SI9620098A - Detekcija genetskih predispozicij do paradentoze - Google Patents
Detekcija genetskih predispozicij do paradentoze Download PDFInfo
- Publication number
- SI9620098A SI9620098A SI9620098A SI9620098A SI9620098A SI 9620098 A SI9620098 A SI 9620098A SI 9620098 A SI9620098 A SI 9620098A SI 9620098 A SI9620098 A SI 9620098A SI 9620098 A SI9620098 A SI 9620098A
- Authority
- SI
- Slovenia
- Prior art keywords
- seq
- disease
- allele
- severe
- paradentosis
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
- C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
- C12P19/28—N-glycosides
- C12P19/30—Nucleotides
- C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10S435/00—Chemistry: molecular biology and microbiology
- Y10S435/81—Packaged device or kit
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Abstract
Opisana sta metoda in komplet za identifikacijo vzorca genskega polimorfizma pri pacientih z namenom povezave le-tega s povečano prisotnostjo težje oblike paradentoze. Komplet obsega sredstva za zbiranje DNA vzorcev in sredstva za določanje vzorca genskega polimorfizma, ki se ga zatem primerja s kontrolnimi vzorci, in sicer z namenom določanja dovzetnosti pacienta za težko obliko paradentoze.ŕ
Description
DETEKCIJA GENETSKIH PREDISPOZICIJ DO PARADENTOZE
PODROČJE TEHNIKE:
Izum se nanaša na metodo za detekcijo predispozicij do težjih oblik paradentoze.
PRIKAZ PROBLEMA:
Paradentoza je bolezen trdega in mehkega tkiva, ki podpira zobovje, katere glavni vzrok so ustne bakterije. Gingivitis (vnetje tkiva) je zgodnje stanje paradentoze, bolezenski znaki so pordečene, otečene in krvaveče dlesni. Gingivitis je ponavadi brez bolečin in v primeru, da se ne zdravi, lahko napreduje do paradentoze, kije opredeljena po stopnji uničenja tkiva: v blago, vmesno in težko obliko. Paradentoza je predvsem bolezen odraslih in ponavadi je ne detektirajo pred 35 letom starosti.
Bakterije, ki so prisotne v zobnem kamnu, povzročajo paradentozo. Strupi, ki jih bakterije v zobnem kamnu sintetizirajo, aktivirajo vnetne in imunske mehanizme telesa, ki v končni fazi povzročijo propad kosti in tkiv dlesni, ki podpirajo zobovje. Ko bolezen napreduje, se dlesen odlepi od zoba in tvori žepke, ki predstavljajo idealno okolje za nadaljevanje življenjskega cikla bakterije. Kljub temu pa določena mesta bakterij prenehajo biti aktivna. V patentu (United States 5,328,829) so predstavili metodo za določitev aktivnosti paradentoze v ustni votlini z meritvami interleukina IL-Ιβ ob straneh bolezenskega žarišča. Ugotovili so, da kajenje poveča možnost nastanka paradentoze in težje stopnje obolenja. Kljub temu pa ima veliko posameznikov nekadilcev paradentozo.
Za preteklih 15 let obstajajo dokazi, da se določene oblike paradentoze pojavijo pri mladih otrocih in najstnikih in daje ta oblika pogojena genetsko. Ta vrsta bolezni se pojavi samo v manjšem številu populacije in predstavlja predvsem težko obliko paradentoze pri individualnih osebah pred dopolnjeno starostjo pubertete ali osemnajstimi leti. Genski faktorji, ki so jih določili v teh primerih, vključujejo poznane biološke mehanizme, ki so najverjetneje predpogoj za individualne osebe s problemi z zdravjem. Do sedaj so bili poskusi za določitev genetskih faktorjev, ki so predpogoj za paradentozo pri odraslih, neuspešni.
Kljub neuspehom so od leta 1990 na voljo novi dokazi, ki izvirajo iz študije enojajčnih dvojčkov. Dokazi potijujejo pomembno vlogo genskega zapisa pri klinični predstavitvi paradentoze pri odraslih (Michalowicz in sod., 1991). Čeprav so študije dvojčkov pokazale, da je pri razvoju bolezni prisotna genetska komponenta, je niso identificirali. Koristno bi bilo identificirati odrasle paciente, ki so dovzetni za težko obliko paradentoze. Sedaj je možno genetsko testiranje za bolezni (United States Patents 4,582,788 in 5,110,920), ki so povezani z enim ali dvema genoma. Testiranje je možno, ko so ti geni identificirani. Namen testiranja je določiti rizični faktor osebe, ki nosi gene, da zboli za boleznijo (United States Patents 4,801,531, 4,666,828 in 5,268,267).
Kot pri vsaki povzročeni infekciji se sprožijo vnetni in drugi imunski mehanizmi telesa (United States Patents 5,328,829, kolona 1). Na splošno so imeli malo uspeha pri raziskavah usmerjenih na določene vnetne markerje in povezovanju le teh s težjo obliko paradentoze. Prav tako so bili omejeni in neuspešni poskusi določiti genetski vidik vnetnega odziva na paradentozo. Genetske variacije na več različnih področjih genskega zapisa, ki kontrolirajo vnetne in imunske odzive v boleznih z vnetnimi komponentami, so služile kot faktoiji pri določanju dovzetnosti za bolezen in stopnjo obolelosti. Osnova predstavljenega izuma je ugotoviti ali genetski faktorji, ki so povezani z vnetnimi in drugimi imunskimi odzivi, sovpadajo z stopnjo težavnosti paradentoze. Uporabno bi bilo, da se identificira genetske faktoije, in sočasno paciente, ki so potencialni kandidati za težavne oblike paradentoze pri odraslih.
RAZKRITJE IZUMA:
V predstavljenem izumu je na vpogled metoda za predpostavljanje povečane možnosti obolelosti za paradentozo v težji obliki. Metoda vključuje stopnjo izolacije DNA iz pacienta in detekcijo vzorca DNA polimorfizma za gene, ki kodirajo za IL-Ία in IL-Ιβ. Identificiran vzorec naj bi bil vrednoten s kontrolo, ki je sestavljena iz vzorcev določenih oblik paradentoze. Na ta način se identificira paciente, katerih vzorec genskega polimorfizma je povezan z dovzetnostjo do paradentoze. Pacienti, ki so določeni, da imajo definiran genotip, so lahko zdravljeni bolj agresivno v zgodnji fazi paradentoze, z namenom preprečiti težjo obliko bolezni.
Predstavljen izum predstavi komplet pripomočkov in reagentov za identifikacijo genskega polimorfizma pacienta, ki je povezan s težjo obliko paradentoze. Komplet vključuje pripomočke za zbiranje DNA vzorcev namenjenih za določitev genskega polimorfizma, ki je nato primerjan s kontrolnim vzorcem z namenom, da se določi dovzetnost pacienta za težjo obliko bolezni.
PODROBNO RAZKRITJE IZUMA:
Po izumu, ki je predstavljen tukaj, so pacienti z ali brez splošnih bolezenskih znakov identificirani, da imajo genske predispozicije za nevarno obliko paradentoze, z detekcijo prisotnega DNA polimorfizma v genski sekvenci za interleukina IL-Ία in IL-Ιβ. Težja oblika paradentoze je definirana, kot je prikazano spodaj. Težja oblika bolezni je določena s pacientovo bolezensko zgodovino: >10 interproksimalnih mest, ki merijo > 7 mm, z globino žepka (PD) > 7 mm, ki se pojavi na vsaj osmih zobeh. Dodatno klinična povezava (CAL) je merila > 5 mm na > 11 pregledanih mestih. Definicija nadalje zahteva, da je radiografija celotne ustne votline posneta v obdobju treh let in pokaže na > 7 interproksimalnih mestih izgubo kosti, kije > 50 %, na radiografiji celotne ustne votline je povprečna izguba kosti večja kot 30 %.
Alele, ki so povezane s težko obliko bolezni, so identificirane kot IL-1A alela 2 v kombinaciji z IL-1B (Taq\) alela 2. Določeno je bilo, daje verjetnostno razmerje (Odd razmerje (OR)) za težko obliko paradentoze 4.3, za paciente nekadilce, ki so nosilci vsaj ene kopije IL-1A alele 2 in EL-1B (TaqT) alele 2. OR za celotno skupino kadilcev in nekadilcev skupaj, ki so nosilci vsaj ene kopije EL-1A alele 2 in EL-IB (7Uč/I) alele 2 je 10.06, da imajo težko obliko bolezni.
