATACCGCAGACGGTACAGACTGTGTTTTTAAGTGTAAAACCCACAGGGTCATTAGCACAAGTTGTAGGTATTTGTACATACTTACCTTTTAAGTCACAAAATCCTTTAGGATTTGGATGATCTATGTGGCAACGGCAGTACAGACAACACGATGCACCACCAAAGGATTCTTGATCCATATTGGCTTCCGGTGTAACTGTTATTGCCTGACCAGTACCAGTGTGTGTACACAACATCTTAACACAATTAGTGATTGGTTGTCCCCCACTAGCTAGATAATCTTTGTAAGCTTTAGCAGCATCTACAGCAAAAGCACAGAAAGATAATACAGTTGAATTGGCAGGCACTTCTGTTGCATTACCAGCTTGTAGACGTACTGTGGCAGCTAAACTACCAAGTACCATACCTCTATTTAGGTTGTTTAATCCTTTAATAAAGTATAAATACTTCACTTTAGGACCTTTAGGTGTGTCTGTAACAAACCTACAAGGTGGTTCCAGTTCTGTATAGATAGTACCAGTTCCATCACTCTTAGGGAATCTAGCCCATTTCAAATCCTGTAAATCGGATAACAGTGCAAGTACAAACCTACCTCCCT。實例 22- SARS-CoV-2_RdRP-1

SARS-CoV-2 RdRP-1可具有序列： TCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCTACAATGATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCAAGAAAAGGACGAAGATGACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATTTACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAAACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCACGTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTCGTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTGTGACACATTAAAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCCAGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCATGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTACTGACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAACTGGTATGATTTCGGTGATTTCATACAAACCACGCCAGGTAGTGGAGTTCCTGTTGTAGATTCTTATTATTCATTGTTAATGCCTATATTAACCTTGACCAGGGCTTTAACTGCAGAGTCACATGTTGACACTGACTTAACAAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCACGGAAGAGAGGTTAAAACTCTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTGGATGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAGACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGGAACAAGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGTGATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGAATTATGGCC。

SARS-CoV-2 RdRP-1反義可具有序列： GGCCATAATTCTAAGCATGTTAGGCATGGCTCTATCACATTTAGGATAATCCCAACCCATAAGGTGAGGGTTTTCTACATCACTATAAACAGTTTTTAACATGTTGTGCCAACCACCATAGAATTTGCTTGTTCCAATTACTACAGTAGCTCCTCTAGTGGCGGCTATTGATTTCAATAATTTTTGATGAAACTGTCTATTGGTCATAGTACTACAGATAGAGACACCAGCTACGGTGCGAGCTCTATTCTTTGCACTAATGGCATACTTAAGATTCATTTGAGTTATAGTAGGGATGACATTACGTTTTGTATATGCGAAAAGTGCATCTTGATCCTCATAACTCATTGAATCATAATAAAGTCTAGCCTTACCCCATTTATTAAATGGAAAACCAGCTGATTTGTCTAGGTTGTTGACGATGACTTGGTTAGCATTAATACAGCCACCATCGTAACAATCAAAGTACTTATCAACAACTTCAACTACAAATAGTAGTTGTCTGATATCACACATTGTTGGTAGATTATAACGATAGTAGTCATAATCGCTGATAGCAGCATTACCATCCTGAGCAAAGAAGAAGTGTTTTAATTCAACAGAACTTCCTTCCTTAAAGAAACCCTTAGACACAGCAAAGTCATAGAAGTCTTTGTTAAAATTACCGGGTTTGACAGTTTGAAAAGCAACATTGTTAGTAAGTGCAGCTACTGAAAAGCACGTAGTGCGTTTATCTAGTAATAGATTACCAGAAGCAGCGTGCATAGCAGGGTCAGCAGCATACACAAGTAATTCCTTAAAACTAAGTCTAGAGCTATGTAAGTTTACATCCTGATTATGTACAACACCTAGCTCTCTGAAGTGGTATCCAGTTGAAACTACAAATGGAACACCATCAACAAATATTTTTCTCACTAGTGGTCCAAAACTTGTAGGTGGGAACACTGTAGAGAATAAAACATTAAAGTTTGCACAATGCAGAATGCATCTGTCATCCAAACAGTTAACACAATTTGGGTGGTATGTCTGATCCCAATATTTAAAATAACGGTCAAAGAGTTTTAACCTCTCTTCCGTGAAGTCATATTTTAACAAATCCCACTTAATGTAAGGCTTTGTTAAGTCAGTGTCAACATGTGACTCTGCAGTTAAAGCCCTGGTCAAGGTTAATATAGGCATTAACAATGAATAATAAGAATCTACAACAGGAACTCCACTACCTGGCGTGGTTTGTATGAAATCACCGAAATCATACCAGTTACCATTGAGATCTTGATTATCTAATGTCAGTACACCAACAATACCAGCATTTCGCATGGCATCACAGAATTGTACTGTTTTTAACAAAGCTTGGCGTACACGTTCACCTAAGTTGGCGTATACGCGTAATATATCTGGGTTTTCTACAAAATCATACCAGTCCTTTTTATTGAAATAATCATCATCACAACAATTGTATGTGACAAGTATTTCTTTTAATGTGTCACAATTACCTTCATCAAAATGCCTTAAAGCATAGACGAGGTCTGCCATTGTGTATTTAGTAAGACGTTGACGTGATATATGTGGTACCATGTCACCGTCTATTCTAAACTTAAAGAAGTCATGTTTAGCAACAGCTGGACAATCCTTAAGTAAATTATAAATTGTTTCTTCATGTTGGTAGTTAGAGAAAGTGTGTCTCTTAACTACAAAGTAAGAATCAATTAAATTGTCATCTTCGTCCTTTTCTTGGAAGCGACAACAATTAGTTTTTAGGAATTTAGCAAAACCAGCTACTTTATCATTGTAGATGTCAAAAGCCCTGTATACGACATCAGTACTAGTGCCTGTGCCGCACGGTGTAAGACGGGCTGCACTTACACCGCAAACCCGTTTAAAAACGATTGTGCATCAGCTGA。實例 23- SARS-CoV-2_RdRP-2

