MX2011013294A - Antagonistas de la trayectoria de hedgehog y aplicaciones terapeuticas de los mismos. - Google Patents

Antagonistas de la trayectoria de hedgehog y aplicaciones terapeuticas de los mismos.

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MX2011013294A
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Mohr Gal La Pericot
Giacomo Minetto
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Chiara Caramelli
Marta Bellini
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Siena Biotech Spa
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Abstract

Compuestos heterociclicos que modulan la trayectoria de señalización de hedgehog, una composición farmacéutica de los mismos y sus aplicaciones terapéuticas.

Description

ANTAGONISTAS DE LA TRAYECTORIA DE HEDGEHOG Y APLICACIONES TERAPÉUTICAS DE LOS MISMOS CAMPO DE LA INVENCIÓN La invención presente se relaciona a compuestos orgánicos, composiciones farmacéuticas de los mismos y su uso para la terapia y/o la profilaxis en un mamífero, en particular a compuestos heterocíclicos que modulan la trayectoria de señalización hedgehog.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La autoproteólisis de una proteina de precursor Shh Humano de 45kDa da un fragmento A erminal de 20kDa que es responsable de la señalización hedgehog normal y un fragmento C-terminal de 25kDa involucrado en la actividad de autoprocesamiento en la que el fragmento N-terminal es conjugado a colesterol (Lee et al. Science 266 1528-1537 (1 994) y Bumcrot et al. Mol. Cell Biol. 15 2294-2303 (1995)).
La señalización Hedgehog (Hh) que funciona normalmente especifica un patrón embrionario dirigiendo la diferenciación y la proliferación celulares, lo cual fue informado primero en la Drosophilia melanogaster (Nusslein-Vollhard et al. Roux. Arch. Dev. Biol. 193: 267-282 (1984)). Las respuestas celulares al polipéptido Hh secretado son mediadas por dos proteínas integrales de membrana, Patched (Ptc) y Smoothened (Smo). El Hh se une a la proteína de transmembrana doce Ptc y de ahí invierte la supresión mediada por Ptc de la proteína de transmembrana siete Smo. Esta activación de Smo entonces acciona una serie de acontecimientos intracelulares, culminando en la estabilización del factor de transcripción Cubitus interruptur (Ci) y la expresión de genes dependiente de Ci. Estos acontecimientos son recapitulados durante el desarrollo y tumourigenesis mamíferos por múltiples homólogos de proteína, incluyendo tres miembros diferentes de la familia Hh [Sónico (Shh), indio (Ihh), y el Desierto (Dhh)], dos proteínas Ptc (Ptchl y Ptch2), y tres transcripción de similares a Ci (Gli1 , Gli2, y GIÍ3). Sin embargo, hay un elemento homólogo vertebrado único de Smo, que está implicado en todas las formas de señalización de Hh por análisis genéticos en la Drosófila, en los ratones, y en el pez cebra (Chen et al. PNAS 99(22): 14071-14076 (2002)).
El Smo inicia una cascada de señal que causa la activación de los factores de transcripción de Gli y su translocation nuclear subsiguiente que tiene como resultado el control de transcripción de los genes diana. A través de un bucle de reacción desfavorable, Gli influye en la transcripción de Ptc y Hip 1 (proteína de interacción con hedgehog 1 (H¡p1 )) que inhibe la trayectoria de Hh. La pérdida de control sobre la activación de la trayectoria de Hh ha sido asociada con una gama creciente de cánceres inclusive esos que afectan el cerebro como meduloblastoma (Romer and Curran, Cáncer Res 65(12) 4975 - 4978 (2005)) y glioblastoma (Bar et al. Stem Cells 25(10):2524-33 (2007)); cáncer de próstata (Sánchez et al. PNAS 101 (34) 12561-12566 (2004)); cáncer pancreático (Thayer et al. Nature 423 851 - 856 (2003)); carcinoma pulmonar de células no pequeñas (Yuan ef al. Oncogen 26 1046-1055 (2007); cáncer de pulmón de células pequeñas (Watkins et al. Nature 422 313-317 (2003)); cáncer de mama (Kubo et al. Cáncer Res 64 6071 -6074 (2004)); varios tumores del tracto digestivo (Berman et al. Nature 425 846-851 (2003)) y (Lees et al. Gastroenterology 129(5) 1696-1710 (2006)); carcinoma de célula basal (Williams et al. PNAS 100(8) 4616-4621 (2003)); melanoma maligno (Pons and Quintanilla Clin Trans Oncol. 8(7) 466-474 (2006)); carcinomas de células escamosas (Xuan ef al. Mod Pathol. 19(8) 1 1 39-47 (2006)); malignidades de linfocitos B tales como mieloma y linfomas múltiples (Dierks et al. Nat. Med. 13(8) 944-951 (2007); Peacock et al. PNAS 104(10) 4048-4053 (2007)); cánceres mesenquimales tales como chondrosarcoma (Tiet et al. Am. J. Pathol. 168(1 ) 321-330 (2006)), sarcoma de célula clara del riñon (Cutcliffe et al. Clin Cáncer Res. 1 (22):7986-94 (2005)) y rabdomiosarcoma (Tostar ef al. J. Pathol. 208(1 ) 17-25 (2006)); leucemia crónica mieloide (Sengupta ef al. Leukemia 21 (5) 949-955 (2007)); carcinoma endometrial (Feng ef al. Clin. Cáncer Res. 13(5) 1389-1398 (2007), carcinomas hepatocelulares (Huang ef al. Carcinogenesis 27(7) 133401340 (2006)); tumores de ovario (Chen ef al. Cáncer Sci. 98(1 ) 68-76 (2007)).
También ha sido encontrado que la señalización de Hh regula la expresión de la proteína-1 de resistencia a múltiples fármacos de las proteínas de transporte ABC (MDR 1 , ABCB1 , P-glicoproteína) y (BCRP, ABCG2), y ese desarmado dirigido de la expresión de MDR1 y BCRP por ARN de baja interferencia invierte parcialmente la quimioresistencia inducida por Hh. Esto sugeriría que la trayectoria de Hh puede ser una diana para superar el MDR y aumentar la respuesta quimioterapéutica (Sims-Mourtada et Al Oncogene 26(38) 5674-5679 (2007)). Se encontró que el bloqueo de la trayectoria sónica de señal de hedgehog aumentó el efecto antiproliferativo de inhibidores de EGFR en células de cáncer pancreático (Hu et al. Acta Pharmacol Sin. 28(8) 1224-30 (2007)) y células de cáncer de próstata (Mimeault et al. Int. J Cáncer 1 18(4) 1022-31 (2006)).
La trayectoria de hedgehog también ha sido asociada al recrecimiento del tumor después de quimioradioterapia y como una diana potencial para mejorar la respuesta a la radiación (Sims-Mourtada ef al. Clin. Cáncer Res. 12(21 ) 6565-6572 (2006)) y ciclopamina, un antagonista de la trayectoria de hedgehog, aumenta los efectos citotóxicos de paclitaxel y radiación en células de cáncer pancreático que expresan Hh (Shafaee et al. Cáncer Chemother. Pharmacol. 58(6) 765-70 (2006)).
También ha sido informado que la inhibición de la trayectoria de señalización de hedgehog puede ser de uso para el tratamiento de una gama de enfermedades relacionadas a la inflamación, hiperplasia de células epiteliales, fibrosis de tejido o trastornos inmunes (Lamb et al. EP1 83040). Ha sido informado que la inhibición de la señalización sónico de hedgehog reduce el rechazo crónico y prolonga la supervivencia del aloinjerto en un modelo de trasplante de intestino delgado ortotópico de rata. Aunque el rechazo agudo de injerto puede ser controlado por agentes inmunosupresores, el rechazo crónico, que es caracterizado por arteriesclerosis en los vasos del órgano donador, es una obstáculo principal para la supervivencia a largo plazo del aloinjerto. La supervivencia del injerto en un modelo de trasplante de intestino delgado ortotópico de rata fue prolongada apreciablemente después de tratamiento con anticuerpo anti-Shh en comparación con el control de inmunoglobulina G (116 vs. 77.5 días). La deposición de colágeno y la oclusión vascular en el mesenterio fueron reducidos notablemente en recipientes del anticuerpo anti-Shh (Chen et al. Transplantation 83(10) 1351-1357 (2007); Lamb et al. EP1 183040B1).
También ha sido informado que el sFRP-1 es el gene diana en la dirección 3' de la señalización de Hh y que eleva la expresión de la proteína-1 rizada secretada relacionada (sFRP-1) después de la activación de la trayectoria de Hh proporciona el enlace molecular para el efecto inhibitorio en la señalización de Wnt (He et al. J. Biol. Chem. 281 (47)35598-35602 (2006)). Así la modulación de la señalización de Wnt al antagonizar la trayectoria de Hh a treavés de sFRP-1 podría proporcionar un método para el tratamiento de una gama de enfermedades tales como osteoporosis (Ai et al. Mol. Cell. Biol. 25(12) 4946-4955 (2005)) entre otros (Luo et al. Laboratory Investigation, 87, 97-103-(2007)).
Varios inhibidores de la trayectoria Hh han sido investigados, inclusive el producto natural ciclopamina, que se cree actúa al unirse a la región heptahelical de Smo. Adicionalmente un número de antagonistas sintéticos de molécula pequeña del receptor de Smo han sido informadlos en los últimos años: para una revisión vea Kiselyov Anti-Cancer Agents ¡n Medicinal Chemistry 6 445-449 (2006).
Lubisch et al. revela una serie de 2- fenil-bencimidazoles como inhibidores de PARP para utilidad para la curación de varias enfermedades incluyendo cáncer (WO2000026192) y en el campo de cosméticos (WO2001082877). Una característica periódica es la presencia de una porción de carbamoilo en la posición 4 del anillo bencimidazol.
Arienti eí al. (WO2003032984) y Ameriks et al. (WO2004093873 y US2004214857) revela una serie de derivados de 2 fenil-bencimidazol como inhibidores de cinasa 2 de punto de revisión para la curación de cáncer, caracterizado además en que la posición 5 del anillo bencimidazol siempre está sustituido con cualquiera de un grupo carboxilato, un carbamoilo o un grupo sulfamoilo.
Ohemeng et al. (WQ9911627 y US5942532) revela una serie de compuestos de 5 carboxiimidamidas-2-fenil-bencimidazoles como agentes antibacterianos.
Mjalli et al. (WO2003075921) describe las aplicaciones farmacéuticas de una serie de derivados de 2- fenil-bencimidazol.
Alekshun et al. (WO2004041209 y WO2006076009) revela una serie de derivados de 2- fenil-bencimidazolol con actividad antibiótica.
Khaled et al. 1 (Bulletin of the Faculty of Pharmacy (Cairo University), 40(1 ), 7-13, (2002)) describe la síntesis y actividad antihipertensiva de derivados de 2-fenil-bencimidazoles mientras que las propiedades de unión del ADN de algúnos otros son descritos por KobUta et al. (Nucleic Acids Research Supplement, 2(Twenty-ninth Symposium on Nucleic Acids Chemistry), 193-194 (2002) y Nucleic Acids Symposium Series, 35(Twenty-third Symposium on Nucleic Acids Chemistry, 1996), 151-152 (1996)).
Guicherit et al. (WO2006050506), Beachy et Al. (WO2003088970), Rubin et al. (WO20030112 9). Yuach et al. ((Nature, 455, 406 (2008)and Dakin et a/.(WO2009027746) revela derivados de Aril- y alquil-de amido/ureido de 2- fenil-bencimidazol como antagonistas de la trayectoria de Hedgehog para la curación de varias formas de cáncer. Guicherit et al. (WO2006050506) y Rubin et al. (WO2003011219) también revela derivados de arilamido de 2-fenil-imidazopiridina para el mismo propósito. Los siguientes 22 compuestos son revelados en la solicitud co-pendiente WO2009074300, en el nombre del mismo solicitante.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCION Esta invención proporciona compuestos de fórmula I R2 En donde, a medida que la valencia y estabilidad lo permitan i puede ser 1 o 2 Ri puede ser H; grupo alquilo lineal, ramificado o cíclico de C4) R2 puede ser H, Cl o F X puede ser cualquiera de N o CR3 R3 puede ser H; halógeno; un grupo alquilo o alcoxi lineal, ramificado o cíclico de (C-i-C4) Y puede ser (R')r <R')r Z puede ser O o NRx Rx puede ser H o un alquilo lineal, ramificado o cíclico (C C4) k puede ser 1 , 2, 3 o 4 n y p pueden ser independientemente 1 , 2 o 3 y la suma n + p no puede exceder 5 T puede ser H o un grupo alquilo lineal o ramificado (C1-C4); puede ser una cadena alquilo de C1-C3 lineal o ramificada susituida con ya sea un grupo dialquilamino de (C-pCe) o un heterociclo saturado de 4 a 6 miembros que contiene un átomo de nitrógeno y contiene opcionalmente un segundo heteroátomo seleccionado de N y O, tal anillo heterociclico está sustituido opcionalmente en los átomos de nitrógeno con una cadena alquilo de (d-C4); o un heterocíclo saturado de 4 a 6 miembros que contiene un átomo de nitrógeno y contiene opcionalmente un segundo heteroátomo seleccionado de N y O, tal anillo heterocíclico está sustituido opcionalmente en los átomos de nitrógeno con una cadena alquilo de (CT-C,}) r puede ser cero, , 2 o 3; R' puede ser halógeno; hidroxi; amino; ciano; nitro; oxo; alquilo de (C-i-C6) lineal, o ramificado, dihaloalquilo, azaalquilo, oxaalquilo, alquilocarbonilo, oxaalquilocarbonilo, alcoxicarbonilo, alquiloaminocarbonilo, alquilocarbonilamino, alquenilo, oxaalquenilo, azaalquenilo, alquenilocarbonilo, oxaalquenilocarbonilo, alqueniloloxicarbonilo, alqueniloaminocarbonilo, alquilolamino, dialquiloamino, mercaptoalquilo, alcoxi, grupo alquiltio sustituido opcionalmente con uno o más átomos de flúor; en donde dos grupos R' pueden formar un anillo de 5 a 8 miembros con unión espiro o fusionada.
Y con la exclusión de: En una modalidad, i iguala 2, -C(=0)-Y está en la posición 4 del anillo subsiguiente de piperidina y Ri, R2, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T', r y R' son como se definieron bajo ia fórmula I anteriormente. En otra modalidad i iguala 2, -C(=0)-Y está en la posición 3 del anillo subsiguiente de piperidina y RL R2, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente; en otra modalidad, i iguala 1 y R1 t R2, X, R3, Y, 2, Rx, k, n, p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente; en una modalidad, R1 es H, R2 no es H y i, X, R3, Y, Z, Rx, k, n ,p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente; en otra modalidad, R2 es H, R1 no es H y i, X, R3, Y, Z, Rx, k, n ,p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente. En una modalidad X es N e i, R1 , R2l R3, Y, Z, Rx, k, n ,p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente; en otra modalidad X es CR3 e i, R1 , R2, R3, Y, Z, Rx, k, n ,?, T, T', r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente. En una modalidad, R3 es H e i, R-t , R2, Y, Z, Rx, k, n ,?, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente. En otra modalidad, R3 es Cl, F, OMe y Me e i, R-i , R2) Y, Z, Rx, k, n ,p, T, T', r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente. En otra modalidad r iguala cero e i, R1 , R2,X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T y T' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente.
En una modalidad preferida, se proporcionan compuestos de la fórmula I anterior en donde Y es k iguala 2, r iguala 1 , R' es dimetilamino e i, R1 , R2, X, y R3 son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente En una segunda modalidad preferida, se proporcionan compuestos de la fórmula I anterior en donde Y es (R')r - ) ti n y en donde ambos de n y p igualan 2, Z es O, r ¡guala cero e i, Ri, R2, X> y R3 son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente En una tercera modalidad preferida, se proporcionan compuestos de la fórmula I anterior en donde i iguala 2 y -C(=0)-Y está en la posición 4 del subsiguiente anillo piperidina, X es CR3, R3 es metilo, R2 es F y RL Y, Z, RX, k, n ,p, T, T, r y R' son como se definieron bajo la fórmula I anteriormente.