Pri izumu, ki je predstavljen tukaj, je opisan komplet reagentov za identifikacijo vzorca genskega polimorfizma pacientov z namenom povezati le tega s povečano prisotnostjo težje oblike paradentoze. Ta komplet reagentov vsebuje sredstva za zbiranje DNA vzorcev in sredstva za določanje genskega polimorfizma za IL-1A in IL-1B. Vzorci so nato primerjani s kontrolnimi vzorci, z namenom določiti dovzetnost pacienta za težko obliko paradentoze.
DNA vzorci so pridobljeni iz krvi ali tkivnih vzorcev. Prednostno naj bi bila DNA izolirana iz celic krvi pridobljenih iz prsta pacienta, ki je absorbirana na absorpcijski papir. Nadalje je želeno, daje kri zbrana na AmpliCard™ (University of Sheffield, Department of Medicine and Pharmacology, Royal Hallamshire Hospital, Sheffield, England S10 2JF). DNA je nato izolirana iz posušenih krvnih točk in tarčna sekvenca je pomnožena z uporabo polimerazne verižne reakcije (PCR). Oligonukleotidni DNA začetniki, ki detektirajo specifično območje DNA polimorfizma v želenem genu, so pripravljeni tako, da je doseženo PCR pomnoževanje tarčne sekvence. Ta vključitev v izum ima prednost, ker je potrebna samo majhna količina krvi, s tem se izognemo potrebam po odvzemu krvi iz vene ali tkivne biopsije. Lahko pa uporabimo tudi druga sredstva za zbiranje DNA in določanja vzorca polimorfizma poznana v stanju tehnike.
Pomnožene DNA sekvence iz osnovne DNA so bile analizirane z uporabo restrikcij skih encimov, da se jim določi prisotnost genskega polimorfizma in ugotovi profil genskega polimorfizma pacienta.
Nekatere bolezni imajo izražene vnetne in druge imunološke komponente. Ena od primarnih komponent vnetja in drugih imunoloških odzivov je sinteza citokinov. Citokini so peptidni/proteinski imunomodulatoiji, ki se sintetizirajo v aktivnih imunskih celicah T limfocitih (T-celice), B limfocitih in manocitih/makrofagih. Citokini vključujejo interleukine (IL-1 do IL-15), stimulacijske faktoije kolonij (CSF) za granulocite in/ali makrofage (CSF-G, CSF-M. CSF-GM), tumorske nekrozne faktoije (TNF a in β) in interferone (IFN a, β, γ). Bazična aktivnost IL-1 vključuje kombinacijo aktivnosti IL-Ία in IL-Ιβ in IL-1 receptorskih antigonistov (IL-lra). (povzetek, Duff, 1993; in Basic and Clinical Immunology, 8Λ izdaja., 1994, Stiters, Terr & Parslow, uredniki, poglavje 9, strani 105-123). V United States Patent 5,328,829 so razkrili, daje IL-Ιβ detektiran v aktivnih mestih paradentoze, vendar niso poročali o povezanosti le tega s stanjem bolezni. Povezava med polimorfizmom enega citokina in bolezenskim stanjem je bila opisana za, na primer, sistematični Lupus Erythematosus, vnetje debelega črevesja (Ulcerative Colitis) in revmatični artritis (Juvenille Rheumatoid Arthritis) (Mansfield in sod., 1994; Verjans in sod., 1992; Blakemore in sod., 1994; McGuire in sod., 1994; McDowell in sod., 1995). Specifični polimorfizem v DNA sekvencah, ki kodirajo citokina IL-Ία in IL-Ιβ, je bil odkriti iri povezan s težavno obliko paradentoze. Polimorfizmi so sledeči;
IL-1 A; (kromosom 2 pri 2ql2-14)
Aleli bi-alelnega polimorfizma variacije ene baze (C/T) pri -889 sta identificirani z alelno specifično cepitvijo z restrikcij skimi encimi. Gen je identificiran kot IL-1A, medtem ko produkt (citokin) nosi ime IL-Ία. Alela 1 je označena s C in alela 2 je označena s T pri 889. Polno prepoznavno mesto restrikcij skega encima je ustvarjeno z vnosom delnega restrikcij skega mesta z mutacijo v PCR reakciji z modificiranimi sekvencami začetnikov.
Po restrikciji produkta z restrikcij skimi encimi, so DNA fragmenti ločeni elektroforetsko po velikosti.
Iz imenovanega gela (ali Southern blota pregledanega z radioaktivno označeno interno DNA sekvenco) so identificirane alele s polimorfizmom. Fragment (večji), ki ni bil cepljen, predstavlja redko alelo pri človeški populaciji severne Evrope.
IL-1B: (kromosom 2; 2ql2-14)
Dva bi-alelna polimorfizma sta lahko zaznana v dveh različnih PCR produktih z uporabo alelno specifičnih cepitev v naravno zastopanih mestih v alelah. Identifikacija alel poteka po velikosti fragmentov pridobljenih z restrikcijo in ločitvijo fragmentov po velikosti na agaroznem gelu. Gen je imenovan IL-1B in produkt (citokin) IL-Ιβ. Mesta polimorfizma sta variaciji v eni bazi (C/T) pri -551 (imenovan kot IL-1B (Aval)) in pri +3953 (imenovan kot IL-1B (7a<7l)) in sta lahko detektirana z alelno-specifično cepitvijo ob uporabi restrikcij skih encimov. Za vsak polimorfizem je alela 1 označena s C in alela 2 s T.
Vzorec polimorfizma citokinov pacienta, t.i. alelna porazdelitev, je bila nato primerjana s kontrolnimi vzorci. Kontrole so dobljene iz pacientov z različnimi stopnjami bolezni: brez paradentoze, blago, srednje blago in težko obliko paradentoze pri odraslih pacientih. Pacientov profil polimorfizma so primerjali s profilom polimorfizma zdravih ljudi in pacientov z različno stopnjo paradentoze po ustaljenih kliničnih kriterijih, kar omogoča določitev predispozicij za dovzetnost do paradentoze. Z enim stavkom, kontrole so zagotovljene, da etnično povežejo poznane genske variacije v podpopulaciji.
Veijetnostno Odd razmerje (povprečen relativni rizik) izhaja iz testa primerjave med profilom alelnega polimorfizma (genotip) pri specifični lokaciji in razvojem bolezni in/ali obliko bolezni. S tem se pridobi informacijo napovedovanja, ki bo uporabljena v kliničnem spremljanju paradentoze.
Zgoraj predstavljena diskusija omogoča zasnovo za komplet reagentov in pripomočkov, ki bodo služila identifikaciji vzorca genskega polimorfizma pacienta povezanega s povečano nevarnostjo pojava paradentoze. Določitev rizičnosti obolenje v težki obliki omogoča preventivno delovanje preprečevanja nastajanja bolezni. Nadalje paciente, ki imajo dvojni rizični faktor, kajenje in genotip, ki je primeren za razvoj težje oblike paradentoze, se lahko natančno spremlja, zaradi tega, ker je njihov rizik za težko obliko bolezni zelo visok.
Metode uporabljene v izumu in koristnost predstavljenega izuma sta lahko prikazana s sledečimi primeri.
PRIMERI:
DOLOČITEV POLIMORFIZMA IN POVEZANOSTI Z BOLEZNIJO
Splošne metode
Reakcije in tehnike DNA manipulacij smo izvajali, če ni omenjeno drugače, po navodilih Sambrook in sod., (1989), (Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press). Metodologijo, ki je predstavljena v United States Patents 4,666,828 in 4,801,531 in 5,272,057 in McDowell in sod., (1995) smo prav tako uporabili, če ni omenjeno drugače.
Pri PCR smo uporabili encime GIBCO BRL, PCR aparature (Perkin-Elmer ali Biometra). Uporabili smo restrikcij ska encima Ncol in Taql (Promega (US)) in restrikcij ska encima Aval in Bsw36I (NEB (US)).
