RS62526B1 - Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2 - Google Patents

Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2

Info

Publication number
RS62526B1
RS62526B1 RS20211237A RSP20211237A RS62526B1 RS 62526 B1 RS62526 B1 RS 62526B1 RS 20211237 A RS20211237 A RS 20211237A RS P20211237 A RSP20211237 A RS P20211237A RS 62526 B1 RS62526 B1 RS 62526B1
Authority
RS
Serbia
Prior art keywords
modified
ataxin
modified oligonucleotide
nucleic acid
sugar
Prior art date
Application number
RS20211237A
Other languages
English (en)
Inventor
Susan M Freier
Gene Hung
C Frank Bennett
Original Assignee
Ionis Pharmaceuticals Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=54145357&utm_source=google_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=RS62526(B1) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Ionis Pharmaceuticals Inc filed Critical Ionis Pharmaceuticals Inc
Publication of RS62526B1 publication Critical patent/RS62526B1/sr

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/14—Drugs for disorders of the nervous system for treating abnormal movements, e.g. chorea, dyskinesia
    • A61P25/16—Anti-Parkinson drugs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
    • C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/341—Gapmers, i.e. of the type ===---===
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/345—Spatial arrangement of the modifications having at least two different backbone modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/346—Spatial arrangement of the modifications having a combination of backbone and sugar modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Psychiatry (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Psychology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Acyclic And Carbocyclic Compounds In Medicinal Compositions (AREA)