Especialmente son interesantes los compuestos siguientes: {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-piperazin-1-il-metanona; Azepan-1-il-{1-[4-fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fenil]-piperidin-4-il}-pirrolidin-1-il-metanona¡ {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fen¡l]-piperidin-4-il}-piperidin-1 -il-metanona; {(S)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-¡l-metanona; {1-[3-(1H-Benzoimidazol-2-¡l)-4-cloro-fen¡l]-piperid¡n-4-¡l}-morfolin-4-il-metanona; (3-dimet¡lam¡no-prop¡l)-metil-amida del ácido 1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1H-benzoim¡dazol-2-il)-fenil]-p¡per¡d¡na-4-carboxílico {1-[4-Fluoro-3-(5-met¡l-1H-benzoimidazol-2-¡l)-fenil]-piper¡d¡n-4-il}-(4-metil-p¡peraz¡n-1-¡l)-metanona¡ {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1H-benzo¡midazol-2-¡l)-fenil]-p¡per¡d¡n-4-il}-(4-p¡rrol¡d¡n-1-il-piperidin-1-il)-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-met¡l-1H-benzoim¡dazol-2-il)-fenil]-piper¡d¡n-4-il}-morfolin-4-¡l-metanona¡ {1-[4-Cloro-3-(5-metox¡-1H-benzoimidazol-2-¡l)-fen¡l]-p¡per¡din-4-il}-morfol¡n-4-il-metanona¡ {(R)-1 -[3-(1 H-Benzo¡midazol-2-¡l)-4-cloro-fenil]-piper¡din-3-¡l}-morfol¡n-4-il-metanona¡ {(S)-1-[3-(1-Met¡l-1 H-Benzoim¡dazol-2-¡l)-fenil]-p¡peridin-3-¡l}-morfolin-4-il-metanona; {(R)-1-[3-(1-Met¡l-1 H-Benzo¡m¡dazol-2-¡l)-fenil]-piper¡d¡n-3-¡l}-morfolin-4-il-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-fluoro-1H-benzo¡midazol-2-¡l)-fen¡l]-p¡per¡d¡n-4-¡l}-morfolin-4-il-metanona; (3-D¡metilam¡no.p¡rrol¡d¡n-1-il)-{(R)-1-[3-(1-metil-1 H- benzo¡m¡dazol-2-il-)-fenil]-piper¡din-3-¡l}-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-met¡l-1H-benzoim¡dazol-2-¡l)-fen¡l]-piperid¡n-3-¡l}-(3-dimetilam¡no-pirrol¡din-1-il)-metanona; {(S)-1-[4-Cloro-3-(5-met¡l-1 H-benzo¡m¡dazol-2-il)-fenil]-piper¡d'in-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {1-[3-(1 H-Benzo¡midazol-2-il)-4-cloro-fenil]-pirrol¡d¡n-3-¡l}-(3-dimet¡lamino-p¡rrolidin-1-il)-metanona; (3-D¡metilamino-p¡rrol¡din-1-il)-{(S)-1-[3-(1-metil-1 H-benzoim¡dazol-2-il)-fen¡l]-piper¡d¡n-3-¡l}-metanona; (3-Dimetilam¡no-pirrol¡din-1-¡l)-{(R)-1-[3-(1-metil-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fenil]-p¡peridin-3-il}-metanona¡ {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fen¡l]-p¡pendin-3-¡l}-(3-d¡met¡lamino-p¡rrolidin-1-il)-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-metoxi-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-pirrolidin-3-il}-morfolin-4-¡l-metanona; (3-D¡metilamino-p¡rrol¡din-1-¡l)-{1 -[3-(1-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-p¡rrolidin-3-il}-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro- H-benzoimidazol-2-¡l)-fenil]-piperidin-3-il}-(3-dimetilamino-pirrolidin-1-il)-metanona; {(R)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-¡l)-4-cloro-fenil]-p¡peridin-3-¡l}-(3-dimetilam¡no-pirrol¡din-1-¡l)-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin- 3-il}-morfolin-4-il-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-met¡l-1 H-benzo¡m¡dazol-2-il)-fenil]-p¡rrol¡din-3-¡l}-(3-dimet¡lam¡no-pirrolidin-1-¡l)-metanona; {(S)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fenil]-p¡perid¡n-3-¡l}-morfol¡n-4-il-metanona; {(S)-1-[3-(1 H-Benzo¡m¡dazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piper¡d¡n-3-¡l}-(3-d¡met¡lamino-pirrolidin-1-¡l)-metanona; {1-[4-Cloro-3-(-1 H-im¡dazo[4,5-c]p¡r¡din-2-il)-fen¡l]-piperidin-4-il}-morfolin-4-¡l-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(-1 H-¡m¡dazo[4,5-c]pir¡d¡n-2-¡l)-fenil]-piper¡d¡n-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {(S)-1-[4-Cloro-3-(-1 H-im¡dazo[4,5-c]p¡nd¡n-2-il)-fen¡l]-p¡perid¡n-3-¡l}-morfol¡n-4-¡l-metanona; {1-[4-Cloro-3-(- H-¡midazo[4,5-c]p¡ridin-2-il)-fenil]-p¡per¡d¡n-4-il}-(3-dimet¡lamino-pirrolidin-1-¡l)-metanona; {(S)-1-[3-(1 H-Benzo¡m¡dazol-2-¡l)-4-cloro-fenil]-piper¡d¡n-3-il}-(3-d¡met¡lamino-p¡rrol¡din-1-il)-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fen¡l]-p¡peridin-4-¡l}-morfolin-4-il-metanona¡ {1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzo¡m¡dazol-2-¡l)-fenil]-p¡per¡d¡n-4-¡l}-(3-d¡metilamino-pirrol¡d¡n-1-¡l)-metanona; y {1 -[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fen¡l]-piper¡d¡n-4-il}-morfolin-4-il-metanona La actividad farmacológica de un grupo representativo de compuestos de fórmula I fue demostrada utilizando los dos ensayos in vitro descritos a continuaicón. Según un aspecto adicional, la invención por lo tanto está dirigida a un método para tratar cáncer u osteoporosis que comprende administrar a un sujeto, preferiblemente un sujeto humano en necesidad del mismo, una cantidad efectiva de un compuesto de fórmula I. Los tipos de cáncer que pueden ser tratados utilizando tal método sin limitación incluyen carcinoma pulmonar de células no pequeñas; cáncer de pulmón de células pequeñas; cáncer de mama; tumores ováricos; tumores del tracto digestivo; cánceres de cerebro tales como meduloblastoma y glioblastoma; cáncer de próstata; cáncer pancreático; carcinoma de célula basal; melanoma maligno; carcinomas de células escamosas; mieloma múltiple; linfomas; cánceres mesenquimales tales como condrosarcoma, sarcoma de célula clara del riñon y rabdomiosarcoma; leucemia mieloide crónica; carcinoma endometrial; carcinomas hepatocelulares.
En general, los compuestos de fórmula I pueden ser utilizado para tratar cualquier enfermedad, condición o disfunción que puede beneficiarse de la inhibición de la trayectoria de Hedgehog mediante la unión de los compuestos al receptor de Smo, y sin limitación incluyendo osteoporosis y cánceres seleccionados de carcinoma pulmonar de células no pequeñas; cáncer de pulmón de células pequeñas; cáncer de mama; tumores ováricos; tumores del tracto digestivo; cánceres de cerebro tales como meduloblastoma y glioblastoma; cáncer de próstata; cáncer pancreático; carcinoma de célula basal; melanoma maligno; carcinomas de células escamosas; mieloma múltiple; linfomas; cánceres mesenquimales tales como condrosarcoma, sarcoma de célula clara del riñon y rabdomiosarcoma; leucemia mieloide crónica; carcinoma endometrial; carcinomas hepatocelulares.
La dosis de los compuestos para uso en la terapia puede variar dependiendo de, por ejemplo, la ruta de administración, la naturaleza y la gravedad de la enfermedad. En general, un efecto farmacológico aceptable en humanos puede ser obtenido con las dosis diarias que varían de 0.01 a 200 mg/kg.
En todavía un aspecto adicional, la invención se refiere a una composición farmacéutica que contiene uno o más compuestos de fórmula I, conjuntamente con portadores y excipientes farmacéuticamente aceptables. Las composiciones farmacéuticas pueden estar en forma de sólido, semi-sólido o preparaciones líquidas, preferiblemente en forma de soluciones, suspensiones, polvos, gránulos, tabletas, cápsulas, jarabes, supositorios, aerosoles o sistemas de suminisitro controlado. Las composiciones pueden ser administradas por una variedad de rutas, inclusive oral, transdermal, subcutánea, intravenosa, intramuscular, rectal e intranasal, y son formuladas preferiblemente en forma de dosis unitaria. Las formas orales de la dosis unitaria pueden contener de aproximadamente 1 mg a aproximadamente 1000 mg del compuesto de la invención.
Para esos compuestos que pueden estar en forma de bases libres, esta invención también incluye sus sales acidas de adición, preferiblemente sales con ácidos farmacéuticamente aceptables. La invención también incluye isómeros y diastereómeros separados de los compuestos I, o las mezclas de los mismos (por ejemplo mezclas racémicas). Los principios y los métodos para la preparación de composiciones farmacéuticas se describe por ejemplo en Remington's Pharmaceutical Science, Mack Publishing Company, Easton (PA).
Los compuestos de fórmula I, sus isómeros o diastereómeros ópticos pueden ser purificados o pueden ser separados según procedimientos muy conocidos, sin limitación incluyendo cromatografía con una matriz quiral y cristalización fraccionada.
Síntesis de compuestos y procedimientos experimentales Los compuestos de la invención presente pueden ser preparados utilizando varias rutas sintéticas, incluyendo esas descritas por los métodos generales 1-1 y los métodos A-T siguientes.
Materiales y métodos Todos los reactivos y los solventes fueron obtenidos comercialmente. Las soluciones líquidas sensibles al aire y la humedad fueron transferidas a través de jeringa. El curso de reacciones fue seguido por cromatografía de capa fina (TLC) y/o cromatografía liquida-espectrometría de masa (LC-MS).
Todos los espectros de resonancia magnética nuclear fueron registrados utilizando un espectrómetro Varían Mercury Plus 400 MHz equipado con una sonda PFG ATB de banda ancha.
Los métodos de 10 minutos fueron corridos utilizando un módulo de separación Waters 2795 equipado con una columna Waters Micromass ZQ (ES ionización) y Waters PDA 2996, usando una columna Waters XTerra MS Cíe 3.5 pm 2.1 x5 0 mm.
El HPLC preparativo fue corrido utilizando un sistema Waters 2767 con una bomba de Módulo Waters 2525 de Gradiente Binario y acoplado a un Waters Micromass ZQ (ES) o Waters 2487 DAD, ussando una columna Supelco Discovery HS C18 5.0 m 10x21.2mm.
Los gradientes fueron corridos utilizando ya sea el método a: 0,1% de ácido fórmico/agua y 0.1 % de ácido fórmico/acetonitrilo con un gradiente de 5/95 a 95/5 en el tiempo de corrida indicado (flujo: 1 mL/min) o el método b: 0.1 % de ácido fórmico/agua y 0.1 % de ácido fórmico/metanol con un gradiente de 5/95 a 80/20 en el tiempo de corrida indicado (flujo: 0.8 mL/min) El tiempo de corrida para los compuestos finales es 10 min.
Las purificaciones fueron realizadas con cartuchos instantáneos ¡solutos de gel de sílice Si.
Todos los análisis TLC fueron realizados en gel de sílice (Merck 60 F254) y las manchas reveladas por visualización UV a 254 nm y tinción de KMn04 o de ninhidrina.
Método General 1 -N paso a + cornercialmente cornercialmente disponible disponible paso c -N N O Br paso d N 2-(3-bromofenil)-1 H-benzoimidazol Método 1 - Paso a O-fenilend¡am¡na (81.8 g, 756.6 mmoles) y ácido oxálico (3.40 g, 37.8 mmoles) fueron disueltos completamente en EtOH-H20/1 :1 (2 L) calentado previamente a 80° C. Luego 3-bBromobenzaldehído (44.10 mL, 378.30 mmoles) fue agregado por goteo a la solución. La mezcla de reacción fue agitada por la noche a 70°C al aire libre. El día después de que el sólido fuera filtrado y triturado con MeOH (150 mL) para dar el producto como un sólido amarillo pálido (27.50 g). 3.8 g fueron recuperados de los licores rmadre. Rendimiento total 31 .30 g (30%). 1H-RMN (400 MHz DMSO) : d 7.24 (2H, m), 7.54 (2H, m), 7.70 (m, 2H), 8.19 (1 H, m), 8.37 (1 H, t), 13.2 (1 H, s); m/z 273 (M+H)+; tiempo de retención (método a) = 8.60 (10 min de corrida) 2-(3-Bromo-fenil)-1-metil-1 H-benzoimidazol Método 1 - Paso b 2-(3-bromofenil)-1 H-benzoimidazol (7.8 g, 28.6 mmoles) fue disuelto completamente en THF seco (300 mi), entonces NaH 60% m/m (1 .49 g , 37.2 mmoles) fue agregado por porciones a la solución amarilla clara. La suspensión marrón ligera fue agitada 1 h a ta, entonces CH3I (2.5 mi, 40.0 mmoles) fue agregado por goteo. La mezcla de la reacción fue agita a ta durante la noche. La reacción fue templada con H2O (300 mi), y extraída con EtOAc (2 x 450 mi). Los extractos orgánicos fueron secados sobre MgSO4, filtrados y evaporados, para proporcionar el compuesto como un sólido marrón-amarillo (7.40 g, 70%). 1 H-RMN (400 MHz DMSO) :d 3.90 (3H, s), 7.30 (2H, m), 7.55 (1 H, t), 7.64 (1 H, d), 7.70 (1 H, d), 7.77 (1 H, m), 7.88 (1 H, m), 8.05 (1 H, m); m/z- 287 [M+H]+, tiempo de retención (método a) = 7.70 (10 min de corrida) Etil éster del ácido (S)-1-r3-(1-Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenin-piperidina-3-carboxilico Método 1 - Paso c 2-(3-Bromo-fenil)-1-metil-1 H-benzoimidazol (0.85 g, 2.96 mmoles), etil éster del ácido (S)-(+)-Nipecótico (0.60 g, 3.85 mmoles) y carbonato de cesio (4.82 g, 14.80 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de Schlenk bajo nitrógeno. Al mismo tiempo acetato de paladio (0.14 g, 0.60 mmoles), y rac-2,2' bis(difenilfosfino)-1 , 1 -binaftil (BINAP) (0.57 g, 0.90 mmoles) fueron colocados en un frasco seco de 7 mL bajo nitrógeno. Entonces tolueno seco (5 mL) fue agregado y la mezcla fue agitada 20 minutos bajo nitrógeno antes de ser añadida al primer frasco. La mezcla de la reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, filtrada, y el material insoluble fue lavado con EtOAC (3 x 10 mL). La solución orgánica fue concentrada bajo presión reducida y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente: ciciohexano: AcOEt gradiente de 100% de ciciohexano a ciciohexano 4: AcOEt 1 ) para proporcionar 0.75 g del compuesto del título (70%).
H-RMN (400 Hz, CD3OD): d 1.25 (3H, t), 1.66-1.88 (3H, m), 1.95-2.03 (1 H, m), 2.67-2.74 (1 H, m), 2.94-3.01 (1 H, m), 3.16-3.22 (1 H, m), 3.52-3.57 (1 H, m), 3.73-3.77 (1 H, m), 4.15 (2H, q), 7.16-7.19 (2H, m), 7.28-7.36 (3H, m), 7.41-7.45 (1 H, m), 7.53-7.56 (1 H, m), 7.66-7.68 (1 H, m).
