RU2019132890A - Нуклеиновые кислоты, кодирующие ассоциированные с crispr белки, и их применения - Google Patents

Нуклеиновые кислоты, кодирующие ассоциированные с crispr белки, и их применения Download PDF

Info

Publication number
RU2019132890A
RU2019132890A RU2019132890A RU2019132890A RU2019132890A RU 2019132890 A RU2019132890 A RU 2019132890A RU 2019132890 A RU2019132890 A RU 2019132890A RU 2019132890 A RU2019132890 A RU 2019132890A RU 2019132890 A RU2019132890 A RU 2019132890A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
fragment
variant
seq
utr
gene
Prior art date
Application number
RU2019132890A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019132890A3 (ru
RU2775176C2 (ru
Inventor
Фредерик ШЕВЕССЬЕ-ТЮННЕСЕН
Марион ПЁНИШ
Томас ШЛАКЕ
Original Assignee
Куревак Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Куревак Аг filed Critical Куревак Аг
Publication of RU2019132890A publication Critical patent/RU2019132890A/ru
Publication of RU2019132890A3 publication Critical patent/RU2019132890A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2775176C2 publication Critical patent/RU2775176C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/67—General methods for enhancing the expression
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • A61K48/0066—Manipulation of the nucleic acid to modify its expression pattern, e.g. enhance its duration of expression, achieved by the presence of particular introns in the delivered nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/62—DNA sequences coding for fusion proteins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • C12N2310/531—Stem-loop; Hairpin

Claims (125)

1. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, содержащая
а. по меньшей мере одну кодирующую область, которая кодирует по меньшей мере один CRISPR-ассоциированный белок;
б. по меньшей мере один элемент 5'-нетранслируемой области (5' UTR), происходящий из 5' UTR гена, выбранного из группы, которая состоит из АТР5А1, RPL32, HSD17B4, SLC7A3, NOSIP, ASAH1, RPL31, TUBB4B, UBQLN2, МР68 и NDUFA4; и
в. по меньшей мере один элемент 3'-нетранслируемой области (3' UTR), происходящий из 3' UTR гена, выбранного из группы, которая состоит из GNAS, CASP1, PSMB3, ALB, СОХ6В1, NDUFA1 и RPS9.
2. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 1, в которой каждый из указанных генов содержит встречающуюся в естественных условиях последовательность ДНК и гомологи, варианты, фрагменты и соответствующие им последовательности РНК.
3. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 1 или 2, содержащая
а. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена SLC7A3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
б. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена HSD17B4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
в. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена АТР5А1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена CASP1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
г. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NDUFA4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена PSMB3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
д. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена HSD17B4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена PSMB3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
е. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена RPL32 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена ALB или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
ж. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена HSD17B4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена CASP1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
з. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена SLC7A3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена CASP1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
и. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена SLC7A3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена PSMB3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
к. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NOSIP или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена PSMB3 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
л. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NDUFA4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена RPS9 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
м. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена HSD17B4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена RPS9 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
н. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена АТР5А1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
о. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NDUFA4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена СОХ6В1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
п. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NDUFA4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
р. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NDUFA4 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3'UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена NDUFA1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
с. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена NOSIP или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена NDUFA1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
т. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена RPL31 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
у. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена TUBB4B или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена RPS9 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
ф. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена UBQLN2 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена RPS9 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; или
х. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена МР68 или из ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена GNAS или из ее гомолога, фрагмента или варианта; или
ц. по меньшей мере один 5' UTR-элемент, происходящий из 5'UTR гена МР68 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта, и по меньшей мере один 3' UTR-элемент, происходящий из 3'UTR гена NDUFA1 или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта.
4. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 3, содержащая UTR-элементы по пунктам г, д, ж или и.
5. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-4, в которой
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена HSD17B4, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 1, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 2, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 2, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена RPL32, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 21, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 21, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 22, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 22, или ее фрагмента или варианта;
- указанный S'UTR-элемент, происходящий из гена NDUFA4, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 9, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 9, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 10, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 10, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена SLC7A3, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 15, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 15, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 16, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 16, или ее фрагмента или варианта;
- указанный S'UTR-элемент, происходящий из гена NOSIP, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 11, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 11, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 12, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 12, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена АТР5А1, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 5, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 5, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 6, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 6, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена ASAH1, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 3, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 3, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 4, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 4, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена Мр68, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 7, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 7, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 8, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 8, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена Rpl31, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 13, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 13, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 14, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 14, или ее фрагменту или варианту;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена TUBB4B, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 17, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 17, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 18, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 18, или ее фрагменту или варианту;
- указанный 5'UTR-элемент, происходящий из гена Ubqln2, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 19, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 19, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 20, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 20, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена GNAS, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 29, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 29, или ее фрагменту или варианту; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 30, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 30, или ее фрагменту или варианту;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена CASP1, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 25, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 25, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 26, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 26, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена PSMB3, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 23, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 23, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 24, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 24, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена ALB, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 35, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 35, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 36, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 36, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена RPS9, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 33, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 33, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 34, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 34, или ее фрагмента или варианта;
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена СОХ6В1, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 27, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 27, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 28, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 28, или ее фрагмента или варианта; или
