RU2011105627A - Отличительные признаки (рс)-детерминанты, связанные с раком предстательной железы, и способы их применения - Google Patents

Отличительные признаки (рс)-детерминанты, связанные с раком предстательной железы, и способы их применения Download PDF

Info

Publication number
RU2011105627A
RU2011105627A RU2011105627/15A RU2011105627A RU2011105627A RU 2011105627 A RU2011105627 A RU 2011105627A RU 2011105627/15 A RU2011105627/15 A RU 2011105627/15A RU 2011105627 A RU2011105627 A RU 2011105627A RU 2011105627 A RU2011105627 A RU 2011105627A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
individual
determinants
level
sample
malignant tumor
Prior art date
Application number
RU2011105627/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Рональд ДЕПИНХО (US)
Рональд ДЕПИНХО
Чжиху ДИН (US)
Чжиху ДИН
Линда ЧИН (US)
Линда ЧИН
Original Assignee
Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. (Us)
Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. (Us), Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. filed Critical Дана-Фарбер Кэнсер Инститьют, Инк. (Us)
Publication of RU2011105627A publication Critical patent/RU2011105627A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
    • A01K67/027—New or modified breeds of vertebrates
    • A01K67/0275—Genetically modified vertebrates, e.g. transgenic
    • A01K67/0276—Knock-out vertebrates
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P13/00—Drugs for disorders of the urinary system
    • A61P13/08—Drugs for disorders of the urinary system of the prostate
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/8509—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells for producing genetically modified animals, e.g. transgenic
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/15—Medicinal preparations ; Physical properties thereof, e.g. dissolubility
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57434—Specifically defined cancers of prostate
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00—Genetically modified animals
    • A01K2217/07—Animals genetically altered by homologous recombination
    • A01K2217/075—Animals genetically altered by homologous recombination inducing loss of function, i.e. knock out
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00—Genetically modified animals
    • A01K2217/15—Animals comprising multiple alterations of the genome, by transgenesis or homologous recombination, e.g. obtained by cross-breeding
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2217/00—Genetically modified animals
    • A01K2217/20—Animal model comprising regulated expression system
    • A01K2217/203—Animal model comprising inducible/conditional expression system, e.g. hormones, tet
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2227/00—Animals characterised by species
    • A01K2227/10—Mammal
    • A01K2227/105—Murine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
    • A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
    • A01K2267/00—Animals characterised by purpose
    • A01K2267/03—Animal model, e.g. for test or diseases
    • A01K2267/0331—Animal model for proliferative diseases
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118—Prognosis of disease development
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/50—Determining the risk of developing a disease
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/54—Determining the risk of relapse
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Husbandry (AREA)
  • Biodiversity & Conservation Biology (AREA)

Abstract

1. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для оценки риска рецидива злокачественной опухоли или развития метастазирующей злокачественной опухоли у индивида, который включает: ! а. измерение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в образце, полученном у индивида; и ! b. измерение клинически значимого изменения в уровне двух или более РС-детерминант в образце, при этом указанное изменение свидетельствует о повышенном риске рецидива злокачественной опухоли или развития метастазирующей злокачественной опухоли у индивида. ! 2. Способ по п.1, в котором две или более указанных РС-детерминанты выбраны из: ! а) таблицы 2; ! b) таблицы 3; ! с) таблицы 4; ! d) таблицы 5; ! е) таблицы 6; ! f) таблицы 7 и ! g) двух или более таблиц, выбранных из таблиц 2-7. ! 3. Способ по п.1, в котором указанные РС-детерминанты включают PTEN, SMAD4, циклин D1 и SPP1. ! 4. Способ по п.1, который дополнительно включает измерение по меньшей мере одного стандартного параметра, связанного с указанной злокачественной опухолью. ! 5. Способ по п.4, в котором указанная злокачественная опухоль является раком предстательной железы и указанный стандартный параметр является шкалой оценок Глиазона. ! 6. Способ по п.1, в котором уровень РС-детерминанты измеряют электрофоретическим методом, иммунохимическим методом или методом неинвазивной визуализации. ! 7. Способ по п.6, в котором иммунохимический метод обнаружения является радиоиммуноанализом, иммунофлуоресцентным анализом или твердофазным иммуноферментным анализом. !8. Способ по п.1, в котором индивид имеет первичную опухоль, рецидив опухоли или мета�

