NL1027311C2 - Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. - Google Patents
Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. Download PDFInfo
- Publication number
- NL1027311C2 NL1027311C2 NL1027311A NL1027311A NL1027311C2 NL 1027311 C2 NL1027311 C2 NL 1027311C2 NL 1027311 A NL1027311 A NL 1027311A NL 1027311 A NL1027311 A NL 1027311A NL 1027311 C2 NL1027311 C2 NL 1027311C2
- Authority
- NL
- Netherlands
- Prior art keywords
- molecule
- dna
- enzyme
- saint
- transport
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/351—Conjugate
- C12N2310/3513—Protein; Peptide
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
Description
*
Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom
De onderhavige uitvinding heeft betrekking op een vehikel voor het transport van een DNA-modificerend enzym naar een gewenste plaats in een genoom. Tevens heeft de uitvinding betrekking op de toepassing van het vehikel 5 volgens de uitvinding in combinatie met een SAINT-molecuul.
In de stand der techniek is het bekend dat kanker en metabole ziekten in veel gevallen worden veroorzaakt door ongewenste regulatie van specifieke genen. Voor moleculair onderzoek naar dergelijke ziekten worden vaak DNA-10 modificerende enzymen (zoals restrictie-enzymen, methylases, demethylases enz.) gebruikt. Deze enzymen zijn in zoverre specifiek dat zij op het genoom van mens, dier, plant, bacterie en virus een zekere specificiteit hebben voor herkenning van een bepaalde nucleotide volgorde. Dergelijke 15 nucleotide volgorden komen veelal meerdere keren, soms wel duizenden keren, voor per genoom.
De hiervoor beschreven techniek staat bijvoorbeeld beschreven in een artikel van Paul S. Lovett and Michael G.
Bramucci, "Evidence of a Nonrandom Base Sequence in a 20 Bacillus pumilus Plasmid: EcoRl Endonuclease Digestion of pPL576", Journal of Bacteriology, juli 1975, blz. 377 - 379,
Vol. 123, No. 1. Voorts wordt deze techniek beshcreven in het Handboek "Molecular Cloning: a laboratory manual", ed. T.
Maniatis, uitgeverij Cold Spring Harbor.
25 Het is nu een doel van de onderhavige uitvinding om een enzym te genereren dat specifiek is voor één plaats in het genoom.
, Met name is het een doel van de onderhavige uitvinding de mogelijkheid te verschaffen dat de gewenste 30 plaats in het genoom nauwkeurig kan worden gekozen. Indien de te kiezen plaats in het genoom (een regulerende sequentie van een gen) verantwoordelijk is voor een ziekte, verschaft de onderhavige uitvinding de mogelijkheid om door het daar plaatsen van een specifiek enzym dit gen uit te schakelen.
1 0 27 3 Vl___ 2
De onderhavige uitvinding verschaft deze mogelijkheid door middel van de maatregelen die staan beschreven in het kenmerk van conclusie 1.
Verdere voordelige uitvoeringsvormen staan 5 beschreven in de afhankelijke conclusies 2 tot en met 8.
Volgens een verder aspect heeft de uitvinding betrekking op de toepassing van een vehikel zoals hiervoor genoemd in combinatie met een SAINT-molecuul, voor transport van het vehikel naar een cel.
10 SAINT-moleculen zijn reeds bekend, ook wel onder de aanduiding transportvehikel, en staan uitgebreid beschreven in het Europese octrooi met publicatienummer EP-0 755 924-B1 en het Amerikaanse octrooi US-5,853,694.
Volgens een voorkeursuitvoeringsvorm is het enzym 15 door middel van een spacer aan de volgorde-herkenner gekoppeld. Daardoor wordt verkregen dat er een ruimtelijke scheiding wordt verkregen tussen de volgorde-herkenner in het enzym, waardoor de werking van het enzym, wanneer het vehikel aan het genoom is gekoppeld, niet wordt gehinderd. Het enzym 20 kan op die wijze zijn werking uitoefenen op de wijze waarop dit enzym normaal zijn werk doet.