- указанный 3'UTR-элемент, происходящий из гена Ndufal, содержит или состоит из последовательности ДНК, представленной в SEQ ID NO: 31, или последовательности ДНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 31, или ее фрагмента или варианта; или последовательности РНК, представленной в SEQ ID NO: 32, или последовательности РНК, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 32, или ее фрагмента или варианта.
6. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-5, в которой CRISPR-ассоциированный белок содержит CRISPR-ассоциированные белки дикого типа, их гомологи, варианты, фрагменты и производные.
7. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-6, в которой указанный CRISPR-ассоциированный белок выбран из Cas9, Cpf1 (Cas12), C2c1, С2с3, Cas13, CasX или CasY.
8. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-7, где указанная искусственная нуклеиновая кислота содержит нуклеотидную последовательность, кодирующую CRISPR-ассоциированный белок, который содержит или состоит из аминокислотной последовательности, представленной в одной из SEQ ID NO: 428-441; 10999-11001; 442-1345, или аминокислотной последовательности, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, или 99% аминокислотной последовательности, представленной в одной из SEQ ID NO: 428-441; 10999-11001; 442-1345, или варианта или фрагмента любой из этих последовательностей.
9. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 8, где производные указанного CRISPR-ассоциированного белка содержат по меньшей мере один дополнительный эффекторный домен, необязательно выбранный из KRAB, CSD, WRPW, VP64, p65AD и Mxi.
10. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-9, где указанная искусственная нуклеиновая кислота дополнительно содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, кодирующую сигнал ядерной локализации (NLS), необязательно выбранный из NLS, содержащего или состоящего из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 426; 427; 10575; 381; 382; 384; 11957; 11958-11964, или аминокислотной последовательности, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 426; 427; 10575; 381; 382; 384; 11957; 11958-11964, и NLS, содержащего или состоящего из аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 426; 427; 10575; 381; 382; 384; 11957; 11958-11964, или аминокислотной последовательности, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% аминокислотной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 426; 427; 10575; 381; 382; 384; 11957; 11958-11964, или NLS, имеющего аминокислотную последовательность, идентичную в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% аминокислотной последовательности, представленной в: 12021-14274.
11. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-10, где указанная искусственная нуклеиновая кислота дополнительно содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, кодирующую белковую или пептидную метку.
12. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-11, в которой по меньшей мере одна кодирующая область указанной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, представленной в одной из SEQ ID NO: 411; 2540-2553; 11117-11119; 11355-11357; 2554-3457; 1380-1393; 3700-3713; 4860-4873; 6020-6033; 7180-7193; 8340-8353; 11237-11239; 11473-11475; 11591-11593; 11709-11711; 11827-11829; 11945-11947; 1394-2297; 3714-4617; 4874-5777; 6034-6937; 7194-8097; 8354-9257; 412; 3474-3887; 2314-2327; 4634-4647; 5794-5807; 6954-6967; 8114-8127; 413-425; 3490-3503; 3506-3519; 3522-3535; 3538-3551; 3554-3567; 3570-3583; 3586-3599; 3602-3615; 3618-3631; 3634-3647; 3650-3663; 3666-3679; 3682-3695; 9514-9527; 9626-9639; 9738-9751; 9850-9863; 9962-9975, 10074-10087; 10186-10199; 10298-10311; 2330-2343; 2346-2359; 2362-2375; 2378-2391; 2394-2407; 2410-2423; 2426-2439; 2442-2455; 2458-2471; 2474-2487; 2490-2503; 2506-2519; 2522-2535; 9498-9511; 9610-9623; 9722-9735; 9834-9847; 9946-9959; 10058-10071; 10170-10183-10282-10295; 4650-4663; 4666-4679; 4682-4695; 4698-4711; 4714-4727; 4730-4743; 4746-4759; 4762-4775; 4778-4791; 4794-4807; 4810-4823; 4826-4839; 4842-4855; 9530-9543; 9642-9655; 9754-9767; 9866-9879; 9978-9991; 10090-10103; 10202-10215; 10314-10327; 5810-5823; 5826-5839; 5842-5855; 5858-5871; 5874-5887; 5890-5903; 5906-5919; 5922-5935; 5938-5951; 5954-5967; 5970-5983, 5986-5999; 6002-6015; 9546-9559; 9658-9671; 9770-9783; 9882-9895; 9994-10007; 10106-10119; 10218-10231; 10330-10343; 6970-6983; 6986-6999; 7002-7015; 7018-7031; 7034-7047; 7050-7063; 7066-7079; 7082-7095; 7098-7111; 7114-7127; 7130-7143; 7146-7159; 7162-7175; 9562-9575; 9674-9687; 9786-9799; 9898-9911; 10010-10023; 10122-10135; 10234-10247; 10346-10359; 8130-8143; 8146-8159; 8162-8175; 8178-8191; 8194-8207; 8210-8223; 8226-8239; 8242-8255; 8258-8271; 8274-8287; 8290-8302; 8306-8319; 8322-8335; 9578-9591; 9690-9703; 9802-9815; 9914-9927; 10026-10039; 10138-10151; 10250 -10263; 10362-10375; 9290-9303; 9306-9319; 9322-9335; 9338-9351; 9354-9367; 9370-9383; 9386-9399; 9402-9415; 9418-9431; 9434-9447; 9450-9463; 9466-9479; 9482-9495; 9594-9607; 9706-9719; 9818-9831; 9930-9943; 10042-10055; 10154-10167; 10266-10279; 10378-10391; или нуклеотидной последовательности, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% одной из указанных нуклеотидных последовательностей.
13. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-12, где указанная молекула искусственной нуклеиновой кислоты содержит нуклеотидную последовательность, представленную в одной из SEQ ID NO: 10552; 3458-3459; 3460-3473; 2298-2299; 4618-4619; 5778-5779; 6938-6939; 8098-8099; 9258-9259; 2300-2313; 4620-4633; 5780-5793; 6940-6953; 8100-8113; 9260-9273; 3488-3489; 10396; 2328-2329; 10395; 4648-4649; 10397; 5808-5809; 10398; 6968-6969; 10399; 8128-8129; 10400; 9274-9287; 3504-3505; 3520-3521; 3536-3537; 3552-3553; 3568-3669; 3584-3585; 3600-3601; 3616-3617; 3632-3633; 3648-3649; 3664-3665; 3680-3681; 3696-3697; 9528-9529; 9640-9641; 9752-9753; 9864-9865; 9976-9977; 10088-10089; 10200-10201; 10312-10313; 10403; 10410; 10417; 10424; 10431; 10438; 10445; 10452; 10459; 10466; 10473; 10480; 10487; 10494; 10501; 10508; 10515; 10522; 10529; 10536; 10543; 2344-2345; 2360-2361; 2376-2377; 2392-2393; 2408-2409; 2424-2425; 2440-2441; 2456-2457; 2472-2473; 2489-2490; 2504-2505; 2520-2521; 2536-2537; 9512-9513; 9624-9625; 9736-9737; 9848-9849; 9960-9961; 10072-10073; 10184-10185; 10296-10297; 10402; 10409; 10416; 10423; 10430; 10437; 10444; 10451; 10458; 10465; 10472; 10479; 10486; 10493; 10500; 10507; 10514; 10521; 10528; 10535; 10542; 4664-4665; 4680-4681; 4696-4697; 4712-4713; 4728-4729; 4744-4745; 4760-4761; 4776-4777; 4792-4793; 4808-4809; 4824-4825; 4840-4841; 4856-4857; 9544-9545; 9656-9657; 9768-9769; 9880-9881; 9992-9993; 10104-10105; 10216-10217; 10328-10329; 10404; 10411; 10418; 10425; 10432; 10439; 10446; 10453; 10460; 10467; 10474; 10481; 10488; 10495; 10502; 10509; 10516; 10523; 10530; 10537; 10544; 5824-5825; 5840-5841; 5856-5857; 5872-5873; 5888-5889; 5904-5905; 5920-5921; 5936-5937; 5952-5953; 5968-5969; 5984-5985; 6000-6001; 6016-6017; 9560-9561; 9672-9673; 9784-9785; 9896-9897; 10008-10009; 10120-10121; 10232-10233; 10344-10345; 10405; 10412; 10419; 10426; 10433; 10440; 10447; 10454; 10461; 10468; 10475; 10482; 10489; 10496; 10503; 10510; 10517; 10524; 10531; 10538; 10545; 7033; 7048-7049; 7064-7065; 7080-7081; 7096-7097; 7112-7113; 7128-7129; 7144-7145; 7160-7161; 7176-7177; 9576-9577; 9688-9689; 9800-9801; 9912-9913; 10024-10025; 10136-10137; 10248-10249; 10360-10361; 10406; 10413; 10420; 10427; 10434; 10441; 10448; 10455; 10462; 10469; 10476; 10483; 10490; 10497; 10504; 10511; 10518; 10525; 10532; 10539; 10546; 8144-8145; 8160-8160; 8176-8177; 8192-8193; 8208-8209; 8224-8225; 8240-8241; 8256-8257; 8272-8273; 8288-8289; 8304-8305; 8320-8321; 8336-8337; 9592-9593; 9704-9705; 9816-9817; 9928-9929; 10040-10041; 10152-10153; 10264-10265; 10376-10377; 10407; 10414; 10421; 10428; 10435; 10442; 10449; 10456; 10463; 10470; 10477; 10484; 10491; 10498; 10505; 10512; 10519; 10526; 10533; 10540; 10547; 9288-9289; 10401; 10553; 10582-10583; 10579-10580; 10585-10586; 10588-10589; 10591-10592; 10594-10595; 10597-10598; 10554-10574; 10601; 10602; 10615; 10616; 10629; 10630; 10643; 10644; 10657; 10658; 10671; 10672; 10685; 10686; 10699; 10700; 10713; 10714; 10727; 10728; 10741; 10742; 10755; 10756; 10769; 10770; 10783; 10784; 10797; 10798; 10811; 10812; 10825; 10826; 10839; 10840; 10853; 10854; 10867; 10868; 10881; 10882; 10603; 10604; 10617; 10618; 10631; 10632; 10645; 10646; 10659; 10660; 10673; 10674; 10687; 10688; 10701; 10702; 10715; 10716; 10729; 10730; 10743; 10744; 10757; 10758; 10771; 10772; 10785; 10786; 10799; 10800; 10813; 10814; 10827; 10828; 10841; 10842; 10855; 10856; 10869; 10870; 10883; 10884; 10605; 10606; 10619; 10620; 10633; 10634; 10647; 10648; 10661; 10662; 10675; 10676; 10689; 10690; 10703; 10704; 10717; 10718; 10731; 10732; 10745; 10746; 10759; 10760; 10773; 10774; 10787; 10788; 10801; 10802; 10815; 10816; 10829; 10830; 10843; 10844; 10857; 10858; 10871; 10872; 10885; 10886; 10607; 10608; 10621; 10622; 10635; 10636; 10649; 10650; 10663; 10664; 10677; 10678; 10691; 10692; 10705; 10706; 10719; 10720; 10733; 10734; 10747; 10748; 10761; 10762; 10775; 10776; 10789; 10790; 10803; 10804; 10817; 10818; 10831; 10832; 10845; 10846; 10859; 10860; 10873; 10874; 10887; 10888; 10609; 10610; 10623; 10624; 10637; 10638; 10651; 10652; 10665; 10666; 10679; 10680; 10693; 10694; 10707; 10708; 10721; 10722; 10735; 10736; 10749; 10750; 10763; 10764; 10777; 10778; 10791; 10792; 10805; 10806; 10819; 10820; 10833; 10834; 10847; 10848; 10861; 10862; 10875; 10876; 10889; 10890; 10611; 10612; 10625; 10626; 10639; 10640; 10653; 10654; 10667; 10668; 10681; 10682; 10695; 10696; 10709; 10710; 10723; 10724; 10737; 10738; 10751; 10752; 10765; 10766; 10779; 10780; 10793; 10794; 10807; 10808; 10821; 10822; 10835; 10836; 10849; 10850; 10863; 10864; 10877; 10878; 10891; 10892; 9304-9305; 9320-9321; 9336-9337; 9352-9353; 9368-9369; 9384-9385; 9400-9401; 9416-9417; 9432-9433; 9448-9449; 9464-9465; 9480-9481; 9496-9497; 9608-9609; 9720-9721; 9832-9833; 9944-9945; 10056-10057; 10168-10169; 10280-10281; 10392-10393; 10408; 10415; 10422; 10429; 10436; 10443; 10450; 10457; 10464; 10471; 10478; 10485; 10492; 10499; 10506; 10513; 10520; 10527; 10534; 10541; 10548, или нуклеотидную последовательность, идентичную в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% одной из указанных нуклеотидных последовательностей.
14. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-13, где указанная молекула искусственной нуклеиновой кислоты содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, представленной в одной из SEQ ID NO: 11011-11042; 11249-1128011131-11162; 11367-11398; 11485-11516; 11603-11634; 11721-11752; 11839-11870; 11044-11116; 11282-11354; 11164-11236; 11400-11472; 11518-11590; 11636-11708; 11754-11826; 11872-11944; 11011-11042; 11249-11280; 11044-11116; 11282-11354; 11131-11162; 11367-11398; 11485-11516; 11603-11634; 11721-11752; 11839-11870; 11164-11236; 11400-11472; 11518-11590; 11636-11708; 11754-11826; 11872-11944; 11120-11122; 11240; 11241; 11358; 11359; 11476; 11477; 11594; 11595; 11712; 11713; 11830; 11831; 11948; 11949; 11123-11130; 11360-11366; 11242-11248; 11478-11484; 11596-11602; 11714-11720; 11832-11838; 11950-11956, или нуклеотидной последовательности, идентичной в порядке увеличения предпочтения по меньшей мере на 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% или 99% одной из указанных нуклеотидных последовательностей.
15. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по одному из пп. 1-14, где указанная молекула искусственной нуклеиновой кислоты представляет собой РНК.
16. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 15, где РНК является моно-, би- или полицистронной.
17. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты по п. 14 или 15, где РНК представляет собой мРНК, вирусную РНК или РНК-репликон.
18. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-17, где указанная искусственная нуклеиновая кислота представляет собой модифицированную нуклеиновую кислоту, предпочтительно стабилизированную нуклеиновую кислоту.
19. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-18, в которой
- содержание G/C по меньшей мере в одной кодирующей области искусственной нуклеиновой кислоты повышено по сравнению с содержанием G/C в соответствующей кодирующей последовательности соответствующей искусственной нуклеиновой кислоты дикого типа, и/или в которой
- содержание С по меньшей мере в одной кодирующей области искусственной нуклеиновой кислоты повышено по сравнению с содержанием С в соответствующей кодирующей последовательности соответствующей искусственной нуклеиновой кислоты дикого типа, и/или в которой
- кодоны по меньшей мере в одной кодирующей области искусственной нуклеиновой кислоты адаптированы к частоте встречаемости кодонов в организме человека, при этом индекс адаптации кодонов (CAI) предпочтительно увеличен или максимизирован по меньшей мере в одной кодирующей последовательности искусственной нуклеиновой кислоты,
- где аминокислотная последовательность, кодируемая искусственной нуклеиновой кислотой предпочтительно не модифицирована по сравнению с аминокислотной последовательностью, кодируемой соответствующей искусственной нуклеиновой кислотой дикого типа.
20. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-19, которая содержит 5'-САР-структуру, предпочтительно m7GpppN или Cap1.
21. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-20, которая содержит по меньшей мере одну гистоновую структуру типа «стебель-петля».
22. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по п. 21, в которой по меньшей мере одна гистоновая структура типа «стебель-петля» содержит нуклеотидную последовательность следующей формулы (I) или (II):
формула (I) (последовательность структуры типа «стебель-петля» без пограничных элементов стебля):
Figure 00000001
формула (II) (последовательность структуры типа «стебель-петля» с пограничными элементами стебля):
Figure 00000002
в которых:
пограничные элементы стебель 1 или стебель2 N1-6 обозначают непрерывную последовательность, состоящую из 1-6, предпочтительно 2-6, более предпочтительно 2-5, еще более предпочтительно 3-5, наиболее предпочтительно 4-5 или 5 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или их нуклеотидного аналога;
стебель 1 [N0-2GN3-5] обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem2, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N0-2 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; в которой N3-5 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога, и в которой G обозначает гуанозин или его аналог и необязательно может быть заменен на цитидин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид цитидин в stem2 заменен на гуанозин;
последовательность «петли» [N0-4(U/T)N0-4] локализована между элементами stem1 и stem2 и обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5 нуклеотидов, более предпочтительно 4 нуклеотидов; в которой N0-4 каждый независимо друг от друга обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-4, предпочтительно 1-3, более предпочтительно 1 -2 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; и в которой U/T обозначает уридин или необязательно тимидин;
стебель 2 [N3-5CN0-2] обозначает последовательность, обратно комплементарную или частично обратно комплементарную элементу stem1, и представляет собой непрерывную последовательность, состоящую из 5-7 нуклеотидов;
в которой N3-5 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 3-5, предпочтительно 4-5, более предпочтительно 4 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G и С или его нуклеотидного аналога; в которой N0-2 обозначает непрерывную последовательность, состоящую из 0-2, предпочтительно 0-1, более предпочтительно 1 N, где N каждый независимо друг от друга выбран из нуклеотида, выбранного из A, U, Т, G или С или его нуклеотидного аналога; и в которой С обозначает цитидин или его аналог и необязательно может быть заменен на гуанозин или его аналог при условии, что комплементарный ему нуклеотид гуанозин в stem1 заменен на цитидин;
где
у элементов stem1 и stem2 может происходить спаривание оснований друг с другом с образованием обратно комплементарной последовательности, где спаривание оснований может иметь место между stem1 и stem2,
или с образованием частично обратно комплементарной последовательности, при этом неполное спаривание оснований может иметь место между stem1 и stem2.
23. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по п. 21 или 22, в которой по меньшей мере одна гистоновая структура типа «стебель-петля» содержит нуклеотидную последовательность следующей формулы (Ia) или (IIa):
формула (Ia) (последовательность структуры типа «стебель-петля» без пограничных элементов стебля):
Figure 00000003
формула (IIa) (последовательность структуры типа «стебель-петля» с пограничными элементами стебля):
Figure 00000004
24. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-23, необязательно содержащая поли(А)-последовательность, которая предпочтительно содержит от 10 до 200, от 10 до 100, от 40 до 80 или от 50 до 70 аденозиновых нуклеотидов.
25. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-24, необязательно содержащая поли(С)-последовательность, которая предпочтительно содержит от 10 до 200, от 10 до 100, от 20 до 70, от 20 до 60 или от 10 до 40 цитозиновых нуклеотидов.
26. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-25, которая предпочтительно содержит в 5' → 3' направлении, следующие элементы:
а) 5'-САР-структуру, предпочтительно m7GpppN или Capl,
б) 5'-UTR-элемент, который содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, происходящей из 5'-UTR, указанной в одном из пп. 1-5, предпочтительно содержащий нуклеотидную последовательность, которая соответствует нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 1; 3; 5; 7; 9; 11; 13; 15; 17; 19 или 21, или ее гомологу, фрагменту или варианту,
в) по меньшей мере одну кодирующую последовательность, указанную в одном из пп. 7-13,
г) 3'-UTR-элемент, который содержит или состоит из нуклеотидной последовательности, происходящей из 3'-UTR, указанной в одном из пп. 1-5, предпочтительно содержащий нуклеотидную последовательность, которая соответствует нуклеотидной последовательности, представленной в SEQ ID NO: 15; 17; 19; 21 29; 31; 33 или 35, или ее гомологу, фрагменту или варианту,
д) необязательно поли(А)-хвост, предпочтительно состоящий из 10-1000, 10-500, 10-300, 10-200, 10-100, 40-80 или 50-70 аденозиновых нуклеотидов,
е) необязательно поли(С)-хвост, предпочтительно состоящий из 10-200, 10-100, 20-70, 20-60 или 10-40 цитозиновых нуклеотидов, и
ж) необязательно гистоновую структуру типа «стебель-петля» (HSL).
27. Композиция, содержащая молекулу искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26 и фармацевтически приемлемый носитель и/или эксципиент.
28. Композиция по п. 27, в которой молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, включена в комплекс с одним или несколькими катионным(и) или поликатионным(и) соединением(ами), предпочтительно с катионными или поликатионными полимерами, катионными или поликатионными пептидами или белками, например, протамином, катионными или поликатионными полисахаридами и/или катионными или поликатионными липидами.
29. Композиция по п. 28, в которой соотношение N/P молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, и одного или нескольких катионных или поликатионных пептидов или белков находится в диапазоне примерно от 0,1 до 10, включая диапазон примерно от 0,3 до 4, примерно от 0,5 до 2, примерно от 0,7 до 2 и примерно от 0,7 до 1,5.
30. Композиция по одному из пп. 27-29, в которой молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, включена в комплекс с одним или несколькими липидами, образуя при этом липосомы, липидные наночастицы и/или липоплексы.
