TW201738267A - 黑色素瘤和其他癌症免疫治療 - Google Patents

Abstract

本發明涉及用於免疫治療方法的肽、蛋白質、核酸和細胞。特別是，本發明涉及癌症的免疫療法。本發明還涉及單獨使用或與其他腫瘤相關肽(刺激抗腫瘤免疫反應或體外刺激T細胞和轉入患者的疫苗複合物的活性藥物成分)聯合使用的腫瘤相關T細胞(CTL)肽表位。與主要組織相容性複合體(MHC)分子結合的肽或與此同類的肽也可能是抗體、可溶性T細胞受體和其他結合分子的靶標。

Description

黑色素瘤和其他癌症免疫治療

本發明涉及用於免疫治療方法的肽、蛋白質、核酸和細胞。特別是，本發明涉及癌症的免疫療法。本發明還涉及單獨使用或與其他腫瘤相關肽(刺激抗腫瘤免疫反應或體外刺激T細胞和轉入患者的疫苗複合物的活性藥物成分)聯合使用的腫瘤相關T細胞(CTL)肽表位。與主要組織相容性複合體(MHC)分子結合的肽或與此同類的肽也可能是抗體、可溶性T細胞受體和其他結合分子的靶標。

本發明涉及數種新型肽序列及其變體，它們源自人腫瘤細胞的HLA-I類分子，可用于引發抗腫瘤免疫反應的疫苗組合物中或作為開發藥物/免疫活性化合物和細胞的目標。

黑色素瘤

全球範圍內，每10萬人中黑色素瘤的確診發病率為3.0，占所有癌症病例的1.7%。2012年，有232,000名女性被診斷患有黑色素瘤。10萬名女性的死亡率為 0.7，遠低於發病率(Ferlay et al.,2013)。罹患黑色素瘤的終生風險白人約為2.4%(1/40)，黑人約為0.1%(1/1,000)，西班牙裔人為0.5%(1/200)。雖然黑色素瘤診斷時的平均年齡為62歲，但它是年輕人(特別是年輕女性)中最常見的癌症之一(American Cancer Society,2015)。

對於有局部黑色素瘤的患者，適當進行手術切除預後良好，這反映在相對較低的黑色素瘤死亡率(World Cancer Report,2014)。同時，I期和II期病變的5年生存率分別超過90%和80%(Kaufman et al.,2013)。

但是，轉移性黑色素瘤在很大程度上對當前的療法有抗性(World Cancer Report,2014)。IIIA-C期的5年生存率為78-40%，IV期為5-20%(American Cancer Society,2015)。

除了陽光照射外，發生黑色素瘤的風險還受其他環境因素影響，如：年齡、性別以及解剖位置和個體易感性。紫外線發光鞣制裝置也增加惡性黑色素瘤的風險。在20-40%有黑色素瘤病史的家族中發現到了CDKN2A突變(World Cancer Report,2014)。

黑色素瘤主要發生於皮膚(超過95%的病例)，但也發現於口腔、鼻腔、肛門和陰道黏膜以及較少情況下發生於腸道。此外，結膜、視網膜和腦膜中存在黑色素細胞。黑色素瘤可以在組織學上亞型分類為淺表擴 散型黑色素瘤、結節性黑色素瘤、末梢性斑狀黑色素瘤和雀斑型黑素瘤。黑色素瘤根據TNM分類方法進行分類。根據美國癌症聯合會分期手冊的建議，黑色素瘤患者分為三組：無轉移證據的局部疾病(I-II期)、區域性疾病(III期)和遠處轉移性疾病(IV期)(World Cancer Report,2014)。

黑色素瘤的標準療法是手術完全切除包括周圍的健康組織。如果切除不完全或不能完全切除，則患者接受主要的輻射治療，這種療法可以與干擾素α聯合使用於晚期疾病(IIB/C和III A-C期)。在德國，不存在用於治療晚期和轉移性黑色素瘤患者的標準治療方案。因此，患有晚期和轉移性黑色素瘤的患者應在臨床研究的背景下進行治療。治療選擇包括單藥化療，多藥化療和採用特異性抑制劑的靶向治療。達卡巴嗪、替莫唑胺和福莫司汀目前用於單藥化療的試驗。在多藥化療試驗中研究了不同的化學治療製劑的組合：CarboTax方案(卡鉑+紫杉醇)、GemTreo方案(吉西他濱+曲奧舒凡)、DVP方案(達卡巴嗪+長春地辛+順鉑)、BHD方案(卡莫司汀+羥基脲+達卡巴嗪)和BOLD方案(博來黴素+長春新堿+洛莫司汀+達卡巴嗪)。此外，目前在臨床試驗中評估了與易普利姆瑪聯合的化療方法以及針對各基因內突變的患者給予特異性BRAF、c-KIT和N-RAS抑制劑(S3-Leitlinie Melanom,2013)。

增強抗腫瘤免疫反應似乎是晚期黑色素瘤治療的一種有前景的策略。在美國，免疫檢查點抑制劑易普利姆瑪以及BRAF激酶抑制劑vemurafenib和dabrafenib和MEK抑制劑trametinib已經被批准用於治療晚期黑色素瘤。這兩種方法均可增加患者的抗腫瘤免疫性--易普利姆瑪直接透過減少T細胞抑制起作用，激酶抑制劑間接透過增強黑色素細胞分化抗原的表達起作用(Srivastava and McDermott,2014)。Vemurafenib的反應率為40-50%，但中位持續時間僅為5-6個月(World Cancer Report,2014)。此外，vemurafenib與cobimetinib的組合(後者為另一種針對激酶MEK的MAPK通路抑制劑)獲得了FDA的批准(National Cancer Institute,2015)。

幾種不同的疫苗接種方法已經在晚期黑色素瘤中進行了評估。到目前為止，III期臨床試驗顯示相當令人失望的結果，疫苗接種策略顯然需要加以改進。

T細胞過繼轉移顯示了晚期黑色素瘤治療的巨大潛力。浸潤淋巴細胞的體外增大自體腫瘤以及含有對癌症-睾丸抗原NY-ESO-1具有高親和力的T細胞受體的T細胞在轉移到黑素瘤患者時具有顯著有益的和較低的毒性作用。不幸的是，含有對黑素細胞特異性抗原MART1和gp100以及癌症-睾丸抗原MAGEA3具有高親和力T細胞受體的T細胞在臨床試驗中誘導相當的毒性作用。因此，T細胞過繼轉移具有較高的治療潛 力，但這些治療的安全性和耐受性需要進一步提高(Phan and Rosenberg,2013；Hinrichs and Restifo,2013)。

僅在最近，FDA才批准了第一種溶瘤病毒治療藥物talimogene laherparepvec(T-VEC)。該機構批准T-VEC用於治療一些轉移性黑色素瘤不能手術切除的患者(National Cancer Institute,2015)。

考慮到治療癌症相關的嚴重副作用和費用，通常有必要確定可用於治療癌症的因子，尤其是黑色素瘤。通常也有必要確定代表癌症生物標誌物的因子，尤其是黑色素瘤，從而更好地診斷癌症、評估預後和預測治療成功性。

癌症免疫治療代表了癌症細胞特異性靶向作用的一個選項，同時最大限度地減少副作用。癌症免疫療法利用存在的腫瘤相關抗原。

腫瘤相關抗原(TAA)的目前分類主要包括以下幾組：

a)癌-睾丸抗原：T細胞能夠識別的最先確認的TAA屬於這一類抗原，由於其成員表達于組織學相異的人腫瘤中、正常組織中、僅在睾丸的精母細胞/精原細胞中、偶爾在胎盤中，因此，它最初被稱為癌-睾丸(CT)抗原。由於睾丸細胞不表達HLA I類和II類分子，所以，在正常組織中，這些抗原不能被T細胞識別，因此在免疫 學上可考慮為具有腫瘤特異性。CT抗原大家熟知的例子是MAGE家族成員和NY-ESO-1。

b)分化抗原：腫瘤和正常組織(腫瘤源自該組織)都含有TAA。大多數已知的分化抗原發現於黑色素瘤和正常黑色素細胞中。許多此類黑色素細胞譜系相關蛋白參與黑色素的生物合成，因此這些蛋白不具有腫瘤特異性，但是仍然被廣泛用於癌症的免疫治療。例子包括，但不僅限於，黑色素瘤的酪氨酸酶和Melan-A/MART-1或攝護腺癌的PSA。

c)過量表達的TAA：在組織學相異的腫瘤中以及許多正常組織中都檢測到了基因編碼被廣泛表達的TAA，一般表達水準較低。有可能許多由正常組織加工和潛在提呈的表位低於T細胞識別的閾值水準，而它們在腫瘤細胞中的過量表達能夠透過打破先前確立的耐受性而引發抗癌反應。這類TAA的典型例子為Her-2/neu、生存素、端粒酶或WT1。

d)腫瘤特異性抗原：這些獨特的TAA產生于正常基因(如β-catenin、CDK4等)的突變。這些分子變化中有一些與致瘤性轉化和/或進展相關。腫瘤特異性抗原一般可在不對正常組織帶來自體免疫反應風險的情況下誘導很強的免疫反應。另一方面，這些TAA在多數情況下只與其上確認了有TAA的確切腫瘤相關，並且通常在許多個體腫瘤之間並不都共用TAA。在含有腫瘤特定 (相關)同種型蛋白的情況下，如果肽源自腫瘤(相關)外顯子也可能出現肽腫瘤特異性(或相關性)。

e)由異常翻譯後修飾產生的TAA：此類TAA可能由腫瘤中既不具有特異性也不過量表達的蛋白產生，但其仍然具有腫瘤相關性(該相關性由主要對腫瘤具有活性的翻譯後加工所致)。此類TAA產生於變糖基化模式的改變，導致腫瘤產生針對MUC1的新型表位或在降解過程中導致諸如蛋白拼接的事件，這可能具有也可能不具有腫瘤特異性。

f)腫瘤病毒蛋白：這些TTA是病毒蛋白，可在致癌過程中發揮關鍵作用，並且由於它們是外源蛋白(非人源蛋白)，所以能夠激發T細胞反應。這類蛋白的例子有人乳頭狀瘤16型病毒蛋白、E6和E7，它們在宮頸癌中表達。

基於T細胞的免疫治療靶向作用于主要組織相容性複合體(MHC)分子提呈的來源於腫瘤相關蛋白或腫瘤特異性蛋白的肽表位。腫瘤特異性T淋巴細胞所識別的抗原，即其表位，可以是源自所有蛋白類型的分子，如酶、受體、轉錄因子等，它們在相應腫瘤的細胞中被表達，並且與同源未變的細胞相比，其表達通常上調。

MHC分子有兩類：MHC I類和MHC II類。MHC I類分子由一條α重鏈和β-2-微球蛋白，MHC II類分子由一條α和一條β鏈組成。其三位構造形成一個結合槽，用於與肽進行非共價相互作用。

大部分有核細胞上都可發現MHC-I類分子。他們提呈主要為內源性的蛋白、缺陷核糖體產物(DRIP)和較大肽裂解生成的肽。然而，源自內體結構或外源性來源的肽也經常在MHC-I類分子上發現。這種I-類分子非經典提呈方式在文獻中被稱為交叉提呈(Brossart and Bevan,1997；Rock et al.,1990)。MHC II類分子主要發現于專業抗原提呈細胞(APC)上，並且主要提呈，例如，在內吞作用過程中由APC佔據並且隨後被加工的外源性或跨膜蛋白的肽。

肽和MHC I類的複合體由負載相應T細胞受體(TCR)的CD8陽性T細胞進行識別，而肽和MHC II類分子的複合體由負載相應TCR的CD4陽性輔助T細胞進行識別。因此，TCR、肽和MHC按照1：1：1的化學計量呈現，這一點已是共識。

CD4陽性輔助T細胞在誘導和維持CD8陽性細胞毒性T細胞的有效反應中發揮重要作用。腫瘤相關抗原(TAA)衍生的CD4陽性T細胞表位的識別對開發能引發抗腫瘤免疫反應的藥物產品可能非常重要(Gnjatic et al.,2003)。在腫瘤部位，T輔助細胞維持著對細胞毒性T細胞(CTL)友好的細胞因子環境(Mortara et al.,2006)並吸引效應細胞，如CTL、天然殺傷(NK)細胞、巨噬細胞和粒細胞(Hwang et al.,2007)。

在沒有炎症的情況下，MHC II類分子的表達主要局限於免疫系統細胞，尤其是專業抗原提呈細胞(APC)，例如，單核細胞、單核細胞源性細胞、巨噬細胞、樹突狀細胞。在癌症患者的腫瘤細胞中發現有MHC II類分子的表達(Dengjel et al.,2006)。

本發明的拉長(較長)肽可作為MHC-II類活性表位。

MHC-II類表位活化的輔助T細胞在編排抗腫瘤免疫的CTL效應子功能中發揮著重要作用。觸發TH1細胞反應的輔助T細胞表位支援CD8陽性殺傷T細胞的效應子功能，其中包括直接作用於腫瘤細胞的細胞毒性功能(該類腫瘤細胞表面顯示有腫瘤相關肽/MHC複合體)。這樣，腫瘤相關T輔助細胞表位單獨使用或與其他腫瘤相關肽結合使用可作為刺激抗腫瘤免疫反應的疫苗化合物的活性藥物成分。

哺乳動物(如小鼠)模型顯示，即使沒有CD8陽性T淋巴細胞，CD4陽性T細胞也能透過分泌干擾素-γ(IFN γ)抑制血管生成而足以抑制腫瘤的表現(Beatty and Paterson,2001；Mumberg et al.,1999)。沒有CD4 T細胞作為直接抗腫瘤效應因子的證據(Braumuller et al.,2013；Tran et al.,2014)。

由於HLA II類分子的組成性表達通常僅限於免疫細胞，因此，直接從原發腫瘤中分離II類肽之前 被認為是不可能的事。然而，Dengjel等人成功地在腫瘤中直接識別了多個MHC II類表位(WO 2007/028574,EP 1 760 088 B1)。

由於CD8依賴型和CD4依賴型這兩種反應共同並協同地促進抗腫瘤作用，因此，確定和表徵由CD8+ T細胞(配體：MHC I類分子+肽表位)或CD4陽性T輔助細胞(配體：MHC II類分子)識別的腫瘤相關抗原對開發腫瘤疫苗非常重要。

對於MHC I類肽觸發(引發)細胞免疫反應的肽，它也必須與MHC分子結合。這一過程依賴於MHC分子的等位基因以及肽氨基酸序列的特異性多態性。MHC-I類-結合肽的長度通常為8-12個氨基酸殘基，並且在其與MHC分子相應結合溝槽相互作用的序列中通常包含兩個保守殘基(「錨」)。這樣，每個MHC的等位基因都有「結合基序」，從而確定哪些肽能與結合溝槽特異性結合。

在MHC-I類依賴性免疫反應中，肽不僅能與腫瘤細胞表達的某些MHC-I類分子結合，而且它們之後還必須能被T細胞負載的特異性T細胞受體(TCR)識別。

對於被T淋巴細胞識別為腫瘤特異性抗原或相關性抗原以及用於治療的蛋白質，必須具備特殊的條件。該抗原應主要由腫瘤細胞表達，而不由正常健康組織表達，或表達數量相對較少。在一個優選的實施方案中， 與正常健康組織相比，所述肽應在腫瘤細胞中過度提呈。更為適宜的情況是，該相應抗原不僅出現於一種腫瘤中，而且濃度(即每個細胞的相應肽拷貝數目)高。腫瘤特異性抗原和腫瘤相關抗原往往是源自直接參與因細胞週期控制或凋亡抑制中的其功能而發生的正常細胞向腫瘤細胞轉化的蛋白。另外，這些直接導致轉化事件的蛋白的下游靶標可能會被上調，因此可能與腫瘤間接相關。這些間接腫瘤相關抗原也可能是預防接種方法的靶標(Singh-Jasuja et al.,2004)。至關重要的是，表位存在於抗原氨基酸序列中，以確保這種來自腫瘤相關抗原的肽(「免疫原性肽」)可導致體外或體內T細胞反應。

基本上，任何能與MHC分子結合的肽都可能充當一個T細胞表位。誘導體外或體內T細胞反應的前提是存在具有相應TCR的T細胞並且不存在對該特定表位的免疫耐受性。

因此，TAA是基於T細胞療法(包括但不限於腫瘤疫苗)研發的起點。識別和表徵TAA的方法通常基於對患者或健康受試者T細胞的使用情況，或基於腫瘤與正常組織肽之間差別轉錄特性或差別表達模式的產生。然而，對腫瘤組織或人腫瘤細胞株中過量表達或選擇性表達的基因的識別並不提供在免疫療法中使用這些基因所轉錄抗原的準確資訊。這是因為，有著相應TCR的T細胞必須要存在而且對這個特定表位的免疫耐受性必須不存在或為最低水準，因此，這些抗原的表位只有一 部分適合這種應用。因此，在本發明的一非常優選的實施例中，只選擇那些針對可發現功能性和/或增殖性T細胞情況的過量提呈或選擇性提呈肽，這一點非常重要。這種功能性T細胞被定義為在以特異性抗原刺激後能夠克隆地擴展並能夠執行效應子功能(「效應子T細胞」)的T細胞。

在透過根據本發明的特定TCR(例如可溶性TCR)和抗體或其他結合分子(支架)靶向作用於肽-MHC的情況下，潛在肽的免疫原性是次要的。在這些情況下，提呈是決定因素。

在本發明的第一方面，本發明涉及一種肽，包含選自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的組的一個氨基酸序列、或該序列的與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有至少77%，優選至少88%同源(優選至少77%或至少88%相同)的一種變體序列(其中所述變體與MHC結合和/或誘導T細胞與所述肽發生交叉反應)，或其藥用鹽(其中所述肽不是潛在全長多肽)。

本發明進一步涉及本發明的一種肽，包含選自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的組的一個序列、或與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有至少77%、優選至少88%同源性(優選為至少77% 或至少88%相同)的一種變體，其中所述肽或其變體的總長度為8至100個、優選為8至30個、最優選為8至14個氨基酸。

下表顯示了根據本發明的肽、它們各自的SEQ ID NO、以及這些肽的可能源(潛在)基因。表1和表2中的所有肽均與HLA-A*02結合。表2中的肽從大型列表中確認，作為高通量篩查結果，錯誤率高，或使用演算法計算出，但之前與癌症毫無關聯。表3中的肽是是可單獨使用的或可與本發明其他肽組合使用的其他肽。表4中的肽還可用於診斷和/或治療各種其他惡性疾病，這些疾病涉及過量表達或過度提呈各潛在多肽。

本發明還一般涉及本發明的肽用於治療增殖性疾病，例如，急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌。

特別優選的是本發明的肽(單獨或組合)，其選自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237組成的組。更優選的是所述肽(單獨或組合)選自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：34組成的組(見表1)並且其用於免疫治療黑色素瘤、急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌，優選為黑色素瘤。

如示下面的表4A和4B所示，其中本發明的許多肽也發現於其他腫瘤中，因此也可用於其他適應症的免疫治療。另請參閱圖1和實施例1。

NSCLC=非小細胞肺癌，SCLC=小細胞肺癌，RCC=腎癌，CRC=結腸或直腸癌，GC=胃癌，HCC=肝癌，PC=胰腺癌，PrC=攝護腺癌，白血病，BRCA=乳腺癌，OC=卵巢癌，MCC=梅克爾細胞癌，NHL=非霍奇金淋巴瘤，AML=急性骨髓性白血病，CLL=慢性淋巴細胞白血病

表4B：本發明的肽及其在其他增殖性疾病(特別是其他癌性疾病)中的特定用途。該表顯示，對於其他腫瘤類型的選定肽，發現他們過量提呈(特定提呈)於5%以上測定的腫瘤樣本，或提呈於5%以上測定的腫瘤樣本且幾何學平均值腫瘤與正常組織的比值大於3。過度提呈定義為與最高提呈的正常樣本相比在腫瘤樣本上提呈更高。經測試相比過度提呈的正常組織有：脂肪組織、腎上腺、動脈、骨髓、腦、中樞神經、結腸、十二指腸、食道、眼、膽囊、心臟、腎、肝、肺、淋巴結、血細胞、胰腺、甲狀旁腺、外周神經、腹膜、垂體、胸膜、直腸、唾液腺、

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1、19、30、126、130、136、150、164、167、168、170、175、176、177、178、182、187、191、194、198、203、206、212、214、215和218中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療腎細胞癌(RCC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1、8、19、37、64、68、78、100、105、116、 126、129、133、135、137、146、148、151、155、161、163、164、166、168、170、182、189、192、203、205、206、210、211、212、215、218、220、221、225、226和232中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療肝細胞癌(HCC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1,7,8,15,18,19,20,23,27,31,123,124,125,126,127,130,133,137,139,143,151,154,155,159,160,161,163,172,174,181,183,186,189,191,194,197,211,217,219,221,223,224,225,226,229,230,234和235中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療子宮癌。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1、23、24、116、136、150、159、177、191、193、194、195、208、214、217、220、221、223和234中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療膽囊癌和/或膽管癌。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.2、8、11、15、17、18、23、24、27、29、31、32、57、116、120、121、124、126、127、133、135、136、137、138、139、143、144、145、146、148、151、155、159、161、163、169、170、171、 172、173、176、181、182、184、186、190、191、193、194、195、197、206、209、210、211、212、213、214、216、219、221、222、224、225、226、227、228、229、230、233、234、236和237中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療非霍奇金淋巴瘤(NHL)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.2、7、16、19、22、23、116、119、124、128、130、148、151、155、159、161、164、166、171、178、180、183、189、191、194、196、199、207、214、215、217、225、226、227、234和236中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療乳腺癌(BRCA)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.7、126、128、146、161、166、176、191、218、225和236中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療胰腺癌(PC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.7、15、16、17、23、27、28、36、59、62、80、84、102、104、109、114、118、121、122、125、131、133、137、138、143、145、146、158、159、164、166、168、169、171、172、175、177、183、186、191、193、194、195、204、207、208、209、211、212、213、214、219、225、230、234、 236和237中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療急性骨髓性白血病(AML)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1、10、18、20、22、116、128、130、161、167、169、176、181、184、191、194、217、221、225、232和235中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療腦癌。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.17、21、23、31、116、123、127、128、131、137、146、150、154、155、157、159、163、165、166、172、180、184、186、191、193、194、206、212、213、214、215、217、219、221、225、226、229和232中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療膀胱癌。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.19、21、135、150、159、164、166、169、179、192、194、211、214、219、221、225和226中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療小細胞肺癌(SCLC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.22、24、31、116、118、126、130、161、184、191、194、214和221中任一項所述的本發明的至少 一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療非小細胞肺癌(NSCLC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.1、22、24、31、116、118、124、125、126、135、151、163、166、169、174、178、206、211、213、227和234中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療卵巢癌(OC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.20、31、37、128、130、141、155、160、168、178、179、180、184、191、206、213、221、225、226和227中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療食管癌。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.28、50、52、54、56、73、76、79、82、84、88、94、114、115、122、124、128、132、134、142、153、159、160、161、165、175、182、189、198、207、212、213、215、218、219、230和234中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療胃癌(GC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.22、31、128、138、161、169、189、193、194、199、214、217和221中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療結腸或直腸癌(CRC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.128、150、176、180、184、213、221,227和235中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療攝護腺癌(PrC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.7、8、13、14、15、19、20、22、23、24、27、30、31、58、91、120、123、126、135、159、161、163、164、165、169、173、178、179、180、184、206、207、211、213、214、217、221、225、226和227中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療頭頸癌(HNSCC)。

因此，本發明的另一個方面涉及根據SEQ ID No.8、16、19、137、193、210、234、236和237中任一項所述的本發明的至少一種肽在一種優選實施方案中聯合用於治療慢性淋巴細胞性白血病(CLL)。

因此，本發明的另一個方面涉及本發明中肽的用途(優選聯合)用於治療選自黑色素瘤、急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌組中的增殖性疾病。

本發明還涉及本發明的肽，其具有與主要組織相容性複合體(MHC)I或以拉長形式存在的例如長度變化的-MHC-II類分子結合的能力。

本發明進一步涉及本發明中的肽，其中所述肽(每種肽)系由或基本系由根據SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的一個氨基酸序列組成。

本發明進一步涉及本發明的肽，其中所述肽被修飾和/或包含非肽鍵。

本發明進一步涉及本發明的肽，其中所述肽為融合蛋白的一部分，特別是與HLA-DR抗原相關不變鏈(Ii)的N-端氨基酸融合，或與抗體(例如，樹突狀細胞特定抗體)或抗體的序列融合。

本發明進一步涉及一種編碼本發明肽的核酸。本發明進一步涉及的本發明核酸為DNA、cDNA、PNA、RNA或前述核酸的組合。

本發明進一步涉及一種能表達和/或表達本發明核酸的表達載體。

本發明進一步涉及本發明的一種肽、本發明的一種核酸或本發明的一種治療疾病的藥用表達載體，特別是用於治療癌症。

本發明進一步涉及本發明中肽或本發明中所述肽複合體(含有MHC)的特定抗體以及製造這些抗體的方法。

本發明進一步涉及本發明的T細胞受體(TCR)，特別是可溶性TCR(sTCRs)和加工為自體或異體T細胞的克隆TCR，以及製造這些TCR的方法 和載有所述TCR或所述TCR交叉反應的NK細胞的製造方法。

抗體和TCR是根據本發明的肽現有免疫治療用途的另外實施方案。

本發明進一步涉及含本發明核酸或前述表達載體的一種宿主細胞。本發明進一步涉及本發明的宿主細胞，其為抗原提呈細胞，優選為樹突細胞。

本發明進一步涉及配製本發明一種肽的一種方法，所述方法包括培養本發明的宿主細胞和從所述宿主細胞或其培養基中分離肽。

本發明進一步涉及本發明中的所述方法，其中抗原透過與足夠量的含抗原提成細胞的抗原結合被載入表達於合適抗原提呈細胞或人工抗原呈遞細胞表面的I或II類MHC分子。

本發明進一步涉及本發明的方法，其中抗原提呈細胞由能表達含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237、優選為含SEQ ID NO：1至SEQ ID No：34所述肽的一個表達載體、或一個變體氨基酸序列組成。

本發明進一步涉及以本發明方法製造的啟動T細胞，其中所述T細胞有選擇性地識別一種細胞，該細胞表達含一種本發明氨基酸序列的多肽。

本發明進一步涉及一種殺傷患者靶細胞的方法，其中患者的靶細胞異常表達含本發明任何氨基酸序列 的多肽，該方法包括給予患者按本發明方法製造的有效量T細胞。

本發明進一步涉及任何所述肽、本發明的核酸、本發明的表達載體、本發明的細胞、本發明的作為藥劑或製造藥劑的啟動T淋巴細胞、T細胞受體或抗體或其他肽-和/或肽-MHC結合分子的用途。所述藥劑優選為具有抗癌活性。

優選情況為，所述藥劑為基於可溶性TCR或抗體的細胞治療藥物、疫苗或蛋白質。

本發明進一步涉及本發明中的用途，其中所述癌細胞為黑色素瘤、急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌，優選為黑色素瘤細胞。

本發明進一步涉及一種基於本發明肽的生物標誌物，在此成為「靶標」，其可用於診斷癌症，優選黑色素瘤。所述標誌物可以肽本身過度提呈或相應基因過度表達。標誌物也可以用於預測治療成功的可能性，優選為免疫療法，最優選為靶向作用於該生物標誌物識別的相同靶標的免疫療法。例如，抗體或可溶性TCR可用於染色腫瘤切片以檢測是否存在相關肽與MHC複合。

