RU2012149631A - СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ aRNA И СПОСОБ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНА - Google Patents

СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ aRNA И СПОСОБ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНА Download PDF

Info

Publication number
RU2012149631A
RU2012149631A RU2012149631/10A RU2012149631A RU2012149631A RU 2012149631 A RU2012149631 A RU 2012149631A RU 2012149631/10 A RU2012149631/10 A RU 2012149631/10A RU 2012149631 A RU2012149631 A RU 2012149631A RU 2012149631 A RU2012149631 A RU 2012149631A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
arna
utp
uridine
triphosphate
cell
Prior art date
Application number
RU2012149631/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Тосихико КУРОДА
Осаму НОМУРА
Хитоси НОБУМАСА
Original Assignee
Торэй Индастриз, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Торэй Индастриз, Инк. filed Critical Торэй Индастриз, Инк.
Publication of RU2012149631A publication Critical patent/RU2012149631A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1096—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA cDNA Synthesis; Subtracted cDNA library construction, e.g. RT, RT-PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6865—Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ получения aRNA для применения в анализе экспрессии гена с использованием образца РНК, выделенного из фиксированной ткани или клетки(клеток), включающий этап амплификации РНК, включающий этап обратной транскрипции и этап транскрипции in vitro, где доля 5-(3-аминоаллил)уридин-5'-трифосфата (AA-UTP), содержащегося в нуклеотидном реагенте, используемом на указанном этапе транскрипции in vitroсоставляет не менее 5% моль и менее 25% моль относительно общего количества уридин-5'-трифосфата (UTP) и 5-(3-аминоаллил)уридин-5'-трифосфата (AA-UTP).2. Способ получения aRNA по п.1, где указанные фиксированные ткань или клетку(клетки) заливают парафином.3. Способ получения aRNA по п.1 или 2, где средняя длина нуклеотида указанной aRNA составляет не менее 200 нуклеотидов.4. Способ анализа экспрессии гена с использованием образца РНК, выделенного из фиксированной ткани или клетки(клеток), в котором используют aRNA, полученную способом по любому из пп.1-3.5. Способ анализа по п.4, в котором используют микрочип.

Claims (5)

1. Способ получения aRNA для применения в анализе экспрессии гена с использованием образца РНК, выделенного из фиксированной ткани или клетки(клеток), включающий этап амплификации РНК, включающий этап обратной транскрипции и этап транскрипции in vitro, где доля 5-(3-аминоаллил)уридин-5'-трифосфата (AA-UTP), содержащегося в нуклеотидном реагенте, используемом на указанном этапе транскрипции in vitro, составляет не менее 5% моль и менее 25% моль относительно общего количества уридин-5'-трифосфата (UTP) и 5-(3-аминоаллил)уридин-5'-трифосфата (AA-UTP).
2. Способ получения aRNA по п.1, где указанные фиксированные ткань или клетку(клетки) заливают парафином.
3. Способ получения aRNA по п.1 или 2, где средняя длина нуклеотида указанной aRNA составляет не менее 200 нуклеотидов.
4. Способ анализа экспрессии гена с использованием образца РНК, выделенного из фиксированной ткани или клетки(клеток), в котором используют aRNA, полученную способом по любому из пп.1-3.
5. Способ анализа по п.4, в котором используют микрочип.
RU2012149631/10A 2010-04-22 2011-04-21 СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ aRNA И СПОСОБ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНА RU2012149631A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2010098639 2010-04-22
JP2010-098639 2010-04-22
JP2011013098 2011-01-25
JP2011-013098 2011-01-25
PCT/JP2011/059778 WO2011132726A1 (ja) 2010-04-22 2011-04-21 ａＲＮＡの調製方法および遺伝子発現の解析方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2012149631A true RU2012149631A (ru) 2014-05-27

Family

ID=44834242

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2012149631/10A RU2012149631A (ru) 2010-04-22 2011-04-21 СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ aRNA И СПОСОБ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНА

Country Status (9)

Country Link
US (1) US20120196768A1 (ru)
EP (1) EP2484760B1 (ru)
JP (1) JP4840542B1 (ru)
KR (1) KR101773408B1 (ru)
CN (1) CN102858973A (ru)
BR (1) BR112012017649A2 (ru)
CA (1) CA2795436C (ru)
RU (1) RU2012149631A (ru)
WO (1) WO2011132726A1 (ru)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11091810B2 (en) * 2015-01-27 2021-08-17 BioSpyder Technologies, Inc. Focal gene expression profiling of stained FFPE tissues with spatial correlation to morphology
CN106198952A (zh) * 2016-07-01 2016-12-07 清华大学 一种抑制核酸分子对传感界面非特异性吸附的封闭方法

