RU2017134504A - Способ лечения рака - Google Patents

Способ лечения рака Download PDF

Info

Publication number
RU2017134504A
RU2017134504A RU2017134504A RU2017134504A RU2017134504A RU 2017134504 A RU2017134504 A RU 2017134504A RU 2017134504 A RU2017134504 A RU 2017134504A RU 2017134504 A RU2017134504 A RU 2017134504A RU 2017134504 A RU2017134504 A RU 2017134504A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
stem
neoantigen
mutation
cells
tumor
Prior art date
Application number
RU2017134504A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2770447C2 (ru
RU2017134504A3 (ru
Inventor
Николас МАКГРАНАХАН
Рэйчел РОЗЕНТАЛЬ
Чарльз СВОНТОН
Карл ПЕГГЗ
Серхио КЕСАДА
Original Assignee
Кэнсэр Ресерч Текнолоджи Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from GBGB1507100.4A external-priority patent/GB201507100D0/en
Priority claimed from GBGB1603663.4A external-priority patent/GB201603663D0/en
Priority claimed from GBGB1603731.9A external-priority patent/GB201603731D0/en
Application filed by Кэнсэр Ресерч Текнолоджи Лимитед filed Critical Кэнсэр Ресерч Текнолоджи Лимитед
Publication of RU2017134504A publication Critical patent/RU2017134504A/ru
Publication of RU2017134504A3 publication Critical patent/RU2017134504A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2770447C2 publication Critical patent/RU2770447C2/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/0005—Vertebrate antigens
    • A61K39/0011—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464401—Neoantigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
    • G01N33/5047—Cells of the immune system
    • G01N33/505—Cells of the immune system involving T-cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/5743—Specifically defined cancers of skin, e.g. melanoma
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/31—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterized by the route of administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/38—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the dose, timing or administration schedule
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/46—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46 characterised by the cancer treated
    • A61K2239/57—Skin; melanoma
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/20—Cytokines; Chemokines
    • C12N2501/23—Interleukins [IL]
    • C12N2501/2302—Interleukin-2 (IL-2)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C12N2501/505—CD4; CD8
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C12N2501/51—B7 molecules, e.g. CD80, CD86, CD28 (ligand), CD152 (ligand)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2501/00—Active agents used in cell culture processes, e.g. differentation
    • C12N2501/50—Cell markers; Cell surface determinants
    • C12N2501/515—CD3, T-cell receptor complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2502/00—Coculture with; Conditioned medium produced by
    • C12N2502/11—Coculture with; Conditioned medium produced by blood or immune system cells
    • C12N2502/1121—Dendritic cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2502/00—Coculture with; Conditioned medium produced by
    • C12N2502/99—Coculture with; Conditioned medium produced by genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Toxicology (AREA)

Claims (135)