或者，抗體具有進一步的效應子功能，如免疫刺激域或毒素。

本發明還涉及這些癌症治療中新靶點的用途。

針對其他癌性疾病的治療和診斷用途在本發明肽的基礎表達產物(多肽)的以下更詳細描述中進行披露。

ACOT7被發現在黑色素瘤中上調，其可能參與阻止脂肪毒性(Sumantran et al.,2015)。

ACSL3編碼醯基輔酶A合成酶長鏈家族成員3。ACSL3在肺癌中過度表達，基於臨床前研究，是肺癌治療的有前景的新治療靶標(Pei et al.,2013)。 ACSL3上調表達可以作為雌激素受體特異性乳腺癌風險的潛在生物標誌物(Wang et al.,2013b)。

APOE參與膽固醇轉運，可能在讓腫瘤細胞能夠達到高膽固醇要求中是最要的。其被發現在胃癌、間變性甲狀腺癌、攝護腺癌和結直腸癌等各種癌症中過度表達(Yasui et al.,2005；Ito et al.,2006；Sakashita et al.,2008；Shi et al.,2015b；Kang et al.,2016；Yencilek et al.,2016)。APOE血清水準升高被證明與非小細胞肺癌的轉移和預後不良有關。此外，他們已被表明作為乳腺癌的預後標誌物，並作為監測小細胞肺癌化療效率的指標(Shi et al.,2016；Xu et al.,2016b；Luo et al.,2016)。

透過失活突變導致的ARID2丟失與胃癌、肝細胞癌和非小細胞肺癌的腫瘤進展和復發有關 (Manceau et al.,2013；You et al.,2015；Aso et al.,2015)。

已經發現ARNT2在非小細胞肺癌、肝細胞癌、乳腺癌和口腔鱗狀細胞癌中過度表達。它充當癌症進展期間的腫瘤抑制因子，因為過度表達已被確定可增加總體存活率並促進細胞凋亡(Qin et al.,2011a；Li et al.,2015d；Yang et al.,2015；Kimura et al.,2016)。

ATG2B編碼自噬相關2B，這是自噬體形成和調節脂滴體積和分佈所必需的一種蛋白質(Velikkakath et al.,2012)。ATG2B移碼突變在高微衛星不穩定性的胃癌和結腸癌中普遍存在(Kang et al.,2009)。

ATM是一種腫瘤抑制劑，其在廣泛的人類癌症，包括肺、結直腸、乳腺和造血細胞癌症中經常發生突變(Weber and Ryan,2014)。ATM損失與各種癌症(包括乳腺癌、結直腸癌、攝護腺癌、肺癌和胰腺導管腺癌)的風險增加有關(Swift et al.,1987；Geoffroy-Perez et al.,2001；Angele et al.,2004；Roberts et al.,2012；Grant et al.,2013；Russell et al.,2015)。研究表明，IL-8能救援ATM耗竭細胞中細胞遷移和侵襲缺陷(Chen et al.,2015b)。低水準ATM蛋白與乳腺癌患者的無轉移生存差相關。此外，miR-203和miR-421過度表達可能 參與這些患者的ATM失調節(Bueno et al.,2014；Rondeau et al.,2015)。

BNC1被證明是結直腸腺瘤和癌症中高甲基化的十基因甲基化特徵的一部分(Patai et al.,2015)。BNC1被證明與攝護腺癌相關，因為它經常被甲基化，因此在攝護腺癌細胞系中失活(Devaney et al.,2013)。BNC1被證明是慢性淋巴細胞白血病、腎細胞癌和T細胞和B細胞兒童急性淋巴細胞白血病中異常甲基化的許多潛在靶點之一(Tong et al.,2010；Morris et al.,2010；Dunwell et al.,2009)。 BNC1被證明在原發性乳腺腫瘤進展到腦轉移中發揮作用。BNC1敲除導致乳腺癌細胞系的遷移和侵襲潛力增加。因此，BNC1可用作一種預後標誌物和一種新型治療靶標(Pangeni et al.,2015)。BNC1與TGF-β 1信號通路有關(Feuerborn et al.,2015)。BNC1被證明與透明細胞腎細胞癌較差存活率以及腎細胞癌較差預後相關(Morris et al.,2010；Ricketts et al.,2014)。BNC1被證明在I期浸潤性胰腺癌中經常被甲基化。因此，BNC1作為檢測早期胰腺癌的一種潛在生物標誌物(Yi et al.,2013)。BNC1被證明在頭頸部鱗狀細胞癌中上調(Boldrup et al.,2012)。BNC1被證明在頭頸部鱗狀細胞癌中被p53家族成員p63轉錄調控(Boldrup et al.,2012)。

幾項研究顯示，BNC2在食管腺癌、卵巢癌和膠質母細胞瘤中起著抑癌基因的作用。該基因經常被刪除和/或表達減少(Nord et al.,2009；Akagi et al.,2009；Cesaratto et al.,2016)。BNC2被發現在肝細胞癌中下調，並且經常被刪除，這可能是其表達水準較低的一個重要原因(Wu et al.,2016)。

BOP1與卵巢癌和結直腸癌有關(Wrzeszczynski et al.,2011；Killian et al.,2006)。BOP1被證明是Wnt/β連環蛋白的靶基因，其在小鼠中誘導結直腸癌細胞的EMT、細胞遷移和實驗性轉移。因此，BOP1可作為結直腸癌轉移的治療靶標(Qi et al.,2015)。BOP1與肝細胞癌的侵襲和轉移有關(Chung et al.,2011)。BOP1被描述為與黴酚酸治療後胃癌細胞系細胞週期阻滯相關的分子途徑的成員，表明BOP1與藥物的抗癌活性具有潛在相關性(Dun et al.,2013a；Dun et al.,2013b)。BOP1是直腸癌一種可能的標誌物(Lips et al.,2008)。BOP1被描述為卵巢癌的潛在致癌基因(Wrzeszczynski et al.,2011)。BOP1被證明在肝細胞癌中上調(Chung et al.,2011)。BOP1被證明是與肝細胞癌的微血管侵犯、較短的無病生存期和轉移有關(Chung et al.,2011)。BOP1被描述為PeBoW複合體的亞基，這是細胞核糖體大亞基增殖和成熟必不可少的。BOP1的過度表達被證明可抑制細胞增殖(Rohrmoser et al., 2007)。氨基端截短形式的BOP1表達導致G(1)特異性Cdk2和Cdk4激酶複合體、視網膜母細胞瘤和細胞週期蛋白A下調，而Cdk抑制因子p21和p27上調。這導致G(1)期阻滯(Pestov et al.,2001)。

CAPN3表達被發現在黑色素瘤細胞中下調，這在獲得高度侵襲性表型中起作用(Huynh et al.,2009；Ruffini et al.,2013；Moretti et al.,2015)。CAPN3已被證明與消化器官擴張因子(Dev)複合，並一起介導腫瘤抑制基因p53的降解(Zhu et al.,2014b)。

CCT6A與睾丸生殖細胞腫瘤和惡性黑色素瘤有關(Tanic et al.,2006；Alagaratnam et al.,2011)。

CCT8被證明在肝細胞癌中上調(Huang et al.,2014c)。CCT8與肝細胞癌的組織學分級、腫瘤大小及不良預後有關(Huang et al.,2014c)。

RPI-1和達沙替尼治療靶向作用於CD109以抑制癌細胞增殖(Caccia et al.,2011)。CD109在鼻咽癌、喉鱗狀細胞癌、非小細胞肺癌、胰腺癌、黏液纖維肉瘤、食管鱗狀細胞癌、頭頸癌以及(三陰性)乳腺癌中過度表達(Ni et al.,2012；Tao et al.,2014；Zhang et al.,2014a；Dong et al.,2015a；Emori et al.,2015；Haun et al.,2014；Hoover et al.,2015；Jia et al.,2016)。CD109可能被用作鼻咽 癌、外陰鱗狀細胞癌、三陰性乳腺癌、肝細胞癌和膽囊鱗狀細胞/腺鱗癌的預後生物標誌物。分泌的CD109可被用作血清預後標記(Ye et al.,2016；Ozbay et al.,2013；Sakakura et al.,2014；Tao et al.,2014；Dong et al.,2015b；Jia et al.,2016)。CD109在一組罕見的迴圈內皮細胞上表達，可用作膠質母細胞瘤中的預後標誌物(Mancuso et al.,2014；Cuppini et al.,2013)。CD109表達降低促進腫瘤生長。其被證明在子宮癌肉瘤中下調(Ye et al.,2016；Semczuk et al.,2013)。CD109促進肝細胞癌增殖，與預後不良相關(Zong et al.,2016)。CD109過度表達與手術狀態、預後差和轉移相關(Emori et al.,2013；Emori et al.,2015；Karhemo et al.,2012)。CD109抑制TGF-β 1信號通路並促進EGF信號傳導人膠質母細胞瘤細胞(Man et al.,2012；Zhang et al.,2015)。

CSNK2A1已被證明透過磷酸化乳腺癌、結直腸癌和胃癌的其他蛋白質而參與腫瘤發生。CSNK2A1表達被證明是胃癌、乳腺癌和透明腎細胞癌的獨立預後指標(Kim et al.,2012；Bae et al.,2015；Kren et al.,2015；Rabjerg et al.,2016；Bae et al.,2016)。CSNK2A1已被提議可作為慢性骨髓性白血病和膠質母細胞瘤的治療靶點。抑制作為所提出的新BCR-ABL/CK2/PTEN途徑一部分的酪蛋白激酶II 可促進PTEN再活化，這促進了癌細胞中的細胞凋亡誘導(Lee et al.,2013；Zheng et al.,2013；Morotti et al.,2015)。CSNK2A1被證明在成年T細胞白血病中頻繁發生突變(Kataoka et al.,2015)。

DYNC2H1被證明在多形性膠質母細胞瘤中上調(Yokota et al.,2006)。

EIF3E可能在口腔鱗狀細胞癌的癌變中起著一定的作用(Yong et al.,2014)。EIF3E是膠質母細胞瘤的增殖和存活所必需的(Sesen et al.,2014)。EIF3E在乳腺癌進展中具有致癌作用。EIF3E表達降低導致乳腺上皮細胞從上皮至間質細胞轉化(Gillis and Lewis,2013；Grzmil et al.,2010)。EIF3E表達水準在膀胱癌中顯著增加(Chen et al.,2011)。EIF3E牽涉非小細胞肺癌(Marchetti et al.,2001)。

人內源性逆轉錄病毒(HERV)env蛋白(如ERV3-1)的表達被證明在原發性乳腺癌患者的血液中明顯增加，這表明HERV env基因有可能用作原發性乳腺癌的診斷標誌物(Rhyu et al.,2014)。ERV3-1被證明在較低分化的子宮內膜癌、肝和肺腫瘤組織中顯著過度表達(Strissel et al.,2012；Ahn and Kim,2009)。ERV3-1 mRNA表達丟失被描述為與絨毛膜癌易感性相關(Kato et al.,1988)。

在白血病和非黑色素瘤癌細胞中發現EXTL1的表觀遺傳失活。而據報告，EXTL1的高表達與多發性骨髓瘤患者的預後不良有關。EXTL1被證明在人浸潤性乳腺癌細胞系中具有改變的N-糖基化(Drake et al.,2012；Busse-Wicher et al.,2014)。在幾種神經母細胞瘤中檢測到EXTL1缺失，並表明是一種腫瘤抑制基因，但沒有明確的證據發現EXTL1與神經母細胞瘤具有因果關係(Mathysen et al.,2004)。

FCGR2B是B細胞上的主要Fc受體，因此是免疫治療的靶標。單克隆抗體利妥昔單抗透過啟動FCGR2B抑制Kv1.3通道，從而在調節淋巴細胞增殖和凋亡中起重要作用，並誘導人B淋巴細胞凋亡(Shah et al.,2013；Rankin et al.,2006；Wang et al.,2012)。已經發現FCGR2B多態性與特異性免疫治療(如利妥昔單抗)和濾泡淋巴瘤中獨特型疫苗接種的臨床反應相關。此外，FCGR2B的多態性與天然殺傷細胞與用於治療HER陽性乳腺癌的抗體曲妥珠單抗之間的結合親和力相關(Musolino et al.,2008；Weng et al.,2009；Norton et al.,2014)。FCGR2B表達透過NK細胞介導的抗體依賴性細胞毒性來阻止人轉移性黑色素瘤細胞的裂解，從而成為人轉移性黑色素瘤的標誌物(Cassard et al.,2008)。

已經在乳腺癌、頸鱗狀細胞癌和轉移性腎細胞癌中發現FCGR2C多態性和/或表達水準與對某些免疫 療法的反應相關(Petricevic et al.,2013；Trivedi et al.,2016；Erbe et al.,2016)。

FMN1的單核苷酸多態性與攝護腺癌的風險增加有關(Lisitskaia et al.,2010)。

FLCN/FNIP1/FNIP2複合體調節腎細胞增殖率，在遺傳性錯構瘤徵候群(Birt-Hogg-Dubé徵候群)中喪失功能(Schmidt and Linehan,2015b；Schmidt and Linehan,2015a；Hasumi et al.,2016)。FNIP1參與不變自然殺傷T細胞的發育(Park et al.,2014)。FNIP1促進腫瘤抑制基因FLCN的溶酶體募集和Rag相互作用(Petit et al.,2013)。FNIP1透過RagC/D參與mTORC1活化(Linehan et al.,2010；Tsun et al.,2013)。FNIP1參與腎腫瘤抑制，可作為治療靶點(Hasumi et al.,2015)。

FOXD1已被證明在乳腺癌、透明腎細胞肉瘤、胃癌和霍奇金淋巴瘤中過度表達。過度表達可能增加細胞增殖，並被認為是治療靶點。在胃癌和肝細胞癌中，已發現其是轉錄調控網路的一部分，其下游靶基因參與癌症發生(Nagel et al.,2014；Karlsson et al.,2014；Zhao et al.,2015b；Xu et al.,2016a；Chen et al.,2016)。FOXD1表達水準上調被確定為非小細胞肺癌不良結果的預後指標(Nakayama et al.,2015)。

發現FOXD2在攝護腺癌和淋巴結轉移中高度表達(Heul-Nieuwenhuijsen et al.,2009)。與其他結直腸癌類型相比，FOXD2被證明在鋸齒狀腺癌中被不同地甲基化，表明它是鑒定這種特定類型結直腸癌的生物標誌物(Conesa-Zamora et al.,2015)。

GBF1已被確定為增強腺病毒癌細胞殺傷的宿主因子。癌細胞對溶瘤病毒敏感，使其成為癌症治療的選擇，GBF1敲減或化學抑制透過觸發未折疊的蛋白質反應增強腺病毒感染而增強黑色素瘤或上皮癌細胞殺傷(Prasad et al.,2014)。

在卵巢癌和肝細胞癌中觀察到了GNAI2過度表達。更具體地說，GNAI2表達在早期卵巢癌中降低，而在晚期癌症中增加，提示GNAI2可作為腫瘤發生的關鍵調節因子和卵巢癌進展的上游驅動因子(Peters et al.,2005；Raymond,Jr.et al.,2014)。GNAI2表達受microRNA-138調控，其在諸如舌鱗狀細胞癌的各種癌症中經常失調節，這反過來上調GNAI2。GNAI2也是miR-30d在肝細胞癌細胞中的功能靶點(Jiang et al.,2011；Yao et al.,2010)。

在胃癌中，GOLGA2高表達水準被發現與病理分化和腫瘤淋巴結轉移階段呈正相關，並可預測較短的總生存期。此外，GOLGA2透過上調SNAI1的表達而有助於上皮-間質轉化(Zhao et al.,2015a)。 GOLGA2表達在結直腸癌中逐漸喪失，該喪失破壞了細胞頂端-基底極性以及前後極性，並可能影響與腫瘤發生相關的其他過程(Baschieri and Farhan,2015；Baschieri et al.,2015)。GOLGA2表明可作為治療靶點，因為下調降低了肺癌腫瘤發生中的血管生成和細胞癌侵襲(Chang et al.,2012)。

GOLGA6A位於被發現可遺傳骨Paget氏病患者多態性的區域之一(Chung and Van,2012)。GOLGA6A被確定為白血病發生早期參與者PAX5的融合伴侶(Coyaud et al.,2010)。

染色體15q13.1上的HERC2/OCA2區域是易患皮膚黑素瘤的幾個位點之一(Amos et al.,2011；Xiao et al.,2014)。HERC2調節不同DNA修復因子的穩定性，包括CHK1、p53和BRCA1(Bekker-Jensen et al.,2010；Cubillos-Rojas et al.,2014；Zhu et al.,2014a；Peng et al.,2015)。

HLA-B表達降低與食管癌的存活率較差有關。但是，在胃癌和結直腸癌中，HLA-B的預後價值仍然矛盾，可上調也可下調(Powell et al.,2012；Gallou et al.,2016)。

HLA I類分子是殺傷性免疫球蛋白樣受體(KIR)的配體，其負調節NK細胞和T細胞，並且缺乏KIR-HLA相互作用與NK介導的抗腫瘤強功效和 急性骨髓性白血病存活率增加相關聯。在卵巢癌和非小細胞肺癌中，HLA-C的某些基因型具有發展癌症的作用(Romagne et al.,2009；Wisniewski et al.,2012；Giebel et al.,2014)。HLA-C表達降低與食管癌的存活率較差有關。但是，在胃癌和結直腸癌中，HLA-C的預後價值仍然矛盾，可上調也可下調。在結直腸癌中，大多數腫瘤細胞模擬其正常對應物的HLA表型以逃避NK介導的免疫監視(Gao et al.,2013；Powell et al.,2012；Doubrovina et al.,2003；Benevolo et al.,2007)。

HMCN1被發現在人軟組織腫瘤中上調，可能代表一種新型候選生物標誌物和治療靶點(Sarver et al.,2015)。HMCN1被發現參與皮膚發育和上皮形態發生，並在多種耐藥性卵巢癌細胞中表現出下調表達(Januchowski et al.,2014；Westcot et al.,2015)。此外，HMCN1與細胞極性相關，並在胃癌和結直腸癌中發生體細胞突變(Lee et al.,2015)。

IDH3G被發現在胃癌中差異表達，可能與耐藥有關(Zhou et al.,2015)。

IL4I1蛋白表達在腫瘤中非常頻繁。IL4I1在不同腫瘤實體的腫瘤相關巨噬細胞、淋巴瘤腫瘤細胞中檢測到，在罕見情況下，在實體癌(主要巍峨間皮瘤)中檢測到(Carbonnelle-Puscian et al.,2009)。人Th17細胞中IL4I1上調透過阻斷參與IL-2啟動子 活化的分子途徑和維持高水準的Tob1限制了它們的T細胞受體(TCR)介導擴張，這影響進入細胞週期(Santarlasci et al.,2014)。

IPO9編碼蛋白質導入蛋白9，其作為支架蛋白，並且透過啟動信號通路(如Ras/Erk通路)或透過增強線粒體介導的細胞凋亡在免疫系統和神經系統的調節細胞功能中起重要作用(Murrin and Talbot,2007；Wang et al.,2002)。

ITGA10失調節被證明是其他癌基因(如白血病ERG、肺癌miR-375或攝護腺癌EPHB4)失調節的下游作用(Mertens-Walker et al.,2015；Mochmann et al.,2014；Jin et al.,2015)。已經發現ITGA10在實體成骨細胞中表達不足，這些成骨細胞的pRb通路頻繁失活(Engel et al.,2013)。

ITPR2基因的單核苷酸多態性與中國人群中腎細胞癌的風險相關。同樣地，ITPR2基因連鎖不平衡中的兩種常見變體rs718314和rs1049380被確定為腎細胞癌的新易感性基因座。此外，與健康人相比，在正常急性骨髓性白血病患者中觀察到ITPR2的過度表達(Wu et al.,2012；Shi et al.,2015a；Zhang et al.,2016b)。在正常的急性骨髓性白血病中，ITPR2表達水準升高與較短的總體生存期和無事件生存期相關(Shi et al.,2015a)。

ITPR3在包括結直腸癌、胃癌和乳腺癌的幾種癌症類型中過度表達，並且與癌症進展和腫瘤侵襲型直接相關(Shibao et al.,2010；Mound et al.,2013；Sakakura et al.,2003)。Akt可透過減少內質網的Ca2+釋放而以ITPR3依賴性方式保護細胞不發生凋亡(Marchi et al.,2012)。

研究人員觀察到，相對於非癌性腎皮質組織樣本，腫瘤組織樣本中KIFAP3基因的mRNA表達水準顯著降低。其他人報導KIFAP3蛋白在乳腺癌中過度表達。另一組表明，用重組鳳梨蛋白酶治療的乳腺癌細胞和對照細胞之間KIFAP3基因的表達顯著改變(Gotoh et al.,2014；Fouz et al.,2014；Telikicherla et al.,2012)。

MACROD2在肝癌、結直腸癌、胃癌和食管鱗狀細胞癌中顯示體細胞變異(通常是基因內缺失)(Briffa et al.,2015；Tada et al.,2010；van den Broek et al.,2015；Hu et al.,2016；Fujimoto et al.,2016)。MACROD2增加p300與雌激素受體-α(ER)調節基因子集中的雌激素反應元素的結合，並且與原發性乳腺腫瘤的表達增加相關，這與總生存期較差相關(Mohseni et al.,2014)。MACROD2基因被發現在各種癌症類型中缺失，但是MACROD2的腫瘤抑制作用無法確定(Rajaram et al.,2013)。 MACROD2在芳基化中發揮作用，能夠「讀取」和「擦除」靶蛋白上的這一修飾(Feijs et al.,2013)。

MAGEC2過度表達增加細胞週期蛋白E的水準，並促進G1-S轉換和細胞增殖(Hao et al.,2015)。MAGEC2在多發性骨髓瘤中促進增殖和對細胞凋亡的抗性，表明MAGEC2特異性免疫治療有可能根除最惡性細胞(Lajmi et al.,2015)。MAGEC2是一種上皮-間充質轉換誘導因子，與乳腺癌轉移相關。多變數分析顯示，MAGEC2表達是患者總體生存和無轉移生存的獨立危險因素(Yang et al.,2014)。

已經在包括非小細胞肺癌、纖維細胞性星形細胞瘤、結腸癌和結直腸癌和神經母細胞瘤的各種癌症中研究了上述提及的METAP2表達增加和METAPA2抑制劑的抗癌作用(Morowitz et al.,2005；Selvakumar et al.,2009；Ho et al.,2013；Shimizu et al.,2016)。

雖然MFI2的確切生物學功能仍然難以捉摸，但越來越多的作用歸因於蛋白質，包括鐵轉運/代謝、血管生成、增殖、細胞遷移和腫瘤發生。MFI2過度表達的腫瘤表明可作為對抗體-藥物偶聯物敏感的靶標(Dunn et al.,2006；Smith et al.,2006；Suryo et al.,2012)。MIF2水準已經被證明在結直腸癌血漿中顯著升高，使其成為潛在的血清學標誌物。它還可能參與從良性腫瘤到惡性腫瘤的轉化，並且是侵襲性腫瘤表 型的標誌物(Shin et al.,2014；Dus-Szachniewicz et al.,2015)。

據報告，MTCH2受miR-135b抑制，其在乳腺癌中上調，並且似乎miR-135b及其靶標MID1和MTCH2是乳腺腫瘤進展的相關協調因子(Arigoni et al.,2013)。MTCH2似乎參與淋巴瘤和原發性白血病中的ABT-737誘導的快速細胞凋亡。ABT-73 7誘導MTCH2，導致線粒體基質腫脹和外線粒體膜破裂(Vogler et al.,2008)。

在患有白血病、真性紅細胞增多症和維爾姆斯氏腫瘤的患者的血清樣本中觀察到了聚(A)聚合酶的抗體(Stetler et al.,1981)。

MYO5A被證明與黑色素瘤的新型運輸途徑相關，其透過啟動Akt2/MYO5A促進腫瘤的抗性(Fernandez-Perez et al.,2013)。MYO5A在侵襲性無功能垂體腺瘤中上調，因此可作為腫瘤侵襲性的有用標誌物(Galland et al.,2010)。MYO5A mRNA表達在許多高轉移性癌細胞系和轉移性結直腸癌組織中增加。此外，在這些癌細胞中MYO5A的抑制在體外和體內阻礙了它們的遷移和轉移能力(Lan et al.,2010)。MYO5A被證明可應用於口腔鱗狀細胞癌中鑒定隱匿淋巴結轉移的四基因模型(Mendez et al.,2011)。

NAA30透過調節缺氧反應(HIF1 α)、p-MTOR(Ser2448)水準和p53途徑的在膠質母細胞瘤起始細胞的生長和存活中起重要作用(Mughal et al.,2015)。NAA30在發育過程中或在較高級別真核生物癌症中差異表達，因此被認為在發生快速蛋白質合成的細胞中更高表達(Polevoda and Sherman,2003)。

NAV2編碼神經元導航基因家族的一員，其可能在細胞生長和遷移中起作用。NAV2顯示出特異性表達於一組結腸癌中，對含反義寡核苷酸的結腸癌細胞進行NAV2治療誘導細胞凋亡(Ishiguro et al.,2002)。

在肝癌細胞中，p53丟失已被證明是對NES表達負責，而在乳腺癌中，NES透過增強Wnt/β-連環蛋白的活化來促進癌症的發展(Zhao et al.,2014；Tschaharganeh et al.,2014)。根據報告，各種腫瘤細胞中NES表達均增加，包括胰腺導管腺癌、惡性黑色素瘤、子宮癌、攝護腺癌、乳腺癌和肝癌。NES表達與侵襲性特徵、轉移相關，是不良預後的生物標誌物。此外，NES可能是新合成的腫瘤血管的標誌物，也被認為是抑制腫瘤血管發生的治療靶點(Ishiwata et al.,2011；Su et al.,2013；Matsuda et al.,2016；Hope et al.,2016)。

NME5在睾丸和某些類型的人癌症(如胰腺癌和乳腺癌)中高度表達，並與胰腺癌細胞對吉西他濱的 先天抗性相關(Parris et al.,2010；Li et al.,2012a；Li et al.,2012b)。

NUP160-SLC43A3是血管肉瘤中的一種復發融合癌基因，並與腫瘤進展相關(Shimozono et al.,2015)。

P2RX7系統是上皮細胞中重要的促凋亡調節因子，在乳頭狀瘤和上皮癌的化學預防中發揮重要作用。他汀類藥物(降膽固醇藥物)可能透過P2RX7降低侵襲性攝護腺癌的浸潤性和風險。此外，P2X7單核苷酸多態性可被用作研發定制療法的診斷生物標誌物(Fu et al.,2009；Gorodeski,2009；Ghalali et al.,2014；Roger et al.,2015；De et al.,2016)。P2RX7表達水準在原發性骨腫瘤以及其他惡性腫瘤(如多發性骨髓瘤、神經母細胞瘤、乳腺癌和攝護腺癌)中升高。有證據表明，P2RX7在促進腫瘤發展的成骨細胞中觸發NFATc1、PI3K/Akt、ROCK和VEGF途徑(Adinolfi et al.,2012)。P2RX7是肝細胞癌的潛在預後標誌物，其中瘤圍P2X7高表達提示總體生存期不良(Liu et al.,2015a)。