Claims (57)

1. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для оценки риска рецидива злокачественной опухоли или развития метастазирующей злокачественной опухоли у индивида, который включает:
а. измерение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в образце, полученном у индивида; и
b. измерение клинически значимого изменения в уровне двух или более РС-детерминант в образце, при этом указанное изменение свидетельствует о повышенном риске рецидива злокачественной опухоли или развития метастазирующей злокачественной опухоли у индивида.
2. Способ по п.1, в котором две или более указанных РС-детерминанты выбраны из:
а) таблицы 2;
b) таблицы 3;
с) таблицы 4;
d) таблицы 5;
е) таблицы 6;
f) таблицы 7 и
g) двух или более таблиц, выбранных из таблиц 2-7.
3. Способ по п.1, в котором указанные РС-детерминанты включают PTEN, SMAD4, циклин D1 и SPP1.
4. Способ по п.1, который дополнительно включает измерение по меньшей мере одного стандартного параметра, связанного с указанной злокачественной опухолью.
5. Способ по п.4, в котором указанная злокачественная опухоль является раком предстательной железы и указанный стандартный параметр является шкалой оценок Глиазона.
6. Способ по п.1, в котором уровень РС-детерминанты измеряют электрофоретическим методом, иммунохимическим методом или методом неинвазивной визуализации.
7. Способ по п.6, в котором иммунохимический метод обнаружения является радиоиммуноанализом, иммунофлуоресцентным анализом или твердофазным иммуноферментным анализом.
8. Способ по п.1, в котором индивид имеет первичную опухоль, рецидив опухоли или метастазирующий рак предстательной железы.
9. Способ по п.1, в котором образец является биопсией ткани, пробой крови или циркулирующей опухолевой клеткой в биологической жидкости.
10. Способ по п.1, в котором указанная биопсия является биопсией центральной массы опухоли, эксцизионной биопсией ткани или инцизионной биопсией ткани.
11. Способ по п.1, в котором измеряют уровень экспрессии четырех или более РС-детерминант.
12. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для оценки риска рецидива злокачественной опухоли или развития метастазирующей злокачественной опухоли у индивида, который включает:
а. измерение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в образце, полученном у индивида; и
b. сравнение уровня двух или более РС-детерминант с эталонным значением.
13. Способ по п.12, в котором эталонное значение является индексным значением.
14. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для оценки прогрессирования опухоли у индивида, который включает:
а. определение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в первом образце, полученном у индивида в первый период времени;
b. определение уровня двух или более РС-детерминант во втором образце, полученном у индивида во второй период времени;
с. сравнение уровня двух или более РС-детерминант, определенного на стадии (а), с уровнем, определенным на стадии (b), или с эталонным значением.
15. Способ по п.14, в котором первый образец получают у индивида до начала лечения злокачественной опухоли.
16. Способ по п.14, в котором второй образец получают у индивида после проведения лечения злокачественной опухоли.
17. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для контроля эффективности лечения рецидива злокачественной опухоли или метастазирующей злокачественной опухоли, который включает:
а. определение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в первом образце, полученном у индивида в первый период времени;
b. определение уровня эффективного количества двух или более РС-детерминант во втором образце, полученном у индивида во второй период времени;
с. сравнение уровня двух или более РС-детерминант, определенного на стадии (а), с уровнем, определенным на стадии (b), или с эталонным значением, при этом эффективность лечения контролируют по изменению уровня двух или более РС-детерминант у индивида.
18. Способ по п.17, в котором индивид ранее прошел курс лечения злокачественной опухоли.
19. Способ по п.17, в котором первый образец получают у индивида перед началом лечения злокачественной опухоли.
20. Способ по п.17, в котором второй образец получают у индивида после проведения лечения злокачественной опухоли.
21. Способ по п.17, в котором второй образец получают у индивида после возникновения рецидива злокачественной опухоли.