SARS-CoV-2 RdRP-2可具有序列： TTAACTGTTTGGATGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAGACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGGAACAAGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGTGATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAGAATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTCACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTCACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAACAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTTCTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAG。

SARS-CoV-2 RdRP-2反義可具有序列： CTGTAAGACTGTATGCGGTGTGTACATAGCCTCATAAAACTCAGGTTCCCAATACCTTGAAGTGTTATCATTAGTAAGCATAACAGAATACATGTCTAACATGTGTCCTGTTAACTCATCATGTAGCTTTCTTATGTATTGTAAGTACAAATGAAAGACATCAGCATACTCCTGATTAGGATGTTTAGTAAGTGGGTAAGCATCTATAGCTAAAGACACGAACCGTTCAATCATAAGTGTACCATCTGTTTTTACGATATCATCTACAAAACAGCCGGCCCCTAGGATTCTTGATGGATCTGGGTAAGGAAGGTACACATAATCATCACCCTGTTTAACTAGCATTGTATGTTGAGAGCAAAATTCATGAGGTCCTTTAGTAAGGTCAGTCTCAGTCCAACATTTTGCTTCAGACATAAAAACATTGTTTTGATAATAAAGAACTGACTTAAAGTTCTTTATGCTAGCCACTAGACCTTGAGATGCATAAGTGCTATTGAAACACACAACAGCATCGTCAGAGAGTATCATCATTGAGAAATGTTTACGCAAATATGCGTAAAACTCATTCACAAAGTCTGTGTCAACATCTCTATTTCTATAGAGACACTCATAAAGTCTGTGTTGTAAATTGCGGACATACTTATCGGCAATTTTGTTACCATCAGTAGATAAAAGTGCATTAACATTGGCCGTGACAGCTTGACAAATGTTAAAAACACTATTAGCATAAGCAGTTGTGGCATCTCCTGATGAGGTTCCACCTGGTTTAACATATAGTGAACCGCCACACATGACCATTTCACTCAATACTTGAGCACACTCATTAGCTAATCTATAGAAACGGTGTGACAAGCTACAACACGTTGTATGTTTGCGAGCAAGAACAAGTGAGGCCATAATTCTAAGCATGTTAGGCATGGCTCTATCACATTTAGGATAATCCCAACCCATAAGGTGAGGGTTTTCTACATCACTATAAACAGTTTTTAACATGTTGTGCCAACCACCATAGAATTTGCTTGTTCCAATTACTACAGTAGCTCCTCTAGTGGCGGCTATTGATTTCAATAATTTTTGATGAAACTGTCTATTGGTCATAGTACTACAGATAGAGACACCAGCTACGGTGCGAGCTCTATTCTTTGCACTAATGGCATACTTAAGATTCATTTGAGTTATAGTAGGGATGACATTACGTTTTGTATATGCGAAAAGTGCATCTTGATCCTCATAACTCATTGAATCATAATAAAGTCTAGCCTTACCCCATTTATTAAATGGAAAACCAGCTGATTTGTCTAGGTTGTTGACGATGACTTGGTTAGCATTAATACAGCCACCATCGTAACAATCAAAGTACTTATCAACAACTTCAACTACAAATAGTAGTTGTCTGATATCACACATTGTTGGTAGATTATAACGATAGTAGTCATAATCGCTGATAGCAGCATTACCATCCTGAGCAAAGAAGAAGTGTTTTAATTCAACAGAACTTCCTTCCTTAAAGAAACCCTTAGACACAGCAAAGTCATAGAAGTCTTTGTTAAAATTACCGGGTTTGACAGTTTGAAAAGCAACATTGTTAGTAAGTGCAGCTACTGAAAAGCACGTAGTGCGTTTATCTAGTAATAGATTACCAGAAGCAGCGTGCATAGCAGGGTCAGCAGCATACACAAGTAATTCCTTAAAACTAAGTCTAGAGCTATGTAAGTTTACATCCTGATTATGTACAACACCTAGCTCTCTGAAGTGGTATCCAGTTGAAACTACAAATGGAACACCATCAACAAATATTTTTCTCACTAGTGGTCCAAAACTTGTAGGTGGGAACACTGTAGAGAATAAAACATTAAAGTTTGCACAATGCAGAATGCATCTGTCATCCAAACAGTTAA。實例 24- RNaseP POP7-mRNA

