RU2016145402A - Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк - Google Patents

Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк Download PDF

Info

Publication number
RU2016145402A
RU2016145402A RU2016145402A RU2016145402A RU2016145402A RU 2016145402 A RU2016145402 A RU 2016145402A RU 2016145402 A RU2016145402 A RU 2016145402A RU 2016145402 A RU2016145402 A RU 2016145402A RU 2016145402 A RU2016145402 A RU 2016145402A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
gactcn
region
gagtcn
sequence
oligonucleotide
Prior art date
Application number
RU2016145402A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2016145402A3 (ru
RU2723079C2 (ru
Inventor
Ларс ПИТЕРС
Стивен А. ДЖУДИС
Дэниел ШЕФФЕР
Брек ПАРКЕР
Original Assignee
Инвайролоджикс, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=54333131&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RU2016145402(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Инвайролоджикс, Инк. filed Critical Инвайролоджикс, Инк.
Publication of RU2016145402A publication Critical patent/RU2016145402A/ru
Publication of RU2016145402A3 publication Critical patent/RU2016145402A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2723079C2 publication Critical patent/RU2723079C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (207)

1. Выделенный праймерный олигонуклеотид, включающий в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу,
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты с образованием двухцепочечного гибрида, имеющего ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую областью, где эта вторая область имеет на 3ʹ-конце один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотидов.
2. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.1, где указанная палиндромная последовательность в первой области имеет длину 2, 4 или 6 нуклеотидов.
3. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.1 или 2, где первая область имеет длину 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 или 24 нуклеотидов.
4. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-3, где вторая область имеет длину 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 нуклеотидов.
5. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-4, где первая область является полностью самокомплементарной.
6. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-5, где альтернативная структура представляет собой один или несколько частично двухцепочечных гибридов, которые вторая область может образовывать сама с собой, с частью последовательности первой области, с другими олигонуклеотидами, праймерами или зондами в реакции амплификаци или с частично комплементарными последовательностями нуклеиновых кислот за пределами области целевой последовательности.
7. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-6, в форме гомодимера, образованного путем гибридизации самокомплементарных последовательностей первой области двух молекул праймерных олигонуклеотидов.
8. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.7, где гомодимер имеет ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей праймерный олигонуклеотид.
9. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-8, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида имеют 2ʹ-модификацию, выбранную из группы, состоящей из 2ʹ-O-метил, 2ʹ-метоксиэтокси, 2ʹ-фтор, 2ʹ-гидроксил, 2ʹ-алкил, 2ʹ-аллил, 2ʹ-O-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4ʹ-тио, 4ʹ-CH2-O-2ʹ-мостик, 4ʹ-(CH2)2-O-2ʹ-мостик, 2ʹ-LNA и 2ʹ-O-(N-метилкарбамат), или модификаций, содержащих аналоги оснований.
10. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-9, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида расположены на 3ʹ-конце второй области.
11. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.9 или 10, где два или более 2ʹ-модифицированных нуклеотида являются смежными.
12. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.11, где количество смежных 2ʹ-модифицированных нуклеотидов составляет 4, 5 или 6.
13. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-12, где никирующий фермент представляет собой один или несколько из Nt.BspD6I и Nt.BsfNBI.
14. Выделенный праймерный олигонуклеотид по п.13, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность в первой области представляет собой 5ʹ-GAGTC-3ʹ.
15. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-14, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность расположена таким образом, чтобы происходило расщепление фосфодиэфирной связи между первой и второй областью.
16. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-15, имеющий первую область, включающую нуклеотидную последовательность, приведенную ниже:
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹ-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ- N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N6N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ,
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNNN-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN-3ʹ;
5ʹ-N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ;
5ʹ- N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N7N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN7ʹ-3ʹ,
где «N» представляет собой любой нуклеотид (например, имеющий в качестве нуклеотидного основания аденин (A), тимин (T), цитозин (C) или гуанин (G)), и N1 является комплементарным N1ʹ, N2 - N2ʹ, N3 - N3ʹ, N4 - N4ʹ, N5 - N5ʹ, N6 - N6ʹ и N7 - N7ʹ.
