PT2220256E - Método in vitro para o diagnóstico de cancro da pele - Google Patents

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Description

ΡΕ2220256 1 DESCRIÇÃO "MÉTODO IN VITRO PARA O DIAGNÓSTICO DE CANCRO DA PELE" O presente invento diz respeito ao diagnóstico de cancro da pele e, mais especificamente, a um processo de diagnóstico in vitro de cancro cutâneo num indivíduo suspeito de ter ou estar predisposto para o cancro cutâneo. 0 conhecimento da predisposição genética para o melanoma evoluiu consideravelmente nos últimos quinze anos. Dois genes importantes de predisposição para o melanoma foram assim identificados, os quais correspondem a CDKN2A e CDK4. Estes dois genes estão essencialmente implicados na predisposição familiar e em muitos casos esporádicos de melanomas (HUSSUSSIAN et al., Nat. Genet., vol.8, p:15-21, 1994; KAMB et al., Nat. Genet., vol.8, p:23-6, 1994; ZUO et al., Nat. Genet.,vol.12, p:97-9, 1996.).
Estudos recentes identificaram loci importantes implicados na susceptibilidade nos cromossomas lp22 (GILLANDERS et al., Am. J. Hum. Genet., vol. 73, p:301-13, 2003) et 9q21 (JONSSON et al., J. Natl. Câncer Inst., vol.97, p:1377-82, 2005).
Assim, existe hoje evidência de um envolvimento de múltiplos factores genéticos na predisposição para 2 ΡΕ2220256 melanoma e a identificação de outras variantes genéticas associadas a uma menor contribuição para o risco de melanoma está em curso. Entre estas novas variantes, pode-se citar as variantes do tipo RHC do gene MC1R, para o qual foi demonstrado constituir um gene do melanoma de fraca penetração PALMER et al., Am. J. Hum Genet., vol.66, p:176-86, 2000 ; KENNEDY et al., J. Invest. Dermatol., vol.117, p:294-300, 2001 ; MATICHARD et al., J. Med. Genet., vol.41, p:el3, 2004; STRATIGOS et al., J. Invest. Dermatol., 2006 ; LANDI et al., J Natl. Câncer Inst., vol.97, p:998-1007, 2005 ; DEBNIAK et al., Int. J. Câncer, vol. 119, p:2597-602, 2006 ; HEALY, Photodermatol. Photoimmunol. Photomed., vol.20, p:283-8, 2004) e que se trata de um elemento modificador do risco de melanoma em indivíduos portadores das mutações CDKN2A (BOX et al., Am . J. Hum. Genet., vol. 69, p: 4, 2001; VAN DER ' VELDEN et al., Am. J. Hum. Genet., vol.69, p:4 , 2001; CHAUDRU et al., Câncer Epidemiol. Biomarkers Prev., vol.14, p: 2384 O <T 1 2005.).
Cinco variantes alélicas de MC1R (D84E, R142H, R151C, R160W e D294H) foram assim identificadas como estando fortemente associadas a uma fenótipo caracterizado por cabelos ruivos, uma pele clara, sardas e sensibilidade ao sol e são agora conhecidos sob o termo variantes RHC.
Assim, existe ainda a necessidade importante de identificar outros genes implicados na susceptibilidade ao cancro da pele com o objectivo de identificar claramente e completamente os indivíduos que apresentam maior predisposição para o melanoma para seguir prioritariamente estes indivíduos. 3 ΡΕ2220256 0 presente invento baseia-se na descoberta de uma associação forte entre certos alelos do gene MATP/SLC45A2 e o melanoma e, mais especificamente, entre o alelo SLC45A2 374F e um risco acrescido de melanoma, enquanto o alelo SLC45A2 374L apresenta um efeito protector face ao melanoma. Por outro lado, foi anteriormente demonstrado que o alelo SLC45A2 374F está associado a uma diminuição da quantidade de melanina fotoprotectora (eumelanina) na epiderme (NORTON et al., Mol Biol Evol., 24:710-22; 2007), o que sugere uma diminuição da expressão ou uma perda de função da proteína MATP/SLC45A2. A partir destes resultados obtidos pelos inventores, foi igualmente possível concluir que a presença do alelo 374F do gene MATP/SLC45A2 está igualmente associada a um risco acrescido de melanoma e que a presença do alelo SLC45A2 374L está associada a um efeito protector contra o melanoma.
Por "gene MATP/SLC45A2" entende-se aqui o gene codificador da proteína transportadora associada às membranas (MATP) originalmente designada AIM1 e recentemente rebaptizada "membro 2 da família de transportadores de solutos" (ou SLC45A2). O gene MATP/SLC45A2 está situado no cromossoma 5p (Gene ID 51151) e presente na sequência tal como descrita no número de acesso NT_006576.15 (SEQ ID NO:l). A proteína MATP/SLC45A2 (sequência de mRNA: número de acesso NM_001012509) apresenta a sequência proteica SEQ ID NO:3 (número de acesso: NP 001012527). 4 ΡΕ2220256 A proteína MATP/SLC45A2 é aqui designada indiferentemente pelos termos "MATP", "SLC45A2" ou "MATP/SLC45A2".
Devido à sua expressão excessiva estabelecida nalgumas linhas celulares de melanoma relativamente à sua expressão em melanócitos normais (ausência de expressão em tecidos normais), o gene MATP1SLC45A2 é conhecido como um antigénio de melanoma (Harada M et al, Câncer Research, 1089-1094; 2001) . O presente invento baseia-se no facto de o alelo SLC45A2 374F estar associado a um risco acrescido de melanoma, enquanto o alelo SLC45A2 374L apresenta um efeito protector relativamente ao melanoma. O polimorfismo SLC45A2 L374F era já conhecido quando do estabelecimento do invento. Este polimorfismo foi com efeito descrito em trabalhos anteriores como um dos numerosos polimorfismos identificados nos indivíduos que sofrem de albinismo ocular cutâneo. Nesses doentes, esta variante parece mais comum e 8,5% dos indivíduos testados apresenta esta variante de forma heterozigótica (Rundshagen U. et al, Human mutation; 23:106-110; 2004). O paralelismo entre o polimorfismo e a perda de pigmentação ligada ao albinismo não foi no entanto sugerido. Por outro lado, Newton et al (Am, J. Hum. Genetic; 69:981-988; 2001) identificaram este polimorfismo em 67 indivíduos, incluindo indivíduos com pigmentação normal e desta forma 5 ΡΕ2220256 homozigóticos. Segundo esta última publicação, a mutação L347F da proteína SLC45A2 é "neutra" face a mecanismos de hipopigmentação responsáveis pelo albinismo.
Por outro lado, outros estudos puseram em evidência a associação entre o alelo L374F de MATP/SLC45A2 e a pigmentação humana normal em determinadas populações, principalmente entre os afro-americanos (Norton HL et al., Mol. Biol. Evol, 24(3):710-722, 2007 ; Graf et al., Hum. Mutat., vol.25, p:278-84, 2005). Porém, esta associação não sugeria o presente invento, uma vez que várias centenas de genes influenciam a pigmentação sem que estejam associados a uma predisposição para melanoma (ver, por exemplo, Sulem P, Nature Genetics; volume 39, número 12, 2007).
Assim, os presentes inventores conseguiram mostrar que, ainda que esteja associado à pigmentação, a variante de MATP/SLC45A2 374 aqui identificada prevê o risco de melanoma de forma independente das características pigmentares. Mais particularmente, os presentes inventores mostraram que o efeito de SLC45A2 L374F na predisposição para melanoma persiste mesmo após a estratificação das características de pigmentação ou num modelo de regressão logística integrando os 2 factores de risco genético (MATP L374F, variantes MC1R) e os factores de risco clínicos (cor dos olhos, dos cabelos, fotótipo e número de nevos) . Isto sugere que face ao risco de melanoma, a informação ligada ao genótipo SLC45A2 L374F não é redundante com as características de pigmentação e que esta variante é 6 ΡΕ2220256 portanto um factor de risco de melanoma forte e independente (ver também o artigo dos inventores Guedj M et ai, Human Mutation 29(9), 1154-1160, 2008).