RNaseP POP7-mRNA可具有序列： ACTCCGCAGCCCGTTCAGGACCCCGGCGCGGGCAGGGCGCCCACGAGCTGGCTGGCTGCTTGCACCCACATCCTTCTTTCTCTGGGACCTGGGGTCGCGGTTACTTGGGCTGGCCGGCGAACCCTTGAGTGGCCTGGCGGGGAGCGGGCCTCGCGCGCCTGGAGGGCCCTGTGGAACGAAGAGAGGCACACAGCATGGCAGAAAACCGAGAGCCCCGCGGTGCTGTGGAGGCTGAACTGGATCCAGTGGAATACACCCTTAGGAAAAGGCTTCCCAGCCGCCTGCCCCGGAGACCCAATGACATTTATGTCAACATGAAGACGGACTTTAAGGCCCAGCTGGCCCGCTGCCAGAAGCTGCTGGACGGAGGGGCCCGGGGTCAGAACGCGTGCTCTGAGATCTACATTCACGGCTTGGGCCTGGCCATCAACCGCGCCATCAACATCGCGCTGCAGCTGCAGGCGGGCAGCTTCGGGTCCTTGCAGGTGGCTGCCAATACCTCCACCGTGGAGCTTGTTGATGAGCTGGAGCCAGAGACCGACACACGGGAGCCACTGACTCGGATCCGCAACAACTCAGCCATCCACATCCGAGTCTTCAGGGTCACACCCAAGTAATTGAAAAGACACTCCTCCACTTATCCCCTCCGTGATATGGCTCTTCGCATGCTGAGTACTGGACCTCGGACCAGAGCCATGTAAGAAAAGGCCTGTTCCCTGGAAGCCCAAAGGACTCTGCATTGAGGGTGGGGGTAATTGTCTCTTGGTGGGCCCAGTTAGTGGGCCTTCCTGAGTGTGTGTATGCGGTCTGTAACTATTGCCATATAAATAAAAAATCCTGTTGCACTAGT。

RNaseP POP7-mRNA反義可具有序列： ACTAGTGCAACAGGATTTTTTATTTATATGGCAATAGTTACAGACCGCATACACACACTCAGGAAGGCCCACTAACTGGGCCCACCAAGAGACAATTACCCCCACCCTCAATGCAGAGTCCTTTGGGCTTCCAGGGAACAGGCCTTTTCTTACATGGCTCTGGTCCGAGGTCCAGTACTCAGCATGCGAAGAGCCATATCACGGAGGGGATAAGTGGAGGAGTGTCTTTTCAATTACTTGGGTGTGACCCTGAAGACTCGGATGTGGATGGCTGAGTTGTTGCGGATCCGAGTCAGTGGCTCCCGTGTGTCGGTCTCTGGCTCCAGCTCATCAACAAGCTCCACGGTGGAGGTATTGGCAGCCACCTGCAAGGACCCGAAGCTGCCCGCCTGCAGCTGCAGCGCGATGTTGATGGCGCGGTTGATGGCCAGGCCCAAGCCGTGAATGTAGATCTCAGAGCACGCGTTCTGACCCCGGGCCCCTCCGTCCAGCAGCTTCTGGCAGCGGGCCAGCTGGGCCTTAAAGTCCGTCTTCATGTTGACATAAATGTCATTGGGTCTCCGGGGCAGGCGGCTGGGAAGCCTTTTCCTAAGGGTGTATTCCACTGGATCCAGTTCAGCCTCCACAGCACCGCGGGGCTCTCGGTTTTCTGCCATGCTGTGTGCCTCTCTTCGTTCCACAGGGCCCTCCAGGCGCGCGAGGCCCGCTCCCCGCCAGGCCACTCAAGGGTTCGCCGGCCAGCCCAAGTAACCGCGACCCCAGGTCCCAGAGAAAGAAGGATGTGGGTGCAAGCAGCCAGCCAGCTCGTGGGCGCCCTGCCCGCGCCGGGGTCCTGAACGGGCTGCGGAGT。實例 25- RegX1

RegX1可具有序列： ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGA。

RegX1反義可具有序列： TCAGTGAATACTGTGAAATTCCATCTAGTATTGTTATAGCGGCCTTCTGTAAAACACGCACAGAATTTTGAGCAGTTTCAAGAGTGCGGGAGAAAATTGATCGTACAACACGAGCAGCCTCTGATGCAAATGCATAAAGAGGACTCAGTATTGATTTCTGTTCACCAATATTCCAGGCACCTTTTTTAGCTTTTCCTTTTGTAACTTTAAAATTACCACAGGATTCAACAATTTGTTTGAATGCTTTATAATCCAAACCTTTCACAGTTTCCACAAAAGCACTTGTGGAAGCAGAAAAAGATGCCAAAATAATGGCGATCTCTTCATTAAGTTTAAAGTCACCAACAATATTGATGTTGACTTTCTCTTTTTGGAGTATTTCAAGAAGGTTGTCATTAAGACCTTCGGAACCTTCTCCAACAACACCTGTATGGTTACAACCTATGTTAGCGCTAGCACGTGGAACCCAATAGGCACACTTGTTATGGCAACCAACATAAGAGAACACACAGCCTCCAAAGGCAATAGTGCGACCACCCTTACGAAGAATGGTTTTCAAGCCAGATTCATTATGGTATTCGGCAAGACTATGCTCAGGTCCTACTTCTGAATTGTGACATGCTGGACAATAAATTTTAACAACAGCATTTTGGGGTAAGTAACCACAAGTAGTGGCACCTTCTTTAGTCAAATTCTCAGTGCCACAAAATTCGCAAGTGGCTTTAACAAAATCGCCCGTCTGCCATGAAGTTTCACCACAATGATCACACTTCATGAGAGTTGAAAGGCACATTTGGTTGCATTCATTTGGTGACGCAACTGGATAGACAGATCGAATTCTACCCATAAAGCCATCAAGCTTTTTCTTTTCAACCCTTGGTTGAATAGTCTTGATTATGGAATTTAAGGGAAATACAAAATTTGGACATTCCCCATTGAAGGTGTCAAATTTCTTTGCCAATTTAATTTCAAAAGGTGTCTGCAATTCATAGCTCTTTTCAGAACGTTCCGTGTACCAAGCAATTTCATGCTCATGTTCACGGCAGCAGTATACACCCCTCTTAGTGTCAATAAAGTCCAGTTGTTCGGACAAAGTGCATGAAGCTTTACCAGCACGTGCTAGAAGGTCTTTAATGCACTCAAGAGGGTAGCCATCAGGGCCACAGAAGTTGTTATCGACATAGCGAGTGTATGCCCCTCCGTTAAGCTCACGCATGAGTTCACGGGTAACACCACTGCTATGTTTAGTGTTCCAGTTTTCTTGAAAATCTTCATAAGGATCAGTGCCAAGCTCGTCGCCTAAGTCAAATGACTTTAGATCGGCGCCGTAACTATGGCCACCAGCTCCTTTATTACCGTTCTTACGAAGAAGAACCTTGCGGTAAGCCACTGGTATTTCGCCCACATGAGGGACAAGGACACCAAGTGTCTCACCACTACGACCGTACTGAATGCCTTCGAGTTCTGCTACCAGCTCAACCATAACATGACCATGAGGTGCAGTTCGAGCATCCGAACGTTTGATGAACACATAGGGCTGTTCAAGTTGAGGCAAAACGCCTTTTTCAACTTCTACTAAGCCACAAGTGCCATCTTTAAGATGTTGACGTGCCTCTGATAAGACCTCCTCCACGGAGTCTCCAAAGCCACGTACGAGCACGTCGCGAACCTGTAAAACAGGCAAACTGAGTTGGACGTGTGTTTTCTCGTTGAAACCAGGGACAAGGCTCTCCATCTTACCTTTCGGTCACACCCGGACGAAACCTAGATGTGCTGATGATCGGCTGCAACACGGACGAAACCGTAAGCAGCCTGCAGAAGATAGACGAGTTACTCGTGTCCTGTCAACGACAGTAATTAGTTATTAATTATACTGCGTGAGTGCACTAAGCATGCAGCCGAGTGACAGCCACACAGATTTTAAAGTTCGTTTAGAGAACAGATCTACAAGAGATCGAAAGTTGGTTGGTTTGTTACCTGGGAAGGTATAAACCTTTAAT。實例 26- RegX2

