PL191586B1 - Gen chimeryczny, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego - Google Patents

Gen chimeryczny, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego

Info

Publication number
PL191586B1
PL191586B1 PL335409A PL33540998A PL191586B1 PL 191586 B1 PL191586 B1 PL 191586B1 PL 335409 A PL335409 A PL 335409A PL 33540998 A PL33540998 A PL 33540998A PL 191586 B1 PL191586 B1 PL 191586B1
Authority
PL
Poland
Prior art keywords
gene
promoter
tnf
caspase
apoptosis
Prior art date
Application number
PL335409A
Other languages
English (en)
Other versions
PL335409A1 (en
Inventor
Revati J. Tatake
Steven D. Marlin
Randall W. Barton
Original Assignee
Boehringer Ingelheim Pharma
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Boehringer Ingelheim Pharma filed Critical Boehringer Ingelheim Pharma
Publication of PL335409A1 publication Critical patent/PL335409A1/xx
Publication of PL191586B1 publication Critical patent/PL191586B1/pl

Links

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/48Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/50Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
    • C12N9/64Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue
    • C12N9/6421Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from animal tissue from mammals
    • C12N9/6472Cysteine endopeptidases (3.4.22)
    • C12N9/6475Interleukin 1-beta convertase-like enzymes (3.4.22.10; 3.4.22.36; 3.4.22.63)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A61P1/04Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system for ulcers, gastritis or reflux esophagitis, e.g. antacids, inhibitors of acid secretion, mucosal protectants
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00Drugs for disorders of the respiratory system
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P17/00Drugs for dermatological disorders
    • A61P17/06Antipsoriatics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/02Drugs for skeletal disorders for joint disorders, e.g. arthritis, arthrosis
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P3/00Drugs for disorders of the metabolism
    • A61P3/08Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis
    • A61P3/10Drugs for disorders of the metabolism for glucose homeostasis for hyperglycaemia, e.g. antidiabetics
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4747Apoptosis related proteins
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/52Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • C07K14/525Tumour necrosis factor [TNF]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00Medicinal preparations containing peptides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2319/00Fusion polypeptide
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2830/00Vector systems having a special element relevant for transcription
    • C12N2830/001Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2830/00Vector systems having a special element relevant for transcription
    • C12N2830/001Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination
    • C12N2830/002Vector systems having a special element relevant for transcription controllable enhancer/promoter combination inducible enhancer/promoter combination, e.g. hypoxia, iron, transcription factor
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2830/00Vector systems having a special element relevant for transcription
    • C12N2830/15Vector systems having a special element relevant for transcription chimeric enhancer/promoter combination
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2830/00Vector systems having a special element relevant for transcription
    • C12N2830/30Vector systems having a special element relevant for transcription being an enhancer not forming part of the promoter region

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Pain & Pain Management (AREA)
  • Emergency Medicine (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Dermatology (AREA)

Abstract

1. Gen chimeryczny, znamienny tym, ze obejmuje co najmniej jedna sekwencje wzmacnia- jaca promotor TNFa, oznaczona numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalny frag- ment, polaczona z funkcjonalna kopia minimalnego promotora TNFa, posiadajacego sekwencje wybrana sposród grupy obejmujacej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjo- nalne fragmenty i polaczona ponadto z co najmniej jedna kopia genu indukujacego apoptoze, któ- rego ekspresja kieruje promotor TNFa. PL PL PL

