TW202221124A - 用於抑制marc1表現的rnai構建體及方法 - Google Patents
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Abstract
本發明關於用於降低
MARC1基因表現的RNAi構建體。還描述了使用此類RNAi構建體治療或預防肝纖維化和脂肪肝病諸如非酒精性脂肪肝病和非酒精性脂肪性肝炎之方法。
Description
本發明關於用於調節粒線體醯胺肟還原組分1(mARC1)蛋白質的肝臟表現的組成物及方法。特別地,本發明關於藉由RNA干擾降低
MARC1基因表現的基於核酸的治療劑、及利用這類基於核酸的治療劑來降低循環脂質水平以及治療或預防脂肪肝病和肝纖維化之方法。
非酒精性脂肪肝病(NAFLD)構成一系列肝臟病變,為世界上最常見的慢性肝病,其患病率在過去20年中翻倍,且如今據估計影響了約20%-30%世界人口。在一些個體中,肝臟中異位脂肪的積累(稱為脂肪變性)觸發炎症和肝細胞損傷,導致更晚期疾病,稱為非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。NASH被定義為脂質積累,具有細胞損傷、炎症和不同程度的瘢痕或纖維化的跡象。截至2015年,預計7500萬至1億名美國人患有NAFLD,而NASH占NAFLD診斷的大約10%-30%。
mARC1蛋白質係粒線體外膜中的含鉬蛋白,對N-氧合分子的還原進行催化(Klein等人, J Biol Chem [生物化學雜誌], 第287卷 (51): 42795-42803, 2012; Ott等人, J Biol Inorg Chem [生物無機化學雜誌], 第20卷 (2): 265-275, 2015)。它係最突出的生物轉化酶之一(CYP450)的高效對應物,並且參與醯胺肟前驅藥的活化以及含有N-羥基化官能基的其他藥物的滅活(Neve等人, PLoS One [公共科學圖書館·綜合], 第10卷 (9): e0138487, 2015;Ott等人, 2015, 同上)。最近,據報導,
MARC1基因的預測功能喪失變體與降低的血液膽固醇和肝酶水平、降低的肝臟脂肪和肝硬化保護相關。參見Emdin等人, bioRxiv 594523;//doi.org/10.1101/594523, 2019;以及Emdin等人, PLoS Genet [PLoS遺傳學], 第16卷 (4): e1008629, 2020。具體而言,對8個佇列中12,361例全因肝硬化病例和790,095例對照進行分析,mARC1編碼區的A165T誤義變體與全因肝硬化的保護、電腦斷層成像的肝脂肪水平較低、醫生診斷的脂肪肝的幾率較低以及丙胺酸轉胺酶、鹼性磷酸酶、總膽固醇和LDL膽固醇的低血液水平相關(Emdin等人, 2020, 同上)。另外還鑒定出了與較低的膽固醇水平、肝酶水平和降低的肝硬化風險相關的
MARC1等位基因(M187K誤義突變和R200Ter截短突變)(Emdin等人,2020年,同上)。該等數據表明,mARC1酶的缺乏保護免於慢性肝病和肝硬化。因此,靶向mARC1功能的治療劑代表了降低膽固醇水平(例如非HDL膽固醇或LDL-膽固醇水平)和肝纖維化,以及治療或預防肝病(特別是NAFLD和NASH)的新方法。
本發明部分基於靶向
MARC1基因且降低其在肝細胞中的表現的RNAi構建體的設計和產生。
MARC1基因表現的序列特異性抑制可用於治療或預防與血脂水平升高和肝脂肪相關的病症,諸如心血管疾病和脂肪肝病。因此,在一個實施方式中,本發明提供一種包含有義股和反義股的RNAi構建體,其中該反義股包含具有與mARC1 mRNA序列基本上互補的序列的區域。例如,在一些實施方式中,反義股包含與人mARC1 mRNA序列(SEQ ID NO: 1)的區域的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1、2或3個錯配)的序列。在某些實施方式中,反義股包含具有來自表1或表2中列出的反義序列的至少15個連續核苷酸的區域。
在一些實施方式中,本文所述之RNAi構建體的有義股包含與反義股的序列充分互補以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的序列。在該等和其他實施方式中,有義股和反義股的長度各自獨立地為約19至約30個核苷酸。在一些實施方式中,RNAi構建體包含一個或兩個平端。在其他實施方式中,RNAi構建體包含一個或兩個核苷酸突出端。此類核苷酸突出端可包含1至6個未配對核苷酸,且可位於有義股3ʹ端、反義股3ʹ端、或有義股和反義股兩者的3ʹ端。在某些實施方式中,RNAi構建體在有義股3ʹ端和反義股3ʹ端包含具有兩個未配對核苷酸的突出端。在其他實施方式中,RNAi構建體在反義股3ʹ端包含具有兩個未配對核苷酸的突出端,且在有義股3ʹ端/反義股5ʹ端包含平端。
本發明之RNAi構建體可包含一種或多種經修飾的核苷酸,包括對核糖環、核鹼基或磷酸二酯主鏈具有經修飾的核苷酸。在一些實施方式中,RNAi構建體包含一種或多種2ʹ-修飾的核苷酸。此類2ʹ-修飾的核苷酸可包括2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、二環核酸(BNA)、去氧核糖核苷酸、或其組合。在一個特定實施方式中,RNAi構建體包含一個或多個2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、或其組合。在一些實施方式中,RNAi構建體的有義股和反義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。無鹼基核苷酸可摻入本發明之RNAi構建體中,例如,作為有義股的3ʹ端、5ʹ端、或3ʹ端和5ʹ端的末端核苷酸。在此類實施方式中,無鹼基核苷酸可以是反向的,例如藉由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵或5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵附接至相鄰核苷酸。
在一些實施方式中,RNAi構建體包含至少一個主鏈修飾,例如經修飾的核苷酸間或核苷間鍵。在某些實施方式中,本文所述之RNAi構建體包含至少一個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在特定實施方式中,硫代磷酸酯核苷酸間鍵可位於有義股和/或反義股的3ʹ或5ʹ端。例如,在一些實施方式中,反義股在3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間包含兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在一些此類實施方式中,有義股在其3ʹ端的末端核苷酸之間包含一個或兩個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體的反義股和/或有義股可包含來自表1或表2中列出的反義和有義序列的序列或由其組成。在某些此類實施方式中,RNAi構建體可為表1至24中任一個所列出的雙股體化合物中的任一種。在一些實施方式中,RNAi構建體係D-1044、D-1061、D-1062、D-1067、D-1083、D-1090、D-1092、D-1093、D-1095、D-1138、D-1139、D-1143、D-1170、D-1177、D-1180、D-1191、D-1245、D-2000、D-2002、D-2003、D-2004、D-2011、D-2026、D-2028、D-2032、D-2033、D-2034、D-2035、D-2036、D-2042、D-2044、D-2045、D-2046、D-2050、D-2078、D-2079、D-2081、D-2182、D-2196、D-2238、D-2241、D-2243、D-2246、D-2255、D-2356、D-2258、D-2301、D-2316、D-2317、D-2329、D-2332、D-2341、D-2344、D-2357、D-2399或D-2510。在某些實施方式中,RNAi構建體係D-2079、D-2081、D-2196、D-2238、D-2241、D-2255、D-2258、D-2317、D-2332、D-2357或D-2399。
在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體可靶向人mARC1 mRNA轉錄物(例如SEQ ID NO: 1中所述之人mARC1 mRNA轉錄物序列)的特定區域。例如,在某些實施方式中,RNAi構建體包含有義股和反義股,其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在其他實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1209至1239中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在又其他實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在仍其他實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在某些其他實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2048至2074中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在上述任一實施方式中,反義股的序列可與人mARC1轉錄物(SEQ ID NO: 1)的特定區域的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補,在反義股的序列與人mARC1轉錄物的特定區域的序列之間有不超過1、2或3個錯配。在反義股的序列與靶mARC1 mRNA序列的序列之間發生錯配的一些此類實施方式中,錯配可位於靶mARC1 mRNA序列與反義股5ʹ端的位置6和/或位置8處的核苷酸之間。在其他實施方式中,反義股的序列可與人mARC1轉錄物(SEQ ID NO: 1)的特定區域的至少15個連續核苷酸的序列完全互補。
本發明之RNAi構建體可進一步包含配位基,以促進RNAi構建體向特定組織或細胞(諸如肝細胞)的遞送或攝取。在某些實施方式中,配位基靶向該RNAi構建體向肝細胞的遞送。在該等和其他實施方式中,配位基可以包含半乳糖、半乳糖胺、或N-乙醯基-半乳糖胺(GalNAc)。在某些實施方式中,配位基包含多價半乳糖或多價GalNAc部分,如三價或四價半乳糖或GalNAc部分。該配位基可以視需要藉由連接子(linker)共價附於RNAi構建體有義股的5ʹ或3ʹ端。在一些實施方式中,RNAi構建體包含具有根據本文所述之式I至IX中任一項所述之結構的配位基和連接子。在某些實施方式中,RNAi構建體包含具有根據式VII的結構的配位基和連接子。在其他實施方式中,RNAi構建體包含具有根據式IV的結構的配位基和連接子。
本發明還提供了包含本文所述之RNAi構建體之一和藥學上可接受的載體、賦形劑/或稀釋劑的藥物組成物。此類藥物組成物對於降低
MARC1基因在有需要的患者的細胞(例如肝細胞)中的表現特別有用。可投與本發明藥物組成物的患者可包括被診斷出心血管疾病、脂肪肝病、肝纖維化或肝硬化或者有患該等疾病的風險的患者,以及血液膽固醇(例如,總膽固醇、非HDL膽固醇或LDL膽固醇)水平升高的患者。因此,本發明包括在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病(例如NAFLD、NASH、酒精性脂肪肝病或酒精性脂肪性肝炎)、肝纖維化、或心血管疾病或減少發展該等的風險之方法,其包括投與本文所述之RNAi構建體或藥物組成物。在某些實施方式中,本發明提供了用於在有需要的患者中降低血液膽固醇(例如總膽固醇、非HDL膽固醇或LDL膽固醇)水平(血清或血漿)之方法,其包括投與本文所述之RNAi構建體或藥物組成物。
特別考慮了mARC1靶向RNAi構建體在本文所述之任何方法中的用途或用於製備根據本文所述之方法投與的藥物的用途。例如,本發明包括在用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病(例如NAFLD、NASH、酒精性脂肪肝病或酒精性脂肪性肝炎)、肝纖維化、或心血管疾病或減少發展該等的風險之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。本發明還包括在用於在有需要的患者中降低血液膽固醇(例如總膽固醇、非HDL膽固醇或LDL膽固醇)水平(血清或血漿)之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。
本發明還涵蓋mARC1靶向RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病(例如NAFLD、NASH、酒精性脂肪肝病或酒精性脂肪性肝炎)、肝纖維化、或心血管疾病或減少發展該等的風險的藥物中的用途。在某些實施方式中,本發明提供了mARC1靶向RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中降低血液膽固醇(例如總膽固醇、非HDL膽固醇或LDL膽固醇)水平(血清或血漿)的藥物中的用途。
相關申請的交叉引用
本申請要求於2020年8月13日提交的美國臨時申請案號63/065,190和於2021年6月23日提交的美國臨時申請案號63/214,016的權益,兩者的內容藉由引用以其全文併入本文。
本發明關於用於調節細胞或哺乳動物中
MARC1基因的表現的組成物和方法。在一些實施方式中,本發明之組成物包含RNAi構建體,其靶向從
MARC1基因(特別是人
MARC1基因)轉錄的mRNA,並降低細胞或哺乳動物中mARC1蛋白質的表現。此類RNAi構建體可用於降低血清脂質水平(例如,總膽固醇和LDL膽固醇水平),治療或預防各種形式的心血管疾病和脂肪肝病(諸如NAFLD和NASH),以及降低肝纖維化和進展為肝硬化的風險。
如本文使用的,術語「RNAi構建體」係指包含RNA分子的藥劑,當被引入細胞中時該藥劑能夠利用RNA干擾機制下調靶基因(例如
MARC1基因)的表現。RNA干擾係核酸分子以序列特異性方式,例如經過RNA誘導的緘默複合體(RISC)通路,來誘導靶RNA分子(例如信使RNA或mRNA分子)的裂解和降解的過程。在一些實施方式中,RNAi構建體包含雙股RNA分子,其包含連續核苷酸的兩條反平行股,其彼此充分互補以雜交形成雙股體區。「雜交(hybridize)」或「雜交(hybridization)」係指互補多核苷酸的配對,典型地是藉由在兩個多核苷酸中的互補鹼基之間的氫鍵合(例如Watson-Crick氫鍵合、Hoogsteen氫鍵合、或反向Hoogsteen氫鍵合)而配對。包含具有與靶序列(例如靶mRNA)基本上互補的序列的區域的股被稱為「反義股」或「指導股」。「有義股」或「過客股」係指包括與反義股的區域基本上互補的區域的股。在一些實施方式中,有義股可包含具有與靶序列基本上相同的序列的區域。
雙股RNA分子可包括對核糖核苷酸的化學修飾,包括對核糖核苷酸的核糖、鹼基或主股組分的修飾,例如本文所述或本領域已知那些。為了本揭露的目的,術語「雙股RNA」涵蓋在雙股RNA分子(例如siRNA、shRNA等)中所採用的任何這類修飾。
如本文使用的,如果包含第一序列的多核苷酸可以在某些條件(如生理條件)下與包含第二序列的多核苷酸雜交形成雙股體區,則第一序列與第二序列為「互補」。其他該等條件可包括熟悉該項技術者已知的中等或嚴格雜交條件。若在一個或兩個核苷酸序列的整個長度上包含第一序列的多核苷酸與包含第二序列的多核苷酸鹼基配對而無任何錯配,則認為第一序列與第二序列完全互補(100%互補)。若序列與靶序列至少約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%互補,則序列與靶序列「基本上互補」。互補百分比可以藉由將第一序列中與第二或靶序列中相應位置處的鹼基互補的鹼基數除以第一序列的總長度來計算。當使兩個序列雜交時,如果在30個鹼基對雙股體區上存在不超過5個、4個、3個或2個的錯配,則一個序列也可以說與另一序列基本上互補。通常,若存在如本文所定義的任何核苷酸突出端,則在確定兩個序列之間的互補程度時不考慮該等突出端的序列。舉例來說,雜交而形成在各股的3ʹ端具有2個核苷酸突出端的19個鹼基對雙股體區的、長度為21個核苷酸的有義股與長度為21個核苷酸的反義股將會被認為如本文所使用術語那樣完全地互補。
在一些實施方式中,反義股的區域包含與靶RNA序列(例如mARC1 mRNA序列)的區域基本上或完全互補的序列。在此類實施方式中,有義股可包含與反義股的序列完全互補的序列。在其他此類實施方式中,有義股可包含與反義股的序列基本上互補的序列,例如,在由有義股和反義股形成的雙股體區中有1、2、3、4或5個錯配。在某些實施方式中,較佳的是任何錯配發生在末端區內(例如,在股的5ʹ和/或3ʹ端的6、5、4、3、或2個核苷酸內)。在一個實施方式中,在由有義股和反義股形成的雙股體區中的任何錯配發生在反義股的5ʹ端的6、5、4、3、或2個核苷酸內。
在某些實施方式中,雙股RNA的有義股和反義股可以是兩個單獨的分子,這兩個分子雜交而形成雙股體區,否則係未連接的。由兩條單獨股形成的這類雙股RNA分子被稱為「小干擾RNA」或「短干擾RNA」(siRNA)。因此,在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含siRNA。
在其他實施方式中,雜交形成雙股體區的有義股和反義股可為單個RNA分子的一部分,即有義股和反義股為單個RNA分子的自身互補區的一部分。在此類情況下,單個RNA分子包含雙股體區(還稱為莖區)和環區。有義股的3ʹ端經由未配對核苷酸的連續序列而連接至反義股的5ʹ端,這將形成環區。環區典型地具有足夠的長度以允許RNA分子自身向後折疊,使得反義股可以與有義股鹼基配對以形成雙股體或莖區。環區可包含從約3至約25、從約5至約15、或從約8至約12個未配對核苷酸。具有至少部分地自我互補區的這類RNA分子被稱為「短髮夾RNA」(shRNA)。在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含shRNA。單個的至少部分自我互補的RNA分子的長度可以是約40個核苷酸至約100個核苷酸、約45個核苷酸至約85個核苷酸、或約50個核苷酸至約60個核苷酸,並且包含雙股體區和環區,各區具有本文所列舉的長度。
在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含有義股和反義股,其中反義股包含具有與mARC1信使RNA(mRNA)序列基本上或完全互補的序列的區域。如本文所用,「mARC1 mRNA序列」係指任何信使RNA序列,包括編碼mARC1蛋白質的等位基因變體和剪接變體,包括來自任何物種(例如非人靈長類動物、人)的mARC1蛋白質變體或同種型。該
MARC1基因(也稱為
MTARC1或
MOSC1)編碼粒線體醯胺肟還原組分1酶(也稱為含MOCO硫磺酶C-末端結構域的酶1(MOCO sulphurase C-terminal domain containing 1 enzyme))。在人類中,該
MARC1基因在染色體1上在基因座1q41發現。
mARC1 mRNA序列還包括表現為其互補DNA(cDNA)序列的轉錄物序列。cDNA序列係指表現為DNA鹼基(例如鳥嘌呤、腺嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶)而非RNA鹼基(例如鳥嘌呤、腺嘌呤、尿嘧啶和胞嘧啶)的mRNA轉錄物的序列。因此,本發明之RNAi構建體的反義股可以包含具有與靶mARC1 mRNA序列或mARC1 cDNA序列基本上或完全互補的序列的區域。mARC1 mRNA或cDNA序列可包括但不限於Ensembl基因組或美國國家生物技術資訊中心(NCBI)數據庫中的任何mARC1 mRNA或cDNA序列,諸如人序列:Ensembl轉錄物編號ENST 00000366910.9(圖1,SEQ ID NO: 1)和NCBI參考序列NM_022746.4;石蟹獼猴序列:NCBI參考序列XR_001490722.1、XR_001490722.1、XR_001490723.1、XR_001490726.1、XR_273285.2、XM_005540901.2、XR_273286.2、XM_005540898.2和XM_005540899.2;恒河猴序列:NCBI參考序列XM_015115809.2、XM_015115815.2、XM_001102192.4和XM_001102284.3;黑猩猩序列:NCBI參考序列XM_009441519.3、XM_001172926.4和XM_009441521.3;大鼠序列:NCBI參考序列XM_017598938.1;和小鼠序列:NCBI參考序列XM_006497192.4。在某些實施方式中,mARC1 mRNA序列係圖1中列出的人轉錄物(SEQ ID NO: 1)。
反義股的區域可以與mARC1 mRNA序列的至少15個連續核苷酸基本上互補或完全互補。在某些實施方式中,反義股的區域包含與mARC1 mRNA序列(例如人mARC1 mRNA序列(SEQ ID NO: 1))的區域的至少15、至少16、至少17、至少18或至少19個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1、2或3個錯配)的序列。在相關實施方式中,反義股包含具有與mARC1 mRNA序列的區域的至少15、至少16、至少17、至少18、或至少19個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1個錯配)的區域。在反義股序列未與靶mARC1 mRNA序列完全互補並含有錯配的實施方案中,錯配可發生於靶mARC1 mRNA序列與反義股5ʹ端的位置6和/或位置8處的核苷酸之間。在一些實施方式中,反義股包含與之互補區域的mARC1 mRNA序列的靶區域的範圍可以為約15至約30個連續核苷酸、約16至約28個連續核苷酸、約18至約26個連續核苷酸、約17至約24個連續核苷酸、約19至約30個連續核苷酸、約19至約25個連續核苷酸、約19至約23個連續核苷酸或約19至約21個連續核苷酸。在某些實施方式中,包含與mARC1 mRNA序列基本上或完全互補的序列的反義股的區域可以包含來自表1或表2中列出的反義序列的至少15個連續核苷酸。在其他實施方式中,反義股的序列包含來自表1或表2中列出的反義序列的至少16、至少17、至少18或至少19個連續核苷酸。
RNAi構建體的有義股典型地包含與反義股的序列充分互補,使得兩條股在生理條件下雜交以形成雙股體區的序列。「雙股體區」係指在兩個互補或基本上互補的多核苷酸中的區域,該等多核苷酸藉由沃森-克裡克鹼基配對或其他氫鍵合相互作用而相互形成鹼基對,從而在兩個多核苷酸之間形成雙股體。RNAi構建體的雙股體區應具有足夠的長度以允許RNAi構建體進入RNA干擾途徑,例如藉由使用Dicer酶和/或RISC複合物。例如,在一些實施方式中,雙股體區的長度為約15至約30個鹼基對。在該範圍內的雙股體區的其他長度也是合適的,例如約15至約28個鹼基對、約15至約26個鹼基對、約15至約24個鹼基對、約15至約22個鹼基對、約17至約28個鹼基對、約17至約26個鹼基對、約17至約24個鹼基對、約17至約23個鹼基對、約17至約21個鹼基對、約19至約25個鹼基對、約19至約23個鹼基對、或約19至約21個鹼基對。在某些實施方式中,雙股體區的長度為約17至約24個鹼基對。在其他實施方式中,雙股體區的長度為約19至約21個鹼基對。在一個實施方式中,雙股體區的長度為約19個鹼基對。在另一個實施方式中,雙股體區的長度為約21個鹼基對。
對於其中有義股和反義股為兩個單獨分子(例如RNAi構建體包含siRNA)的實施方式,有義股和反義股的長度不需要與雙股體區的長度相同。例如,一條或兩條股可能比雙股體區更長,並且具有在雙股體區側面的一個或多個未配對核苷酸或錯配。因此,在一些實施方式中,RNAi構建體包含至少一個核苷酸突出端。如本文使用的,「核苷酸突出端」係指延伸超過在股末端的雙股體區的未配對的一個或多個核苷酸。當一條股的3ʹ端延伸超過另一條股的5ʹ端時或者當一條股的5ʹ端延伸超過另一條股的3ʹ端時,典型地形成核苷酸突出端。核苷酸突出端的長度通常是在1與6個核苷酸之間、1與5個核苷酸之間、1與4個核苷酸之間、1與3個核苷酸之間、2與6個核苷酸之間、2與5個核苷酸之間、或2與4個核苷酸之間。在一些實施方式中,核苷酸突出端包含1、2、3、4、5或6個核苷酸。在一個特定實施方式中,核苷酸突出端包含1至4個核苷酸。在某些實施方式中,核苷酸突出端包含2個核苷酸。在某些其他實施方式中,核苷酸突出端包含單個核苷酸。
突出端中的核苷酸可以是如本文所述之核糖核苷酸或經修飾的核苷酸。在一些實施方式中,突出端中的核苷酸係2ʹ-修飾的核苷酸(例如2ʹ-氟修飾的核苷酸,2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸)、去氧核糖核苷酸、無鹼基核苷酸、反向核苷酸(例如反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸)、或其組合。例如,在一個實施方式中,突出端中的核苷酸係去氧核糖核苷酸,例如去氧胸苷。在另一個實施方式中,突出端中的核苷酸係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-甲氧基乙基修飾的核苷酸、或其組合。在其他實施方式中,突出端包含5ʹ-尿苷-尿苷-3ʹ(5ʹ-UU-3ʹ)二核苷酸。在這類實施方式中,UU二核苷酸可以包含核糖核苷酸或經修飾的核苷酸,例如2ʹ-修飾的核苷酸。在其他實施方式中,突出端包含5ʹ-去氧胸苷-去氧胸苷-3ʹ(5ʹ-dTdT-3ʹ)二核苷酸。當核苷酸突出端存在於反義股中時,突出端中的核苷酸可以與靶基因序列互補,形成與靶基因序列的錯配或包含一些其他序列(例如聚嘧啶或聚嘌呤序列,如UU、TT、AA、GG等)。
核苷酸突出端可以在一條或兩條股的5ʹ端或3ʹ端。例如,在一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的5ʹ端和3ʹ端包含核苷酸突出端。在另一個實施方式中,RNAi構建體在有義股的5ʹ端和3ʹ端包含核苷酸突出端。在一些實施方式中,RNAi構建體在有義股的5ʹ端和反義股的5ʹ端包含核苷酸突出端。在其他實施方式中,RNAi構建體在有義股的3ʹ端和反義股的3ʹ端包含核苷酸突出端。
RNAi構建體可以在雙股RNA分子的一端處包含單個核苷酸突出端且在另一個末端包含平端。「平端」意味著有義股與反義股在分子末端完全地鹼基配對,並且不存在延伸超出雙股體區的未配對核苷酸。在一些實施方式中,RNAi構建體在有義股的3ʹ端包含核苷酸突出端,而在有義股的5ʹ端和反義股的3ʹ端包含平端。在其他實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端包含核苷酸突出端,且在反義股的5ʹ端和有義股的3ʹ端包含平端。在某些實施方式中,RNAi構建體在雙股RNA分子兩端處包含平端。在此類實施方式中,有義股和反義股具有相同長度,且雙股體區的長度與有義股和反義股相同(即,該分子在其整個長度上為雙股的)。
本發明之RNAi構建體中的有義股和反義股可以各自獨立地為約15至約30個核苷酸的長度、約19至約30個核苷酸的長度、約18至約28個核苷酸的長度、約19至約27個核苷酸的長度、約19至約25個核苷酸的長度、約19至約23個核苷酸的長度、約19至約21個核苷酸的長度、約21至約25個核苷酸的長度、或約21至約23個核苷酸的長度。在某些實施方式中,有義股和反義股的長度各自獨立地為約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、或約25個核苷酸。在一些實施方式中,有義股和反義股具有相同的長度,但形成短於該等股使得RNAi構建體具有兩個核苷酸突出端的雙股體區。例如,在一個實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 長度各自為21個核苷酸的有義股和反義股、(ii) 長度為19個鹼基對的雙股體區、和 (iii) 在有義股的3ʹ端和反義股的3ʹ端的具有2個未配對核苷酸的核苷酸突出端。在另一個實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 長度各自為23個核苷酸的有義股和反義股、(ii) 長度為21個鹼基對的雙股體區、和 (iii) 在有義股的3ʹ端和反義股的3ʹ端的具有2個未配對核苷酸的核苷酸突出端。在其他實施方式中,有義股和反義股具有相同長度且在其整個長度上形成雙股體區,使得在雙股分子的任一端上不存在核苷酸突出端。在一個此類實施方式中,RNAi構建體為平端的(例如具有兩個平端)且包含 (i) 其長度各自為21個核苷酸的有義股和反義股和 (ii) 長度為21個鹼基對的雙股體區。在另一個此類實施方式中,RNAi構建體為平端的(例如具有兩個平端)且包含 (i) 其長度各自為23個核苷酸的有義股和反義股和 (ii) 長度為23個鹼基對的雙股體區。在仍另一個此類實施方式中,RNAi構建體為平端的(例如具有兩個平端)且包含 (i) 其長度各自為19個核苷酸的有義股和反義股和 (ii) 長度為19個鹼基對的雙股體區。
在其他實施方式中,有義股或反義股長於另一條股,且兩條股形成長度等於較短股長度使得RNAi構建體包含至少一個核苷酸突出端的雙股體區。例如,在一個實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 長度為19個核苷酸的有義股、(ii) 長度為21個核苷酸的反義股、(iii) 長度為19個鹼基對的雙股體區、和 (iv) 在反義股的3ʹ端的具有2個未配對核苷酸的核苷酸突出端。在另一個實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 長度為21個核苷酸的有義股、(ii) 長度為23個核苷酸的反義股、(iii) 長度為21個鹼基對的雙股體區、和 (iv) 在反義股的3ʹ端的具有2個未配對核苷酸的核苷酸突出端。
本發明之RNAi構建體的反義股可包含表1或表2中列出的反義序列中的任一個的序列、該等反義序列中任一個中的核苷酸1-19的序列、或該等反義序列中任一個中的核苷酸2-19的序列或由其組成。因此,在一些實施方式中,反義股包含選自SEQ ID NO: 671-1339、2072-2803、2906-3061或3321-3655的序列或由其組成。在其他實施方式中,反義股包含SEQ ID NO: 671-1339、2072-2803、2906-3061或3321-3655中任一個的核苷酸1-19的序列或由其組成。在仍其他實施方式中,反義股包含SEQ ID NO: 671-1339、2072-2803、2906-3061或3321-3655中任一個的核苷酸2-19的序列或由其組成。在某些實施方式中,反義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 725;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 737;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 739;SEQ ID NO: 745;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 757;SEQ ID NO: 758;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 762;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 767;SEQ ID NO: 768;SEQ ID NO: 770;SEQ ID NO: 782;SEQ ID NO: 784;SEQ ID NO: 801;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 811;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 818;SEQ ID NO: 821;SEQ ID NO: 837;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 842;SEQ ID NO: 845;SEQ ID NO: 847;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 850;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 855;SEQ ID NO: 856;SEQ ID NO: 860;SEQ ID NO: 861;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 865;SEQ ID NO: 875;SEQ ID NO: 884;SEQ ID NO: 886;SEQ ID NO: 891;SEQ ID NO: 899;SEQ ID NO: 901;SEQ ID NO: 907;SEQ ID NO: 914;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 920;SEQ ID NO: 927;SEQ ID NO: 937;SEQ ID NO: 1056;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1058;SEQ ID NO: 1059;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2917;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2951;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。在一些實施方式中,反義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 737;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 739;SEQ ID NO: 745;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 757;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 762;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 767;SEQ ID NO: 784;SEQ ID NO: 801;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 811;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 842;SEQ ID NO: 845;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 856;SEQ ID NO: 860;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 914;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 927;SEQ ID NO: 937;SEQ ID NO: 1056;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1058;SEQ ID NO: 1059;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2917;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2951;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。在其他實施方式中,反義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。
在該等和其他實施方式中,本發明之RNAi構建體的有義股可包含表1或表2中列出的有義序列中任一個的序列、該等有義序列中任一個中的核苷酸1-19的序列、或該等有義序列中任一個中的核苷酸2-19的序列或由其組成。因此,在一些實施方式中,有義股包含選自SEQ ID NO: 2-670、1340-2071、2804-2905或3062-3320的序列或由其組成。在其他實施方式中,有義股包含SEQ ID NO: 2-670、1340-2071、2804-2905或3062-3320中任一個的核苷酸1-19的序列或由其組成。在仍其他實施方式中,有義股包含SEQ ID NO: 2-670、1340-2071、2804-2905或3062-3320中任一個的核苷酸2-19的序列或由其組成。在某些實施方式中,有義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 56;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 68;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 70;SEQ ID NO: 76;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 88;SEQ ID NO: 89;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 93;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 98;SEQ ID NO: 99;SEQ ID NO: 101;SEQ ID NO: 113;SEQ ID NO: 115;SEQ ID NO: 132;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 142;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 149;SEQ ID NO: 152;SEQ ID NO: 168;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 173;SEQ ID NO: 176;SEQ ID NO: 178;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 181;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 186;SEQ ID NO: 187;SEQ ID NO: 191;SEQ ID NO: 192;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 196;SEQ ID NO: 206;SEQ ID NO: 215;SEQ ID NO: 217;SEQ ID NO: 222;SEQ ID NO: 230;SEQ ID NO: 232;SEQ ID NO: 238;SEQ ID NO: 245;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 251;SEQ ID NO: 258;SEQ ID NO: 268;SEQ ID NO: 387;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 389;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 392;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820。在某些其他實施方式中,有義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 68;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 70;SEQ ID NO: 76;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 88;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 93;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 98;SEQ ID NO: 115;SEQ ID NO: 132;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 142;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 173;SEQ ID NO: 176;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 187;SEQ ID NO: 191;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 245;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 258;SEQ ID NO: 268;SEQ ID NO: 387;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 389;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 392;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820。在又某些實施方式中,有義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820。
在本發明之某些實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 包含選自SEQ ID NO: 2-670、1340-2071、2804-2905或3062-3320的序列或由其組成的有義股和 (ii) 包含選自SEQ ID NO: 671-1339、2072-2803、2906-3061或3321-3655的序列或由其組成的反義股。在一些實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 包含選自以下的序列或由其組成的有義股:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 56;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 68;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 70;SEQ ID NO: 76;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 88;SEQ ID NO: 89;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 93;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 98;SEQ ID NO: 99;SEQ ID NO: 101;SEQ ID NO: 113;SEQ ID NO: 115;SEQ ID NO: 132;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 142;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 149;SEQ ID NO: 152;SEQ ID NO: 168;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 173;SEQ ID NO: 176;SEQ ID NO: 178;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 181;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 186;SEQ ID NO: 187;SEQ ID NO: 191;SEQ ID NO: 192;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 196;SEQ ID NO: 206;SEQ ID NO: 215;SEQ ID NO: 217;SEQ ID NO: 222;SEQ ID NO: 230;SEQ ID NO: 232;SEQ ID NO: 238;SEQ ID NO: 245;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 251;SEQ ID NO: 258;SEQ ID NO: 268;SEQ ID NO: 387;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 389;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 392;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820以及 (ii) 包含選自以下的序列或由其組成的反義股:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 725;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 737;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 739;SEQ ID NO: 745;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 757;SEQ ID NO: 758;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 762;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 767;SEQ ID NO: 768;SEQ ID NO: 770;SEQ ID NO: 782;SEQ ID NO: 784;SEQ ID NO: 801;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 811;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 818;SEQ ID NO: 821;SEQ ID NO: 837;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 842;SEQ ID NO: 845;SEQ ID NO: 847;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 850;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 855;SEQ ID NO: 856;SEQ ID NO: 860;SEQ ID NO: 861;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 865;SEQ ID NO: 875;SEQ ID NO: 884;SEQ ID NO: 886;SEQ ID NO: 891;SEQ ID NO: 899;SEQ ID NO: 901;SEQ ID NO: 907;SEQ ID NO: 914;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 920;SEQ ID NO: 927;SEQ ID NO: 937;SEQ ID NO: 1056;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1058;SEQ ID NO: 1059;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2917;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2951;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。在其他實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 包含選自以下的序列或由其組成的有義股:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 68;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 70;SEQ ID NO: 76;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 88;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 93;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 98;SEQ ID NO: 115;SEQ ID NO: 132;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 142;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 173;SEQ ID NO: 176;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 187;SEQ ID NO: 191;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 245;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 258;SEQ ID NO: 268;SEQ ID NO: 387;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 389;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 392;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820以及 (ii) 包含選自以下的序列或由其組成的反義股:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 737;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 739;SEQ ID NO: 745;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 757;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 762;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 767;SEQ ID NO: 784;SEQ ID NO: 801;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 811;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 842;SEQ ID NO: 845;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 856;SEQ ID NO: 860;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 914;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 927;SEQ ID NO: 937;SEQ ID NO: 1056;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1058;SEQ ID NO: 1059;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2917;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2951;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。在仍其他實施方式中,RNAi構建體包含 (i) 包含選自以下的序列或由其組成的有義股:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820以及 (ii) 包含選自以下的序列或由其組成的反義股:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含:(i) 包含SEQ ID NO: 46的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 715的序列或由其組成的反義股;(ii) 包含SEQ ID NO: 63的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 732的序列或由其組成的反義股;(iii) 包含SEQ ID NO: 64的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 733的序列或由其組成的反義股;(iv) 包含SEQ ID NO: 69的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 738的序列或由其組成的反義股;(v) 包含SEQ ID NO: 85的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 754的序列或由其組成的反義股;(vi) 包含SEQ ID NO: 92的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 761的序列或由其組成的反義股;(vii) 包含SEQ ID NO: 94的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 763的序列或由其組成的反義股;(viii) 包含SEQ ID NO: 95的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 764的序列或由其組成的反義股;(ix) 包含SEQ ID NO: 97的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 766的序列或由其組成的反義股;(x) 包含SEQ ID NO: 140的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 809的序列或由其組成的反義股;(xi) 包含SEQ ID NO: 141的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 810的序列或由其組成的反義股;(xii) 包含SEQ ID NO: 145的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 814的序列或由其組成的反義股;(xiii) 包含SEQ ID NO: 172的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 841的序列或由其組成的反義股;(xiv) 包含SEQ ID NO: 179的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 848的序列或由其組成的反義股;(xv) 包含SEQ ID NO: 182的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 851的序列或由其組成的反義股;(xvi) 包含SEQ ID NO: 193的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 862的序列或由其組成的反義股;或 (xvii) 包含SEQ ID NO: 247的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 916的序列或由其組成的反義股。
在某些其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含:(i) 包含SEQ ID NO: 409的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 1078的序列或由其組成的反義股;(ii) 包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 1057的序列或由其組成的反義股;(iii) 包含SEQ ID NO: 2808的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2926的序列或由其組成的反義股;(iv) 包含SEQ ID NO: 2820的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2946的序列或由其組成的反義股;(v) 包含SEQ ID NO: 391的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2949的序列或由其組成的反義股;(vi) 包含SEQ ID NO: 390的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2956的序列或由其組成的反義股;(vii) 包含SEQ ID NO: 179的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2919的序列或由其組成的反義股;(viii) 包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 2953的序列或由其組成的反義股;或 (ix) 包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成的有義股和包含SEQ ID NO: 1057的序列或由其組成的反義股。
在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含:(i) 包含根據SEQ ID NO: 2009的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2741的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(ii) 包含根據SEQ ID NO: 2011的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2743的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(iii) 包含根據SEQ ID NO: 2012的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2744的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(iv) 包含根據SEQ ID NO: 2013的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2745的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(v) 包含根據SEQ ID NO: 2020的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2752的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(vi) 包含根據SEQ ID NO: 2035的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2767的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(vii) 包含根據SEQ ID NO: 2037的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2769的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(viii) 包含根據SEQ ID NO: 2041的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2773的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(ix) 包含根據SEQ ID NO: 2042的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2774的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(x) 包含根據SEQ ID NO: 2043的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2775的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xi) 包含根據SEQ ID NO: 2044的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2776的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xii) 包含根據SEQ ID NO: 2045的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2777的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xiii) 包含根據SEQ ID NO: 2051的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2783的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xiv) 包含根據SEQ ID NO: 2053的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2785的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xv) 包含根據SEQ ID NO: 2054的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2786的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(xvi) 包含根據SEQ ID NO: 2055的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2787的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;或 (xvii) 包含根據SEQ ID NO: 2059的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 2791的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股。
在其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含:(i) 包含根據SEQ ID NO: 3078的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3337的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(ii) 包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3339的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(iii) 包含根據SEQ ID NO: 3163的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3441的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(iv) 包含根據SEQ ID NO: 3183的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3469的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(v) 包含根據SEQ ID NO: 3076的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3472的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(vi) 包含根據SEQ ID NO: 3077的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3484的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(vii) 包含根據SEQ ID NO: 2051的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3545的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(viii) 包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3481的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(ix) 包含根據SEQ ID NO: 3188的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3339的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;(x) 包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3476的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股;或 (xi) 包含根據SEQ ID NO: 3223的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的有義股和包含根據SEQ ID NO: 3517的經修飾的核苷酸的序列或由其組成的反義股。
本發明之RNAi構建體可以是表1至24中列出的任何雙股體化合物(包括該化合物的未經修飾的核苷酸序列和/或經修飾的核苷酸序列)。在一些實施方式中,RNAi構建體係表1中列出的任何雙股體化合物。在其他實施方式中,RNAi構建體係表2中列出的任何雙股體化合物(包括該化合物的未經修飾的核苷酸序列和/或經修飾的核苷酸序列)。在某些實施方式中,RNAi構建體係D-1044、D-1061、D-1062、D-1067、D-1083、D-1090、D-1092、D-1093、D-1095、D-1138、D-1139、D-1143、D-1170、D-1177、D-1180、D-1191、D-1245、D-2000、D-2002、D-2003、D-2004、D-2011、D-2026、D-2028、D-2032、D-2033、D-2034、D-2035、D-2036、D-2042、D-2044、D-2045、D-2046、D-2050、D-2078、D-2079、D-2081、D-2182、D-2196、D-2238、D-2241、D-2243、D-2246、D-2255、D-2258、D-2301、D-2316、D-2317、D-2329、D-2332、D-2341、D-2344、D-2356、D-2357、D-2399或D-2510。在某些其他實施方式中,RNAi構建體係D-2079、D-2081、D-2196、D-2238、D-2241、D-2255、D-2258、D-2317、D-2332、D-2357或D-2399。
在某些實施方案中,本發明之RNAi構建體可以靶向人mARC1轉錄序列的特定區域。如實例4所述和表23所總結,發現與具有與轉錄物的其他區域互補的反義股的RNAi構建體相比,含設計為具有與人mARC1轉錄物(SEQ ID NO: 1)的某些區域互補的序列的反義股的某些RNAi構建體在體內表現出優越的人mARC1 mRNA體內敲除活性。因此,在本發明之一些實施方式中,特別適合於抑制細胞中人