22. Способ по п.17, в котором второй образец получают у индивида до возникновения рецидива злокачественной опухоли.
23. Способ с заранее определенным уровнем предсказуемости, предназначенный для выбора схемы лечения индивида, у которого диагностирована опухоль, который включает:
а. определение уровня двух или более РС-детерминант, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, в первом образце, полученном у индивида в первый период времени;
b. необязательное определение уровня двух или более РС-детерминант во втором образце, полученном у индивида во второй период времени;
с. сравнение уровня двух или более РС-детерминант, определенного на стадии (а), с эталонным значением или, необязательно, с количеством, обнаруженным на стадии (b).
24. Способ по п.23, в котором индивид ранее прошел курс лечения злокачественной опухоли.
25. Способ по п.23, в котором первый образец получают у индивида до начала лечения злокачественной опухоли.
26. Способ по п.23, в котором второй образец получают у индивида после проведения лечения злокачественной опухоли.
27. Эталонный набор параметров экспрессии маркеров метастазирующего рака предстательной железы, который включает набор значений уровней двух или более маркеров, выбранных из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372.
28. Набор, включающий несколько реагентов для обнаружения РС-детерминант, который позволяет обнаружить соответствующие РС-детерминанты, выбранные из группы, состоящей из РС-детерминант 1-372, достаточные для создания набора параметров по п.27.
29. Набор по п.28, в котором детектирующий реагент включает одно или несколько антител или их фрагментов.
30. Набор по п.28, в котором детектирующий реагент включает один или несколько олигонуклеотидов.
31. Набор по п.28, в котором детектирующий реагент включает один или несколько аптамеров.
32. Машиночитаемый носитель данных, содержащий один или несколько эталонных наборов параметров экспрессии маркеров метастазирующего рака предстательной железы по п.27 и, необязательно, результаты дополнительного исследования и информацию об индивиде.
33. Набор значений РС-детерминант, включающий одну или несколько РС-детерминант, указывающих на наличие метастазов, связанных с физиологическим или биохимическим путем.
34. Набор значений по п.33, в котором физиологический или биохимический путь включает миграцию клеток, ангиогенез, разрушение внеклеточного матрикса, транссудацию, колонизацию или аноикис.
35. Набор значений РС-детерминант, включающий одну или несколько РС-детерминант, указывающих на прогрессирование опухоли.
36. Способ идентификации соединения, модулирующего активность или экспрессию РС-детерминанты, который включает:
(а) получение клетки, экспрессирующей РС-детерминанту;
(b) контактирование указанной клетки с композицией, содержащей соединение-кандидат; и
(с) определение способности указанного вещества изменять экспрессию или активность РС-детерминанты;
при этом, если изменение, наблюдаемое в присутствии данного соединения, отсутствует при контактировании клетки с композицией, не содержащей указанного соединения, считается, что идентифицированное соединение модулирует активность или экспрессию РС-детерминанты.
37. Способ по п.36, в котором контактирование указанной клетки осуществляют in vivo, ex vivo или in vitro.
38. Способ лечения злокачественной опухоли у индивида, который включает введение указанному индивиду соединения, модулирующего активность или экспрессию РС-детерминанты.
39. Способ лечения или профилактики рака предстательной железы у индивида, который включает введение указанному индивиду агента, модулирующего активность или экспрессию РС-детерминанты.
40. Трансгенная мышь с двумя удаленными генами, в геноме которой произведено гомозиготное разрушение эндогенного гена Pten и гена Smad4, при этом указанная трансгенная мышь характеризуется повышенной восприимчивостью к образованию опухолей предстательной железы по сравнению с мышью дикого типа.
41. Клетка трансгенной мыши по п.40.
42. Клетка по п.41, которая является эпителиальной клеткой.
43. Клетка по п.41, в которой указанная эпителиальная клетка является клеткой предстательной железы, клеткой молочной железы, клеткой ободочной кишки или клеткой легкого.
