RU2018123301A - Связывающие элементы с измененными диверсифицированными доменами остова - Google Patents

Связывающие элементы с измененными диверсифицированными доменами остова Download PDF

Info

Publication number
RU2018123301A
RU2018123301A RU2018123301A RU2018123301A RU2018123301A RU 2018123301 A RU2018123301 A RU 2018123301A RU 2018123301 A RU2018123301 A RU 2018123301A RU 2018123301 A RU2018123301 A RU 2018123301A RU 2018123301 A RU2018123301 A RU 2018123301A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
library
diversified
domain
binding
donor
Prior art date
Application number
RU2018123301A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018123301A3 (ru
RU2778694C2 (ru
Inventor
ВЕЛЛАТТ Аниш КАРАТТ
Джон МАККАФФЕРТИ
Сачин СУРАД
Тим ЛЮТКЕНС
Эдвард МАСТЕРС
Майкл ДАЙСОН
Original Assignee
Ионтас Лтд
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GBGB1600341.0A external-priority patent/GB201600341D0/en
Priority claimed from GBGB1621070.0A external-priority patent/GB201621070D0/en
Application filed by Ионтас Лтд filed Critical Ионтас Лтд
Publication of RU2018123301A publication Critical patent/RU2018123301A/ru
Publication of RU2018123301A3 publication Critical patent/RU2018123301A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2778694C2 publication Critical patent/RU2778694C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1037—Screening libraries presented on the surface of microorganisms, e.g. phage display, E. coli display
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/04—Centrally acting analgesics, e.g. opioids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/42—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against immunoglobulins
    • C07K16/4208—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against immunoglobulins against an idiotypic determinant on Ig
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/46—Hybrid immunoglobulins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/62—DNA sequences coding for fusion proteins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B30/00—Methods of screening libraries
    • C40B30/04—Methods of screening libraries by measuring the ability to specifically bind a target molecule, e.g. antibody-antigen binding, receptor-ligand binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/02—Libraries contained in or displayed by microorganisms, e.g. bacteria or animal cells; Libraries contained in or displayed by vectors, e.g. plasmids; Libraries containing only microorganisms or vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/10—Libraries containing peptides or polypeptides, or derivatives thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/567—Framework region [FR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2318/00—Antibody mimetics or scaffolds
    • C07K2318/20—Antigen-binding scaffold molecules wherein the scaffold is not an immunoglobulin variable region or antibody mimetics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/8509—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells for producing genetically modified animals, e.g. transgenic
    • C12N2015/8518—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells for producing genetically modified animals, e.g. transgenic expressing industrially exogenous proteins, e.g. for pharmaceutical use, human insulin, blood factors, immunoglobulins, pseudoparticles

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Structural Engineering (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Transplantation (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)

Claims (166)

1. Способ скрининга, включающий:
(i) обеспечение исходной библиотеки связывающих элементов, причем каждый связывающий элемент в указанной библиотеке содержит слитый белок и необязательно домен-партнер, связанный с указанным слитым белком,
при этом указанный слитый белок содержит донорный диверсифицированный домен остова, встроенный реципиентный диверсифицированный домен остова, при этом необязательно N- и С-концы донорного диверсифицированного домена остова связаны с реципиентным диверсифицированным доменом остова линкерами, состоящими из до 4 аминокислот,
при этом указанный донорный диверсифицированный домен остова содержит донорный остов и донорную последовательность взаимодействия, и реципиентный диверсифицированный домен остова содержит реципиентный остов и реципиентную последовательность взаимодействия, и одна, две или все три из донорной последовательности взаимодействия, реципиентной последовательности взаимодействия и линкеров в указанной исходной библиотеке различаются,
(ii) скрининг исходной библиотеки для выявления связывающих элементов, которые проявляют активность связывания, и
(iii) идентификацию одного или более связывающих элементов в указанной исходной библиотеке, которые проявляют активность связывания.
2. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что связывающие элементы в указанной исходной библиотеке содержат диверсифицированные донорные последовательности взаимодействия и одну и ту же реципиентную последовательность взаимодействия.
3. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что указанные связывающие элементы в указанной исходной библиотеке содержат диверсифицированные реципиентные последовательности взаимодействия и одну и ту же донорную последовательность взаимодействия.
4. Способ по п. 1, характеризующийся тем, что указанные связывающие элементы в указанной исходной библиотеке содержат реципиентные и диверсифицированные донорные последовательности взаимодействия.
5. Способ по любому из пп. 1-4, характеризующийся тем, что указанные связывающие элементы в указанной исходной библиотеке содержат диверсифицированные линкерные последовательности.
6. Способ по п. 5, характеризующийся тем, что указанные связывающие элементы в указанной исходной библиотеке содержат одинаковые реципиентные и донорные последовательности взаимодействия.
7. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий дополнительное обогащение одного или более связывающих элементов путем:
(a) выделения одного или более связывающих элементов,
(b) проведения селекции выделенных связывающих элементов по активности связывания,
(c) выделения одного или более прошедших селекцию связывающих элементов,
(d) необязательно повторения этапов (b) и (с) один или более раз.
8. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий:
(iv) внедрение диверсифицированных аминокислотных остатков в одно или более положений в последовательности аминокислот одного или более идентифицированных исходных связывающих элементов с получением модифицированной библиотеки связывающих элементов,
(v) скрининг модифицированной библиотеки для выявления модифицированных связывающих элементов, которые проявляют активность связывания, и
(vi) идентификацию одного или более модифицированных связывающих элементов в модифицированной библиотеке, которые проявляют активность связывания.
9. Способ по любому из пп. 1-8, характеризующийся тем, что диверсифицированные аминокислоты внедряют путем неспецифического мутагенеза или сайт-направленного мутагенеза.
10. Способ по п. 8 или 9, характеризующийся тем, что указанное одно или более положений находятся в последовательности аминокислот донорного остова, донорной последовательности взаимодействия, реципиентного остова, реципиентной последовательности взаимодействия, линкера или домена-партнера указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов.
11. Способ по любому из пп. 8-10, характеризующийся тем, что активность связывания одного или более из модифицированных связывающих элементов улучшена по сравнению с одним или более исходными связывающими элементами, идентифицированными на этапе (iii).
12. Способ по любому из пп. 8-11, включающий дополнительное обогащение одного или более связывающих элементов путем:
(e) выделения одного или более модифицированных связывающих элементов,
(f) проведения селекции выделенных модифицированных связывающих элементов по активности связывания,
(g) выделения одного или более прошедших селекцию модифицированных связывающих элементов и
(h) необязательно повторения этапов (f) и (g) один или более раз.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий замену донорного диверсифицированного домена остова в указанном одном или более идентифицированных связывающих элементах или модифицированных связывающих элементах на замещающий донорный диверсифицированный домен остова.
14. Способ по п. 13, характеризующийся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова и заменяющий донорный диверсифицированный домен остова содержат остовы одинакового класса.
15. Способ по п. 14, характеризующийся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова и заменяющий донорный диверсифицированный домен остова содержат одинаковый донорный остов и различные донорные последовательности взаимодействия.
16. Способ по п. 14 или 15, характеризующийся тем, что как донорный диверсифицированный домен остова, так и заменяющий донорный диверсифицированный домен остова представляют собой ноттины.
17. Способ по п. 14, характеризующийся тем, что донорный диверсифицированный остов и заменяющий донорный диверсифицированный остов содержат различные донорные остовы и различные донорные последовательности взаимодействия.
18. Способ по любому из пп. 13-17, характеризующийся тем, что заменяющий донорный диверсифицированный остов содержит диверсифицированную донорную последовательность взаимодействия.
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий:
(vii) соединение слитого белка из одного или более идентифицированных связывающих элементов или модифицированных связывающих элементов с диверсифицированной популяцией партнеров по связыванию с получением перетасованной библиотеки связывающих элементов,
(viii) скрининг перетасованной библиотеки для выявления перетасованных связывающих элементов, которые проявляют активность связывания,
(ix) идентификацию одного или более перетасованных связывающих элементов, которые проявляют активность связывания.
