RU2020102949A - Определение соотношения нуклеиновых кислот - Google Patents

Определение соотношения нуклеиновых кислот Download PDF

Info

Publication number
RU2020102949A
RU2020102949A RU2020102949A RU2020102949A RU2020102949A RU 2020102949 A RU2020102949 A RU 2020102949A RU 2020102949 A RU2020102949 A RU 2020102949A RU 2020102949 A RU2020102949 A RU 2020102949A RU 2020102949 A RU2020102949 A RU 2020102949A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
normalized value
cell
organism
virus
drug
Prior art date
Application number
RU2020102949A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2803339C2 (ru
Inventor
Элисон Велиян ТОДД
Николь Элизабет ЛИМА
Original Assignee
Спидкс Пти Лтд
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from AU2017905138A external-priority patent/AU2017905138A0/en
Application filed by Спидкс Пти Лтд filed Critical Спидкс Пти Лтд
Publication of RU2020102949A publication Critical patent/RU2020102949A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2803339C2 publication Critical patent/RU2803339C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/18—Testing for antimicrobial activity of a material
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/10—Gene or protein expression profiling; Expression-ratio estimation or normalisation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851—Quantitative amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/20—Supervised data analysis
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/50—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for simulation or modelling of medical disorders
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/26—Infectious diseases, e.g. generalised sepsis

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Artificial Intelligence (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (127)