17. Выделенный праймерный олигонуклеотид по любому из пп.1-16, где первая область содержит последовательность, приведенную в Списке последовательностей, прилагаемом к данному изобретению.
18. Выделенный праймерный димер, имеющий два олигонуклеотидных мономера, где олигонуклеотидный мономер включает в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу,
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты с образованием двухцепочечного гибрида, имеющего ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую областью, где эта вторая область имеет на 3ʹ-конце один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотидов.
19. Выделенный праймерный димер по п.18, где указанная палиндромная последовательность в первой области имеет длину 2, 4 или 6 нуклеотидов.
20. Выделенный праймерный димер по п.18 или 19, где первая область имеет длину 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 или 24 нуклеотидов.
21. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-20, где вторая область имеет длину 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 нуклеотидов.
22. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-21, где первая область является полностью самокомплементарной.
23. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-22, где альтернативная структура представляет собой один или несколько частично двухцепочечных гибридов, которые вторая область может образовывать сама с собой, с частью последовательности первой области, с другими олигонуклеотидами, праймерами или зондами в реакции амплификаци или с частично комплементарными последовательностями нуклеиновых кислот за пределами области целевой последовательности.
24. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-23, в форме гомодимера, образованного путем гибридизации самокомплементарных последовательностей первой области двух молекул праймерных олигонуклеотидов.
25. Выделенный праймерный димер по п.24, где гомодимер имеет ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей олигонуклеотидный мономер.
26. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-25, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида имеют 2ʹ-модификацию, выбранную из группы, состоящей из 2ʹ-O-метил, 2ʹ-метоксиэтокси, 2ʹ-фтор, 2ʹ-гидроксил, 2ʹ-алкил, 2ʹ-аллил, 2ʹ-O-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4ʹ-тио, 4ʹ-CH2-O-2ʹ-мостик, 4ʹ-(CH2)2-O-2ʹ-мостик, 2ʹ-LNA и 2ʹ-O-(N-метилкарбамат), или модификаций, содержащих аналоги оснований.
27. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-26, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида расположены на 3ʹ-конце второй области.
28. Выделенный праймерный димер по п.26 или 27, где два или более 2ʹ-модифицированных нуклеотида являются смежными.
29. Выделенный праймерный димер по п.28, где количество смежных 2ʹ-модифицированных нуклеотидов составляет 4, 5 или 6.
30. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-29, где никирующий фермент представляет собой один или несколько из Nt.BspD6I и Nt.BsfNBI.
31. Выделенный праймерный димер по п.30, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность в первой области представляет собой 5ʹ-GAGTC-3ʹ.
32. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-31, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность расположена таким образом, чтобы происходило расщепление фосфодиэфирной связи между первой и второй областью.
33. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-32, где олигонуклеотидный мономер имеет первую область, включающую нуклеотидную последовательность, приведенную ниже:
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹ-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ- N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N6N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ,
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNNN-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN-3ʹ;
5ʹ-N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ;
5ʹ- N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N7N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN7ʹ-3ʹ,
где «N» представляет собой любой нуклеотид (например, имеющий в качестве нуклеотидного основания аденин (A), тимин (T), цитозин (C) или гуанин (G)), и N1 является комплементарным N1ʹ, N2 - N2ʹ, N3 - N3ʹ, N4 - N4ʹ, N5 - N5ʹ, N6 - N6ʹ и N7 - N7ʹ.
34. Выделенный праймерный димер по любому из пп.18-33, где олигонуклеотидный мономер содержит первую область, включающую последовательность, приведенную в Списке последовательностей, прилагаемом к данному изобретению.