20. Способ по п. 19, включающий дополнительное обогащение одним или более перетасованными связывающими элементами путем:
(i) выделения одного или более перетасованных связывающих элементов,
(j) проведения селекции выделенных перетасованных связывающих элементов по активности связывания,
(k) выделения одного или более прошедших селекцию модифицированных связывающих элементов, и
(l) необязательно повторения этапов (j) и (k) один или более раз.
21. Способ по п. 19 или 20, характеризующийся тем, что активность связывания перетасованных связывающих элементов улучшена по сравнению с одним или более связывающими элементами, идентифицированными на этапе (iii) и/или этапе (vi).
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий встраивание дополнительной последовательности аминокислот в слитые белки или домены-партнеры указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов из исходной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
23. Способ по п. 22, характеризующийся тем, что указанная дополнительная последовательность аминокислот представляет собой последовательность, связывающую мишень.
24. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что как донорный, так и реципиентный диверсифицированные остовы слитого белка вносят вклад в активность связывания указанного слитого белка.
25. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что активность связывания представляет собой связывание с молекулой-мишенью.
26. Способ по п. 25, характеризующийся тем, что связывающий элемент представляет собой антагонист или ингибитор молекулы-мишени.
27. Способ по п. 25, характеризующийся тем, что связывающий элемент представляет собой агонист, энхансер или активатор молекулы-мишени.
28. Способ по любому из пунктов, характеризующийся тем, что один из донорного диверсифицированного домена остова, реципиентного диверсифицированного домена остова и домена-партнера связывается с молекулой-мишенью, и указанный способ включает модификацию или замену указанного донорного диверсифицированного домена остова, реципиентного диверсифицированного домена остова или домена-партнера в указанном одном или более идентифицированных связывающих элементах.
29. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что исходную библиотеку, модифицированную библиотеку или перетасованную библиотеку подвергают скринингу путем определения связывания указанных связывающих элементов в указанной библиотеке с молекулой-мишенью, при этом одна из молекулы-мишени и исходной библиотеки, модифицированной библиотеки или перетасованной библиотеки иммобилизована.
30. Способ по любому из пп. 1-29, характеризующийся тем, что исходную библиотеку, модифицированную библиотеку или перетасованную библиотеку подвергают скринингу путем экспрессии указанной библиотеки в репортерных клетках и идентификации одной или более репортерных клеток с измененным фенотипом.
31. Способ по п. 29 или 30, характеризующийся тем, что связывание с молекулой-мишенью или измененный фенотип детектируют методом проточной цитометрии, иммуногистохимии или твердофазного иммуноферментного анализа (ELISA).
32. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий проведение селекции указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов по стабильности.
33. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что указанный способ включает проведение селекции исходной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки для выявления связывающих элементов, в которых донорный диверсифицированный остов и/или реципиентный диверсифицированный остов принимают активные конформации.
34. Способ по п. 33, характеризующийся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова представляет собой последовательность иммуноглобулина, и указанный способ дополнительно включает скрининг указанной библиотеки с применением связывающей иммуноглобулин молекулы.
35. Способ по п. 34, характеризующийся тем, что связывающая иммуноглобулин молекула представляет собой белок L, белок А или антитело к Ig или фрагмент антитела к Ig.
36. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что указанный способ включает выделение и/или очистку указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
37. Способ по любому из предшествующих пунктов, характеризующийся тем, что указанные связывающие элементы в указанной библиотеке представлены на поверхности рибосомы, клетки или вируса, которые содержат нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный связывающий элемент.
38. Способ по п. 37, характеризующийся тем, что указанный способ включает выделение и/или очистку рибосомы, клетки или вируса, на которых представлен указанный один или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
39. Способ по п. 37 или 38, характеризующийся тем, что указанный способ включает выделение и/или очистку нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный один или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
40. Способ по любому из пп. 37-39, характеризующийся тем, что указанный способ включает амплификацию и/или клонирование нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный один или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
41. Способ по любому из пп. 37-40, характеризующийся тем, что указанный способ включает секвенирование нуклеиновой кислоты, кодирующей указанный один или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
42. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий синтез или рекомбинантную экспрессию одного или более идентифицированных связывающих элементов из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
43. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий определение влияния одного или более связывающих элементов, идентифицированных из указанной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки на активность молекулы-мишени.