Description

Opis
Polje pronalaska
[0001] Ovde su opisane kompozicije i postupci za smanjenje ekspresije ataksin 2 (ATKSN2) mRNK i proteina kod životinja. Takve metode su korisne za lečenje, prevenciju ili ublažavanje neurodegenerativnih bolesti, uključujuć i spinocerbebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) i parkinsonizam inhibiranjem ekspresije Ataksina 2 inhibiranjem ekspresije Ataksina 2 kod životinje.
Pozadina pronalaska
[0002] Spinocerebelarna ataksija tipa 2 (SCA2) je autosomno dominantna neurodegenerativna bolest koju karakteriše progresivni funkcionalni i ć elijski gubitak neurona u malom mozgu, moždanom stablu i kičmenoj moždini. Uzrok SCA2 je ekspanzija CAG-a u genu ATKSN2 što dovodi do ekspanzije poliglutamina (poliq) u proteinu ataksin-2. Pacijente sa SCA2 karakteriše progresivna cerebelarna ataksija, usporeni sakadni pokreti očiju i druge neurološke karakteristike kao što je neuropatija (Pulst, SM (ur.), Genetics of Movement Disorders. Elsevier, Inc., Amsterdam, 2003, str. 19-34. ). Umerena ekspanzija CAG-a u genu ATKSN2 takođe je povezana sa parkinsonizmom ili amiotrofičnom lateralnom sklerozom (ALS) koja se ne razlikuje od idiopatskih oblika ovih bolesti (Kim i sar., Arch. Neurol., 2007, 64: 1510-1518; Ross i sar. , Hum., Mol. Genet., 2011, 20: 3207-3212; Corrado et al., Hum. Genet., 2011, 130: 575-580; Elden et al., Nature, 2010, 466: 1069-1075; Van Damme et al., Neurologi, 2011, 76: 2066-2072).
[0003] Patogene funkcije proteina poliq bolesti koje se javljaju sa ekspanzijom poliq mogu se pripisati poveć anju toksičnosti povezane sa razvojem intranuklearnih inkluzivnih tela ili sa rastvorljivim toksičnim oligomerima (Lajoie et al., PLoS One, 2011, 5: e15245 ). Dok mozak pacijenata sa SCA2 karakteriše gubitak Purkinjeovih ć elija, Purkinjeovim ć elijama SCA2 nedostaju inkluzijska tela koja ukazuju na poliq-prošireni ataksin-2 može izazvati toksičnost koja nije povezana sa formiranjem inkluzivnog tela (Huinh et al., Ann. Neurol., 1999, 45: 232-241). Funkcije stečene u poliq-ekspandiranom ataksinu-2 mogu uključivati anomalijsku akumulaciju u Golgijevim telima (Huinh et al., Hum. Mol. Genet., 2003, 12: 1485-1496), poveć anje normalnih funkcija (Duvick et al., Neuron, 2010, 67: 929-935) i sekvestriranje transkripcionih faktora (TF) i gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze kao i za druge poliq proteine (Iamanaka et al., Methods Mol. Biol., 2010: 648, 215- 229; Koshi et al., Hum. Mol. Genet., 1996, 5: 1311-1318; Burke et al., Nat. Med., 1996, 2: 347-350). Opisane su neke normalne funkcije ataksina-2. Ataksin-2 je prisutan u granulama stresa i P-telima koje sugerišu funkcije u sekvestriranju mRNK i regulaciji translacije proteina tokom stresa (Nonhoff et al., Mol. Biol. Cell, 2007, 18: 1385-1396). Prekomerna ekspresija ataksina-2 ometala je sklop P-tela, dok je nedovoljna ekspresija ometala sklop granula naprezanja (Nonhoff et al., Mol. Biol. Cell, 2007, 18: 1385-1396). Interakcije sa poliA-vezujuć im proteinom 1, faktorom spajanja RNK A2BP1/Fok1 i poliribosomima dodatno podržavaju uloge ataksina-2 u metabolizmu RNK (Shibata et al., Hum. Mol. Genet., 2000, 9: 1303-1313; Ciosk et al., Development, 2004, 131: 4831-4841; Satterfield et al., Hum. Mol. Genet., 2006, 15: 2523-2532). Ataksin-2 je regulator internalizacije i signalizacije EGF receptora putem svojih interakcija sa SRC kinazom i endocitnim proteinom CIN85 (Nonis et al., Cell Signal., 2008, 20: 1725-1739). Ataksin-2 takođe stupa u interakciju sa proteinom vezanim za ALS TDP-43 na način zavisan od RNK, a porodični i sporadični ALS asocijanti sa pojavom dugog normalnog CAG ponovnog širenja ATKSN2 (Elden et al., Nature, 2010, 466: 1069-1075; Van Damme et al., Neurologi, 2011, 76: 2066-2072).
[0004] Trenutno postoji nedostatak prihvatljivih opcija za lečenje takvih neurodegenerativnih bolesti. Stoga je ovde cilj pronalaska metoda za lečenje takvih bolesti.
[0005] WO 2010/014592 uveliko razmatra metode za inhibiranje ekspresije proteina poliglutamina.
Suština pronalaska
[0006] Ovaj pronalazak obezbeđuje jednolančani modifikovani oligonukleotid koji se sastoji od 12 do 30 povezanih nukleozida i koji ima nukleobaznu sekvencu koja sadrži najmanje 12 uzastopnih nukleobaza bilo koje od sekvenci nukleobaze SEK ID BR: 18, 19 ili 98 , gde je nukleobazna sekvenca modifikovanog oligonukleotida najmanje 90 % komplementarna SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2 i gde jednolančani modifikovani oligonukleotid smanjuje ekspresiju mRNK i/ili proteina Ataksin-2.
[0007] Pronalazak takođe obezbeđuje jednolančani modifikovani oligonukleotid koji se sastoji od 20 povezanih nukleozida i koji ima sekvencu nukleobaze koja sadrži najmanje 15 uzastopnih nukleobaza SEK ID BR: 18, pri čemu je nukleobazna sekvenca modifikovanog oligonukleotida 100 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2, pri čemu najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani šeć er, pri čemu najmanje jedan modifikovani še ć er sadrži 2'-O-metoksietil grupu, pri čemu najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu koja je 5-metilcitozin, pri čemu je najmanje jedna internukleozidna veza fosforotioatna veza i najmanje jedna međunukleozidna veza je fosfodiesterska veza, i gde jednolančana modifikovana oligonukleotida redukuje ataksin-2 mRNK i/ili protein.
[0008] Pronalazak takođe obezbeđuje jednolančani modifikovani oligonukleotid koji se sastoji od 20 vezanih nukleozida i koji ima sekvencu nukleobaze koja sadrži najmanje 19 uzastopnih nukleobaza SEK ID BR: 19, pri čemu je nukleobazna sekvenca modifikovanog oligonukleotida 100 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2, pri čemu najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani šeć er, pri čemu najmanje jedan modifikovani še ć er sadrži 2'-O-metoksietil grupu, pri čemu najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu koja je 5-metilcitozin, pri čemu je najmanje jedna internukleozidna veza fosforotioatna veza i najmanje jedna međunukleozidna veza je fosfodiesterska veza, i gde jednolančana modifikovana oligonukleotida smanjuje Ataksin-2 mRNK i/ili protein.
[0009] Pronalazak takođe obezbeđuje kompoziciju koja sadrži jednolančani modifikovani oligonukleotid prema pronalasku i najmanje jedan od farmaceutski prihvatljiv nosač ili razblaživač, opciono gde je farmaceutski prihvatljiv razblaživač fiziološki rastvor puferisan fosfatom (PBS).
Rezime pronalaska
[0010] Ovde su otkrivene metode, jedinjenja i kompozicije za moduliranje ekspresije mRNK i proteina Ataksina 2 (ATKSN2). U nekim rešenjima, jedinjenja korisna za moduliranje ekspresije Ataksin 2 mRNK i proteina su antisensna jedinjenja. U nekim realizacijama, antisensna jedinjenja su modifikovani oligonukleotidi.
[0011] U određenim aspektima, modulacija se može desiti u ć eliji ili tkivu. U određenim primerima, ć elija ili tkivo se nalazi u životinji. U nekim primerima, životinja je čovek. U nekim rešenjima, nivoi mRNK Ataksina 2 su smanjeni. U nekim rešenjima, nivoi proteina Ataksina 2 su smanjeni. Do takvog smanjenja može doć i na vremenski zavisan način ili na način koji zavisi od doze.
[0012] Takođe su otkriveni postupci, jedinjenja i kompozicije korisni za sprečavanje, lečenje i ublažavanje bolesti, poremeć aja i stanja. U određenim aspektima, takve bolesti, poremeć aji i stanja povezana sa Ataksinom 2 su neurodegenerativna oboljenja. U nekim realizacijama, takve neurodegenerativne bolesti, poremeć aji i stanja uključuju spinocerebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) i parkinsonizam.
[0013] Takve bolesti, poremeć aji i stanja mogu imati jedan ili više faktora rizika, uzroke ili ishode. Određeni faktori rizika i uzroci razvoja neurodegenerativnog poremeć aja uključuju starenje, ličnu ili porodičnu istoriju ili genetsku predispoziciju. Određeni simptomi i ishodi povezani sa razvojem neurodegenerativnog poremeć aja uključuju, ali nisu ograničeni na: ataksiju, poteškoć e u govoru i gutanju, ukočenost, drhtavicu, oftalmoplegiju, sakadno usporavanje, perifernu neuropatiju, atrofiju, distoniju, horeju i demenciju.
[0014] U određenim primerima, postupci lečenja uključuju davanje antisensnih jedinjenja Ataksin 2 pojedincu kome je to potrebno. U nekim primerima, postupci lečenja uključuju davanje oligonukleotida modifikovanog Ataksin 2 osobi kojoj je to potrebno.
Detaljan opis
[0015] Treba razumeti da su prethodni opšti opis i sledeć i detaljni opis samo primeri i objašnjenja i da ne ograničavaju pronalazak, kako se tvrdi. Ovde upotreba jednine uključuje množinu, osim ako nije drugačije naznačeno. Kako se ovde koristi, upotreba "ili" znači "i/ili" osim ako nije drugačije naznačeno. Dodatno, kako se ovde koristi, upotreba "i" znači "i/ili" osim ako nije drugačije naznačeno. Štaviše, upotreba izraza "uključujuć i", kao i drugih oblika, kao što su "uključuje" i "uključeno", nije ograničavajuć a. Takođe, pojmovi kao što su "element" ili "komponenta" obuhvataju i elemente i komponente koji se sastoje od jedne jedinice i elementa i komponente koji sadrže više od jedne podjedinice, osim ako nije drugačije navedeno.
[0016] Naslovi odeljaka koji se ovde koriste služe samo u organizacione svrhe i ne treba ih tumačiti kao ograničenje opisanog pronalaska.
Definicije
[0017] Osim ako nisu date posebne definicije, nomenklatura koja se koristi u vezi sa, i postupci i tehnike, analitičke hemije, sintetičke organske hemije, i medicinske i farmaceutske hemije opisani ovde su oni koji su dobro poznati i obično se koriste u struci. Standardne tehnike se mogu koristiti za hemijsku sintezu i hemijsku analizu.
[0018] Osim ako nije drugačije naznačeno, sledeć i izrazi imaju slede ć e značenje:
"2'-O-metoksietil" (takođe 2'-MOE i 2'-OCH2CH2-OCH3i MOE) odnosi se na O-metoksietil modifikaciju 2 'položaja prstena furanoze.
2’-O-metoksietil modifikovani šeć er je modifikovani še ć er.
[0019] "2'-MOE nukleozid" (takođe 2'-O-metoksietil nukleozid) označava nukleozid koji sadrži 2'-MOE modifikovani deo še ć era.
[0020] "2'-supstituisani nukleozid" označava nukleozid koji sadrži supstituent na 2'-poziciji furanoznog prstena osim H ili OH. U nekim rešenjima, 2 ’supstituisani nukleozidi uključuju nukleozide sa bicikličkim modifikacijama šeć era.
[0021] "5-metilcitozin" označava citozin modifikovan sa metil grupom vezanom za položaj 5. 5-metilcitozin je modifikovana nukleo baza.
[0022] "Oko" znači unutar ± 7% vrednosti. Na primer, ako je navedeno, „jedinjenja su uticala na najmanje oko 70 % inhibicije Ataksina 2“, podrazumeva se da su nivoi Ataksina 2 inhibirani u rasponu od 63 % i 77 %.
[0023] "Primenjeno istovremeno" odnosi se na istovremenu primenu dva farmaceutska sredstva na bilo koji način na koji se farmakološki efekti oba manifestuju kod pacijenta istovremeno. Istovremena primena ne zahteva da se oba farmaceutska sredstva daju u jednoj farmaceutskoj kompoziciji, u istom obliku doziranja ili na isti način primene. Efekti oba farmaceutska agensa ne moraju se manifestovati istovremeno. Efekti se moraju samo preklapati u određenom vremenskom periodu i ne moraju biti istovremeni.
[0024] "Administriranje" znači davanje životinjskog farmaceutskog agensa i uključuje, ali nije ograničeno na davanje od strane medicinskog stručnjaka i samoadministriranje.
[0025] "Poboljšanje" se odnosi na smanjenje, usporavanje, zaustavljanje ili poništavanje najmanje jednog pokazatelja ozbiljnosti stanja ili bolesti. Ozbiljnost pokazatelja može se odrediti subjektivnim ili objektivnim merama koje su poznate stručnjacima u ovoj oblasti.
[0026] "Životinja" se odnosi na ljudsku ili neljudsku životinju, uključujuć i, ali bez ograničenja, miševe, pacove, zečeve, pse, mačke, svinje i primate koji nisu ljudi, uključujuć i, ali bez ograničenja, majmune i šimpanze.
[0027] "Antitelo" se odnosi na molekul koji se karakteriše specifičnom reakcijom sa antigenom na neki način, pri čemu su svako antitelo i antigen definisani u smislu drugog. Antitelo se može odnositi na kompletan molekul antitela ili bilo koji njegov fragment ili region, poput teškog lanca, lakog lanca, Fab regiona i Fc regiona.
[0028] "Antisensna aktivnost" označava bilo koju detektibilnu ili merljivu aktivnost koja se pripisuje hibridizaciji antisensnih jedinjenja sa njenom ciljnom nukleinskom kiselinom. U nekim realizacijama, antisensna aktivnost je smanjenje količine ili ekspresije ciljne nukleinske kiseline ili proteina kodirane takvom ciljnom nukleinskom kiselinom.
[0029] "Antisensno jedinjenje" označava oligomerno jedinjenje koje je sposobno da se podvrgne hibridizaciji sa ciljnom nukleinskom kiselinom putem vodonične veze. Primeri antisensnih jedinjenja uključuju jednolančana i dvolančana jedinjenja, kao što su antisensni oligonukleotidi, siRNK, shRNK, ssRNK i jedinjenja zasnovana na popunjenosti.
[0030] "Antisensna inhibicija" znači smanjenje ciljnih nivoa nukleinske kiseline u prisustvu antisensnih jedinjenja komplementarnog ciljnoj nukleinskoj kiselini u poređenju sa ciljnim nivoima nukleinske kiseline ili u odsustvu antisensnih jedinjenja.
[0031] "Antisensni mehanizmi" su svi oni mehanizmi koji uključuju hibridizaciju jedinjenja sa ciljnom nukleinskom kiselinom, pri čemu je ishod ili efekat hibridizacije ili cilj degradacija ili zauzimanje cilja sa istovremenim zastojem ć elijske mašine koji uključuje, na primer, transkripciju ili spajanje.
[0032]"Antisensni oligonukleotid" označava jednolančani oligonukleotid koji ima nukleobaznu sekvencu koja dozvoljava hibridizaciju sa odgovaraju ć im segmentom ciljne nukleinske kiseline.
[0033] "Ataksin 2" označava gen sisara Ataksin 2 (ATKSN2), uključujuć i humani gen Ataksin 2 (ATKSN2). Ljudski ataksin 2 je mapiran u ljudski hromozom 12x24.1.
[0034] "Bolest povezana sa Ataksinom 2" označava bilo koju bolest povezanu sa bilo kojom nukleinskom kiselinom Ataksin 2 ili njenim produktom ekspresije. Takve bolesti mogu uključivati neurodegenerativnu bolest. Takve neurodegenerativne bolesti mogu uključivati spinocerebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) i parkinsonizam.
[0035] "Ataksin 2 mRNK" označava bilo koji produkt ekspresije RNK veze DNK sekvence koja kodira Ataksin 2.
[0036] "Ataksin 2 nukleinska kiselina" označava bilo koju nukleinsku kiselinu koja kodira Ataksin 2. Na primer, u nekim izvođenjima, nuklein Ataksin 2 kiselina uključuje sekvencu DNK koja kodira Ataksin 2, sekvencu RNK transkribovanu iz DNK koja kodira Ataksin 2 (uključujuć i genomsku DNK koja sadrži introne i egzone) i sekvencu mRNK koja kodira Ataksin 2. "Ataksin 2 mRNK" označava mRNK koja kodira protein Ataksin 2.
[0037] "Ataksin 2 protein" označava proizvod ekspresije polipeptida nukleinske kiseline Ataksin 2.
[0038] "Komplementarnost baze" odnosi se na sposobnost preciznog uparivanja baze nukleobaza antisensnog oligonukleotida sa odgovarajuć im nukleobazama u ciljnoj nukleinskoj kiselini (tj. hibridizacija), a posreduje Watson-Crick, Hogsteen ili obrnuto Hogsteenovo vezivanje vodonika između odgovarajuć ih nukleobaza.
[0039] "Biciklični šeć er" označava furanozni prsten modifikovan premoš ć ivanjem dva atoma. Biciklični še ć er je modifikovani še ć er.
[0040] "Biciklični nukleozid" (takođe BNA) označava nukleozid koji ima šeć erni deo koji sadrži most koji povezuje dva atoma ugljenika u šeć ernom prstenu, formiraju ć i tako biciklični sistem prstena. U nekim realizacijama, most povezuje 4'-ugljenik i 2'-ugljenik u šeć ernom prstenu.
[0041] "Struktura kape" ili "deo završne kapice" označava hemijske modifikacije, koje su ugrađene na oba kraja antisensnih jedinjenja.
[0042] "CEt" ili "ograničeni etil" označava biciklički nukleozid koji ima šeć erni deo koji sadrži most koji povezuje 4'-ugljenik i 2'-ugljenik, pri čemu most ima formulu: 4'-CH (CH3)- O-2 '.
[0043] "Ograničeni etil nukleozid" (takođe cEt nukleozid) označava nukleozid koji sadrži biciklički šeć erni deo koji sadrži most 4'-CH (CH3) -O-2 '.
[0044] "Hemijski različit region" se odnosi na region antisensnog jedinjenja koje se na neki način hemijski razlikuje od drugog regiona istog antisensnog jedinjenja. Na primer, region sa 2 '-O-metoksietil nukleozidima se hemijski razlikuje od regiona koji ima nukleozide bez 2'-O-metoksietil modifikacija.
[0045] "Himerno antisensno jedinjenje" označava antisensno jedinjenje koje ima najmanje dva hemijski različita regiona, pri čemu svaka pozicija ima više podjedinica.
[0046] "Zajednička primena" označava davanje dva ili više farmaceutskih agenasa pojedincu. Dva ili više farmaceutskih agenasa mogu biti u jednom farmaceutskom sastavu, ili mogu biti u odvojenim farmaceutskim kompozicijama. Svaki od dva ili više farmaceutskih agenasa može se primeniti istim ili različitim putevima davanja. Koadministracija obuhvata paralelnu ili sekvencijalnu administraciju.
[0047] "Komplementarnost" znači sposobnost uparivanja između nukleobaza prve nukleinske kiseline i druge nukleinske kiseline.
[0048] "Obuhvatanje", "obuhvata" i "obuhvatajući" podrazumevać e uključivanje navedenog koraka ili elementa ili grupe koraka ili elemenata, ali ne i isključivanje bilo kog drugog koraka ili elementa ili grupe koraka ili elemenata.
[0049] "Susedne nukleobaze" označavaju nukleobaze koje se nalaze neposredno jedna pored druge.
[0050] "Dizajniranje" ili "projektovano" odnosi se na proces projektovanja oligomernog jedinjenja koje se specifično hibridizuje sa izabranim molekulom nukleinske kiseline.
[0051] "Razređivač" označava sastojak u kompoziciji koji nema farmakološku aktivnost, ali je farmaceutski neophodan ili poželjan. Na primer, u lekovima koji se injektiraju, razblaživač može biti tečnost, npr. rastvor soli.
[0052] "Doza" označava određenu količinu farmaceutskog sredstva obezbeđenu u jednoj primeni, ili u određenom vremenskom periodu. U nekim rešenjima, doza se može primeniti u jednom, dva ili više bolusa, tableta ili injekcija. Na primer, u nekim rešenjima gde se želi potkožna primena, željena doza zahteva zapreminu koja se ne može lako prilagoditi jednom injekcijom, pa se dve ili više injekcija mogu koristiti za postizanje željene doze. U nekim rešenjima, farmaceutsko sredstvo se primenjuje infuzijom tokom dužeg vremenskog perioda ili kontinuirano. Doze se mogu navesti kao količina farmaceutskog agensa na sat, dan, nedelju ili mesec.
[0053] "Efikasna količina" u kontekstu moduliranja aktivnosti ili lečenja ili sprečavanja stanja znači davanje te količine farmaceutskog sredstva subjektu kome je potrebna takva modulacija, lečenje ili profilaksa, bilo u jednoj dozi ili kao deo serije, to je efikasno za modulaciju tog efekta, ili za lečenje ili profilaksu ili poboljšanje tog stanja. Efektivna količina može varirati među pojedincima u zavisnosti od zdravstvenog i fizičkog stanja pojedinca koji se leči, taksonomske grupe pojedinaca koji se leče, formulacije sastava, procene zdravstvenog stanja pojedinca i drugih relevantnih faktora.
[0054] "Efikasnost" označava sposobnost da se proizvede željeni efekat.
[0055] "Ekspresija" uključuje sve funkcije pomoć u kojih se kodirana informacija gena pretvara u strukture prisutne i deluju ć e u ć eliji. Takve strukture uključuju, ali nisu ograničene na proizvode transkripcije i prevođenja.
[0056] "Potpuno komplementaran" ili "100 % komplementaran" znači da svaka nukleobaza prve nukleinske kiseline ima komplementarnu nukleobazu u drugoj nukleinskoj kiselini. U nekim realizacijama, prva nukleinska kiselina je antisensno jedinjenje, a ciljna nukleinska kiselina je druga nukleinska kiselina.
[0057] "Gapmer" označava himerno antisensno jedinjenje u kome je unutrašnji region sa mnoštvom nukleozida koji podržavaju cepanje RNaze H pozicioniran između spoljnih regiona koji imaju jedan ili više nukleozida, pri čemu se nukleozidi koji sadrže unutrašnji region hemijski razlikuju od nukleozida ili nukleozidi koji obuhvataju spoljne regione. Unutrašnji region se može nazvati "prazninom", a spoljni region "krilima".
[0058] "Sužen u razmaku" označava himerno antisensno jedinjenje sa segmentom praznine od 9 ili manje susednih 2'-deoksiribonukleozida pozicioniranih između i neposredno uz 5 'i 3' segmente krila koji imaju od 1 do 6 nukleozida.
[0059] "Proširen jaz" označava himerno antisensno jedinjenje sa segmentom praznine od 12 ili više susednih 2'-deoksiribonukleozida pozicioniranih između i neposredno uz 5 'i 3' segmente krila koji imaju od 1 do 6 nukleozida.
[0060] "Hibridizacija" označava žarenje komplementarnih molekula nukleinske kiseline. U nekim realizacijama, komplementarni molekuli nukleinske kiseline uključuju, ali nisu ograničeni na, antisensno jedinjenje i ciljanu nukleinsku kiselinu. U nekim rešenjima, komplementarni molekuli nukleinske kiseline uključuju, ali nisu ograničeni na, antisensni oligonukleotid i metu nukleinske kiseline.
[0061] "Identifikovanje životinje koja ima bolest povezanu sa Ataksinom 2" znači identifikovanje životinje kojoj je dijagnostikovana bolest povezana sa Ataksinom 2 ili je predisponirana za razvoj bolesti povezane sa Ataksinom 2. Pojedinci predisponirani za razvoj bolesti povezane sa Ataksinom 2 uključuju one koji imaju jedan ili više faktora rizika za razvoj bolesti povezane sa Ataksinom 2, uključujuć i starenje, ličnu ili porodičnu istoriju ili genetsku predispoziciju za jednu ili više bolesti povezanih sa Ataksinom 2. Takva identifikacija se može postić i bilo kojom metodom, uključuju ć i procenu istorije bolesti pojedinca i standardne kliničke testove ili procene, kao što je genetsko testiranje.
[0062] "Neposredno susedni" znači da nema intervenišuć ih elemenata između neposredno susednih elemenata.
[0063] "Pojedinac" označava čoveka ili životinju izabranu za lečenje ili terapiju.
[0064] "Inhibiranje ataksina 2" znači smanjenje nivoa ili ekspresije ataksin 2 mRNK i/ili proteina. U određenim izvođenjima, nivoi mRNA i/ili proteina ataksina 2 su inhibirani u prisustvu antisensnog jedinjenja koje cilja na ataksin 2, uključujuć i antisensni oligonukleotid koji cilja na ataksin 2, u poređenju sa ekspresijom nivoa mRNK i/ili proteina ataksina 2 u odsustvu ataksina 2 antisensnog jedinjenja, kao što je antisensni oligonukleotid.
[0065] "Inhibicija ekspresije ili aktivnosti" odnosi se na smanjenje ili blokadu ekspresije ili aktivnosti i ne ukazuje nužno na potpuno uklanjanje ekspresije ili aktivnosti.
[0066] "Internukleozidna veza" se odnosi na hemijsku vezu između nukleozida.
[0067] "Vezani nukleozidi" označavaju susedne nukleozide povezane zajedno internukleozidnom vezom.
[0068] "Zaključana nukleinska kiselina" ili "LNA" ili "LNA nukleozidi" označavaju monomere nukleinske kiseline koji imaju most koji povezuje dva atoma ugljenika između 4 ' i 2'položaja nukleozidne šeć erne jedinice, formiraju ć i tako biciklični še ć er. Primeri takvog bicikličkog šeć era uključuju, ali nisu ograničeni na A) a-L-metilenoksi (4'-CH2-O-2 ') LNA, (B) b-D-metilenoksi (4'-CH2-O-2') ) LNA, (C) etilenoksi (4 '-(CH2) 2-O-2') LNA, (D) aminooksi (4'-CH2-ON (R) -2 ') LNA i (E) oksiamino (4' -CH2-N (R) -O-2 ') LNA, kako je dole prikazano.
[0069] Kako se ovde koristi, jedinjenja LNA uključuju, ali nisu ograničena na, jedinjenja koja imaju najmanje jedan most između položaja 4 'i 2' šeć era, pri čemu svaki od mostova nezavisno sadrži 1 ili od 2 do 4 povezane grupe nezavisno izabrani od -[C (R1) (R2)] n-, -C (R1) = C (R2) -, -C (R1) = N-, -C (= NR1) -, -C (= O )-, -C (= S)-, -O-, -Si (R1)2-, -S (= O)X- i -N (R1)-; pri čemu: x je 0, 1 ili 2; n je 1, 2, 3 ili 4; svaki R1i R2je, nezavisno, H, zaštitna grupa, hidroksil, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, heterociklradikal, supstituisani heterocikl-radikal, heteroaril, supstituisani heteroaril, C5-C7aliciklički radikal, supstituisani C5-C7aliciklički radikal, halogen, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acil (C (= O) -H), supstituisani acil, CN, sulfonil (S (= O) 2-J1) ili sulfoksil (S (= O) -J1); i svaki J1i J2je, nezavisno, H, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisan C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisan C5-C20aril, acil (C (= O) -H), supstituisani acil, radikal heterocikla, supstituisani heterocikl radikal, C1-C12aminoalkil, supstituisani C1-C12aminoalkil ili zaštitna grupa.
[0070] Primeri 4' -2 'premošć uju ć ih grupa obuhva ć enih definicijom LNA uključuju, ali nisu ograničeni na jednu od formula: -[C (R1) (R2)] n-, -[C (R1) (R2)] nO-, -C (R1R2) -N (R1) -O- ili -C (R1R2) -ON (R1)-. Nadalje, druge premošć uju ć e grupe obuhva ć ene definicijom LNA su 4'-CH2-2 ', 4'-(CH2) 2-2 ', 4'-(CH2) 3-2 ', 4'-CH2-O-2 ', 4'-(CH2) 2-O-2 ', 4'-CH2-ON (R1) -2' i 4'-CH2-N (R1) -O-2'-mostovi, pri čemu svaki R1i R2R3je nezavisno H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0071] U definiciju LNA su takođe uključene LNA u kojima je 2'-hidroksilna grupa ribosilnog šeć ernog prstena povezana sa 4 'ugljenikovim atomom šeć ernog prstena, formiraju ć i tako metilenoksi (4'-CH2-O- 2 ') most za formiranje bicikličnog šeć era. Most takođe može biti metilenska (-CH2-) grupa koja povezuje 2 'atoma kiseonika i 4' atom ugljenika, za koji se koristi termin metilenoksi (4'-CH2-O-2 ') LNA. U nastavku; u slučaju da deo bicilnog šeć era ima etilensku premoš ć uju ć u grupu na ovom položaju, koristi se izraz etilenoksi (4’-CH2CH2-O-2 ’) LNA. a-L- metilenoksi (4’-CH2-O-2 ’), izomer metilenoksi (4’-CH2-O-2’) LNA je takođe obuhvać en definicijom LNA, kako se ovde koristi.
[0072] "Neusklađenost" ili "nekomplementarna nukleobaza" odnosi se na slučaj kada nukleobaza prve nukleinske kiseline nije sposobna da se upari sa odgovarajuć om nukleobazom druge ili ciljane nukleinske kiseline.
[0073] "Modifikovana internukleozidna veza" se odnosi na supstituciju ili bilo koju promenu od internukleozidne veze koja se javlja u prirodi (tj. internukleozidna veza fosfodiestera).
[0074] "Modifikovana nukleobaza" označava bilo koju nukleobazu osim adenina, citozina, gvanina, timidina ili uracila. "Ne -modifikovana nukleo -baza" označava purinske baze adenin (A) i gvanin (G), a pirimidinske baze timin (T), citozin (C) i uracil (U).
[0075] "Modifikovani nukleozid" označava nukleozid koji ima, nezavisno, modifikovani šeć erni deo i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0076] "Modifikovani nukleotid" označava nukleotid koji ima, nezavisno, modifikovani šeć erni deo, modifikovanu internukleozidnu vezu i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0077] "Modifikovani oligonukleotid" označava oligonukleotid koji sadrži najmanje jednu modifikovanu internukleozidnu vezu, modifikovani šeć er i/ili modifikovanu nukleobazu.
[0078] "Modifikovani šeć er" označava zamenu i/ili bilo koju promenu od prirodnog dela še ć era.
[0079] "Monomer" označava jednu jedinicu oligomera. Monomeri uključuju, ali nisu ograničeni na, nukleozide i nukleotide, bilo da se pojavljuju prirodno ili modifikovani.
[0080] "Cilj" označava obrazac nemodifikovanih i modifikovanih nukleozida u antisensnom jedinjenju.
[0081] "Prirodni deo šeć era" označava deo še ć era koji se nalazi u DNK (2'-H) ili RNK (2'-OH).
[0082] "Internukleozidna veza koja se javlja u prirodi" označava 3 'do 5' fosfodiestersku vezu.
[0083] "Nekomplementarna nukleobaza" se odnosi na par nukleobaza koje ne formiraju vodonične veze sa jedne sa drugom ili na drugi način podržavaju hibridizaciju.
[0084] "Nukleinska kiselina" se odnosi na molekule sastavljene od monomernih nukleotida. Nukleinska kiselina uključuje, ali nije ograničena na, ribonukleinske kiseline (RNK), dezoksiribonukleinske kiseline (DNK), jednolančane nukleinske kiseline, dvolančane nukleinske kiseline, male interferirajuć e ribonukleinske kiseline (siRNK) i mikroRNK (miRNK).
[0085] "Nukleobaza" označava heterociklički deo sposoban da se upari sa bazom druge nukleinske kiseline.
[0086] "Komplementarnost nukleobaze" odnosi se na nukleobazu koja je sposobna da upari bazu sa drugom nukleobazom. Na primer, u DNK, adenin (A) je komplementaran sa timinom (T). Na primer, u RNK, adenin (A) je komplementaran sa uracilom (U). U nekim rešenjima, komplementarna nukleobaza se povezuje sa nukleobazom antisenskog jedinjenja koja je sposobna da se upari sa nukleobazom svoje ciljne nukleinske kiseline. Na primer, ako je nukleobaza na određenom položaju antisenznog jedinjenja sposobna da se vodonično poveže sa nukleobazom na određenom položaju ciljne nukleinske kiseline, smatra se da je položaj vodonične veze između oligonukleotida i ciljne nukleinske kiseline komplementarna u tom paru nukleobaza.
[0087] "Sekvenca nukleobaze" označava redosled susednih nukleobaza nezavisnih od bilo koje modifikacije šeć era, veze i/ili nukleobaze.
[0088] "Nukleozid" označava nukleobazu povezanu sa šeć erom.
[0089] "Nukleozidni mimetik" uključuje one strukture koje se koriste za zamenu šeć era ili še ć era i baze, a ne nužno za povezivanje na jednom ili više položaja oligomernog jedinjenja kao što su na primer nukleozidni mimetici koji imaju morfolino, cikloheksenil, cikloheksil, tetrahidropiranil, biciklo ili triciklo mimetike šeć era, na primer, jedinice koje nemaju furanozu. Mimetik nukleotida uključuje one strukture koje se koriste za zamenu nukleozida i veze na jednom ili više položaja oligomernog jedinjenja, kao što su na primer peptidne nukleinske kiseline ili morfolino (morfolino povezani sa -N (H) -C (= O) -O- ili druga veza koja nije fosfodiestera). Surogat šeć era preklapa se sa nešto širim terminom nukleozidni mimetik, ali ima za cilj da ukaže samo na zamenu jedinice šeć era (furanozni prsten). Ovde dati tetrahidropiranil prstenovi ilustruju primer primena surogata šeć era gde je grupa še ć era furanoze zamenjena sistemom prstena od tetrahidropiranila. "Mimetik" se odnosi na grupe koje su supstituisane za šeć er, nukleobazu i/ili internukleozidnu vezu. U opštem, mimetik se koristi umesto kombinacije še ć era ili šeć era i internukleozidne veze, a nukleobaza se održava radi hibridizacije sa izabranim ciljem.
[0090] "Nukleotid" označava nukleozid koji ima fosfatnu grupu kovalentno vezanu za šeć erni deo nukleozida.
[0091] "Efekat van cilja" odnosi se na neželjeni ili štetan biološki efekat povezan sa modulacijom ekspresije RNK ili proteina gena koji nije nameravana ciljna nukleinska kiselina.
[0092] "Oligomerno jedinjenje" ili "oligomer" označava polimer povezanih monomernih podjedinica koji je sposoban da se hibridizuje u najmanje region molekula nukleinske kiseline.
