PL230912B1 - Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based method - Google Patents
Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based methodInfo
- Publication number
- PL230912B1 PL230912B1 PL410980A PL41098015A PL230912B1 PL 230912 B1 PL230912 B1 PL 230912B1 PL 410980 A PL410980 A PL 410980A PL 41098015 A PL41098015 A PL 41098015A PL 230912 B1 PL230912 B1 PL 230912B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- heterodera
- species
- paratylenchus
- nematodes
- identification
- Prior art date
Links
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 title claims abstract description 33
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 25
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 title claims abstract description 25
- 241000607479 Yersinia pestis Species 0.000 title abstract description 4
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 title abstract description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 47
- 241001143330 Paratrichodorus minor Species 0.000 claims abstract description 15
- 241000040429 Heterodera humuli Species 0.000 claims abstract description 13
- 241000040388 Heterodera carotae Species 0.000 claims abstract description 12
- 241000040390 Heterodera cruciferae Species 0.000 claims abstract description 12
- 241001148488 Helicotylenchus pseudorobustus Species 0.000 claims abstract description 11
- 241000379510 Heterodera schachtii Species 0.000 claims abstract description 11
- 241001267634 Paratylenchus bukowinensis Species 0.000 claims abstract description 10
- 241001268457 Paratylenchus nanus Species 0.000 claims abstract description 9
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 35
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 35
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 22
- 239000007858 starting material Substances 0.000 claims description 16
- 239000013642 negative control Substances 0.000 claims description 10
- 101150036041 HPSE gene Proteins 0.000 claims description 7
- 239000002689 soil Substances 0.000 claims description 6
- 241001540512 Hoplolaimidae Species 0.000 claims description 5
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 claims description 4
- 241000243783 Heteroderidae Species 0.000 claims description 4
- 241001540434 Trichodoridae Species 0.000 claims description 4
- 241001148649 Paratylenchidae Species 0.000 claims description 3
- 241001148650 Paratylenchus Species 0.000 claims description 3
- 241001540466 Tylenchulidae Species 0.000 claims description 2
- 239000012496 blank sample Substances 0.000 claims description 2
- 241001540447 Tylenchus Species 0.000 claims 1
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 21
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 18
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 15
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 10
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 8
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 7
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 5
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 4
- 241001480224 Heterodera Species 0.000 description 4
- 241000580319 Heterodera goettingiana Species 0.000 description 4
- 241000243782 Tylenchida Species 0.000 description 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 3
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- 241001148481 Helicotylenchus Species 0.000 description 2
- 241001481225 Heterodera avenae Species 0.000 description 2
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000418378 Paratylenchus projectus Species 0.000 description 2
- 241001148645 Paratylenchus straeleni Species 0.000 description 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 2
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 230000003562 morphometric effect Effects 0.000 description 2
- 238000013425 morphometry Methods 0.000 description 2
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 241000196509 Anguinidae Species 0.000 description 1
- 241000219193 Brassicaceae Species 0.000 description 1
- 241001133184 Colletotrichum agaves Species 0.000 description 1
- 206010011732 Cyst Diseases 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 241000567357 Helicotylenchus varicaudatus Species 0.000 description 1
- 241001148489 Helicotylenchus vulgaris Species 0.000 description 1
- 102100030378 Hemoglobin subunit theta-1 Human genes 0.000 description 1
- 101000843063 Homo sapiens Hemoglobin subunit theta-1 Proteins 0.000 description 1
- 241001540493 Hoplolaiminae Species 0.000 description 1
- 241001287835 Meloidogynidae Species 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 241001220303 Paratrichodorus pachydermus Species 0.000 description 1
- 241001408787 Paratrichodorus teres Species 0.000 description 1
- 241000193945 Pratylenchidae Species 0.000 description 1
- 241001132771 Rotylenchus buxophilus Species 0.000 description 1
- CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N SYBR Green I Chemical compound CN(C)CCCN(CCC)C1=CC(C=C2N(C3=CC=CC=C3S2)C)=C2C=CC=CC2=[N+]1C1=CC=CC=C1 CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000239226 Scorpiones Species 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 208000031513 cyst Diseases 0.000 description 1
- 230000024293 detection of nematode Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 235000000010 nanu Nutrition 0.000 description 1
- 244000082862 nanu Species 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000013081 phylogenetic analysis Methods 0.000 description 1
- 238000011533 pre-incubation Methods 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108700022487 rRNA Genes Proteins 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Agricultural Chemicals And Associated Chemicals (AREA)
Abstract
Ujawniono sposób i zestaw do identyfikacji nicieni, szkodników warzyw, metodą Real Time PCR. W szczególności wynalazek dotyczy sposobu i zestawu do identyfikacji nicieni obejmujących gatunki Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis oraz Paratylenchus nanus. Dzięki specyficznie dobranym starterom i sondom rozwiązanie umożliwia precyzyjną identyfikację wskazanych gatunków nicieni niezależnie od rodzaju prób badanych, ich pochodzenia i przeznaczenia oraz stadium rozwoju.A method and kit for identifying nematodes, vegetable pests, using the Real Time PCR method are disclosed. In particular, the invention relates to a method and kit for identifying nematodes including the species Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis and Paratylenchus nanus. Thanks to specifically selected primers and probes, the solution enables precise identification of selected nematode species regardless of the type of samples tested, their origin and purpose, and the stage of development.