Izbira pacienta in klasifikacija bolezni
Z uporabo protokola zapisanega pri avtorju (McDowell in sod., 1995) smo določili genski polimorfizem povezan s paradentozo odraslih. Ker kajenje zakrije vpliv, so bili genetski faktorji povezani z nevarno stopnjo bolezni določeni pri nekadilcih. Skupino odraslih, ki so bili drugače zdravi, so pregledali na zobni kliniki, z namenom da se določi obliko paradentoze. Študija prvenstveno vključuje posameznike iz območja severne Evrope. Vsak od pacientov je bil pregledan, ali je bolezen prisotna, in na kakšni stopnji razvoja je prisotna bolezen v štirih parametrih. Štirje parametri so: izguba povezave med dlesni in zobom (CAL; clinical attachment loss), globina žepa, gingivitis in približna izguba kosti. Odvzet je bil vzorec krvi. Opravljena je bila izolacija DNA in določen je bil genski polimorfizem na genskem lokusu IL-1A in IL-1B. Poleg tega je bila pridobljena zobna zgodovina vsakega pacienta, ki je vključevala tudi specifična vprašanja družinske zgodovine bolezni, kot so: diabetes, bolezni srca in ožilja, zgodnja izguba zob, kot tudi ali so bili kadilci.
Z namenom določanja statusa paradentoze je bila pri vsakem pacientu določena globina ustnih žepkov (PD; pocket depth), umik dlesni (R), prisotnost zobnega kamna (Pl) in krvavitve ob poizkusu (BOP, bleeding on probing). CAL je bil izračunan iz globine žepkov
Ί in umika dlesni. Radiografija je pokazala izgubo kosti. Na osnovi teh meritev so bili pacienti uvrščeni v skupine: zdrav pacient, blaga, srednje blaga in težka oblika paradentoze.
Vsi klinični parametri so bili izračunani na šestih površinah (zunanja stran zoba; levo sredina, desno distal buccal, buccal, mesial buccal; notranja stran zoba; levo, sredina, desno mesial lingual, lingual in distal lingual) vsakega zoba (razen tretjega kočnika), kar je prineslo do 168 mest. Vse radiografske spremenljivke so bile izračunane na dveh površinah vsakega zoba, kar predstavlja 56 mest.
Klasifikacija stopnje bolezni:
Zdrav pacient: pacienti, ki imajo globino žepov < 4 mm, brezhibno CAL, interproksimalno CAL <2 mm in < 15 % radiografske izgube kosti. Nezaznaven pojav zobnega kamna, gingivitisa in odstopanja dlesni.
Blaga do srednje blaga paradentoza: Pred 35 letom nobenega pojava te bolezni. Predstavljeni pacienti z ne več kot dvema manjkajočima zoboma, med katere se ne uvršča tretji kočnik, zobje uporabljeni za ortodontsko terapijo in zobje izgubljeni zaradi poškodb. Pacienti imajo PD > 6 mm na petih od devetih interproksimalnih mestih. Vsaj dva od kvalificiranih interproksimalnih mest se morata pojaviti v različnih kvadrantih. Gingivitis (kot rezultat BOP) se pojavi na vsaj dveh kvadrantih. Radiografija vse ustne votline naj bi pokazala manj kot štiri interproksimalna mesta z > 50 % izgube kosti. Radiografija celotne ustne votline, da mora biti izguba kosti manjša od 25 %. V tej klasifikaciji ni določen CAL.
Težka oblika paradentoze: Pacienti, ki imajo > 10 interproksimalnih mest, ki merijo > 7 mm, z PD > 7 mm, ki se pojavi na vsaj osmih zobeh. CAL izmerjen > 5 mm na > 11 mestih. Radiografija celotne ustne votline posneta v zadnjih treh letih, ki prikazuje > 7 interproksimalnih mest z > 50 % izgube kosti, na radiogramu celotne ustne votline pomeni izgubo kosti večjo kot 30 %.
Statistična analiza χ2 analiza je bila uporabljena. Veijetnostno Odd razmerje (relativno tveganje) je izračunano iz 2 x 2 frekvence porazdelitve za dvosmerno statistično klasifikacijo, kot je razloženo pri avtoiju Woolf, 1955.
Pomnoževanie s PCR in cepitev z restrikcijskimi encimi
Protokoli za izbrane alele
IL-1A
Polimorfna variacija v eni bazi (C/T) IL-1A gena pri nukleotidu -889 je bila identificirana, kot sledi:
PREGLED: PCR pomnožitev genomske tarčne molekule. V začetniku je bil en nukleotid ne-komplementaren tarčni molekuli, tako da je tvoril Ncol restrikcijsko mesto v primeru prisotnega nukleotida C na -889 mestu.
ZAČETNIKI: Predstavljeni oligonukleotidni začetniki so bili sintetizirani z ABI DNA sintetizatorjem na osnovi sekvence genoma (Furutani in sod., 1986; GENBANK ΧΟ3833). 5' TGT TCT ACC ACC TGA ACT AGG C 3’ (-967/-945) (SEQ ID NO: 1)
5' TTA CAT ATG AGC CTT CCA TG 3’ (-888/-869) (SEQ ID NO: 2)
PCR POGOJI:
[96 °C (1 minuto)] 1 cikel;
[94 °C (1 minuto), 46 °C (1 minuto), 72 °C (1 minuto)] 40 ciklov;
[72 °C (4 minute)] 1 cikel;
REZANJE Z RESTRIKCIJSKIMI ENCIMI: Restrikcija je potekala z Ncol pri 37 °C 8 ur. Fragmenti so bili ločeni po velikosti z 8 % PAGE ali 2 % agarozno gelsko elektroforezo.
PREDPOSTAVLJENI REZULTATI RESTRIKCIJE:
Alela 1 (C): Ncol restrikcija PCR produkta alele 1 bo dala 83 in 16 baznih parov (bp) dolga fragmenta.
Alela 2 (Τ): Ncol restrikcija PCR produkta alele 2 bo neučinkovita in bo dala 99 baznih parov (bp) dolg produkt.
EL-IB 64val)
Polimorfna variacija v eni bazi (C/T) IL-1B gena pri nukleotidu -511 je bila identificirana, kot sledi:
PREGLED: PCR pomnožitev genomske tarčne molekule. V začetniku je bil en nukleotid ne-komplementaren tarčni molekuli, tako daje tvoril Aval restrikcijsko mesto na aleli 1 (C) in /ta/361 restrikcijsko mesto na aleli 2 (T).
ZAČETNIKI: Predstavljeni oligonukleotidni začetniki so bili sintetizirani z ABI DNA sintetizatoijem na osnovi sekvence genoma (Clark in sod., 1986; GENBANK Χ04500).
5' TGG CAT TGA TCT GGT TCA TC 3' (-702/-682) (SEQ ID NO: 3)
5' GTT TAG GAA TCT TCC CAC TT 3' (-417/-397) (SEQ ID NO: 4)
PCR POGOJI:
[95 °C (2 minuto)] 1 cikel;
[95 °C (1 minuto), 53 °C (1 minuto), 74 °C (1 minuto)] 35 ciklov;
[72 °C (4 minute)] 1 cikel;
REZANJE Z RESTRIKCIJSKIMI ENCIMI: Restrikcija je potekala pri 37 °C 8 ur. Fragmenti so bili ločeni po velikosti z 8 % PAGE.
PREDPOSTAVLJENI REZULTATI RESTRIKCIJE:
Alela 1 (C): Aval restrikcija PCR produkta alele 1 bo dala 190 in 114 bp dolga fragmenta. 2?sh36I restrikcija PCR produkta alele 1 ne bo učinkovita in bo dala 304 bp dolg fragment. Alela 2 (Τ): Aval restrikcija PCR produkta alele 2 bo neučinkovita in bo dala 304 bp dolg produkt. Bsu361 restrikcija PCR produkta alele 2 bo dala 190 in 114 bp dolga fragmenta.
IL-1B (ΓααΙ)
Polimorfna variacija v eni bazi (C/T) IL-1B genu pri nukleotidu +3953 je bila identificirana, kot sledi:
PREGLED: PCR pomnožitev genomske tarčne molekule. V začetniku je bil en nukleotid ne-komplementaren tarčni molekuli, tako daje tvoril Taql restrikcijsko mesto kot pozitivna kontrola. Taql restrikcijsko mesto je prisotno v nativni tarčni molekuli.
ZAČETNIKI: Predstavljeni oligonukleotidni začetniki so bili sintetizirani z ABI DNA sintetizatoijem na osnovi sekvence genoma (Clark in sod., 1986; GENBANK Χ04500).