PARVA在結直腸癌中過度表達，其與腫瘤侵襲、淋巴結轉移和疾病期別以及整合素連接激酶、p-AKT和核β-連環蛋白的過度表達和E-鈣黏蛋白下調顯著相關(Bravou et al.,2015)。PARVA過度表達透過影響ILK信號傳導和Akt和GSK3β的後 續磷酸化促進肺腺癌的致瘤性、血管生成和轉移(Huang et al.,2015)。PARVA在卵巢癌、非小細胞肺癌、攝護腺癌和人肝細胞癌中頻繁過度表達，其過度表達與腫瘤大小、期別和轉移呈正相關，過度表達透過增強存活蛋白、β-連環蛋白和雷帕黴素途徑的哺乳動物靶標和抑制p53實現(Orr et al.,2012；Davidson et al.,2013；Augustin et al.,2013；Ng et al.,2013；Seydi et al.,2015)。此外，顯示PARVA在乳腺癌細胞中通常受磷酸化調節，透過調節Rho GTPase信號傳導而導致基質降解和細胞侵襲(Pignatelli et al.,2012)。PARVA被發現在攝護腺癌和侵襲性小葉癌中上調，其能夠與整合素連接激酶和PINCH形成IPP複合體，作為整合素的信號傳導平臺(Kim et al.,2015b；Aakula et al.,2016；Ito et al.,2014)。

PBK透過磷酸化和活化c-Jun促進對肺癌對EGFR酪氨酸激酶抑制劑的抗性(Li et al.,2016b)。透過調節E2F1，PBK過度表達賦予攝護腺癌的惡性表型(Chen et al.,2015a).。靶向作用於PBK降低體外神經膠質瘤起始細胞的生長和生存，並減弱體內腫瘤生長(Joel et al.,2015)。PBK抑制劑透過抑制細胞因子在人癌症異種移植模型中誘導完全腫瘤消退(Matsuo et al.,2014)。

與正常肝組織相比，在肝細胞癌中觀察到PI4KA水準升高。另外，在胰腺癌細胞系中檢測到 PI4KA基因(Ishikawa et al.,2003；Ilboudo et al.,2014)。PI4KA mRNA濃度較高的肝細胞癌患者腫瘤復發以及疾病特定生存期較短風險較高(Ilboudo et al.,2014)。最近，PI4KA被發現參與髓母細胞瘤細胞系的細胞增殖和順鉑耐藥。其他人的研究顯示，PI4KA在胰腺癌的侵襲和轉移中起著至關重要的作用(Ishikawa et al.,2003；Guerreiro et al.,2011)。

PLA2G4A表達在結直腸癌、膀胱癌中上調，其向COX-2提供花生四烯酸，導致攝護腺素水準升高。長時間的炎症狀況可能導致上調發生(Osterstrom et al.,2002；Dong et al.,2005；Parhamifar et al.,2005；Shi et al.,2006)。在胃癌中，PLA2G4A和COX-2表達增加均與較差生存期有關，PLA2G4A可能成為未來胃癌聯合COX-2抑制劑治療方法中有前景的靶標。此外，PLA2G4A抑制可能使腫瘤對放射治療敏感(Linkous et al.,2009；Zhang et al.,2013)。

PLEC編碼血小板溶素家族成員網蛋白，這是一種參與細胞骨架和黏附複合體交聯和組織的蛋白(Bouameur et al.,2014)。PLEC在結直腸腺癌、頭頸部鱗狀細胞癌和胰腺癌中過度表達(Lee et al.,2004；Katada et al.,2012；Bausch et al.,2011)。

PMEL被描述為黑色素瘤中抗體藥物偶聯物治療的靶標(Chen et al.,2012)。PMEL被證明與黑色素瘤中的紫杉醇和順鉑耐藥有關(Hertzman et al.,2013)。PMEL被描述為適用于靶向選擇的反應監測測定中九種蛋白質中的一種，其為惡性黑色素瘤診斷提供了潛在進展(Welinder et al.,2014a)。

POLM是易於發生錯誤的DNA修復酶，容易引起範本/引物不對齊和錯誤摻入。高表達水準被視為參與伯基特氏淋巴瘤來源的B細胞系的體細胞超突變(Ruiz et al.,2004；Fernandez and Albar,2012)。

一些研究人員觀察到PRKAR1A表達在未分化甲狀腺癌中相對于正常甲狀腺組織和分化型甲狀腺腫瘤的顯著增加。與此相反，在牙源性腫瘤子集中報告了PRKAR1A表達下調。另一組顯示，PRKAR1A可能參與牙源性黏液瘤以及散發性腎上腺皮質腺瘤的發病機制(Bertherat et al.,2003；Perdigao et al.,2005；Ferrero et al.,2015；Sousa et al.,2015)。

PSMA2在多發性骨髓瘤和免疫球蛋白輕鏈澱粉樣變性的漿細胞中差異表達(Abraham et al.,2005)。PSMA2在甲氨蝶呤耐藥乳腺癌MCF-7細胞中下調(Chen et al.,2014c)。

在大多數癌症類型中，PSMB7和其他組成型蛋白酶體基因表達增加。在乳腺癌和結直腸癌中，PSMB7高表達已被報導為一種不利的預後標誌物。在肝細胞癌和乳腺癌中，它可能有助於形成化療耐藥(Rho et al.,2008；Munkacsy et al.,2010；Tan et al.,2014；Rouette et al.,2016)。

PTPN14誘導TGF-信號傳導，調節內皮間質轉變和器官形成(Wyatt and Khew-Goodall,2008)。PTPN14在膽管癌中下調，並與臨床病理特徵和生存呈負相關(Wang et al.,2015d；Wang et al.,2015c)。PTPN14抑制可溶性和膜結合蛋白的轉運，從而阻止轉移(Belle et al.,2015)。PTPN14負調節癌蛋白Yes相關蛋白(YAP)，這是河馬途徑中的關鍵蛋白質，其負責器官大小和腫瘤發生(Liu et al.,2013；Huang et al.,2013；Lin et al.,2013)。 PTPN14的失功能突變牽涉神經母細胞瘤復發、乳腺癌和結直腸癌(Laczmanska and Sasiadek,2011；Wang et al.,2004；Schramm et al.,2015；Wyatt and Khew-Goodall,2008)。

RAD21是凝聚素複合體的組成部分，對於染色體分離和DNA修復至關重要。RAD21在胃腸道腫瘤、結腸直腸癌、晚期子宮內膜癌、攝護腺癌和乳腺癌中過度表達(Atienza et al.,2005；Deb et al.,2014； Porkka et al.,2004；Supernat et al.,2012；Xu et al.,2014)。

RAD50形成MRE11和NBS1的MRN複合體，該複合體與DNA結合並顯示DNA末端非同源連接所需的許多酶活性，並且對於雙鏈斷裂修復、細胞週期檢查點啟動、端粒維持和減數分裂重組非常重要。這種基因的突變是Nijmegen斷裂徵候群病症的病因(RefSeq,2002)。RAD50缺失似乎在基底樣乳腺癌和卵巢癌中是常見的，並且與顯著更好的總生存相關。缺失經常與BRCA1、RB1、TP53、PTEN和INPP4B缺失一起發生，RAD50和INPP4B表達水準可能透過其對治療反應的影響而對乳腺癌存活具有協同影響(Weigman et al.,2012；Dai et al.,2015；Zhang et al.,2016a)。在結直腸癌中，RAD50過度表達可能參與癌症進展。如果轉錄因子BTF3過度表達，RAD50變得高度表達，且原發性腫瘤中的過度表達似乎與早期腫瘤分期、較好的分化、炎症高度浸潤和p53過度表達有關(Wang et al.,2013a；Gao et al.,2008)。RAD50被發現在遺傳性乳腺和卵巢癌、結直腸癌和轉移性非小細胞肺癌中頻繁突變，RAD50突變有助於對全身聯合治療出現療效反應(Al-Ahmadie et al.,2014；Rajkumar et al.,2015)。

RANBP2-ALK基因融合在包括白血病和淋巴瘤的不同癌症實體中可檢測到(Lim et al.,2014； Chen and Lee,2008；Maesako et al.,2014；Lee et al.,2014)。RANBP2對有絲分裂中的Topo II α具有蘇木素化作用，並且需要進行這種修飾才能適當地定位於內著絲粒。因此，RANBP2在預防染色體分離錯誤中起重要作用(Navarro and Bachant,2008；Dawlaty et al.,2008)。

研究人員將RAPGEF6鑒定為肺癌細胞黏附連接成熟中所需的Rap1的上游啟動因子(Dube et al.,2008)。另一組已證明在乳腺癌細胞和來自乳腺癌患者的原代培養物中形成JAM-A、AF-6和RAPGEF6之間的複合體(McSherry et al.,2011)。

RBM4是在幾種實體中過度表達的剪接因子，或者剪接RGPD1(Markus et al.,2016)。抗增殖性癌症藥物CG-1521上調RGPD1的表達(Chatterjee et al.,2013)。

RBM4是在幾種實體中過度表達的剪接因子，或者剪接RGPD2(Markus et al.,2016)。NEAT1-RGPD2、RGPD2-FASN和RGPD2-MALAT1是在原發性乳腺癌中檢測到的融合轉錄物(Kim et al.,2015a)。RGPD2可能是急性骨髓單核細胞白血病的ALK融合伴侶(Lim et al.,2014)。抗增殖性癌症藥物CG-1521上調RGPD2的表達(Chatterjee et al.,2013)。

RGPD3編碼含RANBP2樣和GRIP結構域基因3，其位於染色體2上的Ran結合蛋白相關基因簇中，其透過在靈長類動物中複製產生。編碼的蛋白質一個包含N-末端TPR(四肽重複)結構域、兩個Ran結合結構域和一個C末端GRIP結構域(高爾基體-97、RanBP2α、Imh1p和p230/高爾基體-245)結構域(RefSeq,2002)。RGPD3是一種在胰腺腺癌中具有3D HotMAPS區域的癌基因(Tokheim et al.,2016)。RGPD3可能是HOXB7的靶基因(Heinonen et al.,2015)。薯蕷素改變結腸癌細胞中的RGPD3表達(Chen et al.,2014a)。已經在鼻咽癌中報告了ANAPC1和RGPD3的基因融合轉錄物(Chung et al.,2013)。抗增殖性癌症藥物CG-1521上調RGPD3的表達(Chatterjee et al.,2013)。RGPD3在胃腸道間質瘤和腦膜瘤中突變(Brastianos et al.,2013)。

RGPD8主要在攝護腺癌和膠質瘤中發生改變(Meszaros et al.,2016)。RGPD8是與甲狀腺癌相關的純合子的一部分(Thomsen et al.,2016)。抗增殖性癌症藥物CG-1521上調RGPD8的表達(Chatterjee et al.,2013)。

由於RICTOR能夠與mTOR相互作用，它在PI3K/AKt/mTOR信號通路中起主要作用，並被發現在各種癌症類型中上調，如小細胞肺癌、肺大細胞神 經內分泌癌、乳腺癌、胰腺癌和結直腸癌(Suh et al.,2016；Morrison et al.,2016；Miyoshi et al.,2016；Visuttijai et al.,2016；Sticz et al.,2016；Driscoll et al.,2016；Sakre et al.,2016)。RICTOR多態性在非小細胞肺癌和乳腺癌中被發現，並與這些癌症的進展和轉移有關(Zhou et al.,2016；Wang et al.,2016b)。RICTOR參與形成PRICKLE1-MINK1-RICTOR複合體，其是啟動AKT、調節局灶性黏連和癌細胞遷移所必需的(Daulat et al.,2016)。RICTOR過度表達與結直腸癌的發生發展有關，可作為評估結直腸癌患者預後的獨立指標(Wang et al.,2016a)。

ROPN1是在攝護腺癌、急性骨髓性白血病、多發性骨髓瘤和基底樣乳腺癌中表達的癌-睾丸抗原，已被認為是攝護腺癌的潛在血清學生物標誌物。其作為癌-睾丸抗原，代表了腫瘤免疫治療的一種有吸引力的靶標(Chiriva-Internati et al.,2011；Atanackovic et al.,2011；Ivanov et al.,2013；Adeola et al.,2016)。

S100A1被發現在口腔癌和膀胱腫瘤中下調，但在卵巢癌和胃癌中上調，S100A1上調是由朊蛋白PRNP過度表達引起的(Hibbs et al.,2004；Liang et al.,2007；Yao et al.,2007；Tyszkiewicz et al.,2014)。S100A1可能是區分 癌症亞型的潛在強標誌物。與非基底類型相比，它可幫助區分發色腎細胞癌和腎細胞瘤，並在基底型乳腺癌中上調。S100A1也可作為子宮內膜樣亞型癌症預後差的標誌物(Li et al.,2007；DeRycke et al.,2009；McKiernan et al.,2011)。

SERPINE2在腫瘤微環境中產生促腫瘤條件，並以多種方式調節腫瘤基質沉積。它還參與血管模擬(Smirnova et al.,2016)。SERPINE2在乳腺癌、攝護腺癌和睾丸癌中過度表達，促進出現轉移。在胃癌中，SERPINE2上調可能有助於侵襲性表型形成，並且已被認為可作為一種新型預後因子，並透過單克隆抗體的抑制作為抗癌靶標(Smirnova et al.,2016；Nagahara et al.,2010；Kousted et al.,2014；Wang et al.,2015b；Wagenblast et al.,2015)。在攝護腺癌中，SERPINE2表達似乎下調不同的致癌途徑並抑制刺蝟蛋白信號傳導和血管生成(McKee et al.,2013；McKee et al.,2015)。

SGK1表達透過給予糖皮質激素迅速上調，這可能降低卵巢癌的化療效果。反過來，已經發現異黃酮染料木素透過降低SGK1表達對結直腸癌具有抑制作用(Melhem et al.,2009；Qin et al.,2015)。已經在幾種人腫瘤中發現SGK1表達增加，包括攝護腺癌、非小細胞肺癌和肝細胞癌。SGK1具有抗凋亡特性，透過MDM2的磷酸化調節細胞存活、增殖和分化，這導 致p53的泛素化和蛋白酶體降解。SGK1直接抑制可能在單獨或與放射治療聯合的肝癌治療中有效(Lang et al.,2010；Abbruzzese et al.,2012；Isikbay et al.,2014；Talarico et al.,2015)。

SGK3的功能被證明與結腸癌和乳腺癌中的致癌驅動因子INPP4B相關(Gasser et al.,2014；Guo et al.,2015)。SGK3被描述為磷脂醯肌醇3-激酶致癌信號傳導的下游介質，其在各種癌症(包括乳腺癌、卵巢癌和肝細胞癌)的致癌進展仲介導了關鍵作用(Hou et al.,2015)。SGK3被描述作為與細胞增殖、生長、遷移和腫瘤血管發生中許多分子相互作用的標誌(Hou et al.,2015)。SGK3被證明分別透過失活糖原合酶激酶3β和Bcl-2相關死亡啟動子來促進肝細胞癌生長和存活(Liu et al.,2012)。SGK3顯示與肝細胞癌患者的不良結局相關(Liu et al.,2012)。因此，SGK3可能為肝細胞癌結局預測提供一種預後生物標誌物和一種新型治療靶點(Liu et al.,2012)。SGK3被描述為黑色素瘤細胞中PDK1活性的重要介質，有助於BRAF突變黑色素瘤生長，可能是潛在的治療靶點(Scortegagna et al.,2015)。SGK3被描述為是一種透過啟動p70 S6激酶和上調細胞週期蛋白D1促進攝護腺細胞增殖的雄激素受體轉錄靶點(Wang et al.,2014)。透過抑制G1期至S期的細胞週期進程，SGK3的敲減顯示可降低LNCaP攝護腺癌細胞增 殖(Wang et al.,2014)。SGK3被證明與乳腺癌中雌激素受體表達有關，其表達顯示與腫瘤預後呈正相關(Xu et al.,2012)。

研究證明SHC4代表EGFR結合配偶體和Grb2平臺，並且非規範地作用以促進選擇性EGFR殘基的磷酸化(Wills et al.,2014)。SHC4與膜受體相互作用，參與中樞級聯(包括MAPK和Akt)，並非常規地促進氧化應激和凋亡(Wills and Jones,2012)。

在耐藥性卵巢癌細胞中，發現SLC4A5的轉錄水準顯著升高(Pelzl et al.,2015)。SLC4A5代表一種色素沉著基因，其參與形成表型特徵(包括白皙皮膚、淺色眼睛和皮膚曬成褐色可能性差)，這些都與黑色素瘤風險有關(Nan et al.,2009；Pho and Leachman,2010)。

SLC29A1是參與化療中吉西他濱和5-氟尿嘧啶細胞內攝取的主要轉運蛋白，被發現在胃癌和結直腸癌中上調。在胰腺癌中，其已被證實是吉西他濱治療利益的預測指標，且表明在膽管癌中相同(Shimakata et al.,2016；Hagmann et al.,2010；North et al.,2014；Nordh et al.,2014；Brandi et al.,2016；Kunicka et al.,2016)。SLC29A1已經被確定為用於區分透明細胞腎細胞癌的腎上腺轉移與原發性腎上腺皮質腫瘤或正常腎上腺的標誌物(Li et al.,2015a)。

SLC45A2顯示在黑色素瘤細胞系中高度富集(Bin et al.,2015)。SLC45A2的單核苷酸多態性與皮膚黑色素瘤風險以及皮膚基底細胞癌和鱗狀細胞癌相關(Antonopoulou et al.,2015；Stacey et al.,2009)。

SNCA在多種腦腫瘤(如成神經管細胞瘤、神經母細胞瘤、松質細胞瘤和神經節瘤)以及外周癌(包括卵巢癌和乳腺癌)中廣泛表達。確定組織中SNCA表達水準可能是檢測轉移性黑色素瘤的生物標誌物(Fujita et al.,2007；Matsuo and Kamitani,2010；Welinder et al.,2014b)。SNCA啟動子通常在結直腸癌和腺瘤中高甲基化，並且可能是早期非侵入性檢測合適的生物標誌物(Lind et al.,2011；Li et al.,2015e)。

Daoy人成神經管細胞瘤細胞系中SNRPN的敲減被證明可降低增殖和集落形成能力，表明SNRPN可能是人成髓細胞瘤藥物治療開發的潛在新靶點(Jing et al.,2015)。在BxPC-3胰腺腺癌細胞系中SNRPN的敲減被證明可降低增殖能力和細胞集落形成受損。其耗盡也顯示可導致S期細胞週期停滯和細胞凋亡(Ma et al.,2015)。BxPC-3胰腺癌細胞中SNRPN的耗盡也顯示可導致S期細胞週期停滯和細胞凋亡(Ma et al.,2015)。SNRPN的敲減顯示可導致特異性白種人 攝護腺癌細胞系浸潤和增殖的顯著降低(Devaney et al.,2015)。

SNX14在小鼠胚胎成纖維細胞rasV12/E1A轉換後下調，並且可能與腫瘤發展有關(Vasseur et al.,2005)。

SOX5在乳腺癌細胞和肝細胞癌中上調。它透過Twist1的反式啟動誘導上皮細胞間質轉化(Moon et al.,2014；Wang et al.,2015a)。SOX5在膠質瘤組織中表達，但在正常成人組織中不表達，睾丸除外。另外，在27例神經膠質瘤患者中有8例在血清中檢測到抗SOX5抗體，而對SOX5顯示IgG反應患者的生存期顯著優於沒有SOX5抗體的患者(Ueda et al.,2007)。SOX5與其他新型超甲基化基因(AKR1B1、CHST10、ELOVL4、STK33、ZNF304)一起被發現是結直腸癌中潛在甲基化生物標誌物和長春新堿的治療靶點(Pei et al.,2014)。

SOX6編碼性別決定區域y相關轉錄因子的D亞家族的成員，其特徵在於具有保守的DNA結合性及其與DNA小溝結合的能力。SOX6是中樞神經系統正常發育、軟骨形成和維持心臟和骨骼肌細胞所需的轉錄啟動因子。它與其他家庭成員相互作用以協同啟動基因表達(RefSeq,2002)。SOX6可充當骨髓性白血病、肝細胞癌和食管鱗狀細胞癌(ESCC)的腫瘤抑制因子。SOX6被範縣在ESCC中頻繁下調，且下調與生存率 差相關。SOX6的腫瘤抑制機制與其透過上調p53和p21表達和下調細胞週期蛋白表達在G1/S期細胞週期停滯中的作用有關(Qin et al.,2011b；Cantu et al.,2011；Guo et al.,2013)。SOX-6被認為是一種癌-睾丸基因，被發現在高比例的人中樞神經系統腫瘤中表達，包括腦膜瘤和成膠質細胞瘤，可能是中樞神經系統腫瘤免疫治療的潛在靶標(Lee et al.,2008)。

SRGAP1被證明與細胞系U87-IM3和U251-IM3中的多形性膠質母細胞瘤，非甲狀腺髓樣癌、乳頭狀甲狀腺癌和上皮卵巢癌的家族型相關(He et al.,2013；Chen et al.,2014b；Pereira et al.,2015；Koo et al.,2015)。

在對復發性三陰性乳腺癌分子特徵的研究中發現SRGAP2上調，並且與細胞黏附和運動有關(Tsai et al.,2015)。

SRGAP3表達在幾種乳腺癌細胞系中下調，SRGAP3在所有乳腺上皮細胞中都表現出腫瘤抑制樣活性，這可能透過其作為Rac1負調節因子的活性形成(Lahoz and Hall,2013)。在纖維細胞星形細胞瘤中觀察到3p25的串聯重複，其產生SRGAP3和RAF1之間的框內致癌融合，這可能促進腫瘤發生(Jones et al.,2009)。

SSR4的人類直系同源物被證明在負鼠黑色素瘤細胞系TD6b和TD15L2中差異表達，在晚期腫 瘤中上調，提示SSR4是一種候選基因，潛在的功能是可能與紫外線誘導黑色素瘤和轉移相關(Wang and VandeBerg,2004)。相比正常成骨細胞，SSR4的mRNA水準被證明在骨肉瘤細胞系OHS、SAOS-2和KPDXM中富集(Olstad et al.,2003)。

已經發現STAM在局部晚期宮頸癌和脊髓室管膜瘤年輕患者的腫瘤中過度表達(Korshunov et al.,2003；Campos-Parra et al.,2016)。STAM是ZNF331(在胃癌中下調的基因)的下游靶點，然後導致STAM的下調(Yu et al.,2013)。STAM與慢性淋巴細胞性白血病中不利的11q缺失相關(Aalto et al.,2001)。

STAT2在干擾素引發的轉錄啟動響應中作為一個正調節因子(Steen and Gamero,2012)。STAT2可調節對干擾素的腫瘤細胞應答(Shodeinde et al.,2013)。在大腦中缺乏STAT2(Yue et al.,2015)或組成性表達IFN-α(Wang et al.,2003)的轉基因小鼠中觀察到了STAT2與腫瘤發生之間的聯繫。

TANC1被發現在再生損傷肌肉中發揮作用，並表明可影響攝護腺癌患者出現晚期輻射誘發損傷(Fachal et al.,2014)。橫紋肌肉瘤(RMS)中的異位TANC1表達形成錯配的成肌細胞融合蛋白，其可能代表靶向RMS治療的候選蛋白(Avirneni-Vadlamudi et al.,2012)。

表現為口面指徵候群6型(OFD6)的家族可能有TMEM17致病突變，導致細胞發生缺陷(Li et al.,2016a)。

TMEM209在肺癌中廣泛表達，其中它定位於核膜、高爾基體和肺癌細胞的細胞質。TMEM209異位過度表達促進細胞生長，而TMEM209衰減足以阻斷生長(Fujitomo et al.,2012)。

研究顯示，TSPAN14在用含有香豆素和苯並咪唑的化合物治療的癌細胞中顯著上調，其透過誘導胱天蛋白酶依賴性細胞凋亡而擁有抗腫瘤活性(Liu et al.,2015b)。TSPAN14在1級肺腫瘤中上調，這表明這些基因的結構變化可以在癌症促進中發揮作用(Bankovic et al.,2010)。

UTP20表達在轉移性人乳腺腫瘤細胞系中降低(Schwirzke et al.,1998；Goodison et al.,2003)。UTP20在胃癌組織和癌前病變中高水準表達，暗示UTP20參與細胞轉化(Xing et al.,2005)。

VGLL4透過負調節YAP-TEAD轉錄複合體以及抑制YAP誘導的腫瘤發生而充當胃癌、肺癌和食管鱗狀細胞癌的腫瘤抑制因子。VGLL4被證明在胃癌和食管鱗狀細胞癌進展期間下調(Zhang et al.,2014c；Jiao et al.,2014；Jiang et al.,2015；Li et al.,2015c)。VGLL4也可透過Wnt/β信號途徑抑制胃癌的上皮-間質轉化(Li et al.,2015b)。

WDFY3被證明在結直腸癌中下調(Piepoli et al.,2012)。

研究顯示，WDR35是慢性骨髓性白血病進展的關鍵基因之一，在急性淋巴細胞白血病中差異甲基化(Nordlund et al.,2012；Zhang et al.,2014b)。WDR35透過選擇性調節不同運輸物的運輸來調節纖毛組裝，對許多膜蛋白進入纖毛至關重要，並在幾種運輸物運輸介導的疾病中突變(Fu et al.,2016)。WDR35表達受CaMKK/AMPK/p38 MAPK通路以及NF-κ B的調控(Harato et al.,2012；Huang et al.,2014b；Huang et al.,2014a)。

WDR6透過調節LKB1途徑和刺激p27啟動子活性來抑制宮頸癌細胞的集落形成(Xie et al.,2007)。WDR6在肝癌發生中起重要作用，可作為肝細胞增生性病變的檢測標誌物(Yafune et al.,2013)。

WDR7表達受胃癌中拷貝數變化的抑制，並且在許多惡性細胞系中顯示出表達升高(Junnila et al.,2010；Sanders et al.,2000)。

ZBTB3可能透過ROS解毒系統在人黑色素瘤、肺癌和乳腺癌的癌細胞生長中發揮關鍵作用(Lim,2014)。抑制ZBTB3可啟動半胱天冬酶級聯，包括半胱天冬酶-9、-3和PARP，導致細胞凋亡，因此可能是擇期癌症治療的潛在靶標(Lim,2014)。

ZMYM1是ZNF131的主要相互作用因子，其在雌激素信號和乳腺癌細胞增殖中發揮作用(Oh and Chung,2012；Kim et al.,2016)。

是否能刺激免疫反應取決於是否存在被宿主免疫系統視為異物的抗原。發現腫瘤相關抗原的存在增加了運用宿主免疫系統干預腫瘤生長的可能性。目前，針對癌症免疫治療，正在探索利用免疫系統的體液和細胞進行免疫的各種機制。

細胞免疫反應的特定元素能特異性地識別和破壞腫瘤細胞。從腫瘤浸潤細胞群或外周血中分離出的T-細胞表明，這些細胞在癌症的天然免疫防禦中發揮了重要作用。特別是CD8陽性T細胞在這種反應中發揮重要作用，TCD8+能識別通常8至10個源自蛋白或位於細胞質的缺損核糖體產物(DRIP)的氨基酸殘基的主要組織相容性複合體(MHC)所載的肽中所含的I類分子。人MHC分子也稱為人白細胞-抗原(HLA)。

術語「T細胞反應」是指由一種肽在體外或體內誘導的效應子功能的特異性擴散和啟動。對於MHC I類限制性細胞毒性T細胞，效應子功能可能為溶解肽脈衝的、肽前體脈衝的或天然肽提呈的靶細胞、分泌細胞因子，優選為肽誘導的干擾素-γ，TNF-α或IL-2，分泌效應分子，優選為肽誘導的顆粒酶或穿孔素，或脫顆粒。