MARC1基因的表現的RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在一個實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1209至1239中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在另一個實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1211至1236中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在一些此類實施方式中,反義股具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250、核苷酸1209至1239、或核苷酸1211至1236中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1、2或3個錯配)的序列。在其他實施方式中,反義股具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250、核苷酸1209至1239、或核苷酸1211至1236中的至少15個連續核苷酸的序列完全互補的序列。靶向人mARC1轉錄物的核苷酸1205至1250的RNAi構建體包括但不限於D-2063、D-2066、D-2076、D-2077、D-2078、D-2080、D-2081、D-2108、D-2113、D-2142、D-2240、D-2241、D-2243、D-2245、D-2246、D-2248、D-2250、D-2251、D-2253、D-2255、D-2256、D-2258、D-2259、D-2261、D-2264、D-2265、D-2268、D-2269、D-2270、D-2271、D-2301、D-2309、D-2311、D-2312、D-2314、D-2316、D-2317、D-2319、D-2321、D-2322、D-2324、D-2326、D-2327、D-2329、D-2331、D-2332、D-2334、D-2336、D-2337、D-2339、D-2341、D-2342、D-2344、D-2346、D-2347、D-2349、D-2351、D-2352、D-2354、D-2356、D-2357、D-2376、D-2380、D-2393、D-2395、D-2396、D-2431、D-2436、D-2437、D-2440、D-2441、D-2444、D-2445、D-2447、D-2453、D-2518、D-2519、D-2520、D-2521、D-2522、D-2523、D-2524、D-2525、D-2526、D-2527、D-2528、D-2529、D-2530、D-2531、D-2532、D-2533、D-2534和D-2535。在一些實施方式中,靶向人mARC1轉錄物的核苷酸1205至1250的RNAi構建體係D-2063、D-2066、D-2076、D-2077、D-2078、D-2080、D-2081、D-2108、D-2113、D-2142或D-2301。在某些實施方式中,靶向SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250、特別是核苷酸1211至1236的RNAi構建體包含含有5ʹ - CAUCUAAUAUUCCAG - 3ʹ序列(SEQ ID NO: 3656)的反義股。
在其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在一個實施方式中,反義股包含與SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1、2或3個錯配)的序列。在另一個實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375中的至少15個連續核苷酸的序列完全互補的序列。靶向人mARC1轉錄物的核苷酸1345-1375的示例性RNAi構建體包括但不限於D-2042、D-2043、D-2047、D-2052、D-2158、D-2162、D-2169、D-2182、D-2183、D-2184、D-2185、D-2186、D-2187、D-2189、D-2211、D-2213、D-2304、D-2305、D-2306、D-2307、D-2308、D-2384、D-2384、D-2385、D-2386、D-2387、D-2388、D-2389、D-2390、D-2391、D-2392、D-2399、D-2400、D-2401、D-2402、D-2403、D-2488、D-2494、D-2500、D-2506、D-2512、D-2538、D-2539、D-2540和D-2541。在一些實施方式中,靶向人mARC1轉錄物的核苷酸1345-1375的RNAi構建體係D-2042、D-2043、D-2047、D-2052、D-2304、D-2305、D-2306、D-2307或D-2308。在某些實施方式中,靶向SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375、特別是核苷酸1350至1375的RNAi構建體包含含有5ʹ - UGGGACAUUGAAGCA - 3ʹ序列(SEQ ID NO: 3657)的反義股。
在仍其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在一個實施方式中,反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2048至2074中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。在一些此類實施方式中,反義股具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078或核苷酸2048至2074中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補(有不超過1、2或3個錯配)的序列。在其他實施方式中,反義股具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078或核苷酸2048至2074中的至少15個連續核苷酸的序列完全互補的序列。靶向人mARC1轉錄物的核苷酸2039-2078的RNAi構建體包括但不限於D-2045、D-2065、D-2079、D-2082、D-2105、D-2106、D-2137、D-2143、D-2166、D-2173、D-2193、D-2242、D-2247、D-2252、D-2257、D-2260、D-2262、D-2266、D-2272、D-2273、D-2302、D-2303、D-2310、D-2313、D-2315、D-2318、D-2320、D-2323、D-2325、D-2328、D-2330、D-2333、D-2335、D-2338、D-2340、D-2343、D-2345、D-2348、D-2350、D-2353、D-2355、D-2358、D-2394、D-2397、D-2454、D-2455、D-2456、D-2457、D-2458、D-2459、D-2460、D-2463、D-2465、D-2465、D-2468、D-2470、D-2472、D-2473、D-2477、D-2487、D-2493、D-2499、D-2505、D-2511、D-2552、D-2553、D-2554、D-2555、D-2556和D-2557。在某些實施方案中,靶向人mARC1轉錄物的核苷酸2039-2078的RNAi構建體係D-2045、D-2065、D-2079、D-2082、D-2105、D-2106、D-2137、D-2143、D-2302或D-2303。在某些實施方式中,靶向SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078、特別是核苷酸2048至2074的RNAi構建體包含含有5ʹ - AUCAGAUCUUAGAGU - 3ʹ序列(SEQ ID NO: 3658)的反義股。
本發明之RNAi構建體可包含一種或多種經修飾的核苷酸。「經修飾的核苷酸」係指具有針對核苷、核鹼基、戊糖環、或磷酸基團的一個或多個經化學修飾的核苷酸。如本文使用的,經修飾的核苷酸不涵蓋含有腺苷單磷酸酯、鳥苷單磷酸酯、尿苷單磷酸酯、和胞苷單磷酸酯的核糖核苷酸。然而,該RNAi構建體可包含經修飾的核苷酸和核糖核苷酸的組合。將經修飾的核苷酸併入雙股RNA分子的一條或兩條股中,可以例如藉由降低分子對核酸酶和其他降解過程的敏感性來改善RNA分子的體內穩定性。還可藉由摻入經修飾的核苷酸來增強RNAi構建體降低靶基因表現的效力。
在某些實施方式中,經修飾的核苷酸具有核糖的修飾。該等糖修飾可以包括在戊糖環的2ʹ和/或5ʹ位置的修飾、以及二環糖修飾。2ʹ-修飾的核苷酸係指具有戊糖環的核苷酸,該戊糖環在2ʹ位置具有除OH以外的取代基。此類2ʹ-修飾包括但不限於2ʹ-H(例如去氧核糖核苷酸)、2ʹ-O-烷基(例如-O-C
1-C
10或-O-C
1-C
10經取代的烷基)、2ʹ-O-烯丙基(-O-CH
2CH=CH
2)、2ʹ-C-烯丙基、2ʹ-去氧-2ʹ-氟(也稱為2ʹ-F或2ʹ-氟)、2ʹ-O-甲基(-OCH
3)、2ʹ-O-甲氧基乙基(-O-(CH
2)
2OCH
3)、2ʹ-OCF3、2ʹ-O(CH
2)
2SCH
3、2ʹ-O-胺基烷基、2ʹ-胺基(例如-NH
2)、2ʹ-O-乙胺和2ʹ-疊氮基。在戊糖環的5ʹ位置的修飾包括但不限於5ʹ-甲基(R或S組態);5ʹ-乙烯基、和5ʹ-甲氧基。
「二環糖修飾」係指戊糖環的修飾,其中橋將環的兩個原子連接而形成第二環從而得到二環糖結構。在一些實施方式中,二環糖修飾包含在戊糖環的4ʹ和2ʹ碳之間的橋。包含具有雙環糖修飾的糖部分的核苷酸在本文中稱為雙環核酸或BNA。示例性的二環糖修飾包括但不限於α-L-亞甲基氧基(4ʹ-CH
2—O-2ʹ)二環核酸(BNA);β-D-亞甲基氧基(4ʹ-CH
2—O-2ʹ)BNA(也稱為鎖核酸或LNA);乙烯氧基(4ʹ-(CH
2)
2—O-2ʹ)BNA;胺基氧基(4ʹ-CH
2—O—N(R)-2ʹ,其中R係H、C
1-C
12烷基或保護基)BNA;氧胺基(4ʹ-CH
2—N(R)—O-2ʹ,其中R係H、C
1-C
12烷基或保護基)BNA;甲基(亞甲基氧基)(4ʹ-CH(CH
3)—O-2ʹ)BNA(也稱為受限乙基或cEt);亞甲基-硫基(4ʹ-CH
2—S-2ʹ)BNA;亞甲基-胺基(4ʹ-CH2-N(R)-2ʹ,其中R係H、C
1-C
12烷基或保護基)BNA;甲基碳環(4ʹ-CH
2—CH(CH
3)- 2ʹ)BNA;丙烯碳環(4ʹ-(CH
2)
3-2ʹ)BNA;和甲氧基(乙烯氧基)(4ʹ-CH(CH
2OMe)-O-2ʹ)BNA(也稱為受限MOE或cMOE)。可以摻入本發明之RNAi構建體中的該等和其他經糖修飾的核苷酸描述於美國專利案號9,181,551、美國專利公開案號2016/0122761以及Deleavey和Damha, Chemistry and Biology [化學和生物學], 第19卷: 937-954, 2012,所有該等文獻均藉由引用以其全文特此併入。
在一些實施方式中,RNAi構建體包含一個或多個2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、二環核酸(BNA)、去氧核糖核苷酸、或其組合。在某些實施方式中,RNAi構建體包含一個或多個2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、或其組合。在一個特定實施方式中,RNAi構建體包含一個或多個2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、或其組合。
RNAi構建體的有義股和反義股均可包含一個或多個經修飾的核苷酸。例如,在一些實施方式中,有義股包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個經修飾的核苷酸。在某些實施方式中,有義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。在一些實施方式中,反義股包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個經修飾的核苷酸。在其他實施方式中,反義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。在某些其他實施方式中,有義股中的所有核苷酸和反義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。在該等和其他實施方式中,經修飾的核苷酸可以是2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、或其組合。
在某些實施方式中,併入本發明RNAi構建體的一條或兩條股中的經修飾的核苷酸具有核鹼基(在本文中也稱為「鹼基」)的修飾。「經修飾的核鹼基」或「經修飾的鹼基」係指除天然存在的嘌呤鹼基腺嘌呤(A)和鳥嘌呤(G)和嘧啶鹼基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)以外的鹼基。經修飾的核鹼基可以是合成的或天然存在的修飾,並且包括但不限於通用鹼基、5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羥甲基胞嘧啶、黃嘌呤(X)、次黃嘌呤(I)、2-胺基腺嘌呤、6-甲基腺嘌呤、6-甲基鳥嘌呤,以及腺嘌呤和鳥嘌呤的其他烷基衍生物,腺嘌呤和鳥嘌呤的2-丙基衍生物和其他烷基衍生物,2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶,5-鹵尿嘧啶和胞嘧啶,5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶,6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶,5-尿嘧啶(假尿嘧啶),4-硫尿嘧啶,8-鹵代、8-胺基、8-硫醇、8-硫代烷基、8-羥基和其他8-取代的腺嘌呤和鳥嘌呤,5-鹵代(特別是5-溴)、5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶,7-甲基鳥嘌呤和7-甲基腺嘌呤,8-氮雜鳥嘌呤和8-氮雜腺嘌呤,7-脫氮鳥嘌呤和7-脫氮腺嘌呤以及和3-脫氮鳥嘌呤和3-脫氮腺嘌呤。
在一些實施方式中,經修飾的鹼基為通用鹼基。「通用鹼基」係指在不改變所得到的雙股體區的雙螺旋結構的情況下,與RNA和DNA中的全部天然鹼基不加選擇地形成鹼基對的鹼基類似物。通用鹼基對於熟悉該項技術者而言係已知的,包括但不限於:肌苷、C-苯基、C-萘基和其他芳香族衍生物、唑醯胺類、和硝基唑衍生物(如3-硝基吡咯、4-硝基吲哚、5-硝基吲哚和6-硝基吲哚)。
可以併入本發明RNAi構建體中的其他合適的經修飾鹼基包括在Herdewijn, Antisense Nucleic Acid Drug Dev. [反義核酸藥物開發], 第10卷: 297-310, 2000和Peacock等人, J. Org. Chem. [有機化學雜誌], 第76卷: 7295-7300, 2011中所描述的,該等文獻特此藉由引用以其全文併入。熟悉該項技術者充分瞭解到鳥嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶可被其他核鹼基替代,例如上述經修飾的核鹼基,而基本上不改變包含攜帶此置換核鹼基的核苷酸的多核苷酸的鹼基配對特性。
在一些實施方式中,RNAi構建體的有義股和反義股可以包含一個或多個無鹼基核苷酸。「無鹼基核苷酸」或「無鹼基核苷」係在核糖的1ʹ位置處缺少核鹼基的核苷酸或核苷。在某些實施方式中,將無鹼基核苷酸併入RNAi構建體的有義股和/或反義股的末端。在一個實施方式中,有義股在其3ʹ端、其5ʹ端、或其3ʹ和5ʹ端兩者處包含作為末端核苷酸的無鹼基核苷酸。在另一個實施方式中,反義股在其3ʹ端、其5ʹ端、或其3ʹ和5ʹ端兩者處包含作為末端核苷酸的無鹼基核苷酸。在其中無鹼基核苷酸係末端核苷酸的這類實施方式中,其可以是反向核苷酸-即藉由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵(當在股的3ʹ端時)或5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵(當在股的5ʹ端時)(不是天然的3ʹ-5ʹ核苷酸間鍵)與相鄰核苷酸連接。無鹼基核苷酸也可以包含糖修飾,如以上所述之任何糖修飾。在某些實施方式中,無鹼基核苷酸包含2ʹ-修飾,如2ʹ-氟修飾、2ʹ-O-甲基修飾、或2ʹ-H(去氧)修飾。在一個實施方式中,無鹼基核苷酸包含2ʹ-O-甲基修飾。在另一個實施方式中,無鹼基核苷酸包含2ʹ-H修飾(即去氧無鹼基核苷酸)。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體可包含根據特定模式(諸如WIPO公開案號WO 2020/123410中描述的模式)的併入有義和反義股的經修飾的核苷酸,將其藉由引用以其全文併入本文。已經顯示出具有此類化學修飾模式的RNAi構建體具有改善的體內基因緘默活性。在一個實施方式中,本發明之RNAi構建體包含含有彼此充分互補以形成至少15個鹼基對的雙股體區的序列的有義股和反義股,其中:
• 在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、7、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸;
• 在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置8至11和13配對的位置處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸;和
• 有義股或反義股均不具有超過7個的總的2ʹ-氟修飾的核苷酸。
在其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含含有彼此充分互補以形成至少19個鹼基對的雙股體區的序列的有義股和反義股,其中:
• 在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、7、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸,位置4、6、10、和12(從5ʹ端開始計數)處的核苷酸視需要係2ʹ-氟修飾的核苷酸,並且反義股中所有其他的核苷酸係除2ʹ-氟修飾的核苷酸之外的經修飾的核苷酸;和
• 在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置8至11和13配對的位置處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸,在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置3和5配對的位置處的核苷酸視需要係2ʹ-氟修飾的核苷酸;且有義股中的所有其他核苷酸係除2ʹ-氟修飾的核苷酸之外的經修飾的核苷酸。
在這類實施方式中,除2ʹ-氟修飾的核苷酸之外的經修飾的核苷酸可以選自2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA、和去氧核糖核苷酸。在該等和其他實施方式中,有義股的3ʹ端、5ʹ端、或3ʹ端和5ʹ端兩者處的末端核苷酸可以是無鹼基核苷酸或去氧核糖核苷酸。在這類實施方式中,無鹼基核苷酸或去氧核糖核苷酸可以是反向的-即藉由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵(當在股的3ʹ端時)或5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵(當在股的5ʹ端時)(不是天然的3ʹ-5ʹ核苷酸間鍵)與相鄰核苷酸連接。
在上述任何實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、7、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其他實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、4、7、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在又其他實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、4、6、7、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在仍其他實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、4、6、7、10、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在替代性實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、7、10、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在某些其他實施方式中,在反義股(從5ʹ端開始計數)的位置2、4、7、10、12、和14處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。
在上述任何實施方式中,在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置3、8至11和13配對的位置處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在一些實施方式中,在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置5、8至11和13配對的位置處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其他實施方式中,在有義股的與反義股(從5ʹ端開始計數)中的位置3、5、8至11和13配對的位置處的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構:
5ʹ-(N
A)
xN
LN
LN
LN
LN
LN
LN
FN
LN
FN
FN
FN
FN
LN
LN
MN
LN
MN
LN
T(n)
y-3ʹ
3ʹ-(N
B)
zN
LN
LN
LN
LN
LN
FN
LN
MN
LN
MN
LN
LN
FN
MN
LN
MN
LN
FN
L-5ʹ
(A)
在式 (A) 中,按5ʹ至3ʹ方向列出的上股係該有義股並且按3ʹ至5ʹ方向列出的下股係該反義股;每個N
F代表2ʹ-氟修飾的核苷酸;每個N
M獨立地代表選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸;每個N
L獨立地代表選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸;並且N
T代表選自以下的經修飾的核苷酸:無鹼基核苷酸、反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。X可以是0至4的整數,條件係當x係1、2、3、或4時,該等N
A核苷酸中的一個或多個係獨立地選自以下的經修飾的核苷酸:無鹼基核苷酸、反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。該等N
A核苷酸中的一個或多個可以與該反義股中的核苷酸互補。Y可以是0至4的整數,條件係當y係1、2、3、或4時,一個或多個n核苷酸係不與該反義股中的核苷酸發生鹼基配對的經修飾的或未經修飾的突出端核苷酸。Z可以是0至4的整數,條件係當z係1、2、3、或4時,該等N
B核苷酸中的一個或多個係獨立地選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。該等N
B核苷酸中的一個或多個可以與N
A核苷酸互補(當N
A核苷酸存在於該有義股中時),或者可以是不與該有義股中的核苷酸發生鹼基配對的突出端核苷酸。
在其中RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的一些實施方式中,在有義股的3ʹ端處有核苷酸突出端 - 即y係1、2、3、或4。在一個這類實施方式中,y係2。在其中在有義股的3ʹ端處有2個核苷酸的突出端(即y係2)的實施方式中,x係0並且z係2或x係1並且z係2。在其中RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的其他實施方式中,RNAi構建體包含在有義股的3ʹ端和反義股的5ʹ端的平端(即y係0)。在其中有義股的3ʹ端處無核苷酸突出端(即y係0)的這類實施方式中:(i) x係2並且z係4,(ii) x係3並且z係4,(iii) x係0並且z係2,(iv) x係1並且z係2,或者 (v) x係2並且z係2。在其中x大於0的任何實施方式中,N
A核苷酸(有義股的5ʹ端的末端核苷酸)可以是反向核苷酸,如反向無鹼基核苷酸或反向去氧核糖核苷酸。
在其中該RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的某些實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4和12處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其他實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、和12處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在又其他實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、10、和12處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中該RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的替代性實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置10和12處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在相關的實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、10、和12處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中該RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的其他替代性實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、和10處的該N
M係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸,並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置12處的該N
M係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的一些實施方式中,有義股中的每個N
M係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。在其他實施方式中,有義股中的每個N
M係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的仍其他實施方式中,在有義股和反義股兩者中的每個N
M均係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。
在其中RNAi構建體包含由式 (A) 表示的結構的上述任何實施方式中,在有義股和反義股兩者中的每個N
L均可以是2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。在該等實施方式和以上所述之任何實施方式中,式 (A) 中的N
T可以是反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、或2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。
在本發明之其他實施方式中,本發明之RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構:
5ʹ-(N
A)
xN
LN
LN
LN
LN
MN
LN
FN
FN
FN
FN
LN
LN
LN
LN
LN
LN
LN
LN
T(n)
y-3ʹ
3ʹ-(N
B)
zN
LN
LN
LN
MN
LN
FN
LN
MN
LN
LN
MN
MN
MN
MN
LN
MN
LN
FN
L-5ʹ
(B)
在式 (B) 中,按5ʹ至3ʹ方向列出的上股係該有義股並且按3ʹ至5ʹ方向列出的下股係該反義股;每個N
F代表2ʹ-氟修飾的核苷酸;每個N
M獨立地代表選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸;每個N
L獨立地代表選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸;並且N
T代表選自以下的經修飾的核苷酸:無鹼基核苷酸、反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。X可以是0至4的整數,條件係當x係1、2、3、或4時,該等N
A核苷酸中的一個或多個係獨立地選自以下的經修飾的核苷酸:無鹼基核苷酸、反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。該等N
A核苷酸中的一個或多個可以與該反義股中的核苷酸互補。Y可以是0至4的整數,條件係當y係1、2、3、或4時,一個或多個n核苷酸係不與該反義股中的核苷酸發生鹼基配對的經修飾的或未經修飾的突出端核苷酸。Z可以是0至4的整數,條件係當z係1、2、3、或4時,該等N
B核苷酸中的一個或多個係獨立地選自以下的經修飾的核苷酸:2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA和去氧核糖核苷酸。該等N
B核苷酸中的一個或多個可以與N
A核苷酸互補(當N
A核苷酸存在於該有義股中時),或者可以是不與該有義股中的核苷酸發生鹼基配對的突出端核苷酸。
在其中RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的一些實施方式中,在有義股的3ʹ端處有核苷酸突出端 - 即y係1、2、3、或4。在一個這類實施方式中,y係2。在其中在有義股的3ʹ端處有2個核苷酸的突出端(即y係2)的實施方式中,x係0並且z係2或x係1並且z係2。在其中RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的其他實施方式中,RNAi構建體包含在有義股的3ʹ端和反義股的5ʹ端的平端(即y係0)。在其中有義股的3ʹ端處無核苷酸突出端(即y係0)的這類實施方式中:(i) x係2並且z係4,(ii) x係3並且z係4,(iii) x係0並且z係2,(iv) x係1並且z係2,或者 (v) x係2並且z係2。在其中x大於0的任何實施方式中,N
A核苷酸(有義股的5ʹ端的末端核苷酸)可以是反向核苷酸,如反向無鹼基核苷酸或反向去氧核糖核苷酸。
在其中該RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的某些實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、8、9和16處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置7和12處的N
M各自為2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。在其他實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4和6處的該N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置7至9處的N
M各自為2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。在仍其他實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、8、9和16處的該N
M各自為2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置7和12處的N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中該RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的替代性實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、8、9和12處的該N
M各自為2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置7和16處的N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中該RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的某些其他實施方式中,在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置7、8、9和12處的該N
M各自為2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸並且在從5ʹ端開始計數的該反義股中的位置4、6、和16處的N
M各自為2ʹ-氟修飾的核苷酸。在其中RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的該等和其他實施方式中,有義股中的N
M係2ʹ-氟修飾的核苷酸。在替代性實施方式中,有義股中的N
M係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。
在其中RNAi構建體包含由式 (B) 表示的結構的上述任何實施方式中,在有義股和反義股兩者中的每個N
L均可以是2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。在該等實施方式和以上所述之任何實施方式中,式 (B) 中的N
T可以是反向無鹼基核苷酸、反向去氧核糖核苷酸、或2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸。
本發明之RNAi構建體還可以包含一個或多個經修飾的核苷酸間鍵。如本文使用的,術語「經修飾的核苷酸間鍵」係指除天然3ʹ至5ʹ磷酸二酯鍵以外的核苷酸間鍵。在一些實施方式中,經修飾的核苷酸間鍵係含磷的核苷酸間鍵,如磷酸三酯、胺基烷基磷酸三酯、烷基膦酸酯(例如甲基膦酸酯、3ʹ-伸烷基膦酸酯)、次膦酸酯、胺基磷酸酯(例如3ʹ-胺基胺基磷酸酯和胺基烷基胺基磷酸酯)、硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硫代磷醯胺酯、硫代烷基膦酸酯、硫代烷基磷酸三酯、和硼烷磷酸酯。在一個實施方式中,經修飾的核苷酸間鍵係2ʹ至5ʹ磷酸二酯鍵。在其他實施方式中,經修飾的核苷酸間鍵為不含磷核苷酸間鍵,且因此可稱為經修飾的核苷間鍵。此類不含磷的鍵包括但不限於𠰌啉鍵(部分由核苷的糖部分形成);矽氧烷鍵(—O—Si(H)
2—O—);硫化物、亞碸和碸鍵;甲醯基和硫代甲醯基鍵;含烯的骨架;胺基磺酸鹽骨架;亞甲基甲亞胺基(—CH
2—N(CH
3) —O—CH
2—)和亞甲基肼鍵;磺酸鹽和磺醯胺鍵;醯胺鍵;以及具有混合的N、O、S和CH
2組成部分的其他。在一個實施方式中,經修飾的核苷間鍵為產生肽核酸或PNA的基於肽的鍵(例如胺基乙基甘胺酸),例如美國專利案號5,539,082、5,714,331、和5,719,262中所述之那些。可以在本發明之RNAi構建體中使用的其他合適的經修飾的核苷酸間和核苷間鍵描述於美國專利案號6,693,187、美國專利案號9,181,551、美國專利公開案號2016/0122761以及Deleavey和Damha, Chemistry and Biology [化學和生物學], 第19卷: 937-954, 2012,所有該等文獻均藉由引用以其全文特此併入。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。硫代磷酸酯核苷酸間鍵可以存在於RNAi構建體的有義股、反義股或兩條股中。例如,在一些實施方式中,有義股包含1、2、3、4、5、6、7、8或更多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在其他實施方式中,反義股包含1、2、3、4、5、6、7、8、或更多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在仍其他實施方式中,兩條股包含1、2、3、4、5、6、7、8或更多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。RNAi構建體可以在有義股、反義股、或兩條股的3ʹ-端、5ʹ-端、或者3ʹ-和5ʹ-端兩者包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。例如,在某些實施方式中,RNAi構建體在有義股、反義股、或兩條股的3ʹ端包含約1至約6或更多個(例如,約1、2、3、4、5、6或更多個)連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在其他實施方式中,RNAi構建體在有義股、反義股或兩條股的5ʹ-端處包含約1至約6或更多(例如,約1、2、3、4、5、6或更多)個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在一個特定實施方式中,反義股包含至少1個但不超過6個硫代磷酸酯核苷酸間鍵,並且該有義股包含至少1個但不超過4個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在另一個特定實施方式中,反義股包含至少1個但不超過4個硫代磷酸酯核苷酸間鍵,並且該有義股包含至少1個但不超過2個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
在一些實施方式中,RNAi構建體包含在有義股的3ʹ端的末端核苷酸之間的單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在其他實施方式中,RNAi構建體包含在有義股的3ʹ端的末端核苷酸之間的兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在一個實施方式中,RNAi構建體包含在有義股的3ʹ端的末端核苷酸之間的單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵和在反義股的3ʹ端的末端核苷酸之間的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端的末端核苷酸之間的包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵(即,在反義股的3ʹ端的第一和第二核苷酸間鍵處的硫代磷酸酯核苷酸間鍵)。在另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在又另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵並且在有義股的5ʹ端包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在仍另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵,在有義股的3ʹ端末端核苷酸之間包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵並且在有義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵(即,在反義股的5ʹ端和3ʹ端兩者的第一和第二核苷酸間鍵處的硫代磷酸酯核苷酸間鍵和在有義股的5ʹ端和3ʹ端兩者的第一和第二核苷酸間鍵處的硫代磷酸酯核苷酸間鍵)。在又另一個實施方式中,RNAi構建體在反義股的3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間均包含兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵並且在有義股的3ʹ端末端核苷酸之間包含單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。在其中一個或兩條股包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵的任何實施方式中,股內的其餘核苷酸間鍵可以是天然的3ʹ至5ʹ磷酸二酯鍵。例如,在一些實施方式中,有義股和反義股的各核苷酸間鍵選自磷酸二酯和硫代磷酸酯,其中至少一個核苷酸間鍵為硫代磷酸酯。
在RNAi構建體包含核苷酸突出端的實施方式中,突出端中的兩個或更多個未配對核苷酸可藉由硫代磷酸酯核苷酸間鍵來連接。在某些實施方式中,在反義股和/或有義股的3ʹ端的核苷酸突出端中的所有未配對核苷酸係經由硫代磷酸酯核苷酸間鍵而連接。在其他實施方式中,在反義股和/或有義股的5ʹ端的核苷酸突出端中的所有未配對核苷酸係經由硫代磷酸酯核苷酸間鍵而連接。在仍其他實施方式中,任何核苷酸突出端中的所有未配對核苷酸藉由硫代磷酸酯核苷酸間鍵來連接。
硫代磷酸酯核苷酸間鍵的摻入在寡核苷酸的磷原子上引入了額外的手性中心,且因此在每個硫代磷酸酯核苷酸間鍵上產生了非鏡像異構物對(Rp和Sp)。非鏡像異構物或非鏡像異構物係化合物的具有相同分子式和鍵合原子序列但其原子在空間中的三維方向不同的不同質性。與鏡像異構物不同,非鏡像異構物不是彼此的鏡像圖像。每個手性磷酸鹽原子可以為「R」組態(Rp)或「S」組態(Sp)。在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體可包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵,其中手性磷酸鹽選擇為主要處於Rp或Sp組態。例如,在RNAi構建體具有一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵的一些實施方式中,至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、或至少約95%的手性磷酸鹽為Sp組態。在該RNAi構建體具有一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵的其他實施方式中,至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、或至少約95%的手性磷酸鹽為Rp組態。RNAi構建體中的所有手性磷酸鹽可以為Sp組態或Rp組態(即RNAi構建體為立體純)。在一個特定實施方式中,RNAi構建體中的所有手性磷酸鹽為Sp組態。在另一個特定實施方式中,RNAi構建體中的所有手性磷酸鹽為Rp組態。
在某些實施方式中,RNAi構建體中的手性磷酸鹽在有義股或反義股中的不同位置可具有不同質性。在RNAi構建體在反義股的5ʹ端包含一個或兩個硫代磷酸酯核苷酸間鍵的一個此類實施方式中,反義股的5ʹ端的手性磷酸鹽可以為Rp組態。在RNAi構建體在反義股的3ʹ端包含一個或兩個硫代磷酸酯核苷酸間鍵的另一個此類實施方式中,反義股的3ʹ端的手性磷酸鹽可以為Sp組態。在某些實施方式中,RNAi構建體包含反義股3ʹ和5ʹ端的末端核苷酸之間的兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵以及有義股3ʹ端的末端核苷酸之間的兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵,其中位於反義股5ʹ端的手性磷酸鹽為Rp組態,位於反義股3ʹ端的手性磷酸鹽為Sp組態,且位於有義股3ʹ端的手性磷酸鹽可為Rp或Sp組態。在某些其他實施方式中,RNAi構建體包含反義股3ʹ和5ʹ端的末端核苷酸之間的兩個連續硫代磷酸酯核苷酸間鍵以及有義股3ʹ端的末端核苷酸之間的單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵,其中位於反義股5ʹ端的手性磷酸鹽為Rp組態,位於反義股3ʹ端的手性磷酸鹽為Sp組態,且位於有義股3ʹ端的手性磷酸鹽可為Rp或Sp組態。在寡核苷酸合成期間控制硫代磷酸酯鍵的立體化學之方法係熟悉該項技術者已知的且可以包括以下中描述之方法:Nawrot和Rebowska, Curr Protoc Nucleic Acid Chem. [核酸化學當前方案] 2009, 第4章:. doi: 10.1002/0471142700.nc0434s362009;Jahns等人, Nat. Commun [自然通訊], 第6卷: 6317, 2015;Knouse等人, Science [科學], 第361卷: 1234-1238, 2018;和Sakamuri等人, Chembiochem [化學生物學和生物化學], 第21卷 (9): 1304-1308, 2020。
在本發明之RNAi構建體的一些實施方式中,有義股、反義股或反義股和有義股的5ʹ端包含磷酸酯部分。如本文使用的,術語「磷酸酯部分」係指包含未經修飾的磷酸酯(—O—P=O)(OH)OH)以及經修飾的磷酸酯的末端磷酸酯基。經修飾的磷酸酯包括如下的磷酸酯,其中一個或多個O和OH基被H、O、S、N(R)或烷基(例如C
1至C
12)所替代,其中R係H、胺基保護基或者未經取代或經取代的烷基(例如C
1至C
12)。示例性的磷酸酯部分包括但不限於:5ʹ-單磷酸酯;5ʹ-二磷酸酯;5ʹ-三磷酸酯;5ʹ-鳥苷帽(7-甲基化的或非甲基化的);5ʹ-腺苷帽或任何其他經修飾的或未經修飾的核苷酸帽結構;5ʹ-單硫代磷酸酯(硫代磷酸酯);5ʹ-單二硫代磷酸酯(二硫代磷酸酯);5ʹ-α-硫代三磷酸酯;5ʹ-γ-硫代三磷酸酯、5ʹ-胺基磷酸酯;5ʹ-乙烯基磷酸酯;5ʹ-烷基膦酸酯(例如,烷基 = 甲基、乙基、異丙基、丙基等);和5ʹ-烷基醚膦酸酯(例如,烷基醚 = 甲氧基甲基、乙氧基甲基等)。
可摻入本發明之RNAi構建體中的經修飾的核苷酸可具有本文所述之多於一種化學修飾。例如,經修飾的核苷酸可以具有對核糖的修飾以及對核鹼基的修飾。舉例來說,經修飾的核苷酸可包含2ʹ糖修飾(例如2ʹ-氟或2ʹ-O-甲基)並且包含經修飾的鹼基(例如5-甲基胞嘧啶或假尿嘧啶)。在其他實施方式中,經修飾的核苷酸可包含糖修飾組合針對5ʹ磷酸酯的修飾,當將經修飾的核苷酸併入多核苷酸中時這將會形成經修飾的核苷酸間鍵或核苷間鍵。例如,在一些實施方式中,經修飾的核苷酸可包含糖修飾,諸如2ʹ-氟修飾、2ʹ-O-甲基修飾或二環糖修飾、以及5ʹ硫代磷酸酯基。因此,在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體的一條或兩條股包含2ʹ修飾的核苷酸或BNA與硫代磷酸酯核苷酸間鍵的組合。在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體的有義股和反義股兩者均包含2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、與硫代磷酸酯核苷酸間鍵的組合。包含經修飾的核苷酸和核苷酸間鍵的示例性RNAi構建體顯示在表2中。
本發明之RNAi構建體可使用本領域已知的技術,例如使用常規核酸固相合成來容易地製成。RNAi構建體的多核苷酸可使用標準核苷酸或核苷先質(例如亞磷醯胺)在合適的核酸合成儀上組裝。自動核酸合成儀係由若干供應商商業銷售,包括來自應用生物系統公司(Applied Biosystems)(福斯特城,加利福尼亞州)的DNA/RNA合成儀、來自生物自動化公司(BioAutomation)(歐文市,德克薩斯州)的MerMade合成儀、和來自GE保健生命科學公司(GE Healthcare Life Sciences)(匹茲堡市,賓夕法尼亞州)的OligoPilot合成儀。實例2中描述了合成本發明之RNAi構建體的示例性方法。
2ʹ矽基保護基可以在核糖核苷的5ʹ位置與酸不穩定的二甲氧基三苯甲基(DMT)結合使用,從而利用亞磷醯胺化學來合成寡核苷酸。已知最終去保護條件不會顯著降解RNA產物。所有合成均可在任何自動或手動合成儀中以大、中、小規模進行。合成還可以在多個孔板、柱或載玻片中進行。
可以藉由暴露於氟離子來去除2ʹ-O-矽基,該等氟離子可以包括任何氟離子源,例如含有與無機反離子配對的氟離子的鹽(例如氟化銫和氟化鉀)、或者含有與有機反離子配對的氟離子的鹽(例如氟化四烷基銨)。冠醚催化劑可以與無機氟化物組合用於去保護反應中。示例性氟離子源為四丁基氟化銨或胺基氫氟化物(例如,將HF水溶液與三乙胺組合在偶極非質子溶劑如二甲基甲醯胺中)。
選擇用於亞磷酸三酯和磷酸三酯上的保護基團可以改變三酯對氟化物的穩定性。磷酸三酯或亞磷酸三酯的甲基保護可以穩定與氟離子的鍵聯且改善過程產率。
因為核糖核苷具有反應性2ʹ羥基取代基,所以可能理想的是用與5ʹ-O-二甲氧基三苯甲基保護基垂直的保護基(例如,一個對使用酸的處理為穩定的保護基)來保護RNA中的反應性2ʹ位置。矽基保護基團符合該標準,且可以在最終的氟化物去保護步驟中容易地除去,這可以導致最少RNA降解。
四唑催化劑可用於標準亞磷醯胺偶合反應。示例性催化劑包括例如:四唑、S-乙基-四唑、苄基巰基四唑、對硝基苯基四唑。
如熟悉該項技術者可以理解的,合成本文所述之RNAi構建體的其他方法對於普通熟悉該項技術者而言為顯而易見的。另外地,各種合成步驟可以交替序列或順序進行,以得到所需化合物。其他合成化學轉化、保護基團(例如,對於鹼基上存在的羥基、胺基等)和可用於合成本文所述RNAi構建體的保護基團方法(保護和去保護)為本領域已知的且包括例如以下中描述的那些:R. Larock, Comprehensive Organic Transformations [全面有機轉換], VCH Publishers [VCH出版社] (1989);T. W. Greene和P. G. M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis [有機合成中的保護基團], 第2版, John Wiley and Sons [約翰威立父子公司], (1991);L. Fieser和M. Fieser, Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis [費塞爾和用於有機合成的費塞爾試劑], John Wiley and Sons [約翰威立父子公司] (1994);以及L. Paquette編輯, Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis [有機合成試劑百科全書], John Wiley and Sons [約翰威立父子公司] (1995),及其後續版本。RNAi構建體的定製合成還可自若干商業供應商處獲得,包括Dharmacon公司(Dharmacon, Inc.)(拉斐特,科羅拉多州)、Axo實驗室股份有限公司(AxoLabs GmbH)(庫爾姆巴赫,德國)和Ambion公司(Ambion, Inc.)(福斯特城,加利福尼亞州)。
本發明之RNAi構建體可包含配位基。如本文使用的,「配位基」係指能夠與另一種化合物或分子直接地或間接地相互作用的任何化合物或分子。配位基與另一種化合物或分子的相互作用會引起生物反應(例如引發訊息傳遞級聯反應、誘導受體介導的內吞作用)或者僅僅是物理結合。配位基可以修改所附接的雙股RNA分子的一種或多種特性,例如RNA分子的藥效學、藥動學、結合、吸收、細胞分佈、細胞攝取、電荷和/或清除特性。
配位基可包括血清蛋白(例如,人血清白蛋白、低密度脂蛋白、球蛋白)、膽固醇部分、維生素(生物素、維生素E、維生素B
12)、葉酸部分、類固醇、膽汁酸(例如膽酸)、脂肪酸(例如,棕櫚酸、肉豆蔻酸)、碳水化合物(例如,右旋糖酐、支鏈澱粉、甲殼素、殼聚糖、菊粉、環糊精或透明質酸)、糖苷、磷脂、或者抗體或其結合片段(例如將RNAi構建體靶向到特定細胞類型(如肝臟)的抗體或其結合片段)。配位基的其他實例包括染料、插入劑(例如吖啶)、交聯劑(例如補骨脂素、絲裂黴素C)、卟啉(TPPC4、得克薩卟啉(Texaphyrin)、Sapphyrin)、多環芳烴(例如吩𠯤、二氫吩𠯤)、人工核酸內切酶(例如EDTA)、親脂性分子(例如金剛烷乙酸、1-芘丁酸、二氫睾酮、1,3-雙-O(十六烷基)甘油、牻牛兒基氧基己基、十六烷基甘油、冰片、薄荷醇、1,3-丙二醇、十七烷基、O3-(油醯基)石膽酸、O3-(油醯基)膽烯酸、二甲氧基三苯甲基或吩㗁𠯤)、肽(例如黑腹果蠅觸足肽、Tat肽、RGD肽)、烷化劑、聚合物(如聚乙二醇(PEG)(例如PEG-40K))、聚胺基酸和聚胺(例如精胺、亞精胺)。
在某些實施方式中,配位基具有內體溶解特性。內體溶解配位基促進內體裂解和/或本發明之RNAi構建體或其組分自細胞的內體轉運到細胞質。內體溶解配位基可以是顯示pH依賴性膜活性和融合性的多聚陽離子肽或肽模擬物。在一個實施方式中,內體溶解配位基在內體pH下呈現其活性構象。「活性」構像係其中內體溶解配位基促進內體的溶解和/或本發明之RNAi構建體或其組分從內體到細胞質的轉運的構象。示例性的內體溶解配位基包括GALA肽(Subbarao等人, Biochemistry [生物化學], 第26卷: 2964-2972, 1987)、EALA肽(Vogel等人, J. Am. Chem. Soc. [美國化學社雜誌] 第118卷: 1581-1586, 1996)、及它們的衍生物(Turk等人, Biochem. Biophys. Acta [生物化學與生物物理學學報], 第1559卷: 56-68, 2002)。在一個實施方式中,內體溶解組分可含有化學基團(例如胺基酸),其響應於pH的變化將經歷電荷或質子化的變化。內體溶解組分可為直鏈或支鏈的。
在一些實施方式中,配位基包含脂質或其他疏水分子。在一個實施方式中,配位基包含膽固醇部分或其他類固醇。曾有報導膽固醇軛合寡核苷酸比它們的未軛合寡核苷酸更具活性(Manoharan, Antisense Nucleic Acid Drug Development [反義核酸藥物開發], 第12卷: 103-228, 2002)。包含膽固醇部分的配位基和用於軛合至核酸分子的其他脂質也已經描述於美國專利案號7,851,615;7,745,608;和7,833,992,所有該等均藉由引用以其全文特此併入。在另一個實施方式中,配位基包含葉酸部分。與葉酸部分軛合的多核苷酸可以經由經受體介導的胞吞作用途徑被細胞攝取。這類葉酸-多核苷酸軛合物在美國專利案號8,188,247中有描述,該專利特此藉由引用以其全文併入。
在某些實施方式中,希望將本發明之RNAi構建體特異性地遞送至肝細胞以降低mARC1蛋白質在肝中的特異性表現。因此,在某些實施方式中,使用如下文更詳細描述的各種方法使配位基靶向RNAi構建體至肝細胞(例如肝細胞)的特異性遞送。在某些實施方式中,將RNAi構建體靶向至具有配位基的肝細胞,該配位基結合表面表現的去唾液酸糖蛋白受體(ASGR)或其組分(例如ASGR1,ASGR2)。
在一些實施方式中,RNAi構建體可以藉由使用與肝細胞表面上表現的蛋白質結合或相互作用的配位基而特異性靶向肝臟。例如,在某些實施方式中,配位基可包含與在肝細胞上所表現受體(如去唾液酸糖蛋白受體或LDL受體)特異性結合的抗原結合蛋白(例如抗體或其結合片段(例如Fab、scFv))。在一個特定的實施方式中,配位基包含特異性結合ASGR1和/或ASGR2的抗體或其結合片段。在另一個實施方式中,配位基包含特異性結合ASGR1和/或ASGR2的抗體的Fab片段。「Fab片段」由一個免疫球蛋白輕鏈(即輕鏈可變區(VL)和恒定區(CL))以及一個免疫球蛋白重鏈的CH1區和可變區(VH)構成。在另一個實施方式中,配位基包含特異性結合ASGR1和/或ASGR2的抗體的單鏈可變抗體片段(scFv片段)。「scFv片段」包含抗體的VH和VL區,其中該等區存在於單個多肽鏈中,並且視需要在VH和VL區之間包含肽連接子,該肽連接子使Fv能形成所需的抗原結合結構。特異性結合ASGR1的可以用作用於將本發明之RNAi構建體靶向至肝臟的配位基的示例性抗體及其結合片段描述於WIPO公開案號WO 2017/058944中,將其藉由引用以其全文併入本文。特異性結合ASGR1、LDL受體、或其他肝臟表面表現的蛋白質的適用於用作本發明之RNAi構建體中的配位基的其他抗體及其結合片段係可商購的。
在某些實施方式中,配位基包含碳水化合物。「碳水化合物」係指由具有至少6個碳原子的一個或多個單糖單元(可以是線性的、分支的或環狀的)所組成的化合物,其中氧、氮或硫原子鍵合至各碳原子。碳水化合物包括但不限於糖(例如,單糖、二糖、三糖、四糖和含有約4、5、6、7、8或9個單糖單元的寡糖)和多糖,例如澱粉、糖原、纖維素和多糖膠。在一些實施方式中,摻入配位基中的碳水化合物為選自戊糖、己糖或庚糖的單糖和包括此類單糖單元的二糖和三糖。在其他實施方式中,摻入配位基中的碳水化合物為胺基糖,例如半乳糖胺、葡糖胺、N-乙醯基-半乳糖胺和N-乙醯葡糖胺。
在一些實施方式中,配位基包含己糖或己糖胺。己糖可選自葡萄糖、半乳糖、甘露糖、岩藻糖或果糖。己糖胺可選自果糖胺、半乳糖胺、葡糖胺或甘露糖胺。在某些實施方式中,配位基包含葡萄糖、半乳糖、半乳糖胺或葡糖胺。在一個實施方式中,配位基包含葡萄糖、葡糖胺或N-乙醯葡糖胺。在另一個實施方式中,配位基包含半乳糖、半乳糖胺或N-乙醯基-半乳糖胺。在特定實施方式中,配位基包含N-乙醯基-半乳糖胺。包括葡萄糖、半乳糖、和N-乙醯基-半乳糖胺(GalNAc)的配位基在將化合物靶向至肝細胞方面特別有效,因為這類配位基與在肝細胞表面表現的ASGR結合。參見,例如,D’Souza和Devarajan, J. Control Release [控制釋放雜誌], 第203卷: 126-139, 2015。可以摻入本發明之RNAi構建體中的含GalNAc或半乳糖的配位基的實例描述於美國專利案號7,491,805;8,106,022;和8,877,917;美國專利公開案號20030130186;和WIPO公開案號WO 2013166155,所有該等文獻均藉由引用以其全文特此併入。
在某些實施方式中,配位基包含多價碳水化合物部分。如本文使用的,「多價碳水化合物部分」係指包含能夠獨立地與其他分子結合或相互作用的兩個或更多個碳水化合物單元的部分。例如,多價碳水化合物部分包含兩個或更多個由碳水化合物組成的結合結構域,其可以結合兩個或更多個不同分子或同一分子上的兩個或更多個不同位點。碳水化合物部分的化合價表示該碳水化合物部分內的單個結合結構域的數目。例如,關於碳水化合物部分的術語「一價」、「二價」、「三價」和「四價」分別是指具有一個、兩個、三個和四個結合域的碳水化合物部分。多價碳水化合物部分可包含多價乳糖部分、多價半乳糖部分、多價葡萄糖部分、多價N-乙醯基-半乳糖胺部分、多價N-乙醯基-葡糖胺部分、多價甘露糖部分、或多價岩藻糖部分。在一些實施方式中,配位基包含多價半乳糖部分。在其他實施方式中,配位基包含多價N-乙醯基-半乳糖胺部分。在該等和其他實施方式中,多價碳水化合物部分可以是二價、三價或四價的。在此類實施方式中,多價碳水化合物部分可為雙觸角或三觸角的。在一個特定實施方式中,多價N-乙醯基-半乳糖胺部分為三價或四價的。在另一個特定實施方式中,多價半乳糖部分為三價或四價的。用於摻入本發明之RNAi構建體中的示例性含三價和四價GalNAc的配位基在下文詳細描述。
配位基可以直接或間接地附接或軛合到RNAi構建體至RNA分子上。例如,在一些實施方式中,配位基直接共價附接至RNAi構建體的有義股或反義股。在其他實施方式中,配位基經由連接子共價附接至RNAi構建體的有義股或反義股。配位基可以附接到本發明之RNAi構建體的多核苷酸(例如有義股或反義股)的核鹼基、糖部分或核苷酸間鍵。與嘌呤核鹼基或其衍生物的軛合或附接可發生在包括環內和環外原子在內的任何位置。在某些實施方式中,嘌呤核鹼基的2位置、6位置、7位置或8位置附接至配位基。與嘧啶核鹼基或其衍生物的軛合或附接還可發生在任何位置處。在一些實施方式中,嘧啶核鹼基的2位置、5位置和6位置可以附接至配位基。與核苷酸的糖部分的軛合或附接可以發生在任何碳原子處。可以附接至配位基的糖部分的示例性碳原子包括2ʹ、3ʹ、和5ʹ碳原子。1ʹ位置也可以附接至配位基,如在無鹼基核苷酸中。核苷酸間鍵還可以支持配位基附接。對於含磷鍵(例如,磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、胺基磷酸酯等),配位基可直接附接至磷原子或與磷原子鍵合的O、N或S原子上。對於含胺或醯胺的核苷間鍵(例如PNA),配位基可附接至胺或醯胺的氮原子或附接至相鄰碳原子。
在一些實施方式中,配位基可以附接至有義股或反義股的3ʹ或5ʹ端。在某些實施方式中,配位基共價附接至有義股的5ʹ端。在這類實施方式中,配位基附接至有義股的5ʹ-末端核苷酸。在該等和其他實施方式中,配位基係在有義股的5ʹ-末端核苷酸的5ʹ-位置附接。在實施方式中,其中反向無鹼基核苷酸係有義股的5ʹ-末端核苷酸並且經由5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵附接至相鄰核苷酸,該配位基可以在反向無鹼基核苷酸的3ʹ-位置處附接。在其他實施方式中,配位基共價附接至有義股的3ʹ端。例如,在一些實施方式中,配位基附接至有義股的3ʹ-末端核苷酸。在某些這類實施方式中,配位基係在有義股的3ʹ-末端核苷酸的3ʹ-位置附接。在實施方式中,其中反向無鹼基核苷酸係有義股的3ʹ-末端核苷酸並且經由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵附接至相鄰核苷酸,該配位基可以在反向無鹼基核苷酸的5ʹ-位置處附接。在替代性實施方式中,配位基係在有義股的3ʹ端附近附接,但在一個或多個末端核苷酸之前(即在1、2、3或4個末端核苷酸之前)。在一些實施方式中,配位基係在有義股的3ʹ-末端核苷酸的糖的2ʹ-位置附接。在其他實施方式中,配位基係在有義股的5ʹ-末端核苷酸的糖的2ʹ-位置附接。
在某些實施方式中,配位基經由連接子附接至有義股或反義股。「連接子」係使配位基共價連接至RNAi構建體的多核苷酸組分的原子或基團。連接子可為約1至約30個原子的長度、約2至約28個原子的長度、約3至約26個原子的長度、約4至約24個原子的長度、約6至約20個原子的長度、約7至約20個原子的長度、約8至約20個原子的長度、約8至約18個原子的長度、約10至約18個原子的長度、以及約12至約18個原子的長度。在一些實施方式中,連接子可包含雙官能連接部分,其通常包含具有兩個官能基的烷基部分。選擇一個官能基以結合目的化合物(例如RNAi構建體的有義股或反義股),且選擇另一個官能基以基本上結合任何選定基團,例如本文所述之配位基。在某些實施方式中,連接子包含重複單元,例如乙二醇或胺基酸單元的鏈結構或寡聚物。典型地用於雙官能連接部分的官能基的實例包括但不限於用於與親核基團反應的親電子試劑和用於與親電子基團反應的親核試劑。在一些實施方式中,雙官能連接部分包括胺基、羥基、羧酸、硫醇、不飽和度(例如,雙鍵或三鍵)等。
可用於將配位基附接至本發明RNAi構建體中的有義股或反義股的連接子包括但不限於:吡咯啶、8-胺基-3,6-二氧雜辛酸、4-(N-馬來醯亞胺基甲基)環己烷-1-甲酸琥珀醯亞胺酯、6-胺基己酸、經取代的C
1-C
10烷基、經取代的或未經取代的C
2-C
10烯基、或者取代的或未取代的C
2-C
10炔基。此類連接子的合適的取代基包括但不限於羥基、胺基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、鹵素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些實施方式中,連接子為可裂解的。可裂解連接子為在細胞外足夠穩定,但是在進入靶細胞後經裂解以釋放連接子保持在一起的兩個部分的連接子。在一些實施方式中,可裂解連接子在靶細胞中或在第一參考條件下(其可以例如經選擇以模擬或代表細胞內條件)中比在受試者血液中或在第二參考條件下(其可以例如經選擇以模擬或代表在血液或血清中發現的條件)裂解快至少10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍或更多、或至少100倍。
可裂解連接子易受裂解劑影響,例如pH、氧化還原電位或降解分子的存在。通常,裂解劑在細胞內比在血清或血液中更普遍或以更高水平或活性被發現。此類降解劑的實例包括:經選擇用於特定底物或不具有底物特異性的氧化還原劑,包括例如存在於細胞中的氧化或還原酶或還原劑,諸如硫醇,其可藉由還原來使氧化還原可裂解連接子降解;酯酶;可形成酸性環境的內體或藥劑,例如產生pH 5或更低的那些;藉由充當一般酸來使酸可裂解連接子水解或降解的酶、肽酶(可為底物特異性的)、和磷酸酶。
可裂解的連接子可包含對pH敏感的部分。人血清的pH為7.4,而平均細胞內pH略低,範圍為從約7.1-7.3。內體具有更高酸性pH,在5.5-6.0範圍內,且溶酶體具有約5.0的甚至更高酸性pH。一些連接子將具有可裂解基團,其在較佳的pH下裂解,從而將RNA分子自配位基釋放到細胞內,或進入細胞的所需區室。
連接子可包括可由特定酶裂解的可裂解基團。摻入連接子中的可裂解基團的類型可取決於待靶向的細胞。例如,肝靶向配位基可以藉由包括酯基的連接子連接至RNA分子。肝細胞富含酯酶,且因此該連接子在肝細胞中將比在不富含酯酶的細胞類型中更有效地裂解。富含酯酶的其他類型的細胞包括肺、腎皮質和睾丸的細胞。當靶向富含肽酶的細胞(例如肝細胞和滑膜細胞)時,可以使用含有肽鍵的連接子。
通常,可以藉由測試降解劑(或條件)裂解候選連接子的能力來評估候選可裂解連接子的適用性。還期望還測試候選可裂解連接子在血液中或當與其他非靶組織接觸時抵抗裂解的能力。因此,可以確定第一條件與第二條件之間對裂解的相對易感性,其中第一條件經選擇為指示靶細胞中的裂解,而第二條件經選擇為指示其他組織或生物流體(例如血液或血清)中的裂解。評估可以在無細胞系統、細胞、細胞培養物、器官或組織培養物或整個動物中進行。在無細胞或培養條件下進行初步評估且藉由對整個動物進行進一步評估來確認可能是有用的。在一些實施方式中,有用候選連接子在細胞中(或者在被選擇用於模擬細胞內條件的體外條件下)的裂解,與在血液或血清中(或者在模擬細胞外條件的體外條件下)相比,至少快2、4、10、20、50、70或100倍。
在其他實施方式中,使用氧化還原可裂解連接子。氧化還原可裂解連接子在還原或氧化時裂解。可還原裂解基團的實例係二硫連接基團(-S-S-)。為了確定候選可裂解連接子是否係合適的「可還原裂解連接子」或者例如是否適合與特定RNAi構建體和特定配位基一起使用,可以採用本文所述之一種或多種方法。例如,可以藉由與二硫蘇糖醇(DTT)或本領域已知的其他還原劑一起孵育來評估候選連接子,其模擬將在細胞(例如靶細胞)中觀察到的裂解速率。候選連接子還可以在經選擇以模擬血液或血清條件的條件下進行評估。在特定實施方式中,候選連接子在血液中裂解至多10%。在其他實施方式中,有用候選連接子在細胞中(或者在被選擇以模擬細胞內條件的體外條件下)的降解,與在血液中(或者在被選擇以模仿細胞外條件的條件下)相比,至少快2、4、10、20、50、70、或100倍。
在又其他實施方式中,採用被降解或水解磷酸酯基的藥劑裂解的基於磷酸酯的可裂解連接子來將配位基共價附接至RNAi構建體的有義股或反義股。水解細胞中的磷酸酯基團的試劑的實例為酶,例如細胞中的磷酸酶。基於磷酸酯的可裂解基團的實例係-O-P(O)(ORk)-O-、-O-P(S)(ORk)-O-、-O-P(S)(SRk)-O-、-S-P(O) (ORk)-O-、-O-P(O)(ORk)-S-、-S-P(O)(ORk)-S-、-O-P(S)(ORk)-S-、-S-P(S)(ORk)-O-、-O-P(O)(Rk)-O-、-O-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-O-、-S-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-S-、和-O-P(S)(Rk)-S-,其中Rk可以是氫或C
1-C
10烷基。特定實施方式包括-O-P(O)(OH)-O-、-O-P(S)(OH)-O-、-O-P(S)(SH)-O-、-S-P(O)(OH)-O-、-O-P(O)(OH)-S-、-S-P(O)(OH)-S-、-O-P(S)(OH)-S-、-S-P(S)(OH)-O-、-O-P(O)(H)-O-、-O-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-O-、-S-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-S-、和-O-P(S)(H)-S-。另一具體實施方式為-O-P(O)(OH)-O-。該等候選連接子可以使用與上述那些類似之方法評估。
在其他實施方式中,連接子可包含酸可裂解基團,該等基團為在酸性條件下裂解的基團。在一些實施方式中,酸可裂解基團在pH為約6.5或更低(例如,約6.0、5.5、5.0或更低)的酸性環境中裂解,或藉由試劑諸如可充當一般酸的酶裂解。在細胞中,特定的低pH細胞器,例如內體和溶酶體,可以為酸可裂解基團提供裂解環境。酸可裂解連接基團的實例包括但不限於腙、酯和胺基酸酯。酸可裂解基團可具有通式-C=NN-、C(O)O或-OC(O)。當附接至酯的氧(烷氧基)的碳係芳基時,特定實施方式係經取代的烷基或三級烷基(如二甲基、戊基或三級丁基)。該等候選物可以使用與上述那些類似之方法評估。
在其他實施方式中,連接子可包含基於酯的可裂解基團,該等基團藉由細胞中的酶,例如酯酶和醯胺酶來裂解。基於酯的可裂解基團的實例包括但不限於伸烷基、伸烯基和伸炔基的酯。酯可裂解基團具有通式-C(O)O-或-OC(O)-。該等候選連接子可以使用與上述那些類似之方法評估。