Description

Opis wynalazku
Przedmiotem wynalazku jest gen chimeryczny do terapeutycznego indukowania apoptozy w komórkach zapalnych, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego.
W wielu stanach zapalnych dochodzi do nadmiernego wytwarzania cytokin, takich jak IL-1, IL-10, GM-CSF i TNFa, w wyniku wysokiej agregacji i akumulacji komórek zapalnych (Brennan F.M. i in., British Medical Bulletin 1995, 51/2, 368-384). Regulacja prowadząca do powstawania nadmiernej ilości i/lub zaburzona regulacja wytwarzania cytokin w tkance objętej stanem zapalnym może być bezpośrednio lub pośrednio odpowiedzialna za zaostrzanie przewlekłych chorób zapalnych. Na przykład, w reumatoidalnym zapaleniu stawów (RA), najbardziej znacząca patologia występuje w miejscu zapalenia (tj. w stawach maziówkowych). Dlatego też, prawdopodobne jest, że cytokiny wytwarzane w stawach maziówkowych u pacjentów z RA odgrywają ważną rolę w procesie chorobowym. Spośród tych cytokin, IL-1 i TNFa uważa się za odpowiedzialne za dewastujące niszczenie chrząstki i nadżerki kostne, które są charakterystyczne dla RA (Dayer J.M. i in., J. Exp. Med., 1985, 162, 1208-1215; Gowen M. i in., Nature, 1983, 306, 378- 380). Wykazano, że obecność nadmiernych ilości IL-1 i TNFa w stawach maziówkowych przyspiesza rozwój indukowanego kolagenem zapalenia stawów u gryzoni (Brennan F. M. i in., Clin. Expt. Immunol., 1994, 97/1, 1-3). Nadmierne ilości TNFa i IL-1 wytwarzają w tkance maziówkowej różne rodzaje komórek w miejscu połączenia chrząstki z łuszczką łącznotkankową, obejmujące komórki linii makrofagowej, synowiocyty makrofagopodobne, aktywowane komórki T i, być może, fibroblastopodobne synowiocyty (Chu C.Q. i in., Arthritis & Rheumatism, 1991, 34, 1125-1132; Deleuran B.W.i in., Arthritis & Rheumatism, 1992, 35, 1170-1178).
Oprócz opisanych powyżej wpływów występujących w stanach zapalnych, TNFa odgrywa powszechną i kluczową rolę w rozmaitych zdarzeniach prozapalnych, takich jak indukcja aktywności IL-1 w monocytach. Rzeczywiście, wykazano, że neutralizujące przeciwciała skierowane przeciw TNFa zmniejszają całkowite wytwarzanie IL-1 (Portillo i in., Immunol., 1989, 66, 170-175; Brennan F.M. i in., British Medical Bulletin, 1995, 51/2, 368-384). A zatem, dodatkową korzyścią, poza blokowaniem wpływu cytokiny zapalnej TNFa, jest obniżenie wytwarzania równie niszczącego mediatora prozapalnego, IL-1. Co więcej, wiadomo dobrze, iż TNFa jest aktywatorem transkrypcji innych genów związanych z procesem zapalnym. Na przykład, obecność TNFa stymuluje wytwarzanie innych cytokin (takich jak GM-CSF) i powierzchniowych receptorów komórkowych, włącznie z antygenami HLA klasy II i cząsteczkami adhezyjnymi (Alvaro-Garcia J.M. i in., J. Exp. Med., 1989, 146, 865-875), czego wynikiem jest ciągła rekrutacja aktywowanych komórek T i granulocytów obojętnochłonnych, w wyniku czego dochodzi do zapalenia i rozrostu maziówki, a ostatecznie do zwiększającego się niszczenia chrząstki i kości (Allen J.B., J. Exp. Med., 1990, 171, 231).
Konwencjonalne leczenie zaburzeń zapalnych jest zazwyczaj ukierunkowane wobec zapalenia objawowego. Takie terapie zapewniają jedynie czasowe usunięcie dolegliwości, bez znaczącego opóźnienia postępu choroby. W przeciwieństwie, terapie ukierunkowane na TNFa i inne czynniki indukowane podczas procesu zapalnego są prawdopodobnie bardziej obiecujące. Na przykład, w modelach zwierzęcych indukowanego kolagenem zapalenia stawów, przeciwciała skierowane przeciw TNFa i rozpuszczalne białko chimeryczne receptor TNFa-IgG skutecznie zmniejszały obrzęk łap, zmniejszyły zajęcie stawów oraz zniszczenie chrząstek i kości (Williams R.O. i in., Proc. Natl. Acad. Sci., 1992, 89, 9784-9788). W próbach klinicznych z zastosowaniem zarówno humanizowanych przeciwciał skierowanych przeciw TNFa, jak i cząsteczek chimerycznych receptor TNFa-IgG, uzyskano dramatyczne wyniki (Elliott M. J. i in., Arthritis and Rheumatism, 1993, 36, 1681-1690; Elliott M.J. i in., Lancet, 343, 1105-1110). Chociaż leczenie tymi antagonistami TNFa okazało się być dobrze tolerowane, to prowadzi również do wytwarzania przeciwciał skierowanych przeciw zrekombinowanym białkom. A zatem, terapie te mogą nie być odpowiednie do długotrwałego leczenia i nie zmniejszą rzeczywistego nasilenia objawów choroby. W celu rzeczywistej zmiany postępu choroby, leczenie musi być w ciągły sposób ukierunkowane na TNFa przez zastosowanie terapii specyficznych wobec TNFa. Stosowanie takiego protokołu leczenia jest niepraktyczne przy wykorzystaniu tych czynników biologicznych, a ich długotrwałe podawanie byłoby trudne.
W alternatywnym wariancie leczenia, objętą procesem zapalnym błonę maziową można usunąć stosując synewektomię chirurgiczną (Herold N. i Schroder H.A., Acta Orthop. Scand., 1995, 66, 252-254; Ogilvie-Harris D.J. i Weisleder L., Arthroscopy, 1995, 11, 91-95), chemiczną (Cruz-Esteban C. i Wilke W.S., Bailliere's Clinical Rheumatol., 1995, 9, 787- 801) lub indukowaną promieniowaniem
PL 191 586 B1 (Cruz-Esteban C. i Wilke W.S., Bailliere's Clinical Rheumatol., 1995, 9, 787-801). Wyniki chirurgicznej synewektomii artroskopowej są dobre, wykazując poprawę stanu pooperacyjnego w stosunku do stanu przedoperacyjnego. Synewektomię niechirurgiczną prowadzi się stosując różne czynniki chemiczne, takie jak kwas osmowy, czynniki alkilujące, jak iperyt azotowy i tiotepa, metotreksat. Niestety, synewektomie niechirurgiczne (obejmujące prowadzone na drodze chemicznej i indukowane promieniowaniem) są skomplikowane proceduralnie, zapewniają tylko krótkotrwałe usunięcie dolegliwości i wykazują jedynie wyspową redukcję rozrostu maziówki. Ponadto, większość niechirurgicznych alternatyw stanowią potencjalne teratogeny. Dodatkowo, chemiczne uszkodzenie dotkniętej chorobą tkanki podczas niechirurgicznej synewektomii, jak również chirurgiczne uszkodzenie tkanki, często powodują jej odpowiedź zapalną. Ostatecznie, należy zauważyć, że te podejścia obarczone są ryzykiem i skutkami ubocznymi związanymi z konwencjonalnym leczeniem farmakologicznym i inwazyjnymi procedurami chirurgicznymi, włącznie z kosztami i niedogodnością hospitalizacji i rehabilitacji.
Zgodnie ztym, nadal istnieje potrzeba efektywnego podejścia terapeutycznego do leczenia zaburzeń zapalnych ogólnie, a reumatoidalnego zapalenia stawów w szczególności.
Wynalazek zapewnia nowe podejście lecznicze poprzez selektywną indukcję apoptozy wwytwarzających TNFa komórkach zapalnych, co powoduje niszczenie tych komórek bez towarzyszącej reakcji zapalnej.
Gen chimeryczny według wynalazku obejmuje co najmniej jedną sekwencję wzmacniającą promotor TNFa, oznaczoną numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalny fragment, połączoną z funkcjonalną kopią minimalnego promotora TNFa, posiadającego sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjonalne fragmenty i połączoną ponadto z co najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę, którego ekspresją kieruje promotor TNFa. Połączenie sekwencji wzmacniającej z promotorem oraz promotora z genem indukującym apoptozę jest wybrane spośród grupy obejmującej połączenie bezpośrednie, połączenie dystalne, połączenie proksymalne oraz ich kombinacje. Korzystnie, gen zawiera dwie lub więcej kopii sekwencji wzmacniającej promotor TNFa.
Korzystnie, gen indukujący apoptozę wybiera się z grupy składającej się z kaspazy 1, kaspazy 2, kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, kaspazy 6, kaspazy 7, kaspazy 8, kaspazy 10, granzymu A, granzymu B, ligandu Fas, oraz funkcjonalnych fragmentów i mieszanin któregokolwiek z nich, najkorzystniej gen indukujący apoptozę jest wybrany z grupy składającej się z kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymu B oraz funkcjonalnych fragmentów i mieszanin któregokolwiek z nich.
Gen chimeryczny korzystnie ma sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 4, 5, 6, 7, 8, 9 lub ich funkcjonalne fragmenty, przy czym korzystnie
3'UTR genu TNFa jest zligowany za genem indukującym apoptozę.
Przedmiotem wynalazku jest także środek farmaceutyczny zawierający gen chimeryczny zdefiniowany powyżej.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zastosowanie genu chimerycznego określonego powyżej do wytwarzania środka farmaceutycznego do leczenia zaburzeń zapalnych u pacjenta przez indukowanie apoptozy wkomórkach zapalnych lub w komórkach wmiejscu stanu zapalnego u pacjenta przez wprowadzenie tego genu do komórek. Korzystnie, indukcja apoptozy nie indukuje odpowiedzi zapalnej u pacjenta. Korzystnie, komórką zapalną jest komórka wytwarzająca TNFa, a zaburzeniem zapalnym jest reumatoidalne zapalenie stawów.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest gen chimeryczny, który obejmuje od 2 do 10 kasetek sekwencji wzmacniającej promotor TNFa, oznaczonej numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalnych fragmentów, połączonych zco najmniej jedną kopią minimalnego promotora TNFa, posiadającegosekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencjeonumerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjonalne fragmenty, i połączonych ponadto co najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę wybranego zgrupy składającej się z kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymu B oraz funkcjonalnych fragmentów, wariantów i mieszanin któregokolwiek znich, przy czym ekspresją genu indukującego apoptozę kieruje promotor TNFa.
Przedmiotem wynalazku jest także środek farmaceutyczny zawierający gen określony powyżej.
Przedmiotem wynalazku jest ponadto zastosowanie genu chimerycznego określonego powyżej do wytwarzania środka farmaceutycznego do indukowania apoptozy w wytwarzającej TNFa komórce zapalnej przez wprowadzenie tego genu do komórki.
Przedmiotem wynalazku jest ponadto zastosowanie genu chimerycznego określonego powyżej do wytwarzania środka farmaceutycznego do leczenia zaburzenia zapalnego u pacjenta przez indu4
PL 191 586 B1 kowanie apoptozy w komórkach zapalnych lub w komórkach w miejscu stanu zapalnego u pacjenta przez wprowadzenie tego genu do komórek bez indukowania odpowiedzi zapalnej u pacjenta.
Przedmiotem wynalazku jest również sposób konstruowania genu chimerycznego zawierającego co najmniej jedną kopię sekwencji wzmacniającej promotor TNFa, oznaczoną numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalny fragment, połączoną z funkcjonalną kopią minimalnego promotora TNFa, posiadającego sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjonalne fragmenty i połączoną ponadto zco najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę, którego ekspresją kieruje promotor TNFa, w którym (a) amplifikuje się promotor TNFa przez reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) z zastosowaniem starterów obejmujących konstrukty delecyjne promotora TNFa;
(b) klonuje się otrzymane w etapie (a) geny zamplifikowane przez PCR przed genem reporterowym;
(c) testuje się konstrukty otrzymane w etapie (b) pod kątem ich konstytutywnej i indukowalnej ekspresji w co najmniej jednej linii komórek wytwarzających TNFa;
(d) przeprowadza się selekcję promotora TNFa odpowiedzialnego za indukowalną ekspresję genu reporterowego w linii komórkowej; i albo (e) amplifikuje się przez PCR regiony promotora TNFa, które wzmacniają ekspresję genu reporterowego otrzymując sekwencję wzmacniającą i liguje się co najmniej jedną kopię sekwencji wzmacniającej przed promotorem; albo (f) wstawia się co najmniej jedną kopię genu indukującego apoptozę z wydeletowaną prodomeną za promotorem TNFa poprzez zastępowanie genu reporterowego konstruktami delecyjnymi genu indukującego apoptozę otrzymując gen chimeryczny; albo (g) amplifikuje się przez PGR 3'UTR TNFa i liguje się go za genem reporterowym, albo przeprowadza się jakąkolwiek kombinację tych procedur.
Korzystnie, przed promotorem wstawia się dwie lub więcej kopii sekwencji wzmacniającej. Korzystnie, genem reporterowym jest lucyferaza.
Korzystnie, gen indukujący apoptozę z wydeletowaną prodomeną wybiera się z grupy składającej się z kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymu B oraz ich funkcjonalnych fragmentów i wariantów.
Korzystnie, wytwarza się gen o sekwencji wybranej spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 4, 5, 6, 7, 8, 9iich funkcjonalne fragmenty.
Korzystnie, linie komórkowe do testowania konstruktów wybiera się z grupy składającej się z linii limfoblastoidalnej T, mielomonocytarnej, monocytarnej, fibroblastowej i hodowanych ludzkich synowiocytów.
Wynalazek wykorzystuje apoptozę komórek zapalnych do celów terapeutycznych w niektórych chorobach zapalnych. Wynalazek szczególnie dotyczy apoptozy samoregulującej dzięki terapii genowej. Ogólnie mówiąc, w praktycznym zastosowaniu wynalazku, gen chimeryczny obejmujący co najmniej jedną sekwencję wzmacniającą promotor połączoną zco najmniej jedną funkcjonalną kopią minimalnego promotora, który pochodzi zgenu lub kombinacji genów aktywowanych w komórkach zapalnych lub w komórkach w miejscu zapalenia, połączony jest z co najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę (AIG), tak że ekspresja genu indukującego apoptozę jest kierowana przez promotor, a zatem ukierunkowana wobec komórek zapalnych. Przykłady promotorów indukowalnych genów aktywowanych w zapaleniu, obejmują, ale nie ograniczają się do cytokin, interleukin i ich receptorów, cząsteczek adhezji komórkowej i ich ligandów, chemokin i ich receptorów, enzymów uczestniczących w procesie zapalnym i podobnych. Geny chimeryczne według wynalazku obejmują elementy sekwencji wzmacniającej, promotora iAIG, połączone bezpośrednio, dystalnie lub proksymalnie, oraz ich kombinacje. Jak wspomniano powyżej i szczegółowo zostanie omówione poniżej, w kilku rozwiązaniach, dla uzyskania maksymalnej skuteczności, wykorzystuje się liczne kopie sekwencji wzmacniającej, promotora i/lub AIG.
Poniższy szczegółowy opis przedstawiono z naciskiem na geny chimeryczne obejmujące co najmniej jedną sekwencję wzmacniającą promotor, połączoną z co najmniej jedną funkcjonalną kopią minimalnego promotora TNFa i dalej połączoną z co najmniej jedną kopią AIG. Chociaż w opisanych poniżej przykładach także wykorzystuje się te rodzaje konstruktów, specjaliści będą wiedzieli, że podstawowe opisane tu konstrukty można zmieniać dla zapewnienia innych rozwiązań wykorzystujących produkty, procesy, sposoby, i kompozycje według wynalazku, z innymi promotorami obejmującymi indukowalne geny aktywowane w zapaleniu, takie jak rodzaje wymienione powyżej, posiadające podobne funkcje, które można stosować wobec komórek docelowych w miejscu infekcji.
PL 191 586 B1
Na przykład, cytokiny i interleukiny użyteczne jako promotory w konstruowaniu genów chimerycznych według wynalazku, obejmują, ale nie ograniczają się do TNFa, TNFe, IL-1a, IL-Ιβ, IL-2, IL-6, IL-9, GM-CSF, interferonu g i podobnych, oraz ich funkcjonalnych fragmentów i mieszanin. Cząsteczki adhezji komórekiich ligandy obejmują, ale nie ograniczają się do selektyn, integryn i przedstawicieli nadrodziny immunoglobulin, takich jak ICAM-1, VCAMipodobnych, oraz ich funkcjonalnych fragmentówiwariantów oraz mieszanin. Chemokinyiich receptory obejmują, ale nie ograniczają się do przedstawicieli rodzin C-X-C i C-C, takich jak MIP-1a, MIP-, MCP1-4, RANTES, Mig, NAP2, IP10, Groa-g ipodobnych, oraz ich funkcjonalnych fragmentów i wariantów oraz mieszanin. Enzymy biorące udział wprocesie zapalnym obejmują, ale nie ograniczają się do COX-2, iNOS, fosfolipaz, proteaz (włącznie z metaloproteazami macierzy) oraz podobnych i ich funkcjonalnych fragmentów i mieszanin.
Dla wyjaśnienia dyskutowanych poniżej przykładowych genów chimerycznych TNFp-AIG według tego wynalazku, zilustrowano poniższe sekwencje:
Sekwencja onumerze identyfikacyjnym: 1 jest sekwencją nukleotydową odpowiadającą sekwencji odniesienia ludzkiego promotora TNFa o pełnej długości, opublikowanej w (Takashiba S.iin., Gene, 1993, 131, 307-308). Zastosowane tutaj liczby, oznaczające pozycje nukleotydów, odnoszą się do numeracji tej sekwencji.