RegX2可具有序列： AGTCTTGAAATTCCACGTAGGAATGTGGCAACTTTACAAGCTGAAAATGTAACAGGACTCTTTAAAGATTGTAGTAAGGTAATCACTGGGTTACATCCTACACAGGCACCTACACACCTCAGTGTTGACACTAAATTCAAAACTGAAGGTTTATGTGTTGACATACCTGGCATACCTAAGGACATGACCTATAGAAGACTCATCTCTATGATGGGTTTTAAAATGAATTATCAAGTTAATGGTTACCCTAACATGTTTATCACCCGCGAAGAAGCTATAAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGCTGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGTACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACCACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAATGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAGAGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAAAATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGCTTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTTTATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTATTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCTAGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGGTGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGCATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTGTGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGCTTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGGTGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAGATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTATGTAAATAAACATGCATTCCACACACCAGCTTTTGATAAAAGTGCTTTTGTTAATTTAAAACAATTACCATTTTTCTATTACTCTGACAGTCCATGTGAGTCTCATGGAAAACAAGTAGTGTCAGATATAGATTATGTACCACTAAAGTCTGCTACGTGTATAACACGTTGCAATTTAGGTGGTGCTGTCTGTAGACATCATGCTAATGAGTACAGATTGTATCTCGATGCTTATAACATGATGATCTCAGCTGGCTTTAGCTTGTGGGTTTACAAACAATTTGATACTTATAACCTCTGGAACACTTTTACAAGACTTCAGAGTTTAGAAAATGTGGCTTTTAATGTTGTAAATAAGGGACACTTTGATGGACAACAGGGTGAAGTACCAGTTTCTATCATTAATAACACTGTTTACACAAAAGTTGATGGTGTTGATGTAGAATTGTTTGAAAATAAAACAACATTACCTGTTAATGTAGCATTTGAGCTTTGGGCTAAGCGCAACATTAAACCAGTACCAGAGGTGAAAATACTCAATAATTTGGGTGTGGACATTGCTGCTAATACTGTGATCTGGGACTACAAAAGAGATGCTCCAGCACATATATCTACTATTGGTGTTTGTTCTATGACTGACATAGCCAAGAAACCAACTGAAACGATTTGTGCACCACTCACTGTCTTTTTTGATGGTAGAGT。