在其他實施方式中,連接子可以包含基於肽的可裂解基團,該等基團藉由細胞中的酶,例如肽酶和蛋白酶來裂解。基於肽的可裂解基團為在胺基酸之間形成的肽鍵,以產生寡肽(例如,二肽、三肽等)和多肽。基於肽的可裂解基團包括醯胺基(-C(O)NH-)。醯胺基可以在任何的伸烷基、伸烯基或伸炔基之間形成。肽鍵為在胺基酸之間形成的特殊類型的醯胺鍵,以產生肽和蛋白質。基於肽的裂解基團通常限於在產生肽的胺基酸和蛋白質之間所形成的肽鍵(即,醯胺鍵)。基於肽的可裂解連接基具有通式-NHCHR
AC(O)NHCHR
BC(O)-,其中R
A和R
B係兩個相鄰胺基酸的側鏈。該等候選物可以使用與上述那些類似之方法評估。
適合於將配位基附接到本發明之RNAi構建體中的有義股或反義股的其他類型的連接子為本領域已知的,且可以包括以下中描述的連接子:美國專利案號7,723,509;8,017,762;8,828,956;8,877,917;和9,181,551,所有該等均藉由引用以其全文特此併入。
在某些實施方式中,共價附接至本發明之RNAi構建體的有義股或反義股的配位基包含GalNAc部分,例如多價GalNAc部分。在一些實施方式中,多價GalNAc部分係三價GalNAc部分,並且附接至有義股的3ʹ端。在其他實施方式中,多價GalNAc部分係三價GalNAc部分,並且附接至有義股的5ʹ端。在又其他實施方式中,多價GalNAc部分係四價GalNAc部分,並且附接至有義股的3ʹ端。在仍其他實施方式中,多價GalNAc部分係四價GalNAc部分,並且附接至有義股的5ʹ端。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體包含具有以下結構([結構1])的配位基:
在較佳的實施方式中,將具有此結構的配位基經由連接子(諸如本文所述之連接子)共價附接至有義股的5ʹ端(例如附接至有義股的5ʹ末端核苷酸)。在一個實施方式中,連接子係胺基己基連接子。
以下結構式I-IX中提供了可以附接至本發明之RNAi構建體中的雙股RNA分子的示例性三價和四價GalNAc部分和連接子。本文列出的式中的「Ac」代表乙醯基。
在一個實施方式中,RNAi構建體包含具有以下式I的結構的配位基和連接子,其中每個n獨立地是1至3,k係1至3,m係1或2,j係1或2,並且將配位基附接至雙股RNA分子(由實的波浪線表示)的有義股的3ʹ端:
式I
在另一個實施方式中,RNAi構建體包含具有以下式II的結構的配位基和連接子,其中每個n獨立地是1至3,k係1至3,m係1或2,j係1或2,並且將配位基附接至雙股RNA分子(由實的波浪線表示)的有義股的3ʹ端:
式II
硫代磷酸酯鍵可以由式I-IX中任一個所示的磷酸二酯鍵取代,以將配位基和連接子共價附接至核酸股。
本發明還包括藥物組成物和配製物,其包含本文所述之RNAi構建體和藥學上可接受的載體、賦形劑或稀釋劑。此類組成物和配製物可用於在有需要的患者中降低
MARC1基因的表現。當考慮臨床應用時,將以適合於預期應用的形式製備藥物組成物和配製物。通常,這將需要製備基本上不含熱原以及可能對人或動物有害的其他雜質的組成物。
短語「藥學上可接受的」或「藥理學上可接受的」係指在投與於動物或人類時不產生不良反應、過敏反應或其他不利反應的分子實體和組成物。如本文使用的,「藥學上可接受的載體、賦形劑、或稀釋劑」包括可接受的用於配製藥物(如適合於向人投與的藥物)的溶劑、緩衝劑、溶液、分散介質、包衣、抗菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。該等介質和試劑用於藥物活性物質的用途為本領域熟知的。除非任何常規介質或試劑與本發明之RNAi構建體不相容,否則考慮其在治療組成物中的用途。補充的活性成分也可以併入組成物中,只要它們不使組成物的RNAi構建體失去活性。
用於配製藥物組成物的組成物和方法取決於許多標準,包括但不限於投與途徑、待治療的疾病或障礙的類型和程度、或投與劑量。在一些實施方式中,基於預期遞送途徑配製藥物組成物。例如,在某些實施方式中,配製藥物組成物以用於腸胃外遞送。腸胃外遞送形式包括靜脈內、動脈內、皮下、鞘內、腹膜內或肌內注射或輸注。在一個實施方式中,配製藥物組成物以用於靜脈內遞送。在此實施方式中,藥物組成物可包括基於脂質的遞送媒介物。在另一個實施方式中,配製藥物組成物以用於皮下遞送。在這類實施方式中,藥物組成物可包含靶向配位基(例如本文所述之含有GalNAc或含有抗體的配位基)。
在一些實施方式中,藥物組成物包含有效量的本文所述RNAi構建體。「有效量」係足以產生有益或期望的臨床結果的量。在一些實施方式中,有效量係足以減少患者的特定組織或細胞類型(例如肝或肝細胞)中
MARC1基因表現的量。本發明之RNAi構建體的有效量可為約0.01 mg/kg體重至約100 mg/kg體重,且可每日、每週、每月投與或以更長的間隔投與。準確確定有效量和投與頻率可以基於若干因素,包括患者大小、年齡和一般狀況、待治療的障礙類型(例如脂肪肝病、肝纖維化或心血管疾病)、使用的特定RNAi構建體和投與途徑。
投與本發明之藥物組成物可以經由任何常規途徑,只要靶組織可經由該途徑獲得。這類途徑包括但不限於:腸胃外(例如,皮下、肌內、腹膜內或靜脈內)、口腔、鼻腔、頰部、皮內、透皮和舌下途徑、或者藉由直接注射入肝組織中或經過肝門靜脈而遞送。在一些實施方式中,腸胃外投與藥物組成物。例如,在某些實施方式中,靜脈內投與藥物組成物。在其他實施方式中,皮下投與藥物組成物。
膠體分散系統(如大分子複合體、奈米膠囊、微球、珠粒)和基於脂質的系統(包括水包油乳劑、微團、混合微團和脂質體)可用作本發明RNAi構建體的遞送媒介物。適於遞送本發明之核酸的市售脂肪乳劑包括:Intralipid
®(百特國際有限公司(Baxter International Inc.))、Liposyn
®(雅培製藥公司(Abbott Pharmaceuticals))、Liposyn
®II(赫升瑞公司(Hospira))、Liposyn
®III(赫升瑞公司)、Nutrilipid(貝朗醫療公司(B. Braun Medical Inc.))、和其他類似的脂質乳劑。用作體內遞送媒介物的示例性膠體系統係脂質體(即,人工膜囊)。本發明之RNAi構建體可被包封於脂質體內或者可與其形成複合體,特別是陽離子脂質體。可替代地,本發明之RNAi構建體可以與脂質複合,特別是與陽離子脂質複合。合適的脂質和脂質體包括中性(例如,二油醯基磷脂醯乙醇胺(DOPE)、二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼(DMPC)和二棕櫚醯磷脂醯膽鹼(DPPC))、二硬脂醯磷脂醯膽鹼)、及陰性(例如,二豆蔻醯磷脂醯甘油基甘油(DMPG)、和陽離子型(例如,二油醯基四曱基胺基丙基(DOTAP)和二油醯基磷脂醯乙醇胺(DOTMA))。這類膠體分散系統的製備和使用在本領域中是眾所周知的。示例性的配製物還揭露於美國專利案號5,981,505;美國專利案號6,217,900;美國專利案號6,383,512;美國專利案號5,783,565;美國專利案號7,202,227;美國專利案號6,379,965;美國專利案號6,127,170;美國專利案號5,837,533;美國專利案號6,747,014;和WIPO公開案號WO 03/093449。
在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體被完全地封裝於脂質配製物中,例如,以形成SNALP或其他核酸-脂質顆粒。如本文使用的,術語「SNALP」係指穩定的核酸-脂質顆粒。SNALP典型地含有陽離子脂質、非陽離子脂質、和防止顆粒聚集的脂質(例如,PEG-脂質軛合物)。SNALP對於全身應用特別有用,因為它們在靜脈注射後展現出循環壽命延長,並且在遠端部位(例如,與投與部位物理分離的部位)累積。核酸-脂質顆粒典型地具有約50 nm至約150 nm、約60 nm至約130 nm、約70 nm至約110 nm、或約70 nm至約90 nm的平均直徑,且基本上無毒。另外,核酸當存在於核酸-脂質顆粒中時在水溶液中對用核酸酶的降解具有抗性。核酸-脂質顆粒及其製備方法揭露於例如美國專利案號5,976,567;5,981,501;6,534,484;6,586,410;6,815,432;和WIPO公開案號WO 96/40964。
適於可注射使用的藥物組成物包括例如無菌水溶液或分散液和用於臨時製備無菌可注射溶液或分散液的無菌粉末。通常,該等製劑為無菌的且流動到易於注射的程度。製劑在製造和儲存條件下應保持穩定,且應防止微生物諸如細菌和真菌的污染作用。合適的溶劑或分散介質可包含例如水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇、和液體聚乙二醇等)、其合適的混合物、和植物油。恰當流動性可例如藉由使用衣料諸如卵磷脂、在分散液情況下藉由保持所需粒度且藉由使用表面活性劑來保持。對微生物作用的防止可以藉由各種抗細菌劑和抗真菌劑來實現,例如對羥苯甲酸酯、氯丁醇、酚、山梨酸、硫柳汞等。在許多情況下,較佳的是包括等滲劑,例如糖或氯化鈉。藉由在組成物中使用延遲吸收試劑,例如單硬脂酸鋁和明膠,可以實現可注射組成物的延長吸收。
無菌可注射溶液可以藉由將活性化合物按需要以適當量與任何其他成分(例如以上列舉的)一起摻入溶劑中,然後過濾滅菌來製備。通常,藉由將各種滅菌活性成分摻入無菌媒介物中來製備分散液,該無菌媒介物含有基礎分散介質和所需其他成分,例如,如上所列舉的。在用於製備無菌注射溶液的無菌粉末情況下,較佳的製備方法包括真空乾燥和冷凍乾燥技術,該等技術產生一種或多種活性成分加來自其先前無菌過濾溶液的任何其他所需成分的粉末。
本發明之組成物通常可以配製成中性或鹽形式。藥學上可接受的鹽包括例如衍生自無機酸(例如鹽酸或磷酸)或衍生自有機酸(例如乙酸、草酸、酒石酸、苦杏仁酸等)的酸加成鹽(由游離胺基形成)。用游離羧基形成的鹽還可衍生自無機鹼(例如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣或氫氧化鐵)或有機鹼(例如異丙胺、三甲胺、組胺酸、普魯卡因等)。藥學上可接受的鹽詳細描述於Berge等人, J. Pharmaceutical Sciences [藥物科學雜誌], 第66卷: 1-19, 1977。
例如,對於在水溶液中的腸胃外投與,通常將溶液適當地緩衝,且首先例如用足夠鹽水或葡萄糖使液體稀釋劑等滲。此類水溶液可用於例如靜脈內、肌肉內、皮下和腹膜內投與。較佳的是,如熟悉該項技術者已知的,特別是根據本揭露,使用無菌含水介質。舉例說明,可將單劑量溶於1 ml等滲NaCl溶液中,且添加到1000 ml皮下注射液中或在所建議輸注部位注射(參見例如「Remington's Pharmaceutical Sciences [雷明頓製藥科學]」第15版, 第1035-1038頁和第1570-1580頁)。對於人類投與,製劑應符合FDA標準所要求的無菌、產熱原性、一般安全性和純度標準。在某些實施方式中,本發明之藥物組成物包含無菌鹽水溶液和本文所述之RNAi構建體或由其組成。在其他實施方式中,本發明之藥物組成物包含本文所述之RNAi構建體和無菌水(例如注射用水,WFI)或由其組成。在仍其他實施方式中,本發明之藥物組成物包含本文所述之RNAi構建體和磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)或由其組成。
在一些實施方式中,本發明之藥物組成物與用於投與的裝置一起包裝或儲存於該裝置內。用於注射配製物的裝置包括但不限於:注射口、預充式注射器、自動注射器、注射泵、隨身注射器、和注射筆。用於霧化或粉末配製物的裝置包括但不限於吸入器、吹入器、吸氣器等。因此,本發明包括投與裝置,其包含本發明之用於治療或預防一種或多種本文所述疾病或障礙的藥物組成物。
本發明提供了藉由將細胞與本文所述之任何一種RNAi構建體接觸來減少或抑制細胞(例如肝細胞)中
MARC1基因的表現,從而減少或抑制mARC1蛋白質的產生之方法。該細胞可以是體外或體內的。mARC1表現可藉由測量mARC1 mRNA、mARC1蛋白質或另一種與mARC1表現相關的生物標記物的量或水平來評估,該生物標記物諸如膽固醇、LDL膽固醇或肝酶(諸如丙胺酸轉胺酶(ALT))的血清水平。可以相對於未用RNAi構建體處理或用對照RNAi構建體處理的細胞或動物中的mARC1表現來確定用本發明之RNAi構建體處理的細胞或動物中的mARC1表現的降低。例如,在一些實施方式中,藉由以下步驟來評估mARC1表現的降低:(a) 測量用本發明之RNAi構建體處理的肝細胞中的mARC1 mRNA的量或水平、(b) 測量用對照RNAi構建體(例如,針對未在肝細胞中表現的RNA分子的RNAi構建體或具有無義或亂序序列的RNAi構建體)處理或不用構建體處理的肝細胞中的mARC1 mRNA的量或水平、和 (c) 比較來自 (a) 中的經處理細胞的經測量mARC1 mRNA水平與來自 (b) 中的對照細胞的經測量mARC1 mRNA水平。在比較之前,可將處理細胞和對照細胞中的mARC1 mRNA水平相對於對照基因(例如18S核糖體RNA或管家基因)的RNA水平歸一化。mARC1 mRNA水平可藉由多種方法測量,包括Northern印跡分析、核酸酶保護測定、螢光原位雜交(FISH)、逆轉錄酶(RT)-PCR、即時RT-PCR、定量PCR、液滴數位PCR等。
在其他實施方式中,藉由以下步驟來評估mARC1表現的降低:(a) 測量用本發明之RNAi構建體處理的肝細胞中的mARC1蛋白質的量或水平、(b) 測量用對照RNAi構建體(例如,針對未在肝細胞中表現的RNA分子的RNAi構建體或具有無義或亂序序列的RNAi構建體)處理或不用構建體處理的肝細胞中的mARC1蛋白質的量或水平、和 (c) 比較來自 (a) 中的經處理細胞的經測量mARC1蛋白質水平與來自 (b) 中的對照細胞的經測量mARC1蛋白質水平。測量mARC1蛋白質水平之方法為熟悉該項技術者已知,包括免疫印跡、免疫測定(例如ELISA)和流動式細胞測量術。任何能夠測量mARC1 mRNA或mARC1蛋白質之方法可用於評估本發明之RNAi構建體的功效。
在一些實施方式中,評估mARC1表現水平之方法在體外在天然表現mARC1的細胞(例如肝細胞)或已經工程化以表現mARC1的細胞中進行。在某些實施方式中,該等方法在體外在肝細胞中進行。合適的肝細胞包括但不限於:原代肝細胞(例如人或非人靈長類動物的肝細胞)、HepAD38細胞、HuH-6細胞、HuH-7細胞、HuH-5-2細胞、BNLCL2細胞、Hep3B細胞或HepG2細胞。在一個實施方式中,肝細胞為HuH-7細胞。在另一個實施方式中,肝細胞為人原代肝細胞。在又另一個實施方式中,肝細胞為Hep3B細胞。
在其他實施方式中,評估mARC1表現水平之方法在體內進行。RNAi構建體和任何對照RNAi構建體可以投與至動物且在治療後,在自動物收穫的肝組織中評估mARC1 mRNA或mARC1蛋白質水平。可替代地或另外地,可以在經治療的動物中評估與mARC1表現相關的生物標記物或功能表型。例如,
MARC1功能喪失變體與血清總膽固醇、LDL膽固醇和肝酶水平降低有關(參見Emdin等人, PLoS Genet [PLoS遺傳學], 第16卷 (4): e1008629, 2020)。因此,可以在使用本發明RNAi構建體治療的動物中測量膽固醇、LDL膽固醇或肝酶(例如ALT)的血清或血漿水平,以評估降低mARC1表現的功能功效。用於測量血清或血漿膽固醇或酶水平的示例性方法描述於實例1、4和5中。
在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體將mARC1 mRNA或蛋白質在肝細胞中的表現降低了至少40%、至少45%、或至少50%。在一些實施方式中,本發明之RNAi構建體將mARC1 mRNA或蛋白質在肝細胞中的表現降低了至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、或至少85%。在其他實施方式中,本發明之RNAi構建體將mARC1 mRNA或蛋白質在肝細胞中的表現降低了約90%或更多,例如91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或更多。mARC1表現的降低百分比可藉由本文所述之任何方法以及本領域已知的其他方法測量。
本發明提供用於在有需要的患者中降低或抑制
MARC1基因的表現並由此降低mARC1蛋白質的產生之方法,以及治療或預防與mARC1表現或活性相關的病症、疾病或障礙之方法。「與mARC1表現相關的病症、疾病或障礙」係指其中mARC1表現水平發生改變或mARC1表現水平升高與發展病症、疾病或障礙的風險增加相關的病症、疾病或障礙。與mARC1表現相關的病症、疾病或障礙也可包括由脂蛋白代謝異常變化導致的病症、疾病或障礙,諸如導致膽固醇、脂質、甘油三酯等水平異常或升高或該等分子的清除障礙的變化。最近的遺傳學研究報告了
MARC1基因的功能喪失變體與降低的血液膽固醇和肝酶水平、降低的肝臟脂肪和肝硬化保護之間的關聯(Spracklen等人, Hum Mol Genet. [人類分子遺傳學], 第26卷 (9): 1770-178, 2017;Emdin等人, bioRxiv 594523;//doi.org/10.1101/594523, 2019;和Emdin等人, PLoS Genet [PLoS遺傳學], 第16卷(4): e1008629, 2020)。參見Emdin等人, bioRxiv 594523;//doi.org/10.1101/594523, 2019;和Emdin等人, PLoS Genet [PLoS遺傳學], Vol. 16 (4): e1008629, 2020)。因此,在某些實施方式中,本發明之RNAi構建體對於治療或預防脂肪肝病(例如NAFLD和NASH)和心血管疾病(例如冠狀動脈疾病和心肌梗死)以及降低肝纖維化和血清膽固醇水平特別有用。
根據本發明之方法可治療或預防的與mARC1表現相關的病症、疾病和障礙包括但不限於脂肪肝病,諸如酒精性脂肪肝病、酒精性脂肪性肝炎、NAFLD和NASH;慢性肝病;肝硬化;心血管疾病,諸如心肌梗死、心臟衰竭、中風(缺血性和出血性)、動脈粥樣硬化、冠狀動脈疾病、外周血管疾病(例如外周動脈疾病)、腦血管疾病、易損斑塊和主動脈瓣狹窄;家族性高膽固醇血症;靜脈血栓形成;高膽固醇血症;高脂血症;和血脂異常(表現為例如,總膽固醇升高、低密度脂蛋白(LDL)升高、非常低密度脂蛋白(VLDL)升高、甘油三酯升高、和/或高密度脂蛋白(HDL)的低水平)。
在某些實施方式中,本發明提供一種用於在有需要患者中降低mARC1蛋白質表現之方法,其包括向該患者投與本文所述之任何RNAi構建體。如本文所用,術語「患者」係指哺乳動物,包括人,且可與術語「受試者」互換使用。較佳的是,與未接受該RNAi構建體的患者中的mARC1表現水平或與投與該RNAi構建體之前患者中的mARC1表現水平相比,在投與RNAi構建體後,患者肝細胞中的mARC1表現水平降低。在一些實施方式中,在投與本發明之RNAi構建體之後,患者中的mARC1表現減少至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少為55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、或至少90%,例如91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%。mARC1表現的降低百分比可藉由本文所述之任何方法以及本領域已知的其他方法測量。在某些實施方式中,根據本文所述之方法,藉由評估患者中的血清或血漿生物標記物水平(諸如總膽固醇、LDL膽固醇或肝酶(例如ALT)水平)來確定mARC1表現的減少百分比。
在一些實施方式中,需要減少mARC1表現的患者係有患心肌梗死的風險的患者。有患心肌梗死的風險的患者可能是有心肌梗死病史的患者(例如,以前患過心肌梗死)。有患心肌梗死的風險的患者也可能是有心肌梗死家族史或有一個或多個心肌梗死風險因素的患者。此類風險因素包括但不限於高血壓、非HDL膽固醇水平升高、甘油三酯水平升高、糖尿病、肥胖、或自體免疫性疾病(例如類風濕性關節炎、狼瘡)史。在一個實施方式中,有患心肌梗死的風險的患者係患有或被診斷出冠狀動脈疾病的患者。藉由向患者投與本文所述之任何RNAi構建體,可以降低該等和其他患者的心肌梗死的風險。因此,本發明提供了一種用於降低有需要的患者中的心肌梗死的風險之方法,其包括向該患者投與本文所述之RNAi構建體。在一些實施方式中,本發明包括本文所述之任何RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中降低心肌梗死的風險的藥物中的用途。在其他實施方式中,本發明提供了在用於在有需要的患者中降低心肌梗死的風險之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。
在某些實施方式中,需要減少mARC1表現的患者係診斷出心血管疾病或有患心血管疾病的風險的患者。因此,本發明包括藉由投與本發明之任何RNAi構建體治療或預防有需要的患者的心血管疾病之方法。在一些實施方式中,本發明包括本文所述之任何RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療或預防心血管疾病的藥物中的用途。在其他實施方式中,本發明提供了在用於在有需要的患者中治療或預防心血管疾病之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。心血管疾病包括但不限於心肌梗死、心臟衰竭、中風(缺血性和出血性)、動脈粥樣硬化、冠狀動脈疾病、外周血管疾病(例如外周動脈疾病)、腦血管疾病、易損斑塊和主動脈瓣狹窄。在一些實施方式中,根據本發明之方法治療或預防的心血管疾病係冠狀動脈疾病。在其他實施方式中,根據本發明之方法治療或預防的心血管疾病係心肌梗死。在又其他實施方式中,根據本發明之方法治療或預防的心血管疾病係中風。在仍其他實施方式中,根據本發明之方法治療或預防的心血管疾病係外周動脈疾病。在某些實施方式中,投與本文所述RNAi構建體降低了心臟病患者發生非致命性心肌梗死、致命性和非致命性中風、某些類型的心臟手術(例如血管成形術、搭橋術)、心臟衰竭住院、胸痛的風險,和/或已確定心臟病患者的心血管事件(例如,既往心肌梗死、既往心臟手術和/或有動脈阻塞的跡象的胸痛)。在一些實施方式中,根據本發明之方法投與本文所述之RNAi構建體可用於降低復發性心血管事件的風險。
在一些實施方式中,根據本發明之方法待治療的患者係具有易損斑塊(也稱為不穩定斑塊)的患者。易損斑塊係巨噬細胞和主要含有膽固醇的脂質的堆積,位於動脈壁內皮襯裡下方。該等易損斑塊會破裂,導致形成血塊,從而可能會阻礙動脈血液流動,導致心肌梗死或中風。易損斑塊可藉由本領域已知之方法鑒定,包括但不限於血管內超音波和電腦斷層掃描(參見Sahara等人, European Heart Journal [歐洲心臟雜誌], 第25卷: 2026-2033, 2004;Budhoff, J. Am. Coll. Cardiol. [美國心臟病學會雜誌], 第48卷: 319-321, 2006;Hausleiter等人, J. Am. Coll. Cardiol. [美國心臟病學會雜誌], 第48卷: 312-318, 2006)。
在其他實施方式中,需要降低mARC1表現的患者係血液膽固醇水平(例如總膽固醇、非HDL膽固醇或LDL膽固醇)升高的患者。因此,在一些實施方式中,本發明提供了用於在有需要的患者中降低血液膽固醇水平(例如,血清或血漿)之方法,其包括向該患者投與本文所述之任何RNAi構建體。在一些實施方式中,本發明包括本文所述之任何RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中降低血液膽固醇水平(例如血清或血漿)的藥物中的用途。在其他實施方式中,本發明提供了在用於在有需要的患者中降低血液膽固醇水平(例如血清或血漿)之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。在某些實施方式中,根據本發明方法降低的膽固醇為LDL膽固醇。在其他實施方式中,根據本發明方法降低的膽固醇為非HDL膽固醇。非HDL膽固醇係所有含膽固醇的促動脈粥樣硬化脂蛋白的量度,包括LDL膽固醇、極低密度脂蛋白、中密度脂蛋白、脂蛋白(a)、乳糜微粒和乳糜微粒殘餘物。據報導,非HDL膽固醇係心血管風險的良好預測因子(Rana等人, Curr. Atheroscler. Rep. [動脈粥樣硬化通訊], 第14卷: 130-134, 2012)。非HDL膽固醇水平可以藉由從總膽固醇水平中減去HDL膽固醇水平來計算。
在一些實施方式中,待根據本發明之方法治療的患者係具有升高的非HDL膽固醇水平(例如,升高的血清或血漿非HDL膽固醇水平)的患者。理想情況下,任何給定患者的非HDL膽固醇水平應比LDL膽固醇水平的目標高出約30 mg/dL。在特定實施方式中,如果患者具有約130 mg/dL或更大的非HDL膽固醇水平,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在一個實施方式中,如果患者具有約160 mg/dL或更大的非HDL膽固醇水平,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在另一個實施方式中,如果患者具有約190 mg/dL或更大的非HDL膽固醇水平,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在仍另一個實施方式中,如果患者具有約220 mg/dL或更大的非HDL膽固醇水平,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在某些實施方式中,根據2013 ACC/AHA心血管風險評估指南,如果患者有患心血管疾病的高風險或極高風險(Goff等人, ACC/AHA guideline on the assessment of cardiovascular risk: a report of the American College of Cardiology/American Heart Association Task Force on Practice Guidelines [ACC/AHA心血管風險評估指南: 美國心臟病學會/美國心臟協會實踐指南工作組的一份報告]. J Am Coll Cardiol [美國心臟病學會雜誌], 第63卷: 2935-2959, 2014)且具有約100 mg/dL或更大的非HDL膽固醇水平,則向患者投與本發明之RNAi構建體。
在本發明方法的某些實施方式中,根據2013 ACC/AHA心血管風險評估指南,如果患者有患心血管疾病的中等風險或更高風險,則向患者投與本文所述之RNAi構建體(本文稱為「2013指南」)。在某些實施方式中,如果該患者的LDL膽固醇水平大於約160 mg/dL,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在其他實施方式中,如果患者的LDL膽固醇水平大於約130 mg/dL且根據2013年指南,患者有患心血管疾病的中等風險,則向患者投與本發明之RNAi構建體。在仍其他實施方式中,如果患者的LDL膽固醇水平大於100 mg/dL且根據2013年指南,該患者有患心血管疾病的高風險或極高風險,則向患者投與本發明之RNAi構建體。
在其他實施方式中,需要降低mARC1表現的患者係診斷出脂肪肝病或有患脂肪肝病的風險的患者。因此,本發明包括用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病或減少發展脂肪肝病的風險之方法,其包括向該患者投與本發明之任何RNAi構建體。在一些實施方式中,本發明包括本文所述之任何RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病或減少發展脂肪肝病的風險的藥物中的用途。在其他實施方式中,本發明提供了在用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病或減少發展脂肪肝病的風險之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。脂肪肝病係脂肪在肝臟中積聚的病症。有兩種主要類型的脂肪肝病:第一類與大量飲酒有關(酒精性脂肪性肝炎),第二類與飲酒無關(非酒精性脂肪肝病(NAFLD))。NAFLD的典型特徵在於肝臟中存在脂肪積聚,但很少或沒有炎症或肝細胞損傷。NAFLD可以進展到非酒精性脂肪性肝炎(NASH),其特徵在於肝臟炎症和細胞損傷,兩者又可以導致肝纖維化且最終肝硬化或肝癌。在某些實施方式中,待根據本發明方法治療、預防或減少發展風險的脂肪肝病係NAFLD。在其他實施方式中,待根據本發明方法治療、預防或減少發展風險的脂肪肝病係NASH。在仍其他實施方式中,待根據本發明方法治療、預防或減少發展風險的脂肪肝病係酒精性脂肪性肝炎。在一些實施方式中,需要根據本發明之方法治療或預防脂肪肝病的患者或有發展脂肪肝病的風險的患者已被診斷出2型糖尿病、代謝失調或肥胖(例如體重指數 ≥ 30.0)。在其他實施方式中,需要根據本發明之方法治療或預防脂肪肝病的患者或有發展脂肪肝病的風險的患者具有升高的非HDL膽固醇或甘油三酯水平。取決於特定患者和患者可能具有的其他風險因素,升高的非HDL膽固醇水平可能為約130 mg/dL或更高、約160 mg/dL或更高、約190 mg/dL或更高、或約220 mg/dL或更高。升高的甘油三酯水平可以是約150 mg/dL或更大、約175 mg/dL或更大、約200 mg/dL或更大、或約250 mg/dL或更大。
在某些實施方式中,需要減少mARC1表現的患者係診斷出肝纖維化或肝硬化或者有患肝纖維化或肝硬化的風險的患者。因此,本發明涵蓋用於在有需要的患者中治療、預防或減少肝纖維化之方法,其包括向該患者投與本發明之任何RNAi構建體。在一些實施方式中,本發明包括本文所述之任何RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療、預防或減少肝纖維化的藥物中的用途。在其他實施方式中,本發明提供了在用於在有需要的患者中治療、預防或減少肝纖維化之方法中使用的mARC1靶向RNAi構建體。在一些實施方式中,有發展肝臟纖維化或肝硬化的風險的患者被診斷出NAFLD。在其他實施方式中,有發展肝臟纖維化或肝硬化的風險的患者被診斷出NASH。在又其他實施方式中,有發展肝臟纖維化或肝硬化的風險的患者被診斷出酒精性脂肪性肝炎。在仍其他實施方式中,有發展肝臟纖維化或肝硬化的風險的患者被診斷出肝炎。在某些實施方式中,投與本發明之RNAi構建體預防或延遲患者肝硬化的發展。
以下實例,包括所進行的實驗和所實現的結果,僅用於說明目的,且不應解釋為限制所附請求項之範疇。
實例 實例 1. Ob/Ob 動物中 mARC1 表現的抑制調節脂質水平
遺傳學研究報告了
MARC1基因的A165T誤義突變與血清低密度脂蛋白(LDL)-膽固醇和總膽固醇水平降低之間的關聯(Spracklen等人, Hum Mol Genet. [人類分子遺傳學], 第26卷 (9): 1770-178, 2017;Emdin等人, bioRxiv 594523;//doi.org/10.1101/594523, 2019;和Emdin等人, PLoS Genet [PLoS遺傳學], 第16卷 (4): e1008629, 2020)。該突變以及
MARC1基因的其他功能喪失變體最近也與較低的肝脂肪水平、降低的肝酶水平和降低的肝硬化風險相關起來(Emdin等人, 2019和Emdin等人, 2020)。為了評估抑制mARC1表現是否可以降低在
MARC1A165T變體等位基因的人載體中觀察到的血清膽固醇水平,向老年肥胖小鼠(ob/ob)投與靶向小鼠
Marc1基因的siRNA分子或對照siRNA分子。Ob/ob小鼠肥胖且脂質水平升高,因此該等小鼠常被用作II型糖尿病和其他代謝失調的模型。
18-20週齡的雄性ob/ob動物(傑克遜實驗室(The Jackson Laboratory))餵食標準飼料(Harlan,2020 × Teklad global無大豆蛋白膨化齧齒動物飼料)。藉由皮下注射,小鼠以3 mg/kg體重接受單獨緩衝液(磷酸鹽緩衝鹽水)(n = 8)、在0.2 ml緩衝液中的mARC1靶向siRNA(雙鏈編號D-1000;n = 8)或對照siRNA(雙鏈編號D-1002;n = 8),每兩週一次,持續六週。合成siRNA分子且將其與三價GalNAc部分(式VII所示結構)軛合,如下實例2中所述。每種siRNA分子的結構提供在下表1和2中。動物禁食且在第6週收穫以用於進一步分析。將來自收穫的動物的肝臟總RNA用於qPCR分析,並藉由臨床分析儀(AU400化學分析儀,奧林巴斯公司(Olympus))測量血清參數。首先將每個肝臟樣本中的mRNA水平相對於18S核糖體RNA水平歸一化,且然後與單獨緩衝液組中的表現水平進行比較。在單獨緩衝液組中,數據表示為相對過表現倍數。肝組織均質化並用異丙醇提取以測量總膽固醇和總甘油三酯(賽默飛世爾公司(ThermoFisher),Infinity膽固醇和Infinity甘油三酯試劑)。所有動物飼養條件和研究方案均由安進機構動物護理和使用委員會(IACUC)批准。小鼠被安置在指定的無病原體、AAALAC、Intl認證的在通風微型隔離器中的設施中。在12 : 12的黑暗 : 光週期下,對程序和安置室進行正向加壓和調節。所有動物都藉由自動澆水系統隨意接受反滲透純化水。
與僅接受緩衝液注射的動物相比,用mARC1靶向siRNA治療的動物表現出肝臟中的mARC1表現減少大約80%(圖2A)。由於mARC2 mRNA的肝臟表現不受影響,siRNA分子降低mARC1表現係特異性的(圖2B)。mARC1靶向siRNA治療降低血清高密度脂蛋白(HDL)、LDL和總膽固醇水平以及丙胺酸轉胺酶(ALT)和C反應蛋白(CRP)的血清水平(圖3A-3H)。接受mARC1靶向siRNA的ob/ob動物中的肝臟甘油三酯水平也降低(圖4A和4B)。與該動物模型中的緩衝液注射動物相比,接受mARC1靶向siRNA的動物的肝纖維化基因表現沒有顯著改變(數據未顯示)。
該系列實驗的結果顯示,用mARC1靶向siRNA分子特異性抑制肝臟中的mARC1表現降低了血清膽固醇、LDL膽固醇、ALT水平和肝甘油三酯,證明mARC1在肝細胞中的脂質調節中的因果作用。在用mARC1靶向siRNA治療的ob/ob動物中觀察到的血清膽固醇、LDL膽固醇和ALT水平的降低與在
MARC1A165T變體等位基因的人載體中觀察到的該等分析物水平的降低一致。因此,用siRNA分子(諸如本文所述之那些)抑制mARC1表現可用於降低高膽固醇血症或高脂血症患者的膽固醇和甘油三酯水平,且可用於治療其他肝臟障礙,諸如非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪性肝炎、酒精性脂肪肝病、酒精性脂肪性肝炎、肝纖維化和肝硬化。
實例 2. mARC1 siRNA 分子的設計和合成
利用對人
MARC1轉錄物的生物資訊學分析,確定了用於設計靶向人
MARC1基因的治療性siRNA分子的候選序列,其序列在本文中作為SEQ ID NO: 1提供(Ensembl轉錄物編號ENST 00000366910.9;見圖1)。使用內部siRNA設計演算法分析序列,如果滿足某些標準,則選擇。生物資訊學分析分兩階段進行。在第一階段,評估序列的各種特徵,包括與石蟹獼猴
MARC1轉錄物的交叉反應性(石蟹獼猴(
Macaca fascicularis);NCBI參考序號:XR_001490722.1、XR_001490722.1、XR_001490723.1、XR_001490726.1、XR_273285.2、XM_005540901.2、XR_273286.2、XM_005540898.2和XM_005540899.2),與其他人、石蟹獼猴和齧齒動物基因序列的序列同一性,以及與已知人單核苷酸多態性的重疊。在第二階段,調整選擇標準,以包括僅對人
MARC1轉錄物具有特異性的序列,且評估序列的種子區與人微RNA(miRNA)序列的匹配情況,以預測脫靶效應。基於生物資訊學分析的結果,選擇665個序列用於初始合成和體外測試。
使用固相亞磷醯胺化學方法合成RNAi構建體。在MerMade12或MerMade192X(生物自動化公司)儀器上進行合成。將各種化學修飾,包括2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、反向核苷酸和硫代磷酸酯核苷酸間鍵,併入分子中。當在無突出端的情況下(雙平端物)或在反義股和/或有義股的3ʹ端處具有2個核苷酸的一個或兩個突出端的情況下退火時,RNAi構建體通常被格式化為具有19-21個鹼基對的雙股體。對於體內研究,如下進一步所述,將RNAi構建體的有義股與三價N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部分軛合。
材料
乙腈(DNA合成分級,AXO152-2505,EMD)
封端試劑A(80 : 10 : 10(v/v/v)四氫呋喃/二甲基吡啶/醋酸酐,BIO221/4000,EMD)
封端試劑B(16% 1-甲基咪唑/四氫呋喃,BIO345/4000,EMD)
活化劑溶液(乙腈中的0.25 M的5-(乙硫基)-1H-四唑(ETT),BIO152/0960,EMD)
脫三苯甲基試劑(二氯甲烷中的3%的二氯乙酸,BIO830/4000,EMD)
氧化試劑(70 : 20 : 10(v/v/v)四氫呋喃/吡啶/水中的0.02 M的碘,BIO420/4000,EMD)
二乙胺溶液(乙腈中的20%的DEA,NC0017-0505,EMD)
巰基化試劑(在吡啶中的0.05 M的5-N-[(二甲基胺基)亞甲基]胺基-3H-1,2,4-二噻唑-3-硫酮(BIOSULII/160K))
5ʹ-胺基己基連接子亞磷醯胺和腺苷、鳥苷和胞嘧啶的2ʹ-甲氧基和2ʹ-氟亞磷醯胺(賽默飛世爾科技公司(Thermo Fisher Scientific)),經Molecular Trap Packs(0.5 g/30 mL,生物自動化公司(Bioautomation))的乙腈中的0.10 M
2ʹ-甲氧基-尿苷磷醯胺(賽默飛世爾科技公司),經Molecular Trap Packs(0.5 g/30 mL,生物自動化公司)的90 : 10(v/v)乙腈/DMF中的0.10 M
2ʹ-去氧-反向無鹼基磷醯胺(化學基因公司(ChemGenes)),經Molecular Trap Packs(0.5 g/30 mL,生物自動化公司)的乙腈中的0.10 M
CPG Support(Hi-Load Universal Support,500A(BH5-3500-G1),79.6 μmol/g,0.126 g(10 μmol))或1 μmol通用合成柱,500A,Pipette Style Body(MM5-3500-1,生物自動化公司)
氫氧化銨(濃縮的,吉提貝可公司)
合成
將試劑溶液、亞磷醯胺溶液和溶劑附接到MerMade12或MerMade192X儀器上。將固體支持物添加至每個柱(具有頂部和底部玻璃料的4 mL SPE管,為10 μmol),且將柱固定到儀器上。將柱用乙腈洗滌兩次。沖洗亞磷醯胺和試劑溶液管線。使用Poseidon軟體開啟合成。藉由重複去保護/偶合/氧化/封端合成循環來完成合成。特別地,向固體支持物中添加脫三苯甲基試劑以除去5ʹ-二甲氧基三苯甲基(DMT)保護基。用乙腈洗滌固體支持物。向該支持物中添加亞磷醯胺和活化劑溶液,然後孵育以使進入的核苷酸與游離的5’-羥基偶合。用乙腈洗滌支持物。向該支持物中添加氧化或巰基化試劑,以將亞磷酸三酯轉化為磷酸三酯或硫代磷酸酯。向該支持物中添加封端試劑A和B以終止任何未反應的寡核苷酸鏈。用乙腈洗滌支持物。在最終的反應循環後,用二乙胺溶液洗滌樹脂以除去2-氰基乙基保護基。將支持物用乙腈洗滌並在真空下乾燥。
GalNAc軛合
用5ʹ-胺基己基連接子製備用於軛合至三價GalNAc部分的有義股(下式VII所示結構)。在自動合成後,將柱從儀器取出並且轉移到罩中的真空歧管中。在真空過濾下,藉由用二氯甲烷(DCM)中的1%三氟乙酸(TFA)的2 mL等分試樣連續處理來從固體支持物上除去5ʹ-單甲氧基三苯甲基(MMT)保護基。當洗脫液中不再觀察到橙色/黃色時,用二氯甲烷洗滌樹脂。用5 mL的N,N-二甲基甲醯胺(DMF)中的10%的二異丙基乙胺洗滌樹脂。在單獨的小瓶中,用1,1,3,3-四甲基鎓四氟硼酸酯(TATU,12.83 mg,40 µmol)和二異丙基乙胺(DIEA,13.9 μL,80 µmol)來製備GalNAc3-Lys2-Ahx(67 mg,40 µmol)在DMF(0.5 mL)中的溶液,其結構和合成在下文描述。將激活的偶合溶液添加至樹脂並且將柱加蓋並在室溫下孵育過夜。將樹脂用DMF,DCM洗滌,並在真空下乾燥。
裂解
將合成柱從合成器或真空歧管中移除,並轉移到裂解裝置中。向固體支持物中添加4 x 1 mL(針對10 μmol)或4 x 250 μL(針對1 μmol)濃氫氧化銨。藉由重力或輕真空過濾將洗脫液分別收集到24孔或96孔深孔板中。將板密封,用螺栓緊固到裂解卡盤(生物自動化公司)中,且在55°C下將混合物加熱4 h。將板移到冰箱中冷卻20分鐘,然後打開罩中的裂解卡盤。
分析和純化
分析一部分裂解液並且藉由陰離子交換層析法純化。將合併的級分藉由尺寸排阻層析法脫鹽並且藉由離子對反相高效液相層析-質譜法(HPLC-MS)分析。將合併的級分凍乾以獲得白色無定形粉末。
分析型陰離子交換層析法(AEX):
柱:Thermo DNAPac PA200RS(4.6 x 50 mm,4 μm)
儀器:安捷倫公司(Agilent)1100 HPLC
緩衝液A:20 mM磷酸鈉,10%乙腈,pH 8.5
緩衝液B:20 mM磷酸鈉,10% 乙腈,pH 8.5,1 M溴化鈉
流速:40°C下1 mL/min
梯度:6.2 min內20%-65% B
製備型陰離子交換層析法(AEX):
柱:Tosoh TSK Gel SuperQ-5PW,21 x 150 mm,13 μm
儀器:安捷倫公司1200 HPLC
緩衝液A:20 mM磷酸鈉,10%乙腈,pH 8.5
緩衝液B:20 mM磷酸鈉,10%乙腈,pH 8.5,1 M溴化鈉
流速:8 mL/min
注射體積:5 mL
梯度:35%-55% B經40分鐘用於有義股,50%-100% B經40分鐘用於反義股
製備型尺寸排阻層析法(SEC):
柱:3 x GE Hi-Prep 26/10串聯
儀器:GE AKTA Pure
緩衝液:水中的20%的乙醇
流速:10 mL/min
注射體積:45 mL(使用樣本裝載泵)
離子對反相(IP-RP)HPLC:
柱:Water Xbridge BEH OST C18,2.5 μm,2.1 x 50 mm
儀器:安捷倫公司1100 HPLC
緩衝液A:15.7 mM DIEA,水中的50 mM己氟異丙醇(HFIP)
緩衝液B:15.7 mM DIEA,50 : 50水/乙腈中的50 mM HFIP
流速:0.5 mL/min
梯度:10%-30% B經6 min
退火
將少量的有義股和反義股稱重到單獨的小瓶。向小瓶中添加磷酸鹽緩衝鹽水(PBS,吉博科公司(Gibco)),濃度約為2 mM(基於乾重)。在NanoDrop One上測量實際樣本濃度(ssDNA,消光係數 = 33 μg/OD260)。然後將兩條股以等莫耳比混合,並且將樣本在90°C的培養箱中加熱5分鐘並且允許緩慢冷卻至室溫。藉由AEX分析樣本。如下文實例3和4更詳細描述的,註冊並提交雙股體以進行體外和體內測試。
GalNAc3-Lys2-Ahx的製備
式VII
其中X = O或S。彎曲線代表與RNAi構建體的有義股的5ʹ末端核苷酸的附接點。GalNAc部分附接至有義股的5ʹ末端核苷酸的5ʹ碳上,但反向無鹼基(invAb)去氧核苷酸為5ʹ端核苷酸並藉由5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵連接至相鄰核苷酸的情況除外,在這種情況下,該GalNAc部分附接至反向無鹼基去氧核苷酸的3ʹ碳上。
向50 mL的falcon管中添加在DCM(30 mL)中的Fmoc-Ahx-OH(1.13 g,3.19 mmol),隨後是DIEA(2.23 mL,12.78 mmol)。將該溶液添加至50 mL離心管中的2-Cl三苯甲基氯樹脂(3.03 g,4.79 mmol)中並載入到振盪器上2 h。將溶劑排乾並且將樹脂用17 : 2 : 1 DCM/MeOH/DIEA(30 ml x2),DCM(30 mL x4)洗滌並乾燥。藉由在290 nm用UV分光光度檢測,將負載確定為0.76 mmol/g。
將3 g負載的2-Cl三苯甲基樹脂懸浮在DMF(20 mL)中的20% 4-甲基哌啶中,並且在30 min後排乾溶劑。再重複該過程一次,並且用DMF(30 mL x3)和DCM(30 mL x3)洗滌樹脂。
向Fmoc-Lys(ivDde)-OH(3.45 g,6 mmol)在DMF(20 mL)中的溶液中添加TATU(1.94 g,6 mmol),隨後是DIEA(1.83 mL,10.5 mmol)。然後將溶液添加至以上去保護的樹脂,並且將懸浮液在振盪器上放置過夜。排乾溶劑並且用DMF(30 mL x3)和DCM(30 mL x3)洗滌樹脂。
用DMF(15 mL)中的20% 4-甲基哌啶處理樹脂,並且在10 min後,排乾溶劑。再重複該過程一次並且用DMF(15 mL x4)和DCM(15 mL x4)洗滌樹脂。
向Fmoc-Lys(Fmoc)-OH(3.54 g,6 mmol)在DMF(20 mL)中的溶液中添加TATU(1.94 g,6 mmol),隨後是DIEA(1.83 mL,10.5 mmol)。然後將溶液添加至以上去保護的樹脂並且將懸浮液在振盪器上放置過夜。排乾溶劑並且用DMF(30 mL x3)和DCM(30 mL x3)洗滌樹脂。
用DMF(20 mL)中的5%肼處理樹脂,並且在5 min後,排乾溶劑。再重複該過程四次並且用DMF(30 mL x4)和DCM(30 mL x 4)洗滌樹脂。
向5-(((2R,3R,4R,5R,6R)-3-乙醯胺基-4,5-二乙醯氧基-6-(乙醯氧基甲基)四氫-2H-哌喃-2-基)氧基)戊酸(4.47 g,10 mmol)在DMF(40 mL)中的溶液中添加TATU(3.22 g,10 mmol),並且將溶液攪拌5 min。將DIEA(2.96 mL,17 mmol)添加至該溶液,並且然後將混合物添加至以上樹脂。將懸浮液在室溫下保持過夜並且排乾溶劑。用DMF(3 x 30 mL)和DCM(3 x 30 mL)洗滌樹脂。
用DCM(30 mL,含3%三異丙基矽烷)中的1% TFA處理樹脂,並且在5 min後,排乾溶劑。再重複三次該過程並且將合併的濾液真空濃縮。將殘餘物用二乙醚(50 mL)研磨,並且將懸浮液過濾並乾燥以給出粗產物。將粗產物用反相層析法純化並且用水中的0-20%的MeCN溶液洗脫。將級分合併並且凍乾以給出呈白色固體的產物。
下表1列出了生物資訊學分析中優先考慮的分子的未經修飾的有義和反義序列。表1還顯示了人
MARC1轉錄物(SEQ ID NO: 1)中每個序列家族的siRNA分子靶向的核苷酸範圍。雙股體編號D-1000至D-1003設計用於靶向
Marc1小鼠轉錄物,且不會與人
MARC1轉錄物發生交叉反應。表2提供了具有化學修飾的有義和反義股的序列。根據體外基於細胞的測定和體內小鼠研究的活性(分別如實例3和4所述),選擇靶向人類
MARC1轉錄物特定區域的序列進行結構-活性關係(SAR)研究。根據以下符號列出了核苷酸序列:a、u、g、和c = 相應的2ʹ-O-甲基 核糖核苷酸;Af、Uf、Gf、和Cf = 相應的2ʹ-去氧-2ʹ-氟(「2ʹ-氟」)核糖核苷酸;和invAb = 反向無鹼基去氧核苷酸(即當在股的3ʹ端時,經由其3ʹ位置處的取代基連接至相鄰核苷酸(3ʹ-3ʹ間鍵)或者當在股的5ʹ端時,經由其5ʹ位置處的取代基連接至相鄰核苷酸(5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵)的無鹼基去氧核苷酸)。在序列中「s」的插入指示兩個相鄰的核苷酸經由硫代磷酸二酯基(例如硫代磷酸酯核苷酸間鍵)而連接。除非另有指示,否則所有其他的核苷酸皆為經由3ʹ-5ʹ磷酸二酯基而連接。[GalNAc3]表示式VII所示的GalNAc部分,當「s」跟隨[GalNAc3]符號時,該部分藉由磷酸二酯鍵或硫代磷酸酯鍵共價附接至有義股的5ʹ端的5ʹ末端核苷酸。當invAb核苷酸係有義股的5ʹ端的5ʹ末端核苷酸時,它藉由5ʹ-5ʹ鍵連接至相鄰核苷酸,且該GalNAc部分共價附接至invAb核苷酸的3ʹ碳。另外,GalNAc部分共價附接至有義股的5ʹ末端核苷酸的5ʹ碳。
[
表 1]
. 未經修飾的 mARC1 siRNA 序列
[
表 2]
. 經修飾的 mARC1 siRNA 序列
實例 3. 在基於細胞的測定中 mARC1 siRNA 分子的體外評估
雙股體編號 | 人 MARC1 轉錄物的靶位點( SEQ ID NO: 1 ) | 有義序列( 5ʹ -3ʹ ) | SEQ ID NO: | 反義序列( 5ʹ -3ʹ ) | SEQ ID NO: |
D-1000 | — | GAGCAAGCACUAUAUGGAAU | 2 | UUCCAUAUAGUGCUUGCUCGG | 671 |
D-1001 | — | AGAAGUUCUCGGCAAAUGAU | 3 | UCAUUUGCCGAGAACUUCUGG | 672 |
D-1002 | — | GAGCAAGCUGAAUUUGGAAU | 4 | UUCCAAAUUCAGCUUGCUCGG | 673 |
D-1003 | — | AGAAGUUCAGCGCUAAUGAU | 5 | UCAUUAGCGCUGAACUUCUGG | 674 |
D-1004 | 40-60 | GAAGGACGCACUGCUCUGAU | 6 | AAUCAGAGCAGUGCGUCCUUCUU | 675 |
D-1005 | 42-62 | AGGACGCACUGCUCUGAUUG | 7 | ACAAUCAGAGCAGUGCGUCCUUU | 676 |
D-1006 | 43-63 | GGACGCACUGCUCUGAUUGG | 8 | ACCAAUCAGAGCAGUGCGUCCUU | 677 |
D-1007 | 45-65 | ACGCACUGCUCUGAUUGGCC | 9 | AGGCCAAUCAGAGCAGUGCGUUU | 678 |
D-1008 | 50-70 | CUGCUCUGAUUGGCCCGGAA | 10 | AUUCCGGGCCAAUCAGAGCAGUU | 679 |
D-1009 | 51-71 | UGCUCUGAUUGGCCCGGAAG | 11 | ACUUCCGGGCCAAUCAGAGCAUU | 680 |
D-1010 | 52-72 | GCUCUGAUUGGCCCGGAAGG | 12 | ACCUUCCGGGCCAAUCAGAGCUU | 681 |
D-1011 | 99-119 | CGGGGCCAAAGGCCGCACCU | 13 | AAGGUGCGGCCUUUGGCCCCGUU | 682 |
D-1012 | 100-120 | GGGGCCAAAGGCCGCACCUU | 14 | AAAGGUGCGGCCUUUGGCCCCUU | 683 |
D-1013 | 103-123 | GCCAAAGGCCGCACCUUCCC | 15 | AGGGAAGGUGCGGCCUUUGGCUU | 684 |
D-1014 | 104-124 | CCAAAGGCCGCACCUUCCCC | 16 | AGGGGAAGGUGCGGCCUUUGGUU | 685 |
D-1015 | 163-183 | CGCCACCUCGCGGAGAAGCC | 17 | UGGCUUCUCCGCGAGGUGGCGUU | 686 |
D-1016 | 164-184 | GCCACCUCGCGGAGAAGCCA | 18 | AUGGCUUCUCCGCGAGGUGGCUU | 687 |
D-1017 | 165-185 | CCACCUCGCGGAGAAGCCAG | 19 | ACUGGCUUCUCCGCGAGGUGGUU | 688 |
D-1018 | 167-187 | ACCUCGCGGAGAAGCCAGCC | 20 | UGGCUGGCUUCUCCGCGAGGUUU | 689 |
D-1019 | 473-493 | UGAUCAACCAGGAGGGAAAC | 21 | UGUUUCCCUCCUGGUUGAUCAUU | 690 |
D-1020 | 475-495 | AUCAACCAGGAGGGAAACAU | 22 | AAUGUUUCCCUCCUGGUUGAUUU | 691 |
D-1021 | 476-496 | UCAACCAGGAGGGAAACAUG | 23 | ACAUGUUUCCCUCCUGGUUGAUU | 692 |
D-1022 | 477-497 | CAACCAGGAGGGAAACAUGG | 24 | ACCAUGUUUCCCUCCUGGUUGUU | 693 |
D-1023 | 478-498 | AACCAGGAGGGAAACAUGGU | 25 | AACCAUGUUUCCCUCCUGGUUUU | 694 |
D-1024 | 479-499 | ACCAGGAGGGAAACAUGGUU | 26 | UAACCAUGUUUCCCUCCUGGUUU | 695 |
D-1025 | 501-521 | UGCUCGCCAGGAACCUCGCC | 27 | AGGCGAGGUUCCUGGCGAGCAUU | 696 |
D-1026 | 503-523 | CUCGCCAGGAACCUCGCCUG | 28 | ACAGGCGAGGUUCCUGGCGAGUU | 697 |
D-1027 | 510-530 | GGAACCUCGCCUGGUCCUGA | 29 | AUCAGGACCAGGCGAGGUUCCUU | 698 |
D-1028 | 512-532 | AACCUCGCCUGGUCCUGAUU | 30 | AAAUCAGGACCAGGCGAGGUUUU | 699 |
D-1029 | 513-533 | ACCUCGCCUGGUCCUGAUUU | 31 | AAAAUCAGGACCAGGCGAGGUUU | 700 |
D-1030 | 514-534 | CCUCGCCUGGUCCUGAUUUC | 32 | AGAAAUCAGGACCAGGCGAGGUU | 701 |
D-1031 | 515-535 | CUCGCCUGGUCCUGAUUUCC | 33 | AGGAAAUCAGGACCAGGCGAGUU | 702 |
D-1032 | 519-539 | CCUGGUCCUGAUUUCCCUGA | 34 | AUCAGGGAAAUCAGGACCAGGUU | 703 |
D-1033 | 558-578 | GACUCUCAGUGCAGCCUACA | 35 | AUGUAGGCUGCACUGAGAGUCUU | 704 |
D-1034 | 560-580 | CUCUCAGUGCAGCCUACACA | 36 | UUGUGUAGGCUGCACUGAGAGUU | 705 |
D-1035 | 561-581 | UCUCAGUGCAGCCUACACAA | 37 | UUUGUGUAGGCUGCACUGAGAUU | 706 |
D-1036 | 562-582 | CUCAGUGCAGCCUACACAAA | 38 | AUUUGUGUAGGCUGCACUGAGUU | 707 |
D-1037 | 563-583 | UCAGUGCAGCCUACACAAAG | 39 | ACUUUGUGUAGGCUGCACUGAUU | 708 |
D-1038 | 596-616 | CUAUCAAAACGCCCACCACA | 40 | UUGUGGUGGGCGUUUUGAUAGUU | 709 |
D-1039 | 597-617 | UAUCAAAACGCCCACCACAA | 41 | UUUGUGGUGGGCGUUUUGAUAUU | 710 |
D-1040 | 598-618 | AUCAAAACGCCCACCACAAA | 42 | AUUUGUGGUGGGCGUUUUGAUUU | 711 |
D-1041 | 599-619 | UCAAAACGCCCACCACAAAU | 43 | AAUUUGUGGUGGGCGUUUUGAUU | 712 |
D-1042 | 602-622 | AAACGCCCACCACAAAUGCA | 44 | AUGCAUUUGUGGUGGGCGUUUUU | 713 |
D-1043 | 603-623 | AACGCCCACCACAAAUGCAG | 45 | ACUGCAUUUGUGGUGGGCGUUUU | 714 |
D-1044; D-2004; D-2165; D-2172 | 684-704 | CCAGUGGAUAACCAGCUUCC | 46 | AGGAAGCUGGUUAUCCACUGGUU | 715 |
D-1045 | 685-705 | CAGUGGAUAACCAGCUUCCU | 47 | AAGGAAGCUGGUUAUCCACUGUU | 716 |
D-1046 | 687-707 | GUGGAUAACCAGCUUCCUGA | 48 | UUCAGGAAGCUGGUUAUCCACUU | 717 |
D-1047 | 690-710 | GAUAACCAGCUUCCUGAAGU | 49 | AACUUCAGGAAGCUGGUUAUCUU | 718 |
D-1048 | 764-784 | AUCAAAUAGCAGACUUGUUC | 50 | AGAACAAGUCUGCUAUUUGAUUU | 719 |
D-1049 | 766-786 | CAAAUAGCAGACUUGUUCCG | 51 | UCGGAACAAGUCUGCUAUUUGUU | 720 |
D-1050 | 767-787 | AAAUAGCAGACUUGUUCCGA | 52 | AUCGGAACAAGUCUGCUAUUUUU | 721 |
D-1051 | 951-971 | UGAGCUUCUUAUUGGUGACG | 53 | ACGUCACCAAUAAGAAGCUCAUU | 722 |
D-1052 | 953-973 | AGCUUCUUAUUGGUGACGUG | 54 | ACACGUCACCAAUAAGAAGCUUU | 723 |
D-1053 | 954-974 | GCUUCUUAUUGGUGACGUGG | 55 | UCCACGUCACCAAUAAGAAGCUU | 724 |
D-1054; D-2029 | 956-976 | UUCUUAUUGGUGACGUGGAA | 56 | AUUCCACGUCACCAAUAAGAAUU | 725 |
D-1055 | 962-982 | UUGGUGACGUGGAACUGAAA | 57 | UUUUCAGUUCCACGUCACCAAUU | 726 |
D-1056 | 963-983 | UGGUGACGUGGAACUGAAAA | 58 | AUUUUCAGUUCCACGUCACCAUU | 727 |
D-1057 | 964-984 | GGUGACGUGGAACUGAAAAG | 59 | ACUUUUCAGUUCCACGUCACCUU | 728 |
D-1058 | 965-985 | GUGACGUGGAACUGAAAAGG | 60 | ACCUUUUCAGUUCCACGUCACUU | 729 |
D-1059 | 991-1011 | GCUUGUUCCAGAUGCAUUUU | 61 | UAAAAUGCAUCUGGAACAAGCUU | 730 |
D-1060 | 995-1015 | GUUCCAGAUGCAUUUUAACC | 62 | UGGUUAAAAUGCAUCUGGAACUU | 731 |
D-1061; D-2002; D-2228 | 996-1016 | UUCCAGAUGCAUUUUAACCA | 63 | AUGGUUAAAAUGCAUCUGGAAUU | 732 |
D-1062; D-2003 | 1003-1023 | UGCAUUUUAACCACAGUGGA | 64 | AUCCACUGUGGUUAAAAUGCAUU | 733 |
D-1063 | 1004-1024 | GCAUUUUAACCACAGUGGAC | 65 | AGUCCACUGUGGUUAAAAUGCUU | 734 |
D-1064 | 1033-1053 | GGUGUCAUGAGCAGGAAGGA | 66 | UUCCUUCCUGCUCAUGACACCUU | 735 |
D-1065 | 1051-1071 | GAACCGCUGGAAACACUGAA | 67 | AUUCAGUGUUUCCAGCGGUUCUU | 736 |
D-1066; D-2005 | 1056-1076 | GCUGGAAACACUGAAGAGUU | 68 | UAACUCUUCAGUGUUUCCAGCUU | 737 |
D-1067; D-2035 | 1059-1079 | GGAAACACUGAAGAGUUAUC | 69 | AGAUAACUCUUCAGUGUUUCCUU | 738 |
D-1068; D-2006 | 1060-1080 | GAAACACUGAAGAGUUAUCG | 70 | ACGAUAACUCUUCAGUGUUUCUU | 739 |
D-1069 | 1061-1081 | AAACACUGAAGAGUUAUCGC | 71 | AGCGAUAACUCUUCAGUGUUUUU | 740 |
D-1070; D-2007 | 1062-1082 | AACACUGAAGAGUUAUCGCC | 72 | UGGCGAUAACUCUUCAGUGUUUU | 741 |
D-1071 | 1063-1083 | ACACUGAAGAGUUAUCGCCA | 73 | AUGGCGAUAACUCUUCAGUGUUU | 742 |
D-1072 | 1064-1084 | CACUGAAGAGUUAUCGCCAG | 74 | ACUGGCGAUAACUCUUCAGUGUU | 743 |
D-1073 | 1065-1085 | ACUGAAGAGUUAUCGCCAGU | 75 | AACUGGCGAUAACUCUUCAGUUU | 744 |
D-1074; D-2025 | 1066-1086 | CUGAAGAGUUAUCGCCAGUG | 76 | ACACUGGCGAUAACUCUUCAGUU | 745 |
D-1075 | 1067-1087 | UGAAGAGUUAUCGCCAGUGU | 77 | AACACUGGCGAUAACUCUUCAUU | 746 |
D-1076 | 1068-1088 | GAAGAGUUAUCGCCAGUGUG | 78 | UCACACUGGCGAUAACUCUUCUU | 747 |
D-1077 | 1071-1091 | GAGUUAUCGCCAGUGUGACC | 79 | AGGUCACACUGGCGAUAACUCUU | 748 |
D-1078 | 1072-1092 | AGUUAUCGCCAGUGUGACCC | 80 | AGGGUCACACUGGCGAUAACUUU | 749 |
D-1079 | 1073-1093 | GUUAUCGCCAGUGUGACCCU | 81 | AAGGGUCACACUGGCGAUAACUU | 750 |
D-1080 | 1074-1094 | UUAUCGCCAGUGUGACCCUU | 82 | AAAGGGUCACACUGGCGAUAAUU | 751 |
D-1081 | 1078-1098 | CGCCAGUGUGACCCUUCAGA | 83 | UUCUGAAGGGUCACACUGGCGUU | 752 |
D-1082 | 1079-1099 | GCCAGUGUGACCCUUCAGAA | 84 | AUUCUGAAGGGUCACACUGGCUU | 753 |
D-1083; D-2050 | 1081-1101 | CAGUGUGACCCUUCAGAACG | 85 | UCGUUCUGAAGGGUCACACUGUU | 754 |
D-1084 | 1082-1102 | AGUGUGACCCUUCAGAACGA | 86 | UUCGUUCUGAAGGGUCACACUUU | 755 |
D-1085 | 1083-1103 | GUGUGACCCUUCAGAACGAA | 87 | UUUCGUUCUGAAGGGUCACACUU | 756 |
D-1086; D-2049 | 1084-1104 | UGUGACCCUUCAGAACGAAA | 88 | AUUUCGUUCUGAAGGGUCACAUU | 757 |
D-1087; D-2027 | 1085-1105 | GUGACCCUUCAGAACGAAAG | 89 | ACUUUCGUUCUGAAGGGUCACUU | 758 |
D-1088 | 1086-1106 | UGACCCUUCAGAACGAAAGU | 90 | AACUUUCGUUCUGAAGGGUCAUU | 759 |
D-1089 | 1087-1107 | GACCCUUCAGAACGAAAGUU | 91 | UAACUUUCGUUCUGAAGGGUCUU | 760 |
D-1090; D-2026 | 1088-1108 | ACCCUUCAGAACGAAAGUUA | 92 | AUAACUUUCGUUCUGAAGGGUUU | 761 |
D-1091; D-2031 | 1089-1109 | CCCUUCAGAACGAAAGUUAU | 93 | UAUAACUUUCGUUCUGAAGGGUU | 762 |
D-1092; D-2032; D-2229 | 1090-1110 | CCUUCAGAACGAAAGUUAUA | 94 | AUAUAACUUUCGUUCUGAAGGUU | 763 |
D-1093; D-2033; D-2230 | 1091-1111 | CUUCAGAACGAAAGUUAUAU | 95 | AAUAUAACUUUCGUUCUGAAGUU | 764 |
D-1094 | 1092-1112 | UUCAGAACGAAAGUUAUAUG | 96 | ACAUAUAACUUUCGUUCUGAAUU | 765 |
D-1095; D-2028; D-2227 | 1093-1113 | UCAGAACGAAAGUUAUAUGG | 97 | UCCAUAUAACUUUCGUUCUGAUU | 766 |
D-1096; D-2001; D-2163; D-2170 | 1094-1114 | CAGAACGAAAGUUAUAUGGA | 98 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUGUU | 767 |
D-1097; D-2030 | 1103-1123 | AGUUAUAUGGAAAAUCACCA | 99 | AUGGUGAUUUUCCAUAUAACUUU | 768 |
D-1098 | 1105-1125 | UUAUAUGGAAAAUCACCACU | 100 | AAGUGGUGAUUUUCCAUAUAAUU | 769 |
D-1099; D-2057; D-2489; D-2501; D-2507 | 768-788 | AAUAGCAGACUUGUUCCGAC | 101 | AGUCGGAACAAGUCUGCUAUUUU | 770 |
D-1100 | 769-789 | AUAGCAGACUUGUUCCGACC | 102 | AGGUCGGAACAAGUCUGCUAUUU | 771 |
D-1101 | 770-790 | UAGCAGACUUGUUCCGACCC | 103 | UGGGUCGGAACAAGUCUGCUAUU | 772 |
D-1102 | 771-791 | AGCAGACUUGUUCCGACCCA | 104 | UUGGGUCGGAACAAGUCUGCUUU | 773 |
D-1103 | 772-792 | GCAGACUUGUUCCGACCCAA | 105 | AUUGGGUCGGAACAAGUCUGCUU | 774 |
D-1104 | 773-793 | CAGACUUGUUCCGACCCAAG | 106 | ACUUGGGUCGGAACAAGUCUGUU | 775 |
D-1105 | 774-794 | AGACUUGUUCCGACCCAAGG | 107 | UCCUUGGGUCGGAACAAGUCUUU | 776 |
D-1106 | 775-795 | GACUUGUUCCGACCCAAGGA | 108 | AUCCUUGGGUCGGAACAAGUCUU | 777 |
D-1107 | 776-796 | ACUUGUUCCGACCCAAGGAC | 109 | AGUCCUUGGGUCGGAACAAGUUU | 778 |
D-1108 | 777-797 | CUUGUUCCGACCCAAGGACC | 110 | UGGUCCUUGGGUCGGAACAAGUU | 779 |
D-1109 | 781-801 | UUCCGACCCAAGGACCAGAU | 111 | AAUCUGGUCCUUGGGUCGGAAUU | 780 |
D-1110 | 790-810 | AAGGACCAGAUUGCUUACUC | 112 | UGAGUAAGCAAUCUGGUCCUUUU | 781 |
D-1111; D-2039 | 793-813 | GACCAGAUUGCUUACUCAGA | 113 | AUCUGAGUAAGCAAUCUGGUCUU | 782 |
D-1112 | 795-815 | CCAGAUUGCUUACUCAGACA | 114 | AUGUCUGAGUAAGCAAUCUGGUU | 783 |
D-1113; D-2024; D-2167; D-2174 | 796-816 | CAGAUUGCUUACUCAGACAC | 115 | AGUGUCUGAGUAAGCAAUCUGUU | 784 |
D-1114 | 797-817 | AGAUUGCUUACUCAGACACC | 116 | UGGUGUCUGAGUAAGCAAUCUUU | 785 |
D-1115 | 798-818 | GAUUGCUUACUCAGACACCA | 117 | AUGGUGUCUGAGUAAGCAAUCUU | 786 |
D-1116 | 799-819 | AUUGCUUACUCAGACACCAG | 118 | ACUGGUGUCUGAGUAAGCAAUUU | 787 |