Teneinde een geschikte specificiteit voor een gewenste plaats in het genoom te verkrijgen, wordt bij voorkeur gebruik gemaakt van tripel helix vormende eenheden of in 25 kleine groeven van het DNA intercallerende oligonucleotiden. Dergelijke volgorde-herkenners hebben een structuur die slechts conformeert aan de gewenste plaats in het genoom. De specificiteit wordt daardoor zeer hoog, en kan uniek worden gemaakt voor slechts één enkele plaats in het genoom, indien 30 deze volgorde herkenners worden gesynthetiseerd op basis van een bekende structuur. De techniek hiervoor is algemeen bekend aan een deskundige in de techniek, en staat bijvoorbeeld beschreven in een artikel van F.Sanger et al, "Use of DNA Po-lymerase I Primed by a Synthetic Oligonucleotide to Determine 35 a Nucleotide Sequence in Phage fl DNA”, Proc. Nat. Acad. Sci.
USA, Vol. 70, No. 4, blz. 1209 - 1213, April 1973. Voorts wordt deze techniek beshcreven in het Handboek "Molecular Cloning: a laboratory manual", ed. T. Maniatis, uitgeverij 1027311 1 ...... —--------- -------- — ........ . -- -.
3
Cold Spring Harbor.
Derhalve heeft het de voorkeur dat de volgorde-herkenner een DNA of PNA structuur heeft die specifiek is voor de gewenste plaats in het genoom. Dergelijke structuren 5 kunnen relatief eenvoudig worden gesynthetiseerd.
Volgens een andere voorkeursuitvoeringsvorm wordt er de voorkeur aan gegeven dat het enzym een lage Km heeft. Daardoor zal het enzym alleen wanneer het aan het DNA is gefixeerd, zijn werking uitoefenen. Indien het enzym niet aan 10 het DNA is gefixeerd zal het zijn werking niet kunnen uitoefenen. Volgens een bijzondere voorkeursuitvoeringsvorm wordt er derhalve de voorkeur aan gegeven dat het enzym een zogenoemde "conformational switch" (conformationele schakeling) bezit. Een dergelijke schakeling zorgt ervoor 15 dat, zonder binding van het enzym aan het DNA op de gewenste plaats, het enzym niet actief is. De reden hiervoor is dat de eiwitstructuur niet goed gevouwen is.
Teneinde een bijzonder goed transport van het vehikel naar een cel te verkrijgen, wordt het vehikel bij 20 voorkeur gecombineerd met een SAINT-molecuul of met een combinatie van SAINT-moleculen. Eventueel kunnen daarbij additionele verbindingen aanwezig zijn.
Met name heeft het de voorkeur dat het SAINT-molecuul door middel van waterstofinteractie aan het vehikel 25 is gebonden. Het Saint-molecuul verpakt de volgorde-herkenner en het enzym dat covalent aan de volgorde-herkenner is gebonden. Het Saint-molecuul is zelf niet gekoppeld aan dit vehikel (complex) maar heeft er een waterstofinteractie mee. Deze waterstof-interactie wordt losser wanneer het complex na 30 fusie met het celmembraan in contact komt met de cel-inhoud.
De DNA volgorde die is gebaseerd op een 21-meer (dat wil zeggen een keten met 21 eenheden) oligonucleotide, PNA of anders, is specifiek voor het humane genoom. Een 21-meer komt slechts één keer voor. Namelijk, 4 tot de macht 21 is veel 35 meer dan het humane genoom groot is. Op het moment dat TFO
bindt, vouwt het enzym zich om het DNA heen en voert het zijn functie uit. De oligonucleotide blijft echter aan het DNA vastzitten, waardoor het enzym slechts éénmaal zijn functie 1027311 4 kan uitvoeren. Op het moment dat de cel deelt wordt het DNA "gezuiverd" van deze vreemde eiwitten, wordt het enzym verwijderd en wordt het via de gebruikelijke ubiquitine route afgebroken.