1. Способ нормировки количественных данных, полученных в результате амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, указанный способ включает
(i) получение количественных данных
в результате амплификации геномной ДНК первого гена и РНК, транскрибированной с указанного первого гена, и
в результате амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК в указанной клетке, организме или вирусе; и
(ii) применение указанных количественных данных для получения нормированного значения (nV), представляющего собой отношение количеств:
указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена, к таковым для указанной геномной ДНК, которая не транскрибируется,
присутствующих в образце нуклеиновых кислот перед проведением указанной амплификации, причем указанную геномную ДНК первого гена и РНК, транскрибированную с первого гена, а также указанную последовательность нетранскрибируемой ДНК совместно амплифицируют в одной реакции.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой число копий ампликона, и указанный способ включает
получение значения A (vA), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных в результате амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена, и значения B (vB), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных из последовательности нетранскрибируемой ДНК;
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
vA/vB = nV
или эквивалентной его формы.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой число копий ампликона, и указанный способ включает
получение значения X (vX), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных в результате: амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с указанного первого гена и амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с по меньшей мере одного дополнительного гена;
получение значения B (vB), представляющего собой общее количество ампликонов, полученных с последовательности нетранскрибируемой ДНК,
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения:
vX / (vB x (X+1)) = nV
или эквивалентной его формы,
где X представляет собой количество указанного(-ых) дополнительного(-ых) гена(-ов).
4. Способ по п. 2 или 3, отличающийся тем, что амплификация представляет собой цифровую полимеразную цепную реакцию (цПЦР).
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой пороговое значение (Ct), и указанный способ включает
получение порогового значения цикла CtA для амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена,
получение порогового значения цикла CtB для амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК; и
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
2CtB - CtA = nV
или эквивалентной его формы.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанные количественные данные представляют собой пороговое значение (Ct), и указанный способ включает
получение порогового значения цикла CtX для: амплификации указанных геномной ДНК и транскриптов РНК указанного первого гена и амплификации геномной ДНК и транскриптов РНК с по меньшей мере одного дополнительного гена;
получение порогового значения цикла CtB для амплификации последовательности нетранскрибируемой ДНК; и
вычисление нормированного значения (nV) с применением уравнения
2CtB - CtX/ (X +1) = nV
или эквивалентной его формы,
где X представляет собой количество указанного(-ых) дополнительного(-ых) гена(-ов).
7. Способ по п. 5 или 6, отличающийся тем, что амплификация представляет собой количественную полимеразную цепную реакцию (кПЦР).
8. Способ по любому из пп. 1 - 7, отличающийся тем, что последовательность нетранскрибируемой ДНК представляет собой геномную ДНК.
9. Способ по любому из пп. 1 - 8, дополнительно включающий проведение указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса.
10. Способ по любому из пп. 1 - 9, отличающийся тем, что указанные нуклеиновые кислоты из клетки, организма или вируса представляют собой экстракт общих нуклеиновых кислот.
11. Способ по любому из пп. 1 - 10, отличающийся тем, что любую указанную амплификацию проводят, применяя: полимеразную цепную реакцию (ПЦР), полимеразную цепную реакцию с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), амплификацию с замещением цепи (SDA), изотермическую амплификацию с формированием петель (LAMP), амплификацию по типу катящегося кольца (RCA), рекомбиназную полимеразную амплификацию (RPA), геликаза-зависимую амплификацию (HDA), амплификацию на основе встраивания в цепь (SIBA), опосредованную транскрипцией амплификацию (TMA), самоподдерживающуюся репликацию последовательностей (3SR), амплификацию, основанную на последовательности нуклеиновых кислот (NASBA), или любую комбинацию перечисленных способов амплификации.
12. Способ по любому из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
13. Способ по любому из пп. 1 - 12, дополнительно включающий:
получение нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-), чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
15. Способ по п. 13 или п. 14, отличающийся тем, что
нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или ниже нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), то это свидетельствует об отсутствии транскрипционной активности; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, выше нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), то это свидетельствует о наличии транскрипционной активности.
16. Способ по любому из пп. 13 - 15, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-):
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для отсутствия транскрипции (nV-) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
18. Способ по любому из пп. 13 - 17, дополнительно включающий
получение нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для наличия транскрипции (nV+), чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
20. Способ по п. 18 или 19, отличающийся тем, что
нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) используют в качестве исходного значения для оценки транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, ниже нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), то это свидетельствует о недостатке или отсутствии транскрипционной активности; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или выше нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), то это свидетельствует о наличии транскрипционной активности.
21. Способ по любому из пп. 18 - 20, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для наличия транскрипции (nV+) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
22. Способ по п. 21, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
23. Способ по п. 13, дополнительно включающий
получение нормированного значения для отсутствия транскрипции (nV-), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них нет транскрипционной активности;
получение нормированного значения для наличия транскрипции (nV+), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которые известно, что у них есть транскрипционная активность; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с:
(i) нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-) и нормированным значением для наличия транскрипции (nV+), или
(ii) совокупным нормированным значением для транскрипции (nV+), промежуточным между нормированным значением для отсутствия транскрипции (nV-) и нормированным значением для наличия транскрипции (nV+),
чтобы посредством этого оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+) рассчитывают с применением уравнения
(nV+) + (nV-) / 2 = (nV+)
или эквивалентной его формы.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что указанное совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений для отсутствия транскрипции (nV-) и/или нормированных значений для наличия транскрипции (nV+); и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное совокупное нормированное значение для транскрипции (nV+) позволяет предсказать наличие или отсутствие транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