D-1117 | 802-822 | GCUUACUCAGACACCAGCCC | 119 | UGGGCUGGUGUCUGAGUAAGCUU | 788 |
D-1118 | 804-824 | UUACUCAGACACCAGCCCAU | 120 | AAUGGGCUGGUGUCUGAGUAAUU | 789 |
D-1119 | 851-871 | CGGAUCUCAACUCCAGGCUA | 121 | AUAGCCUGGAGUUGAGAUCCGUU | 790 |
D-1120 | 852-872 | GGAUCUCAACUCCAGGCUAG | 122 | UCUAGCCUGGAGUUGAGAUCCUU | 791 |
D-1121 | 853-873 | GAUCUCAACUCCAGGCUAGA | 123 | AUCUAGCCUGGAGUUGAGAUCUU | 792 |
D-1122 | 854-874 | AUCUCAACUCCAGGCUAGAG | 124 | UCUCUAGCCUGGAGUUGAGAUUU | 793 |
D-1123 | 859-879 | AACUCCAGGCUAGAGAAGAA | 125 | UUUCUUCUCUAGCCUGGAGUUUU | 794 |
D-1124 | 872-892 | AGAAGAAAGUUAAAGCAACC | 126 | UGGUUGCUUUAACUUUCUUCUUU | 795 |
D-1125 | 873-893 | GAAGAAAGUUAAAGCAACCA | 127 | UUGGUUGCUUUAACUUUCUUCUU | 796 |
D-1126 | 874-894 | AAGAAAGUUAAAGCAACCAA | 128 | AUUGGUUGCUUUAACUUUCUUUU | 797 |
D-1127 | 875-895 | AGAAAGUUAAAGCAACCAAC | 129 | AGUUGGUUGCUUUAACUUUCUUU | 798 |
D-1128 | 876-896 | GAAAGUUAAAGCAACCAACU | 130 | AAGUUGGUUGCUUUAACUUUCUU | 799 |
D-1129 | 877-897 | AAAGUUAAAGCAACCAACUU | 131 | AAAGUUGGUUGCUUUAACUUUUU | 800 |
D-1130; D-2037 | 878-898 | AAGUUAAAGCAACCAACUUC | 132 | UGAAGUUGGUUGCUUUAACUUUU | 801 |
D-1131 | 879-899 | AGUUAAAGCAACCAACUUCA | 133 | AUGAAGUUGGUUGCUUUAACUUU | 802 |
D-1132 | 880-900 | GUUAAAGCAACCAACUUCAG | 134 | ACUGAAGUUGGUUGCUUUAACUU | 803 |
D-1133 | 883-903 | AAAGCAACCAACUUCAGGCC | 135 | AGGCCUGAAGUUGGUUGCUUUUU | 804 |
D-1134 | 885-905 | AGCAACCAACUUCAGGCCCA | 136 | UUGGGCCUGAAGUUGGUUGCUUU | 805 |
D-1135 | 887-907 | CAACCAACUUCAGGCCCAAU | 137 | UAUUGGGCCUGAAGUUGGUUGUU | 806 |
D-1136 | 888-908 | AACCAACUUCAGGCCCAAUA | 138 | AUAUUGGGCCUGAAGUUGGUUUU | 807 |
D-1137 | 890-910 | CCAACUUCAGGCCCAAUAUU | 139 | AAAUAUUGGGCCUGAAGUUGGUU | 808 |
D-1138; D-2034; D-2231 | 891-911 | CAACUUCAGGCCCAAUAUUG | 140 | ACAAUAUUGGGCCUGAAGUUGUU | 809 |
D-1139; D-2036; D-2232 | 893-913 | ACUUCAGGCCCAAUAUUGUA | 141 | UUACAAUAUUGGGCCUGAAGUUU | 810 |
D-1140; D-2038; D-2161; D-2168 | 894-914 | CUUCAGGCCCAAUAUUGUAA | 142 | AUUACAAUAUUGGGCCUGAAGUU | 811 |
D-1141 | 895-915 | UUCAGGCCCAAUAUUGUAAU | 143 | AAUUACAAUAUUGGGCCUGAAUU | 812 |
D-1142 | 896-916 | UCAGGCCCAAUAUUGUAAUU | 144 | AAAUUACAAUAUUGGGCCUGAUU | 813 |
D-1143; D-2000 | 898-918 | AGGCCCAAUAUUGUAAUUUC | 145 | UGAAAUUACAAUAUUGGGCCUUU | 814 |
D-1144 | 899-919 | GGCCCAAUAUUGUAAUUUCA | 146 | AUGAAAUUACAAUAUUGGGCCUU | 815 |
D-1145 | 949-969 | GAUGAGCUUCUUAUUGGUGA | 147 | AUCACCAAUAAGAAGCUCAUCUU | 816 |
D-1146 | 950-970 | AUGAGCUUCUUAUUGGUGAC | 148 | AGUCACCAAUAAGAAGCUCAUUU | 817 |
D-1147; D-2041 | 1107-1127 | AUAUGGAAAAUCACCACUCU | 149 | AAGAGUGGUGAUUUUCCAUAUUU | 818 |
D-1148 | 1108-1128 | UAUGGAAAAUCACCACUCUU | 150 | AAAGAGUGGUGAUUUUCCAUAUU | 819 |
D-1149 | 1109-1129 | AUGGAAAAUCACCACUCUUU | 151 | AAAAGAGUGGUGAUUUUCCAUUU | 820 |
D-1150; D-2060; D-2207; D-2215 | 1110-1130 | UGGAAAAUCACCACUCUUUG | 152 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCCAUU | 821 |
D-1151 | 1144-1164 | CUGGAAAACCCAGGGACCAU | 153 | AAUGGUCCCUGGGUUUUCCAGUU | 822 |
D-1152 | 1146-1166 | GGAAAACCCAGGGACCAUCA | 154 | UUGAUGGUCCCUGGGUUUUCCUU | 823 |
D-1153 | 1147-1167 | GAAAACCCAGGGACCAUCAA | 155 | UUUGAUGGUCCCUGGGUUUUCUU | 824 |
D-1154 | 1152-1172 | CCCAGGGACCAUCAAAGUGG | 156 | ACCACUUUGAUGGUCCCUGGGUU | 825 |
D-1155 | 1153-1173 | CCAGGGACCAUCAAAGUGGG | 157 | UCCCACUUUGAUGGUCCCUGGUU | 826 |
D-1156 | 1156-1176 | GGGACCAUCAAAGUGGGAGA | 158 | AUCUCCCACUUUGAUGGUCCCUU | 827 |
D-1157 | 1170-1190 | GGGAGACCCUGUGUACCUGC | 159 | AGCAGGUACACAGGGUCUCCCUU | 828 |
D-1158 | 1182-1202 | GUACCUGCUGGGCCAGUAAU | 160 | AAUUACUGGCCCAGCAGGUACUU | 829 |
D-1159 | 1187-1207 | UGCUGGGCCAGUAAUGGGAA | 161 | AUUCCCAUUACUGGCCCAGCAUU | 830 |
D-1160 | 1239-1259 | AAAUGUUCUCAAAAAUGACA | 162 | UUGUCAUUUUUGAGAACAUUUUU | 831 |
D-1161 | 1240-1260 | AAUGUUCUCAAAAAUGACAA | 163 | AUUGUCAUUUUUGAGAACAUUUU | 832 |
D-1162 | 1250-1270 | AAAAUGACAACACUUGAAGC | 164 | UGCUUCAAGUGUUGUCAUUUUUU | 833 |
D-1163; D-2009 | 1251-1271 | AAAUGACAACACUUGAAGCA | 165 | AUGCUUCAAGUGUUGUCAUUUUU | 834 |
D-1164 | 1252-1272 | AAUGACAACACUUGAAGCAU | 166 | AAUGCUUCAAGUGUUGUCAUUUU | 835 |
D-1165 | 1254-1274 | UGACAACACUUGAAGCAUGG | 167 | ACCAUGCUUCAAGUGUUGUCAUU | 836 |
D-1166; D-2058; D-2210; D-2218 | 1255-1275 | GACAACACUUGAAGCAUGGU | 168 | AACCAUGCUUCAAGUGUUGUCUU | 837 |
D-1167 | 1256-1276 | ACAACACUUGAAGCAUGGUG | 169 | ACACCAUGCUUCAAGUGUUGUUU | 838 |
D-1168; D-2010 | 1260-1280 | CACUUGAAGCAUGGUGUUUC | 170 | UGAAACACCAUGCUUCAAGUGUU | 839 |
D-1169 | 1262-1282 | CUUGAAGCAUGGUGUUUCAG | 171 | UCUGAAACACCAUGCUUCAAGUU | 840 |
D-1170; D-2046 | 1343-1363 | CUGGUGUCUCAAUGCUUCAA | 172 | AUUGAAGCAUUGAGACACCAGUU | 841 |
D-1171; D-2013 | 1344-1364 | UGGUGUCUCAAUGCUUCAAU | 173 | AAUUGAAGCAUUGAGACACCAUU | 842 |
D-1172; D-2304 | 1345-1365 | GGUGUCUCAAUGCUUCAAUG | 174 | ACAUUGAAGCAUUGAGACACCUU | 843 |
D-1173; D-2305; D-2494; D-2506; D-2512 | 1346-1366 | GUGUCUCAAUGCUUCAAUGU | 175 | AACAUUGAAGCAUUGAGACACUU | 844 |
D-1174; D-2047 | 1347-1367 | UGUCUCAAUGCUUCAAUGUC | 176 | AGACAUUGAAGCAUUGAGACAUU | 845 |
D-1175; D-2306 | 1349-1369 | UCUCAAUGCUUCAAUGUCCC | 177 | UGGGACAUUGAAGCAUUGAGAUU | 846 |
D-1176; D-2052; D-2203; D-2211 | 1350-1370 | CUCAAUGCUUCAAUGUCCCA | 178 | AUGGGACAUUGAAGCAUUGAGUU | 847 |
D-1177; D-2042; D-2162; D-2169; D-2183; D-2184; D-2185; D-2186; D-2187; D-2291; D-2292; D-2293; D-2294; D-2295; D-2296; D-2297; D-2298; D-2299; D-2388 | 1352-1372 | CAAUGCUUCAAUGUCCCAGU | 179 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUGUU | 848 |
D-1178; D-2308 | 1354-1374 | AUGCUUCAAUGUCCCAGUGC | 180 | UGCACUGGGACAUUGAAGCAUUU | 849 |
D-1179; D-2043; D-2205; D-2213 | 1355-1375 | UGCUUCAAUGUCCCAGUGCA | 181 | UUGCACUGGGACAUUGAAGCAUU | 850 |
D-1180; D-2044 | 1429-1449 | AAUGACAAGACAGGAUUCUG | 182 | UCAGAAUCCUGUCUUGUCAUUUU | 851 |
D-1181 | 1430-1450 | AUGACAAGACAGGAUUCUGA | 183 | UUCAGAAUCCUGUCUUGUCAUUU | 852 |
D-1182; D-2014 | 1432-1452 | GACAAGACAGGAUUCUGAAA | 184 | UUUUCAGAAUCCUGUCUUGUCUU | 853 |
D-1183 | 1435-1455 | AAGACAGGAUUCUGAAAACU | 185 | AAGUUUUCAGAAUCCUGUCUUUU | 854 |
D-1184; D-2053; D-2209; D-2217 | 1438-1458 | ACAGGAUUCUGAAAACUCCC | 186 | AGGGAGUUUUCAGAAUCCUGUUU | 855 |
D-1185; D-2008 | 1456-1476 | CCCGUUUAACUGAUUAUGGA | 187 | UUCCAUAAUCAGUUAAACGGGUU | 856 |
D-1186 | 1460-1480 | UUUAACUGAUUAUGGAAUAG | 188 | ACUAUUCCAUAAUCAGUUAAAUU | 857 |
D-1187 | 1461-1481 | UUAACUGAUUAUGGAAUAGU | 189 | AACUAUUCCAUAAUCAGUUAAUU | 858 |
D-1188 | 1463-1483 | AACUGAUUAUGGAAUAGUUC | 190 | AGAACUAUUCCAUAAUCAGUUUU | 859 |
D-1189; D-2040 | 1464-1484 | ACUGAUUAUGGAAUAGUUCU | 191 | AAGAACUAUUCCAUAAUCAGUUU | 860 |
D-1190; D-2062 | 1465-1485 | CUGAUUAUGGAAUAGUUCUU | 192 | AAAGAACUAUUCCAUAAUCAGUU | 861 |
D-1191; D-2011 | 1467-1487 | GAUUAUGGAAUAGUUCUUUC | 193 | AGAAAGAACUAUUCCAUAAUCUU | 862 |
D-1192; D-2012 | 1468-1488 | AUUAUGGAAUAGUUCUUUCU | 194 | AAGAAAGAACUAUUCCAUAAUUU | 863 |
D-1193 | 1522-1542 | UUGCAUCCUGUCACUACCAC | 195 | AGUGGUAGUGACAGGAUGCAAUU | 864 |
D-1194; D-2051 | 1650-1670 | CACCCCAAAUAUGGCUGGAA | 196 | AUUCCAGCCAUAUUUGGGGUGUU | 865 |
D-1195 | 1652-1672 | CCCCAAAUAUGGCUGGAAUG | 197 | ACAUUCCAGCCAUAUUUGGGGUU | 866 |
D-1196 | 1688-1708 | CUCAAGCCCCGGGCUAGCUU | 198 | AAAGCUAGCCCGGGGCUUGAGUU | 867 |
D-1197 | 1689-1709 | UCAAGCCCCGGGCUAGCUUU | 199 | AAAAGCUAGCCCGGGGCUUGAUU | 868 |
D-1198 | 1691-1711 | AAGCCCCGGGCUAGCUUUUG | 200 | UCAAAAGCUAGCCCGGGGCUUUU | 869 |
D-1199 | 1692-1712 | AGCCCCGGGCUAGCUUUUGA | 201 | UUCAAAAGCUAGCCCGGGGCUUU | 870 |
D-1200 | 1693-1713 | GCCCCGGGCUAGCUUUUGAA | 202 | UUUCAAAAGCUAGCCCGGGGCUU | 871 |
D-1201 | 1695-1715 | CCCGGGCUAGCUUUUGAAAU | 203 | AAUUUCAAAAGCUAGCCCGGGUU | 872 |
D-1202 | 1699-1719 | GGCUAGCUUUUGAAAUGGCA | 204 | AUGCCAUUUCAAAAGCUAGCCUU | 873 |
D-1203 | 1718-1738 | AUAAAGACUGAGGUGACCUU | 205 | AAAGGUCACCUCAGUCUUUAUUU | 874 |
D-1204; D-2055 | 1747-1767 | CUGCAGAUAUUAAUUUUCCA | 206 | AUGGAAAAUUAAUAUCUGCAGUU | 875 |
D-1205 | 1752-1772 | GAUAUUAAUUUUCCAUAGAU | 207 | AAUCUAUGGAAAAUUAAUAUCUU | 876 |
D-1206 | 1753-1773 | AUAUUAAUUUUCCAUAGAUC | 208 | AGAUCUAUGGAAAAUUAAUAUUU | 877 |
D-1207 | 1757-1777 | UAAUUUUCCAUAGAUCUGGA | 209 | AUCCAGAUCUAUGGAAAAUUAUU | 878 |
D-1208 | 1758-1778 | AAUUUUCCAUAGAUCUGGAU | 210 | AAUCCAGAUCUAUGGAAAAUUUU | 879 |
D-1209 | 1759-1779 | AUUUUCCAUAGAUCUGGAUC | 211 | AGAUCCAGAUCUAUGGAAAAUUU | 880 |
D-1210 | 1761-1781 | UUUCCAUAGAUCUGGAUCUG | 212 | ACAGAUCCAGAUCUAUGGAAAUU | 881 |
D-1211 | 1788-1808 | UGCUUCUCAGACAGCAUUGG | 213 | UCCAAUGCUGUCUGAGAAGCAUU | 882 |
D-1212 | 1789-1809 | GCUUCUCAGACAGCAUUGGA | 214 | AUCCAAUGCUGUCUGAGAAGCUU | 883 |
D-1213; D-2059; D-2206; D-2214 | 1794-1814 | UCAGACAGCAUUGGAUUUCC | 215 | AGGAAAUCCAAUGCUGUCUGAUU | 884 |
D-1214 | 1795-1815 | CAGACAGCAUUGGAUUUCCU | 216 | UAGGAAAUCCAAUGCUGUCUGUU | 885 |
D-1215; D-2061; D-2208; D-2216; D-2267 | 1796-1816 | AGACAGCAUUGGAUUUCCUA | 217 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGUCUUU | 886 |
D-1216 | 1810-1830 | UUCCUAAAGGUGCUCAGGAG | 218 | ACUCCUGAGCACCUUUAGGAAUU | 887 |
D-1217 | 1849-1869 | AGGACCCCUGGAUCCUUGCC | 219 | UGGCAAGGAUCCAGGGGUCCUUU | 888 |
D-1218 | 1854-1874 | CCCUGGAUCCUUGCCAUUCC | 220 | AGGAAUGGCAAGGAUCCAGGGUU | 889 |
D-1219 | 1856-1876 | CUGGAUCCUUGCCAUUCCCC | 221 | AGGGGAAUGGCAAGGAUCCAGUU | 890 |
D-1220; D-2054 | 1858-1878 | GGAUCCUUGCCAUUCCCCUC | 222 | UGAGGGGAAUGGCAAGGAUCCUU | 891 |
D-1221 | 1859-1879 | GAUCCUUGCCAUUCCCCUCA | 223 | AUGAGGGGAAUGGCAAGGAUCUU | 892 |
D-1222 | 1862-1882 | CCUUGCCAUUCCCCUCAGCU | 224 | UAGCUGAGGGGAAUGGCAAGGUU | 893 |
D-1223 | 1863-1883 | CUUGCCAUUCCCCUCAGCUA | 225 | UUAGCUGAGGGGAAUGGCAAGUU | 894 |
D-1224 | 1866-1886 | GCCAUUCCCCUCAGCUAAUG | 226 | UCAUUAGCUGAGGGGAAUGGCUU | 895 |
D-1225 | 1868-1888 | CAUUCCCCUCAGCUAAUGAC | 227 | AGUCAUUAGCUGAGGGGAAUGUU | 896 |
D-1226 | 1886-1906 | ACGGAGUGCUCCUUCUCCAG | 228 | ACUGGAGAAGGAGCACUCCGUUU | 897 |
D-1227 | 1976-1996 | GAAAACCUUUAAAGGGGGAA | 229 | UUUCCCCCUUUAAAGGUUUUCUU | 898 |
D-1228; D-2015 | 2004-2024 | CAUAUGUCAGUUGUUUAAAA | 230 | AUUUUAAACAACUGACAUAUGUU | 899 |
D-1229 | 2010-2030 | UCAGUUGUUUAAAACCCAAU | 231 | UAUUGGGUUUUAAACAACUGAUU | 900 |
D-1230; D-2016 | 2012-2032 | AGUUGUUUAAAACCCAAUAU | 232 | AAUAUUGGGUUUUAAACAACUUU | 901 |
D-1231 | 41-61 | AAGGACGCACUGCUCUGAUU | 233 | AAAUCAGAGCAGUGCGUCCUUUU | 902 |
D-1232 | 1690-1710 | CAAGCCCCGGGCUAGCUUUU | 234 | AAAAAGCUAGCCCGGGGCUUGUU | 903 |
D-1233 | 1694-1714 | CCCCGGGCUAGCUUUUGAAA | 235 | AUUUCAAAAGCUAGCCCGGGGUU | 904 |
D-1234 | 1723-1743 | GACUGAGGUGACCUUCAGGA | 236 | UUCCUGAAGGUCACCUCAGUCUU | 905 |
D-1235 | 1754-1774 | UAUUAAUUUUCCAUAGAUCU | 237 | AAGAUCUAUGGAAAAUUAAUAUU | 906 |
D-1236; D-2048 | 1760-1780 | UUUUCCAUAGAUCUGGAUCU | 238 | AAGAUCCAGAUCUAUGGAAAAUU | 907 |
D-1237 | 1791-1811 | UUCUCAGACAGCAUUGGAUU | 239 | AAAUCCAAUGCUGUCUGAGAAUU | 908 |
D-1238 | 1809-1829 | UUUCCUAAAGGUGCUCAGGA | 240 | AUCCUGAGCACCUUUAGGAAAUU | 909 |
D-1239 | 1855-1875 | CCUGGAUCCUUGCCAUUCCC | 241 | AGGGAAUGGCAAGGAUCCAGGUU | 910 |
D-1240 | 1861-1881 | UCCUUGCCAUUCCCCUCAGC | 242 | AGCUGAGGGGAAUGGCAAGGAUU | 911 |
D-1241 | 1867-1887 | CCAUUCCCCUCAGCUAAUGA | 243 | AUCAUUAGCUGAGGGGAAUGGUU | 912 |
D-1242 | 1977-1997 | AAAACCUUUAAAGGGGGAAA | 244 | UUUUCCCCCUUUAAAGGUUUUUU | 913 |
D-1243; D-2017; D-2204; D-2212 | 2014-2034 | UUGUUUAAAACCCAAUAUCU | 245 | UAGAUAUUGGGUUUUAAACAAUU | 914 |
D-1244 | 2055-2075 | CUCUAAGAUCUGAUGAAGUA | 246 | AUACUUCAUCAGAUCUUAGAGUU | 915 |
D-1245; D-2045; D-2166; D-2173 | 2057-2077 | CUAAGAUCUGAUGAAGUAUA | 247 | AUAUACUUCAUCAGAUCUUAGUU | 916 |
D-1246; D-2303 | 2058-2078 | UAAGAUCUGAUGAAGUAUAU | 248 | AAUAUACUUCAUCAGAUCUUAUU | 917 |
D-1247; D-2056 | 2059-2079 | AAGAUCUGAUGAAGUAUAUU | 249 | AAAUAUACUUCAUCAGAUCUUUU | 918 |
D-1248; D-2018 | 2066-2086 | GAUGAAGUAUAUUUUUUAUU | 250 | AAAUAAAAAAUAUACUUCAUCUU | 919 |
D-1249; D-2019 | 2079-2099 | UUUUAUUGCCAUUUUGUCCU | 251 | AAGGACAAAAUGGCAAUAAAAUU | 920 |
D-1250 | 2080-2100 | UUUAUUGCCAUUUUGUCCUU | 252 | AAAGGACAAAAUGGCAAUAAAUU | 921 |
D-1251 | 2081-2101 | UUAUUGCCAUUUUGUCCUUU | 253 | AAAAGGACAAAAUGGCAAUAAUU | 922 |
D-1252; D-2020 | 2083-2103 | AUUGCCAUUUUGUCCUUUGA | 254 | AUCAAAGGACAAAAUGGCAAUUU | 923 |
D-1253; D-2021 | 2105-2125 | AUAUUGGGAAGUUGACUAAA | 255 | AUUUAGUCAACUUCCCAAUAUUU | 924 |
D-1254 | 2109-2129 | UGGGAAGUUGACUAAACUUG | 256 | UCAAGUUUAGUCAACUUCCCAUU | 925 |
D-1255 | 2110-2130 | GGGAAGUUGACUAAACUUGA | 257 | UUCAAGUUUAGUCAACUUCCCUU | 926 |
D-1256; D-2022; D-2164; D-2171 | 2111-2131 | GGAAGUUGACUAAACUUGAA | 258 | UUUCAAGUUUAGUCAACUUCCUU | 927 |
D-1257; D-2023 | 2144-2164 | ACUGUGAAUAAAUGGAAGCU | 259 | UAGCUUCCAUUUAUUCACAGUUU | 928 |
D-1258 | 2148-2168 | UGAAUAAAUGGAAGCUACUU | 260 | AAAGUAGCUUCCAUUUAUUCAUU | 929 |
D-1259 | 2152-2172 | UAAAUGGAAGCUACUUUGAC | 261 | AGUCAAAGUAGCUUCCAUUUAUU | 930 |
D-1260 | 2153-2173 | AAAUGGAAGCUACUUUGACU | 262 | UAGUCAAAGUAGCUUCCAUUUUU | 931 |
D-1261 | 2159-2179 | AAGCUACUUUGACUAGUUUC | 263 | UGAAACUAGUCAAAGUAGCUUUU | 932 |
D-1262 | 2160-2180 | AGCUACUUUGACUAGUUUCA | 264 | AUGAAACUAGUCAAAGUAGCUUU | 933 |
D-1263 | 1888-1908 | GGAGUGCUCCUUCUCCAGUU | 265 | AAACUGGAGAAGGAGCACUCCUU | 934 |
D-1264 | 1979-1999 | AACCUUUAAAGGGGGAAAAG | 266 | ACUUUUCCCCCUUUAAAGGUUUU | 935 |
D-1265 | 1980-2000 | ACCUUUAAAGGGGGAAAAGG | 267 | UCCUUUUCCCCCUUUAAAGGUUU | 936 |
D-1266; D-2145; D-2492; D-2504; D-2510 | 2082-2102 | UAUUGCCAUUUUGUCCUUUG | 268 | UCAAAGGACAAAAUGGCAAUAUU | 937 |
D-1267 | 2112-2132 | GAAGUUGACUAAACUUGAAA | 269 | UAUUCAAGUUUAGUCAACUUCUU | 938 |
D-1268 | 2113-2133 | AAGUUGACUAAACUUGAAAA | 270 | UAUUUCAAGUUUAGUCAACUUUU | 939 |
D-1269 | 2161-2181 | GCUACUUUGACUAGUUUCAG | 271 | UCUGAAACUAGUCAAAGUAGCUU | 940 |
D-1270 | 557-577 | UGACUCUCAGUGCAGCCUAC | 272 | UGUAGGCUGCACUGAGAGUCAUU | 941 |
D-1271 | 604-624 | ACGCCCACCACAAAUGCAGU | 273 | AACUGCAUUUGUGGUGGGCGUUU | 942 |
D-1272 | 683-703 | CCCAGUGGAUAACCAGCUUC | 274 | AGAAGCUGGUUAUCCACUGGGUU | 943 |
D-1273 | 763-783 | CAUCAAAUAGCAGACUUGUU | 275 | AAACAAGUCUGCUAUUUGAUGUU | 944 |
D-1274 | 765-785 | UCAAAUAGCAGACUUGUUCC | 276 | AGGAACAAGUCUGCUAUUUGAUU | 945 |
D-1275 | 864-884 | CAGGCUAGAGAAGAAAGUUA | 277 | UUAACUUUCUUCUCUAGCCUGUU | 946 |
D-1276; D-2064 | 865-885 | AGGCUAGAGAAGAAAGUUAA | 278 | UUUAACUUUCUUCUCUAGCCUUU | 947 |
D-1277 | 889-909 | ACCAACUUCAGGCCCAAUAU | 279 | AAUAUUGGGCCUGAAGUUGGUUU | 948 |
D-1278 | 952-972 | GAGCUUCUUAUUGGUGACGU | 280 | AACGUCACCAAUAAGAAGCUCUU | 949 |
D-1279 | 955-975 | CUUCUUAUUGGUGACGUGGA | 281 | UUCCACGUCACCAAUAAGAAGUU | 950 |
D-1280 | 957-977 | UCUUAUUGGUGACGUGGAAC | 282 | AGUUCCACGUCACCAAUAAGAUU | 951 |
D-1281 | 961-981 | AUUGGUGACGUGGAACUGAA | 283 | UUUCAGUUCCACGUCACCAAUUU | 952 |
D-1282; D-2144 | 992-1012 | CUUGUUCCAGAUGCAUUUUA | 284 | UUAAAAUGCAUCUGGAACAAGUU | 953 |
D-1283 | 994-1014 | UGUUCCAGAUGCAUUUUAAC | 285 | AGUUAAAAUGCAUCUGGAACAUU | 954 |
D-1284; D-2074 | 1057-1077 | CUGGAAACACUGAAGAGUUA | 286 | AUAACUCUUCAGUGUUUCCAGUU | 955 |
D-1285; D-2125 | 1058-1078 | UGGAAACACUGAAGAGUUAU | 287 | AAUAACUCUUCAGUGUUUCCAUU | 956 |
D-1286; D-2138 | 1069-1089 | AAGAGUUAUCGCCAGUGUGA | 288 | AUCACACUGGCGAUAACUCUUUU | 957 |
D-1287 | 1070-1090 | AGAGUUAUCGCCAGUGUGAC | 289 | AGUCACACUGGCGAUAACUCUUU | 958 |
D-1288; D-2140 | 1104-1124 | GUUAUAUGGAAAAUCACCAC | 290 | AGUGGUGAUUUUCCAUAUAACUU | 959 |
D-1289 | 1141-1161 | GUGCUGGAAAACCCAGGGAC | 291 | AGUCCCUGGGUUUUCCAGCACUU | 960 |
D-1290 | 1142-1162 | UGCUGGAAAACCCAGGGACC | 292 | UGGUCCCUGGGUUUUCCAGCAUU | 961 |
D-1291 | 1143-1163 | GCUGGAAAACCCAGGGACCA | 293 | AUGGUCCCUGGGUUUUCCAGCUU | 962 |
D-1292 | 1148-1168 | AAAACCCAGGGACCAUCAAA | 294 | AUUUGAUGGUCCCUGGGUUUUUU | 963 |
D-1293 | 1149-1169 | AAACCCAGGGACCAUCAAAG | 295 | ACUUUGAUGGUCCCUGGGUUUUU | 964 |
D-1294 | 1150-1170 | AACCCAGGGACCAUCAAAGU | 296 | AACUUUGAUGGUCCCUGGGUUUU | 965 |
D-1295 | 1151-1171 | ACCCAGGGACCAUCAAAGUG | 297 | ACACUUUGAUGGUCCCUGGGUUU | 966 |
D-1296 | 1168-1188 | GUGGGAGACCCUGUGUACCU | 298 | AAGGUACACAGGGUCUCCCACUU | 967 |
D-1297 | 1188-1208 | GCUGGGCCAGUAAUGGGAAC | 299 | AGUUCCCAUUACUGGCCCAGCUU | 968 |
D-1298; D-2067 | 1248-1268 | CAAAAAUGACAACACUUGAA | 300 | AUUCAAGUGUUGUCAUUUUUGUU | 969 |
D-1299; D-2119; D-2491; D-2503; D-2509 | 1253-1273 | AUGACAACACUUGAAGCAUG | 301 | ACAUGCUUCAAGUGUUGUCAUUU | 970 |
D-1300 | 1261-1281 | ACUUGAAGCAUGGUGUUUCA | 302 | AUGAAACACCAUGCUUCAAGUUU | 971 |
D-1301 | 1306-1326 | AAAUUUGUGAUUUUCACAUU | 303 | AAAUGUGAAAAUCACAAAUUUUU | 972 |
D-1302; D-2307 | 1353-1373 | AAUGCUUCAAUGUCCCAGUG | 304 | ACACUGGGACAUUGAAGCAUUUU | 973 |
D-1303 | 1428-1448 | AAAUGACAAGACAGGAUUCU | 305 | AAGAAUCCUGUCUUGUCAUUUUU | 974 |
D-1304; D-2149 | 1469-1489 | UUAUGGAAUAGUUCUUUCUC | 306 | AGAGAAAGAACUAUUCCAUAAUU | 975 |
D-1305 | 1470-1490 | UAUGGAAUAGUUCUUUCUCC | 307 | AGGAGAAAGAACUAUUCCAUAUU | 976 |
D-1306 | 1474-1494 | GAAUAGUUCUUUCUCCUGCU | 308 | AAGCAGGAGAAAGAACUAUUCUU | 977 |
D-1307 | 1475-1495 | AAUAGUUCUUUCUCCUGCUU | 309 | AAAGCAGGAGAAAGAACUAUUUU | 978 |
D-1308 | 1523-1543 | UGCAUCCUGUCACUACCACU | 310 | AAGUGGUAGUGACAGGAUGCAUU | 979 |
D-1309 | 1524-1544 | GCAUCCUGUCACUACCACUC | 311 | AGAGUGGUAGUGACAGGAUGCUU | 980 |
D-1310; D-2139 | 1696-1716 | CCGGGCUAGCUUUUGAAAUG | 312 | ACAUUUCAAAAGCUAGCCCGGUU | 981 |
D-1311; D-2073 | 1697-1717 | CGGGCUAGCUUUUGAAAUGG | 313 | ACCAUUUCAAAAGCUAGCCCGUU | 982 |
D-1312 | 1721-1741 | AAGACUGAGGUGACCUUCAG | 314 | ACUGAAGGUCACCUCAGUCUUUU | 983 |
D-1313 | 1728-1748 | AGGUGACCUUCAGGAAGCAC | 315 | AGUGCUUCCUGAAGGUCACCUUU | 984 |
D-1314 | 1764-1784 | CCAUAGAUCUGGAUCUGGCC | 316 | AGGCCAGAUCCAGAUCUAUGGUU | 985 |
D-1315; D-2130 | 1805-1825 | UGGAUUUCCUAAAGGUGCUC | 317 | UGAGCACCUUUAGGAAAUCCAUU | 986 |
D-1316 | 1807-1827 | GAUUUCCUAAAGGUGCUCAG | 318 | ACUGAGCACCUUUAGGAAAUCUU | 987 |
D-1317 | 1811-1831 | UCCUAAAGGUGCUCAGGAGG | 319 | UCCUCCUGAGCACCUUUAGGAUU | 988 |
D-1318 | 1846-1866 | UGGAGGACCCCUGGAUCCUU | 320 | AAAGGAUCCAGGGGUCCUCCAUU | 989 |
D-1319 | 1847-1867 | GGAGGACCCCUGGAUCCUUG | 321 | ACAAGGAUCCAGGGGUCCUCCUU | 990 |
D-1320 | 1848-1868 | GAGGACCCCUGGAUCCUUGC | 322 | AGCAAGGAUCCAGGGGUCCUCUU | 991 |
D-1321 | 1887-1907 | CGGAGUGCUCCUUCUCCAGU | 323 | AACUGGAGAAGGAGCACUCCGUU | 992 |
D-1322 | 39-59 | AGAAGGACGCACUGCUCUGA | 324 | AUCAGAGCAGUGCGUCCUUCUUU | 993 |
D-1323 | 53-73 | CUCUGAUUGGCCCGGAAGGG | 325 | ACCCUUCCGGGCCAAUCAGAGUU | 994 |
D-1324 | 54-74 | UCUGAUUGGCCCGGAAGGGU | 326 | AACCCUUCCGGGCCAAUCAGAUU | 995 |
D-1325 | 55-75 | CUGAUUGGCCCGGAAGGGUU | 327 | AAACCCUUCCGGGCCAAUCAGUU | 996 |
D-1326 | 102-122 | GGCCAAAGGCCGCACCUUCC | 328 | AGGAAGGUGCGGCCUUUGGCCUU | 997 |
D-1327 | 168-188 | CCUCGCGGAGAAGCCAGCCA | 329 | AUGGCUGGCUUCUCCGCGAGGUU | 998 |
D-1328 | 174-194 | GGAGAAGCCAGCCAUGGGCG | 330 | ACGCCCAUGGCUGGCUUCUCCUU | 999 |
D-1329 | 175-195 | GAGAAGCCAGCCAUGGGCGC | 331 | AGCGCCCAUGGCUGGCUUCUCUU | 1000 |
D-1330 | 474-494 | GAUCAACCAGGAGGGAAACA | 332 | AUGUUUCCCUCCUGGUUGAUCUU | 1001 |
D-1331 | 499-519 | ACUGCUCGCCAGGAACCUCG | 333 | ACGAGGUUCCUGGCGAGCAGUUU | 1002 |
D-1332 | 504-524 | UCGCCAGGAACCUCGCCUGG | 334 | ACCAGGCGAGGUUCCUGGCGAUU | 1003 |
D-1333 | 506-526 | GCCAGGAACCUCGCCUGGUC | 335 | AGACCAGGCGAGGUUCCUGGCUU | 1004 |
D-1334 | 511-531 | GAACCUCGCCUGGUCCUGAU | 336 | AAUCAGGACCAGGCGAGGUUCUU | 1005 |
D-1335 | 545-565 | AUGGUGACACCCUGACUCUC | 337 | UGAGAGUCAGGGUGUCACCAUUU | 1006 |
D-1336 | 546-566 | UGGUGACACCCUGACUCUCA | 338 | AUGAGAGUCAGGGUGUCACCAUU | 1007 |
D-1337 | 550-570 | GACACCCUGACUCUCAGUGC | 339 | UGCACUGAGAGUCAGGGUGUCUU | 1008 |
D-1338; D-2085 | 553-573 | ACCCUGACUCUCAGUGCAGC | 340 | AGCUGCACUGAGAGUCAGGGUUU | 1009 |
D-1339 | 680-700 | CCGCCCAGUGGAUAACCAGC | 341 | AGCUGGUUAUCCACUGGGCGGUU | 1010 |
D-1340 | 720-740 | CCGCCUGGUGCACUUCGAGC | 342 | AGCUCGAAGUGCACCAGGCGGUU | 1011 |
D-1341 | 721-741 | CGCCUGGUGCACUUCGAGCC | 343 | AGGCUCGAAGUGCACCAGGCGUU | 1012 |
D-1342 | 722-742 | GCCUGGUGCACUUCGAGCCU | 344 | AAGGCUCGAAGUGCACCAGGCUU | 1013 |
D-1343 | 723-743 | CCUGGUGCACUUCGAGCCUC | 345 | UGAGGCUCGAAGUGCACCAGGUU | 1014 |
D-1344 | 724-744 | CUGGUGCACUUCGAGCCUCA | 346 | AUGAGGCUCGAAGUGCACCAGUU | 1015 |
D-1345 | 725-745 | UGGUGCACUUCGAGCCUCAC | 347 | UGUGAGGCUCGAAGUGCACCAUU | 1016 |
D-1346 | 726-746 | GGUGCACUUCGAGCCUCACA | 348 | AUGUGAGGCUCGAAGUGCACCUU | 1017 |
D-1347 | 727-747 | GUGCACUUCGAGCCUCACAU | 349 | AAUGUGAGGCUCGAAGUGCACUU | 1018 |
D-1348 | 728-748 | UGCACUUCGAGCCUCACAUG | 350 | ACAUGUGAGGCUCGAAGUGCAUU | 1019 |
D-1349 | 729-749 | GCACUUCGAGCCUCACAUGC | 351 | AGCAUGUGAGGCUCGAAGUGCUU | 1020 |
D-1350 | 730-750 | CACUUCGAGCCUCACAUGCG | 352 | UCGCAUGUGAGGCUCGAAGUGUU | 1021 |
D-1351 | 731-751 | ACUUCGAGCCUCACAUGCGA | 353 | AUCGCAUGUGAGGCUCGAAGUUU | 1022 |
D-1352 | 732-752 | CUUCGAGCCUCACAUGCGAC | 354 | AGUCGCAUGUGAGGCUCGAAGUU | 1023 |
D-1353 | 733-753 | UUCGAGCCUCACAUGCGACC | 355 | AGGUCGCAUGUGAGGCUCGAAUU | 1024 |
D-1354 | 734-754 | UCGAGCCUCACAUGCGACCG | 356 | UCGGUCGCAUGUGAGGCUCGAUU | 1025 |
D-1355 | 735-755 | CGAGCCUCACAUGCGACCGA | 357 | AUCGGUCGCAUGUGAGGCUCGUU | 1026 |
D-1356 | 738-758 | GCCUCACAUGCGACCGAGAC | 358 | AGUCUCGGUCGCAUGUGAGGCUU | 1027 |
D-1357 | 825-845 | CUUGAUCCUUUCUGAGGCGU | 359 | AACGCCUCAGAAAGGAUCAAGUU | 1028 |
D-1358 | 847-867 | CUGGCGGAUCUCAACUCCAG | 360 | ACUGGAGUUGAGAUCCGCCAGUU | 1029 |
D-1359 | 848-868 | UGGCGGAUCUCAACUCCAGG | 361 | ACCUGGAGUUGAGAUCCGCCAUU | 1030 |
D-1360 | 923-943 | GCGAUGUCUAUGCAGAGGAU | 362 | AAUCCUCUGCAUAGACAUCGCUU | 1031 |
D-1361 | 925-945 | GAUGUCUAUGCAGAGGAUUC | 363 | AGAAUCCUCUGCAUAGACAUCUU | 1032 |
D-1362 | 927-947 | UGUCUAUGCAGAGGAUUCUU | 364 | AAAGAAUCCUCUGCAUAGACAUU | 1033 |
D-1363; D-2084 | 928-948 | GUCUAUGCAGAGGAUUCUUG | 365 | ACAAGAAUCCUCUGCAUAGACUU | 1034 |
D-1364 | 929-949 | UCUAUGCAGAGGAUUCUUGG | 366 | ACCAAGAAUCCUCUGCAUAGAUU | 1035 |
D-1365 | 930-950 | CUAUGCAGAGGAUUCUUGGG | 367 | UCCCAAGAAUCCUCUGCAUAGUU | 1036 |
D-1366 | 984-1004 | GGUGAUGGCUUGUUCCAGAU | 368 | AAUCUGGAACAAGCCAUCACCUU | 1037 |
D-1367; D-2083; D-2244; D-2249 | 985-1005 | GUGAUGGCUUGUUCCAGAUG | 369 | ACAUCUGGAACAAGCCAUCACUU | 1038 |
D-1368 | 989-1009 | UGGCUUGUUCCAGAUGCAUU | 370 | AAAUGCAUCUGGAACAAGCCAUU | 1039 |
D-1369 | 1005-1025 | CAUUUUAACCACAGUGGACC | 371 | AGGUCCACUGUGGUUAAAAUGUU | 1040 |
D-1370 | 1007-1027 | UUUUAACCACAGUGGACCCA | 372 | AUGGGUCCACUGUGGUUAAAAUU | 1041 |
D-1371 | 1008-1028 | UUUAACCACAGUGGACCCAG | 373 | UCUGGGUCCACUGUGGUUAAAUU | 1042 |
D-1372 | 1118-1138 | CACCACUCUUUGGGCAGUAU | 374 | AAUACUGCCCAAAGAGUGGUGUU | 1043 |
D-1373 | 1119-1139 | ACCACUCUUUGGGCAGUAUU | 375 | AAAUACUGCCCAAAGAGUGGUUU | 1044 |
D-1374 | 1125-1145 | CUUUGGGCAGUAUUUUGUGC | 376 | AGCACAAAAUACUGCCCAAAGUU | 1045 |
D-1375; D-2071 | 1126-1146 | UUUGGGCAGUAUUUUGUGCU | 377 | AAGCACAAAAUACUGCCCAAAUU | 1046 |
D-1376 | 1127-1147 | UUGGGCAGUAUUUUGUGCUG | 378 | ACAGCACAAAAUACUGCCCAAUU | 1047 |
D-1377 | 1128-1148 | UGGGCAGUAUUUUGUGCUGG | 379 | UCCAGCACAAAAUACUGCCCAUU | 1048 |
D-1378 | 1130-1150 | GGCAGUAUUUUGUGCUGGAA | 380 | UUUCCAGCACAAAAUACUGCCUU | 1049 |
D-1379 | 1135-1155 | UAUUUUGUGCUGGAAAACCC | 381 | UGGGUUUUCCAGCACAAAAUAUU | 1050 |
D-1380 | 1136-1156 | AUUUUGUGCUGGAAAACCCA | 382 | AUGGGUUUUCCAGCACAAAAUUU | 1051 |
D-1381; D-2154 | 1206-1226 | ACCGUAUGUCCUGGAAUAUU | 383 | UAAUAUUCCAGGACAUACGGUUU | 1052 |
D-1382; D-2066 | 1207-1227 | CCGUAUGUCCUGGAAUAUUA | 384 | AUAAUAUUCCAGGACAUACGGUU | 1053 |
D-1383; D-2063 | 1209-1229 | GUAUGUCCUGGAAUAUUAGA | 385 | AUCUAAUAUUCCAGGACAUACUU | 1054 |
D-1384; D-2142 | 1210-1230 | UAUGUCCUGGAAUAUUAGAU | 386 | AAUCUAAUAUUCCAGGACAUAUU | 1055 |
D-1385; D-2301; D-2441; D-2445 | 1211-1231 | AUGUCCUGGAAUAUUAGAUG | 387 | ACAUCUAAUAUUCCAGGACAUUU | 1056 |
D-1386; D-2081; D-2245; D-2250; D-2312; D-2317; D-2322; D-2327; D-2332; D-2337; D-2342; D-2347; D-2352; D-2357; D-2396 | 1212-1232 | UGUCCUGGAAUAUUAGAUGC | 388 | AGCAUCUAAUAUUCCAGGACAUU | 1057 |
D-1387; D-2080; D-2246; D-2251; D-2264; D-2276; D-2277; D-2278; D-2279; D-2280; D-2281; D-2282; D-2283; D-2284; D-2285; D-2286; D-2287; D-2288; D-2289; D-2311; D-2316; D-2321; D-2326; D-2331; D-2336; D-2341; D-2346; D-2351; D-2356; D-2395 | 1213-1233 | GUCCUGGAAUAUUAGAUGCC | 389 | AGGCAUCUAAUAUUCCAGGACUU | 1058 |
D-1388; D-2078; D-2248; D-2253; D-2265; D-2309; D-2314; D-2319; D-2324; D-2329; D-2334; D-2339; D-2344; D-2349; D-2354; D-2393 | 1214-1234 | UCCUGGAAUAUUAGAUGCCU | 390 | AAGGCAUCUAAUAUUCCAGGAUU | 1059 |
D-1389; D-2077 | 1215-1235 | CCUGGAAUAUUAGAUGCCUU | 391 | AAAGGCAUCUAAUAUUCCAGGUU | 1060 |
D-1390; D-2076 | 1216-1236 | CUGGAAUAUUAGAUGCCUUU | 392 | AAAAGGCAUCUAAUAUUCCAGUU | 1061 |
D-1391; D-2150 | 1269-1289 | CAUGGUGUUUCAGAACUGAG | 393 | UCUCAGUUCUGAAACACCAUGUU | 1062 |
D-1392 | 1270-1290 | AUGGUGUUUCAGAACUGAGA | 394 | AUCUCAGUUCUGAAACACCAUUU | 1063 |
D-1393 | 1271-1291 | UGGUGUUUCAGAACUGAGAC | 395 | AGUCUCAGUUCUGAAACACCAUU | 1064 |
D-1394 | 1272-1292 | GGUGUUUCAGAACUGAGACC | 396 | AGGUCUCAGUUCUGAAACACCUU | 1065 |
D-1395; D-2131 | 1935-1955 | GAGGAGAAGAAAAGUGAUUC | 397 | UGAAUCACUUUUCUUCUCCUCUU | 1066 |
D-1396; D-2070; D-2471 | 1939-1959 | AGAAGAAAAGUGAUUCAGUG | 398 | UCACUGAAUCACUUUUCUUCUUU | 1067 |
D-1397; D-2151 | 1940-1960 | GAAGAAAAGUGAUUCAGUGA | 399 | AUCACUGAAUCACUUUUCUUCUU | 1068 |
D-1398 | 1943-1963 | GAAAAGUGAUUCAGUGAUUU | 400 | AAAAUCACUGAAUCACUUUUCUU | 1069 |
D-1399; D-2141 | 1945-1965 | AAAGUGAUUCAGUGAUUUCA | 401 | AUGAAAUCACUGAAUCACUUUUU | 1070 |
D-1400; D-2069 | 1970-1990 | ACUACUGAAAACCUUUAAAG | 402 | ACUUUAAAGGUUUUCAGUAGUUU | 1071 |
D-1401; D-2068 | 1972-1992 | UACUGAAAACCUUUAAAGGG | 403 | ACCCUUUAAAGGUUUUCAGUAUU | 1072 |
D-1402; D-2065 | 2048-2068 | UGUAUAACUCUAAGAUCUGA | 404 | AUCAGAUCUUAGAGUUAUACAUU | 1073 |
D-1403; D-2302; D-2493; D-2505; D-2511 | 2050-2070 | UAUAACUCUAAGAUCUGAUG | 405 | UCAUCAGAUCUUAGAGUUAUAUU | 1074 |
D-1404; D-2143 | 2051-2071 | AUAACUCUAAGAUCUGAUGA | 406 | UUCAUCAGAUCUUAGAGUUAUUU | 1075 |
D-1405; D-2082; D-2313; D-2318; D-2323; D-2328; D-2333; D-2338; D-2343; D-2348; D-2353; D-2358; D-2397; D-2470 | 2052-2072 | UAACUCUAAGAUCUGAUGAA | 407 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUAUU | 1076 |
D-1406; D-2137 | 2053-2073 | AACUCUAAGAUCUGAUGAAG | 408 | ACUUCAUCAGAUCUUAGAGUUUU | 1077 |
D-1407; D-2079; D-2247; D-2252; D-2266; D-2310; D-2315; D-2320; D-2325; D-2330; D-2335; D-2340; D-2345; D-2350; D-2355; D-2394 | 2054-2074 | ACUCUAAGAUCUGAUGAAGU | 409 | UACUUCAUCAGAUCUUAGAGUUU | 1078 |
D-1408 | 57-77 | GAUUGGCCCGGAAGGGUUCA | 410 | AUGAACCCUUCCGGGCCAAUCUU | 1079 |
D-1409 | 89-109 | CCUUUGGGCUCGGGGCCAAA | 411 | AUUUGGCCCCGAGCCCAAAGGUU | 1080 |
D-1410 | 92-112 | UUGGGCUCGGGGCCAAAGGC | 412 | AGCCUUUGGCCCCGAGCCCAAUU | 1081 |
D-1411 | 112-132 | CGCACCUUCCCCCAGCGGCC | 413 | AGGCCGCUGGGGGAAGGUGCGUU | 1082 |
D-1412 | 159-179 | CCGCCGCCACCUCGCGGAGA | 414 | UUCUCCGCGAGGUGGCGGCGGUU | 1083 |
D-1413 | 205-225 | UCCGCGCUGGCGCGCUUUGU | 415 | AACAAAGCGCGCCAGCGCGGAUU | 1084 |
D-1414 | 206-226 | CCGCGCUGGCGCGCUUUGUC | 416 | AGACAAAGCGCGCCAGCGCGGUU | 1085 |
D-1415 | 207-227 | CGCGCUGGCGCGCUUUGUCC | 417 | AGGACAAAGCGCGCCAGCGCGUU | 1086 |
D-1416; D-2091 | 215-235 | CGCGCUUUGUCCUCCUCGCG | 418 | ACGCGAGGAGGACAAAGCGCGUU | 1087 |
D-1417 | 216-236 | GCGCUUUGUCCUCCUCGCGC | 419 | UGCGCGAGGAGGACAAAGCGCUU | 1088 |
D-1418 | 217-237 | CGCUUUGUCCUCCUCGCGCA | 420 | UUGCGCGAGGAGGACAAAGCGUU | 1089 |
D-1419 | 218-238 | GCUUUGUCCUCCUCGCGCAA | 421 | AUUGCGCGAGGAGGACAAAGCUU | 1090 |
D-1420; D-2093 | 219-239 | CUUUGUCCUCCUCGCGCAAU | 422 | AAUUGCGCGAGGAGGACAAAGUU | 1091 |
D-1421; D-2095 | 220-240 | UUUGUCCUCCUCGCGCAAUC | 423 | AGAUUGCGCGAGGAGGACAAAUU | 1092 |
D-1422 | 222-242 | UGUCCUCCUCGCGCAAUCCC | 424 | AGGGAUUGCGCGAGGAGGACAUU | 1093 |
D-1423 | 223-243 | GUCCUCCUCGCGCAAUCCCG | 425 | ACGGGAUUGCGCGAGGAGGACUU | 1094 |
D-1424 | 224-244 | UCCUCCUCGCGCAAUCCCGG | 426 | ACCGGGAUUGCGCGAGGAGGAUU | 1095 |
D-1425 | 225-245 | CCUCCUCGCGCAAUCCCGGC | 427 | AGCCGGGAUUGCGCGAGGAGGUU | 1096 |
D-1426 | 229-249 | CUCGCGCAAUCCCGGCCCGG | 428 | ACCGGGCCGGGAUUGCGCGAGUU | 1097 |
D-1427 | 232-252 | GCGCAAUCCCGGCCCGGGUG | 429 | ACACCCGGGCCGGGAUUGCGCUU | 1098 |
D-1428 | 233-253 | CGCAAUCCCGGCCCGGGUGG | 430 | ACCACCCGGGCCGGGAUUGCGUU | 1099 |
D-1429 | 234-254 | GCAAUCCCGGCCCGGGUGGC | 431 | AGCCACCCGGGCCGGGAUUGCUU | 1100 |
D-1430 | 242-262 | GGCCCGGGUGGCUCGGGGUU | 432 | AAACCCCGAGCCACCCGGGCCUU | 1101 |
D-1431 | 243-263 | GCCCGGGUGGCUCGGGGUUG | 433 | ACAACCCCGAGCCACCCGGGCUU | 1102 |
D-1432 | 244-264 | CCCGGGUGGCUCGGGGUUGC | 434 | AGCAACCCCGAGCCACCCGGGUU | 1103 |
D-1433 | 254-274 | UCGGGGUUGCCGCGCUGGGC | 435 | AGCCCAGCGCGGCAACCCCGAUU | 1104 |
D-1434 | 258-278 | GGUUGCCGCGCUGGGCCUGA | 436 | AUCAGGCCCAGCGCGGCAACCUU | 1105 |
D-1435 | 262-282 | GCCGCGCUGGGCCUGACCGC | 437 | AGCGGUCAGGCCCAGCGCGGCUU | 1106 |
D-1436 | 265-285 | GCGCUGGGCCUGACCGCGGU | 438 | AACCGCGGUCAGGCCCAGCGCUU | 1107 |
D-1437 | 269-289 | UGGGCCUGACCGCGGUGGCG | 439 | ACGCCACCGCGGUCAGGCCCAUU | 1108 |
D-1438 | 270-290 | GGGCCUGACCGCGGUGGCGC | 440 | AGCGCCACCGCGGUCAGGCCCUU | 1109 |
D-1439; D-2122 | 484-504 | GAGGGAAACAUGGUUACUGC | 441 | AGCAGUAACCAUGUUUCCCUCUU | 1110 |
D-1440 | 487-507 | GGAAACAUGGUUACUGCUCG | 442 | ACGAGCAGUAACCAUGUUUCCUU | 1111 |
D-1441; D-2092 | 488-508 | GAAACAUGGUUACUGCUCGC | 443 | AGCGAGCAGUAACCAUGUUUCUU | 1112 |
D-1442 | 489-509 | AAACAUGGUUACUGCUCGCC | 444 | UGGCGAGCAGUAACCAUGUUUUU | 1113 |
D-1443 | 490-510 | AACAUGGUUACUGCUCGCCA | 445 | AUGGCGAGCAGUAACCAUGUUUU | 1114 |
D-1444 | 491-511 | ACAUGGUUACUGCUCGCCAG | 446 | ACUGGCGAGCAGUAACCAUGUUU | 1115 |
D-1445 | 496-516 | GUUACUGCUCGCCAGGAACC | 447 | AGGUUCCUGGCGAGCAGUAACUU | 1116 |
D-1446 | 531-551 | UUCCCUGACCUGCGAUGGUG | 448 | UCACCAUCGCAGGUCAGGGAAUU | 1117 |
D-1447 | 538-558 | ACCUGCGAUGGUGACACCCU | 449 | AAGGGUGUCACCAUCGCAGGUUU | 1118 |
D-1448 | 566-586 | GUGCAGCCUACACAAAGGAC | 450 | AGUCCUUUGUGUAGGCUGCACUU | 1119 |
D-1449 | 567-587 | UGCAGCCUACACAAAGGACC | 451 | AGGUCCUUUGUGUAGGCUGCAUU | 1120 |
D-1450 | 569-589 | CAGCCUACACAAAGGACCUA | 452 | AUAGGUCCUUUGUGUAGGCUGUU | 1121 |
D-1451; D-2086 | 570-590 | AGCCUACACAAAGGACCUAC | 453 | AGUAGGUCCUUUGUGUAGGCUUU | 1122 |
D-1452 | 571-591 | GCCUACACAAAGGACCUACU | 454 | UAGUAGGUCCUUUGUGUAGGCUU | 1123 |
D-1453 | 572-592 | CCUACACAAAGGACCUACUA | 455 | AUAGUAGGUCCUUUGUGUAGGUU | 1124 |
D-1454 | 573-593 | CUACACAAAGGACCUACUAC | 456 | AGUAGUAGGUCCUUUGUGUAGUU | 1125 |
D-1455; D-2110 | 576-596 | CACAAAGGACCUACUACUGC | 457 | AGCAGUAGUAGGUCCUUUGUGUU | 1126 |
D-1456 | 581-601 | AGGACCUACUACUGCCUAUC | 458 | UGAUAGGCAGUAGUAGGUCCUUU | 1127 |
D-1457 | 582-602 | GGACCUACUACUGCCUAUCA | 459 | UUGAUAGGCAGUAGUAGGUCCUU | 1128 |
D-1458; D-2134 | 584-604 | ACCUACUACUGCCUAUCAAA | 460 | UUUUGAUAGGCAGUAGUAGGUUU | 1129 |
D-1459; D-2135 | 587-607 | UACUACUGCCUAUCAAAACG | 461 | ACGUUUUGAUAGGCAGUAGUAUU | 1130 |
D-1460; D-2098 | 589-609 | CUACUGCCUAUCAAAACGCC | 462 | AGGCGUUUUGAUAGGCAGUAGUU | 1131 |
D-1461 | 594-614 | GCCUAUCAAAACGCCCACCA | 463 | AUGGUGGGCGUUUUGAUAGGCUU | 1132 |
D-1462 | 610-630 | ACCACAAAUGCAGUGCACAA | 464 | AUUGUGCACUGCAUUUGUGGUUU | 1133 |
D-1463 | 612-632 | CACAAAUGCAGUGCACAAGU | 465 | AACUUGUGCACUGCAUUUGUGUU | 1134 |
D-1464 | 614-634 | CAAAUGCAGUGCACAAGUGC | 466 | UGCACUUGUGCACUGCAUUUGUU | 1135 |
D-1465 | 617-637 | AUGCAGUGCACAAGUGCAGA | 467 | AUCUGCACUUGUGCACUGCAUUU | 1136 |
D-1466 | 621-641 | AGUGCACAAGUGCAGAGUGC | 468 | UGCACUCUGCACUUGUGCACUUU | 1137 |
D-1467 | 626-646 | ACAAGUGCAGAGUGCACGGC | 469 | AGCCGUGCACUCUGCACUUGUUU | 1138 |
D-1468 | 627-647 | CAAGUGCAGAGUGCACGGCC | 470 | AGGCCGUGCACUCUGCACUUGUU | 1139 |
D-1469 | 631-651 | UGCAGAGUGCACGGCCUGGA | 471 | AUCCAGGCCGUGCACUCUGCAUU | 1140 |
D-1470 | 634-654 | AGAGUGCACGGCCUGGAGAU | 472 | UAUCUCCAGGCCGUGCACUCUUU | 1141 |