[0093] "Oligonukleotid" označava polimer vezanih nukleozida od kojih svaki može biti modifikovan ili nemodifikovan, nezavisno jedan od drugog.
[0094] "Parenteralna primena" znači davanje putem injekcije (npr. bolus injekcija) ili infuzije. Parenteralna primena uključuje subkutanu primenu, intravenoznu primenu, intramuskularnu primenu, intraarterijalnu primenu, intraperitonealnu primenu ili intrakranijalnu primenu, na primer, intratekalnu ili intracerebroventrikularnu primenu.
[0095] "Peptid" označava molekul nastao povezivanjem najmanje dve aminokiseline amidnim vezama. Bez ograničenja, kako se ovde koristi, peptid se odnosi na polipeptide i proteine.
[0096] "Farmaceutsko sredstvo" označava supstancu koja pruža terapeutsku korist kada se daje pojedincu. Na primer, u određenim aspektima, antisensni oligonukleotid usmeren na Ataksin 2 je farmaceutsko sredstvo.
[0097] "Farmaceutska kompozicija" označava smešu supstanci pogodnih za davanje subjektu. Na primer, farmaceutska kompozicija može sadržati antisensni oligonukleotid i sterilni vodeni rastvor.
[0098] "Farmaceutski prihvatljiv derivat" obuhvata farmaceutski prihvatljive soli, konjugate, prolekove ili izomere ovde opisanih jedinjenja.
[0099] "Farmaceutski prihvatljive soli" označavaju fiziološki i farmaceutski prihvatljive soli antisensnih jedinjenja, tj. soli koje zadržavaju željenu biološku aktivnost matičnog oligonukleotida i ne prenose neželjene toksikološke efekte.
[0100] "Fosforotioatna veza" označava vezu između nukleozida gde se fosfodiesterska veza modifikuje zamenom jednog od atoma kiseonika koji se ne premošć uje atomom sumpora. Fosforotioatna veza je modifikovana međunukleozidna veza.
[0101] "Deo" označava definisan broj susednih (tj. povezanih) nukleobaza nukleinske kiseline. U određenim primerima, deo je definisan broj susednih nukleobaza ciljne nukleinske kiseline. U nekim rešenjima, deo je definisan broj susednih nukleobaza antisenskog jedinjenja.
[0102] "Sprečavanje" ili "onemogućavanje" odnosi se na odlaganje ili sprečavanje početka ili razvoja bolesti, poremeć aja ili stanja za vremenski period od minuta do dana, nedelja do meseci ili na neodređeno vreme.
[0103] "Prolek" označava terapeutski agens koji je pripremljen u neaktivnom obliku koji se pretvara u aktivni oblik (tj. lek) unutar tela ili njegovih ć elija dejstvom endogenih enzima ili drugih hemikalija i/ili uslova.
[0104] "Profilaktički efikasna količina" odnosi se na količinu farmaceutskog sredstva koja pruža profilaktičku ili preventivnu korist za životinju.
[0105] "Region" je definisan kao deo ciljne nukleinske kiseline koja ima u najmanjem jednu identifikacionu strukturu, funkciju ili karakteristiku.
[0106] "Ribonukleotid" označava nukleotid koji ima hidroksi na položaju 2 'šeć ernog dela nukleotida. Ribonukleotidi se mogu modifikovati bilo kojim od niza supstituenata.
[0107] "Soli" označavaju fiziološki i farmaceutski prihvatljive soli antisensnih jedinjenja, tj. soli koje zadržavaju željenu biološku aktivnost matičnog oligonukleotida i ne daju im neželjene toksikološke efekte.
[0108] "Segmenti" su definisani kao manji ili podelovi regiona unutar ciljne nukleinske kiseline.
[0109] "Skrać ene" ili "krnje" verzije antisensnih oligonukleotida koje se ovde navode imaju jedno, dva ili više jezgara.
[0110] "Neželjeni efekti" označavaju fiziološke reakcije koji se mogu pripisati tretmanu osim željenih efekata. U nekim rešenjima, neželjeni efekti uključuju, bez ograničenja, reakcije na mestu ubrizgavanja, abnormalnosti u ispitivanju funkcije jetre, abnormalnosti u funkciji bubrega, toksičnost po jetru, toksičnost po bubrege, abnormalnosti centralnog nervnog sistema i miopatije.
[0111] "Jednolančani oligonukleotid" označava oligonukleotid koji nije hibridizovan u komplementarni lanac.
[0112] "Mesto", kako se ovde koristi, definisano je kao jedinstvena pozicija nukleobaze unutar ciljne nukleinske kiseline.
[0113] "Usporavanje progresije" znači smanjenje razvoja bolesti.
[0114] "Specifično hibridizabilan" se odnosi na antisensno jedinjenje koje ima dovoljan stepen komplementarnosti između antisensnih oligonukleotida i ciljne nukleinske kiseline da izazove željeni efekat, dok pokazuje minimalne ili nikakve efekte na neciljane nukleinske kiseline pod uslovima u kojima je specifično vezivanje poželjno, tj. pod fiziološkim uslovima u slučaju in vivo testova i terapijskih tretmana.
[0115] "Strogi uslovi hibridizacije" ili "strogi uslovi" odnose se na uslove pod kojima ć e se oligomerna smeša hibridizirati sa svojom ciljnom sekvencom, ali sa minimalnim brojem drugih sekvenci.
[0116] "Subjekat" označava čoveka ili životinju izabranu za lečenje ili terapiju.
[0117] "Meta" se odnosi na protein čija je modulacija poželjna.
[0118] "Ciljni gen" se odnosi na gen koji kodira metu.
[0119] "Ciljanje" ili "targetiranje" označava proces projektovanja i odabira antisensnog jedinjenja koje ć e se posebno hibridizirati sa ciljnom nukleinskom kiselinom i izazvati željeni efekat.
[0120] "Ciljna nukleinska kiselina", "ciljna RNK" i "ciljna RNK transkript" i "meta nukleinske kiseline" svi označavaju nukleinsku kiselinu koja može biti ciljana antisensnim jedinjenjima.
[0121] "Ciljni region" označava deo ciljne nukleinske kiseline na koji je ciljano jedno ili više antisensnih jedinjenja.
[0122] "Ciljni segment" označava sekvencu nukleotida ciljne nukleinske kiseline na koju je antisensno jedinjenje ciljano. "5 'ciljno mesto" odnosi se na 5'-najviše nukleotida ciljnog segmenta. "3 'ciljno mesto" odnosi se na 3'-najviše nukleotida ciljnog segmenta.
[0123] "Terapeutski efikasna količina" označava količinu farmaceutskog sredstva koja pruža terapeutsku korist pojedincu.
[0124] "Lečenje" ili "tretman" ili "tretiranje" odnosi se na davanje kompozicije kako bi se izvršila promena ili poboljšanje bolesti ili stanja.
[0125] "Nemodifikovane nukleobaze" označavaju purinske baze adenin (A) i gvanin (G) i pirimidinske baze timin (T), citozin (C) i uracil (U).
[0126] "Nemodifikovani nukleotid" označava nukleotid sastavljen od prirodno prisutnih nukleobaza, ostataka šeć era i internukleozidnih veza. U nekim realizacijama, nemodifikovani nukleotid je RNK nukleotid (tj. B-D-ribonukleostrane) ili DNK nukleotid (tj. B-D-deoksiribonukleozid).
[0127] "Segment krila" označava mnoštvo nukleozida modifikovanih da daju oligonukleotidu svojstva kao što je pojačana inhibitorna aktivnost, poveć an afinitet vezivanja za ciljanu nukleinsku kiselinu ili otpornost na razgradnju in vivo nukleazama.
Određena izvođenja
[0128] Određena izvođenja otkrivaju metode, jedinjenja i kompozicije za inhibiranje ekspresije mRNK Ataksina 2 i proteina. Određena izvođenja otkrivaju metode, jedinjenja i kompozicije za smanjenje nivoa mRNA i proteina Ataksina 2.
[0129] Određena izvođenja uključuju antisensna jedinjenja usmerena na nukleinsku kiselinu Ataksin 2. U nekim izvođenjima, nukleinska kiselina Ataksin 2 je sekvenca navedena u GENBANK pristupnom broju NM_002973.3 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 1), komplement pristupnog broja GENBANK br. NT_009775.17 skrać en od nukleotida 2465000 do 2616000 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 2) i GENBANK pristupni br. BKS410018.2 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 3).
[0130] Određena izvođenja otkrivaju postupke za lečenje, prevenciju ili ublažavanje bolesti, poremeć aja i stanja povezanih sa Ataksinom 2 kod pojedinca kome je to potrebno. Takođe su otkriveni postupci za pripremu leka za lečenje, prevenciju ili poboljšanje bolesti, poremeć aja ili stanja povezanog sa Ataksinom 2. Bolesti, poreme ć aji i stanja povezana sa Ataksinom 2 uključuju neurodegenerativna oboljenja. U određenim aspektima, bolesti povezane sa ataksinom 2 uključuju spinocerebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) i parkinsonizam.
[0131] Određena izvođenja ovde opisanih jedinjenja, koja sadrže modifikovani oligonukleotid koji se sastoji od 12 do 30 vezanih nukleozida i koji imaju sekvencu nukleobaze koja sadrži najmanje 8, najmanje 9, najmanje 10, najmanje 11, najmanje 12, najmanje 13, najmanje 14, najmanje 15, najmanje 16, najmanje 17, najmanje 18, najmanje 19 ili najmanje 20 uzastopnih nukleobaza bilo koje od sekvenci nukleo baza SEK ID BR: 11-165.
[0132] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, nukleobazna sekvenca modifikovanog oligonukleotida je najmanje 80%, najmanje 81%, najmanje 82%, najmanje 83%, najmanje 84%, najmanje 85%, najmanje 86 %, najmanje 87%, najmanje 88%, najmanje 89%, najmanje 90%, najmanje 91%, najmanje 92%, najmanje 93%, najmanje 94%, najmanje 95%, najmanje 96 %, najmanje 97%, najmanje 98%, najmanje 99% ili 100% komplementarna sa SEK ID BR: 1, SEK ID BR: 2 ili SEK ID BR: 3.
[0133] Navedeni pronalazak je jednolančani modifikovani oligonukleotid.
[0134] U nekim izvođenjima, najmanje jedna internukleozidna veza modifikovanog oligonukleotida je modifikovana internukleozidna veza.
[0135] U nekim izvođenjima, najmanje jedna modifikovana internukleozidna veza je fosforotioatna internukleozidna veza.
[0136] U nekim izvođenjima, svaka modifikovana internukleozidna veza je fosforotioatna internukleozidna veza.
[0137] U nekim izvođenjima, najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska internukleozidna veza.
[0138] U nekim izvođenjima, najmanje jedna internukleozidna veza je fosforotioatna veza i najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska veza.
[0139] U nekim izvođenjima, najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu.
[0140] U nekim izvođenjima, modifikovana nukleo baza je 5-metilcitozin.
[0141] U nekim izvođenjima, najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani še ć er.
[0142] U nekim izvođenjima, najmanje jedan modifikovani šeć er je biciklični še ć er.
[0143] U nekim izvođenjima, biciklični šeć er sadrži hemijsku vezu između 2 'i 4' položaja še ć era 4'-CH2-N (R) -O-2 'mosta gde je R nezavisno H, C1- C12alkil, ili zaštitna grupa.
[0144] U nekim izvođenjima, biciklični šeć er sadrži 4'-CH2-N (R)-O-2 'most u kome je R nezavisno H, C1-C12alkil ili zaštitna grupa.
[0145] U nekim izvođenjima, najmanje jedan modifikovani šeć er sadrži 2'-O-metoksietil grupu.
[0146] U nekim izvođenjima, modifikovani šeć er sadrži 2’-O (CH2)2-OCH3grupu.
[0147] U određenim aspektima, modifikovani oligonukleotid sadrži:
segment praznine koji se sastoji od 10 povezanih deoksinukleozida;
segment krila od 5’ koji se sastoji od 5 povezanih nukleozida; i
segment krila od 3’ koji se sastoji od 5 povezanih nukleozida;
pri čemu je segment praznine pozicioniran između segmenta krila 5’ i segmenta krila 3’ i gde svaki nukleozid svakog segmenta krila sadrži modifikovani šeć er.
[0148] U nekim izvođenjima, modifikovani oligonukleotid se sastoji od 20 vezanih nukleozida.
[0149] Određena izvođenja uključuju kompozicije koje sadrže bilo koje jedinjenje opisano ovde ili njegovu so i najmanje jedan od farmaceutski prihvatljivih nosača ili razblaživača.
[0150] Određena izvođenja otkrivaju postupke koji obuhvataju davanje životinji bilo kog jedinjenja ili kompozicije opisane ovde.
[0151] U nekim realizacijama, životinja je čovek.
[0152] U određenim aspektima, primena jedinjenja sprečava, leči, poboljšava ili usporava napredovanje bolesti, poremeć aja ili stanja povezanog sa Ataksinom 2.
[0153] U nekim rešenjima, bolest Ataksina 2, poremeć aj ili stanje spinocerebelarne ataksije tipa 2 (SCA2) je amiotrofična lateralna skleroza (ALS) i parkinsonizam.
[0154] Određena izvođenja otkrivaju upotrebu bilo kog od jedinjenja ili kompozicija opisanih ovde za proizvodnju leka za lečenje neurodegenerativnog poremeć aja.
Antisensna jedinjenja
[0155] Oligomerna jedinjenja uključuju, ali nisu ograničena na, oligonukleotide, oligonukleozide, oligonukleotidne analoge, oligonukleotidne mimetike, antisensna jedinjenja, antisensne oligonukleotide i siRNK. Oligomerno jedinjenje može biti "antisensno" za ciljnu nukleinsku kiselinu, što znači da je sposobno da se podvrgne hibridizaciji sa ciljnom nukleinskom kiselinom putem vodonikove veze.
[0156] U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ima sekvencu nukleobaze koja, kada je napisana u pravcu 5’ do 3’, sadrži obrnuti komplement ciljnog segmenta ciljne nukleinske kiseline na koju je ciljana. [0157] U nekim takvim realizacijama, antisensni oligonukleotid ima nukleobaznu sekvencu koja, napisana u smeru 5’do 3’, sadrži obrnuti komplement ciljnog segmenta ciljne nukleinske kiseline na koju je ciljana. U nekim realizacijama, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 12 do 30 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 12 do 25 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 12 do 22 podjedinice. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 14 do 20 podjedinica. U nekim realizacijama, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 15 do 25 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 18 do 22 podjedinice. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu od 19 do 21 podjedinice. U nekim primerima gde je antisensno jedinjenje 8 do 80, 12 do 50, 13 do 30, 13 do 50, 14 do 30, 14 do 50, 15 do 30, 15 do 50, 16 do 30, 16 do 50, 17 do 30, 17 do 50, 18 do 30, 18 do 50, 19 do 30, 19 do 50 ili 20 do 30 povezanih podjedinica.
[0158] U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima dužinu 12 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 13 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 14 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 15 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 16 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 17 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 18 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 19 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 20 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 21 podjedinicu. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 22 podjedinice. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 23 podjedinice. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 24 podjedinice. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 25 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 26 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 27 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 28 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 29 podjedinica. U nekim rešenjima, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 ima 30 podjedinica. U nekim realizacijama koje su ovde otkrivene, antisensno jedinjenje ciljano na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 je 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47 , 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72 , 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79 ili 80 povezanih podjedinica po dužini, ili opsegu definisanom sa bilo koje dve od napred navedenih vrednosti. U nekim realizacijama antisensno jedinjenje je antisensni oligonukleotid, a povezane podjedinice su nukleozidi.
[0159] U nekim realizacijama antisensni oligonukleotidi usmereni na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 mogu biti skrać eni ili okrnjeni. Na primer, jedna podjedinica može biti izbrisana sa 5’ kraja (5’ skrać ivanje), ili alternativno sa 3’ kraja (3’ skrać ivanje). Skra ć eno ili okrnjeno antisensno jedinjenje usmereno na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 može imati dve podjedinice izbrisane sa 5’ kraja, ili alternativno može imati dve podjedinice izbrisane sa 3’ kraja antisensnog jedinjenja. Alternativno, izbrisani nukleozidi mogu biti dispergovani po antisensnom jedinjenju, na primer, u antisenskom jedinjenju koje ima jedan nukleozid izbrisan sa 5’ kraja i jedan nukleozid izbrisan sa 3’ kraja.
[0160] Kada je jedna dodatna podjedinica prisutna u produženom antisensnom jedinjenju, dodatna podjedinica može biti locirana na 5 ’ili 3’ kraju antisensnog jedinjenja. Kada su prisutne dve ili više dodatnih podjedinice, dodate podjedinice mogu biti susedne jedna drugoj, na primer, u antisensnom jedinjenju koje ima dve podjedinice dodate na 5' kraj (dodatak 5'), ili alternativno na 3' kraj (3' dodatak) antisensnog jedinjenja. Alternativno, dodate podjedinice mogu biti dispergovane po antisensnom jedinjenju, na primer, u antisensnom jedinjenju koje ima jednu podjedinicu dodatu na 5’ kraj i jednu podjedinicu na 3’ kraj.
[0161] Moguć e je pove ć ati ili smanjiti dužinu antisensnog jedinjenja, kao što je antisensni oligonukleotid, i/ili uvesti baze nepodudarnosti bez uklanjanja aktivnosti. Na primer, u Woolf et al. (Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7305-7309, 1992), serija antisensnih oligonukleotida dužine 13-25 nukleobaza testirana je na njihovu sposobnost da indukuju cepanje ciljne RNK u modelu ubrizgavanja oocita. Antisensni oligonukleotidi dužine 25 nukleobaza sa 8 ili 11 baza neusklađenosti blizu krajeva antisensenog oligonukleotida bili su u stanju da usmere specifično cepanje ciljane mRNK, mada u manjoj meri od antisensnih oligonukleotida koji nisu sadržali neslaganje. Slično, ciljno specifično cepanje je postignuto korišć enjem 13 nukleobaznih antisensnih oligonukleotida, uključujuć i one sa 1 ili 3 neusklađenosti.
[0162] Gautschi i saradnici (J. Natl. Cancer Inst. 93: 463-471, mart 2001) pokazali su sposobnost oligonukleotida koji ima 100 % komplementarnost sa bcl-2 mRNK i ima 3 neusklađenosti sa bcl-kL mRNK da bi se smanjila ekspresija bcl-2 i bcl-kL in vitro i in vivo. Štaviše, ovaj oligonukleotid je pokazao snažnu antitumorsku aktivnost in vivo.
[0163] Maher i Dolnick (Nuc. Acid. Res. 16: 3341-3358,1988) testirali su seriju tandem 14 nukleobaznih antisensnih oligonukleotida i 28 i 42 nukleobazne antisensne oligonukleotide koji se sastoje od sekvence dva ili tri tandema antisensnih oligonukleotida, zbog njihove sposobnosti da zaustave translaciju humanog DHFR-a u testu na zečjim retikulocitima. Svaki od tri antisensna oligonukleotida od 14 nukleobaza bio je u stanju da inhibira translaciju, iako na skromnijem nivou od 28 ili 42 nukleobazne antisensnog oligonukleotida.
Ciljevi antisensnih jedinjenja
[0164] U nekim rešenjima, antisensna jedinjenja usmerena na nukleinsku kiselinu Atakin 2 imaju hemijski modifikovane podjedinice raspoređene u obrasce, ili ciljeve, kako bi antisensnim jedinjenjima prenela svojstva kao što je pojačana inhibitorna aktivnost, poveć an afinitet vezivanja za ciljnu nukleinsku kiselinu, ili otpornost na razgradnjunukleaza in vivo.
[0165] Himerna antisensna jedinjenja tipično sadrže najmanje jedan region modifikovan tako da daje poveć anu otpornost na razgradnju nukleaze, poveć anu ć elijsku apsorpciju, pove ć an afinitet vezivanja za ciljnu nukleinsku kiselinu i/ili pove ć anu inhibitornu aktivnost. Drugi region himernog antisensnog jedinjenja može opciono poslužiti kao supstrat za ć elijsku endonukleazu RNazu H, koja cepa lanac RNK u odnosu RNK:DNK.
[0166] Antisensna jedinjenja koja imaju za cilj gapmer smatraju se himerna antisensna jedinjenja. U gapmeru, unutrašnji region sa mnoštvom nukleotida koji podržava cepanje RNaseH pozicioniran je između spoljnih regiona koji imaju mnoštvo nukleotida koji se hemijski razlikuju od nukleozida unutrašnjeg regiona. U slučaju antisensnog oligonukleotida koji ima za cilj gapmer, segment džepa obično služi kao supstrat za cepanje endonukleaze, dok segmenti krila sadrže modifikovane nukleozide. U nekim realizacijama, regioni džepa se razlikuju po tipovima šeć ernih delova koji obuhvataju svaki poseban region. Tipovi šeć ernih delova koji se koriste za diferenciranje regiona gapmera mogu u nekim realizacijama uključivati b-D-ribonukleozide, b-D-deoksiribo-nukleozide, 2'-modifikovane nukleozide (takvi 2'-modifikovani nukleozidi mogu uključivati 2 ' -MOE i 2'-O-CH3, između ostalih), i bicikličnim nukleozidima modifikovanim šeć erom (takvi nukleozidi modifikovani bicikličnim še ć erom mogu uključivati one koji imaju most 4 '-(CH2) n-O-2', gde je n = 1 ili n = 2 i 4'-CH2-O-CH2-2 '). U nekim rešenjima, krila mogu uključivati nekoliko modifikovanih delova šeć era, uključuju ć i, na primer 2'-MOE. U nekim realizacijama, krila mogu uključivati nekoliko modifikovanih i nemodifikovanih delova šeć era. U nekim realizacijama, krila mogu uključivati različite kombinacije 2'-MOE nukleozida i 2'-deoksinuskleozida.
[0167] Svaki različiti region može sadržati ujednačene šeć erne grupe, varijantne ili naizmenične še ć erne grupe. Cilj krila-džepkrilo često se opisuje kao "X-Y-Z", gde "X" predstavlja dužinu krila 5', "Y" predstavlja dužinu razmaka, a "Z" predstavlja dužinu krila 3'. "X" i "Z" mogu sadržati jednolične, varijantne ili naizmenične ostatke šeć era. U nekim realizacijama, "X" i "Y" mogu uključivati jedan ili više 2'-deoksinukleozida. "Y" može sadržati 2'-deoksinukleozide. Kako se ovde koristi, otvor za proreze opisan kao "X-Y-Z" ima konfiguraciju takvu da je razmak postavljen neposredno uz svako od krila 5’ i 3’. Dakle, ne postoje interkulturni nukleotidi između krila 5’ i praznine, niti zazora i krila 3’. Bilo koje od antisensnih jedinjenja koja su ovde opisana može imati za cilj gapmer. U nekim izvođenjima, "X" i "Z" su isti; u drugim izvođenjima su različiti.
[0168] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 20-merove sa ciljem 5-10-5. [0169] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 19-merove sa ciljem 5-9-5. [0170] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 18-merove sa ciljem 5-8-5. [0171] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 18-merove sa ciljem 4-8-6. [0172] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 18-merove sa ciljem 6-8-4. [0173] U određenim aspektima, gamperi opisani ovde uključuju, na primer 18-merove sa ciljem 5-7-6.
Ciljne nukleinske kiseline, ciljni regioni i nukleotidne sekvence
[0174] Nukleotidne sekvence koje kodiraju Ataksin 2 uključuju, bez ograničenja, sledeć e: GENBANK pristupni broj NM_002973.3 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 1), komplement pristupnog broja GENBANK NT_009775.17 skrać en od nukleotida 2465000 do 2616000 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 2) i GENBANK pristupni br. BKS410018.2 (ovde ugrađen kao SEK ID BR: 3).
[0175] Podrazumeva se da je sekvenca navedena u svakom SEK ID BR u ovde navedenim primerima nezavisna od bilo kakve modifikacije šeć ernog dela, internukleozidne veze ili nukleobaze. Kao takva, antisensna jedinjenja definisana SEK ID BR mogu sadržati, nezavisno, jednu ili više modifikacija na šeć ernom delu, internukleozidnu vezu ili nukleobazu. Antisensna jedinjenja opisana Isis brojem (Isis br) ukazuju na kombinaciju nukleobazne sekvence i cilja.
[0176] U nekim realizacijama, ciljni region je strukturno definisan region ciljne nukleinske kiseline. Na primer, ciljni region može obuhvatiti 3 'UTR, 5' UTR, egzon, intron, egzon/intronski spoj, kodirajuć i region, region za početak translacije, region za završetak translacije ili drugi definisani region nukleinske kiseline. Strukturno definisani regioni za Ataksin 2 mogu se dobiti pristupnim brojem iz baza podataka o sekvencama kao što je NCBI. U određenim primerima, ciljni region može obuhvatiti sekvencu od 5’ ciljnog mesta jednog ciljnog segmenta unutar ciljnog regiona do 3’ ciljnog mesta drugog ciljnog segmenta unutar istog ciljnog regiona.
[0177] Ciljanje uključuje određivanje najmanje jednog ciljnog segmenta u koji se antisensno jedinjenje hibridizuje, tako da se pojavi željeni efekat. U nekim rešenjima, željeni efekat je smanjenje nivoa ciljane mRNK nukleinske kiseline. U nekim realizacijama, željeni efekat je smanjenje nivoa proteina kodiranog ciljnom nukleinskom kiselinom ili fenotipska promena povezana sa ciljnom nukleinskom kiselinom.
[0178] Ciljni region može sadržati jedan ili više ciljnih segmenata. Možda se više ciljnih segmenata unutar ciljnog regiona preklapa. Alternativno, oni se možda ne preklapaju. U nekim izvođenjima, ciljni segmenti unutar ciljnog regiona su odvojeni sa najviše oko 300 nukleotida. U nekim emodimentima, ciljni segmenti unutar ciljnog regiona odvojeni su brojnim nukleotidima, odnosno oko, nije više od, nije više od, nije više od oko, 250, 200, 150, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20 ili 10 nukleotida na ciljnoj nukleinskoj kiselini, ili je opseg definisan sa bilo koje dve od prethodnih vrednosti. U nekim rešenjima, ciljni segmenti unutar ciljnog regiona su razdvojeni sa najviše, ili ne više od oko 5 nukleotida na ciljnoj nukleinskoj kiselini. U nekim izvođenjima, ciljni segmenti su susedni. Razmatrana su ciljna područja definisana opsegom koji ima početnu nukleinsku kiselinu, bilo koje od 5' ciljnih mesta ili 3' ciljnih mesta navedenih ovde.
[0179] Odgovarajuć i ciljni segmenti mogu se na ć i unutar 5’ UTR, kodiraju ć eg regiona, 3’ UTR, introna, egzona ili spoja egzona/introna. Ciljni segmenti koji sadrže početni kod ili zaustavni kodon su takođe pogodni ciljni segmenti. Odgovarajuć i ciljni segment može specifično isključiti određeni strukturno definisan region, kao što je početni kod ili zaustavni kodon.
[0180] Određivanje odgovarajuć ih ciljnih segmenata može uključivati poređenje sekvence ciljne nukleinske kiseline sa drugim sekvencama u celom genomu. Na primer, BLAST algoritam se može koristiti za identifikaciju regiona sličnosti među različitim nukleinskim kiselinama. Ovo poređenje može sprečiti odabir sekvenci antisensnih jedinjenja koja se mogu hibridizirati na nespecifičan način sa sekvencama koje nisu odabrana ciljna nukleinska kiselina (tj. neciljne ili netargetovane sekvence).
[0181] Mogu postojati varijacije u aktivnosti (npr. definisane procentualnim smanjenjem ciljnih nivoa nukleinske kiseline) antisensnih jedinjenja unutar aktivnog ciljnog regiona. U nekim rešenjima, smanjenje nivoa mRNK Ataksina 2 ukazuje na inhibiciju ekspresije Ataksina 2. Smanjenje nivoa proteina Atakin 2 takođe ukazuje na inhibiciju ekspresije ciljne mRNK. Fenotipske promene ukazuju na inhibiciju ekspresije Ataksina 2. Poboljšanje neurološke funkcije ukazuje na inhibiciju ekspresije Ataksina 2. Poboljšana motorna funkcija i memorija ukazuju na inhibiciju ekspresije Ataksina 2.
Hibridizacija
[0182] U nekim realizacijama, dolazi do hibridizacije između antisensnog jedinjenja opisanog ovde i nukleinske kiseline Ataksin 2. Najčešć i mehanizam hibridizacije uključuje vodonično vezivanje (na primer, Watson-Crick, Hogsten ili obrnuto Hogstenovo vodonično vezivanje) između komplementarnih nukleobaza molekula nukleinske kiseline.
[0185] Hibridizacija se može desiti pod različitim uslovima. Strogi uslovi zavise od sekvence i određuju se prirodom i sastavom molekula nukleinske kiseline koje treba hibridizirati.
[0184] Metode određivanja da li je sekvenca specifično hibridizirana za ciljanu nukleinsku kiselinu dobro su poznate u tehnici. U nekim rešenjima, antisensna jedinjenja koja su ovde uključena mogu se posebno hibridizirati sa nukleinskom kiselinom Ataksin 2.
Komplementarnost
[0185] Antisensno jedinjenje i ciljna nukleinska kiselina su komplementarne jedna drugoj kada dovoljan broj nukleobaza antisensnih jedinjenja može da se poveže sa vodonikom odgovarajuć im nukleobazama ciljne nukleinske kiseline, tako da ć e do ć i do željenog efekta (npr. inhibicija ciljne nukleinske kiseline, kao što je nukleinska kiselina Ataksin 2).
[0186] Nekomplementarne nukleobaze između antisensnog jedinjenja i nukleinske kiseline Atakin 2 mogu se tolerisati pod uslovom da antisensno jedinjenje ostane sposobno da se specifično hibridizuje sa ciljnom nukleinskom kiselinom. Štaviše, antisensno jedinjenje može hibridizirati preko jednog ili više segmenata nukleinske kiseline Atakin 2 tako da interventni ili susedni segmenti nisu uključeni u događaj hibridizacije (npr. struktura petlje, neusklađenost ili struktura ukosnice).
[0187] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja, ili njihov određeni deo, su ili su najmanje 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ili 100% komplementarna nukleinskoj kiselini Ataksin 2, ciljnom regionu, ciljnom segmentu ili njegovom određenom delu. Procenat komplementarnosti antisensnog jedinjenja sa ciljnom nukleinskom kiselinom može se odrediti rutinskim metodama.
[0188] Na primer, antisensno jedinjenje u kome je 18 od 20 nukleobaza antisensnog jedinjenja komplementarno ciljnom regionu, pa bi se stoga hibridiziralo, predstavljalo bi 90 posto komplementarnosti. U ovom primeru, preostale nekomplementarne nukleobaze mogu biti grupisane ili izmešane sa komplementarnim nukleobazama i ne moraju biti međusobno povezane ili komplementarne nukleobaze. Kao takvo, antisensno jedinjenje ima dužinu 18 nukleobaza koje ima 4 (četiri) nekomplementarne nukleobaze koje su okružene sa dva regiona potpune komplementarnosti sa ciljnom nukleinskom kiselinom imalo bi 77,8 % ukupne komplementarnosti sa ciljnom nukleinskom kiselinom. Procenat komplementarnosti antisensnog jedinjenja sa regionom ciljane nukleinske kiseline može se rutinski odrediti korišć enjem BLAST programa (osnovnih alata za pretraživanje lokalnih poravnanja) i PowerBLAST programa poznatih u tehnici (Altschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649656). Procenat homologije, identiteta sekvence ili komplementarnosti može se odrediti, na primer, programom Gap (Visconsin Sequence Analisys Package, Wersion 8 for Unik, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Vis.), koristeć i podrazumevane postavke, koje koriste algoritam Smitha i Watermana (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482489).
[0189] U nekim rešenjima, antisensna jedinjenja koja su ovde uključena, ili njihovi specifični delovi, potpuno su komplementarni (tj. 100 % komplementarni) ciljnoj nukleinskoj kiselini, ili njenom određenom delu. Na primer, jedinjenje protiv čula može biti potpuno komplementarno nukleinskoj kiselini Ataksin 2, ili ciljnom regionu, ili njegovom ciljnom segmentu ili ciljnom nizu. Kako se ovde koristi, "potpuno komplementaran" znači da je svaka nukleobaza antisensnog jedinjenja sposobna za precizno uparivanje baze sa odgovarajuć im nukleobazama ciljne nukleinske kiseline. Na primer, antisensno jedinjenje od 20 nukleobaze potpuno je komplementarno sa ciljnom sekvencom dugom 400 nukleobaza, sve dok postoji odgovarajuć i deo od 20 nukleobaze ciljne nukleinske kiseline koji je u potpunosti komplementaran sa antisens jedinjenjem. Potpuno komplementarna se takođe može koristiti u odnosu na određeni deo prve i /ili druge nukleinske kiseline. Na primer, deo od 20 nukleobaze antisensnog jedinjenja od 30 nukleobaza može biti "potpuno komplementaran" ciljnoj sekvenci koja je duga 400 nukleobaza. Deo od 20 nukleobaze oligonukleotida od 30 nukleobaza potpuno je komplementaran ciljnoj sekvenci ako ciljna sekvenca ima odgovarajuć i deo od 20 nukleobaza pri čemu je svaka nukleobaza komplementarna sa delom od 20 nukleobaza antisenskog jedinjenja. U isto vreme, celo antisensno jedinjenje od 30 nukleobaza može ili ne mora biti komplementarno ciljnoj sekvenci, u zavisnosti od toga da li je i preostalih 10 nukleobaza antisensnog jedinjenja komplementarno ciljnoj sekvenci.