1. Способ идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию.
2. Способ идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию.
3. Способ по п.1 или 2, в котором стволовая мутация представляет собой вариант одиночного нуклеотида.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором мутации идентифицированы секвенированием Exome, РНК-seq, секвенированием целого генома и/или секвенированием панели генов-мишеней.
5. Способ по любому из предыдущих пунктов, который включает стадию оценки профиля аллелей HLA индивидуума для определения, будет ли пептид стволового неоантигена связываться с молекулой MHC индивидуума.
6. Способ идентификации Т-клетки, специфичной для стволового неоантигена, который включает стадии способа по любому из предшествующих пп. и следующую стадию:
iv) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать стволовой неоантиген, в качестве Т-клетки, специфичной для стволового неоантигена.
7. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
i) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать пептид стволового неоантигена; и
ii) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген.
8. Способ по п.7, где в стадии ii) указанные Т-клетки избирательно наращивают с использованием стволового неоантигена или пептида стволового неоантигена.
9. Способ по п.8, где указанные Т-клетки избирательно наращивают с использованием множества стволовых неоантигенов или пептидов стволовых неоантигенов, где каждый из указанных пептидов включает отличную стволовую мутацию.
10. Способ по п.9, где указанное множество пептидов включает от 2 до 100 пептидов.
11. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума способом, который включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию;
или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
c) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которая направлена на стволовой неоантиген.
12. Способ получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген в опухоли, который включает стадии:
i) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
ii) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген, где указанные Т-клетки наращивают путем совместного культивирования с антигенпрезентирующими клетками, которые представляют пептиды стволового неоантигена, происходящие из указанного стволового неоантигена.
13. Способ по п.12, в котором указанные антигенпрезентирующие клетки нагружены или пульсированы пептидом, происходящим из указанного стволового неоантигена.
14. Способ по п.12 или 13, в котором указанная Т-клетка, которая способна специфически узнавать пептид стволового неоантигена, идентифицируется способом по п.6.
15. Способ по любому из пп.6-14, где образец представляет собой образец опухоли, крови или ткани от индивидуума.
16. Способ по п.7, в котором стволовой неоантиген идентифицируют способом по любому из пп.1-5.
17. Способ по любому из пп.7-14, в котором популяция Т-клеток включает CD8+ Т-клетки, CD4+ Т-клетки или CD8+ и CD4+ T-клетки.
18. Способ по любому из пп.7-14, в котором предлагается, по меньшей мере, первая и вторая Т-клетки, где первая Т-клетка направлена на первый стволовой неоантиген, созданный первой стволовой мутацией, а вторая Т-клетка направлена на второй стволовой неоантиген, созданный второй стволовой мутацией.
19. Способ по любому из пп.7-18, в котором указанную популяцию Т-клеток обогащают увеличенным количеством Т-клеток, которые направлены на стволовые неоантигены, по сравнению с образцом, выделенным от индивидуума.
20. Композиция Т-клеток, которая включает Т-клетку, специфичную для стволового неоантигена.
21. Композиция Т-клеток по п.20, которая включает Т-клетки, селективно наращенные для направленности на один или более стволовых неоантигенов.
22. Композиция Т-клеток по п.20 или 21, которая включает, по меньшей мере, приблизительно 0,2%-5%, 5%-10%, 10-20%, 20-30%, 30-40%, 40-50%, 50-70% или 70-100% Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген.
23. Композиция Т-клеток, пригодная для лечения рака у индивидуума, которая включает Т-клетки, селективно наращенные для направленности на стволовые неоантигены, характерные для рака индивидуума.
24. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-23, в которой стволовой неоантиген идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
25. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-23, в которой Т-клетку, специфичную для стволового неоантигена, получают или можно получить способом по п.6.
26. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-25, в которой Т-клетка, специфичная для стволового неоантигена, представляет собой Т-клетку, как определено в любом из пп.6-19.
27. Композиция Т-клеток, включающая популяцию Т-клеток, которая получена или может быть получена способом по любому из пп.7-19.
28. Композиция Т-клеток по любому из пп.20-27, в которой Т-клетка, специфичная для стволового неоантигена, экспрессирует химерный рецептор антигена или TCR, который специфически связывается со стволовым неоантигеном или пептидом стволового неоантигена, или TCR с повышенной аффинностью, который специфически связывается со стволовым неоантигеном или пептидом стволового неоантигена.
29. Композиция Т-клеток по любому из пп.21-28 для применения при лечении рака.
30. Композиция Т-клеток для использования по п.29, в которой композиция Т-клеток используется в сочетании с ингибитором контрольных точек.
31. Композиция Т-клеток, включающая популяцию Т-клеток, которая способна направленно действовать на стволовой неоантиген в опухоли, который ранее идентифицирован следующим способом, для использования при лечении рака, где указанный способ включает стадии:
(a) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию;
или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификации Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
c) наращивания Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которая направлена на стволовой неоантиген.
32. Композиция Т-клеток по любому из пп.21-31 для использования при получении лекарственного средства для лечения рака.
33. Способ лечения рака у индивидуума, который включает введение композиции Т-клеток по любому из пп.21-31 индивидууму.
34. Способ по п.33, который включает следующие стадии:
(i) выделения образца, содержащего Т-клетки, от индивидуума;
(ii) идентификации и наращивания популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген; и
(iii) введение клеток из (ii) индивидууму.
35. Способ лечения рака у индивидуума, где указанный способ включает:
(а) идентификацию стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) идентификацию Т-клетки из образца, выделенного от индивидуума, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген;
c) наращивание Т-клеток для получения популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген; и
d) введение указанной популяции Т-клеток указанному индивидууму.
36. Способ по любому из пп.34-35, в котором образец представляет собой образец опухоли, крови или ткани от индивидуума.
37. Способ по любому из пп.33-36, в котором популяцию Т-клеток вводят в сочетании с ингибитором контрольных точек.
38. Способ получения композиции, включающей антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, где указанный способ включает:
(а) идентификацию стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
b) получение композиции, включающей указанный стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, и антигенпрезентирующую клетку.
39. Способ наращивания популяции Т-клеток, которые направлены на стволовой неоантиген, который включает стадии:
i) предоставления образца, включающего Т-клетку, которая способна специфически узнавать указанный стволовой неоантиген; и
ii) совместного культивирования популяции Т-клеток с композицией, включающей стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, и с антигенпрезентирующей клеткой, как определено в п.38.
40. Популяция Т-клеток, которую получают или можно получить способом по п.39.
41. Композиция, включающая антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена.
42. Способ по п.38 или 39 или композиция по п.41, где указанный антигенпрезентирующая клетка представляет собой дендритную клетку.
43. Композиция, включающая антигенпрезентирующую клетку и стволовой неоантиген или пептид стволового неоантигена, которую получают или можно получить способом по п.38, 39 и 42.
44. Мультимер MHC, включающий пептид стволового неоантигена, где стволовой неоантиген идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
45. Способ получения мультимера MHC, где указанный способ включает следующие стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения пептида стволового неоантигена из указанного стволового неоантигена; и
(c) получения мультимера MHC, включающего указанный пептид стволового неоантигена.
46. Композиция, включающая мультимер МНС, который получают или можно получить способом по п.45.
47. Вакцина, включающая пептид или белок стволового неоантигена, или молекулу РНК или ДНК, кодирующую пептид или белок стволового неоантигена.
48. Вакцина по п.47, где указанный пептид стволового неоантигена идентифицирован способом по любому из пп.1-5.
49. Вакцина по п.47 или 48, которая находится в форме вакцины дендритных клеток, где дендритная клетка пульсирована или нагружена указанным пептидом стволового неоантигена или генетически модифицирована для экспрессии пептида стволового неоантигена или белка стволового неоантигена.
50. Вакцина по любому из пп.47-49, которая находится в форме фармацевтической композиции и которая включает фармацевтически приемлемый носитель, разбавитель, наполнитель или адъювант.
51. Вакцина по любому из пп.47-50 для использования при лечении рака.
52. Способ лечения рака у индивидуума, включающий введение вакцины по любому из пп.47-50 указанному индивидууму.
52. Способ по п.52, дополнительно включающий стадию выявления индивидуума, который страдает раком.
53. Способ получения вакцины, включающей пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена, причем указанный способ включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения пептида стволового неоантигена или белка стволового неоантигена из указанного стволового неоантигена; и
(c) получения вакцины, включающей указанный пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена.
54. Способ получения вакцины, включающей молекулу ДНК или РНК, кодирующую пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена, причем указанный способ включает стадии:
(а) идентификации стволового неоантигена в опухоли от индивидуума, которая включает стадии:
i) определения мутаций, присутствующих в образце, выделенном из опухоли; и
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую, по существу, во всех опухолевых клетках; и
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; или
i) определения мутаций, присутствующих во множестве образцов, выделенных из опухоли;
ii) идентификации стволовой мутации, которая представляет собой мутацию, присутствующую во всех образцах;
iii) идентификации стволового неоантигена, который представляет собой антиген, кодируемый последовательностью, которая включает стволовую мутацию; и
(b) получения вакцины, включающей молекулу ДНК или РНК, кодирующую указанный пептид стволового неоантигена или белок стволового неоантигена.
RU2017134504A 2015-04-27 2016-04-27 Способ лечения рака RU2770447C2 (ru)