44. Способ скрининга терапевтических агентов, ингибирующих прогрессирование рака предстательной железы, который включает введение терапевтического агента-кандидата трансгенной мыши по п.40 и определение воздействия указанного терапевтического агента на прогрессирование рака предстательной железы у указанной мыши.
45. Способ идентификации биомаркера, который включает сравнение экспрессии генов, набора геномных или протеомных параметров в первом образце, полученным у трансгенной мыши по п.40 при отсутствии испытуемого соединения, с набором параметров в образце, полученном у трансгенной мыши по п.40 в присутствии испытуемого соединения.
46. Способ по п.45, в котором указанный образец является образцом клетки, пробой крови или циркулирующей опухолевой клеткой.
47. Способ идентификации биомаркера, который включает сравнение экспрессии генов, геномного или протеомного параметра в первом образце, полученном у трансгенной мыши по п.40 в первый период времени, с параметром в образце, полученном у трансгенной мыши по п.40 во второй период времени.
48. Способ по п.47, в котором указанный образец является образцом клетки, пробой крови или циркулирующей опухолевой клеткой.
49. Набор, включающий реагенты для обнаружения или количественного определения PTEN, SMAD4, циклина D1 и SPP1 и инструкции по использованию набора.
50. Трансгенное млекопитающее, отличное от человека, у которого ткань предстательной железы включает клетку, в геноме которой произведено гомозиготное разрушение эндогенного гена Pten и гена Smad4, при этом указанное млекопитающее характеризуется повышенной восприимчивостью к развитию рака предстательной железы по сравнению с контрольным млекопитающим, у которого отсутствует такое разрушение гена Pten или гена Smad4, и характеризуется повышенной восприимчивостью к развитию метастазирующего, а не пассивного рака предстательной железы по сравнению с контрольным млекопитающим с гомозиготным разрушением только гена Pten, но не гена Smad4.
51. Способ лечения злокачественной опухоли, который включает стадии:
а) выявление индивида с клинически значимым изменением уровня двух или более РС-детерминант 1-372 в раковых клетках, которое указывает на повышенный риск рецидива злокачественной опухоли или развитие метастазирующей злокачественной опухоли у данного индивида; и
b) осуществление дополнительного лечения индивида помимо стандартного лечения.
52. Способ по п.51, в котором стандартное лечение включает хирургическую операцию, лучевую терапию или удаление андрогена.
53. Способ лечения рака предстательной железы у индивида, который включает стадии:
а) получение информации об уровнях экспрессии PTEN, SMAD4, циклина D1 и SPP1 в образце раковой ткани предстательной железы, полученном у индивида; и
b) введение ингибитора SPP1 или ингибитора CD44 индивиду, подверженному риску возникновения рецидива рака предстательной железы или развития метастазирующей злокачественной опухоли, установленному на основании указанных уровней экспрессии.
54. Способ по п.53, в котором указанный ингибитор является антителом против SPP1, миРНК SPP1, антителом против CD44 или миРНК CD44.
55. Способ определения благоприятного воздействия схемы лечения злокачественной опухоли у индивида, который включает:
а) определение уровня двух или более РС-детерминант 1-372 и
b) сравнение уровня двух или более РС-детерминант, определенного на стадии (а), с эталонным значением.
56. Способ выбора имеющего опухоль индивида, нуждающегося с дополнительном лечении, который включает:
оценку риска образования метастазов у индивида путем измерения двух или более РС-детерминант 1-372, при этом клинически значимое изменение уровня указанных двух или более РС-детерминант в образце опухоли, полученном у индивида, указывает на необходимость дополнительного лечения.
57. Способ принятия решения о лечении индивида, имеющего опухоль, который включает:
получение информации о двух или более РС-детерминантах 1-372 в образце опухоли, полученном у индивида, и
выбор схемы лечения, позволяющей предотвратить или уменьшить метастазирование опухоли у индивида в случае клинически значимого изменения уровня двух или более указанных РС-детерминант.
RU2011105627/15A 2008-07-16 2009-07-16 Отличительные признаки (рс)-детерминанты, связанные с раком предстательной железы, и способы их применения RU2011105627A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US8128608P 2008-07-16 2008-07-16
US61/081,286 2008-07-16

