PL242263B1 - Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów - Google Patents

Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów Download PDF

Info

Publication number
PL242263B1
PL242263B1 PL437302A PL43730221A PL242263B1 PL 242263 B1 PL242263 B1 PL 242263B1 PL 437302 A PL437302 A PL 437302A PL 43730221 A PL43730221 A PL 43730221A PL 242263 B1 PL242263 B1 PL 242263B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
primer
nucleotide sequence
genes
gene
expression
Prior art date
Application number
PL437302A
Other languages
English (en)
Other versions
PL437302A1 (pl
Inventor
Marek Marzec
Original Assignee
Univ Slaski
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Univ Slaski filed Critical Univ Slaski
Priority to PL437302A priority Critical patent/PL242263B1/pl
Publication of PL437302A1 publication Critical patent/PL437302A1/pl
Publication of PL242263B1 publication Critical patent/PL242263B1/pl

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Przedmiotem wynalazku są sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, specyficznych dla genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, umożliwiające analizę poziomu ekspresji tych genów, charakteryzujące się tym, że mają sekwencję nukleotydową: a) dla genu AT3G59845: starter F 5'-TTGACTCCGCCTTGAAGAGGTG-3', starter R 5'-CATCCCACATACAGCGATTCGTC-3'; b) dla genu AT1G06260: starter F 5'-TGTCGGCACTTACAACAAAGGC-3', starter R 5' -TTGGTCGCAGGTACCCTCTATG-3'; c) dla genu AT5G37940: starter F 5'-TGGCGCAGTAGGTCAACTTGTG-3', starter R 5'-TGCTAGCGCTTCCAACGACATAG-3'. Przedmiotem wynalazku jest również sposób analizy poziomu ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, z użyciem wymienionych par starterów oraz sposób selekcji mutantów strigolaktonowych rzodkiewnika pospolitego z mutacjami w szlaku sygnalizacji strigolaktonów w oparciu o poziomy ekspresji wymienionych wyżej genów.