Clorhidrato de ácido (S)-1-[3-(1-Metil-1 H-benzoimidazol-2-ilV fenin-piperidina-3-carboxílico Método 1 - Paso d Una mezcla de etil éster del ácido (S)-1 -[3-(1 -Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil)-piperidina-3-carboxilico (0.76g, 2.09 mmoles) en HCI 6N (4.0 mL) fue calentado en microondas a 120°C durante 20 minutos; 3 ciclos fueron necesarios para completar la conversión. Entonces el solvente fue removido y el crudo triturado con una mezcla de acetona/acetato de etilo (1 :1), el sólido filtrado y secado bajo vacío, para obtener 0.60 g del compuesto del título (86%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : 1.52-1.84 (3H, m), 2.0 (1 H, m), 2.65 (1 H, m), 3.02 (1 H, t), 3.16 (1 H, t), 3.64 (1 H, d), 3.80 (1 h, d), 4.03 (3H, s), 7.35-7.51 (2H, m) 7.51-7.72 (4H, m), 7.83-7.90 (1 H, m), 8.01-8.09 (1 H, m); m/z 335 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 1.27 (5 min de corrida) Método General 2 2-(5-bromo-2-clorofenil)-1H-benzoimidazol Método 2 - Paso a En un matraz de fondo redondo con cuello equipado con un agitador magnético, ácido 5-bromo-2-clorobenzoico (70.0 g, 297.3 mmoles), 0- fenilenediamina (64.3 g, 594.6 mmoles) y ácido metansulfonico (140 mL) fueron colocados y fueron calentados a 170°C para fundir los sólidos. El sistema fue agitado 5h a esta temperatura, entonces se dejó llegar a ta. El sólido azul fue tratado con NaOH al 35% (200 mL) obteniendo una suspensión violeta (pH 5) que fue filtrada y fue lavada con NaOH 0.5 M (2 L) y H2O (2 L). El producto fue secado bajo vacio (60° C), para dar 61 .6 g de un sólido violeta puro. (67%). m/z 307/309 (M+H)+; tiempo de retención (método a)= 8.73 (10 min corrida) Ter-butil éster del ácido 2-(5-bromo-2-cloro-fenil)-benzoimidazol- 1 - carboxilico Método 2 - Paso b En un matraz de fondo redondo con tres bocas equipado con un agitador magnético, 2-(5-bromo-2-clorofenil)-1 H-benzimidazol (30.7 g, 99.8 mmoles) fue suspendido en THF (1 L). 50% de NaOH (72.0 g, 598 mmoles) entonces fue añadido. La suspensión fue dejada a ta por 1 h bajo agitación. (BOC)20 (37. Og, 169.7 mmoles) fue disuelto en THF (200 mL) y añadido a la mezcla de reacción. La reacción fue dejada bajo agitación por la noche. El solvente fue evaporado bajo presión reducida. El residuo obtenido fue diluido con agua (500 mL) filtrado y secado bajo vacío (60° C), para dar 39.8 g de un sólido marrón. (98%). m/z 407/409 (M+H)+; tiempo de retención (método a)= 9.14 (10 min corrida) Ter-butil éster del ácido 2-f2-Cloro-5-((R)-3-etoxicarbonil-piperidin-1-il)-fenil1-benzoimidazol-1-carboxílico Método 2 - Paso c ter-butil éster del ácido 2-(5-bromo-2-cloro-fenil)-benzoimidazol-1-carboxílíco (1.50 g, 3.69 mmoles), etil éster del ácido (R)-(-)-Nipecotico (0.75 g, 4.79 mmoles) y carbonato de cesio (6.00 g, 18.43 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de Schlenk bajo nitrógeno. Al mismo tiempo acetato de paladio (0.17 g, 0.74 mmoles), y BINAP (0.71 g, 1.11 mmoles) fueron colocados en un frasco seco de 7 mL bajo nitrógeno. Entonces tolueno seco (5 mL) fue agregado y la mezcla fue agitada 20 minutos bajo nitrógeno antes de ser añadida al primer frasco. La mezcla de la reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, filtrada, y el material insoluble fue lavado con EtOAC (3 x 10 mL). La solución orgánica fue concentrada bajo presión reducida y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente: ciciohexano: AcOEt gradiente de 100% de ciciohexano a ciciohexano 4: AcOEt 1) para proporcionar 1.33 g del compuesto del titulo (74%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.23 (3H, t), 1.36 (9H, s), 1.64-1.84 (3H, m), 1.84-2.00 (1 H, m), 2.65-2.71 (1 H, m), 2.93-2.98 (1 H, m), 3.14-3.19 (1 H, m), 3.45-3.51 (1H, m), 3.67-3.71 (1 H, m), 4.14 (2H, q), 7.1 1 -7.16 (2H, m), 7.35-7.37 (1 H, m), 7.40-7.48 (2H, m), 7.71-7.73 (1 H, m), 8.13-8.15 (1 H, m).
Etil éster del ácido (R)-1-f3-(1 H-Benzoimidazol-2-iO-4-cloro-fenill-piperidina-3-carboxilico Método 2 - Paso d A una mezcla de ter-butil éster del ácido 2-[2-Cloro-5-((R)-3-etoxicarbonil-piperidin-1-il)-fenil]-benzoimidazol-1-carboxílico (1.30 g, 2.68 mmoles) en diclorometano (2 ml_), HCI 2M en Et2O (10 ml_) fue añadido y la mezcla resultante fue agitada por la noche a temperatura ambiente. El sólido fue filtrado, entonces recuperado con 10% de NaOH (10 ML) y extraído con diclorometano (3x10 ml_). La capa orgánica fue secada sobre Na2SO4, filtrada y concentrada bajo presión reducida, para conseguir 0.81 g del compuesto de titulo sin purificaciones adicionales (85%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.25 (3H, t), 1.67-1.87 (3H, m), 1 .98-2.03 (1 H, m), 2.66-2.72 (1 H, m), 2.94-3.01 (1 H, m), 3.17-3.22 (1 H, m), 3.50-3.55 (1 H, m), 3.70-3.75 (1 H, m), 4.14 (2H, q), 7.10-7.13 (1 H, m), 7.26-7.31 (2H, m), 7.40-7.42 (2H, m), 7.62 (2H, bs); m/z= 384 [M+H]+, tiempo de retención (método a) = 1.82 (5 min corrida) Clorhidrato del ácido (R)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenin-piperidina-3-carboxilico Método 2 - Paso e Una mezcla de etil éster del ácido (R)-1-[3-(1 H-benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidina-3-carboxílico (0.81 g, 2.11 mmoles) en HCI 6N (4.0 mL) fue calentado en microondas a 120°C durante 20 minutos; 2 ciclos fueron necesarios para completar la conversión. Entonces el solvente fue removido y el crudo triturado con una mezcla de acetona/acetato de etilo (1 :1), el sólido filtrado y secado bajo vacío, para obtener 0.60 g del compuesto del titulo (80%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 1.50-1.725 (2H, m), 1.72 ( H, m), 2.54 (1 H, m), 2.93 (1 H, t), 3.06 (1 H, t), 3.63 (1 H, d), 3.80 (1 H, dd), 7.31 (1 H, dd), 7.54-7.58 (2H, m), 7.60-7.62 (2H, m), 7.86-7.90 (2H, m); m/z 355 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 1.45 (5 min corrida) Método General 3.4 X = CH3. 0CH3 N-(2-Amino-5-fluoro-fenil)-5-bromo-2-cloro-benzamida Método 3.4 - Paso a A una mezcla de los sólidos del ácido 5-Bromo-2-clorobenzoico (7.00 g, 29.79 mmoles), 4-Fluoro-benceno-1 ,2-diamina (4.65 g, 36.94 mmoles) y 0-(7-Azabenzotriazol-1-il)-N,N,N',N'- tetrametiluronio-hexafluorofosfato (HATU) (1 .89 g, 31.28 mmoles), trietilamina (TEA) (4.60 mL, 32.77 mmoles), diclorometane (120 mL) y dimetilformamida (DMF) (30 mL) fueron añadidos. La mezcla de la reacción fue agitada a temperatura ambiente por la noche, agua fue añadida (30 mL) y agitada hasta la formación de un precipitado. El precipitado fue filtrado, lavado con diclorometano (3 x 10 mL) y secado para proporcionar 6.90 g del compuesto de título (69%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO-c/6): d 5.27 (2H, s), 6.34 (1 H, td), 6.50 (1 H, dd), 7.17 (1H, dd), 7.50 (1 H, d), 7.67 (1H, dd), 7.97 (1 H, d), 9.72 (1 H, s); m/z 345 (M+2)+ 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-fluoro-1 H-benzoimidazol Método 3,4 - Paso b Una solución de N-(2-Amino-5-fluoro-fenil)-5-bromo-2-cloro-benzamida (6.90 g, 20.12 mmoles) en ácido acético (40 mL) fue agitada a 80°C por la noche, el solvente entonces fue removido bajo presión reducida y el crudo purificado por precipitación de éter dietílico para obtener 6.00 g del compuesto del título (92%).
H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): d 7.10 (1 H, m), 7.35-7.50 (1 H, m), 7.56 y 7.70 (1 H, m), 7.61 (1 H, m), 7.73 (1 H, m), 8.08 (1 H, m), 12.92 (1 H, s). m/z 327 (M+2)+ Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-fluoro-benzoimidazol-1-carboxílico Método 3 - Paso c A un matraz con 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-fluoro-1 H-benzoimidazol (6.00 g, 18.46 mmoles), 4-dimetilaminopiridina (DMAP) (0.23 g, 1 .85 mmoles), bicarbonato de di-ter-butilo (Boc20) (5.23 g, 24.00 mmoles) y diclorometano (90 mL) fueron añadidos. La mezcla de la reacción fue agitada a temperatura ambiente por la noche, el solvente fue removido bajo presión reducida y el crudo precipitado de una mezcla de ciclohexano:AcOEt/10:1 para dar 4.60 g del compuesto de título (59%). 1H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.40 (9H, s), 7.10-7.22 (1 H, m), 7.34 (1 H, dd), 7.47 y 7.83 (1 H, m), 7.55-7.59 (1 H, m), 7.71 (1 H, m), 7.74 y 8.06 (1 H, m); m/z 427 (M+2)+ Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-metoxi-benzoimidazol-1 -carboxilico Método 4 - Paso c A un matraz con 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-metoxi-1 H-benzoimidazol (6.50 g, 19.29 mmoles), DMAP (0.23 g, 1.93 mmoles), Boc20 (5.47 g, 25.07 mmoles) y diclorometano (100 ml_) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue agitada a temperatura ambiente por la noche y el solvente fue removido bajo presión reducida. El crudo fue purificado por cromatografía instantánea (gradiente de eluyente: de ciclohexana:AcOEt/5:1 a 1 :2), para dar 4.70 g del compuesto del título (56%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 1.32 (9H, s), 3.82 (3H, d), 7.04 (1 H, m), 7.29 y 7.65 (1 H, m), 7.56 (2H, m), 7.75 (1 H, m), 7.88 (1 H, m); m/z 438 (M+H)+, tiempo de retención (método a)= 7.47 (10 min corrida).
Ter-butil éster del ácido 2-[2-Cloro-5-(4-etoxicarbonil-piperíd¡n-1-il)-fen¡n-5-fluoro-benzoimidazol-1 -carboxílico Método 3,4 - Paso d Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-fluoro-benzoimidazol-1 -carboxílico (1 .04 g, 2.46 mmoles), etil éster del ácido piperidina-4-carboxílico (0.49 mL, 3.19 mmoles) y carbonato de cesio (3.99 g, 12.29 mmoles) fueron colocados en un tubo seco Schlenk bajo nitrógeno. Al mismo tiempo acetato de paladio (0.1 1 g, 0.49 mmoles), y BINAP (0.46 g, 0.74 mmoles) fueron colocados en un frasco seco de 7 mL bajo nitrógeno. Entonces tolueno seco (4 mL) fue agregado y la mezcla fue agitada 20 minutos bajo nitrógeno antes de ser añadida al primer frasco. La mezcla de la reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, las sales fueron filtradas, la solución orgánica fue concentrada bajo presión reducida y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente: ciclohexano:AcOEt gradiente de ciclohexano:AcOEt/5:1 a 1 :2) para proporcionar 0.84 g del compuesto del título (68%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.35 (3H, t), 1.45 (9H, s), 1 .80 (2H, m), 1 .99 (2H, m), 2.52 (1 H, m), 2.88 (2H, m), 3.72 (2H, m), 4.13 (2H, q), 7.10-7.28 (3H, m), 7.35 (1 H, d), 7.43 y 7.86 (1 H, m), 7.71 y 8.14 (1 H, dd); m/z 502 (M+H)+, tiempo de retención (método a)= 3.10 (5 min corrida) Clorhidrato del ácido 1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenill-piperidina-4-carboxílico Método 3,4 - Paso e Una mezcla de ter-butil éster del ácido 2-[2-Cloro-5-(4-etox¡carbonil-piperidin-1-il)-fenil]-5-fluoro-benzoimidazol-1-carboxílico (0.42g, 0.84 mmoles) en HCI 6N (4 mL) fue agitado a temperatura ambiente por pocos minutos y entonces calentado en microondas a120°C durante 15 minutos. El solvente fue removido bajo vacío para obtener el compuesto del título con rendimiento cuantitativo. 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.95 (2H, m), 2.13 (2H, m), 2.65 (1H, m), 3.20 (2H, m), 3.83 (2H, m), 7.53 (2H, m), 7.69 (3H, m), 7.91 (1 H, m); m/z 374 (M+H)+, tiempo de retención (método a)= 1.65 (5 min corrida).
Método General 5 Ter-butil éster del ácido 2-[2-Cloro-5-(3-etoxicarbonil-pirrolidin-1-il)-fen¡n-5-metil-benzoimidazol-1-carboxilico Método 5 - Paso a Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-metil-benzoimidazol-1-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 4, paso C) (1.80 g, 4.28 mmoles), metil éster del ácido pirrolidin-3-carboxílico (0.92 g, 5.56 mmoles) y carbonato de cesio (6.95 g, 21.38 mmoles) fueron añadidos a un frasco seco bajo nitrógeno que contenía acetato de paladio (0.19 g, 0.86 mmoles) y BINAP (0.80 g, 1.28 mmoles) en tolueno seco (1 1 mL) y previamente agitado durante 20 minutos bajo nitrógeno. La mezcla de reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, diluida con AcOEt (40 ML), las sales fueron filtradas, la capa orgánica lavada con agua (1 x 30 mL) y salmuera (1 x 20 mL), secada sobre Na2SO4 y entonces concentrada bajo presión reducida. Al crudo una mezcla de solventes de ciclohexano:AcOEt/4:1 (15 mL) fue añadido y fue filtrado a través de una columna con Na2SO4 para remover todas las sales, se lavó con la mezcla de solventes y la capa orgánica se purificó por cromatografía instantánea (eluyente: ciciohexano: AcOEt /4:1) para proporcionar 1.71 g del compuesto del titulo (86%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO-cfe): d 1 .30 (9H, s), 1.38 (3H, s), 2.20 (2H, m), 3.24-3.51 (5H, m), 3.63 (3H, s), 6.68 (1 H, m), 6.74 (1 H, m), 7.23 (1 H, m), 7.30 (1 H, m), 7.54 y 7.82 (1 H, m), 7.62 y 7.86 (1 H, m); m/z 470 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 5.12 (10 min corrida) Acido 1 -[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil1-pirrolidin-3-carboxílico Método 5 - Paso b Como se describió en el método general 3.4 paso e, comenzando de ter-butil éster del ácido 2-[2-Cloro-5-(3-etoxicarbonil-pirrolidin-1-il)-fenil]-5-metil-benzoimidazol-1-carboxílico para dar el compuesto del titulo con rendimiento cuantitativo.
Método General 6 X = CH3, OCH3, F N-(2-Amino-5-metoxi-fenil)-5-bromo-2-fluoro-benzamida Método 6 - Paso a Una mezcla de ácido 5-Bromo-2-fluoro-benzoico (1.50 g, 6.85 mmoles), diclorhidrato de 4-metoxi-bencen-1 ,2-diamina (1.77 g, 8.49 mmoles), HATU (2.73 g, 7.19 mmoles) y TEA (2.88 mL, 20.76 mmoles) en diclorometano (20 mL) y DMF (5 mL) fue agitado a temperatura ambiente por la noche, entonces agua fue añadida (50 mL), la mezcla fue agitada por 2h y dejó permanecer a temperatura ambiente por la noche. El precipitado obtenido fue filtrado y secado para proporcionar .45 g del compuesto del título (50%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): d 3.65 (3H, s), 4.96 (2H, bs), 6.15 (1 H, dd), 6.31 (1 H, s), 7.05 (1 H, d), 7.31 (1 H, m), 7.71 (1 H, m), 7.91 (1 H, d), 9.50 (1 H, s). 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-metoxi-1 H-benzoimidazol Método 6 - Paso b Una mezcla de N-(2-Amino-5-metoxi-fenil)-5-bromo-2-fluoro-benzamida (1 .45 g, 4.28 mmoles) en ácido acético (15 mL) fue calentada a 80°C por la noche. El solvente fue removido bajo presión reducida y el crudo purificado por precipitación de AcOEt (20 mL), secado, recuperado con una mezcla de diclorometano (20 mL) y metanol (1 mL) y lavado con solución saturada de NaHC03 (3 x 5 mL), la capa orgánica fue recuperada por filtración a través de un separador de fases, y el solvente removido bajo presión reducida para obtener 0.86 g del compuesto del titulo (63%).