[0190] Lokacija nekomplementarne nukleobaze može biti na 5’ kraju ili 3’ kraju antisensnog jedinjenja. Alternativno, nekomplementarna nukleobaza ili nukleobaze mogu biti na unutrašnjoj poziciji antisensnog jedinjenja. Kada su prisutne dve ili više nekomplementarnih nukleobaza, one mogu biti susedne (tj. povezane) ili nekontinuirane. U jednoj realizaciji, nekomplementarna nukleobaza se nalazi u segmentu krila antimernog oligonukleotida.
[0191] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja koja su, ili imaju do 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ili 20 nukleobaza po dužini ne sadrže više od 4, ne više od 3, ne više od 2, ili najviše 1 nekomplementarnu nukleobazu (e) u odnosu na ciljanu nukleinsku kiselinu, kao što je nukleinska kiselina Ataksin 2, ili njen određeni deo.
[0192] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja koja su, ili su do 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ili 30 nukleobaza dužine ne sadrže više od 6, ne više od 5, ne više od 4, ne više od 3, ne više od 2 ili ne više od 1 nekomplementarne nukleobaze na ciljnu nukleinsku kiselinu, kao što je nukleinska kiselina Ataksin 2, ili njen određeni deo.
[0193] Antisensna jedinjenja koja su ovde opisana takođe uključuju ona koja su komplementarna delu ciljne nukleinske kiseline. Kako se ovde koristi, "deo" se odnosi na definisan broj susednih (tj. vezanih) nukleobaza unutar regiona ili segmenta ciljne nukleinske kiseline. "Deo" se takođe može odnositi na definisan broj susednih nukleobaza antisensnog jedinjenja. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 8 nukleobaznih delova ciljnog segmenta. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 9 nukleobaznog dela ciljnog segmenta. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 10 nukleobaznih delova ciljnog segmenta. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 11 nukleobaznih delova ciljnog segmenta. U nekim izvođenjima koja su ovde opisana, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 12 nukleobaznih delova ciljnog segmenta. U nekim izvođenjima koja su ovde opisana, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 13 nukleobaznog dela ciljnog segmenta. U nekim izvođenjima koja su ovde opisana, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 14 nukleobaznog dela ciljnog segmenta. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja su komplementarna sa najmanje 15 nukleobaznih delova ciljnog segmenta. Takođe su opisana antisensna jedinjenja koja su komplementarna sa najmanje 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ili više nukleobaznih delova ciljnog segmenta, ili opsega definisanog sa bilo koje dve od ovih vrednosti.
Identitet
[0194] Ovde uključena antisensna jedinjenja mogu takođe imati definisan procenat identiteta za određenu nukleotidnu sekvencu, SEK ID BR, ili jedinjenje predstavljeno specifičnim Izis brojem, ili njegovim delom. Kako se ovde koristi, antisensno jedinjenje je identično ovde opisanoj sekvenci ako ima istu sposobnost uparivanja nukleobaze. Na primer, RNK koja sadrži uracil umesto timidina u opisanoj sekvenci DNK smatrala bi se identičnom sekvenci DNK pošto i uracil i timidin spajaju sa adeninom. Takođe su opisane skrać ene i produžene verzije antisensnih jedinjenja koja su ovde opisana, kao i jedinjenja koja nemaju identične baze u odnosu na ovde opisana antisensna jedinjenja. Neidentične baze mogu biti susedne jedna drugoj ili raspršene po antisensnom jedinjenju. Procenat identiteta antisensnog jedinjenja izračunava se prema broju baza koje imaju identično uparivanje baza u odnosu na sekvencu sa kojom se upoređuju.
[0195] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, antisensna jedinjenja ili njihovi delovi su najmanje 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ili 100% identična jednom ili više antisensnih jedinjenja ili SEK ID BR, ili njihovom delu, koji su ovde opisani.
[0196] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, deo antisensnih jedinjenja se upoređuje sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, deo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ili 25 se upoređuje sa jednakom dužinom dela ciljne nukleinske kiseline.
[0197] U nekim realizacijama koje su ovde opisane, deo antisensnih oligonukleotida se upoređuje sa delom jednake dužine ciljne nukleinske kiseline. U nekim realizacijama koje su ovde opisane, deo 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 ili 25 se upoređuje sa jednakom dužinom dela ciljne nukleinske kiseline.
Modifikacije
[0198] Nukleozid je kombinacija baza-šeć er. Nukleobazni deo (takođe poznat kao baza) deo nukleozida je obično heterociklični bazni deo. Nukleotidi su nukleozidi koji dalje uključuju fosfatnu grupu kovalentno vezanu za šeć erni deo nukleozida. Za one nukleozide koji uključuju pentofuranozil šeć er, fosfatna grupa može biti povezana sa 2’, 3’ ili 5’ hidroksilnim delom še ć era. Oligonukleotidi nastaju kovalentnom vezom susednih nukleozida jedan sa drugim, da formiraju linearni polimerni oligonukleotid. Unutar oligonukleotidne strukture, fosfatne grupe se obično nazivaju da formiraju internukleozidne veze oligonukleotida.
[0199] Modifikacije antisensnih jedinjenja obuhvataju supstitucije ili promene internukleozidnih veza, šeć ernih ostataka ili nukleobaza. Modifikovana antisensna jedinjenja se često preferiraju nad nativnim oblicima zbog poželjnih svojstava kao što su, na primer, pojačani ć elijski unos, pojačani afinitet za metu nukleinske kiseline, pove ć ana stabilnost u prisustvu nukleaza ili poveć ana inhibitorna aktivnost.
[0200] Hemijski modifikovani nukleozidi se takođe mogu koristiti za poveć anje afiniteta vezivanja skra ć enog ili okrnjenog antisensnog oligonukleotida za njegovu ciljnu nukleinsku kiselinu. Shodno tome, uporedivi rezultati se često mogu dobiti sa krać im antisensnim jedinjenjima koja imaju takve hemijski modifikovane nukleozide.
Modifikovane međunukleozidne veze
[0201] Prirodno prisutna internukleozidna veza RNK i DNK je 3’ do 5’ fosfodiesterska veza. Antisensna jedinjenja koja imaju jednu ili više modifikovanih, tj. internukleozidnih veza koje se ne pojavljuju u prirodi, često se biraju umesto antisensnih jedinjenja koja imaju prirodne internukleozidne veze zbog željenih svojstava kao što su, na primer, pojačani ć elijski unos, poveć ani afinitet za ciljne nukleinske kiseline i pove ć ani stabilnost u prisustvu nukleaza.
[0202] Oligonukleotidi koji imaju izmenjene internukleozidne veze uključuju internukleozidne veze koje zadržavaju atom fosfora, kao i internukleozidne veze koje nemaju atom fosfora. Reprezentativne internukleozidne veze koje sadrže fosfor uključuju, ali nisu ograničene na, fosfodiestere, fosfotrijestere, metilfosfonate, fosforamidat i fosforotioate. Metode pripreme veza koje sadrže fosfor i one koje ne sadrže fosfor su dobro poznate.
[0203] U nekim realizacijama, antisensna jedinjenja usmerena na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 sadrže jednu ili više modifikovanih internukleozidnih veza. U nekim rešenjima, modifikovane internukleozidne veze su ispresecane kroz antisensna jedinjenje. U nekim rešenjima, modifikovane internukleozidne veze su fosforotioatne veze. U nekim realizacijama, svaka internukleozidna veza antisensnog jedinjenja je fosforotioatna internukleozidna veza.
Modifikovani še ć erni ostaci
[0204] Antisensna jedinjenja mogu opciono sadržati jedan ili više nukleozida gde je šeć erna grupa modifikovana. Takvi nukleozidi modifikovani šeć erom mogu dati poboljšanu stabilnost nukleaze, pove ć an afinitet vezivanja ili neka druga korisna biološka svojstva antisenskim jedinjenjima. U nekim realizacijama, nukleozidi sadrže hemijski modifikovane ostatke prstena ribofuranoze. Primeri hemijski modifikovanih prstenova ribofuranoze uključuju, bez ograničenja, dodavanje supstituentnih grupa (uključujuć i 5' i 2' supstituentnih grupa, premoš ć ivanje negeminalnih atoma prstena da bi se formirale biciklične nukleinske kiseline (BNA), zamena atoma kiseonika u ribozilnom prstenu sa S, N (R), ili C (R1) (R2) (R, R1i R2su svaki nezavisno H, C1-C12alkil ili zaštitna grupa) i njihove kombinacije. Primeri hemijski modifikovanih šeć era uključuju 2'-F-5'-metil supstituisani nukleozid (videti PCT Međunarodna prijava WO 2008/101157 objavljena 8.8.2008 za druge otkrivene nukleozide 5 ', 2'-bis supstituisane) ili zamena atoma kiseonika u ribozilnom prstenu sa S sa daljom supstitucijom na 2' -pozicija (vidi objavljenu US patentnu prijavu US2005-0130923, objavljenu 16. juna 2005.) ili alternativno 5'-supstitucija BNA (videti PCT međunarodna prijava WO 2007/134181 objavljena 11/22/07 gde je LNA zamenjena sa na primer 5'-metil ili 5'-vinil grupom).
[0205] Primeri nukleozida koji imaju modifikovane ostatke šeć era uključuju, bez ograničenja, nukleozide koji sadrže 5'-vinil, 5'-metil (R ili S), 4'-S, 2'-F, 2'-OCH3, 2'-OCH2CH3, 2'-OCH2CH2F i 2'-O (CH2) 2OCH3supstituentne grupe. Supstituent na položaju 2 'takođe može biti izabran od alil, amino, azido, tio, O-alil, O-C1-C10alkil, OCF3, OCH2F, O (CH2) 2SCH3, O (CH2)2-ON (Rm) (Rn), O-CH2-C (= O) -N (Rm) (Rn) i O-CH2-C (= O) -N (R1)-(CH2)2-N (Rm) (Rn), gde je svaki R1, Rm i Rn nezavisno H ili supstituisan ili nesupstituisan C1-C10alkilom.
[0206] Kako se ovde koristi, "biciklični nukleozidi" se odnose na modifikovane nukleozide koji sadrže biciklički deo šeć era. Primeri bicikličnih nukleozida uključuju, bez ograničenja, nukleozide koji sadrže most između atoma 4’ i 2’ ribozilnog prstena. U nekim rešenjima, antisensna jedinjenja koja su ovde uključena uključuju jedan ili više bicikličnih nukleozida koji sadrže most od 4’ do 2’. Primeri takvih 4' do 2' premošć enih bicikličnih nukleozida uključuju, ali nisu ograničeni na jednu od formula: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4 '-(CH2)-S-2'; 4’-(CH2)2-O-2’ (ENA); 4’-CH(CH3)-O-2’ i 4’-CH(CH2OCH3)-O-2’(i njihovi analozi videti US 7,399,845, objavljen 15. jula 2008); 4’-C(CH3)(CH3)-O-2 ’(i njihove analoge videti WO/2009/006478, objavljenu 8. januara 2009); 4’-CH2-N (OCH3)-2 ’(i njihove analoge videti WO/2008/150729, objavljenu 11. decembra 2008); 4’-CH2-O-N (CH3)-2 ’(videti US US2004-0171570, objavljenu 2. septembra 2004); 4’-CH2-N (R)-O-2’, pri čemu je R H, C1-C12alkil ili zaštitna grupa (videti US 7,427,672, objavljen 23. septembra 2008); 4’-CH2-C (H) (CH3)-2 ’(videti Chattopadhiaia et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134); i 4’-CH2-C-(= CH2)-2 ’(i njihove analoge videti WO 2008/154401, objavljenu 8. decembra 2008).
[0207] Dalji izveštaji vezani za biciklične nukleozide mogu se takođe nać i u objavljenoj literaturi (videti na primer: Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129 (26) 8362-8379; Elaiadi et al., Curr. Opinion Invest. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; i Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239 Patenti br.
6,268,490; 6,525,191; 6,670,461; 6,770,748; 6,794,499; 7,034,133; 7,053,207; 7,399,845; 7,547,684; i 7,696,345; 61/026.995; 61/026.998; 61/056.564; 61/086.231; 61/097.787; i 61/099.844; Objavljene međunarodne prijave PCT WO 1994/014226; WO 2004/10635 6; WO 2005/021570; WO 2007/134181; WO 2008/150729; WO 2008/154401; i WO 2009/006478. Svaki od napred navedenih bicikličkih nukleozida može se pripremiti sa jednom ili više stereohemijskih konfiguracija šeć era uključuju ć i, na primer, a-L-ribofuranozu i b-D-ribofuranozu (videti PCT međunarodnu prijavu PCT/DK98/00393, objavljenu 25. marta 1999. kao WO 99 /14226).
[0208] U nekim rešenjima, biciklični šeć erni ostaci BNA nukleozida uključuju, ali nisu ograničeni na, jedinjenja koja imaju najmanje jedan most između položaja 4' i 2' pentofuranozil šeć era, pri čemu takvi mostovi nezavisno sadrže 1 ili 2 na 4 povezane grupe nezavisno izabrane od- [C (Ra) (Rb)] n-, -C (Ra) = C (Rb)-, -C (Ra) = N-, -C (= O)-,- C (= NRa)-, -C (= S)-, -O-, -Si (Ra)2-, -S (= O)X- i -N (Ra)-;
pri čemu:
x je 0, 1, ili 2;
n je 1, 2, 3, ili 4;
svaki Ra i Rb je, nezavisno, H, zaštitna grupa, hidroksil, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisani C5-C20aril, heterocikl-radikal, supstituisani heterocikl-radikal, heteroaril, supstituisani heteroaril, C5-C7aliciklični radikal, supstituisani C5-C7aliciklični radikal, halogen, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, acil (C (= O) -H), supstituisani acil, CN, sulfonil (S (= O)2-J1) ili sulfoksil (S (= O) -J1); i
svaki J1i J2je, nezavisno, H, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C5-C20aril, supstituisan C5-C20aril, acil (C (= O) -H), supstituisani acil, heterociklradikal, supstituisani heterocikl-radikal, C1-C12aminoalkil, supstituisani C1-C12aminoalkil ili zaštitna grupa.
[0209] U određenim rešenjima, most bicikličnog šeć era je -[C (Ra) (Rb)] n-, -[C (Ra) (Rb)] nO-, -C (RaRb) -N (R ) -O- ili -C (RaRb) -ON (R)-. U nekim realizacijama, most je 4'-CH2-2 ', 4'-(CH2)2-2 ', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2 ', 4'-CH2-ON (R)-2' i 4'-CH2-N (R)-O-2'- gde je svaki R nezavisno H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0210] U nekim realizacijama, biciklični nukleozidi su dalje definisani izomernom konfiguracijom. Na primer, nukleozid koji sadrži 4'-2 'metilen-oksi most, može biti u a-L konfiguraciji ili u b-D konfiguraciji. Ranije su a-L-metilenoksi (4’-CH2-O-2’) BNA ugrađene u antisensne oligonukleotide koji su pokazivali antisensnu aktivnost (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372).
[0211] U nekim realizacijama, biciklični nukleozidi uključuju, ali nisu ograničeni na, (A) a-L-metilenoksi (4'-CH2-O-2') BNA, (B) b-D-metilenoksi (4'-CH2-O-2') BNA, (C) etilenoksi (4'-(CH2)2-O-2 ') BNA, (D) aminooksi (4'-CH2-O-N (R)-2') BNA , (E) oksiamino (4'-CH2-N (R)-O-2 ') BNA i (F) metil (metilenoksi) (4'-CH (CH3)-O-2') BNA, (G) metilen-tio (4'-CH2-S-2') BNA, (H) metilen-amino (4'-CH2-N (R)-2') BNA, (I) metil karbociklični (4'-CH2-CH (CH3) -2 ') BNA i (J) propilen karbociklična (4'-(CH2)3-2 ') BNA kao što je dole prikazano.
pri čemu je Bx bazni deo i R je nezavisno H, zaštitna grupa ili C1-C12alkil.
[0212] U određenim aspektima, uključeni su biciklični nukleozidi formule I:
pri čemu:
Bx je heterociklični bazni deo;
-Qa-Qb-Qc- je -CH2-N (Rc) -CH2-, -C (= O) -N (Rc) -CH2-, -CH2-ON (Rc)-, -CH2-N (Rc) -O- ili -N (Rc) -O-CH2;
Rc je C1-C12alkil ili amino zaštitna grupa; i
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu.
[0213] U određenim aspektima, uključeni su biciklični nukleozidi formule II:
pri čemu:
Bx je heterociklični bazni deo;
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu;
Za je C1-C6alkil, C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C1-C6alkil, supstituisani C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkinil, acil, supstituisani acil, supstituisani amid, tiol ili supstituisani tiol.
[0214] U jednom aspektu, svaka od supstituisanih grupa je, nezavisno, mono ili poli supstituisana sa supstitucionim grupama nezavisno izabranim od halogena, okso, hidroksila, OJc, NjcJd, SJc, N3, OC (= X) Jc i NjeC (= X) NjcJd, gde svaki Jc, Jd i Je je nezavisno H, C1-C6alkil, ili supstituisani C1-C6alkil i X je O ili Njc.
[0215] U nekim izvođenjima, uključeni su biciklični nukleozidi formule III:
pri čemu:
Bx je heterociklični bazni deo;
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu;
Zb je C1-C6alkil, C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C1-C6alkil, supstituisani C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkinil ili supstituisani acil (C (= O)-).
[0216] U nekim izvođenjima, uključeni su biciklični nukleozidi formule IV:
pri čemu:
Bx je heterociklični bazni deo;
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu;
Rd je C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil ili supstituisani C2-C6alkinil;
svaki qa, qb, qci qdje, nezavisno, H, halogen, C1-C6alkil, supstituisani C1-C6alkil, C2-C6alkenil, supstituisani C2-C6alkenil, C2-C6alkinil, supstituisani C2-C6alkinil, C1-C6alkoksil, supstituisani C1-C6 alkoksil, acil, supstituisani acil, C1-C6aminoalkil ili supstituisani C1-C6aminoalkil;
[0217] U određenim aspektima, uključeni su biciklični nukleozidi formule V:
pri čemu:
Bk je heterociklični bazni deo;
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu;
qa, qb, qei qfsu, nezavisno, vodonik, halogen, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C1-C12alkoksi, supstituisani C1-C12alkoksi, OJj, SJj, SOJj, SO2Jj, NjjJk, N3, CN, C (= O) OJj, C (= O) NJjJk, C (= O) Jj, OC (= O) NJjJk, N (H) C (= NH) NJjJk, N (H) C (= O) NJjJkili N (H) C (= S) NJjJk;
ili su qei qfzajedno = C (qg) (qh);
qgi qhsu svaki nezavisno H, halogen, C1-C12alkil ili supstituisani C1-C12alkil.
[0218] Sinteza i priprema metilenoksi (4'-CH2-O-2') BNA monomera adenina, citozina, gvanina, 5-metil-citozina, timina i uracila, zajedno sa njihovom oligomerizacijom i svojstvima prepoznavanja nukleinskih kiselina opisani (Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630). BNA i njihova priprema su takođe opisani u WO 98/39352 i WO 99/14226.
[0219] Analozi metilenoksi (4'-CH2-O-2') BNA i 2'-tio-BNA takođe su pripremljeni (Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219 -2222). Takođe je opisano dobijanje zaključanih analoga nukleozida koji sadrži duplekse oligodeoksiribonukleotida kao supstrate za polimeraze nukleinskih kiselina (Wengel et al., WO 99/14226). Štaviše, sinteza 2’-amino-BNA, novog komforaciono ograničenog analoga oligonukleotida visokog afiniteta opisana je u struci (Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039). Osim toga, 2'-amino- i 2'-metilamino-BNA su pripremljeni i prethodno je prijavljena termička stabilnost njihovih dupleksa sa komplementarnim lancima RNK i DNK.
[0220] U nekim izvođenjima, uključeni su biciklični nukleozidi formule VI:
pri čemu:
Bx je heterociklični bazni deo;
Ta i Tb su svaki, nezavisno H, hidroksilna zaštitna grupa, konjugovana grupa, reaktivna fosforna grupa, fosforni deo ili kovalentno vezivanje medijuma za podlogu;
svaki qi, qj, qki qlje, nezavisno, H, halogen, C1-C12alkil, supstituisani C1-C12alkil, C2-C12alkenil, supstituisani C2-C12alkenil, C2-C12alkinil, supstituisani C2-C12alkinil, C1-C12alkoksil, supstituisani C1-C12alkoksil, OJj, SJj, SOJj, SO2Jj, NJkJk, N3, CN, C (= O) OJj, C (= O) NJkJk, C (= O) Jj, OC (= O) NJjJk, N (H) C (= NH) NJjJk, N (H) C (= O) NJjJkili N (H) C (= S) NJjJk; i
qii qjili qli qkzajedno su = C (qg) (qh), pri čemu su svaki qgi qh, nezavisno, H, halogen, C1-C12alkil ili supstituisani C1-C12alkil.
[0221] Opisani su jedan karbociklični biciklični nukleozid koji ima 4 '-(CH2)3-2' most i analogni most alkenila 4'-CH = CH-CH2-2 '(Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997 , 25 (22), 4429-4443 i Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740). Sinteza i priprema karbocikličnih bicikličnih nukleozida zajedno sa njihovom oligomerizacijom i biohemijskim studijama su takođe opisani (Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129 (26), 8362-8379).
[0222] Kako se ovde koristi, "4'-2 'biciklični nukleozid" ili "4' do 2 'biciklički nukleozid" odnosi se na biciklički nukleozid koji se sastoji od furanoznog prstena koji sadrži most koji povezuje dva atoma ugljenika prstena furanoze povezuje 2 'ugljenikov atom i 4' ugljenikov atom u šeć ernom prstenu.
[0223] Kako se ovde koristi, "monocilni nukleozidi" se odnose na nukleozide koji sadrže modifikovane šeć erne grupe koje nisu biciklične šeć erne grupe. U nekim rešenjima, še ć erni deo, ili analog še ć era, nukleozida može biti modifikovan ili supstituisan na bilo kojoj poziciji.
[0224] Kako se ovde koristi, "2'-modifikovan šeć er" označava furanozil še ć er modifikovan na položaju 2 '. U nekim rešenjima, takve modifikacije uključuju supstituente izabrane od: halogenida, uključujuć i, ali bez ograničenja na supstituisani i nesupstituisani alkoksi, supstituisani i nesupstituisani tioalkil, supstituisani i nesupstituisani amino alkil, supstituisani i nesupstituisani alkil, supstituisani i nesupstituisani alil, i supstituisani i nesupstituisani alkinil. U nekim rešenjima, 2 'modifikacije su izabrane od supstituenata uključujuć i, ali bez ograničenja na: O [(CH2) nO] mCH3, O (CH2) nNH2, O (CH2)nCH3, O (CH2)nF, O (CH2) nONH2, OCH2C (=O)N(H)CH3i O (CH2) nON [(CH2) nCH3]2, gde su n i m od 1 do oko 10. Druge 2'-supstituent grupe takođe se mogu izabrati iz : C1-C12alkil supstituisani alkil, alkenil, alkinil, alkaril, aralkil, O-alkaril ili O-aralkil, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, F, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, heterociklokalkil, heterocikloalkaril, aminoalkilamino, polialkilamino, supstituisani silil, grupa za cepanje RNK, reporterska grupa, interkalator, grupa za poboljšanje farmakokinetičkih svojstava ili grupa za poboljšanje farmakodinamičkih svojstava antisensa jedinjenje i drugi supstituenti koji imaju slična svojstva. U nekim rešenjima, modifikovani nukleozidi sadrže 2'-MOE bočni lanac (Baker et al., J. Biol. Chem., 1997, 272, 11944-12000). Za takvu 2'-MOE zamenu je opisano da ima poboljšani afinitet vezivanja u poređenju sa nemodifikovanim nukleozidima i drugim modifikovanim nukleozidima, kao što su 2'-O-metil, O-propil i O-aminopropil. Pokazalo se da su oligonukleotidi koji imaju 2'-MOE supstituent antisens inhibitori ekspresije gena sa obeć avaju ć im karakteristikama za upotrebu in vivo (Martin, Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504; Altmann et al., Chimia, 1996, 50, 168-176; Altmann et al., Biochem. Soc. Trans., 1996, 24, 630-637; i Altmann et al., Nucleosides Nucleotides, 1997, 16, 917-926).
[0225] Kako se ovde koristi, "modifikovani tetrahidropiran nukleozid" ili "modifikovani THP nukleozid" označava nukleozid koji ima šestočlani tetrahidropiran "šeć er" zamenjen za ostatak pentofuranozila u normalnim nukleozidima (surogat še ć era). Modifikovani nukleozidi THP uključuju, ali nisu ograničeni na ono što se u tehnici naziva heksitol nukleinska kiselina (HNA), anitol nukleinska kiselina (ANA), manitol nukleinska kiselina (MNA) (vidi Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854), fluoro HNA (F-HNA) ili ona jedinjenja formule VII:
[0226] U nekim rešenjima, modifikovani THP nukleozidi Formule VII su uključeni gde su q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7svaki H. U određenim aspektima, najmanje jedan od q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7su različiti od H. U određenim rešenjima, najmanje jedan od q1, q2, q3, q4, q5, q6i q7je metil. U nekim rešenjima, uključeni su THP nukleozidi Formule VII gde je jedan od R1i R2fluoro. U nekim realizacijama, R1je fluor, a R2je H; R1je metoksi i R2je H, a R1je H i R2je metoksietoksi.
[0227] Kako se ovde koristi, "2'-modifikovan" ili "2'-supstituisan" se odnosi na nukleozid koji sadrži šeć er koji sadrži supstituent na položaju 2 'osim H ili OH. 2'-modifikovani nukleozidi, uključuju, ali nisu ograničeni na, biciklične nukleozide, pri čemu most koji povezuje dva atoma ugljenika u šeć ernom prstenu povezuje 2' ugljenik i drugi ugljenik u še ć ernom prstenu; i nukleozidi sa 2-supstituentima koji se ne premošć uju, kao što su alil, amino, azido, tio, O-alil, O-C1-C10alkil, -OCF3, O- (CH2)2-O-CH3, 2'-O (CH2) 2SCH3, O-(CH2)2-ON (Rm)(Rn) ili O-CH2-C (=O)-N (Rm) (Rn), gde su svaki Rm i Rn nezavisno H ili supstituisani ili nesupstituisanog C1-C10alkila. 2'-modifikovani nukleozidi mogu dalje sadržati druge modifikacije, na primer na drugim položajima šeć era i/ili na nukleobazi.
[0228] Kako se ovde koristi, "2'-F" se odnosi na nukleozid koji sadrži še ć er koji sadrži fluoro grupu na položaju 2'.
[0229] Kako se ovde koristi, "2'-OMe" ili "2'-OCH3" ili "2'-O-metil" svaki se odnosi na nukleozid koji sadrži šeć er koji sadrži -OCH3grupu na položaju 2 'od šeć erni prsten.
[0230] Kako se ovde koristi, "MOE" ili "2'-MOE" ili "2-OCH2CH2OCH3" ili "2'-O-metoksietil" svaki se odnosi na nukleozid koji sadrži šeć er koji sadrži -OCH2CH2OCH3grupu na položaju 2 ' šeć ernog prstena.
[0231] Kako se ovde koristi, "oligonukleotid" se odnosi na jedinjenje koje sadrži više vezanih nukleozida. U nekim rešenjima, jedan ili više nukleozida je modifikovano. U nekim rešenjima, oligonukleotid sadrži jedan ili više ribonukleozida (RNK) i/ili deoksiribonukleozide (DNK).
[0232] Mnogi drugi biciklo i triciklo surogatni sistemi prstena šeć era su takođe poznati u tehnici koji se mogu koristiti za modifikovanje nukleozida za ugradnju u antisensna jedinjenja (videti na primer pregledni članak: Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854).
Takvi prstenasti sistemi mogu biti podvrgnuti raznim dodatnim zamenama radi poveć anja aktivnosti.
[0233] Metode za pripremu modifikovanih šeć era dobro su poznate stručnjacima.
[0234] U nukleotidima koji imaju modifikovane ostatke šeć era, nukleobazni delovi (prirodni, modifikovani ili njihova kombinacija) se održavaju radi hibridizacije sa odgovarajuć om ciljem nukleinske kiseline.
[0235] U nekim realizacijama, antisensna jedinjenja sadrže jedan ili više nukleozida koji imaju modifikovane unose šeć era. U nekim realizacijama, modifikovani deo šeć era je 2'-MOE. U nekim rešenjima, 2’-MOE modifikovani nukleozidi su raspoređeni u motivu gapmera. U nekim realizacijama, modifikovani šeć erni deo je biciklični nukleozid koji ima (4’-CH(CH3)-O-2’) premošć uju ć u grupu. U određenim rešenjima, (4’-CH(CH3)-O-2’) modifikovani nukleozidi su raspoređeni po krilima razređivača.
Kompozicije i metode za formulisanje farmaceutskih kompozicija
[0236] Antisensni oligonukleotidi se mogu mešati sa farmaceutski prihvatljivim aktivnim ili inertnim supstancama za pripremanje farmaceutskih kompozicija ili formulacija. Kompozicije i postupci za formulaciju farmaceutskih kompozicija zavise od niza kriterijuma, uključujuć i, ali bez ograničenja, način primene, stepen bolesti ili dozu koja se primenjuje.
[0237] Antisensna jedinjenja ciljana na nukleinsku kiselinu Atakin 2 mogu se koristiti u farmaceutskim kompozicijama kombinovanjem antisensnih jedinjenja sa odgovarajuć im farmaceutski prihvatljivim razblaživačem ili nosačem. Farmaceutski prihvatljiv razblaživač uključuje fiziološki rastvor puferisan fosfatom (PBS). PBS je razblaživač pogodan za upotrebu u kompozicijama koje se isporučuju parenteralno. Shodno tome, u jednoj realizaciji, u metodama koje su ovde opisane, koristi se farmaceutska kompozicija koja sadrži antisensno jedinjenje usmereno na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 i farmaceutski prihvatljiv razblaživač. U nekim rešenjima, farmaceutski prihvatljiv razblaživač je PBS. U nekim realizacijama, antisensno jedinjenje je antisensni oligonukleotid.
[0238] Farmaceutske kompozicije koje sadrže antisensna jedinjenja obuhvataju sve farmaceutski prihvatljive soli, estre ili soli takvih estara, ili bilo koji drugi oligonukleotid koji je, nakon primene na životinji, uključujuć i čoveka, sposoban da obezbedi (direktno ili indirektno) biološki aktivan metabolit ili njegov ostatak. Shodno tome, na primer, pronalazak se takođe odnosi na farmaceutski prihvatljive soli antisensnih jedinjenja, prolekove, farmaceutski prihvatljive soli takvih prolekova i druge bioekvivalente. Pogodne farmaceutski prihvatljive soli uključuju, ali nisu ograničene na, soli natrijuma i kalijuma.
[0239] Prolek može uključivati ugradnju dodatnih nukleozida na jedan ili oba kraja antisensnog jedinjenja koje se endogenim nukleazama cepaju u telu, da bi se formiralo aktivno antisensno jedinjenje.
Konjugovana antisensna jedinjenja
[0240] Antisensna jedinjenja mogu biti kovalentno povezana sa jednim ili više delova ili konjugata koji pojačavaju aktivnost, ć elijsku distribuciju ili ć elijsku apsorpciju nastalih antisensnih oligonukleotida. Tipične konjugovane grupe uključuju ostatke holesterola i lipidne grupe. Dodatne konjugovane grupe uključuju ugljene hidrate, fosfolipide, biotin, fenazin, folate, fenantridin, antrakinon, akridin, fluoresceine, rodamine, kumarine i boje.
[0241] Antisensna jedinjenja se takođe mogu modifikovati tako da imaju jednu ili više stabilizacionih grupa koje su u osnovi vezane za jedan ili oba kraja antisensnog jedinjenja radi poboljšanja svojstava kao što je, na primer, stabilnost nukleaze. U stabilizacijske grupe uključene su i strukture poklopca. Ove terminalne modifikacije štite antisensno jedinjenje koje ima terminalnu nukleinsku kiselinu od razgradnje egzonukleaze i mogu pomoć i u isporuci i/ili lokalizaciji unutar ć elije. Poklopac može biti prisutan na 5'-terminalu (5'-cap), ili na 3'-terminalu (3'-cap), ili može biti prisutan na oba kraja. Strukture poklopca su dobro poznate u tehnici i uključuju, na primer, obrnute deoksi abasične poklopce. Druge 3' i 5'-stabilizatorske grupe koje se mogu koristiti za zatvaranje jednog ili oba kraja antisensnog jedinjenja za davanje stabilnosti nukleaze uključuju one opisane u WO 03/004602 objavljenoj 16. januara 2003.
Tretiranje ć elijske kulture i antisensna jedinjenja
[0242] Efekti antisensnih jedinjenja na nivo, aktivnost ili ekspresiju nukleinskih kiselina Atakin 2 mogu se testirati in vitro u različitim tipovima ć elija. Tipovi ć elija koji se koriste za takve analize dostupni su od komercijalnih prodavaca (npr. American Type Culture Collection, Manassus, VA; Zen-Bio, Inc., Research Triangle Park, NC; Clonetics Corporation, Walkersville, MD) i uzgajaju se prema uputstvima prodavca korišć enjem komercijalno dostupnih reagensa (npr. Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA). Ilustrativni tipovi ć elija uključuju, ali nisu ograničeni na, ć elije HepG2, ć elije Hep3B i primarne hepatocite.
In vitro testiranje antisensnih oligonukleotida
[0243] Ovde su opisani postupci za tretman ć elija antisensnim oligonukleotidima, koji se mogu na odgovaraju ć i način modifikovati za lečenje drugim antisensnim jedinjenjima.