Description
Opis wynalazkuDescription of the invention
Przedmiotem wynalazku jest sposób i zestaw do identyfikacji nicieni, szkodników warzyw, metodą Real Time PCR. W szczególności, wynalazek dotyczy sposobu i zestawu do identyfikacji nicieni wybranych z grupy obejmującej gatunki Helicotylenchus pseudorobustus z rodziny Hoplolaimidae, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli i Heterodera schachtii z rodziny Heteroderidae, Paratrichodorus minor z rodziny Trichodoridae, Paratylenchus bukowinensis i Paratylenchus nanus z rodziny Tylenchulidae.The subject of the invention is a method and a kit for the identification of nematodes and vegetable pests by the Real Time PCR method. In particular, the invention relates to a method and a kit for the identification of nematodes selected from the group consisting of Helicotylenchus pseudorobustus species from the Hoplolaimidae family, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli and Heterodera schachtii from the Heteroderidae family, Paratrichodorus minor from the family of Trichodoridae, Paratrichodorus minor from the family of Parylenchodorusylenischidae. Tylenchulidae.
Według najnowszej klasyfikacji rodzinę Anguinidae reprezentują w Polsce 34 gatunki, Heteroderidae - 17 gatunków, Meloidogynidae - 5 gatunków, Pratylenchidae - 5 gatunków, a w rodzinie Trichodoridae wykazano 11 gatunków. Wiele spośród nich to szkodniki roślin uprawnych. Porażone rośliny mają uszkodzony system korzeniowy, a zmniejszony pobór wody prowadzi do ich zamierania. Wymienione powyżej gatunki nicieni uznawane są za pasożyty lub potencjalne pasożyty roślin. Część naziemna zainfekowanej rośliny żółknie, a bulwy są mniejsze, pokryte brunatnymi plamami, co obniża ich wartość handlową.According to the latest classification, the Anguinidae family in Poland is represented by 34 species, Heteroderidae - 17 species, Meloidogynidae - 5 species, Pratylenchidae - 5 species, and 11 species have been found in the Trichodoridae family. Many of them are pests of arable crops. Infected plants have a damaged root system, and reduced water uptake leads to their dieback. The nematode species listed above are considered to be parasites or potential plant parasites. The ground part of the infected plant turns yellow and the tubers are smaller, covered with brown spots, which reduces their commercial value.
Identyfikacja gatunków nicieni oparta jest na analizie cech morfologicznych i morfometrycznych, w tym diagnozowane są m.in.: zabarwienie samicy na poszczególnych etapach rozwojowych, kształt cysty, długość i kształt guzów sztyletu, długość larwy inwazyjnej, wzór na płytce perinealnej. Jest to jednak analiza bardzo pracochłonna i czasochłonna. Wymaga dużo wiedzy i doświadczenia w pracy z materiałem biologicznym. Ponadto, istnieje możliwość nachodzenia na siebie wymiarów różnych gatunków. Metody opartej na analizie cech morfologicznych i morfometrycznych nie można zastosować do identyfikacji młodocianych osobników, u których cechy morfologiczne nie są jeszcze wykształcone.Identification of nematode species is based on the analysis of morphological and morphometric features, including the diagnosis of female coloration at various stages of development, cyst shape, length and shape of dagger tumors, length of invasive larvae, pattern on the perineal plate. However, this is a very laborious and time-consuming analysis. It requires a lot of knowledge and experience in working with biological material. Moreover, there is the possibility of overlapping dimensions of different species. The method based on the analysis of morphological and morphometric features cannot be used to identify adolescents in which morphological features are not yet developed.
Obecnie w diagnostyce nematologicznej coraz częściej stosowane są techniki oparte na analizie kwasów nukleinowych, w tym wykorzystujące łańcuchową reakcję polimerazy (PCR). Podstawą techniki PCR jest powielenie fragmentu/ów DNA, specyficznego dla określonego organizmu, do poziomu umożliwiającego jego szybką i prostą detekcję przy użyciu elektroforezy. Uzyskuje się to stosując krótkie jednoniciowe oligonukleotydy (12-40 nukleotydów), tzw. startery, specyficzne dla powielanego fragmentu DNA oraz enzym - termostabilną polimerazę, która umożliwia powielenie żądanego fragmentu w cyklicznej, trzyetapowej reakcji, złożonej z denaturacji, wiązania starterów oraz syntezy DNA. Zazwyczaj po około 30 cyklach reakcji uzyskuje się ponad milion kopii powielanego fragmentu DNA, co pozwala zidentyfikować go techniką elektroforezy żelowej.Currently, techniques based on the analysis of nucleic acids, including the polymerase chain reaction (PCR), are increasingly used in nematological diagnostics. The basis of the PCR technique is the amplification of a DNA fragment (s) specific for a specific organism to a level that allows for its quick and simple detection using electrophoresis. This is achieved by using short single-stranded oligonucleotides (12-40 nucleotides), the so-called primers, specific for the amplified DNA fragment, and the enzyme - thermostable polymerase, which enables the amplification of the desired fragment in a cyclic, three-step reaction consisting of denaturation, primer binding and DNA synthesis. Typically, after about 30 reaction cycles, more than a million copies of the amplified DNA fragment are obtained, which can be identified by gel electrophoresis.