H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): d 3.79 (3H, s), 6.86 (1 H, d), 7.04 (1 H, bs), 7.41 (1 H, dd), 7.55 (1 H, bs), 7.69 (1 H, m), 8.30 (1 H, m), 11.93 (1 H, s).
Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-metox¡-benzoimidazol-1 -carboxílico Método 6 - Paso c A una mezcla agitada de 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-metoxi-1 H-benzoimidazol (0.87 g, 2.70 mmoles) en dcm (10 mL), Boc20 (0.76 g, 3.50 mmoles) y DMAP (0.03 g, 0.27 mmoles) fueron añadidos y la mezcla de reacción fue dejada agitar a temperatura ambiente por un fin de semana. Entonces diclorometano (20 mL) fue añadido y la mezcla de reacción fue lavada con una solución saturada de NaHC03 (4 mL), ácido cítrico (10% de solución), la capa orgánica fue recuperada por filtración a través de un separador de fases, y el solvente removido bajo presión reducida. El crudo entonces fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente ciclohexano:acetato de etilo/10:1) para obtener 0.82 g del compuesto del título como una mezcla de dos diastereoisómeros (72%). 1H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.45 (9H, s), 1 .47 (9H, s), 3.88 (3H, s), 3.90 (3H, s), 6.98-7.06 (4H, m), 7.25-7.27 y 7.80-7.83 (3H, m), 7.54- .61 (3H, m), 7.93 (1 H, m); m/z 423 (M+2H)+,tiempo de retención (método a)= .02 (5 min corrida).
Método General 7 X = H, Cl comercialmerrte Br disponible comercislmertte disponible N-(2-Amino-5-cloro-fenil)-5-bromo-2-fluoro-benzamida Método 7 - Paso a Una mezcla de ácido 5-Bromo-2-fluoro-benzoico (3.00 g, 13.70 mmolrd), 4-cloro-bencen-1 ,2-diamina (2.42 g, 16.99 mmoles), HATU (5.47 g, 14.38 mmoles) y TEA (1 .91 mL, 13.83 mmoles) en diclorometano (70 mL) y DMF (16 mL) fue agitada a temperatura ambiente por la noche, luego agua fue añadida (80 mL) y se dejó permanecer a temperatura ambiente durante la noche. La capa orgánica fue dividida y el solvente removido bajo presión reducida y el aceite crudo obtenido fue cristalizado de la mezcla de solventes diclorometano:ciclohexano/3: 1 (30 ml_) para proporcionar 2.19 g del compuesto del título (52%). m/z 344 (M+H)+, tiempo de retención = 5.33(10 min corrida)8 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-cloro-1 H-benzoimidazol Método 7 - Paso b Una mezcla de N-(2-Amino-5-cloro-fenil)-5-bromo-2-fluoro-benzamida (1.60 g, 4.67 mmoles) en ácido acético (10 mL) fue calentada a 85°C por la noche. El solvente fue removido bajo presión reducida y el sólido obtenido fue lavado con diclorometano y secado para obtener 1.40 g del compuesto del título (93%). 1H-RMN (400 MHz, CD30D): d 7.27-7.33 (2H, m), 7.60-7.64 (2H, m), 7.69 (1 H, m), 8.33 (1 H, dd).
Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-cloro-benzoimidazol-1-carboxilico Método 7 - Paso c A una mezcla agitada de 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-cloro-1 H-benzoimidazol (1 .41 g, 4.33 mmoles) en dcm (28 mL), Boc20 (1.23 g, 5.63 mmol) y DMAP (0.05 g, 0.43 mmoles) fueron añadidos y la mezcla de reacción fue dejada agitar a temperatura ambiente por la noche. La mezcla de reacción fue lavada con solución saturada de NaH4CI (2 5 mL), y el crudo entonces fue purificado por cromatografía instantánea (gradiente de eluyente: ciciohexano: EtOAc de 8:1 a 5:1), para obtener 1.31 g del compuesto del título (71%) como una mezcla de dos regioisómeros.
H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.45(9H, 2s), 7.05 (1 H, m), 7.39 (1 H, m), 7.60 (1 H, m), 7.71 (0.5H, d), 7.78 (0.5H, d), 7.83 (1 H, m), 7.99 (0.5H, d), 8.10 (0.5H, d).
Método General 8 Ter-butil éster del ácido 2-[5-(4-Etoxicarbonil-piperidin-1 -il)-2-fluoro-fen¡n-5-met¡l-benzoimidazol-1-carboxilico Método 8 - Paso a Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-metil-benzoimidazol-1-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 6, paso C) (0.94 g, 2.40mmoles), etil éster del ácido piperidina-4-carboxílico (0.48 g, 3.12 mmoles) y carbonato de cesio (3.90 g, 12.01 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de schlenk y 3 ciclos de vacio/nitrógeno fueron realizados, entonces se añadiói tolueno seco (4 mL). Al mismo tiempo acetato de paladio (II) (0.82 g, 0.36 mmoles), y BINAP (0.45 g, 0.72 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de schlenk bajo nitrógeno y 3 ciclos de vacío/nitrógeno fueron realizados. Entonces fue añadido tolueno seco (2 mL), a temperatura ambiente bajo nitrógeno, y la mezcla fue añadida al primer schlenk. La mezcla de reacción fue calentada a 80°C por la noche, se añadió agua (5 mL), la capa orgánica fue filtrada sobre Na2S04 y entonces purificada por cromatografía instantánea (eluyente: ciclohexano: EtOAc 8:2) para obtener 1.15 g del compuesto del título con rendimientocuantitativo.
H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.27 (3H, t), 1.43 (9H, s), 1.89 (2H, m), 2.02 (2H, m), 2.41 (1 H, m), 2.50 (3H, s), 2.80 (2H, m), 3.59 (2H, m), 4.16 (2H, q), 7.01 (2H, m), 7.21 (2H, m), 7.66 (1 H, d), 7.91 (1 H, d).
Clorhidrato del ácido 1-[4-(Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenill-piperidina-4-carboxíl¡co.
Método 8 - Paso b Una mezcla de ter-butil éster del ácido 2-[5-(4-Etoxicarbonil-piperidin-1-il)-2-fluoro-fenil]-5-metil-benzoimidazol-1-carboxílico (1.15 g, 2.39 mmoles) en HCI 6N (10 mL) fue calentado en microondas a 120°C por 15 minutos (2 corridas fueron necesarias). El solvente fue removido bajo vacio para obtener el compuesto del titulo con rendimiento cuantitativo. 1H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): d 2.19 (2H, m), 2.34 (2H, m), 2.59 (3H, s), 2.80 (1 H, m), 3.55 (2H, m), 3.85 (2H, m), 7.53 (1 H, d), 7.63-7.70 (2H, m), 7.78 (1 H, d), 7.91-7.96 (1 H, m), 8.27-8.33 (1 H, m).
Método General 9 Ter-butil éster del ácido 2-[5-(4-Etoxicarbonil-piperidin-1-il)-2-fluoro-fenin-5-metoxi-benzoimidazol-1-carboxilico Método 9 - Paso a Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-fluoro-fen¡l)-5-rrietox¡-benzoimidazol-1-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 6, paso c) (1.05 g, 2.50 mmoles), etil éster del ácido piperidina-4-carboxílico (0.51 g, 3.25 mmoles) y carbonato de cesio (4.07 g, 12.50 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de schlenk y 3 ciclos de vacío/nitrógeno fueron realizados, entonces se añadió tolueno seco (4 mL). Al mismo tiempo acetato de paladio (II) (0.1 1 g, 0.50 mmoles), y BINAP (0.48 g, 0.75 mmoles) fueron colocados en un tubo seco de schlenk bajo nitrógeno y 3 ciclos de vacío/nitrógeno fueron realizados. Entonces fue añadido tolueno seco (2 mL), a temperatura ambiente bajo nitrógeno, y la mezcla fue añadida al primer schlenk. La mezcla de reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, EtOAC (20 mL) fue añadido y la mezcla se filtró. El solvente fue removido y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (gradiente de eluyente: de ciclohexano:EtOAc de 4:1 a 3:1 ), para dar 0.82 g del compuesto del titulo (69%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD, dos regioisómeros): d 1.25 (6H, t), 1.40 (18H, s), 1.76-1.88 (4H, m), 1.96-2.04 (4H, m), 2.42-2.51 (2H, m), 2.80 (4H, t), 3.58-3.65 (4H, m); 3.85 (3H, s)¡ 3.87 (3H, s); 4.13 (4H, q); 6.99-7.06 (2H, m), 7.07-7.18 (4H, m), 7.19-7.23 (3H, m), 7.58 (1 H, d), 7.62 (1 H, d); 7.94 (1 H, d); m/z 498 (M+H)+ Clorhidrato del ácido 1-[4-(Fluoro-3-(5-metoxi-1 H-benzoimidazol- 2-il)-fenill-piperidina-4-carboxilico.
Método 9 - Paso b Una mezcla de ter-butil éster del ácido 2-[5-(4-Etoxicarbonil-piperidin-1 -il)-2-fluoro-fenil]-5-metoxi-benzoimidazol-1-carboxílico (0.92g, 1.91 mmoles) en HCI 6N (4 mL) fue agitada a temperatura ambiente por 1 h y entonces calentada en microondas a 120°C durante 15 minutos. El solvente fue removido bajo vacio, entonces tomado con una mezcla de acetona: éter dietilico 1 :1 (20 mL), el sólido fue filtrado, lavado con éter dietilico y secado para obtener 0.22 g og del compuesto del título (29%).
H-RMN (400 MHz, CD3OD,): d 1.98-2.10 (2H, m), 2.18-2.26 (2H, m), 2.63-2.71 (1 H, m), 3.24-3.32 (2H, m), 3.77-3.84 (2H, m); 3.95 (3H, s); 7.26-7.31 (2H, m), 7.54 (1 H, dd), 7.65-7.71 (1 H, m), 7.75 (1 H, dd), 7.92-7.98 (1H, m); m/z 370 (M+H)+ Método General 10 Ter-butil éster del ácido 5-Cloro-2-[5-(4-etoxicarbonil-piperidin-1-il)-2-fluoro-fen¡H-benzoim¡dazol-1-carboxílico Método 10 - Paso a Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-fluoro-fenil)-5-cloro-benzoimidazol-1-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 7, paso c) (1 .06 g, 2.50 mmoles), Pd2(dba)3 (0.36 g, 0.50 mmoles), 2-di-t-butilfosfino-2',4,,6'-tri-i-propil-1 , 1 'bifenil (T-BuXphos) (0.32 g, 0.75 mmoles) y ter-butóxido de sodio (0.48 g, 5.00 mmoles) fueron colocados en un frasco seco y pocos ciclos de vacio/nitrógeno fueron realizados. Entonces el tolueno seco (5 mL) y etil éster del ácido piperidina-4-carboxílico (0.50 mL, 3.25 mmoles) fueron añadidos, la mezcla de reacción fue calentada a 85°C por la noche, y lavada con solución saturada de Na 2CO3 solución (3 X 5 mL) y agua (3 X 3 mL). La capa orgánica fue secada sobre Na2SO4, filtrada y concentrada bajo presión reducida, y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente:gradiente de EtOAc: ciclohexano/1 :5 a 1 :2) para obtener 0.30 g del compuesto del título (24%).
H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.26 (3H, t), 1.43 (9H, s), 1.60 (2H, m), 1.90 (2H, m), 2.42 (1 H, m), 2.81 (2?, m), 3.60 (2H, m), 4.16 (2H, q), 7.05 (2H, m), 7.36 (2H, m), 7.69 (1 H, d), 8.09 (1 H, s).
Clorhidrato del ácido 1-[3-(5-Cloro-1 H-benzoimidazol-2-il)-4-fluoro-fenill-piperidina-4-carboxílico.
Método 0 - Paso b Una mezcla de ter butil éster del ácido 5-Cloro-2-[5-(4-etox¡carbonil-piperidin-1-il)-2-fluoro-fenil]-benzoimidazol-1-carboxílico (0.30 g, 0.60 mmoles) en HCI 6N (10 mL) fue calentada en microondas a 120°C por 5 minutos, dos ciclos fueron necesarios. El solvente fue removido bajo vacío, entonces el sólido fue filtrado y lavado con éter dietílicoy secado para obtener 0.17 g del compuesto del título (70%).
Método General 11 Etil éster del ácido 1-[3-(1-Metil- H-benzoimidazol-2-il)-fenill-piperidina-4-carboxilico Método 1 - Paso a 2-(3-Bromo-fenil)-1-metil-1 H-benzoimidazol (obtenido como se describió en el método general 1 , paso b) (5.00 g, 17.40 mmoles), etil éster del ácido piperidina-4-carboxilico (3.56 g, 22.62 mmoles) y carbonato de cesio (28.34 g, 87 mmoles) fueron colocados en un matraz de fondo redondo bajo nitrógeno. Al mismo tiempo acetato de paladio (0.79 g, 3.48 mmoles), y BINAP (3.33 g, 5.22 mmoles) fueron colocados en un matraz bajo nitrógeno. Entonces tolueno seco (18 mL) fue agregado y la mezcla fue agitada 20 minutos bajo nitrógeno antes de ser añadida al primer frasco. La mezcla de la reacción fue calentada a 80°C durante dos días, entonces diluida con acetato de etilo (100 mL), filtrada a través de Na2S0 , y lavada con agua (2 X 50 mL) y salmuera (1 X 50 mL). La solución orgánica fue concentrada bajo presión reducida y el crudo fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente: ciclohexano: AcOEt/4:1 ) para proporcionar 3.45 g del compuesto del título (55%).
H-RMN (400 MHz, DMSO-d6): d 1.19 (3H, t), 1.68 (2H, qd), 1.93 (2H, dd), 2.49-2.58 (1 H, m), 2.86 (2H, td); 3.75 (2H, dt); 3.86 (3H, s); 4.09 (2H, q), 7.10-7.42 (6H, m), 7.59 (1 H, d), 7.67 (1 H, d).
Clorhidrato del ácido 1-[3-(1-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxilico.
Método 1 1 - Paso b Una mezcla de etil éster del ácido 1-[3-(1-Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxílico (3.10 g, 8.54 mmoles) en HCI 6N (25.0 mL) fue calentada en microondas a 120°C por 20 minutos. Entonces eEI solvente fue removido para obtener el compuesto del título con rendimiento cuantitativo. 1H-RMN (400 MHz, MeOD): d 1.65-1.85 (2H, m), 1.94 (2H, d), 2.48-2.57 (1 H, m), 3.04 (2H, t), 3.79 (2H, d), 4.05 (3H, s), 7.37-7.54 (2H, m), 7.55-7.71 (4H, m), 7.84 - 7.91 (1 H, m), 8.03 - 8.09 (1 H, m); m/z 333 (M+H)+, tiempo de retención (método b)= 1.95 (10 min corrida) Método A paso a N boc H EJEMPL0 1 Clorhidrato de ((S)-1-f3-(1-Metll-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil1-piperidin-3- il)-piperazin-1 -il-metanona Ter-butil éster del ácido 4-((S)-1-[3-(1-Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenin-piperidina-3-carbonil)-piperazina-1-carboxílico.