Description

Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku są sekwencje starterów pozwalających na analizę ekspresji trzech genów rzodkiewnika pospolitego (Arabidopsis thaliana) i sposób analizy ekspresji tych genów z użyciem wspomnianych starterów pozwalający na selekcję mutantów strigolaktonowych rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów. Bardziej szczegółowo wynalazek dotyczy genów o identyfikatorach AT3G59845, AT 1G06260 lub AT5G37940, kodujących odpowiednio dehydrogenazę alkoholową, proteinazę cysteinową oraz białko przenoszące lipidy. Dla każdego z genów zaprojektowano startery pozwalające na określenie ich poziomu ekspresji z użyciem zaproponowanego systemu badania ekspresji genów.
Strigolaktony to grupa hormonów roślinnych opisanych w 2008 r. (Gomez-Roldan i inni, 2008; Umehara i inni, 2008). Pierwotnie wskazano ich udział w procesie regulacji rozkrzewiania części nadziemnej pędu, jednak w kolejnych latach wykazano, że są również zaangażowane w rozwój systemu korzeniowego, starzenie się roślin czy odpowiedź roślin na stresy biotyczne i abiotyczne (Marzec i Muszyńska, 2015; Marzec 2016; Marzec i Alqudah, 2018). Do tej pory opisano szereg mutantów z uszkodzeniem w szlaku biosyntezy oraz sygnalizacji strigolaktonów u różnych gatunków roślin, w tym rzodkiewnika pospolitego. Wszystkie do tej pory opisane mutanty wykazują fenotyp charakterystyczny dla mutantów strigolaktonowych - są formami półkarłowymi z większą liczbą rozgałęzień pędu. Fenotyp ten jest dobrze widoczny w późniejszych etapach rozwoju rośliny, natomiast w stadium siewki, zanim zaczną pojawiać się dodatkowe rozgałęzienia pędów, brak jest widocznych cech pozwalających na rozróżnienie mutantów strigolaktonowych od innych genotypów. Często do selekcji form z uszkodzeniem w szlakach biosyntezy strigolaktonów wykorzystuje się traktowanie syntetycznymi strigolaktonami, które są w stanie odwrócić fenotyp mutantów biosyntezy oraz nie wpływają na fenotyp mutantów sygnalizacji. Jednak w tym wypadku wiąże się to z dodatkowymi kosztami zakupu syntetycznych strigolaktonów i taka selekcja również może zostać przeprowadzona w późniejszych etapach rozwoju rośliny, gdy obecna jest większa liczba rozgałęzień pędu.
W niniejszym zgłoszeniu przedstawiono metodę analizy ekspresji trzech genów rzodkiewnika pospolitego, która może posłużyć do selekcji mutantów strigolaktonowych rzodkiewnika pospolitego, z uszkodzeniem w szklaku sygnalizacji strigolaktonów (mutanty sygnalizacji) na wczesnym etapie rozwoju (4-tygodniowe siewki), gdy brak jeszcze rozgałęzień pędu.
Dotychczas ujawnione zgłoszenia patentowe związane ze strigolaktonami dotyczyły głównie syntezy ich analogów (RO131928 A2; US2015250170 A1; US2015141255 A1; WO2013050325 A1) bądź też ich wykorzystania do zwiększenia interakcji pomiędzy roślinami a mikroorganizmami (RO131930 A2) czy metod badania ich bioaktywności (R0131933 A2). W zgłoszeniu o numerze CN109940031 A wykazano, że wykorzystanie syntetycznego strigolaktonu GR24 może zmniejszyć akumulację kadmu u jęczmienia. Natomiast w zgłoszeniu JP2020083853 A opisano substancję hamującą produkcję strigolaktonów u roślin. Ponadto wykazano, że strigolaktony bądź ich analogi mogą też być wykorzystane do kontroli kiełkowania nasion roślin pasożytniczych (CZ2017660 A3) czy nawożenia upraw ryżu (CN108623397 A).
Celem twórców niniejszego wynalazku było opracowanie nowych sekwencji starterów pozwalających na identyfikację genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów w oparciu o analizę poziomu ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940. U genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów, rosnących w warunkach kontrolnych (temperatura powietrza od 18 do 22°C, najkorzystniej 20°C, fotoperiod od 14/10 do 20/4, najkorzystniej 16/8, intensywność świetlna od 100 do 150 μmol m-2 s-1, najkorzystniej 120 μmol m-2 s-1) wykazano podwyższoną ekspresję genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, w porównaniu do odmiany wyjściowej.
Proponowane rozwiązanie dotyczące analizy poziomów ekspresji trzech genów rzodkiewnika pospolitego (AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940) jest metodą pozwalającą na selekcję genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów. Poprzez analizę profili ekspresji z użyciem przedstawionych starterów możliwe jest porównanie genotypów rzodkiewnika pospolitego między sobą i wybranie tych, które niosą uszkodzenie w szlaku sygnalizacji strigolaktonów. Podstawa wynalazku to informacje o poziomie ekspresji trzech genów rzodkiewnika pospolitego (AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940) w siewkach, korzystnie czterotygodniowych, rzodkiewnika pospolitego, rosnących w optymalnych warunkach (temperatura powietrza od 18 do 22°C, najkorzystniej 20°C, fotoperiod od 14/10 do 20/4, najkorzystniej 16/8, intensywność świetlna od 100 do 150 μmol m-2 s-1, najkorzystniej 120 μmol m-2 s-1). Informacje te mogą być wykorzystane do oceny genotypów rzodkiewnika pospolitego pod kątem identyfikacji genotypów z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolak tonów.