5’ CTC AGG TGT CCT CGA AGA AAT CAA A 3' (+3844/+3868) (SEQ ID NO: 5)
5' GCT TTT TTG CTG TGA GTC CCG 3' (+4017/+4037) (SEQ ID NO: 6)
PCR POGOJI:
[95 °C (2 minuto)] 1 cikel;
[95 °C (1 minuto), 67.5 °C (1 minuto), 74 °C (1 minuto)] 38 ciklov;
[72 °C (8 minute)] 1 cikel,
REZANJE Z RESTRIKCIJSKIMI ENCIMI: Restrikcija je potekala pri 60 °C 8 ur. Fragmenti so bili ločeni po velikosti z 8 % PAGE.
PREDPOSTAVLJENI REZULTATI RESTRIKCIJE:
Alela 1 (C). Tagl restrikcija PCR produkta alele 1 bo dala 12, 85 in 97 bp dolge fragmente. Alela 2 (Τ): Tagl restrikcija PCR produkta alele 2 bo dala 12 in 182 dolga fragmenta.
REZULTATI:
Odrasli, kadilci in nekadilci, so bili pregledani za prisotnost paradentoze in stopnjo bolezenskega stanja z uporabo kliničnega kriterija, kot je razloženo zgoraj. Rezultati so prikazani v tabeli 1.
TABELA 1
| Skupina | H | M | S | |||
| N | 49 | 42 | 42 | |||
| povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | |
| BOP* | 10.44 | 7.77 | 20.84 | 10.91 | 26.37 | 13.63 |
| PD | 2.84 | 0.49 | 3.85 | 0.3 | 4.31 | 0.46 |
| CAL | 2.68 | 0.89 | 4.31 | 0.5 | 8.66 | 1.33 |
| #>49% | 0 | 0 | 0.48 | 0.67 | 14.8 | 7.6 |
| %bl | 11.8 | 2 | 22.4 | 2.6 | 41.8 | 8.3 |
Okrajšave, ki so uporabljene v tabeli: PD (globina žepka), BOP (krvavitev ob poizkusu),
CAL (klinična izguba povezave), #>49% (število mest, kjer je izguba kosti večja kot 49%), %bl (procent izgube kosti), S.D. (standardna deviacija); H=zdravi, M=blagi/srednje blagi,
S=težki, * prikazuje signifikantnost na vsaj 95% zaupanja.
V tabeli 2 so prikazani klinični podatki in primerjava le teh med kadilci in nekadilci. V tabeli je prikazana signifikantna razlika med popolnim kliničnim stanjem bolezni med kadilci in nekadilci.
TABELA 2
| Kadilci | Ne | Da | P | |||
| N | 100 | 36 | ||||
| povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | |||
| BOP | 17.4 | 11.9 | 22.85 | 0.14 | 0.042 | * |
| PD | 3.42 | 0.62 | 3.97 | 0.78 | 4E-04 | ** |
| CAL | 3.98 | 1.61 | 5.7 | 2.08 | 1E-04 | ** |
| N | 98 | 35 | ||||
| #>49% | 2.43 | 5.82 | 11.59 | 9.88 | 1E-04 | ** |
| %bl | 20.53 | 10.83 | 36.76 | 13.04 | 1E-04 | ** |
Okrajšave so enake kot v tabeli 1.
Tabela 3 predstavlja povzetek in podaja primerjavo kliničnih dognanj za IL-1A aleli 1 in 2. Alelni genotip za vsak gen je predstavljen z dvojnim številom, na primer, 1/1, ki predstavlja homozigotnost alel 1, 1/2 predstavlja heterozigotnost za aleli 1 in 2, itd. Kjer je genotip podan kot alela 2, to predstavlja, da je vsaj ena kopija alele prisotna. Analiza je bila opravljena z nekadilci. Kot so predstavljeni podatki v tabeli 2, imajo kadilci, kot skupina, težjo obliko bolezni, tako da niso vključeni v analizo za genetsko predispozicijo. Podatki v tabeli 3 prikazujejo, daje povezava bistvena med težjo obliko bolezni in nosilci IL-1A alelo 2 predvsem, ko se opazuje procent izgube kosti, CAL in PD. Analizirana populacija vključuje vse skupine bolezni pri nekadilcih.
TABELA 3
| IL-1A | 1/1 | 1/2 ali 2/2 | ||||
| N | 44 | 54 | ||||
| povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | P | ||
| BOP | 16.7 | 12.7 | 18 | 11.6 | 0.598 | |
| PD | 3.28 | 0.65 | 3.36 | 0.58 | 0.58 | |
| CAL | 3.62 | 1.48 | 4.3 | 1.56 | 0.036 | * |
| #>49% | 1.48 | 4.83 | 3.2 | 6.45 | 0.133 | |
| %bl | 17.41 | 8.77 | 23.19 | 11.36 | 0.006 | ** |
Okrajšave so enake kot v tabeli 1.
V tabeli 4 so izvedene analize za IL-lB(7aq4) aleli 1 in 2 enako kot zgoraj.
TABELA 4
| IL-lB(7b?I) | 1/1 | 1/2 ali 2/2 | |||
| N | 51 | 47 | |||
| • | povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | P |
| BOP | 18.3 | 12.1 | 18.6 | 12 | 0.341 |
| PD | 3.35 | 0.56 | 3.5 | 0.67 | 0.234 |
| CAL | 3.82 | 1.44 | 4.18 | 1.79 | 0.278 |
| #>49% | 1.73 | 6.07 | 3.18 | 6.5 | 0.218 |
| %bl | 18 | 9.14 | 22.32 | 11.9 | 0.123 |
Okrajšave so enake kot v tabeli L
V tabeli 5 so predstavljene analize za paciente ki so imeli (+) genotip IL-1A alele 2 in IL1B (7b<7l) alele 2 proti tistim, ki tega niso imeli, (-) genotip. Bolj natančno, (-) genotip je IL-1 A(l/1) plus IL-1B (7a?I) (1/1 ali 1/2 ali 2/2) ali BL-1 A (1/2 ali 2/2) plus IL-1B (7h^I) (1/1). Genotip (+) je IL-1 A (1/2 ali 2/2) v kombinaciji z IL-1B (7b?I) (1/2 ali 2/2).
TABELA 5
| Genotip | - | + | ||||
| N | 63 | 35 | ||||
| povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | P | ||
| BOP | 16.2 | 12.0 | 19.5 | 11.9 | 0.194 | |
| PD | 3.32 | 0.59 | 3.62 | 0.64 | 0.023 | * |
| CAL | 3.7 | 1.41 | 4.52 | 1.83 | 0.026 | * |
| #>49% | 1.43 | 4.60 | 4.22 | 7.26 | 0.0.44 | * |
| %bl | 18.13 | 8.74 | 25.03 | 12.3 | 0.005 | ** |
Okrajšave so enake kot v tabeli 1.
Porazdelitev alel za IL-1A in EL-1B (Taq\) glede na stopnjo bolezni pacientov je bila določena in je prikazana v tabeli 6.
TABELA 6
VSI SUBLJEKTI
| genotip pacienta | porazdelitev po stopnji bolezni* | |||
| IL-1A | IL-1B (7b?I) | zdravi | blaga/srednje blaga oblika | težka oblika |
| 1/1 | 1/1, 1/2, 2/2 | 30, 61.2% | 16,38.1% | 19, 44.2% |
| 1/2, 2/2 | 1/1 | 8, 16.3% | 10, 23.8% | 8, 18.6% |
| 1/2, 2/2 | 1/2, 2/2 | 11,22.4% | 16,38.1% | 15,35.7% |
| 49, 100% | 42, 100% | 42, 100% |
*porazdelitev je podana v številu pacientov v vsaki kategoriji in procent pacientov, ki pripadajo omenjeni kategoriji.
V tabeli 7 so predstavljeni rezultati za EL-1A in LL-lB(TaqI) pri nekadilcih. 64.7% pacientov s težjo obliko bolezni je imelo genotip IL-1A 1/2 ali 2/2 in DL-1B (7a^I) 1/2 ali 2/2, kar je dokaz, da prisotnost alele 2, kot heterozigotni ali homozigotni genotip, vodi do dovzetnosti za težjo obliko bolezni.