Applications Claiming Priority (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
GBGB1507100.4A GB201507100D0 (en) 2015-04-27 2015-04-27 Method
GB1507100.4 2015-04-27
GBGB1603663.4A GB201603663D0 (en) 2016-03-02 2016-03-02 Method
GB1603663.4 2016-03-02
GB1603731.9 2016-03-03
GBGB1603731.9A GB201603731D0 (en) 2016-03-03 2016-03-03 Method
PCT/EP2016/059401 WO2016174085A1 (en) 2015-04-27 2016-04-27 Method for treating cancer

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020123735A Division RU2020123735A (ru) 2015-04-27 2016-04-27 Способ лечения рака

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2017134504A true RU2017134504A (ru) 2019-04-04
RU2017134504A3 RU2017134504A3 (ru) 2020-08-12
RU2770447C2 RU2770447C2 (ru) 2022-04-18

Family

ID=55809140

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017134504A RU2770447C2 (ru) 2015-04-27 2016-04-27 Способ лечения рака
RU2020123735A RU2020123735A (ru) 2015-04-27 2016-04-27 Способ лечения рака

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2020123735A RU2020123735A (ru) 2015-04-27 2016-04-27 Способ лечения рака

Country Status (22)

Country Link
US (3) US20180064793A1 (ru)
EP (4) EP3288581B1 (ru)
JP (4) JP6918703B2 (ru)
KR (2) KR20230125090A (ru)
CN (2) CN107750278B (ru)
AU (2) AU2016256220B2 (ru)
BR (1) BR112017020893A2 (ru)
CA (1) CA2982266A1 (ru)
CL (2) CL2017002728A1 (ru)
DK (1) DK3288581T3 (ru)
ES (1) ES2836273T3 (ru)
HU (1) HUE052106T2 (ru)
IL (2) IL298497A (ru)
MX (1) MX2017013777A (ru)
MY (1) MY189338A (ru)
NZ (1) NZ735882A (ru)
PL (1) PL3288581T3 (ru)
PT (1) PT3288581T (ru)
RU (2) RU2770447C2 (ru)
SG (2) SG10202007364RA (ru)
WO (1) WO2016174085A1 (ru)
ZA (1) ZA201706616B (ru)

Families Citing this family (35)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB201516047D0 (en) * 2015-09-10 2015-10-28 Cancer Rec Tech Ltd Method
TWI765875B (zh) 2015-12-16 2022-06-01 美商磨石生物公司 新抗原辨識、製造及用途
US20170224796A1 (en) 2016-02-05 2017-08-10 Xeme Biopharma Inc. Therapeutic Cancer Vaccine Containing Tumor-Associated Neoantigens and Immunostimulants in a Delivery System
WO2018094167A1 (en) 2016-11-17 2018-05-24 Iovance Biotherapeutics, Inc. Remnant tumor infiltrating lymphocytes and methods of preparing and using the same
AU2017367696A1 (en) 2016-12-01 2019-06-20 Nant Holdings Ip, Llc Tumor antigenicity processing and presentation
GB201700621D0 (en) 2017-01-13 2017-03-01 Guest Ryan Dominic Method,device and kit for the aseptic isolation,enrichment and stabilsation of cells from mammalian solid tissue
CA3051869A1 (en) * 2017-02-07 2018-08-16 Memorial Sloan Kettering Cancer Center Use of immune checkpoint modulators in combination with antigen-specific t cells in adoptive immunotherapy
CN110799196B (zh) * 2017-03-31 2024-02-13 行动基因(智财)有限公司 致免疫性的癌症特异抗原决定位的排名系统
US11634773B2 (en) 2017-07-14 2023-04-25 The Francis Crick Institute Limited Analysis of HLA alleles in tumours and the uses thereof
EP3694532A4 (en) 2017-10-10 2021-07-14 Gritstone Oncology, Inc. IDENTIFICATION OF NEOANTIGENS BY MEANS OF HOT SPOTS
JP2021503897A (ja) 2017-11-22 2021-02-15 グリットストーン オンコロジー インコーポレイテッド 新生抗原のためのジャンクションエピトープ提示の低減
EP3618071A1 (en) * 2018-08-28 2020-03-04 CeCaVa GmbH & Co. KG Methods for selecting tumor-specific neoantigens
US20210233610A1 (en) * 2018-08-28 2021-07-29 CeCaVa GmbH & Co. KG Methods for ranking and/or selecting tumor-specific neoantigens
CN109337873A (zh) * 2018-09-30 2019-02-15 北京鼎成肽源生物技术有限公司 一种lrff细胞
CN109295097B (zh) * 2018-09-30 2020-09-25 北京鼎成肽源生物技术有限公司 一种mrfft2细胞
CN109294997B (zh) * 2018-09-30 2020-09-25 北京鼎成肽源生物技术有限公司 一种lrfft1细胞
CN109485721A (zh) * 2018-11-23 2019-03-19 杜学明 一种获得肿瘤特异性t细胞受体的方法
EP3906045A1 (en) * 2019-01-03 2021-11-10 Evaxion Biotech ApS Vaccines targeting neoepitopes
CN110534156B (zh) * 2019-09-02 2022-06-17 深圳市新合生物医疗科技有限公司 一种提取免疫治疗新抗原的方法及系统
CN110689930B (zh) * 2019-10-18 2021-07-30 北京橡鑫生物科技有限公司 检测tmb的方法及装置
WO2021087839A1 (zh) * 2019-11-07 2021-05-14 武汉华大吉诺因生物科技有限公司 肿瘤特异性多肽序列及其应用
US20230052157A1 (en) * 2019-12-12 2023-02-16 Achilles Therapeutics Uk Limited Method for obtaining nucleic acid for sequencing
IL294098A (en) 2019-12-20 2022-08-01 Instil Bio Uk Ltd Devices and methods for isolating lymphocytes infiltrating tumors and their use
WO2021163695A2 (en) * 2020-02-14 2021-08-19 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Novel t cell receptors (tcrs) that react to neoantigens
CN111303268B (zh) * 2020-03-10 2021-08-27 江苏兰恩生物治疗技术研究院有限公司 子宫肌瘤新抗原、其应用和子宫肌瘤疫苗
JP2022024683A (ja) 2020-07-28 2022-02-09 株式会社ミツトヨ 形状測定方法
GB202104715D0 (en) * 2021-04-01 2021-05-19 Achilles Therapeutics Uk Ltd Identification of clonal neoantigens and uses thereof
GB202202880D0 (en) 2022-03-02 2022-04-13 Achilles Therapeutics Uk Ltd Methods for peptide synthesis
GB202205135D0 (en) 2022-04-07 2022-05-25 Francis Crick Institute Ltd Analysis of HLA alleles transcriptional deregulation
WO2023194491A1 (en) 2022-04-07 2023-10-12 The Francis Crick Institute Limited Analysis of hla alleles transcriptional deregulation
GB202205147D0 (en) 2022-04-07 2022-05-25 Achilles Therapeutics Uk Ltd Identification of clonal neoantigens and uses thereof
GB202210006D0 (en) 2022-07-07 2022-08-24 Achilles Therapeutics Uk Ltd Analysis of T cell samples
WO2024034622A1 (ja) * 2022-08-08 2024-02-15 北海道公立大学法人 札幌医科大学 対象由来のネオアンチゲンを選択するための方法
GB202213928D0 (en) 2022-09-23 2022-11-09 Achilles Therapeutics Uk Ltd Allele specific expression
CN117535352A (zh) * 2023-10-16 2024-02-09 同济大学 一种筛选具有pole抗原特异性t细胞的方法