5 De uitvinding is hiervoor in zijn essentie beschreven. Een deskundige in de techniek zal eenvoudig in , staat zijn om, voortbordurend op de hiervoor gegeven beschrijving en aan de hand van de bijgevoegde conclusies, verdere uitvoeringsvormen te ontwikkelen die echter alle 10 binnen het bereik van de onderhavige uitvinding vallen.
1 0273 ί i
Claims (3)
1. Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym/molecuul naar een gewenste plaats in een genoom, met het kenmerk, dat het DNA-modificerend enzym/hybride molecuul i gecombineerd is met een Saint-molecuul of een combinatie van 5 diverse entiteiten daarvan.
2. Vehikel volgens conclusie 1, met het kenmerk, dat het Saint-molecuul is gebonden aan het DNA-modificerend enzym/hybride molecuul door middel van een waterstof binding.
3. Toepassing van een SAINT-molecuul in combinatie met 10 het DNA-modificerend enzym/hybride moldecuul volgens conclusies 1 en2 voor het transport van het enzym naar de cel en naar de nucleus ervan. 1 0 2 7 3 1 1
Priority Applications (45)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
NL1027311A NL1027311C2 (nl) | 2004-10-21 | 2004-10-21 | Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. |
NL1027417A NL1027417C2 (nl) | 2004-10-21 | 2004-11-04 | Vehikel voor transport van een gekozen molecuul naar een cel. |
NL1027479A NL1027479C2 (nl) | 2004-10-21 | 2004-11-10 | Bescherming van biologisch actieve moleculen met behulp van amphifielen. |
DE602005012303T DE602005012303D1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Träger für den transport eines ausgewählten moleküls zu einer zelle |
PCT/NL2005/000753 WO2006043810A1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle to transport a dna-modifying enzyme to a genome |
PT05795367T PT1805305E (pt) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Veículo para o transporte de uma molécula seleccionada até uma célula |
SI200530616T SI1805305T1 (sl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehikel za transport izbrane molekule k celici |
CA2584633A CA2584633C (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle to transport a dna-modifying enzyme to a genome |
JP2007537823A JP2008517903A (ja) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Dna変更酵素をゲノムに輸送するビヒクル |
DE602005012304T DE602005012304D1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Träger für den transport eines dna-modifizierenden enzyms zu einem genom |
CNA2005800358114A CN101044240A (zh) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | 用于转运dna修饰酶至基因组的载体 |
PCT/NL2005/000754 WO2006043811A1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle for the transport of a chosen molecule to a cell |
EP05795367A EP1805305B1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle for the transport of a chosen molecule to a cell |
PL05795367T PL1805305T3 (pl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Nośnik do transportu wybranej cząsteczki do komórki |
DK05795367T DK1805305T3 (da) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehikel til transport af et udvalgt molekyle til en celle |
DK05795375T DK1805306T3 (da) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehikel til transport af et DNA-modificerende enzym til et genom |
KR1020077008948A KR20070073796A (ko) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | 선택된 분자를 세포에 수송하기 위한 비히클 |
PL05795379T PL1805307T3 (pl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Ochrona biologicznie aktywnych cząsteczek przy użyciu amfifili |
EP05795375A EP1805306B1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle to transport a dna-modifying enzyme to a genome |
PT05795375T PT1805306E (pt) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Veículo para transportar uma enzima de modificação do adn até um genoma |
AT05795379T ATE420954T1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Schutz von biologisch aktiven molekülen mittels amphiphilen |
AT05795367T ATE420172T1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Träger für den transport eines ausgewählten moleküls zu einer zelle |