Sekwencja o numerze identyfikacyjnym: 2 jest sekwencją natywnego promotora genu TNFα, którą zastosowano wtym wynalazku (-1077 nukleotydów od miejsca początku transkrypcji, TSS). Występuje kilka różnic pomiędzy sekwencją TNFp wsekwencji onumerze identyfikacyjnym: 1 i w sekwencjionumerze identyfikacyjnym: 2. O takich różnicach pomiędzy sekwencjami nukleotydowymi promotora TNFa donoszonow(Takashiba S.iin., Gene, 1993, 131, 307-308).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 3 jest sekwencją natywnego minimalnego promotora TNFa (nukleotydy od -120 do -TSS, które obejmują przynajmniej jeden element wzmacniający (miejsce kl; patrz: Pauli, U., Crit. Rev. in Eucaryotic Gene Expression, 1994, 4, 323-344; Rhoades K.L.iin., J. Biol. Chem., 1992, 267, 22103-22107 oraz Takashiba S.iin., Gene, 1993, 131, 307-308).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 4 jest genemchimerycznymTNFp120 AIG.1(obejmującym-120TNFpkontrolujący ekspresję wariantu genu CPP32zwydeletowaną prodomeną (kaspaza 3, opublikowana przez Tewari M.iin., Cell, 1995, 81(5), 801-809, ze zmianą V239A).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 5 jest genemchimerycznym TNFp706 AIG.1(obejmującym -706 TNFp,kontrolującyekspresjęgenuCPP32zwydeletowanąprodomeną).
Sekwencja onumerze identyfikacyjnym: 6 jest TNFp1005 AIG.1 (obejmującym -1005 TNFp, kontrolujący ekspresję genu CPP 32 z wydeletowaną prodomeną).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 7 jest genem chimerycznym TNFp706 AIG.2(obejmującym -706TNFp, kontrolujący ekspresję genu Ty/xzwydeletowaną prodomeną. (Sekwencje genów Ty (kaspaza 5)iTx (kaspaza 4) zostały opublikowanewodnośniku Faucheu, C.iin., Eur. J. Biochem., 236, 207-213, 1996; Faucheu, C.iin., EMBO J., 14, 1914-1922, 1995).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 8 jest genem chimerycznym TNFp706 AIG.2(obejmującym-706TNFp,kontrolującyekspresjęgenuTy/xzwydeletowanąprodomeną).
Sekwencja onumerze identyfikacyjnym: 9 jest TNFp1005 AIG.1 (obejmującym -1005 TNFp, kontrolujący ekspresję genu Ty/x z wydeletowaną prodomeną).
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 10 jest regionem wzmacniającym 1(ER1) promotora TNFa, obejmującym nukleotydy od -1005 do -905.
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 11 jest regionem wzmacniającym 2 (ER2) promotora TNFa, obejmującym nukleotydy od -706 do -517.
Sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 12 jest dodatkowym miejscem wielokrotnego klonowania (MCS) wprowadzonym technikami inżynierii genetycznej przed pozycją -120 minimalnego promotora TNFa wkonstrukcie 120pGL3.
Sekwencja o numerze identyfikacyjnym: 13jest 3'-końcowym nieulegającym translacji regionem (3'UTR) genu TNFa (Nedwin, G.E.iin., Nucleic Acid Research, 1985, 13, 6361-6373).
Elementy promotora TNFα do przygotowywania konstruktów genów chimerycznych według tego wynalazku wybiera się spośród elementów, które są zdolne do indukowania kierowanej przez promotor TNFa ekspresji genu terapeutycznego. Te elementy promotorowe będą wniniejszym opisie nazywane „indukowalnymi elementami działającymi wkonfiguracji cis”, „elementami indukowalnymi wkonfiguracji cis”lub „elementami wzmacniającymi”promotora TNFa.
Elementy wzmacniające można fizycznie łączyć z sekwencją minimalnego promotora lub oddzielać od minimalnego promotora sekwencją łącznikową, która może posiadać, bądź nie, unikalne
PL 191 586 B1 miejsca restrykcyjne. A zatem, jak podsumowano powyżej, elementy wzmacniające mogą być połączone z genami chimerycznymi według wynalazku bezpośrednio, dystalnie, proksymalnie, lub wjakiejkolwiek kombinacji. Znajdują się one zazwyczaj przed promotorem. Przykłady elementów wzmacniających TNFa podano w sekwencji o numerze identyfikacyjnym: 10 i sekwencji o numerze identyfikacyjnym: 11; można wykorzystywać ich funkcjonalne fragmenty lub warianty oraz kombinacje. Niektóre korzystne konstrukty genowe według tego wynalazku obejmują te, które posiadają liczne kopie elementów wzmacniających, tj. dwie lub więcej kopii. W niektórych rozwiązaniach występuje około 2 do 25 kopii, ściślej 2 do 10 kopii, a jeszcze ściślej 2 do 5 kopii.
Terminy „promotor TNF”, „promotor TNFa” i „TNFp” w niniejszym opisie stosuje się wymiennie. O ile nie stwierdzono inaczej, terminy te odnoszą się do całej sekwencji nukleotydowej odpowiadającej sekwencji natywnego minimalnego promotora TNFa, połączonej z jednym lub więcej elementów wzmacniających, znajdujących się przed nią (albo obecnych naturalnie, to jest natywnych, albo wprowadzonych w laboratorium drogą inżynierii genetycznej). Przykłady obejmują, ale nie ograniczają się do sekwencji o numerze identyfikacyjnym: 1, sekwencji o numerze identyfikacyjnym: 2 i sekwencji o numerze identyfikacyjnym: 3 oraz funkcjonalnych fragmentów, wariantów, i mieszanin którychkolwiek z nich. Wiele funkcjonalnych fragmentów i wariantów tych sekwencji TNFa, i innych tu opisanych, wykazuje homologię sekwencji co najmniej około 80%, a w niektórych przypadkach powyżej 90%, wobec ich odpowiedników natywnych i utworzonych drogą inżynierii genetycznej, ale są one znane specjalistom i zdefiniowane w odnośnikach cytowanych w niniejszym opisie.
W opisywanych tu genach chimerycznych i sposobach można stosować którykolwiek z genów indukujący apoptozę. Gen indukujący apoptozę stosowany w terapeutycznych genach chimerycznych według wynalazku może być taki sam lub inny, niż rodzaj genu indukujący apoptozę obecny w natywnej sekwencji komórek zapalnych wytwarzających TNFa (jeśli te komórki zawierają naturalny gen apoptozy). Korzystne AIG obejmują, ale nie ograniczają się do przedstawicieli rodziny ICE/CED3 proteaz indukujących apoptozę (takich jak kaspaza-1 (ICE), hICE, ICE-LAP45, Mch2a), kaspaza-2 (ICH1), kaspaza-3 (CPP32, Yama, apopaina), kaspaza-4 (TX, ICH2, ICE rel II), kaspaza-5 (ICE rel III, TY), kaspaza-6 (Mch-2), kaspaza-7 (Mch-3, ICE-LAP3, CMH-1), kaspaza-8 (MACH, FLICE, Mch-5), kaspaza-9 (ICE-LAP6, Mch6) i kaspaza-10 (Mch4)), przedstawicieli rodziny granzymów (takich jak granzymAigranzym B), ligandu Fas (FasL) oraz ich funkcjonalnych fragmentów, wariantów i mieszanin. Niektóre rozwiązania wykorzystują kaspazę 3, kaspazę 4, kaspazę 5, granzym Biich funkcjonalne fragmenty, warianty imieszaniny. Geny te, zwyjątkiem FasL, gdy po transfekcji ulegają nadekspresji, indukują apoptozę w stransfekowanych komórkach (Miura M. iin., Cell, 1993, 75, 653-660; Chinnayan A.M.iin., Cell, 1995, 81, 505-512; Los i in., Nature, 1995, 375, 81; Muzioiin., CelI, 1996, 85, 817-827).
W przypadku FasL, apoptoza jest indukowana (na drodze autokrynnej bądź parakrynnej) tylko wtych komórkach, wktórych zachodzi ekspresja Fas. Dlatego też, konstrukt genu chimerycznego TNFp-FasL stanowi wyższy stopień selektywności. Następną zaletą genu chimerycznego TNFp-FasL jest możliwość selektywnego kierowania terapii wobec tych chorobotwórczych komórek na powierzchni błony maziowej, które nie wykazują ekspresji TNFa (przez co nie udaje się wywołać ekspresji genu indukującego apoptozę), ale wykazują ekspresję Fas na powierzchni. W tym przypadku, FasL będzie ulegał ekspresji w komórkach, które posiadają zdolność wytwarzania TNFα, takich jak aktywowane makrofagi i komórki T. Następnie komórki te będą indukowały apoptozę w komórkach, w których zachodzi ekspresja Fas, takich jak stwarzające zagrożenie aktywowane komórki T i synowiocyty wykazujące ekspresję Fas.
Zastosowanie genu chimerycznego do terapii obejmuje etap wprowadzania do komórek ssaka genu chimerycznego, zawierającego gen indukujący apoptozę (AIG) będący pod kontrolą promotora TNFa (TNFp). Przykłady genów chimerycznych według wynalazku podano wsekwencjach onumerach identyfikacyjnych: 4, 5, 6, 7, 8i9, można również wykorzystywać ich funkcjonalne fragmenty lub warianty. Nie ograniczając się do żadnego wytłumaczenia teoretycznego, AIG,wwyniku podlegania kontroli TNFp, ulega ekspresji tylko wtych komórkach, które wytwarzają cytokinę zapalną, TNFa. Dlatego też, wszystkie komórki, w których zachodzi ekspresja TNFa, ulegną samozniszczeniu, podczas gdy komórki, w których nie zachodzi ekspresja TNFα, nie będą podlegać wpływowi. Korzystnie, metodologia ta pozwala kierować terapię wobec wszystkich komórek wytwarzających TNFa (takich jak aktywowane makrofagi, aktywowane komórki T i makrofagopodobne oraz, być może, fibroblastopodobne synowiocyty), bez względu na ich rodzaj. Rzeczywiście, docelową komórką wytwarzającą TNFa może być komórka, która wswojej natywnej, niezmienionej postaci normalnie zawiera lub
PL 191 586 B1 w której zachodzi ekspresja genu apoptozy, bądź też nie. Dlatego też, stosując geny chimeryczne i sposoby według tego wynalazku, można zniszczyć komórkowe źródła TNFa w wysoce selektywny sposób.
Inną zaletą stosowania genu chimerycznego TNFp-AIG według wynalazku jest to, że TNFp wiąże czynniki transkrypcyjne wymagane przez endogenny TNFp, przez co prowadzi do obniżenia wytwarzania endogennego TNFa. W jednym korzystnym rozwiązaniu, TNFp jest obecny w dużym nadmiarze w komórce docelowej. Można to przeprowadzić przez wprowadzenie do komórki licznych kopii transfekowanego genu. Alternatywnie, gen chimeryczny TNFp-AIG według tego wynalazku może zawierać liczne kopie indukowalnych elementów promotora TNFa, działających w konfiguracji cis. Jak wspomniano powyżej, w pewnych rozwiązaniach genów chimerycznych TNFp-AIG według tego wynalazku są obecne liczne kopie „indukowalnych elementów wzmacniających” TNFp. Dzięki zawieraniu wielu kopii indukowalnych elementów działających w konfiguracji cis w konstruktach TNFp, czynniki transkrypcyjne niezbędne transfekowanej komórce do wytwarzania TNFa są wiązane przez sekwencję, którą wprowadzono egzogennie. Ten korzystny konstrukt chimeryczny TNFp-AIG charakteryzuje się zwiększoną skutecznością we współzawodnictwie o czynniki transkrypcyjnespecyficzne dla TNFp wporównaniuzgenami chimerycznymi według wynalazku, które zawierają tylko pojedynczy element wzmacniający połączony zTNFp. W ten sposób skonstruowany „indukowalny superpromotor” jest zdolny do (1) skuteczniejszego współzawodnictwa o czynniki transkrypcyjne specyficzne wobec TNFa i(2) kierowania ekspresją genu indukującego apoptozę w zwiększony sposób, dzięki licznym elementom wzmacniającym.
Na przykład, u pacjentówzreumatoidalnym zapaleniem stawów, synewektomia, tj. usunięcie tkanki maziówkowej, okazała się korzystna klinicznie. W odróżnieniu od konwencjonalnego sposobu leczenia i procedur synewektomii chirurgicznej, przedstawiony w niniejszym opisie sposób leczenia ukierunkowany wobec komórek dotyczy tylko komórek wytwarzających TNFa. A zatem, korzystnie, wprowadzenie i ekspresja genu chimerycznego TNFp-AIG oraz następująca indukcja apoptozy, nie wywołują odpowiedzi zapalnej. Zgodnieztym, sposoby według tego wynalazku są stosunkowo selektywnei wwyniku powodują minimalne zniszczenie tkanki i zmniejszenie stanu zapalnego.
Opisane tu produkty i sposoby są użytecznewleczeniu również innych zaburzeń zapalnych. Takie zaburzenia zapalne obejmują, ale nie ograniczają się do stwardnienia rozsianego, zespołu Guillain-Barre'a, choroby Crohna, wrzodziejącego zapalenia okrężnicy, łuszczycy, reakcji przeszczepu przeciw gospodarzowi, tocznia rumieniowatego, cukrzycy insulinozależnej, artropatii łuszczycowej, sarkoidozy, alergicznego zapalenia płuc, zesztywniającego zapalenia stawów kręgosłupa i zbliżonych zapaleń stawów kręgosłupa, zespołu Reiteraistwardnienia układowego. A zatem, wynalazek obejmuje sposoby leczenia u pacjenta zaburzeń zapalnych przez indukowanie apoptozywkomórkach zapalnych lub w komórkach pacjentawmiejscu objętym stanem zapalnym, przez wprowadzenie do komórek co najmniej jednego genu chimerycznego według wynalazku. Zazwyczaj przeprowadza się to przez przygotowanie kompozycji farmaceutycznej zawierającej co najmniej jeden gen chimeryczny według wynalazku i, zazwyczaj, farmaceutycznie dopuszczalnego nośnika, oraz podawanie kompozycji pacjentowi z zastosowaniem standardowych środków. W pewnych rozwiązaniach, kompozycje farmaceutyczne dostarcza się bezpośrednio do miejsca zapalenia, stosując podawanie miejscowe, dożylne, dootrzewnowe i podobne sposoby. Szerzej metodologię opisano poniżej.
Poza wskazaniami leczniczymi, genyikomórki według wynalazku można stosować w różnych użytecznych sposobach przeszukiwania i selekcji. W jednym takim sposobie, warianty komórek somatycznych nie wytwarzających TNFa w populacji komórek wytwarzających TNFα można selekcjonować in vitroprzez wprowadzenie genu chimerycznego TNFp-AIG do populacji komórek wytwarzających TNFa. Komórki, które wytwarzają TNFa, ulegną apoptozie. Komórki, które nie wytwarzają TNFa, będą przeżywać. Selekcja tych wariantów komórek posiadających fenotyp przeżywania stanowi łatwy sposób identyfikacji komórek nie wytwarzających TNFa. Taki proces selekcji można stosować do określenia ekspresji genów, które działająwkonfiguracji trans, regulując aktywność promotora TNFa, obniżającwten sposób wytwarzanie TNFa. Takie geny scharakteryzowanowinnych układach jako dominujące negatywne (DN)/dominujące supresorowe (Behrends S. iin., J. Biol. Chem., 1995, 270, 21109-21113; Zhang S.iin., J. Biol. Chem., 1995, 270, 23934-23936; Watowich S.S.iin., Mol. Cell Biol., 1994, 14/6, 3535-3549).
W dalszym sposobie in vitro, gen chimeryczny TNFp-AIG według wynalazku można stosować do identyfikacji dominujących negatywnych genów odpowiedzialnych za powstawanie populacji komórek nie wytwarzających TNFa. Zgodnieztym sposobem, gen chimeryczny TNFp-AIG według wyna8
PL 191 586 B1 lazku wprowadza się do komórek, które wytwarzają TNFa. Z wyjątkiem komórek zawierających gen dominujący negatywny, komórki te powinny po aktywacji ulegać apoptozie. Dlatego też, można przewidywać, że warianty przeżywające posiadają gen dominujący negatywny zdolny do regulacji prowadzącej do obniżonego wytwarzania TNFa. Gen dominujący negatywny można łatwo zidentyfikować dzięki utworzeniu biblioteki cDNA itransfekowaniu linii komórkowych (np. Jurkat i THP-1). Komórki te są albo trwale stransfekowane indukowalnym genem chimerycznym TNFp-AIG, albo genem TNFplucyferazy. Komórki stransfekowane genem TNFp-AIG będą selekcjonowane pod względem fenotypu przeżywania po aktywacji in vitro; fenotyp przeżywania wskazuje na wpływ genów DN. W komórkach stransfekowanych genem TNFp-lucyferazy, obniżenie aktywności lucyferazy będzie wskazywało na wpływgenu DN. Dominujące negatywne geny zidentyfikowane z zastosowaniem tego protokołu można wykorzystywać jako przyszłe czynniki lecznicze. Geny takie będą kandydatami dla terapii genowej wcelu obniżenia wytwarzania TNFa.
Sposoby wykorzystywane do przenoszenia genów podzielono na dwie szerokie kategorie:
1. Podejście bezpośrednie: transdukcja in situ genu terapeutycznego do komórek docelowych, takichjaksynowiocyty, z zastosowaniem odpowiedniego wektora jako nośnika genu terapeutycznego. Wektor zawierający gen terapeutyczny wstrzykuje się bezpośrednio do obszaru dotkniętego chorobą (np.stawuobjętegozapaleniem).
2. Podejście pośrednie: transfekcja ex-vivo genu terapeutycznego do komórek docelowych, takich jak synowiocyty. W podejściu tym błonę maziową usuwa się ze stawu, izoluje się synowiocyty i hoduje je in vitro. Komórki hodowane in vitro transfekuje się genem terapeutycznym i zmodyfikowane genetyczniesynowiocytyprzeszczepiasięzpowrotemdobłonymaziowej.