Assim, um primeiro objectivo do invento diz respeito a um processo in vitro destinado a identificar um indivíduo com cancro da pele ou com predisposição para cancro da pele, caracterizado por compreender um passo de análise de uma amostra biológica proveniente do referido indivíduo através de: a) detecção de um polimorfismo do gene MATP/SLC45A2 (SEQ ID NO : 1), associado a um único nucleótido (SNP) escolhido do grupo compreendendo o SNP rs 1689182 (o nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO: 2, o nucleótido G estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de uma fenilalanina na posição 374 da proteína MATP/SLC45A2 (SEQ ID NO:3) e o SNP rs26722 (nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO:4, o nucleótido C estando associado a um cancro cutâneo) conduzindo à presença de um resíduo glutamato na posição 272 da proteína MATP/SLC45A2 (SEQ ID NO:3).
Como aqui usado, o termo "indivíduo" refere-se a um mamífero, de preferência um ser humano.
Como aqui usado, o termo "amostra biológica" refere-se a uma amostra sólida ou líquida proveniente de um indivíduo. Como exemplo de amostras sólidas, pode-se citar 7 ΡΕ2220256 uma amostra da pele e como exemplo de amostras liquidas pode-se citar uma amostra de sangue.
De preferência, a referida amostra biológica é uma amostra de sangue quando se efectua um passo de detecção de um polimorfismo do gene MATP/SLC45A2.
Mais de preferência, a referida amostra biológica é uma amostra de pele quando se efectua um passo de análise da expressão do gene MATP/SLC45A2.
Como aqui usado, o termo "cancro da pele" refere-se a um cancro implicando um tipo celular da epiderme ou da derme, de preferência o referido cancro da pele é um melanoma.
Mais de preferência, o referido polimorfismo do gene MATP/SLC45A2 está associado a um nível de expressão significativamente mais fraco do gene MATP/SLC45A2.
De preferência, o referido SNP corresponde ao SNP rs 16891982 (o nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO: 2, o nucleótido G estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de uma fenilalanina na posição 374 da proteína MATP/SLC45A2 (SEQ ID NO:3)
Os familiarizados com a área com os conhecimentos que possuem e na presença desta descrição poderão identificar outros polimorfismos do gene MATP/SLC45A2 associados a uma predisposição para cancro da pele. ΡΕ2220256
Numa realização preferida do invento, o processo do invento permite identificar um indivíduo com cancro da pele ou com predisposição para tal analisando, para além dos polimorfismos do gene MATP/SLC45A2 e/ou a sua expressão, um polimorfismo de um outro gene de susceptibilidade ao melanoma.
Este outro gene de susceptibilidade é, por exemplo, o gene MC1R (gene codificador do receptor da melanocortina 1). Os presentes inventores puderam mostrar, com efeito, que quatro polimorfismos do gene do receptor da melanocortina 1 ou MC1R (NP_002377.4, SEQ ID NO 5), estão associados a um risco acrescido de melanoma. A proteína MC1R é codificada pelo gene humano MC1R (Gene ID 4157), o qual é transcrito num mRNA com a sequência NM_002386.3 (SEQ ID NO:10). Cinco variantes alélicas de MC1R (D84E, R142H, R151C, R160W e D294H) foram identificadas como estando fortemente associadas a um fenótipo caracterizado por cabelos ruivos, uma pele clara, sardas e sensibilidade ao sol. Estas variantes alélicas são agora conhecidas pelo termo "variantes RHC" (FLANAGAN et al., Hum Mol Genet, vol.9, p:2531-7, 2000; DUFFY et al., Hum. Mol. Genet.,vol.13, p:447-61, 2004; REES, Am. J. Hum. Genet., vol.75, p:739-51, 2004; Sulem P, Nature Genetics; volume 39, número 12, 2007) .
Estas variantes foram já associadas ao risco de 9 ΡΕ2220256 melanoma em múltiplas populações (STURM et al., Pigment Cell Res., vol. 16, p:266-72, 2003; REES, Annu. Rev.
Genet., vol.37, p:67-90, 2003), e foram todas identificadas como geradoras de uma perda de função em estudos funcionais (BEAUMONT et al., Hum. Mol. Genet., vol.14, p:2145-54, 2005; BEAUMONT et al., Hum. Mol. Genet., 2007). Os inventores ainda demonstraram aqui que determinados SNPs de MC1R estão associados a um risco acrescido de melanoma e, de forma independente, aos polimorfismos de MATP/SLC45A2 anteriormente identificados.
Nesta realização, o processo do invento é um processo in vitro destinado a identificar um indivíduo tendo ou apresentando predisposição para cancro da pele, caracterizado por compreender ainda c) a detecção de um polimorfismo do gene MC1R (SEQ ID NO 10).
Num modo de realização ainda mais preferido, a detecção do polimorfismo do gene MC1R associado a uma predisposição para cancro da pele corresponde a vários SNPs escolhidos, de preferência, do grupo compreendendo o SNP rsl805006 (nucleótido N na posição 26 de SEQ ID NO: 6 (ss2425919), o nucleótido A estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de um glutamato na posição 84 da proteína MC1R (SEQ ID NO:5), o SNP rsl805007 (nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO:7, o nucleótido T estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de uma cisteína na posição 151 da proteína MC1R (SEQ ID NO:5), o SNP rs!805008 (nucleótido N na posição 301 10 ΡΕ2220256 de SEQ ID NO: 8, o nucleótido T estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de um triptofano na posição 160 da proteína MC1R (SEQ ID NO:5), o SNP rsl805009 (nucleótido N na posição 26 de SEQ ID NO:9, o nucleótido C estando associado a um cancro cutâneo) e conduzindo à presença de uma histidina na posição 294 da proteína MC1R (SEQ ID NO:5).
As técnicas para identificar um polimorfismo do gene MATP/SLC45A2 ou de MC1R são conhecidas dos familiarizados com a área e incluem principalmente o polimorfismo do comprimento de fragmentos de restrição (RFLP), técnicas de hibridação, técnicas de sequenciação do DNA, resistência às exonucleases, micro-sequenciação, a extensão em fase sólida utilizando ddNTPs, a extensão em solução usando os ddNTPs, métodos de ligação de oligonucleótidos, métodos para detectar os SNPs tais como hibridação dinâmica específica de alelo, reacção em cadeia da ligase (LCR), mini-sequenciação, utilização de sondas de DNA ou ainda hibridação de oligonucleótidos específicos de alelo para além de uma sonda que apresenta marcação simples ou dupla e com a ajuda de reacções de PCR.
De preferência, a referida técnica para identificar um polimorfismo do gene MATP/SLC45A2 ou de MC1R é uma técnica que permite detectar um polimorfismo associado a um único nucleótido (SNP). A análise da expressão do gene MATP/SLC45A2 pode 11 ΡΕ2220256 ser realizada graças a uma série de métodos conhecidos dos familiarizados com a área e que permitem a detecção do produto de expressão do referido gene, como seja o seu RNA ou o seu produto proteico.
No modo de realização preferido, a expressão do gene MATP/SLC45A2 é efectuada através da análise da expressão de transcritos de mRNA ou de precursores de mRNA, como seja um RNA nativo, do referido gene. A referida análise pode ser realizada preparando o mRNA/cDNA das células de uma amostra biológica de um doente, seguido da hibridação do mRNA/cDNA com um polinucleótido de referência. 0 mRNA/cDNA preparado pode ser utilizado numa análise por hibridação ou amplificação que inclui, sem que lhes esteja limitado, análises Southern e Northern, análises por PCR ("reacção em cadeia da polimerase"), assim como PCR quantitativo (TAQMAN) e utilização de sondas ("arranjos de sondas") tais como as matrizes de DNA GENECHIP®(AFFYMETRIX).