Istotę wynalazku stanowią sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, specyficzne dla genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, umożliwiające analizę poziomu ekspresji tych genów przedstawione w wykazie sekwencji:
a) dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu AT1G06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6.
Istotę wynalazku stanowi również sposób analizy poziomu ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940 metodą qPCR, charakteryzujący się tym, że stosuje się sekwencje starterów przedstawione w wykazie sekwencji:
a) dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu AT1G06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6.
Kolejną istotę wynalazku stanowi sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów, obejmujący następujące etapy:
a. prowadzi się wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego w optymalnych warunkach,
b. izoluje się RNA z siewek rzodkiewnika pospolitego,
c. przeprowadza się syntezę cDNA,
d. analizuje się poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940 metodą qPCR, charakteryzujący się tym, że do analizy poziomu ekspresji genów stosuje się sekwencje starterów przedstawione w wykazie sekwencji:
i. dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2 ii. dla genu AT1G06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4 iii. dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6,
e. oblicza się relatywny poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, w oparciu o poziomy ekspresji genów referencyjnych, korzystnie genów: GAPDH (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) i/lub ACT1 (Actinl) (Jin i inni, 2019) dla każdej próby cDNA,
f. wybiera się genotypy rzodkiewnika pospolitego wykazujące podwyższony poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, w odniesieniu do innych genotypów analizowanych w tym samym procesie, wykazujące obniżoną wrażliwość na strigolaktony (mutanty sygnalizacji strigolaktonów).
Korzystnie, wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego prowadzi się przez 4 tygodnie i takie poddaje się dalszym procesom.
Korzystnie, optymalne warunki w jakich prowadzi się wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego oznaczają temperaturę powietrza od 18 do 22°C, najkorzystniej 20°C, fotoperiod od 14/10 do 20/4, najkorzystniej 16/8, intensywność świetlną od 100 do 150 μmol m-2 s-1, najkorzystniej 120 μmol m-2 sT
Przedmiot wynalazku przedstawiony został w przykładach wykonania oraz na rysunku, na którym fig. 1 przedstawia przykładową analizę ekspresji genów u trzech genotypów rzodkiewnika pospolitego: odmiany wyjściowej, mutanta sygnalizacji strigolaktonów oraz mutanta biosyntezy strigolaktonów. Ekspresja genów badana była przez porównanie ekspresji genów u genotypów, które rosły w takich samych, optymalnych warunkach. Analizę poziomu ekspresji prowadzono metodą qPCR, a na figurze 1 zobrazowano względny poziom ekspresji wspomnianych genów u badanych genotypów.
Wynalazek został przedstawiony w przykładach wykonania, które nie mają charakteru ograniczającego. Jak wynika z uzyskanych wyników, dla celów wynalazku identyfikację mutantów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów w oparciu o analizę poziomu ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940 można przeprowadzić najkorzystniej na czterotygodniowych siewkach rzodkiewnika pospolitego, które rosną w optymalnych warunkach. Przez optymalne warunki rozumie się temperaturę powietrza od 18 do 22°C, najkorzystniej 20°C, fotoperiod od 14/10 do 20/4, najkorzystniej 16/8, intensywność świetlną od 100 do 150 μmol m-2 s-1, najkorzystniej 120 μmol m-2 s-1. Selekcję odmian o zmniejszonej wrażliwości na strigolaktony prowadzi się w oparciu o przeprowadzoną wcześniej analizę poziomu ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940 w tkankach całych siewek rzodkiewnika pospolitego.
Przykład 1. Analiza poziomu ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 oraz AT5G37940.
RNA wyizolowano z 4-tygodniowych siewek rzodkiewnika pospolitego, które rosły w optymalnych warunkach (temperatura powietrza 20°C, fotoperiod 16/8, intensywność świetlna 120 μmol m-2 s-1) z użyciem mirVana™ miRNA Isolation Kit (ThermoScientific, Waltham, MA, USA, numer katalogowy AM1560). Do syntezy cDNA użyto zestawu RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (ThermoScientific, Waltham, MA, USA, numer katalogowy K1622) oraz 1 μg RNA. Otrzymane cDNA rozcieńczono 4-krotnie wodą oraz wykorzystano w reakcji qPCR, którą przeprowadzono z użyciem zestawu LightCycler 480 SYBR Green I Master (LifeScience Roche, Indianapolis, IN, USA, numer katalogowy 04707516001) dla każdej z par starterów:
a) dla genu AT3G59845:
starter F sekwencja nukleotydowa 1 starter R sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu AT1G06260:
starter F sekwencja nukleotydowa 3 starter R sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F sekwencja nukleotydowa 5 starter R sekwencja nukleotydowa 6.
Jako geny referencyjne w tej reakcji wykorzystano GAPDH (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) oraz ACT1 (Actin1) (Jin i inni, 2019) dla każdej próby cDNA.