Oceniano liczne wektory pod względem ich skuteczności wprzenoszeniu genów in vivo (Nita iin., Arthritis & Rheumatism, 1996, 39/5, 820-828). Spośród wektorów stosowanych wterapii genowej dotąd najlepiej opracowano wektory pochodzące od retrowirusów. Są one zdolne do wstawiania materiału genetycznego do genomu gospodarza i tworzenia stabilnych transfektantów. Wektory te, jednakże, nie są zdolne do infekowania komórek nie ulegających podziałom i, ponieważ są wstawiane do genomu gospodarza, nie można wykluczyć możliwości mutagenezy insercyjnej. Dla porównania, wektory pochodzące od adenowirusów infekują zarówno komórki dzielące się, jaki nie dzielące,i przenoszą DNA wpostaci episomalnej. Wadą wektorów opartych na adenowirusach jest to, że wektory te nadal wytwarzają białka wirusowe wzakażonych komórkach, co czyni je potencjalnie antygenowymi. Trzeci typ wektorów opartych na wirusach, to wektory pochodzące od opryszczki (HSV), które również są zdolne do zakażania zarówno komórek dzielących się, jakinie dzielących.
Spośród niewirusowych układów wektorowych, oceniano liposomy kationowe i nagi DNA plazmidowy. Liposomy są układem najlepiej opracowanym, choć niektóre rodzaje komórek, takie jak komórki mięśni i skóry, pobierają, utrzymują i prowadzą ekspresję nagiego DNA plazmidowego.
Możliwy jest również układ wprowadzania genów za pośrednictwem cząstek (Rakhmilevich i in., PNAS, 1996, 93, 6291) i stanowi on podejście obiecujące.
Do wprowadzania genów chimerycznych według wynalazku można stosować następujące protokoły wprowadzania genów in vivo:
(1) Nita i in ., Arthritis and Rheumatism, 1996, 39, 820-823)
Doświadczenie na królikach invivo:
Każdy wektor wstrzykuje się dostawowo do jednego stawu kolanowego. Dla wektorów wirusowych, wstrzykuje się pomiędzy 108 a109 cząstek zawieszonych w0,5 ml zrównoważonego roztworu soli na kolano.
Kompleksy liposom-DNA (200 nmoli DC-Chol skompleksowanego z 20 μg DNA/ml) wstrzykuje sięw1ml zrównoważonego roztworu soli na kolano.
(2) Methods in Molecular Medicine: Gene Therapy Protocols, Paul Robbins, red., 1997, Barr i in., strony 205-212
Wprowadzanie wektora opartego na adenowirusie do hepatocytów: hepatocyty szczura 1x 1011 PFU na zwierzęomasie 100 g.
U psów (12-17 kg), żyłę wrotną perfunduje się około 1,5 x 1011 PFU/kg, co daje jedną kopię genomu adenowirusa na diploidalną kopię DNA gospodarza.
U królików (2-4 kg), 1,5 x 1013 cząstek wirusowych (około 1,5 x 1011 PFU) powoduje 100% transdukcji hepatocytów; 4 x 1012 cząsteczek wirusa powoduje 50-75% transdukcji. Yang N.-S. iin., 281-296.
PL 191 586 B1
Wprowadzanie genów za pośrednictwem cząstek złota: Transfekcja komórek skóry ssaków
- 0,1; 0,5; 1,0 i 2,5 μg DNA na mg cząstek wykazuje liniową współzależność z poziomami ekspresji transgenów. Nabel i in., 297-305
Wprowadzaniegenuzwykorzystaniemliposomuuludzi:
Protokół 1: 15 nmoli liposomów DC-Chol/Dope połączono z 1 μg DNA w objętości 0,7 ml. 0,2 ml powyższej mieszaniny wstrzykuje się do guzka czerniaka pacjenta. Przy podawaniu przez cewnik do tętnicy wprowadza się 0,6 ml roztworu.
Protokół 2: 15 nmoli liposomów DMRIE/Dope połączonoz5 mg DNA w objętości 1,0 ml.
Do bezpośrednich wstrzyknięć śródnowotworowych: zakres stężeń DNA wynosi od 3 mg DNA skompleksowanego z 4,5 nM DMRIE/Dope do 300 μg DNA skompleksowanego z 450 nM DMRIE/Dope.
(3)Roessleriin.,369-374
Przenoszeniegenówdobłonymaziowej:
12
Zakres dawek: stosuje się od 109 do 1012 cząstek adenowirusa zawierających gen leczniczy/staw. Jednakże, dla każdej określonej serii doświadczeń należy empirycznie określić optymalną dawkę, której wielkość zależy zarówno od właściwości genomu stosowanego zrekombinowego adenowirusa, jakitransgenu mającego ulegać ekspresji.
Dla podejścia pośredniego ustalono szereg metod, włącznie ze stosowaniem transfekcji opartej na lipidach kationowych lub polimerach kationowych oraz elektroporacją.
Przedmiot wynalazku, w korzystnych przykładach wykonania, został przedstawiony na rysunku, na którym figura 1 jest schematycznym przedstawieniem genów chimerycznych TNFp-AIG według tego wynalazku, gdzie geny indukujące apoptozę (AIG) obejmują, ale nie ograniczają się do wymienionych genów,amianowicie kaspaz od 1do 10, granzymu B, ligandu Fas itp., figura2 jest schematycznym rysunkiem przedstawiającym wyniki terapii genowej z zastosowaniem genów chimerycznych TNFp-AIG według tego wynalazku, figura3 jest podsumowaniem konstruktów delecyjnych zastosowanych do identyfikacji indukowalnych elementów promotorowych TNFa działających w konfiguracji cis z zastosowaniem ekspresji genu lucyferazy (Luc) jako układu reporterowego.
figura4 (aib) podaje podsumowanie wyników uzyskanych z zastosowaniem konstruktów opisanych na fig. 3, przy czym krótkotrwałą ekspresję konstruktów ocenianowdwóch różnych liniach komórkowych wytwarzających TNFa, a mianowicie Jurkat (fig. 4a)iTHP-1 (fig. 4b),ahistogramy na każdej figurze przedstawiają wskaźnik stymulacji dla poszczególnych doświadczeń jako miarę idukowalności przez czynniki aktywujące, takie jak PMA (fig. 4a) lub LPS (fig. 4b); linia nałożona na każdej figurze wskazuje średnią indukowalność, uśrednioną dla od czterech do sześciu doświadczeń, figura5 jest diagramem przygotowywania TNFpAIG z zastosowaniem wybranych natywnych elementów promotora TNFa iAIGzwydeletowaną prodomeną (stosowanymi AIG są kaspaza i kaspaza 4/5), figury6 (a,b,ic) podaje podsumowanie wyników reprezentatywnych doświadczeń przeprowadzonych dla zaobserwowania ekspresji chimerycznych TNFpAIG, gdzie apoptozę w krótkotrwale stransfekowanych komórkach Jurkat (fig. 6ai6b)ikomórkach THP-1 (fig. 6c) oceniano stosując test Elisa śmierci komórkowej (test CDE), przy czym na wszystkich trzech figurach histogramyzrzadko rozsianymi kropkami przedstawiają kontrolę transfekcji, gdzie komórki traktowano czynnikiem transfekującym w nieobecności DNA, histogramyzgęsto rozsianymi kropkami odpowiadają elementom TNFp kierującym ekspresją genu lucyferazy,apełne histogramy odpowiadają tym samym elementom TNFp, kierującym ekspresją albo AIG.1, albo AIG.2, natomiast liczba w nawiasie powyżej pełnych histogramów oznacza współczynnik wzmocnienia (stosunek apoptozy indukowanej przez TNFpAIG do indukowanej wektorem kontrolnym TNFpLuc), figura7 (aib) jest diagramowym przedstawieniem genu chimerycznego TNFp-AIG według wynalazku, obejmującego liczne kopie indukowalnych elementów promotora TNFa działającychwkonfiguracji cis, którezkolei kierują ekspresją AIG (fig. 1a) i diagramowym przedstawieniem genu chimerycznego TNFpAIG, obejmującego liczne kopie indukowalnych elementów promotora TNFa działających w konfiguracji cis, kierujących ekspresją AIG, za którymi znajduje się 3'-końcowy nie ulegający translacji region genu TNFa (TNF3'UTR) (fig.7b); 3'UTR genu TNFa bierze udziałwregulacji indukowanej -ekspresji TNFa (Han, J.iin., J. Immunology, 1991, 146, 1843-1843; Crawford, E.K.iin., J. Biol. Chem., 1997, 272, 21120-21137, oraz fig. 9),
PL 191 586 B1 figura 8 (a i b) jest diagramami schematów przygotowywania konstruktów chimerycznych superpromotor TNFa-AIG, figura 9 przedstawia podsumowanie wyników dwóch doświadczeń dla przedstawienia regulującego wpływu TNF3'UTR na indukowalną ekspresję genu reporterowego lucyferazy, gdzie przeprowadzono krótkotrwałą transfekcję linii komórkowej fibroblastów, przy czym wykropkowane histogramy przedstawiają indukowalność TNFpLuc w nieobecności TNF3'UTR, a pełne histogramy przedstawiają indukowalność TNFpLuc w obecności TNF3'UTR; Podobne wyniki uzyskano dla komórek Jurkat, natomiast figura 10 jest diagramowym przedstawieniem selekcji nie wytwarzających TNFa wariantów komórek somatycznych w populacji komórek wytwarzających TNFa i identyfikacji dominujących negatywnych genów supresorowych odpowiedzialnych za hamowanie wytwarzania TNFa.
P r z y k ł a d 1
Tworzenie konstruktów TNFp-AIG
W celu skonstruowania chimerycznego AIG pozostającego pod kontrolą elementów wzmacniających promotor TNF, działających w konfiguracji cis, w jednej lub wielu kopiach tego samego lub różnych regionów, przeprowadzono identyfikację będących przedmiotem zainteresowania regionów odpowiedzialnych za optymalną indukowalną ekspresję genu reporterowego.
Selekcja elementów promotora TNFa do konstruowania genu chimerycznego. Regiony promotora TNFa amplifikuje się przez reakcję łańcuchową polimerazy (PCR), stosując startery obejmujące różne konstrukty delecyjne promotora TNFa (figura 3). Jako układy odniesienia stosuje się regiony zidentyfikowane przez innych badaczy w różnych innych układach komórkowych (Rhoades i in., J. Biol. Chem., 1992, 267, 22102-22107; Leitman i in., Mol. Cell Biol., 1992, 12, 1352-1356; Pauli U., Crit. Reviews Eukaryotic Gene Expression, 1994, 4, 323-344). Geny zamplifikowane przez PCR klonuje się następnie przed genem reporterowym, takim jak gen lucyferazy, w pozbawionym promotora wektorze dostępnym komercyjnie. Konstrukty te testuje się pod kątem ich konstytutywnej i indukowalnej ekspresji w różnych liniach komórkowych, takich jak Jurkat (limfoblastyczna T), U973 (mielomonocytarna), THP-1 (monocytarna), fibroblastach i ludzkich synowiocytwch w hodowli in vitro. Identyfikacja regionów odpowiedzialnych za indukowalną ekspresję genu reporterowego jest zasadniczo oparta na wynikach uzyskanych z zastosowaniem dwóch linii komórek wytwarzających TNFa, a mianowicie Jurkat (po stymulacji PMA) i THP-1 (po stymulacji LPS) (figura 4a i b). Komórki te krótkotrwale transfekuje się stosując dobrze znane metody i odczynniki dostępne komercjalnie, np. DEAE-dekstran i Superfect. Elementy cis promotora TNFa, które są odpowiedzialne za indukowalną ekspresję genu reporterowego, stosuje się następnie do konstruowania genów chimerycznych TNFp-AIG.
Konstruowanie genów chimerycznych TNFp-AIG. Spośród opisanych tu genów indukujących apoptozę, korzystne są następujące:
i) proteazy cysteinowej - CPP32 (znanej także jako Yama, apopainalub kaspaza 3) i ii) proteazy cysteinowej - Tx/Ty(kaspaza 4/kaspara 5)
AIG stosuje się w skróconych postaciach z wydeletowaną prodomeną w celu potencjalnego zwiększenia samoaktywacji kaspaz. Jest istotne dla przemiany nieaktywnej kaspazy w postać aktywną.
CPP32 z wydeletowaną prodomeną amplifikuje się stosując startery odpowiadające kodonom 29-36 i 271-278 (278 jest kodonem stop). Skróconą postać genu CPP32 określa się w niniejszym opisie jako „CCCPP32” lub „AIG.1”.
W celu amplifikacji przez PCR Ty z wydeletowaną prodomeną, syntetyzuje się startery odpowiadające sekwencjom w obrębie genu Ty. Wszystkie dotąd odkryte kaspazy wykazują homologię do innych przedstawicieli rodziny kaspaz. Starter 3'-końcowy, odpowiadający kodonom 359-365 (kodon 365 jest kodonem stop), wykazuje 100% homologii sekwencji do kodonów 372-378 (kodon 378 jest kodonem stop) w genie Tx. Jednakże, starter 5'-końcowy, odpowiadający kodonom od 81-87 w genie Ty, nie wykazuje 100% homologii z odpowiadającym regionem w genie Tx (dla Tx kodony od 94-100). Reszta 87 (alanina) w genie Ty różni się od reszty 100 (glicyna) w genie Tx. Zamplifikowany przez PCR produkt, utworzony z cDNA przygotowanego z aktywowanych ludzkich limfocytów krwi obwodowej, posiada sekwencję Tx, co jest spowodowane występowaniem nadmiaru transkryptów Tx. Dlatego też, skrócona postać AIG utworzona z zastosowaniem syntetycznych starterów oligonukleotydowych odpowiadających sekwencjom w Ty, w rzeczywistości odpowiada sekwencji w Tx, chociaż flankują ją sekwencje starterów Ty. Zastosowane sekwencje starterów Ty odpowiadają także, poza jednym kodonem, sekwencji Tx. A zatem, gen stosowany w tym wynalazku odpowiada skróconemu genowi Tx z zamianą reszty G100 na A. Gen ten określa się w niniejszym opisie jako ,^Ty/x” lub „AIG.1”.
PL 191 586 B1
AIG.1 i AIG.2 wstawia się za promotorem TNFa przez zastąpienie genu reporterowego lucyferazy w konstruktach delecyjnych (-120, -706 i -1005) promotora TNFa (figura 5). Konstrukty te bada się pod kątem indukcji apoptozy po stymulacji krótkotrwale infekowanych komórek Jurkat i THP-1 (figury 6 a, b,ic).
Konstrukcja genów chimerycznych superpromotor TNFa-AIG. Przez PCR amplifikuje się dwa rozległe korzystne regiony, a mianowicie ER1 (od -1005 do -905) (sekwencja o numerze identyfikacyjnym: 10) iER2 (od -706 do -517) (sekwencja o numerze identyfikacyjnym: 11) promotora TNFa, obejmujące elementy odpowiedzialne za opisaną powyżej indukowalną ekspresję genu reporterowego (figura 4a i 4b), i liguje się je, w jednej lub w wielu kopiach, przed natywnym promotorem minimalnym (od -120 do TSS, sekwencja o numerze identyfikacyjnym: 3). Dwa dalsze regiony promotora TNFa (od -234 do -120) i (od -234 do -65) także identyfikuje się jako odpowiednio potencjalny region wzmacniający 3 (ER3) i potencjalny region wzmacniający 4 (ER4), które można wykorzystać w konstruktach chimerycznych, stosując opisane poniżej strategie. Superpromotor obejmuje liczne (od 2 do 10) kasetki wspomnianych powyżej regionów, zawierające indukowalne elementy promotora (figura 7). Uzyskuje się to poprzez amplifikację przez PCR regionów będących przedmiotem zainteresowania, stosując zsyntetyzowane startery z miejscami restrykcyjnymi wstawionymi na końcu 5' każdego ze starterów. Te unikalne miejsca restrykcyjne flankują będący przedmiotem zainteresowania zamplifikowany produkt genowy. Korzystnie, zamplifikowany przez PCR AIG klonuje się za superpromotorem TNFa, zastępując gen reporterowy lucyferazy w pierwotnym konstrukcie, jak opisano (figura 5) dla natywnego promotora TNFa.
Schematy konstruowania superpromotora TNFa i sekwencji łącznikowych stanowiących unikalne miejsca restrykcyjne (te miejsca restrykcyjne nie występują w branych pod uwagę wybranych elementach promotora TNFa iAIG) dla wydajnej kierunkowej insercji opisanej poniżej i przedstawionej na figurze 8:
Schemat 1:
ETAP 1: Insercja minimalnego promotora TNFa (od -120 do TSS) do podstawowego (pozbawionego promotora) wektora lucyferazy pGL3 (Promega):
Elementy podstawowych wektorów pGL3, które stosuje się do konstruowania genu chimerycznego TNFp-AIG, przedstawiono poniżej.
_KpnI.SacI.Mlul.Nhel.Smal.Xhol.Bglll.Hindlll.
[lucyferaza].Xbal_
Minimalny promotor amplifikuje się przez PCR stosując startery obejmujące miejsca Xhol iBglll.Hindlll, tak że Xhol znajduje się na końcu 5',amiejsca Bglll.Hindlll na końcu 3' zamplifikowanego produktu. Fragment ten wstawia się do poliłącznika podstawowego wektora pGL3 wykorzystując te same miejsca restrykcyjne. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt A1.”ijest on następujący:
_KpnI. Sad.Mlul.NheISmalXhoI. (od -120 do TSSBglll).
Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
ETAP 2: Wzmacniający fragment (ER1 lub ER2) amplifikuje się przez PCR stosując starter zawierający kilka miejsc restrykcyjnych. Otrzymany fragment będzie miał na końcu 5' miejsca restrykcyjne KpnI.Aatll.BssHII, ana końcu 3' miejsca Nsil.Spel.MluI, jak następuje: 5' KpnI.Aatll.BssHII. (ER1 lub ER2).Nsil.Spel.MluI 3'. Fragment ten wstawia się do „konstruktu A1” otrzymanego na etapie 1, wykorzystując miejsca restrykcyjne KpnI iMlul. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt B1”ijest on następujący:
_KpnI.Aatll.BssHII.(ER1 lub ER2).Nsil.Spel.Mlul.Nhel. Smal.XhoI.(od -120 do TSS Bglll).
Hindlll. [lucyferaza].Xbal_
ETAP 3: Fragment wzmacniający TNFa (ER1 lub ER2) amplifikuje się stosując startery obejmujące miejsca restrykcyjne Aatll i BssHII, tworząc następujący produkt PCR: 5' Aatll.(ER1 lub ER2).BssHII 3'. Fragment ten klonuje się w „konstrukcie B1” wykorzystując te same miejsca restrykcyjne. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt C1”,ijest on następujący:
_KpnI.AatII.(ER1 lub ER2).BssHII.(ER1 lub
ER2).Nsil.Spel.Mlul. Nhel.Smal.Xhol(-120 doTSS Bglll).Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
ETAP 4: Fragment wzmacniający TNFa (ER1 lub ER2) amplifikuje się stosując startery obejmujące miejsca restrykcyjne NsiliSpel, tworząc następujący produkt PCR: 5'NsiI.(ER1 lub ER2).SpeI 3'.
PL 191 586 B1
Fragment ten klonuje się w „konstrukcie C1” stosując te same miejsca restrykcyjne. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt D1”ijest on następujący:
_KpnI.AatII.(ER1 lub ER2).BssHii.(ER1 lub ER2).Nsil.(ER1 lub ER2).Spel.Mlul.Nhel Smal.Xhol(-120 do TSSBgIII). Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