Vantajosamente, a análise da expressão do nível de mRNA transcrito a partir do gene MATP/SLC45A2 implica um processo de amplificação de ácidos nucleicos, como por exemplo o RT-PCR (modo de realização experimental descrito na Patente US 4,683,202), a reacção em cadeia da ligase BARANY, Proc. Natl. Acad. Sei. USA, vol.88, p: 189-193, 1991), a replicação auto-sustentada de sequências "self sustained sequence replication") (GUATELLI et ai., Proc. Natl. Acad. Sei. USA, vol.87, p:1874-1878, 1990), o Sistema 12 ΡΕ2220256 de amplificação por transcrição. (KWOH et al., Proc. Natl. Acad. Sei. USA, vol.86, p: 1173-1177, 1989), a "Q-Beta
Replicase" (LIZARDI et al., Biol. Technology, vol.6, p: 1197, 1988), a replicação em circulo rolante (Patente US
No. 5,854,033) ou qualquer outro método de amplificação de ácidos nucleicos, seguido de um passo de detecção das moléculas amplificadas por técnicas conhecidos dos familiarizados com a área. Estes modos de detecção são particularmente úteis para a detecção de moléculas de ácidos nucleicos em pequenas quantidades Como aqui utilizadas, as sequências iniciadoras das amplificações são definidas como sendo um par de moléculas de ácido nucleico que pode emparelhar, respectivamente, nas regiões 3' e 5' de um gene de forma específica (cadeia positiva e negativa, ou complementar) e delimitando uma região pequena do referido gene. De um modo geral, as sequências iniciadoras de amplificação possuem um comprimento de 10 a 30 nucleótidos e permitem a amplificação de uma região com um comprimento entre 50 e 200 nucleótidos.
Numa outra realização preferida, a medição da expressão do gene MATP/SLC45A2 é realizada pela análise da expressão da proteína traduzida a partir do referido gene. A referida análise pode ser realizada usando um anticorpo (por exemplo, um anticorpo marcado radioactivamente, marcado com um cromóforo, um fluoróforo ou uma enzima), um derivado de anticorpo (por exemplo um anticorpo conjugado com um substrato ou uma proteína ou um ligando de uma proteína de um par de ligando/proteína (por exemplo 13 ΡΕ2220256 biotina-estreptavidina) ou um fragmento de anticorpo (por exemplo um anticorpo de cadeia simples, um domínio hipervariável de um anticorpo isolado, etc.) que se liga especificamente a uma proteína traduzida a partir do gene MATP/SLC45A2.
As referidas análises podem ser realizadas através de numerosas técnicas conhecidas dos familiarizados com a área, incluindo mas não lhes estando limitado, testes imunológicos baseados na utilização de actividades enzi-máticas ("imuno-ensaio enzimático", EIA), testes imunológicos baseados na utilização de isótopos radioactivos (RIA), análise de transferências Western e testes de ELISA ("ensaio imunossorvente ligado a enzimas"). A título de exemplo de anticorpos dirigidos contra a proteína MATP/SLC45A2, pode-se citar os anticorpos disponíveis na ABNOVA CORPORATION ou na SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY.
Para tal, anticorpos policlonais podem também ser preparados por imunização de um animal adequado, como seja um murganho, um coelho ou uma cabra, com a proteína MATP/SLC45A2 (Homo sapiens; SEQ ID NO:3) ou um fragmento da mesma. A concentração de anticorpos no animal imunizado pode ser seguida ao longo do tempo através de técnicas convencionais, como seja um teste de ELISA, usando um polipéptido imobilizado. Algum tempo após imunização, por exemplo, quando os títulos de anticorpos específicos são 14 ΡΕ2220256 mais elevados, as células produtoras de anticorpos podem ser colhidas do animal e utilizadas para preparar anticorpos monoclonais (mAc) através de técnicas convencionais, como seja a técnica de hibridomas inicialmente descrita por KOHLER e MILSTEIN (Nature, vol.256, p:495-497, 1975), a técnica de hibridomas das células B humanas (KOZBOR et al., Immunol., vol.4, p: 72, 1983), a técnica de hibrodomas usando EBV (COLE et al., In Monoclonal Antibodies and Câncer Therapy, Alan R. Liss,Inc., p: 77-96, 1985) ou a técnica de triomas. A técnica para a produção de hibridomas é conhecida (ver: Current Protocols in Immunology, COLIGAN et al. ed. , John Wiley & Sons, New York, 1994). Os hibridomas produtores dos anticorpos monoclonais pretendidos são detectados através de rastreio dos sobrenadantes de cultura dos hibridomas relativamente aos anticorpos que se ligam ao polipéptido de interesse, por exemplo, usando um teste de ELISA convencional. O processo de acordo com o presente invento pode, por outro lado compreender um passo de comparação do nivel de expressão do gene MATP/SLC45A2 na amostra biológica do referido indivíduo com o nivel de expressão do referido gene numa amostra controlo.
Como amostra controlo, pode-se utilizar uma amostra biológica proveniente de um indivíduo saudável, ou seja que não apresenta cancro da pele nem tem predisposição para cancro da pele. ΡΕ2220256
Um nível de expressão significativamente mais baixo que o nível de expressão do mesmo gene na amostra controlo indica que o doente atingiu ou tem predisposição para ser atingido por cancro da pele.
Um "nível de expressão significativamente mais fraco do gene MATP/SLC45A2" refere-se a um nível de expressão numa amostra biológica que é inferior a pelo menos 20% do nível normal de expressão do referido gene, de preferência inferior a pelo menos 50% do nível de expressão normal do referido gene e, de uma maneira particularmente preferida, inferior a pelo menos 90% do nível normal de expressão do referido gene. O nível "normal" de expressão do gene é o nível de expressão do referido gene numa amostra controlo, correspondendo potencialmente à amostra biológica de um doente sem apresentar cancro da pele ou, de preferência, à média do nível de expressão do referido gene em diferentes amostras controlo.
Um outro objectivo do presente invento diz respeito à utilização, para a preparação de uma composição destinada ao tratamento e/ou à prevenção de um cancro da pele num indivíduo, de um composto que aumenta especificamente a expressão do gene MATP/SLC45A2 numa célula da pele. 16 ΡΕ2220256
Por célula da pele, entende-se uma célula da derme ou da epiderme. De preferência, a referida célula da pele é um melanócito.
De preferência, o referido composto que aumenta de forma especifica a expressão do gene MATP/SLC45A2 é escolhido do grupo compreendendo a proteína MATP/SLC45A2 e seus derivados, um polinucleótido codificador de tal proteína ou um vector compreendendo um tal polinucleótido.
Por proteína MATP/SLC45A2 entende-se de preferência MATP/SLC45A2 de Homo Sapiens (NP_001012527; SEQ ID N03) .
Por "derivado", entende-se uma proteína cuja sequência apresenta uma percentagem de identidade de pelo menos 80%, por exemplo pelo menos 85%, de preferência pelo menos 90% e, de forma particularmente preferida, pelo menos 95% com a sequência polipeptídica da proteína MATP/SLC45A2.