RegX2反義可具有序列： ACTCTACCATCAAAAAAGACAGTGAGTGGTGCACAAATCGTTTCAGTTGGTTTCTTGGCTATGTCAGTCATAGAACAAACACCAATAGTAGATATATGTGCTGGAGCATCTCTTTTGTAGTCCCAGATCACAGTATTAGCAGCAATGTCCACACCCAAATTATTGAGTATTTTCACCTCTGGTACTGGTTTAATGTTGCGCTTAGCCCAAAGCTCAAATGCTACATTAACAGGTAATGTTGTTTTATTTTCAAACAATTCTACATCAACACCATCAACTTTTGTGTAAACAGTGTTATTAATGATAGAAACTGGTACTTCACCCTGTTGTCCATCAAAGTGTCCCTTATTTACAACATTAAAAGCCACATTTTCTAAACTCTGAAGTCTTGTAAAAGTGTTCCAGAGGTTATAAGTATCAAATTGTTTGTAAACCCACAAGCTAAAGCCAGCTGAGATCATCATGTTATAAGCATCGAGATACAATCTGTACTCATTAGCATGATGTCTACAGACAGCACCACCTAAATTGCAACGTGTTATACACGTAGCAGACTTTAGTGGTACATAATCTATATCTGACACTACTTGTTTTCCATGAGACTCACATGGACTGTCAGAGTAATAGAAAAATGGTAATTGTTTTAAATTAACAAAAGCACTTTTATCAAAAGCTGGTGTGTGGAATGCATGTTTATTTACATACAAACTGCCACCATCACAACCAGGCAAGTTAAGGTTAGATAGCACTCTAGTGTCAAATCTACAAACAATGGAATTAGCAGGATATCTATCGACATTGCAATTCCAAAATAGGCATACACCATCTGTGAATTTGTCAGAATGTGTGGCATAAGAATAGAATAATTCTTCTATTTTATAAGCTTTGTCACTACAAGGCTGTGCATCATAGAACTTCCATTCTACATCAGCTTGAGGTACACACTTAATAGCTTTAGGGTTACCAATGTCGTGAAGAACTGGGAATTTGTCTGCTAATAATGCAGCTTTAACAACCATGTGTTGAACCTTTCTACAAGCCGCATTAATCTTCAGTTCATCACCAATTATAGGATATTCAATAGTCCAGTCAACACGCTTAACAAAGCACTCGTGGACAGCTAGACACCTAGTCATGATTGCATCACAACTAGCTACATGTGCATTACCATGGACTTGACAATACAGATCATGGTTGCTTTGTAGGTTACCTGTAAAACCCCATTGTTGAACATCAATCATAAACGGATTATAGACGTAATCAAATCCAATAGAATGATGCCAACAGGCATAAGTGTCTGAAGCAGTGGAAAAGCATGTGGCACGTCTATCACATAGACAACAGGTGCGCTCAGGTCCTATTTTCACAAAATACTTCATAGATGTCAACTCAAAGCCATGTGCCCATAAGACAAATACGACTCTGTCAGAGAGATTTTTAAGTGTGTCACTTAACATTTGTACAATCTTTATACGCACTACATTCCAAGGAAGTCCTTTGTACATAAGTGGTATGAGGTGTTTAAATTGATCTCCAGGCGGTGGTTTAGCACTAACTCTGGAAAAATCTGTATTATTAGGTGTATCAACATAACCTGTAGGTACAGCAACTAGGTTAACACCTGTAGAAAAACCTAGCTGTAAAGGTAAATTGGTACCAACAGCTTCTCTAGTAGCATGACACCCCTCGACATCGAAGCCAATCCATGCACGTACATGTCTTATAGCTTCTTCGCGGGTGATAAACATGTTAGGGTAACCATTAACTTGATAATTCATTTTAAAACCCATCATAGAGATGAGTCTTCTATAGGTCATGTCCTTAGGTATGCCAGGTATGTCAACACATAAACCTTCAGTTTTGAATTTAGTGTCAACACTGAGGTGTGTAGGTGCCTGTGTAGGATGTAACCCAGTGATTACCTTACTACAATCTTTAAAGAGTCCTGTTACATTTTCAGCTTGTAAAGTTGCCACATTCCTACGTGGAATTTCAAGACT。實例 27- RegX3

RegX3可具有序列： ACATCAAGGACCTGCCTAAAGAAATCACTGTTGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTGGGAGCTTCGCAGCGTGTAGCAGGTGACTCAGGTTTTGCTGCATACAGTCGCTACAGGATTGGCAACTATAAATTAAACACAGACCATTCCAGTAGCAGTGACAATATTGCTTTGCTTGTACAGTAAGTGACAACAGATGTTTCATCTCGTTGACTTTCAGGTTACTATAGCAGAGATATTACTAATTATTATGAGGACTTTTAAAGTTTCCATTTGGAATCTTGATTACATCATAAACCTCATAATTAAAAATTTATCTAAGTCACTAACTGAGAATAAATATTCTCAATTAGATGAAGAGCAACCAATGGAGATTGATTAAACGAACATGAAAATTATTCTTTTCTTGGCACTGATAACACTCGCTACTTGTGAGCTTTATCACTACCAAGAGTGTGTTAGAGGTACAACAGTACTTTTAAAAGAACCTTGCTCTTCTGGAACATACGAGGGCAATTCACCATTTCATCCTCTAGCTGATAACAAATTTGCACTGACTTGCTTTAGCACTCAATTTGCTTTTGCTTGTCCTGACGGCGTAAAACACGTCTATCAGTTACGTGCCAGATCAGTTTCACCTAAACTGTTCATCAGACAAGAGGAAGTTCAAGAACTTTACTCTCCAATTTTTCTTATTGTTGCGGCAATAGTGTTTATAACACTTTGCTTCACACTCAAAAGAAAGACAGAATGATTGAACTTTCATTAATTGACTTCTATTTGTGCTTTTTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTTTTAATTATGCTTATTATCTTTTGGTTCTCACTTGAACTGCAAGATCATAATGAAACTTGTCACGCCTAAACGAACATGAAATTTCTTGTTTTCTTAGGAATCATCACAACTGTAGCTGCATTTCACCAAGAATGTAGTTTACAGTCATGTACTCAACATCAACCATATGTAGTTGATGACCCGTGTCCTATTCACTTCTATTCTAAATGGTATATTAGAGTAGGAGCTAGAAAATCAGCACCTTTAATTGAATTGTGCGTGGATGAGGCTGGTTCTAAATCACCCATTCAGTACATCGATATCGGTAATTATACAGTTTCCTGTTTACCTTTTACAATTAATTGCCAGGAACCTAAATTGGGTAGTCTTGTAGTGCGTTGTTCGTTCTATGAAGACTTTTTAGAGTATCATGACGTTCGTGTTGTTTTAGATTTCATCTAAACGAACAAACTAAAATGTCTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTACGTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTCGTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGAAGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAAGGGAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTTCAAGAAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTCTTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAG。