TABELA 7
NEKADILCI
| genotip | pacienta | porazdelitev po stopnji bolezni* | ||
| IL-1A | IL-1B (7i^I) | zdravi | blaga/srednje blaga oblika | težka oblika |
| 1/1 | 1/1, 1/2, 2/2 | 27, 61.4% | 13, 35.2% | 4, 23.5% |
| 1/2, 2/2 | 1/1 | 7, 15.9% | 10, 27.0% | 2, 11.8% |
| 1/2, 2/2 | 1/2, 2/2 | 10, 22.7% | 14, 37.8% | 11,64.7% |
| 44, 100% | 37, 100% | 17, 100% |
*porazdelitev je podana v številu pacientov v vsaki kategoriji in procent pacientov, ki pripadajo omenjeni kategoriji.
Verjetnostno Odd razmerje (predpostavljeno relativno tveganje) izhaja iz povezave med polimorfizmom alel (genotip) IL-1A aleli 2 in IL-1B (7TzcyI) aleli 2 in razvojem bolezni in/ali stopnje oblike bolezni. Verjetnostno razmeije je izračunano z uporabo tabel frekvence porazdelitve za dvosmerno statistično klasifikacijo kot je prikazano v tabeli 8. Za izračun verjetnostnega razmerja se uporablja formula: (A x D)/(C χ B) (Woolf, 1955).
TABELA 8
Primer tabele frekvence porazdelitve za dvosmerno statistično klasifikacijo
| Genotip inserta | fenotip 1 | fenotip 2 |
| Prisoten | A | B |
| Odsoten | C | D |
Kot je prikazano v tabeli 9, imajo pacienti, ki so kadilci ali pacienti, kateri imajo genotip IL-1A alela 2 v kombinaciji z IL-1B (Taql) alela 2 ((+) genotip), večjo verjetnost kot tisti, ki nimajo tega genotipa, da bodo zboleli za težjo obliko bolezni; imajo verjetnostno razmerje 10.06:1. Med nekadilci (Tabela 10) je veijetnostno razmerje 4.3:1 za paciente z genotipom EL-1A alela 2 v kombinaciji z IL-1 B (Taqi) alela 2.
TABELA 9
Verjetnostno razmerje za vse subjekte
| Kadilci ali genotip: IL-1A alela 2 in IL-1B (TaqP) alela 2 | težja oblika bolezni | zdrav ali blaga/srednje blaga oblika bolezni |
| Prisoten | 36 | 34 |
| Odsoten | 6 | 57 |
OR=10.06 (3.84-26.35) χ2=26.95 (p<0.0001)
TABELA 10
Verjetnostno razmerje pri nekadilcih
| Genotip. EL-1 A alela 2 in IL-1B (Taql) alela 2 | težja oblika bolezni | zdrav ali blaga/srednje blaga oblika bolezni |
| Prisoten | 11 | 24 |
| Odsoten | 6 | 57 |
OR=4.3 χ2=7.53 (p<0.006)
Klinični rezultati za nekadilce ali tarčni genotip EL-1 A alela 2 v kombinaciji z IL-1B (Taql) alela 2 (+ genotip) je prikazano v tabeli 11.
Porazdelitev alel za IL-1 A in IL-1B (Aval) je bila določena za nekadilce (n=100) in je predstavljena v tabeli 12. Od pacientov s težjo obliko bolezni jih je 36 % imelo genotip IL1A 1/2 ali 2/2 in IL-1B (Aval) 1/2 ali 2/2.
TABELAH
| N | 63 | 70 | ||||
| povprečje | S.D. | povprečje | S.D. | P | ||
| BOP | 16.24 | 12.01 | 21.01 | 12.98 | 0.0617 | ** |
| PD | 8.32 | 0.59 | 3.79 | 0.73 | 0,0008 | ** |
| CAL | 3.7 | 1.41 | 5.12 | 2.05 | 0.0001 | ** |
| #>49% | 1.43 | 4.60 | 7.86 | 9.24 | 0.00001 | ** |
| %bl | 18.13 | 8.74 | 30.32 | 13.68 | 0.00001 | ** |
Okrajšave so enake kot v tabeli 1.
TABELA 12 NEKADILCI
| genotip pacienta | porazdelitev po stopnji bolezni* | |||
| IL-1A | IL-1B (Αναΐ) | zdravi | blaga/srednje blaga oblika | težka oblika |
| 1/1 | 1/1, 1/2, 2/2 | 27,61.4% | 13, 35.2% | 4,21.1% |
| 1/2, 2/2 | 1/1 | 11,25.0% | 10, 27.0% | 8, 42.1% |
| 1/2, 2/2 | 1/2, 2/2 | 6, 13.6% | 14, 37.8% | 7, 36.8% |
| 44, 100% | 37, 100% | 19, 100% |
*porazdelitev je podana v številu pacientov v vsaki kategoriji in procent pacientov, ki pripadajo omenjeni kategoriji.
Med nekadilci je verjetnostno razmerje 0.85 za tiste paciente z genotipom IL-1A alela 2 plus IL-1B ¢4 ral) alela 2 (tabela 13). Ta genska kombinacija ne kaže povezave s stopnjo paradentoze.
TABELA 13
Verjetnostno razmeije pri nekadilcih
| Genotip: IL-1 A alela 2 plus IL-1B (Aval) alela 2 | težja oblika bolezni | zdrav ali blaga/srednje blaga oblika bolezni |
| Prisoten | 10 | 46 |
| Odsoten | 9 | 35 |
Predstavljeni podatki prikazujejo, da so bili subjekti z nevarno obliko bolezni v 86 % kadilci ali so imeli tarčni genotip, IL-1A alela 2 v kombinaciji z IL-1B (Taql) alela 2. Od subjektov, ki niso bili kadilci ali bili nosilci tarčnega genotipa, v 90.5 % ni imelo težke oblike bolezni. Od subjektov, ki so bili, ali kadilci, ali so imeli tarčni genotip, je 52.1 % imelo nevarno obliko bolezni neodvisno od katerega koli rizičnega faktorja.
Predstavljeni izum glede na dobljene rezultate predstavlja metodo za identifikacijo pacientov, ki so v rizični skupini za težko obliko paradentoze. ki s tem omogoča zgodnje zdravljenje.
V prijavi je omenjenih nekaj publikacij in patentov. Popolni citati publikacij in patentov, ki so omenjeni v prijavi, so razvrščene v seznamu. Publikacije omenjene tukaj so v tekst vključene kot reference, z namenom popolnejše razlage stanja tehnike, iz katerega izhaja izum.
Izum je predstavljen na ilustrativen način. Razumeti je, da je terminologija , ki je bila uporabljena, namenjena razlagi in naj ne bi omejevala okvirov izuma.
Očitno je, da je mogoče predstavljeni izum izvesti v modifikacijah in variacijah z uporabo zgoraj predstavljenih tehnik. Razumeti je, da je v okviru predstavljenih zahtevkov, izum lahko izveden drugače kot je specifično razložen.
REFERENCE:
Blakemore in sod., Interleukin-1 receptor antagonist gene polymorphism as a severity factor in systematic lupus erythematosus. Arthritis and Reumatism 37 (9). 13801385, (1994).
Clark in sod., Genomic sequence for human prointerleukin 1 beta: possible evolution from a reverse transcribed prointerleukin 1 alpha gene. Nucl Acids Res 14: 7897-7914, (1986) (published erratum appears in Nucleic Acids Res 15 (2): 868 (1987)).
de Giovine in sod., Single base polymorphism at -511 in human interleukin-1 β gene (ΙΣΙβ). Human Molecular Genetics 1 (6): 450, (1992).
Duff, Cytokines and anti cytokines. Br J Rheumatol 32 (Suppl 1): 15-29, (1993).
Furutani in sod., Complete nucleotide sequence of the gene for human interleukin 1 alpha. Nucl Acids Res 14: 3167-3179, (1986).
Mansfield in sod., Novel genetic association between ulcerative colitis and the antiinflammatory cytokine interleukin 1 receptor antagonist. Gastroenterology 106: 637642, (1994).
McDovvell in sod., A genetic association between juvenile rheumatoid arthritis and novel interleukin-1 alpha polymorphism. Arthritis & Rheumatism (in press 1995).
McGuire in sod., Variation in the TNF-α promoter region associated with susceptibility to cerebral malaria. Nature 371: 508-511, (1994).