27. Способ по любому из пп. 12 - 26, отличающийся тем, что уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе оценивают с целью определения любого одного или нескольких из следующих признаков:
жизнеспособности исследуемой клетки или исследуемого организма;
являются ли исследуемые клетка, организм или вирус живыми или мертвыми;
нарушения транскрипции в исследуемых клетке, организме или вирусе.
28. Способ по любому из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса, отличающийся тем, что
указанную клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, и
указанное нормированное значение (nV) сравнивают с контрольным нормированным значением (cnV), полученным с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они:
(i) устойчивы к указанному лекарственному средству; или
(ii) чувствительны к указанному лекарственному средству,
чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
29. Способ по любому из пп. 1 - 11 или 28, дополнительно включающий
получение нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они чувствительны к указанному лекарственному средству; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для чувствительности к лекарственному средству (dsV), чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству в клетке, организме или вирусе, при этом указанные клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот.
30. Способ по п. 29, отличающийся тем, что нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
31. Способ по п. 29 или п. 30, отличающийся тем, что
нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия устойчивости или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, выше нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), то это свидетельствует об устойчивости к лекарственному средству; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или ниже нормированного значения для чувствительности к лекарственному средству (dsV), то это свидетельствует о чувствительности к лекарственному средству.
32. Способ по любому из пп. 29 - 31, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они чувствительны к указанному лекарственному средству; и/или
обеспечено совместно с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для чувствительности к лекарственному средству (dsV) позволяет предсказать наличие или отсутствие:
(i) устойчивости к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; или
(ii) чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
33. Способ по п. 32, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
34. Способ по любому из пп. 1 - 11 или 28, дополнительно включающий
получение нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), полученного с применением серии указанных нормированных значений (nV), полученных для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они устойчивы к указанному лекарственному средству; и
сравнение нормированного значения (nV), полученного в результате указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, с нормированным значением для устойчивости к лекарственному средству (drV), чтобы посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству в клетке, организме или вирусе, при этом указанные клетку, организм или вирус подвергают воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) представляет собой среднее значение, полученное для указанной серии указанных нормированных значений (nV).
36. Способ по п. 34 или 35, отличающийся тем, что
нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) используют в качестве исходного значения для оценки наличия или отсутствия устойчивости или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; и
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, равно или выше нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), то это свидетельствует об устойчивости к лекарственному средству; или
если нормированное значение (nV), полученное путем указанной амплификации нуклеиновых кислот из клетки, организма или вируса, ниже нормированного значения для устойчивости к лекарственному средству (drV), то это свидетельствует о чувствительности к лекарственному средству.
37. Способ по любому из пп. 34 - 36, отличающийся тем, что указанное нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV)
включает статистическую вариабельность в указанной серии нормированных значений (nV) для индивидов из популяции клеток, организмов или вирусов, про которых известно, что они устойчивы к указанному лекарственному средству; и/или
предложено с доверительным интервалом, в котором указанное нормированное значение для устойчивости к лекарственному средству (drV) позволяет предсказать наличие или отсутствие:
(i) устойчивости к лекарственному средству у клетки, организма или вируса; или
(ii) чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что указанный доверительный интервал больше, чем 90%, или больше, чем 95%.
39. Способ согласно одному из пп. 1 - 11, дополнительно включающий применение нормированного значения (nV) для оценки уровня устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса, отличающийся тем, что:
первую популяцию указанных клеток, организмов или вирусов, которых подвергали воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, используют для получения первого указанного нормированного значения (nV),
вторую популяцию указанных клеток, организмов или вирусов, которых не подвергали воздействию лекарственного средства перед указанной амплификацией нуклеиновых кислот, используют для получения второго указанного нормированного значения (nV),
указанное первое нормированное значение (nV) и указанное второе нормированное значение (nV) сравнивают, чтобы оценить уровень транскрипционной активности в клетке, организме или вирусе под воздействием или без воздействия лекарственного средства и посредством этого оценить уровень устойчивости к лекарственному средству или чувствительности к лекарственному средству у клетки, организма или вируса.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что если указанное первое нормированное значение (nV) ниже, чем указанное второе нормированное значение (nV), то это свидетельствует о чувствительности к указанному лекарственному средству.
41. Способ по любому из пп. 28 - 40, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой противомикробное средство.
42. Способ по любому из пп. 28 - 41, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой противомикробное средство класса, выбранного из: аминогликозидов, ансамицинов, карбацефема, карбапенемов, цефалоспоринов, гликопептидов, макролидов, пенициллинов, монобактамов, полипептидов, хинолонов, сульфонамидов, тетрациклинов.
43. Способ по любому из пп. 28 - 42, отличающийся тем, что лекарственное средство представляет собой ципрофлоксацин, азитромицин, рифампицин или доксициклин.
44. Способ по любому из пп. 28 - 43, отличающийся тем, что первый ген представляет собой ген из вида Chlamydia (например, Chlamydia trachomatis), из вида Gonorrhea или из вида Mycoplasma (например, Mycoplasma genitralium).
45. Способ по п. 44, отличающийся тем, что указанная реакция включает применение обратной транскриптазы.
46. Способ по любому из пп. 1 - 45, отличающийся тем, что клетка представляет собой клетку млекопитающего, клетку человека, клетку животного, клетку растения, бактериальную клетку, клетку-хозяина, инфицированную вирусами, или клетку-хозяина, инфицированную бактериями.
47. Способ по любому из пп. 1 - 46, отличающийся тем, что организм представляет собой млекопитающее, человека, растение, бактерию, вирус, гриб, водоросль, архею или простейшее.
RU2020102949A 2017-12-21 2018-12-21 Определение соотношения нуклеиновых кислот RU2803339C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
AU2017905138 2017-12-21
AU2017905138A AU2017905138A0 (en) 2017-12-21 Nucleic acid ratio determination
PCT/AU2018/051406 WO2019119072A1 (en) 2017-12-21 2018-12-21 Nucleic acid ratio determination