44. Способ по п. 43, характеризующийся тем, что молекула-мишень представляет собой ионный канал, и определяют влияние указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов на поток ионов через указанный канал.
45. Способ по любому из пп. 1-44, включающий синтез или рекомбинантную экспрессию изолированного донорного диверсифицированного домена остова из одного или более обнаруженных связывающих элементов из исходной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки.
46. Способ по любому из пп. 1-45, включающий изменение формата одного или более из обнаруженных связывающих элементов на scFv, Fab, scFv-Fc, Fc, IgA, IgD, IgM или IgG.
47. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий присоединение терапевтической молекулы, молекулы, продлевающей время полужизни, или детектируемой метки к указанному одному или более идентифицированным связывающим элементам.
48. Способ по любому из предшествующих пунктов, включающий получение композиции указанного одного или более идентифицированных связывающих элементов из исходной библиотеки, модифицированной библиотеки и/или перетасованной библиотеки или изолированного донорного диверсифицированного домена остова с фармацевтически приемлемым вспомогательным веществом.
49. Способ получения библиотеки связывающих элементов, включающий:
обеспечение популяции нуклеиновых кислот, кодирующих диверсифицированную популяцию слитых белков, содержащих донорный диверсифицированный домен остова, встроенный в реципиентный диверсифицированный домен остова,
при этом указанный донорный диверсифицированный домен остова содержит донорный остов и донорную последовательность взаимодействия, и реципиентный диверсифицированный домен остова содержит реципиентный остов и реципиентную последовательность взаимодействия, при этом необязательно N- и С-концы донорного диверсифицированного домена остова связаны с реципиентным диверсифицированным доменом остова линкерами, состоящими из до 4 аминокислот, и одна, две или все три из донорной последовательности взаимодействия, реципиентной последовательности взаимодействия и линкеров в указанной популяции различаются,
экспрессию указанной популяции нуклеиновых кислот с получением диверсифицированной популяции, и
необязательно соединение слитых белков с популяцией доменов-партнеров,
что позволяет получить библиотеку связывающих элементов.
50. Способ по п. 49, характеризующийся тем, что указанные нуклеиновые кислоты экспрессируются в клетке или бесклеточной рибосоме.
51. Способ по п. 50, характеризующийся тем, что указанная клетка представляет собой прокариотическую клетку.
52. Способ по п. 50, характеризующийся тем, что указанная клетка представляет собой эукариотическую клетку.
53. Способ по п. 52, характеризующийся тем, что эукариотическая клетка представляет собой клетку растения, дрожжей, насекомого или млекопитающего.
54. Библиотека связывающих элементов, содержащая: диверсифицированную популяцию слитых белков, содержащих донорный
диверсифицированный домен остова, встроенный в реципиентный диверсифицированный домен остова,
в которой указанный донорный диверсифицированный домен остова содержит донорный остов и донорную последовательность взаимодействия, и реципиентный диверсифицированный домен остова содержит реципиентный остов и реципиентную последовательность взаимодействия, при этом необязательно N- и С-концы донорного диверсифицированного домена остова связаны с реципиентным диверсифицированным доменом остова линкерами, состоящими из до 4 аминокислот, и
одна, две или все три из донорной последовательности взаимодействия, реципиентной последовательности взаимодействия и линкеров в указанной популяции различаются, и
при этом необязательно указанные слитые белки связаны с партнерами по связыванию с образованием гетеродимеров.
55. Библиотека по п. 54, отличающаяся тем, что указанные связывающие элементы в указанной библиотеке содержат:
(i) диверсифицированные донорные последовательности взаимодействия и одну и ту же реципиентную последовательность взаимодействия,
(ii) диверсифицированные реципиентные последовательности взаимодействия и одну и ту же донорную последовательность взаимодействия, или
(iii) диверсифицированные реципиентные и донорные последовательности взаимодействия.
56. Библиотека по п. 55, отличающаяся тем, что указанные связывающие элементы в указанной библиотеке содержат диверсифицированные линкерные последовательности.