Michalowicz in sod., Periodontal findings in adult twins. J Periodontol 62: 293-299, (1991).
Basic and Clinical Immunology, osma izdaja, uredniki: Stites, Terr & Parslow, poglavje 9, ss. 105-123.
Verjans in sod., Polymorphism of the tumor necrosis factor region in relation to disease: An overview. Rheum Dis Ciin North Am 18: 177-186, (1992).
Wilson in sod., Single base polymorphism in the human Tumor Necrosis Factor alpha (TNFa) gene detectable by Ncol restriction of PCR product. Human Molecular Genetics 1 (5): 353 (1992).
Woolf, B., Estimating the relationship between blood groups and disease. Annals of
Human Genetics 19: 251-253, (1955).
LISTA SEKVENC:
(1) SPLOŠNE INFORMACIJE:
(i) PRIJAVITELJ: Komman, Kenneth S.
Duff, Gordon W.
(ii) NASLOV IZUMA: Detecting Genetic Predisposition to Periodontal
Disease (Detekcija genetskih predispozicij do parosontoze) (iii) ŠTEVILO SEKVENC: 6 (iv) NASLOV ZA DOPISOVANJE:
(A) NASLOV: Aquilino & Welsh (B) ULICA: 2121 Crystal Dri ve, Suite 503 (C) MESTO: Arlington (D) DEŽELA: Virginia (E) DRŽAVA: US (F) POŠTNA ŠTEVILKA: 22202 (v) BRALNA OBLIKA RAČUNALNIKA:
(A) TIP MEDIJA: Flopi disk (B) KOMPJUTER: IBM PC kompatibilen (C) OPERACIJSKI SISTEM: PC-DOS/ MS-DOS (D) RAČUNALNIŠKI PROGRAM: Patentln Release #1.0, Verzija #1.30 (vi) DATUM PRIJAVE:
(A) ŠTEVILKA PRIJAVE:
(B) DAN PRIJAVE:
(C) KLASIFIKACIJA:
(viii) INFORMACIJE O ZASTOPNIKU/ODVETNIKU:
(A) IME: Welsh, John L.
(B) REGISTRACIJSKA ŠTEVILKA: 33,621 (C) REFERENČNA ŠTEVILKA: MSS-002 (ix) TELEKOMUNIKACIJSKE INFORMACIJE:
(A) TELEFON: (703) 920-1122 (B) TELEFAKS: (703) 920-3399 (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NO. 1.
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP: nukleinska kislina (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA: linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 1: TGT TCT ACC ACC TGA ACT AGG C (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NO:2:
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP. nukleinska kislina (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA: linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 2: TTA CAT ATG AGC CTT CCA TG (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NOJ:
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP: nukleinska kislina • (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA: linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 3: TGG CAT TGA TCT GGT TCA TC (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NO:4:
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP: nukleinska kislina (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA, linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 4: GTT TAG GAA TCT TCC CAC TT (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NOJ:
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP: nukleinska kislina (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA, linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 5: CTC AGG TGT CCT CGA AGA AAT CAA A (2) INFORMACIJE ZA SEQ ID NO:6:
(i) KARAKTERISTIKE SEKVENCE:
(A) DOLŽINA: 22 baznih parov (B) TIP: nukleinska kislina (C) VERIŽNOST: enojna (D) TOPOLOGIJA: linearna (xi) IME SEKVENCE: SEQ ID NO: 6: GCT TTT TTG CTG TGA GTC CCG
Claims (7)
1. Komplet reagentov in pripomočkov za identifikacijo genskega polimorfizma pri IL-1A in IL-1B genih pacientov, povezanega s težjo obliko paradentoze, označen s tem, da vključuje sredstva in reagente za določitev genskega polimorfizma in vključuje pomnoževanje tarčne DNA sekvence z uporabo polimerazne verižne reakcije (PCR), pri kateri so uporabljeni PCR začetniki:
TGT TCT ACC ACC TGA ACT AGG C (SEQ ID NO: 1)
TTA CAT ATG AGC CTT CCA TG (SEQ ID NO: 2)
TGG CAT TGA TCT GGT TCA TC (SEQ ID NO: 3)
GTT TAG GAA TCT TCC CAC TT (SEQ ID NO: 4)
CTC AGG TGT CCT CGA AGA AAT CAA A (SEQ ID NO: 5) GCT TTT TTG CTG TGA GTC CCG (SEQ ID NO: 6).
2. Metoda za napovedovanje težje oblike paradentoze, označena s tem, da vključuje postopke, ki so sestavljeni iz:
- izolacije genomske DNA pacienta,
- identifikacije genskega polimorfizma za interleukina EL-Ια in IL-Ιβ po izolaciji genomske DNA pacienta,
- primeijave dobljenih vzorcev s kontrolnimi vzorci poznanih stopenj bolezni, in
- predstavitve pacientov z izraženim vzorcem genskega polimorfizma, ki je povezan s težjo obliko paradentoze.
3. Metoda po zahtevku 2, označena s tem, da so kontrolni vzorci etnično primerjani s kontrolnimi vzorci, za katere je poznana stopnja oblike bolezni.
4. Metoda po zahtevku 2, označena s tem, da imenovani korak za identifikacijo genskega polimorfizma pri DNA za IL-1A in IL-1B gena, vključuje pomnoževanje tarčne DNA sekvence s polimerazno verižno reakcijo (PCR), kjer so uporabljeni PCR začetniki:
TGT TCT ACC ACC TGA ACT AGG C (SEQ ID NO: 1)
TTA CAT ATG AGC CTT CCA TG (SEQ ID NO: 2)
TGG CAT TGA TCT GGT TCA TC (SEQ ID NO: 3)
GTT TAG GAA TCT TCC CAC TT (SEQ ID NO: 4)
CTC AGG TGT CCT CGA AGA AAT CAA A (SEQ ID NO: 5)
GCT TTT TTG CTG TGA GTC CCG (SEQ ID NO. 6).
5. Metoda po zahtevku 2, označena s tem, da korak identifikacije genskega polimorfizma DNA za EL-1A in IL-1B, vključuje rezanje z restrikcijskimi encimi, ki so Ncol, Taql, Aval in Bsu36\.
6. Metoda po zahtevku 2, označena s tem, da je vzorec DNA genskega polimorfizma EL1A alelo 2 in IL-1B (Taql) alele 2 povezan s težko obliko bolezni.