D-1471 | 635-655 | GAGUGCACGGCCUGGAGAUA | 473 | AUAUCUCCAGGCCGUGCACUCUU | 1142 |
D-1472 | 647-667 | UGGAGAUAGAGGGCAGGGAC | 474 | AGUCCCUGCCCUCUAUCUCCAUU | 1143 |
D-1473 | 701-721 | UCCUGAAGUCACAGCCCUAC | 475 | AGUAGGGCUGUGACUUCAGGAUU | 1144 |
D-1474 | 703-723 | CUGAAGUCACAGCCCUACCG | 476 | ACGGUAGGGCUGUGACUUCAGUU | 1145 |
D-1475 | 705-725 | GAAGUCACAGCCCUACCGCC | 477 | AGGCGGUAGGGCUGUGACUUCUU | 1146 |
D-1476 | 739-759 | CCUCACAUGCGACCGAGACG | 478 | ACGUCUCGGUCGCAUGUGAGGUU | 1147 |
D-1477 | 740-760 | CUCACAUGCGACCGAGACGU | 479 | AACGUCUCGGUCGCAUGUGAGUU | 1148 |
D-1478 | 741-761 | UCACAUGCGACCGAGACGUC | 480 | AGACGUCUCGGUCGCAUGUGAUU | 1149 |
D-1479 | 742-762 | CACAUGCGACCGAGACGUCC | 481 | AGGACGUCUCGGUCGCAUGUGUU | 1150 |
D-1480 | 743-763 | ACAUGCGACCGAGACGUCCU | 482 | AAGGACGUCUCGGUCGCAUGUUU | 1151 |
D-1481 | 746-766 | UGCGACCGAGACGUCCUCAU | 483 | AAUGAGGACGUCUCGGUCGCAUU | 1152 |
D-1482 | 747-767 | GCGACCGAGACGUCCUCAUC | 484 | UGAUGAGGACGUCUCGGUCGCUU | 1153 |
D-1483 | 751-771 | CCGAGACGUCCUCAUCAAAU | 485 | UAUUUGAUGAGGACGUCUCGGUU | 1154 |
D-1484 | 752-772 | CGAGACGUCCUCAUCAAAUA | 486 | AUAUUUGAUGAGGACGUCUCGUU | 1155 |
D-1485 | 754-774 | AGACGUCCUCAUCAAAUAGC | 487 | UGCUAUUUGAUGAGGACGUCUUU | 1156 |
D-1486 | 759-779 | UCCUCAUCAAAUAGCAGACU | 488 | AAGUCUGCUAUUUGAUGAGGAUU | 1157 |
D-1487; D-2099 | 761-781 | CUCAUCAAAUAGCAGACUUG | 489 | ACAAGUCUGCUAUUUGAUGAGUU | 1158 |
D-1488 | 809-829 | CAGACACCAGCCCAUUCUUG | 490 | UCAAGAAUGGGCUGGUGUCUGUU | 1159 |
D-1489; D-2100 | 810-830 | AGACACCAGCCCAUUCUUGA | 491 | AUCAAGAAUGGGCUGGUGUCUUU | 1160 |
D-1490 | 811-831 | GACACCAGCCCAUUCUUGAU | 492 | AAUCAAGAAUGGGCUGGUGUCUU | 1161 |
D-1491; D-2101 | 816-836 | CAGCCCAUUCUUGAUCCUUU | 493 | AAAAGGAUCAAGAAUGGGCUGUU | 1162 |
D-1492; D-2112 | 820-840 | CCAUUCUUGAUCCUUUCUGA | 494 | AUCAGAAAGGAUCAAGAAUGGUU | 1163 |
D-1493; D-2102 | 934-954 | GCAGAGGAUUCUUGGGAUGA | 495 | AUCAUCCCAAGAAUCCUCUGCUU | 1164 |
D-1494 | 941-961 | AUUCUUGGGAUGAGCUUCUU | 496 | UAAGAAGCUCAUCCCAAGAAUUU | 1165 |
D-1495 | 944-964 | CUUGGGAUGAGCUUCUUAUU | 497 | AAAUAAGAAGCUCAUCCCAAGUU | 1166 |
D-1496 | 947-967 | GGGAUGAGCUUCUUAUUGGU | 498 | AACCAAUAAGAAGCUCAUCCCUU | 1167 |
D-1497 | 948-968 | GGAUGAGCUUCUUAUUGGUG | 499 | UCACCAAUAAGAAGCUCAUCCUU | 1168 |
D-1498 | 970-990 | GUGGAACUGAAAAGGGUGAU | 500 | AAUCACCCUUUUCAGUUCCACUU | 1169 |
D-1499 | 971-991 | UGGAACUGAAAAGGGUGAUG | 501 | ACAUCACCCUUUUCAGUUCCAUU | 1170 |
D-1500 | 973-993 | GAACUGAAAAGGGUGAUGGC | 502 | AGCCAUCACCCUUUUCAGUUCUU | 1171 |
D-1501 | 976-996 | CUGAAAAGGGUGAUGGCUUG | 503 | ACAAGCCAUCACCCUUUUCAGUU | 1172 |
D-1502 | 977-997 | UGAAAAGGGUGAUGGCUUGU | 504 | AACAAGCCAUCACCCUUUUCAUU | 1173 |
D-1503; D-2096 | 978-998 | GAAAAGGGUGAUGGCUUGUU | 505 | AAACAAGCCAUCACCCUUUUCUU | 1174 |
D-1504; D-2097 | 979-999 | AAAAGGGUGAUGGCUUGUUC | 506 | AGAACAAGCCAUCACCCUUUUUU | 1175 |
D-1505 | 1018-1038 | GUGGACCCAGACACCGGUGU | 507 | AACACCGGUGUCUGGGUCCACUU | 1176 |
D-1506 | 1019-1039 | UGGACCCAGACACCGGUGUC | 508 | UGACACCGGUGUCUGGGUCCAUU | 1177 |
D-1507 | 1020-1040 | GGACCCAGACACCGGUGUCA | 509 | AUGACACCGGUGUCUGGGUCCUU | 1178 |
D-1508 | 1022-1042 | ACCCAGACACCGGUGUCAUG | 510 | UCAUGACACCGGUGUCUGGGUUU | 1179 |
D-1509 | 1024-1044 | CCAGACACCGGUGUCAUGAG | 511 | ACUCAUGACACCGGUGUCUGGUU | 1180 |
D-1510 | 1029-1049 | CACCGGUGUCAUGAGCAGGA | 512 | UUCCUGCUCAUGACACCGGUGUU | 1181 |
D-1511 | 1036-1056 | GUCAUGAGCAGGAAGGAACC | 513 | AGGUUCCUUCCUGCUCAUGACUU | 1182 |
D-1512 | 1039-1059 | AUGAGCAGGAAGGAACCGCU | 514 | AAGCGGUUCCUUCCUGCUCAUUU | 1183 |
D-1513 | 1045-1065 | AGGAAGGAACCGCUGGAAAC | 515 | UGUUUCCAGCGGUUCCUUCCUUU | 1184 |
D-1514 | 1046-1066 | GGAAGGAACCGCUGGAAACA | 516 | AUGUUUCCAGCGGUUCCUUCCUU | 1185 |
D-1515; D-2088 | 1047-1067 | GAAGGAACCGCUGGAAACAC | 517 | AGUGUUUCCAGCGGUUCCUUCUU | 1186 |
D-1516 | 1189-1209 | CUGGGCCAGUAAUGGGAACC | 518 | AGGUUCCCAUUACUGGCCCAGUU | 1187 |
D-1517 | 1191-1211 | GGGCCAGUAAUGGGAACCGU | 519 | UACGGUUCCCAUUACUGGCCCUU | 1188 |
D-1518 | 1192-1212 | GGCCAGUAAUGGGAACCGUA | 520 | AUACGGUUCCCAUUACUGGCCUU | 1189 |
D-1519 | 1193-1213 | GCCAGUAAUGGGAACCGUAU | 521 | AAUACGGUUCCCAUUACUGGCUU | 1190 |
D-1520 | 1194-1214 | CCAGUAAUGGGAACCGUAUG | 522 | ACAUACGGUUCCCAUUACUGGUU | 1191 |
D-1521 | 1195-1215 | CAGUAAUGGGAACCGUAUGU | 523 | AACAUACGGUUCCCAUUACUGUU | 1192 |
D-1522 | 1196-1216 | AGUAAUGGGAACCGUAUGUC | 524 | AGACAUACGGUUCCCAUUACUUU | 1193 |
D-1523 | 1201-1221 | UGGGAACCGUAUGUCCUGGA | 525 | UUCCAGGACAUACGGUUCCCAUU | 1194 |
D-1524 | 1203-1223 | GGAACCGUAUGUCCUGGAAU | 526 | UAUUCCAGGACAUACGGUUCCUU | 1195 |
D-1525; D-2113; D-2376; D-2380 | 1219-1239 | GAAUAUUAGAUGCCUUUUAA | 527 | UUUAAAAGGCAUCUAAUAUUCUU | 1196 |
D-1526; D-2108; D-2440; D-2444 | 1227-1247 | GAUGCCUUUUAAAAAUGUUC | 528 | AGAACAUUUUUAAAAGGCAUCUU | 1197 |
D-1527 | 1275-1295 | GUUUCAGAACUGAGACCUCU | 529 | UAGAGGUCUCAGUUCUGAAACUU | 1198 |
D-1528 | 1278-1298 | UCAGAACUGAGACCUCUACA | 530 | AUGUAGAGGUCUCAGUUCUGAUU | 1199 |
D-1529 | 1283-1303 | ACUGAGACCUCUACAUUUUC | 531 | AGAAAAUGUAGAGGUCUCAGUUU | 1200 |
D-1530 | 1284-1304 | CUGAGACCUCUACAUUUUCU | 532 | AAGAAAAUGUAGAGGUCUCAGUU | 1201 |
D-1531 | 1285-1305 | UGAGACCUCUACAUUUUCUU | 533 | AAAGAAAAUGUAGAGGUCUCAUU | 1202 |
D-1532; D-2146 | 1313-1333 | UGAUUUUCACAUUUUUCGUC | 534 | AGACGAAAAAUGUGAAAAUCAUU | 1203 |
D-1533; D-2111; D-2374; D-2375; D-2379; D-2383 | 1314-1334 | GAUUUUCACAUUUUUCGUCU | 535 | AAGACGAAAAAUGUGAAAAUCUU | 1204 |
D-1534 | 1315-1335 | AUUUUCACAUUUUUCGUCUU | 536 | AAAGACGAAAAAUGUGAAAAUUU | 1205 |
D-1535 | 1317-1337 | UUUCACAUUUUUCGUCUUUU | 537 | AAAAAGACGAAAAAUGUGAAAUU | 1206 |
D-1536 | 1318-1338 | UUCACAUUUUUCGUCUUUUG | 538 | ACAAAAGACGAAAAAUGUGAAUU | 1207 |
D-1537 | 1319-1339 | UCACAUUUUUCGUCUUUUGG | 539 | UCCAAAAGACGAAAAAUGUGAUU | 1208 |
D-1538 | 1321-1341 | ACAUUUUUCGUCUUUUGGAC | 540 | AGUCCAAAAGACGAAAAAUGUUU | 1209 |
D-1539 | 1325-1345 | UUUUCGUCUUUUGGACUUCU | 541 | AAGAAGUCCAAAAGACGAAAAUU | 1210 |
D-1540 | 1326-1346 | UUUCGUCUUUUGGACUUCUG | 542 | ACAGAAGUCCAAAAGACGAAAUU | 1211 |
D-1541 | 1327-1347 | UUCGUCUUUUGGACUUCUGG | 543 | ACCAGAAGUCCAAAAGACGAAUU | 1212 |
D-1542 | 1328-1348 | UCGUCUUUUGGACUUCUGGU | 544 | AACCAGAAGUCCAAAAGACGAUU | 1213 |
D-1543 | 1332-1352 | CUUUUGGACUUCUGGUGUCU | 545 | AAGACACCAGAAGUCCAAAAGUU | 1214 |
D-1544 | 1335-1355 | UUGGACUUCUGGUGUCUCAA | 546 | AUUGAGACACCAGAAGUCCAAUU | 1215 |
D-1545 | 1337-1357 | GGACUUCUGGUGUCUCAAUG | 547 | ACAUUGAGACACCAGAAGUCCUU | 1216 |
D-1546 | 1338-1358 | GACUUCUGGUGUCUCAAUGC | 548 | AGCAUUGAGACACCAGAAGUCUU | 1217 |
D-1547 | 1341-1361 | UUCUGGUGUCUCAAUGCUUC | 549 | UGAAGCAUUGAGACACCAGAAUU | 1218 |
D-1548 | 1356-1376 | GCUUCAAUGUCCCAGUGCAA | 550 | UUUGCACUGGGACAUUGAAGCUU | 1219 |
D-1549; D-2075 | 1362-1382 | AUGUCCCAGUGCAAAAAGUA | 551 | UUACUUUUUGCACUGGGACAUUU | 1220 |
D-1550 | 1363-1383 | UGUCCCAGUGCAAAAAGUAA | 552 | UUUACUUUUUGCACUGGGACAUU | 1221 |
D-1551; D-2152 | 1364-1384 | GUCCCAGUGCAAAAAGUAAA | 553 | AUUUACUUUUUGCACUGGGACUU | 1222 |
D-1552; D-2157 | 1365-1385 | UCCCAGUGCAAAAAGUAAAG | 554 | UCUUUACUUUUUGCACUGGGAUU | 1223 |
D-1553 | 1369-1389 | AGUGCAAAAAGUAAAGAAAU | 555 | UAUUUCUUUACUUUUUGCACUUU | 1224 |
D-1554 | 1382-1402 | AAGAAAUAUAGUCUCAAUAA | 556 | AUUAUUGAGACUAUAUUUCUUUU | 1225 |
D-1555; D-2136; D-2438; D-2442 | 1385-1405 | AAAUAUAGUCUCAAUAACUU | 557 | UAAGUUAUUGAGACUAUAUUUUU | 1226 |
D-1556; D-2156 | 1387-1407 | AUAUAGUCUCAAUAACUUAG | 558 | ACUAAGUUAUUGAGACUAUAUUU | 1227 |
D-1557 | 1388-1408 | UAUAGUCUCAAUAACUUAGU | 559 | UACUAAGUUAUUGAGACUAUAUU | 1228 |
D-1558 | 1389-1409 | AUAGUCUCAAUAACUUAGUA | 560 | AUACUAAGUUAUUGAGACUAUUU | 1229 |
D-1559 | 1390-1410 | UAGUCUCAAUAACUUAGUAG | 561 | ACUACUAAGUUAUUGAGACUAUU | 1230 |
D-1560 | 1391-1411 | AGUCUCAAUAACUUAGUAGG | 562 | UCCUACUAAGUUAUUGAGACUUU | 1231 |
D-1561 | 1395-1415 | UCAAUAACUUAGUAGGACUU | 563 | AAAGUCCUACUAAGUUAUUGAUU | 1232 |
D-1562 | 1396-1416 | CAAUAACUUAGUAGGACUUC | 564 | UGAAGUCCUACUAAGUUAUUGUU | 1233 |
D-1563 | 1398-1418 | AUAACUUAGUAGGACUUCAG | 565 | ACUGAAGUCCUACUAAGUUAUUU | 1234 |
D-1564 | 1400-1420 | AACUUAGUAGGACUUCAGUA | 566 | UUACUGAAGUCCUACUAAGUUUU | 1235 |
D-1565 | 1401-1421 | ACUUAGUAGGACUUCAGUAA | 567 | AUUACUGAAGUCCUACUAAGUUU | 1236 |
D-1566 | 1403-1423 | UUAGUAGGACUUCAGUAAGU | 568 | AACUUACUGAAGUCCUACUAAUU | 1237 |
D-1567 | 1404-1424 | UAGUAGGACUUCAGUAAGUC | 569 | UGACUUACUGAAGUCCUACUAUU | 1238 |
D-1568 | 1405-1425 | AGUAGGACUUCAGUAAGUCA | 570 | AUGACUUACUGAAGUCCUACUUU | 1239 |
D-1569 | 1407-1427 | UAGGACUUCAGUAAGUCACU | 571 | AAGUGACUUACUGAAGUCCUAUU | 1240 |
D-1570 | 1427-1447 | UAAAUGACAAGACAGGAUUC | 572 | AGAAUCCUGUCUUGUCAUUUAUU | 1241 |
D-1571 | 1441-1461 | GGAUUCUGAAAACUCCCCGU | 573 | AACGGGGAGUUUUCAGAAUCCUU | 1242 |
D-1572 | 1442-1462 | GAUUCUGAAAACUCCCCGUU | 574 | AAACGGGGAGUUUUCAGAAUCUU | 1243 |
D-1573 | 1444-1464 | UUCUGAAAACUCCCCGUUUA | 575 | UUAAACGGGGAGUUUUCAGAAUU | 1244 |
D-1574 | 1445-1465 | UCUGAAAACUCCCCGUUUAA | 576 | AUUAAACGGGGAGUUUUCAGAUU | 1245 |
D-1575 | 1446-1466 | CUGAAAACUCCCCGUUUAAC | 577 | AGUUAAACGGGGAGUUUUCAGUU | 1246 |
D-1576; D-2107 | 1447-1467 | UGAAAACUCCCCGUUUAACU | 578 | AAGUUAAACGGGGAGUUUUCAUU | 1247 |
D-1577 | 1449-1469 | AAAACUCCCCGUUUAACUGA | 579 | AUCAGUUAAACGGGGAGUUUUUU | 1248 |
D-1578 | 1452-1472 | ACUCCCCGUUUAACUGAUUA | 580 | AUAAUCAGUUAAACGGGGAGUUU | 1249 |
D-1579 | 1453-1473 | CUCCCCGUUUAACUGAUUAU | 581 | AAUAAUCAGUUAAACGGGGAGUU | 1250 |
D-1580; D-2155 | 1454-1474 | UCCCCGUUUAACUGAUUAUG | 582 | ACAUAAUCAGUUAAACGGGGAUU | 1251 |
D-1581; D-2116; D-2490; D-2502; D-2508 | 1455-1475 | CCCCGUUUAACUGAUUAUGG | 583 | UCCAUAAUCAGUUAAACGGGGUU | 1252 |
D-1582 | 1484-1504 | UUCUCCUGCUUCUCCGUUUA | 584 | AUAAACGGAGAAGCAGGAGAAUU | 1253 |
D-1583 | 1485-1505 | UCUCCUGCUUCUCCGUUUAU | 585 | AAUAAACGGAGAAGCAGGAGAUU | 1254 |
D-1584; D-2120 | 1486-1506 | CUCCUGCUUCUCCGUUUAUC | 586 | AGAUAAACGGAGAAGCAGGAGUU | 1255 |
D-1585 | 1488-1508 | CCUGCUUCUCCGUUUAUCUA | 587 | AUAGAUAAACGGAGAAGCAGGUU | 1256 |
D-1586 | 1491-1511 | GCUUCUCCGUUUAUCUACCA | 588 | UUGGUAGAUAAACGGAGAAGCUU | 1257 |
D-1587 | 1492-1512 | CUUCUCCGUUUAUCUACCAA | 589 | AUUGGUAGAUAAACGGAGAAGUU | 1258 |
D-1588 | 1493-1513 | UUCUCCGUUUAUCUACCAAG | 590 | UCUUGGUAGAUAAACGGAGAAUU | 1259 |
D-1589 | 1494-1514 | UCUCCGUUUAUCUACCAAGA | 591 | AUCUUGGUAGAUAAACGGAGAUU | 1260 |
D-1590 | 1495-1515 | CUCCGUUUAUCUACCAAGAG | 592 | ACUCUUGGUAGAUAAACGGAGUU | 1261 |
D-1591 | 1496-1516 | UCCGUUUAUCUACCAAGAGC | 593 | AGCUCUUGGUAGAUAAACGGAUU | 1262 |
D-1592 | 1498-1518 | CGUUUAUCUACCAAGAGCGC | 594 | UGCGCUCUUGGUAGAUAAACGUU | 1263 |
D-1593 | 1501-1521 | UUAUCUACCAAGAGCGCAGA | 595 | AUCUGCGCUCUUGGUAGAUAAUU | 1264 |
D-1594 | 1503-1523 | AUCUACCAAGAGCGCAGACU | 596 | AAGUCUGCGCUCUUGGUAGAUUU | 1265 |
D-1595; D-2072; D-2439; D-2443 | 1506-1526 | UACCAAGAGCGCAGACUUGC | 597 | UGCAAGUCUGCGCUCUUGGUAUU | 1266 |
D-1596; D-2087 | 1507-1527 | ACCAAGAGCGCAGACUUGCA | 598 | AUGCAAGUCUGCGCUCUUGGUUU | 1267 |
D-1597; D-2147 | 1509-1529 | CAAGAGCGCAGACUUGCAUC | 599 | AGAUGCAAGUCUGCGCUCUUGUU | 1268 |
D-1598 | 1510-1530 | AAGAGCGCAGACUUGCAUCC | 600 | AGGAUGCAAGUCUGCGCUCUUUU | 1269 |
D-1599 | 1512-1532 | GAGCGCAGACUUGCAUCCUG | 601 | ACAGGAUGCAAGUCUGCGCUCUU | 1270 |
D-1600 | 1514-1534 | GCGCAGACUUGCAUCCUGUC | 602 | UGACAGGAUGCAAGUCUGCGCUU | 1271 |
D-1601 | 1515-1535 | CGCAGACUUGCAUCCUGUCA | 603 | AUGACAGGAUGCAAGUCUGCGUU | 1272 |
D-1602; D-2121 | 1517-1537 | CAGACUUGCAUCCUGUCACU | 604 | UAGUGACAGGAUGCAAGUCUGUU | 1273 |
D-1603 | 1521-1541 | CUUGCAUCCUGUCACUACCA | 605 | AUGGUAGUGACAGGAUGCAAGUU | 1274 |
D-1604 | 1525-1545 | CAUCCUGUCACUACCACUCG | 606 | ACGAGUGGUAGUGACAGGAUGUU | 1275 |
D-1605 | 1527-1547 | UCCUGUCACUACCACUCGUU | 607 | UAACGAGUGGUAGUGACAGGAUU | 1276 |
D-1606; D-2090 | 1528-1548 | CCUGUCACUACCACUCGUUA | 608 | AUAACGAGUGGUAGUGACAGGUU | 1277 |
D-1607 | 1529-1549 | CUGUCACUACCACUCGUUAG | 609 | UCUAACGAGUGGUAGUGACAGUU | 1278 |
D-1608 | 1530-1550 | UGUCACUACCACUCGUUAGA | 610 | AUCUAACGAGUGGUAGUGACAUU | 1279 |
D-1609 | 1534-1554 | ACUACCACUCGUUAGAGAAA | 611 | AUUUCUCUAACGAGUGGUAGUUU | 1280 |
D-1610 | 1572-1592 | AAGAGUGGGUGGGCUGGAAG | 612 | UCUUCCAGCCCACCCACUCUUUU | 1281 |
D-1611; D-2124 | 1596-1616 | UCCUAGAAUGUGUUAUUGCC | 613 | AGGCAAUAACACAUUCUAGGAUU | 1282 |
D-1612 | 1597-1617 | CCUAGAAUGUGUUAUUGCCC | 614 | AGGGCAAUAACACAUUCUAGGUU | 1283 |
D-1613 | 1602-1622 | AAUGUGUUAUUGCCCCUGUU | 615 | AAACAGGGGCAAUAACACAUUUU | 1284 |
D-1614 | 1605-1625 | GUGUUAUUGCCCCUGUUCAU | 616 | AAUGAACAGGGGCAAUAACACUU | 1285 |
D-1615 | 1608-1628 | UUAUUGCCCCUGUUCAUGAG | 617 | ACUCAUGAACAGGGGCAAUAAUU | 1286 |
D-1616 | 1610-1630 | AUUGCCCCUGUUCAUGAGGU | 618 | UACCUCAUGAACAGGGGCAAUUU | 1287 |
D-1617 | 1634-1654 | AAUGAAAAUUAAAUUGCACC | 619 | AGGUGCAAUUUAAUUUUCAUUUU | 1288 |
D-1618 | 1635-1655 | AUGAAAAUUAAAUUGCACCC | 620 | AGGGUGCAAUUUAAUUUUCAUUU | 1289 |
D-1619 | 1639-1659 | AAAUUAAAUUGCACCCCAAA | 621 | AUUUGGGGUGCAAUUUAAUUUUU | 1290 |
D-1620 | 1641-1661 | AUUAAAUUGCACCCCAAAUA | 622 | AUAUUUGGGGUGCAAUUUAAUUU | 1291 |
D-1621 | 1642-1662 | UUAAAUUGCACCCCAAAUAU | 623 | AAUAUUUGGGGUGCAAUUUAAUU | 1292 |
D-1622 | 1645-1665 | AAUUGCACCCCAAAUAUGGC | 624 | AGCCAUAUUUGGGGUGCAAUUUU | 1293 |
D-1623 | 1646-1666 | AUUGCACCCCAAAUAUGGCU | 625 | AAGCCAUAUUUGGGGUGCAAUUU | 1294 |
D-1624 | 1658-1678 | AUAUGGCUGGAAUGCCACUU | 626 | AAAGUGGCAUUCCAGCCAUAUUU | 1295 |
D-1625 | 1665-1685 | UGGAAUGCCACUUCCCUUUU | 627 | AAAAAGGGAAGUGGCAUUCCAUU | 1296 |
D-1626; D-2089 | 1676-1696 | UUCCCUUUUCUUCUCAAGCC | 628 | AGGCUUGAGAAGAAAAGGGAAUU | 1297 |
D-1627 | 1684-1704 | UCUUCUCAAGCCCCGGGCUA | 629 | AUAGCCCGGGGCUUGAGAAGAUU | 1298 |
D-1628 | 1687-1707 | UCUCAAGCCCCGGGCUAGCU | 630 | AAGCUAGCCCGGGGCUUGAGAUU | 1299 |
D-1629 | 1704-1724 | GCUUUUGAAAUGGCAUAAAG | 631 | UCUUUAUGCCAUUUCAAAAGCUU | 1300 |
D-1630 | 1707-1727 | UUUGAAAUGGCAUAAAGACU | 632 | AAGUCUUUAUGCCAUUUCAAAUU | 1301 |
D-1631 | 1712-1732 | AAUGGCAUAAAGACUGAGGU | 633 | AACCUCAGUCUUUAUGCCAUUUU | 1302 |
D-1632; D-2123 | 1714-1734 | UGGCAUAAAGACUGAGGUGA | 634 | AUCACCUCAGUCUUUAUGCCAUU | 1303 |
D-1633; D-2094 | 1716-1736 | GCAUAAAGACUGAGGUGACC | 635 | AGGUCACCUCAGUCUUUAUGCUU | 1304 |
D-1634 | 1741-1761 | GAAGCACUGCAGAUAUUAAU | 636 | AAUUAAUAUCUGCAGUGCUUCUU | 1305 |
D-1635; D-2103 | 1813-1833 | CUAAAGGUGCUCAGGAGGAU | 637 | AAUCCUCCUGAGCACCUUUAGUU | 1306 |
D-1636 | 1817-1837 | AGGUGCUCAGGAGGAUGGUU | 638 | AAACCAUCCUCCUGAGCACCUUU | 1307 |
D-1637 | 1819-1839 | GUGCUCAGGAGGAUGGUUGU | 639 | AACAACCAUCCUCCUGAGCACUU | 1308 |
D-1638 | 1827-1847 | GAGGAUGGUUGUGUAGUCAU | 640 | AAUGACUACACAACCAUCCUCUU | 1309 |
D-1639 | 1828-1848 | AGGAUGGUUGUGUAGUCAUG | 641 | ACAUGACUACACAACCAUCCUUU | 1310 |
D-1640 | 1829-1849 | GGAUGGUUGUGUAGUCAUGG | 642 | UCCAUGACUACACAACCAUCCUU | 1311 |
D-1641 | 1835-1855 | UUGUGUAGUCAUGGAGGACC | 643 | AGGUCCUCCAUGACUACACAAUU | 1312 |
D-1642 | 1843-1863 | UCAUGGAGGACCCCUGGAUC | 644 | AGAUCCAGGGGUCCUCCAUGAUU | 1313 |
D-1643 | 1869-1889 | AUUCCCCUCAGCUAAUGACG | 645 | ACGUCAUUAGCUGAGGGGAAUUU | 1314 |
D-1644 | 1870-1890 | UUCCCCUCAGCUAAUGACGG | 646 | UCCGUCAUUAGCUGAGGGGAAUU | 1315 |
D-1645 | 1871-1891 | UCCCCUCAGCUAAUGACGGA | 647 | AUCCGUCAUUAGCUGAGGGGAUU | 1316 |
D-1646 | 1876-1896 | UCAGCUAAUGACGGAGUGCU | 648 | AAGCACUCCGUCAUUAGCUGAUU | 1317 |
D-1647 | 1914-1934 | GAAAAAGUUCUGAAUUCUGU | 649 | AACAGAAUUCAGAACUUUUUCUU | 1318 |
D-1648 | 1919-1939 | AGUUCUGAAUUCUGUGGAGG | 650 | UCCUCCACAGAAUUCAGAACUUU | 1319 |
D-1649 | 1955-1975 | AGUGAUUUCAGAUAGACUAC | 651 | AGUAGUCUAUCUGAAAUCACUUU | 1320 |
D-1650 | 1959-1979 | AUUUCAGAUAGACUACUGAA | 652 | UUUCAGUAGUCUAUCUGAAAUUU | 1321 |
D-1651; D-2148 | 1963-1983 | CAGAUAGACUACUGAAAACC | 653 | AGGUUUUCAGUAGUCUAUCUGUU | 1322 |
D-1652 | 1967-1987 | UAGACUACUGAAAACCUUUA | 654 | UUAAAGGUUUUCAGUAGUCUAUU | 1323 |
D-1653 | 1968-1988 | AGACUACUGAAAACCUUUAA | 655 | UUUAAAGGUUUUCAGUAGUCUUU | 1324 |
D-1654; D-2114 | 1996-2016 | AAGGAAAGCAUAUGUCAGUU | 656 | AAACUGACAUAUGCUUUCCUUUU | 1325 |
D-1655; D-2115; D-2377; D-2381 | 1997-2017 | AGGAAAGCAUAUGUCAGUUG | 657 | ACAACUGACAUAUGCUUUCCUUU | 1326 |
D-1656; D-2117 | 1998-2018 | GGAAAGCAUAUGUCAGUUGU | 658 | AACAACUGACAUAUGCUUUCCUU | 1327 |
D-1657; D-2104 | 2000-2020 | AAAGCAUAUGUCAGUUGUUU | 659 | UAAACAACUGACAUAUGCUUUUU | 1328 |
D-1658 | 2001-2021 | AAGCAUAUGUCAGUUGUUUA | 660 | UUAAACAACUGACAUAUGCUUUU | 1329 |
D-1659 | 2002-2022 | AGCAUAUGUCAGUUGUUUAA | 661 | UUUAAACAACUGACAUAUGCUUU | 1330 |
D-1660 | 2019-2039 | UAAAACCCAAUAUCUAUUUU | 662 | AAAAAUAGAUAUUGGGUUUUAUU | 1331 |
D-1661 | 2022-2042 | AACCCAAUAUCUAUUUUUUA | 663 | UUAAAAAAUAGAUAUUGGGUUUU | 1332 |
D-1662; D-2105 | 2039-2059 | UUAACUGAUUGUAUAACUCU | 664 | UAGAGUUAUACAAUCAGUUAAUU | 1333 |
D-1663; D-2106 | 2040-2060 | UAACUGAUUGUAUAACUCUA | 665 | UUAGAGUUAUACAAUCAGUUAUU | 1334 |
D-1664; D-2153 | 2042-2062 | ACUGAUUGUAUAACUCUAAG | 666 | UCUUAGAGUUAUACAAUCAGUUU | 1335 |
D-1665 | 2043-2063 | CUGAUUGUAUAACUCUAAGA | 667 | AUCUUAGAGUUAUACAAUCAGUU | 1336 |
D-1666 | 2045-2065 | GAUUGUAUAACUCUAAGAUC | 668 | AGAUCUUAGAGUUAUACAAUCUU | 1337 |
D-1667; D-2118; D-2378; D-2382 | 2086-2106 | GCCAUUUUGUCCUUUGAUUA | 669 | AUAAUCAAAGGACAAAAUGGCUU | 1338 |
D-1668 | 2093-2113 | UGUCCUUUGAUUAUAUUGGG | 670 | UCCCAAUAUAAUCAAAGGACAUU | 1339 |
D-2179 | 682-704 | CCAGUGGAUAACCAGCUUCC | 46 | AGGAAGCUGGUUAUCCACUGGUG | 2914 |
D-2192 | 684-704 | CCAGUGGAUAACCAGCUUCC | 46 | AGGAAGCUGGUUAUCCACUGG | 2922 |
D-2177 | 1092-1114 | CAGAACGAAAGUUAUAUGGA | 98 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUGUG | 2912 |
D-2190 | 1094-1114 | CAGAACGAAAGUUAUAUGGA | 98 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUG | 2920 |
D-2462 | 1092-1114 | CAGAACGAAAGUUAUAUGGA | 98 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUGAA | 2992 |
D-2483 | 768-788 | AAUAGCAGACUUGUUCCGAC | 101 | AGUCGGAACAAGUCUGCUAUU | 3003 |
D-2181 | 794-816 | CAGAUUGCUUACUCAGACAC | 115 | AGUGUCUGAGUAAGCAAUCUGUG | 2916 |
D-2194 | 796-816 | CAGAUUGCUUACUCAGACAC | 115 | AGUGUCUGAGUAAGCAAUCUG | 2924 |
D-2175 | 892-914 | CUUCAGGCCCAAUAUUGUAA | 142 | AUUACAAUAUUGGGCCUGAAGUG | 2910 |
D-2188 | 894-914 | CUUCAGGCCCAAUAUUGUAA | 142 | AUUACAAUAUUGGGCCUGAAG | 2918 |
D-2223 | 1110-1130 | UGGAAAAUCACCACUCUUUG | 152 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCCA | 2937 |
D-2464 | 1108-1130 | UGGAAAAUCACCACUCUUUG | 152 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCCAUA | 2994 |
D-2226 | 1255-1275 | GACAACACUUGAAGCAUGGU | 168 | AACCAUGCUUCAAGUGUUGUC | 2940 |
D-2488 | 1346-1366 | GUGUCUCAAUGCUUCAAUGU | 175 | AACAUUGAAGCAUUGAGACAC | 3008 |
D-2219 | 1350-1370 | CUCAAUGCUUCAAUGUCCCA | 178 | AUGGGACAUUGAAGCAUUGAG | 2933 |
D-2176 | 1350-1372 | CAAUGCUUCAAUGUCCCAGU | 179 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUGUG | 2911 |
D-2182; D-2389; D-2391; D-2401; D-2402; D-2403 | 1350-1372 | CAAUGCUUCAAUGUCCCAGU | 179 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUGAG | 2917 |
D-2189; D-2384; D-2385; D-2399 | 1352-1372 | CAAUGCUUCAAUGUCCCAGU | 179 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUG | 2919 |
D-2221 | 1355-1375 | UGCUUCAAUGUCCCAGUGCA | 181 | UUGCACUGGGACAUUGAAGCA | 2935 |
D-2225 | 1438-1458 | ACAGGAUUCUGAAAACUCCC | 186 | AGGGAGUUUUCAGAAUCCUGU | 2939 |
D-2222 | 1794-1814 | UCAGACAGCAUUGGAUUUCC | 215 | AGGAAAUCCAAUGCUGUCUGA | 2936 |
D-2224 | 1796-1816 | AGACAGCAUUGGAUUUCCUA | 217 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGUCU | 2938 |
D-2220 | 2014-2034 | UUGUUUAAAACCCAAUAUCU | 245 | UAGAUAUUGGGUUUUAAACAA | 2934 |
D-2461 | 2012-2034 | UUGUUUAAAACCCAAUAUCU | 245 | UAGAUAUUGGGUUUUAAACAACU | 2991 |
D-2180 | 2055-2077 | CUAAGAUCUGAUGAAGUAUA | 247 | AUAUACUUCAUCAGAUCUUAGUG | 2915 |
D-2193 | 2057-2077 | CUAAGAUCUGAUGAAGUAUA | 247 | AUAUACUUCAUCAGAUCUUAG | 2923 |
D-2463 | 2055-2077 | CUAAGAUCUGAUGAAGUAUA | 247 | AUAUACUUCAUCAGAUCUUAGAG | 2993 |
D-2472 | 2057-2077 | AAGAUCUGAUGAAGUAUAUU | 249 | AUAUACUUCAUCAGAUCUUAG | 2923 |
D-2178 | 2109-2131 | GGAAGUUGACUAAACUUGAA | 258 | UUUCAAGUUUAGUCAACUUCCUG | 2913 |
D-2191 | 2111-2131 | GGAAGUUGACUAAACUUGAA | 258 | UUUCAAGUUUAGUCAACUUCC | 2921 |
D-2486 | 2082-2102 | UAUUGCCAUUUUGUCCUUUG | 268 | UCAAAGGACAAAAUGGCAAUA | 3006 |
D-2109 | 2113-2133 | AAGUUGACUAAACUUGAAAA | 270 | UUUUUCAAGUUUAGUCAACUUUU | 2906 |
D-2485 | 1253-1273 | AUGACAACACUUGAAGCAUG | 301 | ACAUGCUUCAAGUGUUGUCAU | 3005 |
D-2254 | 985-1005 | GUGAUGGCUUGUUCCAGAUG | 369 | ACAUCUGGAACAAGCCAUCAC | 2952 |
D-2437 | 1211-1231 | AUGUCCUGGAAUAUUAGAUG | 387 | ACAUCUAAUAUUCCAGGACAU | 2982 |
D-2255 | 1212-1232 | UGUCCUGGAAUAUUAGAUGC | 388 | AGCAUCUAAUAUUCCAGGACA | 2953 |
D-2256 | 1213-1233 | GUCCUGGAAUAUUAGAUGCC | 389 | AGGCAUCUAAUAUUCCAGGAC | 2954 |
D-2258 | 1214-1234 | UCCUGGAAUAUUAGAUGCCU | 390 | AAGGCAUCUAAUAUUCCAGGA | 2956 |
D-2241; D-2482 | 1215-1233 | CCUGGAAUAUUAGAUGCCUU | 391 | AGGCAUCUAAUAUUCCAGGUU | 2949 |
D-2243 | 1216-1234 | CUGGAAUAUUAGAUGCCUUU | 392 | AAGGCAUCUAAUAUUCCAGUU | 2951 |
D-2466 | 1939-1959 | AGAAGAAAAGUGAUUCAGUG | 398 | UCACUGAAUCACUUUUCUUCU | 2996 |
D-2469 | 1937-1959 | AGAAGAAAAGUGAUUCAGUG | 398 | UCACUGAAUCACUUUUCUUCUCC | 2999 |
D-2487 | 2050-2070 | UAUAACUCUAAGAUCUGAUG | 405 | UCAUCAGAUCUUAGAGUUAUA | 3007 |
D-2465 | 2052-2072 | UAACUCUAAGAUCUGAUGAA | 407 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUA | 2995 |
D-2468 | 2050-2072 | UAACUCUAAGAUCUGAUGAA | 407 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUAUA | 2998 |
D-2257 | 2054-2074 | ACUCUAAGAUCUGAUGAAGU | 409 | UACUUCAUCAGAUCUUAGAGU | 2955 |
D-2431 | 1219-1239 | GAAUAUUAGAUGCCUUUUAA | 527 | UUUAAAAGGCAUCUAAUAUUC | 2976 |
D-2436 | 1227-1247 | GAUGCCUUUUAAAAAUGUUC | 528 | AGAACAUUUUUAAAAGGCAUC | 2981 |
D-2430 | 1314-1334 | GAUUUUCACAUUUUUCGUCU | 535 | AAGACGAAAAAUGUGAAAAUC | 2975 |
D-2467 | 1312-1334 | GAUUUUCACAUUUUUCGUCU | 535 | AAGACGAAAAAUGUGAAAAUCAC | 2997 |
D-2434 | 1385-1405 | AAAUAUAGUCUCAAUAACUU | 557 | UAAGUUAUUGAGACUAUAUUU | 2979 |
D-2484 | 1455-1475 | CCCCGUUUAACUGAUUAUGG | 583 | UCCAUAAUCAGUUAAACGGGG | 3004 |
D-2435 | 1506-1526 | UACCAAGAGCGCAGACUUGC | 597 | UGCAAGUCUGCGCUCUUGGUA | 2980 |
D-2480 | 1504-1526 | UACCAAGAGCGCAGACUUGC | 597 | UGCAAGUCUGCGCUCUUGGUAGA | 3002 |
D-2432 | 1997-2017 | AGGAAAGCAUAUGUCAGUUG | 657 | ACAACUGACAUAUGCUUUCCU | 2977 |
D-2433 | 2086-2106 | GCCAUUUUGUCCUUUGAUUA | 669 | AUAAUCAAAGGACAAAAUGGC | 2978 |
D-2158; D-2387; D-2390; D-2400 | 1354-1372 | AUGCUUCAAUGUCCCAGUUU | 2804 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUU | 2907 |
D-2386; D-2392 | 1352-1372 | AUGCUUCAAUGUCCCAGUUU | 2804 | AACUGGGACAUUGAAGCAUUG | 2919 |
D-2159 | 1096-1114 | GAACGAAAGUUAUAUGGAAU | 2805 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUU | 2908 |
D-2479 | 1094-1114 | GAACGAAAGUUAUAUGGAAU | 2805 | UUCCAUAUAACUUUCGUUCUG | 2920 |
D-2160 | 798-816 | GAUUGCUUACUCAGACACUU | 2806 | AGUGUCUGAGUAAGCAAUCUU | 2909 |
D-2195 | 1352-1370 | CAAUGCUUCAAUGUCCCAUU | 2807 | AUGGGACAUUGAAGCAUUGUU | 2925 |
D-2196 | 2016-2034 | GUUUAAAACCCAAUAUCUAU | 2808 | UAGAUAUUGGGUUUUAAACUU | 2926 |
D-2197 | 1357-1375 | CUUCAAUGUCCCAGUGCAAU | 2809 | UUGCACUGGGACAUUGAAGUU | 2927 |
D-2198 | 1796-1814 | AGACAGCAUUGGAUUUCCUU | 2810 | AGGAAAUCCAAUGCUGUCUUU | 2928 |
D-2199 | 1112-1130 | GAAAAUCACCACUCUUUGUU | 2811 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCUU | 2929 |
D-2475 | 1110-1130 | GAAAAUCACCACUCUUUGUU | 2811 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCCA | 2937 |
D-2200 | 1798-1816 | ACAGCAUUGGAUUUCCUAAU | 2812 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGUUU | 2930 |
D-2201 | 1440-1458 | AGGAUUCUGAAAACUCCCUU | 2813 | AGGGAGUUUUCAGAAUCCUUU | 2931 |
D-2202 | 1257-1275 | CAACACUUGAAGCAUGGUUU | 2814 | AACCAUGCUUCAAGUGUUGUU | 2932 |
D-2233 | 2014-2034 | CUGUUUAAAACCCAAUAUCU | 2815 | UAGAUAUUGGGUUUUAAACAGUU | 2941 |
D-2234 | 1355-1375 | CGCUUCAAUGUCCCAGUGCA | 2816 | UUGCACUGGGACAUUGAAGCGUU | 2942 |
D-2235 | 1794-1814 | CCAGACAGCAUUGGAUUUCC | 2817 | AGGAAAUCCAAUGCUGUCUGGUU | 2943 |
D-2236 | 1110-1130 | CGGAAAAUCACCACUCUUUG | 2818 | ACAAAGAGUGGUGAUUUUCCGUU | 2944 |
D-2237 | 1796-1816 | GGACAGCAUUGGAUUUCCUA | 2819 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGUCCUU | 2945 |
D-2238 | 1438-1458 | GCAGGAUUCUGAAAACUCCC | 2820 | AGGGAGUUUUCAGAAUCCUGCUU | 2946 |
D-2239 | 987-1005 | GAUGGCUUGUUCCAGAUGUU | 2821 | ACAUCUGGAACAAGCCAUCUU | 2947 |
D-2240 | 1214-1232 | UCCUGGAAUAUUAGAUGCUU | 2822 | AGCAUCUAAUAUUCCAGGAUU | 2948 |
D-2242 | 2056-2074 | UCUAAGAUCUGAUGAAGUAU | 2823 | UACUUCAUCAGAUCUUAGAUU | 2950 |
D-2259 | 1214-1234 | CCCUGGAAUAUUAGAUGCCU | 2824 | AAGGCAUCUAAUAUUCCAGGGUU | 2957 |
D-2260; D-2454; D-2455; D-2456 | 2054-2074 | GCUCUAAGAUCUGAUGAAGU | 2825 | UACUUCAUCAGAUCUUAGAGCUU | 2958 |
D-2261 | 1212-1232 | CGUCCUGGAAUAUUAGAUGC | 2826 | AGCAUCUAAUAUUCCAGGACGUU | 2959 |
D-2262 | 2052-2072 | CAACUCUAAGAUCUGAUGAA | 2827 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUGUU | 2960 |
D-2263 | 1939-1959 | GGAAGAAAAGUGAUUCAGUG | 2828 | UCACUGAAUCACUUUUCUUCCUU | 2961 |
D-2268 | 1213-1233 | GUCCAGGAAUAUUAGAUGCC | 2829 | AGGCAUCUAAUAUUCCUGGACUU | 2962 |
D-2269 | 1213-1233 | GUGCUGGAAUAUUAGAUGCC | 2830 | AGGCAUCUAAUAUUCCAGCACUU | 2963 |
D-2270 | 1214-1234 | UCCUCGAAUAUUAGAUGCCU | 2831 | AAGGCAUCUAAUAUUCGAGGAUU | 2964 |
D-2271 | 1214-1234 | UCGUGGAAUAUUAGAUGCCU | 2832 | AAGGCAUCUAAUAUUCCACGAUU | 2965 |
D-2272 | 2054-2074 | ACACUAAGAUCUGAUGAAGU | 2833 | UACUUCAUCAGAUCUUAGUGUUU | 2966 |
D-2273 | 2054-2074 | AGUCUAAGAUCUGAUGAAGU | 2834 | UACUUCAUCAGAUCUUAGACUUU | 2967 |
D-2274 | 1796-1816 | AGUCAGCAUUGGAUUUCCUA | 2835 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGACUUU | 2968 |
D-2275 | 1796-1816 | ACACAGCAUUGGAUUUCCUA | 2836 | UUAGGAAAUCCAAUGCUGUGUUU | 2969 |
D-2359; D-2364; D-2369 | 986-1006 | UGAUGGCUUGUUCCAGAUGC | 2837 | UGCAUCUGGAACAAGCCAUCAUU | 2970 |
D-2360; D-2365; D-2370 | 987-1007 | GAUGGCUUGUUCCAGAUGCA | 2838 | AUGCAUCUGGAACAAGCCAUCUU | 2971 |
D-2361; D-2366; D-2371 | 1793-1813 | CUCAGACAGCAUUGGAUUUC | 2839 | AGAAAUCCAAUGCUGUCUGAGUU | 2972 |
D-2362; D-2367; D-2372 | 2085-2105 | UGCCAUUUUGUCCUUUGAUU | 2840 | UAAUCAAAGGACAAAAUGGCAUU | 2973 |
D-2363 D-2368 D-2373 | 2087-2107 | CCAUUUUGUCCUUUGAUUAU | 2841 | UAUAAUCAAAGGACAAAAUGGUU | 2974 |
D-2446 | 1316-1334 | UUUUCACAUUUUUCGUCUUU | 2842 | AAGACGAAAAAUGUGAAAAUU | 2983 |
D-2476 | 1314-1334 | UUUUCACAUUUUUCGUCUUU | 2842 | AAGACGAAAAAUGUGAAAAUC | 2975 |
D-2473 | 2054-2072 | ACUCUAAGAUCUGAUGAAUU | 2843 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUU | 3000 |
D-2477 | 2052-2072 | ACUCUAAGAUCUGAUGAAUU | 2843 | AUUCAUCAGAUCUUAGAGUUA | 2995 |
D-2474 | 1941-1959 | AAGAAAAGUGAUUCAGUGAU | 2844 | UCACUGAAUCACUUUUCUUUU | 3001 |
D-2478 | 1939-1959 | AAGAAAAGUGAUUCAGUGAU | 2844 | UCACUGAAUCACUUUUCUUCU | 2996 |
D-2447 | 1221-1239 | AUAUUAGAUGCCUUUUAAAU | 2845 | UUUAAAAGGCAUCUAAUAUUU | 2984 |
D-2448 | 1999-2017 | GAAAGCAUAUGUCAGUUGUU | 2846 | ACAACUGACAUAUGCUUUCUU | 2985 |
D-2449 | 2088-2106 | CAUUUUGUCCUUUGAUUAUU | 2847 | AUAAUCAAAGGACAAAAUGUU | 2986 |
D-2450 | 1387-1405 | AUAUAGUCUCAAUAACUUAU | 2848 | UAAGUUAUUGAGACUAUAUUU | 2979 |
D-2451 | 1508-1526 | CCAAGAGCGCAGACUUGCAU | 2849 | UGCAAGUCUGCGCUCUUGGUU | 2987 |
D-2481 | 1506-1526 | CCAAGAGCGCAGACUUGCAU | 2849 | UGCAAGUCUGCGCUCUUGGUA | 2980 |
D-2452 | 1229-1247 | UGCCUUUUAAAAAUGUUCUU | 2850 | AGAACAUUUUUAAAAGGCAUU | 2988 |
D-2453 | 1213-1231 | GUCCUGGAAUAUUAGAUGUU | 2851 | ACAUCUAAUAUUCCAGGACUU | 2989 |
D-2457 | 2056-2074 | CCUAAGAUCUGAUGAAGUAU | 2852 | UACUUCAUCAGAUCUUAGGUU | 2990 |
D-2458; D-2459; D-2460 | 2056-2074 | CCUAAGAUCUGAUGAAGUAU | 2852 | UACUUCAUCAGAUCUUAGGUU | 2990 |
D-2495 | 768-788 | UAGCAGACUUGUUCCGACUU | 2853 | AGUCGGAACAAGUCUGCUAUU | 3003 |
D-2496 | 1455-1475 | CCGUUUAACUGAUUAUGGAU | 2854 | UCCAUAAUCAGUUAAACGGUU | 3009 |
D-2497 | 1253-1273 | GACAACACUUGAAGCAUGUU | 2855 | ACAUGCUUCAAGUGUUGUCUU | 3010 |
D-2498 | 2082-2102 | UUGCCAUUUUGUCCUUUGAU | 2856 | UCAAAGGACAAAAUGGCAAUU | 3011 |
D-2499 | 2050-2070 | UAACUCUAAGAUCUGAUGAU | 2857 | UCAUCAGAUCUUAGAGUUAUU | 3012 |
D-2500 | 1346-1366 | GUCUCAAUGCUUCAAUGUUU | 2858 | AACAUUGAAGCAUUGAGACUU | 3013 |
D-2514 | 985-1005 | GUGAUGGCUUGUUCCGGAUG | 2859 | ACAUCCGGAACAAGCCAUCAC | 3014 |
D-2515 | 985-1005 | GUGAUGGCUUGUUGCAGAUG | 2860 | ACAUCUGCAACAAGCCAUCAC | 3015 |
D-2516 | 1092-1114 | CAGAACGAAAGUUAUGUGGA | 2861 | UUCCACAUAACUUUCGUUCUGAA | 3016 |
D-2517 | 1092-1114 | CAGAACGAAAGUUGUAUGGA | 2862 | UUCCAUACAACUUUCGUUCUGAA | 3017 |
D-2518 | 1210-1230 | UAUGUCCUGGAAUAUAAGAU | 2863 | AAUCUUAUAUUCCAGGACAUAUU | 3018 |
D-2519 | 1210-1230 | UAUGUCCUGGAAUGUUAGAU | 2864 | AAUCUAACAUUCCAGGACAUAUU | 3019 |
D-2520 | 1211-1231 | AUGUCCUGGAAUAUUGGAUG | 2865 | ACAUCCAAUAUUCCAGGACAUUU | 3020 |
D-2521 | 1211-1231 | AUGUCCUGGAAUAAUAGAUG | 2866 | ACAUCUAUUAUUCCAGGACAUUU | 3021 |
D-2522 | 1212-1232 | UGUCCUGGAAUAUUAAAUGC | 2867 | AGCAUUUAAUAUUCCAGGACAUU | 3022 |
D-2523 | 1212-1232 | UGUCCUGGAAUAUAAGAUGC | 2868 | AGCAUCUUAUAUUCCAGGACAUU | 3023 |
D-2524 | 1215-1233 | CCUGGAAUAUUAGGUGCCUU | 2869 | AGGCACCUAAUAUUCCAGGUU | 3024 |
D-2529 | 1215-1235 | CCUGGAAUAUUAGGUGCCUU | 2869 | AAAGGCACCUAAUAUUCCAGGUU | 3029 |
D-2525 | 1215-1233 | CCUGGAAUAUUGGAUGCCUU | 2870 | AGGCAUCCAAUAUUCCAGGUU | 3025 |
D-2526 | 1214-1234 | UCCUGGAAUAUUAGAAGCCU | 2871 | AAGGCUUCUAAUAUUCCAGGA | 3026 |
D-2527 | 1214-1234 | UCCUGGAAUAUUAAAUGCCU | 2872 | AAGGCAUUUAAUAUUCCAGGA | 3027 |
D-2528 | 1215-1235 | CCUGGAAUAUUAGAUACCUU | 2873 | AAAGGUAUCUAAUAUUCCAGGUU | 3028 |
D-2530 | 1216-1236 | CUGGAAUAUUAGAUGGCUUU | 2874 | AAAAGCCAUCUAAUAUUCCAGUU | 3030 |
D-2531 | 1216-1236 | CUGGAAUAUUAGAAGCCUUU | 2875 | AAAAGGCUUCUAAUAUUCCAGUU | 3031 |
D-2532 | 1219-1239 | GAAUAUUAGAUGCCUAUUAA | 2876 | UUUAAUAGGCAUCUAAUAUUCUU | 3032 |
D-2533 | 1219-1239 | GAAUAUUAGAUGCGUUUUAA | 2877 | UUUAAAACGCAUCUAAUAUUCUU | 3033 |
D-2534 | 1227-1247 | GAUGCCUUUUAAAAAAGUUC | 2878 | AGAACUUUUUUAAAAGGCAUCUU | 3034 |
D-2535 | 1227-1247 | GAUGCCUUUUAAAGAUGUUC | 2879 | AGAACAUCUUUAAAAGGCAUCUU | 3035 |
D-2536 | 1314-1334 | GAUUUUCACAUUUUUGGUCU | 2880 | AAGACCAAAAAUGUGAAAAUCUU | 3036 |
D-2537 | 1314-1334 | GAUUUUCACAUUUAUCGUCU | 2881 | AAGACGAUAAAUGUGAAAAUCUU | 3037 |
D-2538 | 1350-1370 | CUCAAUGCUUCAAUGACCCA | 2882 | AUGGGUCAUUGAAGCAUUGAGUU | 3038 |
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D-2561 | gscscauuUfuGfUfCfCfuaugauua{invAb} | 3320 | asUfsaaucAfuaggacAfaAfauggcsusu | 3655 |
使用RNA FISH(螢光原位雜交)測定,篩選具有不同序列的mARC1 siRNA分子(實例2中所述之生物資訊學分析優先處理該等分子),以確定其在降低人mARC1 mRNA中的功效。將Hep3B細胞(從ATCC購買)在補充10%胎牛血清(FBS,西格瑪公司(Sigma))和1%青黴素-鏈黴素(P-S,康寧公司(Corning))的伊格爾氏最低必需培養基(EMEM)(ATCC 30-2003)中培養。使用Lipofectamine RNAiMAX轉染試劑(賽默飛世爾科技公司)藉由反向轉染將siRNA轉染到細胞中。將mARC1 siRNA分子以10點劑量反應形式進行測試,3倍稀釋,最終濃度範圍為500 nM至25 pM(運行1)、25 nM至1 pM(運行2)、或100 nM至5 pM(運行3)。藉由Bravo自動液體處理平臺(安捷倫公司)將1 μL測試siRNA分子或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)媒介物和4 μL不含補充劑的基礎EMEM添加到PDL包衣的CellCarrier-384超測定板(珀金埃爾默公司(PerkinElmer))中。然後,用Multidrop Combi試劑分配器(賽默飛世爾科技公司),將在無補充劑的基礎EMEM中預稀釋(在5 μL EMEM中0.035 μL的RNAiMAX)的5 μL的Lipofectamine RNAiMAX(賽默飛世爾科技公司)分配入測定板中。在室溫(RT)下孵育siRNA/RNAiMAX混合物20分鐘後,使用Multidrop Combi試劑分配器,將補充有10% FBS和1% P-S的EMEM中的30 μL Hep3B細胞(每孔2000個細胞)添加至轉染複合物中。將測定板在室溫下孵育20分鐘,然後置於培養箱中。將細胞在37°C和5% CO
2下孵育72小時。RNA FISH測定在siRNA轉染後72小時在內部組裝的自動FISH測定平臺上使用製造商的測定試劑和方案(來自賽默飛世爾科技公司的QuantiGene® ViewRNA HC篩選測定)進行。簡言之,將細胞在4%甲醛(賽默飛世爾科技公司)中在室溫下固定15分鐘,在室溫下用洗滌劑透化3分鐘,且然後在室溫下用蛋白酶溶液處理10分鐘。將靶特異性探針(賽默飛世爾科技公司)或媒介物(不含靶探針的靶探針稀釋劑,作為陰性對照)孵育3小時,而前置放大器、放大器和標記探針分別孵育1小時。所有雜交步驟均在40°C下在Cytomat 2 C-LIN自動培養箱(賽默飛世爾科技公司)中進行。在雜交反應後,將細胞用Hoechst和CellMask Blue(賽默飛世爾科技公司)染色30分鐘,且然後在Opera Phenix高含量篩選系統(珀金埃爾默公司)上成像。使用Columbus圖像數據存儲和分析系統(珀金埃爾默公司)分析圖像以獲得每個細胞的平均斑點計數。使用高(有靶探針的PBS)和低(沒有靶探針的PBS)對照孔對每個細胞的平均斑點計數進行歸一化。繪製相對於總siRNA濃度的歸一化值,且將數據擬合到Genedata Screener數據分析軟體(基因數據公司(Genedata))中的四參數S形模型以獲得IC50和最大活性值。如果數據不能與模型擬合,則不計算IC50值,並且僅報告最大活性值。