RegX3反義可具有序列： CTTGTTGTTGTTGGCCTTTACCAGACATTTTGCTCTCAAGCTGGTTCAATCTGTCAAGCAGCAGCAAAGCAAGAGCAGCATCACCGCCATTGCCAGCCATTCTAGCAGGAGAAGTTCCCCTACTGCTGCCTGGAGTTGAATTTCTTGAACTGTTGCGACTACGTGATGAGGAACGAGAAGAGGCTTGACTGCCGCCTCTGCTCCCTTCTGCGTAGAAGCCTTTTGGCAATGTTGTTCCTTGAGGAAGTTGTAGCACGATTGCAGCATTGTTAGCAGGATTGCGGGTGCCAATGTGATCTTTTGGTGTATTCAAGGCTCCCTCAGTTGCAACCCATATGATGCCGTCTTTGTTAGCACCATAGGGAAGTCCAGCTTCTGGCCCAGTTCCTAGGTAGTAGAAATACCATCTTGGACTGAGATCTTTCATTTTACCGTCACCACCACGAATTCGTCTGGTAGCTCTTCGGTAGTAGCCAATTTGGTCATCTGGACTGCTATTGGTGTTAATTGGAACGCCTTGTCCTCGAGGGAATTTAAGGTCTTCCTTGCCATGTTGAGTGAGAGCGGTGAACCAAGACGCAGTATTATTGGGTAAACCTTGGGGCCGACGTTGTTTTGATCGCGCCCCACTGCGTTCTCCATTCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTGAGGGTCCACCAAACGTAATGCGGGGTGCATTTCGCTGATTTTGGGGTCCATTATCAGACATTTTAGTTTGTTCGTTTAGATGAAATCTAAAACAACACGAACGTCATGATACTCTAAAAAGTCTTCATAGAACGAACAACGCACTACAAGACTACCCAATTTAGGTTCCTGGCAATTAATTGTAAAAGGTAAACAGGAAACTGTATAATTACCGATATCGATGTACTGAATGGGTGATTTAGAACCAGCCTCATCCACGCACAATTCAATTAAAGGTGCTGATTTTCTAGCTCCTACTCTAATATACCATTTAGAATAGAAGTGAATAGGACACGGGTCATCAACTACATATGGTTGATGTTGAGTACATGACTGTAAACTACATTCTTGGTGAAATGCAGCTACAGTTGTGATGATTCCTAAGAAAACAAGAAATTTCATGTTCGTTTAGGCGTGACAAGTTTCATTATGATCTTGCAGTTCAAGTGAGAACCAAAAGATAATAAGCATAATTAAAACAAGGAATAGCAGAAAGGCTAAAAAGCACAAATAGAAGTCAATTAATGAAAGTTCAATCATTCTGTCTTTCTTTTGAGTGTGAAGCAAAGTGTTATAAACACTATTGCCGCAACAATAAGAAAAATTGGAGAGTAAAGTTCTTGAACTTCCTCTTGTCTGATGAACAGTTTAGGTGAAACTGATCTGGCACGTAACTGATAGACGTGTTTTACGCCGTCAGGACAAGCAAAAGCAAATTGAGTGCTAAAGCAAGTCAGTGCAAATTTGTTATCAGCTAGAGGATGAAATGGTGAATTGCCCTCGTATGTTCCAGAAGAGCAAGGTTCTTTTAAAAGTACTGTTGTACCTCTAACACACTCTTGGTAGTGATAAAGCTCACAAGTAGCGAGTGTTATCAGTGCCAAGAAAAGAATAATTTTCATGTTCGTTTAATCAATCTCCATTGGTTGCTCTTCATCTAATTGAGAATATTTATTCTCAGTTAGTGACTTAGATAAATTTTTAATTATGAGGTTTATGATGTAATCAAGATTCCAAATGGAAACTTTAAAAGTCCTCATAATAATTAGTAATATCTCTGCTATAGTAACCTGAAAGTCAACGAGATGAAACATCTGTTGTCACTTACTGTACAAGCAAAGCAATATTGTCACTGCTACTGGAATGGTCTGTGTTTAATTTATAGTTGCCAATCCTGTAGCGACTGTATGCAGCAAAACCTGAGTCACCTGCTACACGCTGCGAAGCTCCCAATTTGTAATAAGAAAGCGTTCGTGATGTAGCAACAGTGATTTCTTTAGGCAGGTCCTTGATGT。特定實例實施例

在一個實例中，提供核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)且其可包含：與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少85%一致的核苷酸序列。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 9至少85%一致。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可包含SEQ ID NO: 1藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 2。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 10至少85%一致。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可包含SEQ ID NO: 3藉由選自表11之連接序列接合至SEQ ID NO: 4。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為50%或更少。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為40%或更少。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列之末端穩定性可小於-3.5 kcal/mol。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列之解鏈溫度可為約40℃至約62℃。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列之最小引子二聚化能量可小於-3 kcal/mol。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可與非目標因子相關之核苷酸序列小於50%一致。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少90%一致。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合至少95%一致。

在核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)的另一個實例中，核苷酸序列可與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其組合100%一致。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為50%或更少。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量可為40%或更少。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之末端穩定性可小於-2.5 kcal/mol。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之解鏈溫度可為約40℃至約62℃。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合之最小引子二聚化能量可小於-3.0 kcal/mol。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP、BIP、F3、B3、LF、LB或其組合可與非目標因子相關之核苷酸序列小於50%一致。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少90%一致；BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少90%一致；F3序列可與SEQ ID NO: 5至少90%一致；B3序列可與SEQ ID NO: 6至少90%一致；LF序列可與SEQ ID NO: 7至少90%一致；且LB序列可與SEQ ID NO: 8至少90%一致。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少95%一致；BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少95%一致；F3序列可與SEQ ID NO: 5至少95%一致；B3序列可與SEQ ID NO: 6至少95%一致；LF序列可與SEQ ID NO: 7至少95%一致；且LB序列可與SEQ ID NO: 8至少95%一致。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少100%一致，其等效於SEQ ID NO: 9；BIP序列可與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少100%一致，其等效於SEQ ID NO: 10；F3序列與SEQ ID NO: 5至少100%一致；B3序列可與SEQ ID NO: 6至少100%一致；LF序列可與SEQ ID NO: 7至少100%一致；且LB序列可與SEQ ID NO: 8至少100%一致。