31. Композиция по одному из пп. 27-30, дополнительно содержащая по меньшей мере одну гидовую РНК (gPHK) или кодирующую ее нуклеиновую кислоту, где указанная gPHK обладает способностью таргетировать CRISPR-ассоциированный белок на представляющей интерес последовательности ДНК-мишени, или регуляторный элемент, функционально связанный с ней.
32. Набор, предпочтительно набор компонентов, содержащий молекулу искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26 или композицию по одному из пп. 27-31 и необязательно жидкий наполнитель, и/или необязательно технические инструкции с информацией о введении и дозе молекулы искусственной нуклеиновой кислоты или композиции.
33. Набор по п. 32, где набор содержит в качестве компонента лактированный раствор Рингера.
34. Набор по п. 32 или 33, дополнительно содержащий гидовую РНК (gPHK) или кодирующую ее нуклеиновую кислоту, где указанная gPHK обладает способностью таргетировать CRISPR-ассоциированный белок на представляющей интерес последовательности ДНК-мишени, или регуляторный элемент, функционально связанный с ней.
35. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиция по одному из пп. 27-31 или набор по пп. 32-34, предназначенные для применения в качестве лекарственного средства.
36. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиция по одному из пп. 27-31 или набор по пп. 32-34, предназначенные для применения в генной терапии.
37. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиция по одному из пп. 27-31 или набор по пп. 32-34, предназначенные для применения в способе модулирования экспрессии представляющего интерес гена, который включает введение пациенту, нуждающемуся в этом, (а) указанной молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, указанной композиции или указанного набора и (б) гидовой РНК (gPHK) или кодирующей ее нуклеиновой кислоты, где указанная gPHK обладает способностью таргетировать CRISPR-ассоциированный белок на представляющей интерес ген, или регуляторного элемента, функционально связанного с ней.
38. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиция по одному из пп. 27-31 или набор по пп. 32-34, предназначенные для применения в качестве лекарственного средства или для применения в генной терапии заболевания, нарушения или состояния, поддающегося лечению с использованием экспрессии CRISPR-ассоциированного белка, кодируемого по меньшей мере одной кодирующей последовательностью.
39. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиция по одному из пп. 27-31 или набор по пп. 32-34, предназначенные для применения в качестве лекарственного средства или для применения в генной терапии заболевания, нарушения или состояния, поддающегося лечению путем «включения», «выключения» представляющего интерес гена или манипулирования указанным геном, или путем модулирования экспрессии представляющего интерес гена.
40. Молекула искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, композиция или набор для применения по п. 39, где указанное заболевание, нарушение или состояние выбирают из генетических заболеваний, рака, аутоиммунных заболеваний, воспалительных заболеваний и инфекционных заболеваний.
41. Применение молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиции по одному из пп. 27-31 или набора по пп. 32-34, для повышения экспрессии указанного кодируемого CRISPR-ассоциированного белка, необязательно в генной терапии.
42. Применение молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиции по одному из пп. 27-31 или набора по пп. 32-34, для модулирования экспрессии представляющего интерес гена, таргетируемого указанным кодируемым CRISPR-ассоциированным белком.
43. Способ модулирования экспрессии представляющего интерес гена, включающий следующие стадии:
а) получение молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26;
б) получение гидовой РНК (gPHK) или кодирующей ее нуклеиновой кислоты, где указанная gPHK обладает способностью таргетировать CRISPR-ассоциированный белок на представляющей интерес последовательности ДНК-мишени, или регуляторного элемента, функционально связанного с ней,
в) приведение в контакт клетки, ткани или организма с указанной молекулой искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, и указанной gPHK или кодирующей ее нуклеиновой кислотой в условиях, пригодных для модулирования эффективности экспрессии указанного представляющего интерес гена.
44. Способ лечения или предупреждения нарушения, где способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, в эффективном количестве молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26, композиции по одному из пп. 27-31 или набора по п.п. 32-34 и гидовой РНК (gPHK) или кодирующей ее нуклеиновой кислоты, где указанная gPHK обладает способностью таргетировать CRISPR-ассоциированный белок на представляющей интерес последовательности ДНК-мишени, или регуляторного элемента, функционально связанного с ней.
45. Способ по п. 44, в котором нарушение представляет собой заболевание, нарушение или состояние, поддающееся лечению с использованием экспрессии кодируемого CRISPR-ассоциированного белка, предпочтительно поддающееся лечению путем модулирования экспрессии представляющего интерес гена, таргетируемого указанным CRISPR-ассоциированным белком.
46. Способ по п. 44 или 45, в котором нарушение представляет собой заболевание, нарушение или состояние, поддающееся лечению путем «включения», «выключения» или мутации представляющего интерес гена, или путем изменения экспрессии представляющего интерес гена.