mARC1 siRNA分子最初係在500 nM至25 pM範圍的十種不同濃度下在第一次運行中篩選的。在第一次運行中表現出顯著活性的siRNA分子在第二次和第三次運行中以十種不同濃度在較窄的濃度範圍內進行篩選(運行2: 25 nM至1 pM;運行3: 100 nM至5 pM)。所有三次運行的測定結果顯示於下表3中。
[
表 3]
. 在 Hep3B 細胞中人 mARC1 mRNA 的體外抑制
運行 1 ( 500 nM 至 25 pM ) | 運行 2 ( 25 nM 至 1 pM ) | 運行 3 ( 100 nM 至 5 pM ) | ||||
雙股體編號 | IC50[M] | 最大活性 | IC50 [M] | 最大活性 | IC50 [M] | 最大活性 |
D-1092 | 1.64E-10 | -96.0 | 1.60E-09 | -93.0 | 2.43E-09 | -96.5 |
D-1093 | 1.03E-10 | -89.5 | 1.19E-09 | -90.9 | 9.30E-10 | -95.8 |
D-1139 | 3.44E-10 | -87.1 | 2.43E-09 | -93.7 | 2.35E-09 | -90.6 |
D-1061 | 3.44E-11 | -89.0 | 9.04E-10 | -90.5 | 1.79E-09 | -93.0 |
D-1138 | 1.13E-10 | -89.9 | 2.19E-09 | -87.9 | 1.60E-09 | -92.4 |
D-1095 | 1.27E-10 | -86.9 | 1.34E-09 | -86.5 | 1.28E-09 | -92.4 |
D-1191 | — | -93.5 | 1.06E-09 | -91.7 | 8.45E-10 | -86.4 |
D-1180 | 1.52E-10 | -86.2 | 1.41E-09 | -88.3 | 2.15E-09 | -89.6 |
D-1090 | 1.26E-10 | -88.1 | 1.42E-09 | -87.6 | 2.10E-09 | -89.5 |
D-1062 | 3.36E-11 | -88.5 | 1.15E-09 | -87.9 | 1.01E-09 | -89.0 |
D-1177 | 5.02E-11 | -81.0 | 1.43E-09 | -90.2 | 2.33E-09 | -86.5 |
D-1083 | 6.31E-10 | -87.8 | 1.88E-09 | -84.8 | 1.19E-09 | -91.8 |
D-1245 | 1.04E-10 | -83.9 | 4.46E-10 | -87.6 | 2.19E-09 | -88.5 |
D-1067 | — | -79.8 | 1.41E-09 | -85.5 | 9.69E-10 | -90.3 |
D-1143 | — | -92.8 | 1.49E-09 | -85.2 | 2.41E-09 | -90.3 |
D-1170 | 1.87E-10 | -86.4 | 1.21E-09 | -86.0 | 9.50E-10 | -89.1 |
D-1044 | 4.69E-11 | -81.3 | 1.45E-09 | -89.4 | 1.03E-09 | -85.6 |
D-1096 | 7.11E-11 | -91.0 | 5.60E-10 | -82.5 | 8.71E-10 | -91.8 |
D-1113 | 1.15E-10 | -85.9 | 1.56E-09 | -87.1 | 1.39E-09 | -85.5 |
D-1086 | 2.40E-10 | -83.5 | 2.26E-09 | -84.0 | 2.28E-09 | -88.5 |
D-1256 | — | -88.9 | 6.08E-10 | -87.1 | 8.37E-10 | -85.2 |
D-1189 | 1.50E-10 | -84.7 | 1.36E-09 | -85.4 | 2.08E-09 | -86.7 |
D-1091 | 9.38E-11 | -88.8 | 2.12E-09 | -87.8 | 1.42E-09 | -84.2 |
D-1174 | 1.50E-10 | -84.1 | 1.57E-09 | -85.5 | 2.53E-09 | -86.5 |
D-1185 | 3.25E-11 | -86.6 | 4.67E-10 | -82.6 | 2.18E-09 | -88.6 |
D-1066 | 4.91E-11 | -80.3 | 1.33E-09 | -86.7 | 1.21E-09 | -84.3 |
D-1171 | — | -83.8 | 1.10E-09 | -88.0 | 1.01E-09 | -83.0 |
D-1140 | 3.09E-10 | -87.8 | 2.64E-09 | -86.5 | 2.97E-09 | -84.0 |
D-1130 | 1.76E-10 | -77.0 | 2.94E-09 | -88.9 | 2.36E-09 | -81.5 |
D-1068 | 4.98E-11 | -80.1 | 1.40E-09 | -82.9 | 1.08E-09 | -87.5 |
D-1243 | — | -90.2 | 6.70E-10 | -84.9 | 8.36E-10 | -85.4 |
D-1074 | 6.75E-11 | -76.5 | 1.01E-09 | -85.8 | 1.41E-09 | -83.7 |
D-1150 | 1.78E-10 | -87.5 | 1.21E-09 | -84.3 | 2.11E-09 | -84.7 |
D-1249 | 2.48E-11 | -85.1 | 1.03E-09 | -84.2 | 2.11E-09 | -84.5 |
D-1111 | 6.71E-11 | -87.3 | 1.10E-09 | -85.4 | 1.52E-09 | -82.9 |
D-1230 | 3.95E-11 | -83.7 | 9.01E-10 | -84.7 | 1.20E-09 | -83.5 |
D-1087 | 2.03E-10 | -83.3 | 1.75E-09 | -85.3 | 1.76E-09 | -82.9 |
D-1099 | 4.39E-11 | -79.6 | 1.82E-09 | -84.8 | 1.16E-09 | -82.9 |
D-1190 | 1.47E-10 | -82.9 | 1.15E-09 | -84.8 | 2.01E-09 | -82.8 |
D-1236 | 2.72E-10 | -85.2 | 1.20E-09 | -85.3 | 2.14E-09 | -82.2 |
D-1184 | 1.62E-10 | -81.3 | 2.24E-09 | -81.8 | 2.43E-09 | -85.6 |
D-1228 | — | -83.3 | 5.73E-10 | -78.9 | 5.66E-10 | -87.3 |
D-1220 | 5.60E-10 | -86.0 | 2.05E-09 | -80.8 | 9.99E-10 | -85.1 |
D-1204 | 4.99E-11 | -79.7 | 1.84E-09 | -78.9 | 2.51E-09 | -87.0 |
D-1179 | 7.45E-11 | -81.8 | 1.64E-09 | -86.5 | 1.26E-09 | -78.1 |
D-1147 | 3.64E-10 | -85.0 | 8.60E-10 | -89.7 | 2.85E-09 | -73.8 |
D-1097 | 3.39E-10 | -86.6 | 2.97E-09 | -85.2 | 3.27E-09 | -78.0 |
D-1194 | 1.31E-10 | -78.9 | 1.40E-09 | -71.2 | 2.49E-09 | -86.3 |
D-1054 | 1.63E-10 | -66.3 | 1.89E-09 | -85.2 | 4.36E-09 | -71.2 |
D-1176 | 4.61E-11 | -74.7 | 1.34E-09 | -67.1 | 1.55E-09 | -85.1 |
D-1215 | 1.08E-10 | -85.0 | 1.53E-09 | -84.5 | 2.35E-09 | -82.4 |
D-1166 | 8.24E-11 | -84.0 | 1.94E-09 | -84.2 | 2.39E-09 | -82.4 |
D-1213 | 4.13E-11 | -73.9 | 5.89E-10 | -84.3 | 1.23E-09 | -82.1 |
D-1187 | 1.55E-10 | -87.9 | 2.30E-09 | -82.7 | 2.25E-09 | -83.3 |
D-1210 | — | — | 2.12E-09 | -82.4 | 1.93E-09 | -83.5 |
D-1209 | 1.10E-10 | -78.7 | 1.81E-09 | -82.3 | 1.84E-09 | -83.0 |
D-1246 | 5.28E-11 | -77.0 | 5.07E-10 | -84.1 | 2.19E-09 | -80.4 |
D-1257 | — | -82.1 | 9.40E-10 | -80.7 | 2.03E-09 | -83.4 |
D-1020 | 1.18E-10 | -78.3 | 2.53E-09 | -84.8 | 1.79E-09 | -78.9 |
D-1168 | 3.87E-11 | -84.5 | 1.32E-09 | -82.0 | 8.52E-10 | -81.5 |
D-1241 | 2.42E-10 | -81.0 | 1.92E-09 | -81.2 | 2.63E-09 | -81.9 |
D-1255 | 2.93E-11 | -80.7 | 1.27E-09 | -80.4 | 1.24E-09 | -82.5 |
D-1181 | 2.85E-10 | -85.0 | 1.30E-09 | -78.1 | 1.69E-09 | -84.6 |
D-1252 | — | -81.6 | 8.95E-10 | -78.4 | 2.22E-09 | -84.3 |
D-1172 | 9.64E-11 | -78.7 | 1.51E-09 | -83.3 | 1.04E-09 | -79.2 |
D-1175 | 6.64E-11 | -76.8 | 1.28E-09 | -80.9 | 2.21E-09 | -81.5 |
D-1235 | 2.60E-10 | -83.0 | 1.66E-09 | -81.3 | 2.63E-09 | -80.8 |
D-1229 | 1.30E-10 | -82.5 | 6.74E-10 | -84.3 | 1.29E-09 | -77.9 |
D-1070 | — | -80.2 | 1.32E-09 | -81.7 | 1.48E-09 | -79.9 |
D-1203 | 9.51E-11 | -80.8 | 1.73E-09 | -82.0 | 2.51E-09 | -78.4 |
D-1183 | 1.14E-10 | -76.4 | 9.71E-10 | -81.9 | 2.10E-09 | -78.3 |
D-1050 | 5.15E-11 | -87.0 | 1.30E-09 | -83.6 | 1.22E-09 | -76.7 |
D-1167 | 2.87E-11 | -76.6 | 5.21E-10 | -79.4 | 1.14E-09 | -80.8 |
D-1164 | 3.14E-10 | -87.8 | 1.75E-09 | -81.6 | 2.49E-09 | -78.4 |
D-1237 | 9.94E-10 | -78.1 | 1.88E-09 | -80.7 | 2.19E-09 | -79.0 |
D-1247 | 2.30E-11 | -78.7 | 8.40E-10 | -77.1 | 2.03E-09 | -82.3 |
D-1075 | 1.17E-10 | -73.8 | 1.90E-09 | -84.5 | 1.00E-09 | -74.9 |
D-1211 | 6.67E-11 | -72.9 | 1.52E-09 | -75.0 | 3.10E-09 | -84.0 |
D-1248 | 3.22E-11 | -83.3 | 8.91E-10 | -80.6 | 1.37E-09 | -77.8 |
D-1250 | 5.19E-11 | -77.3 | 6.63E-10 | -77.5 | 2.30E-09 | -80.8 |
D-1069 | 8.02E-11 | -78.9 | 1.81E-09 | -78.2 | 2.22E-09 | -80.1 |
D-1253 | — | -81.2 | 4.63E-10 | -77.9 | 2.21E-09 | -80.3 |
D-1056 | 6.68E-11 | -76.7 | 2.02E-09 | -78.4 | 1.48E-09 | -79.6 |
D-1079 | 8.81E-11 | -66.6 | 1.23E-09 | -78.5 | 1.70E-09 | -79.2 |
D-1162 | 6.89E-11 | -77.8 | 2.08E-09 | -83.7 | 2.24E-09 | -73.5 |
D-1045 | 7.98E-11 | -71.8 | 2.14E-09 | -78.6 | 1.63E-09 | -78.5 |
D-1173 | 1.41E-10 | -84.6 | 1.70E-09 | -77.0 | 2.35E-09 | -80.0 |
D-1182 | 6.61E-11 | -90.2 | 3.09E-09 | -81.5 | 2.92E-09 | -75.4 |
D-1146 | 1.18E-10 | -77.7 | 3.39E-09 | -77.3 | 3.03E-09 | -79.2 |
D-1244 | 7.71E-11 | -74.6 | 8.53E-10 | -78.7 | 2.23E-09 | -77.8 |
D-1186 | 1.07E-10 | -71.3 | 1.03E-09 | -77.5 | 2.35E-09 | -78.9 |
D-1258 | 1.60E-10 | -76.9 | 1.42E-09 | -77.4 | 2.26E-09 | -78.7 |
D-1043 | 8.57E-10 | -81.2 | 3.33E-09 | -71.8 | 9.87E-09 | -83.9 |
D-1163 | 3.85E-11 | -87.7 | 1.85E-10 | -80.1 | 2.11E-09 | -75.4 |
D-1206 | 1.35E-10 | -78.8 | 1.62E-09 | -77.8 | 1.91E-09 | -77.5 |
D-1089 | 2.34E-10 | -84.6 | 2.27E-09 | -81.6 | 2.51E-09 | -73.7 |
D-1207 | 2.94E-11 | -74.0 | 1.54E-09 | -77.6 | 1.40E-09 | -77.6 |
D-1202 | 3.74E-11 | -67.6 | 1.31E-09 | -77.0 | 1.47E-09 | -78.3 |
D-1221 | 1.77E-10 | -84.4 | 2.08E-09 | -79.4 | 3.46E-09 | -75.7 |
D-1212 | 6.59E-11 | -77.9 | 2.20E-09 | -77.9 | 2.18E-09 | -77.0 |
D-1188 | 2.07E-10 | -84.5 | 1.62E-09 | -70.6 | 1.57E-09 | -83.7 |
D-1037 | 3.48E-10 | -80.6 | 2.28E-09 | -76.3 | 2.12E-09 | -77.5 |
D-1251 | 3.53E-11 | -78.2 | 6.32E-10 | -77.3 | 2.00E-09 | -76.0 |
D-1148 | 9.64E-11 | -86.5 | 1.80E-09 | -76.0 | 1.41E-09 | -77.0 |
D-1214 | 4.88E-11 | -71.7 | 1.72E-09 | -75.4 | 6.69E-10 | -77.6 |
D-1046 | 2.18E-10 | -70.4 | 3.35E-09 | -84.0 | 4.63E-09 | -68.4 |
D-1051 | 1.12E-10 | -72.4 | 1.53E-09 | -78.6 | 1.05E-09 | -73.6 |
D-1112 | 6.34E-11 | -67.5 | 1.80E-09 | -77.6 | 2.24E-09 | -74.7 |
D-1114 | 7.18E-11 | -75.2 | 1.66E-09 | -75.0 | 2.27E-09 | -77.1 |
D-1149 | 2.18E-10 | -76.5 | 1.86E-09 | -80.9 | 2.15E-09 | -71.0 |
D-1119 | 8.91E-11 | -73.1 | 3.58E-09 | -78.6 | 5.56E-09 | -73.4 |
D-1126 | 1.04E-10 | -82.6 | 2.07E-09 | -70.7 | 2.02E-09 | -81.1 |
D-1254 | 6.11E-11 | -81.4 | 1.45E-09 | -73.5 | 2.37E-09 | -78.2 |
D-1219 | 5.51E-11 | -72.2 | 1.85E-09 | -77.9 | 2.36E-09 | -73.8 |
D-1134 | 2.91E-10 | -75.9 | 1.69E-09 | -77.5 | 2.11E-09 | -73.4 |
D-1023 | 1.49E-10 | -86.2 | 2.22E-09 | -74.7 | 2.97E-09 | -76.1 |
D-1201 | 9.75E-11 | -69.6 | 2.02E-09 | -71.0 | 2.77E-09 | -79.0 |
D-1059 | — | -66.9 | 2.32E-09 | -77.5 | 1.80E-09 | -72.2 |
D-1195 | — | — | 1.48E-09 | -71.7 | 5.53E-10 | -77.5 |
D-1160 | 1.39E-10 | -78.9 | 5.70E-10 | -66.1 | 1.70E-09 | -82.5 |
D-1141 | 4.31E-10 | -81.0 | 4.03E-09 | -74.1 | 3.60E-09 | -73.9 |
D-1137 | 1.93E-10 | -81.6 | 3.29E-09 | -65.3 | 6.20E-09 | -82.5 |
D-1260 | 6.31E-11 | -69.6 | 1.51E-09 | -74.8 | 5.40E-09 | -72.4 |
D-1073 | — | -77.7 | 1.78E-09 | -75.5 | 1.90E-09 | -71.6 |
D-1178 | 4.29E-10 | -73.4 | 4.35E-09 | -67.2 | 8.66E-09 | -79.1 |
D-1157 | 3.87E-10 | -74.0 | — | -70.6 | 7.10E-09 | -75.3 |
D-1047 | 1.26E-10 | -74.5 | 2.58E-09 | -76.4 | 2.69E-09 | -69.0 |
D-1161 | 5.65E-11 | -76.8 | 1.10E-09 | -61.9 | 2.17E-09 | -83.5 |
D-1098 | 4.18E-10 | -86.1 | — | -68.2 | 3.05E-09 | -75.3 |
D-1081 | 7.18E-11 | -67.3 | 2.33E-09 | -73.4 | 2.35E-09 | -69.6 |
D-1240 | 8.69E-10 | -72.9 | 1.68E-09 | -69.4 | 1.86E-09 | -73.2 |
D-1259 | 2.52E-11 | -70.1 | 7.91E-10 | -73.1 | 7.64E-10 | -69.3 |
D-1120 | 3.48E-10 | -83.6 | 2.24E-09 | -71.1 | 2.52E-09 | -69.3 |
D-1104 | 9.89E-11 | -64.0 | 2.73E-09 | -69.8 | 2.86E-09 | -70.5 |
D-1225 | — | -68.8 | 1.17E-09 | -65.3 | 2.11E-09 | -74.4 |
D-1052 | 3.31E-11 | -70.1 | 1.64E-09 | -69.5 | 9.63E-10 | -70.2 |
D-1072 | — | -75.6 | 2.14E-09 | -71.8 | 1.53E-09 | -67.7 |
D-1082 | 1.54E-10 | -70.1 | 2.11E-09 | -72.4 | 2.47E-09 | -67.2 |
D-1224 | 9.53E-11 | -80.0 | 2.19E-09 | -67.3 | 2.87E-09 | -70.3 |
D-1032 | 1.35E-10 | -89.8 | 3.18E-09 | -73.1 | 2.64E-09 | -64.3 |
D-1017 | 1.16E-10 | -69.3 | 2.49E-09 | -69.6 | 1.90E-09 | -66.5 |
D-1208 | 1.46E-10 | -67.5 | 2.45E-09 | -64.3 | 3.96E-09 | -71.7 |
D-1048 | 2.86E-10 | -67.2 | 3.12E-09 | -70.4 | 2.60E-09 | -65.6 |
D-1080 | 1.19E-10 | -55.0 | 3.84E-09 | -75.4 | 1.82E-09 | -59.2 |
D-1102 | 4.22E-11 | -64.6 | 2.07E-09 | -70.8 | 1.97E-09 | -63.8 |
D-1076 | 1.18E-10 | -57.7 | 2.38E-09 | -62.5 | 2.29E-09 | -71.5 |
D-1055 | — | -47.6 | 2.89E-09 | -64.5 | 5.23E-09 | -69.2 |
D-1216 | 1.83E-10 | -70.6 | 4.14E-09 | -67.1 | 3.59E-09 | -66.2 |
D-1193 | 1.79E-10 | -82.0 | 1.40E-09 | -60.6 | 4.45E-09 | -72.5 |
D-1217 | 2.58E-10 | -67.5 | 3.12E-09 | -60.9 | 4.77E-09 | -71.1 |
D-1200 | 1.40E-10 | -70.4 | 3.63E-09 | -64.5 | 4.11E-09 | -67.1 |
D-1058 | 1.46E-10 | -52.8 | 2.63E-09 | -65.4 | 1.94E-09 | -65.7 |
D-1084 | 1.13E-10 | -75.6 | 1.98E-09 | -71.5 | 2.19E-09 | -59.4 |
D-1118 | 3.51E-10 | -75.1 | 2.94E-09 | -65.1 | 6.26E-09 | -65.0 |
D-1136 | 1.63E-10 | -65.7 | 3.06E-09 | -65.6 | 3.20E-09 | -63.3 |
D-1116 | 3.67E-10 | -76.6 | 3.95E-09 | -58.9 | 3.33E-09 | -69.4 |
D-1169 | 1.79E-10 | -72.8 | 1.99E-09 | -53.5 | 4.33E-09 | -74.5 |
D-1065 | 1.57E-10 | -60.6 | 1.91E-09 | -64.1 | 2.14E-09 | -63.5 |
D-1063 | 2.80E-11 | -65.2 | 1.38E-09 | -63.2 | 1.26E-09 | -63.1 |
D-1034 | 1.45E-10 | -68.7 | 1.87E-09 | -62.6 | 1.70E-09 | -60.7 |
D-1218 | 2.05E-10 | -62.9 | 2.21E-09 | -58.8 | 2.67E-09 | -63.7 |
D-1154 | 1.84E-10 | -69.2 | 2.55E-09 | -55.5 | 3.44E-09 | -66.0 |
D-1049 | 3.04E-10 | -70.7 | 2.10E-09 | -69.9 | 2.53E-09 | -51.4 |
D-1088 | 5.85E-10 | -73.7 | 3.65E-09 | -58.6 | 3.15E-09 | -62.6 |
D-1199 | 3.95E-10 | -73.2 | 2.70E-09 | -55.1 | 4.45E-09 | -64.4 |
D-1165 | 2.02E-10 | -72.7 | — | -52.5 | 4.14E-09 | -66.5 |
D-1028 | 1.82E-09 | -84.0 | 5.79E-09 | -51.0 | 1.80E-08 | -64.3 |
D-1078 | 1.53E-10 | -55.4 | 1.97E-09 | -54.0 | 4.95E-09 | -60.8 |
D-1222 | 1.82E-10 | -59.9 | 2.33E-09 | -60.4 | 2.18E-09 | -54.4 |
D-1131 | 6.25E-10 | -75.0 | 5.53E-09 | -56.9 | 5.17E-09 | -57.8 |
D-1027 | 6.87E-11 | -66.4 | 1.94E-09 | -51.6 | 2.22E-09 | -63.1 |
D-1151 | 1.39E-10 | -59.0 | 2.21E-09 | -52.8 | 1.89E-09 | -61.2 |
D-1135 | 2.33E-10 | -61.2 | 4.03E-09 | -56.0 | 5.09E-09 | -56.9 |
D-1038 | — | -35.4 | 3.59E-09 | -73.4 | 7.37E-09 | -36.7 |
D-1196 | 1.37E-10 | -57.4 | 3.05E-09 | -49.5 | 3.84E-09 | -58.0 |
D-1223 | 1.38E-10 | -63.6 | 2.96E-09 | -54.8 | 2.75E-09 | -44.6 |
D-1100 | 8.61E-11 | -46.0 | 2.94E-09 | -54.5 | 1.94E-09 | -43.5 |
D-1197 | 1.96E-10 | -53.9 | 3.68E-09 | -49.1 | 5.22E-09 | -46.9 |
D-1205 | 2.98E-10 | -67.1 | 2.83E-09 | -50.0 | 4.84E-09 | -43.7 |
D-1192 | — | -84.6 | > 25E-9 | -5.1 | 2.17E-09 | -82.6 |
D-1024 | 8.25E-10 | -71.0 | 3.63E-09 | -52.2 | > 100E-9 | -34.5 |
D-1231 | 2.40E-09 | -74.7 | 6.04E-09 | -37.4 | 1.15E-08 | -45.5 |
D-1031 | 9.42E-11 | -43.6 | — | -38.0 | 6.12E-09 | -41.0 |
D-1103 | 6.03E-11 | -67.1 | > 25E-9 | -2.0 | 1.77E-09 | -60.0 |
D-1132 | 2.93E-10 | -79.2 | > 25E-9 | -2.4 | 2.87E-09 | -50.1 |
D-1025 | — | -27.8 | > 25E-9 | -21.9 | > 100E-9 | -20.8 |
D-1004 | > 500E-9 | -5.3 | — | — | — | — |
D-1005 | > 500E-9 | -8.5 | — | — | — | — |
D-1006 | > 500E-9 | 17.0 | — | — | — | — |
D-1007 | > 500E-9 | 38.0 | — | — | — | — |
D-1008 | > 500E-9 | 4.8 | — | — | — | — |
D-1009 | > 500E-9 | -2.1 | — | — | — | — |
D-1010 | > 500E-9 | 9.8 | — | — | — | — |
D-1011 | > 500E-9 | -6.4 | — | — | — | — |
D-1012 | > 500E-9 | 39.7 | — | — | — | — |
D-1013 | > 500E-9 | 37.7 | — | — | — | — |
D-1014 | > 500E-9 | -23.4 | — | — | — | — |
D-1015 | 3.51E-10 | -57.4 | — | — | — | — |
D-1016 | 2.06E-10 | -51.2 | — | — | — | — |
D-1018 | > 500E-9 | 1.9 | — | — | — | — |
D-1019 | 2.61E-10 | -36.5 | — | — | — | — |
D-1021 | 1.86E-10 | -39.0 | — | — | — | — |
D-1022 | 2.63E-09 | -47.8 | — | — | — | — |
D-1026 | > 500E-9 | 21.9 | — | — | — | — |
D-1029 | 2.61E-10 | -57.4 | — | — | — | — |
D-1030 | 2.66E-10 | -55.4 | — | — | — | — |
D-1033 | > 500E-9 | 37.1 | — | — | — | — |
D-1035 | 7.68E-10 | -57.2 | — | — | — | — |
D-1036 | 5.91E-10 | -55.7 | — | — | — | — |
D-1039 | > 500E-9 | -18.2 | — | — | — | — |
D-1040 | > 500E-9 | -14.3 | — | — | — | — |
D-1041 | > 500E-9 | -18.8 | — | — | — | — |
D-1042 | 3.74E-10 | -45.5 | — | — | — | — |
D-1053 | > 500E-9 | -17.6 | — | — | — | — |
D-1057 | > 500E-9 | -5.1 | — | — | — | — |
D-1060 | > 500E-9 | -3.6 | — | — | — | — |
D-1064 | > 500E-9 | 22.6 | — | — | — | — |
D-1071 | > 500E-9 | -6.8 | — | — | — | — |
D-1077 | > 500E-9 | -4.7 | — | — | — | — |
D-1085 | > 500E-9 | -0.4 | — | — | — | — |
D-1094 | 3.76E-10 | -66.8 | — | — | — | — |
D-1101 | > 500E-9 | -3.5 | — | — | — | — |
D-1105 | > 500E-9 | -10.8 | — | — | — | — |
D-1106 | 4.64E-10 | -53.1 | — | — | — | — |
D-1107 | > 500E-9 | -0.1 | — | — | — | — |
D-1108 | > 500E-9 | -7.8 | — | — | — | — |
D-1109 | 7.32E-10 | -36.0 | — | — | — | — |
D-1110 | > 500E-9 | 1.0 | — | — | — | — |
D-1115 | > 500E-9 | -5.2 | — | — | — | — |
D-1117 | 2.06E-10 | -41.7 | — | — | — | — |
D-1121 | 2.62E-09 | -54.1 | — | — | — | — |
D-1122 | 3.22E-10 | -65.9 | — | — | — | — |
D-1123 | > 500E-9 | 16.9 | — | — | — | — |
D-1124 | 4.33E-10 | -56.1 | — | — | — | — |
D-1128 | 3.74E-10 | -51.3 | — | — | — | — |
D-1129 | > 500E-9 | -24.9 | — | — | — | — |
D-1133 | 6.33E-10 | -39.4 | — | — | — | — |
D-1142 | 4.80E-10 | -65.9 | — | — | — | — |
D-1144 | > 500E-9 | 6.1 | — | — | — | — |
D-1145 | > 500E-9 | 2.0 | — | — | — | — |
D-1152 | 7.09E-10 | -44.4 | — | — | — | — |
D-1153 | 8.57E-08 | -48.1 | — | — | — | — |
D-1155 | 1.48E-10 | -32.2 | — | — | — | — |
D-1156 | > 500E-9 | -8.3 | — | — | — | — |
D-1158 | 1.94E-09 | -35.0 | — | — | — | — |
D-1159 | 7.15E-10 | -67.2 | — | — | — | — |
D-1198 | 3.37E-10 | -69.0 | — | — | — | — |
D-1226 | > 500E-9 | -2.5 | — | — | — | — |
D-1227 | > 500E-9 | 3.4 | — | — | — | — |
D-1232 | 8.99E-10 | -61.4 | — | — | — | — |
D-1233 | 1.19E-09 | -68.5 | — | — | — | — |
D-1234 | 5.48E-10 | -65.1 | — | — | — | — |
D-1238 | 1.51E-09 | -45.6 | — | — | — | — |
D-1239 | 6.25E-10 | -67.1 | — | — | — | — |
D-1242 | 6.22E-10 | -63.4 | — | — | — | — |
D-1261 | > 500E-9 | -19.1 | — | — | — | — |
D-1262 | > 500E-9 | -21.5 | — | — | — | — |
在RNA FISH測定中評估的最初257種mARC1 siRNA分子中,74種分子表現出平均80%或更大的人mARC1 mRNA敲除,且在測定運行2和3中IC50值至少在一位數納莫耳範圍內。特別是,在測定運行2和3中的一個或兩個中,32種分子(雙股體編號D-1092;D-1093;D-1139;D-1061;D-1138;D-1095;D-1191;D-1180;D-1090;D-1062;D-1177;D-1083;D-1245;D-1067;D-1143;D-1170;D-1044;D-1096;D-1113;D-1086;D-1256;D-1189;D-1091;D-1174;D-1185;D-1066;D-1171;D-1140;D-1130;D-1068;D-1243;D-1074)將人mARC1 mRNA降低了至少85%。
在第二系列實驗中,在RNA FISH測定中,在100 nM至5 pM範圍的十個不同濃度範圍下評估另外的mARC1 siRNA分子,且如上所述計算IC50和最大活性值。該第二系列實驗的測定結果顯示於下表4中。針對分子子集重複測定。對於此類分子,顯示了兩個運行的IC50和最大活性值。
[
表 4]
. 在 Hep3B 細胞中藉由選擇 mARC1 siRNA 分子進行的人 mARC1 mRNA 的體外抑制
雙股體編號 | IC50[M] | 最大活性 | 雙股體編號 | IC50[M] | 最大活性 |
D-1061 | 663E-12 | -99.13 | D-1267 - 運行1 | 3.4E-9 | -80.64 |
D-1093 | 720E-12 | -90.29 | D-1267 - 運行2 | 1.33E-09 | -83.64 |
D-1139 | 1.72E-09 | -97.32 | D-1268 - 運行1 | 1.23E-9 | -88.75 |
D-1220 | 3.26E-9 | -97.17 | D-1268 - 運行2 | 3.98E-10 | -89.45 |
D-1245 | 93.3E-12 | -88.21 | D-1269 | > 100E-9 | -32.26 |
D-1263 | 3.9E-9 | -74.11 | D-1270 | 1.38E-9 | -56.38 |
D-1264 | 1.4E-9 | -79.53 | D-1271 | > 100E-9 | -26.78 |
D-1265 | 2.68E-9 | -77.10 | D-1272 - 運行1 | 941E-12 | -84.38 |
D-1266 - 運行1 | 541E-12 | -85.44 | D-1272 - 運行2 | 1.36E-09 | -89.35 |
D-1266 - 運行2 | 1.61E-10 | -93.80 | D-1273 - 運行1 | 1.22E-9 | -85.29 |
D-1274 - 運行1 | 638E-12 | -86.28 | D-1273 - 運行2 | 1.17E-09 | -90.43 |
D-1274 - 運行2 | 8.95E-10 | -89.55 | D-1281 - 運行1 | 2.58E-9 | -86.39 |
D-1275 | 428E-12 | -79.99 | D-1281 - 運行2 | 1.43E-09 | -88.37 |
D-1276 - 運行1 | 1.54E-9 | -92.38 | D-1282 - 運行1 | 638E-12 | -87.53 |
D-1276 - 運行2 | 1.59E-09 | -88.32 | D-1282 - 運行2 | 5.56E-10 | -95.34 |
D-1277 | 2E-9 | -79.86 | D-1283 - 運行1 | 1.97E-9 | -80.62 |
D-1278 - 運行1 | 1.21E-9 | -81.71 | D-1283 - 運行2 | 1.90E-09 | -81.20 |
D-1278 - 運行2 | 1.55E-09 | -84.13 | D-1284 - 運行1 | 1.94E-9 | -91.35 |
D-1279 | 323E-12 | -76.50 | D-1284 - 運行2 | 3.09E-09 | -91.61 |
D-1280 | > 100E-9 | 1.94 | D-1285 - 運行1 | 1E-9 | -88.21 |
D-1286 - 運行1 | 2.04E-9 | -89.49 | D-1285 - 運行2 | 1.54E-09 | -86.72 |
D-1286 - 運行2 | 2.42E-09 | -94.63 | D-1293 | — | -56.99 |
D-1287 - 運行1 | 1.31E-9 | -82.87 | D-1294 | 2.72E-9 | -40.67 |
D-1287 - 運行2 | 1.11E-09 | -83.35 | D-1295 - 運行1 | 3.86E-9 | -81.47 |
D-1288 - 運行1 | 3.58E-9 | -88.81 | D-1295 - 運行2 | 4.77E-09 | -79.64 |
D-1288 - 運行2 | 3.36E-09 | -90.32 | D-1296 - 運行1 | 1.29E-9 | -87.96 |
D-1289 | 2.17E-9 | -73.71 | D-1296 - 運行2 | 1.97E-09 | -89.76 |
D-1290 | 29.3E-9 | -50.69 | D-1297 | > 100E-9 | 0.97 |
D-1291 | 2.37E-9 | -62.67 | D-1298 - 運行1 | 636E-12 | -94.52 |
D-1292 - 運行1 | 6.56E-9 | -81.82 | D-1298 - 運行2 | 4.99E-10 | -94.67 |
D-1292 - 運行2 | 5.35E-09 | -75.91 | D-1299 - 運行1 | 293E-12 | -86.71 |
D-1300 | 2.7E-9 | -79.68 | D-1299 - 運行2 | 6.23E-10 | -90.92 |
D-1301 | > 100E-9 | -46.76 | D-1308 - 運行1 | 1.61E-9 | -83.41 |
D-1302 | 2.15E-9 | -80.01 | D-1308 - 運行2 | 1.28E-09 | -85.58 |
D-1303 - 運行1 | 1.44E-9 | -85.61 | D-1309 | 405E-12 | -78.77 |
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D-1531 - 運行2 | 4.26E-10 | -86.14 | D-1537 | 5.53E-9 | -72.51 |
D-1532 - 運行1 | 234E-12 | -82.79 | D-1538 | 869E-12 | -74.09 |
D-1532 - 運行2 | 2.09E-10 | -88.87 | D-1539 | 6.85E-9 | -74.08 |
D-1540 - 運行1 | 2.09E-9 | -83.12 | D-1548 | 27.6E-9 | -37.78 |
D-1540 - 運行2 | 1.27E-09 | -88.11 | D-1549 - 運行1 | 1.04E-9 | -93.06 |
D-1541 | 932E-12 | -76.06 | D-1549 - 運行2 | 8.95E-10 | -88.71 |
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D-1542 - 運行2 | 1.48E-09 | -83.09 | D-1551 - 運行1 | 500E-12 | -86.59 |
D-1543 | 8.54E-9 | -79.76 | D-1551 - 運行2 | 5.64E-10 | -84.20 |
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D-1545 | 1.7E-9 | -75.05 | D-1552 - 運行2 | 3.22E-10 | -89.73 |
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D-1547 | 22.3E-9 | -69.31 | D-1553 - 運行2 | 8.28E-10 | -89.65 |
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D-1555 - 運行1 | 663E-12 | -88.13 | D-1561 - 運行1 | 2.39E-9 | -83.41 |
D-1555 - 運行2 | 4.61E-10 | -90.35 | D-1561 - 運行2 | 3.83E-9 | -80.47 |
D-1556 - 運行1 | 165E-12 | -83.51 | D-1561 - 運行3 | 2.15E-09 | -83.36 |
D-1556 - 運行2 | 2.53E-10 | -87.06 | D-1562 - 運行1 | 1.1E-9 | -72.98 |
D-1557 - 運行1 | 440E-12 | -87.71 | D-1562 - 運行2 | 1.26E-9 | -74.09 |
D-1557 - 運行2 | 2.50E-10 | -85.00 | D-1563 - 運行1 | 898E-12 | -78.70 |
D-1558 - 運行1 | 762E-12 | -81.35 | D-1563 - 運行2 | 1.07E-9 | -76.14 |
D-1558 - 運行2 | 2.60E-10 | -80.18 | D-1564 - 運行1 | 906E-12 | -85.03 |
D-1559 - 運行1 | 668E-12 | -87.94 | D-1564 - 運行2 | 1.75E-9 | -76.80 |
D-1559 - 運行2 | 5.42E-10 | -86.43 | D-1564 - 運行3 | 1.01E-09 | -81.88 |
D-1565 - 運行1 | 467E-12 | -79.91 | D-1570 - 運行1 | 925E-12 | -78.14 |
D-1565 - 運行2 | 1.27E-9 | -78.07 | D-1570 - 運行2 | 992E-12 | -76.81 |
D-1566 - 運行1 | 1.5E-9 | -80.84 | D-1571 - 運行1 | 779E-12 | -80.29 |
D-1566 - 運行2 | 4.17E-9 | -85.05 | D-1571 - 運行2 | 2.7E-9 | -80.52 |
D-1566 - 運行3 | 8.64E-10 | -84.74 | D-1571 - 運行3 | 8.27E-10 | -84.74 |
D-1567 - 運行1 | 3.71E-9 | -75.99 | D-1572 | 820E-12 | -76.58 |
D-1567 - 運行2 | 2.34E-9 | -72.76 | D-1573 - 運行1 | 1.52E-9 | -79.66 |
D-1568 | 7.49E-9 | -49.04 | D-1573 - 運行2 | 3.19E-9 | -79.88 |
D-1569 - 運行1 | 2.74E-9 | -78.08 | D-1574 - 運行1 | 4.19E-9 | -60.81 |
D-1569 - 運行2 | 3.13E-9 | -74.70 | D-1574 - 運行2 | > 100E-9 | -15.89 |
D-1575 - 運行1 | 1.59E-9 | -76.35 | D-1579 - 運行1 | 515E-12 | -84.80 |
D-1575 - 運行2 | 2.88E-9 | -71.95 | D-1579 - 運行2 | 207E-12 | -79.57 |
D-1576 - 運行1 | 1.07E-9 | -90.18 | D-1579 - 運行3 | 2.98E-09 | -83.77 |
D-1576 - 運行2 | 1.37E-09 | -94.66 | D-1580 - 運行1 | 233E-12 | -83.48 |
D-1577 - 運行1 | 1.3E-9 | -83.26 | D-1580 - 運行2 | 3.19E-10 | -90.62 |
D-1577 - 運行2 | 1.52E-9 | -80.99 | D-1581 - 運行1 | 376E-12 | -89.56 |
D-1577 - 運行3 | 1.14E-09 | -85.26 | D-1581 - 運行2 | 164E-12 | -84.43 |
D-1578 - 運行1 | 1.34E-9 | -84.03 | D-1581 - 運行3 | 4.10E-10 | -88.78 |
D-1578 - 運行2 | 571E-12 | -77.18 | D-1582 - 運行1 | 1.25E-9 | -77.75 |
D-1578 - 運行3 | 6.20E-10 | -79.39 | D-1582 - 運行2 | 1.38E-9 | -73.23 |
D-1583 - 運行1 | 3.97E-9 | -79.12 | D-1589 | 1.89E-9 | -79.52 |
D-1583 - 運行2 | 2.2E-9 | -78.20 | D-1590 - 運行1 | 1.56E-9 | -86.60 |
D-1584 - 運行1 | 377E-12 | -84.12 | D-1590 - 運行2 | 9.85E-10 | -86.66 |
D-1584 - 運行2 | 5.41E-10 | -86.04 | D-1591 | 1.01E-9 | -78.77 |
D-1585 - 運行1 | 854E-12 | -83.31 | D-1592 | 1.67E-9 | -78.16 |
D-1585 - 運行2 | 1.15E-09 | -89.54 | D-1593 | 3.47E-9 | -58.82 |
D-1586 | 1.24E-9 | -76.28 | D-1594 | 2.08E-9 | -71.26 |
D-1587 - 運行1 | 1.04E-9 | -87.24 | D-1595 - 運行1 | 531E-12 | -92.76 |
D-1587 - 運行2 | 1.22E-09 | -90.08 | D-1595 - 運行2 | 4.46E-10 | -93.09 |
D-1588 - 運行1 | 1.24E-9 | -82.16 | D-1596 - 運行1 | 655E-12 | -95.03 |
D-1588 - 運行2 | 2.00E-09 | -84.12 | D-1596 - 運行2 | 6.71E-10 | -88.34 |
D-1597 - 運行1 | 566E-12 | -87.01 | D-1603 - 運行1 | 868E-12 | -84.49 |
D-1597 - 運行2 | 9.25E-10 | -86.25 | D-1603 - 運行2 | 1.25E-09 | -89.46 |
D-1598 - 運行1 | 1.07E-9 | -81.80 | D-1604 - 運行1 | 1.03E-9 | -85.81 |
D-1598 - 運行2 | 1.18E-09 | -77.57 | D-1604 - 運行2 | 8.37E-10 | -82.91 |
D-1599 - 運行1 | 844E-12 | -85.25 | D-1605 - 運行1 | 831E-12 | -87.43 |
D-1599 - 運行2 | 7.40E-10 | -79.77 | D-1605 - 運行2 | 7.85E-10 | -84.90 |
D-1600 | 1.34E-9 | -65.29 | D-1606 - 運行1 | 617E-12 | -91.60 |
D-1601 | 646E-12 | -71.11 | D-1606 - 運行2 | 9.69E-10 | -83.11 |
D-1602 - 運行1 | 668E-12 | -88.45 | D-1607 - 運行1 | 549E-12 | -85.52 |
D-1602 - 運行2 | 8.97E-10 | -91.07 | D-1607 - 運行2 | 7.47E-10 | -77.90 |
D-1608 | 1.35E-9 | -75.97 | D-1614 - 運行1 | 803E-12 | -80.05 |
D-1609 - 運行1 | 1.54E-9 | -81.34 | D-1614 - 運行2 | 6.78E-10 | -86.26 |
D-1609 - 運行2 | 1.63E-09 | -77.49 | D-1615 | 2.12E-9 | -67.39 |
D-1610 - 運行1 | 2.58E-9 | -84.25 | D-1616 | 38.3E-9 | -57.61 |
D-1610 - 運行2 | 2.56E-09 | -80.89 | D-1617 | 4.8E-9 | -57.99 |
D-1611 - 運行1 | 865E-12 | -89.50 | D-1618 - 運行1 | 1.18E-9 | -85.32 |
D-1611 - 運行2 | 6.04E-10 | -86.80 | D-1618 - 運行2 | 2.42E-09 | -85.91 |
D-1612 | 1.89E-9 | -77.95 | D-1619 | > 100E-9 | 2.12 |
D-1613 - 運行1 | 1.29E-9 | -84.46 | D-1620 | — | -47.40 |
D-1613 - 運行2 | 1.44E-09 | -80.67 | D-1621 | > 100E-9 | 1.40 |
D-1622 | 1.37E-9 | -79.11 | D-1630 - 運行1 | 1.67E-9 | -83.08 |
D-1623 | 3.43E-9 | -66.62 | D-1630 - 運行2 | 2.29E-09 | -83.88 |
D-1624 - 運行1 | 6.9E-9 | -85.54 | D-1631 - 運行1 | 1.42E-9 | -87.66 |
D-1624 - 運行2 | 3.15E-09 | -84.79 | D-1631 - 運行2 | 1.12E-09 | -86.08 |
D-1625 | 2.07E-9 | -79.25 | D-1632 - 運行1 | 1.3E-9 | -88.34 |
D-1626 - 運行1 | 2.14E-9 | -98.64 | D-1632 - 運行2 | 8.33E-10 | -85.76 |
D-1626 - 運行2 | 2.02E-09 | -87.31 | D-1633 - 運行1 | 1.79E-9 | -90.59 |
D-1627 | 6E-9 | -67.49 | D-1633 - 運行2 | 1.66E-09 | -82.90 |
D-1628 | > 100E-9 | 3.55 | D-1634 - 運行1 | 837E-12 | -82.47 |
D-1629 - 運行1 | 1.13E-9 | -87.48 | D-1634 - 運行2 | 7.69E-10 | -84.53 |
D-1629 - 運行2 | 1.43E-09 | -81.66 | D-1635 - 運行1 | 1.04E-9 | -88.75 |
D-1636 | 964E-12 | -69.05 | D-1635 - 運行2 | 1.58E-09 | -93.88 |
D-1637 | 2.36E-9 | -75.45 | D-1646 | 517E-12 | -80.04 |
D-1638 - 運行1 | 583E-12 | -82.46 | D-1647 | 319E-12 | -73.09 |
D-1638 - 運行2 | 7.20E-10 | -85.90 | D-1648 - 運行1 | 1.57E-9 | -81.70 |
D-1639 | 411E-12 | -68.37 | D-1648 - 運行2 | 1.30E-09 | -84.65 |
D-1640 | 788E-12 | -79.76 | D-1649 | 275E-12 | -79.59 |
D-1641 | 1.85E-9 | -69.30 | D-1650 | 1.63E-9 | -80.12 |
D-1642 | 2.52E-9 | -75.03 | D-1651 - 運行1 | 415E-12 | -83.10 |
D-1643 | 3.97E-9 | -73.66 | D-1651 - 運行2 | 3.97E-10 | -90.33 |
D-1644 | 886E-12 | -67.60 | D-1652 - 運行1 | 445E-12 | -81.69 |
D-1645 | 822E-12 | -70.30 | D-1652 - 運行2 | 1.61E-10 | -86.02 |
D-1653 | 197E-12 | -79.25 | D-1663 - 運行1 | 144E-12 | -87.88 |
D-1654 - 運行1 | 279E-12 | -85.62 | D-1663 - 運行2 | 1.92E-10 | -91.58 |
D-1654 - 運行2 | 3.82E-10 | -89.31 | D-1664 - 運行1 | 155E-12 | -81.73 |
D-1655 - 運行1 | 380E-12 | -88.31 | D-1664 - 運行2 | 2.87E-10 | -89.13 |
D-1655 - 運行2 | 3.35E-10 | -96.53 | D-1665 - 運行1 | 164E-12 | -81.33 |
D-1656 - 運行1 | 200E-12 | -87.91 | D-1665 - 運行2 | 2.62E-10 | -87.08 |
D-1656 - 運行2 | 1.86E-10 | -85.63 | D-1666 - 運行1 | 484E-12 | -84.08 |
D-1657 - 運行1 | 144E-12 | -85.58 | D-1666 - 運行2 | 2.86E-10 | -82.03 |
D-1657 - 運行2 | 3.53E-10 | -88.57 | D-1667 - 運行1 | 408E-12 | -85.17 |
D-1658 | 197E-12 | -80.34 | D-1667 - 運行2 | 2.66E-10 | -87.72 |
D-1659 | 255E-12 | -80.45 | D-1668 - 運行1 | 650E-12 | -83.77 |
D-1660 | 597E-12 | -78.68 | D-1668 - 運行2 | 2.74E-10 | -86.81 |
D-1661 | 219E-12 | -78.29 | |||
D-1662 - 運行1 | 369E-12 | -89.73 | |||
D-1662 - 運行2 | 2.84E-10 | -96.38 |
在另外406種靶向人mARC1轉錄物的不同區域的mARC1 siRNA分子中,128種分子使Hep3B細胞中的人mARC1 mRNA減少了85%或更大。四十六種分子(雙股體編號D-1061;D-1093;D-1220;D-1276;D-1284;D-1298;D-1310;D-1311;D-1338;D-1363;D-1367;D-1375;D-1381;D-1382;D-1383;D-1386;D-1387;D-1388;D-1389;D-1390;D-1396;D-1400;D-1401;D-1402;D-1405;D-1407;D-1416;D-1420;D-1421;D-1441;D-1451;D-1487;D-1489;D-1491;D-1503;D-1504;D-1515;D-1549;D-1576;D-1581;D-1595;D-1596;D-1606;D-1626;D-1633;和D-1662)使人mARC1 mRNA減少至少90%,其中大多數分子的IC50值低於1 nM。
實例 4. siRNA 分子在 AAV 人 mARC1 小鼠模型中的體內功效
為了評估mARC1 siRNA分子的體內效力,藉由實例2中所述之方法將每種siRNA分子中的有義股與式VII所示的三價GalNAc部分軛合,並將mARC1 siRNA分子投與至表現人
MARC1基因的小鼠。10-12週齡的C57BL/6小鼠(傑克遜實驗室)餵食標準飼料(Harlan,2020 × Teklad global無大豆蛋白膨化齧齒動物飼料)。小鼠腹腔內(i.p.)注射編碼人
MARC1基因(AAV-hmARC1)的腺相關病毒(AAV),劑量為每隻動物1 × 10
11個基因組拷貝(GC)。注射AAV-hmARC1後一週,小鼠接受單次皮下(s.c.)注射緩衝液或mARC1 siRNA分子,劑量為緩衝液中0.5 mg/kg、1 mg/kg或3 mg/kg體重(每組n = 3)。將動物禁食並在siRNA投與後四週收穫,以用於進一步分析。將來自收穫的動物的肝臟總RNA用於qPCR分析,且藉由臨床分析儀(AU400化學分析儀,奧林巴斯公司)測量血清參數。相對於表現人mARC1 mRNA並僅接受緩衝液注射的對照動物(即僅AAV-hmARC1動物)中的人mARC1 mRNA肝臟水平,計算每隻動物肝臟中人mARC1 mRNA的百分比變化。
對實例3所述體外活性測定中表現最好的mARC1 siRNA分子在該模型中的體內功效進行了評估。在SAR研究中進一步評估了表現出顯著體內敲除活性的mARC1 siRNA分子,以藉由改變化學修飾模式進一步改善體內效力和耐久性。使用不同mARC1 siRNA分子在AAV-hmARC1小鼠模型中進行的18項單獨研究的結果如下表5-22所示。數據表示為每個治療組(n = 3隻動物/組)在研究第5週(siRNA注射後4週)與對照組相比的平均變化百分比。如果mARC1 siRNA分子與另一個mARC1 siRNA分子具有相同的觸發物家族名稱,則兩個分子具有相同的核心序列(即靶向mARC1轉錄物的相同區域),但化學修飾模式不同。
[
表 5]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 1
[
表 6]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 2
[
表 7]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 3
[
表 8]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 4
[
表 9]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 5
[
表 10]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 6
[
表 11]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 7
[
表 12]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 8
[
表 13]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 9
*平均值包括一個異常值;如果移除異常值,則平均變化%為-79.41%(D-2170)和-70.68%(D-2193)。
[
表 14]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 10
[
表 15]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 11
[
表 16]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 12
[
表 17]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 13
[
表 18]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 14
[
表 19]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 15
[
表 20]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 16
[
表 21]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 17
[
表 22]
. 在 AAV-hmARC1 小鼠中的人 mARC1 mRNA 的體內抑制 - 研究 18
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2000 | 1 | T918 | -58 | D-2032 | 1 | T1110 | 6.8 |
D-2001 | 1 | T1114 | -71.6 | D-2033 | 1 | T1111 | 8.4 |
D-2002 | 1 | T1016 | -50.6 | D-2034 | 1 | T911 | -14.1 |
D-2003 | 1 | T1023 | -51.5 | D-2035 | 1 | T1079 | -25 |
D-2004 | 1 | T704 | -67.4 | D-2036 | 1 | T913 | -23.6 |
D-2005 | 1 | T1076 | -43.3 | D-2038 | 1 | T914 | -67.2 |
D-2008 | 1 | T1476 | -45.3 | D-2040 | 1 | T1484 | -54.7 |
D-2011 | 1 | T1487 | -54.2 | D-2042 | 1 | T1372 | -76.6 |
D-2013 | 1 | T1364 | -17.3 | D-2044 | 1 | T1449 | -62.6 |
D-2022 | 1 | T2131 | -67.6 | D-2045 | 1 | T2077 | -69.2 |
D-2024 | 1 | T816 | -72.8 | D-2046 | 1 | T1363 | -39.7 |
D-2026 | 1 | T1108 | -10.5 | D-2047 | 1 | T1367 | -58.4 |
D-2028 | 1 | T1113 | -4.8 | D-2049 | 1 | T1104 | -26 |
D-2031 | 1 | T1109 | -27.8 | D-2050 | 1 | T1101 | -42.4 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2006 | 1 | T1080 | -60.12 | D-2048 | 1 | T1780 | -48.24 |
D-2015 | 1 | T2024 | -59.3 | D-2051 | 1 | T1670 | -61.04 |
D-2016 | 1 | T2032 | -63.1 | D-2052 | 1 | T1370 | -89.53 |
D-2017 | 1 | T2034 | -70.1 | D-2053 | 1 | T1458 | -81.49 |
D-2019 | 1 | T2099 | -43.07 | D-2054 | 1 | T1878 | -36.34 |
D-2025 | 1 | T1086 | -53.07 | D-2055 | 1 | T1767 | -66.47 |
D-2027 | 1 | T1105 | -22.88 | D-2057 | 1 | T788 | -69.06 |
D-2029 | 1 | T976 | -42.62 | D-2058 | 1 | T1275 | -84.33 |
D-2030 | 1 | T1123 | -28.6 | D-2059 | 1 | T1814 | -78.71 |
D-2037 | 1 | T898 | -18.98 | D-2060 | 1 | T1130 | -74.14 |
D-2039 | 1 | T813 | -69.93 | D-2061 | 1 | T1816 | -75.23 |
D-2041 | 1 | T1127 | -21.84 | D-2062 | 1 | T1485 | -58.27 |
D-2043 | 1 | T1375 | -72.11 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2063 | 1 | T1229 | -69.57 | D-2075 | 1 | T1382 | -52.85 |
D-2064 | 1 | T885 | -26.21 | D-2076 | 1 | T1236 | -86.21 |
D-2065 | 1 | T2068 | -73.42 | D-2077 | 1 | T1235 | -87.22 |
D-2066 | 1 | T1227 | -54.74 | D-2078 | 1 | T1234 | -91.7 |
D-2067 | 1 | T1268 | -27.15 | D-2079 | 1 | T2074 | -85.91 |
D-2068 | 1 | T1992 | -56.89 | D-2080 | 1 | T1233 | -88.99 |
D-2069 | 1 | T1990 | -17.92 | D-2081 | 1 | T1232 | -89.64 |
D-2070 | 1 | T1959 | -72.22 | D-2082 | 1 | T2072 | -74.89 |
D-2071 | 1 | T1146 | -55.69 | D-2083 | 1 | T1005 | -78.85 |
D-2072 | 1 | T1526 | -81.87 | D-2084 | 1 | T948 | -45.28 |
D-2073 | 1 | T1717 | -57.1 | D-2085 | 1 | T573 | -34.79 |
D-2074 | 1 | T1077 | -25.26 | D-2101 | 1 | T836 | -57 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -72.75 | D-2097 | 1 | T999 | -11.78 |
D-2086 | 1 | T590 | -18.09 | D-2098 | 1 | T609 | -44.23 |