本文所用「肽」這一術語，系指一系列氨基酸殘基，通常透過相鄰氨基酸的α-氨基和羰基之間的肽鍵 來連接。這些肽的長度優選為9個氨基酸，但至短可為8個氨基酸長度，至長可為10、11、12或13個氨基酸或更長，如果為MHC-II類肽時(本發明肽的拉長變體)，至長可為14、15、16、17、18、19或20個氨基酸長度或更長。

因此，「肽」這一術語應包括一系列氨基酸殘基的鹽，通常透過相鄰氨基酸的α-氨基和羰基之間的肽鍵來連接。優選的情況是，鹽為肽的藥用鹽，例如：氯化物或乙酸(三氟乙酸)鹽。必須注意的是，本發明肽的鹽與其體內狀態的肽基本上不同，因為該不是體內的鹽。

術語「肽」應也包括「寡肽」。本文使用的術語「寡肽」是指一系列氨基酸殘基，通常透過相鄰氨基酸的α-氨基和羰基之間的肽鍵來連接。寡肽的長度對於本發明來說並不十分關鍵，只要在寡肽中保持正確的表位即可。通常，寡肽長度約小於30個氨基酸殘基，約長於15個氨基酸。

「多肽」這一術語是指一系列氨基酸殘基，通常透過相鄰氨基酸的α-氨基和羰基之間的肽鍵來連接。多肽的長度對於本發明來說並不十分關鍵，只要保持正確的表位即可。與術語肽或寡肽相對，「多肽」這一術語是指包含多於約30個氨基酸殘基的分子。

一種肽、寡肽、蛋白質或編碼該分子的核苷酸如果能誘導免疫反應，則具有「免疫原性」(因此是本發明中的一種「免疫原」)。在本發明的情況下，免疫原性 的更具體定義是誘導T細胞反應的能力。因此，「免疫原」是一種能夠誘導免疫反應的分子，並且在本發明的情況下，是一種能誘導T細胞反應的分子。在另一方面，所述免疫原可以是肽，肽與MHC的複合體、和/或用於提高特異性抗體或TCR抗性的蛋白。

I類T細胞「表位」要求的是一種結合至MHC I類受體上的短肽，從而形成一種三元複合體(MHC I類α鏈、β-2-微球蛋白和肽)，其可以透過T細胞負載匹配T細胞受體與具有適當親和力的MHC/肽複合物結合來識別。結合至MHC I類分子的肽的典型長度為8-14個氨基酸，最典型為9個氨基酸長度。

在人類中，有三種編碼MHC I類分子的不同基因位點(人MHC分子也是指定的人白細胞抗原(HLA))：HLA-A、HLA-B和HLA-C。HLA-A*01、HLA-A*02和HLA-B*07是可從這些基因位點表達的不同MHC I類等位元基因的實例。

表5：HLA-A*02和HLA-A*24和最常見HLA-DR血清類型的表達頻率F。頻率根據Mori等人(Mori et al.,1997)使用的Hardy-Weinberg公式F=1-(1-Gf)²改編，從美國人群範圍內的單體型頻率中推導出。由於連鎖不平衡，某些HLA-DR等位基因內的A*02或A*24組合與其預期單一頻率相比，可能是濃

本發明的肽，優選當如本文描述納入本發明的疫苗時與A*02結合。疫苗還可能包括泛結合MHC II類肽。因此，本發明的疫苗可用於治療A*02陽性患者中的癌症，但不因為這些肽的廣泛結核性而必須選擇II類MHC同種異型。

如果本發明的A*02肽與結合至另一等位基因例如A*24的肽組合，與單獨的MHC I類等位基因相比，可治療更高比例的患者群體。雖然在大多數人群中，低於50%的患者可由單獨的等位基因來解決問題，但是本發明中一種含HLA-A*24和HLA-A*02表位的疫苗可以治療任何相關人群中至少60%的患者。具體來說，各區域中，以下比例的患者這些等位基因中的至少一個有肯定效果：美國61%、西歐62%、中國75%、韓國77%、日本86%(根據www.allelefrequencies.net計算)。

在一項優選的實施方案中，術語「核苷酸序列」系指去氧核苷酸的雜聚物。

編碼特定肽、寡肽或多肽的核苷酸序列可為天然核苷酸序列，也可為合成核苷酸序列。一般來說，編碼肽、多肽以及本發明蛋白的DNA片段由cDNA片段和短寡核苷酸銜接物，或一系列寡核苷酸組成，以提供一 種合成基因，該基因能夠在包含源自微生物或病毒操縱子的調節元素的重組轉錄單元中被表達。

如本文所用的術語「肽的核苷酸編碼」系指對肽進行核苷酸序列編碼，其中該肽包括與將由用於產生TCR的樹突細胞或另一細胞系統所表達該序列的生物系統相容的人工(人造)啟動和停止密碼子。

本文提到的核酸序列既包括單鏈核酸也包括雙鏈核酸。因此，除非本文另有所指，否則，例如對於DNA，具體的序列是該序列的單鏈DNA、該序列與其互補序列的雙工(雙鏈DNA)以及該序列的互補序列。

「編碼區」這一術語是指在基因的天然基因組環境中天然或正常編碼該基因的表達產物的那部分基因，即，體內編碼該基因的天然表達產物的區域。

編碼區可來自非突變(「正常」)基因、突變基因或異常基因，甚至還可以來自DNA序列，完全可在實驗室中使用本領域熟知的DNA合成方法合成。

「表達產物」這一術語是指多肽或蛋白，它是基因和遺傳碼退化並因而編碼同樣的氨基酸所造成的任何核酸序列編碼同等物的翻譯產物。

「片斷」這一術語，當指的是一種編碼序列時，表示包含非完整編碼區的DNA的一部分，其表達產物與完整編碼區表達產物基本上具有相同的生物學功能或活性。

「DNA片段」這一術語是指一種DNA聚合物，以單獨的片段形式或一種較大DNA結構的組分形式存在，它們從至少分離過一次的DNA中以基本純淨的形式獲得，即不含污染性內源性材料，並且獲得的數量或濃度能夠使用標準生化方法，例如使用克隆載體，進行識別、操縱和回收該片段及其組分核苷酸序列。此類片段以開放閱讀框架(未被內部未翻譯序列打斷)或內含子(通常提呈于真核基因中)的形式存在。未翻譯DNA序列可能存在於開放閱讀框架的下游，在那裏其不會干預編碼區的操縱或表達。

「引物」這一術語表示一種短核酸序列，其可與一個DNA鏈配對，並在DNA聚合酶開始合成去氧核糖核酸鏈之處提供一個游離的3'-OH末端。

「啟動子」這一術語表示參與RNA聚合酶的結合從而啟動轉錄的DNA區域。

術語「分離」表示一種物質從其原來的環境(例如，如果是天然發生的則是天然環境)中被移走。例如，活體動物中的天然核苷酸或多肽不是分離的，但是，從天然系統中一些或所有共存物質中分離出來的核苷酸或多肽是分離的。此類多核苷酸可能是載體的一部分和/或此類多核苷酸和多肽可能是一種組合物的一部分，並且由於該載體或組合物不是其天然環境的一部分，因此它仍然是分離的。

本發明中披露的多核苷酸和重組或免疫原性多肽也可能以「純化」的形式存在。術語「純化」並非要求絕對的純度；它只是一個相對的定義，可以包括高度純化或部分純化的製劑，相關領域技術人員能理解這些術語。例如，各個從已用傳統方法純化為具有電泳同質性的cDNA庫中分離出的各種克隆物。明確考慮到將起始材料或天然物質純化至少一個數量級，優選為兩或三個數量級，更優選為四或五個數量級。此外，明確涵蓋所述多肽的純度優選為99.999%，或至少為99.99%或99.9%；甚而適宜為以重量計99%或更高。

根據本發明公開的核酸和多肽表達產物，以及包含此類核酸和/或多肽的表達載體可能以「濃縮的形式」存在。本文使用的術語「濃縮」是指材料的濃度至少是其自然濃度的大約2、5、10、100或1000倍，有優勢的是，按重量計為0.01%，優選為至少0.1%。也明確考慮到，按重量計約為0.5%、1%、5%、10%和20%的濃縮製劑。序列、構型、載體、克隆物以及包含本發明的其他材料可有優勢地以濃縮或分離的形式存在。「活性片段」這一術語是指產生免疫反應的片段(即具有免疫原性活性)，通常是一種肽、多肽或核酸序列的片段，不論是單獨或可選地與合適的佐劑一起或在載體中給予一種動物，比如哺乳動物，例如兔子或小鼠，也包括人；這種免疫反應採用的形式是在接受動物(如：人)體內刺激T 細胞反應。或者，「活性片段」也可用於誘導體外T細胞反應。

本文使用的「部分」(portion)、「節段」(segment)、「片段」(fragment)這幾個術語，當與多肽相關地使用時是指殘基的連續序列，比如氨基酸殘基，其序列形成一個較大序列的子集。例如，如果一個多肽以任一種肽鏈內切肽酶(如胰蛋白酶或糜蛋白酶)進行處理，則該處理獲得的寡肽會代表起始多肽的部分、節段或片段。當與多核苷酸相關地使用時，這些術語系指用任何核酸內切酶處理所述多核苷酸產生的產物。

根據本發明，術語「等同度百分比」或「等同百分比」，如果指的是序列，則表示在待對比序列(「被對比序列」)與所述序列或請求項的序列(「參考序列」)對準之後將被對比序列與所述序列或請求項的序列進行比較。然後根據下列公式計算等同度百分比：等同度百分比=100[1-(C/R)]其中C是參考序列與被對比序列之間對準長度上參考序列與被對比序列之間的差異數量，其中(i)參考序列中每個堿基或氨基酸序列在被對比序列中沒有對應的對準堿基或氨基酸；(ii)參考序列中每個空隙，以及(iii)參考序列中每個對準堿基或氨基酸與被比對比序列中對準堿基或氨基酸不同，即構成一個差異以及(iiii)必須在對準序列的第1位置開始對準； 並且R是參考序列與被對比序列對準長度上在參考序列中產生任何空隙也計算為一個堿基或氨基酸的參考序列中的堿基或氨基酸數目。

如果「被對比序列」和「參考序列」之間存在的一個對準按上述計算的等同度百分比大致等於或大於指定的最低等同度百分比，則被對比序列與參考序列具有指定的最低等同度百分比，雖然可能存在按本文上述計算的等同度百分比低於指定等同度百分比的對準。

因此，如上所述，本發明提出了一種肽，其包括選自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237群組的一個序列、或與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有88%同源性的其變體、或誘導與該肽發生T細胞交叉反應的一個變體。本發明所述的肽具有與主要組織相容性複合體(MHC)I或所述肽拉長版本的II類分子結合的能力。

在本發明中，「同源性」一詞系指兩個氨基酸序列之間的同一度(參見上文的等同度百分比，如肽或多肽序列。前文所述的「同源」是透過將理想條件下調整的兩個序列與待比較序列進行比對後確定的。此類序列同源性可透過使用ClustalW等演算法創建一個排列而進行計算。也可用使用一般序列分析軟體，更具體地說，是Vector NTI、GENETYX或由公共資料庫提供的其他工具。

本領域技術人員能評估特定肽變體誘導的T細胞是否可與該肽本身發生交叉反應(Appay et al.,2006；Colombetti et al.,2006；Fong et al.,2001；Zaremba et al.,1997)。

發明人用給定氨基酸序列的「變體」表示，一個或兩個氨基酸殘基等的側鏈透過被另一個天然氨基酸殘基的側鏈或其他側鏈取代而發生改變，這樣，這種肽仍然能夠以含有給定氨基酸序列(由SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237組成)的肽大致同樣的方式與HLA分子結合。例如，一種肽可能被修飾以便至少維持(如沒有提高)其能與HLA-A*02或-DR等合適MHC分子的結合槽相互作用和結合，以及至少維持(如沒有提高)其與啟動T細胞的TCR結合的能力。

隨後，這些T細胞可與細胞和殺傷細胞發生交叉反應，這些細胞表達多肽(其中包含本發明中定義的同源肽的天然氨基酸序列)。正如科學文獻和資料庫(Rammensee et al.,1999；Godkin et al.,1997)中所述，HLA-A結合肽的某些位點通常為錨定殘基，可形成一種與HLA結合槽的結合模序相稱的核心序列，其定義由構成結合槽的多肽鏈的極性、電物理、疏水性和空間特性確定。因此，本領域技術人員能夠透過保持已知的錨殘基來修飾SEQ ID No：1至SEQ ID NO：237提出的氨基酸序列，並且能確定這些變體是否保持與MHC I或II類分子結合的能力。本發明的變體保持與 啟動T細胞的TCR結合的能力，隨後，這些T細胞可與表達一種包含本發明定義的同源肽的天然氨基酸序列的多肽的細胞發生交叉反應並殺死該等細胞。

如果無另有說明，那麼本文公開的原始(未修飾)肽可以透過在肽鏈內的不同(可能為選擇性)位點上取代一個或多個殘基而被修飾。優選情況是，這些取代位於氨基酸鏈的末端。此取代可能是保守性的，例如，其中一個氨基酸被具有類似結構和特點的另一個氨基酸所取代，比如其中一個疏水性氨基酸被另一個疏水性氨基酸取代。更保守的取代是具有相同或類似的大小和化學性質的氨基酸間的取代，例如，亮氨酸被異亮氨酸取代。在天然同源蛋白質家族序列變異的研究中，某些氨基酸的取代往往比其他氨基酸更具有耐受性，這些氨基酸往往表現出與原氨基酸的大小、電荷、極性和疏水性之間的相似性相關，這是確定「保守取代」的基礎。

在本文中，保守取代定義為在以下五種基團之一的內部進行交換：基團1-小脂肪族、非極性或略具極性的殘基(Ala,Ser,Thr,Pro,Gly)；基團2-極性、帶負電荷的殘基及其醯胺(Asp,Asn,Glu,Gln)；基團3-極性、帶正電荷的殘基(His,Arg,Lys)；基團4-大脂肪族非極性殘基(Met,Leu,Ile,Val,Cys)以及基團5-大芳香殘基(Phe,Tyr,Trp)。

較不保守的取代可能涉及一個氨基酸被另一個具有類似特點但在大小上有所不同的氨基酸所取代，如：丙氨酸被異亮氨酸殘基取代。高度不保守的取代可能涉及一個酸性氨基酸被另一個具有極性或甚至具有鹼性性質的氨基酸所取代。然而，這種「激進」取代不能認為是無效的而不予考慮，因為化學作用是不完全可預測的，激進的取代可能會帶來其簡單化學原理中無法預見的偶然效果。

當然，這種取代可能涉及普通L-氨基酸之外的其他結構。因此，D-氨基酸可能被本發明的抗原肽中常見的L-氨基酸取代，也仍在本公開的範圍之內。此外，非標準氨基酸(即，除了常見的天然蛋白原氨基酸)也可以用於取代之目的，以生產根據本發明的免疫原和免疫原性多肽。

如果在一個以上位置上的取代發現導致肽的抗原活性基本上等於或大於以下定義值，則對這些取代的組合進行測試，以確定組合的取代是否產生對肽抗原性的疊加或協同效應。肽內被同時取代的位置最多不能超過4個。

基本上由本文所指氨基酸序列組成的一種肽可能有一個或兩個非錨定氨基酸(見下面錨基序相關內容)被交換，而不存在這種情況，即相比於未修飾的肽，與人類主要組織相容性複合體(MHC)-I或II類分子的能力基本上被改變或受到不利影響。在另一實施方案 中，在基本上由本文所述氨基酸序列組成的肽中，一個或兩個氨基酸可與其保守交換夥伴交換(見下文)，而不存在這種情況，即相比於未修飾的肽，與人類主要組織相容性複合體(MHC)-I或II類分子的能力基本上被改變或受到不利影響。

這些基本不與T細胞受體互動的氨基酸殘基可透過取代其他幾乎不影響T細胞反應並不妨礙與相關MHC結合的氨基酸而得到修飾。因此，除了特定限制性條件外，本發明的肽可能為任何包括給定氨基酸序列或部分或其變體的肽(發明人所用的這個術語包括寡肽或多肽)。

較長(拉長)的肽也可能適合。MHC I類表位(通常長度為8至11個氨基酸)可能由肽從較長的肽或包含實際表位的蛋白中加工而產生。兩側有實際表位的殘基優選為在加工過程中幾乎不影響暴露實際表位所需蛋白裂解的殘基。

本發明的肽可被拉長多達四個氨基酸，即1、2、3或4個氨基酸，可按照4：0與0：4之間的任何組合添加至任意一端。本發明的拉長組合可見表7。

拉伸/延長的氨基酸可以是所述蛋白或任何其他氨基酸的原序列肽。拉長可用于增強所述肽的穩定性或溶解性。

因此，本發明所述的表位可能與天然腫瘤相關表位或腫瘤特異性表位相同，也可能包括來自參考肽的不超過四個殘基的不同肽，只要它們有基本相同的抗原活性即可。

在一項替代實施方案中，肽的一邊或雙邊被拉長4個以上的氨基酸，優選最多30個氨基酸的總長度。 這可形成MHC-II類結合肽。結合至MHC II類肽可透過本領域中已知的方法進行測試。

因此，本發明提出了MHC I類表位的肽和變體，其中所述肽或抗體的總長度為8至100個、優選為8至30個、最優選為8至14個氨基酸長度(即10、11、12、13、14個氨基酸，如果為拉長II類結合肽時，長度也可為15、16、17、18、19、20、21或22個氨基酸)。

當然，本發明的肽或變體能與人主要組織相容性複合體(MHC)I或II類分子結合。肽或變體與MHC複合物的結合可用本領域內的已知方法進行測試。

優選情況是，當本發明的肽特異性T細胞相比於取代肽受到檢測時，如果取代肽在相對於背景肽溶解度增加達到最大值的一半，則該肽濃度不超過約1mM，優選為不超過約1μM，更優選為不超過約1nM，再優選為不超過約100pM，最優選為不超過約10pM。也優選為，取代肽被一個以上的T細胞識別，最少為2個，更優選為3個。

在本發明的一個特別優選實施方案中，肽系由或基本系由根據SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237所選的氨基酸序列組成。

基本由「...組成」系指本發明的肽，除了根據SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237中的任一序列或其變體組成外，還含有位於其他N和/或C端延伸 處的氨基酸，而它們不一定能形成作為MHC分子表位的肽。

但這些延伸區域對有效將本發明中的肽引進細胞具有重要作用。在本發明的一實施例中，該肽為融合蛋白的一部分，含來自NCBI、GenBank登錄號X00497的HLA-DR抗原相關不變鏈(p33，以下稱為「Ii」)的80個N-端氨基酸等。在其他的融合中，本發明的肽可以被融合到本文所述的抗體、或其功能性部分，特別是融合入抗體的序列，以便所述抗體進行特異性靶向作用，或者，例如進入本文所述的樹突狀細胞特異性抗體。

此外，該肽或變體可進一步修飾以提高穩定性和/或與MHC分子結合，從而引發更強的免疫反應。肽序列的該類優化方法是本領域內所熟知的，包括，例如，反式肽鍵和非肽鍵的引入。

在反式肽鍵氨基酸中，肽(-CO-NH-)並未連接其殘基，但是其肽鍵是反向的。這種逆向反向模擬肽(retro-inverso peptidomimetics)可透過本領域已知的方法製備，例如：Meziere等人在(Meziere et al.,1997)中所述的方法，以引用的方式併入本文。這種方法涉及製備包含骨架(而並非側鏈)改變的模擬肽。Meziere等人(Meziere et al.,1997)的研究顯示，這些類比肽有利於MHC的結合和輔助性T細胞的反 應。以NH-CO鍵替代CO-NH肽鍵的逆向反向肽大大地提高了抗水解性能。

非肽鍵為-CH₂-NH、-CH₂S-、-CH₂CH₂-、-CH=CH-、-COCH₂-、-CH(OH)CH₂-和-CH₂SO-等。美國4897445號專利提出了多肽鏈中非肽鍵(-CH₂-NH)的非固相合成法，該方法涉及按標準程序合成的多肽以及透過氨基醛和一種含NaCNBH₃的氨基酸相互作用而合成的非肽鍵。

含上述序列的肽可與其氨基和/或羧基末端的其他化學基團進行合成，從而提高肽的穩定性、生物利用度、和/或親和力等。例如，苄氧羰基、丹醯基等疏水基團或叔丁氧羰基團可加入肽的氨基末端。同樣，乙醯基或9-芴甲氧羰基可能位於肽的氨基末端。此外，疏水基團、叔丁氧羰基團或氨基團都可能被加入肽的羧基末端。

另外，本發明中的所有肽都可能經合成而改變其空間構型。例如，可能使用這些肽的一個或多個氨基酸殘基的右旋體，通常不是其左旋體。更進一步地，本發明中肽的至少一個氨基酸殘基可被熟知的一個非天然氨基酸殘基取代。諸如此類的改變可能有助於增加本發明肽的穩定性、生物利用度和/或結合作用。

同樣，本發明中的肽或變體可在合成肽之前或之後透過特異氨基酸的反應而進行化學修飾。此類修飾的實施例為本領域所熟知，例如，在R.Lundblad所著的《Chemical Reagents for Protein Modification》(3rd ed.CRC Press,2004)(Lundblad,2004)中有概述，以參考文獻的方式併入本文。雖然氨基酸的化學修飾方法無限制，但其包括(但不限於)透過以下方法修飾：醯基化、脒基化、賴氨酸吡哆基化、還原烷基化、以2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)三硝基苯基化氨基團、透過將半胱氨酸過甲酸氧化為磺基丙氨酸而對羧基團和巰基進行氨基修飾、形成易變衍生物、與其他巰基化合物形成混合二硫化合物、與馬來醯亞胺反應，與碘乙酸或碘乙醯胺羧甲基化、在鹼性pH值下與氰酸鹽甲氨醯化。在這方面，技術人員參考了《Current Protocols In Protein Science》(Eds.Coligan et al.(John Wiley and Sons NY 1995-2000))(Coligan et al.,1995)中第15章所述的在蛋白質化學修飾相關的廣泛方法。

簡言之，修飾蛋白質的精氨醯殘基等往往基於於鄰二羰基化合物(如苯甲醯甲醛、2,3-丁二酮以及1,2-烯巳二酮)的反應而形成加合物。另一個實施例是丙酮醛與精氨酸殘基的反應。半胱氨酸可在賴氨酸和組氨酸等親核位點不作隨同修飾的情況下就得到修飾。因此，有大量試劑可進行半胱氨酸的修飾。Sigma-Aldrich(http：//www.sigma-aldrich.com)等公司的網站含有具體試劑的資訊。

蛋白質中二硫鍵的選擇性還原也很普遍。二硫鍵可在生物制藥熱處理中形成和氧化。伍德沃德氏試劑K 可用於修飾特定的谷氨酸殘基。N-(3-二甲氨基丙基)-N′-乙基-碳二亞胺可用于形成賴氨酸殘基和谷氨酸殘基的分子內交聯。例如：焦碳酸二乙酯是修飾蛋白質組氨酸殘基的試劑。組氨酸也可使用4-羥基-2-壬烯醛進行修飾。賴氨酸殘基與其他α-氨基團的反應，例如，有利於肽結合到蛋白/肽的表面或交聯處。賴氨酸聚是多(乙烯)乙二醇的附著點，也是蛋白質糖基化的主要修飾位點。蛋白質的蛋氨酸殘基可透過碘乙醯胺、溴乙胺、氯胺T等被修飾。

四硝基甲烷和N-乙醯基咪唑可用於酪氨酸殘基的修飾。經二酪氨酸形成的交聯可透過過氧化氫/銅離子完成。

對色氨酸修飾的最近研究中使用了N-溴代琥珀醯亞胺、2-羥基-5-硝基苄溴或3-溴-3-甲基-2-(2-硝苯巰基)-3H-吲哚(BPNS-糞臭素)。

當蛋白與戊二醛、聚乙二醇二丙烯酸酯和甲醛的交聯用於配製水凝膠時，治療性蛋白和含聚乙二醇的肽的成功修飾往往可延長迴圈半衰期。針對免疫治療的變態反應原化學修飾往往透過氰酸鉀的氨基甲醯化實現。

一種肽或變體，其中肽被修飾或含非肽鍵，優選為本發明的實施例。

本發明的另一實施方案涉及一種非天然肽，其中所述肽系由或基本系由根據SEQ ID No：1至SEQ ID No：237的一個氨基酸序列組成，並經合成產生(即， 合成)為一種藥用鹽。合成產生肽的方法是本領域公知的。本發明肽的鹽與其體內狀態的肽基本上不同，因為這些體內產生的肽不是鹽。該肽的非天然鹽形式介導肽的溶解度，特別是包含所述肽的藥物組合物的情況下，例如，本文所公開的肽疫苗。為了向需治療的受試者有效地提供肽，需要肽具有充分、至少基本的溶解度。優選地，鹽為肽的藥用鹽。本發明的這些鹽包括堿和堿土鹽類，諸如Hofmeister系列的鹽，包含陰離子PO₄ ^3-、SO₄ ^2-、CH₃COO^-、Cl^-、Br^-、NO₃ ^-、ClO₄ ^-、I^-、SCN^-和陽離子NH₄ ⁺、Rb⁺、K⁺、Na⁺、Cs⁺、Li⁺、Zn²⁺、Mg²⁺、Ca²⁺、Mn²⁺、Cu²⁺和Ba²⁺。特別地，鹽選自(NH₄)₃PO₄、(NH₄)₂HPO₄、(NH₄)H₂PO₄、(NH₄)₂SO₄、NH₄CH₃COO、NH₄Cl、NH₄Br、NH₄NO₃、NH₄CIO₄、NH₄I、NH₄SCN、Rb₃PO₄、Rb₂HPO₄、RbH₂PO₄、Rb₂SO₄、Rb₄CH₃COO、Rb₄Cl、Rb₄Br、Rb₄NO₃、Rb₄CIO₄、Rb₄I、Rb₄SCN、K₃PO₄、K₂HPO₄、KH₂PO₄、K₂SO₄、KCH₃COO、KCl、KBr、KNO₃、KClO₄、KI、KSCN、Na₃PO₄、Na₂HPO₄、NaH₂PO₄、Na₂SO₄、NaCH₃COO、NaCl、NaBr、NaNO₃、NaCIO₄、NaI、NaSCN、ZnCI₂Cs₃PO₄、Cs₂HPO₄、CsH₂PO₄、Cs₂SO₄、CsCH₃COO、CsCl、CsBr、CsNO₃、CsCIO₄、CsI、CsSCN、Li₃PO₄、Li₂HPO₄、LiH₂PO₄、Li₂SO₄、LiCH₃COO、LiCl、LiBr、 LiNO₃、LiClO₄、LiI、LiSCN、Cu₂SO₄、Mg₃(PO₄)₂、Mg₂HPO₄、Mg(H₂PO₄)₂、Mg₂SO₄、Mg(CH₃COO)₂、MgCl₂、MgBr₂、Mg(NO₃)₂、Mg(ClO₄)₂、MgI₂、Mg(SCN)₂、MnCl₂、Ca₃(PO₄)、Ca₂HPO₄、Ca(H₂PO₄)₂、CaSO₄、Ca(CH₃COO)₂、CaCl₂、CaBr₂、Ca(NO₃)₂、Ca(ClO₄)₂、CaI₂、Ca(SCN)₂、Ba₃(PO₄)₂、Ba₂HPO₄、Ba(H₂PO₄)₂、BaSO₄、Ba(CH₃COO)₂、BaCl₂、BaBr₂、Ba(NO₃)₂、Ba(ClO₄)₂、BaI₂和Ba(SCN)₂。特別優選為NH乙酸、MgCl₂、KH₂PO₄、Na₂SO₄、KCl、NaCl和CaCl₂，例如：氯化物或乙酸鹽(三氟乙酸)鹽。