57. Библиотека по п. 56, отличающаяся тем, что указанные связывающие элементы в указанной библиотеке содержат одинаковые реципиентные и донорные последовательности взаимодействия и диверсифицированные линкерные последовательности.
58. Библиотека по любому из пп. 54-57, отличающаяся тем, что указанные связывающие элементы в указанной библиотеке содержат диверсифицированные домены-партнеры.
59. Библиотека по любому из пп. 54-58, которую получают с помощью способа по любому из пп. 49-53.
60. Способ или библиотека по любому из пп. 49-59, характеризующиеся тем, что каждый связывающий элемент в указанной библиотеке отображен на поверхности рибосомы, клетки или вируса, которые содержат нуклеиновую кислоту, кодирующую связывающий элемент.
61. Способ или библиотека по п. 60, характеризующиеся тем, что указанные связывающие элементы представлены на поверхности бактериофага или эукариотической клетки.
62. Способ или библиотека по любому из пп. 54-61, характеризующиеся тем, что слитый белок указанных связывающих элементов слит с белком оболочки нитевидного фага.
63. Слитый белок, содержащий донорный диверсифицированный домен остова, встроенный в реципиентный диверсифицированный домен остова, при этом указанный донорный диверсифицированный домен остова содержит донорный остов и донорную последовательность взаимодействия, и реципиентный диверсифицированный домен остова содержит реципиентный остов и реципиентную последовательность взаимодействия.
64. Связывающий элемент, содержащий слитый белок по п. 63 и домен-партнер.
65. Способ получения связывающего элемента, включающий:
встраивание нуклеиновой кислоты, кодирующей донорный диверсифицированный домен остова, в нуклеиновую кислоту, кодирующую реципиентный диверсифицированный домен остова, с получением химерной нуклеиновой кислоты, кодирующей слитый белок;
при этом указанный донорный диверсифицированный домен остова содержит донорный остов и донорную последовательность взаимодействия, и реципиентный диверсифицированный домен остова содержит реципиентный остов и реципиентную последовательность взаимодействия;
экспрессию указанной химерной нуклеиновой кислоты с получением указанного слитого белка, и
необязательно соединение слитого белка с доменом-партнером.
66. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что у связывающего элемента или слитого белка увеличено время полужизни in vivo по сравнению с изолированным донорным диверсифицированным доменом остова.
67. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что слитый белок связан с доменом-партнером посредством ковалентной или нековалентной связи.
68. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 67, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова слитого белка связан с доменом-партнером.
69. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 67, характеризующиеся тем, что донорный диверсифицированный домен остова слитого белка связан с доменом-партнером.
70. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что связывающий элемент гетеродимерный.
71. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент согласно любой по пп. 1-69, характеризующиеся тем, что связывающий элемент содержит множество доменов-партнеров.
72. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 71, характеризующиеся тем, что связывающий элемент мультимерный.
73. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что указанные последовательности взаимодействия донорных и реципиентных диверсифицированных доменов остова взаимодействуют с одним и тем же эпитопом на молекуле-мишени.
74. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что слитый белок и домен-партнер связываются с одной и той же молекулой-мишенью.
75. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что молекула-мишень представляет собой интегральный мембранный белок.
76. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 75, характеризующийся тем, что интегральный мембранный белок представляет собой ионный канал, рецептор, сопряженный с G-белком, или рецептор I типа.
77. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 1-76, характеризующиеся тем, что связывающий элемент связывается с первой молекулой-мишенью и второй молекулой-мишенью.
78. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 1-76, характеризующиеся тем, что один из слитого белка и домена-партнера связывается с первой молекулой-мишенью, и другой из слитого белка и домена-партнера связывается со второй молекулой-мишенью.
79. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 77 или 78, характеризующиеся тем, что указанные молекулы-мишени находятся на поверхности одной и той же клетки.
80. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 79, характеризующиеся тем, что связывание связывающего элемента с первой молекулой-мишенью повышает связывание связывающего элемента со второй молекулой-мишенью.
81. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 77-80, характеризующиеся тем, что первая молекула-мишень представляет собой рецептор гематоэнцефалического барьера или рецептор барьера кровь-нейрон.
82. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что один или оба диверсифицированного домена остова содержат множество дисульфидных связей.
83. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова выбран из группы, состоящей из: иммуноглобулина, домена иммуноглобулина, домена VH, домена VL, ноттина, белка А, "искуственного белка с анкириновыми повторами" (DARPin), адгирона, домена фибронектина, антикалина и белка гена 2 фага Т7 (Gp2).
84. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 83, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова представляет собой полноразмерный иммуноглобулин или часть иммуноглобулина.
85. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 84, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова представляет собой полноразмерный вариабельный домен антитела или часть вариабельного домена антитела.
86. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 85, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова представляет собой вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела.
87. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 86, характеризующиеся тем, что вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела содержит последовательность аминокислот, показанную в таблице 23 (SEQ ID NO: 270), или ее вариант.
88. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 86 или 87, характеризующиеся тем, что домен-партнер представляет собой вариабельный домен тяжелой цепи (VH) антитела.
89. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 88, характеризующиеся тем, что вариабельный домен тяжелой цепи (VH) антитела содержит последовательность аминокислот, показанную в таблице 20 (последовательности SEQ ID NO: 249-257), или ее вариант.
90. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 85, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова представляет собой вариабельный домен тяжелой цепи (VH) антитела.
91. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 90, характеризующиеся тем, что домен-партнер представляет собой вариабельный домен легкой цепи (VL) антитела.
92. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 88 или 91, характеризующиеся тем, что домен VL и домен VH соединены с помощью гибкого линкера
93. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 83-90, характеризующиеся тем, что донорный диверсифицированный домен остова заменяет весь или часть CDR1 VH, CDR2 VH, CDR3 VH, CDR1 VL, CDR2 VL или CDR3 VL вариабельного домена антитела.
94. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 91, характеризующиеся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова заменяет весь или часть CDR1 или CDR2 домена VL антитела.
95. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 85-94, характеризующиеся тем, что последовательность взаимодействия донорного диверсифицированного домена остова и одного или более CDR вариабельного домена антитела взаимодействуют с одним и тем же эпитопом на молекуле-мишени.
96. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 95, характеризующиеся тем, что последовательность взаимодействия донорного диверсифицированного домена остова и CDR3 вариабельного домена антитела взаимодействуют с одним и тем же эпитопом на молекуле-мишени.
97. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова состоит из по меньшей мере 15 аминокислот, предпочтительно из по меньшей мере 20 аминокислот.
98. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из предшествующих пунктов, характеризующиеся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова выбран из группы, состоящей из: иммуноглобулина, домена иммуноглобулина, домена VH, домена VL, белка А, богатого цистеином пептида, такого как пептид яда или ноттин, "искуственного белка с анкириновыми повторами" (DARPin), адгирона, домена фибронектина, антикалина и белка гена 2 фага Т7 (Gp2).
99. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 98, характеризующийся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова представляет собой богатый цистеином пептид.
100. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 99, характеризующиеся тем, что донорный диверсифицированный домен остова представляет собой пептид яда.
101. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 97-100, характеризующиеся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова представляет собой ноттин.
102. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 101, характеризующиеся тем, что ноттин представляет собой ингибитор трипсина-II Ecballium elaterium (EETI-II), MCoTI-II, хьювентоксин-IV (Huwentoxin-IV), ProTx-II, SSm6a, калиотоксин, MoKa-1, Shk, PcTx1 и конотоксин-ω, или его вариант.
103. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 97-102, характеризующиеся тем, что нативные N- и С-концы донорного диверсифицированного домена остова связаны с реципиентным диверсифицированным доменом остова.
104. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 103, характеризующиеся тем, что ноттин включает последовательность аминокислот, показанную в таблице 17А (последовательности SEQ ID NO: 211-233), таблице 17В (последовательности SEQ ID NO: 234-244) или на фигуре 29 (SEQ ID NO: 342), или ее вариант.
105. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 97-104, характеризующиеся тем, что реципиентный диверсифицированный домен остова содержит последовательность аминокислот реципиентного связывающего домена, показанного в таблице 1, и необязательно линкер содержит последовательность аминокислот линкера, показанного в таблице 1.
106. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 103-105, характеризующиеся тем, что слитый белок содержит последовательность аминокислот, показанную в таблице 1 (последовательности SEQ ID NO: 84-139) или в таблице 8 В (последовательности SEQ ID NO: с 31 по 35), или ее вариант.
107. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по любому из пп. 97-102, характеризующиеся тем, что искусственные N- и С-концы получают путем циклизации и линеаризации донорного диверсифицированного домена остова, связанного с реципиентным диверсифицированным доменом остова.
108. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 107, характеризующиеся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова представляет собой ноттин, содержащий последовательность аминокислот, показанную в таблице 28 (последовательности SEQ ID NO: 302-307), или ее вариант.
109. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 107 или 108, характеризующиеся тем, что слитый белок содержит последовательность аминокислот, показанную в таблице 29 (последовательности SEQ ID NO: 308-317) или на фигуре 29 (последовательности SEQ ID NO 349 и 351), или ее вариант.
110. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 106 или 109, характеризующийся тем, что связывающий элемент включает домен-партнер, указанный домен-партнер представляет собой домен VH.
111. Способ, библиотека, слитый белок или связывающий элемент по п. 97 или 86, характеризующийся тем, что указанный донорный диверсифицированный домен остова представляет собой адгирон.
112. Нуклеиновая кислота, кодирующая слитый белок по любому из пп. 63 и 66-111, или связывающий элемент по любому из пп. 64 и 66-111.
113. Вектор, кодирующий нуклеиновую кислоту по п. 112.
114. Способ получения слитого белка или связывающего элемента, включающий: экспрессию нуклеиновой кислоты по п. 112.
115. Популяция нуклеиновых кислот, кодирующих библиотеку по любому из пп. 54-62 и 65-111.
116. Популяция по п. 115, отличающаяся тем, что указанные нуклеиновые кислоты, кодирующие указанную библиотеку, содержатся в векторах экспрессии.
117. Популяция вирусных частиц, включающая библиотеку по любому из пп. 54-62 и 65-111, и/или популяция по п. 115 или 116.
118. Популяция клеток-хозяев, содержащих библиотеку по любому из пп. 54-62 и 65-111 или популяцию по п. 115 или 116.
119. Слитый белок по любому из пп. 63 и 66-111 или связывающий элемент по любому из пп. 64 и 66-111, который слит или конъюгирован с токсином, терапевтической молекулой, молекулой, продлевающей время полужизни, или детектируемой меткой.
120. Фармацевтическая композиция, содержащая слитый белок по любому из пп. 63, 66-111 и 119 или связывающий элемент по любому из пп. 64, 66-111 и 119 и фармацевтически приемлемое вспомогательное вещество.
121. Слитый белок по любому из пп. 63, 66-111 и 119, или связывающий элемент по любому из пп. 64, 66-111 и 119, или композиция по п. 120 для применения в качестве лекарственного средства.
122. Слитый белок по любому из пп. 63, 66-111 и 119, или связывающий элемент по любому из пп. 64, 66-111 и 119, или композиция по п. 120 для применения для лечения заболевания или состояния, связанного с нарушением функции ионного канала или характеризуемого указанным нарушением.
123. Слитый белок, связывающий элемент или композиция по п. 122, характеризующиеся тем, что указанное заболевание или состояние представляет собой боль, рак, инфекционное заболевание или аутоиммунное заболевание.
124. Применение слитого белка по любому из пп. 63, 66-111 и 119, или связывающего элемента по любому из пп. 64, 66-111 и 119, или композиции по п. 120 для производства лекарственного средства для лечения заболевания или состояния, связанного с нарушением функции ионного канала или характеризуемого указанным нарушением.
125. Применение по п. 124, отличающееся тем, что указанное заболевание или состояние представляет собой боль, рак, инфекционное заболевание или аутоиммунное заболевание.
126. Способ лечения заболевания или состояния, связанного с нарушением функции ионного канала или характеризуемого указанным нарушением, включающий введение слитого белка по любому из пп. 63, 66-111 и 119, или связывающего элемента по любому из пп. 64, 66-111 и 119, или композиции по п. 120 нуждающемуся в этом индивиду.
127. Способ лечения по п. 126 для лечения боли или аутоиммунного заболевания.