D-2087 | 1 | T1527 | -51.27 | D-2099 | 1 | T781 | -60.5 |
D-2088 | 1 | T1067 | -23.35 | D-2100 | 1 | T830 | -41.23 |
D-2089 | 1 | T1696 | -40.51 | D-2102 | 1 | T954 | -61.93 |
D-2090 | 1 | T1548 | -51.00 | D-2103 | 1 | T1833 | -35.41 |
D-2091 | 1 | T235 | -20.06 | D-2104 | 1 | T2020 | -36.31 |
D-2092 | 1 | T508 | -5.28 | D-2105 | 1 | T2059 | -70.02 |
D-2093 | 1 | T239 | -11.41 | D-2106 | 1 | T2060 | -64.34 |
D-2094 | 1 | T1736 | -50.26 | D-2107 | 1 | T1467 | -37.67 |
D-2095 | 1 | T240 | 13.33 | D-2108 | 1 | T1247 | -79.83 |
D-2096 | 1 | T998 | -7.13 | D-2109 | 1 | T2133 | -31.79 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -75.98 | D-2110 | 1 | T596 | -67.89 |
D-2052 | 3 | T1370 | -91.31 | D-2111 | 1 | T1334 | -88.01 |
D-2052 | 1 | T1370 | -79.79 | D-2112 | 1 | T840 | -57.49 |
D-2052 | 0.5 | T1370 | -51.84 | D-2113 | 1 | T1239 | -76.41 |
D-2053 | 3 | T1458 | -91.83 | D-2114 | 1 | T2016 | -59.91 |
D-2053 | 1 | T1458 | -85.54 | D-2115 | 1 | T2017 | -80.5 |
D-2053 | 0.5 | T1458 | -30.4 | D-2116 | 1 | T1475 | -71.84 |
D-2058 | 3 | T1275 | -85.79 | D-2117 | 1 | T2018 | -59.18 |
D-2058 | 1 | T1275 | -74.59 | D-2118 | 1 | T2106 | -82.04 |
D-2058 | 0.5 | T1275 | -52.58 | D-2119 | 1 | T1273 | -70.63 |
D-2059 | 1 | T1814 | -71.24 | D-2120 | 1 | T1506 | -53.72 |
D-2061 | 1 | T1816 | -67.34 | D-2121 | 1 | T1537 | -67.99 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -70.56 | D-2137 | 1 | T2073 | -28.29 |
D-2078 | 3 | T1234 | -95.31 | D-2138 | 1 | T1089 | -42.53 |
D-2078 | 1 | T1234 | -81.28 | D-2139 | 1 | T1716 | -60.34 |
D-2078 | 0.5 | T1234 | -78.05 | D-2140 | 1 | T1124 | -46.49 |
D-2079 | 3 | T2074 | -87.42 | D-2141 | 1 | T1965 | -51.64 |
D-2079 | 1 | T2074 | -71.78 | D-2142 | 1 | T1230 | -73.09 |
D-2079 | 0.5 | T2074 | -68.17 | D-2143 | 1 | T2071 | -47.83 |
D-2080 | 1 | T1233 | -87.66 | D-2144 | 1 | T1012 | -17.18 |
D-2081 | 3 | T1232 | -96.49 | D-2145 | 1 | T2102 | -73.86 |
D-2081 | 1 | T1232 | -85.71 | D-2158 | 1 | T1372 | -80.83 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -70.37 | D-2169 | 1 | T1372 | -71.01 |
D-2083 | 1 | T1005 | -64.01 | D-2182 | 1 | T1372 | -80.03 |
D-2134 | 1 | T604 | 15.84 | D-2185 | 1 | T1372 | -76.36 |
D-2135 | 1 | T607 | -47.29 | D-2189 | 1 | T1372 | -82.41 |
D-2136 | 1 | T1405 | -76.24 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -70.27 | D-2210 | 1 | T1275 | -40.33 |
D-2161 | 1 | T914 | -29.66 | D-2211 | 1 | T1370 | -80.39 |
D-2162 | 1 | T1372 | -53.65 | D-2212 | 1 | T2034 | -66.09 |
D-2163 | 1 | T1114 | -60.02 | D-2213 | 1 | T1375 | -72.26 |
D-2166 | 1 | T2077 | -9.73 | D-2214 | 1 | T1814 | -66.69 |
D-2167 | 1 | T816 | -9.79 | D-2215 | 1 | T1130 | -24.86 |
D-2183 | 1 | T1372 | -64.17 | D-2216 | 1 | T1816 | -44.88 |
D-2184 | 1 | T1372 | -68.3 | D-2217 | 1 | T1458 | -53.44 |
D-2186 | 1 | T1372 | -73.66 | D-2218 | 1 | T1275 | -67.9 |
D-2187 | 1 | T1372 | -65.74 | D-2222 | 1 | T1814 | -61.29 |
D-2201 | 1 | T1458 | -46.02 | D-2223 | 1 | T1130 | -71.27 |
D-2206 | 1 | T1814 | -32.35 | D-2224 | 1 | T1816 | -41.34 |
D-2207 | 1 | T1130 | -24.97 | D-2225 | 1 | T1458 | -82.05 |
D-2208 | 1 | T1816 | 24.09 | D-2226 | 1 | T1275 | -66.42 |
D-2209 | 1 | T1458 | -71.78 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2081 | 1 | T1232 | -89 | D-2250 | 0.5 | T1232 | -68.42 |
D-2081 | 1 | T1232 | -84.81 | D-2251 | 0.5 | T1233 | -61.68 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -81.83 | D-2252 | 0.5 | T2074 | -73.55 |
D-2239 | 0.5 | T1005 | -43.57 | D-2253 | 0.5 | T1234 | -75.93 |
D-2240 | 0.5 | T1232 | -70.09 | D-2254 | 0.5 | T1005 | -72.84 |
D-2241 | 0.5 | T1233 | -91.21 | D-2255 | 0.5 | T1232 | -85.73 |
D-2242 | 0.5 | T2074 | -72.33 | D-2256 | 0.5 | T1233 | -73.31 |
D-2243 | 0.5 | T1234 | -82.12 | D-2257 | 0.5 | T2074 | -57.42 |
D-2244 | 0.5 | T1005 | -61.6 | D-2258 | 0.5 | T1234 | -86.98 |
D-2245 | 0.5 | T1232 | -70.32 | D-2259 | 0.5 | T1234 | -76.42 |
D-2246 | 0.5 | T1233 | -82.34 | D-2260 | 0.5 | T2074 | -72.66 |
D-2247 | 0.5 | T2074 | -71.57 | D-2261 | 0.5 | T1232 | -78.9 |
D-2248 | 0.5 | T1234 | -78.58 | D-2262 | 0.5 | T2072 | -43.95 |
D-2249 | 0.5 | T1005 | -33.8 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -70.46 | D-2265 | 0.5 | T1234 | -70 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -73.32 | D-2266 | 0.5 | T2074 | -47.47 |
D-2168 | 1 | T914 | -25.57 | D-2268 | 0.5 | T1233 | -63.89 |
D-2170 | 1 | T1114 | -59.16* | D-2269 | 0.5 | T1233 | -58.41 |
D-2173 | 1 | T2077 | -29.63 | D-2270 | 0.5 | T1234 | -53.36 |
D-2190 | 1 | T1114 | -1.89 | D-2271 | 0.5 | T1234 | -57.52 |
D-2193 | 1 | T2077 | -52.59* | D-2272 | 0.5 | T2074 | -65.81 |
D-2204 | 1 | T2034 | -37.36 | D-2273 | 0.5 | T2074 | -62.06 |
D-2220 | 1 | T2034 | -65.89 | D-2301 | 1 | T1231 | -81.85 |
D-2227 | 1 | T1113 | -39.03 | D-2302 | 1 | T2070 | -72.03 |
D-2229 | 1 | T1110 | -67.96 | D-2303 | 1 | T2078 | -54.08 |
D-2232 | 1 | T913 | -63.89 | D-2304 | 1 | T1365 | -67.08 |
D-2233 | 1 | T2034 | -62.85 | D-2305 | 1 | T1366 | -71.92 |
D-2236 | 1 | T1130 | -61.02 | D-2306 | 1 | T1369 | -64.17 |
D-2264 | 0.5 | T1233 | -63.96 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -74.85 | D-2345 | 0.5 | T2074 | -66.64 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -79.33 | D-2346 | 0.5 | T1233 | -71.49 |
D-2307 | 1 | T1373 | -57.28 | D-2347 | 0.5 | T1232 | -67.88 |
D-2308 | 1 | T1374 | -54.28 | D-2348 | 0.5 | T2072 | -29.7 |
D-2309 | 0.5 | T1234 | -68.23 | D-2349 | 0.5 | T1234 | -63.39 |
D-2310 | 0.5 | T2074 | -49.9 | D-2350 | 0.5 | T2074 | -53.12 |
D-2311 | 0.5 | T1233 | -71.87 | D-2351 | 0.5 | T1233 | -67.77 |
D-2312 | 0.5 | T1232 | -56.57 | D-2352 | 0.5 | T1232 | -36.82 |
D-2313 | 0.5 | T2072 | -46.01 | D-2353 | 0.5 | T2072 | -37.66 |
D-2314 | 0.5 | T1234 | -72.33 | D-2393 | 0.5 | T1234 | -47.75 |
D-2315 | 0.5 | T2074 | -61.11 | D-2394 | 0.5 | T2074 | -65.84 |
D-2316 | 0.5 | T1233 | -80.59 | D-2395 | 0.5 | T1233 | -70.01 |
D-2317 | 0.5 | T1232 | -79.12 | D-2396 | 0.5 | T1232 | -54.78 |
D-2318 | 0.5 | T2072 | -60.72 | D-2397 | 0.5 | T2072 | -28.06 |
D-2344 | 0.5 | T1234 | -79.85 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -79.43 | D-2333 | 0.5 | T2072 | -28.56 |
D-2319 | 0.5 | T1234 | -63.31 | D-2334 | 0.5 | T1234 | -69.42 |
D-2320 | 0.5 | T2074 | -61.86 | D-2335 | 0.5 | T2074 | -40.1 |
D-2321 | 0.5 | T1233 | -75.48 | D-2336 | 0.5 | T1233 | -59.06 |
D-2322 | 0.5 | T1232 | -59.65 | D-2337 | 0.5 | T1232 | -53.38 |
D-2323 | 0.5 | T2072 | -34.97 | D-2338 | 0.5 | T2072 | -56.97 |
D-2324 | 0.5 | T1234 | -72.96 | D-2339 | 0.5 | T1234 | -72.93 |
D-2325 | 0.5 | T2074 | -66.78 | D-2340 | 0.5 | T2074 | -46.96 |
D-2326 | 0.5 | T1233 | -66.35 | D-2341 | 0.5 | T1233 | -83.39 |
D-2327 | 0.5 | T1232 | -55.48 | D-2342 | 0.5 | T1232 | -64.03 |
D-2328 | 0.5 | T2072 | -32.95 | D-2354 | 0.5 | T1234 | -66.85 |
D-2329 | 0.5 | T1234 | -79.94 | D-2355 | 0.5 | T2074 | -49.63 |
D-2330 | 0.5 | T2074 | -35.52 | D-2356 | 0.5 | T1233 | -80.84 |
D-2331 | 0.5 | T1233 | -55.59 | D-2357 | 0.5 | T1232 | -76.56 |
D-2332 | 0.5 | T1232 | -77.85 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -78.96 | D-2384 | 1 | T1372 | -87.07 |
D-2080 | 0.5 | T1233 | -76.6 | D-2385 | 1 | T1372 | -86.66 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -80.5 | D-2386 | 1 | T1372 | -82.75 |
D-2241 | 0.5 | T1233 | -79.44 | D-2387 | 1 | T1372 | -85.64 |
D-2258 | 0.5 | T1234 | -79.5 | D-2388 | 1 | T1372 | -85.26 |
D-2374 | 1 | T1334 | -76.39 | D-2389 | 1 | T1372 | -82.12 |
D-2375 | 1 | T1334 | -84.32 | D-2390 | 1 | T1372 | -78.41 |
D-2376 | 1 | T1239 | -77.92 | D-2391 | 1 | T1372 | -88.62 |
D-2377 | 1 | T2017 | -68.11 | D-2392 | 1 | T1372 | -79.8 |
D-2378 | 1 | T2106 | -73.92 | D-2399 | 1 | T1372 | -90.61 |
D-2379 | 1 | T1334 | -81.46 | D-2400 | 1 | T1372 | -82.94 |
D-2380 | 1 | T1239 | -60.94 | D-2401 | 1 | T1372 | -92.12 |
D-2381 | 1 | T2017 | -73.06 | D-2402 | 1 | T1372 | -73.56 |
D-2382 | 1 | T2106 | -72.66 | D-2403 | 1 | T1372 | -89.72 |
D-2383 | 1 | T1334 | -85.19 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2042 | 1 | T1372 | -72.06 | D-2225 | 0.5 | T1458 | -65.93 |
D-2045 | 1 | T2077 | -70.1 | D-2228 | 1 | T1016 | -81.59 |
D-2053 | 0.5 | T1458 | -43.98 | D-2230 | 1 | T1111 | -28.82 |
D-2079 | 0.5 | T2074 | -74.22 | D-2231 | 1 | T911 | -41.89 |
D-2079 | 0.5 | T2074 | -67.06 | D-2237 | 1 | T1816 | -50.64 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -75.85 | D-2238 | 1 | T1458 | -80.45 |
D-2158 | 0.5 | T1372 | -77.49 | D-2242 | 0.5 | T2074 | -69.91 |
D-2159 | 1 | T1114 | -73.23 | D-2247 | 0.5 | T2074 | -59.81 |
D-2170 | 1 | T1114 | -69.02 | D-2252 | 0.5 | T2074 | -63.16 |
D-2182 | 0.5 | T1372 | -80.47 | D-2254 | 0.5 | T1005 | -34.25 |
D-2188 | 1 | T914 | -78.98 | D-2260 | 0.5 | T2074 | -71.08 |
D-2189 | 0.5 | T1372 | -76.83 | D-2267 | 1 | T1816 | -21.42 |
D-2193 | 1 | T2077 | -69.63 | D-2343 | 0.5 | T2072 | -37.41 |
D-2196 | 1 | T2034 | -87.29 | D-2358 | 0.5 | T2072 | -36.05 |
D-2200 | 1 | T1816 | -69.25 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -76.37 | D-2439 | 0.5 | T1526 | -64.23 |
D-2108 | 0.5 | T1247 | -75.82 | D-2440 | 0.5 | T1247 | -78.51 |
D-2111 | 0.5 | T1334 | -78.2 | D-2441 | 0.5 | T1231 | -72.52 |
D-2113 | 0.5 | T1239 | -69.06 | D-2442 | 0.5 | T1405 | -9.8 |
D-2115 | 0.5 | T2017 | -69.6 | D-2443 | 0.5 | T1526 | -48.33 |
D-2118 | 0.5 | T2106 | -66.06 | D-2444 | 0.5 | T1247 | -62.49 |
D-2430 | 0.5 | T1334 | -72.94 | D-2445 | 0.5 | T1231 | -56.81 |
D-2431 | 0.5 | T1239 | -66.56 | D-2446 | 0.5 | T1334 | -68.94 |
D-2432 | 0.5 | T2017 | -76.11 | D-2447 | 0.5 | T1239 | -56.33 |
D-2433 | 0.5 | T2106 | -67.19 | D-2448 | 0.5 | T2017 | -67.27 |
D-2434 | 0.5 | T1405 | -24.95 | D-2449 | 0.5 | T2106 | -75.69 |
D-2435 | 0.5 | T1526 | -68.17 | D-2450 | 0.5 | T1405 | -45.34 |
D-2436 | 0.5 | T1247 | -69.01 | D-2451 | 0.5 | T1526 | -64.83 |
D-2437 | 0.5 | T1231 | -75.43 | D-2453 | 0.5 | T1231 | -65.09 |
D-2438 | 0.5 | T1405 | -35.85 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -78.97 | D-2467 | 0.5 | T1334 | -75.26 |
D-2199 | 0.5 | T1130 | -59.09 | D-2468 | 0.5 | T2072 | -60.05 |
D-2454 | 0.5 | T2074 | -65.23 | D-2469 | 0.5 | T1959 | -44.15 |
D-2455 | 0.5 | T2074 | -67.42 | D-2470 | 0.5 | T2072 | -51.87 |
D-2456 | 0.5 | T2074 | -61.94 | D-2471 | 0.5 | T1959 | -34.89 |
D-2457 | 0.5 | T2074 | -65.7 | D-2472 | 0.5 | T2077 | -43.85 |
D-2458 | 0.5 | T2074 | -46.41 | D-2473 | 0.5 | T2072 | -60.33 |
D-2459 | 0.5 | T2074 | -50.02 | D-2474 | 0.5 | T1959 | -38.56 |
D-2460 | 0.5 | T2074 | -60.38 | D-2475 | 0.5 | T1130 | -38.23 |
D-2461 | 0.5 | T2034 | -58.32 | D-2476 | 0.5 | T1334 | -65.84 |
D-2462 | 0.5 | T1114 | -77.64 | D-2477 | 0.5 | T2072 | -45.84 |
D-2463 | 0.5 | T2077 | -70.9 | D-2478 | 0.5 | T1959 | -50.33 |
D-2464 | 0.5 | T1130 | -58.04 | D-2479 | 0.5 | T1114 | -62.99 |
D-2465 | 0.5 | T2072 | -65.15 | D-2480 | 0.5 | T1526 | -79.32 |
D-2466 | 0.5 | T1959 | -55.27 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2078 | 0.5 | T1234 | -80.46 | D-2255 | 3 | T1232 | -95.38 |
D-2080 | 0.5 | T1233 | -78.74 | D-2255 | 1 | T1232 | -84.2 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -71.47 | D-2255 | 0.5 | T1232 | -76.6 |
D-2082 | 0.5 | T2072 | -63.84 | D-2258 | 3 | T1234 | -96.65 |
D-2105 | 0.5 | T2059 | -62.69 | D-2258 | 1 | T1234 | -89.16 |
D-2136 | 0.5 | T1405 | -32.32 | D-2258 | 0.5 | T1234 | -79.98 |
D-2241 | 3 | T1233 | -96.62 | D-2301 | 0.5 | T1231 | -87.12 |
D-2241 | 1 | T1233 | -92.47 | D-2316 | 0.5 | T1233 | -76.86 |
D-2241 | 0.5 | T1233 | -84.8 | D-2317 | 0.5 | T1232 | -66.58 |
D-2243 | 3 | T1234 | -97.39 | D-2318 | 0.5 | T2072 | -54.2 |
D-2243 | 1 | T1234 | -94.88 | D-2341 | 0.5 | T1233 | -90.21 |
D-2243 | 0.5 | T1234 | -83.38 | D-2344 | 0.5 | T1234 | -72.37 |
D-2246 | 3 | T1233 | -95.55 | D-2481 | 0.5 | T1526 | -78.98 |
D-2246 | 1 | T1233 | -92.55 | D-2072 | 0.5 | T1526 | -71.36 |
D-2246 | 0.5 | T1233 | -81.55 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2057 | 0.5 | T788 | -36.45 | D-2391 | 0.5 | T1372 | -69.13 |
D-2060 | 0.5 | T1130 | -49.77 | D-2399 | 0.5 | T1372 | -75.08 |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -78.72 | D-2399 | 1 | T1372 | -78.92 |
D-2188 | 0.5 | T914 | -41.93 | D-2399 | 3 | T1372 | -95.3 |
D-2196 | 3 | T2034 | -94.08 | D-2401 | 0.5 | T1372 | -56.74 |
D-2196 | 1 | T2034 | -78.27 | D-2401 | 1 | T1372 | -84.24 |
D-2196 | 0.5 | T2034 | -67.92 | D-2401 | 3 | T1372 | -91.75 |
D-2225 | 3 | T1458 | -91.32 | D-2403 | 0.5 | T1372 | -58.73 |
D-2225 | 1 | T1458 | -79.05 | D-2462 | 3 | T1114 | -86.71 |
D-2225 | 0.5 | T1458 | -57.61 | D-2462 | 1 | T1114 | -55.52 |
D-2238 | 0.5 | T1458 | -74.65 | D-2462 | 0.5 | T1114 | -35.15 |
D-2260 | 3 | T2074 | -91.09 | D-2465 | 3 | T2072 | -91.63 |
D-2260 | 1 | T2074 | -74.13 | D-2465 | 1 | T2072 | -67.47 |
D-2260 | 0.5 | T2074 | -56.43 | D-2465 | 0.5 | T2072 | -62.5 |
D-2384 | 0.5 | T1372 | -76.06 |
治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % | 治療 (雙股體編號) | 劑量( mg/kg ) | 觸發物 家族 名稱 | 人 mARC1 mRNA 的平均變化 % |
D-2081 | 0.5 | T1232 | -80.49 | D-2497 | 0.5 | T1273 | -59.29 |
D-2483 | 0.5 | T788 | -19.16 | D-2498 | 0.5 | T2102 | -21.14 |
D-2484 | 0.5 | T1475 | -48.32 | D-2499 | 0.5 | T2070 | -15.52 |
D-2485 | 0.5 | T1273 | -34.62 | D-2500 | 0.5 | T1366 | -35.23 |
D-2486 | 0.5 | T2102 | -50.34 | D-2501 | 0.5 | T788 | -23.95 |
D-2487 | 0.5 | T2070 | -44.11 | D-2502 | 0.5 | T1475 | -53.81 |
D-2488 | 0.5 | T1366 | -55.46 | D-2503 | 0.5 | T1273 | -52.52 |
D-2489 | 0.5 | T788 | -15.04 | D-2504 | 0.5 | T2102 | -66.42 |
D-2490 | 0.5 | T1475 | -71.42 | D-2505 | 0.5 | T2070 | -37.75 |
D-2491 | 0.5 | T1273 | -47.55 | D-2506 | 0.5 | T1366 | -62.14 |
D-2492 | 0.5 | T2102 | -59.06 | D-2507 | 0.5 | T788 | -45.32 |
D-2493 | 0.5 | T2070 | -51.01 | D-2509 | 0.5 | T1273 | -15.16 |
D-2494 | 0.5 | T1366 | -65.43 | D-2510 | 0.5 | T2102 | -80.41 |
D-2495 | 0.5 | T788 | -46.33 | D-2511 | 0.5 | T2070 | -65.62 |
D-2496 | 0.5 | T1475 | -35.85 | D-2512 | 0.5 | T1366 | -68.19 |
在早期體內研究中表現出顯著的緘默活性(雙股體編號D-2042和D-2081)的兩種mARC1 siRNA分子在後期的體內研究中用作基準化合物。在單次皮下注射1 mg/kg劑量後四週,七十種mARC1 siRNA分子在AAV-hmARC1小鼠中產生75%或更大的人mARC1 mRNA降低。一些被測試的mARC1 siRNA分子(包括D-2081、D-2241、D-2255和D-2258)特別有效,這可以藉由在四週時在單次皮下注射0.5 mg/kg的情況下人mARC1 mRNA降低85%或更大所證明的。此外,與靶向轉錄物的其他區域的mARC1 siRNA分子相比,觀察到靶向人mARC1轉錄物的某些區域的mARC1 siRNA分子在體內產生更大的人mARC1 mRNA降低。例如,含具有與人mARC1轉錄物(SEQ ID NO: 1)的核苷酸1205至1250之間、核苷酸1345至1375之間或核苷酸2039至2078之間的區域互補的序列的反義股的mARC1 siRNA分子在單次皮下注射1 mg/kg後四週表現出顯著的敲除活性(表23)。表23總結了來自上述研究的具有相同化學修飾模式且在指定核苷酸範圍內靶向人轉錄物的siRNA分子的人mARC1 mRNA肝臟水平的平均變化百分比。靶向核苷酸1211至1236之間的人轉錄物的mARC1 siRNA分子尤其有效,因為單次皮下投與1 mg/kg劑量的此類siRNA分子在給藥後至少四週內將人mARC1 mRNA水平降低大於80%。
[
表 23]
. 靶向特定轉錄區的 mARC1 siRNA 分子的體內功效總結
1研究3、6和8中1 mg/kg劑量組的平均值(分別見表7、10和12)
2研究3和6中1 mg/kg劑量組的平均值(分別見表7和10)
3研究2和5中1 mg/kg劑量組的平均值(分別見表6和9)
4研究1、4、5、6、7、9、10、12和13中1 mg/kg劑量組的平均值(分別見表5、8、9、10、11、13、14、16和17)
5研究1和13中1 mg/kg劑量組的平均值(分別見表5和17)
實例 5. mARC1 siRNA 在小鼠模型中治療 NASH 的功效
雙股體編號 | 人 MARC1 轉錄物的靶位點(SEQ ID NO: 1 ) | 反義序列(未經修飾的) | 反義序列(經修飾的) | 4 週(1 mg/kg )的人mARC1 mRNA 的平均變化% |
人MARC1 轉錄區1 | ||||
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人MARC1 轉錄區2 | ||||
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為了確定抑制mARC1表現是否可以治療脂肪肝病,向進行0.2%膽固醇飲食(TD190883飲食)的小鼠投與靶向小鼠
Marc1基因的siRNA分子或對照siRNA分子。TD190883飲食含有0.2%膽固醇、20%果糖、12%蔗糖和22%氫化植物油(HVO)。已顯示類似的飲食誘導在幾週內進行該飲食的小鼠中的NAFLD和NASH特徵(參見,例如,Zhong等人, Digestion [消化], 第101卷: 522-535, 2020和Kroh等人, Gastroenterol Res Pract. 第2020卷: 7347068, 2020, doi:10.1155/2020/7347068)。
6週齡雄性c57BL/6小鼠(查理斯河實驗室(Charles River Laboratories))餵食標準飼料(Harlan,2020 × Teklad global無大豆蛋白膨化齧齒動物飼料)或0.2%膽固醇飲食(TD190883,Envigo)。藉由皮下注射,進行0.2%膽固醇飲食的小鼠以3 mg/kg體重接受單獨緩衝液(磷酸鹽緩衝鹽水)、在0.2 ml緩衝液中的mARC1靶向siRNA(雙股體編號D-1000)或對照siRNA(雙股體編號D-1002),每兩週一次,持續24週。合成siRNA分子且將其與三價GalNAc部分(式VII所示結構)軛合,如實例2中所述。每種siRNA分子的結構提供在表1和2中。動物禁食且在第24週收穫以供進一步分析。將來自收穫的動物的肝臟總RNA用於qPCR分析,並藉由臨床分析儀(AU400化學分析儀,奧林巴斯公司(Olympus))測量血清參數。首先將每個肝臟樣本中的mRNA水平相對於18S核糖體RNA水平歸一化,且然後與飼料對照組中的表現水平進行比較。在飼料對照組中,數據表示為相對過表現倍數。肝組織均質化並用異丙醇提取以測量總膽固醇和總甘油三酯(賽默飛世爾公司,Infinity膽固醇和Infinity甘油三酯)。所有動物飼養條件和研究方案均由安進機構動物護理和使用委員會(IACUC)批准。小鼠被安置在指定的無病原體、AAALAC、Intl認證的在通風微型隔離器中的設施中。在12 : 12的黑暗 : 光週期下,對程序和安置室進行正向加壓和調節。所有動物都藉由自動澆水系統隨意接受反滲透純化水。
在餵食0.2%膽固醇飲食的小鼠中,mARC1和mARC2兩者的肝臟表現均降低。在用mARC1靶向siRNA治療的動物中,mARC1表現(而不是mARC2表現)進一步降低(圖5A和5B)。如所期望的,在研究過程中,進行0.2%膽固醇飲食的小鼠的血清肝酶(AST和ALT)、膽固醇、LDL-膽固醇(LDL-C)和HDL-膽固醇(HDL-C)水平增加(圖6A-6E)。用mARC1靶向siRNA治療降低飲食誘導的血清膽固醇、LDL-C和HDL-C增加(圖6C-6E)。mARC1 siRNA治療也顯示出降低飲食誘導的血清肝酶水平的趨勢(圖6A-6B)。進行0.2%膽固醇飲食的動物在24週後體重和肝臟重量增加(圖7A和7B)。在24週時,進行0.2%膽固醇飲食的動物的肝臟中的甘油三酯和膽固醇水平也增加(圖7C和7D)。mARC1 siRNA治療並未顯著降低飲食誘導的體重、肝臟重量、肝臟甘油三酯水平或肝臟膽固醇水平的增加(圖7A-7D)。
總之,該研究結果顯示,在NASH小鼠模型中,用mARC1靶向siRNA分子抑制mARC1肝臟表現降低血清膽固醇、LDL-C、HDL-C和肝酶,表明mARC1 siRNA分子可能是治療該疾病和其他脂肪肝障礙的一種新的治療方法。
實例 6. 錯配對 mARC1 siRNA 分子效力的影響
為了評估鹼基對錯配對mARC1 siRNA分子效力的影響,合成最有效的siRNA分子子集的類似物,使其在反義股5ʹ端的6或8位具有不同的核苷酸,從而當反義股與其mARC1 mRNA轉錄物靶區域雜交時,在該位置產生鹼基對錯配。然而,在每種類似物中,該有義股的序列被設計為與反義股的序列完全互補,因此在siRNA雙股體中,有義股和反義股之間不會產生錯配。每種錯配類似物(雙股體編號D-2514至D-2561)和親本siRNA分子(雙股體編號D-2052、D-2072、D-2076、D-2077、D-2079、D-2081、D-2105、D-2108、D-2111、D-2113、D-2115、D-2118、D-2142、D-2136、D-2189、D-2196、D-2238、D-2241、D-2254、D-2258、D-2301、D-2462、D-2465和D-2510)的未經修飾的和經修飾的序列分別在表1和2中提供。使用上述實例3中所述之體外RNA FISH測定,在Hep3B細胞中評估錯配類似物和親本siRNA分子在降低人mARC1 mRNA水平方面的功效。如實例3所述,對100 nM至5 pM範圍的十個不同濃度的每種siRNA分子進行測試,且根據劑量反應曲線計算IC50和最大活性值。該等測定的結果顯示於下表24中。
[
表 24]
. mARC1 siRNA 錯配類似物在 Hep3B 細胞中的體外功效
雙股體編號 | 人 MARC1 轉錄物的靶位點( SEQ ID NO: 1 ) | 錯配 反義股 5ʹ 端位置 | IC50 [M] | 最大活性 |
D-2254 | 985-1005 | 無 | 4.17E-09 | -83.59 |
D-2514 | 985-1005 | 6 | — | -74.91 |
D-2515 | 985-1005 | 8 | 2.97E-08 | -78.35 |
D-2462 | 1092-1114 | 無 | 6.9E-10 | -93.14 |
D-2516 | 1092-1114 | 6 | 2.00E-08 | -79.30 |
D-2517 | 1092-1114 | 8 | 1.54E-09 | -87.85 |
D-2142 | 1210-1230 | 無 | 6.82E-10 | -90.23 |
D-2518 | 1210-1230 | 6 | 3.34E-09 | -82.58 |
D-2519 | 1210-1230 | 8 | 4.63E-09 | -85.78 |
D-2301 | 1211-1231 | 無 | 3.3E-10 | -84.34 |
D-2520 | 1211-1231 | 6 | 7.59E-09 | -79.51 |
D-2521 | 1211-1231 | 8 | 1.49E-08 | -70.30 |
D-2081 | 1212-1232 | 無 | 5.88E-10 | -86.84 |
D-2522 | 1212-1232 | 6 | 2.91E-09 | -85.61 |
D-2523 | 1212-1232 | 8 | 2.33E-09 | -89.43 |
D-2241 | 1215-1233 | 無 | 1.26E-09 | -86.29 |
D-2524 | 1215-1233 | 6 | 2.51E-08 | -82.90 |
D-2525 | 1215-1233 | 8 | 5.49E-09 | -85.28 |
D-2258 | 1214-1234 | 無 | 7.55E-10 | -81.90 |
D-2526 | 1214-1234 | 6 | 3.37E-09 | -86.17 |
D-2527 | 1214-1234 | 8 | 2.24E-08 | -73.80 |
D-2077 | 1215-1235 | 無 | 4.42E-10 | -87.32 |
D-2528 | 1215-1235 | 6 | 5.33E-09 | -86.59 |
D-2529 | 1215-1235 | 8 | 5.6E-09 | -86.43 |
D-2076 | 1216-1236 | 無 | 5.41E-10 | -89.64 |
D-2530 | 1216-1236 | 6 | 1.79E-08 | -82.25 |
D-2531 | 1216-1236 | 8 | 2.52E-09 | -82.91 |
D-2113 | 1219-1239 | 無 | 5.86E-10 | -86.53 |
D-2532 | 1219-1239 | 6 | 1.10E-08 | -82.08 |
D-2533 | 1219-1239 | 8 | 6.44E-09 | -76.61 |
D-2108 | 1227-1247 | 無 | 1.44E-09 | -85.90 |
D-2534 | 1227-1247 | 6 | 4.7E-09 | -78.40 |
D-2535 | 1227-1247 | 8 | 3.69E-09 | -85.20 |
D-2111 | 1314-1334 | 無 | 2.78E-10 | -88.86 |
D-2536 | 1314-1334 | 6 | — | -31.51 |
D-2537 | 1314-1334 | 8 | 4.7E-09 | -83.69 |
D-2052 | 1350-1370 | 無 | 5.75E-10 | -80.89 |
D-2538 | 1350-1370 | 6 | 1.49E-08 | -75.03 |
D-2539 | 1350-1370 | 8 | 2.19E-09 | -81.35 |
D-2189 | 1352-1372 | 無 | 1.49E-09 | -85.52 |
D-2540 | 1352-1372 | 6 | — | -76.77 |
D-2541 | 1352-1372 | 8 | 4.1E-09 | -88.64 |
D-2136 | 1385-1405 | 無 | 9.11E-10 | -84.91 |
D-2542 | 1385-1405 | 6 | — | -16.91 |
D-2543 | 1385-1405 | 8 | 3.21E-08 | -70.17 |
D-2238 | 1438-1458 | 無 | 7.37E-10 | -77.36 |
D-2544 | 1438-1458 | 6 | 1.12E-08 | -61.11 |
D-2545 | 1438-1458 | 8 | 7.51E-09 | -82.10 |
D-2072 | 1506-1526 | 無 | 8.57E-10 | -87.83 |
D-2546 | 1506-1526 | 6 | 8.49E-09 | -83.30 |
D-2547 | 1506-1526 | 8 | 2.68E-09 | -87.92 |
D-2115 | 1997-2017 | 無 | 5.67E-10 | -82.42 |
D-2548 | 1997-2017 | 6 | 8.32E-09 | -84.98 |
D-2549 | 1997-2017 | 8 | 2.82E-09 | -83.58 |
D-2196 | 2016-2034 | 無 | 1.38E-09 | -82.91 |
D-2550 | 2016-2034 | 6 | 1.85E-08 | -78.12 |
D-2551 | 2016-2034 | 8 | — | -75.52 |
D-2105 | 2039-2059 | 無 | 7.52E-10 | -89.10 |
D-2552 | 2039-2059 | 6 | 1.45E-08 | -83.79 |
D-2553 | 2039-2059 | 8 | 4.00E-09 | -82.31 |
D-2465 | 2052-2072 | 無 | 5.98E-10 | -84.77 |
D-2554 | 2052-2072 | 6 | 6.74E-09 | -77.83 |
D-2555 | 2052-2072 | 8 | 2.05E-09 | -86.44 |
D-2079 | 2054-2074 | 無 | 4.03E-10 | -85.54 |
D-2556 | 2054-2074 | 6 | 2.74E-09 | -71.14 |
D-2557 | 2054-2074 | 8 | 3.57E-09 | -84.85 |
D-2510 | 2082-2102 | 無 | 4.08E-10 | -81.51 |
D-2558 | 2082-2102 | 6 | 2.35E-08 | -62.54 |
D-2559 | 2082-2102 | 8 | 1.61E-09 | -84.40 |
D-2118 | 2086-2106 | 無 | 4.64E-10 | -82.20 |
D-2560 | 2086-2106 | 6 | 9.57E-09 | -75.61 |
D-2561 | 2086-2106 | 8 | 7.37E-09 | -83.48 |
對於大多數分子,與其中反義股與靶mARC1 mRNA序列完全互補的親本分子相比,位於反義股種子區內的位置6和8處的錯配沒有顯著影響siRNA分子的最大敲除活性或效力。該等結果有些令人驚訝,因為反義股的種子區(即5ʹ端的核苷酸2到8)被認為對上靶功效很重要。
實例 7. mARC1 siRNA 分子在非人靈長類動物中的體內療效
在石蟹獼猴中評估了三種不同mARC1 siRNA分子(雙股體編號D-2241、D-2081或D-2258)的療效和藥物動力學曲線。三種不同的mARC1 siRNA分子中每種都有與石蟹獼猴(
Macaca fascicularis)
MARC1基因發生交叉反應的反義股序列。雌性初次治療石蟹獼猴,年齡22至48個月,原產模里西斯,源自查理斯河實驗室公司研究模型服務公司(休斯頓,德克薩斯州)。向動物(每個治療組n = 3)單次皮下(s.c.)注射3 mg/kg GalNAc軛合mARC1 siRNA分子至肩胛骨和中背區域,該分子為雙股體編號D-2241、D-2081或D-2258,在1X磷酸鹽緩衝鹽水中配製。在給藥後的以下時間點收集全血製備血清:0.083、0.25、1、2、4、24、28、96、168、264、336、456、528、576、720、864和1056小時。在治療前(第-13天或第-7天)和給藥後第14天和第30天,在麻醉下收集外科手術肝活檢(每個左肝葉和右肝葉約100 mg組織)。在屍檢時收集給藥後第44天的肝臟樣本。
血清和肝臟藥物動力學
為了確定每種GalNAc軛合mARC1 siRNA分子的血清和肝臟藥物動力學曲線,使用類似於Thayer等人, Sci. Rep. [科學研究], 第10卷 (1): 10425, 2020中所述之基於板的寡核苷酸電化學發光(POE)免疫測定,針對每種mARC1 siRNA分子(反義和有義股)分析在用皮下單次3 mg/kg劑量的mARC1 siRNA分子治療後不同時間點收集的血清和肝臟樣本。寡核苷酸捕獲(生物素)和檢測(長葉毛地黃苷)探針由凱傑公司(Qiagen)(德國希爾登)定製合成,其序列係下表25列出的。將肝臟樣本在含有50 mM Tris HCl、100 nM NaCl、0.1% Triton X100和羅氏蛋白酶抑制劑混合物(11836170001)的裂解緩衝液中均質化至最終濃度為200 mg/mL。對於生物分析,將GalNAc-mARC1 siRNA標準品摻入血清或肝勻漿中,濃度範圍為0.13至2500 ng/mL。然後將標準品和生物樣本在96孔PCR板中1 : 10稀釋至最終體積50 µL。在雜交緩衝液中製備寡核苷酸捕獲和檢測探針,該緩衝液由60 mM Na
2PO
4(pH 7.0,二元酸)、1 M NaCl、5 mM EDTA和0.02% Tween 20組成。將探針合併並以10 nM的最終濃度添加到PCR板中,使總樣本體積達到100 µL/孔。在以下條件下,使用熱循環儀進行雜交:90°C持續5分鐘,40°C持續30分鐘,最終保持在12°C。雜交後,將45 µL樣本轉移到中尺度診斷公司(Meso Scale Diagnostics,LLC)MSD Gold 96孔鏈黴素SECTOR板(L15SA)中,並在室溫下伴隨振盪孵育30分鐘。用SerCare Life Sciences 1X KPL免疫測定洗滌液(5150-0011)洗滌板。洗滌後,將板用50 µL的在賽默飛世爾科技公司SuperBlock T20 TBS封閉緩衝液(37536)中稀釋的0.5 µg/mL釕標記的抗長葉毛地黃苷抗體孵育1小時。進行最終洗滌,然後添加中尺度診斷公司1X MSD讀取緩衝液T(R92TC;150 µL)並在中尺度診斷公司Meso Sector S 600儀器上讀取。在Watson LIMS生物分析軟體7.5版(賽默飛世爾科技公司)中,使用4參數邏輯模型和1/Y2的加權因子,從標準曲線內插mARC1 siRNA分子的血清和肝臟濃度。藉由除以200 mg/mL,將肝臟濃度的單位從ng/mL轉換為ng/mg。使用Phoenix WinNonlin軟體版本8.3.2.116(法賽特公司(Pharsight))中的非房室分析,測定給藥後0.083至24小時的血清藥物動力學參數。
[
表 25]
. POE 免疫測定捕獲和檢測探針
1加底線的鹼基 = 鎖核酸修飾;/5Biosg/ = 藉由六碳連接子進行的生物素軛合;/3Dig_N/ = 藉由N-羥基琥珀醯亞胺酯進行的長葉毛地黃苷軛合。
雙股體編號 | 股 | 序列( 5ʹ→3ʹ ) 1 | SEQ ID NO: |
D-2241 | 反義 | /5Biosg/A CCT GGA ATA | 3659 |
D-2241 | 反義 | T TAG ATG CCT/3Dig_N/ | 3660 |
D-2241 | 有義 | /5Biosg/AA GGC AT CTA | 3661 |
D-2241 | 有義 | AT AT TCC AGG/3Dig_N/ | 3662 |
D-2081 | 反義 | /5Biosg/A TGT CCT GGAA | 3663 |
D-2081 | 反義 | TA TT AGA TGCT/3Dig_N/ | 3664 |
D-2081 | 有義 | /5Biosg/G CAT CT AATA | 3665 |
D-2081 | 有義 | T TCC AGG ACA/3Dig_N/ | 3666 |
D-2258 | 反義 | /5Biosg/CC TGG AATAT | 3667 |
D-2258 | 反義 | TA GAT GC CTT/3Dig_N/ | 3668 |
D-2258 | 有義 | /5Biosg/A GGC AT CTAA | 3669 |
D-2258 | 有義 | T AT TCC AGGA/3Dig_N/ | 3670 |
圖8A-8F顯示了針對三種不同mARC1 siRNA分子中每種的反義和有義股濃度的血清濃度-時間曲線。如表26所總結的,在給藥後2.0至4.0小時,針對D-2241、D-2258和D-2081,在血清中觀察到的平均最大反義股濃度(C
max)分別為511、496和321 ng/mL。從劑量投與開始到給藥後24小時(AUC
0-24 小時),針對D-2258、D-2241和D-2081的血清反義股的平均濃度時間曲線下面積分別為6399、5040和4137 h*ng/mL。雙股體編號D-2258的有義股與反義股的血清濃度比率指示雙股體的潛在不穩定性,可能在注射部位或體循環中發生股分離。表27報告了給藥後第14、30和44天反義和有義股的siRNA肝臟濃度。第14天,雙股體編號D-2081的肝臟反義股濃度最高,其次係D-2241,然後是D-2258。與血清藥物動力學曲線一致,雙股體編號D-2258的有義和反義股的肝臟濃度比率指示股分離。
[
表 26]
. 在石蟹獼猴中單次皮下 3 mg/kg 劑量的 mARC1 siRNA 分子的情況下的反義股血清藥物動力學參數
1T
max= 給藥後觀察到最大觀察濃度的時間;C
max= 給藥後測量的最大觀察濃度;AUC
0-24 小時= 從劑量投與開始到給藥後24小時,使用線性梯形法得出的濃度-時間曲線下面積。N = 每個治療組3隻動物。
[
表 27]
. 在石蟹獼猴中單次皮下 3 mg/kg 劑量的 mARC1 siRNA 分子的情況下的反義和有義股肝臟濃度
SD = 標準差
肝臟mARC1 mRNA緘默
GalNAc 軛合 mARC1 siRNA 治療(雙股體編號) | |||
藥物動力學參數 1 | D-2241 | D-2081 | D-2258 |
T max(h) | 2.0 | 4.0 | 4.0 |
C max(ng/mL) | 511 | 321 | 496 |
AUC 0-24 小時(h*ng/mL) | 5040 | 4137 | 6399 |
GalNAc 軛合 mARC1 siRNA 治療(雙股體編號) | ||||||
D-2241 (平均值 ± SD ; ng/mg ) | D-2081 (平均值 ± SD ; ng/mg ) | D-2258 (平均值 ± SD ; ng/mg ) | ||||
反義 | 有義 | 反義 | 有義 | 反義 | 有義 | |
給藥後第 14 天 | 28 ± 11 | 29 ± 6.7 | 39 ± 10 | 20 ± 3.5 | 14 ± 1.1 | 42 ± 3.7 |
給藥後第 30 天 | 11 ± 4.5 | 12 ± 1.7 | 4.3 ± 0.37 | 11 ± 1.9 | 7.4 ± 0.60 | 29 ± 1.4 |
給藥後第 44 天 | 5.9 ± 3.0 | 0.69 ± 0.29 | 2.4 ± 0.33 | 5.1 ± 0.95 | 5.1 ± 0.57 | 16 ± 3.6 |
評估了三種GalNAc軛合mARC1 siRNA分子(雙股體編號D-2241、D-2081和D-2258)敲低在皮下3 mg/kg劑量後石蟹獼猴的肝臟中的mARC1 mRNA水平的功效。使用賽默飛世爾科技公司MagMAX-96總RNA分離套組(kit)(AM1830)從快速冷凍的肝臟中純化RNA,用賽默飛世爾科技公司NanoDrop 2000分光光度計(ND-2000)測定樣本完整性(260/280比率)和RNA濃度。使用賽默飛世爾科技公司的TaqMan™ RNA-to-CT 1-Step套組(4392938)進行一步逆轉錄聚合酶鏈反應(RT-PCR)。藉由將50 ng RNA模板與2X TaqMan RT-PCR混合物、40X TaqMan RT酶混合物、20X mARC1引物-探針(IDT,正向引物5ʹ-TTCAGGATGCGATGT CTATGC-3ʹ(SEQ ID NO: 3671),反向引物5ʹ-TGCCCAAAGAGTGGTGATTT-3ʹ(SEQ ID NO: 3672),探針5ʹ-/56-FAM/AGCCGCTGG(SEQ ID NO: 3673)/ZEN/AAACACT GAAGAGTT(SEQ ID NO: 3674)/3IABkFQ/-3ʹ)和20X甘油醛-3-磷酸脫氫酶引物-探針(GAPDH;賽默飛世爾科技公司,Mf04392546_g1 VIC-MGB)混合,將反應組裝到96孔PCR板中。在以下條件下,使用賽默飛世爾科技公司QuantStudio 7 Flex即時PCR系統(4485701)進行RT-PCR:48°C持續30分鐘,90°C持續10分鐘,隨後是40個90°C持續15秒,60°C持續1分鐘的循環。將每個樣本的mRNA表現藉由獲取目的基因濃度(mARC1)與管家基因濃度(GAPDH)的比率進行歸一化。然後,針對每個治療組的每個動物重複,相對於治療前(第-13天或第-7天)時間點計算siRNA給藥後(第14天、第30天和第44天)mARC1 mRNA表現的百分比(%),表示為治療前剩餘%。mARC1 mRNA轉錄物的緘默百分比(%)最終藉由從100%減去治療前剩餘%值來計算。下表28總結了治療前剩餘mRNA %和緘默%值。雙股體編號D-2241係測試的最有效的GalNAc軛合mARC1 siRNA分子,在單次皮下注射後的第14、30和44天,將石蟹獼猴mARC1肝臟mRNA減少到治療前剩餘 < 20%(> 80%緘默)。
[
表 28]
. 用單次皮下 3 mg/kg 劑量的 GalNAc 軛合 mARC siRNA 分子進行的石蟹獼猴肝臟 mARC1 mRNA 緘默
ND = 未檢測到;SC = 皮下;SD = 標準差;其中mARC1 mRNA表現低於測定檢測限的樣本表示為「ND」(未檢測到),且設置為零。
肝臟mARC1蛋白質緘默
GalNAc 軛合 mARC1 siRNA 治療(雙鏈編號) | D-2241 | D-2081 | D-2258 | |||||||
動物重複 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | |
給藥後第 14 天 | 治療前剩餘% | ND (0) | 0.67 | 0.57 | 29 | 22 | 14 | 20 | 38 | 1.0 |
緘默% | 100 | 99 | 99 | 71 | 78 | 86 | 80 | 62 | 99 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 99 ± 0.58 | 78 ± 7.5 | 80 ± 19 | |||||||
給藥後第 30 天 | 治療前剩餘% | 3.7 | 23 | 22 | 36 | 52 | 21 | 37 | 40 | 57 |
緘默% | 96 | 77 | 78 | 64 | 48 | 79 | 63 | 60 | 43 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 84 ± 11 | 64 ± 16 | 55 ± 11 | |||||||
給藥後第 44 天 | 治療前剩餘% | 0.20 | 23 | 21 | 47 | 41 | 8.8 | 30 | 30 | 28 |
緘默% | 100 | 78 | 79 | 53 | 59 | 91 | 70 | 70 | 72 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 86 ± 12 | 68 ± 21 | 71 ± 1.0 |
還評估了三種GalNAc軛合mARC1 siRNA分子(雙股體編號D-2241、D-2081和D-2258)敲低在皮下3 mg/kg劑量後石蟹獼猴的肝臟中的mARC1蛋白質水平的功效。在含有賽默飛世爾科技公司蛋白酶抑制劑片劑(A32963)的Boston Bioproduct NP-40裂解緩衝液(BP-119)中,以200 mg/mL將快速冷凍的肝組織均質化。然後將勻漿在4°C下以10000 x g旋轉沈降10分鐘,並將上清液轉移到2 mL 96深孔板中。將上清液用甲醇中的1%三氟乙酸處理,同時在室溫下孵育15分鐘,並在1400 rpm下振盪。將沈澱的蛋白質在4000 rpm下沈澱15分鐘,從中吸取上清液,且用甲醇洗滌顆粒兩次。所得蛋白質在含有10 mM三(2-羧乙基)膦(賽默飛世爾科技公司,77720)和8 M尿素的溶液中在37°C下還原並變性30分鐘。然後將碘乙醯胺(20 mM;賽默飛世爾科技公司,A39271)添加到20 mM碳酸氫銨緩衝液中的樣本中,且在室溫下孵育30分鐘。在37°C下過夜進行胰蛋白酶消化,添加30 µg胰蛋白酶(賽默飛世爾科技公司,A90058)和10 pmol穩定同位素標記(SIL)肽(賽默飛世爾科技公司定製肽;SPLFGQYFVLENPGTIK(SEQ ID NO: 3675))。用20%甲酸終止消化反應,且製備樣本進行固相萃取(SPE)脫鹽(沃特斯公司(Waters Corporation),186008052)。在裝載樣本之前,用甲醇調節SPE板,並用1%乙腈洗滌一次。將樣本添加到經調節的SPE板中,並使用70%乙腈洗脫分析物。將洗脫液在pH 10的10 mM甲酸銨中重新懸浮,且注入安捷倫公司1260 Infinity生物惰性分析級級分收集器(G5664A)中。將分餾樣本(第11級分)重新懸浮在0.1%甲酸溶液中,以便在與Orbitrap Lumos質譜儀(MS)聯用的賽默飛世爾科技公司Ultimate 3000超高效液相層析(LC)系統上進行分析。該LC法如下進行:以3%乙腈/水8 µL/分鐘,以及3.0%至36%乙腈/水分析梯度經1.0至12.1分鐘350 nL/分鐘捕獲,柱溫為45°C。在Orbitrap Fusion Lumos儀器上進行了平行反應監測實驗,該儀器分別在m/z = 955.5066和m/z = 959.5137時監測輕和重標記肽SPLFGQYFVLENPGTIK(SEQ ID NO: 3675)和SPLFGQYFVLENPGTIK(SEQ ID NO: 3675)。然後將數據導入Skyline 21.1軟體(Pino LK等人 The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometry proteomics [Skyline生態系統: 定量質譜蛋白質組學資訊學]. Mass Spectrom Rev. [質譜研究] 2020年5月;39 (3): 229-244. doi: 10.1002/mas.21540.Epub 2017年7月9日),其中將每個樣本的SPLFGQYFVLENPGTIK(SEQ ID NO: 3675)肽峰面積相對於摻入型SIL肽SPLFGQYFVLENPGTIK(SEQ ID NO: 3675)的峰面積歸一化。使用相同的起始組織勻漿進行GAPDH管家蛋白的測量,且用冰冷丙酮沈澱,隨後在1250 rpm下混合10分鐘,且在3220 x g下離心15分鐘。吸取上清液,且將蛋白質顆粒用甲醇洗滌,溶解在含有10 µg胰蛋白酶的50 mM碳酸氫銨緩衝液中,並在37°C下以1000 rpm混合過夜進行消化。用20%甲酸終止消化反應,且注入LC-MS/MS分析,監測588.61和743.35 m/z下的GAPDH肽:LISWYDNEFGYSNR(SEQ ID NO: 3676)。使用SCIEX分析軟體整合GAPDH肽峰面積。將每個樣本的蛋白質表現藉由獲取相對於SIL肽測定的目的蛋白質濃度(mARC1)與管家蛋白濃度(GAPDH)的比率進行歸一化。然後,針對每個治療組的每個動物重複,相對於治療前(第-13天或第-7天)時間點計算siRNA給藥後(第14天、第30天和第44天)mARC1蛋白質表現的百分比(%),表示為治療前剩餘%。mARC1蛋白質表現的緘默百分比(%)最終藉由從100%減去治療前剩餘%值來計算。表29總結了治療前剩餘蛋白%和緘默%值。雙股體編號D-2081在給藥後第14天顯示石蟹獼猴mARC1肝蛋白表現的最大降低,單次皮下注射後89% ± 0.71%緘默。在給藥後第30天,雙股體編號D-2081和D-2241分別將蛋白表現降低至治療前剩餘 < 20%,82% ± 7.8%和87% ± 11%緘默,在給藥後第44天保持或增加。
[
表 29]
. 用單次皮下 3 mg/kg 劑量的 GalNAc 軛合 mARC siRNA 分子進行的石蟹獼猴肝臟 mARC1 蛋白質緘默
N/A = 不適用;ND = 未檢測到;SC = 皮下;SD = 標準差;其中mARC1蛋白質表現低於測定檢測限的樣本表示為「ND」(未檢測到),且設置為零。
GalNAc 軛合 mARC1 siRNA 治療(雙鏈編號) | D-2241 | D-2081 | D-2258 | |||||||
動物重複 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | |
給藥後第 14 天 | 治療前剩餘% | 34 | 35 | 22 | ND (0) | 11 | 12 | 56 | 68 | 25 |
緘默% | 66 | 65 | 78 | N/A | 89 | 88 | 44 | 32 | 75 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 70 ± 7.2 | 89 ± 0.71 | 50 ± 22 | |||||||
給藥後第 30 天 | 治療前剩餘% | 0.99 | 14 | 22 | ND (0) | 24 | 13 | 39 | 54 | 3.6 |
緘默% | 99 | 86 | 78 | N/A | 76 | 87 | 61 | 46 | 96 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 87 ± 11 | 82 ± 7.8 | 68 ± 26 | |||||||
給藥後第 44 天 | 治療前剩餘% | 10 | 16 | ND (0) | ND (0) | 9 | 12 | 44 | 52 | 14 |
緘默% | 90 | 84 | N/A | N/A | 91 | 88 | 56 | 48 | 86 | |
緘默%; 平均值 ± SD | 86 ± 4.2 | 90 ± 2.1 | 64 ± 20 |
本文討論和引用的所有出版物、專利和專利申請均藉由引用以其全文併入本文。應理解,揭露的發明不限於所描述之特定方法、方案和材料,因為該等可以變化。還應理解,本文使用的術語僅用於描述特定實施方式之目的,並且不意圖限制所附請求項之範圍。
熟悉該項技術者僅使用常規實驗就將認識到或能夠確定本文所述之本發明之特定實施方式的許多等效物。這類等效物旨在由以下請求項所涵蓋。
無
[
圖 1]顯示了人
MARC1基因的轉錄物之核苷酸序列(Ensembl轉錄物編號ENST 00000366910.9;SEQ ID NO: 1)。該轉錄物序列被描繪為互補DNA(cDNA)序列,胸腺嘧啶鹼基替代尿嘧啶鹼基。
[
圖 2A 和 2B]係顯示了接受皮下注射緩衝液、mARC1 siRNA(雙鏈編號D-1000)或對照siRNA(雙鏈編號D-1002)(每兩週一次,持續六週)的ob/ob小鼠中mARC1 mRNA(
圖 2A)和mARC2 mRNA(
圖 2B)的肝臟表現之橫條圖。在六週時,藉由qPCR評估mRNA水平,並相對於僅接受緩衝液注射的動物的mRNA水平表示。
[
圖 3A-3H]係描繪了接受皮下注射緩衝液、mARC1 siRNA(雙鏈編號D-1000)或對照siRNA(雙鏈編號D-1002)(每兩週一次,持續六週)的ob/ob小鼠中的總膽固醇(CHOL;
圖 3A)、LDL膽固醇(LDL;
圖 3B)、HDL膽固醇(HDL;
圖 3C)、甘油三酯(TG;
圖 3D)、丙胺酸轉胺酶(ALT;
圖 3E)、天冬胺酸轉胺酶(AST;
圖 3F)、C反應蛋白(CRP;
圖 3G)和金屬蛋白酶-1組織抑制劑(TIMP-1;
圖 3H)的血清水平之圖。在六週時間點,使用臨床分析儀測量不同分析物之血清水平。顯示了平均值 ± 平均值的標準誤差(SEM)。* = p < 0.05;** = p < 0.01,對比緩衝液對照組。
[
圖 4A 和 4B]係顯示了接受皮下注射緩衝液、mARC1 siRNA(雙鏈編號D-1000)或對照siRNA(雙鏈編號D-1002)(每兩週一次,持續六週)的ob/ob小鼠中在六週時的甘油三酯(肝臟TG;
圖 4A)或總膽固醇(肝臟TC;
圖 4B)的肝臟水平之圖。顯示了平均值 ± SEM。*** = p < 0.001,對比緩衝液對照組。
[
圖 5A 和 5B]係顯示了在進行標準飼料飲食(飼料對照)或0.2%膽固醇飲食(TD190883)的c57BL/6小鼠中mARC1 mRNA(
圖 5A)和mARC2 mRNA(
圖 5B)的肝臟表現之橫條圖。進行0.2%膽固醇飲食的小鼠接受每兩週一次皮下注射緩衝液(TD190883對照)、mARC1 siRNA(雙鏈編號D-1000)或對照siRNA(雙鏈編號D-1002),持續24週。在24週時,藉由qPCR評估mRNA水平,且相對於飼料對照動物中的mRNA水平表示。
[
圖 6A-6F]係描繪了進行標準飼料飲食(飼料對照)或0.2%膽固醇飲食(TD190883)的c57BL/6小鼠中天冬胺酸轉胺酶(AST;
圖 6A)、丙胺酸轉胺酶(ALT;
圖 6B)、總膽固醇(
圖 6C)、LDL膽固醇(LDL-c;
圖 6D)、HDL膽固醇(HDL-c;
圖 6E)和甘油三酯(
圖 6F)的血清水平之圖。進行0.2%膽固醇飲食的小鼠接受每兩週一次皮下注射緩衝液(TD190883對照)、mARC1 siRNA(雙股體編號D-1000)或對照siRNA(雙股體編號D-1002),持續24週。在給藥後的指示時間,使用臨床分析儀測量不同分析物的血清水平。顯示了平均值 ± 平均值的標準誤差(SEM)。* = p < 0.05;** = p < 0.01,*** = p < 0.001,對比TD190883對照組。
[
圖 7A-7D]係顯示了進行標準飼料飲食(飼料對照)或0.2%膽固醇飲食(TD190883)的c57BL/6小鼠在24週時的體重(
圖 7A)、肝臟重量(
圖 7B)、肝臟甘油三酯水平(
圖 7C)和肝臟總膽固醇水平(
圖 7D)之圖。進行0.2%膽固醇飲食的小鼠接受每兩週一次皮下注射緩衝液(TD190883對照)、mARC1 siRNA(雙股體編號D-1000)或對照siRNA(雙股體編號D-1002),持續24週。顯示了平均值 ± SEM。
[
圖 8A-8F]係在單次皮下注射3 mg/kg劑量的GalNAc軛合mARC1 siRNA分子D-2241(