[0244]Ć elije se mogu tretirati antisensnim oligonukleotidima kada ć elije dostignu približno 60-80 % konfluencije u kulturi.
[0245] Jedan reagens koji se obično koristi za uvođenje antisensnih oligonukleotida u kultivisane ć elije uključuje reagens za katjonsku transfekciju lipida LIPOFECTIN (Invitrogen, Carlsbad, CA). Antisenseni oligonukleotidi se mogu mešati sa LIPO-FECTIN-om u OPTI-MEM 1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) da bi se postigla željena konačna koncentracija antisense oligonukleotida i koncentracija LIPOFECTIN-a koja može biti u rasponu od 2 do 12 ug/mL na 100 nM antisensnog oligonukleotida.
[0246] Drugi reagens koji se koristi za uvođenje antisensnog oligonukleotida u kultivisane ć elije uključuje LIPOFECTAMINE (Invitrogen, Carlsbad, CA). Antisensni oligonukleotid se pomeša sa LIPOFECTAMINE-om u redukovanom serumskom medijumu OPTI-MEM 1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) da bi se postigla željena koncentracija antisensnog oligonukleotida i koncentracija LIPO-FECTAMINE koja može da se kreć e od 2 do 12 ug/mL na 100 nM antisensnog oligonukleotida.
[0247] Druga tehnika koja se koristi za uvođenje antisensnog oligonukleotida u kultivirane ć elije uključuje elektroporaciju.
[0248] Ć elije se tretiraju antisensnim oligonukleotidima rutinskim metodama. Ć elije se mogu sakupiti 16-24 sata nakon tretmana antisensnim oligonukleotidom, kada se nivoi RNK ili proteina ciljnih nukleinskih kiselina mere metodama poznatim u tehnici i ovde opisanim. Generalno, kada se tretmani izvode u više ponavljanja, podaci se predstavljaju kao prosek ponovljenih tretmana.
[0249] Koncentracija antisensnog oligonukleotida koji se koristi varira od ć elijske linije do ć elijske linije. Postupci za određivanje optimalne antisensne koncentracije oligonukleotida za određenu ć elijsku liniju dobro su poznati u tehnici. Antisensni oligonukleotidi se obično koriste u koncentracijama u rasponu od 1 nM do 300 nM kada se transficiraju sa LIPOFECTAMINE-om. Antisensni oligonukleotidi se koriste u već im koncentracijama u rasponu od 625 do 20.000 nM kada se transfektiraju elektroporacijom.
Izolacija RNK
[0250] Analiza RNK se može izvesti na ukupnoj ć elijskoj RNK ili poli (A)<+>mRNK. Postupci izolacije RNK su dobro poznati u tehnici. RNK je pripremljena metodama dobro poznatim u tehnici, na primer, upotrebom TRIZOL reagensa (Invitrogen, Carlsbad, CA) prema protokolima koje preporučuje proizvođač.
Analiza inhibicije ciljnih nivoa ili ekspresije
[0251] Inhibicija nivoa ili ekspresija nukleinske kiseline Ataksin 2 može se ispitati na različite načine poznate u tehnici. Na primer, ciljni nivoi nukleinske kiseline mogu se kvantifikovati, na primer, Northern blot analizom, kompetitivnom lančanom reakcijom polimeraze (PCR) ili kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Analiza RNK se može izvesti na ukupnojć elijskoj RNK ili poli (A)<+>mRNK. Postupci izolacije RNK su dobro poznati u tehnici. Northern blot analiza je takođe uobičajna u struci. Kvantitativna PCR u realnom vremenu može se pogodno postić i pomo ć u komercijalno dostupnog sistema za detekciju sekvence ABI PRISM 7600, 7700 ili 7900, koji je dostupan u PE-Applied Biosystems, Foster Citi, CA i koristi se prema uputstvima proizvođača.
Kvantitativna PCR analiza u realnom vremenu za ciljne nivoe RNK
[0252] Kvantifikovanje ciljnih nivoa RNK može se postić i kvantitativnom PCR u realnom vremenu pomo ć u ABI PRISM 7600, 7700 ili 7900 sistema za detekciju sekvence (PE-Applied Biosistems, Foster Citi, CA) prema uputstvima proizvođača. Metode kvantitativne PCR u realnom vremenu su dobro poznate u tehnici.
[0253] Pre PCR u realnom vremenu, izolovana RNK je podvrgnuta reakciji reverzne transkriptaze (RT), koja proizvodi komplementarnu DNK (cDNK) koja se zatim koristi kao supstrat za amplifikaciju PCR u realnom vremenu. RT i PCR reakcije u realnom vremenu se izvode sekvencijalno u istoj rupici za uzorak. RT i PCR reagensi u realnom vremenu mogu se dobiti od Invitrogena (Carlsbad, CA). RT-PCR reakcije u realnom vremenu se sprovode metodama dobro poznatim stručnjacima.
[0254] Ciljne količine gena (ili RNK) dobijene PCR -om u realnom vremenu normalizuju se ili pomoć u nivoa ekspresije gena čija je ekspresija konstantna, kao što je ciklofilin A, ili kvantifikovanjem ukupne RNK pomoć u RIBOGREENA (Invitrogen, Inc. Carlsbad, CA) ). Ciklofilin A ekspresija se kvantifikuje PCR-om u realnom vremenu, tako što se izvodi istovremeno sa metom, multipleksiranjem ili odvojeno. Ukupna RNK se kvantifikuje pomoć u RIBOGREEN reagensa za kvantifikaciju RNA (Invetrogen, Inc. Eugene, OR). Metode kvantifikacije RNK od strane RIBOGREENA podučavaju se u Jones, L.J., et al, (Analitical Biochemistry, 1998, 265, 368-374). Za merenje fluorescencije RIBOGREEN koristi se instrument CITOFLUOR 4000 (PE Applied Biosystems).
[0255] Sonde i prajmeri su dizajnirani za hibridizaciju u nukleinsku kiselinu Ataksin 2. Metode za projektovanje PCR sondi i prajmera u realnom vremenu su dobro poznate u tehnici i mogu uključivati upotrebu softvera kao što je PRIMER EKSPRESS Software (Applied Biosystems, Foster City, CA).
Analiza nivoa proteina
[0256] Antisensna inhibicija nukleinskih kiselina Atakin 2 može se proceniti merenjem nivoa proteina Ataksin 2. Nivoi proteina Ataksina 2 mogu se proceniti ili kvantifikovati na različite načine dobro poznate u tehnici, kao što su imunoprecipitacija, Western Blot analiza (imunobloting), enzimski imunosorbentni test (ELISA), kvantitativni testovi proteina, analize aktivnosti proteina (za na primer, testovi aktivnosti kaspaze), imunohistohemija, imunocitohemija ili sortiranje ć elija aktivirano fluorescencijom (FACS). Antitela usmerena na metu mogu se identifikovati i dobiti iz različitih izvora, kao što je MSRS katalog antitela (Aerie Corporation, Birmingham, MI), ili se mogu pripremiti konvencionalnim metodama stvaranja monoklonskih ili poliklonskih antitela dobro poznatim u tehnici.
In vivo testiranje antisensnih jedinjenja
[0257] Antisensna jedinjenja, na primer, antisensni oligonukleotidi, testirani su na životinjama da bi se procenila njihova sposobnost da inhibiraju ekspresiju Ataksina 2 i izazovu fenotipske promene, kao što je poboljšana motorna funkcija i kognicija. U nekim realizacijama, motorička funkcija se meri analizom inicijacije hodanja, rotarodom, snagom hvata, usponom na stub, performansama na otvorenom polju, balansnom gredom, ispitivanjem otiska zadnje šape na životinji.
[0258] Testiranje se može izvesti na normalnim životinjama ili na eksperimentalnim modelima bolesti. Za primenu na životinjama, antisensni oligonukleotidi su formulisani u farmaceutski prihvatljivom razblaživaču, kao što je fiziološki rastvor puferisan fosfatom. Davanje uključuje parenteralne načine davanja, kao što su intraperitonealno, intravenozno i potkožno. Izračunavanje doze antisensnih oligonukleotida i učestalosti doziranja je unutar sposobnosti stručnjaka u ovoj oblasti i zavisi od faktora kao što su način primene i telesna težina životinje. Nakon perioda lečenja antisensnim oligonukleotidima, RNK se izoluje iz tkiva CNS ili CSF i mere se promene u ekspresiji nukleinske kiseline Ataksin 2.
Određene indikacije
[0259] Ovde su otkriveni postupci, jedinjenja i smeše lečenja pojedinca koje obuhvataju davanje jedne ili više farmaceutskih kompozicija opisanih ovde. U nekim primerima, pojedinac ima neurodegenerativnu bolest. U određenim primerima, pojedinac je u riziku od razvoja neurodegenerativne bolesti, uključujuć i, ali bez ograničenja, spinocerebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) i parkinsonizam. U nekim uzorcima, za pojedinca je identifikovano da ima bolest povezanu sa Ataksinom 2. Ovde su opisane metode za profilaktičko smanjenje ekspresije Ataksina 2 kod pojedinca. Određeni primeri uključuju lečenje pojedinca kome je to potrebno davanjem pojedincu terapeutski efikasne količine antisensnog jedinjenja usmerenog na nukleinsku kiselinu Ataksin 2.
[0260] U jednom primeru, primenu terapeutski efikasne količine antisensnog jedinjenja usmerenog na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 prati i prać enje nivoa Ataksina 2 kod pojedinca, kako bi se odredio odgovor pojedinca na primenu antisensnog jedinjenja. Odgovor pojedinca na primenu antisensnog jedinjenja lekar može da upotrebi da odredi količinu i trajanje terapijske intervencije.
[0261] U određenim primerima, primena antisensnog jedinjenja usmerenog na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 dovodi do smanjenja ekspresije Ataksina 2 za najmanje 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 56, 57 , 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82 , 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ili 100 %, ili opseg definisan sa bilo koje dve od ovih vrednosti. U određenim primerima, primena antisensnog jedinjenja usmerenog na nukleinsku kiselinu Ataksin 2 dovodi do poboljšane motoričke funkcije kod životinje. U nekim primerima, primena antisensnog jedinjenja Ataksin 2 poboljšava motoričku funkciju za najmanje 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63 , 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88 , 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 ili 100 %, ili opseg definisan sa bilo koje dve od ovih vrednosti.
[0262] U određenim primerima, farmaceutske kompozicije koje sadrže antisensna jedinjenja usmerena na Ataksin 2 koriste se za pripremu leka za lečenje pacijenata koji pate ili su podložni neurodegenerativnoj bolesti, uključujuć i spinocerebelarnu ataksiju tipa 2 (SCA2), amiotrofičnu lateralnu sklerozu (ALS) ) i parkinsonizam.
PRIMERI
Neograničavanje pronalaska
[0263] Dok su neka jedinjenja, kompozicije i postupci opisani ovde sa specifičnošć u opisani u skladu sa određenim aspektima, sledeć i primeri služe samo za ilustraciju ovde opisanih jedinjenja i nemaju za cilj da ograniče obim pronalaska.
Primer 1: Antisensna inhibicija humanog ataksina 2 u HepG2ć elijama pomo ć u MOE gapmera
[0264] Antisensni oligonukleotidi su dizajnirani tako da ciljaju Ataksin 2 nukleinsku kiselinu i ispitani su njihovi efekti na mRNK Ataksin 2 in vitro. Antisensni oligonukleotidi su testirani u nizu eksperimenata koji su imali slične uslove kulture. Rezultati za svaki eksperiment su predstavljeni u zasebnim tabelama prikazanim ispod. Kultivirane ć elije HepG2 gustine 20.000 ć elija po rupici su transfektovane elektroporacijom sa 4.500 nM antisensnih oligonukleotida. Posle perioda tretmana od približno 24 sata, RNK je izolovana iz ć elija i nivoi mRNK ataksina 2 su mereni kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Set sondi humanog prajmera RTS3642 (napredna sekvenca ACCAAAGAGTAGTTAATGGAGGTGTTC, ovde označena kao SEK ID BR: 5; obrnuta sekvenca AGAAGGTGGGCGAGAGGAA, ovde označena kao SEK ID BR: 6; sekvenca sonde CTGGCCATCGCCTTGCCCA, ovde označena u kao što je SEK ID BR: 7) je bio podešen za merenje nivoa mRNK. Nivoi mRNK Ataksina 2 prilagođeni su prema ukupnom sadržaju RNK, mereno pomoć u RI-BOGREEN®-a. Rezultati su predstavljeni kao procenat inhibicije Ataksina 2, u odnosu na netretirane kontrolneć elije.
[0265] Himerni antisensni oligonukleotidi u donjim tabelama su dizajnirani kao 5-10-5 MOE razmera. Prorezi su dugački 20 nukleozida, pri čemu se centralni segment praznine sastoji od deset 2'-deoksinukleozida i okružen je segmentima krila u pravcu 5 ’i 3’ smerom koji sadrži po pet nukleozida. Svaki nukleozid u segmentu krila 5’ i svaki nukleozid u segmentu krila 3’ ima 2’-MOE modifikaciju. Internukleozidne veze u svakom džepu su fosforotioatne veze. Svi ostaci citozina u svakom džepu su 5-metilcitozini. "Početna lokacija" označava 5'-nukleozid na koji je usmeren gapmer u sekvenci humanih gena. "Stop mesto" označava 3'-najveć i nukleozid na koji je gapmer ciljana sekvenca humanog gena. Svaki gapmer naveden u donjim tabelama cilja ili na mRNK humanog Ataksina 2, ovde označenog kao SEK ID BR: 1 (GENBANK pristupni broj NM_002973.3) ili na genomsku sekvencu humanog Ataksina 2, ovde označene kao SEK ID BR: 2 (komplement pristupnog broja GENBANK-a br. NT_009775.17 skrać en sa nukleotida 2465000 na 2616000). Neki oligonukleotidi ne ciljaju ni SEK ID BR: 1 ni SEK ID BR: 2, ve ć umesto toga ciljaju varijantnu sekvencu gena, SEK ID BR: 3 (GENBANK pristupni br. BKS410018.2). 'N/a' označava da antisensni oligonukleotid ne cilja tu sekvencu gena sa 100 % komplementarnosti.
Tabela 1
(nastavak)
(nastavak)
Tabela 2
(nastavak)
(nastavak)
(nastavak)
Tabela 3
Primer 2: Zavisna doza inhibicije antisensnog humanog Ataksina 2 u HepG2 ć elijama pomo ć u MOE gapmera
[0266] Gapmeri iz Primera 1 koji pokazuju značajnu in vitro inhibiciju mRNK Ataksina 2 su izabrani i testirani u različitim dozama u ć elijama HepG2. Ć elije su nanete na gustinu od 20.000 ć elija po rupici i transfektovane elektroporozacijom sa 0.625 mM, 1.250 mM, 2.500 mM, 5.000 mM i 10.000 mM koncentracijama antisensnog oligonukleotida, kako je navedeno u donjoj tabeli. Nakon perioda tretmana od približno 16 sati, RNK je izolovana izć elija i nivoi mRNA ataksina 2 su mereni kvantitativnom PCR u realnom vremenu. Komplet sondi humanog prajmera RTS3642 je korišć en za merenje nivoa mRNK. Nivoi mRNK Ataksina 2 prilagođeni su prema ukupnom sadržaju RNK, mereno pomoć u RI-BOGREEN®-a. Rezultati su predstavljeni kao procenat inhibicije Ataksina 2, u odnosu na netretirane kontrolneć elije.
[0267] Prikazana je i pola maksimalne inhibitorne koncentracije (IC50) svakog oligonukleotida. Nivoi ataksin 2 mRNK su značajno smanjeni na dozno zavisan način uć elijama tretiranim antisensnim oligonukleotidima.
Tabela 4
(nastavak)
Primer 3: Inhibicija antisensnog humanog Ataksina 2 u SCA2 BAC modelu miša
[0268] Gapmeri iz Primera 1 koji pokazuju značajnu in vitro inhibiciju mRNK Ataksina 2 su odabrani i testirani in vivo u SCA2 [Q22] -BAC modelu miša. Ovaj model miša nastao je u laboratoriji Pulst (Univerzitet u Juti, Salt Lake Citi), koristeć i miševe hibridne pozadine FVB/B6, za proučavanje spinacerebella ataksije tipa 2 (SCA2). Ovi miševi poseduju čitav region od 176 kb humanog ATXN2 gena, uključujuć i 16 kb vertikalnu sekvencu i 2,5 kb horizontalnu sekvencu.
Lečenje
[0269] Grupama od po 3 miša davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili antisensni oligonukleotid putem intracerebroventrikularnih injekcija. Miševi stari od pet do sedam nedelja individualno su infuzirani mešavinom kiseonika i 3 % izoflurana tokom 3-4 minuta da bi se izazvala sedacija. Dlake na vlasištu su zatim uklonjene alatom za šišanje. Miš je stavljen u stereotaksični instrument (Stoelting Just for Mouse). Skalp je očišć en, prvo pilingom od joda, a zatim 70 % etanolom. Napravljen je rez sa oštricom skalpela #10 iz regiona neposredno iza mesta između očiju do regiona iza 1,5 cm. Period je uklonjen sterilnom vatom. Hamiltonov špric sa iglom od 26 merača stavljen je u držač za iglu stereotaksičnog instrumenta i napunjen do oznake od 10 mL ili normalnim fiziološkim rastvorom (0,9 %) ili antisensnim oligonukleotidom (250 mg) u fiziološkom rastvoru (0,9 %). Igla je postavljena na bregmu na lobanji, a zatim 1 mm desno i 0,46 mm pozadi. Vrh igle je zatim umetnut samo kroz lobanju, a zatim postavljen 2,5 mm nadole u desnu bočnu komoru. Klip šprica je zatim pritisnut da se isporuči željena zapremina od 5-7 mL. Nakon čekanja od 4 minuta kako bi se ventrikularni pritisak izjednačio, igla je uklonjena i vlasište je zašiveno. Rez je zatim tretiran rastvorom povidona i miš se vratio u kavez na leđima radi oporavka. Miševi su svakodnevno prać eni.
RNK analiza
[0270] Posle 7 dana, miševi su stavljeni u izofluran sve dok nisu više disali. Tada je izvađen mozak. Tri dela mozga su prikupljena u koronalnim presecima, uključujuć i jedan deo od 3 mm za analizu RNK. RNK je izolovana iz tkiva od 30 mg pomo ć u kompleta RNeasY (Qiagen). cDNK je generisana pomoć u QuantYTest Reverse Trancription kompleta (Qiagen). PCR u realnom vremenu (qPCR) je sproveden metodom SIBR Green sa standardnom krivom na ICycler-u (Bio-Rad) na pločama sa 96 rupica u četiri puta. Reakcije su bile 20 mL, koje su se sastojale od 15 ng cDNK, 2 mL svakog prajmera (0,3 mM konačno) i 10 mL SIBR Green Master Mix (Bio-Rad). Parametri ciklusa su uključivali 950 korak denaturacije 10 sekundi, inkubaciju 20 sekundi na temperaturi žarenja i drugu inkubaciju 40 sekundi na 720. Svaka ploča je uključivala standardnu krivu koristeć i cerebelarnu RNK pripremljenu od više transgenih miševa pGL2-5A3. Pojedinačni amplikoni verifikovani su analizom denaturacije i elektroforezom u gelu.
[0271] Rezultati RNA analize za mišji i humani Ataksin 2 su predstavljeni u donjoj tabeli. Kao što je naznačeno, neki od ISIS oligonukleotida su smanjili 2 mRNK humanog ataksina u mozgu miševa.
Tabela 5
Primer 4: Inhibicija antisensnog humanog ataksina 2 u ATXN2-Q127 modelu miša
[0272] Gapmeri iz Primera 1 koji pokazuju značajnu in vitro inhibiciju mRNK Ataksina 2 su odabrani i testirani in vivo u ATXN2-Q127 modelu miša. Ovaj mišji model (Hansen, S.T. et al., Human. Molecular Genetics 2012. 1-13) izražava komplementarnu DNK mutantne ATXN2K127 mutantom punom dužinom pod regulacijom promotera purkinjskog proteina-2 (Pcp2). Ovaj model prikazuje fenotip progresivnog motornog ošteć enja, pra ć en stvaranjem difuznih citoplazmatskih agregata u purkinjskim ć elijama malog mozga.
Lečenje
[0273] Grupama od po 3 miša davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili antisensni oligonukleotid putem intracerebroventrikularnih injekcija. Miševi stari od pet do sedam nedelja individualno su infuzirani mešavinom kiseonika i 3 % izoflurana tokom 3-4 minuta da bi se izazvala sedacija. Dlake na vlasištu su zatim uklonjene alatom za šišanje. Miš je stavljen u stereotaksični instrument (Stoelting Just for Mouse). Skalp je očišć en, prvo pilingom od joda, a zatim 70 % etanolom. Napravljen je rez sa oštricom skalpela #10 iz regiona neposredno iza mesta između očiju do regiona iza 1,5 cm. Period je uklonjen sterilnom vatom. Hamiltonov špric sa iglom od 26 merača stavljen je u držač za iglu stereotaksičnog instrumenta i napunjen do oznake od 10 mL ili normalnim fiziološkim rastvorom (0,9 %) ili antisensnim oligonukleotidom (250 mg) u fiziološkom rastvoru (0,9 %). Igla je postavljena na bregmu na lobanji, a zatim 1 mm desno i 0,46 mm pozadi. Vrh igle je zatim umetnut samo kroz lobanju, a zatim postavljen 2,5 mm nadole u desnu bočnu komoru. Klip šprica je zatim pritisnut da se isporuči željena zapremina od 5-7 mL. Nakon čekanja od 4 minuta kako bi se ventrikularni pritisak izjednačio, igla je uklonjena i vlasište je zašiveno. Rez je zatim tretiran rastvorom povidona i miš se vratio u kavez na leđima radi oporavka. Miševi su svakodnevno prać eni.
RNA analiza
[0274] Posle 7 dana, miševi su stavljeni u izofluran sve dok nisu više disali. Tada je izvađen mozak. Tri dela mozga su prikupljena u koronalnim presecima, uključujuć i jedan deo od 3 mm za analizu RNK. RNK je izolovana iz tkiva od 30 mg pomo ć u kompleta RNeasy (Qiagen). cDNK je generisana pomoć u QuantyTest Reverse Trancription kompleta (Qiagen). PCR u realnom vremenu (qPCR) je sproveden metodom SIBR Green sa standardnom krivom na ICycler-u (Bio-Rad) na pločama sa 96 rupica u četiri puta. Reakcije su bile 20 mL, koje su se sastojale od 15 ng cDNA, 2 mL svakog prajmera (0,3 mM konačno) i 10 mL SIBR Green Master Mix (Bio-Rad). Parametri ciklusa su uključivali 950 korak denaturacije 10 sekundi, inkubaciju 20 sekundi na temperaturi žarenja i drugu inkubaciju 40 sekundi na 720. Svaka ploča je uključivala standardnu krivu koristeć i cerebelarnu RNK pripremljenu od više transgenih miševa pGL2-5A3. Pojedinačni amplikoni verifikovani su analizom denaturacije i elektroforezom u gelu. Svi nivoi mRNA su normalizovani na gen.
[0275] Rezultati RNK analize za mišji i humani ataksin 2 su predstavljeni u donjoj tabeli. Kao što je naznačeno, neki od ISIS oligonukleotida su smanjili 2 mRNA humanog ataksina u mozgu miševa.
[0276] Takođe je izvedena qPCR analiza markera za mikrogliozu, AIF/Iba1, za merenje upale. Rezultati su predstavljeni u donjoj tabeli.
Tabela 6
Tabela 7
Primer 4: Zavisna doza inhibicija antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0277] ISIS 564133 je testiran u različitim dozama u modelu miša ATXN2-Q127.
Lečenje
[0278] Grupama od po 3 miša davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 564133 putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih na 50 mg, 100 mg, 200 mg, 250 mg ili 300 mg. Miševi su tretirani na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama i svakodnevno su se pratili.
RNK analiza
[0279] Posle 7 dana, miševi su stavljeni u izofluran sve dok nisu više disali. Tada je izvađen mozak. Tri dela mozga su prikupljena u koronalnim presecima, uključujuć i jedan deo od 3 mm za analizu RNK, kao što je napred opisano. Svi nivoi mRNK normalizovani su na gen za domać instvo, aktin.
[0280] Rezultati RNK analize za mišji i humani ataksin 2 su predstavljeni u donjoj tabeli.
Tabela 8
Primer 5: Vremenski zavisna inhibicija antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0281] Primenjen je ISIS 564133 i testirano je smanjenje nivoa mRNK u različitim vremenskim tačkama u ATXN2-Q127 modelu miša.
Lečenje
[0282] Grupama od po 3 miša davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 564133 putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih po 200 mg. Miševi su tretirani na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama i svakodnevno su se pratili.
RNK analiza
[0283] Posle 9 dana, 18 dana, 27 dana i 84 dana, grupe miševa su stavljene u izofluran sve dok nisu više disale. Tada je izvađen mozak. Tri dela mozga su prikupljena u koronalnim presecima, uključujuć i jedan deo od 3 mm za analizu RNK, kao što je napred opisano. Svi nivoi mRNK su normalizovani na gen za domać instvo, aktin. Rezultati RNK analize za humani ataksin 2 su predstavljeni u donjoj tabeli. Urađena je Western analiza odgovarajuć ih uzoraka proteina koja je potvrdila rezultate qPCR -a.
Tabela 9
[0285] Imunohistohemijsko bojenje purkinjeovih ć elija u malom mozgu izvedeno je koriš ć enjem zečjeg antioligonukleotidnog antitela generisanog u domaćinstvu. Rezultati su pokazali da je ISIS oligonukleotid lokalizovan u cerebelarnim purkinjeovim ć elijama ATXN-Q127 miševa.
Primer 6: Efekat inhibicije antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0286] ISIS oligonukleotid je davan u ATQN2-Q127 modelu miša i miševima divljeg tipa. Treć eg dana, performanse nosača su procenjivane pomoć u rotarodovog testa.
[0287] Grupama ATXN2-Q127 miševa je davan normalni fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 564133 u dozi od 50 mg, 100 mg ili 200 mg putem intracerebroventrikularnih injekcija na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Grupama miševa divljeg tipa davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS oligonukleotid u dozi od 200 mg putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Grupama ATXN2-Q127 miševa je davan normalni fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 546127 ili ISIS 564216 u 200 mg putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Posle 6 nedelja, miševi su podvrgnuti rotarodovom testu.
Rotarodov test
[0288] Ubrzavajuć i rotarodov test je izveden na Rotamex rotarodu. Rotarodovo testiranje je sprovedeno tokom pet dana. Prvog dana, miševi se prilagođavaju rukovanjem miševima. Drugog dana miševi se uvode u rotarod u 4 -minutnoj paradigmi, uključujuć i 2 minuta pri konstantnoj brzini od 10 RPM, zatim 2 minuta pri brzini u rasponu od 10 do 30 RPM. Testiranje 3-5 dana je bilo identično, gde se miševi postavljaju na rotarod brzinom od 0 RPM, a zatim se rotarod ubrzavao na 40 RPM tokom 6 minuta. Ovo se radi dva puta dnevno i zabeležena je srednja vrednost "kašnjenja na pad" dnevno, u sekundama. Latentnost pada definiše se kao vremenski period pre nego što životinja padne sa rotaroda. Snima se automatski, kada miš više ne prekida infracrvene zrake usmerene iznad rotatora. Vreme do prve pasivne rotacije (kada miševi prestanu da hodaju i drže se i okreć u se pomoć u štapa) takođe se automatski beleži i generalno odražava kašnjenje do pada. Studija se sastojala od tri uzastopna ispitivanja po 5 minuta sa odmorom od 20 minuta između ispitivanja. 3-5 dana miševima je dozvoljeno da se odmore 1,5-2 sata između dva ponovljena testa obavljena svakog od tih dana.
[0289] Rezultati rotarodovog testa su predstavljeni u donjoj tabeli. Kao što je prikazano u donjoj tabeli, tretman sa ASO poboljšava performanse rotaroda za oko 20 %.
Tabela 10
Primer 7: Efekat inhibicije antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0290] ISIS oligonukleotid je davan u ATXN2-Q127 modelu miša i miševima divljeg tipa. Procenjena je cerebelarna ekspresija ataksina 2, kao i nekoliko gena purkinjeovihć elija (PC).
[0291] Grupama ATXN2-Q127 miševa je davan normalni fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 564133 u 200 mg putem intracerbebroventrikularnih injekcija doziranih na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Grupama miševa divljeg tipa davana je normalan fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 564133 u 200 mg putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Nakon 5 nedelja, miševi su eutanazirani i procenjena je cerebelarna ekspresija različitih nivoa mRNK gena.
RNK analiza
[0292] Grupe miševa su stavljene u izofluran sve dok nisu više disale. Tada je izvađen mozak. Tri dela mozga su prikupljena u koronalnim presecima, uključujuć i jedan deo od 3 mm za analizu RNK, kao što je napred opisano. Svi nivoi mRNK su normalizovani na gen za domać instvo, aktin. Mereni su nivoi RNK humanog ataksina 2, mišjeg ataksina 2, Pcp2, Calb1, Rgs8 i Fam107b. Pokazalo se da se transkripcione promene u nekoliko ovih PC-specifičnih gena postepeno smanjuju u modelima SCA2 (Hansen, S.T. et al., Hum. Mol. Genet.2013.22: 271-283).
[0293] Rezultati analize RNK su predstavljeni u donjoj tabeli i pokazuju da je lečenje ISIS oligonukleotidima usmerenim na ataksin 2 poveć alo nivoe ekspresije svih gena specifičnih za PC u poređenju sa transgenom kontrolnom grupom.
Tabela 11
Primer 8: Efekat inhibicije antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0294] ISIS oligonukleotid je davan u ATXN2-Q127 modelu miša i miševima divljeg tipa. Performanse nosača su procenjivane pomoć u rotarodovog testa.
[0295] Grupama miševa ATXN2-Q127 (starosti 7,5 nedelja) davan je normalni fiziološki rastvor (0,9 %) ili ISIS 546127 ili ISIS 564216 u 200 mg putem intracerebroventrikularnih injekcija doziranih na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Nakon 5 nedelja i 9 nedelja, miševi su podvrgnuti rotarodovom testu.
Rotarodov test
[0296] Ubrzavajuć i rotarodov test je izveden na Rotamex rotarodu. Rotarodovo testiranje je sprovedeno tokom pet dana. Prvog dana, miševi se prilagođavaju rukovanjem miševima od strane tehničara. Drugog dana miševi se uvode u rotarod u 4 -minutnoj paradigmi, uključujuć i 2 minuta pri konstantnoj brzini od 10 RPM, zatim 2 minuta pri brzini u rasponu od 10 do 30 RPM. Testiranje 3-5 dana je bilo identično, gde se miševi postavljaju na rotarod brzinom od 0 RPM, a zatim se rotarod ubrzavao na 40 RPM tokom 6 minuta. Ovo se radi dva puta dnevno i zabeležena je srednja vrednost "kašnjenja na pad" dnevno, u sekundama. Latentnost pada definiše se kao vremenski period pre nego što životinja padne sa rotaroda. Snima se automatski, kada miš više ne prekida infracrvene zrake usmerene iznad rotatora. Vreme do prve pasivne rotacije (kada miševi prestanu da hodaju i drže se i okreć u se pomo ć u štapa) takođe se automatski beleži i u osnovi odražava kašnjenje do pada. Studija se sastojala od tri uzastopna ispitivanja po 5 minuta sa odmorom od 20 minuta između ispitivanja. 3-5 dana miševima je dozvoljeno da se odmore 1,5-2 sata između dva ponovljena testa obavljena svakog od tih dana.
[0297] Rezultati rotarodovog testa su predstavljeni u donjoj tabeli. Kao što je prikazano u donjoj tabeli, tretman sa ASO poboljšava performanse rotaroda za do 20 % u 5. nedelji i oko 27 % u 9. nedelji.
Tabela 12
Primer 9: Efekat inhibicije antisensnog humanog ataksina 2 u modelu miša ATXN2-Q127
[0298] ISIS oligonukleotid je davan u ATXN2-Q127 modelu miša. Performanse nosača su procenjivane pomoć u rotarodovog testa.
[0299] Sedam nedelja stari ATXN2-Q127 miševi podvrgnuti su rotarodovom testu, zatim su podeljeni u dve grupe od po 30 miševa, tako da su prosečne performanse rotaroda, prosečne težine i polni sastav bili jednaki u obe grupe. U dobi od 8 nedelja, jedna grupa miševa je primila normalni fiziološki rastvor intracerebroventrikularnom (ICV) injekcijom, a jedna grupa je primila ISIS 564216 u 210 mg putem ICV injekcije, dozirane na isti način kao što je opisano u prethodnim studijama. Pet nedelja kasnije (starosti 13 nedelja), miševi su ponovo podvrgnuti rotarodovom testu. Šest nedelja nakon injekcije (14 nedelja starosti), miševi su primili drugu ICV injekciju, identičnu injekciji primljenoj u dobi od 8 nedelja. Pet nedelja kasnije (19 nedelja starosti, 11 nedelja nakon prve ICV injekcije), miševi su podvrgnuti treć em rotarodovom testu.
Rotarodov test
[0300] Ubrzavajuć i rotarodov test izveden je na Rotamex rotarodu. Rotarod testiranje je sprovedeno tokom pet dana. Prvog dana, miševi su se prilagodili tehniku tako što ih je tehničar uvodio tri puta, svaki put po 5 minuta. Drugog dana, miševe su uvodili u rotarod tri puta, svaki put po 10 minuta, brzinom od 0 do 10 obrtaja u minuti. Svakog dana 3-5, miševi su postavljeni na rotarod brzinom od 0 RPM, zatim je rotarod ubrzan na 40 RPM tokom 6 minuta, i to je učinjeno za svakog miša tri puta. Tri ukupna ispitivanja dnevno su korišć ena za izračunavanje srednje vrednosti "kašnjenja na pad" dnevno, u sekundama. Latentnost pada definiše se kao vremenski period pre nego što životinja padne sa rotaroda. Snimljeno je automatski, kada miš više nije prekidao infracrvene zrake usmerene iznad rotatora. Vreme do prve pasivne rotacije (kada miševi prestanu da hodaju i drže se i okreć u se pomo ć u štapa) takođe se automatski beleži i u opštem odražava kašnjenje do pada.
[0301] Rezultati rotarodovog testa su predstavljeni kao prosek za svaku tretiranu grupu u donjoj tabeli. Kao što je prikazano u donjoj tabeli, tretman sa ASO poboljšao je performanse rotaroda.
Tabela 13