Udoskonaleniem łańcuchowej reakcji polimerazy jest Real-Time PCR, to jest rekcji PCR z pomiarem ilości powielonego fragmentu w każdym cyklu reakcji. Do pomiaru ilości powielonego fragmentu wykorzystuje się fluorochromy (barwniki fluorescencyjne), np.: SYBR Green I, SYTO9, Eva Green, SYBR Gold, których fluorescencja jest proporcjonalna do ilości powielonego fragmentu. Identyfikację powstałych produktów przeprowadza się poprzez pomiar wielkości fluorescencji oraz analizę krzywej topnienia produktów reakcji bez elektroforezy. Czułość reakcji Real-Time PCR jest znacznie większa niż tradycyjnego PCR, a brak elektroforezy skraca czas analizy. Wadą Real-Time PCR z barwnikami fluorescencyjnymi (podobnie jak tradycyjnego PCR) jest ograniczona specyficzność reakcji. W większości przypadków reakcja PCR zachodzi nie tylko w przypadku 100% identyczności sekwencji starterów do sekwencji matrycy lecz również gdy 1-2 nukleotydy są nieidentyczne. Ta właściwość tradycyjnego PCR i Real Time PCR z barwnikami fluorescencyjnymi wymaga precyzyjnego ustawienia parametrów termicznych reakcji. Ponadto, barwniki fluorescencyjne wiążą się z każdym dwuniciowym fragmentem DNA, powstałym również w wyniku amplifikacji starterów (produkty primer-primer, primer-dimer), co wymaga również starannego doboru odpowiedniego stężenia starterów. Alternatywą dla barwników fluorescencyjnych są sondy DNA znakowane fluorescencyjnie. Są to krótkie odcinki DNA, komplementarne do poszukiwanej sekwencji, które po przyłączeniu do DNA podczas reakcji PCR emitują fluorescencję o określonej długości fali. Obecnie znanych jest kilka rodzajów sond, np.: TaqMan, FRET, molecular beacons, czy scorpions. Specyficzność reakcji Real-Time PCR ze znakowanymi sondami jest znacznie wyższa niż z barwnikami fluorescencyjnymi. W odróżnieniu od starterów niedopasowanie jednego nukleotydu w sekwencji sondy prowadzi przeważnie do braku reakcji lub bardzo istotnego zmniejszenia wydajności, co jest łatwe do stwierdzenia podczas monitorowania przebiegu reakcji lub analizy wyników reakcji.An improvement on the polymerase chain reaction is Real-Time PCR, that is, a PCR reaction with the measurement of the amount of amplified fragment in each reaction cycle. To measure the amount of the amplified fragment, fluorochromes (fluorescent dyes) are used, e.g. SYBR Green I, SYTO9, Eva Green, SYBR Gold, the fluorescence of which is proportional to the amount of the amplified fragment. Identification of the resulting products is carried out by measuring the amount of fluorescence and analyzing the melting curve of the reaction products without electrophoresis. The sensitivity of Real-Time PCR is much higher than that of traditional PCR, and the lack of electrophoresis shortens the analysis time. The disadvantage of Real-Time PCR with fluorescent dyes (similar to traditional PCR) is the limited specificity of the reaction. In most cases, the PCR reaction occurs not only when the primer sequence is 100% identical to the template sequence but also when 1-2 nucleotides are non-identical. This property of traditional PCR and Real Time PCR with fluorescent dyes requires precise setting of the thermal parameters of the reaction. Moreover, fluorescent dyes bind to each double-stranded DNA fragment, also resulting from primer amplification (primer-primer, primer-dimer products), which also requires careful selection of the appropriate concentration of primers. An alternative to fluorescent dyes are fluorescently labeled DNA probes. These are short sections of DNA, complementary to the searched sequence, which, when attached to DNA during PCR reactions, emit fluorescence at a specific wavelength. Currently, several types of probes are known, e.g. TaqMan, FRET, molecular beacons, and scorpions. The specificity of the Real-Time PCR reaction with labeled probes is much higher than with fluorescent dyes. Unlike primers, a single nucleotide mismatch in the probe sequence usually leads to no reaction or a very significant reduction in yield, which is easy to see when monitoring the course of the reaction or analyzing the results of the reaction.
PL 230 912 B1PL 230 912 B1
Dotychczas najczęściej stosowaną metodą molekularnej identyfikacji nicieni było PCR-RFLP (Restriction Fragments Length Polymorphism). Metoda polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych wykorzystuje enzymy restrykcyjne, które tną nić DNA w specyficznym dla siebie miejscu. Różnice w długości pociętych fragmentów DNA świadczą o zmienności. Amiri S., Subbotin S. A. i Moens M., Identification of the beet cyst nematode Heterodera schachtii by PCR, European Journal of Plant Pathology (2002), 108: 497-506 analizowali tą metodą łącznie prawie 60 populacji tworzących cysty nicieni, co pozwoliło im dobrać odpowiednie enzymy restrykcyjne do identyfikacji H.schachtii, H.betae i H.trifolii. Subbotin S. A., Waeyenberge L. i Moens M. użyli w swojej publikacji Identification of cyst forming nematodes of the genus Heterodera (Nematoda: Heteroderidae) based on the ribosomal DNA-RFLP, Nematology (2000), 2 (2): 153-164 aż 26 różnych enzymów restrykcyjnych: AluI, AvaI, BamHI, BglI, BsiZI, BsuRI, Bshl236I, Bspl43I, CfoI, Ddel, EcoRI, Hpall, Hindlll, Hinfl, KpnI, MvaI, Pstl, PvuII, Psal, Sali, SfuI, SspI, ScrFI, TaqI, Tru9I i XbaI, dzięki czemu wyodrębnili 27 różnych gatunków i typów nicieni w próbie, między innymi H.carotae, H. cruciferae, Heterodera humuli i Heterodera schachtii.Until now, the most frequently used method of molecular identification of nematodes was PCR-RFLP (Restriction Fragments Length Polymorphism). The restriction fragment length polymorphism method uses restriction enzymes that cut the DNA strand at a specific site for itself. Differences in the length of the cut DNA fragments indicate variability. Amiri S., Subbotin SA and Moens M., Identification of the beet cyst nematode Heterodera schachtii by PCR, European Journal of Plant Pathology (2002), 108: 497-506 analyzed a total of almost 60 cyst-forming nematodes using this method, which allowed them to select the appropriate restriction enzymes for the identification of H.schachtii, H.betae and H. trifolii. Subbotin SA, Waeyenberge L. and Moens M. used in their publication Identification of cyst forming nematodes of the genus Heterodera (Nematoda: Heteroderidae) based on the ribosomal DNA-RFLP, Nematology (2000), 2 (2): 153-164 until 26 different restriction enzymes: AluI, AvaI, BamHI, BglI, BsiZI, BsuRI, Bshl236I, Bspl43I, CfoI, Ddel, EcoRI, Hpall, Hindlll, Hinfl, KpnI, MvaI, Pstl, PvuII, PsalFI, SalispI, SfuI , TaqI, Tru9I and XbaI, thanks to which they identified 27 different species and types of nematodes in the sample, including H.carotae, H. cruciferae, Heterodera humuli and Heterodera schachtii.