Przykład 2. Metoda selekcji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów w oparciu o analizę poziomów ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 oraz AT5G37940.
Istotą metody selekcji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów jest porównanie poziomów ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 oraz AT5G37940, z użyciem odpowiednio dobranych starterów. Przykładowy sposób selekcji mutantów strigolaktonowych rzodkiewnika pospolitego obejmuje następujące etapy:
1. wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego prowadzi się przez 4 tygodnie w optymalnych warunkach (temperatura powietrza 20°C, fotoperiod 16/8, intensywność świetlna 120 μmol m-2 s-1),
2. izolację RNA z siewek rzodkiewnika pospolitego, z użyciem mirVana™ miRNA Isolation Kit (ThermoScientific, Waltham, MA, USA, numer katalogowy AM1560) lub innym, pozwalającym na otrzymanie czystego chemicznie ekstraktu RNA przy zachowaniu jego integralności,
3. syntezę jednoniciowego cDNA, z użyciem zestawu RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (ThermoScientific, Waltham, MA, USA, numer katalogowy K1622) lub równoważnego oraz 1 μg RNA wyizolowanego wcześniej,
4. reakcję qPCR z użyciem otrzymanego cDNA (rozcieńczonego 4-krotnie wodą), starterów specyficznych dla genów AT3G59845, AT1G06260 oraz AT5G37940:
a) dla genu AT3G59845:
starter F sekwencja nukleotydowa 1 starter R sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu ATIG06260:
starter F sekwencja nukleotydowa 3 starter R sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F sekwencja nukleotydowa 5 starter R sekwencja nukleotydowa 6 oraz zestawu LightCycler 480 SYBR Green I Master (LifeScience Roche, Indianapolis, IN, USA, numer katalogowy 04707516001) lub równoważnego pozwalającego na analizę amplifikacji DNA w czasie rzeczywistym,
5. reakcję qPCR z użyciem starterów genów referencyjnych GAPDH (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) oraz ACT1 (Actin1) (Jin i inni, 2019) dla każdej próby cDNA,
6. obliczenie - bazując na kinetyce reakcji amplifikacji każdego z AT3G59845, AT 1G06260 oraz AT5G37940 oraz genów referencyjnych - względnego poziomu ekspresji badanych genów wykorzystując zwyczajowo przyjęte metody obliczeniowe, oraz porównanie poziomów ekspresji genów pomiędzy badanymi roślinami,
7. wybór genotypów rzodkiewnika pospolitego wykazujących podwyższony poziom ekspresji genów AT3G59845, AT 1G06260 oraz AT5G37940, w odniesieniu do innych genotypów analizowanych w tym samym procesie, gdzie genotypy z podwyższonym poziomem ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 oraz AT5G37940 w porównaniu do pozostałych badanych genotypów są mutantami strigolaktonowymi z uszkodzeniami w szlaku sygnalizacji. Specyficzność podwyższonej ekspresji u mutantów sygnalizacji strigolaktonów udowodniono sprawdzając poziom ekspresji genów AT5G33390, AT3G45760 oraz AT5G10140 u odmiany wyjściowej, znanego mutanta biosyntezy strigolaktonów oraz znanego mutanta sygnalizacji strigolaktonów (Fig. 1).
Literatura:
Gomez-Roldan, V., Fermas, S., Brewer, P. B., Puech-Pages, V., Dun, E. A., Pillot, J. P., & Bouwmeester, H. (2008). Strigolactone inhibition of shoot branching. Nature, 455(7210), 189-194.
Jin, Y., Liu, F., Huang, W., Sun, Q., & Huang, X. (2019). Identification of reliable reference genes for qRT-PCR in the ephemeral plant Arabidopsis pumila based on full-length transcriptome data. Scientific reports, 9(1), 1-11.
Marzec M. (2016). Perception and signaling of strigolactones. Front Plant Sci, 7, 1260.
Marzec M, Alqudah AM. (2018). Key hormonal components regulate agronomically important traits in barley. IJMS, 19, 795.
Marzec M, Gruszka D, Tylec P, Szarejko I. (2016). Identification and functional analysis of the HvD14 gene involved in strigolactone signaling in Hordeum vulgare. Physiol Plant 158(3), 341-355.
Marzec M, Muszynska A. (2015). In silico analysis of the genes encoding proteins that are involved in the biosynthesis of the RMS/MAX/D pathway revealed new roles of strigolactones in plants. IJMS, 16(4), 6757-6782.
Umehara, M., Hanada, A., Yoshida, S., Akiyama, K., Arite, T., Takeda-Kamiya, N., ... & Kyozuka, J. (2008). Inhibition of shoot branching by new terpenoid plant hormones. Nature, 455(7210), 195-200.
PL 242263 Β1
Wykaz sekwencji starterów <110> Uniwersytet Śląski w Katowicach <120> Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów.
<130> 597 <140> P.437302 <141> 2022-11-05 <160> 6 < 170> Patentln version 3.5 <210> 1 <211> 22 <212> DNA < 213> Arabidopsis thaliana <400> 1 ttgactccgc cttgaagagg tg 22 <210> 2 <211> 23 <212> DNA < 213> Arabidopsis thaliana <400> 2 catcccacat acagcgattc gtc
PL 242263 Β1 <210> 3 <211> 22 <212> DNA <213> Arabidopsis thaliana <400> 3 tgtcggcact tacaacaaag gc 22 <210> 4 <211> 22 <212> DNA <213> Arabidopsis thaliana <400> 4
ttggtcgcag gtaccctcta tg 22
<210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Arabidopsis thaliana <400> 5
tggcgcagta ggtcaacttg tg 22
<210> 6 <211> 23 <212> DNA <213> Arabidopsis thaliana <400> 6
tgctagcgct tccaacgaca tag 23