在一個實例中，提供一種檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法，其包含：提供引子組，該引子組包含：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之組合至少85%一致分正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之組合至少85%一致發反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的反向環引子(LB)序列；且將該引子組納入含有該樣本之反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)程序中。

在檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法的一個實例中，目標病原體可為選自以下之冠狀病毒：嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV (SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)、中東呼吸道症候群(MERS)-CoV (MERS-CoV)、SARS-CoV hCoV-HKU1、hCoV-OC43、hCoV-NL63及hCoV-229E。

在檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法的另一個實例中，樣本可為人類個體。

在檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法的另一個實例中，目標病原體可為嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)。

在檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法的另一個實例中，該方法可進一步包含觀察指示目標病原體存在或不存在之RT-LAMP過程的輸出測試指示劑。

在檢測樣本中來自冠狀病毒科之目標病原體的方法的另一個實例中，輸出測試指示劑為顏色指示劑。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其包含：與SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 15至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 16至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 17至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 18至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，該引子組可包含可與SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之組合100%一致的FIP序列，其等效於SEQ ID NO: 19。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 11及SEQ ID NO: 12之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 20。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 13及SEQ ID NO: 14之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 25至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 26至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 27至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 28至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 29。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 21及SEQ ID NO: 22之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 30。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 23及SEQ ID NO: 24之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 35至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 36至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 37至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 38至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 39。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 31及SEQ ID NO: 32之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 40。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 33及SEQ ID NO: 34之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在另一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 45至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 46至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 47至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 48至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 49。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 41及SEQ ID NO: 42之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 50。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 43及SEQ ID NO: 44之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 55至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 56至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 57至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 58至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在一個態樣中，FIP序列可與SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 59。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 51及SEQ ID NO: 52之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 60。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 53及SEQ ID NO: 54之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在一個實例中，提供一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其可包含：與SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之組合至少85%一致的正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之組合至少85%一致的反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 65至少85%一致的正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 66至少85%一致的反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 67至少85%一致的正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 68至少85%一致的反向環引子(LB)序列。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的一個實例中，FIP序列可與SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 69。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，FIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 61及SEQ ID NO: 62之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可與SEQ ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之組合100%一致，其等效於SEQ ID NO: 70。

在用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組的另一個實例中，BIP序列可進一步包含接合SEQ ID NO: 63及SEQ ID NO: 64之連接序列，其中該連接序列係選自表11。

應理解，上述方法僅用於說明本發明之一些實施例。熟習此項技術者可在不脫離本發明之精神及範疇的情況下設計出許多修改及替代佈置，且隨附申請專利範圍意欲涵蓋此等修改及佈置。因此，雖然本發明已在上文結合目前視為本發明最實用及較佳的實施例進行具體及詳細的描述，但對於一般熟習此項技術者將顯而易見的是，可在不脫離本文所闡述之原理及概念的情況下進行包括變化。

無

本揭露內容之特徵及優點將自以下結合附圖之實施方式顯而易見，該等附圖藉助於實例一起說明本揭露內容之特徵；且其中：

圖1示出根據一實例實施例之固體反應介質上之目標區域的示意圖；

圖2示出不同引子組在最終濃度為18%之唾液中的RT-qLAMP擴增曲線。藍線表示陽性對照，其中將5 µL摻入唾液中之熱不活化SARS-CoV-2添加至反應混合物，使最終濃度為每個反應1.0×10 ⁵個病毒基因體複本。黑線表示非模板對照(NTC)，其中根據一實例實施例，將5 µL用水9:10稀釋之唾液添加至反應混合物中；

圖3A示出不同引子組在水中的RT-qLAMP擴增曲線。藍線表示陽性對照，其中將5 µL 0.2 ng/µL A)N基因合成RNA模板、 B)RNA依賴性RNA聚合酶(RdRP)合成RNA模板或 C)orf1ab合成RNA模板添加至反應中。黑線表示非模板對照(NTC)，其中添加5 µL水代替模板合成RNA。每個引子組在各條件下重複運行四次。反應之最終體積為25 µL，且根據製造商方案使用2x NEB螢光LAMP主混合物。根據一實例實施例，反應在qTower3G上以最大升溫速率運行；

圖3B示出根據一實例實施例，使用熱不活化SARS-CoV-2對唾液中之Region X引子組的螢光篩選，及Region X引子組在18%唾液中的RT-qLAMP螢光結果。藍線表示陽性對照，其中將5 µL熱不活化SARS-CoV-2添加至反應混合物中，使最終濃度為每個反應1.0×10 ⁵個病毒基因體複本。黑線表示非模板對照(NTC)，其中將5 µL人類唾液用無核酸酶水稀釋至90%且添加至反應混合物中。反應之最終體積為25 µL且使用NEB 2x螢光主混合物。反應在qTower3G上以0.1℃/s之升溫速率運行；

圖4示出orf1ab引子組檢測極限(LoD)之比色RT-LAMP掃描影像。黃色孔表示發生成功的LAMP反應，而紅色/橙色孔分別表示不存在或低位準擴增。在20 µL反應混合物中摻入5 µL標記濃度之熱不活化病毒於水中之稀釋液。將盤在65℃下培育60分鐘後拍攝終點影像。根據一實例實施例，每個引子組在各病毒濃度下重複運行三次；

圖5示出根據一實例實施例，靶向人類RNaseP POP7基因之引子組在 A)摻入10 ⁵個基因體當量/反應之熱不活化SARS-CoV-2的18%唾液及 B)具有0.2 ng合成RNaseP POP7 RNA之水中的螢光RT-qLAMP結果；