Por percentagem de identidade entre duas sequências polipeptídicas, entende-se a percentagem de aminoácidos idênticos, entre duas sequências quando comparadas, obtida com o melhor alinhamento possível das referidas sequências. Esta percentagem é puramente estatística e as diferenças entre as duas sequências são repartidas aleatoriamente ao longo de todo o comprimento da sequência de aminoácidos. Por melhor alinhamento possível ou alinhamento óptimo, entende-se o alinhamento que permite 17 ΡΕ2220256 obter a percentagem de identidade mais elevada. As comparações de sequências entre duas sequências de aminoácidos são habitualmente realizadas comparando as referidas sequências após estas serem alinhadas segundo o melhor alinhamento possível; a comparação é então realizada com segmentos de comparação de forma a identificar e comparar regiões de similaridade. 0 melhor alinhamento possível para efectuar uma comparação pode ser realizado usando o algoritmo de homologia global desenvolvido por SMITH e WATERMAN (Ad. App. Math., vol.2, p:482, 1981), usando o algoritmo de homologia local desenvolvido por NEDDLEMAN e WUNSCH (J. Mol. Biol., vol.48, p:443, 1970), usando o método de similaridade desenvolvido por PEARSON e LIPMAN (Proc. Natl. Acd. Sei. USA, vol.85, p:2444, 1988), usando programas informáticos baseados nesses algoritmos (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA, TFASTA, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI USA), usando os algoritmos de alinhamentos múltiplos MUSCLE (Edgar, Robert C., Nucleic Acids Research, vol. 32, p:1792, 2004). Para obter o melhor alinhamento possível, será utilizado de preferência o programa BLAST com a matriz BLOSUM 62 ou a matriz PAM 30. A percentagem de identidade foi determinada comparando as duas sequências alinhadas de forma óptima, as referidas sequências poderão compreender adições ou deleções relativamente à sequência de referência, de forma a obter o melhor alinhamento possível entre estas duas sequências. A percentagem de identidade é calculada determinando o número de posições idênticas entre as duas sequências, dividindo o número obtido pelo número total de 18 ΡΕ2220256 posições comparadas e multiplicando o resultado obtido por 100 para obter a percentagem de identidade entre estas duas sequências.
Por nucleótido, entende-se uma sequência de RNA ou de DNA, de preferência o referido polinucleótido é uma sequência de DNA.
Com vantagem, o referido polinucleótido está ligado de forma operacional a uma sequência de expressão génica que dirige a expressão do referido polinucleótido numa célula eucariótica, de preferência numa célula da pele. A referida sequência de expressão génica corresponde a qualquer sequência de regulação, como seja uma sequência de promotor ou uma combinação entre uma sequência de promotor e uma sequência activadora que facilita a transcrição e eficácia de tradução do polipéptido como descrito anteriormente. A referida sequência de expressão génica pode corresponder a uma sequência de promotor virai ou eucariótica, constitutiva ou induzivel.
Como exemplo de vectores compreendendo o referido polinucleótido, pode-se citar plasmideos, cosmideos e virus, principalmente os adenovirus e os retrovírus.
Com vantagem, o referido composto que aumenta especificamente a expressão do gene MATP/SLC45A2 pode estar associado a um suporte farmaceuticamente aceitável. 19 ΡΕ2220256 A titulo de exemplo de suporte farmaceuticamente aceitável, a composição pode compreender emulsões, micro-emulsões, emulsões de óleo em água, lípidos anidros e emulsões em óleo ou outros tipos de emulsões. A composição descrita pode compreender por outro lado um ou mais aditivos tais como diluentes, excipientes, estabilizadores e conservantes. Tais aditivos são bem conhecidos dos familiarizados com a área e estão descritos principalmente em "Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry, 6th Ed." (diferentes editores, 1989-1998, Mareei Dekker); e em "Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery System"s (ANSEL et ai., 1994, WILLIAMS & WILKINS).
Um outro objective diz respeito a um processo de selecção in vitro de um composto susceptivel de ser útil para o tratamento de cancro da pele, caracterizado por compreender os passos de: a) obtenção de uma célula que expressa o gene MATP/ SLC45A2; b) colocação da referida célula em contacto com pelo menos um composto a testar; c) comparação da expressão do gene MATP/SLC45A2 entre os passos a) e b); 20 ΡΕ2220256 d) selecção do composto que induz um aumento do nível de expressão do gene MATP/SLC45A2 na célula do passo b) relativamente ao nível de expressão do referido gene no passo a).
Vantajosamente, a referida célula apresenta um nível de expressão significativamente mais fraco do gene MATP/SLC45A2, comparativamente com uma célula derivada de um indivíduo que não apresenta cancro da pele.
De preferência, a referida célula corresponde a uma célula da pele e mais de preferência uma célula retirada ou derivada de um melanoma.
Tal como aqui usado, o termo "composto" refere-se a um tipo de moléculas tais como polipéptidos, polinucleótidos, açúcares, lípidos ou qualquer outro composto químico.
Os métodos para determinar a expressão do gene MATP/SLC45A2 são bem conhecidos dos familiarizados com a área. Por exemplo pode-se utilizar métodos descritos anteriormente. O presente invento será agora descrito mais detalhadamente com a ajuda de exemplos que ilustram o invento sem limitar o seu âmbito. 21 ΡΕ2220256
Exemplos
Materiais e métodos
Estudo da população 1090 doentes e 1466 indivíduos controlo, todos de origem caucasiana, foram incluídos prospectivamente no estudo entre 2003 e 2006. Os doentes "melanoma" foram recrutados entre 2003 e 2006 no coorte melanoma (MELAN-COHORT), um coorte prospectivo incluindo todos os doentes com um melanoma do Departamento de Dermatologia de todas as Universidades afiliadas dos hospitais de Paris (Bichat, Percy, Ambroise Paré, Henri Mondor, Cochin e os Hospitais de Saint Louis). O estudo da população consistiu em doentes com idades entre os 18 e os 80 anos com melanomas malignos histologicamente confirmados. Os doentes não eram incluídos caso fossem imunodeficientes (HIV ou transplantados) ou se sofressem de genodermatose com predisposição para cancro da pele (albinismo, Síndrome de Gorlin ou epiteliomatose pigmentar). O grupo de controlo era composto por 1466 pessoas caucasianas, sem qualquer antecedente de cancro da pele. A comissão de ética médica local aprovou o protocolo de estudo. Um consentimento informado foi obtido de todos os doentes e indivíduos controlos inscritos no estudo. Após o referido consentimento informado, isolou-se DNA genómico a partir de leucócitos do sangue periférico de 22 ΡΕ2220256 todos os participantes usando o kit QIAAMP BLOOD MINI KIT (QIAGEN).
Colheita de dados sobre factores de risco de melanoma
Os dados sobre as caracteristicas da pigmentação foram colhidos para todos os doentes e 220 indivíduos controlo. Uma entrevista pessoal e normalizada e um exame da pele na totalidade do corpo foram realizados por um dermatologista. Para anotação dos resultados usou-se um formulário convencional de relatório de exame.
As caracteristicas da pele foram medidas para o tipo de pele de acordo com a classificação de FISTZPATRICK (FISTZPATRICK, Arch. Dermatol., vol. 124, p:869-71, 1988) e avaliadas como se segue: Queima com frequência, raramente bronzeia (tipo de pele I), queima com frequência, às vezes bronzeia (tipo de pele II) , às vezes queima, bronzeia com frequência (tipo de pele III); e raramente queima, bronzeia com frequência (tipo de pele IV) . A cor dos olhos foi classificada em escura (castanhos ou pretos) ou clara (azul, verde/avelã ou cinza) e a cor original dos cabelos (antes de grisalho) foi classificada usando 5 categorias: ruivo, louro, castanho claro ou escuro e preto. A contabilização de sinais do corpo (dividido em quatro categorias: <10, 10-50, 50-100, >100), a presença ou ausência de síndrome de mole atípico (SLADE et al., J Am. Acad. Dermatol., vol.32, p:479-94, 1995) e a presença ou 23 ΡΕ2220256 ausência de lentigens solares foram igualmente avaliadas através de um exame físico. Além disso, no grupo de melanoma, a localização anatómica dos melanomas, idade do doente na altura do diagnóstico e dados histopatológicos foram igualmente reportados.
Genótipo MC1R, SLC45A2 e variáveis 0CA2
Os polimorfismos de MC1R seleccionados para a análise genética foram os associados ao fenótipo cor de cabelo ruiva (Alelos RHC) e incluíram c.252 OA p.D84E, c425G>A p.R142H, c.p.R151C, c.476 C>T p.R160W e c.880G>C P.D294H (FLANAGAN et al., Hum Mol Genet, vol.9, p:2531-7, 2 0 0 0 ; DUFFY et al. , Hum. Mol. Genet.,vol.13, p:447-61, 2004 ; REES, Am. J. Hum. Genet., vol.75, p:739-51, 2004).
