NL2011134C2

NL2011134C2 - A process for determining the presence of a causative agent of black spot on and/or in a plant or a plant part from the genus daucus.

Info

Publication number: NL2011134C2
Application number: NL2011134A
Authority: NL
Inventors: Peter Albert Balk; Nathalie Verhoef
Original assignee: Nsure Holding B V
Priority date: 2013-07-11
Filing date: 2013-07-11
Publication date: 2015-01-13

Claims

1. Werkwijze voor het bepalen van de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek op en/of in een plant of een plantendeel van het geslacht Daucus, bij voorkeur een Daucus carota, bij meer voorkeur Daucus carota sativus omvattende: - het verstrekken van een nucleïnezuurmonster van de plant of het plantendeel, - het meten van het expressieniveau van een set van tenminste twee plant-eigen mRNA indicatortranscripten in het nucleïnezuurmonster welke indicatief zijn voor de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek, en eventueel - identificeren en selecteren van een plant of een plantendeel dat een vooraf bepaald expressieniveau van de set van tenminste twee mRNA indicatortranscripten bevat, en - het scheiden van een plant of een plantendeel met een expressieprofiel wezenlijk verschillend van een vooraf bepaalde referentiewaarde van een anderszins identieke plant of plantendeel waarin geen verwekker van zwarte vlek aanwezig is.

2. Werkwijze volgens conclusie 1, waarbij het nucleïnezuurmonster wordt verstrekt vanuit een weefselhomogenaat en het nucleïnezuur bij voorkeur gestabiliseerd wordt op een vaste drager.

3. Werkwijze volgens conclusie 1 of 2, waarbij een nucleïnezuurmonster dat een pool omvat van nucleïnezuurmonsters verkregen uit tenminste vijf, tien, vijftien, twintig, vijfentwintig of minstens dertig verschillende planten of verschillende planten gemeten wordt.

4. Gebruik van een set van tenminste twee mRNA indicatortranscripten die indicatief zijn voor de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek op en/of in een plant of een plantendeel voor het meten van de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek op en/of een plant of een plantendeel.

5. Kit voor het bepalen van de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek op en/of in een plant of een plantendeel, omvattende een set van tenminste twee nucleïnezuurmoleculen die hybridiseren met een set van tenminste twee mRNA indicatortranscripten die indicatief zijn voor de aanwezigheid van een verwekker van zwarte vlek op en/of in een plant of een plantendeel.

6. Kit volgens conclusie 5, verder omvattende tenminste één van de groep bestaande uit: een instructie voor gebruik, een sample buffer, een middel voor het stabiliseren van RNA, een controlemonster, controlegegevens, een labeling reagens, een reagens voor detectie, een detectie-middel voor gebruik in PCR, zoals SYBR Green, een hybridisatie middel, een amplificatie reagens, een primer en/of een probe voor het detecteren housekeeping gen-transcripten, een houder, een drager.

7. Kit volgens conclusie 5 of 6, verder omvattende een middel voor het bereiden van een nucleïnezuurmonster van een plant of een plantendeel.

8. Werkwijze volgens conclusies 1-3, het gebruik volgens conclusie 4 en de kit volgens conclusies 5-7, waarbij de tenminste twee mRNA indicatortranscripten mRNA indi catortranscripten zijn die elk omvatten of bestaan uit een nucleïnezuurmolecuul met een sequentie identiteit van tenminste 70% met een sequentie gekozen uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 28, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 10, met meer uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 7, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 5, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 -SEQ ID NR: 3.

9. Werkwijze volgens conclusies 1-3 en 8, het gebruik volgens conclusies 4 en 8 en de kit volgens conclusies 5-8, waarbij de set van tenminste twee mRNA indicatortranscripten verder tenminste een, twee, drie, vier, vijf, zes, zeven of tenminste acht mRNA indicatortranscripten omvat die elk omvatten of bestaan uit een nucleïnezuurmolecuul met een sequentie identiteit van tenminste 70% met een sequentie gekozen uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 4 - SEQ ID NR: 28, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 10, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 7, met meer voorkeur uit de groep bestaande uit SEQ ID NR: 1 - SEQ ID NR: 5.

10. Werkwijze volgens conclusies 1-3 en 8-9, de toepassing volgens conclusies 4 en 8-9 en de kit volgens conclusies 5-9, waarbij de verwekker van zwarte vlek op en/of in de plant of plantendeel tenminste één schimmel is, bij voorkeur van de groep bestaande uit Chalar opsis, Chalara, Mycentrospora, Alt er noria, Rhizoctonia en Rhexocercosporidinm.

11. Werkwijze volgens conclusies 1-3 en 8-10, de toepassing volgens conclusies 4 en 8-10, de drager volgens conclusies 5 en 8-10, en de kit volgens conclusies 5-10, waarbij het plantendeel een wortel, bij voorkeur een knolgewas, bij meer voorkeur een peen is.