47. Способ повышения эффективности экспрессии молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, содержащей кодирующую область, которая кодирует CRISPR-ассоциированный белок, где указанный способ включает
(а) ассоциацию указанной кодирующей области по меньшей мере с одним 5' UTR-элементом, происходящим из 5' UTR гена, выбранного из группы, которая состоит из АТР5А1, RPL32, HSD17B4, SLC7A3, NOSIP или NDUFA4, или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта;
(б) ассоциацию указанной кодирующей области по меньшей мере с одним 3' UTR-элементом, происходящим из 3' UTR гена, выбранного из группы, которая состоит из GNAS, CASP1, PSMB3, ALB или RPS9, или из соответствующей последовательности РНК, ее гомолога, фрагмента или варианта; и
(в) получение молекулы искусственной нуклеиновой кислоты, предпочтительно РНК, по одному из пп. 1-26.
RU2019132890A 2017-03-24 2018-03-23 Нуклеиновые кислоты, кодирующие ассоциированные с crispr белки, и их применения RU2775176C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EPPCT/EP2017/057110 2017-03-24
EP2017057110 2017-03-24
EP2017076775 2017-10-19
EPPCT/EP2017/076775 2017-10-19
PCT/EP2018/057552 WO2018172556A1 (en) 2017-03-24 2018-03-23 Nucleic acids encoding crispr-associated proteins and uses thereof

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019132890A true RU2019132890A (ru) 2021-04-26
RU2019132890A3 RU2019132890A3 (ru) 2021-07-14
RU2775176C2 RU2775176C2 (ru) 2022-06-28

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
MX2019011215A (es) 2020-02-12
US20230332163A1 (en) 2023-10-19
CA3050616A1 (en) 2018-09-27
SG11201906297QA (en) 2019-10-30
SG10202110491PA (en) 2021-11-29
RU2019132890A3 (ru) 2021-07-14
KR20190133699A (ko) 2019-12-03
US11739335B2 (en) 2023-08-29
JP2020513824A (ja) 2020-05-21
BR112019015244A2 (pt) 2020-04-14
AU2018240515A1 (en) 2019-08-01
WO2018172556A1 (en) 2018-09-27
JP2024038121A (ja) 2024-03-19
EP3601576A1 (en) 2020-02-05
CN110914433A (zh) 2020-03-24
US20210403925A1 (en) 2021-12-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020513824A5 (ru)
JP7200104B2 (ja) 免疫系刺激分子を発現する腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルスベクター
JP2020530980A5 (ru)
JP2022000470A (ja) 核酸製品及びその投与方法
RU2017121593A (ru) Векторы aav, нацеленные на центральную нервную систему
JPS60100599A (ja) 修飾インタ−フエロン
KR102146822B1 (ko) Hmgb1 단편을 이용한 척수 손상에 대한 신규 치료법
JP2010509181A (ja) 融合ポリペプチドを細胞へ輸送する方法
CN1596130A (zh) 治疗神经退行性疾病的基因治疗药物
US20170088839A1 (en) Dna aptamers for promoting remyelination
JP7380670B2 (ja) Ｉｇｆ－１－暗号化ｄｎａ作製物及びｈｇｆ－暗号化ｄｎａ作製物を用いた神経病症治療
RU2020132295A (ru) Cpg амфифилы и их применения
CN108578709B (zh) 温敏性长效缓释药物载体及其应用
BR112023015177A2 (pt) Ácido nucleico compreendendo smn1 e mir-23a para tratamento da atrofia muscular espinhal, cassete de expressão, vetor de expressão, vírus recombinante, composição farmacêutica, uso e método relacionados
RU2019132890A (ru) Нуклеиновые кислоты, кодирующие ассоциированные с crispr белки, и их применения
CN1339973A (zh) 糖尿病性局部缺血疾病的基因治疗
JPWO2019178421A5 (ru)
TWI496579B (zh) 類鋅手指胜肽、其表現質體、及包含其之醫藥組成物之用途
JPWO2019178420A5 (ru)
CN111448320A (zh) 细胞膜穿透肽
CN110101868B (zh) 一种环境刺激响应性蛋白质高分子偶联物自组装体及其制备方法与应用
GB2587319A (en) Genetic construct
CN108314736B (zh) 一种促进rna降解的方法
WO2016071911A1 (en) Treatment of cns inflammatory disorders
CN111094324A (zh) 一种溶瘤病毒、合成dna序列及其应用