圖6示出根據一實例實施例之orf7ab引子組在新鮮唾液中的檢測極限。

圖7示出根據一實例實施例之orf7ab引子組的檢測極限。

圖8A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖8B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9C示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9D示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9E示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9F示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖9G示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖10A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖10B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖10C示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖10D示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11C示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11D示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11E示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11F示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖11G示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖12示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13C示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13D示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13E示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13F示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖13G示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14A示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14B示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14C示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14D示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14E示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；

圖14F示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖；及

圖14G示出根據一實例實施例之螢光強度隨時間推移的曲線圖。

現將參考所說明之例示性實施例，且本文中將使用特定語言來描述該等實施例。然而，應理解並不意欲因此限制本技術之範圍。

                         
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          ccaattcaac tgtattatct ttctg                                             25
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          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
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          gttgcggatc cgagtcag                                                     18
          <![CDATA[<210>  285]]>
          <![CDATA[<211>  18]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  285]]>
          tacattcacg gcttgggc                                                     18
          <![CDATA[<210>  286]]>
          <![CDATA[<211>  19]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  286]]>
          gggtgtgacc ctgaagact                                                    19
          <![CDATA[<210>  287]]>
          <![CDATA[<211>  18]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  287]]>
          cgcctgcagc tgcagcgc                                                     18
          <![CDATA[<210>  288]]>
          <![CDATA[<211>  22]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  288]]>
          gttgatgagc tggagccaga ga                                                22
          <![CDATA[<210>  289]]>
          <![CDATA[<211>  38]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  289]]>
          cacctgcaag gacccgaagc aaccgcgcca tcaacatc                               38
          <![CDATA[<210>  290]]>
          <![CDATA[<211>  39]]>
          <![CDATA[<212>  DNA]]>
          <![CDATA[<213>  人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<223>  RNaseP.5引子]]>
          <![CDATA[<400>  290]]>
          gccaatacct ccaccgtgga ggttgcggat ccgagtcag                              39

Claims

一種核酸分子之經分離互補DNA (cDNA)，其包含：與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其一組合至少85%一致的一核苷酸序列。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列與SEQ ID NO: 9或SEQ ID 10至少85%一致。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列包含選自表11之一連接序列，其將SEQ ID NO: 1接合至SEQ ID NO: 2或將SEQ ID NO: 3接合至SEQ ID NO: 4。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量為50%或更少。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列之一末端穩定性小於-3.5 kcal/mol。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列之一解鏈溫度為約40℃至約62℃。
如請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列之一最小引子二聚化能量小於-3 kcal/mol。
請求項1之核酸分子之經分離cDNA，其中該核苷酸序列與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10或其一組合90%至100%一致。
一種用於反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)分析之引子組，其包含：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之一組合至少85%一致的一正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之一組合至少85%一致的一反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的一正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的一反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的一正向環引子(LF)序列；及與SEQ ID NO: 8至少85%一致的一反向環引子(LB)序列。
如請求項9之引子組，其中該FIP序列進一步包含來自表11之一連接序列，其接合： SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2；或 SEQ ID NO: 3及SEQ ID NO: 4。
如請求項9之引子組，其中該FIP、該BIP、該F3、該B3、該LF、該LB或其一組合之鳥嘌呤及胞嘧啶(GC)含量為50%或更少。
如請求項9之引子組，其中該FIP、該BIP、該F3、該B3、該LF、該LB或其一組合之一末端穩定性小於-2.5 kcal/mol。
如請求項9之引子組，其中該FIP、該BIP、該F3、該B3、該LF、該LB或其一組合之一解鏈溫度為約40℃至約62℃。
如請求項9之引子組，其中該FIP、該BIP、該F3、該B3、該LF、該LB或其一組合之一最小引子二聚化能量小於-3.0 kcal/mol。
如請求項9之引子組，其中：該FIP序列與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之一組合90%至100%一致；該BIP序列與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之一組合90%至100%一致；該F3序列與SEQ ID NO: 5 90%至100%一致；該B3序列與SEQ ID NO: 6 90%至100%一致；該LF序列與SEQ ID NO: 7 90%至100%一致；及該LB序列與SEQ ID NO: 8 90%至100%一致。
一種檢測一個體內來自一冠狀病毒科之一目標病原體的方法，其包含：提供一引子組，其包含：與SEQ ID NO: 1及SEQ ID NO: 2之一組合至少85%一致的一正向內引子(FIP)序列；與seq ID NO: 3及SEQ ID NO: 4之一組合至少85%一致的一反向內引子(BIP)序列；與SEQ ID NO: 5至少85%一致的一正向外引子(F3)序列；與SEQ ID NO: 6至少85%一致的一反向外引子(B3)序列；與SEQ ID NO: 7至少85%一致的一正向環引子(LF)序列；與SEQ ID NO: 8至少85%一致的一反向環引子(LB)序列；及將該引子組納入含有該個體之一生物樣本的一反轉錄環介導恆溫擴增(RT-LAMP)程序中。
如請求項16之方法，其中該目標病原體為選自以下之一人類冠狀病毒：嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV (SARS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)、中東呼吸道症候群(MERS)-CoV (MERS-CoV)、SARS-CoV hCoV-HKU1、hCoV-OC43、hCoV-NL63及hCoV-229E。
如請求項16之方法，其中該個體為一人類個體。
如請求項16之方法，其中該目標病原體為嚴重急性呼吸道症候群(SARS)-CoV 2 (SARS-CoV-2)。
如請求項16之方法，其進一步包含觀察指示該目標病原體存在或不存在之該RT-LAMP過程的一輸出測試指示劑。
如請求項20之方法，其中該輸出測試指示劑為一顏色指示劑。