一般來說，肽和變體(至少含氨基酸殘基之間的肽聯接)可使用Lukas等人(Lukas et al.,1981)以及此處引用的參考文獻所披露的固相肽合成Fmoc-聚醯胺模式進行合成。芴甲氧羰基(Fmoc)團對N-氨基提供臨時保護。使用N,N-二甲基甲醯胺中的20%二甲基呱啶中對這種堿高度敏感的保護基團進行重複分裂。由於它們的丁基醚(在絲氨酸蘇氨酸和酪氨酸的情況下)、丁基酯(在谷氨酸和天門冬氨酸的情況下)、叔丁氧羰基衍生物(在賴氨酸和組氨酸的情況下)、三苯甲基衍生物(在半胱氨酸的情況下)及4-甲氧基-2,3,6-三甲基苯磺醯基衍生物(在精氨酸的情況下)，側鏈功能可能會受到保護。只要穀氨醯胺和天冬醯胺為C-末端殘基， 側鏈氨基功能保護所使用的是由4,4'-二甲氧基二苯基團。固相支撐基於聚二甲基丙烯醯胺聚合物，其由三個單體二甲基丙烯醯胺(骨架單體)、雙丙烯醯乙烯二胺(交聯劑)和N-丙烯醯肌胺酸甲酯(功能劑)構成。使用的肽-樹脂聯劑為酸敏感的4-羥甲基苯氧乙酸衍生物。所有的氨基酸衍生物均作為其預製對稱酸酐衍生物加入，但是天冬醯胺和穀氨醯胺除外，它們使用被逆轉的N,N-二環己基碳二亞胺/1-羥基苯並三唑介導的耦合程序而加入。所有的耦合和脫保護反應用茚三酮、硝基苯磺酸或isotin測試程序監測。合成完成後，用濃度為95%含50%清道夫混合物的三氟醋酸，從伴隨去除側鏈保護基團的樹脂支承物中裂解肽。常用的清道夫混合物包括乙二硫醇、苯酚、苯甲醚和水，準確的選擇依據合成肽的氨基酸組成。此外，固相和液相方法結合使用對肽進行合成是可能的(例如，請參閱(Bruckdorfer et al.,2004)以及本文引用的參考文獻)

三氟乙酸用真空中蒸發、隨後用承載粗肽的二乙基乙醚滴定進行去除。用簡單萃取程序(水相凍乾後，該程序制得不含清道夫混合物的肽)清除任何存在的清道夫混合物。肽合成試劑一般可從Calbiochem-Novabiochem(英國諾丁漢)獲得。

純化可透過以下技術的任何一種或組合方法進行，如：再結晶法、體積排阻色譜法、離子交換色譜法、 疏水作用色譜法以及(通常)反相高效液相色譜法(如使用乙腈/水梯度分離)。

可以使用薄層色譜法、電泳特別是毛細管電泳、固相萃取(CSPE)、反相高效液相色譜法、酸解後的氨基酸分析、快原子轟擊(FAB)質譜分析以及MALDI和ESI-Q-TOF質譜分析進行肽分析。

為了選擇過度提呈的肽，計算了提呈圖，其顯示樣本中位元提呈量以及複製變化。該特點使相關腫瘤實體的樣本與正常組織樣本的基線值並列。可透過計算調節線性混合效應模型(Pinheiro et al.,2015)的p值將以上每個特點併入過度提呈分數中，從而透過假發現率(Benjamini and Hochberg,1995)調整多項檢驗(參見實施例1、圖1A至D)。

對於透過質譜法對HLA配體的識別和相對定量，對來自衝擊冷凍組織樣本的HLA分子進行純化並對HLA相關肽進行分離。分離的肽分開，並透過線上納米-電噴霧-電離(nanoESI)液相色譜-譜(LC-MS)實驗進行鑒定。由此產生的肽序列的驗證方法是，將黑色素瘤樣本(N=18個A*02陽性樣本)中記錄的自然腫瘤相關肽(TUMAP)的片段模式與相同序列相應合成參考肽的片段模式進行比較。由於這些肽被直接鑒定為原發性腫瘤HLA分子的配體，因此這些結果為來自18名黑色素瘤患者的原發癌症組織上確定肽的自然加工和提呈提供了直接證據。

發現管道XPRESIDENT® v2.1(例如，參見US 2013-0096016，並在此透過引用將其整體併入本文)考慮到識別和選擇相關過量提呈的候選肽疫苗，這基於與幾種不同的非癌組織和器官相比癌症或其他受感染組織的HLA限制肽水準直接相對定量結果。這透過以下方法實現：使用專有資料分析管道處理的LC-MS採集資料、結合序列識別演算法、譜聚類、計算離子、保留時間調整、充電狀態卷積以及正態化而開發無標記差異化定量方法。

為每種肽和樣本確立了提呈水準，包括誤差估計值。腫瘤組織大量提呈的肽以及腫瘤與非腫瘤組織和器官中過量提呈的肽已經得到確定。

對來自黑色素瘤組織樣本的HLA肽複合物進行純化，並且對HLA相關肽使用LC-MS進行分離和分析(見實施例)。本申請中包含的所有TUMAP使用原發性黑色素瘤樣本的方法進行鑒定，確認其在原發性黑色素瘤上的提呈。

在多個黑色素瘤和正常組織上確定的TUMAP用無標記LC-MS資料的離子計數方法進行量化。該方法假定肽的LC-MS信號區域與樣本中其豐度相關。各種LC-MS實驗中肽的所有量化信號在集中趨勢基礎上進行正常化，根據每個樣品進行平均，併合併入柱狀圖(被稱為提呈圖)。提呈圖整合了不同分析方法， 如：蛋白資料庫檢索、譜聚類、充電狀態卷積(除電)和保留時間校準和正態化。

除了過量提呈肽之外，也測試了潛在基因的mRNA表達。mRNA資料通過RNA測序分析正常組織和癌組織獲得(見實施例2、圖2)。正常組織資料的額外來源是從3000個正常組織樣本中公開獲得的RNA表達資料的資料庫(Lonsdale,2013)。獲得自蛋白的肽在癌組織中顯示高表達編碼mRNA，但是在重要正常組織中非常低或不存在，這些肽作為優選肽納入本發明。

本發明提出了有利於治療癌腫/腫瘤，優選為治療過量提呈或只提呈本發明肽的黑色素瘤。這些肽由質譜分析法直接顯示出，而由HLA分子自然提呈于原發性黑色素瘤樣本中。

與正常組織相比，癌症中高度過量表達肽來源的許多源基因/蛋白質(也指定為「全長蛋白」或「潛在蛋白」)-本發明相關的「正常組織」是皮膚細胞或其他正常組織細胞，這表明腫瘤與這些源基因的高度關聯性(見實施例2)。此外，這些肽本身也在腫瘤組織中過度提呈(本發明相關的「腫瘤組織」是指來自黑色素瘤患者的樣本)，但不在正常組織中過度提呈(見實施例1)。

HLA結合肽能夠被免疫系統識別，特別是T淋巴細胞。T細胞可破壞提呈被識別HLA/肽複合體的細胞(如：提呈衍生肽的黑色素瘤細胞)。

本發明的所有肽已被證明具有刺激T細胞反應的能力，並過量提呈，因而可用于製備本發明的抗體和/或TCR，例如可溶性TCR(參見實施例3和實施例4)。此外，肽與相應的MHC組合時，也可用于製備本發明的抗體和/或TCR，特別是sTCR。各個方法均為技術人員所熟知，並在各個文獻中可找到。因此，本發明的肽可用于在患者中產生免疫反應，從而能夠毀滅腫瘤細胞。患者的免疫反應能夠透過直接給予患者所述肽或前體物質(如，加長肽、蛋白或編碼這些肽的核酸)，較理想是與加強免疫原性的製劑相結合，而進行誘導。源自該治療性疫苗的免疫反應預期能夠高度特異性地對抗腫瘤細胞，因為本發明的目標肽在正常組織上提呈的複製數目較少，防止患者發生對抗正常細胞的不良自體免疫反應的風險。

本說明書還涉及包含一個α鏈和一個β鏈(「α/β TCR」)的T細胞受體(TCR)。還提供了由MHC分子提呈時可與TCR和抗體結合的肽。本說明書還涉及核酸、載體和用於表達TCR的宿主細胞和本說明書的肽；以及使用它們的方法。

術語「T細胞受體」(縮寫TCR)是指一種異二聚體分子，其包含一個α多肽鏈(α鏈)和一個β多肽鏈(β鏈)，其中所述異二聚體受體能夠結合由HLA分子提呈的肽抗原。該術語還包括所謂的γ/δ TCR。

在一個實施方案中，本說明書提供了如本文中所描述的產生TCR的方法，該方法包括在適於促進TCR表達的條件下培養能夠表達TCR的宿主細胞。

另一個方面，本說明書涉及一種根據本說明書的方法，其中所述抗原透過與足夠量的含抗原提成細胞的抗原結合被載入表達於合適抗原提呈細胞或人工抗原呈遞細胞表面的I或II類MHC分子，或該抗原透過四聚化被載入I或II類MHC四聚體/I或II類MHC複合單體。

α/β TCR的α和β鏈和γ/δ TCR的γ和δ鏈通常被視為各自有兩個「結構域」，即可變和恒定結構域。可變結構域由可變區(V)和連接區(J)的組合。可變結構域還可能包括一個前導區(L)。β和δ鏈還可能包括一個多樣區(D)。α和β恒定結構域還可能包括錨定α和β鏈至細胞膜的C末端跨膜(TM)結構域。

相對於γ/δ的TCR，如本文所用的術語「TCR γ可變域」是指無前導區(L)的TCR γ V(TRGV)區與TCR γ(TRGJ)區的組合，術語TCR γ恒定結構域是指細胞外TRGC區域，或C-末端截短TRGC序列。同樣地，「TCR δ可變域」是指無前導區(L)的TCR δ V(TRDV)區與TCR δ D/J(TRDD/TRDJ)區的組合，術語「TCR δ恆定結構域」是指細胞外TRDC區域，或C-末端截短TRDC序列。

本說明書的TCR優選結合至肽HLA分子複合體，其具有約100μM或更小、約50μM或更小、約25μM或更小或約10μM或更小的結合親和力(KD)。更為優選的情況是具有約1μM或更小、約100nM或更小、約50nM或更小或約25nM或更小結合親和力的高親和力TCR。本發明TCR優選結合親和力範圍的非限制性示例包括約1nM至約10nM；約10nM至約20nM；約20nM至約30nM；約30nM至約40nM；約40nM至約50nM；約50nM至約60nM；約60nM至約70nM；約70nM至約80nM；約80nM至約90nM；以及約90nM至約100nM。

與本說明書TCR相關，本文使用的「特異性結合」及其語法變體用於表示對100μM或更小的肽-HLA分子複合體有結合親和力(KD)的TCR。

本說明書的α/β異二聚體TCR可能具有其恒定結構域之間的引入二硫鍵。這種類型的優選TCR包括那些具有一個TRAC恒定域序列和TRBC1或TRBC2恒定域序列的TCR，除非TRAC的蘇氨酸48和TRBC1或TRBC2的絲氨酸57被半胱氨酸殘基取代，所述半胱氨酸形成TRAC恒定域序列和TCR的TRBC1或TRBC2恒定區序列之間的二硫鍵。

不論具有或不具有上述的引入鏈間鍵，本說明書的α/β雜二聚體TCR可能具有一個TRAC恒定域 序列和一個TRBC1或TRBC2恒定結構域序列，並且TRAC恒定結構域序列和TCR的TRBC1或TRBC2恒定結構域序列可能透過TRAC外顯子2的Cys4和TRBC1或TRBC2外顯子2的Cys4之間的天然二硫鍵相連。

本說明書的TCR可能包括選自由放射性核素、螢光團和生物素組成組中的可檢測標記。本說明書的TCR可能共軛至治療活性劑，如放射性核素、化學治療劑或毒素。

在一個實施方案中，具有在α鏈中至少一個突變和/或具有在β鏈中至少一個突變的TCR與未突變TCR相比，已經修改了糖基化。

在一個實施方案中，在TCR α鏈和/或TCR β鏈中包括至少一個突變的TCR對肽HLA分子複合體有結合親和力和/或結合半衰期，其是包含未突變TCR α鏈和/或未突變TCR β鏈的TCR的結合親和力的至少兩倍。腫瘤特異性TCR親和力增強及其開發依賴於存在最佳TCR親和力的窗口。這樣窗口的存在是根據觀察結果：HLA-A2限制性病原體特異性TCR與HLA-A2限制性腫瘤相關自身抗原特異性TCR相比，KD值通常大約低10倍。現已知，儘管腫瘤抗原可能具有免疫原性，但是因為腫瘤來自個體自身的細胞，因此僅突變蛋白質或翻譯加工改變的蛋白將被免疫系統視為外來物質。上調或過度表達(所謂的自體抗原)的抗原不 一定誘導針對腫瘤的功能免疫應答：表達對這些抗原具有高度反應性的TCR的T細胞會在一種稱為中樞耐受的程序中在胸腺內被不利選擇，也就是說只有對自身抗原具有低親和力TCR的細胞才仍然存在。因此，本說明書的TCR或變體對肽與本發明肽的親和力可透過本領域熟知的方法來增強。

本說明書還涉及一種識別和分離本發明TCR的一種方法，所述方法包括：用A2/肽單體從HLA-A*02陰性健康供體孵育PBMC，用四聚體-藻紅蛋白(PE)孵育PBMC並透過螢光啟動細胞分選(FACS)-Calibur方法分析分離高親和力T細胞。

本說明書還涉及一種識別和分離本發明TCR的一種方法，所述方法包括：獲得含整個人體TCRαβ基因位點(1.1 and 0.7Mb)的轉基因小鼠(其T細胞表達多樣化人類TCR，用於補償小鼠TCR缺乏)，用相關肽對小鼠進行免疫處理，用四聚體-藻紅蛋白(PE)孵育從轉基因小鼠中獲得的PBMC，並透過螢光啟動細胞分選(FACS)-Calibur方法分析分離高親和力T細胞。

一方面，為了獲得表達本說明書TCR的T細胞，編碼本說明書TCR-α和/或TCR-β鏈的核酸被克隆入表達載體，諸如γ反轉錄病毒或慢病毒。重組病毒產生，然後測試功能，如抗原專一性和功能性親合力。然後，最終產品的等分試樣被用於轉導靶T細胞群體(一 般純化自患者的PBMC)，在輸入患者前展開。另一方面，為了獲得表達本說明書TCR的T細胞，TCR RNA透過本領域中已知的技術(例如，體外轉錄系統)合成。然後，體外合成的TCR RNA透過電穿孔來重新表達腫瘤特異性TCR-α和/或TCR-β鏈被引入獲得自健康供體的初級CD8+ T細胞。

為了增加表達，編碼本說明書TCR的核酸在操作上可連接到強啟動子，例如逆轉錄病毒長末端重複序列(LTR)、巨細胞病毒(CMV)、鼠幹細胞病毒(MSCV)U3、磷酸甘油酸激酶(PGK)、β肌動蛋白、泛素蛋白和猿猴病毒40(SV40)/CD43複合啟動子、延伸因子(EF)-1a和脾臟病灶形成病毒(SFFV)啟動子。在一優選實施方案中，啟動子與被表達的核酸異源。除了強啟動子外，本說明書的TCR表達盒可能含有附加的元素，可提高轉基因表達，包括中樞多聚嘌呤區(CPPT)，其促進了慢病毒構建體的核易位(Follenzi et al.,2000)，和土撥鼠肝炎病毒轉錄後調控元素(WPRE)，其透過提高RNA穩定性增加轉基因表達水準(Zufferey et al.,1999)。

本發明TCR的α和β鏈可由位於分開的載體核酸進行編碼，或者可透過位於同一載體的多核苷酸編碼。

實現高水準的TCR表面表達需要引入TCR的TCR-α和TCR-β鏈高水準轉錄。為了實現它， 本說明書的TCR-α和TCR-β鏈可在單一的載體中被克隆入雙順反子構建體，其已被證明能夠克服這一障礙。使用TCR-α和TCR-β鏈在之間的病毒核糖體間進入位元點(IRES)導致兩鏈的協同表達，因為TCR-α和TCR-β鏈均由在翻譯過程中分成兩個蛋白質的單一轉錄物產生，從而確保了產生TCR-α和TCR-β鏈的相等摩爾比。(Schmitt et al.2009)。

編碼本說明書TCR的核酸可以是被優化以從宿主細胞增加表達的密碼子。遺傳密碼冗餘讓一些氨基酸被一個以上的密碼子編碼，但某些密碼子沒有其他密碼子「優化」，因為匹配tRNA以及其他因子的相對可用性(Gustafsson et al.,2004)。修改TCR-α和TCR-β基因序列使得每個氨基酸被用於哺乳動物基因表達的最佳密碼子編碼，以及消除mRNA不穩定性基序或隱蔽剪接位元點，已顯示可顯著提高TCR-α和TCR-β基因表達(Scholten et al.,2006)。

此外，引入的和內源性TCR鏈之間的錯配可能會導致獲得特異性，其構成自身免疫的顯著風險。例如，混合TCR二聚體的形成可能會減少可用以形成正確配對TCR複合體的CD3分子數目，因此，可以顯著降低表達所引入TCR的細胞的功能性親合力(Kuball et al.,2007)。

為了減少錯配，本說明書引入的TCR鏈的C-末端結構域可以進行修改以促進鏈間親和力，同時降 低引入鏈與內源TCR配對的能力。這些策略可能包括用鼠配對物取代人類TCR-α和TCR-β C端結構域(鼠化C端結構域)；透過引入第二個半胱氨酸殘基到引入TCR的TCR-α和TCR-β鏈產生C末端結構域的第二個鏈間二硫鍵(半胱氨酸修飾)；交換TCR-α和TCR-β鏈C端結構域的相互作用殘基(「杵臼結構」)；直接融合TCR-α和TCR-β鏈可變結構域至CD3 ζ(CD3 ζ融合)(Schmitt et al.2009)。

在一實施方案中，宿主細胞被改變結構以表達本說明書的TCR。在一優選實施方案中，宿主細胞為人T細胞或T細胞祖細胞。在一些實施方案中，T細胞或T細胞祖細胞從癌症患者中獲得。在另一些實施方案中，T細胞或T細胞祖細胞從健康供體中獲得。本說明書的宿主細胞相對於待治療的患者可以為同種異體或自體的。在一實施方案中，宿主是被轉化以表達α/β TCR的γ/δ T細胞。

「藥物組合物」是指適合在醫療機構用於人體的組合物。優選地，藥物組合物為無菌狀態，並根據GMP指南生產。

藥物組合物包括游離形式或以一種藥用鹽形式存在的肽(也參見上文)。此處使用的「藥用鹽」系指所公開的肽的一種衍生物，其中該肽由制酸或藥劑的堿鹽進行改性。例如，用與適合的酸反應的游離堿(通常其中的中性藥物有一個中性-NH₂基團)製備酸式鹽。適合 製備酸鹽的酸包括有機酸，如：乙酸、丙酸、羥基酸、丙酮酸、草酸、蘋果酸、丙二酸、丁二酸、馬來酸、富馬酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、甲磺酸、苯磺酸、水楊酸等等、以及無機酸，如：鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸和磷酸等。相反，可在一種肽上提呈的酸性基團的堿鹽製劑使用藥用堿基進行製備，如氫氧化鈉、氫氧化鉀、氫氧化銨、氫氧化鈣、三甲胺等等。

在特別優選的實施方案中，藥物組合物包括乙酸(醋酸鹽)，三氟乙酸鹽或鹽酸(氯化物)形式的肽或TCR蛋白。

本發明中所述的藥劑優選為一種免疫治療藥劑，例如，一種疫苗。該疫苗可直接給到患者的受影響器官，也可i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射方式全身給藥，或體外應用到來自患者或其細胞株的細胞(隨後再將這些細胞注入到患者中)，或體外用於從來自患者的免疫細胞的一個細胞亞群(然後再將細胞重新給予患者)。如果核酸體外注入細胞，可能有益於細胞轉染，以共同表達免疫刺激細胞因子(如白細胞介素-2)。肽可完全單獨給藥，也可與免疫刺激佐劑相結合(見下文)、或與免疫刺激細胞因子聯合使用、或以適當的輸送系統給藥(例如脂質體)。該肽也可共軛形成一種合適的載體(如鑰孔蟲戚血藍蛋白(KLH)或甘露)到合適的載體(參閱WO 95/18145及(Longenecker et al.,1993))。肽也可能被標記，可能是融合蛋白，或可能是 雜交分子。在本發明中給出序列的肽預計能刺激CD4或CD8 T細胞。然而，在有CD4 T-輔助細胞的幫助時，CD8 T細胞刺激更加有效。因此，對於刺激CD8 T細胞的MHC-I類表位，一種雜合分子的融合夥伴或片段提供了刺激CD4陽性T細胞的適當表位。CD4-和CD8刺激表位為本領域所熟知、並包括本發明中確定的表位。

一方面，疫苗包括至少含有SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237中提出的一種肽以及至少另外一種肽，優選為2至50個、更優選為2至25個、再優選為2至20個、最優選為2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18個肽。肽可能從一個或多個特定TAA中衍生，並且可能與MHC I類分子結合。

另一方面，本發明提出了一種編碼本發明中肽或肽變體的核酸(如多聚核苷酸)。多聚核苷酸可能為，例如，DNA、cDNA、PNA、RNA或其組合物，它們可為單鏈和/或雙鏈、或多聚核苷酸的原生或穩定形式(如：具有硫代磷酸骨架的多聚核苷酸)，並且只要它編碼肽，就可能包含也可能不包含內含子。當然，多聚核苷酸只能編碼加入天然肽鍵並含有天然氨基酸殘基的肽。另一個方面，本發明提出了一種可根據本發明表達多肽的表達載體。

對於連接多核苷酸，已經開發出多種方法，尤其是針對DNA，可透過向載體補充可連接性末端等方法 進行連接。例如，可向DNA片段加入補充性均聚物軌道，之後DNA片段被插入到載體DNA。然後，透過補充性均聚物尾巴的氫鍵結合，將載體和DNA片段結合，從而形成重組DNA分子。

含有一個或多個酶切位點的合成接頭為DNA片段與載體連接提供了另一種方法。含各種限制性核酸內切酶的合成接頭可透過多種管道購得，其中包括從國際生物技術公司(International Biotechnologies Inc,New Haven,CN，美國)購得。

編碼本發明多肽的DNA理想修飾方法是使用Saiki等人(Saiki et al.,1988)所採用的聚合酶鏈反應方法。此方法可用於將DNA引入合適的載體(例如，透過設計合適的酶切位點)，也可用於本領域已知的其他有用方法修飾DNA。如果使用病毒載體，痘病毒載體或腺病毒載體為優選。

之後，DNA(或在逆轉錄病毒載體情況下，RNA)可能表達於合適的宿主，從而製成含本發明肽或變體的多肽。因此，可根據已知技術使用編碼本發明肽或變體的DNA，用本文所述方法適當修飾後，構建表達載體，然後表達載體用於轉化合適宿主細胞，從而表達和產生本發明中的多肽。此類技術包括那些公開於，例如，美國專利4,440,859、4,530,901、4,582,800、 4,677,063、4,678,751、4,704,362、4,710,463、4,757,006、4,766,075和4,810,648。

編碼含本發明化合物多肽的DNA(或在逆轉錄病毒載體情況下，RNA)可能被加入到其他多種DNA序列，從而引入到合適的宿主中。同伴DNA將取決於宿主的性質、DNA引入宿主的方式、以及是否需要保持為游離體還是要相互結合。

一般來說，DNA可以適當的方向和正確的表達閱讀框架附著到一種表達載體(如質粒)中。如有必要，該DNA可能與所需宿主所識別的相應轉錄和翻譯調節控制核苷酸序列連接，儘管表達載體中一般存在此類控制功能。然後，該載體透過標準方法被引入宿主。一般來說，並不是所有的宿主都會被載體轉化。因此，有必要選擇轉化過的宿主細胞。選擇方法包括用任何必要的控制元素向表達載體插入一個DNA序列，該序列對轉化細胞中的可選擇性屬性(如抗生素耐藥性)進行編碼。

另外，有這種選擇屬性的基因可在另外一個載體上，該載體用來協同轉化所需的宿主細胞。

然後，本發明中的重組DNA所轉化的宿主細胞在本文中所述本領域技術人員熟悉的合適條件下培養足夠長的時間，從而表達之後可回收的肽。

有許多已知的表達系統，包括細菌(如大腸桿菌和枯草芽孢桿菌)、酵母(如酵母菌)、絲狀真菌(如曲黴菌)、植物細胞、動物細胞及昆蟲細胞。該系統可優 選為哺乳動物細胞，如來自ATCC細胞生物學庫(Cell Biology Collection)中的CHO細胞。

典型的哺乳動物細胞組成型表達載體質粒包括CMV或含一個合適的多聚A尾巴的SV40啟動子以及抗性標誌物(如新黴素)。一個實例為從Pharmacia公司(Piscataway，新澤西，美國)獲得的pSVL。一種可誘導型哺乳動物表達載體的例子是pMSG，也可以從Pharmacia公司獲得。有用的酵母質粒載體是pRS403-406和pRS413-416，一般可從Stratagene Cloning Systems公司(La Jolla,CA 92037，美國)獲得。質粒pRS403、pRS404、pRS405和pRS406是酵母整合型質粒(YIp)，並插入了酵母可選擇性標記物HIS3、TRP1、LEU2和URA3。pRS413-416質粒為酵母著絲粒質粒(Ycp)。基於CMV啟動子的載體(如，來自於Sigma-Aldrich公司)提供了暫態或穩定的表達、胞漿表達或分泌，以及FLAG、3xFLAG、c-myc或MATN不同組合物中的N-端或C-端標記。這些融合蛋白可用於檢測、純化及分析重組蛋白。雙標融合為檢測提供了靈活性。

強勁的人巨細胞病毒(CMV)啟動子調控區使得COS細胞中的組成蛋白表達水準高達1mg/L。對於較弱的細胞株，蛋白水準一般低於0.1mg/L。SV40複製原點的出現將導致DNA在SV40複製容納性COS細胞中高水準複製。例如，CMV載體可包含細菌細胞中 的pMB1(pBR322的衍生物)複製原點、細菌中進行氨苄青黴素抗性選育的鈣-內醯胺酶基因、hGH polyA和f1的原點。含前胰島素原引導(PPT)序列的載體可使用抗FLAG抗體、樹脂和板引導FLAG融合蛋白分泌到進行純化的培養基中。其他與各種宿主細胞一起應用的載體和表達系統是本領域熟知眾所周知的。

在另一個實施方案中，對本發明的兩個或更多的肽或肽變體進行編碼，因此，以一個連續順序(類似於「一串珠子」的構建體)表達。在達到目標，所述肽或肽變體可能透過連接子氨基酸的延伸處(例如LLLLLL)連接或融合一起，也可能他們之間沒有任何附加的肽而被連接。這些構建體也可用於癌症治療，可誘導涉及MHC I和MHC II類分子的免疫應答。