35. Выделенный олигонуклеотидный зонд для обнаружения целевой молекулы нуклеиновой кислоты, содержащий:
i) олигонуклеотид;
ii) флуоресцентный репортер; и
iii) молекулу-гаситель, способную поглощать энергию возбуждения от флуоресцентного репортера;
где флуоресцентный репортер и молекула-гаситель ковалентно связаны с противоположными 5ʹ- и 3ʹ-концами олигонуклеотида,
где олигонуклеотид включает первую область, имеющую нуклеотидную последовательность, которая в значительной степени комплементарна последовательности целевой нуклеиновой кислоты, и
a) вторую область перед 5ʹ-концом первой области, и
b) третью область после 3ʹ-конца первой области, которая имеет нуклеотидную последовательность, комплементарную второй области,
где этот олигонуклеотид способен образовывать шпилечную структуру «петля-на-стебле» путем гибридизации второй и третьей областей, когда олигонуклеотид не связан с целевой молекулой нуклеиновой кислоты, и
где ΔG двухцепочечного гибрида между целевой последовательностью и первой последовательностью олигонуклеотидного зонда, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей олигонуклеотидный зонд.
36. Выделенный олигонуклеотидный зонд по п.35, где альтернативная структура представляет собой один или несколько частично двухцепочечных гибридов, которые первая область может образовывать сама с собой, с частью последовательности первой области, с другими олигонуклеотидами, праймерами или зондами в реакции амплификаци или с частично комплементарными последовательностями нуклеиновых кислот за пределами области целевой последовательности.
37. Выделенный олигонуклеотидный зонд по п.35 или 36, где вторя и третья области имеют длину 4-8 нуклеотидов.
38. Способ амплификации специфичного продукта в реакции амплификации с внесением одноцепочечного разрыва и достройкой, данный способ включает:
(a) приведение в практически изотермических условиях целевой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с полимеразой, двумя или несколькими праймерами, каждый из которых специфично связывается с комплементарной последовательностью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты, никирующим ферментом и обнаруживаемым полинуклеотидным зондом, где, по меньшей мере, один праймер включает в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу,
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты с образованием двухцепочечного гибрида, имеющего ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую область, где эта вторая область имеет на 3ʹ-конце один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотидов; и
(b) получение ампликонов, содержащих, по меньшей мере, часть целевой молекулы нуклеиновой кислоты.
39. Способ обнаружения специфичного продукта в реакции амплификации с внесением одноцепочечного разрыва и достройкой, данный способ включает:
(a) приведение в практически изотермических условиях целевой молекулы нуклеиновой кислоты в контакт с полимеразой, двумя или несколькими праймерами, каждый из которых специфично связывается с комплементарной последовательностью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты, никирующим ферментом и обнаруживаемым полинуклеотидным зондом, где, по меньшей мере, один праймер включает в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу,
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты с образованием двухцепочечного гибрида, имеющего ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую область, где эта вторая область имеет на 3ʹ-конце один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотидов;
(b) получение ампликонов, содержащих, по меньшей мере, часть целевой молекулы нуклеиновой кислоты; и
(c) обнаружение сигнала, специфичного для гибридизации олигонуклеотидного зонда с целевой молекулой нуклеиновой кислоты или ее ампликоном, где этот сигнал указывает на наличие целевой молекулы нуклеиновой кислоты, присутствующей в образце, или ее ампликона.
40. Способ по п.39, где олигонуклеотидный зонд содержит:
i) олигонуклеотид;
ii) флуоресцентный репортер; и
iii) молекулу-гаситель, способную поглощать энергию возбуждения от флуоресцентного репортера;
где флуоресцентный репортер и молекула-гаситель ковалентно связаны с противоположными 5ʹ- и 3ʹ-концами олигонуклеотида,
где олигонуклеотид включает первую область, имеющую нуклеотидную последовательность, которая в значительной степени комплементарна последовательности целевой нуклеиновой кислоты, и
a) вторую область перед 5ʹ-концом первой области, и
b) третью область после 3ʹ-конца первой области, которая имеет нуклеотидную последовательность, комплементарную второй области,
где этот олигонуклеотид способен образовывать шпилечную структуру «петля-на-стебле» путем гибридизации второй и третьей областей, когда олигонуклеотид не связан с целевой молекулой нуклеиновой кислоты.