Claims (14)

Patentni zahtevi
1. Jednolančani modifikovani oligonukleotid koji se sastoji od 12 do 30 vezanih nukleozida i koji ima sekvencu nukleobaze koja sadrži najmanje 12 uzastopnih nukleobaza bilo koje od sekvenci nukleobaze SEK ID BR: 18, 19 ili 98, pri čemu je sekvenca nukleobaze modifikovanog oligonukleotida u najmanjem 90 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2 i pri čemu jednolančani modifikovani oligonukleotid smanjuje ekspresiju Ataksina 2 mRNK i/ili proteina.
2. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema patentnom zahtevu 1, pri čemu je sekvenca nukleobaze modifikovanog oligonukleotida u najmanjem 95 %, ili 100 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2.
3. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu je najmanje jedna internukleozidna veza modifikovana internukleozidna veza; opciono pri čemu:
a) najmanje jedna modifikovana internukleozidna veza je fosforotioatna internukleozidna veza; ili
b) svaka modifikovana internukleozidna veza je fosforotioatna internukleozidna veza.
4. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu:
a) najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska internukleozidna veza; i/ili
b) najmanje jedna internukleozidna veza je fosforotioatna veza i najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska veza.
5. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu; pri čemu je modifikovana nukleobaza 5-metilcitozin.
6. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani šeć er.
7. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema patentnom zahtevu 6, pri čemu je najmanje jedan modifikovani šeć er biciklični šeć er; opciono, pri čemu biciklični še ć er sadrži most 4’-CH (R)-O-2’ pri čemu je R nezavisno H, C1-C12alkil ili zaštitna grupa; dalje opciono, pri čemu:
a) R je metil; ili
b) R je H.
8. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema patentnom zahtevu 6, pri čemu najmanje jedan modifikovani šeć er sadrži 2’-O-metoksietil grupu ili 2’-O-metil grupu.
9. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu modifikovani oligonukleotid sadrži:
segment praznine koji se sastoji od 10 povezanih deoksinukleozida;
segment krila od 5’ koji se sastoji od 5 povezanih nukleozida; i
segment krila od 3’ koji se sastoji od 5 povezanih nukleozida;
pri čemu je segment praznine pozicioniran između segmenta krila 5’ i segmenta krila 3’ i pri čemu svaki nukleozid svakog segmenta krila sadrži modifikovani šeć er.
10. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva, pri čemu se modifikovani oligonukleotid sastoji od 20 povezanih nukleozida.
11. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva koji se sastoji od 20 povezanih nukleozida i ima sekvencu nukleobaze SEK ID BR: 18 koja sadrži najmanje 15 uzastopnih nukleobaza, pri čemu je sekvenca nukleobaze modifikovanog oligonukleotida 100 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2, pri čemu najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani šeć er, pri čemu najmanje jedan modifikovani še ć er sadrži 2'-O-metoksietil grupu, pri čemu najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu koja je 5-metilcitozin, pri čemu je najmanje jedna internukleozidna veza fosforotioatna veza i najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska veza, i pri čemu jednolančani modifikovani oligonukleotid smanjuje ekspresiju Ataksin-2 mRNK i/ili proteina.
12. Jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva koji se sastoji od 20 vezanih nukleozida i ima sekvencu nukleobaze SEK ID BR: 19 koja sadrži najmanje 19 uzastopnih nukleobaza, pri čemu je sekvenca nukleobaze modifikovanog oligonukleotida 100 % komplementarna sa SEK ID BR: 1 ili SEK ID BR: 2, pri čemu najmanje jedan nukleozid modifikovanog oligonukleotida sadrži modifikovani šeć er, pri čemu najmanje jedan modifikovani še ć er sadrži 2'-O-metoksietil grupu, pri čemu najmanje jedan nukleozid sadrži modifikovanu nukleobazu koja je 5-metilcitozin, pri čemu je najmanje jedna internukleozidna veza fosforotioatna veza i najmanje jedna internukleozidna veza je fosfodiesterska veza, i pri čemu jednolančani modifikovani oligonukleotid smanjuje ekspresiju Ataksin-2 mRNK i/ili proteina.
13. Kompozicija koja sadrži jednolančani modifikovani oligonukleotid prema bilo kojem od prethodnih patentnih zahteva i najmanje jedan od farmaceutski prihvatljivih nosača ili razblaživača, pri čemu je opciono farmaceutski prihvatljiv razblaživač fiziološki rastvor puferisan fosfatom (PBS).
14. Kompozicija prema patentnom zahtevu 13, pri čemu je modifikovani oligonukleotid natrijumova so.
Izdaje i štampa: Zavod za intelektualnu svojinu, Beograd, Kneginje Ljubice 5
RS20211237A 2014-03-19 2015-03-19 Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2 RS62526B1 (sr)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461955705P 2014-03-19 2014-03-19
US201461982131P 2014-04-21 2014-04-21
EP15765851.9A EP3119888B1 (en) 2014-03-19 2015-03-19 Compositions for modulating ataxin 2 expression
PCT/US2015/021608 WO2015143246A1 (en) 2014-03-19 2015-03-19 Compositions for modulating ataxin 2 expression