Estas variantes foram igualmente associadas ao risco de melanoma em múltiplas populações (STURM et ai., Pigment Cell Res., vol.16, p:266-72, 2003; REES, Annu. Rev. Genet., vol.37, p:67-90, 2003) e foram todos identificados como geradores de uma perda de função nos estudos funcionais (BEAUMONT et al., Hum. Mol. Genet., vol.14, p:2145-54, 2005; BEAUMONT et al., Hum. Mol. Genet., 2007). As 2 variantes de SLC45A2 estudadas eram SNPs não sinónimos (C.1122 C>G, L374F et c.814G>A, E372K) gue tinham sido anteriormente identificadas como estando associadas à pigmentação humana normal (GRAF et al., Hum. Mutat., vol.25, p:278-84, 2005). As variantes de 0CA2 estudadas eram as 3 SNPs intrónicas recentemente estudadas por estarem fortemente associadas com a cor dos olhos, dos 24 ΡΕ2220256 cabelos e pigmentação da pele (rs7495174, rs4778241 e rs4778138) numa população anglo-céltica de Queensland. (DUFFY et al., Am. J. Hum. Genet., vol.80, p:241-52, 2007.)
Todos os SNPs foram genotipados usando o sistema de genotipagem de SNPs por PCR de KBIOSCIENCE, o sistema de genotipagem de SNPs por PCR de KBIOSCIENCE é um novo sistema homogéneo e fluorescente de genotipagem, utilizando uma forma única de PCR especifico de alelos que é distinta e diferente do método de descriminação alélica convencional. Este método de genotipagem foi em seguida validado por um método de genotipagem independente, o método de genotipagem de descriminação alélila pelo teste TAQMAN de SNPs (APPLIED BIOSYSTEMS). Ainda, para os 2/3 dos SNPs, a verificação dos genótipos correspondentes foi também efectuada por sequenciação de 50-100 amostras de DNA (ABIPRISM 3130) . A genotipagem das variantes de MCRl foi efectuada com sucesso em 828 doentes (82%) e 1067 controlos (72,78%) . As 2 variantes SLC45A2 foram genotipadas com sucesso em 95% dos doentes e controlos. A genotipagem das variantes 0CA2 pôde também ser efectuada para 95% dos doentes e controlos, excepto para OCA2-rs477824 que só foi genotipada em 81,2% dos doentes.
Análise estatística O elemento principal da análise estatística foi 25 ΡΕ2220256 realizado usando o COMPUTER R PACKAGE (versão 2.4.1). O nível de significância para todos os testes foi fixado num nível correspondente a uma taxa de erro do tipo I de a=5%. Tendo em consideração o número de testes realizados e o nível das suas associações, a maior parte de entre eles serão significativos se se aplicar uma correcção de BONFERRONI para ter em consideração o problema dos testes múltiplos. Todos os índices de possibilidades (ORs) foram descritos com o seu intervalo de confiança de 95% (Cl).
Associação de factores genéticos com melanoma A conformidade com o equilíbrio de HARDY-WEINBERG foi testada nos controlos usando o clássico de um grau de liberdade, o teste de chi quadrado. A análise da associação individual de factores genéticos com os melanomas (as variáveis MC1R, SLC45A2 e 0CA2) foi realizada comparando os casos e os controlos recorrendo ao teste exacto de FISHER de genótipos (codificado com 0, 1 e 2, com 0 sendo o genótipo mais frequente). Os ORs correspondentes foram fixados usando uma análise logística convencional de regressão para os dados, para cada polimorfismo a referência considerada como sendo o genótipo mais frequente (0) . Ainda, foi realizada uma análise da diversidade de haplótipo para cada gene pelo algoritmo de maximização de expectativas (EM) usando um computador ARLEQUIN (Versão 3.01) (SCHNEIDER et al.f Genetics and Biometry Lab, Dept of Anthropology, University of Geneva 2000). O desequilíbrio 26 ΡΕ2220256 da ligação (LD) entre os pares de locais polimórficos foi medido nos controlos usando as estatísticas comuns D, D' (LEWONTIN, Genetics, vol.49, p:49-67,1964) e r (HILL & ROBERTSON, Genetics, vol.60, p:615-28, 1968). Finalmente, as interacções gene-gene foram avaliadas usando o mesmo sistema de regressão logística.
Associação de factores clínicos com os melanomas
As análises individuais dos factores clínicos usuais (cor da pele: pálida e intermédia versus castanha, tipo de pele: I-II versus III-IV, cor dos cabelos: ruivos versus castanhos escuros-pretos, cor do olhos: claros/pálidos versus negros, o número de nevos: <50 versus >50, as sardas e as lentigens dorsais; presença versus ausência, foram também realizadas comparando todos os casos e 220 controlos com um teste exacto de genótipos de Fisher. Os ORs correspondentes foram mais uma vez fixados usando uma análise de regressão logística dos dados.
Associação dos factores genéticos com os factores clínicos
Na medida em que os três genes analisados intervêm na pigmentação, as análises de associação individual de factores genéticos para cada factor clínico foram igualmente realizadas, adaptadas ao estatuo controlo-caso, de forma que nenhuma associação observada fosse 27 ΡΕ2220256 devida à associação entre melanoma e os factores clínicos observados. Os ORs correspondentes foram examinados através de regressões logísticas
Integração da genética e factores clínicos
Devido a estarem associados com os 3 genes e com o melanoma, os factores clínicos podem criar potenciais confusões quando se analisa a associação destes genes com a doença. Nesta parte das análises, utilizámos um modelo logístico baseado num grupo de factores clínicos e genéticos para verificar se as associações genéticas com o melanoma se mantêm na presença de factores clínicos. Finalmente, os ORs foram recalculados para os factores genéticos e clínicos finalmente seleccionados como sendo os mais pertinentes para o melanoma.
Resultados
Associação dos factores genéticos com o melanoma
Para os controlos, as frequências de genótipo para todos os polimorfismos testados situa-se no equilíbrio de HARDY-WEINBERG.
Os resultados para MC1R estão apresentados na tabela I. 28 ΡΕ2220256
Tabela I
Genótipo MC1R Casos Controlos P CR (Cl) 0/0 510 841 referência 1/0 280 202 <2,2x10~16 2,29 (1,85-2,82) 1/1 48 24 3,3(2-5,45) Alelos RHC de MC1R Casos Controlos CR (Cl) San alelos RHC 0,793 0,887 Referência R151C 0,088 0,0042 2,35(1,78-3,11) R160W 0,065 0,038 1,88(1,40-2,54) D294H 0,042 0,019 2,49(1,67-3,71) R142H 0,013 0,008 1,73(0,92-3,28) D84E 0,0116 0,006 2,10(1,04-4,25)
Os resultados mostraram que a presença de variantes RHC MC1R está fortemente associada com o risco de melanoma (P<2,20xl0~16) . O risco de melanoma aumenta com o número de alelos RHC de OR = 2,29 com um alelo variante, para OR = 3,3 com dois alelos variantes. Consequentemente, o efeito destes polimorfismos na doença é quase cumulativo. Os resultados mostram as frequências alélicas menores para os 5 polimorfismos RHC e, com uma excepção (R142H) , eles são todos significativamente individualmente mais elevados nos doentes com melanoma que nos controlos.
Ainda, a associação de variantes de MC1R com o melanoma mantém-se significativa após ajuste com o tipo de pele (P = 9,3 x 10“7) , a cor dos olhos (P = 6,48x 10“7) , a cor dos cabelos (P = 8 x 10~7) e o número de nevos (P=3,3 x IO-8) .