ES05795375T ES2318549T3 (es) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehiculo para el transporte de una enzima modificada de adn a un genoma. |
AT05795375T ATE420173T1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Träger für den transport eines dna- modifizierenden enzyms zu einem genom |
AU2005296360A AU2005296360B2 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle for the transport of a chosen molecule to a cell |
EP05795379A EP1805307B1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Protection of biologically active molecules using amphiphiles |
SI200530617T SI1805306T1 (sl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehikel za transport DNA-modificirajočega encima h genomu |
PCT/NL2005/000752 WO2006043809A1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Protection of biologically active molecules using amphiphiles |
PT05795379T PT1805307E (pt) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Protecção de moléculas biologicamente activas utilizando compostos anfifílicos |
JP2007537824A JP2008517904A (ja) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | 選択された分子を細胞に輸送するためのビヒクル |
ES05795367T ES2318548T3 (es) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehiculo para el transporte de una molecula seleccionada a una celula. |
DK05795379T DK1805307T3 (da) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Beskyttelse af biologisk aktive molekyler ved hjælp af amphiphiler |
CA002583860A CA2583860A1 (en) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Vehicle for the transport of a chosen molecule to a cell |
PL05795375T PL1805306T3 (pl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Nośnik do transportu enzymu modyfikującego DNA do genomu |
DE602005012420T DE602005012420D1 (de) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Schutz von biologisch aktiven molekülen mittels amphiphilen |
SI200530618T SI1805307T1 (sl) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Zaščita biološko aktivnih molekul z uporabo amfifilov |
CNA2005800358129A CN101044241A (zh) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | 用于将选择的分子转运至细胞的载体 |
ES05795379T ES2318550T3 (es) | 2004-10-21 | 2005-10-20 | Proteccion de moleculas biologicamente activas utilizando amfifilo. |
NO20071599A NO20071599L (no) | 2004-10-21 | 2007-03-27 | Baerer for transport av et DNA-modifeserende enzym til et genom. |
NO20071600A NO20071600L (no) | 2004-10-21 | 2007-03-27 | Baerer for transport av et valgt molekyl til en celle. |
NO20071601A NO20071601L (no) | 2004-10-21 | 2007-03-27 | Beskyttelse av biologisk aktive molekyler ved anvendelse av amfifiler |
US11/737,588 US20070224589A1 (en) | 2004-10-21 | 2007-04-19 | Protection of Biologically Active Molecules Using Amphiphiles |
US11/737,679 US20070225230A1 (en) | 2004-10-21 | 2007-04-19 | Vehicle for the Transport of a Chosen Molecule to a Cell |
US11/738,393 US20070224680A1 (en) | 2004-10-21 | 2007-04-20 | Vehicle to transport a dna-modifying enzyme to a genome |
US11/778,210 US20080085273A1 (en) | 2004-10-21 | 2007-07-16 | Vehicle for the transport of a chosen molecule to a cell |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
NL1027311A NL1027311C2 (nl) | 2004-10-21 | 2004-10-21 | Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. |
NL1027311 | 2004-10-21 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
NL1027311C2 true NL1027311C2 (nl) | 2006-05-01 |
Family
ID=34955632
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
NL1027311A NL1027311C2 (nl) | 2004-10-21 | 2004-10-21 | Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
CN (2) | CN101044240A (nl) |
NL (1) | NL1027311C2 (nl) |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0755924A1 (en) * | 1995-07-25 | 1997-01-29 | Stichting voor de Technische Wetenschappen | Transportvehicles for macromolecules |
WO2003033701A1 (en) * | 2001-10-11 | 2003-04-24 | Gene Expression Technologies Limited | Control of gene expression using a complex of an oligonucleotide and a regulatory peptide |