Método 1 - Paso a A un frasco con ácido (S)-1-[3-(1 -Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carboxílico (0.1 Og, 0.30 mmoles) (obtenido como se describió en el método general 1 , paso d), HATU (0.12 g, 0.31 mmoles), TEA (0.09 mL, 0.66 mmoles) y ter-Butil-1 -piperazinacarboxilato (0.07 g, 0.37 mmoles) diclorometano (2 mL) fue agregado y la mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche. La reacción fue enfriada a temperatura ambiente, el solvente removido y el crudo purificado por HPLC preparativa y filtración en columna de NH2, para obtener 0.04 g del compuesto del título (27%). m/z 503 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 2.52 (10 min corrida) Clorhidrato de ((S)-1-f3-(1 -Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenin-piperidin-3-il)-piperazin-1 -il-metanona Método A - Paso b A una mezcla de ter-butil éster délo ácido 4-{(S)-1 -[3-(1 -Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carbonil}-piperazina-1-carboxilico (0.04 g, 0.08 mmoles) en diclorometano (0.5 mL), HCI 2M en Et20 (2 mL) fue añadido y la mezcla resultante fue agitada durante la noche a temperatura ambiente. El solvente fue removido para obtener 0.04 g del compuesto del título como sal de clorhidrato con rendimiento cuantitativo. 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 1.74 (1 H, m), 1 .92-2.17 (1 H, m), 3.03-3.51 (7H, m), 3.89 (6H, m), 4.14 (3H, s), 7.54-7.81 (4H, m), 7.83-7.91 (2H, m), 7.96-8.02 (2H, m); m/z 404 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 0.20 (10 min corrida) Método B EJEMPLO 2 {(R)-1 -Í3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil1-piperidin-3-il)-pirrolid9ni-1 - il-metanona; Método B - Paso a A un frasco con clorhidrato del ácido (R)-1-[3-(1 H-benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidina-3-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 2, paso e), (0.1 Og, 0.28 mmoles), HATU (0.1 1 g, 0.30 mmoles), trietilamina (TEA) (0.09 ml_, 0.66 mmoles) y ter-Butil-1-piperazinacarboxilato (0.08 g, 0.62 mmoles) diclorometano (2 ml_) fue agregado y la mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche. La reacción fue enfriada a temperatura ambiente, el solvente removido y el crudo purificado por HPLC preparativa y filtración en columna de NH2, para obtener 0.06 g del compuesto del título (55%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 1.59-2.06 (8H, m), 2.75-2.89 (2H, m), 2.94 (2H, t), 3.35-3.48 (2H, m), 3.84 (2H, t), 7.12 (1 H, dd), 7.24-7.32 (2H, m), 7.37-7.44 (2H, m), 7.55-7.72 (1 H, bs); m/z 409 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 2.27 (10 min corrida) Método C caso a 03SOÍ N. ^> P3soe N. ^ EJEMPLO 3 (1-f4-Cloro-3-(3H-im¡dazof4,5-c1piridin-2-il)-fenin-piperidin-4-il)-piperídin- 1-il-metanona 5-Bromo-2-cloro-N-(4-nitro-piridin-3-il)-benzamida Método C - Paso a A una mezcla de ácido 5-Bromo-2-clorobenzoico (5.00 g, 21.23 mmoles) en DMF (40 mL), HATU (8.48 g, 22.29 mmoles) y trietilamina (2.97 mL, 21.44 mmoles) fueron agregados. Después de 30 de agitar a temperatura ambiente 4-nitro-piridin-3¡lamina (2.36 g, 16.99 mmoles) fue agregado, la mezcla de reacción se agitó a 40°C por la noche y el solvente fue removido.
El crudo entonces fue diluido con EtOAc (40 mL) y lavado primero con solución saturada de Na2C03 (6 X 30 mL) entonces con HCI 1 N (3 X 30 mL). La capa orgánica fue secada sobre Na2SO4, filtrada y se dejó en reposo. El precipitado obtenido fue filtrado para proporcionar 4.75 g del compuesto del titulo (63%).
H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 7.56 (1 H, d), 7.77-7.92 (3H, m), 8.82 (1 H, d), 9.14 (1 H, s), 1 1.35 (1 H, s); m/z 355 (M+H)+, tiempo de retención (método a)= 2.32 (5 min corrida) 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-3H-imidazo[4,5-clpiridina Método C - Paso b A una mezcla de 5-Bromo-2-cloro-N-(4-nitro-piridin-3-il)-fenilamina (0.50 g, 1.47 mmoles) en ácido acético (6 mL), hierro (0.16 g, 2.94 mmoles) fue agregado, y la reacción se calentó a 80°C por 1.5h. Entonces la mezcla de reacción fue enfriada a temperatura ambiente. Agua fue agregada (30 mL) y las extracciones con dcm (20 mL) fueron realizadas para remover el material de inicio no reaccionado. Entonces a la capa acuosa se agregó solución saturada de sal de Rochelle (50 mL) y solución saturada de Na 2CO3 (30 mL), y entonces las extracciones fueron realizadas con dcm (20 mL). La capa orgánica fue secada sobre Na2S04, filtrada y evaporada bajo presión reducida, para obtener 0.28 g del compuesto de título (65%) sin purificaciones adicionales.
H-RMN (400 MHz, MeOD): d 7.45 (1 H, d), 7.59 - 7.68 (2H, m), 7.98 (1 H, d), 8.26 (1 H, d), 8.87 (1 H, s); m/z 309 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 1.13 (5 min corrida) ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-imidazo[4,5-clpiridina-3-carboxilico Método C - Paso c A una mezcla de 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-3H-imidazo[4,5-c]piridina en dcm (50 ml_), Boc2O (0.36 g, 16.36 mmoles) y DMAP (0.20 g, 1.63 mmoles) fueron añadidos y la mezcla de reacción se dejó agitando a temperatura ambiente por la noche. El solvente entonces fue removido bajo presión reducida y el crudo fue purificado por filtración a través de una columna Si (acetato de etilo como eluyente) para obtener 4.80 g del compuesto del título (80%). 1H-RMN (400 MHz, MeOD): d 1.41 (18H, d), 7.52 (2H, dd), 7.73-7.87 (5H, m), 8.15 (1 H, dd), 8.56 (2H, t), 9.02 (1 H, s), 9.38 (1H, s); m/z 409 (M+H)+, tiempo de retención (método b)= 2.03 (5 min corrida) Etil éster del ácido 1-f4-Cloro-3-(3H-imidazof4,5-c1piridin-2-il)-fenin-piperidina-4-carboxilico Método C - Paso d Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-imidazo[4,5-c]piridina-3-carboxílico (0.50 g, 1.23 mmoles), tris(dibencilidenacetona) dipaladio(O) (Pd2dba3) (0.13 g, 0.18 mmoles), 2-diciclohexilfosfino-2\4,,6'-triisopropilbifenil (Xphos) (0.17 g, 0.37 mmoles) y carbonato de cesio (1 .20 g, 3.68 mmoles) fueron colocados en un schlenk seco y pocos ciclos de vac/o/nitrógeno fueron realizados. Entonces dioxano seco (2.00 ml_) y etil éster del ácido piperidina-4-carboxilico (0.38 mL, 2.45 mmoles) fueron agregados, la mezcla de reacción fue calentada a 80°C por 4h, se dejó enfriar a temperatura ambiente y se filtró a través de sulfato de sodio (Na2S04). El crudo fue purificado por cromatografía instantánea (gradiente de eluyente: EtOAc 100% a EtOAc: MeOH/95:5), para obtener 0.60 g de una mezcla del compuesto del titulo y el material de inicio desprotegido (7:3). La mezcla fue utilizada para el próximo paso.
H-RMN (400 MHz, MeOD): d 1.26 (3H, t), 1 .71- 1.92 (2H, m), 1.92 - 1.94 (2H, m), 2.45-2.59 (1 H, m), 2.88 (2H, t), 3.71-3.80 (2H, m), 4.06-4.22 (2H, q), 7.11-7.18 (dd, 1 H), 7.42 (2H, q), 7.67 (1 H, d), 8.35 (1 H, d), 8.94 (1 H, s); m/z 384 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 2.42 (5 min corrida) Clorhidrato del ácido (1-[4-Cloro-3-(3H-imidazo[4,5-c1pir¡din-2-il)-fenin-piperidina-4-carboxílico Método C - Paso e Una mezcla de etil éster del ácido 1-[4-Cloro-3-(3H-imidazo[4,5-c]piridin-2-il)-fenil]piperidina-4-carboxílico (0.60 g, 1.56 mmoles) en HCI 6N (15 ml_) fue calentada en microondas a 120°C por 20 minutos; 2 ciclos fueron necesarios para completar la conversión. Entonces el solvente fue removido bajo vacío para obtener 0.61 g de una mezcla del compuesto del título y 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-3H-imidazo[4,5-c]pirid¡na (proveniente del paso anterior), con una proporción de 7:3. 1H-RMN (400 MHz, CD30D): d 2.27-2.38 (4H, m), 2.90 (1 H, m), 3.80-3.87 (4H, m), 7.63 (1 H, dd), 7.91 (1 H, m), 8.25 (1 H, d), 8.37 (1 H, m), 8.64 (1 H, d), 9.43 (1 H, s). {1-f4-Cloro-3-(3H-imidazof4,5-c1p¡r¡din-2-il)-fenil1-piperidin-4-ilV piperidin-1-il-metanona Método C - Paso f Una mezcla de clorhidrato del ácido 1-[4-Cloro-3-(3H-imidazo[4,5-c]piridin-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxilico (0.09 g, 0.25 mmoles), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), trietilamina (TEA) (0.08 ml_, 0.55 mmoles), piperidina (0.03 g, 0.31 mmoles) y diclorometano (2 ml_) fue calentada a 35°C por la noche. La reacción fue enfriada a temperatura ambiente, lavada con solución de cloruro de amonio (3 mL) y el crudo fue purificado por SCX (eluyente: NH3 2N en MeOH) y cromatografía instantánea (eluyente: AcOELMeOH, 9:1) para proporcionar 0.04 g del compuesto del título (37%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.54-1.70 (6H, m), 1.79-1.91 (4H, m), 2.83-2.92 (3H, m), 3.53-3.59 (4H, m), 3.86 (2H, d), 7.16 (1 H, dd), 7.43 (2H, m), 7.69 (1 H, d), 8.36 (1 H, d), 8.94(1 H, s); m/z 424 (M+H)+, tiempoo de retención (método b)= 3.38 (10 min corrida) Método D EJEMPLO 4 (3-Dimetilamino-pirrolidin-1 -il)-((S)-1 -G3-? -metil-1 H-benzoimidazol-2-?)- fenil1-piperidin-3-il}-metanona; Método D - Paso a A un frasco con clorhidrato del ácido (S)-1 -[3-(1-Metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 1 , paso d) (0.10 g, 0.27 mmoles) (obtenido como se describió en el método A, paso d) y HATU (0.11 g, 0.28 mmoles), TEA (0.08 mL, 0.59 mmoles) y diclorometano (2 mL) fueron agregados, entonces dimetil-pirrolidin-3-il-amina (0.04 mL, 0.33 mmoles) fue agregada. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, entonces solución de cloruro de amonio (2 mL) fue agregada y la solución de dos fases fue agitada por algunos minutos. La capa orgánica fue recuperada y el crudo fue purificado por columna de SCX (eluyente de dcm: MeOH 1 :1 a NH3 2N en MeOH), y PrepHPLC para obtener 0.07 g de la mezcla diasteroisomérica del compuesto del título como sal de formiato (65%).
H-RMN (400 MHz, CD3OD): 1.62-2.1 1 (m, 10H); 2.66-2.39 (m, 2H); 2.53 (d, J= 2.3 Hz, 6H); 2.61 (d, J= 2.3 Hz, 6H); 2.78-2.99 (m, 6H), 3.35 (m, 4H), 3.50 (m, 1 H); 3.62-3.73 (m, 2H); 3.82-3.90 (m, 12H); 4.02 (m, 1 H), 7.19 (m, 4H); 7.32 (m, 6H); 7.44 (m,2H); 7.56 (m, 2H)¡ 7.68 (m, 2H) 8.33 (s, 2H); m/z 432 (M+H)\ tiempo de retención (método a)= 0.70 (10 min corrida) Método E EJEMPLO 5 (1 -í4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenin-pirrolidin-3-ii - morfolin-4-il-metanona; Método E - Paso a A un frasco con ácido 1-[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-pirrolidina-3-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 5, paso b) (0.09g, 0.25 mmoles), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), TEA (0.07 mL, 0.53 mmoles) y morfolina (0.03 mL, 0.33 mmoles) diclorometano (2mL) fue añadido y la mezcla de reacción se calentó a 35°C por la noche. La reacción fue enfrió a temperatura ambiente, solución saturada de NaHCC>3 (2 mL) fue agregado con agitación, la capa orgánica recuperada por filtración a través de un separador de fase, y el solvente removido bajo presión reducida. El crudo fue purificado por columna NH2 (eluyente: diclorometano: MeOH de 10:0 a 5:5), y SCX para obtener 0.05 g del compuesto del título (46%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 2.20-2.32 (2H, m), 2.48 (3H, s), 3.34-3.52 (3H, m), 3.53-3.63 (4H, m), 3.64-3.72 (6H, m), 6.71 (1 H, dd), 7.01 (1 H, d), 7.12 (1 H, d), 7.34 (1 H, d), 7.41 (1 H, s), 7.50 (1 H, d); m/z 425 ( +H)+, tiempo de retención (método a)= 2.13 (10 min corrida) Método F EJEMPLO 6 (1-f4-Cloro-3-(5-metioxi-1H-benzoimidazol-2-in-fenin-pirrolidin-4-ílV pirrolidin-1-il-metanona formato Ter-butil éster del ácido 2-{2-Cloro-5-[4-(pirrolidina-1-carbonil)-piperid¡n-1 -ill-fenil)-5-metoxi-benzoimidazol-1-carboxilico Método F- Paso a Ter-butil éster del ácido 2-(5-Bromo-2-cloro-fenil)-5-metoxi-benzoimidazol-1-carboxílico (obtenido como se describió el el método general 4, paso c) (0.10 g, 0.23 mmoles), piperidin-4-il-pirrolidin-1-il-metanona (0.05 g, 0.30 mmoles) y carbonato de cesio (0.37 g, 1.14 mmoles) fueron colocados en un frasco seco y 3 ciclos de vac/o/nitrógeno fueron realizados, luego tolueno seco (0.20 mL) fue añadido. Al mismo tiempo acetato de paladio (0.01 g, 0.50 mmoles), y BINAP (0.04 g, 0.07 mmoles) fueron colocados en un frasco seco de 4 mL bajo nitrógeno y 3 ciclos de vacio/nitrógeno fueron realizados.
Entonces fue añadido tolueno seco (0.40 mL), a temperatura ambiente bajo nitrógeno, y la mezcla fue añadida al primer frasco. La mezcla de reacción fue calentada a 80°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, EtOAC (3 mL) fue añadido y la mezcla se filtró. El solvente fue removido y el crudo recuperado con EtOAc (3.5 mL) y filtrado a través de una columna de sílice 2g (eluyente EtOAc) para proporcionar 0.10 g del compuesto de titulo (82%) sin purificaciones adicionales. (1-[4-Cloro-3-(5-metioxi-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenill-pirrolidin-4-il)-pirrolidin-1-íl-metanona formato Método F- Paso b A una mezcla de ter-butil éster del ácido 2-{2-Cloro-5-[4-(pirrolidina-1-carbonil)-piperidin-1-il]-fenil}-5-metoxi-benzoimidazol-1-carboxilico (0.10 g, 0.19 mmoles) en HCI 2M en Et20 (2 mL), pocas gotas de diclorometano y metanol fueron agregadas para mejorar la solubilidad del material de partida. La mezcla resultante fue agitada por la noche a temperatura ambiente, Et20 fue agregado (5 mL), el precipitado fue filtrado y entonces purificado por PrepHPLC para obtener 0.03 g del compuesto del título como una sal de clorhidrato, con rendimiento cuantitativo.