RU2018123301A 2016-01-08 2017-01-09 Связывающие элементы с измененными диверсифицированными доменами остова RU2778694C2 (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB1600341.0A GB201600341D0 (en) 2016-01-08 2016-01-08 Diversity scaffolds
GB1600341.0 2016-01-08
GB1621070.0 2016-12-12
GBGB1621070.0A GB201621070D0 (en) 2016-12-12 2016-12-12 Diversity scaffolds
PCT/EP2017/050337 WO2017118761A1 (en) 2016-01-08 2017-01-09 Binding members with altered diversity scaffold domains

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2018123301A true RU2018123301A (ru) 2020-02-10
RU2018123301A3 RU2018123301A3 (ru) 2020-06-30
RU2778694C2 RU2778694C2 (ru) 2022-08-23

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
EP3277810A1 (en) 2018-02-07
AU2017205706A1 (en) 2018-08-16
CN108473987A (zh) 2018-08-31
WO2017118761A1 (en) 2017-07-13
SG11201805493YA (en) 2018-07-30
BR112018013883A2 (pt) 2018-12-18
GB201812040D0 (en) 2018-09-05
AU2017205706B2 (en) 2022-10-20
CA3010231A1 (en) 2017-07-13
KR20180100132A (ko) 2018-09-07
US20190256840A1 (en) 2019-08-22
RU2018123301A3 (ru) 2020-06-30
GB2562933B (en) 2022-06-29
JP7539018B2 (ja) 2024-08-23
JP2019505206A (ja) 2019-02-28
EP3786292A1 (en) 2021-03-03
GB2562933A (en) 2018-11-28
JP2022084834A (ja) 2022-06-07
EP3277810B8 (en) 2020-07-15
GB2562933A8 (en) 2018-12-19
JP7308505B2 (ja) 2023-07-14
CN108473987B (zh) 2024-01-02
EP3277810B1 (en) 2020-05-27

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108473987B (zh) 具有改变的多样性支架结构域的结合成员
JP6753851B2 (ja) Ｇタンパク質共役受容体を標的化する抗体および使用の方法
ES2755398T3 (es) Andamios multiméricos específicos de TRAIL R2
JP2022084834A5 (ru)
JP2019505206A5 (ru)
US20170210818A1 (en) Constant region antibody fusion proteins and compositions thereof
CN109071654A (zh) 靶向Fc受体样5的抗体及使用方法
US20110250642A1 (en) Method for Displaying Antibodies
CN102659941A (zh) 结合分子
CN110177805A (zh) 抗体构建体
CN105669864B (zh) 抗人程序性死亡受体1抗体及其制备方法和用途
JP5955773B2 (ja) 改善された細菌膜タンパク質分泌
JP2021506976A (ja) 根本的に多様なヒト抗体ライブラリー
WO2020027224A1 (ja) 新たな結合特異性を抗体に付与する超汎用法
CN116457374A (zh) 经修饰的可溶性t细胞受体
CN102711811A (zh) 抗体模拟物支架
JP7384415B2 (ja) 抗体の抗原結合領域を含み、生理活性ペプチドを融合する人工タンパク質
RU2778694C2 (ru) Связывающие элементы с измененными диверсифицированными доменами остова
Mazigi Molecular engineering of antibody and superantigen interactions
KR20230128290A (ko) 가변 중쇄 전용 라이브러리, 이의 제조 방법, 및 이의용도
CN116096743A (zh) 用于病毒株进化的多聚体
TW202225188A (zh) 與ｃｄ３結合的多肽構建體
Kym Engineered discoidin domain from factor VIII binds αvβ3 integrin with antibody-like affinity
Rouet Mutational, structural and evolutionary analyses of the human antibody VL domain
BR122021001159B1 (pt) Anticorpo do receptor acoplado à anti-proteína g família c grupo 5 membro d (gprc5d) ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo, seu uso, composições, imunoconjugado, molécula biespecífica, molécula de ácido nucleico, vetor de expressão, método para detecção de gprc5d em uma célula inteira ou tecido e kit para tratar um tumor

Legal Events

Date Code Title Description
HZ9A Changing address for correspondence with an applicant