圖 8A 和 8B)、D-2081(
圖 8C 和 8D)和D-2258(
圖 8E 和 8F)後石蟹獼猴中的反義股和有義股血清濃度-時間曲線。圖8A、8C和8E描繪了給藥後0.083至24小時的濃度-時間曲線,而圖8B、8D和8F描繪了給藥後0.083至1056小時之濃度-時間曲線。
無
<![CDATA[<110> 美商安進公司(AMGEN INC.)]]> <![CDATA[<120> 用於抑制MARC1表現的RNAi構建體及方法]]> <![CDATA[<130> A-2664-WO-PCT]]> <![CDATA[<140> TW 110129910]]> <![CDATA[<141> 2021-08-13]]> <![CDATA[<150> 63/065,190]]> <![CDATA[<151> 2020-08-13]]> <![CDATA[<150> 63/214,016]]> <![CDATA[<151> 2021-06-23]]> <![CDATA[<160> 3676 ]]> <![CDATA[<170> PatentIn 3.5版]]> <![CDATA[<210> 1]]> <![CDATA[<211> 7439]]> <![CDATA[<212> DNA]]> <![CDATA[<213> 智人]]> <![CDATA[<400> 1]]> agctgagcca ccacctccca ctccccgcgc cgccccccag aaggacgcac tgctctgatt 60 ggcccggaag ggttcaggag ctgcccagcc tttgggctcg gggccaaagg ccgcaccttc 120 ccccagcggc cccgggcgac cagcgcgctc cggccttgcc gccgccacct cgcggagaag 180 ccagccatgg gcgccgccgg ctcctccgcg ctggcgcgct ttgtcctcct cgcgcaatcc 240 cggcccgggt ggctcggggt tgccgcgctg ggcctgaccg cggtggcgct gggggctgtc 300 gcctggcgcc gcgcatggcc cacgcggcgc cggcggctgc tgcagcaggt gggcacagtg 360 gcgcagctct ggatctaccc tgtgaaatcc tgcaaggggg tgccggtgag cgaggcggag 420 tgcacggcca tggggctgcg cagcggcaac ctgcgggaca ggttttggct tgtgatcaac 480 caggagggaa acatggttac tgctcgccag gaacctcgcc tggtcctgat ttccctgacc 540 tgcgatggtg acaccctgac tctcagtgca gcctacacaa aggacctact actgcctatc 600 aaaacgccca ccacaaatgc agtgcacaag tgcagagtgc acggcctgga gatagagggc 660 agggactgtg gcgaggccac cgcccagtgg ataaccagct tcctgaagtc acagccctac 720 cgcctggtgc acttcgagcc tcacatgcga ccgagacgtc ctcatcaaat agcagacttg 780 ttccgaccca aggaccagat tgcttactca gacaccagcc cattcttgat cctttctgag 840 gcgtcgctgg cggatctcaa ctccaggcta gagaagaaag ttaaagcaac caacttcagg 900 cccaatattg taatttcagg atgcgatgtc tatgcagagg attcttggga tgagcttctt 960 attggtgacg tggaactgaa aagggtgatg gcttgttcca gatgcatttt aaccacagtg 1020 gacccagaca ccggtgtcat gagcaggaag gaaccgctgg aaacactgaa gagttatcgc 1080 cagtgtgacc cttcagaacg aaagttatat ggaaaatcac cactctttgg gcagtatttt 1140 gtgctggaaa acccagggac catcaaagtg ggagaccctg tgtacctgct gggccagtaa 1200 tgggaaccgt atgtcctgga atattagatg ccttttaaaa atgttctcaa aaatgacaac 1260 acttgaagca tggtgtttca gaactgagac ctctacattt tctttaaatt tgtgattttc 1320 acatttttcg tcttttggac ttctggtgtc tcaatgcttc aatgtcccag tgcaaaaagt 1380 aaagaaatat agtctcaata acttagtagg acttcagtaa gtcacttaaa tgacaagaca 1440 ggattctgaa aactccccgt ttaactgatt atggaatagt tctttctcct gcttctccgt 1500 ttatctacca agagcgcaga cttgcatcct gtcactacca ctcgttagag aaagagaaga 1560 agagaaagag gaagagtggg tgggctggaa gaatatccta gaatgtgtta ttgcccctgt 1620 tcatgaggta cgcaatgaaa attaaattgc accccaaata tggctggaat gccacttccc 1680 ttttcttctc aagccccggg ctagcttttg aaatggcata aagactgagg tgaccttcag 1740 gaagcactgc agatattaat tttccataga tctggatctg gccctgctgc ttctcagaca 1800 gcattggatt tcctaaaggt gctcaggagg atggttgtgt agtcatggag gacccctgga 1860 tccttgccat tcccctcagc taatgacgga gtgctccttc tccagttccg ggtgaaaaag 1920 ttctgaattc tgtggaggag aagaaaagtg attcagtgat ttcagataga ctactgaaaa 1980 cctttaaagg gggaaaagga aagcatatgt cagttgttta aaacccaata tctatttttt 2040 aactgattgt ataactctaa gatctgatga agtatatttt ttattgccat tttgtccttt 2100 gattatattg ggaagttgac taaacttgaa aaatgttttt aaaactgtga ataaatggaa 2160 gctactttga ctagtttcag atcttactaa cttcttggca caaagttaga ctgtgaaagc 2220 tgactgaggc tgggcacagg ggctcatgcc tgtaattcca gcactttggg aggccaaggt 2280 gggagaatgg cttgagccca ggagtttgag accagcccag aaaatataat gggatcctgt 2340 cgctacaaaa tgtttttaaa atgcactcgg tgtggtggtg tgtgcctgca gtcctggcta 2400 tggctactcg ggaggatgag gtagaaggat tggttgagcc caggagcggg agattgaggc 2460 tgcagtgagt tatgattgca ccactacact ccagcctgag tgatagagtg agaccctatc 2520 tctaaaaaag aaacaggaaa aaaaaagaaa gctgactgag gtgaatgggc aaagccagta 2580 attctgacac ctgaccacag ctgggtcttc tgcataatgg acctcctcac ccacagcctc 2640 ccaggcaagc acccatgttt gaaggactat caagtcaaca tgctttttac caaaagctgc 2700 acatttttca ctttgatttt ataaaagagg tcagtaatcg ctgaaatcta gctgagccct 2760 gaagtaaagt tctgagcaaa gaggtgcatg tgcttgtttt atggttggtg aattattaca 2820 gtttgttttc tgcatgcttg gcatgaggtg aataattaca tcaattttcc agagaacctg 2880 ggccatcacc ttccccaaca agtccagttg atgttgaaac tacagataga ttgagacaaa 2940 gcgaagtgtt cagcaagtag cattactaat gggaccgggg gacccgtggg agagtgagtg 3000 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尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1361]]> ucaaccagga gggaaacaug 20 <![CDATA[<210> 1362]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1362]]> caaccaggag ggaaacaugg 20 <![CDATA[<210> 1363]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1363]]> aaccaggagg gaaacauggu 20 <![CDATA[<210> 1364]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1371]]> cucgccuggu ccugauuucc 20 <![CDATA[<210> 1372]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1372]]> ccugguccug auuucccuga 20 <![CDATA[<210> 1373]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1373]]> gacucucagu gcagccuaca 20 <![CDATA[<210> 1374]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1462]]> aucucaacuc caggcuagag 20 <![CDATA[<210> 1463]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1463]]> aacuccaggc uagagaagaa 20 <![CDATA[<210> 1464]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1464]]> agaagaaagu uaaagcaacc 20 <![CDATA[<210> 1465]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1465]]> gaagaaaguu aaagcaacca 20 <![CDATA[<210> 1466]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1466]]> aagaaaguua aagcaaccaa 20 <![CDATA[<210> 1467]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1467]]> agaaaguuaa agcaaccaac 20 <![CDATA[<210> 1468]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 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cccagggacc aucaaagugg 20 <![CDATA[<210> 1495]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1495]]> ccagggacca ucaaaguggg 20 <![CDATA[<210> 1496]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1496]]> gggaccauca aagugggaga 20 <![CDATA[<210> 1497]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1497]]> gggagacccu guguaccugc 20 <![CDATA[<210> 1498]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1605]]> accuuuaaag ggggaaaagg 20 <![CDATA[<210> 1606]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1606]]> uauugccauu uuguccuuug 20 <![CDATA[<210> 1607]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1607]]> gaaguugacu aaacuugaaa 20 <![CDATA[<210> 1608]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1608]]> aaguugacua aacuugaaaa 20 <![CDATA[<210> 1609]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1609]]> gcuacuuuga cuaguuucag 20 <![CDATA[<210> 1610]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1610]]> ugacucucag ugcagccuac 20 <![CDATA[<210> 1611]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 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aacccaggga ccaucaaagu 20 <![CDATA[<210> 1635]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1635]]> acccagggac caucaaagug 20 <![CDATA[<210> 1636]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1636]]> gugggagacc cuguguaccu 20 <![CDATA[<210> 1637]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1637]]> gcugggccag uaaugggaac 20 <![CDATA[<210> 1638]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> 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ccauucuuga uccuuucuga 20 <![CDATA[<210> 1833]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1833]]> gcagaggauu cuugggauga 20 <![CDATA[<210> 1834]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1834]]> auucuuggga ugagcuucuu 20 <![CDATA[<210> 1835]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1835]]> cuugggauga gcuucuuauu 20 <![CDATA[<210> 1836]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> 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aauugcaccc caaauauggc 20 <![CDATA[<210> 1963]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1963]]> auugcacccc aaauauggcu 20 <![CDATA[<210> 1964]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1964]]> auauggcugg aaugccacuu 20 <![CDATA[<210> 1965]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 1965]]> uggaaugcca cuucccuuuu 20 <![CDATA[<210> 1966]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> 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aauagcagac uuguuccgac 20 <![CDATA[<210> 2067]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2067]]> gacaacacuu gaagcauggu 20 <![CDATA[<210> 2068]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2068]]> ucagacagca uuggauuucc 20 <![CDATA[<210> 2069]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2069]]> uggaaaauca ccacucuuug 20 <![CDATA[<210> 2070]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2185]]> agugucugag uaagcaaucu guu 23 <![CDATA[<210> 2186]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2186]]> uggugucuga guaagcaauc uuu 23 <![CDATA[<210> 2187]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2187]]> auggugucug aguaagcaau cuu 23 <![CDATA[<210> 2188]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2211]]> uuacaauauu gggccugaag uuu 23 <![CDATA[<210> 2212]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2212]]> auuacaauau ugggccugaa guu 23 <![CDATA[<210> 2213]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2213]]> aauuacaaua uugggccuga auu 23 <![CDATA[<210> 2214]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2217]]> aucaccaaua agaagcucau cuu 23 <![CDATA[<210> 2218]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2218]]> agucaccaau aagaagcuca uuu 23 <![CDATA[<210> 2219]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2219]]> aagaguggug auuuuccaua uuu 23 <![CDATA[<210> 2220]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2287]]> uuaggaaauc caaugcuguc uuu 23 <![CDATA[<210> 2288]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2288]]> acuccugagc accuuuagga auu 23 <![CDATA[<210> 2289]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2289]]> uggcaaggau ccaggggucc uuu 23 <![CDATA[<210> 2290]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2319]]> aaauauacuu caucagaucu uuu 23 <![CDATA[<210> 2320]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2320]]> aaauaaaaaa uauacuucau cuu 23 <![CDATA[<210> 2321]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2321]]> aaggacaaaa uggcaauaaa auu 23 <![CDATA[<210> 2322]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2351]]> uuccacguca ccaauaagaa guu 23 <![CDATA[<210> 2352]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2352]]> aguuccacgu caccaauaag auu 23 <![CDATA[<210> 2353]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2353]]> uuucaguucc acgucaccaa uuu 23 <![CDATA[<210> 2354]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2431]]> accuggaguu gagauccgcc auu 23 <![CDATA[<210> 2432]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2432]]> aauccucugc auagacaucg cuu 23 <![CDATA[<210> 2433]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2433]]> agaauccucu gcauagacau cuu 23 <![CDATA[<210> 2434]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2457]]> acaucuaaua uuccaggaca uuu 23 <![CDATA[<210> 2458]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2458]]> agcaucuaau auuccaggac auu 23 <![CDATA[<210> 2459]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2459]]> aggcaucuaa uauuccagga cuu 23 <![CDATA[<210> 2460]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2463]]> ucucaguucu gaaacaccau guu 23 <![CDATA[<210> 2464]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2464]]> aucucaguuc ugaaacacca uuu 23 <![CDATA[<210> 2465]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2465]]> agucucaguu cugaaacacc auu 23 <![CDATA[<210> 2466]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2537]]> aucugcacuu gugcacugca uuu 23 <![CDATA[<210> 2538]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2538]]> ugcacucugc acuugugcac uuu 23 <![CDATA[<210> 2539]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2539]]> agccgugcac ucugcacuug uuu 23 <![CDATA[<210> 2540]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2563]]> aaaaggauca agaaugggcu guu 23 <![CDATA[<210> 2564]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2564]]> aucagaaagg aucaagaaug guu 23 <![CDATA[<210> 2565]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2565]]> aucaucccaa gaauccucug cuu 23 <![CDATA[<210> 2566]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2566]]> uaagaagcuc aucccaagaa uuu 23 <![CDATA[<210> 2567]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2567]]> aaauaagaag cucaucccaa guu 23 <![CDATA[<210> 2568]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2568]]> aaccaauaag aagcucaucc cuu 23 <![CDATA[<210> 2569]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2569]]> ucaccaauaa gaagcucauc cuu 23 <![CDATA[<210> 2570]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2570]]> aaucacccuu uucaguucca cuu 23 <![CDATA[<210> 2571]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2571]]> acaucacccu uuucaguucc auu 23 <![CDATA[<210> 2572]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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aaaaugugaa auu 23 <![CDATA[<210> 2608]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2608]]> acaaaagacg aaaaauguga auu 23 <![CDATA[<210> 2609]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2609]]> uccaaaagac gaaaaaugug auu 23 <![CDATA[<210> 2610]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2610]]> aguccaaaag acgaaaaaug uuu 23 <![CDATA[<210> 2611]]> <![CDATA[<211> 23]]> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2713]]> agguccucca ugacuacaca auu 23 <![CDATA[<210> 2714]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2714]]> agauccaggg guccuccaug auu 23 <![CDATA[<210> 2715]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2715]]> acgucauuag cugaggggaa uuu 23 <![CDATA[<210> 2716]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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<![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2745]]> aggaagcugg uuauccacug guu 23 <![CDATA[<210> 2746]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2746]]> uaacucuuca guguuuccag cuu 23 <![CDATA[<210> 2747]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 2747]]> acgauaacuc uucaguguuu cuu 23 <![CDATA[<210> 2748]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3109]]> cacaaaggac cuacuacugc 20 <![CDATA[<210> 3110]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3110]]> gauuuucaca uuuuucgucu 20 <![CDATA[<210> 3111]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3111]]> ccauucuuga uccuuucuga 20 <![CDATA[<210> 3112]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3148]]> uccccguuua acugauuaug 20 <![CDATA[<210> 3149]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3149]]> auauagucuc aauaacuuag 20 <![CDATA[<210> 3150]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3150]]> ucccagugca aaaaguaaag 20 <![CDATA[<210> 3151]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3252]]> ccaagagcgc agacuugcau 20 <![CDATA[<210> 3253]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3253]]> ugccuuuuaa aaauguucuu 20 <![CDATA[<210> 3254]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3254]]> guccuggaau auuagauguu 20 <![CDATA[<210> 3255]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 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人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3317]]> uauugccauu uugucguuug 20 <![CDATA[<210> 3318]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3318]]> uauugccauu uugaccuuug 20 <![CDATA[<210> 3319]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3319]]> gccauuuugu ccuuuaauua 20 <![CDATA[<210> 3320]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3320]]> gccauuuugu ccuaugauua 20 <![CDATA[<210> 3321]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3321]]> aucuaauauu ccaggacaua cuu 23 <![CDATA[<210> 3322]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3322]]> uuuaacuuuc uucucuagcc uuu 23 <![CDATA[<210> 3323]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 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gguuuucagu auu 23 <![CDATA[<210> 3327]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3327]]> acuuuaaagg uuuucaguag uuu 23 <![CDATA[<210> 3328]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3328]]> ucacugaauc acuuuucuuc uuu 23 <![CDATA[<210> 3329]]> <![CDATA[<211> 23]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> 合成多核苷酸]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> 尚未歸類的特徵]]> <![CDATA[<222> (1)..(23)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟、2'-O-甲基、反向無鹼基硫代磷酸酯連接的核糖核苷酸的組合]]> <![CDATA[<400> 3329]]> aagcacaaaa uacugcccaa auu 23 <![CDATA[<210> 3330]]> <![CDATA[<211> 23]]> 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Claims (97)
- 一種包含有義股和反義股的RNAi構建體,其中該反義股包含具有與mARC1 mRNA序列基本上互補的序列的區域,且其中所述區域包含來自表1或表2中列出的反義序列的至少15個連續核苷酸。
- 如請求項1所述之RNAi構建體,其中該有義股包含與該反義股的序列充分地互補以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的序列。
- 如請求項2所述之RNAi構建體,其中該雙股體區的長度為約17至約24個鹼基對。
- 如請求項2所述之RNAi構建體,其中該雙股體區的長度為約19至約21個鹼基對。
- 如請求項1至4中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股的長度各自獨立地為約19至約30個核苷酸。
- 如請求項5所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股的長度各自獨立地為約19至約23個核苷酸。
- 如請求項1至6中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含一個或兩個平端。
- 如請求項1至6中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含具有1至4個未配對核苷酸的一個或兩個核苷酸突出端。
- 如請求項8所述之RNAi構建體,其中該核苷酸突出端具有2個未配對的核苷酸。
- 如請求項8或9所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體在該有義股的3ʹ端、該反義股的3ʹ端、或者該有義股和該反義股兩者的3ʹ端包含核苷酸突出端。
- 如請求項1至10中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含至少一個經修飾的核苷酸。
- 如請求項11所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-修飾的核苷酸。
- 如請求項11所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、二環核酸(BNA)、去氧核糖核苷酸、或其組合。
- 如請求項11所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。
- 如請求項14所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-氟修飾的核苷酸、或其組合。
- 如請求項1至15中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股在其3ʹ端、其5ʹ端、或其3ʹ和5ʹ端兩者處包含作為末端核苷酸的無鹼基核苷酸。
- 如請求項16所述之RNAi構建體,其中該無鹼基核苷酸藉由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵或5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵附接至相鄰核苷酸。
- 如請求項1至17中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股、該反義股或該有義股和反義股兩者包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項18所述之RNAi構建體,其中該反義股在3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間包含兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項18或19所述之RNAi構建體,其中該有義股在3ʹ端的末端核苷酸之間包含單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項18或19所述之RNAi構建體,其中該有義股在3ʹ端的末端核苷酸之間包含兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項1至21中任一項所述之RNAi構建體,其中該反義股包含選自表1或表2中列出的反義序列的序列或由其組成。
- 如請求項1至22中任一項所述之RNAi構建體,其中該反義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 715;SEQ ID NO: 732;SEQ ID NO: 733;SEQ ID NO: 738;SEQ ID NO: 754;SEQ ID NO: 761;SEQ ID NO: 763;SEQ ID NO: 764;SEQ ID NO: 766;SEQ ID NO: 809;SEQ ID NO: 810;SEQ ID NO: 814;SEQ ID NO: 841;SEQ ID NO: 848;SEQ ID NO: 851;SEQ ID NO: 862;SEQ ID NO: 916;SEQ ID NO: 1057;SEQ ID NO: 1078;SEQ ID NO: 2919;SEQ ID NO: 2926;SEQ ID NO: 2946;SEQ ID NO: 2949;SEQ ID NO: 2953;和SEQ ID NO: 2956。
- 如請求項1至23中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股包含選自表1或表2中列出的有義序列的序列或由其組成。
- 如請求項24所述之RNAi構建體,其中該有義股包含選自以下的序列或由其組成:SEQ ID NO: 46;SEQ ID NO: 63;SEQ ID NO: 64;SEQ ID NO: 69;SEQ ID NO: 85;SEQ ID NO: 92;SEQ ID NO: 94;SEQ ID NO: 95;SEQ ID NO: 97;SEQ ID NO: 140;SEQ ID NO: 141;SEQ ID NO: 145;SEQ ID NO: 172;SEQ ID NO: 179;SEQ ID NO: 182;SEQ ID NO: 193;SEQ ID NO: 247;SEQ ID NO: 388;SEQ ID NO: 390;SEQ ID NO: 391;SEQ ID NO: 409;SEQ ID NO: 2808;和SEQ ID NO: 2820。
- 如請求項1至25中任一項所述之RNAi構建體,其中: (i) 該有義股包含SEQ ID NO: 46的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 715的序列或由其組成; (ii) 該有義股包含SEQ ID NO: 63的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 732的序列或由其組成; (iii) 該有義股包含SEQ ID NO: 64的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 733的序列或由其組成; (iv) 該有義股包含SEQ ID NO: 69的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 738的序列或由其組成; (v) 該有義股包含SEQ ID NO: 85的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 754的序列或由其組成; (vi) 該有義股包含SEQ ID NO: 92的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 761的序列或由其組成; (vii) 該有義股包含SEQ ID NO: 94的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 763的序列或由其組成; (viii) 該有義股包含SEQ ID NO: 95的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 764的序列或由其組成; (ix) 該有義股包含SEQ ID NO: 97的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 766的序列或由其組成; (x) 該有義股包含SEQ ID NO: 140的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 809的序列或由其組成; (xi) 該有義股包含SEQ ID NO: 141的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 810的序列或由其組成; (xii) 該有義股包含SEQ ID NO: 145的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 814的序列或由其組成; (xiii) 該有義股包含SEQ ID NO: 172的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 841的序列或由其組成; (xiv) 該有義股包含SEQ ID NO: 179的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 848的序列或由其組成; (xv) 該有義股包含SEQ ID NO: 182的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 851的序列或由其組成; (xvi) 該有義股包含SEQ ID NO: 193的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 862的序列或由其組成;或 (xvii) 該有義股包含SEQ ID NO: 247的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 916的序列或由其組成。
- 如請求項1至25中任一項所述之RNAi構建體,其中: (i) 該有義股包含SEQ ID NO: 409的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 1078的序列或由其組成; (ii) 該有義股包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 1057的序列或由其組成; (iii) 該有義股包含SEQ ID NO: 2808的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2926的序列或由其組成; (iv) 該有義股包含SEQ ID NO: 2820的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2946的序列或由其組成; (v) 該有義股包含SEQ ID NO: 391的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2949的序列或由其組成; (vi) 該有義股包含SEQ ID NO: 390的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2956的序列或由其組成; (vii) 該有義股包含SEQ ID NO: 179的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2919的序列或由其組成; (viii) 該有義股包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 2953的序列或由其組成;或 (ix) 該有義股包含SEQ ID NO: 388的序列或由其組成,且該反義股包含SEQ ID NO: 1057的序列或由其組成。
- 如請求項27所述之RNAi構建體,其中: (i) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3078的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3337的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (ii) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3339的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (iii) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3163的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3441的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (iv) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3183的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3469的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (v) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3076的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3472的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (vi) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3077的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3484的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (vii) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 2051的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3545的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (viii) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3481的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (ix) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3188的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3339的經修飾的核苷酸的序列或由其組成; (x) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3080的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3476的經修飾的核苷酸的序列或由其組成;或 (xi) 該有義股包含根據SEQ ID NO: 3223的經修飾的核苷酸的序列或由其組成,且該反義股包含根據SEQ ID NO: 3517的經修飾的核苷酸的序列或由其組成。
- 如請求項1至28中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係表1-24中列出的雙股體化合物中的任一種。
- 如請求項29所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2078、D-2079、D-2081、D-2182、D-2196、D-2238、D-2241、D-2243、D-2246、D-2255、D-2258、D-2301、D-2316、D-2317、D-2329、D-2332、D-2341、D-2344、D-2356、D-2357、D-2399或D-2510。
- 如請求項30所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2079、D-2081、D-2196、D-2238、D-2241、D-2255、D-2258、D-2317、D-2332、D-2357或D-2399。
- 一種用於抑制細胞中人 MARC1基因的表現的RNAi構建體,所述RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,且其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1205至1250中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。
- 如請求項32所述之RNAi構建體,其中該反義股的該區域包含與SEQ ID NO: 1的核苷酸1209至1239中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列。
- 如請求項32或33所述之RNAi構建體,其中該反義股的該區域包含CAUCUAAUAUUCCAG序列(SEQ ID NO: 3656)。
- 如請求項32所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2063、D-2066、D-2076、D-2077、D-2078、D-2080、D-2081、D-2108、D-2113、D-2142、D-2240、D-2241、D-2243、D-2245、D-2246、D-2248、D-2250、D-2251、D-2253、D-2255、D-2256、D-2258、D-2259、D-2261、D-2264、D-2265、D-2268、D-2269、D-2270、D-2271、D-2301、D-2309、D-2311、D-2312、D-2314、D-2316、D-2317、D-2319、D-2321、D-2322、D-2324、D-2326、D-2327、D-2329、D-2331、D-2332、D-2334、D-2336、D-2337、D-2339、D-2341、D-2342、D-2344、D-2346、D-2347、D-2349、D-2351、D-2352、D-2354、D-2356、D-2357、D-2376、D-2380、D-2393、D-2395、D-2396、D-2431、D-2436、D-2437、D-2440、D-2441、D-2444、D-2445、D-2447、D-2453、D-2518、D-2519、D-2520、D-2521、D-2522、D-2523、D-2524、D-2525、D-2526、D-2527、D-2528、D-2529、D-2530、D-2531、D-2532、D-2533、D-2534或D-2535。
- 如請求項35所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2063、D-2066、D-2076、D-2077、D-2078、D-2080、D-2081、D-2108、D-2113、D-2142或D-2301。
- 一種用於抑制細胞中人 MARC1基因的表現的RNAi構建體,所述RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,且其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸1345至1375中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。
- 如請求項37所述之RNAi構建體,其中該反義股的該區域包含UGGGACAUUGAAGCA序列(SEQ ID NO: 3657)。
- 如請求項37所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2042、D-2043、D-2047、D-2052、D-2158、D-2162、D-2169、D-2182、D-2183、D-2184、D-2185、D-2186、D-2187、D-2189、D-2211、D-2213、D-2304、D-2305、D-2306、D-2307、D-2308、D-2384、D-2384、D-2385、D-2386、D-2387、D-2388、D-2389、D-2390、D-2391、D-2392、D-2399、D-2400、D-2401、D-2402、D-2403、D-2488、D-2494、D-2500、D-2506、D-2512、D-2538、D-2539、D-2540或D-2541。
- 如請求項39所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2042、D-2043、D-2047、D-2052、D-2304、D-2305、D-2306、D-2307或D-2308。
- 一種用於抑制細胞中人 MARC1基因的表現的RNAi構建體,所述RNAi構建體包含雜交以形成長度為約15至約30個鹼基對的雙股體區的有義股和反義股,且其中該反義股包含具有與SEQ ID NO: 1的核苷酸2039至2078中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列的區域。
- 如請求項41所述之RNAi構建體,其中該反義股的該區域包含與SEQ ID NO: 1的核苷酸2048至2074中的至少15個連續核苷酸的序列基本上互補的序列。
- 如請求項41或42所述之RNAi構建體,其中該反義股的該區域包含AUCAGAUCUUAGAGU序列(SEQ ID NO: 3658)。
- 如請求項41所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2045、D-2065、D-2079、D-2082、D-2105、D-2106、D-2137、D-2143、D-2166、D-2173、D-2193、D-2242、D-2247、D-2252、D-2257、D-2260、D-2262、D-2266、D-2272、D-2273、D-2302、D-2303、D-2310、D-2313、D-2315、D-2318、D-2320、D-2323、D-2325、D-2328、D-2330、D-2333、D-2335、D-2338、D-2340、D-2343、D-2345、D-2348、D-2350、D-2353、D-2355、D-2358、D-2394、D-2397、D-2454、D-2455、D-2456、D-2457、D-2458、D-2459、D-2460、D-2463、D-2465、D-2465、D-2468、D-2470、D-2472、D-2473、D-2477、D-2487、D-2493、D-2499、D-2505、D-2511、D-2552、D-2553、D-2554、D-2555、D-2556或D-2557。
- 如請求項44所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體係D-2045、D-2065、D-2079、D-2082、D-2105、D-2106、D-2137、D-2143、D-2302或D-2303。
- 如請求項32至45中任一項所述之RNAi構建體,其中該雙股體區的長度為約19至約21個鹼基對。
- 如請求項32至46中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股的長度各自獨立地為約19至約30個核苷酸。
- 如請求項47所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股的長度各自獨立地為約19至約23個核苷酸。
- 如請求項32至48中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含一個或兩個平端。
- 如請求項32至48中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含具有1至4個未配對核苷酸的一個或兩個核苷酸突出端。
- 如請求項50所述之RNAi構建體,其中該核苷酸突出端具有2個未配對的核苷酸。
- 如請求項50或51所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體在該有義股的3ʹ端、該反義股的3ʹ端、或者該有義股和該反義股兩者的3ʹ端包含核苷酸突出端。
- 如請求項32至52中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體包含至少一個經修飾的核苷酸。
- 如請求項53所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-修飾的核苷酸。
- 如請求項54所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-氟修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-O-甲氧基乙基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烷基修飾的核苷酸、2ʹ-O-烯丙基修飾的核苷酸、BNA、去氧核糖核苷酸、或其組合。
- 如請求項53所述之RNAi構建體,其中該有義股和該反義股中的所有核苷酸均為經修飾的核苷酸。
- 如請求項56所述之RNAi構建體,其中該經修飾的核苷酸係2ʹ-O-甲基修飾的核苷酸、2ʹ-氟修飾的核苷酸、或其組合。
- 如請求項32至57中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股在其3ʹ端、其5ʹ端、或其3ʹ和5ʹ端兩者處包含作為末端核苷酸的無鹼基核苷酸。
- 如請求項58所述之RNAi構建體,其中該無鹼基核苷酸藉由3ʹ-3ʹ核苷酸間鍵或5ʹ-5ʹ核苷酸間鍵附接至相鄰核苷酸。
- 如請求項32至59中任一項所述之RNAi構建體,其中該有義股、該反義股或該有義股和反義股兩者包含一個或多個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項60所述之RNAi構建體,其中該反義股在3ʹ端和5ʹ端兩者的末端核苷酸之間包含兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項60或61所述之RNAi構建體,其中該有義股在3ʹ端的末端核苷酸之間包含單個硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項60或61所述之RNAi構建體,其中該有義股在3ʹ端的末端核苷酸之間包含兩個連續的硫代磷酸酯核苷酸間鍵。
- 如請求項1至63中任一項所述之RNAi構建體,其中該RNAi構建體進一步包含配位基。
- 如請求項64所述之RNAi構建體,其中該配位基包含膽固醇部分、維生素、類固醇、膽汁酸、葉酸部分、脂肪酸、碳水化合物、糖苷、抗體或其抗原結合片段。
- 如請求項64所述之RNAi構建體,其中該配位基包含半乳糖、半乳糖胺、或N-乙醯基-半乳糖胺。
- 如請求項66所述之RNAi構建體,其中該配位基包含多價半乳糖部分或多價N-乙醯基-半乳糖胺部分。
- 如請求項67所述之RNAi構建體,其中該多價半乳糖部分或多價N-乙醯基-半乳糖胺部分係三價或四價的。
- 如請求項64至68中任一項所述之RNAi構建體,其中該配位基視需要藉由連接子共價附接至該有義股。
- 如請求項69所述之RNAi構建體,其中將該配位基共價附接至該有義股的5ʹ端。
- 一種藥物組成物,該藥物組成物包含如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體,和藥學上可接受的載體或賦形劑。
- 一種用於降低有需要的患者中的mARC1蛋白質表現之方法,該方法包括向該患者投與如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體或如請求項71所述之藥物組成物。
- 如請求項72所述之方法,其中與未接受該RNAi構建體或藥物組成物的患者中的mARC1表現水平相比,在投與該RNAi構建體或藥物組成物之後該患者中肝細胞中的mARC1表現水平降低。
- 如請求項72所述之方法,其中該患者被診斷出心血管疾病、非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪性肝炎或肝硬化,或有患心血管疾病、非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪性肝炎或肝硬化的風險。
- 一種用於降低有需要的患者中的血清膽固醇之方法,該方法包括向該患者投與如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體或如請求項71所述之藥物組成物。
- 如請求項75所述之方法,其中該血清膽固醇係非HDL膽固醇或LDL膽固醇。
- 一種用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病或減少發展脂肪肝病的風險之方法,該方法包括向該患者投與如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體或如請求項71所述之藥物組成物。
- 如請求項77所述之方法,其中該脂肪肝病係非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
- 如請求項77或78所述之方法,其中,該患者被診斷出2型糖尿病、代謝失調或肥胖。
- 如請求項77或78所述之方法,其中,該患者具有升高的非HDL膽固醇或甘油三酯水平。
- 一種用於在有需要的患者中治療、預防或降低肝纖維化之方法,該方法包括向該患者投與如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體或如請求項71所述之藥物組成物。
- 如請求項81所述之方法,其中向該患者投與該RNAi構建體或藥物組成物預防或延遲肝硬化。
- 如請求項81或82所述之方法,其中,該患者被診斷出非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
- 如請求項72至83中任一項所述之方法,其中該RNAi構建體或藥物組成物經由腸胃外投與途徑投與至該患者。
- 如請求項84所述之方法,其中該腸胃外投與途徑係靜脈內或皮下。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體,用於在有需要的患者中降低血清膽固醇之方法中使用。
- 如請求項86所述之RNAi構建體,其中該血清膽固醇係非HDL膽固醇或LDL膽固醇。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體,用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病、或減少發展脂肪肝病的風險之方法中使用。
- 如請求項88所述之RNAi構建體,其中該脂肪肝病係非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體,用於在有需要的患者中治療、預防或減少肝纖維化之方法中使用。
- 如請求項90所述之RNAi構建體,其中該患者被診斷出非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中降低血清膽固醇的藥物中的用途。
- 如請求項92所述之用途,其中該血清膽固醇係非HDL膽固醇或LDL膽固醇。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療、預防脂肪肝病、或減少發展脂肪肝病的風險的藥物中的用途。
- 如請求項94所述之用途,其中該脂肪肝病係非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
- 如請求項1至70中任一項所述之RNAi構建體在製備用於在有需要的患者中治療、預防或降低肝纖維化的藥物中的用途。
- 如請求項96所述之用途,其中該患者被診斷出非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。
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