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2011105627A true RU2011105627A (ru) 2012-08-27

Family

ID=41551019

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2011105627/15A RU2011105627A (ru) 2008-07-16 2009-07-16 Отличительные признаки (рс)-детерминанты, связанные с раком предстательной железы, и способы их применения

Country Status (14)

Country Link
US (3) US20110265197A1 (ru)
EP (1) EP2318543A2 (ru)
JP (1) JP2011528442A (ru)
KR (1) KR20110052627A (ru)
CN (1) CN102159727A (ru)
AU (1) AU2009270851A1 (ru)
BR (1) BRPI0916229A2 (ru)
CA (1) CA2730614A1 (ru)
IL (1) IL210681A0 (ru)
MX (1) MX2011000451A (ru)
NZ (1) NZ590851A (ru)
RU (1) RU2011105627A (ru)
WO (1) WO2010009337A2 (ru)
ZA (1) ZA201101132B (ru)

Families Citing this family (39)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SG10201505769PA (en) 2010-07-27 2015-09-29 Genomic Health Inc Method for using gene expression to determine prognosis of prostate cancer
US20140030255A1 (en) * 2010-11-03 2014-01-30 Merck Sharp & Dohme Corp. Methods of predicting cancer cell response to therapeutic agents
SG10201604497UA (en) 2011-06-02 2016-07-28 Almac Diagnostics Ltd Molecular Diagnostic Test For Cancer
US20140154691A1 (en) * 2011-06-22 2014-06-05 Oncocyte Corporation Methods and Compositions for the Treatment and Diagnosis of Bladder Cancer
AU2012275500A1 (en) 2011-06-27 2014-01-16 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Signatures and determinants associated with prostate cancer progression and methods of use thereof
WO2013031757A1 (ja) * 2011-08-29 2013-03-07 東レ株式会社 膵癌、乳癌、肺癌又は前立腺癌の検出用マーカー及び検査方法
EP2809812A4 (en) * 2012-01-31 2016-01-27 Genomic Health Inc GENE EXPRESSION PROFILE ALGORITHM AND PROSTATE CANCER PROGNOSTIC DETERMINATION TEST
WO2013163134A2 (en) * 2012-04-23 2013-10-31 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Biomolecular events in cancer revealed by attractor metagenes
WO2014004931A1 (en) 2012-06-27 2014-01-03 Berg Pharma Llc Use of markers in the diagnosis and treatment of prostate cancer
US20140011685A1 (en) * 2012-07-03 2014-01-09 Yixin Wang Genomic diagnostics using circulating endothelial cells
CA2890898A1 (en) * 2012-11-09 2014-05-15 Dana-Farber Cancer Institute, Inc. Metabolic profiling in tissue and serum is indicative of tumor differentiation in prostate cancer
WO2014087156A1 (en) 2012-12-03 2014-06-12 Almac Diagnostics Limited Molecular diagnostic test for cancer
KR101456683B1 (ko) * 2013-01-04 2014-11-06 서울대학교산학협력단 폐암 진단용 마커
CN110289092A (zh) 2013-03-14 2019-09-27 奥特拉西斯公司 使用所测分析物改进疾病诊断的方法
US20160024592A1 (en) * 2013-03-14 2016-01-28 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Single-cell analysis as a sensitive and specific method for early prostate cancer detection
CN103602720A (zh) * 2013-06-24 2014-02-26 复旦大学附属肿瘤医院 前列腺癌基因标记物在标记前列腺癌复发和转移中的用途及方法
GB201322034D0 (en) 2013-12-12 2014-01-29 Almac Diagnostics Ltd Prostate cancer classification
ES2613521T3 (es) * 2014-01-03 2017-05-24 Koninklijke Philips N.V. Evaluación de la actividad de la ruta de señalización celular PI3K utilizando una modelación matemática de expresión de genes diana