ETAP 5: Regiony kodujące AIG.1 lub AIG.2 (korzystne, ale regiony te nie ograniczają się do AIG.1 iAIG.2; można zastosować którykolwiekz wymienionych AIG) amplifikuje się przez PCR stosując startery obejmujące miejsca restrykcyjne Bgllli Xbal, tworząc następujący fragment: 5' BglII.(AIG.1 lub AIG.2).XbaI 3''. Fragment ten wstawia się do „konstruktu D1” wykorzystując te same miejsca restrykcyjne. Otrzymany konstrukt określa się jako „konstrukt E1”,ijest on następujący:
_KpnI.Aatll.(ER1 lub ER2).BssHII.(ER1 lub ER2).Nsil.(ERl lub ER2).Spel.Mlul.Nhel.Smal.Xhol(-120 do TSS.Bglll)[AIG.1 lub AIG.2].Xbal_
Alternatywny schemat 2 jest następujący:
Schemat2:
ETAP 1: Tak samo jak w schemacie 1, prowadzi do powstania „konstruktu A1”, który jest następujący:
_KpnI.SacI.MluI.Nhel.Smal.Xhol.(-120 do TSS Bglll).Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
ETAP2: Insercja dodatkowego MCS.
Dwakomplementarneoligonukleotydy(zufosforylowanymikońcami5'),zapewniające:
_Nhel.SacII.EcorY.AfIII.AatII.AvrII.SpeI.PvuII.XhoI_, syntetyzuje się stosując komercjalne źródła handlowe. Oligonukleotydy te łączy się, a następnie klonuje w miejsca Nheli Xhol „konstruktu A1”.
Otrzymany konstrukt określa się jako „konstrukt B2”, i jest on następujący:
_KpnI.SacI.Mlul.Nhel.SacII.EcorV.AfIII.AatII.AvrII.Spel. PvuII.XhoI. (-120 do TSS Bglll).
Hindlll. [lucyferaza].Xbal_
ETAP 3: Fragment wzmacniający TNFa (ER1 lub ER2) amplifikuje się stosując startery zawierające miejsca restrykcyjne SpelI.PvuII na końcu 5' iPuvII na końcu 3', tworząc następujący produkt PCR: 5' Spel.PvuII.(ER1 lub ER2). Xhol 3'. Fragment ten klonuje się w „konstrukcie B2”, wykorzystując miejsca restrykcyjne SpeliXhol. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt C2”,ijest on następujący:
_KpnI.SacI.Mlul.Nhel.SacII.EcorV.AfIII.AatH.AvrII.Spel. PvuII.(ER1 lub ER2) Xhol.(-120 do TSS
Bglll). Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
ETAP 4: Fragment wzmacniający TNFa (ER1 lub ER2) amplifikuje się stosując startery zawierające miejsca restrykcyjne AvrII.SpeI na końcu 5' i PvuII na końcu 3', tworząc następujący produkt PCR: 5' AvrII.Spel. (ER1 lub ER2). Pvull3'. Fragment ten klonuje się w „konstrukcie C2” wykorzystując miejsca restrykcyjne AvrIIiPvuII. Konstrukt ten określa się jako „konstrukt D2”,ijest on następujący:
_KpnI.SacI.Mlul.Nhel.SacII.EcorV.Af III.AatH.AvrII.Spel.(ER1 lub ER2).PvuII. (ER1 lub ER2)Xhol.
(-120 do TSS Bglll).Hindlll.[lucyferaza].Xbal_
A zatem, stosując tą strategię, podczas amplifikacji przez PCR wybranych regionów wzmacniających, można dołączyć co najmniej siedem kopii, po jednej na raz, regionów wzmacniających (ER1, ER2 lub ER3, pojedynczo lub w kombinacjach) poprzez wykorzystanie jednego lub więcej miejsc restrykcyjnych położonych za miejscami poprzednimi.
Po dołączeniu pożądanej liczba kopii regionów wzmacniających, AIG wstawia się za superpromotorem, jak opisanowetapie 5 schematu 1.
Indukowalną ekspresję genu chimerycznego TNFp-AIG bada się przez krótkotrwałą transfekcję wymienionych powyżej linii komórkowych. Ekspresję genu TNFp-AIG mierzy się wykrywając apoptozę stransfekowanych komórek, oceniając ilość ulegających ekspresji białek AIG na blotach typu Western zwykorzystaniem dostępnych komercjalnie przeciwciał i oznaczając aktywność proteaz zwykorzystaniem dostępnego komercjalnie, dobrze udokumentowanego, specyficznego, syntetycznego substratu tetrapeptydowego.
Indukowalną ekspresję genu chimerycznego TNFp-FasL bada się przez krótkotrwałą transfekcję tych samych linii komórkowych. Ekspresję FasL na powierzchni komórek stransfekowanych ocenia się ilościowo stosując wiązanie przeciwciała skierowanego przeciw FasL, wykrywane metodą pośredniej immunofluorescencji, oraz przez pomiar indukcji apoptozy komórek Fas-pozytywnych.
PL 191 586 B1
Regulacja kierowanej przez TNFp ekspresji genu reporterowego. Nie ulegający translacji 3'-końcowy region genu TNFa odgrywa ważną rolę wregulacji biosyntezy TNFa. Bierze on udział w translacyjnej ekspresji ekspresji genu TNFα w normalnym, nieaktywowanym stanie. Co ważne, elementy te pozwalają na występowanie derepresji, gdy komórki wytwarzające TNFa ulegają aktywacji przez bodźce zewnętrzne (Han, J.iin., J. Immunology, 1991, 146, 1843-1848; Crawford, F.K.iin., J. Biol. Chem., 1996, 271, 22383-22390).
Tworzy się konstrukty genetyczne, wktórych cały nie ulegający translacji region 3'-końcowy (sekwencjaonumerze identyfikacyjnym: 13) wstawia się za genem lucyferazy kierowany przez fragmenty delecyjne promotora TNFa, a mianowicie -120, -706 i -1005. Wyniki krótkotrwałej ekspresjitych konstruktówpodsumowanonafigurze9.
Przykład 2
Protokołybadawcze
Metodyinvitro:
Oznaczenie lucyferazy: Aktywność lucyferazy określa się stosująckomercjalniedostępneodczynniki(Promega).
EkspresjagenówAIG.1iAIG.2:
a) Bloty typu Western lizatów stransfekowanych komórek wywołuje się wykorzystując przeciwciałaskierowaneprzeciwCPP32, jak również przeciwciała skierowane przeciw PRAP. Przeciwciało skierowane przeciw PRAP wykrywa zarówno zhydrolizowane, jak inie zhydrolizowane produkty PRAP,będącewynikiemenzymatycznejaktywnościCPP32.
b) Oznaczenie enzymu CPP32: W oznaczeniu tym wykrywa się reakcję enzymatyczną CPP32 irozkład substratu kolorymetrycznego lub fluorogennego. W oznaczeniu tym stosuje się dostępny komercjalniezestawodczynników(Clonotech,Pharmingen).
c) Apoptoza stransfekowanych komórek: Apoptozę stransfekowanych komórek powodowaną przezAIG.1iAIG.2określasiępoprzezbarwieniejąderkomórkowychjodkiempropidyny(Krishan, A., J. Cell Biol., 66, 1994, 188-193) oraz stosując dostępny komercjalnie zestaw do testu Elisa śmierci komórek (Boehringer Mannheim).
Modelezwierzęce
Model indukowanego IL-1 zapalenia stawów u królików (Pettipher E. R.iin., Proc. Natl. Acad. Sci., 1986, 83, 8749-8753): IL-1 wstrzykuje się do stawów kolanowych królików rasy New Zealand White. Dostawowe wstrzyknięcie IL-1 powoduje zależną od dawki infiltrację leukocytów do przestrzeni wewnątrzstawowej i utratę proteoglikanu w chrząstce stawowej.
Zapalenie stawów indukowane antygenami: Dostawowe wstrzyknięcie antygenu (owoalbumina) do stawu kolanowego indukuje akumulację leukocytówidegradację chrząstki, które bardzo przypominają reumatoidalne zapalenie stawów u ludzi. Obrzęk stawu, występujący po wstrzyknięciu utrzymywał się przez 14 dni.
Model ludzkich synowiocytów w myszach SCID (HouriJ.M.iin., Current Opinions in Rheumatol., 1995, 7, 201-205; Sack U.iin., J. Autoimmunity, 1995, 9, 51-58; Geiler T.iin., Arthritis & Rheumatism, 1994, 37, 1664-1671): Są to ostatnio opracowane modele zapalenia stawów, w których świeżą tkankę maziówki pacjentówzRAznormalną ludzką chrząstką implantuje się myszom SCID, podskórnie, pod torebką nerkową (Geiler T.iin., Arthritis & Rheumatism, 1994, 37, 1664-1671) lub do stawów kolanowych (Sack U.iin., J. Autoimmunity, 1995, 9, 51-58). Implanty rosnąwsposób charakterystyczny dla zapalenia stawów, włącznie z formowaniem tkanki łuszczki o wysokiej gęstości komórek, nadżerkami kości ichrząstki, rozwojem wielojądrzastych komórek olbrzymich inaciekaniem chrząstki przez fibroblastymaziówkowe.
Metoda pośrednia: Synowiocyty transfekuje się in vitro genem terapeutycznym i przeszczepia zpowrotem do królików. U królików tych indukuje się zapalenie stawów przez wstrzyknięcie IL-1 iocenia się ekspresję genu leczniczego po aktywacji. Indukowana aktywacją ekspresja genu chimerycznego wywołuje apoptozę w przeszczepionych komórkach.
Metoda bezpośrednia: dostawowe wstrzyknięcia genów chimerycznych. Można zastosować którykolwiekzopisanych powyżej sposobów wprowadzania genów, włącznie ze stosowaniem nagiego DNA plazmidowego lub kationowych liposomów. Przy stosowaniu wektora opartego na wirusie, geny chimeryczne klonuje sięwodpowiednich wektorach. Wektory następnie modyfikuje się przez delecję obecnego w tych wektorach promotora eukariotycznego. Dostawowe wstrzyknięcia genów leczniczych wstawionych do odpowiednich wektorów można prowadzić w celu oceny skuteczności terapeutycznej, jak również profilaktycznej.
PL 191 586 B1
Przykład 3
SelekcjaniewytwarzającychTNFa wariantów komórek somatycznych
Komórki (THP-1, Jurkat) stabilnie transfekuje się in vitrogenem chimerycznym TNFp-AIG. Po kilku cyklach stymulacji, które indukują apoptozę w komórkach, w których zachodzi ekspresja genu TNFp-AIG, zbiera się komórki przeżywające. Następnie konstruuje się bibliotekę cDNA tych komórek, którą stosuje się do klonowania funkcjonalnego (Legerski R.iPeterson C., Nature, 1992, 359, 70-73; Jaattela M.iin., Oncogene, 1995, 10, 2297-2305).
Przykład 4
Identyfikacjaicharakterystykagenówdominującychnegatywnych(DN)
Stabilnie stransfekowane TNFp-AIG komórki THP-1iJurkat poddaje się powtarzającym się cyklom stymulacjiwcelu aktywacji ekspresji THFp-AIG. Komórki, które nie wykazują ekspresji regulujących genów negatywnych ulegają apoptozie, podczas gdy te, w których zachodzi ekspresja genów dominujących negatywnych, przeżywają. W tych przeżywających komórkach produkty genów DN działająwkonfiguracji transwstosunku do promotora TNFa,wten sposób hamując jego aktywację do transkrypcji AIG, czego wynikiem ostatecznie jest fenotyp przeżywania. Wykorzystując poliadenylowany mRNA z tych komórek konstruuje się bibliotekę cDNA. Geny DN, które uniemożliwiają apoptozę komórek THP-1 lub Jurkat stransfekowanych genem TNFp-AIG identyfikuje się poprzez klonowanie funkcjonalne, jak opisano dla innych genów (Legerski R.iPeterson C., Nature, 1992, 359, 70-73; Jaattela M.iin., Oncogene, 1995, 10, 2297-2305).
Powyższy opis ma na celu przedstawienie osobie będącej specjalistąwtej dziedzinie, wjaki sposób praktycznie stosować niniejszy wynalazek, inie ma na celu szczegółowego wyjaśniania wszystkich jego oczywistych modyfikacji i odmian, które staną się oczywiste dla specjalisty po przeczytaniu opisu. Zamiarem jest jednakże, aby wszystkie takie modyfikacjeiodmiany objęte były zakresem niniejszego wynalazku, który definiują poniższe zastrzeżenia. Zamiarem jest, aby zastrzeżenia pokrywały zastrzegane składniki i etapy wjakiejkolwiek kolejności, która skutecznie spełnia zamierzone cele,oilekontekst nie wskazuje szczegółowo inaczej.
Artykuły cytowane w niniejszym opisie wyraźnie włączono są do niego w całości poprzez odnośniki literaturowe.
PL 191 586 B1
LISTA SEKWENCJI (1) INFORMACJA OGÓLNA:
(i) ZGŁASZAJĄCY: Revati J. Tatake, Steven D. Marlin i Randall W. Barton (ii) TYTUŁ WYNALAZKU: Samoregulująca apoptoza komórek zapalnych dzi$ki terapii genowej (iii) LICZBA SEKWENCJI: 13 (ivj ADRES DO KORESPONDENCJI:
(A) ADRESAT: Boehringer Ingelheim Corporation (B) ULICA: 900 Ridgebury Road, P.O. Box 368 (C) MIASTO: Ridgefield (D) STAN: Connecticut (E) KRAJ: STANY ZJEDNOCZONE AMERYKI (F) KOD POCZTOWY: 06877-0368 (v) ZAPIS KOMPUTEROWY:
(A) TYP NOŚNIKA: dyskietka 3,5 1,44 Mb (B) KOMPUTER: IBM PC (C) SYSTEM OPERACYJNY: MS DOS (D) OPROGRAMOWANIE: Word Processing <vi) DANE DOTYCZĄCE AKTUALNEGO ZGŁOSZENIA:
(A) NUMER ZGŁOSZENIA: zostanie przyznany (B) DATA ZŁOŻENIA: w załączeniu (C) KLASYFIKACJA:
(vi) DANE DOTYCZĄCE UPRZEDNIEGO ZGŁOSZENIA:
(A) NUMER ZGŁOSZENIA: 60/038 266 (B) DATA ZŁOŻENIA: 28 lutego 1997 <viii) INFORMACJA O PEŁNOMOCNIKU/PRZEDSTAWICIELU:
(A) NAZWISKO: Robert P. Raymond (B) NUMER REJESTRACYJNY: 25089
EC) NUMER, NA KTÓRY NALEŻY SIĘ POWOŁY16
PL 191 586 B1
WAĆ/NUMER W REJESTRZE: 203-791-6183 (ix) INFORMACJA TELEKOMUNIKACYJNA:
(A) NUMER TELEFONU: 203-798-4865 (B) NUMER TELEFAXU: 203-791-6183 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:1:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1178 (B) TYP: kwas nukleinowy (Cj ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: promotor odniesienia ludzkiego TNFa (x) INFORMACJA O PUBLIKACJI:
(A) AUTORZY: Takashiba, S. i in.
(B) PISMO: Gene (D) TOM: 131 (E) STRONY: 307-308 <xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJĄ O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:!:
GGGGAAGCAA AGGAGAAGCT GAGAAGATGA AGGAAAAGTC AGGGTCTGGA 50 GGGGCGGGGG TCAGGGAGCT CCTGGGAGAT ATGGCCACAT GTAGCGGCTC. 100 TGAGGAATGG GTTACAGGAG ACCTCTGGGG AGATGTGACC ACAGCAATGG 150 GTAGGAGAAT GTCCAGGGCT ATGGAAGTCG AGTATCGGGG ACCCCCCCTT 200 AACGAAGACA GGGCCATGTA GAGGGCCCCA GGGAGTGAAA GAGCCTCCAG 250 GACCTCCAGG TATGGAATAC AGGGGACGTT TAAGAAGATA TGGCCACACA 300 CTGGGGCCCT GAGAAGTGAG AGCTTCATGA AAAAAATCAG GGACCCCAGA 350 GTTCCTTGGA AGCCAAGACT GAAACCAGCA TTATGAGTCT CCGGGTCAGA 400 ATGAAAGAAG AAGGCCTGCC CCAGTGGTCT GTGAATTCCC GGGGGTGATT 450 TCACTCCCCG GGCTGTCCCA GGCTTGTCCC TGCTACCCCC ACCCAGCCTT 500 TCCTGAGGCC TCAAGCTGCC ACCAAGCCCC CAGCTCCTTC TCCCCGCAGA 550 CCCAAACACA GGCCTCAGGA CTCAACACAG CTTTTCCCTC CAACCCCGTT 600 TTCTCTCCCT CAAGGACTCA GCTTTCTGAA GCCCCTCCCA GTTCTAGTTC 650
PL 191 586 B1
TATCTTTTTC CTGCATCCTG TCTGGAAGTT AGAAGGAAAC AGACCACAGA 700 CCTGGTCCCC AAAAGAAATG GAGGCAATAG GTTTTGAGGG GCATGGGGAC 750 GGGGTTCAGC CTCCAGGGTC CTACACACAA ATCAGTCAGT GGCCCAGAAG 600 ACCCCCCTCG GAATCGGAGC AGGGAGGATG GGGAGTGTGA GGGGTATCCT 850 TGATGCTTGT GTGTCCCCAA CTTTCCAAAT NCCCGCCCCC GCGATGGAGA 900 AGAAACCGAG ACAGAAGGTG CAGGGCCCAC TACCGCTTCC TCCAGATGAG 950 CTTATGGGTT TCTCCACCAA GGAAGTTTTC CGCTGGTTGA ATGATTCTTT 1000 CCCCGCCCTC CTCTCGCCCC AGGGACATAT AAAGGCAGTT GTTGGCACAC 1050 CCAGCCAGCA GACGCTCCCT CAGCAAGGAC AGCAGAGGAC CAGCTAAGAG 1100 GGAGAGAAGC AACTGCAGAC CCCCCCTOAA AACAACCCTC AGACGCCACA 1150 TCCCCTGACA AGCTGCCAGG CAGGTTCT n?8 (23 INFORMACJA 0 SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI (i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1096 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: gen promotora ludzkiego TNFa (x) INFORMACJA O PUBLIKACJI:
(A) AUTORZY: Takashiba, S., i i n
(B) PISMO: Gene
(D) TOM: 131
(E) STRONY: 307-308
(xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFI
KACYJNYM:2:
GAGGCCGCCA GACTGCTGCA GGGGAAGCAA AGGAGAAGCT GAGAAGATGA 50 AGGAAAAGTC AGGGTCTGGA GGGGCGGGGG TCAGGGAGCT CCTGGGAGAT 100 ATGGCCACAT GTAGCGGCTC TGAGGAATGG GTTACAGGAG ACCTCTGGGG 150 AGATGTGACC ACAGCAATGG GTAGGAGAAT GTCCAGGGCT ATGGAAGTCG 200 AGTATGGGGA CCCCCCCTTA ACGAAGACAG GGCCATGTAG AGGGCCCCAG 250 GGAGTGAAAG AGCGTCCAGG ACCTCCAGGT ATGGAATACA GGGGACGTTT 300 AAGAAGATAT GGCCACACAC TGGGGCCCTG AGAAGTGAGA GCTTCATGAA 3S0 AAAAATCAGG GACCCCAGAG TTCCTTGGAA GCCAAGACTG AAACCAGCAT 400 TATGAGTCTC CGGGTCAGAA TGAAAGAAGA AGGCCTGCCC CAGTGGGGTC 450 TGTGAATTCC CGGGGGTGAT TTCACTCCCC GGGGCTGTCC CAGGCTTGTC 500 CCTGCTACCC CCACCCAGCC TTTCCTGAGG CCTCAAGCCT GCCACCAAGC 550 CCCCAGCTCC TTCTCCCCGC AGGGACCCAA ACACAGGCCT CAGGACTCAA 600 CACAGCTTTT CCCTCCAACC CCGTTTTCTC TCCCTCAAGG ACTCAGCTTT 650 CTGAAGCCCC TCCCAGTTCT AGTTCTATCT TTTTCCTGCA TCCTGTCTGC 700
PL 191 586 B1
AAGTTAGAAG GAAACAGACC ACAGACCTGG TCCCCAAAAG AAATGGAGGC 750
AATAGGTTTT GAGGGGCATG GGGACGGGGT TCAGCCTCCA GGGTCCTACA Θ00
CACAAATCAG TCAGTGGCCC AGAAGACCCC CCTCGGAATC GGAGCAGGGA 850
GGATGGGGAG TGTGAGGGGT ATCCTTGATG CTTGTGTGTC CCCAACTTTC 900
CAAATCCCCG 'CCCGCGCGAT GGAGAAGAAA CCGAGACAGA AGGTGCAGGG 950
CCCACTACCG CTTCCTCCAG ATGAGĆTCAT GGGTTTCTCC ACCAAGGAAG 1000
TTTTCCGCTG GTTGAATGAT TCTTTCCCCG ĆCCTCCTCTC GCCCCAGGGA 1050
CATATAAAGG CAGTTGTTGG CAGACCCAGC CAGCAGACGC TCCCTC 1096 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:3:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ:· 139 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: natywny minimalny promotor TNFa (Xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA 0 NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI:
CCGCTTCCTC CAGATGAGCT CATGGGTTTC TCCACCAAGG AAGTTTTCCG 50
CTGGTTGAAT GATTCTTTCC CCGCCCTCCT CTCGCCCCAG GGACATATAA 100
AGGCAGTTGT ATGGCACACC CGCCAGCAGA CGCTCCCTC 139 (2) INFORMACJA 0 SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 904 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFpl20 AIG.l
PL 191 586 B1 (D) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 139 obejmują sekwencję promotora; reszty 140 do 151 sekwencję łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencje AIG.l (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI :
CCGCTTCCTC CAGATGAGCT CATGGGTTTC TCCACCAAGG AAGTTTTCCG 50
