RU2013121000A

RU2013121000A - Способ идентификации нативных пар фрагментов днк или рнк, присутствующих в одних и тех же живых клетках

Info

Publication number: RU2013121000A
Application number: RU2013121000/10A
Authority: RU
Inventors: Дмитрий Михайлович Чудаков; Мария Андреевна Турчанинова
Original assignee: Закрытое акционерное общество "ЕВРОГЕН"
Priority date: 2013-05-08
Filing date: 2013-05-08
Publication date: 2014-11-20
Also published as: WO2014182197A1; RU2578009C2

Abstract

1. Способ идентификации пар фрагментов нуклеиновых кислот, присутствующих в одних и тех же клетках, включающий:(1) амплификацию и физическое спаривание целевых фрагментов А и Б, проводимое в эмульсии;(2) внеэмульсионную ПЦР-амплификацию спаренных целевых фрагментов в присутствии олигонуклеотидов, блокирующих спаривание фрагментов, ранее не спаренных в одной капле в эмульсии на стадии (1).2. Способ по п.1, также включающий стадию (3) секвенирование полученных ПЦР-ампликонов.3. Способ по п.1, где нуклеиновые кислоты - это молекулы ДНК.4. Способ по п.2, где нуклеиновые кислоты - это молекулы РНК.5. Способ по п.1, где физическое спаривание в эмульсии проводят с помощью технологии перекрывания-удлинения.6. Способ по п.4, где пары фрагментов РНК представляют собой нативные пары фрагментов мРНК альфа- и бета-цепей Т-клеточных рецепторов.7. Способ по п.4, где пары фрагментов РНК представляют собой нативные пары фрагментов мРНК тяжелых и легких цепей антител.8. Способ по п.3, где пары фрагментов ДНК представляют собой нативные пары фрагментов ДНК альфа- и бета-цепей Т-клеточных рецепторов.9. Способ по п.3, где пары фрагментов ДНК представляют собой нативные пары фрагментов ДНК тяжелых и легких цепей антител.10. Способ селективного подавления амплификации в ходе ПЦР фрагментов ДНК за счет добавления в реакционную смесь олигонуклеотида-блокатора, один участок которого служит для его отжига на 3'-участок фрагмента ДНК, амплификация которого должна быть подавлена, а второй служит матрицей для достройки нового 3'-конца для указанного фрагмента ДНК, где новая 3'-концевая последовательность не имеет комплементарности с предполагаемыми матрицами и

Claims

1. Способ идентификации пар фрагментов нуклеиновых кислот, присутствующих в одних и тех же клетках, включающий:

(1) амплификацию и физическое спаривание целевых фрагментов А и Б, проводимое в эмульсии;

(2) внеэмульсионную ПЦР-амплификацию спаренных целевых фрагментов в присутствии олигонуклеотидов, блокирующих спаривание фрагментов, ранее не спаренных в одной капле в эмульсии на стадии (1).

2. Способ по п.1, также включающий стадию (3) секвенирование полученных ПЦР-ампликонов.

3. Способ по п.1, где нуклеиновые кислоты - это молекулы ДНК.

4. Способ по п.2, где нуклеиновые кислоты - это молекулы РНК.

5. Способ по п.1, где физическое спаривание в эмульсии проводят с помощью технологии перекрывания-удлинения.

6. Способ по п.4, где пары фрагментов РНК представляют собой нативные пары фрагментов мРНК альфа- и бета-цепей Т-клеточных рецепторов.

7. Способ по п.4, где пары фрагментов РНК представляют собой нативные пары фрагментов мРНК тяжелых и легких цепей антител.

8. Способ по п.3, где пары фрагментов ДНК представляют собой нативные пары фрагментов ДНК альфа- и бета-цепей Т-клеточных рецепторов.

9. Способ по п.3, где пары фрагментов ДНК представляют собой нативные пары фрагментов ДНК тяжелых и легких цепей антител.

10. Способ селективного подавления амплификации в ходе ПЦР фрагментов ДНК за счет добавления в реакционную смесь олигонуклеотида-блокатора, один участок которого служит для его отжига на 3'-участок фрагмента ДНК, амплификация которого должна быть подавлена, а второй служит матрицей для достройки нового 3'-конца для указанного фрагмента ДНК, где новая 3'-концевая последовательность не имеет комплементарности с предполагаемыми матрицами и исключает дальнейшее участие этого фрагмента в амплификации в качестве затравки.