As tabelas lia e Ilb resumem os resultados para as variantes de SLC45A2. 29 ΡΕ2220256
Tabela lia: genótipo SLC45A2 para os indivíduos e os controlos SNPs Genótipo Casos Controlos P CR (Cl) SLC45A2 E272K CC 933 1,305 Referência CT 33 119 1,10x10"6 0,39(0,26-0,58) TT 2 3 0,93(0,16-5,59) MftF 0,019 0,044 SLC45A2 L374F GG 895 1,160 Referência GC 65 246 2,12x10”15 0,34(0,26-0,46) CC 5 20 0,32(0,24-0,43) MAF 0,39 0,10 MAF: Frequência alélica menor
Tabela Ilb: genótipo SLC45A2 para os indivíduos e os controlos
Haplótipos SXC45A2 Casos (n=1882) Controlos (ns2794) CR (Cl) 1 CrmGii?? 1807(96) 2509(89,8) Referência 2 Cr14G|1Z> 39(2,1) 164(5,9) 0,33(0,33-0,47) 2 T814C1122 30(1,16) 112(4) 0,37(0,25-0,56) 4 T814C1122 6 (0,32) 9(0,34) 0,92(0,34-2,5) Diplótipos SXC35A2 Casos (n=1882) Controlos (n=2794) CR (Cl) 1/1 CG/CG 867(92,1) 1,126(80,6) Referência lí CG/CC 39(4,1) 148(10,6) 0,34(0,24-0,49) 1/3 Cg/TC 28(3) 100(7,16) 0,36(0,24-0,56)
Os resultados mostram que as 2 variantes de SLC45A2 (L374F e E272K) estão estreitamente associadas com o melanoma (p=2,12 x IO'15 e 1,10 x 10"6 respectivamente) , com um desequilíbrio de ligação quase completo entre os dois polimorfismos (D=0,036, D'=0,92 e r =0,59). A frequência alélica SLC45A2 374F nos controlos é de 0,90, 30 ΡΕ2220256 enquanto que é de 0,96 para os doentes (P=l,30 10 x 10”11) . A análise do haplótipo confirmou a associação entre SLC45A2 e o melanoma (o teste exacto de FISHER aplicado às frequências do haplótipo dá P=3, 67 x 10”15, Tabela 2b) . O haplótipo C814G1122 é o mais frequente, sendo encontrado em 96% dos doentes e 89,8% dos controlos, enquanto os haplótipos C814G1122 e Tsi4Ch22 são significativamente mais frequentes nos controlos (uma diferença que era devida à variante L374F como descrito na tabela 2b) e têm portanto um efeito protector contra o melanoma. Uma análise semelhante dos diplótipos indica que os 2 diplótipos (CG/CC e CG/TC) que estão presentes até 17,76% dos controlos causam uma protecção contra o melanoma, enquanto o diplótipo mais comum (CG/CG) é significativamente mais frequente para os doentes (92,1%) que para os controlos (80,1%) (O valor de P do teste exacto de FISHER dos diplótipos = 1,89 x 10-13)
Finalmente, como os resultados mostram que o gene MATP/SLC45A2 está fortemente ligado ao melanoma, a sequência codificadora completa (7 exões) deste gene foi sequenciada para 48 doentes com melanomas mas nenhuma outra variante não sinónima ou mutação patogénica do gene SLC45A2 foi identificada.
De forma interessante, a associação de MATP/SLC45A2 L374F com o melanoma mantém-se significativa após adaptação ao tipo de pele (P=l,6 x 10”6) , cor dos cabelos (P=8.7 x 10”7), cor dos olhos (P = 1,21 x 10’4) , e número de nevos (P=lxl0-5) . 31 ΡΕ2220256
No caso de OCA2, um único SNP (OCA2-rs4778138) revelou-se estar fracamente associado com o melanoma (P=6, 93 x 10 3) . As análises dos haplótipos e dos diplótipos induzidos pelos 3 SNPs de OCA2 não indicam associação significativa mais importante deste gene com o melanoma, apesar do haplótipo TGT e do diplótipo anteriormente identificados como estando fortemente associados à cor dos olhos claros serem mais frequentemente observados nos doentes com melanoma que nos controlos. Assim, a associação deste SNP com o melanoma deixa de ser significativa após adaptação à cor dos olhos ou após correcção para os testes múltiplos.
Foi desenvolvido um modelo de logística que inclui os factores genéticos, apresentando uma associação estatística com o melanoma (variável MC1R, SLC45A2, L374F, SLC45A2, E272 K e OCA2-rs4778138) . MC1R foi considerado em função do número de alelos RHC (0, 4 ou 2) e os outros três foram codificados através da combinação dos genótipos menos frequentes para reduzir o modelo genético de dois parâmetros sem perder qualquer informação. As associações das variantes de MC1R e SLC45A2 L374F com o melanoma são as únicas a serem mantidas, sugerindo que estes factores genéticos desempenhem um papel forte e independente na doença. A tabela III mostra o cálculo combinado de ORs
dos genótipos MC1R e SLC45A L374F 32 ΡΕ2220256
Tabela III: cálculo combinado de ORs dos genótipos MC1R e
SLC45A L374F
Genótipo MC1R Genótipos SLC45A2 Casos Controlos OR 0 0 444 561 Referência 0 1 32 118 0,34(0,23-0,51) 0 2 3 13 0,29(0,09-0,96) 1 0 249 130 2,421(1,89-3,09) 1 1 20 30 0,84(0,47-1,49) 1 2 2 3 1,26(0,22-7,19) 2 0 39 11 4,48(2,29-8,74) 2 1 3 2 1,89(0,38-1,52) 2 2 0 0 na O valor 0 designa os genótipos mais frequentes que são considerados referência (no caso de MC1R, a ausência de variantes RHC, no caso de SLC45A2 L374F, o genótipo GG) . 1 designa a presença de pelo menos um alelo RHC para MC1R e o genótipo CG para SLC45A2 L374F, e 2 designa a presença de duas variantes RHC para MC1R e o genótipo CC para SLC45A2 L374F. "na" corresponde a "não aplicável". A tabela III mostra os ORs respectivos de todas as combinações de genótipos de dois factores genéticos importantes que predispõem para o melanoma (MC1R e SLC45A2) e ilustra as diversas combinações de risco ou protectoras.
Finalmente, foi realizado um estudo das potenciais interacções entre a presença da variante de MC1R e cada uma das variantes SLC45A2 ou 0CA2, mas não foi identificada qualquer interacção gene-gene. 33 ΡΕ2220256
Associação de factores clínicos com melanoma
Estudaram-se as principais características clínicas do coorte melanoma e dos 220 controlos. Este estudo colocou em evidência que os factores de risco mais importantes correspondiam ao número de nevos > (ou igual) a 50 (OR=5.91), a uma cor de olhos clara (OR=2,55), ao tipo de pele I ou II (OR=2,35), a uma cor de cabelos clara (OR=2,18) e a lentigens solares (OR=3,19).
Associação de factores genéticos com os factores clínicos
Na medida em que estes três genes foram identificados como actuando os três na pigmentação, as análises de associação individual dos factores genéticos com os factores principais de risco clínico foram também realizadas e adaptadas para permitir distinguir o estatuto de controlo do de doente com melanoma. A associação mais forte foi entre OCA2 e a cor do olhos (P<2,20 x 10”16 para cada um dos três SNPs OCA2), o que confirma a associação recentemente demonstrada entre estas SNPs e a cor dos olhos ( (DUFFY et al., Am. J. Hum. Genet., vol.80, p:241-52, 2007). Testámos igualmente a associação específica do haplótipo TGT com a cor dos olhos e encontrámos igualmente um valor de P muito significativo (P<2,20 x 10“16) . As três variantes de OCA2 e o haplótipo TGT estavam também fortemente associadas com a cor dos cabelos (P<0,0001). 34 ΡΕ2220256 0 SNP SLC45A2 L374F revelou-se estar estreitamente associado com a cor dos olhos (IP=2,09 x IO”5) , a cor dos cabelos (P=6, 96 x 10”8) e o tipo de pele (P=6,2 x IO-8) .
Finalmente, as variantes de MC1R mostraram uma associação significativa com a cor dos cabelos (P=l,49 x 10“8) e o com o tipo de pele (P=l,30 x 10”8) .