H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.83-1.93 (6H, m), 1.95-2.04 (2H, m), 2.65-2.74 (1 H, m), 2.79-2.90 (2H, m), 3.41 (2H, t), 3.60 (2H, t), 3.81 -3.88 (2H, m), 3.86 (3H, s), 6.92 (1 H, dd), 7.07-7.14 (2H, m), 7.37-7.41 (2H, m), 7.51 (1 H, d); m/z 439 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 2.23 (1 0 min corrida) Método G I boc EJEMPLO 7 (1 -f3-(1H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenin-pirrolidin-3-il)-p¡perazin-1-5l- metanona Ter-butil éster del ácido 4-{1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenin-pirrolidin-3-carbonil)-piperazina-1-carboxilico Método G- Paso a A una mezcla del ácido 1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-pirrolidina-3-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 2, paso e) (0.01 g, 0.26 mmoles) en dcm (4 mL), HATU (0. 10 g, 0.29 mmoles), diisopropiletilamina (DIPEA) (0.14 mL, 0.76 mmoles) y ter-butil- -piperazina carboxilato (0.06 g, 0.32 mmoles) fueron agregados. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente y lavada con agua (2 X 5 mL) y solución saturada de Na2C03 (2x 5 mL). La capa orgánica fue secada sobre Na2S04, filtrada y evaporada bajo presión reducida, para obtener un crudo que fue triturado con éter dietílico (3 mL), filtrado y secado. El precipitado fue purificado por cromatografía instantánea (gradiente de eluyente: EtOAc 100% a EtOAc:NH3 en MeOH (2M) /4:0.8), y entonces una filtración en un cartucho de SCX fue corrida (gradiente de eluyente: DCM:MeOH / 1 :1 a NH3 en MeOH), para obtener 0.1 1 g del compuesto del título (67%). (1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenin-pirrolidin-3-il)-piperazin-1-il-metanona Método G- Paso b A una mezcla de ter-butil éster del ácido 4-{1-[3-(1 H- Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-pirrolidina-3-carbonil}-piperazina-1-carboxílico (0.1 1 g, 0.21 mmoles) en dcm (1 mL), HCI 2 M en Et2O (4 mL) fue añadido. La mezcla fue agitada a temperatura ambiente por la noche, el precipitado obtenido fue filtrado, y lavado con Et20. El precipitado entonces fue recuperado en solución saturada de NaHC03 (3 mL), extraído con dcm (2 X 3 mL), el solvente removido y el crudo filtrado a través de un cartucho de SCX, para obtener 0.05 g del compuesto del título (57%). 1H-RMN (400 MHz, CD30D): d 2.09-2.23 (2H, m), 2.69-2.78 (4H, m), 3.28-3.44 (3H, m), 3.47-3.56 (6H, m), 6.61-6.64 (1 H, m), 6.92-6.93 (1 H, m), 7.16-7.20 (2H, m), 7.24-7.27 (1H, m), 7.53 (2H, bs); m/z 410 (M+H)\ tiempo de retención (método b)= 0.88 (10 min corrida) Método H EJEMPLO 8 (3-dimetilamino-propil)-metil-amida del ácido 1-f4-Cloro-3-(5-fluoro-1H- benzoimidazol-2-il)-fen¡n-piperidina-4-carboxilico Método H - Paso a A un frasco con ácido 1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 3.4, paso e) (0.10g, 0.26mmoles) y HATU (0.10 g, 0.27 mmoles) en diclorometano (2mL), TEA (0.07 ml_, 0.54 mmoles) y N, N, N' -trimetil- ,3-propanodiamina (0.32 mmoles, 0.05 ml_) fueron agregados. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, el solvente fue removido y el crudo fue purificado por PrepHPLC y columna de SCX para obtener 0.06 g del compuesto de título (49%). 1H-RMN (400 MHz, DMSO) : d 1.50-1.72 (6H, m), 2.15 (8H, m), 2.80 (4H, m), 3.02 (2H, s), 3.30 (2H, m), 3.70 (2H, m), 7.06 (2H, m), 7.28-7.56 (3H, m), 7.69 (1 H, m), 12.74 (1 H, s); m/z 472 (M+H)+, tiempo de retención (método a) = 1.68 (10 min corrida) Método I F F F O OOH N boc EJEMPLO 9 {1 -f4-Fluoro-3-(5-metil-1H-benzoimidazol-2-il)-fenin-piperidin-4-n)- piperazin-1 -il-metanona Ter-butil éster del ácido 4-l1-f4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenill-piperidina-4-carbonil)-piperazina-1-carboxilico Método I - Paso a A un frasco con clorhidrato del ácido [1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxílico (obtenido como se describió en el método general 8, paso b) (0.1 Og, 0.26mmoles) y HATU (0.10 g, 0.27 mmoles) en diclorometano (2mL), TEA (0.08 mL, 0.56 mmoles) y ter-butil-1-piperazinacarboxilato (0.32 mmoles, 0.06 g) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, lavada con agua (3 X 2 mL) y solución saturada de Na2CO3 (3 2 mL). El crudo fue entonces purificado por cromatografía instantánea (eluyente: EtOAc), y entonces una filtración en un cartucho NH2 fue corrida (eluyente EtOAc), para obtener 0.02 g del compuesto del título ( 5%). (1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fenill-piperidin-4-il)-piperazin-1-il-metanona Método I - Paso b Una mezcla de ter-butil éster del ácido 4-{1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carbonil}-piperazina-1 -carboxílico (0.02 g, 0.04 mmoles) en HCI 2M en Et20 (3 mL) fue agitada durante 2 días a temperatura ambiente, entonces solvente fue removido y el crudo filtrado a través de un cartucho de NH2 (eluyente EtOAc), para obtener 0.02 g del compuesto del título con rendimiento cuantitativo. 1H-RMN (400 MHz, CDCI3): d 1.83 (2H, m), 1.96-2.07 (2H, m), 2.50 (3H, s), 2.56-2.63 (1 H, m), 2.77-2.93 (6H, m), 3.58 (4H, d), 3.79 (2H, d), 6.98 (1 H, m), 7.10 (2H, m), 7.29-7.39 (1 H, m), 7.62-7.72 (1 H, m), 8.00 (1 H, dd), 9.78 (1 H, bs); m/z 421 (M+H)+, tiempo de retención (método a)= 1.37 (10 in corrida) Método J F EJEMPLO 10 Metil-(1-metil-pirrolidin-3-il)-amida del ácido 1-f3-(5-Cloro-1 H- benzoimidazol-2-il)-4-fluoro-fenil1-piperidina-4-carboxílico Método J- Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido 1-[3-(5-Cloro-1 H-benzoimidazol-2-il)-4-fluoro-fenil]-piperidina-4-carboxílico (obtenida como se describió en el método general 10, paso b) (0.01 g, 0.25 mmoles) en dcm (2 mL), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), TEA (0.07 mL, 0.55 mmoles) y ?,?'-dimetil-3-aminopirrolidina (0.04 g, 0.31 mmoles) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente y lavada con solución de cloruro de amonio (2 mL), solución saturada de Na2C03 (2mL) y agua (2 mL). La capa orgánica fue entonces filtrada en un cartucho NH2 y adicionalmente purificada por cromatografía instantánea (eluyente: EtOAc:NH3 2N en MeOH/9:1) para obtener 0.03g del compuesto del título (30%).
H-RMN (400 MHz, CD30D): d 1.79-1.94 (5H, m), 2.08-2.30 (2H, m), 2.37 (3H, s), 2.46-2.54 (2H, m), 2.62-2.69 (2H, m), 2.72-2.92 (2H, m), 3.10 (3H, s), 3.79 (2H, d), 5.16 (1 H, m), 7.14-7.20 (2H, m), 7.26 (1 H, dd), 7.58-7.63 (2H, m), 7.73 (1 H, dd); m/z 470 (M+H)+, tiempo de retención (método b)= 1.80 (10 min corrida) Método K EJEMPLO 11 (2-morfolin-4-il-etil)-amida del ácido (R)-1-r4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H- benzoimidazol-2-il)-fenil1-piperidina-3-carboxílico Método K- Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido (R)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro- 1 H-benzoimidazol-2-il)-fen¡l]-piperidina-3-carboxílico (obtenida como se describió en el método general 3,4, paso e) (0.01 g, 0.27 mmoles) en dcm (2 mL), HATU (0.10 g, 0.28 mmoles), TEA (0.08 ml_, 0.56 mmoles) y 2-moríolinoetilamina (0.04 g, 0.33 mmoles) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue agitada a temperatura ambiente por la noche, lavada con solución de cloruro de amonio (2 ML), filtrada por un separador de fase y el solvente orgánico fue removido. El crudo entonces fue purificado por columna de SCX y cromatografía instantánea (eluyente: gradiente de EtOAc a EtOAc:NH3 en MeOH (2M) /10:1) para obtener 0.05g del compuesto del título (40%).
H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.66-1.98 (4H, m), 2.40-2.64 (7H, m), 2.94 (1 H, m), 3.06 (1 H, dd), 3.36 (2H, m), 3.57-3.80 (6H, m), 7.04-7.16 (2H, m), 7.33 (13H, bs), 7.42 (2H, m), 7.62 (1 H, bs); m/z 486 (M+H)+, tiempo de retención (método b)= 2.97 (10 min corrida) Método L o EJEMPLO 12 {(R)-1-r4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fen¡n-piperidin-3-i8¾- morfolin-4-il-metanona Método L- Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido (R)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-p¡peridina-3-carboxílico (obtenida como se describió en el método general 3,4, paso e) (0.01 g, 0.27 mmoles) en dcm (2 ml_), HATU (0.10 g, 0.28 mmoles), TEA (0.08 ml_, 0.56 mmoles) y 2-morfolinoetilamina (0.04 g, 0.33 mmoles) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue agitada a temperatura ambiente por la noche, lavada con solución de cloruro de amonio (2 ML), filtrada por un separador de fase y el solvente orgánico fue removido. El crudo entonces fue purificado por columna de SCX y cromatografía instantánea (eluyente: gradiente de ciclohexano: EtOAc/1 :1 a 0:1 a EtOAc:NH3 en MeOH (2M) /10:1 ). Una purificación adicional por HPLC preparativa fue realizada para obtener 0.03g del compuesto del título (29%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.57-1.88 (3H, m), 1.95 (1 H, m), 2.81 (1 H, td), 2.98 (2H, m), 3.50-3.85 (10H, m), 7.10 (2H, m), 7.32 (1 H, m), 7.40 (2H, m), 7.60 (1 H, m)¡ m/z 443 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 4.98 (10 min corrida) Método M EJEMPLO 13 (4-Metoxi-piperidin-1-il)-((R)-1-r3-(1-metil-1H-benzoim¡dazol-2-il)-feniB1- piperidin-3-il)-metanona Método M- Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido (R)-1-[3-(1-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carboxílico (obtenida como se describió en el método general 1 , paso d) (0.01 g, 0.30 mmoles) (obtenida como se describió en el método A, paso d) en dcm (2.5 mL), HATU (0.12 g, 0.33 mmoles), TEA (0.09 mL, 0.63 mmoles) y 4-metoxipiperidina (0.04 g, 0.33 mmoles) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, lavada con solución de cloruro de amonio (3 mL), filtrada por un separador de fase y el solvente orgánico fue removido. El crudo entonces fue purificado por columna de SCX (eluyente: primero dcm: MeOH/1 :1 entonces NH3 en MeOH (2N)) y cromatografía instantánea (eluyente: gradiente EtOAc: ciclohexano/10:0 a 0:10) para obtener 0.05 g del compuesto del título (38%).
H-RMN (400 MHz, CD30D): d 1.42-1 .69 (3H, m), 1 .73-1 .96 (5H, m), 2.78-2.93 (1 H, m), 2.93-3.07 (2H, m), 3.25-3.50 (6H, m), 3.79-3.94 (7H, m), 7.16-7.19 (2H, m), 7.28-7.36 (3H, m), 7.42-7.46 (1 H, m), 7.54-7.56 (1 H, m), 7.66-7.68 (1 H, m); m/z 433 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 3.63 (10 min corrida) Método N EJEMPLO 14 (4-Dimetilamino-piperidin-1 -il)-{(R)-1 -[3-(1 -metil-1 H-benzoimidazol-2-áll)- fenil1-piperidin-3-il)-metanona Método N- Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido (R)-1 -[3-(1 -metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carboxilico (obtenida como se describió en el método general 1 , paso d) (0.01 g, 0.30 mmoles) (obtenida como se describió en el método A, paso d) en dcm (2.5 mL), HATU (0.12 g, 0.33 mmoles), TEA (0.09 mL, 0.63 mmoles) y 4-(N,N-dimetilamino)piperidina (0.04 g, 0.35 mmoles) fueron añadidos. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, lavada con solución de cloruro de amonio (3 ml_), filtrada por un separador de fase y el solvente orgánico fue removido. El crudo entonces fue purificado por columna de SCX (eluyente: primero dcm: MeOH/1 :1 entonces NH3 en MeOH (2N)) y cromatografía instantánea (eluyente: gradiente de EtOAc:NH3 en MeOH (2N) / 10:0 to 9: 1) para obtener 0.05 g del compuesto del título (37%).
H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1.26-1.43 (2H, m), 1.59-2.00 (6H, m), 2.26-2.31 (6H, m), 2.43-2.49 (1 H, m), 2.57-2.64 (1 H, m), 2.79-3.18 (4H, m), 3.79-3.86 (2H, m), 3.89 (3H, s), 4.12-4.16 (1 H, m), 4.58-4.61 (1 H, m), 7.16-7.20 (2H, m), 7.28-7.37 (3H, m), 7.42-7.46 (1 H, m), 7.54-7.56 (1 H, m), 7.66-7.68 (1 H, m); m/z 446 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 1.63 (10 min corrida) EJEMPLO 15 (2-morfolin-4-il-etil)-amida del ácido (R)-1-r4-Cloro-3-(5-metil-1H- benzoimidazol-2-il)-fenil1-piperidina-3-carboxilico Método O - Paso a A un frasco con clorhidrato del ácido (R)-1 -[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-3-carboxílico (obtenido como se describió enel método general 3,4, paso e) (0.1 Og, 0.25 mmoles), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), TEA (0.07 mL, 0.53 mmoles) y 2-morfolin-4-il-etilamina (0.04 mL, 0.33 mmoles), diclorometano (2mL) fue añadido y la mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche. La reacción fue enfrió a temperatura ambiente, solución saturada de NaHC03 (2 mL) fue agregado con agitación, la capa orgánica recuperada por filtración a través de un separador de fase, y el solvente removido bajo presión reducida. El crudo fue purificado por SCX y cromatografía instantánea (eluyente; gradiente ciclohexano:acetato de etilo de 100:0 a 3: 1 ) para obtener 0.05 g del compuesto del título (42%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 1 .66-1 .97 (4H, m), 2.42-2.50 (6H, m), 2.48 (3H, s), 2.55-2.62 (1 H, m), 2.89-2.97 (1 H, m), 3.06 (1 H, dd), 3.28-3.41 (2H, m), 3.60 (4H, dd), 3.63-3.69 (1 H, m), 3.71 -3.77 (1 H, m), 7.09-7.15 (2H, m), 7.38-7.54 (4H, m); m/z 482 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 2.57 (10 min corrida) Método P O o paso a O OH EJEMPLO 16 (1-r4-Cloro-3-(5-metoxi-1 H-benzoimidazol-2-¡l)-fen¡n-p¡rrolidin-3-il -í4- metil-piperazin-1 -il)-metanona Método P - Paso a frasco con clorhidrato del ácido 1 -[4-Cloro-3-(5-metoxi-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil)-p¡rrol¡d¡na-3-carboxíl¡co (obtenido como se describió en el método general 3,4, paso e) (0.10 g, 0.25 mmoles), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), TEA (0.07 mL, 0.53 mmoles) y 1-metil-piperazina (0.04 mL, 0.33 mmoles), diclorometano (2mL) fue añadido y la mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche. La reacción fue enfrió a temperatura ambiente, solución saturada de NaHC03 (2 mL) fue agregado con agitación, la capa orgánica recuperada por filtración a través de un separador de fase, y el solvente removido bajo presión reducida. El crudo fue purificado por SCX, trituración de éter dietílico y por último por HPLC preparativa para obtener 0.04 g del compuesto del título (34%). 1H-RMN (400 MHz, CD3OD): d 2.20-2.33 (2H, m), 2.41 (3H, s), 2.51-2.66 (4H, m), 3.37-3.54 (3H, m), 3.56-3.76 (6H, m), 3.86 (3H, s), 6.71 (1 H, dd), 6.93 (1 H, ddd), 7.01 (1 H, d), 7.12 (1 H, d), 7.34 (1 H, dd), 7.52 (1 H, d); m/z 454 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 2.13 (10 min corrida) Método Q EJEMPLO 17 Metil-(1-metil-pirrolidin-3-il)-amida del ácido 1 -[4-Cloro-3-(5-meti¡-1 [ benzoimidazol-2-il)-fen¡n-piperidina-4-carboxíl¡co Método Q - Paso a A una mezcla de clorhidrato del ácido 1 -[4-cloro-3-(5-metil- H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piper¡dina-4-carboxílico (obtenida como se describió en el método general 3,4, paso e) (0.01 g, 0.25 mmoles) en dcm (2 mL), HATU (0.10 g, 0.26 mmoles), TEA (0.07 mL, 0.53 mmoles) y metil-(1 -metil-pirrolidin-3-il)-amina (0.03 g, 0.31 mmoles) fueorn añadidos. La mezcla de reacción fue calentada a 35°C por la noche, enfriada a temperatura ambiente, lavada con solución de cloruro de amonio (2 ml_), filtrada por un separador de fase y la fase orgánica fue filtrada por columna de SCX (eluyente: primero dcm: MeOH/1 :1 entonces NH3 en MeOH (2N)). Este trabajo fue realizado utilizando el Zinsser Speedy (versión 6.1.3). El crudo entonces fue purificado por cromatografía instantánea (eluyente: gradiente de EtOAc a EtOAc:NH3 en MeOH (2M) /10:1 ) para obtener 0.04 g del compuesto del título (37%). H-RMN (400 MHz, CD30D): d 1.76-1.93 (5H, m), 2.08-2.23 (2H, m), 2.36-2.48 (6H, m), 2.51-3.09 (9H, m), 3.83-3.86 (2H, m), 5.13-5.20 (1 H, m), 7.09-7.13 (2H, m), 7.38-7.40 (3H, m), 7.51 (1 H, bs); m/z 466 (M+H)+, tiempo de retención (método b) = 2.30 (10 min corrida) El Cuadro muestra una selección de los compuestos sintetizados, que fueron preparados según el método indicado en la tercera columna del cuadro y discutida anteriormente a detalle con la síntesis de los ejemplos 1 a 17.