CN115684591A (zh) 2014-01-28 2023-02-03 奎斯特诊断投资股份有限公司 用于在癌症中检测腺瘤-腺癌过渡的方法和组合物
GB201409479D0 (en) 2014-05-28 2014-07-09 Almac Diagnostics Ltd Molecular diagnostic test for cancer
US9994912B2 (en) 2014-07-03 2018-06-12 Abbott Molecular Inc. Materials and methods for assessing progression of prostate cancer
AU2015360694B2 (en) 2014-12-08 2021-10-14 Berg Llc Use of markers including filamin a in the diagnosis and treatment of prostate cancer
US11174518B2 (en) 2015-10-05 2021-11-16 Cedars-Sinai Medical Center Method of classifying and diagnosing cancer
WO2017079571A1 (en) 2015-11-05 2017-05-11 Arphion Diagnostics Process for the indentication of patients at risk for oscc
US11079745B2 (en) * 2015-11-25 2021-08-03 Lawrence Livermore National Security, Llc Rapid closed-loop control based on machine learning
EP3405896A4 (en) 2016-01-22 2019-09-25 Otraces Inc. SYSTEMS AND METHODS FOR ENHANCING DIAGNOSIS OF DISEASE
KR101881874B1 (ko) * 2016-04-29 2018-07-26 한국수력원자력 주식회사 저선량 방사선 조사에 의한 암화 예방 방법
WO2017213897A1 (en) 2016-06-09 2017-12-14 Cedars-Sinai Medical Center Compositions and methods for treating cancer
US20210301349A1 (en) * 2016-08-30 2021-09-30 Beth Israel Deaconess Medical Center, Inc. Compositions and methods for treating a tumor suppressor deficient cancer
US10487365B2 (en) 2016-09-20 2019-11-26 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods for detecting expression of lnc-FANCI-2 in cervical cells
US20180137943A1 (en) * 2016-11-01 2018-05-17 Medarchon, Llc Patient handoff device, system and predictive method
WO2018085802A1 (en) * 2016-11-07 2018-05-11 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Methods for selecting therapy for a cancer patient
US10767164B2 (en) 2017-03-30 2020-09-08 The Research Foundation For The State University Of New York Microenvironments for self-assembly of islet organoids from stem cells differentiation
US11754567B2 (en) 2018-04-30 2023-09-12 City Of Hope Cancer detection and ablation system and method
CN113705585A (zh) * 2018-10-15 2021-11-26 因美纳有限公司 基于神经网络实现的方法和系统
US20220088031A1 (en) * 2019-02-01 2022-03-24 Health Research, Inc. Methods and compositions for treating resistant and recurrent forms of cancer
WO2021062261A1 (en) * 2019-09-25 2021-04-01 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Prognostic markers of metastatic cancer
KR102380529B1 (ko) * 2020-04-29 2022-03-31 인제대학교 산학협력단 전이성 전립선 암의 진단 및 예후 예측을 위한 혈중종양세포 기반 바이오 마커 조성물
US20220261668A1 (en) * 2021-02-12 2022-08-18 Tempus Labs, Inc. Artificial intelligence engine for directed hypothesis generation and ranking

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DK1644858T3 (da) * 2003-07-10 2018-01-22 Genomic Health Inc Funktionel beklædning med mindst et yderlag og en indermembran.
WO2006086345A2 (en) * 2005-02-07 2006-08-17 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods to treat or prevent hormone-resistant prostate cancer using sirna specific for protocadherin-pc, or other inhibitors of protocadherin-pc expression or activity
EP1922326A4 (en) * 2006-03-24 2011-06-01 Phenomenome Discoveries Inc BIOMARKERS USEFUL FOR DIAGNOSING PROSTATE CANCER AND METHOD OF USE THEREOF