7. Metoda po zahtevku 2, označena s tem, da je vzorec DNA genskega polimorfizma s prisotnostjo vsaj ene kopije IL-1A alele 2 povezana s težko obliko bolezni.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/510,696 US5686246A (en) | 1995-08-03 | 1995-08-03 | Detecting genetic predisposition to periodontal disease |
| PCT/US1996/012455 WO1997006180A1 (en) | 1995-08-03 | 1996-08-02 | Detecting genetic predisposition to periodontal disease |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| SI9620098A true SI9620098A (sl) | 1998-10-31 |
Family
ID=24031795
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| SI9620098A SI9620098A (sl) | 1995-08-03 | 1996-08-02 | Detekcija genetskih predispozicij do paradentoze |
Country Status (25)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US5686246A (sl) |
| EP (2) | EP0853630A4 (sl) |
| JP (1) | JP4042811B2 (sl) |
| KR (1) | KR19990036067A (sl) |
| CN (1) | CN1198166A (sl) |
| AR (1) | AR003182A1 (sl) |
| AT (1) | ATE207927T1 (sl) |
| AU (1) | AU719965B2 (sl) |
| BR (1) | BR9604044A (sl) |
| CA (1) | CA2228424C (sl) |
| DE (1) | DE69616478T2 (sl) |
| DK (1) | DK0769560T3 (sl) |
| ES (1) | ES2166866T3 (sl) |
| ID (1) | ID17246A (sl) |
| IL (1) | IL123053A (sl) |
| IS (1) | IS4653A (sl) |
| MX (1) | MX9800941A (sl) |
| MY (1) | MY132156A (sl) |
| NO (1) | NO980439L (sl) |
| NZ (1) | NZ315836A (sl) |
| PT (1) | PT769560E (sl) |
| SI (1) | SI9620098A (sl) |
| TW (1) | TW406130B (sl) |
| WO (1) | WO1997006180A1 (sl) |
| ZA (1) | ZA966585B (sl) |
Families Citing this family (44)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6951721B2 (en) * | 1996-02-12 | 2005-10-04 | Gene Logic Inc. | Method for determining the haplotype of a human BRCA1 gene |
| GB9621129D0 (en) | 1996-10-10 | 1996-11-27 | Duff Gordon W | Detecting genetic predisposition to sight-threatening diabetic retinopathy |
| US6210877B1 (en) * | 1997-03-10 | 2001-04-03 | Interleukin Genetics, Inc. | Prediction of coronary artery disease |
| US6524795B1 (en) * | 1997-03-10 | 2003-02-25 | Interleukin Genetics, Inc. | Diagnostics for cardiovascular disorders |
| US7820383B2 (en) | 1997-03-10 | 2010-10-26 | Interleukin Genetics, Inc. | Method for diagnosing myocardial infarction |
| GB9711040D0 (en) | 1997-05-29 | 1997-07-23 | Duff Gordon W | Prediction of inflammatory disease |
| GB9723553D0 (en) * | 1997-11-07 | 1998-01-07 | Duff Gordon W | Prediction of the risk of chronic obstructive airway disease |
| US20050282198A1 (en) * | 1997-05-29 | 2005-12-22 | Interleukin Genetics, Inc. | Diagnostics and therapeutics for diseases associated with an IL-1 inflammatory haplotype |
| AU9217198A (en) * | 1997-09-03 | 1999-03-22 | Oncormed | Method for predicting prognosis and treatment response for genetically based abnormalities |
| HUP0301197A2 (hu) * | 1997-11-07 | 2003-07-28 | Interleukin Genetics, Inc. | Diagnosztikumok és terápiás hatóanyagok idült obstruktív légúti megbetegedés kezelésére |
| US6746839B1 (en) | 1998-01-12 | 2004-06-08 | Interleukin Genetics, Inc. | Diagnostics and therapeutics for an obstructive airway disease |
| US6130042A (en) * | 1998-03-05 | 2000-10-10 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Compositions and methods for diagnosing periodontal disease |
| US20050032077A1 (en) * | 1998-03-10 | 2005-02-10 | Duff Gordon W. | Detecting genetic predisposition to sight-threatening diabetic retinopathy |
| US6733967B1 (en) | 1998-04-21 | 2004-05-11 | Interleukin Genetics, Inc. | Fetal testing for prediction of low birth weight |
| WO1999054707A2 (en) * | 1998-04-21 | 1999-10-28 | Interleukin Genetics, Inc. | Fetal testing for prediction of low birth weight |
| US6251598B1 (en) * | 1998-10-30 | 2001-06-26 | Interleukin Genetics, Inc. | Methods for diagnosing sepsis |
| US20090023147A1 (en) * | 1999-08-30 | 2009-01-22 | Kenneth Kornman | Diagnostics and therapeutics for osteoporosis |
| US6225069B1 (en) * | 2000-02-29 | 2001-05-01 | The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas | Methods to identify genetic predisposition to alzheimer's disease |
| US20030124524A1 (en) * | 2000-06-23 | 2003-07-03 | Kenneth Kornman | Screening assays for identifying modulators of the inflammatory or immune response |
| US7054758B2 (en) * | 2001-01-30 | 2006-05-30 | Sciona Limited | Computer-assisted means for assessing lifestyle risk factors |
| DE10112348A1 (de) * | 2001-03-13 | 2002-10-02 | Antje Roetger | Nukleotidträger zur Diagnose und Therapie oraler Erkrankungen |
| AU2002320100A1 (en) * | 2001-06-15 | 2003-01-02 | Interleukin Genetics, Inc. | Methods for detecting and treating the early onset of aging-related conditions |
| US20080311581A1 (en) * | 2001-11-19 | 2008-12-18 | David Wyllie | Functional polymorphisms of the interleukin-1 locus affecting transcription and susceptibility to inflammatory and infectious diseases |
| AU2002359431A1 (en) * | 2001-11-19 | 2003-06-10 | Interleukin Genetics, Inc. | Functional polymorphisms of the interleukin-1 locus affecting transcription and susceptibility to inflammatory and infectious diseases |
| US20070264645A1 (en) * | 2002-01-25 | 2007-11-15 | Kenneth Kornman | IL-1 gene cluster and associated inflammatory polymorphisms and haplotypes |
| US20030148288A1 (en) * | 2002-02-01 | 2003-08-07 | Yi-Wei Tang | Colorimetric genetic test for clinically significant TNF polymorphism and methods of use thereof |
| US20040229228A1 (en) * | 2002-07-25 | 2004-11-18 | Northwestern University | Il-1 genotype in early kidney allograft rejection |
| ES2302959T3 (es) | 2002-09-30 | 2008-08-01 | Novartis Ag | Metodos para predecir elevacion del colesterol durante una terapia inmunodepresora. |
| JP2007501627A (ja) * | 2003-08-08 | 2007-02-01 | インタールーキン ジェネティックス インク | 骨粗鬆症のための診断法および治療法 |
| US20070003947A1 (en) * | 2005-01-18 | 2007-01-04 | Decarlo Arthur A | Detecting genetic risk for periodontal disease |
| AU2006208286A1 (en) | 2005-01-26 | 2006-08-03 | Amgen Fremont Inc. | Antibodies against interleukin-1 beta |
| WO2007050794A2 (en) * | 2005-10-25 | 2007-05-03 | Interleuken Genetics, Inc. | The il-1 gene cluster and associated inflammatory polymorphisms and haplotypes |
| WO2008060627A2 (en) * | 2006-11-15 | 2008-05-22 | Interleukin Genetics, Inc. | The il-1 gene cluster, insulin resistance and coronary artery disease associated polymorphisms and haplotypes and methods of using same |
| US7925192B2 (en) * | 2007-09-04 | 2011-04-12 | Ricoh Company, Ltd. | Developing roller, developing device, process cartridge, and image forming apparatus |
| WO2009061506A2 (en) * | 2007-11-08 | 2009-05-14 | Interleukin Genetics, Inc. | Diagnostics for aging-related dermatologic disorders |
| WO2009135219A2 (en) * | 2008-05-02 | 2009-11-05 | Interleukin Genetics, Inc. | Detecting genetic predisposition to osteoarthritis associated conditions |
| ES2708826T3 (es) * | 2008-05-02 | 2019-04-11 | Orig3N Inc | Detección de la predisposición genética a afecciones asociadas a la osteoartritis |
| JP6138692B2 (ja) | 2010-12-09 | 2017-05-31 | インターロイキン ジェネティクス， インコーポレイテッド | 歯周病の重症度および進行を決定するための改良された方法およびキット |
| US10894985B2 (en) | 2016-01-12 | 2021-01-19 | Sitokine Limited | Methods for predicting response to treatment |
| US10329620B2 (en) | 2017-01-12 | 2019-06-25 | Cardioforecast Ltd. | Methods and kits for treating cardiovascular disease |
| KR101894018B1 (ko) * | 2017-02-09 | 2018-08-31 | 주식회사 테라젠이텍스 | 치주 질환의 위험도를 예측하기 위한 조성물, 마이크로어레이, 및 키트, 및 이를 이용한 방법 |
| EP3980561A1 (en) | 2019-06-06 | 2022-04-13 | Sitokine Limited | Compositions and methods for treating lung, colorectal and breast cancer |
| WO2021028469A1 (en) | 2019-08-12 | 2021-02-18 | Sitokine Limited | Compositions and methods for treating cytokine release syndrome and neurotoxicity |