Najnowsze podejście do molekularnych metod identyfikacji nicieni polega na zastosowaniu łańcuchowej reakcji polimerazy w czasie rzeczywistym. Madani M., Subbotin S. A. i Moens M. w Quantitative detection of the potato cyst nematode, Globodera pallida, and the beet cyst nematode, Heterodera schachtii, using Real-Time PCR with SYBR green I dye, Molecular and Cellular Probes (2005), 19: 81-86 wykorzystali do szybkiej identyfikacji gatunku specyficzne startery i barwnik fluorescencyjny SYBR Green I. Wykorzystali oni mieszankę starterów opisanych we wcześniejszych publikacjach - 0,1 pM każdego ze starterów: SH6Mod 5'-CGT GTT CTT ACG TTA CTT CAA-3', SH4 5'-AGC ATG CGA AGG ATT GG-3', PITSp4 5'-ACA ACA GCA ATC GTC GAG-3' oraz Pal3 5'-ATG TTT GGG CTG GCA C-3', 12 pl barwnika i 4 pl DNA próbki w łącznej objętości końcowej 25 pl.The latest approach to molecular identification of nematodes is based on real-time polymerase chain reaction. Madani M., Subbotin SA and Moens M. in Quantitative detection of the potato cyst nematode, Globodera pallida, and the beet cyst nematode, Heterodera schachtii, using Real-Time PCR with SYBR green I dye, Molecular and Cellular Probes (2005), 19: 81-86 used specific primers and the fluorescent dye SYBR Green I to quickly identify species. They used a mix of primers described in previous publications - 0.1 pM of each primer: SH6Mod 5'-CGT GTT CTT ACG TTA CTT CAA-3 ' , SH4 5'-AGC ATG CGA AGG ATT GG-3 ', PITSp4 5'-ACA ACA GCA ATC GTC GAG-3' and Pal3 5'-ATG TTT GGG CTG GCA C-3 ', 12 pl dye and 4 pl DNA samples in a total final volume of 25 pl.
Identyfikacja Helicotylenchus pseudorobustus metodą sekwencjonowania DNA została opisana w publikacjach: Subbotin S.A., Vovlas N., Yeates G.W., Hallmann J., Kiewnick S., Chizhov V.N., Manzanilla-López R.H., Inserra R.N., Castillo P. 2011. Diversity and phylogenetic relationships within the spiral nematodes of Helicotylenchus Steiner, 1945 (Tylenchida: Hoplolaimidae) as inferred from analysis of the D2-D3 expansion segments of 28S rRNA gene sequences. Nematology 13(3): 333-345 oraz Subbotin S.A., Vovlas N., Yeates G.W., Hallmann J., Kiewnick S., Chizhov V.N., Manzanilla-López R.H., Inserra R.N., Castillo P. 2015. Morphological and molecular characterisation of Helicotylenchus pseudorobustus (Steiner, 1914) Golden, 1956 and related species (Tylenchida: Hoplolaimidae) with a phylogeny of the genus. Nematology 00: 1-26.The identification of Helicotylenchus pseudorobustus by DNA sequencing has been described in the publications: Subbotin SA, Vovlas N., Yeates GW, Hallmann J., Kiewnick S., Chizhov VN, Manzanilla-López RH, Inserra RN, Castillo P. 2011. Diversity and phylogenetic relationships within the spiral nematodes of Helicotylenchus Steiner, 1945 (Tylenchida: Hoplolaimidae) as inferred from analysis of the D2-D3 expansion segments of 28S rRNA gene sequences. Nematology 13 (3): 333-345 and Subbotin SA, Vovlas N., Yeates GW, Hallmann J., Kiewnick S., Chizhov VN, Manzanilla-López RH, Inserra RN, Castillo P. 2015. Morphological and molecular characterization of Helicotylenchus pseudorobustus (Steiner, 1914) Golden, 1956 and related species (Tylenchida: Hoplolaimidae) with a phylogeny of the genus. Nematology 00: 1-26.