Resumindo, o tipo de pele está fortemente associado às variantes de SLC45A2 e de MC1R, a cor dos olhos com 0CA2 e com menos importância com SLC45A2 e a cor dos cabelos com os três genes. É de salientar que o número de nevos, que era o indicador clinico do melanoma mais importante no nosso estudo, não está estatisticamente associado a qualquer um destes genes de pigmentação.
Integração da genética e de factores clínicos
Com base nas associações mais fortes identificadas neste estudo entre os factores clínicos e genéticos e o melanoma, desenvolvemos um modelo logístico para testar a persistência das associações com o melanoma e calculámos novamente os ORs correspondentes quando os factores de risco eram combinados.
Neste modelo, apenas o número de nevos foi 35 ΡΕ2220256 incluído porque se trata do único factor clínico de risco que não mostra qualquer associação com qualquer um destes 3 genes. Observámos que a associação das variantes de MC1R e SLC45A2 L374F com o melanoma era ainda altamente significativa na presença de uma série de nevos (P=l,14x10“ 7 e 3,32 x 10~6 respectivamente).
Ainda, foi fácil calcular os ORs cumulativos resultantes da combinação destes factores. Neste modelo, o OR das pessoas tendo uma série de nevos > (ou igual) a 50, um alelo RHC para MC1R e o genótipo mais frequente SLC45A2 L374 F (GG), OR =5,26 x 3,85 =20,25, dá uma aproximação do risco de melanoma para estas pessoas que é 20 vezes mais elevado que as possuidoras de uma série de nevos <50, sem alelos RHC, e um dos genótipos SLC45A2 protectores.
Finalmente, o presente estudo permitiu determinar que o genótipo CG SLC45A2 L374F constitui um novo parâmetro importante que permite apreciar o risco de melanoma num doente, o alelo SLC45A2 374F estando claramente associado ao risco de melanoma, enquanto o alelo SLC45A2 374L protegerá do melanoma.
Por outro lado, o facto do efeito desta variante de SLC45A2 persistir após estratificação das características de pigmentação ou num modelo de regressão logística que integra os 2 factores de risco genético e o número de nevos sugere que, face ao risco de melanoma, a informação ligada ao genótipo SLC45A2 L374F não é redundante com as características de pigmentação e que esta ΡΕ2220256 variante é portanto um factor de risco de melanoma forte e independente.
Os resultados respeitantes ao marcador SLC45A2 L374F foram por conseguinte confirmados num coorte de indivíduos espanhóis (Fernandez LP et al, Human mutation 0,1-7, 2008) .
Por outro lado, os presentes inventores confirmaram igualmente os resultados respeitantes aos marcadores SLC45A L347F e MCR1 numa população italiana.
Estes resultados provam portanto sem ambiguidade que os marcadores SLC45A2 L374F e igualmente MC1R RHC são marcadores fiáveis da predisposição para melanoma, que podem ser utilizados sozinhos ou em associação para avaliar muito eficazmente o risco de predisposição para melanoma no ser humano em geral.
LISTAGEM DE SEQUÊNCIAS <110> Assistance publique- Hopitaux de Paris SOUFIR, Nadem <120> Processo in vitro de diagnóstico do cancro da pele <130> 353788 <150> FR 07/59193 <151> 2007-11-21 <160> 10 <170> Patentln version 3.3
<210> 1 <211> 40060 <212> DNA <213> Homo sapiens <4 0 0> 1 37 ΡΕ2220256 caa&ccattt tcaatgtttt acaaaatgct cacctagcaa atacgaaaag tttcaacaca 21B2Q ttcttctctt gtaacttctg ctgcaataaa tgcgatatta gçaaacataç atacttccat liSSO atcagtccta aâagttggât tactgaatta ttatactaat ttgtatgatg ttactcatat timo ttttattcat acacttttaa tgagatcatt ggcaataçgt atagtatttt ctttaacttc imm actttcacat taagccaatg tcttftatat agccatcaaa aagtaaatta cacaggttta 12®m tagttcaatt taagctxtag cgtcttagaa tcagccactt tctaaccttt catgatgcct 12120 tcctgctttg caaaaccatg ãtcagcatga attgcaaaca tâCCtCCttC agtacaagca 12180 tttctcaggt ctcctccatt aaagtcatct gcaaacttca caattacttc ataattaatt 12240 tcaceatact ttgtaagggg acttgcatgg attttcaacg tgtctaatct tgctcgttca 12300 tttggcaaat caatatgtat ttttttctat ctaatcttcc tggatgcagc aaagcaagat 123«» ceegtftâtt twtctfltte tattftaact etgcgçagag tateaaatee atCCâtttfâ 12420 ttcagtaact ccattaaagt tctçtgaatc tctctgtcag ctgaagtacc cttggaaaac 12480 caacaaççat caatagcatc taattcatcc ataaaaatga tgcatggtgg atggtccctg 12540 gcata&ttaa acatttctet gatccaatga gccctttcac caatgtgctt gtctacaata 12600 gaactagata caacctttaa gaaattgcag tcctggccag gtgtggtggc tcacacctgt 12660 aatcccaaca ctgtgggagg ccaaggcagg Eggacctggg caeeatgftg aaaccccatc 12720 tctacagaag atacaaaaat tâictgggta actgggtgtg gtagctctca cctgtaatcc 12780 cagtaetttg ggaggccaag gtgggtggat tacctgaggt cgggagttcg agaccagcct 12840 ggccaatgtg gtgaaatctc gtctgtacta aaaacacaaa aattagceag gcatgggggt 12900 gcatgcctgt aatcccagct actcagaagg ctiagfcaggt agaaiecfctl: gaacccagaa 12960 ggtggaggtt acagtgaacc aagatcacgc cactgcactc catcctgggc â&cagatgag 13020 acteqjtctc aaaataaMa amasaata attaattaac taattaaaaa ttagttgggc 130S0 atggtggtgc ãcãcctgtgg tctgagccac tccggaggct: gaggtggaag gatcacctga 13140 gcetgggaga tggaggttgc agtgagccaa gaccacagta ctgcactcca gcctggacaa 13200 tagagtgaga ccctgtctcc aaaaaac&aa aaaaaaggaa aaaagttgca gfcccagctgg 13260 ccage&atag cttgtgtgcc aagãgtgttt ttcctgttt» tggtggtcca cataaeaaac 13320 agccttttgg aggtattatt cctacaagtt ggaataactg ggtttgtaag 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<212> DNA <213> Homo sapiens <220> <221> misc feature <222> (30lY..(301) <223> N = C or T <400> 8 55 ΡΕ2220256 gtggccacca tcgcCMSM ccsgããcctg cacteaceea t$t*ctgc«t e&tctgctge 60 ctggccttgt cggacctgct ggtgagcggg agcaacgtgc tggagacggc cgtcatcctc 120
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Lisboa, 25 de março de 2014

Claims (6)

  1. ΡΕ2220256 1 REIVINDICAÇÕES 1. Processo in vitro destinado a identificar um indivíduo com cancro da pele ou com predisposição para cancro da pele, caracterizado por compreender o passo de análise de uma amostra biológica proveniente do referido indivíduo através de: a) detecção de um polimorfismo do gene MATP/SLC45A2-, de SEQ ID N0:1, associado a um único nucleótido (SNP) e escolhido do grupo compreendendo o SNP rsl6891982, correspondendo ao nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO: 2, o nucleótido G estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de uma fenilalanina na posição 374 da proteína MATP/SLC45A2 SEQ ID NO:3 e o SNP rs26722, correspondendo ao nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO:4, o nucleótido C estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de um resíduo glutamato na posição 272 da proteína MATP/SLC45A2 de SEQ ID NO: 3.
  2. 2. O processo de acordo com a reivindicação 1, compreendendo um outro passo b) de detecção de um polimorfismo do gene MC1R, de SEQ ID NO:10.