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2209633C2 (ru) * 1997-09-19 2003-08-10 Юниверсити Оф Саузерн Калифорниа Т-клеточная вакцина для лечения рассеянного склероза
AU3483001A (en) * 2000-02-04 2001-08-14 Corixa Corp Compositions and methods for the therapy and diagnosis of ovarian cancer
CA2797868C (en) * 2010-05-14 2023-06-20 The General Hospital Corporation Compositions and methods of identifying tumor specific neoantigens
AU2012261237B2 (en) * 2011-05-24 2017-06-01 BioNTech SE Individualized vaccines for cancer
CA2879024A1 (en) * 2012-07-12 2014-01-16 Persimmune, Inc. Personalized cancer vaccines and adoptive immune cell therapies
US20150197785A1 (en) * 2012-08-10 2015-07-16 The Broad Institute, Inc. Methods and apparatus for analyzing and quantifying dna alterations in cancer
HUE050797T2 (hu) 2012-10-10 2021-01-28 Sangamo Therapeutics Inc T-sejt módosító vegyületek és alkalmazásaik
AU2014251207B2 (en) * 2013-04-07 2019-06-13 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Compositions and methods for personalized neoplasia vaccines
WO2015014375A1 (en) * 2013-07-30 2015-02-05 Biontech Ag Tumor antigens for determining cancer therapy
GB201319446D0 (en) * 2013-11-04 2013-12-18 Immatics Biotechnologies Gmbh Personalized immunotherapy against several neuronal and brain tumors
CN106456724A (zh) * 2013-12-20 2017-02-22 博德研究所 使用新抗原疫苗的联合疗法
MY190083A (en) * 2015-03-17 2022-03-25 Immatics Biotechnologies Gmbh Novel peptides and combination of peptides for use in immunotherapy against pancreatic cancer and other cancers
GB201516047D0 (en) * 2015-09-10 2015-10-28 Cancer Rec Tech Ltd Method