Identyfikacja Paratylenchus bukowinensis metodą sekwencjonowania DNA została opisana w publikacji Subbotin S.A., Vovlas N., Crozzoli R., Sturhan D., Lamberti F., Moens M., Baldwin J.G. 2005. Phylogeny of Criconematina Siddiqi, 1980 (Nematoda: Tylenchida) based on morphology and D2-D3 expansion segments of the 28S-rRNA gene sequences with application of a secondary structure model. Nematology 7(6): 927-944 a Paratrichodorus minor, Li X., Guo K., Zhang Y., Yan X., Zheng J. 2010. First Report of the Stubby Root Nematode, Paratrikhodorus minor in Mainland China. Plant Diseases 94(3): 376 http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0376A. Identyfikacja Paratylenchus nanus techniką sekwencjonowania DNA została opisana w publikacjach: Bae C.H., Szalanski A.L., Robbins R.T. 2009 Phylogenetic Analysis of the Hoplolaiminae Inferred from Combined D2 and D3 Expansion Segments of 28S rDNA. Journal of Nematology 41(1): 28-34 oraz van den Berg E., Tiedt L.R., Subbotin S.A. 2014. Morphological and molecular characterisation of several Paratylenchus Micoletzky, 1922 (Tylenchida: Paratylenchidae) species from South Africa and USA, together with some taxonomic notes. Nematology 16 (2014) 323-358.Identification of Paratylenchus bukowinensis by DNA sequencing is described in Subbotin S.A., Vovlas N., Crozzoli R., Sturhan D., Lamberti F., Moens M., Baldwin J.G. 2005. Phylogeny of Criconematina Siddiqi, 1980 (Nematoda: Tylenchida) based on morphology and D2-D3 expansion segments of the 28S-rRNA gene sequences with application of a secondary structure model. Nematology 7 (6): 927-944 a Paratrichodorus minor, Li X., Guo K., Zhang Y., Yan X., Zheng J. 2010. First Report of the Stubby Root Nematode, Paratrikhodorus minor in Mainland China. Plant Diseases 94 (3): 376 http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-94-3-0376A. Identification of Paratylenchus nanus using the DNA sequencing technique has been described in the publications: Bae C.H., Szalanski A.L., Robbins R.T. 2009 Phylogenetic Analysis of the Hoplolaiminae Inferred from Combined D2 and D3 Expansion Segments of 28S rDNA. Journal of Nematology 41 (1): 28-34 and van den Berg E., Tiedt L.R., Subbotin S.A. 2014. Morphological and molecular characterization of several Paratylenchus Micoletzky, 1922 (Tylenchida: Paratylenchidae) species from South Africa and USA, together with some taxonomic notes. Nematology 16 (2014) 323-358.
W stanie techniki istnieje nadal potrzeba dostarczenia narzędzia umożliwiającego detekcję wybranych gatunków nicieni nieidentyfikowanych metodami genetycznymi, jak również dostarczenia udoskonalonego sposobu identyfikacji tych gatunków nicieni, które są wykrywane znanymi technikami genetycznymi natomiast nie zapewniają wysokiej precyzyjności i nie wykluczają błędów w analizie.In the state of the art, there is still a need to provide a tool enabling the detection of selected nematode species that are not genetically identified, as well as an improved method of identifying those nematode species that are detected by known genetic techniques, but do not ensure high precision and do not exclude errors in the analysis.
Celem wynalazku jest dostarczenie sposobu umożliwiającego identyfikację gatunków nicieni z dużą czułością i specyficznością. Celem wynalazku jest również dostarczenie sposobu identyfi kacji nicieni, które nie były dotychczas wykrywane metodami analizy materiału genetycznego badanych gatunków. Celem wynalazku jest również dostarczenie nowych sekwencji nukleotydowych starterów i sond bądź nieoczywistego wyboru znanych sekwencji i sond, mających zastosowanie w sposobie wykrywania nicieni techniką PCR, zwłaszcza Real-Time PCR, niezależnie od rodzaju prób badanych, ich pochodzenia i przeznaczenia oraz stadium rozwoju.The object of the invention is to provide a method that allows the identification of nematode species with high sensitivity and specificity. It is also an object of the invention to provide a method for the identification of nematodes which have not been detected so far by methods of analyzing the genetic material of the species tested. It is also an object of the invention to provide new nucleotide sequences of primers and probes or a non-obvious selection of known sequences and probes, applicable in the method of detecting nematodes by PCR, especially Real-Time PCR, regardless of the type of test, their origin and purpose and stage of development.
PL 230 912 Β1PL 230 912 Β1
Powyższe cele zrealizowano w niniejszym wynalazku.The above objectives have been achieved in the present invention.
Przedmiotem wynalazku jest sposób identyfikacji nicieni w próbce gleby wybranych z grupy zawierającej gatunki Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis oraz Paratylenchus nanus, obejmujący następujące etapy:The subject of the invention is a method of identifying nematodes in a soil sample selected from the group consisting of the species Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis and Paratylenchus nanus, including the following stages:
a) dostarczenie próbki gleby zawierającej nicienie do identyfikacji;(a) providing a soil sample containing nematodes for identification;
b) wypłukanie nicieni z gleby;b) rinsing the nematodes from the soil;
c) izolację DNA;c) DNA isolation;
d) przeprowadzenie reakcji PCR, zwłaszcza Real-Time PCR, z zastosowaniem pary starterów 3’ i 5’ oraz sondy;d) performing a PCR reaction, in particular Real-Time PCR, using a pair of 3 'and 5' primers and a probe;
e) porównanie krzywej amplifikacji badanej próby z krzywymi amplifikacji próby zerowej oraz kontroli negatywnej, przy czym do identyfikacji jednego z powyższych gatunków w reakcji PCR, zwłaszcza, Real-Time PCR stosuje się właściwe dla danego gatunku startery 3’ i 5’ oraz sondę wybrane z listy:e) comparison of the amplification curve of the tested sample with the amplification curves of the blank sample and the negative control, where the identification of one of the above species in the PCR reaction, especially Real-Time PCR, uses the species-specific 3 'and 5' primers and a probe selected from letters:
Przedmiotem wynalazku jest również zestaw do identyfikacji nicieni wybranych z grupy obejmującej gatunki Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis oraz Paratylenchus nanus, metodą PCR, zwłaszcza Real-Time PCR, zawierający właściwe dla danego gatunku startery 3’ i 5’ oraz sondę wybrane z listy:The subject of the invention is also a kit for the identification of nematodes selected from the group consisting of Helicotylenchus pseudorobustus, Heterodera carotae, Heterodera cruciferae, Heterodera humuli, Heterodera schachtii, Paratrichodorus minor, Paratylenchus bukowinensis and Paratylenchus nanus species, by PCR method, especially containing Real-Time 3 'and 5' primers and a probe selected from the list:
Mieszanina reakcyjna zawiera bufor, termostabilną Taq polimerazę, jony magnezu, startery i sondę. Stężenie starterów w mieszaninie reakcyjnej wynosi 1-2 μΜ, sondy 50-100 nM, jonów magnezu 2-5 mM. Reakcję prowadzi się przy temperaturze przyłączania starterów 55-60°C, w objętości mieszaniny reakcyjnej 10-20 μΙ, przy zastosowaniu od 35 do 40 cykli reakcji. Identyfikacji produktów dokonuje się poprzez porównanie krzywych amplifikacji badanej próby z krzywymi amplifikacji próby zerowej.The reaction mixture contains a buffer, thermostable Taq polymerase, magnesium ions, primers and a probe. The concentration of primers in the reaction mixture is 1-2 μM, probes 50-100 nM, magnesium ions 2-5 mM. The reaction is carried out at an annealing temperature of the primers of 55-60 ° C, in a volume of the reaction mixture of 10-20 µΙ, using 35 to 40 reaction cycles. Product identification is accomplished by comparing the amplification curves of the test sample with the amplification curves of the blank.