CTGGTTGAAT GATTCTTTCC CCGCCCTCCT CTCGCCCCAG GGACATATAA 100
AGGCAGTTGT TGGCACACCC AGCCAGCAGA CGCTCCCTCA GCAGATCCAC 150
CATGTCTGGA ATATCCCTGG ACAACAGTTA TAAAATGGAT TATCCTGAGA 200
TGGGTTTATG TATAATAATT AATAATAAGA ATTTTCATAA AAGCACTGGA 250
ATGACATCTC GGTCTGGTAC AGATGTCGAT GCAGCAAACC TCAGGGAAAC 300
ATTCAGAAAC TTGAAATATG AAGTCAGGAA TAAAAATGAT CTTACACGTG 350
AAGAAATTGT GGAATTGATG'CGTGATGTTT CTAAAGAAGA TCACAGCAAA 4 00 AGGAGCAGTT TTGTTTGTGT GCTTCTGAGC CATGGTGAAG AAGGAATAAT 450
TTTTGGAACA AATGGACCTG TTGACCTGAA AAAAATAAC/s. AACTTTTTCA 500
GAGGGGATCG TTGTAGAAGT CTAACTGGAA AACCCAAACT TTTCATTATT 550
CAGGCCTGCC GTGGTACAGA ACTGGACTGT GGCATTGAGA CAGACAGTGG 600
TGTTGATGAT GACATGGCGT GTCATAAAAT ACCAGTGGAG GCCGACTTCT 650
TGTATGCATA CTCĆACAGCA CCTGGTTATT ATTCTTGGCG AAATTCAAAG 700
GATGGCTCCT GGTTCATCCA GTCGCTTTGT GCCATGCTGA AACAGTATGC 750
CGACAAGCTT GAATTTATGC ACATTCTTAC CCGGGCTAAC CGAAAGGTGG 800
CAACAGAATT TGAGTCCTTT TCCTTTGACG CTACTTTTCA TGCAAAGAAA 650
CAGATTCCAT GTATTGTTTC CATGCTCACA AAAGAACTCT ATTTTTATCA 900
CTAA 904 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:5:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1490 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFp706 AIG.l JD) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 724 obejmują sekwencje promotora; reszty 725 do 736 sekwencję łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencję AIG.l (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFI20
PL 191 586 B1
KACYJNYM:S:
TCCTTGGAAG CCAAGACTGA AACCAGCATT ATGAGTCTCC GGGTCAGAAT 50
GAAAGAAGAA GGCCTGCCCC AGTGGGGTCT GTGAATTCCC GGGGGTGATT 100 TCACTCCCCG GGGCTGTCCC AGGCTTGTCC CTGCTACCCC CACCCAGCCT 150 TTCCTGAGGC TCAAGCCTGC CACCAAGCCC CCAGCTCCTT CTCCCCGCAG 200 GGACCCAAAC ACAGGCCTCA GGACTCAACA CAGCTTTTCC CTCCAACCCC 250 GTTTTCTCTC CCTCAAGGAC TCAGCTTTCT GAAGCCCCTC CCAGTTCTAG 300 TTCTATCTTT TTCCTGCATC CTGTCTGGAA GTTAGAAGGA AACAGACCAC 350 AGACCTGGTC CCCAAAAGAA ATGGAGGCAA TAGGTTTTGA GGGGCATGGG 400 GACGGGGTTC AGCCTCCAGG GTCCTACACA CAAATCAGTC AGTGGCCCAG 450 AAGACCCCCC TCGGAATCGG AGCAGGGAGG ATGGGGAGTG TGAGGGGTAT 500 CCTTGATGCT TGTGTGTCCC CAACTTTCCA AATCCCCGCC CCCGCGATGG 550 AGAAGAAACC GAGACAGAAG GTGCAGGGCC CACTACCGCT TCCTCCAGAT 600 GAGCTCATGG GTTTCTCCAC CAAGGAAGTT TTCCGCTGGT TGAATGATTC 650 TTTCCCCGCC CTCCTCTCGC CCCAGGGACA TATAAAGGCA GTTGTTGGCA 700 CACCCAGCCA GCAGACGCTC CCTCAGCAGA TCCACCATGT CTGGAATATC 750 CCTGGACAAC AGTTATAAAA TGGATTATCC TGAGATGGGT TTATGTATAA 800 ΤΑΑΤΤΛΑΤΑΑ TAAGAATTTT CATAAAAGCA CTGGAATGAC ATCTCGGTCT 850 GGTACAGATG TCGATGCAGC AAACCTCAGG GAAACATTCA GAAACTTGAA 900 ATATGAAGTC AGGAATAAAA ATGATCTTAC ACGTGAAGAA ATTGTGGAAT 950 TGATGCGTGA TGTTTCTAAA GAAGATCACA GCAAAAGGAG CAGTTTTGTT 1000 TGTGTGCTTC TGAGCCATGG TGAAGAAGGA ATAATTTTTG GAACAAATGG 1050 ACCTGTTGAC CTGAAAAAAA TAACAAACTT TTTCAGAGGG GATCGTTGTA 1100 GAAGTCTAAC TGGAAAACCC AAACTTTTCA TTATTCAGGC CTGCCGTGGT 1150 ACAGAACTGG ACTGTGGCAT TGAGACAGAC AGTGGTGTTG ATGATGACAT 1200 GGCGTGTCAT AAAATACCAG TGGAGGCCGA CTTCTTGTAT GCATACTCCA 1250 CAGCACCTGG TTATTATTCT TGGCGAAATT CAAAGGATGG CTCCTGGTTC 1300 ATCCAGTCGC TTTGTGCCAT TGCTGAAACA GTATGCCGAC AAGCTTGAAT 1350 TTATGCACAT TCTTACCCGG GCTAACCGAA AGGTGGCAAC AGAATTTGAG 1400 TCCTTTTCCT TTGACGCTAC TTTTCATGCA AAGAAACAGA TTCCATGTAT 1450 TGTTTCCATG CTCACAAAAG AACTCTATTT TTATCACTAA 1490 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1769 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFplOOS AIG.l (D) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 1023 obejmują sekwencje promotora; reszty 1024 do 1036 sekwencję łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencję AIG.l
PL 191 586 B1 (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM : 6:
GGCGGGGGTC AGGGAGCTCC TGGGAGATAT GGCCACATGT AGCGGCTCTG 50
AGGAATGGGT TACAGGAGAC CTCTGGGGAG ATGTGACCAC AGCAATGGGT 100
AGGAGAATGT CCAGGGCTAT GGAAGTCGAG TATGGGGACC CCCCCTTAAC 150
GAAGACAGGG CCATGTAGAG GGCCCCAGGG AGTGAAAGAG CCTCCAGGAC 200
CTCCAGGTAT GGAATACAGG GGACGTTTAA GAAGATATGG CCACACACTG 250
GGGCCCTGAG AAGTGAGAGC TTCATGAAAA AAATCAGGGA CCCCAGAGTT 300
CCTTGGAAGC CAAGACTGAA ACCAGCATTA TGAGTCTCCG GGTCAGAATG 350
AAAGAAGAAG GCCTGCCCCA GTGGGGTCTG TGAATTCCCG GGGGTGATTT 400
CACTCCCCGG GGCTGTCCCA GGCTTGTCCC TGCTACCCCC ACCCAGCCTT 450
TCCTGAGGCC TCAAGCCTGC CACCAAGCCC CCAGCTCCTT CTCCCCGCAG 500
GGACCCAAAC ACAGGCCTCA GGACTCAACA CAGCTTTTCC CTCCAACCCC 550
GTTTTCTCTC CCTCAAGGAC TCAGCTTTCT GAAGCCCCTC CCAGTTCTAG 600
TTCTATCTTT TTCCTGCATC CTGTCTGGAA GTTAGAAGGA AACAGACCAC 650
AGACCTGGTC CCCAAAAGAA ATGGAGGCAA TAGGTTTTGA GGGGCATGGG 700
GACGGGGTTC AGCCTCCAGG GTCCTACACA CAAATCAGTC AGTGGCCCAG 750
AAGACCCCCC TCGGAATCGG AGCAGGGAGG ATGGGGAGTG TGAGGGGTAT 800
CCTTGATGCT TGTGTGTCCC CAACTTTCCA AATCCCCGCC CCCGCGATGG 050
AGAAGAAACC GAGACAGAAG GTGCAGGGCC CACTACCGCT TCCTCCAGAT 900
GAGCTCATGG GTTTCTCCAC CAAGGAAGTT TTCCGCTGGT TGAATGATTC 950
TTTCCCCGCC CTCCTCTCGC CCCAGGGACA TATAAAGGCA GTTGTTGGCA 1000
CACCCAGCCA GCAGACGCTC CCTCAGCAGA TCCACCATGT CTGGAATATC 1050
CCTGGACAAC AGTTATAAAA TGGATTATCC TGAGATGGGT TTATGTATAA 1100
TAATTAATAA TAAGAATTTT CATAAAAGCA CTGGAATGAC ATCTCGGTCT 1150
GGTACAGATG TCGATGCAGC AAACCTCAGG GAAACATTCA GAAACTTGAA 1200
ATATGAAGTC AGGAATAAAA ATGATCTTAC ACGTGAAGAA ATTGTGGAAT 1250
TGATGCGTGA TGTTTCTAAA GAAGATCACA GCAAAAGGAG CAGTTTTGTT 1300
TGTGTGCTTC TGAGCCATGG TGAAGAAGGA ATAATTTTTG GAACAAATGG 1350
ACCTGTTGAC CTGAAAAAAA TAACAAACTT TTTCAGAGGG GATCGTTGTA 1400
GAAGTCTAAC TGGAAAACCC AAACTTTTCA TTATTCAGGC CTGCCGTGGT 1450
ACAGAACTGG ACTGTGGCAT TGAGACAGAC AGTGGTGTTG ATGATGACAT 1500
GGCGTGTCAT AAAATACCAG TGGAGGCCGA CTTCTTGTAT GCATACTCCA 1550
CAGCACCTGG TTATTATTCT TGGCGAAATT CAAAGGATGG CTCCTGGTTC 1600
ATCCAGTCGC TTTGTGCCAT GCTGAAACAG TATGCCGACA AGCTTGAATT 1650
TATGCACATT CTTACCCGGG CTAACCGAAA GGTGGCAACA GAATTTGAGT 1700
CCTTTTCCTT TGACGCTACT TTTCATGCAA AGAAACAGAT TCCATGTATT 1750 GTTTCCATGC TCACAAAAGA ACTCTATTTT TATCACTAA 1789 (2) INFORMACJA 0 SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:?:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1008 (B) TYP: kwas nukleinowy !C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa ' (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ίχ) CECHA:
PL 191 586 B1 (A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFpl20 AIG.2 (D) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 138 obejmują sekwencję promotora; reszty 139 do 150 sekwencję Łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencję AIG.2 (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:?:
CCGCTTCCTC CAGATGAGCT CATGGGTTTC TCCACCAAGG AAGTTTTCCG 50 CTGGTTGAAT GATTCTTTCC CCGCCCTCCT CTCGCCCCAG GGACATATAA 100 AGGCAGTTGT TGGCACACCC AGCCAGCAGA GCTCCCTCAG CAGATCCACC 150 ATGGCTGGAC CACCTGAGTC AGCAGAATCT ACAGATGCCC TCAAGCTTTG 200 TCCTCATGAA GAATTCCTGA GACTATGTAA AGAAAGAGCT GAAGAGATCT 250 ACCCAATAAA GGAGAGAAAC AACCGCACAC GCCTGGCTCT CATCATATGC 300 AATACAGAGT TTGACCATCT GCCTCCGAGG AATGGAGCTG ACTTTGACAT 350 CACAGGGATG AAGGAGCTAC TTGAGGGTCT GGACTATAGT GTAGATGTAG 400 AAGAGAATCT GACAGCCAGG GATATGGAGT CAGCGCTGAG GGCATTTGCT 450 ACCAGACCAG AGCACAAGTC CTCTGACAGC ACATTCTTGG TACTCATGTC 500 TCATGGCATC CTGGAGGGAA TCTGCGGAAC TGTGCATGAT GAGAAAAAAC 550 CAGATGTGCT GCTTTATGAC ACCATCTTCC AGATATTCAA CAACCGCAAC S00 TGCCTCAGTC TGAAGGACAA ACCCAAGGTC ATCATTGTCC AGGCCTGCAG 650 AGGTGCAAAC CGTGGGGAAC TGTGGGTCAG AGACTCTCCA GCATCCTTGG 700 AAGTGGCCTC TTCACAGTCA TCTGAGAACC TGGAGGAAGA TGCTGTTTAC 750 AAGACCCACG TGGAGAAGGA CTTCATTGCT TTCTGCTCTT C/iACGCCACA 800 CAACGTGTCC TGGAGAGACA GCACAATGGG CTCTATCTTC ATCACACAAC 850 TCATCACATG.CTTCCAGAAA TATTCTTGGT GCTGCCACCT AGAGGAAGTA 900 TTTCGGAAGG TACAGCAATC ATTTGAAACT CCAAGGGCCA AAGCTCAAAT 950 GCCCACCATA GAACGACTGT CCATGACAAG ATATTTCTAC CTCTTTCCTG 1000 GCAATTGA 1008 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:8:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1587 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFp706 AIG.2
PL 191 586 B1 (D) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 724 obejmują sekwencję promotora; reszty 725 do 736 sekwencję łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencje AlG.2 (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA 0 NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM: 8:
TCCTTGGAĄG CCAAGACTGA AACCAGCATT ATGAGTCTCC GGGTCAGAAT SO GAAAGAAGAA GGCCTGCCCC AGTGGGGTCT GTGAATTCCC GGGGGTGATT 100 TCACTCCCCG GGGCTGTCCC AGGCTTGTCC CTGCTACCCC CACCCAGCCT ISO TTCCTGAGGC CTCAAGCCTG CCACCAAGCC CCCAGCTCCT TCTCCCCGCA 200 GGGACCCAAA CACAGGCCTC AGGACTCAAC ACAGCTTTTC CCTCCAACCC 250 CGTTTTCTCT CCCTCAAGGA CTCAGCTTTC TGAAGCCCCT CCCAGTTCTA 300 GTTCTATCTT TTTCCTGCAT CCTGTCTGGA AGTTAGAAGG AAACAGACCA 350 CAGACCTGGT CCCCAAAAGA AATGGAGGCA ATAGGTTTTG AGGGGCATGG 400 GGACGGGGTT CAGCCTCCAG GGTCCTACAC ACAAATCAGT CAGTGGCCCA 450 AAGACCCCCC TCGGAATCGG AGCAGGGAGG ATGGGGAGTG TGAGGGGTAT 500 CCTTGATGCT TGTGTGTCCC CAACTTTCCA AATCCCCGCC CCCGCGATGG 550 AGAAGAAACC GAGACAGAAG GTGCAGGGCC CACTACCGCT TCCTCCAGAT 600 GAGCTCATGG GTTTCTCCAC CAAGGAAGTT TTCCGCTGGT TGAATGATTC 650 TTTCCCCGCC CTCCTCTCGC CCCAGGGACA TATAAAGGCA GTTGTTGGCA 700 CACCCAGCCA GCAGACGCTC CCTCAGCAGA TCCACCATGG CTGGACCACC 750 TGAGTCAGCA GAATCTACAG ATGCCCTCAA GCTTTGTCCT CATGAAGAAT 800 TCCTGAGACT ATGTAAAGAA AGAGCTGAAG AGATCTACCC AATAAAGGAG 850 AGAAACAACC GCACACGCCT GGCTCTCATC ATATGCAATA CAGAGTTTGA 900 CCATCTGCCT CCGAGGAATG GAGCTGACTT GACATCACAG GATGAAGGAG 950 TACTTGAGGG TCTGGACTAT GTGTAGATGT GAAGAGAATC GACAGCCAGG 1000 ATATGGAGTC AGCGCTGAGG GCATTTGCTA CCAGACCAGA GCACAAGTCC 1050 TCTGACAGCA CATTCTTGGT ACTCATGTCT CATGGCATCC TGGAGGGAAT 1100 CTGCGGAACT GTGCATGATG AGAAAAAACC AGATGTGCTG CTTTATGACA 1150 CCATCTTCCA GATATTCAAC AACCGCAACT GCCTCAGTCT GAAGGACAAA 1200 CCCAAGGTCA TCATTGTCCA GGCCTGCAGA GGTGCAAACC GTGGGGAACT 1250 GTGGGTCAGA GACTCTCCAG CATCCTTGGA AGTGGCCTCT TCACAGTCAT 1300 CTGAGAACCT GGAGGAAGAT GCTGTTTACA AGACCCACGT GGAGAAGGAC 1350 TTCATTGCTT TCTGCTCTTC AACGCCACAC AACGTGTCCT GGAGAGACAG 1400 CACAATGGGC TCTATCTTCA TCACACAACT CATCACATGC TTCCAGAAAT 1450 ATTCTTGGTG CTGCCACCTA GAGGAAGTAT TTCGGAAGGT ACAGCAATCA 1500 TTTGAAACTC CAAGGGCCAA AGCTCAAATG CCCACCATAG AACGACTGTC 1550 CATGACAAGA TATTTCTACC TCTTTCCTGG CAATTGA 1587 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:9:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 1894
(B) TYP: kwas nukleinowy
(C) ILOŚĆ NICI : jedna
(D) TOPOLOGIA: liniowa
(ii) RODZAJ CZĄSTECZKI (A) OPIS: DNA
PL 191 586 B1 (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: chimeryczny gen TNFpl005 AIG.2 (D) INNE INFORMACJE: reszty 1 do 1024 obejmują sekwencję promotora; reszty 1025 do 1036 sekwencję łącznika, a pozostałe reszty obejmują sekwencję AIG.2 (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA 0 NUMERZE IDENTYFIKACYJNYMI:
GGCGGGGGTC AGGGAGCTCC TGGGAGATAT GGCCACATGT AGCGGCTCTG 50
AGGAATGGGT TACAGGAGAC CTCTGGGGAG AGGAGAATGT CCAGGGCTAT GGAAGTCGAG GAAGACAGGG CCATGTAGAG GGCCCCAGGG CTCCAGGTAT GGAATACAGG GGACGTTTAA GGGCCCTGAG AAGTGAGAGC TTCATGAAAA CCTTGGAAGC CAAGACTGAA ACCAGCATTA AAAGAAGAAG GCCTGCCCCA GTGGGGTCTG CACTCCCCGG GGCTGTCCCA GGCTTGTCCC TCCTGAGGCC TCAAGCCTGC CACCAAGCCC GGACCCAAAC ACAGGCCTCA GGACTCAACA GTTTTCTCTC CCTCAAGGAC TCAGCTTTCT TTCTATCTTT TTCCTGCATC CTGTCTGGAA AGACCTGGTC CCCAAAAGAA ATGGAGGCAA GACGGGGTTC AGCCTCCAGG GTCCTACACA AAGACCCCCC TCGGAATCGG AGCAGGGAGG CCTTGATGCT TGTGTGTCCC CAACTTTCCA AGAAGAAACC GAGACAGAAG GTGCAGGGCC GAGCTCATGG GTTTCTCCAC CAAGGAAGTT TTTCCCCGCC CTCCTCTCGC CCCAGGGACA CACCCAGCCA GCAGACGCTC CCTCAGCAGA TGAGTCAGCA GAATCTACAG ATGCCCTCAA TCCTGAGACT ATGTAAAGAA AGAGCTGAAG AGAAACAACC GCACACGCCT GGCTCTCATC CCATCTGCCT CCGAGGAATG GAGCTGACTT AGCTACTTGA GGGTCTGGAC TATAGTGTAG GCCAGGGATA TGGAGTCAGC GCTGAGGGCA CAAGTCCTCT GACAGCACAT TCTTGGTACT AGGGAATCTG CGGAACTGTG CATGATGAGA TATGACACCA TCTTCCAGAT ATTCAACAAC GGACAAACCC AAGGTCATCA TTGTCCAGGC GGGAACTGTG GGTCAGAGAC TCTCCAGCAT CAGTCATCTG AGAACCTGGA GGAAGATGCT GAAGGACTTC ATTGCTTTCT GCTCTTCAAC GAGACAGCAC AATGGGCTCT ATCTTCATCA CAGAAATATT CTTGGTGCTG CCACCTAGAG GCAATCATTT GAAACTCCAA GGGCCAAAGC GACTGTCCAT GACAAGATAT TTCTACCTCT (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O
ATGTGACCAC AGCAATGGGT 100 TATGGGGACC CCCCCTTAAC 150 AGTGAAAGAG CCTCCAGGAC 200 GAAGATATGG CCACACACTG . 250 AAATCAGGGA CCCCAGAGTT 300 TGAGTCTCCG GGTCAGAATG 350 TGAATTCCCG GGGGTGATTT 400 TGCTACCCCC ACCCAGCCTT 450 CCAGCTCCTT CTCCCCGCAG 500 CAGCTTTTCC CTCCAACCCC 550 OAAGCCCCTC CCAGTTCTAG 600 GTTAGAAGGA AACAGACCAC 650 TAGGTTTTGA GGGGCATGGG 700 CAAATCAGTC AGTGGCCCAG 750 ATGGGGAGTG TGAGGGGTAT 800 AATCCCCGCC CCCGCGATGG 850 CACTACCGCT TCCTCCAGAT 900 TTCCGCTGGT TGAATGATTC 950 TATAAAGGCA GTTGTTGGCA 1000 TCCACCATGG CTGGACCACC 1050 GCTTTGTCCT CATGAAGAAT 1100 AGATCTACCC AATAAAGGAG 1150 ATATGCAATA CAGAGTTTGA 1200 TGACATCACA GGGATGAAGG 1250 ATGTAGAAGA GAATCTGACA 1300 TTTGCTACCA GACCAGAGĆA 1350 CATGTCTCAT GGCATCCTGG 1400 AAAAACCAGA TGTGCTGCTT 1450 CGCAACTGCC TCAGTCTGAA 1500 CTGCAGAGGT GCAAACCGTG 1550 CCTTGGAAGT GGCCTCTTCA 1600 GTTTACAAGA CCCACGTGGA 1650 GCCACACAAC GTGTCCTGGA 1700 CACAACTCAT CACATGCTTC 1750 GAAGTATTTC GGAAGGTACA 1800 TCAAATGCCC ACCATAGAAC 1850 TTCCTGGCAA TTGA 1894
NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:10:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI: (A) DŁUGOŚĆ: 123
PL 191 586 B1 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: region wzmacniający 1 (ER1) promotora TNF α (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM: 10:
GGGGCGGGGG TCAGGGAGCT CCTGGGAGAT ATGGCCACAT GTAGCGGCTC 50
TGAGGAATGG GTTACAGGAG ACCTCTGGGG AGATGTGACC ACAGCAATGG 100
GTAGGAGAAT GTCCAGGGCT ATG 123 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:11:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 190 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: region wzmacniający 2 (ER2) promotora TNF α (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM: 11:
TCCTTGGAAG CCAAGACTGA AACCAGCATT ATGAGTCTCC GGGTCAGAAT 50
GAAAGAAGAA GGCCTGCCCC AGTGGGGTCT GTGAATTCCC GGGGGTGATT 10O
TCACTCCCCG GGGCTGTCCC AGGCTTGTCC CTGCTACCCC CACCCAGCCT 150
TTCCTGAGGC CTCAAGCCTG CCACCAAGCC CCCAGCTCCT 190 (2) INFORMACJA 0 SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:12:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
PL 191 586 B1 (A) DŁUGOŚĆ: 223 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: miejsca wielokrotnego klonowania (D) INNE INFORMACJE: utworzone technikami inżynierii genetycznej miejsca wielokrotnego klonowania wstawione przed minimalnym promotorem TNFa w konstrukcie 120pGL3 (xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA 0 NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM: 12:
GGTACCGAGC TCTTACGCGT GCTAGCCGCG GATATCTTAA GACGTCCTAG 50
GACTAGTCAG CTGCTCGAGC CGCTTCCTCC AGATGAGCTC ATGGGTTTCT 100
CCACCAAGGA AGTTTTCCGC TGGTTGAATG ATTCTTTCCC COCCCTCCTC 150
TCGCCCCAGG GACATATAAA GGCAGTTGTT GGCACACCCA GCCAGCAGAC 200
GCTCCCTCAG CAGATCTAAG CTT 223 (2) INFORMACJA O SEKWENCJI O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM:13:
(i) CHARAKTERYSTYKA SEKWENCJI:
(A) DŁUGOŚĆ: 787 (B) TYP: kwas nukleinowy (C) ILOŚĆ NICI: jedna (D) TOPOLOGIA: liniowa (ii) RODZAJ CZĄSTECZKI:
(A) OPIS: DNA (ix) CECHA:
(A) NAZWA/KLUCZ: nie ulegający translacji region
TNFa (Xi) OPIS SEKWENCJI: SEKWENCJA O NUMERZE IDENTYFIKACYJNYM: 13:
PL 191 586 B1
TCTAGAGGAG GACGAACATC CAACCTTCCC AAACGCCTCC CCTGCCCCAA 50 TCCCTTTATT ACCCCCTCCT TCAGACACCC TCAACCTCTT CTGGCTCAAA 100 AAGAGAATTG GGGGCTTAGG GTCGGAACCC AAGCTTAGAA CTTTAAGCAA 150 CAAGACCACC ACTTCGAAAC CTGGGATTCA GGAATGTGTG GCCTGCACAG 200 TGAAGTGCTG GCAACCACTA AGAATTCAAA CTGGGGCCTC CAGAACTCAC 250 TGGGGCCTAC AGCTTTGATC CCTGACATCT GGAATCTGGA GACCAGGGAG 300 CCTTTGGTTC TGGCCAGAAT GCTGCAGGAC TTGAGAAGAC CTCACCTAGA 350 AATTGACACA AGTGGACCTT AGGCCTTCCT CTCTCCAGAT GTTTCCAGAC 400 TTCCTTGAGA CACGGAGCCC AGCCCTCCCC ATGGAGCCAG CTCCCTCTAT 450 TTATGTTTGC ACTTGTGATT ATTTATTATT TATTTATTAT TTATTTATTT 500 ACAGATGAAT GTATTTATTT GGGAGACCGG GGTATCCTGG GGGACCCAAT 550 GTAGGAGCTG CCTTGGCTCA GACATGTTTT CCGTGAAAAC GGAGCTGAAC 600 AATAGGCTGT TCCCATGTAG CCCCCTGGCC TCTGTGCCTT CTTTTGATTA 650 TGTTTTTTAA AATATTTATC TGATTAAGTT GTCTAAACAA TGCTGATTTG 700 GTGACCAACT GTCACTCATT GCTGAGCCTC TGCTCCCCAG GGGAGTTGTG 750 TCTGTAATCG CCCTACTATT CAGTGGCGAG ATCTAGA 787