Also Published As

Publication number Publication date
JP2020127404A (ja) 2020-08-27
US20200000904A1 (en) 2020-01-02
AU2016256220A1 (en) 2017-10-19
AU2016256220B2 (en) 2021-10-21
JP2024001069A (ja) 2024-01-09
CN107750278A (zh) 2018-03-02
BR112017020893A2 (pt) 2018-07-10
CA2982266A1 (en) 2016-11-03
CL2017002728A1 (es) 2018-06-22
IL254760B2 (en) 2023-05-01
JP2022008381A (ja) 2022-01-13
ES2836273T3 (es) 2021-06-24
RU2770447C2 (ru) 2022-04-18
RU2020123735A (ru) 2020-07-30
AU2021286241A1 (en) 2022-01-06
RU2017134504A3 (ru) 2020-08-12
JP2018520637A (ja) 2018-08-02
JP6918703B2 (ja) 2021-08-11
MY189338A (en) 2022-02-04
EP3603665A1 (en) 2020-02-05
MX2017013777A (es) 2018-03-27
ZA201706616B (en) 2021-03-31
EP4137151A1 (en) 2023-02-22
HUE052106T2 (hu) 2021-04-28
PL3288581T3 (pl) 2021-05-31
US20180064793A1 (en) 2018-03-08
DK3288581T3 (da) 2021-01-11
EP3288581B1 (en) 2020-11-11
CN117467603A (zh) 2024-01-30
KR20230125090A (ko) 2023-08-28
US20200000903A1 (en) 2020-01-02
IL254760A (en) 2017-12-31
NZ735882A (en) 2022-07-29
IL254760B1 (en) 2023-01-01
WO2016174085A1 (en) 2016-11-03
KR20170138560A (ko) 2017-12-15
EP3603666A1 (en) 2020-02-05
EP3288581A1 (en) 2018-03-07
KR102629590B1 (ko) 2024-01-24
SG11201707920YA (en) 2017-11-29
SG10202007364RA (en) 2020-09-29
PT3288581T (pt) 2020-12-04
CL2020001730A1 (es) 2020-11-06
IL298497A (en) 2023-01-01
CN107750278B (zh) 2023-10-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2017134504A (ru) Способ лечения рака
TWI816702B (zh) 利用熱點識別新抗原之方法及電腦系統
Veatch et al. Endogenous CD4+ T cells recognize neoantigens in lung cancer patients, including recurrent oncogenic KRAS and ERBB2 (Her2) driver mutations
US20170202939A1 (en) Personalized cancer vaccines and methods therefor
US10550430B2 (en) Method and kit for determining whether a subject shows an immune response
IL268917B2 (en) A population-based immunogenic peptide identification platform
WO2018213803A1 (en) Immunogenic neoantigen identification
CN111286537A (zh) 用于癌症的个体化疫苗
CN111315769A (zh) 信号传导和抗原呈递双功能受体(sabr)
WO2020072700A1 (en) Hla single allele lines
Xia et al. BCL6-dependent TCF-1+ progenitor cells maintain effector and helper CD4+ T cell responses to persistent antigen
US20220062394A1 (en) Methods for identifying neoantigens
JP2023541108A (ja) マルチエピトープワクチンカセット
EP3060679B1 (en) Method and kit for determining whether a subject shows an immune response
Overgaard et al. Establishing the pig as a large animal model for vaccine development against human cancer
CN110741260B (zh) 用于预测疾病特异性氨基酸修饰用于免疫治疗的可用性的方法
WO2023068931A1 (en) Cancer neoantigens
US20210172961A1 (en) Methods for identifying rna editing-derived epitopes that elicit immune responses in cancer
CN111655721B (zh) T细胞受体
KR102670064B1 (ko) 예방접종에 유용한 t 세포 에피토프의 예측 방법
EP4136096A1 (en) Antigen pool
WO2023240085A1 (en) Viral peptides and uses thereof
Lie-Andersen Identification of Viral and Cancer epitopes using peptide: MHC Stability measurements
CA3179694A1 (en) Fusion proteins of ctl antigens for treating melanoma
JP2015133938A (ja) 抗原特異的ｔ細胞受容体の取得方法

Legal Events

Date Code Title Description
HZ9A Changing address for correspondence with an applicant