本發明還涉及一種宿主細胞，其以本發明的多核苷酸載體構建轉化而來。宿主細胞可為原核細胞，也可為真核細胞。在有些情況下，細菌細胞為優選原核宿主細胞，典型為大腸桿菌株，例如，大腸桿菌菌株DH5(從Bethesda Research Laboratories公司(Bethesda,MD，美國)獲得)和RR1(從美國菌種保藏中心(ATCC),Rockville,MD，美國(編號ATCC 31343)獲得)。首選的真核宿主細胞包括酵母、昆蟲和哺乳動物細胞，優選為脊椎動物細胞，如：小鼠、大鼠、猴子或人成纖維細胞和結腸癌細胞株中的細胞。酵母宿主細胞包括YPH499、YPH500和YPH501，一 般可從Stratagene Cloning Systems公司(La Jolla,CA 92037，美國)獲得。首選哺乳動物宿主細胞包括中國倉鼠卵巢(CHO)細胞為ATCC中的CCL61細胞、NIH瑞士小鼠胚胎細胞NIH/3T3為ATCC中的CRL 1658細胞、猴腎源性COS-1細胞為ATCC中的CRL 1650細胞以及人胚胎腎細胞的293號細胞。首選昆蟲細胞為Sf9細胞，可用杆狀病毒表達載體轉染。有關針對表達選擇合適宿主細胞的概要，可從教科書(Paulina Balbás and Argelia Lorence《Methods in Molecular Biology Recombinant Gene Expression,Reviews and Protocols》Part One,Second Edition,ISBN 978-1-58829-262-9)和技術人員知道的其他文獻中查到。

含本發明DNA結構的適當宿主細胞的轉化可使用大家熟知的方法完成，通常取決於使用載體的類型。關於原核宿主細胞的轉化，請參見，例如，Cohen等人的文獻(Cohen et al.,1972)和(Green and Sambrook,2012)。酵母細胞的轉化在Sherman等人的文章(Sherman et al.,1986)中進行了描述。Beggs(Beggs,1978)中所述的方法也很有用。對於脊椎動物細胞，轉染這些細胞的試劑等，例如，磷酸鈣和DEAE-葡聚糖或脂質體配方，可從Stratagene Cloning Systems公司或Life Technologies公 司(Gaithersburg,MD 20877，美國)獲得。電穿孔也可用於轉化和/或轉染細胞，是本領域用於轉化酵母細胞、細菌細胞、昆蟲細胞和脊椎動物細胞大家熟知的方法。

被成功轉化的細胞(即含本發明DNA結構的細胞)可用大家熟知的方法(如PCR)進行識別。另外，上清液存在的蛋白可使用抗體進行檢測。

應瞭解，本發明中的某些宿主細胞用於製備本發明中的肽，例如細菌細胞、酵母細胞和昆蟲細胞。但是，其他宿主細胞可能對某些治療方法有用。例如，抗原提呈細胞(如樹突狀細胞)可用于表達本發明中的肽，使他們可以加載入相應的MHC分子中。因此，本發明提出了含本發明中核酸或表達載體的一種宿主細胞。

在一個優選實施方案中，宿主細胞為抗原提呈細胞，尤其是樹突狀細胞或抗原提呈細胞。2010年4月29日，美國食品和藥物管理局(FDA)批准載有含攝護腺酸性磷酸酶(PAP)的重組融合蛋白可用於治療無症狀或症狀輕微的轉移性HRPC(Rini et al.,2006；Small et al.,2006)。

另一方面，本發明提出了一種配製一種肽及其變體的方法，該方法包括培養宿主細胞和從宿主細胞或其培養基中分離肽。

在另一個實施方案中，本發明中的肽、核酸或表達載體用於藥物中。例如，肽或其變體可製備為靜脈 (i.v.)注射劑、皮下(s.c.)注射劑、皮內(i.d.)注射劑、腹膜內(i.p.)注射劑、肌肉(i.m.)注射劑。肽注射的優選方法包括s.c.、i.d.、i.p.、i.m.和i.v.注射。DNA注射的優選方法為i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射。例如，給予50μg至1.5mg，優選為125μg至500μg的肽或DNA，這取決於具體的肽或DNA。上述劑量範圍在以前的試驗中成功使用(Walter et al.,2012)。

用於主動免疫接種的多聚核苷酸可為基本純化形式，也可包被於載體或輸送系統。核酸可能為DNA、cDNA、PNA、RNA，也可能為其組合物。這種核酸的設計和引入方法為本領域所熟知。例如，文獻中有其概述(Teufel et al.,2005)。多核苷酸疫苗很容易製備，但這些載體誘導免疫反應的作用模式尚未完全瞭解。合適的載體和輸送系統包括病毒DNA和/或RNA，如基於腺病毒、牛痘病毒、逆轉錄病毒、皰疹病毒、腺相關病毒或含一種以上病毒元素的混合病毒的系統。非病毒輸送系統包括陽離子脂質體和陽離子聚合物，是DNA輸送所屬領域內熟知的系統。也可使用物理輸送系統，如透過「基因槍」。肽或核酸編碼的肽可以是一種融合蛋白，例如，含刺激T細胞進行上述CDR的表位。

本發明的藥劑也可能包括一種或多種佐劑。佐劑是那些非特異性地增強或加強免疫反應的物質(例如，透過CD8-陽性T細胞和輔助T(TH)細胞介導的對一 種抗原的免疫應答，因此被視為對本發明的藥劑有用。適合的佐劑包括(但不僅限於)1018ISS、鋁鹽、AMPLIVAX®、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、鞭毛蛋白或鞭毛蛋白衍生的TLR5配體、FLT3配體、GM-CSF、IC30、IC31、咪喹莫特(ALDARA®)、resiquimod、ImuFact IMP321、白細胞介素IL-2、IL-13、IL-21、干擾素α或β，或其聚乙二醇衍生物、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、ISCOMs、JuvImmune®、LipoVac、MALP2、MF59、單磷醯脂A、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA-51、水包油和油包水乳狀液、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、OspA、PepTel®載體系統、基於聚丙交酯複合乙交酯[PLG]和右旋糖苷微粒、重組人乳鐵傳遞蛋白SRL172、病毒顆粒和其他病毒樣顆粒、YF-17D、VEGF trap、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys、源自皂角苷、分支桿菌提取物和細菌細胞壁合成模擬物的Aquila公司的QS21刺激子，以及其他專有佐劑，如：Ribi's Detox、Quil或Superfos。優選佐劑如：弗氏佐劑或GM-CSF。前人對一些樹突狀細胞特異性免疫佐劑(如MF59)及其製備方法進行了描述(Allison and Krummel,1995)。也可能使用細胞因子。一些細胞因子直接影響樹突狀細胞向淋巴組織遷移(如，TNF-)， 加速樹突狀細胞成熟為T淋巴細胞的有效抗原提呈細胞(如，GM-CSF、IL-1和IL-4)(美國5849589號專利，特別以其完整引用形式併入本文)，並充當免疫佐劑(如IL-12、IL-15、IL-23、IL-7、IFN-α、IFN-β)(Gabrilovich et al.,1996)。

據報告，CpG免疫刺激寡核苷酸可提高佐劑在疫苗中的作用。如果沒有理論的約束，CpG寡核苷酸可透過Tol1樣受體(TLR)(主要為TLR9)啟動先天(非適應性)免疫系統從而起作用。CpG引發的TLR9活化作用提高了對各種抗原的抗原特異性體液和細胞反應，這些抗原包括肽或蛋白抗原、活病毒或被殺死的病毒、樹突狀細胞疫苗、自體細胞疫苗以及預防性和治療性疫苗中的多糖結合物。更重要的是，它會增強樹突狀細胞的成熟和分化，導致T_H1細胞的活化增強以及細胞毒性T淋巴細胞(CTL)生成加強，甚至CD4 T細胞說明的缺失。甚至有疫苗佐劑的存在也能維持TLR9活化作用誘發的T_H1偏移，這些佐劑如：正常促進T_H2偏移的明礬或弗氏不完全佐劑(IFA)。CpG寡核苷酸與以下其他佐劑或配方一起製備或聯合給藥時，表現出更強的佐劑活性，如微粒、納米粒子、脂肪乳或類似製劑，當抗原相對較弱時，這些對誘發強反應尤為必要。他們還能加速免疫反應，使抗原劑量減少約兩個數量級，在有些實驗中，對不含CpG的全劑量疫苗也能產生類似的抗體反應(Krieg,2006)。美國6406705 B1號專利對CpG寡 核苷酸、非核酸佐劑和抗原結合使用促使抗原特異性免疫反應進行了描述。一種CpG TLR9拮抗劑為Mologen公司(德國柏林)的dSLIM(雙幹環免疫調節劑)，這是本發明藥物組合物的優選成分。也可使用其他如TLR結合分子，如：RNA結合TLR7、TLR8和/或TLR9。

其他有用的佐劑例子包括(但不限於)化學修飾性CpG(如CpR、Idera)、dsRNA模擬物，如，Poly(I：C)及其衍生物(如：AmpliGen、Hiltonol、多聚-(ICLC)、多聚(IC-R)、多聚(I：C12U))、非CpG細菌性DNA或RNA以及免疫活性小分子和抗體，如：環磷醯胺、舒尼替單抗、貝伐單抗®、西樂葆、NCX-4016、西地那非、他達拉非、伐地那非、索拉非尼、替莫唑胺、temsirolimus、XL-999、CP-547632、帕唑帕尼、VEGF Trap、ZD2171、AZD2171、抗-CTLA4、免疫系統的其他抗體靶向性主要結構(如：抗-CD40、抗-TGF β、抗-TNF α受體)和SC58175，這些藥物都可能有治療作用和/或充當佐劑。技術人員無需過度進行不當實驗就很容易確定本發明中有用的佐劑和添加劑的數量和濃度。

首選佐劑是抗-CD40、咪喹莫特、瑞喹莫德、GM-CSF、環磷醯胺、舒尼替尼、貝伐單抗、干擾素α、CpG寡核苷酸及衍生物、多聚(I：C)及衍生物、RNA、西地那非和PLG或病毒顆粒的微粒製劑。

本發明藥物組合物的一個優選實施方案中，佐劑從含集落刺激因子製劑中選擇，如粒細胞巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF，沙格司亭)、環磷醯胺、咪喹莫特、resiquimod和干擾素-α。

本發明藥物組合物的一個優選實施方案中，佐劑從含集落刺激因子製劑中選擇，如粒細胞巨噬細胞集落刺激因子(GM-CSF，沙格司亭)、環磷醯胺、咪喹莫特和resimiquimod。在本發明藥物組合物的一個優選實施方案中，佐劑為環磷醯胺、咪喹莫特或resiquimod。更優選的佐劑是Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA-51、聚-ICLC(Hiltonol®)和抗CD40 mAB或其組合物。

此組合藥物為非腸道注射使用，如皮下、皮內、肌肉注射，也可口服。為此，肽和其他選擇性分子在藥用載體中分解或懸浮，優選為水載體。此外，組合物可包含輔料，如：緩衝劑、結合劑、衝擊劑、稀釋劑、香料、潤滑劑等。這些肽也可與免疫刺激物質合用，如：細胞因子。可用於此類組合物的更多輔料可在從A.Kibbe所著的Handbook of Pharmaceutical Excipients(Kibbe,2000)等書中獲知。此組合藥物可用於阻止、預防和/或治療腺瘤或癌性疾病。例如，EP2112253中有示例製劑。

重要的是要認識到，透過本發明的疫苗引發的免疫應答在不同的細胞階段和開發的不同階段攻擊癌症。而且不同的癌症相關信號通路被攻擊。這相對於其他疫苗的優勢，這些疫苗只針對一個或幾個靶標，這可能會導致腫瘤很容易適應於攻擊(腫瘤逃逸)。此外，並非所有的個體腫瘤都表達相同模式的抗原。因此，幾個腫瘤相關肽的組合確保了每個腫瘤都承擔至少一些靶標。該組合物以這樣的方式設計，預期每個腫瘤可表達幾種抗原並覆蓋腫瘤生長和維持所需要的幾種獨立的途徑。因此，疫苗可易於「現成的」用於較大患者群體。這意味著，預選擇接受疫苗治療的患者可限制為HLA分型，無需抗原表達的任何額外的生物標誌物評估，但仍然確保多個靶標同時被誘導的免疫應答攻擊，這對於療效很重要(Banchereau et al.,2001；Walter et al.,2012)。

本文所用的「支架」一詞是指與(如抗原)決定因子特異性結合的分子。在一項實施方案中，支架是能夠引導其所連接的實體(例如，(第二)抗原結合部分)至目標靶點，例如，至特定類型的腫瘤細胞或承載抗原決定簇的腫瘤基質(如根據目前申請中肽和MHC的複合體)。在另一項實施例中，支架能夠透過其靶抗原(例如T細胞受體複合體抗原)啟動信號通路。支架包括但不限於抗體及其片段，抗體的抗原結合區，其包含抗體重鏈可變區和抗體輕鏈可變區，結合的蛋白包括至少一個錨蛋 白重複序列基元和單域抗原結合(SDAB)分子、適體、(可溶)TCR和(經修飾的)細胞，例如同種異體或自體T細胞。為了評估某個分子是否是結合至靶點的支架，可進行結合測定。

「特定」結合系指，與其他天然肽-MHC複合體相比，該支架與感興趣的肽-MHC複合體更好地結合，結合程度為，擁有能夠殺死承載特定靶點細胞的活性分子的支架不能夠殺死無特定靶點但提呈一個或多個其他肽-MHC複合體的另一細胞。如果交叉反應性肽-MHC的肽並不是天然的，即，並非來自人HLA-多肽組，則結合至其他肽-MHC複合體是無關緊要的。評估靶細胞殺傷的測試在本領域中是公知的。它們應該含有未改變的肽-MHC提呈的靶細胞(原發細胞或細胞系)或載有肽的細胞進行，以便達到天然肽-MHC的水準。

各支架可包括一個標記，其透過確定是否存在或不存在標籤所提供的信號可檢測到結合支架。例如，該支架可用螢光染料或任何其他適用的細胞標記分子進行標記。此類標記分子是本領域中公知的。例如，透過螢光染料進行的螢光標記可透過螢光或鐳射掃描顯微術或流式細胞術提供結合適體的視覺化。

各支架可與第二個活性分子(例如IL-21、抗CD3、抗CD28)共軛。

關於多肽支架的進一步資訊，可參閱，例如，在WO 2014/071978A1背景技術部分，並作為參考文獻引用。

本發明還涉及適體。適體(例如，參見WO 2014/191359及其中引用的文獻)是短的單鏈核酸分子，其可以折疊為所定義的三維結構並識別特定的靶標結構。它們似乎是開發靶向治療的合適替代方法。適體已顯示可選擇性與具有高親和力和特異性的複合體靶標相結合。

識別細胞表面分子的適體在過去十年內已經確定，並為開發診斷和治療方法提供了手段。由於適體已顯示幾乎無毒性和免疫原性，因此，它們是生物醫學應用中有前景的候選物質。事實上適體，例如攝護腺特異性膜抗原識別適體，已被成功地用於靶向治療並在體內模型的異種移植物中顯示出功能。此外，認識到特定腫瘤細胞系的適體也已確定。

可選擇DNA適體來揭示各種癌細胞的廣譜識別屬性，特別是那些來自於實體瘤的細胞，而非致瘤和主要健康細胞不被識別。如果所識別的適體不僅識別腫瘤特異性子類型，而且與一系列腫瘤相互作用，這使適體適用于作為所謂的廣譜診斷和治療手段。

此外，用流式細胞儀對細胞結合行為的研究顯示，適體在納摩爾範圍內顯示出很好的親和力。

適體用於診斷和治療目的。此外，也可能顯示，一些適體被腫瘤細胞吸取，因而可作為抗癌劑靶向遞送的分子賦形劑，例如siRNA進入腫瘤細胞。

可選擇適體針對複合體的靶標，如細胞和組織以及包含、優選包括根據任何SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 237的一個序列、根據當前發明的肽複合體與MHC分子，使用細胞SELEX(透過指數富集的配體系統進化)技術。

本發明中的肽可用于生成和開發出針對MHC/肽複合物的特定抗體。這些抗體可用於治療，將毒素或放射性物質靶向病變組織。這些抗體的另一用途是為了成像之目的(如PET)將放射性核素靶向病變組織。這可有助於檢測小轉移灶或確定病變組織的大小和準確位置。

因此，本發明的另一方面是提出產生特異性結合至與HLA限制性抗原絡合的I或II類人主要組織相容性複合體(MHC)的一種重組抗體的方法，該方法包括：用可溶形式的與HLA限制性抗原絡合的(MHC)I或II類分子對包含表達所述主要組織相容性說複合體(MHC)I或II類的基因工程非人哺乳動物進行免疫；將mRNA分子與產生所述非人哺乳動物細胞的抗體分離；產生一個噬菌體顯示庫，顯示由所述mRNA分子編碼的蛋白分子；以及將至少一個噬菌體與所述噬菌體顯示庫分離，所述的至少一個噬菌體顯示所述抗體特異性地結 合至與HLA限制性抗原絡合的所述人主要組織相容性說複合體(MHC)I或II類。

本發明的另一方面提出一種抗體，其特異性結合至與一種HLA限制性抗原絡合的I或II類人主要組織相容性說複合體(MHC)，其中該抗體優選為多克隆抗體、單克隆抗體、雙特異性抗體和/或嵌合抗體。

產生這種抗體和單鏈I類主要組織相容性複合物的相應方法，以及產生這些抗體的其他工具在WO 03/068201、WO 2004/084798、WO 01/72768、WO 03/070752以及出版物(Cohen et al.,2003a；Cohen et al.,2003b；Denkberg et al.,2003)中進行了披露，為了本發明之目的，所有參考文獻透過引用被完整地併入本文。

優選地，該抗體與複合體的結合親和力低於20納摩爾，優選為低於10納摩爾，這在本發明情況下也被視為具有「特異性」。

本發明涉及一種肽，包含選自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237組成的組的一個序列或該序列的與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有88%同源性(優選為相同)的一種變體，或誘導與所述變異肽發生T細胞交叉反應的一種變體，其中，所述肽不是基本的全長多肽。

本發明進一步涉及一種肽，包含選自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237組成的組的一個序列、或 與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有至少88%同源性(優選為相同)的一種變體，其中所述肽或變體的總長度為8至100個、優選為8至30個、最優選為8至14個氨基酸。

本發明進一步涉及本發明的肽，其具有與主要組織相容性複合體(MHC)I或II類分子結合的能力。

本發明進一步涉及本發明中的肽，其中肽系由或基本系由根據SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的一個氨基酸序列組成。

本發明進一步涉及本發明的肽，其中該肽(在化學上)被修飾和/或包含非肽鍵。

本發明進一步涉及本發明的肽，其中該肽為融合蛋白的一部分，特別包括HLA-DR抗原相關不變鏈(Ii)的N-端氨基酸，或其中該肽與一種抗體(例如，樹突狀細胞特定抗體)融合。

本發明進一步涉及一種核酸，其編碼本發明所述肽，前提是該肽並非完整(完全)的人蛋白。

本發明進一步涉及一種本發明的核酸，為DNA、cDNA、PNA、RNA，也可能為其組合物。

本發明進一步涉及一種能表達本發明核酸的表達載體。

本發明進一步涉及本發明的一種肽、本發明的一種核酸或本發明的一種藥用表達載體，特別是用於治療黑色素瘤。

本發明進一步涉及含本發明核酸或本發明表達載體的一種宿主細胞。

本發明進一步涉及本發明的宿主細胞，其為抗原提呈細胞，優選為樹突細胞。

本發明進一步涉及配製本發明一種肽的一種方法，所述方法包括培養本發明的宿主細胞和從所述宿主細胞或其培養基中分離肽。

本發明進一步涉及本發明中的方法，其中抗原透過與足夠量的含抗原提成細胞的抗原結合被載入表達於合適抗原提呈細胞表面的I或II類MHC分子。

本發明進一步涉及本發明的方法，其中該抗原提呈細胞包括一個表達載體，該載體有能力表達含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的肽或所述變體氨基酸序列。

本發明進一步涉及以本發明方法製造的啟動T細胞，其中所述T細胞有選擇性地識別一種細胞，該細胞異常表達含一種本發明氨基酸序列的多肽。

本發明進一步涉及一種殺傷患者靶細胞的方法，其中患者的靶細胞異常表達含本發明任何氨基酸序列的多肽，該方法包括給予患者本發明的有效量T細胞。

本發明進一步涉及任何所述肽、本發明的一種核酸、本發明的一種表達載體、本發明的一種細胞、本發明一種作為藥劑或製造藥劑的啟動細胞毒性T淋巴細胞 的用途。本發明進一步涉及一種本發明的用途，其中藥劑可有效抗癌。

本發明進一步涉及一種本發明的用途，其中該藥劑為一種疫苗。本發明進一步涉及一種本發明的用途，其中藥劑可有效抗癌。

本發明進一步涉及本發明中的用途，其中所述癌細胞為黑色素瘤細胞或其他實體或血液腫瘤細胞，如黑色素瘤、急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌。

本發明進一步涉及一種基於本發明肽的特定標誌物蛋白和生物標誌物，在此成為「靶標」，其可用於診斷和/或判斷黑色素瘤的預後。本發明還涉及這些供癌症治療使用的新靶點。

本文中術語「抗體」為廣義上的定義，既包括多克隆也包括單克隆抗體。除了完整或「全部」的免疫球蛋白分子，「抗體」這一術語還包括這些免疫球蛋白分子和人源化免疫球蛋白分子的片段(如，CDR、Fv、Fab和Fc片段)或聚合物，只要它們表現出本發明的任何期望屬性(例如，黑色素瘤標誌物(多)肽的特異性結合、將毒素傳遞給癌症標誌物基因表達水準增加時的黑色素瘤癌細胞和/或抑制黑色素瘤標誌物多肽的活性)。

只要有可能，本發明的抗體可從商業來源購買。本發明的抗體也可能使用已知的方法制得。技術人員會瞭解全長黑色素瘤標誌物多肽或其片段可用于製備本發明的抗體。用於產生本發明抗體的多肽可部分或全部地由天然源經純化而得，也可利用重組DNA技術生產。

例如，本發明的編碼肽的cDNA，例如，該肽為根據SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237多肽的肽，或其中一個變體或片段，可在原核細胞中(如：細菌)或真核細胞(如：酵母、昆蟲或哺乳動物細胞)中表達，之後，可純化重組蛋白，並用於產生一種特異性結合用於產生本發明抗體的黑色素瘤標誌物多肽的單克隆或多克隆抗體製劑。

本領域的技術人員會認識到，兩種或兩種以上不同集合的單克隆抗體或多克隆抗體能最大限度地增加獲得一種含預期用途所需的特異性和親和力(例如，ELISA法、免疫組織化學、體內成像、免疫毒素療法)的抗體的可能性。根據抗體的用途，用已知的方法對其期望活性進行測試(例如，ELISA法、免疫組織化學、免疫治療等；要獲取產生和測試抗體的進一步指導，請參閱，例如，Greenfield,2014(Greenfield,2014))。例如，該抗體可用ELISA法或免疫印跡法、免疫組織化學染色福馬林固定的癌組織或冰凍的組織切片進行檢測。在初次體外表徵後，用於治療或體內診斷用途的抗體根據已知的臨床測試方法進行檢測。

此處使用的術語「單克隆抗體」系指從大量同質抗體中獲得的一種抗體，即，由相同的抗體組成的抗體群，但可能少量提呈的自然突變除外。此處所述的單克隆抗體具體包括「嵌合」抗體，其中一部分重鏈和/或輕鏈與從特定物種中獲得的抗體或屬於特定抗體類型和分類型抗體的相應序列相同(同質)，同時，剩餘鏈與從其他物種中獲得的抗體或屬於特定抗體類型和子類型抗體的相應序列以及這些抗體的片段相同(同質)，只要他們表現出預期的拮抗活性(美國4816567號專利，其在此以其整體併入)。

本發明的單克隆抗體可能使用雜交瘤方法制得。在雜交瘤方法中，老鼠或其他適當的宿主動物，通常用免疫製劑以引發產生或能產生將特異性結合至免疫製劑的抗體。或者，淋巴細胞可在體外進行免疫。

單克隆抗體也可由DNA重組方法制得，如：美國4816567號專利所述。編碼本發明單克隆抗體的DNA可很容易地使用傳統程序進行分離和測序(例如：透過使用能與編碼鼠抗體重鏈和輕鏈的基因特異性結合的寡核苷酸探針)。

體外方法也適用於製備單價抗體。抗體消化以產生抗體的片段，尤其是Fab片段，可以透過使用本領域已知的常規技術完成。例如，可以透過使用木瓜蛋白酶完成消化。木瓜蛋白酶消化的實施例在WO 94/29348和美國4342566號專利中有描述。抗體的木瓜蛋白酶 消化通常產生兩種相同的抗原結合性片段，稱為Fab片段(每個片段都有一個抗原結合點)和殘餘Fc片段。胃蛋白酶處理產生一個F(ab')2片段和一個pFc'片段。

抗體片段，不論其是否附著於其他序列，均可包括特定區域或特定氨基酸殘基的插入、刪除、替換、或其他選擇性修飾，但前提是，片段的活性與非修飾的抗體或抗體片段相比沒有顯著的改變或損害。這些修飾可提供一些額外的屬性，如：刪除/添加可與二硫鍵結合的氨基酸，以增加其生物壽命、改變其分泌特性等。在任何情況下，抗體片段必須擁有生物活性的特性，如：結合活性、調節結合域的結合力等。抗體的功能性或活性區域可透過蛋白特定區域的基因突變、隨後表達和測試所表達的多肽進行確定。這些方法為本行業技術人員所熟知，可包括編碼抗體片段的核酸的特定位點基因突變。

本發明的抗體可進一步包括人源化抗體或人抗體。非人(如：鼠)抗體的人源化形式為嵌合抗體免疫球蛋白、免疫球蛋白鏈或其片段(如：Fv、Fab、Fab'或抗體的其他抗原結合序列)，其中包含從非人免疫球蛋白中獲得的最小序列。人源化抗體包括人免疫球蛋白(受體抗體)，其中來自受體互補決定區(CDR)的殘基被來自非人物種(供體抗體)(如具有與其特異性、親和力和能力的小鼠、大鼠或兔子)CDR的殘基取代。在某些情況下，人類免疫球蛋白的Fv框架(FR)殘基被相應的非人殘基取代。人源化抗體可能還包括既非受體抗體、也 非輸入CDR或框架序列中發現的殘基。一般來說，人源化抗體將包括幾乎所有的至少一個、通常為二個可變域，其中，全部或幾乎全部的CDR區域均對應於非人免疫球蛋白的區域並且全部或幾乎全部的FR區域均為人免疫球蛋白相同序列的區域。理想情況是，人源化抗體還將包括至少免疫球蛋白恒定區(Fc)的一部分，通常是人免疫球蛋白的恒定區的一部分。

人源化非人抗體的方法為本行業所熟知。一般來說，人源化抗體具有一個或多個從非人源頭引入的氨基酸殘基。這些非人氨基酸殘基往往被稱為「輸入」殘基，通常從「輸入」可變域中獲得。人源化基本上可以透過將齧齒動物CDR或CDR序列取代為相應的人抗體序列而完成。因此，這種「人源化」抗體為嵌合抗體(美國4816567號專利)，其中大大少於完整的人可變域被來自於非人物種的相應序列取代。在實踐中，人源化抗體通常為人抗體，其中有些CDR殘基以及可能的一些FR殘基被來自齧齒動物抗體中的類似位點的殘基取代。