Claims (7)

1. Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, specyficznych dla genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, umożliwiające analizę poziomu ekspresji tych genów przedstawione w wykazie sekwencji:
a) dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu ATIG06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6.
2. Sposób analizy poziomu ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego AT3G59845, AT 1G06260 lub AT5G37940 metodą qPCR, znamienny tym, że stosuje się sekwencje starterów przedstawione w wykazie sekwencji:
a) dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2
b) dla genu AT1G06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4
c) dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6.
3. Sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów, obejmujący następujące etapy:
a. prowadzi się wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego w optymalnych warunkach,
b. izoluje się RNA z siewek rzodkiewnika pospolitego,
c. przeprowadza się syntezę cDNA,
d. analizuje się poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940 metodą qPCR znamienny tym, że do analizy poziomu ekspresji genów stosuje się sekwencje starterów przedstawione w wykazie sekwencji:
i. dla genu AT3G59845:
starter F - sekwencja nukleotydowa 1 starter R - sekwencja nukleotydowa 2 ii. dla genu AT1G06260:
starter F - sekwencja nukleotydowa 3 starter R - sekwencja nukleotydowa 4 iii. dla genu AT5G37940:
starter F - sekwencja nukleotydowa 5 starter R - sekwencja nukleotydowa 6,
e. oblicza się relatywny poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, w oparciu o poziomy ekspresji genów referencyjnych, dla każdej próby cDNA,
f. wybiera się genotypy rzodkiewnika pospolitego wykazujące podwyższony poziom ekspresji genów AT3G59845, AT1G06260 lub AT5G37940, w odniesieniu do innych genotypów analizowanych w tym samym procesie, wskazujący na obniżoną wrażliwość na strigolaktony.
4. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że wzrost siewek rzodkiewnika pospolitego prowadzi się przez 4 tygodnie.
5. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że optymalne warunki oznaczają temperaturę powietrza od 18 do 22°C, fotoperiod od 14/10 do 20/4, intensywność świetlną od 100 do 150 μmol m-2 s-1.
PL 242263 Β1
6. Sposób według zastrz. 3 i 5, znamienny tym, że optymalne warunki oznaczają temperaturę powietrza 20°C, fotoperiod 16/8, intensywność świetlną 120 pmol nr2 s’1.
7. Sposób według zastrz. 3, znamienny tym, że jako geny referencyjne stosuje się geny: GAPDF1 (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) i/lub ACT1 (Actinl).
PL437302A 2021-03-15 2021-03-15 Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów PL242263B1 (pl)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL437302A PL242263B1 (pl) 2021-03-15 2021-03-15 Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
PL437302A PL242263B1 (pl) 2021-03-15 2021-03-15 Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL437302A1 PL437302A1 (pl) 2022-09-19
PL242263B1 true PL242263B1 (pl) 2023-02-06