Also Published As

Publication number Publication date
IL210681A0 (en) 2011-03-31
KR20110052627A (ko) 2011-05-18
CA2730614A1 (en) 2010-01-21
EP2318543A2 (en) 2011-05-11
WO2010009337A9 (en) 2010-03-04
US20170299594A1 (en) 2017-10-19
JP2011528442A (ja) 2011-11-17
MX2011000451A (es) 2011-10-12
WO2010009337A2 (en) 2010-01-21
WO2010009337A3 (en) 2010-07-22
BRPI0916229A2 (pt) 2015-11-03
US20140235479A1 (en) 2014-08-21
US20110265197A1 (en) 2011-10-27
NZ590851A (en) 2012-08-31
ZA201101132B (en) 2012-07-25
AU2009270851A1 (en) 2010-01-21
CN102159727A (zh) 2011-08-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2011105627A (ru) Отличительные признаки (рс)-детерминанты, связанные с раком предстательной железы, и способы их применения
JP2011528442A5 (ru)
Shibuya et al. CAMTA1 is a useful immunohistochemical marker for diagnosing epithelioid haemangioendothelioma
Qin et al. Androgen deprivation–induced NCoA2 promotes metastatic and castration-resistant prostate cancer
Kadota et al. A grading system combining architectural features and mitotic count predicts recurrence in stage I lung adenocarcinoma
Kristiansen Markers of clinical utility in the differential diagnosis and prognosis of prostate cancer
Delongchamps et al. Saturation biopsies on autopsied prostates for detecting and characterizing prostate cancer
O'Toole et al. Molecular markers associated with response to chemotherapy in gastro-entero-pancreatic neuroendocrine tumors
RU2011102743A (ru) Характерные признаки и детерминанты, связанные с метастазированием, и способы их применения
JP2011526693A5 (ru)
Lopez-Aguiar et al. The conundrum of< 2-cm pancreatic neuroendocrine tumors: A preoperative risk score to predict lymph node metastases and guide surgical management
CN105473772A (zh) 预后分类与治疗腺体癌症的方法
Harbaum et al. Keratin 7 expression in colorectal cancer–freak of nature or significant finding?
Ali et al. Zebrafish patient-derived xenograft models predict lymph node involvement and treatment outcome in non-small cell lung cancer
Li et al. Nuclear localization of GLI1 and elevated expression of FOXC2 in breast cancer is associated with the basal-like phenotype
Brodsky et al. Identification of stromal ColXα1 and tumor-infiltrating lymphocytes as putative predictive markers of neoadjuvant therapy in estrogen receptor-positive/HER2-positive breast cancer
CN102037361A (zh) 恶性黑色素瘤的分子诊断和分类
Ding et al. Expression of glioma-associated oncogene homolog 1 is associated with invasion and postoperative liver metastasis in colon cancer
RU2013141965A (ru) Диагностика и лечение рака
Lee et al. CD 34 stromal expression is inversely proportional to smooth muscle actin expression and extent of morphea
Yun et al. High expression of transforming acidic coiled coil-containing protein 3 strongly correlates with aggressive characteristics and poor prognosis of gastric cancer
CN106662543A (zh) 肺癌患者中的非侵入性基因突变检测
Fredsøe et al. Independent validation of a diagnostic noninvasive 3-MicroRNA ratio model (uCaP) for prostate cancer in cell-free urine
Masoumi-Moghaddam et al. Sprouty 1 predicts prognosis in human epithelial ovarian cancer
Vargas et al. DNA damage‐inducible transcript 3 immunohistochemistry is highly sensitive for the diagnosis of myxoid liposarcoma but care is required in interpreting the significance of focal expression