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RS62526B1 true RS62526B1 (sr) 2021-11-30

Family

ID=54145357

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RS20211237A RS62526B1 (sr) 2014-03-19 2015-03-19 Kompozicije za modulaciju ekspresije ataksina 2

Country Status (25)

Country Link
US (3) US10308934B2 (sr)
EP (2) EP3119888B1 (sr)
JP (3) JP6902869B2 (sr)
KR (1) KR102352589B1 (sr)
CN (2) CN116970607A (sr)
AU (2) AU2015231130C1 (sr)
BR (1) BR112016020472B1 (sr)
CA (1) CA2942340A1 (sr)
CL (1) CL2016002346A1 (sr)
CY (1) CY1124526T1 (sr)
DK (1) DK3119888T3 (sr)
ES (1) ES2890677T3 (sr)
HR (1) HRP20211397T1 (sr)
HU (1) HUE055877T2 (sr)
IL (1) IL247600B (sr)
LT (1) LT3119888T (sr)
MX (1) MX389437B (sr)
PL (1) PL3119888T3 (sr)
PT (1) PT3119888T (sr)
RS (1) RS62526B1 (sr)
RU (2) RU2702838C2 (sr)
SG (2) SG10201808063PA (sr)
SI (1) SI3119888T1 (sr)
SM (1) SMT202100562T1 (sr)
WO (1) WO2015143246A1 (sr)