Family

ID=83724210

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL437302A PL242263B1 (pl) 2021-03-15 2021-03-15 Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku sygnalizacji strigolaktonów

Country Status (1)

Country Link
PL (1) PL242263B1 (pl)

Also Published As

Publication number Publication date
PL437302A1 (pl) 2022-09-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
PL242227B1 (pl) Sekwencje starterów do identyfikacji genów jęczmienia, sposób analizy ekspresji genów jęczmienia oraz sposób identyfikacji pozwalający na selekcję mutantów jęczmienia niewrażliwych na strigolaktony
US20210076578A1 (en) Non-gm improved tomato crops and methods for obtaining crops with improved inheritable traits
Ge et al. Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos
Shang et al. Preliminary identification of candidate genes associated with the peach fruit sorbitol content based on comparative transcriptome analysis
PL242225B1 (pl) Sekwencje starterów do identyfikacji genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku biosyntezy lub sygnalizacji strigolaktonów
CN111206037B (zh) 甘蓝型油菜脂肪酸转运蛋白基因BnFAX6的鉴定及应用
PL242262B1 (pl) Sekwencje starterów specyficznych dla genów rzodkiewnika pospolitego, sposób analizy poziomu ekspresji genów rzodkiewnika pospolitego oraz sposób identyfikacji genotypów rzodkiewnika pospolitego z uszkodzeniem w szlaku biosyntezy strigolaktonów
Gabotti et al. The maize pentatricopeptide repeat gene empty pericarp4 (emp4) is required for proper cellular development in vegetative tissues
CN119193612A (zh) 茶树CsGRF7基因及其应用
CN108823328B (zh) 野生大麻和栽培大麻荧光定量分析的内参基因及其应用
Yang et al. Quantitative analysis of pathway enrichment within faba bean seeds RNA-Seq (Vicia faba L)
Shanmugaraj Spatiotemporal multi-omics analyses of the barley (Hordeum vulgare L.) inflorescence reveal a multilayered regulation of developmentally programmed pre-anthesis tip degeneration
Hesami Morphological and Genetic Dynamics in Cannabis sativa L.: Transcriptomic Insights into Leaf Morphogenesis, Phase Transition, and Somatic Embryogenesis
He et al. Application of Multiplex Genome Editing Technology on Targeted Improvement of Ecological Adaptability of the Geng Rice Variety Jiahe212
Xu et al. The JA signaling pathway modulates fruit branch internode development in Gossypium hirsutum L.: Insights from multi-omics investigations
Wang et al. Genetic characterization and mechanistic insights into high seed oil content and orange petal trait in the rapeseed mutant opm1
PL249492B1 (pl) Sekwencje starterów do amplifikacji fragmentu genu HvD53 jęczmienia i sposób identyfikacji osobników jęczmienia pod kątem występowania mutacji T4001C w obrębie fragmentu genu HvD53 jęczmienia, wpływającej na zmniejszenie rozkrzewienia części nadziemnej jęczmienia
Awakale et al. Osmotic stress induced root growth and regulation of root development related genes in progenitors of wheat
Doque On the biological relevance of alternative splicing in plants: dual function of an Arabidopsis membrane transporter
Andryka et al. NO-induced alleviation of dormancy of apple embryos is related to modification of phytohormonal signaling pathways
Hate et al. Evaluation of Putative Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Markers Associated with Waterlogging Tolerance in Maize (Zea mays L.).
Siwinska et al. Gene-to-metabolite network for coumarins biosynthesis in natural accessions of Arabidopsis thaliana
Jopek The preliminary stage of SCAR markers development for Ranunculus subgen. Batrachium
Wilmowicz et al. Molecular cloning and preliminary expression analysis of complete cDNA homologue LOX2 gene in Lupinus luteus
Brzezowski et al. The GUN4 protein plays a regulatory role in tetrapyrrole biosynthesis pathway and is required for chloroplast-to-nucleus signalling in unicellular green algae Chlamydomonas reinhardtii