  3. 3. O processo de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 ou 2, caracterizado por o referido indivíduo ser um mamífero, de preferência um ser humano. 2 ΡΕ2220256 4. 0 processo de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado por o referido cancro da pele ser um melanoma. 5. 0 processo de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, caracterizado por o referido polimorfismo do gene MATP/SLC45A2 associado a um único nucleótido (SNP) corresponder ao SNP rsl6891982 correspondendo ao nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO:2, o nucleótido G estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de uma fenilalanina na posição 374 da proteína MATP/SLC45A2 de SEQ ID NO:3.
  4. 6. O processo de acordo com qualquer uma das reivindicações 2 a 5, caracterizado por o referido polimorfismo do gene MC1R, associado a uma predisposição para cancro da pele, corresponder a um polimorfismo associado a um único nucleótido (SNP) escolhido do grupo compreendendo o SNP rsl805006 correspondendo ao nucleótido N na posição 26 de SEQ ID NO: 6, o nucleótido A estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de um glutamato na posição 84 da proteína MC1R de SEQ ID NO:5, o SNP rsl805007 correspondendo ao nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO: 7, o nucleótido T estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de uma cisteína na posição 151 da proteína MC1R de SEQ ID NO:5; o SNP rsl805008 correspondendo ao nucleótido N na posição 301 de SEQ ID NO:8, o nucleótido T estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de um triptofano na posição ΡΕ2220256 160 da proteína MC1R de SEQ ID NO:5, o SNP rsl805009 correspondendo ao nucleótido N na posição 26 de SEQ ID NO:9, o nucleótido C estando associado a um cancro cutâneo e conduzindo à presença de uma histidina na posição 294 da proteína MC1R de SEQ ID NO:5.
  5. 7. O processo de acordo com qualquer uma das reivindicações anteriores, compreendendo um outro passo da análise da expressão do gene MATP1SLC45A2 na referida amostra biológica.
  6. 8. O processo de acordo com a reivindicação 7, caracterizado por compreender um outro passo de comparação do nível de expressão do gene MATP1SLC45A2 na referida amostra biológica com o nível de expressão do gene MATP1SLC45A2 numa amostra controlo. Lisboa, 25 de março de 2014 ΡΕ2220256 REFERÊNCIAS CITADAS NA DESCRIÇÃO Esta lista de referências citadas pelo requerente é apenas para conveniência do leitor. A mesma não faz parte do documento da patente Europeia. Ainda que tenha sido tomado o devido cuidado ao compilar as referências, podem não estar excluídos erros ou omissões e o IEP declina quaisquer responsabilidades a esse respeito. Documentos de patentes citadas na Descrição * US 4883202 A 1 FR 0789183 • US 5854033 A Literatura que não é de patentes citada na Descrição * WSSOSfiAN etaL Nat Gemi. 1894. voi 6,15121: * KÀM8 «ff aí. Nat Gèn&t. 1fS4. voi, 8,23-& * ZUOeí ai, Nat. G&nst, '5 996 voi. 12, 87-9 * GiLLANDERS et ai, Am J Hui· Gin?' 2003 voi 73. 30M3 » JONSSON et ai. ikfíHk Ganmrhst., 2&Q5, voi. St, 1377-82 * PALM ER et ai. A#n. J. Hum Gend. 2090, voi. 56. 176186 * -KEMNEDY'ai. .7. im-asi, Dermatoí., 2801. «4.117, 2341300 * MÂTiCHARD et aí. J Afecf. Qgrtei.. 2004, vof. 41, «i®::..... * STRÂTÍGGS et ai. J. íoveaf. DetmaioL 2006 * LANDI it ai. J Nalf Câncer Ifíst. 2005, vai. 37, 830-1007 * BEENÍAK st ai. toí. J. Cmcw. 2GG6. voi: 118. v537-S02 [SGOS] * HE ALT. Phofodsrmtftoi Phofoifhmt^d, 2004. voi. 20, 283-8 * BOX.aljri.Am J.Hum Gefjeí.. 2001,vei. ®.4 * YAN' DER VEIDEN et aí, Am. J. Hum. Geoet, 2001, vr.«. 89,4 * CHÂUDRU et at. Câncer EplçhsmiaL Bhmà te, 2095 «si. 14,2384-30 ‘ NORTON et aí. Md Sfeí Evot.. 2007. voi 24, 710-22 v FLANAGAN et af. Hum Md β&ήβζ 2000, vai. 0,: 2531-7 * DUFFY et aí. Heíbí Atei. Gemei... 2SQ4.VOÍ. 13.447,81 > REÈS, Af8, J. Hiíffí. Ssfsei:.. 2Q64,vd. 75, 739 51 STURM et ai. Psgmmjt CieÍi Rès., 2Õ03, voi 18, 268 72 1 RE EB, Ai»íí. fM, G&-wL2im, voi. 37. S7-&0 * BEAUMONT et a!. Ηΐιητ. Md. Gane1, 2005. voi. |4, 2145-64 * BEÂUMORT ét ai. Hum. fcfoi. Ge;»í„ 2005 * BARANY. Proc. Natí. Acssà. ScL USA. 1981, votás, 189-133 » GUATELLÍ et aí. Pmc. Mati. Aaad. Scí USA 1809, voi 87,187411878 * KWOtt et»). P>oc. Natl Acad. Sei USA, 1883, voi. 88.1173-1177 » LiZARDS et »!. Bk>(. T&chrtdogy, 1988, voi, 8,1197 [0(5341 » KGMí-ER: · MitSTfeíN. Hsttm, 1975, voi. 206, 496-487 « K.OZBGR ei ai, hwrmrmí, 1963. voi, 4.72 > COLEetaí.SflonodoftaiARtibodsesafiiiCí&ncetThef-apy. AiáaR Líss.tno. 1985, 77-38 * Chfíboí Pjoioecsís ífj íroitíonoiogy. Johjt Wd ey & Soiís. 1994 > SSSíTH . WATERMANAd App Matb 1981, voi, 2, 482 * NEDDLEftSAN t WUNSCH. i£ Md. S»í., 1979, vof. 48, 443 * FEARSON; UPMAN. Ríoc, MsS. Acd. Sei. USA, 1988. V»í. 85, 2444 * EDGAR, ROBERT C, MusiekrAesàu ffeses/dj,. 2084, voi. 32,1732 Á Uteano-s Eooycíopefitia of ituiustnaíChgtissify1 ceí Dekker, 1989 * Pharmacs!.ti<c3Í Dosape Fottos and DrugDêfivsty System"® WSLLiAMS & WÍLKiNS. 1394 * RISTZPATRfCK, Ara1. Dermiaíoh. 1988, voi 124, 869171 1 HARADA M .et aí.: Câncer ResesiTh. 2001, 1089-1994 * RUNDSHAGEN tf et aí. Hunisn mutsíion, 2904, vai. 23, 1001110 * NEWTORelaí. Atra, J. Hum. Geííefe'2001, vai.63, 981-988 * NORTON HL etaL MA 8<d. Evo!, 2007, vai 24 (3), 710-722 * GRAF :2Í^·'yoi. 2£. 27.8-84 * SULESí P. A1aíijf« Gemefícs, 2007 voi, 33 (12 *; SUEDJ M .at ai, Human AQiitatkim 2098.voi 28 i’95, 115411193 " 2 ΡΕ2220256 * SLADEsíai. J Am Acaá Dermatot.. vai. 32> 479-84 ' 8EAUMQNT <A al. fiam. MM G*jet.. 2007 * DUFFY et ai. Am. J. Hum. Genet. 2007« voL ®QS 241-52 * SCHNEiDER eí ai, Gepefic.s aurf Stofpeíí}' í.ftá, £>epf 0Af$h?opòiogy. Umf&rsày-efGenevay. 20QO » LEWONT1N. Genetó». 19S4 vof 43. 43-67 ♦ HfLL ; ROBERTSON. Ganatíss. -968. voi. M msm· - FE«NA«SEXLP# ai; lksmcts mirzihn, 20i>6. wi.
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