Nazwom sekwencji starterów oraz sond odpowiadają kolejne numery sekwencji:The sequence numbers of primers and probes correspond to the following sequence numbers:
Hpsefv (SEKW NR ID: 1), Hpserv (SEKW NR ID: 2), Hpse (SEKW NR ID: 3), Hcarfv (SEKW NR ID: 4), Hcarrv (SEKW NR ID): 5), Hcar (SEKW NR ID: 6), Hcrufv (SEKW NR ID: 7), Hcrurv (SEKW NR ID: 8), Hcru (SEKW NR ID: 9) Hhumfv (SEKW NR ID: 10), Hhumrv (SEKW NR ID: 11), Hhum (SEKW NR ID: 12), Hschfv (SEKW NR ID: 13), Hschrv (SEKW NR ID: 14), Hsch (SEKW NR ID: 15), Pminfv (SEKW NR ID: 16), Pminrv (SEKW NR ID: 17), Pmin (SEKW NR ID: 18), Pbukfv (SEKW NR ID: 19), Pbukrv (SEKW NR ID: 20), Pbuk (SEKW NR ID: 21), Pnanfv (SEKW NR ID: 22), Pnanrv (SEKW NR ID: 23), Pnan (SEKW NR ID: 24).Hpsefv (SEQ ID NO: 1), Hpserv (SEQ ID NO: 2), Hpse (SEQ ID NO: 3), Hcarfv (SEQ ID NO: 4), Hcarrv (SEQ ID NO: 5), Hcar (SEQ ID NO: 6), Hcrufv (SEQ ID NO: 7), Hcrurv (SEQ ID NO: 8), Hcru (SEQ ID NO: 9) Hhumfv (SEQ ID NO: 10), Hhumrv (SEQ ID NO: 11), Hhum (SEQ ID NO: 12), Hschfv (SEQ ID NO: 13), Hschrv (SEQ ID NO: 14), Hsch (SEQ ID NO: 15), Pminfv (SEQ ID NO: 16), Pminrv (SEQ ID NO: 17), Pmin (SEQ ID NO: 18), Pbukfv (SEQ ID NO: 19), Pbukrv (SEQ ID NO: 20), Pbuk (SEQ ID NO: 21), Pnanfv (SEQ ID NO: 22), Pnanrv ( SEQ ID NO: 23), Pnan (SEQ ID NO: 24).
PL 230 912 Β1PL 230 912 Β1
Fig. 1 przedstawia krzywe amplifikacji dla Helicotylenchus pseudorobustus.Fig. 1 shows the amplification curves for Helicotylenchus pseudorobustus.
Fig. 2 przedstawia krzywe amplifikacji dla Heterodera carotae.Fig. 2 shows the amplification curves for the Heterodera carotae.
Fig. 3 przedstawia krzywe amplifikacji dla Heterodera cruciferae.Fig. 3 shows the amplification curves for the Heterodera cruciferae.
Fig. 4 przedstawia krzywe amplifikacji dla Heterodera humuli.Fig. 4 shows the amplification curves for the Heterodera humuli.
Fig. 5 przedstawia krzywe amplifikacji dla Heterodera schachtii.Fig. 5 shows the amplification curves for the Heterodera schachtii.
Fig. 6 przedstawia krzywe amplifikacji dla Paratrichodorus minor.Fig. 6 shows the amplification curves for Paratrichodorus minor.
Fig. 7 przedstawia krzywe amplifikacji dla Paratylenchus bukowinensis.Fig. 7 shows the amplification curves for Paratylenchus bukowinensis.
Fig. 8 przedstawia krzywe amplifikacji dla Paratylenchus nanus.Fig. 8 shows the amplification curves for Paratylenchus nanus.
Poniżej podano przykłady identyfikacji każdego z wchodzących w skład zestawu gatunków nicieni. Każdorazowo identycznym warunkom izolacji i amplifikacji poddawano próbę zerową (dejonizowana H2O wolna od nukleaz) oraz próbę ujemną. Materiałem dla próby ujemnej było DNA gatunku nicienia należącego do tego samego rodzaju co badany, mieszanina równych ilości DNA nicieni należących do tego samego gatunku co badany gatunek lub w przypadku braku gatunków należących do tego samego rodzaju, gatunek z tej samej rodziny.Examples of identifying each of the nematode species included in the set are given below. In each case, the same isolation and amplification conditions were applied to the blank (deionized H2O free from nuclease) and the negative sample. The material for the negative sample was DNA of a nematode species belonging to the same genus as the tested species, a mixture of equal amounts of nematode DNA belonging to the same species as the tested species, or in the absence of species belonging to the same genus, a species from the same family.