Families Citing this family (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10006027B2 (en) 2014-03-19 2018-06-26 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating Ataxin 2 expression
EP3119888B1 (en) 2014-03-19 2021-07-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating ataxin 2 expression
US10533175B2 (en) 2015-09-25 2020-01-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for modulating Ataxin 3 expression
US9840710B2 (en) 2015-11-18 2017-12-12 Rosalind Franklin University Of Medicine And Science Antisense compounds targeting leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) for the treatment of parkinsons disease
US10370667B2 (en) 2015-11-18 2019-08-06 Rosalind Franklin University Of Medicine And Science Antisense compounds targeting leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) for the treatment of parkinsons disease
WO2017117496A1 (en) 2015-12-31 2017-07-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing ataxin-2 expression
JOP20190104A1 (ar) 2016-11-10 2019-05-07 Ionis Pharmaceuticals Inc مركبات وطرق لتقليل التعبير عن atxn3
EP3701030A4 (en) * 2017-10-23 2022-04-20 Prevail Therapeutics, Inc. GENE THERAPIES FOR NEURODEGENERATIVE DISEASES
WO2019217708A1 (en) 2018-05-09 2019-11-14 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for reducing atxn3 expression
IL316397A (en) 2018-05-22 2024-12-01 Ionis Pharmaceuticals Inc Modulators of APOL1 expression
JP7379387B2 (ja) * 2018-06-05 2023-11-14 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー Ａｔｘｎ２発現を制御するためのオリゴヌクレオチド
CA3106986A1 (en) 2018-07-25 2020-01-30 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for reducing atxn2 expression
MA54383A (fr) 2018-12-06 2021-10-13 Biogen Ma Inc Protéine neurofilamenteuse pour guider une intervention thérapeutique dans la sclérose laterale amyotrophique
TWI906204B (zh) * 2018-12-14 2025-12-01 美商百健Ｍａ公司 用於治療及預防肌肉萎縮性脊髓側索硬化症之組合物及方法
CN109529018B (zh) * 2019-01-10 2021-11-30 南方医科大学南方医院 Atxn2l用于制备逆转胃癌奥沙利铂耐药的药物的用途
JP7499267B2 (ja) * 2019-04-04 2024-06-13 エフ． ホフマン－ラ ロシュ アーゲー Ａｔｘｎ２発現を調節するためのオリゴヌクレオチド
US11286485B2 (en) 2019-04-04 2022-03-29 Hoffmann-La Roche Inc. Oligonucleotides for modulating ATXN2 expression
US20240294906A1 (en) * 2020-07-29 2024-09-05 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Atxn2 irna compositions and methods of use thereof for treating or preventing atxn2-associated neurodegenerative diseases
WO2023250368A2 (en) * 2022-06-24 2023-12-28 Eli Lilly And Company Atxn2 rna interference agents
WO2025067482A1 (zh) * 2023-09-28 2025-04-03 大睿生物 调控atxn2表达的dsrna分子
KR20250178496A (ko) 2024-06-19 2025-12-29 이양원 Pcr 장치

Family Cites Families (220)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
USRE34036E (en) 1984-06-06 1992-08-18 National Research Development Corporation Data transmission using a transparent tone-in band system
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
EP0260032B1 (en) 1986-09-08 1994-01-26 Ajinomoto Co., Inc. Compounds for the cleavage at a specific position of RNA, oligomers employed for the formation of said compounds, and starting materials for the synthesis of said oligomers
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
EP0366685B1 (en) 1987-06-24 1994-10-19 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine Nucleoside derivatives
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
ATE151467T1 (de) 1987-11-30 1997-04-15 Univ Iowa Res Found Durch modifikationen an der 3'-terminalen phosphodiesterbindung stabilisierte dna moleküle, ihre verwendung als nukleinsäuresonden sowie als therapeutische mittel zur hemmung der expression spezifischer zielgene
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
WO1989009221A1 (en) 1988-03-25 1989-10-05 University Of Virginia Alumni Patents Foundation Oligonucleotide n-alkylphosphoramidates
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5256775A (en) 1989-06-05 1993-10-26 Gilead Sciences, Inc. Exonuclease-resistant oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5721218A (en) 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
EP0497875B1 (en) 1989-10-24 2000-03-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2' modified oligonucleotides
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US6005087A (en) 1995-06-06 1999-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5623065A (en) 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5859221A (en) 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US5457191A (en) 1990-01-11 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5587470A (en) 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US7101993B1 (en) 1990-01-11 2006-09-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides containing 2′-O-modified purines
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5220007A (en) 1990-02-15 1993-06-15 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of RNA and production of encoded polypeptides
US5149797A (en) 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
DE69032425T2 (de) 1990-05-11 1998-11-26 Microprobe Corp., Bothell, Wash. Teststreifen zum Eintauchen für Nukleinsäure-Hybridisierungsassays und Verfahren zur kovalenten Immobilisierung von Oligonucleotiden
EP0544824B1 (en) 1990-07-27 1997-06-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant, pyrimidine modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5223618A (en) 1990-08-13 1993-06-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
US5378825A (en) 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
ES2083593T3 (es) 1990-08-03 1996-04-16 Sterling Winthrop Inc Compuestos y metodos para inhibir la expresion de genes.
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
JPH06505704A (ja) 1990-09-20 1994-06-30 ギリアド　サイエンシズ，インコーポレイテッド 改変ヌクレオシド間結合
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5948903A (en) 1991-01-11 1999-09-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of 3-deazapurines
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US7015315B1 (en) 1991-12-24 2006-03-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligonucleotides
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
ES2103918T3 (es) 1991-10-17 1997-10-01 Ciba Geigy Ag Nucleosidos biciclicos, oligonucleotidos, procedimiento para su obtencion y productos intermedios.
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
AU3222793A (en) 1991-11-26 1993-06-28 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5700922A (en) 1991-12-24 1997-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. PNA-DNA-PNA chimeric macromolecules
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5652355A (en) 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
EP0673559A1 (en) 1992-12-14 1995-09-27 Honeywell Inc. Motor system with individually controlled redundant windings
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
GB9304620D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Compounds
AU6449394A (en) 1993-03-30 1994-10-24 Sterling Winthrop Inc. Acyclic nucleoside analogs and oligonucleotide sequences containing them
AU6412794A (en) 1993-03-31 1994-10-24 Sterling Winthrop Inc. Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
PT733059E (pt) 1993-12-09 2001-03-30 Univ Jefferson Compostos e metodos para mutacoes dirigidas ao local em celulas eucarioticas
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5652356A (en) 1995-08-17 1997-07-29 Hybridon, Inc. Inverted chimeric and hybrid oligonucleotides
JP2000501414A (ja) 1995-11-22 2000-02-08 ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティー 生体分子の細胞取り込みを高めるリガンド
US6844431B1 (en) * 1996-05-08 2005-01-18 Cedars-Sinai Medical Center Nucleic acid encoding spinocerebellar ataxia-2 and products related thereto
WO1997042314A1 (en) * 1996-05-08 1997-11-13 Cedars-Sinai Medical Center Nucleic acid encoding spinocerebellar ataxia-2 and products related thereto
US6673535B1 (en) 1996-05-08 2004-01-06 Cedars-Sinai Medical Center Methods of detecting spinocerebellar Ataxia-2 nucleic acids
CA2241173A1 (en) * 1996-10-30 1998-05-07 Srl, Inc. Cdna fragment of causative gene of spinocerebellar ataxia type 2
USRE44779E1 (en) 1997-03-07 2014-02-25 Santaris Pharma A/S Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
US6794499B2 (en) 1997-09-12 2004-09-21 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
DE69829760T3 (de) 1997-09-12 2016-04-14 Exiqon A/S Bi- und tri-zyklische - nukleosid, nukleotid und oligonukleotid-analoga
US7572582B2 (en) 1997-09-12 2009-08-11 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US6300319B1 (en) 1998-06-16 2001-10-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Targeted oligonucleotide conjugates
US6043352A (en) 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
WO2000015265A1 (en) * 1998-09-16 2000-03-23 Vitagenix, Inc. Compositions and methods of use of uptake mechanisms for diagnostic and therapeutic applications of oligonucleotides targeting bacteria
AU776362B2 (en) 1999-05-04 2004-09-09 Roche Innovation Center Copenhagen A/S L-ribo-LNA analogues
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
AU4739600A (en) * 1999-05-17 2000-12-05 Mcgill University Method for subtracting cdnas by suppressing the synthesis of specifically targeted mrnas
US7491805B2 (en) 2001-05-18 2009-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
US6372433B1 (en) * 2000-04-28 2002-04-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of inhibitor of DNA binding-1 expression
US6426220B1 (en) 2000-10-30 2002-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of calreticulin expression
WO2002043771A2 (en) 2000-12-01 2002-06-06 Cell Works Inc. Conjugates of glycosylated/galactosylated peptide
US20030158403A1 (en) 2001-07-03 2003-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
US20030175906A1 (en) 2001-07-03 2003-09-18 Muthiah Manoharan Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
CA2452458A1 (en) 2001-07-03 2003-01-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
WO2003033741A1 (en) * 2001-10-16 2003-04-24 Aclara Biosciences, Inc. Universal e-tag primer and probe compositions and methods
WO2004003201A2 (en) 2002-07-01 2004-01-08 Pharmacia Corporation Antisense modulation of lrh1 expression
US20050042646A1 (en) * 2002-08-05 2005-02-24 Davidson Beverly L. RNA interference suppresion of neurodegenerative diseases and methods of use thereof
AU2003295387A1 (en) 2002-11-05 2004-06-03 Isis Parmaceuticals, Inc. Modified oligonucleotides for use in rna interference
EP1562971B1 (en) 2002-11-05 2014-02-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
US8090542B2 (en) 2002-11-14 2012-01-03 Dharmacon Inc. Functional and hyperfunctional siRNA
US7250289B2 (en) * 2002-11-20 2007-07-31 Affymetrix, Inc. Methods of genetic analysis of mouse
US7829694B2 (en) 2002-11-26 2010-11-09 Medtronic, Inc. Treatment of neurodegenerative disease through intracranial delivery of siRNA
US7605249B2 (en) 2002-11-26 2009-10-20 Medtronic, Inc. Treatment of neurodegenerative disease through intracranial delivery of siRNA
WO2004070062A2 (en) 2003-02-04 2004-08-19 Wyeth Compositions and methods for diagnosing and treating cancers
US7723509B2 (en) 2003-04-17 2010-05-25 Alnylam Pharmaceuticals IRNA agents with biocleavable tethers
US7339051B2 (en) * 2003-04-28 2008-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for the treatment of severe acute respiratory syndrome (SARS)
WO2004106356A1 (en) 2003-05-27 2004-12-09 Syddansk Universitet Functionalized nucleotide derivatives
US7888497B2 (en) 2003-08-13 2011-02-15 Rosetta Genomics Ltd. Bioinformatically detectable group of novel regulatory oligonucleotides and uses thereof
DK1661905T3 (da) 2003-08-28 2012-07-23 Takeshi Imanishi Hidtil ukendte syntetiske nukleinsyrer af N-O-krydsbindingstype
AU2004274021B2 (en) 2003-09-18 2009-08-13 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-thionucleosides and oligomeric compounds
US20050244851A1 (en) 2004-01-13 2005-11-03 Affymetrix, Inc. Methods of analysis of alternative splicing in human
EP1568383A3 (en) 2004-02-27 2005-11-16 Antisense Pharma GmbH Use of an oligonucleotide or its active derivative for the preparation of a pharmaceutical composition for inhibiting the formation of metastases in cancer treatment
US20050209178A1 (en) * 2004-03-16 2005-09-22 Stefan Pulst Methods and compositions for the treatment of obesity
US7374927B2 (en) * 2004-05-03 2008-05-20 Affymetrix, Inc. Methods of analysis of degraded nucleic acid samples
AU2005248147A1 (en) * 2004-05-11 2005-12-08 Alphagen Co., Ltd. Polynucleotides for causing RNA interference and method for inhibiting gene expression using the same
KR101235723B1 (ko) 2004-07-08 2013-02-21 아임스코 리미티드 약제
GB0415359D0 (en) * 2004-07-08 2004-08-11 Aimsco Ltd Medicament
US20060148740A1 (en) 2005-01-05 2006-07-06 Prosensa B.V. Mannose-6-phosphate receptor mediated gene transfer into muscle cells
US20060270727A1 (en) * 2005-05-03 2006-11-30 Christian Melander Small molecule therapeutics and uses therefor
US20100266574A1 (en) * 2005-06-10 2010-10-21 Orna Mor Oligoribonucleotides and Methods of Use Thereof for Treatment of Fibrotic Conditions and Other Diseases
US7569686B1 (en) 2006-01-27 2009-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for synthesis of bicyclic nucleic acid analogs
CA2640171C (en) 2006-01-27 2014-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
US20110177960A1 (en) * 2006-03-10 2011-07-21 Ellen Murphy Microarray for monitoring gene expression in multiple strains of Streptococcus pneumoniae
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
JP5441688B2 (ja) 2006-05-11 2014-03-12 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド ５’修飾二環式核酸類似体
JP6047270B2 (ja) 2006-08-11 2016-12-21 バイオマリン テクノロジーズ ベー．フェー． Ｄｎａリピートの不安定性に関連した遺伝的障害を治療するための方法及び手段
DK2092065T4 (da) 2006-10-18 2019-10-21 Ionis Pharmaceuticals Inc Antisense-forbindelser
WO2008101157A1 (en) 2007-02-15 2008-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted-2'-f modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2008109379A1 (en) 2007-03-02 2008-09-12 Mdrna, Inc. Nucleic acid compounds for inhibiting il17a gene expression and uses thereof
WO2008109369A2 (en) 2007-03-02 2008-09-12 Mdrna, Inc. Nucleic acid compounds for inhibiting tnf gene expression and uses thereof
EP2170917B1 (en) 2007-05-30 2012-06-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
ES2386492T3 (es) 2007-06-08 2012-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
US20100273854A1 (en) 2007-06-15 2010-10-28 Hagar Kalinski Compositions and methods for inhibiting nadph oxidase expression
CN101796062B (zh) 2007-07-05 2014-07-30 Isis制药公司 6-双取代双环核酸类似物
JP5572090B2 (ja) 2007-08-15 2014-08-13 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド テトラヒドロピラン核酸類似体
MX2010003606A (es) * 2007-10-01 2010-07-02 Isis Pharmaceuticals Inc Modulacion antisentido de la expresion del receptor del factor de crecimiento fibroblastico 4.
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
CA2910760C (en) 2007-12-04 2019-07-09 Muthiah Manoharan Targeting lipids
EP2265627A2 (en) 2008-02-07 2010-12-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8431692B2 (en) * 2008-06-06 2013-04-30 Quark Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for treatment of ear disorders
JP2011529686A (ja) * 2008-07-29 2011-12-15 ザ ボード オブ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティー オブ テキサス システム ポリグルタミンタンパク質発現の選択的阻害
DK2356129T3 (da) 2008-09-24 2013-05-13 Isis Pharmaceuticals Inc Substituerede alpha-L-bicykliske nukleosider
KR20120050429A (ko) * 2009-06-15 2012-05-18 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 Ｐｃｓｋ9 유전자를 표적으로 하는 지질 제형된 ｄｓｒｎａ
KR20120048613A (ko) * 2009-07-09 2012-05-15 아브락시스 바이오사이언스, 엘엘씨 Ｓｐａｒｃ 안티센스 조성물과 이들의 용도
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
US20110142789A1 (en) 2009-12-10 2011-06-16 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and Methods for the Diagnosis and Treatment of Amyotrophic Lateral Sclerosis
CA2784783C (en) * 2009-12-18 2021-07-20 Novartis Ag Organic compositions to treat hsf1-related diseases
US9574191B2 (en) 2010-02-03 2017-02-21 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Selective inhibition of polyglutamine protein expression
WO2011097641A1 (en) 2010-02-08 2011-08-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions useful in treatment of diseases or conditions related to repeat expansion
US10913767B2 (en) 2010-04-22 2021-02-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
US20130225659A1 (en) 2010-07-19 2013-08-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of nuclear-retained rna
AU2011302152B2 (en) 2010-09-15 2015-06-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified iRNA agents
WO2012079578A1 (en) * 2010-12-15 2012-06-21 Syddansk Universitet Selective killing of cancer cells
EP3467109A1 (en) 2011-02-08 2019-04-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
EP2702170B1 (en) 2011-04-28 2015-12-16 Life Technologies Corporation Methods and compositions for multiplex pcr
WO2012177639A2 (en) * 2011-06-22 2012-12-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Bioprocessing and bioproduction using avian cell lines
US10023861B2 (en) 2011-08-29 2018-07-17 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomer-conjugate complexes and their use
WO2013081864A1 (en) * 2011-11-29 2013-06-06 Life Technologies Corporation Methods and compositions for multiplex pcr
EP2785729B1 (en) 2011-11-30 2020-11-04 Sarepta Therapeutics, Inc. Oligonucleotides for treating expanded repeat diseases
WO2013159108A2 (en) 2012-04-20 2013-10-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
CA2870697C (en) 2012-04-23 2021-11-23 Prosensa Technologies B.V. Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of neuromuscular disorders
BR112014028634A2 (pt) 2012-05-16 2017-06-27 Rana Therapeutics Inc composições e métodos para modulação da expressão de utrn
US20150141320A1 (en) 2012-05-16 2015-05-21 Rana Therapeutics, Inc. Compositions and methods for modulating gene expression
EP2906699A4 (en) 2012-10-11 2016-06-08 Ionis Pharmaceuticals Inc OLIGOMER COMPOUNDS WITH BICYCLIC NUCLEOSIDES AND USES THEREOF
US10443052B2 (en) 2012-10-15 2019-10-15 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating C9ORF72 expression
JP6452614B2 (ja) 2012-11-15 2019-01-16 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス オリゴヌクレオチドコンジュゲート
PE20152002A1 (es) 2013-05-01 2016-01-21 Isis Pharmaceuticals Inc Composiciones y metodos para modular la expresion de ttr y vhb
WO2015002971A2 (en) * 2013-07-02 2015-01-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulators of growth hormone receptor
JP2015092853A (ja) 2013-11-12 2015-05-18 国立大学法人名古屋大学 Ａｌｓ疾患関連遺伝子配列解析用の補足ｐｃｒプライマーセット、ａｌｓ疾患関連遺伝子配列の解析方法、及びａｌｓ疾患の検査方法
US10006027B2 (en) 2014-03-19 2018-06-26 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for modulating Ataxin 2 expression
EP3119888B1 (en) 2014-03-19 2021-07-28 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compositions for modulating ataxin 2 expression
WO2017117496A1 (en) 2015-12-31 2017-07-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Methods for reducing ataxin-2 expression
CA3106986A1 (en) 2018-07-25 2020-01-30 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for reducing atxn2 expression

Also Published As

Publication number Publication date
EP3978610A2 (en) 2022-04-06
PT3119888T (pt) 2021-10-25
CN116970607A (zh) 2023-10-31
CA2942340A1 (en) 2015-09-24
JP2023027236A (ja) 2023-03-01
RU2016140897A3 (sr) 2018-08-20
HK1232251A1 (en) 2018-01-05
US20240309374A1 (en) 2024-09-19
IL247600B (en) 2022-06-01
SMT202100562T1 (it) 2021-11-12
IL247600A0 (en) 2016-11-30
US11834660B2 (en) 2023-12-05
MX389437B (es) 2025-03-20
JP2021104035A (ja) 2021-07-26
CN106103717A (zh) 2016-11-09
BR112016020472A2 (pt) 2017-10-10
LT3119888T (lt) 2021-10-11
DK3119888T3 (da) 2021-09-06
SG10201808063PA (en) 2018-10-30
AU2021221934A1 (en) 2021-09-23
RU2019130898A (ru) 2019-11-11
WO2015143246A1 (en) 2015-09-24
US20170175114A1 (en) 2017-06-22
JP7194222B2 (ja) 2022-12-21
EP3119888A4 (en) 2018-02-28
CY1124526T1 (el) 2022-07-22
AU2015231130A1 (en) 2016-09-22
AU2015231130C1 (en) 2021-12-23
MX2016012123A (es) 2017-01-19
RU2702838C2 (ru) 2019-10-11
US11111494B2 (en) 2021-09-07
US20220195430A1 (en) 2022-06-23
SG11201607761UA (en) 2016-10-28
US20200087661A1 (en) 2020-03-19
KR20160134710A (ko) 2016-11-23
ES2890677T3 (es) 2022-01-21
SI3119888T1 (sl) 2021-11-30
NZ723832A (en) 2024-07-26
JP6902869B2 (ja) 2021-07-14
BR112016020472B1 (pt) 2023-03-07
HUE055877T2 (hu) 2021-12-28
AU2015231130B2 (en) 2021-06-10
EP3978610A3 (en) 2022-08-24
PL3119888T3 (pl) 2021-12-20
RU2016140897A (ru) 2018-04-19
CL2016002346A1 (es) 2017-06-09
AU2021221934B2 (en) 2024-07-18
EP3119888A1 (en) 2017-01-25
US10308934B2 (en) 2019-06-04
HRP20211397T1 (hr) 2021-12-10
EP3119888B1 (en) 2021-07-28
KR102352589B1 (ko) 2022-01-18
JP2017510271A (ja) 2017-04-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7194222B2 (ja) アタキシン２の発現を調節するための組成物
US10533178B2 (en) Methods for modulating Ataxin 2 expression
CA2918600C (en) Compositions for modulating tau expression
RS60707B1 (sr) Kompozicije za modulaciju ekspresije sod-1
CA2888486A1 (en) Compositions for modulating c9orf72 expression
RS60230B1 (sr) Kompozicije za moduliranje ekspresije c9orf72
US12584128B2 (en) Compositions for modulating Ataxin 2 expression
HK40088775A (en) Compositions for modulating sod-1 expression
HK40063379A (en) Compositions for modulating tau expression
HK40039446A (en) Compositions for modulating c9orf72 expression
HK1232251B (en) Compositions for modulating ataxin 2 expression
HK1250255B (en) Compositions for modulating c9orf72 expression
HK1223626B (en) Compositions for modulating tau expression