41. Способ по любому из пп.38-40, где полимераза представляет собой ДНК-полимеразу I из Geobacillus spp. или Bacillus stearothermophilus или ее активные фрагменты и производные.
42. Способ по п.41, где полимераза представляет собой один или несколько из следующих ферментов: Bst ДНК-полимераза I, Gst ДНК-полимераза I или Gka ДНК-полимераза I.
43. Способ по п.42, где указанная палиндромная последовательность в первой области имеет длину 2, 4 или 6 нуклеотидов.
44. Способ по любому из пп.38-43, где первая область имеет длину 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 или 24 нуклеотидов.
45. Способ по любому из пп.38-44, где вторая область имеет длину 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 нуклеотидов.
46. Способ по любому из пп.38-45, где первая область является полностью самокомплементарной.
47. Способ по любому из пп.38-46, где альтернативная структура представляет собой один или несколько частично двухцепочечных гибридов, которые вторая область может образовывать сама с собой, с частью последовательности первой области, с другими олигонуклеотидами, праймерами или зондами в реакции амплификаци или с частично комплементарными последовательностями нуклеиновых кислот за пределами области целевой последовательности.
48. Способ по любому из пп.38-47, в форме гомодимера, образованного путем гибридизации самокомплементарных последовательностей первой области двух молекул праймерных олигонуклеотидов.
49. Способ по п.48, где гомодимер имеет ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей праймерный олигонуклеотид.
50. Способ по любому из пп.38-49, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида имеют 2ʹ-модификацию, выбранную из группы, состоящей из 2ʹ-O-метил, 2ʹ-метоксиэтокси, 2ʹ-фтор, 2ʹ-гидроксил, 2ʹ-алкил, 2ʹ-аллил, 2ʹ-O-[2-(метиламино)-2-оксоэтил], 4ʹ-тио, 4ʹ-CH2-O-2ʹ-мостик, 4ʹ-(CH2)2-O-2ʹ-мостик, 2ʹ-LNA и 2ʹ-O-(N-метилкарбамат), или модификаций, содержащих аналоги оснований.
51. Способ по любому из пп.38-50, где один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотида расположены на 3ʹ-конце второй области.
52. Способ по п.38 или 51, где два или более 2ʹ-модифицированных нуклеотида являются смежными.
53. Способ по п.52, где количество смежных 2ʹ-модифицированных нуклеотидов составляет 4, 5 или 6.
54. Способ по любому из пп.38-53, где никирующий фермент представляет собой один или несколько из Nt.BspD6I и Nt.BsfNBI.
55. Способ по п.54, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность в первой области представляет собой 5ʹ-GAGTC-3ʹ.
56. Способ по любому из пп.38-55, где распознаваемая никирующим ферментом последовательность расположена таким образом, чтобы происходило расщепление фосфодиэфирной связи между первой и второй областью.
57. Способ по любому из пп.38-56, где праймер имеет первую область, включающую нуклеотидную последовательность, приведенную ниже:
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN1N1ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹ-3ʹ;
5ʹ-N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3N2GACTCN1N1ʹGAGTCN2ʹN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹ-3ʹ;
5ʹ-N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ- N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N6N5N4N3GACTCN2N1N1ʹN2ʹGAGTCN3ʹN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ,
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTC-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNN-3ʹ;
5ʹ-GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCNNNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹ-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNN-3ʹ;
5ʹ-N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹNNN-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹ-3ʹ;
5ʹ-N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN-3ʹ;
5ʹ-N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹ-3ʹ;
5ʹ- N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN-3ʹ; и
5ʹ-N7N6N5N4GACTCN3N2N1N1ʹN2ʹN3ʹGAGTCN4ʹN5ʹN6ʹN7ʹ-3ʹ,
где «N» представляет собой любой нуклеотид (например, имеющий в качестве нуклеотидного основания аденин (A), тимин (T), цитозин (C) или гуанин (G)), и N1 является комплементарным N1ʹ, N2 - N2ʹ, N3 - N3ʹ, N4 - N4ʹ, N5 - N5ʹ, N6 - N6ʹ и N7 - N7ʹ.