Przykład 1Example 1
Identyfikacja nicieni z gatunku Helicotylenchus pseudorobustus.Identification of the nematode Helicotylenchus pseudorobustus.
DNA izolowano przy użyciu komercyjnych zestawów do izolacji DNA NucleoSpin Tissue XS firmy Macherey-Nagel. W reakcji użyto starterów i sondy o następujących sekwencjach:DNA was isolated using Macherey-Nagel's commercial NucleoSpin Tissue XS DNA isolation kits. The reaction used primers and probes with the following sequences:
Reakcję Real-Time PCR przeprowadzano w mieszaninie o objętości 20 μΙ w aparacie RotorGene 6000 firmy Qiagen przy użyciu odczynników z zestawu LuminoCt qPCR ReadyMix (SigmaAldrich) w następujących ilościach:The Real-Time PCR reaction was performed in a 20 μΙ mixture in a Qiagen RotorGene 6000 apparatus using reagents from the LuminoCt qPCR ReadyMix kit (SigmaAldrich) in the following amounts:
- H2O wolna od nukleaz do objętości 20 μΙ,- Nuclease-free H2O up to a volume of 20 μΙ,
- 2 μ110,0 μΜ każdego ze starterów Hpsefv i Hpserv,- 2 μ110.0 μΜ of each of the Hpsefv and Hpserv primers,
- 1 μΙ 4,0 μΜ sondy Hpse znakowanej na końcu 5’ barwnikiem JOE, a 3’-końcu wygaszaczem HBQ1,- 1 μΙ 4.0 μΜ of the Hpse probe labeled at the 5 'end with JOE dye, and the 3' end with HBQ1 quencher,
- 10 μΙ 2X LuminoCt qPCR ReadyMix (Sigma-Aldrich),- 10 μΙ 2X LuminoCt qPCR ReadyMix (Sigma-Aldrich),
- 2 μΙ DNA.- 2 μΙ DNA.
Mieszaninę reakcyjną umieszczano w probówce o objętości 20 μΙ, umieszczano w rotorze termocyklera RotorGene 6000 i przeprowadzano reakcję amplifikacji w 40 cyklach w następujących warunkach:The reaction mixture was placed in a 20 μΙ tube, placed in the rotor of a RotorGene 6000 thermal cycler, and the amplification reaction was performed for 40 cycles under the following conditions:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Helicotylenchus exallus, Helicotylenchus varicaudatus oraz Helicotylenchus vulgaris.DNA of the nematodes Helicotylenchus exallus, Helicotylenchus varicaudatus and Helicotylenchus vulgaris was a negative control.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 1.The amplification curves obtained as a result of the performed analysis are presented in Fig. 1.
PL 230 912 Β1PL 230 912 Β1
Przykład 2Example 2
Identyfikacja nicieni z gatunku Heterodera carotae.Identification of the nematodes of the species Heterodera carotae.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1. W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1. The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Heterodera aver>ae, Heterodera goettingiana oraz Heterodera humuli.DNA from the nematodes Heterodera aver> ae, Heterodera goettingiana and Heterodera humuli were used as negative controls.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 2. Przykład 3The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 2. Example 3
Identyfikacja nicieni z gatunku Heterodera cruciferae.Identification of the nematodes of the species Heterodera cruciferae.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1. W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1. The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Heterodera aver>ae, Heterodera goettingiana oraz Heterodera humuli.DNA from the nematodes Heterodera aver> ae, Heterodera goettingiana and Heterodera humuli were used as negative controls.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 3. Przykład 4The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 3. Example 4
Identyfikacja nicieni z gatunku Heterodera humuli.Identification of the nematodes of the species Heterodera humuli.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1. W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1. The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Heterodera avenae, Heterodera cruciferae oraz Heterodera goettingiana.DNA from the nematodes Heterodera avenae, Heterodera cruciferae and Heterodera goettingiana were used as negative controls.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 4. Przykład 5The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 4. Example 5
Identyfikacja nicieni z gatunku Heterodera schachtii.Identification of the nematodes of the species Heterodera schachtii.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1.The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1.
PL 230 912 Β1PL 230 912 Β1
W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Heterodera avenae, Heterodera goettingiana oraz Heterodera humuli.DNA from the nematodes Heterodera avenae, Heterodera goettingiana and Heterodera humuli were used as negative controls.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 5. Przykład 6The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 5. Example 6
Identyfikacją nicieni z gatunku Paratrichodorus minor.Identification of nematodes of the species Paratrichodorus minor.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1.The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1.
W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Paratrichodorus teres oraz Paratrichodorus pachydermus.DNA from Paratrichodorus teres and Paratrichodorus pachydermus was a negative control.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 6. Przykład 7The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 6. Example 7
Identyfikacja nicieni z gatunku Paratylenchus bukowinensis.Identification of the nematodes of the species Paratylenchus bukowinensis.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1.The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1.
W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Paratylenchus nanus, Paratylenchus projectus oraz Paratylenchus straeleni.DNA of Paratylenchus nanus, Paratylenchus projectus and Paratylenchus straeleni were used as a negative control.
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 7. Przykład 8The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 7. Example 8
Identyfikacja nicieni z gatunku Paratylenchus nanus.Identification of Paratylenchus nanus nematodes.
Warunki izolacji i amplifikacji odpowiadały warunkom przedstawionym w przykładzie 1. W reakcji Real-Time PCR użyto następujących starterów i sondy:The isolation and amplification conditions were as set out in Example 1. The following primers and probes were used in the Real-Time PCR reaction:
Kontrolę negatywną stanowiło DNA nicieni Paratylenchus bukowinensis, Paratylenchus projectus oraz Paratylenchus straeleni.The negative control was DNA of Paratylenchus bukowinensis, Paratylenchus projectus and Paratylenchus straeleni.