CUADRO Método Masa Masa Ejem pío Estructura LCM de Método encon calculada S r.t.
Síntesis LCMS -Irada 18 G 394.89708 395 2.18 método a 19 G 423.93834 424 1.15 método a 20 F 422.49534 423 2.13 método a 21 F 434.5491 435 2.62 método a S (Continuación) método F 406.49594 407 2.18 o a método F 450.5485 451 2.55 a método F 452.97622 453 2.47 a método F 467.0028 467 2.68 a método F 440.96552 441 2.48 a (Continuación) F 436.97682 437 2.55 método a F 451 .0034 451 2.7 método a F 436.52192 437 2.38 método a F 467.9909 468 1 .35 método a F 420.52252 421 2.43 método a (continuación) ? 492.05536 492 1.38 método a ? 451.9915 452 1.32 método a 0 ? 454.00738 454 1.35 método a ? \ ? 425.95422 426 1.22 método a 0 ? / Método ? 455.95538 456 1 .53 a (Continuación) ? 469.98196 470 1 .62 método a 0 ? 443.94468 444 1 .53 método a / ? 437.96492 438 0.2 método a o ? 424.92306 425 2.02 método a o (Continuación) ? 408.92366 409 2.25 método a 0 o ? 437.96492 438 1.23 método a O ? 424.92306 425 1.92 método a ? 510.04582 510 1.7 método a S-oo I 451.57966 452 1.43 método a \ (Continuación) ^ ^ I 435.5372 436 1.15 método a o I 489.62764 490 1.4 método a I 422.49534 423 1.15 método a ^~\~ B 468.03396 469 1 .52 método a # \ \ . ^— B 506.08194 507 1 .52 método a (Continuación) B 466.01808 467 1 .5 método a B 482.01748 482 1.42 método a B 454.94904 455 2.03 método a F 422.95024 423 2.05 método a B 454.00738 454 0.18 método a O-* ?? (Continuación) B 454.00738 454 0.2 método a ( / B 424.92306 425 2.3 método a 0 CXK} A 433.5892 434 método a / A 404.50488 405 1 .68 método a 0 CO-Q A 388.50548 389 1 .93 método a 0 (Continuación) C0~Q A 404.50488 405 1 .7 método a 0 A 388.50548 389 1.9 método a 0 CO-Q A 403.52016 404 0.2 método a 1 o<° Q Oí E 422.95024 423 2.38 método a 0 E 468.03396 468 1 .48 método a (Continuación) ? 408.92366 409 2.33 método a 0 ? 451.9915 452 1.42 método a o ?? -¾ ? 454.00738 454 1 .37 método a ? 392.46936 393 2.05 método a I 453.52767 454 1 .55 método a Q , I (Continuación) 71 "0> I 455.54355 456 1.57 método a o 72 D 439.50109 440 1.28 método a 73 D 453.52767 454 1.47 método a 74 D 426.45923 427 2.2 método a 75 E 451.9915 452 1.45 método a o (Continuación) E 422.95024 423 2.37 método a 0 E 466.01808 466 1 .52 método a D 466.01808 466 1.23 método a D 445.5999 446 0.97 método a D 431 .57332 432 0.65 método a o <„ (Continuación) 81 D 480.04466 480 1.48 método a 82 —· o-<„ D 466.01808 466 1.37 método a 83 D 466.01808 466 1.43 método a o 0 84 D 466.01808 466 1 .5 método a 85 E 438.94964 439 2.15 método a (Continuación) 86 ? 466.01808 466 1.42 método a 87 ? 468.03396 468 1.42 método a 88 ? 451.5366 452 1.13 método a ^ 89 D 410.45983 411 2.48 método a 90 G 478.02878 478 1.32 método a (Continuación) 91 Oy G 437.96492 438 1.23 método a 1 92 G 439.9808 440 1.27 método a 93 G 437.96492 438 1.27 método a 94 J 455.95538 455 1.68 método b 95 J 443.94468 443 1.72 método b (Continuación) 96 J 471.99784 472 1.78 método b 97 J 469.98196 470 1.72 método b 98 J 439.50109 440 1.48 método b ' % 99 J 453.52767 454 1.65 método b 100 o < J 439.50109 440 1.47 método b o (Continuación) r>0 101 J 453.52767 454 2.93 método b 0 102 o < J 427.49039 428 1.55 método b 103 J 426.91412 427 2.87 método b ' H-o 104 J 427.49039 428 1.6 método b — ' m— > 105 J 410.45983 41 1 2.62 método b O' 0 (Continuación) 106 K 471.99784 472 2.93 método b / 107 K 469.98196 470 2.92 método b 108 0:> 0 3 K 451.9915 452 2.27 método b . o i a 109 K ?- 466.01808 466 2.35 método b 1 10 OH} y K 482.01748 482 2.18 método b o-r (Continuación) 111 K 466.01808 466 0.23 método b CQ-Q 112 0 431.57332 432 1.38 método b Ov CXX} 113 o 431.57332 432 1.43 método b o < 114 0 466.01808 466 2.28 método b 115 0 405.53604 406 1.48 método b 1 (Continuación) CO-Q 116 0 402.53206 403 4.05 método b o 117 0 447.57272 448 1.63 método b ¦ O 118 C -Q 0 405.53604 406 1.33 método b 119 0 402.53206 402 4.05 método b o CO-Q 120 o 447.57272 448 1.58 método b 0 (Continuación) 0 440.92246 441 3.83 método b 0 0 425.95422 426 2.05 método b 0 467.9909 468 2.23 método b o 466.01808 466 2.32 método b o 439.9808 440 2.35 método b '. ¾ (Continuación) C0~Q 0 417.54674 418 1.63 método b / 0 0 457.6106 458 1.85 método b 0 0 433.54614 434 1.73 método b 0 CO-Q 0 417.54674 418 1.62 método b o \ (Continuación) método 130 0 482.01748 482 2.43 b O método 131 K 510.04582 510 3.12 O-C b método 132 K 469.98196 470 2.83 '??>¾ X b o-c método 133 K 500.00794 500 3.07 o- b método 134 K 455.95538 456 2.75 CK b (Continuación) 135 '??>¾ °> ? 469.98196 470 3.08 método b 136 426.91412 427 5.5 método b 137 '? >¾ ¿ ? 484.00854 484 3 método b 138 ? 485.98136 486 2.92 método b ex 139 ? 425.95422 426 2.1 método b o ? (Continuación) »K5 $ ? 451.9915 452 0.27 método b 140 141 ? 467.9909 468 1.88 método b ?-G 142 ? 469.98196 470 3.1 método b 143 ? 426.91412 427 5.55 método b . 144 ? 438.94964 439 4.17 método b 0 (Continuación) 145 m— / K 484.00854 484 3.05 método b CO-Q < 146 P 471.63718 472 1.8 método b 0 147 XX?Q P 451.9915 452 2.22 método b 148 K 442.91352 443 5.02 método b (Continuación) M 467.0028 467 4.68 método b 149 Q / 150 M 467.0028 467 4.68 método b Q / 151 M 470.96668 471 5.57 método b Q / 52 o < M 452.97622 453 4 43 método b Q / (Continuación) 153 M 452.97622 453 4.45 método b Q / I ° 154 M 468.97562 469 4.28 método b Q CO-Q 155 M 418.53146 419 3.53 método b V CXK} 156 M 432.55804 433 3.6 método b ' / (Continuación) 0 438.94964 439 4.42 método b 0 o 498.01688 498 2.4 método b CC -Q N 445.5999 446 1 .65 método b Q O 451.9915 452 1.87 método b P 441.95362 442 2.18 método b (Continuación) 162 ? 431 .57332 432 1.7 método b 9 163 ? 480.04466 480 2.45 método b Q / 164 ? 466.01808 466 2.43 método b 165 ? 483.9903 484 2.33 método b 166 o 438.94964 439 4.58 método b o (Continuación) método 167 c 425.911 16 426 2.63 b método 168 c 438.95302 439 0.62 b t?>¾ método 169 P 467.9909 468 2.33 b método 170 c 41 1.92764 412 3.2 b o — método 171 c 409.91 176 410 3.02 b (Continuación) 0 492.05536 492 2.25 método b Q 0 P 424.92306 425 4.15 método b 0 o C 425.91116 426 2.77 método b c 425.91116 426 2.68 método b 0 c 452.9796 453 1.47 método b (Continuación) \ 177 c 452.9796 453 1 .47 método b 178 Q 451.9915 452 1 .97 método b A a ^ \ 179 Q 451.9915 452 2.08 método b o / 180 Q 442.91352 443 4.55 método b o 181 0 Q 451 .9915 452 2.3 -?° método b (Continuación) xx>¾ Q_ Q 480.04466 480 2.45 método b TX>¾ ¾. Q 466.01808 466 2.08 método b /N_\ M 484.00854 484 2.38 método b P M 484.00854 484 2.67 método b (Continuación) método 186 Q 466.01808 466 2.05 b método 187 Q- 466.01 808 467 2.05 b método 188 Q 469.98196 470 2.57 ' ¾- b f método 189 Q 438.94964 439 3.9 b o método 190 Q 437.96492 438 2.12 V b 0 (Continuación) 191 Q 451 .9915 452 2.28 método b 0 192 Q Q 496.04406 496 2.3 método b ? 193 Q 451 .9915 452 2.15 método b La clonación de Smo y la generación de líneas celulares estables recombinantes gue expresan Smo La secuencia codificante del Smo humano fue amplificada por PCR utilizando condiciones estándar. La plantilla fue pcMV6-XL5-Smo de Origene (cat. TC 22724). Los cebadores fueron diseñados de la siguiente manera: Delantero (5' GATCGGTACCGGGCTTTTGCTGAGTT 3') tiene un sitio de restricción de Kpnl; Inverso (5' GATCGCGGCCGCCTACTTATCGTCGTCATCCTTG TAATCGAAGTCCGAGTCTGC 3') tiene un sitio de restricción de Notl, un codon de parada y una secuencia de codificación a FLAG en el extremo 5'.
El amplicon obtenido tuvo 2424 bp de longitud y contuvo la secuencia completa que codifica a Smo, una etiqueta FLAG y dos sitios de restricción, uno en cada extremo. El amplicon fue digerido dos veces con las enzimas de restricción Kpnl y Notl, así como el plásmido pcDNA5/FRT (Invitrogen) fue escogido para la clonación. La ligación y clonando de la secuencia codificante de Smo-FLAG en el plásmido pcDNA5/FRT produjo un plásmido que fue denominado pcDNA5/FRT_Smo-FLAG y eso tuvo 7432 bp de longitud.
La técnica de FlpIN (Invitrogen) fue utilizado para crear la linea celular estable que expresa Smo-FLAG utilizando la línea celular FlplN293 (Invitrogen, RT50-07). Esta es una línea derivada de células HEK293 por transfecciónestable con el plásmido pFRT/lacZeo para generar la línea celular hospedera FlplN293 resistente a zeocina. Las célulasFlplN293 son convenientes para crear una linea celular mamífera estable que contiene un sitio de diana recombinante Flp (FRT) integrado (Invitrogen).
La transfección con el plásmido pcDNA5/FRT_Smo-FLAG (o, en el caso de las células transfectadas simuladas, la transfección con el plásmido vacío) fue realizada junto con la transfección del plásmido pOG44, que porta la Flp recombinasa, que cataliza una recombinación homologa entre el sitio de FRT en las células hospederas y el vector de expresión pcDNA5/FRT_Smo-FLAG o el vector vacio pcDNA5/FRT respectivamente. Las células que expresan Smo-FLAG así como las células transfectadas simuladas poseen resistencia a la higromicina B y son negativas a la tinción D-gal. La expresión de los antigenos de Smo y FLAG fue verificada también por transferencia Western. Las dos lineas celulares generadas fueron nombradas 293FlplN/clon E-3 indicando la transfectada simulada y 293FlplN/clon 3-5E-3 indicando la línea celular transfectada Smo-FLAG.
Condiciones de cultivos celulares Las células fueron mantenidas en DMEM que contenía 0% de suero bovino fetal (ambos de Invitrogen), con adición de 0.25 mg/ml de higromicina B (Invitrogen). Las células fueron mantenidas a 37°C en un ambiente de 95% de aire-5 % bióxido de carbono completamente humidificado, y se usó hasta 22-25 ciclos después del descongelamiento.
Desarrollo del ensayo de unión La interacción de compuestos con el receptor de Smo fue probada por un ensayo de uni'ón de desplazamiento que utiliza un ligando fluorescente para el receptor de Smo (Bodipy-Cyclopamine, Toronto Research Chemical Inc, cat#B674800) como el ligando marcado a ser desplazado.
Para determinar la Kd (concentración del ligando donde 50% de la unión máxima es alcanzada) y el Bmax (cantidad máxima de ligando que puede unirse específicamente al receptor en una preparación biológica) del ligando fluorescente, la Unión Específica (SB) fue calculada por sustracción la Unión No Específica (NSB) de la Unión Total (TB). La TB fue determinada agregando concentración en aumento Bodipy-Cyclopamine a las células, mientras que el NSB fue determinado agregando una mezcla de concentración creciente de Bodipy-Cyclopamine con una concentración de saturación de un antagonista bien descrito (en este caso, N-[3-(1 H-benzimidazol-2-il)-4-clorofenil]-3,5-dimetoxi-benzamida (Rubin et el. WO200301 1219) a 10 µ? fue seleccionado) a las células. Para cada concentración de Bodipy-Cyclopamine, el SB fue calculado restando el valor de NSB de la TB. De la curva de SB Bmax y Kd fueron calculados. En este caso, el clon E-3 de la línea celular estable transfectada simulada fue encontrada teniendo una Kd de 1 15 nM, mientras el clon de la línea celular estable transfectada de Smo-FLAG 3-5 fue encontrada teniendo un Kd de 44.3 nM. La Ki es la concentración de ligando no marcado que inhibe 50% de la unión específica (SB) del ligando marcado, y corregido para la concentración utilizada efectiva del ligando marcado. La ki fue calculada siguiendo la ecuación de Cheng-Prusoff, como Ki = IC50/[1 + [bodipy-cyclopamine]/Kd)].