58. Способ по любому из пп.38-57, где праймер включает первую область, содержащую последовательность, приведенную в Списке последовательностей, прилагаемом к данному изобретению.
59. Набор реагентов для амплификации целевой последовательности в реакции амплификации с внесением одноцепочечного разрыва и достройкой, данный набор реагентов содержит один или несколько праймерных олигонуклеотида, включающих в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу,
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты с образованием двухцепочечного гибрида, имеющего ΔG, которая, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую область, где эта вторая область имеет на 3ʹ-конце один или несколько 2ʹ-модифицированных нуклеотидов; и
указания по использованию этих праймерных олигонуклеотидов в способах по любому из пп.38-58.
60. Набор реагентов по п.59, дополнительно включающий олигонуклеотидный зонд, содержащий:
i) олигонуклеотид;
ii) флуоресцентный репортер; и
iii) молекулу-гаситель, способную поглощать энергию возбуждения от флуоресцентного репортера;
где флуоресцентный репортер и молекула-гаситель ковалентно связаны с противоположными 5ʹ- и 3ʹ-концами олигонуклеотида,
где олигонуклеотид включает первую область, имеющую нуклеотидную последовательность, которая в значительной степени комплементарна последовательности целевой нуклеиновой кислоты, и
a) вторую область перед 5ʹ-концом первой области, и
b) третью область после 3ʹ-конца первой области, которая имеет нуклеотидную последовательность, комплементарную второй области,
где этот олигонуклеотид способен образовывать шпилечную структуру «петля-на-стебле» путем гибридизации второй и третьей областей, когда олигонуклеотид не связан с целевой молекулой нуклеиновой кислоты;
и указания по использованию этих праймерных олигонуклеотидов в способах по любому из пп.38-58.
61. Материальный, энергонезависимый, машиночитаемый носитель, содержащий: инструкций для компьютерной программы для реализации способа выбора праймерного олигонуклеотида, праймерный олигонуклеотид включает:
i) первую область, имеющую самокомплементарную последовательность, содержащую в направлении от 5ʹ- к 3ʹ-концу обратный комплемент распознаваемой никирующим ферментом последовательности, палиндромную последовательность и указанную распознаваемую никирующим ферментом последовательность, и
ii) вторую область, состоящую из, по меньшей мере, 16 нуклеотидов, которая специфично связывается с комплементарной областью в целевой молекуле нуклеиновой кислоты;
способ включает:
a) выбор второй области указанного праймерного олигонуклеотида, где ΔG двухцепочечного гибрида, образованного путем гибридизации второй области и целевой молекулы нуклеиновой кислоты, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей вторую область;
b) выбор первой области указанного праймерного олигонуклеотида, где ΔG гомодимера, образованного путем гибридизации самокомплементарных последовательностей первой области двух молекул праймерного олигонуклеотида, по меньшей мере, на 15 ккал/моль ниже, чем ΔG любой альтернативной структуры, включающей праймерный олигонуклеотид.