WO2004050885A2 (en) * | 2002-12-05 | 2004-06-17 | Imperial College Innovations Limited | Control of apoptosis using a complex of an oligonucleotide and a regulatory peptide |
-
2004
- 2004-10-21 NL NL1027311A patent/NL1027311C2/nl not_active IP Right Cessation
-
2005
- 2005-10-20 CN CNA2005800358114A patent/CN101044240A/zh active Pending
- 2005-10-20 CN CNA2005800358129A patent/CN101044241A/zh active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0755924A1 (en) * | 1995-07-25 | 1997-01-29 | Stichting voor de Technische Wetenschappen | Transportvehicles for macromolecules |
WO2003033701A1 (en) * | 2001-10-11 | 2003-04-24 | Gene Expression Technologies Limited | Control of gene expression using a complex of an oligonucleotide and a regulatory peptide |
WO2004050885A2 (en) * | 2002-12-05 | 2004-06-17 | Imperial College Innovations Limited | Control of apoptosis using a complex of an oligonucleotide and a regulatory peptide |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN101044240A (zh) | 2007-09-26 |
CN101044241A (zh) | 2007-09-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7093728B2 (ja) | 化学的に修飾されたガイドrnaを使用する高特異性ゲノム編集 | |
KR20210053898A (ko) | 신규 crispr 효소 및 시스템 | |
Summerton et al. | Morpholino antisense oligomers: design, preparation, and properties | |
Tung et al. | Preparation and applications of peptide− oligonucleotide conjugates | |
Edwards et al. | Automated DNA sequencing of the human HPRT locus | |
Gambari | Peptide-Nucleic Acids (PNA): a Tool for the Development of Gene Expression Modifiers | |
JP2020510410A5 (nl) | ||
JPH06506834A (ja) | 閉鎖アンチセンス及びセンスオリゴヌクレオチドとそれらの適用 | |
Izvolsky et al. | Sequence-specific protection of duplex DNA against restriction and methylation enzymes by pseudocomplementary PNAs | |
Varizhuk et al. | Polymorphism of G4 associates: from stacks to wires via interlocks | |
Deglane et al. | Impact of the guanidinium group on hybridization and cellular uptake of cationic oligonucleotides | |
Su’etsugu et al. | Molecular mechanism of DNA replication‐coupled inactivation of the initiator protein in Escherichia coli: interaction of DnaA with the sliding clamp‐loaded DNA and the sliding clamp‐Hda complex | |
Juliano et al. | Macromolecular therapeutics | |
Shamoo et al. | Translational repression by the bacteriophage T4 gene 32 protein involves specific recognition of an RNA pseudoknot structure | |
Liu et al. | SegG endonuclease promotes marker exclusion and mediates co-conversion from a distant cleavage site | |
Mason et al. | RNA polymerase I transcription termination: similar mechanisms are employed by yeast and mammals | |
Soranno et al. | Shelterin components modulate nucleic acids condensation and phase separation in the context of telomeric DNA | |
Wang et al. | DNA helicase and duplex DNA fragment unwinding activities of polyoma and simian virus 40 large T antigen display similarities and differences | |
NL1027311C2 (nl) | Vehikel voor transport van een DNA-modificerend enzym naar een genoom. | |
Noma et al. | A screening method for DNA aptamers that bind to␣ a␣ specific, unidentified protein in tissue samples | |
EP1805306B1 (en) | Vehicle to transport a dna-modifying enzyme to a genome | |
US6399376B1 (en) | Modulation of vascular cell adhesive molecule expression through oligonucleotide interactions | |
McMahon et al. | Intraperitoneal injection of antisense peptide nucleic acids targeted to the mu receptor decreases response to morphine and receptor protein levels in rat brain | |
JPH05500159A (ja) | rRNA特異的オリゴヌクレオチド | |
Baranov et al. | A new technique for the characterization of long-range tertiary contacts in large RNA molecules: insertion of a photolabel at a selected position in 16S rRNA within the Escherichia coli ribosome |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PD2B | A search report has been drawn up | ||
MM | Lapsed because of non-payment of the annual fee |
Effective date: 20201101 |