| WO2021205013A1 (en) | 2020-04-09 | 2021-10-14 | Sitokine Limited | Compositions and methods for treating covid-19 |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4582788A (en) * | 1982-01-22 | 1986-04-15 | Cetus Corporation | HLA typing method and cDNA probes used therein |
| US5110920A (en) * | 1982-01-22 | 1992-05-05 | Cetus Corporation | HLA typing method and DNA probes used therein |
| US4738927A (en) * | 1982-03-31 | 1988-04-19 | Ajinomoto Co. Inc. | Gene coded for interleukin-2 polypeptide, recombinant DNA carrying the said gene, a living cell line possessing the recombinant DNA, and method for producing interleukin-2 using the said cell |
| US4666828A (en) * | 1984-08-15 | 1987-05-19 | The General Hospital Corporation | Test for Huntington's disease |
| US4801531A (en) * | 1985-04-17 | 1989-01-31 | Biotechnology Research Partners, Ltd. | Apo AI/CIII genomic polymorphisms predictive of atherosclerosis |
| US5206344A (en) * | 1985-06-26 | 1993-04-27 | Cetus Oncology Corporation | Interleukin-2 muteins and polymer conjugation thereof |
| US4772685A (en) * | 1985-10-02 | 1988-09-20 | Merck & Co., Inc. | Immunogenic peptides of human interleukin-1 and the corresponding anti-peptide antibodies |
| US4992367A (en) * | 1986-05-12 | 1991-02-12 | Hoffmann-La Roche Inc. | Enhanced expression of human interleukin-2 in mammalian cells |
| US5268267A (en) * | 1987-08-21 | 1993-12-07 | The General Hospital Corporation | Method for diagnosing small cell carcinoma |
| US5158871A (en) * | 1988-02-12 | 1992-10-27 | University Of Connecticut | Method of using magnetic particles for isolating, collecting and assaying diagnostic ligates |
| US5272057A (en) * | 1988-10-14 | 1993-12-21 | Georgetown University | Method of detecting a predisposition to cancer by the use of restriction fragment length polymorphism of the gene for human poly (ADP-ribose) polymerase |
| US5215895A (en) * | 1989-11-22 | 1993-06-01 | Genetics Institute, Inc. | Dna encoding a mammalian cytokine, interleukin-11 |
| US5328829A (en) * | 1990-07-05 | 1994-07-12 | Forsyth Dental Infirmary For Children | Method of determining sites of active periodontal disease |
-
1995
- 1995-08-03 US US08/510,696 patent/US5686246A/en not_active Expired - Lifetime
-
1996
- 1996-08-01 MY MYPI96003155A patent/MY132156A/en unknown
- 1996-08-02 KR KR1019980700732A patent/KR19990036067A/ko not_active Application Discontinuation
- 1996-08-02 AR ARP960103869A patent/AR003182A1/es unknown
- 1996-08-02 WO PCT/US1996/012455 patent/WO1997006180A1/en not_active Application Discontinuation
- 1996-08-02 CN CN96197316A patent/CN1198166A/zh active Pending
- 1996-08-02 CA CA002228424A patent/CA2228424C/en not_active Expired - Lifetime
- 1996-08-02 BR BR9604044A patent/BR9604044A/pt active Search and Examination
- 1996-08-02 NZ NZ315836A patent/NZ315836A/en unknown
- 1996-08-02 EP EP96928022A patent/EP0853630A4/en not_active Ceased
- 1996-08-02 AU AU67633/96A patent/AU719965B2/en not_active Ceased
- 1996-08-02 SI SI9620098A patent/SI9620098A/sl unknown
- 1996-08-02 JP JP50848497A patent/JP4042811B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 1996-08-03 TW TW085109393A patent/TW406130B/zh active
- 1996-08-03 ZA ZA9606585A patent/ZA966585B/xx unknown
- 1996-08-05 DK DK96305770T patent/DK0769560T3/da active
- 1996-08-05 DE DE69616478T patent/DE69616478T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1996-08-05 AT AT96305770T patent/ATE207927T1/de not_active IP Right Cessation
- 1996-08-05 ES ES96305770T patent/ES2166866T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1996-08-05 PT PT96305770T patent/PT769560E/pt unknown
- 1996-08-05 ID IDP962236A patent/ID17246A/id unknown
- 1996-08-05 EP EP96305770A patent/EP0769560B1/en not_active Expired - Lifetime
-
1998
- 1998-01-19 IS IS4653A patent/IS4653A/is unknown
- 1998-02-02 NO NO980439A patent/NO980439L/no not_active Application Discontinuation
- 1998-02-02 MX MX9800941A patent/MX9800941A/es not_active IP Right Cessation
- 1998-10-26 IL IL12305398A patent/IL123053A/xx not_active IP Right Cessation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| IL123053A (en) | 2000-01-31 |
| CA2228424A1 (en) | 1997-02-20 |
| ES2166866T3 (es) | 2002-05-01 |
| PT769560E (pt) | 2002-04-29 |
| KR19990036067A (ko) | 1999-05-25 |
| JP2001517067A (ja) | 2001-10-02 |
| AU719965B2 (en) | 2000-05-18 |
| NO980439L (no) | 1998-03-13 |
| BR9604044A (pt) | 1998-06-09 |
| NZ315836A (en) | 1999-10-28 |
| CA2228424C (en) | 2005-12-27 |
| DE69616478T2 (de) | 2002-08-08 |
| AU6763396A (en) | 1997-03-05 |
| EP0853630A4 (en) | 1999-10-27 |
| CN1198166A (zh) | 1998-11-04 |
| IS4653A (is) | 1998-01-19 |
| DK0769560T3 (da) | 2002-02-18 |
| DE69616478D1 (de) | 2001-12-06 |
| ID17246A (id) | 1997-12-11 |
| MX9800941A (es) | 1998-10-31 |
| TW406130B (en) | 2000-09-21 |
| EP0853630A1 (en) | 1998-07-22 |
| EP0769560A3 (en) | 1999-11-24 |
| ZA966585B (en) | 1997-02-26 |
| ATE207927T1 (de) | 2001-11-15 |
| MY132156A (en) | 2007-09-28 |
| JP4042811B2 (ja) | 2008-02-06 |
| NO980439D0 (no) | 1998-02-02 |
| IL123053A0 (en) | 1998-12-06 |
| WO1997006180A1 (en) | 1997-02-20 |
| EP0769560A2 (en) | 1997-04-23 |
| US5686246A (en) | 1997-11-11 |
| EP0769560B1 (en) | 2001-10-31 |
| AR003182A1 (es) | 1998-07-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| SI9620098A (sl) | Detekcija genetskih predispozicij do paradentoze | |
| Gonzales et al. | Single‐nucleotide polymorphisms in the IL‐4 and IL‐13 promoter region in aggressive periodontitis | |
| Shapira et al. | Genetic polymorphism of the tumor necrosis factor (TNF)‐α promoter region in families with localized early‐onset periodontitis | |
| Allen et al. | Application of carrier testing to genetic counseling for X-linked agammaglobulinemia. | |
| US5879884A (en) | Diagnosis of depression by linkage of a polymorphic marker to a segment of chromosome 19P13 bordered by D19S247 and D19S394 | |
| Ainsworth et al. | Example of somatic mosaicism in a series of de novo neurofibromatosis type 1 cases due to a maternally derived deletion | |
| Shin et al. | Association of Eotaxin gene family with asthma and serum total IgE | |
| IL129390A (en) | Method and kit for detecting genetic predisposition to sight-threatening diabetic retinopathy | |
| Freitas et al. | Analysis of IL-1A (-889) and TNFA (-308) gene polymorphism in Brazilian patients with generalized aggressive periodontitis | |
| WO2002000933A2 (en) | Screening assays for identifying modulators of the inflammatory or immune responses | |
| US8748096B2 (en) | Spinocerebellar ataxia type 8 and methods of detection | |
| WO1992000386A1 (en) | Methods for detecting spinal muscular atrophy type i and types ii/iii and marker therefor | |
| EP1954810B1 (en) | Genetic variants of human inositol polyphosphate-4-phosphatase, type i (inpp4a) useful for prediction and therapy of immunological disorders | |
| Dupuy‐Gorce et al. | DNA polymorphisms in linkage disequilibrium at the 3 ‘end of the human APO AII gene: relationships with lipids, apolipoproteins and coronary heart disease | |
| US7858763B2 (en) | Transforming growth factor beta 1 (TGFβ1) haplotypes and prediction of susceptibility for immunological disorders | |
| Lovering et al. | Identification of deletions in the btk gene allows unambiguous assessment of carrier status in families with X-linked agammaglobulinaemia | |
| Rubiati et al. | Relation of Susceptibility to Periodontitis and Tumor Necrosis Factor Alpha G-308A Polymorphism in Indonesian Males | |
| WO1996017081A1 (en) | Assessment for treatment with neuroleptic agents | |
| Nam et al. | IL-1 gene polymorphisms in Korean periodontitis patients | |
| Mottes et al. | Haplotype analysis of collagen type I genes in the general population and in osteogenesis imperfecta families | |
| Daiger et al. | Linkage mapping and molecular studies of autosomal forms of retinitis pigmentosa | |
| WO1999054499A1 (en) | Method of analysis of chronic wounds |