RU2016145402A 2014-04-22 2015-04-22 Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк RU2723079C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461982784P 2014-04-22 2014-04-22
US61/982,784 2014-04-22
PCT/US2015/027074 WO2015164494A1 (en) 2014-04-22 2015-04-22 Compositions and methods for enhancing and/or predicting dna amplification

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2016145402A true RU2016145402A (ru) 2018-05-23
RU2016145402A3 RU2016145402A3 (ru) 2019-04-17
RU2723079C2 RU2723079C2 (ru) 2020-06-08

Family

ID=54333131

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016145402A RU2723079C2 (ru) 2014-04-22 2015-04-22 Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк

Country Status (12)

Country Link
US (2) US11505836B2 (ru)
EP (2) EP3748011A1 (ru)
JP (1) JP6596442B2 (ru)
CN (1) CN106460071B (ru)
AR (1) AR100157A1 (ru)
AU (2) AU2015249739B2 (ru)
BR (1) BR112016024622A2 (ru)
CA (1) CA2946737A1 (ru)
MX (1) MX2016013877A (ru)
RU (1) RU2723079C2 (ru)
UA (1) UA123387C2 (ru)
WO (1) WO2015164494A1 (ru)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2743050T5 (es) 2012-04-09 2022-10-20 Envirologix Inc Composiciones y procedimientos para cuantificar una secuencia de ácido nucleico en una muestra
GB201715465D0 (en) * 2017-09-25 2017-11-08 Dnae Diagnostics Ltd Reversible Thermodynamic Trap (Thermo Trap) in Amplification of Nucleic Acids
CN109321669B (zh) * 2018-10-29 2022-03-15 江南大学 一种基于嵌合体序列设计和分子信标的荧光检测金黄色葡萄球菌的方法
CN116355989B (zh) * 2023-03-31 2024-03-08 深圳会众生物技术有限公司 一种核苷酸组合物、包含其的试剂盒及其应用

Family Cites Families (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5455166A (en) 1991-01-31 1995-10-03 Becton, Dickinson And Company Strand displacement amplification
US6090555A (en) 1997-12-11 2000-07-18 Affymetrix, Inc. Scanned image alignment systems and methods
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
US5629179A (en) * 1995-03-17 1997-05-13 Novagen, Inc. Method and kit for making CDNA library
US5733729A (en) 1995-09-14 1998-03-31 Affymetrix, Inc. Computer-aided probability base calling for arrays of nucleic acid probes on chips
AU723678B2 (en) 1996-03-18 2000-08-31 Molecular Biology Resources, Inc. Target nucleic acid sequence amplification
AU726821B2 (en) 1996-07-16 2000-11-23 Gen-Probe Incorporated Methods for detecting and amplifying nucleic acid sequences using modified oligonucleotides having increased target specific Tm
US6586806B1 (en) 1997-06-20 2003-07-01 Cypress Semiconductor Corporation Method and structure for a single-sided non-self-aligned transistor
EP1002264B1 (en) 1997-07-25 2004-04-14 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Method for providing a bioinformatics database
GB9716231D0 (en) 1997-07-31 1997-10-08 Amersham Int Ltd Base analogues
DE69827154T2 (de) 1997-08-15 2006-03-09 Affymetrix, Inc. (n.d.Ges.d.Staates Delaware), Santa Clara Polymorphismuserkennung mit hilfe cluster-analyse
WO1999022018A2 (en) 1997-10-27 1999-05-06 Boston Probes, Inc. Methods, kits and compositions pertaining to pna molecular beacons
US5952202A (en) 1998-03-26 1999-09-14 The Perkin Elmer Corporation Methods using exogenous, internal controls and analogue blocks during nucleic acid amplification
JP3565025B2 (ja) 1998-07-07 2004-09-15 日産自動車株式会社 治具交換装置および治具交換方法
US6185561B1 (en) 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
US6436677B1 (en) 2000-03-02 2002-08-20 Promega Corporation Method of reverse transcription
ATE312942T1 (de) 2000-10-25 2005-12-15 Hoffmann La Roche Amplifizierung unter verwendung von modifizierten primern
CA2433330A1 (en) 2000-12-27 2002-07-25 Invitrogen Corporation Primers and methods for the detection and discrimination of nucleic acids