PL 230 912 Β1PL 230 912 Β1
Krzywe amplifikacji uzyskane w wyniku przeprowadzonej analizy przedstawiono na Fig. 8.The amplification curves obtained from the performed analysis are shown in Fig. 8.
Rozwiązanie według wynalazku pozwala na wykrycie nicieni w glebie w przeciągu kilku godzin, uwzględniając w tym etapy przygotowania prób, izolacji DNA oraz reakcji Real-Time PCR. Metodę według wynalazku, można zastosować do identyfikacji wyżej wymienionych gatunków nicieni niezależnie od rodzaju prób badanych, ich pochodzenia i przeznaczenia oraz stadium rozwoju.The solution according to the invention allows the detection of nematodes in soil within a few hours, including the stages of sample preparation, DNA isolation and Real-Time PCR. The method according to the invention can be used to identify the above-mentioned species of nematodes irrespective of the type of test, their origin and destination, and the stage of development.
Proponowany zestaw sond pozwala identyfikować wyżej wymienione gatunki nicienie w reakcji Real-Time PCR, która jest znacznie czulsza i szybsza od innych metod PCR. Zastosowanie w reakcji Real-Time PCR sond znacznie zwiększa specyficzność reakcji w stosunku do reakcji Real-Time PCR z barwnikami fluorescencyjnymi.The proposed set of probes allows to identify the above-mentioned species of nematodes in the Real-Time PCR reaction, which is much more sensitive and faster than other PCR methods. The use of probes in the Real-Time PCR reaction significantly increases the specificity of the reaction in relation to the Real-Time PCR reaction with fluorescent dyes.
Claims (2)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PL410980A PL230912B1 (en) | 2015-01-16 | 2015-01-16 | Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based method |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PL410980A PL230912B1 (en) | 2015-01-16 | 2015-01-16 | Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based method |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
PL410980A1 PL410980A1 (en) | 2016-07-18 |
PL230912B1 true PL230912B1 (en) | 2019-01-31 |
Family
ID=56370046
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
PL410980A PL230912B1 (en) | 2015-01-16 | 2015-01-16 | Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based method |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
PL (1) | PL230912B1 (en) |
-
2015
- 2015-01-16 PL PL410980A patent/PL230912B1/en unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
PL410980A1 (en) | 2016-07-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN106755488A (en) | Transgenic corn BT 11 strain specificity is identified using RPA technologies | |
CN106801092A (en) | Transgenic corns Bt176 strain specificities are identified using RPA technologies | |
RU2016136727A (en) | SET OF OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS, PROBES AND METHOD FOR IDENTIFICATION OF THE 35DELG Mutation OF THE GJB2 GENE BY THE METHOD OF ALLEY-SPECIFIC PCR AMPLIFICATION IN HEREDITARY NONSYNDROMAL DEAF | |
KR20190121600A (en) | Detection set for dengue virus serotypes using multiplex real-time pcr and detection method thereof | |
JPWO2021095798A1 (en) | Undifferentiated marker gene high-sensitivity detection method | |
PL230912B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes, vegetable pests, by Real Time PCR based method | |
PL230915B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes, root crop pests, by Real Time PCR based method | |
PL233837B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes, papilionaceous plant growing pests, by Real Time PCR based method | |
PL233893B1 (en) | Method and a kit for identification of Heterodera goettingiana nematode, important farm plants pest, by the Real Time PCR based method | |
KR101967404B1 (en) | Set for diagnosing equine piroplasmosis, method for diagnosing equine piroplasmosis by using the same and kit using the same | |
PL232393B1 (en) | Method and a kit for identification of Paratrichodorus pachydermus nematode, plant pest, by the Real Time PCR based method | |
PL233631B1 (en) | Magnetically supported bioreactor | |
PL230914B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes, forest plant pests, preferably coniferous trees, by Real Time PCR based method | |
PL233836B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes that are harmful to fruit trees and bushes, by Real Time PCR based method | |
PL233892B1 (en) | Method and a kit for identification of Longidorus eonymus nematode that is harmful to fruit trees and bushes, by Real Time PCR based method | |
PL233888B1 (en) | Method and a kit for identification of Paralongidorus maximus nematode that is harmful to fruit trees and bushes, by Real Time PCR based method | |
PL233890B1 (en) | Method and a kit for identification of Rotylenchus buxophilus nematode, forest plants pest, by the Real Time PCR based method | |
PL231512B1 (en) | Method and a kit for identification of Longidorus intermedius nematode that is harmful to fruit trees and bushes, by Real Time PCR based method | |
PL230913B1 (en) | Method and a kit for identification of nematodes, mushroom pests, by Real Time PCR based method | |
PL231510B1 (en) | Method and a kit for identification of Rotylenchus capitatus nematode, forest plants pest, by the Real Time PCR based method | |
PL231513B1 (en) | Method and a kit for identification of Longidorus poessneckensis nematode that is harmful to fruit trees and bushes, by Real Time PCR based method | |
PL233889B1 (en) | Method and a kit for identification of Paraphelenchus myceliophthorus nematode, mushroom pests, by the Real Time PCR based method | |
PL233886B1 (en) | Method and a kit for identification of Geocenamus longus nematode, forest plants pest, by the Real Time PCR based method | |
PL233894B1 (en) | Method and a kit for identification of Merlinius microdorus nematode, pest of grains and grasses, by Real Time PCR based method | |
PL232392B1 (en) | Method and a kit for identification of Bursaphelenchus fraudulentus nematode, forest plants pest, by the Real Time PCR based method |