可使用免疫後在內源性免疫球蛋白產生缺失時能產生完整人抗體的轉基因動物(如：小鼠)。例如，它被描述為，嵌合和種系突變小鼠中的抗體重鏈連接區域基因的純合性缺失導致內源性抗體生成的完全抑制。在此種系變種小鼠中人種系免疫球蛋白基因陣列的轉移在抗原挑戰後將導致人抗體的生成。人抗體也可在噬菌體展示庫中產生。

本發明的抗體優選為透過藥用載體的形式給予受試者。通常，在製劑中使用適量的藥用鹽，以使製劑等滲。藥用載體的例子包括生理鹽水、林格氏液和葡萄糖溶液。溶液的pH值優選為約5至8，更優選為約7至7.5。此外，載體還包括緩釋製劑，如：含有抗體的固體疏水性聚合物半透性基質，其中基質為有形物品形式，如：薄膜、脂質體或微粒。本行業的技術人員熟知，某些載體可能為更優選，取決於例如，抗體的給藥途徑和濃度。

該抗體可透過注射(如：靜脈內、腹腔內、皮下、肌肉內)或透過輸注等其他方法給予受試者、患者或細胞，確保其以有效的形式傳輸到血液中。這些抗體也可以透過瘤內或瘤周途徑給予，從而發揮局部和全身的治療作用。局部或靜脈注射為優選。

抗體給藥的有效劑量和時間表可根據經驗確定，並且作出此類決定屬本行業的技術範圍內。本行業的技術人員會明白，必須給予的抗體劑量根據以下因素會有所不同，例如：接受抗體的受試者、給藥途徑、使用的抗體以及其他正在使用的藥物的特定類型。單獨使用的抗體的通常日劑量可能為約1μg/kg至最多100mg/kg體重或更多，這取決於上述因素。給予抗體，優選為治療黑色素瘤後，治療抗體的療效可透過技術人員熟知的不同方法評估。例如：接受治療的受試者癌症的大小、數量和/或分佈可使用標準腫瘤成像技術進行監測。因治療而給予的抗體與不給予抗體時的病程相比，可阻止腫瘤生長、導 致腫瘤縮小、和/或阻止新腫瘤的發展，這樣的抗體是一種有效治療癌症的抗體。

本發明的另一方面提出了製備識別特異性肽-MHC複合物的可溶性T細胞受體(sTCR)的一種方法。這種可溶性T細胞受體可從特異性T細胞克隆中產生，並且它們的親和力可以透過互補決定區靶向誘變而增加。為了T細胞受體選擇之目的，可以使用噬菌體展示(美國2010/0113300，(Liddy et al.,2012))。為了在噬菌體展示期間以及實際使用為藥物時穩定T細胞受體之目的，可透過非天然二硫鍵、其他共價鍵(單鏈T細胞受體)或透過二聚化結構域連接α和β鏈(Boulter et al.,2003；Card et al.,2004；Willcox et al.,1999)。T細胞受體可以連接到毒素、藥物、細胞因子(參見US 2013/0115191)、域招募效應細胞，如抗CD3域等，以便對靶細胞執行特定的功能。此外，它可能表達於用於過繼轉移的T細胞。進一步的資訊可在WO 2004/033685A1和WO 2004/074322A1中找到。sTCR的組合在WO 2012/056407A1中進行了描述。WO 2013/057586A1中公開了製備的進一步的方法。

此外，可用本發明的肽和/或TCR或抗體或其他結合分子在活檢樣本的基礎上驗證病理師對癌症的診斷。

該抗體或TCR也可用於體內診斷實驗。一般來說，抗體用放射性核素標記(如：^111In、⁹⁹Tc、¹⁴C、¹³¹I、³H、³²P或³⁵S)，從而可免疫閃爍掃描法使腫瘤局限化。在一實施方案中，其中的抗體或片段與兩個或兩個以上選自包括上述蛋白的組的蛋白質靶標的細胞外域結合，並且親和力值(Kd)低於1 x 10μM。

診斷用抗體可透過各種影像學方法使用適合檢測的探針進行標記。探針檢測方法包括但不限於，螢光、光、共聚焦和電鏡方法；磁共振成像和光譜學技術；透視、電腦斷層掃描和正電子發射斷層掃描。合適的探針包括但不限於，螢光素、羅丹明、曙紅及其它螢光團、放射性同位素、黃金、釓和其他稀土、順磁鐵、氟-18和其他正電子發射放射性核素。此外，探針可能是雙功能或多功能的，並且用一種以上的上述方法可進行檢測。這些抗體可用所述的探針直接或間接進行標記。抗體探針的連接，包括探針的共價連接、將探針融合入抗體、以及螯合化合物的共價連接從而結合探針、以及其他本行業熟知的方法。對於免疫組織化學方法，疾病組織樣本可能是新鮮或冷凍或可能包埋於石蠟中以及用福馬林等防腐劑固定。固定或包埋的切片包括與標記一抗和二抗接觸的樣本，其中該抗體用於檢測原位蛋白的表達。

本發明的另一方面包括一種體外製備啟動的T細胞的方法，該方法包括將T細胞與載有抗原的人MHC分子進行體外連接，這些分子在合適的抗原提呈細 胞表面表達足夠的一段時間從而以抗原特異性方式啟動T細胞，其中所述抗原為根據本發明所述的一種肽。優選情況是足夠量的抗原與抗原提呈細胞一同使用。

優選情況是，哺乳動物細胞的TAP肽轉運載體缺乏或水準下降或功能降低。缺乏TAP肽轉運載體的適合細胞包括T2、RMA-S和果蠅細胞。TAP是與抗原加工相關的轉運載體。

人體肽載入的缺陷細胞株T2從屬美國菌種保藏中心(ATCC,12301 Parklawn Drive,Rockville,Maryland 20852，美國)目錄號CRL1992；果蠅細胞株Schneider 2號株從屬ATCC目錄CRL 19863；小鼠RMA-S細胞株Ljunggren等人描述過(Ljunggren and Karre,1985)。

優選情況是，宿主細胞在轉染前基本上不表達MHC I類分子。刺激因子細胞還優選為表達對T細胞共刺激信號起到重要作用的分子，如，B7.1、B7.2、ICAM-1和LFA 3中的任一種分子。大量MHC I類分子和共刺激分子的核酸序列可從GenBank和EMBL資料庫中公開獲得。

當MHC I類表位用作一種抗原時，T細胞為CD8陽性T細胞。

如果抗原提呈細胞受到轉染而表達這種表位，則優選的細胞包括一個表達載體，該載體有能力表達 含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的肽或變體氨基酸序列。

可使用其他一些方法來體外生成T細胞。例如，自體腫瘤浸潤性淋巴細胞可用于生成CTL。Plebanski等人在(Plebanski et al.,1995)使用自體外周血淋巴細胞(PLB)制得T細胞。另外，也可能用肽或多肽脈衝處理樹突狀細胞或透過與重組病毒感染而製成自體T細胞。此外，B細胞可用於製備自體T細胞。此外，用肽或多肽脈衝處理或用重組病毒感染的巨噬細胞可用於配製自體T細胞。S.Walter等人在(Walter et al.,2003)中描述了透過使用人工抗原提呈細胞(aAPC)體外啟動T細胞，這也是生成作用於所選肽的T細胞的一種合適方法。在本發明中，根據生物素：鏈黴素生物化學方法透過將預製的MHC：肽複合物耦合到聚苯乙烯顆粒(微球)而生成aAPC。該系統實現了對aAPC上的MHC密度進行精確調節，這使得可以在血液樣本中選擇地引發高或低親合力的高效抗原特異性T細胞反應。除了MHC：肽複合物外，aAPC還應攜運含共刺激活性的其他蛋白，如耦合至表面的抗-CD28抗體。此外，此類基於aAPC的系統往往需要加入適當的可溶性因子，例如，諸如白細胞介素12的細胞因子。

也可用同種異體細胞制得T細胞，在WO 97/26328中詳細描述了一種方法，以參考文獻方式併 入本文。例如，除了果蠅細胞和T2細胞，也可用其他細胞來提呈肽，如CHO細胞、杆狀病毒感染的昆蟲細胞、細菌、酵母、牛痘感染的靶細胞。此外，也可使用植物病毒(例如，參閱Porta等人在(Porta et al.,1994)中描述了將豇豆花葉病毒開發為一種提呈外來肽的高產系統。

被啟動的T細胞直接針對本發明中的肽，有助於治療。因此，本發明的另一方面提出了用本發明前述方法制得的啟動T細胞。

按上述方法製成的啟動T細胞將會有選擇性地識別異常表達含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO 237氨基酸序列的多肽。

優選情況是，T細胞透過與其含HLA/肽複合物的TCR相互作用(如，結合)而識別該細胞。T細胞是殺傷患者靶細胞方法中有用的細胞，其靶細胞異常表達含本發明中氨基酸序列的多肽。此類患者給予有效量的啟動T細胞。給予患者的T細胞可能源自該患者，並按上述方法啟動(即，它們為自體T細胞)。或者，T細胞不是源自該患者，而是來自另一個人。當然，優選情況是該供體為健康人。發明人使用「健康個人」系指一個人一般狀況良好，優選為免疫系統合格，更優選為無任何可很容易測試或檢測到的疾病。

根據本發明，CD8-陽性T細胞的體內靶細胞可為腫瘤細胞(有時表達MHC-II類抗原)和/或腫 瘤周圍的基質細胞(腫瘤細胞)(有時也表達MHC-II類抗原；(Dengjel et al.,2006))。

本發明所述的T細胞可用作治療性組合物中的活性成分。因此，本發明也提出了一種殺傷患者靶細胞的方法，其中患者的靶細胞異常表達含本發明中氨基酸序列的多肽，該方法包括給予患者上述有效量的T細胞。

發明人所用的「異常表達」的意思還包括，與正常組織表達水準相比，多肽過量表達，或該基因在從腫瘤獲得的組織中未表達而在腫瘤中表達。「過量表達」系指多肽水準至少為正常組織中的1.2倍；優選為至少為正常組織中的2倍，更優選為至少5或10倍。

T細胞可用本領域已知的方法制得(如，上述方法)。

T細胞繼轉移方案為本領域所熟知的方案。綜述可發現於：Gattioni et al.和Morgan et al.(Gattinoni et al.,2006；Morgan et al.,2006)。

本發明的另一個方面包括使用與MHC複合的肽，以生成T細胞受體，其核酸被克隆並被引入至宿主細胞，優選為T細胞。然後，該透過基因工程改變的T細胞可轉給患者用於癌症治療。

本發明的任一分子(即肽、核酸、抗體、表達載體、細胞，啟動T細胞、T細胞受體或編碼核酸)都有益於治療疾病，其特點在於細胞逃避免疫反應的打擊。因此，本發明的任一分子都可用作藥劑或用於製造藥劑。 這種分子可單獨使用也可與本發明中的其他分子或已知分子聯合使用。

本發明還涉及一種套件，其包括：(a)一個容器，包含上述溶液或凍乾粉形式的藥物組合物；(b)可選的第二個容器，其含有凍乾粉劑型的稀釋劑或重組溶液；和(c)可選的(i)溶液使用或(ii)重組和/或凍乾製劑使用的說明。

該套件還步包括一個或多個(iii)緩衝劑，(iv)稀釋劑，(v)過濾液，(vi)針，或(v)注射器。容器最好是瓶子、小瓶、注射器或試管，可以為多用途容器。藥物組合物最好是凍乾的。

本發明中的套件優選包含一種置於合適容器中的凍乾製劑以及重組和/或使用說明。適當的容器包括，例如瓶子、西林瓶(如雙室瓶)、注射器(如雙室注射器)和試管。該容器可能由多種材料製成，如玻璃或塑膠。試劑盒和/或容器最好有容器或關於容器的說明書，指明重組和/或使用的方向。例如，標籤可能表明凍乾劑型將重組為上述肽濃度。該標籤可進一步表明製劑用於皮下注射。

存放製劑的容器可使用多用途西林瓶，使得可重複給予(例如，2-6次)重組劑型。該套件可進一步包括裝有合適稀釋劑(如碳酸氫鈉溶液)的第二個容器。

稀釋液和凍乾製劑混合後，重組製劑中的肽終濃度優選為至少0.15mg/mL/肽(=75μg)，不超過3mg/mL/肽(=1500μg)。該套件還可包括商業和用戶角度來說可取的其他材料，包括其他緩衝劑、稀釋劑，過濾液、針頭、注射器和帶有使用說明書的包裝插頁。

本發明中的套件可能有一個單獨的容器，其中包含本發明所述的藥物組合物製劑，該製劑可有其他成分(例如，其他化合物或及其藥物組合物)，也可無其他成分，或者每種成分都有其不同容器。

優選情況是，本發明的套件包括與本發明的一種製劑，包裝後與第二種化合物(如佐劑(例如GM-CSF)、化療藥物、天然產品、激素或拮抗劑、抗血管生成劑或抑制劑、凋亡誘導劑或螯合劑)或其藥物組合物聯合使用。該套件的成分可進行預絡合或每種成分在給予患者之前可放置於單獨的不同容器。該套件的成分可以是一種或多種溶液，優選為水溶液，更優選為無菌水溶液。該套件的成分也可為固體形式，加入合適的溶劑後轉換為液體，最好放置於另一個不同的容器中。

治療套件的容器可能為西林瓶、試管、燒瓶、瓶子、注射器、或任何其他盛裝固體或液體的工具。通常，當成分不只一種時，套件將包含第二個西林瓶或其他容器，使之可以單獨定量。該套件還可能包含另一個裝載藥用液體的容器。優選情況是，治療套件將包含一個設備 (如，一個或多個針頭、注射器、滴眼器、吸液管等)，使得可注射本發明的藥物(本套件的組合物)。

本發明的藥物配方適合以任何可接受的途徑進行肽給藥，如口服(腸道)、鼻內、眼內、皮下、皮內、肌內，靜脈或經皮給藥。優選為皮下給藥，最優選為皮內給藥，也可透過輸液泵給藥。

由於本發明的肽從黑色素瘤中分離而得，因此，本發明的藥劑優選用於治療黑色素瘤。

本發明進一步涉及為個體患者製備個體化藥物的一種方法，其中包括：製造含選自預篩選TUMAP存儲庫至少一種肽的藥物組合物，其中藥物組合物中所用的至少一種肽選擇為適合於個體患者。在一項實施方案中，藥物組合物為一種疫苗。該方法也可以改動以產生下游應用的T細胞克隆物，如：TCR隔離物或可溶性抗體和其他治療選擇。

「個體化藥物」系指專門針對個體患者的治療，將僅用於該等個體患者，包括個體化活性癌症疫苗以及使用自體組織的過繼細胞療法。

如本文所述，「存儲庫」應指已經接受免疫原性預篩查和/或在特定腫瘤類型中過量提呈的一組或一系列肽。「存儲庫」一詞並不暗示，疫苗中包括的特定肽已預先製造並儲存於物理設備中，雖然預期有這種可能性。明確預期所述肽可以用於新製造每種個體化疫苗，也可能被預先製造和儲存。存儲庫(例如，資料庫形式)由腫瘤 相關肽組成，其在各種HLA-A HLA-B和HLA-C等位元基因黑色素瘤患者的腫瘤組織中高度過度表達。其可能含有包括MHC I類和MHC II類肽或拉長的MHC I類肽。除了從幾種黑色素瘤組織中採集的腫瘤相關肽外，存儲庫還可能包含HLA-A*02和HLA-A*24標記肽。這些肽可對TUMAP誘導的T細胞免疫進行量化比較，從而可得出疫苗抗腫瘤反應能力的重要結論。其次，在沒有觀察到來自患者「自身」抗原TUMAP的任何疫苗誘導的T細胞反應時，它們可作為來自「非自身」抗原的重要陽性對照肽。第三，它還可對患者的免疫功能狀態得出結論。

存儲庫的TUMAP透過使用一種功能基因組學方法進行鑒定，該方法結合了基因表達分析、質譜法和T細胞免疫學(XPresident ®)。該方法確保了只選擇真實存在于高百分比腫瘤但在正常組織中不表達或僅很少量表達的TUMAP用於進一步分析。對於初始肽的選擇，患者黑色素瘤樣本和健康供體的血液以循序漸進的方法進行分析：

1.惡性材料的HLA配體用質譜法確定

2.使用全基因組信使核糖核酸(mRNA)表達分析法用於確定惡性腫瘤組織(黑色素瘤)與一系列正常器官和組織相比過度表達的基因。

3.確定的HLA配體與基因表達資料進行比較。腫瘤組織上過度提呈或選擇性提呈的肽，優選為第2步中檢測 到的選擇性表達或過量表達基因所編碼的考慮為多肽疫苗的合適候選TUMAP。

4.文獻檢索以確定更多證據以支持確認為TUMP的肽的相關性

5.過度表達在mRNA水準的相關性由腫瘤組織第3步選定的TUMAP重新檢測而確定，並且在健康組織上缺乏(或不經常)檢測。

6.為了評估透過選定的肽誘導體內T細胞反應是否可行，使用健康供體以及黑色素瘤患者的人T細胞進行體外免疫原性測定。

一方面，在將所述肽加入存儲庫之前，對其進行篩查以瞭解免疫原性。舉例來說(但不限於此)，納入存儲庫的肽的免疫原性的確定方法包括體外T細胞啟動，具體為：用裝載肽/MHC複合物和抗CD28抗體的人工抗原提呈細胞反復刺激來自健康供體的CD8+ T細胞。

這種方法優選用於罕見癌症以及有罕見表達譜的患者。與含目前開發為固定組分的多肽雞尾酒相反的是，存儲庫可將腫瘤中抗原的實際表達於疫苗進行更高程度的匹配。在多目標方法中，每名患者將使用幾種「現成」肽的選定單一肽或組合。理論上來說，基於從50抗原肽庫中選擇例如5種不同抗原肽的一種方法可提供大約170萬種可能的藥物產品(DP)組分。

在一方面，選擇所述肽用於疫苗，其基於個體患者的適合性，並使用本發明此處或後文所述的方法。

HLA表型、轉錄和肽組學資料從患者的腫瘤材料和血液樣本中收集，以確定最合適每名患者且含有「存儲庫」和患者獨特(即突變)TUMAP的肽。將選擇的那些肽選擇性地或過度表達于患者腫瘤中，並且可能的情況下，如果用患者個體PBMC進行檢測，則表現出很強的體外免疫原性。

優選的情況是，疫苗所包括的肽的一種確定方法包括：(a)識別由來自個體患者腫瘤樣本提呈的腫瘤相關肽(TUMAP)；(b)將(a)中鑒定的肽與上述肽的存儲庫(資料庫)進行比對；且(c)從與患者中確定的腫瘤相關肽相關的存儲庫(資料庫)中選擇至少一種肽。例如，腫瘤樣本提呈的TUMAP的鑒定方法有：(a1)將來自腫瘤樣本的表達資料與所述腫瘤樣本組織類型相對應的正常組織樣本的表達資料相比對，以識別腫瘤組織中過量表達或異常表達的蛋白；以及(a2)將表達資料與結合到腫瘤樣本中I類MHC和/或II類分子的MHC配體序列想關聯，以確定來源於腫瘤過量表達或異常表達的蛋白質的MHC配體。優選情況是，MHC配體的序列的確定方法是：洗脫來自腫瘤樣本分離的MHC分子結合肽，並測序洗脫配體。優選情況是，腫瘤樣本和正常組織從同一患者獲得。

除了使用存儲庫(資料庫)模型選擇肽以外，或作為一種替代方法，TUMAP可能在新患者中進行鑒定，然後列入疫苗中。作為一種實施例，患者中的候選TUMAP可透過以下方法進行鑒定：(a1)將來自腫瘤樣本的表達資料與所述腫瘤樣本組織類型相對應的正常組織樣本的表達資料相比對，以識別腫瘤組織中過量表達或異常表達的蛋白；以及(a2)將表達資料與結合到腫瘤樣本中I類MHC和/或II類分子的MHC配體序列想關聯，以確定來源於腫瘤過量表達或異常表達的蛋白質的MHC配體。作為另一實施例，蛋白的鑒定方法為可包含突變，其對於腫瘤樣本相對于個體患者的相應正常組織是獨特的，並且TUMAP可透過特異性靶向作用於變異來鑒定。例如，腫瘤以及相應正常組織的基因組可透過全基因組測序方法進行測序：為了發現基因蛋白質編碼區域的非同義突變，從腫瘤組織中萃取基因組DNA和RNA，從外周血單核細胞(PBMC)中提取正常非突變基因組種系DNA。運用的NGS方法只限于蛋白編碼區的重測序(外顯子組重測序)。為了這一目的，使用供應商提供的靶序列富集試劑盒來捕獲來自人樣本的外顯子DNA，隨後使用HiSeq2000(Illumina公司)進行測序。此外，對腫瘤的mRNA進行測序，以直接定量基因表達，並確認突變基因在患者腫瘤中表達。得到的數以百萬計的序列讀數透過軟體演算法處理。輸出列表中包含突變和基因表達。腫瘤特異性體突變透過與PBMC衍生 的種系變化比較來確定，並進行優化。然後，為了存儲庫可能測試新確定的肽瞭解如上所述的免疫原性，並且選擇具有合適免疫原性的候選TUMAP用於疫苗。

在一個示範實施方案中，疫苗中所含肽透過以下方法確定：(a)用上述方法識別由來自個體患者腫瘤樣本提呈的腫瘤相關肽(TUMAP)；(b)將(a)中鑒定的肽與進行腫瘤(與相應的正常組織相比)免疫原性和過量提呈預篩查肽的存儲庫進行比對；(c)從與患者中確定的腫瘤相關肽相關的存儲庫中選擇至少一種肽；及(d)可選地在(a)中選擇至少一種新確定的肽，確認其免疫原性。

在一個示範實施方案中，疫苗中所含肽透過以下方法確定：(a)識別由來自個體患者腫瘤樣本提呈的腫瘤相關肽(TUMAP)；以及(b)在(a)中選擇至少一種新確定的肽，並確認其免疫原性。

一旦選定了用於個體化肽疫苗的肽時，則產生疫苗。該疫苗優選為一種液體製劑，包括溶解於20-40% DMSO之間，優選為約30-35% DMSO，例如，約33% DMSO中的個體肽。

列入產品的每種肽都溶於DMSO中。單個肽溶液濃度的選擇取決於要列入產品中的肽的數量。單肽-DMSO溶液均等混合，以實現一種溶液中包含所有的肽，且濃度為每肽~2.5mg/ml。然後該混合溶液按照1：3比例用注射用水進行稀釋，以達到在33% DMSO中 每肽0.826mg/ml的濃度。稀釋的溶液透過0.22μm無菌篩檢程序進行過濾。從而獲得最終本體溶液。

最終本體溶液填充到小瓶中，在使用前儲存於-20℃下。一個小瓶包含700μL溶液，其中每種肽含有0.578mg。其中的500μL(每種肽約400μg)將用於皮內注射。

本發明的肽除了用於治療癌症，也可用於診斷。由於肽由黑色素瘤細胞產生，並且已確定這些肽在正常組織中不存在或水準較低，因此這些肽可用於診斷癌症是否存在。

血液樣本中組織活檢物含請求項的肽，可有助於病理師診斷癌症。用抗體、質譜或其他本領域內已知的方法檢測某些肽可使病理師判斷該組織樣本為惡性的還是炎症或一般病變，也可用作黑色素瘤的生物標誌物。肽基團的提呈使得能對病變組織進行分類或進一步分成子類。

對病變標本中肽的檢測使得能對免疫系統治療方法的利益進行判斷，特別是如果T-淋巴細胞已知或預計與作用機制有關。MHC表達的缺失是一種機制，充分說明了哪些受感染的惡性細胞逃避了免疫監視。因此，肽的提呈表明，分析過的細胞並沒有利用這種機制。

本發明的肽可用於分析淋巴細胞對肽的反應(如T細胞反應)，或抗體對肽或MHC分子絡合的肽發生的反應。這些淋巴細胞反應可以作為預後指標，決定 是否採取進一步的治療。這些反應也可以用作免疫療法中的替代反應指標，旨在以不同方式誘導淋巴細胞反應，如接種蛋白疫苗、核酸、自體材料、淋巴細胞過繼轉移。基因治療中，淋巴細胞對肽發生的反應可以在副作用的評估中考慮。淋巴細胞反應監測也可能成為移植療法隨訪檢查中的一種有價值的工具，如，用於檢測移植物抗宿主和宿主抗移植物疾病。

下列描述優選方案的實施例將對本發明進行說明，並參照隨附圖表(但是不僅限於此)。考慮到本發明的目的，文中引用的所有參考文獻透過引用的方式併入在本文中。

圖1A至1D顯示了正常組織(白色柱)和黑色素瘤(黑色柱)中各種肽的過量提呈。圖1A)基因符號：S100A1，肽：FLDVKELML(SEQ ID NO.：1)，從左至右的組織：4脂肪組織，5腎上腺，24血細胞，15血管，10骨髓，14大腦，7乳房，7食道，2眼，3膽囊，16心，17腎，20大腸，24肝，49肺，7淋巴結，12神經，2卵巢，8胰腺，6甲狀旁腺，1腹膜，5垂體腺，7胎盤，1胸膜，3攝護腺，7唾液腺，5骨骼肌，3小腸，12脾，5胃，5睾丸，2胸腺，2甲狀腺，11氣管，7輸尿管，8膀胱，6子宮，12皮膚，18黑色素瘤。圖1B)基因符號：EXTL1，肽：VLFKDPVSV(SEQ ID NO.：3)，從左至右的組織：4脂肪組織，5腎上腺，24血細胞，15血管，10骨髓，14大腦，7乳房，7食道，2眼，3膽囊，16心，17腎，20大腸，24肝，49肺，7淋巴結，12神經，2卵巢，8胰腺，6甲狀旁腺，1腹膜，5垂體腺，7胎盤，1胸膜，3攝護腺，7唾液腺，5骨骼肌，3小腸，12脾，5胃，5睾丸，2胸腺，2甲狀腺，11氣管，7輸尿管，8膀胱，6子宮，12皮膚，18黑色素瘤。圖1C)基因符號：HMCN1，肽：IQSETTVTV(SEQ ID NO.：13)，從左至右的組織：4脂肪組織，5腎上腺，24血細胞，15血管，10骨髓，14大腦，7乳房，7食道，2眼，3膽囊，16心，17腎，20大腸，24肝，49肺，7淋巴結，12神經，2卵巢，8胰腺，6甲狀旁腺，1腹膜，5垂體腺，7胎盤，1胸膜，3攝護腺，7唾液腺，5骨骼肌，3小腸，12脾，5胃，5睾丸，2胸腺，2甲狀腺，11氣管，7輸尿管，8膀胱，6子宮，12皮膚，18黑色素瘤。圖1D)基因符號：TMEM17，肽：NLQEKVPEL(SEQ ID NO.：7)，從左至右的樣本：14癌組織(1腦癌，1乳腺癌，1頭頸癌，3肺癌，1骨髓細胞癌，1卵巢癌，1胰腺癌，4黑色素瘤，1子宮癌)。圖1E)至1J)顯示了各種肽在不同癌症組織中的過度提呈(黑點)。上面部分：根據技術重複測量值的中值MS信號強度繪製為點，單一HLA-A*02陽性正常組織為灰色點，檢測到該肽的腫瘤樣本為黑點。腫瘤和正常樣本按照器官起源分組，箱須圖代表了多個樣本歸一化信號強度的中位數，第25和 第75百分位(箱)以及最小值和最大值(須)。正常器官根據風險類別排列順序(血細胞、血管、腦、肝、肺：高風險，灰色點；生殖器官、乳腺、攝護腺：低風險，灰色點；所有其他器官：中等風險；灰色點)。下面部分：每個器官的相對肽檢測頻率顯示為脊柱圖。圖表下面的數位表示每個器官分析的總樣本數中檢測到肽的樣本數(正常樣本N=526，腫瘤樣本N=562)。如果在一個樣本上檢測到肽，但因技術原因無法量化，則該樣本納入檢測頻率圖中，但圖表上部分不顯示任何點。組織(從左到右)：正常樣本：血細胞；bloodvess(血管)；腦；心；肝；肺；脂肪(脂肪組織)；adren.gl.(腎上腺)；膽管；膀胱；BM(骨髓)；軟骨；esoph(食管)；眼；gallb(膽囊)；頭頸部；腎；large_int(大腸)；LN(淋巴結)；神經；胰腺；parathyr(甲狀旁腺)；perit(腹膜)；pituit(垂體)；胸膜；skel.mus(骨骼肌)；皮膚；small_int(小腸)；脾；胃；甲狀腺；氣管；輸尿管；乳房；卵巢；胎盤；攝護腺；睾丸；胸腺；子宮。腫瘤樣本：AML：急性骨髓性白血病；BRCA：乳腺癌；CCC：膽管細胞癌；CLL：慢性淋巴細胞性白血病；CRC：結直腸癌；GBC：膽囊癌；GBM：膠質母細胞瘤；GC：胃癌；GEJC：胃賁門食管癌；HCC：肝細胞癌；HNSCC：頭頸癌；MEL：黑色素瘤；NHL：非霍奇金淋巴瘤；NSCLC：非小細胞肺癌；OC：卵巢癌；OSCAR：食管癌；PACA：胰腺癌；PRCA：攝護 腺癌；RCC：腎細胞癌；SCLC：小細胞肺癌；UBC：膀胱癌；UEC：子宮內膜癌。圖1E)基因符號：HLA-B、HLA-C，肽：VLAVLGAVVAV(SEQ ID NO：19)，圖1F)基因符號：PARVA，肽：SLVAILHLL(SEQ ID NO：24)，圖1G)基因符號：METAP2，肽：TMIEICEKL(SEQ ID NO：118)，圖1H)基因符號：UTP20，肽：QLMEGKVVL(SEQ ID NO：120)，圖1I)基因符號：SNRPN，肽：FLGEPASYLYL(SEQ ID NO：151)，圖1J)基因符號：IPO9，肽：SILDGLIHL(SEQ ID NO.：209)。