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7229765B2 (en) * 2000-11-28 2007-06-12 Rosetta Inpharmatics Llc Random-primed reverse transcriptase-in vitro transcription method for RNA amplification
DK1410011T3 (da) * 2001-06-18 2011-07-18 Netherlands Cancer Inst Diagnose og prognose for brystcancerpatienter
US7364846B2 (en) * 2002-10-11 2008-04-29 Molecular Devices Corporation Gene expression profiling from FFPE samples
BRPI0414553A (pt) * 2003-09-19 2006-11-07 Arcturus Bioscience Inc previsão do resultado de tratamento contra o cáncer de mama
US20050196782A1 (en) * 2003-12-23 2005-09-08 Kiefer Michael C. Universal amplification of fragmented RNA

Also Published As

Publication number Publication date
EP2484760A1 (en) 2012-08-08
KR20130061662A (ko) 2013-06-11
WO2011132726A1 (ja) 2011-10-27
KR101773408B1 (ko) 2017-08-31
EP2484760A4 (en) 2012-12-26
BR112012017649A2 (pt) 2015-09-15
CA2795436C (en) 2017-12-05
JP4840542B1 (ja) 2011-12-21
EP2484760B1 (en) 2015-10-14
CA2795436A1 (en) 2011-10-27
JPWO2011132726A1 (ja) 2013-07-18
CN102858973A (zh) 2013-01-02
US20120196768A1 (en) 2012-08-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EA201170933A1 (ru) Анализ нуклеиновых кислот, полученных из единичных клеток
EA201101141A1 (ru) Получение закрытой линейной днк
EP4321628A3 (en) Transposition into native chromatin for personal epigenomics
SG10201807112XA (en) Analysis of nucleic acids associated with single cells using nucleic acid barcodes
WO2010129019A3 (en) Real-time sequencing methods and systems
EA201100001A2 (ru) Нуклеотиды и нуклеозиды и методы их использования в секвенировании днк
AR067135A1 (es) Metodos para aislar arn de fragmento largo de muestras fijas
EP2514826A3 (en) Use of interfering RNA molecules to down regulate the expression of specific genes or family of genes
NO20083461L (no) Genekspresjonsmarkorer for kolorektal cancer-prognose
UA116618C2 (uk) СКОНСТРУЙОВАНЕ НА ОСНОВІ ЦИСТЕЇНУ АНТИТІЛО ПРОТИ CD79b
RU2013121000A (ru) Способ идентификации нативных пар фрагментов днк или рнк, присутствующих в одних и тех же живых клетках
EP1959012A3 (en) Novel oligonucleotide compositions and probe sequences useful for detection and analysis of microRNAs and their target mRNAs
EP4269623A3 (en) Analysis of a biological sample of an organism for chromosomal deletions or amplifications associated with cancer
CN102154505A (zh) 一种检测miRNA的方法及引物及其应用
WO2006047481A3 (en) Enhanced amplifiability of minute fixative-treated tissue samples, minute stained cytology samples, and other minute sources of dna
ES2527592T3 (es) Métodos basados en microARN para el diagnóstico del cáncer de colon
WO2011132061A3 (en) Methylation profiling of dna samples
ATE461294T1 (de) Brustkrebsdiagnoseverfahren
DK1766072T3 (da) Hybridisering af PNA-prober i alkoholopløsninger
MX2009008560A (es) Sondas para diagnostico por la imagen.
RU2012149631A (ru) СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ aRNA И СПОСОБ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНА
WO2010030167A3 (en) Method of detection and diagnosis of oral and nasopharyngeal cancers
EP4219770A3 (en) Compositions and methods for detection of rsv b in samples
DE502005009197D1 (de) ERFINDUNG BETREFFEND cDNA-HERSTELLUNG AUS ZELLEN NACH LASER-MIKRODISSEKTION
WO2010147452A8 (en) A method for the assessment of cancer in a biological sample obtained from a subject

Legal Events

Date Code Title Description
FA93 Acknowledgement of application withdrawn (no request for examination)

Effective date: 20140422