US20020183936A1 (en) 2001-01-24 2002-12-05 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
JP2005519643A (ja) 2001-07-15 2005-07-07 ケック グラデュエイト インスティテュート ニック形成剤を用いる核酸の指数関数的増幅
WO2003008624A2 (en) 2001-07-15 2003-01-30 Keck Graduate Institute Nucleic acid amplification using nicking agents
US6585606B2 (en) 2001-07-16 2003-07-01 Thomas S. Penrose Golf club accessory
AU2002325538B2 (en) 2001-08-20 2007-03-22 Takara Bio Inc. Nucleic acid amplification methods
US6617137B2 (en) 2001-10-15 2003-09-09 Molecular Staging Inc. Method of amplifying whole genomes without subjecting the genome to denaturing conditions
US6977148B2 (en) 2001-10-15 2005-12-20 Qiagen Gmbh Multiple displacement amplification
US20030211483A1 (en) 2002-05-09 2003-11-13 Schroeder Benjamin G. Methods for the enrichment of low-abundance polynucleotides
US7662594B2 (en) 2002-09-20 2010-02-16 New England Biolabs, Inc. Helicase-dependent amplification of RNA
CA2498764C (en) 2002-09-20 2015-11-10 New England Biolabs, Inc. Helicase dependent amplification of nucleic acids
JP4380305B2 (ja) * 2003-11-21 2009-12-09 味の素株式会社 発酵法によるｌ−アミノ酸の製造法
US20090017452A1 (en) 2004-03-05 2009-01-15 University Of Chicago Methods and compositions relating to the pharmacogenetics of different gene variants
US20060115838A1 (en) 2004-10-19 2006-06-01 Trevigen Inc. Real-time detection of amplicons using nucleic acid repair enzymes
US8916351B2 (en) 2005-01-04 2014-12-23 Hitachi Chemical Co., Ltd. Primer generation rolling circle amplification
ES2420831T3 (es) 2005-07-25 2013-08-27 Alere San Diego, Inc. Procedimientos para multiplexar la ampliación de la recombinasa polimerasa
WO2007018601A1 (en) * 2005-08-02 2007-02-15 Rubicon Genomics, Inc. Compositions and methods for processing and amplification of dna, including using multiple enzymes in a single reaction
US7947286B2 (en) 2005-10-07 2011-05-24 Panthera Biopharma Llc Drosophila cell lines producing recombinant secretable filovirus surface glycoproteins lacking the membrane spanning domain
WO2008002920A2 (en) 2006-06-26 2008-01-03 Epoch Biosciences, Inc. Methods for generating target nucleic acid sequences
EP2071927A2 (en) * 2006-09-28 2009-06-24 Illumina, Inc. Compositions and methods for nucleotide sequencing
SG179454A1 (en) 2006-10-06 2012-04-27 Dna Genotek Inc Stabilizing compositions and methods for extraction of ribonucleic acid
JP2008136451A (ja) 2006-12-05 2008-06-19 Hitachi Ltd 核酸増幅法
US20080254458A1 (en) 2007-04-10 2008-10-16 Asiagen Corporation Method of pre-treating in pleural effusion for detection of Mycobacterium tuberculosis
US20080274458A1 (en) 2007-05-01 2008-11-06 Latham Gary J Nucleic acid quantitation methods
US9689031B2 (en) 2007-07-14 2017-06-27 Ionian Technologies, Inc. Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids
US20090048439A1 (en) 2007-08-06 2009-02-19 Weisburg William G Isolation of nucleic acids molecules using modified solid supports
US20090197254A1 (en) 2007-12-14 2009-08-06 Ming-Chou Lee Variant scorpion primers for nucleic acid amplification and detection
WO2009135093A2 (en) 2008-04-30 2009-11-05 Integrated Dna Technologies, Inc. Rnase-h-based assays utilizing modified rna monomers
JPWO2010026933A1 (ja) 2008-09-03 2012-02-02 タカラバイオ株式会社 Ｒｎａ検出用組成物
JP2012515528A (ja) 2009-01-21 2012-07-12 ヒューマン ジェネティック シグネチャーズ ピーティーワイ リミテッド 改良された等温鎖置換増幅
WO2010107946A2 (en) * 2009-03-18 2010-09-23 Sequenom, Inc. Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules
WO2010126913A1 (en) 2009-04-27 2010-11-04 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for use in the selective amplification of target sequences