Compuestos de prueba con el ensayo de unión Células 293FlplN/clon E-3 y 293FlplN/clon 3-5 fueron contados con una cámara Burker y 100000 células/1 ??µ? de DMEM 1% de FBS fueron transferidas en dos placas de 96 pozos (U bottom, Sigma Aldrich, cat#M8185-100EA). Células 293FlplN/clon E-3 fueron usadas como control interno para verificar la variación con el tiempo de la fluorescencia (FLU) de las células 293FlplN/clon 3-5 que expresan Smoover.
Los controles y los compuestos fueron preparados en DMEM 1 % de FBS y 100 pL fueron añadidos a las células. Todos los controles y los compuestos fueron incubados con una concentración final de Bodipy-Cyclopamine de 5nM.
Los compuestos fueron disueltos en DMSO (reserva 10 mM), y fueron probados primero a 10 µ? (ensayo de concentración simple); cada compuesto fue repetido por lo menos dos veces (en dos placas diferentes). Cuando el Bodipy-Cyclopamine fue desplazado arribe de un umbral de 30% el compuesto fue reexaminado con un ensayo de concentración-respuesta con un rendimiento de 8 compuestos por placa y la gama de concentración fue: 100, 10, 1 , 0.5, 0.1 , 0.01 , 0.05, 0.001 y 0.0001 µ?.
Como control negativo células 293FlplN/clon 3-5 fueron usadas a las cuales se añadió DMSO diluido 1 :1000 para el ensayo de concentración simple y 1 :100 para el ensayo de concentración-respuesta.
Como control positivo para desplazar completamente la unión del Bodipy-Cyclopamine, N-[3-(1 H-bencimidazol-2-¡l)-4-clorofenil]-3,5-dimetoxi-benzamida (Rubín et al. WO200301 1219) fue utilizado a una concentración de 10 µ?.
Las dos placas fueron incubadas 4 horas a temperatura ambiente protegida de la luz en una plataforma basculante. Después de la incubación las placas fueron centrifugadas por 5 min. a 1600 rpm y lavadas dos veces con PBS que contenia 2% de FBS. Las células por último fueron re-suspendidas en 170 pL de amortiguador de lavado y las señales fluorescentes fueron adquiridas con un sistema FACScalibur HTS (Becton Dickinson).
Los parámetros de adquisición del instrumento fueron establecidos al principio de la lectura de cada placa que utiliza células sin tratar no marcadas 293FlplN/clon E-3. El programa de adquisición HTSS utilizado fue BD™ Píate Manager (BD Bioscience) y el análisis de los datos fue realizado utilizando BD CelIQuest™ Pro software (BD Bioscience).
La cuantificación fue realizada al tender los histogramas FL1 -H de los controles positivo y negativo y ajustando un marcador en el cruce entre las dos curvas. Sólo esos acontecimientos más fluorescentes que el marcador fijo fueron cuantificados. Los valores entonces fueron normalizados según el control negativo (0% de desplazamiento de Bodipy-Cyclopamine) y el control positivo ( 00% de desplazamiento de Bodipy-Cyclopamine).
Los compuestos de los ejemplos 1 -193 cuando fueron probados en las condiciones anteriores, todos presentaron un valor de Ki que varió entre 0.8 nM y 21 .6 µ?.
Compuestos de prueba con un ensayo de fosfatasa alcalina El Shh ha demostrado que in vitro induce la fosfatasa alcalina (AP), un marcador de la diferenciación de osteoblastos, en la línea celular mesenquimal C3H10T1/2 de ratón (Katsuura e al., 1999; Kinto et al. , 1997; Murone et al. , 1999; Nakamura ef al., 1997, Wu et al. 2004. Por lo tanto y para analizar la interferencia de pequeñas moléculas con la señalización Hedgehog-Gli, un ensayo funcional basado en la activación de AP en esta línea celular de ratón. El sustrato del AttoPhos® kit (Cat S1000, Promega) fue utilizado para detectar el AP en solución. Brevemente, el procedimiento siguiente fue aplicado.
Placas de 96 pozos de fondo plano, revestidas con Polilisina (Corning, Cat. 3667) fueron llenadas con 10,000 células en 100 µ? de solución de cultivo celular por pozo. El medio del cultivo celular consistió en DMEM (Cat 21969-035) con 1 % de Glutamax (Cat 35050-038), 1 % de Penicilina/Estreptomicina (Cat 15140-122) y 1 % de Hepes (15630-056). Todos los reactivos fueron obtenidos de Invitrogen. Las placas fueron incubadas por la noche a 37°C con 5% de bióxido de carbono. Entonces el medio fue removido, y 100 µ? de medio fresco conteniendo cualquiera de compuesto o antagonista de referencia (N-[3-(1 H-bencimidazol-2-il)-4-clorofenil]-3,5-dimetoxi-benzamida (Rubin et al. WO200301 1219)) fue añadido a los pozos. Todos los compuestos y soluciones de referencia contuvieron el agonista purmorfamina (Sinha et al. Nature Chem. Biol. 2, 29-30 (2005)) a una concentración de 2 µ?. Los compuestos fueron probados en diez concentraciones por triplicado en la gama entre 100 pM y 50 µ?. La concentración final de DMSO en cada muestra fue ajustada a 1 % en el medio de cultivo. Las células fueron incubadas con solución compuesta durante 72 horas a 37°C en la presencia de bióxido de carbono al 5%. El medio de cultivo celular fue removido de las placas, y 40 µ? de una solución de lisis diluida1 :5 (Cat E194A, Promega) fueron añadidos a cada pozo. Las placas entonces fueron incubadas en la oscuridad durante 20 minutos en un agitador. Por último, 40 µ? de solución reconstituida de sustrato de AttoPhos fueron añadidos a los pozos, seguido por otro periodo de incubación de 15 minutos en un agitador. El sustrato de AttoPhos fue reconstituido según las instrucciones del proveedor pero la solución de sustrato siempre fue almacenada en -80° C. El lector de placas Safire 2 (Tecan) fue utilizado para la medidción de los cambios en la intensidad de la florescencia en las muestras, con una longitud de onda de excitación de 430 nm y una longitud de onda de emisión de 560 nm.
Los compuestos de los ejemplos 1-193 cuando fueron probados en las condiciones anteriores, todos presentaron un valor de IC50 que varió entre 1 .1 µ? y 14.8 µ?.

Claims (19)

NOVEDAD DE LA INVENCION REIVINDICACIONES
1 - Compuestos de fórmula I las sales farmacéuticamente aceptables de los mismos en donde, según lo permita la valencia, i es 1 o 2 R es H; grupo alquilo lineal, ramificado o cíclico (C C4) R2 es H, Cl o F X es ya sea N o CR3 R3 es H; halógeno; un grupo alquilo o alcoxi lineal, ramificado o cíclico de (CrC4), Y es (R')r (R')r T -N- Z es O o NRx Rx es H o un alquilo lineal, ramificado o cíclico (CrC4) k es 1 , 2, 3 o 4 n y p son independientemente 1 , 2 o 3 y la suma de n + p no puede exceder 5, T es H o un grupo alquilo lineal o ramificado (CrC4); es una cadena de alquilo lineal o ramificado de C-1-C3 sustituida con cualquiera de un grupo dialquilamino de (C-i-C6)- o un heterociclo saturado de 4 a 6 miembros que contiene un átomo de nitrógeno y contiene opcionalmente un segundo heteroátomo seleccionado de N y O, tal anillo heterocíclico está sustituido opcionalmente en los átomos de nitrógeno con una cadena de alquilo de (C C4); o un heterociclo saturado de 4 a 6 miembros que contiene un átomo de nitrógeno y contiene opcionalmente un segundo heteroátomo seleccionado de N y O, tal anillo heterocíclico está sustituido opcionalmente en los átomos de nitrógeno con una cadena de alquilo de (CrC4), r es cero, 1 , 2 o 3; R' es halógeno; hidroxi; amino; ciano; nitro; oxo; alquilo lineal, o ramificado de (Cr Ce), dihaloalquilo, azaalquilo, oxaalquilo, alquilocarbonilo, oxaalquilocarbonilo, alcoxicarbonilo, alquiloaminocarbonilo, alquilocarbonilamino, alquenilo, oxaalquenilo, azaalquenilo, alquenilocarbonilo, oxaalquenilocarbonilo, alqueniloxicarbonilo, alqueniloaminocarbonilo, alquilamino, dialquilamino, mercaptoalquilo, alcoxi, grupo alquiltio opcionalmente sustituido con uno o más átomos de flúor; en donde dos grupos R' pueden formar un anillo de 5 a 8 miembros con unión espiro o fusionada; con la exclusión de:
2.- Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque i ¡guala 2 y -C(=0)-Y está en la posición 4 del anillo subsiguiente de piperidina y en donde R-i , R2, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, ?', r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
3. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque i iguala 2 y -C(=0)-Y está en la posición 3 del anillo subsiguiente de piperidina y en donde R-i , R2, X, R3, Y, Z, Rx, k, n , p, T, T, r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
4. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque i iguala 1 y en donde R-i , R2, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T, r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
5 - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque Ri es H, R2 es Cl o F y en donde i, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T, r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
6. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque R2 es H, R1 es grupo alquilo lineal, ramificado o cíclico de (C C4) y en donde i, X, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T, r y R' son como se definieron en la reivindicación 1 .
7. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque X es N y en donde i, R1 , R2, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T', r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
8. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación , caracterizados además porque X es CR3 y en donde i, R-? , R2, R3, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T', r y R' son como se definieron en la reivindicación 1 .
9. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 8, caracterizados además porque R3 es H y en donde i, R-? , R2, Y, Z, Rx, k, n, p, ?, ?', r y R' son como se definieron en la reivindicación 8.
10. - Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque R3 es Cl, F, OMe o Me y en donde i, R-i, R2, Y, Z, Rx, k, n, p, T, T', r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
1 1. - Los compuestos conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque r ¡guala cero.
12. - Los compuestos conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque Y es (R')r N- 4 y en donde k iguala 2, r iguala 1 , R' es dimetilamino e i, R1 f R2, X, y R3 son como se definieron en la reivindicación 1.
13.- Los compuestos conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque Y es (R')r N- -fi) y en donde ambos de n y p igualan 2, Z es O, r iguala cero e i, R-?, R2, X, y R3 son como se definieron en la reivindicación 1.
14.- Los compuestos de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizados además porque i iguala 2 y -C(=0)-Y está en la posición 4 del anillo subsiguiente de piperidina, X es C R3l R3 es metilo, R2 es F y en donde R1 t Y, Z, Rx, k, n, p, T, T', r y R' son como se definieron en la reivindicación 1.
15. El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado además porque es seleccionado del grupo de: {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-piperazin-1-il-metanona; Azepan-1-il-{1-[4-fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-pirrolidin-1 -il-metanona; {1 -[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-piperidin-1 -il-metanona; {(S)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {1 -[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il-metanona¡ ácido 1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidina-4-carboxílico (3-dimetilamino-propil)-metil-amida {1 -[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoim¡dazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-(4-metil-piperazin-1-il)-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-(4-pirrolidin-1-il-piperidin-1-il)-metanona; ácido {1-[4-Fluoro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-metoxi-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il-metanona; {(R)-1 -[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {(S)-1-[3-(1-Metil-1 H- Benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {(R)-1 -[3-(1 -Metil-1 H-Benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-il-metanona; {1-[4-Fluoro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il- metanona; (3-Dimetilam¡no.pirrolid¡n-1-¡l)-{(R)-1-[3-(1-metil- H-benzo¡m¡dazol- 2- ¡l-)-fenil]-piper¡d¡n-3-¡l}-metanona; {(R)-1 -[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzo¡midazol-2-il)-fen¡l]-piper¡d¡n-3-il}-(3-dimetilamino-p¡rrol¡din-1-il)-metanona; {(S)-1-[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzo¡m¡dazol-2-il)-fenil]-p¡per¡din-3-¡l}-morfolin-4-¡l-metanona; {1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-p¡rrolid¡n- 3- ¡l}-(3-d¡metilam¡no-pirrolidin-1 -il)-metanona; (3-D¡met¡lamino-pirrol¡d¡n-1 -il)-{(S)-1-[3-(1-metil-1 H-benzo¡midazol-2-¡l)-fenil]-p¡per¡d¡n-3-il}-metanona; (3-D¡metilamino-pirrolidin-1-il)-{(R)-1-[3-(1-metil-1 H-benzo¡midazol-2-il)-fenN piperidin-3-¡l}-metanona; {(R)-1 -[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piper¡din-3-il}-(3-dimetilamino-pirrol¡din-1-¡l)-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-metoxi-1 H-benzo¡midazol-2-il)-fen¡l]-p¡rrolid¡n-3-il}-morfol¡n-4-il-metanona; (3-D¡metilamino-p¡rrol¡d¡n-1-il)-{1-[3-(1-metil-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-p¡rrolidin-3-il}-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fen¡l]-piper¡din-3-il}-(3-dimetilamino-p¡rrol¡d¡n-1-il)-metanona; {(R)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-p¡per¡din-3-il}-(3-dimet¡lam¡no-pirrol¡d¡n-1 -il)-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(5-metil-1 H-benzo¡midazol-2-il)-fen¡l]-p¡perid¡n-3-¡l}-morfolin-4-il-metanona¡ {1-[4-Cloro-3-(5-met¡l-1 H-benzo¡midazol-2-il)-fen¡l]-pirrol¡d¡n-3-¡l}-(3-dimet¡lam¡no-pirrol¡din-1-il)-metanona; {(S)-1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoim¡dazol-2-il)-fenil]-piper¡d¡n-3-¡l}-morfol¡n-4-il-metanona; {(S)-1 -[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fen¡l]-piper¡d¡n-3-¡l}-(3-dimetilam¡no-pirrolidin-1 -il)-metanona¡ {1-[4-Cloro-3-(-1 H-imidazo[4,5-c]piridin-2-¡l)-fen¡l]-p¡peridin-4-¡l}-morfolin-4-il-metanona; {(R)-1-[4-Cloro-3-(-1 H-¡midazo[4,5-c]pir¡din-2-il)-fen¡l]-p¡perid¡n-3-¡l}-morfol¡n-4-¡l-metanona; {(S)-1 -[4-Cloro-3-(-1 H- imidazo[4,5-c]piridin-2-il)-fenil]-piperidin-3-il}-morfolin-4-il-metan {1-[4-Cloro-3-(-1 H-imidazo[4,5-c]pindin-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-(3-dimetilamino-pirrolidin-1-il)-metanona; {(S)-1-[3-(1 H-Benzoimidazol-2-il)-4-cloro-fenil]-piperidin-3-il}-(3-dimetilamino-pirrolidin-1 -il)-metanona; {1 -[4-Cloro-3-(5-f luoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il-metanona; {1-[4-Cloro-3-(5-fluoro-1 H-benzoimidazol-2-il)-fenN]-piperidin-4-il}-(3-dimetilarnino-pirrolidin-1-il)-metanona; y {1-[4-Cloro-3-(5-metil-1H-benzoimidazol-2-il)-fenil]-piperidin-4-il}-morfolin-4-il-metanona, o una sal farmacéuticamente aceptable del mismo.
16.- Una composición farmacéutica que contiene un compuesto de las reivindicaciones 1-15 con un portador o excipiente farmacéuticamente aceptable.
17. - El uso de un compuesto de las reivindicaciones 1-15 para preparar un medicamento para el tratamiento o la prevención de osteoporosis o cáncer.
18. - El uso como se reclama en la reivindicación 17, en donde el medicamento es para el tratamiento de un cáncer seleccionado de carcinoma pulmonar de células no pequeñas; cáncer de pulmón de células pequeñas; cáncer de mama; tumores ováricos; tumores del tracto digestivo; cáncer de cerebro; cáncer de próstata; cáncer pancreático; carcinoma de células básales; melanoma maligno; carcinomas de células escamosas; mieloma múltiple; linfoma; cánceres mesenquimales; leucemia mieloide crónica; carcinoma endometrial, carcinoma hepatocelular.
19.- El uso de un compuesto de las reivindicaciones 1-15, para preparar un medicamento para el tratamiento de enfermedades, condiciones, o disfunciones que se benefician de la inhibición de la trayectoria de hedgehog.
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