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2020102949A true RU2020102949A (ru) 2022-01-21
RU2803339C2 RU2803339C2 (ru) 2023-09-12

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
JP7355652B2 (ja) 2023-10-03
BR112020000845A2 (pt) 2020-07-21
AU2018390995B2 (en) 2023-11-23
MX2020006590A (es) 2020-09-09
CN111492434A (zh) 2020-08-04
CN111492434B (zh) 2024-04-19
JP2021507674A (ja) 2021-02-25
SG11201912883WA (en) 2020-01-30
CA3066287A1 (en) 2019-06-27
IL271510A (en) 2020-02-27
AU2018390995A1 (en) 2019-12-19
EP3685385A4 (en) 2021-09-22
WO2019119072A1 (en) 2019-06-27
KR20200101269A (ko) 2020-08-27
EP3685385A1 (en) 2020-07-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ampuero et al. SARS-CoV-2 detection in sewage in Santiago, Chile-preliminary results
Caniglia et al. Forensic DNA against wildlife poaching: identification of a serial wolf killing in Italy
CN109680085B (zh) 基于肠道微生物信息预测治疗响应性的模型
KR20210104835A (ko) 분자 진단을 위한 장치 및 방법
Muhanguzi et al. Molecular characterization of Anaplasma and Ehrlichia species in different cattle breeds and age groups in Mbarara district (Western Uganda)
Winkworth et al. A LAMP at the end of the tunnel: A rapid, field deployable assay for the kauri dieback pathogen, Phytophthora agathidicida
BR112022019470A2 (pt) Métodos para detectar baixos níveis de vírus da covid-19
Brandsma et al. Rapid, sensitive and specific SARS coronavirus-2 detection: a multi-center comparison between standard qRT-PCR and CRISPR based DETECTR
Maiti et al. Isothermal amplification‐based assays for rapid and sensitive detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2: Opportunities and recent developments
Chan et al. A novel loop-mediated isothermal amplification approach for sex identification of Columbidae birds
Margulis et al. Rapid and sensitive detection of repetitive nucleic acid sequences using magnetically modulated biosensors
TWI542698B (zh) 冷水魚病原菌檢測方法
US20220298584A1 (en) Identification of Host RNA Biomarkers of Infection
CN104066842A (zh) Hiv检测用寡核苷酸、hiv检测试剂盒及hiv检测方法
RU2020102949A (ru) Определение соотношения нуклеиновых кислот
JP2007125011A (ja) ポリメラーゼ連鎖反応の助けによりｄｎａ又はｒｎａの特定のフラグメントを検出する方法
Cosgrove et al. No evidence for avian malaria infection during the nestling phase in a passerine bird
WO2013163134A2 (en) Biomolecular events in cancer revealed by attractor metagenes
CN108603226A (zh) 乙型肝炎病毒cccdna的定量测量
CN104204231A (zh) 用于传染性皮下及造血器官坏死病毒的实时病毒检测方法和试剂盒
RU2715617C1 (ru) Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации вируса западного нила 2 генотипа
Rego et al. Spatiotemporal dissemination pattern of SARS-CoV-2 B1. 1.28-derived lineages introduced into Uruguay across its southeastern border with Brazil
JP2021507674A5 (ru)
US20150105272A1 (en) Biomolecular events in cancer revealed by attractor metagenes
CN101027413B (zh) 用于监测生物的基因组dna的方法