CA2810856C (en) 2010-08-13 2022-05-17 Envirologix Inc. Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample
EP2420579A1 (en) 2010-08-17 2012-02-22 QIAGEN GmbH Helicase dependent isothermal amplification using nicking enzymes
WO2013040491A2 (en) 2011-09-15 2013-03-21 Shafer David A Probe: antiprobe compositions for high specificity dna or rna detection
WO2013101783A2 (en) 2011-12-30 2013-07-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for performing nucleic acid amplification reactions
ES2743050T5 (es) 2012-04-09 2022-10-20 Envirologix Inc Composiciones y procedimientos para cuantificar una secuencia de ácido nucleico en una muestra
CA2877368C (en) 2012-06-29 2021-07-13 General Electric Company Kit for isothermal dna amplification starting from an rna template
JP2014082936A (ja) 2012-10-19 2014-05-12 Kyoto Univ 変異型逆転写酵素
JP2017516466A (ja) 2014-04-30 2017-06-22 エンバイロロジックス インコーポレイテッド 黄龍病を検出するための組成物および方法
US10793922B2 (en) 2014-10-20 2020-10-06 Envirologix Inc. Compositions and methods for detecting an RNA virus
US20180282794A1 (en) 2014-10-28 2018-10-04 Envirologix Inc. Sample Preparation Vessels, Microfluidic Circuits, and Systems and Methods for Sample Preparation, Extraction, and Analysis
CA2975236A1 (en) 2015-01-30 2016-08-04 Envirologix, Inc. Compositions and methods for rapid detection of salmonella

Also Published As

Publication number Publication date
US20230220495A1 (en) 2023-07-13
JP6596442B2 (ja) 2019-10-23
AU2015249739A1 (en) 2016-12-01
AU2015249739B2 (en) 2021-08-05
EP3134551A1 (en) 2017-03-01
MX2016013877A (es) 2017-03-09
AU2021205135A1 (en) 2021-08-12
WO2015164494A1 (en) 2015-10-29
RU2016145402A3 (ru) 2019-04-17
AR100157A1 (es) 2016-09-14
CA2946737A1 (en) 2015-10-29
EP3748011A1 (en) 2020-12-09
CN106460071B (zh) 2021-09-10
BR112016024622A2 (pt) 2017-10-10
CN106460071A (zh) 2017-02-22
EP3134551A4 (en) 2017-12-06
AU2021205135B2 (en) 2023-06-01
EP3134551B1 (en) 2020-06-03
US20170044628A1 (en) 2017-02-16
UA123387C2 (uk) 2021-03-31
US11505836B2 (en) 2022-11-22
RU2723079C2 (ru) 2020-06-08
JP2017513495A (ja) 2017-06-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20210388430A1 (en) Compositions of toehold primer duplexes and methods of use
EP2756101B1 (en) Probe: antiprobe compositions for high specificity dna or rna detection
CN103228797B (zh) 利用双重标记固定化探针的固相中的靶核酸序列检测
JP2019528726A5 (ru)
ES2700606T3 (es) Uso de trifosfatos de desoxinucleósidos modificados en sus bases para mejorar la detección de ácidos nucleicos
DK2225393T3 (en) A method for hybridization of nucleic acids
JP5871448B2 (ja) オリゴヌクレオチド
US20110117559A1 (en) Small rna detection assays
RU2016145402A (ru) Композиции и способы для увеличения и/или прогнозирования амплификации днк
CA2790342C (en) Primers and methods for nucleic acid amplification
US20100248980A1 (en) Method for Selective Labeling and Detection of Target Nucleic Acids Using Immobilized Peptide Nucleic Acid Probes
US20130143219A1 (en) Methods and compositions for high yield, specific amplification
WO2012173274A1 (ja) 核酸測定用の核酸プローブ
JPWO2010013771A1 (ja) ユニバーサルな核酸プローブセットおよびその使用方法
US10030045B2 (en) Primers and methods for nucleic acid amplification
JP2010136719A5 (ru)
JP7432610B2 (ja) 水痘帯状疱疹ウイルスを増幅または検出するための組成物および方法
JP2019118294A (ja) プローブを用いた核酸検出用プライマーセット
US20220127665A1 (en) Elimination probe-based method for detecting numerical chromosomal abnormalities, and nucleic acid composition for detecting numerical chromosomal abnormalities
WO2004104196A1 (ja) 緩衝剤組成物
WO2011034895A1 (en) Compositions, methods and uses for nucleotide analogues
Whitcombe 6 Using Scorpion Primers
JPWO2020028631A5 (ru)