圖2A至2C顯示了本發明的源基因的代表性表達特徵，這些基因在一系列正常組織(白色柱)的黑色素瘤中以及10個黑色素瘤樣本(黑色柱)中高度過度表達或專門表達。從左到右的組織：6動脈、2血細胞、2大腦、1心臟、2肝、3肺、2靜脈、1脂肪組織、1腎上腺、5骨髓、1軟骨、1結腸、1食管、2眼睛、2膽囊、2頭頸和唾液腺、1腎臟、6淋巴結、4胰腺、2末梢神經、2腦下垂體、1直腸、2骨骼肌、1皮膚、1小腸、1脾臟、1胃、1甲狀腺、7氣管、1膀胱、1乳腺、5卵巢、5胎盤、1攝護腺、1睾丸、1胸腺、1子宮、10黑色素瘤。圖2A)基因符號：SLC24A5，圖2B)基因符號：SLC45A2，圖2C)基因符號：FMN1。

圖3顯示了示例性的免疫原性資料：肽特定多聚體染色後流式細胞儀結果。

圖4顯示健康HLA-A*02+供體的肽特異性CD8+ T細胞體外反應的示例性結果。CD8+ T細胞製備的方法為：使用抗CD28 mAb和HLA-A*02塗層的人工APC分別與SeqID No 8肽(A，左圖)、SeqID No 12肽(B，左圖)和SeqID No 155肽(C，左圖)合成。經過12個週期的刺激後，用A*02/SeqID No 8(A)、A*02/SeqID No 3(B)或A*02/SeqID No 155(C)的2D多聚體染色法對肽反應性細胞進行檢測。右圖(A、B和C)顯示用不相關A*02/肽複合體刺激的細胞對照染色。活單細胞在CD8+淋巴細胞上得到門控。Boolean門控幫助排除用不同肽特定的多聚體檢測的假陽性事件。提示了特異性多聚體+細胞和CD8+淋巴細胞的頻率。

實施例1

細胞表面提呈的腫瘤相關肽的識別和定量 組織樣本

患者的腫瘤組織獲得自：Asterand(Detroit,MI,USA & Royston,Herts,UK)、ProteoGenex Inc.(Culver City,CA,USA)、Tissue Solutions Ltd(Glasgow,UK)、海德堡大學醫院(Heidelberg,Germany)和蒂賓根大學醫院(Tübingen,Germany)。

正常組織獲得自Asterand(Detroit,MI,USA & Royston,Herts,UK)、Bio-Options Inc.(Brea,CA,USA)、BioServe(Beltsville,MD,USA)、Capital BioScience Inc.(Rockville,MD,USA)、Geneticist Inc.(Glendale,CA,USA)、京都府立醫科大學(KPUM)(Kyoto,Japan)、ProteoGenex Inc.(Culver City,CA,USA)、Tissue Solutions Ltd(Glasgow,UK)、日內瓦大學醫院(Geneva,Switzerland)、海德堡大學醫院(Heidelberg,Germany)、慕尼克大學醫院(Munich,Germany)、蒂賓根大學醫院(Tübingen,Germany)。

所有患者在手術或屍檢前都獲得了書面知情同意。切除後組織立即進行冷休克處理，在分離TUMAP前儲存於-70℃或以下。

從組織樣本中分離HLA肽

根據方案(Falk et al.,1991；Seeger et al.,1999)略加修改，使用HLA-A*02特異性抗體BB7.2、HLA-A、HLA-B、HLAC特異性抗體W6/32、CNBr活化的瓊脂糖凝膠、酸處理和超濾方法以免疫沉澱法從實體組織中獲得了冷凍組織樣本的HLA肽庫。

質譜分析

獲得的HLA肽庫根據其疏水性用反相色譜(nanoAcquity UPLC system,Waters)分離，洗脫肽用裝有電噴霧源的LTQ-velos融合雜交質譜(ThermoElectron)進行了分析。肽庫被直接載入填充有1.7μm C18反相材料(Waters)的分析用熔煉石英微毛細管柱(75μm內徑x 250mm)，應用流速為400nL每分鐘。隨後，使用來自流速為300nL每分鐘、濃度為10%至33%溶劑B中的兩步180分鐘二元梯度法對肽進行分離。梯度由溶劑A(含0.1%甲酸的水)和溶劑B(含0.1%甲酸的乙腈)。金鍍膜玻璃毛細管(PicoTip,New Objective)用於引入到納升電噴霧源。使用前5(TOP5)策略在資料依賴模式下操作LTQ-Orbitrap質譜儀。簡言之，首先以高精確品質完全掃描在orbitrap開始一個掃描週期(R=30000)，之後用先前選定離子的動態排除技術在orbitrap中對5種含量最為豐富的前體離子進行MS/MS掃描(R=7500)。串聯質譜以SEQUEST和另一種手動控制器進行解讀。生成的自然肽破碎模式與合成序列相同參考肽的破碎模式進行比較後，確保了被識別的肽序列。

無標記相對LC-MS定量透過離子計數(即透過LC-MS功能提取和分析)來進行(Mueller et al.,2007)。該方法假定肽的LC-MS信號區域與樣本中其豐度相關。提取的特徵透過充電狀態去卷積和保留時間校 準進行進一步處理(Mueller et al.,2008；Sturm et al.,2008)。最後，所有的LC-MS特徵與序列鑒定結果交叉引用，以將不同樣本和組織的定量資料與肽呈遞特徵結合。定量資料根據集中資料以兩層方式進行正態化處理，以說明技術和生物學複製變異。因此，每個被識別的肽均可與定量資料相關，從而可得出樣本和組織之間的相對定量。此外，對候選肽獲得的所有定量資料進行手動檢查，以確保資料的一致性，並驗證自動化分析的準確度。對於每種肽，計算了提呈圖，其顯示樣本平均提呈量以及複製變化。這些特徵使黑色素瘤樣本與正常組織樣本的基線值並列。示範性過度提呈肽的提呈譜示於圖1中。示範性肽的提呈分數見表8。

實施例2

編碼本發明肽的基因的表達譜

與正常細胞相比在腫瘤細胞上一種肽過度提呈或特定提呈足夠其在免疫治療中有效使用，一些肽為腫瘤特異性的，儘管存在其源蛋白也存在于正常組織中。但是，mRNA表達譜增加了免疫治療目標肽選擇中其他級別的安全性。特別是對於具有高安全性風險的治療選擇，諸如親和力成熟的TCR，理想的目標肽將來源於對該腫瘤獨一無二且不出現于正常組織中的蛋白。

RNA來源與製備

手術切除組織標本按如上所述(參見實施例1)在獲得每名患者的書面知情同意後提供。手術後立即速凍腫瘤組織標本，之後在液態氮中用杵臼勻漿。使用TRI試劑(Ambion公司，Darmstadt，德國)之後用RNeasy(QIAGEN公司，Hilden，德國)清理從這些樣本中製備總RNA；這兩種方法都根據製造商的方案進行。

用於RNASeq實驗來自健康人體組織的總RNA獲得自：Asterand(Detroit,MI,USA & Royston,Herts,UK)、BioCat GmbH(Heidelberg,Germany)、BioServe(Beltsville,MD,USA)、Capital BioScience Inc.(Rockville,MD,USA)、Geneticist Inc.(Glendale,CA, USA)、Istituto Nazionale Tumori "Pascale"(Naples,Italy)、ProteoGenex Inc.(Culver City,CA,USA)、海德堡大學醫院(Heidelberg,Germany)。

用於RNASeq實驗來自腫瘤組織的總RNA獲得自：Asterand(Detroit,MI,USA & Royston,Herts,UK)、ProteoGenex Inc.(Culver City,CA,USA)、Tissue Solutions Ltd(Glasgow,UK)、蒂賓根大學醫院(Tübingen,Germany)。

所有RNA樣品的質量和數量在Agilent 2100生物分析儀(Agilent,Waldbronn，Germany)上使用RNA 6000 Pico LabChip試劑盒(Agilent)評估。

RNA序列實驗

通過新一代測序技術(RNAseq)由CeGaT(Tübingen,Germany)對腫瘤和正常組織的RNA樣本進行基因表達分析。簡言之，根據供應商的方案(Illumina Inc.,San Diego,CA,USA)，其中包括RNA碎片化、cDNA轉化和測序適配器的加入，利用Illumina HiSeq v4試劑盒準備測序文庫。從多個樣本獲得的文庫根據製造商的說明等摩爾混合並在Illumina HiSeq 2500定序器上測序，產生50bp的單端讀數。處理的讀數使用STAR軟體映射至人類基因 組(GRCh38)。根據ENSEMBL序列資料庫的說明(Ensemb177)，表達資料在轉錄水準設置為RPKM(每百萬映射讀數每千堿基讀數，由Cufflinks軟體生成)並在外顯子水準上設置(總讀數，由Bedtools軟體生成)。外顯子讀數被歸為外顯子長度和校準尺寸，以獲得RPKM值。

本發明的代表性源基因在黑色素瘤中高度過量表達的表達譜如圖2所示。進一步代表性基因的表達分數見表9。

實施例3

MHC-I類提呈肽的體外免疫原性

為了獲得關於本發明TUMAP的免疫原性資訊，發明人使用體外T細胞擴增分析方法進行了研究，其中該分析方法基於使用裝載肽/MHC複合物和抗CD28抗體的人工抗原提呈細胞(aAPC)進行反復刺激。用這種方法，發明人可顯示，本發明的HLA-A*0201限制TUMAP具有免疫原性，這表明這些肽為對抗人CD8+前體T細胞的T細胞表位(表10)。

CD8+ T細胞體外啟動

為了用載有肽-MHC複合物(pMHC)和抗CD28抗體的人工抗原提呈細胞進行體外刺激，發明人首先從University clinics Mannheim,Germany中獲取健康供體CD8微珠(Miltenyi Biotec,Bergisch-Gladbach,Germany)透過積極選擇白細胞清除術後新鮮HLA-A*02產物而分離出CD8+ T細胞。

PBMC和分離出的CD8+淋巴細胞使用前在T細胞培養基(TCM)中培養，培養基包括RPMI-Glutamax(Invitrogen公司，Karlsruhe，德國)並補充10%熱滅活人AB血清(PAN-Biotech公司，Aidenbach，德國)、100U/ml青黴素/100μg/ml鏈黴素(Cambrex公司，Cologne，德國)，1mM丙酮酸鈉(CC Pro公司，Oberdorla，德國)和20μg/ml慶大黴素(Cambrex公司)。在此步驟，2.5ng/ml的 IL-7(PromoCell公司，Heidelberg，德國)和10U/ml的IL-2(Novartis Pharma公司，Nürnberg，德國)也加入TCM。

對於pMHC/抗-CD28塗層珠的生成、T細胞的刺激和讀出，使用每刺激條件四個不同pMHC分子以及每個讀出條件8個不同的pMHC分子在高度限定的體外系統中進行。

純化的共刺激小鼠IgG2a抗人CD28抗體9.3(Jung et al.,1987)使用製造商(Perbio公司，波恩，德國)推薦的N-羥基琥珀醯亞胺生物素進行化學生物素化處理。所用珠為5.6μm的鏈黴抗生物素蛋白包裹的多聚苯乙烯顆粒(Bangs Labooratories，伊利諾州，美國)。

用於陽性和陰性對照刺激物的pMHC分別為A*0201/MLA-001(從Melan-A/MART-1中修飾制得的肽ELAGIGILTV(SEQ ID NO：339))和A*0201/DDX5-001(從DDX5中獲得的YLLPAIVHI(SEQ ID NO：340))。

800.000珠/200μl包裹於含有4 x 12.5ng不同生物素-pMHC的96孔板、進行洗滌，隨後加入體積為200μl的600ng生物素抗-CD28。在37℃下，在含5ng/ml IL-12(PromoCell)的200μl TCM中共培養1x10⁶ CD8+T細胞與2x10⁵的清洗塗層珠3天，從而啟動刺激。之後，一半培養基與補充80 U/ml IL-2的新鮮TCM進行交換，並且培養在37℃下持續4天。這種刺激性週期總共進行3次。對於使用每條件8種不同pMHC分子的pMHC多聚體讀出，二維組合編碼方法如前述使用(Andersen et al.,2012)，稍作修飾，涵蓋耦合至5種不同的螢光染料。最後，用Live/dead near IR染料(Invitrogen公司，Karlsruhe，德國)、CD8-FITC抗體克隆SK1(BD公司，Heidelberg，德國)和螢光pMHC多聚體而執行多聚體分析。對於分析，使用了配有合適鐳射儀和篩檢程序的BD LSRII SORP細胞儀。肽特異性細胞以占總CD8+細胞的百分比形式進行計算。多聚體分析結果使用FlowJo軟體(Tree Star公司，Oregon，美國)進行評估。特定多聚體+CD8+淋巴細胞的體外填裝用與陰性對照刺激組比較而進行檢測。如果健康供體中的至少一個可評價的體外刺激孔在體外刺激後發現含有特異性CD8+ T細胞株(即該孔包含至少1%特定多聚體+CD8+ T細胞，並且特定多聚體+的百分比至少為陰性對照刺激中位數的10倍)，則檢測給定抗原的免疫原性。

黑色素瘤肽體外免疫原性

對於受到測試的HLA-I類肽，可透過肽特異性T細胞株的生成證明其體外免疫原性。TUMAP特異性多聚體對本發明的2種肽染色後流式細胞儀檢測的 典型結果如圖3所示，同時也含有相應的陰性對照資訊。TUMAP特異性多聚體對本發明的3種肽染色後流式細胞儀檢測的其他典型結果如圖4所示，同時也含有相應的陰性對照資訊。本發明33種肽的結果匯總於表10A。本發明29種肽的其他結果匯總於表10B。

實施例4

肽的合成

所有的肽透過使用Fmoc策略以標準、廣為接受的固相肽合成法合成。每個肽的身份和純度已使用質譜和RP-HPLC分析法確定。用凍乾法(三氟乙酸鹽)獲得白色至類白色的肽，純度為>50%。所有的TUMAP優選作為三氟乙酸鹽或乙酸鹽進行給藥，其他藥用鹽形式也可以。

實施例5

MHC結合測定

本發明基於T細胞療法的候選肽進一步測試其MHC結合能力(親和性)。單個肽-MHC複合體透過UV-配體交換產生，其中，紫外線敏感肽經紫外線照射後裂解，與分析的相關肽交換。只有能夠有效地結合並穩定肽接受MHC分子的候選肽才能阻止MHC複合物的解離。為了確定交換反應的產率，將基於穩定MHC複合物輕鏈(β2m)的檢測結果進行ELISA測定。檢測總體上按照Rodenko等人在(Rodenko et al.,2006)中描述的方法進行。

96孔MAXISorp板(NUNC)在室溫下在PBS中以2ug/ml鏈黴包被過夜，四次洗滌並在37℃下在含封閉緩衝液的2% BSA中封閉1小時。折疊的HLA-A*02：01/MLA-001單體作為標準品，涵蓋15-500ng/ml的範圍。紫外線交換反應的肽-MHC單體在封閉緩衝液中稀釋100倍。樣本在37℃下孵育1小時，洗滌四次，在37℃下以2ug/ml HRP綴合抗-β2m溫育1小時，再次洗滌，並以NH2SO4封堵的TMB溶液進行檢測。在450nm處測量吸收。在生成和產生抗體或其片段時和/或T細胞受體或其片段時，通常優選顯示為高交換產率(優選為高於50%，最優選為高於75%)的候選肽，這是因為它們對MHC分子表現出足夠的親合力，並能防止MHC複合體的解離。

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Claims (32)

1. 一種肽，其包括選自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237組成群組的一個氨基酸序列、以及與SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237具有至少88%同源性的其變體序列、其中所述變體與主要組織相容性複合體(MHC)結合和/或誘導與該變體肽發生T細胞交叉反應，及其一種藥用鹽，其中所述肽不是一種全長多肽。
2. 如請求項1所述的肽或其變體，其中所述肽有能力與MHC-I或-II類分子結合，其中所述肽與MHC結合時能夠被CD4和/或CD8 T細胞識別。
3. 如請求項1或2所述的肽或其變體，其中氨基酸序列包括任意SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的一個連續的氨基酸延伸區。
4. 如請求項1或2所述的肽或其變體，其中所述肽或其變體的總長度為8至100個氨基酸、優選為8至30個氨基酸、更優選為8至16個氨基酸、最優選為該肽系由或基本系由根據任意SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237的氨基酸序列組成。
5. 如請求項1或2所述的肽或其變體，其中所述肽被修飾和/或包含非肽鍵。
6. 如請求項1或2所述的肽或其變體，其中所 述肽為融合蛋白的一部分，尤其包含HLA-DR抗原相關不變鏈(Ii)的N-端氨基酸。
7. 一種抗體，特別是可溶性或膜結合性抗體，優選為單克隆抗體或其片段，其特異性地識別如請求項1至5中任一項所述的肽或其變體，與MHC分子結合時優選為如請求項1至5中任一項所述的肽或變體。
8. 一種T細胞受體，優選為可溶性或膜結合性受體或其片段，其與HLA配體反應，其中所述配體是如請求項1至5中任一項所述的肽或其變體，與MHC分子結合時優選為如請求項1至5中任一項所述的肽或變體。
9. 如請求項8所述的T細胞受體，其中所述配體氨基酸序列與SEQ ID No.1至SEQ ID No.237中任一個至少88%相同，或其中所述配體氨基酸序列包括SEQ ID No.1至SEQ ID No.237任何之一。
10. 如請求項8或9所述的T細胞受體，其中所述T細胞受體作為可溶性分子提供並任選具有進一步的效應子功能，如免疫刺激域或毒素。
11. 一種適體，其特異性地識別如請求項1至5中任一項所述的肽或其變體，優選為如請求項1至 5中任一項所述的、與MHC分子結合的肽或變體。
12. 一種核酸，其編碼如請求項1至5中任一項所述的肽或其變體，如請求項7所述的抗體或其片段，如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段，任選連接到異源啟動子序列或表達所述核酸的表達載體。
13. 一種重組宿主細胞，其包含如請求項1至6中任一項所述的肽，如請求項7所述的抗體或其片段，如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段，或如請求項12所述的核酸或表達載體，其中所述宿主細胞優選為選自抗原提呈細胞，例如樹突細胞、T細胞或NK細胞。
14. 一種體外製備啟動的T淋巴細胞的方法，該方法包括將T細胞與載有抗原的人I或II類MHC分子進行體外連接，這些分子在合適的抗原提呈細胞表面或人工類比的抗原提呈細胞結構表面上表達足夠的一段時間從而以抗原特異性方式啟動T細胞，其中所述抗原為請求項1至4中任一項所述的肽。
15. 如請求項14中所述的方法製成的啟動T淋巴細胞，其有選擇性地識別一種細胞，該細胞提呈含請求項1至4中任一項給定氨基酸序列的多肽。
16. 一種藥物組合物，其包括至少一種活性成 分，該成分選自如請求項1至6中任一項所述的肽、如請求項7所述的抗體或其片段、如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段、如請求項11所述的適體、如請求項12所述的核酸或表達載體、如請求項13所述的宿主細胞或如請求項15所述的活化T淋巴細胞，或共軛或標記的活性成分以及一種藥用載體和任選的藥用賦形劑和/或穩定劑。
17. 一種用於製備如請求項1至6任一項中所述的肽或其變體、如請求項7所述的抗體或其片段或如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段的方法，所述方法包括培養如請求項13所述的宿主細胞以及從所述宿主細胞和/或其培養基中分離出所述肽或其變體、所述抗體或其片段或所述T細胞受體或其片段。
18. 如請求項1至6中任一項所述的肽、如請求項7所述的抗體或其片段、如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段、如請求項11所述的適體、如請求項12所述的核酸或表達載體、如請求項13所述的宿主細胞或如請求項15所述的活化T淋巴細胞在藥物中的用途。
19. 如請求項15中定義的有效量T細胞用於製造殺滅患者體內靶向細胞之藥物的用途，其中靶向 細胞提呈一種多肽，該多肽含如請求項1至4中任一項給定的氨基酸序列。
20. 如請求項1至6中任一項所述的肽、如請求項7所述的抗體或其片段、如請求項8或9所述的T細胞受體或其片段、如請求項11所述的適體、如請求項12所述的核酸或表達載體、如請求項13所述的宿主細胞或如請求項15所述的活化T淋巴細胞在製造抗癌藥物中的用途。
21. 如請求項20所述的用途，其中所述癌症為選自黑色素瘤、急性骨髓性白血病、乳腺癌、膽管癌、腦癌、慢性淋巴細胞性白血病、結直腸癌、食管癌、膽囊癌、胃癌、肝細胞癌、非霍奇金淋巴瘤、非小細胞肺癌、卵巢癌、胰腺癌、攝護腺癌、腎細胞癌、小細胞肺癌、膀胱癌和子宮癌和其他腫瘤的組，這些腫瘤顯示過度表達來自如任意SEQ ID No.1至SEQ ID No.237的肽所衍生的蛋白。
22. 一種套件，包括：(a)包含藥物組合物的容器，所述藥物組合物包含如請求項1至6任一項中所述的肽、如請求項7中所述的抗體或其片段、如請求項8或9中所述的T細胞受體或其片段、如請求項11中所述的適體、如請求項12中所述的核酸或表達載體、 如請求項13中所述的宿主細胞或如請求項15中所述的溶液或凍乾形式的活化T淋巴細胞。(b)可選地，第二個容器，其含有凍乾粉劑型的稀釋劑或重組溶液；(c)可選地，至少一種以上肽，選自由SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：237基團，以及(d)可選地，(i)使用溶液或(ii)重組和/或使用凍乾粉劑型的說明書。
23. 如請求項22所述的套件，進一步包括一個或多個(iii)緩衝劑，(iv)稀釋劑，(v)過濾液，(vi)針，或(v)注射器。
24. 一種用於生產個性化抗癌疫苗或用作個體患者的基於化合物的和/或細胞療法，所述方法包括：a)識別所述個體患者腫瘤樣本提呈的腫瘤相關肽(TUMAP)；b)將a)中確定的肽與已經接受過免疫原性預篩查和/或與正常組織相比在腫瘤中過度提呈的存儲庫的肽進行比較。c)選擇與患者中識別的TUMAP匹配的存儲庫中的至少一種肽；和d)製造和/或構想基於步驟c)的所述個性化疫苗或基於化合物的或細胞療法。
25. 如請求項24所述的方法，其中所述TUMAP透過以下方法識別：a1)將腫瘤樣本的表達資料與腫瘤樣本組織類型相應的正常組織樣本的表達資料進行比較，以識別在腫瘤樣本中過度表達或異常表達的蛋白；和a2)將表達資料與腫瘤樣本中MHC I類和/或II類分子結合的MHC配體序列相關聯，以識別腫瘤過度表達或異常的蛋白質衍生的MHC配體。
26. 如請求項24或25所述的方法，其中MHC配體的序列的確定方法是：洗脫來自腫瘤樣本分離的MHC分子結合肽，並測序洗脫配體。
27. 如請求項24或25所述的方法，其中該類型腫瘤樣本相應的正常組織樣本獲得自同一患者。
28. 如請求項24或25所述的方法，其中存儲庫包含的肽用基於以下步驟進行識別：aa.透過高度並行的方法，例如微陣列或基於測序的表達譜，進行全基因組信使核糖核酸(mRNA)表達分析，其包括識別相較于正常組織在惡性組織中過度表達的基因；ab.選擇步驟aa檢測到的特異性表達或過量表達的基因所編碼的肽，以及ac.透過選定的肽確定誘導體內T細胞反應，包括 使用健康供體或所述患者的人類T細胞的體外免疫原性測定；或ba.用質譜法識別來自所述腫瘤樣本的HLA配體；bb.透過高度並行的方法，例如微陣列或基於測序的表達譜，進行全基因組信使核糖核酸(mRNA)表達分析，其包括識別相較于正常組織在惡性組織中過度表達的基因；bc.比較識別的HLA配體與所述基因表達資料；bd.選擇步驟bc檢測到的特異性表達或過量表達的基因所編碼的肽；be.重新檢測腫瘤組織上來自步驟bd的選定TUMAP、其在健康組織上缺乏或不經常檢測到，並確定在mRNA水準上過度表達的相關性；以及bf.透過選定的肽確定誘導體內T細胞反應，包括使用健康供體或所述患者的人類T細胞的體外免疫原性測定。
29. 如請求項24或25所述的方法，其中存儲庫是否包括肽免疫原性由含有體外免疫原性實驗、個體HLA結合性患者免疫監測、MHC多聚體染色、ELISPOT分析和/或細胞內細胞因子染色的一種方法確定。
30. 如請求項24或25所述的方法，其中所述存儲庫包括選自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：338組成的組團的多個肽。
31. 如請求項24或25所述的方法，其進一步包括以下步驟：識別與該個體患者相應正常組織相比對所述腫瘤樣本具有唯一性的至少一種突變，以及選擇與突變相關並包含於疫苗或用於產生細胞療法的一種肽。
32. 如請求項31中所述的方法，其中所述至少一種突變透過全基因組測序鑒定。