Claims (22)

1. Gen chimeryczny, znamienny tym, że obejmuje co najmniej jedną sekwencję wzmacniającą promotor TNFa, oznaczoną numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalny fragment, połączoną z funkcjonalną kopią minimalnego promotora TNFa, posiadającego sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjonalne fragmenty i połączoną ponadto z co najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę, którego ekspresją kieruje promotor TNFa.
2. Gen według zastrz. 1, znamienny tym, że połączenie sekwencji wzmacniającej z promotorem oraz promotora z genem indukującym apoptozę jest wybrane spośród grupy obejmującej połączenie bezpośrednie, połączenie dystalne, połączenie proksymalne oraz ich kombinacje.
3. Gen według zastrz. 1, znamienny tym, że zawiera dwie lub więcej kopii sekwencji wzmacniającej promotor TNFa.
4. Gen według zastrz. 1, znamienny tym, że gen indukujący apoptozę wybiera się z grupy składającej się z kaspazy 1, kaspazy 2, kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, kaspazy 6, kaspazy 7, kaspazy 8, kaspazy 10, granzymu A, granzymu B, ligandu Fas, oraz funkcjonalnych fragmentów i mieszanin któregokolwiek z nich.
5. Gen według zastrz. 4, znamienny tym, że gen indukujący apoptozę jest wybrany z grupy składającej się z kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymu B oraz funkcjonalnych fragmentów i mieszanin któregokolwiek z nich.
6. Gen według zastrz. 1, znamienny tym, że ma sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 4, 5, 6, 7, 8, 9 lub ich funkcjonalne fragmenty.
7. Gen według zastrz. 1, znamienny tym, że ma sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 4, 5, 6, 7, 8, 9, lub ich funkcjonalne fragmenty, przy czym 3'UTR genu TNFa jest zligowany za genem indukującym apoptozę.
8. Środek farmaceutyczny, znamienny tym, że zawiera gen określony w zastrz. 1.
9. Zastosowanie genu chimerycznego określonego w zastrz. 1 do wytwarzania środka farmaceutycznego do leczenia zaburzeń zapalnych u pacjenta przez indukowanie apoptozy w komórkach zapalnych lub w komórkach w miejscu stanu zapalnego u pacjenta przez wprowadzenie tego genu do komórek.
10. Zastosowanie według zastrz. 9, znamienne tym, że indukcja apoptozy nie indukuje odpowiedzi zapalnej u pacjenta.
11. Zastosowanie według zastrz. 9, znamienne tym, że komórką zapalną jest komórka wytwarzająca TNFa.
12. Zastosowanie według zastrz. 9, znamienne tym, że zaburzeniem zapalnym jest reumatoidalne zapalenie stawów.
13. Gen chimeryczny, znamienny tym, że obejmuje od 2 do 10 kasetek sekwencji wzmacniającej promotor TNFa, oznaczonej numerem identyfikacyjnym 10 lub 11, lub jej funkcjonalnych fragmen28
PL 191 586 B1 tów, połączonych zco najmniej jedną kopiąminimalnego promotora TNFa, posiadającego sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lubichfunkcjonalnefragmenty,ipołączonychponadtoconajmniejjednąkopiągenuindukującegoapoptozęwybranego zgrupyskładającej sięzkaspazy3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymuB orazfunkcjonalnychfragmentów, wariantów imieszanin któregokolwiek znich, przy czym ekspresją genu indukującego apoptozę kieruje promotor TNFa.
14. Środekfarmaceutyczny, znamienny tym, że zawiera gen określony w zastrz. 13.
15. Zastosowanie genu chimerycznego określonego w zastrz. 13 do wytwarzania środka farmaceutycznegodoindukowaniaapoptozywwytwarzającej TNFa komórcezapalnej przez wprowadzenie tegogenudokomórki.
16. Zastosowaniegenuchimerycznegookreślonegowzastrz.13do wytwarzaniaśrodkafarmaceutycznegodoleczeniazaburzeniazapalnegou pacjenta przez indukowanie apoptozy w komórkach zapalnychlubwkomórkachwmiejscustanuzapalnegou pacjenta przez wprowadzenie tego genu do komórek bez indukowania odpowiedzi zapalnej u pacjenta.
17. Sposób konstruowania genu chimerycznego zawierającego co najmniej jedną kopię sekwencji wzmacniającej promotor TNFa, oznaczoną numerem identyfikacyjnym 10lub 11, lubjej funkcjonalny fragment, połączoną zfunkcjonalną kopią minimalnego promotora TNFa, posiadającego sekwencję wybraną spośród grupy obejmującej sekwencje o numerze identyfikacyjnym 1, 2, 3 lub ich funkcjonalne fragmenty i połączoną ponadto zco najmniej jedną kopią genu indukującego apoptozę, którego ekspresją kieruje promotor TNFa, znamienny tym, że (a) amplifikuje się promotor TNFa przez reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) z zastosowaniemstarterówobejmującychkonstruktydelecyjnepromotoraTNFa;
(b) klonujesięotrzymanewetapie(a)genyzamplifikowaneprzezPCRprzedgenemreporterowym;
(c) testuje się konstrukty otrzymane wetapie (b) pod kątem ich konstytutywnej i indukowalnej ekspresjiwconajmniejjednejliniikomórekwytwarzającychTNFa;
(d) przeprowadza się selekcję promotora TNFa odpowiedzialnego za indukowalną ekspresję genu reporterowego w linii komórkowej; oraz albo (e) amplifikuje się przez PCR regiony promotora TNFa, które wzmacniają ekspresję genu reporterowego otrzymując sekwencję wzmacniającą iliguje się co najmniej jedną kopię sekwencji wzmacniającej przed promotorem; albo (f) wstawia sięco najmniejjednąkopięgenuindukującegoapoptozęz wydeletowanąprodomeną za promotorem TNFa poprzez zastępowanie genu reporterowego konstruktami delecyjnymi genu indukującego apoptozę otrzymując gen chimeryczny; albo (g) amplifikujesięprzezPCR3'UTRTNFa iligujesięgozagenemreporterowym,albo przeprowadza się jakąkolwiek kombinację tych procedur.
18. Sposób według zastrz. 17, znamienny tym, że przed promotorem wstawia się dwie lub więcej kopii sekwencji wzmacniającej.
19. Sposóbwedług zastrz. 17, znamienny tym, że genem reporterowym jest lucyferaza.
20. Sposób według zastrz. 17, znamienny tym, że gen indukujący apoptozę zwydeletowaną prodomeną wybiera się zgrupy składającej się z kaspazy 3, kaspazy 4, kaspazy 5, granzymu B oraz ich funkcjonalnych fragmentów.
21. Sposób według zastrz. 17, znamienny tym, że wytwarza się gen o sekwencji wybranej spośród grupy obejmującej sekwencje onumerze identyfikacyjnym 4, 5, 6, 7, 8, 9 iich funkcjonalne fragmenty.
22. Sposób według zastrz. 17, znamienny tym, że linie komórkowe do testowania konstruktów wybierasięzgrupyskładającej sięzliniilimfoblastoidalnejT,mielomonocytarnej,monocytarnej,fibroblastowej i hodowanych ludzkich synowiocytów.
PL335409A 1997-02-28 1998-02-27 Gen chimeryczny, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego PL191586B1 (pl)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US3926697P 1997-02-28 1997-02-28
PCT/US1998/003911 WO1998037901A1 (en) 1997-02-28 1998-02-27 Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy

Publications (2)

Publication Number Publication Date
PL335409A1 PL335409A1 (en) 2000-04-25
PL191586B1 true PL191586B1 (pl) 2006-06-30

Family

ID=21904557

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
PL335409A PL191586B1 (pl) 1997-02-28 1998-02-27 Gen chimeryczny, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego

Country Status (18)

Country Link
US (1) US6525184B1 (pl)
EP (1) EP0989853B1 (pl)
JP (1) JP2001516210A (pl)
KR (1) KR20000075788A (pl)
CN (1) CN1286530C (pl)
AT (1) ATE362369T1 (pl)
AU (1) AU729063C (pl)
BR (1) BR9807622A (pl)
CA (1) CA2281567A1 (pl)
DE (1) DE69837787D1 (pl)
HK (1) HK1023942A1 (pl)
HU (1) HUP0002317A3 (pl)
IL (1) IL131328A0 (pl)
NZ (1) NZ338013A (pl)
PL (1) PL191586B1 (pl)
RU (1) RU2198683C2 (pl)
TR (1) TR199902068T2 (pl)
WO (1) WO1998037901A1 (pl)

Families Citing this family (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20040039186A1 (en) * 1997-02-28 2004-02-26 Boehringer Ingelheim Pharmaceuticals, Inc. Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
EP1056877A1 (en) * 1998-02-27 2000-12-06 Boehringer Ingelheim Pharmaceuticals Inc. Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
AU2004233486B2 (en) * 1999-01-11 2007-09-13 Leadd B.V. Use of apoptosis inducing agents in the treatment of (auto)immune diseases
EA200100770A1 (ru) * 1999-01-11 2002-02-28 Леадд Б.В. Применение агентов, индуцирующих апоптоз, в лечении (ауто)имунных заболеваний
EP1939300A1 (en) * 1999-05-28 2008-07-02 Targeted Genetics Corporation Methods and compositions for lowering the level of tumor necrosis factor (TNF) in TNF-associated disorders
PT1180159E (pt) * 1999-05-28 2008-12-05 Targeted Genetics Corp Métodos e composições para abaixamento do nível de factor de necrose tumoral (tnf) nos distúrbios associados a tnf
EP1206542B1 (en) * 1999-08-19 2005-11-09 Centre for Translational Research in Cancer Replication protein a binding transcriptional factor (rbt1) and uses thereof
US7094891B1 (en) 1999-08-19 2006-08-22 Center For Translation Research In Cancer Replication protein a binding transcriptional factor (RBT1) and uses thereof
US8039261B2 (en) 2000-11-17 2011-10-18 Vascular Biogenics Ltd. Promoters exhibiting endothelial cell specificity and methods of using same for regulation of angiogenesis
AU2003222427B8 (en) 2000-11-17 2010-04-29 Vascular Biogenics Ltd. Promoters exhibiting endothelial cell specificity and methods of using same
US8071740B2 (en) 2000-11-17 2011-12-06 Vascular Biogenics Ltd. Promoters exhibiting endothelial cell specificity and methods of using same for regulation of angiogenesis
ZA200305980B (en) 2001-02-12 2007-01-31 Res Dev Foundation Modified proteins, designer toxins, and methods of making thereof
JP2004535202A (ja) 2001-07-17 2004-11-25 リサーチ ディベロップメント ファンデーション アポトーシス促進性蛋白質を含む治療剤
JP4173446B2 (ja) 2001-10-19 2008-10-29 ヴァスキュラー バイオジェニックス リミテッド 血管形成の標的化されたダウンレギュレーションおよび抗ガン治療のためのポリヌクレオチド構築物および薬学的組成物および方法
WO2007046087A2 (en) * 2005-10-16 2007-04-26 Yeda Research And Development Co.Ltd. Pharmaceutical compositions and diagnostic methods for inflammatory skin disesaes, disorders or conditions

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH01137976A (ja) * 1987-11-20 1989-05-30 Asahi Chem Ind Co Ltd 新規dnaフラグメント
US5792751A (en) 1992-04-13 1998-08-11 Baylor College Of Medicine Tranformation of cells associated with fluid spaces
US6071890A (en) * 1994-12-09 2000-06-06 Genzyme Corporation Organ-specific targeting of cationic amphiphile/DNA complexes for gene therapy
US7097972B1 (en) * 1995-02-13 2006-08-29 Regents Of The University Of Michigan Method and composition for regulating apoptosis
US5744304A (en) * 1995-05-30 1998-04-28 Board Of Regents, The University Of Texas System Inflammation-induced expression of a recombinant gene
CA2230852A1 (en) * 1995-08-30 1997-03-06 The Regents Of The University Of California Therapy for cellular accumulation in chronic inflammatory diseases

Also Published As

Publication number Publication date
AU729063B2 (en) 2001-01-25
WO1998037901A1 (en) 1998-09-03
PL335409A1 (en) 2000-04-25
EP0989853A4 (en) 2004-03-17
EP0989853A1 (en) 2000-04-05
DE69837787D1 (de) 2007-06-28
ATE362369T1 (de) 2007-06-15
NZ338013A (en) 2001-05-25
IL131328A0 (en) 2001-01-28
TR199902068T2 (xx) 1999-12-21
CN1249688A (zh) 2000-04-05
HUP0002317A2 (hu) 2000-11-28
AU6672498A (en) 1998-09-18
JP2001516210A (ja) 2001-09-25
BR9807622A (pt) 2000-02-15
KR20000075788A (ko) 2000-12-26
AU729063C (en) 2005-02-03
EP0989853B1 (en) 2007-05-16
CN1286530C (zh) 2006-11-29
HK1023942A1 (en) 2000-09-29
RU2198683C2 (ru) 2003-02-20
US6525184B1 (en) 2003-02-25
CA2281567A1 (en) 1998-09-03
HUP0002317A3 (en) 2001-11-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP1171617B1 (en) Enhancement of the immune response for vaccine and gene therapy applications
PL191586B1 (pl) Gen chimeryczny, środek farmaceutyczny go zawierający, zastosowanie genu chimerycznego oraz sposób konstruowania genu chimerycznego
EP1555317B1 (en) Synthetic genes and genetic constructs comprising the same
SG192856A1 (en) Vectors conditionally expressing protein
WO1998035028A9 (en) An oncolytic/immunogenic complementary-adenoviral vector system
EP0968281A2 (en) An oncolytic/immunogenic complementary-adenoviral vector system
EP0927263A1 (en) Recombinase-mediated generation of adenoviral vectors
JP2008301832A (ja) インターフェロン−α核酸の送達および発現のための方法および組成物
JP2000201680A (ja) エピソ―ム的に複製するベクタ―、その製造および使用
US20090004146A1 (en) Humanised Baculovirus
JPH09501309A (ja) アデノ関連性ウイルスレプタンパク質および細菌性タンパク質含有融合タンパク質
US6537784B1 (en) Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
CA2337496A1 (en) Anti-angiogenesis plasmids and delivery systems, and methods of making and using the same
CZ306199A3 (cs) Chimérní gen
US20040039186A1 (en) Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
MXPA99007769A (en) Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
MXPA00008367A (en) Self-regulated apoptosis of inflammatory cells by gene therapy
EP0225177B1 (en) Dna sequence coding for human tissue plasminogen activator
CZ20003111A3 (cs) Samoregulovatelná apoptóza zánětlivých buněk genovou terapií
KR100512018B1 (ko) 상동 재조합에 의해 인간 세포에서 인간 변이 단백질을 생성시키는 방법
JPH09501306A (ja) 血友病の遺伝子療法
AU1737899A (en) Adenoviral transfer vector for the gene transport of a DNA sequence
JPH0746983A (ja) ヒト正常細胞由来のヒト組織プラスミノーゲン活性化因子の製造方法

Legal Events

Date Code Title Description
LAPS Decisions on the lapse of the protection rights

Effective date: 20080227